Картирование и анализ генов и функционально-значимых последовательностей генома человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, доктор биологических наук Климов, Евгений Александрович

• Климов, Евгений Александрович
• доктор биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации доктор биологических наук Климов, Евгений Александрович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. RH-КАРТИРОВАИИЕ И АНАЛИЗ Notl-STS-MAPKEPOB 14 ХРОМОСОМЫ 3 ЧЕЛОВЕКА, АССОЦИАЦИЯ Notl-STS С ГЕНАМИ

1.1. ВВЕДЕНИЕ

1.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА

1.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

1.3.1. Создание STS к Notl-клонам хромосомы 3 человека и их локализации.

1.3.2. Определение локализации маркеров на RH-карте.

1.3.3. Совмещение RH-карты с другими типами карт и построение физической Notl-карты хромосомы 3 человека.

1.3.4. Поиск гомологий NotI-STS-маркеров с генами и EST человека.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Картирование и анализ генов и функционально-значимых последовательностей генома человека»

2.4.1.1. Ген RARB 94

2.4.1.2. Ген GPX1 97

2.4.1.3. Ген DAG 99

2.4.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА 101

2.4.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЯ 103

2.4.3.1. Ген RARB 103

2.4.3.2. Ген GPX1 106

2.4.3.3. Ген DAG 109

2.5 АНАЛИЗ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ АКТИВНОСТИ 111 НОВЫХ БЕЛОК-НЕКОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА W91914 И Н51703 В ОПУХОЛЕВЫХ И НОРМАЛЬНЫХ ТКАНЯХ

2.5.1 УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА 114

2.5.2. РЕЗУЛЬТАТЫ 116

2.5.3. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 122

2.6. СТРУКТУРА И ОРГАНОСПЕЦИФИЧНОСТЬ 125 ЭКСПРЕССИИ ГЕНА Nbeal2 КРЫСЫ И ЭКСПРЕССИЯ ЕГО ГОМОЛОГА NBEAL2 В ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ ОПУХОЛЯХ ЧЕЛОВЕКА

2.6.1. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА 126

2.6.2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ 128

2.6.2.1. Анализ структуры-и тканеспецифичности 128 экспрессии у человека и модельных организмов

2.6.2.2. Анализ изменения уровня экспрессии гена КВЕАЬ2 129 человека в норме и опухоли

2:7. ЗАКЛЮЧЕНИЕ 131

3. КАРТИРОВАНИЕ И АНАЛИЗ МЕСТ ИНТЕРРАЦИИ ВИРУСА 133 ПАПИЛЛОМЫ В ГЕНОМ ЧЕЛОВЕКА

3.1. ВВЕДЕНИЕ 133

3.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА 13 5

3.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ 136

3.3.1. Локализация методом ЯН-картирования 136 последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания вируса папиллом

3.3.2. Локализация т яШсо последовательностей, 143 прилегающих к местам встраивания ВПЧ16 в геноме человека

3.3.3. Поиск сходства последовательностей, прилегающих к 147 местам встраивания ВПЧ16, с экспрессирующимися последовательностями человека

3.3.4. Анализ нуклеотидных последовательностей генома 152 человека, прилегающих к местам встраивания ВПЧ16

3.4. Поиск последовательностей генома клетки-хозяина, способных 153 терминировать транскрипцию интегрированной ДНК вируса

3.5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ 156

4. ЯН-КАРТИРОВАНИЕ ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ 157 ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА

4.1. Картирование пяти Е8Т-маркеров в геноме человека 157

4.2. Картирование З'-нетранслируемой области гена комплексина 2 159 человека

5. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОСТИ 163 ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА И ИХ ГОМОЛОГОВ У МОДЕЛЬНЫХ ОРГАНИЗМОВ

5.1. СТРУКТУРА ГЕНА СКАР2 ЧЕЛОВЕКА И АНАЛИЗ ЕГО 164 ЭКСПРЕССИИ В ОПУХОЛИ И НОРМЕ

5.1.1. ВВЕДЕНИЕ 164

5.1.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА 165

Заключение диссертации по теме «Генетика», Климов, Евгений Александрович

основные выводы

1. Построена интегрированная физическая Notl-карта хромосомы 3 человека на основе данных радиационного картирования, контиг-картирования области Зр21-р22 и картирования методом флуоресцентной гибридизации in situ, включающая 60 Notl-STS-маркеров. NotI-STS-маркеры и построенная на их основе Notl-карта эффективны для проверки совмещения и взаимного расположения геномных контигов человека.

NotI-STS-маркеры можно рассматривать как универсальные маркеры генов.

2. Активация транскрипции онкогена RHO А в опухолях происходит как за счет умножения копий гена, так и посредством деметилирования CpG-островков промоторного района.

3. Впервые показано изменение содержания мРНК гена SEMA3B в четырех видах рака (молочной железы, толстой кишки, светлоклеточный почечноклеточный, немелкоклеточный рак легкого и эпителиальный рак яичников). Снижение уровня транскрипции этого гена характерно для светлоклеточного почечноклеточного рака, а также рака толстой кишки и эпителиального рака яичников.

4. Экспрессия генов DAG1, RARB2, GPX1 (изоформа 1) достоверно увеличивается в опухолях молочной железы.

5. Впервые показано увеличение экспрессии генов RHOA, SEMA3B и СКАР2 в крови больных различными типами лейкозов.

6. Выявлена транскрипционная активность новых некодирующих белок генов W91914 (методом количественной ПЦР в реальном времени) и Н51703 (методом полуколичественной ПЦР) в опухолевых и нормальных тканях человека.

7. Описана экзон-интронная структура генов АВЫМ2, СКАР2, ЖАБЕ4 и ЫВЕАЬ2 человека, выявлена крнсервативность генов АВЫМ2 и ИВЕАЬ2 и их белковых продуктов у чаловека, мыши и крысы. Продемонстрирована органоспецифичность экспрессии генов АЬИт2 и ЫЬеа12 у крысы.

8. Места интеграции транскрибируемой в клетках плоскоклеточного рака шейки матки ДНК вируса папилломы тип 16 локализованы в активно транскрибируемых областях генома.

9. Близлежащие с 3'-конца интегрированной ДНК ВПЧ16 участки полиаденилирования генома клетки-хозяина могут быть использованы для терминации транскрипции вируса.

10.Создана тест-система для одновременного определения мутаций ССЯ5с1е132 и ССЯ5т303 в гене ССЯ5 человека, обуславливающих генетическую устойчивость обследуемых к инфицированию вирусом иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ1). список опубликованых работ

Потеме работы имеется. 17 статей) в рецензируемых журналах, 1 патент и> около 60 тезисов и статей в сборниках конференций. Ниже приведен список статей в хронологическом порядке и с указанием разделов, в которых представлены опубликованные данные.

Статьи Раздел

1. Сулимова Г.Е., Компанийцев A.A., Кунижева С.С., Климов Е.А., Рахманалиев Э.Р., Удина И.Г. Картирование в геноме человека EST- и STS- , . маркеров с использованием панели радиационных гибридов // Генетика. 2000. ' Т.36. № 7. С.900-907.

2. Сулимова Г.Е., Компанийцев A.A., Мойсяк Е.В., Рахманалиев Э.Р., Климов Е.А., Удина И.Г., Захаров И.А. Радиационное картирование как один из основных методов построения * физических карт геномов человека и 1,3,4 животных с высоким уровнем разрешения' // Радиационная биология. Радиоэкология. 2000. Т.40. №5. С.520-528.

3. Дергунова JI.B., Раевская Н.М., Владыченская И.П., Полтараус А.Б., Климов Е.А., Сулимова Г.Е., Лимборская С.А. Мозгоспецифическая последовательность Hfbl входит в состав протяженной 3'- нетранслируемой 4 области гена комплексина 2 человека: новые данные in vitro и in silico экспериментов // Молекулярная биология. 2001. Т.35. № 5. С.778-786.

4. Eugene Klimov, Svetlana Vinokourova, Elena Moisjak, Elian Rakhmanaliev, Vera Kobseva, Laimonis Laimins, Fjodor Kisseljov, Galina Sulimova. Human -papilloma viruses and cervical tumors: mapping of integration sites and analysis of adjacent cellular sequences // BMC Cancer. 2002. 2:24.

5. Рахманалиев Э.Р., Климов E.A., Компанийцев A.A., Сулимова Г.Е. Структура гена СКАР2 (LB1), вовлеченного в процессы онкогенеза человека 5 //Молекулярная биология. 2002. Т.36. №6. С.985-989.

6. Sulimova G.E., Kutsenko A.S., Rakhmanaliev E.R., Udina LG., Kompaniytsev A.A., Protopopov A.I., Moisjak E.V., Klimov E.A., Muravenko O.V., Zelenin A.V., Braga E.A., Kashuba V.l., Zabarovsky E.R., Kisselev L.L. Human 1 chromosome 3: integration of 60 Not\ clones into a physical and gene map // Cytogenet. Genome Res. 2002. V.98. P.177-183.

7. Рахманалиев Э.Р., Апрятин С.А., Николаева И.А., Климов Е.А., Сулимова Г.Е., Сидорович И.Г. Способ одновременного определения мутаций CCR5del32 и CCR5m303 в гене CCR5 человека, обуславливающих ¿ генетическую устойчивость обследуемых к инфицированию вирусом иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ1) // Патент RU 2249619 С2. от 23.04.2003.

8. Рахманалиев Э.Р., Климов Е.А., Сулимова Г.Е. Методы картирования j геномов млекопитающих // Успехи современной биологии. 2004. Т. 124. №3.

С.286-302.

9. Сулимова Г.Е., Рахманалиев Э.Р., Климов Е.А., Компанийцев А.А., Удина И.Г., Забаровский Е.Р., Киселев JT.JI. Notl-STS как маркеры генов хромосомы 1 3 человека//Молекулярная биология. 2005. Т.39. №4. С.687-701.

10. Eugene Klimov, Olga Rud'ko, Elian Rakhmanaliev, Galina Sulimova. Genomic organisation and tissue specific expression of ABLIM2 gene in human, 5 mouse and rat // BBA - Gene Structure and Expression. 2005. V.1730/1. P.l-9.

11. Апрятин C.A., Рахманалиев Э.Р., Николаева И.А., Рубан С.В., Вазыхова Ф.Г., Климов Е.А., Сулимова Г.Е., Сидорович И.Г. Мутация CCR5del32 в g гене CCR5 человека влияет на устойчивость к инфицированию М-тропным вариантом ВИЧ-1 //Генетика. 2005. Т.41. №11. С.1559-1562.

12. Debora Angeloni, Arja ter Elst, Ming Hui Wei, Anneke Y. van der Veen, Eleonora A. Braga, Eugene A. Klimov, Tineke Timmer, Luba Korobeinikova, Michael I. Lerman and Charles H.C.M. Buys. Analysis of a new homozygous 2 deletion in the tumor suppressor region at 3pl2.3 reveals two novel intronic non-coding RNA genes // Genes, Chromosomes & Cancer. 2006. V.45. №7. P.676-691.

13. Брага Э.А., Логинов В.И., Климов E.A., Килосанидзе Г., Ходырев Д.С., Каганова Н.Л., Казубская Т.П., Ермилова В.Д., Гарькавцева Р.Ф., Пронина И.В., Рудько О.И., Забаровский Е.Р., Сулимова Г.Е., Киселев Л.Л. ^ Транскрипция онкогена RHOA в эпителиальных опухолях активируется посредством умножения копий гена и/или деметилирования промоторного района // Молекулярная биология. 2006. Т.40. №5. С.865-877.

14. Е.А. Климов. Потенциальные сигналы терминации транскрипции интегрированной ДНК вируса папилломы человека: анализ in silico // 3 Молекулярная биология. 2008. Т.42. №1. С. 178-180.

15. Е.А. Климов, Э.Р. Рахманалиев, Г.Е. Сулимова. WASF4 - новый член семейства генов WAS // Молекулярная биология. 2008. Т.42. №4. С.625-628.

16. И.В. Пронина, В.И. Логинов, Е.А. Климов, B.C. Прасолов, Д.С. Ходырев,

Т.П. Казубская, Р.Ф. Гарькавцева, Г.Е. Сулимова, Э.А. Брага. Профили ~ изменения экспрессии гена SEMA3B в эпителиальных опухолях // Молекулярная биология. 2009. Т.43. №3. С.439-445.

17. Коробейникова Л.А., Климов Е.А. Полиморфизм генов ССК, CCK1R и , CCK2R у жителей Москвы // Медицинская генетика. 2010. Т.9. №4. С.40-43.

18. Е.А. Климов. Интеграции вирусов папилломы человека в геном клетки хозяина и патогенез рака шейки матки // Успехи современной биологии. 2010. 3 Т. 130. №4. С.381-389.

315. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

С помощью метода КН-картирования была определена физическая локализация пяти геномных, последовательностей, прилегающих к местам встраивания транскрибируемой ДНК ВПЧ16 в хромосомы человека (маркеры ШТ) в клетках плоскоклеточного рака шейки матки. Повторная.локализация? т бШсо этих, маркеров подтвердила результаты КН-картирования. Семь других маркеров ШТ были локализованы только т бШсо, что стало возможным после появления в банках данных более полного варианта черновых последовательностей генома человека:

Анализ мест локализации маркеров ПЧТ и их сходства с экспрессирующимися последовательностями' генома человека позволил нам высказать предположение, о предпочтительном, встраивании ДНК вируса в районы хромосом, характеризующиеся активной транскрипцией. Необходимо иметь в виду, что предположение о предпочтительном встраивании ДНК ВПЧ16 в активно транскрибируемые области генома человека правомочно только для транскрибируемой ДНК вируса папилломы. Этот феномен можно объяснить тем, что активно транскрибируемые последовательности находятся в деконденсированном состоянии, облегчающем интеграцию чужеродного генетического материала и последующею его транскрипцию.

Анализ т бШсо клеточных последовательностей, расположенных с 3'-конца далее от места интеграции, показал наличие в них сигнала терминации транскрипции (содержащего сайт полиаденилирования). Это позволяет предположить, что транскрипция интегрированной ДНК вируса происходит до ближайшего с З'-конца сигнала терминации транскрипции генома клетки.

Результаты анализа мест интеграции ДНК вируса и прилегающих к ним последовательностей генома человека позволяют лучше понять, как происходит взаимодействие вирусного и клеточного геномов, приводящее к возникновению рака шейки матки.

4. rh-картироваиие экспрессирующихся последовательностей генома человека в работе принимали участие Рахманалиев Э.Р., Компанийцев A.A., Мойсяк Е.В., Кунижееа С. С. и Удина И.Г.)

4.1. Картирование пяти EST-маркеров в геноме человека

Особый интерес представляют ДНК-маркеры, связанные с развитием онкологических заболеваний человека. Методом RH-картирования были достоверно картированы (lod>3,0) пять EST-маркеров. Среди картированных EST-маркеров два (CLL-5 и Leul) созданы на основе нуклеотидных последовательностей, локализованных методом FISH-гибридизации в области 13ql4, для которой описаны множественные делеции у больных B-клеточным хроническим лимфолейкозом [Liu et al., 1997].

RH-картирование. Проводили ПЦР скрининг панели радиационных гибридов соматических клеток (человек-хомяк) GeneBridge 4 RH-Panel ("Research Genetics Inc.", США). Реакцию ПЦР проводили на термоциклере "РТС-100™ MJ Research Inc." (США) в рабочем объеме 12,5 мкл с использованием "горячего старта" и другими модификациями, предложенными изготовителями набора Maxi-Taq™ (фирма "Биоком", Москва). Использованные в работе праймеры и условия ПЦР представлены в таблице 4.1. Продукты ПЦР разделяли электрофоретически в 6%-ном ПААГ и анализировали в ультрафиолете после окрашивания бромистым этидием.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Климов, Евгений Александрович, 2010 год

1. Александровский ЮА. Пограничные психические расстройства. Учебное пособие 3-е издание М".: Медицина. 2000. 496С.

2. Баранова A.B., Иванов Д.В., Тяжлова Т.В:, Янковский Н.К. Структурно-функциональная характеристика области 13ql4 генома-человека и поиск в ней потенциальных генов-супрессоров опухолевого роста // Молекулярная биология. 2004. Т.38. Р.203-212

3. Брага Э.А., Киселев Л.Л., Забаровский Е.Р. От идентификации геномного полиморфизма к диагностическим и прогностическим маркерам эпителиальных опухолей // Молекулярная биология. 2004. Т.38. С.179-190.

4. Буякова О.И., Баринова Е.И., Дергунова Л.В., Хаспеков Г.Л., Чивилев И.В., Лимборская С.А. // Генетика. 1992. Т. 28. С.40-46.

5. Васильев Ю.М. Цитоскелетные механизмы диссеминации опухолевых клеток. Вопросы онкологии. 2005. Т.51. №1. С.9-14.

6. Гришаев М.П., Гришаева О.Н. Генетически обусловленная устойчивость к ВИЧ-инфицированию //Новости "Вектор-Бест". 1999. Т. 12. №2. С.3-5.

7. Дергунова Л.В., Владыченская И.П., Полукарова Л.Г., Раевская Н.М., Леликова Г.П., Лимборская С.А. // Молекулярная биология. 1998. Т.32. С.249-254.

8. Е.Р.Имянитов, К.П.Хансон. Фундаментальная онкология: наиболее примечательные события 2004 года // Практическая онкология. 2005 Т.6. №1. С.1-5.

9. П.Зборовская И.Б. Молекулярно-биологические исследования онкогенов и генов-супрессоров опухолевого роста в клинической практике // Сборник обзорных статей «Канцерогенез», под ред. Д.Г. Заридзе. М. 2000.

10. Эвердинк В., ван ден Берг А., Бауш Ч., Коркоран М., Чапмэн Б., Янковский' Н.К. Космидный контиг и карта кДНК области 13ql4, часто утрачиваемой' при B-клеточном хроническом лимфолейкозе у человека, // Молекулярная биология. 1997. Т.31. С.515-519.

11. Киселев Л.Л., Сенченко В.Н., Опарина П.Ю.', Брага Э.А., Забаровский! Е.Р. Гены-супрессоры опухолевого роста, локализованные на коротком плече хромосомы 3 человека//Молекулярная медицина: 2005. Т.З. С. 17-28.

12. Н.Киселев Ф.Л., Киселева Н.П., Кобзева В.К., Грицко. T.Mi, Семенова- Л.А., Павлова Л.С., Клэс Р., фон Кнебель Деборитц М. Статус ДНК вируса папиллом человека в опухолях шейки матки // Молекулярная биология. 2001. Т.35. С.470-476.

13. Киселева Н.П., Киселев Ф.Л. Деметилирование ДНК и канцерогенез // Биохимия. 2005. Т.70. С.900-911.

14. Козырева A.A., Трухина A.B., Сазанова А.Л., Смирнов А.Ф. Локализация Notl клонов из хромосомы 3 человека на микрохромосомах перепела // Генетика. 2007. Т.43. С.734-741.

15. Копанцев Е.П., Нестерова Т.Б., Бородин A.M., Закиян С.М. // Генетика. 1993. Т.29. С.1440-1451.

16. Рокицкий П.Ф. Основы вариационной статистики для биологов // Минск: БГУ, 1961. 223С.

17. Сарафанов А.Г., Кондратов Р.В., Захарьев В.М., Прасолов B.C., Козлов Ю.В. //Молекулярная биология. 1999. Т.ЗЗ. С.413-422.

18. Сломинский П.А., Шадрина М.И., Лимборская С.А., Свердлов Е.Д. Способ определения генетической устойчивости обследуемых к инфицированию вирусом иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) // Патент Российской Федерации RU 2 126 048 С1. 10.02.1999г.

19. Сулимова Г.Е., Удина И.Г., Кунижева С.С., Компанийцев А.А. Создание NotI-STS-маркеров хромосомы 3 человека // Молекулярная-биология. 1999. Т.ЗЗ. С.791-796.

20. Татосян А.Г. Онкогены // Сборник обзорных статей «Канцерогенез», под ред. Д.Г. Заридзе. М. 2000. С.57-74.

21. Удина И.Г., Баранова А.В., Компанийцев А.А., Сулимова Г.Е. Эволюционно-консервативный ген СКАР2 (LB1) расположен в области генома человека 13ql4.3, часто перестраеваемой в различных опухолях // Генетика. 2001. Т.37. С.120-123.

22. Ходырев Д.С., Логинов« В.И., Пронина И.В., Казубская Т.П., Гарькавцева Р.Ф., Брага Э.А. Метилирование промоторной области гена RAR-beta2 в опухолях почки, молочной железы и яичников // Генетика. 2008. №44. Т.8. С.1126-1132.

23. Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W., Lipman D.J. Basic local alignment search tool // J. Mol. Biol. 1990. V.215. P.403-410

24. Angeloni D. Molecular analysis of deletions in human chromosome 3p21 and the role of resident cancer genes in disease. Brief Funct. Genomic Proteomic // 2007. V.6. P.19-39.

25. Ashmarin I.P., Danilova R.A., Obukhova M.F., Rud'ko O.I., Andreeva L.A. Long-lasting Changes of Albino Rats Behavior and Brain Bioamines Content After Immunization Against Cholecystokinin-3 and -4 // Neurochem Res. 2007. V.32. P.395-399.

26. Avraham H., Weinberg R.A. Characterization and expression of the human rhoH12 gene product // Mol. Cell Biol. 1989. V.9. P.2058-2066.

27. Bae C.D., Sung Y.S., Jeon S.M., Suh Y., Yang H.K., Kim Y.I., Park K.H., Choi J., Ahn G., Park J. Up-regulation of cytoskeletal-associated protein 2 in primary human gastric adenocarcinomas // J Cancer Res Clin Oncol. 2003. V.129. P.621-630.

28. Baker, C.C., Phelps, W.C., Lindgren, V., Braun, M.J., Gonda, M.A., Howley, P.M. Structural and transcriptional analysis of human papillomavirus type 16 sequences in cervical carcinoma cell lines // J. Virol. 1987. V.61. P.962-971.

29. Bateman A., Birney E., Durbin R., Eddy S.R., Finn»R.D., Sonnhammer E.L. Pfam 1313 multiple alignments and profile HMMs match the majority of proteins // Nucl. Acids Res. 1999. V.27. P.260-262.

30. Beretta A., Quillent C., Arenzana S., Braun J. Human.immunodeficiency virus co-receptor variants associated with resistance to virus infection // United States Patent 6,153,431. November 28, 2000.

31. Berger E.A., Murphy P.M., Farber J.M. Chemokine receptors as HIY-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease // Annu Rev. Immunol. 1999. V.17. P.657-700.

32. Biesova Z., Piccoli C., Wong W.T. Isolation and characterization of e3Bl, an eps8 binding protein that regulates cell growth // Oncogene. 1997. V.14. P.233-241.

33. Bird A.P. CpG islands as gene markers in the vertebrate nucleus // Trends Genet.1987. V.3. P.342-347.

34. Brand N., Petkovich M., Krust A., Chambon P., de The H., Marchio A., Tiollais P., Dejean A. Identification of a second human retinoic acid receptor (Letter) // Nature. 1988. V.332. P.850-853.

35. Caceres M, Guerrero J, Martinez J. Overexpression of RhoA-GTP induces activation of the Epidermal Growth Factor Receptor, dephosphorylation of focal adhesion kinase and increased motility in breast cancer cells // Exp Cell Res. 2005. V.309. P.229-238.

36. Cannizzaro L.A., Durst M., Mendez M.J., Hecht B.K., Hecht F. Regional chromosome localization of human papillomavirus integration sites near fragile sites, oncogenes, and cancer chromosome breakpoints // Cancer Genet. Cytogenet.1988. V.33. P.93-98.

37. Carmody, M.W., Jones, M., Tarraza, H., and Vary, C.P. Use of the polymerase chain reaction to specifically amplify integrated HPV-16 DNA by virtue of its linkage to interspersed repetitive DNA // Mol. Cell. Probes. 1996. V.10. P. 107116.

38. Carninci P. et al., Normalization and subtraction of cap-trapper-selected cDNAs to prepare full-length cDNA libraries for rapid discovery of new genes // Genome Res. 2000. V.10. P.1617-1630.

39. Castro-Rivera E., Ran S., Thorpe P., Minna J.D. Semaphorin 3B (SEMA3B) induces apoptosis in lung and breast cancer, whereas VEGF165 antagonizes this effect// Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V.101. P.l 1432-11437.

40. Chada S., Le Beau M.M., Casey L., Newburger P.E. Isolation and chromosomal localization of the human glutathione peroxidase gene // Genomics. 1990. V.6. P.268-271.

41. Chambon P. A decade of molecular biology of retinoic acid receptors // FASEB J. 1996. V.10. P.940-954.

42. Chromczynski P., Sacchi N. Single-step method' of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. // Analyt. Biochem. 1987. V.162. P.156-159.

43. Cooper M.D., Chae H.P., Lowman J.T., Krivit W., Good R.A. Wiskott-Aldrich syndrome: an immunologic deficiency disease involving the afferent limb of immunity // Am. J. Med. 1968. V.44. P.499-513.

44. Derry J.M.J., Ochs H.D., Francke U. Isolation of a novel gene mutated in Wiskott-Aldrich syndrome // Cell. 1994. V.78. P.635-644.

45. Doering D.S., Matsudaira P., Cysteine scanning mutagenesis at 40 of 76 positions in villin headpiece maps the F-actin binding site and structural features of the domain//Biochemistry. 1996. V.35. P.12677-12685.

46. Dong J-M., Leung T., Manser E., Lim L. cAMP-induced Morphological Changes Are Counteracted by the Activated RhoA Small GTPase and the Rho Kinase ROKa // J. Biol. Chem. 1998. Y.273. P.22554-22562.

47. Doven S.E., Neutze D.M., Pett M.R., Cottage A., Stern P., Coleman N. Stanley M.A. Amplification of chromosome 5p correlates with increased expression- of Skp2 in HPV-immortalized keratinocytes // Oncogene. 2003. V.22. P.2531-2540.

48. Du J., Jiang B., Coffey R.J., Barnard J. Raf and RhoA cooperate to transform intestinal epithelial cells and induce growth resistance to transforming growth factor beta// Mol. Cancer Res. 2004. V.2. P.233-241.

49. Dunwell TL, Hesson LB, Pavlova T, Zabarovska V, Kashuba V, Catchpoole D, Chiaramonte R, Brini AT, Griffiths M, Maher ER, Zabarovsky E, Latif F. Epigenetic analysis of childhood acute lymphoblastic leukemia // Epigenetics. 2009 V.4. P.185-193

50. Eastwood S.L., Burnet P.W., Harrison P.J. Expression of complexin I and II mRNAs and their regulation by antipsychotic drugs in the rat forebrain // Synapse. 2000. V.36. P. 167-177.

51. Erkman L. et al., A POU domain transcription factor-dependent program regulates ■ axon pathfinding in the vertebrate visual system //Neuron: 2000. Y.28. P.779-792.

52. Esteller M., Herman J.G. Cancer as an epigenetic disease: DNA methylation and chromatin alterations in human tumours // J Pathol. 2002. V.196. P. 1-7.

53. Etienne-Manneville S., Hall A. Rho GTPases in cell biology // Nature. 2002. V.420. P.629-635.

54. Fonseca R., Oken M.M., Harrington D. et al. Deletions of chromosome 13 in multiple myeloma identified by interphase FISH usually denote large deletions of the q arm or monosomy // Leukemia. 2001. V.15. P.981-986.

55. Fritz G., Brachetti C., Bahlmann F., Schmidt M., Kaina B. Rho GTPases in human breast tumours: expression and mutation analyses and correlation with clinical parameters // Br. J. Cancer. 2002. V.87. P.635-644.

56. Fritz G., Just I., Kaina B. Rho GTPases are over-expressed in human tumors // Int. J. Cancer. 1999. V.819. P.682-687.

57. Fu L., Benchimol S. Participation of the human p53 3'UTR in translational repression and activation following gamma-irradiation // EMBO J. 1997. V.6. P.4117-4125.

58. Fujisawa H., Kitsukawa T. Receptors for colapsin/semaphorins // Current Opin. Neurobiol. 1998. V.8. P.587-592.

59. Fukuoka M., Suetsugu S., Miki H., Fukami K., Endo T. et al. A novel neural Wiskott-Aldrich syndrome protein (N-WASP) binding protein, WISH, induces Arp2/3 complex activation independent of Cdc42 // J. Cell Biol. 2001. V.152. P.471-482.

60. Gilles C., Piette J., Ploton D., Doco-Fenzy M., Foidart J.M.Viral integration sites in human papilloma virus-33-immortalized cervical keratinocyte cell lines // Cancer Genet. Cytogenet. 1996. V.90. P.63-69.

61. Gitai Z. et al., The netrin receptor UNC-40/DCC stimulates axon attraction and outgrowth through enabled and, in parallel, Rac and UNC-115/AbLIM // Neuron. 2003. V.37. P.53-65.

62. Goelden U., Ukena S.N., Pfoertner S., Holmann R., Buer J., Schräder A.J. RAR-beta(l) overexpression in.chromophobe renal cell carcinoma: a novel target for therapeutic intervention // Exp. Oncol. 2005. V.27. P.220-224.

63. Goldman J.G., Goetz C.G., Berry-Kravis E., Leurgans S., Zhou> L. Genetic polymorphisms in Parkinson disease subjects with and1 without hallucinations: an analysis of the cholecystokinin< system//Arch. Neurol. 2004. Y.61. P.1280-1284.

64. Gupta V.K., Schmidt A.P., Pashia M.E. et al. 1999. Multiple regions of deletion on chromosome arm 13q in head-and-neck squamous-cell carcinoma // Int. J. Cancer. V.84. P.453-457.

65. Hall A. Rho GTPases and the actin cytoskeleton // Science. 1998. V.279. P.509-514.

66. Hansen T.O, Rehfeld J.F., Nielsen F.C. Function of the C-36 to T polymorphism in the human cholecystokinin gene promoter // Mol. Psychiatry. 2000. V.5. P.443-447.

67. Hansen T.O. Cholecystokinin gene transcription: promoter elements, transcription factors and signalling pathways // Peptides. 2001. Y.22. P.1201-1211.

68. Harrison P.J.,Eastwood S.L. Preferential involvement of excitatory neurons in medial temporal lobe in schizophrenia // Lancet. 1998. V.352. P.1669-1673.

69. Hesson L.B., Cooper W.N., Latif F. Evaluation of the 3p21.3 tumour-suppressor gene cluster // Oncogene. 2007. V.26. P.7283-7301.

70. Hong W.K., Lippman S.M., Hittelmann W.N., Lotan R. Retinoid chemoprevention of aerodigestive cancer: From basic research to the clinic // Clin. Cancer Res. 1995. V.l. P.677-686.

71. Horiuchi A., Imai T., Wang C., Ohira S., Feng Y., Nikaido T., Konishi I. Up-regulation of small GTPases, RhoA and. RhoC, is associated with tumor progression in ovarian carcinoma // Lab. Invest. 2003. V.83. P.861-870.

72. Ibraghimov-Beskrovnaja O., Ervasti J.M., Leveille C.J., Slaughter C.A., Sernett S.W., Campbell K.P. Primary structure of dystrophin-associated glycoproteins linking dystrophin to the extracellular matrix //Nature. 1992. Y.355. P.696-702.

73. Ibraghimov-Beskrovnaja O., Milatovich A., Ozcelik T., Yang B., Francke U., Campbell K.P. Dystroglycan: tissue distribution, human muscle cDNA, genomic structure and chromosome mapping // Am.J.Hum.Genet. 1992. Y.51 (suppl). A130 only.

74. Imperiali M., Thoma C. Pavoni E., Brancaccio A., Callewaert N., Oxenius A. O mannosylation of alpha-dystroglycan in essential for lymphocityc choriomeningitis virus receptor function//J. Virol. 2005. V.79. P. 14297-14308.

75. International Human Genome Sequencing Consortium. 2004. Finishing the euchromatic sequence of the human genome // Nature. V.431. P.931-945.

76. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of human genom //Nature. 2001. V.409. P.860-922.

77. Ise K., Akiyoshi J, Horinouchi Y., Tsutshimi T., Isogava K., Nagayva H. Association between the CCK-A receptor gene and panic disorder // Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2003. V. 118. P.29-31.

78. Ishiguro H., Saito T., Shibuya H., Toru M., Arinami T. No association between C-45T polymorphism in the Spl binding site of the promoter region of the cholecystokinin gene and alcoholism // Psyhiatry Res. 1999. V.85. P.209-213.

79. Ishizuka T., Saisu H., Odani S.s Abe T. Synaphin: a protein associated with the docking/fusion complex in presynaptic terminals // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995. V.213. P.l 107-1104.

80. Ishizuka T., Saisu H., Odani S., Kumanishi T., Abe T. Distinct regional distribution in the brain of messenger RNAs for the two isoforms of synaphin associated with the docking/fusion complex // Neuroscience. 1999. V.88. P.295-306.

81. Ishizuka T., Saisu H., Suzuki T., KirinoV., Abe T. Molecular cloning of synaphins/complexins, cytosolic proteins involved in transmitter release, in the electric organ-of an electric ray (Narke japonica) // Neurosci. Lett. 1997. V.232. P.107-110

82. Itakura M., Misawa- H., Sekiguchi M., Takahashi S., Takahashi* M. Transfection analysis of functional roles of complexin I and II in the exocytosis of two different types of secretory vesicles // Biochem. Biophys. Res. Com. 1999. V.265. P.691-696.

83. Ivanova T., Petrenko A., Gritsko T., Vinokourova S., Eshilev E., Kobzeva V., Kisseljov F., Kisseljova N. Methylation and silencing of the retinoic acid receptor-beta 2 gene in cervical cancer // BMC Cancer. 2002. 2:4.

84. Johannsmann R., Hellkuhl B., Grzeschik K.-H. Regional assignment of a gene for glutathione peroxidase on human chromosome 3 // Cytogenet. Cell Genet. 1979. V.25. P.167only.

85. Kadonaga J.T., Briggs M.R., Bell S.P., Tjian R. Purification and biochemical characterization of the promoter-specific transcription factor, Spl // Science. 1986. V.234. P.47-52.

86. Kadonaga J.T., Carner K.R., Masiarz F.R., Tjian R. Isolation of a cDNA encoding transcription factor Spl and functional analysis of the DNA binding domain//Cell. 1987. V.51. P. 1079-1090.

87. Kamai T., Arai K., Tsujii T., Honda M., Yoshida K. Overexpression of RhoA mRNA is associated with advanced stage in testicular germ cell tumor // BJU Int. 2001. V.87. P.227—231.

88. Kamai T., Kawakami S., Koga F., Arai G., Takagi K., Arai K., Tsujii T., Yoshida K.I. RhoA is associated with invasion and lymph node metastasis in upper urinary tract cancer // BJU Int. 2003. V.91. P.234-238.

89. Kamai T., Tsujii T., Arai K., Takagi K., Asami H., Ito Y., Oshima H. Significant association of Rho/ROCK pathway with invasion and metastasis of bladder cancer // Clin. Cancer Res. 2003. V.9. P.2632-2641.

90. Kamai T., Yamanishi T., Shirataki H., Takagi K., Asami H., Ito Y., Yoshida K. Overexpression of RhoA, Racl, and Cdc42 GTPases is associated with progression in testicular cancer // Clin. Cancer Res. 2004. V.10. P.4799-4805.

91. Kang W.K., Lee I., Ko U., Park C. Differential effects of RhoA signaling on anticancer agent-induced cell death // Oncol. Rep. 2005. V.13. P.299-304.

92. Kashuba V.I., Gizatullin R.Z., Protopopov A.I., Li J., Vorobieva N.V., Fedorova L., Zabarovska V.I., Muravenko O.V., Kost-Alimova M., Domninsky

93. Kawai J. et al., Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection//Nature. 2001. V.409. P.685-690.

94. Keith R.L., Miller Y.E., Gemmill R.M., Drabkin H.A., Dempsey E.C., Kennedy T.C., Prindiville S., Franklin W.A. Angiogenic squamous dysplasia in bronchi of individuals at high risk for lung cancer // Clin. Cancer Res. 2000. V.6. P.1616-1625.

95. Kim A.C. et al., Limatin (LIMAB1), an actin-binding LIM protein, maps to mouse chromosome 19 and human chromosome 10q25, a region frequently deleted in human cancers // Genomics. 1997. V.46. P!291-293.

96. Kok K., Naylor S.L., Buys C.H.C.M. Deletions of the short arm of chromosome 3 in solid tumors and the search for suppressor genes // Cancer Res. 1997. V.71 P.27-92.

97. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Kel A.E. et al. // International conference Intelligent System in Molecular Biology. Novosibirsk. Russia. Abstract book. 1998. P.95-104.

98. Kristelly R., Gao G., Tesmer J.J.G. Structural determinants of RhoA binding and nucleotide exchange in leukemia-associated Rho guanine-nucleotide exchange factor //J.Biol. Chem. 2004. V.279: P.47352-47362.

99. Krugmann S., Jordens I., Gevaert K., Driessens M., Van-dekerckhove J. et al. Cdc42 induces filopodia by promoting the formation of an IRSp53:Mena complex//Curr. Biol. 2001. V.ll. P:1645-1655.

100. Kumar A., Kaur J., Chattopadhyay T.K., Mathur M., Ralhan R. Differential expression of retinoic acid receptors in normal and malignant esophageal tissues // J. Exp. Ther. Oncol. 2004. V.4. P. 1-8.

101. Kuroki T., Trapasso F., Yendamuri S., Matsuyama A., Alder H., Williams N.N., Kaiser L.R., Croce C.M. Allelic loss on chromosome 3p21.3 and promoter hypermethylation of Semaphorin 3B in non-small cell lung cancer // Cancer Res. 2003. V.63. P.3352-3355.

102. Larsen F., Gundersen G., Lopez R., Prydz H. CpG islands as gene markers in the human genome // Genomics. 1992. V.13. P.1095-1107.

103. Lash A.E., Tolstoshev C.M., Wagner L., Schuler G.D., Strausberg R.L., Riggins G.J., and Altschul S.F. SAGEmap: a public gene expression resource // Genome Res. 2000. V.10. P. 1051-1060.

104. Le Beau M.M., Chada S., Casey L., Newburger P.E. Chromosomal sublocalization of the human glutathione peroxidase gene // Cytogenet. Cell. Genet. 1989. V.51. P. 1030 only.

105. Leabu M., Uniyal S., Xie J., Xu Y.Q., Vladau C., Morris V.L., Chan B.M. Integrin alpha2betal modulates EGF stimulation of Rho GTPase-dependent morphological changes in adherent human rhabdomyosarcoma RD cells // J Cell Physiol. 2005. V.202. P.754-66.

106. Lengauer C., Riethman H., Cremer T. Painting of human chromosomes with probes generated from hybrid cell lines by PCR with Alu and LI primers // Hum Genet. 1990. V.86. P.l-6.

107. Lens D., Matutes E., Catovsky D., Coignet L.J. Frequent deletions at 1 lq23 and 13ql4 in B cell prolymphocyte leukemia (B-PLL) // Leukemia. 2000. V.14. P.427-430.

108. Leonoudakis D. et al., Protein trafficking and anchoring complexes revealed by proteomic analysis of inward rectifier potassium' channel (Kir2.x)-associated proteins, J BioltChem. 2004. V.279. P.22331-22346.

109. Lerman M.I., Minna J.D. The 630-kb lung cancer homozygous deletion* region on human chromosome 3p21.3: identification and evaluation of the resident candidate tumor suppressor genes // Cancer Res. 2000.- V.60. P.6116-6133.

110. Liberto M., Cobrinik D., Minden A. Rho regulates p21(CIPl), cyclin Dl, and checkpoint control in mammary epithelial cells // Oncogene. 2002. V.21. P.1590-1599.

111. Liu N., Bi F., Pan Y., Sun L., Xue Y., Shi Y., Yao X., Zheng Y., Fan D. Reversal of the malignant phenotype of gastric cancer cells by inhibition of RhoA expression and activity // Clin. Cancer Res. 2004. V.10. P.6239-6247.

112. Liu Y., Corcoran, M., Rasool O., et al. Cloning of two candidate tumor suppressor genes within a 10 kb region on chromosome 13ql4, frequently deleted in chronic lymphocytic leukemia // Oncogene. 1997. V.15. P.2463 -2473.

113. Lotan R., Xu X.C., Lippman S.M., Ro J.Y., Lee J.S., Lee J.J., Hong W.K. Suppression of retinoic acid receptor-beta in premalignant oral lesions and its up-regulation by isotretinoin //New Engl J Med. 1995. V.332. P. 1405-1410.

114. Lu C. et al., Normal retinal development and retinofugal projections in mice lacking the retina-specific variant of actin-binding LIM domain protein // Neuroscience. 2003. V.120. P. 121-131.

115. Lundquist E.A., Herman R.K., Shaw J.E., Bargmann C.I. UNC-115, a conserved protein with predicted LIM and actin-binding domains, mediates axon guidance in C. elegans // Neuron. 1998. V.21. P.385-392.

116. MacCarthy-Morrogh L., Gaspar H.B., Wang Y.C., Katz F., Thompson.L. et al. Absence of expression of the Wiskott-Aldrich syndrome protein in peripheral blood cells of Wiskott-Aldrich syndrome patients // Clin. Immunol. Immunopathol. 1998. V.88. P.22-27.

117. Maekawa* M, Ishizaki T, Boku S, Watanabe N, Fujita A, Iwamatsu A, Obinata T, Ohashi K, Mizuno K, Narumiya S. Signaling from Rho to the actin cytoskeleton through protein kinases ROCK and' LIM-kinase // Science. 1999. V.285. P.895-898.

118. Maniatis T., Fritsch E., Sambrook I. Molecular cloning: A laboratory manual. // Cold Spring Harbor Lab Press. N.Y. 1989.

119. Maron E., Nikopensius T., Kôks S., Lang A., Vasar V., Shlik J. Association study of 90 candidate gene polymorphisms in panic disorder // Psychiatr Genet. 2005. V. 15. P. 17-24.

120. Marsit C.J., Wiencke J.K., Liu M., Kelsey K.T. The race associated allele of Semaphorin 3B (SEMA3B) T415I and its role in lung cancer in African-Americans and Latino-Americans // Cancerogenesis. 2005. V.26. P. 1446-1449.

121. Matsumura K., Nonaka I., Campbell K.P. Abnormal expression ofdystrophin-associated proteins in Fukuyama-type congenital muscular dystrophy //Lancet. 1993. V.341. P.521-522.

122. McBride O.W., Mitchell A., Lee B.J., Mullenbach G., Hatfield D. Gene for selenium-dependent glutathione peroxidase maps to human chromosome 3.21 and X // BioFactors. 1988. V.l. P.285-292.

123. McMahon H.T., Missler M., Li C., Sudhof T.C. // Cell. 1995. V.83. P.l 11119.

124. Melsheimer P., Vinokurova S., Wentzensen N., Bastert G., von Knebel Doeberitz M. // Clin. Cancer Res. 2004. T.10. P.3059.

125. Migliazza A., Bosch F., Komatsu H. et al. 2001. Nucleotide sequence, transcription map, and mutation analysis of the 13ql4 chromosomal region deleted in B-cell chronic lymphocytic leukemia // Blood. V.7. P.2098-2104.

126. Miki H., SuetsuguS., Takenawa T. WAVE, a novel WASP-family protein involved in actin reorganization induced'by Rac // EMBO J. 1998. V.17. P.6932-6941.

127. Miki H., Takenawa T. WAVE2 serves a functional partner of IRSp53 by regulating its interaction> with Rac // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. V.293. P.93-99.

128. Mitchison T.J., Cramer L.P. Actin-based cell motility and cell locomotion // Cell. 1996. V.84. P.371-379.

129. Miyamoto K., Fukutomi T., Akashi-Tanaka S., Hasegava T., Asahara T., Sugimura T., Ushijima T. Identification of 20 genes aberrantly methylated in human breast cancers // Int. J. Cancer. 2005. V.l 16. P.407-414.

130. Miyasaka K., Yoshida Y., Matsushita S., Higuchi S., Shirakawa O., Shimokata H., Funakoshi A. Association of cholecystokinin-A receptor gene polymorphisms and panic disorder in Japanise // Am. J. Med. Genetics. 2004a. V.127B. P.78-80.

131. Moscow J.A., He R., Gnarra J.R., Knutsen T., Weng Y., Zhao W.P., Whang-Peng J., Linehan W.M., Cowan K.H. Examination of human tumors for rhoA mutations // Oncogene. 1994. V.9. P.l89-194.

132. Mosevitsky M.I., Capony J.P., Skladchikova G. Yu. et al. The BASP1 family of myristoylated proteins in axonal termini. Primary structure analysis and physico-chemical properties // Biochemie. 1997. V.79. P.373-384.

133. Nagase T. et al., Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro // DNA Res. 2001. V.8. P.85-95.

134. Nakamoto M., Teramoto H., Matsumoto S., Igishi T., Shimizu E. K-ras and rho A mutations in malignant pleural effusion // Int. J. Oncol. 2001. V.19. P.971-976.

135. Nakayama T., Watanabe M., Yamanaka M., Hirokawa Y., Suzuki H., Ito \ H., Yatani R., Shiraishi T. The role of epigenetic modifications in retinoic acidreceptor beta2 gene expression in human prostate cancers // Lab Invest. 2001. V.81. P.1049-1057.

136. Noble F., Wang S., Crawley J.N., Bradwejn J., Seroogy K.B., Hamon M., Roques B.P. International Union of Pharmacology. XXL. Structure, distribution, and functions of cholecystokinin receptors // Pharmacol. Rev. 1999. V.51. P.745-781.

137. Ochi K., Mori T., Toyama Y., Nakamura Y., Arakawa H. Identification of semaphorin3B as a direct target of p53 //Neoplasia. 2002. V.4. P.82-87.

138. Ometto L., Bertorelle R., Mainardi M., Giurisato M., Chieco-Bianchi L., De Rossi A. Analysis of the CC chemokine receptor 5 m303 mutation in infants born to HIV-1-seropositive mothers // AIDS. 1999. V.13. P.871-872.

139. Ota T. et al., Complete sequencing and* characterization of 21,243 full-length human cDNAs // Nat Genet. 2004. V.36. P.40-45.

140. Pabst S., Hazzard J.W., Antonin. W., Sudhov T.C., Jahn R„ Rizo J., Fasshauer D. //J. Biol.Chem. 2000. V.275. P.19808-19818.

141. Pan Y., Bi F., Liu N., Xue Y., Yao X., Zheng Y., Fan D. Expression of seven main Rho family members in gastric carcinoma»// Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004. V.315. P.686-691.

142. Paterson H.F., Self A.J., Garrett M.D., Just I., Aktories K., Hall A. Microinjection of recombinant-p21 rho induces rapid changes in cell morphology // J. Cell Biol. 1990. V.l 11. P.1001-1007.

143. Perez-Alvarado G.C. et al., Structure of the carboxy-terminal LIM domain from the cysteine rich protein CRP //Nat Struct Biol. 1994. V.l. P.388-398:

144. Petty W.J., Li N., Biddle A., Bounds R., Nitkin C., Ma Y., Dragnev K.H., Freemantle S.J:, Dmitrovsky E. A novel retinoic acid receptor beta isoform and retinoid resistance in lung carcinogenesis // J. Natl. Cancer Inst. 2005. V.97. P.1645-1651.

145. Pudovkin A.I., Zaykin D.V., Hedgecock D. On the potential,for estimating the effective number of breeders from heterozygote-excess in progeny // Genetics. 1996. V.144. P.383-387.

146. Que F.G., Sarmiento J.M., Nagorney D.M. Hepatic surgery for metastatic gastrointestinal neuroendocrine tumors // Cancer Control. 2002. V.9. P.67-79.

147. Rana A.P. et al., Cloning of human erythroid dematin reveals another member of the villin family // Proc Natl Acad Sci. 1993. V.90. P.6651-6655.

148. Rehfeld J.F., Van Solinge W.W. Co-transcription of the gastrin and cholecystokinin genes with selective translation of gastrin mRNA in a human gastric carcinoma cell line // FEBS Letters. 1992. V.309. P.47-50.

149. Rihet S., Vielh P., Camonis J., Goud B., Chevillard S., de Gunzburg J. Mutation status of genes encoding RhoA, Racl, and Cdc42 GTPases in a panel of invasive human colorectal and breast tumors // J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2001. V.127. P.733-738.

150. Roche J., Drabkin H.A. The role of semaphorins in lung' cancer // Clin. Lung Cancer. 2001. V.3. P. 145-150.

151. Rohatgi R., Nollau P., Ho Hy H., Kirschner M.W., Mayer B.J. Nek and phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate synergistically activate actin polymerization through the N-WASP-Arp2/3 pathway // J. Biol. Chem. 2001. V.276. P.26448-26452.

152. Roof D.J. et al., Molecular characterization of abLIM, a novel actin-binding and double zinc finger protein // J Cell Biol. 1997.V.138. P.575-588.

153. Rowland-Jones S., Sutton J., Ariyoshi K., Dong T., Gotch F., McAdam S., Whitby D., Sabally S., Gallimore A., Corrah T., et al. HIV-specific cytotoxic T-cells in HIV-exposed but uninfected Gambian women // Nat Med. 1995. V.l. P.59-64.

154. Sahai E., Marshall C.J. Rho-GTPases and cancer // Nature Rev. 2002. V.2. P.133-142.

155. Sahai E., Olson M.F., Marshall C.J. Cross-talk between Ras and Rho signalling pathways in transformation favours proliferation and increased motility. // EMBO J. 2001. V. 20. P.755-766.

156. Sambrook J., Russell D.W. Molecular Cloning: A Laboratory Manual // ColdSpring Harbor Laboratory 13rd edition. 2001. 999P.

157. Schneider-Gadicke, A., and Schwarz, E. Different human cervical-carcinoma cell-lines show similar transcription,patterns of human papillomavirus type 18 early genes // EMBO J. 1986. V.5. P.2285-2292.

158. Sauzeau V., Rolli-Derkinderen M., Marionneau C., Loirand G., Pacaud P. RhoA expression is controlled by nitric oxide through cGMP-dependent protein kinase activation. // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P. 9472-9480.

159. Ivanova T., Petrenko A., Gritsko T., Vinokourova S., Eshilev E., Kobzeva V., Kisseljov F., Kisseljova N. Methylation and silencing of the retinoic acid receptor-beta 2 gene in cervical cancer // BMC Cancer. 2002. 2:4.

160. Sauzeau V., Rolli-Derkinderen M., Marionneau C., Loirand G., Pacaud P. 2003. RhoA expression is controlled by nitric oxide through cGMP-dependent protein kinase activation. J. Biol. Chem. 278, 9472-9480.

161. Schoenherr C.J., Paquette A.J., Anderson D.J., Identification of potential target genes for the neuron-restrictive silencer factor // Proc Natl Acad Sci. 1996. V.93. P.9881-9886.

162. Schuler G.D., Boguski M.S., Stewart E.A., Stein L.D., Gyapay G., Rice K., White R.E., Rodriguez-Tome P., Aggarwal A., Bajorek E et al. 1996. A gene map of the human genome // Science. V.274. P.540-546.

163. Schwarz E., Freese U.K., Gissmann L., Mayer W., Roggenbuck B., Stremlau A., zur Hausen H. Structure and transcription of human papillomavirus sequences in cervical carcinoma cells //Nature. 1985. V .314. P.lll-114.

164. Schwarz, E., Freese, U. K., Gissmann, L., Mayer, W., Roggenbuck, B., Stremlau, A., zur Hausen, H. Structure and transcription of human papillomavirus sequences in cervical carcinoma cells //Nature. 1985. V.314. P.lll-114.

165. Shera K.A., Shera C.A., McDougall J.K. Small tumor virus genomes are integrated near nuclear matrix attachment regions in transformed cells // J. Virol. 2001. V.75. P.12339-12346.

166. Shimokata H., Ando F., Nino N., Miyasaka K., Funakoshi A. Cholecystokinin A Receptor Gene Promoter Polymorphism and Intelligence // Ann Epidemiol. 2005. V.15. P. 196-201.

167. Shindo S., Yoshioka N. Polymorphisms of the cholecystokinin gene promoter region in suicide victims in Japan // Forensic Sci Int. 2005. V.150. P.85-90.

168. Sirchia S.M., Ren M., Pili R., Sironi E., Somenzi G., Ghidoni R., Toma S., Nicolo G., Sacchi N. Endogenous reactivation of the RARbeta2 tumor suppressor gene epigenetically silenced in breast cancer // Cancer Res. 2002. V.62. P.2455-2461.

169. Sossey-Alaoui K., Head K.N., Nowak N., Cowell J.K. Genomic organization and expression profile of the human and mouse WAVE gene family // Mamm. Genome. 2003. V.14. P.314-322.

170. Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., Derge J.G., Klausner R.D.2002. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences // Proc. Natl. Acad. Sci. V.24. P.16899-16903.

171. Struckhoff E.C., Lundquist E.A., The actin-binding protein UNC-115 is an effector of Rac signaling during axon pathfinding in C. elegans // Development.2003. V.130. P.693-704.

172. Suetsugu S., Miki H., Takenawa T. Identification of two human WAVE/SCAR homologues as general actinrregulatory molecules which associate with the Arp2/3 complex // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999. Y.260. P.296-302.

173. Sukenaga Y., Ishida K., Takeda T., Takagi K. cDNA sequence coding for human glutathione peroxidase //Nucleic Acids Res. 1987. V.15. P.7178 only.

174. Szarka K., Veress G., Juhasz A., Konya J., Sapy T., Soos G., Hernadi Z., Gergely L. Integration status of virus DNA and p53 codon 72 polymorphism in human papillomavirus type 16 positive cervical cancers // Anticancer Res. 2000. V.20. P.2161-2167.

175. Tachikawa H., Harada S., Kawanishi Y., Okubo T., Shiraishi H. Novel polymorphism in the promoter and coding regions of the human cholecystokinin B receptor gene: an association analysis with schizophrenia // Am J Med Genet. 1999. V.88. P.700-704.

176. Tachikawa H., Harada S., Kawanishi Y., Okubo T., Shiraishi H. Novel polymorphism of the cholecystokinin A receptor gene: an association analysis with schizophrenia//Am J Med Genet. 2000. V.96. P.141-145.

177. Tachikawa H., Harada S., Kawanishi Y., Okubo T., Suzuki T. Linked polymorphisms (-333G>T and -286A>G) in the promoter region of the CCK-A receptor gene may be associated with schizophrenia // Psychiatry Res. 2001. V.103. P. 147-55.

178. Takahashi S., Ujihara H., Huang G.Z., Yagyu K., Sanbo M., Kaba H., Yagi T.// Eur. J. Neurosci. 1999. V.l 1. P.2359-2366.

179. Takahashi S., Yamamoto H., Matsuda Z., Ogawa M., Yagyu K. // FEBS lett. 1995. V.368. P.455-460.

180. Takenawa T., Miki H. WASP and WAVE family proteins: key molecules for rapid rearrangement of cortical actin filaments and cell movement // J. Cell Sci. 2001. V.114. P.1801-1809.

181. Thorland E., Myers S., Persing D., Sarkar G., McGovern R., Gostout B., Smith D. Human papillomavirus type 16 integrations in cervical tumors frequently occur in common fragile sites // Cancer Researsch. 2000. V.60. P.5916-5921.

182. Tischoff I., Markwarth A., Witzigmann H., Uhlmann D., Hauss J., Mirmohammadsadegh A., Wittekind C., Hengge U.R., Tannapfel A. Allele loss and epigenetic inactivation of 3p21.3 in malignant liver tumors // Int. J. Cancer. 2005. V.l 15. P.684-689.

183. Trusolino L., Comoglio-P.M. Scatter-factor and semaphoring receptors: cell signaling for invasive growth // Nature Rev. Cancer. 2002. V.2. P.289-300.

184. Tse C., Xiang- R.H., Bracht T., Naylor S.L. Human. Semaphorih 3B1 (SEMA3B) located at chromosome 3p21.3 suppresses tumor' formation in an adenocarcinoma cell line // Cancer Res. 2002. V.62. P.542-546.

185. Ueda T., Emi M., Suzuki H. et al. 1999. Identification of a I-cM region of common deletion on 13ql4 associated with human prostate cancer // Genes Chrom. Cancer. V.24. P.83-90.

186. UICC TNM classification of malignant tumours. Sobin LY and Wittekind Ch (ed.) Sixth ed. Wiley-Liss INC Publ. New York. 2002.

187. Van Tine B., Knops J., Broker T., Chow L., Moen Jr. P. In situ analysis of the transcriptional activity of integrated viral DNA using tyramide-FISH // Dev Biol. 2001. V.106. P.381-385.

188. Vanakoski J., Virkkunen M., Naukkarinen H., Goldman D. No association of CCK and CCK(B) receptor polymorphisms with alcohol dependence // Psychiatry Res. 2001. V.102. P. 1-7.

189. Varella-Garcia M, Gemmill RM, Rabenhorst SH, Lotto A, Drabkin HA, Archer PA, Franklin WA. Chromosomal duplication accompanies allelic loss in non-small cell lung carcinoma// Cancer Res. 1998. V.58. P.4701-4707.

190. Velculescu V.E., Zhang L., Vogelstein B., Kinzler K.W. 1995. Serial analysis of gene expression. Science. 270, 484-487.

191. Vial E., Sahai E., Marshall C.J. ERK-MAPK signaling coordinately regulates activity of Racl and RhoA for tumor cell motility // Cancer Cell. 2003. V.4. P.67-69.

192. Vidal A., Millard S.S., Miller J.P., Koff A. Rho activity can alter the translation of p27 mRNA and is important for RasV12-induced transformation in a manner dependent on p27 status // J. Biol. Chem. 2002. V.277. P. 16433-16440.

193. Virmani A.K., Muller C., Rathi A., Zoechbauer-Mueller S., Mathis M., Gazdar A.F. Aberrant methylation during cervical carcinogenesis // Clin Cancer Res. 2001. V.7. P.584-589.

194. Walter M.A., Spillett D.J., Thomas P., Weissenbach J., Goodfellow P.N. // Nature Genetics. 1994. V.7. P.22-28

195. Wang J.W., Howson J., Haller E., Kerr W.G. Identification of a Novel Lipopolysaccharide-Inducible Gene with Key Features of Both a Kinase Anchor Proteins and chsl/beige Proteins // The Journal of Immunology. 2001'. V.l66. P.4586-4595.

196. Wang Z., Valdes J., Noyes R., Zoega T. and Crowe R.R. Possible association of a cholecystokinin promoter polymorphism (CCK-36CT) with panic disorder // Am J Med Genet. 1998. V.81. P.228-234.

197. Wang Z., Wassink T., Andreansen N.C., Crowe R.R. Possible Association of Cholecystokinin Promoter Variant to Schizophrenia // Am J Med Genet. 2001. V.l 14. P.479-482.

198. Wei J., Hemmings G.P. The CCK-A receptor gene possibly associated with auditory gallucinations in schizophrenia // Eur. Psychiatry. 1999. V.14. P.67-70.

199. Wentzensen N., Ridder R., Klaes R, Vinokurova S., Schaefer U., von Knebel Doeberitz M. Characterization of viral-cellular fusion transcripts in a large series of HPV16 and 18 positive anogenital lesions // Oncogene 2002. V.21. P.419-426.

200. Wentzensen N., Vinokurova S., von Knebel Doeberitz M. Systematic review of genomic integration sites of human papillomavirus genomes in epithelial dysplasia and invasive cancer of the female lower genital tract // Cancer Res. 2004. V.64. P.3878.

201. Widschwendter M., Berger J., Muller H.M., Zeimet A.G., Marth C. Epigenetic downregulation of the retinoic acid receptor-beta2 gene in breast cancer //J Mammary Gland Biol Neoplasia. 2001. V.6. P. 193-201.

202. Wijnen L.M., Monteba-van Heuvel M., Pearson P.L., Meera Khan P. Assignment of a gene for glutathione peroxidase (GPX-1) to human chromosome 3 // Cytogenet. Cell Genet. 1978. V.22. P.232-238.

203. WolfS., Mertens D., Schaffner C. et al. 2001. B-cell neoplasia associated gene with multiple splicing (BCMS): the candidate B-CLL gene on 13ql4 comprises more than 560 kb covering all critical regions // Hum. Mol. Genet. V.10. P.1275-1285.

204. World Health Organization. International histological classification of tumours. Pathology and genetics of tumours of the breast and female genital organs. Tavassoli FA and Devilee P (ed.): IARCPress. Lyon. 2003.

205. World Health Organization. International histological classification of tumours. Pathology and genetics of tumours of the breast and female genital organs. Tavassoli FA and Devilee P (ed.): IARCPress. Lyon. 2003.

206. World Health Organization. International histological classification of tumours. Pathology and genetics. Tumours of the urinary system and male genital organs. Eble JN, Sauter GS, Epsten JI and Sisterhenn IA (ed.). IARCPress. Lyon. 2004

207. Yang H., Jeffrey P.D., Miller J., Kinnucan E., Sun Y., Thoma N.H., Zheng N., Chen P.L., Lee W.H., Pavletich N.P. BRCA2 function in DNA binding and recombination from a BRCA2-DSSl-ssDNA structure // Science. 2002. V.297. P.1837-1848.

208. Yang Q., Yoshimura G., Mori I., Sakurai T., Kakudo K. Chromosome 3p and breast cancer // J. Hum. Genet. 2002. V.47. P.453-459.

209. Yazdani U., Terman J.R. The semaphorins // Genome Biol. 2006. V.7. P.211.

210. Zabarovsky E.R., Petrenko L., Protopopov A., Vorontsova O., Kutsenko A.S., Zhao Y., Kilosanidze G., Zabarovska V., Rakhmanaliev E., Pettersson B., Kashuba V.I., Ljungqvist O., Norin E., Midtvedt T., Mollby R., Winberg G.,

211. Ernberg I. Restriction site tagged (RST) microarrays: a novel technique to study the species composition of complex microbial systems // Nucleic Acids Res. 2003. V.31, e95.

212. Zhao H., Liang D., Grossman H.B., Wu X. Glutathione peroxidase 1 gene polymorphism and risk of recurrence in patients with superficial bladder cancer // Urology. 2005. V.66. P.769-774.

213. Zochbauer-Muller S., Fong K.M., Virmani A.K., Geradts J., Gazdar A.F., Minna J.D. Aberrant promoter methylation of multiple genes in non-small cell lung cancers // Cancer Res. 2001. V.61. P.249-255.