Структурно-функциональная Notl-кластеров генома человека: Short-Notl клоны и репрезентативный дифференциальный анализ тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Будилов, Артем Валерьевич

• Будилов, Артем Валерьевич
• кандидат биологических наук
• 2001

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Будилов, Артем Валерьевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. ГЕНОСПЕЦИФИЧНЫЕ КЛОНОТЕКИ. CpG-OCTPOBKH КАК МАРКЕРЫ ГЕНОВ.

1.1.1. Методы детекции CGI, использующие CpG-епецифичные эндонуклеазы рестрикции.

1.1.2. «Прыжковые» и «связующие» iVotf-клонотеки.

1.2. ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНОВ РИБОСОМНОЙ РНК.

1.3. СРАВНИТЕЛЬНЫЕ МЕТОДЫ АНАЛИЗА ГЕНОМОВ. ВЫЧИТАЮЩАЯ ГИБРИДИЗАЦИЯ.

1.3.1. Принципы вычитающей гибридизации.

1.3.2. Вычитающая гибридизация геномов.

1.3.2.1. Вычитающая гибридизация без использования ПЦР.

1.3.2.2. Использование ПЦР в вычитающей гибридизации.

1.3.2.3. Репрезентативный дифференциальный анализ.

1.4. СВОБОДНО МИГРИРУЮЩИЕ ДНК ЭУКАРИОТ: НОВЫЙ ТИП ЭКСТРАХРОМОСОМНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ ИЛИ РЕЗУЛЬТАТ СПЕЦИФИЧЕСКОЙ ДЕГРАДАЦИИ ХРОМАТИНА?.

1.4.1. Свободно мигрирующие ДНК, выявляемые методом пульсэлектрофореза интактной ДНК из клеток эукариот.

1.4.2. Известные экстрахромосомные элементы эукариотической клетки.

1.4.3. Некоторые особенности организации хроматина эукариот.

1.4.3.1. Центральная догма.

1.4.3.2. Петельно-доменная организация хроматина и регуляция его топологических состояний.

1.4.3.3. Крупноблочная деградация хромосомной ДНК в начальных стадия апоптоза.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.1. МАТЕРИАЛЫ.

2.1.1. Бактериальные штаммы и плазмидные векторы.

2.1.2. Реактивы.

2.2. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.2.1. Выделение геномной ДНК.

2.2.2. Трансформация клеток E.coli плазмидной ДНК.

2.2.3. Выделение и очистка плазмидной ДНК.

2.2.6. Электрофорез ДНК в агарозном геле и элюция фрагментов ДНК из легкоплавкой агарозы.

2.2.5. Пульс-электрофорез интактной ДНК из культивируемых клеток Namalwa.

2.2.6. Выделение высокомолекулярной интактной ДНК из легкоплавкой агарозы.

2.2.7. Электрофорез ДНК в ПААГ.

2.2.8. Получение «направленной» Notl-клонотеки.

2.2.9. Первичный анализ Notl-клонов.

2.2.10. Получение клонотеки из 6-ДНК.

2.2.11. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.

2.2.12. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей.

2.2.13. Анализ природы Notl-полиморфизма локуса рДНК в районе второго внутреннего спейсера.gg

2.2.14. Репрезентативный дифференциальный анализ.

2.2.14.1. Подготовка b-ДНК и хр-ДНК для вычитающей гибридизации.

2.2.14.2. Вычитающая гибридизация.

2.2.15. Подтверждение принадлежности клонов J02B и J03B к /ьДНК методом ПЦР.

2.2.16. Приготовление радиоактивно меченного ДНК-зонда.

2.2.17. Блот-гибридизация ДНК.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. КЛОНОТЕКА «SHORT»-Aro//-OPATMEHTOB И ЕЕ АНАЛИЗ.

3.1.1. Получение библиотеки «short»-NotI- клонов.

3.1.2.Составление банка индивидуальных «short» -Notl- кл о нов.

3.1.3. Анализ полученных нуклеотидных последовательностей.

3.1.4. Анализ распределения ^//-кластеров в геноме человека и грызунов 91 3.1.5 ДШ-полиморфизм генов рибосомнон РНК человека.

3.2. МШ-ВАРИАНТ РЕПРЕЗЕНТАТИВНОГО ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОГО АНАЛИЗА В ИЗУЧЕНИИ ВЫСОКОМОЛЕКУЛЯРНЫХ ФРАКЦИЙ, ПОЛУЧАЕМЫХ ПУЛЬС-ФОРЕЗОМ ИЗ ИНТАКТНЫХ ДНК КЛЕТОК МЛЕКОПИТАЮЩИХ.ш

3.2.1. Notl-вариянт репрезентативного дифференциального анализа: обоснование и смысл модификации.\ у]

3.2.2. Некоторые особенности «свободно мигрирующих» ДНК.

3.2.3. NotI-РДА в изучении «свободно мигрирующих» ДНК.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональная Notl-кластеров генома человека: Short-Notl клоны и репрезентативный дифференциальный анализ»

Программа «Геном человека» (Human Genome Project; HGP) является, пожалуй, самым амбициозным проектом последних десятилетий. Цель программы, сформулированная в [1] звучит сухо и лаконично: определение полной нуклеотидной последовательности генома и идентификация всех генов человека. Несмотря на фантастичность замысла, его уже можно считать достоянием истории. Официально программа «Геном человека» успешно завершена, по крайней мере в той ее части, которая касалась установления полной структуры генома, т.е. последовательности из 3 миллиардов нуклеотидных пар. Имеющийся в распоряжении исследователей так называемый «черновой вариант» (working draft) покрывает порядка 90% всей геномной ДНК и примерно четверть от этого количества, включая полные последовательности двух хромосом, находится уже в законченной форме. Все полученные данные доступны мировому научному сообществу посредством глобальной сети Интернет. Менее оптимистично выглядят результаты позиционного картирования, клонирования и установления функции тех трех процентов генома, которые приходятся на кодирующие последовательности. Число генов строго увязано со степенью сложности организма. Одноклеточные (прокариоты и низшие эукариоты) обходятся несколькими тысячами генов. Например, для Escherichia coli эта цифра составляет всего 4300, а Saccharomyces cerevisiae - 6000. Эволюционный переход к многоклеточной форме организации жизни сопровождался увеличением числа генов в несколько раз: Caenorhabditis elegans и Drosophila melanogaster имеют уже 19000 и 13600 генов соответственно. Число генов у человека, по разным оценкам, составляет от 60000 до 100000. Размеры и очевидная сложность организации человеческого генома затрудняют идентификацию и функциональную характеризацию кодирующих последовательностей. Число библиотек кДНК и объем базы данных по EST (Expressed Sequence Tags) непрерывно увеличиваются и представляют из себя обширный источник информации. Однако, большинство из депонированных в банках данных последовательностей кДНК являются анонимными, а сами банки -несистематизированы, содержат много повторов и артефактов. Фактически, подавляющее большинство «идентифицированных» на настоящий момент генов охарактеризованы как: «unknown» или «novel» с неизвестными функциями. Схожая ситуация имеет место и в «модельных» организмах. Например, у дрожжей и кишечной палочки известны функции только 64% генов, а у нематоды С.Elegans еще меньше - всего 36% открытых рамок считывания отождествлены с их предполагаемыми функциями [2].

Все это является наглядной демонстрацией того, что экспериментальные подходы к характеристике генов через кДНК имеют свои ограничения, т.к. не подходят для идентификации генов, которые экспрессируются в ограниченном числе тканей и с очень низкой копийностью. Поэтому большое значение имеет развитие методов, которые позволяют идентифицировать гены используя при этом нуклеотидную последовательность самого генома и особенности его организации. Примером такого подхода могут послужить геномные клонотеки, обогащенные кодирующими последовательностями (CpG-специфичные клонотеки, А^-клонотеки и т.д.), которые успешно применяли для поиска генов и картирования 3-ей, 11-ой, 16-ой, 21-ой, 22-ой и Х-хромосом человека. Другой многообещающий путь идентификации тканеспецифичных генов - это сравнительная геномика - направление, которое бурно развивается в последнее время [3]. Сравнительная геномика подразумевает систематический сравнительный анализ полных геномов на уровне популяций и видов, а также сравнение нормального и «больного» генотипов с целью выявления генов, ответственных за развитие заболеваний. На данном этапе одним из приоритетных направлений сравнительной геномики является разработка методических подходов, позволяющих повысить эффективность сравнения.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Будилов, Артем Валерьевич

выводы.

1. Проведен анализ «связующей» iVo/7-клонотеки генома человека, полученной ранее. Показано, что значительная часть клонов представляет собой короткие ^//-фрагменты, маркирующие //«//-обогащенные участки генома (т.н. ^//-кластерные локусы).

2. Проведен детальный анализ явления ^//-кластеризации генома человека и грызунов. Показано, что ^//-кластерные участки преимущественно локализованы в кодирующих областях факторов транскрипции и белков, участвующих в процессах регуляции клеточной пролиферации и дифференцировки.

3. Проведен анализ регуляторных белков, содержащих в трансактивационных доменах полиаланиновый мотив. Показано, что полиаланиновые районы кодируются нуклеотидными последовательностями, обогащенными участками узнавания рестриктазы NotI.

4. Получена «направленная» клонотека, содержащая короткие- или «short»-^//-фрагменты генома человека. Определена первичная структура более 100 клонов из этой клонотеки. Показано, что 44 клона из «направленной» и «связующей» клонотек имеют высокую гомологию с известными генами и кДНК человека и животных.

5. С помощью коротких ^//-фрагментов идентифицированы новые вариабельные участки в транскрибируемой области рДНК человека.

Установлено, что полиморфизм участков узнавания рестриктазы NotI в области второго внутреннего спейсера (ITS-2) является внутривидовым.

6. Продемонстрирована принципиальная возможность использования Notl-кластерированных фрагментов в сравнительном анализе геномов.

7. В модельной системе апробирован модифицированный вариант репрезентативного дифференциального анализа (РДА), основанный на прямом сравнении тУо/7-кластеров. Методом NotI-РДА получено четыре уникальных фрагмента. Определена их нуклеотидная последовательность. Показано, что один из клонов представляет собой промоторную область нового гена, гомологичную промоторной области генов, регулирующих активность генов интерлейкинов.

БЛАГОДАРНОСТИ

Я выражаю свою благодарность моему научному руководителю Владимиру Михайловичу Захарьеву за внимание к исследованию, помощь в анализе полученных результатов и ценные замечания, Дмитрию Анатольевичу Домнинскому за его талант, вдохновение и оптимизм, которые позволили преодолеть, в конечном итоге, все трудности, сопровождавшие работу над диссертацией, Владимиру Ивановичу Попенко и Анатолию Владимировичу Лихтенштейну за неугасающий энтузиазм и плодотворное сотрудничество, Юрию Петровичу Лысову за помощь в создании базы данных, без которой не состоялась бы теоретическая часть исследования, Дмитрию Грядунову за дружескую поддержку, всем сотрудникам лаборатории за понимание. Я благодарен также моей жене за ее терпение и самопожертвование, которые были мне так необходимы во время написания этой диссертации.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

Изложенные в данной работе факты показывают, что Мя/-кластеры являются эффективными маркерами генов, кодирующих различные регуляторные белки: факторы транскрипции, рецепторные белки, факторы роста и т.д., подавляющее большинство из которых - это потенциальные онкогены и гены-супрессоры опухолевого роста. Гены, кодирующие регуляторные белки, экспрессируются на очень низком уровне, в ограниченном числе тканей или клеток и в определенное время, поэтому попытки идентификации таких последовательностей с помощью кДНК-овых клонотек малопродуктивны и трудоемки. Напротив, клонирование коротких Notl-фрагментов генома, равно как и разработка методов анализа, использующих JVo/J-кластеры в качестве маркеров, могут внести существенный вклад не только в выявление всего спектра генов данного типа, но и в идентификацию существующих регуляторных областей и построение регуляторных карт генома человека и «модельных» организмов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Будилов, Артем Валерьевич, 2001 год

1. National Research Council (1988) Mapping and Sequencing the Human Genome (Nat. Acad. Press, Washington, DC).

2. Свердлов, Е.Д. (1999) Микрокосм генома. Мол.биол. 33, 917-940.

3. Янковский Н.К., (2000), Геномика в 2000 году. Заметки с конференции Human Genome Meeting 2000, Мол.биол. 34, 708-715.

4. Lovett, М., Kere, J., Hinton, L.M. (1991) Direct selection: a method for the isolation of cDNAs encoded by large genomic regions. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88, 9628-9632.

5. Urieli-Shovai, S., Gruenbaum, Y., Sedat, J., Razin, A. (1982) The absence of detectable methylated bases in Drosophila melanogaster DNA. FEBS Lett. 146,148-152.

6. Macleod, D., Ali, R.R., Bird, A. (1998) An alternative promoter in the mouse major histocompatibility complex class П I-Abeta gene: implications for the origin of CpG islands. Mol. Cell Biol. 18, 4433-4443.

7. Nakachi, Y., Hayakawa, Т., Oota, H., Sumiyama, K., Wang, L., Ueda, S.(1997) Nucleotide compositional constraints on genomes generate alanine-, glycine-, and proline-rich structures in transcription factors. Mol. Biol. Evol. 14, 1042-1049.

8. Antequera, F., Bird, A. (1993) Number of CpG islands and genes in human and mouse. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90, 11995-11999.

9. Cross, S.H., Clark, V.H., Bird, A.P. (1999) Isolation of CpG islands from large genomic clones. Nucleic Acids Res. 27, 2099-2107.

10. Shiraishi, M., Lerman, L.S., Sekiya, T.(1995) Preferential isolation of DNA fragments associated with CpG islands. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92, 4229-4233.

11. Кирьянов, С.А., Рогаев, Е.И. (1997) Быстрое выделение CpG-островков ПЦР-амплификацией фрагментов геномной ДНК с использованием «CpG-обогащенного» праймера. Мол.Генетика 33, 891898.

12. Valdes, J.M., Tagle, D.A., Collins, F.S. (1994)Island rescue PCR: a rapid and efficient method for isolating transcribed sequences from yeast artificial chromosomes and cosmids. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91, 5377-5381.

13. Shago, M., Giguere, V. (1996) Isolation of a novel retinoic acid-responsive gene by selection of genomic fragments derived from CpG-island-enriched DNA. Mol.Cell.Biol. 16,4337-4348.

14. Collins, F.S., Weissman, S.M.(1984) Directional cloning of DNA fragments at a large distance from an initial probe: a circularization method. Proc.Natl. Acad. Sci.USA. 81, 6812-6816.

15. Poustka, A., Pohl, T.M., Barlow, D.P., Frischauf, A.M., Lehrach, H. (1987) Construction and use of human chromosome jumping libraries from Notl-digestedDNA. Nature 325, 353-355.

16. Lindsay, S., Bird, A.P. (1987) Use of restriction enzymes to detect potential gene sequences in mammalian DNA. Nature 327, 336-338.

17. Коллинз, Ф. (1990) Анализ генома. Методы. Под ред. Дейвиса, К. М. Мир, 95-122.

18. Sanford, J., Kim, B.W., Deaven, L.L., Jones, C., Higgins, M.J., Nowak, N.J., Shows, T.B. (1993) A human chromosome 11 NotI end clone library. Genomics. 15, 653-658.

19. Pook, M.A., Thakrar, R., Pottinger, В., Harding, В., Porteous, D., van Heyningen, V., Cowell, J., Jones, C., Povey, S., Davies, K.E., Thakker, R.V.1996) EagI and Notl linking clones from human chromosomes 11 and Xp. Hum Genet. 97, 742-749.

20. Hosoda, F., Arai, Y., Kitamura, E., Inazawa, J., Fukushima, M., Tokino, Т., Nakamura, Y., Jones, C., Kakazu, N., Abe, Т., Ohki, M. (1997) A complete Notl restriction map covering the entire long arm of human chromosome 11. Genes Cells. 2, 345-357.

21. Himmelbauer, H., Germino, G.G., Ceccherini, I., Romeo, G., Reeders, S.T., Frischauf, A.M. (1991) Saturating the region of the polycystic kidney disease gene with Notl linking clones. Am. J. Hum. Genet. 48, 325-334.

22. Ichikawa, H., Hosoda, F., Arai, Y., Shimizu, K., Ohira, M., Ohki, M.(1993) A Notl restriction map of the entire long arm of human chromosome 21. Nat. Genet. 4, 361-366.

23. Wang, D., Smith, C.L. (1994) Large-scale structure conservation along the entire long arm of human chromosome 21. Genomics 20, 441-451.

24. Krystal, M., D'Eustachio, P., Ruddle, F.H., Arnheim, N. (1981) Human nucleolus organizers on nonhomologous chromosomes can share the same ribosomai gene variants. Proc. Nat. Acad. Sci. 78, 5744-5748.

25. Wilson, G.N., Szura, L.L., Rushford, C., Jackson, D., Erickson, J. (1982) Structure and variation of human ribosomal DNA: the external transcribed spacer and adjacent regions. Am.J.Hum.Genet. 34, 32-49.

26. Wellauer, P.K., Dawid, IB. (1979) Isolation and sequence organization of human ribosomal DNA. J. Mol. Biol. 128, 289-303.

27. Evans, H. J., Buckland, R. A., Pardue, M. L. (1974) Location of the genes coding for 18S and 28S ribosomal RNA in the human genome. Chromosoma 48,405-426.

28. Long, E.O., Dawid, IB. (1980) Repeated genes in eukaryotes. Annu. Rev. Biochem. 49, 727-764.

29. Fedoroff, N.V. (1979) On spacers. Cell. 16, 697-710.

30. Rungger, D., Crippa, M. (1977) The primary ribosomal DNA transcript in eukaryotes. Prog. Biophys. Mol. Biol. 31, 247-269.

31. Joseph, N, Krauskopf, E., Vera, M.I., Michot, B. (1999) Ribosomal internal transcribed spacer 2 (ITS2) exhibitsa common core of secondary structure in vertebrates and yeast. Nucleic Acids Res. 27, 4533-4540.

32. Warburton, D., Atwood, К. C., Henderson, A. C. (1976) Variation in the number of genes for rRNA among human acrocentric chromosomes: correlation with frequency of satellite association. Cytogenet. Cell Genet. 17, 221-230.

33. Salim, M., Maden, B.E. (1981) Nucleotide sequence of Xenopus laevis 18S ribosomal RNA inferred from gene sequence. Nature. 291, 205-208.

34. Hancock, J.M., Dover, G.A. (1988) Molecular coevolution among cryptically simple expansion segments of eukaryotic 26S/28S rRNAs. Mol. Biol. Evol. 5, 377-391.

35. Kuo, B.A., Gonzalez, I.L., Gillespie, D.A., Sylvester, J.E. (1996) Human ribosomal RNA variants from a single individual and their expression in different tissues. Nucleic Acids Res. 24,4817-4824.

36. Otsuka, Т., Nomiyama, H., Yoshida, H., Kukita, Т., Kuhara, S., Sakaki, Y. (1983) Complete nucleotide sequence of the 26S rRNA gene of Physarum polycephalum: its significance in gene evolution. Proc. Natl. Acad. Sci.USA 80,3163-3167.

37. Tautz, D., Hancock, J.M., Webb, D.A., Tautz, C., Dover, G.A. (1988) Complete sequences of the rRNA genes of Drosophila melanogaster. Mol. Biol. Evol. 5, 366-376.

38. Ware, V.C., Tague, B.W., Clark, C.G., Gourse, R.L., Brand, R.C., Gerbi, S.A. (1983) Sequence analysis of 28S ribosomal DNA from the amphibian Xenopus laevis. Nucleic Acids Res. 11, 7795-7817.

39. Hassouna, N., Michot, В., Bachellerie, J.P. (1984) The complete nucleotide sequence of mouse 28 S rRNA gene. Implications for the process ofsize increase of the large subunit rRNA in higher eukaryotes. Nucleic Acids Res. 12, 3563-3583.

40. Gonzalez, I. L., Gorski, J. L., Campen, T. J., Dorney, D. J., Erickson, J. M., Sylvester, J. E., Schmickel, R. D. (1985) Variation among human 28S ribosomal RNA genes. Proc. Nat. Acad. Sci. 82, 7666-7670.

41. Leffers, H., Andersen, A.H. (1993) The sequence of 28S ribosomal RNA varies within and between human cell lines. Nucleic Acids Res. 21,1449-1455.

42. Hancock, J.M., Dover, G.A. (1990) "Compensatory slippage" in the evolution of ribosomal RNA genes. Nucleic Acids Res. 18, 5949-5954.

43. Sweeney, R., Fan, Q., Yao, M.C. (1996) Antisense ribosomes: rRNA as a vehicle for antisense RNAs. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93, 8518-8523.

44. Houge, G., Robaye, В., Eikhom, T.S., Golstein, J., Mellgren, G., Gjertsen, B.T., Lanotte, M., Doskeland, S.O. (1995) Fine mapping of 28S rRNA sites specifically cleaved in cells undergoing apoptosis. Mol. Cell Biol. 15, 20512062.

45. Melen, G.J., Pesce, C.G., Rossi, M.S., Kornblihtt, A.R. (1999) Novel processing in a mammalian nuclear 28S pre-rRNA: tissue-specific elimination of an "intron" bearing a hidden break site. EMBO J. 18, 3107-3118.

46. Sweeney, R., Chen, L., Yao, M.C. (1994) An rRNA variable region has an evolutionarily conserved essential role despite sequence divergence. Mol.Cell Biol. 14, 4203-4215.

47. Hancock, J.M., Dover, G.A. (1988) Molecular coevolution among cryptically simple expansion segments of eukaryotic 26S/28S rRNAs. Mol. Biol. Evol. 5, 377-391.

48. Куприянова, H.C., Нечволодов, K.K., Кириленко, П.М., Капандзе, Б.И., Янковский, Н.К., Рысков, А.П. (1996) Внутригеномный полиморфизм генов рибосомной РНК хромосомы 13 человека. Мол. биол. 30,51-60.

49. Moss, Т., Boseley, P.G., Birnstiel, M.L. (1980) More ribosomal spacer sequences from Xenopus laevis. Nucleic Acids Res. 8, 467-485.

50. Daiqing Liao (1999) Concerted evolution: molecular mechanism and biological implications. Am. J. Hum. Genet. 64, 24-30.

51. Зайцева, Г.Н., Клещенко, E.B. (1994) Транскрипция генов рибосомных РНК эукариот. Мол.биол. 28, 965-977.

52. Gonzalez, I.L., Petersen, R., Sylvester, J.E. (1989) Independent insertion of Alu elements in the human ribosomal spacer and their concerted evolution. Mol. Biol. Evol. 6, 413-23.

53. Яровая, O.B., Разин, C.B., Хенкок P. (1994) Расщепление геномной ДНК по границам топологических доменов топоизомеразой II ядерного матрикса. Генетика. 30, 25-32.

54. Erickson, J.M., Schmickel, R.D. (1985) A molecular basis for discrete size variation in human ribosomal DNA. Am. J. Hum. Genet. 37, 311-325.

55. Ranzani, G.N., Bernini, L.F., Crippa, M. (1984) Inheritance of rDNA spacer length variants in man. Mol. Gen. Genet. 196,141-145.

56. Schmickel, R.D., Waterson, J.R., Knoller, M., Szura, L.L., Wilson, G.N. (1980) HeLa cell identification by analysis of ribosomal DNA segment patterns generated by endonuclease restriction. Am. J. Hum. Genet. 32, 890897.

57. Amheim, N., Krystal, M., Schmickel, R., Wilson, G., Ryder, 0., Zimmer, E. (1980) Molecular evidence for genetic exchanges among ribosomal genes on nonhomologous chromosomes in man and apes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 7323-7327.

58. Drmanac, R., Labat, I., Brukner, I., Crkvenjakov, R. (1989) Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method. Genomics 4, 114-128.

59. Hacia, J. G. (1999) Resequencing and mutational analysis using oligonucleotide microarrays. Nat. Genet. 21,42-47.

60. Nelson, S. F., McCusker, J.H., Sander, M.A., Kee, Y., Modrich, P., Brown, P.O. (1993) Genomic mismatch scanning: a new approach to genetic linkage mapping. Nat. Genet. 4,11-18.

61. Nelson, S. F. (1995) Genomic mismatch scanning: current progress and potential applications. Electrophoresis 16, 279-285.

62. Liang, P., Pardee, A. B. (1992) Differential display of eukaryotic messenger RNA by means of the polymerase chain reaction. Science 257, 967971.

63. Liang, P., Pardee, A. B. (1995) Recent advances in differential display. Curr. Opin. Immunol. 7, 274-280

64. Matz, M. V., Lukyanov, S. A. (1998) Different strategies of differential display: areas of application. Nucleic Acids Res. 26, 5537-5543.

65. Bautz, F.A. (1966) Expression of the rll function by native transforming DNA of bacteriophage T4. Genetics 53, 913-921.

66. Васильев, O.JT., Лукьянов, C.A., Белявский, A.B., Казанская, О.В., Зарайский, А.Г. (1996) Новый метод вычитающей гибридизации кДНК, позволяющий клонировать гены, дифференциально экспрессирующиеся в микропопуляциях клеток. Биоорг. химия 22, 894-899.

67. Lamar, Е.Е., Palmer, Е. (1984) Y-encoded, species-specific DNA in mice: evidence that the Y chromosome exists in two polymorphic forms in inbred strains. Cell. 37,171-177.

68. Kunkel, L.M., Monaco, A.P., Middlesworth W., Ochs, H.D., Latt, S.A. (1985) Specific cloning of DNA fragments absent from the DNA of a male patient with an X chromosome deletion. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82, 47784782.

69. Shiloh, Y., Rose, E., Colletti-Feener, C., Korf, B, Kunkel, L.M., Latt, S.A. (1987) Rapid cloning of multiple amplified nucleotide sequences from human neuroblastoma cell lines by phenol emulsion competitive DNA reassociation. Gene 51, 53-59.

70. Smith, T.J., Wilson, L., Kenwrick, S.J., Forrest, S.M., Speer, A., Coutelle,

71. C., Davies, K.E. (1987) Isolation of a conserved sequence deleted in Duchenne muscular dystrophy patients. Nucleic Acids Res. 15, 2167-2174.

72. Nussbaum, R.L., Lesko, J.G., Lewis, R.A., Ledbetter, S.A., Ledbetter,

73. D.H. (1987) Isolation of anonymous DNA sequences from within asubmicroscopic X chromosomal deletion in a patient with choroideremia, deafness, and mental retardation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 84,6521-6525.

74. Ueda, S., Washio, K., Kurosaki, K. (1990) Human-specific sequences: isolation of species-specific DNA regions by genome subtraction. Genomics 8, 7-12.

75. Straus, D., Ausubel, F.M. (1990) Genomic subtraction for cloning DNA corresponding to deletion mutations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 18891893.

76. Wieland, I., Bolger, G., Asouline, G., Wigler, M. (1990) A method for difference cloning: gene amplification following subtractive hybridization. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 2720-2724.

77. Wieland, I., Bobm, M., Bogatz, S. (1992) Isolation of DNA sequences deleted in lung cancer by genomic difference cloning. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 9705-9709.

78. Sturzl, M., Roth, W.K. (1990) PCR-synthesized single-stranded DNA: a useful tool for "hyb" and "HAP" standardization for construction of subtraction libraries. Trends Genet. 6,106-110.

79. Bjourson, A.J., Stone, C.E., Cooper, J.E. (1992) Combined subtraction hybridization and polymerase chain reaction amplification procedure for isolation of strain-specific Rhizobium DNA sequences. Appl. Environ. Microbiol. 58, 2296-2301.

80. Lisitsyn, N., Lisitsyn, N., Wigler, M. (1993) Cloning the differences between two complex genomes. Science 259,946-951.

81. Lisitsyn, N.A., Rosenberg, M.V., Launer, G.A., Wagner, L.L., Potapov, V.K., Kolesnik, T.B., Sverdlov, E.D. (1993) A method for isolation of sequences missing in one of two related genomes. Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol. 3, 26-29.

82. Lisitsyn, N.A. (1995) Representational difference analysis: finding the differences between genomes. Trends Genet. 11, 303-307.

83. Lisitsyn, N., Wigler, M. (1995) Representational difference analysis in detection of genetic lesions in cancer. Methods Enzymol. 254, 291-304.

84. Schutte, M., da Costa, L.T., Moskaluk, C.A., Rozenblum, E., Guan, X., de Jong, P.J., Bittner, M., Meltzer, P.S., Trent, J.M., Kern, S.E. (1995) Isolation of YAC insert sequences by representational difference analysis. Nucleic Acids Res. 23, 4127-4133.

85. Risinger, J.I., Terry, L.A., Boyd, J. (1994) Use of representational difference analysis for the identification of mdm2 oncogene amplification in diethylstilbestrol-induced murine uterine adenocarcinomas. Mol. Carcinog. 11, 13-18.

86. Navin, A., Prekeris, R., Lisitsyn, N.A., Sonti, M.M., Grieco, D.A., Narayanswami, S., Lander, E.S., Simpson, E.M. (1996) Mouse Y-specific repeats isolated by whole chromosome representational difference analysis. Genomics 36, 349-353.

87. Donnison, I.S., Siroky, J., Vyskot, В., Saedier, H., Grant, S.R. (1996) Isolation of Y chromosome-specific sequences from Silene latifolia and mapping of male sex-determining genes using representational difference analysis. Genetics 144,1893-1901.

88. Tinsley, C.R., Nassif, X. (1996) Analysis of the genetic differences between Neisseria meningitidis and Neisseria gonorrhoeae: two closely related bacteria expressing two different pathogenicities. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 11109-11114.

89. Lichter, A., Mills, D. (1997) Fill, a G-protein alpha-subunit that acts upstream of cAMP and is essential for dimorphic switching in haploid cells of Ustilago hordei. Mol. Gen. Genet. 256, 426-435.

90. Baldocchi, R.A., Tartaglia, K.E., Bryda, E.C., Flaherty, L. (1996) Recovery of probes linked to the jcpk locus on mouse chromosome 10 by the use of an improved representational difference analysis technique. Genomics 33,193-198.

91. Chang, Y., Cesarman, E., Pessin, M.S., Lee, F., Culpepper, J., Knowles, D.M., Moore, P.S. (1994) Identification of herpesvirus-like DNA sequences in AEDS-associated Kaposi's sarcoma. Science 266,1865-1869.

92. Nishizawa, Т., Okamoto, H., Konishi, K., Yoshizawa, H., Miyakawa, Y., Mayumi, M. (1997) A novel DNA virus (TTV) associated with elevated transaminase levels in posttransfusion hepatitis of unknown etiology. Biochem. Biophys. Res. Commun. 241, 92-97.

93. Zeschnigk, M., Horsthemke, В., Lohmann, D. (1999) Detection of homozygous deletions in tumors by hybridization of representational difference analysis (RDA) products to chromosome-specific YAC clone arrays. Nucleic Acids Res. 27, e30.

94. Hubank, M., Schatz, D.G. (1994) Identifying differences in mRNA expression by representational difference analysis of cDNA. Nucleic Acids Res. 22, 5640^5648.

95. Chu, C.C., Paul, W.E. (1997) Free in PMC, Figl, an interleukin 4-induced mouse В cell gene isolated by cDNA representational difference analysis. Proc. Natl.Acad.Sci.USA 94,2507-2512.

96. Braun, B.S., Frieden, R., Lessnick, S.L., May, W.A., Denny, C.T. (1995) Identification of target genes for the Ewing's sarcoma EWS/FLI fusion protein by representational difference analysis. Mol.Cell. Biol. 15, 4623-4630.

97. De Smet, C., Martelange, V., Lucas, S., Brasseur, F., Lurquin, C., Boon, T. (1997) Identification of human testis-specific transcripts and analysis oftheir expression in tumor cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 241, 653657.

98. Zhao, X.S., Li, X.B., Zhu, Y.C., Wan, D.F., Yao, Т., (1998) Identification of upreguiated genes in the thymus of spontaneously hypertensive rats by cDNA representational difference analysis. Blood. Press 7, 316-323.

99. Michiels, L., Van Leuven, F., van den Oord, J.J., De Wolf-Peeters, C., Delabie, J. (1998) Representational difference analysis using minute quantities of DNA. Nucleic Acids Res. 26, 3608-3610.

100. Geng, M, Wallrapp, C., Muller-Pillasch, F., Frohme, M., Hoheisel, J.D., Gress, T.M. (1998) Isolation of differentially expressed genes by combining representational difference analysis (RDA) and cDNA library arrays. Biotechniques 25, 434-438.

101. Kanai, Y., Ushijima, S., Tsuda, H., Sakamoto, M., Sugimura, Т., Hirohashi, S. (1996) Aberrant DNA methylation on chromosome 16 is an early event in hepatocarcinogenesis. Jpn. J. Cancer Res. 87, 1210-1217.

102. Counts, J.L., Goodman, J.I. (1994) Hypomethylation of DNA: an epigenetic mechanism involved in tumor promotion. Mol Carcinog. 11, 185188.

103. Toyota, M., Ho, C., Ahuja, N., Jair, K.W., Li, Q., Ohe-Toyota, M., Baylin, S.B., Issa, J.P. (1999) Identification of differentially methylated sequences in colorectal cancer by methylated CpG island amplification. Cancer Res. 59, 2307-2312.

104. Shwartz, D.C., Cantor, C.R. (1984) Separation of yeast chromosome-sizad DNAs by pulsed field gel electrophoresis. Cell 37, 67-75.

105. Szabo, G., Boldog, F., Wikonkai, N. (1990) Disassembly of chromatin into approximately equal to 50 kb units by detergent. Biochem. Biophis. Res. Comm. 169, 706-712.

106. Соловьян, В., Кунах, В. (1991) Фракционирование эукариотической ДНК в пульсирующем поле. Выявление и свойства дискретных фрагментов ДНК. Мол. биол. 25, 1071-1077.

107. Соловьян, В., Кунах, В. (1991) Фракционирование эукариотической ДНК в пульсирующем поле. Дискретные фрагменты ДНК и уровень структурной организации хроматина. Мол. биол. 25,1483-1491.

108. Tchurikov, N.A., Ponomarenko, N.A. (1992) Detection of DNA domains in Drosophila, human, and plant chromosomes possessing mainly 50- to 150-kilobase stretches of DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89, 6751-6755.

109. Tchurikov, N.A., Krasnov, A.N.-, Ponomarenko, N.A., Golova, Y.B., Chernov, B.K. (1998) Forum domain in Drosophila melanogaster cut locus possesses looped domains inside. Nucleic Acids Res. 26, 3221-3227.

110. Забойкин, M.M., Алехина, Р.П., Лихтенштейн, A.B. (1990) Анализ явления неслучайной крупноблочной фрагментации ДНК в ядрах. Доклады А.Н. 312, 1000-1002.

111. Lichtenstein, A.V., Zaboykin, М.М., Sjakste, N.I., Alechina, R.P. (1991) Differential dissociation of chromatin digests: a novel approach revealing a hierarchy of DNA-protein interactions within chromatin domains. J. Cell Sci. 99, 503-513.

112. Алехина, Р.П., Сухова, Т.Н., Сердюк, О.И., Моисеев, B.JL, Шелепов, В.П., Раевская, Г.Б., Лихтенштейн, А.В. (1994) Выявлениесвободных ДНК в ядрах эукариотических клеток Доклады А.Н. 338, 397400.

113. Сухова, Т.И., Сердюк, О.И., Алехина, Р.П., Шелепов, В.П., Моисеев, B.JL, Арсенин, C.JL, Раевская, Г.Б., Лихтенштейн, А.В. (1996) Свойства свободных ДНК, обнаруживаемых в клеточных ядрах. Мол.биол. 30, 552-563.

114. Сердюк, О.И., Сухова, Т.Н., Алехина, Р.П., Шелепов, В.П., Моисеев, В.Л., Арсенин, С.Л., Раевская, Г.Б., Лихтенштейн, А.В. (1996) Метаболические и структурные свойства внехромосомных ДНК в клетках млекопитающих. Биохимия 61, 1825-1836.

115. Сухова, Т.Н., Сердюк, О.И., Алехина, Р.П., Лихтенштейн, А.В. (1996) Монодисперсные кольцевые ДНК в клетках млекопитающих. Доклады А.Н. 351, 1-3.

116. Wright, J.A., Smith, H.S., Watt, F.M., Hancock, M.C., Hudson, D.L., Stark, G.R. (1990) DNA amplification is rare in normal human cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87, 1791-1795.

117. Ruiz, J.C., Wahl, G.M. (1990) Chromosomal destabilization during gene amplification. Mol. Cell. Biol. 10, 3056-3066.

118. Esnault, С., Lee, H., Lai, E. (1994) Structure and organization of a stable extrachromosomal element in human cells. Gene 144, 205-211.

119. Stark, G.R., Debatisse, M., Giulotto, E., Wahl, G.M. (1989) Recent progress in understanding mechanisms of mammalian DNA amplification. Cell. 57, 901-908.

120. Nonet, G.H., Carroll, S.M., DeRose, M.L., Wahl, G.M. (1993) Molecular dissection of an extrachromosomal amplicon reveals a circular structure consisting of an imperfect inverted duplication. Genomics 15, 543558.

121. Maurer, B.J., Lai, E., Hamkalo, B.A., Hood, L., Attardi, G. (1987) Novel submicroscopic extrachromosomal elements containing amplified genes in human cells. Nature 327, 434-437.

122. Pauletti, G., Lai, E., Attardi, G. (1990) Early appearance and long-term persistence of the submicroscopic extrachromosomal elements (amplisomes) containing the amplified DHFR genes in human cell lines. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 2955-2959.

123. Ruiz, J.C., Choi, К., Vanhoff, D.D., Rononson, J.B., Wahl, G.M. (1989) Autonomously replicating episomes contain mdr-1 genes in multidrugresistant human cell line. Mol.Cel.Biol. 9,109-116.

124. Abken H. (1995) Extrachromosoma! DNA elements in human tumor cells. The Cancer J. 8

125. Глазков, M.B. (1988) Структурно-функциональная организация ДНК в интерфазном ядре.Структурный аспект. Мол.биол. 22, 16-30.

126. Filipski, J., Leblanc, J., Youdale, Т., Sikorska, M., Walker, P.R. (1990) Periodicity of DNA folding in higher order chromatin structures. EMBO J. 9, 1319-1327.

127. Razin, S.V. (1999) Chromosomal DNA loops may constitute basic units of the eukaryotic genome organization and evolution. Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 9, 279-283.

128. Gardiner, K. (1995) Human genome organization. Curr. Opin. Genet. Dev. 5, 315-322.

129. Яровая, О.В., Разин, С.В. (1998) Новые подходы к изучению структурно-функциональной организации эукариотического генома. Мол.биол. 32, 43-53.

130. Laemmli, U.K., Kas, Е., Poliak, L., Adachi, Y. (1992) Scaffold-associated regions: cis-acting determinants of chromatin structural loops and functional domains. Curr. Opin. Genet. Dev. 2, 275-285.

131. Thompson, E.M., Christians, E., Stinnakre, M.-G., Renald, J.-P. (1994) Scaffold attachment regions stimulate HSP70.1 expression in mouse preimplantation embryos but not in differentiated tissues. Mol. Cell. Biol. 14, 4694-4703.

132. Kalos, M., Fournier, R.E.K. (1995) Position-independent transgene expression mediated by boundary elements from the apolipoprotein В chromatin domain. Mol. Cell. Biol. 15, 198-207.

133. Engel, J.D. (1993) Transcriptional regulation of multigene loci: multilevel control. Trends Genet. 9, 304-309.

134. Dillon, N., Grosveld, F. (1993) Developmental regulation of human beta-globin gene transcription: a switch of loyalties? Trends Genet. 9,134-137.

135. Weintraub, H., Groudine, M. (1976) Chromosomal subunits in active genes have an altered conformation. Science 73, 848-856.

136. Hebbes, T.R., Thome, A.W., Crane Robinson, C. (1988) A direct link between core histone acetylation and transcriptionally active chromatin. EMBOJ. 7, 1395-1402.

137. Earnshaw, W.C., Halligan, В., Cook, C.A., Heck, M.M.S., Liu, L.F. (1985) Topoisomerase П is a structural component of mitotic chromosome scaffolds. J. Cell. Biol. 100, 1706-1715.

138. Berrios, M., Osheroff, N, Fisher, P. (1985) In situ localization of DNA topoisomerase II, a major polypeptide component of the Drosophila nuclear matrix fraction. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82, 4142-4146.

139. Danks, M.K., Qiu, J., Catapano, C.V., Schmidt, C.A., Beck, W.T., Fernandes, D.J. (1994) Subcellular distribution of the alpha and beta topoisomerase II-DNA complexes stabilized by VM-26. Biochem. Pharmacol. 48, 1785-1795.

140. Rowe, T.C. , Wang, J.C., Liu, L.F. (1986) In vivo localization of DNA topoisomerase II cleavage sites on Drosophila heat shock chromatin. Mol.CeU.Biol. 6, 985-992.

141. Reitman, M., Felsenfeld, G. (1990) Developmental regulation of topoisomerase II sites and DNase I-hypersensitive sites in the chicken beta-globin locus. Mol. Cell. Biol. 10, 2774-2786.

142. Udvardy, A., Schedl, P. (1991) Chromatin structure, not DNA sequence specificity, is the primary determinant of topoisomerase П sites of action in vivo. Mol. Cell. Biol. 11, 4973-4984.

143. Wang, J.C. (1985) DNA topoisomerases. Annu. Rev. Biochem.60, 513552.

144. Osheroff, N. (1989) Biochemical basis for the interactions of type I and type II topoisomerases with DNA Biochemistry. 28, 6157-6160.

145. Robinson, M.I., Osheroff, N. (1990) Stabilization of the topoisomerase II-DNA cleavage complex by antineoplastic drugs: inhibition of enzyme-mediated DNA religation by 4'-(9-acridinylamino)methanesulfon-m-anisidide. Biochemistry 29, 2511-2515.

146. Razin, S.V., Hancock, R., Iarovaia, O., Westergaard, O., Gromova, I., Georgiev, G.P. (1993) Structural-fimctional organization of chromosomal DNA domains. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 58, 25-35.

147. Лагарькова, M.A., Разин, C.B. (1993) Расщепление генома на структурно-функциональные домены in vivo топоизомеразой П. Доклады А.Н. 330, 383-385.

148. Brown, D.G., Sun, X.-M., Cohen, G.M. (1993) Dexamethasone-induced apoptosis involves cleavage of DNA to large fragments prior to internucleosomal fragmentation. J. Biol. Chem. 268, 3037-3039.

149. Cain, K., Inayat-Hussain, S.H., Wolfe, J.T., Cohen, G.M. (1994) DNA fragmentation into 200-250 and/or 30-50 kilobase pair fragments in rat liver nuclei is stimulated by Mg2+ alone and Ca2+/Mg2+ but not by Ca2+ done. FEBS Lett. 349, 385-391.

150. Sun, X.-M., Cohen, G.M. (1994) Mg(2+)-dependent cleavage of DNA into kilobase pair fragments is responsible for the initial degradation of DNA in apoptosis J. Biol. Chem. 269,14857-14860.

151. Walker, P.R., Kokileva, L., Leblanc, J. (1993) Detection of the initial stages of DNA fragmentation in apoptosis. Biotechniques. 15, 1032-1041.

152. Filipski, J., Leblanc, J., Joudale, Т., Sikorska, M., Walker, P.R. (1990) Periodicity of DNA folding in higher order chromatin structures. EMBO J. 9, 1319-1327.

153. Walker, P.R., Smith, C., Youdaie, Т., Leblanc, J., Whitfield, J.F., Sikorska, M. (1991) Topoisomerase П-reactive chemotherapeutic drugs induce apoptosis in thymocytes. Cancer Res. 51, 1078-1085.

154. Roy, C., Brown, D.L., Little, J.E., Valentine, B.K., Walker, P.R., Sikorska, M., Leblanc, J., Chaly, N. (1992) The topoisomerase II inhibitor teniposide (VM-26) induces apoptosis in unstimulated mature murine lymphocytes. Exp. Cell. Res. 200, 416-424.

155. Lagarkova, M.A., Iarovaia, O.V., Razin, S.V. (1995) Large-scale fragmentation of mammalian DNA in the course of apoptosis proceeds via excision of chromosomal DNA loops and their oligomers. J. Biol. Chem. 270, 20239-20241.

156. Walker, P.R., Weaver, V.M., Lach, В., LeBlanc, J., Sikorska, M. (1994) Endonuclease activities associated with high molecular weight and internucleosomal DNA fragmentation in apoptosis. Exp. Cell. Res. 213, 100106.

157. Lagarkova, M.A., Iarovaya, O.V., Razin, S.V. (1995) Excision of chromosomal DNA loops by treatment of permeabilised cells with Bal 31 nuclease. Mol. Gen. Genet. 249, 253-256.

158. Walker, P.R., Leblanc, J., Smith, В., Pandey, S., Sikorska, M. (1999) Detection of DNA fragmentation and endonucleases in apoptosis. Methods 17, 329-338.

159. Межевая, E.B., Степанова, В.П., Яровой, Б.Ф. (1993) Пульсфорез как новый инструмент в генетике. Успехи современной генетики, вып. 18, 136-162.

160. Henke, W., Herdel, К., Jung, К., Schnorr, D., Loening, S.A. (1997) Betaine improves the PCR amplification of GC-rich DNA sequences. Nucleic Acids Res. 25, 3957-3958.

161. Свердлов, Е.Д. (1993) Вычитающая гибридизация техника экстракции последовательностей ДНК, отличающих два близкородственных генома. Генетика 6, 3-12

162. Vassen, L., Wegrzyn, W., Klein-Hitpass, L. (1999) Ншпап insulin receptor substrate-2: gene organization and promoter characterization. Diabetes 48, 1877-1880.

163. Забаровекий, E.P., Домнинский, Д.А., Киселев JI.JI. (1994) Физическое картирование генома человека: на пути к выработке оптимальной стратегии. Мол. биол. 28, 1231-1244.

164. Schalkwyk, L.C., Francis F., Lehrach, H. (1995) Techniques in mammalian genome mapping. Curr. Opin. Biotechnol. 6, 37-43.

165. Labella, Т., Schlessinger, D. (1989) Complete human rDNA repeat units isolated in yeast artificial chromosomes. Genomics 5, 752-760.

166. Jones, P.A. (1999) The DNA methylation paradox. Trends Genet. 15, 34-37.

167. Plass, С., Kawai, J., Kalcheva, I., Davis, L., Watanabe, S., Hayashizaki, Y., Chapman, V. (1995) Comparative analysis of mouse Notl linking clones with mouse and human genomic sequences and transcripts. DNA Res. 2, 2735.

168. Kusuda, J., Hirata, M., Yoshizaki, N., Kameoka, Y., Takahashi, I., Hashimoto, K. (1990) Over 80% of Notl sites are associated with CpG rich islands in the sequenced human DNA. Jinrui Idengaku Zasshi. 35, 277-282.

169. Tsatsanis, C., Spandidos, D.A.(2000) The role of oncogenic kinases in human cancer. Int. J. Mol. Med. 5, 583-590.

170. Introna, M., Golay, J.,(1999) How can oncogenic transcription factors cause cancer: a critical review of the myb story. Leukemia 13,1301-1306.

171. Копнин, Б.П. (2000) Мишени действия онкогенов и опухолевых супрессоров: ключ к пониманию базовых механизмов канцерогенеза. Биохимия 65, 5-33.

172. Вингендер, Э. (1997) Классификация транскрипционных факторов эукариот. Мол. биол. 31, 584-600.

173. Seipel, К., Georgiev, О., Schaffoer, W. (1992) Different activation domains stimulate transcription from remote ("enhancer") and proximal ("promoter") positions. EMBO J. 11, 4961-4968.

174. Патрушев, Л.Щ2000) Экспрессия генов. Москва. Наука. 166-170.

175. Klemsz, M.J., Maki, R.A. (1996) Activation of transcription by PU.l requires both acidic and glutamine domains. Mol. Cell. Biol. 16, 390-397.

176. Tanaka, M., Clouston, W.M., Herr, W. (1994) The Oct-2 glutamine-rich and proline-rich activation domains can synergize with each other or duplicates of themselves to activate transcription. Mol. Cell. Biol. 14, 6046-6055.

177. Rambaldi, I., Kovacs, E.N., Featherstone, M.S. (1994) A proline-rich transcriptional activation domain in murine HOXD-4 (HOX-4.2). Nucleic Acids Res. 22, 376-382.

178. Catron, K.M., Zhang, H., Marshall, S.C., Inostroza, J.A., Wilson, J.M., Abate, C. (1995) Transcriptional repression by Msx-1 does not require homeodomain DNA-binding sites. Mol. Cell. Biol. 15, 861-871.

179. Farr, C.J., Easty, D.J., Ragoussis, J., Collignon, J., Lovell-Badge, R., Goodfellow, P.N. (1993) Characterization and mapping of the human SOX4 gene. Mamm. Genome 4, 577-584.

180. Gerber, H.P., Seipel, K., Georgiev, O., Hofferer, M., Hug, M., Rusconi, S., Schaffner, W. (1994) Transcriptional activation modulated by homopolymeric glutamine and proline stretches. Science 263, 808-811.

181. Sumiyama, К., Washio-Watanabe, К., Saitou, N., Hayakawa, Т., Ueda, S. (1996) Class П1 POU genes: generation of homopolymeric amino acid repeats under GC pressure in mammals. J. Mol. Evol. 43,170-178.

182. Monuki, E.S., Kuhn, R., Lemke, G. (1993) Cell-specific action and mutable structure of a transcription factor effector domain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90, 9978-9982.

183. Attardi, L.D., Tjian, R. (1993) Drosophila tissue-specific transcription factor NTF-1 contains a novel isoleucine-rich activation motif. Genes Dev. 7, 1341-1353.

184. Estruch, J.J., Crossland, L., Goff, S.A. (1994) Plant activating sequences: positively charged peptides are functional as transcriptional activation domains. Nucleic Acids Res. 22, 3983-3989.

185. Mortlock, D.P., Sateesh, P., Innis, J.W. (2000) Evolution of N-terminal sequences of the vertebrate HOXA13 protein. Mamm. Genome 11,151-158.

186. Kozyrev, S.Y., Hansen, L.L., Poltaraus, A.B., Domninsky, D.A., Kisselev, L.L. (1999) Structure of the human CpG-island-containing lung Kruppel-like factor (LKLF) gene and its location in chromosome 19p 13.11-13 locus. FEBS Lett. 448, 149-152.

187. Gonzalez, I.L., Chambers, C., Gorski, J.L., Stambolian, D., Schmickel, R.D., Sylvester, J.E. (1990) Sequence and structure correlation of human ribosomal transcribed spacers. J. Mol. Biol. 212, 27-35.

188. Gonzalez, I.L., Sylvester, J.E. (1995) Complete sequence of the 43-kb human ribosomal DNA repeat: analysis of the intergenic spacer. Genomics 27, 320-328.

189. Goldman, W.E., Goldberg, G., Bowman, L.H., Steinmetz, D., Schlessinger, D. (1983) Mouse rDNA: sequences and evolutionary analysis of spacer and mature RNA regions. Mol. Cell Biol. 3, 1488-1500.

190. Michot, В., Bachellerie, J.P., Raynai, F. (1983) Structure of mouse rRNA precursors. Complete sequence and potential folding of the spacer regions between 18S and 28S rRNA. Nucleic Acids Res. 11, 3375-3391.

191. Козырев C.B., Прокунина JI.B., Будилов A.B., Захарьев В.М., Забаровский Е.Р., Домнинский Д. А. (1999) Построение крупномасштабной физической карты генома генома человека.

192. Полиморфизм транскрибируемых участков генов рибосомных РНК. Мол. биол. 33, 433-441.

193. Lin, Н., Pizer, E.S., Morin, P.J. (2000) A frequent deletion polymorphism on chromosome 22ql3 identified by representational difference analysis of ovarian cancer. Genomics 69, 391-394.

194. Nekrutenko, A., Makova, K.D., Baker, R.J. (2000) Isolation of binary species-specific PCR-based markers and their value for diagnostic applications. Gene 249, 47-51.

195. Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T. (1989) Molecular Cloning. A Laboratory Manual (second edition). N. Y., Cold Spring Harbor Lab. Press.

196. Глазков, M.B. (1995) Петельно-доменная организация генов в эукариотических хромосомах. Мол. биол. 29, 965-982.

197. Ascoli, С.А., Link, M.R., Venturo, N., Kuchler, R.J., Mandeles, S. (1988) Identification of a rosette-enriched chromatin fraction from mouse fibroblast nuclei. Arch. Biochem. Bioph. 263, 334-348.

198. Новикова, Е.Г., Попенко, В.И. (1998) Визуализация организующих центров в хроматине макронуклеуса инфузории Bursaria truncatella. Мол. биол. 32, 533-541.

199. Зацепина, О.В., Поляков, В.Ю., Ченцов, Ю.С. (1985) Различия в структурной организации G- и R-сегментов, выявляемые в процессе дифференциальной деконденсации хромосом. Цитология 27, 865-871.

200. Глазков, М.В. (1999) Взгляд на структурно-функциональную организацию хромосом эукариот: еще раз о хромомерах. Мол. биол. 35, 1470-1479.

201. Manuelidis, L. (1990) A view of interphase chromosomes. Science 250, 1533-1540.

202. Kim, R.A., Wang, J.C.(1989) A subthreshold level of DNA topoisomerases leads to the excision of yeast rDNA as extrachromosomal rings. Cell. 57, 975-985.

203. Park, P.U., Defossez, P.A., Guarente, L. (1999) Effects of mutations in DNA repair genes on formation of ribosomal DNA circles and life span in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 19, 3848-3856.

204. Li, С., Lai, С., Sigman, D.S., Gaynor, R.B. (1991) Cloning of a cellular factor, interleukin binding factor, that binds to NFAT-like motifs in the human immunodeficiency virus long terminal repeat. Proc. Nat. Acad. Sci. 88, 77397743.

205. Kao, P.N., Chen, L., Brock, G., Ng, J., Kenny, J., Smith, A.J., Corthesy, B. (1994) Cloning and expression of cyclosporin A- and FK506-sensitive nuclear factor of activated T-cells: NF45 and NF90. J. Biol. Chem. 269, 20691-20699.