Построение генной карты хромосомы 3 человека с использованием радиационного картирования NotI-STS-маркеров тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич

• Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич
• кандидат биологических наук
• 2002

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Вступление.

Глава 1. Методы картирования генома человека.

1.1. Генетическое картирование.

1.2. Цитогенетическое картирование.

1.3. Физическое картирование.

1.3.1. Контиг-карты хромосом человека на основе перекрыващихся клонов геномной ДНК человека.

1.3.2. Картирование методом дробовика (ShotGun) и картирование с использованием случайных STS.

1.3.3. Рестрикционное картирование генома человека.

Глава 2. Картирование с использованием панелей радиационных гибридов соматических клеток (RH-картирование).

2.1. Создание и свойства RH-панелей.

2.2. Использование и преимущества RH-картирования.

Глава 3. Рестрикционное картирование с использованием рестриктазы Notl.

3.1. Картирование с использованием Лго/1-прыжковых и связующих югонотек.

3.2. Использование Л^о?/-клонотеки для картирования хромосомы 3 человека.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Построение генной карты хромосомы 3 человека с использованием радиационного картирования NotI-STS-маркеров»

Картирование генома человека и локализация генов на хромосомах человека на протяжении последних десяти лет было одним из основных направлений геномики. К настоящему времени построены интегрированные карты всех хромосом человека, картировано более 9400 генов. Тотальное секвенирование генома человека, казалось бы, снимает необходимость продолжения работ по картированию генома человека. Тем не менее остаются задачи, которые быстрее и проще можно решить с помощью картирования. К ним относятся: 1) независимое подтверждение корректности реконструкции секвенированных фрагментов ДНК человека в непрерывную последовательность; 2) выявление мест локализации близкородственных генов (или псевдогенов) и новых членов семейств генов на основе нуклеотидной последовательности их гомологов или ортологов; 3) выявление мест возможной локализации новых генов человека с помощью последовательностей, преимущественно локализованных в генах (универсальных маркеров генов), в частности CpG-островков (Bird et al, 1987; Larsen et al., 1992). Такие универсальные маркеры генов могут быть созданы на основе нуклеотидных последовательностей, прилегающих к сайтам узнавания (5'-GCGGCCGC-3') рестрицирующей эндонуклеазы Notl (MtfI-STS-маркеры). Действительно, на примере хромосомы 3 человека было показано, что от 65% (Kashuba et al., 1997, 1999) до 85% (Allikmets et al., 1994; Забаровский и др., 1994; Plass et al., 1995) Notl-camoB локализованы в 5'-нетранслируемых областях генов. Использование ./VM-STS-маркеров как универсальных маркеров генов удобно еще и благодаря таким их свойствам, как наличие в их составе высоко-полиморфных последовательностей (микросателлитов) и высоко-консервативных участков (CpG-островки и прилегающие к ним последовательности), что позволяет применять A'o/I-STS-маркеры в самых разных областях исследований (для сравнительного анализа геномов, в медико-генетических и популяционных исследованиях).

Сведения о локализации М>Я-сайтов в геноме человека большей частью основаны на FISH. Данные о физической локализации носят ограниченный характер. Полная информация о характере распределения iVctfI-сайтов в хромосомах представлена только в интегрированных картах полностью секвенированных хромосом человека (хромосомы 21 и 22). Имеются данные о локализации jVo/I-сайтов на YAC-контиговых картах генома человека (Gemmill et al., 1995), однако, эти данные не всегда корректны из-за высокой частоты перестроек в мега-УАС-клонах. Широкое применение iVort-STS-MapKepoB в качестве универсальных маркеров генов человека ограничивается именно отсутствием данных об их физической локализации в геноме.

Для хромосомы 3 человека ранее была построена цитогенетическая Notl-карта (Fedorova et al., 1997; Kashuba et al., 1999), а для области Зр21-р22 созданы контиги iVort-связующих и прыжковых клонов (Kashuba et al., 1995, 1997).

Целью данной работы было построение физической МяТкарты хромосомы 3 человека и демонстрация высокой эффективности использования No / I - S Т S - м ар к е р о в как универсальных маркеров генов человека.

Для достижения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1) определение физической локализации M)rt-STS-MapKepoB, созданных на основе нуклеотидных последовательностей МуЛ-клонов из связующих и прыжковых библиотек хромосомы 3 человека, методом радиационного картирования (RH-картирования);

2) построение физической М)Я-карты хромосомы 3 человека на основе данных по RH-картированию, контиговой карты области Зр21-р22 и FISH и совмещение построенной карты с другими типами карт;

3) поиск гомологий последовательностей локализованных NoЯ-клонов с геномными последовательностями человека, представленных в базе данных черновых последовательностей генома человека;

4) поиск гомологий ДНК vVo/I-клонов с нуклеотидными последовательностями генов и EST человека, представленных в общедоступных базах данных, с целью оценки эффективности использования Mj/1-STS-маркеров как универсальных маркеров генов человека;

5) идентификация и локализация новых генов и генов-гомологов на участках хромосомы 3 маркированных iVo/I-STS-маркерами.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ВСТУПЛЕНИЕ.

Подходы к картированию геномов.

В настоящее время выделяют три основных подхода в картировании геномов, различающихся временем появления, необходимой методической базой и спектром возможностей: функциональный, кандидатный и позиционный (Collins, Morton, 1998; Lander, Schork, 1994) (рис. 1).

ПОДХОДЫ К КАРТИРОВАНИЮ ГЕНОМОВ

Стратегия "прямой генетики' функция гена позиция на хромосоме

Функциональное картирование

Кандидатное картирование

Стратегия "обратной генетики'1

Т"'Г" функция гена I

Позиционное картирование

Рис. 1. Стратегические подходы к картированию генома человека.

Вплоть до последнего времени в картировании доминировал функциональный подход, основанный на априорном наличии некоторой фундаментальной информации о биохимическом полиморфизме, лежащем в основе того или иного наследственного признака. Методически такое картирование начинается с выделения в чистом виде белкового продукта гена. Далее к нему либо получают антитела и с их помощью находят соответствующую гену кДНК, которую затем используют в качестве зонда для гибридизационного скрининга геномных библиотек, либо по аминокислотной последовательности подбирают вырожденные праймеры и проводят ПЦРскрининг геномных библиотек. Однако список генов, для которых эта информация была достаточно полной к настоящему времени практически исчерпан и большинство генов, функция которых была известна, уже клонированы и картированы.

Близко к функциональному и кандидатное картирование. В этом случае информация о функциональном изменении недостаточно полна, чтобы точно указать ген, однако достаточна для того, чтобы выдвинуть более или менее обоснованные предположения о возможных кандидатах либо по их функции, либо по положению на хромосоме. Важно подчеркнуть, что и при функциональном, и при кандидатном подходе клонирование гена, как правило, предшествует его точной локализации в геноме, т.е. картированию. В рамках этих подходов локализовать ген означало пройти путь от его функции к локализации на хромосоме (позиции). Такой путь принято считать выражением стратегии "прямой генетики", он характерен для методов генетического и цитогенетического картирования (Collins, Morton, 1998). До недавнего времени другой путь был практически невозможен.

Появление в конце 80-х годов множества высокополиморфных ДНК-маркеров дало возможность пойти в обратном направлении - от хромосомной карты к функции. Стратегия "обратной генетики", применительно к поиску генов, получила воплощение в позиционном картировании, которое подразумевает локализацию гена при отсутствии всякой функциональной информации о нем (Kruglyak, Lander, 1995). При этом его место на карте устанавливают по результатам анализа сцепления болезни с уже картированными генетическими маркерами. И далее детально исследуется уже область генома рядом с маркером.

Главным ограничением позиционного подхода является низкая разрешающая способность генетических карт - интервал между двумя соседними маркерами, в котором локализован ген, может оказаться слишком велик и недоступен физическому картированию.

Для большинства генов, которые были локализованы, характерны крупные структурные аномалии генома (как правило, это гены, ответственные за наследственные заболевания человека), что существенно облегчает заключительную стадию поиска гена - выделение и физическое картирование гена.

Способом, который позволяет преодолеть ограничения позиционного картирования, является объединение стратегии "обратной генетики" с преимуществами кандидатного подхода. Такой способ картирования, называемый позиционно-кандидатным, постепенно приходит на смену позиционному (рис.2) и заключается в поиске на выявленном участке генома подходящих кандидатных генов (Collins, Morton, 1998).

1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010

Рис. 2. Тенденции в способах картирования геномов (Collins, Morton, 1998).

Важным условием успешного позиционного картирования является создание генетических карт высокого разрешения и подробной транскрипционной карты. Эти карты создаются методами физического картирования, которые будут описаны ниже.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич

ВЫВОДЫ.

1) Методом RH-картирования определена физическая локализация 39 iVM-STS-маркеров (включая маркеры, входящие в контиги области Зр21-р22), созданных на основе нуклеотидных последовательностей Ло/1-клонов из связующих и прыжковых библиотек хромосомы 3 человека.

2) Построена интегрированная физическая МуЛ-карта хромосомы 3 человека на основе данных по RH-картированию, контиг-картированию области Зр21-р22 и FISH, включающая 60 vVM-STS-маркеров.

3) Показана эффективность применения jVo/I-STS-маркеров и построенной на их основе jVort-карты для проверки совмещения и взаимного расположения геномных контигов человека: на основе сравненительно анализа локализации на хромосоме 3 человека vVo/I-клонов и геномных последовательностей, представленных в компьютерной базе данных "Draft Human Genome DataBase", выявлено девять брешей и четыре неверно состыкованных контига (NT 006014, NT005986, NT005825, NT022559).

4) Для 55 из 60 (91,7%) М)/1-клонов выявлен высокий уровень гомологии (95-100%) с генами и EST человека, что позволяет рассматривать JVM-STS-маркеры как универсальные маркеры генов человека, а построенную А^оЛ-карту как карту генов хромосомы 3 человека.

5) Использование jVo/I-STS-маркеров как маркеров генов позволило: а) установить наличие в области Зр21.33 полноразмерной копии гена RINZF (маркер NB1-100), ранее локализованного на хромосоме 8 человека;

6) показать присутствие на хромосоме 3 (3q31.3-q31.2) второго гистонового гена (маркер LC-32), гомологичного гену Hlx (3q21.3); в) показать сходство промоторных областей для трех пар генов, локализованных соответственно на хромосоме 3 и на других хромосомах человека (LOCI32160 / KIAA1157, АТР11В / HSA9947 и ITGA9 / SCYA5)-, г) установить локализацию на хромосоме 3 предполагаемых гомологов генов FOXD4 (маркер NLM-084), ATRN (маркер NL3-005), и LOC5W54 (маркер NL3-007), локализованных ранее на хромосомах 9, 20 и 12, соответственно.

Полученные результаты указывают на эффективность использования Mj/I-STS-маркеров для поиска и идентификации новых генов, их гомологов и псевдогенов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

В результате проведенной работы впервые построена интегрированная физическая карта хромосомы 3 человека, показывающая расположение 60 сайтов рестрикции эндонуклеазы Notl (yVo/I-карта). Показано, что более 90% jVo/I-STS-MapicepoB являются маркерами генов человека, т.е. построенная Notl-карта представляет собой фактически карту генов хромосомы 3 человека. Эти результаты демонстрируют высокую эффективность применения STS-маркеров, созданных на основе нуклеотидных последовательностей окружающих Notl-сайты, как универсальных маркеров генов.

При обработке результатов полученные данные сравнивались с уже имеющимися данными, размещенными в Internet, в доступных международных базах данных (GenBank, EMBL, TIGR и др.). Таким образом, обработка результатов и интерпретация выводов проводились не только на основе собственных, частных, результатов, а в контексте с данными о геноме человека, накопленными мировым научным сообществом. В результате поиска гомологий нуклеотидных последовательностей /УоД-клонов с черновой последовательностью генома человека выявлены бреши и неверно состыкованные геномные контиги. Эти результаты демонстрируют, что методы физического картирования (в частности RH-картирование) необходимо использовать, как независимое подтверждение корректности реконструирования секвенированных фрагментов ДНК человека в непрерывную последовательность.

Также с помощью iVo/I-STS-маркеров на хромосоме 3 впервые выявлена полноразмерная копия гена RINZF, ранее локализованного на хромосоме 8. Это свидетельствует о том, что A'o/I-STS-маркеры могут быть эффективно использованы не только для локализации, но и для поиска новых генов, генов-гомологов и псевдогенов. Исходя из вышесказанного, можно предположить, что стратегия iVo/I-картирования может быть использована при поиске генов не только человека, но и генов видов млекопитающих, геномы которых еще не секвенированы, т.е. составляя макрорестрикционные карты хромосом на основе рестриктазы Notl, можно определять по локализации Mtfl-сайтов места локализации гипотетических генов и, зная что vVo/I-сайты расположены в 5'-нетранслируемых областях генов, целенаправленно секвенировать и

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич, 2002 год

1. Гинзбург Э.Х., Свищева Г.Р., Юданин А.Я., Нестерова Т.Е., Закиян С.М. Статистическое обеспечение метода радиационного картирования. // Генетика. 1993. Т.29. С. 1921-1932.

2. Горбунова В.Н. Молекулярные основы медицинской генетики. // СПб., 1999. 212 с.

3. Домнинский Д.А., Прокунина Л.В., Козырев С.В., Будилов А.В., Полтараус

4. A.Б., Забаровский Е.Р., Захарьев В.М. Построение крупномасштабной физической карты генома человека. Характеристика М)Я-клонов с короткой геномной вставкой. // Молекулярная биология. 1999. Т.ЗЗ. №4. С.533-541.

5. Забаровский Е.Р. Альтернативные подходы к картированию и секвенированию генома // Молекулярная биология. 2001. Т.35. №2. С.224-234.

6. Забаровский Е.Р., Домнинский Д.А., Киселев JI.JI. Физическое картирование генома человека: на пути к выработке оптимальной стратегии // Молекулярная биология. 1994. Т.28. В.6.

7. Захаров И.А. Генетические карты высших организмов // Л. Наука. 1979. 158с.

8. Захаров И.А., Никифоров B.C., Степанюк Е.В. Генетическое картирование сельскохозяйственных животных // Успехи современной генетики. 1993.1. B.18. С.36-75.

9. Климов Е.А., Мойсяк Е.В., Рахманалиев Э.Р. Физическая локализация мест встраивания вируса папилломы тип 16 в геном человека. // Тезисы докладов 5ой Пугцинской конференции молодых ученых «Биология наука 21 го века». Пущино, 16-20 апреля 2001. С.79.

10. Лобашев М.Е. Генетика. Курс лекций // Изд. Ленинградского Университета. 1967. 489с.

11. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Молекулярное клонирование // М. Мир. 1984.

12. Рыбчин В.Н. Основы генетической инженерии. // СПб., 1999, 521с.

13. Свищева Г. Р. Статистические методы радиационного гибридного картирования: селективные модели // Генетика. 1999. Т.35. №1. С.95-100.

14. Свищева Г.Р., Аксенович Т.Н. Радиационное гибридное картирование: статистические критерии и их свойства // Генетика. 2000. Т.36. №2. С.283-290.

15. Сулимова Г.Е., Компанийцев А.А., Кунижева С. С., Климов Е.А., Рахманалиев Э.Р., Удина КГ. Картирование в геноме человека EST- и STS-маркеров с использованием панели радиационных гибридов // Генетика. 2000а. Т.36. №7. С.900-907.

16. Сулимова Г.Е., Удина И.Г., Кунижева С. С., Компанийцев А.А. Создание Notl-STS-маркеров хромосомы 3 человека // Молекулярная биология. 1999. Т.ЗЗ. №5. С.791-796.

17. Удина И.Г., Баранова А.В., Компанийцев А.А., Сулимова Г.Е. Эволюционно-консервативный ген СКАР2 расположен в области генома человека 13ql4.3, часто перестраиваемой в различных опухолях // Генетика. 2001. Т.37. №1. С.120-123.

18. Эфрусси Б. Гибридизация соматических клеток // М.: Мир. 1976. 195с.

19. Beasley E.M., Stewart E.A., McKusick K.B. et al. Genome mapping and sequencing // N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press; Cold Spring Harbor, 1997. 295p.

20. Bender V., Buschlen S., Cassio D. Expression and localization of hepatocyte domain-specific plasma membrane proteins in hepatoma x fibroblast hybrids and in hepatoma dedifferentiated variants // J. Cel. Sci. 1998. V.l 11. P.3437-3450.

21. Benson D.A., Boguski M.S., Lipman D.J., Ostell J., Ouellette B.F., Rapp B.A.,

22. Wheeler D.L. GenBank//Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P.12-17.

23. Boehnke M., Lange K., Cox D.R. Statistical methods for multipoint radiation hybrid mapping//Am. J. Hum. Genet. 1991. V.49. P.l 174-1188.

24. Bosman F. Т., Schaberg A. A new G-banding modification for metaphase chromosomes //Nat. New. Biol. 1973. V.241. P.216-217.

25. Bouzyk M, Bryant S.P., Schmitt K„ Goodfellow P.N., Ekong R„ Spun N.K. Construction of a radiation hybrid map of chromosome 9p // Genomics. 1996. V.34. P. 187-192.

26. Burge C., Karlin S. Prediction of complete gene structures in human genomic DNA // J. Mol. Biol. 1997. V.268. P.78-94.

27. Burke D.T., Carle G.F., Olson M.V. Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artificial chromosome vectors // Science. 1987. V.236. P.806-812.

28. Car on H., van Schaik В., van der Мее M., Baas F., Riggins G., van Sluis P., Hermus M.C., van Asperen R., Boon K., Voute P.A., Heisterkamp S., van Kampen

29. A., Versteeg R. The human transeriptome map: clustering of highly expressed genes in chromosomal domains // Science. 2001. V.291. P. 1289-1292.

30. Chumakov I., Bellanne-Chantelot C., LeGall I., Cohen D. Integrated mapping across the whole human genome // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1993. V.58. P.377-382.

31. Chumakov I., LeGall I., Billaut A. Isolation of chromosome 21-specific yeast artificial chromosomes from a total human genome library // Nature Genet. 1992. V.l. P.222-225.

32. Cohen D., Chumakov I. and Weissenbach J.A. First-generation physical map of the human genome //Nature. 1993. V.366. P.698-701.

33. Collins A, Morton N.E. Mapping a disease locus by allelic association // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V.95. P.1741-1745.

34. Collins F.S. II Genome analysis: A practical approach / Ed. Davis K.E. Oxford, England: IRL Press, 1988. P.73-94.

35. Collins F., Weissman S. Directional cloning of DNA fragments at a large distance from an initial probe: a circularization method // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984. V.81. P.6812 6816.

36. Deloukas P., Schuler G.D., Gyapay G. Beasley E.M., Soderlund C., Rodriguez

37. Escayg A., Jones J.M., Kearney J.A., Hitchcock P.F., Meisler M.H. Calcium channel beta 4 (CACNB4): human ortholog of the mouse epilepsy gene lethargic II Genomics. 1998. V.50. P. 14-22.

38. Fan Y., Davis L.M., Shows T.B. Mapping small DNA sequences by fluorescence in situ hybridization directly on banded metaphase chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. 1990. V.87. P.6223-6227.

39. Giacalone J., Li X., Lehrach H., Francke U. High-density radiation hybrid map of human chromosome 18 and contig of 1 Bp // Genomics. 1996. V.37. P.9-18.

40. Goss S.J., Harris H. New method for mapping genes in human chromosomes // Nature. 1975. V.255. P.680-684.

41. Green E.D., Olson M.V. Systematic screening of yeast artificial-chromosome libraries by use of the polymerase chain reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V.87. P.1213-1217.

42. Guo Z., Wu F., Asplund А., Ни X., Mazurenko N., Kisseljov F., Ponten J.,

43. Wilander E. Analysis of intratumoral heterogeneity of chromosome 3p deletions and genetic evidence of polyclonal origin of cervical squamous carcinoma // Mod. Pathol. 2001. V.14. P.54-61.

44. Gyapay G., Schmitt K, Fizames C. Jones H, Vega-Czarny N., Spillett D., Muselet D., Prud'Homme J.F., Dib C., Auffray C., Morissette J., Weissenbach J.,

45. Goodfellow P.N. A radiation hybrid map of the human genome // Human Molecular Genetic. 1996. V.5. P.339-346.

46. Hageltorn M., Gustavsson I., Zech L. The Q- and G-banding patterns of a t (p+;15q-) in the domestic pig // Hereditas. 1973. V.75. P.147-151.

47. Holland J., Coffey A.J., Giannelli F., Bentley D.R. Vertical integration of cosmid and YAC resources for interval mapping on the X chromosome. // Genomics. 1993. V.15. P.297-304.

48. Hayashizaki Y., Hirotsune S., Hatada I., Tamatsukuri S., Miyamoto C., Furuichi

49. Y., Mukai T. A new method for constructing Notl linking and boundary libraries using a restriction trapper// Genomics. 1992. V.14. P.733-739.

50. Hozier J.C., Davis M. Cytogenetic approach to genome mapping // Anal. Biochem. 1992. V.200. P.205-217.

51. Hudson T.J., Stein L.D., Gerety S.S. Ma J., Castle A.B., Silva J., Slonim D.K., Baptista R„ KruglyakL., Xu S.H., et al. An STS-based map of the human genome // Science. 1995. V.270. P.1945-1954.

52. Ichikawa H., Hosoda F., Arai Y. Shimizu K, Ohira M., Ohki M. A Notl restriction map of the entire long arm of human chromosome 21 // Nature Genet. 1993. V.4. P.361-366.

53. Ito Т., Sakaki Y. A novel procedure for selective cloning of Notl linking fragments from mammalian genomes //Nucleic Acids Res. 1988. V.16. P.9177-9184.

54. Johansson В., Fioretos Т., Mitelman F. Cytogenetic and Molecular Genetic Evolution of Chronic Myeloid Leukemia// Acta Haematol. 2002. V.107. P.76-94.

55. Zabarovsky E.R. Analysis of Notl linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries // Gene. 1999. V.239. P.259-271.

56. Kim do K., Kanai Y., Matsuo H., Kim J.Y., Chairoungdua A., Kobayashi Y., Enomoto A., Cha S.H., Goya Т., Endou H. The human T-type amino Acid transporter-1: characterization, gene organization, and chromosomal location // Genomics. 2002. V.79. P.95-103.

57. Kiss H., Yang Y., Kiss C., Andersson K, Klein G., Imreh S., Dumanski J.P. The transcriptional map of the common eliminated region 1 (C3CER1) in 3p21.3 // Eur. J. Hum. Genet. 2002. V.10. P.52-61.

58. Koch J.E., Kolvraa S., Petersen K.B., Gregersen N., Bolund L. Oligonucleotide -priming methods for the chromosome specific labelling of alpha satellite DNA in situ II Cromosoma. 1989. V.98. P.259-265.

59. Kruglyak L., Lander E.S. High-resolution genetic mapping of complex traits // Am. J. Hum. Genet. 1995. V.56. P.1212-1223.

60. Lander E.S., Schork N.J. Genetic dissection of complex traits // Science. 1994. V.265. P.2037-2048.

61. Lange K, Boehnke M. Bayesian methods and optimal experimental design for gene mapping by radiation hybrids // Ann. Hum. Genet. 1992. V.56. P. 119-144.

62. Lange K, Boehnke M., Cox D.R., Lunetta K.L. Statistical methods for polyploid radiation hybrid mapping // Genome Res. 1995. V.5. 136-149.

63. Larin Z., Monaco A.P., Lehrach H. Yeast artificial chromosome libraries containing large inserts from mouse and human DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V.88. P.4123-4127.

64. Li R., Faraco J.H., Lin L., Lin X., Hinton L., Rogers W., Lowe J.K., Ostrander E.A., Mignot E. Physical and radiation hybrid mapping of canine chromosome 12, in a region corresponding to human chromosome 6pl2-ql2 // Genomics. 2001. V.73. P.299-315.

65. Littlefield J. W. Selection of hybrids from matings of fibroblasts in vitro and their presumed recombinants // Nature. 1964. V.256. P.495-497.

66. Marley A.E., Kline A., Crabtree G., Sullivan J.E., Beri R.K The cloning expression and tissue distribution of human PP2C-beta // FEBS Letters. 1998. V.431. P.121-124.

67. Morton M.E. Parameters of the human genome // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.1991. V.88. P.7474-7476.

68. MrasekK, Heller A., Rubtsov N., Trifonov V., Starke H., Rocchi M., Claussen U., Liehr T. Reconstruction of the female Gorilla gorilla karyotype using 25-color FISH and multicolor banding (MCB) // Cytogenet. Cell Genet. 2001. V.93. P.242-148.

69. Newell W., Beck S., Lehrach H., Lyall A. Estimation of distances and map construction using radiation hybrids // Genome Res. 1998. V.8. P.493-508.

70. NIH/CEPH Collaborative Mapping Group. A comprehensive genetic linkage map of the human genome // Science. 1992. V.258. P.67-86.

71. Nizetic D., Gellen L., Hamvas R., Mott R., Grigoriev A., Vatcheva R., Zehetner G.,

72. Yaspo M.L, Dutriaux A., Lopes C., et al. An integrated YAC-overlap and "cosmid-pocket" map of the human chromosome 21 // Hum. Mol. Genet. 1994. V.3. P.759-770.

73. Olson M., Hood L., Carton C., Botstein D. A common language for physical mapping of human genome // Science. 1989. V.245. P. 1434-143 5.

74. Poustka A. Construction and use of chromosome jumping libraries // Methods Enzymol. 1993. V.217. P.358-378

75. Poustka A. Large insert linking-clone libraries: construction and use // Methods Enzymol. 1993. V.217. P.347-358.

76. Poustka A., Lehrach H. Genetics engineering principles and methods // Ed. Setlow J.K. Brookhaven Nat. Lab. Upton. N.Y. Plenum Press N.Y., London, 1988. V.10. P.169-193.

77. Priat C., Hitte C., Vignaux F. Hitte C., Jiang Z., Cher on A., Renter C., Andre С.,

78. Galibert F. A whole-genome radiation hybrid map of the dog genome // Genomics. 1998. V.54. P.361-378.

79. Rakhmanaliev E.R., Kutsenko A., Kompaniytsev A.A., Klimov E.A., Moisjak E.V.,

80. Udina I.G., Sulimova G.E. Notl-STSs as Genes Markers // 13th International Genome Sequencing and Analysis Conference (GSAC XIII). Program & Abstract Journal. San Diego, CA. USA. October 25 28. 2001. P.91.

81. Rao P.H., Harris C.P., Yan Lu X., Nan Li X., Мок S.C., Lau C.C. Multicolor spectral karyotyping of serous ovarian adenocarcinoma // Genes Chromosomes Cancer. 2002. V.33. P.123-132.

82. Raudsepp Т., Kata S.R., Piumi F., Swinburne J., Womack J.E., Show L.C., Chowdhary B.P. Conservation of Gene Order between Horse and Human X Chromosomes as Evidenced through Radiation Hybrid Mapping // Genomics. 2002. V.79. P.451-457.

83. Rexroad C.E., Schlapfer J.C., Yang Y., Harlizius В., Womack J.E. A radiation hybrid map of bovine chromosome one // Animal Genet. 1999. V.30. P.325-332.

84. Rodriguez-Tome P., Lijnzaad P. The radiation hybrid database // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P.115-118.

85. Roussel M.F., Sherr C.J., Barker P.E., Ruddle F.H. Molecular cloning of the c-fms locus and its assignment to human chromosome 5 // J. Virol. 1983. V.48. P.770-773.

86. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S„ Scharf S.J., Higuchi R, Horn G.T., Mullis K.B., Erlich H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with athermostable DNA Polymerase // Science. 1988. V.239. P.487-491.

87. Sanchez O., Escobar J.I., Yunis J.J. A simple G-banding technique // Lancet. 1973. V.2. P.269.

88. Shaw S.H., Farr J.E., Thiel B.A., Matise T.C., Weissenbach J., Chakaravarti A., Richard C. W. A radiation hybrid map of 95 STSs spanning human chromosome 13q // Genomics. 1995. V.27. P.502-510.

89. Smith C.L., Lawrance S.K., Gillespie G.A., Cantor C.R., Weissman S.M., Collins F.S. Strategies for mapping and cloning macroregions of mammalian genomes // Methods Enzymol. 1987. V.151. P.461-489.

90. WO.Tr oyer D.L., Goad D.W., Xie H., Rohrer G.A., Alexander L.J., Beattie C.W. Use of direct in situ single copy (DISC) PCR to physically map fine porcine microsatellites // Cytogenet. Cell Genet. 1994. Y.67. P. 199-204.

91. Unakul W., Hsu T.C. The C- and G-banding patterns of Rattus norvegicus chromosomes //J. Natl. Cancer Inst. 1972. V.49. P.1425-1431.

92. Van Etten W.J., Steen R.G., Nguyen H, Nguyen H., Castle A.B., Slonim D.K., Ge В., Nusbaum C., Schuler G.D., Lander E.S., Hudson T.J. Radiation hybrid map of the mouse genome //Nat. Genet. 1999. V.22. P.93-99.

93. Walter M.A., Goodfellow P.N. Radiation hybrids: irradiation and fusion gene transfer// Trends Genet. 1993. V.9. P.352-356.

94. Walter M.A., Spillett D.J., Thomas P., Weissenbach J., Goodfellow P.N. A method for constructing radiation hybrid maps of whole genome // Nature Genetics. 1994. V.7. P.22-28.

95. Watanabe Т.К., Bihoreau M.T., MaCarthy L.C., Kiguwa S.L., Hishigaki H., Tsuji A., Browne J., Yamasaki Y, Mizoguchi-Miyakita A., Oga К, Ono Т., Okuno S.,

96. Weissenbach J., Gyapay G., Dib C., Vignal A., Morissette J., Millasseau P., Vaysseix G., Lathrop M. A second-generation linkage map of the human genome //Nature. 1992. V.359. P.794-801.

97. Werner P., Neuenschwander S., Stranzinger G. Characterization of the porcine uncoupling proteins 2 and 3 (UCP2 & UCP3) and their localization to chromosome 9 p by somatic cell hybrids // Anim. Genet. 1999. V.3. P.221-224.

98. Ml.Wijnen L.M., Grzeschik КН., Pearson P.L., Meera Khan P. The human PGM-2 and its chromosomal localization in man-mouse hybrids // Hum. Genet. 1977. V.37. P.271-278.

99. Woodroofe M.N., Tunnacliffe А., Рут В., Goodfellow P.N., Walsh F.S. Human muscle cell surface antigen 16.3A5 is encoded by a gene on chromosome 11 // Somat. Cell Mol. Genet. 1984. V.10. P.535-540.

100. Yamazaki K, Kusano K, Tadano К, Tanaka I. Radiation hybrid mapping of human arylacetamide deacetylase (AADAC) locus to chromosome 3 // Genomics. 1997. V.44. P.248-250.

101. Yen P.H., Marsh В., Mohandas Т.К., Shapiro L.J. Isolation of genomic clones homologous to transcribed sequences from human X chromosome // Somat. Cell Mol. Genet. 1984. V.10. P.561-571.

102. Yunis J.J., Sanchez O. G-banding and chromosome structure // Chromosoma. 1973. V.44. P.15-23.

103. Zabarovsky E.R. Molecular Biology and Biotechnology. A Comprehensive Desk Reference // Ed. Meyers R.A. N.Y.: VHS Publishers Inc., 1995. P.228-232.

104. Zabarovsky E.R. The Encyclopedia of Molecular Biology. Fundamentals and applications // Ed. Meyers R.A. N.Y.: VHS Publishers Inc., 1995. P.66-78.