Исследование свойств микроорганизмов Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus и разработка тест-системы для их идентификации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 05.18.04, кандидат технических наук Беспоместных, Константин Владимирович

• Беспоместных, Константин Владимирович
• кандидат технических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат технических наук Беспоместных, Константин Владимирович

ВВЕДЕНИЕ.

1. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР.

1.1. Общие принципы и схемы классификации молочнокислых бактерий.

1.2. Фенотипические и физиолого-биохимические характеристики бактерий рода Lactobacillus.

1.2.1. Таксономические характеристики бактерий рода Lactobacillus.

1.2.2. Морфологические свойства бактерий рода Lactobacillus bulgari-cus.

1.2.3. Культуральные свойства лактобактерий.

1.2.4. Биохимические свойства лактобактерий.

1.3. Особенности молекулярно-генетической структуры микроорганизмов рода Lactobacillus.

1.4. Молекулярно-генетические методы в идентификации молочнокислых бактерий.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование свойств микроорганизмов Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus и разработка тест-системы для их идентификации»

В связи с интенсивным развитием молочной промышленности в настоящее время существует проблема производства кисломолочных продуктов с заданными стабильными показателями качества. Для контроля за их качеством до сих пор нет четко выработанной схемы, по которой бы определялась не только технологическая пригодность, но и безопасность использования чистых культур бактерий и бактериальных заквасок, используемых в производстве кисломолочных продуктов.

Идентификация микроорганизмов, входящих в состав заквасочных культур, которая проводится в микробиологических лабораториях, основывается почти исключительно на классических или традиционных тестах по морфологическим, культуральным, физиологическим и биохимическим признакам. Этого бывает достаточно для выдачи предварительного ответа о виде обнаруженного микроорганизма. Перспективно также использование серологического метода, позволяющего с довольно высокой достоверностью определить видовую принадлежность молочнокислых бактерий. Обычно этот метод применяют как дополнительный.

Следует отметить, что как набор признаков, так и способы изучения их варьируют в различных лабораториях, что значительно осложняет работу по диагностике видов этих микроорганизмов, существенным условием совершенствования которой является стандартизация методов исследования свойств бактерий.

Для успешного культивирования того или иного микроорганизма питательные среды по своим свойствам должны быть приближены к естественным условиям его обитания.

Используемые для изучения признаков бактерий основные среды должны быть адекватны в отношении необходимых источников питания. Часто в работах по диагностике видов молочнокислых бактерий имеются разногласия, которые обусловливаются тем, что отдельные исследователи применяют среды, неполноценные по своему составу.

Для преодоления описанных проблем, связанных с контролем за качеством и экспертизой молочных продуктов, целесообразно использование тест-системы, основанной на полимеразной цепной реакции (ПЦР), для точной идентификации микроорганизмов, входящих в состав бактериальных заквасок, бактериальных концентратов и чистых культур, используемых в производстве кисломолочной продукции.

Актуальной проблемой в настоящее время является индикация и идентификация пробиотических микроорганизмов. Бактерии Lactobacillus del-brueckii subsp. bulgaricus являются основным компонентом препаратов-пробиотиков, БАДов к пище и молочных продуктов функционального питания. Употребление молочных продуктов, содержащих эти микроорганизмы, способствует нормализации кишечной микрофлоры, укреплению иммунитета организма.

Разработка метода идентификации с применением полимеразной цепной реакции основывается на выборе специфического гена микроорганизма. Самым распространенным геном молочнокислых бактерий рода Lactobacillus является ген 16S рРНК. Ген 16S рРНК несет как консервативные, так и вариабельные участки нуклеотидной последовательности, что позволяет использовать его как для определения рода, так и видовой идентификации микроорганизмов.

В работах отечественных исследователей (А.Г. Точилина, С.Г. Ботина), посвященных использованию ДНК-методов для видовой идентификации молочнокислых бактерий, были показаны важные достоинства ПЦР - универсальность, высокая чувствительность и специфичность, способность к дифференцированию близкородственных бактерий.

Однако, сведений о внедрении и адаптации разработанных ПЦР-тест-систем к промышленных условиям производства молочных продуктов, позволяющих совершенствовать систему контроля качества бактериальных заквасок и проводить экспертизу кисломолочных продуктов на более высококачественном уровне, что обеспечит выпуск здоровой и полезной продукции для потребителей, в доступной литературе мы не обнаружили. В связи с этим внедрение надежных ПЦР-тестов на предприятия молочной промышленности для проведения контроля за качеством и экспертизой кисломолочных продуктов остается актуальной задачей и представляет самостоятельный научный и практический интерес.

Возможность использования молекулярно-генетических, иммунологических, биохимических и микробиологических методов в молочной промышленности обеспечит выбор оптимальных решений для идентификации молочнокислых бактерий и повышения эффективности исследований.

Заключение диссертации по теме «Технология мясных, молочных и рыбных продуктов и холодильных производств», Беспоместных, Константин Владимирович

РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ

1. Впервые изучены биохимические свойства штаммов L. delbrueckii subsp. bulgaricus. Отмечено, что штаммы пригодны для составления симбио-тической бактериальной закваски. Проведено определение молочнокислых микроорганизмов в кисломолочных продуктах по изучению культурально-морфологических признаков.

2. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей ДНК, кодирующей синтез 16S рРНК бактерий рода Lactobacillus, представленных в GenBank, с целью выявления консервативных участков нуклеотидных последовательностей для закладки родоспецифичных и видоспецифичных прайме-ров и построения филогенетического дерева, устанавливающего генетическую связь бактерий.

Выявлено, что практически созданные праймеры обладают наибольшей степенью гомологии к участкам нуклеотидной последовательности ДНК 16S рРНК микроорганизмов L. delbrieckii subsp. bulgaricus и обладают высокой специфичностью.

3. Сконструированы и синтезированы новые праймеры для амплификации гена 16S рРНК бактерий и оптимизированы параметры проведения амплификации. Температурно-временной профиль программы амплификации составляет: 95°С - 200 сек - 1 цикл, [62°С - 50 сек, 95°С - 20 сек] - 25 циклов, 72°С - 120 сек - 1 цикл.

4. Экспериментально подтверждена более высокая специфичность и чувствительность ПЦР-метода идентификации молочнокислых бактерий, входящих в состав кисломолочных продуктов. Исследования были проведены на широком спектре продуктов.

5. Проведена сравнительная оценка видовой специфичности ПЦР с классическими биохимическими методами. Результаты идентификации видов L. bulgaricus и других лактобактерий, полученные с использованием по-лимеразной цепной реакции, сопоставимы с результатами классического биохимического метода идентификации на основе сахаролитической активности различных видов лактобацилл.

6. Разработана тест-система для идентификации молочнокислых бактерий в кисломолочных продуктах, что позволит совершенствовать контроль за качеством и проведение экспертизы производимой кисломолочной продукции.

Работа выполнена в рамках Федеральной целевой программы «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы. Гос. контракт П-423.

Список литературы диссертационного исследования кандидат технических наук Беспоместных, Константин Владимирович, 2011 год

1. Ананьева, H.B. Изучение процесса культивирования молочнокислых палочек на питательных средах различного состава / Н. В. Ананьева и др. // Переработка молока. 2007. - №2. С. 20 - 21.

2. Банникова, Л. А. Микробиологические основы молочного производства / Л. А. Банникова, Н. С. Королева, В. Ф. Семенихина; под ред. канд. техн. наук Я.И. Костина. М.: Агропромиздат. - 1987. - 400с.

3. Банникова, Л. А. Селекция молочнокислых бактерий и их применение в молочной промышленности / Л. А. Банникова. М.: Пищевая промышленность, 1975.-256с.

4. Белоусова, H.H. Новые исследования в производстве чистых культур молочнокислых бактерий: обзорная информация / H.H. Белоусова. -М.: ЦНИИТЭИмясомолпром СССР, 1975. 52с. - (Цельномолочная промышленность).

5. Богданов, В.И. Микробиология молока и молочных продуктов: учебник / В.М. Богданов. 5-е изд. - М.: Пищевая промышленность, 1969. -366с.

6. Бондаренко, В.М. Прикладные аспекты молекулярной биологии бифидобактерий и лактобацилл // Журнал микробиологии. 2006. - №2. - С. 89-97.

7. Бондаренко, В.М. Дисбактериозы желудочно-кишечного тракта / В.М. Бондаренко, Б.В. Боев, Е.А. Лыкова и др. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии и колопроктологии. 1998. - №1. - С. 66 -70.

8. Бондаренко, В.М. Клонирование и экспрессия генов в молочнокислых бактериях / В.М. Бондаренко, В.А. Белявская // Журнал микробиологии. 2004. - № 2. - С. 67-73.

9. Бондаренко, В.М. Обоснование и тактика назначения в медицинской практике различных форм пробиотических препаратов / В.М.

10. Бондаренко, А.А. Воробьев, M.J1. Гершанович и др. // Пробиотики, пребиотики, синбиотики и функциональные продукты питания. Современное состояние и перспективы: сборник материалов Международной конференции 2-4 июня. Москва, 2004. - С. 5 -6.

11. Борисова, Г.В. Закваски для кисломолочных продуктов: классификация, характеристики, качество / Г.В. Борисова, Е.В. Ожиганова, Т.П. Бурыкина // Молочная промышленность. 2008. - №6. - С. 73 - 74.

12. Бору нова, С.Б. Подбор компонентного состава питательной среды для получения бактериального концентрата болгарской палочки / С.Б. Борунова, Н.Н. Фурик, Н.В. Дудко // Пищевая промышленность: Наука и технология. 2009. - №1(3). - С. 9 - 14.

13. Ботина, С.Г. Классификация отечественных пробиотических культур рода Lactobacillus / С.Г. Ботина и др. // Журнал микробиологии. -2010.-№5.-С. 3-7.

14. Ботина, С.Г. Генетическое многообразие штаммов молочнокислых термофильных бактерий на территории стран СНГ / С.Г. Ботина и др. // Биотехнология. 2004. - №2. - С. 3 - 12.

15. Ботина, С.Г. Видовая идентификация и паспортизация молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования // Молочная промышленность. 2008. - № 3. - С. 52 - 54.

16. Ботина, С.Г. Генетическое разнообразие природных штаммов бактерий вида Streptococcus thermophilus / С.Г. Ботина, О.В. Пиксасова, Ю.Д. Цыганков // Генетика. 2007. - Т. 43. - № 5. - С. 601 - 608.

17. Ботина, С.Г. Идентификация промышленных штаммов молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования / С.Г. Ботина, Ю.Д. Цыганков, В.В. Суходолец // Генетика. 2006. - Т. 42.12.-С. 1621 1635.

18. Ботина, С.Г. Сравнительный анализ размеров геномов штаммов Streptococcus thermophilus / С.Г. Ботина, О.В. Пиксасова, Ю.Д. Цыганков // Генетика. 2007. - Т. 43. - С. 891 - 897.

19. Ботина, С.Г. Идентификация подвидов Lactococcus lactis / С.Г. Ботина, В.Ф. Семенихина, И.В. Рожкова // Молочная промышленность. -2009,-№6.-С. 68-69.

20. Ботина, С.Г. Филогенетический анализ типовых штаммов бактерий группы Salivarius рода Streptococcus на основании данных о строении генов 16S рРНК / С.Г. Ботина, Ю.Д. Цыганков, В.В. Суходолец // Микробиология. 2007. - Т. 76. - №3. - С. 429 - 432.

21. Буркин, A.B. Пробиотики в лечении и профилактике ротавирусной инфекции // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2005. - №4. - С. 48-51.

22. Ганина, В.И. Интегрированный подход к созданию отечественных стартовых культур прямого внесения / В.И. Ганина и др. // Молочная промышленность. 2005. - №11. - С. 23 - 24.

23. Ганина, В.И. Изучение стабильности свойств молочнокислых бактерий // Молочная промышленность. 2006. - №10. - С. 39 - 40.

24. Генетика: учебник для вузов / под ред. академика РАМН В.И. Иванова. М.: Академкнига. - 2006. - 638с.

25. Глик, Б. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение / Б. Глик, Дж. Пастернак; перевод с англ. М.: Мир. - 2002. - 589с.

26. Глушанова, H.A. Биологические свойства лактобацилл // Бюллетень сибирской медицины. 2003. - №4. - С. 50 - 58.

27. Горбатова, K.K. Биохимия молока и молочных продуктов. СПб: ГИОРД, 2003.-320с.

28. Горбатова, К.К. Химия и физика молока. СПб: ГИОРД, 2004.288с.

29. Горелов, A.B. Пробиотики: механизмы действия и эффективность при инфекциях желудочно-кишечного тракта / A.B. Горелов, Д.В. Усенко // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2006. - №4. - С. 53 - 56.

30. Гостищева, Н.М. Использование сухих питательных сред микробиологического контроля в молочной промышленности: обзорная информация / Н.М. Гостищева. М.: ЦНИИТЭИмясомолпром, 1983. - 47с. -(Цельномолочная промышленность).

31. ГОСТ Р 51331-99. Продукты молочные. Йогурты. Общие технические условия. М.: Стандартинформ, 2008. 22с.

32. ГОСТ 26781-85. Молоко. Метод измерения pH. М.: Стандартинформ, 2001. 30с.

33. ГОСТ 26809-86. Молоко и молочные продукты. Правила приемки, методы отбора и подготовки проб к анализу. М.: Стандартинформ, 2001.-30с.

34. ГОСТ 3624-92. Молоко и молочные продукты. Титриметрические методы определения кислотности. М.: Стандартинформ, 2001. 30с.

35. ГОСТ 9225-84. Молоко и молочные продукты. Методы микробиологического анализа. М.: Стандартинформ, 1985. -25с.

36. ГОСТ 10444.11-89. Продукты пищевые. Методы определения молочнокислых микроорганизмов. М.: Стандартинформ, 1990. 18с.

37. Гриневич, А.Г. Молочнокислые бактерии. Селекция промышленных штаммов / А.Г. Гриневич. 2-е изд.; перераб. и доп. -Минск: высш. шк. - 1981. - 164с.

38. Ефимочкина, Н.Р. Молекулярно-генетические методы в идентификации пищевых патогенных бактерий // Вопросы питания. 2007. -Т. 76.-№2.-С. 4-15.

39. Ефимочкина, Н.Р. Совершенствование методических подходов к конструированию и оценке качества сухих питательных сред / Н. Р. Ефимочкина и др. // Молочная промышленность. 2006. - №3. - С. 36 - 38.

40. Ивашкина, Н.Ю. Оригинальный отечественный пробиотик аципол: молекулярно-биологические и метаболические характеристики / Н.Ю. Ивашкина, С.Г. Ботина // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии и колопроктологии. 2009. - Т. 19. - №2. - С. 58 - 64.

41. Квасников, Е.И. Молочнокислые бактерии и пути их использования / Е.И. Квасников, O.A. Нестеренко. М.: Наука. - 1975. -389с.

42. Коваленко, Н.К. Использование ПЦР для идентификации представителей родов Lactobacillus и Streptococcus / H.K. Коваленко, JI.H. Бурьяновский, B.C. Подгорский // Микробиологический журнал. 2000. -№62 (6). - С. 7 - 14.

43. Королев, С. А. Основы технической микробиологии молочногодела / С. А. Королев. 3-е изд. М.: Пищевая промышленность, 1974. - 343с.

44. Королева, Н.С. Техническая микробиология кисломолочных продуктов. М.: Пищевая промышленность, 1975. - 271с.

45. Королева, Н.С. Симбиотические закваски термофильных бактерий в производстве кисломолочных продуктов / Н.С. Королева, М.С. Кондратенко. М.: Пищевая промышленность, 1978. - 168с.

46. Красникова, J1.B. Непрерывное культивирование молочнокислых бактерий с целью накопления биомассы и продуктов метаболизма: обзорная информация / JI.B. Красникова, И.Е. Кострова. М.: ЦНИИТЭИмясомолпром, 1979. - 25с. - (Цельномолочная промышленность).

47. Красникова, J1.B. Метаболизм молочнокислых бактерий / JI.B. Красникова, И.Е. Кострова, В.И. Шаробайко // Обзорная информация. Серия «Цельномолочная промышленность». М.: ЦНИИТЭИмясомолпром, 1980. -40с.

48. Красникова, JI.B. Роль микрофлоры закваски в повышении качества молочных продуктов: обзорная информация / JI.B. Красникова, И.Е. Кострова.- М.: АгроНИИТЭИММП, 1989. 37с. - (Молочная промышленность).

49. Лащевский, В.В. Дизайн праймеров для ДНК лактобактерий / В.В. Лащевский, Н.К. Коваленко // Микробиологический журнал. 2003. -№65 (3). - С.46 - 53.

50. Леванова, Г.Ф. Размер генома, нуклеотидный состав и гомология ДНК некоторых лактобактерий / Г.Ф. Леванова, И.Н. Мурыгина, Е.И. Квасников // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1986. - №7. - С. 26-29.

51. Леек, А. Введение в биоинформатику / А. Леек; пер. с англ. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - 318с.

52. Лихачева, А.Ю. Классификация и методы идентификации бифидобактерий и лактобацилл / А.Ю. Лихачева, Г.Ф. Леванова // Журнал микробиологии. 1997. - №5. - С. 114-117.

53. Лобунова, Н.В. Влияние протосимбиотических смесей чистых культур молочнокислых бактерий на формирование молочных сгустков при производстве йогуртов // Вестник Дальневосточной государственной академии экономики и управления. 2004. - №1. - С. 78 - 83.

54. Лопухов, Л.В. Полимеразная цепная реакция в клинической микробиологической диагностике / Л.В. Лопухов, М.В. Эйделыитейн // КМАХ. 2000. - Т. 2. - №3. - С. 96 - 106.

55. Микробиология продовольственных товаров. Санитария и гигиена: учебник для студ. высш. учеб. заведений / Г. Г. Жарикова. М.: Академия, 2005. - 304с.

56. Минаев, М. Ю. Методы ПЦР для определения сырьевых компонентов в готовой продукции / М. Ю. Минаев, Б. А. Лисицын, Т. А. Фомина // Мясная индустрия. 2008. - №6. - С. 36 - 37.

57. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ / В.В. Лукашов. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - 256с.

58. Пищевые продукты и пищевые добавки. Микробиологическая и молекулярно-генетическая оценка пищевой продукции, полученной с использованием генетически модифицированных микроорганизмов: методические указания: МУ 2.3.2.1830-04.

59. Производство и применение бактериальных заквасок и препаратов в сыроделии: обзорная информация / Г.Д. Перфильев и др. М.: АгроНИИТЭИММП, 1985. - 44с. - (Молочная промышленность).

60. Раскошная, Т. А. Питательные среды для культивирования ацидофильной молочнокислой палочки / Т.А. Раскошная, В.Ф. Семенихина // Молочная промышленность. 2010. - №11. - С. 39.

61. Ребриков, Д.В. ПЦР «в реальном времени» / Ребриков, Д.В. Саматов, Г.А., Трофимов, Д.Ю. и др.; под ред. д-ра биол. наук. Д.В. Ребрикова; предисл. Л.А. Остермана и акад. РАН и РАСХН Е.Д. Свердлова. -М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2009. - 215с.

62. Рябцева, С.А. Сохранение жизнеспособности заквасочной микрофлоры / С.А. Рябцева и др. // Молочная промышленность. 2010. - №1. -С. 22-23.

63. Садуахасова, С.А. Характеристика антагонистических и кислотообразующих свойств Lactobacillus casei / С.А. Садуахасова, А.Р.

64. Кушугулова, С.Е. Рахимова и др. // Журнал микробиологии. 2007. - №1. -С. 84-87.

65. Самарцев, А.А. Протеолитические ферменты пробиотических микроорганизмов // Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты: сборник научных трудов. 2007. - Т. 1. - С. 65 - 77.

66. Соловьева, Е. Новые заквасочные культуры для кисломолочных продуктов и сыров // Молочная промышленность. 2005. - №9. - С. 14-15.

67. Соловьева, И.В. Изучение биологических свойств новых штаммов рода Lactobacillus / И.В. Соловьева, А.Г. Точилина, Н.А. Новикова // Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. 2010. -№2 (2). - С. 462 - 468.

68. Степаненко, И.Ю. Инновационные решения в области микробиологического контроля на предприятиях молочной промышленности // Переработка молока. 2007. - №3. - С. 14-15.

69. Степаненко, И.Ю. Совершенствование методов микробиологического контроля при производстве молочных продуктов // Переработка молока. 2006. - №5. - С. 38 - 39.

70. Степаненко, П.П. Микробиология молока и молочных продуктов: учебник для студентов вузов. Сергиев Посад: Все для Вас - Подмосковье. -1999.-412с.

71. Сыроделие: технологические, биологические и физико-химические аспекты / под редакцией С.А. Гудкова. 2-е изд., испр. и доп. -М.: ДеЛи принт. - 2004. - 804с.

72. Тамим, А.Й. Йогурт и другие кисломолочные продукты / А.Й. Тамим, Р.К. Робинсон; перевод с англ. под научн. ред. д-ра техн. наук, проф.

73. JI.А. Забодаловой. СПб.: Профессия. - 2003. - 661с.

74. Токаев, Э.С. Повышение качества продуктов с пробиотическими культурами // Молочная промышленность. 2007. - №9. - С. 65 - 66.

75. Точилина, А.Г. Биохимическая и молекулярно-генетическая идентификация бактерий рода Lactobacillus: автореф. дис. канд. биол. наук: 03.00.04, 03.00.07: защищена 19.12.2009 / Точилина Анна Георгиевна. -Нижний Новгород, 2009. 25с.

76. Турова, Т.П. Мультикопийность рибосомных оперонов прокариот и ее влияние на проведение филогенетического анализа // Микробиология. 2003. - Т. 72. - №4. - С. 437 - 452.

77. Турова, Т.П. Применение данных ДНК-ДНК-гибридизации и анализа генов 16S рРНК для решения таксономических проблем на примере порядка Haloanaerobiales // Микробиология. 2000. - Т. 69. - № 6. - С. 741 -752.

78. Ускова, М. А. Антиоксидантные эффекты молочнокислых бактерий пробиотиков и йогуртных заквасок / М. А. Ускова, Л. В. Кравченко // Вопросы питания. - 2009. - №2. - С. 18-23.

79. Хамагаева, И.С. Комбинированная закваска для кисломолочных продуктов / И.С. Хамагаева, Н.В. Митыпова // Молочная промышленность. -2006.-№9. -С. 35 -36.

80. Хоулт, Дж. (ред.) Краткий определитель бактерий Берги. М.: Мир. - 1980.-495с.

81. Шлегель, Г. Общая микробиология / Г. Шлегель. М.: Мир. -1987.-567с.

82. Шуляк, Т. JI. Влияние физико-химических показателей молочной сыворотки на кислотообразующую активность молочнокислых бактерий // Известия вузов. Пищевая технология. 2006. - №4. - С. 32 - 33.

83. Amann, R. Modern methods in subsurface microbiology: in situ identification of microorganisms with nucleic acid probes / R. Amann et al. // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 20. - P. 191 - 200.

84. Amann, R. Ribosomal RNA-targeted nucleic acid probes for studies in microbial ecology / R. Amann, W. Ludwig // FEMS Microbiol. Rev. 2000. - V. 24.-P. 555 -565.

85. Amann, R. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation / R. Amann et al. // Microbiol. Rev. -1995.-V. 59.-P. 143- 169.

86. Andrighetto, C. Molecular identification and cluster analysis of homofermentative thermophilic lactobacilli isolated from dairy products / C. Andrighetto, P. De Dea, A. Lombardi et al. // Res. Microbiol. 1998. - V. 149. -№9.-P. 631 -643.

87. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / Eds Krieg N.R., Holt J.G. // Baltimore: Williams and Wilkins. 1984. - P. 8 - 11.

88. Bizzarro, R. Phenotypic and genotypic characterization of lactic acid bacteria isolated from Pecorino Toscano cheese / R. Bizzarro, G. Torri Tarelli, G. Giraffa, E. Neviani // Ital. J. Food Sci. 2000. - V. 12. - P. 303 - 316.

89. Bolotin, A. Complete genome sequence and comparative genome analysis of the dairy bacterium Streptococcus thermophilus / A. Bolotin, B. Quainquis, P. Renault et al. // Nature Biotechnology. 2004. - Vol. 22, №12. - P. 1554- 1558.

90. Boutrou, R. Identification and characterization of Streptococcus thermophilus strains by pulsed-field gel electrophoresis / R. Boutrou, D. Thuault, C.M. Bourgeois // J. Appl. Bacteriol. 1995. - V. 79. - P. 454 - 458.

91. Colwell, R.R. Polyphasic taxonomy of the genus Vibrio: numerical taxonomy of Vibrio cholera, Vibrio parahaemolyticus, and related Vibrio species.

92. J. Bacterid. 1970. - V. 104. - P. 410 - 433.

93. Dellaglio, F. Lactobacillus delbrueckii subsp. Indicus subsp. Nov, isolated from Indian dairy products / F. Dellaglio, G.E. Felis, A. Castioni et al. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. - V. 55. - P. 401 - 404.

94. De Ley, J. Modern molecular methods in bacterial taxonomy: evolution, application, prospects // In: Proc. 4th Int. Conf. Plant Pathogenic bacteria. 1978. - V. 1. - Gilbert-Clarey, Tours, France.

95. De Vries, M.C. Lactobacillus plantarum survival, functional and potential probiotic properties in the human intestinal tract / M.C. De Vries, E.E. Vaughan, M. Kleerebezem et al // Int. Dairy J. - 2006. - Vol. 16, Is.9. - P. 1018 -1028.

96. Dubernet, S. PCR-based method for identification of lactobacilli at the genus level / S. Dubernet, N. Desmasures, M. Gueguen // FEMS Micribiol Lett. -2002. Vol. 10, 214(2). - P. 271 - 275.

97. Fitz-Gibbon, S.T. Whole genome-based phylogenetic analysis of free-living microorganisms / S.T. Fitz-Gibbon, C.H. House // Nucl. Acid. Res. 1999. -V. 27.-P. 4218-4222.

98. Gerald W. Tannock. Identification of Lactobacilli and Bifidobacteria // Current Issues Molec. Biol. 1999. - V. 1(1). - P. 53 - 64.

99. Germond, J.-E. Evolution of the Bacterial Species Lactobacillus delbrueckii: A Partial Genomic Study with Reflections on Procaryotic Species Concept / Jacques-Edouard Germond et al. // Mol. Biol. Evol. 2003. - V. 20(1). -P. 93- 104.

100. Goodfellow, M. Introduction to chemosystematics / M. Goodfellow, D.E. Minnikin // Chemical Methods in Bacterial Systematics. London: Acad. Press. - 1985.-P. 1 - 16.

101. Goodfellow, M. Handbook of New Bacterial Systematics / M. Goodfellow, A.G. O'Donnell // L.: Acad Press Ltd. 1993. - P. 3 - 54.

102. Grimont, P.A.D. Use of DNA reassociation in bacterial classification / P.A.D. Grimont // Can. J. Micribiol. 1988. - V. 34. - P. 541 - 546.

103. Grimont, P.A.D. Reproducibility and correlation study of three deoxyribonucleic acid hybridization procedures / P.A.D. Grimont, M. Y. Popoff, F. Grimont, C. Coynault, M. Leminin // Curr. Microbiol. 1980. - V. 4. - P. 325 -330.

104. Gutell, R.R. Lesson from evolving rRNA: 16S and 13S rRNA structures from a coparative perspective / R.R. Gutell, N. Larsen, C.R. Woese // Microbiol. Rev. 1994. - V. 58. - P. 10 - 26.

105. Hammes, W.P. The genus of Lactobacillus and Carnobacterium / W.P. Hammes, C. Hertel, A. Balows et al. // The Procaryotes. Vol. 4, Edition 2. -1992. - Springer-Verlag, New-York.

106. Holzapfel, W.H. Taxonomy and important features of probiotic microorganisms in food and nutrition / W.H. Holzapfel, P. Haberer, R. Geisen et al. // Am J. Clin Nutr. 2001. - Vol. 73. - P. 365 - 373.

107. Johnson, J.L. Bergey's manual of systematic bacteriology / Eds. Krieg N.R., Holt J.G. Baltimore: Williams and Wilkins, 1984. - P. 8 - 11.

108. Klaenhammer, T. Discovering lactic acid bacteria by genomics / T. Klaenhammer, E. Altermann, F. Arigoni et al. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2002. -V. 82.-P. 29-58.

109. Klein, G. Taxonomy and physiology of probiotic lactic acid bacteria / G. Klein, A. Pack, C. Bonaparte, G. Reuter // Int. J. Food Microbiol. 1988. - V. 41.-P. 103- 125.

110. Kumar, S. MEGA: molecular evolutionary genetic analysis, version10. / S. Kumar, K. Tamura // The Pennsylvania State University, University Park, PA. 1993.

111. Kumar, S. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences / S. Kumar, K. Tamura // Briefings in bioinformatics. 2008. - Vol. 9. No. 4. - P. 299 - 306.

112. Kumar, S. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment / S. Kumar et al. // Briefings in bioinformatics. 2004. - Vol. 5. No. 2. - P. 150 - 163.

113. Lloyd, A.T. Evalution of the recA gene and the molecular phylogeny of bacteria / A.T. Lloyd, P.M. Sharp // J. Evol. 1993. - V. 37. - P. 399 - 407.

114. Ludwig, W. Phylogeny of bacteria beyond the 16S rRNA standard / W. Ludwig, K.-H. Schleifer // ASM News. 1999. - V. 65. - P. 752 - 757.

115. Lupski, J.R. Short, interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genome / J.R. Lupski, S. Weinstock // J. Bacteriol. 1992. - V. 174. -P. 4525-4529.

116. Maidak, B.L. The RDP (Ribosomal Database Project) continues / B.L. Maidak, J.R. Cole, T.G. Lilburn // Nucl. Acids Res. 2000. - V. 28. - P. 173 -174.

117. Muller, M.R.A. Multiplex PCR for the detection of Lactobacillus ponis and two related species in a sourdough fermentation / M.R.A. Muller, M.A. Ehrmann, R.F. Vogel // Appl Environ Microbiol. 2000. - Vol. 66, №5. - P. 2113 -2116.

118. Mündt, J.O. Lactic acid streptococci. Bergey's manual of systematic bacteriology, vol.2: The Williams & Wilkins o., Baltimore, Md. 1986.

119. Olsen, G.J. The ribosomal RNA database project / G.J. Olsen, G. Larsen, C.R. Woese // Nucleic Acid Res. 1991. - V. 19. - P. 2017 - 2021.

120. Orla-Jensen. J. Hauptlinien des naturlichen Bacterien-sustems // Zbl. Bact. Paras. Infect. Hyg. 1960. - Bd. 22. - S. 305 - 346.

121. Requena, T. Identification, detection and enumeration of human Bifidobacterium species by PCR targeting the transaldolase gen / T. Requena, J. Butron, T. Matsuki et al. // Appl Enveron Microbiol. 2002. - Vol. 68, №5. - P. 2420-2427.

122. Roussel, Y. Strain characterization, genome size and plasmid content in the Lactobacillus acidophilus group (Hansen and Mocquot) / Y. Roussel, C. Colmin, J.M Simonet, B. Decaris // J. Appl. Bacteriol. 1993. - V. 74. - №5. - P. 549-556.

123. Roy, D. Molecular differentiation of Bifidobacterium spesies with amplified ribosomal DNA restriction analysis and alignment of shott regions of the ldh gene / D. Roy, S. Sirois // FEMS Microbiol Lett. 2000. - Vol. 191. - P. 17 -24.

124. Snel, B. Genome phytogeny based on gene content / B. Snel, P. Bork, M.A. Huynen // Nat. Genet. 1999. - V. 21. - P. 108 - 110.

125. Stacketbrandt, E. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present definition in bacteriology / E. Stacketbrandt, B.M. Goebel // Int. J. Syst. Bacterid. 1994. - V. 44.-P. 846-849.

126. Stackerbrandt, E. Molecular taxonomy and phylogenetic position of lactic acid bacteria / E. Stackerbrandt, M. Tauber // Biochimie. 1988. - Vol.70. -P. 317-324.

127. Stiles, M.E. Lactic acid bacteria of foods and their current taxonomy / M.E. Stiles, W.H. Holzapfel // Int. J. Food Microbiol. 1997. - Vol.36 (1). - P. 1

128. Tamura, K. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0 / R. Tamura et al. // Mol. Biol. Evol. 2007. - Vol. 24(8).-P. 1596- 1599.

129. Vandamme, P. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics / P. Vandamme, B. Pot, M. Gilis, P. Vos De, J. Swings // Microbiol. Rev. 1996. - V. 60. - P. 407 - 438.

130. Ward, L.J. Differentiation of Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei and Lactobacillus rhamnosus by polymerase chain reaction / L.J. Ward, M.J. Timmins // Lett Appl Microbiol. 1999. - Vol. 29. - P. 90 - 92.

131. Ward, L.J. Two methods for the genetic differentiation of Lactococcus lactis ssp. lactis and cremoris based on differences in the 16S rRNA gene sequence / L.J. Ward, J.C. Brown, G.P. Davey // FEMS Microbiol. Lett. 1998. - 66(1).

132. Welsh, J. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers / J. Welsh, M. McClelland // Nucleic. Acid Res. 1990. - V. 18. - P. 7213 - 7218.

133. Woese, C.R. Bacterial evolution // Microbiol. Rev. 1987. - V. 51. -P. 221 -271.