Идентификация и характеристика отечественных штаммов термофильных молочнокислых бактерий, использующихся при изготовлении кисломолочных продуктов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна

• Ботина, Светлана Геннадиевна
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1. Развитие представлений о методах классификации бактерий.

1.1. Виды информации, используемые в бактериальной таксономии.

1.2. Генотипические методы определения таксономической принадлежности и родства микробных культур.

1.2.1. Определение соотношения азотистых оснований в ДНК (Г+Ц состав) и уровня геномного родства методом ДНК-ДНК-гибридизации

1.2.2. Методы типирования ДНК.

1.2.2.1. Типирование, основанное на изучении хромосомных и плазмидных профилей штаммов бактерий.

1.2.2.2. Типирование, основанное на использовании метода полимеразной цепной реакции.

1.2.3. Секвенирование рибосомных РНК как метод, позволяющий наиболее точно проводить таксономическую идентификацию бактерий .22 1.3. Сравнительный анализ методов ДНК-ДНК-гибридизации и определения нуклеотидной последовательности гена 168 рРНК при идентификации бактерий на разных таксономических уровнях.

2. Методы, используемые для идентификации и классификации молочнокислых бактерий.

2.1. Проблемы идентификации и классификации термофильных молочнокислых кокков.

2.2. Свойства штаммов молочнокислых бактерий и методы, применяемые для их идентификации.

2.2.1.Фенотипические свойства термофильных молочнокислых бактерий.

2.2.2. Особенности Г+Ц состава молочнокислых бактерий.

2.2.3. Применение метода ДНК-ДНК-гибридизации для идентификации молочнокислых бактерий.

2.2.4. Применение метода геномной рестрикции для идентификации молочнокислых бактерий.

2.2.5. Плазмиды молочнокислых бактерий.

2.2.6. Использование метода ДНК-типирования с помощью ПЦР для идентификации молочнокислых бактерий.

2.2.7. Использование данных анализа нуклеотидных последовательностей генов 168 рРНК для идентификации молочнокислых бактерий и установления их филогенетического родства.

3 Изучение молочнокислых бактерий с точки зрения их практического применения.

3.1. Молочнокислые бактерии как закваски.

3.2. Молочнокислые бактерии как пробиотики животных и человека.

3.3. Свойства культур молочнокислых бактерий, обеспечивающие их использование как заквасок при производстве кисломолочных продуктов питания и пробиотиков.

3.3.1. Антагонистические свойства молочнокислых бактерий.

3.3.2. Способность ароматообразования у молочнокислых бактерий.

3.3.3. Фагоустойчивость молочнокислых бактерий.

3.4. Энтерококки как стартовые культуры при производстве кисломолочных продуктов питания и пробиотиков.

3.5. Патогенные энтерококки.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Глава 2. Объекты и методы исследований.

1. Штаммы и условия культивирования.

1.1. Объекты исследований.

1.2. Среда и условия культивирования термофильных молочнокислых бактерий.

2. Методы исследований.

2.1. Микробиологические методы исследования.

2.2. Генетические и молекулярно-биологические методы исследования.

2.2.1. Выделение ДНК.

2.2.2. Анализ ДНК.

2.2.3. Амплификация генов и фрагментов генов.

2.2.4. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена 168 рРНК.

2.3. Филогенетический анализ.

Глава 3. Результаты и обсуждение.

1. Идентификация отечественных штаммов термофильных молочнокислых стрептококков с использованием подходов, основанных на изучении сходства их геномов.

1.1. Определение нуклеотидного состава ДНК у штаммов термофильных молочнокислых бактерий.

1.2. Анализ сходства тотальных геномов штаммов термофильных молочнокислых бактерий по результатам

ДНК- ДНК-гибридизации.

1.3. Определение размера геномов термофильных молочнокислых бактерий и анализ сходства хромосомной ДНК методом геномной рестрикции и пульс-гель электрофореза.

1.4. Изучение плазмидных профилей штаммов термофильных молочнокислых бактерий.

2. Изучение фенотипических особенностей и биохимических свойств термофильных молочнокислых бактерий.

2.1. Микроскопирование.

2.2. Изучение ферментационной активности термофильных молочнокислых кокков.

2.3. Сравнительный анализ степени термофильности молочнокислых термофильных кокков.

2.4. Изучение способности штаммов термофильных молочнокислых бактерий к росту при повышенных концентрациях NaCl в среде.

2.5. Изучение способности штаммов термофильных молочнокислых бактерий синтезировать экзополисахарид.

2.6. Способность штаммов термофильных молочнокислых бактерий ферментировать эскулин.

2.7. Способность штаммов термофильных молочнокислых бактерий ферментировать различные сахара.

2.8. Устойчивость штаммов термофильных молочнокислых бактерий к бактериофагам.

2.9. Устойчивость штаммов термофильных молочнокислых бактерий к различным антибиотикам.

2.10. Способность штаммов термофильных молочнокислых

• бактерий к гемолизу.

3. Генотипирование штаммов термофильных молочнокислых бактерий методом видоспецифичной полимеразной цепной реакции (species-specific PCR).

4. Определение нуклеотидной последовательности генов 16S рРНК штаммов термофильных молочнокислых бактерий для установления их систематического положения. Филогенетический анализ результатов сравнения генов 16S рРНК.

5. Тестирование признаков вирулентности у молочнокислых энтерококков методом ПЦР.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Идентификация и характеристика отечественных штаммов термофильных молочнокислых бактерий, использующихся при изготовлении кисломолочных продуктов»

Постановка проблемы и её актуальность.

Разнообразие кисломолочных продуктов обусловлено применением бактериальных заквасок, состав которых представлен различными видами молочнокислых бактерий. Наиболее широко для производства кисломолочных продуктов используются культуры мезофильных лактококков и термофильных стрептококков. Специфика вкуса, консистенция и ряд других свойств кисломолочных продуктов зависят от штаммов, входящих в состав бактериальной закваски. Способность термофильных молочнокислых бактерий расти и размножаться при температуре 42-45°С является важным условием технологического процесса, связанного с производством таких кисломолочных продуктов как йогурт и некоторые виды сыров.

В последнее время возрос интерес к изучению именно термофильных молочнокислых бактерий. В большей степени это связано с развитием молочной промышленности в мире вообще и в России в частности и как следствие этого производством новых кисломолочных продуктов и поиском новых штаммов молочнокислых бактерий, пригодных для их использования в качестве заквасок. Однако до сих пор штаммы, использующиеся как закваски в России и странах СНГ, недостаточно изучены, нет чётко выработанной схемы, по которой бы определялась не только технологическая пригодность, но и безопасность использования вновь внедряемых в молочную промышленность культур бактерий.

Молочнокислые бактерии выделяют из различных источников: самоквасных кисломолочных продуктов, частей растений, в частности цветов, а также с овощей и фруктов. Поэтому очень важно правильно провести все этапы выделения и идентификации для определения видовой принадлежности бактерий, в дальнейшем планируемых для использования в качестве заквасок. До недавнего времени идентификация и классификация молочнокислых бактерий проводилась на основе изучения морфологических, физиологических и биохимических признаков. Очевидная ограниченность этих методов требует для более точной идентификации микроорганизмов исследований геномных характеристик, что является особенно важным в отношении штаммов, рекомендуемых для использования при производстве кисломолочных продуктов питания и пробиотиков. Отечественные штаммы термофильных молочнокислых бактерий, использующиеся в пищевой промышленности, практически не анализировались по генотипическим характеристикам и их уровень дивергенции по сравнению с зарубежными штаммами и типовыми культурами не изучен [Ганина и др., 1999]. Так, например, отнесение многих промышленных штаммов термофильных стрептококков к виду Streptococcus thermophilus было условным вследствие недоступности ранее многих методов идентификации бактерий. В связи с этим несомненный интерес представляют исследования с применением различных методов идентификации молочнокислых термофильных бактерий, вводимых в состав бактериальных заквасок для получения кисломолочных продуктов.

Предыстория работы.

В лаборатории генетики бактерий ГосНИИгенетики (зав. лаб. - проф. Суходолец В. В.) была проведена совместная работа с лабораторией Института Микробиологии РАН (с.н.с. Лысенко А. М.), по изучению штаммов молочнокислых термофильных бактерий, использующихся в качестве заквасок при производстве различных кисломолочных продуктов. Среди изучаемых штаммов различного происхождения, идентифицированных ранее (на основании микробиологических тестов и данных ДНК-ДНК-гибридизации) как Streptococcus thermophilus было выявлено 5 обособленных групп гомологии. Внутри отдельных групп геномоваров1) уровень геномного родства составил 80-90%, тогда как между штаммами из разных групп обычно реассоциировало 20-60% ДНК. Столь низкие значения геномного родства в рамках вида ЖегторИИт могли быть результатом горизонтального переноса и накопления чужеродных адаптивных генов в геномах исследуемых штаммов. Но, с другой стороны, эти данные могли указывать на возможное присутствие в изученной группе штаммов, определяемых как 1кегторЫ1и5, других видов молочнокислых термофильных бактерий. Таким образом, причины выявленного полиморфизма по уровню геномного родства между штаммами одного вида оставались не ясными, что потребовало применения современных методов изучения генома для точного установления систематического положения изучаемых штаммов.

Цель и задачи исследования.

Целью работы являлась идентификация и характеристика отечественных штаммов термофильных молочнокислых стрептококков, использующихся при изготовлении кисломолочных продуктов.

В процессе выполнения работы были поставлены и решены следующие задачи:

1. Создание коллекции штаммов термофильных молочнокислых кокков.

2. Идентификация и характеристика штаммов термофильных молочнокислых бактерий на основании изучения их фенотипических и биохимических свойств.

3. Идентификация отечественных штаммов термофильных молочнокислых кокков с использованием подходов, основанных на изучении их генома.

1 Термин геномовар в таксономическом отношении строго не определён и может практически соответствовать как разным видам (для которых фенотипические различия пока не установлены), так и разным расам в рамках одного и того же вида [ЯоззеНо-Мога, Ашапп, 2001].

4. Оценка безопасности штаммов термофильных молочнокислых кокков, использующихся при изготовлении кисломолочных продуктов, путём определения в составе их геномов генов, кодирующих признаки вирулентности.

Научная новизна работы.

1. На примере штаммов бактерий собранной коллекции проведена идентификация и дана характеристика штаммам термофильных молочнокислых бактерий, использующимся при изготовлении кисломолочных продуктов на территории России и стран СНГ.

2. Проведена оценка безопасности культур термофильных молочнокислых кокков в случае их использования в пищевой промышленности.

3. Изучена разрешающая способность разных методов исследования, использующихся при идентификации и таксономической классификации штаммов термофильных молочнокислых бактерий.

Практическая значимость работы.

1. Получено представление о таксономическом положении штаммов, использующихся в качестве заквасок на территории России и южных регионов СНГ.

2. Даны рекомендации о возможности использования изученных штаммов в качестве стартовых культур.

3. Продемонстрирована разрешающая способность используемых в работе методов для оценки таксономического положения штаммов термофильных молочнокислых бактерий.

4. Сделано заключение о приемлемости полученных в ходе исследования результатов для анализа культур, внедряемых в производство кисломолочных продуктов и для характеристики степени их безопасности.

5. Методы, используемые в работе, рекомендуются для использования в лабораториях, занимающихся выделением и идентификацией новых культур с целью применения их как заквасок в молочной промышленности.

Апробация работы и публикации. Основные результаты исследований по теме диссертации докладывались на 3 Всероссийских и Международных конференциях. Основные положения диссертации отражены в 8 публикациях, из которых 4 статьи и 4 тезисов; 2 статьи сданы в печать.

Структура работы. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания объектов и методов исследований, результатов и обсуждения, заключения, выводов, списка литературы и приложений. Работа содержит 159 страниц машинописного текста, 11 рисунков, 13 таблиц. Библиография включает 245 литературных источников отечественных и зарубежных авторов.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Ботина, Светлана Геннадиевна

ВЫВОДЫ

1. На основании данных, полученных методом ДНК-ДНК-гибридизации, подтверждено наличие в исследуемой коллекции термофильных молочнокислых бактерий штаммов, относящихся к пяти ранее установленным геномоварам (1-У), а также выявлен новый (VI) геномовар.

2. Показано, что штаммы термофильных молочнокислых кокков обнаруживают широкое разнообразие физиологических и биохимических признаков. Часть штаммов по своим биохимическим свойствам обнаруживают сходство с бактериями рода ЕМегососст.

3. Обнаружена широкая вариабельность исследуемых штаммов по фрагментам рестрикции и величине геномов. Показано, что метод геномной рестрикции может быть использован для паспортизации штаммов термофильных молочнокислых бактерий. У большинства штаммов обнаружена плазмида размером около 120 т.п.н.

4. В результате изучения штаммов термофильных молочнокислых бактерий с использованием метода видоспецифичной ПЦР на присутствие в составе их геномов генов с1<Л1 Е. /аесгит и 1ас2 5. г/гегторкИш показано, что большинство исследуемых штаммов не относятся к виду 5. А^егторЬИиз, а штаммы геномоваров II, III, IV представлены бактериями вида Е./аесгит.

5. На основании определения нуклеотидных последовательностей гена 168 рРНК установлено систематическое положение штаммов как относящихся к видам: £ гкегторИИш, Е. йигат и Е. /аестт. Подтверждено, что данный метод позволяет осуществить наиболее точную идентификацию видовой принадлежности штаммов термофильных молочнокислых бактерий.

6. Показано отсутствие генов вирулентности (gelE, су1А), свойственных патогенным энтерококкам, у штаммов, идентифицированных как Е. (Яигат, Е. /аесгит. Предложено использовать данный метод для определения риска использования штаммов молочнокислых энтерококков в качестве заквасок при производстве кисломолочных продуктов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В ходе данного исследования проведено изучение основных морфологических, физиолого-биохимических, производственно-ценных свойств и геномных характеристик штаммов собранной коллекции термофильных молочнокислых кокков, применяемых для производства кисломолочных продуктов. Всестороннее исследование культур позволило также провести сравнительный анализ методов таксономической идентификации, применительно к термофильным молочнокислым бактериям.

Изучение процентного состава Г+Ц-пар ДНК штаммов изучаемых бактерий позволило предположительно отнести их к виду 5. ЖегторкИт. Нуклеотидный состав ДНК исследуемых штаммов варьировал от 37,8 до 40,0 % Г+Ц пар, что соответствует виду 5. МегторНИш. Однако среднее значение этого показателя для организмов данного вида не на много отличается от значений Г+Ц состава для близкородственных бактерий видов 5. заШапш, Е. с1игат, Е. /аесшт, Е. /аесаШ. Поэтому располагая только этим показателем, по видимому, невозможно точно идентифицировать видовую принадлежность бактерий.

Сравнение данных ДНК-ДНК-гибридизации собранных нами штаммов с типовым штаммом (ИегторкИиз АТСС19258 обнаружило довольно низкие показатели уровня геномного родства (30 - 50%), что недостаточно для отнесения многих изучаемых штаммов собранной коллекции к предполагаемому виду. Однако следует отметить, что значения геномного родства при использовании в качестве типовых штаммов видов Ь. \actis зр. \actis, Ь. 1асШ Бр. сгетопБ, 5". эаНуапт , Е. /аесшт, Е./аесаНБ были ещё ниже.

Использование метода геномной рестрикции позволило произвести паспортизацию штаммов изучаемой нами коллекции и показало широкую вариабельность штаммов по величине генома и сходству фрагментов рестрикции.

Результаты проведённых микробиологических тестов (была изучена ферментационная активность, устойчивость к бактериофагам, рост при повышенной температуре инкубации и в неблагоприятных условиях среды, сахаролитическая активность, антибиотикоустойчивость, способность синтезировать экзополисахарид) показали, что большинство штаммов собранной коллекции обнаруживают общность свойств с энтерококками. В литературе такие штаммы характеризуются как «нетипичные» штаммы вида 5. ^егторкИиъ. Следует отметить, что бактерии рода Ешегососст более устойчивы к неблагоприятным воздействиям окружающей среды (растут при более высокой температуре, не теряя способности ферментировать сахара, обладают устойчивостью к ряду антибиотиков, способны синтезировать экзополисахарид, обладают повышенной сахаролитической активностью) по сравнению с бактериями вида & ЖегторкИж. Таким образом, не исключено, что использование только микробиологических тестов для идентификации штаммов бактерий, могло привести к тому, что на территории России штаммы энтерококков могли использоваться при домашнем и промышленном производстве кисломолочных продуктов.

Наиболее точными методами для идентификации штаммов молочнокислых термофильных кокков мы считаем методы видоспецифичной ПЦР с использованием пар праймеров, позволяющих проводить амплификацию генов, характерных для энтерококков и стрептококков и сравнение секвенированных последовательностей генов 168 рРНК. Данные методы позволяют наиболее точно определить видовую принадлежность близкородственных видов бактерий. При использовании этих методов штаммы бактерий нашей коллекции были идентифицированы как относящиеся к видам Е. с1игат, Е. /аесшт и 5. ЖегторНИш.

Молочнокислые штаммы бактерий рода ЕМегососсш обладают рядом производственно-ценных признаков (ароматообразование, протеолитическая активность, антагонистические свойства, антибиотикоустойчивость, синтез бактериоцина), что обуславливает использование этих бактерий в качестве заквасок при приготовлении сыров, в качестве пробиотиков и как природных биоконсервантов. Однако энтерококки, выделенные из различных кисломолочных продуктов, могут являться загрязнителями и вызывать у человека отравления. Поэтому, для использования бактерий Е. /аесшт, Е. с1игаю как заквасок важно учитывать не только наличие у них ряда ценных производственных признаков, но и отсутствие детерминированных признаков вирулентности. Для обнаружения наличия в геноме штаммов бактерий энтерококков генов, кодирующих различные признаки вирулентности, было проведено генотипирование изучаемых штаммов с использованием метода ПЦР. Гены, определение которых велось, отвечали за различные признаки патогенности у энтерококков, обеспечивающие прикрепление бактерии к поверхности эукариотической клетки, синтез токсина, обеспечивающего гидролизис гемоглобина и других биоактивных компонентов, синтез цитолизина и его транспорт. В составе штаммов собранной нами коллекции и идентифицированных как Е. /аесшт и Е. йигат тестируемых генов вирулентности не обнаружено, что обуславливает возможность использования данных штаммов в качестве заквасок.

Таким образом, проведённые исследования показывают, что для наиболее точной идентификации микроорганизмов необходимы исследования не только физиолого-биохимических свойств, но и геномных характеристик, что особенно важно для штаммов, рекомендуемых при производстве кисломолочных и лечебно-профилактических продуктов, и пробиотиков.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна, 2004 год

1. Аверина О.В., Лысенко A.M., Ермакова J1.M., Огай Д.К., Суходолец В.В. Сравнительное изучение гомологии ДНК у штаммов термофильных и мезофильных молочнокислых стрептококков различного происхождения // Микробиология. 1998. Т. 67. № 6. С. 792-798.

2. Антипов В.А., Субботин В.М. Эффективность и перспективы применения пробиотиков // Ветеринария. 1980. №12. С. 65 67.

3. Ганина В.И., Лысенко A.M., Шалыгина A.M., Ермакова Л.М. Изучение геномных характеристик мезофильных лактококков и термофильных молочнокислых стрептококков, используемых для получения кисломолочных продуктов// Биотехнология. 1999. №2. С. 9-14.

4. Калинина H.A., Ганина В.И., Суходолец В.В. Плазмидный состав и контроль араматообразования у производных штаммов лактококков // Биотехнология. 1994. № 8. С. 7 10.

5. Калинина H.A., Молотова Н.О., Ганина В.И., Суходолец В.В. Изучение фагоустойчивости и плазмидных профилей штаммов молочнокислых бактерий, используемых в составе заквасок при производстве творога и сметаны // Биотехнология. 1991. № 6. С. 33 -35.

6. Коршунов В.И., Синицына H.A., Тинодман Т.А., Цинигин В.В. Коррекция микрофлоры кишечника при химиотерапевтическом дисбактериозах с помощью аутоштаммов бифидобактерий // Ж. микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. 1985. №6. С 20 25.

7. Лысенко A.M., Гальченко В.Ф., Черных H.A. Таксономическое изучение облигатных метанотрофных бактерий методом ДНК-ДНК гибридизации // Микробиология. 1988. Т. 57. Вып. 5. С. 816-822

8. Лысенко A.M., Карпушина С.Г., Суходолец В.В. Дивергенция по гомологии ДНК среди отечественных штаммов Streptococcus thermophilus //Микробиология. 1999. Т. 68. N4. С. 514-518.

9. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М: Мир. 1984. 479 с.

10. Молотов C.B., Алхимова P.A., Пименова Н.В., Суходолец В.В. Получение и свойства мутантов молочнокислых стрептококков, дефектных по способности утилизации глюкозы // Биотехнология. 1994. № 11 12. С. 9— 12.

11. Молотоова Н.О., Танина В.И., Молотов C.B., Суходолец В.В. исследование фагоустойчивости и плазмидных профилей у мутантов производственных штаммов лактококков, дефектных по способности к сбраживанию Сахаров // Биотехнология. 1993. №3. С. 9 11.

12. Нечаева A.A., Калинина H.A., Суходолец В.В. Изучение плазмидных профилей и стабильности производственных штаммов лактококков // Генетика. 1995. Т. 31. № 9. С. 1210-1217.

13. Нечаева A.A., Суходолец В.В. Генетическое изучение производственных штаммов Lactococcus lactis: выявление трансмиссибельных плазмид по признаку сбраживания лактозы // Генетика. 1996. Т. 32. N 2. С. 218 227.

14. Прозоров A.A. Горизонтальный перенос генов у бактерий // Усп. совр. биол. 2000. Т. 120. № 6. С. 515-528.

15. Сафонов Т.А., Калинина Т.А., Романова В.А. Пробиотики как фактор стабилизирующий здоровье животных // Ветеринария. 1992. № 7 8. С. 3 - 4.

16. Степаненко П.П. Микробиология молока и молочных продуктов. Учебник для ВУЗов. Сергиев Посад: ООО "Все для Вас - Подмосковье", - 1999. 415 с.

17. Суходолец В.В. Механизмы вертикальной эволюции // Успехи совр. биол. 1997. Т. 117. Вып. 5. С. 517 533.

18. Тетровская В.Т., Марко О.П. Микрофлора человека в норме и патологии // Медицина. 1976. С. 34 36.

19. Тренина М.А., Лысенко A.M., Суходолец В.В. Изменчивость плазмидного набора штамма Lactococcus lactis 195 // Микробиология. 1997. Т. 66. № 2ю С. 233 -236.

20. Турова Т.П. Мультикопийность рибосомных оперонов прокриот и её влияние на проведение филогенетического анализа // Микробиология. 2003. Т.72. № 4. С. 437 452.

21. Турова Т.П. Применение данных ДНК-ДНК-гибридизации и анализа генов 16S рРНК для решения таксономических проблем на примере порядка Haloanaerobiales. // Микробиология. 2000. Т. 69. № 6. С. 741 752.

22. Турова Т.П., Кузнецов Б.Б., Новикова Е.В., Полтараус А.Б., Назина Т.Н. Гетерогенность нуклеотидных последовательностей генов 16S рибосомальной РНК типового штамма Desulfotomaculum kuznetsovii // Микробиология. 2001. Т. 70. № 6. С. 788 795.

23. Хоулт Дж. (ред.) Краткий определитель бактерий Берги. М.: Мир. 1980. 495 с.

24. Agerbaek М., Gerdes L.U., Richelsen В. Hypocholesterolaemic effect of a new fermented milk product in healthy middle aged men // Eur. J Clin. Nutr. 1995. V. 49(5). P. 346- 352.

25. Agerholm-Larsen L., Bell M.L., Grunwald G.K., Astrup A. The effect of a probiotic milk product on plasma cholesterol: a meta-analysis of short-term intervention studies // Eur. J. Clin. Nutr. 2000. V. 54(11). P. 856 860.

26. Agerholm-Larsen L., Raben A., Haulrik N., Hansen A.S., Manders M., Astrup A. Effect of 8 week intake of probiotic on risk factors for cardiovascular diseases // Eur. J. Clin. Nutr. 2000. V. 54(4). P. 288 897.

27. Amann R., Glocker F-O., Neef A. Modern methods in subsurface microbiology: in situ identification of microorganisms with nucleic acid probes. // FEMS Microbiol. Rev. 1997. V. 20. P. 191 -200.

28. Amann R., Ludwig W. Ribosomal RNA-targeted nucleic acid probes for studies in microbial ecology.// FEMS Microbiol. Rev. 2000. V.24 P. 555 565.

29. Amann R.I., Ludvig W., Schleifer K.H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation // Microbiol. Rev. 1995. V. 59. P. 143- 169.

30. Anderson D.G., McKay L.L. Simple and rapid method for isolating large plasmid DNA from lactic streptococci // Appl. Env. Microbiol. 1983. V. 46. P. 549-552.

31. Anderssen A., Geis A., Krusch U., Teuber M.Plasmid-muster milchwirtchaftlich genutzter Starterkulturen //Milchwirtchaft 1984. V. 39. N 3. P. 140- 143.

32. Andrighetto C., Kniff E., Lombardi A., Torriani S., Vancanneyt M., Kersters K., Swings J., Dellaglio F Phenotypic and genetic diversity of enterococci isolated from Italian cheeses // J. Dairy Res. 2001. V. 68(2). P. 303 316.

33. Arizcun C., Barcina Y., Torre P. Identification and characterization of proteolyc activity of Enterococcus spp. Isolated from milk and Roncal and Idiazabal cheese // Int. J. Food Microbiol. 1997. V. 38. P. 17 24.

34. Aymerich T., Martin B., Garriga M., Hugas M. Microbial quality and direct PCR identification of lactic acid bacteria and nonpathogenic Staphylococci from artisanal low-acid sausages // Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69(8). P. 4583-4594.

35. Baruzzi F., Matarante A., Morea M., Cocconcelli P.S. Microbial community dynamics during the Scamorza almurana cheese natural fermentation // J. Dairy. Sei. 2002. V. 85(6). P. 1390- 1397.

36. Bellomo G., Mangiagle A., Nicastro L., Frigerio L. // Curr. Ther. Res. 1980. V. 28. P. 927 934.

37. Boutrou R., Thuault D., Bourgeois C.M. Identification and characterization of Streptococcus thermophilus strains by pulsed-field gel electrophoresis // J. Appl. Bacteriol. 1995. V. 79. P. 454-458.

38. Bridge P.D., Sheath P.H.A., Numerical taxonomy of Streptococcus II J. Gen. Microbiol. 1983. V.129. P. 565 579.

39. Bridge P.G., Sneath P.H.A. Streptococcus gallinarum sp.nov. and Streptococcus oralis sp. nov. //Int. J. Syst. Bact. 1982.V. 32. P. 410 415.

40. Cai Y., Matsumoto M., Benno Y. Bifidobacterium lactis Meile et al. 1997 is a subjective synonym of Bifidobacterium animalis (Mitsuoka 1969) Scardovi and Trovatelli 1974 //Microbiol. Immunol. 2000. V. 44. P. 815 820.

41. Callon C., Millet L., Montel M.C. Diversity of lactic acid bacteria isolated from AOC Salers cheese // J. Dairy Res. 2004. V. 71. P. 231 244.

42. Chassy B.M., Beall J.R., Bielawski R.M., Porter E.V., Donkersloot J.A. Occurrence and distribution of sucrose-metabolizing enzymes in oral streptococci. // Infect. Immun. 1976. V. 14(2). P. 408 415.

43. Chevallier B., Hubert J.C., Kammerer B. Determination of chromosome size and number of rrn loci in Lactobacillus plantarum by pulsed-field gel electrophoresis. // FEMS Microbiol. Lett. 1994. V. 120(1-2). P. 51 56.

44. Chopin A., Langella P., analogies de profiles plasmidiques chez les streptocoques du groupe N // Le Lait. 1982. V. 62. P. 705 719.

45. Cocolin L., Rantsiou K., Iacumin L., Urso R., Cantoni C., Comi G. Study of ecology of fresh sausages end characterization of populations of lactic acid bacteria by molecular methods // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. P. 1883 -1894.

46. Cocolin L., Rantsiou K., Iacumin L., Urso R., Cantoni C., Comi G. Study of the ecology of fresh sausages and characterization of populations of lactic acid bacteria by molecular methods // Appl. Environ. Microbiol. 2004 V. 70(4). P. 1883 1894.

47. Collins M.D., Ash C., Farrow J.A., Willbanks S., Williams A.M. 16S ribosomal ribonucleic acid sequence analyses of lactococci and related taxa. Description of Vagococcus fluvialis gen. nov., sp. nov. // J. Appl. Bacteriol. 1989. V. 67. P. 453-460.

48. Collins M.D., Rodrigues U., Pigott N.E., Facklam R.R. Enterococcus dispar sp. nov. a new Enterococcus species from human sources 11 Lett. Appl. Microbiol. 1991. V. 12. P. 95-98.

49. Colwell R.R. Polyphasic taxonomy of the genus Vibrio: numerical taxonomy of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, and related Vibrio species. // J. Bacteriol. 1970. V. 104. P. 410 433.

50. Dalton T.L., Scott J.R. CovS inactivates CovR and required for growth under conditions of general stress in Streptococcus pyogenes. II J. Bacteriol. 2004. V. 186. P. 3928-3937.

51. De Ley J. Modern molecular methods in bacterial taxonomy: evolution, application, prospects. 1978. / In: Proc. 4th Int. Conf. Plant Pathogenic bacteria. V 1. Gilbert-Clarey, Tours, France.

52. De Ley J., Cattoir H., Reynaerts A. The quantitative measurement of DNA hybridization from renaturation rates // Eur. J. Beochem. 1970. V. 12. P. 133 — 142.

53. Deasy B.M., Rea M.C., Fitzgerald G.F., Cogan T.M., Berestford T.R A rapid PCR based method to distinguish between Lactococcus and Enterococcus // Syst. Appl. Microbiol. 2000. V. 23. P. 510 522.

54. Delgado S., Delgado T., Mayo B. Technological performance of several Lactococcus and Enterococcus strains of dairy origin in milk // J. Food. Prot. 2002. V. 65.(10). P. 1590- 1596.

55. Desiere F., Lucchini S., Canchaya C., Ventura M., Brussow H. Comparative genomics of phages and prophages in lactic acid bacteria. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2002. V. 82(1-4). P. 73 91.

56. Donabedian S., Chow J.W., Shlaes D.M., Green M., Zervos M.J. DNA hybridization and contour-clamped homogeneous electric field electrophoresis for identification of enterococci to the species level //J. Clin. Microbiol. 1995 V. 33. P.141 145.

57. Dubernet S., Desmasures N., Guegyen M. A PCR-based methods for identification of lactobacilli at the genus level // FEMS Microbiol Lett. 2002. V. 214(2). P. 271 -275.

58. Dutka-Malen S., Evers S., Courvalin P. Detection of glycopeptide resistance genotypes and identification to the species level of clinically relevant enterococci by PCR// J. Clin. Microbiol. 1995. V. 33. P. 24 -2 7.

59. Eaton T.J., Gasson M.J. Molecular screening of Enterococcus virulens determinants and potential for genetic exchange between food and medical isolates // Appl. and Environ. Microbiol. 2001. V. 67. P. 1628 1635.

60. Ercolini D., Moschetti G., Biaiotta G., Coppola S. Behavior of variable V3 region from 16S rDNA of lactic acid bacteria in denaturing gradient gel electrophoresis //Curr. Microbiol. 2001. V. 42. P. 199 202.

61. Facklam R. Hollis D., Collins M.D. Identification of gram-positive coccal and cocobacillary vancomicin-resistant bacteria // J. Clinic. Microbiol. 1989. V 27. N4. P. 724-730.

62. Farrow J.A.E., Collins M.D. DNA base composition, DNA-DNA homology and long-chain fatty acid studies on Streptococcus thermophilus and Streptococcus salivarius // J. Gen. Microbiol. 1984. V. 130. P. 357-362.

63. Fernandes C.F., Shahani K.M., Amer M.A. Therapeutic role of dietary lactobacilli fermented dairy products // FEMS Microbiol. Rev. 1987. v. 46. P. 343 -356.

64. Fertally S.S., Facklam R. Comparison of physiologic tests used to identify non-beta-hemolytic aerococci, enterococci, and streptococci // J. Clinic. Microbiol. 1987. V. 25. P. 1845- 1850.

65. Fitz-Gibbon S.T., House C.H. Whole genome-based phylogenetic analysis of free-living microorganisms // Nucl. Acid. Res. 1999. V 27. P. 4218 4222.

66. Forde A., Fitzgerald G.F. Molecular organization of exopolysaccharide (EPS) encoding genes on the lactococcal bacteriophage adsorption blocking plasmid, pCI658 // Plasmid. 2003. V. 49(2). P. 130 142.

67. Fox G.E., Wisotzkey J.D., Jurshuk P. How close is close: 16S rRNA sequene identity may not be sufficient to quarantee species identity. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1992. V. 42. P. 166 170.

68. Franz C.M., Stiles M.E. Schleifer K.H. Holzapfel W.H. Enterococci in foods -a conundrum for food safety // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 88. P. 105 -122.

69. Fujita Y., Okamoto T., Irie R. Plasmid distribution in lactic streptococci // Agric. Biol. Chem. 1984. v. 48. N 7. P. 1885 1898.

70. Fuller R. Probiotics in man and animals // Appl. Bacteriol. 1989. V. 66. P. 365 -378.

71. Gagnaire V., Piot M., Camier B., Vissers J.P., Jan G., Leonil J> Survey of bacterial proteins released in cheese: a proteomic approach // Int. J. Food Microbiol. 2004. V. 94. P. 185 201.

72. Galli D., Lottspeich F., Wirth R. Sequence analysis of Enterococcus faecalis aggregation substance encoded by the sex pheromone plasmid pADl // Mol. Microbiol. 1990. V. 4. P. 895 904.

73. Garvie E.I., Farrow J.A.E. Sub-divisions within the genus Streptococcus using deoxyribonucleic acid/ribosomal ribonucleic acid hybridization I I Zbl. Bakt.Hyg. I. Abt. Orig. C2. 1981. P. 299 310.

74. Gasson M. J. Genetic engenering: thechniques and potential // Develop. Food Microbiol. 1986. N 2. P. 7 10.

75. Gasson M.J. Progress and potential in biotechnology of lactic acid bacteria // FEMS Microbiol. Rev. 1993. V. 12. P. 3 20.

76. Gelsomino R., Vancanneyt M., Cogan T.M., Condon S., Swings J. Source of enterococci in a farmhouse raw-milk cheese. // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68(7). P. 3560- 3565.

77. Gillis M., De Ley J., Cleen M. The determination of molecular weight 1970 of bacterial DNA from renaturation rates // Eur. J. Beochem. 1970. V. 12. P. 143 -153.

78. Giraffa G. Enterococcal bacteriocins: their potential as anti-Listeria factors in dairy technology // Food Microbiol. 1995. V. 12. P. 291 299.

79. Giraffa G. Enterococci from foods // FEMS Microb. Rev. 2002. V. 26. P. 163 -171.

80. Giraffa G. Functionality of enterococci in dairy products // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 88. P. 215 -222.

81. Giraffa G., Carminati D., Neviani E. // J. Food Prot. 1997. V. 60. P. 732 -738.

82. Giraffa G., Neviani E., Tarelli G.T. Antilisterial activity by enterococci in a model predicting the temperature evolution of Taleggio, an Italian soft cheese // Dairy Sci. 1994. V. 77. P. 1176 1182.

83. Giraffa G., Paris A., Valcavi L., Gatti M., Neviani E. Genotypic and phenotypic heterogeneity of Streptococcus thermophilus strains isolated from dairy products // J. App.l Microbiol. 2001. V. 91. P. 937 943.

84. Giraffa G., Rossetti L. Monitoring of the bacterial composition of dairy starter cultures by RAPD-PCR // FEMS Microbiol. Lett. 2004. V. 237 (1). P. 133 -138.

85. Giraffa G., Sisto F. Susceptibility to vancomycin of enterococci isolated from dairy products // Lett. Appl. Microbiol. 1997. V. 25. P. 335 338.

86. Godon J.-J., Chopin M.-C., Erlich S.D. Branched-chain amino acid biosynthesis genes in Lactococcus lactis subsp. lactis. // J. Bacteriol. 1992. V. 174. P. 6580 -6589.

87. Gonzalez C.F., Kunka B.S. Transfer of sucrose-fermenting ability and nisin production phenotype among lactic streptococci // Appl. Environ. Microbiol. 1985. V. 49. P. 627.

88. Goodfellow M., Minnikin D.E. Introduction to chemosystematics. In: Chemical Methods in Bacterial Systematics. (eds. M. Goodfellow, D.E. Minnikin) 1985. / London, Acad. Press. P. 1 16.

89. Goodfellow M., O'Donnell A.G. Handbook of New Bacterial Systematics / Eds Goodfellow M., O'Donnell A.G., / L.: Academic Press Ltd., 1993. P. 3 54.

90. Gordillo M.E., Singh K.V., Baker C.J., Murrey B.E. Typyng of group В streptococci: comparison of pulsed-field electrophoresis and conventional electrophoresis // J. Clin. Microbiol. 1993. V. 31. P. 1430 1434.

91. Grimont P.A.D. Use of DNA reassociation in bacterial classification. // Can. J. Microbiol. 1988. V. 34. P. 541 546.

92. Grimont P.A.D., Popoff M. Y., Grimont F., Coynault C., Leminin M. Reproducibility and correlation study of three deoxyribonucleic acid hybridization procedures // Curr. Microbiol. 1980. V. 4. P. 325 330.

93. Gutekunst H., Eikmanns B.J., Reinscheid D.J. The novel fibrinogen protein FbsB promotes Streptococcus agacactiae invasion into epithelial cells // Infect. Immun. 2004. V. 72. P. 3495 3504.

94. Gutell R.R., Larsen N., Woese C.R., Lesson from evolving rRNA: 16S and 13S rRNA structures from a comparative perspective // Microbiol. Rev. 1994. V. 58. P. 10-26.

95. Hugenholtz J. // FEMS Microbiol Rev. 1993. V. 12. P 165.

96. Huggiens A.R. // Food Technology. 1984. V 34. P. 41.

97. Ishiwa H., Iwata S. drug resistance plasmids in lactobacillus fermentum И J. Gen. Appl. Microbiol. 1980. V. 26. N 1. P. 71 74.

98. Jain R., Rivera M.C., Lake J.A. Horizontal gene transfer among genomes: The complexity hypothesis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 3801 -3806.

99. Jang J., Kim B., Lee J., Han H. A rapid method for identification of typical Leuconostoc species by 16S rDNA PCR-RFLP analysis // J. Microbiol. Methods. 2003. V. 55(1). P. 295 302.

100. Jia R., Guo J.H., Fan M.W., Bian Z., Chen Z., Peng., Fan B. Mucosal immunization against dental caries with plasmid DNA encoding pac gene of Streptococcus mutans in rats // Vaccine. 2004. V. 20. P. 2511 2516.

101. Johnson J.L. Bergey's manual of systematic bacteriology / Eds. Krieg N.R., Holt J.G. Baltimore: Williams and Wilkins, 1984. - P. 8-11.

102. Jones D. Comparison and differentiation of genus Streptococcus II Streptococci / Eds. Skinner F.A., Quesnel L.G. London: Academic Press, 1978. P. 1 49.

103. Josephsen J., Vogensen F.K. // FEMS Microbiol. Lett. 1989. V. 59. P. 161.

104. Josephsen J., Waagner Nielsen E. Plasmid profiles and bacteriophage sensity of a Chadder starter used for five years without rotation // Milchwirtchaft. 1988. V. 43. N4. P. 219-223.

105. Kandier O., Weiss N. Genus Lactobacillus Beijerinck / In Sneath P.H.A., Mair N.S., Sharpe M.E., Hoit (ed.), Bergey's manual of systematic bacteriology. 1986. V. 2. The Williams & Wilkins Co., Baltimore.

106. Kempler G.M., McKey L.L. Biochemistry and genetics of citrate utilization in Streptococcus lactis ssp. diacetylactis II J. Diary Sei. 1981. V. 64. P. 1527 -1539.

107. Kilpper-Balz R., Fischer G., Schleifer K.H. Nucleic acid hybridization of group N and group D streptococci // Curr. Microbiol. 1982. V. 7. P 245 250.

108. Klaenhammer T.R., Ahn С., Fremaux С., Milton К. Molecular properties of Lactobacillus bacteriocins. 1992. In: Bacteriocins, Microcin and Lactibiotics (James R., Ladyanrb C., Pattus F., Eds.) P. 37 58.

109. Kuhn I., Iversen A., Mollby R. The PhenePlate system for studies of the diversity of enterococcal populations from the food chain and the environment // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 88(2-3). P. 189 196.

110. Kumar S., Tamura K. Nei M. MEGA: molecular evolutionary genetic analysis, version 1.0. 1993 / The Pennsylvania State University, University Park, PA.

111. Lan R., Reeves P.R. Gene transfer is a major factor in bacterial evolution // Mol. Biol. Evol. 1996. V. 13. P. 47-55.

112. Lan R., Reeves P.R. Intraspecies variation in bacterial genomes: the need for a species genome concept // Trends in Microbiol. 2000. V. 8. P. 396 401.

113. Le Bourgeois P., Lautier M., Mata M., Ritzenthaler P. Physical and genetic map of chromosome of Lactococcus lactis subsp. lactis IL1403 // J. Bacteriol. 1992. V. 174. P. 6752-6762.

114. Le Bourgeois P., Lautier M., Ritzenthaler P. Chromosome mapping in lactic acid bacteria // FEMS Microbiol. Rev. 1993. V. 12(1-3). P. 109 123.

115. Le Bourgeois P., Mata M., Ritzenthaler P. Genome comparison of Lactococcus strains by pulsed-field gel electrophoresis // FEMS Microbiol. Lett. 1989. V. 50(1-2). P.65 -69.

116. Lick S., Keller M., Bockelmann W., Jochem-Heller K. // Syst. Appl. Microbiol. 1996. V. 19. P. 74-77.

117. Linaje R., Coloma M.D., Perez-Martinez G., Zuniga M. Characterization of faecal enterococci from rabbits for the selection of probiotic strains. // J. Appl. Microbiol. 2004. V. 96(4). P. 761 771.

118. Lloyd A.T., Sharp P.M. Evalution of the recA gene and the molecular phylogeny of bacteria // J. Evol. 1993. V. 37. P. 399 407.

119. Ludwig W., Schleifer K.-H. Phylogeny of bacteria beyond the 16S rRNA standard. // ASM News. 1999. V. 65. P. 752 757.

120. Ludwig W., Seewaldt E., Kilpper-Balz R., Schleifer K.H., Magrum L., Woese C.R. Fox G.E., Stakebrandt E. The phylogenic position of Streptococcus and Enterococcus II J. Gen. Microbiol. 1985. V.l31. P. 543 551.

121. Lund В., Edlund C., Barkholt L., Nord C.E., Tvede M., Poulsen R.L. Impact on human intestinal microflora of an Enterococcus faecium probiotic and vancomicin // Scand. J. Infect. Dis. 2000. V. 32(6). P. 627 632

122. Lupski J.R., Weinstock S. Short, interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genome // J. Bacterid. 1992. V. 174. P. 4525 4529.

123. Lyons T.P. The probiotic concept: coming age // Feed Compouder. 1987. P. 22 -25.

124. Mac K., Wichmann-Schauer H., Peters J., Ellerbroek L. Species identification and detection of vancomycin resistance genes in enterococci of animal origin by multiplex PCR. // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 88(2-3). P. 305 309.

125. Maidak B.L., Cole J.R., Lilburn T.G., Parker C.T., Saxman P.R., Stredwick J.M., Garrity G.M., Olsen G.J., Pramanik S., Schmidt T.M., Tiedje J.M. The RDP (Ribosomal Database Project) continues // Nucleic Acid Res. 2000. V. 28. P. 173- 174.

126. Marmur J.A. A procedure for isolation DNA from microorganism // J. Mol. Biol. 1961. V. 3.P. 208-218.

127. Martinez-Murcia A.J., Collins M.D. A phylogenetic analysis of the genus Leuconostoc based on reverse transcriptase sequencing of 16S rRNA // FEMS Microbiol. Lett. 1990. V. 58(1). P. 73 83.

128. Maynard Smith J., Smith N.H., O'Rourke M., Spratt B.G. How clonal are bacteria? // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. P. 4384-4388.

129. McKey L.L., Baldwin K.A. Conjugative 40-medadalton plasmid in Streptococcus lactis ssp. diacetylactis DRC3 is associated with resistance to nisin and bacteriophage // Appl. Environ. Microbiol. 1984. V. 47.N 1. P. 68 -74.

130. McKey L.L., Baldwin K.A. Stabilization of lactose metabolism in Streptococcus lactis C2 11 Appl. Environ. Microbiol. 1978. V. 36. P 360 367.

131. McKey L.L., Baldwin. Application for biotechnology; present and future improvements in lactic acid bacteria // FEMS Microbiol. Rev. 1990.V. 87. P. 3 14.

132. Mercenier, 1990. Molecular genetics of Streptococcus thermophilus. // FEMS Microbiol. Rev. 1990.V. 7. P. 61 77.

133. Mohn S.C., Ulvik A., Jureen R., Willems R.J., Leavis H., Harthug S., Langeland N. Duplex real-time PCR assay for rapid detection of ampicillin-resistant Enterococcus faecium II Antimicrob. Agents. Chemother. 2004. V. 48. P. 556-560.

134. Mohn S.C., Ulvik A., Jureen R., Willems R.J., Top J., Leavis H., Harthug S., Langeland N. Duplex real-time PCR assay for rapid detection of ampicillin-resistant Enterococcus faecium II Antimicrob. Agents. Chemother. 2004. V. 48(2). P. 556-560.

135. Mora D., Fortina M.G., Parini C., Ricci G., Gatti M., Giraffa G., Manachini P.L. Genetic diversity and technological properties of Streptococcus thermophilus strains isolated from dairy products. // J. Appl. Microbiol. 2002. V. 93. P. 278 287.

136. Mora D., Fortina M.G., Parini C., Ricci G., Gatti M., Giraffa G., Manachini P.L. Genetic diversity and technological properties of Streptococcus thermophilus strains isolated from dairy products // J. Appl. Microbiol. 2002. V. 93. P. 278 -827.

137. Morelll L., Vescovo M., Bottazzi V. Plasmid and antibiotic resistant in Lactobacillus helveticus and Lactobacillus bulgaricus isolated from natural whey cultures // Microbiología. 1983. V. 6. N 2. P. 145 154.

138. Ogier J.C., Son O., Gruss A., Tailliez P., Delacroix-Buchet A. Identification of the bacterial microflora in dairy products by temporal temperature gradient gel electrophoresis // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. P. 3691 3701.

139. Olasupo N.A., Schilinger U., Franz C.M., Holzapfel W.H. Bacteriocin production by Enterococcus faecium NA01 from "wara" a fermented skimmed cow milk product from west Africa // Lett. Appl. Microbiol. 1994. V. 19(6). P. 438-441.

140. Olsen G.J., Larsen G., Woese C.R., The ribosomal RNA database project // Nucleic Acid Res. 1991. V. 19. P. 2017 2021.

141. Ostlie H.M., Helland M.H., Narvhus J.A. Growth and metabolism of selected strains of probiotic bacteria in milk. // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 87(1-2). P. 17-27.

142. O'Sullivan T., Daly C. Plasmid DNA in Leuconostoc species // Irish J. Food Sei. Technol. 1982. V. 6. N 2. P. 206.

143. O'Sullivan T.F., Fitzgerald G.F. Comparison of Streptococcus thermophilus strains by pulse field gel electrophoresis of genomic DNA // FEMS Microb. Lett. 1998. V. 168. P. 213-219.

144. Ottogalli G., Galli a., Dellagllio F. Taxonomic relations between Streptococcus thermophilus and some other streptococci II J. Dairy Res. 1979. V. 46. P. 127 — 131.

145. Owen R. J., Hill L. R., Lapage S. P. Determination of DNA base compositions from melting profiles in delute buffers // Biopolymers. 1969. V. 7. P. 503 316.

146. Pace N.R. New perspective on the natural microbial world: molecular microbial ecology // Feature. 1996. V. 62. P. 463 470.

147. Petrova P., Miteva V., Ruiz-Maso J.A., del Solar G. Structural and functional analysis of pt38, a 2.9kb plasmid of Streptococcus thermophilus yogurt strain // Plasmid. 2003 V. 50(3). P. 176-189.

148. Popoff M., Coynault C. Use of DEAE-cellulose ilters in the SI nuclease method for bacterial deoxyribonucleic acid hybridization // Ann. Microbiol. 1980. V. 113. P. 151 155.

149. Pouwels P.H., Leer R.J. Genetics of lactobacilli: plasmids and gene expression // Antonie Van Leeuwenhoek. 1993. V. 64(2). P. 85 107.

150. Poznanski E., Cavazza A., Cappa F., Cocconcelli P.S. Indigenous raw milk microbiota influences the bacterial development in traditional cheese from an alpine natural park// Int. J. Food Microbiol. 2004. V. 92(2). P. 141 151.

151. Reinheimer J.A., Binetti A.G., Quiberoni A., Bailo N.B., Rubiolo A.C., Giraffa G. Natural milk cultures for the production of Argentinian cheeses // J. Food Prot. 1997. V. 60. P. 59-63.

152. Richelsen B., Kristensen K., Pedersen S.B. Long-term (6 months) effect of a new fermented milk product n the level of plasma lipoproteins a placebocontrolled and double blind study // Eur. J. Clin. Nutr. 1996. V. 50(12). P. 811 -815.

153. Ried K. Gastrointestinal health. The role pro- and pre-biotics in standard foods // Aust. Fam. Phisician. 2004. V. 33(4). P. 253 255.

154. Rivera M.C., Jain R., Moore J.E., Lake J.A. Genomic evidence for the two functionally distinct gene classes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95. P. 6239 6244.

155. Rodrigues U., Collins M.D. Phylogenetic analysis of Streptococcus saccharolyticus based on 16S rRNA sequencing // FEMS Microbiol. Lett. 1990. V. 59. P. 231 -234.

156. Romero D. A., McKey L.L. Isolation and plasmid characterization f Lactobacillus species involved in the manufacture of fermented sausage // J. Food Protection. 1985. V. 48. N 12. P. 1028 1035.

157. Rossello-Mora R., Amann R. The species concept for prokaryotes // FEMS Microbiol. Rev. 2001. V. 25. P. 39-67.

158. Roussel Y, Colmin C, Simonet JM, Decaris B Strain characterization, genome size and plasmid content in the Lactobacillus acidophilus group (Hansen and Mocquot) // J. Appl. Bacteriol. 1993. V. 74(5).P. 549 556.

159. Roussel Y., Bourgoin F., Guedon G., Pebay M., Decaris B. Analisis of the genetic polymorphism between three Streptococcus thermophilus strains by comparing their phisical and genetic organization // Microbiology. 1997. V. 143. P. 1335-1343.

160. Roussel Y., Pebay M., Guedon G., Simonet J.M., Decaris B. Physical and genetic map of Streptococcus thermophilus A054. // J. Bacteriol. 1994 V. 176(24). P. 7413.-.7422.

161. Sabia C., Messi P., de Niederhausern S., Manicardi G., Bondi M. Study of two bacteriocins produced by Enterococcus casseliflavus and Ent. faecalis II Lett. Appl. Microbiol. 2004. V. 38(2). P. 99-105.

162. Salzano G., Moschetti G., Villani F., Coppola S. Biotyping of Streptococcus thermophilus strains by DNA fingerprinting // Res. Microbiol. 1993. V. 144. P. 381-387.

163. Sarantinopoulos P., Kalantzopulos G., Tsakalidou E. Citrate metabolism by Enterococcus faecalis FAIR-E 229 // Appl. Environ. Microbiol. 2001. V. 67(12). P. 5482 5487.

164. Savage D.S. Mechanism by which endogenous microorganisms colonize gastrointestinal epithelial surfaces // Prog. Fd. Nutr. Sc. 1983.V. 7. P. 65 74.

165. Schleifer K.H., Kilpper-Balz R. Molecular and chemotaxonomic approaches to the classification of Streptococci, Enterococci and Lactococci: a rewiew // System. Appl. Microbiol. 1987. V. 10. P. 1-19.

166. Schleifer K.H., Kilpper-Balz R. Transfer of Streptococcus faecalis and Streptococcus faecium to the genus Enterococcus nov. rev. as Enterococcus faecalis comb. nov. and Enterococcus faecium comb, nov // Int. J. Syst. Bact. 1984. V. 34. P. 31 -34.

167. Seal S.E., Jackson L.A., Daniels M.J. Use of tRNA consensus primers indicate subgroups of Pseudomonas solanacearum by polymerase chain reaction // Appl. Environ. Microbiol. 1992. V. 58. P. 3759 3761.

168. Senger F., Nicklen S., Coulsen A. DNA sequencing with chain-terminating ingibitors // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. V. 84. P. 5453 5467.

169. Sherman J.M., Wing H.U. Streptococcus durans nov. sp. II J. Dairy Sei. 1937. V. 20. P. 165- 167.

170. Snel B., Bork P., Huynen M.A. Genome phylogeny based on gene content // Nat. Genet. 1999. V. 21. P. 108 110.

171. Solow B.T., Somkuti G.A. Comparison of low-molecular-weight heat stress proteins encoded on plasmids in different strains of Streptococcus thermophilus H Curr. Microbiol. 2000. V. 41(3). P. 177 181.

172. Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present definition in bacteriology // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 846 849.

173. Steele J. L., McKey L.L. Partial characterization of the genetic basis for sucrose metabolism and nisin production in Streptococcus lactis // Appl. Environ. Microbiol. 1986. V. 51. P. 57 64.

174. Steenson L.R., Klaenhammer T.R. Streptococcus cremoris M12R transconjugants carrying the conjugal plasmid pTR2030 are insensitive to attack by lytic bacteriophages // Appl. Environ. Microbiol. 1985. V. 50. P. 851 -858.

175. Su Y.A., Sulavik M.C., He P., Makinen K.K., Makinen P-L., Fiedler S., Wirth R., Clewell D.B. Nucleotide sequence of the gelatinase gene (gelE) from Enterococcus faecalis subs, liquefaciens II Infect. Immun. 1991. V. 59. P. 415 -420.

176. Suzzi G., Caruso M., Gardini F., Lombardi A., Vannini L., Guerzoni M.E., Andrighetto C., Lanorte M.T. A survey of the enterococci isolated from an artisananal Italian goat's cheese (semicotto caprino) // J. Appl. Microbiol. 2000. V. 89(2). P. 267 274.

177. Teixeira L.M., Facklam R.R., Steigerwalt A.G., Pgott N.E., Merquior V.L.C., Brenner D.J. Correlation between phenotypic characteristics and DNA relatedness within Enterococcus faecium strains I I J. Clinic. Microbiol. 1995. V. 33. N6. P. 1520- 1523.

178. Teuber M., Schwarz F., Perreten V. Molecular structure and evolution of the conjugative multiresistance plasmid pRE25 of Enterococcus faecalis isolated from a raw-fermented sausage // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 88(2-3) P. 325 -329.

179. Thompson J.K., Collins M.A. A comparison of the plasmid profiles of strains of lactic streptococci from a commercial mixed strain starter culture with those from fermented milk // Milchwirtchaft. 1989. V. 44 N 2. P. 65 69.

180. Thompson J.K., Collins M.A. A comparison of the plasmid profiles of strains of lactic streptococci from a commercial mixed strains starter culture with those from fermented milk // Milchwissenschaft. 1989. V. 44. N 2. P. 65 69

181. Tomita H., Fujimoto S., Manimoto K., Ike Y. Cloning and genetic and sequence analyses of the bacteriocin 21 determinant encoded on the Enterococcus faecalis pheromone-responsive conjugative plasmid pPDl // J. Bacteriol. 1997. V. 179. P. 7843 7855.

182. Tong H., Gao X., Dong X. Streptococcus oligofermentans sp. nov., a novel oral isolate from caries-free humans II Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53. P. 1101 1104.

183. Torriani S., Zaparolli G., Dellaglio F. Use of PCR-based methods for rapid differentiation of Lactobacillus delbrueckii subs, bulgaricus and L. delbrueckii subs, lactis II Appl. Environ. Microbiol. 1999. V. 65. N 10. P. 4351 4356.

184. Tulloch D. L., Finch L.R., Hillier A. J., Devidson B. E. Physical map of the chromosome of Lactococcus lactis subsp. lactis DL11 and location of six putative rRNA operons. // J. Bacteriol. 1991. V. 173. P. 2768 2775.

185. Turgeon N., Frenette M., Moineau S. Characterization of a theta-replicating plasmid from Streptococcus thermophilus // Plasmid. 2004 V. 51(1). P. 24 36.

186. Turgeon N., Moineau S. Isolation and characterization of a Streptococcus thermophilus plasmid closely related to the pMV158 family. // Plasmid. 2001. V. 45(3). P. 171-183.

187. Urdaci M.C., Bressollier P., Pinchuk I. Bacillus clausii Probiotic Strains: Antimicrobial and Immunomodulatory Activities // J. Clin. Gastroenterol. 2004. V. 38. P. 86-90.

188. Ursing J.B., Rossello-Mora R.A., Garcia-Valdes E., Lalucat J. Taxonomic note: a pragmatic approach to the nomenclature of phenotypically similar genomic groups // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. V. 45. P. 604.

189. Van Belkum M.J., Hayema .J., Jeeninga R.E., Kok J., Venema G. Organization and nucleotide sequence of two lactococcal bacteriocin operons // Appl. Environ. Microbiol. 1991. V. 57. P. 492 489.

190. Vancanneyt M., Lombardi A., Andrighetto C., Knijff E., Torriani S., Bjorkroth K.J., Franz C.M., Foulguie Moreno M.R., Revets H., De Vuyst L., Swings J., Kersters K., Dellaglio F., Holzapfel WH. Intraspecies genomic groups in

191. Enterococcus faecium and their correlation with origin and pathogenicity // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. P. 1381 1389.

192. Vandamme P., Pot B., Gilis M., De Vos P., Swings J. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics // Microbiol. Rev. 1996. V. 60. P. 407-438.

193. Vauterin L., Hoste B., Kersters K. Swings J. Reclassification of Xantomonas. II Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. V 45. P.472-489.

194. Versalovic J., Koeuth T., Lupski J.R. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes // Nucleic Acid Res. 1991. V. 19. P. 6823-6831.

195. Viale A.M., Arakaki A.K., Soncini F.C., Petrreyra R.G. Evalutionary relationships among eubacterial groups asinferred from GroEL (chaperonine) sequence comparisons // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V. 44. P. 527 533.

196. Viscardi M., Capparelli R., Di Matteo R., Carminati D., Giraffa G, Iannelli D. Selection of bacteriophage-resistant mutants of Streptococcus thermophilus. // J. Microbiol. Methods. 2003. V. 55(1). P. 109 119.

197. Viscardi M., Capparelli R., Iannelli D. Rapid selection of phage-resistant mutants in Streptococcus thermophilus by immunoselection and cell sorting // Int. J. Food Microbiol. 2003. V. 89(2-3). P. 223 231.

198. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers // Nucleic Acid Res. 1990. V. 18. P. 7213 7218.

199. Wessels D., Jooste P.J., Mostert J.F. Technologically important characteristics of Enterococcus isolated from milk and dairy products // J. Food Microbiol. 1990. V. 10. P. 349-352.

200. Whilei R.A., Hardie J.M. Streptococcus vestibularis sp. nov. from the human oral cavity // Int. J. Syst. Bact. 1988. V 38. N 4. P. 335 339.

201. Whiley R.A., Hardie J.M. Streptococcus vestibularis sp. nov. from the human oral cavity // J. Syst. Bacteriol. 1988. V. 38. P. 335-339.

202. Williams J.G.K., Kubelic A.R., livak K.J., Rafalski J. A., Tingey S.V. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucleic Acid Res. 1990. V 18. P. 6531 6535.

203. Woese C.R. Bacterial evolution // Microbiol. Rev. 1987. V. 51. P. 221 271.

204. Yoon J.H., Kang S.S., Cho Y.G., Lee S.T., Kho Y.H., Kim C.J., Park Y.H. Rhodococcus pyridinivorans sp. nov., a pyridine-degrading bacterium // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 2173 2180.

205. Zhang Y., Lei Y., Khammanivong A., Herzberg M.C. Identification of novel two-component system in Streptococcus gordonii V288 involved in biofilm formation I I Infect. Immun. 2004. V. 72. P. 3489 3494.

206. MacKay L.L. Functional properties of plasmids in lactic streptococci // Antonie van Leeuwenhoec. 1983. V. 49. P. 259 274.

207. MacKay L.L. Functional properties of plasmids in lactic streptococci // Antonie van Leeuwenhoec. 1983. V. 49. P. 259 274.

208. MacKay L.L. Regulation of lactose metabolism in dairy streptococci // In: Developments in food microbiology. Ed. Davies R. London. Applied Scence Publiscers. 1982. V. 1. P. 153 182.

209. MacKay L.L. Regulation of lactose metabolism in dairy streptococci // In: Developments in food microbiology. Ed. Davies R. London. Applied Scence Publiscers. 1982. V. 1. P. 153 182.