Структурно-функциональный анализ нового белка хампина как компонента ядерного интерактома тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Дмитриев, Руслан Игоревич

• Дмитриев, Руслан Игоревич
• кандидат химических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат химических наук Дмитриев, Руслан Игоревич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ---------------------------------------------------------------------------------------------------б

ГЛАВА 1. ЭВОЛЮЦИЯ БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ, ИМЕЮЩИХ В СВОЕМ СОСТАВЕ АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗУ ГИСТОНОВ МУБТ1 (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)—

Предисловие

Структура и функция компенсасомы — комплекса, включающего в себя белки МБЫ и

МОБ у БгозорЫ1а

Основные компоненты компенсасомы

Дополнительные компоненты комплекса

Механизм работы компенсасомы

Комплекс МБЬ у других организмов?

Другие комплексы с участием хампина /МБЫ и ацетилтрансферазы МУБТ1

Ацетилтрансферазы МУБТ и апоптоз

Эволюционные аспекты, связанные с функционированием комплексов на основе ацетилтрансферазМУБП

Современные представления о механизме функционирования хроматина согласно парадигме «сканирования хроматина»

- Подвижность белков в ядре

Флуктуации доступности нуклеосом

Открытые состояния», случайное связывание и общая схема ядерных процессов —

ГЛАВА 2: РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Изучение первичной структуры хампина мыши, ее филогенетический анализ и изучение тканевой специфичности экспрессии его изоформ

Бактериальная продукция фрагментов хампина и получение специфических антител - 45 Изучение внутриклеточной локализации изоформ хампина и картирование участков, содержащих сигналы ядерной локализации

Результаты поиска белковых взаимодействий хампина и его партнеров в дрожжевой двугибридной системе

Анализ тканевой специфичности партнеров хампина, их краткая характеристика, филогенетический анализ

Бактериальная продукция партнеров хампина. Получение антител к некоторым белкам. Проблемы.

Разработка двухтеговой системы для экспрессии в бактериях. Свойства белков.

Оптимизация условий связывания на примере взаимодействия MYSTl-хампин

Применение двухтеговой системы для подтверждения взаимодействий и картирования участков взаимодействий между хампином и некоторыми белками

Характеристика некоторых партнеров хампина и их ко-локализация в клетке

Необычные свойства ТТС4 и регуляция его внутриклеточной локализации

Внутриклеточная локализация белков NELF-C и NELF-D—.

ГЛАВА 3: ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Материалы

Олигонуклеотидные праймеры для ПЦР, использованные в работе

Конструирование экспрессирующих плазмидных ДНК -.

Свойства белков, продуцированных в бактериях

Методы исследования

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ-----------------------------------------------------.-.-.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональный анализ нового белка хампина как компонента ядерного интерактома»

Актуальность проблемы

Одним из главных подходов в современной науке биоорганической химии является использование высокопоточных методов для анализа структурных компонентов живой клетки и организма в целом. К таким методам в нашу «постгеномную эру» следует отнести анализ протеомов организмов, изучение совокупности всех белок-белковых взаимодействий в рамках конкретного протеома, называемой термином «интерактом», а также ряд других - изучение «метаболома», «деградома» и прочих. Предполагается, что создание полных карт взаимодействий между биомолекулами (в данном случае белками) позволит лучше понять принципы функционирования живого организма. Действительно, такая информация важна как с точки зрения фундаментальной науки, так и с точки зрения ее практических приложений, в особенности, - для медицины. Несмотря на достаточно глобальный характер этой задачи, уже сейчас можно утверждать, что она не является невыполнимой. Развитие методов в изучении белок-белковых взаимодействий уже позволяет аннотировать предварительные карты белковых взаимодействий целых организмов, например, полные для дрожжей () или частичные для человека О- В то же время, учитывая специфические особенности отдельных белков в картах интерактомов будут оставаться^ «темные пятна». В таких случаях основная надежда остается на усилия небольших групп ученых, применяющих низкопоточные методы, и решающих такие проблемы применительно к особенностям индивидуальных белков. Не следует также забывать, что важным критерием характеристики взаимодействия между белками*, является его функциональная значимость. Для решения таких задач пока еще не существует универсальных высокопоточных подходов.

Ранее в нашей лаборатории был идентифицирован фрагмент белка, кодируемого геном мыши 4121402002Шк, как возможный партнер бета-субъединицы семейства Х,К-АТФаз Рм в бактериальной двугибридной системе. Анализ консервативности данного гена у млекопитающих показал, что кодируемые им белки у млекопитающих имеют высокую степень гомологии: 100% идентичности первичной структуры между белками человека и шимпанзе и 95% идентичности между белками человека и мыши. В то же время, анализ баз данных маркеров экспрессируемых последовательностей указывал на также существование альтернативного сплайсинга первичного транскрипта данного гена. Функция этого нового белка, названного нами «хампином», была неизвестной. Единственной работой, в которой выдвигались предположения о возможной функции хампина, была работа Марина 0, в которой он показал, что хампин является отдаленным гомологом хорошо изученного белка дрозофилы, белка MSL1. Последний является компонентом рибонуклеопротеидного комплекса MSL (синонимы — «компенсасома», «комплекс компенсации дозы гена» DCC), участвующего в реорганизации структуры хроматина у самцов мух рода Drosophila, и избирательно повышающего его активность в 2 раза, по сравнению с Х-хромосомами самок 0- Современные данные о механизме работы компенсасомы дрозофил позволяют утверждать, что белок MSL1 является структурным компонентом комплекса, важным для корректной ассоциации компенсасомы со специфическими участками хроматина. С другой стороны, млекопитающие не используют компенсасомы для компенсации дозы гена Q. Поэтому гомология между хампином и белком MSL1 может быть причиной их общих функций, сохранившихся в процессе эволюции и, по-видимому, связанных с консервативными механизмами реорганизации структуры хроматина применительно к регуляции экспрессии генов.

Учитывая интерес, который вызывают в настоящее время исследования в области механизмов регуляции экспрессии генов, мы решили сфокусировать свое внимание на изучении структуры и функции нового белка хампина. Данная работа представляется актуальной как с точки зрения изучения свойств данного белка, так и с точки зрения? развития методологии изучения новых, ^охарактеризованных белков протеома млекопитающих.

Цели и задачи исследования

Целью данной работы было изучение свойств и. особенностей хампина млекопитающих применительно к его роли в глобальном интерактоме млекопитающих. Поэтому в ходе настоящей работы предполагалось решить следующие задачи:

1. Изучить первичную структуру изоформ хампина в модельном организме мыши, а также характер их распределения в различных тканях.

2. провести сравнение первичных структур гомологов хампина у других организмов и выяснить, какие из участков его первичной структуры подверглись наибольшим изменениями, а какие являются наиболее консервативными.

3. определить внутриклеточную локализацию изоформ хампина в организме мыши и выяснить, какими участками его структуры она обеспечивается.

4. с помощью дрожжевой двугибридной системы провести поиск белок-белковых взаимодействий хампина в организме мыши.

5. подтвердить взаимодействия, идентифицированные в дрожжевой двугибридной системе, с помощью альтернативных методов - связывания in vitro, ко-локализации или функционально.

Научная новизна и практическая ценность работы

В ходе работы нами было впервые изучено разнообразие изоформ хампина в организме мыши, образующееся в результате альтернативного сплайсинга кодирующей мРНК. Интересной особенностью оказалось, что разные изоформы белка являются результатом использования разных комбинаций экзонов.

На основании сравнения первичных структур хампина и его гомологов в организмах животных мы показали, что гены, кодирующие белки данного семейства, присутствуют у членистоногих и позвоночных животных, отсутствуя у круглых червей и представителей других царств эукариот - растений и грибов. С помощью обратной транскрипции — ПЦР мы показали, что отдельные изоформы хампина содержатся виртуально во всех тканях, тогда как по крайней мере две из его изоформ специфичны для семенников.

Мы также изучили внутриклеточную локализацию всех изоформ хампина в организме мыши. Оказалось, что все они имеют ядерную локализацию. Сравнительный анализ структуры изоформ показал, что в молекуле хампина имеет место существование по крайней мере двух сигналов ядерной локализации - одного, неизвестного ранее и? присущего всем изоформам хампина, и другого, который содержится в последовательности высоконсервативного домена РЕНЕ и, вероятно, функционирует как добавочный.

Независимо от зарубежных групп исследователей, мы показали, что, как и MSL1 дрозофилы, хампин млекопитающих способен взаимодействовать с ацетилтрансферазой. гистонов семейства MYST1 через свой высоко консервативный домен РЕНЕ. Таким' образом, одной из его консервативных функций является взаимодействие с ацетилтрансферазой гистонов MYST1, важной для ацетилирования гистона Н4 по остатку К16 как у млекопитающих, так и дрозофилы.

С помощью дрожжевой двугибридной системы мы открыли ряд новых взаимодействий хампина, неизвестных для его гомолога MSL1, и связывающих его функцию с регуляцией активности ДНК-полимеразы альфа (р180) и некоторых белков-супрессоров опухолей. Большинство открытых взаимодействий было подтверждено с помощью методов аффинной хроматографии. В ходе проведения данных экспериментов была разработана новая система гибридных белков, позволяющая изучать белок-белковые взаимодействия in vitro.

Дополнительно, в ходе работы был проведен структурно-функциональный.анализ некоторых малоизученных белков-партнеров хампина и MYST1: ТТС4, NELF-C, ТТС35 и его партнера RASSF1C.

В целом полученные результаты позволяют реконструировать фрагмент интерактома млекопитающих, содержащий в своем центре белок хампин и указывают на то, что он является важным компонентом некоторых сигнальных путей, происходящих в клеточном ядре. В то же время, сложность структуры узла интерактома применительно к отдельно взятому белку показывает, насколько мало изучены в наше время такие процессы как регуляция транскрипции РНК-полимеразой II или ацетилирование гистонов. Безусловно, данные результаты являются дополнительным стимулом в изучении интерактома млекопитающих.

Стоит отметить, что выполненная работа представляет не только теоретический, но и практический интерес: полученные данные проливают свет на аспекты функционирования жизненно важных систем клетки, имеющих нарушенную функцию в ходе злокачественной трансформации. Так, недавно было обнаружена взаимосвязь между функцией белка МУ8Т1 и трансформацией клеток 0> запуском АТМ-зависимых сигнальных каскадов в ответ на повреждение структуры геномной ДНК ()> а также его роль в регуляции супрессорной активности широко известного белка р53 О- С другой стороны, функция белков КА8БР1С и ТТС4 в механизмах супрессии опухолей остается, малоизученной в наши дни. Очевидно, что открытие новых функциональных взаимосвязей для всех этих белков является важной вехой в изучении их функции и, как следствие, в разработке новых средств терапии рака.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Дмитриев, Руслан Игоревич

выводы

1. Установлена структура изоформ хампина в организме мыши и изучен характер их тканевой специфичности. Три изоформы (А, В, С) содержатся во всех тканях, тогда как две остальные (D, Е) имеют тканевую специфичность, ограниченную семенниками.

2. Показано, что все изоформы хампина мыши локализуются в клеточном ядре, причем некоторые из изоформ имеют по два участка последовательности, ответственных за сортировку в клеточное ядро.

3. С помощью дрожжевой двугибридной системы открыты взаимодействия хампина А с рядом ядерных и малоизученных белков - MYST1, NOP 17, ТТС4, KIAA0103 и GC BP, а также новые взаимодействия для некоторых из его партнеров.

4. Предложена новая система белковых меток на основе полипептидов D1HTH, HMPL и CBD, позволяющая подтверждать белковые взаимодействия in vitro. Ее применимость опробована на примере взаимодействия «хампин-MYSTl».

5. Большинство белковых взаимодействий, открытых с помощью двугибридного скрининга, подтверждено с помощью альтернативных подходов, таких как связывание in vitro и ко-локализация белков в клетке.

6. Показано, что домен хампина IVpehe участвует во взаимодействии с; белками ТТС35, NOP 17 и MYST1, тогда как центральный регион белка, включающий в себя домены Нее и III, взаимодействует с белком ТТС4.

7. Изучены свойства некоторых новых белков ядра, идентифицированных в ходе работы: ТТС4, RASSF1C и других.

БЛАГОДАРНОСТИ

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Дмитриев, Руслан Игоревич, 2008 год

1. Cosgrove MS, Wolberger С. How does the histone code work? Biochem CellBiol. 2005 Aug; 83(4):468-76.

2. Turner BM. Cellular memory and the histone code. Cell. 2002 Nov 1;111(3):285-91.

3. Sterner DE, Berger SL. Acetylation of histones and transcription-related factors. Microbiol Mol Biol Rev. 2000 Jun;64(2):435-59.

4. Clayton AL, Hazzalin CA, Mahadevan LC. Enhanced histone acetylation and transcription: a dynamic perspective. Mol Cell. 2006 Aug 4;23(3):289-96.

5. Neal КС, Pannuti A, Smith ER, Lucchesi JC. A new human member of the MYST family of histone acetyl transferases with high sequence similarity to Drosophila MOF. Biochim Biophys Acta. 2000 Jan 31;1490(l-2):170-4.

6. Taipale M, Rea S, Richter K, Vilar A, Lichter P, Imhof A, Akhtar A. hMOF histone acetyltransferase is required for histone H4 lysine 16 acetylation in mammalian cells. Mol Cell Biol. 2005 Aug;25(l 5):6798-810.

7. Shogren-Knaak M, Ishii H, Sun JM, Pazin MJ, Davie JR, Peterson CL. Histone H4-K16 acetylation controls chromatin structure and protein interactions. Science. 2006 Feb 10; 311(5762):844-7.

8. Gupta A, Sharma GG, Young CS, Agarwal M, Smith ER, Paull TT, Lucchesi JC, Khanna KK, Ludwig T, Pandita TK. Involvement of human MOF in ATM function. Mol Cell Biol. 2005 Jun;25( 12): 5292-3 05.

9. R I. Dmitriev, TV Korneenko, АА Bessonov, MI. Shakhparonov, NN. Modyanov, NB Pestov. Characterization of hampin/MSLl as a node in the nuclear interactome Biochemical and Biophysical Research Communications (2007) 355, 1051-1057.

10. Taipale M, Akhtar A. Chromatin mechanisms in Drosophila dosage compensation. Prog Mol Subcell Biol. 2005;38:123-49.

11. Belote J., Lucchesi J. Male-specific lethal mutations of Drosophila melanogaster. Genetics 1980, 96, 165-186.

12. Kuroda MI, Keraan MJ, Kreber R, Ganetzky B, Baker BS. The maleless protein associates with the X chromosome to regulate dosagecompensation in Drosophila. Cell. 1991 Sep 6;66(5):935-47.

13. Palmer MJ, Mergner VA, Richman R, Manning JE, Kuroda MI, Lucchesi JC. The male-specific lethal-one (msl-1) gene of Drosophila melanogaster encodes a novel protein that associates with the X chromosome in males. Genetics. 1993 Jun;134(2):545-57.

14. Morales V, Straub T, Neumann MF, Mengus G, Akhtar A, Becker PB. Functional integration of the histone acetyltransferase MOF into the dosage compensation complex.

15. Marin I. Evolution of chromatin-remodeling complexes: comparative genomics reveals the ancient origin of "novel" compensasome genes. J Mol Evol. 2003 May;56(5):527-39.

16. Beckmann K, Grskovic M, Gebauer F, Hentze MW. A dual inhibitory mechanism restricts msl-2 mRNA translation for dosage compensation in Drosophila. Cell. 2005 Aug 26;122(4):529-40.

17. Abaza I, Coll O, Patalano S, Gebauer F. Drosophila UNR'is required for translational repression of male-specific lethal 2 mRNA during regulation of X-chromosome dosage compensation. Genes Dev. 2006 Feb l;20(3):380-9.

18. Kelley RL, Solovyeva I, Lyman LM, Richman R, Solovyev V, Kuroda MI. Expression of msl-2 causes assembly of dosage compensation regulators on the X chromosomes and female lethality in Drosophila. Cell. 1995 Jun 16;81(6):867-77.

19. Borden KL, Freemont PS. The RING finger domain: a recent example of a sequence-structure family. Curr Opin Struct Biol. 1996 Jun;6(3):395-401.

20. Copps K, Richman R, Lyman LM, Chang KA, Rampersad-Ammons J, Kuroda MI. Complex formation by the Drosophila MSL proteins: role of the MSL2 RING finger in protein complex assembly. EMBO J. 1998 Sep 15;17(18):5409-17.

21. Lyman LM, Copps K, Rastelli L, Kelley RL, Kuroda MI. Drosophila male-specific lethal-2 protein: structure/function analysis and dependence on MSL-1 for chromosome association. Genetics. 1997 Dec; 147(4): 1743-53.

22. Straub T, Neumann MF, Prestel M, Kremmer E, Kaether C, Haass C, Becker PB. Stable chromosomal association of MSL2 defines a dosage-compensated nuclear compartment. Chromosoma. 2005 Nov;l 14(5):352-64. Epub 2005 Nov 12.

23. Gorman M, Franke A, Baker BS. Molecular characterization of the male-specific lethal-3 gene and investigations of the regulation of dosage compensation in Drosophila. Development. 1995 Feb;121(2):463-75.

24. Koonin EV, Zhou S, Lucchesi JC. The chromo superfamily: new members, duplication of the chromo domain and possible role in delivering transcription regulators to chromatin. Nucleic Acids Res. 1995 Nov 11;23(21):4229-33.

25. Morales V, Regnard C, Izzo A, Vetter I, Becker PB. The MRG domain mediates the functional integration of MSL3 into the dosage compensation complex. Mol Cell Biol. 2005 Jul;25(14):5947-54.

26. Buscaino A, Kocher T, Kind JH, Holz H, Taipale M, Wagner K, Wilm M, Akhtar A. MOF-regulated acetylation of MSL-3 in the Drosophila dosage compensation complex. Mol Cell. 2003 May; 11 (5): 1265-77.

27. Buscaino A, Legube G, Akhtar A. X-chromosome targeting and dosage compensation are mediated by distinct domains in MSL-3. EMBO Rep. 2006 May;7(5):531-8. Epub 2006 Mar 10.

28. Lee CG, Chang KA, Kuroda MI, Hurwitz J. The NTPase/helicase activities of Drosophila maleless, an essential factor in dosage compensation. EMBO J. 1997 May 15;16(10):2671-81.

29. Lee CG, Reichman TW, Baik T, Mathews MB. MLE functions as a transcriptional regulator of the roX2 gene. J Biol Chem. 2004 Nov 12;279(46):47740-5. Epub 2004 Sep 9.

30. Bone JR, Lavender J, Richman R, Palmer MJ, Turner BM, Kuroda MI. Acetylated histone H4 on the male X chromosome is associated with dosage compensation in Drosophila. GenesiDev. 1994 Jan;8(l):96-104.

31. Gu W, Szauter P, Lucchesi JC. Targeting of MOF, a putative histone acetyl transferase, to the X chromosome of Drosophila melanogaster. Dev Genet. 1998;22(l):56-64.

32. Smith ER, Pannuti A, Gu W, Steurnagel A, Cook RG, Allis CD, Lucchesi JC. The drosophila MSL complex acetylates histone H4 at lysine 16, a chromatin modification linked to dosage compensation. Mol Cell Biol. 2000 Jan;20(l):312-8.

33. Franke A, Baker BS. The roxl and rox2 RNAs are essential components of the compensasome, which mediates dosage compensation in Drosophila. Mol Cell. 1999 Jul;4(l):l 17-22.

34. Kelley RL. Path to equality strewn with roX. Dev Biol. 2004 May 1 ;269(1): 18-25.

35. Oh H, Park Y, Kuroda MI. Local spreading of MSL complexes from roX genes on the Drosophila X chromosome. Genes Dev. 2003 Jun 1;17(11):1334-9.

36. Fagegaltier D, Baker BS. X chromosome sites autonomously recruit the dosage compensation complex in Drosophila males. PLoS Biol. 2004 Nov;2(l l):e341. Epub 2004 Oct 5.

37. Deng X, Rattner BP, Souter S, Meller VH. The severity of roXl mutations is predicted by MSL localization on the X chromosome. Mech Dev. 2005 0ct;122(10):1094-105.

38. Jin Y, Wang Y, Johansen J, Johansen KM. JIL-1, a chromosomal kinase implicated in regulation of chromatin structure, associates with the male specific lethal (MSL) dosage compensation complex. J Cell Biol. 2000 May 29; 149(5): 1005-10.

39. Lerach S, Zhang W, Deng H, Bao X, Girton J, Johansen J, Johansen KM. JIL-1 kinase, a member of the male-specific lethal (MSL) complex, is necessary for proper dosage compensation of eye pigmentation in Drosophila. Genesis. 2005 Dec;43(4):213-5.

40. Gilfillan GD, Straub T, de Wit E, Greil F, Lamm R, van Steensel B, Becker PB. Chromosome-wide gene-specific targeting of the Drosophila dosage compensation complex. Genes Dev. 2006 Apr l;20(7):858-70. Epub 2006 Mar 17.

41. Corona DF, Clapier CR, Becker PB, Tamkun JW. Modulation of ISWI function by site-specific histone acetylation. EMBO Rep. 2002 Mar;3(3):242-7.

42. Furuhashi H, Nakajima M, Hirose S. DNA supercoiling factor contributes to dosage compensation in Drosophila. Development. 2006 Nov;133(22):4475-83. Epub 2006 Oct 11.

43. J.C. Lucchesi, W.G. Kelly, B. Panning, Chromatin remodeling in dosage compensation, Annu. Rev. Gen., 39(2005)615-651.

44. Minakhina S, Yang J, Steward R. Tamo selectively modulates nuclear import in Drosophila. Genes Cells. 2003 Apr;8(4):299-310.

45. Marin I, Baker BS. Origin and evolution of the regulatory gene male-specific lethal-3. Mol Biol Evol. 2000 Aug; 17(8): 1240-50.

46. Tominaga K, Kirtane B, Jackson JG, Ikeno Y, Ikeda T, Hawks C, Smith JR, Matzuk MM, Pereira-Smith OM. MRG15 regulates embryonic development and cell proliferation. Mol Cell Biol. 2005 Apr;25(8):2924-37.

47. Prakash SK, Van den Veyver IB, Franco B, Volta M, Ballabio A, Zoghbi HY. Characterization of a novel chromo domain gene in xp22.3 with homology toDrosophila msl-3.

48. Sanjuan R, Marin I. Tracing the origin of the compensasome: evolutionary history of DEAH helicase and MYST acetyltransferase gene families. Mol Biol Evol. 2001 Mar;18(3):330-43.

49. Eisen A, Utley RT, Nourani A, Allard S, Schmidt P, Lane WS, Lucchesi JC, Cote J. The yeast NuA4 and Drosophila MSL complexes contain homologous subunits important for transcription regulation. J Biol Chem. 2001 Feb 2;276(5):3484-91. Epub 2000 Oct 17.

50. Doyon Y, Cote J. The highly conserved and multifunctional NuA4 HAT complex. Curr Opin Genet Dev. 2004 Apr; 14(2): 147-54.

51. Dou Y, Milne TA, Tackett AJ, Smith ER, Fukuda A, Wysocka J, Allis CD, Chait BT, Hess JL, Roeder RG. Physical association and coordinate function of the H3 K4 methyltransferase MLL1 and the H4 K16 acetyltransferase MOF. Cell. 2005 Jun 17;121(6):873-85.

52. Li D, Burch P, Gonzalez O, Kashork CD, Shaffer LG, Bachinski LL, Roberts R. Molecular cloning, expression analysis, and chromosome mapping of WDR6, a novel human WD-repeat gene. Biochem Biophys Res Commun. 2000 Jul 21;274(1):117-23.

53. Sykes SM, Meliert HS, Holbert MA, Li K, Marmorstein R, Lane WS, McMahon SB. Acetylation of the p53 DNA-binding domain regulates apoptosis induction. Mol Cell. 2006 Dec 28;24(6):841-51.

54. Strahl, B. D., and Allis, C. D. (2000) Nature 403, 41-45

55. Imbalzano, A. T., and Xiao, H. (2004) Adv. Protein Chem. 67, 157-179

56. Van Holde K, Zlatanova J., Scanning Chromatin: A new paradigm? J. Biol. Chem. 2006, 281, 12197-12200.

57. Thomas, J. O., and Rees, C. (1983) Eur. J. Biochem. 134, 109-115

58. Caron, F., and Thomas, J. 0.(1981) J. Mol. Biol. 146,513-537

59. Lippincott-Schwartz, J., Snapp, E., and Kenworthy, A. (2001) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2, 444456

60. Goulian, M., and Simon, S. M. (2000) Biophys. J. 79, 2188-2198

61. Misteli, T., Gunjan, A., Hock, R., Bustin, M., and Brown, D. T. (2000) Nature 408, 877-881

62. Phair, R. D., Scaffidi, P., Elbi, C., Vecerova, J., Dey, A., Ozato, K., Brown, D. T., Hager, G., Bustin, M., and Misteli, T. (2004) Mol. Cell. Biol. 24, 6393-6402

63. Polach, K. J., and Widom, J. (1995) J. Mol. Biol. 254, 130-149

64. Li, G., and Widom, J. (2004) Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 763-769

65. Szabo, A., and Shoup, D. (1982) J. Chem. Phys. 77, 4484-4493

66. Zhou, H.-X. (1998) J. Chem. Phys. 108, 8146-8154

67. Zhou, H.-X., Wlodek, S. T., and McCammon, J. A. (1998) PNAS 95, 9280-9283

68. Chen, D., Dundr, M., Wang, C., Leung, A., Lamond, A., Misteli, T., and Huang,S. (2005) J.Cell Biol 168,41-54.

69. Catez, F., Yang, H., Tracey, K.J., Reeves, R., Misteli, T., and Bustin, M. (2004) Mol. Cell. Biol. 24,4321-4378

70. Green, M. (2005) Mol. Cell 18, 399^102.