Белок Suppressor of Underreplication Drosophila мelanogaster: распределение в хромосомах и взаимодействие с другими белками тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Пиндюрин, Алексей Валерьевич

• Пиндюрин, Алексей Валерьевич
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Пиндюрин, Алексей Валерьевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Введение. Эухроматин и гетерохроматин

1.1. Гетерохроматин

1.1.1. Цитогенетические свойства прицентромерного гетерохроматина

1.1.2. Цитогенетические свойства интеркалярного гетерохроматина

1.1.3. Особенности организации гетерохроматина на нуклеосомном уровне 1 б

1.1.4. Специфические негистоновые белки и молекулярные механизмы формирования прицентромерного гетерохроматина

1.1.5. Специфические негистоновые белки и молекулярная организация интеркалярного гетерохроматина

1.2. Современные методы исследования белков хроматина

1.2.1. Картирование участков локализации белков хроматина при помощи метода DamID

1.2.2. Исследования белок-белковых взаимодействий в дрожжевой двугибридной системе

1.3. Белок SUUR 41 Заключение и постановка задач

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.1.1. Штаммы Escherichia coli

2.1.2. Штаммы Saccharomyces cerevisiae

2.1.3. Культуры клеток Drosophila melanogaster

2.1.4. Олигонуклеотиды

2.1.5. Плазмиды и кДНК-библиотека

2.1.6. Антитела

2.1.7. Ферменты

2.1.8. кДНК-микрочипы

2.2. Методы

2.2.1. Работа с культурами клеток Drosophila melanogaster AI

2.2.2. Выделение РНК и ОТ-ПЦР

2.2.3. Методики работы с рекомбинантной ДНК

2.2.4. Создание плазмидных конструкций

2.2.5. Процедура DamID

2.2.6. Подготовка проб, гибридизация и анализ кДНК-микрочипов

2.2.7. Работа с дрожжевой двугибридной системой «Interaction trap»

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Картирование и анализ участков локализации белка SUUR в хромосомах диплоидных клеток Drosophila melanogaster

3.1.1. Анализ транскрипционной активности гена SnUR в эмбриональных культурах Кс167 и S

3.1.2. ДНК-аденин-метилтрансферазная активность химерных белков Dam-SUUR и SUUR-Dam

3.1.3. Локализация химерных белков Dam-SUUR и SUUR-Dam в клетках дрозофилы

3.1.4. Картирование участков локализации белка SUUR в хромосомах клеток Кс

3.1.5. Гены-мишени белка SUUR являются преимущественно транскрипционно неактивными и реплицируются ближе к концу S-фазы клеточного цикла

3.1.6. Высокая корреляция между распределениями белка SUUR и белков группы Polycomb в хромосомах дрозофилы

3.1.7. Умеренная корреляция между распределениями белка SUUR и белков НР1 и SU(VAR)3-9 в хромосомах дрозофилы

3.1.8. Высокая корреляция между распределениями белков SUUR и LAM в хромосомах дрозофилы

3.1.9. Профиль связывания белка SUUR с хромосомами клеток Кс 167 отрицательно коррелирует с профилем недорепликации ДНК политенных хромосом

3.1.10. Активность генов-мишеней белка SUUR в онтогенезе дрозофилы

3.2. Поиск партнёров белка SUUR

3.2.1. Подбор условий для проведения экспериментов в дрожжевой двугибридной системе «Interaction trap»

3.2.2. Поиск партнёров белка SUUR с помощью скрининга кДНК-библиотеки

3.2.3. Картирование доменов, опосредующих взаимодействие между белками SUUR и НР

3.2.4. Особенности взаимодействия между белками SUUR и eIF3-S9-THP

3.2.5. Поиск партнёров белка SUUR среди белков-кандидатов

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

4.1. Картирование участков локализации белка SUUR на хромосомах диплоидных клеток

4.2. Выявление физического взаимодействия между белками SUUR и НР

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Белок Suppressor of Underreplication Drosophila мelanogaster: распределение в хромосомах и взаимодействие с другими белками»

Актуальность проблемы

Одной из актуальных проблем современной генетики является изучение механизмов, контролирующих процессы репликации, экспрессии и репрессии генов. В последние годы, благодаря расшифровке геномов эукариот и разработке новых экспериментальных подходов, исследования этой проблемы вышли на уровень генома. В частности, активно ведутся работы по изучению времени репликации большого количества генов, а также их транскрипционной активности на разных стадиях развития, в разных тканях и под влиянием различных факторов. Регулярно появляются новые данные по картированию с высокой точностью участков локализации специфических белков и модификаций гистонов в хромосомах клеток разных типов.

Особый интерес представляет исследование гетерохроматина, отличающегося высоким уровнем компактизации ДНК, конденсированным состоянием на протяжении всего клеточного цикла, низким уровнем транскрипционной активности, ассоциацией с ядерной мембраной, поздним временем репликации в S-фазе клеточного цикла, а также наличием специфических негистоновых белков и особых модификаций гистонов (см. обзор Craig, 2005). Такое репрессированное состояние хроматина устанавливается на ранних этапах развития организма и в дальнейшем наследуется на протяжении многочисленных клеточных делений (так называемое «эпигенетическое наследование»). У Drosophila melanogaster — одного из модельных объектов для генетических исследований - около 30% генома формирует гетерохроматин, который локализован в прицентромерных областях хромосом (прицентромерный гетерохроматин), в районах теломер (теломерный гетерохроматин), а также в многочисленных сайтах, рассеянных вдоль эухроматиновых плеч хромосом (интеркалярный гетерохроматин). Прицентромерный гетерохроматин содержит относительно мало генов и представлен средне- и высокоповторёнными последовательностями ДНК (см. обзор Wallace and Orr-Weaver, 2005), а районы интеркалярного гетерохроматина соответствуют кластерам уникальных неактивных генов (Belyakin et al., 2005).

Молекулярную основу эпигенетически наследуемого репрессированного состояния гетерохроматина составляет прежде всего особый набор модификаций коровых гистонов, с которыми связываются специфические негистоновые белки-репрессоры.

Отличительной особенностью гетерохроматиновых районов у дрозофилы является недорепликация (недопредставленность) ДНК в политенных хромосомах слюнных желёз.

Единственным известным фактором, специфически влияющим на недорепликацию ДНК гетерохроматиновых районов, является ген Suppressor of UnderReplication (SuUR) (Belyaeva et al., 1998). Мутация данного гена приводит к полному подавлению недорепликации ДНК в интеркалярном гетерохроматине и частичному подавлению недорепликации в прицентромерном гетерохроматине, а дополнительные трансгенные копии нормального аллеля гена SuUR, напротив, вызывают усиление недорепликации ДНК (см. обзор Zhimulev and Belyaeva, 2003). Методом флуоресцентного иммуноокрашивания политенных хромосом белок SUUR был обнаружен в районах прицентромерного, интеркалярного и теломерного гетерохроматина, а также в ядрышке. Однако, механизм его воздействия на процесс политенизации ДНК гетерохроматиновых районов пока не известен.

Цель работы

Целью данной работы является построение и последующее изучение профиля связывания белка SUUR с хромосомами культуры клеток эмбрионов Drosophila melanogaster, а также поиск белков, взаимодействующих с белком SUUR. В связи с этим были поставлены следующие задачи:

1. Выполнить картирование участков локализации белка SUUR на хромосомах культуры клеток эмбрионов дрозофилы посредством процедуры DamID (Dam Identification) в сочетании с технологией кДНК-микрочипов. Построить профиль связывания белка SUUR с хромосомами. Провести сравнительный анализ локализации белка SUUR в хромосомах и определить состояние транскрипционной активности его генов-мишеней с использованием ранее опубликованных данных.

2. Исследовать наличие взаимодействий между белком SUUR и основными негистоновыми белками гетерохроматина (НР1, PC и др.) с помощью метода дрожжевой двугибридной системы.

Научная новизна

В настоящей работе впервые осуществлено картирование участков локализации белка SUUR на хромосомах диплоидных клеток Drosophila melanogaster. Впервые участки локализации этого белка на хромосомах были выявлены в геномном масштабе с высокой степенью точности (порядка 2-5 т.п.н.).

Установлена положительная корреляция между распределением белка SUUR и уровнем недорепликации ДНК в политенных хромосомах слюнных желёз.

Выявлен первый непосредственный партнёр белка 8ШЖ - белок НР1. Установлено, что для взаимодействия между этими двумя белками необходимы и достаточны средняя заряженная часть белка 81ЛЖ и С-концевая часть белка НР1, содержащая хромотеневой домен.

Практическая ценность

Результаты данной работы способствуют расширению фундаментальных знаний о компонентах хроматина, контролирующих процессы репликации и транскрипционной активности генов. Впервые обнаружено и охарактеризовано прямое физическое взаимодействие белка 8ШЖ с другим белком гетерохроматина, а именно белком НР1. Полученные данные важны для понимания особенностей процесса репликации в районах гетерохроматина. Помимо этого, в данной работе выполнено полномасштабное картирование белков 81ЛЖ и НР1 и сравнительный анализ распределения этих и ряда других белков хроматина в хромосомах ПгояорИйа melanogaster. В настоящее время эти данные активно используются в биоинформационных исследованиях, посвященных картированию и предсказанию функционально значимых белковых кластеров в хромосомах Г)го5орЫ1а melanogaster.

Материалы данной диссертационной работы используются в курсах лекций для студентов биологических факультетов ряда вузов.

Публикации

Диссертация написана по материалам следующих публикаций:

1. Колесникова Т.Д., Андреева E.H., Пиндюрин A.B., Ананько Н.Г., Белякин С.Н., Шлома В.В., Юрлова A.A., Макунин И.В., Похолкова Г.В., Волкова Е.И., Заруцкая Е.А., Кокоза Е.Б., Семешин В.Ф., Беляева Е.С., Жимулёв И.Ф. Ген SuUR и его участие в организации эпигенетически репрессированных районов хромосом Drosophila melanogaster Н Генетика. 2006. Т.42. № 8. С. 1013-1028.

2. Pindyurin А.V., Moorman С., de Wit E., Belyakin S.N., Belyaeva E.S., Christophides G.K., Kafatos F.C., van Steensel В., Zhimulev, I.F. SUUR joins separate subsets of PcG, HP1 and B-type lamin targets in Drosophila II J. Cell Sei. 2007. V. 120(14). P.2344-2351.

3. Pindyurin A.V., Boldyreva L.V., Shloma V.V., Kolesnikova T.D., Pokholkova G.V., Andreyeva E.N., Kozhevnikova E.N., Ivanoschuk I.G., Zarutskaya E.A., Demakov S.A., Gorchakov A.A., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Interaction between the Drosophila heterochromatin proteins SUURand HP1 // J. Cell Sei. 2008. V.121(10). P.1693-1703.

4. Жимулёв И.Ф., Беляева E.C., Андреенкова Н.Г., Андреева E.H., Белякин С.H., Болдырева Л.В., Брусенцова И.В., Волкова Е.И., Демаков С.А., Демакова О.В., Заруцкая Е.А., Зыков И.А., Кокоза Е.Б., Колесникова Т.Д., Комор У.А., Коряков Д.Е, Макунин И.В., Пиндюрин A.B., Похолкова Г.В., Семешин В.Ф., Шлома В.В., Юрлова A.A. Ген SuUR - уникальный инструмент для изучения структуры и организации хромосом и генома дрозофилы // Вестник ВОГиС. 2008. Т. 12. № 1/2. С. 127-148.

5. Andreyenkova N.G., Kokoza Е.В., Belyaeva E.S., Demakov S.A., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Andreyeva E.N., Volkova E.I., Zhimulev I.F. Molecular and cytogenetic dissection of the 75C intercalary heterochromatin region in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. в печати.

Апробация работы

Основные результаты данной работы были представлены:

1. В докладе на семинаре ВОГиС «Актуальные проблемы генетики и селекции», 30 ноября 2005 г., Новосибирск, Россия.

2. В докладе на международной конференции «Физико-химическая биология», посвященной 80-летию со дня рождения академика Д.Г. Кнорре, 30 июля - 3 августа 2006 г., Новосибирск, Россия.

3. В докладе и стендовых сообщениях на международной молодежной научно-методической конференции «Проблемы молекулярной и клеточной биологии», 9 — 12 мая 2007 г., Томск, Россия.

4. В стендовом сообщении на 8-ой международной конференции по гетерохроматину, 3-9 июня 2007 г., Губбио, Италия.

5. В докладе на международной конференции «Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине», посвященной 90-летию со дня рождения академика Д.К. Беляева, 7-9 августа 2007 г., Новосибирск, Россия.

6. В докладе на международной конференции «ДНК репликация и поддержание генома у эукариот», 5-9 сентября 2007 г., Колд Спринг Харбор, США.

7. В стендовом сообщении на 20-ой европейской конференции по исследованию дрозофилы, 12-14 сентября 2007 г., Вена, Австрия.

8. В стендовом сообщении на II Съезде Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН, 16 — 19 октября 2007 г., Санкт-Петербург, Россия.

В материалах этих конференций опубликованы следующие тезисы:

1. Belyakin S.N., Pindyurin A.V., Christophides G.K., de Wit E., Moorman С., Belyaeva E.S., Kafatos F.C., van Steensel В., Zhimulev I. F. Co-regulation of highly specialized gene clusters in Drosophila melanogaster genome // Сборник трудов международной конференции «Физико-химическая биология», посвященной 80-летию со дня рождения академика Д.Г. Кнорре, 30 июля — 3 августа 2006 г. Новосибирск. С.31.

2. Пиндюрин A.B. Геномное картирование генов-мишеней белка SUUR Drosophila melanogaster И Сборник материалов международной молодежной научно-методической конференции «Проблемы молекулярной и клеточной биологии», 9 — 12 мая 2007 г. Томск. С. 139.

3. Пиндюрин A.B., Шлома В.В., Кожевникова E.H., Иванощук И.Г., Заруцкая Е.А. Поиск белков, взаимодействующих с белком SUUR Drosophila melanogaster, в дрожжевой двугибридной системе // Сборник материалов международной молодежной научно-методической конференции «Проблемы молекулярной и клеточной биологии», 9—12 мая 2007 г. Томск. С. 191.

4. Колесникова Т.Д., Андреева E.H., Пиндюрин A.B., Ананько Н.Г., Белякин С.Н., Шлома В.В., Юрлова A.A., Макунин И.В., Похолкова Г.В., Волкова Е.И., Заруцкая Е.А., Кокоза Е. Б., Семешин В.Ф., Беляева Е.С., Жимулёв И.Ф. Организация эпигенетически репрессированных районов хромосом Drosophila melanogaster II

Тезисы докладов международной конференции «Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине», посвященной 90-летию со дня рождения академика Д.К. Беляева, 7-9 августа 2007 г. Новосибирск.

5. Andreyeva Е., Pindyurin A., Kolesnikova Т., Shloma V., Demakova О., Bouldyreva L., Pokholkova G., Belyaeva E., Zhimulev I. The SUUR protein affects late-replicating chromatin domains in Drosophila melanogaster II Abstracts of papers presented at the 2007 meeting on «Eukaryotic DNA replication & genome maintenance», September 5 -9. 2007. Cold Spring Harbor. New York. USA. P.223.

6. Zhimulev Г., Pindyurin A., Shloma V., Belyakin S., Boldyreva L., Kolesnikova Т., Belyaeva E. SUUR (Suppressor of underreplication): specific chromosome protein marking regions of intercalary heterochromatin // Europ. Dros. Res. Conf. 20. 2007. G028.

7. Похолкова Г.В., Болдырева Jl.В., Беляева Е.С., Колесникова Т.Д., Андреева Е.Н., Демаков С.А., Пиндюрин А.В. Взаимодействие гетерохроматиновых белков НР1 и SUUR в клетках слюнных желёз у Drosophila melanogaster II Тезисы докладов и сообщений, представленные на II Съезд Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН (16 - 19 октября 2007 г., Санкт-Петербург, Россия). Цитология. 2007. Т.49. № 9. С. 786787.

Вклад автора

Основные результаты получены автором самостоятельно. Анализ данных по локализации белка SUUR на хромосомах был выполнен при участии Э. де Вита (Нидерланды) и С.Н. Белякина. Эксперименты по изучению белок-белковых взаимодействий в дрожжевой двугибридной системе проводились как совместно с В.В. Шломой, так и самостоятельно.

Объём работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в который входит 288 ссылок. Работа изложена на 143 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы, 24 рисунка и приложения на 29 страницах.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Пиндюрин, Алексей Валерьевич

ВЫВОДЫ

1. Построен профиль связывания белка SUUR с хромосомами диплоидных клеток культуры Кс 167 Drosophila melanogaster. Точность картирования составила около 2-5 т.п.н.

2. Обнаружена положительная корреляция между распределением белка SUUR в хромосомах диплоидных клеток и уровнем недорепликации ДНК в политенных хромосомах слюнных желёз.

3. Установлено, что распределение белка SUUR в хромосомах положительно коррелирует с распределениями белков гетерохроматина НР1 и SU(VAR)3-9, белков группы Polycomb и белком внутренней ядерной оболочки LAM.

4. Идентифицированы около 3 тысяч генов-мишеней белка SUUR. Показано, что большинство из них сгруппированы в кластеры длиной до 15 генов и реплицируются ближе к концу S-фазы клеточного цикла.

5. Анализ усреднённого паттерна экспрессии генов-мишеней белка SUUR на протяжении онтогенеза дрозофилы показал, что эти гены репрессированы первые 6 часов эмбрионального развития, после чего постепенно активируются, достигая максимальных уровней экспрессии на стадии куколки и у взрослых самцов, и повторно репрессированы у взрослых самок.

6. Установлено, что белок SUUR способен напрямую взаимодействать с белком НР1. Показано, что для данного взаимодействия необходимы и достаточны средняя часть белка SUUR (а.о. 339-504), обогащённая заряженными а.о., и С-концевая часть белка НР1 (а.о. 95-206), содержащая хромотеневой домен.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Пиндюрин, Алексей Валерьевич, 2008 год

1. Болдырева JLВ. Влияние гена SuUR на эффект положения и локализацию белковгетерохроматина в политенных хромосомах Drosophila melanogaster // Диссертация на соискание учёной степени кандидата биологических наук. Новосибирск. 2007. С.1-124.

2. Жимулёв И.Ф. Гетерохроматин и эффект положения гена // Новосибирск. Наука.1993. С. 1-489.

3. Adainson A.L., Shearn A. Molecular genetic analysis of Drosophila ash2, a member of thetrithorax group required for imaginal disc pattern formation // Genetics. 1996. V.144. P.621-633.

4. Akimaru H., Chen Y., Dai P., Hou D.X., Nonaka M., Smolik S.M., Armstrong S.,

5. Goodman R.H., Ishii S. Drosophila СВР is a co-activator of cubitus interruptus in hedgehog signalling //Nature. 1997a. V.386. P.735-738.

6. Akimaru H„ Hou D.X., Ishii S. Drosophila СВР is required for dorsal-dependent twistgene expression //Nat. Genet. 1997b. V.17. P.211-214.

7. Andreyeva E.N., Belyaeva E.S., Semeshin V.F., Pokholkova G.V., Zhimulev I.F. Threedistinct chromatin domains in telomere ends of polytene chromosomes in Drosophila melanogaster Tel mutants // J. Cell Sci. 2005. V.l 18. P.5465-5477.

8. Arbeitman M.N., Furlong E.E., Imam F., Johnson E., Null B.H., Baker B.S., Krasnow

9. M.A., Scott M.P., Davis R.W., White K.P. Gene expression during the life cycle of Drosophila melanogaster // Science. 2002. V.297. P.2270-2275.

10. Armstrong J.A., Papoulas O., Daubresse G., Sperling A.S., Lis J.T., Scott M.P., Tamkun

11. J.W. The Drosophila BRM complex facilitates global transcription by RNA polymerase II // EMBO J. 2002. V.21. P.5245-5254.

12. Badugu R., Shareef M.M., Kellum R. Novel Drosophila heterochromatin protein 1

13. HPl)/origin recognition complex-associated protein (HOAP) repeat motif in HP1/HOAP interactions and chromocenter associations // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.34491-34498.

14. Bantignies F., Goodman R.H., Smolik S.M. Functional interaction between the coactivator

15. Drosophila CREB-binding protein and ASH1, a member of the trithorax group of chromatin modifiers//Mol. Cell. Biol. 2000. V.20. P.9317-9330.

16. Barras F., Marinus M.G. The great GATC: DNA methylation in E. coli // Trends Genet.1989. V.5. P.139-143.

17. Becker D.M., Lundblad V. Introduction of DNA into Yeast Cells. In Current protocols inmolecular biology (ed. F.M. Ausubel) //New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 13.7.

18. Beisel C., Imhof A., Greene J., Kremmer E., Sauer F. Histone methylation by the

19. Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl //Nature. 2002. V.419. P.857-862.

20. Bejarano F., Gonzalez I., Vidal M., Busturia A. The Drosophila RYBP gene functions as a

21. Polycomb-dependenttranscriptional repressor//Mech. Dev. 2005. V.122. P.l 118-1129.

22. Belyaeva E.S., Boldyreva L.V., Volkova E.I., Nanayev R.A., Alekseyenko A.A., Zhimulev

23. F. Effect of the Suppressor of Underreplication (SuUR) gene on position-effect variegation silencing in Drosophila melanogaster // Genetics. 2003. V.165. P. 1209-1220.

24. Belyaeva E.S., Zhimulev I.F., Volkova E.I., Alekseyenko A.A., Moshkin Y.M., Koryakov

25. D.E. Su(UR)ES: a gene suppressing DNA underreplication in intercalary and pericentric heterochromatin of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V.95. P.7532-7537.

26. Belyakin S.N., Christophides G.K., Alekseyenko A.A., Kriventseva E.V., Belyaeva E.S.,

27. Nanayev R.A., Makunin I.V., Kafatos F.C., Zhimulev I.F. Genomic analysis of Drosophila chromosome underreplication reveals a link between replication control and transcriptional territories // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. V.102. P.8269-8274.

28. Benson M., Pirrotta V. The Drosophila zeste protein binds cooperatively to sites in manygene regulatory regions: implications for transvection and gene regulation // EMBO J. 1988. V.7. P.3907-3915.

29. Benyajati C., Mueller L., Xu N., Pappano M., Gao J., Mosammaparast M., Conklin D.,

30. Granok H., Craig C., Elgin S. Multiple isoforms of GAGA factor, a critical component of chromatin structure //Nucleic Acids Res. 1997. V.25. P.3345-3353.

31. Bernstein B.E., Humphrey E.L., Erlich R.L., Schneider R., Bouman P., Liu J.S.,

32. Kouzarides T., Schreiber S.L. Methylation of histone H3 Lys 4 in coding regions of active genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V.99. P.8695-8700.

33. Birve A., Sengupta A.K., Beuchle D., Larsson J., Kennison J.A., Rasmuson-Lestander A.,

34. Muller J. Su(z)12, a novel Drosophila Polycomb group gene that is conserved in vertebrates and plants // Development. 2001. V.128. P.3371-3379.

35. Blastyak A., Mishra R.K., Karch F., Gyurkovics H. Efficient and specific targeting of

36. Polycomb group proteins requires cooperative interaction between Grainyhead and Pleiohomeotic // Mol. Cell. Biol. 2006. V.26. P.1434-1444.

37. Bloch K.D., Grossmann B. Digestion of DNA with Restriction Endonucleases. In Currentprotocols in molecular biology (ed. F.M. Ausubel) //New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 3.1.

38. Bloyer S., Cavalli G., Brock H.W., Dura J.M. Identification and characterization ofpolyhomeotic PREs and TREs // Dev. Biol. 2003. V.261. P.426-442.

39. Bornemann D., Miller E., Simon J. The Drosophila Polycomb group gene Sex comb onmidleg (Scm) encodes a zinc finger protein with similarity to polyhomeotic protein // Development. 1996. V.122. P.1621-1630.

40. Boube M., Faucher C., Joulia L., Cribbs D.L., Bourbon H.M. Drosophila homologs oftranscriptional mediator complex subunits are required for adult cell and segment identity specification // Genes Dev. 2000. V.14. P.2906-2917.

41. Boube M., Joulia L., Cribbs D.L., Bourbon H.M. Evidence for a mediator of RNApolymerase II transcriptional regulation conserved from yeast to man // Cell. 2002. V.110. P.143-151.

42. Bray S.J., Kafatos F.C. Developmental function of Elf-1: an essential transcription factorduringembryogenesis in Drosophila//Genes Dev. 1991. V.5. P. 1672-1683.

43. Breen T.R., Harte P.J. Molecular characterization of the trithorax gene, a positive regulatorof homeotic gene expression in Drosophila // Mech. Dev. 1991. V.35. P.l 13-127.

44. Brent R., Ptashne M. A eukaryotic transcriptional activator bearing the DNA specificity ofa prokatyotic repressor//Cell. 1985. V.43. P.729-736.

45. Brideau N.J., Flores H.A., Wang J., Maheshwari S., Wang X., Barbash D.A. Two

46. Dobzhansky-Muller genes interact to cause hybrid lethality in Drosophila // Science. 2006. V.314. P. 1292-1295.

47. Brock H.W., Fisher C.L. Maintenance of gene expression patterns // Dev. Dyn. 2005.1. V.232. P.633-655.

48. Brovver-Toland B., Findley S.D., Jiang L., Liu L., Yin H., Dus M., Zhou P., Elgin S.C., Lin

49. H. Drosophila PIWI associates with chromatin and interacts directly with HPla // Genes Dev. 2007. V.21. P.2300-2311.

50. Brown J.L., Fritsch C., Mueller J., Kassis J.A. The Drosophila pho-like gene encodes a

51. YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomcotic in homeotic gene silencing // Development. 2003. V.130. P.285-294.

52. Brown J.L., Mucci D., Whiteley M., Dirksen M.L., Kassis J.A. The Drosophila Polycombgroup gene pleiohomeotic encodes a DNA binding protein with homology to the transcription factor YY1 // Mol. Cell. 1998. V.l. P. 1057-1064.

53. Brunk B.P., Martin E.C., Adler P.N. Drosophila genes Posterior Sex Combs and

54. Suppressor two of zeste encode proteins with homology to the murine bmi-1 oncogene // Nature. 1991a. V.353. P.351-353.

55. Busturia A., Lloyd A., Bejarano F., Zavortink M., Xin H., Sakonju S. The MCP silencer ofthe Drosophila Abd-B gene requires both Pleiohomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression // Development. 2001. V.I 28. P.2I63-2I73.

56. Busturia A., Wightman C.D., Sakonju S. A silencer is required for maintenance oftranscriptional repression throughout Drosophila development // Development. 1997. V.l24. P.4343-4350.

57. Byrd K.N., Shearn A. ASH1, a Drosophila trithorax group protein, is required formethylation of lysine 4 residues on histone H3 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V.l00. P.l 1535-11540.

58. Calgaro S., Boube M., Cribbs D.L., Bourbon H.M. The Drosophila gene taranis encodes anovel trithorax group member potentially linked to the cell cycle regulatory apparatus // Genetics. 2002. V. 160. P.547-560.

59. Canaple L., Decoville M., Leng M., Locker D. The Drosophila DSP1 gene encoding an

60. HMG 1-like protein: genomic organization, evolutionary conservation and expression // Gene. 1997. V.l84. P.285-290.

61. Celniker S.E., Wheeler D.A., Kronmiller B., Carlson J.W., Halpern A., Patel S„ Adams M.,

62. Champe M., Dugan S.P., Frise E., Hodgson A., George R.A., Hoskins R.A., Laverty T., Muzny D.M., Nelson C.R., Pacleb J.M., Park S., Pfeiffer B.D., Richards S., Sodergren

63. Chalkley G.E., Verrijzer C.P. Immuno-depletion and purification strategies to studychromatin-remodeling factors in vitro // Methods Enzymol. 2004. V.377. P.421-442.

64. Chan C.S., Rastelli L., Pirrotta V. A Polycomb response element in the Ubx gene thatdetermines an epigenetically inherited state of repression // EMBO J. 1994. V.13. P.2553-2564.

65. Chang Y.L., King B., Lin S.C., Kennison J.A., Huang D.H. A double-bromodomainprotein, FSH-S, activates the homeotic gene ultrabithorax through a critical promoter-proximal region // Mol. Cell. Biol. 2007. V.27. P.5486-5498.

66. Chang Y.L., Peng Y.H., Pan I.C., Sun D.S., King B., Huang D.H. Essential role of

67. Drosophila Hdacl in homeotic gene silencing // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V.98. P.9730-9735.

68. Chen J.D., Pirrotta V. Multimerization of the Drosophila zeste protein is required forefficient DNA binding // EMBO J. 1993. V.12. P.2075-2083.

69. Chien C.T., Battel P.L., Sternglanz R., Fields S. The two-hybrid system: a method toidentify and clone genes for proteins that interact with a protein of interest // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V.88. P.9578-9582.

70. Collins R.T., Treisman J.E. Osa-containing Brahma chromatin remodeling complexes arerequired for the repression of wingless target genes // Genes Dev. 2000. V.14. P.3140-3152.

71. Cox D.N., Chao A., Baker J., Chang L., Qiao D., Lin H. A novel class of evolutionarilyconserved genes defined by piwi are essential for stem cell self-renewal // Genes Dev. 1998. V.12. P.3715-3727.

72. Craig E.A., Ingolia T.D., Manseau L.J. Expression of Drosophila heat-shock cognate genesduring heat shock and development // Dev. Biol. 1983. V.99. P.418-426.

73. Craig J.M. Heterochromatin—many flavours, common themes // Bioessays. 2005. V.27.1. P. 17-28.

74. Crosby M.A., Miller C., Alon T., Watson K.L., Verrijzer C.P., Goldman-Levi R., Zak N.B.

75. The trithorax group gene moira encodes a brahma-associated putative chromatin-remodeling factor in Drosophila melanogaster // Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P.1159-1170.

76. Cryderman D.E., Grade S.K., Li Y., Fanti L., Pimpinelli S., Wallrath L.L. Role of

77. Drosophila HP1 in dichromatic gene expression // Dev. Dyn. 2005. V.232. P.767-774.

78. Czermin B., Melfi R., McCabe D., Seitz V., Imhof A., Pirrotta V. Drosophila enhancer of

79. Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites // Cell. 2002. V. 111. P. 185-196.

80. Danzer J.R., Wallrath L.L. Mechanisms of HP 1-mediated gene silencing in Drosophila //

81. Development. 2004. V.131. P.3571-3580.

82. Daubresse G., Deuring R., Moore L., Papoulas 0., Zakrajsek I., Waldrip W.R., Scott M.P.,

83. DeCamillis M., Cheng N.S., Pierre D., Brock H.W. The polyhomeotic gene of Drosophilaencodes a chromatin protein that shares polytene chromosome-binding sites with Polycomb//Genes Dev. 1992. V.6. P.223-232.

84. Decoville M., Giacomello E., Leng M., Locker D. DSP1, an HMG-Iike protein, is involvedin the regulation of homeotic genes // Genetics. 2001. V.157. P.237-244.

85. Dejardin J., Rappailles A., Cuvier O., Grimaud C., Decoville M., Locker D., Cavalli G.

86. Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1 // Nature. 2005. V.434. P.533-538.

87. Delattre M., Spierer A., Jaquet Y., Spierer P. Increased expression of Drosophila Su(var)37 triggers Su(var)3-9-dependent heterochromatin formation // J. Cell Sci. 2004. V.117. P.6239-6247.

88. Delattre M., Spierer A., Tonka C.H., Spierer P. The genomic silencing of position-effectvariegation in Drosophila melanogaster: interaction between the heterochromatin-associated proteins Su(var)3-7 and HP1 // J. Cell Sci. 2000. V.l 13. P.4253-4261.

89. Dernburg A.F., Sedat J.W., Hawley R.S. Direct evidence of a role for heterochromatin inmeiotic chromosome segregation // Cell. 1996. V.86. P. 135-146.

90. Dimitri P., Corradini N., Rossi F., Verni F. The paradox of functional heterochromatin //

91. Bioessays. 2005. V.27. P.29-41.

92. Dingwall A.K., Beek S.J., McCallum C.M., Tamkun J.W., Kalpana G.V., Goff S.P., Scott

93. M.P. The Drosophila snrl and brm proteins are related to yeast SWI/SNF proteins and are components of a large protein complex // Mol. Biol. Cell. 1995. V.6. P.777-791.

94. Dura J.M., Brock H.W., Santamaría P. Polyhomeotic: a gene of Drosophila melanogasterrequired for correct expression of segmental identity // Mol. Gen. Genet. 1985. V.l98. P.213-220.

95. Dynlacht B.D., Attardi L.D., Admon A., Freeman M., Tjian R. Functional analysis of NTF1, a developmentally regulated Drosophila transcription factor that binds neuronal cis elements // Genes Dev. 1989. V.3. P. 1677-1688.

96. Echalier G. Drosophila cells in culture. //New York: Academic Press. 1997. P. 1-702.

97. Eissenberg J.C., Elgin S.C. The HP1 protein family: getting a grip on chromatin // Curr.

98. Opin. Genet. Dev. 2000. V.10. P.204-210.

99. Eissenberg J.C., James T.C., Foster-Hartnett D.M., Hartnett T., Ngan V., Elgin S.C.

100. Mutation in a heterochromatin-specific chromosomal protein is associated with suppression of position-effect variegation in Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V.87. P.9923-9927.

101. Engebrecht J., Brent R., Kaderbhai M.A. Minipreps of Plasmid DNA. In Current protocolsin molecular biology (ed. F.M. Ausubel) // New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 1.6.

102. Espinas M.L., Canudas S., Fanti L., Pimpinelli S., Casanova J., Azorin F. The GAGAfactor of Drosophila interacts with SAP18, a Sin3-associated polypeptide // EMBO Rep. 2000. V.l. P.253-259.

103. Espinas M.L., Jimenez-Garcia E., Vaquero A., Canudas S., Bernues J., Azorin F. The Nterminal POZ domain of GAGA mediates the formation of oligomers that bind DNA with high affinity and specificity // J. Biol. Chem. 1999. V.274. P. 16461-16469.

104. Fanti L., Berloco M., Piacentini L., Pimpinelli S. Chromosomal distribution ofheterochromatin protein 1 (HP1) in Drosophila: a cytological map of euchromatic HP1 binding sites // Genetica. 2003. V.l 17. P. 135-147.

105. Farkas G., Gausz J., Galloni M., Reuter G., Gyurkovics H., Karch F. The Trithorax-likegene encodes the Drosophila GAGA factor // Nature. 1994. V.371. P.806-808.

106. Fauvarque M.O., Dura J.M. polyhomeotic regulatory sequences induce developmentalregulator-dependent variegation and targeted P-element insertions in Drosophila // Genes Dev. 1993. V.7. P.1508-1520.

107. Fauvarque M.O., Laurenti P., Boivin A., Bloyer S., Griffin-Shea R., Bourbon H.M., Dura

108. J.M. Dominant modifiers of the polyhomeotic extra-sex-combs phenotype induced by marked P element insertional mutagenesis in Drosophila // Genet. Res. 2001. V.78. P.137-148.

109. Fields S., Song O. A novel genetic system to detect protein-protein interactions // Nature.1989. V.340. P.245-246.

110. Finley R.L. Jr., Thomas B.J., Zipursky S.L., Brent R. Isolation of Drosophila cyclin D, aprotein expressed in the morphogenetic furrow before entry into S phase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. P.3011-3015.

111. Finney M., Nisson P.E., Rashtchian A. Molecular Cloning of PCR Products. In Currentprotocols in molecular biology (ed. F.M. Ausubel) //New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 15.4.

112. Fischle W., Wang Y., Jacobs S.A., Kim Y., Allis C.D., Khorasanizadeh S. Molecular basisfor the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains//Genes Dev. 2003. V.17. P.1870-1881.

113. Francis N.J., Saurín A.J., Shao Z., Kingston R.E. Reconstitution of a functional corepolycomb repressive complex // Mol. Cell. 2001. V.8. P.545-556.

114. Frei E., Baumgartner S., Edstrom J.E., Noll M. Cloning of the extra sex combs gene of

115. Drosophila and its identification by P-element-mediated gene transfer // EMBO J. 1985. V.4. P.979-987.

116. Fritsch C., Beuchle D., Muller J. Molecular and genetic analysis of the Polycomb groupgene Sex combs extra/Ring in Drosophila// Mech. Dev. 2003. V.120. P.949-954.

117. Ghosh D., Gerasimova T.I., Corees V.G. Interactions between the Su(Hvv) and Mod(mdg4)proteins required for gypsy insulator function // EMBO J. 2001. V.20. P.2518-2527.

118. Gildea J.J., Lopez R., Shearn A. A screen for new trithorax group genes identified littleimaginal discs, the Drosophila melanogaster homologue of human retinoblastoma binding protein 2 // Genetics. 2000. V.156. P.645-663.

119. Gindhart J.G. Jr., Kaufman T.C. Identification of Polycomb and trithorax group responsiveelements in the regulatory region of the Drosophila homeotic gene Sex combs reduced // Genetics. 1995. V.139. P.797-8I4.

120. Gingras A.C., Aebersold R., Raught B. Advances in protein complex analysis using massspectrometry//J. Physiol. 2005. V.563. P. 11-21.

121. Giot L., Bader J.S., Brouwer C., Chaudhuri A., Kuang B., Li Y., Hao Y.L., Ooi C.E.,

122. Goodson M.L., Farboud B., Privalsky M.L. An improved high throughput protein-proteininteraction assay for nuclear hormone receptors // Nucl. Recept. Signal. 2007. V.5. e002.

123. Gorfinkiel N., Fanti L., Melgar T., Garcia E., Pimpinelli S., Guerrero I., Vidal M. The

124. Drosophila Polycomb group gene Sex combs extra encodes the ortholog of mammalian Ringl proteins // Mech. Dev. 2004. V.121. P.449-462.

125. Greil F., de Wit E., Bussemaker H.J., van Steensel B. HP1 controls genomic targeting offour novel heterochromatin proteins in Drosophila // EMBO J. 2007. V.26. P.741-751.

126. Greil F., Moorman C., van Steensel B. DamID: mapping of in vivo protein-genomeinteractions using tethered DNA adenine methyltransferase // Methods Enzymol. 2006. V.410. P.342-359.

127. Greil F., van der Kraan I., Delrow J., Smothers J.F., de Wit E., Bussemaker H.J., van Driel

128. R., Henikoff S., van Steensel B. Distinct HP1 and Su(var)3-9 complexes bind to sets of developmentally coexpressed genes depending on chromosomal location // Genes Dev. 2003. V. 17. P.2825-2838.

129. Grewal S.I., Jia S. Heterochromatin revisited //Nat. Rev. Genet. 2007. V.8. P.35-46.

130. Grienenberger A., Miotto B., Sagnier T., Cavalli G., Schramke V., Geli V., Mariol M.C.,

131. Berenger H., Graba Y., Pradel J. The MYST domain acetyltransferase Chameau functions in epigenetic mechanisms of transcriptional repression // Curr. Biol. 2002. V.12. P.762-766.

132. Gu J.Y., Park J.M., Song E.J., Mizuguchi G., Yoon J.H., Kim-Ha J., Lee K.J., Kim Y.J.

133. Novel Mediator proteins of the small Mediator complex in Drosophila SL2 cells // J. Biol. Chem. 2002. V.277. P.27154-27161.

134. Gutierrez L., Zurita M., Kennison J.A., Vazquez M. The Drosophila trithorax group genetonalli (tna) interacts genetically with the Brahma remodeling complex and encodes an SP-RING Finger protein // Development. 2003. V.130. P.343-354.

135. Gyuris J., Golemis E., Chertkov H., Brent R. Cdil, a human G1 and S phase proteinphosphatase that associates with Cdk2 // Cell. 1993. V.75. P.791-803.

136. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. A Polycomb and GAGA dependent silencer adjoins the

137. Fab-7 boundary in the Drosophila bithorax complex // Genetics. 1997. V.146. P. 13651380.

138. Hammond M.P., Laird C.D. Chromosome structure and DNA replication in nurse andfollicle cells of Drosophila melanogaster// Chromosoma. 1985. V.91. P.267-278.

139. Haynes S.R., Mozer B.A., Bhatia-Dey N., Dawid I.B. The Drosophila fsh locus, a maternaleffect homeotic gene, encodes apparent membrane proteins // Dev. Biol. 1989. V.134. P.246-257.

140. HeitzE. Das Heterochromatin der Moose //Jb. Wiss. Bot. 1928. V.69. P.762-818.

141. Hilliker A.J., Appels R., Schalet A. The genetic analysis of D. melanogasterheterochromatin// Cell. 1980. V.21. P.607-619.

142. Hiragami K., Festenstein R. Heterochromatin protein 1: a pervasive controlling influence //

143. Cell. Mol. Life Sci. 2005. V.62. P.2711-2726.

144. Hochstrasser M., Sedat J.W. Three-dimensional organization of Drosophila melanogasterinterphase nuclei. II. Chromosome spatial organization and gene regulation // J. Cell Biol. 1987. V.104. P.1471-1483.

145. Hodgson J.W., Cheng N.N., Sinclair D.A., Kyba M., Randsholt N.B., Brock H.W. Thepolyhomeotic locus of Drosophila melanogaster is transcriptionally and post-transcriptionally regulated during embryogenesis // Mech. Dev. 1997. V.66. P.69-81.

146. Horard B., Tatout C., Poux S., Pirrotta V. Structure of a polycomb response element and invitro binding of polycomb group complexes containing GAGA factor // Mol. Cell. Biol. 2000. V.20. P.3187-3197.

147. Horowitz H., Berg C.A. The Drosophila pipsqueak gene encodes a nuclear BTB-domaincontaining protein required early in oogenesis // Development. 1996. V.122. P. 18591871.

148. Hoskins R.A., Carlson J.W., Kennedy C., Acevedo D., Evans-Holm M., Frise E., Wan

149. K.H., Park S., Mendez-Lago M., Rossi F., Villasante A., Dimitri P., Karpen G.H., Celniker S.E. Sequence finishing and mapping of Drosophila melanogaster heterochromatin // Science. 2007. V.316. P. 1625-1628.

150. Hoskins R.A., Smith C.D., Carlson J.W., Carvalho A.B., Halpern A., Kaminker J.S.,

151. Kennedy C., Mungall C.J., Sullivan B.A., Sutton G.G., Yasuhara J.C., Wakimoto B.T., Myers E.W., Celniker S.E., Rubin G.M., Karpen G.H. Heterochromatic sequences in a Drosophila whole-genome shotgun assembly // Genome Biol. 2002. V.3. RESEARCH0085.

152. Huang D.H., Chang Y.L. Isolation and characterization of CHRASCH, a polycombcontaining silencing complex // Methods Enzymol. 2004. V.377. P.267-282.

153. Huang D.H., Chang Y.L., Yang C.C., Pan I.C., King B. pipsqueak encodes a factoressential for sequence-specific targeting of a polycomb group protein complex // Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P.6261-6271.

154. Jacobs S.A., Khorasanizadeh S. Structure of HP1 chromodomain bound to a lysine 9methylated histone H3 tail // Science. 2002. V.295. P.2080-2083.

155. James T.C., Eissenberg J.C., Craig C., Dietrich V., Hobson A., Elgin S.C. Distributionpatterns of HP1, a heterochromatin-associated nonhistone chromosomal protein of Drosophila // Eur. J. Cell Biol. 1989. V.50. P.170-180.

156. James T.C., Elgin S.C. Identification of a nonhistone chromosomal protein associated withheterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene // Mol. Cell. Biol. 1986. V.6. P.3862-3872.

157. Janody F., Lee J.D., Jahren N., Hazelett D.J., Benlali A., Miura G.I., Draskovic I.,

158. Treisman J.E. A mosaic genetic screen reveals distinct roles for trithorax and polycomb group genes in Drosophila eye development // Genetics. 2004. V.166. P. 187-200.

159. Janody F., Martirosyan Z., Benlali A., Treisman J.E. Two subunits of the Drosophilamediator complex act together to control cell aifinity // Development. 2003. V.130. P.3 691-3701.

160. Jones C.A., Ng J., Peterson A.J., Morgan K., Simon J., Jones R.S. The Drosophila esc and

161. E(z) proteins are direct partners in polycomb group-mediated repression // Mol. Cell. Biol. 1998. V.18. P.2825-2834.

162. Jones R.S., Gelbart W.M. The Drosophila Polycomb-group gene Enhancer of zestecontains a region with sequence similarity to trithorax // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P.6357-6366.

163. Kal A.J., Mahmoudi T., Zak N.B., Verrijzer C.P. The Drosophila brahma complex is anessential coactivator for the trithorax group protein zeste // Genes Dev. 2000. V.14. P.1058-1071.

164. Kankel M.W., Duncan D.M., Duncan I. A screen for genes that interact with the

165. Drosophila pair-rule segmentation gene fushi tarazu // Genetics. 2004. V.168. P. 161-180.

166. Kassis J.A. Pairing-sensitive silencing, polycomb group response elements, and transposonhoming in Drosophila // Adv. Genet. 2002. V.46. P.421-438.

167. Kehle J., Beuchle D., Treuheit S., Christen B., Kennison J.A., Bienz M., Muller J. dMi-2, ahunchback-interacting protein that functions in polycomb repression // Science. 1998. V.282. P. 1897-1900.

168. Kennison J.A., Tamkun J.W. Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapediamutations in Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V.85. P.8136-8140.

169. Ketel C.S., Andersen E.F., Vargas M.L., Suh J., Strome S., Simon J.A. Subunitcontributions to histone methyltransferase activities of fly and worm polycomb group complexes//Mol. Cell. Biol. 2005. V.25. P.6857-6868.

170. Kinstrie R., Lochhead P.A., Sibbet G., Morrice N., Cleghon V. dDYRK2 and Minibraininteract with the chromatin remodelling factors SNR1 and TRX // Biochem. J. 2006. V.398. P.45-54.

171. Kladde M.P., Simpson R.T. Chromatin structure mapping in vivo using methyltransferases

172. Methods Enzymol. 1996. V.274. P.214-233.

173. Klymenko T., Papp B., Fischle W., Kocher T., Schelder M., Fritsch C., Wild B., Wilm M„

174. Muller J. A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities // Genes Dev. 2006. V.20. P. 1110-1122.

175. Kodjabachian L., Delaage M., Maurel C., Miassod R., Jacq B., Rosset R. Mutations in ccf,a novel Drosophila gene encoding a chromosomal factor, affect progression through mitosis and interact with Pc-G mutations // EMBO J. 1998. V.17. P. 1063-1075.

176. Kolesnikova T.D., Makunin I.V., Volkova E.T., Pirrotta V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F.

177. Functional dissection of the Suppressor of UnderReplication protein of Drosophila melanogaster: identification of domains influencing chromosome binding and DNA replication // Gcnetica. 2005. V.124. P. 187-200.

178. Kouzarides T. Chromatin modifications and their function // Cell. 2007. V.128. P.693-705.

179. Kramer M.F., Coen D.M. Enzymatic Amplification of DNA by PCR: Standard Proceduresand Optimization. In Current protocols in molecular biology (ed. F.M. Ausubel) // New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 15.1.

180. Krauss V., Reuter G. Two genes become one: the genes encoding heterochromatin protein

181. Su(var)3-9 and translation initiation factor subunit eIF-2gamma are joined to a dicistronic unit in holometabolic insects // Genetics. 2000. V.156. P. 1157-1167.

182. Kyba M., Brock H.W. The Drosophila polycomb group protein Psc contacts ph and Pcthrough specific conserved domains // Mol. Cell. Biol. 1998a. V.18. P. 2712-2720.

183. Kyba M., Brock H.W. The SAM domain of polyhomeotic, RAE28, and scm mediatesspecific interactions through conserved residues // Dev. Genet. 1998b. V.22. P.74-84.

184. Lall S. Primers on chromatin //Nat. Struct. Mol. Biol. 2007. V.14. P.l 110-1115.

185. Lehmann M., Siegmund T., Lintermann K.G., Korge G. The pipsqueak protein of

186. Drosophila melanogaster binds to GAGA sequences through a novel DNA-binding domain //J. Biol. Chem. 1998. V.273. P.28504-28509.

187. Lewis E.B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila //Nature. 1978. V.276.1. P.565-570.

188. Lim J., Lee O.K., Hsu Y.C., Singh A., Choi K.W. Drosophila TRAP230/240 are essentialcoactivators for Atonal in retinal neurogenesis // Dev. Biol. 2007. V.308. P.322-330.

189. Lin H., Spradling A.C. A novel group of pumilio mutations affects the asymmetric divisionof germline stem cells in the Drosophila ovary // Development. 1997. V.124. P.2463-2476.

190. Lonie A., D Andrea R., Paro R., Saint R. Molecular characterisation of the Polycomblikegene of Drosophila melanogaster, a trans-acting negative regulator of homeotic gene expression//Development. 1994. V.120. P.2629-2636.

191. Lopez A., Higuet D., Rosset R., Deutsch J., Peronnet F. corto genetically interacts with Pc

192. G and trx-G genes and maintains the anterior boundary of Ultrabithorax expression in Drosophila larvae // Mol. Genet. Genomics. 2001. V.266. P.572-583.

193. Lu B.Y., Emtage P.C., Duyf B.J., Hilliker A.J., Eissenberg J.C. Heterochromatin protein 1is required for the normal expression of two heterochromatin genes in Drosophila // Genetics. 2000. V.155. P.699-708.

194. Lu B.Y., Ma J., Eissenberg J.C. Developmental regulation of heterochromatin-mediatedgene silencing in Drosophila // Development. 1998. V.125. P.2223-2234.

195. Makunin I.V., Volkova E.I., Belyaeva E.S., Nabirochkina E.N., Pirrotta V., Zhimulev I.F.

196. The Drosophila suppressor of underreplication protein binds to late-replicating regions of polytene chromosomes // Genetics. 2002. V.160. P. 1023-1034.

197. Marenda D.R., Zraly C.B., Dingwall A.K. The Drosophila Brahma (SWI/SNF) chromatinremodeling complex exhibits cell-type specific activation and repression functions // Dev. Biol. 2004. V.267. P.279-293.

198. Mazo A.M., Huang D.H., Mozer B.A., Dawid I.B. The trithorax gene, a trans-actingregulator of the bithorax complex in Drosophila, encodes a protein with zinc-binding domains // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V.87. P.2112-2116.

199. McNairn A.J., Gilbert D.M. Epigenomic replication: linking epigenetics to DNAreplication // Bioessays. 2003. V.25. P.647-656.

200. Melnikova L., Juge F., Gruzdeva N., Mazur A., Cavalli G., Georgiev P. Interactionbetween the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V.101. P.l 4806-14811.

201. Mihaly J., Mishra R.K., Karch F. A conserved sequence motif in Polycomb-responseelements//Mol. Cell. 1998. V.l. P.1065-1066.

202. Miotto B., Sagnier T., Berenger H., Bohmann D., Pradel J., Graba Y. Chameau HAT and

203. DRpd3 HDAC function as antagonistic cofactors of JNK/AP-1-dependent transcription during Drosophila metamorphosis // Genes Dev. 2006. V.20. P. 101-112.

204. Mis J., Ner S.S., Grigliatti T.A. Identification of three histone methyltransferases in

205. Drosophila: dG9a is a suppressor of PEV and is required for gene silencing // Mol. Genet. Genomics. 2006. V.275. P.513-526.

206. Mishra K., Chopra V.S., Srinivasan A., Mishra R.K. Trl-GAGA directly interacts with lolalike and both are part of the repressive complex of Polycomb group of genes // Mech. Dev. 2003. V.120. P.681-689.

207. Mishra R.K., Mihaly J., Barges S., Spierer A., Karch F., Hagstrom K., Schweinsberg S.E.,

208. Schedl P. The iab-7 polycomb response element maps to a nucleosome-free region of chromatin and requires both GAGA and pleiohomeotic for silencing activity // Mol. Cell. Biol. 2001. V.21. P.1311-1318.

209. Misteli T. Spatial positioning; a new dimension in genome function // Cell. 2004. V.119.1. P. 153-156.

210. Mohd-Sarip A., Venturini F., Chalkley G.E., Verrijzer C.P. Pleiohomeotic can linkpolycomb to DNA and mediate transcriptional repression // Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P.7473-7483.

211. Mohrmann L., Langenberg K., Krijgsveld J., Kal A.J., Heck A.J., Verrijzer C.P.

212. Differential targeting of two distinct SWI/SNF-related Drosophila chromatin-remodeling complexes //Mol. Cell. Biol. 2004. V.24. P.3077-3088.

213. Mollaaghababa R., Sipos L., Tiong S.Y., Papoulas O., Armstrong J.A., Tamkun J.W.,

214. Bender W. Mutations in Drosophila heat shock cognate 4 are enhancers of Polycomb // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V.98. P.3958-3963.

215. Moshkin Y.M., Alekseyenko A.A., Semeshin V.F., Spierer A., Spierer P., Makarevich

216. G.F., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. The bithorax complex of Drosophila melanogaster: Underreplication and morphology in polytene chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V.98. P.570-574.

217. Mozer B.A., Dawid I.B. Cloning and molecular characterization of the trithorax locus of

218. Drosophila melanogaster // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V.86. P.3738-3742.

219. Muller J., Hart C.M., Francis N.J., Vargas M.L., Sengupta A., Wild B., Miller E.L.,

220. O'Connor M.B., Kingston R.E., Simon J.A. Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex // Cell. 2002. V.l 11. P. 197-208.

221. Muller J., Kassis J.A. Polycomb response elements and targeting of Polycomb groupproteins in Drosophila // Curr. Opin. Genet. Dev. 2006. V.l6. P.476-484.

222. Negre N., Hennetin J., Sun L.V., Lavrov S., Bellis M., White K.P., Cavalli G.

223. Chromosomal distribution of PcG proteins during Drosophila development // PLoS Biol. 2006. V.4. el70.

224. Nekrasov M., Klymenko T., Fraterman S., Papp B., Oktaba K., Kocher T., Cohen A.,

225. Stunnenberg H.G., Wilm M., Muller J. Pcl-PRC2 is needed to generate high levels of H3-K27 trimethylation at Polycomb target genes // EMBO J. 2007. V.26. P.4078-4088.

226. Nekrasov M., Wild B., Muller J. Nucleosome binding and histone methyltransferaseactivity of Drosophila PRC2 // EMBO Rep. 2005. V.6. P.348-353.

227. Nishimura A., Morita M., Nishimura Y., Sugino Y. A rapid and highly efficient method forpreparation of competent Escherichia coli cells //Nucleic Acids Res. 1990. V.18. P.6169.

228. Nishioka K., Chuikov S., Sarma K., Erdjument-Bromage H., Allis C.D., Tempst P.,

229. Reinberg D. Set9, a novel histone H3 methyltransferase that facilitates transcription by precluding histone tail modifications required for heterochromatin formation // Genes Dev. 2002. V.16. P.479-489.

230. Noma K., Allis C.D., Grewal S.I. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns atthe heterochromatin domain boundaries // Science. 2001. V.293. P.l 150-1155.

231. O'Connell S., Wang L., Robert S., Jones C.A., Saint R., Jones R.S. Polycomblike PHDfingers mediate conserved interaction with enhancer of zeste protein // J. Biol. Chem. 2001. V.276. P.43065-43073.

232. Pak D.T., Pflumm M., Chesnokov I., Huang D.W., Kellum R., Marr J., Romanowski P.,

233. Botchan M.R. Association of the origin recognition complex with heterochromatin and HP1 in higher eukaryotes//Cell. 1997. V.91. P.311-323.

234. Pal-Bhadra M., Leibovitch B.A., Gandhi S.G., Rao M., Bhadra U„ Birchler J.A., Elgin S.C.

235. Heterochromatic silencing and HP1 localization in Drosophila are dependent on the RNAi machinery // Science. 2004. V.303. P.669-672.

236. Papoulas O., Beek S.J., Moseley S.L., McCallum C.M., Sarte M., Shearn A., Tamkun J.W.

237. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes // Development. 1998. V.125. P.3955-3966.

238. Parada L., Misteli T. Chromosome positioning in the interphase nucleus // Trends Cell

239. Biol. 2002. V.12. P.425-432.

240. Park J.M., Gim B.S., Kim J.M., Yoon J.H., Kim H.S., Kang J.G., Kim Y.J. Drosophila

241. Mediator complex is broadly utilized by diverse gene-specific transcription factors at different types of core promoters // Mol. Cell. Biol. 2001. V.21. P.2312-2323.

242. Paro R., Hogness D.S. The Polycomb protein shares a homologous domain with aheterochromatin-associated protein of Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V.88. P.263-267.

243. Peterson A.J., Kyba M., Bornemann D., Morgan K., Brock H.W., Simon J. A domainshared by the Polycomb group proteins Scm and ph mediates heterotypic and homotypic interactions//Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P.6683-6692.

244. Petruk S., Sedkov Y., Riley K.M., Hodgson J., Schweisguth F., Hirose S., Jaynes J.B.,

245. Brock H.W., Mazo A. Transcription of bxd noncoding RNAs promoted by trithorax represses Ubx in cis by transcriptional interference // Cell. 2006. V.127. P.1209-1221.

246. Petruk S., Sedkov Y., Smith S., Tillib S., Kraevski V., Nakamura T., Canaani E., Croce

247. C.M., Mazo A. Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene // Science. 2001. V.294. P. 1331-1334.

248. Pickersgill H., Kalverda B., de Wit E., Talhout W., Fornerod M., van Steensel B.

249. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina // Nat. Genet. 2006. V.38. P.1005-1014.

250. Pirrotta V., Manet E., Hardon E., Bickel S.E., Benson M. Structure and sequence of the

251. Drosophila zeste gene // EMBO J. 1987. V.6. P.791-799.

252. Pirrotta V., Rastelli L. White gene expression, repressive chromatin domains and homeoticgene regulation in Drosophila // Bioessays. 1994. V.16. P.549-556.

253. Pokholkova G.V., Makunin I.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Observations on theinduction of position effect variegation of euchromatic genes in Drosophila melanogaster // Genetics. 1993. V.134. P.231-242.

254. Poux S., Melfi R., Pirrotta V. Establishment of Polycomb silencing requires a transientinteraction between PC and ESC // Genes Dev. 2001. V.15. P.2509-2514.

255. Proutski V., Holmes E.C. Primer Master: a new program for the design and analysis of

256. PCR primers//Comput. Appl. Biosci. 1996. V. 12. P.253-255.

257. Puig O., Caspary F., Rigaut G., Rutz B., Bouveret E., Bragado-Nilsson E., Wilm M.,

258. Seraphin B. The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification // Methods. 2001. V.24. P.218-229.

259. Rachez C., Freedman L.P. Mediator complexes and transcription // Curr. Opin. Cell Biol.2001. V.13.P.274-280.

260. Rastelli L., Chan C.S., Pirrotta V. Related chromosome binding sites for zeste, suppressorsof zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function // EMBO J. 1993. V.12. P. 1513-1522.

261. Reuter G., Giarre M., Farah J., Gausz J., Spiercr A., Spierer P. Dependence of positioneffect variegation in Drosophila on dose of a gene encoding an unusual zinc-finger protein //Nature. 1990. V.344. P.219-223.

262. Ringrose L., Paro R. Epigenetic regulation of cellular memory by the Polycomb and

263. Trithorax group proteins // Annu. Rev. Genet. 2004. V.38. P.413-443.

264. Royzman I., Orr-Weaver T.L. S phase and differential DNA replication during Drosophilaoogenesis // Genes Cells. 1998. V.3. P.767-776.

265. Rozenblatt-Rosen O., Rozovskaia T., Burakov D., Sedkov Y., Tillib S., Blechman J.,

266. Nakamura T., Croce C.M., Mazo A., Canaani E. The C-terminal SET domains of ALL-1 and TRITHORAX interact with the INI1 and SNR1 proteins, components of the SWI/SNF complex// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V.95. P.4152-4157.

267. Rozovskaia T., Rozenblatt-Rosen O., Sedkov Y., Burakov D., Yano T., Nakamura T.,

268. Petruck S., Ben-Simchon L., Croce C.M., Mazo A., Canaani E. Self-association of the SET domains of human ALL-1 and of Drosophila TRITHORAX and ASH1 proteins // Oncogene. 2000. V.19. P.351-357.

269. Rozovskaia T., Tillib S., Smith S., Sedkov Y., Rozenblatt-Rosen O., Petruk S., Yano T.,

270. Nakamura T., Ben-Simchon L., Gildea J., Croce C.M., Shearn A., Canaani E., Mazo A. Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the trithorax group-responsive bxd region ofthe Ultrabithorax promoter// Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P.6441-6447.

271. Rubin G.M., Hong L., Brokstein P., Evans-Holm M., Frise E., Stapleton M., Harvey D.A.

272. A Drosophila complementary DNA resource // Science. 2000. V.287. P.2222-2224.

273. Rudolph T„ Yonezawa M., Lein S., Heidrich K., Kubicek S., Schafer C., Phalke S.,

274. Walther M., Schmidt A., Jenuwein T., Reuter G. Heterochromatin formation in drosophila is initiated through active removal of H3K4 methylation by the LSD1 homolog SU(VAR)3-3 // Mol. Cell. 2007. V.26. P. 103-115.

275. Salvaing J., Decoville M., Mouchel-Vielh E., Bussiere M., Daulny A., Boldyreva L.,

276. Zhimulev I., Locker D., Peronnet F. Corto and DSP1 interact and bind to a maintenance element of the Scr Hox gene: understanding the role of Enhancers of trithorax and Polycomb // BMC Biol. 2006. V.4. 9.

277. Salvaing J., Lopez A., Boivin A., Deutseh J.S., Peronnet F. The Drosophila Corto proteininteracts with Polycomb-group proteins and the GAGA factor // Nucleic Acids Res. 2003. V.31. P.2873-2882.

278. Sanchez-Eisner T., Gou D., Kremmer E., Sauer F. Noncoding RNAs of trithorax responseelements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax // Science. 2006. V.311. P.l 118-1123.

279. Santamaria P., Randsholt N.B. Characterization of a region of the X chromosome of

280. Drosophila including inulti sex combs (mxc), a Polycomb group gene which also functions as a tumour suppressor // Mol. Gen. Genet. 1995. V.246. P.282-290.

281. Sathe S.S., Harte P.J. The Drosophila extra sex combs protein contains WD motifsessential for its function as a repressor of homeotic genes // Mech. Dev. 1995. V.52. P.77-87.

282. Saurin A.J., Shao Z., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Kingston R.E. A Drosophila

283. Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins // Nature. 2001. V.412. P.655-660.

284. Schotta G., Ebert A., Krauss V., Fischer A., Hoffmann J., Rea S., Jenuwein T., Dorn R.,

285. Reuter G. Central role of Drosophila SU(VAR)3-9 in histone H3-K9 methylation and heterochromatic gene silencing // EMBO J. 2002. V.21. P.l 121-1131.

286. Schotta G., Ebert A., Reuter G. SU(VAR)3-9 is a conserved key function inheterochromatic gene silencing // Genetica. 2003. V.l 17. P. 149-158.

287. Schotta G., Lachner M., Sarma K., Ebert A., Sengupta R., Reuter G., Reinberg D.,

288. Jenuwein T. A silencing pathway to induce H3-K9 and H4-K20 trimethylation at constitutive heterochromatin // Genes Dev. 2004. V.l8. P. 1251-1262.

289. Schubeler D., MacAlpine D.M., Scalzo D., Wirbelauer C., Kooperberg C., van Leeuwen

290. F., Gottschling D.E., O'Neill L.P., Turner B.M., Delrow J., Bell S.P., Groudine M. The histone modification pattern of active genes revealed through genome-wide chromatin analysis of a higher eukaryote // Genes Dev. 2004. V.l 8. P. 1263-1271.

291. Schubeler D., Scalzo D., Kooperberg C., van Steensel B., Delrow J., Groudine M.

292. Genome-wide DNA replication profile for Drosophila melanogaster: a link between transcription and replication timing // Nat. Genet. 2002. V.32. P.438-442.

293. Schwartz Y.B., Kahn T.G., Nix D.A., Li X.Y., Bourgon R., Biggin M., Pirrotta V.

294. Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster // Nat. Genet. 2006. V.38. P.700-705.

295. Schwartz Y.B., Pirrotta V. Polycomb silencing mechanisms and the management ofgenomic programmes // Nat. Rev. Genet. 2007. V.8. P.9-22.

296. Schwendemann A., Lehmann M. Pipsqueak and GAGA factor act in concert as partners athomeotic and many other loci // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V.99. P. 12883-12888.

297. Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. The Trithorax group protein Lid is a trimethylhistone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth // Genes Dev. 2007. V.21. P.537-551.

298. Sedkov Y., Benes J.J., Berger J.R., Riker K.M., Tillib S., Jones R.S., Mazo A. Moleculargenetic analysis of the Drosophila trithorax-related gene which encodes a novel SET domain protein // Mech. Dev. 1999. V.82. P. 171 -179.

299. Shaffer C.D., Cenci G., Thompson B., Stephens G.E., Slawson E.E., Adu-Wusu K., Gatti

300. M., Elgin S.C. The large isoform of Drosophila melanogaster heterochroinatin protein 2 plays a critical role in gene silencing and chromosome structure // Genetics. 2006. V. 174. P. 1189-1204.

301. Shaffer C.D., Stephens G.E., Thompson B.A., Funches L., Bernât J.A., Craig C.A., Elgin

302. S.C. Heterochromatin protein 2 (HP2), a partner of HP1 in Drosophila heterochromatin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V.99. P.14332-14337.

303. Shao Z., Raible F., Mollaaghababa R., Guyon J.R., Wu C.T., Bender W., Kingston R.E.

304. Stabilization of chromatin structure by PRC1, a Polycomb complex // Cell. 1999. V.98. P.37-46.

305. Shilatifard A. Chromatin modifications by methylation and ubiquitination: implications inthe regulation of gene expression // Annu. Rev. Biochem. 2006. V.75. P.243-269.

306. Sinclair D.A., Milne T.A., Hodgson J.W., Shellard J., Salinas C.A., Kyba M., Randazzo F.,

307. Brock H.W. The Additional sex combs gene of Drosophila encodes a chromatin protein that binds to shared and unique Polycomb group sites on polytene chromosomes // Development. 1998. V.125. P.1207-1216.

308. Slatko B.E., Albright L.M., Tabor S., Ju J. DNA Sequencing by the Dideoxy Method. In

309. Current protocols in molecular biology (ed. F.M. Ausubel) // New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 7.4A.

310. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y., Cho E., Tillib S., Canaani E., Mazo A. Modulation ofheat shock gene expression by the TAC1 chromatin-modifying complex // Nat. Cell Biol. 2004. V.6. P. 162-167.

311. Smothers J.F., Henikoff S. The HP1 chromo shadow domain binds a consensus peptidepentamer// Curr. Biol. 2000. V.10. P.27-30.

312. Smothers J.F., Henikoff S. The hinge and chromo shadow domain impart distinct targetingof HPl-like proteins // Mol. Cell. Biol. 2001. V.21. P.2555-2569.

313. Soeller W.C., Oh C.E., Kornberg T.B. Isolation of cDNAs encoding the Drosophila GAGAtranscription factor// Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P.7961-7970.

314. Srinivasan S., Armstrong J.A., Deuring R., Dahlsveen I.K., McNeill II., Tamkun J.W. The

315. Drosophila trithorax group protein Kismet facilitates an early step in transcriptional elongation by RNA Polymerase II // Development. 2005. V.132. P. 1623-1635.

316. Stankunas K., Berger J., Ruse C., Sinclair D.A., Randazzo F., Brock H.W. The enhancer ofpolycomb gene of Drosophila encodes a chromatin protein conserved in yeast and mammals // Development. 1998. V.125. P.4055-4066.

317. Stanyon C.A., Liu G., Mangiola B.A., Patel N., Giot L., Kuang B., Zhang H., Zhong J.,

318. Finley R.L. Jr. A Drosophila protein-interaction map centered on cell-cycle regulators // Genome Biol. 2004. V.5. R96.

319. Stapleton M., Liao G., Brokstein P., Hong L., Carninci P., Shiraki T., Hayashizaki Y.,

320. Champe M., Pacleb J., Wan K., Yu C., Carlson J., George R., Celniker S., Rubin G.M. The Drosophila gene collection: identification of putative full-length cDNAs for 70% of D. melanogaster genes // Genome Res. 2002. V.12. P. 1294-1300.

321. Struhl K. Subcloning of DNA Fragments. In Current protocols in molecular biology (ed.

322. F.M. Ausubel) //New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 3.16.

323. Sun F.L., Cuaycong M.H., Elgin S.C. Long-range nucleosome ordering is associated withgene silencing in Drosophila melanogaster pericentric heterochromatin // Mol. Cell. Biol. 2001. V.21. P.2867-2879.

324. Sun L.V., Chen L., Greil F., Negre N., Li T.R., Cavalli G., Zhao H., van Steensel B., White

325. K.P. Protein-DNA interaction mapping using genomic tiling path microarrays in Drosophila // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003a. V.100. P.9428-9433.

326. Sun X., Le H.D., Wahlstrom J.M., Karpen G.H. Sequence analysis of a functional

327. Drosophila centromere // Genome Res. 2003b. V.13. P. 182-194.

328. Sun X., Wahlstrom J., Karpen G. Molecular structure of a functional Drosophilacentromere // Cell. 1997. V.91. P. 1007-1019.

329. Swaminathan J., Baxter E.M., Corces V.G. The role of histone H2Av variant replacementand histone H4 acetylation in the establishment of Drosophila heterochromatin // Genes Dev. 2005. V.19. P.65-76.

330. Taddei A., Hediger F., Neumann F.R., Gasser S.M. The function of nuclear architecture: agenetic approach // Annu. Rev. Genet. 2004. V.38. P.305-345.

331. Tamkun J.W., Deuring R., Scott M.P., Kissinger M., Pattatucci A.M., Kaufman T.C.,

332. Kennison J.A. brahma: a regulator of Drosophila homeotic genes structurally related to the yeast transcriptional activator SNF2/SWI2 // Cell. 1992. V.68. P.561-572.

333. Tanaka Y., Katagiri Z., Kawahashi K., Kioussis D., Kitajima S. Trithorax-group protein

334. ASH1 methylates histone H3 lysine 36 // Gene. 2007. V.397. P.161-168.

335. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Chernov B.K., Golova Y.B., Zhimulev I.F., Zykov I.A.

336. SuUR protein binds to the boundary regions separating forum domains in Drosophila melanogaster// J. Biol. Chem. 2004. V.279. P.l 1705-11710.

337. Tie F., Furuyama T., Prasad-Sinha J., Jane E., Harte P.J. The Drosophila Polycomb Groupproteins ESC and E(Z) are present in a complex containing the histone-binding protein p55 and the histone deacetylase RPD3 // Development. 2001. V.128. P.275-286:

338. Tie F., Prasad-Sinha J., Birve A., Rasmuson-Lestander A., Harte P.J. A 1-megadalton

339. ESC/E(Z) complex from Drosophila that contains polycomblike and RPD3 // Mol. Cell. Biol. 2003. V.23. P.3352-3362.

340. Toby G.G., Golemis E.A. Using the yeast interaction trap and other two-hybrid-basedapproaches to study protein-protein interactions // Methods. 2001. V.24. P.201-217.

341. Tolhuis B., Muijrers I., de Wit E., Teunissen H., Talhout W., van Steensel B., van1.huizen M. Genome-wide profiling of PRC 1 and PRC2 Polycomb chromatin binding in Drosophila melanogaster//Nat. Genet. 2006. V.38. P.694-699.

342. Treisman J. Drosophila homologues of the transcriptional coactivation complex subunits

343. TRAP240 and TRAP230 are required for identical processes in eye-antennal disc development//Development. 2001. V.128. P.603-615.

344. Triezenberg S.J., LaMarco K.L., McKnight S.L. Evidence of DNA: protein interactionsthat mediate HSV-1 immediate early gene activation by VP16 // Genes Dev. 1988. V.2. P.730-742.

345. Tripoulas N., LaJeunesse D., Gildea J., Shearn A. The Drosophila ashl gene product,which is localized at specific sites on polytene chromosomes, contains a SET domain and a PHD finger//Genetics. 1996. V.143. P.913-928.

346. Tripoulas N.A., Hersperger E., La Jeunesse D., Shearn A. Molecular genetic analysis of the

347. Drosophila melanogaster gene absent, small or homeotic discsl (ashl) // Genetics. 1994. V.137. P. 1027-1038.

348. Tuckfield A., Clouston D.R., Wilanowski T.M., Zhao L.L., Cunningham J.M., Jane S.M.

349. Binding of the RING polycomb proteins to specific target genes in complex with the grainyhead-like family of developmental transcription factors // Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P. 1936-1946.

350. Mol. Biol. Cell. 1992. V.3. P.593-602.263. van Steensel B. Mapping of genetic and epigenetic regulatory networks using microarrays

351. Vazquez M., Moore L., Kennison J.A. The trithorax group gene osa encodes an ARIDdomain protein that genetically interacts with the brahma chromatin-remodeling factor to regulate transcription // Development. 1999. V.126. P.733-742.

352. Vermaak D., Henikoff S., Malik H.S. Positive selection drives the evolution of rhino, amember of the heterochromatin protein 1 family in Drosophila // PLoS Genet. 2005. V.l. P.96-108.

353. Volpe A.M., Horowitz H., Grafer C.M., Jackson S.M., Berg C.A. Drosophila rhino encodesa female-specific chromo-domain protein that affects chromosome structure and egg polarity // Genetics. 2001. V. 159. P. 1117-1134.

354. Vorbruggen G., Onel S., Jackie H. Restricted expression and subnuclear localization of the

355. Drosophila gene Dnop5, a member of the Nop/Sik family of the conserved rRNA processing factors // Mech. Dev. 2000. V.90. P.305-308.

356. Voytas D. Agarose Gel Electrophoresis. In Current protocols in molecular biology (ed.

357. F.M. Ausubel) //New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. Unit 2.5A.

358. Wallace J.A., Orr-Weaver T.L. Replication of heterochromatin: insights into mechanismsof epigenetic inheritance // Chromosoma. 2005. V.l 14. P.389-402.

359. Wallrath L.L. Unfolding the mysteries of heterochromatin // Curr. Opin. Genet. Dev. 1998.1. V.8. P.147-153.

360. Wallrath L.L., Elgin S.C. Position effect variegation in Drosophila is associated with analtered chromatin structure // Genes Dev. 1995. V.9. P.1263-1277.

361. Wang L., Brown J.L., Cao R., Zhang Y., Kassis J.A., Jones R.S. Hierarchical recruitmentof polycomb group silencing complexes // Mol. Cell. 2004. V.l4. P.637-646.

362. Wang L., Ding L., Jones C.A., Jones R.S. Drosophila Enhancer of zeste protein interactswith dSAP18 // Gene. 2002. V.285. P. 119-125.

363. Wang L., Jahren N., Vargas M.L., Andersen E.F., Benes J., Zhang J., Miller E.L., Jones

364. R.S., Simon J.A. Alternative ESC and ESC-like subunits of a polycomb group histone methyltransferase complex are differentially deployed during Drosophila development // Mol. Cell. Biol. 2006. V.26. P.2637-2647.

365. Wang Y.J., Brock H.W. Polyhomeotic stably associates with molecular chaperones Hsc4and Droj2 in Drosophila Kcl cells // Dev. Biol. 2003. V.262. P.350-360.

366. Weinmann A.S., Farnham P.J. Identification of unknown target genes of humantranscription factors using chromatin immunoprecipitation // Methods. 2002. V.26. P.37-47.

367. Wines D.R., Talbert P.B., Clark D.V., Henikoff S. Introduction of a DNAmethyltransferase into Drosophila to probe chromatin structure in vivo // Chromosoma. 1996. V.l04. P.332-340.

368. Yamamoto Y., Girard F., Bello B., Affolter M., Gehring W.J. The cramped gene of

369. Drosophila is a member of the Polycomb-group, and interacts with mus209, the gene encoding Proliferating Cell Nuclear Antigen // Development. 1997. V.124. P.3385-3394.

370. Yasuhara J.C., Wakimoto B.T. Oxymoron no more: the expanding world ofheterochromatic genes //Trends Genet. 2006. V.22. P.330-338.

371. Zhao T., Heyduk T., Allis C.D., Eissenberg J.C. Heterochromatin protein 1 binds tonucleosomes and DNA in vitro // J. Biol. Chem. 2000. V.275. P.28332-28338.

372. Zhimulev I.F. Polytene chromosomes, heterochromatin, and position effect variegation //

373. Adv. Genet. 1998. V.37. P. 1-566.

374. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S. Intercalary heterochromatin and genetic silencing //

375. Bioessays. 2003. V.25. P.1040-1051.

376. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Makunin I.V., Pirrotta V., Semeshin V.F., Alekseyenko

377. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Makunin I.V., Pirrotta V., Volkova E.I., Alekseyenko A.A.,

378. Andreyeva E.N., Makarevich G.F., Boldyreva L.V., Nanayev R.A., Demakova O.V. Influence of the SuUR gene on intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. 2003b. V.lll. P.377-398.

379. Zink D., Paro R. Drosophila Polycomb-group regulated chromatin inhibits the accessibilityof a trans-activator to its target DNA // EMBO J. 1995. V.14. P.5660-5671.