Свойства и функции Su(Hw)-зависимых инсуляторов у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, доктор биологических наук Головнин, Антон Клеменсович

• Головнин, Антон Клеменсович
• доктор биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации доктор биологических наук Головнин, Антон Клеменсович

СОДЕРЖАНИЕ.

ВВЕДЕНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. ОРГАНИЗАЦИЯ ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ГЕНОМА.

1.1 Геном эукариот организован в домены.

1.2. «Молчащие» домены.

1.3. Активные домены.

1.4 Участки хроматина взаимодействующие с ядерным матриксом.

1.5 Новый взгляд на устройство хроматина.

1.6 Структурная организация хроматина в ядре.

1.7 Регуляция экспрессии кластеризованных генов.

II. ИНСУЛЯТОРЫ.

2.1 Свойства инсуляторов.

2.2 Инсуляторы позвоночных.

2.2.1 Инсулятор Р-глобинового кластера.

2.2.2 Инсулятор 1^Дг19 локуса.

2.3 Барьерные элементы дрожжей.

2.4 Пнсулягоры дрозофилы.

2.4.1 ясв и 5г.?' инсуляторы.

2.4.2 СТСР-зависимые инсуляторы.

2.4.3. Инсулятор $и(Н\\/).

2.4.4. Эндогенные инсуляторы 5и(Ну^) и инсуляторные тельца.

2.4.5. Нейтрализация инсуляторов.

2.5 Механизм действия инсуляторов.

Ш. SUMO: НОВЫЙ УЧАСТНИК ПОСТТРАНСЛЯЦИОННОЙ. МОДИФИКАЦИИ

БЕЛКОВ.

3.1 Функции белков семейства SUMO.

3.2. Путь конъюгации белка SUMO.

3.2.1. Особенности строении белка SUMO.

3.2.2. Функции и особенности SUMO-активирующего фермента El.

3.2.3. Функции и особенности SUMO-конъюгирующего фермента Е2.

3.2.4. Функции и особенности SUMO-лигаз ЕЗ.

3.2.5. Ферменты десомулирования.

3.2.6. Специфичность субстратов сумолирования.

3.2.7. Регуляция активности белков через SIM (SUMO interaction motif).

3.3. Биологическая роль SUMO-модификации.

3.3.1. SUMO-модификшщя участвует в регуляции различных процессов жизнедеятельности клетки. .1.

Сумолирование регуляторов транскрипции.

Сумолирование белков, ассоциированных с репарацией ДНК.

Сумолирование белков, участвующих в транспорте через ядерные норы.

Участие сумолирования в организации и функционирование хромосом.

3.3.2 Инсуляторные белки сумолируются in vitro и in vivo.

3.3.3. Формирование ядерных телег/ PML.

ЦЕЛЬ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Реактивы.

2. Программное обеспечение, базы данных.

3. Олигонулеотидные праймеры.

4. Штаммы бактерий, дрожжей и линия культуты клеток.

Drosophila melanogaster использованные в работе.

5. Среды для выращивания бактерий, дрожжей и культуры клеток Drosophila melanogaster.

6. Антитела.

7. Линии и мутации Drosophila melanogaster использованные в работе.

8. Генетические методы.

8.1 Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

8.2 Фенотипический анализ экспрессии генов yellow и miniwhite. в трансгенных линиях.

8.3 Генетические скрещивания.

9. Биохимические методы.

Работа с ДНК.

9.1 Выделение ДНК из дрозофилы.

9.2 Саузерн-блот анализ.

9.3 Приготовление компетентных клеток для трансформации. плазмидной ДНК.

9.4 Трансформация компетентных клегок плазмидами.

9.5 Выделение плазмидной ДНК методом щелочного лизиса.

9.6 Полимеразная цепная реакция.

9.7 ПЦР в реальном времени (Real-time PCR ).

9.8 Обратная транскрипция.

9.9 Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции.

9.10 Лигирование ДНК.

9.11 Тупление выступающих концов ДНК.

9.12 Агарозный гель-электрофорез.

9.13 Выделение фрагментов ДНК из геля и очистка ДНК от продуктов ферментативных реакций.

9.14 Определение нуклеотидной последовательности.

9.15 Создание рекомбинантных генетических конструкций для получения трансгенных линий Drosophila.

9.16 Получение мутаций в гене mod(mdg4).

9.17 Получение векторов для дрожжевой двугибридной системы.

9.18 Получение конструкций, экспрессирющих белки СР190, Mod(mdg4)-67.2 и его мутантные производные в 52-клетках Drosophila.

Работа с белками.

9.19 Синтез и выделение белков.

9.20 Электрофорез белков в денатурирующем 8% ПААГ.

9.21 В естсрн-блот анализ.

9.22 Задержка в геле комплекса ДНК-белок.

9.23 Детекция белков на политенных хромосомах дрозофилы.

9.24 Детекция белков в клетках имагинальных дисков дрозофилы.

Работа с дрожжами.

9.25 Культивирование дрожжей.

9.26 Трансформация дрожжевых клеток.

9.27 Анализ взаимодействий в дрожжевой двугибридной системе.

Работа с культурой клеток 52.

9.28 Трансфекция Б2 клеток.

9.29 Получение клеточного лизата из 82 клеток.

9.30 Получение ядерного лизата из Б2 клеток.

9.31 Иммунопреципитация.

9.32 Иммунопреципитация хроматина.

9.33 Окрашивание клеточных препаратов.

9.34 РНК-интерфереция.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

1.Взаимодействие между двумя Su(Hw) инсуляторами.

1.1 Создание модельной системы для изучения свойсгв инсулятора Su(IIw).

1.2 Два инсулятора Su(Hw), окружающие либо энхансеры, либо промотор гена yellow, сохраняют способность блокировать взаимодействия между энхансером и промотором.

1.3 Два инсулятора Su(Hw) , расположенные между энхансерами и промотором гена yellow, не способны блокировать взаимодействие между энхансером и промотором.

1.4 Два инсулятора Su(Hw), расположенные между энхансером и промотором гена miniwhite, способствуют энхансер-промоторным взаимодействиям.

1.5 Исследование влияния мутации mod(mdg4)IuI на экспрессию гена miniwhite в линиях EyEwSYSW.

1.6 Роль положения инсуляторов Su(Hw) в составе конструкций и расстояния между ними в нейтрализации инсуляции.

1.7 Взаимодействие между двумя Su(Hw) инсулягорами зависит от их взаимной ориентации.

II. Взаимодействие инсулятора Su(Hw) с промотором на больших дистанциях.

2.1 Инсулятор Su(Hw) способен стимулировать транскрипцию гена yellow, ослабленного делецией предпромоторного района.

2.2 Сила стимуляции транскрипции напрямую зависит от количества сайтов связывания для белка Su(Hw).

2.3 Инсулятор Su(Hvv) не компенсирует делецию энхансера гена yellow.

2.4 Функциональный анализ доменов белка Su(Hw), участвующих в стимуляции транскрипции гена yellow.

III. Первый эндогенный S u (Н w) -з а в и си м ы ü инсулятор обнаруженный у Drosophila.

3.1 Последовательность между генами yellow и achaete, дуплицированная в регуляторную область AS-C, нарушает экспрессию гена scute.

3.2 Последовательность между генами yellow и scute содержит функциональные сайты связывания белка Su(Hw).

3.3 Мутации в генах su(Hw) и mod(mdg4) влияют на экспрессию генов. в составе AS-C.

IV. Структурная и функциональная характеристика белка Mod(mdg4)-67.2 как компонента 8и(Нлу)-зависимого инсуляторного комплекса.

4.1 Наличие определенных точечных замен в "заряженном кармане" не влняег на способность белка Mod(mdg4)-67.2 взаимодействовать с белком Su(Hw) и димеризоваться.

4.2 Белок Mod(mdg4)-67.2 содержит второй домен, отвечающий за димеризацию.

4.3 Функциональная активность мутантных форм белка Mod(mdg4)-67.2 в работе инсулятора Su(Hw).

4.4 Локализация различных форм белка на политенных хромосомах и в «инсуляторпых тельцах» в ядрах диплоидных клеток.

4.5 Инсуляторные свойства мутантиых форм белка Mod(mdg4)-67.2 не зависят напрямую от их способности взаимодействовать с белком CP 190.

V. Исследование взаимосвязи между образованием «инсуляторных телец» и инсуляцией.

5.1 Мутантные варианты белка Mod(mdg4)-67.2 использованные в работе.

5.2 Локализация Mod(mdg4) производных в 52-клетках.

5.3 Распределение мутантных варианюв белка Mod(mdg4)-67.2 в цитоплазматической и ядерной белковых фракциях S2 клеток. X-ChIP анализ.

5 4 Тестирование мутантных форм белка Mod(mdg4)-67.2 in vivo

5.5 Локализация призводных белка Mod(mdg4)-67.2 на политенных хромосомах и в ядрах клеток имагинальных дисков.

VI. Выявление фактора ответственного за формирование «инсуляторных телец».

6.1 Удаление сигналов ядерной локализации белка Mod(mdg4)-67.2 влияет на распределение белка в клетке и не влияет на его инсуляторные свойства.

6.2 Уникальные С-концевые домены белка Mod(mdg4)-67.2 не нужны для образования «инсуляторных телец».

6.3 Нефункциональный белок Su(Hw) способен образовывать. инсуляторные тельца».

6 4 Выявление «спеклообразующего» компонента «инсуляторных телец».

6.5 Белок SUMO необходим для формирования «инсуляторных телец».

6.6 Процесс сумолирования играет ключевую роль в образовании скоплений белка Mod(mdg4)-67.2.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

I. В основе явлений инсуляции и нейтрализации инсуляции лежит взаимодействие между Su(Hw) инсуляторами.

II. Ориентационно-зависимое взаимодействие между Su(Hav) инсуляторами играет значительную роль в регуляции взаимодействий между различными белковыми комплексами.

III. Инсулятор Su(Hw) обладает стимулирующей активностью.

IV. Роль инсуляторных белков Su(Hw) и Mod(mdg4)-67.2 в регуляции транскрипции в генном комплексе AS-C.

V. Роль ВТВ доменов в инсуляции и во взаимодействии между энхансером и промотором.

VI. Между образованием «инсуляторных телец» и инсуляцией не существует прямой связи.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Свойства и функции Su(Hw)-зависимых инсуляторов у Drosophila melanogaster»

Нормальное функционирование эукариотического генома обеспечивается тонкими и точно скоординированными между собой механизмами регуляции экспрессии большого количества генов, отвечающими за время, место и уровень экспрессии конкретного гена или группы генов. Экспрессия генов эукариот - это сложный и многостадийный процесс, важнейшим этапом которого является транскрипция. Таким образом, изучение механизмов и факторов регуляции транскрипции является одной из важнейших задач современной молекулярной генетики.

Регуляция транскрипции у высших эукариот осуществляется в результате взаимодействия между промоторами, определяющими начало транскрипции и ее базовый уровень, и различными цис-регуляторными элементами, которые либо усиливают (энхансеры), либо ослабляют (сайленсеры) базовый уровень транскрипции. Большинство энхансеров не обладает строгой специфичностью по отношению к промоторам, следовательно, должна существовать система, позволяющая энхансеру активировать только «правильный» промотор. Предполагается, что в функционировании данной системы значительную роль могут играть инсуляторы. Изначально инсуляторы были описаны как регуляторные элементы, которые: 1)находясь между энхансером и промотором способны блокировать взаимодействия между ними, при этом, не влияя на их функциональность; 2) обладают барьерными свойствами, т.е. препятствуют инактивирующему влиянию гетерохроматина на транскрипцию окруженного ими гена. Затем было установлено, что роль инсуляторов в регуляции транскрипции далеко не однозначна.

В клетке ДНК эукариотических хромосом находится не в свободном состоянии. Она связывается с различными белками, образуя хроматин. Хроматин способен находиться в различных состояниях (эухроматин и гетерохроматин), различающихся по степени компактизации и транскрипционной активности. Предполагается, что пространственно хроматин организован в домены, внутри которых могут находиться либо индивидуальные гены, либо группы генов с отдельным« паттернами экспрессии. Структура хроматина является важнейшим условием, влияющим на эффективность экспрессии генов, т.к. она определяет степень доступности различных регуляторных элементов для транскрипционных факторов. Согласно широко распространенной в настоящее время структурной модели действия инсуляторов, именно эти регуляторные элементы могут играть ключевую роль в образовании независимых функциональных доменов хроматина. В настоящее время наиболее полно охарактеризован 8и(Н\у)-зависимый инсулятор, впервые обнаруженный в последовательности ретротранспозона МДГ4 у Drosophila melanogaster. Известно, что инсулятор Su(H\v) способен блокировать более 30 известных энхапсеров, работающих в разных тканях и на разных этапах развития. Кроме того, он способен блокировать различные репрессионные эффекты, включая негативное действие гетерохроматина и белков группы Polycomb. Белковый комплекс инсулятора Su(Hw) включает три известных на данный момент белка: связывающийся с ДНК белок Su(Hw), белок Mod(mdg4) и недавно открытый белок CP 190. Около 10 лет назад было показано, что в ядрах интерфазных клеток Drosophila инсуляторные белки Su(Hw) и Mod(mdg4) колокализуются в дискретных скоплениях. На основании того, что исчезновение этих иммунофлюоресцирующих скоплений при мутации белка Mod(mdg4) соответствовало ослаблению 8и(Н\у)-зависимой инсуляции, такие ядерные образования были названы «инсуляторные тельца».

Предполагается, что «инсуляторные тельца» представляют собой скопления многих разнесенных по геному и связанных с ДНК белковых комплексов Su(Hw) инсулятора. Эти белковые комплексы объединяются друг с другом, благодаря взаимодействию между белками Mod(mdg4) и CP 190, таким образом, образуя «отдельные хроматиновые петли-домены» и контролируя высокоупорядоченную организацию и функционирование генома. Исходя из этого предположения, была выдвинута структурная модель работы инсулятора, постулирующая, что энхансер, находящийся в одном функциональном домене, не может активировать промотор, находящийся в другом домене. К сожалению, предполагаемое сосредоточение расположенных на расстоянии друг от друга последовательностей ДНК инсуляторов внутри «инсуляторных телец» не было подтверждено экспериментально в течение многих лет.

В настоящий момент механизм действия инсуляторов изучен далеко не полностью. Существует несколько моделей их функционирования, каждая из которых имеет свои преимущества и недостатки. В последнее время появляется все больше данных, свидетельствующих, что инсуляторы являются регуляторными элементами с очень широким набором функций. Белки, традиционно воспринимаемые как компоненты инсуляторных комплексов, могут участвовать в процессах сегрегации хромосом и репарации ДНК (Мос1(тс^4) и СТСБ), регуляции клеточного цикла и дозовой компенсации (СТСБ"), в процессах, регулирующих структуру и свойства хроматина (Мос1(тс^4)). Все это позволяет рассматривать инсуляторы как регуляторные элементы, обладающие очень широким спектром действия, а явление инсуляции как составную часть глобального процесса регуляции транскрипциии в ядре в целом.

Кроме того, в настоящее время в связи с быстрым развитием биотехнологической промышленности, изучение структуры и механизмов функционирования инсуляторов приобретает ярко выраженное практическое значение. Барьерные свойства этих регуляторных элементов все чаще используются при создании различных геноинженерных конструкций, применяемых для продуцирования животных и растительных белков или же используемых в генотерапии ряда заболеваний. Однако для долговременного и безопасного функционирования трансгена в эукариотическом геноме необходимо учитывать все свойства регуляторных элементов, включенных в его состав. Поэтому, зависимость свойств регуляторных элементов, в том числе инсуляторов, от геномного окружения и их способность взаимодействовать между собой на больших дистанциях, безусловно, должны приниматься во внимание при планировании и оценке результатов экспериментов по эктопической интеграции генетического материала в геномы различных организмов.

Настоящая работа посвящена изучению роли 8и(Нлу)-зависимых инсуляторов в регуляции транскрипции, а также изучению функций и механизма формирования внутриядерных «инсуляторных телец».

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

AD (activation domain) — Активационный домен

LINE Long Interspersed Nuclear Element Длинный рассеянный (диспергированный) ядерный элемент

SINE Short Interspersed Nuclear Element Короткий рассеянный (диспергированный) ядерный элемент

HP1 Heterochromatin Protein 1 Гетерохроматиновый белок 1

PcG Polycomb Group Группа Поликомб

PRE Polycoinb Response elements Поликомб-реагирующий элемент

E(Z) Enhancer of Zeste Энхансер Zeste trxG Trithorax Group Группа Триторакс hGH human growth hormone Человеческий гормон роста

Ig (antibody) иммуноглобулин

GAL4 positive regulator of gene expression for the galactose-induced genes (4) Позитивный регулятор экспрессии галактозо-индуцированных генов

SAGA (Spt-Ada-Gcn5-Acetyltransferase) complex facilitates the binding of TATA-binding protein (TBP) during transcriptional activation of the GAL1 gene oiSaccharomyces cerevisiae Ацетилтрансферазный комплекс, способствующий связыванию TBP у дрожжей

HS Hypersensitive site Гиперчувствительный сайт

HCNE High conservative no coding element высококонсервативный некодируюгций элемент

Lys lysine лизин

PCNA proliferating cell nuclear antigen Ядерный антиген клеточной пролиферации

ChIP Chromatin HMMyHonpeijHnHTaiiHfl Иммунопреципитация хроматина

TOPOR topoisomerase I-binding RING finger protein Связывающий топоизомеразу I белок, имеющий RING домен

RHES Ras homologue enriched in striatum Гомолог белка Ras

BEAF Boundary Element Associated Factors Фактор ассоциированный с граничными элементами

Mod(mdg4) Modifier of mdg4 Модификатор МДГ4

CP 190 Centrosomal protein 190kD Центросомный белок 190

Sn(Hw) Suppressor of Hairy-wing Суирессор крыловых волосков

CTCF Transcriptional repressor CTCF also known as 11-zinc finger protein or CCCTC-binding factor Транскрипционный репрессор, имеющий 11 «цинковых пальцев», связывается с последовательностью СССТС

SUMO Small Ubiquitin like Modifier небольшой убиквитин-подобный модификатор

SIM SUMO interaction motif Мотив взаимодействующий с SUMO

PML Progressive multifocal Ieukoencephalopathy промиелоцитарная лейкемия

GAF GAGA factor Белок ассоциированный с последовательное гыо GAGA

PIAS Protein Inhibitors of Activated STAT белок ингибитор активированного STAT

NE IF Negative elongation factor Негативный фактор элонгации

Ub ubiquitin. убиквитин

Ubis ubiquitin-like Небольшие убиквитин-подобные белки

GAP GTPase-Activating protein Ran-ГТФаза активирующий белок

Ran RAs-related Nuclear protein Ядерный белок подобный белкам семейства RAs

RING «Really Interesting New Gene» finger domain is a protein structural domain of zinc finger type which contains a Cys3HisCys4 amino acid motif which binds two zinc cations Структурный домен белков с «цинковыми пальцами», содержащий мотив Cys3HisCys4, связывающий 2 катиона цинка

Daxx death-domain-associated protein Белок содержащий «связанный со смертью» домен

NuRD multisubunit complex containing nucleosome remodeling and histone deacetylase activities Мультисубъединичный комплекс обладающий ремоделлирующей и гистон-деацетилазной активностями

Sir Silent information regulators Регуляторы сайленсинга

SWI/SNF yeast nucleosome remodeling complex composed of several proteins - products of the SWI and SNF genes Дрожжевой ремоделлирующий комплекс, состоящий из нескольких белков — продуктов генов SWI и SNF.

JRA Jun-related antigen. Mammalian JUN is a Транскрипционный фактор и онкоген млекопитающих transcription factor and oncogene.

SAP Amyloid P component, serum Амилоидный Р компонент

SU(UR) Suppressor of Under-Replication Супрессор недорепликации

BSA bovine serum albumine — Бычий сывороточный альбумин

CTD C-terminal domain — С-концевой домен

DBD DNA-binding domain — ДНК-связывающий домен

DPE downstream promoter element — Нижележащий элемент промотора

HDAC histone-deacetylase — Гистондеацетилаза

INI initiator — Инициатор

IP immunoprecipitation — Иммунопреципитация

LCR locus control region — Область контроля локуса

MAR matrix attachment region Участок прикрепления к матриксу

SAR Scaffold Associated Region Структурно организованный регион (ассоциированный с ядерным «скелетом»)

NLS nuclear localization signal — Сигнал ядерной локализации

Pol* RNA polymerase* — РНК-полимераза*

Su (var) suppressor of variegation Супрессор мозаичного эфекта положения

TF*A.II transcription factor for Pol* — Транскрипционный фактор Pol* a.o. — Аминокислотный остаток

П.Н. - Пары нуклеотидов

Т.П.Н. - Тысяча пар нуклеотидов

МДГ4 Мобильный диспергированный ген 4

UAS upstream activator sequence — Вышележащая активирующая последовательность

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. ОРГАНИЗАЦИЯ ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ГЕНОМА.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Головнин, Антон Клеменсович

выводы

1. На основе регуляторных систем генов yellow и miniwhite создана модельная система для изучения явления нейтрализации инсуляции, базирующаяся на методе стабильной интеграции репортерных генов в геном Drosophila melanogaster.

2. Впервые показана способность двух Su(Hw) инсуляторов взаимодействовать, что может приводить к нейтрализации их инсуляторной активности.

3. Продемонстрировано, что Su(Hw) инсуляторы могут способствовать коммуникации между энхансером и промотором. Выявлена роль белков Su(Hw) и Mod(mdg4)-67.2 в этом процессе.

4. Предложена новая модель действия инсуляторов, основанная на взаимодействии между Su(Hw) инсуляторами.

5. Выявлено, что взаимодействие Su(Hw) инсуляторов является ориентационно-зависимым и способно либо стимулировать, либо блокировать ассоциацию расположенных на большом расстоянии друг от друга белковых комплексов.

6. Показано, что Su(Hw) инсулятор способен стимулировать транскрипцию ослабленного промотора гена yellow . Выявлено, что для эффективной стимуляции промотора необходим домен «цинковые пальцы» белка Su(Hw).

7. В геноме Drosophila melanogaster впервые обнаружен эндогенный Su(Hw)-зависимый инсулятор. Описаны его инсуляторные, нейтрализующие и барьерные свойства.

8. С помощью модификации метода анализа взаимодействия белков в дрожжевой двугибридной системе показано, что в белке Mod(mdg4)-67.2 содержится второй домен, который, помимо BTB/POZ домена, приводит к димеризации белка. Продемонстрировано, что идентифицированный домен белка Mod(mdg4)-67.2 необходим для эффективной гетеродимеризации с ВТВ-содержащим белком GAF.

9. Доказано, что специфический ВТВ домен белка Mod(mdg4)-67.2 необходим для его связывания с инсулятором Su(Hw). Замена ВТВ домена белка Mod(mdg4)-67.2 на аналогичный домен белка GAF приводит к потере взаимодействия химерного белка с Su(Hw) инсулятором ш vivo. В отличие от нормального белка Mod(mdg4)-67.2 химерный белок не способен участвовать в формировании «инсуляторных телец».

10. С помощью точечного мутагенеза наиболее консервативных аминокислот в ВТВ домене белка Mod(mdg4)-67.2 продемонстрировано, что функциональность ВТВ домена во многом определяется суммарным зарядом, а не структурными особенностями наиболее консервативных аминокислот.

11. Доказано отсутствие прямой взаимосвязи между образованием внутриядерных «инсуляторных телец» и 8и(Н\у)-зависимой инсуляцией у Drosophila melanogaster.

12. Впервые показано, что включение инсуляторного белка Mod(mdg4)-67.2 в состав «инсуляторных телец» полностью зависит от процесса его сумолирования.

13. Продемонстрировано, что инсуляторный белок CP 190 играет ключевую роль в образовании «инсуляторных телец».

14. Предложена новая модель функционирования «инсуляторных телец» в ядре, согласно которой «инсуляторные тельца» являются местами хранения регуляторных белков, в том числе входящих в состав инсуляторных комплексов. Таким образом, «инсуляторные тельца» могут способствовать быстрой сборке различных белковых комплексов необходимых для корректной временной и тканеспецифичной экспрессии генов.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Головнин, Антон Клеменсович, 2011 год

1. Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика. Новосибирск: Сиб.унив.изд-во, 2006г. стр 254

2. Жимулев И.Ф., Беляева Е.С., Колесникова Т.Д., Волкова Е.И. Интеркалярный гетерохроматин и проблема сайленсинга. Вестник ВОГиС. 2004, Т. 8, № 2

3. Жимулев И.Ф. Молекулярная и генетическая организация гетерохроматина в хромосомах дрозофилы. Соросовский образовательный журнал. 2000. Т.6 №2

4. Жимулёв И.Ф. Гетерохроматин и эффект положения гена. Новосибирск, Наука, 1993

5. Патрушев Л.И., Экспрессия генов. М.: Наука, 2000.Стр. 289

6. Сингер М., Берг П., Гены и геномы: в 2-х т. М.: Мир, 1998.- 391 с.

7. Страйер Л., Биохимия: в 3-х т. Т.З М.: Мир, 1985.Стр.128

8. Abney J, Cutler В, Fillbach М, Axelrod D, Scalettar В. Chromatin dynamics in interphase nuclei and its implications for nuclear structure // J Cell Biol. 1997 V. 137 P. 1459-1468

9. Abranches R, Beven A, Aragón-Alcaide L, Shaw P. Transcription sites are not correlatedwith chromosome territories inwheatnuclei // J. Cell Biol. 1998 V.143 P.5-12.

10. Ahmad K, Melnick A, Lax S, Bouchard D, Liu J, Kiang C, Mayer S, Takahashi S, Licht J, Prive G. Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain. // Mol. Cell. 2003. V.12. P.1551-1564.

11. Ahmad K, Golic KG. The transmission of fragmented chromosomes in Drosophila melanogaster // Genetics 1998 V.148 P.775-792

12. Andrews EA, Palecek J, Sergeant J, Taylor E, Lehmann AR, Watts FZ. Nse2, a component of the Smc5-6 complex, is a SUMO ligase required for the response to DNA damage. Mol Cell Biol. 2005 V.25 P.185-196.

13. Andrulis E, Neiman A, Zappulla D, Sternglanz R. Perinuclear localization of chromatin facilitates transcriptional silencing. //Nature. 1998. V.394. P.592-595.

14. Apionishev S, Malhotra D, Raghavachari S, Tanda S, Rasooly RS. The Drosophila UBC9 homologue lesswright mediates the disjunction of homologues in meiosis I. // Genes Cells 2001. V.6. P.215-224.

15. Azuma Y, Tan SH, Cavenagh MM, Ainsztein AM, Saitoh H, Dasso M. Expression and regulation of the mammalian SUMO-1 El enzyme. // FASEB J. 2001. V. 15. P. 1825-1827.

16. Baba D, Maita N, Jee JG, Uchimura Y, Saitoh H, Sugasawa K, Hanaoka F, Tochio H, Hiroaki H, Shirakawa M. Crystal structure of thymine DNA glycosylase conjugated to SUMO-1 //Nature. 2005 V.435 P.979-982.

17. Babiarz J, Halley J, Rine J. Telomeric heterochromatin boundaries require NuA4-dependent acetylation of histone variant H2A.Z in Saccharomyces cerevisiae. // Genes Dev. 2006. V.20. P.700-710.

18. Bae E, Calhoun V, Levine M, Lewis E, Drewell R. Characterization of the intergenic RNA profile at abdominal-A and Abdominal-B in the Drosophila bithorax complex // Proc Natl Acad Sci USA. 2002 V.99 P.16847-16852.

19. Baldwin ML, Julius JA, Tang X, Wang Y, Bachant J. The yeast SUMO isopeptidase Smt4/Ulp2 and the polo kinase Cdc5 act in an opposing fashion to regulate sumoylation in mitosis and cohesion at centromeres // Cell Cycle. 2009 V.8 P.3406-3419

20. Baniahmad A, Steiner C, Kohne AC, Renkawitz R. Modular structure of a chicken lysozyme silencer: involvement of an unusual thyroid hormone receptor binding site. // Cell. 1990. V.61. P.505—514.

21. Bartkuhn M, Straub T, Herold M, Herrmann M, Rathke C, Saumweber H, Gilfillan G, Becker P, Renkawitz R. Active promoters and insulators are marked by the centrosomal protein 190 // EMBO J. 2009 V.28 P.877-88S.

22. Bawa-Khalfe T, Cheng J, Wang Z, Yeh ET. Induction of the SUMO-specific protease 1 transcription by the androgen receptor in prostate cancer cells // J Biol Chem. 2007 V.282 P.37341-37349.

23. Bayer P, Arndt A, Metzger S, Mahajan R, Melchior F, et al. Structure determination of the small ubiquitin-related modifier SUMO-1. // J. Mol. Biol. 1998. V.280. P.275-286.

24. Beato M and Eisfeld K. Transcription factor access to chromatin. // Nucleic Acids Res. 1997 V.25 P.3559—3563.

25. Belenkaya T, Barseguyan K, Hovhannisyan H, Biryukova I, Kochieva EZ, Georgiev P. P element sequences can compensate for a deletion of the yellow regulatory region in Drosophila melanogaster // Mol Gen Genet. 1998 V.259 P.79-87.

26. Bell A, Felsenfeld G. Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. //Nature. 2000. V.405. P.482-485.

27. Bell A, West A, Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators. // Cell. 1999. V.98. P.387-396.

28. Belozerov V, Majumder P, Shen P, Cai H. A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila // EMBO J. 2003 V.22 P.3113-3121.

29. Bencsath KP, Podgorski MS, Pagala VR, Slaughter CA, Schulman BA. Identification of a multifunctional binding site on Ubc9p required for Smt3p conjugation. // J. Biol. Chem. 2002. V.277. P.47938—47945.

30. Bemardi R, Pandolfi PP. Structure, dynamics and functions of promyelocytic leukaemia nuclear bodies //Nat Rev Mol Cell Biol. 2007 V.8 P. 1006-1016.

31. Bernier-Villamor V, Sampson DA, Matunis MJ, Lima CD. Structural basis for E2-mediated SUMO conjugation revealed by a complex between ubiquitin-conjugating enzyme Ubc9 and RanGAPl. // Cell. 2002. V.108. P.345-356.

32. Bies J, Markus J, Wolff L. Covalent attachment of the SUMO-1 protein to the negative regulatory domain of the c-Myb transcription factor modifies its stability and transactivation capacity // J Biol Chem. 2002 V.277 P.8999-9009.

33. Blackwood E, Kadonaga J. Going the distance: a current view of enhancer action. // Science. 1998. V.281 P.60-63.

34. Blanton J, Gaszner M, Schedl P. Protein: protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo. // Gen.Dev. 2003. V.17. P.664-675.

35. Blobel G. Gene gating: a hypothesis. // PNAS. 1985. V.82. P.8527-8529.

36. Boddy MN, Howe K, Etkin LD, Solomon E, Freemont PS. PIC 1, a novel ubiquitin-like protein which interacts with the PML component of a multiprotein complex that is disrupted in acute promyelocytic leukaemia. // Oncogene 1996. V.13. P.971-982.

37. Bondarenko VA, Liu YV, Jiang YI, Studitsky VM. Communication over a large distance: enhancers and insulators. // Biochem. Cell Biol. 2003 Vol.81. P.241-251.

38. Branco M, Pombo A. Intermingling of chromosome territories in interphase suggests role in translocations and transcription-dependent associations // PLoS Biol. 2006 V.4 P. 138

39. Brown C, Silver P. Transcriptional regulation at the nuclear pore complex. // Current Opinion in Genetics & Development. 2006. V.17. P. 1-7.

40. Buchner K, Roth P, Schotta G, Krauss V, Saumweber II, Reuter G, Dorn R. Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila. //Genetics. 2000. V. 155. P.141-157.

41. Burgess-Beusse B, Farrell C, Gaszner M, Litt M, Mutskov V, Recillas-Targa F, Simpson M, West A, Felsenfeld G. The insulation of genes from external enhancers and silencing chromatin. // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2002. V.99. P.16433-16437.

42. Bushey A, Ramos E, Corces V. Three subclasses of a Drosophila insulator show distinct and cell type-specific genomic distributions // Genes Dev. 2009 V.23 P.1338-1350.

43. Bylebyl GR, Belichenko I, Johnson ES. The SUMO isopeptidase Ulp2 prevents accumulation of SUMO chains in yeast. // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.44113-44120.

44. Byrd K, Corces V. Visualization of chromatin domains created by the gypsy insulator of Drosophila // J Cell Biol. 2003V. 162 P.565-574.

45. Cai H, Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo. //Nature. 1995 V.376. P.533-536.

46. Cai HN, Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. // Science. 2001. V.291. P.493^195.

47. Cai HN, Zhang Z, Adams JR, Shen P.Genomic context modulates insulator activity through promoter competition. // Development. 2001. V.128. P.4339-4347.

48. Cajiao I, Zhang A, Yoo EJ, Cooke NE, Liebhaber SA. Bystander gene activation by a locus control region. // EMBO J. 2004 V.23(19). P.3854-3863.

49. Cam H, Sugiyama T, Chen S, Chen X, Fitzgerald C, Grewal S. Comprehensive analysis of heterochromatin- and RNAi-mediated epigenetic control of the fission yeast genome. // Nat.Genet. 2005. V.37. P.809-819.

50. Campuzano S, Carramolino L, Cabrera CV, Ruiz-Gomez M, Villares R, Boronat A, Modolell J. Molecular genetics of the achaete-scute gene complex of D. melanogaster. // Cell. 1985. V.40(2) P.327-338.

51. Capelson M, Corces VG. The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator. // Mol. Cell. 2005. V.20. P.105-116.

52. Capelson M. and Corees VG. SUMO conjugation attenuates the activity of the gypsy chromatin insulator // The EMBO Journal. 2006.

53. Capili A, Lima C. Structure and analysis of a complex between SUMO and Ubc9 illustrates features of a conserved E2-Ubl interaction // J Mol Biol. 2007 V.369 P.608-618.

54. Carey M. Ordered recruitment: gene-specific mechanism of transcription activation. // Mol. Cell. 1998. V.10. P.227-236.

55. Carey M. The enhanceosome and transcriptional synergy. // Cell. 1998. V.92. P.5-8.

56. Carmena A, Bate M, Jiménez F. Lethal of scute, a proneural gene, participates in the specification of muscle progenitors during Drosophila embryogenesis // Genes Dev. 1995 V.9 P.2373-2383.

57. Casolari J, Brown C, Drubin D, Rando O, Silver P. Develomentally induced changes in transcriptionally programm alter spatial organization across chromosomes. // Gen.Dev. 2005. V.19. P.1188-1198.

58. Casolari J, Brown C, Komili S, West J, Hieronimus H, Silver P. Genome-wide localization of the nuclear transport machinary couples transcriptional status and nuclear organization. // Cell. 2004. V.l 17. P.427-439.

59. Cliambeyron S, Da Silva N, Lawson K, Bickmore W. Nuclear reorganization of the Hoxb complex during mouse embryonic development // Development 2005 V.l32 P.2215-2223.

60. Chen A, Mannen H, Li SS. Characterization of mouse ubiquitin-like SMT3A and SMT3B cDNAs and gene/pseudogenes. //Biochem. Mol. Biol. Int. 1998. V.46. P.l 161-1174.

61. Chopra V, Cande J, Hong J, Levine M. Stalled Hox promoters as chromosomal boundaries // Genes Dev. 2009 V.23 P. 1505-1509.

62. Chuang C, Carpenter A, Fuchsova B, Johnson T, de Lanerolle P, Belmont A. Long-range directional movement of an interphase chromosome site // Curr. Biol. 2006 V.l 6 P.825-831.

63. Chubb J, Boyle S, Perry P, Bickmore W. Chromatin motion is constrained by association with nuclear compartments in human cells // J. Cell Biol. 2002 V.12 P.439^145

64. Chung J, Whitely M, Felsenfeld G. A 5' element of the chicken b-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila. // Cell. 1993. V.74. P.505-514.

65. Cleard F, Moshkin Y, Karch F, Maeda R. Probing long-distance regulatory interactions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification. // Nat Genet. 2006. V.38. P.931-935.

66. González F, Romani S, Cubas P, Modolell J, Campuzano S. Molecular analysis of the ásense gene, a member of the achaete-scute complex of Drosophila melanogaster, and its novel role in optic lobe development // EMBO J. 1989 V.8 P. 3553-3562.

67. Cremer T, Cremer C. Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells // Nat Rev Genet. 2001 V.2 P.292-301

68. Crevel G, Huikeshoven H and Cotterill S. Df31 is a novel nuclear protein involved in chromatin structure in Drosophila melanogaster. J. Cell Sci. 2001 V.114 P.37—47.

69. Csink A, Henikoff S. Genetic modification of heterochromatic association and nuclear organization in Drosophila//Nature. 1996 V.381 P.529-531

70. Dehghani H, Dellaire G, Bazett-Jones D. Organization of chromatin in the interphase mammalian cell // Micron 2005 V.36 P.95-108.

71. Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N. Capturing chromosome conformation. // Science. 2002. V.295. P.1306—1311.

72. Dellaire G, Bazett-Jones D. PML nuclear bodies: dynamic sensors of DNA damage and cellular stress. // Bioessays 2004 V.26 P.963-977

73. Denning D, Mykytka B, Allen N, Huang L, A1 B, Rexach M. The nucleoporin Nup60p functions as a Gsplp-GTP-sensitive tether for Nup2p at the nuclear pore complex. // J.Cell Biol. 2001. V.154. P.937-950.

74. Dernburg A, Broman K, Fung J, Marshall W, Philips J, Agard D, Sedat J. Perturbation of nuclear architecture by long-distance chromosome interactions // Cell. 1996 V.85 P.745-759.

75. Desterro JM, Rodriguez MS, Hay RT. SUMO-1 modification of IkappaBalpha inhibits NF-kappaB activation.//Mol. Cell. 1998. V.2. P.233-239.

76. Desterro JM, Rodriguez MS, Kemp GD, Hay RT. Identification of the enzyme required for activation of the small ubiquitin-like protein SUMO-1. // J. Biol. Chem. 1999. V.274. P.10618-10624.

77. Dillon N, Grosveld F. Chromatin domains as potential units of eukaryotic gene function. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1994. V.4. P.260-264.

78. Dilworth D, Suprapto A, Padovan J, Chait B, Wozniak R, Rout M, Aitchison J. Nup2p dynamically associates with the distal regions of the yeast nuclear pore complex. // J.Cell Biol. 2001. V.153. P.1465—1478.

79. Donze D, Kamakaka R. RNA polymerase III and RNA polymerase II promoter complexes are heterochromatin barriers in Saccharomyces cerevisiae. // EMBO J. 2001. V.20. P.520— 531.

80. Donze D., Adams C, Rine J, Kamakaka R. The boundaries of the silenced HMR domain in Saccharomyces cerevisiae. // Genes Dev. 1999. V.13. P.698-708.

81. Dorsett D. Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. V.9. P.505-514.

82. Dorsett D. Distance-independent inactivation of an enhancer by the suppressor of Hairy-wing DNA-binding protein of Drosophila// Genetics. 1993 V.134 P. 1135-1144.

83. Drissen R, Palstra R, Gillemans N, Splinter E, Grosveld F, Philipsen S, de Laat W. The active spatial organization of the (3-globin locus requires the transcription factor EKLF. // Genes Dev. 2004. 18. P.2485-2490.

84. Duboule D. The rise and fall of Hox gene clusters // Development. 2007 V.134 P.2549-2560

85. Faro-Trindade I, Cook P. Transcription factories: structures conserved during differentiation and evolution. // Biochem Soc Trans. 2006 V.34 P.1133-1137

86. Fiering S, Whitelaw E, Martin D. To be or not to be active: the stochastic nature of enhancer action. // Bioessays. 2000 V.22 P.381-387.

87. Endter C, Kzhyshkowska J, Stauber R, Dobner T. SUMO-1 modification required for transformation by adenovirus type 5 early region IB 55-kDa oncoprotein. Proc Natl Acad Sci USA. 2001 V.98 P.l 1312-11317.

88. Engel N, Bartolomei S. Mechanisms of insulator function in gene regulation and genomic imprinting. // hit.Rev.Cyto!. 2003. V.232. P.89-127.

89. Engstrom P, Ho S, Drivenes O Becker T and Lenhard B. Genomic regulatory blocks underlie extensive microsynteny conservation in insects. // Genome Res. 2007.V.17 P.1898—1908

90. Epner E, Reik A, Cimbora D, Telling A, Bender MA, et al. The beta-globin LCR is not necessary for an open chromatin structure or developmentally regulated transcription of the native mouse beta-globin locus. // Mol. Cell. 1998. V.2. P.447-455.

91. Epps JL, Tanda S. The Drosophila semushi mutation blocks nuclear import of bicoid during embryogenesis. //Curr. Biol. 1998. V.8. P.1277-1280.

92. Espinas M, Jimenez-Garcia E, Vaquero A, Canudas S, Bernues J, Azorin F. The N-terminal POZ domain of GAGA mediates the formation of oligomers that bind DNA with high affinity and specificity. // J.Biol.Chem. 1999. V.274. P.16461-16469.

93. Everett RD, Lomonte P, Sternsdorf T, van Driel R, Orr A. Cell cycle regulation of PML modification and ND10 composition // J Cell Sci. 1999 V.l 12 P.4581-4588.

94. Farrell C, West A, Felsenfeld G. Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human p-globin loci. // Mol.Cell.Biol. 2002. V.22. P.3820-3831.

95. Fiering S, Whitelaw E, Martin DI. To be or not to be active: the stochastic nature fly: different paths, same destinations. //Mol. Cell. 2005. V.l 8. P.395-398.

96. Fischer A, Kroppenstedt RM, Stackebrandt E. Molecular-genetic and chemotaxonomic studies on Actinomadura and Nocardiopsis // J Gen Microbiol. 1983 V.129 P.3433-3446

97. Fedoriw A, Stein P, Svoboda P, Schultz R, Bartolomei M. Transgenic RNAi reveals essential function for CTCF in H19 gene imprinting. // Science. 2004. V.303. P.238-240.

98. Filippova G, Thienes C, Penn B, Cho D, Hu Y, Moore J, Klesert T, Lobanenkov V, Tapseott S. CTCF-binding sites flank CTG/CAG repeats and form a methylation-sensitive insulator at the DM1 locus. //NatGenet. 2001. V.28 P.335-343.

99. Fourel G, Boscheron C, Revardel E, Lebrun E, Hu Y, Simmen K, Muller K, Li R, Mermod N, Gilson E. An activationindependent role of transcription factors in insulator function. // EMBO Rep. 2001. V.2. P.124-132.

100. Fourel G, Revardel E, Koering C, Gilson E. Cohabitation of insulators and silencing elements in yeast subtelomeric regions. // EMBO J. 1999. V.18. P.2522-2537.

101. Fraser AG, Kamath RS, Zipperlen P, Martinez-Campos M, Sohrmann M, Ahringer J. Functional genomic analysis of C. elegans chromosome I by systematic RNA interference. // Nature. 2000. V.408. P.325-330.

102. Galy V, Olivo-Marin J, Scherthan H, Doye V, Rascalou N, Nehrbass U. Nuclear pore complexes in the organization of silent telomeric chromatin. // Nature. 2000. V.403. P. 108112.

103. Gasser S. Visualizing chromatin dynamics in interphase nuclei // Science 2002 V.296 P.1412—1416

104. Gaszner M, Felsenfeld G. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. //Nature Reviews Genetics. 2006. V.7. P.703-713.

105. Gaszner M., Vazquez J., Schedl P. The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction. // Genes Dev. 1999. V.13. P.2098-2107.

106. Gause M, Hovhannisyan H, Kan T, Kuhfittig S, Mogila V, Georgiev P. hobo Induced rearrangements in the yellow locus influence the insulation effect of the gypsy su(Hw)-binding region in Drosophila melanogaster. // Genetics. 1998 V.149. P. 1393-1405.

107. Gdula DA, Corces VG. Characterization of functional domains of the Su(Hw) protein that mediate the silencing effect of mod(mdg4) mutations. // Genetics. 1997. V.145. P.153-161.

108. Geiss-Friedlander R, Melchior F. Concepts in sumoylation: a decade on // Nat Rev Mol Cell Biol. 2007 V.8 P.947-956.

109. Georgiev P., Kozycina M. Interaction between mutations in the suppressor of Hairy wing and modifier of mdg4 genes of Drosophila melanogaster affecting the phenotype of gypsy-induced mutations. // Genetics. 1996. V.142. P.425-436.

110. Gerasimova T, Lei E, Bushey A, Corces V. Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila // Mol Cell. 2007 V.28 P.761-772.

111. Gerasimova T, Gdula D, Gerasimov D, Simonova O, Corces V. A Drosophila protein that imparts directionality on a chromatin insulator is an enhancer of position-effect variegation // Cell. 1995 V.82 P.587-597.

112. Gerasimova TI, Byrd K, Corces VG. A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. //Mol. Cell. 2000. V.6. P. 1025-1035.

113. Gerasimova TI, Corces VG. Chromatin insulators and boundaries: effects on transcription and nuclear organization. // Annu. Rev. Genet. 2001. V.35. P.193-208.

114. Gerasimova TI, Corces VG. Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator. // Cell. 1998. V.92. P.511-521.

115. Geyer PK. The role of insulator elements in defining domains of gene expression. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V.7. P.242-248.

116. Geyer P, Corces V. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein. // Genes Dev. 1992. V.6. P.1865-1873.

117. Geyer P, Corces V. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster. // Genes Dev. 1987. V.l. P.996-1004.

118. Geyer PK, Spana C, Corces VG. On the molecular mechanism of gypsy-induced mutations at the yellow locus of Drosophila melanogaster. EMBO J. 1986 V.5 P.2657-2662.

119. Geiss-Friedlander R, Melchior F. Concepts in sumoylation: a decade on // Nat Rev Mol Cell Biol. 2007 V.8 P.947-956.

120. Ghosh D, Gerasimova T, Corces V. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function. // EMBO J. 2001. V.20. P.2518-2527.

121. Gill,G. Something aboutSUMOinhibits transcription. // Curr. Opin. Genet. Dev. 2005. V.15. P.536 — 541.

122. Girdwood D, Bumpass D, Vaughan OA, Thain A, Anderson LA, Snowden AW, GarciaWilson E, Perkins ND, Hay RT. P300 transcriptional repression is mediated by SUMO modification//Mol Cell. 2003 V.ll P.1043-1054.

123. Go lie KG. Local transposition of P elements in Drosophila melanogaster and recombination between duplicated elements using a site-specific recombinase // Genetics 1994 V.l37 P. 551-563

124. Golic KG, Lindquist S The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome // Cell. 1989 V.59 P.499-509.

125. Golovnin A, Birukova I, Romanova O, Silicheva M, Parshikov A, ct al. An endogenous Su(Hw) insulator separates the yellow gene from the Achaete-scute gene complex in Drosophila. // Development 2003. V.130. P.3249-3258.

126. Golovnin A, Gause M, Georgieva S, Gracheva E, Georgiev P. The su(Hw) insulator can disrupt enhancer-promoter interactions when located more than 20 kilobases away from the Drosophila achaete-scute complex // Mol Cell Biol. 1999 V.19 P.3443-3456.

127. Gong L, Millas S, Maul GG, Yeh ET. Differential regulation of sentrinized proteins by a novel sentrin-specific protease // J Biol Chem. 2000V.275 P.3355-3359.

128. Gong L, Yeh ET. Characterization of a family of nucleolar SUMO-specific proteases with preference for SUMO-2 or SUMO-3 // J Biol Chem. 2006 V.281 P.15869-15877.

129. Gotta M, Laroche T, Pormenton A, Maillet L, Scherthan H, Gasser S. The clustering of telomeres and colocalization with Rapl, Sir3, and Sir4 proteins in wild-type Saccharomyces cerevisiae. // J.Cell Biol. 1996. V.134 P.1349-1363.

130. Haldar D, Kamakaka R. tRNA genes as chromatin barriers. // Nat.Struct.Mol.Biol. 2006. V.13. P.192—193.

131. Hall I, Noma K, Grewal S. RNA interference machinery regulates chromosome dynamics during mitosis and meiosis in fission yeast // Proc Natl Acad Sci USA. 2003 V.100 P.193-198.

132. Han L, Lee D, Szabo P. CTCF is the master organizer of domain-wide allele-specific chromatin at the H19/Igf2 imprinted region // Mol Cell Biol. 2008 V.28 P. 1124-1135

133. Handwerger K, Gall J. Subnuclear organelles: new insights into form and function. // Trends Cell Biol. 2006 V.16 P. 19-26.

134. Hang J, Dasso M. Association of the human SUMO-1 protease SENP2 with the nuclear pore // J Biol Chern. 2002 V.277 P.l9961-19966.

135. Hannich JT, Lewis A, Kroetz MB, Li SJ, Heide H, Emili A, Hochstrasser M. Defining the SUMO-modified proteome by multiple approaches in Saccharomyces cerevisiae // J Biol Chem. 2005 V.80 P.4102-4110.

136. Hardeland U, Steinacher R, Jiricny J, Schar P. Modification of the human thymine-DNA glycosylase by ubiquitin-like proteins facilitates enzymatic turnover. // EMBO J. 2002. V.21. P.1456—1464.

137. Hari KL, Cook KR, Karpen GH. The Drosophila Su(var)2-10 locus regulates chromosome structure and function and encodes a member of the PIAS protein family // Genes Dev. 2001 Y.15 P. 1334-1348

138. Hark A, Schoenherr C, Katz D, Ingram R, Levorse J, Tilghman S. CTCF mediates methylation-sensitive enhancer-blocking activity at the H19/Igf2 locus. // Nature. 2000. V.405. P.486-489

139. Harrison D. A., Gdula D. A., Coyne R.S., Corces V. G. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 1966-1978.

140. Hashimoto N, Brock H, Nomura M, Kyba M, Hodgson J, Fujita Y, Takihara Y, Shimada K, Higashinakagawa T. // RAE28, BMI1, and M33 are members of heterogeneous multimeric mammalian Polycomb group complexes. Biochem Biophys Res Commun. 1998 V.245 P.356-65.

141. Hay, R. T. Role of ubiquitin-like proteins in transcriptional regulation. // Ernst Schering Res. Found. Workshop, 2006. P. 173 192.

142. Hayashi T, Seki M, Maeda D, Wang W, Kawabe Y, et al. Ubc9 is essential for viability of higher eukaryotic cells. // Exp. Cell Res. 2002. V.280. P.212-221.

143. Hebbes T, Allen S. Multiple histone acetyltransferases are associated with a chicken erythrocyte chromatin fraction enriched in active genes // J Biol Chem. 2000 V.275 P.31347-31352.

144. Hentges K, Pollock D, Liu B, Justice M. Regional variation in the density of essential genes in mice // PLoS Genet. 2007 V.3 P.72

145. Hershko A, Ciechanover A. The ubiquitin system. // Annu.Rev. Biochem. 1998. V.67. P.425-479.

146. Hirano Y, Murata S, Tanaka K, Shimizu M, Sato R. Sterol regulatory element-binding proteins are negatively regulated through SUMO-1 modification independent of the ubiquitin/26 S proteasome pathway // J Biol Chem. 2003 V.278 P. 16809-16819.

147. Hochstrasser M. SP-RING for SUMO: new functions bloom for a ubiquitin-like protein. //Cell 2001. V. 107. P.5-8.

148. Hoeller D, Hecker CM, Wagner S, Rogov V, Dotsch V, Dikic I. E3-independent monoubiquitination of ubiquitin-binding proteins //Mol Cell. 2007 V.26 P.891-898.

149. Hogga I, Karch F. Transcription through the iab-7 cis-regulatory domain of the bithorax complex interferes with maintenance of Polycomb-mediated silencing // Development. 2002 V.29 P.4915-4922.

150. Hoege C, Pfander B, Moldovan GL, Pyrowolakis G, Jentsch S. RAD6-dependent DNA repair is linked to modification of PCNA by ubiquitin and SUMO. // Nature 2002.

151. Hofmann, T.G., Will, H. Body language: the function of PML nuclear bodies in apoptosis regulation. // Cell Death Differ. 2003. V.10. P.1290-1299.

152. Hollenbach AD, McPherson CJ, Mientjes EJ, Iyengar R, Grosveld G. Daxx and histone deacetylase II associate with chromatin through an interaction with core histones and the chromatin-associated protein Dek // J Cell Sci. 2002 V. 115 P.3319-3330.

153. Holmgren C, Kanduri C, Dell G, Ward A, Mukhopadhya R, Kanduri M, Lobanenkov V, Ohlsson R. CpGmethylation regulates the Igf2/H19 insulator. // Curr.Biol. 2001. V.ll. P.l128-1130

154. Holohan E, Kwong C, Adryan B, Bartkuhn M, Herold M, Renkawitz R, Russell S, White R. CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. // PLoS Genetics. 2007. V.3. P.el 12.

155. Hong Y, Rogers R, Matunis MJ, Mayhew CN, Goodson ML, Park-Sarge OK, Sarge KD. Regulation of heat shock transcription factor 1 by stress-induced SUMO-1 modification // J Biol Chem. 2001 V.276 P.40263-40267.

156. Howe K, Williamson J, Boddy N, Sheer D, Freemont P, Solomon E. The ubiquitin-homology gene PIC1: characterization of mouse (Picl) and human (UBL1) genes and pseudogenes. // Genomics 1998.V.47. P.92-100.

157. HoY, Elefant F, Cooke N, Liebhaber S. A defined locus control region determinant links chromatin domain acetylation with long-range gene activation. // Mol. Cell. 2002. V.9. P.291-302.

158. Horie K, Tomida A, Sugimoto Y, Yasugi T, Yoshikawa H, Taketani Y, Tsuruo T. SUMO-1 conjugation to intact DNA topoisomerase I amplifies cleavable complex formation induced by camptothecin // Oncogene. 2002 V.21 P.7913-7922.

159. Huang K, Diener DR, Rosenbaum JL. The ubiquitin conjugation system is involved in the disassembly of cilia and flagella // J Cell Biol. 2009 V. 186 P.601-613.

160. Ishii K, Arib G, Lin C, Van Houwe G, Laemmli U. Chromatin boundaries in budding yeast: the nuclear pore connection. // Cell. 2002. V.109. P.551-562.

161. Itahana Y, Yeh ET, Zhang Y. Nucleocytoplasmic shuttling modulates activity and ubiquitination-dependent turnover of SUMO-specific protease 2 // Mol Cell Biol. 2006 V.26 P.4675-4689

162. Jack J, Dorsett D, Delotto Y, Liu S. Expression of the cut locus in the Drosophila wing margin is required for cell type specification and is regulated by a distant enhancer. Development// 1991 V.113 P.735-747.

163. Jackson PK. A new RING for SUMO: wrestling transcriptional responses into nuclear bodies with PIAS family E3 SUMO ligases. // Genes Dev.2001. V.15. P.3053-3058.

164. Jensen, K., Shiels, C., Freemont, P.S. PML protein isoforms and the RBCC/TRIM motif. // Oncogene. 2001. V.20. P.7223-7233.

165. Jiang N, Emberly E, Cuvier O, Hart C. Genome-wide mapping of boundary element-associated factor (BEAF) binding sites in Drosophila melanogaster links BEAF to transcription // Mol Cell Biol. 2009V.29 P.3556-3568.

166. Johnson Erica S. Protein modification by sumo 2004. // Annu. Rev. Biochem. V.73. P.355-382.

167. Johnson ES, Blobel G. Ubc9p is the conjugating enzyme for the ubiquitin-like protein Smt3p. // J. Biol. Chcm. 1997. V.272. P.26799-26802.

168. Johnson ES, Blobel G. Cell cycle-regulated attachment of the ubiquitin-related protein SUMO to the yeast septins. // J. Cell Biol. 1999. V.147. P.981-994.

169. Johnson ES, Gupta AA. An E3-like factor that promotes SUMO conjugation to the yeast septins. // Cell 2001. V.106. P. 735-744.

170. Johnson ES, Schwienhorst I, Dohmen RJ, Blobel G. The ubiquitin-like protein Smt3p is activated for conjugation to other proteins by an Aoslp/Uba2p heterodimer. // EMBO J. 1997. V.16. P.5509—5519.

171. Jones D, Crowe E, Stevens TA, Candido EP. Functional and phylogenetic analysis of the ubiquitylation system in Caenorhabditis elegans: ubiquitin-conjugating enzymes, ubiquitin-activating enzymes, and ubiquitin-like proteins. // Genome Biol. 2002.

172. Joseph J, Tan SH, Karpova TS, McNally JG, Dasso M. SUMO-1 targets RanGAPl to kinetochores and mitotic spindles // J Cell Biol. 2002V. 156 P.595-602.

173. Kagey Mil, Melhuish TA, Wotton D. The polycomb protein Pc2 is a SUMO E3. // Cell 2003. V.113. P.127—137.

174. Kahyo T, Nishida T, Yasuda H. Involvement of PIAS1 in the sumoylation of tumor suppressor p53. // Mol. Cell. 2001. V.8. P.713-718.

175. Kamath R, Fraser A, Dong Y, Poulin G, Durbin R, Gotta M, Kanapin A, Le Bot N, Moreno S, Sohrmann M, Welchman D, Zipperlen P, Ahringer J. Systematic functional analysis of the Caenorhabditis elegans genome using RNAi // Nature. 2003 V.421 P.231-237.

176. Kamitani T, Kito K, Nguyen HP, Fukuda-Kamitani T, Yeh ET. Characterization of a second member of the sentrin family of ubiquitin-like proteins. // J. Biol. Chem. 1998. V.273. P.11349-11353.

177. Kamitani T, Nguyen HP, Yeh ET. Characterization of NEDD8, a developmentally down-regulated ubiquitin-like protein. // J. Biol. Chem. 1997. V.272. P.14001-14004.

178. Karch F, Weiffenbach B, Peifer M, Bender W, Duncan I, Celniker S, Crosby M, Lewis E. The abdominal region of the bithorax complex // Cell. 1985 V.43 P.81-96.

179. Karess R, Rubin G. Analysis of P transposable element functions in Drosophila. // Cell. 1984. V.38P.135-146.

180. Kato Y, Sasaki H. Imprinting and looping: epigenetic marks control interactions between regulatory elements. // BioEssays. 2005. V.27. P. 1-4.

181. Katsani K, Hajibagheri M, Verrijzer C. Co-operative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology. // EMBO J. 1999. V.18. P.698-708.

182. Kellum R, Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. //Mol. Cell Biol. 1992. V.12. P.2424-2431.

183. Kellum R, Schedl P. A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains. // Cell. 1991. V.64. P.941-950.

184. Kellum R., Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. //Mol. Cel. Biol.1992. V.12. P.2424-2431.

185. Kerscher O, Felberbaum R, Hochstrasser M. Modification of proteins by ubiquitin and ubiquitin-like proteins // Annu Rev Cell Dev Biol. 2006 V.22 P. 159-180.

186. Kerscher O. SUMO junction-what's your function? New insights through SUMO-interacting motifs // EMBO Rep. 2007 V.8 P.550-5.

187. Kim A, Dean A. Developmental stage differences in chromatin subdomains of thebeta-globin locus. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2004. V.101. P.7028-7033

188. Kim J., Shen B., Rosen C., Dorsett D. The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein. // Mol. Cel. Biol. 1996. V.16. P.3381-3392.

189. Kim KI, Baek SH, Chung CH. Versatile protein tag, SUMO: its enzymology and biological function. // J. Cell Physiol. 2002. V.191. P.257-268.

190. Kimura A, Horikoshi M. Partition of distinct chromosomal regions: negotiable border and fixed border. // Genes Cells 2004. V.9. P.499-508.

191. Kimura A, Umehara T, Horikoshi M. Chromosomal gradient of histone acetylation established by Sas2p and Sir2p functions as a shield against gene silencing. // Nat.Genet. 2002. V.32. P.370-377.

192. Kirsh O, Seeler JS, Pichler A, Gast A, Müller S, Miska E, Mathieu M, Harel-Bellan A, Kouzarides T, Melchior F, Dejean A. The SUMO E3 ligase RanBP2 promotes modification of the HDAC4 deacetylase //EMBO J. 2002 V.21 P.2682-2691

193. Kobor M, Venkatasubrahmanyam S, Meneghini M, Gin J, Jennings J, Link A, Madhani H, Rine J. A protein complex containing the conserved Swi2/Snf2-related ATPase Swrlp deposits histone variant H2A.Z into euchromatin. // PLoS Biol. 2004. V.2. P.E131

194. Kosak ST, Groudine M. Form follows function: the genomic organization of cellular differentiation. // Genes Dev. 2004. V.18. P. 1371-1384.

195. Kotaja N, Karvonen U, Janne OA, Palvimo JJ. PIAS proteins modulate transcription factors by functioning as SUMO-1 ligases // Mol Cell Biol. 2002 V.22 P.5222-5234

196. Krebs, J.E., Fry, C.J., Samuels, M.L., and Peterson, C.L. Global role for chromatin remodeling enzymes in mitotic gene expression. // Cell. 2000. V.102. P.587-598.

197. Kroetz MB, Su D, Ilochstrasser M. Essential role of nuclear localization for yeast Ulp2 SUMO protease function // Mol Biol Cell. 2009 V.20 P.2196-2206.

198. Kuhn EJ, Viering MM, Rhodes KM, Geyer PK. A test of insulator interactions in Drosophila. // EMBO J. 2003. V.22. P.2463-2471.

199. Kumaran R, Spector D. A genetic locus targeted to the nuclear periphery in living cells maintains its transcriptional competence // J Cell Biol. 2008 V.180 P.51-65.

200. Kurz A, Lampel S, Nickolenko J, Bradl J, Benner A, Zirbel R, Cremer T, Lichter P. Active and inactive genes localize preferentially in the periphery of chromosome territories // J Cell Biol. 1996 V.135P.1195-1205

201. Kusch T, Guelman S, Abmayr SM, Workman JL. Two Drosophila Ada2 homologues function in different multiprotein complexes // Mol Cell Biol. 2003 V.23 P.3305-3319

202. Kyrchanova O, Toshchakov S, Parshikov A, Georgiev P. Drosophila bithorax complex: effects of insulator pairing on the enhancer-promoter communication. // Mol Cell Biol. 2007 V.27. P.3035-3043.

203. Labrador M, Sha K, Li A, Corces VG. Insulator and Ovo proteins determine the frequency and specificity of insertion of the gypsy retrotransposon in Drosophila melanogaster // Genetics. 2008 V.180 P. 1367-1378.

204. Laemmli UK, Kas E, Poljak L, Adachi Y. Scaffold-associated regions: cis-acting determinants of chromatin structural loops and functional domains. // Curr Opin Genet Dev. 1992 V.2 P.275-85

205. Lanzuolo C, Roure V, Dekker J, Bantignies F, Orlando V. Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higher-order structures in the bithorax complex // Nat Cell Biol. 2007 V.9 P.l 167-1174.

206. Lee J, Jayaram M. A tetramer of the Flp recombinase silences the (rimers within it during resolution of a Holliday junction substrate // Genes Dev 1997 V.l 1 P.243 8-2447

207. Lee P, Chang C, Liu D, Derynck R. Sumoylation of Smad4, the common Smad mediator of transforming growth factor-beta family signaling. // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.27853— 27863.

208. Lee J. Molecular links between X-inactivation and autosomal imprinting: X-inactivation as a driving force for the evolution of imprinting? // Curr Biol. 2003. V.13. P.R242-R254.

209. Lee J, Sonnhammcr E. Genomic gene clustering analysis of pathways in eukaryotcs. // Genome Res. 2003 V.13 P.875-882.

210. Lee D, Teyssier C, Strahl BD, Stallcup MR. Role of protein methylation in regulation of transcription // Endocr Rev. 2005 V.26 P. 147-170.

211. Lewis EB. A gene complex controlling segmentation in Drosophila // Nature. 1978 V.276 P.565-570.

212. Lewis A, Mitsuya K, Constancia M, Reik W. Tandem repeat hypothesis in imprinting: deletion of a conserved direct repeat element upstream of hi 9 has no effect on imprinting in the igf2-hl9 region. //MoI.CeU.Biol. 2004. V.24. P.5650-5656.

213. Li Y, Wang H, Wang S, Quon D, Liu YW, Cordell B. Positive and negative regulation of APP amyloidogenesis by sumoylation. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V.100. P.259-264.

214. Lieb J, Liu X, Botstein D, Brown P. Promoter-specific binding of Rap 1 revealed by genome-wide maps of protein-DNA association. //Nat.Genet. 2001. V.28. P.327-334.

215. Liñon R, Goldberg M, Karp R, Hogness D. The organization of the histone genes in Drosophila melanogaster: functional and evolutionary implications // Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1978 V.42 Pt 2:1047-1052

216. Lin X, Liang M, Liang YY, Brunicardi FC, Feng XH. SUMO-l/Ubc9 promotes nuclear accumulation and metabolic stability of tumor suppressor Smad4. // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.31043-31048.

217. Lindsley D, Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster. // Academic Press. New York. 1992

218. Ling J, Li T, Hu J, Vu T, Chen FI, Qiu X, Cherry A, Hoffman A. CTCF Mediates Interchromosomal Colocalization Between Igf2/H19 and Wsbl/Nfl. // Science. 2006. V.312. P.269-272.

219. Lipshitz H, Peattie D, Hogness D. Novel transcripts from the Ultrabithorax domain of the bithorax complex // Genes Dev. 1987 V.l P.307-322.

220. Lois LM, Lima CD, Chua NH. Small ubiquitin-like modifier modulates abscisic acid signaling in Arabidopsis. // Plant Cell. 2003. V.15. P.1347-1359.

221. Lucchesi J, Kelly W, Panning B. Chromatin remodeling in dosage compensation. // Annu Rev Genet. 2005. V.39. P.615-651.

222. Lutz M, Burke L, LeFevre P, Myers F, Thome A, Crane-Robinson C, Bonifer C, Filippova G, Lobanenkov V, Renkawitz R. Thyroid hormone-regulated enhancer blocking: cooperation of CTCF and thyroid hormone receptor. // EMBO J. 2003. V.22. P. 1579-1587.

223. Maeda R, Karch F. Cis-regulation in the Drosophila Bithorax Complex // Adv Exp Med Biol. 2010 V.689 P.17-40.

224. Maeda R, Ilozumi S, Taniguchi K, Sasamura T, Murakami R. Matsuno K. Roles of single-minded in the left-right asymmetric development of the Drosophila embryonic gut // Mech Dev. 2007V. 124 P.204-217.

225. Maillet L, Gaden F, Brevet V, Fourel G, Martin S, Dubrana K, Gasser S, Gilson E. Ku-deficient yeast strains exhibit alternative states of silencing competence. // EMBO Rep. 2001. V.2. P.203-210

226. Mahajan R, Delphin C, Guan T, Geraee L, Melchior F. A small ubiquitin-related polypeptide involved in targeting RanGAPl to nuclear pore complex protein RanBP2. // Cell. 1997. V.88. P.97-107.

227. Mahajan R, Gerace L, Melchior F. Molecular characterization of the SUMO-1 modification of RanGAPl and its role in nuclear envelope association. // J. Cell Biol. 1998. V.140. P.259-270.

228. Majumder P, Cai HN. The functional analysis of insulator interactions in the Drosophila embryo. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V.100. P.5223.

229. Makhnevych T, Ptak C, Lusk CP, Aitchison JD, Wozniak RW. The role of karyopherins in the regulated sumoylation of septins // J Cell Biol. 2007 V.177 P.39-49.

230. Mannen H, Tseng HM, Clio CL, Li SS. Cloning and expression of human homolog HSMT3 to yeast SMT3 suppressor of MIF2 mutations in a centromere protein gene. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996. V.222. P. 178-180

231. Mao Y, Mehl IR, Muller MT. Subnuclcar distribution of topoisomerase I is linked to ongoing transcription and p53 status // Proc Natl Acad Sei USA. 2002V.9 9 P.1235-1240.

232. Mao Y, Okada S, Chang LS, Muller MT. p53 dependence of topoisomerase I recruitment in vivo // Cancer Res. 2000 V.60 P.4538-4543.

233. Marlor RL, Parkhurst SM, Corces VG. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins // Mol Cell Biol. 1986 V.6 P.l 129-1134.

234. Martin M, Meng YB, Chia W. Regulatory elements involved in the tissue-specific expression of the yellow gene of Drosophila // Mol Gen Genet. 1989 V.218 P.l 18-126

235. Martin S, Pombo A. Transcription factories: quantitative studies of nanostructures in the mammalian nucleus. // Chromosome Res. 2003 V.ll P.461-470

236. Martinez-Balbas M, Tsukiyama T, Gdula D and Wu C. Drosophila NURF-55, a WD repeat protein involved in histone metabolism. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1998. V.95 P.132-137

237. Matunis MJ, Coutavas E, Blobel G. A novel ubiquitin-like modification modulates the partitioning of the Ran-GTPase-activating protein RanGAPl between the cytosol and the nuclear pore complex. // J. Cell Biol. 1996. V.135. P.1457-1470.

238. Matsuzaki K, Minami T, Tojo M, Honda Y, Uchimura Y, Saitoh H, Yasuda H, Nagahiro S, Saya II, Nakao M. Serum response factor is modulated by the SUMO-1 conjugation system // Biochem Biophys Res Commun. 2003 V.306 P.32-38.

239. Melchior F. SUMO nonclassical ubiquitin.// Annu. Rev. Cell Dev.Biol. 2000. V.16. P.591-626.

240. Melniek A, Carlile G, Ahmad KF, Kiang CL, Corcoran C, Bardwell V, Prive GG, Licht JD. Critical residues within the BTB domain of PLZF and Bcl-6 modulate interaction with corepressors // Mol Cell Biol. 2002 V.22 P. 1804-1818.

241. Melnikova L, Juge F, Grazdeva N, Mazur A, Cavalli G, Georgiev P. Interaction between theGAGAfactor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V.101. P.14806-14811.

242. Meluh PB, Koshland D. Evidence that the MIF2 gene of Saccharomyces cerevisiae encodes a centromere protein with homology to the mammalian centromere protein CENP-C // Mol Biol Cell. 1995 V.6 P.793-807.

243. Mencia M., Moqtaderi Z., Geisberg J.V., Kuras L., and Struhl K. Activator-specific recruitment of TFIID and regulation of ribosomal protein genes in yeast. // Mol. Cell. 2002. V.9. P.823-833.

244. Meneghini M, Wu M, Madhani H. Conserved histone variant H2A.Z protects euchromatin from the ectopic spread of silent heterochromatin. // Cell. 2003. V.l 12. P.725-736.

245. Merli C, Bergstrom D, Cygan J, Blackman R. Promoter specificity mediates the independent regulation of neighboring genes // Genes Dev. 1996 V.10 P.1260-1270.

246. Meulmeester E. and Melchior F. SUMO // Nature 2008 V.452.

247. Mihaly J, Barges S, Sipos L, Maeda R, Cleard F, Hogga I, Bender W, Gyurkovics H, Karch F. Dissecting the regulatory landscape of the Abd-B gene of the bithorax complex // Development. 2006 V.133 P.2983-2993.

248. Minty A, Dumont X, Kaghad M, Caput D. Covalent modification of p73alpha by SUMO-1. Two-hybrid screening with p73 identifies novel SUMO-1-interacting proteins and a SUMO-1 interaction motif// J Biol Chem. 2000 V.275 P.36316-36323.

249. Misteli T. Beyond the sequence: cellular organization of genome function // Cell. 2007 V.128 P.787-800

250. Mito Y, Henikoff J, Henikoff S. Genome-scale profiling of histone H3.3 replacement patterns // Nat Genet. 2005 V.37 P.1090-1097.

251. Miyauchi Y, Yogosawa S, Honda R, Nishida T, Yasuda H. Sumoylation of Mdm2 by protein inhibitor of activated STAT (PIAS) and RanBP2 enzymes // J Biol Chem. 2002 V.277 P.50131-50136.

252. Modolell J, Campuzano S. The achaete-scute complex as an integrating device. // Int J Dev Biol. 1998. V.42. N3. P.275-282.

253. Mohideen F, Capili AD, Bilimoria PM, Yamada T, Bonni A, Lima CD. A molecular basis for phosphorylation-dependent SUMO conjugation by the E2 UBC9 // Nat Struct Mol Biol. 2009 V.16 P.945-952.

254. Mongelard F, Corces VG. Two insulators are not better than one. // Nat. Struct. Biol. 2001. V.8. P.192-194.

255. Morcillo P, Rosen C, Baylies MK, Dorsett D. Chip, a widely expressed chromosomal protein required for segmentation and activity of a remote wing margin enhancer in Drosophila // Genes Dev. 1997 V.ll P.2729-2740.

256. Mukhopadhyay D, Ayaydin F, Kolli N, Tan SH, Anan T, Kametaka A, Azuma Y, Wilkinson KD, Dasso M. SUSP1 antagonizes formation of highly SUM02/3-conjugated species // J Cell Biol. 2006 V.174 P.939-949.

257. Müller J, Hart C, Francis N, Vargas M, Sengupta A, Wild B, Miller E, O'Connor M, Kingston R, Simon J. // Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell. 2002. V. 111. P. 197-208

258. Muller S, Hoege C, Pyrowolakis G, Jentsch S. SUMO, ubiquitin's mysterious cousin. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001. V.2. P.202-210.

259. Muravyova E, Golovnin A, Gracheva E, Parshikov A, Belenkaya T, et al. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. // Science. 2001. V.291. P.495-498.

260. Murrell A, Heeson S, Reik W. Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Ig£2 and H19 into parent-specific chromatin loops. // 2004. Nat.Genet. V.36. P.889-893.

261. Mutskov V, Farrell C, Wade P, Wolffe A, Felsenfeld G. The barrier function of an insulator couples high histone acetylation levels with specific protection of promoter DNA from methylation. // Genes Dev. 2002. V.16. P.1540-1554

262. Nagy P, Griesenbeck J, Kornberg R and Cleary M. A trithorax-group complex purified from Saccharomyces cerevisiae is required for methylation of histone H3. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002 V.99 P.90-94.

263. Newsome TP, Asling B, Dickson BJ. Analysis of Drosophila photoreceptor axon guidance in eye-specific mosaics // Development 2000 V.127 P.851-860

264. Nishida T, Kaneko F, Kitagawa M, Yasuda H. Characterization of a novel mammalian SUMO-l/Smt3-specific isopeptidase, a homologue of rat axam, which is an axin-binding protein promoting beta-catenin degradation // J Biol Chem. 2001 V.276 P.39060-3906.

265. Noma K, Allis C, Grewal S. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries. // Science. 2001. V.293. P. 1150-1155.

266. Ohtsuki S, Levine M. GAGA mediates the enhancer blocking activity of the eve promoter in the Drosophila embryo // Genes Dev. 1998V.12 P.3325-3330.

267. Ohtsuki S, Levine M, Cai H. Different core promoters possess distinct regulatory activities in the Drosophila embryo // Genes Dev. 1998 V.12 P.547-556.

268. Oki M, Kamakaka R. Barrier function at HMR. // Mol.Cell. 2005. V.19. P.707-716.

269. Oki M, Valenzuela L, Chiba T, Ito T, Kamakaka T. Barrier proteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. // Mol.Cell.Biol. 2004. V.24. P.1956-1967

270. Okuma T, Honda R, Ichikawa G, Tsumagari N, Yasuda H. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999. V.254. P.693-698.

271. Osborne C, Chakalova L, Brown K, Carter D, Plorton A, Debrand E, Goyenechea B, Mitchell J, Lopes S, Reik W, Fraser P. Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription. //Nat. Genet. 2004 V.36 P.1065-1071

272. Owerbach D, McKay E, Yeh E, Gabbay K, Bohren K. A proline-90 residue unique to SUMO-4 prevents maturation and sumoylation // Biochem Biophys Res Commun. 2005 V.337 P.517-520.

273. Ouyang J, Shi Y, Valin A, Xuan Y, Gill G. Direct binding of CoRESTl to SUMO-2/3 contributes to gene-specific repression by the LSDl/CoRESTl/HDAC complex // Mol Cell. 2009 V.34 P.145-154.

274. Pagans S, Ortiz-Lombardia M, Espinas M, Bernues J, Azorin F. The Drosophila transcription factor tramtrack (TTK) interacts with Trithorax-like (GAGA) and represses GAGA-mediated activation. //NAR. 2002. V.30. P.4406-4413.

275. Pai CY, Lei EP, Ghosh D, Corces VG. The centrosomal protein CP190 is a component of the gypsy chromatin insulator. //Mol. Cell. 2004. V.16. P.737-748.

276. Palstra R, Tolhuis B, Splinter E, Nijmeijer R, Grosveld F, de Laat W. The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation // Nat Genet. 2003 V.35 P.190-194.

277. Pandolfi PP, Tian Huai Shen, Hui-Kuan Lin, Scaglioni PP, Yung MT. The Mechanisms of PML-Nuclear Body Formation // Molecular Cell. 2006. V.24. P.331-339.

278. Panse VG, Kiister B, Gerstberger T, Hurt E. Unconventional tethering of Ulpl to the transport channel of the nuclear pore complex by karyopherins // Nat Cell Biol. 2003 V.5 P.21-27.

279. Parkhurst S.M., Harrison D.A., Remington M.P., Spana C., Kelley R.L., et al. //Genes Dev. 1988. V.2. P.1205-1215.

280. Parkhurst SM, Corces VG. Retroviral elements and suppressor genes in Drosophila // Bioessays 1986 V.5 P.52-57.

281. Parnell TJ, Geyer PK. Differences in insulator properties revealed by enhancer blocking assays on episomes. // EMBO J. 2000. V.19. P.5864-5874.

282. Parnell TJ, Viering MM, Skjesol A, Helou C, Kuhn EJ, Geyer PK. An endogenous suppressor of hairy-wing insulator separates regulatory domains in Drosophila. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA 2003. V.100. P. 13436-13441.

283. Parnell TJ, Kuhn EJ, Gilmore BL, Helou C, Wold MS, Geyer PK. Identification of genomic sites that bind the Drosophila suppressor of Hairy-wing insulator protein // Mol Cell Biol. 2006. V.26(16). P.5983-5993.

284. Perry JJ, Tainer JA, Boddy MN. A SIM-ultaneous role for SUMO and ubiquitin // Trends Biochem Sei. 2008 V.33 P.201-208.

285. Petrie K, Guidez F, Howell L, Healy L, Waxman S, Greaves M, Zelent. The histone deacetylase 9 gene encodes multiple protein isoforms // J Biol Chem. 2003 V.278 P. 1605972.

286. Paule M, White R. Survey and summary: transcription by RNA polymerases I and III. // NAR. 2000. V.28. P. 1283-1298.

287. Perrod S, Gasser SM. Long-range silencing and position effects at telomeres and centromeres: parallels and differences.// Cell Mol. Life Sei. 2003. V.60. P.2303-2318.

288. Pichler A, Gast A, Seeler JS, Dejean A, Melchior F. The nucleoporin RanBP2 has SUMOl E3 ligase activity. // Cell 2002. V.108. P.109-120.

289. Pichler A, Knipscheer P, Saitoh H, Sixma TK, Melchior F. The RanBP2 SUMO E3 ligase is neither HECT- nor RING-type // Nat Struct Mol Biol. 2004 V.l 1 P.984-991.

290. Pickart CM. Mechanisms underlying ubiquitination. // Annu. Rev. Biochem. 2001. V.70. P.503-533.

291. Pickersgill H, Kalverda B, de Wit E, Talhout W, Fornerod M,. van Steensel B. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina // Nat. Genet. 2006 V.38 P. 1005-1014

292. Pirrotta V, Steller H, Bozzetti MP. Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene // EMBO J. 1985 V.16 P.3501-358.

293. Poukka H, Karvonen U, Janne OA, Palvimo JJ. Covalent modification of the androgen receptor by small ubiquitin-Iike modifier 1 (SUMO-1). Proc Natl Acad Sci USA. 2000 V.97 P.14145-14150.

294. Prioleau M, Nony P, Simpson M, Felsenfeld G. An insulator element and condensed chromatin region separate the chicken beta-globin locus from an independently regulated erythroid-specific folate receptor gene // EMBO J. 1999 V.18 P.4035-4048.

295. Pryde F, Louis E. Limitations of silencing at native yeast telomeres. // EMBO J.1999. V.18. P.2538-2550.

296. Raisner R, Madhani H. Patterning chromatin: form and function for H2A.Z variant nucleosomes. // Curr.Opin.Genet.Dev. 2006. V.16. P. 119-124.

297. Rank G, Prestel M, Paro R. Transcription through intergenic chromosomal memory elements of the Drosophila bithorax complex correlates with an epigenetic switch // Mol Cell Biol. 2002 V.22 P.8026-8034

298. Razin SV, FarrellCM,Recillas-Targa F. Genomic domains and regulatory elements operating at the domain level. // Int. Rev. Cytol. 2003. V.226. P.63-125.

299. Read D, Butte MJ, Dernburg AF, Frasch M, Romberg TB. Functional studies of the BTB domain in the Drosophila GAGA and Mod(mdg4) proteins // Nucleic Acids Res. 2000 V.28 P.3864-3870.

300. Reed M, Riggs A, Mann J. Deletion of a direct repeat element has no effect on Igf2 and HI 9 imprinting. // Mamm.Genome. 2001. V.12. P.873-876.

301. Reindle A, Belichenko I, Bylebyl GR, Chen XL, Gandhi N, Johnson ES Multiple domains in Siz SUMO ligases contribute to substrate selectivity // J Cell Sci. 2006 V.l 19 P.4749-4757.

302. Reverter D, Lima CD. Insights into E3 ligase activity revealed by a SUMO-RanGAPl-Ubc9-Nup358 complex // Nature. 2005 V.435 P.687-692

303. Reverter D, Lima CD. A basis for SUMO protease specificity provided by analysis of human Senp2 and a Senp2-SUMO complex // Structure. 2004 V.12 P.1519-1531.

304. Reverter D, Lima CD. Structural basis for SENP2 protease interactions with SUMO precursors and conjugated substrates //Nat Struct Mol Biol. 2006 V.13 P.1060-1068

305. Ringrose L, Chabanis S, Angrand P-O, Woodroofe C, Stewart AF. Quantitative comparison of DNA looping in vivo: chromatin increases effective DNA flexibility at short distances // EMBO J 1999 V.18 P.6630-6641

306. Ripoche M, Chantal K, Poirier F, Dandolo L. Deletion of the H19 transcription unit reveals the existence of a putative imprinting control element. // Genes Dev. 1997. V.ll. P.1596-1604.

307. Pluta AF, Earnshaw WC, Goldberg IG. Interphase-specific association of intrinsic centromere protein CENP-C with HDaxx, a death domain-binding protein implicated in Fasmediated cell death // J Cell Sci. 1998 V.l 11 P.2029-2041.

308. Rodriguez MS, Dargemont C, Hay RT. SUMO-1 conjugation in vivo requires both a consensus modification motif and nuclear targeting // J Biol Chem. 2001 V.276 P. 1265412659

309. Roseman R., Pirrotta V., Geyer P. The Su(FIw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects. // EMBO J. 1993. V.12. P.435-442.

310. Ross S, Best JL, Zon LI, Gill G. SUMO-1 modification represses Sp3 transcriptional activation and modulates its subnuclear localization // Mol Cell. 2002V. 10 P.831-842.

311. Rubin G, Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors. // Science. 1982. V.218. P.348-353.

312. Ruiz-Gômez M, Modolell J. Deletion analysis of the achaete-scute locus of Drosophila melanogaster // Genes Dev. 1987 V.l P.1238-1246.

313. Rusche L, Kirchmaier A, Rine J. The establishment, inheritance, and function of silenced chromatin in Saccharomyces cerevisiae. // Annu. Rev.Biochem. 2003. V.72. P.481-516.

314. Rusche LN, Rine J. Conversion of a gene-specific repressor to a regional silencer. // Genes Dev. 2001. V.l5. P.955-967.

315. Ryu SW, Chae SK, Kim E. Interaction of Daxx, a Fas binding protein, with sentrin and Ubc9 // Biochem Biophys Res Commun. 2000 V.279 P.6-10.

316. Sachdev S, Bruhn L, Sieber H, Pichler A, Melchior F, Grosschedl R. PlASy, a nuclear matrix-associated SUMO E3 ligase, represses LEF1 activity by sequestration into nuclear bodies. // Genes Dev. 2001. V.15. P.3088-3103.

317. Sachs R, van den Engh G, Trask B, Yokota II, Hearst J. A random-walk/giant-loop model for interphase chromosomes // Proc Natl Acad Sci USA. 1995 V.92 P.2710-2714.

318. Saitoh H, Hinchey J. Functional heterogeneity of small ubiquitin-related protein modifiers SUMO-1 versus SUMO-2/3. // J. Biol. Chem. 2000. V.275. P.6252-6258.

319. Saitoh N, Bell AC, Recillas-Targa F, West A, Simpson M, Pikaart M, Felsenfeld G. Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken beta-globin domain // EMBO J. 2000 V.19 P.2315-2322.

320. Sanchez-Eisner T, Gou D, Kremmer E, Sauer F. Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax // EMBO J. 2007 V.26 P.4203-4214.

321. Sapetschnig A, Rischitor G, Braun H, Doll A, Schergaut M, Melchior F, Suske G. Transcription factor Sp3 is silenced through SUMO modification by PIAS1 // EMBO J. 2002 V.21 V.5206-5215.

322. Schmidt,D. and Muller, S. PIAS/SUMO: new partners in transcriptional regulation. // Cell. Mol. Life Sci. 2003. V.60. P.2561 -2574.

323. Schmid M, Arib G, Laemmli C, Nishikawa J, Durussel T, Laemmli U. Nup-PI: The nucleopore-promoter interaction genes in yeast. // Mol.Cell. 2006. V.21. P.379-391.

324. Schul W, de Jong L, van Driel R. Nuclear neighbours: the spatial and functional organization of genes and nuclear domains // J Cell Biochem. 1998 V.70 P. 159-71

325. Schoenherr C, Levorse J, Tilghman S. CTCF maintains differential methylation at the Igf2/H19 locus. //Nat.Genet. 2003. V.33. P.66-69.

326. Schübeler D, Groudine M, Bender M. The murine beta-globin locus control region regulates the rate of transcription but not the hyperacetylation of histones at the active genes. // Proc Natl Acad Sci USA. 2001 V. 98 P.l 1432-11437

327. Schubeler D, Francastel C, CimboraDM,Reik A, Martin DI, Groudine M. Nuclear localization and histone acetylation: a pathway for chromatin opening and transcriptional activation of the human beta-globin locus. // Genes Dev. 2000. V.14. P.940-950

328. Schwaiger M., Stadler M, Bell O, Kohler H, Oakeley E and Schubeler D. Chromatin state marks cell-type- and gender-specific replication of the Drosophila genome. // Genes Dev. 2009 V.23 P.589-601.

329. Schwartz DC, Hochstrasser M. A superfamily of protein tags: ubiquitin, SUMO and related modifiers. // Trends Biochem. Sci. 2003. Y.28. P.321-328.

330. Schwartz Y, Kahn T, Nix D, Li X, Bourgon R, Biggin M, Pirrotta V. Genome-wide analysis ofPolycomb targets in Drosophila melanogaster//Nat Genet. 2006 V.38 P.700-705.

331. Schweinsberg S, Hagstrom K, Gohl D, Schedl P, Kumar R, Mishra R, Karch F. The enhancerblocking activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorax complex requires GAGA-factor-binding sites. // Genetics. 2004. V.168. P.1371-1384.

332. Scott K, Merrett S, Willard H. A heterochromatin barrier partitions the fission yeast centromere into discrete chromatin domains. // Curr.Biol. 2006. V.16. P.l 19-129.

333. Scott K.S., Geyer P.K. Effects of the su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes. // EMBO J. 1995. V.14. P.6258-6279.

334. Scott KC, Taubman AD, Geyer PK. Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength. // Genetics 1999. V.15. P.787—798.

335. Seeler JS, Dejean A. Nuclear and unclear functions of SUMO. // Nat. Rev.Mol. Cell Biol. 2003. V.4. P.690-699.

336. Seufert W, Futcher B, Jentsch S. Role of a ubiquitin-conjugating enzyme in degradation of Sand M-phase cyclins. // Nature 1995. V.373. P.78-81.

337. Shalizi A, Gaudilliere B, Yuan Z, Stegmiiller J, Shirogane T, Ge Q, Tan Y, Schulman B, Harper JW, Bonni A. A calcium-regulated MEF2 sumoylation switch controls postsynaptic differentiation // Science. 2006 V.311 P. 1012-1017.

338. Sharrocks, A. D. PIAS proteins and transcriptional regulation more than just SUMO E3 ligases? // Genes Dev. 2006. V.20. P.754 - 758.

339. Shayeghi M, Doe CL, Tavassoli M, Watts FZ. Characterisation of Schizosaccharomyces pombe rad31, a UBA-related gene required for DNA damage tolerance. // Nucleic Acids Res. 1997. V.25. P. 1162—1169.

340. Shen Z, Pardington-Purtymun PE, Comeaux JC, Moyzis RK, Chen DJ. UBL1, a human ubiquitin-like protein associating with human RAD51/RAD52 proteins. // Genomics. 1996. V.36. P.271-279.

341. Shen LN, Geoffroy MC, J affray EG, Hay RT. Characterization of SENP7, a SUMO-2/3-specific isopeptidase // Biochem J. 2009 V.421 P.223-230

342. Shuai K. Modulation of STAT signaling by STAT-interacting proteins. // Oncogene 2000. V.19. P.2638—2644.

343. SiegalML, Hartl DL. Application of Cre/ loxP in Drosophila. Sitespecific recombination and transgene co-placement // Methods Mol Biol 2000 V.136 P.487-495

344. Simon J, Tamkun J. Programming off and on states in chromatin: mechanisms of Polycomb and trithorax group complexes. // Curr Opin Genet Dev. 2002 V.12 P.210-218.

345. Simon JA, Kingston RE. Mechanisms of polycomb gene silencing: knowns and unknowns // Nat Rev Mol Cell Biol. 2009 V.10 P.697-708.

346. Simonis M, de Laat W. FISH-eyed and genome-wide views on the spatial organisation of gene expression // Biochim Biophys Acta. 2008 V.1783 P.2052-2060

347. Sobko A, Ma H, Firtel RA. Regulated SUMOylation and ubiquitination of DdMEKl is required for proper chemotaxis // Dev Cell. 2002 V.2 P.745-756

348. Spana C, Harrison D, Corces V. The Drosophila melanogaster supressor of Hairy wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon. II Genes Dev. 1988. V.2. P.1414-1423.

349. Sparago A, Cerrato F, Vernucci M, Ferrero G, Silengo M, Riccio A. Microdeletions in the human H19 DMR result in loss of IGF2 imprinting and Beckwith-Wiedemann syndrome. // Nat.Genet. 2004. V.36. P.958-960.

350. Splinter E, Heath H, Kooren J, Palstra R, Klous P, Grosveld F, Galjart N, de Laat W. CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the (3-globin locus. 11 Gen.Dev. 2006. V.20. P.2349-2354.

351. Sproul D, Gilbert N, BiekmoreWA. The role of chromatin structure in regulating the expression of clustered genes. // Nat Rev Genet. 2005. V.6(10) P.775-781.

352. Stade K, Vogel F, Schwienhorst I, Meusser B, Volkwein C, Nentwig B, Dohmen RJ, Sommer T. A lack of SUMO conjugation affects cNLS-dependent nuclear protein import in yeast // J Biol Chem. 2002 V.277 P.49554-49561.

353. Stadnick M, Pieracci F, Cranston M, Taksel E, Thorvaldsen J, Bartolomei M. Role of a 461 bp G-rich repetitive element in H19 transgene imprinting. // Dev.Genes Evo. 1999. V.209. P.239-248.

354. Stehmeier P, Muller S. Phospho-regulated SUMO interaction modules connect the SUMO system to CK2 signaling // Mol Cell. 2009 V.33 P.400-409.

355. Stelter P, Ulrich HD. Control of spontaneous and damage-induced mutagenesis by SUMO andubiquitin conjugation//Nature. 2003 V.425 P.188-191

356. Sternsdorf T, Puccetti E, Jensen K, Hoelzer D, Will H, Ottmann OG, Ruthardt M. PIC-1/SUMO-l-modified PML-retinoic acid receptor alpha mediates arsenic tri oxide-induced apoptosis in acute promyelocytic leukemia // Mol Cell Biol. 1999 V.19 P.5170-5178.

357. Strambio-de-Castillia C, Blobel G, Rout M. Proteins connecting the nuclear pore complex with the nuclear interior. // J.Cell Biol. 1999. V.144. P.839-855.

358. Strunnikov AV, Aravind L, Koonin EV. Saccharomyces cerevisiae SMT4 encodes an evolutionarily conserved protease with a role in chromosome condensation regulation. Genetics. 2001 V.158 P.95-107.

359. Steinacher R, Schar P. Functionality of human thymine DNA glycosylase requires SUMO-regulated changes in protein conformation // Curr Biol. 2005 V.15 P.616-623.

360. Stogios PJ, Downs GS, Jauhal JJ, Nandra SK, Privé GG. Sequence and structural analysis of BTB domain proteins // Genome Biol. 2005 V.6 P.82.

361. Strouboulis J, Damjanovski S, Vermaak D, Meric F, Wolffe A. // Transcriptional repression by XPcl, a new Polycomb homolog in Xenopus laevis embryos, is independent of histone deacetylase. Mol Cell Biol. 1999 V.19 P.3958-68

362. Subramaniam S, Sixt KM, Barrow R, Snyder SH. Rhes, a striatal specific protein, mediates mutant-huntingtin cytotoxicity // Science. 2009V.324 P.1327-1330

363. Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Moazed D, Grewal S. RNA-dependent RNA polymerase is an essential component of a self-enforcing loop coupling heterochromatin assembly to siRNA production // Proc Natl Acad Sci USA. 2005 V.102 P.152-157.

364. Suka N, Luo K, Grunstein M. Sir2p and Sas2p opposingly regulate acetylation of yeast histone H4 lysinel6 and spreading of heterochromatin. //Nat.Genet. 2002. V.32. P.378-383.

365. Szabo P, Tang S, Rentsendoij A, Pfeifer G, Mann J. Maternal-specific footprints at putative CTCF sites in the H19 imprinting control region give evidence for insulator function. // Cuix.Biol. 2000. Y.10. P.607-610.

366. Szabo P, Tang S, Silva F, Tsark W, Mann J. Role of CTCF binding sites in the Ig£2/H19 imprinting control region. II Mol.Cell.Biol. 2004. V.24. P.4791-4800.

367. Tackett A, Dilworth D, Davey M, O'Donnell M, Aitchison J, Rout M, Chait B. Proteomic and genomic characterization of chromatin complexes at a boundary. // J. Cell Biol. 2005. V.169. P.35-47.

368. Takahashi Y, Toh-e A, Kikuchi Y. A novel factor required for the SUM01/Smt3 conjugation of yeast septins. // Gene 2001. V.275. P.223-231.

369. Takahashi Y, Toh-e A, Kikuchi Y. Comparative analysis of yeast PIAS-type SUMO ligases in vivo and in vitro. // J. Biochem. 2003. V.133. P.415-422.

370. Talbert P, Henikoff S. Spreading of silent chromatin: inaction at a distance // Nat Rev Genet. 2006 V.7 P.793-803.

371. Tanimoto K, Sugiura A, Omori A, Felsenfeld G, Engel J, Fukamizu A Human b-globin locus control region HS5 contains CTCF- and developmental stage-dependent enhancer-blocking activity in erythroid cells. // Mol Cell Biol. 2003. V.23. P.8946-8952.

372. Tatham MH, Jaffray E, Vaughan OA, Desterro JM, Botting CH, et al. Polymeric chains of SUMO-2 and SUMO-3 are conjugated to protein substrates by SAE1/SAE2 and Ubc9. // J. Biol. Chem. 2001. V.276. P.35368-35374.

373. Tatliam MH, Kim S, Jaffray E, Song J, Chen Y, Hay RT. Unique binding interactions among Ubc9, SUMO and RanBP2 reveal a mechanism for SUMO paralog selection // Nat Struct Mol Biol. 2005 V.12 P.67-74.

374. Tatham MH, Kim S, Yu B, Jaffray E, Song J, et al. Role of an N-terminal site of Ubc9 in SUMO-1, -2, and -3 binding and conjugation. // Biochemistry 2003. V.42. P.9959-9969.

375. Taylor DL, Ho JC, Oliver A, Watts FZ. Cell-cycle-dependent localisation of Ulpl, a Schizosaccharomyces pombe Pmt3 (SUMO)-specific protease // J Cell Sci. 2002 V.115 P.l 113-1122

376. Thorvaldsen J, Duran K, Bartolomei M. Deletion of the H19 differentially methylated domain results in loss of imprinted expression of H19 and Igf2. // Genes Dev. 1998. V.12. P.3693-3702.

377. Thorvaldsen J, Mann M, Nwoko O, Duran K, Bartolomei M. Analysis of sequence upstream of the endogenous HI 9 gene reveals elements both essential and dispensable for imprinting. // Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P.2450-2462.

378. Tie F, Furuyama T, Prasad-Sinha J, Jane E and Harte P. The Drosophila Polycomb Group proteins ESC and E(Z) are present in a complex containing the histone-binding protein p55 and the histone deacetylase RPD3. // Development 2001 V.128 P. 275-286.

379. Tolhuis B, Palstra R, Splinter E, Grosveld F, de Laat W. Looping and interaction between hypersensitive sites in the active p-globin locus. // Mol.Cell. 2002. V.10. P.1453-1465.

380. Tong H, Hateboer G, Perrakis A, Bernards R, Sixma TK. Crystal structure of murine/human Ubc9 provides insight into the variability of the ubiquitin-conjugating system. // J. Biol. Chem. 1997.

381. Torigoi E, Bennani-Baiti IM, Rosen C, Gonzalez K, Morcillo P, Ptashne M, Dorsett D. Chip interacts with diverse homeodomain proteins and potentiates bicoid activity in vivo // Proc Natl Acad Sci USA. 2000 V.97 P.2686-91.

382. Tremblay K, Duran K, Bartolomei M. A 5' 2-kilobase-pair region of the imprinted mouse H19 gene exhibits exclusive paternal methylation throughout development. // Mol.Cell.Biol. 1997. V.17. P.4322-4329.

383. Turner B.M. Histone acetylation and an epigenetic code // BioEssays. 2000. V. 22. P.836-845

384. Udvardy A, Maine E, Schedl P. The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains. // J Mol Biol. 1985. V.185(2) P.341-358.

385. Ungureanu D, Vanhatupa S, Kotaja N, Yang J, Aittomaki S, Janne OA, Palvimo JJ, Silvennoinen O. PIAS proteins promote SUMO-1 conjugation to STAT1 // Blood. 2003 V.102 P.3311-333.

386. Vakoc C, Letting D, Gheldof N, Sawado T, Bender M, Groudine M, Weiss M, Dekker J, Blobel G. Proximity among distant regulatory elements at the P-globin locus requires GATA-1 and FOG-1. // Mol.Cell. 2005. V.17. P .453^162.

387. Valenzuela L. and Kamakaka R.T. Chromatin Insulators. II Annu. Rev. Genet. 2006. Vol.40. P. 107-3 8

388. Vazquez J, Muller M, Pirrotta V, Sedat J. The Mcp element mediates stable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila. // Mol.Biol.Cell. 2006. V.17. P.2158-2165.

389. Verdel A, Moazed D. RNAi-directed assembly of heterochromatin in fission yeast. // FEBS Lett. 2005. V.579. P.5872-5878.

390. Verger A, Perdomo J, Crossley M. Modification with SUMO. A role in transcriptional regulation. // EMBO Rep.2003.V.4. P.137-142.

391. Verona R, Mann M, Bartolomei M. Genomic imprinting: intricacies of epigenetic regulation in clusters. //Annu.Rev.Cell Dev.Biol. 2003. V.19. P.237-259.

392. Verschure P, van der Kraan I, Manders E, van Driel R. Spatial relationship between transcription sites and chromosome territories // J. Cell Biol. 1999 V.147 P.13-24

393. Verschure P, van der Kraan I, Manders E, Hoogstraaten D, Houtsmuller A, van Driel R. Condensed chromatin domains in the mammalian nucleus are accessible to large macromolecules // EMBO Reports 2003 V.4 P.861-866.

394. Vostrov A, Quitschke W. The zinc finger protein CTCF binds to the APBb domain of the amyloid b-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. // J Biol Chem. 1997. V.272. P.33353-33359.

395. Walden H, Podgorski MS, Schulman BA. Insights into the ubiquitin transfer cascade from the structure of the activating enzyme forNEDDS. //Nature. 2003. V.422. P.330-334.

396. Weger S, Hammer E, Heilbronn R. Topors acts as a SUMO-1 E3 ligase for p53 in vitro and in vivo // FEBS Lett. 2005 V.579 P.5007-5012.

397. Weger S, Hammer E, Engstler M. The DNA topoisomerase I binding protein topors as a novel cellular target for SUMO-1 modification: characterization of domains necessary for subcellular localization and sumolation // Exp Cell Res. 2003 V.290 P. 13-27.

398. Wei W, Brennan MD. The gypsy insulator can act as a promoter-specific transcriptional stimulator. //Mol. Cell Biol. 2001. V.21. P.7714-7720.

399. Weis L, Reinberg D. Transcription by RNA polymerase II: initiator-directed formation of transcription-competent complexes. // FASEB J. 1992 V.6. P.3300-3309.

400. Weinmann R, Roeder R. Role of DNA-dependent RNA polymerase 3 in the transcription of the tRNA and 5S RNA genes. // PNAS. 1974. V.71. P.1790-1794.

401. West AG, Gaszner M, Felsenfeld G. Insulators: many functions, many mechanisms. // Genes Dev. 2002. V.16. P.271-288.

402. Wijgerde M, Grosveld F, Fraser P. Transcription complex stability and chromatin dynamics in vivo. //Nature. 1995. V.377(6546) P.209-213.

403. Wood V, Gwilliam R, Rajandream M, Lyne M, Lyne R, et al. The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. // Nature. 2002. V.415. P.871-880.

404. Wood LD, Irvin BJ, Nucifora G, Luce KS, Hiebert SW. Small ubiquitin-like modifier conjugation regulates nuclear export of TEL, a putative tumor suppressor // Proc Natl Acad Sci USA. 2003 V.100 P.3257-3262.

405. Xu Q, Li M, Adams J, Cai HN. Nuclear location of a chromatin insulator in Drosophila melanogaster. // J Cell Sci. 2004. V.l 17(Pt 7) P.1025-1032.

406. Xu Z, Lam LS, Lam LH, Chau SF, Ng TB, Au SW. Molecular basis of the redox regulation of SUMO proteases: a protective mechanism of intermolecular disulfide linkage against irreversible sulfhydryl oxidation // FASEB J. 2008 V.22 P. 127-137.

407. Yamaguchi, T., Sharrna, P., Athanasiou, M., Kumar, A., Yamada, S. and Kuehn, M. R. Mutation of SENPl/SuPr-2 reveals an essential role for desumoylation in mouse development. // Mol. Cell. Biol. 2005. V.25. P.5171 5182.

408. Yang SH, Jaffray E, Senthinathan B, Hay RT, Sharrocks AD. SUMO and transcriptional repression: dynamic interactions between the MAP kinase and SUMO pathways // Cell Cycle. 2003 V.2 P.528-530.

409. Yang M, Hsu CT, Ting CY, Liu LF, Hwang J. Assembly of a polymeric chain of SUMOl on human topoisomerase I in vitro // J Biol Chem. 2006 V.281 P.8264-8274.

410. Yi H, Richards EJ. A cluster of disease resistance genes in Arabidopsis is coordinately regulated by transcriptional activation and RNA silencing // Plant Cell. 2007 V.19 P.2929-2939

411. Yoon Y, Jeong S, Rong Q, Chung J, Pfeifer K. Analysis of the H19ICR Insulator. // Mol.Cell Biol. 2007 V.27. P.3499-3510.

412. Yu Q, Qiu R, Foland T, Griesen D, Galloway C, Chiu Y, Sandmeier J, Broach J, Bi X. Raplp and other transcriptional regulators can function in defining distinct domains of gene expression. //Nucleic Acids Res. 2003. V.31. P.1224-1233.

413. Yunus AA, Lima CD. Structure of the Siz/PIAS SUMO E3 ligase Sizl and determinants required for SUMO modification of PCNA // Mol Cell. 2009 Y.35 P.669-682

414. Yusufzai T, Tagami H, Nakatani Y, Felsenfeld G. CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. // Mol.Cell. 2004. V.13. P.291— 298.

415. Zhang Y, Reinberg D. Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails. // Genes Dev. 2001. V.15. P.2343-2360.

416. Zhao X, Blobel G. A SUMO ligase is part of a nuclear multiprotein complex that affects DNA repair and chromosomal organization // Proc Natl Acad Sci USA. 2005 V.102 P.4777-4782.

417. Zhao J. Sumoylation regulates diverse biological processes // Cell Mol Life Sci. 2007 V.64 P.3017-3033.

418. Zhao K., Hart C.M., Laemmli U.K. Visualization of chromosomal domains with boundary element-associated factor BEAF-32. // Cell. 1995. V.81. P.879-889.

419. Zhao H, Kim A, Song S, Dean A. Enhancer blocking by chicken beta-globin 5'-HS4: role of enhancer strength and insulator nucleosome depletion // J Biol Chem. 2006 V.281 P.30573-30580

420. Zhao H, Dean A. An insulator blocks spreading of histone acetylation and interferes with RNA polymerase II transfer between an enhancer and gene // Nucleic Acids Res. 2004 V.32 P.4903-4919.

421. Zhong, S., Salomoni, P., Pandolfi, P.P. The transcriptional role of PML and the nuclear body. //Nat. Cell Biol. 2000. V.2. P.85-90.1. ЛИЧНЫЙ ВКЛАД АВТОРА

422. Основные результаты работы получены лично автором, под его руководством или при его непосредственном участии в планировании и проведении экспериментов. Имена соавторов указаны в соответствующих публикациях.1. БЛАГОДАРНОСТИ

423. Исследования проводились при финансовой поддержке программы Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», Российского Фонда Фундаментальных Исследований, Центра медицинских исследовании университета г. Осло в Москве.

424. Автор выражает благодарность всем принявшим участие и помогавшим в проведении исследований, обсуждении их результатов и предоставившим уникальные реагенты для их проведения.

425. Отдельную благодарность автор выражает Георгиеву Павлу Георгиевичу, в тесном сотрудничестве с которым была выполнена представленная работа.

426. Искреннюю благодарность автор выражает оппонентам и рецензентам за внимательное прочтение данной работы и ценные замечания.