Создание искусственных белков методами направленного мутагенеза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, доктор биологических наук Татьков, Сергей Иванович

• Татьков, Сергей Иванович
• доктор биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации доктор биологических наук Татьков, Сергей Иванович

Введение.

Глава 1. Молекулярная эволюция белковых молекул.

1.1. Введение.

1.2. Естественная эволюция белков.

1.2.1. Эволюция гомологичных белков.

1.3. Искусственная эволюция белков.

1.3.1. Пересортировка ДНК (DNA shuffling) или рекомбинация ДНК in vitro.

1.3.2. Рекомбинация ДНК in vivo.

1.3.3. Методы диверсификации генов локализованным мутагенезом

1.3.4. Селекция белков in vitro.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание искусственных белков методами направленного мутагенеза»

К настоящему времени белки нашли широкое применение в различных отраслях промышленности, медицине и для научных исследований. Поскольку белки используются, как правило, в условиях, отличных от тех, в которых они обычно функционируют, одной из актуальных задач является направленное изменение специфичности их действия, активности, стабильности, или, как в случае белковых вакцин, иммуногенности [1-5].

Для создания новых белков или изменения свойств уже существующих, используется целый ряд методов. Наиболее важными являются методы проб и ошибок, направленного мутагенеза [6] и управляемой эволюции [3, 5, 7-9]. Метод проб и ошибок использует статистический мутагенез для получения библиотек мутантных молекул [10-14], среди которых проводится поиск белков с необходимыми свойствами. Использование перетасовки генов [15-20] улучшило результативность метода, позволило в ряде случаев существенно повысить активности биокатализаторов (Williams et al, 2004). Ещё в первых работах Фершта с соавторам [21-23] было показано, что знание структурно-функциональной организации белка позволяет направленным мутагенезом получать молекулы с нужными свойствами. Результативность такого подхода весьма высока, поскольку при его использовании поиск целевых белков проводится среди ограниченного числа вариантов. Однако, расшифровка структурно-функциональной организации белка является очень сложной задачей, которая для многих молекул не решена до сих пор. С 1997 года начал активно развиваться метод управляемой эволюции белков [4, 24-27]. Для его реализации необходимо установить химическую или физическую связь между геном и продуктом его экспрессии. Для таких целей в настоящее время широко используется любой из вариантов дисплея. Затем проводится дивергенция гена методами статистического мутагенеза, и среди полученной библиотеки отбираются нужные варианты с помощью соответствующих методов селекции.

10

Поскольку одним из наименее трудоемких вариантов получения белков с нужными свойствами является направленный мутагенез молекул с известной структурно-функциональной организацией, основной целью нашей работы явилось совершенствование методов расшифровки структурно-функциональной организации и применение полученных знаний для создания белковых молекул с новыми свойствами.

Цель настоящего исследования - разработка рациональной методологии направленного изменения белков и её применение для получения мутантных у-интерферонов. Для достижения цели необходимо было решить следующие задачи:

• Создать эффективные методы направленного мутагенеза

• Обосновать стратегии применения статистического мутагенеза для картирования функциональных районов белковой молекулы

• Разработать стратегии получения стабильных белков направленным мутагенезом по нефункциональным районам молекул

• Создать методы усиления иммуногенных свойств белков путем слияния с тестируемого белка с у-интерфероном

Научная новизна. Предложена рациональная методология получения искусственных белков, основанная на знании их структурно-функциональной и доменной организации. Основными направлениями при её реализации являются: сокращение числа остатков лизина, аргинина в нефункциональных участках, введение дополнительных связей между субъединицами белковой молекулы, междоменное слияние. В рамках предложенной методологии разработаны эффективные методы локализованного мутагенеза и стратегия определения структурно-функциональной организации белка, основанная на использовании библиотек мутантных генов с множественными мутациями, полученными либо в результате локализованного мутагенеза по всему гену, либо по консервативным последовательностям в неструктурированных участках белковой молекулы.

11

Впервые на примере у-интерферона человека продемонстрирована возможность повышения у молекулы белка протеолитической стабильности, растворимости, снижения образования телец включения путем частичной замены аргининовых и лизиновых аминокислотных остатков, не входящих в состав функциональных сайтов молекулы.

Для лейкоцитарного и иммунного интерферонов показана возможность получения вариантов белков с новыми свойствами путем междоменного слияния. Доказано, что слияние доменов у-интерферона и слабоиммуногенного альфа-фетопротеина человека (AFP) приводит к стимуляции высокого уровня гуморального ответа на AFP.

Впервые экспериментально доказано, что высокая мутагенность 4-аминооксибутиламина обусловлена его взаимодействием с остатками цитозина в ДНК и устойчивостью модифицированного цитозина к ферментам репарации. В результате реакции образуется К4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин, способный индуцировать С~>Т транзиции. Синтезирован новый мутаген N4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин-5'-трифосфат, который включается при синтезе ДНК in vitro как вместо dCTP, так и dTTP. В первом случае индуцируются G->A, а в во втором - A^G транзиции. Разработаны три варианта локализованного мутагенеза с использованием 4-аминооксибутиламина: введение G-^А транзиций в район, комплементарный модифицированному олигонуклеотиду; введение С^Т транзиций в одноцепочечные участки ДНК дуплексов обработкой их аминооксибутиламином; введение G^A и A-^G транзиций при включении К4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин-5'-трифосфата в ходе синтеза ДНК in vitro. Предложенные методы локализованного мутагенеза были использованы для получения библиотек мутантных генов а2-и у-интерферонов человека, содержащих мутации как по всей длине гена, так и в отдельных его районах.

12

Впервые исследованы мутагенные свойства олигонуклеотидов, содержащих пирофосфатное, фосфамидное (этилендиамин, 2,6-диаминогексановая кислота, гексаметилендиамин) звено. Индуцируемые мутации предопределены нуклеотидной последовательностью олигонуклеотида, но присутствие в его структуре пирофосфатного или гексаметилендиаминового звена наиболее сильно (в несколько раз) повышает выход мутантов. Доказано, что мутации возникают в ходе репарации промежуточного гетеродуплекса ДНК, включающего олигонуклеотид-мутаген.

Практическая значимость. В результате проведенных исследований получен ряд аналогов лейкоцитарного и иммунного интерферонов, на которые оформлены авторские свидетельства и патенты.

Аналоги у-интерферона - дельтаферон , эсферон, а также биферон -обладают протеолитической стабильностью, высокой активностью, на их основе разрабатываются новые иммуномодулирующие лекарственные препараты.

Разработанная стратегия определения структурно-функциональной организации белков отличается универсальностью и может быть применена в молекулярной биологии, вирусологии, микробиологии, биотехнологии, белковой инженерии и других областях биологии для решения широкого круга задач, связанных с определением структурно-функциональной организации белковых молекул.

Созданные методы локализованного мутагенеза 4-аминооксибутиламином и К4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин-5трифосфатом могут использоваться везде, где требуется получить мутантные микроорганизмы, гены или белки.

Предложенная методология создания искусственных белков может быть положена в основу конструирования новых ферментов, цитокинов и других белковых молекул. Например, принцип повышения протеолитической стабильности молекул путем сокращения числа остатков лизина, аргинина в

14

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Татьков, Сергей Иванович

Выводы

1. Предложен и экспериментально обоснован высокоэффективный способ получения библиотек мутантных генов с множественными мутациями.

В рамках исследования:

• разработаны новые методы локализованного мутагенеза 4-аминооксибутиламином или его производным К4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин-5'-трифосфатом. Установлено, что мутации индуцируются К4-(4-аминобутокси)-цитозином. Модифицированный олигонуклеотид индуцирует G->A транзиции в комплементарном районе, модифицированный ДНК - дуплекс - С->Т транзиции в одноцепочечных участках, К4-(4-аминобутокси)-дезоксицитидин-5'-трифосфат - G->A и С->Т транзиции;

• показано, что эффективность олигонуклеотид-направленного мутагенеза можно повысить в несколько раз путем модификации в олигонуклеотиде одной межнуклеотидной связи;

• выяснено, что мутагенные свойства модифицированных олигонуклеотидов возрастают в ряду аналогов с этилендиаминовой, лизиновой, гексаметилендиаминовой, пирофосфатной связями;

• установлено, что изменение межнуклеотидной связи не влияет на точность репликации ДНК;

• доказано, что мутации, индуцированные модифицированными олигонуклеотидами, образуются репаративным путем;

• впервые продемонстрировано, что неспаренности, расположенные на расстоянии 6 и.о., могут репарироваться независимо друг от друга.

2. Предложена новая методология определения функционально важных остатков в белковой молекуле.

254

В рамках исследования:

• экспериментально обоснована возможность определения удельной активности изучаемого белка путем его объединения с белком-маркером;

• разработан метод идентификации функционально важных остатков в белковой молекуле «вычитанием» тех позиций, замены которых обнаруживаются только в активных мутантных молекулах и не встречаются в инактивированных;

• создана библиотека мутантных а2-интерферонов, анализ которой позволил установить функциональную значимость 23 остатков изучаемого цитокина;

• доказано, что в консервативных мотивах неструктурированных участков белков находятся функционально важные аминокислотные остатки;

• обосновано, что замена остатка, не приводящая к изменению активности белка, не позволяет делать вывод о его функциональном значении;

• впервые установлена важность консервативного мотива GRGGQ, находящегося в неструктурированном участке эукариотического фактора eRFl, для осуществления белком функции терминации трансляции.

3. Впервые разработан метод получения устойчивых к протеазам искусственных белков заменой KR, RR последовательностей в поверхностных районах молекул на GS мотив. С помощью разработанного метода созданы новые мутантные у-интерфероны: биферон (D92), В24, В38, и дельтаферон, обладающие по сравнению с исходным интерфероном высокой устойчивостью к действию трипсиноподобных протеаз, хорошей растворимостью и отсутствием образования телец включения в бактериальных клетках.

4. Сконструирован аналог у-интерферона - эсферон с антивирусной активностью на порядок более высокой, чем у прототипа.

256

Благодарности

На разных этапах в работе принимали участие О.Ю. Смирнова, Р.Ю. Цивковский, M.LLI. Азаев, у которых автор являлся научным руководителем диссертационных работ; а также Н.Н. Карпышев, A.M. Ерошкин, Г.П. Кищенко, В.А. Куличков, Г.А. Кузьмичева, J1.H. Семенова, Г.Ф. Сиволобова, П.И. Поздняков, Г.В. Кочнева, А.А. Гражданцева, О.И. Серпинский, В.М. Блинов, А.Н. Болдырев, Л.И. Карпенко, А.И. Закабунин, Л.Р. Лебедев, В.И. Масычева, Е.Д. Даниленко, В.А. Иванисенко и другие сотрудники ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" - автор приносит им искреннюю благодарность.

Особую признательность автор выражает д.б.н. профессору В.А. Петренко, который был инициатором исследования структурно-функциональной организации лейкоцитарного интерферона, уделял много внимания развитию работы на всех ее последующих этапах; а также академику РАН профессору Л.Л. Киселеву и д.б.н. Л.Ю. Фроловой, которые привлекли внимание автора к проблеме структурно-функциональной организации эукариотического фактора терминации трансляции, предоставили возможность работы с этим белком, впервые выделенного ими, и всесторонне исследовали свойства полученных мутантных факторов терминации, наконец, сыграли решающую роль в подготовке результатов работы к публикации.

Автор также хотел бы выразить признательность академику РАН профессору Л.С. Сандахчиеву и Т.Н. Шубиной, без чьей поддержки он не смог бы приступить к исследованиям в области применения направленного мутагенеза для получения новых белков.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Татьков, Сергей Иванович, 2007 год

1. Загребельный, С.Н., Управляемая эволюция как подход к созданию высокоэффективных биокатализаторов. Успехи химии, 2005. 74(3): р. с. 307-320.

2. Wang, T.W., et al., Mutant library construction in directed molecular evolution: Casting a wider net. Molecular Biotechnology, 2006. 34(1): p. 55-68.

3. Kong, R., L. Niu, and J. Yuan, Directed evolution of enzymes in vitro and the application in the synthesis of chiral organic compounds. Progress in Chemistry, 2006. 18(2-3): p. 349-354.

4. Vamvaca, K., et al., Simultaneous optimization of enzyme activity and quaternary structure by directed evolution. Protein Science, 2005.14(8): p. 2103-2114.

5. Holmberg, R.C., A.A. Henry, and F.E. Romesberg, Directed evolution of novel polymerases. Biomolecular Engineering, 2005. 22(1-3): p. 39-49. Smith, M., Synthetic DNA and Biology. Nobel Lecture, December 8, 1993, Chemistry, 1993: p. 119-136.

6. Cochran, J.R., et al., Improved mutants from directed evolution are biased to orthologous substitutions. Protein Engineering, Design and Selection, 2006. 19(6): p. 245-253.

7. MolUSBCniX)fH H04957: p. 369-374.

8. Stemmer, W.P.C., DNA shuffling by random fragmentation and reassembly: In vitro recombination for molecular evolution. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994. 91: p. 10747-10751.

9. Giver, L. and F.H. Arnold, Combinatorial protein design by in vitro recombination. Curr Opin ChemBiol, 1998. 2(3): p. 335-8.

10. Kolkman, J.A. and W.P. Stemmer, Directed evolution of proteins by exon shuffling. Nat Biotechnol, 2001. 19(5): p. 423-8. Whalen, R.G., et al., DNA shuffling and vaccines. Curr Opin Mol Ther, 2001.3(1): p. 31-6.

11. Douthwaite, J. and L. Jermutus, Exploiting directed evolution for the discovery of biologicals. Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2006. 9(2): p. 269-275.

12. Yan, X. and Z. Xu, Ribo some-display technology: applications for directed evolution of functional proteins. Drug Discovery Today, 2006. 11(19-20): p. 911-916.

13. Williams, G.J., A.S. Nelson, and A. Berry, Directed evolution of enzymes for biocatalysis and the life sciences. Cellular and Molecular Life Sciences, 2004. 61(24): p. 3034-3046.

14. Rothe, A., R.J. Hosse, and B.E. Power, Ribosome display for improved biotherapeutic molecules. Expert Opinion on Biological Therapy, 2006. 6(2): p. 177-187.

15. Щульц, Г. и P. Ширмер, Принципы структурной организации белков, ed. Е.М. Попов. 1982, Москва: Мир. 354.

16. Tillier, E.R. and T.W. Lui, Using multiple interdependency to separate functional from phylogenetic correlations in protein alignments. Bioinformatics, 2003.19(6): p. 750-5.

17. Saraf, M.C., G.L. Moore, and C.D. Maranas, Using multiple sequence correlation analysis to characterize functionally important protein regions. Protein Eng, 2003.16(6): p. 397-406.

18. Afonnikov, D.A. and N.A. Koichanov, The conserved characteristics of DNA-binding domains belonging to the homeodomain class that are associated with coadaptive substitutions of amino acid residues. Dokl Biochem Biophys, 2001. 380: p. 352-5.

19. Andreeva, A. and A.G. Murzin, Evolution ofprotein fold in the presence of functional constraints. Current Opinion in Structural Biology, 2006. 16(3): p. 399-408.

20. Hoecker, В., J. Claren, and R. Sterner, Mimicking enzyme evolution bygenerating new (alpha/beta)8-barrels from (alpha/beta)4-half-barrels

21. PNAS, 2004 101(47): p. 16448-16453.

22. Gerlt, J.A. and P.C. Babbitt, Nat. Struct. Biol., 2001. 8: p. 5-7.1.ng, D., et al., Structural evidence for evolution of the beta/alpha barrelscaffold by gene duplication andfusion Science, 2000. 289: p. 1546-1550.

23. Jurgens, С., et al., Directed evolution of a (beta alpha) 8-barr el enzyme to catalyze related reactions in two different metabolic pathways. Proc Natl Acad Sci USA, 2000. 97(18): p. 9925-30.

24. Cavalier-Smith, Т., Origins of the machinery of recombination and sex. Heredity, 2002. 88(2): p. 125-41.

25. Wang, P.L., Creating hybrid genes by homologous recombination. Dis Markers, 2000. 16(1-2): p. 3-13.

26. Sappington, T.W. and A.S. Raikhel, Molecular characteristics of insect vitellogenins and vitellogenin receptors. Insect Biochem Mol Biol, 1998. 28(5-6): p. 277-300.

27. Kalderon, D., et al., Deletion loop mutagenesis: a novel methodfor the construction of point mutations using deletion mutants. Nucleic Acids Res, 1982 10(17): p. p. 5161-5171.

28. Singh, M., S. Heaphy, and M.J. Gait, Oligonucleotide-directedmis incorporation mutagenesis on single-stranded DNA templates. Protein

29. Eng, 1986 1(1): p. p. 75-76

30. Zakour, R.A., E.A. James, and L.A. Loeb, Site specific mutagenesis: insertion of single noncomplementary nucleotides at specified sites by error-directed DNA polymerization. Nucleic Acids Res, 1984 12 (16): p. p. 66156628.

31. Abarzua, P. and K.J. Marians, Enzymatic techniques for the isolation of random single-base substitutions in vitro at high fre-quency. Proc Natl Acad Sci USA, 1984 81(7): p. p. 2030-2034.

32. Dixon, L., J. Jiricny, and T. Hohn, Oligonucleotide directed mutagenesis of cauliflower mosaic virus DNA using a repair-resistant nucleoside analogue: identification of an agnogene initiation codon. Gene, 1986 41(2-3): p. p. 225-231

33. Hayatsu, H., Bisulfite modification of nucleic acids and their constituents.

34. Prog.Nucleic Acid Res Mol Biol, 1976.16: p. 75-124.

35. Grunau, C., S.J. Clark, and A. Rosenthal, Bisulfite genomic sequencing:systematic investigation of critical experimental parameters. Nucleic Acids

36. Res 2001 .Jul. 1 ;29.( 13):E65.-5., 2001. 29: p. E65-E65.1.ugh, J., et al., Bisulfite-induced cytosine deamination rates in E. coli

37. SSB.DNA complexes. Mutat.Res 2001.Jul.l;478.(l-2):191.-7., 2001. 478: p.191.197.

38. Strauss, B.S., et al., The role of DNA polymerase in base substitution mutagenesis on non-instructional templates. Biochimie, 1982 64 (8-9): p. p. 829-838

39. Moore, P.D., et al., Effect of acetylated and deacetylated 2-aminofluorene adducts on in vitro DNA synthesis. Proc Natl Acad Sci USA, 1982 79 (23): p. p. 7166-7170

40. Moore, P.D., et al., Interactions between DNA polymerase and aminofluorene adducts that affect the recognition and possibly the mutagenicity of the lesions. Biochimie, 1982 64 (8-9): p. p. 757-762.

41. Moore, P.D., S.D. Rabkin, and B.S. Strauss, In vitro replication of mutagen-damaged DNA: sites of termination. Basic Life Sci, 1982 20: p. p. 179-197

42. Dodson, L.A., et al., Mutagenesis of bacteriophage T7 in vitro by incorporation of 06-methylguanine during DNA synthesis. Proc Natl Acad Sci USA, 1982 79 (23): p. p. 7440-7444

43. Topal, M.D., Mutagenesis by incorporation of alkylated nucleotides. Basic Life Sci, 1985 31 p. p. 339-351

44. Chambers, R.W., et al., UvrA and recA mutations inhibit a site-specific transition produced by a single 06- methylguanine in gene G of bacteriophage phi XI74. Proc Natl Acad Sci USA, 1985 82 (21): p. p. 7173-7177

45. Sowers, L.C., et al., Base pairing and mutagenesis: observation of a protonated base pair between 2-aminopurine and cytosine in an oligonucleotide by proton NMR. Proc Natl Acad Sci USA, 1986 83 (15): p. p5434-8.

46. Abdul-Masih, M.T. and M.J. Bessman, Biochemical studies on the mutagen, 6-N-hydroxylaminopurine. Synthesis of the deoxynucleoside triphosphate and its incorporation into DNA in vitro. J Biol Chem, 1986 261 (5): p. p. 2020-2026

47. Pavlov, Y.I., et al., Base analog N6-hydroxylaminopurine mutagenesis in Escherichia coli: genetic control and molecular specificity. Mutat.Res, 1996. 357: p. 1-15.

48. Inoue, M., et al., Induction of chromosomal gene mutations in Escherichia coli by direct incorporation of oxidatively damaged nucleotides. New evaluation method for mutagenesis by damaged DNA precursors in vivo. J Biol Chem., 1998.273:p. 11069-11074.

49. Kamiya, H. and H. Kasai, Substitution and deletion mutations induced by 2-hydroxyadenine in Escherichia coli: effects of sequence contexts in leading and lagging strands. 1997. 25(2): p. 304-310.

50. Kamiya, H., H. Maki, and H. Kasai, Two DNA polymerases of Escherichia coli display distinct misinsertion specificities for 2-hydroxy-dATP during DNA synthesis. Biochemistry 2000.Aug 8;39.(31.):9508.-13., 2000. 39: p. 9508-9513.

51. Kamiya, H. and H. Kasai, 2-Hydroxy-dATP is incorporated opposite G by Escherichia coli DNA polymerase III resulting in high mutagenicity. Nucleic Acids Res 2000.Apr 1;28.(7.): 1640.-6., 2000. 28: p. 1640-1646.

52. Sledziewska-Gojska, E. and С. Janion, Effect of proofreading and dam-instructed mismatch repair systems on N4-hydroxycytidine-induced mutagenesis. Mol Gen Genet, 1982 186 (3): p. p.411-418

53. Negishi, K., et al., Ambiguous incorporation ofN4-aminodeoxycytidine 5-triphosphate to DNA synthesized in vitro. Nucleic Acids Symp.Ser, 1985: p. 237-239.

54. Negishi, K., et al., Mutagenesis by N4-aminocytidine: induction of AT to GC transition and its molecular mechanism. Biochemistry, 1985 24(25): p. p. 7273-7278

55. Negishi, K., et al., In vitro mutagenesis by incorporation of N4-aminodeoxycytidine 5'-triphosphate. Nucleic Acids Symp.Ser., 1988: p. 3336.

56. Negishi, K., et al., Mutagenic nucleoside analog N4-aminocytidine: metabolism, incorporation into DNA, and mutagenesis in Escherichia coli. J Bacterid, 1988.170: p. 5257-5262.

57. Negishi, K, Molecular mechanism of N4-aminocytidine mutagenesis., Yakugaku Zasshi, 1990.110: p. 293-303.

58. Negishi, K., et al. The mechanism of mutation induction by a hydrogen bond ambivalent, bicyclic N4-oxy-2'-deoxycytidine in Escherichia coli. Nucleic Acids Res, 1997. 25: p. 1548-1552.

59. Hatahet, Z, A.A. Purmal, and S.S. Wallace, A novel methodfor site specific introduction of single model oxidative DNA lesions into oligodeoxyribonucleotides. Nucleic Acids Res, 1993. 21: p. 1563-1568.

60. Purmal, A.A, et al. Enzymatic Processing of Uracil Glycol, a Major Oxidative Product of DNA Cytosine. 1998. 273(16): p. 10026-10035.

61. Purmal, A.A, Y.W. Kow, and S.S. Wallace, Major oxidative products of cytosine, 5-hydroxycytosine and 5-hydroxyuracil, exhibit sequence context-dependent mispairing in vitro. Nucleic Acids Res, 1994. 22: p. 72-78.

62. Feig, D.I, L.C. Sowers, and L.A. Loeb, Reverse chemical mutagenesis: identification of the mutagenic lesions resulting from reactive oxygenspecies-mediated damage to DNA. Proc Natl Acad Sci USA, 1994. 91: p. 6609-6613.

63. Fujikawa, К., H. Kamiya, and H. Kasai, The mutations induced by oxidatively damaged nucleotides, 5-formyl-dUTP and 5-hydroxy-dCTP, in Escherichia coli. Nucleic Acids Res, 1998. 26: p. 4582-4587.

64. Boiteux, S. and J. Laval, Mutagenesis by alkylating agents: coding properties for DNA polymerase ofpoly (dC) template containing 3-methylcytosine. Biochimie, 1982 64 (8-9): p. p637-41

65. Topal, M.D., C.A. Hutchison, III, and M.S. Baker, DNA precursors in chemical mutagenesis: a novel application of DNA sequencing. Nature, 1982. 298: p. 863-865.

66. Preston, B.D., B. Singer, and L.A. Loeb, Comparison of the relative mutagenicities of O-alkylthymines site-specifically incorporated into phi X174 DNA. J Biol Chem, 1987 262 (28): p. pi 3821-7

67. Preston, B.D., B. Singer, and L.A. Loeb, Mutagenic potential of 04-methylthymine in vivo determined by an enzymatic approach to site-specific mutagenesis. Proc Natl Acad Sci USA, 1986 83 (22): p. p. 8501-8505

68. Kunkel, T.A., J.D. Roberts, and R.A. Zakour, Rapid and efficient site-specific mutagenesis withoutphenotypic selection. Methods Enzymol., 1987. 154: p. 367-382.

69. Kunkel, T.A., Rapid and efficient site-specific mutagenesis without phenotypic selection. Proc Natl Acad Sci U S A, 1985. 82(2): p. p. 488-492

70. Hofer, B. and B. Kuhlein, A high efficiency methodfor site-directed mutagenesis with any plasmid. Gene, 1989. 84: p. 153-157.

71. Mazin, A.V., et al., Site-directed insertion of long single-stranded DNA fragments into plasmid DNA. DNA Cell Biol, 1990. 9: p. 63-69.

72. Bhat, K.S., Generation of a plasmid vector for deletion cloning by rapid multiple site-directed mutagenesis. Gene, 1993. 134: p. 83-87.

73. Hofer, B. and B. Kuhlein, Site-specific mutagenesis inplasmids: a gapped circle method. Methods Enzymol., 1993. 217: p. 173-189.

74. Kaslow, D.C. and D.J. Rawlings, Introducing restriction sites into double-stranded plasmid DNA. Methods Enzymol., 1993. 217: p. 295-301.

75. Olsen, D.B., J.R. Sayers, and F. Eckstein, Site-directed mutagenesis of single-stranded and double-stranded DNA by phosphorothioate approach Methods Enzymol., 1993. 217: p. 189-217.

76. Viville, S., Double-stranded DNA site-directed mutagenesis. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 87-95.

77. Viville, S., Site-directed mutagenesis using a double-stranded DNA template. Methods Mol Biol, 1994. 31: p. 57-65.

78. Worrall, A.F., Site-directed mutagenesis by the cassette method. Methods Mol Biol, 1994.30: p. 199-210.

79. Gao, Q.S. and S. Paul, Site-directed mutagenesis of antibody-variable regions. Methods Mol Biol, 1995. 51: p. 319-327.

80. Braman, J., С. Papworth, and A. Greener, Site-directed mutagenesis using double-strandedplasmid DNA templates. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 31-44.

81. Lai, D. and S. Pestka, A simple method for site-directed mutagenesis with double-stranded plasmid DNA. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 75-85.

82. Lai, D., X. Zhu, and S. Pestka, A simple and efficient method for site-directed mutagenesis with double-stranded plasmid DNA. Nucleic Acids Res, 1993. 21: p. 3977-3980.

83. Zhu, L., In vitro site-directed mutagenesis using the unique restriction site elimination (USE) method. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 13-29.

84. Zhu, L. and A.E. Holtz, A universal nested deletion method using an arbitrary primer and elimination of a unique restriction site. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 119-137.

85. Bohnsack, R.N., Site-directed mutagenesis using positive antibiotic selection. Mol Biotechnol., 1997. 7: p. 181-188.

86. Ishii, T.M., et al., Site-directed mutagenesis. Methods Enzymol., 1998. 293: p. 53-71.

87. Unger, M.W., S.Y. Liu, and D.E. Rancourt, Transplacement mutagenesis: a novel in situ mutagenesis system using phage-plasmid recombination. Nucleic Acids Res, 1999. 27: p. 1480-1484.

88. Kim, Y.G. and S. Maas, Multiple site-directed mutagenesis in vitro. Methods Mol Biol 2002;182.:29.-36., 2002. 182: p. 29-36.

89. Autret, N. and A. Charbit, Lessons from signature-tagged mutagenesis on the infectious mechanisms of pathogenic bacteria. FEMS Microbiol Rev 2005.Sep.;29.(4):703.-17.Epub.2004.Nov.26., 2005. 29: p. 703-717.

90. Lehoux, D.E. and R.C. Levesque, PCR screening in signature-tagged mutagenesis of essential genes. Methods Mol Biol 2002;192.:225.-34., 2002. 192: p. 225-234.

91. С arter, P., Improved oligonucleotide-directed m utagenesis using MI 3 vectors. Methods Enzymol., 1987.154: p. 382-403.

92. Ford, C.F. and M.M. Smith, Use of an oligonucleotide probe to detect transplacement of an amber mutation into a yeast histone H3 gene. Gene, 1985 37 (1-3): p. p. 45-52

93. Hobden, A.N., et al., Ml 3 clones carrying point mutations: identification by solution hybridization. Anal Biochem, 1985 144 (1): p. p. 75-78

94. Wood, W.I., et al., Base composition-independent hybridization in tetramethylammonium chloride: a methodfor oligonucleotide screening of highly complex gene libraries. Proc Natl Acad Sci USA, 1985 82 (6): p. p.1585-1588

95. Norrander, J., T. Kempe, and J. Messing, Construction of improved M13 vectors using oligodeoxynucleotide-directed mutagenesis. Gene, 1983 26 (1): p.p. 101-106.

96. Zoller, M.J. and M. Smith, Oligonucleotide-directed mutagenesis ofDNA fragment cloned into M13 vectors. Methods in Enzymology, 1983. 100: p. 468-500.

97. Traboni, C., et al., A general method to select for Ml 3 clones carrying base pair substitution mutants constructed in vitro. Nucleic Acids Res, 1983. 11 (12): p. p. 4229-4239.

98. Sollazzo, M., R. Frank, and G. Cesareni, High-level expression of RNAs and proteins: the use of oligonucleotides for the precise fusion of coding-to-regulatory sequences. Gene, 1985. 37(1-3): p. p. 199-206

99. Lorenzetti, R., et al., Plasmid pFCE4: a new system of Escherichia coli expression-modification vectors. Gene, 1985. 39 (1): p. p. 85-87.

100. Dalbadie-McFarland, G., et al., Oligonucleotide-directed mutagenesis as a general and powerful method for studies ofprotein function. Proc Natl Acad Sci USA, 1982. 79 (21): p. p, 6409-6413.

101. Kalderon, D., et al., Sequence requirements for nuclear location of simian virus 40 large-Tantigen. Nature, 1984. 311 (5981): p. p. 33-38.

102. Chiang, L.W., I. Kovari, and M.M. Howe, Mutagenic oligonucleotide-directed PCR amplification (Mod-PCR): an efficient method for generating random base substitution mutations in a DNA sequence element. PCR Methods Appl., 1993. 2: p. 210-217.

103. Kim, S.J., et al., Random changes of amino acid residues with expected frequency by saturated point mutagenesis. Mol Cells 2000.Apr 30.;10(2):232.-5., 2000. 10: p. 232-235.

104. Airaksinen, A. and T. Hovi, Modified base compositions at degenerate positions of a mutagenic oligonucleotide enhance randomness in site-saturation mutagenesis. Nucleic Acids Res, 1998. 26: p. 576-581.

105. Larson, G.P., et al., Saccharomyces cerevisiae actin—Escherichia coli lacZ gene fusions: synthetic oligonucleotide-mediated deletion of the 309 base pair intervening sequence in the actin gene. Gene, 1983. 22 (1): p. p. 31-39.

106. West, D.K., et al., Cloning and expression of an intron-deleted phage T4 td gene. J Biol Chem, 1986. 261 (29): p. p. 13446-13450

107. Adelman, J.P., et al., In vitro deletional mutagenesis for bacterial production of the 20,000-dalton form of human pi-tuitary growth hormone. DNA, 1983 2 (3): p. p. 183-193.

108. Osinga, K.A., et al., In vitro site-directed mutagenesis with synthetic DNA oligonucleotides yields unexpected deletions and insertions at high frequency. Nucleic Acids Res, 1983.11 (24): p. p. 8595-8608.

109. Livak, K.J. and E.A. Whitehorn, Half-site editing: an in vitro mutagenesis procedure for truncating a DNA fragment and introducing a new restriction site. Anal Biochem, 1986.152 (1): p. p. 66-73

110. Su, T.Z. and M.R. el-Gewely, A multisite-directed mutagenesis using T7 DNA polymerase: application for reconstructing a mammalian gene. Gene, 1988. 69(1): p. p. 81-89

111. Doyle, C., J. Sambrook, and M.J. Gething, Analysis of progressive deletions of the transmembrane and cytoplasmic domains of influenza hemagglutinin. J Cell Biol, 1986. 103 (4): p. p. 1193-204.

112. Miles, J.S. and J.R. Guest, Subgenes expressing single lipoyl domains of the pyruvate dehydrogenase complex of Escherichia coll Biochem J, 1987. 245 (3): p. p. 869-874

113. Saraswat, L.D., et al., Deletion mutants as probes for localizing regions of submit interaction in cAMP-dependentprotein kinase. J Biol Chem, 1988. 263 (34): p. p. 18241-18246

114. Wells, J.A., M. Vasser, and D.B. Powers, Cassette mutagenesis: an efficient method for generation of multiple mutations at defined sites. Gene, 1985. 34(2-3): p. p. 315-323

115. Ecker, D .J., et al., Chemical synthesis and expression of a cassette adapted ubiquitin gene. J Biol Chem, 1987. 262 (8): p. p. 3524-3527.

116. Stone, J.C., et al., P21-ras effector domain mutants constructed by "cassette" mutagenesis. Mol Cell Biol, 1988. 8 (8): p. p. 3565-3569

117. Murray, R., et al., Random oligonucleotide mutagenesis: application to a large protein coding sequence of a major histocompatibility complex class I gene, H-2DP. Nucleic Acids Res, 1988. 16(20): p. p. 9761-9773

118. Weisemann, J.M. and G.M. Weinstock, Mutations at the cysteine codons of the recA gene of Escherichia coll DNA, 1988. 7 (6): p. p389-98

119. Петренко, B.A., и др., Производные ДНК фага М13, содержащие фрагмент гена бэта-галактозидазы удобная мутационная система для исследования направленного олигонуклеотидами мутагенеза. Биоорганическая Химия, 1986. 12 (12): р. с. 1612-1624

120. Zoller, M.J. and М. Smith, Oligonucleotide-directed mutagenesis using M13-derived vectors: an efficient and general procedure for the production of point mutations in any fragment of DNA. Nucleic Acids Res, 1982. 10: p. 6487-6500.

121. Almouzni, G., S. Mousseron-Grall, and M. Mechali, Oligonucleotide site-directed mutagenesis in Xenopus egg extracts. Nucleic Acids Res, 1988. 16(17): p. p. 8525-8539

122. Wallace, R.B., et al., Oligonucleotide directed mutagenesis of the human beta-globin gene: a general methodfor producing specific point mutations in cloned DNA. Nucleic Acids Res, 1981. 9: p. 3647-3656.

123. Zarucki-Schulz, Т., et al., Point mutagenesis of the ovalbumin gene promoter sequence and its effect on in vitro transcription. J Biol Chem, 1982 257 (18): p. p. 11070-11077.

124. Ефимов, В. А., и др., Эффективный метод олигонуклеотид-направленного мутагенеза фрагментов ДНК. Биоорганическая Химия 1985. 11 (5): р. с. 621-627.

125. Efimov, V.A., et al., Convenient modification of the method for oligonucleotide-directed in vitro mutagenesis of cloned DNA. FEBS Lett., 1985. 181: p. 407-411.

126. Nakamaye, K.L. and F. Eckstein, Inhibition of restriction endonuclease Nci I cleavage by phosphorothioate groups and its appli-cation to oligonucleotide-directed mutagenesis. Nucleic Acids Res, 1986. 14 (24): p. p. 9679-9698.

127. Sayers, J.R., W. Schmidt, and F. Eckstein, 5'-3' exonucleases in phosphorothioate-based oligonucleotide-directed mutagenesis. Nucleic Acids Res, 1988. 16 (3): p. p. 791-802

128. Sayers, J.R., et al., Strand specific cleavage of phosphorothioate-containing DNA by reaction with restriction endonucleases in the presence of ethidium bromide. Nucleic Acids Res, 1988. 16(3): p. p. 803-814

129. Palermo, D.P. and G.F. Hess, Use of lambda exonuclease for efficient oligonucleotide-mediated site-directed deletion and point mutation of double-stranded DNA. DNA, 1987. 6(3): p. p. 273-279

130. Mandecki, W., Oligonucleotide-directed double-strand break repair in plasmids of Escherichia coli: a methodfor site-specific mutagenesis. Proc Natl Acad Sci USA, 1986. 83 (19): p. p. 7177-7181.

131. Cline, S. W., M. Yarns, and P. Wier, Construction of a systematic set of tRNA mutants by ligation of synthetic oligonucleotides into defined single-stranded gaps. DNA, 1986. 5(1): p. p. 37-51

132. Norris, K., et al., Efficient site-directed mutagenesis by simultaneous use of two primers. Nucleic Acids Res, 1983. 11(15): p. p. 5103-5112.

133. Sims, P.F., et al., A modified two primer approach to oligonucleotide-directed in vitro mutagenesis. Biochimie, 1985. 67 (7-8): p. p. 841-847

134. Zoller, M.J. and M. Smith, Oligonucleotide-directed mutagenesis: a simple method using two oligonucleotide primers and a single-stranded DNA template. DNA, 1984. 3(6): p. p. 479-488

135. Schold, M., et al., Oligonucleotide-directed mutagenesis usingplasmid DNA templates and two primers. DNA, 1984. 3 (6): p. p. 469-477

136. Chang, G.J., B.J. Johnson, and D.W. Trent, Site-specific oligonucleotide-directed mutagenesis using T4 DNA polymerase. DNA, 1988. 7 (3): p. p. 211-217.

137. Петренко, B.A., и др., Эффективность замены ДНК-полимеразы А ДНК-полимеразой IЕ. coli в олигонуклеотиднаправленном мутагенезе. Биоорган, химия, 1987(3): р. р. 344-349

138. Петренко, В.А., и др., Мутагенез, направленный фосфотриэирными аналогами олигонуклеотидов. Биоорган, химия, 1986.12(2): р. 289-292.

139. Петренко, В.А., и др., Сайт-локализоеанный мутагенез, направляемый фосфотриэфирными аналогами олигонуклеотидов. Биоорганическая Химия, 1986.12(8): р. с. 1088-1100.

140. Petrenko, V.A., et al., Mutagenesis directed by phosphotriester analogues of oligonucleotides: a way to site-specific mutagenesis in vivo. FEBS Lett., 1988. 238: p. 109-112.

141. Kramer, W., K. Schughart, and H.J. Fritz, Directed mutagenesis of DNA cloned in filamentous phage: influence of hemimethylated GATC sites on marker recovery from restriction fragments. Nucleic Acids Res, 1982. 10 (20): p. p. 6475-6485.

142. Marmenout, A., et al., Oligonucleotide directed mutagenesis: selection of mutants by hemimethylation of GATC-sequences. Mol Gen Genet, 1984. 195 (1-2): p. p. 126-133

143. Traboni, C., G. Ciliberto, and R. Cortese, A novel method for site-directed mutagenesis: its application to an eukaryotic tRNAPro gene promoter. EMBO J, 1982 1(4): p. p. 415-420.

144. Guatelli, J.C., T.R. Gingeras, and D.D. Richman, Nucleic acid amplification in vitro: detection of sequences with low copy numbers and application to diagnosis of human immunodeficiency virus type 1 infection. Clin Microbiol Rev, 1989. 2: p. 217-226.

145. Ito, W., H. Ishiguro, and Y. Kurosawa, A general method for introducing a series of mutations into cloned DNA using the polymerase chain reaction. Gene, 1991. 102: p. 67-70.

146. Kuipers, O.P., H.J. Boot, and W.M. de Vos, Improved site-directed mutagenesis method usingPCR. Nucleic Acids Res, 1991. 19: p. 4558.

147. Vandenbroeck, K., et al., Engineering by PCR-based exon amplification of the genomic porcine interferon-gamma DNA for expression in Escherichia coli. Вiochem.Вiophys.Res Commun., 1991.180: p. 1408-1415.

148. Marini, F., Ill, A. Naeem, and J.N. Lapeyre, An efficient 1-tube PCR method for internal site-directed mutagenesis of large amplified molecules. Nucleic Acids Res, 1993. 21: p. 2277-2278.

149. Morrison, H.G. and R.C. Desrosiers, A PCR-based strategy for extensive mutagenesis of a target DNA sequence. BioTechniques, 1993. 14: p. 454457.

150. Pauls, T.L. and M.W. Berchtold, Efficient complementary DNA amplification and expression using polymerase chain reaction technology. Methods Enzymol., 1993. 217: p. 102-122.

151. Zhao, L.J., Q.X. Zhang, and R. Padmanabhan, Polymerase chain reaction-based point mutagenesis protocol. Methods Enzymol., 1993. 217: p. 218227.

152. Steinberg, R.A. and K.B. Gorman, A high-yield methodfor site-directed mutagenesis using polymerase chain reaction and three primers. Anal.Biochem., 1994. 219: p. 155-157.

153. Vallejo, A.N., R.J. Pogulis, and L.R. Pease, In vitro synthesis of novel genes: mutagenesis and recombination by PCR. PCR Methods Appl., 1994. 4: p. S123-S130.

154. Weiner, M.P, et al. Site-directed mutagenesis of double-stranded DNA by the polymerase chain reaction. Gene, 1994. 151: p. 119-123.

155. Weiner, M.P. and G.L. Costa, Rapid PCR site-directed mutagenesis. PCR Methods Appl, 1994. 4: p. S131-S136.

156. Weiner, M.P, et al, A method for the site-directed mono- and multi-mutagenesis of double-stranded DNA. Gene, 1993.126: p. 35-41.

157. Boles, E. and T. Miosga, A rapid and highly efficient method for PCR-based site-directed mutagenesis using only one new primer. Curr.Genet, 1995. 28: p. 197-198.

158. Liang, Q, L. Chen, and A.J. Fulco, An efficient and optimized PCR method with high fidelity for site-directed mutagenesis. PCR Methods Appl, 1995. 4: p. 269-274.

159. Rashtchian, A, Novel methods for cloning and engineering genes using the polymerase chain reaction. Curr.Opin.Biotechnol, 1995. 6: p. 30-36.

160. Chouljenko, V, et al. Efficient long-PCR site-specific mutagenesis of a high GC template. BioTechniques, 1996. 21: p. 472-8,480.

161. Costa, G.L, et al. Site-directed mutagenesis using a rapid PCR-based method. Methods Mol Biol, 1996. 57: p. 239-248.

162. Barik, S, Mutagenesis and gene fusion by megaprimer PCR. Methods Mol Biol, 1997.67: p. 173-182.

163. Iwahana, H. and M. Itakura, An end-trimming method and its application to amplify adjacent cDNA and genomic DNA fragments by PCR. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 247-260.

164. Jones, D.H. and S.C. Winistorfer, Recombination and site-directed mutagenesis using recombination PCR. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 131140.

165. Michael, S.F, Thermostable ligase-mediated incorporation of mutagenic oligonucleotides during PCR amplification. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 189-195.

166. Picard, V. and S.C. Bock, Rapid and efficient one-tube PCR-based mutagenesis method. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 183-188.

167. Pons, J, et al, PCR site-directed mutagenesis using Pyrococcus sp GB-D polymerase coupled to a rapid screening procedure. Application to a beta-glucanase gene. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 209-218.

168. Pont-Kingdon, G, Creation of chimeric junctions, deletions, and insertions by PCR. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 167-172.

169. Testori, A. and P. Sollitti, Cloning unmodified PCR products using engineeredXcml restriction sites in a portable cassette. Methods Mol Biol, 1997. 67: p. 89-100.

170. Kirsch, R.D. and E. Joly, An improved PCR-mutagenesis strategy for two-site mutagenesis or sequence swapping between related genes. Nucleic Acids Res, 1998. 26: p. 1848-1850.

171. Brons-Poulsen, J., J. Nohr, and L.K. Larsen, Megaprimer method for polymerase chain reaction-mediated generation of specific mutations in DNA. Methods Mol Biol 2002;182.:71.-6., 2002.182: p. 71-76.

172. Jeltsch, A. and T. Lanio, Site-directed mutagenesis by polymerase chain reaction. Methods Mol Biol 2002; 182.:85.-94., 2002.182: p. 85-94.

173. Lardelli, M., Nonspecific, nested suppression PCR methodfor isolation of unknown flanking DNA ("cold-start method"). Methods Mol Biol 2002;192.:285.-912002. 192: p. 285-291.

174. Mo, Q., et al., An improved PCR-based megaprimer methodfor site-directed mutagenesis. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi.2002 Feb;19.(l):68.-71., 2002.19: p. 68-71.

175. Nazar, R.N., P.D. Abeyrathne, and R.V. Intine, Polymerase chain reaction-mediated mutagenesis in sequences resistant to homogeneous amplification. Methods Mol Biol 2002;182.:117.-26., 2002. 182: p. 117-126.

176. Wang, W. and B.A. Malcolm, Two-stage polymerase chain reaction protocol allowing introduction of multiple mutations, deletions, and insertions, using QuikChange site-directed mutagenesis. Methods Mol Biol 2002;182.:37.-43., 2002.182: p. 37-43.

177. Jones, D.H. and S.C. Winistorfer, Recombination and site-directed mutagenesis using recombination PCR. Methods Mol Biol 2003;226:517.-24., 2003. 226: p. 517-524.

178. Nohr, J. and K. Kristiansen, Site-directed mutagenesis. Methods Mol Biol 2003;232.:127.-31., 2003. 232: p. 127-131.

179. Dietrich, J., et al., PCR performance of the highly thermostable proofreading B-type DNA polymerase from Pyrococcus abyssi. FEMS Microbiol Lett, 2002. 217(1): p. 89 94

180. Ling, M. and B.H. Robinson, A one-step polymerase chain reaction site-directed mutagenesis method for large gene-cassettes with high efficiency, yield, and fidelity. Anal. Biochem., 1995. 230: p. 167-172.

181. Cline, J, J.C. Braman, and H. H.H., PCR fidelity ofpfu DNA polymerase and other thermostable DNA polymerases. Nucleic Acids Res, 1996. 24(18): p. 3546 -3551

182. Keohavong, P, et al. Predominant mutations induced by the Thermococcus litoralis, vent DNA polymerase during DNA amplification in vitro. PCR Methods Appl, 1993 2(4): p. 288 292.

183. Huang, H. and P. Keohavong, Fidelity and predominant mutations produced by deep vent wild-type and exonuclease-deficient DNA polymerases during in vitro DNA amplification. DNA Cell Biol, 1996. 15(7): p. 589 94

184. Barnes, W.M, The fidelity ofTaq polymerase catalyzing PCR is improved by an N-terminal deletion. Gene, 1992 112(1): p. 29 -35.

185. Patrushev, L.I, et al, Cloning of the gene for thermostable Thermus aquaticus YT1 DNA polymerase and its expression in Escherichia coli.[Article in Russian]. Mol Biol (Mosk), L993 27(5): p. 1 LOO 1112.

186. Jin, С., et al., Cloning and over expression of thermostable DNA polymerase gene in Escherichia coli. Chin J Biotechnol., 1995. 11(3): p. 185 191.

187. Smirnov, I.V., et al., Synthesis of a highly active recombinant Thermus aquaticus His6-DNA-polymerase in Escherichia coli cells and a rapid method of purifying it. [Article in Russian]. Bioorg Khim., 1995 21(5): p. 396-398.

188. Wilhelm, J., A. Pingoud, and M. Hahn, Comparison between Taq DNA polymerase and its Stojfel fragment for quantitative real-time PCR with hybridization probes. Biotechniques, 2001 30(5): p. 1052-6, 1058, 1060.

189. Dabrowski, S. and J. Kur, Recombinant His-taggedDNA polymerase. II. Cloning and purification of Thermus aquaticus recombinant DNA polymerase (Stoffelfragment). Acta Biochim Pol., 1998. 45(3): p. 661 667.

190. Reetz, M.T. and K.E. Jaeger, Overexpression, immobilization and biotechnological application of Pseudomonas lipases. Chem Phys Lipids, 1998. 93(1-2): p. 3-14.

191. Young, L. and Q. Dong, TAMS technology for simple and efficient in vitro site-directed mutagenesis and mutant screening. Nucleic Acids Res 2003 Feb l;31.(3):ell., 2003. 31:p. ell.

192. Williams, D.L., et al., Contribution of rpoB Mutations to Development of Rifamycin Cross-Resistance in Mycobacterium tuberculosis. Antimicrobial Agents And Chemotherapy, 1998. 42(7): p. 1853-1857.

193. Hu, R., et al., Human IFN-alphaprotein engineering: the amino acid residues at positions 86 and 90 are important for antiproliferative activity. J Immunol 2001.Aug l;167.(3):1482.-9., 2001. 167: p. 1482-1489.

194. Hu, R., et al., Human IFN-a Protein Engineering: The Amino Acid Residues at Positions 86 and 90 Are Important for Antiproliferative Activity. 2001. 167: p. 1482-1489.

195. Leemhuis, H., et al., New genotype-phenotype linkages for directed evolution offunctional proteins. Current Opinion in Structural Biology, 2005. 15(4): p. 472-478.

196. Kenan, D.J., W.J. Strittmatter, and J.R. Burke, Phage Display Screening for Peptides that Inhibit Polyglutamine Aggregation, in Methods in Enzymology. 2006. p. 253-273.

197. Dufner, P., L. Jermutus, and R.R. Minter, Harnessing phage and ribosome display for antibody optimisation. Trends in Biotechnology, 2006. 24(11): p. 523-529.

198. Makela, A.R. and C. Oker-Blom, BaculovirusDisplay: A Multifunctional Technology for Gene Delivery and Eukaryotic Library Development, in Advances in Virus Research. 2006. p. 91-112.

199. Muranaka, N., Т. Hohsaka, and M. Sisido, Four-base codon mediated mRNA display to construct peptide libraries that contain multiple nonnatural amino acids. Nucleic Acids Research, 2006. 34(1).

200. Horisawa, K., et al., In vitro selection of Jun-associatedproteins using mRNA display. Nucleic Acids Res, 2004. 32(21): p. el69.

201. Thom, G., et al., Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006.103(20): p. 7619-7624.

202. Mattheakis, L.C., R.R. Bhatt, and W.J. Dower, An in vitro polysome display system for identifying ligands from very large peptide libraries. Proc Natl Acad Sci USA, 1994. 91(19): p. 9022-6.

203. Schimmele, В., N. Gra?fe, and A. Plu?ckthun, Ribosome display of mammalian receptor domains. Protein Engineering, Design and Selection, 2005. 18(6): p. 285-294.

204. Takahashi, F., et al., Activity-based in vitro selection ofT4 DNA ligase. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2005.336(3): p. 987-993.

205. Hanes, J. and A. Pluckthun, In vitro selection and evolution of functional proteins by using ribosome display. Proc Natl Acad Sci USA, 1997. 94(10): p. 4937-42.

206. He, M. and F. Khan, Ribosome display: Next-generation display technologies for production of antibodies in vitro. Expert Review of Proteomics, 2005. 2(3): p. 421-430.

207. Miller, O.J., et al., Directed evolution by in vitro compartmentalization. Nature Methods, 2006. 3(7): p. 561-570.

208. Aharoni, A., A.D. Griffiths, and D.S. Tawfik, High-throughput screens and selections of enzyme-encoding genes. Current Opinion in Chemical Biology, 2005.9(2): p. 210-216.

209. Sunami, Т., et al., Femtoliter compartment in liposomes for in vitro selection of proteins. Analytical Biochemistry, 2006. 357(1): p. 128-136.

210. Miller, O.J., et al., Directed evolution by in vitro compartmentalization. Nature Methods, 2006. 3(7): p. 561 570.

211. Takahashi, K., et al., Non-destructive on-chip cell sorting system with realtime microscopic image processing Journal of Nanobiotechnology, 2004. 2(5): p. 1-8.

212. Sverdlov, E.D., et al., Trp operon induction during the expression in E.coli of two IFN-g sequences. FEBS Lett., 1987. 212: p. 233-236.

213. Адаричев, В. и Г. Дымшиц, Получение ДНК, несущей алифатические аминогруппы, и использование ее флуоресцентного производного в качестве зонда при молекулярной гибридизации. Биоорганическая Химия, 1987. 13: р. 1066-1069.

214. Gillam, С. and G. Tener, N4-(6-aminohexyl)cytidine and -deoxycytidine nucleotides can be used to label DNA. Analytical biochemistry, 1986.157: p. 199-207.

215. Sambrook, J., E.F. Fritsch, and T. Maniatis, Molecular cloning. A laboratory manual. 2nded. Cold Spring Harbor Laboratory. 1989, N.Y.

216. Gershoni, J.M. and G.E. Palade, Protein blotting: principles and applications. Anal. Biochem., 1983. 131: p. 1-15.

217. Миллер, Д., Эксперименты в молекулярной генетике. 1976, М.: Мир. 436

218. Morinaga, Т., et al., Primary structures of human alpha-fetoprotein and its mRNA. Proc. Natl. Acal. Sci. USA., 1983. 80: p. 4604-4608.

219. Хоробрых, B.B., A.B. Пронин, и А.Ф. Киркин, Иммунология, 1983(3): р. 76-79.

220. Birnboim, Н.С. and J. Doly, A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucl. Acids Res., 1979. 7: p. 15131523.

221. Lin, T.-C., R.E. Webster, and W. Koningsberg, Isolation and characterization of the С and D proteins coded by gene IX and gene YI in the filamentous bacteriophage fl andf2. J. Biol. Chem. , 1980. 255: p. 10331-10337.

222. Краев, A.C., Простая система клонирования в фаге М13 и секвенирование ДНК с терминаторами. Молекулярная биология, 1988. 22(5): р. 1164-1198.

223. Остерман, JI.A., Методы исследования белков и нуклеиновых кислот: электрофорез и ультрацентрифугирование (практическое пособие). 1981, М.: "Наука". 285.

224. Sanger, F., et al., Cloning in single-stranded bacteriophage as an aid to rapid DNA sequensing. J. Mol. Biol., 1980.143(2): p. 161-168.

225. Maxam, A.M. and W. Gilbert, Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavages. Methods Enzymol., 1980. 65: p. 499-527.

226. Laemmly, U.K., Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 1970. 227(5259): p. 680-685.

227. Vesterberg, O., Staining ofprotein zones after isoelectric focusing in polyacrilamidgels. Biochim. Biophys. Acta., 1971. 243: p. 345-348.

228. Поляков, И.В. и Н.С. Соколова, Практическое пособие по медицинской статистике. 1975, JL: Медицина. 175.

229. Guo, Н.Н., J. Choe, and L.A. Loeb, Protein tolerance to random amino acid change. Proc Natl Acad Sci USA, 2004. 101(25): p. 9205-10.

230. Петренко, В.А., и др., Получение мутантных генов лейкоцитарного а-2 интерферона человека методом локализованного мутагенеза.

231. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, 1985. 8: р. 3844.

232. Петренко, В.А., и др., Изучение лейкоцитарного интерферона с помощью локализованного мутагенеза, in В сб.: Тезисы докладов X Всесоюзного совещания по программе "Плазмида". 1985: Пущино-на-Оке. р. с.128-129.

233. Петренко, В.А., и др., Способ получения лейкоцитарного интерферона, in АС. СССР№1219647, 1985, Бюл. №11, 1986. 1985:.

234. Петренко, В.А., и др., Локализованный мутагенез клонированных генов, in Достижения микробиологии практике: Тезисы YIII съезда Всесоюзного микробиологического общества. 1985: Алма-Ата. р. С.58.

235. Budowsky, E.I., The mechanism of mutagenic action ofhydroxylamine. Progr. Nucl. Acids Res. Mol. Biol., 1976. 16: p. 125-188.

236. Будовский, Э.И., и др., Мол. биол., 1968. 2: р. 329-338.

237. Будовский, Э.И., и др., Мол. биол., 1968. 2: р. 321-328.

238. Budowsky, Е., Е. Sverdlov, and Т. Spasokukotskaya, Functional activity and specificity of cytidine triphospahte modified with hydroxylamine and O-methyl-hydroxylamine. Biochem. Biophys. Acta., 1972. 287: p. 195-210.

239. Flavel, R., et al., Site-directed mutagenesis: generation of an extracistronic mutation in bacteriophage QH RNA J. Mol. Biol., 1974. 89: p. 255-272.

240. Muller, W., et al., Site-directed mutagenesis in DNA: generation of point mutation in cloned -globin complementary DNA at position corresponding to amino acids 121 to 123. J. Mol. Biol., 1978. 124: p. 343-358.

241. Бреслер, C.E., и др., Генетика, 1983. 19: p. 1397-1403.

242. Петренко, В.А. и Г.В. Спирин, Продукты взаимодействия цитидиловой кислоты с О-д-аминооксибутилгидроксшамином. Мол.биол., 1982. 16: р. 644-647.

243. Петренко, В.А., В.А. Гусев, и JI.H. Семенова, Инактивация и мутагенез фага Я под действием О-метилгидроксшамина и OS-аминооксибутилгидроксиламина. . Мол. биол., 1982. 16: р. 637-643.

244. Гусев, В.А., и др., Модификация операторно-промоторного участка ДНК фага Я в составе специфического комплекса с РНК-полимеразой Е. coli. Докл. АН СССР, 1981. 260: р. 753-756.

245. Zoller, M.J. and М. Smith, Oligonucleotide-directed mutagenesis of DNA fragment cloned into Ml3 vectors. Methods in Enzymology, 1983. 100: p. 468-500.

246. Петренко, B.A., и др., Антивирусное действие мутантных интерферонов. Новый подход к исследованию структурнофункциональной организации интерфероное. Биоорганическая Химия, 1987. 13: р. 259-262.

247. Petrenko, V.A, et al. Determination ofprimary structure of mutant genes for human leukocytic interferon alpha2. Bioorg Khim, 1988.14(6, Part 1): p. 447-450.

248. Sverdlov, E.D, et al, Trp operon induction during the expression in E.coli of two IFN-g sequences. FEBS Lett, 1987. 212: p. 233-236.

249. Gillam, C. and G. Tener, N4-(6-aminohexyl)cytidine and -deoxycytidine nucleotides can be used to label DNA. Analytical biochemistry, 1986.157: p. 199-207.

250. Brown, D, M. Hewlins, and P. Schell, The tautomeric state ofN4-hydroxy N4-aminocytosine derivatives. Journal of the Chemical Society (C), 1968: p. 1925-1929.

251. Петренко, В .А, и др. Мутагенез, направленный фосфотриэирными аналогами олигонуклеотидов. Биоорган, химия, 1986.12(2): р. 289-292.

252. Петренко, В.А, и др, Сайт-локализованный мутагенез, направляемый фосфотриэфирными аналогами олигонуклеотидов. Биоорганическая Химия, 1986. 12(8): р. с. 1088-1100.

253. Петренко, В .А, и др. Мутагенные свойства фосфотриэфирных аналогов олигодезоксирибонуклеотидов. Молекуляр. биология, 1988. 22(5): р. 1226-1237.

254. Петренко, В.А, Направленная реконструкция генетического материала: Дисс. на соискание ученой степени д-ра хим. наук. . 1988, НИКТИ БАВ НПО "Вектор": Новосибирск, р. 322с.

255. Пурмаль, А. А, В Л. Друца, и З.А. Шабарова, Новый тип модификации ДНК. Направленное введение 3'-5'пирофосфатных межнуклеотидных связей. Биоорганическая Химия, 1984.10(3): р. 394-400.

256. Готтих, М.Б, Модификация концевых фосфатных групп олигонуклеотидов в водной среде: Дис. канд. хим. наук. 1989, МГУ: Москва, р. 130.

257. Петренко, В.А, и др. Мутагенез, индуцированный фосфотриэфирными аналогами олигонуклеотидов и направленный на места разрыва двуспиральной ДНК. Молекуляр. генетика, микробиол. и вирусол, 1991(10): р. 19-22.

258. Петренко, В.А, и др. Исследование мутагенных свойств олигонуклеотидов, содержащих пирофосфатное звено, с помощью мутационной системы на основе фага Ml3. Молекуляр. биология, 1991. 25(6): р. 1539-1545.

259. Петренко, В.А, и др. Мутагенез, направленный неприродными аналогами олигонуклеотидов. I. Участие рибонуклеотидных звеньев в репарации и репликации ДНК. Молекуляр. биология, 1990. 24(5): р. 1332-1338.

260. Петренко, В.А, и др. Исследование механизмов мутагенеза, направленного фосфотриэфирными аналогами олигонуклеотидов. Роль репарации в закреплении мутаций. Молекуляр. биология, 1990. 24(2): р. 460-466.

261. Sanger, F, et al. Cloning in single-stranded bacteriophage as an aid to rapid DNA sequensing. J. Mol. Biol, 1980.143(2): p. 161-168.

262. Friedberg, E.C, The molecular biology of nucleotide excision repair of DNA: recent progress. J. Cell. Sci. Suppl, 1987. 6: p. 1-23.

263. Walker, G.C, Inducible DNA repair systems. Ann. Rev. Biochem, 1985. 54: p. 425-458.

264. Radman, M. and R. Wagner, Mismatch repair in Escherichia coli. Ann. Rev. Biochem, 1986. 55: p. 523-538.

265. Wagner, R. and M. Radman, Mismatch repair and recombination in E. coli. Cell, 1987. 50(4): p. 621-626.

266. Pukkila, P.J, et al. Effects of high levels of DNA adenine methylation on methyl-directed repair in E.coli. Genetics, 1983. 104: p. 571-582.

267. Lu, A.-L, Influence of GATC sequence on E.coli DNA mismatch repair in vivo. J. Bacterid, 1987. 169(3): p. 1254-1259.

268. Lu, A.-L. and D.-J. Chang, A novel nucleotide excision repair for the conversion of an A/G mismatch to G/C base pair. Cell, 1988. 54: p. 805-812.

269. Lu, A.-L, et al. Repair of DNA base-pair mismatches in extracts of E.coli. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol, 1984. 49: p. 589-596.

270. Dohet, С., R. Wagner, and M. Radman, Methyl-directed repair offrameshift mutation in heteroduplex DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1985. 82(10): p. 503-508.

271. Su, S.-S., et al., Mispair specificity of methyl-directed DNA mismatch correction in vitro. J. Biol. Chem., 1988. 263: p. 6829-6835.

272. Fishel, R.A. and R. Kolonder, Gene conversion in E.coli.// Cellular responses to DNA damage, ed. R. Alan. 1983, New York: Liss., Inc.,. 309324.

273. Fishel, R.A., E.C. Siegel, and R. Kolonder, Gene conversion in E.coli: resolution ofheteroallelic mismatched nucleotides by co-repair. J. Mol. Biol., 1986. 188: p. 147-157.

274. Lieb, M., E. Allen, and D. Read, Very short patch mismatch repair in phage lambda: repair sites and length of repair tracts. Genetics, 1986. 114(14): p. 1041-1060.

275. Lieb, M., Specific mismatch correction in bacteriophage lambda crosses by very short patch repair. Mol. Gen. Genet., 1983. 191: p. 118-125.

276. Lieb, M., Recombination in the lambda repressor gene: evidence that very short patch (VSP) mismatch correction restores a specific sequence. Mol. Gen. Genet., 1983.199: p. 465-470.

277. Reyes, A. A. and R. Akeson, Generation of multiple independent substitution mutants by M13 in vitro mutagenesis using a single mutagenic oligonucleotide. DNA, 1988. 7(8): p. 579-584.

278. Шехтер, И.И., и др., Сайт-направленный мутагенез вурацил-репарационной системе. Получение мутантных форм интерферона -alpha2 человека Молекуляр. биология, 1991. 25(1): р. 151-153.

279. Manavalan, P. and P.D. Johnston, Prediction structure type for human leucocyte interferon subtype A from circular dichroism. FEBS Lett., 1984. 175(2): p. 227-230.

280. Wetzel, R., H.L. Levine, and D.A. Estell. Structure-function studies on human alpha inteferon. in Chemistry and biology of interferons: relationship to therapeutics. 1982. N.York: Academic Press.

281. Sternberg, M.J.E. and F.E. Cohen, The prediction of the secondary and tertiary structures of interferon from four homologous amino acid sequences. Int. J. Biol. Macromol., 1982. 4: p. 137-144.

282. Lydon, N.B., et al., Immunochemical mapping of -a2 interferon. Biochemistry, 1985. 24: p. 4131-4141.

283. Ohno, M., et al. Preparation and antigenecity of the C-terminal fragments of human leucocyte interferons a.2 and al/1 Peptides. 1982. . in Proc. 17. Eur. Peptide Symp., Praque. Aug. 29-Sept. 3. 1982: Berlin, New York. 1983.

284. Zoon, К., D. Zur Nedden, and H. Arnheiter, Specific binding of human interferon to a high affinity cell surface binding site on bovine kidney cells. The Journal of biological chemistry, 1982. 257(9): p. 4695-4697.

285. Leist, T. and R.M. Thomas, Synthesis andphysicochemical characterization of major fragments of human leukocyte interferon al. . Biochemistry, 1984. 23(12): p. 2541-2546.

286. Arnheiter, N., R.M. Thomas, and T. Leist, Physicochemical and antigenic properties of synthetic fragments of human leukocyte interferon. Nature, 1981.294(5838): p. 278-280.

287. Stewart, W.E., et al., Interferoids: in vitro and in vivo conversation of native interferon's to lower molecular weight forms. . Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 1978. 75: p. 4814-4818.

288. Casadaban, M.J. and J. Chou, In vivo formation of gene fusions encoding hybrid Я-galactosidase proteins in one step with a transposable Mu-Lac transducing phage. Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 1984. 81: p. 535-539.

289. Welply, J.K., A.V. Fowler, and I. Zabin, Я -Galctosidase a -complementation. J. Biol. Chem., 1981. 256: p. 6804-6810.

290. Miller, F.D. and C.L. Hershberger, A quantitative -galctosidase -complementation assay for fusion proteins containing human insulin B-chainpeptides. Gene, 1984. 29: p. 247-250.

291. Миллер, Д., Эксперименты в молекулярной генетике. 1976, М.: Мир. 436

292. Петренко, В.А., и др., Определение первичной структуры мутантных генов лейкоцитарного интерферона альфа2 человека Биоорганическая Химия, 1988.14(6): р. 810-814.

293. Петренко, В.А. и С.И. Татьков, Структурно-функциональная организация лейкоцитарного интерферона. Молекулярная биология, 1990. 24(6): р. 1495-1503.

294. Levy, W.P., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1981. 78: p. 6186-6190.

295. Arnheiter, H, et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 1983. 80: p. 2539-2543.

296. De Chiara, T.M., F. Erlitz, and S.J. Tarnowski, Methods Enzymol., 1986. 119: p. 403-415.

297. Овчинников, Ю.А., и др., Мол. биол., 1984. 18: р. 48-59.

298. Weber, Н., et al., EMBO J., 1987. 6: p. 591-598.

299. Shorts, L.H., et al., Characterization ofN-terminal interferon tau mutants: P26L affords enhanced activity and lack of toxicity. Exp Biol Med (Maywood.) 2004.Feb;229.(2): 194.-202., 2004. 229: p. 194-202.

300. Wang, Y.X., et al., Distinct domains of IFNalpha mediate immune and analgesic effects respectively. J Neuroimmunol.2000.Aug 1;108.(l-2):64.-7., 2000. 108: p. 64-67.

301. Di Marco, S., et al., Mutational analysis of the structure-function relationship in interferon-alpha. Biochem.Biophys.Res Commun., 1994. 202: p. 1445-1451.

302. Korn, A.P., D.R. Rose, and E.N. Fish, Three-dimensional model of a human interferon-alpha consensus sequence. J Interferon Res, 1994. 14: p. 1-9.

303. Kontsek, P., et al., Immunodominant structures in the aminoterminalportion of human interferon alpha 1. Mol Immunol, 1992. 29: p. 863-870.

304. Hu, R., et al., Protein engineering of interferon alphas. Methods Mol Med 2005.;116.:69.-80., 2005. 116: p. 69-80.

305. Jarpe, M.A., et al., Predicted structural motif of IFN tau. Protein Eng, 1994. 7: p. 863-867.

306. Pontzer, C.H., et al., Structure/function studies with interferon tau: evidence for multiple active sites. J Interferon Res, 1994. 14:p. 133-141.

307. Viscomi, G.C., Structure-activity of type I interferons. Biotherapy, 1997. 10: p. 59-86.

308. Oritani, K. and Y. Kanakura, IFN-zetaf limitin: a member of type I IFN with mild lympho-myelosuppression. J Cell Mol Med 2005.Apr-Jun;9(2):244.-54., 2005. 9: p. 244-254.

309. Kawamoto, S., et al., A new interferon, limitin, displays equivalent immunomodulatory and antitumor activities without myelosuppressive properties as compared with interferon-alpha. Exp Hematol.2004.Sep.;32.(9):797.-805., 2004. 32: p. 797-805.

310. Bekisz, J., et al., Human interferons alpha, beta and omega. Growth Factors 2004.Dec.;22.(4):243.-51., 2004. 22: p. 243-251.

311. Mitsui, Y, et al. Structural, functional and evolutionary implications of the three-dimensional crystal structure of murine interferon-beta. Pharmacol.Ther, 1993. 58: p. 93-132.

312. Roisman, L.C, et al. Mutational analysis of the 1FNAR1 binding site on !FNalpha2 reveals the architecture of a weak ligand-receptor binding-site. J Mol Biol 2005.0ct.21;353.(2):271.-81, 2005. 353: p. 271-281.

313. Chill, J.H, et al. The human interferon receptor: NMR-based modeling, mapping of the IFN-alpha 2 binding site, and observed ligand-induced tightening. Biochemistry 2002 Mar, 2002. 41: p. 3575-3585.

314. Cutrone, E.C. and J. A. Langer, Identification of critical residues in bovine IFNAR-1 responsible for interferon binding. J Biol Chem.2001.May.l8;276.(20.):17140.-8.Epub.2001.Feb 7, 2001. 276: p. 17140-17148.

315. Roisman, L.C, et al. Structure of the interferon-receptor complex determined by distance constraints from double-mutant cycles and flexible docking. Proc Natl Acad Sci U S A 200l.Nov.6.;98.(23): 13231.-6, 2001. 98: p. 13231-13236.

316. Lewerenz, M, K.E. Mogensen, and G. Uze, Shared receptor components but distinct complexes for alpha and beta interferons. J Mol Biol, 1998. 282: p. 585-599.

317. Waine, G.J, et al. Structure-function study of the region encompassing residues 26-40 of human interferon-alpha 4: identification of residues important for antiviral and antiproliferative activities. J Interferon Res, 1992. 12: p. 43-48.

318. Hu, R, et al, Mutation of LoopAB in HuIFN lc/86D and enhancement of antiviral activity., Zhonghua Shi Yan.He.Lin.Chuang.Bing.Du Xue Za Zhi.2002 Jun;16(2): 132.-5, 2002. 16:p. 132-135.

319. Kontsekova, E, et al. Structural andfunctional heterogeneity of the amino-terminal receptor-binding domain of human interferon-alpha 2. Int J Biol Macromol, 1999. 24: p. 11-14.

320. Dolgikh, D.A, et al. Protein engineering of de novo protein with predesigned structure and activity. Appl.Biochem.Biotechnol, 1996. 61: p. 85-96.

321. Chertkova, R.V, et al, Synthetic proteins with antiviral properties of alpha-intetferons. Iskusstvennye belki, vosproizvodiashchie protivovirusnyesvoistva alpha-interferonov. Bioorg Khim.2003 May.-Jun;29.(3):258.-68., 2003. 29: p. 258-268.

322. Morozova-Roche, L.A., et al., Fibrillation of carrier protein albebetin and its biologically active constructs. Multiple oligomeric intermediates and pathways. Biochemistry 2004.Aug 3;43.(30.):9610.-9., 2004. 43: p. 96109619.

323. Tsilinskis, E.E., N.G. Ievinia, and G.I. Chipens, Structure and organization of class I interferon molecules. Struktura i organizatsiia molekul interferonov I klassa. Ukr.Biokhim.Zh., 1993. 65: p. 13-17.

324. Chipens, G., et al., Polarins: a novel group of immunologically active peptides. Immunol Res, 1986. 5: p. 314-327.

325. Hu, R., et al., Human IFN-alpha protein engineering: the amino acid residues at positions 86 and 90 are important for antiproliferative activity. J Immunol 2001.Aug l;167.(3):1482.-9., 2001. 167: p. 1482-1489.

326. Scolnick, E., et al., Release factors differing in specificity for termination codons. Proc Natl Acad Sci USA 1968. 61: p. 768-774.

327. Frolova, L., et al., A highly conserved eukaryotic protein family possessing properties ofpolypeptide chain release factor Nature, 1994. 372: p. 701703.

328. Nakamura, Y. and K. Ito, How proteins read the stop codon and terminate translation. Genes Cells 1998. 3: p. 265-278.

329. Kisselev, L.L. and L.Y. Frolova, Termination of translation in eukaryotes. Biochem Cell Biol, 1995. 73: p. 1079-1086.

330. Merkulova, T.I., et al., C-terminal domains of human translation termination factors eRFl and eRF3 mediate their in vivo interaction. FEBS Lett, 1999. 443: p. 41-47.

331. Grenett, H.E., P. Bounelis, and G.M. Fuller, Identification of a human cDNA with high homology to yeast omnipotent suppressor 45. Gene, 1992. 110: p. 239-243.

332. Frolova, L.Y., et al., Functional expression of eukaryotic polypeptide chain release factors 1 and 3 by means of baculovirus/insect cells and complex formation between the factors Eur J Biochem, 1998. 256: p. 36-44.

333. Tate, W.P. and C.T. Caskey, Termination of protein synthesis in Ribosomes and protein synthesis: A practical approach, G. Speding, Editor. 1990, IRL Press: Oxford, p. 81-100.

334. Frolova, L., et al, Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRFl- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. RNA, 1996. 2: p. 334-341.

335. Zhouravleva, G, et al. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRFl and eRF3. EMBO J 1995. 14: p. 4065-4072.

336. Sverdlov, E.D, et al, Trp operon induction during the expression in E.coli of two IFN-g sequences. FEBS Lett, 1987. 212: p. 233-236.

337. De Maeyer, E. and J. Maeyer-Guignard, lnterferon-gamma. Curr.Opin.Immuno1, 1992. 4: p. 321-326.

338. Kitano, K, et al. Intracellular degradation of recombinant proteins in relation to their location in Escherichia coli cells. Journal of Biotechnology, 1987. 5: p. 77-86.

339. Vandenbroeck, K. and A. Billiau, lnterferon-gamma is a target for binding and folding by both Escherichia coli chaperone model systems GroEL/GroES andDnaK/DnaJ/GrpE. Biochimie, 1998. 80: p. 729-737.

340. Vijay-Kumar, S, et al. Crystallization and preliminary X-ray investigation of a recombinant form of human gamma-interferon. J. Biol. Chem, 1987. 262 (10): p. 4804-4805.

341. Grzesiek, S, et al, H, вС and I5NNMR backbone assignment and secondary structure of human interferon- y. Biochemistry, 1992. 31(35): p. 8180-8190.

342. Ealick, S.E, et al. Three-dimensional structure of recombinant human interferon-gamma. Science, 1991. 252 (5006): p. 698-702.

343. Lord, S.C, et al. Functional domains of human interferon gamma probed with antipeptide antibodies. Mol Immunol, 1989. 26: p. 637-640.

344. Langer, J.A, et al. Radiation inactivation of human gamma-interferon: cellular activation requires two dimers. Proc Natl Acad Sci USA, 1994. 91: p. 5818-5822.

345. Fountoulakis, M, et al, Stoichiometry of interaction between interferon gamma and its receptor. Eur J Biochem, 1992. 208: p. 781-787.

346. Sareneva, T, et al, N-glycosylation of human interferon-gamma: glycans at Asn-25 are critical for protease resistance. Biochem. J, 1995. 308 ( Pt 1): p. 9-14.

347. Arakawa, T, et al. Structure and activity of glycosylated human interferon-gamma. J Interferon Res, 1986. 6: p. 687-695.

348. Littman, S.J., R. Devos, and C. Baglioni, Binding of unglycosylatedand glycosylated human recombinant interferon-gamma to cellular receptors. J Interferon Res, 1985. 5: p. 471-476.

349. Lundell, D., et al., Importance of the loop connecting A and В helices of human interferon-gamma in recognition by interferon-gamma receptor. J Biol Chem., 1994. 269: p. 16159-16162.

350. Hsu, Y.R., et al., Structure and activity of recombinant human interferon-gamma analogs. J Interferon Res, 1986. 6: p. 663-670.

351. Lundell, D.L. and S.K. Narula, Structural elements required for receptor recognition of human interferon-gamma. Pharmacol.Ther., 1994. 64: p. 121.

352. Caruso, A., et al., A monoclonal antibody to the NH2-terminal segment of human IFN-gamma selectively interferes with the antiproliferative activity of the lymphokine. J Immunol, 1993.150: p. 1029-1035.

353. Caruso, A., et al., Inhibition of the biological activity of human interferon-gamma by antipeptide antibodies. J Interferon Res, 1992. 12: p. 49-54.

354. Nacheva, G., et al., Human interferon gamma: significance of the C-terminal flexible domain for its biological activity. Arch.Biochem.Biophys.2003 May.l;413.(l):91.-8., 2003.413: p. 91-98.

355. Lundell, D., et al., The carboxyl-terminal region of human interferon gamma is important for biological activity: mutagenic and NMR analysis. Protein Eng, 1991.4: p. 335-341.

356. Arakawa, Т., et al., Role of polycationic C-terminalportion in the structure and activity of recombinant human interferon-gamma. J Biol Chem., 1986. 261: p. 8534-8539.

357. Schein, C.H. and M. Haugg, Deletions at the C-terminus of interferon gamma reduce RNA binding and activation of double-stranded-RNA cleavage by bovine seminal ribonuclease. Biochem.J, 1995. 307 ( Pt 1): p. 123-127.

358. Nickolson, H„ W. Becktel, and B. Matthews, Nature, 1988. 336(6200): p. 651-656.

359. Татьков, С.И., и др., Мутантный гамма-интерферон человека с повышенной антивирусной активностью Доклады Академии Наук, 1996. 346(3): р. 413-414.

360. Pechenov, S.E., et al., Methods for preparation of recombinant cytokine proteins V. mutant analogues of human interferon-gamma with higher stability and activity. Protein Expr.Purif.2002 Mar.;24.(2):173.-80., 2002. 24: p. 173-180.

361. Michalski, W.P., et al., Recombinant chicken IFN-gamma expressed in Escherichia coli: analysis of C-terminal truncation and effect on biologic activity. J Interferon Cytokine Res, 1999. 19: p. 383-392.

362. Смирнова, О.Ю., и др., Мутантные гамма-интерфероны человека с измененным С-концом и их свойства Доклады Академии Наук, 1994. 337(3): р. 405-406.

363. Татьков, С.И., и др., Гамма-интерфероны человека с измененным С-концом и их свойства. Молекулярная биология, 1995. 29: р. 1095-1101.

364. Lortat-Jacob, H. and J.A. Grimaud, Interferon-gamma C-terminal function: new working hypothesis. Heparan sulfate and heparin, new targets for IFN-gamma, protect, relax the cytokine and regulate its activity. Cell Mol Biol, 1991. 37: p. 253-260.

365. Tat'kov, S.I., et al., Mutant human gamma-interferon with a truncated C-terminus and its properties. Dokl Biochem, 2000. 372(1-6): p. 112-4.

366. Lebedev, L.R., et al., Artificial mycobacterial particles for immunization against tuberculosis. Dokl Biol Sci, 2002. 387: p. 488-90.

367. Азаев, М.Ш., и др., Получение искусственных микобактериальных частиц и исследование их иммуногенных свойств. Биотехнология, 2004(4): р. 34-40.

368. Азаев, М.Ш., и др., Искусственные микобактериалъные частицы и вакцинная противотуберкулезная композиция на их основе, in Патент №2242245, кл. МПК AG1K39/04, опубл. БИ№19 от 20.12.04 г. 2003: РФ.

369. Heath, A.W., Cytokines as immunological adjuvants. Pharm. Biotechnol., 1995. 6: p. 645-658.

370. Nakamura, M., et al., Effect of IFN on the immune response in vivo and on gene expression in vitro. . Nature, 1984. 307: p. 381.

371. Pighetti, G.M. and L.M. Sordillo, Specific immune responses of dairy cattle after primary inoculation with recombinant bovine interferon-gamma as an adjuvant when vaccinating against mastitis. . Am. J. Vet. Res., 1996. 57: p. 819-824.

372. Murray, P.J., A. Aldovini, and R.A. Young, Manipulation and potentiation of antimycobacterial immunity using recombinant bacille Calmette-Guerin strain that secrete cytokines. . Proc. Natl. Acad. Sci., 1996. 93: p. 934-939.

373. Playfair, J.H.L. and J.B. De Souza, Recombinant gamma interferon is a potent adjuvant for a malaria vaccine in mice. Clin. Exp. Immunol., 1987. 67: p. 5-10.

374. Heath, A.W. and J.H.L. Playfair, Conjugation of interferon-gamma to antigen enhances its adjuvanticity. . Immunology, 1990. 71: p. 454-456.

375. Maecker, H.T., et al., DNA vaccination with cytokine fusion constructs biases the immune response to ovalbumin. . Vaccine, 1997. 15: p. 16871696.

376. Deutsch, H.F., Chemistry and biology of a-fetoprotein. . Adv. Cancer Res., 1991. 56: p. 253-312.

377. Yang, F., et al., Evolutionary and structural relationships among the group-specific component, albumin and alfa-fetoprotein. Nucleic Acids Res., 1985. 13: p. 8007-8017.

378. Mizejewski, G.J., a-Fetoprotein as a biologic response modifier: relevance to domain and subdomain structure. Proceedings of Society for Exprimental Biology and Medicine., 1997. 215: p. 333-362.

379. Nishi, S., et al., Localization of the estrogen-binding site of a-fetoprotein in the chimeric human-rat proteins. . Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1991. 88: p. 3102-3105.

380. Aussel, C. and R. Masseyeff, Human a-fetoprotein fatty acid interactions. . Biochem. Biophys. Res. Commun., 1983.115: p. 38-45.

381. Beide, C.B., M. Nagai, and H.F. Deutsch, Human a-fetoprotein: fluorescense studies on binding and proximity relationships for fatty acids and bilirubin. J. Biol. Chem., 1979. 254: p. 12609-12614.

382. Mizejewski, G.J., An apparent dimerization motif in the third domain of alpha-fetoprotein: molecular mimicry of the steroid/thyroid nuclear receptor superfamily. . BioEssay., 1993.15: p. 427-432.

383. Gibbs, P.E., et al., Structure, polymorphism, and novel repeated DNA elements revealed by a complete sequence of the human alpha-fetoprotein gene. . Biochemistry, 1987. 26: p. 1332-1343.

384. Morinaga, Т., et al., Primary structures of human alpha-fetoprotein and its mRNA. Proc. Natl. Acal. Sci. USA., 1983. 80: p. 4604-4608.

385. Arakawa, Т., et al., Reversibility of Acid Denaturation of Recombinant Interferon-gamma. Biopolymers, 1990. 29(6-7): p. 1065-1068.

386. Giavedoni, L.D., et al., Vaccinia virus recombinants expressing chimeric proteins of human immunodeficiency virus and yinterferon are attenuated for nude mice Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 1992. 89: p. 3409-3413.

387. Kosarev, I.S., et al., Interferon gamma induces expression of receptors to recombinant alpha-fetoprotein on the surface of U-937 cells. Tumor Biology, 1998. 19(S2): p. P23.

388. Цивковский, Р.Ю., и др., Изучение адъювантных свойств гамма-интерферона в составе гибридного белка ИФН-АФП. Иммунология, 1999(5): р. 30- 33.