Изучение белка E(y)2P Drosophila melanogaster, являющегося паралогом фактора транскрипции E(y)2 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Марданов, Павел Владимирович

• Марданов, Павел Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Марданов, Павел Владимирович

Оглавление.

Введение.

Список использованных сокращений.

Обзор литературы.

Часть I. Аппарат транскрипции у эукариот.

Глава 1.1. Транскрипция у эукариот, РНК-полимеразы.

Глава 1.2. РНК-полимераза II.

Глава 1.3. Области контроля транскрипции (TCR).

Промотор.

ТАТА-элемент.

Инициатор.

CpG-островки.

Глава 1.3. Проксимальные и дистальные элементы, энхансеры.

Глава 1.5. LCR, MAR.

Глава 1.6. Инициация транскрипции РНК-полимеразой II.

Часть II. Факторы транскрипции.

Глава 2.1. Компоненты транскрипционного аппарата.

Глава 2.2. Общие факторы транскрипции (GTF).

TFIIA.

TFIIB.

TFIIF.

TFIIHи TFIIE.

Глава 2.2. Активаторы и репрессоры.

ДНК-связывающие домены активаторов (DBD).

Домены активации и репрессии.

Глава 2.4. Корегуляторы.

TFIID.

Медиатор.

Глава 2.5. Посттранскрипционные события.

Часть III. Разнообразие мобильных элементов.

Глава 3.1. Краткая характеристика и классификация мобильных элементов.

Глава 3.2. ДНК-транспозоны или мобильные элементы класса II.

IS прокариот.

ДНК-транспозоны.

Глава 3.3. Общая характеристика ретроэлементов.

Глава 3.4. Ретроэлементы, не содержащие LTR.

Ретроинтроны.

Группа LINE.

SINE-элементы.

Псевдогены.

Процессированные псевдогены.

Псевдогены, возникшие при дупликации геномной ДНК.

Судьба псевдогенов.

Экспериментальная часть.

Объект и задачи исследования.

Гены enhancer of yellow.

Общее описание.

Белок Enhancer of yellow 2 (Е(у)2).

Влияние мутации e(y)2ul на транскрипцию.

Белок Е(у)2 эволюционно консервативен.

Активация транскрипции in vitro и взаимодействие с хроматином.

Е(у)2 входит в состав белкового комплекса и взаимодействует с белками-компонентами комплекса TFIID.

Цели работы.

Материалы и методы.

Реактивы.

Работа с Drosophila melanogaster.

Программное обеспечение, базы данных.

Работа с ДНК.

Приготовление компетентных клеток и трансформация. Выделение плазмидной ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-электрофорез.

Секвенирование ДНК.

Введение радиоактивной метки в ДНК-зонд.

Клонирование гена е(у)2Р.

Работа с РНК.

Выделение тотальной РНК.

Очистка поли(А) РНК.

Получение кДНК, обратный ПЦР.

Нозерн-блот-анализ.

Работа с белками.

Экспрессия и очистка рекомбинантных белков.

Получение антител и их очистка.

Белковый гель-электрофорез.

Иммуноблоттинг (вестерн-блот-анализ).

Дот-блот.

Выделение эмбрионального ядерного экстракта.

Выделение белкового экстракта из семенников.

Детекция активности р-галактозидазы.

Результаты.

Геномная характеристика е(у)2Р.

Поиск белков Drosophila melanogaster, гомологичных Е(у)2.

Клонирование и структура е(у)2Р.

Анализ экспрессии е(у)2Р у Drosophila melanogaster.

Нозерн развития.

Нозерн-блот-анализ тканей.

Экспрессия е(у)2Р в тестисах.

Экспрессия е(у)2Р под контролем промотора гена Su(Hw).

Для того, чтобы проверить, являются ли функции белков Е(у)2Р и Е(у)2 идентичными, была создана конструкция, в которой кДНК е(у)2Р находится под контролем конститутивного промотора гена Su(Hw) и получена трансгенная линия мух, несущая данную конструкцию.

Анализ прилегающих областей гена е(у)2Р D. melanogaster.

Анализ гомологов е(у)2. е(у)2 в различных организмах.

Гены е(у)2, е(у)2Р у Drosophila pseudoobscura и Drosophila melanogaster.

Ген е(у)2 является ретрокопией гена е(у)2Р.

Обсуждение результатов.

Структура гомологов белка Е(у)2 у различных организмов.

Ген е(у)2РD. melanogaster экспрессируется в семенниках.

Белок Е(у)2 функционально заменил белок Е(у)2Р.

Предсказанный промотор гена е(у)2 находится в районе встраивания МЭ Stalker в линии е(у)2и1.

Уникальность примера генов е(у)2 и е(у)2Р.

Выводы.

Благодарности.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение белка E(y)2P Drosophila melanogaster, являющегося паралогом фактора транскрипции E(y)2»

Геном организма содержит всю необходимую для его жизнедеятельности информацию. Процессы реализации генома включают в себя множество механизмов, основная цель которых - перевод информации с «архивного» уровня нуклеиновых кислот на уровень активных белковых молекул.

Точное и слаженное действие всего организма достигается при правильной работе его частей — клеток, функционирование которых, в свою очередь, зависит от корректной внутриклеточной деятельности и регуляции деятельности различных белковых комплексов. Одним из активно изучаемых в настоящее время клеточных процессов является транскрипция генов.

В соматических клетках транскрипция достаточно хорошо изучена, тогда как процессы происходящие в клетках зародышевой линии изучены гораздо меньше.

С точки зрения обычной транскрипции геномы организмов содержат множество неинформативного материала: повторы, последовательности мобильных элементов и др. Такие последовательности накапливаются в ходе эволюции и служат одним из защитных механизмов организма от возникновения мутаций. Часто посредством Р-элементов возникают «молчащие» гены, которые получаются при ретропозиции активных генов. Однако из-за попадания в транскрипционно неактивные районы, накопления мутаций, усеченности рамок считывания они утрачивают функциональность.

Целью работы являлось изучение паралога гена enhancer of yellow 2 (е(у)2) у Drosophila melanogaster и других организмов. Как показано в работе, паралог (е(у)2Р) является исходным геном, а е(у)2, кодирующий фактор транскрипции РНК-полимеразы II и экспрессирующийся во всех тканях Drosophila, является его ретрокопией. Оказалось, что ген е(у)2Р экспрессируется в апикальной части семенников самцов взрослых мух, где происходит ряд клеточных делений образующихся сперматоцитов, а также переключение программ клеточного цикла с митотической на мейотическую.

Исследована экзон-интронная структура гомологов е(у)2 у других организмов, найдена общность в строении генов. На основе сравнения белковых последовательностей и филогенитеческого анализа приблизительно оценено время расхождения е(у)2 и е(у)2Р у Drosophila.

Предложена модель, по которой белок Е(у)2 заменил функции белка Е(у)2Р. Представленная гипотеза объясняет тканеспецифичность действия Е(у)2Р и убиквитарность Е(у)2.

Таким образом, в работе исследован и описан уникальный случай, когда ретрокопия гена вытеснила и во многом заменила исходный ген.

Список использованных сокращений

AD (англ. activation domain) — домен активации

BRE (англ. TFIIB recognition element) - элемент узнавания TFIIB

CTD (англ. C-terminal domain) - С-концевой домен

DBD (англ. DNA-binding domain) — домен связывания с ДНК

DPE (англ. downstream promoter element) - нижележащий элемент промотора

DR (англ. direct repeat) - прямой повтор

EST (англ. expressed sequence tag) — конец экспрессируемой последовательности GTF (англ. general transcription factor) - основной фактор транскрипции HAT (англ. histone acetilase) - ацетилаза гистонов HDAC (англ. histone deacetilase) - деацетилаза гистонов Inr (англ. initiator) — инициатор

IS (англ. insertion sequence) - последовательность встраивания LCR (англ. locus control region) - локус контроля района

LINE (англ. large interspersed nuclear element) — длинный диспергирванный элемент

LTR (англ. long terminal repeat) - длинный концевой повтор

MAR (англ. matrix associated region) — район взаимодействия с матриксом

NC (англ. negative cofactor) — негативный кофактор

NR (англ. nuclear receptor) — ядерный рецептор

ORF (англ. open reading frame) - открытая рамка считывания (ОРС)

PC (англ. positive cofactor) - позитивный кофактор

PIC (англ. preinitiation complex) - преинициаторный комплекс

PolII (англ. RNA polymerase II) - РНК-полимераза II

RT (англ. reverse transcriptase) - обратная транскриптаза

SINE (англ. short interspersed nuclear element) - короткий диспергированный элемент

TAF (англ. transcription activation factor) - фактор активации транскрипции TCR (англ. transcription control region) - район контроля транскрипции TIR (от англ. tandem inverted repeat) - тандемные инвертированные повторы USA (англ. universal stimulatory activity) - универсальная стимуляторная активность

UTR (англ. untranslated region) - нетранслируемый район

UAS (англ. upstream activation sequence) - вышележащий элемент активации МЭ — мобильный элемент

Обзор литературы

Часть I. Аппарат транскрипции у эукариот Глава 1.1. Транскрипция у эукариот, РНК-полимеразы

Основными ферментами клетки, осуществляющими транскрипцию, являются ДНК-зависимые РНК-полимеразы, которые функционируют при участии многочисленных факторов транскрипции - регуляторных белков, осуществляющих высокоспецифические белок-белковые и белок-нуклеотидные взаимодействия. Взаимодействия факторов транскрипции с регуляторными нуклеотидными последовательностями генов, друг с другом и с молекулами РНК-полимеразы необходимы для правильного узнавания транскрипционным комплексом регуляторных последовательностей в составе генов и приводят к повышению или понижению уровня транскрипции соответствующих последовательностей как ответ клеток на внешние или внутренние регуляторные сигналы. Благодаря факторам транскрипции и регуляторным сигналам становится возможным специфический синтез РНК и осуществляется регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции.

В процессе развития гены «включаются» и «выключаются» в последовательности, определяемой внутренними и внешними сигналами, что в конечном итоге дает набор клеток различной специфичности. Данная программа развития осуществляется набором факторов транскрипции (активаторов и репрессоров), связывающихся с определенными регуляторными сайтами ДНК и запускающими или, подавляющими транскрипцию определенных генов. В указанном способе используется комбинационный контроль — регуляция каждого гена осуществляется не одним фактором транскрипции, а комбинацией убиквитарных и тканеспецифичных факторов [1].

ДНК эукариот упакована в хроматин. Считается, что хроматин в норме блокирует транскрипцию генов, т.к. ограничивает доступ транскрипционных факторов к ДНК. Существуют механизмы, открывающие матрицу ДНК для доступа факторов транскрипции.

Основной этап в процессе активации транскрипции с определенного гена -связывание с его промотором молекулы РНК-полимеразы и ее вспомогательных факторов — общих факторов транскрипции. Обычно промотор в составе матрицы хроматина не связан с факторами транскрипции. Однако, например, на промоторах генов теплового шока у дрозофилы собираются комплексы общих факторов транскрипции и РНК-полимеразы, осуществляющих транскрипцию только при наличии определенных регуляторных белков [2].

Каждый ген обычно имеет набор областей регуляции транскрипции — участков ДНК, с которыми связываются активаторы и репрессоры транскрипции. Активаторы связывают общие факторы транскрипции и молекулы полимеразы для запуска сборки инициаторного комплекса. Взаимодействие между многочисленными активаторами, репрессорами и общими факторами транскрипции осуществляется группой факторов, названных корегуляторами.

Для активации гена необходимо осуществить ремоделинг хроматина. Для этой цели в ядре имеется большой набор комплексов, которые можно отнести к двум классам: АТФ-зависимые ремоделирующие комплексы и ацетилазы/деацетилазы гистонов.

Активаторы, обычно кооперативным образом, связываются с областями контроля транскрипции. Этот комплекс белков, в свою очередь, запускает сборку преинициаторного комплекса на промоторе гена и, в конечном итоге, — транскрипцию.

РНК-полимеразы бактерий и эукариот представляют собой достаточно сложные многосубъединичные белковые комплексы. Подобная сложность отражает способность осуществлять обширную программу реализации генетической информации, взаимодействовать со многими факторами транскрипции и реагировать на многочисленные сигналы регуляции.

Особенностью эукариот является специализация молекул РНК-полимераз, необходимых для транскрипции различных наборов генов. В ядрах всех эукариотических клеток обнаружены три специализированные формы РНК-полимераз. РНК-полимераза I осуществляет транскрипцию генов рибосомных РНК, синтезируя в ядрышках предшественников 18S, 28S и 5,8S рРНК. РНК-полимераза III транскрибирует гены транспортных РНК, 5S и малых ядерных РНК. РНК-полимераза II транскрибирует гены, кодирующие оставшиеся малые ядерные РНК и гены, кодирующие белки. Эти три формы полимераз могут быть разделены с помощью ионообменной хроматографии. Также они отличаются по чувствительности к пептиду а-амантину: полимераза I нечувствительна, полимераза II очень чувствительна, полимераза III обладает промежуточной чувствительностью.

Все три полимеразы сходны по структуре и представляют собой многосубъединичные белковые комплексы, состоящие из двух больших (120-220 кДа) и 10-14 малых (10-100 кДа) субъединиц [3, 4].

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Марданов, Павел Владимирович

Выводы

0. Обнаружен и клонирован ген е(у)2Р, являющийся паралогом гена е(у)2 у D. melanogaster,

0. Установлена экзон-интронная структура гена е(у)2Р D. melanogaster, а также гомологов е(у)2 у Н. sapiens, М. musculus, R. norvegicus, D. pseudoobscura, S. cerevisiae, A. gambiae; I 0. Показано, что ген e(y)2 является ретрокопией гена е(у)2Р. На основе филогенетического анализа показано, что ретропозиция е(у)2Р произошла не ранее, чем 46 млн. лет назад;

0. Определено, что в то время как ген е(у)2 обладает повсеместной экспрессией, ген е(у)2Р транскрибируется в апикальной части тестисов самцов D. melanogaster, в зоне в которой происходит переход от митотической программы клеточного цикла к мейотической;

0. Получены линии мух, в которых кДНК генов е(у)2Р и е(у)2 находятся под контролем промотора гена Su(Hw). На основании генетических (jj^. скрещиваний этих трансгенных линий с линией мух e(y)2uI, продемонстрировано, что белок Е(у)2Р функционально не заменяет Е(у)2;

0. Показано существование сильного убиквитарного промотора в регуляторной области гена е(у)2 и предложен механизм объясняющий, как ретрокопия заместила исходный ген. 1

Благодарности

Автор выражает сердечную благодарность коллегам, без помощи которых данная работа не смогла бы появиться на свет. Среди них особо хочется отметить Набирочкину Елену, Краснова Алексея, Копанцеву Марину и Копытову Дарью за плодотворную совместную работу, а также Николенко Юлию, Шидловского Юлия, Куршакову Марию, Лебедеву Любовь, Федорову Ольгу. Тиллиба Сергея, Павла Георгиева за помощь в работе, ценные советы и обсуждение результатов. Неоценимым в работе было мудрое, опытное руководство Софии Георгиевой и Алексея Краснова. Искреннюю благодарность автор выражает оппонентам и рецензентам данной работы. Хочется поблагодарить также Екатерину Грищук, Фазли Атуаллаханова за привитый автору подход в интерпретации получаемых результатов; Ольгу Федянину, Дмитрия Вагина и Нину Карташеву за веру в благополучное завершение данной работы; родителей и Иванову Лилию за материальную и душевную помощь. А также всех, кто проявил интерес к данной работе.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Марданов, Павел Владимирович, 2005 год

1. Carey, М., Smale, S.T. (2000) Transcriptional regulation in eucaryotes. CSHL Press.ipolymerase recruitment, modification, and movement on dhsp70 in vivo in the minutes following heat shock. Mol Cell Biol 23, 7628-7637.

2. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P.,

3. Zipursky, L., and Darnell, J. (2003) Mol Cell Biol W.H.Freeman & Co.

4. Патрушев, Л.И. (2000) Экспрессия генов. Москва.

5. Shen, W.C., Bhaumik, S.R., Causton, H.C., Simon, I., Zhu, X., Jennings, E.G.,

6. Wang, Т.Н., Young, R.A., Green, M.R. (2003) Systematic analysis of essential yeast TAFs in genome-wide transcription and preinitiation complex assembly. EMBOJ22, 3395-3402.

7. Cosma, M.P. (2002) Ordered recruitment: gene-specific mechanism oftranscription activation. Mol Cell 10,227-236.

8. Lemon, В., Tjian, R. (2000) Orchestrated response: a symphony of transcriptionfactors for gene control. Genes Dev 14,2551-2569.

9. Smale, S.T., Kadonaga, J.T. (2003) The RNA polymerase II core promoter.

10. Annu Rev Biochem 72,449-479.

11. Verrijzer, C.P., Chen, J.L., Yokomori, K., Tjian, R. (1995) Binding of TAFs tocore elements directs promoter selectivity by RNA polymerase II. Cell 81 , 1115-1125.

12. Ohler, U., Liao, G.C., Niemann, H,, Rubin, G.M. (2002) Computational analysisof core promoters in the Drosophila genome. Genome Biol 3, RESEARCH0087.

13. Green, M.R. (2000) TBP-associated factors (TAFIIs): multiple, selectivetranscriptional mediators in common complexes. Trends Biochem Sci 25, 5963.

14. Cang, Y., Prelich, G. (2002) Direct stimulation of transcription by negativecofactor 2 (NC2) through TATA-binding protein (TBP). Proc Natl Acad Sci 99, 12727-12732.

15. Martinez, E., Ge, H., Tao, Y., Yuan, C.X., Palhan, V., Roeder, R.G. (1998)

16. Novel cofactors and TFIIA mediate functional core promoter selectivity by the human TAFII150-containing TFIID complex. Mol Cell Biol 18, 6571-6583.

17. Burke, T.W., Kadonaga, J.T. (1996) Drosophila TFIID binds to a conserveddownstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deflcient promoters. Genes Dev 10, 711 -724.

18. Emami, K.H., Jain, A., Smale, S.T. (1997) Mechanism of synergy between

19. TATA and initiator: synergistic binding of TFIID following a putative TFILA-induced isomerization. Genes Dev 11,3007-3019.

20. George, C.P., Lira-DeVito, L.M., Wampler, S.L., Kadonaga, J.T. (1995) Aspectrum of mechanisms for the assembly of the RNA polymerase II transcription preinitiation complex. Mol Cell Biol 15, 1049-1059.

21. Levine, M., Tjian, R. (2003) Transcription regulation and animal diversity.1. Nature 424,147-151.

22. Kadonaga, J.T. (2004) Regulation of RNA polymerase II transcription bysequence-specific DNA binding factors. Cell 116,247-257.

23. Oki, M., Valenzuela, L., Chiba, Т., Ito, Т., Kamakaka, R.T. (2004) Barrierproteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. Mol Cell Biol 24, 1956-1967.

24. Nikolov, D.B., Burley, S.K. (1997) RNA polymerase II transcription initiation: astructural view. Proc Natl Acad Sci 94, 15-22.

25. Featherstone, M. (2002) Coactivators in transcription initiation: here are yourorders. Curr Opin Genet Dev 12,149-155.

26. Tupler, R., Perini, G., Green, M.R. (2001) Expressing the human genome .1. Nature 409, 832-823.

27. Rekdal, С., Sjottem, E., Johansen, T. (2000) The nuclear factor SPBP containsdifferent functional domains and stimulates the activity of various transcriptional activators. J Biol Chem 275, 40288-40300.

28. Veenstra, G.J., Wolffe, A.P. (2001) Gene-selective developmental roles ofgeneral transcription factors. Trends Biochem Sci 26, 665-671.

29. Dasgupta, A., Darst, R.P., Martin, K.J., Afshari, C.A., Auble, D.T. (2002) Motlactivates and represses transcription by direct, ATPase-dependent mechanisms . Proc Natl Acad Sci 99, 2666-2671.

30. Sudarsanam, P., Iyer, V.R., Brown, P.O., Winston, F. (2000) Whole-genomeexpression analysis of snf/swi mutants of Saccharomyces cerevisiae. Proc Natl Acad Sci 91,3364-3369.

31. Orphanides, G., Lagrange, Т., Reinberg, D. (1996) The general transcriptionfactors of RNA polymerase II. Genes Dev 10, 2657-2683.

32. Roeder, R.G. (1996) The role of general initiation factors in transcription by

33. RNA polymerase II. Trends Biochem Sci 21, 327-335.

34. Aoyagi, N., Wassarman, D.A. (2000) Genes encoding Drosophila melanogaster

35. RNA polymerase II general transcription factors: diversity in TFIIA and TFIID components contributes to gene-specific transcriptional regulation. J Cell Biol 150, F45-50.

36. Pugh, B.F. (2000) Control of gene expression through regulation of the TATAbinding protein. Gene 255, 1-14.

37. Muller, F., Tora, L. (2004) The multicoloured world of promoter recognitioncomplexes. EMBO J23, 2-8.

38. Svejstrup, J.Q., Vichi, P., Egly, J.M. (1996) The multiple roles oftranscription/repair factor TFIIH. Trends Biochem Sci 21, 346-350.

39. Zurita, M., Merino, C. (2003) The transcriptional complexity of the TFIIHcomplex. Trends Genet 19, 578-584.

40. Naar, A.M., Lemon, B.D., Tjian, R. (2001) Transcriptional coactivatorcomplexes. Annu Rev Biochem 70, 475-501.

41. Bushmeyer, S., Park, K., Atchison, M.L. (1995) Characterization of functional.domains within the multifunctional transcription factor, YY1. J Biol Chetn 270, 30213-30220.

42. Majello, В., De Luca, P., Lania, L. (1997) Sp3 is a bifunctional transcriptionregulator with modular independent activation and repression domains. J Biol Chem 272, 4021-4026.

43. Sauer, F., Fondell, J.D., Ohkuma, Y., Roeder, R.G., Jackie, H. (1995) Control oftranscription by Kruppel through interactions with TFIIB and TFIIE beta. Nature 375, 162-164.

44. Babb, R., Cleary, M.A., Herr, W. (1997) OCA-B is a functional analog of VP 16but targets a separate surface of the Oct-1 POU domain. Mol Cell Biol 17, 7295-7305.

45. Pugh, B.F., Tjian, R. (1990) Mechanism of transcriptional activation by Spl:evidence for coactivators. Cell 61, 1187-1197.

46. Dikstein, R., Zhou, S., Tjian, R. (1996) Human TAFII 105 is a cell type-specific

47. TFIID subunit related to hTAFII130. Cell 87, 137-146.

48. Luo, Y., Ge, H., Stevens, S., Xiao, H., Roeder, R.G. (1998) Coactivation by

49. OCA-B: definition of critical regions and synergism with general cofactors. Mol Cell Biol 18, 3803-3810.

50. Chen, B.S., Hampsey, M. (2002) Transcription activation: unveiling the essentialnature of TFIID. CurrBiol 12, R620-622.

51. Wassarman, D.A., Aoyagi, N., Pile, L.A., Schlag, E.M. (2000) TAF250 isrequired for multiple developmental events in Drosophila. Proc Natl Acad Sci 97, 1154-1159.

52. Nakatani, Y., Bagby, S., Ikura, M. (1996) The histone folds in transcriptionfactor TFIID. J Biol Chem 271, 6575-6578.

53. Kaiser, K., Meisterernst, M. (1996) The human general co-factors. Trends1. Biochem Sci 21, 342-345.

54. Maldonado, E., Hampsey, M., Reinberg, D. (1999) Repression: targeting theheart of the matter. Cell 99,455-458.

55. Kim, Т.К., Zhao, Y., Ge, H., Bernstein, R., Roeder, R.G. (1995) TATA-bindingprotein residues implicated in a functional interplay between negative cofactor NC2 (Drl) and general factors TFILA and TFIIB. J Biol Chem 270, 10976-V 10981.

56. Anderson, M.G., Scoggin, K.E., Simbulan-Rosenthal, C.M., Steadman, J.A.2000) Identification of poly(ADP-ribose) polymerase as a transcriptional coactivator of the human T-cell leukemia virus type 1 Tax protein. J Virol 74, 2169-2177.

57. Kretzschmar, M., Meisterernst, M., Roeder, R.G. (1993) Identification of human

58. DNA topoisomerase I as a cofactor for activator-dependent transcription by RNA polymerase II. Proc Natl Acad Sci 90, 11508-11512.П

59. Halle, J.P., Stelzer, G., Goppelt, A., Meisterernst, M. (1995) Activation oftranscription by recombinant upstream stimulatory factor 1 is mediated by a novel positive cofactor. J Biol Chem 270, 21307-21311.

60. Ge, H., Roeder, R.G. (1994) Purification, cloning, and characterization of ahuman coactivator, PC4, that mediates transcriptional activation of class II genes. Cell 78, 513-523.

61. Chiang, C.M., Ge, H., Wang, Z., Hoffmann, A., Roeder, R.G. (1993) Unique

62. TATA-binding protein-containing complexes and cofactors involved in transcription by RNA polymerases II and III. EMBO J12, 2749-2762.

63. Malik, S., Gu, W., Wu, W., Qin, J., Roeder, R.G. (2000) The USA-derivedtranscriptional coactivator PC2 is a submodule of TRAP/SMCC and acts synergistically with other PCs. Mol Cell 5, 753-760.

64. Hengartner, C.J., Thompson, C.M., Zhang, J., Chao, D.M., Liao, S.M., Koleske,

65. A.J., Okamura, S., Young, R.A. (1995) Association of an activator with an RNA polymerase II holoenzyme. Genes Dev 9, 897-910.

66. Lewis, В.A., Reinberg, D. (2003) The mediator coactivator complex: functional and physical roles in transcriptional regulation. J Cell Sci 116, 3667-3675.1. J.

67. Borggrefe, Т., Davis, R., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Komberg, R.D. (2002) A complex of the Srb8, -9, -10, and -11 transcriptional regulatory proteins from yeast. J Biol Chem 277, 44202-44207.

68. Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Bushnell, D.A., Lui, M., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Komberg, R.D. (1998) The Med proteins of yeast and their function through the RNA polymerase II carboxy-terminal domain. Genes Dev 12, 45-54.

69. Taatjes, D.J., Naar, A.M., Andel, F. 3rd, Nogales, E., Tjian, R. (2002) Structure, function, and activator-induced conformations of the CRSP coactivator. Science 295, 1058-1062.

70. Boube, M., Faucher, C., Joulia, L., Cribbs, D.L., Bourbon, H.M. (2000)

71. Drosophila homologs of transcriptional mediator complex subunits are required for adult cell and segment identity specification. Genes Dev 14, 2906-2917.

72. Gu, J.Y., Park, J.M., Song, E.J., Mizuguchi, G., Yoon, J.H., Kim-Ha, J., Lee,

73. K.J., Kim, Y.J. (2002) Novel Mediator proteins of the small Mediator complex in Drosophila SL2 cells. J Biol Chem 277,27154-27161.

74. Asturias, F.J., Jiang, Y.W., Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Komberg, R.D.1999) Conserved stmctures of mediator and RNA polymerase II holoenzyme. Science 283, 985-987.

75. Baek, H.J., Malik, S., Qin, J., Roeder, R.G. (2002) Requirement of

76. TRAP/mediator for both activator-independent and activator-dependent transcription in conjunction with TFITO-associated TAF(II)s. Mol Cell Biol 22, 2842-2852.

77. Gustafsson, C.M., Samuelsson, T. (2001) Mediator—a universal complex intranscriptional regulation. Mol Microbiol 41, 1-8.65