Изучение механизма действия нового коактиватора транскрипции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Воробьева, Надежда Евгеньевна

• Воробьева, Надежда Евгеньевна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Воробьева, Надежда Евгеньевна

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Классификации корегуляторов транскрипции

II. Корегуляторы, обладающие способностью модифицировать гистоны

1. Семейство корегуляторных комплексов SAGA

2. MYST семейство

III. АТФ-зависимые хроматин-ремоделирующие комплексы

1. SWI2/SNF2 семейство

2. Семейство ремоделирующих комплексов ISWI

3. Семейство комплексов CHD

IV. Медиаторный комплекс

V. Ядерные рецепторы

VI. Динамика обмена коактиваторных комплексов на промоторе 40 ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ 46 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

I. Материалы

II. Методы

РЕЗУЛЬТАТЫ

I. Определение домена белка SAYP, отвечающего за его способность активировать транскрипцию в системе S2 клеток D. Melanogaster

II. Определение коактиваторов, обеспечивающих способность SAY домена активировать транскрипцию репортерного гена

III. Колокализация компонентов комплексов-коактиваторов транскрипции на репортерном гене, активируемом SAY доменом в ядре клетки

IV. Экспрессированный в S2 клетках SAY домен способен образовывать белковый комплекс, характерный для полноразмерного SAYP

V. Определение белка-партнера в составе коактиватора Brahma, взаимодействующего с SAY доменом

VI. Определение белка-партнера в составе общего фактора транскрипции TFIID, взаимодействующего с SAY

ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение механизма действия нового коактиватора транскрипции»

Физиологическое состояние клетки определяется внешними сигналами и в большинстве случаев конечной точкой действия этих сигналов является изменение уровня транскрипции гена. Изучение сложных механизмов, позволяющих клетке распознавать и реагировать на внешние факторы, является одной из основных задач современной молекулярной биологии.

Первым этапом экспрессии большинства генов высших эукариот является транскрипция, осуществляемая РНК-полимеразой И. Этот процесс контролируется многоуровневым аппаратом, состоящим из нескольких тысяч транскрипционных факторов. Для инициации транскрипции какого-либо гена требуется воздействие различных коактиваторных комплексов, которые привлекаются ген-специфическими активаторами (Rosenfeld, Lunyak et al. 2006).

В настоящее время факторы транскрипции принято делить на три большие группы: активаторы и репрессоры (специфичные регуляторы), корегуляторы и общие факторы транскрипции (GTFs-General Transcriptional Factors). Назначение первых - контроль работы определенного гена или группы генов на определенной стадии развития или при наличии определенных сигналов. Основной задачей корегуляторных комплесов (коактиваторов и корепрессоров) является осуществление взаимной связи между активаторами и общими факторами транскрипции, а также изменение состояние хроматина в районе гена.

За последнее десятилетие было описано множество мультибелковых комплексов, которые биохимически и функционально были отнесены к коактиваторам транскрипции. Однако все их можно разделить на два больших класса: адаптеры и хроматин-модифицирующие и ремоделирующие комплексы (Lemon and Tjian 2000). В свою очередь коактиваторы, изменяющие состояние хроматина делятся на ковалентно модифицирующие гистоны и хроматин ремоделирующие.

Подобная классификация является достаточно условной. Так, TAFs (ТВР-ассоциированные факторы) рассматриваются и как GTFs, и как корегуляторы. Фактор SPBP является специфическим регулятором гена стромелизина-1 и одновременно -корегулятором, усиливающим действие ряда других специфических активаторов (Rekdal, Sjottem et al. 2000). В то же время известны специфические факторы транскрипции, осуществляющие взаимодействие с GTFs без участия корегуляторов. Так, активатор VP16C непосредственно взаимодействует с ТВР, TAF9, TFIIA и TFIIB (Nedialkov and Triezenberg 2004)

В настоящее время известно около 100 белков, составляющих основу транскрипционного аппарата (Pol II, GTFs, основные коактиваторы). В то же время количество известных специфических активаторов и репрессоров составляет несколько тысяч (Kadonaga 2004). Однако механизмы, по которым функционируют корегуляторы транскрипции, все еще остаются недостаточно изученными и представляют несомненный интерес.

В данной работе были изучены свойства основного консервативного домена коактиватора транскрипции SAYP: показано, что именно он отвечает за способность этого белка активировать транскрипцию, а также обнаружены взаимодействующие с ним белковые комплексы, которые и осуществляют механизм активации, регулируемый SAYP. Таким образом, показан новый механизм функционирования коактиватора транскрипции посредством объединения двух больших транскрипционных комплексов в единый.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

AD (activation domain) — Активационный домен

СВР (CREB binding protein) — Белок, связывающийся с CREB

ChIP (chromatin immunoprecipitation) Иммунопреципитация роматина

CTD (C-terminal domain) — С-концевой домен Pol II

DBD (DNA-binding domain) — ДНК-связываюгций домен e(y)3 (enhancer of yellow 3) — Энхансер тепа yellow 3

ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) Иммуноферментный анализ

FRAP (fluorescence recovery after photobleaching) Восстановление флуоресценции поле фотообесцвечивания

GTF (general transcription factor) — Общий фактор транскрипции

HAT (hi stone-acety ltransferase) — Гистонацетилтрансфераза

HDAC (hi stone-deacety lase) — Гистондеацетилаза

HMT (histone-methyltransferase) — Гистонметилтрансф ераза

IP (immunoprecipitation) — Иммунопреципитация

LBD (ligand-binding domain) — Лиганд-связываюпшй домен

NR (nuclear receptor) — Ядерный рецептор

PHD (plant homeodomain) — Гомеодомен растений

PIC (preinitiaitory complex) — Преинициаторный комплекс

Pol II (RNA polymerase II) — РНК-полимераза II

RING (Really Interesting New Gene) Белковый домен типа цинковых пальцев Cys3HisCys4

SAYP (supporter of activation of yellow protein) Белок, поддерживающий активацию yellow

TAF (TBP-associated factor) — Фактор, ассоциированный с TBP

TBP (TATA-binding protein) — ТАТА-связывающий белок

TFIIA.H (transcription factor for Pol II) — Транскрипционный фактор Pol II

UAS (upstream activator sequence) Вышележащая активирующая последовательность a.o. — Аминокислотный остаток п.н. — Пары нуклеотидов т.п.н. — Тысяча пар нуклеотидов

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ I. Классификации корегуляторов транскрипции

За последнее десятилетие было описано множество мультибелковых комплексов, которые биохимически и функционально были отнесены к выполняющим коактиваторную/корепрессорную функцию в процессе регуляции транскрипции.

Эти комплексы обладают большим количеством разнообразных энзиматических активностей, по которым их можно разделить на два класса:

- первый класс состоит из комплексов, способных ковалентно модифицировать N-концевые остатки пистонов, то есть обладающих ацетилирующей/деацетилирующей активностью (HATs и HDACs), метилирующей/деметилирующей активностью (например, НМТ и LSD1), протеинкиназной, протеинфосфатазной, полиАДФрибозилазной, а также убиквитин и SUMO-лигазной активностями;

- второй класс включает в себя члены большого семейства АТФ-зависимых комплексов ремоделинга хроматина (например, SWI/SNF ремоделирующий комплекс), которые обладают АТФ-зависимой активностью и расплетают хроматинизированную ДНК, участвуя в скольжении нуклеосом. (Peterson 2002).

Также в отдельный класс адаптеров можно выделить коактиваторы-члены семейства TRAP/DRIP/Mediator/ARC комплекса. Это белки связываются непосредственно с транскрипционным фактором, рекрутируют РНК полимеразу II и взаимодействуют с общими факторами транскрипции.

Кроме приведенной выше классификации имеется также общая классификация корегуляторов транскрипции, основанная на наличии у корегулятора энзиматической активности. По этой классификации корегуляторы делятся на первичные и вторичные:

- первичные связываются непосредственно с фактором транскрипции и обладают собственной характерной энзиматической активностью,

- вторичные же после взаимодействия с транскрипционным фактором служат матрицей для привлечения других белков, обладающих специфическими энзиматическими активностями.

Отдельные белки-коактиваторы, такие как СВР, сами обладают гистонацетилтрансферазной активностью, а также способны рекрутировать другие HAT, такие как SRC-1 и pCAF. В тоже время СВР может выступать и как вспомогательный белок для вторичного коактиватора, такого как PGC-1 а, который связывается с транскрипционным фактором, но для энзиматической модификации хроматина он привлекает другие белки, такие как СВР, SRC-1 и другие факторы (Рис.1).

Рис.1 Многофункциональная природа коактиваторных белков (Spiegelman and Heinrich 2004). TF-1, TF-2 - транскрипционные факторы, СВР, PGC-lct — белки -коактиваторы для транскрипционных факторов I и 2 соответственно.

Ранее предполагалось, что регуляция активности гена на транскрипционном уровне осуществляется в основном за счет изменения количества или уровня активности транскрипционных факторов. В зависимости от внешних условий активаторные белки могут быть сами по себе транскрипционно индуцированы или репрессированы, а также активированы или дезактивированы посредством протеолиза, ковалентных модификаций или связывания с лигандом. Контроль ядерного NFkB в сигнальном пути реакции на воспаление, а также индукция миогенных b-HLH белков, таких как MyoD, во время мышечной дифференцировки являются классическими примерами подобного биологического контроля за счет изменения количества транскрипционных факторов. (Filvaroff and Derynck 1996; Lentsch and Ward 1999)

Однако недавние данные показали, что важный физиологический контроль системы регуляции генов осуществляется не только активаторами и репрессорами. Корегуляторные белки могут участвовать в регуляции гена не только как необходимое «колесо» в транскрипционной «машине», но также и являться первичными целями физиологических сигналов или сигналов при развитии организма. Самый простой сценарий регулирования экспрессии при помощи коактиваторов, это когда профиль экспрессии коактиватора имеет тканевую специфичность или присущ какой-то стадии развития, в то время, как транскрипционный фактор экспрессируется гораздо более широко. Примером такого механизма является действие коактиватора миокардина, который обеспечивает специфическую активацию генов клеток гладких мышц с участием SRF фактора. В этом процессе тканеспецифическим профилем экспрессии обладает именно коактиватор. В то время как сам SRF транскрипционный фактор не только не обладает специфичностью экспрессироваться в клетках гладких мышц, но даже не обладает тканевой специфичностью к мышцам. По похожему механизму функционируют белки коактиваторы ОСА-B и FOG, обеспечивая специфичность экспрессии на определенной стадии развития для более широко распространенных транскрипционных факторов Oct и GATA соответственно. (Spiegelman and Heinrich 2004)

П. Корегуляторы, обладающие способностью модифицировать гистоны

Кроме участия в упаковке ДНК в ядре, нуклеосомные а также более высокого порядка хроматиновые структуры участвуют в регуляции процесса транскрипции в клетке, так как представляют собой барьер для транскрипционной «машины». Эксперименты с удалением гистонов в дрожжах подтверждают общую репрессирующую функцию для гистонов, а также показывают, что действие многих активаторов направлено на преодоление репрессирующих свойств гистонов, в том числе и путем удаления гистонов из активно транскрибируемого участка ДНК. (Han and Grunstein 1988)

За последнее десятилетие было проведено множество исследований, которые показали, что большое количество разнообразных модификаций (ацетилирование, метилирование, • фосфорилирование и убиквитинилирование) N-концевых «хвостов» гистонов не только коррелирует, но, по-видимому, и является причиной специфической активации и репрессии генов. (Berger 2002). Причем было показано, что N-концевые хвосты гистонов НЗ и Н4 зачастую принимают участие в механизме активации транскрипции, в отличие от N концов гистонов Н2А и Н2В. (An, Palhan et al. 2002)

Существует две модели, которые объясняют, как модификации с изменением зарядов хвостовых остатков могут влиять на взаимодействия гистонов с ДНК или белком, тем самым, изменяя структуру хроматина. Например, ацетилирование нейтрализует положительный заряд на лизине, тем самым уменьшая силу взаимодействия нуклеосомы с отрицательно заряженными фосфатными остатками ДНК, делая ДНК более доступной для таких активных процессов как транскрипция. (Wade, Pruss et al. 1997) Альтернативная, более сложная модель, учитывающая недавно открытые функции и партнеров для связывания многочисленных модификаций гистонов известна как «гистоновый код». В этой модели гистоновые модификации, действующие как специфические сайты (поодиночке и координировано, или последовательно на одном или многих гистонах), способны формировать «гистоновый код», распознаваемый транскрипционными факторами и корегуляторами и определяющий специфическое функционирование хроматина. (Turner 2000)

К настоящему времени описано множество кофакторов, которые вызывают вышеперечисленные модификации гистонов и которые связывают с различными механизмами активации и репрессии транскрипции. К сожалению, большинство исследований показывает только корреляцию между модификацией гистонов и регуляцией генов, но не доказывает, что они являются ее причиной.

Кроме того, у многоклеточных, имеются случаи, когда сами факторы регуляции транскрипции также являются субстратами для действия кофакторов, модифицирующих гистоны, примером такого действия является р53 (Gu and Roeder 1997).

Несмотря на то, что в достаточно короткое время накопилось множество информации о разнообразных модификациях гистонов, до сих пор еще не совсем ясно какие отношения возникают между механизмом регуляции транскрипции и различными модификациями. Однако уже ясно, что эти отношения цикличны и взаимозависимы. Например, корегуляторы, модифицирующие гистоны не способны достигнуть своих субстратов, пока они не «помечены» соответствующей модификацией.

Правильно организованный порядок привлечения коактиваторов диктуется комбинацией промотор-специфичных транскрипционных факторов. В этом контексте белковые домены этих факторов, такие как бромодомены, хромодомены, RING домены, PHD домены, F-боксы и SANT домены, а также узнающие последовательности для SUMO лигаз, протеинкиназ, и протеинфосфатаз способны распознавать специфические модификации и играть важную роль в процессе позиционирования корегуляторов на хроматине. Каждый из этих белковых доменов способен обладать двумя функциями: служить для узнавания специфической модификации гистонов, а также для осуществления этой модификации. Кроме того, известно, что хроматин-связывающие домены могут играть центральную роль в установлении периодичности транскрипционных состояний или достижении длительного транскрипционного состояния, когда это необходимо. Зачастую корегуляторы несут несколько таких узнающих/модифицирующих доменов. Например, не смотря на то, что СВР имеет бромодомен, для выполнения своей функции гистонацетилтрансферазы ему также необходим и PHD домен. В тоже время, Tip60 и MOF имеют хромодомены, но не обладают PHD или бромодоменами. Присутствие различных доменов в ацетилтрансферазах согласуется с взглядом на специфическое, своевременное вовлечение их в цикл активации. При репрессии наблюдаются сходные механизмы. Например, хромодомен белка НР1 узнает метилированный К9 гистона НЗ и запускается механизм длительного транскрипционного молчания гена (Volpe, Kidner et al. 2002). Кроме того, недавние исследования продемонстрировали, как некоторые хроматин-связывающие факторы могут изменять субстратную специфичность хроматин-модифицируюгцих ферментов. Примером служит привлечение LSD1 на промотор с помощью COREST, где диметил К4 гистона НЗ является субстратом для действия деметилазы (Lee, Wynder et al. 2005). В другом случае, когда LSD1 привлекается при помощи андрогенового рецептора, она функционирует как К9-НЗ деметилаза, а ее действие стимулирует лиганд-зависимую транскрипцию (Metzger, Wissmann et al. 2005).

Существование специфического порядка действия гистон/фактор-модифицирующих комплексов представляет собой сигнальный путь, определяющий активное/репрессированное состояние гена, а для сенсоров, действие которых специфично во времени, существуют дополнительные сигнальные пути, изменяемые через периодические интервалы обмена корегуляторными комплексами. Эта циклическая система зависит от системы упреждения, в которой какая либо метка, вызывающая преимущественное рекрутирование какого-то одного комплекса, может быть изменена, чтобы разрешить последующее привлечение следующих комплексов каскада, вызывая изменение в промоторном комплексе и гистоновых модификациях, которые стимулируют следующую когорту корегуляторов. Этот обмен также требует специальной стратегии для быстрого очищения промотора от предыдущего в цикле кофакторного комплекса, которая достигается или его быстрой деградацией и/или быстрым перемещением. Результатом такого циклического обмена является то, что постоянно изменяемый набор гистоновых модификаций и коакгиваторных комплексов является платформой для привлечения следующего кофакторного комплекса, основываясь на действии каждого предыдущего.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Воробьева, Надежда Евгеньевна

выводы

1. Способность белка SAYP активировать транскрипцию определяется консервативным SAY доменом, присутствующим у всех гомологов SAYP, в том числе и в белке PHF10 человека.

2. Способность SAY домена активировать репортерный ген в клетке зависит от уровня компонентов общего фактора транскрипции TFIID и хроматин ремоделирующего комплекса Brahma.

3. Показано, что SAY домен взаимодействует с коактиваторами TFIID и Brahma и способен формировать комплекс размером приблизительно 2МДа, включающий данные коактиваторы.

4. В составе коактиваторов TFIID и Brahma идентифицированы белки, с которыми взаимодействует SAY домен. Это белки ВАР 170 комплекса Brahma и белок TAF5 комплекса TFIID. Показано, что SAY домен взаимодействует с доменом WD-40 белка TAF5.

5. Впервые описан новый механизм функционирования коактиватора транскрипции, который заключается в непосредственном объединении на промоторе в общий стабильный комплекс общего фактора транскрипции TFIID и хроматин ремоделирующего комплекса Brahma, то есть транскрипционных комплексов, отвечающих за ключевые этапы активации транскрипции

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Воробьева, Надежда Евгеньевна, 2009 год

1. Allard, S., R. Т. Utley, et al. (1999). "NuA4, an essential transcription adaptor/histone H4 acetyltransferase complex containing Esalp and the ATM-related cofactor Tralp." EMBO J 18(18): 5108-19.

2. An, W., V. B. Palhan, et al. (2002). "Selective requirements for histone H3 and H4 N termini in p300-dependent transcriptional activation from chromatin." Mol Cell 9(4): 811-21.

3. Armstrong, J. A., O. Papoulas, et al. (2002). "The Drosophila BRM complex facilitates global transcription by RNA polymerase II." Embo J 21(19): 5245-54.

4. Beisel, C., A. Imhof, et al. (2002). "Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl." Nature 419(6909): 857-62.

5. Belotserkovskaya, R., D. E. Sterner, et al. (2000). "Inhibition of TATA-binding protein function by SAGA subunits Spt3 and Spt8 at Gcn4-activated promoters." Mol Cell Biol 20(2): 634-47.

6. Berger, S. L. (2002). "Histone modifications in transcriptional regulation." Curr Qpin Genet Dev 12(2): 142-8.

7. Bhaumik, S. R. and M. R. Green (2002). "Differential requirement of SAGA components for recruitment of TATA-box-binding protein to promoters in vivo." Mol Cell Biol 22(21): 7365-71.

8. Bird, A. W., D. Y. Yu, et al. (2002). "Acetylation of histone H4 by Esal is required for DNA ■ double-strand break repair." Nature 419(6905): 411-5.

9. Borrow, J., A. M. Shearman, et al. (1996). "The t(7;ll)(pl5;pl5) translocation in acute myeloid leukaemia fuses the genes for nucleoporin NUP98 and class I homeoprotein HOXA9." Nat Genet 12(2): 159-67.

10. Bouazoune, K., A. Mitterweger, et al. (2002). "The dMi-2 chromodomains are DNA binding modules important for ATP-dependent nucleosome mobilization." Embo J 21(10): 243040.

11. Boudreault, A. A., D. Cronier, et al. (2003). "Yeast enhancer of polycomb defines global Esal-dependent acetylation of chromatin." Genes Dev 17(11): 1415-28.

12. Burke, T. W., J. G. Cook, et al. (2001). "Replication factors MCM2 and ORC1 interact with the histone acetyltransferase HBOl." J Biol Chem 276(18): 15397-408.

13. Carrozza, M. J., R. T. Utley, et al. (2003). "The diverse functions of histone acetyltransferase complexes." Trends Genet 19(6): 321-9.

14. Champagne, N., N. R. Bertos, et al. (1999). "Identification of a human histone acetyltransferase related to monocytic leukemia zinc finger protein." J Biol Chem 274(40): 28528-36.

15. Chawla, A., J. J. Repa, et al. (2001). "Nuclear receptors and lipid physiology: opening the X-files." Science 294(5548): 1866-70.

16. Cheung, P., K. G. Tanner, et al. (2000). "Synergistic coupling of histone H3 phosphorylation and acetylation in response to epidermal growth factor stimulation." Mol Cell 5(6): 905-15.

17. Clarke, A. S., J. E. Lowell, et al. (1999). "Esalp is an essential histone acetyltransferase required for cell cycle progression." Mol Cell Biol 19(4): 2515-26.

18. Col, E., C. Caron, et al. (2005). "HIV-1 Tat targets Tip60 to impair the apoptotic cell response to genotoxic stresses." EMBO J 24(14): 2634-45.

19. Collins, R. T. and J. E. Treisman (2000). "Osa-containing Brahma chromatin remodeling complexes are required for the repression of wingless target genes." Genes Dev 14(24): 3140-52.

20. Corona, D. F., C. R. Ciapier, et al. (2002). "Modulation of ISWI function by site-specific histone acetylation." EMBO Rep 3(3): 242-7.

21. Dechetid, R., F. Hirano, et al. (1999). "The Bcl-3 oncoprotein acts as a bridging factor between NF-kappaB/Rel and nuclear co-regulators." Oncogene 18(22): 3316-23.

22. Delmas, V., D. G. Stokes, et al. (1993). "A mammalian DNA-binding protein that contains a chromodomain and an SNF2/SWI2-like helicase domain." Proc Natl Acad Sci U S A 90(6): 2414-8.

23. Deuring, R., L. Fanti, et al. (2000). "The ISWI chromatin-remodeling protein is required for gene expression and the maintenance of higher order chromatin structure in vivo." Mol Cell 5(2): 355-65.

24. Doyon, Y., W. Selleck, et al. (2004). "Structural and functional conservation of the NuA4 histone acetyltransferase complex from yeast to humans." Mol Cell Biol 24(5): 1884-96.

25. Dubrovskaya, V., A. C. Lavigne, et al. (1996). "Distinct domains of hTAFIIlOO are required for functional interaction with transcription factor TFIIF beta (RAP30) and incorporation into the TFIID complex." EMBQ J 15(14): 3702-12.

26. Durant, M. and B. F. Pugh (2007). "NuA4-directed chromatin transactions throughout the Saccharomyces cerevisiae genome," Mol Cell Biol 27(15): 5327-35.

27. Eberharter, A. and P. B. Becker (2004). "ATP-dependent nucleosome remodelling: factors and functions." J Cell Sci 117(Pt 17): 3707-11.

28. Ehrenhofer-Murray, A. E., D. H. Rivier, et al. (1997). "The role of Sas2, an acetyltransferase homologue of Saccharomyces cerevisiae, in silencing and ORC function." Genetics 145(4): 923-34.

29. Eisen, J. A., K. S. Sweder, et al. (1995). "Evolution of the SNF2 family of proteins: subfamilies with distinct sequences and functions." Nucleic Acids Res 23(14): 2715-23.

30. Elfring, L. K., C. Daniel, et al. (1998). "Genetic analysis of brahma: the Drosophila homolog of the yeast chromatin remodeling factor SWI2/SNF2." Genetics 148(1): 251-65.

31. Filvaroff, E. H. and R. Derynck (1996). "Induction of myogenesis in mesenchymal cells by MyoD depends on their degree of differentiation." Dev Biol 178(2): 459-71.

32. Flanagan, J. F., L. Z. Mi, et al. (2005). "Double chromodomains cooperate to recognize the methylated histone H3 tail." Nature 438(7071): 1181-5.

33. Flanagan, P. M., R. J. Kelleher, 3rd, et al. (1991). "A mediator required for activation of RNA polymerase II transcription in vitro." Nature 350(6317): 436-8.

34. Fondell, J. D., H. Ge, et al. (1996). "Ligand induction of a transcriptionally active thyroid hormone receptor coactivator complex." Proc Natl Acad Sci U S A 93(16): 8329-33.

35. Fraga, M. F.} E. Ballestar, et al. (2005). "Loss of acetylation at Lysl6 and trimethylation at Lys20 of histone H4 is a common hallmark of human cancer." Nat Genet 37(4): 391-400.

36. Frank, S. R., T. Parisi, et al. (2003). "MYC recruits the TIP60 histone acetyltransferase complex to chromatin." EMBO Rep 4(6): 575-80.

37. Georgiev, P. G. (1994). "Identification of mutations in three genes that interact with zeste in the control of white gene expression in Drosophila melanogaster." Genetics 138(3): 733-9.

38. Georgiev, P. G. and T. I. Gerasimova (1989). "Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster." Mol Gen Genet 220(1): 121-6.

39. Grant, P. A., L. Duggan, et al. (1997). "Yeast Gcn5 functions in two multisubunit complexes to acetylate nucleosomal histones: characterization of an Ada complex and the SAGA (Spt/Ada) complex." Genes Dev 11(13): 1640-50.

40. Grienenberger, A., B. Miotto, et al. (2002). "The MYST domain acetyltransferase Chameau functions in epigenetic mechanisms of transcriptional repression." Curr Biol 12(9): 7626.

41. Grane, T., J. Brzeski, et al. (2003). "Crystal structure and functional analysis of a nucleosome recognition module of the remodeling factor ISWI." Mol Cell 12(2): 449-60.

42. Gu, W. and R. G. Roeder (1997). "Activation of p53 sequence-specific DNA binding by acetylation of the p53 C-terminal domain." Cell 90(4): 595-606.

43. Hager, G. L., A. K. Nagaich, et al. (2004). "Dynamics of nuclear receptor movement and transcription." Biochim Biophvs Acta 1677(1-3): 46-51.

44. Han, M. and M. Grunstein (1988). "Nucleosome loss activates yeast downstream promoters in vivo." Cell 55(6): 1137-45.

45. Hartlepp, K. F., C. Fernandez-Tornero, et al. (2005). "The histone fold subunits of Drosophila CHRAC facilitate nucleosome sliding through dynamic DNA interactions." Mol Cell Biol 25(22): 9886-96.

46. Henry, K. W., A. Wyce, et al. (2003). "Transcriptional activation via sequential histone H2B ubiquitylation and deubiquitylation, mediated by SAGA-associated Ubp8." Genes Dev 17(21): 2648-63.

47. Hilfiker, A., D. Hilfiker-Kleiner, et al. (1997). "mof, a putative acetyl transferase gene related to the Tip60 and MOZ human genes and to the SAS genes of yeast, is required for dosage compensation in Drosophila." Embo J 16(8): 2054-60.

48. Kadonaga, J. T. (2004). "Regulation of RNA polymerase II transcription by sequence-specific DNA binding factors." Cell 116(2): 247-57.

49. Kal, A. J., T. Mahmoudi, et al. (2000). "The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste." Genes Dev 14(9): 1058-71.

50. Kamine, J., B. Elangovan, et al. (1996). "Identification of a cellular protein that specifically interacts with the essential cysteine region of the HIV-1 Tat transactivator." Virology 216(2): 357-66.

51. Kang, J. G., A. Hamiche, et al. (2002). "GAL4 directs nucleosome sliding induced by NURF." EmboJ 21(6): 1406-13.

52. Kang, Z., A. Pirskanen, et al. (2002). "Involvement of proteasome in the dynamic assembly of the androgen receptor transcription complex." J Biol Chem 277(50): 48366-71.

53. Katsumoto, T., Y. Aikawa, et al. (2006). "MOZ is essential for maintenance of hematopoietic stem cells." Genes Dev 20(10): 1321-30.

54. Kennison, J. A. and J. W. Tamkun (1988). "Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapedia mutations in Drosophila." Proc Natl Acad Sci U S A 85(21): 8136-40.

55. Kim, Y. J., S. Bjorklund, et al. (1994). "A multiprotein mediator of transcriptional activation and its interaction with the C-terminal repeat domain of RNA polymerase II." Cell 77(4): 599-608.

56. Kimura, A. and M. Horikoshi (1998). "Tip60 acetylates six lysines of a specific class in core histones in vitro." Genes Cells 3(12): 789-800.

57. Kimura, A., T. Umehara, et al. (2002). "Chromosomal gradient of histone acetylation established by Sas2p and Sir2p functions as a shield against gene silencing." Nat Genet 32(3): 370-7.

58. King-Jones, K. and C. S. Thummel (2005). "Nuclear receptors—a perspective from Drosophila." Nat Rev Genet 6(4): 311-23.

59. Ma, J. (2005). "Crossing the line between activation and repression." Trends Genet 21(1): 54-9.

60. Malik, S., H. J. Baek, et al. (2005). "Structural and functional characterization of PC2 and RNA polymerase II-associated subpopulations of metazoan Mediator." Mol Cell Biol 25(6): 2117-29.

61. Maniatis, T., E. F. Fritsch, et al. (1982). Molecular cloning : a laboratory manual. Cold Spring Harbor, N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory.

62. Marenda, D. R., C. B. Zraly, et al. (2004). "The Drosophila Brahma (SWI/SNF) chromatin remodeling complex exhibits cell-type specific activation and repression functions." Dev Biol 267(2): 279-93.

63. Marks, P. A., T. Miller, et al. (2003). "Histone deacetylases." Curr Qpin Pharmacol 3(4): 344-51.

64. Marr, M. T., 2nd, Y. Isogai, et al. (2006). "Coactivator cross-talk specifies transcriptional output." GenesDev20(11): 1458-69.

65. Maravada, P., С. Т. Baumann, et al. (2003). "Dynamic shuttling and intranuclear mobility of nuclear hormone receptors." J Biol Chem 278(14): 12425-32.

66. McNally, J. G., W. G. Muller, et al. (2000). "The glucocorticoid receptor: rapid exchange with regulatory sites in living cells." Science 287(5456): 1262-5.

67. Metivier, R., G. Penot, et al. (2003). "Estrogen receptor-alpha directs ordered, cyclical, and combinatorial recruitment of cofactors on a natural target promoter." Cell 115(6): 751-63.

68. Metivier, R., G. Reid, et al. (2006). "Transcription in four dimensions: nuclear receptor-directed initiation of gene expression." EMBO Rep 7(2): 161-7.

69. Metzger, E., M. Wissmann, et al. (2005). "LSD1 demethylates repressive histone marks to promote androgen-receptor-dependent transcription." Nature 437(7057): 436-9.

70. Mizuguchi, G., A. Vassilev, et al. (2001). "ATP-dependent nucleosome remodeling and histone hyperacetylation synergistically facilitate transcription of chromatin." J Biol Chem 276(18): 14773-83.

71. Mohrmann, L. and C. P. Verrijzer (2005). "Composition and functional specificity of SW12/SNF2 class chromatin remodeling complexes." Biochim Biophvs Acta 1681(2-3): 59-73.

72. Morse, R. H. (2007). "Transcription factor access to promoter elements." J Cell Biochem 102(3): 560-70.

73. Moshkin, Y. M., J. A. Armstrong, et al. (2002). "Histone chaperone ASF1 cooperates with the Brahma chromatin-remodelling machinery." Genes Dev 16(20): 2621-6.

74. Murati, A., J. Adelaide, et al. (2004). "Variant MYST4-CBP gene fusion in a t(10;16) acute myeloid leukaemia." Br J Haematol 125(5): 601-4.

75. Nairn, J., S. Smith, et al. (1995). "Cloning and sequencing of a gene encoding pyruvate kinase from Schizosaccharomyces pombe; implications for quaternary structure and regulation of the enzyme." FEMS Microbiol Lett 134(2-3): 221-6.

76. Narlikar, G. J., H. Y. Fan, et al. (2002). "Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription." Cell 108(4): 475-87.

77. Nedialkov, Y. A. and S. J. Triezenberg (2004). "Quantitative assessment of in vitro interactions implicates TATA-binding protein as a target of the VP16C transcriptional activation region." Arch Biochem Biophvs 425(1): 77-86.

78. Neigeborn, L. and M. Carlson (1984). "Genes affecting the regulation of SUC2 gene expression by glucose repression in Saccharomyces cerevisiae." Genetics 108(4): 845-58.

79. Ogiwara, H., A. Ui, et al. (2007). "Actin-related protein Arp4 functions in kinetochore assembly." Nucleic Acids Res 35(9): 3109-17.

80. Ornaghi, P., P. Ballario, et al. (1999). "The bromodomain of Gcn5p interacts in vitro with specific residues in the N terminus of liistone H4." J Mol Biol 287(1): 1-7.

81. Owen, D. J., P. Ornaghi, et al. (2000). "The structural basis for the recognition of acetylated histone H4 by the bromodomain of histone acetyltransferase gcn5p." Embo J 19(22): 6141-9. ,

82. Park, K. J., V. Krishnan, et al. (2005). "Formation of an IKKalpha-dependent transcription complex is required for estrogen receptor-mediated gene activation." Mol Cell 18(1): 7182.

83. Patel, J. H., Y. Du, et al. (2004). "The c-MYC oncoprotein is a substrate of the acetyltransferases hGCN5/PCAF and TIP60." Mol Cell Biol 24(24): 10826-34.

84. Peterson, C. L. (2002). "Chromatin remodeling: nucleosomes bulging at the seams." Curr Biol 12(7): R245-7.

85. Peterson, C. L. and I. Herskowitz (1992). "Characterization of the yeast SWI1, SWI2, and SWI3 genes, which encode a global activator of transcription." Cell 68(3): 573-83.

86. Pray-Grant, M. G., J. A. Daniel, et al. (2005). "Chdl chromodomain links histone H3 methylation with SAGA- and SLIK-dependent acetylation." Nature 433(7024): 434-8.

87. Pray-Grant, M. G., D. Schieltz, et al. (2002). "The novel SLIK histone aeetyltransferase complex functions in the yeast retrograde response pathway." Mol Cell Biol 22(24): 8774-86.

88. Rayasam, G. V., C. Elbi, et al. (2005). "Ligand-specific dynamics of the progesterone receptor in living cells and during chromatin remodeling in vitro." Mol Cell Biol 25(6): 2406-18.

89. Reid, G., M. R. Hubner, et al. (2003). "Cyclic, proteasome-mediated turnover of unliganded and liganded ERalpha on responsive promoters is an integral feature of estrogen signaling." Mol Cell 11(3): 695-707.

90. Reid, J. L., V. R. Iyer, et al. (2000). "Coordinate regulation of yeast ribosomal protein genes is associated with targeted recruitment of Esal histone acetylase." Mol Cell 6(6): 1297-307.

91. Reifsnyder, C., J. Lowell, et al. (1996). "Yeast SAS silencing genes and human genes associated with AML and HIY-1 Tat interactions are homologous with acetyltransferases." Nat Genet 14(1): 42-9.

92. Rekdal, C., E. Sjottem, et al. (2000). "The nuclear factor SPBP contains different functional domains and stimulates the activity of various transcriptional activators." J Biol Chem 275(51): 40288-300.

93. Rosenfeld, M. G., V. V. Lunyak, et al. (2006). "Sensors and signals: a coactivator/corepressor/epigenetic code for integrating signal-dependent programs of transcriptional response." Genes Dev 20(11): 1405-28.

94. Sanders, S. L., J. Jennings, et al. (2002). "Proteomics of the eukaryotic transcription machinery: identification of proteins associated with components of yeast TFIID by multidimensional mass spectrometry." Mol Cell Biol 22(13): 4723-38.

95. Schwanbeck, R., H. Xiao, et al. (2004). "Spatial contacts and nucleosome step movements induced by the NURF chromatin remodeling complex." J Biol Chem 279(38): 39933-41.

96. Segraves, W. A. and D. S. Hogness (1990). "The E75 ecdysone-inducible gene responsible for the 75B early puff in Drosophila encodes two new members of the steroid receptor superfamily." Genes Dev 4(2): 204-19.

97. Shang, Y., X. Hu, et al. (2000). "Cofactor dynamics and sufficiency in estrogen receptor-regulated transcription." Cell 103(6): 843-52.

98. Shareef, M. M., C. King, et al. (2001). "Drosophila heterochromatin protein 1 (HPl)/origin recognition complex (ORC) protein is associated with HP1 and ORC and functions in heterochromatin-induced silencing." Mol Biol Cell 12(6): 1671-85.

99. Sharma, D. and J. D. Fondell (2002). "Ordered recruitment of histone acetyltransferases and the TRAP/Mediator complex to thyroid hormone-responsive promoters in vivo." Proc Natl Acad Sei U S A 99(12): 7934-9.

100. Shidlovskii, Y. V., A. N. Krasnov, et al. (2005). "A novel multidomain transcription coactivator SAYP can also repress transcription in heterochromatin." EMBO J 24(1): 97-107.

101. Shogren-Knaak, M., H. Ishii, et al. (2006). "Histone H4-K16 acetylation controls chromatin structure and protein interactions." Science 311(5762): 844-7.

102. Smith, E. R., A. Eisen, et al. (1998). "ESA1 is a histone acetyltransferase that is essential for growth in yeast." Proc Natl Acad Sei U S A 95(7): 3561-5.

103. Soshnikova, N. V., N. E. Vorobyeva, et al. (2008). "Interaction of coactivators with promoter." Dokl Biochem Biophvs 423: 346-8.

104. Spiegelman, B. M. and R. Heinrich (2004). "Biological control through regulated transcriptional coactivators." CeU 119(2): 157-67.

105. Srinivasan, S., J. A. Armstrong, et al. (2005). "The Drosophila trithorax group protein Kismet facilitates an early step in transcriptional elongation by RNA Polymerase II." Development 132(7): 1623-35.

106. Steller, H. and V. Pirrotta (1985). "Expression of the Drosophila white gene under the control of the hsp70 heat shock promoter." EMBO J 4(13B): 3765-3772.

107. Stern, M., R. Jensen, et al. (1984). "Five SWI genes are required for expression of the HO gene in yeast." J Mol Biol 178(4): 853-68.

108. Strohner, R., M. Wachsmuth, et al. (2005). "A 'loop recapture' mechanism for ACF-dependent nucleosome remodeling." Nat Struct Mol Biol 12(8): 683-90.

109. Suka, N., K. Luo, et al. (2002). "Sir2p and Sas2p opposingly regulate acetylation of yeast histone H4 lysine 16 and spreading of heterochromatin." Nat Genet 32(3): 378-83.

110. Taipale, M., S. Rea, et al. (2005). "hMOF histone acetyltransferase is required for histone H4 lysine 16 acetylation in mammalian cells." Mol Cell Biol 25(15): 6798-810.,

111. Tamkun, J. W., R. Deuring, et al. (1992). "brahma: a regulator of Drosophila homeotic genes structurally related to the yeast transcriptional activator SNF2/SWI2." Cell 68(3): 561-72.

112. Therrien, M., D. K. Morrison, et al. (2000). "A genetic screen for modifiers of a kinase suppressor of Ras-dependent rough eye phenotype in Drosophila." Genetics 156(3): 1231-42.

113. Thomas, T., L. M. Corcoran, et al. (2006). "Monocytic leukemia zinc finger protein is essential for the development of long-term reconstituting hematopoietic stem cells." Genes Dev 20(9): 1175-86.

114. Thomas, T., A. K. Voss, et al. (2000). "Querkopf, a MYST family histone acetyltransferase, is required for normal cerebral cortex development." Development 127(12): 2537-48.

115. Thompson, C. M., A. J. Koleske, et al. (1993). "A multisubunit complex associated with the RNA polymerase IICTD and TATA-binding protein in yeast." CeU 73(7): 1361-75.

116. Torok, M. S. and P. A. Grant (2004). "Histone acetyltransferase proteins contribute to transcriptional processes at multiple levels." Adv Protein Chem 67: 181-99.

117. Turner, B. M. (2000). "Histone acetylation and an epigenetic code." Bioessays 22(9): 836-45.

118. Vaisanen, S., T. W. Dunlop, et al. (2005). "Spatio-temporal activation of chromatin on the human CYP24 gene promoter in the presence of 1 alpha,25-Dihydroxyvitamin D3." J Mol Biol 350(1): 65-77.

119. Verreault, A., P. D. Kaufman, et al. (1998). "Nucleosomal DNA regulates the core-histone-binding subunit of the human Hatl acetyltransferase." Curr Biol 8(2): 96-108.

120. Vogelauer, M., L. Rubbi, et al. (2002). "Histone acetylation regulates the time of replication origin firing." Mol Cell 10(5): 1223-33.

121. Volpe, T. A., C. Kidner, et al. (2002). "Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi." Science 297(5588): 1833-7.

122. Wade, P. A., D. Pruss, et al. (1997). "Histone acetylation: chromatin in action." Trends Biochem Sci 22(4): 128-32.

123. Wallberg, A. E., S. Yamamura, et al. (2003). "Coordination of p300-mediated chromatin remodeling and TRAP/mediator function through coactivator PGC-1 alpha." Mol Cell 12(5): 1137-49.

124. Wright, K. J., M. T. Marr, 2nd, et al. (2006). "TAF4 nucleates a core subcomplex of TFIID and mediates activated transcription from a TATA-less promoter." Proc Natl Acad Sci U S A 103(33): 12347-52.

125. Xiao, H., R. Sandaltzopoulos, et al. (2001). "Dual functions of largest NURF subunit NURF301 in nucleosome sliding and transcription factor interactions." Mol Cell 8(3): 531-43.

126. Yang, X. J. and E. Seto (2003). "Collaborative spirit of histone deacetylases in regulating chromatin structure and gene expression." Curr Opin Genet Dev 13(2): 143-53.

127. Yudkovsky, N., J. A. Ranish, et al. (2000). "A transcription reinitiation intermediate that is stabilized by activator." Nature 408(6809): 225-9.

128. Zhang, Y., R Iratni, et al. (1997). "Histone deacetylases and SAP 18, a novel polypeptide, are components of a human Sin3 complex." Cell 89(3): 357-64.

129. Zhang, Y., G. LeRoy, et al. (1998). "The dermatomyositis-specific autoantigcn Mi2 is a component of a complex containing histone deacetylase and nucleosome remodeling activities." Cell 95(2): 279-89.

130. Zou, Y. and X. Bi (2008). "Positive roles of SAS2 in DNA replication and transcriptional silencing in yeast." Nucleic Acids Res 36(16): 5189-200.1. БЛАГОДАРНОСТИ

131. Искреннюю благодарность автор выражает оппонентам и рецензентам даннойработы.

132. Конечно же, хочется поблагодарить всех близких и друзей, которые так или иначе мне помогали.I