Механизм действия белкового суперкомплекса, содержащего фактор транскрипции SAYP тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, доктор биологических наук Шидловский, Юлий Валерьевич

• Шидловский, Юлий Валерьевич
• доктор биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации доктор биологических наук Шидловский, Юлий Валерьевич

ОГЛАВЛЕНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. Транскрипция у эукариот.

1. Инициация транскрипции. РНК-полимеразы.

2. Области контроля транскрипции.

3. Хроматин и транскрипция.

II. Транскрипционные факторы.

1. Компоненты транскрипционного аппарата.

2. Общие факторы транскрипции (GTFs).

3. Активаторы и репрессоры.

III. Коактиваторы транскрипции.

1. Классификация корегуляторов транскрипции.

2. Хроматин-ремоделирующие комплексы.

3. Хроматин-модифицирующие комплексы.

4. Взаимодействие хроматин-ремоделирущих и модифицирующих комплексов.

IV. Активация транскрипции РНК-полимеразой II.

1. Модель сборки преинициаторного комплекса РНК-полимеразы II на ДНК in vitro.

2. Взаимодействие коактиваторов на промоторе.

3. Активация генов in vivo: последовательное привлечение факторов.

4. Модель одновременного привлечения факторов транскрипции на промотор.

V. Элонгация транскрипции, созревание и экспорт мРНП.

1. Транскрипционная пауза. Элонгация и терминация транскрипции.

2. Созревание мРНП. Комплекс ТНО и TREX.

VI. Регуляция транскрипции.

1. Модульная структура транскрипционного аппарата.

2. Комбинаторная модель регуляции транскрипции. Синергизм действия и контекст-зависимая активность факторов транскрипции.

3. Регуляция транскрипции.

4. Регуляция активности транскрипционных факторов.

5. Репрессия транскрипции и сайленсинг.

6. Организация ядра и транскрипция.

VII. Сигнальные пути и их связь с аппаратом транскрипции.

1. Передача сигнала внутри клетки.

2. Сигнальный путь JAK/STAT: основные компоненты.

3. Связь JAK/STAT-пути с аппаратом транскрипции.

4. Роль JAK/STAT пути в онтогенезе.

5. Экдизоновый каскад.

6. Ядерные рецепторы.

7. Ядерный рецептор DHR3.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ.

Гены группы е(у)Ы.

Ген е(у)3 и коактиватор Б АУР.

Ген е(у)2 и фактор ЕМУ2.

Цели и задачи исследования.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Материалы.

Реактивы.

Клеточные линии, штаммы. Плазмиды.

Антитела.

Праймеры.

Программное обеспечение.

Методы работы с ДНК и РНК.

Приготовление компетентных клеток Е.соН и трансформация. Выделение плазмидной ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-электрофорез. ПЦР. Нозерн-блот анализ. Секвенирование.

Создание конструкции рТгАвэау.

Выделение тотальной РНК, получение кДНК и измерение уровня экспрессии гена.

Получение двухцепочечной РНК.

Методы работы с белками.

Эмбриональный ядерный экстракт. Экстракт из клеток Б2.

Очистка белковых комплексов. МА1Л31-ТОР.

Гель-фильтрация ядерного экстракта.

Белковый гель-электрофорез. Western-блот анализ.

Иммунопреципитация.

Экспрессия и очистка рекомбинантных белков. Получение антител.

Методы работы с культурой клеток S2.

РНК интерференция.

Трансфекция клеток.

Активация сигнальных путей.

Определение транскрипционной активности белков.

Генетические методы.

Работа с дрожжами.

Иммуноокрашивание.

Иммуноокрашивание S2 клеток.

Иммуноокрашивание политенных хромосом.

Иммуноокрашивание яичников.

Хроматин-иммунопреципитация (ChIP).

РЕЗУЛЬТАТЫ.

I. Разработка метода очистки белковых комплексов на примере комплексов, содержащих фактор ENY2.

II. Выделение и характеристика белкового комплекса BTFly, содержащего SAYP.

11.1. Очистка SAYP-содержащего комплекса.

11.2. Коиммунопреципитация компонентов BTFly.

11.3. Определение домена белка SAYP, отвечающего за его способность активировать транскрипцию.

11.4. Поиск коактиваторов, обеспечивающих активацию репортерного гена доменом SAY.

11.5. Определение белков-партнеров SAYP в составе BTFly.

11.6. Привлечение BTFly на промоторы генов.

11.7. SAYP, Brahma и TFIID совместно локализуются во многих локусах.

11.8. SAYP, Brahma и TFIID взаимодействуют в развитии.

11.9. Структура BTFly и его функциональные особенности.

III. Участие коактиватора SAYP и комплекса BTFly в активации генов экдизонового пути.

III. 1. SAYP взаимодействует с ядерным рецептором DHR3.

111.2. SAYP и DHR3 имеют сходный профиль экспрессии, совместно локализуются в геноме, и взаимодействуют в развитии.

111.3. DHR3 активирует гены посредством взаимодействия с BTFly.

IV. Участие коактиватора SAYP и комплекса BTFly в активации генов сигнального пути Jak/Stat.

IV. 1. Фенотипические проявления мутации е(у)Зи| сходны с проявлениями мутации Jak/Stat пути.

IV.2. SAYP взаимодействует с фактором STAT.

IV.3. SAYP и STAT совместно регулируют экспрессию генов.

IV.4. BTFly привлекается на STAT-зависимые гены.

V. Новый механизм активации транскрипции генов.

Новый механизм активации транскрипции.

Использование найденного механизма в геноме.

Ядерные суперкомплексы.

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизм действия белкового суперкомплекса, содержащего фактор транскрипции SAYP»

Экспрессия генов - фундаментальный процесс, лежащий в основе жизнедеятельности организма. Изучение механизмов регуляции активности генов -важнейшая задача как для фундаментальных, так и прикладных исследований.

Экспрессия генов включает в себя ряд последовательных молекулярных стадий: подготовка матрицы хроматина, транскрипция ДНК, созревание мРНК и формирование рибонуклеопротеиновых частиц, их внутриклеточный транспорт и трансляция на рибосомах. Каждая из указанных стадий контролируется определенным набором факторов - молекулярных машин, которые обычно представлены мультисубъединичными белковыми комплексами. Взаимодействие и согласованное привлечение различных факторов обеспечивает координацию отдельных этапов в единый процесс.

Контроль экспрессии генов осуществляется в основном на стадии транскрипции. У высших эукариот на этом этапе задействовано несколько тысяч белков и их комплексов. Они формируют большой аппарат транскрипции, обеспечиваюший точный контроль активности генов. Современные знания об этом аппарате далеки от полноты, в частности, остается малоизученным вопрос о координации действия его участников.

Экспрессия генов контролируется сигналами, поступающими в клетку извне. Распознавание и передача поступающих стимулов осуществляется многочисленными сигнальными путями. Важный вопрос - изучение молекулярных механизмов, обеспечивающих связь сигнальных путей с аппаратом транскрипции. Конечным звеном сигнальных каскадов часто является специфический фактор транскрипции, контролирующий определенный круг генов-мишеней. Детали молекулярных событий, происходящих при активации генов-мишеней не всегда достаточно ясны. Т.к. сигнальные пути - важнейший регулятор онтогенеза, указанная проблема тесно связана с вопросом о молекулярных основах контроля работы генов в онтогенезе.

В работе изучался механизм действия фактора транскрипции высших эукариот БАУР. Гомологи ЭАУР найдены у всех многоклеточных животных, они являются незаменимыми в развитии. Было обнаружено, что БАУР координирует два этапа экспрессии генов посредством нового механизма. Также выяснена роль этого механизма в работе некоторых сигнальных путей.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Транскрипция у эукариот. Инициация транскрипции. РНК-полимеразы.

Реализация наследственной информации клетки начинается со стадии транскрипции. Этот первый этап является наиболее подверженным регуляции среди всех стадий экспрессии гена. Основными факторами, участвующими на этой стадии, являются ДНК-зависимые РНК-полимеразы. Они осуществляют свои функции при участии многочисленных факторов транскрипции. Факторы транскрипции взаимодействуют с регуляторными последовательностями ДНК, друг с другом, а также с другими факторами клетки. В результате формируется достаточно сложная сеть молекулярных взаимодействий, контролирующих работу генов клетки.

Первый этап транскрипции - ее инициация, т.е. привлечение факторов транскрипции к регуляторным последовательностям и посадка РНК-полимеразы не промотор гена. Общая схема инициации транскрипции такова. Ген-специфические регуляторы транскрипции (активаторы и репрессоры) привлекаются на определенные регуляторные сайты ДНК, что стимулирует сборку т.н. преинициаторного комплекса на промоторе гена. Последний состоит из общих факторов транскрипции и содержит молекулу РНК-полимеразы. Такая транскрипция называется активированной (индуцированной). Другой тип - базальная транскрипция - осуществляется без участия активаторов при участии только полимеразы и общих факторов транскрипции. Уровень базальной транскрипции обычно значительно ниже активированной (1,2).

РНК-полимеразы эукариот являются достаточно сложными белковыми комплексами, состоящими из множества субъединиц. Сложное строение позволяет точно контролировать их работу посредством взаимодействия с многочисленными факторами транскрипции. Это, в свою очередь, позволяет очень тонко регулировать активность генов.

Важная особенность эукариот - существование нескольких типов РНК-полимераз, каждая из которых контролирует определенный круг генов-мишеней. У эукариот выделяют три основные формы РНК-полимераз. РНК-полимераза I транскрибирует гены рРНК, осуществляя синтез предшественников 18S, 28S и 5,8S рРНК. РНК-полимераза III осуществляет транскрипцию генов тРНК, 5S и некоторых малых ядерных РНК. Гены, кодирующие белки, а также ряд генов малых ядерных РНК транскрибируются РНК-полимеразой II. Указанные формы полимераз могут быть разделены с помощью ионообменной хроматографии на носителе DEAE. Кроме того, они отличаются по чувствительности к действию пептида а-аманитина, который блокирует их работу. Полимераза I нечувствительна, полимераза II очень чувствительна (активность ингибируется на 50% при концентрации пептида 0,02 мкг/мл), а полимераза III обладает промежуточной чувствительностью к этому пептиду (50% потеря активности при концентрации 20 мкг/мл) (3).

Полимеразы сходны по своей структуре и представляют собой белковые комплексы, состоящие из двух больших (120-220 кДа) и 10-14 малых (10-100 кДа) субъединиц (1,4).

У растений также описана РНК-полимераза IV, вовлеченная в РНК-зависимое метилирование и сайленсинг (3). У человека также описана ядерная РНК-полимераза, состоящая из одного белка, и транскрибирующая гены мРНК (5).

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Шидловский, Юлий Валерьевич

выводы

1. Очищен белковый суперкомплекс BTFly, состоящий из комплексов Brahma, обеспечивающего ремоделинг хроматина, и TFIID, инициирующего сборку комплекса РНК-полимеразы II на промоторе.

2. Впервые показано существование стабильного транскрипционного суперкомплекса, состоящего из полноразмерных мультисубъединичных комплексов.

3. Показано, что объединение Brahma и TFIID в BTFly осуществляет транскрипционный коактиватор SAYP посредством консервативного домена SAY. Последний непосредственно взаимодействует с субъединицей Brahma В АР 170 и с доменом WD-40 субъединицы TAF5 комплекса TFIID.

4. Продемонстрирована функциональная неделимость BTFly в активации транскрипции: наличие всех компонентов SAYP, TFIID и Brahma необходимо для его функционирования. Описан новый механизм одновременного привлечения двух активностей на промотор гена. Показано, что найденный механизм используется на большом числе генов.

5. Установлено взаимодействие SAYP и ядерного рецептора DHR3, компонента экдизонового каскада. DHR3 взаимодействует с областью SAYP, специфичной для дрозофилы. При активации экдизоном BTFly активирует транскрипцию ОНЯЗ-зависимых генов.

6. Найдено взаимодействие SAYP и фактора транскрипции STAT, компонента сигнального пути Jak/STAT. STAT взаимодействует с консервативной областью SAYP. BTFly важен для активации STAT-зависимых генов.

7. Показано присутствие транскрипционного фактора ENY2 в трех основных белковых комплексах SAGA, АМЕХ, ТНО. Обнаружена новая функция ENY2 как компонента ТНО. Показана независимость взаимодействия ENY2-THO от ENY2-SAGA и ENY2-AMEX.

8. Разработан новый метод выделения белковых транскрипционных комплексов, позволяющий получать выскоочищенные препараты белков, связанных с определенным фактором.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает глубокую благодарность коллегам за совместное проведение исследований и обсуждение полученных результатов. Исследования проводились при участии сотрудников Лаборатории регуляции экспрессии генов Надежды Воробьевой, Наталии Сошниковой, Дарии Копытовой, Юлии Николенко, Алексея Краснова, Елены Набирочкиной, Юлии Кузьминой, Владислава Панова, Александра Бречалова, Александра Ивлиева, Семена Доронина, Дмитрия Гурского, Анастасии Орловой, Александра Шапошникова, Заура Качаева, Ильи Комарькова. Автор отмечает важный вклад Марины Копанцевой и Антона Головнина. Автор выражает глубокую признательность научному консультанту Софии Георгиевне Георгиевой и научному руководителю ИБГ РАН Георгию Павловичу Георгиеву, Лидии Павловне Сащенко и сотрудникам лаборатории молекулярной иммуногенетики рака, а также всему научному коллективу и дирекции Института биологии гена РАН. Автор благодарит оппонентов и рецензента Олега Леонидовича Поляновского.

Автор благодарит своих учителей Алексея Шульгу и Ярослава Ермолюка; Татьяну Андреевну Арсеньеву, привившую автору интерес к изучению живых систем, Светлану Алексеевну и Павла Макаровича Бурдак, Лидию Юрьевну Голубеву. Автор выражает благодарность маме за неоценимую помощь; а также всем, поддержавшим автора.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Шидловский, Юлий Валерьевич, 2012 год

1. Патрушев, Л.И. (2000) Экспрессия генов. Наука, Москва.

2. Carey, М. (1998) The enhanceosome and transcriptional synergy. Cell, 92, 5-8.

3. Thomas, M.C. and Chiang, C.M. (2006) The general transcription machinery and general cofactors. Critical reviews in biochemistry and molecular biology, 41, 105178.

4. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P., Zipursky, L. and Darnell, J.E., Jr. (2003) Molecular Cell Biology. W.H.Freeman & Co.

5. Kravchenko, J.E., Rogozin, I.B., Koonin, E.V. and Chumakov, P.M. (2005) Transcription of mammalian messenger RNAs by a nuclear RNA polymerase of mitochondrial origin. Nature, 436, 735-739.

6. Juven-Gershon, T. and Kadonaga, J.T. (2010) Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machinery. Developmental biology, 339, 225-229.

7. Smale, S.T. and Kadonaga, J.T. (2003) The RNA polymerase II core promoter. Annu Rev Biochem, 72,449-479.

8. Woychik, N.A. and Hampsey, M. (2002) The RNA polymerase II machinery: structure illuminates function. Cell, 108,453-463.

9. Verrijzer, C.P., Chen, J.L., Yokomori, K. and Tjian, R. (1995) Binding of TAFs to core elements directs promoter selectivity by RNA polymerase II. Cell, 81, 11151125.

10. Ohler, U., Liao, G.C., Niemann, H. and Rubin, G.M. (2002) Computational analysis of core promoters in the Drosophila genome. Genome Biol, 3, RESEARCH0087.

11. Lee, D.H., Gershenzon, N., Gupta, M., Ioshikhes, I.P., Reinberg, D. and Lewis, B.A. (2005) Functional characterization of core promoter elements: the downstream core element is recognized by TAF1. Molecular and cellular biology, 25, 9674-9686.

12. Lim, C.Y., Santoso, B., Boulay, T., Dong, E., Ohler, U. and Kadonaga, J.T. (2004) The MTE, a new core promoter element for transcription by RNA polymerase II. Genes & development, 18,1606-1617.

13. Gershenzon, N.I., Trifonov, E.N. and Ioshikhes, I.P. (2006) The features of Drosophila core promoters revealed by statistical analysis. BMC genomics, 7,161.

14. Ohler, U. (2006) Identification of core promoter modules in Drosophila and their application in accurate transcription start site prediction. Nucleic acids research, 34, 5943-5950.

15. Carey, M. and Smale, S.T. (2000) Transcriptional regulation in eucariotes. CSHL Press, New York.

16. Green, M.R. (2000) TBP-associated factors (TAFIIs): multiple, selective transcriptional mediators in common complexes. Trends in biochemical sciences, 25, 59-63.

17. Cang, Y. and Prelich, G. (2002) Direct stimulation of transcription by negative cofactor 2 (NC2) through TATA-binding protein (TBP). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 12727-12732.

18. Lewis, B.A., Sims, R.J., 3rd, Lane, W.S. and Reinberg, D. (2005) Functional characterization of core promoter elements: DPE-specific transcription requires the protein kinase CK2 and the PC4 coactivator. Molecular cell, 18, 471-481.

19. Martinez, E., Ge, H., Tao, Y., Yuan, C.X., Palhan, V. and Roeder, R.G. (1998) Novel cofactors and TFIIA mediate functional core promoter selectivity by the human TAFII150-containing TFIID complex. Molecular and cellular biology, 18, 6571-6583.

20. Burke, T.W. and Kadonaga, J.T. (1996) Drosophila TFIID binds to a conserved downstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deficient promoters. Genes & development, 10, 711-724.

21. Emami, K.H., Jain, A. and Smale, S.T. (1997) Mechanism of synergy between TATA and initiator: synergistic binding of TFIID following a putative TFIIA-induced isomerization. Genes & development, 11, 3007-3019.

22. George, C.P., Lira-DeVito, L.M., Wampler, S.L. and Kadonaga, J.T. (1995) A spectrum of mechanisms for the assembly of the RNA polymerase II transcription preinitiation complex. Molecular and cellular biology, 15,1049-1059.

23. Levine, M. and Tjian, R. (2003) Transcription regulation and animal diversity. Nature, 424,147-151.

24. Ayoubi, T.A. and Van De Ven, W.J. (1996) Regulation of gene expression by alternative promoters. FASEBJ, 10,453-460.

25. Gaszner, M. and Felsenfeld, G. (2006) Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. Nature reviews. Genetics, 7, 703-713.

26. Valenzuela, L. and Kamakaka, R.T. (2006) Chromatin insulators. Annual review of genetics, 40,107-138.

27. Amouyal, M. (2010) Gene insulation. Part II: natural strategies in vertebrates. Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologic cellulaire, 88, 885-898.

28. Amouyal, M. (2010) Gene insulation. Part I: natural strategies in yeast and Drosophila. Biochemistry and cell biology Biochimie et biologie cellulaire, 88, 875884.

29. Oki, M., Valenzuela, L., Chiba, T., Ito, T. and Kamakaka, R.T. (2004) Barrier proteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. Molecular and cellular biology, 24, 1956-1967.

30. Fourel, G., Magdinier, F. and Gilson, E. (2004) Insulator dynamics and the setting of chromatin domains. Bioessays, 26, 523-532.

31. Жимулев, И.Ф. and Беляева, E.C. (2003) Гетерохроматин, эффект положения гена и сайленсинг гена. Генетика, 39, 187-201.

32. Narlikar, G.J., Fan, H.Y. and Kingston, R.E. (2002) Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription. Cell, 108,475-487.

33. Grunstein, M. (1992) Histones as regulators of genes. SciAm, 267, 68-74B.

34. Naar, A.M., Lemon, B.D. and Tjian, R. (2001) Transcriptional coactivator complexes. Annu Rev Biochem, 70,475-501.

35. Cosma, M.P. (2002) Ordered recruitment: gene-specific mechanism of transcription activation. Molecular cell, 10, 227-236.

36. Morse, R.H. (2007) Transcription factor access to promoter elements. Journal of cellular biochemistry, 102, 560-570.

37. Mason, P.B. and Struhl, K. (2003) The FACT complex travels with elongating RNA polymerase II and is important for the fidelity of transcriptional initiation in vivo. Molecular and cellular biology, 23, 8323-8333.

38. Alvarez, M., Rhodes, S.J. and Bidwell, J.P. (2003) Context-dependent transcription: all politics is local. Gene, 313,43-57.

39. Tupler, R., Perini, G. and Green, M.R. (2001) Expressing the human genome. Nature, 409, 832-833.

40. Lemon, B. and Tjian, R. (2000) Orchestrated response: a symphony of transcription factors for gene control. Genes & development, 14, 2551-2569.

41. Nedialkov, Y.A. and Triezenberg, S.J. (2004) Quantitative assessment of in vitro interactions implicates TATA-binding protein as a target of the VP16C transcriptional activation region. Arch Biochem Biophys, 425, 77-86.

42. Kadonaga, J.T. (2004) Regulation of RNA polymerase II transcription by sequence-specific DNA binding factors. Cell, 116,247-257.

43. Veenstra, G.J. and Wolffe, A.P. (2001) Gene-selective developmental roles of general transcription factors. Trends in biochemical sciences, 26, 665-671.

44. Orphanides, G. and Reinberg, D. (2002) A unified theory of gene expression. Cell, 108,439-451.

45. Orphanides, G., Lagrange, T. and Reinberg, D. (1996) The general transcription factors of RNA polymerase II. Genes & development, 10, 2657-2683.

46. Roeder, R.G. (1996) The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II. Trends in biochemical sciences, 21, 327-335.

47. Chapman, R.D., Heidemann, M., Albert, T.K., Mailhammer, R., Flatley, A., Meisterernst, M., Kremmer, E. and Eick, D. (2007) Transcribing RNA polymerase II is phosphorylated at CTD residue serine-7. Science, 318, 1780-1782.

48. Egloff, S., O'Reilly, D., Chapman, R.D., Taylor, A., Tanzhaus, K., Pitts, L., Eick, D. and Murphy, S. (2007) Serine-7 of the RNA polymerase II CTD is specifically required for snRNA gene expression. Science, 318, 1777-1779.

49. Xu, Y.X. and Manley, J.L. (2007) Pinl modulates RNA polymerase II activity during the transcription cycle. Genes & development, 21, 2950-2962.

50. Nikolov, D.B. and Burley, S.K. (1997) RNA polymerase II transcription initiation: a structural view. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 94,15-22.

51. Mitsiou, D.J. and Stunnenberg, H.G. (2003) p300 is involved in formation of the TBP-TFIIA-containing basal transcription complex, TAC. The EMBO journal, 22, 45014511.

52. Johnson, S.A., Dubeau, L., White, R.J. and Johnson, D.L. (2003) The TATA-binding protein as a regulator of cellular transformation. Cell Cycle, 2, 442-444.

53. Muller, F. and Tora, L. (2004) The multicoloured world of promoter recognition complexes. The EMBO journal, 23, 2-8.

54. Pugh, B.F. (2000) Control of gene expression through regulation of the TATA-binding protein. Gene, 255,1-14.

55. Xing, H., Vanderford, N.L. and Sarge, K.D. (2008) The TBP-PP2A mitotic complex bookmarks genes by preventing condensin action. Nature cell biology, 10, 1318-1323.

56. Jacobi, U.G., Akkers, R.C., Pierson, E.S., Weeks, D.L., Dagle, J.M. and Veenstra, G.J. (2007) TBP paralogs accommodate metazoan- and vertebrate-specific developmental gene regulation. The EMBO journal, 26, 3900-3909.

57. Kouskouti, A., Scheer, E., Staub, A., Tora, L. and Talianidis, I. (2004) Gene-specific modulation of TAF10 function by SET9-mediated methylation. Molecular cell, 14, 175-182.

58. Demeny, M.A., Soutoglou, E., Nagy, Z., Scheer, E., Janoshazi, A., Richardot, M., Argentini, M., Kessler, P. and Tora, L. (2007) Identification of a small TAF complex and its role in the assembly of TAF-containing complexes. PloS one, 2, e316.

59. Sanders, S.L., Garbett, K.A. and Weil, P.A. (2002) Molecular characterization of Saccharomyces cerevisiae TFIID. Molecular and cellular biology, 22, 6000-6013.

60. Leurent, C., Sanders, S.L., Demeny, M.A., Garbett, K.A., Ruhlmann, C., Weil, P.A., Tora, L. and Schultz, P. (2004) Mapping key functional sites within yeast TFIID. The EMBO journal, 23, 719-727.

61. Grob, P., Cruse, M.J., Inouye, C., Peris, M., Penczek, P.A., Tjian, R. and Nogales, E.2006) Cryo-electron microscopy studies of human TFIID: conformational breathing in the integration of gene regulatory cues. Structure, 14, 511-520.

62. Deato, M.D. and Tjian, R. (2007) Switching of the core transcription machinery during myogenesis. Genes & development, 21, 2137-2149.

63. Verrijzer, C.P. and Tjian, R. (1996) TAFs mediate transcriptional activation and promoter selectivity. Trends in biochemical sciences, 21, 338-342.

64. Chen, B.S. and Hampsey, M. (2002) Transcription activation: unveiling the essential nature of TFIID. Current biology: CB, 12, R620-622.

65. Wassarman, D.A., Aoyagi, N., Pile, L.A. and Schlag, E.M. (2000) TAF250 is required for multiple developmental events in Drosophila. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 97, 1154-1159.

66. Bhattacharya, S., Takada, S. and Jacobson, R.H. (2007) Structural analysis and dimerization potential of the human TAF5 subunit of TFIID. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United Stales of America, 104, 1189-1194.

67. Svejstrup, J.Q., Vichi, P. and Egly, J.M. (1996) The multiple roles of transcription/repair factor TFIIH. Trends in biochemical sciences, 21, 346-350.

68. Zurita, M. and Merino, C. (2003) The transcriptional complexity of the TFIIH complex. Trends Genet, 19, 578-584.

69. Bushmeyer, S., Park, K. and Atchison, M.L. (1995) Characterization of functional domains within the multifunctional transcription factor, YY1. The Journal of biological chemistry, 270, 30213-30220.

70. Majello, B., De Luca, P. and Lania, L. (1997) Sp3 is a bifunctional transcription regulator with modular independent activation and repression domains. The Journal of biological chemistry, 212,4021-4026.

71. Sauer, F., Fondell, J.D., Ohkuma, Y., Roeder, R.G. and Jackie, H. (1995) Control of transcription by Kruppel through interactions with TFIIB and TFIIE beta. Nature, 375, 162-164.

72. Kaiser, K. and Meisterernst, M. (1996) The human general co-factors. Trends in biochemical sciences, 21, 342-345.

73. Maldonado, E., Hampsey, M. and Reinberg, D. (1999) Repression: targeting the heart of the matter. Cell, 99,455-458.

74. Anderson, M.G., Scoggin, K.E., Simbulan-Rosenthal, C.M. and Steadman, J.A. (2000) Identification of poly(ADP-ribose) polymerase as a transcriptional coactivator of the human T-cell leukemia virus type 1 Tax protein. J Virol, 74, 2169-2177.

75. Ge, H. and Roeder, R.G. (1994) Purification, cloning, and characterization of a human coactivator, PC4, that mediates transcriptional activation of class II genes. Cell, 78, 513-523.

76. Halle, J.P., Stelzer, G., Goppelt, A. and Meisterernst, M. (1995) Activation of transcription by recombinant upstream stimulatory factor 1 is mediated by a novel positive cofactor. The Journal of biological chemistry, 270, 21307-21311.

77. Chiang, C.M, Ge, H., Wang, Z„ Hoffmann, A. and Roeder, R.G. (1993) Unique TATA-binding protein-containing complexes and cofactors involved in transcription by RNA polymerases II and III. The EMBO journal, 12, 2749-2762.

78. Malik, S., Gu, W., Wu, W., Qin, J. and Roeder, R.G. (2000) The USA-derived transcriptional coactivator PC2 is a submodule of TRAP/SMCC and acts synergistically with other PCs. Molecular cell, 5, 753-760.

79. Lewis, B.A. and Reinberg, D. (2003) The mediator coactivator complex: functional and physical roles in transcriptional regulation. J Cell Sci, 116, 3667-3675.

80. Malik, S. and Roeder, R.G. (2000) Transcriptional regulation through Mediator-like coactivators in yeast and metazoan cells. Trends in biochemical sciences, 25, 277-283.

81. Borggrefe, T., Davis, R., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P. and Kornberg, R.D. (2002) A complex of the Srb8, -9, -10, and -11 transcriptional regulatory proteins from yeast. The Journal of biological chemistry, 277, 44202-44207.

82. Myers, L.C., Gustafsson, C.M., Bushnell, D.A., Lui, M., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P. and Kornberg, R.D. (1998) The Med proteins of yeast and their function through the RNA polymerase II carboxy-terminal domain. Genes & development, 12, 45-54.

83. Taatjes, D.J., Naar, A.M., Andel, F.r., Nogales, E. and Tjian, R. (2002) Structure, function, and activator-induced conformations of the CRSP coactivator. Science, 295, 1058-1062.

84. Boube, M., Faucher, C., Joulia, L., Cribbs, D.L. and Bourbon, H.M. (2000) Drosophila homologs of transcriptional mediator complex subunits are required for adult cell and segment identity specification. Genes & development, 14, 2906-2917.

85. Gu, J.Y., Park, J.M., Song, E.J., Mizuguchi, G., Yoon, J.H., Kim-Ha, J., Lee, K.J. and Kim, Y.J. (2002) Novel Mediator proteins of the small Mediator complex in Drosophila SL2 cells. The Journal of biological chemistry, 277,27154-27161.

86. Asturias, F.J., Jiang, Y.W., Myers, L.C., Gustafsson, C.M. and Kornberg, R.D. (1999) Conserved structures of mediator and RNA polymerase II holoenzyme. Science, 283, 985-987.

87. Boube, M., Joulia, L., Cribbs, D.L. and Bourbon, H.M. (2002) Evidence for a mediator of RNA polymerase II transcriptional regulation conserved from yeast to man. Cell, 110, 143-151.

88. Baek, H.J., Malik, S., Qin, J. and Roeder, R.G. (2002) Requirement of TRAP/mediator for both activator-independent and activator-dependent transcription in conjunction with TFIID-associated TAF(II)s. Molecular and cellular biology, 22, 2842-2852.

89. Gustafsson, C.M. and Samuelsson, T. (2001) Mediator-a universal complex in transcriptional regulation. Mol Microbiol, 41, 1-8.

90. Becker, P.B. and Horz, W. (2002) ATP-dependent nucleosome remodeling. Annu Rev Biochem, 71,247-273.

91. Mohrmann, L. and Verrijzer, C.P. (2005) Composition and functional specificity of SWI2/SNF2 class chromatin remodeling complexes. Biochimica et biophysica acta, 1681, 59-73.

92. Holstege, F.C., Jennings, E.G., Wyrick, J.J., Lee, T.I., Hengartner, C.J., Green, M.R., Golub, T.R., Lander, E.S. and Young, R.A. (1998) Dissecting the regulatory circuitry of a eukaryotic genome. Cell, 95, 717-728.

93. Tsukiyama, T. (2002) The in vivo functions of ATP-dependent chromatin-remodelling factors. Nature reviews. Molecular cell biology, 3, 422-429.

94. Dimova, D., Nackerdien, Z., Furgeson, S., Eguchi, S. and Osley, M.A. (1999) A role for transcriptional repressors in targeting the yeast Swi/Snf complex. Molecular cell, 4, 75-83.

95. Vignali, M., Hassan, A.H., Neely, K.E. and Workman, J.L. (2000) ATP-dependent chromatin-remodeling complexes. Molecular and cellular biology, 20, 1899-1910.

96. Armstrong, J.A., Papoulas, O., Daubresse, G., Sperling, A.S., Lis, J.T., Scott, M.P. and Tamkun, J.W. (2002) The Drosophila BRM complex facilitates global transcription by RNA polymerase II. The EMBO journal, 21, 5245-5254.

97. Kennison, J.A. and Tamkun, J.W. (1988) Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapedia mutations in Drosophila. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 85, 8136-8140.

98. Kai, A.J., Mahmoudi, T., Zak, N.B. and Verrijzer, C.P. (2000) The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste. Genes & development, 14, 1058-1071.

99. Collins, R.T., Treisman, J. E. (2000) Osa-containing Brahma chromatin remodeling complexes are required for the repression of wingless target genes. Genes Dev, 14(24), 3140-3152.

100. Marenda, D.R., C. B. Zraly, et al. . (2004) The Drosophila Brahma (SWI/SNF) chromatin remodeling complex exhibits cell-type specific activation and repression functions. Dev Biol 267(2), 279-293.

101. Carrera, I., Zavadil, J. and Treisman, J.E. (2008) Two subunits specific to the PBAP chromatin remodeling complex have distinct and redundant functions during drosophila development. Molecular and cellular biology, 28, 5238-5250.

102. Bultman, S.J., Gebuhr, T.C., Pan, H., Svoboda, P., Schultz, R.M. and Magnuson, T. (2006) Maternal BRG1 regulates zygotic genome activation in the mouse. Genes & development, 20,1744-1754.

103. Trotter, K.W. and Archer, T.K. (2008) The BRG1 transcriptional coregulator. Nuclear receptor signaling, 6, e004.

104. Ryme, J., Asp, P., Böhm, S., Cavellan, E. and Farrants, A.K. (2009) Variations in the composition of mammalian SWI/SNF chromatin remodelling complexes. Journal of cellular biochemistry, 108, 565-576.

105. Moshkin, Y.M., Mohrmann, L., van Ijcken, W.F. and Verrijzer, C.P. (2007) Functional differentiation of SWI/SNF remodelers in transcription and cell cycle control. Molecular and cellular biology, 27, 651-661.

106. Kasten, M.M., Ciapier, C.R. and Cairns, B.R. (2011) SnapShot: Chromatin remodeling: SWI/SNF. Cell, 144,310 e311.

107. Corona, D.F. and Tamkun, J.W. (2004) Multiple roles for ISWI in transcription, chromosome organization and DNA replication. Biochimica et biophysica acta, 1677, 113-119.

108. Lusser, A. and Kadonaga, J.T. (2003) Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines. Bioessays, 25,1192-1200.

109. Kouzarides, T. (2003) Wellcome Trust Award Lecture. Chromatin-modifying enzymes in transcription and cancer. Biochemical Society transactions, 31, 741-743.

110. Jenuwein, T. and Allis, C.D. (2001) Translating the histone code. Science, 293, 10741080.

111. Bannister, A.J., Zegerman, P., Partridge, J.F., Miska, E.A., Thomas, J.O., Allshire, R.C. and Kouzarides, T. (2001) Selective recognition of methylated lysine 9 on histone H3 by the HP1 chromo domain. Nature, 410,120-124.

112. Champagne, K.S. and Kutateladze, T.G. (2009) Structural insight into histone recognition by the ING PHD fingers. Curr Drug Targets, 10,432-441.

113. Clayton, A.L., Rose, S., Barratt, M.J. and Mahadevan, L.C. (2000) Phosphoacetylation of histone H3 on c-fos- and c-jun-associated nucleosomes upon gene activation. The EMBO journal, 19, 3714-3726.

114. Kim, J., Daniel, J., Espejo, A., Lake, A., Krishna, M., Xia, L., Zhang, Y. and Bedford, M.T. (2006) Tudor, МВТ and chromo domains gauge the degree of lysine methylation. EMBO reports, 7, 397-403.

115. Mujtaba, S., Zeng, L. and Zhou, M.M. (2007) Structure and acetyl-lysine recognition of the bromodomain. Oncogene, 26, 5521-5527.

116. Stucki, M., Clapperton, J.A., Mohammad, D., Yaffe, M.B., Smerdon, S.J. and Jackson, S.P. (2005) MDC1 directly binds phosphorylated histone H2AX to regulate cellular responses to DNA double-strand breaks. Cell, 123,1213-1226.

117. Shi, X., Hong, T., Walter, K.L., Ewalt, M., Michishita, E., Hung, T., Carney, D., Pena, P., Lan, F., Kaadige, M.R. et al. (2006) ING2 PHD domain links histone H3 lysine 4 methylation to active gene repression. Nature, 442, 96-99.

118. Ng, S.S., Yue, W.W., Oppermann, U. and Klose, R.J. (2009) Dynamic protein methylation in chromatin biology. Cell Mol Life Sci, 66,407-422.

119. Bannister, A.J. and Kouzarides, T. (2011) Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Res, 21,381-395.

120. Berger, S.L. (2002) Histone modifications in transcriptional regulation. Current opinion in genetics & development, 12,142-148.

121. Oki, M., Aihara, H. and Ito, T. (2007) Role of histone phosphorylation in chromatin dynamics and its implications in diseases. Subcell Biochem, 41, 319-336.

122. Featherstone, M. (2002) Coactivators in transcription initiation: here are your orders. Current opinion in genetics & development, 12,149-155.

123. Maile, T., Kwoczynski, S., Katzenberger, R.J., Wassarman, D.A. and Sauer, F. (2004) TAF1 activates transcription by phosphorylation of serine 33 in histone H2B. Science, 304,1010-1014.

124. Zhang, Y. (2003) Transcriptional regulation by histone ubiquitination and deubiquitination. Genes & development, 17, 2733-2740.

125. Wang, H., Wang, L., Erdjument-Bromage, H., Vidal, M., Tempst, P., Jones, R.S. and Zhang, Y. (2004) Role of histone H2A ubiquitination in Polycomb silencing. Nature, 431, 873-878.

126. Jason, L.J., Moore, S.C., Lewis, J.D., Lindsey, G. and Ausio, J. (2002) Histone ubiquitination: a tagging tail unfolds? Bioessays, 24, 166-174.

127. Seeler, J.S. and Dejean, A. (2003) Nuclear and unclear functions of SUMO. Nature reviews. Molecular cell biology, 4, 690-699.

128. Rouleau, M., Aubin, R.A. and Poirier, G.G. (2004) Poly(ADP-ribosyl)ated chromatin domains: access granted. JCellSci, 117, 815-825.

129. Hassa, P.O., Haenni, S.S., Elser, M. and Hottiger, M.O. (2006) Nuclear ADP-ribosylation reactions in mammalian cells: where are we today and where are we going? Microbiol Mol Biol Rev, 70, 789-829.

130. Krishnakumar, R. and Kraus, W.L. (2010) PARP-1 regulates chromatin structure and transcription through a KDM5B-dependent pathway. Molecular cell, 39,736-749.

131. Dion, M.F., Altschuler, S.J., Wu, L.F. and Rando, O.J. (2005) Genomic characterization reveals a simple histone H4 acetylation code. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, 5501-5506.

132. Kurdistani, S.K., Tavazoie, S. and Grunstein, M. (2004) Mapping global histone acetylation patterns to gene expression. Cell, 117, 721-733.

133. Eberharter, A. and Becker, P.B. (2002) Histone acetylation: a switch between repressive and permissive chromatin. Second in review series on chromatin dynamics. EMBO reports, 3, 224-229.

134. Yamagoe, S., Kanno, T., Kanno, Y., Sasaki, S., Siegel, R.M., Lenardo, M.J., Humphrey, G., Wang, Y., Nakatani, Y., Howard, B.H. et al. (2003) Interaction of histone acetylases and deacetylases in vivo. Molecular and cellular biology, 23, 10251033.

135. Trojer, P. and Reinberg, D. (2007) Facultative heterochromatin: is there a distinctive molecular signature? Mol Cell, 28, 1-13.

136. Hon, G.C., Hawkins, R.D. and Ren, B. (2009) Predictive chromatin signatures in the mammalian genome. Hum Mol Genet, 18, R195-201.

137. Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T.Y., Schönes, D.E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I. and Zhao, K. (2007) High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Cell, 129, 823-837.

138. Bannister, A.J., Schneider, R., Myers, F.A., Thorne, A.W., Crane-Robinson, C. and Kouzarides, T. (2005) Spatial distribution of di- and tri-methyl lysine 36 of histone H3 at active genes. The Journal of biological chemistry, 280,17732-17736.

139. Ng, H.H., Robert, F., Young, R.A. and Struhl, K. (2003) Targeted recruitment of Setl histone methylase by elongating Pol II provides a localized mark and memory of recent transcriptional activity. Molecular cell, 11, 709-719.

140. Xiao, T., Hall, H., Kizer, K.O., Shibata, Y., Hall, M.C., Borchers, C.H. and Strahl, B.D. (2003) Phosphorylation of RNA polymerase II CTD regulates H3 methylation in yeast. Genes & development, 17, 654-663.

141. Doyen, C.M., Montel, F., Gautier, T., Menoni, H., Claudet, C., Delacour-Larose, M., Angelov, D., Hamiche, A., Bednar, J., Faivre- Moskalenko, C., et al. (2006)

142. Dissection of the unusual structural and functional properties of the variant H2A.Bbd nucleosome. EMBOJ., 18, 4234-4444.

143. Henikoff, S., and Ahmad, K. . (2005) Assembly of variant histones into chromatin. Annu. Rev. Cell Dev. Biol., 21, 133-153.

144. Park, Y.J., Chodaparambil, J.V, Bao, Y., McBryant, S.J., and Luger, K. (2005) Nucleosome assembly protein 1 exchanges histone H2A-H2B dimers and assists nucleosome sliding. J. Biol. Chem. , 280, 1817- 1825.

145. Sterner, D.E. and Berger, S.L. (2000) Acetylation of histones and transcription-related factors. Microbiol Mol Biol Rev, 64,435-459.

146. Nagy, Z. and Tora, L. (2007) Distinct GCN5/PCAF-containing complexes function as co-activators and are involved in transcription factor and global histone acetylation. Oncogene, 26, 5341-5357.

147. Yang, X.J. and Seto, E. (2007) HATs and HDACs: from structure, function and regulation to novel strategies for therapy and prevention. Oncogene, 26, 5310-5318.

148. Suganuma, T, Gutierrez, J.L, Li, B., Florens, L., Swanson, S.K, Washburn, M.P, Abmayr, S.M. and Workman, J.L. (2008) AT AC is a double histone acetyltransferase complex that stimulates nucleosome sliding. Nat Struct Mol Biol, 15, 364-372.i

149. Koutelou, E., Hirsch, C.L. and Dent, S.Y. (2010) Multiple faces of the SAGA complex. Curr Opin Cell Biol, 22, 374-382.

150. Huisinga, K.L. and Pugh, B.F. (2004) A genome-wide housekeeping role for TFIID and a highly regulated stress-related role for SAGA in Saccharomyces cerevisiae. Molecular cell, 13, 573-585.

151. Kurdistani, S.K. and Grunstein, M. (2003) Histone acetylation and deacetylation in yeast. Nature reviews. Molecular cell biology, 4, 276-284.

152. Thiagalingam, S., Cheng, K.H., Lee, H.J., Mineva, N., Thiagalingam, A. and Ponte, J.F. (2003) Histone deacetylases: unique players in shaping the epigenetic histone code. Ann N YAcadSci, 983, 84-100.

153. DiRenzo, J., Shang, Y., Phelan, M., Sif, S., Myers, M., Kingston, R. and Brown, M. (2000) BRG-1 is recruited to estrogen-responsive promoters and cooperates with factors involved in histone acetylation. Molecular and cellular biology, 20, 75417549.

154. Syntichaki, P., Topalidou, I. and Thireos, G. (2000) The Gcn5 bromodomain coordinates nucleosome remodelling. Nature, 404,414-417.

155. Chandy, M., Gutierrez, J.L., Prochasson, P. and Workman, J.L. (2006) SWI/SNF displaces SAGA-acetylated nucleosomes. Eukaryotic cell, 5, 1738-1747.

156. Kim, J.H., Saraf, A., Florens, L., Washburn, M. and Workman, J.L. (2010) Gcn5 regulates the dissociation of SWI/SNF from chromatin by acetylation of Swi2/Snf2. Genes & development, 24,2766-2771.

157. Fuda, N.J., Ardehali, M.B. and Lis, J.T. (2009) Defining mechanisms that regulate RNA polymerase II transcription in vivo. Nature, 461, 186-192.

158. Asturias, F.J. (2004) RNA polymerase II structure, and organization of the preinitiation complex. Curr Opin Struct Biol, 14, 121-129.

159. Svejstrup, J.Q. (2004) The RNA polymerase II transcription cycle: cycling through chromatin. Biochimica et biophysica acta, 1677, 64-73.

160. Venters, B.J. and Pugh, B.F. (2009) How eukaryotic genes are transcribed. Critical reviews in biochemistry and molecular biology, 44, 117-141.

161. Johnson, K.M., Wang, J., Smallwood, A., Arayata, C. and Carey, M. (2002) TFIID and human mediator coactivator complexes assemble cooperatively on promoter DNA. Genes & development, 16, 1852-1863.

162. Black, J.C., Choi, J.E., Lombardo, S.R. and Carey, M. (2006) A mechanism for coordinating chromatin modification and preinitiation complex assembly. Molecular cell, 23, 809-818.

163. Marr, M.T., 2nd, Isogai, Y., Wright, K.J. and Tjian, R. (2006) Coactivator cross-talk specifies transcriptional output. Genes & development, 20, 1458-1469.

164. Matangkasombut, O., Auty, R. and Buratowski, S. (2004) Structure and function of the TFIID complex. Advances in protein chemistry, 67, 67-92.

165. Liu, X., Vorontchikhina, M., Wang, Y.L., Faiola, F. and Martinez, E. (2008) STAGA recruits Mediator to the MYC oncoprotein to stimulate transcription and cell proliferation. Molecular and cellular biology, 28, 108-121.

166. Kuras, L., Borggrefe, T. and Kornberg, R.D. (2003) Association of the Mediator complex with enhancers of active genes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 100,13887-13891.

167. Ghosh, S. and Pugh, B.F. (2011) Sequential recruitment of SAGA and TFIID in a genomic response to DNA damage in Saccharomyces cerevisiae. Molecular and cellular biology, 31,190-202.

168. Mitra, D., Parnell, E.J., Landon, J.W., Yu, Y. and Stillman, D.J. (2006) SWI/SNF binding to the HO promoter requires histone acetylation and stimulates TATA-binding protein recruitment. Molecular and cellular biology, 26, 4095-4110.

169. Sharma, V.M., Li, B. and Reese, J.C. (2003) SWI/SNF-dependent chromatin remodeling of RNR3 requires TAF(II)s and the general transcription machinery. Genes & development, 17, 502-515.

170. Emerson, B.M. (2002) Specificity of gene regulation. Cell, 109,267-270.

171. Perissi, V. and Rosenfeld, M.G. (2005) Controlling nuclear receptors: the circular logic of cofactor cycles. Nature reviews. Molecular cell biology, 6, 542-554.

172. Hassan, A.H., Neely, K.E., Vignali, M., Reese, J.C. and Workman, J.L. (2001) Promoter targeting of chromatin-modifying complexes. Front Biosci, 6, D1054-1064.

173. Yudkovsky, N., Ranish, J.A. and Hahn, S. (2000) A transcription reinitiation intermediate that is stabilized by activator. Nature, 408,225-229.

174. Kimura, H., Sugaya, K. and Cook, P.R. (2002) The transcription cycle of RNA polymerase II in living cells. The Journal of cell biology, 159, 777-782.

175. Metivier, R., Reid, G. and Gannon, F. (2006) Transcription in four dimensions: nuclear receptor-directed initiation of gene expression. EMBO reports, 7,161-167.

176. Maniatis, T. and Reed, R. (2002) An extensive network of coupling among gene expression machines. Nature, 416, 499-506.

177. Parvin, J.D. and Young, R.A. (1998) Regulatory targets in the RNA polymerase II holoenzyme. Current opinion in genetics & development, 8, 565-570.

178. Saurin, A.J., Shao, Z., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P. and Kingston, R.E. (2001) A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature, 412, 655-660.

179. Fraser, P. (2006) Transcriptional control thrown for a loop. Current opinion in genetics & development, 16,490-495.

180. Fraser, P. and Engel, J.D. (2006) Constricting restricted transcription: the (actively?) shrinking web. Genes & development, 20,1379-1383.

181. Vasiljeva, L., Kim, M., Mutschler, H., Buratowski, S. and Meinhart, A. (2008) The Nrdl-Nab3-Senl termination complex interacts with the Ser5-phosphorylated RNA polymerase II C-terminal domain. Nat Struct Mol Biol, 15, 795-804.

182. Hieb, A.R., Baran, S., Goodrich, J.A. and Kugel, J.F. (2006) An 8 nt RNA triggers a rate-limiting shift of RNA polymerase II complexes into elongation. The EMBO journal, 25,3100-3109.

183. Margaritis, T. and Holstege, F.C. (2008) Poised RNA polymerase II gives pause for thought. Cell, 133, 581-584.

184. Fujita, T. and Schlegel, W. (2010) Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: an opportunity to regulate gene transcription. Journal of receptor and signal transduction research, 30, 31-42.

185. Nechaev, S. and Adelman, K. (2011) Pol II waiting in the starting gates: Regulating the transition from transcription initiation into productive elongation. Biochimica et biophysica acta, 1809, 34-45.

186. Luna, R., Gaillard, H., Gonzalez-Aguilera, C. and Aguilera, A. (2008) Biogenesis of mRNPs: integrating different processes in the eukaryotic nucleus. Chromosoma, 117, 319-331.

187. Boettiger, A.N. and Levine, M. (2009) Synchronous and stochastic patterns of gene activation in the Drosophila embryo. Science, 325, 471-473.

188. Peterlin, B.M. and Price, D.H. (2006) Controlling the elongation phase of transcription with P-TEFb. Molecular cell, 23, 297-305.

189. Yamada, T., Yamaguchi, Y., Inukai, N., Okamoto, S., Mura, T. and Handa, H. (2006) P-TEFb-mediated phosphorylation of hSpt5 C-terminal repeats is critical for processive transcription elongation. Molecular cell, 21,227-237.

190. Sims, R.J.r., Belotserkovskaya, R. and Reinberg, D. (2004) Elongation by RNA polymerase II: the short and long of it. Genes & development, 18,2437-2468.

191. Ahn, S.H., Kim, M. and Buratowski, S. (2004) Phosphorylation of serine 2 within the RNA polymerase II C-terminal domain couples transcription and 3' end processing. Molecular cell, 13, 67-76.

192. Rosonina, E., Kaneko, S. and Manley, J.L. (2006) Terminating the transcript: breaking up is hard to do. Genes & development, 20, 1050-1056.

193. Krishnamurthy, S., He, X., Reyes-Reyes, M., Moore, C. and Hampsey, M. (2004) Ssu72 Is an RNA polymerase II CTD phosphatase. Molecular cell, 14, 387-394.

194. Bjork, P. and Wieslander, L. (2011) Nucleocytoplasmic mRNP export is an integral part of mRNP biogenesis. Chromosoma, 120,23-38.

195. Kohler, A. and Hurt, E. (2007) Exporting RNA from the nucleus to the cytoplasm. Nature reviews. Molecular cell biology, 8, 761-773.

196. Brown, C.R. and Silver, P.A. (2007) Transcriptional regulation at the nuclear pore complex. Current opinion in genetics & development, 17, 100-106.

197. Jimeno, S. and Aguilera, A. (2010) The THO complex as a key mRNP biogenesis factor in development and cell differentiation. J Biol, 9, 6.

198. Aguilera, A. (2005) Cotranscriptional mRNP assembly: from the DNA to the nuclear pore. Curr Opin Cell Biol, 17,242-250.

199. Masuda, S., Das, R., Cheng, H., Hurt, E., Dormán, N. and Reed, R. (2005) Recruitment of the human TREX complex to mRNA during splicing. Genes & development, 19,1512-1517.

200. Rehwinkel, J., Herold, A., Gari, K., Kocher, T., Rode, M., Ciccarelli, F.L., Wilm, M. and Izaurralde, E. (2004) Genome-wide analysis of mRNAs regulated by the THO complex in Drosophila melanogaster. Nat Struct Mol Biol, 11, 558-566.

201. Cheng, H., Dufu, K., Lee, C.S., Hsu, J.L., Dias, A. and Reed, R. (2006) Human mRNA export machinery recruited to the 5' end of mRNA. Cell, 127,1389-1400.

202. Lai, E. and Darnell, J.E. (1991) Transcriptional control in hepatocytes: a window on development. Trends in biochemical sciences, 16, 427-430.

203. Babb, R, Cleary, M.A. and Herr, W. (1997) OCA-B is a functional analog of VP16 but targets a separate surface of the Oct-1 POU domain. Molecular and cellular biology, 17,7295-7305.

204. Kim, T.K. and Maniatis, T. (1997) The mechanism of transcriptional synergy of an in vitro assembled interferon-beta enhanceosome. Molecular cell, 1, 119-129.

205. Wyrick, JJ. and Young, R.A. (2002) Deciphering gene expression regulatory networks. Current opinion in genetics & development, 12, 130-136.

206. Lee, T.I, Rinaldi, N.J., Robert, F, Odom, D.T, Bar-Joseph, Z., Gerber, G.K., Hannett, N.M, Harbison, C.T., Thompson, C.M, Simon, I. et al. (2002)

207. Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae. Science, 298, 799804.

208. Komili, S. and Silver, P.A. (2008) Coupling and coordination in gene expression processes: a systems biology view. Nature reviews. Genetics, 9, 38-48.

209. Bjorklund, S., Almouzni, G., Davidson, I., Nightingale, K.P. and Weiss, K. (1999) Global transcription regulators of eukaryotes. Cell, 96, 759-767.

210. Raj, A., Peskin, C.S., Tranchina, D., Vargas, D.Y. and Tyagi, S. (2006) Stochastic mRNA synthesis in mammalian cells. PLoS biology, 4, e309.

211. Nelson, D.E., See, V., Nelson, G. and White, M.R. (2004) Oscillations in transcription factor dynamics: a new way to control gene expression. Biochemical Society transactions, 32, 1090-1092.

212. Whitmarsh, A.J. and Davis, R.J. (2000) Regulation of transcription factor function by phosphorylation. Cell Mol Life Sci, 57,1172-1183.

213. Muratani, M. and Tansey, W.P. (2003) How the ubiquitin-proteasome system controls transcription. Nature reviews. Molecular cell biology, 4, 192-201.

214. Ferdous, A., Sikder, D., Gillette, T., Nalley, K., Kodadek, T. and Johnston, S.A. (2007) The role of the proteasomal ATPases and activator monoubiquitylation in regulating Gal4 binding to promoters. Genes & development, 21,112-123.

215. Gill, G. (2003) Post-translational modification by the small ubiquitin-related modifier SUMO has big effects on transcription factor activity. Current opinion in genetics & development, 13, 108-113.

216. Thiel, G., Lietz, M., Bach, K., Guethlein, L. and Cibelli, G. (2001) Biological activity of mammalian transcriptional repressors. Biol Chem, 382, 891-902.

217. Nibu, Y., Senger, K. and Levine, M. (2003) CtBP-independent repression in the Drosophila embryo. Molecular and cellular biology, 23, 3990-3999.

218. Moazed, D. (2001) Common themes in mechanisms of gene silencing. Molecular cell, 8, 489-498.

219. Dellino, G.I., Schwartz, Y.B., Farkas, G., McCabe, D., Elgin, S.C. and Pirrotta, V. (2004) Polycomb silencing blocks transcription initiation. Molecular cell, 13, 887893.

220. Berezney, R. (2002) Regulating the mammalian genome: the role of nuclear architecture. Adv Enzyme Regul, 42, 39-52.

221. Structure andfunctional organization of the nuclear matrix. Academic Press.

222. Spector, D.L. (2001) Nuclear domains. J Cell Sci, 114,2891-2893.

223. Ezzat, S., Yu, S. and Asa, S.L. (2003) Ikaros isoforms in human pituitary tumors: distinct localization, histone acetylation, and activation of the 5' fibroblast growth factor receptor-4 promoter. Am J Pathol, 163,1177-1184.

224. Belmont, A. (2003) Dynamics of chromatin, proteins, and bodies within the cell nucleus. Curr Opin Cell Biol, 15, 304-310.

225. Сьяксте, Н.И. and Сьяксте, Т.Г. (2001) Транскрипционные факторы и ядерный матрикс. Молекулярная биология, 35, 739-749.

226. Zobeck, K.L., Buckley, M.S., Zipfel, W.R. and Lis, J.T. (2010) Recruitment timing and dynamics of transcription factors at the Hsp70 loci in living cells. Molecular cell, 40,965-975.

227. Kisseleva, Т., Bhattacharya, S., Braunstein, J. and Schindler, C.W. (2002) Signaling through the JAK/STAT pathway, recent advances and future challenges. Gene, 285, 124.

228. Arbouzova, N.I. and Zeidler, M.P. (2006) JAK/STAT signalling in Drosophila: insights into conserved regulatory and cellular functions. Development, 133, 26052616.

229. Shi, S., Larson, K., Guo, D., Lim, S.J., Dutta, P., Yan, S.J. and Li, W.X. (2008) Drosophila STAT is required for directly maintaining HP1 localization and heterochromatin stability. Nature cell biology, 10,489-496.

230. Dawson, M.A., Bannister, A.J., Gottgens, B., Foster, S.D., Bartke, T., Green, A.R. and Kouzarides, T. (2009) JAK2 phosphorylates histone H3Y41 and excludes HP 1 alpha from chromatin. Nature, 461, 819-822.

231. Levy, D.E. and Darnell, J.E., Jr. (2002) Stats: transcriptional control and biological impact. Nature reviews. Molecular cell biology, 3, 651-662.

232. Wright, V.M., Vogt, K.L., Smythe, E. and Zeidler, M.P. (2011) Differential activities of the Drosophila JAK/STAT pathway ligands Upd, Upd2 and Upd3. Cellular signalling, 23,920-927.

233. Baeg, G.H., Zhou, R. and Perrimon, N. (2005) Genome-wide RNAi analysis of JAK/STAT signaling components in Drosophila. Genes & development, 19, 18611870.

234. Muller, P., Kuttenkeuler, D., Gesellchen, V., Zeidler, M.P. and Boutros, M. (2005) Identification of JAK/STAT signalling components by genome-wide RNA interference. Nature, 436, 871-875.

235. Harrison, D.A., McCoon, P.E., Binari, R., Gilman, M. and Perrimon, N. (1998) Drosophila unpaired encodes a secreted protein that activates the JAK signaling pathway. Genes & development, 12, 3252-3263.

236. Brown, S., Hu, N. and Hombria, J.C. (2001) Identification of the first invertebrate interleukin JAK/STAT receptor, the Drosophila gene domeless. Current biology : CB, 11,1700-1705.

237. Calo, V., Migliavacca, M., Bazan, V., Macaluso, M., Buscemi, M., Gebbia, N. and Russo, A. (2003) STAT proteins: from normal control of cellular events to tumorigenesis. Journal of cellular physiology, 197, 157-168.

238. Horvath, C.M. (2000) STAT proteins and transcriptional responses to extracellular signals. Trends in biochemical sciences, 25,496-502.

239. Ekas, L.A., Cardozo, T.J., Flaherty, M.S., McMillan, E.A., Gonsalves, F.C. and Bach, E.A. (2010) Characterization of a dominant-active STAT that promotes tumorigenesis in Drosophila. Developmental biology, 344, 621-636.

240. Gronholm, J., Ungureanu, D., Vanhatupa, S., Ramet, M. and Silvennoinen, O. (2010) Sumoylation of Drosophila transcription factor STAT92E. Journal of innate immunity, 2,618-624.

241. Li, X„ Leung, S., Burns, C. and Stark, G.R. (1998) Cooperative binding of Statl-2 heterodimers and ISGF3 to tandem DNA elements. Biochimie, 80, 703-710.

242. Shuai, K. (2000) Modulation of STAT signaling by STAT-interacting proteins. Oncogene, 19,2638-2644.

243. Bhattacharya, S., Eckner, R., Grossman, S., Oldread, E., Arany, Z., D'Andrea, A. and Livingston, D.M. (1996) Cooperation of Stat2 and p300/CBP in signalling induced by interferon-alpha. Nature, 383, 344-347.

244. Paulson, M., Press, C., Smith, E., Tanese, N. and Levy, D.E. (2002) IFN-Stimulated transcription through a TBP-free acetyltransferase complex escapes viral shutoff. Nature cell biology, 4, 140-147.

245. Giraud, S., Hurlstone, A., Avril, S. and Coqueret, O. (2004) Implication of BRG1 and cdk9 in the STAT3-mediated activation of the p21wafl gene. Oncogene, 23, 73917398.

246. Huang, M., Qian, F., Hu, Y., Ang, C., Li, Z. and Wen, Z. (2002) Chromatin-remodelling factor BRG1 selectively activates a subset of interferon-alpha-inducible genes. Nature cell biology, 4, 774-781.

247. Wurster, A.L. and Pazin, M.J. (2008) BRGl-mediated chromatin remodeling regulates differentiation and gene expression of T helper cells. Molecular and cellular biology, 28, 7274-7285.

248. Xu, R., Spencer, V.A. and Bissell, M.J. (2007) Extracellular matrix-regulated gene expression requires cooperation of SWI/SNF and transcription factors. The Journal of biological chemistry, 282, 14992-14999.

249. Cantwell, C.A., Sterneck, E. and Johnson, P.F. (1998) Interleukin-6-specific activation of the C/EBPdelta gene in hepatocytes is mediated by Stat3 and Spl. Molecular and cellular biology, 18,2108-2117.

250. Zhang, X., Wrzeszczynska, M.H., Horvath, C.M. and Darnell, J.E., Jr. (1999) Interacting regions in Stat3 and c-Jun that participate in cooperative transcriptional activation. Molecular and cellular biology, 19, 7138-7146.

251. Stocklin, E., Wissler, M., Gouilleux, F. and Groner, B. (1996) Functional interactions between Stat5 and the glucocorticoid receptor. Nature, 383, 726-728.

252. Zhu, M., John, S., Berg, M. and Leonard, W.J. (1999) Functional association of Nmi with Stat5 and Statl in IL-2- and IFNgamma-mediated signaling. Cell, 96,121-130.

253. Goenka, S. and Boothby, M. (2006) Selective potentiation of Stat-dependent gene expression by collaborator of Stat6 (CoaSt6), a transcriptional cofactor. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103, 4210-4215.

254. Kwon, M.C., Koo, B.K., Moon, J.S., Kim, Y.Y., Park, K.C., Kim, N.S., Kwon, M.Y., Kong, M.P., Yoon, K.J., Im, S.K. et al. (2008) Crifl is a novel transcriptional coactivator of STAT3. The EMBO journal, 27, 642-653.

255. Snyder, M., He, W. and Zhang, J.J. (2005) The DNA replication factor MCM5 is essential for Statl-mediated transcriptional activation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102,14539-14544.

256. Karsten, P., Hader, S. and Zeidler, M.P. (2002) Cloning and expression of Drosophila SOCS36E and its potential regulation by the JAK/STAT pathway. Mech Dev, 117, 343-346.

257. Reed, J.C., Nowell, P.C. and Hoover, R.G. (1985) Regulation of c-myc mRNA levels in normal human lymphocytes by modulators of cell proliferation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 82,4221-4224.

258. Beccari, S., Teixeira, L. and Rorth, P. (2002) The JAK/STAT pathway is required for border cell migration during Drosophila oogenesis. Mech Dev, 111, 115-123.

259. Lopez-Onieva, L., Fernandez-Minan, A. and Gonzalez-Reyes, A. (2008) Jak/Stat signalling in niche support cells regulates dpp transcription to control germline stem cell maintenance in the Drosophila ovary. Development, 135, 533-540.

260. Starz-Gaiano, M., Melani, M., Meinhardt, H. and Montell, D. (2009) Interpretation of the UPD/JAK/STAT morphogen gradient in Drosophila follicle cells. Cell Cycle, 8, 2917-2925.

261. Mertens, C. and Darnell, J.E., Jr. (2007) SnapShot: JAK-STAT signaling. Cell, 131, 612.

262. Luo, H. and Dearolf, C.R. (2001) The JAK/STAT pathway and Drosophila development. Bioessays, 23, 1138-1147.

263. Yan, R., Luo, H., Darnell, J.E., Jr. and Dearolf, C.R. (1996) A JAK-STAT pathway regulates wing vein formation in Drosophila. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 93, 5842-5847.

264. McGregor, J.R., Xi, R. and Harrison, D.A. (2002) JAK signaling is somatically required for follicle cell differentiation in Drosophila. Development, 129, 705-717.

265. Baksa, K., Parke, T., Dobens, L.L. and Dearolf, C.R. (2002) The Drosophila STAT protein, stat92E, regulates follicle cell differentiation during oogenesis. Developmental biology, 243, 166-175.

266. King-Jones, K. and Thummel, C.S. (2005) Nuclear receptors~a perspective from Drosophila. Nature reviews. Genetics, 6, 311-323.

267. Kozlova, T. and Thummel, C.S. (2003) Essential roles for ecdysone signaling during Drosophila mid-embryonic development. Science, 301, 1911-1914.

268. Schwedes, C.C. and Carney, G.E. (2012) Ecdysone signaling in adult Drosophila melanogaster. Journal of insect physiology, 58, 293-302.

269. Yao, T.P., Forman, B.M., Jiang, Z., Cherbas, L., Chen, J.D., McKeown, M., Cherbas, P. and Evans, R.M. (1993) Functional ecdysone receptor is the product of EcR and Ultraspiracle genes. Nature, 366, 476-479.

270. Gilbert, L.I., Rybczynski, R. and Warren, J.T. (2002) Control and biochemical nature of the ecdysteroidogenic pathway. Annual review of entomology, 47, 883-916.

271. Spindler, K.D., Honl, C., Tremmel, C., Braun, S., Ruff, H. and Spindler-Barth, M. (2009) Ecdysteroid hormone action. Cell Mol Life Sci, 66, 3837-3850.

272. Ruaud, A.F., Lam, G. and Thummel, C.S. (2010) The Drosophila nuclear receptors DHR3 and betaFTZ-Fl control overlapping developmental responses in late embryos. Development, 137, 123-131.

273. Thummel, C.S. (2002) Ecdysone-regulated puff genes 2000. Insect biochemistry and molecular biology, 32, 113-120.

274. Altucci, L. and Gronemeyer, H. (2001) Nuclear receptors in cell life and death. Trends Endocrinol Metab, 12,460-468.

275. Aagaard, M.M., Siersbaek, R. and Mandrup, S. (2011) Molecular basis for gene-specific transactivation by nuclear receptors. Biochimica et biophysica acta, 1812, 824-835.

276. Bain, D.L., Heneghan, A.F., Connaghan-Jones, K.D. and Miura, M.T. (2007) Nuclear receptor structure: implications for function. Annu Rev Physiol, 69,201-220.

277. Baumann, C.T., Lim, C.S. and Hager, G.L. (1999) Intracellular localization and trafficking of steroid receptors. Cell Biochem Biophys, 31, 119-127.

278. Cohen, R.N., Putney, A., Wondisford, F.E. and Hollenberg, A.N. (2000) The nuclear corepressors recognize distinct nuclear receptor complexes. Mol Endocrinol, 14, 900914.

279. Giguere, V. (1999) Orphan nuclear receptors: from gene to function. Endocr Rev, 20, 689-725.

280. Koelle, M.R., Segraves, W.A. and Hogness, D.S. (1992) DHR3: a Drosophila steroid receptor homolog. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 89, 6167-6171.

281. Lam, G.T., Jiang, C. and Thummel, C.S. (1997) Coordination of larval and prepupal gene expression by the DHR3 orphan receptor during Drosophila metamorphosis. Development, 124, 1757-1769.

282. Lam, G., Hall, B.L., Bender, M. and Thummel, C.S. (1999) DHR3 is required for the prepupal-pupal transition and differentiation of adult structures during Drosophila metamorphosis. Developmental biology, 212,204-216.

283. White, K.P., Hurban, P., Watanabe, T. and Hogness, D.S. (1997) Coordination of Drosophila metamorphosis by two ecdysone-induced nuclear receptors. Science, 276, 114-117.

284. Georgiev, P.G., Gerasimova, T.I. . (1989) Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Mol Gen Genet, 220(1), 121-126.

285. Georgieva, S.G., Nabirochkina, E.N., Georgiev, P.G., Soldatov, A.V. (2000) Gene enhancer of yellow 1 of Drosophila melanogaster codes for protein TAFII40. Dokl Biochem, 375,228-230.

286. Grzybowska, E.A., Wilczynska, A. and Siedlecki, J.A. (2001) Regulatory functions of 3'UTRs. Biochemical and biophysical research communications, 288, 291-295.

287. Georgiev, P.G. and Gerasimova, T.I. (1989) Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Molecular & general genetics: MGG, 220,121-126.

288. Mellor, J. (2006) It takes a PHD to read the histone code. Cell, 126,22-24.

289. Banga, S.S, Peng, L, Dasgupta, T, Palejwala, V. and Ozer, H.L. (2009) PHF10 is required for cell proliferation in normal and SV40-immortalized human fibroblast cells. Cytogenetic and genome research, 126, 227-242.

290. Pascual-Garcia, P. and Rodríguez-Navarro, S. (2009) A tale of coupling, Susl function in transcription and mRNA export. RNA Biol, 6,141-144.

291. Krasnov, A.N, Kurshakova, M.M, Ramensky, V.E, Mardanov, P.V, Nabirochkina, E.N. and Georgieva, S.G. (2005) A retrocopy of a gene can functionally displace the source gene in evolution. Nucleic acids research, 33,6654-6661.

292. Kohler, A., Schneider, M., Cabal, G.G., Nehrbass, U. and Hurt, E. (2008) Yeast Ataxin-7 links histone deubiquitination with gene gating and mRNA export. Nature cell biology, 10, 707-715.

293. Soldatov, A., Nabirochkina, E., Georgieva, S., Belenkaja, T. and Georgiev, P. (1999) TAFII40 protein is encoded by the e(y)l gene: biological consequences of mutations. Molecular and cellular biology, 19, 3769-3778.