Генотипическое разнообразие изолятов и молекулярная вариабельность вируса гепатита C у населения Новосибирской области тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Шустов, Александр Вячеславович

• Шустов, Александр Вячеславович
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Шустов, Александр Вячеславович

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Определения терминов.

1.1 Общие сведения о гепатите С и его возбудителе.

1.1.2 Физико-химические свойства вириона.

1.1.3 Молекулярная биология ВГС.

1.1.3.1 Нетранслируемые области.

1.1.3.2 Структурные белки.

1.1.3.3 Неструктурные белки.

1.2. Вариабельность генома ВГС.

1.2.1 Уровни вариабельности.

1.2.2 Уровень инфицированного индивида - квазивиды.

1.2.3 Уровень эпидемической цепочки - изоляты.

1.2.4 Уровень популяций - генотипы и подтипы.

1.2.5 Генотипы ВГС.

1.2.5.1 История классификаций ВГС.

1.2.5.2 Шесть генотипов ВГС.

1.2.5.3 Генотип-специфические полиморфизмы генома ВГС.

1.2.6 Структура и вариабельность последовательности 5-UTR ВГС.

1.2.7 Структура и вариабельность белка NS5B.

1.2.8 Филогенетическая система классификации ВГС.

1.2.8.1 Методы филогенетического анализа.

1.2.8.2 Филогенетические методы в классификации ВГС.

1.3 Методы генотипирования изолятов ВГС.

1.4 Географическое распределение изолятов ВГС.

1.4.1 Российская Федерация.

1.4.2 Западная Европа.

1.4.3 Азия.

1.4.3.1 Китай, Корея.

1.4.3.2 Япония.

1.4.3.3 Южная Азия (Пакистан, Индия, Непал, Бангладеш).

1.4.3.4 Юго-Восточная Азия (Вьетнам, Таиланд, Мьянма, Индонезия).

1.4.4 Африка и Ближний Восток.

1.4.5 Австралия.

1.4.6 Северная Америка.

1.4.7 Южная Америка.

1.5. Эволюционная эпидемиология генотипов ВГС.

1.6. Значение генотипического разнообразия ВГС.

1.6.1 Эффективность лечения препаратами интерферона.

1.6.2 Течение инфекции и исход трансплантации печени.

1.6.3 Дизайн диагностических тест-систем и эффективность вакцин.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Обследованные популяции.

2.2 Эпидемиологические исследование.

2.3 Диагностические тест-системы.

2.4 Химические реактивы, ферменты и наборы.

2.5 Выделение суммарных РНК.

2.6 Обратная транскрипция (ОТ).

2.7 ПЦР-амплификация.

2.8 Определение нуклеотидных последовательностей.

2.9 Анализ последовательностей.

2.10 Обработка эпидемиологических данных.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1 Исследование встречаемости маркеров инфекции ВГС среди различных групп населения Западной Сибири.

3.1.1 Встречаемость маркёров ВГС у пациентов инфекционных больниц и наркологического диспансера.

3.1.2 Встречаемость маркёров ВГС у клинически здорового населения и поликлинических пациентов.

3.1.2.1 Встречаемость маркёров ВГС среди жителей г. Барнаул (первично обратившихся доноров).

3.1.2.2 Выявляемость маркёров ВГС у сотрудников ГНЦ ВБ "ВЕКТОР".

3.1.2.3 Встречаемость маркёров ВГС среди жителей пос. Мендур-Соккон

3.1.2.4 Встречаемость маркёров ВГС у пациентов поликлиники пос. Кольцо во.

3.1.3 Встречаемость маркёров вируса гепатита С у сотрудников 101 медицинских учреждений.

3.2 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС.

3.2.1 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС у пациентов стационаров

3.2.2 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС в сыворотках от медработников.

3.2.3 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС в образцах от поликлинических пациентов.

3.2.4 Сравнение генотипического разнообразия изолятов ВГС в разных популяционных группах.

3.3 Анализ факторов риска инфицирования ВГС у жителей Новосибирской

3.3.1 Факторы риска инфекции ВГС среди медицинских работников.

3.3.2 Факторы риска инфекции ВГС в различных популяционных группах жителей Новосибиской обл.

3.3.3 Свидетельства участия внутривенной наркомании в преимущественном распространении генотипа ВГС 3 в группах высокого риска.

3.4 Генетическая характеризация нуклеотидных последовательностей ВГС.

3.4.1 Филогенетический анализ последовательностей фрагмента 5'-UTR ВГС

3.4.2 Филогенетический анализ последовательностей фрагмента NS5B.

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

Благодарности.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генотипическое разнообразие изолятов и молекулярная вариабельность вируса гепатита C у населения Новосибирской области»

Актуальность проблемы.

Гепатит С - повсеместно распространённое вирусное заболевание человека, актуальность которого высока для здравоохранения всех стран мира, включая Россию. Данная инфекция в значительном числе случаев приводит к потере качества жизни и снижению работоспособности. У людей, инфицированных вирусом гепатита С (ВГС), весьма часто развиваются хронический гепатит, а со временем - цирроз печени и первичный рак печени. Всемирная Организация Здравоохранения оценивает число больных и носителей ВГС в мире в 170 миллионов (WHO, Report of WHO Consultation, 1999). В Российской Федерации живут от 3 до 5 млн. людей, хронически инфицированных ВГС. Официальной регистрации в России в настоящее время подлежат три клинических формы гепатита С: острый гепатит, хронический гепатит и носительство. Индекс заболеваемости острым ВГС в период с момента начала регистрации (1994 г.) варьировал на уровне 5-21 случаев на 100,000 населения в год (16.7/100,000 в 2001; 7.2/100,000 в 2002). В тоже время, количество вновь выявляемых носителей значительно больше (126.3/100,000 в 2001; 123.1/100,000 в 2002) (ЗНиСО, 2002; ЗНиСО, 2003). Этиотропная терапия гепатита С имеет исключительно высокую стоимость, но, при этом, приводит к излечению в меньшинстве (<40%) случаев. Средств иммунопрофилактики ВГС пока не разработано, поэтому самые эффективные методы контроля данной инфекции нацелены на предотвращение новых случаев посредством прерывания эпидемической цепи.

Преимущественным способом передачи ВГС является гемоконтактный, возможна передача половым путём или от инфицированной матери ребёнку. Эпидемиологические исследования спорадического гепатита С показали, что в значительном числе случаев момент и источник заражения установить не удаётся.

Эпидемиологическая ситуация по ВГС в Российской Федерации развивается очень динамично, но причины изменений изучены слабо. В развитых странах Запада проведены исследования, показавшие, что до начала массового скрининга доноров крови на маркёры ВГС, основным эпидемиологическим фактором инфицирования в этих странах были кровепереливания, следующее по важности значение имели инвазивные медицинские процедуры в анамнезе (CDC, MMWR Recomm. Rep., 1998). В Российской Федерации обязательный скрининг донорской крови на маркёры ВГС введён в 1994 г. и, если до середины 90-х гг. в структуре заболеваемости большой вес могли иметь случаи нозокомиальной и ятрогенной передачи, то в настоящее время основная циркуляция ВГС в России связана с внутривенным введением наркотиков. Продолжающееся быстрыми темпами распространение инфекции ВГС среди населения России свидетельствует о том, что имеющейся в настоящий момент информации по характеру циркуляции изолятов ВГС как в масштабе всей страны, так и в том, что касается отдельных регионов России, пока недостаточно, чтобы контролировать данную инфекцию.

Молекулярно-эпидемиологические данные находят ценное применение при организации эпидемиологического надзора за различными инфекциями, включая ВГС, в связи с чем молекулярные методы становятся всё более популярны в среде эпидемиологов.

С точки зрения описательной и эволюционной эпидемиологии значение молекулярных подходов определяется тем, что они: во-первых, предоставляют наиболее точные из возможных средств слежения за распространением возбудителя (т.е. позволяют доказательно выявлять эпидемические цепочки и сети); во-вторых, отслеживают изменения в биологически важных участках генетического материала возбудителя, происходящие в процессе взаимодействия инфекционного агента с организмом чувствительного хозяина и со средой; в третьих, описывают структуру популяции возбудителя и позволяют выявлять протекающие во времени изменения в популяционной структуре, могущие предшествовать эпидемии.

Важно, что для получения эпидемиологически значимых результатов, необходимо проводить сравнения генетических данных, полученных в ходе исследования разных популяционных групп. Знание молекулярной вариабельности генома возбудителя определённого заболевания в одной единственной группе носителей или больных немногое даёт для эпидемиологии, зато сравнение генетических структур популяций инфекционного патогена, выявленных на разных территориях, в разное время или у различных групп лиц, может стать ключом к пониманию эволюционной истории данного патогенного организма.

Опубликованы оценки, согласно которым ВГС присутствует в популяциях человека приблизительно в течение 500-2000 лет, но по ряду причин, указанные цифры представляются сильно заниженными (Simmonds, 2001). Развитие молекулярно-эпидемиологических исследований эпидемии ВГС в России и соседних странах позволит не только описать текущее разнообразие вирусных изолятов, циркулирующих на большей части Евразии, но, также, выделить исторические этапы эпидемического процесса на данных территориях. Сравнение с результатами других популяционных наук (молекулярно-генетическими данными по генетическому полиморфизму человеческих популяций, этнологическими и историческими данными), позволит на основе молекулярно-эпидемиологических данных указать на источники и пути распространения эпидемии, вычленить роль миграций, межпопуляционных контактов в расширении нозоареала, сделать предсказания о развитии эпидемии ВГС в будущем.

Сибирский регион интересен как для этнографа, так и для эпидемиолога разнообразием человеческих групп, развивавшихся в течение долгого времени в условиях ограниченных контактов. В силу относительной неразвитости коммуникаций во многих сибирских местностях и хозяйственного уклада, ориентированного на самодостаточное натуральное хозяйство, многие популяции в Сибири, в особенности, относящиеся к малочисленным коренным народностям, до самого последнего времени проживали изолированно (по крайней мере, в отношении передачи заболеваний, подобных ВГС, -строгих антропонозов, не способных к трансмиссибельной передаче с животными векторами и передаваемых преимущественно гемоконтактным путём). В этой связи особо следует отметить роль небольших по численности локальных популяций человека в качестве возможных резервуаров, в которых происходит сохранение и, возможно, ускоренное эволюционное развитие инфекционных патогенов, не способных существовать в природных очагах. В случае "выхода" изменённого патогена за пределы локальной популяции, в другие (неимунные и неадаптированные) человеческие коллективы, связанные путями передачи, такие патогены часто становятся причинами эпидемий. Молекулярно-эпидемиологические исследования позволяют оценить степень генетической гетерогенности возбудителя и предсказать направление дальнейшего развития эпидемиологической ситуации.

С точки зрения оптимизации эпидемиологического надзора за инфекцией ВГС среди населения Сибири в настоящий момент времени нуждаются в прояснении многочисленные вопросы, включающие дифференцированную встречаемость маркёров инфекции в различных популяционных группах, заболеваемость, факторы риска, параметры интенсивности циркуляции изолятов ВГС, временные параметры эпидемии (латентный период, среднее время перехода в цирроз, кривая дожития, количество потерянных лет потенциальной жизни и пр.). Количественные оценки перечисленных факторов нужны для принятия обоснованных решений и проведения адресных превентивных программ, причём такие оценки окажутся полезны не только для профилактики инфекции ВГС, но также в "эпидемиологически-связанных" областях, например в сфере контроля за оборотом наркотиков. С точки зрения интересов здравоохранения региона и экономии материальных ресурсов в условиях дефицита средств, популяционные исследования инфекции ВГС, осуществляемые в столь плохо изученном в данном отношении регионе как Сибирь, должны планироваться и проводиться эпидемиологически грамотно, с целью получения возможного максимума эпидемиологической информации.

В практическом отношении, изучение генетической вариабельности изолятов ВГС, циркулирующих у населения на данной территории, необходимо для проведения априорной оценки эффективности использования диагностикумов и вакцин и их оптимизации.

Несмотря на международные усилия по созданию серологических тест-систем для выявления маркёров инфекции ВГС, равно чувствительных к различным генотипам (и серотипам) вируса, имеющиеся в настоящий момент на рынках развитых стран серологические тесты анти-ВГС демонстрируют различную чувствительность к ВГС разных генотипов (Dhaliwal et al., 1996; Neville et al., 1997). Подобная ситуация в своё время сложилась в сфере профилактики заражения ВИЧ в странах Западной Европы, где из-за низкой чувствительности серологических тест-систем ранних поколений к маркёрам инфекции ВИЧ группы О, изоляты данной группы получили существенное распространение (Loussert-Ajaka et al., 1994; Gurtler et al., 1995).

Создание вакцины против гепатита С - одна из самых насущных задач мирового здравоохранения. Её решение сдерживается рядом факторов, в числе которых высокая вариабельность генома вируса на популяционном уровне и на уровне инфицированного индивида, сложность и малая доступность лабораторных моделей для экспериментов по нейтрализации, отсутствие восприимчивых животных (кроме шимпанзе). Существующие в настоящее время прототипы вакцин против ВГС испытаны только на шимпанзе, причём даже в самых удачных экспериментах не все животные оказываются защищены от заражения гомологичным изолятом ВГС (Abrignani & Rosa, 1998; Esumi et al., 1999). В случае создания кандидатного иммунобиологического препарата, предположительно эффективного в отношении одного генотипа ВГС, возможность применения и оценка эффективности использования данного препарата для профилактики (или лечения) инфекции ВГС в определённой группе лиц и на данной территории, будет определяться в том числе степенью изученности популяционной структуры ВГС в данной среде, в частности, знанием превалирующих генотипов вируса.

Исследования молекулярной вариабельности ВГС в Российской Федерации проводятся с середины 1990-х гг. (Львов и Дерябин, 1997; Lvov et al., 1996; Favorov et al., 1996; Viazov et al., 1997) и охватили в основном население европейской части страны, тогда как популяции регионов России, расположенных за Уралом, до недавнего времени были исследованы в этом отношении совершенно недостаточно.

Цель работы.

Целями настоящей работы являлись исследование молекулярной вариабельности изолятов ВГС, циркулирующих в различных популяционных группах Западной Сибири, и анализ эпидемиологических факторов, влияющих на циркуляцию различных генетических вариантов вируса.

Для достижения поставленной цели были решены следующие задачи:

- сформированы несколько коллекций сывороток крови, полученных из различных популяционных групп (медицинских работников, стационарных пациентов инфекционных больниц и наркологического диспансера, клинически здоровых людей и лиц с временным ухудшением здоровья, обратившихся в поликлинику). Обследованные лица являются жителями Новосибирской обл., Алтайского Края и Республики Алтай;

- собранные сыворотки крови исследованы с помощью коммерчески доступных тест-систем российского производства для выявления иммунологических маркёров гепатитов С и В;

- серопозитивные образцы сывороток, а также серонегативы от лиц из групп высокого риска по инфекции исследованы с использованием метода обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции. Амплифицированы фрагменты двух районов генома ВГС - области 5'-UTR и гена NS5B. Нуклеотидные последовательности продуктов амплификации определены путём прямого секвенирования;

- разработана анкета для сбора социально-демографической информации и эпидемиологически значимых данных от обследуемых лиц. Методом индивидуального анонимного интервью проведено анкетирование обследованных лиц по стандартизованной анкете. Собранные данные обработаны методами статистико-эпидемиологического анализа с целью выявления и описания факторов риска инфицирования гепатитом С, превалирующих в различных популяционных группах;

- проведен филогенетический анализ последовательностей области 5'-UTR и гена NS5B изолятов ВГС, полученных от жителей Новосибирской обл., и сравнение указанных последовательностей с молекулярными данными из международных баз генетической информации. Проведено сравнение генотипического разнообразия изолятов ВГС, циркулирующих в различных популяционных группах жителей обследованного региона.

Научная новизна и практическая значимость работы.

В результате проделанной работы были оценена встречаемость маркёров инфекции ВГС среди различных групп жителей Западной Сибири (медицинских работников, пациентов больниц, клинически здоровых людей), определено генотипическое разнообразие изолятов ВГС, циркулирующих у населения региона. Всего обследовано в серологических тестах более 5000 образцов сывороток крови, методом ОТ-ПЦР исследовано более 1300 проб. Получены данные по нуклеотидным последовательностям вирусного генома 533 изолятов ВГС. Оценена относительная роль различных факторов риска инфицирования ВГС в разных популяционных группах. Показано, что генотипическое разнообразие изолятов ВГС неодинаково в разных популяционных группах. Сделаны выводы о природе статистической связи между преимущественными факторами риска и генотипическим разнообразием изолятов ВГС у жителей обследованного региона.

Положения, выносимые на защиту:

1. На территории Новосибирской обл. циркулируют изоляты ВГС подтипов ВГС: lb, 2а, 2с и За. Относительная встречаемость различных генотипов ВГС различна в разных популяционных группах, однако во всех обследованных группах превалирует подтип lb.

2. Генотип 1 превалирует в старшей возрастной группе, а генотип 3 - у людей молодого возраста. Генотипическое разнообразие изолятов ВГС на территории региона меняется со временем в сторону роста доли генотипа 3. Повышенная частота случаев инфекции ВГС генотипа 3 связана в основном с употреблением внутривенных наркотиков.

3. Наиболее важную роль в распространении ВГС среди обследованных жителей области играет внутривенная наркомания. Риск инфицирования гепатитом С у населения Новосибирской обл. в основном связан с рискованным поведением и низким социально-экономическим статусом.

4. Нозокомиальные риски инфицирования ВГС у жителей Новосибирской обл. в настоящее время невысоки. Профессиональные риски у медработников сильно различаются в зависимости от специальности и места работы.

Апробация и публикации.

Результаты работы были представлены автором в форме доклада на конференции "Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера" (Новосибирск - 2002 г.). По результатам работы опубликованы 9 статей в рецензируемых изданиях, из них в 3-х статьях А.В. Шустов является первым автором. Одна статья принята к публикации. Результаты работы опубликованы в 36-ти сообщениях в трудах конференций. По материалам диссертационной работы опубликованы следующие статьи:

1. Нетёсова И.Г., Киселёв Н.Н., Лосева М.И., Ярославцева О.А., Вторушина И.А., Калинин П.Н., Шустов А.В., Поспелова Т.И., Адамовская И.А., Зайцев

С.А, Нетёсов С.В. (1997). Встречаемость серологических маркёров вирусных гепатитов В и С в крови пациентов и медицинского персонала гематологического отделения 2-ой городской больницы г. Новосибирска. Вопр вирусол 1,27-30.

2. Гаврилова Н.И., Киселёв Н.Н., Мишин В.П., Шустов А.В., Спиридонова Э.А., Никифорова Н.А. (1998). Диагностика острого вирусного гепатита у детей. Педиатрия 1, 11-13.

3. Толоконская Н.П., Непомнящих Г.И., Киселёв Н.Н., Шустов А.В., Сахарова Е.Г. (1999). Клиническая характеристика вирусного гепатита С. Эпидемиология и инфекционные болезни 5, 20-23.

4. Канев A.H., Шалунова H.B., Нетесов С.В., Ястребова O.H., Мусина Е.Е., Бочарова Н.Г., Мишин В.П., Киселев Н.Н., Шустов А.В., Смердова М.А., Бектимиров Т.А. (2000). Конструирование референс-панели сывороток к вирусу гепатита С с нормированным уровнем IgG-антител. Вопр вирусол 4, 42-47.

5. Шустов А.В., Мишин В.П., Максютов А.З., Киселев H.H., Сахарова Е.Г., Толоконская Н.П., Robertson B.J., Нетесов С.В. (2000). Встречаемость маркёров вируса гепатита С и различных его генотипов у пациентов 1-й Муниципальной инфекционной клинической больницы г. Новосибирска. Вопр вирусол 6, 22-27.

6. Kochneva G.V., Sivoloboba G.F., Grazdantseva А.А., Shustov A.V., Gavrilova I.V., Nesterov A.E., Streltsova M.A., Paltsev A.I., Loktev A.V., Maksyutov A.Z., West E., Netesov S.V. and Ryder R.W. (2000). The prevalence and risk factors of hepatitis С virus and hepatitis В virus infections among health care workers in Novosibirsk region hospitals. Antiviral Therapy 5 (Suppl. 1), 31.

7. Shustov A.V., Mishin V.P., Kisselev N.N., Ossipova L.P., Posukh O.L., Maksyutov A.Z., Sakharova E.G., Tolokonskaya N.P., Netesov S.V. and Robertson B.H. (2000). Studies on Hepatitis С Virus (HCV) in Western Siberia. Antiviral Therapy 5 (Suppl. 1), 29.

8. Шустов A.B., Кочнева Г.В., Сиволобова Г.Ф., Гражданцева А.А., Гаврилова И.В., Нестеров А.Е., Стрельцова М.А., Пальцев А.И., Локтев А.В., Максютов А.З., Акинфеева Л.А., Торшин В.П., West Т.Е., Нетесов С.В., Ryder R.W., Онищенко Г.Г. (2002). Частота встречаемости маркёров гепатита С и факторы риска у персонала больниц Новосибирской области. Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ) 2, 26-32.

9. Гаврилова И.В., Шустов А.В., Нетёсов С.В. (2001). Быстрые методы генотипирования изолятов вируса гепатита С с использованием анализа конформационного полиморфизма одиночных цепей ДНК и гетеродуплексного анализа. Мир вирусных гепатитов 11,8-18.

10. Шустов А.В., Кочнева Г.В., Сиволобова Г.Ф., Гражданцева А.А., Гаврилова И.В., Акинфеева JI.A., Ракова И.Г., Алешина М.В., Букин В.Н., Орловский В.Г., Беспалов B.C., Zelicoff А.Р., Нетесов С.В. Частоты встречаемости маркёров, распределение генотипов и факторы риска вирусного гепатита С среди некоторых групп населения Новосибирской области. Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ) (принята к публикации).

Основные результаты, изложенные в диссертации, получены при непосредственной помощи и в соавторстве с сотрудниками ГНЦ ВБ "Вектор": JT.A. Акинфеевой, И.В. Гавриловой, Г.В. Кочневой, А.А. Гражданцевой, Г.Ф. Сиволобовой, С.А. Походней.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Шустов, Александр Вячеславович

выводы

1. Выявлена циркуляция на территории Новосибирской обл. (в 2001-2002 гг.) четырёх подтипов ВГС: lb, 2а, 2с и За. Распределение изолятов ВГС по генотипам было следующим, в образцах от стационарных пациентов: подтип lb - 49.9%, 2а - 4.1%, За -46.1%; у поликлинических пациентов: подтип lb - 47.8%, 2а - 4.3%, За — 47.8%; у медицинских работников: подтип lb - 63.2%; 2а - 10.5%; 2с - 5.3%; За - 21.1%. Для 1/388 (0.3%) изолятов ВГС генотип не мог быть присвоен из-за вероятной микст-инфекции разными генотипами. Данное распределение является промежуточным между, генотипическим разнообразием изолятов ВГС в Европейской России и в Северном Китае.

2. Генотип 1 превалирует в старшей возрастной группе (65% изолятов в группе 51 -60 лет), а генотип 3 - у людей молодого возраста (>90% изолятов в группе 16-20 лет). Генотипическое разнообразие изолятов ВГС на территории региона меняется со временем в сторону роста доли генотипа 3. Повышенная частота случаев инфекции ВГС генотипа 3 связана в основном с употреблением внутривенных наркотиков.

3. Определение генотипов изолятов ВГС, циркулирующих на территории региона, может быть выполнено на основании филогенетического анализа последовательностей как 5'-UTR, так и NS5B. Для определения подтипов изолятов ВГС и получения статистически значимого группирования в филогенетическом анализе предпочтительно исследовать последовательность reHaNS5B (например, фрагмент 8276-8615 нт).

4. По результатам молекулярно-эпидемиологического исследования, выполненного в 2001-2002 гг., частота выявления иммунологических маркеров инфекции ВГС в разных группах обследованных из Новосибирской обл. составила: 35.8% - в группе пациентов Областного Центра СПИД, 48.0% - среди пациентов Муниципального наркологического диспансера, 5.6% - среди посетителей поликлиники и 4.6% - у медицинских работников больниц Новосибирской обл. Частота выявления РНК ВГС в серопозитивных образцах составила (данные за 2001-2002 гг.) в среднем 82.5% в сыворотках от стационарных пациентов, 79.3% - в пробах от поликлинических пациентов, 65.4% в сыворотках от медработников.

5. Основные факторы риска инфицирования гепатитом С населения Новосибирской области связаны с рискованным поведением и низким социально-экономическим статусом. Наиболее важную роль в распространении ВГС среди обследованных жителей области играет внутривенная наркомания (отношение шансов: OR= 77.5, р<0.05). Статистически значимо (р<0.05) повышенные риски серопозитивности выявлены у безработных (OR=16.3); у людей, потребляющих много алкоголя (OR= 3.9); у лиц, имеющих много половых партнёров (OR= 4.3) или практиковавших гомосексуальные контакты (OR=6.6); у лиц, перенесших заболевания, передающиеся половым путём (OR=1.7).

6. Среди потенциально инвазивных медицинских процедур в анамнезе статистически значимый (р<0.05) риск был выявлен для кровепереливаний (только в группах низкого риска по инфекции, OR=4.6). Частоты обнаружения маркёров ВГС у медицинских работников разных специальностей сильно различаются (у сотрудников терапевтических отделений — 1.8%, у медперсонала отделений гемодиализа и трансплантации почки — 9.8%, у сотрудников отделений переливания крови - 8.7%), что отражает зависимость величины профессионального риска у медработников от выполняемой ими работы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Шустов, Александр Вячеславович, 2003 год

1. Батрак, Н. И. (1994). Вирусные гепатиты В, С и Д как нозокомиальные инфекции в госпиталях, Воен-мед журн 5, 37-39.

2. Беляков, В. Д. & Яфаев, P. X. (1989). Эпидемиология: Учебник. М.: Медицина, 1989.-416с.

3. Бобкова, М. Р., Самохвалов, Е. И., Кравченко, А. В., Саламов, Г. Г., Зверев, С. Я., Покровский, В. В. & Львов, Д. К. (2002). Генетические варианты вируса гепатита С у ВИЧ-инфицированных наркоманов. Вопр Вирусол 3, 15-20.

4. Бююль, А. & Цёфель, П. (2002). SPSS: Искусство обработки информации. Анализ статистических данных и восстановление скрытых закономерностей: Пер. с нем. -СПб.: ООО "ДиаСофтЮП", 2002. -608с.

5. Демьяненко, Э. Р., Вольнов, В. В. & Гришина, Т. В. (1999). Экспресс-оценка ситуации с внутривенным потреблением наркотиков в г. Барнауле. Круглый стол (КС) 2, 15-21.

6. ЗНиСО (2002). Инфекционная заболеваемость в Российской Федерации за январь-декабрь 2001 года. Здоровье населения и среда обитания (ЗНиСО). Ежемесячный бюллетень Госсанэпиднадзора МЗ РФ. 1(106), 34.

7. ЗНиСО (2003). Инфекционная заболеваемость в Российской Федерации за январь-декабрь 2002 года. Здоровье населения и среда обитания (ЗНиСО). Ежемесячный бюллетень Госсанэпиднадзора МЗ РФ. 1(118), 34.

8. Ильина, Е. Н., Гущин, А. Г., Говорун, О. О., Знойко, О. О., Климова, Е. А. & Ющук, Н. Д. (1999). Новый подход в генотипировании вируса гепатита С. Эпидемиология и инфекционные болезни 5, 23-26.

9. Львов, Д. К. & Дерябин, П. Г. (1997). Географическое распространение вируса гепатита С и его генотипов. Вопр Вирусол 5, 196-199.

10. Покровский, В. И., Пак, С. Г., Брико, Н. И. & Данилкин, Б. К. (2000).

11. Инфекционные болезни и эпидемиология: Учебник. -М.: ГЕОТАР МЕДИЦИНА, 2000.-384с.

12. Селимова, JL М., Ханина, Т. А., Казённова, Е. В., Зверев, С. Я., Покровский, В. В. & Бобков, А. Ф. (2002). Влияние препарата, содержащего героин, на инфекционность вируса иммунодефицита человека типа 1 in vitro. Вопр Вирусом 5, 16-20.

13. Флетчер, Р., Флетчер, С. & Вагнер, Э. (1998). Клиническая эпидемиология. Основы доказательной медицины. Пер с англ. -М.: Медиа Сфера, 1998. -352с.

14. Шахгильдян, И. В. (2000). Характеристика групп высокого риска инфицирования вирусом гепатита С. Информационный бюллетень "Вирусные гепатиты: достижения и перспективы ". 2, 1-3.

15. Abacioglu, Y. Н., Davidson, F., Tuncer, S., Yap, P. L., Ustacelebi, S., Yulug, N. & Simmonds, P. (1995). The distribution of hepatitis С virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 2, 297-301.

16. Abrignani, S. & Rosa, D. (1998). Perspectives for a hepatitis С virus vaccine. Clin Diagn Virol 10, 181-185.

17. Ackerman, Z., Ackerman E. & Paltiel, O. (2000). Intrafamilial transmission of hepatitis С virus: a systematic review. J Viral Hepat 7, 93-103.

18. Adams, A., Chamberlain, R. W., Taylor, L. A., Davidson, F., Lin, С. K., Simmonds, P. & Elliot, R. M. (1997). Complete coding sequence of hepatitis С virus genotype 6a. Biochem Biophys Res Commun 234, 393-396.

19. Ago, H., Adachi, Т., Yoshida, A., Yamamoto, M., Habuka, N., Yatsunami, K. & Miyano, M. (1999). Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis С virus. Structure Fold Des 7, 1417-1426.

20. Ahlquist, P. (1992). Bromovirus RNA replication and transcription. Curr Opin Genet Dev 2, 71-76.

21. Ahmed, M. M., Mutimer, D. J., Martin, В., Elias, E. & Wilde, J. T. (1999). Hepatitis С viral load, genotype and histological severity in patients with bleeding disorders. Haemophilia 5, 49-55.

22. Aizaki, H., Aoki, Y., Harada, Т., Ishii, K., Suzuki, Т., Nagamori, S., Toda, G., Matsuura, Y. & Miyamura, T. (1998). Full-length complementary DNA of hepatitis С virus genome from an infectious blood sample. Hepatologyll, 621-627.

23. Ali, N. & Siddiqui, A. (1997). The La antigen binds 5' noncoding region of the hepatitis С virus RNA in the context of the initiator AUG codon and stimulates internal ribosome entry site-mediated translation. Proc Natl Acad Sci USA 94, 2249-2254.

24. Ali, N., Wang, C. & Siddiqui, A. (1995). Translation of hepatitis С virus genome. Princess Takamatsu Symp 25, 99-110.

25. Alonso, C., Qu, D., Lamelin, J. P., de Sanjose, S., Vitvitski, L., Li, J., Berby, F., Lambert, V., Cortey, M. L. & Trepo, C. (1994). Serological responses to different genotypes of hepatitis С virus in France. J Clin Microbiol 32, 211-212.

26. Amarapurkar, D., Dhorda, M., Kirpalani, A., Amarapurkar, A. & Kankonkar, S. (2001). Prevalence of hepatitis С genotypes in Indian patients and their clinical significance. J Assoc Physicians India 49, 983-985.

27. Andonov, A. & Chaudhary, R. K. (1994). Genotyping of Canadian hepatitis С virus isolates by PCR. J Clin Microbiol 32, 2031-2034.

28. Ansaldi, F., Torre, F., Bruzzone, В. M., Picciotto, A., Crovari, P. & Icardi, G. (2001). Evaluation of a new hepatitis С virus sequencing assay as a routine method for genotyping. J Med Virol 63,17-21.

29. ATIS (2002). Glossary of HIV/AIDS-related terms. Fourth edition. HIV/AIDS Treatment Information Service (ATIS). US Department of Health and Human Services. Available online: http:// glossary.hivatis.org/index.asp.

30. Bartenschlager, R., Ahlborn-Laake, L., Yasargil, K., Mous, J. & Jacobsen, H. (1995). Substrate determinants for cleavage in cis and in trans by the hepatitis С virus NS3 proteinase. J Virol 69, 198-205.

31. Bartenschlager, R. (1997). Candidate targets for hepatitis С virus-specific antiviral therapy. Intervirology 40, 378-393.

32. Beales, L. P., Rowlands, D. J. & Holzenburg, A. (2001). The internal ribosome entry site (IRES) of hepatitis С virus visualized by electron microscopy. RNA 7, 661-670.

33. Beard, M. R., Abell, G., Honda, M., Carroll, A., Gartland, M., Clarke, В., Suzuki, K., Lanford, R., Sangar, D. V. & Lemon, S. M. (1999). An infectious molecular clone of a japanese genotype lb hepatitis С virus. Hepatology 30, 316-324.

34. Behrens, S. E., Tomei, L. & De Francesco, R. (1996). Identification and properties of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis С virus. EMBOJ15, 12-22.

35. Bellentani, S., Miglioli, L., Masutti, F., Saccoccio, G. & Tiribelli, C. (2000). Epidemiology of hepatitis С virus infection in Italy: the slowly unraveling mystery. Microbes Infect 2,1757-1763.

36. Berg, Т., Hopf, U., Stark, K., Baumgarten, R., Lobeck, H. & Schreier, E. (1997). Distribution of hepatitis С virus genotypes in German patients with chronic hepatitis C: correlation with clinical and virological parameters. J Hepatol 26, 484-491.

37. Bernier, L., Willems, В., Delage, G. & Murphy, D. G. (1996). Identification of numerous hepatitis С virus genotypes in Montreal, Canada. J Clin Microbiol 34,2815-2818.

38. Bienz, K., Egger, D., Pfister, T. & Troxler, M. (1992). Structural and functional characterization of the poliovirus replication complex. J Virol 66, 2740-2747.

39. Bosman, C., Valli, M., Bertolini, L., Serafino, A., Boldrini, R., Marcellini, M. & Carloni, G. (1998). Detection of virus-like particles in liver biopsies from HCV-infected patients. Res Virol 149, 311-314.

40. Bressanelli, S., Tomei, L., Roussel, A., Incitti, I., Vitale, R. L., Mathieu, M., De Francesco, R. & Rey, F. A. (1999). Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis С virus. Proc Natl Acad Sci USA 96, 13034-13039.

41. Brinton, M. A. & Dispoto, J. H. (1998). Sequence and secondary structure analysis of the 5'-terminal region of flavivirus genome RNA. Virology 162, 290-299.

42. Brown, E. A., Zhang, H., Ping, L. H. & Lemon, S. M. (1992). Secondary structure of the 5' nontranslated regions of hepatitis С virus and pestivirus genomic RNAs. Nucleic Acids Res 20, 5041-5045.

43. Bukh, J., Miller, R. H. & Purcell, R. H. (1995). Genetic heterogeneity of hepatitis С virus: quasispecies and genotypes. Semin Liver Dis 15, 41-63.

44. Bukh, J., Purcell, R. H. & Miller, R. H. (1993). At least 12 genotypes of hepatitis С virus predicted by sequence analysis of the putative El gene of isolates collected worldwide. Proc Natl Acad Sci USA 90, 8234-8238.

45. Buratti, E., Gerotto, M., Pontisso, P., Alberti, A., Tisminetzky, S. G. & Baralle, F. E. (1997). In vivo translational efficiency of different hepatitis С virus 5'-UTRs. FEBS Lett 411, 275-280.

46. Buratti, E., Tisminetzky, S., Zotti, M. & Baralle, F. E. (1998). Functional analysis of the interaction between HCV 5'UTR and putative subunits of eukaryotic translation initiation factor eIF3. Nucleic Acids Res 26, 3179-3187.

47. Carrie, R. J., Schlauder, G. G., Peterson, D. A. & Mushahwar, I. K. (1992). Examination of the buoyant density of hepatitis С virus by the polymerase chain reaction. J Virol Methods 39,279-289.

48. Cavalli-Sforza, L. L. & Edwards, A. W. F. (1967). Phylogenetic analysis: models and estimation procedures. Evolution 32, 550-570.

49. CDC (Centers for Disease Control and Prevention). (1997). Recommendations for follow-up of health-care workers after occupational exposure to hepatitis С virus. MMWR Recomm Rep 46, 603-606.

50. CDC (Centers for Disease Control and Prevention). (1998). Recommendations for prevention and control of hepatitis С virus (HCV) infection and HCV-related chronic disease. MMWR Recomm Rep 47(RR-19), 1-39.

51. Cha, T. A., Beall, E., Irvine, В., Kolberg, J., Chien, D., Kuo, G. & Urdea, M. S. (1992). At least five related, but distinct, hepatitis С viral genotypes exist. Proc Natl Acad Sci U S A 89, 7144-7148.

52. Chamberlain, R. W., Adams, N. J., Saeed, A. A., Simmonds, P. & Elliott, R. M. (1997a). Complete nucleotide sequence of a type 4 hepatitis С virus variant, the predominant genotype in the Middle East. J Gen Virol 78, 1341-1347.

53. Chamberlain, R. W., Adams, N. J., Taylor, L. A., Simmonds, P. & Elliot, R. M. (1997b). The complete coding sequence of hepatitis С virus genotype 5a, the predominant genotype in South Africa. Biochem Biophys Res Commun 236, 44-49.

54. Chambers, T. J., Hahn, Galler, R. & Rice, С. M. (1990). Flavivirus genome organization, expression, and replication. Annu Rev Microbiol 44, 649-688.

55. Chan, S. W., McOmish, F., Holmes, E. C., Dow, В., Peutherer, J. F., Follett, E„ Yap, P. L. & Simmonds, P. (1992). Analysis of a new hepatitis С virus type and its phylogenetic relationship to existing variants. J Gen Virol 73, 1131-1141.

56. Chan, Т. M., Lau, J. Y., Wu, P. C., Lai, C. L., Lok, A. S. & Cheng, I. K. (1998). Hepatitis С virus genotypes in patients on renal replacement therapy. Nephrol Dial Transplant 13, 731-734.

57. Chang, J. C., Seidel, C., Ofenloch, В., Jue, D. L., Fields, H. A. & Khudyakov, Y. E. (1999). Antigenic heterogeneity of the hepatitis С virus NS4 protein as modeled with synthetic peptides. Virology 251, 177-190.

58. Chayama, K., Kobayashi, M., Tsubota, A., Koida, I., Arase, Y., Saitoh, S., Ikeda, K. & Kumada, H. (1995). Molecular analysis of intraspousal transmission of hepatitis С virus. J Hepatol 22, 431-439.

59. Chayama, K., Tsubota, A., Arase, Y., Saitoh, S., Koida, I., Ikeda, K., Matsumoto, Т., Kobayashi, M., Iwasaki, S., Koyama, S., Morinaga, T. & Kumada, H. (1993).

60. Genotypic subtyping of hepatitis С virus. J Gastroenterol Hepatol 8, 150-156.

61. Chayama, К., Tsubota, A., Koida, I., Arase, Y., Saitoh, S., Ikeda, K. & Kumada, H.1994). Nucleotide sequence hepatitis С virus (type 3b) isolated from a Japanese patient with chronic hepatitic C. J Gen Virol 75, 3623-3628.

62. Chen, P. J., Lin, M. H., Tai, K. F., Liu, P. C., Lin, C. J. & Chen, D. S. (1992). The Taiwanese hepatitis С virus genome: sequence determination and mapping the 5' termini of viral genomic and antigenomic RNA. Virology 188, 102-113.

63. Chen, Z. & Week, К. E. (2002). Hepatitis С virus genotyping: interrogation of the 5' untranslated region cannot accurately distinguish genotypes la and lb. J Clin Microbiol 40, 3127-3134.

64. Cheung, R. C. (2000). Epidemiology of hepatitis С virus infection in American veterans. Am J Gastroenterol 95, 740-747.

65. Cho, J. M., Park, Y. W., Lee, Y. В., Yang, J. Y., Kim, С. H., Choo, S. H. & Ryu, W. S.1995). Molecular cloning of hepatitis С virus genome from a single Korean blood donor. Mol Cells 5, 317-324.

66. Choo, Q. L., Kuo, G., Weiner, A. J., Overby, L. R., Bradley, D. W. & Houghton, M. (1989). Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome. Science 244, 359-362.

67. Clarysse, C., Lin, L., Crabbe, Т., van Pelt, J. F., Cammack, N. & Yap, S. H. (2001). HVRI quasispecies analysis from a long-term culture of hepatitis С virus in Hep G2 derived cells grown in a haemodialysis cartridge. J Viral Hepat 8, 132-138.

68. Cocquerel, L., Duvet, S., Meunier, J. C., Pillez, A., Cacan, R., Wychowski, C. & Dubuisson, J. (1999). The transmembrane domain of hepatitis С virus glycoprotein El is a signal for static retention in the endoplasmic reticulum. J Virol 73,2641-2649.

69. Cocquerel, L., Meunier, J. C., Op de Beeck, A., Bonte, D., Wychowski, C. & Dubuisson, J. (2001). Coexpression of hepatitis С virus envelope proteins El and E2 in cis improves the stability of membrane insertion of E2 .J Gen Virol 82,1629-1635.

70. Dean, A. G. (1999). Epi Info and Epi Map: Current status and plans for Epi Info 2000. J Pub Health Management and Practice 5, 54-57.

71. Demelia, L., Vallebona, E., Poma, R., Sanna, G., Masia, G. & Coppola, R. C. (1996). Hepatitis С virus transmission in family members of subjects with HCV-related chronic liver disease. Eur J Epidemiol 12, 45-50.

72. Diago, M., Zapater, R., Tuset, C., Carbonell, P., Gonzalez, C., Cors, R. & Casas, E. (1997). Intrafamily transmission of hepatitis С virus: sexual and non-sexual contacts. J Hepatol 21, 766-767.

73. Doglio, A., Laffont, C., Thyss, S. & Lefebvre, J. C. (1998). Rapid genotyping of hepatitis С virus by direct cycle sequencing of PCR-ampIified cDNAs and capillary electrophoresis analysis. Res Virol 149, 219-227.

74. Domingo, E., Baranowski, E., Ruiz-Jarabo, С. M., Martin-Hernandez, A. M., Saiz, J.

75. C. & Escarmis, C. (1998). Quasispecies structure and persistence of RNA viruses. Emerg Infect Dis 4, 521-527.

76. Dou, X. G., Talekar, G., Chang, J., Dai, X., Li, L., Bonafonte, M. Т., Holloway, В., Fields, H. A. & Khudyakov, Y. E. (2002). Antigenic heterogeneity of the hepatitis С virus NS5A protein. J Clin Microbiol 40, 61-67.

77. Duarte, E. A., Novella, I. S., Weaver, S. C., Domingo, E., Wain-Hobson, S., Clarke,

78. D. K., Moya, A., Elena, S. F., de la Torre, J. C. & Holland. J. J. (1994). RNA virus quasispecies: significance for viral disease and epidemiology. Infect Agents Dis 3, 201-214.

79. Enomoto, N., Sakuma, I., Asahina, Y., Kurosaki, M., Murakami, Т., Yamamoto, C., Izumi, N., Marumo, F. & Sato, C. (1995). Comparison of full-length sequences of interferon-sensitive and resistant hepatitis С virus lb. J Clin Invest 96, 224-230.

80. Enomoto, N., Takada, A., Nakao, T. & Date, T. (1990). There are two major types of hepatitis С virus in Japan. Biochem Biophys Res Commun 170, 1021-1025.

81. Eroglu, C., Yildiz, E., Ozturk, M. & Pinarbasi, E. (2000). A highly sensitive and specific enzyme-linked immunosorbent assay of antibodies to hepatitis С virus. Acta Virol J 44,29-33.

82. Fakeeh, M. & Zaki, A. M. (1999). Hepatitis C: prevalence and common genotypes among ethnic groups in Jeddah, Saudi Arabia. Am J Trop Med Hyg 61, 889-892.

83. Farci, P., Alter, H. J., Govindarajan, S., Wong, D. C., Engle, R., Lesniewski, R. R., Mushahwar, I. K., Desai, S. M., Miller, R. H., Ogata, N. (1992). Lack of protective immunity against reinfection with hepatitis С virus. Science 258, 135-140.

84. Farci, P., Bukh, J. & Purcell, R. H. (1997). The quasispecies of hepatitis С virus and the host immune response. Springer Semin Immunopathol 19, 5-26.

85. Felsenstein, J. (1985). Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39, 787-791.

86. Felsenstein, J. (1988). Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. AnnuRev Genet 22, 521-565.

87. Felsenstein, J. (1989). PHYLIP phylogeny inference package. Cladistics 5, 164-166.

88. Felsenstein, J. (2002). PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version З.баЗ. Distributed by the author. Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle.

89. Felsenstein, J. & Churchill, G. A. (1996). A Hidden Markov Model approach to variation among sites in rate of evolution. Mol Biol Evol 13, 93-104.

90. Ferroni, P., Mascolo, G., Zaninetti, M., Colzani, D., Pregliasco, F., Pirisi, M., Barbone, F. & Gasparini, V. (1993). Identification of four epitopes in hepatitis С virus core protein. J Clin Microbiol 31, 1586-1591.

91. Fitch, W. M. (1971). Towards defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology. Systematic Zoology 20, 406-416.

92. Forns, X. & Bukh, J. (1999). The molecular biology of hepatitis С virus. Genotypes and quasispecies. Clin Liver Dis 3, 693-716.

93. Forns, X., Purcell, R. H. & Bukh, J. (1999). Quasispecies in viral persistence and pathogenesis of hepatitis С virus. Trends Microbiol 7, 402-410.

94. Fox, S. A., Lareu, R. R. & Swanson, N. R. (1995). Rapid genotyping of hepatitis С virus isolates by dideoxy fingerprinting. J Virol Methods 53, 1-9.

95. Fukushi, S., Katayama, K., Kurihara, C., Ishiyama, N., Hoshino, F. В., Ando, T. & Oya, A. (1994). Complete 5' noncoding region is necessary for the efficient internal initiation of hepatitis С virus RNA. Biochem Biophys Res Commun 199, 425-432.

96. Gervain, J., Simon G, J. г., Papp, I. & Szabone, В. K. (2001). Determination of the type and subtype of the hepatitis С virus in chronic viral hepatitis patients in Hungary. Orv Hetil 142, 1315-1319.

97. Giannini, C., Thiers, V., Nousbaum, J. В., Stuyver, L., Maertens, G. & Brechot, C. (1995). Comparative analysis of two assays for genotyping hepatitis С virus based on genotype-specific primers or probes. J Hepatol 23, 246-253.

98. Goeser, Т., Tox, U., Muller, H. M., Arnold, J. C. & Theilmann, L. (1995). Significance of genotypes in chronic hepatitis С virus infection and hepatitis С virus induced liver cirrhosis in Germany. Dtsch Med Wochenschr 120, 1070-1073.

99. Goessens, C., Jadoul, M., Walon, C., Burtonboy, G. & Cornu, C. (1997). Hepatitis С virus genotypes in hemodialyzed patients: a multicentric study. Clin Nephrol 47, 367-371.

100. Gomez, J., Martell, M., Quer, J., Cabot, B. & Esteban, J. I. (1999). Hepatitis С viral quasispecies. J Viral Hepat 6, 3-16.

101. Goobar-Larsson, L., Wiklund, L. & Schwartz, S. (2001). Intracellular hepatitis С virus RNA-dependent RNA polymerase activity. Arch Virol 146, 1553-1570.

102. Grace, К., Gartland, M., Karayiannis, P., McGarvey, M. J. & Clarke, B. (1999). The 5' untranslated region of GB virus В shows functional similarity to the internal ribosome entry site of hepatitis С virus. J Gen Virol 80,2337-2341.

103. Grakoui, A., McCourt, D. W., Wychowski, C., Feinstone, S. M. & Rice, С. M. (1993). Characterization of the hepatitis С virus-encoded serine proteinase: determination of proteinase-dependent polyprotein cleavage sites. J Virol 67,2832-2843.

104. Grun, J. B. & Brinton, M. A. (1986). Characterization of West Nile virus RNA-dependent RNA polymerase and cellular terminal adenylyl and uridylyl transferases in cell-free extracts. J Virol 60, 1113-1124.

105. Han, J. H. & Houghton, M. (1992). Group specific sequences and conserved secondary structures at the 3' end of HCV genome and its implication for viral replication. Nucleic Acids Res 20,3520-3520.

106. Harada, S., Watanabe, Y., Takeuchi, K., Suzuki, Т., Katayama, Т., Takebe, Y., Saito, I. & Miyamura, T. (1991). Expression of processed core protein of hepatitis С virus in mammalian cells. J Virol 65, 3015-3021.

107. Hayashi, N., Higashi, H., Kaminaka, K., Sugimoto, H., Esumi, M., Komatsu, K., Hay ash i, K., Sugitani, M., Suzuki, K. & Tadao, O. (1993). Molecular cloning and heterogeneity of the human hepatitis С virus (HCV) genome. J Hepatol 17 Suppl 3, S94-S107.

108. Haydon, G. H., Jarvis, L. M., Simmonds, P., Harrison, D. J., Garden, O. J. & Hayes, P. C. (1997). Association between chronic hepatitis С infection and hepatocellular carcinoma in a Scottish population. Gut 40,128-132.

109. Hendy, M. D. & Penny., D. (1982). Branch and bound algorithms to determine minimal evolutionary trees. Mathematical Biosciences 59,277-290.

110. Hennig, W. (1966). Phylogenetic Systematics. Chicago, Univ. of Illinois Press.

111. Higgins, D., Bleasby, A. & Fuchs, R. (1991). CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. CABIOS 8, 189-191.

112. Hijikata, M., Kato, N., Ootsuyama, Y., Nakagawa, M., Ohkoshi, S. & Shimotohno, K. (1991a). Hypervariable regions in the putative glycoprotein of hepatitis С virus. Biochem Biophys Res Commun 175, 220-228.

113. Hijikata, M., Kato, N., Ootsuyama, Y„ Nakagawa, M. & Shimotohno, K. (1991b). Gene mapping of the putative structural region of the hepatitis С virus genome by in vitro processing analysis. Proc Natl Acad Sci USA 88, 5547-5551.

114. Hillis, D. M. & Bull., J. J. (1993). An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis. Systematic Biology 42, 182-192.

115. Honda, M., Brown, E. A. & Lemon, S. M. (1996a). Stability of a stem-loop involving the initiator AUG controls the efficiency of internal initiation of translation on hepatitis С virus RNA. RNA 2, 955-968.

116. Honda, M., Kaneko, S., Unoura, U., Kobayashi, K. & Murakami, S. (1992). Sequence comparisons for a hepatitis С virus genome RNA isolated from a patient with liver cirrhosis. Gene 120, 317-318.

117. Honda, M., Ping, L. H., Rijnbrand, R. C., Amphlett, E., Clarke, В., Rowlands, D. & Lemon, S. M. (1996b). Structural requirements for initiation of translation by internal ribosome entry within genome-length hepatitis С virus RNA. Virology 222, 31-42.

118. Horowitz, В., Lazo, A., Grossberg, H., Page, G., Lippin, A. & Swan, G. (1998). Virus inactivation by solvent/detergent treatment and the manufacture of SD-pIasma. Vox Sang 74,203-206.

119. Hotta, H., Doi, H., Hayashi, Т., Purwanta, M., Soemarto, W., Mizokami, M., Ohba, # K. & Horn ma, M. (1994). Analysis of the core and El envelope region sequences of anovel variant of hepatitis С virus obtained in Indonesia. Arch. Virol. 136, 53-62.

120. Houghton, M., Weiner, A., Han, J., Kuo, G. & Choo, Q. L. (1991). Molecular biology of the hepatitis С viruses: implications for diagnosis, development and control of viral disease. Hepatology 14, 381-388.

121. Hwang, S. В., Park, K. J., Kim, Y. S., Sung, Y. C. & Lai, M. M. (1997). Hepatitis С virus NS5B protein is a membrane-associated phosphoprotein with a predominantly perinuclear localization. Virology 221,439-446.

122. Icardi, G., Ansaldi, F., Bruzzone, В. M., Durando, P., Lee, S., de Luigi, C. &

123. Crovari, P. (2001). Novel approach to reduce the hepatitis С virus (HCV) window period: clinical evaluation of a new enzyme-linked immunosorbent assay for HCV core antigen. J Clin Microbiol 39,3110-3114.

124. Inoue, Y., Sulaiman, H. A., Matsubayashi, K., J. u., Iinuma, K., Ansari, A., Laras, ^ K. & Corwin, A. L. (2000). Genotypic analysis of hepatitis С virus in blood donors in1.donesia. Am J Trop Med Hyg 62, 92-98.

125. Ishida, S., Kaito, M., Kohara, M., Tsukiyama-Kohora, K., Fujita, N., Ikoma, J., Adachi, Y. & Watanabe, S. (2001). Hepatitis С virus core particle detected by immunoelectron microscopy and optical rotation technique. Hepatol Res 20, 335-347.

126. Ishido, S., Fujita, T. & Hotta, H. (1998). Complex formation of NS5B with NS3 and NS4A proteins of hepatitis С virus. Biochem Biophys Res Commun 244, 35-40.

127. Jenkins, G. M., Worobey, M., Woelk, С. H. & Holmes, E. C. (2001). Evidence for themnon-quasispecies evolution of RNA viruses. Mol Biol Evol 18, 1610-1610.

128. Jukes, Т. H. & Cantor, C. R. (1969). Evolution of protein molecules. In: Mammalian Protein Metabolism. Edited by H. N. Munro. Acad. Press., NY London, pp. 21-132.

129. Kaba, S., Dutta, U., Byth, K., Crewe, E. В., Khan, M. H., Coverdale, S. A., Lin, R., Liddle, C. & Farrell, G. C. (1998). Molecular epidemiology of hepatitis С in Australia. J Gastroenterol Hepatol 13, 914-920.

130. Kaito, M., Watanabe, S., Tsukiyama-Kohara, K., Yamaguchi, K., Kobayashi, Y., Konishi, M., Yokoi, M., Suzuki, S. & Kohara, M. (1994). Hepatitis С virus particle detected by immunoelectron microscopic study. J Gen Virol 75, 1755-1760.

131. Kanistanon, D., Neelamek, M., Dharakul, T. & Songsivilai, S. (1997a). Theimmunoreactivity profile of different HCV genotypes on immunoblot assay and its implications in the development of diagnostic assays. Asian Рас J Allergy Immunol 15, 133-140.

132. Kanistanon, D., Neelamek, M., Dharakul, T. & Songsivilai, S. (1997b). Genotypic distribution of hepatitis С virus in different regions of Thailand. J Clin Microbiol 35, 17721776.

133. Kao, J. H., Liu, C. J., Chen, P. J., Chen, W., Lai, M. Y. & Chen, D. S. (2000). Lowincidence of hepatitis С virus transmission between spouses: a prospective study. J Gastroenterol Hepatol 15, 391-395.

134. Karayiannis, P., Pickering, J., Zampino, R. & Thomas, H. C. (1998). Natural history and molecular biology of hepatitis G virus/GB virus C. Clin Diagn Virol 10, 103-111.

135. Kato, N., Hijikata, M., Nakagawa, M., Ootsuyama, Y., Muraiso, K., Ohkoshi, S. & Shimotohno, K. (1991a). Molecular structure of the Japanese hepatitis С viral genome. FEBS Lett 280, 325-328.

136. Kato, N., Hijikata, M., Ootsuyama, Y., Nakagawa, M., Ohkoshi, S. & Shimotohno, K. (1990a). A structural protein encoded by the 5' region of the hepatitis С virus genome efficiently detects viral infection. Jpn J Cancer Res 81, 1092-1094.

137. Kato, N., Hijikata, M., Ootsuyama, Y., Nakagawa, M., Ohkoshi, S., Sugimura, T. & Shimotohno, K. (1990b). Molecular cloning of the human hepatitis С virus genome from Japanese patients with non-A, non-B hepatitis. Proc Natl Acad Sci USA 87, 9524-9528.

138. Kato, N., Nijikata, M., Ootsuyama, Y., Murasio, K., Ohkoshi, S. & Shimotohno, K. (1991b). Molecular structure of the Japanese hepatitis С viral genome. FEBS Lett 280, 325328.

139. Kato, N., Ootsuyama, Y., Ohkoshi, S., Nakazawa, Т., Sekiya, H., Hijikata, M. & Shimotohno, K. (1992). Characterization of hypervariable regions in the putative envelope protein of hepatitis С virus. Biochem Biophys Res Commun 189, 119-127.

140. Kato, N. (2000). Genome of human hepatitis С virus (HCV): gene organization, sequence diversity, and variation. Microb Comp Genomics 5, 129-151.

141. Kato, N. (2001). Molecular virology of hepatitis С virus. Acta Med Okayama 55, 133159.

142. Khan, R. U., Tong, C. Y., Bloom, S., Gilmore, I. Т., Toh, С. H., Bolton-Maggs, P. H., Beeching, N. J. & Hart, C. A. (1997). Evaluation of two simplified methods for genotyping hepatitis С virus. J Med Virol 52, 35-41.

143. Kimura, M. (1980). A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol 16, 111-120.

144. Kita, H., Hiroishi, K., Moriyama, Т., Okamoto, H., Kaneko, Т., Ohnishi, S., Yazaki, Y. & Imawari, M. (1995). A minimal and optimal cytotoxic T cell epitope within hepatitis С virus nucleoprotein. J Gen Virol 76, 3189-3193.

145. Koch, J. O. & Bartenschlager, R. (1999). Modulation of hepatitis С virus NS5A hyperphosphorylation by nonstructural proteins NS3, NS4A, and NS4B. J Virol 73, 71387146.

146. Kolykhalov, A. A., Agapov, E. V., Blight, K. J., Mihalik, K., Feinstone, S. M. & Rice, С. M. (1997). Transmission of hepatitis С by intrahepatic inoculation with transcribed RNA. Science 277, 570-574.

147. Kolykhalov, A. A., Feinstone, S. M. & Rice, С. M. (1996). Identification of a highly conserved sequence element at the 3' terminus of hepatitis С virus genome RNA. J Virol 70, 3363-3371.

148. Koonin, E. V. (1991). The phylogeny of RNA-dependent RNA polymerases of positive-strand RNA viruses. У Gen Virol 12, 2197-2206.

149. Korenaga, M., Hino, K., Katoh, Y., Yamaguchi, Y., Okuda, M., Yoshioka, K. & Okita, K. (2001). A possible role of hypervariable region 1 quasispecies in escape of hepatitis С virus particles from neutralization. J Viral Hepat 8, 331 -340.

150. Kretz, K., Callen, W. & Hedden, V. (1994). Cycle sequencing. PCR Methods Appl 3, S107-S112.

151. Kumar, S., Tamura, K., Jakobsen I. B. & Nei, M. (2001). MEGA2: molecular evolutionary genetics analysis software. Bioinformatics 17, 1244-1245.

152. Kunkel, M., Lorinczi, M., Rijnbrand, R., Lemon, S. M. & Watowich, S. J. (2001). Self-assembly of nucleocapsid-iike particles from recombinant hepatitis С virus core protein. J Virol 75,2119-2129.

153. Lai, M. M. & Ware, C. F. (2000). Hepatitis С virus core protein: possible roles in viral pathogenesis. Curr Top Microbiol Immunol 242, 117-134.

154. Lareu, R. R., Swanson, N. R. & Fox, S. A. (1997). Rapid and sensitive genotyping of hepatitis С virus by single-strand conformation polymorphism. J Virol Methods 64, 11-18.

155. Le Pogam, S., Dubois, F., Christen, R., Raby, C., Cavicchini, A. & Goudeau, A. (1998). Comparison of DNA enzyme immunoassay and line probe assays (INNO-LiPA HCV I and II) for hepatitis С virus genotyping. J Clin Microbiol 36, 1461-1463.

156. Le, S. Y., Liu, W. M. & Maize! J. V. (1998). Phylogenetic evidence for the improved RNA higher-order structure in internal ribosome entry sequences of HCV and pestiviruses. Virus Genes 17,279-295.

157. Lee, J. H., Stripf, Т., Roth, W. K. & Zeuzem, S. (1997). Non-isotopic detection of hepatitis С virus quasispecies by single strand conformation polymorphism. J Med Virol 53,245-251.

158. Lesburg, C. A., Cable, M. В., Ferrari, E., Hong, Z., Mannarino, A. F. & Weber, P. C. (1999). Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase from hepatitis С virus reveals a fully encircled active site. Nat Struct Biol 6, 937-943.

159. Lin, C., Lindenbach, B. D., Pragai, В. M., McCourt, D. W. & Rice, С. M. (1994). Processing in the hepatitis С virus E2-NS2 region: identification of p7 and two distinct E2-specific products with different С termini. J Virol 68, 5063-5073.

160. Locasciulli, A., Pontisso, P., Alberti, A., Bacigalupo, A., Ljungman, P. & Frickhofen, N. (1995). The genotype of hepatitis С virus does not affect severity of liver disease after bone marrow transplantation. Blood 85,2640-2640.

161. Lohmann, V., Koerner, F., Koch, J. O., Herian, U., Theilmann, L. & Bartenschlager, R. (1999). Replication of subgenomic hepatitis С virus RNAs in a hepatoma cell line. Science 285, 110-113.

162. Lohmann, V., Korner, F., Herian, U. & Bartenschlager, R. (1997). Biochemical properties of hepatitis С virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase and identification of amino acid sequence motifs essential for enzymatic activity. J Virol 71, 8416-8428.

163. Loussert-Ajaka, I., Ly, T. D., Chaix, M. L., Ingrand, D., Saragosti, S., Courouce, A. M., Brun-Vezinet, F. & Simon, F. (1994). HIV-l/HIV-2 seronegativity in HIV-1 subtype О infected patients. Lancet 343, 1393-1394.

164. Luo, G., Hamatake, R. K., Mathis, D. M., Racela, J., Rigat, K. L., Lemm, J. & Colonno, R. J. (2000). De novo initiation of RNA synthesis by the RNA-dependent RNA polymerase (NS5B) of hepatitis С virus. J Virol 74, 851-863.

165. Lyons, A. J., Lytle, J. R., Gomez, J. & Robertson, H. D. (2001). Hepatitis С virus internal ribosome entry site RNA contains a tertiary structural element in a functional domain of stem-loop II. Nucleic Acids Res 29, 2535-2541.

166. Ma, W., Feng, B. & Tao, Q. (2002). Murine antibody against E2 can capture hepatitis С virus in vitro. Chin Med J (Eng) 114, 860-863.

167. Machida, A., Ohnuma, H., Tsuda, F., Munekata, E., Tanaka, Т., Akahane, Y., Okamoto, H. & Mishiro, S. (1992). Two distinct subtypes of hepatitis С virus defined by antibodies directed to the putative core protein. Hepatology 16, 886-891.

168. Maertens, G. & Styuver (1997). Genotypes and genetic variation of hepatitis С virus. In: The molecular medicine of viral hepatitis. Edited by T. J. Harrison & A. J. Zuckerman.: John Wiley and Sons Ltd. pp. 183-233.

169. Maggi, F., Vatteroni, M. L., Pistello, M., Avio, С. M., Cecconi, N., Panicucci, F. & Bendinelli, M. (1995). Serological reactivity and viral genotypes in hepatitis С virus infection. J Clin Microbiol 33,209-211.

170. Majid, A., Holmes, R., Desselberger, U., Simmonds, P. & McKee, T. A. (1995). Molecular epidemiology of hepatitis С virus infection amongst intravenous drug users in rural communities. J Med Virol 46, 48-51.

171. Mangia, A., Cascavilla, I., Lezzi, G., Spirito, F., Maertens, G., Parlatore, L., Saracco, G., Rizzetto, M. & Andriulli, A. (1997). HCV genotypes in patients with liver disease of different stages and severity. J Hepatol 26, 1173-1178.

172. Martins, R. M., Barbosa, A. P., Oliveira, J. M., Vanderborght, B. & Yoshida, C. F. (2000). Genotype analysis of hepatitis С virus in Brazilian hemophiliacs and blood donors. Vox Sang IS, 255-255.

173. McCaw, R., Moaven, L., Locarnini, S. A. & Bowden, D. S. (1997). Hepatitis С virus genotypes in Australia. J Viral Hepat 4, 351-357.

174. McLauchlan, J. (2000). Properties of the hepatitis С virus core protein: a structural protein that modulates cellular processes. J Viral Hepat 7, 2-14.

175. Michalak, J. P., Wychowski, C., Choukhi, A., Meunier, J. C., Ung, S., Rice, С. M. & Dubuisson, J. (1997). Characterization of truncated forms of hepatitis С virus glycoproteins. J Gen Virol IS, 2299-2306.

176. Mink, M., Benichou, S., Madaule, P., TioIIais, P., Prince, A. & Inchauspe, G. (1994). Characterization and mapping of a B-ceII immunogenic domain in hepatitis С virus E2 glycoprotein using a yeast peptide library. Virology 200,246-255.

177. Mison, L. M., Young, I. F., O'Donoghue, M., Cowley, N., Thorlton, N. & Hyland, C. A. (1997). Prevalence of hepatitis С virus and genotype distribution in an Australian volunteer blood donor population. Transfusion 37, 73-78.

178. Miyamura, T. & Matsuura, Y. (1993). Structural proteins of hepatitis С virus. Trends Microbiol 1,229-231.

179. Mizushima, H., Hijikata, M., Asabe, S., Hirota, M., Kimura, K. & Shimotohno, K. (1994). Two hepatitis С virus glycoprotein E2 products with different С termini. J Virol 68, 6215-6222.

180. Mondelli, M. U., Cerino, A., Bono, F., Cividini, A., Maccabruni, A., Arico, M., Malfitano, A., Barbarini, G., Piazza, V. & Minoli, L. (1994). Hepatitis С virus (HCV) core serotypes in chronic HCV infection. J Clin Microbiol 32, 2523-2527.

181. Mori, S., Kato, N., Yagyu, A., Tanaka, Т., Ikeda, Y., Petchclai, В., Chiewsilp, P., Kurimura, T. & Shimotohno, K. (1992). A new type of hepatitis С virus in patients in Thailand. Biochem Biophys Res Commun 183, 334-342.

182. Muse, S. V. (1995). Evolutionary analysis of DNA sequences subject to constraints on secondary structure. Genetics 139, 1429-1439.

183. Nagayama, К., Kurosaki, M., Enomoto, N., Maekawa, S. Y., Miyasaka, Y., Tazawa, J. I., Izumi, N., Marumo, F. & Sato, C. (1999). Time-related changes in full-length hepatitis С virus and hepatitis activity. Virology 263, 244-253.

184. Nakai, K., Win, К. M., Oo, S. S., Arakawa, Y. & Abe, K. (2001). Molecular characteristic-based epidemiology of hepatitis В, С and E viruses and GB virus in Myanmar. J Clin Microbiol 39, 1536-1539.

185. Nakao, H., Okamoto, H., Tokita, H., Inoue, Т., Iizuka, H., Pozzato, G. & Mishiro, S.1996). Full-length genomic sequence of a hepatitis С virus genotype 2c isolate (BEBE1) and the 2c-specific PCR primers. Arch Virol 141, 701-704.

186. Nakao, Т., Enomoto, N., Takada, N., Takada, A. & Date, T. (1991). Typing of hepatitis С virus genomes by restriction fragment length polymorphism. J Gen Virol 72, 2105-2112.

187. Neddermann, P., Tomei, L., Steinkuhler, C., Gallinari, P., Tramontano, A. & De Francesco, R. (1997). The nonstructural proteins of the hepatitis С virus: structure and functions. Biol Chem 378,469-476.

188. Nkengasong, J. N., Nyambi, P., Claeys, H., De Beenhouwer, H., CoIIart, J. P., Ayuk, J. & Ndumbe, P. (1995). Predominantly hepatitis С virus genotypes 1 and 2 are found in Cameroon. J Infect Dis 171, 1380-1381.

189. Ogata, N., Alter, H. J., Miller, R. H. & Purcell, R. H. (1991). Nucleotide sequence and mutation rate of the H strain of hepatitis С virus. Proc Natl Acad Sci USA 88, 3392-3396.

190. Okamoto, H., Kanai, N. & Mishiro, S. (1992a). Full-length nucleotide sequence of a Japanese hepatitis С virus isolate (HC-J1) with high homology to USA isolates. Nucleic Acids Res 20, 6410-6410.

191. Okamoto, H., Okada, S., Sugiyama, Y., Yotsumoto, S., Tanaka, Т., Yoshizawa, H., Tsuda, F., Miyakawa, Y. & Mayumi, M. (1990). The 5-terminal sequence of the hepatitis С virus genome. JpnJExp Med 60, 167-177.

192. Oliveira, M. L., Bastos, F. I., Sabino, R. R., Paetzold, U., Schreier, E., Pauli, G. & Yoshida, C. F. (1999). Distribution of HCV genotypes among different exposure categories in Brazil. BrazJMed Biol Res 32, 279-282.

193. Papanastasiou, D. A., Spilliopoulou, I., Katinakis, S., Karanaginopoulou, A. & Repanti, M. (1997). Lack of transmission of hepatitis С in household contacts of children with beta-thalassaemia. Acta Haematol 97, 168-173.

194. Park, Y. S., Lee, К. O., Oh, M. J. & Chai, Y. G. (1998). Distribution of genotypes in the 5' untranslated region of hepatitis С virus in Korea. J Med Microbiol 47, 643-647.

195. Parker, J. (1989). Errors and alternatives in reading the universal genetic code. Microbiol Rev 53,273-298.

196. Pawlotsky, J. M., Roudot-Thoraval, F., Pellet, C., Aumont, P., Darthuy, F., Remire, J., Duval, J. & Dhumeaux, D. (1995). Influence of hepatitis С virus (HCV) genotypes on HCV recombinant immunoblot assay patterns. J Clin Microbiol 33, 1357-1359.

197. Poch, O., Sauvaget, I., Delarue, M. & Tordo, N. (1989). Identification of four conserved motifs among the RNA-dependent polymerase encoding elements. EMBO J 8, 3867-3874.

198. Pohjanpelto, P., Lappalainen, M., Widell, A., Asikainen, K. & Paunio, M. (1996).

199. Hepatitis С genotypes in Finland determined by RFLP. Clin Diagn Virol 7, 7-16.

200. Pol, S., Thiers, V., Nousbaum, J. В., Legendre, C., Berthelot, P., Kreis, H. & Brechot, C. (1995). The changing relative prevalence of hepatitis С virus genotypes: evidence in hemodialyzed patients and kidney recipients. Gastroenterology 108, 581-583.

201. Prince, A. M., Brotman, В., Huima, Т., Pascual, D., Jaffery, M. & Inchauspe, G. (1992). Immunity in hepatitis С infection. J Infect Dis 165,438-443.

202. Prince, A. M. (1994). Challenges for development of hepatitis С virus vaccines. FEMS Microbiol Rev 14,273-277.

203. Pujol, F. H., Loureiro, C. L., Devesa, M., Blitz, L., Parra, K., Beker, S. & Liprandi,

204. F. (1997). Determination of genotypes of hepatitis С virus in Venezuela by restriction fragment length polymorphism. J Clin Microbiol 35, 1870-1872.

205. Qin, W., Yamashita, Т., Shirota, Y., Lin, Y., Wei, W. & Murakami, S. (2001). Mutational analysis of the structure and functions of hepatitis С virus RNA-dependent RNA polymerase. Hepatology 33, 728-737.

206. Querenghi, F., Yu, Q., Billaud, G., Maertens, G., Trepo, C. & Zoulim, F. (2001).

207. Evolution of hepatitis С virus genome in chronically infected patients receiving ribavirin monotherapy. J Viral Hepat 8, 120-131.

208. Ralston, R., Thudium, K., Berger, K., Kuo, C., Gervase, В., Hall, J., Selby, M., Kuo,

209. G., Houghton, M. & Choo, Q. L. (1993). Characterization of hepatitis С virus envelope glycoprotein complexes expressed by recombinant vaccinia viruses. J Virol 67, 6753-6761.

210. Ramsay M. E. (1999). Guidance on the investigation and management of occupational exposure to hepatitis C. Comm Dis And Public Health. 2, 258-260.

211. Ray, R. B. & Ray, R. (2001). Hepatitis С virus core protein: intriguing properties and functional relevance. FEMS Microbiol Lett 202, 149-156.

212. Reynolds, J. E., Kaminski, A., Carroll, A. R., Clarke, В. E., Rowlands, D. J. & Jackson, R. J. (1996). Internal initiation of translation of hepatitis С virus RNA: the ribosome entry site is at the authentic initiation codon. RNA 2, 867-878.

213. Reynolds, J. E., Kaminski, A., Kettinen, H. J., Grace, K., Clarke, В. E., Carroll, A. R., Rowlands, D. J. & Jackson, R. J. (1995). Unique features of internal initiation of hepatitis С virus RNA translation. EMBOJ14, 6010-6020.

214. Rice, С. M. (1990). Overview of flavivirus molecular biology and future vaccine development via recombinant DNA. Southeast Asian J Trop Med Public Health 21, 670677.

215. Rijnbrand, R. C., Abbink, Т. E., Haasnoot, P. C., Spaan, W. J. & Bredenbeek, P. J.1996). The influence of AUG codons in the hepatitis С virus 5' nontranslated region on translation and mapping of the translation initiation window. Virology 226, 47-56.

216. Rijnbrand, R., Abell, G. & Lemon, S. M. (2000). Mutational analysis of the GB virus В internal ribosome entry site. J Virol 74, 773-783.

217. Rispeter, K., Lu, M., Lechner, S. & Zibert, A. (1997). Cloning and characterization of a complete open reading frame of the hepatitis С virus genome in only two cDNA fragments. J Gen Virol 78, 2751-2759.

218. Rispeter, K. (1998). Direct sequence submission to Genbank. Published in PhD Thesis. Universitaetsklinikum Essen.

219. Rooney, G. & Gilson, R.J. (1998). Sexual transmission of hepatitis С virus infection. Sex Transm Infect 74, 399-404.

220. Rosenberg, S. (2001). Recent advances in the molecular biology of hepatitis С virus. J Mol Biol 313,451-464.

221. Ruggieri, A., Argentini, C., Kouruma, F., Chionne, P., D'Ugo, E., Spada, E., Dettori, S., Sabbatani, S. & Rapicetta, M. (1996). Heterogeneity of hepatitis С virus genotype 2 variants in West Central Africa (Guinea Conakry). J Gen Virol 77, 2073-2076.

222. Rzhetsky, A. & Nei., M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum-evolution trees. Mol Biol Evol 9, 945-967.

223. Saitou, N. & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4,406-425.

224. Sakamoto, M., Akahane, Y., Tsuda, F., Tanaka, Т., Woodfield, D. G. & Okamoto, H. (1994a). Entire nucleotide sequence and characterization of a hepatitis С virus of genotype V/3a. J Gen Virol 75, 1761-1768.

225. Sakamoto, N., Enomoto, N., Kurosaki, M., Marumo, F. & Sato, C. (1994b). Sequential change of the hypervariable region of the hepatitis С virus genome in acute infection. J Med Virol 42, 103-108.

226. Sallberg, M., Ruden, U., Wahren, B. & Magnius, L. O. (1992). Immune response to a single peptide containing an immunodominant region of hepatitis С virus core protein: the isotypes and the recognition site. Immunol Lett 33, 27-33.

227. Sanderson, M. J. (1995). Objections to bootstrapping phylogenies: A critique. Syst Biol 44, 299-320.

228. Sanderson, M. J. & Wojciechowski, M. F. (2000). Improved bootstrap confidence limits in large-scale phylogenies, with an example from Neo-Astragalus (Leguminosae). Syst Biol 49, 671-685.

229. Sandres, K., Dubois, M., Pasquier, C., Puel, J. & Izopet, J. (2001). Determination of HCV genotype using two antibody assays and genome typing. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 20, 666-669.

230. Sandres-Saune, K., Deny, P., Pasquier, C., Thibaut, V., Duverlie, G. & Izopet, J. (2003). Determining hepatitis С genotype by analyzing the sequence of the NS5b region. J Virol Methods 109, 187-193.

231. Santolini, E., Migliaccio, G. & La Monica, N. (1994). Biosynthesis and biochemical properties of the hepatitis С virus core protein. J Virol 68, 3631 -3641.

232. Scaraggi, F. A., Lomuscio, S., Perricci, A., De-Mitrio, V., Napoli, N. & Schiraldi, O. (1993). Intrafamilial and sexual transmission of hepatitis С virus. Lancet 342, 1300-1301.

233. Schmidt, H. A., Strimmer, K., Vingron, M. & von Haeseler, A. (2002). TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. Bioinformatics 18, 502-504.

234. Schneider, T. D. & Stephens, R. M. (1990). Sequence Logos: A new way to display consensus sequences. Nucleic Acids Res 18, 6097-6100.

235. Schriger, D. L. & Mikulich, V. J. (2002). The management of occupational exposures to blood and body fluids: revised guidelines and new methods of implementation. Ann EmergMed 39,319-321.

236. Seeff, L. B. (1999). Natural histoiy of hepatitis C. Am J Med 21, 10-15.

237. Seki, M., Honda, Y., Kondo, J., Fukuda, K., Ohta, K., Sugimoto, J. & Yamada, E. (1995). Effective production of the hepatitis С virus core antigen having high purity in Eschericia coli. JBiotechnol 38, 229-241.

238. Seki, M. & Honda, Y. (1995). Phosphorothioate antisense oligodeoxynucleotides capable of inhibiting Hepatitis С virus gene expression: In vitro translation assay. J Biochem 118,1199-1204.

239. Shah, H. A., Jafri, W., Malik, I., Prescott, L. & Simmonds, P. (1997). Hepatitis С virus (HCV) genotypes and chronic liver disease in Pakistan. J Gastroenterol Hepatol 12, 758-761.

240. Shapiro, C. N. (1995). Occupational risk of infection with hepatitis В and hepatitis С virus. Surg Clin North Am 75, 1047-1056.

241. Shimizu, Y. K., Feinstone, S. M., Kohara, M., Purcell, R. H. & Yoshikura, H. (1996). Hepatitis С virus: detection of intracellular virus particles by electron microscopy. Hepatology 23,205-209.

242. Shimodaira, H. & Hasegawa, M. (1999). Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference. Mol Biol Evol 16, 1114-1116.

243. Shimotohno, K., Tanji, Y., Hirowatari, Y., Komoda, Y., Kato, N. & Hijikata, M. (1995). Processing of the hepatitis С virus precursor protein .J Hepatol 22, 87-92.

244. Simmonds, P., Alberti, A., Alter, H. J., Bonino, F., Bradley, D. W., Brechot, C., Brouwer, J. Т., Chan, S. W., Chayama, K. & Chen, D. S. (1994). A proposed system for the nomenclature of hepatitis С viral genotypes. Hepatology 19, 1321-1324.

245. Simmonds, P. (2001). Reconstructing the origins of human hepatitis viruses. Philos Trans R Soc Lond В Biol Sci 356, 1013-1026.

246. Simons, J. N., Desai, S. M., Schultz, D. E., Lemon, S. M. & Mushahwar, I. K. (1996). Translation initiation in GB viruses A and C: evidence for internal ribosome entry and implications for genome organization. J Virol 70, 6126-6135.

247. Simonsen, L., Kane, A., Lloyd, J., Zaffran, M. & Kane, M. (1999). Unsafe injections in the developing world and transmission of bloodborne pathogens: a review. Bulletin of the World Health Organization. 77, 789-800.

248. Singleton, P. & Sainsbury, D. (2002). Dictionary of microbiology and molecular biology. 3rd Edition. John Wiley & Sons, Portland, USA.

249. Song, P., Due, D. D., Hien, В., Nakata, S., Chosa, Т., Watanabe, J., Tsuda, F., Murata, K. & Okamoto, H. (1994). Markers of hepatitis С and В virus infections among blood donors in Ho Chi Minh City and Hanoi, Vietnam. Clin Diagn Lab Immunol 1, 413418.

250. Steffens, S., Thiel, H. J. & Behrens, S. E. (1999). The RNA-dependent RNA polymerases of different members of the family Flaviviridae exhibit similar properties in vitro. J Gen Virol 80, 2583-2590.

251. Stempniak, M., Hostomska, Z., Nodes, B. R. & Hostomsky, Z. (1997). The NS3 proteinase domain of hepatitis С virus is a zinc-containing enzyme. J Virol 71, 2881-2886.

252. Stockburger, D.W. (1998). Introductory statistics: concepts, models and applications. WWW Version 1.0. Revised 2/19/98. Southwest Missouri State University. (Electronic publication: http:// www.psychstat.smsu.edu/introbook/sbk00.htm)

253. Strauss, J. H. & Strauss, E. G. (1994). The alphaviruses: gene expression, replication, and evolution. Microbiol Rev 58, 491-562.

254. Stuyver, L., Rossau, R., Wyseur, A., Duhamel, M., Vanderborght, В., Van Heuverswyn, H. & Maertens, G. (1993). Typing of hepatitis С virus isolates and characterization of new subtypes using a line probe assay .J Gen Virol 74, 1093-1102.

255. Stuyver, L., Wyseur, A., van, A. W., Hernandez, F. & Maertens, G. (1996b). Second-generation line probe assay for hepatitis С virus genotyping. J Clin Microbiol 34, 22592266.

256. Sugiyama, K., Kato, N., Mizutani, Т., Ikeda, M., Tanaka, T. & Shimotohno, K. (1997). Genetic analysis of the hepatitis С virus (HCV) genome from HCV-infected human T cells. J Gen Virol 78, 329-336.

257. Suzuki, K., Mizokami, M., Cao, K., Wu, X. S., Wu, R. R., Hata, A., Sasaki, M., Fang, Z. X., Zhang, L. Y., Lau, J. Y. & lino, S. (1997). Prevalence of hepatitis С virus infection in Nanjing, southern China. Eur J Epidemiol 13, 511-515.

258. Suzuki, К., Shinzawa, H., Kuboki, M., Ishibashi, M., Yoshii, Б., Saito, Т. & Takahashi, Т. (1998). Secondary structure of the hepatitis С virus 5' untranslated region and efficacy of interferon therapy for chronic hepatitis C. Liver 18, 331-336.

259. Suzuki, R., Suzuki, Т., Ishii, K., Matsuura, Y. & Miyamura, T. (1999). Processing and functions of Hepatitis С virus proteins. Intervirology 42, 145-152.

260. Tackett, A. J., Wei, L., Cameron, С. E. & Raney, K. D. (2001). Unwinding of nucleic acids by HCV NS3 helicase is sensitive to the structure of the duplex. Nucleic Acids Res 29, 565-572.

261. Takada, N., Takase, S., Takada, A. & Date, T. (1993). Differences in the hepatitis С virus genotypes in different countries. J Hepatol 17,277-283.

262. Takamizawa, A., Mori, C., Manabe, S., Murakami, S., Fujita, J., Onishi, E., Andoh, Т., Yoshida, I. & Okayama, H. (1991). The structure and organization of the Hepatitis С virus genome isolated from human carriers. J Virol 65, 1105-1113.

263. Tamura, K. & Nei., M. (1993). Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Mol Biol Evol 10, 512-526.

264. Tanaka, Т., Kato, N., Cho, M. J. & Shimotohno, K. (1995). A novel sequence found at the 3' terminus of hepatitis С virus genome. Biochem Biophys Res Commun 215, 744-749.

265. Tanaka, Т., Kato, N., Cho, M. J., Sugiyama, K. & Shimotohno, K. (1996). Structure of the 3' terminus of the hepatitis С virus genome. J Virol 70, 3307-3312.

266. Tanaka, Т., Tsukiyama-Kohara, K., Yamaguchi, K., Yagi, S., Tanaka, S., Hasegawa, A., Ohta, Y., Hattori, N. & Kohara, M. (1994). Significance of specific antibody assay for genotyping of hepatitis С virus. Hepatology 19, 1347-1353.

267. Tanaka, Т., Yabusako, Т., Yamashita, Т., Kondo, K., Nishiguchi, S., Kuroki, T. & Monna, T. (2000). Contribution of hepatitis С virus to the progression of alcoholic liver disease. Alcohol Clin Exp Res 24,112-116.

268. Tautz, N., Kaiser, A. & Thiel, H. J. (2000). NS3 serine protease of bovine viral diarrhea virus: characterization of active site residues, NS4A cofactor domain, and protease-cofactor interactions. Virology 213, 351-363.

269. Telfer, P. Т., Devereux, H., Savage, K., Scott, F., Dhillon, A. P., Dusheiko, G. & Lee, C. A. (1995). Chronic hepatitis С virus infection in haemophilic patients: clinical significance of viral genotype. Thromb Haemost 74, 1259-1264.

270. Thorne, J. L., Goldman, N. & Jones, D. T. (1996). Combining protein evolution and secondary structure. Mol Biol Evol 13, 666-673.

271. Thorne, J. L., Kishino, H. & Felsenstein, J. (1992). Inching toward reality: an improved likelihood model of sequence evolution. J Mol Evol 34, 3-16.

272. Tomiya, Т., Hayashi, S., Hijikata, M., Yanase, M., Miwa, J., Suzuki, R., Hanada, Y., Tsurugano, S., Umeda, N. & Fujiwara, K. (1996). Circulating immune complex of hepatitis virus С in patients with acute and chronic hepatitis С .J Hepatol 24, 764-764.

273. Trowbridge, R. & Gowans, E. J. (1998). Molecular cloning of an Australian isolate of hepatitis С virus. Arch Virol 143, 501-511.

274. Tsukiyama-Kohara, K., Iizuka, N., Kohara, M. & Nomoto, A. (1992). Internal ribosome entry site within hepatitis С virus RNA. J Virol 66, 1476-1483.

275. Tsukiyama-Kohara, K., Kohara, M., Yamaguchi, K., Maki, N., Toyoshima, A., Miki, K., Tanaka, S., Hattori, N. & Nomoto, A. (1991). A second group of hepatitis С viruses. Virus Genes 5, 243-254.

276. Tsukiyama-Kohara, K., Yamaguchi, K., Maki, N., Ohta, Y., Miki, K., Mizokami, M., Ohba, K., Tanaka, S., Hattori, N. & Nomoto, A. (1993). Antigenicities of Group I and II hepatitis С virus polypeptides-molecular basis of diagnosis. Virology 192,430-437.

277. UNDCP (United Nations International Drug Control Programme). (2003). Global illicit drug trends. UNDCP annual report. Vienna International Section, Vienna, Austria.

278. Vega, I., Colina, R., Garcia, L., Uriarte, R., Mogdasy, C. & Cristina, J. (2001).

279. Diversification of hepatitis С viruses in South America reveals a novel genetic lineage.1. Arch Virol 146,1623-1629.

280. Viazov, S., Zibert, A., Ramakrishnan, K., Widell, A., Cavicchini, A., Schreier, E. & Roggendorf, M. (2001). Typing of hepatitis С virus isolates by DNA enzyme immunoassay. J Virol Methods 48, 81-91.

281. Vos, S., Berrisford, D. J. & Avis, J. M. (2002). Effect of magnesium ions on the tertiary structure of the hepatitis С virus IRES and its affinity for the cyclic peptide antibiotic viomycin. Biochemistry 41, 5383-5396.

282. Wang, C., Le, S. Y., Ali, N. & Siddiqui, A. (1995). An RNA pseudoknot is an essential structural element of the internal ribosome entry site located within the hepatitis С virus 5' noncoding region. RNA 1, 526-537.

283. Wang, C., Sarnow, P. & Siddiqui, A. (1993a). Translation of human hepatitis С virus RNA in cultured cells is mediated by an internal ribosome-binding mechanism. J Virol 67, 3338-3344.

284. Wang, C., Sarnow, P. & Siddiqui, A. (1994). A conserved helical element is essential for internal initiation of translation of hepatitis С virus RNA. J Virol 68, 7301-7307.

285. Wang, Y., Okamoto, H., Tsuda, F., Nagayama, R., Tao, Q. M. & Mishiro, S. (1993b). Prevalence, genotypes, and an isolate (HC-C2) of hepatitis С virus in Chinese patients with liver disease. J Med Virol 40, 254-260.

286. White, P. A., Zhai, X., Carter, I., Zhao, Y. & Rawlinson, W. D. (2000). Simplified hepatitis С virus genotyping by heteroduplex mobility analysis. J Clin Microbiol 38, 477482.

287. WHO (World Health Organization). (1999). Global surveillance and control of hepatitis C. Report of WHO consultation organized in collaboration with the viral hepatitis prevention board, Antwerp, Belgium. J Viral Hepat 6, 35-47.

288. Widell, A., Mansson, S., Persson, N. H., Thysell, H., Hermodsson, S. & Blohme, I. (1995). Hepatitis С superinfection in hepatitis С virus (HCV)-infected patients transplanted with an HCV-infected kidney. Transplantation 60, 642-647.

289. Wiley, E. O., Siegel-Causey, D., Brooks, D. R. & Funk, V. A. (1991). The Compleat Cladist. A Primer of Phylogenetic Procedures. The Univ. of Kansas Museum of Natural History Special Publication No. 19. Lawrence, Kansas, USA. 158pp.

290. Wu, С. H., Lee, M. F. & Kuo, H. S. (1997). Distribution of hepatitis С virus genotypes among blood donors in Taiwan. J Gastroenterol Hepatol 12, 625-628.

291. Wu, R. R., Mizokami, M., Lau, J. Y., Ohno, Т., Fang, Z. X., Ohba, K., Wu, X. S., Hata, A., Sasaki, M. & lino, S. (1995). Seroprevalence of hepatitis С virus infection and its genotype in Lanzhou, western China. J Med Virol 45, 174-178.

292. Xu, L. Z., Larzul, D., Delaporte, E., Brechot, C. & Kremsdorf, D. (1994). Hepatitis С virus genotype 4 is highly prevalent in central Africa (Gabon). J Gen Virol 75, 2393-2398.

293. Yagnik, А. Т., Lahm, A., Meola, A., Roccasecca, R. M., Ercole, В. В., Nicosia, A. & Tramontano, A. (2000). A model for the hepatitis С virus envelope glycoprotein E2. Proteins 40, 355-366.

294. Yamada, N., Manihara, K., Mizokami, M., Ohba, K., Takada, A., Tsutsumi, M. & Date, T. (1994). Full-length sequence of the genome of hepatitis С virus type 3a: comparative study with different genotypes. J Gen Virol 75, 3279-3284.

295. Yanagi, M., Purcell, R. H., Emerson, S. U. & Bukh, J. (1997). Transcripts from a single full-length cDNA clone of hepatitis С virus are infectious when directly transfected into the liver of a chimpanzee. Proc Natl Acad Sci U SA 94, 8738-8743.

296. Yanagi, M., Purcell, R. H., Emerson, S. U. & Bukh, J. (1999). Hepatitis С virus: an infectious molecular clone of a second major genotype (2a) and lack of viability of intertypic la and 2a chimeras. Virology 262, 250-263.

297. Yanagi, M., St. Clare, M., Shapiro, M., Emerson, S. U., Purcell, R. H. & Bukh, J. (1998). Transcripts of a chimeric clone of hepatitis С virus genotype lb are infectious in vivo. Virology 244, 161-172.

298. Yap, P. L. (1996). Intravenous immunoglobulin and hepatitis С virus: an overview of transmission episodes with emphasis on manufacturing data. Clin Ther 18, 43-58.

299. Yeh, С. Т., Chu, С. M. & Liaw, Y. F. (1996). Distinct composition of viral quasispecies between ascites and serum samples from patients with late stage chronic hepatitis C. Biochem Biophys Res Commun 227, 524-529.

300. Yeh, С. Т., Lu, S. C., Chu, С. M. & Liaw, Y. F. (1997). Molecular cloning of a defective hepatitis С virus genome from the ascitic fluid of a patient with hepatocellular carcinoma. J Gen Virol 78, 2761-2770.

301. Yun, Z., Lara, C., Johansson, В., Lorenzana, d. R. I. & Sonnerborg, A. (1996). Discrepancy of hepatitis С virus genotypes as determined by phylogenetic analysis of partial NS5 and core sequences. J Med Virol 49, 155-160.

302. Zein, N. N., Rakela, J. & Persing, D. H. (1995). Genotype-dependent serologic reactivities in patients infected with hepatitis С virus in the United States. Mayo Clin Proc 70,449-452.

303. Zein, N. N. (2000). Clinical significance of hepatitis С virus genotypes. Clin Microbiol Rev 13, 223-235.

304. Zekri, A. R., Bahnassy, A. A., Ramadan, A. S., EI-Bassuoni, M., Badran, A. & Madwar, M. A. (2001). Hepatitis С virus genotyping versus serotyping in Egyptian patients. Infection 29, 24-26.

305. Zeng, L., Falgout, B. & Markoff, L. (1998). Identification of specific nucleotide sequences within the conserved З'-SL in the dengue type 2 virus genome required for replication. J Virol 72, 7510-7522.

306. Zeuzem, S., Ruster, В., Lee, J. H., Stripf, T. & Roth, W. K. (1995). Evaluation of a reverse hybridization assay for genotyping of hepatitis С virus. J Hepatol 23, 654-661.

307. Zeuzem, S. (2001). The kinetics of hepatitis С virus infection. Clin Liver Dis 5, 917-930.

308. Zhang, Y. Y., Lok, A. S., Chan, D. T. & Widell, Al (1995). Greater diversity of hepatitis С virus genotypes found in Hong Kong than in mainland China. J Clin Microbiol 33,2931-2934.

309. Zharkikh, A. & Li, W. H. (1992). Statistical properties of bootstrap estimation of phylogenetic variability from nucleotide sequences: II. Four taxa without a molecular clock. JMolEvol 35, 356-366.

310. Zheng, W. (1994). Genotype identification of hepatitis с virus (HCV) isolated from a single Japanese carrier in Nagasaki prefecture and genome analysis of El and E2/NS1 envelope glycoprotein regions. Jpn J Trop Med Hyg 22, 169-177.

311. Zhong, W., Uss, A. S., Ferrari, E., Lau, J. Y. & Hong, Z. (2000). De novo initiation of RNA synthesis by hepatitis С virus nonstructural protein 5B polymerase. J Virol 74, 20172022.

312. Zusinaite, E., Krispin, Т., Raukas, E., Kiiver, K., Salupere, R., Ott, K., Ustina, V., Zilmer, K., Schmidt, J., Sizemski, L., Jaago, K., Luman, M., Ilmoja, M., Prukk, T. & Ustav, M. (2000). Hepatitis С virus genotypes in Estonia. APMIS 108, 739-746.

313. Zylberberg, H., Chaix, M. L. & Brechot, C. (2000). Infection with hepatitis С virus genotype 4 is associated with a poor response to interferon-alpha. Ann Intern Med 132, 845-846.