Структурно-функциональная характеристика участка хромосомной ДНК, ассоциированного с ядерной оболочкой тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Шабарина, Анна Николаевна

• Шабарина, Анна Николаевна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Шабарина, Анна Николаевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. Ядерная оболочка и пространственная организация хромосом в ядре

2.2. Механизм прикрепления ДНК к ядерной оболочке

2.3. Структурные участки хромосомной ДНК

2.4. Структурно-функциональная организация эукариотических хромосом

2.5. Барьерные элементы хроматина

2.5.1. Барьерные элементы I типа

2.5.1.1. Инсуляторы дрозофилы

2.5.1.2. Инсуляторы позвоночных

2.5.1.3. Модели действия инсуляторов

2.5.2. Барьерные элементы IIтипа

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1. Материалы

3.1.1. Бактериальные штаммы

3.1.2. Линии Drosophila melanogaster

3.1.3. Препараты ДНК

3.1.4. Ферменты

3.1.5. Буферы и растворы

3.2. Методы

3.2.1. Биоинформатические методы

3.2.2. Культивирование микроорганизмов

3.2.3. Трансформация клеток Е. coli с применением СаС^

3.2.4. Выделение плазмидной ДНК из Е. coli

3.2.5. Очистка плазмидной ДНК

3.2.6. Манипуляции с ДНК

3.2.7. Создание конструкций для трансформации дрозофилы

3.2.8. Условия содержания дрозофилы

3.2.9. Трансформация эмбрионов дрозофилы

3.2.10. Фенотипический анализ экспрессиирепортёрных

генов в трансгенных линиях

3.2.11. Вырезание фрагментов ДНК по механизму сайт-специфической рекомбинации in vivo

3.2.12. Выделение геномной ДНК из мух

3.2.13. Саузерн-блот гибридизация

3.2.14. НЦР на матрице геномной ДНК

3.2.15. Определение первичной последовательности ДНК и анализ полученных данных

3.2.16. Гибридизация in situ

4. РЕЗУЛЬТАТЫ

4Л. Структурный анализ яоДНК (анализ in silico)

4.1.1. Общая характеристика фрагмента EnvM4

4.1.2. Анализ гомологии последовательности EnvM4 у разных организмов

4.1.3. Анализ особенностей нуклеотидного состава последовательности EnvM4

4.1.4. Анализ локализации эволюционно-консервативного участка фрагмента EnvM4 в генных доменах хромосом разных организмов

4.1.5. Анализ конформационных особенностей мест локализации фрагмента EnvM4 в геномах дрозофилы и мыши

4.1.6. Нуклеотидная последовательность EnvM4 и регуляторные элементы

4.1.7. Нуклеотидная последовательность Ет>М4 и барьерные

элементы

4.2. Функциональный анализ яоДНК

4.2.1. Анализ барьерных свойств фрагмента ЕпуМ4

4.2.2. Анализ регуляторных свойств фрагмента Ет>М4

4.2.3. Анализ инсуляторных свойств фрагмента ЕпхМ4

4.2.4. Анализ сайтов интеграции трансгенных конструкций

на хромосомах дрозофилы

4.2.5. Анализ локализации участков, гомологичных ЕпуМ4, на хромосомах дрозофилы

5. ОБСУЖДЕНИЕ

6. ВЫВОДЫ

7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

АТФ - аденозинтрифосфат; БСА - бычий сывороточный альбумин; ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота; ДТТ - дитиотрейтол;

МДГ - мобильные диспергированные гены;

м.п.н. - миллионов пар нуклеотидов;

н. - нуклеотид;

п.н. - пар нуклеотидов;

ПЦР - полимеразная цепная реакция;

РНК - рибонуклеиновая кислота;

скДНК - фрагменты хромосомной ДНК, выделенные из

синаптонемного комплекса; срДНК - фрагменты хромосомной ДНК, выделенные из сердцевин

розеткоподобных структур; т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов; трис - трис (гидроксиметил) аминометан; ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота;

ялДНК - фрагменты хромосомной ДНК, выделенные из ядерной ламины;

яоДНК - фрагменты хромосомной ДНК, выделенные из ядерной оболочки;

АС - Accession (номер доступа в базе данных);

BAF - Barrier-to-Autointegration Factor;

BEAF32 - Boundary-Element-Associated Factor 32 kD;

CIAP - Calf Intestine Alkaline Phosphatase;

CP190 - Centrosomal Protein 190 kD;

ere - causes recombination;

CTCF - CCCTC-binding Factor;

FISH - Fluorescent in situ Hybridization; flp - flipase;

FRT - Flipase Recombination Target; HS4 - Hypersensitive Site 4; hsp70 - heat shock protein 70; INM - Inner Nuclear Membrane; LAD - Lamina-Associated Domain; LBR - Lamin B Receptor; LCR - Locus Control Region; LOX - Locus of Crossing over (X); LTR - Long Terminal Repeat; LB - Luria-Bertani;

MARs/SARs - Matrix/Scaffold Associated Regions;

mod(mdg4) - modifier of mdg4;

NPC - Nuclear Pore Complex;

ONM - Outer Nuclear Membrane;

PBS - Phosphate Buffer Saline;

ses - specialized chromatin structure;

SDS - Sodium Dodecyl Sulfate;

SIDD - Stress-Induced Duplex Destabilization;

SSC - Saline Sodium Citrate;

su(Hw) - Suppressor of Hairy wing;

TAE - Tris-Acetate-EDTA;

trl - Trithorax-like;

UCEs - UltraConserved Elements;

Wari - White-abutting resident insulator;

Zw5 - Zeste-white 5.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональная характеристика участка хромосомной ДНК, ассоциированного с ядерной оболочкой»

1. ВВЕДЕНИЕ

Регуляция экспрессии генов — один из основных молекулярных механизмов дифференцировки клеток и развития организма в целом. В настоящее время не вызывает сомнений тот факт, что этот процесс осуществляется на нескольких уровнях, первым из которых является хромосомный уровень, а последним, недавно установленным, — локализация хромосомы, хромосомного локуса или гена в 3-х мерном объёме ядра (Pai, Engelke, 2010; Montavon, Duboule, 2012). При этом главное внимание уделяется расположению этих структур по отношению к ядерной оболочке. Многочисленные экспериментальные данные свидетельствуют о том, что многие регуляторные процессы, связанные с функционированием генома, осуществляются на ядерной оболочке (Gerasimova et al., 2000; Byrd, Corees, 2003; Xu et al, 2004; Misteli, 2005; Akhtar, Gasser, 2007; Pickersgill et al., 2006; Guelen et al, 2008; Pai, Engelke, 2010; Zullo et al., 2012). Во многих исследованиях показано, что локализация хромосомного локуса около ядерной оболочки коррелирует с его неактивным состоянием, а перемещение внутрь ядра — с активным (Reddy et al., 2008; Finían et al., 2008; Shevelyov et al., 2009). Такой тип ассоциации хроматина с ядерной оболочкой можно отнести к функциональному типу. Наряду с этим, во многих работах показана "точечная" ассоциация с ядерной оболочкой, затрагивающая непротяжённые участки интерфазных хромосом (Tsanev, Tsaneva, 1986; Fais et al., 1989; Владимирская и др., 1998). Предполагается, что этот тип ассоциаций хромосом с ядерной оболочкой обуславливает внутриядерную локализацию хромосом/хромосомных областей в объёме ядра, где они формируют так называемые "хромосомные территории". При этом происходит разделение хромосомной ДНК на ряд доменов. По расчётам разных авторов, количество таких сайтов — десятки и сотни тысяч (Davies, Small, 1968; Онищенко, Ченцов, 1974; Lebkowski, Laemmli, 1982; Tsanev, Tsaneva, 1986; Paddy et al., 1990; Luderus et al., 1992). При этом возникает вопрос, могут ли участки

заякоривания интерфазных хромосом на ядерной оболочке выполнять какие-либо другие функции, помимо структурной (фиксации хромосом в объёме ядра)? Экспериментальные данные по этому вопросу отсутствуют, однако предполагается, что ген(ы), расположенный между двумя такими сайтами, может находиться в обособленном домене, что обуславливает возможность его функционирования вне зависимости от окружающих его других генов (Bell, Felsenfeld, 1999; Chambeyron, Bickmore, 2004; Goetze et al, 2005).

Ранее в нашей Лаборатории были выделены фрагменты хромосомной ДНК (Глазков и др., 1999) из фракции ядерных оболочек гепатоцитов мыши (яоДНК). Эти фрагменты были клонированы и секвенированы, установлено, что яоДНК являются белок-некодирующими нуклеотидными последовательностями. Гибридизационным методом была показана их эволюционная консервативность (Глазков и др., 1999) и их специфичное связывание с белками ядерной оболочки в системе in vitro (Глазков и др., 1998а). Методами биоинформатики показано, что фрагменты яоДНК отличаются от других структурных участков хромосом, в том числе и от MARs/SARs (Rogozin et al., 2000; Glazko et al., 2001). Среди коллекции фрагментов яоДНК наибольший интерес вызвал фрагмент EnvM4, т.к. он обладал наибольшей представленностью в коллекции (50%), а также наличием гомологии с геномом архебактерий.

Существование в эукариотической хромосоме доменов, имеющих разную степень компактизации (эухроматин, гетерохроматин), соседствование в хромосоме транскрипционно-активных и неактивных локусов привело к представлению о существовании специальных границ между такими хромосомными областями. По современным представлениям такими границами являются так называемые "барьерные элементы". Согласно одной из точек зрения, важную роль в их функционировании играет ядерная оболочка, однако механизм их действия остается неясным.

Изложенное выше свидетельствует о том, что ядерная оболочка — это не только структурный компонент ядра, но и полноценная функциональная

единица, участвующая в различных процессах. В связи с этим мы предполагаем, что последовательности ДНК, ассоциированные с ядерной оболочкой (яоДНК), могут играть в ядре не только структурную роль, но и выполнять дополнительные функции в разграничении хромосомных/генных доменов. Исследование этого вопроса является очень важным для понимания механизма прикрепления ДНК к ядерной оболочке, а также природы и функций барьерных элементов, и позволит расширить имеющиеся в настоящее время знания о структурно-функциональной организации эукариотических хромосом.

Цель и задачи исследования. Целью данного исследования являлось изучение структурно-функциональных характеристик участков хромосомной ДНК, обуславливающих прикрепление интерфазных хромосом к ядерной оболочке (яоДНК). В соответствии с целью в работе были поставлены следующие задачи:

1. Провести анализ нуклеотидной последовательности яоДНК методами биоинформатики;

2. Провести анализ барьерных свойств последовательности яоДНК;

3. Провести анализ регуляторных свойств последовательности яоДНК;

4. Провести анализ инсуляторных свойств последовательности яоДНК;

5. Определить особенности мест интеграции трансгенов и провести анализ мест локализации последовательности яоДНК на хромосомах Огояоркйа melanogaster.

Научная новизна и практическая ценность работы. В данной работе впервые было проведено исследование структурно-функциональных характеристик участков хромосомной ДНК, обуславливающих прикрепление интерфазных хромосом к ядерной оболочке.

В ходе данной работы был проведён анализ нуклеотидной последовательности яоДНК методами биоинформатики, определены

особенности её нуклеотидного состава, а также проведён сравнительный анализ яоДНК с другими последовательностями-претендентами на роль барьерных элементов хроматина. В составе яоДНК выявлены консервативные области, одна из которых представляет собой полипуриновый трек, обладающий гомологией до 100% с геномами различных объектов от бактерий до человека. Эти данные позволяют предполагать существование общего ("древнего") нуклеотидного мотива, обуславливающего прикрепление хромосомной ДНК к клеточной/ядерной оболочке. Также были выявлены конформационные особенности нуклеотидных последовательностей ДНК, располагающихся в непосредственной близости от участков, гомологичных EnvM4, в геномах Mus musculus и Drosophila melanogaster.

В данной работе впервые был проведён анализ функциональных характеристик яоДНК. Были получены линии мух, трансформированные генетическими конструкциями с различным взаимным расположением изучаемой последовательности и репортёрных генов. В результате было показано, что фрагмент яоДНК способен защищать фланкируемые трансгены от эффекта положения, при этом регуляторной функцией в транскрипции изучаемый фрагмент не обладает. Также наши результаты свидетельствуют о том, что последовательность яоДНК не является инсулятором, однако она может взаимодействовать с инсулятором Wari, что было также впервые показано в данной работе.

Методом FISH-анализа на политенных хромосомах дрозофилы было показано, что трансформированные конструкции локализуются в междисках хромосом. Также нами были изучены особенности локализации участков, гомологичных EnvM4, в геноме ^трансформированных мух. Обнаружено, что участки яоДНК в геноме дрозофилы располагаются на границах дисков/междисков политенных хромосом.

Полученные результаты имеют важное фундаментальное и прикладное значение. Они вносят весомый вклад в понимание структурно-функциональной организации эукариотических хромосом и могут быть

использованы при разработке технологии конструирования биологически безопасных трансгенов для нужд медицины и сельского хозяйства. Кроме того, представленные данные открывают ряд возможностей для дальнейших исследований яоДНК как мало изученной последовательности, участвующей в разграничении генных доменов.

Личный вклад автора. Биоинформатический анализ, а также молекулярно-генетические манипуляции с ДНК (клонирование, ПЦР и т.д.) осуществлялись автором лично. Трансформация эмбрионов дрозофилы проводилась в лаборатории молекулярной кариологии и основ клеточной терапии Института молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН. Первый эксперимент по Р-опосредованной трансформации эмбрионов дрозофилы был проведён совместно с к.б.н. Н. Г. Шостак; все последующие трансформации проводились автором лично. Генетические скрещивания и ведение линий дрозофилы также осуществлялись автором. Гибридизация in situ для определения локализации трансгенов на политенных хромосомах дрозофилы была проведена совместно с д.б.н. И. И. Киреевым (Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А. Н. Белозерского Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова). Остальные FISH-эксперименты выполнены автором лично.

Апробация результатов. Материалы диссертации были представлены на российских и международных конференциях: на IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 11-15 мая 2008), XV Школе "Актуальные проблемы биологии развития" (Звенигород, 19 - 24 октября 2008), V Съезде Вавиловского общества генетиков и селекционеров (Москва, 21-27 июня 2009), International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (Moscow, 20 - 23 July 2009), 21st International Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus (Ustron, 31 August -04 September 2009), Международной конференции "Хромосома 2009"

(Новосибирск, 31 августа - 06 сентября 2009), Конференции молодых ученых ИБР РАН (Москва, 2009), 14-й Международной пущинской школе-конференции молодых учёных "Биология — наука XXI века" (Пущино, 19 -23 апреля 2010), XVI Всероссийском симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра" (Санкт-Петербург, 5-7 октября 2010), IV Международной школе молодых учёных по молекулярной генетике "Геномика и биология клетки" (Звенигород, 29 ноября - 3 декабря 2010), 22nd International Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus (Riga, 25 - 29 August 2011), 17-й Международной Пущинской школе-конференции молодых учёных "Биология — наука XXI века" (Пущино, 22 - 26 апреля 2013).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 16 печатных работ, 4 из которых — статьи в журналах, соответствующих перечню ВАК.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

В настоящее время установлено, что организация генетического материала включает в себя несколько уровней, и его пространственная организация в ядре тесно связана с его функционированием. В связи с этим особое значение приобретает изучение механизмов упорядочивания генетического материала в объёме ядра и роли ядерной оболочки в этом процессе.

2.1. Ядерная оболочка и пространственная организация хромосом в ядре

Ядерная оболочка — важнейший структурный компонент ядра. Она представляет собой сложную структуру, состоящую из внутренней и внешней мембраны, которые разделены видимым пространством и соединяются в местах расположения ядерных пор, осуществляющих двунаправленный транспорт макромолекул между цитоплазмой и ядром. Внутреннюю поверхность ядерной оболочки выстилает ядерная ламина, жёсткая белковая сеть, образованная белками-ламинами и ламин-ассоциированными белками. У многоклеточных животных существуют два типа ламин — А и В. 5-ламина присутствует во всех клетках, в то время как А-тип экспрессируется в тканеспецифичной манере в дифференцированных соматических клетках (Gruenbaum et al., 2005; Но, Lammerding, 2012).

Помимо функции компарментализации клетки и поддержания формы ядра, ядерная оболочка играет важную роль в пространственной организации хромосом в ядре. Об этом свидетельствуют многочисленные данные, полученные как цитологическими методами, прежде всего, с помощью электронной микроскопии, так и биохимическими. Предполагается, что прикрепление хроматина к ядерной ламине является основой упорядоченности генетического материала в ядре (Comings et al., 1968; Paddy et al., 1990; Belmont et al., 1993). Также было замечено, что существуют некоторые закономерности распределения хромосом в ядрах клеток растений

и животных. Согласно наблюдению, сделанному еще в XIX веке, центромеры и теломеры хромосом клеток животных находятся на противоположных полюсах интерфазного ядра вблизи ядерной оболочки (Rabí, 1885). В дальнейшем преимущественная локализация у ядерной оболочки центромер, теломер и интеркалярного гетерохроматина была показана для различных клеток животных и растений (Marshall, Sedat, 1999; Franklin, Cande, 1999). Одно из объяснений этого явления состоит в том, что хромосомы примерно сохраняют то расположение, которое они имели во время митоза. По современным представлениям, в конце митоза компоненты ядерной оболочки аккумулируются на поверхностях хромосом, обращенных в сторону периферии клетки. В результате после формирования ядерной оболочки эти хромосомы сохраняют свое положение, в то время как другие хромосомы оказываются в центре ядра (см. Zuleger et al., 2011).

Многочисленные экспериментальные данные говорят о том, что хромосомы занимают в интерфазных ядрах более или менее четко разграниченные области, так называемые хромосомные территории (Cremer, Cremer, 2001). При этом на млекопитающих было показано, что богатые генами хромосомы располагаются во внутреннем объёме ядра, а обеднённые генами — ближе к периферии (Croft et al., 1999; Cremer et al., 2001; Boyle et al., 2001). Предполагается, что хромосомная территория представляет собой сочетание большого числа высокоупорядоченных хроматиновых доменов, которые являются её основными структурными компонентами (Belmont, Bruce, 1994). Отдельные петли в составе таких доменов могут занимать различные области в пределах хромосомной территории в зависимости от транскрипционного статуса генов (Albiez et al., 2006). При этом хромосомные территории являются проницаемыми для субстратов, регуляторных белков и продуктов их транскрипции (Kupper et al., 2007). Согласно одной из моделей (Inter Chromosome Network Model), хромосомные территории могут перекрываться, т.к. при экспрессии петли хроматина разных хромосом, содержащие экспрессирующиеся области, покидают свои территории и

привлекаются в области ядра, содержащие скопление факторов транскрипции. Было показано, что близкое расположение хромосом в интерфазе в определённом типе клеток коррелирует с типом транслокаций, характерным для опухолевых клеток этой ткани (Parada et al., 2002). При этом хромосома в целом не меняет своего расположения относительно ядерной оболочки (Могеу et al., 2008; Szczerbal et al., 2009).

Другой особенностью расположения хромосом в ядре является примущественная локализация на периферии ядра областей конденсированного хроматина, который находится в непосредственном контакте с ядерной оболочкой (Belmont et al., 1993). Обнаружено, что количество и распределение гетерохроматина у ядерной оболочки не является случайным и имеет тканеспецифичный характер (подробнее см. Kosak et al., 2007).

Также существуют данные о том, что компоненты ядерной оболочки могут выполнять дополнительные функции в ядре. Было показано, что белки ядерной оболочки взаимодействуют с различными белками-модификаторами хроматина (Chi et al., 2007), а ламины располагаются не только на периферии, но и внутри ядра (Hozak et al., 1995), где они локализуются вместе с транскрипционными факторами и другими белками, способными связываться с ДНК (см. Mattout-Drubezki, Gruenbaum, 2003; Но, Lammerding, 2012). Там они могут служить дополнительными местами заякоривания ДНК и/или быть компонентами сигнальных/регуляторных путей, участвовать в репликации, транскрипции и дифференцировке (Spann et al., 1997; Spann et al., 2002). Ha дрозофиле было показано, что ламина В вовлечена в репрессию тканеспецифичных доменов генов (Shevelyov et al., 2009). Предполагают, что белки ядерной оболочки, связываясь с транскрипционными факторами, могут влиять на экспрессию генов на уровне первичной последовательности ДНК, а связываясь с белками-модификаторами хроматина, — осуществлять эпигенетическую регуляцию экспрессии генов (Shaklai et al., 2007). Несмотря на то, что белки-компоненты ядерной ламины экспрессируются во всех типах

клеток, многообразие возможных взаимодействий белков-модификаторов хроматина с ядерной оболочкой может быть одним из механизмов тканеспецифичной экспрессии генов (подробнее см. Zuleger et al., 2011).

Таким образом, установлено, что ядерная оболочка является важной структурой, необходимой для нормального функционирования клетки и выполняющей различные функции. В подтверждение этого, на мышах было показано, что отсутствие ламины А, приводящее к смерти животных на 8 неделе жизни, коррелирует с существенными изменениями размера и формы ядер и перемещением гетерохроматина от ядерной оболочки в центральные области ядра (Capell et al., 2006), а нарушения экспрессии или процессинга ламины В\ приводят к изменениям в расположении хромосом в ядре и экспрессии генов (Malhas et al., 2007). В последние годы была обнаружена связь между тяжелыми наследственными болезнями человека, ламинопатиями, и мутациями в генах ламин и ламина-связывающих белков (Worman et al., 2010). Эти заболевания имеют разнообразные клинические проявления, однако большинство из них связаны с мутациями в гене LMNA, кодирующем ламины типа А. Предполагается, что ядро, содержащее дефектные ламины или ламина-связывающие белки, может быть механически более хрупким, чем ядро клетки дикого типа, что приводит к повреждению ядра и гибели клетки. С другой стороны, мутации в генах белков-компонентов ламины нарушают пути регуляции экспрессии генов в различных тканях, например, за счёт того, что нарушается их взаимодействие с белками транскрипционного комплекса (см. Worman et al., 2010).

2.2. Механизм прикрепления ДНК к ядерной оболочке

Взаимодействие хроматина с ядерной оболочкой происходит посредством контакта ДНК с ламиной и белками, входящими в её состав (рис. 1). Показано, что ламины способны напрямую связываться с ДНК in vivo и in vitro (Rzepecki et al., 1998; Glass et al., 1993; Shoeman, Traub, 1990,), a ламинный белок LBR (Lamín В Receptor) способен связывать двухцепочечную

ДНК нуклеосом (ОиЬапс1-Оои1е1, СоигуаНп, 2000). По некоторым данным, именно ЬВИ. является ответственным за локализацию гетерохроматина преимущественно на периферии ядра (Но1тег, \¥огтап, 2001).

Ядро

Рисунок 1. Механизм прикрепления ДНК к ядерной оболочке

ONM — внешняя ядерная мембрана, INM — внутренняя ядерная мембрана, NPC — комплекс ядерной поры, lamina — ядерная ламина. LBR, emerin, MANI, LAP2P, НР1, BAF — различные белки, объяснения см. в тексте (из Zuleger et al., 2011).

Однако существует также и опосредованный механизм взаимодействия хроматина с ядерной оболочкой — через белки-посредники. Так, белки, содержащие LEM-домен (например, LAP2, MANI, эмерин), взаимодействуют с BAF (Barrier-to-Autointegration Factor), который, в свою очередь, способен связываться с ДНК, причём без какой-либо сиквенс-специфичности (Shumaker et al., 2001; Segura-Totten et al., 2002). Кроме того, известно, что с ядерными оболочками (белками ядерной ламины) прочно и неспецифично (по отношению к нуклеотидным последовательностям) связываются однонитевые участки ДНК (подробнее см. Глазков, 1999). Причём этот механизм, вероятно, является широко распространённым, т.к. иммунное окрашивание ядер антителами к однонитевой ДНК выявляет её присутствие на периферии ядра (Tan, Lerner, 1972). Также ламины могут взаимодействовать с коровыми гистонами Н2А и Н2В (Goldberg et al., 1999).

Цитоплазма

• У,

ONM LBR emerin

MANI LAP2P

Прикрепление ДНК к ядерной оболочке очень консервативно: ламины различных организмов взаимодействуют с хроматином других видов in vitro (Ulitzur et al., 1992), что свидетельствует об универсальности этого механизма. Однако показано, что прикрепление ДНК к ядерной оболочке является видо- и тканеспецифичным (Kosak et al., 2007). Последнее наблюдение представляется особенно важным, так как говорит о вовлечении ядерной оболочки в регуляторные процессы в ядре.

На основании цитологических данных было установлено, что с ядерной оболочкой ассоциировано около 15% интерфазного хроматина (Paddy et al., 1990). Другие данные говорят о том, что интерфазные хромосомы гепатоцитов крысы имеют около 100 000 сайтов связывания с ядерной оболочкой (Онищенко, Ченцов, 1974). Однако необходимо понимать, что не все из потенциальных сайтов связывания могут реализовываться в конкретный момент в конкретном типе клеток (Владимирская и др., 1998). Возможно, это один из механизмов тканеспецифичных различий в организации генетического материала и дифференциальной экспрессии генов.

Какими особенностями обладают области связывания ДНК с ядерной оболочкой? Электронно-микроскопическими методами было показано, что в интерфазных ядрах к ядерной оболочке прилегает особый периферический слой хроматина, содержащий гранулы размером 35 нм, получившие название анкоросомы (Прусов и др., 1989; Vladimirskaya et al., 1999). Однако возникает вопрос, существуют ли на хромосомах специфические участки ДНК, образующие анкоросомы, или любой участок ДНК может стать сайтом прикрепления к ядерной оболочке?

Изучение генома человека методом DamID показало, что около 40% его генома представляют собой ламина-ассоциированные домены, Lamina-Associated Domains, LADs (Guelen et al., 2008). Всего у человека были обнаружены более 1300 хромосомных доменов разного размера, в среднем от 0,1 до 10 м.п.н., взаимодействующих с ламиной. LADs чередуются с не связанными с ламиной участками и отличаются от них уровнем обогащения

ламиной типа В и другими белками, количеством генов, уровнем их экспрессии. Внутри самих доменов наблюдается низкий уровень экспрессии генов, а границы LAD доменов обогащены белком CTCF (Guelen et al., 2008). Авторы предполагают, что активные промоторы формируют барьеры, предотвращающие распространение неактивного хроматина из LADs на соседние районы. Похожие данные получены и на дрозофиле (Pickersgill et al., 2006), причём расположение ламин-связывающих сайтов соответствует предсказанному ранее с помощью электронной микроскопии (Paddy et al., 1990).

Означает ли обнаружение протяжённых ламина-ассоциироанных доменов, что ДНК контактирует с ядерной ламиной на всем их протяжении? Большинство данных, полученных с помощью электронной микроскопии, говорит о том, что локализация хромосомных локусов варьирует у отдельных клеток (Parada et al., 2003), т.е. LADs преимущественно, но не исключительно локализованы на ядерной оболочке. Кроме того, хроматин находится в постоянном движении, как было показано, например, для дрожжей и мух (Marshall et al., 1997). Можно заключить, что хромосомные участки располагаются у ядерной оболочки с определенной вероятностью, зависящей не только от типа ткани, но и от конкретной клетки в популяции (Pickersgill et al., 2006). В этой связи представляется наиболее вероятным, что существуют участки прикрепления ДНК к ядерной оболочке небольшого размера, что обеспечивает большую мобильность нитей хроматина.

Также эти данные свидетельствуют о том, что взаимодействие ДНК с ядерной оболочкой не является случайным. Равномерное и случайное распределение сайтов прикрепления к ядерной оболочке через равные расстояния исключает дифференциальный характер транскрипции генов в составе хромосом. Следовательно, должны существовать специфические "структурные" участки прикрепления ДНК к ядерной оболочке. Однако существование различных механизмов прикрепления ДНК к ядерной

оболочке позволяет ожидать многообразия таких участков в зависимости от того, в каком месте хромосомной ДНК они находятся.

2.3. Структурные участки хромосомной ДНК

Изучение высших уровней организации хроматина привело к обнаружению целого класса "структурных" участков хромосомной ДНК, участвующих в прикреплении ДНК к различным внутриядерным структурам. Речь идёт о ядерном матриксе — структуре, состоящей из ядерной ламины, остаточного ядрышка и внутреннего матрикса (Berezney, Coffey, 1974). Предполагается, что эти элементы участвуют в упорядочении хроматиновых структур в интерфазном ядре, однако некоторые авторы ставят под сомнение само существование ядерного матрикса, так как выявление его элементов в большой степени зависит от условий его выделения (см. Hancock, 2000).

Участки ДНК, "заякоренные" на элементах ядерного матрикса (скэффолда) получили название Matrix/Scaffold Associated regions, MARs/SARs (Cockerill, Garrard, 1986; Gasser, Laemmli, 1986). MARs/SARs были обнаружены в хромосомах животных и растений (см. Глазков, 1998). Было показано, что эти последовательности способны напрямую связываться с ядерной ламиной (Luderus et al., 1992). Попытки выявить какие-то гомологии в первичных нуклеотидных последовательностях различных MARs/SARs не привели к успеху. Тем не менее, различные MARs/SARs имеют некоторые общие характеристики: они являются белок-некодирующими последовательностями, обогащены А/Т-парами и различными регуляторными элементами; обычно локализуются в 5'- и 3'-областях различных генов, реже — в интронах генов (см. Глазков, 1995).

Была предложена модель петельно-доменной организации эукариотических хромосом (рис. 2), согласно которой хромосомная ДНК организована в виде петельных доменов путём прикрепления к периферическому ядерному матриксу со средними интервалами в 50 т.п.н. (Gasser, Laemmli, 1987; Bodnar, 1988). Однако экспериментальные данные о

локализации МАКб/ЗАЯб в основании каких-либо петель хроматина до сих пор отсутствуют.

Рисунок 2. Петельно-доменная модель структурно-функциональной организации эукариотической хромосомы

Хромосомная ДНК организована в виде петельных доменов путём прикрепления к периферическому ядерному матриксу (чёрные кружки). Большинство хромосомных доменов в ядре находится в конденсированном, неактивном состоянии. Хромосомная ДНК активных (деконденсированных) доменов "расправлена" благодаря множественным сайт-специфичным взаимодействиям с элементами внутреннего ядерного матрикса (из Вос1паг, 1988).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шабарина, Анна Николаевна, 2013 год

7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Артемов Г.Н., Стегний В.Н. Молекулярно-генетический анализ районов прикрепления хромосом к оболочке ядра трофоцитов яичников малярийных комаров Anopheles комплекса maculipennis II Цитология и генетика. 2010. Т. 10. № 2. С. 123-131;

2. Артемов Т.Н., Сапунов Г.А., Стегний В.Н. Малярийные комары Anopheles messeae и Anopheles atroparvus различаются по локализации ламина на хромосомах трофоцитов яичников // Материалы Международной конференции Хромосома. 2012. Новосибирск. С. 34-35;

3. Владимирская Е.А. Киреев И.И. Прусов А.Н. Фаис Д. Исследование пространственной локализации участков взаимодействия хромосом с ядерной оболочкой // Биологические мембраны. 1998. Т. 15. № 6. С. 679-689;

4. Георгиев П.Г., Муравьева Е.Е., Головнин А.К., Грачева Е.М., Беленькая Т.Ю. Инсуляторы и взаимодействие между регуляторными элементами на больших дистанциях у высших эукариот // Генетика. 2000. Т. 36. № 12. С. 1588-1597;

5. Глазко Г.В., Рогозин И.Б., Глазков М.В. Компьютерное предсказание участков взаимодействия фрагментов ДНК с различными элементами ядерного матрикса//Молекулярная биология. 2000. Т. 34. С. 5-10;

6. Глазков М.В. Ассоциация хромосом с ядерной оболочкой и упорядоченность пространственной организации генетического материала в интерфазном ядре // Цитология и генетика. 1999. Т. 33. № 2. С. 79-88;

7. Глазков М.В. Границы структурно-функциональных единиц (доменов) эукариотическиххромосом //Генетика. 1998. Т. 34. №5. С. 593-604;

8. Глазков М.В. Петельно-доменная организация генов в эукариотических хромосомах. Молекулярная биология. 1995. Т. 30. С. 967-984;

9. Глазков М.В., Дрозд С.Ф., Полтараус А.Б. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей хромосомной ДНК, выделенных из ядерных оболочек и из сердцевин розеткоподобных структур интерфазных хромосом мыши // Генетика. 1999. Т. 35. № 2. С. 266-270;

10. Глазков М.В., Киреева H.H., Клеймане А. Специфичность ДНК-белковых взаимодействий в формировании розеткоподобных структур (элементарных хромомеров) и при ассоциации интерфазных хромосом с ядерной оболочкой // Молекулярная биология. 1998а. Т. 32. № 5 С. 869-874;

11. Глазков М.В., Рогозин И.Б., Глазко Г.В. Сравнительный анализ фрагментов хромосомной ДНК, выделенных из ядерной ламины, сердцевин розеткоподобных структур (элементарных хромомеров), MARs/SARs и синаптонемного комплекса, по ряду простых нуклеотидных мотивов // Молекулярная биология. 19986. Т. 32. №5. С.

12

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22.

23.

24

25.

26.

883-894;

Демаков С.А., Андреенков О.В., Беркаева М.Б., Ватолина Т.Ю., Волкова Е.И., Квон Е.З., Семешин В.Ф., Жимулев И.Ф. Функциональная организация междисков политенных хромосом дрозофилы//Генетика. 2010. Т. 46. № 10. С. 1421-1423; Максименко О.Г., Четверина Д.А., Георгиев П.Г. Свойства, механизмы действия инсуляторов высших эукариот и их роль в регуляции транскрипции // Генетика. 2006. Т. 42. № 8. С. 1029-1044; Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 1984;

Онищенко Г.Е., Ченцов Ю.С. Гранулярный слой периферического хроматина интерфазного ядра. I. Ультраструктура // Цитология. 1974. Т. 16. С. 675-678;

Прусов А.Н., Файс Д., Поляков В.Ю. Исследование периферических гранул хроматина — анкоросом // Биохимия. 1989. Т. 54. С. 1838-1849; Сьяксте Н.И., Сьяксте Т.Г. Структура геномных доменов генов глобинов млекопитающих и птиц // Генетика. 2002. Т. 38. № 12. С. 1589-1606;

Шварц Ю.Б., Юдинкова Е.С., Демаков С.А., Жимулев И.Ф. Фрагменты ДНК из районов междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster связываются с ядерным матриксом in vitro II Молекулярная биология. 1999. Т. 33. № 2. С.268-272; Ahituv N., Zhu Y., Visel A., Holt A., Afzal V., Pennacchio L.A., Rubin E.M. Deletion of ultraconserved elements yields viable mice // PLoS. Biol. 2007. V. 5. e234;

Akhtar A., Gasser S.M. The nuclear envelope and transcriptional control // Nat. Rev. Genet. 2007. V. 8. P. 507-517;

Albiez H., Cremer M., Tiberi C., Vecchio L., Schermelleh L., Dittrich S., Küpper К., Joffe В., Thormeyer Т., von Hase J., Yang S., Rohr K., Leonhardt H., Solovei I., Cremer C., Fakan S., Cremer T. Chromatin domains and the interchromatin compartment form structurally defined and functionally interacting nuclear networks // Chromosome Res. 2006. V. 14. P. 707-733;

Andrulis E.D., Neiman A.M., Zappulla D.C., Sternglanz R. Perinuclear localization of chromatin facilitates transcriptional silencing // Nature. 1998. V. 394. P. 592-595;

Barkess G., West A.G. Chromatin insulator elements: establishing barriers to set heterochromatin boundaries // Epigenomics. 2012. V. 4. P. 67-80; Bejerano G., Pheasant M., Makunin I., Stephen S., Kent W.J., Mattick J.S., Haussler D. Ultraconserved elements in the human genome // Science. 2004. V. 304. P. 1321-1325;

Bell A.C., Felsenfeld G. Stopped at the border: boundaries and insulators //

Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. V. 9 № 2. P. 191-198;

Belmont A.S., Bruce K. Visualization of Gl chromosomes: a folded,

27.

28

29

30

31

32,

33

34

35.

36.

37.

38.

39.

40.

twisted, supercoiled ehromonema model of interphase chromatid structure // J. Cell Biol. 1994. V. 127. P. 287-302;

Belmont A.S., Zhai Y., Thilenius A. Lamin B distribution and association with peripheral chromatin revealed by optical sectioning and electron microscopy tomography//J. Cell Biol. 1993. V. 123. P. 1671-1685; Bender M.A., Bulger M., Close J., Groudine M. Beta-globin gene switching and DNase I sensitivity of the endogenous beta-globin locus in mice do not require the locus control region // Mol. Cell. 2000. V. 5. P. 387-393; Bender M.A., Reik A., Close J., Telling A., Epner E., Fiering S., Hardison R., Groudine M. Description and targeted deletion of 5' hypersensitive site 5 and 6 of the mouse P-globin locus control region // Blood. 1998. V. 92. № 11. P. 4394-4403;

Benham C., Kohwi-Shigematsu T., Bode J. Stress-induced duplex DNA destabilization in scaffold/matrix attachment regions // J. Mol. Biol. 1997. V. 274. P. 181-196;

Berezney R., Coffey D.S. Identification of a nuclear protein matrix // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1974. V. 60. P. 1410-1417; Bernstein B.E., Mikkelsen T.S., Xie X., Kamal M., Huebert D.J., Cuff J., Fry B., Meissner A., Wernig M., Plath K., Jaenisch R., Wagschal A., Feil R., Schreiber S.L., Lander E.S. A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells // Cell. 2006. V. 125. P. 315326;

Bi X., Broach J.R. UASrpg can function as a heterochromatin boundary element in yeast // Genes Dev. 1999. V. 13. P. 1089-1101; Blanton J., Gaszner M., Schedl P. Protein:protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo // Genes Dev. 2003. V. 17. P. 664675;

Bodnar J.W. A domain model for eukaryotic DNA organization: a molecular basis for cell differentiation and chromosome evolution // J. Theor. Biol. 1988. V. 132. P. 479-507;

Boyle S., Gilchrist S., Bridger J.M., Mahy N.L., Ellis J.A., Bickmore W.A. The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells // Hum. Mol. Genet. 2001. V. 10. P. 211219;

Brasset E., Vaury C. Insulators are fundamental components of the

eukaryotic genomes // Heredity. 2005. V.94. № 3. P.571-576;

Brickner J.H., Walter P. Gene recruitment of the activated INOl locus to

the nuclear membrane // PLoS Biol. 2004. V. 2. e342;

Bridger J.M., Foeger N., Kill I.R., Herrmann H. The nuclear lamina. Both a

structural framework and a platform for genome organization // FEBS J.

2007. V. 274. P. 1354-1361;

Burkholder G.D., Latimer L.J., Lee J.S. Immunofluorescent localization of triplex DNA in polytene chromosomes of Chironomus and Drosophila II Chromosoma. 1991. V. 101. P. 11-18;

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

51

52,

53.

54

55.

56

Byrd K., Corces V.G. Visualization of chromatin domains created by the gypsy insulator of Drosophila II J. Cell Biol. 2003. V. 162. P. 565-574; Cai H.N., Levine M. The gypsy insulator can function as a promoter-specific silencer in the Drosophila embryo // EMBO J. 1997. V. 16. № 7. P. 1732-1741;

Capell B.C., Collins F.S. Human laminopathies: nuclei gone genetically awry //Nat. Rev. Genet. 2006. V. 7. P. 940-52;

Casolari J.M., Brown C.R., Komili S., West J., Hieronymus H., Silver P.A. Genome-wide localization of the nuclear transport machinery couples transcriptional status and nuclear organization // Cell. 2004. V. 117. P. 427439;

Chambeyron S., Bickmore W.A. Does looping and clustering in the nucleus regulate gene expression? // Curr. Opin. Cell Biol. 2004. V. 16. P. 256-262; Chen S., Corces V.G. The gypsy insulator of Drosophila affects chromatin structure in a directional manner // Genetics. 2001. V. 159. P. 1649-1658; Chetverina D., Savitskaya E., Maksimenko O., Melnikova L., Zaytseva O., Parshikov A., Galkin A.V., Georgiev P. Red flag on the white reporter: a versatile insulator abuts the white gene in Drosophila and is omnipresent in mini-white constructs //Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. P. 929-937; Chi Y.H., Haller K., Peloponese J.M. Jr., Jeang K.T. Histone acetytransferase hALP and nuclear membrane protein hsSUNl function in de-condensation of mitotic chromosomes // J. Biol. Chem. 2007. V. 282. P. 27447-27458;

Chuang C.H., Carpenter A.E., Fuchsova B., Johnson T., de Lanerolle P., Belmont A.S. Long-range directional movement of an interphase chromosome site II Curr. Biol. 2006. V. 16. P. 825-831; Chung J.H., Bell A.C., Felsenfeld G. Characterization of the chicken (3-globin insulator//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 575-580; Chung J.H., White ley M., Felsenfeld G. A 5' element of the chicken beta-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila II Cell. 1993. V. 74. P. 505-514; Cobb J., Busst C., Petrou S., Harrap S., Ellis J. Searching for functional genetic variants in non-coding DNA // Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 2008. V. 35. P. 372-375;

Cockerill P.N., Garrard W.T. Chromosomal loop anchorage of the kappa immunoglobulin gene occurs next to the enhancer in a region containg topoisomerase II sites II Cell. 1986. V. 44. P. 273-282; Comings D.E. The rationale for an ordered arrangement of chromatin in the interphase nucleus // Am. J. Hum. Genet. 1968. V. 20. P. 440-460; Cremer M., von Hase J., Volm T., Brero A., Kreth G., Walter J., Fischer C., Solovei I., Cremer C., Cremer T. Non-random radial higher-order chromatin arrangements in nuclei of diploid human cells // Chromosome Res. 2001. V. 9. P. 541-567;

Cremer T., Cremer C. Chromosome territories, nuclear architecture and

57

58

59

60

61

62

63

64

65

66

67

68

69

70

71

gene regulation in mammalian cells // Nat. Rev. Genet. 2001. V. 2. P. 292301;

Croft J.A., Bridger J.M., Boyle S., Perry P., Teague P., Bickmore W.A.

Differences in the localization and morphology of chromosomes in the

human nucleus // J. Cell Biol. 1999. V. 145. P. 1119-1131;

Cuvier O., Hart C.M., Laemmli U.K. Identification of a class of chromatin

boundary elements // Mol. Cell. Biol. 1998. V. 18. № 12. P. 7478-7486;

Davies H.G., Small J.V. Structural units in chromatin and their orientation

on membranes //Nature. 1968. V. 217. P. 1122-1125;

Dieppois G., Iglesias N., Stutz F. Cotranscriptional recruitment to the

mRNA export receptor Mex67p contributes to nuclear pore anchoring of

activated genes // Mol. Cell. Biol. 2006. V. 26. P. 7858-7870;

Dillon N., Grosveld F. Transcriptional regulation of multigene loci:

multilevel control // Trends Genet. 1993. V. 9. P. 134-137;

Dillon N., Sabbattini P. Functional gene expression domains: defining the

functional unit of eukaryotic gene regulation // BioEssays. 2000. V. 22. P.

657-665;

Dorsett D. Distance-independent inactivation of an enhancer by the suppressor of Hairy-wing DNA-binding protein of Drosophila II Genetics. 1993. V. 134. P. 1135-1144;

Dorsett D. Distant liaisons: long range enhancer-promoter interactions in Drosophila II Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. V. 9. P. 505-514; Duband-Goulet I., Courvalin J.C. Inner nuclear membrane protein LBR preferentially interacts with DNA secondary structures and nucleosomal linker // Biochemistry. 2000. V. 39. P. 6483-6488;

Eils R., Dietzel S., Bertin E., Schröck E., Speicher M.R., Ried T., Robert-Nicoud M., Cremer C., Cremer T. Three-dimensional reconstruction of painted human interphase chromosomes: active and inactive X chromosome territories have similar volumes but differ in shape and surface structure // J. Cell Biol. 1996. V. 135. P. 1427-1440;

Fais D., Prusov A.N., Polyakov V.Yu. The anchorosome, a special chromatin granule for the anchorage of the interphase chromosome to the nuclear envelope // Cell Biol. Int. Rep. 1989. V. 13. P. 747-758; Farkas G., Gausz J., Galloni M., Reuter G., Gyurkovics H., Karch F. The Trithorax-like gene encodes the Drosophila. GAGA factor // Nature. 1994. V. 371. P. 806-808;

Finlan L.E., Sproul D., Thomson I., Boyle S., Kerr E., Perry P., Ylstra B., Chubb J.R., Bickmore W.A. Recruitment to the nuclear periphery can alter expression of genes in human cells // PLoS Genet. 2008. V. 4. el000039; Forrester W., Thompson C., Elder J., Groudine M. A developmentally stable chromatin structure in the ß-globin gene cluster // Proc. Natl. Acad. Sei. 1986. V. 83. P. 1359-1363;

Francastel C., Magis W., Groudine M. Nuclear relocation of a transactivator subunit precedes target gene activation // Proc. Natl. Acad. Sei. 2001. V. 98.

72

73

74,

75

76

77

78

79

80

81

82

83

84

85.

86

87.

№21. P. 12120-12125;

Francastel C., Walters M.C., Groudine M., Martin D.I.K. A functional enhancer suppresses silencing of a transgene and prevents its localization close to centromeric heterochromatin // Cell. 1999. V. 99. P. 259-269; Franklin A.E., Cande W.Z. Nuclear organization and chromosome segregation // Plant Cell. 1999. V. 11. P. 523-534;

Gasser S.M., Laemmli U.K. A glimpse at chromosomal order // Trends Genet. 1987. V. 3. P. 16-22;

Gasser S.M., Laemmli U.K. Cohabitation of scaffold binding regions with upstream enhancer elements of three developmentally regulated genes of D. melanogaster I I Cell. 1986. V. 46. P. 521-530;

Gaszner M., Felsenfeld G. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms //Nat. Rev. Genet. 2006. V. 7. P. 703-713; Gaszner M., Vazquez J., Schedl P. The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction // Genes Dev. 1999. V. 13. P. 2098-2107;

Gerasimova T.I., Byrd K., Corces V.G. A chromatin insulator determines the nuclear localization ofDNA//Mol. Cell. 2000. V. 6. P. 1025-1035; Gerasimova T.I., Corces V.G. Chromatin insulators and boundaries: effects on transcription and nuclear organization // Annu. Rev. Genet. 2001. V. 35. P. 193-208;

Gerasimova T.I., Gdula D.A., Gerasimov D.V., Simonova O., Corces V.G. A Drosophila protein that imparts directionality on a chromatin insulator is an enhancer of position-effect variegation // Cell. 1995. V. 82. P. 587-597; Geyer P.K., Corces V.G. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein // Genes Dev. 1992. V. 6. P. 1865-1873; Geyer P.K., Corces V.G. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster II Genes Dev. 1987. V. l.P. 996-1004;

Ghosh D., Gerasimova T.I., Corces V.G. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function // EMBO J. 2001. V. 20. № 10. P. 2518-2527;

Gierman H.J., Indemans M.H., Koster J., Goetze S., Seppen J., Geerts D., van Driel R., Versteeg R. Domain-wide regulation of gene expression in the human genome // Genome Res. 2007. V. 17. P. 1286-1295; Gilbert N., Boyle S., Fiegler H., Woodfine K.,. Carter N.P,. Bickmore W.A Chromatin architecture of the human genome: gene-rich domains are enriched in open chromatin fibers // Cell. 2004. V. 118. P. 555-566; Gilbert N., Gilchrist S., Bickmore W.A. Chromatin organization in the mammalian nucleus // Int. Rev. Cytol. 2005. V. 242. P. 283-336; Glass C.A., Glass J.R., Taniura H., Hasel K.W., Blevitt J.M., Gerace L. The alpha-helical rod domain of human lamins A and C contains a chromatin binding site // EMBO J. 1993. V 12. P. 4413-4424;

88. Glazko G.V., Rogozin I.B., Glazkov M.V. Comparative study and prediction of DNA fragments associated with various elements of the nuclear matrix//Biochim. Biophys. Acta. 2001. V. 1517. P. 351-364;

89. Glazkov M.V. Spatial distribution of B-like nucleotide repeats in the nuclear matrix of somatic and meiotic cells // Biomed. Sci. 1990. V. 1. P. 43-47;

90. Goetze S., Baer A., Winkelmann S., Nehlsen K., Seibler J., Maass K., Bode J. Performance of genomic bordering elements at predefined genomic loci. Mol. Cell Biol. 2005. V. 25. P. 2260-2272;

91. Gohl D., Aoki T., Blanton J., Shanower G., Kappes G., Schedl P. Mechanism of chromosomal boundary action: roadblock, sink, or loop? // Genetics. 2011. V. 187. P. 731-748;

92. Gohl D., Miiller M., Pirrotta V., Affolter M., Schedl P. Enhancer blocking and transvection at the Drosophila apterous locus // Genetics. 2008. V. 178. P. 127-143;

93. Goldberg M., Harel A., Brandeis M., Rechsteiner T., Richmond T.J., Weiss A.M., Gruenbaum Y. The tail domain of lamin DmO binds histones H2A and H2B //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 2852-2857;

94. Golic K.G., Lindquist S. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome // Cell. 1989. V. 59. P. 499-509;

95. Grossveld F., Blom G., van Assendelft G.B. Position-independent, highlevel expressionof the human (3-globin gene in transgenic mice // Cell. 1987. V. 51. P. 975-985;

96. Gruenbaum Y., Margalit A., Goldman R.D., Shumaker D.K., Wilson K.L. The nuclear lamina comes of age // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005. V. 6. P. 21-31;

97. Guelen L., Pagie L., Brasset E., Meuleman W., Faza M.B., Talhout W., Eussen B.H., de Klein A., Wessels L., de Laat W., van Steensel B. Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions //Nature. 2008. V. 453. P. 948-951;

98. Hancock R. A new look at the nuclear matrix // Chromosoma. 2000. V. 109. P. 219-225;

99. Harrison D.A., Gdula D.A., Coyne R.S., Corces V.G. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function// Genes Dev. 1993. V. 7. P. 1966-1978;

100. Heard E., Disteche C.M. Dosage compensation in mammals: fine-tuning the expression of the X chromosome // Genes Dev. 2006. V. 20. P. 1848-1867;

101. Herold M., Bartkuhn M., Renkawitz R. CTCF: insights into insulator function during development // Development. 2012. V. 139. P. 1045-1057;

102. Ho C.Y., Lammerding J. Lamins at a glance // J. Cell Sci. 2012. V. 125. P. 2087-2093;

103. Holmer L., Worman H.J. Inner nuclear membrane proteins: functions and targeting // Cell. Mol. Life Sci. 2001. V. 58. P. 1741-1747;

104. Hozak P., Sasseville A.M., Raymond Y., Cook P.R. Lamin proteins form an internal nucleoskeleton as well as a peripheral lamina in human cells // J. Cell Sci. 1995. V. 108. P. 635-644;

105. Htun H., Dahlberg J.E. Topology and formation of triple-stranded H-DNA // Science. 1989. V. 243. P. 1571-1576;

106. Ing N.H., Beekman J.M., Kessler D.J., Murphy M., Jayaraman K., Zedequi J.G., Hogan M.E., O'Malley B.W., Tsai M.J. In vivo transcription of progesterone-responsive gene is specifically inhibited by a triplex-forming oligonucleotide //Nucl. Acids Res. 1993. V. 21. P. 2789-2796;

107. Karess R.E., Rubin G.M. Analysis of P transposable element functions in Drosophila // Cell 1984. V. 38. P. 135-146;

108. Katzman S., Kern A.D., Bejerano G., Fewell G., Fulton L., Wilson R.K., Salama S.R., Haussler D. Human genome ultraconserved elements are ultraselected // Science. 2007. V. 317. P. 915;

109. Kellum R., Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay // Mol. Cell. Biol. 1992. V. 12. P. 2424-2431;

110. Kellum R., Schedl P. A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains // Cell. 1991. V. 64. P. 941-950;

111. Kim J., Shen B., Rosen C., Dorsett D. The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. № 7. P. 3381-3392;

112. Kosak S.T., Scalzo D., Alworth S.V., Li F., Palmer S., Enver T., Lee J.S., Groudine M. Coordinate gene regulation during hematopoiesis is related to genomic organization//PLoS Biol. 2007. V. 5. e309;

113. Kosak S.T., Skok J.A., Medina K.L., Riblet R., Le Beau M.M., Fisher A.G., Singh H. Subnuclear compartmentalization of immunoglobulin loci during lymphocyte development // Science. 2002. V. 296. P. 158-162;

114. Kuhn E.J., Geyer P.K. Genomic insulators: connecting properties to mechanism// Curr. Opin. Cell Biol. 2003. V. 15. P. 259-265;

115. Kuhn E.J., Hart C.M., Geyer P.K. Studies of the role of the Drosophila scs and scs' insulators in defining boundaries of a chromosome puff // Mol. Cell. Biol. 2004. V. 24. P. 1470-1480;

116. Kumaran R.I., Spector D.L. A genetic locus targeted to the nuclear periphery in living cells maintains its transcriptional competence // J. Cell Biol. 2008. V. 180. P. 51-65;

117. Kiipper K., Kolbl A., Biener D., Dittrich S., von Hase J., Thormeyer T., Fiegler H., Carter N.P., Speicher M.R., Cremer T., Cremer M. Radial chromatin positioning is shaped by local gene density, not by gene expression//Chromosoma. 2007. V. 116. P. 285-306;

118. Kurshakova M., Maksimenko O., Golovnin A., Pulina M., Georgieva S., Georgiev P., Krasnov A. Evolutionarily conserved E(y)2/Susl protein is essential for the barrier activity of Su(Hw)-dependent insulators in Drosophila H Mol. Cell. 2007. V. 27. P. 332-338;

119. Kyrchanova O., Toshchakov S., Parshikov A., Georgiev P. Study of the functional interaction between Mcp insulators from the Drosophila bithorax complex: effects of insulator pairing on enhancer-promoter communication // Mol. Cell. Biol. 2007. V. 27. P. 3035-3043;

120. Lankenau D.-H., Peluso M.V., Lankenau S. The Su(Hw) chromatin insulator protein alters double-strand break repair frequencies in the Drosophila germ line // Chromosoma. 2000. V. 109. P. 148-160;

121. Lavrov S., Dejardin J., Cavalli G. Combined immunostaining and FISH analysis of polytene chromosomes // Methods Mol. Biol. 2004. V. 247. P. 289-303;

122. Lebkowski J.S., Laemmli U.K. Non-histone proteins and long-range organization of HeLa interphase DNA // J. Mol. Biol. 1982. V. 156. P. 325344;

123. Lee H.S., Lee N.C., Grimes B.R., Samoshkin A., Kononenko A.V., Bansal R., Masumoto H., Earnshaw W.C., Kouprina N., Larionov V. A new assay for measuring chromosome instability (CIN) and identification of drugs that elevate CIN in cancer cells // BMC Cancer. 2013. V. 13:252. doi: 10.1186/1471-2407-13-252;

124. Litt M.D., Simpson M., Recillas-Targa F., Prioleau M-N., Felsenfeld G. Transitions in histone acetylation reveal boundaries of three separately regulated neighboring loci // EMBO J. 2001. V. 20. № 9. P. 2224-2235;

125. Luderus M.E., de Graaf A., Mattia E., den Blaauwen J.L., Grande M.A., de Jong L., van Driel R. Binding of matrix attachment regions to lamin B1 // Cell. 1992. V. 70. P. 949-959;

126. Luderus M.E., den Blaauwen J.L., de Smit O.J., Compton D.A., van Driel R. Binding of matrix attachment regions to lamin polymers involves single-stranded regions and the minor groove // Mol. Cell. Biol. 1994. V. 14. P. 6297-6305;

127. Majumder P., Cai H.N. The functional analysis of insulator interactions in the Drosophila embryo // Proc. Natl. Acad. Sci. 2003. V. 100. № 9. P. 5223-5228;

128. Malhas A., Lee C.F., Sanders R., Saunders N.J., Vaux D.J. Defects in lamin B1 expression or processing affect interphase chromosome position and gene expression // J. Cell Biol. 2007. V. 176. P. 593-603;

129. Marshall W.F., Sedat J.W. Nuclear architecture // Results Probl. Cell Differ. 1999. V.25.P. 283-301;

130. Marshall W.F., Straight A., Marko J.F., Swedlow J., Dernburg A., Belmont A., Murray A.W., Agard D.A., Sedat J.W. Interphase chromosomes undergo constrained diffusional motion in living cells // Curr. Biol. 1997. V. 7. P. 930-939;

131. Mattout-Drubezki A., Gruenbaum Y. Dynamic interactions of nuclear lamina proteins with chromatin and transcriptional machinery // Cell. Mol. Life Sci. 2003. V. 60. P. 2053-2063;

132. Mazo A., Mizrokhi L., Karavanov A. Suppression in Drosophila: su(Hw)

and su(f) gene products interact with a region of mdg4 (gypsy) regulating its transcriptional activity // EMBO J. 1989. V. 8. P. 903-911;

133. McKnight R.A., Shamay A., Sankaran L., Wall R.J., Hennighausen L. Matrix-attachment regions can impart position-independent regulation of a tissue-specific gene in transgenic mice // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 6943-6947;

134. Mendjan S., Taipale M., Kind J., Holz H., Gebhardt P., Schelder M., Vermeulen M., Buscaino A., Duncan K., Mueller J., Wilm M., Stunnenberg H.G., Saumweber H., Akhtar A. Nuclear pore components are involved in the transcriptional regulation of dosage compensation in Drosophila II Mol. Cell. 2006. V.21.P. 811-823;

135. Michel D., Chatelain G., Herault Y., Hasper F., Brun G. H-DNA can act as a transcriptional insulator// Cell. Mol. Biol. Res. 1993. V. 39. P.131-140;

136. Misteli T. Concepts in nuclear architecture // BioEssays. 2005. V. 27. P. 477-487;

137. Mok E.H., Smith H.S., DiBartolomeis S.M., Kerrebrock A.W., Rothschild L.J., Lange T.S., Gerbi S.A. Maintenance of the DNA puff expanded state is independent of active replication and transcription // Chromosoma. 2001. V. 110. P. 186-196;

138. Montavon T., Duboule D. Landscapes and archipelagos: spatial organization of gene regulation in vertebrates // Trends Cell Biol. 2012. V. 22. P. 347-354;

139. Morey C., Da Silva N.R., Kmita M., Duboule D., Bickmore W.A. Ectopic nuclear reorganisation driven by a Hoxbl transgene transposed into Hoxd // J. Cell Sci. 2008. V. 121. P. 571-577;

140. Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E., Parshikov A., Belenkaya T., Pirotta V., Georgiev P. Loss of insulator activity by paired Su (Hw) chromatin insulator // Science. 2001. V. 291. P. 495-498;

141. Nabirochkin S., Ossokina M., Heidmann T. A nuclear matrix/scaffold attachment region co-localizes with the gypsy retrotransposon insulator sequence // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 2473-2479;

142. Namciu S.J., Blochlinger K.B., Fournier R.E. Human matrix attachment regions insulate transgene expression from chromosomal position effects in Drosophila melanogaster II Mol. Cell. Biol. 1998. V. 18. P. 2382-2391;

143. Nguyen D.K., Disteche C.M. Dosage compensation of the active X chromosome in mammals // Nat. Genet. 2006. V. 38. P. 47-53;

144. Nishihara H., Smit A.F., OkadaN. Functional noncoding sequences derived from SINEs in the mammalian genome // Genome Res. 2006. V. 16. P. 864874;

145. Oki M., Kamakaka R.T. Blockers and barriers to transcription: competing activities? // Curr. Opin. Cell Biol. 2002. V. 14. P. 299-304;

146. Paddy M.R., Belmont A.S., Saumweber H., Agard D.A., Sedat J.W. Interphase nuclear envelope lamins form a discontinuous network that interacts with only a fraction of the chromatin in the nuclear periphery //

Cell. 1990. V. 62. P. 89-106;

147. Pai C.-Y., Lei E.P., Ghosh D., Corces V.G. The centrosomal protein CP 190 is a component of the gypsy chromatin insulator // Mol. Cell. 2004. V. 16. P. 737-748;

148. Pai D.A., Engelke D.R. Spatial organization of genes as a component of regulated expression//Chromosoma. 2010. V. 119. P. 13-25;

149. Parada L.A., McQueen P.G., Munson P.J., Misteli T. Conservation of relative chromosome positioning in normal and cancer cells // Curr. Biol. 2002. V. 12. P. 1692-1697;

150. Parada L.A., Roix J.J., Misteli T. An uncertainty principle in chromosome positioning// Trends Cell Biol. 2003. V. 13. P. 393-396;

151. Parkhurst S.M., Harrison D.A., Remington M.P., Spana C., Kelley R.L., Coyne R.S., Corces V.G. The Drosophila Su(Hw) gene, which controls the phenotypic effect of the gypsy transposable element, encodes a putative DNA-binding protein// Genes Dev. 1988. V. 2. P. 1205-1215;

152. Paulson J.R., Laemmli U.K. The structure of histone-depleted metaphase chromosomes // Cell. 1977. V. 12. P. 817-828;

153. Pennacchio L.A., Ahituv N., Moses A.M., Prabhakar S., Nobrega M.A., Shoukry M., Minovitsky S., Dubchak I., Holt A., Lewis K.D., Plajzer-Frick I., Akiyama J., De Val S., Afzal V., Black B.L., Couronne O., Eisen M.B., Visel A., Rubin E.M. In vivo enhancer analysis of human conserved non-coding sequences //Nature. 2006. V. 444. P. 499-502;

154. Phillips J.E., Corces V.G. CTCF: master weaver of the genome // Cell. 2009. V. 137. P. 1194-1211;

155. Phi-Van L., Stratling W.H. Dissection of the ability to the chicken lysozyme gene 5' matrix attachment region to stimulate transgenic expression and to dampen position effect // Biochemistry. 1996. V. 35. P. 10735-10742;

156. Phi-Van L., van Kries J.P., Ostertag W., Stratling W.H. The chicken lysozyme 5' matrix attachment region increase transcription from a heterologous promoter in heterologous cells and dampens position effects on the expression of transfected genes // Mol. Cell. Biol. 1990. V. 10. P. 2305-2307;

157. Pickersgill H., Kalverda B., de Wit E., Talhout W., Fornerod M., van Steensel B. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina//Nat. Genet. 2006. V.38. P. 1005-1014;

158. Pirrotta V., Steller H., Bozzetti M.P. Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene // EMBO J. 1985. V. 4. P. 3501-3508;

159. Qian S., Pirrotta V.. Dosage compensation of the Drosophila white gene requires both the X chromosome environment and multiple intragenic elements // Genetics. 1995. V. 139. P. 733-744;

160. Rabl C. Über Zelllheilung // Morphologisches Jahrbuch. 1885. P. 214-330;

161. Recillas-Targa F., Pikaart M.J., Burgess-Beusse B., Bell A.C., Litt M.D.,

West A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. Position-effect protection and enhancer blocking by the chicken P-globin insulator are separable activities // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99. № 10. P. 6883-6888;

162. Reddy K.L., Zullo J.M., Bertolino E., Singh H. Transcriptional repression mediated by repositioning of genes to the nuclear lamina // Nature. 2008. V. 452. P. 243-247;

163. Rogozin I.B., Glazko G.V., Glazkov M.V. Computer prediction of sites associated with various elements of the nuclear matrix // Brief Bioinform. 2000. V. l.P. 33-44;

164. Roseman R.R., Pirotta V., Geyer P.K. The su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position effects // EMBO J. 1993. V. 12. P. 435-442;

165. Rzepecki R., Bogachev S.S., Kokoza E., Stuurman N., Fisher P.A. In vivo association of lamins with nucleic acids in Drosophila melanogaster II J. Cell Sci. 1998. V. 111. P. 121-129;

166. Saitoh N., Bell A.C., Recillas-Targa F., West A.G., Simpson M., Pikaart M., Felsenfeld G. Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken p-globin domain // EMBO J. 2000. V. 19. № 10. P. 23152322;

167. Sawado T., Halow J., Bender M.A., Groudine M. The P-globin locus control region (LCR) functions primarily by enhancing the transition from transcription initiation to elongation // Genes Dev. 2003. V. 17. P. 10091018;

168. Schubeler D., Francastel C., Cimbora D.M., Reik A., Martin D.I.K., Groudine M. Nuclear localization and histone acetylation: a pathway for chromatin opening and transcriptional activation of the human P-globin locus // Genes Dev. 2000. V. 14. P. 940-950;

169. Schubeler D., Groudine M., Bender M.A. The murine P-globin locus control region regulates the rate of transcription but not the hyperacetylation of histones at the active genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V. 98. № 20. P. 11432-11437;

170. Scott K.C., Taubman A.D., Geyer P.K. Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength 11 Genetics. 1999. V. 153. P. 787-798;

171. Segura-Totten M., Kowalski A.K., Craigie R., Wilson K.L. Barrier-to-auto integration factor: major roles in chromatin decondensation and nuclear assembly // J. Cell Biol. 2002. V. 158. P. 475-485;

172. Shaklai S., Amariglio N., Rechavi G., Simon A.J. Gene silencing at the nuclear periphery// FEBS J. 2007. V. 274. P. 1383-1392;

173. Shen B., Kim J., Dorsett D. The enhancer-blocking suppressor of Hairy wing zinc finger protein of Drosophila melanogaster alters DNA structure // Mol. Cell. Biol. 1994. V. 14. № 9. P. 5645-5652;

174. Shevelyov Y.Y., Lavrov S.A., Mikhaylova L.M., Nurminsky I.D., Kulathinal R.J., Egorova K.S., Rozovsky Y.M., Nurminsky D.I. The B-type

lamin is required for somatic repression of testis-specific gene clusters // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. P. 3282-3287;

175. Shoeman R.L., Traub P. The in vitro DNA-binding properties of purified nuclear lamin proteins and vimentin // J. Biol. Chem. 1990. V. 265. P. 9055-9061;

176. Shumaker D.K., Lee K.K., Tanhehco Y.C., Craigie R., Wilson K.L. LAP2 binds to BAF-DNA complexes: requirement for the LEM domain and modulation by variable regions // EMBO J. 2001. V. 20. P. 1754-1764;

177. Siegal M.L., Hartl D.L. Application of Cre/loxP in Drosophila. Site-specific recombination and transgene coplacement // Methods Mol. Biol. 2000. V. 136. P. 487-495;

178. Siepel A., Bejerano G., Pedersen J.S., Hinrichs A.S., Hou M., Rosenbloom K., Clawson H., Spieth J., Hillier L.W., Richards S., Weinstock G.M., Wilson R.K., Gibbs R.A., Kent W.J., Miller W., Haussler D. Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes // Genome Res. 2005. V. 15. P. 1034-1050;

179. Spana C., Corces V.G. DNA bending is a determinant of binding specificity for a Drosophila zinc finger protein // Genes Dev. 1990. V. 4. P. 15051515;

180. Spana C., Harrison D., Corces V. The Drosophila melanogaster supressor of Hairy wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon// Genes Dev. 1988. V. 2. P. 1414-1423;

181. Spann T.P., Goldman A.E., Wang C., Huang S., Goldman R.D. Alteration of nuclear lamin organization inhibits RNA polymerase II-dependent transcription// J. Cell Biol. 2002. V. 156. P. 603-608;

182. Spann T.P., Moir R.D., Goldman A.E., Stick R., Goldman R.D. Disruption of nuclear lamin organization alters the distribution of replication factors and inhibits DNA synthesis // J. Cell Biol. 1997. V. 136. P. 1201-1212;

183. Splinter E., Heath H., Kooren J., Palstra R.J., Klous P., Grosveld F., Galjart N., de Laat W. CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the beta-globin locus // Genes Dev. 2006. V. 20. P. 2349-2354;

184. Spradling A.C. P element mediated transformation in Drosophila: a practical approach. IRL Press. Washington, DC. 1986;

185. Stief A., Stratling W.H., Sippel A.E., Winter D.M. A nuclear DNA attachment element mediates elevated and position-independent gene activity // Nature. 1989. V. 341. P. 343-345;

186. Szczerbal I., Foster H.A., Bridger J.M. The spatial repositioning of adipogenesis genes is correlated with their expression status in a porcine mesenchymal stem cell adipogenesis model system // Chromosoma. 2009. V. 118. P. 647-663;

187. Tan E.M., Lerner R.A. An immunological study of the fates of nuclear and nucleolar macromoleculus during the cell cycle // J. Mol. Biol. 1972. V. 68. P. 107-114;

188. Tsanev R., Tsaneva I. Molecular organization of chromatin as revealed by electron microscopy // Methods Achiev. Exp. Pathol. 1986. V. 12. P. 63104;

189. Udvardy A., Maine E., Schedl P. The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains // J. Mol. Biol. 1985. V. 185. P. 341358;

190. Udvardy A., Schedl P. Chromatin organization of the 87A7 heat shock locus of Drosophila melanogaster II J. Mol. Biol. 1984. V. 172. P. 385-403;

191. Ulitzur N., Harel A., Feinstein N., Gruenbaum Y. Lamin activity is essential for nuclear envelope assembly in a Drosophila embryo cell-free extract// J. Cell Biol. 1992. V. 119. P. 17-25;

192. Vladimirskaya E.A., Kireyev I.I., Prusov A.N., Fais D. Spatial localization of chromosome-nuclear envelope interaction sites // Membr. Cell Biol. 1999. V. 12. P. 857-869;

193. West A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. Insulators: many functions, many mechanisms // Genes Dev. 2002. V. 16. P. 271-288;

194. Williams R.R., Azuara V., Perry P., Sauer S., Dvorkina M., Jorgensen H., Roix J., McQueen P., Misteli T., Merkenschlager M., Fisher A.G. Neural induction promotes large-scale chromatin reorganisation of the Mashl locus //J. Cell Sci. 2006. V. 119. P. 132-140;

195. Worman H.J., Ostlund C., Wang Y. Diseases of the nuclear envelope // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2010. V. 2. a000760;

196. Xu Q., Li M., Adams J., Cai H.N. Nuclear location of a chromatin insulator in Drosophila melanogaster II J. Cell Sci. 2004. V. 117. P. 1025-1032;

197. Yang J., Corces V.G. Insulators, long-range interactions, and genome function// Curr. Opin. Genet. Dev. 2012. V. 22. P. 86-92;

198. Yu J., Bock J.H., Slightom J.L., Villeponteau B. A 5' P-globin matrixattachment region and the polyoma enhancer together confer position-independent transcription//Gene. 1994. V. 139. P. 139-145;

199. Zhao K., Hart C.M., Laemmli U.K. Visualization of chromosomal domains with boundary element-assosiated factor BEAF-32 // Cell. 1995. V. 81. P. 879-889;

200. Zhimulev I.F., Belyaeva E.S., Semeshin V.F., Koryakov D.E., Demakov S.A., Demakova O.V., Pokholkova G.V., Andreyeva E.N. Polytene chromosomes: 70 years of genetic research // Int. Rev. Cytol. 2004. V. 241. P. 203-275;

201. Zuleger N., Robson M.I., Schirmer E.C. The nuclear envelope as a chromatin organizer // Nucleus. 2011. V. 2. P. 339-349;

202. Zullo J.M., Demarco I.A., Pique-Regi R., Gaffney D.J., Epstein C.B., Spooner C.J., Luperchio T.R., Bernstein B.E., Pritchard J.K., Reddy K.L., Singh H. DNA sequence-dependent compartmentalization and silencing of chromatin at the nuclear lamina // Cell. 2012. V. 149. P. 1474-1487.

© / БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает благодарность:

Н.Г. Шостак, И.А. Юшеновой, И.И. Кирееву, М.В. Костюченко,

коллективу Лаборатории подвижности генома Института молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

за помощь в проведении экспериментов, а также

сотрудникам Лаборатории регуляции генетических процессов ИБГ РАН

за предоставленные материалы.