Роль ядерной оболочки в организации хроматина и экспрессии генов у дрозофилы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Шевелев Юрий Ясенович

• Шевелев Юрий Ясенович
• доктор наук
• 2025

Оглавление диссертации доктор наук Шевелев Юрий Ясенович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Цели и задачи исследования

Научная новизна исследования

Теоретическая и практическая значимость исследования

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Степень достоверности и апробация результатов

Личный вклад автора

Структура и объем работы

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Роль ядерной ламины в организации хроматина в ядре

1.1.1 Строение ядерной оболочки

1.1.2 Неслучайное положение хромосом в ядре

1.1.3 Свойства периферического гетерохроматина

1.1.4 Соответствие между ЛАДами и другими типами доменов в геномах эукариот

1.1.5 Репрессия ядерной ламиной транскрипции генов в ЛАДах

1.1.6 Факторы, вызывающие репрессию генов в ЛАДах

1.1.7 Связь между транскрипцией генов и их локализацией в ядре

1.1.8 Белки, связывающие ЛАДы с ядерной ламиной

1.1.9 Механизмы перемещения хроматина в ядре

1.1.10 Влияние связи периферического гетерохроматина с ядерной оболочкой

на геномную архитектуру в норме и при патологиях

1.2 Роль Elys и других нуклеопоринов в организации хроматина в ядре

1.2.1 Роль Elys в постмитотической сборке комплексов ядерных пор и других компонентов ядерной оболочки

1.2.2 Взаимодействия Elys и других нуклеопоринов с геномом дрозофилы

1.2.3 Влияние Elys и других нуклеопоринов на экспрессию генов

1.2.4 Заключение

ГЛАВА 2. МЕТОДЫ

2.1 Конструирование плазмид

2.2 Работа с дрозофилой

2.3 DamID-seq

2.4 Работа с культурами клеток и РНК-интерференция

2.5 Вестерн-блот анализ

2.6 Иммуноокрашивание клеток

2.7 Иммуноокрашивание органов

2.8 Иммуноокрашивание политенных хромосом

2.9 Иммуноокрашивание хроматина антителами к гистону H4 или к H3K27Ac

2.10 Окрашивание семенников на X-gal

2.11 TUNEL анализ

2.12 FISH с ДНК зондами с последующим иммуноокрашиванием

2.13 FISH с олиго^) зондом

2.14 РНК in situ гибридизация

2.15 Чувствительность хроматина к ДНКазе

2.16 Иммунопреципитация хроматина (ChIP-seq)

2.17 Коиммунопреципитация белков

2.18 Нозерн-блот анализ

2.19 RNA-seq

2.20 Биоинформатический анализ данных

2.20.1 Биоинформатический анализ данных DamID-seq

2.20.2 Биоинформатический анализ данных ChIP-seq

2.20.3 Биоинформационный анализ данных RNA-seq

2.20.4 Биоинформатический анализ данных из внешних источников

2.20.5 Измерение расстояний между сигналами FISH и ядерной оболочкой

в клетках S2

2.20.6 Измерение расстояний между центромерами и ядерной оболочкой

в нейронах и клетках Kc167

2.20.7 Анализ распределения хроматина в ядре

2.20.8 Создание списков повсеместно и тканеспецифично экспрессирующихся генов

2.20.9 Анализ распределения МЭ в геноме

2.20.10 Создание усредненных профилей

2.20.11 Получение профилей экспрессии генов с помощью EST

2.20.12 Анализ мотивов в последовательности ДНК

2.20.13 Статистический анализ

2.20.14 Депонирование данных

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Обнаружение кластеров семенник-специфичных генов в геноме дрозофилы

3.2 Анализ структуры хроматина в кластере семенник-специфичных генов из района 60D

3.2.1 Анализ транскрипции генов из района 60D

3.2.2 Семенник-специфичные гены кластера из района 60D располагаются в двух соседних доменах устойчивого к ДНКазе I хроматина в соматических клетках дрозофилы

3.3 Семенник-специфичные гены в соматических клетках репрессированы контактами с ядерной ламиной

3.3.1 Кластеры семенник-специфичных генов в соматических клетках дрозофилы связаны с ядерной ламиной

3.3.2 Ламин Dm0 необходим для поддержания репрессированного состояния кластеров семенник-специфичных генов в соматических клетках дрозофилы

3.3.3 Активация транскрипции кластеров семенник-специфичных генов сопровождается их удалением от ядерной оболочки

3.4 Гистондеацетилаза HDAC3 является одним из факторов, определяющих периферическую локализацию кластера семенник-специфичных генов из района 60D в соматических клетках дрозофилы

3.5 Анализ периферического гетерохроматина в нейронах дрозофилы

3.5.1 DamID-картирование ЛАДов и участков обогащения HP1a и Pc в

нейронах дрозофилы

3.5.2 В нейронах, в отличие от эмбриональных клеток Kc167, ЛАДы значительно обогащены HP1a

3.5.3 Гены, находящиеся в ЛАДах, доменах HP1a или Pc, экспрессируются

на очень низком уровне

3.5.4 Подавляющее большинство промоторов повсеместно экспрессирующихся

и активных тканеспецифичных генов не связаны с ядерной ламиной

3.5.5 Центромеры в нейронах расположены ближе к ядерной оболочке, чем в клетках Kc167

3.5.6 «Созревание» периферического гетерохроматина в терминально дифференцированных нейронах дрозофилы

3.6 Анализ геномной архитектуры на двух последовательных стадиях дифференцировки терминальных клеток самцов дрозофилы

3.6.1 Картирование ЛАДов в сперматогониях и сперматоцитах дрозофилы

3.6.2 Aly-независимые СпЦ-специфичные гены утрачивают связь с ядерной ламиной при их активации в СпЦ

3.6.3 В СпГ и СпЦХ-хромосома сильнее связана с ядерной ламиной,

по сравнению с аутосомами

3.6.4 В СпГ действует механизм неканонической дозовой компенсации

3.6.5 Разрушение ядерной ламины приводит к ослаблению экспрессии СпЦ-специфичных генов в СпЦ

3.7 Целостность ядерной ламины необходима для корректной

пространственной организации хроматина в ядре

3.7.1 Lam-KD в клетках S2 приводит к уменьшению объема хроматина в ядре

и его удалению от ядерной оболочки

3.7.2 Плотность хроматина в ЛАДах снижается при утрате их связи с ядерной ламиной

3.7.3 Разрушение ядерной ламины вызывает усиление «фоновой» транскрипции в ЛАДах

3.8 Нуклеопорин Elys, находясь в составе комплексов ядерных пор, удерживает периферический гетерохроматин около ядерной оболочки

3.8.1 Нокдаун Elys в клетках S2 дрозофилы не приводит к значительной

потере ядерных пор на ядерной оболочке

3.8.2 Elys связывается с многочисленными сайтами на политенных хромосомах

3.8.3 Идентификация сайтов связывания Elys в поздних эмбрионах

3.8.4 Elys в составе комплексов ядерных пор связывается с многочисленными геномными сайтами, расположенными внутри ЛАДов

3.8.5 Elys дрозофилы распознает A/T-богатые мотивы в ДНК

3.8.6 Связывание периферического гетерохроматина с Elys, находящимся в составе комплексов ядерных пор, удерживает хроматин около ядерной оболочки

3.8.7 Elys обогащен на 5'- и 3'-концах генов

3.8.8 Elys-KD в клетках S2 вызывает дерепрессию генов в ЛАДах

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ChIP - chromatin immunoprecipitation (иммунопреципитация хроматина)

DamID - идентификация участков генома с помощью ДНК-аденин-метилтрансферазы

DAPI - 4',6-диамидино-2-фенилиндол

EMSA - сдвиг электрофоретической подвижности комплекса

EST - expressed sequence tag (экспрессирующаяся последовательность мишени)

FDR - false discovery rate (частота ложных выявлений)

FISH - флуоресцентная гибридизация in situ

H3K27me3 - гистон H3, три-метилированный по лизину

H3K4me2 - гистон H3, ди-метилированный по лизину

H3K9me2 - гистон H3, ди-метилированный по лизину

H4K16Ac - гистон H4, ацетилированный по лизину

H4K20me2 - гистон H4, ди-метилированный по лизину

HGPS - синдром прогерии Хатчинсона-Гилфорда

HMM - Hidden Markov Model (скрытая марковская модель)

IPTG - изопропил-Р^-1-тиогалактопиранозид

LBR - ламин-Б-рецептор

MAR - matrix attachment region (участок прикрепления к ядерному матриксу) OIS - oncogene-induced senescence (индуцированное онкогеном клеточное старение) POI - protein of interest (интересующий исследователей белок) RPM - reads per million (число прочтений на миллион)

SAHF - senescence-associated heterochromatin foci (гетерохроматиновые включения,

ассоциированные с клеточным старением)

TPM - transcripts per million (число транскриптов на миллион)

кДНК - комплементарная ДНК

КИ - кратность изменения

ЛАД - ламина-ассоциированный домен

меж-ЛАД - участок между соседними ЛАДами

МЭ - мобильный(е) элемент(ы)

ПЦР - полимеразная цепная реакция

СпГ - сперматогоний(и)

СпЦ - сперматоцит(ы)

т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов

ТАД - топологически ассоциированный домен

ОТ-ПЦР - ПЦР после реакции обратной транскрипции

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль ядерной оболочки в организации хроматина и экспрессии генов у дрозофилы»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Хроматин подразделяют на компактный и преимущественно неактивный гетерохроматин, расположенный на периферии ядра, и транскрипционно активный эухроматин, находящийся во внутренних областях ядра. В литературе имеются многочисленные свидетельства корреляции между «молчанием»/транскрипционной активностью локусов и их положением на ядерной периферии/вдали от нее. С появлением технологии БатГО [1] у многоклеточных организмов были идентифицированы районы генома, находящиеся в контакте с ядерной ламиной, - так называемые ламина-ассоциированные домены хромосом (ЛАДы). В ЛАДах расположены тканеспецифичные гены, которые не экспрессируются или слабо экспрессируются в данном типе клеток [2,3]. Эти и другие свидетельства легли в основу концепции, согласно которой ядерная периферия является репрессивным компартментом ядра. В то же время гены, связанные с ядерными порами, рассматривались как островки активного хроматина на периферии ядра. Появилась идея, что компартментализация хроматина в интерфазном ядре может являться одним из механизмов регуляции экспрессии генов. При этом подразумевалось, что перемещение генов к ядерной ламине вызывает их репрессию, а перемещение генов к ядерным порам, наоборот, способствует их более активной экспрессии.

Однако ответы на множество вопросов оставались неизвестными. Перечислим некоторые из них: случаен ли порядок расположения тканеспецифичных генов в геноме, и если нет, то каковы могут быть причины этой неслучайности; прикреплен ли периферический гетерохроматин к ядерной ламине, и если да, то какие ее компоненты принимают участие в этом прикреплении; вызывает ли нахождение генов на периферии ядра их репрессию или же это лишь место, куда перемещаются «молчащие» гены; участвуют ли у многоклеточных животных ядерные поры в прикреплении периферического гетерохроматина, и если да, то как это влияет на экспрессию генов. Данная диссертационная работа посвящена попыткам заполнить некоторые из имеющихся лакун в наших представлениях о взаимоотношениях хроматина и ядерной оболочки.

Цели и задачи исследования

Цель исследования - выяснение роли, которую играют компоненты ядерной оболочки (ядерная ламина и комплексы ядерных пор) в организации хроматина и экспрессии генов у модельного объекта - дрозофилы.

Задачи исследования:

1. Проверить, случайным ли образом расположены тканеспецифичные гены в геноме дрозофилы.

2. Выяснить, находятся ли неактивные тканеспецифичные гены в компактно организованных хроматиновых доменах.

3. Оценить вклад ядерной ламины в компактизацию хроматиновых доменов и в репрессию тканеспецифичных генов, находящихся в этих доменах.

4. Сравнить влияние ядерной ламины на экспрессию генов в недифференцированных и терминально дифференцированных типах клеток.

5. Установить роль ядерной ламины и комплексов ядерных пор в поддержании периферического положения гетерохроматина в ядре.

Научная новизна исследования

В работе впервые показано, что тканеспецифичные гены, экспрессирующиеся исключительно в семенниках, собраны в геноме дрозофилы в кластеры и такая организация не является случайной. Хроматин этих генов имеет компактную структуру в соматических клетках, где гены неактивны, но переходит в декомпактизованное состояние в семенниках, где гены активируются. Активация генов сопровождается утратой их связи с ядерной ламиной и перемещением во внутренние области ядра.

Впервые обнаружено, что ядерная ламина вызывает компактизацию контактирующих с ней хроматиновых доменов и усиливает репрессию генов, находящихся в этих доменах. Однако, как выяснилось, вклад ядерной ламины в репрессию этих генов невелик, по крайней мере в эмбриональных клетках дрозофилы. В то же время, в терминально дифференцированных клетках, таких как нейроны, вклад ядерной ламины в репрессию генов более выражен за счет связывания с этими районами белка НР1а.

Помимо этого, в работе впервые продемонстрировано, что и ядерная ламина, и ядерные поры связывают периферический гетерохроматин с ядерной оболочкой. В отсутствие этой привязки занимаемый хроматином объем в интерфазном ядре немного уменьшается.

Теоретическая и практическая значимость исследования

Высокая теоретическая значимость данного исследования заключается в установлении в нем фундаментальных закономерностей взаимоотношений хроматина с ядерной оболочкой на модельном организме - дрозофиле. Эта значимость подтверждена публикацией результатов в самых престижных научных журналах. Практическая значимость исследования состоит в возможности перенесения на человека представлений, полученных на дрозофиле. Известно, что нарушения ядерной ламины возникают при

старении. Кроме того они приводят к ламинопатиям - тяжелым генетически-обусловленным заболеваниям человека, среди которых кардиомиопатии, липодистрофии, нейропатии, а также синдром преждевременного старения. Однако биологические механизмы возникновения этих заболеваний по-прежнему остаются неизвестны (см. обзор

[4]).

Методология и методы исследования

Для изучения организации хроматина в ядре в данной работе применяли широкий спектр современных методов молекулярного анализа. В первую очередь это технология DamID в ее тканеспецифичном варианте, с помощью которой выявляли участки генома дрозофилы, взаимодействующие с ламином Dm0 (основным компонентом ядерной ламины), с белками-репрессорами HP1a и Pc, а также с нуклеопорином Elys, входящим в состав комплексов ядерных пор. Активно использовали в работе и метод флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). Этим методом оценивали расстояния между положением локусов в ядре и ядерной оболочкой. Помимо этого, в работе применяли полнотранскриптомный анализ экспрессии (RNA-seq), иммунопреципитацию хроматина с последующим секвенированием (ChIP-seq), а также множество других методов, подробно описанных в соответствующих разделах диссертации. Кроме молекулярных методов исследования, в работе были активно задействованы подходы классической генетики и использовалась культура клеток дрозофилы. Наконец значительная часть работы была сопряжена с биоинформатическим анализом полученных результатов.

Положения, выносимые на защиту

1. Гены с семенник-специфичной экспрессией образуют неслучайные скопления (кластеры) в определенных районах генома дрозофилы.

2. Экспрессия семенник-специфичных генов дрозофилы коррелирует с «открыванием» хроматиновых доменов, в которых они находятся.

3. Запуск экспрессии семенник-специфичных генов сопровождается утратой связи их промоторов с ядерной ламиной и их перемещением во внутренние области ядра.

4. Ядерная ламина не является главной причиной отсутствия экспрессии контактирующих с ней тканеспецифичных генов.

5. В терминально дифференцированных нейронах дрозофилы гены, связанные с ядерной ламиной, подвергаются дополнительной репрессии за счет привлечения HP1a в эти районы.

6. Периферический гетерохроматин дрозофилы прикреплен и к ядерной ламине, и к комплексам ядерных пор. Утрата связи гетерохроматина с каждым из этих компонентов

приводит к удалению гетерохроматина от ядерной оболочки, но при этом слабо влияет на экспрессию генов.

Степень достоверности и апробация результатов

Результаты работы были опубликованы в 13 статьях в рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК для публикации материалов диссертационных работ по биологии (все 13 - в журналах Web of Science и Scopus, 12 из которых входят в первый квартиль Q1), и представлены в виде устных докладов на 8 российских и международных конференциях.

Статьи в журналах:

1. Boutanaev A.M., Kalmykova A.I., Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. Large clusters of co-expressed genes in the Drosophila genome // Nature. - 2002. - V. 420. - P. 666-669. doi: 10.1038/nature01216.

2. Kalmykova A.I., Nurminsky D.I., Ryzhov D.V., Shevelyov Y.Y. Regulated chromatin domain comprising cluster of co-expressed genes in Drosophila melanogaster // Nucleic Acids Res. -2005. - V. 33. - P. 1435-1444. doi: 10.1093/nar/gki281.

3. Shevelyov Y.Y., Lavrov S.A., Mikhaylova L.M., Nurminsky I.D., Kulathinal R.J., Egorova K.S., Rozovsky Y.M., Nurminsky D.I. The B-type lamin is required for somatic repression of testis-specific gene clusters // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 3282-3287. doi: 10.1073/pnas.0811933106.

4. Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. The nuclear lamina as a gene-silencing hub // Curr. Issues Mol. Biol. - 2012. - V. 14. - P. 27-38.

5. Milon B.C., Cheng H., Tselebrovsky M.V., Lavrov S.A., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. Role of histone deacetylases in gene regulation at nuclear lamina // PLoS One. - 2012. - V. 7. - P. e49692. doi: 10.1371/journal.pone.0049692.

6. Pindyurin A.V., Ilyin A.A., Ivankin A.V., Tselebrovsky M.V., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Pagie L., van Steensel B., Shevelyov Y.Y. The large fraction of heterochromatin in Drosophila neurons is bound by both B-type lamin and HP1a // Epigenetics Chromatin. - 2018. - V. 11. - P. 65. doi: 10.1186/s13072-018-0235-8.

7. Shevelyov Y.Y., Ulianov S.V. The nuclear lamina as an organizer of chromosome architecture // Cells. - 2019. - V. 8. - P. 136. doi: 10.3390/cells8020136.

8. Ulianov S.V., Doronin S.A., Khrameeva E.E., Kos P.I., Luzhin A.V., Starikov S.S., Galitsyna A.A., Nenasheva V.V., Ilyin A.A., Flyamer I.M., Mikhaleva E.A., Logacheva M.D., Gelfand M.S., Chertovich A.V., Gavrilov A.A., Razin S.V., Shevelyov Y.Y. Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila // Nature Commun. - 2019. - V. 10. - P. 1176. doi: 10.1038/s41467-019-09185-y.

9. Shevelyov Y.Y. The role of nucleoporin Elys in nuclear pore complex assembly and regulation of genome architecture // Int. J. Mol. Sci. - 2020. - V. 21. - P. 9475. doi: 10.3390/ijms21249475.

10. Ilyin A.A., Kononkova A.D., Golova A.V., Shloma V.V., Olenkina O.M., Nenasheva V.V., Abramov Y.A., Kotov A.A., Maksimov D.A., Laktionov P.P., Pindyurin A.V., Galitsyna A.A., Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Gelfand M.S., Belyakin S.N., Razin S.V., Shevelyov Y.Y. Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila // Nucleic Acids Res. - 2022. - V. 50. - P. 3203-3225. doi: 10.1093/nar/gkac109.

11. Shevelyov Y.Y., Ulianov S.V., Gelfand M.S., Belyakin S.N., Razin S.V. Dosage compensation in Drosophila: its canonical and non-canonical mechanisms // Int. J. Mol. Sci. - 2022. - V. 23. -P. 10976. doi: 10.3390/ijms231810976.

12. Shevelyov Y.Y. Interactions of chromatin with the nuclear lamina and nuclear pore complexes // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - V. 24. - P. 15771. doi: 10.3390/ijms242115771.

13. Doronin S.A., Ilyin A.A., Kononkova A.D., Solovyev M.A., Olenkina O.M., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Lavrov S.A., Ivannikova A.Y., Simonov R.A., Fedotova A.A., Khrameeva E.E., Ulianov S.V., Razin S.V., Shevelyov Y.Y. Nucleoporin Elys attaches peripheral chromatin to the nuclear pores in interphase nuclei // Commun. Biol. - 2024. - V. 7. - P. 783. doi: 10.1038/s42003-024-06495-w.

Доклады на конференциях:

1. Шевелев Ю.Я. Ядерная ламина участвует в сайленсинге тканеспецифичных генов у дрозофилы // IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов, 11-15 мая 2008 г., Новосибирск, Россия. Сборник материалов съезда. - 2008. - С. 133.

2. Шевелев Ю.Я., Лавров С.А., Егорова К.С., Розовский Я.М., Нурминский Д.И. Нарушение целостности ядерной ламины у дрозофилы приводит к увеличению количества транскриптов контактирующих с ней тканеспецифичных генов // V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, 21-27 июня 2009 г., Москва, Россия. Научная программа съезда. - 2009. - С. 20.

3. Шевелев Ю.Я., Лавров С.А., Розовский ЯМ. Ядерная ламина подавляет «подтекающую» транскрипцию // Международная конференция «Хромосома-2009», 31 августа - 6 сентября 2009 г., Новосибирск, Россия. Сборник материалов конференции. -2009. - С. 100-101.

4. Целебровский М.В., Федотова А.А., Ненашева В.В., Михалева Е.А., Шевелев Ю.Я. Влияние связывания транскрипционного активатора и повышенного ацетилирования гистонов на положение районов хромосом относительно ядерной оболочки // Международная конференция «Хромосома-2012», 2-7 сентября 2012 г., Новосибирск, Россия. Сборник материалов конференции. - 2012. - С. 202-203.

5. Шевелев Ю.Я., Оленкина О.М., Абрамов Ю.А., Пиндюрин А.В., Максимов Д.А., Белякин С.Н. Построение карт контакта хромосом с ядерной ламиной в терминальных клетках самцов D. melanogaster // XVII Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра», 28-30 октября 2014 г., Санкт-Петербург, Россия. Цитология. - 2014. - Т. 56. - № 9. - С. 690.

6. Доронин С.А., Ульянов С.В., Храмеева Е.Е., Михалева Е.А., Флямер И.М., Гаврилов А.А., Гельфанд М.С., Разин С.В., Шевелев Ю.Я. Разрушение ламина Dm0 в клетках S2 дрозофилы приводит к удалению хроматина от ядерной оболочки и к увеличению его плотности в ядре // Международная конференция «Хромосома-2015», 24-28 августа 2015 г., Новосибирск, Россия. Сборник материалов конференции. - 2015. - С. 93-94.

7. Ильин А.А., Целебровский М.В., Ненашева В.В., Иванкин А.В., Пиндюрин А.В., Шевелев Ю.Я. Полногеномное картирование районов хромосом, контактирующих с ламином Dm0, с Pc и с HP1, в нейронах личинок дрозофилы // Всероссийская конференция «50 лет ВОГиС: успехи и перспективы», 8-10 ноября 2016 г., Москва, Россия. Сборник материалов конференции. - 2016. - С. 41.

8. Доронин С.А., Ильин А.А., Кононкова А.Д., Соловьев М.А., Оленкина О.М., Ненашева В.В., Михалева Е.А., Лавров С.А., Храмеева Е.Е., Ульянов С.В., Разин С.В., Шевелев Ю.Я. Влияние нуклеопорина Elys на геномную архитектуру у дрозофилы // Международная конференция «Хромосома-2023», 5-10 сентября 2023 г., Новосибирск, Россия. Сборник материалов конференции. - 2023. - С. 97-98.

Личный вклад автора

Основной массив экспериментальных данных диссертационной работы был получен сотрудниками лаборатории анализа регуляции генов под непосредственным руководством

автора или (в меньшей степени) им лично. Автор осуществлял планирование бОльшей части экспериментов, предлагал их дизайн, руководил биоинформатическим анализом полученных данных, обобщал результаты анализа и готовил тексты статей к публикации.

Идея о неслучайном распределении семенник-специфичных генов в геноме дрозофилы, возникшая в результате обнаружении кластера 5 таких генов в районе 60D, принадлежит автору совместно с А.И. Калмыковой (ИМГ РАН). Проверка этой идеи с помощью анализа распределения EST по геному проводилась в лаборатории Д.И. Нурминского (Университет Тафтса, США). Эксперименты по анализу состояния хроматина в области кластера семенник-специфичных генов из района 60D также проводились совместно с лабораторией Д.И. Нурминского. Проведение DamID в нейронах и семенниках дрозофилы выполнялось совместно с А.В. Пиндюриным и С.Н. Белякиным (ИМКБ СО РАН). Анализ изменений геномной архитектуры при разрушении ядерной ламины выполнялся совместно с лабораторией СВ. Разина (ИБГ РАН) и М.С. Гельфанда (ИППИ РАН).

Структура и объем работы

Диссертационная работа состоит из разделов ВВЕДЕНИЕ, ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ, МЕТОДЫ, РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ, ЗАКЛЮЧЕНИЕ, ВЫВОДЫ. Работа изложена на 173 страницах и содержит 44 рисунка. Список использованной литературы включает 322 источника.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Роль ядерной ламины в организации хроматина в ядре

1.1.1 Строение ядерной оболочки

Ядерная оболочка представляет собой слои внешней и внутренней ядерных мембран, разделенные перинуклеарным пространством (Рис. 1). Мембраны пронизаны комплексами ядерных пор - сложными белковыми структурами, построенными из белков нуклеопоринов, через которые осуществляется обмен макромолекул между ядром и цитоплазмой. Внутреннюю поверхность ядра выстилает ядерная ламина - белковая сеть из ламинов, относящихся к промежуточным филаментам V типа, которые, в зависимости от тканеспецифичной или конститутивной экспрессии, подразделяют соответственно на А-или B-тип (см. обзоры [5,6]). Ядерная ламина присутствует в ядрах у всех многоклеточных животных и выполняет структурные и регуляторные функции: поддерживает форму и механическую стабильность ядра, осуществляет связь ядра с цитоскелетом, участвует в регуляции транскрипции, репликации и стабильности генома. У нематоды имеется единственный ген (lmn-1), кодирующий ламин B-типа, у дрозофилы - два гена (ламин Dm0, кодирующий ламин B-типа, и ламин C, кодирующий ламин A-типа), а у млекопитающих -три гена (LMNB1, LMNB2, LMNA). В отличие от ламинов В-типа, ламины А-типа образуют филаменты не только около ядерной оболочки, но и внутри ядра.

периферический комплексы ядерных пор гетерохроматин ядерная мембрана — ядерная ламина ^ ламин-ассоциированные белки

Рисунок 1. Структурные элементы ядерной оболочки. Рисунок взят и адаптирован из обзора [7].

В комплексах с ламинами находятся различные ламин-ассоциированные белки (см. обзор [8]), являющиеся интегральными компонентами внутренней ядерной мембраны. Помимо этого ламины и ламин-ассоциированные белки взаимодействуют с модификаторами хроматина, транскрипционными факторами и некоторыми структурными белками, формируя белковые сети сложного состава. Ламины могут взаимодействовать с хроматином как напрямую [9-13], так и через ламин-ассоциированные белки [14-18]. Мутации в генах, кодирующих ламины или некоторые из ламин-ассоциированных белков,

вызывают серьезные заболевания человека, объединенные общим термином «ламинопатии» (см. обзор [19]).

Электронно-микроскопические наблюдения [20], подтвержденные SIM-микроскопией [21], показывают, что слой более компактного хроматина (факультативного гетерохроматина) находится на периферии ядра и прилегает к ядерной ламине. Также на ядерной периферии обычно расположен центромерный и теломерный конститутивный гетерохроматин, визуализированный в ядре в виде отдельных скоплений электронно-плотного или интенсивно окрашенного по ДНК материала. Ядерные поры пронизывают ядерную оболочку в местах, свободных от периферического гетерохроматина и ядерной ламины [20,21]. Таким образом, комплексы ядерных пор и ядерная ламина занимают различное положение на ядерной оболочке.

1.1.2 Неслучайное положение хромосом в ядре

У эмбрионов дрозофилы положение хромосом в интерфазных ядрах следует определенному правилу (так называемая ориентация Рабла), в соответствии с которым кластеры теломер и центромер прилежат к ядерной оболочке на противоположных полюсах ядер [22]. Выяснилось, что не только положение хромосом, но и положение отдельных локусов в кариоплазме эмбрионов достаточно жестко детерминировано. Есть районы, находящиеся рядом с ядерной оболочкой или непосредственно на ней, а есть районы, расположенные внутри ядер, каждый на определенном радиальном расстоянии от ядерной оболочки [22]. Дальнейший анализ показал, что принцип фиксированных радиальных расстояний как отдельных локусов, так и целых хромосом соблюдается и в клетках млекопитающих.

Применение хромосомного пэйнтинга и анализа методом FISH позволило установить, что, несмотря на примерно одинаковый размер хромосом 18 и 19 человека, их радиальное положение (расстояние между центром массы хромосомной территории и ядерной оболочкой, нормированное на радиус ядра) как в сферических ядрах лимфоцитов, так и в эллипсоидных ядрах фибробластов различается [23]. Хромосома 19, содержащая больше генов, в среднем оказывается ближе к центру ядер. Такое положение устанавливается практически сразу после окончания M-фазы и поддерживается в течение всей интерфазы. Эта закономерность была подтверждена для всех хромосом человека [24]. Оказалось, что их радиальные положения коррелируют с плотностью генов: хромосомы с большей плотностью генов имеют тенденцию располагаться дальше от ядерной оболочки.

Анализ расстояний, проведенный в объеме ядер, показал, что если в клетках сферической формы корреляция между радиальным положением хромосом и плотностью генов, но не размером хромосом не вызывает сомнений, то в фибробластах, имеющих

сплющенную форму, хромосомы распределяются в значительной степени в соответствии с их размером, когда большие хромосомы находятся как правило дальше от центра ядра [25]. При этом хромосома 18 находится несколько ближе к верхней или нижней части ядер, по сравнению с хромосомой 19, имеющей сходный с хромосомой 18 размер. Аналогичные, хотя и менее выраженные закономерности были описаны для разных типов клеток мыши, а также для других животных (см. обзор [26]). Следует подчеркнуть, что, несмотря на существование общей закономерности, положения хромосом сильно варьируют как между ядрами, так и, возможно, внутри каждого ядра с течением времени. При этом определенные районы хромосом как правило оказываются расположенными ближе к ядерной оболочке, в то время как другие районы этих же хромосом - располагаются наоборот ближе к центру ядра [27,28]. Районы с низкой и высокой плотностью генов собираются в отдельные полярно расположенные структуры [29,30]. Например, обогащенные Alu-элементами районы хромосом человека, которые имеют высокую плотность генов, при анализе с помощью FISH обнаруживаются преимущественно внутри ядер, практически не пересекаясь со слоем обедненного генами, периферического гетерохроматина [25].

Интересно, что хотя во множестве изученных типов клеток наблюдается периферическое положение гетерохроматина в ядрах, в палочковидных клетках ретины млекопитающих, адаптированных к ночному зрению, распределение эу- и гетерохроматина инвертировано, т.е. гетерохроматин концентрируется в центре ядра, а эухроматин - на его периферии [31]. Предполагается, что плотно упакованный гетерохроматин, сконцентрированный в центре ядер, может выполнять функции линзы, фокусирующей свет.

1.1.3 Свойства периферического гетерохроматина

Идея об упорядоченном положении хромосом в интерфазном ядре, как следствии прикрепления различных участков хромосом к ядерной оболочке, возникла достаточно давно. Имеющиеся на тот момент рациональные основания под этой идеей были суммированы в обзоре [32]. Позднее в работе, выполненной на клетках слюнных желез дрозофилы [33], в эухроматиновых плечах политенных хромосом было выявлено 15 участков, которые более чем в двух третях проанализированных ядер находились в видимом контакте с ядерной оболочкой. Эти участки практически полностью совпадали с районами так называемого «интеркалярного гетерохроматина» [34], которые характеризуются поздней репликацией, недорепликацией в политенных хромосомах, перетяжками, частыми разрывами, частыми эктопическими контактами и рядом других свойств. Участки контакта хромосом с ядерной оболочкой в значительной степени совпадали в политенных ядрах слюнных и проторакальных желез, но отличались от

таковых в средней кишке [35]. Таким образом, места контакта хромосом с ядерной оболочкой оказались не строго постоянными, а зависели от типа клеток.

Чтобы выяснить, как места контакта с ядерной оболочкой распределены вдоль хромосом, на клетках ранних эмбрионов дрозофилы была проведена FISH c 32 зондами, равномерно покрывающими 2L хромосому [22]. Оказалось, что 16 исследованных районов в большинстве ядер находятся либо около, либо на ядерной оболочке. То есть по меньшей мере 75 районов генома дрозофилы контактировали с ядерной оболочкой.

Чтобы на молекулярном уровне идентифицировать районы хромосом, контактирующие с ядерной ламиной, был применен метод DamID [1]. В эмбриональных клетках Kc дрозофилы [36] или в клетках фибробластов человека [2] экспрессировали слитный белок, состоящий из ДНК-аденин-метилтрансферазы (Dam) E. coli и ламина Dm0 дрозофилы или ламина B1 человека, соответственно. Присутствие ламина определяло встраивание слитного белка в ядерную ламину. При этом Dam-метилаза метилировала аденин в GATC последовательности ДНК, находящейся в непосредственной близости от ядерной ламины. Для нивелирования различий в доступности ДНК к метилированию, вызванной разной плотностью упаковки хроматина, в контрольном эксперименте использовали конструкцию, экспрессирующую одну Dam-метилазу. Она равномерно распределялась по объему ядра и метилировала те или иные участки генома в соответствии со степенью доступности их хроматина. Отношение степени метилирования в опыте (Dam-Lam) к контролю (Dam), большее чем единица, свидетельствовало о более частых контактах с ядерной ламиной данного участка по сравнению с теми, для которых оно было меньше единицы. Следует отметить, что, в отличие от метода ChIP, чувствительность метода DamID такова, что позволяет детектировать даже одиночные случаи контакта хроматина с ядерной ламиной, произошедшие между двумя клеточными делениями [37]. Поэтому определенные этим методом положительные значения профиля ламина не свидетельствует о постоянном контакте данного района с ядерной ламиной, а указывает лишь на более частый контакт этого района, по сравнению с какими-либо другими. При этом сам контакт может быть достаточно редким событием.

Применение метода DamID с последующим количественным определением степени метилирования гибридизацией с кДНК на микроэрреях, содержащих примерно 60% генов дрозофилы, позволило идентифицировать около 500 генов, которые преимущественно контактировали с ламином Dm0 в эмбриональной культуре клеток Kc167 дрозофилы [36]. Оказалось, что выявленные гены расположены в районах, в той или иной степени совпадающих с участками политенных хромосом, предпочтительно связывающихся с ядерной оболочкой по данным работ [33,35,38]. Контактирующие с ламином Dm0 гены, за

редкими исключениями, не экспрессировались в клетках Кс167 и являлись поздне-реплицирующимися, а их хроматин был заметно обеднен ацетилированными и Н3К4-метилированными модификациями гистонов [36].

Позже, с использованием аналогичного подхода и полногеномных олигонуклеотидных микроэрреев, в фибробластах человека было выявлено около 1300 ЛАДов - районов генома, которые на всем своем протяжении находятся в преимущественном контакте с ядерной ламиной [2]. Величина ЛАДов варьировала от 100 т.п.н. до 10 м.п.н. при медианном размере около 550 т.п.н. При этом в совокупности ЛАДы покрывали около 40% генома человека. Следует отметить, что при идентификации ЛАДов был применен алгоритм, в рамках которого в ЛАДы попали только 75% районов с повышенным связыванием ламина и не попали протяженные районы, имеющие повышенное связывание, но при этом - плавный, а не четкий переход к более слабому связыванию на одной из границ, а также, короткие районы с повышенным связыванием ламина.

В ЛАДах млекопитающих находились преимущественно «молчащие» гены (средний уровень транскрипции генов в ЛАДах был на порядок ниже, чем в остальной части генома), хотя отдельные гены, находясь в ЛАДах, и имели заметный уровень экспрессии [2]. Авторы обнаружили сильную обедненность промоторов генов, находящихся в ЛАДах, модификацией гистонов Н3К4те2 и РНК-полимеразой II. Кроме того, хроматин в ЛАДах был обогащен модификациями Н3К27те3 и Н3К9те2, указывающими на возможную репрессию транскрипции генов, находящихся в этих хроматиновых доменах. Плотность распределения генов в ЛАДах оказалась в 2 раза ниже, чем в остальной части генома, т.е. ЛАДы в значительной степени перекрывались с районам так называемых «генных пустынь».

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Шевелев Юрий Ясенович, 2025 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. van Steensel B., Henikoff S. Identification of in vivo DNA targets of chromatin proteins using tethered dam methyltransferase // Nat. Biotechnol. - 2000. - V. 18. - P. 424-428.

2. Guelen L., Pagie L., Brasset E., Meuleman W., Faza M.B., Talhout. W, Eussen B.H., de Klein A., Wessels L., de Laat W., van Steensel B. Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions // Nature. - 2008. - V. 453. - P. 948-951.

3. van Bemmel J.G., Pagie L., Braunschweig U., Brugman W., Meuleman W., Kerkhoven R.M., van Steensel B. The insulator protein SU(HW) fine-tunes nuclear lamina interactions of the Drosophila genome // PLoS One. - 2010. - V. 5. - P. e15013.

4. Osmanagic-Myers S., Foisner R. The structural and gene expression hypotheses in laminopathic diseases-not so different after all // Mol. Biol. Cell. - 2019. - V. 30. - P. 17861790.

5. Melcer S., Gruenbaum Y., Krohne G. Invertebrate lamins // Exp. Cell Res. - 2007. - V. 313 P.2157-2166.

6. Prokocimer M., Davidovich M., Nissim-Rafinia M., Wiesel-Motiuk N., Bar D., Barkan R., Meshorer E., Gruenbaum Y. Nuclear lamins: key regulators of nuclear structure and activities // J. Cell. Mol. Med. - 2009. - V. 13 - P. 1059-1085.

7. Shevelyov Y.Y., Ulianov S.V. The nuclear lamina as an organizer of chromosome architecture // Cells. - 2019. - V. 8. - P. 136.

8. Schirmer E.C., Foisner R. Proteins that associate with lamins: many faces, many functions // Exp. Cell. Res. - 2007. - V. 313. - P. 2167-2179.

9. Höger T.H., Krohne G., Kleinschmidt J.A. Interaction of Xenopus lamins A and LII with chromatin in vitro mediated by a sequence element in the carboxyterminal domain // Exp. Cell Res. - 1991. - V.197. - P. 280-289.

10. Glass C.A., Glass J.R., Taniura H., Hasel K.W., Blevitt J.M., Gerace L. The alpha-helical rod domain of human lamins A and C contains a chromatin binding site // EMBO J. - 1993. - V. 12 - P.4413-4424.

11. Luderus M.E., den Blaauwen J.L., de Smit O.J., Compton D.A., van Driel R. Binding of matrix attachment regions to lamin polymers involves single-stranded regions and the minor groove // Mol. Cell. Biol. - 1994. - V. 14. - P. 6297-6305.

12. Goldberg M., Harel A., Brandeis M., Rechsteiner T., Richmond T.J., Weiss A.M., Gruenbaum Y. The tail domain of lamin Dm0 binds histones H2A and H2B // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - V. 96. - P. 2852-2857.

13. Stierle V., Couprie J., Ostlund C., Krimm I., Zinn-Justin S., Hossenlopp P., Worman H.J., Courvalin J.C., Duband-Goulet I. The carboxyl-terminal region common to lamins A and C contains a DNA binding domain // Biochemistry. - 2003. - V. 42 - P. 4819-4828.

14. Foisner R., Gerace L. Integral membrane proteins of the nuclear envelope interact with lamins and chromosomes, and binding is modulated by mitotic phosphorylation // Cell. - 1993. - V. 73 - P.1267-1279.

15. Furukawa K., Glass C., Kondo T. Characterization of the chromatin binding activity of lamina-associated polypeptide (LAP) 2 // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1997. - V. 238

- P.240-246.

16. Polioudaki H., Kourmouli N., Drosou V., Bakou A., Theodoropoulos P.A., Singh P.B., Giannakouros T., Georgatos S.D. Histones H3/H4 form a tight complex with the inner nuclear membrane protein LBR and heterochromatin protein 1 // EMBO Rep. - 2001. - V. 2. - P. 920-925.

17. Dechat T., Gajewski A., Korbei B., Gerlich D., Daigle N., Haraguchi T., Furukawa K., Ellenberg J., Foisner R. LAP2alpha and BAF transiently localize to telomeres and specific regions on chromatin during nuclear assembly // J. Cell Sci. - 2004. - V. 117. - P. 6117-6128.

18. Makatsori D., Kourmouli N., Polioudaki H., Shultz L.D., McLean K., Theodoropoulos P.A., Singh P.B., Georgatos S.D. The inner nuclear membrane protein lamin B receptor forms distinct microdomains and links epigenetically marked chromatin to the nuclear envelope // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 279. - P. 25567-25573.

19. Dauer W.T., Worman H.J. The nuclear envelope as a signaling node in development and disease // Dev. Cell. - 2009. - V. 17. - P. 626-638.

20. Belmont A.S., Zhai Y., Thilenius A. Lamin B distribution and association with peripheral chromatin revealed by optical sectioning and electron microscopy tomography // J. Cell Biol.

- 1993. - V. 123. - P. 1671-1685.

21. Schermelleh L., Carlton P.M., Haase S., Shao L., Winoto L., Kner P., Burke B., Cardoso M.C., Agard D.A., Gustafsson M.G., Leonhardt H., Sedat J.W. Subdiffraction multicolor imaging of the nuclear periphery with 3D structured illumination microscopy // Science. - 2008. - V. 320. - P. 1332-1336.

22. Marshall W.F., Dernburg A.F., Harmon B., Agard D.A., Sedat J.W. Specific interactions of chromatin with the nuclear envelope: positional determination within the nucleus in Drosophila melanogaster // Mol. Biol. Cell. - 1996. - V. 7. - P. 825-842.

23. Croft J.A., Bridger J.M., Boyle S., Perry P., Teague P., Bickmore W.A. Differences in the localization and morphology of chromosomes in the human nucleus // J. Cell Biol. - 1999. -V. 145. - P. 1119-1131.

24. Boyle S., Gilchrist S., Bridger J.M., Mahy N.L., Ellis J.A., Bickmore W.A. The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells // Hum. Mol. Genet. - 2001. - V. 10. - P. 211-219.

25. Bolzer A., Kreth G., Solovei I., Koehler D., Saracoglu K., Fauth C., Muller S., Eils R., Cremer C., Speicher M.R., et al. Three dimensional maps of all chromosomes in human male fibroblast nuclei and prometaphase rosettes // PLoS Biol. - 2005. - V. 3. - P. e157.

26. Cremer T., Cremer M. Chromosome territories // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. - 2010. -V. 2. - P. a003889.

27. Saccone S., Federico C., Bernardi G. Localization of the gene-richest and the gene-poorest isochores in the interphase nuclei of mammals and birds // Gene. - 2002. - V. 300. - P. 169178.

28. Küpper K., Kölbl A., Biener D., Dittrich S., von Hase J., Thormeyer T., Fiegler H., Carter N.P., Speicher M.R., Cremer T., et al. Radial chromatin positioning is shaped by local gene density, not by gene expression // Chromosoma. - 2007. - V. 116. - P. 285-306.

29. Shopland L.S., Lynch C.R., Peterson K.A., Thornton K., Kepper N., Hase J., Stein S., Vincent S., Molloy K.R., Kreth G., et al. Folding and organization of a contiguous chromosome region according to the gene distribution pattern in primary genomic sequence // J. Cell. Biol. 2006.

- V. 174. P. 27-38.

30. Federico C., Cantarella C.D., Di Mare P., Tosi S., Saccone S. The radial arrangement of the human chromosome 7 in the lymphocyte cell nucleus is associated with chromosomal band gene density // Chromosoma. - 2008. - V. 117. - P. 399-410.

31. Solovei I., Kreysing M., Lanctöt C., Kösem S., Peichl L., Cremer T., Guck J., Joffe B. Nuclear architecture of rod photoreceptor cells adapts to vision in mammalian evolution // Cell. - 2009.

- V. 137. - P. 356-368.

32. Comings D.E. The rationale for an ordered arrangement of chromatin in the interphase nucleus // Am. J. Hum. Genet. - 1968. - V. 20. - P. 440-460.

33. Hochstrasser M., Mathog D., Gruenbaum Y., Saumweber H., Sedat J.W. Spatial organization of chromosomes in the salivary gland nuclei of Drosophila melanogaster // J. Cell Biol. -

1986. - V. 102. - P. 112-123.

34. Zhimulev I.F., Semeshin V.F., Kulichkov V.A., Belyaeva E.S. Intercalary heterochromatin in Drosophila. I. Localization and general characteristics // Chromosoma. - 1982. - V. 87. - P. 197-228.

35. Hochstrasser M., Sedat J.W. Three-dimensional organization of Drosophila melanogaster interphase nuclei. II. Chromosome spatial organization and gene regulation // J. Cell Biol. -

1987. - V. 104. - P. 1471-1483.

36. Pickersgill H., Kalverda B., de Wit E., Talhout W., Fornerod M., van Steensel B. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina // Nat. Genet. - 2006. - V. 38. - P. 1005-1014.

37. Greil F., Moorman C., van Steensel B. DamID: mapping of in vivo protein-genome interactions using tethered DNA adenine methyltransferase. Methods Enzymol. - 2006. - V. 410. - P. 342-359.

38. Mathog D., Sedat J.W. The three-dimensional organization of polytene nuclei in male Drosophila melanogaster with compound XY or ring X chromosomes // Genetics. - 1989. -V. 121. - P. 293-311.

39. Peric-Hupkes D., Meuleman W., Pagie L., Bruggeman S.W., Solovei I., Brugman W., Gräf S., Flicek P., Kerkhoven R.M., van Lohuizen M., Reinders M., Wessels L., van Steensel B. Molecular maps of the reorganization of genome-nuclear lamina interactions during differentiation // Mol. Cell. - 2010. - V. 38. P. 603-613.

40. Tumbar T., Belmont A.S. Interphase movements of a DNA chromosome region modulated by VP16 transcriptional activator // Nat. Cell. Biol. - 2001. - V. 3. - P. 134-139.

41. Walter J., Schermelleh L., Cremer M., Tashiro S., Cremer T. Chromosome order in HeLa cells changes during mitosis and early G1, but is stably maintained during subsequent interphase stages // J. Cell Biol. - 2003. - V. 160. - P. 685-697.

42. Thomson I., Gilchrist S., Bickmore W.A., Chubb J.R. The radial positioning of chromatin is not inherited through mitosis but is established de novo in early G1 // Curr. Biol. - 2004. - V. 14. - P. 166-172.

43. Pindyurin A.V., Ilyin A.A., Ivankin A.V., Tselebrovsky M.V., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Pagie L., van Steensel B., Shevelyov Y.Y. The large fraction of heterochromatin in Drosophila neurons is bound by both B-type lamin and HP1a // Epigenetics Chromatin. -2018. - V. 11. - P. 65.

44. Ilyin A.A., Kononkova A.D., Golova A.V., Shloma V.V., Olenkina O.M., Nenasheva V.V., Abramov Y.A., Kotov A.A., Maksimov D.A., Laktionov P.P., et al. Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila // Nucleic Acids Res. - 2022. - V. 50. - P. 3203-3225.

45. Cohen B.A., Mitra R.D., Hughes J.D., Church G.M. A computational analysis of whole-genome expression data reveals chromosomal domains of gene expression // Nat. Genet. -2000. - V. 26. - P. 183-186.

46. Caron H., van Schaik B., van der Mee M., Baas F., Riggins G., van Sluis P., Hermus M.C., van Asperen R., Boon K., Voûte P.A., et al. The human transcriptome map: clustering of

highly expressed genes in chromosomal domains // Science. - 2001. - V. 291. - P. 12891292.

47. Boutanaev A.M., Kalmykova A.I., Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. Large clusters of co-expressed genes in the Drosophila genome // Nature. - 2002. - V. 420. - P. 666-669.

48. Lercher M.J., Urrutia A.O., Hurst L.D. Clustering of housekeeping genes provides a unified model of gene order in the human genome // Nat. Genet. - 2002. - V. 31. - P. 180-183.

49. Roy P.J., Stuart J.M., Lund J., Kim S.K. Chromosomal clustering of muscle-expressed genes in Caenorhabditis elegans // Nature. - 2002. - V. 418. - P. 975-979.

50. Spellman P.T., Rubin G.M. Evidence for large domains of similarly expressed genes in the Drosophila genome // J. Biol. - 2002. - V. 1. - P. 5.

51. Ueda H.R., Matsumoto A., Kawamura M., Iino M., Tanimura T., Hashimoto S. Genome-wide transcriptional orchestration of circadian rhythms in Drosophila // J. Biol. Chem. - 2002. - V. 277. - P. 14048-14052.

52. Miller M.A., Cutter A.D., Yamamoto I., Ward S., Greenstein D. Clustered organization of reproductive genes in the C. elegans genome // Curr. Biol. - 2004. - V. 14. - P. 1284-1290.

53. Williams E.J., Bowles D.J. Coexpression of neighboring genes in the genome of Arabidopsis thaliana // Genome Res. - 2004. - V. 14. - P. 1060-1067.

54. Kalmykova A.I., Nurminsky D.I., Ryzhov D.V., Shevelyov Y.Y. Regulated chromatin domain comprising cluster of co-expressed genes in Drosophila melanogaster // Nucleic Acids Res. - 2005. - V. 33. - P. 1435-1444.

55. Nelander S., Larsson E., Kristiansson E., Mansson R., Nerman O., Sigvardsson M., Mostad P., Lindahl P. Predictive screening for regulators of conserved functional gene modules (gene batteries) in mammals // BMC Genomics. - 2005. - V. 6. - P. 68.

56. Singer G.A., Lloyd A.T., Huminiecki L.B., Wolfe K.H. Clusters of coexpressed genes in mammalian genomes are conserved by natural selection // Mol. Biol. Evol. - 2005. - V. 22. -P.767-775.

57. Vogel J.H., von Heydebreck A., Purmann A., Sperling S. Chromosomal clustering of a human transcriptome reveals regulatory background // BMC Bioinformatics. - 2005. - V. 6. - P. 230.

58. Semon M., Duret L. Evolutionary origin and maintenance of coexpressed gene clusters in mammals // Mol. Biol. Evol. - 2006. - V. 23. - P. 1715-1723.

59. Versteeg R., van Schaik B.D., van Batenburg M.F., Roos M., Monajemi R., Caron H., Bussemaker H.J., van Kampen A.H. The human transcriptome map reveals extremes in gene density, intron length, GC content, and repeat pattern for domains of highly and weakly expressed genes // Genome Res. - 2003. - V. 13. - P. 1998-2004.

60. Göetze S., Mateos-Langerak J., Gierman H.J., de Leeuw W., Giromus O., Indemans M.H.G., Koster J., Ondrej V., Versteeg R., van Driel R. The three-dimensional structure of human interphase chromosomes is related to the transcriptome map // Mol. Cell. Biol. - 2007. - V. 27. - P. 4475-4487.

61. Pauler F.M., Sloane M.A., Huang R., Regha K., Koerner M.V., Tamir I., Sommer A., Aszodi A., Jenuwein T., Barlow D.P. H3K27me3 forms BLOCs over silent genes and intergenic regions and specifies a histone banding pattern on a mouse autosomal chromosome // Genome Res. - 2009. - V. 19. - P. 221-233.

62. Wen B., Wu H., Shinkai Y., Irizarry R.A., Feinberg A.P. Large histone H3 lysine 9 dimethylated chromatin blocks distinguish differentiated from embryonic stem cells // Nat. Genet. - 2009. - V. 41. - P. 246-250.

63. Schwartz Y.B., Kahn T.G., Nix D.A., Li X.Y., Bourgon R., Biggin M., Pirrotta V. Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster // Nat. Genet. - 2006. - V. 38. - P.700-705.

64. Gilbert D.M. Replication timing and transcriptional control: beyond cause and effect // Curr. Opin. Cell. Biol. - 2002. - V. 14. - P. 377-383.

65. MacAlpine D.M., Rodriguez H.K., Bell S.P. Coordination of replication and transcription along a Drosophila chromosome // Genes Dev. - 2004. - V. 18. - P. 3094-3105.

66. White E.J., Emanuelsson O., Scalzo D., Royce T., Kosak S., Oakeley E.J., Weissman S., Gerstein M., Groudine M., Snyder M., et al. DNA replication-timing analysis of human chromosome 22 at high resolution and different developmental states // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V. 101. - P. 17771-17776.

67. Woodfine K., Fiegler H., Beare D.M., Collins J.E., McCann O.T., Young B.D., Debernardi S., Mott R., Dunham I., Carter N.P. Replication timing of the human genome // Hum. Mol. Genet. - 2004. - V. 13. - P. 191-202.

68. Hiratani I., Ryba T., Itoh M., Yokochi T., Schwaiger M., Chang C.-W., Lyou Y., Townes T.M., Schübeler D., Gilbert D.M. Global reorganization of replication domains during embryonic stem cell differentiation // PLoS Biology. - 2008. - V. 6. - P. e245.

69. Schwaiger M., Stadler M.B., Bell O., Kohler H., Oakeley E.J., Schübeler D. Chromatin state marks cell-type- and gender-specific replication of the Drosophila genome // Genes Dev. -2009. - V. 23. - P. 589-601.

70. Hiratani I., Ryba T., Itoh M., Rathjen J., Kulik M., Papp B., Fussner E., Bazett-Jones D.P., Plath K., Dalton S., et al. Genome-wide dynamics of replication timing revealed by in vitro models of mouse embryogenesis // Genome Res. - 2010. - V. 20. - P. 155-169.

71. Ryba T., Hiratani I., Lu J., Itoh M., Kulik M., Zhang J., Schulz T.C., Robins A.J., Dalton S., Gilbert D.M. Evolutionarily conserved replication timing profiles predict long-range chromatin interactions and distinguish closely related cell types // Genome Res. - 2010. - V. 20. - P. 761-770.

72. Linnemann A.K., Krawetz S.A. Silencing by nuclear matrix attachment distinguishes celltype specificity: association with increased proliferation capacity // Nucleic Acids Res. -2009. - V. 37. - P. 2779-2788.

73. Venter C.J., Adams M.D., Myers E.W., Li P.W., Mural R.J., Sutton G.G., Smith H.O., Yandell M., Evans C.A., Holt R.A., et al. The sequence of the human genome // Science. - 2001. - V. 291. - P. 1304-1351.

74. Sadoni N., Langer S., Fauth C., Bernardi G., Cremer T., Turner B.M., Zink D. Nuclear organization of mammalian genomes. Polar chromosome territories build up functionally distinct higher order compartments // J. Cell Biol. - 1999. - V. 146. - P. 1211-1226.

75. Shevelyov Y.Y., Lavrov S.A., Mikhaylova L.M., Nurminsky I.D., Kulathinal R.J., Egorova K.S., Rozovsky Y.M., Nurminsky D.I. The B-type lamin is required for somatic repression of testis-specific gene clusters // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 3282-3287.

76. Gierman H.J., Indemans M.H.G., Koster J., Göetze S., Seppen J., Geerts D., van Driel R., Versteeg R. Domain-wide regulation of gene expression in the human genome // Genome Res.

- 2007. - V. 17. - P. 1286-1295.

77. Akhtar W., de Jong J., Pindyurin A.V., Pagie L., Meuleman W., de Ridder J., Berns A., Wessels L.F., van Lohuizen M., van Steensel B. Chromatin position effects assayed by thousands of reporters integrated in parallel // Cell. - 2013. - V. 154. - P. 914-927.

78. Corrales M., Rosado A., Cortini R., van Arensbergen J., van Steensel B., Filion G.J. Clustering of Drosophila housekeeping promoters facilitates their expression // Genome Res. - 2017. -V. 27. - P. 1153-1161.

79. Filion G.J., van Steensel B. Reassessing the abundance of H3K9me2 chromatin domains in embryonic stem cells // Nat. Genet. - 2010. - V. 42. - P. 4.

80. Wen B., Wu H., Shinkai Y., Irizarry R.A., Feinberg A.P. Reassessing the abundance of H3K9me2 chromatin domains in embryonic stem cells. Authors reply // Nat. Genet. - 2010.

- V. 42. - P. 5-6.

81. Ferreira J., Paolella G., Ramos C., Lamond A.I. Spatial organization of large-scale chromatin domains in the nucleus: a magnified view of single chromosome territories // J. Cell Biol. -1997. - V. 139. - P. 1597-1610.

82. Andrulis E.D., Neiman A.M., Zappulla D.C., Sternglanz R. Perinuclear localization of chromatin facilitates transcriptional silencing // Nature. - 1998. - V. 394. - P. 592-595.

83. Reddy K.L., Zullo J.M., Bertolino E., Singh H. Transcriptional repression mediated by repositioning of genes to the nuclear lamina // Nature. - 2008. - V. 452. - P. 243-247.

84. Finlan L.E., Sproul D., Thomson I., Boyle S., Kerr E., Perry P., Ylstra B., Chubb J.R., Bickmore W.A. Recruitment to the nuclear periphery can alter expression of genes in human cells // PLoS Genet. - 2008. - V. 4. - P. e1000039.

85. Kumaran R.I., Spector D.L. A genetic locus targeted to the nuclear periphery in living cells maintains its transcriptional competence // J. Cell Biol. - 2008. - V. 180. - P. 51-65.

86. Leemans C., van der Zwalm M.C.H., Brueckner L., Comoglio F., van Schaik T., Pagie L., van Arensbergen J., van Steensel B. Promoter-intrinsic and local chromatin features determine gene repression in LADs // Cell. - 2019. - V. 177. - P. 852-864.e14.

87. Ulianov S.V., Doronin S.A., Khrameeva E.E., Kos P.I., Luzhin A.V., Starikov S.S., Galitsyna A.A., Nenasheva V.V., Ilyin A.A., Flyamer I.M., et al. Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila // Nat. Commun. - 2019. - V. 10.

- P. 1176.

88. Kind J., Pagie L., Ortabozkoyun H., Boyle S., de Vries S.S., Janssen H., Amendola M., Nolen L.D., Bickmore W.A., van Steensel B. Single-cell dynamics of genome-nuclear lamina interactions // Cell. - 2013. - V. 153. - P. 178-192.

89. Kind J., Pagie L., de Vries S.S., Nahidiazar L., Dey S.S., Bienko M., Zhan Y., Lajoie B., de Graaf C.A., Amendola M., et al. Genome-wide maps of nuclear lamina interactions in single human cells // Cell. - 2015. - V. 163. - P. 134-147.

90. Zink D., Amaral M.D., Englmann A., Lang S., Clarke L.A., Rudolph C., Alt F., Luther K., Braz C., Sadoni N., et al. Transcription-dependent spatial arrangements of CFTR and adjacent genes in human cell nuclei // J. Cell Biol. - 2004. - V. 166. - P. 815-825.

91. Somech R., Shaklai S., Geller O., Amariglio N., Simon A.J., Rechavi G., Gal-Yam E.N. The nuclear-envelope protein and transcriptional repressor LAP2ß interacts with HDAC3 at the nuclear periphery, and induces histone H4 deacetylation // J. Cell Sci. - 2005. - V. 118. - P. 4017-4025.

92. Holaska J.M., Wilson K.L. An emerin "proteome": purification of distinct emerin-containing complexes from HeLa cells suggests molecular basis for diverse roles including gene regulation, mRNA splicing, signaling, mechanosensing, and nuclear architecture // Biochem.

- 2007. - V. 46. - P. 8897-8908.

93. Yokochi T., Poduch K., Ryba T., Lu J., Hiratani I., Tachibana M., Shinkai Y., Gilbert D.M. G9a selectively represses a class of late-replicating genes at the nuclear periphery // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 19363-19368.

94. Kosak S.T., Skok J.A., Medina K.L., Riblet R., Le Beau M.M., Fisher A.G., Singh H. Subnuclear compartmentalization of immunoglobulin loci during lymphocyte development // Science. - 2002. - V. 296. - P. 158-162.

95. Ragoczy T., Bender M.A., Telling A., Byron R., Groudine M. The locus control region is required for association of the murine beta-globin locus with engaged transcription factories during erythroid maturation // Genes Dev. - 2006. - V. 20. - P. 1447-1457.

96. Lee H.Y., Johnson K.D., Boyer M.E., Bresnick E.H. Relocalizing genetic loci into specific subnuclear neighborhoods // J. Biol. Chem. - 2011. - V. 286. - P. 18834-18844.

97. Szczerbal I., Foster H.A., Bridger J.M. The spatial repositioning of adipogenesis genes is correlated with their expression status in a porcine mesenchymal stem cell adipogenesis model system // Chromosoma. - 2009. - V. 118. - P. 647-663.

98. Williams R.R., Azuara V., Perry P., Sauer S., Dvorkina M., J0rgensen H., Roix J., McQueen P., Misteli T., Merkenschlager M., Fisher A.G. Neural induction promotes large-scale chromatin reorganisation of the Mash1 locus // J. Cell Sci. - 2006. - V. 119. - P. 132-140.

99. Meister P., Towbin B.D., Pike B.L., Ponti A., Gasser S.M. The spatial dynamics of tissue-specific promoters during C. elegans development // Genes Dev. - 2010. - V. 24. - P. 766782.

100.Ballester M., Kress C., Hue-Beauvais C., Kieu K., Lehmann G., Adenot P., Devinoy E. The nuclear localization of WAP and CSN genes is modified by lactogenic hormones in HC11 cells // J. Cell Biochem. - 2008. - V. 105. - P. 262-270.

101.Dietzel S., Zolghadr K., Hepperger C., Belmont A.C. Differential large-scale chromatin compaction and intranuclear positioning of transcribed versus nontranscribed transgene arrays containing ß-globin regulatory sequences // J. Cell Sci. - 2004. - V. 117. - P. 4603-4614.

102.Chuang C.H., Carpenter A.E., Fuchsova B., Johnson T., de Lanerolle P., Belmont A.S. Longrange directional movement of an interphase chromosome site // Curr. Biol. - 2006. - V. 16. - P. 825-831.

103.Hewitt S.L., High F.A., Reiner S.L., Fisher A.G., Merkenschlager M. Nuclear repositioning marks the selective exclusion of lineage-inappropriate transcription factor loci during T helper cell differentiation // Eur. J. Immunol. - 2004. - V. 34. - P. 3604-3613.

104.Brueckner L., Zhao P.A., van Schaik T., Leemans C., Sima J., Peric-Hupkes D., Gilbert D.M., van Steensel B. Local rewiring of genome-nuclear lamina interactions by transcription // EMBO J. - 2020. - V. 39. - P. e103159.

105.Kohwi M., Lupton J.R., Lai S.L., Miller M.R., Doe C.Q. Developmentally regulated subnuclear genome reorganization restricts neural progenitor competence in Drosophila // Cell. - 2013. - V. 152. - P. 97-108.

106.Malhas A.N., Lee C.F., Vaux D.J. Lamin B1 controls oxidative stress responses via Oct-1 //

J. Cell Biol. - 2009. - V. 184. - P. 45-55. 107.Solovei I., Wang A.S., Thanisch K., Schmidt C.S., Krebs S., Zwerger M., Cohen T.V., Devys D., Foisner R., Peichl L., et al. LBR and lamin A/C sequentially tether peripheral heterochromatin and inversely regulate differentiation // Cell. - 2013. - V. 152. - P. 584-598.

108.Zheng X., Kim Y., Zheng Y. Identification of lamin B-regulated chromatin regions based on chromatin landscapes // Mol. Biol. Cell. - 2015. - V. 26. - P. 2685-2697.

109.Zheng X., Hu J., Yue S., Kristiani L., Kim M., Sauria M., Taylor J., Kim Y., Zheng Y. Lamins organize the global three-dimensional genome from the nuclear periphery // Mol. Cell. - 2018.

- V. 71. - P. 802-815.e7.

110.Lenz-Böhme B., Wismar J., Fuchs S., Reifegerste R., Buchner E., Betz H., Schmitt B. Insertional mutation of the Drosophila nuclear lamin Dm0 gene results in defective nuclear envelopes, clustering of nuclear pore complexes, and accumulation of annulate lamellae // J. Cell Biol. - 1997. - V. 137. - P. 1001-1016.

111.Ibarra A., Benner C., Tyagi S., Cool J., Hetzer M.W. Nucleoporin-mediated regulation of cell identity genes // Genes Dev. - 2016. - V. 30. - P. 2253-2258.

112.Ye Q., Worman H.J. Interaction between an integral protein of the nuclear envelope inner membrane and human chromodomain proteins homologous to Drosophila HP1 // J. Biol. Chem. - 1996. - V. 271. - P. 14653-14656.

113.Hirano Y., Hizume K., Kimura H., Takeyasu K., Haraguchi T., Hiraoka Y. Lamin B receptor recognizes specific modifications of histone H4 in heterochromatin formation // J. Biol. Chem.

- 2012. - V. 287. - P. 42654-42663.

114.Lukasova E., Kovarik A., Bacikova A., Falk M., Kozubek S. Loss of lamin B receptor is necessary to induce cellular senescence // Biochem. J. - 2017. - V. 474. - P. 281-300.

115.Zuleger N., Boyle S., Kelly D.A., de las Heras J.I., Lazou V., Korfali N., Batrakou D.G., Randles K.N., Morris G.E., Harrison D.J., Bickmore W.A., Schirmer E.C. Specific nuclear envelope transmembrane proteins can promote the location of chromosomes to and from the nuclear periphery // Genome Biol. - 2013. - V. 14. - P. R14.

116.Robson M.I., de Las Heras J.I., Czapiewski R., Le Thanh P., Booth D.G., Kelly D.A., Webb S., Kerr A.R.W., Schirmer E.C. Tissue-specific gene repositioning by muscle nuclear membrane proteins enhances repression of critical developmental genes during myogenesis // Mol. Cell. - 2016. - V. 62. - P. 834-847.

117.Zullo J.M., Demarco I.A., Pique-Regi R., Gaffney D.J., Epstein C.B., Spooner C.J., Luperchio T.R., Bernstein B.E., Pritchard J.K., Reddy K.L., Singh H. DNA sequence-dependent

compartmentalization and silencing of chromatin at the nuclear lamina // Cell. - 2012. - V. 149. - P. 1474-1487.

118.Poleshko A., Shah P.P., Gupta M., Babu A., Morley M.P., Manderfield L.J., Ifkovits J.L., Calderon D., Aghajanian H., Sierra-Pagan J.E., et al. Genome-nuclear lamina interactions regulate cardiac stem cell lineage restriction // Cell. - 2017. - V. 171. - P. 573-587.e14.

119.Milon B.C., Cheng H., Tselebrovsky M.V., Lavrov S.A., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. Role of histone deacetylases in gene regulation at nuclear lamina // PLoS One. - 2012. - V. 7. - P. e49692.

120.Poleshko A., Mansfield K.M., Burlingame C.C., Andrake M.D., Shah N.R., Katz R.A. The human protein PRR14 tethers heterochromatin to the nuclear lamina during interphase and mitotic exit // Cell Rep. - 2013. - V. 5. - P. 292-301.

121.Gonzalez-Sandoval A., Towbin B.D., Kalck V., Cabianca D.S., Gaidatzis D., Hauer M.H., Geng L., Wang L., Yang T., Wang X., et al. Perinuclear anchoring of H3K9-methylated chromatin stabilizes induced cell fate in C. elegans embryos // Cell. - 2015. - V. 163. - P. 1333-1347.

122.Imai S., Nishibayashi S., Takao K., Tomifuji M., Fujino T., Hasegawa M., Takano T. Dissociation of Oct-1 from the nuclear peripheral structure induces the cellular aging-associated collagenase gene expression // Mol. Biol. Cell. - 1997. - V. 8. - P. 2407-2419.

123.TherizolsP., Illingworth R.S., Courilleau C., Boyle S., Wood A.J., Bickmore W.A. Chromatin decondensation is sufficient to alter nuclear organization in embryonic stem cells // Science. - 2014. - V. 346. - P. 1238-1242.

124. Sutherland H., Bickmore W.A. Transcription factories: gene expression in unions // Nat. Rev. Genet. - 2009. - V. 10. - P. 457-466.

125.Dundr M., Ospina J.K., Sung M.H., John S., Upender M., Ried T., Hager G.L., Matera A G. Actin-dependent intranuclear repositioning of an active gene locus in vivo // J. Cell Biol. -2007. - V. 179. - P. 1095-1103.

126.Hu Q., Kwon Y.-S., Nunez E., Cardamone M.D., Hutt K.R., Ohgi K.A., Garcia-Bassets I., Rose D.W., Glass C.K., Rosenfeld M.G., et al. Enhancing nuclear receptor-induced transcription requires nuclear motor and LSD1-dependent gene networking in interchromatin granules // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - V. 105. - P. 19199-19204.

127.Mehta I.S., Amira M., Harvey A.J., Bridger J.M. Rapid chromosome territory relocation by nuclear motor activity in response to serum removal in primary human fibroblasts // Genome Biol. - 2010. - V. 11. - P. R5.

128.Kiseleva E., Drummond S.P., Goldberg M.W., Rutherford S.A., Allen T.D., Wilson K.L. Actin- and protein-4.1-containing filaments link nuclear pore complexes to subnuclear organelles in Xenopus oocyte nuclei // J. Cell Sci. - 2004. - V. 117. - P. 2481-2490.

129.Wang A., Kolhe J.A., Gioacchini N., Baade I., Brieher W.M., Peterson C.L., Freeman B.C. Mechanism of long-range chromosome motion triggered by gene activation // Dev. Cell. -2020. - V. 52. - P. 309-320.e5.

130.Criscione S.W., Teo Y.V., Neretti N. The chromatin landscape of cellular senescence / Trends Genet. - 2016. - V. 32. - P. 751-761.

131.Narita M., Nünez S., Heard E., Narita M., Lin A.W., Hearn S.A., Spector D.L., Hannon G.J., Lowe S.W. Rb-mediated heterochromatin formation and silencing of E2F target genes during cellular senescence // Cell. - 2003. - V. 113. - P. 703-716.

132.Zhang R., Chen W., Adams P.D. Molecular dissection of formation of senescence-associated heterochromatin foci // Mol. Cell. Biol. - 2007. - V. 27. - P. 2343-2358.

133.Chandra T., Kirschner K., Thuret J.Y., Pope B.D., Ryba T., Newman S., Ahmed K., Samarajiwa S.A., Salama R., Carroll T., et al. Independence of repressive histone marks and chromatin compaction during senescent heterochromatic layer formation // Mol. Cell. - 2012. - V. 47. - P. 203-214.

134.Shimi T., Butin-Israeli V., Adam S.A., Hamanaka R.B., Goldman A.E., Lucas C.A., Shumaker D.K., Kosak S.T., Chandel N.S., Goldman R.D. The role of nuclear lamin B1 in cell proliferation and senescence // Genes Dev. - 2011. - V. 25. - P. 2579-2593.

135.Lenain C., Gusyatiner O., Douma S., van den Broek B., Peeper D.S. Autophagy-mediated degradation of nuclear envelope proteins during oncogene-induced senescence // Carcinogenesis. - 2015. - V. 36. - P. 1263-1274.

136.Chen H., Zheng X., Zheng Y. Age-associated loss of lamin-B leads to systemic inflammation and gut hyperplasia // Cell. - 2014. - V. 159. - P. 829-843.

137.Dreesen O., Chojnowski A., Ong P.F., Zhao T.Y., Common J.E., Lunny D., Lane E.B., Lee S.J., Vardy L.A., Stewart C.L., et al. Lamin B1 fluctuations have differential effects on cellular proliferation and senescence // J. Cell Biol. - 2013. - V. 200. - P. 605-617.

138.Sadaie M., Salama R., Carroll T., Tomimatsu K., Chandra T., Young A.R., Narita M., Perez -Mancera P.A., Bennett D.C., Chong H., et al. Redistribution of the Lamin B1 genomic binding profile affects rearrangement of heterochromatic domains and SAHF formation during senescence // Genes Dev. - 2013. - V. 27. - P. 1800-1808.

139.Shah P.P., Donahue G., Otte G.L., Capell B.C., Nelson D.M., Cao K., Aggarwala V., Cruickshanks H.A., Rai T.S., McBryan T., et al. Lamin B1 depletion in senescent cells triggers

large-scale changes in gene expression and the chromatin landscape // Genes Dev. - 2013. -V. 27. - P. 1787-1799.

140.Lieberman-Aiden E., van Berkum N.L., Williams L., Imakaev M., Ragoczy T., Telling A., Amit I., Lajoie B.R., Sabo P.J., Dorschner M.O., et al. Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome // Science. - 2009. - V. 326. - P. 289-293.

141.Dixon J R., Selvaraj S., Yue F., Kim A., Li Y., Shen Y., Hu M., Liu J.S., Ren B. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions // Nature. -

2012. - V. 485. - P. 376-380.

142.Chandra T., Ewels P.A., Schoenfelder S., Furlan-Magaril M., Wingett S.W., Kirschner K., Thuret J.Y., Andrews S., Fraser P., Reik W. Global reorganization of the nuclear landscape in senescent cells // Cell Rep. - 2015. - V. 10. - P. 471-483.

143.Eriksson M., Brown W.T., Gordon L.B., Glynn M.W., Singer J., Scott L., Erdos M.R., Robbins C.M., Moses T.Y., Berglund P., et al. Recurrent de novo point mutations in lamin A cause Hutchinson-Gilford progeria syndrome // Nature. - 2003. - V. 423. - P. 293-298.

144.Goldman R.D., Shumaker D.K., Erdos M.R., Eriksson M., Goldman A.E., Gordon L.B., Gruenbaum Y., Khuon S., Mendez M., Varga R., et al. Accumulation of mutant lamin A causes progressive changes in nuclear architecture in Hutchinson-Gilford progeria syndrome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V. 101. - P. 8963-8968.

145.Shumaker D.K., Dechat T., Kohlmaier A., Adam S.A., Bozovsky M.R., Erdos M.R., Eriksson M., Goldman A.E., Khuon S., Collins F.S., et al. Mutant nuclear lamin A leads to progressive alterations of epigenetic control in premature aging // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2006. -V. 103. - P. 8703-8708.

146.McCord R.P., Nazario-Toole A., Zhang H., Chines P.S., Zhan Y., Erdos M.R., Collins F.S., Dekker J., Cao K. Correlated alterations in genome organization, histone methylation, and DNA-lamin A/C interactions in Hutchinson-Gilford progeria syndrome // Genome Res. -

2013. - V. 23. - P. 260-269.

147.Solovei I., Thanisch K., Feodorova Y. How to rule the nucleus: divide et impera // Curr. Opin. Cell. Biol. - 2016. - V. 40. - P. 47-59.

148.Hughes A.E., Enright J.M., Myers C.A., Shen S.Q., Corbo J.C. Cell type-specific epigenomic analysis reveals a uniquely closed chromatin architecture in mouse rod photoreceptors // Sci. Rep. - 2017. - V. 7. - P. 43184.

149.Lenain C., de Graaf C.A., Pagie L., Visser N.L., de Haas M., de Vries S.S., Peric-Hupkes D., van Steensel B., Peeper D.S. Massive reshaping of genome-nuclear lamina interactions during oncogene-induced senescence // Genome Res. - 2017. - V. 27. - P. 1634-1644.

150.Falk M., Feodorova Y., Naumova N., Imakaev M., Lajoie B.R., Leonhardt H., Joffe B., Dekker J., Fudenberg G., Solovei I., et al. Heterochromatin drives compartmentalization of inverted and conventional nuclei // Nature. - 2019. - V. 570. - P. 395-399.

151.Cronshaw J.M., Krutchinsky A.N., Zhang W., Chait B.T., Matunis M.J. Proteomic analysis of the mammalian nuclear pore complex // J. Cell Biol. - 2002. - V. 158. - P. 915-927.

152.Brickner J.H., Walter P. Gene recruitment of the activated INO1 locus to the nuclear membrane // PLoS Biol. - 2004. - V. 2. - P. e342.

153.Casolari J.M., Brown C.R., Komili S., West J., Hieronymus H., Silver P.A. Genome-wide localization of the nuclear transport machinery couples transcriptional status and nuclear organization // Cell. - 2004. - V. 117. - P. 427-439.

154.Cabal G.G., Genovesio A., Rodriguez-Navarro S., Zimmer C., Gadal O., Lesne A., Buc H., Feuerbach-Fournier F., Olivo-Marin J.-C., Hurt E.C., Nehrbass U. SAGA interacting factors confine sub-diffusion of transcribed genes to the nuclear envelope // Nature. - 2006. - V. 441. - P. 770-773.

155.Taddei A., Houwe G.V., Hediger F., Kalck V., Cubizolles F., Schober H., Gasser S M. Nuclear pore association confers optimal expression levels for an inducible yeast gene // Nature. - 2006. - V. 441. - P. 774-778.

156.Brown C.R., Kennedy C.J., Delmar V.A., Forbes D.J., Silver P.A. Global histone acetylation induces functional genomic reorganization at mammalian nuclear pore complexes // Genes Dev. - 2008. - V. 22. - P. 627-639.

157.Ahmed S., Brickner D.G., Light W.H., Cajigas I., McDonough M., Froyshteter A.B., Volpe T., Brickner J.H. DNA zip codes control an ancient mechanism for gene targeting to the nuclear periphery // Nat. Cell Biol. - 2010. - V. 12. - P. 111-118.

158.Capelson M., Liang Y., Schulte R., Mair W., Wagner U., Hetzer M.W. Chromatin-bound nuclear pore components regulate gene expression in higher eukaryotes // Cell. - 2010. - V. 140. - P. 372-383.

159.Kalverda B., Pickersgill H., Shloma V.V., Fornerod M. Nucleoporins directly stimulate expression of developmental and cell-cycle genes inside the nucleoplasm // Cell. - 2010. - V. 140. - P. 360-371.

160.Vaquerizas J.M., Suyama R., Kind J., Miura K., Luscombe N.M., Akhtar A. Nuclear pore proteins nup153 and megator define transcriptionally active regions in the Drosophila genome // PLoS Genet. - 2010. - V. 6. - P. e1000846.

161.Brickner D.G., Ahmed S., Meldi L., Thompson A., Light W., Young M., Hickman T.L., Chu F., Fabre E., Brickner J.H. Transcription factor binding to a DNA zip code controls

interchromosomal clustering at the nuclear periphery // Dev. Cell. - 2012. - V. 22. - P. 2341246.

162.Liang Y., Franks T.M., Marchetto M.C., Gage F..H, Hetzer M.W. Dynamic association of NUP98 with the human genome // PLoS Genet. - 2013. - V. 9. - P. e1003308.

163.Pascual-Garcia P., Jeong J., Capelson M. Nucleoporin Nup98 associates with Trx/MLL and NSL histone-modifying complexes and regulates Hox gene expression // Cell Rep. - 2014. -V. 9. - P. 433-442.

164.Jacinto F.V., Benner C., Hetzer M.W. The nucleoporin Nup153 regulates embryonic stem cell pluripotency through gene silencing // Genes Dev. - 2015. - V. 29. - P. 1224-1238.

165.Pascual-Garcia P., Debo B., Aleman J.R., Talamas J.A., Lan Y., Nguyen N.H., Won K.J., Capelson M. Metazoan nuclear pores provide a scaffold for poised genes and mediate induced enhancer-promoter contacts // Mol. Cell. - 2017. - V. 66. - P. 63-76.

166.Kuhn T.M., Pascual-Garcia P., Gozalo A., Little S.C., Capelson M. Chromatin targeting of nuclear pore proteins induces chromatin decondensation // J. Cell Biol. - 2019. - V. 218. - P. 2945-2961.

167.Gozalo A., Duke A., Lan Y., Pascual-Garcia P., Talamas J.A., Nguyen S.C., Shah P.P., Jain R., Joyce E.F., Capelson M. Core components of the nuclear pore bind distinct states of chromatin and contribute to Polycomb repression // Mol. Cell. - 2020. - V. 77. - P. 67-81.e7.

168.Brickner D.G., Cajigas I., Fondufe-Mittendorf Y., Ahmed S., Lee P.C., Widom J., Brickner J.H. H2A.Z-mediated localization of genes at the nuclear periphery confers epigenetic memory of previous transcriptional state // PLoS Biol. - 2007. - V. 5. - P. e81.

169.Light W.H., Brickner D.G., Brand V.R., Brickner J.H. Interaction of a DNA zip code with the nuclear pore complex promotes H2A.Z incorporation and INO1 transcriptional memory // Mol. Cell. - 2010. - V. 40. - P. 112-125.

170.Griffis E.R., Altan N., Lippincott-Schwartz J., Powers M.A. Nup98 is a mobile nucleoporin with transcription-dependent dynamics // Mol. Biol. Cell. - 2002. - V. 13. - P. 1282-1297.

171.D'Angelo M.A., Raices M., Panowski S.H., Hetzer M.W. Age-dependent deterioration of nuclear pore complexes causes a loss of nuclear integrity in postmitotic cells // Cell. - 2009. - V. 136. - P. 284-295.

172.Morchoisne-Bolhy S., Geoffroy M.C., Bouhlel I.B., Alves A., Auduge N., Baudin X., Van Bortle K., Powers M.A., Doye V. Intranuclear dynamics of the Nup107-160 complex // Mol. Biol. Cell. - 2015. - V. 26. - P. 2343-2356.

173.Kurshakova M.M., Krasnov A.N., Kopytova D.V., Shidlovskii Y.V., Nikolenko J.V., Nabirochkina E.N., Spehner D., Schultz P., Tora L., Georgieva S.G. SAGA and a novel

Drosophila export complex anchor efficient transcription and mRNA export to NPC // EMBO J. - 2007. - V. 26. - P. 4956-4965.

174.Light W.H., Freaney J., Sood V., Thompson A., D'Urso A., Horvath C.M., Brickner J.H. A conserved role for human Nup98 in altering chromatin structure and promoting epigenetic transcriptional memory // PLoS Biol. - 2013. - V. 11. - P. e1001524.

175.Sharma R., Jost D., Kind J., Gomez-Saldivar G., van Steensel B., Askjaer P., Vaillant C., Meister P. Differential spatial and structural organization of the X chromosome underlies dosage compensation in C. elegans // Genes Dev. - 2014. - V. 28. - P. 2591-2596.

176.Kimura N., Takizawa M., Okita K., Natori O., Igarashi K., Ueno M., Nakashima K., Nobuhisa I., Taga T. Identification of a novel transcription factor, ELYS, expressed predominantly in mouse foetal haematopoietic tissues // Genes Cells. - 2002. - V. 7. - P. 435-446.

177.Fernandez A.G., Piano F. MEL-28 is downstream of the Ran cycle and is required for nuclear-envelope function and chromatin maintenance // Curr. Biol. - 2006. - V. 16. - P. 1757-1763.

178.Galy V., Askjaer P., Franz C., Lopez-Iglesias C., Mattaj I.W. MEL-28, a novel nuclear-envelope and kinetochore protein essential for zygotic nuclear-envelope assembly in C. elegans // Curr. Biol. - 2006. - V. 16. - P. 1748-1756.

179.Rasala B.A., Orjalo A.V., Shen Z., Briggs S., Forbes D.J. ELYS is a dual nucleoporin/kinetochore protein required for nuclear pore assembly and proper cell division // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2006. - V. 103. - P. 17801-17806.

180.Franz C., Walczak R., Yavuz S., Santarella R., Gentzel M., Askjaer P., Galy V., Hetzer M., Mattaj I.W., Antonin W. MEL-28/ELYS is required for the recruitment of nucleoporins to chromatin and postmitotic nuclear pore complex assembly // EMBO Rep. - 2007. - V. 8. - P. 165-172.

181.Ilyin A.A., Ryazansky S.S., Doronin S.A., Olenkina O.M., Mikhaleva E.A., Yakushev E.Y., Abramov Y.A., Belyakin S.N., Ivankin A.V., Pindyurin A.V., Gvozdev V.A., Klenov M.S., Shevelyov Y.Y. Piwi interacts with chromatin at nuclear pores and promiscuously binds nuclear transcripts in Drosophila ovarian somatic cells // Nucleic Acids Res. - 2017. - V. 45. - P.7666-7680.

182.Mehta S.J.K., Kumar V., Mishra R.K. Drosophila ELYS regulates Dorsal dynamics during development // J. Biol. Chem. - 2020. - V. 295. - P. 2421-2437.

183.Bilokapic S., Schwartz T.U. Structural and functional studies of the 252 kDa nucleoporin ELYS reveal distinct roles for its three tethered domains // Structure. - 2013. - V. 21. - P. 572-580.

184. Gomez-Saldivar G., Fernandez A., Hirano Y., Mauro M., Lai A., Ayuso C., Haraguchi T., Hiraoka Y., Piano F., Askjaer P. Identification of conserved MEL-28/ELYS domains with

essential roles in nuclear assembly and chromosome segregation // PLoS Genet. - 2016. - V. 12. - P. e1006131.

185.Yokoyama H., Koch B., Walczak R., Ciray-Duygu F., González-Sánchez J.C., Devos D.P., Mattaj I.W.., Gruss OJ. The nucleoporin MEL-28 promotes RanGTP-dependent y-tubulin recruitment and microtubule nucleation in mitotic spindle formation // Nat. Commun. - 2014.

- V. 5. - P. 3270.

186.Loiodice I., Alves A., Rabut G., Van Overbeek M., Ellenberg J., Sibarita J.B., Doye V. The entire Nup107-160 complex, including three new members, is targeted as one entity to kinetochores in mitosis // Mol. Biol. Cell. - 2004. - V. 15. - P. 3333-3344.

187.Katsani K.R., Karess R.E., Dostatni N., Doye V. In vivo dynamics of Drosophila nuclear envelope components // Mol. Biol. Cell. - 2008. - V. 19. - P. 3652-3666.

188.Shevelyov Y.Y. The role of nucleoporin Elys in nuclear pore complex assembly and regulation of genome architecture // Int. J. Mol. Sci. - 2020. - V. 21. - P. 9475.

189.Rasala B.A., Ramos C., Harel A., Forbes D.J. Capture of AT-rich chromatin by ELYS recruits POM121 and NDC1 to initiate nuclear pore assembly // Mol. Biol. Cell. - 2008. - V. 19. - P. 3982-3996.

190.Gillespie P.J., Khoudoli G.A., Stewart G., Swedlow J.R., Blow J.J. ELYS/MEL-28 chromatin association coordinates nuclear pore complex assembly and replication licensing // Curr. Biol.

- 2007. - V. 17. - P. 1657-1662.

191.Lau C.K., Delmar V.A., Chan R.C., Phung Q., Bernis C., Fichtman B., Rasala B.A., Forbes D.J. Transportin regulates major mitotic assembly events: from spindle to nuclear pore assembly // Mol. Biol. Cell. - 2009. - V. 20. - P. 4043-4058.

192.Doucet C.M., Talamas J.A., Hetzer M.W. Cell cycle-dependent differences in nuclear pore complex assembly in metazoa // Cell. - 2010. - V. 141. - P. 1030-1041.

193.Rotem A., Gruber R., Shorer H., Shaulov L., Klein E., Harel A. Importin beta regulates the seeding of chromatin with initiation sites for nuclear pore assembly // Mol. Biol. Cell. - 2009.

- V. 20. - P. 4031-4042.

194.Bilokapic S., Schwartz T.U. Molecular basis for Nup37 and ELY5/ELYS recruitment to the nuclear pore complex // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2012. - V. 109. - P. 15241-15246.

195.Bui K.H., von Appen A., DiGuilio A.L., Ori A., Sparks L., Mackmull M.T., Bock T., Hagen W., Andrés-Pons A., Glavy J.S., Beck M. Integrated structural analysis of the human nuclear pore complex scaffold // Cell. - 2013. - V. 155. - P. 1233-1243.

196.Walther T.C., Alves A., Pickersgill H., Loiodice I., Hetzer M., Galy V., Hülsmann B.B., Köcher T., Wilm M., Allen T., Mattaj I.W., Doye V. The conserved Nup107-160 complex is critical for nuclear pore complex assembly // Cell. - 2003. - V. 113. - P. 195-206.

197.Schwartz M., Travesa A., Martell S.W., Forbes D.J. Analysis of the initiation of nuclear pore assembly by ectopically targeting nucleoporins to chromatin // Nucleus. - 2015. - V. 6. - P. 40-54.

198.Dultz E., Ellenberg J. Live imaging of single nuclear pores reveals unique assembly kinetics and mechanism in interphase // J. Cell Biol. - 2010. - V. 191. - P. 15-22.

199.Aze A., Fragkos M., Bocquet S., Cau J., Méchali M. RNAs coordinate nuclear envelope assembly and DNA replication through ELYS recruitment to chromatin // Nat. Commun. -2017. - V. 8. - P. 2130.

200.Mimura Y., Takagi M., Clever M., Imamoto N. ELYS regulates the localization of LBR by modulating its phosphorylation state // J. Cell Sci. - 2016. - V. 129. - P. 4200-4212.

201.JevtiC P., Schibler A.C., Wesley C.C., Pegoraro G., Misteli T., Levy D.L. The nucleoporin ELYS regulates nuclear size by controlling NPC number and nuclear import capacity // EMBO Rep. - 2019. - V. 20. - P. e47283.

202.0kita K., Kiyonari H., Nobuhisa I., Kimura N., Aizawa S., Taga T. Targeted disruption of the mouse ELYS gene results in embryonic death at peri-implantation development // Genes Cells. - 2004. - V. 9. - P. 1083-1091.

203.Worman H.J., Yuan J., Blobel G., Georgatos S.D. A lamin B receptor in the nuclear envelope // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1988. - V. 85. - P. 8531-8534.

204.Wagner N., Weber D., Seitz S., Krohne G. The lamin B receptor of Drosophila melanogaster // J. Cell Sci. - 2004. - V. 117. - P. 2015-2028.

205.Clever M., Funakoshi T., Mimura Y., Takagi M., Imamoto N. The nucleoporin ELYS/Mel28 regulates nuclear envelope subdomain formation in HeLa cells // Nucleus. - 2012. - V. 3. -P.187-199.

206.Rabut G., Doye V., Ellenberg J. Mapping the dynamic organization of the nuclear pore complex inside single living cells // Nat. Cell Biol. - 2004. - V. 6. - P. 1114-1121.

207.Franks T.M., Benner C., Narvaiza I., Marchetto M.C., Young J.M., Malik H.S., Gage F.H., Hetzer M.W. Evolution of a transcriptional regulator from a transmembrane nucleoporin // Genes Dev. - 2016. - V. 30. - P. 1155-1171.

208.D'Angelo M.A., Hetzer M.W. Structure, dynamics and function of nuclear pore complexes // Trends Cell Biol. - 2008. - V. 18. - P. 456-466.

209.Toda T., Hsu J.Y., Linker S.B., Hu L., Schafer S.T., Mertens J., Jacinto F.V., Hetzer M.W., Gage F.H. Nup153 Interacts with Sox2 to enable bimodal gene regulation and maintenance of neural progenitor cells // Cell Stem Cell. - 2017. - V. 21. - P. 618-634.e7.

210.Kadota S., Ou J., Shi Y., Lee J.T., Sun J., Yildirim E. Nucleoporin 153 links nuclear pore complex to chromatin architecture by mediating CTCF and cohesin binding // Nat. Commun. - 2020. - V. 11. - P. 2606.

211.Sanborn A.L., Rao S.S., Huang S.C., Durand N.C., Huntley M.H., Jewett A.I., Bochkov I.D., Chinnappan D., Cutkosky A., Li J., et al. Chromatin extrusion explains key features of loop and domain formation in wild-type and engineered genomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2015. - V. 112. - P. E6456-6465.

212.Fudenberg G., Imakaev M., Lu C., Goloborodko A., Abdennur N., Mirny L.A. Formation of chromosomal domains by loop extrusion // Cell Rep. - 2016. - V. 15. - P. 2038-2049.

213.Rao S.S.P., Huang S.C., Glenn St Hilaire B., Engreitz J.M., Perez E.M., Kieffer-Kwon K.R., Sanborn A.L., Johnstone S.E., Bascom G.D., Bochkov I.D., et al. Cohesin loss eliminates all loop domains // Cell. - 2017. - V. 171. - P. 305-320.e24.

214.Wu F., Yao J. Spatial compartmentalization at the nuclear periphery characterized by genome-wide mapping // BMC Genomics. - 2013. - V. 14. - P. 591.

215.Wu F., Yao J. Identifying novel transcriptional and epigenetic features of nuclear lamina-associated genes // Sci. Rep. - 2017. - V. 7. - P. 100.

216.Inoue A., Zhang Y. Nucleosome assembly is required for nuclear pore complex assembly in mouse zygotes // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2014. - V. 21. - P. 609-616.

217.Zierhut C., Jenness C., Kimura H., Funabiki H. Nucleosomal regulation of chromatin composition and nuclear assembly revealed by histone depletion // Nat. Struct. Mol. Biol. -2014. - V. 21. - P. 617-625.

218.Kobayashi W., Takizawa Y., Aihara M., Negishi L., Ishii H., Kurumizaka H. Structural and biochemical analyses of the nuclear pore complex component ELYS identify residues responsible for nucleosome binding // Commun. Biol. - 2019. - V. 2. - P. 163.

219.Skrajna A., Goldfarb D., Kedziora K.M., Cousins E.M., Grant G.D., Spangler C.J., Barbour E.H., Yan X., Hathaway N.A., Brown N.G., et al. Comprehensive nucleosome interactome screen establishes fundamental principles of nucleosome binding // Nucleic Acids Res. -2020. - V. 48. - P. 9415-9432.

220.Scholz B.A., Sumida N., de Lima C.D.M., Chachoua I., Martino M., Tzelepis I., Nikoshkov A., Zhao H., Mehmood R., Sifakis E.G., et al. WNT signaling and AHCTF1 promote oncogenic MYC expression through super-enhancer-mediated gene gating // Nat. Genet. -2019. - V. 51. - P. 1723-1731.

221.Raja S.J., Charapitsa I., Conrad T., Vaquerizas J.M., Gebhardt P., Holz H., Kadlec J., Fraterman S., Luscombe N.M., Akhtar A. The nonspecific lethal complex is a transcriptional regulator in Drosophila // Mol. Cell. - 2010. - V. 38. - P. 827-841.

222.Sheikh B.N., Guhathakurta S., Akhtar A. The non-specific lethal (NSL) complex at the crossroads of transcriptional control and cellular homeostasis // EMBO Rep. - 2019. - V. -P. 20:e47630.

223.Mohrmann L., Langenberg K., Krijgsveld J., Kal A.J., Heck A.J., Verrijzer C.P. Differential targeting of two distinct SWI/SNF-related Drosophila chromatin-remodeling complexes // Mol. Cell. Biol. - 2004. - V. 24. - P. 3077-3088.

224.Maul G.G., Maul H.M., Scogna J.E., Lieberman M.W., Stein G.S., Hsu B.Y., Borun T.W. Time sequence of nuclear pore formation in phytohemagglutinin-stimulated lymphocytes and in HeLa cells during the cell cycle // J. Cell Biol. - 1972. - V. 55. - P. 433-447.

225.Laktionov P.P., White-Cooper H., Maksimov D.A., Beliakin S.N. Transcription factor comr acts as a direct activator in the genetic program controlling spermatogenesis in D. melanogaster // Mol. Biol. (Mosk) - 2014. - V. 48. - P. 153-165.

226.Southall T.D., Gold K.S., Egger B., Davidson C.M., Caygill E.E., Marshall O.J., Brand AH. Cell-type-specific profiling of gene expression and chromatin binding without cell isolation: assaying RNA Pol II occupancy in neural stem cells // Dev. Cell. - 2013. - V. 26. - P. 101112.

227.Thummel C.S., Boulet A.M., Lipshitz H.D. Vectors for Drosophila P-element-mediated transformation and tissue culture transfection // Gene. - 1988. - V. 74. - P. 445-456.

228.Markstein M., Pitsouli C., Villalta C., Celniker S.E., Perrimon N. Exploiting position effects and the gypsy retrovirus insulator to engineer precisely expressed transgenes // Nat. Genet. -2008. - V. 40. - P. 476-483.

229.McKearin D.M., Spradling A.C. bag-of-marbles: a Drosophila gene required to initiate both male and female gametogenesis // Genes Dev. - 1990. - V. 4. - P. 2242-2251.

230.Chen D., McKearin D.M. A discrete transcriptional silencer in the bam gene determines asymmetric division of the Drosophila germline stem cell // Development. - 2003. - V. 130. - P.1159-1170.

231.Rubin G.M., Spradling A.C. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors // Science. - 1982. - V. 218. - P. 348-353.

232.Vogel M.J., Peric-Hupkes D., van Steensel B. Detection of in vivo protein-DNA interactions using DamID in mammalian cells // Nat. Protoc. - 2007. - V. 2. - P. 1467-1478.

233.Clemens J.C., Worby C.A., Simonson-Leff N., Muda M., Maehama T., Hemmings B.A., Dixon J.E. Use of double-stranded RNA interference in Drosophila cell lines to dissect signal transduction pathways // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2000. - V. 97. - P. 6499-503.

234.Stuurman N., Maus N., Fisher P.A. Interphase phosphorylation of the Drosophila nuclear lamin: site-mapping using a monoclonal antibody // J. Cell Sci. - 1995. - V. 108. - P. 3137— 3144.

235.Riemer D., Stuurman N., Berrios M., Hunter C., Fisher P.A., Weber K. Expression of Drosophila lamin C is developmentally regulated: analogies with vertebrate A-type lamins // J. Cell Sci. - 1995. - V. 108. - P. 3189-3198.

236.Blower M.D., Karpen G.H. The role of Drosophila CID in kinetochore formation, cell-cycle progression and heterochromatin interactions // Nat. Cell Biol. - 2001. - V. 3. - P. 730-739.

237.Lavrov S., Déjardin J., Cavalli G. Combined immunostaining and FISH analysis of polytene chromosomes // Methods Mol. Biol. - 2004. - V. 247. - P. 289-303.

238.Osouda S., Nakamura Y., de Saint Phalle B., McConnell M., Horigome T., Sugiyama S., Fisher P.A., Furukawa K. Null mutants of Drosophila B-type lamin Dm(0) show aberrant tissue differentiation rather than obvious nuclear shape distortion or specific defects during cell proliferation // Dev. Biol. - 2005. - V. 284. - P. 219-232.

239.Kalmykova A.I., Shevelyov Y.Y., Dobritsa A.A., Gvozdev V.A. Acquisition and amplification of a testis-expressed autosomal gene, SSL, by the Drosophila Y chromosome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - V. 94. - P. 6297-6302.

240.Kramer J.A., McCarrey J.R., Djakiew D., Krawetz S.A. Differentiation: the selective potentiation of chromatin domains // Development. - 1998. - V. 125. - P. 4749-4755.

241.Chanas G., Lavrov S., Iral F., Cavalli G., Maschat F. Engrailed and polyhomeotic maintain posterior cell identity through cubitus-interruptus regulation // Dev. Biol. - 2004. - V. 272. -P.522-535.

242.Sambrook J., Russell D.W. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3rd Edition // Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York. - 2001.

243.Langmead B., Salzberg S.L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 // Nat. Methods. -

2012. - V. 9. - P. 357-359.

244.Anders S., Pyl P.T., Huber W. HTSeq - a Python framework to work with high-throughput sequencing data // Bioinformatics. - 2015. - V. 31. - P. 166-169.

245.Filion, G.J, van Bemmel J.G., Braunschweig U., Talhout W., Kind J., Ward L.D., Brugman W., de Castro I.J., Kerkhoven R.M., Bussemaker H.J., et al. Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells // Cell. - 2010. - V. 143. P.212-224.

246.Lawrence M., Huber W., Pagès H., Aboyoun P., Carlson M., Gentleman R., Morgan M.T., Carey V.J. Software for computing and annotating genomic ranges // PLoS Comput. Biol. -

2013. - V. 9. - P. e1003118.

247.Quinlan A.R., Hall I.M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features // Bioinformatics. - 2010. - V. 26. - P. 841-842.

248.Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R., 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The sequence alignment/map format and SAMtools // Bioinformatics. - 2009. - V. 25. - P. 2078-2079.

249.Patro R., Duggal G., Love M.I., Irizarry R.A., Kingsford C. Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression // Nat. Methods. - 2017. - V. 14. - P. 417-419.

250.Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 // Genome Biol. - 2014. - V. 15. - P. 550.

251.Kharchenko P.V., Alekseyenko A.A., Schwartz Y.B., Minoda A., Riddle N.C., Ernst J., Sabo P.J., Larschan E., Gorchakov A.A., Gu T, et al. Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster // Nature. - 2011. - V. 471. - P. 480-485.

252.Fuda N.J., Guertin M.J., Sharma S., Danko C.G., Martins A.L., Siepel A., Lis J.T. GAGA factor maintains nucleosome-free regions and has a role in RNA polymerase II recruitment to promoters // PLoS Genet. - 2015. - V. 11. - P. e1005108.

253.Arnold C.D., Gerlach D., Stelzer C., Boryn L.M., Rath M., Stark A. Genome-wide quantitative enhancer activity maps identified by STARR-seq // Science. - 2013. - V. 339. -P. 1074-1077.

254.Shlyueva D., Stelzer C., Gerlach D., Yanez-Cuna J.O., Rath M., Boryn L.M., Arnold C.D., Stark A. Hormone-responsive enhancer-activity maps reveal predictive motifs, indirect repression, and targeting of closed chromatin // Mol. Cell. - 2014. - V. 54. - P. 180-192.

255.Feng J., Liu T., Qin B., Zhang Y., Liu X.S. Identifying ChIP-seq enrichment using MACS // Nat. Protoc. - 2012. - V. 7. - P. 1728-1740.

256.Chintapalli V.R., Wang J., Dow J.A. Using FlyAtlas to identify better Drosophila melanogaster models of human disease // Nat. Genet. - 2007. - V. 39. - P. 715-720.

257.Laktionov P.P., Maksimov D.A., Romanov S.E., Antoshina P.A., Posukh O.V., White-Cooper H., Koryakov D.E., Belyakin S.N. Genome-wide analysis of gene regulation mechanisms during Drosophila spermatogenesis // Epigenetics Chromatin. - 2018. - V. 11. - P. 14.

258.Yang C P., Fu C.C., Sugino K., Liu Z., Ren Q., Liu L.Y., Yao X., Lee L P., Lee T. Transcriptomes of lineage-specific Drosophila neuroblasts profiled by genetic targeting and robotic sorting // Development. - 2016. - V. 143. - P. 411-421.

259.Chen X., Lu C., Morillo Prado J.R., Eun S.H., Fuller M.T. Sequential changes at differentiation gene promoters as they become active in a stem cell lineage // Development. -2011. - V. 138. - P. 2441-2450.

260.Ramirez F., Ryan D.P., Gruning B., Bhardwaj V., Kilpert F., Richter A.S., Heyne S., Dundar F., Manke T. deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44. - P. W160-165.

261.Akalin A., Franke V., Vlahovicek K., Mason C.E., Schubeler D. Genomation: a toolkit to summarize, annotate and visualize genomic intervals // Bioinformatics. - 2015. - V. 31. - P. 1127-1129.

262.Bailey T.L., Johnson J., Grant C.E., Noble W.S. The MEME Suite // Nucleic Acids Res. -2015. - V. 43. - P. W39-49.

263.Wynn S.L., Fisher R.A., Pagel C., Price M., Liu Q.Y., Khan I.M., Zammit P., Dadrah K., Mazrani W., Kessling A., Lee J.S., Buluwela L. Organization and conservation of the GART/SON/DONSON locus in mouse and human genomes // Genomics. - 2000. - V. 68. -P. 57-62.

264.Goldman M.A. The chromatin domain as a unit of gene regulation // Bioessays. - 1988. - V. 9. - P. 50-55.

265.Bodnar J.W. A domain model for eukaryotic DNA organization: a molecular basis for cell differentiation and chromosome evolution // J. Theor. Biol. - 1988. - V. 132. - P. 479-507.

266.Lawson G.M., Knoll B.J., March C.J., Woo S.L., Tsai M.J., O'Malley B.W. Definition of 5' and 3' structural boundaries of the chromatin domain containing the ovalbumin multigene family // J. Biol. Chem. - 1982. - V. 257. - P. 1501-1507.

267.Udvardy A., Maine E., Schedl P. The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains // J. Mol. Biol. - 1985. - V. 185. - P. 341-358.

268.Choudhary S.K., Wykes S.M., Kramer J.A., Mohamed A.N., Koppitch F., Nelson J.E., Krawetz S.A. A haploid expressed gene cluster exists as a single chromatin domain in human sperm // J. Biol. Chem. - 1995. - V. 270. - P. 8755-8762.

269.Bender M.A., Mehaffey M.G., Telling A., Hug B., Ley T.J., Groudine M., Fiering S. Independent formation of DnaseI hypersensitive sites in the murine beta-globin locus control region // Blood. - 2000. - V. 95. - P. 3600-3604.

270. Schubeler D., Francastel C., Cimbora D.M., Reik A., Martin D.I., Groudine M. Nuclear localization and histone acetylation: a pathway for chromatin opening and transcriptional activation of the human beta-globin locus // Genes Dev. - 2000. - V. 14. - P. 940-950.

271.Yuan X., Miller M., Belote J.M. Duplicated proteasome subunit genes in Drosophila melanogaster encoding testes-specific isoforms // Genetics. - 1996. - V. 144. - P. 147-157.

272.Gonczy P., Matunis E., DiNardo S. bag-of-marbles and benign gonial cell neoplasm act in the germline to restrict proliferation during Drosophila spermatogenesis // Development. - 1997.

- V. 124. - P. 4361-4371.

273.Lin T.Y., Viswanathan S., Wood C., Wilson P.G., Wolf N., Fuller M.T. Coordinate developmental control of the meiotic cell cycle and spermatid differentiation in Drosophila males // Development. - 1996. - V. 122. - P. 1331-1341.

274.White-Cooper H., Leroy D., MacQueen A., Fuller M.T. Transcription of meiotic cell cycle and terminal differentiation genes depends on a conserved chromatin associated protein, whose nuclear localisation is regulated // Development. - 2000. - V. 127. - P. 5463-5473.

275.West A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. Insulators: many functions, many mechanisms // Genes Dev. - 2002. - V. 16. - P. 271-288.

276.Kalverda B., Fornerod M. Characterization of genome-nucleoporin interactions in Drosophila links chromatin insulators to the nuclear pore complex // Cell Cycle. - 2010. - V. 9. - P. 48124817.

277.Shevelyov Y.Y., Nurminsky D.I. The nuclear lamina as a gene-silencing hub // Curr. Issues Mol. Biol. - 2012. - V. 14. - P. 27-38.

278.de Wit E., Braunschweig U., Greil F., Bussemaker H.J., van Steensel B. Global chromatin domain organization of the Drosophila genome // PLoS Genet. - 2008. - V. 4. - P. e1000045.

279.Chen X., Hiller M., Sancak Y., Fuller M.T. Tissue-specific TAFs counteract Polycomb to turn on terminal differentiation // Science. - 2005. - V. 310. - P. 869-872.

280.Bannister A.J., Zegerman P., Partridge J.F., Miska E.A., Thomas J.O., Allshire R.C., Kouzarides T. Selective recognition of methylated lysine 9 on histone H3 by the HP1 chromo domain // Nature. - 2001. - V. 410. - P. 120-124.

281.Lachner M., O'Carroll D., Rea S., Mechtler K., Jenuwein T. Methylation of histone H3 lysine 9 creates a binding site for HP1 proteins // Nature. - 2001. - V. 410. - P. 116-120.

282.Cao R., Wang L., Wang H., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Jones R.S., Zhang Y. Role of histone H3 lysine 27 methylation in Polycomb-group silencing // Science. - 2002. -V. 298. - P. 1039-1043.

283.Francis N.J., Kingston R.E., Woodcock C.L. Chromatin compaction by a polycomb group protein complex // Science. - 2004. - V. 306. - P. 1574-1577.

284.Azzaz A.M., Vitalini M.W., Thomas A.S., Price J.P., Blacketer M.J., Cryderman D.E., Zirbel L.N., Woodcock C.L., Elcock A.H., Wallrath L.L., et al. Human heterochromatin protein 1a promotes nucleosome associations that drive chromatin condensation // J. Biol. Chem. - 2014.

- V. 289. - P. 6850-6861.

285.Pindyurin A.V., Pagie L., Kozhevnikova E.N., van Arensbergen J., van Steensel B. Inducible DamID systems for genomic mapping of chromatin proteins in Drosophila // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44. - P. 5646-5657.

286.de Wit E., Greil F., van Steensel B. Genome-wide HP1 binding in Drosophila: developmental plasticity and genomic targeting signals // Genome Res. - 2005. - V. 15. - P. 1265-1273.

287.Shevelyov Y.Y., Ulianov S.V., Gelfand M.S., Belyakin S.N., Razin S.V. Dosage compensation in Drosophila: its canonical and non-canonical mechanisms // Int. J. Mol. Sci. - 2022. - V. 23. - P. 10976.

288.Cherbas L., Willingham A., Zhang D., Yang L., Zou Y., Eads B.D., Carlson J.W., Landolin J.M., Kapranov P., Dumais J., et al. The transcriptional diversity of 25 Drosophila cell lines // Genome Res. - 2011. - V. 21. - P. 301-314.

289.Riddle N.C., Minoda A., Kharchenko P.V., Alekseyenko A.A., Schwartz Y.B., Tolstorukov M.Y., Gorchakov A.A., Jaffe J.D., Kennedy C., Linder-Basso D., et. al. Plasticity in patterns of histone modifications and chromosomal proteins in Drosophila heterochromatin // Genome Res. - 2011. - V. 21. - P. 147-163.

290.Eissenberg J.C., Elgin S.C. HP1a: a structural chromosomal protein regulating transcription // Trends Genet. - 2014. - V. 30. - P. 103-110.

291.Zhu J., Adli M., Zou J.Y., Verstappen G., Coyne M., Zhang X., Durham T., Miri M., Deshpande V., De Jager P.L., et al. Genome-wide chromatin state transitions associated with developmental and environmental cues // Cell. - 2013. - V. 152. - P. 642-654.

292.Padeken J., Mendiburo M.J., Chlamydas S., Schwarz H.J., Kremmer E., Heun P. The nucleoplasmin homolog NLP mediates centromere clustering and anchoring to the nucleolus // Mol. Cell. - 2013. - V. 50. - P. 236-249.

293.Lee Y.C.G., Karpen G.H. Pervasive epigenetic efects of Drosophila euchromatic transposable elements impact their evolution // Elife. - 2017. - V. 6. - P. e25762.

294.Thomas S.E., McKee B.D. Analysis of chromosome dynamics and chromosomal proteins in Drosophila spermatocytes // Methods Mol. Biol. - 2009. - V. 558. - P. 217-234.

295.White-Cooper H. Tissue, cell type and stage-specifc ectopic gene expression and RNAi induction in the Drosophila testis // Spermatogenesis. - 2012. - V. 2. - P. 11-22.

296.Beall E.L., Lewis P.W., Bell M., Rocha M., Jones D.L., Botchan M R. Discovery of tMAC: a Drosophila testis-specifc meiotic arrest complex paralogous to myb-muvB // Genes Dev. -2007. - V. 21. - P. 904-919.

297.Lu D., Sin H.S., Lu C., Fuller M.T. Developmental regulation of cell type-specifc transcription by novel promoter-proximal sequence elements // Genes Dev. - 2020. - V. 34. - P. 663-677.

298.Wines D.R., Talbert P.B., Clark D.V., Henikoff S. Introduction of a DNA methyltransferase into Drosophila to probe chromatin structure in vivo // Chromosoma. - 1996. - V. 104. - P. 332-340.

299.Rastelli L., Kuroda M.I. An analysis of maleless and histone H4 acetylation in Drosophila melanogaster spermatogenesis // Mech. Dev. - 1998. - V. 71. - P. 107-117.

300.Deng X., Hiatt J.B., Nguyen D.K., Ercan S., Sturgill D., Hillier L.W., Schlesinger F., Davis C.A., Reinke V.J., Gingeras T.R., et al. Evidence for compensatory upregulation of expressed X-linked genes in mammals, Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster // Nat. Genet. - 2011. - V. 43. - P. 1179-1185.

301.Sahut-Barnola I., Pauli D. The Drosophila gene stand still encodes a germline chromatin-associated protein that controls the transcription of the ovarian tumor gene. Development. -1999. - V. 126. - P. 1917-1926.

302.Pal K., Forcato M., Jost D., Sexton T., Vaillant C., Salviato E., Mazza E.M.C., Lugli E., Cavalli G., Ferrari F. Global chromatin conformation differences in the Drosophila dosage compensated chromosome X // Nat. Commun. - 2019. - V. 10. - P. 5355.

303.Ikegami K., Egelhofer T.A., Strome S., Lieb J.D. Caenorhabditis elegans chromosome arms are anchored to the nuclear membrane via discontinuous association with LEM-2 // Genome Biol. - 2010. - V. 11. - P. R120.

304.Barton L.J., Soshnev A.A., Geyer P.K. Networking in the nucleus: a spotlight on LEM-domain proteins // Curr. Opin. Cell. Biol. - 2015. - V. 34. - P. 1-8.

305.Hancock R. Packing of the polynucleosome chain in interphase chromosomes: evidence for a contribution of crowding and entropic forces // Semin. Cell. Dev. Biol. - 2007. - V. 18. - P. 668-675.

306. Shevelyov Y.Y. Interactions of chromatin with the nuclear lamina and nuclear pore complexes // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - V. 24. - P. 15771.

307.Doronin S.A., Ilyin A.A., Kononkova A.D., Solovyev M.A., Olenkina O.M., Nenasheva V.V., Mikhaleva E.A., Lavrov S.A., Ivannikova A.Y., Simonov R.A., Fedotova A.A., Khrameeva E.E., Ulianov S.V., Razin S.V., Shevelyov Y.Y. Nucleoporin Elys attaches peripheral chromatin to the nuclear pores in interphase nuclei // Commun. Biol. - 2024. -

308.Cordes V.C., Reidenbach S., Franke W.W. Cytoplasmic annulate lamellae in cultured cells: composition, distribution, and mitotic behavior // Cell Tissue Res. - 1996. - V. 284. - P. 177191.

309.Hampoelz B., Mackmull M.T., Machado P., Ronchi P., Bui K.H., Schieber N., Santarella-Mellwig R., Necakov A., Andres-Pons A., Philippe J.M., et al. Pre-assembled nuclear pores

insert into the nuclear envelope during early development // Cell. - 2016. - V. 166. - P. 664678.

310.Ren H., Xin G., Jia M., Zhu S., Lin Q., Wang X., Jiang Q., Zhang C. Postmitotic annulate lamellae assembly contributes to nuclear envelope reconstitution in daughter cells // J. Biol. Chem. - 2019. - V. 294. - P. 10383-10391.

311.Zykova T.Y., Levitsky V.G., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. Polytene chromosomes - a portrait of functional organization of the Drosophila genome // Curr. Genomics. - 2018. - V. 19. - P. 179-191.

312.Behera V., Stonestrom A.J., Hamagami N., Hsiung C.C., Keller C.A., Giardine B., Sidoli S., Yuan Z.F., Bhanu N.V., Werner M.T., Wang H., Garcia B.A., Hardison R.C., Blobel G.A. Interrogating histone acetylation and BRD4 as mitotic bookmarks of transcription // Cell Rep. - 2019. - V. 27. - P. 400-415.e5.

313.Kalashnikova A.A., Porter-Goff M.E., Muthurajan U.M., Luger K., Hansen J.C. The role of the nucleosome acidic patch in modulating higher order chromatin structure // J. R. Soc. Interface. - 2013. - V. 10. - P. 20121022.

314.Nakayama T., Shimojima T., Hirose S. The PBAP remodeling complex is required for histone H3.3 replacement at chromatin boundaries and for boundary functions // Development. -2012. - V. 139. - P. 4582-4590.

315.Judd J., Duarte F.M., Lis J.T. Pioneer-like factor GAF cooperates with PBAP (SWI/SNF) and NURF (ISWI) to regulate transcription // Genes Dev. - 2021. - V. 35. - P. 147-156.

316.Maul G.G., Deaven L. Quantitative determination of nuclear pore complexes in cycling cells with differing DNA content // J. Cell Biol. - 1977. - V. 73. - P. 748-760.

317.Pott S., Lieb J.D. What are super-enhancers // Nat. Genet. - 2015. - V. 47. - P. 8-12.

318.Tyagi S., Capitanio J.S., Xu J., Chen F., Sharma R., Huang J., Hetzer M.W. High-precision mapping of nuclear pore-chromatin interactions reveals new principles of genome organization at the nuclear envelope // eLife. - 2023. - V. 12. - P. RP87462.

319.Alevy M.C., Tsai M.J., O'Malley B.W. DNase I sensitive domain of the gene coding for the glycolytic enzyme glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase // Biochemistry. - 1984. - V. 23. - P. 2309-2314.

320.Jantzen K., Fritton H.P., Igo-Kemenes T. The DNase I sensitive domain of the chicken lysozyme gene spans 24 kb // Nucleic Acids Res. - 1986. - V. 14. - P. 6085-6099.

321.Hebbes T.R., Clayton A.L., Thorne A.W., Crane-Robinson C. Core histone hyperacetylation co-maps with generalized DNase I sensitivity in the chicken beta-globin chromosomal domain // EMBO J. - 1994. - V. 13. - P. 1823-1830.

322.Milon B., Sun Y., Chang W., Creasy T., Mahurkar A., Shetty A., Nurminsky D., Nurminskaya M. Map of open and closed chromatin domains in Drosophila genome // BMC Genomics. -2014. - V. 15. - P. 988.

БЛАГОДАРНОСТИ

Я хочу выразить глубокое уважение и признательность Владимиру Алексеевичу Гвоздеву, в лаборатории которого я много лет назад начинал свою научную деятельность, за поддержку и опеку, которая продолжается до сих пор.

Хочу передать искреннюю благодарность своему другу Дмитрию Нурминскому, с которым мы когда-то вместе начинали работать в ИМГ, а затем продолжили сотрудничество, когда он переехал в Америку. Это сотрудничество увенчалось хорошими совместными публикациями, одна из которых - в журнале Nature.

В то время мы также активно сотрудничали с Аллой Ивановной Калмыковой (ИМГ РАН), за что я выражаю ей свою благодарность.

Я благодарен своим коллабораторам Алексею Пиндюрину и Степану Белякину из ИМКБ СО РАН. Под их руководством я осваивал технологию DamID, а в качестве бонуса получал большое удовольствие от общения с ними.

Я также очень признателен за выпавшую возможность сотрудничества с Сергеем Владимировичем Разиным и Сергеем Ульяновым из ИБГ РАН. Те мозговые штурмы, которые мы устраивали, собираясь все вместе, позволили осознать, что означает заниматься настоящей наукой. В этих сборищах принимали участие Михаил Сергеевич Гельфанд и Екатерина Храмеева (ИППИ РАН, Сколтех), и я им тоже признателен за вклад в эту работу.

Я очень благодарен бывшим и нынешним сотрудникам моей лаборатории Артему Ильину, Семену Доронину, Юрию Абрамову, Оксане Оленкиной, Анне Иванниковой, Руслану Симонову, Анне Федотовой, Михаилу Целебровскому, а также Елене Анатольевне Михалевой, Сергею Сергеевичу Рязанскому и Сергею Александровичу Лаврову из лаборатории В.А. Гвоздева, которые принимали активное участие в этой работе и без которых она не могла бы быть сделана.

Хочу поблагодарить Галину Львовну Коган и других сотрудников лабораторий В.А. Гвоздева и Е.Г. Пасюковой за повседневное приятное общение.

Наконец, я очень благодарен моей жене, Валентине Ненашевой, за проведенный ею трудоемкий подсчет расстояний между сигналами FISH и ядерной оболочкой и за редактирование текста автореферата.