Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, доктор биологических наук Ильина, Елена Николаевна

• Ильина, Елена Николаевна
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Ильина, Елена Николаевна

1 Введение

2 Обзор литературы

2.1 Принципиальные подходы к мониторингу бактериальных и вирусных возбудителей инфекционных заболеваний человека.

2.1.1 Классическая микробиология в мониторинге бактериальных и вирусных патогенов.

2.1.2 Методы молекулярного анализа в мониторинге инфекций.

2.2 Масс-спектрометрические технологии - современный способ анализа биологических макромолекул.

2.2.1 Масс-спектрометрия жирных кислот.

2.2.2 Масс-спектрометрия белков и пептидов.

2.2.2.1 Протеомика микроорганизмов.

2.2.2.2 Прямое профилирование бактерий

2.2.3 Масс-спектрометрия нуклеиновых кислот 34 2.2.3.1 Применение масс-спектрометрии нуклеиновых кислот.

2.3 Общие принципы возникновения и распространения резистентности к антимикробным препаратам.

2.4 Частные проблемы мониторинга включенных в исследование микроорганизмов.

2.4.1 Проблемы мониторинга легочных патогенов — пневмококка, микобактерий туберкулеза.

2.4.2 Подходы к мониторингу гонококка, как одного из возбудителей инфекций, передающихся половым путем.

2.4.3 Современное состояние лабораторной диагностики и мониторинга транс-фузионных вирусных гепатитов В и С.

2.5 Создание универсальных методов геномно-протеомного типирования патогенов в перспективе реформирования существующих систем мониторинга клинически-значимых инфекций.

3 Материалы и методы. 87 3.1 Объекты исследования.

3.1.1 Бактериальные возбудители легочных инфекций и инфекций, передающихся половым путем.

3.1.2 Клинический материал.

3.1.3 Анализируемые последовательности ДНК/РНК.

3.2 Протеомные методы.

3.2.1 Прямое МАЛДИ масс-спектрометрическое профилирование бактерий.

3.2.2 Протеомное картирование.

3.3 Генетические методы.

3.3.1 Выделение ДНК.

3.3.2 Постановка реакций амплификации.

3.3.3 Обработка продуктов амплификации, предназначенных для постамплифи-кационных манипуляций.

3.3.4 Минисеквенирование и масс-спектрометрический анализ продуктов реакции

3.3.5 Секвенирование и анализ фрагментов генома

3.3.6 Исследование на ДНК-чипе

3.3.7 Методы молекулярного типирования

3.3.8 Транскрипционный анализ

3.4 Биоинформационные и статистические методы 110 4 Результаты

4.1 Методики молекулярного сканирования — компоненты единой технологической платформы

4.1.1 Прямое МАЛДИ масс-спектрометрическое профилирование бактериальных штаммов.

4.1.2 Разработка на основе МАЛДИ ВМС технологии выявления однонуклео-тидных полиморфизмов в геномной ДНК бактерий и вирусов.

4.1.3 Дизайн ДНК-микроматриц и разработка протокола исследования возбудителей инфекций, передающихся половым путем, и бронхо-легочных патогенов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы»

Несмотря на реализацию национальных мероприятий по контролю над распространением бактериальных и вирусных патогенов, достигнутые успехи в области химиотерапии инфекционных заболеваний и вакцинации, доля инфекционных болезней в структуре заболеваемости населения продолжает занимать лидирующие позиции [16]. Более того, происходят изменения природы инфекционных возбудителей, выражающиеся в замещении дикой популяции штаммами с множественной лекарственной устойчивостью, обладающими большей вирулентностью и патогенностыо. На этом фоне задачи, связанные с созданием и реализацией новых эффективных средств видовой идентификации патогенов, их штаммового типирования и определения профиля лекарственной устойчивости, выглядят особенно актуальными.

Последнее десятилетие прошлого века существенно изменило наши представления о многих важных природных явлениях-и механизмах, предопределяющих их развитие. Во многом это обусловлено интенсивным развитием технологий анализа биологических объектов, возникновением и.совершенствованием технологии чтения.генетических последовательностей, а также методов обнаружения и идентификации структуры природных биополимеров, к числу которых относятся молекулы ДНК, РНК и белки.

В области клинической и прикладной микробиологии принципиально изменились представления о скорости мутационных-процессов, изменчивости геномов бактерий и вирусов, и, как следствие формирование устойчивости к применяемым^химиотерапевтиче-ским агентам. В связи с этим, в последние годы возникла реальная возможность принципиальной модернизации диагностического потенциала исследовательских и, практических лабораторий. Такая модернизация заключается в разработке и внедрении методов, так называемой, быстрой микробиологии, которые будут давать исчерпывающее представление о микробном сообществе в испытуемой пробе и определять клинически значимые свойства микроорганизмов в максимально сжатые сроки.

Традиционные методы идентификации возбудителя, основанные на проведении микробиологического посева, не лишены ряда недостатков — длительность исследования, лимитированная скоростью деления бактериальной клетки, относительная дороговизна метода, необходимость привлечения большого числа квалифицированных специалистов в силу сложности автоматизации аналитических процедур. Кроме того, значительная часть патогенных микроорганизмов, в частности представители анаэробной^актериальной флоры, являются труднокультивируемыми или некультивируемыми и фактически не анализируется в большинстве клинических микробиологических лабораторий.

Ведущей проблемой современного здравоохранения, во многом обусловленной интенсивным применением антибактериальных препаратов, является проблема формирования лекарственной устойчивости, требующая как минимум адекватной оценки и контроля в ходе лечения. Традиционные подходы, основанные на выращивании микроорганизмов на селективных питательных средах, зачастую не позволяют получить результат в предельно сжатые сроки и оказываются малоинформативными в силу ретроспективности анализа.

Предлагаемое исследование направлено на решение актуальных задач клинической микробиологии, связанных с созданием средств быстрого выявления и характеристики возбудителей бактериальных и вирусных инфекций и их практическим использованием, как для осуществления молекулярного мониторинга, так и для получения новых знаний об особенностях молекулярной организации патогенов.

Первые шаги к разработке новых методов в микробиологии были сделаны в 90х годах прошлого века с внедрением методов ПЦР-диагностики, что позволило сократить сроки анализа клинического образца для идентификации труднокультивируемой бактериальной флоры и вирусов [2]. Тем не менее, этот подход оказался недостаточным для решения задач по определению свойств микроорганизмов — штаммового типирования, установления профиля лекарственной чувствительности, необходимых для выбора правильной стратегии лечения, рациональной фармакотерапии и мониторинга инфекционных заболеваний.

Сложившаяся ситуация в области мониторинга клинически значимых микроорганизмов продиктовала необходимость создания комплексных систем, позволяющих адекватно сканировать, выявлять и расшифровывать молекулярные механизмы формирования лекарственной устойчивости, а также прогнозировать микроэволюционные события исходя из мониторинга изменчивости бактериальных и вирусных популяций.

Приоритетность данного исследования состоит в решении этой проблемы путем разработки универсального комплексного вертикально-интегрированного подхода, основанного на комбинации технологий генетического и протеомного типирования с использованием времяпролетной матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации (МАЛДИ) масс-спсктрометрии, как универсального анализатора.

Реализация такого подхода позволяет не только обеспечить быструю идентификацию микрофлоры, осуществить молекулярное типирование штаммов, провести оценку лекарственной чувствительности, но и раскрыть новые механизмы формирования клинически значимых признаков — толерантности к лекарственной терапии, патогенности.

Для иллюстрации возможностей создаваемой измерительной платформы объектами исследования выбраны группы клинически значимых микроорганизмов

Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, вирусы гепатита В и С.

Выбор объектов основан на безусловной актуальности изучения этих патогенов для практического здравоохранении России. Так, в 2007 году в России уровень заболеваемости на 100 тыс. населения составил 82,9 для туберкулеза; 60,34 для гонореи; 5,8 и 3,58 для вирусных гепатитов В и С, соответственно [16].

В большинстве стран распространение инфекционных заболеваний, изменчивость их возбудителей, процессы формирования лекарственной устойчивости контролируются в рамках .международных и национальных программ, например International Union Against Tuberculosis and Lung Disease (IUATLD) (www.iuatld.org) или National Center for HIV/AIDS, Viral Hepatitis, STD, and ТВ Prevention (NCHHSTP) США (www. cdc.gov/nchhstp).

В России соответствующие национальные программы находятся в стадии формирования и нуждаются в разработке и внедрении средств эффективного молекулярного мониторинга возбудителей бактериальных и вирусных инфекций, в частности микобактерий туберкулеза, пневмококка, гонококка, вирусов гепатита В и С.

Цель работы: создание и реализация вертикально интегрированной платформы геномно-протеомного типирования патогенов бактериальной (гонококк, пневмококк, ми-кобактерии туберкулеза) и вирусной (вирусы гепатита В и С) природы для обеспечения широкомасштабного эпидемиологического мониторинга, определения' факторов вирулентности и патогенности и изучения новых молекулярных механизмов формирования лекарственной устойчивости.

Задачи:

1. Разработка и внедрение в практику комплексной технологи на основе времяпро-летной МАЛДИ масс-спектрометрии для высокопроизводительного выявления нуклео-тидных полиморфизмов в геномах бактерий и вирусов. Демонстрация возможности комбинированного анализа биоматериала с применением технологии ДНК-чипов и масс-спектрометрического исследования.

2. Разработка и использование молекулярно-генетических тестов для типирования вирусов гепатита С и В, определение их аналитических характеристик.

3. Оптимизация и осуществление процедуры прямого масс-спектрометрического профилирования бактерий и оценка возможности его применения для типирования и видовой идентификации клинически значимых микроорганизмов.

4. Создание средств молекулярного типирования российской популяции М. tuberculosis и N. gonorrhoeae. Сопоставление информативности методов протеомного и геномного типирования бактерий.

5. Проведение широкомасштабных молекулярно-эпидемиологических исследований географически неоднородных групп (коллекций) изолятов гонококка, микобактерий туберкулеза, пневмококка. Оценка основных тенденций генетической изменчивости в микробных популяциях на территории РФ.

6. Разработка и демонстрация нового алгоритма обнаружения неизвестных молекулярных механизмов лекарственной устойчивости у бактерий на примере анализа гонококка с привлечением протеомных исследований и моделирования генных (метаболических) сетей.

2 Обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Ильина, Елена Николаевна

6 Выводы

1. Оптимизирован и внедрен в практику протокол прямого МАЛДИ масс-спектрометрического профилирования бактерий для видовой идентификации грамполо-жительных (S pneumoniae) и грамотрицательных (N. gonorrhoeae, N. meningitidis) микроорганизмов.

2. В ходе клинической апробации разработанных ДНК-микроматриц продемонстрирована возможность выявления анаэробной флоры при обследовании пациентов с дисбио-тическими явлениями урогенитального тракта — бактериальный вагиноз женщин, неспецифический баланопостит мужчин, что особенно важно в оценке эффективности.специфической терапии.

3. На основе МАЛДИ масс-спектрометрии фрагментов нуклеиновых кислот, сопряженной с последовательными реакциями амплификации и минисеквенирования, разработаны высокопроизводительные системы обнаружения однонуклеотидных полиморфизмов в геномах бактерий и вирусов, пригодные для оценки лекарственной устойчивости S. pneumoniae, М. tuberculosis, N. gonorrhoeae и генотипирования вирусов гепатита В и С, как в культуре микроорганизмов, так и непосредственно в клиническом материале.

4. Молекулярный мониторинг больших и географически неоднородных выборок изолятов S. pneumoniae, М. tuberculosis, N. gonorrhoeae позволил объяснить наблюдаемый устойчивый фенотип микробов на основании обнаруживаемых перестроек в геномной ДНК. В зависимости от возбудителя и рассматриваемой группы АМП прогностическая значимость регистрируемых маркеров гепетически-детерминированной лекарственной устойчивости составила от 82 % до 96 %.

5. Осуществленное генотипирование вирусов гепатита В и С доказывает универсальность разработанного способа регистрации однонуклеотидных полиморфизмов, базирующегося на масс-спектрометрическом анализе ДНК, и открывает перспективы широкомасштабным эпидемиологическим исследованиям в этой области.

6. Расшифрован механизм формирования устойчивости N gonorrhoeae к спектиномицину за счет изолированной мутации в рибосомальном белке S5; объяснен феномен снижения чувствительности гонококка к пенициллину, обусловленный недостаточностью по-риновых каналов, вызванной нарушением интеграции белков внешней мембраны; показано, что невосприимчивость гонококка к сублетальным концентрациям цефтриаксона обеспечивают механизмы, ответственные за выживание бактериальной клетки в условиях осмотического стресса.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Ильина, Елена Николаевна, 2009 год

1. Александров М. Л., Галль JI. Н., Краснов Н. В. и др. Экстракция ионов из растворов при атмосферном давлении новый метод масс-спектрометрического анализа // ДАН СССР. - 1984. -Т. 277.-№2.-С. 379-383.

2. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. Москва, Мир, 2002.

3. Зубков М. Н., Гугуцидзе Е. Н. Микробиологические аспекты диагностики пневмоний //I

4. Пульмонология. 1997. - Т. 1. - С. 41-45.

5. Иванов И., Ершов Г., Мирзабеков А. и др. Диагностика генетических мутаций на олигонуклеотидных микрочипах // Молекулярная Биология. 1997. - Т.31. - С. 159-167.

6. Ильина Е. Н., Артемов Е .К., Говорун В. М., Иванова Л. М., Иваников И. О. Генотипирова-ние РНК вируса гепатита С аллельспецифичной амплификацией // Кремлевская Медицина. Клинический вестник. 2002. - № I. - С. 38 - 41.

7. Коршунов В. М., Володин Н. Н., Ефимов Б. А. и др. Микроэкология влагалища. Коррекция микрофлоры при вагинальных дисбактериозах. Москва. 1999. с. 80.

8. Львов Д. К. Вирусные гепатиты: от А до G и далее // Журнал микробиологии, эпидемиологии, иммунологии. 1997. - № 1. - С. 70 — 77.

9. Львов Д. К., Самохвалов Е. И., Миширо С., и др. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ // Вопросы вирусологии. — 1997. № 4. - С. 157 - 161.

10. Мавров И.И. Половые болезни. Энциклопедический справочник. Москва, АСТ-Пресс, 1994, с. 365-367.

11. Мамырин Б. А., Каратаев В. И., Шмикк Д. В., Загулин В. А. Масс-рефлектрон: новый немагнитный времяпролетный масс-спектрометр высокого разрешения //Журнал экспериментальной и теоретической физики. 1973. -Т. 64. - Вып. 1. - С. 82 - 89.

12. Мирзабеков А.Д., Прокопенко Д.В., Чечеткин В.Р. Применение матричных биочипов с иммобилизованной ДНК в биологии и медицине. Информационные медико-биологические технологии (под ред. В.А. Княжева и К.В. Судакова). ГЭОТАР-МЕД, Москва, 2002, с. 166 198.

13. Министерство здравоохранения РФ. О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации // Приказ № 109 от 21 марта 2003 г.

14. Ноников В.Е., Зубков М.Н., Гугуцидзе Е.Н. Этиология острых пневмоний у лиц пожилого и старческого возраста//Терапевтический архив. 1990.-Т. З.-С. 30-33.

15. О санитарно-эпидемиологической обстановке в Российской Федерации в 2007 году. // Государственный доклад. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора. — 2008.

16. Осипов Г.А., Демина A.M. Хромато-масс-спектрометрическое обнаружение микроорганизмов в анаэробных инфекционных процессах // Вестник РАМН. 1996. -Т. 2. - С. 52-59.

17. Писарева М.М. Молекулярно-биологические особенности вируса гепатита В дикой и му-тантной форм в трех регионах российской федерации // Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук, Санкт-Петербург, 2007

18. Сидоренко С.В. Бета-лактамазы расширенного спектра действия: клиническое значение и методы детекции // Инфекции и антимикробная терапия. 2002. - Т. 4 . - № 6. - С. 23-29.

19. Сидоренко С.В. Проблемы этиотропной терапии внебольничных инфекций дыхательных путей // Инфекции и антимикробная терапия. 1999. - Т. 4. - № 1. - С. 4—9.

20. Сидоренко С.В. Резистентность микроорганизмов и антибактериальная терапия // Русский медицинский журнал. 1998. - Т. 6. - № 11.

21. Страчунский J1.C., Кречикова О.И., Решедько Г.К. и др. Чувствительность к антибиотикам пневмококков, выделенных от здоровых детей из организованных коллективов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. -1999. Т. 1. - № 1. - С. 31 - 39.

22. Шилова М.В. Распространенность туберкулеза в Российской Федерации /М.В. Шилова // Главврач. 2005. - № 3. - С. 73-87.

23. Abeck D., Johnson А.Р., Grimm W. et al. Plasmid content, serotypes, and antimicrobial susceptibility of Neisseria gonorrhoeae strains isolated in Munich in 1987-1988 // Eur J Epidemiol. 1989. -Vol. 5.-P. 170-172.

24. Abel A., Sanchez S., Arenas J. et al. Bioinformatic analysis of outer membrane proteome of Neisseria meningitidis and Neisseria lactamica // Int Microbiol. 2007. —Vol. 10. — P. 5-11.

25. Adam H.J., Schurek K.N., Nichol K.A. Molecular characterization of increasing fluoroquinolone resistance in Streptococcus pneumoniae isolates in Canada, 1997 to 2005 // Antimicrob Agents Chemother. -2007. -Vol. 51. P. 198-207.

26. Ahmad S., Jaber A.A., Mokaddas E. Frequency of embB codon 306 mutations in ethambutol-susceptible and -resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates in Kuwait. // Tuberculosis. 2007. -Vol. 87.-P. 123-129.

27. Ahmad S., Mokaddas E., Jaber A.-A. Rapid detection of ethambutol-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by PCR-RFLP targeting embB codons 306 and 497 and iniA codon 501 mutations // Mol Cell Probes. 2004. -Vol. 18. -P. 299-306.

28. Akhras M.S., Unemo M., Thiyagarajan S. et al. Connector inversion probe technology: a powerful one-primer multiplex DNA amplification system for numerous scientific applications // PLoS ONE. -2007.-Vol. 2.-P. e915.

29. Alangaden G.J., Kreiswirth В., Aouad A. et al. Mechanism of resistance to amikacin and kana-mycin in Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 1998. - Vol. 42. - P. 12951297.

30. Albrethsen J. Reproducibility in Protein Profiling by MALD1-TOF Mass Spectrometry // Clinical Chemistry. 2007. - Vol. 53. - P. 852-858.

31. A. Fernardo, Pfyffer G.E., Telenti A. Role of embB in Natural and Acquired Resistance to Ethambutol in Mycobacteria//Antimicrob Agents Chemother. 1997.-Vol. 41.-P. 2270-2273.

32. Alexander S., Martin I.M., Fenton K., Ison C.A. The prevalence of proline iminopeptidase negative Neisseria gonorrhoeae throughout England and Wales // Sex Transm Infect. 2006. -Vol. 82. - P. 280-282.

33. Al-Haroni M., Skaug N., Bakken V., Cash P. Proteomic analysis of ampicillin-resistant oral Fu-sobacterium nucleatum. // Oral Microbiol Immunol. -2008. -Vol. 23. P. 36-42.

34. Allix-Beguec C., Supply P., Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriological analysis // Clin Infect Dis. -2004. -Vol. 39. -P. 783-789.

35. Anhalt J.P., Fenselau C. Identification of bacteria using mass spectrometry // Analytical Chemistry. -1975. -Vol. 47. -P. 219-225.

36. Annenkov V.V., Levina A.S., Danilovtseva E.N., et al. Functionalized nanocomposite coating of a glass surface for oligonucleotide immobilization // Bioorg Khim. -2006. -Vol. 32. -P. 511-519.

37. Anthony R.M., Brown T.J., French G.L. Rapid diagnosis of bacteremia by universal amplification of 23S ribosomal DNA followed by hybridization to an oligonucleotide array // J Clin Microbiol. 2000. -Vol.38.-P. 781-788.

38. Anti-tuberculosis drug resistance in the world. // The WHO/IUATLD Global Project on Antituberculosis Drug Resistance Surveillance., 4th global report. 2008.

39. Araus-Ruiz P., Norder H., Visona K.A., et al. Genotype F prevails in HBV infected patients of hispanic origin in Central America and may carry the precore stop mutant // J Med Virol. -1997. —Vol. 51. -P. 305-312.

40. Arauz-Ruiz P., Norder H., Robertson B.H., Magnius L.O. Genotype H: a new Amerindian genotype of hepatitis В virus revealed in Central America// J. Gen. Virol. -2002. -Vol. 83. -P. 2059-2073.

41. Arbique J.C., Poyart C., Trieu-Cuot P. et al. Accuracy of phenotypic and genotypic testing for identification of Streptococcus pneumoniae and description of Streptococcus pseudopneumoniae sp // J Clin Microbiol. 2004. -Vol. 42. -P. 4686-4696.

42. Arlet G., Philippon A. PCR-based approaches for the detection of bacterial resistance. // G. D. Ehrlich and S. J. Greenberg. PCR-based diagnostics in infectious diseases / Blackwell Scientific Publications. Oxford, United Kingdom. 1994. - P. 665-687.

43. Ayer V., Tewodros W., Manoharan A., et al. Tetracycline resistance in group a streptococci: emergence on a global scale and influence on multiple-drug resistance // Antimicrob Agents Chemother. -2007.-Vol. 51.-P. 1865-1868.

44. Backman M., Ruden A.K., Bygdeman S.M., et al. Gonococcal serovar distribution in Stockholm with special reference to multipule infections and infected partners //'Acta Pathol Microbiol Immunol Scand. -1985. Vol. 93. - P. 225 - 232.

45. Balsalobre L., Ferrandiz M.J., Linares J. et al. Viridans group streptococci are donors in horizontal transfer of topoisomerase iv genes to streptococcus pneumoniae // Antimicrob Agents Chemother. -2003. Vol. 47. - P. 2072-2081.

46. Balsalobre L., Hernandez-Madrid A., Llull D. et al. Molecular characterization of disease-associated streptococci of the mitis group that are optochin susceptible // J Clin Microbiol. 2006. - Vol. 44. - P. 4163-4171.

47. Banerjee A., Dubnau E., Quemard A., et al. InhA, a gene encoding a target for isoniazid and ethionamide in Mycobacterium tuberculosis. // Science. 1994. - Vol. 263. — P. 227-230.

48. Banerjee A., Sugantino M., Sacchettini J.C., Jacobs W.R.Jr. The mabA gene from the inhA ope-ron of Mycobacterium tuberculosis encodes a 3-ketoacyl reductase that fails to confer isoniazid resistance // Microbiology. 1998. - Vol. 144. -P. 2697-2707.

49. Barun M., Kurepina N.E., Bifani P.J. and Kreiswirth B.N. Molecular Epidemiology of Tuberculosis: Current Insights // Clinical Microbiology Reviews. 2006. - Vol. 19. - P. 658-685.

50. Baiimert T.F., Rogers S.A., Hasegawa K., Liang T.J. Two Core Promotor Mutations Identified in a Hepatitis В Virus Strain Associated with Fulminant,Hepatitis Result in Enhanced Viral Replication // J Clin Invest. 1996. - Vol. 98. - P. 2268-2276.

51. Beavis R.C., Chait B.T. Cinnamic acid derivatives as matrices for ultraviolet laser desorption mass spectrometry of proteins // Rapid Commun Mass Spectrom. -1989. -Vol. 3. -P.432-435.

52. Beavis R.C., Chaudhary Т., Chait B.T. a-cyano-4-hydroxycinnamic acid as a matrix for matrix-assisted laser desorption mass spectrometry // Org. Mass Spectrom. 1992. - Vol. 27. - P. 156-158.

53. Behr Т., Koob C., Schedl M. et al. A nested array of rRNA targeted probes for the detection and identification of enterococci by reverse hybridization // Syst Appl Mycrobiol. 2000. - Vol. 23. - P. 563572.

54. Belland R.J., Morrison S.G., Ison C., Huang W.M. Neisseria gonorrhoeae acquires mutations in analogous regions of gyrA and parC in fluoroquinolone-resistant isolates // Mol Microbiol. 1994. — Vol. 14.-P. 371-380.

55. Ben L.M. van Baar. Characterisation of bacteria by matrix-assisted laser desorption/ionisation and electrospray mass spectrometry // FEMS Microbiology Reviews. 2000. - Vol. 24. - P. 193-219.

56. Bennett J.S., Jolley K.A., Sparling P.F., et al. Species Status of Neisseria gonorrhoeae: Evolutionary and Epidemiological Inferences from MLST// BMC Biol. 2007. - Vol. 5. - P. 35

57. Bergey D.H. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. 9th ed. // Lippincott Williams & Wilkins.-1994.-ISBN.

58. Berlin K., Ballhause M. and Cardon K. Improved bisulfite conversion of DNA // 2005 Patent PCT/WO/2005/038051.

59. Bernardini G., Braconi D., Santucci A. The analysis of Neisseria meningitidis proteomes: reference maps and their applications // Proteomics. 2007. -Vol. 7. -P. 2933-2946.

60. Bernardini G., Braconi D., Martelli P., Santucci A. Postgenomics of Neisseria meningitidis for vaccines development// Expert Review of Proteomics. -2007. Vol. 4. - P. 667-677.

61. Bifani P.J., Mathema В., Kurepina N.E. and Kreiswirth B.N. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains// Trend Microbiol. -2002. -Vol. 10. -P. 45 52.

62. Bilek N., Martin I.M., Bell G. et al. Concordance between Neisseria gonorrhoeae genotypes recovered from known sexual contacts // J Clin Microbiol. -2007. -Vol. 45. -P. 3564-3567.

63. Bjellqvist В., Ek K., Righetti P.G. et al. Isoelectric focusing in immobilized,pH gradients: Principle, methodology and some applications Hi Biochem Biophys Methods. 1982. - Vol. 6. - P. 317-339.

64. Blumberg B.S., Sutnick A.I., London W.T. Australia antigen and hepatitis-// JAMA. 1969. -Vol. 207.-P. 1895-1896.

65. Bos M.P., Tommassen J. Biogenesis of the Gram-negative bacterial outer membrane // Current Opinion in Microbiology.-2004.-Vol. 7.-P. 610-616.

66. Boslego J.W., Tramont E.C., Takafuji E.T. et al. Effect of spectinomycin use on the prevalence of spectinomycin-resistant and penicillinase-producing Neisseria4 gonorrhoeae // N Engl J Med. 1987. -Vol. 317.-P. 272-278.

67. Bottger E.C. and Springer B. Tuberculosis: drug resistance, fitness, and strategies for global control//Eur J Pediatr. 2008. - Vol. 167.-P. 141-148.

68. Bouchara J.P., Hsieh H.Y., Croquefer S. et al. Development of an oligonucleotide array for direct detection of fungi in sputum samples from patients with cystic fibrosis // J CliniMicrobiol. — 2009. Vol. 47.-P. 142-152.

69. Bozdogan В., Appelbaum P.C., Kelly L.M. et al. Activity of telithromycin and seven other agents against 1034 pediatric Streptococcus pneumoniae isolates from ten central and eastern European centers// Clin Microbiol Infect 2003. - Vol. 9. - P. 653-661.

70. Brennan P.J. The envelope of mycobacteria. // Ann Rev Biochera. 1995. - Vol. 64. - P. 29-63.236

71. Brown S.D., Farrell D.J. Antibacterial susceptibility among Streptococcus pneumoniae isolated from paediatric and adult patients as part of the PROTEKT US study in 2001-2002. // J. Antimicrob Chemother. 2004. - Vol. 54. - P. i23-i29.

72. Brunham R.C., Plummer F., Slaney L. et al. Correlation of auxotype and protein I type with expression of disease due to Neisseria gonorrhoeae // J Infect Dis. -1985. Vol. 152. - P. 339 - 343.

73. Bukh J., Purcell R.H. and Miller R.H. Sequence analysis of the 5' noncoding region of hepatitis С virus // Proc Natl Acad Sci USA. 1992. - Vol. 89. -P. 4942-4946.

74. Bukh J., Purcell R.H., Miller R.H. Sequence analysis of the core gene of the 14 hepatitis С virus genotypes. // Proc Natl Acad Sci USA. 1994. - Vol. 91. - P. 8239-8243.

75. Bumann D., Jungblut P.R., Meyer T.F. Helicobacter pylori vaccine development based on combined subproteome analysis// Proteomics 2004. - Vol. 4. - P. 2843-2853.

76. Bygdeman S.M., Mardh P.A., Sandstrom E.G. Susceptibility of Neisseria gonorrhoeae to rifampi-cin and thiamphenicol: correlation with protein I antigenic determinants // Sex Transm Dis. 1984. - Vol. 11.-P. 366-370.

77. Cannon J.G., Buchanan T.M., Sparling P.F. Confirmation of association of protein I serotype of Neisseria gonorrhoeae with ability to cause disseminated infection // Infect Immun. -1983. Vol. 40. - P. 816-819.

78. Carapito R., Chesnel L., Vernet T. and Zapun A. Pneumococcal D-Lactam Resistance Due to a Conformational Change in Penicillin-binding Protein 2x. // J Biol Chem. 2006. - Vol. 281. - P. 17711777.

79. Carvalho M.G.S., Steigerwalt A.G., Thompson T. et al. Confirmation of nontypeable Streptococcus pneumoniae-like organisms isolated from outbreaks of epidemic conjunctivitis as Streptococcus pneumoniae. //J Clin Microbiol. -2003. Vol.41. - P. 4415-4417.

80. Castanheira M., Gales A.C., Mendes R.E., et al. Antimicrobial susceptibility of Streptococcus pneumoniae in Latin America: results from five years of the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program // Clin Microbiol Infect 2004. - Vol. 10. - P. 645-651.

81. Chan H.L., Wong M.L., Hui A.Y. et al. Hepatitis В virus genotype С takes a more aggressive disease course than hepatitis В virus genotype В in hepatitis В e antigen-positive patients Hi Clin Microbiol. 2003. - Vol. 41. - P. 1277-1279.

82. Chan S.W., McOmish F., Holmes E.C. et al. Analysis of a new hepatitis С virus type and its phy-logenetic relationship to existing variants //J Gen Virol. 1992. - Vol. 73. - P. 1131-1141.

83. Chandler L.J., Reisner B.S., Woods G.L. and Jafri A.K. Comparison of four methods for identifying Streptococcus pneumoniae // Diagn Microbiol Infect Dis. -2000. Vol. 37. P. 285-287.

84. Chee M., Yang R., Hubbell E., et al. Accessing genetic information with high-density DNA arrays // Science. 1996. - Vol. 274, - P. 610-614.

85. Chen С. C., Teng L. J., Kaiung S., Chang Т. C. Identification of clinically relevant viridans streptococci by an oligonucleotide array //J Clin Microbiol. -2005. -Vol. 43. -P. 1515-1521.

86. Cheng V.C., Yew W.W., Yuen K.Y. Molecular diagnostics in tuberculosis. // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2005. - Vol. 24. - P. 711-720.

87. Chi F., Nolte O., Bergmann C., lp M., Hakenbeck R. Crossing the barrier: Evolution and spread of a major class of mosaic pbp2x in Streptococcus pneumoniae, S. mitis and S. oralis. // Int J Med Microbiol. 2007. - Vol. 297. - P. 503-512.

88. Cho J.C., Tiedje J. M. Quantitative detection of mycrobial genes by using DNA // Appl Environ Mycrobiol. 2000. - Vol. 66. - P. 1425-1430.

89. Choo Q.L., Kuo G., Weiner J. et al. Isolation of cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B hepatitis genome // Science. 1989. - Vol. 244. - P. 359-362.

90. Chopra I., Roberts M. Tetracycline antibiotics: mode of action, applications, molecular biology, and epidemiology of bacterial resistance // Microbiol Mol Biol Rev. -2001. -Vol. 65. -P. 232-260.

91. Chouchane S., Lippai 1. and Magliozzo R.S. Catalaseperoxidase (Mycobacterium'tuberculosis KatG) catalysis and isoniazid activation // Biochemistry 2000. - Vol. 39. - P. 9975-9983.

92. Chung G.T., Yoo J.S., Oh II.B. et al. Complete Genome Sequence of Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 // J Bacteriol. -2008. -Vol. 190. -P. 6035-6036.

93. Claudio P., A. Olivieri, L. Benacchio, C. Scarparo. Current Perspectives on Drug Susceptibility Testing of Mycobacterium tuberculosis Complex: the Automated Nonradiometric Systems // J Clin Microbiol. 2006. - Vol. 44. - P. 20-28.

94. Cole J.N., Henningham A., Gillen C.M. et al. Human pathogenic streptococcal proteomics and vaccine development // Proteomics Clin. Appl. 2008. - V. 2. - P. 387^110.

95. Cole S.T., Brosch R., Parkhill J. et al. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence // Nature. 1998. -Vol. 393. - P. 537-544.

96. Connell S.R., Tracz D.M., Nierhaus K.H., Taylor D.E. Ribosomal protection proteins and their mechanism of tetracycline resistance // Antimicrob Agents Chemother. —2003. —Vol. 47. —P. 3675-3681.

97. Cooksey R.C., Morlock G.P., Mcqueen A. et al. Characterization of streptomycin resistance mechanisms among Mycobacterium tuberculosis isolates from New York City // Antimicrob Agents Chemother 1996. - Vol. 40. - P. 1186-1188.

98. Corkill J.E., Percival A., Lind M. Reduced uptake of ciprofloxacin in a resistant strain of Neisseria gonorrhoeae and transformation of resistance to other strains // J Antimicrob Chemother. 1991. -Vol. 28.-P. 601-604.

99. Courvalin P. Genotypic approach to the study of bacterial resistance to antibiotics // Antimicrob Agents Chemother. 1991.-Vol. 35.-P. 1019-1023.

100. Criswell D., Tobiason V.L., Lodmell J.S., Samuels D.S. Mutations conferring aminoglycoside and spectinomycin resistance in Borrelia burgdorferi // Antimicrob Agents Chemother. 2006. - Vol. 50. .p. 445-452.

101. Csonka L.N. Physiological and Genetic Responses of Bacteria to Osmotic Stress// Microbiological Reviews. 1989. - Vol. 53. - P. 121-147.

102. Currie G.J. and Yates J.R. Analysis of oligodeoxynucleotides by negative-ion matrix-assisted la-ser-desorption mass-spectrometiy //J Am Soc Mass Spectrom. 1993. - Vol. 4. - P. 955-963.

103. Cynamon M.H., Klemens S.P. Antimycobacterial activity of a series of pyrazinoic acid esters // J Med Chem. 1992. - Vol. 35. - P. 1212-1215.

104. Davidson F., Simmonds P., Ferguson J.C., et al. Survey of major genotypes and subtypes of hepatitis С virus using RFLP of sequences amplified from the 5' non-coding region // J Gen Virol. 1995. -Vol. 76.-P. 1197-1204.

105. De Barber A.E., Mdluli K., Bosman M. et al. Ethionamide activation and sensitivity in multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis // Proc Natl Acad Sci USA. 2000.- - Vol. 97. - P. 9677-9682.

106. De Castillo M.C., de Saab O.A., de Nader O.M., de Ruiz Holgado A.P. In vitro comparison of disk diffusion and agar dilution antibiotic susceptibility test methods for Neisseria gonorrhoeae // Mem Inst Oswaldo Cruz. 1998: -Vol. 93. - P. 517-522.

107. De Jongh M., Dangor Y., Ison C., Hoosen A. Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence typing (NG-MAST) of ciprofloxacin resistant isolates of Pretoria, South Africa // J Clin Pathol. 2008. -Vol. 61.-P. 686-687.

108. Deguchi Т., Yasuda M., Asano M:, et al. DNA gyrase mutations in fluoro-quinolone-resistant clinical isolates of Neisseria gonorrhoeae // Antimicrob Agents Chemother. 1995. - Vol. 39. - P.' 561563.

109. Dillon J.R:, Li H., Yeung K.H., Aman T.A. A PCR assay for discriminating Neisseria gonorrhoeae P-lactamase-producing plasmids // Mol Cell Probes. 1999. - Vol. 13. - P. 89-92.

110. Distler A.M. and Allison J. 5-MethoxysaIicylic acid and spermine: a new matrix for the matrix-assisted laser, desorption/ionization mass spectrometry analysis of oligonucleotides // J Am. Soc. Mass Spectrom. 2001. - Vol. 12. - P. 456-462.

111. Dowson C.G., Jephcott A.E., Gough K.R., Spratt B.G. Penicillin-binding protein 2 genes of non-beta-lactamase-producing, penicillin-resistant strains of Neisseria'gonorrhoeae // Mol Microbiol. 1989. -Vol. 3.-P. 35-41.

112. Drlica K. and Malik M. Fluoroquinolones: action.and resistance // Curr Top Med Chem. 2003. -Vol. 3.-P. 249-282.

113. Drobniewski F., Balabanova Y., Nikolayevsky V. et al. Drug-Resistant Tuberculosis, Clinical Virulence, and the Dominance of the Beijing Strain Family in Russia // JAMA. 2005. -Vol. 293. -P. 2726-2731.

114. Drummelsmith J., Winstall E., Bergeron M.G. et al. Comparative proteomics analyses reveal a potential biomarker for the detection of vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus strains // J Proteome Res. 2007. - Vol. 6. - P. 4690-4702.

115. Ecker J.A., Massire C., Hall T.A. et al. Identification of Acinetobacter Species and Genotyping of Acinetobacter baumannii by Multilocus PCR and Mass Spectrometry // J Clin. Microbiol. 2006. - Vol. 44.-P. 2921-2932.

116. Ecker D.J., Sampath R., Blyn L.B. et al. Rapid identification and strain-typing of respiratory pa- j thogens for epidemic surveillance // Proc Natl Acad Sci USA. -2005. -Vol. 102. -P. 8012-8017.

117. Edwards J.R., Ruparel H., Ju J. Mass-spectrometry DNA sequencing (review) // Mutation Research.-2005. Vol. 573.-P. 3-12.

118. Edwards S. Balanitis and balanoposthitis: a review. // Genitourinary Medicine. — 1996. — Vol. 72. -P. 155-159.

119. Elliott B. Mass Spectrometry Analysis of Oligonucleotide Syntheses // Integrated DNA Technologies. — 2005. — Technical bulletin.

120. Enomoto N., Kurosaki M., Tanaka Y. et al. Fluctuation of hepatitis С virus quasispecies in persistent infection and interferon treatment revealed by single-strand conformation polymorphism analysis // J Gen. Virol. 1994. -Vol. 75. - P. 1361-1369.

121. EUCAST. http://www.escmid.org/sites/indexf.aspx?par=2.4

122. Facklam R. What happed to the streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes // Clin. Microbiol. Rev. -2002. Vol. 15. - P. 613-630.

123. Facklam R., Pigott N. Description of phenotypic characteristics to aid in the identification of Streptococcus pneumonia // A. Totollan. Pathogenic streptococci: present and future. / Lancer Publications, St. Petersburg, 1994.

124. Farrell D.J., Douthwaite S., Morrissey I. et al. Macrolide Resistance by Ribosomal Mutation in Clinical Isolates of Streptococcus pneumoniae from the PROTEKT 1999-2000 Study // Antimicrob Agents Chemother. -2003. Vol. 47. - P. 1777-1783.

125. Farrell D.J., Morrissey I., Bakker S., et al. Molecular Epidemiology of Multiresistant Streptococcus pneumoniae with Both erm(B)- and'mef(A)-Mediated Macrolide Resistance // J Clin Microbiol. -2004. Vol. 42. - P. 764-768.

126. Farrell D.J. Evaluation of AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae PCR Using cppB Nested PCR and 16S rRNA PCR // J Clin Microbiol. 1999. - Vol. 37. - P. 386-390.

127. Feavers 1.М., Fox A.J., Gray S. et al. Antigenic diversity of meningococcal outer membrane protein PorA has implications for epidemiological analysis and vaccine design // Clin Diagn Lab Immunol. -1996.-Vol.3.-P. 444-450.

128. Fei Z., Ono Т., Smith L.M. MALDI-TOF mass spectrometric typing of single nucleotide polymorphisms with mass-tagged ddNTPs // Nucleic Acids Research. -1998. -Vol. 26. -P. 2827-2828.

129. Felmingham D., Canton R., Jenkins S.G. Regional trends in beta-lactam, macrolide, fluoroquinolone and telithromycin resistance among Streptococcus pneumoniae isolates 2001-2004. // J Infect. -2007.-Vol. 55.-P. 111-118.

130. Fenselau C., Demirev P.A. Characterization of intact microorganisms by MALDI mass spectrometry // Mass Spectr Rev. -2001. Vol. 20. - P. 157-171.

131. Ferrandiz M.J., Fenoll A., Linares J., De La Campa A.G. Horizontal transfer of parC and gyrA in fluoroquinolone-resistant clinical isolates of Streptococcus pneumoniae // Antimicrob Agents Chemother. 2000. - Vol. 44. - P. 840-847.

132. Francois P, Huyghe A, Charbonnier Y et al. Use of an automated multiple-locus, variable-number tandem repeat-based method for rapid and high-throughput genotyping of Staphylococcus aureus isolates. U J Clin Microbiol -2005. Vol. 43. - P. 3346-3355.

133. Friedrichs C., Rodloff A.C., Chhatwal G.S. et al. Rapid identification of viridans streptococci by mass spectrometric discrimination // J Clin Microbiol. — 2007. — Vol. 45. — P. 2392-2397.

134. Frothingham R., Meeker-O'Connell W.A. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats II Microbiol. -1998. -Vol. 144. -P. 11891196.

135. Fu D.J., Tang K., Braun A. et al. Sequencing exons 5 to 8 of the p53 gene by MALDI-TOF mass spectrometry //Nat Biotechnol. 1998. - Vol. 16. - P. 381-384.

136. Fu Y., Xu S., Pan C. et al. A matrix of 3,4-diaminobenzophenone for the analysis of oligonucleotides by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry // Nucleic Acids Research 2006,- Vol. 34. - P. e94.

137. Fudyk T.C., Maclean I.W., Simonsen J.N. et al. Genetic Diversity and Mosaicism at the por Locus of Neisseria gonorrhoeae // J Bacteriol. 1999. - Vol. 181. - P.5591-5599.

138. Galimand M., Gerbaund G., Courvalin P. Spectinomycin resistance in Neisseria spp. due to mutations in 16S rRNA// Antimicrob Agents Chemother. 2000. - Vol. 44. - P. 1365-1366.

139. Gangadharam P.R., Pratt P.F., Perumal V.K., Iseman M.D. The effects of exposure time, drug concentration, and temperature on the activity of ethambutol versus Mycobacterium tuberculosis// Am Rev Respir Dis. 1990. - Vol. 141. - P. 1478-1482.

140. Gill M. J., Simjee S., Al-Hattawi K., et al. Gonococcal resistance to p-lactams and tetracycline involves mutation in loop 3 of porin encoded at the penB locus. // Antimicrob Agents Chemother. 1998. -Vol. 42.-P. 2799-2803.

141. Gillespie D., Spiegelman S. A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNA immobilized on a membrane // J Molecular Biology. 1965. - Vol.12. - P.829-842.

142. Global prevalence and incidence of selected curable sexually transmitted infections. Overview and estimates // WHO. 2007. - P: 43.

143. Glynn J.R., Whiteley J., Bifani P.J. et al. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review // Emerg Infect Dis. -2002. -Vol.8. -P.843-849.

144. Gohlke R.S. Time-of-flight mass spectrometry and gas-liquid partition chromatography // Anal Chem. —1959. -Vol. 31.-P. 535-541.

145. Gohlke R.S., McLafferty F.W. Early gas chromatography/mass spectrometry // J Am Soc. Mass Spectrom. -1993. -Vol. 4. -P. 367-371.

146. Gonzalez-Peralta R.P., Liu W.Z., Davis G.L. et al. Modulation of hepatitis С virus quasispecies heterogeneity by interferon-alpha and ribavirin therapy // J Viral Hepat. -1997. -Vol. 4. -P. 99-106.

147. Gonzalez-Peralta R.P., Qian K.P., She J.Y et al. Clinical implications of viral quasispecies heterogeneity in chronic hepatitis С // J Med Virol. 1996. -Vol. 49. - P. 242-247.

148. Goswami M., Jawali N. Glutathione-mediated augmentation of 6-Iactam antibacterial activity against Escherichia coli // J Antimicrob Chemother. -2007. -Vol. 60. -P. 184-185.

149. Goswami M., Mangoli S.H. and Jawali N. Effects of glutathione and ascorbic acid on streptomycin sensitivity of Escherichia coli // Antimicrob Agents Chemother. -2007. -Vol. 51. -P. 1119-1122.

150. Goswami M., Mangoli S.H., Jawali N. Involvement of reactive oxygen species in the action of ciprofloxacin against Escherichia coli // Antimicrob Agents Chemother. -2006. -Vol. 50. -P. 949-954.

151. Gould R.G. Glutathione as an essential growth factor for certain strains of Neisseria Gonorrhoeae //J Biological Chemistry. -1944. -P. 143 150.

152. Grissa I., Bouchon P., Pourcel C., Vergnaud G. On-line resources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing // Biochimie. -2008. -Vol. 90. -P. 660-668.

153. Gryadunov D., Mikhailovich V., Lapa S. et al. Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis // Clin Microb Infect. -2005. -Vol.11.-P. 531-539.

154. Haag A.M., Taylor S.N., Johnston K.H, Cole R.B. Rapid identification and speciation of Haemophilus bacteria by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry // J Mass Spectrom. -1998. -Vol. 33. -P. 750-756.

155. Hafner R., Cohn J.A., Wright D.J. et al. Early bactericidal activity of isoniazid in pulmonary tuberculosis // Am J Respir Crit Care Med. -1997. -Vol. 156. -P. 918-923.

156. Hagman K.E., Pan W., Spratt B.G. et al. Resistance of Neisseria gonorrhoeae to antimicrobial hydrophobic agents is modulated by the mtrRCDE efflux system // Microbiology. -1995. -Vol. 141. -P. 611-622.

157. Hail M.E., Elliott B. and Anderson A. High-throughput analysis of oligonucleotides using automated electrospray ionization mass spectrometry // Am Biotech Lab. -2004. —Vol. 22. -P. 12-14.

158. Hartmer R., Storm N., Boecker S. et al. RNase T1 mediated base-specific cleavage and MALDI-TOF MS for high-throughput comparative sequence analysis // Nucleic Acids Research. -2003. -Vol.31. -P. e47.

159. Hayashi J., Ohmiya M., Kishihara Y. et al. A statistical analysis of predictive factors of response to human lymphoblastoid interferon in patients with chronic hepatitis С // Am J Gastroenter. -1994. -Vol. 89.-P.2151-2156.

160. Hayashi J., Kishihara Y., Yoshimura E. et al. Relationship of genotype to level of hepatitis С vi-raemia determined by competitive polymerase chain reaction // J Infect. -1995. —Vol. 30. -P. 235-239.

161. Hazbon M.H., Brimacombe M., Bobadilla del Valle M. Population Genetics Study of Isoniazid Resistance Mutations and Evolution of Multidrug-Resistant Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. -2006. -Vol. 50. -P. 2640-2649.

162. Heym В., Stavropoulos E., llonore N. et al. Effects of Overexpression of the Alkyl Hydroperoxide Reductase AhpC on the Virulence and Isoniazid Resistance of Mycobacterium tuberculosis // lnflm-mun.-1997. -Vol. 65.-P. 1395-1401.

163. Hill C., Cotter P.D., Sleator R.D., Gahan C.G.M. Bacterial stress response in Listeria monocytogenes: jumping the hurdles imposed by minimal processing // International Dairy Journal. -2002. -Vol.12.-P.273-283.

164. Hill C. S. Gen-Probe Transcription-Mediated Amplification: System Principles // Gen-Probe Incorporated. — 1996.

165. Hiller K., Schobert M., Hundertmark C. et al. JVirGel: calculation of virtual two-dimensional protein gels //Nucleic Acids Res. -2003. -Vol. 31. -P. 3862-3865.

166. Hobbs M.M., Alcorn T.M., Davis R.H. et al. Molecular typing of Neisseria gonorrhoeae causing repeated infections: evolution of porin during passage within a coMMunity // J Infect Dis. -1999. -Vol. 179.-P. 371-381.

167. Hodinka R.L. The clinical utility of viral quantitation using molecular methods// Clin Diagn Virol.-1998.-Vol. 10.-P. 25-47.

168. Hofstadle S.A., Cummins L.L. Method for rapid purification of nucleic acid for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture // Partent Application Publication. 2005. №: US 2005/0164215 Al.

169. Hofstadle S.A., Sampath R., Blyn L.B. et al. TIGER: the universal biosensor // International Journal of Mass Spectrometry. 2005. -Vol. 242. -P. 23^11.

170. Holland J.J., De La Torre J.C., Steinhauer D.A. RNA virus populations as quasispecies // Curr Top Microbiol Immunol. 1992. -Vol. 176. - P. 1-20.

171. Honisch C., Chen Y., Mortimer C. et al. Automated comparative sequence analysis by base-specific cleavage and mass spectrometry for nucleic acid-based microbial typing // Proc Natl Acad Sci U S A. -2007.-Vol. 104.-P. 10649-10654.

172. Ilina E.N., Malakhova M.V., Generozov E.V. et al. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization -Time of Flight (Mass Spectrometry) for Hepatitis С Virus Genotyping // J Clin Microbiol. -2005. -Vol. 43.-P.2810-2815.

173. Inoue M., Farrell D.J., Kaneko K. et al. Antimicrobial susceptibility of respiratory tract pathogens in Japan during PROTEKT years 1-5 (1999-2004) // Microb Drug Resist. -2008. -Vol. 14. -P. 109-17.

174. Inoue M., Lee N.Y., Hong S.W. et al. PROTEKT 1999-2000: a multicentre study of the antibiotic susceptibility of respiratory tract pathogens in Hong Kong, Japan and South Korea // lnt J Antimicrob Agents. -2004. -Vol. 23. -P. 44-51.

175. Interim recommendations for the surveillance of drug resistance in tuberculosis. // WHO document. 2007.

176. Ito M., Deguchi Т., Mizutani K.S. et al. Emergence and spread of Neisseria gonorrhoeae clinical isolates harboring mosaic-like structure of penicillin-binding protein 2 in central Japan // Antimicrob Agents Chemother.-2005.-Vol. 49.-P. 137-143.

177. Ito Т., Mukaigawa J., Zuo J. et al. Cultivation of hepatitis С virus in primary hepatocyte culture from patients with chronic hepatitis С results in release of high titre infectious virus // J Gen Virol. — 1996.-Vol. 77.-P. 1043-1054.

178. Jacoby G.A., Walsh K.E., Mills D.M. et al. qnrB, Another Plasmid-Mediated Gene for Quinolone Resistance // Antimicrob Agents Chemother. 2006. -Vol. 50. - P. 1178-1182.

179. Janoir C., Zeller V., Kitzis M.D. et al. High-level fluoroquinolone-resistance in Streptococcus pneumoniae requires mutations in parC and gyrA // Antimicrob Agents Chemother. 1996. - Vol. 40. -P. 2760-2764.

180. Jiao W., Mokrousov I., Sun G. et al. Evaluation of New Variable-Number Tandem-Repeat Systems for Typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing Genotype Isolates from Beijing, China // J Clin Microbiol. 2008. -Vol. 46. -P. 1045-1049.

181. Jolley K. A., Feil E.J., Chan M.S., Maiden M.C. Sequence type analysis and recombinational tests (START) // Bioinform. 2001. -Vol. 17. - P. 1230-1231.

182. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology //J Clin Microbiol. 1997. - Vol. 35. - P. 907-914.

183. Kao J.H., Chen P.J., Lai M.Y., Chen D.S. Hepatitis В genotypes correlate with clinical outcomes in patients with chronic hepatitis В // Gastroenterology. 2000. - Vol. 118. - P. 554-559.

184. Kao J.H., Wu N.H., Chen P.J. et al. Hepatitis В genotypes and'the response to interferon therapy // J Hepatol. 2000. - Vol. 33. - P. 998-1002.

185. Karas M.", Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10000 daltons H Anal Chem. 1988. - Vol. 60. - P. 2299- 2301.

186. Kawamura Y., Whiley R-.A., Shu S.-E. et al. Genetic approaches to the identification of the mitis group within the genus Streptococcus // Microbiology. 1999. - Vo. 145. - P. 2605-2613.

187. Kearns A.M., Wheeler J., Freeman R. et al. Pneumolysin detection identifies atypical isolates of Streptococcus pneumoniae // J Clin Microbiol. 2000. - Vol. 38. - P. 1309-1310.

188. Kehrenberg C., Schwarz S. Mutations in 16S rRNA and ribosomal protein S5 associated with high-level spectinomycin resistance in Pasteurella multocida // Antimicrob Agents Chemother. 2007. -Vol. 51.-P. 2244-2246.

189. Kelley C.L., Rouse D.A., Morris S.L. Analysis of ahpC Gene Mutations in Isoniazid-Resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 1997. -Vol. 41. - P. 2057-2058.

190. Keys C.J., Dare D.J., Sutton H. et al. Compilation of a MALDI-TOF mass spectral database for the rapid screening and characterisation of bacteria implicated in human infectious diseases // Infect Genet Evol. 2004. - Vol.- 4. - P: 221-242.

191. Kidd-Ljunggren K., Miyakawa Y., Kidd A.H. Genetic variability in hepatitis В viruses // J Gen Virol. 2002. - Vol! 83. - P. 1267-1280.

192. Kim H. J., Park S. H., Lee Т. H. et al. Microarray detection of food-borne pathogens using specific probes prepared by comparative genomics // Biosens Bioelectron. 2008. -Vol. 24. - P. 238-246.

193. Kim S.J. Drug-susceptibility testing in tuberculosis: methods and reliability of results // Eur Res-pir J. 2005. - Vol. 25. - P. 564-569.

194. Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry / New York: Wiley-Interscience; 2000.

195. Kirpekar F., Nordhoff E., Kristiansen K. et al. 7-Deaza purine bases offer a higher ion stability in the analysis of DNA by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry // Rapid Commun Mass Spectrom. 1995. - Vol. 9. - P. 525 - 531.

196. Kirpekar F., Nordhoff E., Kristiansen K. et al. Matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of enzymatically synthesized RNA up to 150 kDa // Nucleic Acids Res. 1994. - Vol. 22. -P. 3866-3870.

197. Kirpekar F., Nordhoff E., Larsen L.K. et al. DNA sequence analysis by MALDI mass spectrometry // Nucleic Acids Research. 1998. -Vol. 26. - P. 2554-2559.

198. Kirschberg O., Schuttler C., Repp R., Schaefer S. A multiplex-PCR to identify hepatitis В virus genotypes A-F // J Clin Virol. 2004. -Vol. 29. - P. 39-43.

199. Kirthi N, Roy-Chaudhuri B, Kelley T, Culver GM. A novel single amino acid change in small subunit ribosomal protein S5 has profound effects on translational fidelity. // RNA. 2006. - Vol. 12. -P. 2080-2091.

200. Knapp J.S., Tam M.R., Nowinski R.C. et al. Serological classification of Neisseria gonorrhoeae with use of monoclonal antibodies to gonococcal outer membrane protein I // J Infect Dis. 1984. — Vol. 150.-P. 44-48.

201. Koh Т.Н., Sng L.-H., Babini G.S. et al. Hall Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae in Singapore Producing IMP-1 b-Lactamase and Lacking an Outer Membrane Protein // Antimicrob Agents Chemother. -2001. -Vol. 45. -P. 1939-1940.

202. Kremer K., Glynn J.R., Lillebaek T. et al. Definition of the Beijing/W lineage of Mycobacterium tuberculosis on the basis of genetic markers // J Clin Microbiol. -2004. -Vol. 42. -P. 4040-4049.

203. Kumar M.P., Vairamani M., Raju R.P. et al. Rapid discrimination between strains of beta haemo-lytic streptococci by intact cell mass spectrometry // Indian J Med Res. 2004. - Vol. 119. - P. 283-288.

204. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment // Brief Bioinform. -2004. Vol. 5. - P.150-163.

205. Lapierre P., Huletsky A., Fortin V. et al. Real-Time PCR Assay for Detection of Fluoroquinolone Resistance Associated with grlA Mutations in Staphylococcus aureus // J Clin Microbiol. 2003. - Vol. 41.-P. 3246-3251.

206. Larsen M.H., Vilcheze C., Kremer L. et al. Overexpression of inhA, but'not kasA, confers resistance to isoniazid and ethionamide in Mycobacterium smegmatis, M. bovis BCG and M. tuberculosis // Molec Microbiol. 2002. -Vol 46. - P. 453-466.

207. Laszlo A., Gill P., Handzel V. et al. Conventional and radiometric drug susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis complex// J Clin Microbiol. 1983. -Vol. 18. -P. 1335-1339.

208. Lavender С., Globan M., Sievers A. et al. Molecular Characterization of Isoniazid-Resistant Mycobacterium tuberculosis Isolates Collected in Australia // Antimicrob Agents Chemother. 2005. -Vol. 49. - P.4068—4074.

209. Lay J.O.Jr. MALDI-TOF Mass Spectrometry of Bacteria // Mass Spectr Rev. 2001. - Vol. 20. -P. 172-194.

210. Le Fleche P., Fabre M., Denoeud F. et al. High resolution, on-line identification of strains from the Mycobacterium tuberculosis complex based on tandem repeat typing // BMC Microbiol. 2002. -Vol. 2. -P. 37-49.

211. Le Fleche P., Hauck Y., Onteniente L. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis // BMC Microbiology. 2001. -Vol. 1.-P.2.

212. Le Guillou-Guillemette H., Vallet S., Gaudy-Graffin C. et al. Genetic diversity of the hepatitis С virus: impact and issues in the antiviral therapy // World J Gastroenterol. 2007. -Vol. 13. -P. 24162426.

213. Lee J.H., Stripf Т., Roth W.K., Zeuzem S. Non-isotopic detection of hepatitis С virus quasispe-cies by single strand conformation polymorphism // J Med Virol. 1997. -Vol. 53. - P. 245-251.

214. Lee A.S.G., Teo A.S.M. and Wong S.Y. Novel mutations in ndh in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates // Antimicrob Agents Chemother. 2001.- Vol. 45. - P. 2157-2159.

215. Lee A.S., Othman S.N., Ho Y.M'. and Wong S.Y. Novel mutations within the embB gene in ethambutol-susceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 2004. - Vol. 48. - P. 4447-4449.

216. Lee H.Y., Myoung H.J., Bang H.E. et al. Mutations in the embB locus among Korean clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis resistant to ethambutol // Yonsei Med J. 2002. — Vol. 43. - P. 59-64.

217. Lefmann M., Honisch C., Bocker S. et al. Novel mass spectrometry-based tool for genotypic identification of mycobacteria // J Clin Microbiol. 2004. - Vol. 42. - P. 339-346.

218. Lei В., Wei C.J. and Tu S.C. Action mechanism of antitubercular isoniazid. Activation by Mycobacterium tuberculosis KatG, isolation, and characterization of InhA inhibitor // J Biol Chem. 20002. — Vol. 75. - P. 2520-2526.

219. Levin M.E, Hatfull G.F. Mycobacterium smegmatis RNA polymerase: DNA supercoiling, action of rifampicin and mechanism of rifampicin resistance // Mol Microbiol. 1993. - Vol. 8. - P. 277-285.

220. Li Z., Yokoi S., Kawamura Y. et al. Rapid detection of quinolone resistance-associated gyrA mutations in Neisseria gonorrhoeae with a LightCycler // J Infect Chemother. 2002. - Vol. 8. - P. 145150.

221. Liang T.J., Hasegawa K., Rimon N. et al. A hepatitis В virus mutant associated with an epidemic of fulminant hepatitis //New England Journal of Medicine. 1991. -Vol. 324. - P. 1705-1709.

222. Liao M., Helgeson S., Gu W.-M. et al. Comparison of Neisseria gonorrhoeae Multiantigen Sequence Typing and porB Sequence Analysis for Identification of Clusters of N. gonorrhoeae Isolates // J Clin Microbiol. 2009. -Vol. 47. - P. 489 - 491.

223. Lindbiick E., Islam S., Unemo M. et al. Transformation of ciprofloxacin-resistant Neisseria gonorrhoeae gyrA, parE and porBlb genes // lnt J Antimicrob Agents. 2006. - Vol. 28. - P. 206-211.

224. Lindenbach B.D., Evans M.J., Syder A.J. et al. Rice complete replication of hepatitis С virus in cell culture // Science. 2005. - Vol. 309. - P. 623-626.

225. Lindh M., Gonzalez J.E., Norkrans G., Horal P.' Genotyping of hepatitis В virus by restriction pattern analysis of a pre-S amplicon // J Virol Methods. 1998. - Vol. 72. - P. 163-174.

226. Lindh M., Hannoun C., Dhillon A.P. et al. Core promoter mutations and genotypes in relation to viral replication and liver damage in East Asian hepatitis В virus carriers // J Infect Dis. 1999. - Vol. 179.-P. 775-782.

227. Lindroos K., Liljedahl U., Raitio M., Syvanen A.C. Minisequencing on oligonucleotide microar-rays: comparison of immobilisation chemistries // Nucleic Acids Res. 2001. -Vol. 29 - P. e69.

228. Little D.P., Thannhauser T.W., McLafferty F.W. Verification of 50- to 100-mer DNA and RNA sequences with high-resolution mass spectrometry // Proc Natl Acad Sci USA. 1995. - Vol. 92. - P. 2318-2322.

229. Luna V.A., Cousin S., Whittington W.L.Jr. and Roberts M.C. Identification of the conjugativemef gene in clinical Acinetobacter junii and Neisseria gonorrhoeae isolates // Antimicrob Agents Chermother. 2000. - Vol. 44. - P. 2503-2506.

230. Lunel F., Cresta P., Vitour D. et al. Comperetive evolution of hepatitis С virus RNA quantitation by branched DNA, NASBA and monitor assay// Hepatology. -1999. -Vol. 29. P. 528-535.

231. Lynn E.C., Chung M.C., Tsai W.C., Han C.C. Identification of Enterobacteriaceae-Bacteria by Direct Matrix-assisted Laser Desorption/ionization Mass Spectrometric Analysis of Whole Cells // Rapid Comm Mass Spectrom. 1999. - Vol. 13. - P. 2022-2027. ■ 7

232. Mager D.L., Ximenez-Fyvie L.A., Haffajee A.D. and Socransky S.S. Distribution of selected bacterial species on intraoral surfaces // J Clin Periodontal. 2003. - Vol. 30. - P. 644-654.

233. Maggi F., Fornai C., Vatteroni M.L. et al. Differences in hepatitis С virus quasispecies composition between liver, peripheral blood mononuclear cells and plasma // J Gen Virol. — 1997. -Vol. 78. P. 1521-1525.

234. Magnius L.O. and Norder H. Subtypes, genotypes and molecular epidemiology of the hepatitis В virus as reflected by sequence variability of the S-gene // Intervirology. -1995. -Vol. 38. -P. 24-34.

235. Maiden M.C., Bygraves J.A., Feil E. et al. Multilocus sequence typing: A portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms // Proc Natl Acad Sci USA.- 1998. Vol. 95.-P. 3140-3145.

236. Maier Т., Klepel S., Renner U., and Kostrzewa M. Fast and reliable MALDI-TOF MS-based microorganism identification II Nature Methods, Nature Publishing Group. Application notes. — 2006.

237. Markiewicz Z., Tomasz A. Variation in pcnicillin-binding proteins of penicillin-resistant clinical isolates of pneumococci // J Clin Microbiol. 1989. -Vol. 27.- P. 405-410.

238. Marshall D.J., Heisler L.M., Lyamichev V. et al. Determination of hepatitis С virus genotypes in the United States by cleavase fragment length polymorphism analysis // J Clin Microbiol. 1997. - Vol. 35.-P. 3156-3162.

239. Martin C.J. Maiden Population genomics: diversity and virulence in the Neisseria // Curr Opin Microbiol. 2008. - Vol. 11. - P. 467-471.

240. Martin I., Foreman E., Hall V. et al. Non-cultural detection and molecular genotyping of Neisseria gonorrhoeae from a piece of clothing // J Med Microbiol. 2007. -Vol. 56. - P. 487-490.

241. Martin 1., Ison C., Aanensen D. et al. Rapid sequence-based identification of gonococcal transmission clusters in a large metropolitan area // J Infect Dis. 2004. -Vol. 189. - P. 1497-1505.

242. Marttila H.J., Soini H., Huovinen P. and Viljanen M.K. katG Mutations in Isoniazid-Resistant Mycobacterium tuberculosis Isolates Recovered from Finnish Patients II Antimicrob Agents Chemother.- 1996. -Vol. 40.-P. 2187-2189.

243. Masip L., Veeravalli K., Georgiou G. The Many Faces of Glutathione in Bacteria // Antioxid Redox Signal. 2006. -Vol. 8. - P. 753-762.

244. Maurer P., Koch B. and Hakenbeck R. Penicillin-binding Protein 2x of Streptococcus pneumoniae: Three New Mutational Pathways for Remodelling an Essential Enzyme into a Resistance Determinant//J Mol Biol.-2008.-Vol. 376.-P. 1403-1416.

245. Mazars E., Lesjean S., Banuls A.-L. et al. High-resolution minisatellite-based typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology // Proc Natl Acad Sci USA.-2001.-Vol. 98.-P. 1901-1906.

246. McAvin J.C., Reilly P.A. and Lohman K.L. Sensitive and specific method for rapid identification of Streptococcus pneumoniae using real-time fluorescence PCR // J Clin Microbiol. 2001. - Vol. 39. -P.3446-3451.

247. McCammon M.T., Gillette J.S., Thomas D.P. Detection of rpoB mutations associated with rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis using denaturing gradient gel electrophoresis // Antimicrob. Agents Chemother. -2005. -Vol. 49. -P. 2200-2209.

248. McLuckey S.A., Habibi-Goudarzi S. Ion Trap Tandem Mass Spectrometry Applied to Small Multiply Charged Oligonucleotides with a Modified Base // J Am Sot Mass Spectrom. 1994. - Vol. 5. - P. 740-747.

249. Mikusova K., Slayden R.A., Besra G.S. and Brennan P.J. Biogenesis of the mycobacterial cell wall and the site of action of ethambutol 11 Antimicrob Agents Chemother. 1995. - Vol. 39. - P. 24842489.

250. Miller L.P, Crawford J.T, Shinnick T.M. The rpoB gene of Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 1994. - Vol. 38. - P. 805-811.

251. Mizokami M., NakanoT., Orito E. et al. Hepatitis В virus genotype assignment using restriction fragment length polymorphism patterns // FEBS Lett. 1999. - Vol. 450. - P. 66-71.

252. Moazed D., Noller H.F. Interaction of antibiotics with functional sites in 16S ribosomal RNA // Nature. 1987. - Vol. 327. - P. 389-394.

253. Mokrousov I., Bhanu N.V. and Schouls L.M. Multicenter evaluation of reverse line blot assay for detection of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates // J Microbiol Methods. -2004. Vol. 57. - P. 323-335.

254. Mokrousov I., Narvskaya O., Limeschenko E. et al. Detection of ethambutol-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by multiplex Allele-Specific PCR assay targeting embB306 mutations // J Clin Microb. -2002. -Vol. 40. -P. 1617-1720.

255. Moonan P.K., Bayona M., Quitugua T.N. et al. Using GIS technology to identify areas of tuberculosis transmission and incidence // International Journal of Health Geographies. 2004. - Vol. 3. - P. 23.

256. Morozov V.M., Pisareva M.M., Groudinin M.P. Homologous recombination between different genotypes of hepatitis В virus // GENE. 2000. - Vol. 260. - P. 55-65.

257. Morrison K.E., Lake D., Crook J. et al. Confirmation of psaA in all 90 serotypes of Streptococcus pneumoniae by PCR and potential of this assay for identification and diagnosis // J Clin Microbiol. -2000. Vol. 38. - P. 434-437.

258. Morrissey I., George J. Activities of Fluoroquinolones against Streptococcus pneumoniae Type II Topoisomerases Purified as Recombinant Proteins // Antimicrob Agents Chemother. 1999. - Vol. 43. -P. 2579-2585.

259. Morse S.A., Johnson S.R., Biddle J.W. and Roberts M.C. High-level tetracycline resistance in Neisseria gonorrhoeae is result of acquisition of streptococcal tetM determinant // Antimicrob Agents Chemother. 1986. - Vol. 30. - P. 664-670.

260. Mouz N., Di Guilmi A.M., Gordon E. et al. Mutations in the active site of penicillin-binding protein PBP2x from Streptococcus pneumoniae. Role in the specificity for p-lactam antibiotics // J Biol Chem. 1999,-Vol. 274.-P. 19175-19180.

261. Mullis K., Faloona F., Scharf S. et al. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction. 1986II Biotechnology. 1992. -Vol. 24. - P. 17-27.

262. Mundy L.S., Janoff E.N., Schwebke K.E. et al. Ambiguity in the identification of Streptococcus pneumoniae. Optochin, bile solubility, Quellung, and the AccuProbe DNA probe tests // Am J Clin Pathol. 1998. - Vol. 109. - P. 55-61.

263. Munoz R., Fenoll A., Vicioso D., Casal J. Optochin-resistant variants of Streptococcus pneumonia// Diagn Microbiol Infect Dis. 1990. - Vol. 13. - P. 63-66.

264. Naito H., Hayashi S., Abe K. The entire nucleotide sequence of two hepatitis G virus isolates belonging to a novel genotype: isolation in Myanmar and Vietnam // J Gen Virol. 2000. -Vol. 81. - P. 189-194.

265. Navas S., Martin J., Quiroga J.A. et al. Genetic diversity and tissue compartmentalization of the hepatitis С virus genome in blood mononuclear cells, liver, and serum from chronic hepatitis С patients // J Virol. 1998. - Vol. 72. - P. 1640-1646.

266. NCCLS. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; ninth informational supplement M100-S9. 1999. - Vol. 19. -N. 1.

267. Ndiweni D. and Klugman K.P. Altered PBP 2A and Its Role in the Development of Penicillin, Cefotaxime, and Ceftriaxone Resistance in a Clinical Isolate of Streptococcus pneumoniae II Antimicrob Agents Chemother. 2005. - Vol. 49. - P. 2002-2007.

268. Ng L.K., Martin I., Liu G., Bryden L. Mutation in 23S rRNA Associated with Macrolide Resistance in Neisseria gonorrhoeae // Antimicrob Agents Chemother. 2002. - Vol. 46. - P. 3020-3025.

269. Nicholas R.A., Zhao S., Tomberg J., Unemo M., Davies C. Genetics of intermediate resistance to expanded-spectrum cephalosporins in Neisseria gonorrhoeae P054 II 16th International Pathogenic Neisseria Conference.- 2008. Abstract book.

270. Nikaido H. Multiple antibiotic resistanse and efflux // Current opinion of microbiology. 1998. -Vol. 1.- P. 516-523.

271. Nikolayevsky V., Brown Т., Balabanova Y. et al. Detection of Mutations Associated with Isoniazid and Rifampin Resistance in Mycobacterium tuberculosis Isolates from Samara Region, Russian Federation // JCM. 2004. -Vol. 42. - P. 4498-4502.

272. Nordhoff E., Cramer R., Karas M. et al. Ion stability of nucleic acids in infrared matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry //Nucleic Acids Res. 1993. -Vol. 21.- P. 3347-3357.

273. Nordhoff E., Luebbert C., Thiele G. et al. Rapid determination of short DNA sequences by the use of MALDI-MS // Nucleic Acids Research. 2000. - Vol. 28. - P. 86-92.

274. Nordor H., Courouce A.M., Magnius L.O. Molecular basis of hepatitis В virus serotype variations within the four major subtypes//J General Virology. 1992. -Vol. 73. - P. 3141-3145.

275. Nordor H., Couroucee A.M. and Magnius L.O. Complete genomes, phylogenetic relatedness, and structural proteins of six strains of the hepatitis В virus, four of which represent two new genotypes // Virology. 1994. - Vol. 198. - P. 489-503.

276. Null A.P., Hannis J.C. and Muddiman D.C. Genotyping of simple and compound short tandem repeat loci using electrospray ionization fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry // Anal Chem. 2001. - Vol. 73. - P. 4514-4521.

277. O'Neill A.M., Gillespie S.H. and Whiting G. C. Detection of penicillin susceptibility in Streptococcus pneumoniae by pbp2b PCR-restriction fragment length polymorphism analysis // J Clin Microbiol. 1999. -Vol.37.-P. 157-160.

278. Obregon V., Garcia P., Garcia E. Et al. Molecular peculiarities of the lytA gene isolated from clinical pneumococcal strains that are bile insoluble // J Clin Microbiol. 2002. - Vol. 40. - P. 25452554.

279. O'Farrell P.Z., Goodman H.M. and O'Farrell P.H. High resolution two-dimensional electrophoresis of basic as well as acidic proteins // Cell. 1977. - Vol. 12. - P. 1133-1142.

280. O'Farrell P.H., O'Farrell P.Z. Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoretic fractionation // Methods in Cell Biol. 1977. - Vol." 16. - P. 407.

281. Ohno H., Koga H., Kohno S. et al. Relationship between rifampin MICs for and rpoB mutations of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Japan // Antimicrob Agents Chemother. 1996. - Vol. 40.-P. 1053-1056.

282. Okamoto H., Kojima M., Sakamoto M. et al. The entire nucleotide sequence and classification of a hepatitis С virus isolate of a novel genotype from an Indonesian patient with chronic liver disease // J Gen Virol. 1994. - Vol. 75. - P. 629-635.

283. Okamoto H., Sugiyama Y., Okada S. et al. Typing hepatitis С virus by polymerase chain reaction with type-specific primers: application to clinical surveys and tracing infectious sources // J Gen Virol. -1992.-Vol. 73.-P. 673-679.

284. Okuda M., Hino К., Korenaga M. et al. Differences in hypervariable region 1 quasispecies of hepatitis С virus in human serum, peripheral blood mononuclear cells, and liver // Hepatology. 1999. -Vol. 29.-P. 217-222.

285. Olsen В., Hadad R., Fredlund H., Unemo M. The Neisseria gonorrhoeae population in Sweden during 2005-phenotypes, genotypes and antibiotic resistance // АРМ IS. -2008. Vol. 116. - P. 181-189.

286. Pagliero E., Chesnel L., Hopkins J. et al. Biochemical characterization of Streptococcus pneumoniae penicillin-binding protein 2b and its implication in beta-lactam resistance // Antimicrob Agents Chemother. 2004. - Vol. 48. - P. 1848-1855.

287. Pagotto F., Aman Т., Ng L.-K. et al. Sequence analysis of the family of penicillinase-producing plasmids of Neisseria gonorrhoeae based on DNA sequencing // Plasmid. 2000. - Vol. 43. - P. 24-34.

288. Palmer H.M., Young H., Graham C. and Dave J. Prediction of antibiotic resistance using Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence typing // Sex. Transm. Inf. 2008. - Vol. 84 - P. 280-284.

289. Palmer H.M., Leeming J.P., Turner A. A multiplex polymerase chain reaction to differentiate p-lactamase plasmids of Neisseria gonorrhoeae // J Antimicrob Chemoter. 2000. -Vol. 45. - P. 777-782.

290. Pan X.S., Fisher L.M. Streptococcus pneumoniae DNA gyrase and topoisomerase IV: overex-pression, purification, and differential inhibition by fluoroquinolones // Antimicrob Agents Chemother. -1999.-Vol. 43.-P. 1129-1136.

291. Pan C., Xu S., Zhou II. et al. Recent developments in methods and technology for analysis of biological samples by MALDI-TOF-MS // Anal Bioanal Chem. -2007. -Vol. 387. -P. 193-204.

292. Paris M. and Jones M.G.K. Microsatellite genotyping by primer extension and MALDI-ToF mass spectrometry // Plant Molecular Biology Reporter. 2002. - Vol. 20. - P. 259-263.

293. Parsons L.M., Salfinger M., Clobridge A. Phenotypic and Molecular Characterization of Mycobacterium tuberculosis Isolates Resistant to both Isoniazid and Ethambutol// Antimicrob Agents Chemother. 2005. -Vol. 49. -P. 2218-2225.

294. Payungporn S., Tangkijvanich P., Jantaradsamee P. et al. Simultaneous quantitation and genotyping of hepatitis В virus by real-time PCR and melting curve analysis // Journal of Virological Methods. -2004. — Vol. 120.-P. 131-140.

295. Persing D.H., Relman D.A., Tenover F.C. Genotypic detection of antimicrobial resistance // D. H. Persing. PCR protocols for emerging infectious diseases / ASM Press, Washington, D.C., 1996.

296. Pestova E., Millichap J.J., Noskin G.A., Peterson L.R. Intracellular targets of moxifloxacin: a comparison with other fluoroquinolones // J Antimicrob Chemother. 2000. -Vol. 45. - P. 583-590.

297. Phillips G., Barker R. and Brogan O. Optochin-resistant Streptococcus pneumoniae // Lancet. -1988. — P. П281.

298. Piddock L.J.V. Clinically Relevant Chromosomally Encoded Multidrug Resistance Efflux Pumps in Bacteria // Clinical Microbiology Reviews. 2006. - Vol. 19. - P. 382-402.

299. Piddock L.J.V., Johnson M.M., Simjee S., Pumbwe L. Expression of efflux pump gene pmrA in fluoroquinolone-resistant and -susceptible clinical isolates of Streptococcus pneumoniae // Antimicrobial Agents Chemotherapy. 2002. -Vol. 46. - P. 808-812.

300. Piersimoni C., Olivieri A., Benacchio L. and Scarparo C. Current Perspectives on Drug Susceptibility Testing of Mycobacterium tuberculosis Complex: the Automated Nonradiometric Systems // JCM. 2006. -Vol. 44. - P. 20-28.

301. Pignone M., Greth K.M., Cooper J. et al. Identification of Mycobacteria by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight Mass Spectrometry // J Clin Microbiol. 2006. - Vol. 44. - P. 1963-1970.

302. Pikis A., Campos J.M., Rodriguez W.J. and Keith J.M. Optochin resistance in Streptococcus pneumoniae: mechanism, significance and clinical implications // J Infect Dis. 2001. -Vol. 184. - P. 582-590.

303. Pitarch A., Abian J., Carrascal M., et al. Proteomics-based identification of novel Candida albicans antigens for diagnosis of systemic candidiasis in patients with underlying hematological malignancies // Proteomics. 2004. - Vol. 4. - P. 3084-3106.

304. Plinke C., Riisch-Gerdes S., Niemann S. Significance of mutations in embB codon 306 for prediction of ethambutol resistance in clinical Mycobacterium tuberculosis isolates// Antimicrob Agents Chemother. 2006. -Vol. 50. -P. 1900-1902.

305. Poh C.L., Lau Q.C., Chow V.T. Differentiation of Neisseria gonorrhoeae IB-3 and IB-7 serovars by direct sequencing of protein IB gene and pulsed-field gel electrophoresis // J. Med. Microbiol. 1995. -Vol 43.-P. 201-207.

306. Poole K. Efflux-mediated resistance to fluoroquinolones in gram-negative bacteria // Antimicrob Agents Chemother. 2000. - Vol. 44. - P. 2233-2241.

307. Posada G.D., Crandall K.A., Nguyen M. et al. Population Genetics of the porB Gene of Neisseria gonorrhoeae: Different Dynamics in Different Homology // Mol. Biol. Evol. 2000. -Vol. 17. - P. 423 -436.

308. Poynten M., Andresen D.N., Gottlieb T. Laboratory cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis: an investigation and analysis of causes and consequences // Intern Med J. 2002. -Vol. 32. -P. 511-512.

309. Purcell R. The hepatitis С virus: Overview // Hepatology. 1997. -Vol. 26. - Suppl 1. - P. 1 ISMS

310. Ragoussis J, Elvidge GP, Kaur K, Colella S. Matrix-assisted laser desorption/ionisation, time-of-flight mass spectrometry in genomics research // PLoS Genet. -2006. Vol. 2. - P. el00.

311. Ramaswamy S.V., Reich R., Dou S.-J., et al. Graviss Single Nucleotide Polymorphisms in Genes Associated with Isoniazid Resistance in Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. -2003. -Vol. 47. P. 1241-1250.

312. Ramaswamy S.V., Amin A.G., Goksel S. et al. Molecular genetic analysis of nucleotide polymorphisms associated with ethambutol resistance in human isolates of Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 2000. - Vol. 44. - P. 326-336.

313. Ray K., BalaM., Kumari S. and Narain J.P. Antimicrobial resistance of Neisseria gonorrhoeae in selected World Health Organization Southeast Asia Region countries: an overview // Sex Transm Dis. -2005. -Vol. 32. P. 178-84.

314. Ray S.C., Wang Y.M., Laeyendecker O. et al. Acute hepatitis С virus structural gene sequences as predictors of persistent viremia: hypervariable region 1 as a decoy // J Virol. 1999. -Vol. 73. - P. 2938-2946.

315. Reinert R.R., Ringelstein A., van der Linden M. et al. Molecular Epidemiology of Macrolide-Resistant Streptococcus pneumoniae Isolates in Europe // J Clin Microbiology. 2005. -Vol. 43. - P. 1294-1300.

316. Reinert R.R., Wild A., Appelbaum P. et al. Ribosomal mutations conferring resistance to macro-lides in Streptococcus pneumoniae clinical strains isolated in Germany. // Antimicrob Agents Chemother. 2003. -Vol. 47. - P. 2319-2322.

317. Rengarajan J., Sassetti C.M., Naroditskaya V., et al. The folate pathway is a target for resistance to the drug para-aminosalicylic acid (PAS) in mycobacteria // Mol Microbiol. 2004. -Vol. 53. - P. 275282.

318. Richter S.S., Heilmann K.P., Dohrn C.L. et al. Changing Epidemiology of Antimicrobial-Resistant Streptococcus pneumonia in the United States, 2004-2005 // Clinical infectious diseases. -2009. -Vol. 48. P. e23-33.

319. Richter S.S., Heilmann K.P., Beekmann S.E. et al. The molecular epidemiology of streptococcus pneumoniae with quinolone resistance mutations // Clinical Infectious Diseases. 2005. — Vol. 40. — P. 225-235.

320. Richter S.S., Heilmann K.P., Dohrn C.L. et al. Accuracy of Phenotypic Methods for Identification of Streptococcus pneumoniae Isolates Included in Surveillance Programs // J Clin Microbiol. 2008. — Vol.46. P. 2184-2188.

321. Rinder H., Mieskes K.T., Tortoli, E. et al. Detection of embB codon 306 mutations in ethambutol resistant Mycobacterium tuberculosis directly from sputum samples: a low-cost, rapid approach // Mol. Cell. Probes. 2001. - Vol. 15. - P. 37^12.

322. Riska P.F., Jacobs W.R.Jr., Alland D. Molecular determinants of drug resistance in tuberculosis // lnt J Tuberc Lung Dis. 2000. - Vol. 4. - P. 4-10.

323. Roberts M.C., Chung W.O., Roe D. et al. Erythromycin-resistant Neisseria gonorrhoeae and oral commensal Neisseria spp. carry known rRNA methylase genes // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. -Vol.43.-P. 1367-1372.

324. Robertson, J.A. and Stemke G.W. Expanded serotyping scheme for Ureaplasma urealyticum strains isolated from humans // J Clin Microbiol. 1982. - Vol. 15. - P. 873-878.

325. Roepstorff P., Fohlman J. Proposal for a common nomenclature for sequence ions in mass spectra ofpeptides//Biomed. Mass Spectrom. 1984.-Vol. 11.-P. 601.

326. Roskey M.T., Juhasz P., Smirnov I.P. et al. DNA sequencing by delayed extraction-matrix-assisted laser desorption/ionizaton time of fight mass spectrometry // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. -Vol. 93.-P. 4724-4729.

327. Ross P., Belgrader P. Analysis of short tandem repeat polymorphisms in human DNA by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry //Anal Chem. 1997. -Vol. 69. — P. 3966-3972.

328. Ross P., Hall L., Smirnov I., and Haff L. High level multiplex genotyping by MALDI-TOF mass spectrometry // Nature Biotechnology. 1998. - Vol. 16. - P. 1347-1351.

329. Rothberg J.M. and Leamon J.H. The development and impact of 454 sequencing // Nature Biotechnology. 2008. - Vol. 26, - P. 1117- 1124.

330. Rouquette-Loughlin C., Dunham S.A., Kuhn M. et al. The NorM Efflux Pump of Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningitidis Recognizes Antimicrobial Cationic Compounds // J Bacteriol. — 2003.-Vol. 185.-P. 1101-1106.

331. Ruddy M., McHugh T.D., Dale J.W. et al. Estimation of the Rate of Unrecognized Cross-Contamination with Mycobacterium tuberculosis in London Microbiology Laboratories// J Clin.Microbiol. 2002. -Vol. 40. -P. 4100-4104.

332. Ruiru S., Zhang J., Li C. et al. Detection of streptomycin resistance in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from China as determined by denaturing HPLC analysis and DNA sequencing // Mi-crob Infect. 2007. -Vol. 9. -P. 1538-1544.

333. Ryzhov V. and Fenselau C. Characterization of the Protein Subset Desorbed by MALDI from Whole Bacterial Cells // Anal Chem. 2001. -Vol. 73. - P. 746-750.

334. Sandstrom E.G., Knapp J.S., Reller L.B. et al. Serogrouping of Neisseria gonorrhoeae: correlation of serogroup with disseminated gonococcal infection // Sex Transm Dis. -1984; -Vol. 11. P. 77 - 80.

335. Sandstrom E. and Danielsson D. Serology of Neisseria gonorrhoeae. Classification by co-agglutination // Acta Pathol Microbiol Scand Sect. B. 1980. - Vol. 88. - P. 27-38.

336. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.RI DNA sequencing with chain terminating inhibitors // Proc. Natl. Academ. Sci. USA. 1977. - Vol.74. - P. 5463-5467.

337. Sarandopoulos S. and Davies J.K. Genetic Organization and Evolution of the Cryptic Plasmid of Neisseria gonorrhoeae // Plasmid. 1993. -Vol. 29. - P. 206-221.

338. Sauer S. The essence of DNA sample preparation for MALDI mass spectrometry // J Biochem Biophys Methods. 2007. -Vol. 70. - P. 311-318.

339. Sauer S., Lehrach H. and Reinhardt R. MALDI mass spectrometry analysis of single nucleotide polymorphisms by photocleavage and charge-tagging // Nucleic Acids Research. 2003. - Vol. 31. - P. 63.

340. Sauer, S. Typing of single nucleotide polymorphisms by MALDI mass spectrometry: Principles and diagnostic applications // Clinica Chimica Acta. 2006. - Vol. 363. - P. 95 - 105.

341. Schatz P., Dietrich D. and Schuste M. Rapid analysis of CpG methylation patterns using RNase T1 cleavage and MALDI-TOF // Nucleic Acids Research. 2004. -Vol. 32. - P. e 167.

342. Schatz P., Distler J., Berlin K.and Schuster M. Novel method for high throughput DNA methylation marker evaluation using PNA-probe library hybridization and MALDI-TOF detection // Nucleic Acids Research. 2006. - Vol. 34. - P. 59.

343. Schena, M., Shalon D., Davis R.W. & Brown P.O. Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray // Science. 1995. - Vol. 270. - P. 467-470.

344. Scorpio A., Lindholm-Levy P., Heifets L. et al. Characterization of pncA mutations in pyrazina-mide-resistant Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob Agents Chemother. 1997. -Vol. 41. - P. 540543.

345. Seib K.L., Wu H.J., Kidd S.P. et al. Defenses against oxidative stress in Neisseria gonorrhoeae: a system tailored for a challenging environment // Microbiol Mol Biol Rev. 2006. - Vol. 70(2). - P. 344361.

346. Selander R.K., Caugant D.A., Ochman H. et al. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematic // Appl Environ Microbiol. -1986. -Vol. 51. -P. 873-884.

347. Shafer W.M., Veal W.L., Lee E.-H. et al. Genetic organization and regulation of antimicrobial efflux systems possessed by Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningitidis // J Mol Microbiol Bio-technol. 2001. - Vol. 3. - P. 219-224.

348. Shafer W.M. and Folster J.P. Towards an Understanding of Chromosomally Mediated Penicillin Resistance in Neisseria gonorrhoeae: Evidence for a Porin-Efflux Pump Collaboration // J Bacteriol. -2006. Vol. 188. - P. 2297-2299.

349. Shen X., Shen G., Wu J., et al. Association between embB Codon 306 Mutations and Drug Resistance in Mycobacterium tuberculosis// Antimicrob Agents Chemother. -2007. -Vol. 51. -P. 2618-2620.

350. Shen R., Fan J.B., Campbell D. et al. High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays // Mutation Research. 2005. - Vol. 573. - P. 70-82.

351. Shi R., Zhang J., Otomo K. et al. Lack of Correlation between embB Mutation and Ethambutol MIC in Mycobacterium tuberculosis Clinical Isolates from China// Antimicrob Agents Chemother. -2007. -Vol. 51. -P. 4515^517.

352. Shimizu Y., Hijikata M., Iwamoto A. et al. Neutralizing antibodies against hepatitis С virus and the emergence of neutralization escape mutant viruses Hi Virology. 1994. -Vol. 68. - P. 1494-1500.

353. Shindo M., Hamada K., Koya S. et al. The clinical significance of changes in genetic heterogeneity of the hypervariable region 1 in chronic hepatitis С with interferon therapy // Hepatology. 1996. -Vol. 24.-P. 1018-1023.

354. Shoeb H. A., Bowman Jr. B. U., Ottolenghi A. C., et al. Evidence for the generation of active oxygen by isoniazid treatment of extracts of Mycobacterium tuberculosis H37Ra // Antimicrob Agents Chemother. 1985. - Vol. 27. - P.408-412.

355. Siedner M.J., Pandori M., Castro L. et al. Klausner Real-Time PCR Assay for Detection of Qui-nolone-Resistant Neisseria gonorrhoeae in Urine Samples // J'Clin Microbiol. 2007. - Vol. 45. — P. 1250-1254.

356. Simmonds P., Alberti A., Alter H.J. et al. A proposed system for the nomenclature of hepatitis С viral genotypes//Hepatology. 1994.-Vol. 19.-P. 1321-1324.

357. Simpson E. H. Measurement of diversity//Nature (London). 1949. -Vol. 163. - P. 688.

358. Skuce R.A., McCorry T.P., McCarroll J.F. et al. Discrimination of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria using novel VNTRPCR targets // Microbiol. 2002. -Vol. 148. -P. 519-528.

359. Song Y., Dai E., Wang J. Genotyping of hepatitis В virus (HBV) by oligonucleotides microarray // Molecular and Cellular Probes. 2006. - Vol. 20. - P. 121-127.

360. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis Hi Mol. Biol. 1975. -Vol. 98. - P.503-517.

361. Sox Т. E., Mohammed W., Blackman E. et al. Conjugative plasmids in Neisseria gonorrhoeae // J. Bacterid. 1978. - Vol. 134. - P. 278 - 286.

362. Sreevatsan S., Stochbauer K.E., Pan X. et al. Ethambutol resistance in Mycobacterium tuberculosis: critical role of embB mutations // Antimicrob Agents Chemother. 1997. -Vol. 41. - P. 1677-1681.

363. Sreevatsan S., Pan X., Stockbauer K. et al. Characterization of rpsL and rrs mutations in streptomycin-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from diverse geographical localities // Antimicrob Agents Chemother. 1996. - Vol. 40. - P. 1024.-1026.

364. Srivastava S., Garg A, Ayyagari A., Nyati K.K., Dhole T.N., Dwivedi S.K. Nucleotide Polymorphism Associated with Ethambutol Resistance in Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis // Current Microbiol. 2006. -Vol. 53. -P. 401-405.

365. Stanssens P., Zabeau M., Meersseman G. et al. High-throughput MALDI-TOF discovery of genomic sequence polymorphisms // Genome Res.-2004. Vol. 14.-P. 126-133.

366. Storm N., Darnhofer-Patel В., van den Boom D., Rodi C.P. MALDI-TOF mass spectrometry-based SNP genotyping // Methods Mol Biol. 2003. - Vol. 212. - P. 241-262.

367. Strupat K., Karas M., Hillenkamp F. 2,5-Dihidroxybenzoic acid: a new matrix for laser desorp-tion-ionization mass spectrometry // Int J Mass Spectrom. Ion Processes. 1991. - Vol. 111. - P. 89-102.

368. Sturenburg E., Storm N., Sobottka I. et al. Detection and Genotyping of SHV p-Lactamase Variants by Mass Spectrometry after Base-Specific Cleavage of In Vitro-Generated RNA Transcripts // J Clin Microbiol. 2006. - Vol. 44. - P. 909-915.

369. Stuyver L., Rossau R., Wyseur A., et al. Typing of hepatitis С virus isolates and characterization of new subtype using a line probe assay // J. Gen. Virol. 1993. -Vol. 74. - P. 1093-1102.

370. Stuyver L., Gendt S.D., Geyt C.V. et al. A new genotype of hepatitis В virus: complete genome and phylogenetic relatedness // J Gen. Virol. 2000. - Vol. 81. - P. 67-74.

371. Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for Standardization of Optimized Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis // J Clin Microbiol. 2006. -Vol. 44. -P. 4498-4510.

372. Supply P., Mazars E., Lesjean S. et al. Variable human minisatellite-like region in the Micobac-trium tuberculosis genome // Mol Microbiol. 2000. - Vol. 36. - P. 762-771.

373. Suresh N., Arora J., Pant H. et al. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis DNA from Archival Ziehl-Neelsen-stained sputum smears // J Microbiol Meth. -2007. -Vol. 68. -P. 291-295.

374. Suriano R., Levi M., Pirri G. et al. Surface behavior and molecular recognition in DNA microar-rays from N,N-dimethylacryIamide terpolymers with activated esters as linking groups // Macromol Bios-ci. 2006. - Vol. 6. - P. 719-729.

375. Takiff H.E., Salazar L., Guerrero C. et al. Cloning and nucleotide sequence of Mycobacterium tuberculosis gyrA and gyrB genes and detection of quinolone resistance mutations // Antimicrob Agents Chemother. 1994. - Vol. 38. - P. 773-780.

376. Tam M.R., Buchanan T.M., Sandstrom E.G. et al. Serological classification of Neisseria gonorrhoeae with monoclonal antibodies // Infect. Immun. 1982. — Vol. 36. - P. 1042 - 1053.

377. Tanaka M., Fukuda H., Hirai K. et al. Reduced uptake and accumulation of norfloxacin in resistant strains of Neisseria gonorrhoeae isolated in Japan // Genitourin Med. 1994. - Vol. 70. - P. 253-255.

378. Tanaka К., Waki H., Ido Y. et al. Protein and polymer analyses up to m/z 100 000 by laser ionization time-of-flight mass spectrometry // Rapid Communications in Mass Spectrometry. 1988. -Vol. 2. -P. 151-153.

379. Tang K., Fu D.J., Julien D. et al. Chip-based genotyping by mass spectrometry // Proc Natl Acad Sci USA.-1999.-Vol. 96.-P. 10016-10020.

380. Taniguchi H., Aramaki H., Nikaido Y. et al. Rifampicin resistance and mutation of the rpoB gene in Mycobacterium tuberculosis // FEMS Microbiol Lett. 1996. -Vol. 144. - P. 103-108.

381. Taniguchi H., Chang В., Abe C. et al. Molecular analysis of kanamycin and viomycin resistance in Mycobacterium smegmatis by use of a conjugation system // J Bacteriol. 1997. - Vol. 179. - P. 47954801.

382. Taranenko N.J., Tang K., Allman S.L. et al. 3-Aminopicolinic acid as a matrix for laser desorp-tion mass spectrometry for biopolymers // Rapid Commun Mass Spectrom. 1994. - Vol. 8. - P. 1001 — 1006.

383. Taranenko N.J., Allman S.L., Golovlev V.V. et al. Sequencing DNA using mass spectrometry for ladder detection // Nucleic Acids Research. 1998. - Vol. 26. - P. 2488-2490.

384. Taranenko N.J., Hurt R., Zhou J.Z. et al. Laser desorption mass spectrometry for microbial DNA analysis//J Microbial Methods. -2002. Vol. 48.-P. 101-106.

385. Tavakoli-Tabasi S., Hamill R. J., Greenberg S. B. Anaerobic Balanoposthitis: Two Cases and Review of the Literature // Anaerobe. 2000. -Vol. 6. - P. 11-14.

386. Telenti A., Honore N., Bernasconi C. et al. Genotypic assessment of isoniazid and rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis: A blind study at reference laboratory level // J Clin Microbiol. -1997.-Vol. 35. -P. 719-723.

387. Telenti A., Imboden P., Marchesi F. et al. Detection of rifampicin-resistance mutations in Mycobacterium tuberculosis // Lancet. 1993. - Vol. 341. - P. 647-650.

388. Telenti A., Phillipp W., Sreevatsan S. et al. The emb operon, a unique gene cluster of Mycobacterium tuberculosis involved in resistance to ethambutol // Nat Med. 1997. -Vol. 3. — P. 567-570.

389. Tenover B. F. C., Kirby W. and Crick. Antimicrobial susceptibility testing in the molecular era // ASM News. 1992. -Vol. 58. - P. 669-672.

390. Tinsley C.R., Nassif X. Analysis of the genetic differences between Neisseria meningitidis and Neisseria gonorrhoeae: Two closely related bacteria expressing two different pathogenicities // Microbiology. 1996. -Vol. 93. - P. 11109-111 14.

391. Toikka P., Nikkari S., Ruuskanen O. et al. Pneumolysin PCR-based diagnosis of invasive pneumococcal infection in children // J Clin Microbiol. 1999. -Vol. 37. - P. 633-637.

392. Tost J., Gut I.G. Genotyping single nucleotide polymorphisms by MALDI mass spectrometry in clinical applications // Clinical Biochemistry. 2005. - Vol. 38. - P. 335- 350.

393. Tost J., Schatz P., Schuster M. et al. Analysis and accurate quantification of CpG methylation by MALDI mass spectrometry //Nucleic Acids Res. -2003. -Vol. 31. P. e50.

394. Toungoussova O., Sandven P., Mariandyshev A. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia // J Clin Microbiol. 2002. -Vol. 40.-P. 1930-1937.

395. Tracevska Т., Jansone I., Nodieva A. et al. Characterisation of rpsL, rrs and embB mutations associated with streptomycin and ethambutol resistance in Mycobacterium tuberculosis // Research in Microbiology. 2004. - Vol. 155. - P.830-834.

396. Trees D.L., Sandul A.L., Whittington W.L., Knapp J.S. Identification of novel mutation patterns in the parC gene of ciprofloxacin-resistant isolates of Neisseria gonorrhoeae // Antimicrob Agents Chemother. 1998. -Vol. 42. - P. 2103-2105.

397. Turner A., Gough K.R. and Leeming J.P. Molecular epidemiology of tetM genes in Neisseria gonorrhoeae // Sex Transm Infect. 1999. - Vol. 75. - P. 60-66.

398. Unemo M., Palmer H.M., Blackmore T. et al. Global transmission of prolyliminopeptidase-negative Neisseria gonorrhoeae strains: implications for changes in diagnostic strategies //Sex Transm Infect. 2007. -Vol. 83. - P. 47-51.

399. Unemo M., Vorobieva V., Firsova N. et al. Neisseria gonorrhoeae population in Arkhangelsk, Russia: phenotypic and genotypic heterogeneity // Clin Microbiol Infect. 2007. - Vol. 13. - P. 873-878.

400. Urdea M.S. Synthesis and characterization of branched DNA for the direct and quantitative detection of CMV, HBV, HCV and HIV // Clin Chem. 1993. - Vol. 39. - P. 725-726.

401. Van Baar В L. Characterisation of bacteria by matrix-assisted laser desorption/ionisation and electrospray mass spectrometry // FEMS Microbiol. Rev. 2000. - Vol.24. - P. 193-219.

402. Van Belkum A., Tassios P.T., Dijkshoorn L. et al. Guidelines for the validation and application of typing methods for use in bacterial epidemiology // Clin Microbiol Infect. 2007. -Vol. 13. -P. 1.

403. Van Embden J.D., Cave M.D., Crawford J. T. et al. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J Clin Microbiol. -1993.-Vol. 31. -P. 406-409.

404. Van Ert M.N., Hofstadler S.A., Jiang Y. et al. Mass spectrometry provides accurate characterization of two genetic marker types in Bacillus anthracis // Biotechnique. 2004. -Vol. 37. - P. 642-644, 646, 648.

405. Van Putten J.P.M., Duensing T.D., Carlson J. Gonococcal invasion of epithelial cells driven by the P.1A porin // Abstr. in Inter, pathogenic Neisseria conference / Edited by X.Nassif, M.J. Quentin-Millet, M.K.Taha. Paris, 1998. P. 35.

406. Veal W.L., Nicholas R.A., Shafer W.M. Overexpression of the MtrC-MtrD-MtrE Efflux Pump Due to an mtrR Mutation Is Required for Chromosomally Mediated Penicillin Resistance in Neisseria gonorrhoeae//J Bacleriol. 2002. - Vol. 184.-P. 5619-5624.

407. Vernel-Pauillac F., Merien F. A novel real-time duplex PCR assay for detecting penA and ponA genotypes in Neisseria gonorrhoeae: comparison with phenotypes determined by the E-test // Clinical Chemistry. 2006. - Vol. 52. - P. 2294-2296.

408. Vilcheze C., Wang F., Arai M. et al. Transfer of a point mutation in Mycobacterium tuberculosis inhA resolves the target of isoniazid // Nature Medicine. 2006. - Vol. 12. - P. 1027-1029.

409. Viscidi R.P., Demma J.C., Gu J., Zenilman J. Comparison of sequencing of the por gene and typing of the opa gene for discrimination of Neisseria gonorrhoeae strains from sexual contacts // J Clin Microbiol. 2000. - Vol: 38. - P. 4430-4438.

410. Viscidi R.P., Demma J.C. Genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae housekeeping genes // J Clin Microbiol. 2003. -Vol. 41 - P. 197-204.

411. Wada Т., Maeda S., Hase A. and Kobayashi K. Evaluation of variable numbers of tandem repeat as molecular epidemiological markers of Mycobacterium tuberculosis in Japan // J Med Microbiol. -2007. -Vol. 56. -P. 1052-1057.

412. Wade M.M., Zhang Y. Mechanisms of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis // Front Biosci. 2004. - Vol. 1. - P. 975-994.

413. Wai C.T., Chu C.J., Hussain M., Lok A.S. HBV genotype В is associated with better response to interferon therapy in HBeAg(+) chronic hepatitis than genotype С // Hepatology. 2002. - Vol. 36. - P. 1425-1430.

414. Wang R.F., Bystricka D., Lenz O. et al. DNA microarray: parallel detection of potato viruses // Acta Virologica. 2003. - Vol. 47. - P. 41-43.

415. Wang, B.H: and Biemann K. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry of chemically modified oligonucleotides // Anal Chem. -1994. -Vol. 66. P. 1918-1924.

416. Wasinger V.C., Cordwell S.J., Cerpa-Poljak A. et al. Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium // Electrophoresis. 1995. - Vol. 16. - P. 1090-1094.

417. Wei C.J., Lei В., Musser J.M., Tu S.C. Isoniazid activation defects in recombinant Mycobacterium tuberculosis catalase-peroxidase (KatG) mutants evident in InhA inhibitor production // Antimicrob. agents chemother. 2003. -Vol. 47. - P. 670-675.

418. Wenzel Т., Elssner Т., Fahr K. et al. GenoSNIP: SNP genotyping by MALDI-TOF MS using photocleavable oligonucleotides // Nucleosides Nucleic Acids. 2003. -Vol. 22. - P. 1579-1581.

419. Whiley D.M., Limnios E.A., Ray S. et al. Further questions regarding the role of mosaic penA sequences in conferring reduced susceptibility to ceftriaxone in Neisseria gonorrhoeae // Antimicrob Agents Chemother. 2007. - Vol. 51. - P. 802-803.

420. Whiley R.A. and Beighton D. Current classification of the oral streptococci // Oral Microbiol Immunol. 1998.-Vol. 13.-P. 195-216.

421. Willems A.V., Deforce D.L., Lambert W.E. et al. Rapid characterization of oligonucleotides by capillary liquid chromatography-nano electrospray quadrupole time-of-flight mass spectrometry // J Chromatography A. -2004. Vol. 1052. - P. 93-101.

422. Wilson J. J., Polyak S. J., Day T. D., Gretch D. R. Characterization of simple and complex hepatitis С virus quasispecies by heteroduplex gel shift analysis: correlation with nucleotide sequencing // J Gen Virol. 1995. - Vol. 76. - P. 1763-1771.

423. Wilson К. H., Wilson W. J., Radosevich J. L. et al. High-density microarray of small-subunit ribosomal DNA probes // Appl Environ Microbiol. 2002. -Vol. 68. - P. 2535-2541.

424. Wilson Т. M. and Collins D. M. AhpC, a gene involved in isoniazid resistance of the Mycobacterium tuberculosis complex//Mol. Microbiol. 1996.-Vol. 19.-P. 1025-1034.

425. Wirmer J., Westhof E. Molecular contacts between antibiotics and the 30S ribosomal particle // Methods Enzymol. 2006. - Vol. 415. - P. 180-202.

426. Wolk D.M., Shepley D., Sloane D. et al. TIGER PCR Mass-Spectrometry and Rep-PCR characterization of community-acquired oxacillin-resistant staphylococcus aureus isolates // K-l 187 in Abstracts book of 46th ICAAC, San Francisco. 2006. - P. 339.

427. Wolrath H., Forsum U., Larsson P. G., Boren H. Analysis of bacterial vaginosis-related amines in vaginal fluid by gas chromatography and mass spectrometry // J Clin Microbiol. 2001. — Vol. 39. — P. 4026-4031.

428. Woo P. C. Y., Lau S. K. P., Teng J. L. L. et al. Then and now: use of 16S rDNA gene sequencing for bacterial identification and discovery of novel bacteria in clinical microbiology laboratories // Clin Microbiol Infect. 2008. - Vol. 14. - P. 908-934.

429. Wood J.M. Bacterial Osmosensing transporters // Methods in Enzymology. 2007. -Vol. 428. — P. 77-107.

430. Wu K.J., Steding A., Becker C.H. Matrix-assisted laser desorption time-of-flight mass spectrometry of oligonucleotides using 3-hydroxypicolinic acid as an ultraviolet-sensitive matrix // Rapid Commun Mass Spectrom. 1993. - Vol. 7. - P. 142 - 146.

431. Yamashita M., Fenn J.B. Negative ion production with the electrospray ion source // J Phys Chem. 1984. - Vol. 88. - P. 4671-4675.

432. Yang Y., Liao M., Gu W.M. et al. Antimicrobial susceptibility and molecular determinants of quinolone resistance in Neisseria gonorrhoeae isolates from Shanghai // J Antimicrob Chemother. 2007. -Vol. 59.-P. 803-804.

433. Yang Y., Liao M., Gu W.M. et al. Clusters of circulating Neisseria gonorrhoeae strains and association with antimicrobial resistance in Shanghai // J Antimicrob Chemother. 2008. - Vol. 61. - P. 478487.

434. Yazdankhah S.P., Kesanopoulos K., Tzanakaki G. et al. Variable-Number Tandem Repeat Analysis of Meningococcal Isolates Belonging to the Sequence Type 162 Complex // J Clin Microbiol. -2005. Vol. 43. - P. 4865-4867.

435. Yoo J.S., Seong W.K., Kim T.S. et al. Comparative proteome analysis of the outer membrane proteins of in vitro-induced multi-drug resistant Neisseria gonorrhoeae // Microbiol Immunol. 2007. -Vol. 51.-P. 1171-1177.

436. Yoshida H., Bogaki M., Nakamura M., Nakamura S. Quinolone resistance-determining region in the DNA gyrase gyrA gene of Escherichia coli // Antimicrob Agents Chemother. 1990. - Vol. 34. - P. 1271-1272.

437. You Y., Fu C., Zeng X. et al. A novel DNA microarray for rapid diagnosis of enteropathogenic bacteria in stool specimens of patients with diarrhea // J Microbiol Methods. 2008. - Vol. 75. - P. 566571.

438. Zapun A., Contreras-Martel C., Vernet T. Penicillin-binding proteins and b-lactam resistance // FEMS Microbiol Rev. 2008. - Vol. 32. - P. 361-385.

439. Zein N.N., Persing D.H. Hepatitis С genotypes: current trends and future implications // Mayo Clin Proc. 1996. -Vol. 71. - P. 458-464.

440. Zhang M., Yue J., Yang Y.P. et al. Detection of Mutations Associated with Isoniazid Resistance in Mycobacterium tuberculosis Isolates from China // J Clin Microbiol. 2005. - Vol. 43. - P. 5477-5482.

441. Zhang Y., Angelo S., Hiroshi N., Zhonghe S. Role of Acid pH and Deficient Efflux of Pyrazinoic Acid in Unique Susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to Pyrazinamide // J Bacterid. 1999. -Vol. 181.-P. 2044-2049.

442. Zhang Y. and Mitchison D. The curious characteristics of pyrazinamide: a review // Int J Tuberc Lung Dis.-2003.-Vol. 7.-P. 6-21.

443. Zhang Y., Heym В., Allen B. et al. The catalase-peroxidase gene and isoniazid resistance of Mycobacterium tuberculosis //Nature. 1992. -Vol. 358. - P. 591-593.

444. Zhang Y., Permar S. and Sun Z. Conditions that may affect the results of Mycobacterium tuberculosis susceptibility testing to pyrazinamide //J Med Microbiol. 2002. - Vol. 51. - P. 42-49.

445. Zhao J. R., Bai Y. J., Wang Y. Development of a pyrosequencing approach for rapid screening of rifampin, isoniazid and ethambutol-resistant Mycobacterium tuberculosis // Int J Tuberc Lung Dis. -2005. -Vol. 9. -P. 328-332.