Распространение и молекулярные механизмы резистентности к макролипидным антибактериальным препаратам микроорганизмов рода Streptococus в Российской Федерации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат медицинских наук Филимонова, Ольга Юрьевна

• Филимонова, Ольга Юрьевна
• кандидат медицинских наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат медицинских наук Филимонова, Ольга Юрьевна

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Общая характеристика рода Streptococcus.

1.2. Общая характеристика S.pyogenes.

1.2.1. Эпидемиология.

1.2.2. Патогенез и факторы вирулентности.

1.2.3. Клинические проявления.

1.2.4. Микробиологическая диагностика.

1.3. Общая характеристика не ^-гемолитических стрептококков.

1.4. Общая характеристика Streptococcus pneumoniae.

1.4.1. Эпидемиология.

1.4.2. Патогенез и факторы вирулентности.

1.4.3. Клинические проявления.

1.4.4. Микробиологическая диагностика.

1.5. Антибактериальная терапия стрептококковых инфекций.

1.6. Характеристика макролидных и линкозамидных антибиотиков

1.6.1. Классификация макролидов.

1.6.2.Механизмы действия макролидных, линкозмидных антибиотиков

1.6.3.Резистентность стрептококков к MLS антибиотикам.

1.7. Эпидемиология резистентности к макролидам.

Глава 2. Материалы и методы.

2.1 Микробиологические исследования'.

2.1.1 Получение материала, выделение, идентификация и хранение стрептококков.

2.1.2 Определение чувствительности к антимикробным препаратам

2.2 Методы обработки данных и статистического анализа.

2.3 Молекулярные исследования.

2.3.1 Выделение тотальной бактериальной ДНК.

2.3.2 Амплификация фрагментов генома.

2.3.3 Детекция продуктов амплификации.

2.3.4 Подготовка продуктов амплификации для дальнейшего анализа

2.3.5 Минисеквенирование.

2.3.6 Очистка продуктов реакций.

2.3.7 MALDI-TOF масс-спектрометрический анализ- продуктов реакций минисеквенирования.

2.3.8 Учет результатов минисеквенирования.

2.3.9 Секвенирование фрагментов генов mef{A), meflE), meßj).

2.3.10 Анализ нуклеотидных последовательностей mef-генов.

Глава 3. Результаты.

3.1 Коллекция образцов клинических штаммов.

3.2 Динамика распространения штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes резистентных к макролидам и оценка антибактериальной активности препаратов MLS-группы.

3.3 Разработка метода дифференцировки mef-TQim на подклассы.

3.3.1. Методы дифференцировки те/^гена на подклассы.70'

3.3.2. Разработка метода дифференцировки mef-reнов.

3.3.3 Валидация дифференцировки те/-генов методом минисеквенирования

3.4. Генетические детерминанты резистентности Streptococcus spp. к макролидным антибиотикам.

3.4.1. Генетические детерминанты резистентности у штаммов S.pneumoniae к макролидным антибиотикам.

3.4.2. Генетические детерминанты резистентности у штаммов S.pyogenes к макролидным антибиотикам.

3.4.3. Молекулярное типирование штаммов S.pneumoniae, устойчивых к макролидам.

Глава 4. Обсуждение.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Распространение и молекулярные механизмы резистентности к макролипидным антибактериальным препаратам микроорганизмов рода Streptococus в Российской Федерации»

Респираторные инфекции занимают важное место среди инфекционных заболеваний человека. Примерно 1/3 всех прописываемых антимикробных препаратов приходится на острое бактериальное воспаление верхних дыхательных путей. К ним относят острый ринит, острый синусит, острый отит, острый тонзиллофарингит, острый эпиглоттит, острый ларингит и трахеит [5, 9, 17, 22]. При этом важность проблемы- респираторных инфекций связана не только с их широким и повсеместным распространением, но и с риском развития серьезных осложнений, особенно, у детей раннего возраста [4, 9, 13, 22, 26, 27]. Эмпирический подход к антибиотикотерапии подобных заболеваний в амбулаторных условиях является единственно возможным, по крайней мере, на начальном этапе лечения [3, 13, 14, 18, 22, 25, 28, 35, 37, 42].

Этиология бактериальных инфекций верхних дыхательных путей обусловлена определенными видами микроорганизмов. Наиболее частым возбудителем этих заболеваний является Streptococcus pneumoniae. Среди бактериальных возбудителей острого тонзиллита и фарингита наибольшее значение имеет Streptococcus pyogenes (ß-гемолитический стрептококк группы А) [4, 5, 10, 13, 17, 24, 26, 31, 40]. В последние годы отмечается увеличение частоты случаев синуситов и отитов, вызванных микробными ассоциациями, в том числе зеленящими стрептококками [53].

От грамотного решения врача в выборе средств и методов стартовой терапии зависит самое главное — удастся ли остановить процесс бактериального воспаления на начальной стадии его развития и предупредить развитие осложнений. Имеются существенные различия подходов к выбору средств начальной терапии в разных странах. Это связано с региональными особенностями структуры возбудителей и их чувствительности к антибактериальным препаратам, а также "формулярным" ("протокольным") отношением к системному применению антибактериальных препаратов [2, 3, 11, 12, 13, 14, 22, 25, 30, 36, 37, 42, 62,

63, 67, 68, 80, 95, 96].

Макролиды, а также сходные с ними по механизму действия линкозамиды и стрептограмины, давно' и с успехом* применяются в амбулаторной практике при различных бактериальных инфекциях респираторного тракта. Данные препараты объединены в MLS антимикробную группу (М-макролид, L-линкозамид, S-стрептограмин). При этом появление в 80-е - 90-е годы прошлого века количества новых препаратов этой группы существенно расширило возможности их практического применения.

Спектр действия макролидов, высокая чувствительность к ним пневмотропных возбудителей, а также хорошая переносимость (особенно "новых" макролидов), обуславливают ведущие позиции этих антибиотиков при лечении респираторных инфекций бактериальной этиологии [11, 12, 14, 65,91].

Однако, широкое, а в ряде случаев бесконтрольное и неоправданное использование макролидных антибиотиков при респираторных инфекциях, в том числе и вирусной этиологии (!), привело к появлению среди пневмотропных возбудителей устойчивых штаммов. При этом было установлено, что уровень резистентности микрофлоры к макролидам напрямую зависит от частоты их применения. Так наиболее высокий удельный вес резистентных штаммов S. pneumoniae и S. pyogenes отмечен в тех странах, где макролидные антибиотики традиционно широко используются в клинической практике.

В подавляющем большинстве случаев резистентность микроорганизмов к макролидам является перекрестной среди, всех 14- и 15-членных препаратов. Исключение составляют 16-членные макролиды, которые сохраняют эффективность по отношению к пенициллин- и эритромицин-резистентным пневмококкам, а также эритромицин-резистентным пиогенным стрептококкам [18, 19, 49, 50, 70, 79, 83, 85, 88, 99, 112, 118, 126].

Цель и задачи исследования

Оценить с помощью* современных фенотипических и молекулярно-генетических методов динамику распространения штаммов Б.рпеитотае и S.pyogenes резистентных к макролидным антибиотикам, выделенных от больных с внебольничными респираторными инфекциями, и расшифровать молекулярные механизмы устойчивости.

Для достижения поставленной цели были определены основные задачи:

1. Оценить динамику распространения устойчивости к макролидным антибиотикам среди штаммов Б.рпеитотае и S.pyogenes, в различных регионах Российской Федерации.

2. Расшифровать механизмы резистентности у штаммов, проявляющих фенотипическую устойчивость к макролидным антибиотикам, и выявить ведущие механизмы устойчивости.

3. Разработать высокопроизводительный метод дифференцировки ;пе/-генов на подклассы, основанный на определении нуклеотидных полиморфизмов в реакции минисеквенирования с последующим масс-спектрометрическим анализом.

4. Оценить клональное родство антибиотикоустойчивых штаммов З.рпеитотае.

Научная новизна работы

В ходе настоящего исследования выявлены значительные различия в динамике распространения и уровне резистентности к макролидным антибиотикам среди З.рпеитотае и S.pyogenes в различных регионах Российской Федерации. Указанные различия обосновывают необходимость разработки региональных рекомендаций по применению макролидов для эмпирической терапии инфекций дыхательных путей.

Проведенный мониторинг чувствительности к антибактериальным препаратам у 2944 клинических штаммов Б.рпеитотае и Spyogen.es, выделенных от больных с респираторными инфекциями показал, что характер динамики распространения изолятов, устойчивых к макролидным антибактериальным препаратам, а также абсолютные показатели уровня' резистентности в отдельных регионах РФ существенно различаются.

С помощью ПНР проведена детекция генов резистентности у штаммов, стрептококков, проявляющих фенотипическую устойчивость к макролидным антибиотикам. Выявлено, что ведущими механизмами устойчивости у штаммов S.pneumoniae были: рибосомальное метилирование, кодируемое егш(В)-геном и сочетание метилирования (присутствие ermiß) гена) с активным выведением лекарственного вещества, связанное с наличием те/ гена. В последние годы отмечено нарастание частоты выделения штаммов S.pneumoniae, несущих одновременно два гена, что увеличивает уровень резистентности микроорганизмов. Ведущим механизмом устойчивости к макролидам у штаммов S.pyogenes был эффлюкс, опосредованный же/^геном.

Разработан высокопроизводительный метод дифференцировки те^гена на подклассы, основанный на MÄLDI-TOF масс-спектрометрии продуктов амплификации, полученных с помощью термоциклического достраивания праймеров с участием дезокси- и дидезоксинуклеотид-трифосфатов.

Впервые, с помощью разработанного метода, была проведена дифференцировка /ие/^-генов на подклассы теДА), meflß) и meßj) у штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes.

Проведено мультилокусное сиквенс-типирование макролид-резистентных штаммов S.pneumoniae, обладающих ассоциированной устойчивостью к бета-лактамным антибиотикам. Установлено, что они принадлежат к международно-распространенным клональным комплексам СС81, СС271 и СС315.

Практическая значимость

Собрана уникальная коллекция-клинических штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes, выделенных от больных с внебольничными респираторными инфекциями в различных регионах РФ, позволяющая проводить многоплановые исследования с целью оценки динамики изменения антибиотикочувствительности и перспективности, использования- новых групп антибактериальных препаратов.

Полученные данные о динамике^ распространения- штаммов Б.рпеитотае и З.руо^епез резистентных к макролидным антибиотикам в различных регионах. России могут быть использованы для оптимизации-антибактериальной терапии респираторных инфекций.

Создан банк ДНК клинических изолятов Зрпеитотае и Spyogenes, устойчивых к макролидным антибактериальным препаратам, который можно использовать в дальнейших работах по прогнозированию распространения резистентных штаммов и в исследованиях, направленных на изучение молекулярно-генетических механизмов их передачи.

Разработанный высокопроизводительный метод выявления нуклеотидных полиморфизмов для дифференцировки те/ генов расширяет возможности лабораторий лечебно-профилактических учреждений по наблюдению за динамикой распространения детерминант устойчивости к макролидным антибиотикам и повышает эффективность методов идентификации, генотипирования и определения генетических маркеров лекарственной устойчивости микроорганизмов.

Внедрение результатов в практику

Материалы диссертации используются на теоретических семинарах сертификационных циклов усовершенствования врачей на кафедре микробиологии ГОУ ДПО РМАПО.

Нуклеотидные последовательности различных подклассов те/ генов, обнаруженных у штаммов Б.рпеитотае, внесены в международную базу ОепВапк http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ (ЕШ86997, ЕШ86999, Е11486995, ЕИ487001).

Практические рекомендации

Результаты изучения генетических механизмов устойчивости стрептококков к макролидным антибиотикам существенно дополняют данные о распространении резистентных штаммов, выявленных фенотипическими методами, что позволило сделать ряд практически важных выводов.

Невысокий- уровень резистентности S-.pneumoniae к; макролидным антибиотикам в регионах Российской Федерации (за исключением г.Москвы) позволяет рассматривать макролидные антибиотики; как: средства эмпирической терапии» пневмококковых инфекций в тех случаях, когда по тем или иным причинам применение бета-лактамовг является невозможным1 или нежелательным.

В г.Москве ситуация несколько сложнее в связи с наблюдающейся тенденцией к росту устойчивости штаммов Stpneumoniae к макролидным антибиотикам. Для принятия решения- о возможности использования макролидов в качестве средств эмпирической? терапии необходимо наблюдение за чувствительностью штаммов; S.pneumoniae к данному классу антибактериальных препаратов. Следует также отметить, что -поскольку основными механизмами резистентности к макролидам у S.pneumoniae является экспрессия ermгенов либо в качестве единственной детерминанты, либо совместно с mef генами, 16-членные макролиды и линкозамиды не будут иметь существенных преимуществ перед 14- и 15-членными макролидами.

Роль макролидов как средств эмпирической терапии инфекций, вызванных S.pyogenes более определенна. Практически; во всех регионах уровень устойчивости этих бактерий к макролидами колеблется в пределах 3% - 17%, однако; поскольку ведущим механизмом резистентности: является* эффлюкс:(в 90%;случаев),. 16-членные:макролиды и линкозамиды обладают явным преимуществом в сравнении с, 14- и, 15-членными антибиотиками: и могут рассматриваться как надежные средства эмпирической! терапии;.

Положения, выносимые на защиту 1. Динамика распространения, штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes резистентных к макролидным антибиотикам в различных регионах

Российской Федерации носит разнонаправленный характер, а ее уровень варьирует в широких пределах.

2. Ведущие механизмы устойчивости к макролидным антибиотикам у штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes различаются. У штаммов Spneumoniae устойчивость связана либо с генами егт(В), либо с наличием генов erm{ß) и mef одновременно. У штаммов S.pyogenes устойчивость связана, в основном с mef генами.

3. Распространенные среди Streptococcus spp. mef гены отличаются значительным разнообразием. Среди S.pneumoniae превалируют гены mef(E) подкласса, среди S.pyogenes - mef I) подкласса.

Апробация работы

Диссертация апробирована на заседании кафедры микробиологии Российской медицинской академии последипломного образования, протокол №6 от 14 октября 2009 г.

Основные результаты исследований представлены и доложены на VII-й Российской научно-практической конференции «Современные проблемы антимикробной химиотерапии» (Москва, 2006), Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным болезням (Копенгаген, 2005), Международной конференции по антимикробным препаратам и химиотерапии (Сан-Франциско, 2006), конференции Европейского общества химиотерапии (Ахен, 2006), Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным болезням (Мюнхен, 2007), П-м Ежегодном Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням (Москва, 2010).

Публикация научных исследований

По теме диссертации опубликовано 16 научных работ, в том числе 5 статей, опубликованны в изданиях, рекомендованных ВАК РФ, 2 статьи в периодической печати, 9 - в материалах конференций.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Филимонова, Ольга Юрьевна

Выводы

1. Наибольший уровень резистентности к макролидным антибиотикам среди S. pneumoniae на территории Российской Федерации был отмечен в Москве в 2007 г (14,6%), а среди S.pyogenes в 2005 г в Иркутске (41.2%). Разнонаправленный характер динамики и частоты распространения устойчивых штаммов в отдельных регионах не позволяет использовать усредненные данные для оптимизации терапии на этих территориях. Тенденция к увеличению распространения резистентных штаммов, требует постоянного мониторинга за чувствительностью микроорганизмов.

2. Разработан метод дифференцировки гае/-генов на подклассы, основанный на детекции нуклеотидных последовательностей в трех точках полиморфизма в реакции термоциклического достраивания праймеров и последующей масс-спектрометрической детекцией продуктов амплификации.

3. Выявлено, что у штаммов S.pneumoniae ведущими механизмами устойчивости были: рибосомальное метилирование, опосредованное егт{В) геном и сочетание метилирования (присутствие егт{В) гена) с активным выведением лекарственного вещества, связанное с наличием meß Е) гена. Распространенность штаммов Spneumoniae с изолированным егт(В) геном - 39% и штаммов, содержащих одновременно егт{В) и meßЕ) гены - 31 %. В последние годы отмечено нарастание частоты выделения штаммов Spneumoniae, несущих одновременно два гена, что увеличивает уровень резистентности микроорганизмов.

4. Ведущим механизмом устойчивости к макролидам у штаммов S.pyogenes был эффлюкс, опосредованный гае/(1)-геном. У единичных штаммов обнаружены егт{А) и егт(В) -гены либо в изолированном виде, либо в комбинации с различными те/-генами. Поэтому 16-членные макролиды и линкозамиды имеют явное преимущество перед

14- и 15-членными макролидами в лечении инфекций, вызванных штаммами S.pyogenes. 5. Установлено, что макролид-резистентные штаммы S. pneumoniae, обладавшие ассоциированной устойчивостью к бета-лактамным антибиотикам, принадлежали к международно-распространенным клональным комплексам СС81, СС271 и СС315. Подобные штаммы пневмококков распространены в странах Юго-Восточной Азии и Европы.

Заключение

Результаты изучения генетических механизмов устойчивости стрептококков к макролидным антибиотикам существенно дополнили, данные о распространении фенотипической устойчивости и позволили сделать ряд практически важных выводов.

Невысокий уровень резистентности S. pneumoniae к макролидным антибиотикам в регионах Российской Федерации (за исключением г.Москвы) позволяет рассматривать макролидные антибиотики как средства эмпирической терапии пневмококковых инфекций в тех случаях, когда по тем или иным причинам применение бета-лактамов является невозможным или нежелательным.

В г.Москве ситуация несколько сложнее в связи с наблюдающейся устойчивой тенденцией к росту устойчивости. Для принятия решения о возможности использования макролидов в качестве средств эмпирической терапии необходимо тщательное наблюдение за динамикой устойчивости. Следует также отметить, что поскольку основными механизмами резистентности является экспрессия егт генов либо в качестве единственной детерминанты, либо совместно mef генами, 16-членные макролиды и линкозамиды не будут иметь существенных преимуществ.

Роль макролидов как средств эмпирической терапии инфекций, вызванных S.pyogenes более определенна. Во всех регионах кроме г.Иркутска уровень устойчивости этих бактерий к макролидам колеблется в пределах 3% - 17%, однако поскольку ведущим механизмом резистентности является эффлюкс (в 90% случаев), 16-членные макролиды и линкозамиды обладают явным, преимуществом в сравнении, с 14- и 15-членными антибиотикам и могут рассматриваться как надежные средства эмпирической терапии.

Список литературы диссертационного исследования кандидат медицинских наук Филимонова, Ольга Юрьевна, 2010 год

1. Андреева И.В., Беденков А.В., Веселов А.В., Галкин Д.В., Дехнич А.В. и др. // Справочник по антимикробной терапии / Под редакцией Страчунского Л.С. Дехнича А.В. Смоленск. - 2006. - С.280-281.

2. Белоусов Ю:Б., Володин П.Н., Андреева И.В. Применение антиинфекционных химиопрепаратов у детей // Практическое руководство по антиинфекционной химиотерапии / Под редакцией Страчунского Л.С., Белоусова Ю.Б., Козлова С.Н. Москва. - 2002. - С.ЗЗ 1-339.

3. Балясинская Г.Л., Богомильский М.Р. и совр. Местная антибиотикотерапия заболеваний верхних дыхательных путей у детей // Пробл. Педиатрии, Москва. -2002. Том 1, №3. -С.85-91.

4. Белошицкий Г.В., Королева И.С., Чистякова Г.Г. Эпидемиологические особенности менингитов // Эпидемиология и инфекционные болезни. -2005. -№ 3. С.28-30.

5. Белов Б.С., Наносова В.А., Гришаева Т.П. Ревматологические аспекты стрептококкового тонзиллита // Институт ревматологии РАМН. Москва. -2003.-35стр.

6. Брико Н.И., Ешина А.С., Ряпис JLA. Лабораторная диагностика стрептококковых инфекций // Пособие для врачей и научных сотрудников. -Москва. 2000. - 72стр.

7. Генодиагностика бактериальных менингитов и генотипирование их возбудителей. Пособие для врачей. Москва. - 2001. - 47стр.

8. Грубер И.М., Жданова Л.Г., Мохов Ю.В. и др. Физиологические особенности пневмококков // Журнал микробиологии. 1981. - № 12. -С.24-29.

9. Грубер И.М., Нисилевич В.Ф. Использование системы биологических параметров процессов культивирования при сравнительной характеристике различных штаммов Streptococcus pneumoniae. // Журнал Микробиологии. — 1989. № 4. - С.3-6.

10. Зубков М.Н. Эпидемиология внебольничной пневмонии у детей // Материалы совещания экспертов "Внебольничная пневмония". Москва. -2005.-С.17.

11. Иванов И., Ершов Г., Барский В., Бельговский А., Кириллов Е., Крейндлин Э., Паринов С., Мологина И., и Мирзабеков А. Диагностика генетическихмутаций на олигонуклеотидных микрочипах // Молекулярная Биология. — Москва. 1997. - С.159-167.

12. Катосова JI.K. Этиология внеболыгичной пневмонии у детей // Материалы совещания экспертов "Внебольничная пневмония". Москва. - 2005. - С.22.

13. Козлов Р.С. и соавт. Антибиотиокрезистентность Streptococcus pyogenes в России: результаты многоцентрового проспективного исследования ПеГАС-1 // Журнал «Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия». -2005. Том 7, №2. - С. 154-166.

14. Королева И.С., Демина А.А., Платонов А.Е. и др. // Журнал «Эпидемиология и вакцинопрофилактика». 2003. - Том №5. - С.28-30.

15. Крюков А.И., Туровский А.Б. Антибактериальная терапия острого воспаления в оториноларингологии // Журнал «Справочник поликлинического врача». 2005. - Том 3, № 1. - С.25-27.

16. Лопаткин А.С. Антибактериальная терапия при острых инфекциях ЛОР-органов // Российский медицинский журнал. 2004. - Том №2'. - С.3-9.

17. Манеров Ф.К., Паули Б.А., Чернов О.М. и др. Клинические варианты пневмококковой пневмонии, особенности ее течения и исходы // Педиатрия. 1990. - № 3. - С.23-28.

18. Ноников В.Е. Атипичные пневмонии // Журнал «Антибиотики и химиотерапия». 2001. - Том 6. - С.32-37.

19. Поздеев O.K. Медицинская микробиология // Учебное пособие для вузов под редакцией акад. РАМН Покровского В,И. Москва. - 2006. - С.288-296.

20. Покровский В .И1., Брико Н.И., Ряпис JI.A. Стрептококки* и стрептококкозы-Москва. 2006. - 544стр.

21. Рачина С.А. Клиническая фармакология и практическое использование кларитромицина. // Кафедра клинической фармакологии Смоленской государственной медицинской академии / Журнал «Consilium Medicum». — 2006. Том 8, № 3. - С. 15-23.

22. Сидоренко С.В., Гучев И.А. Антибактериальная терапия синусита: современный взгляд на проблему // Журнал «Consilium Medicum». 2004. -Том 6, №1.-С.4-5.

23. Сидоренко С.В., Гучев И.А. Тонзиллофарингит: вопросы диагностики и антибактериальной терапии // Журнал «Consilium Medicum». 2004. - Том 6, №4. - С.8-9.

24. Сидоренко С.В., Колупаев В.Е. Антибиотикограмма: Диско-диффузионный метод. Интерпретация результатов. Москва. - 2003. - 59 стр.

25. Сидоренко С.В, Тишков В.И. Молекулярные основы резистентности к антибиотикам // Успехи биологической химии. — 2004. Том 44. — С.263-306.

26. Скала JI.3., Сидоренко C.B., Нехорошева А.Г., Лукин И.Н., Грудинина С.А. Практические аспекты современной клинической микробиологии Москва. - 2004. - 258 стр.

27. Страчунский Л.С., Каманин Е.И. Антибактериальная терапия инфекций в оториноларингологии // Русский Медицинский Журнал. 1998. - Том 6, №17. - С.38-42.

28. Таточенко В.К., Середа Е.В., Федорова A.M., Катососва Л.К., Самсыгина Г.А. и др. Антибактериальная терапия пневмонии у детей. // Пособие для врачей / Под редакцией Страчунского Л.С.-КМАХ. 2000. - Том 2. - С.7787.

29. Харитонов М.А., Николаев A.B. Антибактериальная терапия инфекций нижних дыхательных путей // Военно-медицинская академия Санкт-Петербург. Россия. - 2004. - С. 102-109.

30. Цыганкова О.И. Бактериальные гемолизины и связь с вирулентностью.-Ставрополь-Медицина. 1988. - 50 стр.

31. Черняев А.Л., Чучалин А.Г., Синопальников А.И., Чернеховская E.H. Патологическая анатомия и патогенез внебольничных пневмоний // Пневмония. Москва. - 2002. - С.198-217.

32. Яковлев C.B. Рациональная антибактериальная терапия инфекций верхних дыхательных путей: значение системных и местных антибиотикам.-ММА им.И.М.Сеченова. Москва. - 2002. - 193стр.

33. Янов Ю.К. Принципы этиопатогенетической терапии острых синуситов // Методические рекомендации Министерства здравоохранения Российской Федерации.-Санкт-Петербург. 2003. - 223стр.

34. Albrich WC, Monnet DL, Harbarth S. Antibiotic selection pressure and resistance in Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pyogenes. // Emerg Infect Dis — 2004.-№10. P.514-517.

35. Alouf, J. E. Streptococcal toxins (streptolysin O, streptolysin S, erythrogenic toxin). // Pharmacol. Ther. 1980. - №11. - P.661-717.

36. Arlet, G., and A. Philippon. 1994. PCR-based approaches for the detection of bacterial resistance, PCR-based diagnostics in infectious diseases. // Blackwell Scientific Publications -Oxford-United Kingdom. 1994. -P.665-687.

37. Betschel S.D., Borgia S.M., Barg N.L., Low D.E., and J. C. De Azavedo. Reduced virulence of group A streptococcal Tn916 mutants that do not produce streptolysin S. // Infect. Immun. 1998. -№66. -P.1671-1679.

38. Bergeron M.G., Ouellette M. Preventing Antibiotic Resistance through Rapid Genotypic Identification of Bacteria and of Their Antibiotic Resistance Genes in the Clinical Microbiology Laboratory // J. Clin. Microbiol. 1998. - №27. -P.2169-2172.

39. Bergman M, Huikko S, Huovinen P, Paakkari P, SeppalaH. Macrolide and azithromycin use are linked to increased macrolide resistance in Streptococcus pneumoniae. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2006. - №50. -P.3646-3650.

40. Bergman M, Huikko S, Pihlajamaki M, Laippala P, Palva E, Huovinen P, et al. Effect of macrolide consumption on erythromycin resistance in Streptococcus pyogenes in Finland in 1997-2001. // Clin Infect Dis. 2004. - №38. - P.1251-1256.

41. Bryskier A. Viridans group Streptococci: a reservoir of resistant bacteria in oral cavities. // Clin Microbiol Infect. 2002. - № 8. - P.65-72.

42. Cochetti, I., M. Vecchi, et al. Molecular characterization of pneumococci with efflux-mediated erythromycin resistance and identification of a novel rnef gene subclass, nief(I). // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005. - №49. -P.4999-5006.

43. Cohen, Y. Aujard, P. Bidet et al. Le streptocoque du groupe A. Un patliogene majeur pour la prochaine decennie? // Archives de pediatrie. 2005. - №12. -P.1065-1067.

44. Corne H.W. Klaassen and Johan W.Mouton. Molecular Detection of Macrolide Efflux Gene: To Discriminate or Not To Discriminate between mef(A) and mef(E). // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005. - №7. - P. 12711278.

45. Courvalin P. Genotypic approach to the study of bacterial resistance to antibiotics // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1991. - № 6. - P.1019-1023.

46. Cresti S, Lattanzi M, Zanchi A et al. Resistance determinants and clonal diversity in group A streptococci collected during a period of increasing macrolideresistance. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2002. - №46. - P. 1816— 1822.

47. Del Grosso M., Scotto d'Abusco A., Iannelli F., Pozzi G., and Pantosti A. Tn2009, a TnP7(5-like element containing meflE) in Streptococcus pneumoniae. II Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2004. - №48. - P.2037-2042.

48. Del Grosso M, Iannelli F, Messina C, et al. Macrolide efflux genes mef(A) and mef(E) are carried by different genetic elements in Streptococcus pneumoniae. // J. Clin Microbiol. 2002. - №40. - P.774-778.

49. Doern GV, Richter SS, Miller A, et' al. Antimicrobial resistance among Streptococcus pneumoniae in the United States: have we begun to turn the corner on resistance to certain antimicrobial classes? // Clin Infect Dis. 2005. - №41. -P.139-148.

50. Domej W., Floegel E., Tilz G.P., Demel U. Sinn und Unsinn der Antibiotikatherapie respiratorischer Infekte II Internist. 2005. - №46. — P.795-799.

51. Edelstein PH. Pneumococcal resistance to macrolides, lincosamides, ketolides, and streptogramin B agents: molecular mechanisms and resistance phenotypes. // Clin Infect Dis. 2004. - №38. - P.322-327.

52. Egorov A.M., Sidorenko S.V., Grudinina SA. Four-Year Surveillance- of Antibiotic Resistance in Streptococcus pneumoniae in Moscow 2001 // 43rd ICAAC September 14-17. Chicago. - Illinois. - 2003. - abstract. - C2-945.

53. European Antimicrobial Resistance Surveillance System. Ongoing surveillance of S.pneumoniae, S. aureus, E.coli, E.faecium, E.faecalis. // EARSS Annual Report. — 2004.-P.41^9.

54. Farrell DJ, Doutliwaite S, Morrissey I-, et al. Macrolide resistance by ribosomal mutation in clinical isolates of Streptococcus pneumoniae from the PROTEKT 1999- 2000 study. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2003. - №47. -P. 1777-1783.

55. Farrell DJ, Jenkins SG, Brown SD, Patel M, Lavin BS, Klugman KP. Emergence and spread of Streptococcus pneumoniae with erm(B) and mef(A) resistance. // Emerg Infect Dis. 2005. -№11.- P.851-858.

56. Farrell DJ, Morrissey I, Bakker S, Morris L, Buckridge S, Felmingham D. Molecular epidemiology of multiresistant Streptococcus pneumoniae with both erm(B)- and mef(A)- mediated macrolide resistance. // J Clin Microbiol. 2004. -№42. - P.764-768.

57. Ferretti, J. J., W. M. McShan, D. Ajdic, D. J. Savic, G. Savic, K. Lyon, C. Primeaux et al. Complete genome sequence of an Ml strain of Streptococcus pyogenes. II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2001. -№98. - P.4658-4663.

58. Finkelstein JA, Huang SS, Daniel J, et al. Antibioticresistant Streptococcus pneumoniae in the heptavalent pneumococcal conjugate vaccine era: predictors of carriage in a multicommunity sample. // Pediatrics. 2003. - №112. - P.862-869.

59. Fluit C., Visser M.R., and Schmitz F. Molecular detection of antimicrobial resistance. //J. Clinical Microbiology Reviews.-2001. -№14. -P.836-871.

60. Fujita K, Murono K, Yoshikawa M. Decline of erythromycin resistance of group A Streptococci in Japan. // J. Pediatr Infect Dis. 1994. - №13. - PI075-1083.

61. Gay K., Stephens D.S.,Structure and dissemination of a chromosomal insertionelement encoding macrolade efflux in Streptococcal pneumoniae // J. Infect. Dis. 2001. - №184. - P.56-65.

62. Gherardi> G, Fallico L, Del Grosso M, et al. Antibiotic resistant invasive pneumococcal clones in Italy. // J Clin Microbiol. 2007. - №45. - P.306-312.

63. Giovanetti Eleonora, Brenciani Andrea, Burioni Roberto. A Novel Efflux System in Inducibly Erythrornycin-Resistant Strains of Streptococcus pyogenes // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2002. - P. 3750-3755.

64. Gracia, M., C. Diaz, et al. Antimicrobial susceptibility of Streptococcus pyogenes in Central, Eastern, and Baltic European Countries, 2005 to 2006: the cefditoren surveillance program // Diagn Microbiol Infect Dis. 2009. - №64. - P.52-56.

65. Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Atlanta. - 2006. -abstract. - A-2520. - ASM

66. Guillemot D, Carbon C, Thibult N et al. Macrolide use is associated with macrolide resistant (MRSp) and penicillin resistant (PRSp) Streptococcus pneumoniae. // 40th ICAAC. Toronto. - 2000. - abstract. - 1863. - ASM.

67. Hamilton-Miller JM, Shah S. Comparative in-vitro activity of ketolide HMR 3647 and four macrolides against grampositive cocci of known erythromycin susceptibility status. // J Antimicrob Chemother. 1998. - №41. - C.649-653.

68. Hoban D, Waites K, Felmingham D. Antimicrobial susceptibility of community-acquired respiratory tract pathogens in North America in 1999-2000: findings of the PROTEKT surveillance study // Diagn Microbiol Infect Dis. 2003. - 45. -C.251-259.

69. Isozumi R, Ito Y, Ishida T, et al. Genotypes and related factors reflecting macrolide resistance in pneumococcal pneumonia infections in Japan. // J Clin Microbiol. 2007. - №45. - C. 1440-1446.

70. Jari Jalava* 1, Martti Vaara2 and Pentti Huovinenl. Mutation at the position 2058 of the 23S rRNA as a cause of macrolide resistance in Streptococcus pyogenes. II Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. 2004, - №3. - P.202-204.

71. Johnson DM, Stilwell MG, Fritsche TR, Jones RN. Emergence of multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae: report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (1999-2003). // Diagn Microbiol Infect Dis. -2006. №56. - C.69-74.

72. Karita D.Ambrose, Rebecca Nisbet, and David S. Stephens. Macrolide Efflux in Streptococcus pneumoniae Is Mediated by a Dual Efflux Pomp (mel and mef) and Is Erythromycin Inducible. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy.- 2005. №10. - P.4203^4209.

73. Latini L, Ronchetti MP, Merolla R, et al. Prevalence of mefE, enn and tet(M) genes in Streptococcus pneumoniae strains from Central Italy. // Int J .Antirnicrob Agents. 1999. -№13. -P.29-33.

74. Leclercq R. Mechanisms of Resistance to Macrolides and Lincosamides: Nature of the Resistance Elements and Their Clinical Implications. // Clin. Infect. Dis. 2002. - №34. - P.482^192.

75. Lonks JR, Garau J, Gomez L, et al. Failure of macrolide antibiotic treatment in patients with bacteremia due to erythromycin-resistant Streptococcus pneumoniae. // Clin Infect Dis. 2002. - №35. - P.556-564.

76. Lonks JR, Goldmann DA. Telithroinycin: a ketolide antibiotic for treatment of respiratory tract infections. // Clin Infect Dis. 2005. - №40. - P. 1657-1664.

77. Malbruny B, Nagai K, Coquemont M, Bozdogan B, Andrasevic AT, Hupkova H, et al. Resistance to macrolides in clinical isolates of Streptococcus pyogenes due to ribosomal mutations. // J Antirnicrob Chemother. 2002. - №49. -P.93 5-939.

78. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically // approved standard M7-A7, 7th ed., vol.26.-Clinical Laboratory Standards Institute. CLSI. - Wayne. - PA. - 2006. - 135p.

79. Monaco M, Camilli R, D'Ambrosio F, Del Grosso M, Pantosti A. Evolution of erythromycin resistance in Streptococcus pneumoniae in Italy. // J Antimicrob Chemother. 2005. - №55. - P.256-259.

80. Montagnani, F., L. Stolzuoli, et al. Erythromycin resistance in Streptococcus pyogenes and macrolide consumption in a central Italian region. // Infection. 2009. - №37(4). - P.353-357.

81. Montanari MP, Mingoia M, Cochetti I, Varaldo PE. Phenotypes and genotypes of erythromycin-resistant pneumococci in Italy. // J Clin Microbiol. -2003. -№41. -P.428-431.

82. Murray CJL, Lopez AD. Mortality by cause for eight regions of the world: Global Burden of Disease Study. // Lancet. 1997. -№349. - P.1269-1276.

83. Nordhoff E., Luebbert C., Thiele G., Heiser V. and Lehrach H. Rapid determination of short DNA sequences by the use of MALDI-MS. // Nucleic Acids Research. 2000. - №28. - P.86-92.

84. Perez-Trallero E. Pneumococcal macrolide resistance not a myth. // J Antimicrob Chemother. - 2000. - №45. -P.401-402.

85. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. // Tenth informational supplement M100-S11. National Committee for Clinical Laboratory Standards.-NCCL Wayne,PA. - 2001. - 143p.

86. Persing, D. H., D. A. Relman, and F. C. Tenover. Genotypic detection of antimicrobial resistance. PCR protocols for emerging infectious diseases. // ASM Press-Washington. -D.C.- 1996.-P.33-57.

87. Pililajamaki M, Kotilainen P, Kaurila T, Klaukka T, Palva E, Huovinen P. Macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae and use of antimicrobial agents. // Clin Infect Dis. 2001. - №33. - P.483^88.

88. Pitt T.L., Saunders N.A. Molecular bacteriology: a diagnostic tool for the millennium. // J. Clinical. Pathol. 2000. -№53. - P.71-75.

89. Powis J, McGeer A, Green K, et al. In vitro antimicrobial susceptibilities of Streptococcus pneumoniae clinical isolates obtained in Canada in 2002. // Antimicrob Agents Chemother. 2004. - №48. - P.3305-3311.

90. Poulakou G, Katsarolis I, Matthaiopoulou I, et al. Nationwide surveillance of Streptococcus pneumoniae in Greece: patterns of resistance and serotype epidemiology. // Int J Antimicrob Agents. 2007. - №30. - P.87-92.

91. Ramdani-Bouguessa N. Rahal K. Serotype distribution and antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae isolated in Algiers, Algeria. // Antimicrob Agents Chemother. 2003. - №47. - P.824-826.

92. Reinert RR, Lutticken R, Bryskier A, Al-Lahham A. Macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pyogenes in the pediatric population in Germany during 2000-2001. // Antimicrob Agents Chemother. 2003. - №47. -P.489- 493.

93. Riedel S, Beekmann SE, Heilmann KP, et al. Antimicrobial use in Europe and antimicrobial resistance in Streptococcus pneumoniae. // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2007. - № 26. - C.485^190

94. Roberts, M. C., J. Sutcliffe, P. Courvalin, L. B. Jensen, J. Rood, and H. Seppala. Nomenclature for macrolide and macrolide-lincosamidestreptogramin B resistance determinants. // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. - №43. -P.2823-2830.

95. Roland Leclercq, and Patrice Courvalin, Resistance to Macrolides and Related Antibiotics in Streptococcus pneumoniae II Antimicrob. Agents Chemother. 2003. - №43. - P.2522-2529.

96. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain terminating inhibitors // Proc. Natl. Academ. Sei. USA. 1977. - №74. - P.5463-5467.

97. Seppala H, Klaukka T, Vuopio-Varkila J et al. The effect of changes in the consumption of macrolide antibiotics on erythromycin resistance in group A Streptococci in Finland. // N Engl J Med. 1997. - №337. - P.441^46.

98. Song JH, Jung SI, Ko KS, et al. High prevalence of antimicrobial resistance among clinical Streptococcus pneumoniae isolates in Asia (an ANSORP study). // Antimicrob Agents Chemother. -2004. -№48. -P.2101-2107.

99. Storm N., Damhofer-Demar B., van den Boom D., Rodi C.P. MALDI-TOF Mass Spectrometry-Based SNP Genotyping./ZMetliods in Molecular Biology. — 2002. №212. - P.241—262.

100. Sutcliffe, J., T. Grebe, A. Tait-Kamradt, and L. Wondrack. Detection of erythromycin-resistant determinants by PCR. // Antimicrob. Agents Chemother.1996. №40. - P.2562-2566.

101. Syrogiannopoulos GA, Grivea IN, Ednie LM, et al. Antimicrobial susceptibility and macrolide resistance inducibility of Streptococcus pneumoniae carrying enn(A), erm(B), or mef(A). // Antimicrob Agents Chemother. 2003. -№47. -P.2699- 2702.

102. Tait-Kamradt A, Davies T, Appelbaum PC, et al. Two new mechanisms of macrolide resistance in clinical strains of Streptococcus pneumoniae from Eastern Europe and North America. // Antimicrob Agents Chemother. 2000. - №44. -P.3395- 3401.

103. Tait-Kamradt, A., J. Clancy, M. Cronan, F. Dib-Hajj, L. Wondrack, W. Yuan, and J. Sutcliffe. 1997. mefE is necessary for the erythromycin-resistant M phenotype in Streptococcus pneumoniae. Antimicrob. // Agents Chemother.1997. -№41. -P.2251-2255.

104. Tenover Bauer F. C., Kirby meet Watson and Crick: antimicrobial susceptibility testing in the molecular era // ASM News. 1992. - Vol.58. .-P.669-672.

105. Tiemei Z, Xiangqun F, Youning L. Resistance phenotypes and genotypes of erythromycin-resistant Streptococcus pneumoniae isolates in Beijing and

106. Shenyang, China. // Antimicrob Agents Chemother. 2004. - №48. - P.4040-4041.

107. Vester B., Douthwaite S. Macrolide Resistance Conferred by Base Substitutions in 23 S rRNA. // Antimicrob. Agents Chemother. 2001. - №45. -P.l-12.

108. Wierzbowski AK, Swedlo D, Boyd D, et al. Molecular epidemiology and prevalence of macrolide efflux genes mef(A) and mef(E) in Streptococcus pneumoniae obtained in Canada from 1997 to 2002. // Antimicrob Agents Chemother. 2005. - №49. - P.1257-1261.

109. Weisblum B. Erythromycin resistance by ribosome modification. // Antimicrob .Agents Chemother. 1995. - №39. - P.577-85.

110. Woodford, N., Sundsfjord, A. Molecular detection of antibiotic resistance: when and where? // J Antimicrob Chemother. 2005. - №56. - P.259-261.

111. Zhanel GG, Dueck M, Hoban DJ, et al. Review of macrolides and ketolides: focus on respiratory tract infections. // Drugs. 2001. - №61. - P.443-498.