Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.10, доктор биологических наук Шипицина, Елена Васильевна

• Шипицина, Елена Васильевна
• доктор биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации доктор биологических наук Шипицина, Елена Васильевна

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Эпидемиология урогенитальных инфекций.

1.2. Патогенез и клинические проявления урогенитальных инфекций.

1.2.1. Гонококковая инфекция.

1.2.2. Урогенитальная хламидийная инфекция.

1.2.3. Трихомониаз.

1.2.4. Инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium.

1.2.5. Папилломавирусная инфекция.

1.3. Лабораторная диагностика урогенитальных инфекций.

1.3.1. Гонококковая инфекция.

1.3.1.1. Микроскопический метод.

1.3.1.2. Культуральный метод.

1.3.1.3. Иммунологические методы.

1.3.1.4. Методы амплификации нуклеиновых кислот.

1.3.2. Урогенитальная хламидийная инфекция.

1.3.2.1. Культуральный метод.

1.3.2.2. Иммунологические методы.

1.3.2.3. Методы амплификации нуклеиновых кислот.

1.3.3. Трихомониаз.

1.3.3.1. Микроскопический метод.

1.3.3.2. Культуральный метод.

1.3.3.3. Иммунологические методы.

1.3.3.4. Методы амплификации нуклеиновых кислот.

1.3.4. Инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium.

1.3.4.1. Культуральный метод.

1.3.4.2. Иммунологические методы.

1.3.4.3. Методы амплификации нуклеиновых кислот.

1.3.5. Папилломавирусная инфекция.

1.3.5.1. Тестирование на ВПЧ в скрининге рака шейки матки.

1.3.5.2. Тесты для выявления нуклеиновых кислот ВПЧ.

1.5. Актуальные проблемы диагностики урогенитальных инфекций.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.1. Общая схема работы.

2.2. Оценка тестов, основанных на амплификации нуклеиновых кислот, для диагностики инфекций, передаваемых половым путем.

2.2.1. Пациенты и клинические образцы.

2.2.2. Оцениваемые тесты.

2.2.3. Взятие, транспортировка и хранение клинических образцов.

2.2.4. Выделение нуклеиновых кислот.

2.2.5. ПЦР.

2.2.6. NASBA.

2.2.7. Референтное тестирование.

2.2.7.1. Референтное тестирование на Neisseria gonorrhoeae.

2.2.7.2. Референтное тестирование на Chlamydia trachomatis.

2.2.7.3. Референтное тестирование на Trichomonas vaginalis.

2.2.7.4. Референтное тестирование на Mycoplasma genitalium.

2.2.8. Референтная панель микоплазм.

2.2.9. Определение пределов детекции ПЦР-тестов.

2.2.10. Анализ результатов.

2.3. Оценка распространенности нового (Шведского) варианта Chlamydia trachomatis в Санкт-Петербурге и оценка способности ПЦР тестов для диагностики хламидийной инфекции его выявлять.

2.3.1. Пациенты и клинические образцы.

2.3.2. Лабораторный штамм Sweden2.

2.3.3. Тестирование клинических проб на новый (Шведский) вариант Chlamydia trachomatis.

2.3.4. Генотипирование Chlamydia trachomatis.

2.3.5. Оцениваемые ПЦР тесты.

2.4. Оценка теста для выявления клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска.

2.4.1. Пациенты и клинические образцы.

2.4.2. Цитологические и гистологические исследования.

2.4.3. Оцениваемый тест.

2.4.4. Референтный тест НС2.

2.4.5. Секвенирование ДНК для определения генотипа ВПЧ.

2.4.6. Анализ результатов.

2.4. Сравнение методов диагностики гонококковой инфекции.

2.4.1. Пациенты и клинические образцы.

2.4.2. Микроскопическое исследование.

2.4.3. Культуральное исследование.

2.4.4. ПЦР.

2.4.5. NASBA.

2.4.6. Секвенирование ДНК для видовой идентификации Neisseria gonorrhoeae.

2.4.7. Анализ результатов.

ГЛАВА 3. ОЦЕНКА ТЕСТОВ, ОСНОВАННЫХ НА АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ, ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИЙ, ПЕРЕДАВАЕМЫХ ПОЛОВЫМ ПУТЕМ.

3.1 .Тесты для выявления Neisseria gonorrhoeae.

3.2. Тесты для выявления Chlamydia trachomatis.

3.3. Тесты для выявления Trichomonas vaginalis.

3.4. Тесты для выявления Mycoplasma genitalium.

ГЛАВА 4. ОЦЕНКА РАСПРОСТРАНЕННОСТИ НОВОГО (ШВЕДСКОГО) ВАРИАНТА CHLAMYDIA TRACHOMATIS В САНКТ-ПЕТЕРБУРГЕ

И ОЦЕНКА СПОСОБНОСТИ ПЦР ТЕСТОВ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ХЛАМИДИЙНОЙ ИНФЕКЦИИ ЕГО ВЫЯВЛЯТЬ.

ГЛАВА 5. ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ТЕСТА ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМОГО КОЛИЧЕСТВА ВИЧ

ВЫСОКОГО ОНКОГЕННОГО РИСКА.

ГЛАВА 6. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ГОНОКОККОВОЙ

ИНФЕКЦИИ.

ГЛАВА 7. МОДЕЛЬ ОБЕСПЕЧЕНИЯ КАЧЕСТВА АНАЛИТИЧЕСКОГО ЭТАПА МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ С ПРИМЕНЕНИЕМ

МАНК.

ГЛАВА 8. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций»

Актуальность исследования. Инфекции урогенитального тракта являются серьезной проблемой здравоохранения во всех странах мира [404]. Очень часто урогенитальные инфекции не имеют специфических проявлений или протекают бессимптомно, поэтому ключевая роль в установлении диагноза отводится лабораторной диагностике.

Внедрение методов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК) в микробиологическую диагностику значительно повысило ее эффективность. К их числу относятся полимеразная цепная реакция (ПЦР), амплификация со смещением нити ДНК (strand displacement amplification, SDA), транскрипционно-опосредованная амплификация (transcription mediated amplification, TMA), амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот (nucleic acid sequence-based amplification, NASBA). Преимущества МАНК перед традиционными микробиологическими методами заключаются в том, что они сочетают высокую чувствительность с высокой специфичностью, быстры в исполнении, в высокой степени стандартизированы и автоматизированы, имеют высокую пропускную способность, не требуют сохранения жизнеспособности возбудителя. Кроме того, МАНК позволяют использовать материалы, полученные неинвазивным путем.

В последние годы МАНК находят все более широкое применение в диагностике урогенитальных инфекций, в том числе в нашей стране [23, 24]. К числу урогенитальных инфекций, в диагностике которых широко используются МАНК, относятся инфекции, передаваемые половым путем (ИППП) (гонорея, хламидийная инфекция, трихомониаз, инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium), а также этиологически связанная с раком шейки матки (РШМ) папилломавирусная инфекция. Культуральный метод до сих пор остается «золотым стандартом» диагностики гонококковой инфекции, несмотря на то, что гонококки - исключительно прихотливые бактерии и культуральный метод требует соблюдения очень строгих условий транспортировки и культивирования. Связано это с тем, что метод позволяет определять антибиотикорезистентность гонококков, которая представляет собой серьезную проблему [361]. Микроскопический метод выявления гонококков имеет невысокую чувствительность и специфичность и по международным стандартам может использоваться только у мужчин с острым уретритом; тем не менее, метод очень широко используется в нашей стране [226]. Культуральный метод также широко используется для диагностики трихомониаза, он достаточно чувствителен, но очень длителен. Микроскопическое исследование нативного материала - распространенный метод диагностики трихомониаза у женщин, однако его чувствительность невысока [6]. Таким образом, недостатки существующих методов выявления Neisseria gonorrhoeae и Trichomonas vaginalis не позволяют сомневаться в неизбежности широкого внедрения МАНК в диагностику гонореи и трихомониаза. В диагностике хламидийной инфекции МАНК в последние годы практически полностью заменили культуральный метод, метод прямой иммунофлюоресценции и другие методы выявления Chlamydia trachomatis [167]. М. genitalium — труднокультивируемые бактерии, и их определение в настоящее время полностью основывается на МАНК [216].

С установлением этиологической роли вируса папилломы человека (ВПЧ) в развитии РШМ тест на онкогенные типы ВПЧ стали использовать в скрининге этого заболевания наряду с цитологическим тестом. Тестирование на онкогенные типы ВПЧ обладает очень высокой чувствительностью для выявления цервикальных интраэпителиальных поражений высокой степени (cervical intraepithelial neoplasia grade 2 и выше, CIN2+) [281], однако его специфичность недостаточно высока, что связано с широкой распространенностью транзиторной папилломавирусной инфекции. Кроме того, так как диагностика папилломавирусной инфекции основывается на высокочувствительных методах анализа его нуклеиновых кислот [299], очень часто выявляются клинически незначимые концентрации вируса. Для эффективного скрининга РШМ тест на ВПЧ должен выявлять только клинически значимое количество вируса, и поэтому необходимость разработки и внедрения таких тестов не вызывает сомнения.

Несмотря на очевидные достоинства МАНК, их использование в диагностике урогенитальных инфекций сопряжено с рядом проблем, обусловленных как свойствами самих методов, так и свойствами определяемых аналитов. Известно, что высокая чувствительность МАНК связана с высоким риском получения ложноположительных результатов вследствие контаминации, а присутствие в реакции субстанций, ингибирующих энзиматическую амплификацию, может привести к получению ложноотрицательных результатов. Генетическая изменчивость микроорганизмов может быть источником как ложноположительных, так и ложноотрицательных результатов. Так, высокая степень гомологии нуклеотидных последовательностей и частый генетический обмен между гонококками и другими видами рода Neisseria, а также высокий уровень генетического полиморфизма разных штаммов N. gonorrhoeae являются серьезной проблемой молекулярной диагностики гонореи (Palmer Н.М. et al., 2003; Whiley D.M. et al., 2006; Tabrizi S.N. et al., 2011). В диагностике хламидийной инфекции исследователи недавно столкнулись с проблемой появления нового (Шведского) варианта С. trachomatis (нвСТ), имеющего мутацию в криптической плазмиде, которая применяется в качестве мишени в большинстве тестов на основе МАНК [327]. Таким образом, внедрение МАНК в рутинную диагностику урогенитальных инфекций существенно повышает ее эффективность, но вместе с тем требует оптимизации системы обеспечения качества исследований.

Степень разработанности темы. Эффективность молекулярной диагностики урогенитальных инфекций в нашей стране в значительной мере ограничивается недостаточной разработанностью нормативной базы по обеспечению качества исследований с использованием неколичественных методов, к числу которых относятся методы анализа нуклеиновых кислот возбудителей инфекций. В частности, не регламентируются процедуры клинической оценки тестов и критерии приемлемости тестов. Применение тестов, не получивших объективную характеристику своих аналитических и функциональных свойств, сопряжено с высоким риском получения недостоверных лабораторных результатов [14, 15, 33]. Принципы клинической оценки неколичественных тестов обобщены в ряде » международных стандартов [175, 393], однако способы оценки тестов в разных областях лабораторной медицины различаются как в аспектах экспериментального дизайна, так и анализа данных, и должны разрабатываться с учетом специфики методов и аналитов. Для диагностики наиболее значимых урогенитальных инфекций предлагается ряд международных тестов на основе МАНК, аналитические и диагностические параметры которых определены в независимых клинических исследованиях и описаны в литературе. В нашей стране повсеместно используются тесты Российского производства, однако объективная информация об их аналитических и особенно диагностических характеристиках практически отсутствует. В этих условиях основным способом проверки точности результатов молекулярных микробиологических исследований является внешняя оценка качества, осуществляемая в нашей стране Федеральной системой внешней оценки качества (ФСВОК) [16], которая, однако, только дополняет, но не заменяет контроль качества диагностики [5, 12, 18]. Таким образом, актуальность данного исследования обусловлена необходимостью оптимизации и стандартизации системы обеспечения качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций, что будет способствовать как их своевременному выявлению и лечению, так и получению достоверных эпидемиологических данных и разработке профилактических программ.

Цель исследования:

Обоснование принципов и разработка организационно-методического обеспечения качества лабораторной диагностики урогенитальных инфекций с применением методов амплификации нуклеиновых кислот.

Задачи исследования:

1. Оценить диагностические характеристики тестов Российского производства на основе методов амплификации нуклеиновых кислот для выявления возбудителей инфекций, передаваемых половым путем (JV gonorrhoeae, С. trachomatis, Т. vaginalis, М. genitalium), с использованием международных валидированных тестов в качестве референтных стандартов. Определить аналитическую чувствительность и специфичность тестов.

2. Выявить распространенность нового варианта С. trachomatis в популяции пациентов гинекологических и урологических клиник Санкт-Петербурга и оценить способность ПЦР-тестов, разработанных и используемых в России для диагностики хламидийной инфекции, выявлять новый вариант.

3. Определить диагностические характеристики теста Российского производства для выявления клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска и оценить его соответствие требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки.

4. Проанализировать возможность использования клинических образцов, полученных неинвазивным путем (отделяемое влагалища у женщин, первая порция мочи у женщин и мужчин), для диагностики инфекций, передаваемых половым путем, с применением методов амплификации нуклеиновых кислот.

5. Провести оценку традиционных методов диагностики гонококковой инфекции (микроскопического и культурального) в сравнении с методами амплификации нуклеиновых кислот.

6. Разработать и обосновать структурно-функциональную модель обеспечения качества аналитического этапа молекулярной диагностики урогенитальных инфекций с методической детализацией ее ключевого компонента - клинической оценки тестов. ь

I V 1

Научная новизна и теоретическая значимость работы. Разработана структурно-функциональная модель системы аналитического качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций, компоненты которой, функционируя комплементарно друг другу, обеспечивают точность результатов лабораторных исследований.

Впервые получены данные, объективно характеризующие аналитические и диагностические параметры тестов Российских производителей на основе методов амплификации нуклеиновых кислот для диагностики наиболее значимых инфекций, передаваемых половым путем.

Впервые получены данные о распространенности нового варианта С. trachomatis в России. Теоретически обоснована возможность его дальнейшего распространения, определяющая перспективность изучения путей и динамики его трансмиссии.

Впервые охарактеризован тест Российского производства для выявления клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска и показано его соответствие требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки.

Валидация молекулярных тестов отечественного производства для диагностики урогенитальных инфекций в сравнении с международными тестами открывает возможности получения достоверных эпидемиологических данных в различных популяциях Российской Федерации и их сопоставления с соответствующими показателями в других странах.

Разработана доказательная база для использования клинических образцов, полученных неинвазивным путем, при молекулярной диагностике инфекций, передаваемых половым путем.

Установлена неприемлемо низкая чувствительность микроскопического и культурального методов выявления гонококков по сравнению с методами амплификации нуклеиновых кислот при тестировании клинических материалов от женщин, определяющая высокий процент (до 70%) ложноотрицательных результатов у женщин с гонореей.

Практическая значимость работы. Проведена клиническая валидация целого ряда молекулярных тестов, применяющихся в нашей стране для диагностики инфекций, передаваемых половым путем, и скрининга рака шейки матки. Полученные данные позволили определить отечественные тесты с оптимальными аналитическими и диагностическими параметрами, как для применения в лабораторной диагностике данных заболеваний, так и для использования в качестве референтных стандартов при клинической оценке новых отечественных тестов.

Обоснована возможность дальнейшего распространения нового варианта С. trachomatis в Российской Федерации, что определяет необходимость использования тестов, способных его идентифицировать, а также перспективность включения данного варианта С. trachomatis в контрольные панели Федеральной системы внешней оценки качества.

Показано, что при молекулярной диагностике инфекций, передаваемых половым путем, могут использоваться клинические пробы, полученные неинвазивным путем. Неинвазивный способ является предпочтительным, так как позволяет пациентам получать материал самостоятельно, что благоприятствует большему вовлечению населения в обследование на урогенитальные инфекции и способствует их своевременному выявлению и лечению.

Данные, полученные при сравнении методов диагностики гонореи, свидетельствуют о необходимости ограничения использования микроскопического метода, оптимизации культурального метода и внедрения молекулярных методов в рутинную диагностику этого заболевания.

Предложена модель обеспечения аналитического качества молекулярной диагностики инфекций, которая может быть использована при создании внутрилабораторной системы качества.

Положения, выносимые на защиту:

1. Основополагающим принципом обеспечения качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций, определяющим точность результатов исследований и сопоставимость результатов, полученных в разных лабораториях, является установление соответствия аналитических и диагностических параметров применяемых тестов клиническим задачам.

2. Возможность дальнейшего распространения нового варианта С. trachomatis в Российской Федерации определяет необходимость использования тестов, способных его идентифицировать, и перспективность его включения в контрольные панели Федеральной системы внешней оценки качества для выявления С. trachomatis.

3. Применение клинических материалов, полученных неинвазивным путем, для молекулярной диагностики инфекций, передаваемых половым путем, не уступает в информативности использованию материалов, полученных стандартным методом.

4. Микроскопический и культуральный методы, являющиеся регламентированными методами диагностики гонореи в нашей стране, обладают низкой чувствительностью по сравнению с методами амплификации нуклеиновых кислот. Внедрение валидированных молекулярных тестов в диагностику этого заболевания существенно повысит ее качество.

Методология и методы исследования. Для реализации цели исследования и обоснования основных положений были использованы теоретический анализ литературы, лабораторные методы и методы статистической обработки данных.

Степень достоверности и апробация результатов исследования. Достоверность полученных результатов обеспечена теоретическим анализом проблемы, репрезентативным объёмом выборок обследованных пациентов, достаточным количеством выполненных наблюдений с использованием современных методов исследования и адекватным статистическим анализом данных.

Основные положения работы, а также содержание её отдельных этапов были представлены на 6-ом международном конгрессе Еврогин (Париж, Франция, 2006); 22-ой конференции Европейского отделения Ш8Т1 по ИППП и ВИЧ/СПИД (Версаль, Франция, 2006); международной конференции «Репродуктивно значимые инфекции: Европейские стандарты диагностики, терапии и профилактики» (Санкт-Петербург, 2006); международной конференции «Охрана репродуктивного здоровья в рамках реализации национального проекта «Здоровье» (Санкт-Петербург, 2007); 10-ом Всемирном конгрессе 1ШТ1 по ИППП и ВИЧ/СПИД (Сиэтл, США, 2007); 23-ей конференции Европейского отделения Ш8Т1 по ИППП и ВИЧ/СПИД (Дубровник, Хорватия, 2007); международном конгрессе «Новые технологии в акушерстве и гинекологии» (Санкт-Петербург, 2007); 6-ой Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2007» (Москва, 2007); 6-ой конференции Европейского общества по хламидийным инфекциям (Орхус, Дания, 2008); 24-ой конференции Европейского отделения ШБИ по ИППП и ВИЧ/СПИД (Милан, Италия, 2008); 25-ой конференции Европейского отделения Ш8Т1 по ИППП и ВИЧ/СПИД (Тбилиси, Грузия, 2010); 20-ом Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям (Вена, Австрия, 2010); 7-ой Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2010» (Москва, 2010); 17-ой конференции Скандинавского общества урогенитальной медицины (Осло, Норвегия, 2010); 12-ом международном симпозиуме по хламидийным инфекциям человека (Зальцбург, Австрия, 2010); 26-ой конференции Европейского отделения 1ШТ1 по ИППП и ВИЧ/СПИД (Рига, Латвия, 2011); 22-ом Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям (Лондон, Великобритания, 2012).

Результаты исследования внедрены в диагностическую работу лаборатории микробиологии ФГБУ «НИИАГ им. Д.О. Отта» СЗО РАМН и клинико-диагностической лаборатории Городского консультативно-диагностического молодежного центра «Ювента», а также отражены в методических рекомендациях по лабораторной диагностике урогенитальных инфекций, утвержденных Комитетами по здравоохранению Санкт-Петербурга и Ленинградской области: «Лабораторная диагностика инфекции, вызванной Neisseria gonorrhoeae» (2009), «Лабораторная диагностика урогенитальной хламидийной инфекции» (2009), «Лабораторная диагностика инфекции, вызванной Mycoplasma genitalium» (2010), «Лабораторная диагностика урогенитального трихомониаза» (2011).

По теме диссертации опубликовано 52 работы, в их числе 27 статей в рецензируемых научных журналах и изданиях и 6 методических руководств.

Личное участие автора. Диссертант лично участвовала в планировании и организации работы, проведении большей части лабораторных исследований, обработке, анализе, обобщении и представлении полученных данных.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 254 страницах и состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, 5 глав результатов собственных исследований, обсуждения результатов, выводов, практических рекомендаций и списка цитируемой литературы. Работа иллюстрирована 11 рисунками и 43 таблицами. Список литературы включает 406 публикаций, из них 34 - отечественных авторов и 372 - зарубежных.

Заключение диссертации по теме «Клиническая лабораторная диагностика», Шипицина, Елена Васильевна

ВЫВОДЫ

1. Для оцененных отечественных тестов, предназначенных для диагностики гонореи, хламидийной инфекции и трихомониаза, установлена удовлетворительная диагностическая чувствительность в сравнении с референтными тестами (67-100%, 86-100%), 67—100%, соответственно). Чувствительность оцененных тестов для выявления М. genitalium существенно варьирует (0-100%) и уступает чувствительности референтных тестов.

2. Точность оценки диагностической чувствительности тестов подтверждена показателями аналитической чувствительности, определенной с использованием контрольных материалов (1-6, 2-6, 1-5, 5-300 копий на реакцию для N. gonorrhoeae, С. trachomatis, Т. vaginalis, М. genitalium, соответственно).

3. Для всех оцененных отечественных тестов для диагностики инфекций, передаваемых половым путем, установлена высокая диагностическая специфичность в сравнении с референтными тестами (99100%).

4. Высокая специфичность тестов для выявления N. gonorrhoeae подтверждена отсутствием ложноположительных результатов при тестировании экстрагенитальных образцов. При оценке аналитической специфичности тестов для выявления М. genitalium для одного теста зарегистрирована перекрестная реактивность с ДНК М. pneumoniae в концентрации >100 копий/мкл.

5. Диагностические параметры оцененного Российского теста для определения клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска соответствуют требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки (чувствительность для выявления цервикальных интраэпителиальных неоплазий высокой степени тяжести - 100%), чувствительность и специфичность по отношению к результатам референтного теста - 89% и 98%, соответственно).

6. Частота выявления нового варианта С. trachomatis в популяции пациентов гинекологических и урологических клиник составляет 0,01%, доля нового варианта по отношению к дикому типу С. trachomatis - 0,4%). Не все отечественные тесты для диагностики хламидийной инфекции могут выявлять новый вариант. В связи с возможностью дальнейшего распространения данного варианта С. trachomatis необходимо использовать тесты, способные его идентифицировать.

7. Тестирование клинических материалов, полученных неинвазивным путем (отделяемое влагалища у женщин, первая порция мочи у женщин и мужчин), при диагностике инфекций, передаваемых половым путем, с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот не уступает в информативности тестированию материалов, полученных инвазивным методом (соскобы эпителиальных клеток цервикального канала у женщин и уретры у мужчин).

8. Микроскопический и культуральный методы диагностики гонореи, являющиеся регламентированными методами диагностики этого заболевания в нашей стране, обладают низкой чувствительностью, особенно при тестировании клинических материалов от женщин (31% для обоих методов). Микроскопический метод следует использовать только в случаях уретрита у мужчин. Культуральный метод, необходимый для мониторинга антибиотикорезистентности гонококков, требует оптимизации. Необходимо внедрение методов амплификации нуклеиновых кислот в протоколы диагностики гонореи.

9. Разработана и обоснована структурно-функциональная модель обеспечения аналитического качества молекулярной диагностики инфекционных заболеваний, компоненты которой, действуя совместно, призваны минимизировать риски возникновения лабораторных ошибок на аналитическом этапе диагностики.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

1. Клиническим диагностическим лабораториям, применяющим методы амплификации нуклеиновых кислот для диагностики инфекционных заболеваний, рекомендуется использовать разработанную в данном исследовании модель обеспечения аналитического качества при планировании лабораторной системы качества.

2. Все тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот для диагностики урогенитальных инфекций перед внедрением в рутинную диагностику должны проходить оценку соответствия их характеристик клиническим задачам. В качестве референтных стандартов рекомендуется использовать международные или Российские валидированные тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот.

3. В диагностике гонококковой, хламидийной, трихомонадной инфекций и инфекции, ассоциированной с М. genitalium, рекомендуется использовать охарактеризованные в данном исследовании тесты с оптимальными диагностическими параметрами.

4. Оцененный тест для выявления клинически значимого количества вируса папилломы человека высокого онкогенного риска отвечает требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки.

5. При диагностике инфекций, передаваемых половым путем, с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот наряду с материалами, полученными инвазивным методом, рекомендуется использовать клинические материалы, полученные неинвазивным путем.

6. В связи с возможностью широкого распространения нового варианта С. trachomatis рекомендуется использовать тесты, способные его выявлять.

7. В связи с низкой чувствительностью микроскопического метода диагностики гонореи его рекомендуется использовать только для установления предварительного диагноза гонореи у мужчин с уретритом. Культуральный метод необходим для определения чувствительности гонококков к антибиотикам, поэтому его следует оптимизировать. Необходимо внедрить валидированные тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот в протоколы диагностики гонореи.

СОКРАЩЕНИЯ И УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ

ВЗОМТ воспалительные заболевания органов малого таза

ВИЧ вирус иммунодефицита человека

ВОЗ Всемирная организация здравоохранения

ВПЧ вирус папилломы человека

ГЭ геномный эквивалент

ДИ доверительный интервал

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

ИППП инфекция, передаваемая половым путем

ИФА иммуноферментный анализ

ЛОС липоолигосахарид

ЛПС липополисахарид мРНК матричная рибонуклеиновая кислота

МАНК метод амплификации нуклеиновых кислот нвСТ новый вариант Chlamydia trachomatis

ПЗОР прогностическая значимость отрицательного результата

ПЗПР прогностическая значимость положительного результата

ПИФ прямая иммунофлюоресценция п.н. пара нуклеотидов

ПЦР полимеразная цепная реакция

ПЦР-рв-ДТ-СТ ПЦР в реальном времени для выявления С. trachomatis,

ДНК-Технология

ПЦР-рв-ИЭ-СТ ПЦР в реальном времени для выявления С. trachomatis,

ЦНИИ Эпидемиологии

ПЦР-эф-ДТ-СТ ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления С. trachomatis, ДНК-Технология

ПЦР-эф-ИЭ-СТ ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления С. trachomatis, ЦНИИ Эпидемиологии

ПЦР-эф-Л-СТ ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления С. trachomatis, Литех

ПЦР-рв-ДТ-MG ПЦР в реальном времени для выявления Mycoplasma genitalium, ДНК-Технология ПЦР-рв-ИЭ-MG ПЦР в реальном времени для выявления М. genitalium,

ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-ДТ-MG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления М. genitalium, ДНК-Технология ПЦР-эф-ИЭ-MG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления М. genitalium, ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-Л-MG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления М. genitalium, Литех

ПЦР-рв-ДТ-NG ПЦР в реальном времени для выявления Neisseria gonorrhoeae, ДНК-Технология ПЦР-рв-ИЭ-NG ПЦР в реальном времени для выявления N. gonorrhoeae,

ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-ДТ-NG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления N. gonorrhoeae, ДНК-Технология ПЦР-эф-ИЭ-NG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления N. gonorrhoeae, ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-Л-NG ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления N. gonorrhoeae, Литех

ПЦР-рв-ДТ-ТУ ПЦР в реальном времени для выявления Trichomonas vaginalis, ДНК-Технология ПЦР-рв-ИЭ-TV ПЦР в реальном времени для выявления Т. vaginalis,

ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-ДТ-ТУ ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления Т. vaginalis, ДНК-Технология ПЦР-эф-ИЭ-TV ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления Т. vaginalis, ЦНИИ Эпидемиологии ПЦР-эф-Л-TV ПЦР с электрофорезной детекцией для выявления Т.

РНК рРНК

РТ

РШМ эт

ASCUS CIN 1,2,3 CIN2+

НС2 HSIL

Hsp LSIL

МОМР

NASBA

NASBA-CT NASBA-NG SDA

ТМА vaginalis, Литех рибонуклеиновая кислота рибосомная РНК ретикулярные тельца (хламидий) рак шейки матки элементарные тельца (хламидий) atypical squamous cells of undetermined significance (атипичные клетки плоского эпителия неясного значения) cervical intraepithelial neoplasia grade 1, 2, 3 (цервикальная интраэпителиальная неоплазия 1, 2, 3 степени) cervical intraepithelial neoplasia grade 2 and higher (цервикальная интраэпителиальная неоплазия 2 степени и выше) hybrid capture 2 (метод захвата гибридных молекул) high grade squamous intraepithelial lesion (высокая степень плоскоклеточного интраэпителиального поражения) Heat shock protein (белок теплового шока) low grade squamous intraepithelial lesion (низкая степень плоскоклеточного интраэпителиального поражения) major outer membrane protein (основной белок наружной мембраны) nucleic acid sequence based amplification (амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот) NASBA для выявления С. trachomatis NASBA для выявления N. gonorrhoeae strand displacement amplification (амплификация со смещением нити ДНК) transcription mediated amplification (амплификация, основанная на транскрипции)

209

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Шипицина, Елена Васильевна, 2013 год

1. ГОСТ Р 53434-2009 Принципы надлежащей лабораторной практики. -М.: Стандартинформ, 2010. 11 с.

2. Давыдов, М.И. Статистика злокачественных новообразований в России и странах СНГ в 2006 году / М.И. Давыдов, Е.М. Аксель // Вестник Российского онкологического научного центра им. Н.Н. Блохина 2008. - Т. 19, № 2. - С. 52-90.

3. Долгушина, В.Ф. Распространенность различных типов вируса папилломы человека при патологии шейки матки / В.Ф. Долгушина,

4. О.С. Абрамовских // Акушерство и гинекология. 2011. - № 4. - С. 69-74.

5. Евстигнеева, Н.П. Молекулярное генотипирование вируса папилломы человека в Уральском регионе / Н.П. Евстигнеева // Современные проблемы дерматовенерологии, иммунологии и врачебной косметологии. 2006. - № 1. - С. 52.

6. Калинин, В.Л. Введение в молекулярную вирусологию / В.Л. Калинин. СПб: СПбГТУ, 2002. - 302 с.

7. Киселев, Ф.Л. Статус ДНК вируса папиллом человека в опухолях шейки матки / Ф.Л. Киселев, Н.П. Киселева, В.К. Кобзева и др. // Мол. Биол. Клетки. 2001. - Т. 35. - С. 470-476.

8. Кишкун, A.A. Достоинства и недостатки Федеральной системы внешней оценки качества / A.A. Кишкун, В.П.Миколаускас // Клин, лаб. диагностика. 2006. - № 12. - С. 41-43.

9. Кишкун, A.A. Современные технологии повышения качества клинической лабораторной диагностики / A.A. Кишкун. М.: РАМЛД, 2005.-528 с.

10. Меньшиков, В.В. Зачем клинической лаборатории нужна стандартизация и как ее применить на практике? Учебно-методическое пособие. М.; «Лабора», 2012.-71 с.

11. Меньшиков В.В. Критерии оценки методик и результатов клинических лабораторных исследований. Справочное пособие / В.В. Меньшиков. -М.: Лабора, 2011.-328 с.

12. Малахов, В.Н. Федеральная система внешней оценки качества клинических лабораторных исследований / В.Н. Малахов, В.В. Меньшиков, В.В. Заикин и др.. // Клин. лаб. диагностика. 2002. - № 7.-С. 21-36.

13. Молочков, В.А. Полимеразная цепная реакция и ее применение для диагностики в дерматовенерологии / В.А. Молочков, И.М. Кириченко // Российский журнал кожных и венерических болезней. 2004. - № 1.-С. 44-51.

14. Мошкин, A.B. Обеспечение качества в клинической лабораторной диагностике. Руководство для специалистов клинической лабораторной диагностики / A.B. Мошкин, В.В. Долгов. М.: Медиздат, 2004. - 216 с.

15. Обнаружение Chlamydia trachomatis в различных клинических материалах урогенитального тракта / К.В. Шалепо, Е.В. Шипицына, A.M. Савичева и др. // Ж. акуш. и жен. болезн. 2002. -Т. LI. - № 1. -С. 95-100.

16. Н.Р. Сафронникова, E.H. Имянитов, К.П. Хансон и др. // Вопросы онкологии. 2000. - Т. 6, № 2. - С. 175-179.

17. Савичева, A.M. Лабораторная диагностика и терапия репродуктивно значимых инфекций / A.M. Савичева // Лечащий врач. 2008. - № 3. — С. 50-56.

18. Савичева, A.M. Улучшение качества лабораторной диагностики инфекций урогенитального тракта / A.M. Савичева, Е.В. Соколовский, М. Домейка // Практическая медицина. 2009. - № 37. - С. 21-26.

19. Современные направления и перспективы развития лабораторной диагностики инфекций, передаваемых половым путем / A.A. Кубанова, Н.В. Фриго, C.B. Ротанов и др. // Вестник дерматологии и венерологии. 2011. - № 5. - С. 54-63.

20. Соколовский, Е.В. Инфекции, передаваемые половым путем: Руководство для врачей / Е.В. Соколовский, A.M. Савичева, М. Домейка и др.. М.: МЕДпресс-информ, 2006. - 256 с.t

21. Сравнение методов лабораторной диагностики урогенитальных инфекций, вызываемых Chlamydia trachomatis / К.В. Шалепо, Е.В. Шипицына, A.M. Савичева и др. // Ж. акуш. и жен. болезн. 2001. -Т. L. - № 4. - 77-82.

22. Творогова, М.Г. Качество выявления ДНК Neisseria gonorrhoeae с использованием ПЦР (по данным ФСВОК) / М.Г. Творогова, В.Н. Малахов // Клин. лаб. диагностика. 2007. - № 1. - С. 10-13.

23. Творогова, М.Г. ПЦР-исследования в лабораторной диагностике: вопросы обеспечения качества / М.Г. Творогова, А.Е. Гущин // Клин, лаб. диагностика. 2006. - № 12.-С. 38-41.

24. Трихомониаз актуальные вопросы лабораторной диагностики / А.А. Чураков, JI.A. Дерюгина, Б.И. Блюмберг и др. // Современные проблемы науки и образования. - 2012. - № 2. - С. 83-83.

25. Урогенитальный трихомониаз: современный взляд на проблему / В. Кисина, В. Вавилов, А. Гущин и др.//Врач. 2010.-№ 1.-С. 18-20.

26. Хансон, К.П. Современные представления о канцерогенезе рака шейки матки / К.П. Хансон, Е.Н. Имянитов // Практическая онкология. -2002. Т. 3. - С.145-155.

27. Эмануэль B.JL, Домейка М. Руководство по качеству системы менеджмента качества медицинской лаборатории. Тверь; «Триада», 2008.-86 с.

28. A comparative study of three different PCR assays for detection of Mycoplasma genitalium in urogenital specimens from men and women / A.Edberg, M. Jurstrand, E. Johansson et al. // J. Med. Microbiol. 2008. -Vol.57, Pt3.-P. 304-309.

29. A comparison of the sensitivity of the InPouch TV, Diamond's and Trichosel media for detection of Trichomonas vaginalis / K.A. Borchardt, M.Z. Zhang, H. Shing et al. // Genitourin. Med. 1997. - Vol. 73, № 4. -P. 297-298.

30. A comparison of two methods to determine the presence of high-risk HPV cervical infections / L.R. Johnson, C.R. Starkey, J. Palmer et al. // Am. J. Clin. Pathol. 2008. - Vol. 130, № 3. - P. 401-408.

31. A duplex Neisseria gonorrhoeae real-time polymerase chain reaction assay targeting the gonococcal porA pseudogene and multicopy opa genes / N. Gorie, M.D. Nissen, G.M. LeCornec et al. // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2008. - Vol. 61. - P. 6-12.

32. A fast real-time polymerase chain reaction method for sensitive and specific detection of the Neisseria gonorrhoeae porA pseudogene / S.O. Hjelmevoll, M.E. Olsen, J.U. Sollid et al. // J. Mol. Diagn. 2006. - Vol. 8.-P. 574-581.

33. A new confirmatory Neisseria gonorrhoeae real-time PCR assay targeting the porA pseudogene / D.M. Whiley, P.J. Buda, J. Bayliss et al. // Eur J Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2004. - Vol. 23. - P. 705-710.

34. A newly discovered mycoplasma in the human urogenital tract / J.G. Tully, D. Taylor-Robinson, R.M. Cole et al. // Lancet. 1981. - Vol. 1, № 8233. -P. 1288-1291.

35. A novel polymerase chain reaction assay to detect Mycoplasma genitalium / K. Eastick, J.P. Leeming, E.O. Caul et al. // Mol. Pathol. 2003. - Vol. 56.-P. 25-28.

36. A self-administered technique for the detection of sexually transmitted diseases in remote communities / S.N. Tabrizi, B. Paterson, C.K. Fairley et al.//J. Infect. Dis.- 1997.-Vol. 176, № l.-P. 289-292.

37. Ability of new APTIMA CT and APTIMA GC assays to detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in male urine and urethral swabs / M.A. Chernesky, D.H. Martin, E.W. Hook et al. II J. Clin. Microbiol. -2005.-Vol. 43, № l.-P. 127-131.

38. Addition of treatment for trichomoniasis to syndromic management of urethritis in Malawi: a randomized clinical trial / M. Price, D. Zimba, I.F. Hoffman et al. // Sex. Transm. Dis. 2003. - Vol. 30. - P. 516-522.

39. An assessment and evaluation of methods for diagnosis of chlamydial and gonococcal infections / C. Chomvarin, Y. Chantarsuk, P. Thongkrajai et al. // Southeast. Asian. J. Trop. Med. Public. Health. 1997. - Vol. 28, № 4.-P. 791-800.

40. Anagrius, C. Mycoplasma genitalium: prevalence, clinical significance, and transmission / C. Anagrius, B. Loré, J.S. Jensen // Sex. Transm. Infect. -2005. Vol. 81, № 6. - P. 458-462.

41. Analytical characterization of the APTIMA HPV Assay / J. Dockter, A. Schroder, B. Eaton et al. // J. Clin. Virol. 2009. - Vol. 45, Suppl. l.-P. S39-S47.

42. Analytical performance of the Investigational Use Only Cervista HPV HR test as determined by a multi-center study / S.P. Day, A. Hudson, A. Mast et al. // J. Clin. Virol. 2009. - Vol. 45, Suppl. 1. - S63-S72.

43. Antibodies to N-terminal peptides of gonococcal porin are bactericidal when gonococcal lipopolysaccharide is not sialylated / C. Elkins, N.H. Carbonetti, V.A. Varela et al. // Mol. Microbiol. 1992. - Vol. 6, № 18. -P. 2617-2628.

44. Antibody in sera of patients infected with Trichomonas vaginalis is to trichomonad proteinases / J.F. Alderete, E. Newton, C. Dennis et al. // Genitourin. Med. 1991.-Vol. 67, №4.-P. 331-334.

45. Antitrichomonas IgG, IgM, IgA, and IgG subclass responses in human intravaginal trichomoniasis / S. Kaur, S. Khurana, R. Bagga et al. // Parasitol. Res.-2008.-Vol. 103, №2.-P. 305-312.

46. ASCCP consensus guidelines for abnormal cervical screening tests and cervical histology / B.S. Apgar, Kittendorf A.L., C.M. Bettcher et al. // Am.Fam. Physician. 2009. - Vol. 80.-P. 147-155.

47. Association between antibody to chlamydial heat shock protein and tubal infertility / B. Toye, C. Laferriere, P. Claman et al. // J. Infect. Dis. -1993.-Vol. 168. P.1236-1240.

48. Association of cervicovaginal infections with increased vaginal fluid phospholipase A2 activity / J.A. McGregor, J.I. Franch, W. Jones et al. // Am. J. Obstet. Gynecol. 1992. - Vol. 167. - P. 1588-1594.

49. Association of Mycoplasma genitalium with acute non-gonococcal urethritis / P.J. Horner, C.B. Gilroy, B.J. Thomas et al. // Lancet. 1993. -Vol. 342.-P. 582-585.

50. Baud, D. Comparison of five commercial serological tests for the detection of anti -Chlamydia trachomatis antibodies / D. Baud, L. Regan, G. Greub // Eur J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2010. - Vol. 6. - P. 669-675.

51. Bhatt, R. Detection of serum antitrichomonal antibodies in urogenital1.htrichomoniasis by immunofluorescence / R. Bhatt, D. Pandit, L. Deodhar // J. Postgrad Med. 1992. - Vol. 38, № 2. - P. 72-74.

52. Bolan, G. Gender perspectives and STDs / G. Bolan, A.A. Ehrhardt, J.N. Wasserheit // Sexually Transmitted Diseases, 3rd edition / eds. Holmes K.K., Mardh P.-A., Sparling P.F. et al.. New York: McGraw-Hill, 1999. -P. 117-127.

53. Brunham, R. C. Immunology of Chlamydia infection: implications for a Chlamydia trachomatis vaccine / R. C. Brunham, J. Rey-Ladino// Nat. Rev. Immunol.-2005.-Vol. 5, №2.-P. 149-161.

54. Burch, C. L. Antigenic variation in Neisseria gonorrhoeae: production of multiple lipooligosaccharides / C.L. Burch, R.J. Danaher, D.C. Stein // J. Bacteriol. 1997. - Vol. 179, № 3. - P. 982-986.

55. C4bp binding to porin mediates stable serum resistance of Neisseria gonorrhoeae / S. Ram, M. Cullinane, A.M. Blom et al. // Int. Immunopharmacol. 2001. - Vol. 1, № 3. - P. 423-432.

56. Carcinogenicity of human papillomaviruses / V. Cogliano, R. Baan, K. Straif et al. // Lancet. Oncol. 2005. - Vol. 6, № 4. - P. 204.

57. Cell-mediated immune response to the recombinant 57-kDa heat shock(protein of Chlamydia trachomatis in women with salpingitis /S.S. Witkin, J. Jeremias, M. Toth et al. // J. Infect. Dis. 1993. - Vol. 167. - P. 13791383.

58. Chlamydia antibody testing and diagnosing tubal pathology in subfertile women: an individual patient data meta-analysis / K.A. Broeze, B.C. Opmeer, S.F. Coppus et al. // Hum. Reprod. Update. 2011. - Vol. 17, № 3.-P. 301-310.

59. Chlamydia trachomatis: its role in tubal infertility / R.C. Brunham, I.W. Maclean, B. Binns et al. // J. Infect. Dis. 1985. - Vol. 152. - P. 12751282.

60. Chronic prostatitis caused by Trichomonas vaginalis diagnosis and treatment / V. Skerk, S. Schonwald, J. Granic et al. // J. Chemother. -2002.-Vol. 14.-P. 537-538.

61. Classification of papillomaviruses / E.M. Villiers, C. Fauquet, T.R. Broker et al. // Virology. 2004. - Vol. 324, № 1. - P. 17-27.

62. Clinical and microbiological aspects of Trichomonas vaginalis / D. Petrin, K. Delgary, R. Bhatt et al. // Clin. Microbiol. Rev. 1998. - Vol. 11. - P. 300-317.

63. Clinical applications of HPV testing: A summary of meta-analyses / M. Arbyn, P. Sasieni, C.J. Meijer et al. // Vaccine. 2006. - Vol. 24, Suppl 3.-P. 78-89.

64. Clinical manifestations and epidemiology of the new genetic variant of Chlamydia trachomatis / C. Bjartling, S. Osser, A. Johnson et al. // Sex Transm. Dis. 2009. - Vol. 36. - P. 529-535.

65. Clinical validation of a real-time polymerase chain reaction detection of Neisseria gonorrhoeaeporA pseudogene versus culture technique / S.O.

66. Hjelmevoll, M.E. Olsen, J.U. Sollid et al. // Sex. Transm. Dis. 2008. -Vol. 35.-P. 517-520.

67. Cohen, C.R. Association between Mycoplasma genitalium and acute endometritis / C.R. Cohen, L.E. Manhart, A.S. Bukusi // Lancet. 2002. -Vol. 359.-P. 765-766.

68. Cohen, C.R. Pathogenesis of chlamydia induced pelvic inflammatory disease / C.R. Cohen, R.C. Brunham // Sex. Transm. Inf. 1999. - Vol. 75. -P. 21-24.

69. Common fragile sites are preferential targets for HPV 16 integrations in cervical tumors / E.C. Thorland, S.L. Myers, B.S. Gostout et al. // Oncogene. 2003. - Vol. 22. - P. 1225-3127.

70. Comparative prevalence of infection with Trichomonas vaginalis among men attending a sexually transmitted diseases clinic / J.L. Joyner, J.M. Douglas, S. Ragsdale et al. // Sex. Transm. Dis. 2000. - Vol. 27. - P. 236-240.

71. Comparison of a TaqMan-based real-time polymerase chain reaction with conventional tests for the detection of Trichomonas vaginalis / A. Pillay, F. Radebe, G. Fehler et al. // Sex. Transm. Infect. 2007. - Vol. 83. - P. 126-129.

72. Comparison of antibiotics in the treatment of mycoplasmal pneumonia / J.M. Shames, R.B. George, W.B. Holliday et al. // Arch. Intern. Med. -1970.-Vol. 125. P.680-684.1 * i i ti , >

73. Comparison of clinical performance of Abbott RealTime High Risk HPV test with that of hybrid capture 2 assay in a screening setting / F. Carozzi, E. Burroni, S. Bisanzi et al. // J. Clin. Microbiol. 2011. - Vol. 49, № 4. -P. 1446-1451.

74. Comparison of COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae PCR including confirmation with N.gonorrhoeae-specific 16S rRNA PCR with traditional Culture / D.S. Luijt, P.A. Bos et al. // J.Clin. Microbiol. -2005. Vol. 43. - P. 1445-1447.

75. Comparison of conventional testing to polymerase chain reaction in detection of Trichomonas vaginalis in indigenous women living in remote areas / K.S. Smith, S.N. Tabrizi, K.A. Fethers et al. // Int. J. STD. AIDS. -2005.-Vol. 16.-P. 811-815.

76. Comparison of culture and different PCR assays for detection of Trichomonas vaginalis in self collected vaginal swab specimens / T. Crucitti, E. Van Dyck, A. Tehe et al. // Sex. Transm. Infect. 2003. -Vol. 79.-P. 393-398.

77. Comparison of four serological assays for the diagnosis of Chlamydia trachomatis in subfertile women / C.M. Muvunyi, L. Claeys, T. de Sutter et al. // J. Infect. Dev. Ctries. 2012. - Vol. 6, № 5. - P. 396-402.

78. Comparison of Gen-Probe DNA test and culture for the detection of Neisseria gonorrhoeae in cervical specimens / E.S. Panke, L.I. Yang, P.A.1.ist et al. // J. Clin. Microbiol. 1991. - Vol. 29, № 5. - P. 883-888.

79. Comparison of seven tests for high-grade cervical intraepithelial neoplasia in women with abnormal smears / A. Szarewski, D. Mesher, L. Cadman et al. // J. Clin. Microbiol. 2012. - Vol. 50, № 6. - P. 1867-1873.

80. Comparison of the hybrid capture 2 and cobas 4800 tests for detection of high-risk human papillomavirus in specimens collected in PreservCyt medium / A.A. Wong, J. Fuller, K. Pabbaraju et al. // J. Clin. Microbiol. -2012.-Vol. 50, № l.-P. 25-29.

81. Comparison of the Third Wave Invader human papillomavirus (HPV) assay and the digene HPV hybrid capture 2 assay for detection of high-risk HPV DNA / C.C. Ginocchio, D. Barth, F. Zhang // J. Clin. Microbiol. 2008. -Vol. 46, №5.-P. 1641-1646.

82. Comparison of two PCR-based human papillomavirus genotyping methods

83. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumonia / R. Himmelreich, H. Hilbert, H. Plagens et al. // Nucleic Acids Res. 1996. - Vol. 24. - P. 4420-4449.

84. Cox, J.T. History of the use of HPV testing in cervical screening and in the management of abnormal cervical screening results / J.T. Cox // J. Clin. Virol. 2009. - Vol. 45, Suppl. 1. - P. S3-S12.

85. CP30, a cysteine proeinase involved in Trichomonas vaginalis cytoadherence / M. Mendoza-Lopez, C. Becerril-Garcia, L. V. Fattel-Facenda et al. // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 4907-4912.

86. Cuschieri, K. Human papillomavirus mRNA and pl6 detection as biomarkers for the improved diagnosis of cervical neoplasia / K. Cuschieri, N. Wentzensen // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2008. - Vol. 17, № 10.-P. 2536-2545.

87. Cytopathogenic effect of Trichomonas vaginalis on human vaginal epithelial cells cultured in vitro / R. Gilbert, G. Elia, D.H. Beach et al. // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - P. 4200-4206.

88. Dallo, S.F. Intracellular DNA replication and long-term survival of pathogenic mycoplasmas / S.F. Dallo, J.B. Baseman // Microbiol. Pathol. -2000.-Vol. 29.-P. 301-309.

89. Danielsson, D. Biology of Neisseria gonorrhoeae / D. Danielsson // Recent Advances in Sexually Transmitted Diseases / eds. J.D. Oriel, W. Harris. -Edinburgh: Churchill Livingstone, 1986. 122 p.

90. Danielsson, D. Diagnosis of urogenital gonorrhoea by detecting gonococcal antigen with a solid phase enzyne immunoassay (Gonozyme) / D.

91. Danielsson, H. Moi, L. Forslin // J. Clin. Pathol. 1983. - Vol. 36. - P. 674-677.

92. Degradation of Chlamydia trachomatis in human polymorphonuclear leukocytes: an ultrastructural study of peroxidase-positive phagolysosomes / E.C. Yong, E.Y. Chi, W.J. Chen et al. // Infect. Immun. 1986. -Vol. 53.-P. 427-431.

93. Deguchi, T. Comparison of two PCR-based assays for detecting Mycoplasma genitalium in clinical specimens / T. Deguchi, C. B. Gilroy, D. Taylor-Robinson // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1995. - Vol. 14.-P. 629-631.

94. Detection and spread of new variant Chlamydia trachomatis in northern European countries / I.N. Clarke, B. Hammas, A.M.J.Beerens et al. // Proceedings of the Twelfth International Symposium on Human Chlamydial Infections, Salzburg, Austria, 2010. P. 2

95. Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in swab specimens by the Hybrid Capture II and PACE 2 nucleic acid probe tests / K.J. Modarress, A.P. Cullen, W.J. Jaffurs et al. // Sex. Transm. Dis. -1999. Vol. 26, № 5. - P. 303-308.

96. Detection of high-risk HPV types by the hybrid capture 2 test / G. Terry, L. Ho, P. Londesborough et al. // J. Med. Virol. -2001.- Vol. 65, № 1. P. 155-162.

97. Detection of Mycoplasma genitalium in urogenital specimens by real-time PCR and by conventional PCR assay / M. Jurstrand, J.S. Jensen, H. Fredlund et al. // J. Med. Microbiol. 2005. - Vol. 54. - P.23-29.

98. Detection of Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium in clinical samples by polymerase chain reaction / B. De Barbeyrac, C.

99. Bernet-Poggi, F. Febrer et al. // Clin. Infect. Dis. 1993. - Vol. 17, Suppl.l. - P. 83-89.

100. Detection of Trichomonas vaginalis antigen in women by enzyme immunoassay / A. Yule, M.C. Gellan, J.D. Oriel et al. // J. Clin. Pathol. -1987. Vol. 40, №5. p. 566-568.

101. Detection of Trichomonas vaginalis in pregnant women with the InPouch TV system / D. Draper, R. Parker, E. Patterson et al. // J. Clin. Microbiol. 1993.-Vol. 31.-P. 1016-1018.

102. Determination of viral load thresholds in cervical scrapings to rule out CIN 3 in HPV 16, 18, 31 and 33-positive women with normal cytology / P.J.F. Snijders, C.J.A. Hogewoning, A.T. Hesselink et al. // Int. J. Cancer. -2006.-Vol. 119.-P. 1102-1107.

103. Development and evaluation of the polymerase chain reaction to detect Mycoplasma genitalium / H. M. Palmer, C.B. Gilroy, P.M. Furr et al. // FEMS Microbiol. Lett. 1991. - Vol. 61. - P. 199-203.

104. Development and performance of a microwell-plate-based polymerase chain reaction assay for Mycoplasma genitalium / S.M. Dutro, J.K. Hebb, C.A. Garin et al. // Sex. Transm. Dis. 2003. - Vol. 30. - P. 756-763.

105. Development of a quantitative real-time PCR assay for detection of Mycoplasma genitalium / H. F. Svenstrup, J.S. Jensen, E. Bjornelius et al. // J. Clin. Microbiol. 2005. - Vol. 43. - P.3121-3128.

106. Diagnosis of Trichomonas vaginalis infection by PCR using vaginal swabsamples / G. Madico, T.C. Quinn, A. Rompalo et al. // J. Clin. Microbiol. 1998.-Vol. 36.-P. 3205-3210.

107. Diagnostic assessment of Mycoplasma genitalium in culture-positive women / J. B. Baseman, M. Cagle, J.E. Körte et al. II J. Clin. Microbiol. -2004.-Vol. 42.-P. 203-211.

108. Differences in human papillomavirus type distribution in high-grade cervical intraepithelial neoplasia and invasive cervical cancer in Europe / W.A. Tjalma, A. Fiander, O. Reich et al. // Int. J. Cancer. 2012. - Vol. 132, №4.-P. 854-867.

109. Direct detection of cervical carcinogenesis through mRNA / H. Skomedal, I. Kraus, I. Silva et al. // Emerging issues on HPV infections: from science to practice / ed. Monsonego J. Basel: Karger, 2006. - P. 82-102.

110. Dyson, N. The regulation of E2F by pRB-family proteins / N. Dyson // Genes Dev. 1998. - Vol. 12. - P. 2245-2262.

111. Ecological separation and genetic isolation of Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningitidis / J.A. Vázquez, L. de la Fuente, S. Berron et al. II Curr. Biol. 1993. - Vol. 3, № 9. - P. 567-572.

112. Efficiency of the APTIMA HPV Assay for detection of HPV RNA and DNA targets / D. Getman, A. Aiyer, J. Dockter et al. // J. Clin. Virol. -2009. Vol. 45, Suppl. 1. - P. S49-S54.

113. Emergence and spread of Chlamydia trachomatis variant, Sweden / B.

114. Herrmann, A. Törner, N. Low et al. II Emerg. Infect. Dis. 2008. - Vol.y *