Оптимизация микробиологической диагностики оппортунистических инфекций у беременных и новорожденных на основе протеометрических и молекулярно-генетических методов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, доктор наук Припутневич, Татьяна Валерьевна

• Припутневич, Татьяна Валерьевна
• доктор наук
• 2014

Оглавление диссертации доктор наук Припутневич, Татьяна Валерьевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. Обзор литературы

1.1 Инфекции в гинекологии, акушерстве и неонатологии

1.1.1 Современные проблемы инфекционного контроля в акушерско-гинекологической и неонатальной службе

1.1.2 Эволюционные аспекты изменчивости микроорганизмов

1.1.3 Инфекции в гинекологии и акушерстве: от нормы к патологии

1.1.4 Инфекции в неонатологии

1.2 Современная микробиологическая диагностика оппортунистических инфекций с применением инновационных технологий

1.2.1 Культуральная диагностика оппортунистических инфекций

1.2.2 Роль молекулярно-биологических методов в диагностике оппортунистических инфекций

1.2.3 Масс-спектрометрический анализ в микробиологии

1.2.3.1 Развитие масс-спектрометрии в идентификации микроорганизмов

1.2.3.2 МАЬЭ1-ТОР-М8 для идентификации грамотрицательных и грамположительных бактерий

1.2.3.3 МАЬЭ1-ТОГ-М8 для идентификации трудноидентифицируемых бактерий

1.2.3.4 M4Z£)/-ГOF-MS'для идентификации дрожжевых грибов

1.2.3.5 МАЬП1-ТОГ-МБ для определения антибиотикорезистентности и типирования бактерий

1.2.4 Прямая индикация микроорганизмов в биологических жидкостях

1.2.4.1 Метод проточной уроцитофлюориметрии для диагностики бактериурии

1.2.4.2 МАЬВ1-ТОР-МБ для прямой индикации микроорганизмов в моче и крови

1.2.5 Перспективы комплексного внедрения новых технологий в рутинную

практику для решения задач «быстрой микробиологии»

ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования

2.1 Клинический материал и общий объем проведенных исследований

2.2 Бактериологические методы

2.3 Протеометрические методы

2.3.1 Видовая идентификация методом МАЬ01-Т0р-МБ анализа выделенных при посеве микроорганизмов

2.3.2 Прямая индикация микроорганизмов в клиническом материале методом МАЬЭ1-ТОЕ-М8 анализа

2.4 Молекулярно-биологические методы

2.4.1 Метод ПЦР в диагностике состояния микроценоза влагалища

2.4.2 Молекулярно-генетическое типирование микроорганизмов

2.5 Уроцитофлуориметрический метод анализа мочи

2.6 Статистическая обработка данных

ГЛАВА 3. Изучение диагностической возможности метода МАЬВ1-ТОР-МБ анализа при идентификации и штаммовой дифференциаций микроорганизмов

3.1 Оптимизация технологии проведения МАЬВ1-ТОР-М8 анализа

бактерий

3.1.1 Оптимизация технологии МАЬВ1—ТОР-М8 анализа нейссерий и изучение возможности их штаммового типирования

3.1.2 Оптимизация технологии МАЬ01-ТОГ-М8 анализа стафилококков и изучение возможности их штаммового типирования

3.1.3 Оптимизация технологии \lALDI-TOF-MS анализа лактобацилл

3.2 Оптимизация технологии МАЬО!-ТОР-МБ анализа дрожжевых грибов

с традицонными бактериологическими и молекулярно-генетическими методами

4.1 Оценка достоверности видовой идентификации грамположительных бактерий

4.2 Оценка достоверности видовой идентификации грамотрицательных бактерий

4.3 Оценка достоверности видовой идентификации трудноидентифицируемых (в том числе строгих анаэробных) бактерий

4.4 Оценка достоверности видовой идентификации дрожжевых грибов

ГЛАВА 5. Разработка технологии прямого MALDI—TOF—MS анализа микроорганизмов в клиническом материале (моча, кровь) и оценка возможности ее применения при скрининге бактериурии и бактериемии

5.1 Разработка и усовершенствование технологии прямого масс-спектрометрического профилирования микроорганизмов в моче и оптимизация диагностики бактериурии

5.2 Разработка и усовершенствование технологии прямого масс -спектрометрического профилирования микроорганизмов в гемокультуре и

оптимизация диагностики бактериемии

ГЛАВА 6. Изучение особенностей микроценозов у беременных и новорождённых в норме и патологии с использованием инновационных методов

6.1 Результаты изучения состояния микроценоза влагалища беременных женщин на основе комплексной микробиологической (культуральной, протеометрической и молекулярно-генетической) оценки

6.2 Результаты выявления различными микробиологическими методами особенностей микробной колонизации и этиологии ИВЗ у новорождённых,

находящихся на выхаживании в стационаре

ГЛАВА 7. Разработка диагностического алгоритма микробиологического обследования беременных и новорождённых с применением инновационных технологий

7.1 Разработка методологических подходов к созданию диагностических панелей для быстрой идентификации возбудителей внебольничных и

внутрибольничных инфекций

7.2 Разработка оптимального алгоритма микробиологического обследования беременных женщин

7.3 Определение наиболее эффективного метода микробиологического

мониторинга в неонатальных стационарах

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПРИЛОЖЕНИЯ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

АБП - Антибактериальные препараты

AB — Аэробный вагинит

АМП - Антимикробные препараты

БВ - Бактериальный вагиноз

ВУИ - Внутриутробные инфекции

ДДМ - Диско-диффузионный метод

ДНК - Дезоксирибонуклеиновая кислота

ЖКТ - Желудочно-кишечный тракт

ИВЗ - Инфекционно-воспалительные заболевания

ИК - Инвазивный кандидоз

ИМП - Инфекции мочевыводящих путей

ИППП — Инфекции, передающиеся половым путем

ИСМП - Инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи

КВ - Кандидозный вагинит

КОЕ - Колониеобразующая единица

МПК - Минимальная подавляющая концентрация

MCP - Метод серийных разведений

МУК - Методические указания

Н — Нормоценоз

НГОБ - Неферментирующие грамотрицательные бактерии

ОРИТ - Отделение реанимации и интенсивной терапии

ОПН - Отделение патологии новорожденных

ОНМТ - Очень низкая масса тела

ПЦР - Полимеразная цепная реакция

РНК - Рибонуклеиновая кислота

СГВ - Стрептококки группы В

СОП -Стандартные операционные процедуры

УПМ - Условно-патогенные микроорганизмы

энмт

â-CHCA АТСС

CLSI

CCI

CoNS

ESBL (БЛРС) MALDI-TOF-MS

MLST

MRCoNS

MRS

MRSA

Real-Time PCR SCCmec

- Экстремально низкая масса тела

- а-циано-4-гидроксикоричная кислота

- American Type Culture Collection (Американская коллекция типовых культур)

- Clinical and Laboratory Standards Institute (Институт клинических и лабораторных стандартов)

- Composite Correlation Index (композитный индекс корреляции)

- Coagulase-Negative Staphylococci (коагулазоотрицательные стафилококки)

- Extended-Spectrum beta-lactamase (бета-лактамаза расширенного спектра)

- Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight Mass-Spectrometry (Матрично-активированная лазерная десорбционная/ионизационная времяпролетная масс-спектрометрия)

- Multilocus Sequence Typing (мультилокусное секвенирование)

- Methicillin-Resistant (метициллин-резистентные) CoNS

- среда для выделения лактобацилл (Man, Rogosa, Sharpe)

- Methicillin-Resistant (метициллин-резистентные) S. aureus

- Real-time Polymerase Chain Reaction (полимеразная цепная реакция в режиме «реального времени»)

- Staphylococcal Chromosome Cassette mec (стафилококковая хромосомная кассета mec)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Оптимизация микробиологической диагностики оппортунистических инфекций у беременных и новорожденных на основе протеометрических и молекулярно-генетических методов»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования.

Проблема репродуктивного здоровья женщин в России, в течение последнего десятилетия, относится к числу приоритетных задач в демографической политике государства. Реализация национальных программ в сфере здравоохранения способствует динамичному развитию и неонатальной службы, что позволило перейти на международные стандарты выхаживания новорожденных с низкой и экстремально-низкой массой тела (ОНМТ, ЭНМТ), родившихся раньше срока [1, 2, 3]. Одним из основных направлений развития медицинской помощи является совершенствование диагностики и профилактики инфекционно-воспалительных заболеваний (ИВЗ) и мониторинг возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП) в условиях стационара [4 - 8]. Согласно Национальной концепции профилактики ИСМП, стратегической задачей здравоохранения является обеспечение качества медицинской помощи и создание безопасной среды пребывания для пациентов в организациях, осуществляющих медицинскую деятельность [4].

Несмотря на постоянный поиск новых быстрых методов диагностики, способов лечения и профилактики инфекций, уровень инфекционных осложнений в акушерстве и по-прежнему остается высоким, а летальность достигает 5-26% [9, 10]. По опубликованным данным среди живорожденных детей внутриутробно инфицированы от 27 до 36%, из них доля недоношенных новорожденных достигает 60%. В 16% случаев причиной мертворождаемости, а в 10 до 45% смертности новорожденных являются инфекции [10 - 13].

Особый интерес, в настоящее время, заслуживают оппортунистические инфекции - заболевания, вызываемые условно-патогенными микроорганизмами (УПМ), которые обычно не приводят к болезни у здоровых людей. УПМ, в норме колонизирующие кожные покровы, слизистые оболочки урогенитального и желудочно-кишечного трактов (ЖКТ) нередко способны вызывать ИВЗ у пациентов с приобретенными иммунодефицитными состояниями, в том числе у

беременных, родильниц и новорожденных, в особенности недоношенных [14 -17].

Наличие огромного числа возбудителей оппортунистических инфекций, среди которых представители родов Staphylococcus, Enterococcus, Escherichia, Klebsiella, Enterobacter, Pseudomonas, Acinetobacter, Serratia и дрожжевые грибы рода Candida, существенно осложняет этиологическую диагностику и проведение своевременного, адекватного лечения на всех этапах оказания медицинской помощи [15, 16, 18]. Известно, что широкое и не всегда оправданное применение антимикробных препаратов, ведет к росту частоты инфекций, вызванных антибиотикорезистентными микроорганизмами [19 - 22], которые легко реализуют свои патогенные свойства в отношении иммунокомпрометированных лиц [15, 17].

Несомненно, складывающаяся ситуация требует расширения и совершенствования методической базы выполнения микробиологических исследований с целью ускорения получения результатов и наиболее полного выявления всех возможных этиологических агентов [23 - 25].

В конце XX века произошла революция в методах, которые могут быть использованы для идентификации возбудителей оппортунистических инфекций, в том числе бактериальной природы. Наряду с традиционной культуральной диагностикой, появился целый арсенал молекулярно-генетических способов, а также протеомный анализ, основанный на использовании физических технологий, к числу которых относится матрично-активированная лазерная дезорбционная/ ионизационная времяпролётная масс-спектрометрия - MALDI-TOF-MS.

Использование, уже нашедшей достаточно широкое применение в практике, полимеразной цепной реакции (ПЦР), позволяет быстро провести индикацию известных микроорганизмов в клиническом образце без культурального исследования, но в условиях преобладания оппортунистических инфекций этого оказывается недостаточно для установления истинного возбудителя. В частности, нет разработанных и сертифицированных

комплексных диагностических панелей, а также отсутствуют способы быстрого определения детерминант резистентности к антибактериальным препаратам и возможность проводить штаммовую дифференциацию возбудителей инфекций [26, 27].

Постепенно накапливаемый мировой опыт применения МАЬВ1-ТО¥-М8 для видовой идентификации микроорганизмов, выделенных из клинического материала, подтверждает высокую ценность данного метода, а потенциальная возможность проводить прямую индикацию бактерий в клиническом материале значительно сокращает сроки выполнения анализов и открывает новые ресурсы для использования в различных схемах микробиологической диагностики [28 -

31].

Учитывая специфику акушерско-гинекологических и неонатальных стационаров, где от быстроты принятия решения часто зависит жизнь пациента, внедрение МАЬ01-Т0Г-М8 может оказаться практически высокозначимым и важным процессом. Совершенствование комбинаций молекулярно-генетического и протеомного тестирования, дающих возможность быстрой и точной видовой идентификации микроорганизмов, проведения молекулярного типирования лекарственно устойчивых штаммов, и тем самым, улучшение качества диагностики и лечения оппортунистических инфекций в целях сохранения здоровья матери и ребенка является приоритетным в данном научном исследовании.

Степень разработанности темы.

Идея исследования базируется на анализе имеющихся в научной литературе работ по использованию современных молекулярно-биологических методов диагностики оппортунистических инфекций [32, 33], а также обусловлена появившейся возможности проводить видовую идентификацию УПМ с помощью МАЬВ1-ТО¥-М8 на основе анализа специфичных для каждой бактерии - профилей белковых спектров. В начале XXI столетия метод МАЬ01-ТОГ-МЗ предложен как способ идентификации бактерий, выделенных на

питательных средах, а в 2002 году за его открытие К. Tanaka и J. Fenn присуждена Нобелевская Премия [30, 34, 35].

Начиная с 2000-х годов, в мире проводятся исследования по изучению достоверности MALDI-TOF-MS идентификации различных родов бактерий, грибов и простейших, а также по определению целесообразности использования метода в рутинной практике микробиологических лабораторий [24]. За это время постепенно создаются системы и базы данных масс-спектров микроорганизмов. Однако, несмотря на то, что анализ микробных изолятов проводится по принципу отпечатка пальцев («finger print»), его дискриминационная способность по видам нередко варьирует. Примечательно, что влияние на воспроизводимость масс-спектров и достоверность результатов оказывают отсутствие в базах данных сведений о ряде бактериальных таксонов, а также стандартов культивирования и подготовки проб [36, 37]. Малоизученными пока остаются возможности использования метода MALDI-TOF-MS анализа при видовой идентификации трудноидентифицируемых микроорганизмов, прямой индикации УПМ в клиническом материале, определении антибиотикорезистентности и штаммовой дифференциации микроорганизмов.

Проблема микробиологического мониторинга за возбудителями ИВЗ и нозокомиальных инфекций является актуальным вопросом на протяжении последних десятилетий [5, 8]. Необходимость определения методологических основ, как комплексной, так и дифференцированной диагностики оппортунистических инфекций в клинической практике и разработки алгоритмов обследования беременных и новорожденных не вызывает сомнений.

Цель исследования: Оптимизировать микробиологическую диагностику оппортунистических инфекций у беременных и новорожденных на основе комплекса автоматизированных бактериологических, MALDI-TOF-MS и молекулярно-генетических (ПНР, секвенирование) технологий.

Задачи исследования.

1. Изучить диагностические возможности метода МАЬВ1-ТОР-М8 анализа при видовой идентификации и штаммовой дифференциации микроорганизмов, а также усовершенствовать преаналитические этапы исследования для повышения достоверности результатов.

2. Сравнить диагностическую ценность МАЬ01-ТОЕ-МБ с традиционными бактериологическими и молекулярно-генетическими методами при видовой идентификации условно-патогенных микроорганизмов, выделенных из различных локусов у пациентов акушерско-гинекологическош и неонатального профилей.

3. Разработать технологию прямого МАЬБ1-ТОР-М8 анализа микроорганизмов в клиническом материале (моча, кровь) и оценить возможность его применения при скрининге бактериурии и бактериемии.

4. Изучить особенности микроценоза влагалища у беременных женщин в норме и при различных вариантах его нарушений, используя сочетание культурального метода, МАЫ)1-ТОР-М8 анализа и количественной ПЦР.

5. Обосновать целесообразность использования МАЬВ1-ТО¥-М8 анализа и количественной ПЦР в системе микробиологического мониторинга у новорожденных с высоким риском развития инфекционной патологии.

6. Разработать методологические подходы к созданию диагностических панелей молекулярно-генетического выявления УПМ и детерминант их лекарственной устойчивости.

7. Разработать диагностические алгоритмы микробиологического обследования беременных и новорожденных с использованием современных методов диагностики оппортунистических инфекций.

Научная новизна

Впервые проведена комплексная сравнительная оценка методов видовой

идентификации УПМ, выделенных из различных локусов у пациентов

акушерско-гинекологического и неонатального профилей, с применением

современных технологий: бактериологические (биохимические) методы, MALDI-TOF-MS, количественная ПЦР, секвенирование рРНК. Показаны преимущества и недостатки каждого из этих методов в диагностике оппортунистических инфекций.

Расширены знания о составе микробиоты влагалища беременных женщин российской популяции в норме и при патологии. Впервые в этом экотопе выявлены лактобациллы 21 вида, основными, из которых являются L. crispatus, L. iners, L. jensenii и L. gasseri. Лактобациллы обнаружены во влагалище у всех обследованных женщин, причем: L. crispatus - ведущий вид при нормоценозе (79,8%), L. iners - при бактериальном вагинозе (84,0%). Опровергнуто представление о ведущей роли вида L. acidophilus в пуле молочно-кислых бактерий вагинальной микробиоты российских беременных женщин: вид L. acidophilus составил лишь 0,3% от общего количества идентифицированных лактобацилл.

Впервые изучение условий культивирования L. iners определило необходимость наличия в составе среды дефибринированной крови и обнаружило подавление их роста при низких значениях рН, а анализ воздействия аэрации определил предпочтение для роста L. iners облигатно-анаэробные условия.

Совокупность методов классической бактериологии, MALDI-TOF-MS анализа и секвенирования рРНК позволила выявить широкий спектр дрожжевых грибов, включающий 21 вид 6 родов {Candida, Saccharomyces, Rodotorulla, Trichosporon, Pichia, Malassezia), при кандидозах у женщин репродуктивного возраста и у новорождённых. Установлена этиологическая роль грибов видов Candida non-albicans в развитии поздних неонатальных инфекций у новорождённых с низкой и экстремально низкой массой тела. Метод MALDI-TOF-MS оказался наиболее эффективным и достоверным способом видовой идентификации грибов. Получены отсутствующие в базе данных MALDI BioTyper воспроизводимые масс-спектры для штаммов Candida famata, Pichia fabianii, Malassezia furfur.

Оптимизация и усовершенствование преаналитических этапов MALDI-TOF-MS позволили систематизировать микробиологический анализ и ускорить видовую идентификацию труднодиагностируемых микроорганизмов (лактобацилл, грибов, коринебактерий, актиномицетов, строго анаэробных бактерий, нейссерий), а также проводить прямую индикацию возбудителей в биоматериале (моча, кровь).

Впервые на госпитальных штаммах Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus haemolyticus различных сиквенс-типов путём кластеризации индивидуальных масс-спектров с построением корреляционных матриц показана принципиальная возможность применения MALDI-TOF—MS для внутривидовой дифференциации этих бактерий.

Впервые предложена концепция дифференцированной

микробиологической диагностики оппортунистических инфекций с включением протеометрических и молекулярно-генетических методов в протоколы микробиологического обследования беременных женщин и систему микробиологического мониторинга неонатального стационара третьего уровня.

Теоретическая и практическая значимость

Проведённое исследование обосновало достоверность и воспроизводимость результатов видовой идентификации микроорганизмов с помощью времяпролётной масс-спектрометрии и показало целесообразность её внедрения в практику клинической микробиологии. Реализована возможность применения метода MALDI-TOF-MS анализа в рутинной практике бактериологической лаборатории для видовой идентификации ряда грамположительных, грамотрицательных УПМ (в том числе строгих анаэробов) и дрожжевых грибов, а также для их прямой индикации в клиническом материале (кровь, моча). Показана целесообразность применения метода MALDI—TOF—MS анализа в комплексной диагностике оппортунистических инфекций влагалища у беременных женщин и ИВЗ у новорождённых.

Значительная диагностическая ценность метода MALDI-TOF-MS анализа

при видовой идентификации редко встречающихся и/или труднодиагностируемых микроорганизмов, таких как лактобациллы, нейссерии, коринебактерии, актиномицеты, ряд анаэробных бактерий открывает возможность изучения их роли, как в формировании нормоценозов, так и в развитии патологических состояний.

Полученные новые данные о частоте встречаемости различных видов лактобацилл при вагинитах в сравнении с нормоценозом, а именно доминирование вида Ь. спБраШй во влагалище здоровых женщин, позволили теоретически обосновать использование Ь. сшраЫз при производстве пробиотических препаратов. Результаты исследования учтены при разработке отечественного биопрепарата Вагинормин-1, содержащего комплекс пробиотических штаммов Ь. спзраШя, Ь, gasseri, Ь. р1аШагит. (акт внедрения утверждён Генеральным директором ОАО «Институт инженерной иммунологии» 14.04.2014г.)

Для проведения скрининга бактериурии, бактериемии и быстрого тестирования возбудителей внутриутробных, нозокомиальных, в т.ч. грибковых инфекций впервые разработаны комплексные диагностические панели, основанные на молекулярных технологиях и данных многолетнего микробиологического мониторинга инфекций в акушерско-неонатальном стационаре.

Полученные сравнительные результаты прямой МАЬВ1-ТОР—М8 индикации микроорганизмов в моче, традиционных методов бактериологической диагностики и метода проточной уроцитофлюориметрии позволили определить оптимальный способ скрининга бактериурии. Предложенный «Способ скрининга бактериурии с помощью МАЬ01-Т0р масс-спектрометрии и проточной цитофлюориметрии» оформлен в виде патента (заявка на патент от 23.12.2013, регистрационный №2013156910). На основании полученных данных предложена к разработке диагностическая панель для комплексной детекции уропатогенов в моче, основанная на молекулярных технологиях («Инфекции. Уро-панель»).

Сравнительные результаты индикации микроорганизмов в положительной гемокультуре методом прямой МАЬ01-Т0р-М3 и количественной ПЦР с применением разработанной диагностической панели для скрининга бактериемии («Инфекции. Септи-панель») показали возможность определять патогены в крови каждым из этих методов.

В рамках Государственного контракта № 16.522.12.2009 «Разработка и организация производства комплекса диагностических тест-систем на основе полимеразной цепной реакции в реальном времени для решения задач репродуктивной медицины и неонатологии», заключенному в целях осуществления мероприятий 2.2 Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» совместно с ООО «НПО ДНК-Технология», разработаны и апробированы комплексные диагностические наборы для идентификации ряда УПМ при скрининге внутриутробных, внутрибольничных бактериальных и грибковых инфекций: «Инфекции. Неонатальный скрининг» и «Инфекции. Нозокомиальный скрининг». Дата подачи на регистрацию 28.10.2013 №ММ40797 и ММ40810. Показана целесообразность использования панелей для быстрой диагностики ИВЗ у новорождённых.

Материалы исследования и рекомендации нашли отражение в «Руководстве по лабораторной диагностике инфекций урогенитального тракта» (под ред. Домейка М. и др. - СПб.: Изд-во Н-Л, 2012г.); разработанных и внедренных в практику стационара 3 уровня алгоритмах микробиологического обследования беременных и новорождённых (утверждены Главным врачом ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России 13.01.2014г.).

Основные положения, выносимые на защиту

1. Усовершенствованные преаналитические этапы в технологии МАЬО1-Т0Г-МБ анализа повышают объективность и значительно сокращают сроки тестирования ряда грамположительных, грамотрицательных бактерий и

дрожжевых грибов, а также позволяют быстро проводить видовую идентификацию микроорганизмов, ранее не диагностируемых традиционными классическими методами.

2. Разработанные технологии прямой МАЬ01-Т0р-М8 индикации микроорганизмов в моче и гемокультуре значительно (минимум на 24 часа) ускоряют выявление инфекционных агентов и могут использоваться как основной метод «быстрой микробиологии» при скрининге бактериурии и бактериемии.

3. Для достоверной оценки состояния микроценоза влагалища беременных женщин необходимо использовать комплекс протеометрических и молекулярно-генетических методов, что позволяет повысить качество диагностики дисбиотических нарушений и оппортунистических инфекций.

4. Дифференцированный подход и рациональное применение молекулярно-генетических и протеометрических методов в системе микробиологического мониторинга позволяют оперативно реагировать на негативные тенденции в течение эпидемического процесса в стационарах новорождённых, а также ускорить назначение этиотропной терапии в каждом конкретном случае.

База проведения научного исследования

1. Лаборатория микробиологии Федерального государственного бюджетного учреждения «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

2. Лаборатория молекулярно-генетических методов исследования ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России.

3. Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Научно-исследовательский институт физико-химической медицины» Федерального медико-биологического агентства России.

4. Отдел микробиологии Федерального государственного бюджетного

учреждения «Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

Форма внедрения

Руководство, журнальные статьи, выступления на российских и международных конгрессах, патент, биопрепарат, диагностические тест-системы для научного и практического применения.

Внедрение результатов исследования в практику здравоохранения.

Алгоритм обследования беременных женщин, усовершенствованный алгоритм микробиологического мониторинга в отделениях новорождённых используются в практической работе отдела микробиологии и клинической фармакологии ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России внедрены в работу научно-поликлинического и акушерско-гинекологических отделений, а также отдела неонатологии и педиатрии Центра. Материалы диссертации используются в лекционном материале при обучении на курсах повышения квалификации врачей, обучении клинических ординаторов и аспирантов, на семинарах и конференциях, проводимых в Центре и на сертификационных курсах повышения квалификации по специальности «Бактериология» НИИ антимикробной химиотерапии ГБОУ ВПО «Смоленская государственная медицинская академия» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

«Руководство по лабораторной диагностике инфекций урогенитального тракта» (под ред. Домейка М. и др. / СПб.: Изд-во H-JI, 2012г.) используется при диагностике инфекций урогенитального тракта в Российской Федерации.

Апробация работы

Основные положения диссертации доложены и обсуждены на: • 15th International Pathogenic Neisseria Conference, North Queensland, Australia, 2006r.

12th IUSTI International Union against Sexually Transmitted infections World Congress, NewDelhi, India, 201 In

VI Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Рациональная фармакотерапия в Урологии 2012», Москва, Россия, февраль 2012г.

Всероссийском конгрессе с международным участием «Амбулаторно-поликлиническая практика в эпицентре женского здоровья», Москва, Россия, март 2012г.

XVII научно-практической конференции «Интеграция в лабораторной медицине», Москва, Россия, март 2012г.

Всероссийском научно-практическом обществе эпидемиологов, микробиологов и паразитологов, Москва, Россия, 2012г. 22rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, (ECCMID), London, United Kingdom, March-April 2012r. V научно-практической конференции «Современные технологии и методы диагностики различных групп заболеваний, лабораторный анализ», Москва, Россия, май 2012г.

XIV Международном конгрессе межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (MAKMAX/ESCMID), Москва, май 2012г.

18th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM), Berlin, Germany, июнь 2012г.

XIII Всероссийском научном форуме «Мать и Дитя», Москва, Россия, сентябрь 2012г.

13th Asia-Pacific Congress of Clinical Microbiology and Infection (APCCMI), Beijing, China, October 2012.

Ученом совете ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, Москва, Россия, ноябрь 2012г.

• V Научно-образовательном конгрессе «Анестезия и реанимация в акушерстве и неонатологии» (АРАН), Москва, Россия, ноябрь 2012г.

• II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине», Казань, Россия, ноябрь 2012г.

• VII Международном конгрессе по репродуктивной медицине, Москва, Россия, январь 2013г.

• 23rd ECCMID, Berlin, Germany, April 2013.

• XV международном конгрессе MAKMAX/ESCMID, Москва, Россия, май 2013г.

• 28th International Congress of Chemotherapy and Infection (ICC 2013), Yokohama, Japan, June 2013.

• 24rd ECCMID, Barcelona, Spain, May 2014.

• XVI международном конгрессе MAKMAX/ESCMID, Москва, Россия, май 2014г.

Обсуждение диссертационной работы состоялось на межклинической конференции сотрудников Отдела микробиологии и клинической фармакологии, лаборатории молекулярно-генетических методов, клинико-диагностической лаборатории, Отдела неонатологии и педиатрии, поликлинического и акушерско-гинекологических отделений ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России 4 декабря 2013 года; заседании апробационной комиссии 16 декабря 2013 года и Ученом Совете ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова» Минздрава России 14 января 2014 года.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 52 научные публикации, в том числе 29 работ в рецензируемых журналах, входящих в перечень ВАК РФ.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, 7 глав, включающих обзор литературы, собственные исследования и их результаты, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка литературы.

Работа изложена на 293 страницах машинописного текста, иллюстрирована 44 таблицами, 50 рисунками, 2 фотографиями и 7 приложениями.

Указатель литературы состоит из 90 отечественных и 210 зарубежных источников.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Инфекции в гинекологии, акушерстве и неонатологии

1.1.1. Современные проблемы инфекционного контроля в акушерско-

гинекологической и неонатальной службе.

За последние годы в России демографическая политика и сфера охраны здоровья граждан стали основными приоритетными направлениями государства. Активно начатый в 2006 году национальный проект «Здоровье» и поддержавшие его в 2011 году региональные программы модернизации здравоохранения, на реализацию которых выделено более 12 млрд. рублей, позволили существенно обновить инфраструктуру отрасли, переоснастить амбулаторные и стационарные лечебно-профилактические учреждения, инициировать информатизацию здравоохранения. Программы «Родовый сертификат», «Неонатальный и аудиологический скрининг», «Пренатальная диагностика» позволили значительно улучшить состояние здоровья беременных женщин, матерей и новорожденных. Весь этот комплекс мер уже привёл к существенным позитивным изменениям - на 36% снизилась материнская смертность и на 33% младенческая [1,2].

Одной из ведущих причин смертности и первой причиной её преждевременности являются инфекции - это реальная угроза населению в любой точке мира, препятствие на пути социального и экономического развития, когда все усилия и затраты направленные на модернизацию здравоохранение, могут оказаться тщетными [6].

По последним данным ВОЗ ежегодно болеют инфекционными болезнями 2 млрд. человек, 17 млн. из которых, умирают. В мире ежедневно 50 тысяч смертей связаны с инфекцией.

За последние 70 лет зарегистрировано более 350 новых нозологических форм инфекционных болезней или их возбудителей, 75% из них зоонозного происхождения [6, 38]. В 1980 году описано около двух тысяч видов бактерий, в то время как только за последние годы, выявлено более 500 новых видов патогенов, имеющих значение в развитии инфекционных заболеваний человека.

Яркий этому пример, выделение в 1985 году бактерии Helicobacter pylori и определение ее роли в развитии язвы и рака желудка, или описание Tropheryma whipplei в 1992 году как возбудителя воспалительного заболевания кишечника — болезни Уиппла [31]. В настоящее время многие хорошо известные болезни стали проявляться в новом обличии и приобретать большую актуальность и значимость. Одной из основных причин этого является эволюция микроорганизмов и их стремление противостоять воздействиям внешних (природных, антропогенных) и внутренних факторов [6].

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Припутневич, Татьяна Валерьевна, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Федеральный закон от 21 ноября 2011 г. N 323-ФЭ «Об основах охраны

здоровья граждан в Российской Федерации» (с изменениями и дополнениями): офиц. текст // Собрание законодательства Российской Федерации. - М., 2011. - № 48. - 6724 с.

2. Национальный проект «Здоровье» в начале пути. — М.: Профиздат, 2006. — 93 с.

3. Приказ Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 27 декабря 2011 г. №1687н «О медицинских критериях рождения, форме документа о рождении и порядке ее выдачи»: офиц. текст // Зарегистрировано в Минюсте РФ 15.03.2012 N 23490.

4. Национальная концепция профилактики инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (утвержденный Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 06.11.2011) [Электронный ресурс]: М., 2011. — Режим flocTyna:http://base. consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n= 126013 ;frame=200

5. Крапивина, И.В. Микробиологический мониторинг патогенов внутрибольничных инфекций в стационаре: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03 / Крапивина Ирина Владимировна. — М., 2010. - 32 с.

6. Cocker, R. Системы здравоохранения и проблемы инфекционных заболеваний. Опыт Европы и Латинской Америки / R. Cocker, R. Atún, М. МсКее // Европейская обсерватория по системам и политике здравоохранения. - 2009. - 15с.

7. Сергевнин, В.И. Пути совершенствования микробиологического мониторинга в системе эпидемического надзора за внутрибольничными гнойно-септическими инфекциями / В.И. Сергевнин, Н.И. Маркович, Н.С. Авдеева // Казанский медицинский журнал. - 2008. - Т. 89. - №5. - С.725 -728.

8. Анкирская, A.C. Микробиологический мониторинг в системе

профилактики виутрибольничных инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии новорождённых // Тезисы докладов научно-практической конференции с международным участием «Роль клинической микробиологии в профилактике виутрибольничных инфекций» - Москва, 2004. - С. 8 - 10.

9. Сидорова, И.С. Микрофлора половых путей у женщин репродуктивного возраста / И.С. Сидорова, Е.И. Боровкова. - Москва: Практическая медицина. - 2007. - С. 79.

Ю.Серов, В.Н. Неотложные состояния в акушерстве / В.Н. Серов, Г.Т. Сухих, И.И. Баранов, А.В. Пырегов, В.Л. Тютюнник, Р.Г. Шмаков. // М.: ГЭОТАР-Медиа. 2011. - 784с.

11 .Кафарская, Л.И. Современные подходы к профилактике и лечению гнойно-септических инфекций у плода и новорождённого: автореф. дис. ... д-ра мед. наук: 03.00.07 / Кафарская Людмила Ивановна. - М., 2002. -45 с.

12.Боровкова, Е.И. Взаимодействие возбудителей инфекций с организмом беременной как фактор риска внутриутробного инфицирования плода / Е.И. Боровкова // Российский вестник акушера и гинеколога. - 2005. — Т 4. - №5. - С. 50-54.

13.Зубков, В.В. Медицинский аудит и проведение верификационной оценки диагнозов инфекционно-воспалительной патологии у новорождённых детей / В.В. Зубков // Антибиотики и химиотерапия. - 2009. - Т. 54, № 3-4. -С. 128-129.

14.Петерсен, Э. Инфекции в акушерстве и гинекологии / Э. Петерсон; перевод с английского под общ. ред. В.Н. Прилепской. - М.: МЕДпресс-информ, 2007. - 13с.

15.Бондаренко, В.М. Роль условно-патогенных бактерий при хронических воспалительных процессах различной локализации. - Тверь: Изд-во Триада. — 2011. - 88с.

16.Анкирская, A.C. Опыт диагностики оппортунистических инфекций влагалища / A.C. Анкирская, В.В. Муравьева // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2001. - Т. 3, №2 - С. 190-94.

П.Любасовская, Л.А. Видовой состав госпитальных штаммов условно-патогенных микроорганизмов и их роль в развитии инфекций у новорождённых с очень низкой и экстремально низкой массой тела: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03 / Любасовская Людмила Анатольевна. — М., 2013. - 25с.

18.Липова, Е.В. Урогенитальные инфекции, обусловленные условно -патогенной биотой у женщин репродуктивного возраста (Клинико -лабораторная диагностика): учебное пособие / Е.В. Липова, М.Н. Болдырева, Д.Ю. Трофимов, Ю.Г. Витвицкая - Москва: ГОУ ДПО РМАПО Мин. здрав, и соц. развития РФ , 2009. - 46 с.

19.Козлов, P.C. Современные тенденции антибиотикорезистентности возбудителей нозокомиальных инфекций в ОРИТ России: что нас ждет дальше? / P.C. Козлов, О.У. Стецук, И.В. Андреева // Журн. интенс. тер. -2007. - № 4. - Режим доступа: http://www.icj.ru/2007-04-01 .html

20.Руднов, В.А. Инфекции в ОРИТ России: Результаты национального многоцентрового исследования / В.А. Руднов, Д.В. Бельский, A.B. Дехнич // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. — 2011. — Т. 13, №4.-С. 294-303.

21.Сидоренко, C.B. Клиническое значение антибиотикорезистентности грамположительных микроорганизмов / C.B. Сидоренко // Инфекции и антимикробная химиотерапия. - 2003. - №5. - С. 3 — 15.

22.Сидоренко, C.B. Проблема устойчивости стафилококков к бета-лактамам и гликопептидам: от теории к практике. / Сидоренко C.B. // Анналы антимикробной химиотерапии. - 2009. - Т.1, №1 - С. 41- 50.

23.Шагинян, И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в

эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций. / И.А. Шагинян // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2000. - Т. 2, №3. - С. 82 - 95.

24.Clark, А.Е. Matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry: a fundamental shift in the routine practice of clinical microbiology / A.E. Clark, E.J. Kaleta, A. Arora and M. Donna // Clin Microbiol Rev. - 2013. - Vol. 26, N.3. - P. 547.

25.Fournier, P. E. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions / P.E. Fournier, M. Drancourt, P. Colson, J.M. Rolain, B. La Scola, D. Raoult // Nature reviews Microbiology. - 2013. - Vol. 11. - P. 574 - 85.

26.Weile, J. Current applications and future trends of molecular diagnostics in clinical bacteriology / J. Weile, C. Knabbe // Anal Bioanal Chem. - 2009. -Vol. 394.-P. 731-42.

27.Володин, H.H. Использование молекулярно-генетических технологий, основанных на полимеразной цепной реакции, в диагностике инфекционных заболеваний у новорождённых / Н.Н. Володин, JI.A. Дегтярева, Л.И. Кафарская, А.Н. Шкопоров, Е.В. Хохлова, М.Л. Шуникова, А.Н. Чаплин, Б.А. Ефимов // Вопросы практической педиатрии. - 2010. - Т. 5, №4. - С. 39-46.

28.Dare, D. Rapid bacterial characterization and identification by MALDI-TOF mass spectrometry / D. Dare // Advanced Techniques in Diagnostic Microbiology. - 2006. - P. 117- 33.

29.Seng, P. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry / P. Seng, M. Drancourta, F. Gouriet, B. La Scola, P.-E. Fournier, J.M. Rolain, D. Raoult // Clin Infect Dis. - 2009. - Vol. 49. - P. 543 - 51. ЗО.Ильина, E.H. Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы: дис. ... д-ра биол. наук: 03.00.04 / Ильина Елена Николаевна. —

М., 2009.-264 с.

31.El-Bouri, К. Comparison of bacterial identification by MALDI-TOF mass spectrometry and conventional diagnostic microbiology methods: agreement, speed and cost implications / K. El-Bouri, S. Johnston, E. Rees, I. Thomas, N. Bome-Mannathoko, C. Jones, M. Reid, B. Ben-Ismaeil, A.R. Davies, L.G. Harris, D. Mack // Br J Biomed Sci. - 2012. - Vol. 69, N 2 - P. 47-55.

32.Трофимов, Д.Ю. Создание отечественной инновационной технологической платформы для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии на основе ПЦР в реальном времени: автореф. дис. ... д-ра биол. наук: 14.00.36 / Трофимов Дмитрий Юрьевич. М., 2009. - 44 с.

33.Ворошилина, Е.С. Совершенствование методических подходов к оценке микробиоценоза влагалища у женщин репродуктивного возраста: дис. ... д -ра мед. наук: 03.02.03 / Ворошилина Екатерина Сергеевна. - Челябинск, 2012.-244 с.

34.Lay, O.J. MALDI-TOF spectrometry of bacteria / O.J.Lay // Mass Spectrometry Reviews. - 2001. - Vol. 20. - P. 172 -94.

35.Wilkins, C.L. Identification of microorganism by mass-spectrometry / C.L. Wilkins, J.O. Lao // John Wiley and Sons Inc., Hoboken. - 2005. - 377p.

36.Yen-Peng, H. Identification of pathogens by mass spectrometry / H. Yen-Peng, P. Muralidhar Reddy // Clinical Chemistiy. - 2010. - Vol. 56, N 4. - P. 525 -36.

37.Reich, M. Species identification of bacteria and fungi from solid and liquid culture media by MALDI-TOF mass spectrometry / M. Reich, P.P Bosshard, M.Stark, K.Beyser, S.Borgmann // J Bacteriol Parasitol. - 2013. - Vol. 5. - P. 4 -8.

38.Holmes, K. Chair of the university of Washington Department of Global Health / K. Holmes // 49th 1СAAC. - San Francisco, 12-15 September 2009. - Режим доступа: www.icaac.org

39.Lamont, R.F. The vaginal microbiome: new information about genital tract flora using molecular based techniques / R.F. Lamont, J.D. Sobel, R.A. Akins et al. // International Journal of Obstetrics and Gynaecology. - 2011. - Vol. 118, N5-P. 533-49.

40.Лобзин, Ю.В. Учение об инфекционных болезнях: прошлое, настоящее, будущее. Актовая речь в день 214 годовщины академии / Ю.В. Лобзин // Журнал инфектологии. — 2013. — Т. 5, № 3 (приложение). - С. 7-25.

41.Катунин, Г. Л. Анализ заболеваемости и качества лабораторной диагностики нейросифилиса в Российской Федерации / Г.Л. Катунин, Н.В. Фриго, И.Н. Лесная, С.В. Ротанов, Л.Е. Мелехина, Н.В. Китаева // Вестник дерматологии и венерологии. - 2011. -№3. - С. 14-22.

42.Houston, P. Essential role for the major autolysis in the fibronectin-binding protein-mediated staphylococcus aureus biofilm phenotype / P. Houston, S.E. Rowe, C. Pozzi, E.M. Waters, J.O. Gara // Infect. Immunology. - 2011. - Vol. 79, N3.-P. 1153.

43.Fredricks, D.N. Molecular identification of bacteria associated with bacterial vaginosis / D.N. Fredricks, T.L. Fiedler, J.M. Marrazzo // N Engl J Med. -2005.-Vol. 353,N 18.-P. 1899-911.

44.Серов, B.H. Современные представления о бактериальном вагинозе / В.Н. Серов, А.Л. Тихомиров, Ч.Г. Олейник // Вопросы гинекологии, акушерства и перинатологии. - 2005. - № 4 (1). - С. 66 - 71.

45.Fredricks, D.N. Targeted PCR for detection of vaginal bacteria associated with bacterial vaginosis // D.N. Fredricks, T.L. Fiedler, K.K. Thomas, B.B. Oakley, J.M. Marrazzo // J Clin Microbiol. - 2007. - Vol. 45. - P. 3270 - 76.

46.Larsen, B. Understanding the bacterial flora of the female genital tract / B. Larsen, G.R. Monif// Clin Infect Dis. - 2001. - Vol. 32. - P. 69 - 77.

47.Zhou, X. Recent advances in understanding the microbiology of the female reproductive tract and the causes of premature birth / X. Zhou, M.R. Brotman, P. Gajer, Z. Abdo, U. Schuette, SamMa, J. Ravel, L.J. Forney // Infectious

Diseases in Obstetrics and Gynecology. - Vol. - 2010, ID 737425. http://dx.d0i.0rg/l 0.1155/2010/737425.

48.Глушанова, H.A. Биологические свойства лактобацилл / H.A. Глушанова // Бюллетень сибирской медицины. — 2003. - № 4. - С. 50 — 56.

49.Кочеровец, В.И. Нормальная микрофлора женских мочеполовых органов и препараты для её коррекции: учебное пособие / В.И. Кочеровец, Н.Д. Бунятян. - Москва: Актеон. -2012.-71 с.

50.Мелкумян, А.Р. Инновационные методы видовой идентификации лактобактерий в оценке состояния микробиоты влагалища у беременных женщин: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03 / Мелкумян Алина Рантиковна. - М., 2013. - 25с.

51 .Romero, R. The composition and stability of the vaginal microbiota of normal pregnant women is different from that of non-pregnant women / S.S Hassan, P. Gajer, A.L. Tarca, D.W. Fadrosh, L. Nikita, M. Galuppi, R.F. Lamont, P. Chaemsaithong, J. Miranda, T. Chaiworapongsa // Microbiome. - 2014. - Vol. 2, N4.-P. 2-19.

52.Черкасов, C.B. Персистентные характеристики микрофлоры репродуктивного тракта женщин в норме и патологии: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Черкасов Сергей Викторович. - Оренбург, 1998 -18 с.

53.Макарова, О.В. Инфекции в акушерстве и гинекологии / О.В. Макарова, В.А. Алешкина, Т.Н. Савченко. - М.: МЕДпресс-информ, 2-е изд., 2009. -464 с.

54.Donders, G.G. Definition and classification of abnormal vaginal flora / G.G. Donders // Best Pract Res Clin Obstet Gynaecol. - 2007. - Vol. 21. - P. 355 -73.

55.Бондаренко, B.M. Классификация бактерий рода Lactobacillus / B.M. Бондаренко // Материалы VIII съезда Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов - М., 2002. - Т. 1. — С.

56.Antonio, M.A. The identification of vaginal Lactobacillus species and the demographic and microbiologic characteristics of women colonized by these species / M.A. Antonio, S.E Hawes, S.L. Hillier // J Infect Dis. - 1999. - Vol. 180.-P. 1950-56.

57.Dimitonova, S.P. Phenotypic and molecular identification of lactobacilli isolated from vaginal secretions / S.P. Dimitonova, B.V. Bakalov, R.N. Aleksandrova-Georgieva, S.T. Danova // J Microbiol Immunol Infect. - 2008. -Vol. 41.-P. 469-77.

58.Falsen, E. Phenotypic and phylogenetic characterization of a novel Lactobacillus species from human sources: description of Lactobacillus iners sp. Nov / E. Falsen, C. Pascual, B. Sjoden, M. Ohlen, M. Collins // Int J Syst Bacterid. - 1999. - Vol. 49. - P. 217 - 21.

59.Jakobson, T. Lactobacillus iners: a marker of changes in the vaginal flora? / T. Jakobson, U. Forsum // J Clin Microbiol. - 2007. - Vol. 45, N 9. - P. 3145.

60.Андосова, Л.Д. Характеристика биоценоза урогенитального тракта женщин репродуктивного возраста с применением теста «Фемофлор» / Л.Д. Андосова, К.Н. Конторщикова, С.Ю.Куделькина // Медицинский альманах. - 2010. - №4. - С. 177 - 79.

61.Ворошилина, Е.С. Количественная оценка биоценоза влагалища у беременных женщин методом ПЦР в реальном времени / Е.С. Ворошилина, А.А. Кротова, Л.В. Хаютин // Акушерство, гинекология и перинатология. Материалы 4 съезда акушеров — гинекологов России — М., 2008-С. 45.

62.Муравьева, В.В. Микробиологическая диагностика бактериального вагиноза у женщин репродуктивного возраста: автореф. дис.... канд. биол. наук: 03.00.07 / Муравьева Вера Васильевна. - М., 1997. - 23 с.

63.Wiesenfeld, Н.С. Bacterial vaginosis is a strong predictor of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis infection / H.C. Wiesenfeld, S.L.

Hillier, M.A. Krohn, D.V. Landers, R.L. Sweet // Clin Infect Dis. - 2003. -Vol. 36,N5.-P. 663-68.

64.Baker, C J. Transmission of group B streptococci among parturient women and their neonates / C.J. Baker, F.F. Barret // J Pediatr. - 1973. - Vol. 83. - P. 919 -25.

65.Bourgeois-Nicolaos, N. Maternal vaginal colonisation by Staphylococcus aureus and newborn acquisition at delivery / N. Bourgeois-Nicolaos, J.-C. Lucet, C. Daubi, F. Benchabac, M. Rajguruc, R. Ruimya, A. Andremonta, L. Armand-Lefevre // Paediatric and Perinatal Epidemiology. - 2010. - Vol. 24. -P. 488-91.

66.Antonio, M.A. Colonization of the rectum by Lactobacillus species and decreased risk of bacterial vaginosis / M.A. Antonio, L.K. Rabe, S.L. Hillier// J Infect Dis. - 2005. - Vol. 192. - P. 394 - 98.

67.Donders, G.G. Definition of a type of abnormal vaginal flora that is distinct from bacterial vaginosis: aerobic vaginitis / G.G. Donders, A. Vereecken, E. Bosmans, A. Dekeersmaecker, G. Salembier, B. Spitz // Am J Obstet Gynecol. - 2002. - Vol. 109. - P. 34 - 43.

68.Schwebke, J.R. Gynecologic consequences of bacterial vaginosis / J.R.

Schwebke // Obstet Gynecol Clin North Am. - 2003. - Vol. 30. - P. 685 - 94. 69.Spiegel, C. A. Diagnosis of bacterial vaginosis by direct gram stain of vaginal fluid / C.A. Spiegel, R. Amsel, K.K. Holmes // J Clin Microbiol. - 1983. -Vol. 18.-P. 170-77.

70.Sobel, J.D. Bacterial vaginosis / J.D. Sobel // Annu Rev Med. - 2000. - Vol. 51.-P. 349-56.

71.Donders, G. G. Predictive value for preterm birth of abnormal vaginal flora, bacterial vaginosis and aerobic vaginitis during the first trimester of pregnancy / G.G. Donders, K. Van Calsteren, G. Bellen, R. Reybrouck et al. // BLOG. -2009.-Vol. 116, N.9. - P. 1315-24.

72.Tamrakar, R. Association between lactobacillus species and bacterial vaginosis

- related bacteria, and bacterial vaginosis scores in pregnant Japanese women / R. Tamrakar, T. Yamada, I. Furuta, K. Cho, M. Morikawa, H. Yamada, N. Sakuragi, H. Minakami // BMC Infect Dis. - 2007. - Vol. 7, N 7. - P. 128.

73. Menard, J.P. Molecular quantification of Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae loads to predict bacterial vaginosis / J.P. Menard, F. Fenollar, M. Henry, F. Bretelle, D. Raoult // Clin Infect Dis. - 2008. - Vol. 47. - P. 33 - 43.

74.Donders, G. Relationship of bacterial vaginosis and mycoplasmas to the risk of spontaneous abortion / G. Donders, B. Van Bulck, J. Caudron et al. // Am J Obstet Gynecol. - 2000. - Vol. 183. - P. 431 - 37.

75.Буданов, П.В. Нарушения микроценоза влагалища / П.В. Буданов, О.Р. Баев, В.М. Пашков // Вопросы гинекологии, акушерства и перинатологии.

- 2005. - № 4 (2). - С. 78 - 88.

76.Буданов, П.В. Смешанные вульвовагинальные инфекции - проблемы терапии и экстренной профилактики / П.В. Буданов, М.А. Стрижакова // Вопросы гинекологии, акушерства и перинатологии. — 2005. - № 4 (4). — С. 13-16.

77.Кулаков, В.И. Анестезиология и реанимация в акушерстве / В.И. Кулаков, В.Н.Серов, A.M. Абубакирова и др. - М.: «Триада - X», 2001. - 336с.

78.Радзинский, В.Е. Профилактика послеродовых инфекций у женщин с бактериальным вагинозом / В.Е. Радзинский, И.М. Ордиянц // Гинекология 2006. -№8 (1). - С.14 - 16.

79.Тор, К.А. Predictors of Staphylococcus aureus rectovaginal colonization in pregnant women and risk for maternal and neonatal infections / K.A. Top, A. Buet, S. Whitter, A.J. Ratner, L. Saiman // Pediatric Infect Dis Soc. - 2012. -Vol. 1,N1.-P. 7-15.

80.Correa, O. Nasal and vaginal colonization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in pregnant women in Cartagena, Colombia / O.Correa, K. Delgado, C. Rangel; A. Bello, N. Reyes // Colombia Medica. - 2012. - Vol. 43, N1.-P. 19-27.

81.Романюк Ф.П. Микозы у детей, вызванные условно-патогенными грибами: автореф. дис. ... д-ра мед. наук: дис. докт. мед. наук / Романюк Федор Петрович. - Санкт-Петербург, 1999. - 44с.

82.Whyte, R.K.Z. Antenatal infections with Candida species / R.K.Z. Whyte, D. Hussain // Arch Dis Child. - 1982. - Vol. 57. - P. 528-35.

83.Прилепская, B.H. Вульвовагинальный кандидоз в практике акушера-гинеколога / В.Н.Прилепская, Г.Р. Байрамова // Гинекология. - 2004. - Т. 6, №2.-С. 59-60.

84.Анкирская, А.С. Мониторинг видового состава и чувствительности к антимикотикам дрожжеподобных грибов, выделенных из влагалища женщин репродуктивного возраста / А.С. Анкирская, В.В. Муравьёва, С.А. Фурсова, Т.Г. Миронова, Т.Е. Королёва // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2006. - Т. 8, 1. — С. 87— 95.

85.Waggoner-Fountain, L.A. Vertical and horizontal transmission of unique Candida species to premature newborns / L.A. Waggoner-Fountain, M.W. Walker, R.J. Hollis, M.A. Pfaller, J.E. Ferguson II, R.P. Wenzel, and L.G. Donowitz // Clin Infect Dis. -1996. - Vol. 22. - P. 803 - 08.

86.Manzoni, P. The management of Candida infections in preterm neonates and the role of micafimgin / P. Manzoni, D. Benjamin, W. Hope et al. // J Maternal Fetal Neonatal Medicine. - 2011. - Vol. 24, N 2. - P. 24 - 27.

87.Bell, S.G. Micafimgin. neonatal network. / S.G. Bell // J National Nursing. -2011. - Vol. 30, N 5. - P. 329 - 33.

88.Hooton, T.M. Diagnosis and treatment of uncomplicated urinary tract infection / T.M. Hooton, W.E. Stamm // Infect Dis Clin North Am. - 1997. - Vol. 11, N 3.-P. 551-81.

89.Abrams, P. The standardisation of terminology of lower urinary/tract function: report from the standardisation sub-committee of the international continence society / P. Abrams, L. Cardozo, M. Fall, et al. // Neurourology and

Urodynamics. - 2002. - Vol 21, N 2. - P. 167 - 78.

90.Набер, К.Г. Рекомендации Европейской ассоциации урологов по лечению инфекций мочевыводящих путей и инфекции репродуктивной системы у мужчин / К.Г. Набер, Б. Бергман, М.К. Бишоп и др. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2002. - Т. 4, №4. - С. 347-63.

91.Hanno, P.M. Penn clinical manual of urology. / P.M. Hanno, A.J. Wein, S.B. Malkowicz - Bruce Malkowicz. Elsevier Health Sciences, 2007. - 986p.

92.National institute for health and clinical excellence / Urinary incontinence: the management of urinary incontinence in women. London (UK): National Institute for Health and Care Excellence (NICE), 2013. - 48 p.

93.Научный отчет о результатах многоцентрового исследования динамики антибиотикорезистентности возбудителей инфекций мочевых путей в различных субпопуляциях пациентов («ДАР - МИС»). Смоленск, 2011. -118 с.

94.Франц, М. Наиболее частые ошибки диагностики и ведения инфекции мочевых путей (ИМП) / М. Франц, У. Хорл // Нефрология и диализ. -2002. - Т. 2(4). - С. 340 - 47.

95.European urinalysis guidelines, summary. Scandinavian journal of clinical and laboratory investigation. - 2000. - Vol. 60. - 96 p.

96.1senberg, I. Microbiological techniques-methods-laboratory manuals / I. Isenberg, I. Garcia, S. Lynne, D. Henry // formerly NCCLS, Clinical Microbiology Procedures Handbook.

97.Kunin, C.M. A reassessment of the importance of «low-count» bacteriuria in young women with acute urinary symptoms / C.M. Kunin, L.V. White, H.H. Tong // Ann Intern Med. - 1993. - Vol. 119. - P. 454 - 60.

98.Lentz, G. Urinary tract infections in obstetrics and gynecology / Lentz G. // In global library of women's medicine. - University of Washington. Washington USA, Seattle. - 2009.

99.Репродуктивное здоровье населения России в 2011 году [Электронный ресурс] / Отчет Росстат МЗ РФ. - 2011. - Режим доступа: http://www.unipa.ru/assets/files/Publications/text_rus_final_5.pdf

100. Сидорова, И.С. Руководство по акушерству / И.С. Сидорова, В.И. Кулаков, И.О. Макаров - М.: Медицина, 2006. - 848 с.

101. Савельев, B.C. Сепсис в начале XXI века: классификация, клинико-диагностическая концепция и лечение / B.C. Савельев, Б.Р. Гельфанд, В.Д. Федоров, А.И. Воробьев, В.К. Гостищев, РАСХИ // Практическое руководство - М.: Литтерра, 2006. — 175с.

102. Wolk, D.M. Bloodstream pathogens. Rapid identification using PNA FISH / D. M. Wolk, L.D. Hilbert // CLN. - 2011. - Vol. 37, N5. - P. 8 - 10.

103. Angus, D.C. Epidemiology of severe sepsis in the United States: analysis of incidence, outcome, and associated costs of care / D.C. Angus, W.T. LindeZwirble, J. Lidicker et al. // Crit Care Med. - 2001. - Vol. 29, N7. - P. 1303 -10.

104. Elixhauser, A. Septicemia in US Hospitals, 2009. HCUP Statistical Brief #122. / A. Elixhauser, B. Friedman, E.Stranges // Agency for Healthcare Research and Quality. - 2011. http://www.hcup-us.ahrq.gov/reports/statbriefs/ sbl22.pdf

105. Белобородова, H.B. Новые тенденции в антимикробной терапии тяжелых гнойно-воспалительных заболеваний у детей и значение антибиотиков группы карбапенемов / Н.В. Белобородова // Российский вестник перинатологии и педиатрии. — 2002. -Т. 2. - С. 56 - 60.

106. Pendleton, J.N. Clinical relevance of the ESKAPE pathogens / J.N. Pendleton, S.P. Gorman, B.F. Gilmore //Expert Rev Anti Infect Ther. - 2013. -Vol. 11, N3. - P. 297-308.

107. Балаев, Т.А. Применение антисептика растительного происхождения в лечении воспалительных заболеваний шейки матки / Т.А. Балаев, И.Б. Бадюгина, Б.Л. Молдавер, Т.А. Асланян, О.М. Беляева // Акушерство и

гинекология. - 2011. - №2. - С. 102. - 105.

108. Kaufman, D. Clinical microbiology of bacterial and fungal sepsis in very-low-birth - weight infants / D. Kaufman, K. Fairchild // Clin Microbiol Rev. -2004. - Vol. 17, N3. - P. 638 - 80.

109. Rodriguez, D. Predictors of candidaemia caused by non-albicans Candida species: results of a population-based surveillance in Barcelona, Spain / D. Rodriguez, B. Almirante, M. Cuenca-Estrella, J.L. Rodnguez-Tudela, J. Mensa, J. Ayats, F. Sanchez, A. Pahissa // CMI. - 2010. - Vol. 16, N11. - P. 1676 - 82.

110. Huang, Y. C. Outbreak of Candida parapsilosis fungemia in neonatal intensive care units: clinical implications and genotyping analysis / Y.C. Huang, T.Y. Lin, H.S. Leu, H.L. Peng, J.H. Wu, and H.Y. Chang // Infection. -1999.-Vol 27.-P. 97-102.

111. Pammi M. Candida parapsilosis is a significant neonatal pathogen: A systematic review and meta-analysis / M. Pammi, L. Holland, G. Butler, A. Gacser, J.M. Bliss // Pediatr Infect Dis J. - 2013. - Vol 32, N5. - P. 206 - 16.

112. Manzoni, P. Risk factors for progression to invasive fungal infection in preterm neonates with fungal colonization / P. Manzoni, D. Farina, M. Leonessa, et al. // Pediatrics. - 2006. - Vol 118. - P. 2359 - 64.

113. Saxen, H. Neonatal Candida parapsilosis outbreak with a high case fatality rate / H. Saxen, M. Virtanen, P. Carlson, K. Hoppu, M. Pohjavuori, M. Vaara, J. Vuopio-Varkila, H. Peltola // Pediatr Infect Dis J. - 1995. - Vol 14. -P. 776-81.

114. Kaufman, D. Fluconazole prophylaxis against fungal colonization and infection in preterm infants / D. Kaufman, R. Boyle, K.C. Hazen et al. // N Engl J Med. - 2001. - Vol. 345. - P. 1660 - 66.

115. Lee, I. Risk factors for fluconazole-resistant Candida glabrata bloodstream infections /1. Lee, N.O. Fishman, Т.Е. Zaoutis, K.H. Morales et al. / Arch Intern Med. - 2009. - Vol. 169, N4. - P. 379 - 83.

116. Manzoni, P. Prophylactic fluconazole is effective in preventing fungal

colonization and fungal systemic infections in preterm neonates: a singlecenter, 6-year, retrospective cohort study / P. Mansoni, R. Arisio, M. Mostert, M. Leonessa, D. Farina, M.A., Latino, G. Gomirato // Pediatrics. - 2006. - Vol. 117,N1. -P. 22-32.

117. Сапарова, Л.Д. Особенности микробиоценоза влагалища при преждевременных родах и задержке роста: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 14.00.01 / Сапарова Лачин Джорамурадовна. - М., 2008. - с. 24.

118. Abele-Horn, М. High-density vaginal Ureaplasma urealyticum colonization as a risk factor for chorioamnionitis and preterm delivery / M. Abele-Horn, M. Scholz., C. Wolff, M. Kolben // Acta Obstet Gynecol Scand. -2000.-Vol. 79.-P. 973-78.

119. Azargoon, A. Association of bacterial vaginosis, Trichomonas vaginalis, and vaginal acidity with outcome of pregnancy / A. Azargoon, S. Darvishzadeh // Arch Iran Med. - 2006. - Vol. 9. - P. 213 - 17.

120. Savey, A. An analysis of the microbial flora of premature neonates / A. Savey, J. Fleurette, B.L. Salle // J Hosp Infect. - 1992. - Vol. 21. - P. 275 - 89.

121. Carey, J.C. Is a change in the vaginal flora associated with an increased risk of preterm birth? / J.C. Carey, M.A. Klebanoff // Am J Obstet Gynecol. -2005.-Vol. 192.-P. 1341 - 1346.

122. Анкирская, A.C. Условно-патогенные микроорганизмы -возбудители внутриутробной инфекции плода и новорождённого: автореф. дис.... д-ра биол. наук / Анкирская Алла Семеновна. - М., 1985.

123. Протоколы диагностики, лечения и профилактики внутриутробных инфекций у новорождённых детей. Издание 2-е, переработанное и дополненное / Под ред. Н.Н. Володина. М.: ГОУ ВУНМЦ МЗ РФ, 2002. -104 с.

124. Вялкова, А. А. Клинико-микробиологическая характеристика новорожденных с патологией дыхательной системы / А.А. Вялкова, Т.В. Бирюкова, В.А. Гриценко и др. // Вестник ОГУ. Приложение Биология и

медицина. - 2005. -№5. - С.15 - 18.

125. Вялкова, А. А. Перинатальная инфекционно-воспалительная патология у новорожденных Оренбурга: региональные особенности эпидемиологии, нозологии и микробиологии / А.А. Вялкова, Т.В. Бирюкова, О.В. Бухарин, В.А. Гриценко, И.Н. Воропаева, Т.В. Космович // Тихоокеанский медицинский журнал. - 2005. -№3. - С. 80 - 83.

126. Гриценко, В.А. Клинико-анамнестическая и микробиологическая характеристика новорожденных с разным характером ранней неонатальной адаптации / В.А. Гриценко, А.А. Вялкова, Е.В. Азарова // Курский научно-практический вестник «Человек и его здоровье». — 2009. -№3.-С. 38-46.

127. Hack, М. Outcomes of children of extremely low birth weight and gestational age in the 1990s / M. Hack, A.A. Fanaroff // Seminars in Neonatology. - 2000. - Vol. 5, N 2. - P. 89 - 106.

128. Goldenberg, R.L. Intrauterine infection and preterm delivery / R.L. Goldenberg, J. C. Hauth, W.W. Andrews // New England Journal of Medicine. - 2000. - Vol. 342, N 20. - P. 1500 - 07.

129. Gerber, S. Detection of Ureaplasma urealyticum in second-trimester amniotic fluid by polymerase chain reaction correlates with subsequent preterm labor and delivery / S. Gerber, Y. Vial, P. Hohlfeld, S.S. Witkin // Journal of Infectious Diseases. - 2003. - Vol. 187, N 3. - P. 518-21.

130. Gardella, C. Identification and sequencing of bacterial rDNAs in culture-negative amniotic fluid from women in premature labor / C. Gardella, D.E. Riley, J. Hitti, K. Agnew, J.N. Krieger, D. Eschenbach // American Journal of Perinatology. - 2004. - Vol. 21, N 6. - P. 319 - 23.

131. Зубков, В.В. Частота внутриутробной колонизации стрептококком группы В у новорождённых с инфекционно-воспалительными заболеваниями при селективном скрининге количественным методом ПЦР в режиме Real-time / В.В. Зубков, И.И. Рюмина, О.В. Непша //

Материалы V Регионального научного форума «Мать и дитя» - Москва, 2011.-С.302.

132. Hadji-Petrusheva, M.I. Susceptibility of vaginal group В Streptococcus isolates to penicillin and erythromycin / M.I. Hadji-Petrusheva, B. Curcic Trajkovska, B. Jaglikovski, A. Hadji-Petrusheva Jankijevikj // Programme and Abstract 22rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) - London, 2012. - Abstract # P 1004.

133. Verani, J. Group В streptococcal disease in infants: progress in prevention and continued challenges / J.R. Verani, S.J. Schrag // J Clin Perinatol. - 2010. -Vol. 37,N2.-P. 375-92.

134. Andreu, A. Evolution of perinatal Escherichia coli disease in the era of group В Streptococcus prophylaxis / A. Andreu, E. Ortega, A.M. Planes, S. Salcedo // Med Clin (Bare). - 2001. - Vol. 117, N 14. - P. 521 - 24.

135. Рюмина, И.И. Современные принципы выхаживания новорождённых и санитарно-противоэпидемический режим / Рюмина И.И. // Материалы XI научно-практической конференции «Внутрибольничные инфекции в стационарах различного профиля, профилактика, лечение осложнений» -Москва, 2013. - С.68 - 69.

136. Goldmann, D.A. Nosocomial infections in a neonatal intensive care unit / D.A. Goldmann, W.A. Durbin, J. Freeman // J.Infect.Dis. - 1981. - Vol. 144. -P. 449 - 59.

137. Пагосян, K.C. Эпидемиология внутрибольничных инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии новорожденных / К.С. Пагосян, А.Д. Амбарцумян, К.Э. Арутюнова // Медицинский вестник Эребуни». - 2008. - №34. - С. 55 - 60.

138. Hyde, Т.В. Trends in incidence and antimicrobial resistance of early-onset sepsis: population-based surveillance in San Francisco and Atlanta / T.B. Hyde, T.M. Hilger, A. Reingold, M.M. Farley, K.L. O'Brien, A. Schuchat // Pediatrics. - 2002. - Vol. 110, N4. - P. 690 - 95.

139. Clark, R. Nosocomial infection in the NICU: A Medical complication or unavoidable problem / R. Clark, R. Powers, R. While, B. Bloom, P. Sanchez, J.D.K. Benjamin // Journal of Perinatology. - 2004. - Vol. 24. - P. 382 - 88.

140. Hornik, C. Early and late onset sepsis in very-low-birth-weight infants from a large group of neonatal intensive care units / C.P. Hornik, P. Fort, R.H. Clark, K. Watt, D.K. Benjamin et al. // Early Hum Dev. - 2012. - Vol. 88, N 2. -P. 69-74.

141. Sohn, A.H. Prevalence of nosocomial infections in neonatal intensive care unit patients: results from the first national point-prevalence survey / A.H. Sohn, D.O. Garrett, R.L. Sinkowitz-Cochran et al. // J Pediatr. - 2001. - Vol. 139.-P. 821-27.

142. Stoll, B.J. Infections in VLBW infants: studies from the NICHD neonatal research network / B.J. Stoll, N. Hansen // Semin Perinatol. - 2003. - Vol. 27. -P. 293-301.

143. Wu, J.H. Neonatal sepsis: a 6-year analysis in a neonatal care unit in Taiwan /J.H. Wu, C.Y. Chen, P.N. Tsao, W.S. Hseieh, H.C. Chou // Pediatr Neonatol. - 2009. - Vol. 50, N3. - P. 88 - 95.

144. Badr, M.A. Ventilator associated pneumonia in critically-ill neonates admitted to neonatal intensive care unit university hospitals / M.A. Badr, Y.F. Ali, E.A. Albanna, M.R. Beshir, G.E. Amr // Iran J Pediatr. - 2011. - Vol. 21, N4.-P. 418-24.

145. Bruinsma, N. Subcutaneous ventricular catheter reservoir and ventriculoperitoneal drain-related infections in preterm infants and young children / N. Bruinsma, E.E. Stobberingh, M.J. Herpers // Clin Microbiol Infect. - 2000. - Vol. 6. - P. 202 - 206.

146. Makhoul, I.R. Epidemiological, clinical, and microbiological characteristics of late-onset sepsis among very low birth weight infants in Israel: a national survey / I.R. Makhoul, P. Sujov, T. Smolkin, A. Lusky, B. Reichman // Pediatrics. - 2002. - Vol. 109. - P. 34 - 39.

147. Ozkan, H. Stenotrophomonas maltophilia pneumonia in a premature infant / H. Ozkan, G. Pasaoglu, N.Olgac, A. Yuce, Z. Gulay // Turk J Pediatr. - 1999. -Vol 41.-P. 283-86.

148. Haley, C.E. Neonatal intensive care unit bloodstream pathogens: emergence of gram positive bacteria as major pathogens. / C.E. Haley, W.W. Gregory, L.G. Donowitz, R.P. Wenzel // Abstracts of the Twenty-Second Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapeutics. -1982. - Abstract # 691. - P. 187.

149. Белобородов, В.Б. Антибактериальная терапия инфекционных заболеваний в отделениях реанимации и интенсивной терапии / В.Б. Белобородов // Инфекции и антимикробная терапия. - 1999. - Т. 1. - С. 4 -6.

150. Burnie, J.P. An epidemiological study of blood culture isolates of coagulase-negative staphylococci demonstrating hospital-acquired infection / J.P. Burnie, M. Naderi-Nasab, K.W. Loudon, R.C. Matthews // J Clin Microbiol. - 1997. - Vol. 35. - P. 1746 - 50.

151. Строганов В.П. Особенности эпидемиологии и микробиологии госпитальных инфекций / В.П. Строганов // Инфекции и антимикробная терапия. - 2000. - Т. 2, №3. - С. 96 - 98.

152. Белобородова, Н.В. Особенности микрофлоры зева у детей в отделениях интенсивной терапии / Н.В. Белобородова, Т.Ю. Вострикова // Антибиотики и антимикробная химиотерапия. - 1998. - №8. - С. 16 - 22.

153. Благонравова, А.С. Эпидемиологические и микробиологические аспекты госпитальных гнойно-септических инфекций новорождённых, обусловленных коагулазоотрицательными стафилококками / А.С. Благонравова, О.Н. Воробьева, О.В. Ковалишена и др. // Медицинский альманах. -2009. -№2. -С. 12- 75.

154. Vermont, C.L. Persistence of clones of coagulase-negative staphylococci among premature neonates in neonatal intensive care units: two-center study of

bacterial genotyping & patient risk factors / C.L. Vermont, N.G. Hartwig, A. Fleer, Peter de Man, H. Verbrugh, J. Vanden Anker, et al. // J Clin Microbiol. -1998. - Vol. 36, N 9. - P. 2485 - 90.

155. Munson, D.P. Coagulase-negative staphylococci septicemia: experence in a newborn intensive care unit / D.P. Munson, T.R. Thompson, D.E. Johnson et al. // J Pediatr. - 1982. - Vol. 101. - P. 602 - 605.

156. Hemels, M.A. A seven-year survey of management of coagulase-negative staphylococcal sepsis in the neonatal intensive care unit: vancomycin may not be necessary as empiric therapy / M.A. Hemels, A.Van den Hoogen, M.A. Verboon-Maciolek, A. Fleer, T.G. Krediet // Neonatology. - 2011. - Vol. 100, N2.-P. 180-85.

157. Fleer, A. Septicemia due to coagulase negative staphylococci in a neonatal intensive care unit:clinical and bacteriologic features and contaminated parenteral fluids are a source of sepsis / A. Fleer, R.C. Sanders, M.R. Visser et al. // Pediatr Infect Dis. - 1983. - Vol. 2. - P. 426 - 31.

158. Otto, M. Molecular basis of Staphylococcus epidermidis infections / M. Otto// Semin Immunopathol. - 2012. - Vol. 34, N 2. - P. 201 - 14.

159. Johnson-Robbins, L.A. Staphylococcus epidermidis sepsis in the intensive care nursery: a characterization of risk associations in infants < 1,000 g. / L.A. Johnson-Robbins, A.E. el-Mohandes, S.J. Simmens, J.F. Keiser // Biol Neonate. - 1996. - Vol. 69. - P. 249 - 56.

160. Piette, A. Role of coagulase-negative staphylococci in human disease / A. Piette, G. Verschraegen // Vet Microbiol. - 2009. - Vol. 134. - P. 45- 54.

161. Hira, V. Coagulase-negative staphylococcal skin carriage among neonatal intensive care unit personnel: from population to infection / V. Hira, M. Sluijter, W.H.F. Goessens, A. Ott, R. de Groot, P.W.M. Hermans, R.F. Kornelisse // J Clin Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - P. 3876 - 81.

162. Bansal, S. Significance of coagulase negative staphylococci in neonates with late onset septicemia / S. Bansal, A. Jain, J. Agarwal, G.K. Malik // Indian

J. Pathol Microbiol. - 2004. - Vol. 47. - P. 586 - 88.

163. Cheung, G.Y. Understanding the significance of Staphylococcus epidermidis bacteremia in babies and children / G.Y. Cheung, M. Otto // Curr Opin Infect Dis. - 2010. - Vol. 23. - P. 208 - 16.

164. Любимова, A.B. Микробиологический мониторинг в отделениях реанимации новорождённых / А.В. Любимова, Л.П. Зуева, A.M. Пулин и др. // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2011. - №5. - С. 25 - 29.

165. Clark, Т. A. Epidemiologic and molecular characterization of an outbreak of Candida parapsilosis bloodstream infections in a community hospital / T.A. Clark, S.A. Slavinski, J. Morgan, T. Lott, B.A. Arthington-Skaggs, M.E. Brandt, R.M. Webb, M. Currier, R.H. Flowers, S.K. Fridkin, R.A. Hajjeh // J Clin Microbiol. - 2004. - Vol. 42. - P. 4468 - 72.

166. Karlowicz, M.G. Candidal renal and urinary tract infection in neonates / M.G. Karlowicz // Semin Perinatal. - 2003. - Vol. 27, N 5. - P. 393 - 400.

167. Baley, J.E. Fungal colonization in the very low birth weight infant / J.E. Baley, R.M. Kliegman, B. Boxerbaum, A.A. Fanaroff // Pediatrics. - 1986. -Vol. 78.-P. 225-32.

168. Reef, S.E. Nonperinatal nosocomial transmission of Candida albicans in a neonatal intensive care unit: prospective study / S.E. Reef, B.A. Lasker, D.S. Butcher, M.M. McNeil, R. Pruitt, H. Keyserling, W.R. Jarvis. // J Clin Microbiol. - 1998. - Vol. 36. - P. 1255 - 59.

169. Vazquez, J.A. Use of electrophoretic karyotyping in the evaluation of Candida infections in a neonatal intensive-care unit / J.A. Vazquez, D. Boikov, S.G. Boikov, A.S. Dajani // Infect. Control Hosp. Epidemiol. - 1997. - Vol. 18. -P. 32-37.

170. Антонов, А.Г. Профилактика и лечение микозов у глубоконедоношенных детей в условиях ОРИТ / А.Г. Антонов, О.А. Бабак, А.А. Рудакова, Н.А. Приходько, М.А. Мумрикова, О.В. Ионов и др. // Материалы IV Всероссийского образовательного конгресса

«Анестезиология и реанимация в акушерстве и неонатологии». - Москва, 2011.-С.126-28.

171. Sarvikivi, Е. Emergence of fluconazole resistance in a Candida parapsilosis strain that caused infections in a neonatal intensive care unit / E. Sarvikivi, O. Lyytikáinen, D.R. Soil, C. Pujol, M.A. Pfaller, M. Richardson, P. Koukila-Káhkolá, P. Luukkainen, H. Saxén // Clin Microbiol. - 2005. - Vol. 43,N6.-P. 2729-35.

172. Lupetti, A. Horizontal transmission of Candida parapsilosis candidemia in a neonatal intensive care unit / A. Lupetti, A. Tavanti, P. Davini, E. Ghelardi, V. Corsini, I. Merusi, A. Boldrini, M. Campa, and S. Senesi. // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 40. - P. 2363 - 69.

173. National nosocomial infections surveillance system. National nosocomial infections surveillance (NNIS) system report, data summary from January 1992 through June 2004 // Am J Infect Control. - 2004. - Vol. 32, N 8. - P. 470 - 85.

174. Hof, H. Differentiation of Candida dubliniensis from Candida albicans by means of MALDI-TOF mass spectrometry / H. Hof, U. Eigner, T. Maier, P. Staib // Clin. Lab. - 2012. - Vol. 58. - P. 927 - 31.

175. Da Silva Ruiz, L. Outbreak of fungemia caused by Candida parapsilosis in a neonatal intensive care unit: molecular investigation through microsatellite analysis / L. Da Silva Ruiz, A.C. Montelli, M.D. Sugizaki, E. Gonsalves Da Silva, G.C. Matuura De Batista, D. Moreira, C. Rodrigues Paula // Rev Iberoam Micol. - 2013. - Vol. 30, N 2. - P. 112 - 15.

176. Center, K.J. Decreased vancomycin susceptibility of coagulase-negative staphylococci in a neonatal intensive care unit: evidence of spread of Staphylococcus warneri / K.J. Center, A.C. Reboli, R. Hubler, G.L. Rodgers, S.S. Long // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41. - P. 4660 - 65.

177. Lepainteur, M. Phenotypic and genotypic characterization of coagulase negative Staphylococcus bacteremic isolates from infected very low birht neonatates: antibiotic and antiseptic subseptibility, biofilm prodaction and

clonalityposter / M. Lepainteur, J.W. Decousser, G. Royer, O. Romaim // Programme and Abstract 22rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) - London, 2012. - Abstract # P 1153.

178. Zhou, X. Characterization of vaginal microbial communities in adult healthy women using cultivation-independent methods / X. Zhou, SJ. Bent, M.G. Schneider, C.C. Davis, M.R. Islam, L.J. Forney // Microbiology. - 2004. -Vol. 150, N8.-P. 2565-73.

179. Методические рекомендации для врачей «Фемофлор». Исследование биоценоза урогенитального тракта у женщин репродуктивного возраста методом ПЦР с детекцией результатов в режиме реального времени. - М.: ДНК-технология, 2009. - 44 с.

180. Липова, Е.В. Урогенитальные инфекции, обусловленные условно -патогенной биотой у женщин репродуктивного возраста (Клинико -лабораторная диагностика): учебное пособие / Е.В. Липова, М.Н. Болдырева, Д.Ю. Трофимов, Ю.Г. Витвицкая - Москва: ГОУ ДПО РМАПО Мин. здрав, и соц. развития РФ , 2009. - 46 с.

181. Brown, C.J. Preliminary characterization of the normal microbiota of the human vulva using cultivation - independent methods / C.J. Brown, M. Wong, C.C. Davis, A. Kanti, X. Zhou, L.J. Forney // Journal of Medical Microbiology. - 2007. - Vol. 56, N 2. - P. 271 - 76.

182. Pol, A.C. Diagnostic value of real-time polymerase chain reaction to detect viruses in young children admitted to the pediatric intensive care unit with lower respiratory tract infection / A.C. Pol, T.F.W. Wolfs, J.W.A. Rossen, et al. // Critical Care. - 2006. - Vol. 10, N 2. - P. 1 - 7.

183. Venkatesh, M. Molecular microbiological methods in the diagnosis of neonatal sepsis / M. Venkatesh, A. Flores, R. Ann Luna, J. Versalovic // Expert Rev Anti Infect Ther. - 2010. - Vol. 8, N 9. - P. 1037 - 48.

184. Maes, N. Evaluation of a triplex PCR assay to discriminate Staphylococcus aureus from coagulase-negative Staphylococci and determine

methicillin resistance from blood cultures / N. Maes, J. Magdalena, S. Rottiers, G.Y. De, M.J. Struelens // J Clin Microbiol. - 2002. - Vol. 40. - P. 1514 - 17.

185. Чек, У. Долгий путь в клинические лаборатории тестов, основанных на определении нуклеиновых кислот / У. Чек // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2002. - №2. - С. 96 — 103.

186. Точилина, А.Г. Индикация и идентификация бактерий рода Lactobacillus с использованием полимеразной цепной реакции / А.Г. Точилина, Н.А. Новикова, К.Я. Соколова, И.В. Соловьева, И.В. Белова, Т.П. Иванова // Журнал микробиология, эпидемиология и иммунобиологии. - 2008. - №3. -. С. 69 — 73.

187. Точилина, А.Г. Биохимическая и молекулярно-генетическая идентификация бактерий рода Lactobacillus: автореф. дис. ... канд. биол.наук: 03.00.07; 03.00.04 / Точилина Анна Георгиевна. - Нижний Новгород, 2009. - 25 с.

188. Brolazo, Е. М. Correlation between API 50 СН and multiplex polymerase chain reaction for the identification of vaginal lactobacilli in isolates Source / E.M. Brolazo, D.S. Leite, M.R. Tiba et al. // Brazilian Journal of Microbiology. - 2011. - Vol. 42, pt. 1. - P. 225 - 32.

189. Zhou, X. Differences in the composition of vaginal microbial communities found in healthy Caucasian and black women / X. Zhou, C.J. Brown, Z. Abdo, C.C. Davis, M.A. Hansmann, P. Joyce, J.A. Foster, L.J. Forney // ISME J. -2004.-Vol. l.-P. 121-33.

190. Sogin, M.L. Microbial diversity in the deep sea and the underexplored "rare biosphere" Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America / M.L. Sogin, H.G. Morrison, J.A. Huber, et al. -2006. - Vol. 103, N32.-P. 12115-20.

191. Tarnberg, M. Identification of randomly selected colonies of lactobacilli from normal vaginal fluid by pyrosequencing of the 16S rDNA variable VI and

V3 regions / M. Tarnberg, T. Jakobsson, J. Jonasson, U. Forsum // APMIS. -2002. - Vol. 110, N 11. - P. 802 - 10.

192. De Backer, E. Quantitative determination by real-time PCR of four vaginal Lactobacillus species, Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae indicates an inverse relationship between L.gasseri and L.iners / E. De Backer, R. Verhelst, H. Verstraelen, M.A. Alqumber, J.P. Burton, J.R. Tagg, M. Temmerman, M. Vaneechoutte // BMC Microbiol. - 2007. - Vol. 7. - P. 115.

193. Cauci, S. Prevalence of bacterial vaginosis and vaginal flora changes in peri- and postmenopausal women / S. Cauci, S. Driussi, D. De Santo, P. Penacchioni, T. Iannicelli, P. Lanzafame, F. De Seta, F. Quadrifoglio, D. de Aloysio, and S. Guaschino // J Clin Microbiol. - 2002. - Vol. 40. - P. 2147 -52.

. 194. Shane, A.L. Recent developments and current issues in the epidemiology, diagnosis, and management of bacterial and fungal neonatal sepsis / A.L. Shane, B.J. Stoll // Am J Perinatal. - 2013. - Vol. 30, N2. - P. 131 -41.

195. Lehmann, L.E. A multiplex real-time PCR assay for rapid detection and differentiation of 25 bacterial and fungal pathogens from whole blood samples / L.E. Lehmann, K.P. Hunfeld, T. Emrich, G. Haberhausen, H. Wissing, et al. // Med Microbiol Immunol. - 2008. - Vol. 197.-P. 313-24.

196. Kok, J. Identification of bacteria in blood culture broths using matrixassisted laser desorption-ionization Sepsityper and time of flight mass spectrometry / J. Kok, L.C. Thomas, T. Olma, S.C.A. Chen, J.R. Iredell // PlosOne-2011.- Vol. 6.-e.23285.

197. Lucignano, B. Multiplex PCR allows rapid and accurate diagnosis of bloodstream infections in newborns and children with suspected sepsis / B. Lucignano, S. Ranno, O. Liesenfeld, B. Pizzorno, L. Putignani, P. Bernaschi, D. Menichell // Journal of Clinical Microbiology.- 2011. - Vol. 49, N 6. - P. 2252 -58.

198. Sherertz, R.J. Outbreak of Candida bloodstream infections associated with

retrograde medication administration in a neonatal intensive care unit / R.J. Sherertz, K.S. Gledhill, K.D. Hampton, M.A. Pfaller, L.B. Givner, J.S. Abramson, R.G. Dillard // J. Pediatr. - 1992. - Vol. 120. - P. 455 -61.

199. Venkatesh, M. Molecular microbiological methods in the diagnosis of neonatal sepsis. / M. Venkatesh, A. Flores, R.A. Luna, J. Versalovic // Expert Rev. Anti Infect. - 2010. - Vol. 8, N 9. - P. 1037 - 48.

200. Mencacci, A. Comparison of conventional culture with SeptiFast real-time PCR for microbial pathogen detection in clinical specimens other than blood / A. Mencacci, C. Leli, A. Cardaccia, P. Montagna, A. Moretti, C. Bietolini et al. // Journal of Medical Microbiology. - 2011. - Vol. 60. - P. 1774 -78.

201. Лебедев, A.T. Основы масс-спектрометрии белков и пептидов / А.Т. Лебедев, К.А. Артеменко, Т.Ю. Самгина // М.: Техносфера, - 2012. - 176с.

202. Beuhler, R.J. Proton transfer mass spectrometry of peptides. A rapid heating technique for underivatized peptides containing arginine / R.J. Beuhler, E. Flanigan, L.J. Greene, Friedman // J Am Chem Soc. - 1974. - Vol. 96. - P. 3990-99.

203. Fenselau, C. Identification of bacteria using mass spectrometry / J.P. Anhalt, C. Fenselau // Anal Chem. - 1975. - Vol. 47. - P. 219 - 25.

204. Fenselau, C. Characterization of intact microorganisms by MALDI mass spectrometry / C. Fenselau, P.A. Demirev // Mass Spectrom Rev. - 2001. - Vol. 20, N4.-P. 157-71.

205. Hillenkamp, F. Mass spectrometry of peptides and proteins by matrixassisted ultraviolet laser desorption/ionization / F. Hillenkamp, M. Karas // Methods Enzymol. - 1990. - Vol. 193. - P. 280 -95.

206. Theel, E.S. Formic acid-based direct, on-plate testing of yeast and Corynebacterium species by Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / E.S. Theel, B.H. Schmitt, L. Hall, S.A. Cunningham, R.C. Walchak, R. Patel, N.L. Wengenack // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 3093 - 95.

207. Методические указания для работы на приборах серии flex компании Bruker Daltonics (прямое белковое профилирование). - 2010.

208. Bruker Daltonic MALDI Biotyper user manual, version 20 SRI. - 2008.

209. Afonso, C. Use of bioactive glass slides for matrix-assisted laser desorption/ionization analysis: application to microorganisms / Afonso C., Fenselau C. // Anal Chem. - 2003. - Vol. 75. - P. 694 - 97.

210. Madonna, A.J. Detection of Escherichia coli using immunomagnetic separation and bacteriophage amplification coupled with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry / A.J. Madonna, S. Van Cuyk, K.J. Voorhees // Rapid Commun Mass Spectrom. - 2003. - Vol. 17. - P. 257-63.

211. Shah, H.N. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and proteomics: a new era in anaerobic microbiology / H.N. Shah, C.J. Keys, O. Schmid, S.E. Gharbia // Oxford Journals. - Medicine. - Clinical infection diseases. - 2002. - Vol. 35, N 1. - P. 558 - 64.

212. Vaidyanathan, S. Discrimination of aerobic endospore-forming bacteria via electrospray-ionization mass spectrometry of whole cell suspensions / S. Vaidyanathan, J.J. Rowland, D.B. Kell, R. Goodacre // Anal.Chem. - 2001. -Vol. 73.-P. 4134-44.

213. Ishida, Y. Complementary analysis of lipids in whole bacteria cells by thermally assisted hydrolysis and methylation -GC and MALDI-MS combined with on-probe sample pretreatment / Y. Ishida, K. Kitagawa, A. Nakayama, H. Ohtani // J. Anal. Appl. Pyrolysis. - 2006. - Vol. 77. - P. 116 - 20.

214. Lancashire, L. Classification of bacterial species from proteomic data using combinatorial approaches incorporating artificial neural networks, cluster analysis and principal components analysis / L. Lancashire, O. Schmid, H. Shah, G. Ball// Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21, N10. - P. 2191 - 99.

215. Schmid, O. New approaches to identification of bacterial pathogens by surface enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry in

concert with artificial neural networks, with special reference to Neisseria gonorrhoeae / O. Schmid, G Ball, L. Lancashire, R. Culak, H. Shan // J Med Microbiol. - 2005. - Vol. 54, N12. - P. 1205 - 11.

216. Alatoom, A. Comparison of direct colony method versus extraction method for identification of gram-positive cocci by use of Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / A. Alatoom, S.A. Cunningham, S.M. Ihde, J. Mandrekar, R. Patel // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N8. - P. 868 - 73.

217. TeKippe, M.E. Optimizing identification of clinically relevant grampositive organisms by use of the Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system / M.E. TeKippe, S. Shuey, D.W. Winkler, M.A. Butler, C-AD. Burnham // J. Clin. Microbiol. -2013. - Vol. 51. - P. 1421-27.

218. Кубанова, А.А. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae / А.А. Кубанова, В.М. Говорун, Е.Н. Ильина, В.А. Верещагин, Н.В. Фриго, Т.В. Припутневич // Вестник дерматологии и венерологии. - 2006. - №5. - С.25 -29.

219. Ilina, E.N. Direct bacterial profiling by matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry for identification of pathogenic Neisseria / E.N. Ilina, A.D. Borovskaya, M.M. Malakhova, V.A. Vereshchagin, A.A. Kubanova et al. // J Mol Diagn. - 2009. - Vol. 11, N 1. - P. 75-86.

220. Saffert, R.T. Comparison of Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometer to BD Phoenix automated microbiology system for identification of gram-negative bacilli / R.T. Saffert, S.A. Cunningham, S.M. Ihde, K.E. Jobe, J. Mandrekar, R. Patel // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N3. - P. 887 - 92.

221. Ford, B.A. Optimization of routine identification of clinically relevant

gram-negative bacteria by use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and the Bruker Biotyper / B.A. Ford, C.A. Burnham // J Clin Microbiol. - 2013. - Vol. 51, N5. - P. 1412 - 20.

222. Degand, N. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of nonfermenting gram- patients / N. Degand,E. Carbonnelle, B. Dauphin, J.L. Beretti, M.L. Bourgeois, et al. // J Clin Microbiol. - 2008. - Vol. 46, N10. - P. 3361 - 67.

223. Rupf, S. Differentiation of mutans streptococci by intact cell matrixassisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry / S. Rupf, K. Breitung, W. Schellenberger, K. Merte, S. Kneist, K. Eschrich // Oral Microbiol. Immunol. - 2005. - Vol. 20. - P. 267 - 73.

224. Barbuddhe, S.B. Rapid identification and typing of Listeria species by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / S.B. Barbuddhe, T. Maier, G. Schwarz, M. Kostrzewa, H. Hof, E. Domann, T. Chakraborty, T. Hain // Appl Environ Microbiol. - 2008. - Vol. 74, N 17. - P. 5402-07.

225. Friedrichs, C. Rapid identification of viridans streptococci by mass spectrometric discrimination / C. Friedrichs, A.C. Rodloff, G.S. Chhatwal, W. Schellenberger, K. Eschrich // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45. - P. 2392 -97.

226. Wessels, E. Evaluation of several biochemical and molecular techniques for identification of Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pseudopneumoniae and their detection in respiratory samples / E. Wessels, J.J.G. Schelfaut, A.T. Bernards, E.C.J. Claas // J Clin Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N4.-P. 1171-77.

227. Ikryannikova, L.N. Discrimination between Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis based on sorting of their MALDI mass spectra / A. Filimonova, M. Malakhova, T. Savinova, O. Filimonova, E. Ilina, V. Dubovickaya, S. Sidorenko, V. Govorun // CMI. - 2013. - Vol. 19, N 11. - P.

1066-71.

228. Боровская, А.Д. Дифференцировка а-гемолитических стрептококком прямым масс-спектрометрическим проилированием / А.Д. Боровская, Е.Н. Ильина, Т.А. Савинова, С.В. Сидоренко, С.А. Грудинина, В.М. Говорун // Биоорганическая химия. - 2011. — Т.37. - №1. - 61 - 70.

229. Dubois, D. Identification of a variety of Staphylococcus species by matrixassisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry /D. Dubois, D. Leyssene, J.P. Chacornac, M. Kostrzewa et al. // J Clin Microbiol. - 2010. -Vol. 48, N3.-P. 941 -45.

230. Werno, A.M. Differentiation of Streptococcus pneumoniae from nonpneumococcal streptococci of the Streptococcus mitis group by matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / A.M. Werno, M. Christner, T.P. Anderson, D.R. Murdoch // J Clin Microbiol. - 2012. -Vol. 50, N9.-P. 2863-67.

231. Bochud, P.Y. Bacteremia due to viridans streptococci in neutropenic patients: a review / P.Y. Bochud, T. Calandra, P. Francioli // Am. J. Med. -1994.-Vol. 97.-P. 256-64.

232. Dubois, D. Identification of clinical Streptococcus pneumoniae isolates among other alpha and nonhemolytic streptococci by use of the Vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system / D. Dubois, C. Segonds, M.F. Prere, N. Marty, E. Oswald // J Clin Microbiol. -2013. - Vol. 51, N 6. - P. 1861 - 67.

233. Paim, S. MALDI-TOF-MS performance to identify gram-positive cocci clinical isolates in Porto Alegre/ RS, Brazil / T.G.S. Paim, K.C. Reter, C.F. Oliveira, P.A. dAzevedo // J.of Infection Control. - 2013. - Vol. 2, N 2. - P. 112-16.

234. Dupont, C. Identification of clinical coagulase-negative staphylococci, isolated in microbiology laboratories, by matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry and two automated

systems / C. Dupont, V. Sivadon-Tardy, E. Bille, B. Dauphin, J.L. Beretti, A.S. Alvarez, N. Degand, A. Ferroni, M. Rottman, J.L. Herrmann, X. Nassif, E. Ronco, E. Carbonnelle // Clin. Microbiol. Infect. - 2010. - Vol. 16. - P. 998 -1004.

235. Carpaij, N. Comparison of the identification of coagulase-negative staphylococci by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry and tuf sequencing / N. Carpaij, R.J. Willems, M.J. Bonten, A.C. Fluit // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2010. - Vol. 30. - P. 1169 - 72.

236. Loonen, A.J.M. Comparative study using phenotypic, genotypic, and proteomics methods for identification of Coagulase-Negative Staphylococci / A.J.M. Loonen, A.R. Jansz, J.N.B. Bergland, M. Valkenburg, P.F.G. Wolffs, A.J.C. van den Brule // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 1437 - 39.

237. Sava, I.G. Pathogenesis and immunity in enterococcal infections / I.G. Sava, E. Heikens, Huebner // J.Clin. Microbiol. Infect. - 2010. - Vol. 16. - P. 533-40.

238. Taucer-Kapteijn, M. Comparison between Rapid ID 32 Strep system, matrix assisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry and 16S rRNA gene sequence analysis for the species identification of Enterococcus spp. isolated from water / M. Taucer-Kapteijn, G. Medema, W. Hoogenboezem // Water Science & Technology: Water Supply In Press, Uncorrected Proof © IWA Publishing, 2013.

239. Reynaud Geijersstam, A. Comparative analysis of virulence determinants and mass spectral profiles of finnish and Lithuanian endodontic Enterococcus faecalis isolates / A. Reynaud af Geijersstam, R. Culak, L. Molenaar, M. Chattaway, E. Roslie, V. Peciuliene, M. Haapasalo, H.N. Shah // Oral Microbiol. Immunol. - 2007. - Vol. 22. - P. 87 - 94.

240. Giebel, R.A. Characterization of environmental isolates of Enterococcus spp. by matrix-assisted laser desorption/ ionization time-of-flight mass spectrometry / R.A. Giebel, W. Fredenberg, T.R. Sandrin // Water Res. - 2008.

-Vol. 42.-P. 931 -40.

241. Fang, H. Evaluation of species specific PCR, Bruker MS, VITEK MS and the VITEK 2 system for the identification of clinical Enterococcus isolates // H. Fang, A.K. Ohlsson, M. Ulberg, V. Ozenci // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 31. - P. 3073 - 77.

242. Schmitt, B.H. Identification of anaerobic bacteria by Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass-spectrometry with on-plate formic acid preparation / B.H. Schmitt, A.L. Dailey, D.R. Gustafson, R. Patel // CMI. - 2013. - Vol. 51, N 3. - P. 782-86.

243. Coltella, L. Advancement in the routine identification of anaerobic bacteria by MALDI-TOF mass-spectrometry / L. Coltella, L. Mancinelli, M. Onori, B. Lucignano, D. Menichella, R. Sorge, M. Raponi, R. Mancini, C. Russo // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. - 2013. - Vol. 32, N 9. - P. 1183-92.

244. Nagy, E. Species identification of clinical isolates of bacteroides by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) / E. Nagy, G. Maier, E. Urban, T. Terhes, M. Kostrzewa // Clin. Microbiol. Infect. - 2009. - Vol. 15. - P. 796 - 802.

245. Nagy, E. The value of MALDI-TOF-MS for the identification of clinically relevant anaerobic bacteria in routine laboratories / E. Nagy, S. Becker, M. Kostrzewa, N. Barta, E. Urban // J. Med. Microbiol. - 2012. - Vol. 61. - P. 1393- 1400.

246. Анкирская, A.C. Видовой состав лактобацилл, выделенных из отделяемого влагалища беременных женщин при различных состояниях вагинального микроценоза / А.С Анкирская., Т.В. Припутневич, А.Р. Мелкумян, В.В. Муравьева, М.Г. Завьялова, JI.A. Любасовская, М.К. Меджидова // Материалы VI Международного конгресса по репродуктивной медицине. Проблемы репродукции — Москва, 2012. -С.27.

247. Ilina, Е. Species identification and investigation of variability of

Lactobacilli by MALDI-TOF MS profiling / E. Ilina, A. Borovskaya, V. Govorun, A. Letarov, A. Isaeva, T. Maier, M. Kostrzewa // The American Society for Microbiology 109th General Meeting in Philadelphia, Pennsylvania. - 2009. - Abstracts. C-107/165.

248. Callaway, A. Identification of Lactobacilli from deep carious lesions by means of species-specific PCR and MALDI-TOF mass-spectrometry / A. Callaway, M. Kostrzewa, B. Willershausen, F. Schmidt, B. Thiede, H. Kupper, S. Kneist // Clin Lab. - 2013. - Vol. 59, N 11-12. - P. 1373- 79.

249. Sherburn, R. A novel and rapid approach to yeast differentiation using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry / R.E. Sherburn, R.O. Jenkins // Spectroscopy. - 2003. - Vol. 17. - P. 31- 38.

250. Pinto, A. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry identification of yeasts is contingent on robust reference spectra / A. Pinto, C. Halliday, M. Zahra, S. van Hal, T. Olma, K. Maszewska, J.R. Iredell, W. Meyer, S.C. Chen // PLoS. - 2011. - Vol. 6, N 10. - e 25712.

251. Santos, C. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight intact cell mass spectrometry to detect emerging pathogenic Candida species / C. Santos, N. Lima, P. Sampaio, C. Pais // Diagnostic Microbiology and Infection Disease. - 2011. - Vol. 71. - P. 304 - 308.

252. Фоменко, H.B. Разнообразие видов микроскопических грибов, выявленных в урогенитальном тракте женщин / Н.В. Фоменко, М.К. Иванов // Справочник заведующего КДЛ. - 2012. - №3. - С. 45 - 52.

253. Marklein, G. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for fast and reliable identification of clinical yeast isolates / G. Marklein, M. Josten, U. Klanke, E. Muller, R. Horre, T. Wenzel, M. Kostrzewa, G. Bierbaum, A. Hoerauf, H. Sahl // J Clin Microbiol. - 2009. -Vol. 47.-P. 2912-17.

254. Bader, O. Improved clinical laboratory identification of human pathogenic yeasts by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass

spectrometry / О. Bader, M. Weig, L. Taverne-Ghadwal, R. Lugert, U. Gross, M.Kuhns//Clin Microbiol Infect.-2011.-Vol. 17.-P. 1359-65.

255. Cheng, J.W.S. Modified protocol for yeast identification using matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / J.W.S. Cheng, Y.E. Tang, R. Jureen, R.T.P. Lin, J.W.P. Teo // AMJR. - 2013. - Vol. 1, N4. - P. 71-73.

256. Sendid, B. Evaluation of MALDI-TOF mass spectrometry for the identification of medically-important yeasts in the clinical laboratories of Dijon and Lille hospitals / B. Sendid, P. Ducoroy, N. Francois, G. Lucchi, S. Spinali, O. Vagner, S. Damies, A. Bonnin, D. Poulain, F. Dalle // Med Mycol. - 2013. -Vol. 51, N1.-P. 25-32.

257. van Veen, S.Q. High-throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories / S.Q. van Veen, E.C. Claas, Ed.J. Kuijper // J Clin Microbiol. - 2010. - Vol. 48, N 3. - P. 900 - 907.

258. Camerer, A. Evaluation of quantitative antibiotic susceptibility testing by Vitek 2 as a routine method to predict strain relatedness of Coagulase-Negative Staphylococci isolated from blood cultures / A. Camerer, A. Kohlenberg, D. Stefanik, H. Seifert // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N 9. - P. 3355 - 57.

259. Hrabâk, J. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry for detection of antibiotic resistance mechanisms: from research to routine diagnosis / J. Hrabâk, E. Chudâckovâ, R. Walkovâ // Clin. Microbiol. - 2013. - Vol. 26, N 1. - P. 103 - 14.

260. Van den Hoogen, A. Long-term trends in the epidemiology of neonatal sepsis and antibiotic susceptibility of causative agents / A. Van den Hoogen, L.J. Gerards, M.A. Verboon-Maciolek, A. Fleer, T.G. Krediet // Neonatology. -2010. - Vol. 97, N 1. - P. 22 - 28.

261. Методические указания 4.2.1890 - 04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: Методические

указания. - М.: Федеральный центр Госсанэпиднадзора Минздрава России, 2004.-91 с.

262. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; eighteenth informational supplement // CLSI Document M100-S18. - 2008.

263. Clerc, O. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry and PCR-based rapid diagnosis of Staphylococcus aureus bacteremia / O. Clerc, G. Prod'hom, L. Senn, K. Jaton, G. Zanetti, T. Calandra, G. Greub // Clinical Microbiology and Infection. - 2014. - Vol. 20, N 4. P. 355 -60.

264. Воронина O.JI. Разработка схемы мультилокусного секвенирования Staphylococcus haemolyticus и ее применение для молекулярно-эпидемиологического анализа штаммов, выделенных в стационарах Российской Федерации в 2009 - 2010гг. / O.JI. Воронина, М.С. Кунда, О.А. Дмитренко, В.Г. Лунин, А.Л. Гинцбург // Микробиология. - 2011. - №5. -С. 62-67.

265. Tannette, G. Molecular epidemiology of Coagulase-Negative Staphylococci causing sepsis in a neonatal intensive care unit over an 11-Year period / G.Tannette Krediet, M. Ellen Mascini, Ellen van Rooij et al. // Journal of Clinical Microbiology. - 2004. - Vol. 42, N 3. - P. 992 - 95.

266. Tresoldi, A.T. Enterobacter cloacae sepsis outbreak in a newborn unit caused by contaminated total parenteral nutrition solution / A.T. Tresoldi et al. // Am J Infect Control. - 2000. - Vol. 28, N 3. - P. 258 - 61.

267. Уляшова, M.M. ДНК-микрочипы на пористых мембранных носителях с колориметрической детекцией / М.М. Уляшова, Ю.Ю. Рябова, М.Ю. Рубцова, A.M. Егоров // Вестник московского университета. Химия. -2010. - Т. 51, № 3. - С. 235 - 40.

268. Овчинников, Л.П. Успехи биологической химии / под редакцией Л.П. Овчинникова // М.:Геос, - 2010. - 522с.

269. Griffin, P.M. Use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of

flight mass spectrometry to identify vancomycin-resistant enterococci and investigate the epidemiology of an outbreak / P.M. Griffin, G.R. Price, J.M. Schooneveldt, S. Schlebusch, M.H. Tilse, T. Urbanski, B. Hamilton, D. Venter // J of Clinical Microbiology. - 2012. - Vol. 50, N 9. - P. 2918 - 31.

270. Jung, J. Evaluation of MALDI-TOF-MS for rapid detection of p-lactam resistance in Enterobacteriaceae derived from blood cultures / C. Popp, K. Sparbier, C. Lange, M. Kostrzewa, S. Schubert // J Clin Microbiol. - 2014. -Vol. 52, N3.-P. 924-30.

271. Camara J. Discrimination between wild-type and ampicillin-resistant Escherichia coli by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. / J.E. Camara, F.A. Hays // Anal Bioanal Chem. - 2007. -Vol. 389, N5.-P. 1633-38.

272. Hrabak, J. Carbapenemase activity detection by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / J. Hrabak, R. Walkova, V. Studentova, E. Chudackova, T. Bergerova // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol. 49,N9.-P. 3222-27.

273. Hrabak, J. Detection of NDM-1, VIM-1, KPC, OXA-48, and OXA-162 carbapenemases by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / V. Studentova, R. Walkova, H. Zemlickova, V. Jakubu, E. Chudackova, M. Gniadkowski et al. // J of Clinical Microbiology. - 2012. -Vol. 50,N7.-P. 2441 -43.

274. Burckhardt, I. Using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry to detect carbapenem resistance within 1 to 2.5 hours / I. Burckhardt, S. Zimmermann // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol. 49. - P. 3321 -24.

275. Hernandez, L. Prevence of urinary tract infections in neonatates / L. Hernandez, J. Diaz de Tuestra, J. Sanchez, R. Cisterna // Programme and Abstract 20rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) - Vienna, Austria, - 10-13 April 2010. - Abstract #

i

t

R2381.

276. Hessdoerfer, E. Is a dipstick test sufficient to exclude urinary tract infection in women with overactive bladder / E. Hessdoerfer, K. Jundt, U. Peschers // International Journal of Urogynecology. - 2011. - Vol. 22. - P. 229 -32.

277. Ferreira, L. Direct identification of urinary tract pathogens from urine samples by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / L. Ferreira, F. Sanchez-Juanes, M. Gonzalez-Avila, D. Cembrero-Fucinos // J Clin Microbiol. - 2010. - Vol. 48, N 6. - P. 2110 -2115.

278. Wang, J. Evaluation of the Sysmex UF-lOOOi for the diagnosis of urinary Tract / J. Wang, Y. Zhang, Dong Wen Xu, Wei Jun Shao, Yuan Lu // Infection American Journal of Clinical Pathology. - 2010. - Vol. 133. - P. 577 - 82.

279. Maarten, A. Screening for Urinary Tract Infection with the Sysmex UF-lOOOi Urine Flow Cytometer / A. Maarten, C. Broeren, S. Bahceci, L. Huib, L. Niek et al. // Journal Clinical Microbiology. - 2011. - Vol. 49, N 3. - P. 1025 -29.

280. Маянский, H.A. Скрининг бактериурии у детей с помошью автоматизированной проточной цитометрии на анализаторе Sysmex UF-1000i / H.A. Маянский, О.В. Мотузова, А.Н. Калакуцкая, E.JI. Семикина, JI.K. Катосова // Вопросы диагностики в педиатрии. - 2011. - Т. 3, №3. -С. 12-16.

281. Wang, X.N. Direct identification of bacteria causing urinary tract infections by combining matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry with UF-lOOOi urine flow cytometry / X.H. Wang, G. Zhang, Y.Y. Fan, X. Yang, W.J. Sui, X.X. Lu // J Microbiol Methods. - 2013. -Vol. 92, N3.-P. 231 -35.

282. Schwarz, G. Rapid identification of bacteria causing urinary tract infections by MALDI-TOF / G. Schwarz, T. Maier, M. Kostrzewa, C. Boogen,

U. Weller // Abstract of the 48th Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC) and the 46th Infectious Diseases Society of America (IDSA) - Washington, - 25-26 October 2008. - Abstract # D -4025.

283. Borovskaya, A. Bacterial species identification directly from urine samples by MALDI-TOF-MS fingerprinting / A. Borovskaya, E. Ilina, V. Govorun, O. Morozova, J. Ditmarova, A. Kruglov, T. Maier, M. Kostrzewa // Programme and Abstract 19-th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) - Helsinki, Finland, - 16-19 May 2009. -Abstract # P 1065.

284. Kohling, H.L. Direct identification of bacteria in urine samples by matrixassisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and relevance of defensins as interfering factors / A. Bittner, K.-D. Muller, J. Buer, M. Becker, H. Rubben, A.W. Rettenmeier, F. Mosel // J Med Microbiol. -2012. - Vol. 61, N 3. - P. 339 - 44.

285. Chen, J.H.K. Direct bacterial identification in positive blood cultures using two commercial MALDI-TOF mass-spectrometry systems /J.H.K. Chen, P.-L. Ho, G.S.W. Kwan, K.K.K. She, G.K.H. Siu, V.C.C. Cheng, K.-Y. Yuen, W.-C. Yam // J Clin Microbiol. - 2013. - Vol. 51, N 6. - P. 1733 - 39.

286. La Scola, B. Direct identification of bacteria in positive blood culture bottles by matrix-assisted laser desorption ionisation time-of-flight mass spectrometry / B. La Scola, D. Raoult // Plos One. - 2009. - Vol. 4, N 11. -e8041.

287. Klein, S. Integration of matrix-assisted laser desorption/ionization time-offlight mass spectrometry in blood culture diagnostics: a fast and effective approach / S. Klein, S. Zimmermann, C. Kohler, A. Mischnik et al // J Med Microbiol. - 2012. - Vol. 61, N 3. - P. 323 - 31.

288. Szabados, F. The sensitivity of direct identification from positive BacT/ALERT (BioMerieux) blood culture bottles by matrix-assisted laser

desorption ionization time-of-flight mass spectrometry is low / F. Szabados, M. Michels, M. Kaase, S. Gatermann // Clin Microbiol Infect. - 2011. - Vol. 17. -P. 192-95.

289. Loonen, A.J.M. An evaluation of three processing methods and the effect of reduced culture times for faster direct identification of pathogens from BacT/ALERT blood cultures by MALDI-TOF-MS / A.J.M. Loonen, A.R. Jansz, J. Stalpers, P.F.G. Wolffs, A.J.C. Van den Brule // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. -2012. - Vol. 31, N 7. - P. 1575 - 83.

290. La Scola, B. Burden of emerging anaerobes in the MALDI-TOF and 16S rRNA gene sequencing era / B. La Scola, P-E. Fournier, D. Raoult // Anaerobe. -2011.-Vol. 17.-P. 106-12.

291. Stevenson, L.G. Rapid identification of bacteria in positive blood culture broths by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / L.G. Stevenson, S.K. Drake, P.R. Murray // J Clin Microbiol. -2010.-Vol. 48.-P. 444-47.

292. Moussaoui, W. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry identifies 90% of bacteria directly from blood culture vials / W. Moussaoui, B. Jaulhac, A. M. Hoffmann, B. Ludes, M. Kostrzewa, P. Riegel//Clin Microbiol Infect.-2010.-Vol. 16.-P. 1631 -38.

293. Emonet, S. Application and use of various mass spectrometry methods in clinical microbiology / S. Emonet, H.N. Shah, A. Cherkaoui, J. Schrenzel // Clinical Microbiology and Infection. - 2010. - Vol. 16, N 11. - P. 1604 - 13.

294. Маянский H.A. MALDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории / Н.А. Маянский, А.Н. Калакуцкая, О.В. Мотузова, Г.Г. Ломинадзе и др. // Лабораторная диагностика в педиатрии. - 2011. - ТЗ, - №5. - С. 20 - 25.

295. Методические указания МУ 4.2.2039-05 «Техника сбора и транспортирования биоматериалов в микробиологические лаборатории» // Постановление Главного государственного санитарного врача РФ от

23.12.2005

296. Меньшиков В.В. Национальное руководство «Клиническая лабораторная аналитика» IV том / под редакцией В.В. Меньшикова // М.: Агат-Мед, - 2003. - 860с.

297. Анкирская А. С. «Интегральная оценка состояния микробиоты влагалища. Диагностика оппортунистических вагинитов» (медицинская технология) / А.С. Анкирская, В.В. Муравьева // М.: Б/И, - 2011.

298. Anderson, N. Effects of solid-medium type on routine identification of bacterial isolates by use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / N.W. Anderson, B.W. Buchan, K.M. Riebe, L.N. Parson, S. Gnacinski, N.A. Ledeboer // J Clin Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N 3.-P. 1631 -38.

299. Верещагин, B.A. Молекулярное типирование Neisseria gonorrhoeae: автореф. дис.... канд. биол. наук: 03.00.04; 03.00.03 / Верещагин Владимир Александрович. - М., 2006. - 31 с.

300. Lagier, J.C. Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study / J.C. Lagier et ah II Clin Microbiol Infect. - 2012. - Vol.18. -P. 1185-93.