Создание геномной ВАС библиотеки Allium fistulosum L. и ее использование в молекулярно-цитогенетических исследованиях тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Киселева, Анна Витальевна

• Киселева, Анна Витальевна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Киселева, Анна Витальевна

ВВЕДЕНИЕ.....................................................6

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ...................................11

ЕЕ Конструирование библиотек бактериальных искусственных хромосом

(ВАС) растений..............................................11

Е1.1. Выделение высокомолекулярной ДНК......................13

Е1.2. Системы для клонирования больших фрагментов ДНК.......14

Е1.3. ВАС векторы...........................................15

1.1.4. Отбор рекомбинантных клонов..........................20

1.1.5. Скрининг ВАС библиотеки с ДНК зондами................21

1.2. Общая характеристика Л. /мТм/олм/и.....................22

ЕЗ-ГеномЛ./м/м/олмизЕ.......................................23

1. 4. Субтеломерный гетерохроматин..........................24

1.4.1. Структура и функция субтеломерного хроматина.........24

1.4.2. Особенности организации субтеломерного гетерохроматина у

луковых.....................................................27

1.5. Теломеры.............................................28

1.5.1. Структура и функция теломер..........................28

1.5.2. Особенности организации теломеры у луковых...........31

1.6. Молекулярная организация растительной центромеры.......34

1.6.1. Центромерный сателлитный повтор у растений...........34

1.6.2. Центромерные ретротранспозоны........................35

1.6.3. Организация центромерного региона у луковых..........40

3

1.7. ВАС библиотеки в геномных исследованиях и молекулярной цитогенентике.................................................41

ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ..................................45

2.1. Растительный материал....................................45

2.2. Конструирование ВАС библиотеки...........................45

2.2.1. Выделение высокомолекулярной ДНК.......................45

2.2.2. Запаивание ядер в агарозных слайсах....................46

2.2.3. Очистка высокомолекулярной ДНК в агарозных слайсах.....47

2.2.4. Определение оптимальных условий для частичной рестрикции.47

2.2.5. Отбор рестрицированных фрагментов для дальнейшего

клонирования....................................................47

2.2.6. Лигирование отобранной ДНК с вектором ВАС................48

2.2.7. Трансформация лигированной ДНК в клетки Е. со/z' DH10B

электропорацией...............................................49

2.3. Выделение геномной ДНК...................................49

2.4. Создание ДНК-зондов......................................50

2.4.1. Приготовление Cot-1 фракции ДНК........................50

2.4.2. Биоинформационный поиск в генетических базах данных....50

2.5. Скрининг ВАС библиотеки..................................50

2.5.1. Скрининг ВАС библиотеки с помощью полимеразной цепной

реакции.......................................................50

2.5.2. Скрининг ВАС библиотеки с помощью дот-блот гибридизации..51

2.6. Секвенирование ВАС клонов................................51

2.6.1. Концевое секвенирование................................51

4

2.6.2. Полное секвенирование...................................51

2.7. Анализ нуклеотидных последовательностей...................52

2.8. Выделение плазмидной ДНК..................................53

2.9. Приготовление препаратов митотических хромосом............53

2.10. Приготовление ДНК-пробы..................................53

2.11. Флуоресцентная ш з;'/м гибридизация (FISH)...............53

2.12. Микроскопия и анализ изображения.........................54

2.13. Кариотипирование.........................................55

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ..............56

3.1. Создание ВАС библиотеки Л. /мщ/озми?......................56

3.2. Скрининг ВАС библиотеки Л. Ум/м/озми? на субтеломерную

последовательность.............................................57

3.2.1. Концевое секвенирование и биоинформационный анализ ВАС

клонов, несущих субтеломерную последовательность...............59

3.2.2. FISH анализ ВАС клонов, несущих субтеломерную

последовательность.............................................60

3.3. Скрининг ВАС библиотеки Л. у?з^м/озм/77 на видоспецифичные

последовательности.............................................62

3.3.1. ВАС клон с видоспецифичной субтеломерной последовательностью64

3.3.1.1. ВАС-FISH клона 5.12.7.................................64

3.3.1.2. Секвенирование ВАС клона 5.12.7, сборка контигов,

аннотирование..................................................67

3.3.1.3. Поиск и геномная организация повторяющихся

последовательностей............................................71

3.3.2. ВАС клон с прицентромерной локализацией.................83

5

3.3.2.1. ВАС- FISH клона 5.10.7........................... 83

3.3.2.2. Секвенирование ВАС клона 5.10.7, сборка контигов,

аннотирование................................................86

3.3.2.3. Поиск и геномная организация повторяющихся

последовательностей..........................................88

3.4. Скрининг ВАС библиотеки Я. /мЩ/олшт? на центромерные

ретротрансопозоны............................................94

3.4.1. In silico поиск центромерных ретротранспозонов и получение ПЦР

продуктов ОТ Ty3/gypsy.....................................94

3.4.2. FISH с ДНК фрагментом ОТ ЦР Ty3/gypsy...............101

3.4.3. Результаты скрининга ВАС библиотеки на центромерные

ретротранспозоны...........................................102

3.4.4. ВАС-FISH клонов с центромерными ретротротранспозонами.103

ВЫВОДЫ....................................................105

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.................................................108

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ............................................110

СПИСОК ИЛЛЮСТРАТИВНОГО МАТЕРИАЛА...........................146

6

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание геномной ВАС библиотеки Allium fistulosum L. и ее использование в молекулярно-цитогенетических исследованиях»

ВВЕДЕНИЕ

В настоящее время библиотеки бактериальных искусственных хромосом (bacterial artificial chromosome ВАС) являются одним из ключевых инструментов анализа геномов. Особое значение создание ВАС библиотек имеет для видов с крупными геномами, так как с помощью ВАС векторов можно клонировать и стабильно сохранять последовательности ДНК больших размеров, до 300 т.п.н. (Tao, Zhang, 1998). ВАС система клонирования имеет ряд значительных преимуществ по сравнению с другими способами клонирования ДНК, а именно: высокая эффективность клонирования, небольшой размер вектора, простота выделения и очистки, высокая стабильность клеток и низкий уровень химеризма. ВАС библиотеки внесли ощутимый вклад в проекты по сиквенированию геномов.

Геном лука батуна L.) остается слабо изученными по

целому ряду причин, в числе которых: большой размер, высокая частота дупликаций и повышенная гетерозиготность. Близкородственный вид ^ZZz'M/и L. (лук репчатый) является одной из самых важных овощных культур в мире, второй после томатов (FAO, 2011). Геном лука репчатого активно изучается. В 2001 году группой японских ученых под руководством Suzuki была создана ВАС библиотека лука репчатого, покрывающая 30% генома (Suzuki et al., 2001). Сейчас на сервере международного центра биотехнологической информации (NCBI) находятся более 5 млн. нуклеотидных последовательностей лука репчатого. Геном А уА/м/озми? остается практически неизученным: в базе NCBI выложено лишь 871 нуклеотидная последовательность.

Размер генома А. на 28 % меньше генома лука репчатого

(Narayan, 1988), что делает его более удобным объектом исследования. Более того, существует вероятность получения ВАС клонов ZL с высоким

содержанием генов из-за их предполагаемой концентрации в проксимальном

7

регионе хромосом (Havey et al., 2006). Также Ц ум/м/одми? L. является источником хозяйственно-ценных генов в селекции лука репчатого, генофонд которого оказался довольно обеднённым более чем за 5000 лет его возделывания человеком (Jones, Mann, 1963). Я. уЬтм/одм/и обладает генами устойчивости к луковой листовой гнили (Currah, Maude, 1984), розовой корневой гнили (Netzer et al., 1985) и антракнозу (Galvan et al., 1997), а также к луковой мухе (de Ponti, Inggamer, 1984). Кроме того, лук батун отличается высоким содержанием сухого вещества, более острым вкусом и морозостойкостью, более ранним и более коротким цветением, большей привлекательностью соцветий для насекомых-опылителей (Van der Meer. Van Bennekom, 1978).

Конструирование ВАС библиотеки А /Ащ/олм/тз L. создает благопрятные условия для фундаментальных молекулярно-цитогенетических исследований луков. До сих пор остается неизвестной структура теломеры у луковых, в то время как для большинства растений последовательность теломеры хорошо известна (Sykorova et al., 2003с). В конце 2012 года японские ученые выявили центромерный повтор А/А/м/олм/и L. (Nagaki et.al., 2012а). Однако, исследовать его геномную организацию им не удалось. На важность изучения генома Л. /Ащ/олми? L. и создания геномной ВАС библиотеки указывает и тот факт, что в 2013 году был начат проект по секвенированию его генома университетом Миссури (USA) (^//zV/yz /z^/zz/o^zzw Genome sequencing).

Цели и задачи работы. Цель работы - создание и анализ ВАС клонов генома лука (^//zVw L.) как генетического ресурса для

молекулярно-цитогенетических исследований и практической селекции.

В соответствии с целью были поставлены следующие задачи.

1. Создать библиотеку ВАС клонов

2. Разработать и создать ДНК-зонды на основе известных нуклеотидных последовательностей луков в генетической базе данных NCBI.

8

3. Провести скрининг ВАС библиотеки с ДНК-зондами на:

- субтеломерный тандемный повтор;

- видоспецифичные последовательности - субтеломерные и центромерные;

- центромерные ретротранспозоны.

4. Провести FISH-ВАС картирование отобранных ВАС клонов на физической хромосоме.

5. Провести концевое секвенирование отобранных ВАС клонов.

6. Провести полное секвенирование ВАС клона, несущего видоспецифичный субтеломерный повтор.

7. Провести полное секвенирование ВАС клона с прицентромерной локализацией.

8. Провести биоинформатический анализ полученных нуклеотидных последовательностей.

9. Провести FISH картирование тандемных повторов и ретротранспозонов, входящих в состав последовательностей ДНК ВАС клонов, на физической хромосоме.

Научная новизна. Впервые сконструирована библиотека ВАС клонов /Ащ/озми?, на базе которой созданы молекулярно-цитогенетические маркеры на видоспецифичный субтеломерный повтор (АПТ23, 255 п.н.) и видо-хромосомоспецифичный прицентромерный повтор (AfiT32, 197 п.н.). Выделены ВАС клоны, несущие известный общий для луковых субтеломерный повтор и определена теломерно-центромерная ориентация ДНК-вставок. Выявлен в ВАС клоне 5.12.7 тандемный повтор AFT347 (75 п.н.), определены его копийность в геноме и диспергированная организация на физической хромосоме. Выявлено 7 ВАС клонов, несущих последовательность обратной транскриптазы ТуЗ/gypsy ретротранспозона, и впервые было доказано присутствие в центромерном регионе /мЩ/озыиз ТуЗ/gypsy ретротранспозонов. Проведен сравнительный анализ хромосомной

9

организации Ty3/gypsy ретротранспозонов у Л //.s^/o.sz/w и .4. серя, определена их копийность в геномах А се/?<я и Я. УмТм/озм/и.

Практическая значимость. Сконструированная ВАС библиотека, насчитывающая более 1000 клонов, является ценным генетическим материалом для секвенирования генома Я. уА/ы/олмтя, поиска последовательностей ценных генов, создания молекулярных маркеров для ускорения селекционного процесса и создания новых сортов с заданными свойствами. Созданы хромосом- и видоспецифичные молекулярноцитогенетические маркеры, которые могут быть использованы в селекционных программах для мониторинга интрогрессии генетического материала в межвидовых гибридах луковых и интегрирования генетических и физических карт Л./ЬТм/олмиг

Апробация работы. Результаты диссертационной работы были представлены на XIII молодежной научной конференции, секция «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии» (Москва, 2013), XX Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2013» (Москва, 2013), Международной научной конференции молодых ученых и специалистов, посвященной 146-летию Академии имени К.А.Тимирязева (Москва, 2011), 6-ом Международном симпозиуме по съедобным Л(Фукуока, Япония, 2012),

Публикации. По теме диссертации опубликовано 7 печатных работ.

Объем и структура диссертации. Материалы диссертации изложены на 151 странице машинописного текста и включают 44 рисунка и 2 таблицы. Диссертация состоит из разделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты исследований и их обсуждение», «Выводы», «Заключение», «Список литературы», «Список иллюстративного материала» и «Приложения». Список литературы включает 307 источников, из них 298 иностранных.

Структура диссертации представлена на схеме:

10

11

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Конструирование библиотек бактериальных искусственных хромосом (ВАС) растений

Возможность клонировать большие (свыше 100 тысяч пар нуклеотидов (т.п.н.)) фрагменты ДНК имеет актуальное значение для современных структурных, функциональных и сравнительных исследованиях больших и сложных геномов. Первая система клонирования больших фрагментов ДНК была разработана в 1987 году (Burke et al., 1987) и была основана на использовании дрожжевых искусственных хромосом (YACs), состоящих из двух п лечей, теломеры, центромеры, ориджина репликации, сайта клонирования и селективных маркеров. С помощью данного метода можно клонировать фрагменты ДНК размером до 1 млн. пар нуклеотидов, что существенно превышает возможности использовавшихся до этого космидных систем (40-50 т.п.н.). Благодаря возможности клонировать большие фрагменты ДНК, системы на основе дрожжевых искусственных хромосом были использованы при изучении в первую очередь генома человека и некоторых других видов (Coulson et al., 1988; Martin et al., 1993; Zhang et al., 1994; Chumakov et al., 1995). Однако определенные трудности при использовании такой системы в научных исследованиях были связаны с высоким уровнем химеризма, нестабильности вставки и сложности очистки клонированного фрагмента ДНК. Для их преодоления были созданы альтернативные системы на основе бактерий, в качестве клетки-хозяина. Так в 1992 году для клонирования крупных фрагментов ДНК были созданы векторы - бактериальные искусственные хромосомы - на основе Ғ-плазмиды (Рисунок 1), которые могли сохраняться и реплицировать в бактериальных клетках (Ryc/zerz'c/zza co/z) (Shizuya et al., 1992). В 1994 году было сообщено о

12

создании векторной системы на основе бактериофага Р1 (РАС) (loannou et al., 1994). И ВАС и РАС системы являются однокопийными клонирующими векторами. В 1998 году Тао и Zhang обнаружили, что традиционные векторы для клонирования, основанные на плазмидах (например, космиды) имеют такую же способность сохранять большие фрагменты ДНК, как ВАС и РАС (Tao, Zhang, 1998). Эти результаты не только раскрыли молекулярные основы и развили новую концепцию клонирования крупных фрагментов ДНК в бактериях, но также показали, что большинство векторов на основе плазмид, разработанных для широкого круга различных биологических исследований, при необходимости могли бы быть использованы как векторы для клонирования больших фрагментов ДНК в бактериях.

Рисунок 1. Схема ВАС вектора pSMART. ori2, repE, IncC - точки репликации (одна копия); oriV - индуцибельная точка репликации; par А,В,С- гены деления; Cmr - ген устойчивости к хлорамфениколу; cosN - сигнал упаковки lambda; Т - CloneSmart терминаторы транскрипции; sacB - ген сахаразы; /г/cZ - альфа пептидная часть гена бэта галактозидазы. Указано приблизительное расположение праймеров для секвенирования и терминаторов транскрипции (Lucigen)

ВАС, РАС и обычные плазмидные и космидные вектора способны клонировать и стабильно сохранять фрагменты ДНК, размером свыше 300 т.п.н. в клетках кишечной палочки. Несмотря на то, что размер вставок в

13

таких векторах меньше, чем в дрожжевых искусственных хромосомах, они обеспечивают ряд преимуществ, таких как низкий уровень химеризма, более простая методика выделения и очистки ДНК и высокая стабильность клеток (Anderson, 1993; Zhang, 1997).

1.1.1. Выделение высокомолекулярной ДНК

Важнейшим элементом процесса клонирования больших фрагментов ДНК является процедура выделения ДНК, размер которой может достигать миллионов пар нуклеотидов, высокого качества и достаточного количества (Zhang et al., 1995). Ключевым моментом в выделении такой ДНК является ее защита от физических разрывов в процессе выделения и последующих манипуляций. Для этого клетки или выделенные ядра запаивают в легкоплавкую агарозу, формируя «микрокапли» с ДНК размером в несколько миллионов пар нуклеотидов. Клетки или ядра лизируют и ДНК очищается от агарозы. Животные клетки для выделения высокомолекулярной ДНК могут быть напрямую запаяны в легкоплавкую агарозу. Получение высокомолекулярной ДНК из растительных клеток намного более сложный процесс. Это связанно с тем, что растительные клетки окружены клеточной стенкой, состоящей в основном из целлюлозы, гемицеллюлозы и пектина. В связи с этим растительные клетки не могут быть напрямую запаяны в агарозу, как животные клетки. Также растительные клетки богаты различными метаболитами, такими как фенолы, которые могут взаимодействовать с ДНК и мешать ферментативным манипуляциям с ДНК.

Для облегчения получения ДНК из растительных тканей была разработана простая и эффективная методика для выделения ДНК надлежащего качества из растительных тканей, основанная на предварительной изоляции ядер (Zhang et al., 1995). Согласно этой методике, сначала из растительных тканей изолируются ядра с помощью простого

14

разрушения клеток в жидком азоте, с последующим центрифугированием и заключением в агарозу. Используя этот метод могут быть получены большие количества высококачественной ДНК нужного размера в требуемых количествах. Такая методика была успешно использована в получении крупноразмерной ядерной ДНК из большого количества растительных видов.

1.1.2. Системы для клонирования больших фрагментов ДНК

Системы для клонирования больших фрагментов ДНК совершенно необходимы для проведения исследований крупных геномов. Во-первых, они позволяют создавать упорядоченные ДНК-библиотеки видов с крупными геномами. Большой размер вставки позволяет уменьшить количество клонов, необходимых для покрытия полного генома. Во-вторых, ДНК-библиотеки с крупными вставками сделали возможным выполнять локализацию вставок на хромосомах, геномный анализ и позиционное клонирование. Выстроенные на основе таких библиотек физические карты являются необходимым условием для геномного сиквенирования, функционального анализа, открытия генов, их клонирования, изучения и использования, а также построения генома из клонов упорядоченной библиотеки.

Конструирование библиотек бактериальных клонов с крупными вставками усовершенствовано с тех пор, как были разработаны первые системы на основе ВАС и РАС (Tao, Zhang, 1998). Процедура клонирования молекул ДНК большого размера состоит из четырех частей: (1) приготовление векторной ДНК, (2) выделение геномной ДНК, (3) частичная рестрикция больших молекул ДНК и отбор их по размеру, (4) трансформация ДНК и анализ библиотеки клонов. Для приготовления вектора плазмидная ДНК должна быть хорошо очищена, разрезана определенной рестриктазой и дефосфорилирована. Наиболее технически сложной процедурой является частичная рестрикция крупных фрагментов геномной ДНК и отбор получившихся фрагментов по размеру. Практически все библиотеки

15

растений с крупными геномами были получены при частичной рестрикции ДНК, размером несколько миллионов пар нуклеотидов (м.п.н.) (Frijters et al., 1997; Kim et al., 1996; Tao et al., 1994; Zhang et al., 1996). На первых этапах развития таких технологий клонирования частично рестрицированная ДНК отбиралась путем пульс-электрофореза. Отобранные фрагменты ДНК освобождались от агарозы с помощью агаразы или гелазы. Высвобождение молекул ДНК из агара требует нагревания агарозы до 70^С градусов, что может привезти к повреждению ДНК, особенно А/Т богатых регионов. Это приводило к значительному варьированию результатов клонирования от вида к виду, а размер вставки оказывался ниже, чем размер фрагментов, отобранных пульс-форезом. Для преодоления этих проблем, была предложена процедура отбора фрагментов ДНК нужного размера. В модифицированной методике, частично рестрицированная ДНК отбирается на обычном агарозном геле, что увеличивает эффективность селекции. Затем, ДНК элюируется из агарозы, что позволяет исключить повреждения, связанные с нагреванием.

1.1.3. ВАС векторы

Выделение, очистка и приготовление вектора ВАС является одним из ключевых этапов для успешного создания библиотеки. Однако, вследствие малого количества копий вектора в клетке бактерий трудно получить достаточные количества высококачественной плазмидной ДНК. Данная проблема решается созданием векторов, обладающих разными свойствами, в том числе и высококопийностью.

Упорядоченные библиотеки ДНК с крупными вставками считают незаменимым инструментом для геномных исследований и, следовательно, они должны постоянно храниться, особенно при использовании для широкомасштабного физического картирования и сиквенирования.

16

Следовательно, перед разработкой библиотеки клонов необходимо учитывать размер генома у вида, который будет использован для создания библиотеки, тип и размер вставок ДНК и стратегию использования библиотеки. Современные векторные системы позволяют создавать бактериальные библиотеки двух типов: основанные на ВАС, т.е. традиционном векторе для сохранения крупных вставок ДНК и основанные на В1ВАС, векторе позволяющем переносить вставки ДНК путем агробактериальной трансформации (Рисунок 2) (Shi et al., 2011).

Unique endonuctease restriction site Heteroiogous gene ' Ptant selectable marker gene 1

Plan! selectable marker gene 2 . - At Right T-DNA border

//" Lett T-DNA border 7 L Origin of replication for E. coti Binary ВАС vector Ж

Jr Origin of replication for Agrobacterium

Рисунок 2. Рестрикционная карта вектора В1ВАС (Binary ВАС vector)

Такая особенность векторов BIB АС значительно повышает возможность использования таких библиотек в геномных исследованиях. Так, для видов с крупными геномами, к которым относится большинство сельскохозяйственных растений, большинство ценных признаков контролируются кластерами генов (Gill et al., 1996а, b; Schmidt, Heslop-Harrison, 1998). Для клонирования и генной инженерии таких генов или генных кластеров для улучшения растений ценным материалом используются библиотеки В1ВАС, содержащие упорядоченные клоны и способные к прямому переносу в растения (Hamilton et al., 1996). Такая В IB АС библиотека была успешно создана на томате (Hamilton et al., 1999).

17

Были разработаны несколько векторов В1ВАС, такие как В1ВАС2 и pCLD04541 и pSLJ1711 (Shizuya et al., 1992). Созданы BIB AC библиотеки для нескольких растительных видов. Было показано, что ВШАС-вектора способны переносить крупные интактные фрагменты ДНК, например, в работе показан успешный перенос фрагмента человеческой ДНК размером 150 т.п.н. в табак (Hamilton et al., 1996). Таким образом, создание BIB АС библиотек чрезвычайно важно для клонирования и инженерии генов.

Практически все ВАС и В1ВАС библиотеки разработаны с использованием частичной рестрикции геномной ДНК (Song et al., 2000; Suzuki et al., 2001). Однако, вследствие неравномерного распределения сайтов рестрикции по геному, фрагменты могут иметь маленькие (менее 40 т.п.н.) или большие (свыше 350 т.п.н.) размеры и удаляться при отборе с использованием пульс-фореза. Поэтому, для некоторых видов создаются ВАС и В1ВАС библиотеки с использованием разных рестриктаз.

Векторы ВАС были сконструированы на основе F фактора бактерии кишечной палочки. Ғ' плазмида участвует в процессе коньюгации и переносе бактериальных хромосом между клетками (Shizuya et al., 1992). Исходный ВАС вектор pBAC108L был основан на мини Ғ' плазмиде рМВО131, которая включала в себя необходимые для репликации и регуляции количества копий в клетке. Гены необходимые для репликации это oriS и герЕ, в то время как рагА и рагВ поддерживают количество копий плазмиды в клетке от одной до двух. К рМВО131 были добавлены: полилинкер, универсальные промоторы Т7 и SP6, сайты рестрикции для вырезания вставки. Участки cosN и 1охР были включены, чтобы выполнять линеаризацию плазмиды при рестрикционном картировании. Кроме того, был включен ген устойчивости к антибиотику хлорамфеникол для негативного отбора ^трансформированных бактерий. Такой вектор был способен сохранять вставки размером до 300 т.п.н. (Shizuya et al., 1992). Из-за отсутствия маркеров позитивной селекции, библиотеки, созданные на основе pBAC108L, должны были проверяться с

18

помощью гибридизации с геномной ДНК. С начала развития технологии бактериальных искусственных хромосом было произведено много модификаций направленных на улучшение удобства и легкости использования векторов для создания библиотек. pBeloBACll (Рисунок 3) (Kim et al., 1996) и pECBACl (Frijter et al., 1997) (Рисунок 4) новое поколение векторов созданных на основе pBAC108L и используемых для создания библиотек.

Рисунок 3. Рестрикционная карта вектора pBeloBACl 1 (pBeloBACl 1 vector)

pBeloBACll был модифицирован для возможности проведения позитивной селекции клеток, содержащих вставку геномной ДНК. Так, в полилинкер был добавлен ген lacZ, который вызывает образование нерастворимых кристаллов синего цвета в клетке при наличии в питательной среде X-gal/IPTG. Таким образом, селекция была основана на отсутствии окрашивания у колоний, несущих вектор со вставкой геномной ДНК (Frijter etal.,1997).

19

Рисунок 4. Рестрикционная карта вектора pECBACl (Frijter et al., 1997)

pECBACl также основан на pBAC108L, однако несет больше изменений. Так, для того чтобы сделать вектор высококопийным был удален ориджин репликации Р1 и заменен на высококопийный, выделенный из плазмиды pUC19 (Frijter et al., 1997). Кроме того, был использован механизм для селекции клонов со вставкой отличающейся от pBeloBACll. Механизм селекции основан на нарушении вставкой работы гена sacB. Этот ген экспрессирует левансукразу^ которая конвертирует сахарозу, содержащуюся в среде, в леван, который токсичен для кишечной палочки. Следовательно, если вектор не содержит вставки, клетки погибают до формирования колоний. Успешное лигирование увеличивает расстояние между промотором и кодирующей областью, нарушая экспрессию токсичного гена.

Первый шаг при создании ВАС библиотеки - это выбор подходящего вектора. Это могут быть как широко используемые pBAC108L, pBeloBACll, и рЕСВАС 1, так и векторы, созданные коммерческими биотехнологическими компаниями. На сегодняшний момент, эти вектора тщательно проанализированы: изучена их стабильность в различных клеточных штаммах, эффективность клонирования у разных видов и другие практические характеристики (Tao, Zhang, 1998). Однако доступные вектора

20

могут не соответствовать целям работы и потребовать дополнительных модификаций. Важным шагов является выбор копийности, в котором вектор будет поддерживаться в клетке. Низкокопийные плазмиды считаются более стабильными, чем высококопийные (Wild et al., 2002). Тем не менее, длительная стабильность клонов отличается незначительно. Если целью является получение большого количества ДНК, для крупномасштабных исследований, то необходимо выбирать высококопийные плазмиды.

1.1.4. Отбор рекомбинантных клонов

Механизм отбора рекомбинантных клонов, еще один важный момент, который необходимо учитывать при выборе вектора. Хотя большинство автоматизированных систем отбора колоний способны определить по цвету колоний рекомбинантные, все же позитивная селекция, основанная на токсичном гене sacB, более удобна (Рисунок 5).

Рисунок 5. Автоматизированная система отбора колоний (MGEL's "Dixie Pix")

Отбор на основе антибиотиков должен учитывать бактериальный штамм, на основе которого создается библиотека. DH10B - это хорошо известный штамм кишечной палочки, который часто используется с

21

pBAC108L, pBeloBACll и pECBACl (Suzuki et al., 2001, Hamilton ct al., 1999).

1.1.5. Скрининг ВАС библиотеки с ДНК зондами

Скрининг большого количества клонов для идентификации определенных последовательностей ключевой этап в анализе ДНК библиотек. Основной метод, применяемый для анализа ВАС библиотек это гибридизация на высокоплотные фильтры, содержащие клоны библиотеки (Yim et al., 2002; Song et al., 2000; Ariyadasa, Stein, 2012). Скрининг на основе гибридизации позволяет выполнять анализ всех клонов, иммобилизованных на фильтре, используя одну или несколько проб с различными типами меток.

Скрининг ВАС библиотек с помощью ПЦР является одним из самых ранних методов скрининга библиотек, который широко использовался в ранних проектах по физическому картированию (Ariyadasa, Stein, 2012; McPherson et al., 2001; Gregory et al., 2002). Ключевым преимуществом ПЦР скрининга является более низкий уровень ложных срабатываний по сравнению с обычными методами гибридизации (You et al., 2010; Campbell, Choy, 2002; Luo et al., 2009; Yim et al., 2007). Кроме того, надлежащий дизайн праймеров для амплификации локус-специфичных продуктов позволит картировать гены, принадлежащие к семейству генов (Yim et al., 2007). В последнее время методы, основанные на ПЦР, стали более автоматизированными и производительными (Paux et al., 2008; Vu et al., 2010). Скрининг ВАС библиотек также был выполнен с помощью количественного ПЦР с возможностью анализа кривой плавления (Paux et al., 2008; Vu et al., 2010). В данном методе используется стандартная реакция ПЦР, которую проводят в присутствии насыщенного/ненасыщенного интеркалирующего красителя, такой как Eva или SYBR green. Метод ускоряет анализ образцов за счет устранения пост-ПЦР в агарозном геле (Ariyadasa, Stein, 2012; Paux et al., 2008; Vu et al., 2010).

22

1.2. Общая характеристика Л./м/и/озити

Лук батун принадлежит к порядку классу

(Chase et al., 1995), семейству роду Л/Z/Mw (Рисунок 6). Это

однодольное многолетнее растение с продолговатыми луковицами, толстым

и дудчатым стеблем и дудчатыми листьями. Соцветие - зонтик шаровидный,

многоцветковый (Дудченко и др, 1989) (Рисунок 7).

3S

19

72 гпю

' 7 3*Хил

— OA^ap'tHar .4^ '—rw=------- Адлм-

15 г **'--"КЖ. ^^wiari9&'ta

ТУ-җЖ

rW^

.дусилме*# 23X3

f--r?-= Л/1Һпз^1ЖЛЩ7!

jg^-L^g

4^pnt?thM5 ^'K.ai

l^L

43^^ ^ахуосаЛч —iCaHhomr^oea ----иң

JW^L? а^-юп

1 —№ Оогу,ь*чһм

32 16 S3 "*i '6 г

{

gg- -

97 35 г

ab ^2 L

)66

А4южан s. t

t.

Xanthcfit^cacoaB s. I

Asparagates

ЖЕ ПЖ

----------- TBwp/is'wa

—r*ty

Э9ЧЛ1-—- (.дчигш gH4pfcrd.) fpspacl.4

I—Ы<- л^-wftAa

ҺМйсм* tMclmaccan UctyyHWCMC

H','ncxdax-,3B Ьяллгкизмз AMctaceae R

9

Рисунок 6. Филогенетическое дерево порядка Дзраг<җа7е.у, построенное на основе мульгенного анализа (последовательности 18S и 26S рДНК; а%?В, тил/К, лб/АҒ, и rZicL пластидной и <7%?1 митохондриальной ДНК). Стрелкой указаны кластеры, представленные не полностью (Chase et al., 2006)

23

Рисунок 7. Лук батун (Л./Ь'/м/озмти)

Родиной лука-батуна считается северо-западный Китай. Больше всего его выращивают в Японии, Китае и Корее (Kumazawa, Katsumata, 1965; Ford-Lloyd et al., 1993). В нашей стране он культивируется практически во всех регионах, за исключением Крайнего Севера. Зеленые листья этого растения богаты солями магния, калия и железа, а также никотиновой и аскорбиновой кислотами, эфирными маслами. В пищу используются как листья, так и все растение целиком. имеет острый вкус и используется в качестве

приправ к различным блюдам.

1.3. Геном L.

Л. L. является диплоидным растением (2п=2х=16). Размер

генома составляет 1С=12 275 м.п.н. (Narayan, 1988) (Рисунок 8). Геном Л. /м/м/озм/и в 102 раза больше генома арабидопсиса, в 33 и 5 раз больше генома риса и кукурузы, соответственно.

24

Рисунок 8. Идиограмма кариотипа Д./мщ/оумти (El-Gadi, Elkington, 1975)

Несмотря на важность практического использования ценнейшего генофонда А /мЩ/олм/и, пока его геном остается мало изученным. Все, что известно о молекулярном составе генома /1. /гуЩ/одщи, это то, что рибосомальные гены составляют 13,1 тыс. п.н. (Havey, 1992), Tyl-copia ретротранспозоны составляют приблизительно 3% генома (Kumar et al., 1997; Pearce et al., 1996; Pich, Schubert, 1998), блоки гетерохроматина в теломерной области хромосом состоят из тандемно повторяющихся последовательностей сателлитной ДНК размером 378 п.н. (Irifune et al., 1995), перемежающихся с микросателлитными последовательностями и вставками элементов транспозонов (Фесенко и др., 2002). Также недавно японскими учеными был выявлен центромерный повтор лука батуна (Nagaki et al., 2012а).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Киселева, Анна Витальевна, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Adams, S. Р. Loss and recovery of Arabidopsistype telomere repeat sequences 50-(TTTAGGG)(n)-30 in the evolution of a major radiation of flowering plants/ S. P. Adams, T. P. Hartman, K. Y. Lim, M.W. Chase, M. D. Bennett, I. J. Leitch, A. R. Leitch // Proceedings of the Royal Society London, Biological Sciences. - 2001. -№268.-P. 1541-1546.

2. Albini, S.M. In situ localization of two repetitive DNA sequences to surfa-spread pachytene chromosome of rye/ S.M. Albini, T. Schwarzacher // Genome. - 1992. -№ 35.-P. 551-559.

3. Albini, S.M. Synaptonemal complex spreading in Allium сера and Allium fistulosum. II. Pachytene observations: the SC karyotype and the correspondence of late recombination nodules and chiasmata / S.M. Albini, G.H. Jones // Genome. - 1988.-№30.-P. 399-410.

4. Alkan, C. Genome-wide characterization of centromeric satellites from multiple mammalian genomes / C. Alkan, M.F. Cardone, C.R. Catacchio, F. Antonacci, S.J. O'brien, O.A. Ryder, S. Purgato, M. Della Zoli, G. Valle, E.E. Eichler, M. Ventura // Genome Res. - 2011. - № 21(1). - P. 137-145.

5. Allium fistulosum Genome sequencing. - Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA197392.

6. A. fistulosum. - Режим доступа: http://crdp.ac-

besancon.fr/flore/Liliaceae/especes/allium_flstulosum.htm.

7. Amarger, V. Analysis of distribution in the human, pig, and rat genomes points toward a general subtelomeric origin of minisatellite structures / V. Amarger, D. Gauguier, M. Yerle, F. Apiou, P. Pinton, F. Giraudeaua, S. Monfouillouxa, M. Lathropb, B. Dutrillauxe, J. Buarda, G. Vergnaud // Genomics. - 1998. - № 52. -P.62-71.

Ill

8. Ananiev, E.V. Chromosomespecific molecular organization of maize (Zea mays

L. ) centromeric regions / E.V. Ananiev, R.L. Phillips, H.W. Rines // Proc. Natl. .Acad. Sch- 1998. -№95.-P. 13073-13078.

9. Anderson, C. Genome shortcut leads to problems // Science. 1993. № 259. P. 1684-1687.

10. Anistoroaei, R. Construction of an American mink bacterial artificial chromosome (ВАС) library and sequencing candidate genes important for the fur industry / R. Anistoroaei, B. ten Hallers, M. Nefedov, K. Christensen, P. de Jong // BMC Genomics. -2011. -№ 12. -P. 354.

11. Aparicio, O.M. Modifiers of position effect are shared between telomeric and silent mating-type loci in S. Cerevisiae / O.M. Aparicio, B.L. Billington, D.E. Gottschling // Cell. - 1991. - № 66. - P. 1279 -1287.

12. Ariyadasa, R. Advances in В AC-based physical mapping and map integration strategies in plants / R. Ariyadasa, N. Stein // J. Biomed. Biotechnol. - 2012. - № 2012.- 11 p.

13. Baird, D. M. Sequences from higher primates orthologous to the human Xp/Yp telomere junction region reveal gross rearrangements and high levels of divergence / D. M. Baird, N. J. Royle // Hum. Mol. Genet. - 1997. - № 6. - P. 2291-2299.

14. Balint-Kurti, P.J. Identification and chromosomal localization of the monkey retrotransposon in Musa sp. / P.J. Balint-Kurti, S.K. Clendennen, M. Dolezelova,

M. Valarik, J. Dolezel, P.R. Beetham, G.D. May // Mol. Gen. Genet. - 2000. - № 263.-P. 908-915.

15. Bao, W. Diversity of centromeric repeats in two closely related wild rice species, Oryza officinalis and Oryza rhizomatis / W. Bao, W. Zhang, Q. Yang, Y. Zhang,

B. Han, M. Gu, Y. Xue, Z. Cheng // Mol. Genet. Genomics. - 2006. - № 275. - P. 421-430.

112

16. Barnes, S. R. The organization, nucleotide sequence, and chromosomal distribution of a satellite DNA from А. сера / S. R. Barnes, A. M. James, G. Jamiesson//Chromosoma.- 1985.-№ 92.-P. 185-192.

17. Barry, J. D. Why are parasite contingency genes often associated with telomeres? /

J. D. Barry, M. L. Ginger, P. Burton, R. McCulloch // Int. J. Parasitol. - 2003. - № 33.- P. 29-45.

18. Baur, J. A. Telomere position effect in human cells / J. A. Baur, Y. Zou, J. W. Shay, W. E. Wright// Science. -2001. -№ 292. -P. 2075-2077.

19. Belyayev, A. Chromosomal distribution of reverse transcriptase-containing retroelements in two Triticeae species / A. Belyayev, O. Raskina, E. Nevo // Chromosome Res.-2001.- №. 9.-P. 129-136.

20. Bennetzen, J.L. Transposable element contributions to plant gene and genome evolution / J.L. Bennetzen // Plant Molecular Biology. - 2000. - № 42. - P. 251269.

21. Bertioli, D.J. The repetitive component of the A genome of peanut (Arachis hypogaea) and its role in remodelling intergenic sequence space since its evolutionary divergence from the В genome / D.J. Bertioli, B. Vidigal, S. Nielen, M.B. Ratnaparkhe, Т.Н. Lee, S.C. Leal-Bertioli, C. Kim, P.M. Guimaraes, G. Seijo, T. Schwarzacher, A.H. Paterson, P. Heslop-Harrison, A.C. Araujo // Annals of Botany. - 2013. - V. 112, №. 3. - P. 545-559.

22. Biessmann, H. Molecular characterization of the Anopheles gambiae 2L telomeric region via an integrated transgene / H. Biessmann, J. Donath, M. F. Walter // Insect Molecular Biology. - 1996. - № 5. - P. 11-20.

23. Biessmann, H. Genetics and molecular biology of telomeres / H. Biessmann, J. M. Mason // Adv. Genet. - 1992. - № 30. - P. 185-233.

24. Biessmann, H. Addition of telomereassociated HeT DNA sequences "heals" broken chromosome ends in Drosophila / Biessmann H., Mason J. M., Ferry K., D'Hulst M., Valgeirsdottir K., Traverse K. L., Pardue M. L. // Cell. - 1990. - № 61.- P.663-673.

113

25. Binary ВАС vector. - Режим доступа:

http://www.patentlens.net/daisy/AgroTran/g3/939/g2/946.html.

26. Birchler, J.A. Retrotransposon insertion targeting: a mechanism for homogenization of centromere sequences on nonhomologous chromosomes / J.A. Birchler, G.G. Presting // Genes Dev. - 2012. - № 26(7). - P. 638-640.

27. Blackbum, E. H. Switching and signaling at the telomere / E. H. Blackbum // Cell. -2001.-№ 106.-P. 661-673.

28. Blackbum, E. H. Telomere states and cell fates / E. H. Blackbum // Nature. -2000.-№ 408.-P. 53-56.

29. Blankenberg, D. Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists /

D. Blankenberg, G. Von Kuster, N. Coraor, G. Ananda, R. Lazarus, M. Mangan, A. Nekrutenko, J. Taylor // Pro/о co/s* /и ЛТо/ссм/от Pz'o/ogy. - 2010. -

Chapter 19.-Unit 19.10.1-21.

30. Borst, P. Antigenic variation in trypanosomes / P. Borst, G. Rudenko, M. C. Taylor, P. A. Blundell, F. Van Leeuwen, W. Bitter , M Cross , R McCulloch // Arch. Med. Res. - 1996. - № 27 (3). - P. 379-388.

31. Broun, P. Telomeric arrays display high levels of heritable polymorphism among closely related plant varieties / P. Broun, M. W. Ganal, S. D. Tanksley // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1992. - № 89. - P. 1354-1357.

32. Bucholc, M. Intrachromatid excision of telomeric DNA as a mechanism for telomere size control in Saccharomyces cerevisiae / M. Bucholc, Y. Park, A. J. Lustig//Mol. Cell. Biol. - 2001.-№ 21.-P. 6559-6573.

33. Burke, D. T. Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artiEcial chromosome vectors / D. T. Burke, G. F. Carle, M. V. Olson // Science. -1987.-V. 236.-P. 806-812.

34. Campbel, T. N. Approaches to library screening / T. N. Campbell, F. Y. M. Choy // Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. - 2002. - V. 4, № 6. -P.551-554.

114

35. Carlson, M. Evolution of the dispersed SUC gene family of Saccharomyces by rearrangements of chromosome telomeres / M. Carlson, J. L. Celenza, F. J. Eng // Mol. Cell. Biol. - 1985. - № 5. - P. 2894-2902.

36. Ceccarelli, M. Ogre retrotransposons in Lathyrus species / M. Ceccarelli, V. Sarri, E. Polizzi, G. Andreozzi, P. G. Cionini // Plant Biosystems. - 2013. - V. 147, №. 1.- P. 99-104.

37. Chan, C. S. M. Organization of DNA sequences and replication origins at yeast telomeres / C. S. M. Chan, В. K. Tye // Cell. - 1983. - № 33. - P. 563.

38. Chan, S.W. New ways not to make ends meet: telomerase, DNA damage proteins and heterochromatin / S.W.Chan, E.FI. Blackbum // Oncogene. - 2002. - № 21(4). -P.553-563.

39. Chase, M. W. Multigene analyses of monocot relationships: a summary / M.W. Chase, M. F. Fay, D. S. Devey, O. Maurin, N. Ronsted // Aliso. - 2006. - № 22. -P.63-75.

40. Chase, M. Molecular systematics of Lilianae. In monocotyledons: Systematics and evolution / M. Chase, P. Rudal, P. Crib, D. Culter, C. Humphries // eds London: Royal Botanic, gardens, KEW. - 1995. - P. 107 - 137.

41. Chen, R. Dynamic building of а ВАС clone tiling path for the Rat Genome Sequencing Project / R. Chen, E. Sodergren, G. M. Weinstock, R. A. Gibbs // GenomeRes. - 2004. - № 14. - P. 679-684.

42. Cheng, J. F. Isolation and characterization of a human telomere / J. F. Cheng, C. L. Smith, C. R. Cantor // Nucleic Acids Research. - 1989. - № 17. - P. 61096127.

43. Cheng, Z. J. centromeric tandem repeat family originating from a part of Ty3/gypsy-retroelement in wheat and its relatives / Z. J. Cheng, M. Murata // Genetics. - 2003. - № 164. - P. 665-672.

44. Cheng, Z. Functional rice centromeres are marked by a satellite repeat and a centromere-specific retrotransposon / Z. Cheng, F. Dong, T. Langdon, S. Ouyang,

115

C. R. Buell, M. H. Gu, F. R. Blattner, J. Jiang // Plant Cell. - 2002. - № 14. - P. 1691-1704.

45. Choi, S. Construction and characterization of a bacterial artificial chromosome library of Arabidopsis thaliana / S. Choi, R. A. Creelman, J. E. Mullet, R. A. Wing // Weeds World. - 1995. - № 2. - P. 17-20.

46. Choulet, F. Megabase level sequencing reveals contrasted organization and evolution patterns of the wheat gene and transposable element spaces / F. Choulet, T. Wicker, C.Rustenholz, E. Paux, J. Salse, P. Leroy, S. Schlub, M.C. Le Paslier, G. Magdelenat, C. Gonthier, A. Couloux, H. Budak, J. Breen, M. Pumphrey, S. Liu, X. Kong, J. Jia, M. Gut, D. Brunel, J.A. Anderson, B.S. Gill, R. Appels, B. Keller, C. Feuillet // Plant Cell. - 2010. - V. 22. - № 6. - P. 1686-1701.

47. Chumakov, I.M. A YAC contig of the human genome / I.M. Chumakov, P. Rigault, I.L. Gall, C. Bellanne-Chantelot, A. Billault, S.Guillou, P. Soularue, G. Guasconi, E. Poullier, I. Gros//Nature. - 1995. -№ 377. -P. 175-297.

48. Clarke, L. Centromeres: proteins, protein complexes, and repeated domains at centromeres of simple eukaryotes / L. Clarke // Curr. Opin. Genet. Dev. - 1998. -№8. -P.212-218.

49. Concoran, L. M. Homologous recombination within subtelomeric repeat sequences generates chromosome size polymorphisms in P. falciparum / L. M. Concoran, J. S. Thompson, D. Walliker, D. J. Kemp // Cell. - 1988. - № 53. - P. 807.

50. Coulson, A. Genome linking with yeast articifical chromosomes / A. Coulson, R. Waterston, J. Kiff, J. Sulston, Y. Kohara // Nature. - 1988. - № 335. - P. 184-186.

51. Сох, A. V. Comparison of plant telomere locations using a PCR-generated synthetic probe / A. V. Cox, S. T. Bennett, A. S. Parokonny, A. Kenton, M. A. Callimassia, M. D. Bennett // Annals of Botany. - 1993. - № 72. - P. 239-247.

52. Craven, R. J. Dependence of the Regulation of Telomere Length on the Type of Subtelomeric Repeat in the Yeast Saccharomyces cerevisiae / R. J. Craven and T.

D. Petes//Genetics. - 1999.-V. 152, № 4.-P. 1531-1541.

116

53. Currah, L. Laboratory tests for leaf resistance to Botrytis squamosa in onions / L. Currah, R.B. Maude // Ann Appl Biol. - 1984. - № 105. - P. 277-283.

54. De Bruin, D. Telomere looping permits gene activation by a downstream UAS in yeast / D. De Bruin, Z. Zaman, R.A. Liberatore, M. Ptashne // Nature. - 2001. - № 409.-P. 109 - 113.

55. De Bruin, D. Telomere folding is required for the stable maintenance of telomere position effects in yeast / D. de Bruin, S.M. Kantrow, R.A. Liberatore, V.A. Zakian // Mol. Cell. Biology. - 2000. - № 20. - P. 7991-8000.

56. De Ponti, O.M.B. Resistance to the onion fly in Allium сера and Allium fistulosum / О. M. B. De Ponti, H. Inggamer, ed. Q.P. van der Meer // Proc 3rd Eucarpia Allium Symp. PUDOC Wageningen, The Netherlands. - 1984. - P. 2123.

57. Deininger, P.L. Mammalian retroelements / P. L. Deininger, M. A. Batzer // Genome Res. - 2002. - № 12. - P. 1455-1465.

58. Demburg, A.F. Cytology of telomeres, in Telomeres / A.F. Dernburg, J.W. Sedat, W.Z. Cande, H.W., Bass eds Blackbum EH, Greider CW (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY), - 1995. - P. 295-338.

59. Dong, F. Development and applications of a set of chromosome-specific cytogenetic DNA markers in potato / F. Dong, J. Song, S.K. Naess, J. P. Helgeson, C. Gebhardt, J. Jiang // Theor Appl Genet. - 2000. - № 101. - P. 1001-1007.

60. Dorer, D.R. Transgene repeat arrays interact with distant heterochromatin and cause silencing in cis and trans / D.R. Dorer, S. Henikoff // Genetics. - 1997. - № 147.-P. 1181-1190.

117

61. Du, J. Evolutionary conservation, diversity and specificity of LTR-retrotransposons in flowering plants: insights from genome-wide analysis and multi-specific comparison / J. Du, Z. Tian, C. S. Hans, H.M. Laten, S.B. Cannon, S.A. Jackson, R.C. Shoemaker, J. Ma // Plant J. - 2010. - № 63(4). - P. 584-598.

62. Duraisingh, M. T. Heterochromatin silencing and locus repositioning linked to regulation of virulence genes in Plasmodium falciparum / M. T. Duraisingh, T. S. Voss, A. J. Marty, M. F. Duffy, R. T.Good, J. K. Thompson, L. H. Freitas-Junior, A. Scherf, B. S. Crabb, A. F. Cowman // Cell. - 2005. - № 121. - P. 13-24.

63. Durante, M. Fast reannealing sequences of DNA in Allium сера: characterization and chromosomal localization / M. Durante, A. M. Tagliasacchi, S. Avanzi // Cytobios. - 1985. -№ 44. -P. 263-271.

64. Eichler, E.E. An assessment of the sequence gaps: unfinished business in a finished human genome / E. E. Eichler, R. A. Clark, X. She // Nat. Rev. Genet. -2004. - № 5(5). - P. 345-354.

65. Eichler, E. E. Structural dynamics of eukaryotic chromosome evolution / E. E. Eichler, D. Sankoff// Science. -2003. -№ 301. -P. 793-797.

66. Eichler, E.E. Repetitive conundrums of centromere structure and function / E. E. Eichler // Hum. Mol. Genet. - 1999. - № 8(2). - P. 151-155.

67. Fajkus, J. Telomeres in evolution and evolution of telomeres / J. Fajkus, E. Sykorova, A. R. Leitch // Chromosome Research. - 2005. - № 13. - P. 469-479.

68. FAO, 2011. - Режим доступа: http://faostat3.fao.org/faostat-

gateway/go/to/download/Q/QC/E.

69. Fay, M.F. Phylogenetic studies of Asparagales based on four plastid DNA regions. In Monocots: systematic and evolution / M.F. Fay, P. J. Rudall, S. Sullivan, K. L. Stobart, A. Y. de Bruijn, G. Reeves, F. Qamaruz-Zaman, W.-P. Hong, J. Joseph, W. J. Hahn, J. G. Conran, M. W. , ed. K.L. Wilson, D. A. Morrison, Melbourne: CSIRO.-2000.-P. 360.

70. Feschotte, C. Plant transposable elements: where genetics meets genomics / C. Feschotte, N. Jiang, S. R. Wessler//Nat. Rev. Genet. -2002. -№ 3. -P. 329-341.

118

71. FGENESH. — Режим доступа:

http://linuxl.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgrou p=gfind.

72. Ford-Lloyd, B.V. Welsh onion Allium fistulosum L. / B.V. Ford-Lloyd, S..J. Armstrong, ed. G. Kalloo, B.O. Bergh // Genetic improvement of vegetable crops, Pergamon Press. - 1993. - P. 51-58.

73. Francki, M.G. Identification of Bilby, a diverged centromeric Tyl-copia retrotransposon family from cereal rye (Secale cereale L.) / M.G. Francki // Genome. - 2001. - № 44. - P. 266-274.

74. Freitas-Junior, L. H. Telomeric heterochromatin propagation and histone acetylation control mutually exclusive expression of antigenic variation genes in malaria parasites / L. H. Freitas-Junior, R. Hemandez-Rivas, S. A. Ralph, D. Montiel-Condado, О. K. Ruvalcaba-Salazar, A. P. Rojas-Meza, L. Mancio-Silva, R. J. Leal-Silvestre, A. M. Gontijo, S. Shorte, A. Scherf // Cell. - 2005. - № 121. -P.25-36.

75. Friebe, B. Radiation-induced nonhomoeologous wheat-Agropyron intermedium chromosomal translocations conferring resistance to leaf rust / B. Friebe, J. Jiang , B. S. Gill, P. L. Dyck //Theor. Appl. Genet. - 1993. -№ 81. -P. 146-149.

76. Frijters, A.C.J. Construction of a bacterial artificial chromosome library containing large Eco RI and Hindlll genomic fragments of lettuce / A. C. J. Frijters, Z. Zhang, M. V. Damme, G.-L. Wang, P. C. Ronald, R.W. Michelmore // Theor. Appl. Genet. - 1997. - № 94. - P. 390-399.

77. Frydrychova, R. Repeated losses of TTAGG telomere repeats in evolution of beetles (Coleoptera) / R. Frydrychova, F. Marec // Genetica. - 2002. - № 115. - P. 179-187.

78. Fuchs, J. In situ localization of yeast artificial chromosome sequences on tomato and potato metaphase chromosomes / J. Fuchs, D.-U. Kloos, M. W. Ganal, I. Schubert //Chromosome Res. - 1996. - № 4. - P. 277-281.

119

79. Fuchs, J. Telomere sequences localization and karyotype evolution in higher plants / J. Fuchs, A. Brandes, I. Schubert // Plant Systematics and Evolution. -1995.-№ 196.-P. 227-241.

80. Fukui, K.-N. Physical arrangement of retrotransposon-related repeats in centromeric regions of wheat / K.-N. Fukui, G. Suzuki, E. S. Lagudah, S. Rahman, R. Appels, M. Yamamoto, Y. Mukai // Plant Cell Physiol. 2001. № 42. P. 189196.

81. Galasso, I. The molecular cytogenetics of Vigna unguiculata (L.)Walp: the physical organization and characterization of 18s-5.8s-25s rRNA genes, 5s rRNA genes, telomere-like sequences, and a family of centromeric repetitive DNA sequences /1. Galasso // Theor. Appl. Genet. - 1995. - № 91. - P. 928-935.

82. RepeatExplorer. - Режим доступа: http://repeatexplorer.umbr.cas.cz/

83. Galvan, G.A. Screening for resistance to anthracnose (Colletotrichum gloeosporioides Penz.) in Allium сера and its wild relatives / G. A. Galvan, W. A. Wietsma, S. Putrasemedja, A. H. Permadi, C. Kik // Euphytica. - 1997. - № 95. -P.173-178.

84. Ganal, M. W. Macrostructure of the tomato telomeres / M. W. Ganal, N. L. V. Lapitan, S. D. Tanksley // Plant Cell. - 1992. - № 3. P. 87.

85. Garcia-Cao, M. Epigenetic regulation of telomere length in mammalian cells by the Suv39hl and Suv39h2 histone methyltransferases / M. Garcia-Cao, R. O'Sullivan, A. 14. Peters, T. Jenuwein, M. A. Blasco // Nat. Genet. - 2004. - № 36. -P.94-99.

86. GenBank. - Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

87. GenBank ET645811.1. - Режим доступа:

http://www. ncbi .nlm. nih. go v/nucgss/ET645811.

88. Gydb. - Режим доступа: http://gydb.org/index.php/Main_Page.

120

89. Giardine, В. Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis // B. Giardine, C. Riemer, R. C. Hardison, R. Burhans, L. Elnitski, P. Shah, Y. Zhang, D. Blankenberg, I. Albert, J. Taylor, W. Miller, W. J. Kent, A. Nekrutenko //

-2005.-№ 15(10). P. 1451-1455.

90. Gill, K. S. Identification and high density mapping of gene-rich regions in chromosome group 5 of wheat / K. S. Gill, B. S. Gill, T. R. Endo, E. V. Boyko // Genetics. - 1996a. - № 143. - P. 1001-1012.

91. Gill, K. S. Identification and high density mapping of gene-rich regions in chromosome group 1 of wheat / K. S. Gill, B. S. Gill, T. R. Endo, T. Taylor // Genetics.- 1996b.-№ 144.-P. 1883-1891.

92. Gindullis, F. The large-scale organization of the centromeric region in Beta species / F. Gindullis, C. Desel, I. Galasso, T. Schmidt // Genome Res. - 2001. -№11.-P. 253-265.

93. Goecks, J. Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences / J. Goecks, A. Nekrutenko, J. Taylor and The Galaxy Team. // Genome Biol. -2010.-№ 11(8).-P. R86.

94. Gong, Z. Repeatless and Repeat-Based Centromeres in Potato: Implications for Centromere Evolution / Z. Gong, Y. Wu, A. Koblizkova, G. Torres, K. Wang, M. Iovene, P. Neumann, W. Zhang, P. Novak, C. R. Buell, J. Macas, J. Jiang // The Plant Cell. - 2012. - V. 24, № 9. - P. 3559-3574.

95. Gorinsek, B. Phylogenomic analysis of chromoviruses / B. Gorinsek, F. Gubensek, D. Kordis // Cytogenet. Genome Res. - 2005. - № 110. - P. 543-552.

96. Gorinsek, B. Evolutionary genomics of chromoviruses in eukaryotes / B. Gorinsek, F. Gubensek, D. Kordis // Mol. Biol. Evol. - 2004. - № 21. - P. 781798.

97. Gottschling, D.E. Position effect at S. cerevisiae telomeres: reversible repression of Pol II transcription / D. E. Gottschling, О. M. Aparicio, B. L. Billington, V. A. Zakian//Cell.- 1990.-№63.-P. 751 -762.

121

98. Gregory, S. G. A physical map of the mouse genome / S. G. Gregory, M. Sekhon,

J. Schein, S. Zhao et al. //Nature. -2002. -V. 418, № 6899. -P. 743-750.

99. Grunstein, M. Yeast heterochromatin: regulation of its assembly and inheritance by histones / M. Grunstein // Cell. - 1998. - № 93. - P. 325-328.

100. Hamilton, С. M. Construction of tomato genomic DNA libraries in a binary-BAC (BIBAC) vector / С. M. Hamilton, A. Frary, Y. Xu, S. D. Tanksley, H. B. Zhang //The Plant Journal. - 1999. - V. 18, №. 2. - P. 223-229.

101. Hamilton, C.M. Stable transfer of intact high molecular weight DNA into plant chromosomes / С. M. Hamilton, A. Frary, C. Lewis, S.D.Tanksley // Proc. Natl Acad. Sci. - 1996. - № 93. - P. 9975-9979.

102. Han,Y. An overview of the apple genome through ВАС end sequence analysis / Y. Han, S. Korban // Plant Mol. Biol. - 2008. - № 67. - P. 581-588.

103. Hanson, R. E. Fluorescent in situ hybridization of a bacterial artificial chromosome / R. E. Hanson, M. S. Zwick, S. D. Choi, M. N. Islam-Faridi, T. D. Mcknight, R. A. Wing, H. J. Price, D. M. Stelly // Genome. - 1995. -№ 38. - P. 646-651.

104. Harrison, G.E. Centromeric repetitive DNA sequences in the genus Brassica / G. E. Harrison, J. S. Heslop-Harrison // Theor. Appl. Genet. - 1995. - № 90. - P. 157-165.

105. Havey, M.J. The Potential Impact of Genomes for Crop Improvement

/ M. J. Havey, J. McCallum, C. D. Town, J. Jakse, M. Shigyo // ISHS Acta Horticulture 770: XXVII International Horticultural Congress - IHC 2006: International Symposium on Cultivation and Utilization of Asian, Sub-tropical, and Underutilized Horticultural Crops. - 2006. - Режим доступа:

http://naldc.nal.usda.gov/download/46390/PDF.

106. Havey, M.J. Restriction enzyme analysis of the chloroplast and nuclear 45S ribosomal DNA of Allium section Сера and Phylodollon (Alliaceae) / M. J. Havey //Pl. Syst. Evol. - 1992.-№ 183.-P. 17.

122

107. Henikoff, S. The centromere paradox: stable inheritance with rapidly evolving DNA / S. Henikoff, K. Ahmad, H. S. Malik // Science. - 2001. - № 293. -P. 1098- 1102.

108. Hertweck, K. L. Assembly and comparative analysis of transposable elements from low coverage genomic sequence data in Asparagales / K. L. Hertweck // Genome. - 2013. - 10.1139/gen-2013-0042.

109. Hirochika, H. Tyl-copia group retrotransposons as ubiquitous components of plant genomes / H. Hirochika, R. Hirochika // Jpn. J. Genet. - 1993. - № 68. -P. 35-46.

110. Hizume, M. Allodiploid nature of Allium wakegi Araki revealed by genomic in situ hybridization and localization of 5S and 18 S rDNA / M. Hizume // Jpn. J. Genet. - 1994.-№69.-P. 407-415.

111. Hobza, R. An accumulation of tandem DNA repeats on the Y chromosome in Silene latifolia during early stages of sex chromosome evolution / R. Hobza, M. Lengerova, J. Svoboda, H. Kubekova, E. Kejnovsky, B. Vyskot // Chromosoma. -2006.-№115(5).- P. 376-82.

112. Hudakova, S. Sequence organization of barley centromeres / S. Hudakova, W. Michalek, G.G. Presting, R. ten Hoopen, K. dos Santos, Z. Jasencakova, I. Schubert // Nucl. Acids Res. - 2001. - № 29. - P. 5029-5035.

113. Ioannou, P. A. A new bacteriophage Pl-derived vector for the propagation of large human DNA fragments / P. A. Ioannou, С. T. Amemiya, J. Games, P. M. Kroisel, H. Shizuya, C. Chen, M. A. Batzer, P. J. de Jong // Nature Genet. - 1994. -№6.-P. 84-89.

114. Irifune, K. Nucleotide sequences of a highly repeated DNA sequences and its chromosomal localization in Allium fistulosum / K. Irifune, K. Hirai, J. Zheng, R.Tanaka, H. Morikawa // Theor. Appl. Genet. - 1995. - № 90. - P. 312 -316.

115. Jackson, S.A. Digital mapping of bacterial artificial chromosomes by fluorescence in situ hybridization / S. A. Jackson, F. Dong, J. Jiang // Plant J. -1999. - №17.-P. 581-572.

123

116. Jackson, S. A. Application of Fiber-FISH in physical mapping of Arabidopsis thaliana / S. A. Jackson // Genome. - 1998. - №41. - P. 566- 572.

117. Jakse, J. Pilot sequencing of onion genomic DNA reveals fragments of transposable elements, low gene densities, and significant gene enrichment after methyl filtration / J. Jakse, J. D. F. Meyer, G. Suzuki, J. McCallum, F. Cheung, C. D. Town, M. J. Havey // Molecular Genetics and Genomics. - 2008: - V. 280, №.

4.-P. 287-292.

118. Jiang, J. A molecular view of plant centromeres / J. Jiang, J. A. Birchler, W. A. Parrott, R. K. Dawe // Trends Plant Sci. - 2003. - № 8. - P. 570-575.

119. Jiang, J. A conserved repetitive DNA element located in the centromeres of cereal chromosomes / J. Jiang, S. Nasuda, F. Dong, C. W.Scherrer, S. S. Woo, R. A. Wing, B. S. Gill, D. C. Ward // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1996. - № 93. - P. 14210-14213.

120. Jiang, J. Interphase fluorescence in situ hybridization: a physical mapping strategy for plant species with large complex genomes / J. Jiang, S.H. Hulbert, B.S. Gill, D.C. Ward // Mol. Gen.Genet. - 1996. - № 252. - P.497-502.

121. Jiang, J. Metaphase and interphase fluorescence in situ hybridization mapping of the rice genome with bacterial artificial chromosomes / J. Jiang, B. S. Gill, G. L. Wang, P. C. Ronald, D. C. Ward // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1995. - № 92.-P. 4487- 4491.

122. Jiang, J. Nonisotopic in situ hybridization and plant genome mapping: the first ten years / Jiang J, Gill BS // Genome. - 1994. - № 37. - P. 717-725.

123. Jones, J.A. Onions and their allies: botany, cultivation and utilization / J.A. Jones, I.K. Mann // Interscience, New York. - 1963. - № 18. - P. 286.

124. Jones, R. N. Nuclear DNA variation in Allium / R. N. Jones, H. Rees // Heredity. - 1968.-№23.-S. 591-605.

124

125. Kalendar, R. Genome evolution of wild barley (Hordeum spontaneum) by BARE-1 retrotransposon dynamics in response to sharp microclimatic divergence / R. Kalendar, J. Tanskanen , S. Immonen , E. Nevo, A. H. Schulman // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2000. - № 97(12). - P. 6603- 6607.

126. Kalkman, E. R. Analysis of the C-banded karyotype of ^4//zMw ce/%! L. Standard system of nomenclature and polymorphism / E. R. Kalkman // Genetica. - 1984.-№65.-P. 141-148.

127. Kamm, A. Analysis of a repetitive DNA family from Arabidopsis arensa and relationship between Arabidopsis species / A. Kamm // Plant Mol. Biol - 1995 -№27(5).-P. 853-862.

128. Kamm, A. Molecular and physical organization of highly repetitive, undermethylated DNA from Pennisetum glaucum / A. Kamm // Mol. Gen. Genet -1994 - № 244. - P. 420-425.

129. Kejnovsky, E. Retand: a novel family of gypsy-like retrotransposons harboring an amplified tandem repeat / E. Kejnovsky, Z. Kubat, J. Macas, R. Hobza, J. Mracek, B. Vyskot // Mol. Genet. Genomics. - 2006. - № 276. - P. 254263.

130. Khrustaleva, L. GISH to mitotic chromosomes of J/Zz'M/и / L. Khrustaleva // Plant Research International B.V. - 2002. - 5 p.

131. Khrustaleva, L. I. Localization of single-copy T-DNA insertion in transgenic shallots (Allium сера) by using ultra-sensitive FISH with tyramide signal amplification / L. I. Khrustaleva, C. Kik // Plant J. - 2001.- № 25. - P. 699- 707.

132. Khrustaleva, L. I. Introgression of Allium fistulosum into А. сера mediated by A. roylei / L. I. Khrustaleva, C. Kik // Theor Appl Genet. - 2000. - № 96,1. 1. -P.17-26.

133. Khrustaleva, L. I. Cytogenetical studies in the bridge cross Allium серах (A. fistulosum X A. roylei) / L. I. Khrustaleva, C. Kik // Theor Appl Genet. - 1998. -№96.-P. 8-14.

125

134. Kim, U. J. Construction and characterization of a human bacterial artificial chromosome library / U. J. Kim, B. W. Birren, T. Slepak, V. Mancino, C. Boysen, H. L. Kang, M. I. Simon, H. Shyzuya// Genomics. - 1996. -№ 34. -P. 213-218.

135. Klukowska, J. Characterization and mapping of canine microsatellites isolated from ВАС clones harbouring DNA sequences homologous to seven human genes / J. Klukowska, I. Szczerbal, A. Wengi-Piasecka, M. Switonski, C. Schelling, A. Gmur, G. Dolf // AnimGenet. - 2004. - № 35. - P. 404- 407.

136. Kordis, D. A genomic perspective on the chromodomain-containing retrotransposons: chromoviruses / D. Kordis // Gene. - 2005. - № 347. - P. 161173.

137. Kuhn, G. C. S. The 1.688 repetitive DNA of Drosophila: concerted evolution at different genomic scales and association with genes / G. C. S. Kuhn, H. Kuttler, O. Moreira-Filho, J. S. Heslop-Harrison // Molecular Biology and Evolution.-2012.-№ 29.-P. 7-11.

138. Kuipers, G. J. Molecular cytogenetics of Alstroemeria: identification of parental genomes in interspecific hybrids and characterization of repetitive DNA families in constitutive heterochromatin / G. J. Kuipers, D. P. M. Van Os, J. H. De Jong, M. S. Ramanna // Chromosome Res. - 1997. - № 5. - P. 31-39.

139. Kulikova, O. Satellite repeats in the functional centromere and pericentromeric heterochromatin of Medicago truncatula / O. Kulikova, R. Geurts, M. Lamine, D. J. Kim, D. R. Cook, J. Leunissen, H. de Jong , B. A. Roe, T. Bisseling // Chromosoma. - 2004. - № 113. - P. 276-283.

140. Kumar, A. The Tyl-copia group of retrotransposons in plants: genomic organisation, evolution, and use as molecular markers / A. Kumar, S. R. Pearce, K. McLean, G. Harrison, J. S. Heslop-Harrison, R. Waugh, A. J. Flavell // Genetica. -1997.-№ 100.-P. 205-217.

126

141. Kumekawa, N. A new gypsy-type retrotransposon, RIRE7- preferential insertion into the tandem repeat sequence TrsD in pericentromeric heterochromatin regions of rice chromosomes / N. Kumekawa, N. Ohmido, K. Fukui, E. Ohtsubo, H. Ohtsubo // Mol. Genet. Genomics. - 2001. - № 265. - P. 480-488.

142. Kumekawa, N. Identification and phylogenetic analysis of gypsy-type retrotransposons in the plant kingdom / N. Kumekawa, E. Ohtsubo, H. Ohtsubo // Genes Genetic Syst. - 1999. - № 74. - P. 299- 307.

143. Kumazawa, S. Negi (Japanese bunching onion) / S. Kumazawa, H. Katsumata // In: Kumazawa S. (ed.) Sosai-engei kakuron (vegetable crops), Yokendo Press, Tokyo. - 1965. - P. 280-289. (in Japanese)

144. Kuo H.F. Natural variation in a subtelomeric region of Arabidopsis: implications for the genomic dynamics of a chromosome end / H. F. Kuo, К. M. Olsen, E. J. Richards // Genetics. - 2006. - № 173(1). - P. 401-417.

145. Lapitan, N. L. V. FISH physical mapping with barley ВАС clones / N. L. V. Lapitan, S. E. Brown, W. Kennard, J. L. Stephens, D. L. Knudson // Plant J. -1997.- №11.-P. 149-156.

146. Lee, H. R. Chromatin immunoprecipitation cloning reveals rapid evolutionary patterns of centromeric DNA in Oryza species / H. R. Lee, W. Zhang, T. Langdon, W. W. Jin, H. Yan, Z. Cheng, J. Jiang // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2005. -№102.-P. 11793-11798.

147. Leeb, T. A human-horse comparative map-based on equine ВАС end sequences / T. Leeb, C. Vogl, B. Zhu, P. J. de Jong, M. Binns, B. Chowdhary, M. Scharfe, M. Jarek, G. Nordsiek, F. Schrader, H. Blocker // Genomics. - 2006. - № 87.-IP. 772-776.

148. Leitch, I. J. Physical mapping of plant DNA sequences by simultaneous in situ hybridization of two differently fluorescent probes /1. J.Leitch, A. R. Leitch, J.

S. Heslop-Harrison // Genome. - 1991. - № 34. - P. 928-932.

127

149. Levis, R. W. Transposons in place of telomeric repeats at a Drosophila telomere / R. W. Levis, R. Ganesan, K. Houtchens, L. A. Tolar, F. M. Sheen // Cell.- 1993.-№75.- P. 1083-1093.

150. Li, B. Wheat centromeric retrotransposons: the new ones take a major role in centromeric structure / B. Li, F. Choulet, Y. Heng, W. Hao, E. Paux, Z. Liu, W. Yue, W. Jin, C. Feuillet, X. Zhang // Plant J. - 2013. - № 73(6). - P. 952- 965.

151. Lieb, J. D. Promoter-specific binding of Rapl revealed by genome-wide maps of protein-DNA association / J. D. Lieb, X. Liu, D. Botstein, P. O. Brown // Nat. Genet. - 2001. -№ 28. -P. 327-334.

152. Lim, К. B. Characterization of the centromere and peri-centromere retrotransposons in Brassica rapa and their distribution in related Brassica species /

К. B. Lim, T. J. Yang, Y. J. Hwang, J. S. Kim , J. Y. Park , S. J. Kwon , J. Kim , B. S. Choi, M. H. Lim , M. Jin , H. I. Kim , H. de Jong, I. Bancroft, Y. Lim, B. S. Park // Plant J. - 2007. - № 49. - P. 173-183.

153. Liu, Z. Structure and dynamics of retrotransposons at wheat centromeres and pericentromeres / Z. Liu, W. Yue, D. Li, R. Wang, X. Kong, K. Lu, G. Wang, Y. Dong, W. Jin, X. Zhang // Chromosoma. - 2008. - № 117. - P. 445-456.

154. Llorens, C. The Gypsy Database (GyDB) of Mobile Genetic Elements: Release 2.0 / C. Llorens, R. Futami, L. Covelli, L. Dominguez-Escriba, J. M. Viu, D. Tamarit, J. Aguilar-Rodriguez, M. Vicente-Ripolles, G. Fuster, G. P. Bemet, F. Maumus, A. Munoz-Pomer, J. M. Sempere, A. LaTorre, A. Moya // Nucleic Acids Research (NARESE). - 2011. -№ 39 (suppl 1). - D70-D74.

155. Lopes, С. C. Terminal long tandem repeats in chromosomes from Chironomus pallidivittatus / С. C. Lopes, L. Nielsen, J. E. Edstrom // Mol. Cell Biol. - 1996. - V. 16, № 7. - P. 3285-3290.

156. Louis, E. J. Are Drosophila telomeres an exception or the rule? / E. J. Louis //Genome Biology. - 2002. -№ 3(10). - Reviews 0007.1-0007.6.

157. Louis, E. J. The chromosome ends of Saccharomyces cerevisiae / E. J. Louis //Yeast. - 1995.-№ ll.-P. 1553-1573.

128

158. LTR retrotransposons. - Режим доступа: http:/7tu-

dresden.de/die_tu_dresden/fakultaeten/fakultaet_mathematik_und_naturwissensch aften/fachrichtung_biologie/botanik/zellmolbiopflanzen/forschung/LTR%20Retrot ransposons.

159. Lucigen. - Режим доступа: http://lucigen.com/store/Random-Shear-Custom-BAC-Libraries.html

160. Luo, M. C. A high-throughput strategy for screening of bacterial artificial chromosome libraries and anchoring of clones on a genetic map constructed with single nucleotide polymorphisms / M. C. Luo, K. Xu, Y. Ma, K. R. Deal, С. M. Nicolet, and J. Dvorak // BMC Genomics. - 2009. - № 10. - P. 28.

161. Lysak, M. A. Chromosome painting in Arabidopsis thaliana / M. A. Lysak, P. F. Fransz , H. В. M. Ali, I. Schubert // Plant J. - 2001. - № 28(6). - P. 689-697.

162. Ma, J. Analyses of LTR-retrotransposon structures reveal recent and rapid genomic DNA loss in rice / J. Ma, К. M. Devos, J. L. Bennetzen // Genome Research. - 2004. - № 14(5). - P. 860-869.

163. Macas, J. Next generation sequencing-based analysis of repetitive DNA in the model dioecious plant Silene latifblia / J. Macas, E. Kejnovsky, P. Neumann, P. Novak, A. Koblizkova, B. Vyskot // PLoS One. - 2011. - № 6(11). - e27335.

164. Manuelidis, L. A view of interphase chromosomes / L. Manuelidis // Science. - 1990.-№250.-P. 1533-1540.

165. Martin,G.B. Map-based cloning of a protein kinase gene conferring disease resistance in tomato / G.B.Martin, S. H. Brommonschenkel, J. Chunwongse, A. Frary, M. W. Ganal, R. Spivey, T. Wu, E. D. Earle, S. D. Tanksley // Science. -1993.-№252.- P. 1432-1438.

166. Mason, J. M. The unusual telomeres of Drosophila / J. M. Mason, H. Biessmann // Trends Genet. - 1995. - № 11. - P. 58-62.

167. McClintock, B. The stability of broken ends of chromosomes in Zea mays / B. McClintock // Genetics. - 1941. -№ 26. -P. 234-282.

129

168. McPherson, J. D. A physical map of the human genome / J. D. McPherson, M. Marra, L. Hillier, R. H. Waterston et al. // Nature. - 2001. - V. 409, № 6822. -P.934-941.

169. Mefford, H. C. The complex structure and dynamic evolution of human subtelomeres / H. C. Mefford, B. J. Trask // Nat. Rev. Genet. - 2002. - № 3. - P. 91-102.

170. Messing, J. Sequence composition and genome organization of maize / J. Messing, A. K.Bharti, W. M. Karlowski, H. Gundlach, H. R. Kim, Y. Yu, F. Wei, G. Fuks, C. A. Soderlund, K. F. X. Mayer, R. A. Wing // Proc. Natl Acad. Sci. -2004.-№ioi.- P. 14349-14354.

171. Meyne, J. Conservation of the human telomere sequence (TTAGGG)n among vertebrates / J. Meyne, R. L. Ratliff, R. K. Moyzis // Proceedings of the National Academy of Science. - 1989. -№ 86. -P. 7049-7053.

172. MGEL's "Dixie Pix". Режим доступа:

http ://www.mgel .msstate. edu/dna_l ibs .htm

173. Miller, J.T. Cloning and characterization of a centromerespecific repetitive DNA element from Sorghum bicolor / J. T. Miller // Theor. Appl. Genet. - 1998a. -№96.-P. 832-839.

174. Miller, J.T. Retrotransposon-related DNA sequences in the centromeres of grass chromosomes / J. T. Miller, F. Dong, S. A. Jackson, J. Song, J. Jiang // Genetics. - 1998b.-№ 150.- 1615-1623.

175. Moffht, A.S. Transposons help sculpt a dynamic genome / A. S. Moffat // Science. - 2000. - № 289. - P. 1455-1457.

176. Morin, G. B. The telomeres of the linear mitochondrial DNA of Tetrahymena thermophyla consist of 53 bp tandem repeats / G. B. Morin, T. R. Cech // Cell. - 1986. - № 46. - P. 873- 883.

177. Moullet, O. Construction and characterization of a large DNA insert library from the D genome of wheat / O. Moullet, H. B. Zhang, E. S. Lagudah // Theor. Appl. Genet. - 1999.-№99.-P. 305-313.

130

178. Muller, H. J. The re-making of chromosomes / H. J. Muller // Collecting Net, Woods Hole. - 1938. - № 13. - P. 181-198.

179. Nagaki, K. Chromosome dynamics visualized with an anti-centromeric histone H3 antibody in allium / K. Nagaki, M. Yamamoto, N. Yamaji, Y. Mukai, M. Murata//PLoS One. -2012a. -№ 7(12). -e51315.

180. Nagaki, K. Isolation of centromeric-tandem repetitive DNA sequences by chromatin affinity purification using a HaloTag7-fused centromere-specific histone H3 in tobacco / K. Nagaki, F. Shibata, A. Kanatani, K. Kashihara, M. Murata // Plant Cell Reports. -2012b.-V. 31, №4.-P. 771-779.

181. Nagaki, K. Structure, divergence, and distribution of the CRR centromeric retrotransposon family in rice / K. Nagaki, P. Neumann, D. F. Zhang, S. Ouyang, C. R. Buell, Z. K. Cheng, J. M. Jiang // Mol. Biol. Evol. - 2005a. - № 22. - P. 845-855.

182. Nagaki, K. Characterization of CENH3 and centromere- associated DNA sequences in sugarcane / K. Nagaki, M. Murata // Chromosome Res. - 2005b. - № 13.-P. 195-203.

183. Nagaki, K. Sequencing of a rice centromere uncovers active genes / Nagaki, Z. Cheng, S. Ouyang, P. B. Talbert, M. Kim, К. M. Jones, S. Henikoff, C. R. Buell, J. Jiang // Nat. Genet. - 2004. - № 36. - P. 138-145.

184. Nagaki, K. Molecular and cytological analyses of large tracks of centromeric DNA reveal the structure and evolutionary dynamics of maize centromeres / K. Nagaki, J. Song, R. M. Stupar, A. S. Parokonny, Q. Yuan, S. Ouyang, J. Liu, J. Hsiao, К. M. Jones, R. K. Dawe, C. R. Buell, J. Jiang // Genetics. - 2003a. - № 163.-P. 759-770.

185. Nagaki, K. Chromatin immunoprecipitation reveals that the 180-bp satellite repeat is the key functional DNA element of Arabidopsis thaliana centromeres / K. Nagaki, P. B. Talbert, С. X. Zhong, R. K. Dawe, S. Henikoff, J. Jiang // Genetics. - 2003b.-№ 163.-P.1221-1225.

131

186. Narayan, R. К. J. Constraints upon the organization and evolution of chromosome in Allium / R. K. J. Narayan // Theor. Appl. Genet. - 1988. - № 75. -P.319-329.

187. NCBI, А серя. - Режим доступа:

http ://www. ncbi .nlm. nih. go v/nucgss/?term=all ium+cepa

188. NCBI BLAST. - Режим доступа: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.

189. NCBI vecscreen. - Режим доступа:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/vecscreen/.

190. NCBI BLASTN. - Режим доступа:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST PROGRAM S=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LO C=blasthome.

191. NCBI BLASTX. - Режим доступа:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&BLAST_PROGRAM S=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC =&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE=blastn.

192. Netzer, D. Greenhouse technique to evaluate pink root disease caused by Pyrenochaeta terrestris / D. Netzer, H. D. Rabinowitch, C. Weintal // Euphytica. -1985.-№34.-P. 385-391.

193. Neumann, P. Plant centromeric retrotransposons: a structural and cytogenetic perspective / P. Neumann, A. Navratilova, A. Koblizkova, E. Kejnovsky, E. Hribova, R. Hobza, A. Widmer, J. Dolezel, J. Macas // Mob. DNA. -2011.-№ 2(1).-P. 4.

194. Nielsen, L. Complex telomere-associated repeat units in members of the genus Chironomus evolve from sequences similar to simple telomeric repeats / L. Nielsen, J. E. Edstrom // Molecular and Cell Biology. - 1993. - № 13. - P. 15831589.

132

195. Novak, P. Graph-based clustering and characterization of repetitive sequences in next-generation sequencing data / P. Novak, P. Neumann, J. Macas // BMC bioinformatics. - 2010. - № 11(1). - P. 378.

196. Ohmido, N. Physical mapping of unique nucleotide sequences on identified rice chromosomes / N. Ohmido, Y. Akiyama, K. Fukui // Plant Mol Biol. - 1998. -№38(6). -P. 1043-1052.

197. Okazaki, S. Identification of a pentanucleotide telomeric sequence, (TTAGG)n, in the silkworm Bombyx mori and in other insects / S. Okazaki, K. Tsuchida, H. Maekawa, H. Ishikawa, H. Fujiwara // Molecular and Cell Biology. -1993.-№13.- P. 1424-1432.

198. Pardue, M. L. Drosophila telomere transposons: genetically active elements in heterochromatin / M. L. Pardue, P. G. Debaryshe // Genetica. - 2000. -V. 109, № 1-2.-P. 45- 52.

199. Pardue, M. L. Drosophila telomeres: two transposable elements with important roles in chromosomes / M. L. Pardue, P. G. Debaryshe // Genetica. -

1999.-№107.P. 189- 196.

200. Pardue, M. L. In Telomeres / M. L. Pardue, (ed.) E. H. Blackbum, , C. W. Greider //Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York. - 1995. - P. 339-370.

201. Paux, E. Physical mapping in large genomes: accelerating anchoring of ВАС contigs to genetic maps through in silico analysis / E. Paux, F. Legeai, N. Guilhot, A.-F. Adam-Blondon, M. Alaux, J. Salse, P. Sourdille, P. Leroy, C. Feuillet // Functional and Integrative Genomics. - 2008. - V. 8, № 1. - P. 29-32.

202. pBeloBACll vector. - Режим доступа:

http://www.snapgene.com/resources/plasmid_files/basic_cloning_vectors/pBeloB AC 11/.

203. pCCIBAC vector. - Режим доступа:

http://genomeprojectsolutions.com/pdfs/pcclBAC.pdf.

133

204. Pearce, S. R. The Tyl-copia group retrotransposons of Allium сера are distributed throughout the chromosomes but are enriched in the terminal heterochromatin / S. R. Pearce, U. Pich, G. Harrison, A. J. Flavell, J. S. Heslop-Harrison, I. Schubert, A. Kumar // Chromosome Res. - 1996. - № 4. - P. 357364.

205. Peterson, D.G. Localization of single- and low-copy sequences on tomato synaptonemal complex spreads using fluorescence in situ hybridization (FISH) / D.

G. Peterson, N. L. V. Lapitan, S. M. Stack // Genetics. - 1999. - № 152. - P. 427439.

206. Pich, U. Terminal heterochromatin and alternative telomeric sequences in

Allium сера / U. Pich, I. Schubert // Chromosome Res. - 1998. - № 6. - P. 315321. ,

207. Pich, U. How do Alliaceae stabilize their chromosome ends in the absence of TTTAGGG sequnces / U. Pich, J. Fuchs, I. Schubert // Chromosome Res. - 1996a. -№4(3).-P. 207-213.

208. Pich, U. Closely related Allium species (Alliaceae) share a very similar satellite sequences / U. Pich, R. Fritsch, I. Shubert // Plant Syst. Evol. - 1996b. -№202.-P. 255-264.

209. Pijnacker, L. P. Giemsa C-banding of potato chromosomes / L. P. Pijnacker, M. A. Ferwerda// Can. J. Genet. Cytol. - 1984. -№ 26. -P. 415-419.

210. Presting, G. G. A Ty3/gypsy retrotransposon-like sequence localizes to the centromeric regions of cereal chromosomes / G. G. Presting, L. Malysheva, J. Fuchs, I. Schubert // Plant J. - 1998. - № 16. - P. 721-728.

211. Primer3. - Режим доступа: http://frodo.wi.mit.edu/.

212. Pryde, F. E. Chromosome ends: all the same under their caps / F. E. Pryde,

H. C. Gorham, E. J. Louis // Curr. Opin. Genet. Dev. - 1997. - № 7. - P. 822-828.

213. Qi, L. L. Sequence organization and evolutionary dynamics of Brachypodium-specific centromere retrotransposons / L. L. Qi, J. J. Wu, B.

134

Friebe, C. Qian, Y. Q. Gu, D. L. Fu, B. S. Gill // Chromosome Res. - 2013. - № 21(5).-P. 507-521.

214. Raskina, O. Repetitive DNA and chromosomal rearrangements: speciation-related events in plant genomes / O. Raskina, J. C. Barber, E. Nevo, A. Belyayev // Cytogenetic and genome research. - 2008. - № 120 (3-4). - P. 351- 357.

215. Repeat Explorer. - Режим доступа: http://repeatexplorer.umbr.cas.cz/

216. Reeves, A. Micromeasure for Windows, Version 3.2. / A. Reeves, J.Tear // 1999. - Режим доступа: http://www.colostate.edu/Depts/Biology/MicroMeasure.

217. Renauld, H. Silent domains are assembled continuously from the telomere and are defined by promoter distance and strength, and by SIR3 dosage / H. Renauld, О. M. Aparicio, P. D. Zierath, B. L. Billington, S. K. Chhablani, D. E. Gottschling // Genes Dev. - 1993. - № 7. - P. 1133-1145.

218. Renny-Byfield, S. Independent, Rapid and Targeted Loss of Highly

Repetitive DNA in Natural and Synthetic Allopolyploids of Л7с<9/7л/м / S.

Renny-Byfield, A. Kovarik, M. Chester, R. A. Nichols, J. Macas, P. Novak, A. R. Leitch // Pios one. - 2012. - V. 7, № 5. - e36963.

219. Richards, E. J. Isolation of a higher eucariotic telomere from Arabidopsis thaliana / E. J. Richards, F. M. Ausubel // Cell. - 1988. - № 53. - P. 127-136.

220. Ricroch, A. Evolution of genome size across some cultivated Allium species / A. Ricroch, R. Yockteng, S. C. Brown, S. Nadot // Genome. - 2005. - № 48(3). -P.511-520.

221. Rieseberg, L. H. Chromosomal rearrangements and speciation / L. H. Rieseberg // Trends in Ecology & Evolution. - 2001. -№ 16(7). -P. 351-358.

222. Roder, M. S. Genetic and physical mapping of barley telomeres / M. S. Roder, N. L. V. Lapitan, M. E. Sorrells, S. D. Tanksley // Mol. Gen. Genet. - 1993. -.№ 238.- P. 294-303.

223. Rogers, S. O. Exctraction of DNA from plant tisues / S. O. Rogers, A. J. Bendich // Plant. Mol. Biol. - 1988. - № 6. - P. 1- 10.

135

224. Round, E К. Arabidopsis thaliana centromere regions: genetic map positions and repetitive DNA structure / E. K. Round, S. K. Flowers, E. J. Richards // Genome Res. - 1997. - № 7. - P. 1045-1053.

225. Royle, N. J. A subterminal satellite located adjacent to telomeres in chimpanzees is absent from the human genome / N. J. Royle, D. M. Baird, A. J. Jeffreys // Nat. Genet. - 1994. - № 6. - P. 52-56.

226. Rudd, M. K. Analysis of the centromeric regions of the human genome assembly / M. K. Rudd, H. F. Willard // Trends Genet. - 2004. - № 20(11). - P. 529-533.

227. Sahara, K. TTAGG telomeric repeats in chromosomes of some insects and other arthropods / K. Sahara, F. Marec, W. Traut // Chromosome Research. - 1999. - № 7. - P. 449-460.

228. SanMiguel, P. Nested retrotransposons in the intergenic regions of the maize genome / P. SanMiguel, A. Tikhonov, Y. K. Jin N. Motchoulskaia, D. Zakharov, A. Melake-Berhan, P. S. Springer*, K. J. Edwards, M.Lee, Z. Avramova, J. L. Bennetzen // Science. - 1996. - № 274. - P. 765-768.

229. Schmidt, T. Genomes, genes and junk: the large scale organization of plant chromosomes / T. Schmidt, J. S. Heslop-Harrison // Trends in Plant Science. -1998.-№3.- P. 195-199.

230. Seo, В. B.Identification of a tandemly repeated DNA sequence using combined RAPD and FISH in welsh onion (allium Fistulosum) / В. B. Seo, G. S. Do, S. H. Lee // Korean Journal of Biological Sciences. - 1999. - V. 3, № 1. - P. 69-72.

231. Sergeeva, E. M. Evolutionary analysis of the CACTA DNA-transposon Caspar across wheat species using sequence comparison and in situ hybridization / E. M. Sergeeva, E. A. Salina, I. G. Adonina, B. Chalhoub // Mol. Genet. Genomics. - 2010. - V. 284, № 1. - P. 11-23.

232. Shang, W. H. Chickens possess centromeres with both extended tandem repeats and short non-tandem repetitive sequences / W. H. Shang, T. Hori, A.

136

Toyoda, J. Kato, K. Popendorf, et al. // Genome Research. - 2010. - № 20. - P. 1219-1228.

233. Sharma, A. Centromeric retrotransposon lineages predate the maize/rice divergence and differ in abundance and activity / A. Sharma, G. G. Presting // Mol. Genet. Genomics. - 2008. - № 279. - P. 133- 147.

234. Shi, X. A pair of new ВАС and BIBAC vectors that facilitate BAC/BIBAC library construction and intact large genomic DNA insert exchange /X. Shi, H. Zeng, Y. Xue, M. Luo // Plant Methods. - 2011. - № 7. - P. 33.

235. Shizuya, H. Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using an F-factor-based vector / H. Shizuya, B. Birren, U.J. Kim, V. Mancino, T. Slepak, Y. Tachiiri, M. Simon // Proceedings National Academy of Science. - 1992. - № 89. - P. 8794- 8797.

236. Schmidt, T., Heslop-Harrison, J. S. Genomes, genes and junk: the large-scale organization of plant chromosomes / T. Schmidt, J. S. Heslop-Harrison // Trends Plant Sci. - 1998. - № 3. - P. 195- 199.

237. Solovyev, V. Automatic annotation of eukaryotic genes, pseudogenes and promoters / V. Solovyev, P. Kosarev, I. Seledsov, D. Vorobyev // Genome Biol. -2006.-№7, Suppl l.-P. 10.1-10.12.

238. Song, J. Construction of a bacterial artificial chromosome (ВАС) library for potato molecular cytogenetics research / J. Song, F. Dong, J. Jiang // Genome. -

2000. - № 43(1). - P. 199-204.

239. Stein, N. Subgenome chromosome walking in wheat: A 450-kb physical contigin Triticum monococcum L. spans the LrlO resistance locus in hexapioid wheat (Triticumaestivum L.) / N. Stein, C. Feuillet, T. Wicker, E. Schlagenhauf, B. Keller//Proc. Natl. Acad. Sci.-2000.-№97.-P. 13436- 13441.

240. Suja, J. A. The telochore: a telomeric differentiation of the chromosome axis / J. A. Suja, J. S. Rufas // Chromosome Res. - 1994. - № 2(5). - P. 361- 368.

137

241. Suoniemi, A. Gypsy-like retrotransposons are widespread in the plant kingdom / A. Suoniemi, J. Tanskanen, A. H. Schulman // Plant J. - 1998. - № 13. -P. 699-705.

242. Suoniemi, A. BARE-1 insertion site preferences and evolutionary conservation of RNA and cDNA processing sites / A. Suoniemi, D. Schmidt, A. H. Schulman // Genetica. - 1997. - № 100. - P. 219-230.

243. Suzuki, G. ВАС FISH analysis in Allium сера / G. Suzuki, A. Ura, N. Saito, G. S. Do, В. B. Seo, M. Yamamoto, Y. Mukai // Genes Genet Syst. - 2001. - № 76(4).-P. 251-255.

244. Suzuki, K. Characterization of telomere DNA among five species of pteridophytes and bryophytes / K. Suzuki // Journal of Bryology. - 2004. - № 26. -P.175-180.

245. Swaminathan, K. Global repeat discovery and estimation of genomic copy number in a large, complex genome using a high-throughput 454 sequence survey /

K. Swaminathan, K. Varala, M. E. Hudson // BMC genomics. - 2007. - № 8. - P. 132.

246. Sykorova, E. Minisatellite telomeres occur in the family Alliaceae but are lost in Allium / E. Sykorova, J. Fajkus, M. Meznikova, K.Y. Lim, K. Neplechova, F.R. Blattner, M.W. Chase, A. R. Leitch // Am. J. Bot. - 2006. - № 93(6). - P. 814-823.

247. Sykorova, E. Asparagales telomerases which synthesize the human type of telomeres / E. Sykorova, , A. R. Leitch, J. Fajkus // Plant Molecular Biology. -2006.-№ 60.- P. 633-645.

248. Sykorova, E. The absence of Arabidopsis-type telomeres in Cestrum and closely related genera Vestia and Sessea (Solanaceae): first evidence from eudicots / E. Sykorova, K.Y. Lim, M.W. Chase, S. Knapp, I. J. Leitch, A. R. Leitch, J. Fajkus // Plant Journal. - 2003a. - № 34. - P. 283-291.

138

249. Sykorova, E. The signature of the Cestrum genome suggests an evolutionary response to the loss of (TTTAGGG)(n) telomeres / E. Sykorova, K.Y. Lim, J. Fajkus, A. R. Leitch // Chromosoma. - 2003b. - № 112. - P. 164-172.

250. Sykorova, E. Telomere variability in the monocotyledonous plant order Asparagales / E. Sykorova, K.Y. Lim, Z. Kunicka, M. W. Chase, M. D. Bennett, J. Fajkus, A. R. Leitch // Proc. R. Soc. Lond. В Bio. - 2003c. - № 270. - P. 18931904.

251. Szinay, D. High-resolution chromosome mapping of BACs using multicolour FISH and pooled-BAC FISH as a backbone for sequencing tomato chromosome 6/D. Szinay, S. B. Chang, L. Khrustaleva, S. Peters, E. Schijlen, Y. Bai, W. J. Stiekema, R. C. van Ham, H. de Jong, R. M. Klein Lankhorst // Plant J.

- 2008. - № 56(4). - P. 627-637.

252. Tao, Q. Cloning and stable maintenance of DNA fragments over 300 kb in Escherichia coli with conventional plasmid-based vectors / Q. Tao, H. B. Zhang // Nucleic Acids Research. - 1998. - № 26(21). - P. 4901-4909.

253. Tao, Q. Con- struction of a full bacterial artificial chromosome (ВАС) library of Oryza sativa genome / Q. Tao, H. Zhao, L. Qiu, G. Hong // Cell Res. -1994.-№ 4.-P. 127-133.

254. Тек, A. L. Functional centromeres in soybean include two distinct tandem repeats and a retrotransposon / A. L. Тек, К. Kashihara, M. Murata, K. Nagaki // Chromosome Res. - 2010. - № 18. - P. 337-347.

255. Thompson, J. K. The chromosomal organization of the Plasmodium falciparum var gene family is conserved / J. K. Thompson, J. P. Rubio, S. Caruana, A. Brockman, M. E. Wickham, A. F. Cowman // Mol. Biochem. Parasitol. - 1997.

- № 87. - P. 49-60.

139

256. Tsukahara, S. Centromere-targeted de novo integrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata / S. Tsukahara, A. Kawabe, A. Kobayashi, T. Ito, T. Aizu, T. Shin-i, A. Toyoda, A. Fujiyama, Y. Tarutani, T. Kakutani // Genes Dev. - 2012. - 26(7). - P. 705-713.

257. Van der Meer, Q.P. Improving the onion crop (Allium сера L.) by transfer of characters from Allium fistulosum L. / Q. P. Van der Meer, J. L. Bennekom van // Biul Warzywniczy. - 1978. - № 22. - P. 87-91.

258. Van Prooijen-Knegt, A. C. In situ hybridization of DNA sequences in human metaphase chromosomes visualized by an indirect fluorescent immunocytochemical procedure / A. C. Van Prooijen-Knegt, J. F. Van Hoek, J. G. Bauman, P. Van Duijn, I. G. Wool, M. Van der Ploeg // Exp. Cell Res. - 1982. -№ 141(2).-P. 397^107.

259. Velasco, R. The golden delicious apple genome: an international whole genome sequencing initiative / R. Velasco // In Plant and Animal Genomes XVII. San Diego, CA. - 2009.

260. Velasco, R. Apple genome sequencing and post-genomic program at IASMA research center / R. Velasco, A. Zharkikh, M. Troggio, S. Salvi, M. Pindo // In Plant and Animal Genomes XVII. San Diego, CA. - 2009.

261. Velasco, R. A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety / R. Velasco, A. Zharkikh, M. Troggio, , D. A. Cartwright, A. Cestaro et al. // PLoS ONE. - 2007. - № 2. - el326.

262. Vershinin, A. V. The large-scale genomic organization of repetitive DNA families at the telomeres of rye chromosomes / A. V. Vershinin, T. Schwarzacher,

J. S. Heslop-Harrison // Plant Cell. - 1995. - № 7. - P. 1823-1833.

263. Vitkova, M. The evolutionary origin of insect telomeric repeats, (TTAGG)n / M. Vitkova, J. Kral, W. Traut, J. Zrzavy, F. Marec // Chromosome Research. -2005.-№ 13.- P. 145-156.

140

264. Vitte, C. Young, intact and nested retrotransposons are abundant in the onion and asparagus genomes / C. Vitte, M. C. Estep, J. Leebens-Mack, J. L. Bennetzen // Ann. Bot. - 2013. - № 112(5). - P. 881-889.

265. Vitte, C. Analysis of retrotransposon structural diversity uncovers properties and propensities in angiosperm genome evolution / C. Vitte, J. L. Bennetzen // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2006. - № 103. - P. 1763817643.

266. Vitte, C. LTR retrotransposons and flowering plant genome size: emergence of the increase/decrease model / C. Vitte, O. Panaud // Cytogenet. Genome Res. -2005.-№110.-P. 91-107.

267. Vitte, C. Formation of solo-LTRs through unequal homologous recombination counterbalances amplifications of LTR retrotransposons in rice Oryza sativa L. // C. Vitte, O. Panaud // Mol. Biol. Evol. - 2003. - № 20(4). - P. 528-40.

268. Vries, J. N. de. Onion chromosome nomenclature and homoeology relationships - workshop report / J. N. de Vries // Euphytica. - 1990. - № 49. - P. 1-3.

269. Vu, G. T. H. A simple, high throughput method to locate single copy sequences from Bacterial Artificial Chromosome (ВАС) libraries using High Resolution Melt analysis / G. T. H. Vu, P. D. S. Caligari, M. J. Wilkinson // BMC Genomics.-2010.-V. 11,№ l.-P. 301.

270. Wang, G. L. Construction of a rice bacterial artificial chromosome library and identification of clones linked to the Xa-21 disease resistance locus / G. L. Wang, T. E. Holsten, W. Y. Song, H. P. Wang, P. C. Ronald // Plant J. - 1995. -№ 7.-P. 525-533.

271. Wang, S. S. Telomere-telomere recombination provides an express pathway for telomere acquisition / S. S. Wang, V. A. Zakian // Nature. - 1990. - № 345. -P.456-458.

141

2 /2. Weber, В. Nested Ty3-gypsy retrotransposons of a single Beta procumbens

centromere contain a putative chromodomain / B. Weber, T. Schmidt //

Chromosome Research. -2009. -V. 17, №3.-P. 379-396.

273. Wicker, T. A whole-genome snapshot of 454 sequences exposes the composition of the barley genome and provides evidence for parallel evolution of genome size in wheat and barley / T. Wicker, S. Taudien, A. Houben, B. Keller, A. Graner, M. Platzer, N. Stein // Plant J. - 2009. - V. 59, № 5. - P. 712-722.

274. Wicker, T. A unifi ed classification system for eukaryotic transposable elements / T. Wicker, F. Sabot, A. Hua-Van, J. L. Bennetzen, P. Сару, B. Chalhoub, A. Flavell, P. Leroy, M. Morgante, O. Panaud, E. Paux, P. SanMiguel, A. H. Schulman // Nat. Rev. Genet. - 2007. - V. 8, № 12. - P. 973-982.

275. Wild, J. Conditionally amplifiable BACs: switching from single-copy to high-сору vectors and genomic clones / J. Wild, Z. Hradecna, W. Szybalski // Genome Res. - 2002 - № 12(9) - P. 1434-1444.

276. Wilkins, T.A. The sequencing and resequencing of cotton / T. A. Wilkins, J. Mudge, N. Abidi, R. Allen, D. Auld // In Plant and Animal Genomes XVII. San Diego, CA. - 2009.

277. Woo, S. S. Construction and characterization of a bacterial artificial

chromosome library of Sorghum bicolor / S. S. Woo, J. Jiang, B. S. Gill, A. H. Paterson, R. A. Wing //Nucl. Acids Res. - 1994. - № 22. - P. 4922-4931.

278. Wostemeyer, J. Repetitive DNA elements in fungi (Mycota): impact on genomic architecture and evolution / J. Wostemeyer, A. Kreibich // Curr. Genet. -2002.-№41.-P. 189- 198.

279. Wu, K. S. Genetic and physical mapping of telomeres and Microsatellites of rice / K. S. Wu, S. D. Tanksley // Plant Mol. Biol. - 1993a. - № 22. - P. 861-72.

280. Wu, K. S. PFGE analysis of the rice genome: estimation of fragments sizes, organization of repetitive sequences and relationship between genetic and distances / K. S. Wu, S. D. Tanksley // Plant Mol. Biol. - 1993b. - № 23(2). - P. 243-254.

142

281. Xu, J. High resolution physical mapping of 45S (5.8S, 18S and 25S) rDNA geneloci in the tomato genome using a combination of karyotyping and FISH of pachytene chromosomes / J. Xu, E.D. Earle // Chromosoma. - 1996. - № 104. - P. 545- 550.

282. Yim, Y. S. А ВАС pooling strategy combined with PCR-based screenings in a large, highly repetitive genome enables integration of the maize genetic and physical maps / Y. S. Yim, P. Moak, H. Sanchez-Villeda T. A. Musket, P. Close, P. E Klein, J. E. Mullet, M.D. McMullen, Z. Fang, M.L. Schaeffer, J. M. Gardiner, E. H. Coe, G. L. Davis // BMC Genomics. - 2007. - № 8. - P. 47.

283. Yim, Y.S. Characterization of three maize bacterial artificial chromosome libraries toward anchoring of the physical map to the genetic map using high-density bacterial artificial chromosome filter hybridization / Y. S. Yim, G. L. Davis, N. A. Duru, T. A. Musket, E. W. Linton, J. W. Messing, M. D. McMullen, C. A. Soderlund, M. L. Polacco, J. M. Gardiner, E. H. Jr. Coe // Plant Physiol. -2002.-№ 130(4).-P. 1686-1696.

284. You, F. M. A new implementation of high-throughput Eve-dimensional clone pooling strategy for ВАС library screening / F. M. You, M. C. Luo, K. Xu,

K. R. Deal, O. D. Anderson, J. Dvorak // BMC Genomics. - 2010. - V. 11, № 1. -P.692.

285. Zakian, V. A. Telomeres: Beginning to Understand the End / V. A. Zakian // Science. - 1995. - V.270, № 5242. - P. 1601-1607.

286. Ziolkowski, P. A. FISH-mapping of rDNAs and Arabidopsis BACs on pachytene complements of selected Brassicas / P. A. Ziolkowski, J. Sadowski // Genome.-2002.-№ 45.-P. 189-197.

287. Zhang, H. B. Physical mapping of the rice genome with BACs / H. B. Zhang, R. A. Wing // Plant Mol. Biol. - 1997. - № 35. - P. 115-127.

143

288. Zhang, H. В. Construction and characterization of two rice bacterial artificial

chromosome libraries from the parents of a permanent recombinant inbred mapping population / H. B. Zhang, S. Choi, S. S.Woo, Z. Li, R.A. Wing // Mol. Breed. - 1996. - № 2. - P. 11-24.

289. Zhang, H. B. Preparation of megabase-size DNA from plant nuclei / H. B. Zhang, X. Zhao, X. Ding, A. H. Paterson, R.A. Wing // The Plant Journal - 1995. - V. 7,№ 1.-P.175-184.

290. Zhang, H. B. Map-based cloning in crop plants: tomato as a model system II. Isolation and characterization of a set of overlapping yeast artificial chromosomes encompassing the jointless locus / H. B. Zhang, G. B. Martin, S. D. Tanksley, R. A. Wing // Mol. Gen. Genet. - 1994. - № 244. - P. 613-521.

291. Zhang, P. ВАС-FISH in wheat identifies chromosome landmarks consisting of different types of transposable elements / Zhang P, Li W, Fellers J, Friebe B, Gill BS // Chromosoma. - 2004b. - № 112. - P. 288-299.

292. Zhang, Y. Structural features of the rice chromosome 4 centromere / Y. Zhang, Y. Huang, L. Zhang, Y. Li, T. Lu, Y. Lu, Q. Feng, Q. Zhao, Z. Cheng, Y. Xue, R. A. Wing, B. Han // Nucleic Acids Res. - 2004b. - № 32. - P. 2023-2030.

293. Zhang, Y. J. A family of complex tandem repeats in the telomeres of Chironomus pallidivittatus / Y. J. Zhang, I. Kamnert, С. C. Lopez, M. Cohn, J. E. Edstrom // Mol. Cell Biol. - 1994. - № 14(12). - P. 8028-8036.

294. Zhong, С. X. Centromeric retroelements and satellites interact with maize kinetochore protein CENH3 / С. X. Zhong, J. B. Marshall, C. Topp, R. Mroczek, A. Kato, K. Nagaki, J. A. Birchler, J. M. Jiang, R. K. Dawe // Plant Cell. - 2002. -№ 14.-P. 2825-2836.

295. Zhong, X.B. Preparation of tomato meiotic pachytene and mitotic metaphase chromosomes suitable for fluorescence in situ hybridization (FISH) / X. B. Zhong, J.H de Jong, P. Zabel // Chromosome Res. - 1996. - 4. - P. 24-28.

144

296. Zhu, T. Characterization and application of soybean YACs to molecular

cytogenetics / T. Zhu, L. Shi, R. P. Funke, P. M. Gresshoff, P. Keim // Moi. Gen.

Genet.- 1996. -№252.-P. 483—488.

297. Zwick, M. S. Physical mapping of the liguleless linkage group in Sorghum bicolor using rice RFLP-selected Sorghum BACs /M.S. Zwick, M. N. Islam-Faridi, D. G. Czeschin Jr., R. A. Wing, G. E. Hart, D. M. Stelly, H. J. Price // Genetics.- 1998.-№ 148.-P. 1983-1992.

298. Zwick, M.S. A rapid procedure for the isolation of COt-1 DNA from plants / M. S. Zwick, R. E. Hanson, T. D. McKnight // Genome. - 1997. - № 40. - P. 138142.

299. Будылин, M.B. Анализ распределения сайтов метилирования на хромосомах 6 и 8 Allium fistulosum L. с использованием антител к 5-метилцитозину / М. В. Будылин, А. Н. Сахарова, Г. Н. Андреева, Л. И. Хрусталёва // Известия ТСХА. - 2011. - № 4. - С. 73- 80.

300. Гавриш. - Режим доступа: http://www.gavrish.ru.

301. Дудченко, Л. Г. Пряно-ароматические и пряно-вкусовые растения: Справочник / Л. Г.Дудченко, А. С.Козьяков, В. В. Кривенко Отв. ред. К. М. Сытник. - К.: Наукова думка, 1989. - 304 с.

302. Киселева, А. В. сравнительный анализ субтеломерного гетерохроматина у Л/Ам/и уАУм/озми? L., Л/Ами? L. и Л/Л'м/л waAegz с использованием ВАС-FISH / А. В. Киселева, И. В. Киров, О. С. Павленко, Д. В. Романов, Л.И. Хрусталева // Известия ТСХА. -2013.-№6.-С. 23-31.

303. Киселева, А.В. Создание геномной ВАС библиотеки Allium fistulosum

L. для получения цитогенетических маркеров / А. В. Киселева, И. А. Фесенко, Л. И. Хрусталева // Известия ТСХА. - 2012. - № 6. - С. 31-39.

304. Сергеева, Е.М. Мобильные элементы и эволюция генома растений / Е.

M. Сергеева, Е. А. Салина // Вавиловский журнал генетики и селекции. -2011.-Т. 15,№2.-Р. 382-397.

145

305. Фесенко, И. А. Организация теломерной ДНК Allium fistulosum L.: диссертация кандидата биологических наук: 03.00.23, 03.00.15 / И. А. Фесенко. - М., 2005. - 109 с.

306. Фесенко, И. А. Изучение организации сателлитного повтора 378 п.н. в терминальном гетерохроматине Allium fistulosum / И. А. Фесенко, Л. И. Хрусталева, Г. И. Карлов //Генетика. - 2002. - Т. 38, № 7. - С. 894-903.

307. Хрусталева, Л. И. Молекулярно-цитогенетический анализ естественных и синтетических гибридов Allium fistulosum х А. сера / Л. И. Хрусталева, Л. Ю. Кан, И. В. Киров, А. А. Сальник // Известия ТСХА. - 2010. - № 4. - С. 12 -21.

146

СПИСОК ИЛЛЮСТРАТИВНОГО МАТЕРИАЛА

Рисунок 1. Схема ВАС вектора pSMART. ori2, repE, IncC - точки репликации (одна копия); oriV - индуцибельная точка репликации; par А,В,С- гены деления; Cmr - ген устойчивости к хлорамфениколу; cosN -сигнал упаковки lambda; Т - CloneSmart терминаторы транскрипции; sacB -ген сахаразы; /acZ - альфа пептидная часть гена бэта галактозидазы. Указано

приблизительное расположение праймеров для секвенирования и

терминаторов транскрипции (Lucigen)..............................12

Рисунок 2. Рестрикционная карта вектора BIB AC (Binary ВАС vector). 16