Канонические и неканонические последовательности эндогенного ретровируса МДГ4 (gypsy) в геноме дрозофилы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Котнова, Алина Петровна

• Котнова, Алина Петровна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Котнова, Алина Петровна

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).

2.1.Классификация мобильных элементов дрозофилы.

2.2. Строение ретротранспозонов.

2.2.1. Особенности строения не-ДКП-ретротранспозонов.

2.2.2. Структурная характеристика ДКП-ретротранспозонов. Ь

2.3. Роль ретротранспозонов в функционировании генома.

2.3.1. Ретротранспозоны как фактор поддержания целостности генома

2.3.2. Ретротранспозоны как фактор генетической изменчивости.

2.4. Ретротранспозон МДГ4 и генетическая нестабильность.

2.4.1. Структура ретротранспозона МДГ4.

2.4.1.1. Белковые продукты открытых рамок считывания МДГ4.

2.4.1.1.1. Ген gag и его продукты.

2.4.1.1.2. Ген pot и его продукты.

2.4.1.1.3. Ген env.

2.4.2. Генетическая нестабильность в мутаторной линии MS

Drosophila melanogaster.

2.4.3. «Активный» и «неактивный» варианты МДГ4.

2.4.4. Ген flamenco - регулятор транспозиции МДГ4.

2.4.5. Сравнение ретротранспозиционной активности двух вариантов МДГ4.

2.4.6. Распределение двух вариантов МДГ4 в различных линиях Drosophila melanogaster.

2.5. Линия Г32 Drosophila melanogaster.

З.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

3.1. Штаммы Е. coli, использованные в работе.

3.2. Праймеры, использованные в работе.

3.3. Линии D. melanogaster, использованные в работе.

3.4. Приготовление компетентных клеток.

3.4.1. Приготовление компетентных клеток для трансформации плазмидной ДНК.

3.4.2. Приготовление бактерий для заражения бактериофагом X.

3.5. Скрининг бляшек бактериофага X методом гибридизации.

3.5.1. Заражение Е. coli бактериофагом X.

3.5.2. Перенос молекул неупакованной ДНК бактериофага X на нейлоновый фильтр.

3.5.3. Приготовление радиоактивного ДНК-зонда.

3.5.4. Гибридизация.

3.6. Выделение ДНК.

3.6.1. Выделение плазмидной ДНК.

3.6.2. Выделение ДНК фага X.

3.6.3. Выделение геномной ДНК из мух.

3.7. Рестрикция ДНК.

3.7.1. Рестрикция плазмидной ДНК.

3.7.2. Рестрикция ДНК бактериофага X.

3.7.3. Рестрикция геномной ДНК дрозофилы.

3.8. Лигирование.

3.9. Саузерн-блот гибридизация.

3.9.1. Перенос ДНК с агарозных гелей на нейлоновые фильтры.

3.9.2. Приготовление радиоактивного ДНК-зонда.

3.9.3. Гибридизация на фильтрах по Саузерну.

3.10. Секвенирование двуцепочечной ДНК.

3.10.1. Заливка полиакриламидного геля для секвенирования.

3.10.2. Секвенирование двуцепочечной ДНК с помощью набора

MBI Fermentas reader™ DNA sequencing kit.

3.10.3. Электрофорез в полиакриламидном геле.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ.

4.1. Скрининг геномной библиотеки линии Г32 D. melanogaster.

4.2. Структурный анализ отобранных клонов.

4.2.1. Выявление полноразмерных копий МДГ4.

4.2.2. Структурный анализ полноразмерных копий МДГ4, клонированных из линии Г32.

4.2.2.1. Рестрикционный анализ полноразмерных копий МДГ4.

4.2.2.2. Секвенирование функционально важного для ретротранспозиционной активности района полноразмерных копий МДГ4, клонированный из линии Г32.

4.2.3. Исследование структуры неканонических клонов, имеющих гомологию с МДГ4.

4.2.3.1. Саузерн-блот анализ отобранных клонов.

4.2.3.2. Рестрикционный анализ отобранных клонов.

4.2.3.3. Идентификация клонированного мобильного элемента.

4.3. Ретротранспозон gtwin.

4.3.1. Сравнительный анализ структурной организации ретротранспозонов МДГ4 и gtwin.

4.3.2. Исследование структуры третьей открытой рамки считывания ретротранспозонов gtwin, клонированных из линии Г32.

4.3.3. Распределение копий ретротранспозона gtwin в линиях дрозофилы.

5. ОБСУЖДЕНИЕ.

5.1. Распределение полноразмерных вариантов МДГ4 в геноме Drosophila melanogaster.

5.2. Мобильные генетические элементы в составе гетерохроматина: распространение и функции.

5.3. Распространение ретротранспозона gtwin в геноме дрозофилы, возможные причины амплификации в линии Г32.

6. ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Канонические и неканонические последовательности эндогенного ретровируса МДГ4 (gypsy) в геноме дрозофилы»

Мобильные генетические элементы (МГЭ) являются важным компонентом генома эукариот. У Drosophila melanogaster на их долю приходится около 10% геномной ДНК [Pimpinelly et al.,1995]. Взаимодействие МГЭ с геномом клетки носит сложный характер: мобильные элементы могут встраиваться в различные участки клеточных генов (в их экзонные, интронные и регуляторные последовательности), что в большей или меньшей степени сказывается на их экспрессии; в свою очередь клетка контролирует транспозшщи МГЭ, препятствуя их активному перемещению.Элемент МДГ4 (в англоязычной литературе известный как gypsy) - один из наиболее изученных ретротранспозонов дрозофилы. Особенности его структуры и инфекционные свойства позволяют говорить о МДГ4 как об эндогенном ретровирусе беспозвоночных [Kim et al. 1994а, Song et al. 1994, Lecher et al, 1997]. Подобно ретровирусам, он содержит три открытые рамки считывания (ОРС), а цикл его транспозиции проходит через стадию обратной транскрипции [Arkhipova et al, 1995].Несмотря на то, что эндогенные ретровирусы являются предметом пристального внимания исследователей, в настоящий момент очень мало известно об их генетическом взаимодействии с организмом-хозяином. Это обусловлено тем, что обьгано в роли хозяина выступают позвоночные - трудные объекты для генетического анализа. Присутствие ретротранспозона МДГ4 в геноме классического модельного объекта D. melanogaster дает уникальную возможность для детального изучения взаимоотношений ретровируса и клетки.Спонтанные транспозиции мобильных элементов происходят чрезвычайно редко (с частотой примерно 10"^ ), но в некоторых системах перемещения наблюдаются с повышенной частотой. Существует два основных типа генетической нестабильности у дрозофилы: один из них обнаруживается только в специальных скрещиваниях (гибридный дисгенез) [Arkhipova et al, 1995], другой наблюдается в мутаторных линиях, где нестабильность поддерживается в течение длительного времени. Эти линии служат удобной моделью для изучения регуляции транспозиций МГЭ. Одной из таких линий является линия K4S D. melanogaster, которая характеризуется увеличенной до 10"^ -10"^ частотой спонтанного мутирования, нестабильным характером мутаций и активными, независимыми друг от друга транспозициями двух МГЭ - МДГ4 (gypsy) и hobo [Kim et al, 1990; Kim, Belyaeva, 1991]. Мутаторная линия MS (Mutator Strain) ведёт своё происхождение от стабильной лабораторной линии SS (Stable Strain). Молекулярный анализ структурной организации МДГ4, клонированных из геномов мух линий MS и SS, выявил существование двух подсемейств этого ретротранспозона, имеющих чёткие структурные различия и отличающихся друг от друга способностью к перемещениям [Lyubomirskaya et al, 1990]. Эти подсемейства получили названия «активное» и «неактивное». Названия носят условный характер, так как сравнение ретротранспозиционной активности подсемейств в культуре клеток D. hydei показало, что оба варианта могут образовьшать новые копии элемента [Смирнова и др.,1998]. Однако МДГ4, обозначенный как «активный», способен к транспозиции в определенных линиях D. melanogaster, в то время как перемещений второго («неактивного») варианта не наблюдается ни в одной из ранее изученных линий мух. «Активный» и «неактивный» варианты МДГ4 различаются на уровне рестриктных карт. В частности, наличие сайтов Hindlll (4483), Mlul (5335) и Clal (6939) является характерной особенностью «активного» подсемейства [Lyubomirskaya et al., 1990]. По всей видимости, «активный» вариант МДГ4 является эволюционно более молодым и образовался в результате постепенного накопления точечных мутаций, затрагивающих «неактивный» вариант [Разоренова и др.,2001; Lyubomirskaya et. al.,2001]. Предполагается, что первым появился рестрикционный сайт Mlul, затем Clal и, наконец, - Hindlll. Такая последовательность событий подтверждается результатами рестрикционного анализа геномной ДНК 20 исследованных линий мух.Исключением является линия Г32. В этой линии присутствуют варианты МДГ4, которые содержат сайт Hindlll, но не содержат сайтов Mlul и/или Clal [Разоренова и др.,2001].Известно, что все копии МДГ4, клонированные из систем инсерционного мутагенеза, содержали в кодирующей части сайт рестрикции Hindlll (4483), что позволило рассматривать его как маркер на принадлежность к «активному» подсемейству. В то же время, было показано, что участок, влияющий на ретротранспозиционную активность, расположен между сайтами рестрикции PvuII (2733) и Kpnl (3127). Замещения этого участка в «неактивном» варианте соответствующим участком из «активного» достаточно для повышения ретротранспозиционной активности такого варианта МДГ4 в культуре клеток, несмотря на отсутствие у такой копии сайта рестрикции Hindlll (4483) [Любомирская и др, 1998].Таким образом, присутствие необычных копий в линии Г32 вызывает особый интерес.Можно предположить, что они образовались в результате рекомбинационных процессов, затрагивающих «активный» и «неактивный» варианты, однако нельзя исключать вероятность того, что они относятся к новому, ранее неизвестному подсемейству МДГ4 {gypsy).Целью данной работы явилось изучение структурных особенностей различных вариантов ретротранспозона D. melanogaster МДГ4 в геноме линии Г32. Данное исследование было предпринято в рамках изучения возможных механизмов эволюции ретротранспозона МДГ4.В соответствии с целью в работе были поставлены следующие задачи: Клонировать ДНК из линии Г32 D. melanogaster. используя в качестве вектора бактериофаг XGEMl 1.Провести скрининг геномной библиотеки линии Г32 и отобрать клоны, имеющие гомологию с последовательностью МДГ4 {gypsy).Используя метод Саузерн-блот гибридизации, провести предварительный анализ выявленных клонов на предмет их соответствия различным областям МДГ4 (Sypsy).Провести детальный структурный анализ клонов, содержащих полноразмерный МДГ4 {gypsy), включая секвенирование функционально значимых участков.Провести рестрикционный анализ клонов, содержащих последовательности, существенно отличающиеся от канонических.Исследовать представленность в геноме дрозофилы неканонических полноразмерных ретротранспозонов, имеющих существенную гомологию с последовательностью МДГ4 {gypsy).

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Котнова, Алина Петровна

6. выводы

1. Из линии Г32 D. melanogaster клонированы 28 последовательностей, имеющих гомологию с эндогенным ретровирусом МДГ4 (gypsy), среди которых только 4 содержат полноразмерный МДГ4.

2. Рестрикционный анализ полноразмерных копий МДГ4 из линии Г32 показал, что две (8.1 и В18) относятся к «активному» подсемейству, одна (4.1) — к «неактивному». Копия В10, имеющая сайты рестрикции Hindlll (4483) и Xbal (430, 7417), но не имеющая сайтов Mlul (5335) и Clal (6939), является гибридной.

3. Анализ нуклеотидной последовательности функционально важного для ретротранспозиционной активности элемента района PvuII (2733) - Kpnl (3127) показал, что у вариантов 8.1 и В18 эта область соответствует ранее описанному «активному» подсемейству, а у клонов 4.1 и В10 - «неактивному».

4. Наряду с дивергировавшими копиями МДГ4, подвергшимися рекомбинационным перестройкам, из линии Г32 D. melanogaster впервые были клонированы 4 копии не изученного ранее ретротранспозона gtwin, входящего в группу Gypsy ДКП-ретротранспозонов.

5. Сравнительный структурный анализ ретротранспозонов МДГ4 (gy/wy) и gtwin выявил значительное сходство между ними. Наибольшая гомология — свыше 75% - наблюдается в области второй и третьей ОРС как на уровне аминокислотных, так и нуклеотидных последовательностей. В районе ОРС1 гомология значительно слабее — около 50%. В некодирующих областях (ДКП и лидерные последовательности) значительной гомологии между этими двумя элементами не наблюдается. В отличие от МДГ4, ретротранспозон gtwin не содержит регуляторной последовательности-инсулятора.

6. Показано, что существует как минимум две разновидности ретротранспозона gtwin, различающихся наличием/отсутствием стоп-кодона в третьей ОРС (позиция 6117-6119 нуклеотидной последовательности gtwin).

7. Методом гибридизации по Саузерну исследовано распределение ретротранспозона gtwin в разных линиях рода Drosophila. Показано, что в геноме D. virilis и D. hydei этот мобильный элемент отсутствует. В линиях D. melanogaster он представлен, как правило, небольшим количеством копий (2-6) в геноме, в то время как в линии Г32 D. melanogaster содержится свыше 20 копий ретротранспозона gtwin. В культуре клеток D. melanogaster линии Schneider ретротранспозон gtwin сильно амплифицирован.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Котнова, Алина Петровна, 2005 год

1. Аведисов С.Н., Черкасова В.А., Ильин Ю.В. Характеристика первичной структуры полноразмерной копии ретротранспозона дрозофилы МДГ1. Генетика, 1990, Т.26, С. 1905-1914.

2. Аведисов С.Н., Зеленцова Е.С., Ильин Ю.В. Транс-мобилизация делегированных копий ретротранспозона МДГЗ в культуре клеток дрозофилы. Генетика, 1998, Т.34(3), С.335-342.

3. ГловерД., ред. Клонирование ДНК. Методы. М: Мир, 1988, 538с.

4. Глухое И.А., Карпова Н.Н., Котнова А.П., Любомирская Н.В., Ильин Ю.В. Структурные особенности третьей открытой рамки считывания ретротранспозона gtwin в различных линиях Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук, 2004, Т.399 (2), С. 257-259.

5. Данилевская О.Н., Пардю M.JI. Теломерный ретротранспозон НеТ-А и его роль в формировании теломер дрозофилы. Мол. Биол. 1999, Т.ЗЗ, С. 38-47.

6. Евгеньев М.Б., Мнджоян Е.И., Зеленцова Е.С., Шостак Н.Г., Лезин Г.Т., Великодворская В.В., Полуэктова Е.В. Мобильные элементы и видообразование. Мол. Биол., 1998, Т.32, С. 184-192.

7. Любомирская Н.В, Смирнова Ю.Б, Аведисов С.Н, Сурков С.А, Ильин Ю.В. Сравнительный анализ структуры и транспозиционной активности двух вариантов мобильного элемента МДГ4 Drosophila melanogaster. Молекулярная биология,1998, Т.32(5), С.689-694.

8. Маниатис Т., Фрич Э., Сомбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. 1984, Москва, "Мир".

9. Сёмин Б.В., Ильин Ю.В. Функциональные мотивы, выявляемые в аминокислотной последовательности Gag ретровируса gypsy. Докл. Акад. Наук, 2004, Т. 398(3), С. 419-421.

10. Сёмин Б.В., Pellison А., Ильин Ю.В., Bucheton А. Экспрессия структурного белка Gag ретровируса gypsy рекомбинантным бакуловирусом в культуре клеток Spodoptera frugiperda. Докл. Акад. Наук, 2004, Т. 398(5), С. 702-704.

11. Смирнова Ю.Б., Любомирская Н.В., академик Ильин Ю.В. Изучение кинетики амплификации двух вариантов ретротранспозона D. melanogaster МДГ4. Докл. Акад. Наук, 1998, Т.295(1), С. 125-135.

12. Arkhipova I.R Mazo А.М, Cherkasova V.A, Gorelova T.V, Schuppe N.G, Ilyin Y.V. The steps of reverse transcription of Drosophila mobile dispersed genetic elements and U3-R-U5 structure of their LTRs. Cell, 1986, V.44(4), P.555-563.

13. Arkhipova I.R, Lyubomirskaya N.V., Ilyin Y.V. Drosophila retrotransposons. Mol. Biol. Intel. Unit: R. G. Landes Company, USA. 1995.130р.

14. Arkhipova IR and Ilyin Yu. Properties of promoter regions of mdgl Drosophila retrotransposon indicate that it belongs to a specific class of promoters. EMBO J, 1991, V.10, P. 1169-1177.

15. Bayev A., Lyubomirskaya N., Dzhumangaliev E., Ananiev A. Structural organization of transposable element mdg4 from Drosophila melanogaster and a nucleotide sequence of its long terminal repeats. Nucleic Acids Res, 1984, V.12, P.3707-3723

16. Biessmann H., Mason J.M. Telomere maintenance without telomerase. Chromosoma 1997; V. 106, P. 63-69.

17. Bowen N.J., McDonald J.F. Drosophila euchromatic LTR retrotransposons are much younger than the host species in which they reside// Genome Res. 2001. V. 11 (9). P. 152740.

18. Brierley C., Flavell A. J. The retrotransposon copia controls the relative levels of its gene products post-transcriptionally by differential expression from its two major mRNAs. Nucleic Acids Res, 1990, V.18, P.2947-2951

19. Bucheton A. I transposable elements and I-R hybrid dysgenesis. Trends. Genet, 1990, V.6, P. 16- 19.

20. Charlesworth В., Transposable elements in natural populations of Drosophila. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol., 1989, V.36, P.25-36. Review.

21. Davis P.S., Shen M.W., Judd B.H. Asymmetrical pairing of transposons in and proximalto the white locus of Drosophila account for four classes of regularly occurring exchange products. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1987, V.84, P. 174-178.

22. Dej K.J., Gerasimova Т., Corces KG., Boeke J.D. A hotspot for the Drosophila gypsy retroelement in the ovo locus. Nucl Acids Res, 1998, V.26(17), P.4019-4024.

23. Doolitle R., Feng D., Johnson M., McClure M. Origins and evolutionary relationships of retroviruses. Quart.Rev. Biol., 1989, V.64, P.955-966

24. Dunn B.M, Goodenow M.M, Gustchina A., Wlodawer A. Retroviral proteases. Genome Biol., 2002;3(4):REVffiWS3006. Epub 2002 Mar 26.

25. Eanes W.F, Wesley C.t Charlesworth B. Accumulation of P elements in minority inversions in natural populations of Drosophila melanogaster. Genet Res., 1992, V.59(l), P. 1-9.

26. Evgen'ev M.B, Corces V.G, Lankenau D.H. Ulysses transposable element of Drosophila shows high structural similarities to functional domains of retroviruses. J Mol Biol. 1992 Jun 5;225(3):917-24.

27. Evgen'ev MB, Zelentsova H., Poluectova H., Lyozin G.T, Veleikodvorskaja K, Pyatkov K.I, Zhivotovsky L.A, Kidwell M.G. Mobile elements and chromosomal evolution in the virilis group of Drosophila- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, V.97, P. 11337-11342.

28. Fawcett D.H., Lister C.K., Kellet E. Transposable elements controlling I-R hybrid dysgenesis in D. melanogaster are similar to mammalian LINEs. Cell, 1986, V.47, P. 1007-1015.

29. Finnegan D.J. F and related elements in Drosophila melanogaster. In: Berg D.E. and Howe M.M. ed. Mobile DNA. Washington DC: American Society for Microbiology, 1989, P.519-521.

30. Finnegan D.J. Transposable elements. Curr Opin Genet Dev. 1992, V.2(6), P.861-867. Review.

31. Finnegan D.J. Transposable elements: how non-LTR retrotransposons do it. Curr Biol., 1997, V.7(4), P.245-248.

32. Kapitonov V.V., Jurka J. Molecular paleontology of transposable elements in the Drosophila melanogaster genome// Proc. Natl. Acad. Sci. 2003. V. 100(11). P. 65696574.

33. Katzman M., Mack J.P.G., Skalka A., Leis J. A covalent complex between retroviral integrase and nicked substrate DNA. Proc.Natl.Acad. Sci., USA, 1991, V.88, P. 46954699.

34. Kazazian H.H Jr, Moran J. V. The impact of LI retrotransposons on the human genome. Nat Genet. 1998May;19(l):19-24.

35. Kim A.I. Terzian C., Santamaria P., Pelisson A et al. Retroviruses in invertebrates: The gypsy retrotransposon is apparently an infectious retrovirus of D. melanogaster. Proc Natl Acad Sci USA 1994a, V.91, P. 1285-1289.

36. Kim А.1., Belyaeva E.S. Transposition of mobile elements gypsy (mdg4) and hobo in germ line and somatic cells of a genetically unstable Mutator Strain of Drosophilamelanogaster. Mol. Gen. Genet, 1991, V.229, P.437 444.

37. Kim A.I., Belyaeva E.S., Aslanyan M.M. Autonomous transposition of gypsy mobile elements and genetic instability in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet, 1990, V.224, P.303 308.

38. Kulguskin V.V., llyin Y.V., Georgiev G.P. Mobile dispersed genetic element MDG1 of Drosophila melanogaster. nucleotide sequence of long terminal repeats. Nucl. Acids Res, 1981, V.9,P.3451-3463.

39. Laurencon A., Bregliano J.C. Evidence for an inducible repair-recombination system in the female germ line of Drosophila melanogaster. II. Differential sensitivity to gamma rays. Genetics., 1995, V.141(2), P.579-585.

40. Lecher P., Bucheton A., Pelisson A. Expression of the Drosophila retrovirus gypsy as ultrastructurally detectable particles in the ovaries of flies carrying a permissive flamenco allele. J Gen Virol., 1997, V.78(9), P.2379-88.

41. Levis It, Dunsmuir P., Rubin G.M. Terminal repeats of the Drosophila transposable element copia: nucleotide sequence and genomic organization. Cell, 1980, V.21, P.581-588.

42. Levis RW, Ganesan R, Houtchens K, Tolar LA, Sheen FM. Transposons in place of telomeric repeats at a Drosophila telomere. Cell, 1993, V.75, P. 1083-1093.

43. Luan DD, Korman MH, Jakubczak JL, Eickbush TH. Reverse transcription of R2Bm RNA is primed by a nick at the chromosomal target site: a mechanism for non-LTR retrotransposition. Cell., 1993, V.72(4), P.595-605.

44. Lyubomirskaya N.V., Arkhipova I.R., Ilyin Y.V. Molecular analysis of the gypsy (mdg4) retrotransposon in two Drosophila melanogaster strains differing by genetic instability. Mol. Gen. Genet, 1990, V.223, P.305 309.

45. Lyubomirskaya N.V., Avedisov S.N., Surkov S.A. et al. Two Drosophila retrotransposon gypsy subfamilies differ in ability to produce new DNA copies via reverse transcription in Drosophila cultured cells. Nucl. Acids. Res, 1993, V.21, P.3265 3268.

46. Malik H.S, Eickbush Т.Н. Modular evolution of the integrase domain in the Ty3/Gypsy class of LTR retrotransposons. J Virol, 1999, V.73(6), P.5186-5190.

47. Malik H.S, Eickbush Т.Н. Phylogenetic analysis of ribonuclease H domains suggests a late, chimeric origin of LTR retrotransposable elements and retroviruses. Genome Res., 2001, V. 11(7), P. 1187-1197.

48. Marlor R., Parkhurst S., Corces V. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins. Mol Cell Biol, 1986, V.6, P. 1129-1134

49. McClintock B. Controlling elements and the gene. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1956; V.21, P. 197-216.

50. Minchiotti G, Di Nocera PP. Convergent transcription initiates from oppositely oriented promoters within the 5' end regions of Drosophila melanogaster F elements. Mol Cell Biol., 1991, V.l 1 (10), P. 5171 -5180.

51. Misseri Y, Cerutti M, Devauchelle G, Bucheton A, Terzian C. Analysis of the Drosophila gypsy endogenous retrovirus envelope glycoprotein. J Gen Virol., 2004, 85(Pt 11):3325-3331.

52. Mizrokhi L.J, Georgieva S.G, llyin Y.V. Jockey, a mobile Drosophila element similar to mammalian LINEs, is transcribed from the internal promoter by RNA polymerase II. Cell. 1988 Aug 26;54(5): 685-691.

53. Pardue M.L., Danilevskaya O.N., Traverse K.L., Lowenhaupt K. Evolutionary links between telomeres and transposable elements. Genetica, 1997, V.100,P.73-84.

54. Pasyukova E.G, Belyaeva E.S, Kogan G.L, Kaidanov L.Z, Gvozdev V.A. Concerted transpositions of mobile genetic elements coupled with fitness changes in Drosophila melanogaster. Mol. Biol. Evol., 1986, V.3, P.299-305.

55. Prud'homme N., Gans M, Terzian C, Bucheton A. Flamenco, a gene controlling the gypsy retrovirus of Drosophila melanogaster. Genetics, 1995, V.139, P.697-711.

56. Robert V., Prud'homme N., Kim A., Bucheton A., Pelisson A. Characterization of the flamenco region of the Drosophila melanogaster genome. Genetics, 2001, V.158(2), P.701-713.

57. Sarot E., Payen-Groschene G., Bucheton A., Pelisson A. Evidence for a piwi-dependent RNA silencing of the gypsy endogenous retrovirus by the Drosophila melanogaster flamenco gene. Genetics, 2004, V. 166(3), P.1313-1321.

58. Schneuwly S., Kuroiwa AGehring W.J. Molecular analysis of the dominant homeotic Antennapedia phenotype. EMBO J., 1987, V.6, P.201-206.

59. Shevelyov Y.Y., Balakireva M.D., Gvozdev V.A. Heterochromatic regions of different Drosophila melanogaster stocks contain similar arrangements of moderate repeats with inserted copia-like elements (mdgl). Chromosoma, 1989, V. 98, P. 117-122.

60. Shiba T, Seigo K. Retrovirus-like particles containing RNA homologous to the transposable element copia inD.melanogaster. Nature, 1983, V.302, P.l 19-124

61. Sniegowski P.D., Charlesworth B. Transposable element numbers in cosmopolitan inversions from a natural population of Drosophila melanogaster. Genetics, 1994, V. 137(3), P.815-827.

62. Song S. U, Gerasimova Т., Kurkulos M., Boeke J.D, Corces V.G. An env-like protein by a Drosophila retroelement: evidence that gypsy is an infection retrovirus. Genes Deb, 1994, V.8, P.2046-2057

63. Spana С., Corces V.G. DNA bending is a determinant of binding specificity for a Drosophila zinc finger protein. Genes Dev, 1990, V.4, P. 1505-1515

64. Spana C, Harrison D.A, Corces V.G. The Drosophila melanogaster suppressor of Hairy-wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon. Genes Dev. 1988 Nov;2(ll):1414-23.

65. Syomin В., Surkov S., Ну in Yu Presence of the gypsy (mdg4) retrotransposon in extracellular virus-like particles. FEBS Letters, 1993, V.323, P.285-288

66. Syomin B.V, Fedorova L.I, Surkov S.A, llyin Y.V. The endogenous Drosophila melanogaster retrovirus gypsy can propagate in Drosophila hydei cells. Mol Gen Genet., 2001, V. 264(5), P. 588-594.

67. Terrinoni A., Franco C.D., Dimitri P., Junakovic N. Intragenomic distribution and stability of transposable elements in euchromatin and heterochromatin of Drosophila melanogaster: non-LTR retrotransposon. J. Mol. Evol. 1997, V. 45, P. 145-153.

68. Terzian C., Pelisson A., Bucheton A. Evolution and phylogeny of insect endogenous retroviruses. BMC Evol Biol., 2001;1(1):3. Epub 2001 Aug 10.

69. Varmus H., Brown P. Retroviruses. In: Mobile DNA (Berg D.E., Howe M.M., eds., Washington D.C.: American Society for Microbiology), 1989. P.53-108.

70. Vogt V.M. Ubiquitin in retrovirus assembly: actor or bystander? Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, V. 97(24), P. 12945-12947.

71. Wilhelm M., Wilhelm F.X. Reverse transcription of retroviruses and LTR retrotransposons. Cell Mol Life Sci., 2001, V.58(9), P.1246-62.

72. Xiong Y., Eickbush Т.Н. Origin and evolution of retroelements based on their reverse transcriptase sequences. EMBOJ., 1990, V.9, P.3353-3362.

73. Yuki iS, Inouye S, Ishimaru S, Saigo K. Nucleotide sequence characterization of a Drosophila retrotransposon, 412. Eur J Biochem. 1986 Jul 15;158(2):403-10.1. БЛАГОДАРНОСТИ

74. Автор выражает признательность всему коллективу лаборатории подвижности генома Института молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН за их помощь в работе и поддержку.

75. Огромную благодарность автор выражает кандидату биологических наук Нине Николаевне Карповой, которая всегда была рядом, учила, помогала, воспитывала и сделала все, чтобы данная работа была успешной.

76. Автор глубоко признателен аспирантам лаборатории подвижности генома Ивану Андреевичу Глухову и Вениамину Борисовичу Саленко, за их участие в работе, поддержку и дружбу.

77. Автор глубоко признателен своей семье за терпение, понимание и поддержку.

78. CACCGGATGAGTAACGAAAACCTACATTCCATCCAAAACCTTATGGATGACGTGGAATCTGAAGGCTCGCCCAGA 6847