Особенности вируса гепатита C в острой и хронической стадиях инфекции и дифференциация стадий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.02, кандидат наук Астраханцева, Ирина Владимировна

• Астраханцева, Ирина Владимировна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Астраханцева, Ирина Владимировна

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Структурная и молекулярная организация вируса гепатита С

1.1.1. Кор-белок

1.1.2. Белки оболочки

1.1.3 Неструктурные белки

1.2. Жизненный цикл вируса

1.3. Молекулярная эволюция вирусов

1.4. Генетическая гетерогенность ВГС

1.4.1. Гипервариабельный участок НУШ

1.4.2. Свойства участка НУШ

1.5. Иммунный ответ хозяина на вирус

1.5.1. Т-клеточный ответ

1.5.2. Вирусные факторы, влияющие на иммунный ответ

1.5.3. В-клеточный иммунный ответ

1.6. Диагностика ВГС-инфекции

1.6.1. Детекция вирусной РНК в тканях организма

1.6.2. Клиническая диагностика вирусного гепатита С

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы

2.2. Методы

2.3. Статистическая обработка результатов

III. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Структура квазивидов участка НУШ белка Е2

3.2. Антитела класса 1оО против региона Н VII1

3.3. Свойства квазивидов участка НУШ белка Е2

3.4. Классификация групп

3.5. Метод дифференциальной диагностики острого и хронического

гепатита С

IV. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ 1

ПРИЛОЖЕНИЕ 2

ПРИЛОЖЕНИЕ 3

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

АСАТ - аспартатаминотранфераза

AJIAT - аланинаминотрансфераза

БСА - бычий сывороточный альбумин

ВГС - вирусный гепатита С

ВИЧ - вирус иммунодефицита человека

ВОЗ - всемирная организация здравоохранения

РНК - рибонуклеиновая кислота

ИНФ - интерферон

МИФ - медиана интенсивности флуоресценции НТР - нетранслируемые регионы

кДНК - комплиментарная дезорибонуклеиновая кислота

ПЦР - полимеразная циклическая реакция

ХГС - хронический гепатит С

ФСР - фосфато-солевой раствор

AMO VA - анализ молекулярных дисперсий

dN - несинонимичные мутации

dS - синонимичные мутации

CTL - цитотоксические Т лимфоциты

HLA - человеческий лейкоцитарный антиген

HVR1 - гипервариабельный участок

IgG - иммуноглобулин G

IgM - иммуноглобулин М

IRES - участок внутренней посадки рибосомы

MJN - метод объединения соседей

NK - естественные киллеры

Th - Т-хелперные лимфоциты RIBA - рекомбинантный иммуноблот

RT-ПЦР - полимеразная циклическая реакция с обратной транскрипцией

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности вируса гепатита C в острой и хронической стадиях инфекции и дифференциация стадий»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Около 170 миллионов человек в мире больны вирусным гепатитом С, который может быть причиной цирроза печени и гепатоцеллюлярной карциномы. Возбудитель этого широко распространенного заболевания - вирус гепатита С - передается парентерально и на сегодняшний день является основной причиной гемоконтактных гепатитов [30].

ВГС представляет собой имеющий оболочку РНК-содержащий вирус, принадлежащий к семейству Flaviviridae [52]. На всех стадиях заболевания вирус существует как гетерогенная популяция различных, но близкородственных вирусных частиц, относящихся к так называемым квазивидам [25]. Гетерогенность популяции способствует быстрой селекции мутантов, более приспособленных к иммунному ответу организма хозяина и формированию хронической инфекции [127]. РНК вируса гепатита С остается на детектируемом уровне в крови и печени на протяжении более чем 20 лет у 85% инфицированных пациентов [27]. Острая инфекция у большинства пациентов протекает бессимптомно, только около 25-30% пациентов с острым гепатитом С спонтанно элиминирует вирус [10, 111]. Если вирус персистирует в организме более чем 6 месяцев, то заболевание считается перешедшим в хроническую форму.

Квазивиды формируются благодаря высокой вариабельности отдельных участков генома вируса, в частности генов, кодирующих поверхностные белки Е1 и Е2. Наиболее высокая вариабельность характерна для региона, называемого HVR1 и локализованного на N-конце белка Е2 [25]. Данный регион содержит 27 аминокислот и формирует главный поверхностный антиген вируса, являющийся также доминантным эпитопом для нейтрализующих антител [68, 69, 143, 144, 162].

Высокая вариабельность HVR1 последовательностей коррелирует с появлением мутантов, позволяющих вирусу избегать иммунного ответа, и играет важную роль в поддержании персистенции вируса во время хронической инфекции [65, 103, 115, 143, 151, 155]. Кроме того, уровень и природа замен в HVR1 в период ранней стадии инфекции коррелирует с исходом заболевания [67]. Считается, что вариабельность нейтрализующих эпитопов является одной из причин, осложняющих создание вакцины против вирусного гепатита С. Однако, несмотря на высокую вариабельность этого участка, показано присутствие сильной негативной селекции против некоторых аминокислотных замен, обеспечивающей консервативность аминокислот в отдельных положениях, что указывает на важную биологическую роль HVR1 в жизненном цикле вируса. Таким образом, характеристика популяции квазивидов ВГС и биохимических свойств участка HVRlHa разных этапах заболевания важна для понимания их биологического значения при остром и хроническом гепатитах С, что может помочь в создании вакцины [51].

Дифференциальная диагностика острого гепатита С от хронического важна для успешной терапии больных. Терапия а-ИНФ-2Ь и рибавирином, начатая на начальной стадии инфекции, ведет к излечению инфекции в 98% случаев. Успешный исход терапии, начатой в хронической стадии заболевания, наблюдается только в 42-82% случаев [180]. Ни один из таких маркеров как РНК вируса гепатита С, антитела к белкам вируса класса IgG, увеличение активности аланинаминотрансферазы в сыворотке или плазме крови не может быть использован для детекции острой инфекции, т.к. все эти маркеры могут быть обнаружены также при хронической форме заболевания [59]. Кроме того, дифференциальная диагностика острого и хронического гепатита С, основанная на клинической симптоматике, оценке эпидеомиологических факторов риска, не всегда эффективна, поскольку у большинства больных острым гепатитом С заболевание протекает бессимптомно [54, 180]. Такие методы, как определение

анти-ВГС ^М [50, 56], измерение авидности антител класса 1^0 против белков вируса [94] и последовательное определение титра вируса в крови [117] были предложены как маркеры острой ВГС-инфекции. Польза анти-ВГС ^М, как маркера острой инфекции, остается противоречивой [50, 56]. Другие методы, предполагают использование изменений в концентрации вируса для определения острой инфекции, но требует отбора нескольких образцов крови в определенные промежутки времени [17, 117]. Исходя из приведенных выше данных существует необходимость в создании новых тестов и алгоритмов, позволяющих с достаточной точностью дифференцировать острое бессимптомное течение вирусного гепатита С от хронического.

Цель работы: Провести сравнительный анализ аминокислотных последовательностей гипервариабельного участка НУЯ1 белка Е2 изолятов вируса гепатита С и на основе полученных данных разработать новые подходы к дифференциальной диагностике острого и хронического гепатита С.

Задачи исследования:

1. Осуществить сравнительную характеристику вариаций аминокислотных последовательностей НУЮ белка Е2 при остром и хроническом вирусном гепатите С.

2. Оценить свойства НУЯ1 белка Е2 квазивидов вируса при острой и хронической формах вирусного гепатита С.

3. Изучить влияние сероконверсии на изменения в популяции квазивидов вируса гепатита С.

4. Разработать мультиплексные тесты на базе технологии Ьштппех (анти-ВГС

и анти-ВГС ^М) для детекции гуморального ответа на структурные и неструктурные белки вируса гепатита С.

5. Создать модели для дифференциальной диагностики острой и хронической стадий вирусного гепатита С.

Научная новизна. Впервые были оценены свойства гипервариабельного участка 1 белка Е2 вируса гепатита С на разных стадиях инфекции для выявления направления эволюции вирусных квазивидов на острой и хронической стадиях заболевания. При сравнении 10 показателей, отражающих биохимические и физико-химические свойства указанного участка аминокислотной последовательности белка Е2, обнаружены статистические значимые различия между изолятами вируса, полученными от больных острым и хроническим гепатитом С. Кроме того, впервые выявлены статистически значимые различия по каждому из следующих свойств: количество основных аминокислот в сегменте, изоэлектрическая точка, объем, заряд сети, доступная площадь поверхности, полярность, и гидрофобность. Впервые на основе информации о; свойствах аминокислотных последовательностей НУЮ была построена модель, применимая для разделения изолятов вируса гепатита С на две группы, соответствующие острой и хронической стадии гепатита С. По указанным свойствам участков НУЮ модель позволяет проводить дифференциальную диагностику острой и хронической стадий инфекции с точностью, равной 88%.

Впервые были обнаружены значимые различия между популяциями квазивидов у пациентов с острой и хронической инфекцией. Кроме этого обнаружено пять аминокислотных позиций НУШ, которые вносят значительный вклад в дифференциацию стадий.

Впервые на основе технологии Ьшшпех разработан мультиплексный тест для определения анти-ВГС и ^М против структурных и неструктурных белков ВГС. Данный тест позволяет при минимальных затратах образца (1 цл плазмы или сыворотки крови) определять антитела против восьми антигенов в одной лунке.

Результаты данных тестов использованы для разработки алгоритма на основе модели логистической регрессии для дифференциальной диагностики стадий острого и хронического гепатита С. Точность модели составила 90,8% для

образцов плазмы крови больных острым гепатитом С и 97,2% для образцов плазмы крови больных с хронической формой инфекции.

Научно-практическая ценность. Обнаружены существенно значимые отличия физико-химических и биохимических свойств участка HVR1 белка Е2 изолятов вируса гепатита С, характерные для больных острой и хронической формами вирусного гепатита С, которые позволили построить модель для дифференцировки стадий заболевания. Данная модель может быть использована в исследованиях процессов эволюции вируса в организме хозяина, при разработке вакцин против вирусного гепатита С. Разработан иммунологический тест для дифференциальной диагностики острой и хронической стадий вирусного гепатита С, который применим, как дополнительный критерий оценки целесообразности терапии, поскольку лечение а-ИНФ-2Ь и рибавирином, начатое на начальной стадии инфекции, намного эффективнее в сравнении с терапией, проводимой в хронической стадии заболевания. Данный тест также может быть применим для проведения эпидемиологических исследований. Тест позволяет проводить диагностику при минимальных затратах плазмы или сыворотки крови. Положения, выносимые на защиту:

1. При прогрессировании вирусного гепатита С от острой к хронической стадии изменяются биохимические свойства гипервариабельного участка 1.

2. При прогрессировании инфекции вирусного гепатита С от острой к хронической стадий изменяются молекулярные свойства гипервариабельного участка 1.

3. Специфическая реактивность IgG против структурных и неструктурных белков вируса позволяет дифференцировать острую и хроническую стадии вирусного гепатита С.

Апробация результатов исследования. Основные положения диссертации доложены на конференции Emerging Technologies of Medical Importance for the Diagnosis of Infectious Diseases and the Detection of Pathogenic

Microbes (Пекин, Китай 2008), на 15-том Международном Симпозиуме Гепатита С и родственных вирусов ( International Symposium on Hepatitis С Virus and Related Viruses) (Сан Антонио, Техас, США, 2008), на 10-ой международной конференции молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетике инфекционный заболеваний (International Conference on Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases) (Амстердам, Нидерланды, 2010), на международной конференции по биоинформатике и биомедицине (BIBM) (Атланта, Джорджия, США, 2011), на 20-том Международном Симпозиуме Гепатита С и родственных вирусов (International Symposium on Hepatitis С Virus and Related Viruses) (Мельбурн, Австралия, 2013).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 8 печатных работ, в том числе 3 статьи, опубликованные в рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК МинОбрНауки России для публикаций основных результатов исследования.

Объем и структура диссертации. Материал диссертации изложен на 130 страницах машинописного текста, содержит разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты собственных исследований, обсуждение, выводы и список литературы. Работа иллюстрирована 12 рисунками и 8 таблицами, включая 3 таблицы приложения. Список цитируемой литературы состоит из 196 источников.

Личный вклад автора. Весь материал, представленный в диссертации, собран, обработан и интерпретирован лично автором, при содействии научного руководителя В.В. Новикова и коллектива лаботорного отделения отдела вирусных гепатитов Центра по контролю и предовращению заболеваний (США, Атланта).

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Структурная и молекулярная организация вируса гепатита С

В таксономической иерархии ВГС относят к роду Нерастгт семейства Памшгid.de [52].

Вирионы ВГС представляют собой мелкие сферические частицы диаметром 55-60 нм, обладают липопротеиновой оболочкой толщиной приблизительно 6 нм. Пеплос окружает нуклеокапсид диаметром 30-35 нм, предположительно икосаэдрической симметрии [89, 142]. Было продемонстрировано, что плавучая плотность ВГС в инфекционной фракции сыворотки (1,06-1,08 г/мл) ниже, чем в неинфекционной (1,17 г/мл) [78]. Данные наблюдения, как предполагается, отражают тот факт, что вирус неспецифически взаимодействует с фракцией липопротеинов низкой плотности. Вирионы, ассоциированные с липопротеиновой фракцией, относительно более инфекционны, чем в составе фракции, в которой вирионы покрыты антивирусными иммуноглобулинами и образуют иммунные комплексы. Наблюдаемая вариабельность в плавучей плотности также отражает присутствие дефектных вирусных частиц, диаметром 30-35 нм, по-видимому, представляющих собой нуклеокапсиды [112]. Таким образом, ВГС может циркулировать в плазме инфицированных пациентов в различных формах.

Геномом ВГС является РНК положительной полярности размером 94009600 нуклеотидов [78]. РНК имеет одну открытую рамку считывания, фланкированную с 5'-и З'-концов нетранслируемыми регионами [16,84].

Открытая рамка считывания кодирует полипротеин, величина которого варьирует у разных изолятов вируса и имеет размер от 3008 до 3037 аминокислотных остатков [148]. Оба НТР содержат высоко консервативные РНК

структуры, которые имеют важное значение для репликации генома вируса и репликации полипротеина [128]. 5-конец НТР включает в себя участок внутренней посадки рибосомы, который связывается с рибосомальной 40S субъединицей и инициирует трасляцию полипротеина по кэп-независимому механизму [177]. З'НТР содержит три шпилькообразные структуры, называемыми З'Х, которые вредворяются поли(и/С) последовательностью. Трасляция вирусного полипротеина это первый шаг жизненного цикла вируса после проникновения в клетку. ВГС IRES содержит около 340 нуклеотидов, которые включают в себя большую часть 5'НТР и первые 30-40 нуклеотидов кодирующих кор-белок. Данная структура содержит три структурные домена - II, III и IV, каждый из которых состоит из субдоменов. Кроме них. после инициирующего кодона AUG, обычно расположен так называемые псевдоузел (рК) [183].

Вирусный полипротеин в ходе процесинга расщепляется вирусными и клеточными сигнальными протеазами на 3 структурных и 6 неструктурных белка (рис.1).

р/ NS4a

Core - Е1 i Е2 NS2I NS3 I ' м NS4b NS5d + NSSb

1.191 192-383 384.746 | 810-1026 1027-1667 | 1712-1972 1 973-2420 2421-3011

747«» 1658-1711

Рисунок 1. Схема исходного вирусного полипептида и его процессинга Символами показаны места расщепления сигнальными клеточными пептидазами, Ы82/Ы83 протеазой, вирусной сериновой протеазой. Аминокислотные остатки вирусных белков отмечены цифрами [16].

Структурные белки включают в себя кор-белок, и белки El и Е2, которые расположении на N-конце открытой рамки считывания. El и Е2 являются оболочечными белками, которые контролируют проникновение вируса в клетку. Кор-белок мультифункционален, он способен модулировать экспрессию вирусных и клеточных генов, также он образует нуклеокапсид. Расщепление структурных белков происходит с участием клеточных сигнальных пептидаз. Стурктурные белки отделены от неструктурных коротким мембранным белком р7, который считается виропорином. Неструктурные белки NS2 и NS5B вовлечены в процессинг полипротеина и репликацию вируса. Протеолитический процессинг NS полипротеина требует присутствия двух протеиназ NS2-NS3 цинкзависимой металлопротеиназы и NS3 серин протеиназы расположенной на N-конце участка NS3. Остальные неструктурные протеины расщепляются NS3 протеазой ассоциированной с кофактором NS4A [128].

1.1.1. Кор-белок

Этот белок формирует вирусный нуклеокапсид. Обнаружено, что он может существовать, как в полноразмерной форме (известной как р21), содержащей 191 а.о., так и в укороченной с С-конца форме [84]. Белки, имеющие длину не менее 174 а.о., локализованы в цитоплазме, связанные с мембранами эндоплазматического ретикуллума [128], а более короткие обнаруживаются в ядре. Образование укороченных форм кор-белка связывают с альтернативной рамкой считывания [128]. Предполагается, что укороченные формы белка играют важную роль в гепатоканцерогенезе [16, 48]. Было показано, что кор-белок способен модулировать внутриклеточное действие Ь-лимфотоксина, взаимодействуя с цитоплазматической частью его рецептора [145]. Нуклеокапсидный белок влияет на некоторые транскрипционные факторы, вовлеченные в регуляцию воспалительного процесса [33]. Он также может

вызывать нарушения клеточного метаболизма триглицеридов [105]. Нуклеокапсидный белок, вероятно, ответственен за длительную иммуносупрессию [129]. Он является одним из наиболее иммуногенных белков вируса. Обычно он индуцирует мощный Т- и В-клеточный ответ [81, 123].

Ы-терминальный регион кор-белка длиной 120 а.о. имеет характеристики нативного белка, который проходит процесс фолдинга, чтобы связываться с его лигандами. Эта природная платичность позволяет кор-белку взаимодействовать с различными клеточными компонентами и может быть одним из свойств отвечающим за его многофунклиональность [128]. С-конец кор-белка главным образом имеет гидрофобные свойства. Этот сегмент образует а-спираль и отвечает за связывание белка с липидами и с мембраной эндоплазматического ретикулума.

1.1.2. Белки оболочки

Оболочечные белки ВГС Е1 и Е2 образуют нековалентно связанный гетеродимер. Оба белка интенсивно гликозилированы - в Е1 обнаружено 5-6 потенциальных участков К-гликозилирования, в Е2 -'11 аналогичных участков [118]. Отличительной структурной особенностью оболочечных белков вируса является наличие участков с высокой частотой замены аминокислотных остатков, которые называются вариабельными и гипервариабельными зонами или регионами [139]. В полипептиде Е2 находятся две наиболее вариабельные области: НУЯ1 (27 а.о.) и НУЯ2 (7 а.о.), которые локализованы в ТЧ-концевой части Е2 [3]. Также некоторые исследователи выделяют третий гипервариабельный участок (НУЯЗ, состоящий из 4 а.о.), расположенный между первыми двумя. Е2 белок может существовать в двух формах: обычной и удлиненной, содержащей на С-конце маленький пептид, известный как р7. Оба

поверхностных белка частично погружены в липидный бислой мембраны оболочки, но большая часть их полипептидной цепи экспонирована на внешней поверхности мембранного бислоя и обладает антигенными свойствами [17, 163, 182]. Вероятно, оболочечные белки ВГС ответственны за клеточный тропизм вируса. Обнаружено, что рекомбинантный Е2 белок взаимодействует in vitro с CD81, который является рецептором для ВГС [74].

1.1.3 Неструктурные белки

Белок NS2 образуется при аутокаталитическом расщеплении полипротеина протеазой NS2/NS3. Активная область этой протеазы содержит С-конец NS2 (картированно как участок 907-1206 а.о.) и N-конец NS3, NS2 содержит высоко гидрофобный N-концевой участок, что предполагает наличие в этом белке трансмембранных сегментов [193]. Других протеолитических процессинговых функций у этой протеазы обнаружено не было [17, 128].

Белок NS3 является сериновой протеазой, которая участвует в процессинге почти всех вирусных неструктурных белков. Протеазной активностью обладает N-концевой домен протеина [3, 49, 110], который характеризуется очень слабой иммуногенность [160]. С-концевой домен белка NS3 обладает АТФазной/хеликазной активностью, которая катализирует синтез "кэпа" в геномной РНК [61]. Иммунный ответ на NS3 сфокусирован в этом домене [17, 110]. NS3 взаимодействует с NS4B и с NS5B и кроме того с помощью белка NS4A с белком NS5A [128]. Также в литературе описаны множественные взаимодействия белка NS3 с клеточными компонентами, такими как протеин киназы А и С, белок р53 и гистоны Н2В и Н4 [173, 176].

Область полипротеина NS4 содержит 2 белка, называемых NS4A и NS4B, как было упомяното ранее. Первый белок выполняет роль кофактора сериновой

протеазы NS3 [16, 36]. N-концевой сегмент NS4A обладает гидрофобными свойствами и формирует трансмембранный сегмент необходимый для присоединения комплекса NS3-NS4A к мембране эндоплазматического ретикуллума. В-клеточные эпитопы белка NS4A генотип-специфичны [123]. В структуре белка также найдены Т-клеточные эпитопы [28]. Было показано, что пациенты спонтанно элиминировавшие вирус, характеризовались повышенной экспрессией белков NS4A и NS3 в печени [12]. Предполагается, что второй белок (NS4B) принимает участие в образовании репликативного комплекса ВГС. Этот белок интегрирован в мембрану эндоплазматического ретикуллума, согласно компьютерным моделям в нем предсказано 4-6 трансмембранных сегментов [128]. Одной из функций белка NS4B может быть инициация специфических изменений мембраны, которая ассоциирована с репликативным комплексом вируса.

Область NS5 состоит из 2 белков - NS5A и NS5B. Белок NS5A интенсивно фосфорилирован [35]. Вероятно он является компонентом репликативного комплекса вируса. Мутации в учатске NS5A влияют на уровеь репликации ВГС, что отражает роль этого белка в модуляции уровня вирусной экпрессии и репликации. Также NS5A взаимодействует с многими клеточными белкми, многие из которых (Grb2, PI3K, р53, Raf-1) играют важную роль в трансдукции клеточных сигналов. Некоторые исследователями были выдвинуты предположения, что NS5A способен модулировать экспрессию генов клеточной регуляции [175]. В инфицированной клетке этот белок обнаруживается около ядерной периплазматической мембраны вместе с белком NS5B. Известно, NS5B функционирует как РНК-зависимая РНК-полимераза [66]. Инициация синтеза РНК с помощью NS5B происходит через de novo механизм и не требует прайм ера [128]. Из-за отсутствия 3'- и 5'-экзонуклеазной активности эта РНК-полимераза при репликации делает много ошибок, что приводит к высокой скорости мутационного процесса. Оба белка области NS5 иммуногенны [17, 57, 123].

1.2. Жизненный цикл вируса

Вирус гепатита С использует взаимодействие со специфическими белками

для вхождения в клетку. После вхождения в цитоплазму освобождается вирусная РНК, которая служит матрицей для репликации и трансляции полипротеина. Далее полипротеин должен транспортироваться в определенные компартменты клетки, где происходит его модификация. Затем из зрелых вирусных белков собирается новый вирион, который покидает клетку [190].

.Для вхождения в клетку вирус взаимодействует с такими молекулами, как гликозамингликаны и рецепторами липопротеинов низкой плотности, это взаимодействие индуцирует процесс эндоцитоза и транспорт вирусных частиц через клеточную мембрану в цитоплазму [190]. Было показано, что уровень проникновения вируса в клетку коррелирует с уровнем экспрессии рецепторов липопротеинов низкой плотности [4].

Кроме того вирус взаимодействует с тетраспаниновым рецептором CD81. Этот белок известен с 1990 года и является членом суперсемейства поверхностных клеточных белков, содержащих четыре трансмембранных тяжа (tetraspan family) [17, 159]. Впервые он был идентифицирован, как растворимый Е2-связывающий белок. Структура CD81 показана на рисунке2.

Е2-связывающий сайт на CD81 был картирован, как расположенный на большой внеклеточной петле, состоящей из 89 а.о. [190]. CD81 экспрессируется практически во всех ядерных клетках и образует различные комплексы со многими поверхностными молекулами, такими, как CD 19, CD21, HLA-DR на В-лимфоцитах и CD4, CD8, CD82 на Т-лимфоцитах. Показано, что на В-лимфоцитах CD81, как и другие члены этого суперсемейства, является необходимым компонентом специфической сети, вовлеченной в межклеточную сигнализацию, антигенную презентацию и клеточную адгезию [137]. Мыши, лишенные CD81, не способны к гуморальному иммунному ответу на белковые

антигены. Почти полное сходство последовательности этого фрагмента с его гомологом у шимпанзе и различия, найденные у других млекопитающих, хорошо согласуются с данными об инфекционности ВГС только для человека и шимпанзе [4]. Возможно, что связывание ВГС с СБ81 на В-лимфоцитах в составе комплекса

О О О О

о о о о ын2

о о о о

ч о о о о \

соон

Рисунок 2. Расположение участков СЭ81 относительно липидного бислоя цитоплазматической мембраны [17].

СВ81/С019/С021 понижает активационный порог, что приводит к клональной пролиферации и продукции аутоантител. Несмотря на то, что СЭ81 представлен на поверхности клеток многих тканей, на сегодняшний день репликация ВГС показана лишь в нескольких типах клеток [17]. Экспрессирование рецептора СЭ81 на поверхности клеток необходимо, но недостаточно, чтобы произошло проникновение вируса гепатита С в клетку, что указывает на присутсвие дополнительных факторов [190].

Кроме рецептора CD81 вирус также взаимодействует с рецептором SR-B1, а также тесно связывается с белками клаудин, окклюдин, которые возможно и определяют тропизм вируса [17]. Рецептор SR-B1 обладает высокой селективностью и выполняет свою роль только в клетках, которые также экспрессируют CD81 [4].

После клаудин-инициированного эндоцитоза и рН-зависимого выхода ВГС из ранней эндосомы, в цитозоле начинается трансляция и репликация. Трансляция инициируется через внутренний сайт связывания рибосомы, расположенный в 5'-НТР генома. IRES обеспечивает трансляцию РНК по "кэп"-независимому механизму и предоставляет для инициации кодон AUG в положении 342 [134]. Трансляционная активность IRES невелика, но она усиливается при взаимодействии с некоторыми клеточными белками. Установлено, что ими являются белок, связывающий полипиримидиновый тракт, и, возможно, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин L. На трансляцию также может влиять связывание белка, связывающегося с полипиримидиновым трактом с областью генома, кодирующей коровый белок, и с Х-областью З'-НТР [134]. 3'-НТР оканчивается обычным поли(Ц)трактом и недавно открытой 98-нуклеотидной Х-областью. Поли(и)тракт чрезвычайно гетерогенен среди изолятов вируса. Х-область очень консервативна и имеет высокоупорядоченную вторичную структуру. Она, вероятно, участвует в сборке белков репликативного комплекса. В результате трансляции синтезируется полипротеин длиной более 3000 а.о., который расщепляется клеточными и вирусными протеазами на 9 структурных и неструктурных белков. Затем следует синтез и созревание неструктурных белков и репликация вирусной РНК в ассоциированном с мембраной репликативном комплексе. На первом этапе катализируется транскрипция «минус»-нити РНК, которая затем используется как матрица для синтеза РНК вируса позитивной полярности. Нуклеокапсидный (коровый) белок

и вирусная РНК ассоциируют в комплекс, который покрывается оболочкой и покидает клетку [134].

1.3. Молекулярная эволюция вирусов

В конце шестидесятых годов 20 века Kimura и King предположили, что большинство мутационных замен на молекулярном уровне должны быть нейтральными или почти нейтральными [125]. В то время в науке доминировало направление неодарвинизма, большинство эволюционных биологов не согласились с данной теорией нейтральности молекулярной эволюции. Однако с быстрым накоплением результатов, в частности на уровне ДНК/РНК, теория нейтральности молекулярной эволюции была расширена и многие эволюционисты признали ее значимость.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Астраханцева, Ирина Владимировна, 2013 год

список литературы

1. Абдуллаев, С.М., Ю.И. Целищева, JIM. Самоходская, В.В. Квасовка, Т.М. Игнатова, Т.Н. Краснова, В.Н. Бочков, H.A. Мухин. Генетические маркеры предрасположенности к агрессивному течению хронического гепатита С// Вестник Российской Академии Медицинских Наук,- 2007,- №1. - С. 8-12.

2. Афанасьев, А.Ю., В.К. Пименов, C.B. Зубов, П.Г. Зубаров, и. др., Фазность течения гепатита С по данным динамического контроля за спектром антител к вирусу гепатита С, В кн. Гепатит В, С, D и G - проблемы изучения диагностики лечения и профилактики,- Москва,- 1997.- С. 16.

3. Дунаева, Н.В., Е.В. Эсауленко. Структурно-функциональная организация генома вируса гепатита С// Вопросы вирусологии,- 2006.- Т. 51 №2 -С. 10-14.

4. Иванов, A.B.K., А.О. Кочетков, С.Н. Молекулярная биология вируса гепатита С// Успехи биологической химии,- 2005.- №45. - С. 37-86.

5. Исагулянц, М.Г., H.H. Озерецковская. Роль организма хозяина в спонтанном выздоровлении от вирусного гепатита С: генетически предопределенные факторы// Вопросы вирусологии,- 2008.- №6. - С. 13-19.

6. Карпов, С.Ю., П.Е. Крель. Клиническая характеристика и особенности течения хронического гепатита с низкой степенью активности// Клиническая Медицина,- 2005. №31. - С. 14-19.

7. Красавцев, E.JI., C.B. Жаворонок, В.М. Мицура, А.П. Демчило. Спектр антител к разным антигенам вируса у больных хроническим гепатитом С// Журнал Микробиологии,- 2006.- №2. - С. 57-61.

8. Крель, П.Е., О.Д. Цинзерлинг. Внепеченочная локализация вируса гепатита С: особенности клинических проявлений и прогностическая значимость// Терапевтический архив,- 2009,- №11. - С. 63-70.

9. Лазарева, A.C., Е.В. Волчкова, К.Т. Умбетова, В.П. Чуланова, Ю.Г. Пархоменко, М.В. Кисилевский, С.Г. Пак. Особенности цитокинового

профиля и субпопуляционного состава лимфоцитов периферической крови у больного хроническими вирусными гепатитами В и С в сопоставлении с выраженностью морфологических изменений печени// Терапевтический архив,- 2009,- №4. - С. 55-60.

10. Маев, И.В., Т.Е. Полунина, Е.В. Полунина. Хронический вирусный гепатит С -этиология, патогенез, лечение// Клиническая Медицина.- 2009.- №11. - С. 1218.

11. Макашова, В.В., М.А. Яковенко, А.И. Флоряну, А.К. Токмалаев, В.В. Малиновская. Особенности иммунитета у больных хроническим гепатитом С// Эпидемиология и инфекционные болезни.- 2009.- №2. - С. 58-63.

12. Масалова, О.В., Т.В. Речкина, Т.В. Шкурко, Е.И. Келли, Н.П. Блохина, Т.В. Вишневская, Л.Э. Завалишина, А.Н. Петров, Г.А. Франк, H.A. Малышев, Д.К. Львов, A.A. Кущ. Белки вируса гепатита С в клетках печени при остром гепатите С, связь с повреждением печени и исходом заболевания// Вопросы вирусологии,- 2005,- Т. 50. №2. - 357-368.

13. Масалова, О.В., Е.И. Самохвалов, И.В. Петракова, Т.В. Голосова, A.B. Сомова, С.И. Атанадзе, Д.К. Львов, A.A. Кущ. Выявление маркеров вируса гепатита С -белка нуклеокапсида, РНК и вирусспецифических антител в плазмах крови доноров// Вопросы вирусологии.- 2000.- Т. 45. №2. - С. 14-18.

14. Масалова, О.В., Т.В. Вишневская, Т.В. Шкурко, Т.А. Гаранжа, Т.А. Туполева, Ф.П. Филатов, Н.П. Блохина, A.A. Кущ. Сравнительный анализ соге-белка вируса гепатита С в образцах плазмы и сыворотки крови ВГС-инфицированных доноров и больных гепатитом С// Вопросы вирусологии,-2007. №4.-С. 11-17.

15. Мироджов, Г.К., Р.И. Одинаев, М.И. Саттарова. Цитокины при хроническом гепатите С// Клиническая медицина.- 2009.- №2. - С. 13-17.

16. Николаева, Л.И.О., Л.В. Колесанова, Е.Ф. Иммунитет при разных формах гепатита // Rus. J. Immunol.- 1999.- №4. - С. 91-112.

17. Николаева, JI.H. Специфический гуморальный иммунитет при вирусном гепатите С: дис. д.б.наук: 03.00.06: утв. 12.01.2007//2006. - С. 260.

18. Пименов, В.К., А.Ю. Афанасьев, А.А. Колобов, С.В. Зубов, Н.А. Добротина, В.В. Новиков. Диагностические возможности иммуноферментной тест-системы для определения спектра антител к структурным и неструктурным антигенам вируса гепатита С// Вопросы вирусологии.- 2000.- №6. - С. 44-47.

19. Попонин, Д.М., Э.С. Горовиц, А.Л. Бондаренко. Зависимость титров IgG, специфичных к различным белкам вируса гепатита С, от особенностей течения хронической инфекции// Журнал Микробиологии.- 2011,- №6. - С. 5761.

20. Романова, Е.Б., Ю.М. Амбалова, И.В. Шестакова. Ассоциации HLA-антигенов с различными вариантами течения хронической HCV-инфекции// Эпидемиология и инфекционные болезни,- 2008,- №4. - С. 14-15.

21. Соболевская, О.Л., О.В. Корочкина. Клиническое значение Т-клеточной реакции лимфоцитов на антигены вирусов гепатита В и С и уровня цитокинов при противовирусной терапии больных гепатитом С и микст-инфекцией (В+С)// Клиническая Медицина,- 2007,- №7. - С. 63-70.

22. Ющук, Н.Д., Е.А. Климова, О.О. Знойко, О.Г. Пылева, Е.И. Келли, Д.С. Чешик, Д.М. Брагинский, Е.И. Лакина, О.В. Масалова, А.А. Кущ. Значение выявления РНК вируса гепатита С в различных субстратах у больных хроническим гепатитом С// Клиническая Медицина,- 2001,- №12. - С. 24-29.

23. Abbate, I., I. Lo, О., S. Di, R., G. Cappiello, E. Girardi, R. Longo, D. Ferraro, G. Antonucci, M. Di, V., M. Solmone, A. Craxi, G. Ippolito, M. Capobianchi. HVR-1 quasispecies modifications occur early and are correlated to initial but not sustained response in HCV-infected patients treated with pegylated- or standard-interferon and ribavirin// J Hepatol.- 2004,- V. 40. №5. - P. 831-836.

24. Abrignani, S. Antigen-ingependent activation of resting T-cells in the liver of patients with chronic hepatitis// Devel Biol Stand.- 1998.- V. 92. - P. 191-194.

25. Afonso, A.M., J. Jiang, F. Penin, G. Tareau, D. Samuel, M.-H. Petit, H. Bismuth, E. Dussaix, C. Feray. Nonrandom diatribution of hepatitis C virus quasispecies in plasma and peripheral blood mononuclear cell subsets// J Virol.- 1999,- V. 73. №11. - P. 9213-9222.

26. Akashi, H. Inferring the fitness effects of DNA mutations from polymorphism and divergence data: statictical power to detect directional selection under stationary and free recombination// Genetics - 1999,- V. 151. - P. 221-238.

27. Alberti, A., L. Chemello, L. Benvegnu. Natural history of hepatitis C// J Hepatol.-1999,-V. 31. Suppl. - P. 17-24.

28. Alexander, J., M. Del Guercio, J. Fikes, R. Chesnut, F. Chisari, K. Chang, E. Appella, A. Sette. Recognition of a novel naturally processed, A2 restricted, HCV-NS4 epitope triggers IFN-gamma release in absence of detectable cytopathicity// Human Immunol.- 1998,- V. 59. №12. - P. 776-782.

29. Alric, L., M. Fort, J. Izopet, J. Vinel, J. Charlet, J. Selves, J. Puel, J. Pascal, M. Duffaut, M. Abbal. Genes of the major histocompatibility complex class II influence the outcome of hepatitis C virus infection// Gastroenterology.- 1997,- V. 113. №5. -P. 1675-1681.

30. Alter, M. Epidemiology of hepatitis C virus infection// World J Gastroenterol.-2007,-V. 13. №17.-P. 2436-2441.

31. Araujo, A., I. Astrakhantseva, H. Fields, S. Kamili. Distinguishing acute from chronic hepatitis C virus (HCV) infection based on antibody reactivities to specific HCV structural and nonstructural proteins// J Clin Microbiol.- 2011.- V. 49. №1. -P. 54-57.

32. Bandelt, H., P. Forster, A. Rohl. Median-Joining Networks For Inferring Intraspecific Phylogenies// Mol Biol Evol.- 1999,- V. 16. №1. - P. 37^18.

33. Barba, G., F. Harper, T. Harada, e. al. Hepatitis C virus core protein shows a cytoplasmic localization and associates to cellular lipid storage droplets// PNAS.-1997,- V. 94. - P. 1200-1205.

34. Bassett, S.E., K.M. Brasky, R.E. Lanford. Analysis of hepatitis C virus-inoculated chimpanzees reveals unexpected clinical profiles// J Virol.- 1998.- V. 72. - P. 25892599.

35. Behrens, S., L. Tomei, R. De Francesco. Identification and properties of the RNA-dependent RNA polymerase of hepatitis C virus// EMBO J.- 1996.- V. 15. №1. - P. 12-22.

36. Bhattacherjee, V., L. Prescott, I. Pike, B. Rodgers, H. Bell, A. El-Zayadi, M. Kew, J. Conradie, C. Lin, H. Marsden. Use of NS-4 peptides to identify type-specific antibody to hepatitis C virus genotypes 1, 2, 3, 4, 5 and 6// J Gen Virol.- 1995,- V. 76. №7. - P. 1737-1748.

37. Botarelli, P., M. Brunetto, M. Minutello, P. Calvo, D. Unutmaz, A. Weiner, Q. Choo, J. Shuster, G. Kuo, F. Bonino. T-lymphocyte response to hepatitis C virus in different clinical courses of infection// Gastroenterology.- 1993.- V. 104. №2. - P. 580-587.

38. Bouffard, P., P. Hayashi, R. Acevedo, N. Levy, J. Zeldis. Hepatitis C virus is detected in a monocyte/macrophage subpopulation of peripheral blood mononuclear cells of infected patients// J Infect Dis.- 1992,- V. 166. №6. - P. 1276-1280.

39. Brillanti, S., C. Masei, M. Miglieli, L. Barbara. Serum IgM antibodies to hepatitis C virus in acute and chronic hepatitis C// Arch Virol.- 1993.- V. 8. - P. 213-218.

40. Brown, R.J., A.W. Tarr, C.P. McClure, V.S. Juttla, N. Tagiuri, W.L. Irving, J. Ball. Cross-genotype characterization of genetic diversity and molecular adaptation in hepatitis C virus envelope glycoprotein genes.// J Gen Virol.- 2007.- V. 88. - P. 458470.

41. Bull, R.A., F. Luciani, K. McElroy, S. Gaudieri, S.T. Pham, A. Chopra, B. Cameron, L. Maher, D. G.J., W. P.A., A.R. Lloyd. Sequential bottleneck drive viral evolution in early acute hepatitic C virus infection// PLoS Pathogens.- 2011,- V. 7. №9. - P. 1-10.

42. Burioni, R., P. Plaisant, A. Manzin, D. Rosa, V. Delli Carri, F. Bugli, L. Solforosi, S. Abrignani, P. Varaldo, G. Fadda, M. Clementi. Dissection of human humoral immune response against hepatitis C virus E2 glycoprotein by repertoire cloning and generation of recombinant Fab fragments// Hepatology.- 1998.- V. 28. №3. - p. 810-814.

43. Cai, L. Multi-response permutation procedure as an alternative to the analysis of variance: An SPSS implementation// Depart Psychol University N Carolina.- 2004.

44. Callens, N., Y. Ciczora, B. Bartosch, N. Vu-Dac, F.L. Cosset, J.M. Pawlotsky, F. Penin, J. Dubuisson. Basic residues in hypervariable region 1 of hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 contribute to virus entry// J Virol.- 2005,- V. 79. №24. -P. 15331-15341.

45. Campo, D.S., Z. Dimitrova, J. Yokosawa, D. Hoang, N.O. Perez, S. Ramachandran, Y. Khudyakov. Hepatitis C virus antigenic convergence// Sci Rep.- 2012. №2. - P. 267 - 277.

46. Chang, K.M., B. Rehermann, J.G. McHutchison, C. Pasquinelli, S. Southwood, A. Sette, F.V. Chisari. Immunological significance of cytotoxic T lymphocyte epitope variants in patients chronically infected by the hepatitis C virus// J Clin Invest.-1997,-V. 100. №9.-P. 2376-2385.

47. Chao, L. Evolution of sex and the molecular clock in RNA viruses// Int J Gene Genome.- 1997,- V. 205. - P. 301-308.

48. Chen, C.-M., L.-R. You, L.-H. Hwang, Y.-H. Lee. Direct interaction of hepatitis C virus core protein with the cellular lymphotoxin-b receptor modulates the signal pathway of the lymphotoxin-b receptor// J Virol.- 1997.- V. 71. - P. 9417-9426.

49. Chen, M., M. Sallberg, A. Sonnerborg, L. Jin, A. Birkett, D. Peterson, O. Weiland, D. Milich. Human and murine antibody recognition is focused on the ATPase/helicase, but not the protease domain of the hepatitis C virus nonstructural 3 protein//Hepatology.- 1998,- V. 28. №1. - P. 219-224.

50. Chen, P.J., J.T. Wang, L.H. Hwang, Y.H. Yang, C.L. Hsieh, J.H. Kao, J.C. Sheu, M.Y. Lai, T.H. Wang, D.S. Chen. Transient immunoglobulin M antibody response to hepatitis C virus capsid antigen in post transfusion hepatitis C: Putative serological marker for acute viral infection// PNAS.- 1992,- V. 89. - P. 5971-5975.

51. Chen, S., W. Yu-ming. Evolutionary study of hepatitis C virus envelope genes during primary infection// Chin Med J.- 2007,- V. 120. №24. - P. 2174-2181.

52. Choo, Q., G. Kuo, A. Weiner, L. Overby, D. Bradley, M. Houghton. Isolation of a cDNA clone derived from a bloodborne non-A, non-B viral hepatitis genome// Science.- 1989,- V. 244. - P. 359-362.

53. Choo, Q., G. Kuo, R. Ralston, A. Weiner, D. Chien, G. Van Nest, J. Han, K. Berger, K. Thudium, C. Kuo. Vaccination of chimpanzees against infection by the hepatitis C virus//PNAS.- 1994,-V. 91. №4. - P. 1294-1298.

54. Chung, R.T. Acute hepatitis C virus infection// Clinical Infection Disease.- 2005.-V. 41 Suppl 1. - P. 14-17.

55. Coppola, N., R. Pisapia, C. Marrocco, S. Martini, L. Vatiero, V. Messina, G. Tonziello, C. Sagnelli, P. Filippini, F. Piccinino, E. Sagnelli. Anti-HCV IgG avidity index in acute hepatitis C// J Clin Virol.- 2007.- V. 40. №2. - P. 110-115.

56. Coppola, N., R. Pisapia, G. Tonziello, A. Masiello, S. Martini, M. Pisaturo, V. Messina, C. Sagnelli, M. Macera, G. Signoriello, E. Sagnelli. Improvement in the aetiological diagnosis of acute hepatitis C: a diagnostic protocol based on the anti-HCV-IgM titre and IgG Avidity Index// J Clin Virol.- 2009,- V. 46. №3. - P. 222229.

57. Cramp, M., P. Carucci, S. Rossol, S. Chokshi, G. Maertens, R. Williams, N. Naoumov. Hepatitis C virus (HCV) specific immune response in anti-HCV positive patients without hepatitis C viraemia// GUT.- 1999,- V. 44. №3. - P. 424-429.

58. Dahari, H., M. Major, X. Zhang, K. Mihalik, C. Rice, A. Perelson, S. Feinstone, A. Neumann. Mathematical modeling of primary hepatitis C infection: noncytolytic

clearance and early blockage of virion production// Gastroenterology.- 2005.- V. 128. №4. - P. 1056-1066.

59. Daniels, D.S., S. Grytdal, A. Wasley. Surveillance for acute viral hepatitis - United States, 2007// MMWR Surveillance Summary.- 2009.- V. 58. - P. 1-27.

60. Demsar, J., G. Leban, B. Zupan. FreeViz~an intelligent multivariate visualization approach to explorative analysis of biomedical data// J Biomed Inform.- 2007.- V. 40. №6. - P. 661-671.

61. Diepolder, H., J. Gerlach, R. Zachoval, R. Hoffmann, M. Jung, E. Wierenga, S. Scholz, T. Santantonio, M. Houghton, S. Southwood, A. Sette, G. Pape. Immunodominant CD4+ T-cell epitope within nonstructural protein 3 in acute hepatitis C virus infection//J Virol.- 1997,- V. 71. №8. - P. 6011-6019.

62. Diepolder, H., R. Zachoval, R. Hoffmann, E. Wierenga, T. Santantonio, M. Jung, D. Eichenlaub, G. Pape. Possible mechanism involving T-lymphocyte response to nonstructural protein 3 in viral clearance in acute hepatitis C virus infection// Lancet.-1995.- V. 346. №8981. - P.1006-1007.

63. Edwards, V.C., A.W. Tarr, R.A. Urbanowicz, J.K. Ball. The role of neutralizing antibodies in hepatitis C virus infection// J Gen Virol.- 2012.- V. 93. №1. - P. 1-19.

64. Erickson, A., M. Houghton, Q. Choo, A. Weiner, R, Ralston, E. Muchmore, C. Walker. Hepatitis C virus-specific CTL responses in the liver of chimpanzees with acute and chronic hepatitis C// J Immunol.- 1993,- V. 151. №8. - P. 4189-4199.

65. Erickson, A.L., Y. Kimura, S. Igarashi, J. Eichelberger, M. Houghton, J. Sidney, D. McKinney, A. Sette, A.L. Hughes, C.M. Walker. The outcome of hepatitis C virus infection is predicted by escape mutations in epitopes targeted by cytotoxic T lymphocytes// Immunity.- 2001,- V. 15. №6. - P. 883-895.

66. Farci, P., H. Alter, D. Wong, R. Miller, J. Shih, B. Jett, R. Purcell. A long-term study of hepatitis C virus replication in non-A, non-B hepatitis// N Engl J Med.-1991,-V. 325. №2. - P. 98-104.

67. Farci, P., A. Shimoda, A. Coiana, G. Diaz, G. Peddis, J. Melpolder, A. Strazzera, D. Chien, S. Munoz, A. Balestrieri, R. Purcell, H. Alter. The outcome of acute hepatitis C predicted by the evolution of the viral quasi species// Science.- 2000.- V. 288. №5464. - P. 339-344.

68. Farci, P., H.J. Alter, D.C. Wong, R.H. Miller, S. Govindarajan, R. Engle, M. Shapiro, R.H. Purcell. Prevention of hepatitis C virus infection in chimpanzees after antibody-mediated in vitro neutralization// PNAS.- 1994,- V. 91. №16. - P. 77927796.

69. Farci, P., A. Shimoda, D. Wong, T. Cabezon, G. De, D., A. Strazzera, Y. Shimizu, M. Shapiro, H. Alter, R. Purcell. Prevention Of Hepatitis C Virus Infection In Chimpanzees By Hyperimmune Serum Against The Hypervariable Region 1 Of The Envelope 2 Protein//PNAS.- 1996.-V. 93. №26. - P. 15394-15399.

70. Ferrari, C., A. Penna, A. Bertoletti, A. Cavalli, G. Missale, V. Lamonaca, C. Boni, A. Valli, R. Bertoni, S. Urbani, P. Scognamiglio, F. F. Antiviral cell-mediated immune responses during hepatitis B and hepatitis C virus infections// Recent Results Cancer Res.- 1998.- V. 154. - P. 330-336.

71. Frangeul, L., P. Cresta, M. Perrin, F. Lunel, P. Opolon, H. Agut, J. Huraux. Mutations in NS5A region of hepatitis C virus genome correlate with presence of NS5A antibodies and response to interferon therapy for most common European hepatitis C virus genotypes// Hepatology.- 1998,- V. 28. №6. - P. 1674-1679.

72. Gane, E., G. Maertens, A. Ducatteeuw, K. Qian, J. Lau, H. Jones, E. Davies, N. Naoumov, R. Williams. Antibodies to hepatitis C virus envelope proteins correlate with hepatitis C viraemia after liver transplantation// Transplantation.- 1999.- V. 67. №1. - P. 78-84.

73. Gojobori, T., Y. Yamaguchi, K. Ikeo, M. Mizokami. Evolution of pathogenic viruses with special reference to the rates of synonymous and nonsynonymous substitutions// Japan J Genet.- 1994,- V. 69. №5. - P. 481-488.

74. Grakowi, A., D.W. McCourt, C. Wychowski, S.M. Feinstone, C.M. Rice. A second hepatitis C virus-encoded protease// PNAS.- 1993,- V. 90. - P. 10583-10597.

75. Heim, M., D. Moradpour, H. Blum. Expression of hepatitis C virus proteins inhibits signal transduction through the Jak-STAT pathway// J Virol.- 1999.- V. 73. №10. -P. 8469-8475.

76. Herring, B., R. Tsui, L. Peddada. Wide range of quasispecies diversity during primary hepatitis C virus infection// J Virol.- 2005.- V. 79 №7. - P. 4340-4346.

77. Higashi, K., K. Tsukiyama-Kohara, T. Tanaka, E. Tanaka, K. Kiyosawa, M. Kohara. Characterization of hypervariable region in hepatitis C virus envelope protein during acute and chronic infection// Arch Virol.- 2005,- V. 150. №5. - P. 883-898.

78. Hijikata, M., H. Mizushima, Y. Tanji, Y. Komoda, Y. Hirowatari, T. Akagi, N. Kato, K. Kimura, K. Shimotohno. Proteolytic processing and membrane association of putative nonstructural proteins of hepatitis C virus// PNAS.- 1993.- V. 90. №22. -P. 10773-10777.

79. Hino, K., M. Korenaga, E. Orito, Y. Katoh, Y. Yamaguchi, F. Ren, A. Kitase, Y. Satoh, D. Fujiwara, K. Okita. Constrained genomic and conformational variability of the hypervariable region 1 of hepatitis C virus in chronically infected patients// J Viral Hepat.- 2002,- V. 9. №3. - P. 194-201.

80. Hoffman, P.E., Grinstein, G.G., Marx, K., Grosse, I., Stanley, E. . DNA visual and analytic data mining// in Proceedings of IEEE Visualization. ISBN. - Phoenix, AZ -1997.

81. Hoffmann, R.M., H.M. Diepolder, R. Zachoval, e. al. Mapping of immunodominant CD4+ T lymphocyte epitopes of hepatitis C virus antigens and their relevance during the course of chronic infection// Hepatology.- 1995.- V. 21. - P. 632-638.

82. Hoofnagle, J. Course and outcome of hepatitis C// Hepatology.- 2002,- V. 36. - P. 21-29.

83. Hosmer, D.W., S. Lemeshow, Applied Logistic Regression, B - John Wiley & Sons.- New York.- 2000.- P. 31-44.

84. Houghton, M., A. Weiner, J. Han, G. Kuo, Q.L. Choo. Molecular biology of the hepatitis C viruses: implications for diagnosis, development and control of viral disease//Hepatology.- 1991,- V. 14. - P. 381-388.

85. Ibe, M., T. Sakaguchi, K. Tanaka, S. Saito, S. Yokotaj T. Tanaka, K. Shimotohno, Y. Chujoh, Y. Shiratori, M. Omata, K. Miwa, M. Takiguchi. Identification and characterization of a cytotoxic T cell epitope of hepatitis C virus presented by HLA-B*3501 in acute hepatitis// J Gen Virol.- 1998,- V. 79. №7. - P. 1735-1744.

86. Ishii, K., D. Rosa, Y. Watanabe, T. Katayama, H. Harada, C. Wyatt, K. Kiyosawa, H. Aizaki, Y. Matsuura, M. Houghton, S. Abrignani, T. Miyamura. High titers of antibodies inhibiting the binding of envelope to human cells correlate with natural resolution of chronic hepatitis Cll Hepatology.- 1998,- V. 28. №4. - P. 1117-1120.

87. Ito, T., M.M. Lai. An internal polypyrimidin-tract-binding protein-binding site in the hepatitis C virus RNA attenuates translation, which is relieved by the 3'-untranslated sequence// Virology.- 1999,- V. 254. - P. 288-296.

88. Janssen, R.S., G.A. Satten, S.L. Stramer, B.D. Rawal, T.R. O'Brien, B.J. Weiblen, F.M. Hecht, N. Jack, F.R. Cleghorn, J.O. Kahn, M.A. Chesney, M.P. Busch. New testing strategy to detect early HIV-1 infection for use in incidence estimates and for clinical and prevention purposes// Jama-Journal of the American Medical Association.- 1998,- V. 280. №1. - P. 42-48.

89. Kaito, M., S. Watanabe, K. Tsukiyama-Kohara, K. Yamaguchi, Y. Kobayashi, M. Konishi, M. Yokoi, S. Ishida, S. Suzuki, M. Kohara. Hepatitis C virus particle detected by immunoelectron microscopic study// J Gen Virol.- 1994,- V. 75. - P. 1755-1760.

90. Kato, N., Y. Ootsuyama, H. Sekiya, S. Ohkoshi, T. Nakazawa, M. Hijikata, K. Shimotohno. Genetic drift in hypervariable region 1 of the viral genome in persistent hepatitis C virus infection// J Virol.- 1994,- V. 68. №8. - P. 4776-4784.

91. Kato, N., M. Ikeda, K. Sugiyama, T. Mizutani, T. Tanaka, K. Shimotohno. Hepatitis C virus population dynamics in human lymphocytes and hepatocytes infected in vitro// J Gen Virol.- 1998,- V. 79. №8. - P. 1859-1869.

92. Keck, Z., S.H. Li, J. Xia, T. von Hahn, P. Balfe, J.A. McKeating, J. Witteveld, A.H. Patel, H. Alter, C.M. Rice, S.K. Foung. Mutation in hepatitis C virus E2 located outside the CD81 binding sites lead to escape from broadly neutralizing antibodies but compromise virus infectivity// J Virol.- 2009,- V. 83. №12. - P. 6149-6160.

93. Kimura, M., The neutral theory of molecular evolution- Cambridge: Cambridge University Press. 1983.

94. Klimashevskaya, S., A. Obriadina, T. Ulanova, G. Bochkova, A. Burkov, A. Araujo, S. Stramer, L. Tobler, Busch, M.„ H. Fields. Distinguishing acute from chronic and resolved hepatitis C virus (HCV) infections by measurement of anti-HCV immunoglobulin G avidity index// J Clin Microbiol.- 2007,- V. 45. №10. - P. 34003403.

95. Kobayashi, M., E. Tanaka, A. Matsumoto, K. Yoshizawa, H. Imai, T. Sodeyama, K. Kiyosawa. Clinical application of hepatitis C virus core protein in early diagnosis of acute hepatitis CI IJ Gastroenterol.- 1998,- V. 33. №4. - P. 508-511.

96. Kosakovsky, S., S. Frost. Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments// Bioinformatics.- 2005,- V. 21. №10. - P. 2531-2533.

97. Kosakovsky, S., S. Frost, S. Muse. HyPhy: hypothesis testing using phylogenies// Bioinformatics.- 2005,- V. 21. №5. - P. 676-679.

98. Kosakovsky, S., S. Frost. Not so different after all: A comparison of methods for detecting amino acid sites under selection// Mol Biol Evol.- 2005.- V. 22. №5. -P.1208-1222.

99. Koziel, M., B. Walker. Characteristics of the intrahepatic cytotoxic T lymphocyte response in chronic hepatitis C virus infection// Sprin Sem Immunopathol.- 1997.-V. 19. №1. - P. 69-83.

100. Koziel, M., D. Dudley, N. Afdhal, Q. Choo, M. Houghton, R. Ralston, B. Walker. Hepatitis C virus (HCV)-specifie cytotoxic T lymphocytes recognize epitopes in the core and envelope proteins of HCV// J Virol.- 1993.- V. 67. №12. - P. 7522-7532.

101. Koziel, M., D. Dudley, N. Afdhal, A. Grakoui, C. Rice, Q. Choo, M. Houghton, B. Walker. HLA class I-restricted cytotoxic T lymphocytes specific for hepatitis C virus. Identification of multiple epitopes and characterization of patterns of cytokine release// J Clin Invest.- 1995,- V. 96. №5. - P. 2311-2321.

102. Kraytsberg, Y., K. Khrapko. Single-molecule PCR: an artifact-free PCR approach for the analysis of somatic mutations// Exp Rev Mol Diagn.- 2005.- V. 5. № 5. - P. 809-815.

103. Kurosaki, M., N. Enomoto, F. Marumo, C. Sato. Evolution and selection of hepatitis C virus variants in patients with chronic hepatitis C// Virology.- 1994.- V. 205. №1. -P. 161-169.

104. Lara, J., G. Xia, M. Purdy, Y. Khudyakov. Coevolution of the hepatitis C virus polyprotein sites 1 in patients on combined pegylated interferon and ribavirin therapy//J Virol.- 2011,- V. 85. №7. - P. 3649-3663.

105. Large, M.K., D.J. Kittlesen, Y.S. Hahn. Suppression of host immune response by the core protein of hepatitis C virus: possible implications for hepatitis C virus persistence// J Immunol.- 1999,- V. 162. - P. 931-938.

106. Leban, G., I. Bratko, U. Petrovic, T. Curk, B. Zupan. VizRank: finding informative data projections in functional genomics by machine learning// Bioinformatics.-2005,-V. 21. №3.-P. 413-414.

107. Li, H., B. McMahon, S. McArdle, D. Bruden, D. Sullivan, D. Shelton, H. Deubner, D. Gretch. Hepatitis C virus envelope glycoprotein co-evolutionary dynamics during chronic hepatitis CH Virology.- 2008,- V. 375. №2. - P. 580-591.

108. Liu, L., B.E. Fisher, K.A. Dowd, J. Astemborski, A.L. Cox, S.C. Ray. Acceleration of hepatitis C virus envelope evolution in humans is consistent with progressive

humoral immune selection during the transition from acute to chronic infection// J Virol.- 2010.- V. 84. №10. - P. 5067-5077.

109. Loewe, L. Negative selection//Nature Education.- 2008.- V. 1. №1. - P. 15-19.

110. Love, R., H. Parge, J. Wickersham, Z. Hostomsky, N. Habuka, E. Moomaw, T. Adachi, S. Margosiak, E. Dagostino, Z. Hostomska. The conformation of hepatitis C virus NS3 proteinase with and without NS4A: a structural basis for the activation of the enzyme by its cofactor// Clin Diag Virol.- 1998,- V. 10. №2-3. - P. 151-156.

111. Maheshawari, A., S. Ray, P.J. Thuluvath. Acute hepatitis Cll Lancet.- 2008,- V. 372. №9635.-P. 321-332.

112. Maillard, P., K. Krawczynski, J. Nitkiewicz, C. Bronnert, M. Sidorkiewicz, P. Gounon, J. Dubuisson, G. Faure , R. Crainic, A. Budkowska. Nonenveloped nucleocapsids of hepatitis C virus in the serum of infected patients// J Virol.- 2001.-V. 75. №17. - P. 8240-8250.

113. Masalova, O.V., A.G. Abdulmedzhidova, S.N. Atanadze, E.L. Lakina, Y.A. Semiletov, A. Burkov, T. Ulanova, V.V. Novikov, V.K. Pimenov, G. Filds, Y. Khudyakov, A. A. Kushch. Characterization of a panel of monoclonal antibodies and mapping the epitopes of hepatitis C virus proteins// Biochem Biophys Mol Biol.-2002,-V. 383. - P. 125-129.

114. Mathworks.Matlab, 2010: Natick, MA.

115. McAllister, J., C. Casino, F. Davidson, J. Power, E. Lawlor, P. Yap, P. Simmonds, D. Smith. Long-term evolution of the hypervariable region of hepatitis C virus in a common-source-infected cohort// J Virol.- 1998,- V. 72. №6. - P. 4893-4905.

116. McCune, B., J. Grace, Analysis of ecological communities- Gleneden Beach: MjM Software Design. 2002.

117. McGovern, B.H., C.E. Birch, M.J. Bowen, L.L. Reyor, E.H. Nagami, R.T. Chung, A.Y. Kim. Improving the diagnosis of acute hepatitis C infection using expanded viral load criteria// Clin Infect Dis.- 2009,- V. 49. - P. 1051-1060.

118. Miyamura, T., Y. Matsuura. Structural proteins of hepatitis C virus// J Virol.- 1993.-V. 67. - P. 1385-1395.

119. Müller, H., f.E. Pfaf, T. Goeser, B. Kallinowski, C. Solbach, L. Theilmann. Peripheral blood leukocytes serve as a possible extrahepatic site for hepatitis C virus replication// J Gen Virol.- 1993,- V. 74. №4. - P. 669-676.

120. Nei, M., W. Li. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases// PNAS.- 1979.- V. 76. - P. 5269-5273.

121. Nelson, D., C. Marousis, G. Davis, C. Rice, J. Wong, M. Houghton, J. Lau. The role of hepatitis C virus-specific cytotoxic T lymphocytes in chronic hepatitis C// J Immunol.- 1997,-V. 158. №3.-P. 1473-1481.

122. Netski, D.M., T. Mosbruger, E. Depla, G. Maertens, S.C. Ray, R.G. Hamilton, S. Roundtree, D.L. Thomas, J. McKeating, A. Cox. Humoral immune response in acute hepatitis C virus infection// Clin Infect Dis.- 2005,- V. 41. №5. - P. 667-675.

123. Neville, J.A., L.E. Prescott, V. Bhattacherjee, e. al. Antigenic variation of core, NS3, and NS5 proteins among genotypes of hepatitis C virus// J Clin Microbiol.-1997,-V. 35. - P. 3062-3070.

124. Ohta, T. Mechanisms of molecular evolution// Philos Trans R Soc Lond B Biological Science.- 2000,- V. 355. №1403. - P. 1623-1626.

125. Ohta, T. Slightly deleterious mutant substitutions in evolution// Nature.- 1973.- V. 246. - P. 96-98.

126. Pawlotsky, J.M. Therapy of hepatitis C: From empiricism to eradication// Hepatology.- 2006,- V. 43. №2. - P. 207-220.

127. Penin, F., C. Combet, G. Germanidis, P. Frainais,, G. Deleage, J. Pawlotsky. Conservation of the conformation and positive charges of hepatitis C virus E2 envelope glycoprotein hypervariable region 1 points to a role in cell attachment// J Virol.- 2001,- V. 75. №12. - P. 5703-5710.

128. Penin, F., J. Dubuisson, F. Rey, D. Moradpour, J. Pawlotsky. Structural biology of hepatitis C virus//Hepatology.- 2004,- V. 39. №1. - P. 5-19.

129. Pereboeva, L.A., A.V. Pereboev, G.E. Morris. Identification of antigenic sites on three hepatitis C virus proteins using phage-displayed peptide librares// J Med Virol.- 1998,-V. 56. - P. 105-111.

130. Pfafferott, K., S. Gaudieri, A. Ulsenheimer, I. James, M. Heeg, D. Nolan, M. John, A. Rauch, S. Mallal, A. Lucas, P. Klenerman, H. Diepolder, M. Lucas. Constrained pattern of viral evolution in acute and early HCV infection limits viral plasticity// Plos ONE.- 2011.- V. 6. №2.-P. 1-15.

131. Piazzolla, G., C. Tortorella, O. Schiraldi, S. Antonaci. Relationship between interferon-gamma, interleukin-10, and interleukin-12 production in chronic hepatitis C and in vitro effects of interferon-alpha// J Clin Immunol.- 2000,- V. 20. №1. - P. 54-61.

132. Ramachandran, S., G.L. Xia, L.M. Ganova-Raeva, O.V. Nainan, Y. Khudyakov. End-point limiting-dilution real-time PCR assay for evaluation of hepatitis C virus quasispecies in serum: performance under optimal and suboptimal conditions// J Virol Methods.- 2008,- V. 151. №2. - P. 217-224.

133. Ramachandran, S., X. Zhai, H. Thai, D.S. Campo, G. Xia, L. Ganova-Raeva, J. Drobeniuc, Y. Khudyakov. Evaluation of intra-host variants of the entire hepatitis B virus genome// Plos ONE.- 2011,- V. 6. №9. - P. 25232-25242.

134. Rehermann, B. Hepatitis C virus versus innate and adaptive immune responses: a tale of coevolution nad coexistence// J Clin Invest.- 2009.- V. 119. №7. - P. 17451754.

135. Rispeter, K., M. Lu, S. Behrens, C. Fumiko, T. Yoshida, M. Roggendorf. Hepatitis C virus variability: sequence analysis of an isolate after 10 years of chronic infection// Virus Genes.- 2000.- V. 21. №3. - P. 179-188.

136. Rosa, D., S. Campagnoli, C. Maretto, E. Guenzi, L. Cousens, M. Chin, C. Dong, A.J. Weiner, J.Y.N. Lau, Q.L. Choo, D. Chien, P. Pileri, M. Houghton, S. Abrignani. A quantitative test to estimate neutralizing antibodies to the hepatitis C

virus: cytofluriometric assessment of envelope glycoprotein 2 binding to target cells// PNAS.- 1996,- V. 93. - P. 1759-1763.

137. Rubinstein, E., F.L. Naour, C. Lagaudriere-Gesbert. CD9, CD63, CD81 and CD82 are components of a surface tetraspan network connected to HLA-DR and VLA integrins// Europ J Virol.- 1996,- V. 26. - P. 2657-2665.

138. Sansonno, D., G. Lauletta, F. Dammacco. Detection and quantitation of HCV core protein in single hepatocytes of laser capture microdissection and enzyme-linked immunosorbent assay// J Viral Hepat.- 2004. №13. - P. 27-32.

139. Scarselli, E., A. Cerino, G. Esposito, E. Silini, M.U. Mondelli, C. Traboni. Occurrence of antibodies reactive with more than one variant of the putative envelope glycoprotein (gp70) hypervariable region 1 in viremic hepatitis C virus-infected patients// J Virol.- 1995,- V. 69. №7. - P. 4407-4412.

140. Schneider, S., D. Roessli, L. Excoffier, ARLEQUIN version 2000: Software for population genetic data analysis- Geneva: Genetics and Biometry Laboratory, University of Geneva. 2000.

141. Sekiya, H., N. Kato, Y. Ootsuyama, T. Nakazawa, K. Yamauchi, K. Shimotohno. Genetic alterations of the putative envelope proteins encoding region of the hepatitis C virus in the progression to relapsed phase from acute hepatitis: humoral immune response to hypervariable region 1.// Int J Cancer.- 1994,- V. 57. - P. 664-670.

142. Shimizu, Y., H. Igarashi, T. Kiyohara, T. Cabezon, P. Farci, R. Purcell, H. Yoshikura. A hyperimmune serum against a synthetic peptide corresponding to the hypervariable region 1 of hepatitis C virus can prevent viral infection in cell cultures// Virology.- 1996,- V. 223. №2. - P. 409-412.

143. Shimizu, Y.K., M. Hijikata, A. Iwamoto, H.J. Alter, R.H. Purcell, H. Yoshikura. Neutralizing antibodies against hepatitis C virus and the emergence of neutralization escape mutant viruses// J Virol.- 1994,- V. 68. №3. - P. 1494-1500.

144. Shimizu, Y.K., H. Igarashi, T. Kanematu, K. Fujiwara, D.C. Wong, R.H. Purcell, H. Yoshikura. Sequence analysis of the hepatitis C virus genome recovered from

serum, liver, and peripheral blood mononuclear cells of infected chimpanzees// J Virol.- 1997,- V. 71. №8. - P. 5769-5773.

145. Shrivastava, A., S.K. Manna, R. Ray, B.B. Aggarwal. Ectopic expression of hepatitis C virus core protein differently regulates nuclear transcription factors// J Virol.- 1998.- V. 72. - P. 9722-9728.

146. Taylor, D., S. Shi, P. Romano, G. Barber, M. Lai. Inhibition of the interferon-inducible protein kinase PKR by HCV E2 protein// Science.- 1999,- V. 285. №5424. - P. 107-110.

147. Thomson, E.C., J.A. Smith, P. Klenerman. The natural history of early hepatitis C virus evolution; lessons from a global outbreak in human immunodeficiency virus-1 -infected individuals// J Gen Virol.- 2011,- V. 92. №10. - P. 2227-2236.

148. Tokita, H., H. Okamoto, H. Iizuka, J. Kishimoto, F. Tsuda, Y. Miyakawa, M. Mayumi. The entire nucleotide sequences of three hepatitis C virus isolates in genetic groups 7-9 and comparison with those in the other eight genetic groups// J Gen Virol.- 1998.- V. 79. №8. - P. 1847-1857.

149. Toniutto, P., E. Failed, V. Gasparini, C. Fabris, S.G. Tisminetzky, T. Lombardelli, P. Pacco, A. Satta, M. Perisi. IgM antibody response to the hepatitis C virus core protein in intravenous drug users// Diagn Microbiol Infect Dis.- 1999.- V. 33. - P. 69-73.

150. Tseng, C., G. Klimpel. Binding of the hepatitis C virus envelope protein E2 to CD81 inhibits natural killer cell functions// J Exp Med.- 2002.- V. 195. №1. - P. 43-49.

151. Van Doom, L., I. Capriles, G. Maertens, R. DeLeys, K. Murray, T. Kos, H. Schellekens, W. Quint. Sequence evolution of the hypervariable region in the putative envelope region E2/NS1 of hepatitis C virus is correlated with specific humoral immune responses// J Virol.- 1995,- V. 69. №2. - P. 773-778.

152. Villano, S., D. Vlahov, K. Nelson, S. Cohn, D. Thomas. Persistence of viremia and the importance of long-term follow-up after acute hepatitis C infection// Hepatology.- 1999,- V. 29. №3. - P. 908-914.

153. von Hahn, T., J. Yoon, H. Alter, C. Rice, B. Rehermann, P. Balfe, J. McKeating. Hepatitis C virus continuously escapes from neutralizing antibody and T-cell responses during chronic infection in vivo// Gastroenterology.- 2007.- V. 132. №2. - P. 667-678.

154. Wang, X., D. Netski, J. Astemborski, S. Mehta, M. Torbenson, D. Thomas, S. Ray. Progression of fibrosis during chronic hepatitis C is associated with rapid virus evolution// J Virol.- 2007,- V. 81. №12. - P. 6513-6522.

155. Weiner, A., A. Erickson, J. Kansopon, K. Crawford, E. Muchmore, A. Hughes, M. Houghton, C. Walker. Persistent hepatitis C virus infection in a chimpanzee is associated with emergence of a cytotoxic T lymphocyte escape variant// PNAS.-1995,-V. 92. №7.-P. 2755-2759.

156. Weiner, A.J., H.M. Geysen, C. Christopherson, J.E. Hall, T.J. Mason, G. Saracco, F. Bonino, K. Crawford, C.D. Marion, K.A. Crawford. Evidence for immune selection of hepatitis C virus (HCV) putative envelope glycoprotein variants: potential role in chronic HCV infections// PNAS.- 1992.- V. 89. №8. - P. 3468-3472.

157. Welker, M., C. Welsch, D. Ochs, W. Hofmann, E. Herrmann, A. Piiper, R. Hartmann, S. Zeuzem, C. Sarrazin, B. Kronenberger. Comparison of envelope 2 CD81 binding regions in PBMC-derived versus serum-derived hepatitis C virus isolates: higher conservation of CD81 region 2 in PBMC isolates// J Viral Hepat.-2011,-V. 18. №3. - P. 181-192.

158. Wong, D., D. Dudley, N. Afdhal, J. Dienstag, C. Rice, L. Wang, M. Houghton, B. Walker, M. Koziel. Liver-derived CTL in hepatitis C virus infection: breadth and specificity of responses in a cohort of persons with chronic infection// J Immunol.-1998,-V. 160. №3. - P. 1479-1488.

159. Wright, M.D., M.G. Tomlinson. The ins and outs of the transmembrane 4 superfamily// Immunology Today.- 1994,- V. 15. - P. 588-594.

160. Yao, N., T. Hesson, M. Cable, Z. Hong, A. Kwong, H. Le, P. Weber. Structure of the hepatitis C virus RNA helicase domain// Nat Struct Biol.- 1997,- V. 4. №6. - P. 463-467.

161. Zhou, Y.H., M. Sugitani, M. Esumi. Sequences in the hypervariable region 1 of hepatitis C virus show only minimal variability in the presence of antibodies against hypervariable region 1 during acute infection in chimpanzees// Arch Virol.- 2002.-V. 147. №10. - P. 1955-1962.

162. Zibert, A., H. Meisel, W. Kraas, A. Schulz, G. Jung, R. M. Early antibody response against hypervariable region 1 is associated with acute self-limiting infections of hepatitis C virus// Hepatology.- 1997.- V. 25. №5. - P. 1245-1249.

163. Zibert, A., W. Kraas, H. Meisel, G. Jung, M. Roggendorf. Epitope mapping of antibodies directed against hypervariable region 1 in acute self-limiting and chronic infections due to hepatitis C virus// J Virol.- 1997.- V. 71. №5. - P. 4123-4127.

164. Zignego, A., D. Macchia, M. Monti, V. Thiers, M. Mazzetti, M. Foschi, E. Maggi, S. Romagnani, P. Gentilini, C. Brechot. Infection of peripheral mononuclear blood cells by hepatitis C virus// J Hepatol.- 1992,- V. 15. №3. - P. 382-386.

165. Ansaldi, F.I., G. Simultaneous detection of anti-HCV antibody and HCV core antigen// Methods Mol Biol.- 2009,- V. 510. - P. 15-23.

166. Attallah, A.M.O., M.M. Nasif, W.A. Ghaly, M.F. El-Shanshoury, A.R. Abdalla, M.S. Sharada, H.M. Farid, K. El-Shony, W. Eldosoky, I. Diagnostic performances of hepatitis C virus-NS4 antigen in patients with differeny liver pathologies// Arch Med Res.- 2012,- V. 43. №7. - P. 555-562.

167. Burke, K.P.C., A.L. Hepatitis C virus evasion of adaptive immune responses - a model for viral repsistence// Immunol Res.- 2010.- V. 47. №1-3. - P. 216-227.

168. de Souza, V.A.T., A.F. Oliveira, R.R. Domingues, R.B. Araujo, E.S. Kuster, G.W. Pannuti, C.S. Sensitivity and specificity of three ELISA-based assays for discriminating primary from secondary acute dengue virus infection// J Clin Virol.-2007,-V. 39. №3.-P. 230-233.

169. Dolganiuc, A.S., G. T cell with regulatory activity in hepatitis C virus infection: what we know and what we don't// J Leukoc Biol.- 2008,- V. 81. №3. - P. 614-622.

170. Guglietta, S.G., A.R. Salichos, L. Impact of viral selected mutations on T cell mediated immunity in chronically evolving and self limiting acute HCV infection// Virology.- 2009,- V. 386. №2. - P. 398-406.

171. Guobuzaite, A.C., S. Balciuniene, L. Voinic, A. Stikleryte, A. Zagminas, K. Ambrozaitis, A. Naoumov, N. Viral clearance of persistence acute hepatitis C infection: interim results from a prospective study// Medicina (Kaunas).- 2008.- V. 44. №7. - P. 510-520.

172. Hiroishi, K.E., J. Ishii, S. Hiraide, A. Sakaki, M. Doi, H. Omori, R. Imawari, M. Immune response of cytotoxic T lympocytes and possibility of vaccine development for hepatitis C virus infection// J Biomed Biotech. - 2010.- V. 2010. - P. 1-10.

173. Ishida, S.F., T. Hotta, H. Complex formation of NS5B with NS3 and NS4a proteins of hepatitis C virus// Biochem Biophys Res Commun.- 1998,- V. 244. - P. 35-40.

174. Ito, K.S., K. Funatsuki, K. Identification of novel hepatitic C virus-specific cytotoxic T lymphocyte epitope in NS3 region// Hepatology Research.- 2006.- V. 36. №36. - P. 294-300.

175. Kriegs, M.B., T. Himmelsbach, K. Bruns, M. Frelin; L. Ahlen, G. Sallberg, M. Hildt, E. The hepatitis C virus non-structural NS5A protein impairs both the innate and adaptive hepatic immune response in vivo// J Biol Chem.- 2009,- V. 284. №41. -P. 28343-28351.

176. Lin, C.W., J.W. Hsiao, K. Su, M.S. The hepatitis C virus NS4A protein: interaction with the NS4 and NS5 proteins// J Virol.- 1997,- V. 71.'- P. 6465-6471.

177. Lindenbach B.D., R.C.M., Flaviviridae: the viruses and threir replication, B kh. Virology// H.P.M. Knipe D.M., Editor - Lippincott Williams & Wilkins.-Philadelphia.- 2001.- P. 991-1042.

178. Liu, M.C., H. Luo, F. Pan, Q. Xia, B. Qi, Z. Ho, W.Z. Zhang, X.L. Deletion of N-glycosylation sites of hepatitis C virus envelope protein El enchances specofoc

cellular and humoral immune responses// Vaccine.- 2007.- V. 25. №36. - P. 65726580.

179. Nikolaeva, L.I.B., N.P. Tsurikova, N.N. Voronkova, N.V. Miminoshvili, M.I. Braginsky, D.M. Yastrebova, O.N. Booynitskaya, O.B. Isaeva, O.V. Michailov, M.I. Archakov, A.I. Virus-specific antibody titres in different phases of hepatitis C virus infection// J Viral Hepat.- 2002,- V. 9. №6. - P.429-437.

180. Pawlotsky, J. Therapy of hepatitis C: from empiricism to eradication// Hepatology.-2006,-V. 43. №2. - P. 207-220.

181. Pereboeva, L.A., A.V. Pereboev, G.E. Morris. Identification of antigenic sites on three hepatitis C virus proteins using phage-displayed peptide librares// Journal of Medical Virology.- 1998,- 56. - 105-111.

182. Pieleri, P., Y. Uematsu, S. Campagnoli, e. al. Binding of hepatitis C virus to CD81// Science.- 1998,- V. 282. - P. 938-941.

183. Pineiro, D.M.-S., E. RNA structural Elements of hepatitis C virus controling viral RNA translation and the implicarion for viral pathogenesis// Viruses.- 2012,- V. 4. -P.2233-2250.

184. Ramachandran, S.C., D.S. Dimitrova, Z.E. Xia, G. Purdy, M.A. Khudyakov, Y.E. Temporal variations in the hepatitis C virus intrahost population during chronic infection//J Virol.-2011.-V. 85. №13. - P. 6369-6380.

185. Ray, S.C., Y. Wang, O. Laeyendecker, J.R. Ticehurst, S.A. Villano, D.L. Thomas. Acute hepatitis C virus structural gene sequences as predictor of persistent viremia: Hypervariable region 1 as a decoy// Journal of Virology.- 1999.- V. 73. №4. - P. 2938-2946.

186. Revie, D.S., S.Z. Human cell types important for hepatitis C virus replication in vivo and vitro. Old assertions and current evidence// Virology J.- 2011,- V. 8. - P. 346-371.

187. Selvarajah, S.K., S. Heitman, J. Lu, K. Simmons, G. Norris, P.J. Operskalski, E. Mosley, J.W. Busch, M.P. Detection of host immune responses in acute phase sera

of spontaneous resolution versus persistent hepatitis C virus infection// J Gen Virol.- 2012,- V. 93. - P.1673-1679.

188. Spada, E.M., A. Berton, A. Ferringo, L. Garbuglia, A.R. Perrone, M.P. Girelli, G. Del Porto, P. Piccolella, E. Mondelli, M.U. Amoroso, P. Cortese, R. Nicosia, A. Vitelli, A. Folgori, A. Multispecific T cell response and negative HCV RNA tests during acute HCV infection are early prognostic factors of spontaneous clearance// GUT.- 2004,- V. 53. - P. 1673-1681.

189. Sykes, P.J.N., S.H. Brisco, M.J. Hughes, E. Condon, J, Morley, A.A. Quantitation of tagter for PCR by use of limiting dilution// Biotechniques.- 1992.- V.13. №3. - P. 444-449.

190. Tang, H.G., H. Cellular and molecular biology of HCV infection and hepatitis// Clinical Science.- 2009,- V. 117. - P. 49-65.

191. Tram, N.P., Q. MacParland, S.A. Mulrooney, P.M. Cooksley, H. Naoumov, N. Michalak, T.I. Hepatitis C virus persistence after spontaneous or treatment-induced resolution of hepatitis C// J Virol.- 2004,- V. 78. №11.- P. 5867-5874.

192. Ulsenheimer, A.P.-B., G. Komurian-Pradel, F. Raziorroih, B. Kurktschiev, P. Diepolder, H.M. Zachoval, R. Spannagl, M. Jung, M.C. Gruener, N.H. Lack of variant specific CD8+ T-cell reaponse against mutant and pre-existing variants leads to outgrowth of particalar clones in acute hepatitis C// Virol J.- 2013.- V. 10. №1. -P. 295-304.

193. Wellbourn, S.P., A. The hepatitis C virus NS2/NS3 protease// Curr Issues Mol Biol.-2007,-V. 9. P. 63-70.-.

194. Willberg, C.B., E. Klenerman, P. HCV immunology - death and the maiden T-cell// Cell Death and Differentiation.- 2003,- V. 10. - P. 39-47.

195. Xie, L.W., X.D. Huang, D.Z. Chen, H.L. He, L.X. Wang, J. Han, D.K. Clinical application and analysis of hepatitis C virus NS3 antigen detection by ELISA in Human serum// Chin Med J.- 2007,- V. 120. №4. - P. 292-299.

196. Yang, J.F.L., Y.Y. Hsieh, M.N. Tsai, C.H. Liu, S.F. Yu, M.L. Dai, C.Y. Huang, J.F. Perfomance characteristics of a combined hepatitis C virus core antigen and antihepatitis C virus antibody test in defferent patient groups// Kaohsiung J Med Sci.-2011.-V.27. №7.-P. 258-263.