Клинические значимые полиморфизмы в белках CORE И NS5A вируса гепатита С тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.02, кандидат наук Кичатова Вера Сергеевна
Кичатова Вера Сергеевна
кандидат наук
2021
- Специальность ВАК РФ03.02.02
- Количество страниц 147
Оглавление диссертации кандидат наук Кичатова Вера Сергеевна
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Подготовительный этап исследования
2.1.1 Пациенты
2.1.2 Выделение нуклеиновых кислот
2.1.3 Выявление РНК ВГС
2.2 Генотипирование ВГС
2.3 Анализ клинически значимых аминокислотных замен в белке core ВГС
2.3.1 Сравнительный анализ частоты встречаемости аа замен R70Q/H и L91M core ВГС в РФ и других регионах мира
2.3.2 Филогенетический анализ изолятов ВГС-lb
2.3.3. Поиск T-клеточных эпитопов, содержащих 70 или 91 аа позиции белка core ВГС-lb
2.3.4. Оценка влияния аа замен R70H/Q и L91M в core ВГС-1Ь на распознавание молекулами HLAI
2.3.5. Оценка влияния аа замен R70H/Q и L91M в core ВГС-1Ь на распознавание молекулами HLAII
2.4 Анализ RAS NS5a ВГС
2.4.1. Амплификация последовательностей NS5a ВГС
2.4.2. Филогенетический анализ ВГС
2.4.3. Расчет генетического барьера лекарственной резистентности ВГС
2.4.4. Ковариационный анализ аа позиций в белке NS5a ВГС
2.4.5. Анализ Т-клеточных эпитопов в белке NS5a ВГС
2.5. Статистическая обработка
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Формирование рабочей коллекции геноизолятов ВГС
3.2 Клинически значимые аминокислотные замены в белке core ВГС
3.2.1. Сравнительный анализ частоты встречаемости аа замен R70Q/H и L91M в последовательностях core ВГС, выделенных на территории РФ и в других регионах мира
3.2.2 Филогенетический анализ последовательностей ВГС-1b, циркулирующих
на территории РФ
3.2.3. Распределение вариантов ВГС-1b, несущих клинически значимые замены в core, в зависимости от года и места выделения, и эпидемиологической характеристики пациентов
3.2.4. Поиск T-клеточных эпитопов, содержащих аа позиции 70 или 91 белка core ВГС-lb
3.2.5. Оценка влияния аа замен R70H/Q и L91M в core ВГС-1b на распознавание молекулами HLAI
и HLAII
3.3 Анализ RAS NS5a
3.3.1 Частота выявления RAS №5а в образцах от пациентов, не получавших противовирусную терапию
3.3.2 Филогенетический анализ ВГС
3.3.3 Расчет генетического барьера резистентности RAS NS5a
3.3.4 Ковариационный анализ аминокислотных позиций в №5а ВГС
3.3.5. Анализ Т-клеточных эпитопов в белке NS5a ВГС
3.4 Пополнение базы данных GenBank
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1 Интерферон-резистентные мутации core ВГС-lb
4.2 RAS NS5a ВГС
ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
ВВЕДЕНИЕ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Вирусология», 03.02.02 шифр ВАК
Молекулярно-генетические механизмы эволюции вируса гепатита C2013 год, кандидат наук Калинина, Ольга Викторовна
РЕКОМБИНАНТНЫЕ ВАРИАНТЫ ВИРУСА ГЕПАТИТА С ТИПА 2k/1b НА ЮГЕ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ2015 год, кандидат наук Чуб Елена Владимировна
Создание иммунобиологического комплекса на основе катионных амфифилов и молекул миРНК для подавления репликации вируса гепатита C2016 год, кандидат наук Колоскова, Олеся Олеговна
Особенности вируса гепатита C в острой и хронической стадиях инфекции и дифференциация стадий2013 год, кандидат наук Астраханцева, Ирина Владимировна
Комплексный иммуногенетический принцип прогнозирования быстрого вирусологического ответа на противовирусную терапию у больных хроническим гепатитом С2013 год, кандидат наук Федосеева, Наталия Владимировна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Клинические значимые полиморфизмы в белках CORE И NS5A вируса гепатита С»
Актуальность проблемы
Гепатит С (ГС) - социально значимая инфекция, для которой отсутствует специфическая иммунопрофилактика. Однако за последние несколько лет произошел принципиальный прорыв в терапии хронического гепатита С (ХГС) - появились высокоэффективные препараты прямого действия (ППД), при применении которых наблюдается достижение устойчивого вирусологического ответа (УВО) более чем в 95% случаев [78].
Неудачи терапии, по-видимому, обусловлены сочетанием нескольких неблагоприятных факторов, одним из которых является феномен лекарственной резистентности вируса гепатита С (ВГС). Анализ Европейской базы данных по резистентности к ППД продемонстрировал, что в 83% случаев отсутствия УВО в участках генома вируса, кодирующих белки мишени для ППД, обнаруживались 1 или несколько аминокислотных замен, ассоциированных с лекарственной резистентностью (Resistance Associated Substitution, RAS) [207]. Наибольшее клиническое значение продемонстрировали RAS ВГС, связанные с резистентностью к ингибиторам белка NS5a (даклатасвир, ледипасвир, омбитасвир и элбасвир), являющимися препаратами первой линии [215].
По расчетным данным, в РФ проживает около 3 миллионов инфицированных ВГС лиц, однако эффективные схемы лечения, включающие ППД последнего поколения, применяются крайне редко (1,7% случаев) в виду высокой стоимости и низкой доступности данных препаратов [15]. В результате этого, комбинированная терапия пегилированным интерфероном (ПЕГ-ИНФ) и рибавирином по-прежнему является актуальным, а иногда и единственно доступным видом терапии.
В нашей стране на долю ВГС-1Ь, хуже поддающегося интерферонотерапии по сравнению с другими генотипами, приходится около 55% случаев инфицирования ВГС [158]. В ряде работ было показано, что
замены аминокислот Q/H70R и M91L в core ВГС-1Ь ассоциированы с низкой частотой достижения УВО при лечении препаратами ИНФ, а также с повышенным риском гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК) [35]. Стоит отметить, что в отличие от замен Q/H70R, клиническая значимость которых была неоднократно доказана, данные по 91 аа позиции носят весьма противоречивый характер [75].
Учитывая тот факт, что современные схемы лечения ХГС представляют собой существенное экономическое бремя для системы общественного здравоохранения, знания особенностей молекулярной эпидемиологии ВГС, полученные при изучении отечественных изолятов данного вируса, внесут свой вклад в выбор оптимальной схемы лечения пациентов с ВГС инфекцией.
Степень разработанности темы
Несмотря на то, что первый ППД был зарегистрирован в РФ в 2013 году [24], а в иностранных работах феномен лекарственной резистентности упоминается с 2011 года [160], изучению распространенности RAS в РФ уделяется недостаточно внимания. Так, по опубликованным на момент обзора литературы данным, оценка распространенности RAS NS5a среди нелеченных пациентов проводилась в единственном исследовании, которое было ограничено изучением ВГС субтипа 1b (ВГС-1Ь) [4]. Той же группой отечественных исследователей был проведен анализ частоты распространенности RAS в двух других белках ВГС-1Ь, являющихся мишенями ППД- NS3 и NS5b. Согласно полученным результатам, частота встречаемости RAS NS3 составила всего 5,5% (n=20/364), в то время как в белке NS5b единичные, двойные и даже тройные RAS встречались среди 55,4% исследованных образцов [10, 3].
Принимая во внимание высокую распространенность ВГС-1b на территории РФ (55% общей популяции ВГС), сохранение роли препаратов ИНФ в терапии, а также высокий риск развития ГЦК в исходе ХГС, представляется весьма существенным пробелом отсутствие данных о
распространенности мутаций в белке core среди штаммов ВГС-1Ь в РФ до момента проведения настоящего исследования.
Цель исследования
Определение распространенности и спектра клинически значимых полиморфизмов в белках core и №5а среди штаммов вируса гепатита С, циркулирующих на территории РФ.
Задачи исследования
• Сформировать рабочую коллекцию штаммов ВГС, выделенных в РФ на протяжении 2007-2014гг.
• Провести анализ распределения генотипов ВГС на момент проведения исследования и выявить возможные изменения в структуре генотипов вируса.
• Установить распространенность на территории РФ клинически значимых аминокислотных замен R70Q/H и M91L в белке core ВГС и выявить возможные факторы, влияющие на распространение данных мутаций.
• Определить распространенность и спектр вариантов ВГС, ассоциированных с резистентностью к ингибиторам белка NS5a, среди изолятов, циркулирующих на территории г. Москвы, а также оценить факторы, способные оказывать влияние на их распространение.
Научная новизна
• В РФ впервые определена частота встречаемости прогностически неблагоприятных мутаций R70Q/H и L91M в белке core ВГС-1Ь. Впервые установлено, что почти каждый третий человек (31,2%), инфицированный ВГС-1Ь в РФ, имеет мутантный вариант вируса по 70 аминокислотной позиции белка core, а значит, обладает повышенным риском развития ГЦК и является носителем потенциально устойчивого к ИНФ штамма вируса.
• Впервые показано, что как минимум некоторые широко распространенные в российской популяции аллели HLA I, такие как A02 и B07, способны связывать пептиды core ВГС-1Ь, несущие варианты 70R и 91L,
но не способны связывать пептиды, содержащие замены R70Q/H или L91M. Увеличение распространенности мутантных вариантов core ВГС-1Ь, выявленное в российской популяции, может быть связано с иммунологическим бегством вируса. Разная способность иммунной системы хозяина распознавать мутантные варианты ВГС может объяснять различия в распространенности этих мутаций в разных регионах мира.
• Впервые определена распространенность и спектр полиморфизмов в NS5a ВГС, связанных с лекарственной резистентностью, среди российских штаммов вируса генотипов 1а,^ и 3 а.
• Впервые выявлена крайне высокая (57,9%) частота встречаемости RAS M28V NS5a среди ранее нелеченых пациентов Московского региона, инфицированных ВГС-1а. Установлено, что вероятной причиной широкого распространения одних и полного отсутствия других RAS в российских последовательностях ВГС-1а является «эффект основателя» варианта ВГС-^, импортированного на территорию РФ из США.
• Впервые показано, что наличие RAS в NS5a приводит к значительным изменениям ковариационного профиля в этом белке ВГС и сопровождается заменами в других аминокислотных позициях, не связанных с лекарственной резистентностью, что свидетельствует об изменениях в белке, направленных на сохранение его функциональности в присутствии RAS.
• Впервые показано, что присутствие RAS в NS5a может приводить к изменениям в предсказанном распознавании СD8 Т-клеточных эпитопов, в том числе к потенциальному иммунологическому бегству.
Теоретическая и практическая значимость
• В связи с высоким уровнем выявления мутаций R70Q/H core ВГС-1b (31,2%) среди населения РФ, представляется целесообразным введение скрининга пациентов, инфицированных ВГС-1Ь на наличие данного полиморфизма до начала предполагаемого лечения препаратами ИНФ. При полном переходе на безинтерфероновые схемы лечения, определение данных
полиморфизмов позволит выявлять пациентов с повышенным риском развития ГЦК, нуждающихся в безотлагательном начале лечения ППД.
• Полученные данные о распространенности полиморфизмов в №5а ВГС, связанных с лекарственной устойчивостью, составляют «нулевую точку» в изучении распространенности данных RAS, поскольку получены до внедрения в широкую практику терапии ХГС с применением ППД. Эти данные позволят в дальнейшем оценить, насколько определенные полиморфизмы в №5а дают преимущество в сохранении и распространении ВГС в условиях широкого применения противовирусной терапии
• Широкая распространенность полиморфизма M28V среди российских последовательностей BrC-1a указывает на целесообразность тестирования на наличие этого варианта отечественных пациентов, инфицированных ВГС-1а, перед назначением схем терапии, включающих ингибиторы №5а.
• Умеренная распространенность наиболее клинически значимых RAS среди российских штаммов ВГС генотипов 1b и 3 a указывает на отсутствие в настоящее время необходимости тестировать наличие генетических детерминант резистентности перед началом терапии у пациентов, инфицированных этими генотипами
Методология и методы исследования
Для достижения поставленных задач в работе были использованы общепризнанные вирусологические и молекулярно-биологические методы исследования. В ходе проведения работы строго соблюдались протоколы производителей используемых диагностических систем, наборов, а также оборудования.
Для получения качественных продуктов амплификации, учитывая необходимость прицельного поиска точечных нуклеотидных/ аминокислотных замен, использовались высокоточные ДНК-полимеразы, обеспечивающие отсутствие случайных ошибок в продуктах амплификации.
Анализ полученных ампликонов проводился методом секвенирования по Сенгеру с отсечкой в 15%, что соответствует рекомендациям Европейской Ассоциации по изучению заболеваний печени 2018 года.
При выборе методик проведения анализа в условиях in silico были учтены мнения ведущих специалистов в соответствующих областях. Более подробно методы проведения исследования описаны в разделе «Материалы и методы».
Основные положения, выносимые на защиту
• Среди инфицированных ВГС-1Ь лиц, проживающих на территории РФ, частота обнаружения прогностически неблагоприятных мутаций R70Q/H core ВГС составляет 31,2%, что указывает на необходимость введения скрининга пациентов, инфицированных ВГС-1b на наличие данных полиморфизмов.
• Увеличение распространенности мутантных вариантов core ВГС-1b, выявленное в российской популяции, может быть связано с иммунологическим бегством вируса. Разная способность иммунной системы хозяина распознавать мутантные варианты ВГС может объяснять различия в распространенности этих мутаций в разных регионах мира.
• Среди ранее не получавших терапию ППД лиц, инфицированных ВГС-1а и проживающих на территории г. Москвы, частота обнаружения RAS NS5a составляет 57,9%, что указывает на целесообразность тестирования на наличие этого варианта отечественных пациентов, инфицированных ВГС-1а, перед назначением схем терапии, включающих ингибиторы №5а.
• В то же время, частота выявления отдельных, имеющих наибольшую клиническую значимость RAS NS5a среди изолятов ВГС-1Ь и ВГС-3а, циркулирующих на территории г. Москвы, составляет не более 5,4%, что не превышает аналогичные показатели, наблюдаемые в других странах.
• Резистентные к ингибиторам NS5a варианты ВГС являются нормальной частью вирусной популяции, для которой характерны скоординированные изменения в белке NS5A, направленные на сохранение
его структуры и функции, и, следовательно, фитнеса вируса. Большинство полиморфизмов в NS5A ВГС, связанных с резистентностью, расположены в полиморфных участках, содержащих кластеры T-клеточных эпитопов. Присутствие этих полиморфизмов в некоторых случаях снижает предсказанное распознавание эпитопов CD8+ T-клетками, то есть приводит к потенциальному иммунологическому бегству.
Личный вклад автора в получение научных результатов
Автор на базах ФГБНУ «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М. П. Чумакова», ФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова и ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России лично провел отбор сывороток крови, оценку эпиданамнеза пациентов, выделение нуклеиновых кислот и амплификацию фрагментов вирусного генома, выравнивание и анализ нуклеотидных и предсказанных аминокислотных последовательностей, обработку и анализ полученных результатов.
Вклад соавторов
В главе 2.3.1. использованы аминокислотные последовательности core ВГС, полученные коллективом соавторов в 2008-2011 гг.: Соболевой Н.В., Дмитриевым П.Н., Исаевой О.В., Кюрегяном К.К. (ФГБНУ «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М. П. Чумакова», Москва, РФ).
Филогенетический анализ, представленный в главах 2.2, 2.3.2, 2.4.2, проводился совместно с Карлсен А.А. (ФГБОУ ДПО РМАНПО, г. Москва, РФ). Ковариационный анализ, представленный в главе 2.4.4, был выполнен совместно с Dr. Stefan Petkov (Каролинский институт, Стокгольм, Швеция). Анализ Т-клеточных эпитопов, представленный в главе 2.4.5, проводился совместно с Dr. Morten Nielsen (Технический университет Дании, Конгенс Люнгбю, Дания).
Степень достоверности и апробация работы
Достоверность и обоснованность результатов работы обеспечены использованием современных средств и методов проведения исследований,
значительным объемом выполненных молекулярно-биологических исследований, а также применением методов статистического анализа.
Результаты исследований были доложены:
• На научной конференции молодых учёных ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова и ФГБНУ ИПВЭ им. М.П. Чумакова, Москва, 15-16 апреля 2014 г.
• 12 ежегодной международной научной конференции "Viral infections of regional significance», ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, 3-5 октября 2015г.
• Конференции молодых ученых и специалистов «Биология, эпидемиология и вакцинопрофилактика инфекционных заболеваний», ФГБУ "ИПВЭ им.М.П. Чумакова", Москва, 18-19 апреля 2016г.
• Международной научной конференции «Toolkits for DNA vaccine design, an update», ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова, Москва, 17-20 ноября 2016г.
• Заседании научно-исследовательского центра ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, Москва, 1 февраля,2017г.
• VIII конференции молодых ученых РМАНПО с международным участием «Горизонты медицинской науки», ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, Москва, 19-20 апреля 2017 г.
• Международной конференции "Vaccines and vaccination", ФГАОУ ВО Первый МГМУ имени И.М. Сеченова Минздрава России, Москва, 27 сентября - 1 октября 2017г.
• Научно-практической конференции молодых ученых «Актуальные вопросы эпидемиологии, диагностики, лечения и профилактики инфекционных и онкологических заболеваний», ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова, Москва, 17-18 апреля 2018 г.
• Х конференции молодых ученых-медиков с международным участием «Трансляционная медицина: возможное и реальное», ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, Москва, 18-19 апреля 2019 г.
• XII всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Вирусные гепатиты - достижения и новые перспективы», Москва, 19-20 сентября 2019г.
Публикации
Основные результаты диссертации опубликованы в 7 научных статьях, 4 из которых представлены в журналах, входящих в Перечень рецензируемых изданий, рекомендованных ВАК РФ и 2 в индексируемых в международных системах цитирования Web of Science и Scopus. По теме диссертации опубликовано 9 тезисов российских и международных конференций.
Объём и структура диссертации
Диссертация состоит из введения, литературного обзора, главы материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов, списка литературы, включающего 219 отечественных и зарубежных источников, а также 6 приложений. Диссертация изложена на 147 страницах машинописного текста, иллюстрирована 11 таблицами и 24 рисунками.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Вирус гепатита С
Вирус гепатита С (ВГС) относится к роду Hepacivirus семейства Flaviviridae [58, 80, 144]. Вирусная частица имеет внешнюю сферическую липидную оболочку диаметром около 45-65 нм, на которой расположены поверхностные гликопротеины Е1 и Е2. Под оболочкой находится икосаэдрический нуклеокапсид, сформированный белком core [190]. Схема строения ВГС представлена на рисунке 1.
Рисунок 1 - Схема строения вирусной частицы гепатита С
Геном ВГС представлен линейной молекулой РНК положительной полярности длиной около 9600 нуклеотидов (нт) [133]. Геном имеет одну открытую рамку считывания, кодирующую полипептид размером от 3010 до 3033 аминокислот (аа), по флангам которого расположены 5'- и 3'-нетранслируемые области (НТО) длиной 341 и 230 нт [107, 155, 186]. В результате ко- и посттрансляционного процессинга за счет воздействия нескольких протеолитических энзимов вирусного и клеточного происхождения полипротеин расщепляется на 3 структурных белка, образующих вирусную частицу, и 7 неструктурных белков, обеспечивающих
жизнедеятельность вируса [6, 133]. Полный перечень белков ВГС и их основные функции представлены на рисунке 2.
А. РНК+ цепь ВГС со схематичным изображением вторичной структуры IRESHa 5'-НТО и вторичных структур трёх участков 3'-НТО (3 '-вариабельный участок, PolyU/UC- полиуридиновая/пиримидиновая последовательность и Х-РНК фрагмент). Альтернативная рамка считывания (-2/+1) кодирующая белок Fотрaженa под цепью
РНК+ ВГС
Б. На выноске изображены места связывания двух копий клеточной микроРНК (MiR-122), которая используется вирусом для защиты генома от деградации
экзонуклеазной Xrnl [128] В. На полипротеине ВГС белым треугольником обозначено место С-концевого расщепления белка core клеточной сигнальной пептидпептидазой; серым - сайты расщепления клеточной сигнальной пептидазой; красным - сайты расщепления NS2-NS3 протеазой; зеленым - сайты рaсщепленияNS3-NS4a
Рисунок 2 - Схема строения генома ВГС (А) и кодируемого полипротеина (В) (адаптировано из [9, 170])
5'-НТО является наиболее консервативным участком генома ВГС и включает в себя внутренний сайт связывания рибосомы (IRES, internal ribosome entry site), который напрямую соединяет рибосому клетки хозяина с вирусной РНК для инициации трансляции вирусного полипротеина по кэп-независимому механизму [97, 133].
3'-НТО несет ответственность за формирование репликативного комплекса, связывания РНК-зависимой РНК-полимеразы и инициацию репликации вирусного генома. Помимо этого, 3' -НТО участвует в стабилизации и упаковке генома вируса [116].
Основной функцией белка core является формирование нуклеокапсида, а также инициация упаковки генома вируса и сборки оболочки вирусной частицы. Одним из немаловажных клинически значимых свойств core ВГС является участие в развитии стеатоза и первичного рака печени у больных с хронической формой инфекции ВГС [147].
Белок F (или core +1/ARFP) синтезируется с альтернативной рамки считывания в результате сдвига на -2/+1 нуклеотида и/или с использованием «внутреннего» инициирующего кодона AUG85 или AUG87, расположенного в core гене. Одной из его выявленных функций в условиях in vitro является угнетение экспрессии core ВГС [205]. В связи с тем, что антитела к белку F выявляются в 2 раза чаще (50% против 25%) среди пациентов с первичным раком печени, чем с ХГС, предполагают, что данный белок играет роль в патогенезе развития ГЦК [66].
Поверхностные оболочечные белки Е1 и Е2 относятся к трансмембранным протеинам I типа, основной функцией которых является взаимодействие с рецепторами клетки для последующего проникновения в цитоплазму [62, 133]. Их отличительной структурной особенностью является наличие областей с крайне высокой частотой возникновения аа замен, получивших название гипервариабельных участков, подробнее описанных в разделе «1.2. Генетическое разнообразие ВГС».
Неструктурный белок р7 формирует ионные каналы в липидных мембранах, оказывая влияние на производство инфекционных вирусных частиц [183].
Белок №2 совместно с ^концевым доменом белка №3 образуют цинк-зависимую цистеиновую автопротеазу, обеспечивающую процессинг №2/№3, а также участвует в регуляции сборки вирусных частиц [133, 135]. Помимо этого, ^концевой домен №3 выполняет функции сериновой протеазы (процессинг Ш3/Ш4а, Ш4в/Ш4Ь, NS4b/NS5a, NS5a/NS5b), а С-концевой домен обладает хеликазной активностью и способен расплетать как РНК, так и цепи ДНК [133, 192].
Белок NS4a выступает в роли кофактора №3 для более эффективного протеолитического процессинга. Комплекс №3/№4а способен ингибировать сигнальные пути активации клеточного интерферона [47, 142].
Основной функцией белка №4Ь является формирование мембранно-ассоциированной платформы для репликативного комплекса ВГС. [213].
Белок NS5a является важнейшим компонентом репликативного комплекса ВГС [167] и участвует в некоторых клеточных процессах, приводящих к развитию резистентности к ИНФ [51, 87, 134] и регуляции апоптоза [59]. Было показано его взаимодействие со многими клеточными белками, включая циклофилин А (CypA) [56, 60, 82, 84, 93, 206, 210, 218]. В структуре белка выделяют а-спиральный участок (амфипатическая спираль) расположенный с ^концевой части, а также 3 структурных домена, разделенных между собой короткими последовательностями низкой сложности (линкеры), вероятно не определяющими структуру белка [188, 189].
Особый интерес с точки зрения противовирусной терапии представляет фрагмент генома, кодирующий а-спиральный участок и/или I домен, т.к. в этой области находятся все мутации, ассоциированные с лекарственной резистентностью к ингибиторам №5а (см. раздел 1.6.1) [167].
а-спиральный участок выполняет функцию мембранного якоря, связывая белок NS5a с мембраной эндоплазматического ретикулума (ЭПР), и платформы для вовлечения остальных белков, необходимых для репликации вируса [167, 188].
Главная функция I (аа 34-213) домена заключается в репликации вируса. Структура домена представлена димером, во внутренней бороздке которого предположительно связывается РНК вируса [51, 117, 159].
Для стабилизации структуры I домена вирусу необходимо присутствие ионов Zn2, предсказанный мотив связывания Zn2 включает минимум 4 остатка цистеина в позициях 39, 57, 59, 80. Возникновение мутации в любой из данных 4 аа позиций приводит к нарушению связывания цинка и отсутствию репликативной активности за счет нарушения связывания NS5a с РНК [44, 189]. Примечательно, что наличие цистеина в вышеперечисленных позициях также играет решающую роль в димеризации и связывании с вирусной РНК [132].
В отличие от I домена, II и III домены по своей природе неупорядочены и, следовательно, являются гибкими структурами, что дает им возможность взаимодействовать со многими белками [91, 93, 98, 131, 167]. В частности, II домен (аа 250-338) выполняет регуляторные функции за счет взаимодействия с протеинкиназами PKR и PI3K [87], белком NS5b [175], участвует в связывании циклофилина А (следовательно, способен противодействовать иммунному ответу) [41], а также в некоторой мере определяет чувствительность к интерферону [87]. Домен III (аа 352-467) играет критическую роль в сборке инфекционного вириона [42, 49, 98, 187].
Последним элементом полипротеина ВГС является неструктурный белок NS5b - РНК-зависимая РНК-полимераза, осуществляющая синтез комплементарной цепи РНК при связывании Х-РНК и/или poly U/UC фрагмента 3'-НТО [165].
Все неструктурные белки ВГС взаимодействуют с мембранами клетки хозяина напрямую или же, как в случае белка NS3, посредством
взаимодействия с якорным белком NS4a [149]. При подобном взаимодействии образуются плотные структуры, которые накапливаются на мембране ЭПР в виде паутины, образуя многочисленные репликативные комплексы [73].
1.2. Генетическое разнообразие ВГС
Ключевой особенностью ВГС является высокий уровень генетической изменчивости. Из-за отсутствия у РНК-зависимой РНК-полимеразы корректирующей активности, в ходе репликации вирусного генома происходит постоянное накопление ошибок, в результате чего в инфицированном организме ВГС существует как квазивид, представленный очень близкими, однако не идентичными геномами. [138]. Внутри квазивида варианты вируса отличаются друг от друга менее чем на 12% [177].
Не во всех участках генома скорость накопления мутаций одинакова. Наиболее изменчивый участок протяженностью в 90 нуклеотидов расположен на 5'-конце белка Е2. Данный гипервариабельный участок (HVR1) отличается практически в каждом изученном изоляте ВГС, и даже в различные периоды инфекции у одного пациента [79, 190]. В этом же белке различают ещё 2-4 участка с более низкой степенью вариабельности - HVR2, HVR3 и HVR495, HVR575 - два последних наблюдаются только у ВГС субтипа 3а [99]. Мутации в этих регионах обеспечивают ускользание вируса от действия иммунной системы хозяина за счет непрерывного изменения антигенных детерминант.
Другие области генома ВГС обладают более низкой скоростью появления/накопления мутаций (рисунок 3). 5'-НТО является наиболее консервативным участком, что послужило причиной его выбора в качестве мишени при детекции вирусной РНК и ее количественном определении.
p7 NS4A
Рисунок 3 - Схематичное изображение уровня генетической
изменчивости различных участков генома ВГС [161]
Несмотря на то, что высокий уровень мутаций приводит к значительной адаптации РНК-содержащих вирусов, процесс возникновения ошибок ограничен размером вирусной РНК, что определяет «порог ошибки», превышение которого приводит к несостоятельности вирусной частицы [96].
На закрепление в популяции вируса той или иной мутации действует положительный и отрицательный отбор. Campo с соавторами в своей работе показали, что, несмотря на высокую гетерогенность ВГС, его эволюция происходит в основном за счет отрицательного отбора, кроме того, возникающие ключевые мутации образуют комплексную сеть скоординированных замен, связанных структурно и/или функционально [54].
В другом исследовании анализ полипротеина ВГС среди трех групп пациентов (достигших УВО, не достигших УВО, со слабым вирусологическим ответом при интерферонотерапии) продемонстрировал существование ковариационных связей между определенным набором аа позиций, кардинально различающихся в зависимости от исследованной группы [45]. Таким образом, была продемонстрирована возможность использования ковариационного анализа для прогнозирования эффективности интерферонотерапии.
1.3. Генотипирование ВГС
Генетическая неоднородность ВГС и связанные с ней биологические различия между вариантами вируса привели к необходимости классифицирования его на генотипы и субтипы.
Похожие диссертационные работы по специальности «Вирусология», 03.02.02 шифр ВАК
Цинк-зависимые гистондеацетилазы (HDAC) – терапевтические мишени для лечения гепатита С2023 год, кандидат наук Щербакова Анастасия Сергеевна
Исследование роли гликозилирования белков оболочки вируса гепатита C в вирусном морфогенезе с использованием бакуловирусной системы экспрессии в клетках эукариот2014 год, кандидат наук Орлова, Ольга Владимировна
Прогностическая значимость генетического полиморфизма патогена и хозяина для оценки эффективности терапии и развития фиброза печени при хроническом гепатите C2014 год, кандидат наук Колотвин, Андрей Васильевич
Липопептид и липосомальная форма пептида с повышенной иммуногенностью на основе синтетического фрагмента антигена NS4A вируса гепатита С2023 год, кандидат наук Белявцев Александр Николаевич
Характеристика клеточного иммунного ответа, индуцированного дендритными клетками, нагруженными антигенами вируса гепатита С2019 год, кандидат наук Олейник Екатерина Александровна
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кичатова Вера Сергеевна, 2021 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Акимкин , В.Г. Внутрибольничное инфицирование вирусами гепатитов В и С: эпидемиология и направления профилактики / В.Г. Акимкин // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2004. - № 6. - С. 13-17.
2. Ахминеева, А.Х. Фенотип HLA и особенности клинического течения хронических вирусных гепатитов: специальность 14.00.05 «Внутренние болезни» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук / Азиза Халиловна Ахминеева; Астраханская государственная академия Росздрава. - Астрахань, 2008. - 23 с. - Текст : непосредственный.
3. Булатова К. В. Естественная распространенность мутаций устойчивости вируса гепатита C к ингибиторам №5Б-полимеразы в российской популяции / К. В. Булатова, И. В. Карандашова, В. П. Чуланов // Молекулярная диагностика. Сб. трудов 2017. - 2017. - С. 278-279. - ISBN 978-5-98407-011-9.
4. Булатова, К.В. Распространенность мутаций устойчивости вируса гепатита С к ингибиторам белка NS5a среди пациентов, не получавших лечение препаратами прямого противовирусного действия / К. В. Булатова, И. В. Карандашова, В. П. Чуланов // Молекулярная диагностика. Сб. трудов 2017. - 2017. - С. 70-71. - ISBN 978-5-98407-011-9.
5. Валутите, Д.Э. Случай выявления мутаций лекарственной устойчивости вируса гепатита С к препаратам прямого противовирусного действия / Д.Э. Валутите, Ю.В. Останкова, А.В. Семенов, А.Г. Борисов // Материалы XII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Вирусные гепатиты- достижения и новые перспективы". -2018. C. 20-21
6. Дунаева, Н. В. Структурно-функциональная организация генома вируса гепатита С / Н.В. Дунаева, Е.В. Эсауленко // Вопросы вирусологии. - 2006. -Т. 51. - №. 2. - С. 10-14.
7. Ершова, О.Н. Современные проявления эпидемического процесса гепатита С, активность естественных путей передачи и совершенствование профилактики этой инфекции : автореф. дисс. докт. мед. наук / О.Н. Ершова. - М., 2006. - 38 с.
8. Исаева, О. В. Многолетняя динамика распространения генотипов вируса гепатита С в Московском регионе / О. В. Исаева, В. С. Кичатова, А. А. Карлсен, с соавт. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2016. - №. 4. - С. 35-42.
9. Калинина, О. В. Структурно-функциональная организация генома и жизненный цикл вируса гепатита / О.В. Калинина, А.В. Дмитриев // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2015. - Т. 33. - №. 2.
10. Карандашова, И. В. Встречаемость мутаций устойчивости вируса гепатита C к ингибиторам №3-протеазы в России / И. В. Карандашова, К. В. Булатова, В. П. Чуланов // Молекулярная диагностика. Сб. трудов 2017. - 2017. - С. 278-279. - ISBN 978-5-98407-011-9.
11. Кюрегян К. К. Молекулярно-биологические основы контроля вирусных гепатитов : специальность 03.02.02 «Вирусология» : диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук / Кюрегян Карен Каренович ; Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов имени МН Чумакова Российской академии медицинских наук. - М., 2012.
12. Лобзин, Ю. В., Иммуногенетические механизмы персистенции вируса гепатита С при передаче от матери к ребенку (обзор зарубежной литературы) / Ю. В. Лобзин, Д. А. Гусев, А. А. Луцкий // Журнал
инфектологии. - 2014. - Т. 4. - №. 3. - С. 16-29.
13. Ляликов, С.А. Клиническая иммунология и аллергология : учеб. Пособие / С. А. Ляликов, Н. М. Тихон. - Минск: Вышэйная школа, 2015. - 366 с. ISBN 978-985-06-2585-4.
14. Нечаева, О. Б. Социально значимые инфекционные заболевания, представляющие биологическую угрозу населению России / О. Б. Нечаева // Туберкулез и болезни легких. - 2019. - Т. 97. - №. 11. - С. 7-17.
15. Никитин, И. Г. Экономическое бремя хронического гепатита С в России / И.Г. Никитин, Л.Д. Попович //Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2015. - №. 6. - С. 9-13
16. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2013 году: Государственный доклад. — М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2014.—191 С.
17. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2019 году: Государственный доклад. - М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2020. - 299 С. - ISBN978—5—7508—1742—9
18. Покровский, В.И. Вирусные гепатиты в Российской Федерации. Аналитический обзор. 8 выпуск / Под ред. В.И.Покровского, А.Б.Жебруна. -СПб.: ФБУН НИИЭМ имени Пастера, 2011. - 116с.
19. Профилактика вирусного гепатита C : СП 3.1.3112-13 : дата введения 2210-2013
20. Соболева, И. В. Частота выявления антител к вирусу гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации / И. В. Соболева, А. А. Карлсен, Т. В. Кожанова, с соавт. // Журнал микробиологии, эпидемиологии
и иммунобиологии. - 2017. - №. 3. - С. 99-106.
21. Толоконская, Н. П. Клинико-иммуногенетическая характеристика вирусного гепатита С в популяции европеоидов Западной Сибири / Н. П.Толоконская, В. И. Коненков, В. Ф. Прокофьев // Медицинская иммунология. - 2000. - Т. 2. - №. 1.
22. Угольник, Т. С. Антигены системы HLA: структура и функции : методические рекомендации / Т. С. Угольник, С. А. Шут. - Гомель : ГомГМУ, 2001. - 37 с.
23. Федосеева, Н. В. Особенности имунного реагирования у лиц, контактирующих с вирусом гепатита с, но без маркеров персистирующей ВГС-инфекции / Н.В. Федосеева, О. О. Знойко, М. Г. Исагулянц // Здоровье населения и среда обитания. - 2011. - №. 6. - С. 30-32.
24. Эсауленко, Е. В. Обоснование необходимости тройной терапии хронического гепатита С / Е. В. Эсауленко, О. Е. Никитина // Инфекционные болезни. - 2013. - Т. 11. - №. 2. - С. 69-73.
25. Эсауленко, Е. В. Фармакоэкономическая оценка безинтерферонового режима противовирусной терапии хронического вирусного гепатита С / Е.
B. Эсауленко, А. А. Сухорук, Р. А. Ганченко // ББК 52.81 Д23. - 2017. - С. 200.
26. Ющук, Н. Д. Рекомендации по диагностике и лечению взрослых больных гепатитом С / Н. Д. Ющук [и др.]. - 3-е изд., испр. и доп. - М. : ГЭОТАР-Медиа, 2017. - 96 С. - ISBN 978-5-9704-4270-8
27. Ющук, Н. Д. Социально-экономическое бремя гепатита С: методология оценки и трудности расчета в РФ / Н. Д. Ющук, О. О. Знойко, К.Р. Дудина с соавт. // Медицинские технологии. Оценка и выбор. - 2012. - Т. 10.- №. 4. -
C. 46-51.
28. Akuta, N. Impact of Mutations at Amino Acid 70 in Hepatitis C Virus (HCV) Genotype 1b Core Region on Hepatocarcinogenesis following Eradication of HCV RNA / N. Akuta, F. Suzuki, M. Kobayashi, et al. // Journal of clinical microbiology. - 2015. - Vol. 53. - №. 9. - P. 3039-3041
29. Araujo, O. C. Genetic variability of hepatitis B and C viruses in Brazilian patients with and without hepatocellular carcinoma / O. C. Araujo, J. J. Barros, O, K. M. do, et al. // Journal of medical virology. - 2014. - Vol. 86. - №. 2. - P. 217-223.
30. Nakamoto, S. Association between mutations in the core region of hepatitis C virus genotype 1 and hepatocellular carcinoma development / S. Nakamoto, F. Imazeki, K. Fukai, et al. // Journal of hepatology. - 2010. - Vol. 52. - №. 1. - P. 72-78.
31. Abraham, J. P. et al. The IPD databases: cataloguing and understanding allele variants / J. P. Abraham, D. J. Barker, J. Robinson, et al. // HLA Typing. -Humana Press, New York, NY, 2018. - C. 31-48.
32. Abravanel, F. Transmission of HCV NS5A Inhibitor-Resistant Variants Among HIV-infected Men Who Have Sex With Men / F. Abravanel, S. Métivier, M. Chauveau, et al. // Clinical Infectious Diseases. - 2016. - Vol. 63. - №. 9. - P. 1271-1272.
33. Aghemo, A. New horizons in hepatitis C antiviral therapy with direct-acting antivirals / A. Aghemo, R. De Francesco // Hepatology. - 2013. - Vol. 58. - №. 1. - P. 428-438.
34. Akuta, N. Amino acid substitutions in hepatitis C virus core region predict hepatocarcinogenesis following eradication of HCV RNA by antiviral therapy / N. Akuta, F. Suzuki, M. Hirakawa, et al. // Journal of medical virology. - 2011. -Vol. 83. - №. 6. - P. 1016-1022.
35. Akuta, N. Association of amino acid substitution pattern in core protein of hepatitis C virus genotype 1b high viral load and non-virological response to
interferon-ribavirin combination therapy / N. Akuta, F. Suzuki, H. Sezaki et al. // Intervirology. - 2005. - Vol. 48. - №. 6. - P. 372-380.
36. Akuta, N. Determinants of response to triple therapy of telaprevir, peginterferon, and ribavirin in previous non-responders infected with HCV genotype 1 / N. Akuta, F. Suzuki, Y. Seko, et al. // Journal of medical virology. - 2012. - Vol. 84. - №. 7. - P. 1097-1105
37. Alestig, E. Core mutations, IL28B polymorphisms and response to peginterferon/ribavirin treatment in Swedish patients with hepatitis C virus genotype 1 infection / E. Alestig, B. Arnholm, A. Eilard, et al. // BMC infectious diseases. - 2011. - Vol. 11. - №. 1. - P. 124.
38. Alhamlan, F. S. Hepatitis C virus genotype 1: How genetic variability of the core protein affects the response to pegylated-interferon and ribavirin therapy / F. S. Alhamlan, M. N. Al-Ahdal, N. Z. Khalaf, et al. //Journal of medical virology. -2014. - Vol. 86. - №. 2. - P. 224-234.
39. Andreatta, M. Accurate pan-specific prediction of peptide-MHC class II binding affinity with improved binding core identification / M. Andreatta, E. Karosiene, M. Rasmussen, et al. // Immunogenetics. - 2015. - Vol. 67. - №. 11-12. - P. 641650.
40. Anisimova, M. Approximate likelihood-ratio test for branches: a fast, accurate, and powerful alternative / M. Anisimova, O. Gascuel // Systematic biology. -2006. - Vol. 55. - №. 4. - P. 539-552.
41. Ansari, I. H. Subtype specific differences in NS5A domain II reveals involvement of proline at position 310 in cyclosporine susceptibility of hepatitis C virus / IU. Ansari, R.Striker //Viruses. - 2012. - Vol. 4. - №. 12. - P. 3303-3315.
42. Appel N. et al. Essential role of domain III of nonstructural protein 5A for hepatitis C virus infectious particle assembly / N. Appel, M. Zayas, S. Miller, et
al. // PLoS pathogens. - 2008. - Vol. 4. - №. 3.
43. Armstrong, G. L. The prevalence of hepatitis C virus infection in the United States, 1999 through 2002 / G.L. Armstrong, A. Wasley, E.P. Simard, et al. // Annals of internal medicine. - 2006. - Vol. 144. - №. 10. - P. 705-714.
44. Ascher, D. B. Potent hepatitis C inhibitors bind directly to NS5A and reduce its affinity for RNA / D. B. Ascher, J. Wielens, T. L. Nero, et al. //Scientific reports.
- 2014. - Vol. 4. - P. 4765.
45. Aurora, R. Genome-wide hepatitis C virus amino acid covariance networks can predict response to antiviral therapy in humans / R. Aurora, M. J. Donlin, N. A. Cannon, J. E. Tavis // The Journal of clinical investigation. - 2009. - Vol. 119. -№. 1. - P. 225-236.
46. Bagaglio, S. Resistance mechanisms in hepatitis C virus: implications for direct-acting antiviral use / S. Bagaglio, C. Uberti-Foppa, G. Morsica // Drugs. - 2017. -Vol. 77. - №. 10. - P. 1043-1055.
47. Baril, M. MAVS dimer is a crucial signaling component of innate immunity and the target of hepatitis C virus NS3/4A protease / M. Baril, M. E. Racine, F. Penin, D. Lamarre // Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. - №. 3. - P. 1299-1311.
48. Bartels, D. J. Natural prevalence of hepatitis C virus variants with decreased sensitivity to NS3- 4A protease inhibitors in treatment-naive subjects / D. J. Bartels, Y. Zhou, E. Z. Zhang, et al. // The Journal of infectious diseases. - 2008.
- Vol. 198. - №. 6. - P. 800-807.
49. Benga, W. J. Apolipoprotein E interacts with hepatitis C virus nonstructural protein 5A and determines assembly of infectious particles / W. J. Benga, S. E. Krieger, M. Dimitrova, et al. // Hepatology. - 2010. - Vol. 51. - №. 1. - P. 43-53.
50. Bilello, J. P. In vitro activity and resistance profile of samatasvir, a novel NS5A replication inhibitor of hepatitis C virus / J. P. Bilello, L. B. Lallos, J. F.
McCarville, et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2014. - Vol. 58. -№. 8. - P. 4431-4442.
51. Blight, K. J. Efficient initiation of HCV RNA replication in cell culture / K. J. Blight, A. A. Kolykhalov, C. M. Rice. //Science. - 2000. - Vol. 290. - №. 5498. -P. 1972-1974.
52. Bokharaei-Salim, F. The Association of Substitutions in the Hepatitis C Virus Subtype 1b Core Gene and IL28B Polymorphisms With the Response to Peg-IFNa-2a/RBV Combination Therapy in Azerbaijani Patients / F. Bokharaei-Salim, M. Salehi-Vaziri, F. Sadeghi, et al. // Hepatitis Monthly. - 2016. - Vol. 16. - №. 5.
53. Calleja, J. L. NS5A resistance: clinical implications and treatment possibilities / J. L. Calleja, S. Llerena, C. Perello, J. Crespo // AIDS Rev. - 2016. - Vol. 18. - №. 1. - P. 15-22.
54. Campo, D. S. Coordinated evolution of the hepatitis C virus / D. S.Campo, Z. Dimitrova, R. J. Mitchell, et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - Vol. 105. - №. 28. - P. 9685-9690.
55. Carithers, Jr R. L. Therapy of hepatitis C: meta-analysis of interferon alfa-2b trials / Jr R. L. Carithers, S. S. Emerson // Hepatology. - 1997. - Vol. 26. - №. S3. - P. 83S-88S.
56. Chatterji, U. HCV resistance to cyclosporin A does not correlate with a resistance of the NS5A-cyclophilin A interaction to cyclophilin inhibitors / U. Chatterji, P. Lim, , M. D. Bobardt, et al. // Journal of hepatology. - 2010. - Vol. 53. - №. 1. -P. 50-56.
57. Chen Z. et al. Global prevalence of pre-existing HCV variants resistant to direct-acting antiviral agents (DAAs): mining the GenBank HCV genome data / Z. W. Chen, H. Li, H. Ren, P. Hu // Scientific reports. - 2016. - Vol. 6. - P. 20310.
58. Choo, Q. L. Isolation of a cDNA Clone Derived from a Blood-Borne Non-A, Non-B Viral Hepititis Genome / Q. L. Choo, G. Kuo, A. J. Weiner, L. R. Overby, et al. // Science. - 1989. - Vol. 244. - №. 4902. - P. 359-362.
59. Chung, Y. L. Hepatitis C virus NS5A as a potential viral Bcl-2 homologue interacts with Bax and inhibits apoptosis in hepatocellular carcinoma / Y. L. Chung, M. L. Sheu, S. H. Yen // International journal of cancer. - 2003. - Vol. 107. - №. 1. - P. 65-73.
60. Coelmont, L. DEB025 (Alisporivir) inhibits hepatitis C virus replication by preventing a cyclophilin A induced cis-trans isomerisation in domain II of NS5A / L. Coelmont, X. Hanoulle, U. Chatterji, et al. // PloS one. - 2010. - Vol. 5. - №. 10.
61. Coon, J. T. Surveillance of cirrhosis for hepatocellular carcinoma: systematic review and economic analysis / J. Thompson Coon, G. Rogers, P. Hewson et al. // NIHR Health Technology Assessment programme: Executive Summaries. NIHR Journals Library - 2007. - Vol. 11. - №. 34. - P. 206.
62. Cormier, E. G. L-SIGN (CD209L) and DC-SIGN (CD209) mediate transinfection of liver cells by hepatitis C virus / E. G. Cormier, R. J. Durso, F. Tsamis, L. Boussemart, et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2004. -Vol. 101. - №. 39. - P. 14067-14072.
63. Csardi, G. The igraph software package for complex network research / G. Csardi, T. Nepusz // InterJournal, complex systems. - 2006. - Vol. 1695. - №. 5. - P. 1-9.
64. Cubero, M. Naturally occurring NS3-protease-inhibitor resistant mutant A156T in the liver of an untreated chronic hepatitis C patient / M. Cubero, J. I. Esteban, T. Otero, et al. // Virology. - 2008. - Vol. 370. - №. 2. - P. 237-245.
65. Cuypers, L. Mapping the genomic diversity of HCV subtypes 1a and 1b: Implications of structural and immunological constraints for vaccine and drug
development / L. Cuypers, G. Li, C. Neumann-Haefelin, et al. // Virus evolution. - 2016. - Vol. 2. - №. 2.
66. Dalagiorgou, G. High levels of HCV core+ 1 antibodies in HCV patients with hepatocellular carcinoma / G. Dalagiorgou, N. Vassilaki, P. Foka, et al. // Journal of General Virology. - 2011. - Vol. 92. - №. 6. - P. 1343-1351.
67. Di Lello, F. A. Core amino acid variation at position 110 is associated with sustained virological response in Caucasian patients with chronic hepatitis C virus 1b infection / F. A. Di Lello, J. A. Mira, K. Neukam, et al. // Archives of virology. - 2014. - Vol. 159. - №. 12. - P. 3345-3351.
68. Di Maio, V. C. Multiclass HCV resistance to direct-acting antiviral failure in real-life patients advocates for tailored second-line therapies / V.C. Di Maio, V. Cento, I. Lenci, et al. // Liver international. - 2017. - Vol. 37. - №. 4. - P. 514528.
69. Dietz, J. Consideration of viral resistance for optimization of direct antiviral therapy of hepatitis C virus genotype 1-infected patients / J. Dietz, S. Susser, C. Berkowski, et al. // PloS one. - 2015. - Vol. 10. - №. 8.
70. Donlin, M. J. Pretreatment sequence diversity differences in the full-length hepatitis C virus open reading frame correlate with early response to therapy / M. J. Donlin, N. A. Cannon, E. Yao, et al. // Journal of virology. - 2007. - Vol. 81. -№. 15. - P. 8211-8224
71. Dore, G. J. Future of hepatitis C therapy: development of direct-acting antivirals / G. J. Dore, G. V. Matthews, J. Rockstroh // Current Opinion in HIV and AIDS. -2011. - Vol. 6. - №. 6. - P. 508-513.
72. Dvory-Sobol, H. Long-term persistence of HCV NS5A variants after treatment with NS5A inhibitor ledipasvir / H. Dvory-Sobol, D. Wyles, W. Ouyang et al. // J Hepatol. - 2015. - Vol. 62. - №. Suppl 2. - P. S221.
73. Egger, D. Expression of hepatitis C virus proteins induces distinct membrane alterations including a candidate viral replication complex / D. Egger, B. Wölk, R. Gosert, et al. // Journal of virology. - 2002. - Vol. 76. - №. 12. - P. 59745984.
74. El Kassas, M. Elbasvir and grazoprevir for chronic hepatitis C genotypes 1 and 4 / M. El Kassas, T. Elbaz, Y. Abd El Latif, G. Esmat // Expert review of clinical pharmacology. - 2016. - Vol. 9. - №. 11. - P. 1413-1421.
75. El-Shamy, A. Impact of hepatitis C virus heterogeneity on interferon sensitivity: an overview / A. El-Shamy, H. Hotta // World Journal of Gastroenterology: WJG. - 2014. - Vol. 20. - №. 24. - P. 7555-7569.
76. El-Shamy, A. Polymorphisms of the core, NS3, and NS5A proteins of hepatitis C virus genotype 1b associate with development of hepatocellular carcinoma / A. El-Shamy, M. Shindo, I. Shoji, et al. // Hepatology. - 2013. - Vol. 58. - №. 2. -P. 555-563
77. Erickson, A. L. The outcome of hepatitis C virus infection is predicted by escape mutations in epitopes targeted by cytotoxic T lymphocytes / A. L. Erickson, Y. Kimura, S. Igarashi, et al. // Immunity. - 2001. - Vol. 15. - №. 6. - P. 883-895.
78. Pawlotsky, J. M. EASL recommendations on treatment of hepatitis C 2018 / J. M. Pawlotsky, F. Negro, A. Aghemo, et al. // Journal of hepatology. - 2018. - Vol. 69. - №. 2. - P. 461-511.
79. Farci, P. The outcome of acute hepatitis C predicted by the evolution of the viral quasispecies / P. Farci, A. Shimoda, A. Coiana, //Science. - 2000. - Vol. 288. -№. 5464. - P. 339-344.
Fauquet, C. M., et al., eds. Virus taxonomy: VIIIth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Academic Press, 2005. - ISBN: 9780122499517
81. Feld, J.J. Sofosbuvir and velpatasvir for HCV genotype 2 and 3 infection / J.J. Feld, I.M. Jacobson, C. Hezode, et al. // New England Journal of Medicine. -2015. - Vol. 373. - №. 27. - P. 2599-2607.
82. Fernandes, F. Cyclosporine inhibits a direct interaction between cyclophilins and hepatitis C NS5A / F. Fernandes, H. A. Israr-ul, R. Striker // PLoS One. - 2010. -Vol. 5. - №. 3.
83. Foster, G. R. Sofosbuvir and velpatasvir for HCV genotype 2 and 3 infection / G. R. Foster, N. Afdhal, S. K. Roberts, et al. // New England Journal of Medicine. -2015. - Vol. 373. - №. 27. - P. 2608-2617.
84. Foster, T. L. Cyclophilin A interacts with domain II of hepatitis C virus NS5A and stimulates RNA binding in an isomerase-dependent manner / T. L. Foster, P. Gallay, N. J. Stonehouse, M. Harris // Journal of virology. - 2011. - Vol. 85. -№. 14. - P. 7460-7464.
85. Fourati, S. Virologic tools for HCV drug resistance testing / S. Fourati, J. M. Pawlotsky // Viruses. - 2015. - Vol. 7. - №. 12. - P. 6346-6359.
86. Fried, M. W. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection / M. W. Fried, M. L. Shiffman, K. R. Reddy, et al. // New England Journal of Medicine. - 2002. - Vol. 347. - №. 13. - P. 975-982.
87. Gale, Jr M. J. Evidence that hepatitis C virus resistance to interferon is mediated through repression of the PKR protein kinase by the nonstructural 5A protein / Jr M. J. Gale, M. J. Korth, N. M. Tang, et al. // Virology. - 1997. - Vol. 230. - №. 2. - P. 217-227.
88. Global hepatitis report 2017. - World Health Organization, 2017. ISBN: 978-924-156545-5
89. Gonzalez-Galarza, F. F. Allele frequency net 2015 update: new features for HLA epitopes, KIR and disease and HLA adverse drug reaction associations / F. F.
Gonzalez-Galarza, L. Y. Takeshita, E. J. Santos, et al. // Nucleic acids research. -2015. - Vol. 43. - №. D1. - P. D784-D788.
90. Grakoui, A. HCV persistence and immune evasion in the absence of memory T cell help / A. Grakoui, N. H. Shoukry, D. J. Woollard, et al. // Science. - 2003. -Vol. 302. - №. 5645. - P. 659-662.
91. Gupta, G. Intrinsically unstructured domain 3 of hepatitis C Virus NS5A forms a "fuzzy complex" with VAPB-MSP domain which carries ALS-causing mutations / G. Gupta, H. Qin, J. Song // PloS one. - 2012. - Vol. 7. - №. 6.
92. Hadziyannis, S. J. et al. Peginterferon-a2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose / S. J. Hadziyannis, H. Sette, T. R. Morgan, et. al. // Annals of internal medicine. -2004. - Vol. 140. - №. 5. - P. 346-355.
93. Hanoulle, X. Hepatitis C virus NS5A protein is a substrate for the peptidyl-prolyl cis/trans isomerase activity of cyclophilins A and B / X. Hanoulle, A. Badillo, J. M. Wieruszeski, et al. //Journal of Biological Chemistry. - 2009. - Vol. 284. - №. 20. - P. 13589-13601.
94. Hernandez, D. Natural prevalence of NS5A polymorphisms in subjects infected with hepatitis C virus genotype 3 and their effects on the antiviral activity of NS5A inhibitors / D. Hernandez, N. Zhou, J. Ueland, et al. // Journal of Clinical Virology. - 2013. - Vol. 57. - №. 1. - P. 13-18.
95. Hill, A. V. S. The immunogenetics of human infectious diseases / A.V.S. Hill // Annual review of immunology. - 1998. - Vol. 16. - №. 1. - P. 593-617.
96. Holmes, E. C. Error thresholds and the constraints to RNA virus evolution / E. C. Holmes // Trends in microbiology. - 2003. - Vol. 11. - №. 12. - P. 543-546.
97. Honda, M., Stability of a stem-loop involving the initiator AUG controls the efficiency of internal initiation of translation on hepatitis C virus RNA / M.
Honda, E. A. Brown, S. M. Lemon // Rna. - 1996. - Vol. 2. - №. 10. - P. 955968
98. Hughes, M. Domain III of NS5A contributes to both RNA replication and assembly of hepatitis C virus particles / M. Hughes, S. Griffin, M.Harris // Journal of general virology. - 2009. - Vol. 90. - №. 6. - P. 1329-1334.
99. Humphreys, I. Full-length characterization of hepatitis C virus subtype 3a reveals novel hypervariable regions under positive selection during acute infection / I. Humphreys, V. Fleming, P. Fabris, et. al. //Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. - №. 22. - P. 11456-11466.
100. Ikram, A. Identification of drug resistance and immune-driven variations in hepatitis C virus (HCV) NS3/4A, NS5A and NS5B regions reveals a new approach toward personalized medicine / A. Ikram, A. Obaid, F. M. Awan, R. Hanif, et al. // Antiviral research. - 2017. - Vol. 137. - P. 112-124
101. Jackowiak, P. Phylogeny and molecular evolution of the hepatitis C virus / P. Jackowiak, K. Kuls, L. Budzko, et al. // Infection, Genetics and Evolution. -2014. - Vol. 21. - P. 67-82.
102. Jacobson, I. Prevalence and Impact of Baseline NSA Resistance Associated Variants (RAVs) on the Efficacy of Elbasvir/Grazoprevir (EBR/GZR) Against GT1a Infection: LB-22 / I. Jacobson, E. Asante-Appiah, P. Wong, et al. // Hepatology. - 2015. - Vol. 62. - №. 6.
103. Jaspe, R. C. Prevalence of amino acid mutations in hepatitis C virus core and NS5B regions among Venezuelan viral isolates and comparison with worldwide isolates / R. C. Jaspe, Y. F. Sulbaran, M. Z. Sulbaran, et al. // Virology journal. -2012. - Vol. 9. - №. 1. - P. 214.
104. Jurtz, V. NetMHCpan-4.0: improved peptide-MHC class I interaction predictions integrating eluted ligand and peptide binding affinity data / V. Jurtz, S. Paul, M. Andreatta, et al. // The Journal of Immunology. - 2017. - Vol. 199. - №. 9. - P.
3360-3368.
105. Kalinina, O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg / O. Kalinina, H. Norder, S. Mukomolov, L.O. Magnius // Journal of virology. - 2002. - Vol. 76. - №. 8. - P. 4034-4043.
106. Kalinina, O. Shift in predominating subtype of HCV from 1b to 3a in St. Petersburg mediated by increase in injecting drug use / O. Kalinina, H. Norder, T. Vetrov, et al. //Journal of medical virology. - 2001. - Vol. 65. - №. 3. - P. 517524.
107. Kato, N. Molecular cloning of the human hepatitis C virus genome from Japanese patients with non-A, non-B hepatitis / N. Kato, M. Hijikata, Y. Ootsuyama, et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1990. - Vol. 87. - №. 24.
- P. 9524-9528
108. Kawai, T. IPS-1, an adaptor triggering RIG-I-and Mda5-mediated type I interferon induction / T. Kawai, K. Takahashi, S. Sato, et al. // Nature immunology. - 2005. - Vol. 6. - №. 10. - P. 981-988.
109. Kieffer, T. L. Viral resistance to specifically targeted antiviral therapies for hepatitis C (STAT-Cs) / T. L. Kieffer, A. D. Kwong, G. R. Picchio // Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2010. - Vol. 65. - №. 2. - P. 202-212.
110. Kim, A. Y. Temporal Dynamics of a Predominant Protease Inhibitor-Resistance Mutation in a Treatment-Naive, Hepatitis C Virus-Infected Individual / A. Y. Kim, J.Timm, B. E. Nolan, et al. // The Journal of infectious diseases. - 2009. -Vol. 199. - №. 5. - P. 737-741.
111. Klade, C. S. Hepatitis C virus-specific T cell responses against conserved regions in recovered patients / C. S. Klade, A. Kubitschke, R. E. Stauber, et al. // Vaccine.
- 2009. - Vol. 27. - №. 23. -P. 3099-3108.
112. Kliemann, D. A. Genetic barrier to direct acting antivirals in HCV sequences
deposited in the European databank / D. A. Kliemann, C. V. Tovo, A. B. G. Da Veiga, et al. // PloS one. - 2016. - Vol. 11. - №. 8.
113. Knops, E. Epistatic interactions in NS5A of hepatitis C virus suggest drug resistance mechanisms / E. Knops, S. Sierra, P. Kalaghatgi, et al. // Genes. -2018. - Vol. 9. - №. 7. - P. 343.
114. Kobayashi, S. Development of hepatocellular carcinoma in patients with chronic hepatitis C who had a sustained virological response to interferon therapy: a multicenter, retrospective cohort study of 1124 patients / S. Kobayashi, T. Takeda, M. Enomoto, et al. // Liver International. - 2007. - Vol. 27. - №. 2. - P. 186-191.
115. Kohler, J. J. Approaches to hepatitis C treatment and cure using NS5A inhibitors / J. J. Kohler, J. H. Nettles, F. Amblard, et al. // Infection and drug resistance. -2014. - Vol. 7. - P. 41.
116. Kolykhalov, A. A. Hepatitis C virus-encoded enzymatic activities and conserved RNA elements in the 3' nontranslated region are essential for virus replication in vivo / A. A. Kolykhalov, K. Mihalik, S. M. Feinstone, C. M. Rice // Journal of virology. - 2000. - Vol. 74. - №. 4. - P. 2046-2051.
117. Krieger, N. Enhancement of hepatitis C virus RNA replication by cell culture-adaptive mutations / N. Krieger, V. Lohmann, R. Bartenschlager // Journal of virology. - 2001. - Vol. 75. - №. 10. - P. 4614-4624.
118. Krishnan, P. et al. Pooled analysis of resistance in patients treated with ombitasvir/ABT-450/r and dasabuvir with or without ribavirin in Phase 2 and Phase 3 clinical trials: 1936 / P. Krishnan, R. Tripathi, G. Schnell, et al. // Hepatology. - 2014. - Vol. 60.
119. Krishnan, P. 0057: Long-term follow-up of treatment-emergent resistance-associated variants in NS3, NS5A and NS5B with paritaprevir/r-, ombitasvir-and dasabuvir-based regimens / P. Krishnan, R. Tripathi, G. Schnell, et al. // Journal
of Hepatology. - 2015. - Vol. 62. - P. S220.
120. Krishnan, P. Resistance analysis of baseline and treatment-emergent variants in hepatitis C virus genotype 1 in the AVIATOR study with paritaprevir-ritonavir, ombitasvir, and dasabuvir / P. Krishnan, R. Tripathi, G. Schnell, et al. //Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2015. - Vol. 59. - №. 9. - P. 54455454.
121. Kuntzen, T. Naturally occurring dominant resistance mutations to hepatitis C virus protease and polymerase inhibitors in treatment-naive patients / T. Kuntzen, J. Timm, A. Berical, et al. // Hepatology. - 2008. - Vol. 48. - №. 6. - P. 17691778.
122. Kurbanov, F. Molecular epidemiology and interferon susceptibility of the natural recombinant hepatitis C virus strain RF1_2k/1b / F. Kurbanov, Y. Tanaka, E. Chub, et al. // The Journal of infectious diseases. - 2008. - Vol. 198. - №. 10. -P. 1448-1456.
123. Lahser, F. Interim analysis of a 3-year follow-up study of NS5A and NS3 resistance-associated substitutions after treatment with grazoprevir-containing regimens in participants with chronic HCV infection / F. Lahser, A. Galloway, P. Hwang, et al. // Antivir Ther. - 2018. - Vol. 23. - P. 593-603.
124. Le Pogam, S. Existence of hepatitis C virus NS5B variants naturally resistant to non-nucleoside, but not to nucleoside, polymerase inhibitors among untreated patients / S. Le Pogam, A. Seshaadri, A. Kosaka, et al. //Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2008. - Vol. 61. - №. 6. - P. 1205-1216.
125. Lebedeva, L. The features of histocompatibility antigens polymorphism of cord blood samples in Moscow Blood Bank / L. Lebedeva, A. Chumak, T. Pukhlikova, et al. // Bulletin of Hematology. - 2015. - Vol. 11. - №.2. - P. 20-21.
126. Li, G. Current therapy for chronic hepatitis C: The role of direct-acting antivirals /
G. Li, E. De Clercq // Antiviral research. - 2017. - Vol. 142. - P. 83-122.
127. Li, K. Immune evasion by hepatitis C virus NS3/4A protease-mediated cleavage of the Toll-like receptor 3 adaptor protein TRIF // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2005. - Vol. 102. - №. 8. - P. 2992-2997.
128. Li, Y. Competing and noncompeting activities of miR-122 and the 5' exonuclease Xrn1 in regulation of hepatitis C virus replication / Y. Li, T. Masaki, D. Yamane, D. R. McGivern, et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2013. - Vol. 110. - №. 5. - P. 1881-1886.
129. Li, Z. Prevalence of hepatitis C virus-resistant association substitutions to direct-acting antiviral agents in treatment-naive hepatitis C genotype lb-infected patients in western China / Z. Li, Z. W. Chen, H. Li, et al. // Infection and drug resistance. - 2017. - Vol. 10. - P. 377.
130. Liang, T. J. Pathogenesis, natural history, treatment, and prevention of hepatitis C / T. J. Liang, B. Rehermann, L. B. Seeff, J. H. Hoofnagle, //Annals of internal medicine. - 2000. - Vol. 132. - №. 4. - P. 296-305.
131. Liang, Y. Domain 2 of nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus is natively unfolded / Y. Liang, H. Ye, C. B. Kang, H. S. Yoon // Biochemistry. -2007. - Vol. 46. - №. 41. - P. 11550-11558.
132. Lim, P. J. Correlation between NS5A dimerization and hepatitis C virus replication / P. J. Lim, U. Chatterji, D. Cordek, et al. //Journal of Biological Chemistry. - 2012. - Vol. 287. - №. 36. - P. 30861-30873.
133. Lindenbach, B. D. Unravelling hepatitis C virus replication from genome to function / B. D. Lindenbach, C. M. Rice // Nature. - 2005. - Vol. 436. - №. 7053. - P. 933-938.
134. Love, R. A. Crystal structure of a novel dimeric form of NS5A domain I protein from hepatitis C virus / R. A. Love, O. Brodsky, M. J. Hickey, et al //Journal of
virology. - 2009. - Vol. 83. - №. 9. - P. 4395-4403.
135. Ma, Y. Hepatitis C virus NS2 protein serves as a scaffold for virus assembly by interacting with both structural and nonstructural proteins / Y. Ma, M. Anantpadma, J. M. Timpe, et al. // Journal of virology. - 2011. - Vol 85. - №. 1. - P. 86-97.
136. Manns, M. P. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial / M. P. Manns, J. G. McHutchison, S. C. Gordon, et al. //The Lancet. - 2001. -Vol. 358. - №. 9286. - P. 958-965.
137. Manns, M. P. Sofosbuvir: the final nail in the coffin for hepatitis C? / M. P. Manns, M. Cornberg // The Lancet. Infectious diseases. - 2013. - Vol. 13. - №. 5. - P. 378.
138. Martell, M. Hepatitis C virus (HCV) circulates as a population of different but closely related genomes: quasispecies nature of HCV genome distribution / M. Martell, J. I. Esteban, J. Quer, et al. // Journal of virology. - 1992. - Vol. 66. - №. 5. - P. 3225-3229.
139. McOmish, F. Detection of three types of hepatitis C virus in blood donors: investigation of type-specific differences in serologic reactivity and rate of alanine aminotransferase abnormalities / F. McOmish, S. W. Chan, B. C. Dow, et al. // Transfusion. - 1993. - Vol. 33. - №. 1. - P. 7-13.
140. McPhee, F. Effect of minor populations of NS5A and NS5B resistance-associated variants on HCV genotype-3 response to daclatasvir plus sofosbuvir, with or without ribavirin / F. McPhee, D. Hernandez, N. Zhou // Antivir Ther. - 2017. -Vol. 22. - №. 3. - P. 237-46.
141. Messina, J. P. Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes / J. P. Messina, I. Humphreys, A. Flaxman, et al. // Hepatology. - 2015. - Vol. 61.
- №. 1. - P. 77-87.
142. Meylan, E. Cardif is an adaptor protein in the RIG-I antiviral pathway and is targeted by hepatitis C virus / E. Meylan, J. Curran, K. Hofmann, et al. // Nature.
- 2005. - Vol. 437. - №. 7062. - P. 1167-1172.
143. Midgard, H. HCV epidemiology in high-risk groups and the risk of reinfection / H. Midgard, A. Weir, N. Palmateer, et al. // Journal of hepatology. - 2016. - Vol. 65. - №. 1. - P. S33-S45.
144. Miller, R. H. Hepatitis C virus shares amino acid sequence similarity with pestiviruses and flaviviruses as well as members of two plant virussupergroups / R.H. Miller, R. H. Purcell // Proceedings of the National Academy of Sciences. -1990. - Vol. 87. - №. 6. - P. 2057-2061.
145. Missale, G. Different clinical behaviors of acute hepatitis C virus infection are associated with different vigor of the anti-viral cell-mediated immune response / G. Missale, R. Bertoni, V. Lamonaca, et al. // The Journal of clinical investigation. - 1996. - Vol. 98. - №. 3. - P. 706-714.
146. Miura, M. Deep-sequencing analysis of the association between the quasispecies nature of the hepatitis C virus core region and disease progression / M. Miura, S. Maekawa, S. Takano, et al. // Journal of virology. - 2013. - Vol. 87. - №. 23. - P. 12541-12551
147. Miyoshi, H. Hepatitis C virus core protein exerts an inhibitory effect on suppressor of cytokine signaling (S0CS)-1 gene expression / H. Miyoshi, H. Fujie, Y. Shintani, T. Tsutsumi //Journal of hepatology. - 2005. - T. 43. - №. 5.
- C. 757-763
148. Molero-Abraham, M. Selection of conserved epitopes from hepatitis C virus for pan-populational stimulation of T-cell responses / M. Molero-Abraham, E. M. Lafuente, D. R. Flower, P. A. Reche // Clinical and Developmental Immunology.
- 2013. - Vol. 2013.
149. Moradpour, D. Replication of hepatitis C virus / D. Moradpour, F. Penin, C.M. Rice // Nature reviews microbiology. - 2007. - Vol. 5. - №. 6. - P. 453-463.
150. Morel, V. Genetic recombination of the hepatitis C virus: clinical implications / V. Morel, C. Fournier, C. Francois, et al. //Journal of viral hepatitis. - 2011. -Vol. 18. - №. 2. - P. 77-83.
151. Mori, N. Randomized trial of high-dose interferon-a-2b combined with ribavirin in patients with chronic hepatitis C: Correlation between amino acid substitutions in the core/NS5A region and virological response to interferon therapy / N. Mori, M. Imamura, Y. Kawakami, et al. // Journal of medical virology. - 2009. - Vol. 81. - №. 4. - P. 640-649.
152. Negro, F. The global health burden of hepatitis C virus infection / F. Negro, A. Alberti // Liver International. - 2011. - Vol. 31. - P. 1-3.
153. Nelson, P. K. Global epidemiology of hepatitis B and hepatitis C in people who inject drugs: results of systematic reviews / P. K. Nelson, B. M. Mathers, B. Cowie, et al. // The Lancet. - 2011. - Vol. 378. - №. 9791. - P. 571-583.
154. Nijhuis, M. Antiviral resistance and impact on viral replication capacity: evolution of viruses under antiviral pressure occurs in three phases / M. Nijhuis, N. M. Van Maarseveen, C. A. B. Boucher //Antiviral Strategies. - Springer, Berlin, Heidelberg, 2009. - P. 299-320.
155. Okamoto, H. Nucleotide sequence of the genomic RNA of hepatitis C virus isolated from a human carrier: comparison with reported isolates for conserved and divergent regions / H. Okamoto, S. Okada, Y. Sugiyama, et al. // Journal of General Virology. - 1991. - Vol. 72. - №. 11. - P. 2697-2704.
156. Pawlotsky J. M. Hepatitis C virus population dynamics during infection //Quasispecies: Concept and Implications for Virology. - Springer, Berlin,
Heidelberg, 2006. - C. 261-284.
157. Pawlotsky, J. M. Hepatitis C virus resistance to direct-acting antiviral drugs in interferon-free regimens / J. M.Pawlotsky // Gastroenterology. - 2016. - Vol. 151. - №. 1. - P. 70-86.
158. Petruzziello, A. Global epidemiology of hepatitis C virus infection: an up-date of the distribution and circulation of hepatitis C virus genotypes / A. Petruzziello, S. Marigliano, G. Loquercio, et al. // World Journal of Gastroenterology. - 2016. -Vol. 22. - №. 34. - P. 7824
159. Pietschmann, T. Characterization of cell lines carrying self-replicating hepatitis C virus RNAs / T. Pietschmann, V. Lohmann, G. Rutter, et al. // Journal of virology. - 2001. - Vol. 75. - №. 3. - P. 1252-1264.
160. Powdrill, M.H. Contribution of a mutational bias in hepatitis C virus replication to the genetic barrier in the development of drug resistance / M.H. Powdrill, E.P. Tchesnokov, R.A. Kozak , et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2011. - Vol. 108. - №. 51. - P. 20509-20513.
161. Preciado, M. V. Hepatitis C virus molecular evolution: transmission, disease progression and antiviral therapy / M. V. Preciado, P. Valva, A. Escobar-Gutierrez, et al. //World Journal of Gastroenterology: WJG. - 2014. - Vol. 20. -№. 43. - P. 15992.
162. Qi, Y. Subtype distribution of hepatitis C virus in Jiangsu, China / Y. Qi, Q. Chen, F. Hao, et al. //Journal of medical virology. - 2016. - Vol. 88. - №. 3. - P. 498-505.
163. Ragonnet-Cronin, M. Adaptive evolution of HIV at HLA epitopes is associated with ethnicity in Canada / M. Ragonnet-Cronin, S. Aris-Brosou, I. Joanisse, et al. // PloS one. - 2012. - Vol. 7. - №. 5.
164. Raimondi, S. Hepatitis C virus genotype 1b as a risk factor for hepatocellular
carcinoma development: a meta-analysis / S. Raimondi, S. Bruno, M. U. Mondelli, P. Maisonneuve // Journal of hepatology. - 2009. - Vol. 50. - №. 6. -P. 1142-1154.
165. Ranjith-Kumar, C. T. Requirements for de novo initiation of RNA synthesis by recombinant flaviviral RNA-dependent RNA polymerases / C. T. Ranjith-Kumar, L. Gutshall, M. J. Kim, et. al. //Journal of virology. - 2002. - Vol. 76. - №. 24. -P. 12526-12536.
166. Rong, L. Rapid emergence of protease inhibitor resistance in hepatitis C virus / L. Rong, H. Dahari, R. M. Ribeiro, A. S. Perelson // Science translational medicine.
- 2010. - Vol. 2. - №. 30. - P. 30ra32-30ra32.
167. Ross-Thriepland, D. Hepatitis C virus NS5A: enigmatic but still promiscuous 10 years on! / D. Ross-Thriepland, M. Harris // Journal of General Virology. - 2015.
- Vol. 96. - №. 4. - P. 727-738.
168. Sarrazin, C. Prevalence of resistance-associated substitutions in HCV NS5A, NS5B, or NS3 and outcomes of treatment with ledipasvir and sofosbuvir / C. Sarrazin, H. Dvory-Sobol, E. S. Svarovskaia, et al. // Gastroenterology. - 2016. -Vol. 151. - №. 3. - P. 501-512. e1.
169. Sarrazin, C. The importance of resistance to direct antiviral drugs in HCV infection in clinical practice / C. Sarrazin // Journal of hepatology. - 2016. - Vol. 64. - №. 2. - P. 486-504.
170. Scheel, T. K. H. Understanding the hepatitis C virus life cycle paves the way for highly effective therapies / K. H. Scheel T., C. M. Rice // Nature medicine. -2013. - Vol. 19. - №. 7. - P. 837.
171. Seko, Y. Amino acid substitutions in the hepatitis C Virus core region and lipid metabolism are associated with hepatocarcinogenesis in nonresponders to interferon plus ribavirin combination therapy / Y. Seko, N. Akuta, F. Suzuki, et
al. //Intervirology. - 2012. - Vol. 56. - №. 1. - P. 13-21
172. Seth, R. B. Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kB and IRF3 / R. B. Seth, L. Sun, C. K. Ea, Z. J. Chen // Cell. - 2005. - Vol. 122. - №. 5. - P. 669-682.
173. Shen, W. A novel algorithm for detecting multiple covariance and clustering of biological sequences / W.Shen, Y. Li // Scientific reports. - 2016. - Vol. 6. - P. 30425.
174. Shepard, C. W. Global epidemiology of hepatitis C virus infection / C. W. Shepard, L. Finelli, M. J. Alter // The Lancet infectious diseases. - 2005. - Vol. 5. - №. 9. - P. 558-567.
175. Shirota, Y. Hepatitis C virus (HCV) NS5A binds RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) NS5B and modulates RNA-dependent RNA polymerase activity / Y. Shirota, H.Luo, W. Qin, et al. //Journal of Biological Chemistry. -2002. - Vol. 277. - №. 13. - P. 11149-11155.
176. Shoukry, N. H. Conserved hierarchy of helper T cell responses in a chimpanzee during primary and secondary hepatitis C virus infections / N. H. Shoukry, J. Sidney, A. Sette, C. M. Walker // The Journal of Immunology. - 2004. - Vol. 172. - №. 1. - P. 483-492.
177. Simmonds, P. A proposed system for the nomenclature of hepatitis C viral genotypes / P. Simmonds, A. Alberti, H. J. Alter, et al. // Hepatology. - 1994. -Vol. 19. - №. 5. - P. 1321-1324.
178. Simmonds, P. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes / P. Simmonds, J. Bukh, C. Combet, et al. // Hepatology. - 2005. - Vol. 42. - №. 4. - P. 962-973.
179. Simmonds, P. Evolutionary analysis of variants of hepatitis C virus found in South-East Asia: comparison with classifications based upon sequence similarity /
P. Simmonds, J. Mellor, T. Sakuldamrongpanich, et al. //Journal of general virology. - 1996. - Vol. 77. - №. 12. - P. 3013-3024.
180. Singh, N. Infectious diseases and immunity: special reference to major histocompatibility complex / N. Singh , S. Agrawal , A.K. Rastogi // Emerg Infect Dis. 1997. - Vol. 3. - №. 1.- P. 41-49.
181. Sorbo, M. C. Hepatitis C virus drug resistance associated substitutions and their clinical relevance: Update 2018 / M. C. Sorbo, V. Cento, V. C. Di Maio, et al. // Drug Resistance Updates. - 2018. - Vol. 37. - P. 17-39.
182. Soumana, D. I. Molecular and dynamic mechanism underlying drug resistance in genotype 3 hepatitis C NS3/4A protease / D. I. Soumana, N. Kurt Yilmaz, A. Ali, et al. // Journal of the American Chemical Society. - 2016. - Vol. 138. - №. 36. -P. 11850-11859.
183. Steinmann, E. Hepatitis C virus p7—a viroporin crucial for virus assembly and an emerging target for antiviral therapy / E. Steinmann, T. Pietschmann // Viruses. -2010. - Vol. 2. - №. 9. - P. 2078-2095.
184. Sullivan, J. C. Evolution of treatment-emergent resistant variants in telaprevir phase 3 clinical trials / J. C. Sullivan, S. De Meyer, D. J. Bartels, et al. // Clinical Infectious Diseases. - 2013. - Vol. 57. - №. 2. - P. 221-229.
185. Susser, S. Characterization of resistance to the protease inhibitor boceprevir in hepatitis C virus-infected patients / S. Susser, C. Welsch, Y. Wang, et al. // Hepatology. - 2009. - Vol. 50. - №. 6. - P. 1709-1718.
186. Takamizawa, A. Structure and organization of the hepatitis C virus genome isolated from human carriers / A. Takamizawa, C. Mori, I. Fuke, S. Manabe, et al. //Journal of virology. - 1991. - Vol. 65. - №. 3. - P. 1105-1113.
187. Tellinghuisen, T. L. Identification of residues required for RNA replication in domains II and III of the hepatitis C virus NS5A protein / T. L. Tellinghuisen, K.
L. Foss, J. C. Treadaway, C. M. Rice //Journal of virology. - 2008. - Vol. 82. -№. 3. - P. 1073-1083.
188. Tellinghuisen, T. L. Structure of the zinc-binding domain of an essential component of the hepatitis C virus replicase / T. L. Tellinghuisen, J. Marcotrigiano, A. E. Gorbalenya, C. M. Rice // Nature. - 2005. - Vol. 435. - №. 7040. - P. 374-379.
189. Tellinghuisen, T. L. The NS5A protein of hepatitis C virus is a zinc metalloprotein / T. L. Tellinghuisen, J. Marcotrigiano, A. E. Gorbalenya, C. M. Rice // Journal of Biological Chemistry. - 2004. - Vol. 279. - №. 47. - P. 4857648587.
190. Thomas, H. C. Viral hepatitis / Thomas H.C., Lemon S.M., Zuckerman A.J. Viral hepatitis. Third edition. 2005. Wiley-Blackwell. - 896 P. - ISBN-13: 9781405130059
191. Thorpe, L. E. Risk of hepatitis C virus infection among young adult injection drug users who share injection equipment / L. E. Thorpe, L. J. Ouellet, R. Hershow, et al. // American journal of epidemiology. - 2002. - Vol. 155. - №. 7. - P. 645-653.
192. Tomei, L. NS3 is a serine protease required for processing of hepatitis C virus polyprotein / L.Tomei, C. Failla, E. Santolini, et al. // Journal of virology. -1993. - Vol. 67. - №. 7. - P. 4017-4026.
193. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=0504c70a-049d-427b-8755-efea1c3d7830&t= (дата обращения: 01.02.2020)
194. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=3aa6f70c-8db7-4855-9ef3-2d3211d28287&t= (дата обращения: 01.02.2020)
195. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=743791d0-fb5e-4abb-9dd1-99f7cec27feb&t= (дата обращения: 01.02.2020)
196. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=17e9ef63-ea93-4c5a-8cc3-0e83bead0b61&t (дата обращения: 01.02.2020)
197. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=354729ed-4d65-4c32-9af1 -4799a7104d2c&t (дата обращения: 01.02.2020)
198. URL: http: //grl s. ro sminzdrav. ru/Grl s_View_v2. aspx?routingGuid=6c 1d682d-e3be-426a-906d-685921 f037af&t (дата обращения: 01.02.2020)
199. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=a907895c-278f-4851-ba75-e5259ba75359&t (дата обращения: 01.02.2020)
200. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=de 1 dd06c-e526-4e30-b8d8-794c2ade02f9&t (дата обращения: 01.02.2020)
201. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=de1dd06c-e526-4e30-b8d8-794c2ade02f9&t (дата обращения: 01.02.2020)
202. URL: http://grls.rosminzdrav.ru/Grls_View_v2.aspx?routingGuid=f60ec227-9db2-4c73-9b6a-fd1694cf11d6&t (дата обращения: 01.02.2020)
203. URL: http://www.merck.com/product/usa/pi_circulars/z/zepatier/zepatier_pi.pdf (дата обращения: 01.02.2020)
204. van de Vijver, D. A. The calculated genetic barrier for antiretroviral drug resistance substitutions is largely similar for different HIV-1 subtypes / D. A. van de Vijver, A. M. Wensing, G. Angarano, et al. //JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. - 2006. - Vol. 41. - №. 3. - P. 352-360
205. Vassilaki, N. Two alternative translation mechanisms are responsible for the expression of the HCV ARFP/F/core+ 1 coding open reading frame / N. Vassilaki , P. Mavromara // Journal of Biological Chemistry. - 2003. - Vol. 278. - №. 42. -P. 40503-40513.
206. Verdegem, D. Domain 3 of NS5A protein from the hepatitis C virus has intrinsic
a-helical propensity and is a substrate of cyclophilin A / D. Verdegem, A. Badillo, J. M. Wieruszeski, et al. // Journal of Biological Chemistry. - 2011. -Vol. 286. - №. 23. - P. 20441-20454.
207. Vermehren, J. Retreatment of patients who failed DAA-combination therapies: real-world experience from a large hepatitis C resistance database / J. Vermehren, S. Süsser, J. Dietz, et al. // Journal of Hepatology. - 2016. - Vol. 64. - №. 2. - P. S188.
208. Vita, R. The immune epitope database (IEDB) 3.0 / R. Vita, J. A. Overton, J. A. Greenbaum, et al. // Nucleic acids research. - 2015. - Vol. 43. - №. D1. - P. D405-D412.
209. Vita, R. The immune epitope database (IEDB) 3.0 / R. Vita, J. A. Overton, J. A. Greenbaum, et al. // Nucleic acids research. - 2015. - Vol. 43. - №. D1. - P. D405-D412.
210. Waller, H. The use of AlphaLISA technology to detect interaction between hepatitis C virus-encoded NS5A and cyclophilin A / H. Waller, U. Chatterji, P.Gallay, et al. //Journal of virological methods. - 2010. - Vol. 165. - №. 2. - P. 202-210.
211. Wang, C. Hepatitis C virus RNA elimination and development of resistance in replicon cells treated with BMS-790052 / C. Wang, H. Huang, L. Valera, et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2012. - Vol. 56. - №. 3. - P. 13501358.
212. Wang, H. Mutations in immunodominant T cell epitopes derived from the nonstructural 3 protein of hepatitis C virus have the potential for generating escape variants that may have important consequences for T cell recognition / H. Wang, D. D. Eckels // The Journal of Immunology. - 1999. - T. 162. - №. 7. - C. 4177-4183.
213. Welsch, C. Structural and functional comparison of the non-structural protein 4B
in flaviviridae / C. Welsch, M. Albrecht, J. Maydt, et al // Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2007. - Vol. 26. - №. 2. - P. 546-557.
214. Wiessing, L. et al. Hepatitis C virus infection epidemiology among people who inject drugs in Europe: a systematic review of data for scaling up treatment and prevention / L. Wiessing, M. Ferri, B. Grady, et al. // PloS one. - 2014. - Vol. 9. - №. 7. - P. e103345.
215. Wyles, D. L. Resistance to DAAs: When to Look and When It Matters / D. L. Wyles // Current HIV/AIDS Reports. - 2017. - Vol. 14. - №. 6. - P. 229-237.
216. Wyles, D. Long-term persistence of HCV NS5A resistance-associated substitutions after treatment with the HCV NS5A inhibitor, ledipasvir, without sofosbuvir / D. Wyles, A. Mangia, W. Cheng, et al. // Antiviral therapy. - 2018. -Vol. 23. - №. 3. - P. 229-238.
217. Wyles, D. Post-treatment resistance analysis of hepatitis C virus from phase II and III clinical trials of ledipasvir/sofosbuvir / D. Wyles, H. Dvory-Sobol, E. S. Svarovskaia, et al. // Journal of hepatology. - 2017. - Vol. 66. - №. 4. - P. 703710.
218. Yang, F. A major determinant of cyclophilin dependence and cyclosporine susceptibility of hepatitis C virus identified by a genetic approach / F. Yang, J. M. Robotham, H. Grise, et al. // PLoS pathogens. - 2010. - Vol. 6. - №. 9.
219. Zeuzem, S. NS5A resistance-associated substitutions in patients with genotype 1 hepatitis C virus: prevalence and effect on treatment outcome / S. Zeuzem, M. Mizokami, S. Pianko, et al. // Journal of hepatology. - 2017. - Vol. 66. - №. 5. -P. 910-918.
ПРИЛОЖЕНИЯ
Приложение 1 - Варианты фрагментов белка core отечественных изолятов ВГС-1Ь (длиной 17 аа) и их частота встречаемости. А. Последовательности с 70 аа позицией в центре. Б. Последовательности с 91 аа позицией в центре.
А
62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 кол-во %% (n=128)
R Q P I P K V R R P E G R A W A Q 1 0,8%
R Q P I P K D R R P E G R T W A Q 1 0,8%%
R Q P I P K A R R S E G R A W A Q 1 0,8%
R Q P I P K A R R T E G R A W A Q 1 0,8%%
R Q P I P K A R R S E G R T W A Q 1 0,8%%
R Q P I P K A R R T E G R T W A Q 1 0,8%%
R Q P I P K A R R P A G R A W A Q 1 0,8%%
R Q P I P K A R R P E G R A W A H 1 0,8%%
R Q P I P K A R R P E G R S W A Q 5 3,9%%
R Q P I P K A R R P E G R T W A Q 52 40,6%%
R Q P I P K A R R P E G R A W A Q 63 49,2%%
62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 кол-во %% (n=8)
R Q P I P K A R H P E G R S W A Q 1 12,5%%
R Q P I P K A R H P E G R V W A Q 1 12,5%%
R Q P I P K A R H P E G R A W A Q 3 37,5%%
R Q P I P K A R H P E G R T W A Q 3 37,5%%
62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 кол-во %% (n=51)
R Q P I P R A R Q P E G R A W A Q 1 2,0%%
R Q P I P R V R Q P E G R A W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K V R Q S E G R S W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K V R Q R E G R T W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q T E G R A W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q R E G R T W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q P K G R T W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q P E G R N W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q P E G R S W A Q 1 2,0%%
R Q P I P K A R Q P E G R V W A Q 7 13,7%%
R Q P I P K A R Q P E G R T W A Q 8 15,7%%
R Q P I P K A R Q P E G R A W A Q 27 52,9%%
Б
83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 кол-во % (n=35)
W P L Y G N E G L G W A G W F L S 1 2,9%
W P L Y G N E G L G W A G W L L S 34 97,1%%
83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 кол-во % (n=152)
W P L Y A N E G M G W A G W L L S 1 0,7%%
W P L Y D N E G M G W A G W L L S 1 0,7%%
W P L Y G D E G M G W A G W L L S 1 0,7%%
W P L Y G K E G M G W A G W L L S 1 0,7%%
W P L Y G N Q G M G W A R W F M S 1 0,7%%
W P L Y G N E G M G W A R W L L S 1 0,7%%
W P L Y G N E G M G W A G W F L S 1 0,7%%
W P L Y G N E G M G W A G W L L S 1 0,7%%
W P L Y G N E G M G W A G G L L S 1 0,7%%
W P L Y G N E G M G W A G W L L S 143 94,1%%
Розовым цветом выделены мутантные аа, зеленым аа дикого типа в 70 или 91 аа позиции core ВГС-lb. Желтым цветом выделены полиморфизмы в остальных аа позициях исследуемого фрагмента. Голубым цветом обозначены показатели частоты встречаемости аа последовательностей с наибольшей распространенностью, которые далее использовались для анализа in silico.
Приложение 2 встречаемости.
- Варианты фрагментов белка core отечественных изолятов ВГС-lb (длиной 39 аа) и их частота А. Последовательности с 70 аа позицией в центре. Б. Последовательности с 91 аа позицией в центре.
А
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 кол-во %(n=8)
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R H P E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 12,5%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R H P E G R V W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 12,5%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R H P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 3 37,5%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R H P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 3 37,5%
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 кол-во % (n=47)
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R N W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S R P R G R R Q P I P K A R Q P E G R V W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P R A R Q P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q R E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K V R Q R E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q T E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P K G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R A W A Q P G Y P W P L Y A N E 1 2,1%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R V W A Q P G Y P W P L Y G N E 6 12,8%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 8 17,0%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R Q P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 24 51,1%
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 кол-во % (n=107)
E T S E R S Q P R G W R Q P I P K A R R P E V R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K S S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S V R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K V R R P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K D R R P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R T E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R T E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R S E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P A G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R S W A H P G Y P W P L Y G N E 1 0,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G D E 1 0,9%
K A S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 2 1,9%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E 3 2,8%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E 41 38,3%
K T S E R S Q P R G R R Q P I P K A R R P E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E 50 46,7%
Б
72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 кол-во % (n=130)
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S S G P T 1 0,8%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P N W G P T 1 0,8%
E G R N W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 1 0,8%
E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P N W G P N 1 0,8%
E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S G G P T 1 0,8%
E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P S W G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P S W G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P N W G P N 1 0,8%
A G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P S W G P T 1 0,8%
K G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 1 0,8%
E V R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P N 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G D E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y A N E G M G W A G W L L S P R G S R P N W G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A R W L L S P R G S R P S S G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W F L S P R G S R P S W G P N 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S S G P T 1 0,8%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P N W G P T 2 1,5%
E G R S W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 2 1,5%
E G R V W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P S 3 2,3%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P H G S R P S W G P T 3 2,3%
E G R V W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 5 3,8%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P N 7 5,4%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P N 22 16,9%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 34 26,2%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G M G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 36 27,7%
72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 кол-во % (n=32)
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P N 1 3,1%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P N 1 3,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P S 1 3,1%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P S 1 3,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P H G S R P N W G P T 1 3,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W F L S P R G S R P S W G P T 1 3,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P T W G P T 1 3,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P N W G P T 2 6,3%
E G R T W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 9 28,1%
E G R A W A Q P G Y P W P L Y G N E G L G W A G W L L S P R G S R P S W G P T 14 43,8%
Розовым цветом выделены мутантные аа, зеленым аа дикого типа в 70 или 91 аа позиции core ВГС-lb. Желтым цветом выделены полиморфизмы в остальных аа позициях исследуемого фрагмента. Голубым цветом обозначены показатели частоты встречаемости аа последовательностей с наибольшей распространенностью, которые далее использовались для анализа in silico.
Приложение 3 - Филогенетическое дерево последовательностей core ВГС. Красным цветом выделены ветви с достоверностью >90%. Розовым цветом выделены последовательности, полученные от группы потребителей инъекционных наркотиков (ПИН, на дереве обозначены как IDUs), зеленым цветом выделены последовательности, полученные от лиц без инъекционной наркомании в эпиданамнезе (обозначены как Non-IDUs на дереве). Цифрами указаны фрагменты дерева, представленные далее в увеличенном масштабе.
й» ■ 2
144
Приложение 4 - Варианты фрагментов белка core отечественных изолятов ВГС-1Ь с 70 аа позицией в центре (длиной 9 аа) анализируемые с помощью программного обеспечения EPISPOT(http://bio.med.ucm.es/episopt.html).
Потенциальный эпитоп %[п=139| Потенциальный 3ПИ"СП Предсказанный "ип HLAI способный распознаватьзпитоп
62 63 si ББ 66 67 63 69 70 71 7 г 73 7Д 75 76 77 73
без мутации
R О. р 1 Р К А R R RQPIPKARR QPIPKARRP A3101 BS705
а р 1 Р К А Р R Р
р 1 Р К А Р R Р Е 62,9 PIPKARRPE IPKARRPEG PKARRPEGR 62706
1 Р к А R R Р Е G
Р к А R R Р Е С R
к А R R Р Е С R S 2,6 KARRPEGR5 ARRPEGRSW RRPEGRSWA RPEGRSWAQ В1513 В27Э2 В2706Б3909 ВБ701 RZ70G
А Р Р R R Р Р Е Е С G R R S S W W А
R Р Е G R S W А Q
к А R R Р Е G R т 27,5 KARRPEGRT ARRPEGRTW В1513 В1516 В2702 B3J09 В5701 В570!
А R R Р Е G R т W
R R Р Е G R т W А RRPEGRTWA RPEGRTWAQ В270Б В2706 В0702 В0В01
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.