Молекулярный механизм антимикробного действия микроцина С тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Казаков, Теймур Спартакович

• Казаков, Теймур Спартакович
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Казаков, Теймур Спартакович

Список сокращений.

Введение.

Аминоацил тРНК синтетазы.

Альбомицин.

Агроцин 84.

Микроцин В17.

Микроцин С.

Микроцин J25.

Пептидазы.Е. coli.

Аминопептидаза А.

Аминопептидаза В.

Аминопептидаза N.

Метиониновая аминопептидаза.

Олигопептидаза А.

Дипептидаза D.

Пептидаза Т.

Материалы и методы.

Бактериальные штаммы.

Питательные среды.

Отбор бактериальных колоний и их проверка на устойчивость к антибиотикам.

Электрофорез в агарозном геле.

Процессинг микроцина С.

Метод ПЦР.

Извлечение фрагментов ДНК из агарозы.

Биоинформатический анализ белков.

Очистка микроцина С.

Получение S30.

Получение S-100.

Выделение плазмид.

Очистка ДНК от белковых примесей.

Транскрипция in vitro.

Трансформация клеток E.coli.

Переосаждение ДНК.

Реакция аминоацилирования.

ТХУ осаждение белков.

Синтез люциферазы in vitro.

Результаты и обсуждение.

Процессинг микроцина С делает его активным in vitro.

Внутриклеточная мишень процессированного МсС.

Процессированный микроцин подавляет первую стадию реакции аминоацилирования.

Устойчивость клеток к МсС повышается при суперпродукции Asp-RS.

Структура процессированного МсС.

Процессированный МсС подавляет работу эукариотической тРНК синтетазы.

Связывание процессированного МсС и мишени очень прочно.

Процессинг микроцина С в цитоплазме клетки-мишени.

Любая из аминопептидаз А, В или N способна процессировать МсС.

Клетки, лишённые пептидаз, производят деформилированный микроцин.

Стадия деформилирования занимает половину времени процессинга интактного микроцина.

Формильная группа МсС требуется для эффективного транспорта внутрь клеткимишени.

Структурно-функциональный анализ микроцина С.

Изменение аминокислотного состава лидерного пептида может привести к изменению активности МсС.

Выводы.

Публикации автора по теме диссертации.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Казаков, Теймур Спартакович

выводы

1. Механизм действия микроцина С соответствует модели «троянского коня» — антибиотик активно поглощается клеткой-мишенью, после чего претерпевает процессинг, осуществляемый ферментами клетки, в результате которого приобретает свойства ингибитора.

2. Внутриклеточной мишенью микроцина С является аспартил-тРНК-синтетаза, причём антибиотик способен in vitro подавлять как прокариотический, так и эукариотический фермент. Активная часть микроцина представляет собой нерасщепляемый аналог природного субстрата реакции аминоацилирования, аминоациладенилата.

3. Связывание активной части микроцина (процессированного МсС) с внутриклеточной мишенью, по-видимому, необратимо.

4. Пептидная часть зрелого антибиотика играет роль сигнальной последовательности для транспорта микроцина внутрь клетки. N-концевые и С-концевые аминокислотные остатки пептидной части МсС наиболее важны как для созревания антибиотика в клетке-продуценте, так и для транспорта микроцина в клетку-мишень.

5. Процессинг интактного микроцина осуществляет любая из аминопептидаз А, В, N и клеточная деформилаза. Процессинг идёт от N-конца к С-концу. Ключевой фермент деградации белков, MAP, не принимает участия в этом процессе, вместо него первый метионин отщепляет любая из аминопептидаз: А, В или N. Наличие тяжело отщепляемого аминокислотного остатка в пептидной части может значительно замедлить скорость процессинга.

Публикации автора по теме диссертации

Metlitskaya*, A., Kazakov*, Т., Кошшег, A., Pavlova, О., Praetorius-Ibba, М., Ibba, М., Krashenninikov, I., Kolb, V., Khmel', I., and Severinov, K. (2006) Aspartyl-tRNA synthetase is the target of peptidenucleotide antibiotic Microcin C. J. Biol. Chem., 281,18033-18042. - авторы внесли одинаковый вклад в работу)

Kazakov, Т., Metlitskaya, A., and Severinov, К. (2007) Structure-activity analysis of translation inhibitor microcin C. J. Bacteriol., 189,2114-2118.

Severinov, K., Semenova, E., Kazakov, A., Kazakov, Т., and Gelfand, M. S. (2007) The post-translationally modified microcins. Mol. Microbiol., 65, 1380-1394.

Kazakov, Т., Vondenhoff, G.H., Datsenko, K.A., Novikova, M., Metlytskaya, A., Wanner, B.L., Severinov, K. (2008) E. coli Peptidases A, B, or N Can Process Translation Inhibitor Microcin C. Bacteriol., 190, 2607-2610.

Представление результатов работы на конференциях

Molecular Genetics of Bacteria & Phages August 7-12, 2007

University of Wisconsin-Madison, WI, USA

Poster presentation,"Molecular Mechanism of Action of Microcin С5Г' (Authors: T.S. Kazakov, A.Z. Metlitskaya, K. Severinov)

NIAID Region II Center of Biodefense and Emerging Infectious Disease Research October 7-9,2007

Northeast Biodefense Center, NY, USA

Poster presentation, "Molecular Mechanism of Action of Microcin C51" (Authors: T.S. Kazakov, A.Z. Metlitskaya, M. Novikova, K. Datsenko, K. Severinov)

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Казаков, Теймур Спартакович, 2008 год

1. Schimmel, Р. (1987) Aminoacyl-tRNA synthetases: general scheme of structure-function relationships in the polypeptides and recognition of transfer RNAs. Annu. Rev. Biochem. 56, 125-158

2. Lapointe, J., and Giege, R. (1991) Transfer RNAs and aminoacyl-tRNA synthetases. Translation in Enkaryotes (Trachsel, H., ed) pp. 35-69, CRC Press Inc., Boca Raton, Florida

3. Schulman, L. H. (1991) Recognition oftRNAs by aminoacyl-tRNA synthetasesJVog. Nueleic Acid Res. Mol. Biol. 41,23-87

4. Schimmel, P., and Soil, D. (1979) Aminoacyl-tRNA Synthetases: general features and recognition of transfer RNAs. Annu. Rev. Biochem. 48, 601-648

5. Hountondji, C., Dessen, P., and Blanquet, S. (1986) Sequence similarities among the family of aminoacyl-tRNA synthetases. Biochimie 68,1071-1078

6. Mirande, M.' (1991) Aminoacyl-tRNA synthetase family from prokaryotes and eukaryotes: structural domains and their implications. Prog. Nucleic Acid Ret. Mol. Biol 40, 95-142

7. Martinis, S. A., Plateau, P., Cavarelli, J., and Florentz, G. (1999) Aminoacyl-tRNA synthetases: A family of expanding functions, EMBOJ. 18,4591-4596:

8. Ibba, M., and Soil, D. (2000) Aminoacyl-tRNA synthesis, Annu. Rev. Biochem. 69, 617-650.

9. Francklyn, C., Perona, J. J., Puetz, J., and Hou, Y. M. (2002) Aminoacyl-tRNA synthetases: versatile players in the changing theater of translation, RNA 8, 1363-1372'.

10. Arnez, J. G., and Moras, D. (1997) Structural and functional considerations of the aminoacylation reaction, Trends Biochem. Sci. 22, 211-216.

11. Kern, D., and Lapointe, J. (1980) The catalytic mechanism of glutamyl-tRNA synthetase of Escherichia coli. Evidence for a two-step aminoacylation pathway, and study of the reactivity of the intermediate complex. Eur. j Biochem. 106, 137-150

12. Dibbelt, L., Pachmann, U., and Zachau, H. G. (1980) Serine activation is the rate-limiting step of tRNASer aminoacylation by yeast seryl tRNA synthetase, Nucleic Acids Res. 8, 40214039.

13. Dibbelt, L., and Zachau, H. G. (1981) On the rate-limiting step of yeast tRNAPhe aminoacylation, FEBS Lett. 129, 173-176.

14. Eldred, E. W., and Schimmel, P. R. (1972) Investigation of the transfer of amino acid from a transfer ribonucleic acid synthetaseaminoacyl adenylate complex to transfer ribonucleic acid, Biochemistry 11, 17-23.

15. Killmann, II., Braun, M., Herrmann, G., and'Braun, V. (2001) FhuA Barrel-Cork Hybrids Are Active Transporters and Receptors. J. Bacteriol. 183: 3476-3487.

16. System of Streptococcus ¡pneumoniae R.6. J. Bacteriol; 188:,3878-3886:23; Ellis, JI G. & Murphy, P. J. (1981) Mol. Gem Genet. 181; 36-43;24; Gelvin; S: B. (2000) Ann. Rev. Plant Physiol; Plant Mol. Biol; 51, 223-256.

17. Hayman, G. T. & Farrand, S. K. (1988) J. Bacteriol; 170,1759-1767.

18. Kim, H; & Farrand, S. K. (1997) J. Bacteriol. 179, 7559-7572.27. von Bodman, S. B:, Hayman; G.T. & Farrand; S; K. (1992) i>roc. Natl: Acad; Sei. USA 89, 643-647.28: P. J. Murphy, M/ E. Tate, fi¿. Kérr, Eur. J: Biochem: 115, 539 (1981).

19. Ellis; J. G., Kerr, A., Van Montagu, Mi &• Schell; R(^979)Pf^siol; PlantPatholiï5,3n319.30: Slota; J: E. & Farrand; S: K.,(1982) Plasmid>&-, 175-186;

20. Reader, J.S., Ordoukhanian, P.T., Kim, J.-G., de Cre'cy-Lagard, V., Ingyu Hwang, I.H., Farrand, S., Schimmel, P. (2005) Major Biocontrol of Plant tumors Targets tRNA Synthetase. Science 309:1533.

21. Bäquero F., Bouanchaud D:, Martinez-Perez M.C., Fernandez C.(1978) Microcin plasmids: a group of extrachromosomal elements coding for- low-molecular-weight antibiotics in Escherichia coli // J. Bacteriol. V. 135. P. 342-347.

22. Davagnino J., Herrero M., Furlong D., Moreno F., Kolter R. (1986) The DNA replication inhibitor microcin B17 is a forty-three-amino-acid protein containing sixty percent glycine // Proteins. V. 1. P. 230-238.

23. Connell N., Han Z., Moreno F., Kolter R. (1987) An E. coli promoter induced by the cessation of growth// Mol. Microbiol. V. l.P. 195-201.

24. Genilloud O., Moreno F., Kolter R. (1989) DNA sequence, products, and transcriptional pattern of the genes involved in production of the DNA replication inhibitor microcin B17. J. Bacteriol. V. 171. P. 1126-1135.

25. Yorgey P., Davagnino J., Kolter R. (1993) The maturation pathway of microcin B17, a peptide inhibitor of DNA gyrase. Mol. Microbiol. V. 9. P." 897-905.

26. Yorgey P., Lee J., Kordel J., Vivas E., Warner P., Jebaratnam D., Kolter R. (1994) Posttranslational modifications in microcin B17 define an additional class of DNA gyrase inhibitor. Proc. Natl. Acad. Sei. U S A. V. 91. P. 4519-4523.

27. Kelleher N.L., Hendrickson C.L., Walsh C.T. (1999) Posttranslational heterocyclization ofcysteine and serine residues in the antibiotic Microcin B17: distributivity and directionality.

28. Biochemistry. V. 38. P. 15623-15630.

29. Gilson L., Mahanty H»K., Kolter R. (1990) Genetic analysis of an MDR-like export system: the secretion of colicin V. EMBO. J. V. 9. P. 3875-3884.

30. Garrido M.C., Herrero M., Kolter R., Moreno F. (1988) The export of the DNA replication inhibitor Microcin B17 provides immunity for the host cell // EMBO. J. V. 7. P. 1853-1862.

31. Madison L.L., Vivas E.I., Li Y.M., Walsh C.T., Kolter R. (1997) The leader peptide is essential for the post-translational modification of the DNA-gyrase inhibitor microcin B17. Mol. Microbiol. V. 23. P. 161-168.

32. Breil B.T., Ludden P.W., Triplett E.W. (1993) DNA sequence and mutational analysis of genes involved in the production and resistance of the antibiotic peptide trifolitoxin // J. Bacteriol. V. 175. P. 3693-3702.

33. Liu J. (1994) Microcin B17: posttranslational» modifications and their biological implications. Proc. Natl. Acad. Sei. USA. V. 91. P. 4618-4620.

34. Lavina M., Pugsley A.P., Moreno F. (1986) Identification, mapping, cloning and characterization of a gene (sbmA) required for microcin B17 action on Escherichia coli Kl 2 // J. Gen. Microbiol. V. 132. P. 1685-1693.

35. Khmel' I.A. (1999) Microcins—peptide antibiotics of enterobacteria: genetic control of the synthesis, structure, and mechanism of action // Genetika. V. 35. P. 5-16.

36. Pierrat O.A., and Maxwell A. (2003) The action of the bacterial toxin microcin B17. Insight into the cleavage-religation reaction of DNA gyrase II J. Biol. Chem. V. 278. P. 35016-35023.

37. Pierrat O.A., Maxwell A. (2005) Evidence for the role of DNA strand'passage in the mechanism of action of microcin B17 on DNA gyrase // Biochemistry. V. 44. P. 4204-4215.

38. Vizan J.L., Hernandez-Chico C., del C., I, Moreno F. (1991) The peptide antibiotic microcin B17 induces double-strand cleavage of DNA mediated by E. coli DNA gyrase // EMBO. J. V. 10. P. 467-476.

39. KimiO.K., Ohemeng K., Barrett J.F. (2001) Advances in DNA gyrase inhibitors II Expert. Opin. Investig. Drugs. V. 10. P. 199-212.

40. Metlitskaya, A.Z., Katrukha, G.S., Shashkov, A.S., Zaitsev, D.A., Egorov, Ts.A., and Khmel, I.A. (1995) Structure of microcin C51, a new antibiotic with a broad spectrum of activity. FEBSLett. 357:235-8.

41. Kurepina, N.E., Basyuk, E.I., Metlitskaya, A.Z., Zaitsev, D.A., Khmel, I.A. (1993) Cloning and mapping of the genetic determinants for microcin C51 production and immunity. Mol. Gen. Genet. 241:700-6.

42. Khmel1 I.A., Bondarenko V.M., Manokhina I.M., Basyuk E.L, Metlitskaya A.Z., Lipasova V.A., Romanova Y.M. (1993) Isolation and characterization of Escherichia coli strains producing microcins of B and C types // FEMS. Microbiol. Lett. Ill :269-274.

43. Fomenko, D.E., Metlitskaya, A.Z., Peduzzi, J., Goulard, C., Katrukha, G.S., Gening, L.V., Rebuffat, S., Khmel, I.A. (2003) Microcin C51 plasmid genes: possible source of horizontal gene transfer. Antimicrob. Agents Chemother. 47:2868-74.

44. Novikova, M., A. Metlitskaya, A., K. Datsenko, T. Kazakov, A. Kazakov, B. Wanner, and K. Severinov. (2007) The E. coli Yej ABC transporter is required for the uptake of translation inhibitor microcin C. J. Bacteriol. 189:8361-8365.

45. Guijarro J.T., Gonzalez-PastorJ.E., Baleux F., San Millan J.L., Castilla M.A., Rico M. et al. (1995) Chemical structure and-translation inhibition-studies of the antibiotic microcin,C7 // J. Biol. Chem. V. 270. P. 23520-23532.

46. Blond A., Peduzzi J., Goulard C., Chiuchiolo M.J., Barthelemy M., Prigent Y. et al. (1999) The cyclic structure of microcin J25, a 21-residue peptide antibiotic from Escherichia coli // Eur. J. Biochemi V. 259. P.1747-755.

47. Salomon R.A., Farias R.N. (1992) Microcin 25, a novel antimicrobial peptide produced by Escherichia coli II J. Bacteriol V. 174. P. 7428-7435.

48. Wilson K.A., Kalkum M., Ottesen J., Yuzenkova J., Chait B.T., Landick R. et al. (2003) Structure of microcin J25, a peptide inhibitor of bacterial RNA polymerase, is a lassoed tail // J. Am. Chem. Soc. V. 125. P: 12475-12483.

49. Rosengren K.J., Clark R.J., Daly N.L., Goransson U., Jones A., Craik D.J. (2003) Microcin J25 has a threaded sidechain-to-backbone ring structure and not a head-to-tail cyclized backbone II J. Am. Chem. Soc. V. 125. P. 12464-12474.

50. Bayro M.J., Mukhopadhyay J., Swapna G.V., Huang J.Y., Ma L.C., Sineva E. et al. (2003) Structure of antibacterial peptide microcin-J25: a 21-residue lariat protoknot // J. Am. Chem. Soc. V. 125. P. 12382-12383.

51. Rosengren K.J., Blond A., Afonso C., Tabet J.C., Rebuffat S., Craik D.J. (2004) Structure of thermolysin cleaved microcin J25: extreme stability of a two-chain antimicrobial peptide devoid of covalent1 links II Biochemistry. V. 43. P. 4696-4702.

52. Solbiati J.O., Ciaccio M., Farias R.N., Salomon R.A. (1996) Genetic analysis of plasmid determinants for microcin J25 production and immunity // J. BacterioI. V. 178. P. 3661-3663.

53. Solbiati J.O., Ciaccio M., Farias R.N., Gonzalez-Pastor J.E., Moreno F., and.Salomon R.A. (1999) Sequence analysis of the four plasmid^ genes required to produce the circular peptide antibiotic microcin J25 II J. Bacteriol. V. 181. P. 2659-2662.

54. Delgado M.A., Vincent P.A., Farias R.N., Salomon R.A. (2005) Yojl of Escherichia coli functions as a microcin J25 efflux pump // J. Bacteriol. V. 187. P. 3465-3470.

55. Salomon R.A., Farias R.N. (1993) The FhuA protein is involved in microcin 25 uptake // J. Bacteriol. V. 175. P. 7741-7742.

56. Braun V., Patzer S.I., Hantke K. (2002) Ton-dependent colicins and microcins: modular design and evolution // Biochimie. V. 84. P. 365-380.

57. Darst S.A. (2004) New inhibitors targeting bacterial RNA polymerase // Trends. Biochem. Sei. V. 29. P. 159-160.

58. Mukhopadhyay J., Sineva E., Knight J., Levy R; M., Ebright R: H. (2004) Antibacterial peptide microcin J25 inhibits transcription by binding within and obstructing the RNA polymerase secondary channel // Mol. Cell V. 14. P. 739-751.

59. Adelman K., Yuzenkova J., La Porta A., Zenkin N., Lee J., Lis J. T., Borukhov S., Wang M. D., Severinov K. (2004) Molecular mechanism of transcription inhibition by peptide antibiotic Microcin J25 //. Mol Cell V. 16. P. 753-762.

60. Vincent P.A., Bellomio A., de Arcuri B.F., Farias R.N., Morero R.D. (2005) MccJ25 C-terminal is involved in RNA-polymerase inhibition but not in respiration inhibition-// Biochem. Biophys. Res. Commun. V. 331. P. 549-551.

61. Rintoul M.R., de Arcuri B.F., Salomon R.A., Farias R.N., Morero R.D. (2001) The antibacterial action of microcin J25: evidence for disruption of cytoplasmic membrane energization in Salmonella newport // FEMS. Microbiol. Lett. V. 204. P. 265-270.

62. Chandu D., Kumar A., and Nandi D. (2003) PepN, the Major Suc-LLVY-AMC-hydrolyzing Enzyme in Escherichia coli, Displays Functional Similarity with Downstream Processing Enzymes in Archaea and Eukarya. J. Biol. Chem. 278: 5548-5556.

63. Gonzales T.&Robert-Baudouy J. (1996) Bacterial aminopeptidases: Properties and functions. FEMS Microbiology Reviews 18: 319-344.

64. Miller C.G., Strauch K.L., Kukral A.M., Miller J.L., Wingfield P.T., Mazzei G.J., Werfen R.C., Graber P., and Mowa N.R. (1987) N-terminal methionine-specific peptidase in Salmonella typhimurium. PNAS 84: 2718-2722.

65. Sträter N., Sherratt DJ., and Colloms S.D. (1999) X-ray structure of aminopeptidase A from Escherichia coli and a model for the nucleoprotein complex in Xer site-specific recombination. EMBOJ. 18:4513-4522.

66. Barrett A.J., Rawlings N.D., and.Woessner J.F. (1998) Handbook of proteolytic enzymes. Academic Press, San Diego, Calif.

67. Vogt V.M. (1970) Purification and properties of an aminopeptidase from Escherichia coli. J.Biol.Chem. 245: 4760-4769.

68. Mathew Z., Knox T.M., and Miller C.G. (2000) Salmonella enterica serovar typhimurium peptidase B is a leucyl aminopeptidase with specificity for acidic amino acids. J. Bacterioh 182: 3383-3393.

69. Suzuki H., Kamatani S., and Kumagai H. (2001) Purification^ and Characterization of aminopeptidase B from Escherichia coli K-12. Biosci. Biotechnol. Biochem. 65: 1549-1558.

70. Addlagatta A., Gay L., and Matthews B.W. (2006) Structure of aminopeptidase N from' Escherichia coli suggests a compartmentalized, gated active site. PNAS 103: 13339-13344.

71. Chandu D. & Nandi D. (2003) PepN is the major aminopeptidase in Escherichia coli: insights on substrate spl,149: 3437-3447.

72. Kumar A. & Nandi D. (2007) Characterization and role of peptidase N from Salmonella enterica serovar typhimurium. Biochemical and Biophysical Research Communications 353: 706-712.

73. Gharbi S., Belaich A., Murgier M., and Lazdunski A. (1985) Multiple Controls Exerted on In Vivo Expression of the pepN in Escherichia coli: Studies with'pepN-lacZ Operon and Protein Fusion Strains. J.Bacteriol. 163: 1191-1195.

74. Lowther W.T., Orville A.M., Madden D.T., Lim S., Rich D.H., and Matthews B.W. (1999) Escherichia coli Methionine Aminopeptidases: Implications of Crystallographic Analyses of the

75. Native, Mutant, and Inhibited Enzymes for the Mechanism of Catalysis. Biochemistry 38: 76787688

76. Ye Q.-Z., Xie S.-X., Ma Z.-Q., Huang M., and Hanzlik R.P. (2006) Structural basis of catalysis by monometalated methionine aminopeptidase. PNAS103: 9470-9475.

77. Solbiati J., Chapman-Smith A., Miller J:L., Miller C.G., and Cronan J.E. (1999) Processing of the N Termini of Nascent Poly peptide Chains Requires Deformilation Prior to Methionine Removal. Communication. J. Mol. Biol. 290: 607-614.f

78. Frottin F., Martinez A., Peynot P., Mitra S., Holz R.C., Giglione C., and Meinnel T. (2006) The Proteomics ofN-terminal Methionine Cleavage. Mol. CellProteomics 5:2336-49.

79. Chang S.-Y.P., McGary E.C., and Chang S. (1989) Methionine Aminopeptidase Gene of Escherichia coli Is Essential for Cell Growth. J.Bacteriol. 171: 4071-4072.

80. Conlin C.A.&Miller C.G. (2000) opdA, a Salmonella enterica Serovar Typhimurium Gene Encoding a Protease, Is Part of an Operon Regulated by Heat Shock. J.Bacteriol. 182: 518-521.

81. Schroeder U., Henrich., Fink J., and R.Plapp. (1994) Peptidase D of Escherichia coli K-12 a metallopeptidase of low substrate specificity. FEMS Microbiol. Lett. 123: 153-160.1

82. Kirsh M., Dembinski D.R., Hartman P.E., and Miller C.G. (1978) Salmonella typhimurium' Peptidase Active on Carnosine. J.Bacteriol. 134: 361-374.

83. Hakansson K.& Miller C.G. (2002) Structure of peptidase T from Salmonella typhimurium. Eur.J. Biochem. 269:443-450.

84. Strauch K.L.&Miller C.G. (1983) Isolation and'Characterization Salmonella typhimurium • Mutants Lacking a Tripeptidase (Peptidase T). J.Bacteriol. 154: 763-771.

85. Strauch K.L., Carter T.H., and Miller C.G. (1983) Overproduction of Salmonella typhimurium Peptidase T. J.Bacteriol. 156: 743-751.

86. Strauch K.L., Lenk J.B., Gamble B.L., and Miller C.G. (1985) Oxygen Regulation in Salmonella typhimurium. J.Bacteriol. 161: 673-680.

87. Lombardo > M.-J., Lee A.A., Knox T.M., and Miller C.G. (1997) Regulation of the Salmonella typhimurium pepT gene by cyclic AMP receptor protein (CRP) and FNR acting at a hybrid CRP-FNR site. J. Bacteriol. 179: 1909-1917.