Молекулярные механизмы регуляции соматического гипермутирования иммуноглобулиновых генов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Благодатский, Артем Сергеевич

• Благодатский, Артем Сергеевич
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Благодатский, Артем Сергеевич

Введение

Обзор литературы

Часть 1. Молекулярные механизмы соматического гипермутирования

Часть 2. Линия куриных В-лимфоцитов БТ40 как модель для изучения соматического гипермутирования

Экспериментальная часть

Обоснование работы и поставленные задачи

Материалы и методы

Результаты и их обсуждение

Выводы

Список публикаций

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярные механизмы регуляции соматического гипермутирования иммуноглобулиновых генов»

Уникальность регуляторной функции определённых элементов генома может отражаться в уникальности Фурье-спектров соответствующих нуклеотидных последовательностей. Ранее было показано, что периодичность в распределении нуклеотидов сама по себе, вне зависимости от конкретной последовательности нуклеотидов, может быть связана с функционированием регуляторых областей генома, так как именно периодичность в распределении нуклеотидов - важнейшая основа для формирования потенциала, определяющего взаимодействие ДНК-белок в различных областях генома. В работе Кравацкой и др., (2002 г.) показано, что на основе сходства Фурье-спектров различных негомологичных участков генома можно выявить несколько областей с аналогичной функцией, а именно областей, вовлеченных при определенных условиях в процесс инициации репликации.В число наиболее сложных и интересных процессов, связвнных с перестраиванием генома, входят изменения, которые претерпевают в ходе индивидуального развития организма гены, кодирующие иммуноглобулины. Генерация разноообразия иммуноглобулиновых генов была одной из фундаментальных проблем как иммунологии, так и молекулярной генетики на протяжении последних нескольких десятилетий. За эти десятилетия часть процессов, уникальных для генов антител, была детально изучена, так, У(0).Г-рекомбинация, при помощи которой создаётся первичный репертуар иммуноглобулинов, является одним из хрестоматийных примеров в области молекулярной генетики. Однако, ряд явлений, связанных с более тонкой «настройкой» работы генов, отвечающих за иммунитет, остаётся загадкой и в нынешнее время. К таким процессам относятся, помимо прочих, генная конверсия и соматическое гипермутирование иммуноглобулиновых генов. Соматическое гипермутирование является, по сути, уникальным явлением, воспроизводящим в ускоренном темпе процесс эволюции и направленного отбора для популяции В-лимфоцитов отдельно взятого организма. Исследование соматического гипермутирования помимо расширения области знаний о генетике иммуноглобулинов, поможет применить механизмы используемой организмами позвоночных «молекулярной эволюции» в области биотехнологии - получение белков с улучшенными свойствами при помощи соматического гипермутирования возможно уже сегодня (Arakawa et al, 2008). Однако, гипермутирование является потенциально опасным для организма процессом нарушение его специфичности к иммуноглобулиновым генам может приводить к канцерогенезу - что делает исследование упомянутой специфичности вопросом, важным также и для медицины.Начало XXI века было ознаменовано открытием дезаминазы AID - фермента, контролирующего целый ряд специфических изменений генов антител. Это открытие послужило мощным толчком, вызвавшим новую волну интереса к исследованиям в данной области.Настоящая диссертационная работа посвящена изучению механизмов, обеспечивающих специфичность соматического гипермутирования к генам иммуноглобулинов на уровне цис-действующих ДНК-элементов.Обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Благодатский, Артем Сергеевич

Выводы

1. Проведен анализ периодических характеристик распределения нуклеотидов в локусе лёгкой цепи иммуноглобулинов курицы методом Фурье-спектроскопии. Показано сложное строение локуса, выявлены как участки с явным регулярным строением, так и участки со скрытыми периодичностями.

2. Показана уникальность Фурье-спектров локуса легкой цепи иммуноглобулинов курицы и его фрагментов

3. Показано, что отсутствие гипермутирования на хромосоме 15 курицы вне локуса легкой цепи иммуноглобулинов определяется отсутствием на хромосоме иных областей со сходной периодичностью

4. Создана репортерная конструкция GFP2 на основе зелёного флуоресцентного белка, позволяющая количественно оценивать интенсивность соматического гипермутирования на модели линии куриных В-лимфоцитов DT40.

5. С использованием конструкции GFP2 охарактеризован элемент DIVAC, необходимый для соматического гипермутирования в локусе лёгкой цепи иммуноглобулинов курицы.

6. Оценены расстояния, на которых элемент DIVAC способен активировать гипермутирование. Сделан вывод о постепенном ослабевании действия элемента DIVAC с увеличением расстояния.

7. Проведён делеционный анализ элемента DIVAC, позволивший охарактеризовать вклад различных участков элемента в активирование соматического гипермутирования.

8. Методом внедрения элемента DIVAC в неиммуноглобулиновые локусы доказано, что данный элемент является не только необходимым, но и достаточным для активирования соматического гипермутирования в любом геномном локусе курицы.

Публикации в рецензируемых журналах по теме работы:

Blagodatski A, Batrak V, SchmidI S, Schoetz U, Caldwell RB, et al. 2009 A cft-Acting Diversification Activator Both Necessary and Sufficient for AID-Mediated Hypermutation. PLoS Genet 5(1): el000332. doi: 10.1371/journal.pgen. 1000332

Caldwell RB, Kierzek AM, Arakawa H, Bezzubov Y, Zaim J, Fiedler P, Kutter S, Blagodatski A, Kostovska D, Koter M, Plachy J, Carninci P, Hayashizaki Y, Buerstedde JM. Full-length cDNAs from chicken bursal lymphocytes to facilitate gene function analysis Genome Biol. 2005;6(1):R6. Epub 2004 Dec 23.

Г.И. Кравацкая, Ю.В. Кравацкий, A.C. Благодатский, В.Г. Туманян, Н.Г. Есипова ПЕРИОДИЧНОСТИ В ОРГАНИЗАЦИИ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ЛОКУСА ЛЕГКОЙ ЦЕПИ ИММУНОГЛОБУЛИНОВ (j(iMus gullus БИОФИЗИКА, 2009, том 54, вып. 4, с. 6-1

Тезисы конференций, на которых была апробирована работа:

Jean-Marie Buerstedde, Artem Blagodatskiy, Vera Batrak, et al., 2007. Cis-acting sequences limit hypermutation to the immunoglobulin loci. 2nd International Gene Center /SFB 646 Symposium, October 12/13th, Munich.

Ulrike Schotz, Sabine Schmidl, Artem Blagodatskiy, Vera Batrak Randy Caldwell, Hiroshi Arakawa and JeanMarie Buerstedde. 2007. The Role of Transcription Factors and Cis-acting Regulatory Elements for Immunoglobulin Repertoire Development. 5 В Cell Forum,Bad Bevensen, Germany, April 30 - May 2,

2007, Abstracts, p 46.

Hiroshi Arakawa, Artem Blagodatski, Vera Batrak, et al, 2008. A c/'s-Acting Diversification Activator Both Necessary and Sufficient for AID-Mediated Hypermutation.6Ul В Cell Forum, Eibsee-Hotel, Grainau, Germany, April 10-12, Abstracts, p 32

Благодарности

Автор выражает глубокую благодарность своему научному руководителю Владимиру Гайевичу Туманяну, а также Наталье Георгиевне Есиповой за чуткое руководство, заботу и готовность прийти на помощь в любой момент, и Галине Кравацкой за неоценимую помощь в выполнении биоинформатической части работы.

Автор также глубоко признателен коллегам из Института Молекулярной Радиобиологии (центр им. Гельмгольца, Мюнхен: Вере Батрак за огромный вклад в экспериментальную часть работы, Хироси Аракаве (Hiroshi Arakawa) и Рандольфу Калдуэллу (Randolph Caldwell) за методическую помощь в освоении методов работы с культурой DT40 и Жану-Мари Бурштедде (Jean-Marie Buerstedde) за неоценимый вклад в разработку экспериментов по идентификации элемента DIVAC.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Благодатский, Артем Сергеевич, 2009 год

1. Arakawa, Н. and J.M. Buerstedde, Immunoglobulin gene conversion: insights from bursal В cells and the DT40 cell line. Dev Dyn, 2004. 229(3): p. 458-64.

2. Arakawa, H., et al., Immunoglobulin gene hyperconversion ongoing in chicken splenic germinal centers. EMBO J, 1996. 15(10): p. 2540-6.

3. Arakawa, H., J. Hauschild, and J.M. Buerstedde, Requirement of the activation-induced deaminase (AID) gene for immunoglobulin gene conversion. Science, 2002. 295(5558): p. 1301-6.

4. Arakawa, H., et al., Protein evolution by hypermutation and selection in the B cell line DT40. Nucleic Acids Res, 2008. 36(1): p. el.

5. Arakawa, H., et al., Oligoclonal development of B cells bearing discrete Ig chains in chicken single germinal centers. J Immunol, 1998. 160(9): p. 4232-41.

6. Arakawa, H., D. Lodygin, and J.M. Buerstedde, Mutant loxP vectors for selectable marker recycle and conditional knock-outs. BMC Biotechnol, 2001. 1: p. 7.

7. Arakawa, H., et al., A role for PCNA ubiquitination in immunoglobulin hypermutation. PLoS Biol, 2006. 4(11): p. e366.

8. Bachl, J., I. Ertongur, and B. Jungnickel, Involvement of Radl8 in somatic hypermutation. Proc Natl Acad Sci USA, 2006. 103(32): p. 12081-6.

9. Bain, G. and C. Murre, The role of E-proteins in B- and T-lymphocyte development. Semin Immunol, 1998. 10(2): p. 143-53.

10. Barreto, V., et al., C-terminal deletion of AID uncouples class switch recombination from somatic hypermutation and gene conversion. Mol Cell, 2003. 12(2): p. 501-8.

11. Basu, U., et al., The AID antibody diversification enzyme is regulated by protein kinase A phosphorylation. Nature, 2005. 438(7067): p. 508-11.

12. Betz, A.G., et al., Elements regulating somatic hypermutation of an immunoglobulin kappa gene: critical role for the intron enhancer/matrix attachment region. Cell, 1994. 77(2): p. 239-48.

13. Bezzubova, O., et al., Reduced X-ray resistance and homologous recombination frequencies in a RAD54-/- mutant of the chicken DT40 cell line. Cell, 1997. 89(2): p. 185-93.

14. Brar, S.S., M. Watson, and M. Diaz, Activation-induced cytosine deaminase (AID) is actively exported out of the nucleus but retained by the induction of DNA breaks. J Biol Chem, 2004. 279(25): p. 26395-401.

15. Buerstedde, J.M., et al., Light chain gene conversion continues at high rate in an ALV-induced cell line. EMBO J, 1990. 9(3): p. 921-7.

16. Buerstedde, J.M. and S. Takeda, Increased ratio of targeted to random integration after transfection of chicken B cell lines. Cell, 1991. 67(1): p. 179-88.

17. Butler, J.E., Immunoglobulin diversity, B-cell and antibody repertoire development in large farm animals. Rev Sci Tech, 1998. 17(1): p. 43-70.

18. Cattoretti, G., et al., Nuclear and cytoplasmic AID in extrafollicular and germinal center B cells. Blood, 2006. 107(10): p. 3967-75.

19. Chaudhuri, J. and F.W. Alt, Class-switch recombination: interplay of transcription, DNA deamination and DNA repair. Nat Rev Immunol, 2004. 4(7): p. 541-52.

20. Chaudhuri, J., C. Khuong, and F.W. Alt, Replication protein A interacts with AID to promote deamination of somatic hypermutation targets. Nature, 2004. 430(7003): p. 992-8.

21. Chaudhuri, J., et al., Transcription-targeted DNA deamination by the AID antibody diversification enzyme. Nature, 2003. 422(6933): p. 726-30.

22. Chechetkin V. R. and Turigin A. Yu, J. Theor. Biol. 175, 477 (1995).

23. Conlon, T.M. and K.B. Meyer, The chicken Ig light chain 3'-enhancer is essential for gene expression and regulates gene conversion via the transcription factor E2A. Eur J Immunol, 2006. 36(1): p. 139-48.

24. Di Noia, J. and M.S. Neuberger, Altering the pathway of immunoglobulin hypermutation by inhibiting uracil-DNA glycosylase. Nature, 2002, 419(6902): p. 43-8.

25. Franco, S., et al., H2AX prevents DNA breaks from progressing to chromosome breaks and translocations. Mol Cell, 2006. 21(2): p. 201-14.

26. Fukita, Y.} H. Jacobs, and K. Rajewsky, Somatic hypermutation in the heavy chain locus correlates with transcription. Immunity, 1998. 9(1): p. 105-14.

27. Goossens, T., U. Klein, and R. Kuppers, Frequent occurrence of deletions and duplications during somatic hypermutation: implications for oncogene translocations and heavy chain disease. Proc Natl Acad Sci USA, 1998. 95(5): p. 2463-8.

28. Gopal, A.R. and S.D. Fugmann, AID-mediated diversification within the IgL locus of chicken DT40 cells is restricted to the transcribed IgL gene. Mol Immunol, 2008. 45(7): p. 2062-8.

29. Gordon, M.S., et al., Somatic hypermutation of the B cell receptor genes B29 (Igbeta, CD79b) and mbl (Igalpha, CD79a). Proc Natl Acad Sci USA, 2003. 100(7): p. 4126-31.

30. Gorman, J.R., et al., The Ig(kappa) enhancer influences the ratio of Ig(kappa) versus Ig(lambda) B lymphocytes. Immunity, 1996. 5(3): p. 241-52.

31. Goyenechea, B., et al., Cells strongly expressing Ig(kappa) transgenes show clonal recruitment of hypermutation: a role for both MAR and the enhancers. EMBO J, 1997. 16(13): p. 3987-94.

32. Harris, R.S., et al., AID is essential for immunoglobulin V gene conversion in a cultured B cell line. Curr Biol, 2002. 12(5): p. 435-8.

33. Hatanaka, A., et al., Similar effects of Brca2 truncation and Rad51 paralog deficiency on immunoglobulin V gene diversification in DT40 cells support an early role for Rad51 paralogs in homologous recombination. Mol Cell Biol, 2005. 25(3): p. 1124-34.

34. Henderson, A. and K. Calame, Transcriptional regulation during B cell development. Annu Rev Immunol, 1998. 16: p. 163-200.

35. Henderson, A.J. and K.L. Calame, Lessons in transcriptional regulation learned from studies on immunoglobulin genes. Crit Rev Eukaryot Gene Expr, 1995. 5(3-4): p. 255-80.

36. Hesslein, D.G. and D.G. Schatz, Factors and forces controlling V(D)J recombination. Adv Immunol, 2001. 78: p. 169-232.

37. Hoege, C., et al., RAD6-dependent DNA repair is linked to modification of PCNA by ubiquitin and SUMO. Nature, 2002. 419(6903): p. 135-41.

38. Inlay, M.A., et al., Roles of the Ig kappa light chain intronic and 3' enhancers in Igk somatic hypermutation. J Immunol, 2006. 177(2): p. 1146-51.

39. Ito, S., et al., Activation-induced cytidine deaminase shuttles between nucleus and cytoplasm like apolipoprotein B mRNA editing catalytic polypeptide 1. Proc Natl Acad Sci USA, 2004. 101(7): p. 1975-80.

40. Kim, S., et al., Ongoing diversification of the rearranged immunoglobulin light-chain gene in a bursal lymphoma cell line. Mol Cell Biol, 1990. 10(6): p. 3224-31.

41. Klix, N., et al., Multiple sequences from downstream of the J kappa cluster can combine to recruit somatic hypermutation to a heterologous, upstream mutation domain. Eur J Immunol, 1998. 28(1): p. 317-26.

42. Klotz, E.L. and U. Storb, Somatic hypermutation of a lambda 2 transgene under the control of the lambda enhancer or the heavy chain intron enhancer. J Immunol, 1996. 157(10): p. 4458-63.

43. Kong, Q., et al., A lambda 3' enhancer drives active and untemplated somatic hypermutation of a lambda 1 transgene. J Immunol, 1998. 161(1): p. 294-301.

44. Kotani, A., et al., A target selection of somatic hypermutations is regulated similarly between T and B cells upon activation-induced cytidine deaminase expression. Proc Natl Acad Sci USA, 2005. 102(12): p. 4506-11.

45. Kothapalli, N., D.D. Norton, and S.D. Fugmann, Cutting edge: a cis-acting DNA element targets AID-mediated sequence diversification to the chicken Ig light chain gene locus. J Immunol, 2008. 180(4): p. 2019-23.

46. Krokan, H.E., F. Drablos, and G. Slupphaug, Uracil in DNA—occurrence, consequences and repair. Oncogene, 2002. 21(58): p. 8935-48.

47. Kuo, M.H., et al., Gcn4 activator targets Gcn5 histone acetyltransferase to specific promoters independently of transcription. Mol Cell, 2000. 6(6): p. 130920.

48. Kurdistani, S.K. and M. Grunstein, Histone acetylation and deacetylation in yeast. Nat Rev Mol Cell Biol, 2003. 4(4): p. 276-84.

49. Langerak, P., et al., A/T mutagenesis in hypermutated immunoglobulin genes strongly depends on PCNAK164 modification. J Exp Med, 2007. 204(8): p. 198998.

50. Larson, E.D., et al., MRE11/RAD50 cleaves DNA in the AID/UNG-dependent pathway of immunoglobulin gene diversification. Mol Cell, 2005. 20(3): p. 36775.

51. Li, Z., Z. Luo, and M.D. Scharff, Differential regulation of histone acetylation and generation of mutations in switch regions is associated with Ig class switching. Proc Natl Acad Sci USA, 2004. 101(43): p. 15428-33.

52. Liang, G., et al., Distinct localization of histone H3 acetylation and H3-K4 methylation to the transcription start sites in the human genome. Proc Natl Acad Sci USA, 2004. 101(19): p. 7357-62.

53. Longerich, S., et al., Brcal in immunoglobulin gene conversion and somatic hypermutation. DNA Repair (Amst), 2008. 7(2): p. 253-66.

54. McBride, K.M., et al., Somatic hypermutation is limited by CRM 1-dependent nuclear export of activation-induced deaminase. J Exp Med, 2004. 199(9): p. 1235-44.

55. Meyer, K.B. and M.S. Neuberger, The immunoglobulin kappa locus contains a second, stronger B-cell-specific enhancer which is located downstream of the constant region. EMBO J, 1989. 8(7): p. 1959-64.

56. Michael, N., et al., Effects of sequence and structure on the hypermutability of immunoglobulin genes. Immunity, 2002. 16(1): p. 123-34.

57. Michael, N., et al., The E box motif CAGGTG enhances somatic hypermutation without enhancing transcription. Immunity, 2003. 19(2): p. 235-42.

58. Muramatsu, M., et al., Class switch recombination and hypermutation require activation-induced cytidine deaminase (AID), a potential RNA editing enzyme. Cell, 2000. 102(5): p. 553-63.

59. Muramatsu, M., et al., Specific expression of activation-induced cytidine deaminase (AID), a novel member of the RNA-editing deaminase family in germinal center B cells. J Biol Chem, 1999. 274(26): p. 18470-6.

60. Muschen, M., et al., Somatic mutation of the CD95 gene in human B cells as a side-effect of the germinal center reaction. J Exp Med, 2000. 192(12): p. 1833-40.

61. Muto, T., et al., Negative regulation of activation-induced cytidine deaminase in B cells. Proc Natl Acad Sci USA, 2006. 103(8): p. 2752-7.

62. Nambu, Y., et al., Transcription-coupled events associating with immunoglobulin switch region chromatin. Science, 2003. 302(5653): p. 2137-40.

63. Neuberger, M.S., et al., Somatic hypermutation at A.T pairs: polymerase error versus dUTP incorporation. Nat Rev Immunol, 2005. 5(2): p. 171-8.

64. O'Brien, R.L., R.L. Brinster, and U. Storb, Somatic hypermutation of an immunoglobulin transgene in kappa transgenic mice. Nature, 1987. 326(6111): p. 405-9.

65. Odegard, V.H., et al., Histone modifications associated with somatic hypermutation. Immunity, 2005. 23(1): p. 101-10.

66. Odegard, V.H. and D.G. Schatz, Targeting of somatic hypermutation. Nat Rev Immunol, 2006. 6(8): p. 573-83.

67. Okazaki, I.M., et al., Constitutive expression of AID leads to tumorigenesis. J Exp Med, 2003. 197(9): p. 1173-81.

68. Pasqualucci, L., et al., PKA-mediated phosphorylation regulates the function of activation-induced deaminase (AID) in B cells. Proc Natl Acad Sci USA, 2006. 103(2): p. 395-400.

69. Pasqualucci, L., et al., BCL-6 mutations in normal germinal center B cells: evidence of somatic hypermutation acting outside Ig loci. Proc Natl Acad Sci U S A, 1998. 95(20): p. 11816-21.

70. Pasqualucci, L., et al., Hypermutation of multiple proto-oncogenes in B-cell diffuse large-cell lymphomas. Nature, 2001. 412(6844): p. 341-6.

71. Perlot, T., et al., Elucidation of IgH intronic enhancer functions via germ-line deletion. Proc Natl Acad Sci USA, 2005. 102(40): p. 14362-7.

72. Peters, A. and U. Storb, Somatic hypermutation of immunoglobulin genes is linked to transcription initiation. Immunity, 1996. 4(1): p. 57-65.

73. Petersen-Mahrt, S.K., R.S. Harris, and M.S. Neuberger, AID mutates E. coli suggesting a DNA deamination mechanism for antibody diversification. Nature, 2002.418(6893): p. 99-103.

74. Pham, P., et al., Processive AID-catalysed cytosine deamination on single-stranded DNA simulates somatic hypermutation. Nature, 2003. 424(6944): p. 1037.

75. Queen, C. and J. Stafford, Fine mapping of an immunoglobulin gene activator. Mol Cell Biol, 1984. 4(6): p. 1042-9.

76. Rada, C., J.M. Jarvis, and C. Milstein, AID-GFP chimeric protein increases hypermutation of Ig genes with no evidence of nuclear localization. Proc Natl Acad Sci USA, 2002. 99(10): p. 7003-8.

77. Rada, C. and C. Milstein, The intrinsic hypermutability of antibody heavy and light chain genes decays exponentially. EMBO J, 2001. 20(16): p. 4570-6.

78. Ramiro, A.R., et al., Role of genomic instability and p53 in AID-induced c-myc-Igh translocations. Nature, 2006. 440(7080): p. 105-9.

79. Ramiro, A.R., et al., AID is required for c-myc/IgH chromosome translocations in vivo. Cell, 2004. 118(4): p. 431-8.

80. Redon, C., et al., Histone H2A variants H2AX and H2AZ. Curr Opin Genet Dev, 2002. 12(2): p. 162-9.

81. Reina-San-Martin, B., et al., H2AX is required for recombination between immunoglobulin switch regions but not for intra-switch region recombination or somatic hypermutation. J Exp Med, 2003. 197(12): p. 1767-78.

82. Revy, P., et al., Activation-induced cytidine deaminase (AID) deficiency causes the autosomal recessive form of the Hyper-IgM syndrome (HIGM2). Cell, 2000. 102(5): p. 565-75.

83. Reynaud, C.A., et al., A hyperconversion mechanism generates the chicken light chain preimmune repertoire. Cell, 1987. 48(3): p. 379-88.

84. Reynaud, C.A., et al., What role for AID: mutator, or assembler of the immunoglobulin mutasome? Nat Immunol, 2003. 4(7): p. 631-8.

85. Ronai, D., et al., Complex regulation of somatic hypermutation by cis-acting sequences in the endogenous IgH gene in hybridoma cells. Proc Natl Acad Sci U S A, 2005. 102(33): p. 11829-34.

86. Ross, A.L. and J.E. Sale, The catalytic activity of REV1 is employed during immunoglobulin gene diversification in DT40. Mol Immunol, 2006. 43(10): p. 1587-94.

87. Sale, J.E., et al., In vivo and in vitro studies of immunoglobulin gene somatic hypermutation. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, 2001. 356(1405): p. 21-8.

88. Sale, J.E., et al., Ablation of XRCC2/3 transforms immunoglobulin V gene conversion into somatic hypermutation. Nature, 2001. 412(6850): p. 921-6.

89. Sale, J.E. and M.S. Neuberger, TdT-accessible breaks are scattered over the immunoglobulin V domain in a constitutively hypermutating B cell line. Immunity, 1998. 9(6): p. 859-69.

90. Saribasak, H., et al., Uracil DNA glycosylase disruption blocks Ig gene conversion and induces transition mutations. J Immunol, 2006. 176(1): p. 365-71.

91. Schrader, C.E., et al., Inducible DNA breaks in Ig S regions are dependent on AID and UNG. J Exp Med, 2005. 202(4): p. 561-8.

92. Sharpe, M.J., et al., Somatic hypermutation of immunoglobulin kappa may depend on sequences 3' of C kappa and occurs on passenger transgenes. EMBO J, 1991. 10(8): p. 2139-45.

93. Shen, H.M., et al., The TATA binding protein, c-Myc and survivin genes are not somatically hypermutated, while Ig and BCL6 genes are hypermutated in human memory B cells. Int Immunol, 2000. 12(7): p. 1085-93.

94. Shen, H.M., et al., Mutation of BCL-6 gene in normal B cells by the process of somatic hypermutation of Ig genes. Science, 1998. 280(5370): p. 1750-2.

95. Shen, H.M., S. Ratnam, and U. Storb, Targeting of the activation-induced cytosine deaminase is strongly influenced by the sequence and structure of the targeted DNA. Mol Cell Biol, 2005. 25(24): p. 10815-21.

96. Shinkura, R., et al., Separate domains of AID are required for somatic hypermutation and class-switch recombination. Nat Immunol, 2004. 5(7): p. 70712.

97. Shinkura, R., et al., The influence of transcriptional orientation on endogenous switch region function. Nat Immunol, 2003. 4(5): p. 435-41.

98. Simpson, L.J. and J.E. Sale, Revl is essential for DNA damage tolerance and non-templated immunoglobulin gene mutation in a vertebrate cell line. EMBO J, 2003. 22(7): p. 1654-64.

99. Sohn, J., et al., Somatic hypermutation of an immunoglobulin mu heavy chain transgene. J Exp Med, 1993. 177(2): p. 493-504.

100. Staudt, L.M. and M.J. Lenardo, Immunoglobulin gene transcription. Annu Rev Immunol, 1991. 9: p. 373-98.

101. Ta, V.T., et al., AID mutant analyses indicate requirement for class-switch-specific cofactors. Nat Immunol, 2003. 4(9): p. 843-8.

102. Takeda, S., et al., RAG-2 expression is not essential for chicken immunoglobulin gene conversion. Proc Natl Acad Sci USA, 1992. 89(9): p. 4023-7.

103. Wang, C.L., R.A. Harper, and M. Wabl, Genome-wide somatic hypermutation. Proc Natl Acad Sci USA, 2004. 101(19): p. 7352-6.

104. Wilson, T.M., et al., MSH2-MSH6 stimulates DNA polymerase eta, suggesting a role for A:T mutations in antibody genes. J Exp Med, 2005. 201(4): p. 637-45.

105. Woo, C.J., A. Martin, and M.D. Scharff, Induction of somatic hypermutation is associated with modifications in immunoglobulin variable region chromatin. Immunity, 2003. 19(4): p. 479-89.

106. Yamamoto, K., et al., Fanconi anemia protein FANCD2 promotes immunoglobulin gene conversion and DNA repair through a mechanism related to homologous recombination. Mol Cell Biol, 2005. 25(1): p. 34-43.

107. Yang, S.Y., S.D. Fugmann, and D.G. Schatz, Control of gene conversion and somatic hypermutation by immunoglobulin promoter and enhancer sequences. J Exp Med, 2006. 203(13): p. 2919-28.

108. Yelamos, J., et al., Targeting of non-Ig sequences in place of the V segment by somatic hypermutation. Nature, 1995. 376(6537): p. 225-9.

109. Yoshikawa, K., et al., AID enzyme-induced hypermutation in an actively transcribed gene in fibroblasts. Science, 2002. 296(5575): p. 2033-6.

110. Zeng, X., et al., DNA polymerase eta is an A-T mutator in somatic hypermutation of immunoglobulin variable genes. Nat Immunol, 2001. 2(6): p. 537-41.

111. H. Г. Есипова, Г. И. Кутузова, В. Ю. Макеев и др. Биофизика 45 (3), 432 (2000) Biophysics 3 (421), 45 (2000).

112. Г. И. Кравацкая, Г. К. Франк, В. Ю. Макеев и др. Биофизика 47, 595 (2002).

113. Г. И. Кравацкая, В. Ю. Кравацкий, В. Ю. Мильчевский и др. Биофизика 52 (6), 965 (2007).

114. Г. И. Кутузова, Г. К. Франк, В. Ю. Макеев и др. Биофизика 42 (2), 354 (1997).

115. Г. И. Кутузова, Г. К. Франк, В. Ю. Макеев и др. Биофизика 44 (2), 216 (1999).

116. В. Ю. Макеев, Г. К. Франк и В. Г. Туманян, Биофизика 41 (2), 241 (1995).