Механизмы генерации и состав последовательностей внеклеточных ДНК в культуре клеток человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат химических наук Морозкин, Евгений Сергеевич

• Морозкин, Евгений Сергеевич
• кандидат химических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат химических наук Морозкин, Евгений Сергеевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Основные физико-химические и биологические характеристики 9 внеклеточных нуклеиновых кислот

1.1. Общие физико-химические характеристики внеклеточной ДНК в 9 культурах клеток и организме человека

1.2 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в составе молекулярных 11 комплексов и надмолекулярных структур

1.2.1. Внеклеточные нуклеиновые кислоты в комплексах с белками и 11 другими биополимерами

1.2.2. Внеклеточные РНК в составе экзосом

1.2.3. Нуклеиновые кислоты, связанные с поверхностью клеток

1.3. Механизмы появления внеклеточных нуклеиновых кислот 20 1.3.1 Активный транспорт нуклеиновых кислот во внеклеточную среду 20 1.3.2. Появление внеклеточных нуклеиновых кислот в результате клеточной смерти

1.4. Представленность различных последовательностей в составе 30 внеклеточной ДНК

1.4.1. Современные методы сравнительного анализа ДНК

1.4.2. Исследование состава последовательностей внеклеточной ДНК

1.5. Биологические функции внеклеточных нуклеиновых кислот

1.5.1. Нуклеиновые кислоты в качестве сигнальных молекул

1.5.2. Участие внеклеточной ДНК в процессах горизонтального переноса 42 генов

1.5.3. Иммуностимулирующие свойства дезоксирибонуклеиновых кислот

1.5.4. Иммуностимулирующие свойства рибонуклеиновых кислот 49 Заключение

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. МАТЕРИАЛЫ

2.2. МЕТОДЫ 52 2.2.1. Методы культивирования клеточных культур 52 2.2.1.1. Культивирование клеток цервикальной аденокарциномы (НеЬа)

2.2.1.2. Получение и культивирование первичных эндотелиоцитов 53 пупочной вены (HUVEC)

2.2.1.3. Получение и культивирование первичных фибробластов

2.2.2. Экспрессия тканеспецифических генов в культуре первичных 54 эндотелиоцитов

2.2.3. Детекция микоплазмы в культуре клеток человека

2.2.4. Тест на жизнеспособность клеток

2.2.5. Измерение пролиферативной активности клеток

2.2.6. Анализ культуральной среды и трипсинового элюата клеток с 56 помощью ТЭМ

2.2.7. Обработка клеток ингибиторами классического и неклассического 56 путей секреции белков

2.2.8. Исследование включения клетками биотинилированного 57 производного dUTP

2.2.9. Мечение клеток [3Н]-тимидином

2.2.10. Подготовка образцов периферических лимфоцитов из крови 58 человека

2.2.11. Выделение геномной ДНК из клеток человека

2.2.12. Выделение РНК из мембранно-цитозольной фракции 59 эукариотических клеток на стекловолокнистых сорбентах

2.2.13. Получение фракций, содержащих свободные и связанные с 59 клеточной поверхностью внеклеточные ДНК

2.2.14. Выделение ДНК из культуральной среды и трипсинового элюата

2.2.15. Выделение ДНК, содержащей биотин

2.3.16. Измерение концентрации ДНК с помощью флуоресцентного 60 красителя Hoechst

2.3.17. Условия проведения ПЦР и количественного TaqMan ПЦР

2.2.18. Введение радиоактивной метки в ДНК

2.2.19. Измерение концентрации ИЛ-6 в культуральной среде клеток

2.2.20. Получение ДНК-зондов при помощи метода LA-PCR

2.2.20.1. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции

2.2.20.2. Получение ДНК с тупыми концами при помощи Pfu полимеразы

2.2.20.3. Лигирование адаптеров к ДНК по тупым концам

2.2.20.4. Лигирование адаптеров по липким концам ДНК

2.2.20.5. Амплификация продуктов реакции лигирования (LA-PCR)

2.2.20.6. Мечение ДНК-зондов при помощи ПЦР

2.2.21. Условия проведения флуоресцентной гибридизации in situ

2.2.21.1. Приготовление цитологических препаратов метафазных хромосом 66 лейкоцитов

2.2.21.2. Гибридизация ДНК-зондов с метафазными хромосомами человека 66 in situ

2.2.21.3. Выявление на цитологических препаратах флуоресцентно 67 меченых ДНК-зондов

2.2.21.4. Микроскопический анализ препаратов метафазных хромосом

2.2.22. Клонирование и секвенирование ДНК-зондов, полученных после 68 микродиссекции

2.2.22.1. Микродиссекция флуоресцентно меченых ДНК зондов

2.2.22.2. Приготовление компетентных клеток E.coli

2.2.22.3. Клонирование ДНК

2.2.22.4. Трансформация компетентных клеток плазмидной ДНК

2.2.22.5. Выделение плазмидной ДНК

2.2.22.6. Селекция колоний, содержащих вставку

2.2.22.7. Секвенирование и анализ клонов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ

3.1. Культуры клеток первичных эндотелиоцитов, первичных 71 фибробластов и HeLa, как модели для изучения механизмов появления внеклеточной ДНК

3.2. Методы измерения концентрации внеклеточной ДНК

3.3. Получение фракций внеклеточной ДНК

3.4. Изменение концентрации внеклеточной ДНК в процессе 77 культивирования клеток

3.5. Исследование состава комплексов внеклеточной ДНК при помощи 79 трансмиссионной электронной микроскопии

3.6. Исследование стабильности эндогенной внеклеточной ДНК в 81 культуральной среде

3.7. Исследование механизмов генерации внеклеточной ДНК

3.7.1. Исследование внеклеточного синтеза ДНК как источника 85 внеклеточной ДНК

3.7.2. Влияние индукции апоптоза или стимуляции секреторной активности 88 клеток на концентрацию ДНК в культуральной среде и на поверхности клеток

3.7.3. Влияние ингибиторов секреции и апоптоза на концентрацию внеклеточной ДНК в культуре первичных фибробластов и эндотелиоцитов, а также клеток HeLa

3.8. Исследование представленности различных последовательностей геномной ДНК в составе внеклеточной ДНК

3.8.1. Стратегия получения ДНК-зондов для анализа внеклеточной ДНК с 103 помощью флуоресцентной гибридизации in situ

3.8.2. Оптимизация методов получения ДНК-зондов из геномной ДНК и 105 внеклеточной ДНК

3.8.2.1. Оптимизация условий лигирования адаптеров к ДНК по тупым 105 концам

3.8.2.2. Оптимизация методики получения ДНК с тупыми концами

3.8.2.3. Оптимизация условий проведения ПЦР продуктов реакции 108 лигирования по тупым и липким концам ДНК

3.8.3. Изучение представленности различных последовательностей в пуле 111 внеклеточной ДНК первичных фибробластов, эндотелиоцитов и HeLa, при помощи двухцветной флуоресцентной гибридизации in situ

3.8.3.1. Получение ДНК-библиотек из клеточной и внеклеточной ДНК, 111 выделенной из первичных фибробластов, эндотелиоцитов и клеток HeLa

3.8.3.2. Цитогенетический анализ ДНК-зондов, полученных из геномной, 113 апоптотической и внеклеточной ДНК

3.8.3.3. Микродиссекция и секвенирование ДНК-зондов, гибридизующихся 119 в районе 9ql

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы генерации и состав последовательностей внеклеточных ДНК в культуре клеток человека»

Тот факт, что нуклеиновые кислоты постоянно присутствуют во внеклеточной среде культивируемых клеток in vitro, а также в биологических жидкостях и в межклеточном пространстве in vivo в настоящее время не вызывает сомнений. Не вызывает сомнений и то, что такие нуклеиновые кислоты имеют в основном эндогенное происхождение, стабильны в течение длительного времени, переносятся током крови и лимфы и могут быть обнаружены далеко от места локализации «родительских» клеток [1].

Перечисленные факты позволяют использовать внеклеточные нуклеиновые кислоты как источник диагностического материала для выявления специфических маркеров заболеваний, связанных с нарушением функционирования генетического аппарата клеток, в частности онкологических заболеваний. Именно это применение внеклеточных ДНК и РНК в настоящее время интенсивно развивается [1,2].

Потенциальная возможность создать системы для ранней малоинвазивной диагностики рака, на основе внеклеточных ДНК крови, вызвало огромный интерес и экспоненциальный рост исследований в этой области. Определенный успех исследователей в поиске ДНК и РНК маркеров широкого спектра онкологических заболеваний привел к тому, что кровь или плазму крови стали называть "жидкой биопсией", так как в результате анализа внеклеточных ДНК и РНК крови стало возможным с определенной чувствительностью и специфичностью не только диагностировать рак, но и определять пораженный орган или ткань [3].

Однако, несмотря на то, что эта область интенсивно развивается, в практическом медицинском применении до сих пор не появилось надежных диагностических систем, основанных на анализе внеклеточной ДНК. Анализ неудач, показал, что наряду с очевидными причинами, такими как несовершенство используемых подходов, недостаточная чувствительность аналитических систем, отсутствие межлабораторных стандартов и несовпадение данных, полученных разными группами исследователей, выявляются более серьезные факторы, такие как несовпадение частот встречаемости онкомаркеров в ткани и в циркулирующей крови, неполное соответствие структуры ДНК-маркеров ткани и тех же ДНК в составе циркулирующих ДНК крови [4]. Недостаток фундаментальных знаний о природе внеклеточной ДНК и процессах, обеспечивающих их генерацию, циркуляцию и выведение из кровотока не позволяет объяснить вышеперечисленные факты и, в конечном счете, осуществлять рациональный поиск циркулирующих ДНК-онкомаркеров, пригодных для ранней малоинвазивной диагностики рака.

Во внеклеточной среде высших эукариот внеклеточные ДНК появляются в результате процессов клеточной смерти (апоптоз и некроз) [5], а также по данным ряда авторов и в результате секреции нуклеиновых кислот клетками [6]. Однако, данные о секреции ДНК клетками млекопитающих были получены более 30 лет назад и в настоящее время не представляются достаточно убедительными. В отличие от механизмов активной секреции ДНК клетками, механизмы индукции и развития апоптоза изучены достаточно глубоко [7]. Тем не менее, в контексте генерации внеклеточных ДНК остаются открытыми ряд вопросов, принципиальных для понимания фундаментальных основ формирования пула циркулирующих ДНК. Мало изучены структура и молекулярный состав апоптотических телец, а также алгоритм гидролиза различных участков хромосом при помощи апоптотических нуклеаз и их упаковки в циркулирующие апоптотические тельца. Механизмы активной секреции нуклеиновых кислот также требуют детального исследования и подтверждения. До сих пор не исследована представленность различных последовательностей в пуле внеклеточных нуклеиновых кислот, хотя решение этой задачи позволило бы исследователям не только найти оптимальные мишени для диагностических методов, но и значительно продвинуться в изучении механизмов, участвующих в генерации внеклеточных нуклеиновых кислот и реализации их функций.

Целью настоящей работы является изучения механизмов генерации внеклеточной ДНК первичными эндотелиоцитами пупочной вены человека (HUVEC), первичными фибробластами и клетками цервикальной аденокарциномы (HeLa), а также исследование представленности внеклеточных ДНК в культуре первичных и онкотрансформированных клеток с помощью метода флуоресцентной гибридизации in situ.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Морозкин, Евгений Сергеевич

выводы

1. Исследовано участие активной секреции ДНК, секреции de novo синтезированной ДНК, синтеза ДНК вне клеток и апоптоза в процессе генерации внеклеточных ДНК в культурах клеток линии HeLa, первичных эндотелиоцитов и фибробластов человека. Показано, что Гольджи-зависимые и Гольджи-независимые пути секреции не вовлечены в процесс генерации внеклеточной ДНК. De novo синтезированная ДНК также не секретируется клетками. Показано, что эукариотическая ДНК не синтезируется во внеклеточном пространстве первичных и трансформированных клеток. Внеклеточный синтез ДНК обнаружен только в культурах клеток, инфицированных микоплазмой. При помощи индукции/ингибирования апоптоза показано, что основным источником внеклеточной ДНК в культуре клеток является апоптоз.

2. Исследован состав последовательностей внеклеточной ДНК в исследуемых культурах клеток с помощью метода флуоресцентной гибридизации in situ. На основании анализа длин фрагментов внеклеточной, апоптотической и геномной ДНК выбран и оптимизирован метод LA-ПЦР, который позволяет получить ДНК зонды максимально идентичные исходным образцам ДНК. В результате проведения двухцветной флуоресцентной гибридизации in situ с последующим анализом профилей относительной интенсивности флуоресцентного сигнала хромосом показано, что внеклеточная ДНК отличается по составу последовательностей от геномной ДНК. Отличия в представленности были обнаружены в составе прицентромерного района хромосомы 9, а также дистальных плечей акроцентрических хромосом.

3. В результате микродиссекции флуоресцентно меченых зондов, гибридизующихся в районе 9ql2, с последующей амплификацией, клонированием и секвенированием было показано, что в составе внеклеточной ДНК перепредставлены фрагменты последовательности сателлита 3.

Заключение

В настоящей работе были исследованы механизмы генерации внДНК первичными эндотелиоцитами, фибробластами и клетками HeLa. Был оценен вклад апоптоза, активной секреции и внеклеточного синтеза на концентрацию внДНК культуральной среды и внДНК, связанной с клеточной поверхностью. Ингибирование классических и неклассических механизмов секреции белков не приводит к достоверному уменьшению концентрации внДНК. Однако на примере экзогенной внДНК, связанной с клеточной поверхностью, было показано, что процессы активной секреции первичными фибробластами при стимуляции 10% ЭТС после сывороточного голодания клеток могут приводить к диссоциации связанной с поверхностью ДНК в культуральную среду. В результате экспериментов по включению клетками [3Н]-тимидина было показано, что "секретируемая" ДНК не синтезируется de novo как полагали ранее, упакована в нуклеосомы и, по-видимому, имеет апоптотическое происхождение. Исследование возможности внеклеточного синтеза ДНК показало, что таковой нмеет место, но только в случаях, когда клетки инфицированы микоплазмой. В клетках, свободных от микоплазмы внеклеточного синтеза ДНК не было обнаружено. Таким образом, было показано, что основным источником внДНК в культуре клеток, растущих в нормальных условиях, является апоптоз.

С целью изучения влияния механизмов генерации на состав внДНК была исследована представленность внДНК в культурах анализируемых клеток с помощью метода флуоресцентной гибридизации in situ. В результате FISH анализа было показано, что для всех клеточных культур внДНК отличается по составу представленных последовательностей от геномной ДНК. Изменения в представленности касаются в основном прицентромерного района хромосомы 9, а также дистальных плечей акроцентрических хромосом. В результате микродиссекции флуоресцентно меченых зондов, гибридизующихся в районе 9ql2, с последующей амплификацией, клонированием и секвенированием было показано, что среди отсеквенированных клонов наиболее представлены фрагменты консенсусной последовательности сателлитной ДНК 3. Установленная связь между клеточным стрессом (в том числе н апоптозом) и транскрипционной активностью (деметилированием) района 9ql2 указывает на то, что генерация внДНК в результате апоптоза приводит к обогащению анализируемых фракций внДНК декомпактизованными районами хромосом.

Известно, что при онкотрансформации клеток происходит деметилирование генома и "разрыхление" части конденсированного хроматина [293], что может приводить к отличию в представленности последовательностей в составе апоптотической ДНК нормальных и раковых клеток. Действительно, в ряде работ было обнаружено, что в циркуляции обнаруживаются преимущественно ДНК-последовательности, характерные для раковых клеток, несмотря на то, что количество этих клеток ничтожно мало по сравнению с нормальными, которые также подвергаются апоптозу и вносят вклад в формирование пула циркДНК крови. Тот факт, что в составе внДНК перепредставлен транскрипционно активный хроматин позволяет, например, предположить, что оптимальными ДНК-онкомаркерами должны быть не гиперметилированные последовательности ДНК, а напротив гипометилированные, которые находятся в неконденсированном, транскрипционно активном виде. Поскольку апоптоз является основным источником циркДНК крови, поиск отличий в

123 относительной представленности определенных классов последовательностей в составе внДНК позволит оптимизировать поиск ДНК-онкомаркеров, которые могут быть гиперпредставлены в пуле циркДНК крови, и использованы в качестве ДНК-мишеней диагностических систем, направленных на раннюю и малоинвазивную диагностика рака.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Морозкин, Евгений Сергеевич, 2012 год

1. Fleischhacker М., Schmidt В. Circulating nucleic acids (CNAs) and cancer a survey // Biochim. Biophys. Acta. 2007. V. 1775. P. 181-232.

2. Vlassov V.V., Laktionov P.P., Rykova E.Y. Circulating nucleic acids as a potential source for cancer biomarkers // Curr. Mol. Med. 2010. V. 10. P. 142-165.

3. Schwarzenbach H., Hoon D.S., Pantel K. Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients // Nat. Rev. Cancer. 2011. V. 11. P. 426-437.

4. Van der Vaart M., Pretorius P.J. Is the role of circulating DNA as a biomarker of cancer being prematurely overrated? // Clin. Biochem. 2010. V. 43. P. 26-36.

5. Stroun M., Anker P., Maurice P., Gahan P.B. Circulating nucleic acids in higher organisms // Int. Rev. Cytol. 1977. V. 51. P. 1-48.

6. Hengartner M.O. The biochemistry of apoptosis // Nature. 2000. V. 407. P. 770-776.

7. Lorenz M.G., Wackernagel W. Bacterial gene transfer by natural genetic transformation in the environment // Microbiol. Rev. 1994. V. 58. P. 563-602.

8. Avery O.T., Mac Leod C.M., McCarty M. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of Pneumococcal types // J. Exp. Med. 1944. V. 79. P. 137-158.

9. Borenstein S., Ephrati-Elizur E. Spontaneous release of DNA in sequential genetic order by Bacillus subtilis //J. Mol. Biol. 1969. V. 45. P. 137-152.

10. Anker P., Stroun M., Maurice P. Spontaneous release of DNA by human blood lymphocytes as shown in an in vitro system // Cancer Res. 1975. V. 35. P. 2375-2382.

11. Stroun M., Anker P., Lyautey J., Lederrey C., Maurice P.A. Isolation and characterization of DNA from the plasma of cancer patients // Eur. J. Cancer Clin. Oncol. 1987. V. 23. P. 707-712.

12. Giacona M.B., Ruben G.C., Iczkowski K.A., Roos T.B., Porter D.M., Sorenson G.D. Cell-free DNA in human blood plasma: length measurements in patients with pancreatic cancer and healthy controls // Pancreas. 1998. V. 17. P. 89-97.

13. Wu T.L., Zhang D., Chia J.H., Tsao K.H., Sun C.F., Wu J.T. Cell-free DNA: measurement in various carcinomas and establishment of normal reference range // Clin. Chim. Acta. 2002. V. 321. P. 77-87.

14. Raptis L., Menard H.A. Quantitation and characterization of plasma DNA in normals and patients with systemic lupus erythematosus. // J. Clin. Invest. 1980. V. 66. P. 1391-1399.

15. Herrmann M. Molecular and cellular mechanisms of human hypersensitivity and autoimmunity // Alan R. Liss Inc. 1989.

16. Van Helden P.D. Potential Z-DNA-forming elements in serum DNA from human systemic lupus erythematosus // J. Immunol. 1985. V. 134. P. 177-179.

17. Tsumita Т., Iwanaga M. Fate of injected deoxyribonucleic acid in mice // Nature. 1963. V. 198. P. 1088-1089.

18. Gosse С., Le Pecq J.В., Defrance P., Paoletti C. Initial degradation of deoxyribonucleic acid after injection in mammals // Cancer Res. 1965. V. 25. P. 877-883.

19. Emlen W., Mannik M. Effect of DNA size and strandedness on the in vivo clearance and organ localization of DNA// Clin. Exp. Immunol. 1984. V. 56. P. 185-192.

20. Tsui N., Ng EK., Lo Y. Stability of endogenous and added RNA in blood speciment, serum, and plasma // Clin. Chem. 2002. V. 48. P. 1647-1653.

21. Adams D.H., Gahan P.B. The DNA extruded by rat spleen cells in culture // Int. J Biochem. 1983. V. 15. P. 547-552.

22. Adams D.H, Gahan P.B. Stimulated and non-stimulated rat spleen cells release different DNA-complexes // Differentiation. 1982. V. 22. P. 47-52.

23. Richmond T.J., Davey C.A. The structure of DNA in the nucleosome core // Nature. 2003. V. 423. P. 145-150.

24. Holdenrieder S., Stieber P., Bodenmueller H., Busch M., von Pawel J., Schalhorn A., Nagel D., Seidel D. Circulating nucleosomes in serum // Ann. N. Y. Acad. Sei. 2001. V. 945. P. 93-102.

25. Holdenrieder S., Stieber P., Bodenmueller H., Fertig G., Fuerst H., Schmeller N., Untch M., Seidel D. Nucleosomes in serum as a marker for cell death // Clin. Chem. Lab. Med. 2001. V. 39. P. 596-605.

26. Holdenrieder S., Stieber P., Chan L.Y.S., Geiger S., Kremer A., Nagel D., Lo D.Y.M. Cell-free DNA in serum and plasma: comparison of ELISA and quantitative PCR // Clin. Chem. 2005. V. 51. P. 1544-1546.

27. Holdenrieder S., Mueller S., Stieber P. Stability of nucleosomal DNA fragments in serum // Clin. Chem. 2005. V. 51. P. 1026-1028.

28. Pepys M.B., Butler P.J. Serum amyloid P component is the major calcium-dependent specific DNA binding protein of the serum // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987. V. 148. P. SOS-SIS.

29. Kawamura M.T., Paschoal M.E., da Costa Carvalho M.D. In vitro interaction of serum protein with circulating DNA of lung cancer patient // Int. J. Mol. Med. 1999. V. 4. P. 187-190.

30. Егорова B.A., Блинов М.Н. ДНК-связывающие белки сыворотки крови при гемобластозах // Вопросы медицинской химии. 1993. Т. 39. С. 36-38.

31. Leon S.A., Shapiro В., Servi P., Parsons R.G. A comparison of DNA and DNA-binding protein levels in malignant disease // Eur. J. Cancer. 1981. V. 17. P. 533-538.

32. Паутова JI.В., Рыкова Е., Лактионов П.П., Власов В.В. Исследование взаимодействия полиреактивных антител с нуклеиновыми кислотами с помощью алкилирующих производных олигонуклеотидов // Молекулярная биология. 1996. Т. 30. С. 941-950.

33. Laktionov P.P., Dazard J.E., Vives E., Rykova E.Y., Piette J., Vlassov V.V., Lebleu B. (1999) Characterisation of membrane oligonucleotide-binding proteins and oligonucleotide uptake in keratinocytes // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27, 2315-2324.

34. Van Schravendijk M.R., Dwek R.A. Interaction of Clq with DNA // Mol. Immunol. 1982. V. 19. P. 1179-1187.

35. Hoch S.O. DNA-binding domains of fibronectin probed using Western blots // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1982. V. 106. P. 1353-1358.

36. Лактионов П.П., Рыкова Е., Крепкий Д.В., Брыксин А.В., Власов В.В. Взаимодействие олигонуклеотидов с белками барьерных жидкостей // Биохимия. 1997. Т. 62. С. 613-618.

37. Zou S., Magura С.Е., Hurley W.L. Heparin-binding properties of lactoferrin and lysozyme // Сотр. Biochem. Physiol. B. 1992. V. 103. P. 889-895.

38. Wieczorek A.J., Rhyner C., Block L.H. Isolation and characterization of an RNA-proteolipid complex associated with the malignant state in humans // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82. P. 3455-3459.

39. Wieczorek A.J. RNA proteoglycolipid from melanoblastoma serum transforms human bone marrow reticulum cells // Yale J. Biology. 1984. V. 57. P. 432.

40. Carr J.M., Dvorak A.M., Dvorak H.F. Circulating membrane vesicles in leukemic blood // Cancer Res. 1985. V. 45. P. 5944-5951.

41. Rosi A., Guidoni L., Luciani A.M., Mariutti G., Viti V. RNA-lipid complexes released from the plasma membrane of human colon carcinoma cells // Cancer Lett. 1988. V. 39. P. 153-160.

42. Ceccarini M., Guidoni L., Luciani A.M., Mariutti G., Rosi A., Viti V. Biochemical and NMR studies on structure and release conditions of RNA-containing vesicles shed by human colon adenocarcinoma cells // Int. J. Cancer. 1989. V. 44. P. 714-721.

43. Wright L.C., May G.L., Dyne M., Mountford C.E. A proteolipid in cancer cells is the origin of their high-resolution NMR spectrum // FEBS Lett. 1986. V. 203. P. 164-168.

44. El-Hefnawy T., Raja S., Kelly L., Bigbee W.L., Kirkwood J.M., Luketich J.D., Godfrey T.E. Characterization of amplifiable, circulating RNA in plasma and its potential as a tool for cancer diagnostics // Clin. Chem. 2004. V. 50. P. 564-573.

45. Sisco K.L. Is RNA in serum bound to nucleoprotein complexes? // Clin. Chem. 2001. V. 47. P. 1744-1745.

46. Ng E.K., Tsui N.B., Lam N.Y., Chiu R.W., Yu S.C., Wong S.C., Lo E.S., Rainer T.H., Johnson P.J., Lo Y.M. Presence of filterable and nonfilterable mRNA in the plasma of cancer patients and healthy individuals // Clin. Chem. 2002. V. 48. P. 1212-1217.

47. Ratajczak J., Wysoczynski M., Hayek F., Janowska-Wieczorek A., Ratajczak M.Z. Membrane-derived microvesicles: important and underappreciated mediators of cell-to-cell communication // Leukemia. 2006. V. 20.1487-1495.

48. Fevrier B., Raposo G. Exosomes: endosomal-derived vesicles shipping extracellular messages // Curr. Opin. Cell Biol. 2004. V. 16. P. 415-421.

49. Johnstone R.M. Exosomes biological significance: a concise review // Blood Cells Mol. Dis. 2006. V. 36. P. 315-321.

50. Stoorvogel W., Kleijmeer M.J., Geuze H.J., Raposo G. The biogenesis and functions of exosomes // Traffic. 2002. V. 3. P. 321-330.

51. Keller S., Sanderson M.P., Stoeck A., Altevogt P. Exosomes: from biogenesis and secretion to biological function // Immunol. Lett. 2006. V. 107. P. 102-108.

52. Li X.B., Zhang Z.R., Schluesener H.J., Xu S.Q. Role of exosomes in immune regulation // J. Cell. Mol. Med. 2006. V. 10. P. 364-375.

53. Mignot G., Roux S., Thery C., Segura E., Zitvogel L. Prospects for exosomes in immunotherapy of cancer//J. Cell. Mol. Med. 2006. V. 10. P. 376-388.

54. Johnstone R.M. Adam M., Hammond J.R. Orr L., Turbide C. Vesicle formation during reticulocyte maturation. Association of plasma membrane activities with released vesicles (exosomes) // J. Chem. Biol. 1987. V. 262. P. 9412-9420.

55. Lin X.P., Almqvist N., Telemo E. Human small intestinal epithelial cells constitutively express the key elements for antigen processing and the production of exosomes // Blood Cells MoI.Dis. 2005. V. 35. P. 122-128.

56. Raposo G., Nijman H.W., Stoorvogel W., Liejendekker R., Harding C.V., Melief C.J., Geuze H.J. B lymphocytes secrete antigen-presenting vesicles // J. Exp. Med. 1996. V. 183. P. 11611172.

57. Kim V. N., Han J., Siomi M. C. Biogenesis of small RNAs in animals // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009. V. 10. P. 126-139.

58. Croce C. M. Causes and consequences of microRNA dysregulation in cancer // Nat. Rev. Genet. 2009. V. 10. P. 704-714.

59. Tewari M. Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008. V. 105. P. 10513-10518.

60. Беляев Н.Д., Будкер В.Г., Горохова О.Е., Соколов А.В. Mg2+-3aBnciiMoe взаимодействие ДНК с эукариотическими клетками // Молекулярная биология. 1988. V. 22. Р. 1667-1672.

61. Budker V.G., Godovikov А.А., Naumova L.P., Slepneva I.A. Interaction of polynucleotides with natural and model membranes // Nucleic Acids Res. 1980. V.8. P. 2499-2515.

62. Lengyel A., Uhrikova D., Klacsova M., Balgavy P. DNA condensation and its thermal stability influenced by phospholipid bilayer and divalent cations // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. 2011. V. 86. P. 212-217.

63. McManus J.J., Radler J.O., Dawson K.A. Phase behavior of DPPC in a DNA-calcium-zwitterionic lipid complex studied by small-angle x-ray scattering // Langmuir. 2003. V. 19. P. 9630-9637.

64. Dorsch C.A. Binding of single-strand DNA to human platelets // Thromb. Res. 1981. V. 24. P. 119-129.

65. Fiedel B.A., Schoenberger J.S., Gewurz H. Modulation of platelet activation by native DNA // J. Immunol. 1979. V. 123. P. 2479-2483

66. Huss R.A. 42 kD erythrocyte surface membrane protein with binding capacity to polynucleotides shows functional lack in systemic lupus erythematosus. // Immunobiology. 1988. V. 178. P. 141-142.

67. Bennett R.M., Kotzin B.L., Merritt M.J. DNA receptor dysfunction in systemic lupus erythematosus and kindred disorders. Induction by anti-DNA antibodies, antihistone antibodies, and antireceptor antibodies // J. Exp. Med. 1987. V. 166. P. 850-863.

68. Laktionov P.P., Chelobanov B.P., Rykova E.Y., Pyshnyi D.V., Marcus K., Meyer H.E., Vlassov V.V. Cell surface oligonucleotide-binding proteins of human squamous carcinoma A431cells // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2003. V. 22. P. 1715-1719.

69. Челобанов Б.П., Лактионов П.П., Власов В.В. Белки, участвующие в связывании и поглощении клетками нуклеиновых кислот//Биохимия. Т. 71. С. 725-741.

70. Rieber М., Bacalao J. An "external RNA" removable from mammalian cells by mild proteolysis // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1974. V. 71. P. 4960- 4964.

71. Juckett D.A., Rosenberg B. Actions of cis-diamminedichloroplatinum on cell surface nucleic acids in cancer cells as determined by cell electrophoresis techniques // Cancer Res. 1982. V. 42. P. 3565-3573.

72. Aggarwal S.K., Wagner R.W., McAllister P.K., Rosenberg B. Cell-surface-associated nucleic acid in tumorigenic cells made visible with platinum-pyrimidine complexes by electron microcopy // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1975. V. 72. P. 928-932.

73. Chan T.M., Yu P.M., Tsang K.L.C., Cheng I.K.P. Endothelial cell binding by human polyclonal anti-DNA antibodies: relationship to disease activity and endothelial functional alterations // Clin. Exp. Immunol. 1995. V. 100. P. 506-513.

74. Koutouzov S., Cabrespines A., Amoura Z., Chabre H., Lotton C., Bach J-F. Binding of nucleosomes to a cell surface receptor: redistribution and endocytosis in the presence of lupus antibodies // Eur. J. Immunol. 1996. V. 26. P. 472-486.

75. Watson K., Gooderham N.J., Davies D.S., Edwards R.J. Nucleosomes bind to cell surface proteoglycans // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 21707-21713.

76. Schellekens P.T., Eijsvoogel V.P. Lymphocyte transformation in vitro. I. Tissue culture conditions and quantitative measurements // Clin. Exp. Immunol. 1968. V. 3. P. 571-584.

77. Sarma D.S., Zubroff J. Synthesis and fragmentation of DNA in phytohaemagglutinin-stimulated human peripheral blood lymphocytes // Immunol. Commun. 1973. V. 2. P. 277-85.

78. Rogers J.C. Characterization of DNA excreted from phytohemagglutinin-stimulated lymphocytes //J. Exp. Med. 1976. V. 143. P. 1249-1264.

79. Rogers J.C., Boldt D., Kornfeld S., Skinner S.A., Valeri C.R. Excretion of deoxyribonucleic acid by lymphocytes stimulated with phytohemagglutinin or antigen. // Proc. Nat. Acad. USA. 1972. V. 69. P. 1685-1689.

80. Li J.Z., Steinman C.R. Plasma DNA in systemic lupus erythematosus: characterization of cloned base sequences // Arthritis Rheum. 1989. V. 32. P. 726-733.

81. Muller F., Tobler H. Chromatin diminution in the parasitic nematodes ascaris suum and parascaris univalens // Int. J. Parasitol. 2000. V. 30. P. 391-399.

82. Beermann S. The diminution of heterochromatic chromosomal segments in Cyclops (Crustacea, Copepoda) // Chromosoma. 1977. V. 60. P. 297-344.

83. Dorward H.M., Wyngaard G.A. Variability and pattern of chromatin diminution in the freshwater Cyclopidae (Crustacea: Copepoda) // Arch. Hydrobiol. Suppl. 1997. V. 107. P. 447465.

84. Goday C., Esteban M.R. Chromosome elimination in scarid flies // BioEssays. 2001. V. 23. P. 242-250.

85. Tobler H. The differentiation of germ and somatic cell lines in nematodes. In Results and problems in cell differentiation. V. 13. Edited by W. Hennig. Springer, Heidelberg, Germany. P. 2-69.

86. Drouin G. Chromatin diminution in the copepod Mesocyclops edax: diminution of tandemly repeated DNA families from somatic cells // Genome. 2006. V. 49. P. 657-665.

87. Muller F., Walker P., Aeby P., Neuhaus H., Felder H., Back E., Tobler H. Nucleotide sequence of satellite DNA contained in the eliminated genome of Ascaris lumbricoides // Nucleic Acids Res. 1982. V. 10. P. 7493-7510.

88. Teschke C., Solleder G., Moritz K.B. The highly variable pentameric repeats of the AT-rich germline limited DNA in Parascaris univalens are the telomeric repeats of somatic chromosomes // Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P. 2677-2684.

89. Goto Y., Kubota S., Kohno S. Highly repetitive DNA sequences that are restricted to the germ line in the hagfish Eptatretus cirrhatus: a mosaic of eliminated elements // Chromosoma. 1998. V. 107. P. 17-32.

90. Nishimura S., Tanaka T., Fujita K., Itaya M., Hiraishi A., Kikuchi Y. Extracellular DNA and RNA produced in a marine photosynthetic bacterium Rhodovulum sulfidophilum // Nucleic Acids Res. Suppl. 2003. V. 3. P. 279-280.

91. Hamilton H.L., Domingues N.M., Schwartz K.J., Hackett K.T., Dillard J.P. Neisseria gonorrhoeae secretes chromosomal DNA via a novel type IV secretion system // Mol. Microbiol. 2005. V.55. P. 1704-1721.

92. Steinberger R.E., Holden P.A. Extracellular DNA in single-and multiple-species unsaturated bio films // Appl. Environ. Microbiol. 2005. V. 71. P. 5404-5410.

93. Matsui K., Ishii N., Kawabata Z. Release of extracellular transformable plasmid DNA from Escherichia coli cocultivated with algae // Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69. P. 23992404.

94. Whitchurch C.B., Tolker-Nielsen T., Ragas P.C., Mattic J.C. Exracellular DNA required for bacterial biofilm formation // Science. 2002. V. 295. P. 1487.

95. Finkel S.E., Kotler R. DNA as a nutrient: novel role for bacterial competence gene homologs // J. Bacteriol. 2001. V. 183. P. 6288-6293.

96. Yu X., Harris S.L., Levine A.J. The regulation of exosome secretion: a novel function of the p53 protein // Cancer Res. 2006. V. 66. P. 4795-4801.

97. Anker P., Stroun M., Maurice P.A. Spontaneous extracellular synthesis of DNA released by human blood lymphocytes // Cancer Res. 1976. V. 36. P. 2832-2839.

98. Van Cruchten S., van der Broeck W. Morphological and biochemical aspects of apoptosis, oncosis and necrosis // Anat. Histol. Embryol. 2002. V. 31. P. 214-223.

99. Alnemri E.S., Livingston D.J., Nicholson D.W., Salvesen G., Thornberry N.A., Wong W.W., Yuan J. Human ICE/CED-3 protease nomenclature. // Cell. 1996. V. 87. P. 171-180.

100. Earnshaw W.C., Martins L.M., Kaufmann S.H. Mammalian caspases: structure, activation, substrates, and functions during apoptosis. // Annu. Rev. Biochem. 1999. V. 68. P. 383-424

101. Thornberry N.A., Lazebnik Y. Caspases: enemies within. // Science. 1998. V. 281. P. 13121316

102. Green D.R. Apoptotic pathways: the roads to ruin // Cell. 1998. V. 94. P. 695-698.

103. Samejima K, Earnshaw WC. Trashing the genome: the role of nucleases during apoptosis //

104. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005. V. 6. P. 677-688.

105. Widlak P., Garrard W. T. Discovery, regulation, and action of the major apoptotic nucleases DFF40/CAD and endonuclease G. //J. Cell. Biochem. 2005. V. 94. P. 1078-1087.

106. Widlak P., Li P., Wang X., Garrard W. T. Cleavage preferences of the apoptotic endonuclease DFF40 (caspase-activated DNase or nuclease) on naked DNA and chromatin substrates. // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. P. 8226-8232.

107. Li L. Y., Luo X., Wang, X. Endonuclease G is an apoptotic DNase when released from mitochondria. // Nature. 2001. V. 412. P. 95-99.

108. Widlak P., Li L.Y., Wang X., Garrard W. T. Action of recombinant human apoptotic endonuclease G on naked DNA and chromatin substrates: cooperation with exonuclease and DNase I. //J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 48404-48409.

109. Shiokawa D., Shika Y., Tanuma S. Identification of two functional nuclear localization signals in DNase gamma and their roles in its apoptotic DNase activity // Biochem. J. 2003. V. 376. P. 377-381.

110. Shiokawa D., Kobayashi T., Tanuma S. Involvement of DNase gamma in apoptosis associated with myogenic differentiation of C2C12 cells // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. P. 31031-31037.

111. Krieser R.J., MacLea K.S., Longnecker D.S., Fields J.L., Fiering S., Eastman A. Deoxyribonuclease II is required during the phagocytic phase of apoptosis and its loss causes perinatal lethality. // Cell Death Differ. 2002. V. 9. P. 956-962.

112. Didenko V.V., Hornsby P.J. Presence of double-strand breaks with single-base 3' overhangs in cells undergoing apoptosis but not necrosis // J. Cell Biol. 1996. V. 135. P. 1369-1376.

113. Didenko V.V., Ngo H., Baskin D.S. Early necrotic DNA degradation: presence of blunt-ended DNA breaks, 3' and 5' overhangs in apoptosis, but only 5' overhangs in early necrosis // Am. J. Pathol. 2003. V. 162. P. 1571-1578.

114. Bartova E., Jirsova P., Fojtova K., Soucek K., Kozubek S. Chromosomal territory segmentation in apoptotic cells // Cell. Mol. Life Sci. 2003. V. 60. P. 979-990.

115. Choi J.-J., Reich III C.F., Pisetsky D.S. Release of DNA from dead and dying lymphocyte and monocyte cell lines in vitro // Scand. J. Immunol. 2004. V. 60. P. 159-166.

116. Deligezer U., Yaman F., Erten N., Dalay N. Frequent copresence of methylated DNA and fragmented nucleosomal DNA in plasma of lymphoma patients // Clin. Chim. Acta. 2003. V. 335. P. 89-94.

117. Giacona M.B., Ruben G.C., Iczkowski K.A., Roos T.B., Porter D.M., Sorenson G.D. Cell-free DNA in human blood plasma: length measurements in patients with pancreatic cancer and healthy controls//Pancreas. 1998. V. 17. P. 89-97.

118. Diaz-Guerra M., Rivas C., Esteban M. Activation of the IFN-inducible enzyme RNase L causes apoptosis of animal cells // Virology. 1997. V. 236. P. 354-63.

119. Houge G., Robaye B., Eikhom T.S., Golstein J., Mellgren G., Gjertsen B.T., Lanotte M., Doskeland S.O. Fine mapping of 28S rRNA sites specifically cleaved in cells undergoing apoptosis // Mol. Cell. Biol. 1995. V. 15. P. 2051-2062.

120. Del Prete M.J., Roblcs M.S., Guio A., Martinez-A C., Izquierdo M., Garcia-Sanz J.A. Degradation of cellular mRNA is a general early apoptosis-induced event // FASEB J. 2002. V. 16. 2003-2005.

121. Biggiogera M., Bottone M.G., Pellicciari C. Nuclear RNA is extruded from apoptotic cells // J. Histochem. Cytochem. 1998. V. 46. P. 999-1005.

122. Biggiogera M., Bottone M.G., Martin T.E., Uchiumi T., Pellicciari. Still immunodetectable nuclear RNPs are extruded from the cytoplasm of spontaneously apoptotic thymocytes // Exp. Cell Res. 1997. V. 234. P. 512-20.

123. Biggiogera M., Bottone M.G., Scovassi A.I., Soldani C., Vecchio L., Pellicciari C. Rearrangement of nuclear ribonucleoprotein (RNP)-containing structures during apoptosis and transcriptional arrest // Biol. Cell. 2004. V. 96. P. 603-615.

124. Halicka H.D., Bedner E., Darzynkiewicz Z. Segregation of RNA and separate packaging of DNA and RNA in apoptotic bodies during apoptosis // Exp. Cell Res. 2000. V. 260. P. 248256.

125. Hasselmann D.O., Rappl G., Tilgen W., Reinhold U. Extracellular tyrosinase mRNA within apoptotic bodies is protected from degradation in human serum // Clin. Chem. 2001. V. 47. P. 1488-1489.

126. Mehra N., Penning M., Maas J., van Daal N., Giles R., Voest E. Circulating mitochondrial nucleic acids have prognostic value for survival in patients with advanced prostate cancer. // Clin. Cancer Res. 2007. V. 13. P. 421-426.

127. Lichtenstein A.V., Melkonyan H.S., Tomei L.D., Umansky S.R. Circulating nucleic acids and apoptosis // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2001. V. 945. P. 239-249.

128. Dufva M. Introduction to microarray technology // Methods Mol. Biol. 2009. V. 529. P. 1-22.

129. Lashkari D.A., McCusker J.H., Davis R.W. Whole genome analysis: experimental access to all genome sequenced segments through larger-scale efficient oligonucleotide synthesis and PCR // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 8945-8947.

130. Margulies M., Egholm M., Altman W.E. Genom sequencing in microfabricated high density picolitre reactors // Nature. 2005. V. 437. P. 376-380.

131. Bentley DR. Whole-genome re-sequencing // Curr. Opin. Genet. Dev. 2006. V. 16. P. 545-552.

132. Klein C.A., Schmidt-Kittler O., Schardt J.A. at al. Comparative genomic hybridization, loss of heterozygosity and DNA sequence analysis of single cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 4494-4499.

133. Telenius H., Carter N.P., Bebb C.E. et al. Degenerate oligonucleotide primed PCR: general amplification of target DNA by a single degenerate primer // Genomics. 1992. V. 13 P. 718725.

134. Kallioniemi A., Kallioniemi O.-P., Sudar D., Rutovitz D., Gray J.W., Waldman F., Pinkel D. Comparative genomic hybridization for molecular cytogenetic analysis of solid tumors // Sience. 1992. V.258. P. 818-821.

135. Piper J., Kallioniemi A., Kallioniemi O.-P., Sudar D., Rutovitz D., Gray J.W., Waldman F., Pinkel D. Computer image analyis of comparative genomic hybridization // Cytometry. 1995. V. 19. P. 10-26.

136. Cremer T., Popp S., Emmerich P., Lichter P., Cremer C. Rapid metaphase and interphase detection of radiation-induced chromosome aberrations in human lymphocytes by chromosomal suppression in situ hybridization // Cytometry. 1990. V. 11. P. 110-118.

137. Van der Vaart M., Pretorius P J. A method for characterization of total circulating DNA // Ann. N. Y. Acad. Sei. 2008. V. 1137. P. 92-97.

138. Van der Vaart M., Semenov D.V., Kuligina E.V., Richter V.A., Pretorius P.J. Characterization of circulating DNA by parallel tagged sequencing on the 454 platform // Clin. Chim. Acta. 2009. V. 409. P. 21-27.

139. Suzuki N., Kamatak A., Yamaki J., Homma Y. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma // Clin. Chim. Acta. 2008. V. 387. P. 55-58.

140. Beck J., Urnovitz H.B., Riggert J., Clerici M., Schutz E. Profile of the circulating DNA in apparently healthy individuals // Clin. Chem. 2009. V. 55. P. 730-738.

141. Ueki S., Citovsky V. RNA commutes to work: regulation of plant gene expression by systemically transported RNA molecules // BioEssays. 2001. V. 23. P. 1087-1090.

142. Huang T., Boehlenius H., Eriksson S., Parcy F., Nilsson O. The mRNA of the Arabidopsis gene FT moves from leaf to shoot apex and induces flowering // Science. 2005. V. 309. P. 1694-1696.

143. Lucas W.J., Yoo B.-C., Kragler F. RNA as a long-distance information macromolecule in plants // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2001. V. 2. P. 849-857.

144. Ding В., Itaya A., Qi Y. Symplasmic protein and RNA traffic: regulatory points and regulatory factors // Curr. Opin. Plant Biol. 2003. V. 6. P. 596-602.

145. Кулигина E.A. Нуклеиновые кислоты человеческого молока структура и возможные фенкции. Автореф. дис. канд. биол. наук: 03.00.04 / Кулигина Е.С. Институт химической биологии и фундаментальной медицины Новосибирск., 2005. -20 с.

146. Попова Т.И., Аглиуллина Д.Г., Винтер В.Г. Иммуномодулирующее действие низкомолекулярной РНК, выделяемой клетками асцитного рака Эрлиха // Эксперим. Онкология. 1991. Т. 13. С. 44-47.

147. Hefeneider S.H., Cornell К.А., Brown L.E., Bakke A.C., McCoy S.L., Bennett R.M. Nucleosomes and DNA bind to specific cell-surface molecules on murine cells and induce cytokine production// Clin. Immunol. Immunopathol. 1992. V. 63. P. 245-251.

148. Adams D.H., Diaz N., Gahan P.B. In vitro stimulation by tumour cell media of 3H.-thymidine incorporation by mouse spleen lymphocytes // Cell Biochem. Funct. 1997. V. 15. P. 119-126.

149. Beierle J.W. Cell proliferation: enhancement by extracts from cell surfaces of polyoma-virus-transformed cell // Science. 1968. V. 161. P. 798-799.

150. Folkman J., Merler E., Abernathy C., Williams G. Isolation of tumor factor responsible for angiogenesis // J. Exp. Med. 1971. V. 133. P. 275-288.

151. Benner S.A. Extracellular 'communicator RNA' // FEBS Lett. 1988. V. 233. P. 225-228.

152. Molin S., Tolker-Nielsen T. Gene transfer occurs with enhanced efficiency in biofilms and induces enhanced stabilization of the biofilm structure // Curr. Op. Biothechnol. 2003. V. 14. P. 255-261.

153. De la Taille A., Chen M.W., Burchardt M., Chopin D.K., Buttyan R. Apoptotic conversion: evidence for exchange of genetic information between prostate cancer cells mediated by apoptosis // Cancer Res. 1999. V. 59. P. 5461-5463.

154. O.Holmgren L., Szeles A., Rajnavolgyi E., Folkman J., Klein G., Ernberg I., Falk K.I. Horizontal transfer of DNA by the uptake of apoptotic bodies // Blood. 1999. V. 93. P. 3956-3953.

155. Bergsmedh A., Szeles A., Henriksson M., Bratt A., Folkman J.M., Spetz A., Holmgren L. Horizontal transfer of oncogenes by uptake of apoptotic bodies // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V. 98. P. 6407-6411.

156. Bergsmedh A., Szeles A., Spetz A., Holmgren L. Loss of the p21Cipl/Wafl cyclin kinase inhibitor results in propagation of horizontally transferred DNA // Cancer Res. 2002. V. 62. P. 575-579.

157. Bergsmedh A., Ehnfors J., Kawane K., Motoyama N., Nagata S., Holmgren L. DNase II and the Chk2 DNA damage pathway form a genetic barrier blocking replication of horizontally transferred DNA // Mol. Cancer Res. 2006. V. 4. P. 187-195.

158. Yan B., Wang H., Li F., Li C.Y. Regulation of mammalian horizontal gene transfer by apoptotic DNA fragmentation // Br. J. Cancer. 2006. V. 95. P. 1696-1700.

159. Garcia-01mo D., Garcia-Olmo D.C., Ontanon J., Martinez E., Vallejo M. Tumor DNA circulating in the plasma might play a role in metastasis. The hypothesis of the genometastasis // Histol. Histopathol. 1999. V. 14. P. 1159-64.

160. Garcia-01mo D., Garcia-Olmo D.C., Ontanon J., Martinez E. Horizontal transfer of DNA and the "genometastasis hypothesis" // Blood. 2000. V. 95. P. 794-795.

161. Spees J.L., Olson S.D., Whitney M.J., Prockop D.J. Mitochondrial transfer between cells can rescue aerobic respiration // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103. P. 1283-1288.

162. Krieg A.M. CpG motifs: the active ingredient in bacterial extracts? // Nat. Med . 2003. V. 9. P. 831-835.

163. Yamamoto S., Yamamoto H., Shimada S., Kuramoto E., Yano O., Kataoka T., Tokunaga T. DNA from bacteria, but not vertebrates, induces interferons, activates natural killer cells and inhibits tumor growth // Microb. Immunol. 1992. V. 36. P. 983-988.

164. Messina J.P., Gilkeson C.S., Pisetsky D.S. Stimulation of in vitro murine lymphocyte proliferation by bacterial DNA. // J. Immunol. 1991. V. 147. P. 1759-1764.

165. Krieg A.M., Yi A.K., Matson S., Waldschmidt T.J., Bishop G.A., Teasdale R., Koretzky G.A., Klinman D.M. CpG motifs in bacterial DNA trigger direct B-cell activation // Nature. 1995. V. 374. P. 546-549.

166. Krieg A.M. CpG motofs in bacterial DNA and their immune effects // Annu. Rev. Immunol. 2002. V. 20. P. 709-760.

167. Klinman D.M. Immunotherapeutic uses of CpG oligodeoxynucleotides // Nature Rev. Immunol. 2004. V. 4. P. 1-10.

168. Bauer S., Kirschning C.J., Hacker H., Redecke V., Hausmann S., Akira S., Wagner H., Lipford G.B. Human TLR9 confers responsiveness to bacterial DNA via species-specific CpG motif recognition // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2001. V. 98. P. 9237-9242.

169. Hemmi H., Takeuchi O., Kawai T., Kaisho T., Sato S., Sanjo H., Matsumoto M., Hoshino K., Wagner H., Takeda K., Akira S. A Toll-like receptor recognizes bacterial DNA // Nature. 2000. V. 408. P. 740-745.

170. Yi A.K., Tuetken R., Redford T., Waldschmidt M., Kirsch J., Krieg A.M. CpG motifs in bacterial DNA activate leukocytes through the pH-dependent generation of reactive oxygen species //J. Immunol. 1998. V. 160. P. 4755-4761.

171. Takeshita F., Leifer C.A., Gursel I., Ishii KJ., Takeshita S., Gursel M., Klinman D.M. Catting edge: Role of toll-like receptor 9 in CpG DNA-induced activation of human cells // J. Immunol. 2001. V. 167. P. 3555-3558.

172. Ballas Z., Rasmussen W.L., Krieg A.M. Induction of NK activity in murine and human cells by CpG motifs in oligodeoxinucleotides and bacterial DNA//J. Immunol. 1996. V. 157. P. 18401847.

173. Auf G., Carpentier A.F., Chen L., Le Clanche C., Delattre J.Y. Implication of macrophages in tumor rejection induced by CpG-oligodeoxynucleotides without antigen // Clin. Cancer Res. 2001. V. 7. P. 3540-3543.

174. Prud'homme G.J. DNA vaccination against tumors // J. Gene Med. 2005. V. 7. P. 3-17.

175. Miconnet I., Koenig S., Speiser D., Krieg A., Guillaume P., Cerottini J.C., Romero P. CpG are efficient adjuvants for specific CTL induction against tumor antigen-derived peptide // J. Immunol. 2002. V. 168. P. 1212-1218.

176. Jahrsdorfer В., Weiner G.J. Immunostimulatory CpG oligodeoxynucleotides and antybody therapy of cancer // Semin. Oncol. 2003. V. 30. P. 476-482.

177. Wang X-S., Sheng Z., Ruan Y-B., Guang Y., Yang M.L. CpG oligodeoxynucleotides inhibit tumor growth and reverse the immunosuppression caused by the therapy with 5-fluorouracilin murine hepatoma // World J. Gastroenterol. 2005. V. 11. P. 1220-1224.

178. Wang Q., Carmichael G.G. Effects of length and location on the cellular response to double-stranded RNA // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004. V. 68. P. 432-452.

179. Clemens M.J. PKR a protein kinase regulated by double-stranded RNA // Int. J. Biochem. Cell Biol. 1997. V. 29. P. 945-949.

180. Meurs E., Chong K., Galabru J., Thomas N.S., Kerr I.M., Williams B.R., Hovanessian A.G. Molecular cloning and characterization of the human double-stranded RNA-activated protein kinase induced by interferon // Cell. 1990. V. 62. P. 379-390.

181. Spanggord R.J., Vuyisich M., Beal P.A. Identification of binding sites for both dsRBMs of PKR on kinase-activating and kinase-inhibiting RNA ligands // Biochemistry. 2002. V. 41. P. 4511-4520.

182. Kumar M., Carmichael G.G. Antisense RNA: function and fate of duplex RNA in cells of higher eukaryotes // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. V. 62. P. 1415-1434.

183. Li X.L., Blackford J.A., Hassel B.A. RNase L mediates the antiviral effect of interferon through a selective reduction in viral RNA during encephalomyocarditis virus infection // J. Virol. 1998. V. 72. P. 2752-2759.

184. Alexopoulou L., Holt A.C., Medzhitov R., Flavell R.A. Recognition of double-stranded RNA and activation of NF-kappa В by Toll-like receptor 3 // Nature. 2001. V. 413. P. 732-738.

185. Matsumoto M., Kikkawa S., Kollase M., Miyake К., Seya Т. Establishment of a monoclonal antibody against human Toll-like receptor 3 that blocks double-stranded RNA-mediated signaling // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. V. 293. P. 1364-1369.

186. Hornung V., Barchet W., Schlee M., Hartmann G. RNA recognition via TLR7 and TLR8 // Handb. Exp. Pharmacol. 2008. V. 183. P. 71-86

187. Judge A.D., Sood V., Shaw J.R., Fang D., McClintock K., MacLachlan I. Sequence-dependent stimulation of the mammalian innate immune response by synthetic siRNA // Nat. Biotechnol. 2005. V. 23. P. 457-462.

188. Sioud M. Single-stranded small interfering RNA are more immunostimulatory than their double-stranded counterparts: a central role for 2'-hydroxyl uridines in immune responses // Eur. J. Immunol. 2006. V. 36. P. 1222-1230.

189. Jaffe E.A., Nachman R.L., Becker C.G., Minick C.R. Culture of human endothelial cells derived from umbilical veins. Identification by morphologic and immunologic criteria // J. Clin. Invest. 1973. V. 52. P. 2745-2756.

190. Takada H, Mihara J, Morisaki I, Hamada S. Induction of Interleukin-1 and -6 in Human Gingival Fibroblast. Cultures Stimulated with Bacteroides Lipopolysaccharides // Infection And Immunity.1991; V. 59; N 1; P. 295-301.

191. Van Kuppeveld F.J., Melchers W.J., Willemse H.F., Kissing J., Galama J.M., van der Logt J.T. Detection of Mycoplasma pulmonis in experimentally infected laboratory rats by 16S rRNA amplification // J. Clin. Microbiol.1993. V. 31. P. 524-527.

192. Dussurget O, Roulland-Dussoix D. Rapid, sensitive PCR-based detection of mycoplasmas in simulated samples of animal sera // Appl. Environ. Microbiol. 1994. V. 60. P. 953-959.

193. Salic A., Mitchison TJ. A chemical method for fast and sensitive detection of DNA synthesis in vivo // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2008. V. 105. P. 2415-2420

194. Ausubel F. Short protocols in molecular biology. New York. Wiley &Sons, Inc. 1993.

195. Лактионов П.П., Тамкович С.II., Симонов П.А., Рыкова Е.Ю., Власов В.В. Способ выделения дезоксирибонуклеиновых кислот. Заявка на изобретение № 2002126328. Приоритет от 02.10.2002.

196. Berger М., Wood H.G. Purification of the subunits of transcarboxylase by affinity chromatography on avidin-sepharose // J. Biol. Chem. 1975. V. 250. P. 927-933.

197. Lichter P., Cremer T., Borden J., Manuelidis L., Ward D.C. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. P. 224-234.

198. Rubtsov N.B., Rubtsova N.V., Anoprienko O.V., Karamysheva T.V., Shevchenko A.I., Mazurok N.A., Nesterova T.B., Zakian S.M. Reorganization of the X chromosome in voles of the genus Microtus // Cytogenet. Genome Res. 2002. V. 99. P 323-329.

199. Pober J.S., Cotran R.S. The role of endothelial cells in inflammation // Transplantation. 1990. V. 50. P. 537-544.

200. Mantovani A., Bussolino F., Introna M. Cytokine regulation of endothelial cell function: from molecular level to the bedside // Immunol. Today. 1997. V. 18. P. 231-40

201. Chen C.C., Manning A.M. TGF-beta 1, IL-10 and IL-4 differentially modulate the cytokine-induced expression of IL-6 and IL-8 in human endothelial cells // Cytokine. 1996. V. 8. P. 5865.

202. Bevilacqua M.P., Pober J.S., Mendrick D.L.,Cotran R.S., Gimbrone M.A. Identification of an indicible endothelial-Ieukocyte adhesion molecule // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 84. P. 9238-9242.

203. Sadler J.E. Biochemistry and genetics of von Willebrand factor // Annu. Rev. Biochem. 1998. V. 67. P. 395-424.

204. Smith C.W. Leukocyte-endothelial cell interactions // Semin. Hematol. 1993. V. 30. P. 45-53

205. Razin S., Yogev D., Naot Y. Molecular biology and pathogenicity of mycoplasmas // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. V. 64. P. 1094-1156.

206. Labarca, C., and Paigen, K. A simple, rapid, and sensitive DNA assay procedure // Anal. Biochem. 1980. V. 102. P. 344-352.

207. Gallagher S.R. Quantitation of DNA and RNA with absorption and fluorescence spectroscopy // Curr. Protoc. Mol. Biol. 2011. Appendix 3:3D.

208. Khan H., Smit A, Boissinot S. Molecular evolution and tempo of amplification of human LINE-1 retrotransposons since the origin of primates // Genome Res. 2006. V. 16. P. 78-87.

209. Sunami E., Vu A.T., Nguyen S.L., Giuliano A.E., Hoon D.S. Quantification of LINE1 in circulating DNA as a molecular biomarker of breast cancer // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 V. 1137. P.171-174.

210. Lecoeur H. Nuclear apoptosis detection by flow cytometry: influence of endogenous endonucleases // Exp. Cell Res. 2002. V. 277. P. 1-14.

211. Hr¡stov M., Erl W., Linder S., Weber P.C. Apoptotic bodies from endothelial cells enhance the number and initiate the differentiation of human endothelial progenitor cells in vitro // Blood. 2004. V. 104. P. 2761-2766.

212. Vlassov A.V., Magdaleno S., Setterquist R., Conrad R. Exosomes: Current knowledge of their composition, biological functions, and diagnostic and therapeutic potentials // Biochim. Biophys. Acta. 2012. V. 1820. P. 940-948.

213. De Almeida C.J., Linden R. Phagocytosis of apoptotic cells: a matter of balance // Cell. Mol. Life Sci. 2005. V. 62. P. 1532-1546.

214. Fadok V.A. Clearance: the last and often forgotten stage of apoptosis // J. Mammary. Gland. Biol. Neoplasia. 1999. V. 4. P. 203-211.

215. Radic M., Marion T., Monestier M. Nucleosomes are exposed at the cell surface in apoptosis // J. Immunol. 2004. V. 172. P. 6692-6700

216. Zhao H., Bose S., Tuominen E.K., Kinnunen P.K. Interactions of histone HI with phospholipids and comparison of its binding to giant liposomes and human leukemic T cells // Biochemistry. 2004. V. 43. P. 10192-10202.

217. Allera C., Lazzarini G., Patrone E., Alberti I., Barboro P., Sanna P., Melchiori A., Parodi S., Balbi C. The condensation of chromatin in apoptotic thymocytes shows a specific structural change// J. Biol. Chem. 1997. V. 272. P. 10817-10822.

218. Lincoln C.K., Gabridge M.G. Cell culture contamination: sources, consequences, prevention, and elimination // Methods Cell. Biol. 1998. V. 57. P. 49-65.

219. Gahan P.B., Stroun M. The virtosome a novel cytosolic informative entity and intercellular messenger// Cell. Biochem. Funct. 2010. V. 28. P. 529-538.

220. Vollenbroich D., Pauli G., Ozel M., Vater J. Antimycoplasma properties and application in cell culture of surfactin, a lipopeptide antibiotic from Bacillus subtilis // Appl. Environ. Microbiol. 1997. V. 63. P. 44-49.

221. Long B.H. Mechanisms of action of teniposide (VM-26) and comparison with etoposide (VP-16) // Semin. Oncol. 1992. V. 19. P. 3-19.

222. Montecucco A., Biamonti G. Cellular response to etoposide treatment // Cancer Lett. 2007. V. 252. P. 9-18.

223. Adams J.M. Ways of dying: multiple pathways to apoptosis // Genes Dev.2003. V. 17. P. 2481-2495.

224. Khammanit R., Chantakru S., Kitiyanant Y., Saikhun J. Effect of serum starvation and chemical inhibitors on cell cycle synchronization of canine dermal fibroblasts // Theriogenology. 2008. V. 70. P. 27-34.

225. Iyer V., Eisen V., Ross D. The transcriptional program in the response of human fibroblasts to serum. // Science. 1998. V. 283. P. 83-87.

226. Andersson U., Matsuda T. Human interleukin 6 and tumor necrosis factor alpha production studied at a single-cell level // Eur. J. Immunol. 1989. V. 19. P. 1157-1160.

227. Hilton H. Mollenhauer, D. James Morre, Loyd D. Rowe Alteration of intracellular traffic by monensin; mechanism, specificity and relationship to toxicity // Biochim. Biophis. Acta. 1998. V. 1031. P. 225-246.

228. Hamon Y., Luciani M.F., Becq F., Verrier В., Rubartelli A., Chimini G. Interleukin-lbeta secretion is impaired by inhibitors of the ATP binding cassette transporter, ABC1. // Blood. 1997. V. 90. P. 2911-2915.

229. Nickel W. The mystery of nonclassical protein secretion. A current view on cargo proteins and potential export routes.//Eur. J. Biochem. 2003. V. 270. P 2109-2119.

230. Karres I., Kremer J.-P., Dietl I., Steckholzer U, Jochum M., Ertel W. Chloroquine inhibits proinflammatory cytokine release into human whole blood // Am. J. Physiol. 1998. V. 274. P. 1058-1064

231. Slee E.A., Zhu H., Chow S.C., MacFarlane M., Nicholson D.W., Cohen G.M. Benzyloxycarbonyl-Val-Ala-Asp (OMe) fluoromethylketone (Z-VAD.FMK) inhibits apoptosis by blocking the processing of CPP32 // Biochem. J. 1996. V. 315. P. 21-24.

232. Pepys M.B., Butler P.J. Serum amyloid P component is the major calcium-dependent specific DNA binding protein of the serum // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987. V. 148, P. 308313.

233. Dullea R.G., Robinson J.F., Bedford J.S. Nonrandom degradation of DNA in human leukemic cells during radiation-induced apoptosis // Cancer Res. 1999. V. 59. P. 3712-3718.

234. Рубцов Н.Б. Методы работы с хромосомами млекопитающих: Учеб. пособие // Новосиб. гос. ун-т. Новосибирск. 2006.

235. Costa G.L., Weiner M.P. Polishing with T4 or Pfu polymerase increases the efficiency of cloning of PCR fragments // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. N. 2423.

236. Pheiffer В. H., Zimmerman S.B. Polymer-stimulated ligation: enhanced blunt- or cohesive-end ligation of DNA or deoxyribooligonucleotides by T4 DNA ligase in polymer solutions // Nucleaic Acid Res. 1983. V. 11. P. 7853-7869.

237. Лебедев И.Н., Черемных А.Д., Назаренко C.A., Светлаков А.В. Полиогеномная амплификация ДИК: современные достижения и перспективы использования в преимплантационной генетической диагностике // Проблемы репродукции. 2005. Т. 5. С. 60-67.

238. Li J., Harris L., Mamón H., Kulke М.Н., Liu W. Zhu P., Makrigiorgos G.M. Whole genom amplification of plasma-circulating DNA enables expanded screening for allelic imbalance in plasma // Journal of Molecular Diagnostics. 2006. V. 8. P. 22-30.

239. Valgardsdottir R, Chiodi I, Giordano M, Rossi A., Bazzini S., Ghigna C., Riva S., Biamonti G. Transcription of Satellite III non-coding RNAs is a general stress response in human cells. Nucleic Acids Res. 2008. V. 36. P. 423-434.

240. Shiels C., Coutelle C., Huxley C. Continuous arrays of satellites 1, 3, and beta form a 1.5-Mb domain on chromosome 22p // Genomics. 1997. V. 44. P. 35-44.

241. Therkelsen A. J., Nielsen A., Kolvraa S. Localization of the classical DNA satellites on human chromosomes as determined by primed in situ labelling (PRINS) // Hum. Genet. 1997. V. 100. P. 322-326.

242. Tagarro I., Fernandez-Peralta A.M., Gonzalez-Aguilera J.J. Chromosomal localization of human satellites 2 and 3 by a FISH method using oligonucleotides as probes // Hum. Genet. 1994. V. 93. P. 383-388.

243. Vodenicharov M., Markova D. Z., and Djondjurov L. P. Spontaneous apoptosis in mouse F4N-S erythroleukemia cells induces a nonrandom fragmentation of DNA // DNA Cell. Biol. 1996. V. 15. P. 287-296.

244. Gazit В., Panet A., and Cedar H. Reconstitution of a deoxyribonuclease I-sensitive structure on active genes// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. P. 1787-1790.

245. Gazit В., and Cedar H. Nuclease sensitivity of active chromatin // Nucleic Acids Res. 1980. V. 8. P. 5143-5155.

246. Metz A., Soret J., Vourch C., Tazi J., Jolly C. A key role for stress-induced satellite III transcripts in the relocalization of splicing factors into nuclear stress granules // J. Cell. Sci. 2004. V. 117. P. 4551-4558.

247. Enukashvily N.I., Donev R., Waisertreiger I.S., Podgornaya O.I. Human chromosome 1 satellite 3 DNA is decondensed, demethylated and transcribed in senescent cells and in A431 epithelial carcinoma cells // Cytogenet. Genome Res. 2007. V. 118. P. 42-54.