Последовательности эндогенных ДНК, специфично связывающиеся с поверхностью эндотелиальных клеток тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат наук Черноносова, Вера Сергеевна

• Черноносова, Вера Сергеевна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Черноносова, Вера Сергеевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Дезоксирибонуклсиновыс кислоты, связанные с поверхностью клеток ^

1.1.1. Общие свойства ДНК с клеточной поверхности

1.1.2. Взаимодействие ДНК с потенциальными мишенями на поверхности

13

клеток

1.2. Синтетические молекулы ДНК, формирующие комплексы с

18

клеточными белками

1.2.1. "ДНК-ловушки" - регуляторы экспрессии генов

1.2.2. ДНК-аптамеры, ингибирующие функции белков

1.2.3. ДНК-аптамеры к поверхностным маркерам эукариотичсских клеток

1.2.4. Особенности последовательностей ДНК, эффективно связывающихся с

29

эпитопами клеточной поверхности и проникающих в клетки

1.3. Эндотелиальные клетки - удобная модель для исследования

32

внеклеточных ДНК, связанных с поверхностью клеток

1.3.1. Общее строение эндотелиоцитов

1.3.2. Функции, рецепторы и сскрсторные белки ондотелиальных ¡слеток 34 Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы ^

2.2. Олигонуклеотиды

2.3. Методы ^

2.3.1. Клетки и условия их культивирования ^

2.3.2. Электрофорез Д11К и ОД11

2.3.3. Выделение ДНК и ОДН из геля при помощи электроэлюции ^

2.3.4. Получение трипсинового элюата с поверхности клеток ^

2.3.5. Активация сефарозы СЬ-4В бромцианом ^

2.3.6. Выделения ДНК из нуклеопротеиновых комплексов трипсинового

элюата клеток

2.3.7. Получение и выделение [32Р] - меченых ОДН и фрагментов ДНК

43

2.3.8. Получение двуцепочечных адаптеров ^

2.3.9. Лигирование фланкирующих ОДН к 5'- и 3-' концам модельного ОДН

2.3.10. Лигирование фланкирующих ОДН к 3'- и 5'- концам [32Р] - меченых

оцДНК

45

46

2.3.11. ПЦР-амплификация продуктов лигирования м выделение Г1ЦР-иродуктов из реакционной смеси

2.3.12. Наработка клеток E.coli штамм JM 109 для трансформации

2.3.13. Трансформация клеток E.coli плазмидиой ДНК

2.3.14. Выделение плазмидиой ДНК из клеток E.coli

2.3.15. Подготовка плазм иды pBlueScript 11 KS и Г1ЦР-иродуктов для лигирования по липким концам

2.3.16. Лнгирование ПЦР-продуктов в плазмиду pBlueScript 11 KS по липким

концам

2.3.17. Получение супернатантов для определения распределения [32Р] -меченых олигонуклеотидов в клет ках

2.3.18. Выделение ДНК и определение концентрации при помощи флуоресцентного метода

2.3.19. Выделение РНК из мембранно-цитозольной фракции эукариотических

клеток на стекловолокнистых сорбентах

2.3.20. Экспрессия тканеспецифических генов в культуре эукариотических

клеток

2.3.21. Подготовка слайдов для флуоресцентной микроскопии ^

2.3.22. Подготовка слайдов для хромосомного анализа эндотелиальиых

клеток

2.3.23. Подготовка образцов для исследования накопления олигонуклеотидов, модифицированных флуоресцеином, в клетках при помощи проточной цитометрии

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Введение

3.2. Культивирование и характсризация эндотелиальиых клеток

55

человека

3.3. Исследование низкомолскулярных ДНК, связанных с поверхностью эндогелноцитов

3.4. Разработка методологии выделения коротких ДНК, "прочно" связанных с поверхностью клеток

3.5. Разработка протокола лигирования фланкирующих ОДН к оцДНК в условиях низких концентраций оцДНК-мишеней

3.6. Выделение, амплификация, клонирование и секвепирование коротких ДНК с клеточной поверхности эндо гелноци гов

3.7. Исследование связывания коротких олигонуклеотидов с эндотелиальнымн клетками

3.8. Компьютерный анализ геномной ДНК человека и выявление участков ДНК, содержащих кластеры отсеквенированных ДНК мотивов

3.9. Взаимодействие с эндотелиоцптами олигонуклеотидов, содержащих отсеквеиироваиные ДНК мотивы 95 3.9.1. Исследование взаимодействия [,2Р]-меченых олигонуклеотидов с эндотелиальнымн клетками

3.9.2. Исследование взаимодействия олигонуклеотидов с клетками методами

флуоресцентной микроскопии и прогонной цитофлюорометрии

Заключение

ВЫВОДЫ ИЗ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Последовательности эндогенных ДНК, специфично связывающиеся с поверхностью эндотелиальных клеток»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы и степень ее разработанности

В работах прошлого века [1-2] и в ряде современных работ [3-5J было показано, что на поверхности клеток постоянно находятся нуклеиновые кислоты (НК), которые имеют эндогенное происхождение [6-71, а их присутствие на поверхности клеток не зависит от типа исследуемых тканей [8]. Известно, что часть таких нуклеиновых кислот может быть элюировапа с клеточной поверхности обработкой клеток реагентами, связывающими двухвалентные ионы металлов, и, по-видимому, связана с фосфолипидами клеточной поверхности через мосгики, формируемые двухвалентными катионами, как это было показано в работе Беляева 1I.K. [9]. Оставшиеся после обработки клеток раствором ЭДТА нуклеиновые кислоты более "'прочно" связаны с клеточной поверхностью, только частично деградируют под действием НК-гидролизующих ферментов [10], и могут быть элюированы с клеточной поверхности в составе комплексов с белками в результате обработки клеток трипсином [11-12].

В настоящее время практически отсутствует информация о последовательностях внеклеточных нуклеиновых кислот, элюируемых с поверхности клеток. Следует отметить, что "прочное" связывание нуклеиновых кислог с клеточной поверхностью может быть обеспечено разными способами - сиквенс-специфичным взаимодействием поверхностных связывающих сайтов с соответствующей ДНК, многоточечным связыванием длинных молекул нуклеиновых кислот с клеточной поверхностью, связыванием молекул посредников с нуклеиновыми кислотами и плазматической мембраной или суперпозицией этих взаимодействий. Известно, что с поверхностью клеток связаны молекулы нуклеиновых кислот разного размера [5]. Если в случае длинных молекул их прочное связывание может быть обеспечено многоточечным взаимодействием с поверхностью клеток, то короткие нуклеиновые кислоты могут быть связаны "прочно" только благодаря специфическому взаимодействию с поверхностными структурами клеток. На поверхности эукариотических клеток было обнаружено множество олигонуклеотид-связывающих белков, способных с высоким сродством взаимодействовать с короткими нуклеиновыми кислотами [13]. Разнообразие таких белков, вероятно связано с тем. что в многочисленных исследованиях были использованы разные клетки, преимущественно, клетки длительно культивируемых клеточных линий. Поскольку клетки длительно культивируемых линий значительно отличаются от клеток тканей организма по целому

ряду функциональных характеристик (несбалансированный набор хромосом, скорость пролиферации, низкий уровень апоптоза, неограниченный рост, неспособность к контактному торможению, ответу на некоторые стимулирующие/ингибирующие сигналы и т.д.), и, вполне вероятно, по составу белков цитоплазматической мембраны, в качестве экспериментальной модели в представленной работе были выбраны первичные эндотелиальные клетки из пупочной вены человека, которые можно культивировать in vitro [14]. Наряду с барьерной, гемостатической, вазомоторной, сосудообразующей и транспортной функциями эндотелиоциты участвуют в развитии воспалительного процесса (рецепторная и секреторная функции) [15-16]. Известно, что на их поверхности экспресеированы рецепторы иммунной системы и в ответ на стимулирующие сигналы они могут секретировать молекулы адгезии и цитокины [17-19]. Более того, для этих клеток исследована динамика изменения концентрации внеклеточных ДНК, как в культуральной среде клеток, так и на клеточной поверхности [20]. Такой набор свойств делает эндотелиальные клетки удобной моделью для исследования молекул ДНК, '"прочно" связанных с поверхностью эукариотических клеток (скпДПК). Данные о последовательностях ДНК. отвечающих за прочное связывание с поверхностью эндотелиоцитов, необходимы для поиска мишеней нуклеиновых кислот, связанных с поверхностью клеток, и выявления процессов, в регуляцию которых могут быть вовлечены скпДНК, а так же механизмы влияния скпДНК на эти процессы.

Цели и задачи

Целью представленной работы было выделение и идентификация ДНК, "прочно" связанных с поверхностью первичных эндотелиальных клеток человека.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

- Определить размер фрагментов ДНК, "прочно" связанных с поверхностью эндотелиальных клеток;

- Разработать метод выделения фрагментов ДНК, отвечающих за "прочное" связывание с поверхностью эндотелиальных клеток;

- Идентифицировать последовательности, участвующие в "прочном'* связывании ДНК с поверхностью эндотелиоцитов;

- Исследовать связывание с клетками и транспорт в клетки олигонуклеотидов, содержащих выявленные последовательности ДНК.

Научная новизна

В представленной работе разработан метод выделения коротких фрагментов ДНК, отвечающих за "прочное" связывание с поверхностью эукарпотических клеток. Этот подход основан па связывании с ВгС1Ч-сефарозой белковых компонент нуклеопротеиновых комплексов, элюируемых с поверхности клеток обработкой трипсином, с последующим выделением и идентификацией фрагментов ДНК из этих комплексов. Для идентификации коротких одноцепочечных ДНК был разработан протокол лигирования фланкирующих олигонуклеотидов из состава адаптеров к 5'- и З'-концам оцДНК, присутствующих в образцах в концентрации не более 10 пМ. Показано, что конструкция адаптера влияет на эффективность и специфичность лигирования фланкирующих олигонуклеотидов к концам оцДНК.

Используя разработанную методологию, впервые идентифицированы последовательности фрагментов скпДНК длиной 6-14 нуклеотидов, связанные с поверхностью эндогелиальных клеток. Обнаружены мотивы АТССАТ, СТАСОТ, вАТССА, встречающиеся в составе скпДНК с частотой 24.1%, 21.7% и 10.8%, соответственно. Исследовано связывание и проникновение олигонуклеотидов, содержащих идентифицированные мотивы ДНК. а так же их транспорт внутрь эндотелиальных клеток. Обнаружено, что процесс связывания олигонуклеотидов (ОДН) с клеточной мембраной зависит от вторичной структуры нуклеиновой кислоты, а также от комбинации идентифицированных ДНК-мотивов. Продемонстрировано, что олигонуклеотиды транспортируются путем рецептор-опосредованного эндоцитоза. причем выявленные мотивы ДНК определяют их внутриклеточную локализацию. Таким образом, показано, что нуклеотидная последовательность скпДНК является одним из основных факторов, отвечающих за '"прочное" связывание с поверхностью эндотелиальных клеток.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные данные о нуклеотидном составе коротких фрагментов ДНК, отвечающих за "прочное" связывание с поверхностью эндотелиальных клеток, могут быть использованы для поиска белков-мишеней, экспонированных на поверхности клеток и связывающих нуклеиновые кислоты, а так же для исследования биологических функций скпДНК.

Известно, что связывание ДНК с клеточной поверхностью является определяющим фактором их транспорта к клеточным мишеням. Поэтому идентификация последовательностей ДНК, обеспечивающих "прочное'' связывание с поверхностью клеток, может быть использована для эффективной и направленной доставки нуклеиновых кислот в клеточные компартменты. Действительно, результаты представленной работы доказывают, что последовательность нуклеотидов влияет, как на связывание олигонуклеотидов с клетками, так и на их локализацию внутри клеток.

Разработанный протокол лигирования является универсальным и может быть использован для любых одноцепочечных ДНК (оцДНК), присутствующих в образцах в концентрации до 10 пМ.

Методология и методы исследования

В представленной работе для характеризации и оптимизации условий культивирования выделенных эндочелиальных клеток из пуповины человека были использованы ОТ-ПЦР и флуоресцентная гибридизация т situ, а также различные виды микроскопии (фазово-контрастная и флуоресцентная). Нуклеиновые кислоты (НК), элюированные с клеточной поверхности, выделяли из образцов при помощи коммерческих наборов "BioSilica" с последующим определением концентрации НК при помощи флуоресцентных интеркалирующих красителей, а состав и размер связанных с клетками нуклеиновых кислот исследовали при помощи электрофоретического анализа с применением НК-гидролизующих ферментов. СкпДНК из трипеинового элюата, содержащего нуклепротеиновые комплексы с клеточной поверхности, были выделены методом, основанным на использовании аффинного сорбента - сефарозы CL-4B, активированной BrCN. Для идентификации выделенных фрагментов скпДНК к их 5'- и З'-концам лигировали фланкирующие олигонуклеотиды, амплифнцировали полученный продукт лигирования при помощи Г1ЦР с комплементарными фланкирующими ОДН праймерами, лигировали полученный ПЦР-продукт в плазмиду pBlueScript 11 KS, трансформировали E.coli штамма JM 109, выделяли плазмиды из отдельных колоний. Последовательности ДНК вставок в плазмидах определяли секвенированием по Сэнгеру в Центре секвенирования ДНК СО РАН. Исследование связывания олигонуклеотидов с клеточной поверхностью и проникновения их внутрь эндотелиальных клеток изучали при помощи радиоизотопного метода, проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии.

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1.1. Дезоксирибонуклеиновые кислоты, связанные с поверхностью

клеток

1.1.1. Общие свойства ДНК с клеточной поверхности

В соответствие с современными представлениями эндогенные нуклеиновые кислоты постоянно присутствуют во внеклеточной среде, на поверхности клеток крови и любых других эукариотических клеток независимо от происхождения этих клеток, условий их культивирования или функционирования в организме [5-6J. В настоящее время известно, что основными источниками внеклеточных нуклеиновых кислот являются такие процессы, как апоптоз и некроз клеток [21-22J. и, возможно, активная секреция [23-24]. Несмотря на то, что первые данные о наличие нуклеиновых кислот на поверхности клеток были получены много лет назад [1-2], в настоящее время нуклеиновые кислоты, связанные с поверхностью клеток, охарактеризованы поверхностно, а механизмы, вовлеченные в формирование пула эндогенных внеклеточных скпНК, практически не исследованы.

Первые данные о присутствии ДНК на клеточной поверхности были получены в 1975 году при исследовании клеток линии Sarcoma-180 методом электронной микроскопии [1]. Для селективной детекции нуклеиновых кислот при помощи электронной микроскопии был использован метод, основанный па выявлении комплексов платины с пиримидинами. Было обнаружено, что предварительная обработка клеток линии Sarcoma-180 ДНКазой I приводит к исчезновению окрашенных электронно-плотных частиц на клеточной поверхности, в то время как обработка РНКазой А не изменяет количество окрашенных частиц на поверхности клеток. По мнению авторов это свидетельствовало о присутствии ДНК на поверхности раковых клеток. Позднее, используя электрофорез клеток, было продемонстрировано, что обработка мышиных клеток линии Sarcoma-180 НК-гидролизующими ферментами, такими как РНКаза А или ДНКаза I, приводит к уменьшению их электрофоретической подвижности на 19% и 10%, соответственно [25]. Доказательством локализации нуклеиновых кислот на внешней стороне мембраны клеток служили результаты, полученные в экспериментах с использованием нуклеаз, иммобилизованных на частицах агарозы. Было обнаружено, что

обработка клеток иммобилизованными ферментами приводит к уменьшению их электрофоретичеекой подвижности. Поскольку эти данные были получены при исследовании клеток саркомы, долгое время считалось, что наличие нуклеиновых кислот на внешней стороне цнтоплазматической мембраны характерно только для раковых клеток.

В 90-х годах прошлого столетия было обнаружено, что ДНК присутствуют на поверхности не только клеток саркомы, но и на поверхности первичных и трансформированных клеток [8, 20, 26]. В ряде работ под руководством Камерона [26-27] был исследован процесс связывания моноклональных антител против ДНК, выделенных из крови мышей линий МКЬ / МР -ЬРЯ / ЬРЯ, с эндогелиальными клетками, фибробласгами кожи и гломеруляриыми мезангиальными клетками человека. При помощи флуоресцентной микроскопии и иммуноферментного анализа было продемонстрировано, что три из восьми исследуемых моноклональных антител против ДНК взаимодействовали с эндотелиальными клетками и фибробластами кожи [27]. Было обнаружено, что обработка эндотелиальных клеток ДПКазон I приводит к 40% снижению связывания с клетками двух из трех моноклональных антител. В то же время было показано, что предварительная нуклеазная обработка моноклональных антител по-разному влияет на процесс их взаимодействия с клетками НШУЕС: в случае одних антител наблюдается уменьшение связывания с клетками на 60%, а для других -повышение связывания с поверхностью эндотелиальных клеток на 30%. На основании этих данных, авторы работы предположили, что связывание антител может быть опосредовано через ДИК. Позднее при помощи ИФА-метода было показано, что антитела 410 связываются с эндотелиальными и гломеруляриыми мезангиальными клетками в виде ДНК/анти-ДНК иммунного комплекса [26]. а антитела 152 взаимодействуют исключительно с ДНК, связанной с мембраной исследуемых клеток. Было обнаружено, что связывание ДНК с мембраной клеток и гистонами приводит к увеличению связывания обоих антител с клетками НиУЕС. Таким образом, результаты этих работ [26-27] свидетельствуют о том. что ДНК присутствует на поверхности исследуемых клеток, а также о том, что ДНК, связанная с поверхностью клеток, находится в составе различных комплексов, таких как гистоны или ДНК/анти-ДНК иммунные комплексы.

В ряде работ было показано, что ДНК связана с клеточной поверхностью посредством белковых взаимодействий и может быть элюирована с плазматической мембраной в результате обработки клеток 0.125% трипсином [11, 12, 20]. При помощи электрофоретического анализа был исследован размер скпДНК из трипсинового элюата с поверхности эукариотических клеток, а именно с первичных эндотелиоцитов, клеток

линий HeLa и А431, и клеток крови [11, 12, 20]. Было показано, что скпДНК представляют собой преимущественно длинные фрагменты размером 10-20 тысяч пар оснований. Однако на поверхности лейкоцитов и эритроцитов здоровых доноров, кроме высокомолекулярной фракции скпДНК, была обнаружена и низкомолекулярная фракция скпДНК размером от 100-500 до 1000 пар оснований [12].

Морозкин с соавторами исследовали концентрацию скпДНК па клетках различных линий (HUVEC, HeLa и А431) при помощи флуоресцентного метода измерения концентрации ДНК [11, 20]. Было обнаружено, что концентрация скпДНК па первичных эндотелнальных клетках составляет от 120 до 140 нг/ 10г' клеток и эквивалентно 1.08 - 1.25% геномной ДНК, в то время как концентрация скпДНК на клетках линии HeLa и А431 составляет от 40 до 50 иг/10б клеток (эквивалентно 0.36 - 0.45% геномной ДНК) и от 50 до 150 нг/106 клеток (эквивалентно 0.45 - 1.35% геномной ДНК), соответственно. Для линии клеток А431 характерно увеличение количества скпДНК в промежутке от 1 до 8 часов их культивирования с 50 до 150 нг соответственно, а количество скпДНК для первичных эндотелиоцитов и клеток линии HeLa в этом промежутке времени культивирования быстро достигает плато через 4 часа и мало изменяется в течение дальнейшего культивирования клеток. Таким образом, было показано, что для различных клеточных линий количество скпДНК не превышает 1.5% от количества геномной ДНК, однако характер накопления скпДНК на клеточной поверхности во время культивирования клеток зависит от происхождения клеток.

При помощи флуоресцентного метода измерения концентрации ДНК были получены данные по концентрации скпДНК на поверхности клеток крови у здоровых людей и больных раком с различной локализацией первичной опухоли [23]. Было обнаружено, что концентрация скпДНК в крови у больных раком молочной железы (ниже 40 нг/мл крови) достоверно отличается от аналогичной в крови здоровых женщин (106 - 871 нг/мл крови) и больных фиброаденомой молочной железы (40 - 700 нг/мл крови) [28]. Основываясь на этих данных, авторы предлагают использовать метод измерения концентрации скпДНК на клетках крови в качестве одного из подходов для ранней диагностики рака молочной железы. Было показано, что у больных раком легкого концентрация скпДНК на клетках крови отличается как минимум в два раза от концентрации скпДНК у здоровых доноров [29]. Однако существенной разницы в концентрациях скпДНК на клетках крови между больными раком желудка и здоровыми донорами обнаружено не было [30]. Суммируя результаты вышеперечисленных работ, можно сделать вывод о том. что концентрация скпДНК клеток крови зависит от фенотипа и локализации опухоли. Следует отмстить, что причины изменения концентрации

скпДНК и механизмы появления опухолевой ДНК на поверхности клеток крови практически не изучены.

Одной из причин изменения концентрации спкДНК может быть различная активность ДНК-гидролизующих ферментов крови, которая была обнаружена в ряде работ [31-32]. Действительно, в крови у больных системной красной волчанкой наблюдается увеличение концентрации циркДНК, которое коррелирует с уменьшением активности ДНКазы I [33-35]. Однако наличие такой корреляции не было обнаружено в крови больных раком молочной железы [31].

В ряде работ было показано, что внеклеточные нуклеиновые кислоты, связанные с поверхностью клеток крови, могут быть использованы в качестве источника биологического материала для выявления онкоспецифичееких генов-маркеров при различных патологиях [6, 23] и заболеваниях, связанных с трансформацией клеток [4]. Известно, что аберрантное метилирование ДНК является одним из ранних и основных механизмов, приводящих к опухолевой трансформации клеток [36-37]. При исследовании метилирования промоторных областей генов КАКЬе1а2, КА58Р1А и Н1С-1 с помощью ПЦР авторы работы [38] обнаружили, что на поверхности клеток крови у больных фиброаденомой и раком молочной железы присутствуют метилированные ДНК, в то время как в плазме крови этих больных такие ДНК детектируются реже. Используя метод количественной ПЦР было показано, что уровень метилирования промотора гена ЯАЯЬе1а2 во фракции скпДНК клеток крови у больных раком легкого в 7 раз выше по сравнению со здоровыми донорами, а во фракции ДНК из плазмы различается только в 3 раза [39]. Действительно, авторы другой работы [40] наблюдали, что метилированная ДНК связывается с поверхностью клеток крови и эукариотических клеток линии НиУЕС лучше, по сравнению с неметилированной ДНК. Однако, механизм связывания метилированной ДНК с клеточной поверхностью остается неизвестным. Возможно, принципиальным является связывание метилированных СрС-динуклеотидов с белками клеточной поверхности или с клеточной поверхностью связываются заранее сформированные комплексы метилированной ДНК с метил-цитозин связывающими белками.

Вышеописанные данные демонстрируют, что использование скпДНК клеток крови в качестве исследуемого биоматериала способствует увеличению вероятности обнаружения онкомаркеров при различных типах рака по сравнению с ДНК из плазмы крови. Этот факт является неоспоримым достоинством скпДНК как источника диагностического материала, а так же свидетельствует об изменении взаимодействия

внеклеточной ДНК с компонентами плазматической мембраны клетки при заболеваниях, связанных с трансформацией клеток.

Состав скпДНК на поверхности клеток линий HUVEC, HeLa и первичных фибробластов был исследован при помощи FISH-анализа [41]. Авторы работы обнаружили, что для исследуемых клеток скпДНК отличаются по составу представленных последовательностей от геномной ДНК. Для этих клеточных линий скпДНК представлена в основном последовательностями ДНК района 9ql2. Однако, в случае клеток линии HeLa, кроме последовательностей ДНК района 9с}12, наблюдается обогащение ДНК последовательностями районов 5pl 1, 5ql 1 и lql2.

I fa основании литературных данных можно сделать вывод о том, что дезоксирибонуклеиповые кислоты, присутствующие на поверхности клеток крови и эукариотических клеток, имеют различный размер и нуклеотидный состав. Однако вопрос о ключевых факторах, определяющих связывание ДНК с клеточной поверхностью, таких как размер, последовательность или наличие специализированных ДНК-связывающих белков, остается открытым.

1.1.2. Взаимодействие ДНК с потенциальными мишенями на

поверхности клеток

Изучению вопроса о природе взаимодействий нуклеиновых кислот с поверхностью различных клеток посвящен ряд работ, в которых авторы исследовали связывание как экзогенных, так и эндогенных ДНК с клетками в экспериментах in vitro и in vivo.

В частности, было показано, что процесс связывания ДНК с поверхностью клеток зависит от концентрации двухвалентных катионов, таких как Са2+ и Mg"+ в инкубационной среде [9]. Авторы этой работы исследовали механизм связывания экзогенной ДНК с клеточной поверхностью, используя в качестве ДНК - мишени ДНК фага Т7 и плазмидную ДНК pSKA2. а в качестве связывающих ДНК клеток - мышиные фибробласты линии А9 и клетки мышиной миеломы РЗХ6 Ag8.653. Было показано, что клетки этих линий адсорбируют ДНК фага Т7 и плазмидную ДНК pSKA2 в присутствии ионов магния, при этом адсорбция ДНК на поверхности клеток зависит от концентрации ионов Mg+2 в среде. Максимальное количество адсорбированной ДНК было обнаружено при 20 мМ концентрации MgCl2 в растворе и составляло 2500 молекул ДНК фага Т7 на клетку. Авторы наблюдали, что добавление 0.015 М NaCl к клеткам после сорбции ДНК в присутствии MgCb приводит к освобождению основной части адсорбированной ДИК с

поверхности /слеток в среду, в то время как 10-15% ДИК остается необратимо связанной с клетками. Было обнаружено, что предварительная обработка клеток раствором трипсина (25 мкг/мл) не оказывает влияние на способность клеток адсорбировать ДНК на своей поверхности.

Взаимодействие ДНК с липидными мембранами в присутствии двухвалентных ионов металлов было исследовано в ряде работ. В работе Будкера с соавторами было показано, что связывание ДНК с поверхностью природных и искусственных мембран в присутствии ионов магния приводит к частичной денатурации двуцепочечпых молекул ДНК [42]. Авторы работы предположили, что изменение вторичной структуры ДНК происходит за счет взаимодействия гетероциклических оснований ДНК с гидрофобной частью липидной мембраны. Позднее при помощи флуоресцентных методов и метода рентгеновского рассеяния было исследовано взаимодействие ДНК с липидными мембранами в присутствии ионов щелочно-земельных металлов (¡^2+ и Са2+) и переходных металлов (Си2+, №2+, Со2+) [43]. Было обнаружено, что ионы и Са2+

влияют на связывание ДНК с мембраной, в то время как ионы Си2+ вызывают только дестабилизацию двойной спирали ДНК и не участвуют в процессе связывания ДНК с липидными мембранами. Эти данные свидетельствуют о влиянии природы металла на связывание ДНК с мембранами за счет изменения, как структуры липидной мембраны, так и вторичной структуры ДНК.

При исследовании связывания ДНК фага к, меченной тритием, с моноцитами, пейтрофилами и лимфоцитами человека было обнаружено, что [3Н]-меченая ДНК связывается с клеточной поверхностью с константами диссоциации около 10"9М и в количестве 810-2600 молекул ДНК на клетку в зависимости от типа клеток [44]. В работе было показано, что увеличение концентрации катионов Са2+ или в среде до 1 мМ

приводит к увеличению количества ДНК, связанной с клетками, на 20-35%. Отмечалось, что связывание [3Н]-меченой ДНК с клетками является насыщаемым процессом. В отличие от работы Беляева [9], авторы этой работы обнаружили, что связывание ДНК с клетками ингибируется предварительной обработкой клеток различными протеазами, в том числе и трипсином, а также добавлением немеченой ДНК. На основании полученных результатов, авторы предполагают, что ДНК адсорбируется на клетках за счет взаимодействий нуклеиновых кислот с фосфолипидными участками клеточной мембраны, однако данные относительно влияния протеазной обработки на связывание ДНК с клетками указывают на участие белков в этом процессе.

Позднее в ряде работ, посвященных изучению процесса взаимодействия ОДН/ДНК с поверхностью клеток, были подтверждены наблюдения о том, что связывание ДНК с

клетками является насыщаемым процессом [45], а предварительная обработка клеток протеазами (трипсином) приводит к иигибированшо связывания ОДН/ДНК с поверхностью клеток [44, 46]. Результаты, полученные в экспериментах по аффинной модификации белков клеточной поверхности [47-49] свидетельствуют о том, что белки являются основными мишенями для ДНК на мембране различных клеток. Таким образом, вышеперечисленные данные однозначно доказывают то, что в связывании нуклеиновых кислот с поверхностью клеток участвуют белки клеточной мембраны. Действительно, в литературе описано множество белков, участвующих в связывании ОДН и ДНК с поверхностью различных клеток, однако только небольшая часть этих белков идентифицирована [13]. При этом, до сих пор, не сформировано единого мнения о роли того или иного белка в транспорте нуклеиновых кислот, поскольку данные зачастую противоречивы, а часть белков, идентифицированная в экспериментах по изучению связывания ДНК с поверхностью клеток, не относится к мембранным белкам. Одним из таких белков является альбумин, который участвует в связывании экзогенных ДНК в культуре клеточных линий HL60 и Л431 [47, 49]. Было обнаружено, что человеческий альбумин эффективнее связывается с двухцепочечной ДНК, которая конкурентно ингибирует связывание белка с олигонуклеотидами [50-51]. В работе [50] было продемонстрировано, что альбумин способен взаимодействовать с реакционноспособными производными ОДН в сыворотке крови человека, а нуклеопротеиновый комплекс, вероятно, может связываться с альбумин-связывающими белками клеточной поверхности. ДНК-связывающий белок кератин К1 [52], выделенный после аффинной модификации живых клеток линии А431 реакционноспособным производным гаптен-модифицированным ОДН при помощи гаптен-специфичной аффинной хроматографии, был обнаружен на внешней поверхности мембраны эндогелиальных клеток при помощи метода проточной цитометрии [53]. В число идентифицированных ДПК-связывающих белков клеточной поверхности входят цитокератины К2е и К10, гепарин-связывающий интегрпн Мас-1, скавенджер-рсцеитор, моэзин и эзрин [13].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Черноносова, Вера Сергеевна, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Aggarwal, S., Wagner, R., McAllister, P., Rosenberg, B. Cell-surface-associated nucleic acid in tumorigenic cells made visible with platinum-pyrimidine complexes by electron microcopy // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. -1975. -V. 72. -P. 928-932.

2. Bennett, R„ Davis, J., Campbell, S., Portnoff, S. Lactoferrin binds to cell membrane DNA. Association of surface DNA with an enriched population of В cells and monocytes//J. Clin. Invest. -1983. -V. 71. -P. 611-618.

3. Skvortsova, Т., Rykova, E., Tamkovich, S., Bryzgunova, O., Starikov, A., Kuznetsova, N., Vlassov, V., Laktionov, P. Cell-free and cell-bound circulating DNA in breast tumours: DNA quantification and analysis of tumour-related gene methylation // Br. J. Cancer. -2006. -V. 94. -P. 1492-1495.

4. Lit, L., Chan, K., Leung, S„ Lei, K., Chan, L., Chow, K., Chan, A., Lo, Y. Distribution of cell-free and cell-associated Epstein-Barr virus (EBV) DNA in the blood of patients with nasopharyngeal carcinoma and EBV-associated lymphoma // Clin. Chem. -2004. -V. 50.-P. 1842-1845.

5. Rykova, E., Morozkin, E., Ponomaryova, A., Loseva, E., Zaporozhchenko, I., Cherdyntseva, N., Vlassov, V., Laktionov, P. Cell-free and cell-bound circulating nucleic acid complexes: mechanisms of generation, concentration and content // Expert Opin. Biol. Ther. -2012. -V. 12. -P. S141-S153.

6. Fleischhacker, M., Schmidt, B. Circulating nucleic acids (CNAs) and cancer—a survey // Biochim. Biophys. Acta. -2007. -V. 1775. -P. 181-232.

7. Kolodny, G., Culp, L., Rosenthal, L. Secretion of RNA by normal and transformed cells // Exp. Cell. Res. -1972. -V. 73. -P. 65-72.

8. Vlassov, V., Laktionov, P., Rykova, E. Extracellular nucleic acids // Bioessays. -2007. -V. 29. -P. 654-667.

9. Беляев, H., Будкер, В., Горохова, О., Соколов. A. Mg^-зависимое взаимодействие ДНК с эукариотическими клетками // Молекулярная биология. -1988. -Т. 22. -С. 1667-1672.

10. Dorsch; С. Binding of single-strand DNA to human platelets // Thromb. Res. -1981. -V. 24.-P. 119-129.

11. Morozkin, E., Laktionov, P., Rykova, E., Vlassov, V. Extracellular nucleic acids in cultures of long term cultivated eukaryotic cells // Ann. N. Y. Acad Sci. -2004. -V. 1022.-P. 244-249.

12. Lakiionov, P., Tamkovich, S., Rykova, E., Bryzgunova, O., Slarikov, A., Kuznelsova, N., Vlassov, V. Cell-surface-bound nucleic acids: Free and cell-surface-bound nucleic acids in blood of healthy donors and breast cancer patients // Ann. N. Y. Acad. Sci.

' -2004. -V. 1022. -P. 221 -227.

13. Челобанов, Б., Лактионов, П., Власов, В. Белки, участвующие в связывании и поглощении клетками нуклеиновых кислот // Биохимия. -2006. —Т. 71. -С. 725-741.

14. Jaffe, Е., Nachman, R., Becker, С., Minick, С. Culture of human endothelial cells derived from umbilical veins. Identification by morphologic and immunologic criteria // J. Clin. Invest. -1973. -V. 52. -P. 2745-2756.

15. Simionescu, M., Antohe, F. Functional ultrastructure of the vascular endothelium: changes in various pathologies // Handb. Exp. Pharmacol. -2006-V. 176. -P. 41-69.

16. Rajendran, P., Rengarajan, Т., Thangavel, J., Nishigaki, Y., Sakthisekaran, D., Sethi, G., Nishigaki, I. The vascular endothelium and human diseases // Int. J. Biol. Sci. -2013.-V. 9.-P. 1057-1069.

17. Shen, X., Xu, S., Jin, C., Ding, F., Zhou, Y., Fu, G. Interleukin-8 prevents oxidative stress-induced human endothelial cell senescence via telomerase activation // Int. Immunopharmacol. -2013. -V. 16. -P. 261-267.

18. Wegener, J., Seebach, J. Experimental tools to monitor the dynamics of endothelial barrier function: a survey of in vitro approaches // Cell Tissue Res. -2014. -DO!. 10.1007/s00441-014-1810-3.

19. Nijhuis, C., Vellenga, E., Daenen, S., Kamps, W., Bont, E. Endothelial cells are main producers of interleukine 8 through Toll-like reseptor 2 and 4 signaling during bacterial infection in leukopenic cancer patioents // Clin. Diag. Lab. Immunol. -2003. -V. 10. -P. 55S-563.

20. Морозкин, E.. Сильников, В., Рыкова, Е., Власов, В.. Лактионов, П. Внеклеточная ДНК в культуре первичных и трансформированных клеток, инфицированных и не инфицированных микоплазмой // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. -2009. -Т. 147. -С. 67-70.

21. Jahr, S., Hentze, Н., Englisch, S., Hardt, D., Fackelmayer, F„ Hesch, R., Knippers R. DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells // Cancer Res. -2001. -V. 61. -P. 1659-1665.

22. Gonzalez-Masia, J., Garcia-Olmo, D., Garcia-Olmo, D. Circulating nucleic acids in plasma and serum (CNAPS): applications in oncology // Onco Targets Ther. -2013. -V. 6.-P. 819-832.

23. Vlassov, V., Laktionov, P., Rykova E. Circulating nucleic acids as a potential source for cancer biomarkers // Curr. Mol. Med. -2010. -V. 10. -P. 142-165.

24. Anker, P., Stroun, M., Maurice, P. Spontaneous release of DNA by human blood lymphocytes as shown in an in vitro system // Cancer Res. -1975. -V. 35. -P. 2375-2382.

25. Juckett, D., Rosenberg, B. Actions of cis-diamminedichloroplatinum on cell surface nucleic acids in cancer cells as determined by cell electrophoresis techniques // Cancer Res. -1982. -V. 42. -P. 3565-3573.

26. Chan, Т., Frampton, G., Staines, N., Hobby, P., Perry, G., Cameron, J. Different mechanisms by which anti-DNA MoAbs bind to human endothelial cells and glomerular mesangial cells // Clin. Exp. Immunol. -1992. -V. 88. -P. 68-74.

27. Frampton, G., Hobby, P., Morgan, A., Staines, N., Cameron, J. A role for DNA in anti-DNA antibodies binding to endothelial cells // J. Autoimmun. -1991. -V. 4. -P. 463-478.

28. Тамкович, С.. Лактионов, П., Брызгунова. О., Стариков. А., Рыкова. Е., Кузнецова. Н., Пермякова, В., Влассов, В. Уровень внеклеточных нуклеиновых кислот, связанных с поверхностью форменных элементов крови, в диагностике рака молочной железы // Молек. медицина. -2005. -Т. 2. -С. 46-50.

29. Tamkovich, S., Litviakov, N., Bryzgunova, O., Dobrodeev, A., Rykova, E., Tuzikov, S., Zav'ialov, A., Vlassov, V., Cherdyntseva, N., Laktionov, P. Cell-surface-bound circulating DNA as a prognostic factor in lung cancer // Ann. N. Y. Acad. Sei. -2008. -V. 1137.-P. 214-217.

30. Kolesnikova, E., Tamkovich, S., Bryzgunova, O., Shelestyuk, P., Permyakova, V., Vlassov, V., Tuzikov, A., Laktionov, P., Rykova, E. Circulating DNA in the blood of gastric cancer patients // Ann. N. Y. Acad. Sei. -2008. -V. 1137. -P. 226-231.

31. Тамкович, С., Лактионов, П., Рыкова. Е., Стариков, А., Скворцова. Т., Кузнецова, Н., Пермякова, В., Влассов. В. Уровень внеклеточных нуклеиновых кислот в плазме крови здоровых доноров и больных с опухолями молочной железы // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. -2005. -Т. 139. -С. 462-464.

32. Roupret, M., Hupertan, V., Catto, J., Yates, D., Rehman, I., Proctor, L., Phillips, J., Meuth, M., Cussenot, O., Hamdy, F. Promoter hypermethylation in circulating blood cells identifies prostate cancer progression // Int. J. Cancer. —2008. -V. 122. -P. 952-956.

33. Galeazzi, M., Morozzi, G., Piccini, M., Chen, J., Bellisai, F., Fineschi, S., Marcolongo, R. Dosage and characterization of circulating DNA: present usage and possible applications in systemic autoimmune disorders // Autoimmunity Rev. -2003. —V. 2. -P. 50-55.

34. Bodano, A., Gonzalez, A., Ferreiros-Vidal, I., Balada, E., Ordi, J., Carreira, P., Gomez-Reino, J.,Conde, C. Association of a non-synonymous single-nucleotide polymorphism of DNasel with SLE susceptibility // Rheumatology. -2006. -V. 45. -P. 819-823.

35. Martinez-Valle, F., Balada, E., Ordi-Ros, J., Bujan-Rivas, S., Sellas-Fernandez, A., Vilardell-Tarres, M. DNase 1 activity in patients with systemic lupus erythematosus: relationship with epidemiological, clinical, immunological and therapeutical features // Lupus. -2009. -V. 18. -P. 418-423.

36. Coppede, F. Epigenetic biomarkers of colorectal cancer: Focus on DNA methylation // Cancer Lett. -2014. -V. 342. -P. 238-247.

37. Лихтенштейн. А.. Киселева, 11. Метилирование ДНК и канцерогенез // Биохимия. -2001.-Т. 66.-С. 293-317.

38. Rykova, Е., Laktionov, P., Skvortsova, Т., Starikov, A., Kuznetsova, N., Vlassov, V. Extracellular DNA in breast cancer: Cell-surface-bound, tumor-derived extracellular DNA in blood of patients with breast cancer and nonmalignant tumors // Ann. N. Y. Acad. Sci. -2004. -V. 1022. -P. 217-220.

39. Ponomaryova, A., Rykova, E., Cherdyntseva, N., Skvortsova, Т., Dobrodeev, A., Zav'yalov, A., Tuzikov, S., Vlassov, V., Laktionov, P. RARp2 gene methylation level in the circulating DNA from blood of patients with lung cancer // Eur. J. Cancer Prev. -2011.-V. 20.-P. 453-455.

40. Skvortsova, T„ Bryzgunova, O., Lebedeva, A., Мак, V., Vlassov, V., Laktionov, P. Methylated Cell-Free DNA In Vitro and In Vivo // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum, P.B. Gahan (ed.). -2011. -P. 185-194.

41. Morozkin, E., Loseva, E., Morozov, I., Kurilshikov, A., Bondar, A., Rykova, E., Rubtsov, N., Vlassov, V., Laktionov, P. A comparative study of cell-free apoptotic and genomic DNA using FISH and massive parallel sequencing// Expert Opin. Biol. Ther. -2012.-V. 12.-P. S11-S17.

42. Budkcr, V., Godovikov, A., Naumova, L., Slepneva, I. Interaction of polynucleotides with natural and model membranes // Nucleic Acids Res. -1980. -V. 8. -P. 2499-2515.

43. Lengyel, A., Uhrikova, D., Klacsova, M., Balgavy, P. DNA condensation and its thermal stability influenced by phospholipid bilayer and divalent cations // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. -2011. -V. 86. -P. 212-217.

44. Bennett, R., Gabor, G., Merritt, M. DNA binding to human leukocytes. Evidence for a receptor-mediated association, internalization, and degradation of DNA // J. Clin. Invest. -1985. -V. 76. -P. 2182-2190.

45. Yakubov, L., Deeva, E., Zarytova, V., Ivanova, E., Ryte, A., Yurchenko, L., Vlassov, V. Mechanism of oligonucleotide uptake by cells: involvement of specific receptors? // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. -1989. -V. 86. -P. 6454-6458.

46. Yao, G., Corrias, S., Cheng, Y. Identification of two oligodeoxyribonucleotide binding proteins on plasma membranes of human cell lines // Biochem. Pharmacol. -1996. -V.51.-P. 431-436.

47. Geselowitz, A., Neckers, L. Bovine serum albumin is a major oligonucleotide-binding protein found on the surface of cultured cells // Antisense Res. Dev. -1995. -V. 5. -P. 213-217.

48. Паутова, Jl., Рыкова, E., Лактионов, П., Власов. В. Исследование взаимодействия полиреактивных антител с нуклеиновыми кислотами с помощью алкилирующих производных олигонуклеотидов // Молекулярная биология. —1996. -Т. 30. -С. 941-950.

49. Chelobanov, В., Laktionov, P., Kharkova, М., Rykova, Е., Vlassov, V. Isolation of nucleic acid binding proteins: an approach for isolation of cell surface, nucleic acid binding proteins // Ann. N. Y. Acad. Sci. -2004. -V. 1022. -P. 239-243.

50. Лактионов, П.. Брыксин, А., Рыкова, E., Власов, В. Исследование олигонуклеотид-белковых взаимодействий в крови in vivo // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. -1999. -Т. 127. -С. 654-657.

51. Власов, В., Паутова, Л.. Рыкова, Е.. Якубов, Л. Взаимодействие олигонуклеотидов с белками сыворотки крови // Биохимия. -1993. -Т. 58. -С. 1247-1251.

52. Челобанов. Б., Лактионов, П., Харькова, М.. Рыкова, Е., Пышный, Д., Пышная, И.. Маркус, К., Мейер, Г.; Власов. В. Взаимодействие кератина К1 с нуклеиновыми кислотами на поверхности клеток // Биохимия. —2003. —Т. 68. -С. 1540-1549.

53. Mahdi, F., Shariat-Madar, Z., Todd, R., Figueroa, C., Schmaier, A. Expression and colocalization of cytokeratin J and urokinase plasminogen activator receptor on endothelial cells // Blood. -2001. -V. 97. -P. 2342-2350.

54. Watson, K., Gooderham, N., Davies, D., Edwards, R. Nucleosomes bind to cell surface proteoglycans // J. Biol. Chem. -1999. -V. 274. -P. 21707-21713.

55. Koutouzov, S., Cabrespines, A., Amoura, Z., Chabre, H., Lotton, C., Bach, J. Binding of nucleosomes to a cell surface receptor: redistribution and endocytosis in the presence of lupus antibodies // Eur. J. Immunol. -1996. -V. 26. -P. 472-486.

56. Casciola-Rosen, L., Anhalt, G., Rosen, A. Autoantigens targeted in systemic lupus erythematosus are clustered in two populations of surface structures on apoptotic keratinocytes//J. Exp. Med.-1994.-V. 179.-P. 1317-1330.

57. Bickerstaff, M., Botto, M., Hutchinson, W., Herber, J., Tennent, G., Bybee, A., Mitchell, D., Cook, H., Butler, P., Walport, M., Pepys, M. Serum amyloid P component controls chromatin degradation and prevents antinuclear autoimmunity // Nat. Med. — 1999. -V. 5. -P. 694-697.

58. Pepys, M., Butler, P. Serum amyloid P component is the major calcium-dependent specific DNA binding protein of the serum // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1987. -V. 148. -P. 308-313.

59. Gupta, G., Agrawal, D. CpG oligodeoxynucleotides as TLR9 agonists: therapeutic application in allergy and asthma // BioDrugs. -2010. -V. 24. -P. 225-235.

60. Miyake, K. Nucleic acid-sensing Toll-like receptors: beyond ligand search // Adv. Drug Deliv. Rev. -2008. -V. 60. -P. 782-785.

61. Ewaschuk, J., Backer, J., Churchill, T., Obermeier, F., Krause, D., Madsen, K. Surface expression of Toll-like receptor 9 is upregulated on intestinal epithelial cells in response to pathogenic bacterial DNA // Infect. Immun. -2007. -V. 75. -P. 2572-2579.

62. Brikos, C., O'Neill, L. Signalling of toll-like receptors // Handb. Exp. Pharmacol. -2008.-V. 183.-P. 21-50.

63. Ivanov, S., Dragoi, A., Wang, X., Dallacosta, C., Louten, J., Musco, G„ Sitia, G., Yap, G„ Wan, Y., Biron, C., Bianchi, M„ Wang, H„ Chu, W. A novel role for HMGB1 in TLR9-mediated inflammatory responses to CpG-DNA // Blood. -2007. -V. 110. -P. 1970-1981.

64. Stott, K., Tang, G., Lee, K., Thomas, J. Structure of a complex of tandem HMG boxes and DNA // J. Mol. Biol. -2006. -V. 360. -P. 90-104.

65. Scaffidi, P., Misteli, T., Bianchi, M. Release of chromatin protein HMGB1 by necrotic cells triggers inflammation // Nature. -2002. -V. 418. -P. 191-195.

66. Tian, J., Avalos, A., Mao, S., Chen, В., Senthil, K., Wu, H., Parroche, P., Drabic, S., Golenbock, D., Sirois, C., Hua, J., An, L., Audoly, L., La Rosa, G., Bierhaus, A., Naworth, P., Marshak-Rothstein, A., Crow, M., Fitzgerald, K„ Latz, E., Kiener, P., Coyle, A. Toll-like receptor 9-dependent activation by DNA-containing immune complexes is mediated by PIMGB1 and RAGE // Nat. Immunol. -2007. -V. 8. -P. 487-496.

67. Veeranki, S., Choubey, D. Interferon-inducible p200-family protein IFI16, an innate immune sensor for cytosolic and nuclcar double-stranded DNA: regulation of subcellular localization // Mol. Immunol. -20J2. -V. 49. -P. 567-571.

68. Takaoka, A., Wang, Z., Choi, M., Yanai, H., Negishi, H., Ban, Т., Lu, Y., Miyagishi, M., Kodama, Т., Honda, K., Ohba, Y., Taniguchi, T. DAI (DLM-1/ZBP1) is a cytosolic DNA sensor and an activator of innate immune response // Nature. —2007. —V. 448. -P. 501-505.

69. Roberts, L., Idris, A., Dunn, A., Kelly, M., Burnton, M., Hodgson, S., Hardy, L., Garceau, V., Sweet, J., Ross, L., Hume, A., Stacey, J. HIN-200 proteins regulate caspase activation in response to foreign cytoplasmic DNA // Science. -2009. -V. 323. -P. 1057-1060.

70. Cherepanova, A., Bushuev, A., Kharkova, M., Vlassov, V., Laktionov, P. DNA inhibits dsRNA-induced secretion of pro-inflammatory cytokines by gingival fibroblasts // Immunobiology. -2013. -V. 218. -P. 272-280.

71. Черноносова, В., Черепанова, А., Бушуев, А., Лактионов, П., Влассов, В. Способ селекции фрагментов ДНК, прочно связанных с белками клеточной поверхности и обладающих иммуномодулирующей активностью // Патент №2393230 от 27.06.2010.

72. Goodchild. J. Therapeutic oligonucleotides // Methods Mol. Biol. -2011. -V. 746. -P. 1-15.

73. Bhindi, R., Fahmy, R., Lowe, H., Chesterman, C., Dass, C., Cairns, M., Saravolac, E., Sun, L., Khachigian, L. Brothers in arms: DNA enzymes, short interfering RNA, and the emerging wave of small-molecule nucleic acid-based gene-silencing strategies // Am. J. Pathol.-2007.-V. 171.-P. 1079-1088.

74. Lee, R., Crosby, J., Baker, В., Graham, M., Crooke, R. Antisense technology: an emerging platform for cardiovascular disease therapeutics // J. Cardiovasc. Transl. Res. -2013.-V. 6.-P. 969-980.

75. Walther, W., Schlag, P. Current status of gene therapy for cancer // Curr. Opin. Oncol. -2013. -V. 25. -P. 659-664.

76. Suzuki, J., Isobe, M., Morishita, R., Nagai, R. Nucleic acid drugs for prevention of cardiac rejection//J. Biomed. Biotcchnol.-2009.-DOI. 10.1155/2009/916514.

77. Hoesel, B., Schniid, J. The complexity of NF-kB signaling in inflammation and cancer //Mol. Cancer.-2013.-V. 12.-DOI. 10.1186/1476-4598-12-86.

78. Wang, T., Li, Q., Hao, G., Zhai, J. Antitumor activity of decoy oligodeoxynucleotides targeted to NF-kappaB in vitro and in vivo // Asian Pac. J. Cancer Prev. -2010. -V. 11. -P. 193-200.

79. Kawamura, I., Morishita, R., Tsujimoto, S., Manda, T., Tomoi, M., Tomita, N., Goto, T., Ogihara, T., Kaneda, Y. Intravenous injection of oligodeoxynucleotides to the NF-kappaB binding site inhibits hepatic metastasis of M5076 reticulosarcoma in mice // Gene Ther. -2001. -V. 8. -P. 905-912.

80. Mempel, M., Musette, P., Flageul, B., Schnopp, C., Remling, R., Gachelin, G., Kourilsky, P., Ring, J., Abeck, D. T-cell receptor repertoire and cytokine pattern in granuloma annulare: defining a particular type of cutaneous granulomatous inflammation //J. Invest. Dermatol. -2002. -V. 1 1 8. -P. 957-966.

81. Fullen, D., Jacobson, S., Valdez, R., Novice, F., Lowe, L. Granuloma annulare-like infiltrates with concomitant cutaneous involvement by B-ccll non-Hodgkin's lymphoma: report of a case // Am. J. Dermatopathol. -2003. -V. 25. -P. 57-61.

82. Maiuri, M., Tajana, G., Iuvone, T., De Stefano, D., Mele, G., Ribecco, M., Cinelli, M., Romano, M., Turco, M., Carnuccio, R. Nuclear factor-kappaB regulates inflammatory cell apoptosis and phagocytosis in rat carrageenin-sponge implant model // Am. J. Pathol.-2004.-V. 165.-P. 115-126.

83. De Stefano, D., De Rosa, G„ Maiuri, M., Ungaro, F., Quaglia, F., Iuvone, T., Cinelli, M., L<i Rotonda, M., Carnuccio, R. Oligonucleotide decoy to NF-kappaB slowly released from PLGA microspheres reduces chronic inflammation in rat // Pharmacol. Res. -2009. -V. 60. -P. 33-40.

84. Wollenberg, A., Feichtner, K. Atopic dermatitis and skin allergies - update and outlook // Allergy. -2013. -V. 68. -P. 1509-1519.

85. Nakamura, H., Aoki, M., Tamai, K., Oishi, M., Ogihara, T., Kaneda, Y., Morishita, R. Prevention and regression of atopic dermatitis by ointment containing NF-kB decoy oligodeoxynucleotides in NC/Nga atopic mouse model // Gene Ther. -2002. -V. 9. -P. 1221-1229.

86. DeGregori, J., Leone, G., Miron, A., Jakoi, L., Nevins, J. Distinct roles for E2F proteins in cell growth control and apoptosis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1997. -V. 94. -P. 7245-7250.

87. Hoel, A., Conte, M. Edifoligide: a transcription factor decoy to modulate smooth muscle cell proliferation in vein bypass // Cardiovasc. Drug Rev. -2007. -V. 25. -P. 221-234.

88. Fulton, G., Davies, M., Barber, L., Svendsen, E., Hagen, P. Locally applied antisense oligonucleotide to proliferating cell nuclear antigen inhibits intimal thickening in experimental vein grafts//Ann. Vase. Surg. -1998. -V. 12. -P. 412-417.

89. Morishita, R. Perspective in Progress of Cardiovascular Gene Therapy // J. Pharmacol. Sci.-2004.-V. 95.-P. 1-8.

90. Conte, M., Bandyk, D., Clowes, A, Moneta, G., Seely, L., Lorenz, T., Namini, H., Hamdan, A., Roddy, S., Belkin, M., Berceli, S., DeMasi, R., Samson, R., Berman, S., PREVENT III Investigators. Results of PREVENT III: a multicenter, randomized trial of edifoligide for the prevention of vein graft failure in lower extremity bypass surgery // J. Vase. Surg. -2006. -V. 43. -P. 742-745.

91. Alexander, J., I-Iafley, G., Harrington, R., Peterson, E., Ferguson, T., Lorenz, T., Goyal, A., Gibson, M., Mack, M., Gennevois, D., Califf, R., Kouchoukos, N„ PREVENT IV Investigators. Efficacy and safety of edifoligide, an E2F transcription factor decoy, for prevention of vein graft failure following coronary artery bypass graft surgery: PREVENT IV: a randomized controlled trial // JAMA. -2005. -V. 294. -P. 2446-2454.

92. Aggarwal, B., Sethi, G., Ahn, K., Sandur, S., Pandey, M., Kunnumakkara, A., Sung, B., Ichikawa, H. Targeting signal-transducer-and-activator-of-transcription-3 for prevention and therapy of cancer: modern target but ancient solution // Ann. N. Y. Acad. Sci.-2006.-V. 1091.-P. 151-169.

93. Sen, M., Grandis, J. Nucleic acid-based approaches to STAT inhibition // JAKSTAT. -2012.-V. l.-P. 285-291.

94. Shen, J., Li, R., Li, Ci. Inhibitory effects of decoy-ODN targeting activated STAT3 on human glioma growth in vivo // In Vivo. -2009. -V. 23. -P. 237-243.

95. Zhang, X., Zhang, J., Wei, H., Tian, Z. STAT3-decoy oligodeoxynucleotide inhibits the growth of human lung cancer via down-regulating its target genes // Oncol. Rep. -2007.-V. 17.-P. 1377-1382.

96. Liu, X., Li, J., Zhang, J. STAT3-decoy ODN inhibits cytokine autocrine of murine tumor cells // Cell. Mol. Immunol. -2007. -V. 4. -P. 309-313.

97. Sen, M., Thomas, S., Kim, S., Yeh, J., Ferris, R., Johnson, J., Duvvuri, U., Lee, J., Sahu, N., Joyce, S., Freilino, M., Shi, H., Li, C., Ly, D., Rapireddy, S., Etter, J., Li, P., Wang, L., Chiosea, S., Seethala, R., Gooding, W., Chen, X., Kaminski, N., Pandit, K., Johnson, D., Grandis, J. First-in-human trial of a STAT3 decoy oligonucleotide in head

and neck lumors: implications for cancer therapy // Cancer Discov. -2012 -V. 2. -P. 694-705.

98. Beck, J., Urnovitz, H., Riggert, J., Clerici, M., Schutz, E. Profile of the circulating DNA in apparently healthy individuals // Clin. Chem. -2009. -V. 55. -P. 730-738.

99. Radom, F., Jurek, P., Mazurek, M., Otlewski, J., Jelen, F. Aptamers: molecules of great potential // Biotechnol. Adv. -2013. -V. 31. -P. 1260-1274.

100. Banerjee, J., Nilsen-Hamilton, M. Aptamers: multifunctional molecules for biomedical research // J. Mol. Med. -2013. -V.91. -P. 1333-1342.

101. Lauridsen, L., Veedu, R. Nucleic acid aptamers against biotoxins: a new paradigm toward the treatment and diagnostic approach // Nucleic Acid Ther. -2012. —V. 22. -P. 371-379.

102. Kaur, G., Roy, I. Therapeutic applications of aptamers // Expert Opin. Investig. Drugs. -2008. -V. 17. -P. 43-60.

103. Hu, M., Zhang, K. The application of aptamers in cancer research: an up-to-date review // Future Oncol. -2013. -V. 9. -P. 369-376.

104. Bock, L., Griffin, L., Latham, J., Vermaas, E., Toole, J. Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin // Nature. -1992. -V. 355. -P. 564-566.

105. Griffin, L., Tidmarsh, G., Bock, L., Toole, J., Leung, L. In vivo anticoagulant properties of a novel nucleotide-based thrombin inhibitor and demonstration of regional anticoagulation in extracorporeal circuits // Blood. -1993. -V. 81. -P. 3271-3276.

106. Zavyalova, E., Golovin, A., Pavlova, G., Kopylov, A. Module-activity relationship of G-quadruplex based DNA aptamers for human thrombin // Curr. Med. Chem. —2013. -V. 20. -P. 4836-4843.

107. Wang, P., Yang, Y., Hong, H., Zhang, Y., Cai, W., Fang, D. Aptamers as therapeutics in cardiovascular diseases // Curr. Med. Chem. -2011. -V. 18. -P. 4169-4174.

108. Green, L.. Jellinek, D., Jenison, R., Ostman, A., Heldin, C., Janjic, N. Inhibitory DNA ligands to platelet-derived growth factor B-chain // Biochemistry. -1996. -V. 35. -P. 14413-14424.

109. Floege, J., Ostendorf, T., Janssen, U., Burg, M., Radeke, H., Vargeese, C., Gill, S., Green, L„ Janjic, N. Novel approach to specific growth factor inhibition in vivo: antagonism of platelet-derived growth factor in glomerulonephritis by aptamers // Am. J. Pathol.-1999.-V. 145.-P. 169-179.

110. Wiegand, T., Williams, P., Dreskin, S., Jouvin, M., Kinet, J., Tasset, D. High-affinity oligonucleotide ligands to human IgE inhibit binding to Fc epsilon receptor I // J. Immunol. -1996. -V. 157. -P. 221-230.

111. Ferreira, C., Matthews, C., Missailidis, S. DNA aptamers that bind to MUC1 tumour marker: design and characterization of MUCl-binding single-stranded DNA aptamers // Tumour Biol. -2006. -V. 27. -P. 289-301.

112. Andreola, M., Pileur, F., Calmels, C., Ventura, M., Tarrago-Litvak, L., Toulme, J., Litvak, S. DNA aptamers selected against the HIV-1 RNase H display in vitro antiviral activity // Biochemistry. -2001. -V. 40. -P. 10087-10094.

113. Gilbert, J., DeFeo-Fraulini, T., Hutabarat, R., Horvath, C., Merlino, P., Marsh, H., Plealy, J., Boufakhreddine, S., Holohan, T., Schaub, R. First-in-human evaluation of anti von Willebrand factor therapeutic aptamer ARC1779 in healthy volunteers // Circulation. -2007. -V. 116. -P. 2678-2686.

114. Spiel, A., Mayr, F., Ladani, N., Wagner, P., Schaub, R., Gilbert, J., Jilma, B. The aptamer ARC1779 is a potent and specific inhibitor of von Willebrand Factor mediated ex vivo platelet function in acute myocardial infarction // Platelets. -2009. -V. 20. -P. 334-340.

115. Reyes-Reyes, E., Teng, Y., Bates, P. A new paradigm for aptamer therapeutic AS1411 action: uptake by macropinocytosis and its stimulation by a nucleolin-dependent mechanism // Cancer Res. -2010. -V. 70. -P. 8617-8629.

116. Girvan, A., Teng, Y., Casson, L., Thomas, S., JLiliger, S., Ball, M., Klein, J., Pierce, J., Barve, S., Bates, P. AGR0100 inhibits activation of nuclear factor-kappaB (NF-kappaB) by forming a complex with NF-kappaB essential modulator (NEMO) and nucleolin // Mol. Cancer Ther. -2006. -V. 5. -P. 1790-1799.

117. Rosenberg, J., Bambury, R., Van Allen, E., Drabkin, H., Lara, P., Harzstark, A., Wagle, N., Figlin, R., Smith, G., Garraway, L., Choueiri, T., Erlandsson, F., Laber, D. A phase II trial of AS1411 (a novel nucleolin-targeted DNA aptamer) in metastatic renal cell carcinoma // Invest. New Drugs. -2014. -V. 32. -P. 178-187.

118. Bates, P., Laber, D., Miller, D., Thomas, S., Trent, J. Discovery and development of the G-rich oligonucleotide AS1411 as a novel treatment for cancer // Exp. Mol. Pathol. -2009. -V. 86. -P. 151-164.

119. Chen, F., Zhou, J., Luo, F., Mohammed, A., Zhang, X. Aptamer from whole-bacterium SELEX as new therapeutic reagent against virulent Mycobacterium tuberculosis // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2007. -V. 357. -P. 743-748.

120. Chen, F., Zhou, J., Huang, Y., Huang, F., Liu, 0-, Fang, Z., Yang, S., Xiong, M., Lin, Y., Tan, G. Function of ssDNA aplamer and aptamer pool against Mycobacterium tuberculosis in a mouse model // Mol. Med. Rep. -2013. -V. 7. -P. 669-673.

121. Woo, H., Kim, K., Lee, J., Shim, H., Clio, S., Lee, W., Ko, H., Keum, Y., Kim, S., Pathinayake, P., Kim, C., Jeong, Y. Single-stranded DNA aptamer that specifically binds to the influenza virus NS1 protein suppresses interferon antagonism // Antiviral Res. -2013. -V. 100. -P. 337-345.

122. Brummel-Ziedins, K., Everse, S., Mann, K., Orfeo, T. Modeling thrombin generation: plasma composition based approach // J. Thromb. Thrombolysis. -2014. -V. 37. -P. 32-44.

123. Leung, L. Application of combinatorial libraries and protein engineering to the discovery of novel anti-thrombotic drugs // Thromb. Haemost. -1995. -V. 74. -P. 373-376.

124. Majumder, P.. Gomes, K., Ulrich, H. Aplamers: from bench side research towards patented molecules with therapeutic applications // Expert Opin. Ther. Pat. -2009. -V. 19.-P. 1603-1613.

125. Berber, E. The Molecular Genetics of von Willebrand Disease // Turk. J. Haematol. -2012.-V. 29. -P. 313-324.

126. Moake, J., Chow, T. Increased von Willebrand factor (vWf) binding to platelets associated with impaired vWf breakdown in thrombotic thrombocytopenic purpura // J. Clin. Apher. -1998. -V. 13. -P. 126-132.

127. Cosmi, B. ARC-1779, a PEGylaled aptamer antagonist of von Willebrand factor for potential use as an anticoagulant or antithrombotic agent // Curr. Opin. Mol. Ther. -2009.-V. 11.-P. 322-328.

128. Boltz, A., Piater, B., Toleikis, L., Guenther, R„ Kolmar, H., Hock, B. Bi-specific aptamers mediating tumor cell lysis // J. Biol. Chem. -2011. -V. 286. -P. 21896-21905.

129. Desjarlais, J., Lazar, G., Zhukovsky, E., Chu, S. Optimizing engagement of the immune system by anti-tumor antibodies: an engineer's perspective // Drug Discov. Today. -2007. -V. 12. -P. 898-910.

130. Ye, M., Hu, D., Tu, L., Zhou, X., Lu, F., Wen, B., Wu, W., Lin, Y., Zhou, Z., Qu, J. Involvement of PI3K/Akt signaling pathway in hepatocyte growth factor-induced migration of uveal melanoma cells // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. -2008. -V. 49. -P. 497-504.

131. Soundararajan, S., Chen, W., Spicer, E., Courtenay-Luck, N., Fernandes, D. The nucleolin targeting aptamer AS1411 destabilizes Bcl-2 messenger RNA in human breast cancer cells // Cancer Res. -2008. -V. 68. -P. 2358-2365.

132. Ohuchi, S. Cell-SELEX Technology // Biores. Open Access. -2012. -V. 1. -P. 265-272.

133. Shangguan, D., Li, Y., Tang, Z., Cao, Z., Chen, H., Mallikaratchy, P., Sefah, K., Yang, C., Tan, W. Aptamers evolved from live cells as effective molecular probes for cancer study // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2006. -V. 103. -P. 11838-11843.

134. Wang, C„ Zhang, M., Yang, G., Zhang, D„ Ding, H., Wang, H., Fan, M., Shen, B., Shao, N. Single-stranded DNA aptamers that bind differentiated but not parental cells: subtractive systematic evolution of ligands by exponential enrichment // J. Biotechnol. -2003.-V. 102.-P. 15-22.

135. Ye, M., Hu, J., Peng, M., Liu, J., Liu, J., Liu, H., Zhao, X., Tan, W. Generating aptamers by Cell-SELEX for applications in molecular medicine // Int. J. Mol. Sci. -2012.-V. 13.-P. 3341-3353.

136. Shangguan, D., Cao, Z., Meng, L., Mallikaratchy, P., Sefah, K., Wang, H., Li, Y., Tan, W. Cell-specific aptamer probes for membrane protein elucidation in cancer cells // J. Proteome Res. -2008. -V. 7. -P. 2133-2139.

137. Mallikaratchy, P., Tang, Z., Kwame, S., Meng, L., Shangguan, D., Tan, W. Aptamer directly evolved from live cells recognizes membrane bound immunoglobin heavy mu chain in Burkitt's lymphoma cells // Mol. Cell. Proteomics. -2007. -V. 6. -P. 2230-2238.

138. Rykova, E., Pautova, L„ Yakubov, L., Karamyshev, V., Vlassov, V. Serum immunoglobulins interact with oligonucleotides // FEBS Lett. -1994. -V. 344. -P. 96-98.

139. Ninomiya, K., Kaneda, K., Kawashima, S., Miyachi, Y., Ogino, C., Shimizu, N. Cell-SELEX based selection and characterization of DNA aptamer recognizing human hepatocarcinoma // Bioorg. Med. Chem. Lett. -2013. -V. 23. -P. 1797-1802.

140. Daniels, D., Chen, H., Hicke, B., Swiderek, K., Gold, L. A tenascin-C aptamer identified by tumor cell SELEX: systematic evolution of ligands by exponential enrichment // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2003. -V. 100. -P. 15416-15421.

141. Orend, G.; Chiquet-Ehrismann, R. Tenascin-C induced signaling in cancer // Cancer Lett. -2006. -V. 244. -P. 143-163.

142. Ära, M., Hyodo, M., Ohga, N., Hida, K., Harashima, H. Development of a novel DNA aptamer ligand targeting to primary cultured tumor endothelial cells by a cell-based SELEX method // PLoS One. -2012. -V. 7. -DOl. 10.1371/journal.pone.0050174.

143. Ulrich, H., Wrenger, C. Disease-specific biomarker discovery by aptamers // Cytometry A. -2009. -V. 75. -P. 727-733.

144. Chen, F., Hu, Y., Li, D., Chen, H., Zhang, X. CS-SELEX generates high-affinity ssDNA aptamers as molecular probes for hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 // PLoS One. -2009. -V. 4. -DOl. 10.1371/journal.pone.0008142.

145. Liang, H., Liu, Q., Zheng, X., Gai, W., Xue, X., Hu, G., Wu, H., Wang, H., Yang, S., Xia, X. Aptamers targeting rabies virus-infected cells inhibit viral replication both in vitro and in vivo // Virus Res. -2013. -V. 173. -P. 398-403.

146. Costa, J., Leal-Pinto, E., Henderson, S., Zabel, T., Hawkins, M., Hanss, B. Use of a pteridine moiety to track DNA uptake in cells // Pteridines. -2013. -V. 23. -P. 81-89.

147. Laktionov, P., Dazard, J., Vives, E., Rykova, E., Piette, J., Vlassov, V., Lebleu, B. Characterisation of membrane oligonucleotide-binding proteins and oligonucleotide uptake in keratinocytes // Nucleic Acids Res. -1999. -V. 27. -P. 2315-2324.

148. Lehmann, M., Sczakiel, G. Spontaneous uptake of biologically active recombinant DNA by mammalian cells via a selected DNA segment // Gene Ther. -2005. -V. 12. -P. 446-451.

149. Wu, C., Castro, J., Motta, M., Cottam, H., Kyburz, D., Kipps, T., Corr, M., Carson, D. Selection of oligonucleotide aptamers with enhanced uptake and activation of human leukemia B cells //1 lum. Gene. Ther. -2003. -V. 14. -P. 849-860.

150. Mende, M., Hopert, A., Wünsche, W., Overhoff, M., Detzer, A., Börngen, K., Schlenke, P., Kirchner, H., Sczakiel, G. A hexanucleotide selected for increased cellular uptake in eis contains a highly active CpG-motif in human B cells and primary peripheral blood mononuclear cells // Immunology. -2007. -V. 120. -P. 261-272.

151. Simionescu, M., Popov, D., Sima, A. Endothelial transcytosis in health and disease // Cell Tissue Res. -2009. -V. 335. -P. 27-40.

152. Ludwig, A., Howard, G., Mendoza-Topaz, C., Deerinck, T., Mackey, M., Sandin, S., Ellisman, M., Nichols, B. Molecular composition and ultrastructure of the caveolar coat complex//PLoS Biol.-2013.-V. 1 l.-DOl: 10.1371/journal.pbio. 1001640.

153. Minshall, R., Sessa, W., Stan, R., Anderson, R., Malik, A. Caveolin regulation of endothelial function // Am. J. Physiol. Lung Cell Mol. Physiol. -2003. -V. 285. -P. 1179-1183.

154. Schnitzer, J., Oh, P., Pinney, E., Allard, J. Filipin-sensitive caveolae-mediated transport in endothelium: reduced transcytosis, scavenger endocytosis, and capillary permeability of select macromolecules // J. Cell. Biol. -1994. -V. 127. -P. 1217-1232.

155. Briand, N., Dugail, I., Le Lay, S. Cavin proteins: New players in the caveolae field // Biochimie. -2011. -V. 93. -P. 71-77.

156. Stan, R., Tse, D., Deharvengt, S., Smits, N., Xu, Y., Luciano, M., McGarry, C., Buitendijk, M., Nemani, K., Elgueta, R., Kobayashi, T., Shipman, S., Moodie, K., Daghlian, C., Ernst, P., Lee, H., Suriawinata, A., Schned, A., Longnecker, D., Fiering, S., Noelle, R., Gimi, B., Shworak, N., Carrière, C. The diaphragms of fenestrated endothelia: gatekeepers of vascular permeability and blood composition // Dev. Cell. -2012. -V. 23. -P. 1203-1218.

157. Van Driessche, W., Kreindler, J., Malik, A., Margulies, S., Lewis, S., Kim, K. Interrelations/cross talk between transcellular transport function and paracellular tight junctional properties in lung epithelial and endothelial barriers // Am. J. Physiol. Lung Cell. Mol. Physiol. -2007. -V. 293. -P. L520-L524.

158. Wohlfart, S., Gelperina, S., Kreuter, J. Transport of drugs across the blood-brain barrier by nanoparticles // J. Control. Release. -2012. -V. 161. -P. 264-273.

159. Fruhwiirth, S., Pavelka, M., Bittman, R„ Kovacs, W., Walter, K., Rohrl, C., Stangl, H. High-density lipoprotein endocytosis in endothelial cells // World J. Biol. Chem. -2013. -V. 4.-P. 131-140.

160. Li, H., Li, J., Wasserloos, K., Wallace, C., Sullivan, M., Bauer, P., Stolz, D., Lee, J., Watkins, S., St Croix, C., Pitt, B., Zhang, L. Caveolae-dependent and -independent uptake of albumin in cultured rodent pulmonary endothelial cells // PLoS One. -2013. -V. 8.-D01. 10.137l/journal.pone.0081903.

161. Perutelli, P., Molinari, A. Von Willebrand factor, von Willebrand factor-cleaving protease, and shear stress // Cardiovasc. Hematol. Agents Med. Chem. -2007. -V. 5. -P. 305-310.

162. Randi, A., Laffan, M., Starke, R. Von Willebrand factor, angiodysplasia and angiogenesis // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. -2013. -V. 5. -DOI. 10.4084/MJH ID.2013.060.

163. Rauch, A., Wohner, N., Christophe, O., Denis, C., Susen, S., Lenting, P. On the versatility of von Willebrand factor // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. -2013. -V. 5. -DOI. 10.4084/MJHID.2013.046.

164. Franchini, M., Frattini, F., Crestani, S., Bonfanti, C., Lippi, G. Von Willebrand factor and cancer: A renewed interest // Thromb. Res. -2013. -V. 131. -P. 290-292.

165. Aird, W. Molecular heterogeneity of tumor endothelium // Cell Tissue Res. -2009. -V. 335.-P. 271-281.

166. Greenwood, J., Heasman, S., Alvarez, J., Prat, A., Lyck, R., Engelhardt, B. Leucocyte-endothelial cell crosstalk at the blood-brain barrier: a prerequisite for successful immune cell entry to the brain // Neuropathol. Appl. Neurobiol. -2011. -V. 37. -P. 24-39.

167. Badimon, L., Romero, J., Cubedo, J., Borrell-Pages, M. Circulating biomarkers // Thromb. Res.-2012.-V. 130.-P. S12-S15.

168. Paolillo, R., Iovene, M., Romano Carratelli, C., Rizzo, A. Induction of VEGF and MMP-9 expression by toll-like receptor 2/4 in human endothelial cells infected with Chlamydia pneumonia // Int. J. Iminunopathol. Pharmacol. -2012. —V. 25. -P. 377-386.

169. Opitz, B., Eitel, J., Meixenberger, K., Suttorp, N. Role of Toll-like receptors, NOD-like receptors and RIG-l-like receptors in endothelial cells and systemic infections // Thromb. I-Iaemost. -2009. -V. 102. -P. 1103-1109.

170. Mako, V., Czucz, J., Weiszhar, Z., Herczenik, E., Matko, J.. Prohaszka, Z., Cervenak, L. Proinflammatory activation pattern of human umbilical vein endothelial cells induced by IL-ip, TNF-a, and LPS // Cytometry A. -2010. -V. 77. -P. 962-970.

171. Deng, B., Xie, S., Wang, J., Xia, Z., Nie, R. Inhibition of protein kinase C (3(2) prevents tumor necrosis factor-a-induced apoptosis and oxidative stress in endothelial cells: the role of NADPI-I oxidase subunits//J. Vase. Res. -2012. -V. 49. -P. 144-159.

172. Raines, E., Ferri, N. The immune system and atherogenesis. Cytokines affecting endothelial and smooth muscle cells in vascular disease // J. Lipid Res. -2005. -V. 46. -P. 1081-1092.

173. Liu, H., Huang, P., Ma, P., Liu, Q., Yu, C., Du, Y. Chitosan oligosaccharides suppress LPS-induced IL-8 expression in human umbilical vein endothelial cells through blockade of p38 and Akt protein kinases // Acta Pharmacol. Sin. -2011. -V. 32. -P. 478-486.

174. Mai, J., Virtue, A., Shen, J., Wang, H., Yang, X. An evolving new paradigm: endothelial cells—conditional innate immune cells // J. Hematol. Oncol. -2013. -V. 6. -DOI. 10.1186/1756-S722-6-61.

175. Abcouwer, S. Angiogenic factors and cytokines in diabetic retinopathy // J. Clin. Cell. Immunol. -2013.-V. SI.-DOI. 10.4172/2155-9899.

176. Schulte, W., Bernhagen, J., Bucala, R. Cytokines in sepsis: potent immunoregulators and potential therapeutic targets-an updated view // Mediators Inflamm. -2013. -DOI. 10.1155/2013/165974.

177. Szekanecz, Z., Besenyei, Т., Paragh, G., Koch, A. New insights in synovial angiogenesis // Joint Bone Spine. -2010. -V. 77. -P. 13-19.

178. Haraldsen, G., Kvale, D., Lien, В., Farstad, I., Brandtzaeg, P. Cytokine-regulated expression of E-selecline, intracellular adhesion molecule-1 (ICAM-1), and vascular adhesion molecule-l (VCAM-1) in human macrovascular endothelial cells // J. Immunol. -1996. -V. 156. -P. 2558-2565.

179. Kohn, J., Wilchek, M. A new approach (cyano- transfer) for cyanogen bromide activation of sepharose at neutral pH, which yields activated resins, free of interfering nitrogen derivatives // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1982. -V. 107. -P. 878-884.

180. Sambrook, J., Fritsch, E., Maniatis, T. Molecular cloning: a laboratory manual // Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY. -1989.

181. Ausubel, F., Brent, R., Kingston, R., Moore, D., Seidman, J., Smith, J., Struhl, K. Short protocols in molecular biology // JohnWiley&Sons, Ins. -1995.

182. Кульбачинский, А. Методы отбора аптамеров к белковым мишеням // Успехи биологической химии. -2006. -Т. 46. -С. 193-224.

183. Butcher, Е. Leukocyte-endothelial cell recognition: three (or more) steps to specificity and diversity // Cell. -1991. -V. 67. -P. 1033-1036.

184. Cockerill, G., Meyer, G., Noak, L., Vadas, M., Gamble, J. Characterisation of spontaneously transferred human endothelial cell line // Lab. Invest. -1994. -V. 71. -P. 497-509.

185. Miyai, Т., Maruyama, Y., Osakabe, Y., Nejima, R., Miyata, K., Amano, S. Karyotype changes in cultured human corneal endothelial cells // Mol. Vis. -2008. -V. 14. -P. 942-950.

186. Tessier, D., Brousseau, R., Vernet, T. Ligation of single-stranded oligodeoxyribonucleotides by T4 RNA ligase // Anal. Biochem. -1986. -V. 158. -P. 171-178.

187. Zhang, X., Chiang, V. Single-stranded DNA ligation by T4 RNA ligase for PCR cloning of 5'-noncoding fragments and coding sequence of a specific gene // Nucleic Acids Res. -1996. -V. 24. -P. 990-991.

188. Clepet, C., Le Clainche, I., Caboche, M. Improved full-length cDNA production based on RNA tagging by T4 DNA ligase // Nucleic Acids Res. -2004. -V. 32. -P. e6.

190. Cherepanov, A., de Vries, S. Scanning mutagenesis using T4 DNA ligase and short degenerate DNA oligonucleotides containing tri-nucleotide mismatches // J. Biochem. -2002. -V. 132. -P. 143-147.

191. Nakatani, M., Ezaki, S., Atomi, H., Imanaka, T. Substrate recognition and fidelity of strand joining by an archaeal DNA ligase // Eur. J. Biochem. -2002. -V. 269. -P. 650-656.

192. Odell, M., Malinina, L., Sriskanda, V., Teplova, M., Shuman, S. Analysis of the DNA joining repertoire of Chlorella virus DNA ligase and a new crystal structure of the ligase-adenylate intermediate // Nucleic Acids Res. -2003. -V. 31. -P. 5090-5100.

193. Ng, P., Bergstrom, D. Protein-DNA footprinting by endcapped duplex oligodeoxyribonucleotides // Nucleic Acids Res. -2004. -V. 32. -P. el07.

194. Шилов. И., Королева, О., Друца, В. Особенности соединения коротких олигонуклеотидов ДНК-лигазой фага // Молекулярная биология. -1993. -Т. 27. -С. 647-654.

195. Цытович, А., Долинная, Н., Шабарова, 3. Т4-ДНК-лигаза: субстратные свойства синтетических ДНК-дуплексов со структурными аномалиями // Молекулярная биология. -1988. -Т. 22. -С. 690-699.

196. Cherepanova, A., Bushuev, A., Duzhak, Т., Zaporozhchenko, I., Vlassov, V., Laktionov, P. Ku protein as the main cellular target of cell-surface-bound circulating DNA // Expert Opin. Biol. Ther. -2012. -V. 12. -P. S35-S41.

197. Krieg, A. CpG still rocks! Update on an accidental drug // Nucleic Acid Ther. -2012. -V. 22. -P. 77-89.

198. Mutwiri, G., Nichani, A., Babiuk, S., Babiuk, L. Strategies for enhancing the immunostimulatory effects of CpG oligodeoxynucleotides // J. Control Release. -2004. -V. 97.-P. 1-17.

199. Sonehara, K., Saito, H., Kuramoto, E., Yamamoto, S., Yamamoto, Т., Tokunaga, T. Hexamer palindromic oligonucleotides with 5-CG-3' motif(s) induce production of interferon // J. Interferon Cytokine Res. -1996. -V. 16. -P. 799-803.

200. Turkistany, S., DeKoter, R. The transcription factor PU.l is a critical regulator of cellular communication in the immune system // Arch. Immunol. Ther. Exp. -2011. -V. 59.-P. 431-440.

201. Gupta, P., Gurudutta, G., Saluja, D., Tripathi, R. PU.l and partners: regulation of haematopoietic stem cell fate in normal and malignant haematopoiesis // J. Cell. Mol. Med. -2009. -V. 13. -P. 4349-4363.

202. Lin, L., Pang, W., Chen, K., Wang, F., Gengler, J., Sun, Y., Tong, Q. Adipocyte expression of PU.l transcription factor causes insulin resistance through upregulation of inflammatory cytokine gene expression and ROS production // Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. -2012. -V. 302. -P. E1550-E1559.

203. Marino-Ramirez, L., Lewis, K., Landsman, D., Jordan, I. Transposable elements donate lineage-specific regulatory sequences to host genomes // Cytogenet. Genome Res. -2005. -V. 110. -P.333-341.

204. Volff, J., Brosius, J. Modern genomes with retro-look: retrotransposed elements, retroposition and the origin of new genes // Genome Dyn. -2007. -V. 3. -P. 175-190.

205. Chernov, I., Akopov, S., Nikolaev, L., Sverdlov, E. Identification and mapping of DNA binding proteins target sequences in long genomic regions by two-dimensional EMSA // Biotechniques. -2006. -V. 41. -P. 91-96.

206. Wang, T., Zeng, J., Lowe, C, Sellers, R., Salama, S., Min Yang, M. Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2007. -V. 47. -P. 18613-18618.

207. Kumar, C., Qureshi, S., Ali, A., Satyanarayana, M., Rangaraju, A., Venkateshwari, A., Nallari, P. Hidden magicians of genome evolution // Indian J. Med. Res. -2013. -V. 137. -P. 1052-1060.

208. Stroun, M., Lyautey, J., Lederrey, C., Mulcahy, H., Anker, P. Alu repeat sequences are present in increased proportions compared to a unique gene in plasma/serum DNA: evidence for a preferential release from viable cells? // Ann. N. Y. Acad. Sci. -2001. -V. 945. -P. 258-264.

209. Li, J., Steinman, C. Plasma DNA in systemic lupus erythematosus. Characterization of cloned base sequences // Arthritis Rheum. -1989. -V. 32. -P. 726-733.

210. Polak, P., Domany, E. Alu elements contain many binding sites for transcription factors and may play a role in regulation of developmental processes // BMC Genomics. -2006. -V. 7. -P. 133.

211. Griffoni, C., Spisni, E., Orlandi, M., Santi, S., Riccio, M., Tomasi, V. A 38 kDa nuclear protein is involved in the retention of an antisense oligonucleotide directed against cytosolic phospholipase A2 //Nucleosides Nucleotides. -1999. -V. 18. -P. 1673-1676.

212. Griffoni, C., Laktionov, P., Rykova, E., Spisni, E., Riccio, M., Santi, S., Bryksin, A., Volodko, N., Kraft, R., Vlassov, V., Tomasi, V. The Rossmann fold of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) is a nuclear docking site for antisense oligonucleotides containing a TAAAT motif // Biochim. Biophys. Acta. -2001. -V. 1530. -P. 32-46.

213. Page, E., Winterfield, J., Goings, G., Bastawrous, A., Upshaw-Earley, J. Water channel proteins in rat cardiac myocyte caveolae: osmolarity-dependent reversible internalization // Am. J. Physiol. -1998. -V. 274. -P. 1988-2000.

214. Kiss, A., Botos, E., Turi. A.. Milliner, N. Ocadaic acid treatment causes tyrosine phosphorylation of caveolin-2 and induces internalization of caveolae in rat peritoneal macrophages // Micron. -2004. -V.35. -P. 707-715.

215. Freebern, W., Bigwarfe, T., Price, K., Haggerty, H. Methods: implementation of in vitro and ex vivo phagocytosis and respiratory burst function assessments in safety testing//J. lmmunotoxicol. -2013. -V.10. -P. 106-117.

216. Vela, E., Zhang, L., Colpitis, T., Davey, R., Aronson, J. Arenavirus entry occurs through a cholesterol-dependent, non-caveolar, clathrin-mediated endocytic mechanism // Virology. -2007. -V.369. -P. 1-11.

217. Riddle, M., Walker, B. Regulation of endothelial BK channels by heme oxygenase-derived carbon monoxide and caveolin-1 // Am. J. Physiol. Cell Physiol. -2012. -V.303.-P. C92-C101.