Роль внеклеточной ДНК в функциональной активности генома человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Костюк, Светлана Викторовна
Костюк, Светлана Викторовна
кандидат наук
2014
- Специальность ВАК РФ03.02.07
- Количество страниц 450
Оглавление диссертации кандидат наук Костюк, Светлана Викторовна
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ 9 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ (Внеклеточная ДНК - биологически активная
молекула) 16
1.1. Свойства внеклеточной ДНК 17
1.1.1. Стандартизация методов выделения и хранения вкДНК 17
1.1.2. Концентрация вкДНК 21
1.1.3. Фрагментация вкДНК 23
1.1.4. Содержание различных последовательностей в составе вкДНК 26
1.1.5. Эпигенетические модификации вкДНК: метилирование фрагментов вкДНК 30
1.1.6. Окислительная модификация оснований вкДНК 31
1.1.7. Свойства вкДНК определяют ее характеристики как маркера при
патологии и при опасных для генома воздействиях 34
1.1.7.1. Применение вкДНК в качестве маркера ранней диагностики в
онкологии 37
1.1.7.2. Применение вкДНК в качестве маркера в пренатальной диагностике, трансплантологии и других областях диагностики 39
1.2. Происхождение вкДНК. Механизм появления вкДНК в циркуляции 42
1.3. Формы существования вкДНК 48
1.4. Биологическая активность вкДНК 53
1.4.1. ВкДНК как активатор иммунных реакций 53
1.4.2. ВкДНК как фактор стресс - сигнализации в индуцированном ионизирующей радиацией эффекте свидетеля 56
1.5. Способы проникновения вкДНК внутрь клетки 58
1.6. Внутриклеточные рецепторы, опознающие фрагменты вкДНК 60
1.6.1. Белки семейства TLR - сенсоры фрагментов вкДНК 61
1.6.1.1. Общая характеристика белков TLR 61
1.6.1.2. Природные и синтетические лиганды TLR9 64
1.6.1.3. Ингибиторы взаимодействия CpG -ДНК с TLR9 67
1.6.1.4. Механизм доставки лигандов к TLR, расположенным на эндосомах 70
1.6.1.5. Шапероны - роль в подготовке и перемещении TLR в эндосомы 75
1.6.1.6. Как иммунная система отличает нуклеиновые кислоты болезнетворных микроорганизмов и собственные нуклеиновые кислоты 79
1.6.2. Другие рецепторы - кандидаты на роль связывания вкДНК 82
1.6.2.1. ZBP1 или DAI - сенсоры цитозольной ДНК 84
1.6.2.2. Роль рецептора RIG1 в проведении сигнала от вкДНК 85
1.6.2.3. AIM2 и инфламмасома gg
1.7. Внеклеточная ДНК — индуктор окислительного стресса в клетках 88 1.7.1. Роль фермента N0X4 в синтезе активных форм кислорода, индуцированном вкДНК gg
1.8. Внеклеточная ДНК принимает участие в регуляции клеточного цикла 92
1.9. Транскрипционные факторы и сигнальные пути, активирующиеся в клетках 96 при действии внеклеточной ДНК
1.9.1. Внеклеточная ДНК вызывает активацию транскрипционного фактора кВ
1.9.2. Внеклеточная ДНК вызывает активацию ядерного фактора N111^2
1.9.3. Взаимодействие между N111^2 - и ИР-кВ - сигнальными путями
1.10. Заключение по данным литературы 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Анализируемая выборка
2.2. Выделение внеклеточной ДНК
2.3. Определение концентрации и размеров фрагментов вкДНК
2.4. Определение содержания повторяющихся последовательностей генома в
составе вкДНК 107
2.5. Определение нуклеазной активности 108
2.6. Метод ИФА на ДНК-связывающих мембранах 108
2.7. Культивирование мезенхимных стволовых клеток (МСК) 109
2.8. Культивирование HUVEC (клеток эндотелия из вены пуповины) Ю9 2.9 Культивирование фибробластов 109
2.10. Выделение лимфоцитов 109
2.11. Приготовление образцов ДНК 110
2.12. Определение количества активных форм кислорода 111
2.13. Определение уровня окиси азота в клетках 111
2.14. Определение количества нитритов и нитратов (метаболитов окиси азота)
в среде культивирования Ш
2.15 Определение F-актина 111
2.16. Определение содержания 8-окси-7,8-дигидрогуанозина (8-oxoG) в 112 составе вкДНК
2.17. Определение одно- и двуцепочечных разрывов ДНК в клетках. Метод 112 ДНК-комет (single cell gel electrophoresis)
2.18. Определение двуцепочечных разрывов ДНК ядер клеток методом 112 иммунофлуоресценции
2.19. Анализ разрывов ДНК в клетках методом TUNEL 113
2.20. Метод флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) 113
2.21. Определение ферментативной активности каспазы 3 113
2.22. Определение уровня экспрессии белков 114
2.23. Ингибирование TLR9 клеточного пути 114
2.24. Оценка уровня экспрессии генов методом ПЦР в реальном времени 114
2.25. Статистическая обработка результатов 118
3. РЕЗУЛЬТАТЫ и ОБСУЖДЕНИЕ 119
3.1. Свойства внеклеточной ДНК. Поиск свойств, определяющих 119 биологическую активность вкДНК
98 100 102 104 106 106 106 107
3.1.1. Концентрация вкДНК не может служить маркером хронического 119 низкоуровнего повреждающего воздействия или хронически протекающего патологического процесса
3.1.1.2. Концентрация вкДНК зависит от нуклеазной активности плазмы крови 124
3.1.2. Длины фрагментов вкДНК 126
3.1.3. Концентрация повторяющихся последовательностей генома человека в плазме крови 127
3.1.3.1. ГЦ-богатая последовательность рибосомного повтора накапливается в составе вкДНК 130
3.1.3.2. Содержание АТ-богатой последовательности генома в
циркулирующей вкДНК плазмы крови лиц, подвергавшихся 133
профессиональному хроническому воздействию ионизирующего излучения, снижено по сравнению с контрольной группой
3.1.4. Окислительная модификация вкДНК 135
3.1.5. Фрагменты рДНК, накапливающейся в составе вкДНК, образуют в крови комплексы с антителами 137
3.1.5.1 Титры антител к рДНК в выборке облученных лиц выше, чем в контрольной 141
3.2. Влияние внеклеточной ДНК на функциональную активность генома
гистологически различных культивируемых клеток человека с разным 143 иролиферативным потенциалом
3.2.1. Общая схема эксперимента 143
3.2.2. Характеристика культивируемых клеток 144
3.2.3. Характеристика образцов вкДНК и модельных фрагментов 146
3.2.4. Локализация окисленных и неокисленных фрагментов вкДНК в разных
типах клеток 152
3.2.5. Изменение уровня активных форм кислорода в разных типах клеток при действии окисленных и неокисленных ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 15^
3.2.5.1. Количество АФК в НиУЕС определяется свойствами вкДНК 157
3.2.5.2. Синтез АФК в МСК при воздействии окисленных и неокисленных фрагментов вкДНК 165
3.2.5.3. Окисленные фрагменты вкДНК индуцируют в раковых клетках
МСР7 кратковременный окислительный стресс 171
3.2.5.4. Изменение уровня активных форм кислорода в фибробластах при действии гДНК и гДНКокси 175
3.2.6. Окислительные модификации вкДНК индуцируют повышение уровня окислительных модификаций собственной ДНК в ядрах клеток 173
3.2.7. Окисленные фрагменты вкДНК индуцируют кратковременную экспрессию N0X4 в разных типах клеток 131
3.2.8. Окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК вызывают быстро репарируемые разрывы ДНК ядер клеток 137
3.2.8.1. Окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК вызывают в ядрах ЬШУЕС быстро репарируемые разрывы ДНК 133
3.2.8.2. Внеклеточная ДНК с измененными свойствами стимулирует образование и репарацию разрывов хроматина культивируемых мезенхимных 194 стволовых клеток человека
3.2.8.3. Окисленные фрагменты вкДНК стимулируют увеличение количества разрывов ДНК в ядрах клеток МСР7 199
3.2.8.4. Окисленные фрагменты вкДНК снижают уровень двунитевых
разрывов в НЕР и 1ГОР, культивируемых в условиях окислительного стресса 203
3.2.9. Окисленные фрагменты вкДНК повышают уровень нестабильности 206 генома
3.2.9.1. Окисленные фрагменты вкДНК транзиторно увеличивают содержание фракции зиЬС1 в разных типах клеток 210
3.2.10. Изменение свойств вкДНК влияет на пролиферацию разных типов
клеток 212
3.2.10.1. Снижение содержания К1-67 в клетках в ответ на присутствие
вкДНК 212
3.2.10.2. Изменение экспрессии маркера пролиферации и репарации РСЫА в клетках в ответ на присутствие фрагментов вкДНК 216
3.2.11. ВкДНК вызывает остановку клеточного цикла 220
3.2.11.1. Изменение экспрессии генов, участвующих в регуляции клеточного цикла при действии окисленных и ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 223
3.2.12. Активация процессов репарации двунитевых разрывов ДНК в клетках при действии окисленных и ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 227
3.2.12.1. Изменение пространственного положения локусов прицентромерного гетерохроматина района lq\2 при действии фрагментов 229 вкДНК
3.2.13. ГЦ-богатые и окисленные фрагменты вкДНК снижают уровень гибели клеток разных типов 232
3.2.14. ГЦ-богатые и окисленные фрагменты вкДНК снижают количество
клеток с признаками апоптоза в разных клеточных популяциях 237
3.2.14.1. ВкДНК снижает активность каспазы 3 в разных типах клеток 240
3.2.14.2. Изменение экспрессии генов, участвующих в регуляции апоптоза
при действии окисленных и ГЦ-богатых фрагментов вкДНК 241
3.2.15. ВкДНК повышает транскрипционную активность клеток 247
3.2.16. ТЫ19 - рецептор, через который фрагменты вкДНК реализуют стимулирующее действие 249
3.2.16.1. ВкДНК больных ревматоидным артритом, модельные ГЦ- богатые фрагменты увеличивают экспрессию гена ТЫ19 в лимфоцитах человека 250
3.2.16.2. ГЦ-ДНК усиливает экспрессию ТЫ19 в эмбриональных фибробластах легкого человека 252
3.2.16.3. ГЦ-ДНК снижает экспрессию Т1Л19 в лимфоцитах больного СКВ 252
3.2.16.4. ГЦ-ДНК усиливает экспрессию ТЬЯ9 в СЭ34+ клетках и мононуклеарах костного мозга 254
3.2.16.5. При действии ГЦ-богатых фрагментов вкДНК активируются рецепторы Т1Л19 в МСК 255
3.2.16.6. ГЦ-богатые фрагменты вкДНК реализуют свое активирующее действие на НЦУЕС с участием ТЫ19 264
3.2.16.6.1. Изменение уровня экспрессии белка ТЫ19 при действии па НиУЕС вкДНК с измененными свойствам 266
3.2.16.7. Изменение уровня экспрессии TLR9 в MCF7 при действии вкДНК с измененными свойствами 268
3.2.16.8. ГДНК и гДНКокси снижают уровень сенсора ДНК TLR9 в культивируемых фибробластах при длительном культивировании 271
3.2.17. Участие рецепторов AIM2 в проведении сигнала от вкДНК в клетках человека 274
3.2.17.1. Влияние фрагментов вкДНК на уровень экспрессии гена рецептора AIM2 в МСК 274
3.2.17.2. ВкДНК повышает уровень экспрессии гена рецептора AIM2 в
HUVEC 276
3.2.17.3. Изменение экспрессии рецептора AIM2 на уровне гена и на уровне белка при действии фрагментов вкДНК на культуру раковых клеток MCF7 280
3.2.17.4. Геномая ДНК и гДНКокси снижают уровень сенсора ДНК AIM2 в культивируемых фибробластах при длительном культивировании 283
3.2.18. Роль рецептора RIG1 в проведении сигнала от вкДНК 284
3.2.18.1. Влияние вкДНК на уровень экспрессии гена RIG1 в МСК 285
3.2.18.2. Влияние вкДНК на экспрессию рецепторов RIG1 в HUVEC 287
3.2.18.3. Влияние вкДНК на экспрессию рецепторов RIG1 в MCF7 и HDF 288
3.2.19. Роль STING в проведении сигнала от вкДНК 289
3.2.20. Влияние вкДНК на экспрессию белков семейства TLR 291
3.2.21. ВкДНК активирует TLR-сигнальный путь 296
3.2.21.1. Изменение уровня экспрессии гена MyD88 -адаптера TLR-сигнального пути в ответ на стимуляцию МСК фрагментами п(рДНК) 296
3.2.21.2. Динамика изменения количества мРНК гена MyD88 - адаптера TLR-сигнального пути в ответ на стимуляцию HUVEC и MCF7 фрагментами 301 вкДНК
3.2.21.3. Влияние фрагментов вкДНК на активацию адаптера TLR9 -сигнального пути - MyD88 на уровне транскрипции в лимфоцитах, CD34+ 3Q2 клетках костного мозга и фибробластах
3.2.22. ВкДНК активирует NF-kB- сигнальный путь в разных типах клеток 303
3.2.22.1. ВкДНК активирует экспрессию генов NF-kB - сигнального пути в
МСК 304
3.2.22.2. Фрагменты вкДНК активируют экспрессию транскрипционного фактора NF-kB (RelА или р65) и его перемещение в ядро в МСК 3Q7
3.2.22.3. Активация процессов транскрипции генов цитокинов при действии фрагментов п(рДНК) на МСК. Активация синтеза цитокинов - ILIO и TNFa 312 фрагментами ГЦ-обогащенной вкДНК
3.2.22.4. Изменение экспрессии генов молекул сигнального каскада, контролирующего транскрипционный фактор NF-kB, в HUVEC при действии 315 фрагментов вкДНК
3.2.22.5. Влияние фрагментов вкДНК на количества белка р65 и его локализацию в HUVEC 315
3.2.22.6. ВкДНК повышает экспрессию генов цитокинов IL8, IL6, ILIO и
TNFa в HUVEC 319
3.2.22.7. Изменение уровня экспрессии генов молекул адгезии: ICAM1, SELE и VCAM1, контролируемых фактором NF-kB, при действии окисленных и ГЦ-
богатых фрагментов вкДНК в НиУЕС 321
3.2.22.8. ГЦ-обогащенная п(рДНК) активирует ЫР-кВ - сигнальный путь в лимфоцитах периферической крови здоровых доноров 322
3.2.22.9. Активация экспрессии генов ОТ-кВ - сигнального пути образцами окисленной и неокисленной вкДНК в МСР7 324
3.2.22.10. Влияние окисленных фрагментов вкДНК на активность КР-кВ -сигнального пути в фибробластах в условиях окислительного стресса 238
3.2.23. Активация фрагментами вкДНК N1^2 - сигнального пути 331
3.2.23.1. ВкДНК активирует N1^2 - сигнальный путь в МСК 332
3.2.23.2. Активация К11Р2- сигнального пути фрагментами вкДНК в НиУЕС 336
3.2.23.3. Окисленные и неокисленные образцы вкДНК снижают активность транскрипционного фактора Ы1?Р2 и активируют транскрипционный фактор 339 БТАТЗ в клетках МСР7
3.2.23.4. Окисленные вкДНК активируют N1^2 - сигнальный путь в фибробластах 341
3.2.23.5. Изменение уровня экспрессии гена 80Б1 при действии ГЦ-богатых
и окисленных ДНК в разных типах клеток 342
3.2.24. Активация БТАТЗ - сигнального пути фрагментами вкДНК в разных
типах клеток 346
3.2.24.1. Активация экспрессии БТАТЗ фрагментами вкДНК в МСК 347
3.2.24.2. Активация БТАТЗ - сигнального пути фрагментами вкДНК в
НЦУЕС 348
3.2.24.3. Активация БТАТЗ - сигнального пути фрагментами вкДНК в МСР7 350
3.2.25. Активация транскрипционного фактора РРА1Ш2 фрагментами вкДНК в клетках разных типов 353
3.2.26. Окисленная вкДНК - фактор стресс-сигнализации в передаче сигнала
при радиационно-индуцируемом эффекте свидетеля 357
3.2.27. Окисленная вкДНК повышает устойчивость НОР к ионизирующей радиации 353
3.2.28. Воздействие ГЦ- ДНК улучшает выживаемость МСК после облучения 359
3.2.29. ГЦ-богатые фрагменты вкДНК стимулируют в МСК устойчивость к повреждающему действию этанола ^61
3.2.30. Влияние изменения свойств вкДНК на специфическую
функциональную активность клеток 3^3
3.2.30.1. Изменение свойств вкДНК влияет на количество окиси азота в
НиУЕС 363
3.2.30.2. Изменение уровня экспрессии и полимеризации актина 368
3.2.30.3. Повышение экспрессии генов миогенной дифференцировки при действии вкДНКокси на МСК 37О
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ 374
ВЫВОДЫ 389
Применение результатов научных выводов 339
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 390
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Исследование роли внеклеточной ДНК в развитии адаптивного ответа раковых клеток линии MCF72022 год, кандидат наук Кожина Екатерина Анатольевна
Влияние внеклеточной ДНК на функциональную активность клеток эндотелия2013 год, кандидат биологических наук Алексеева, Анна Юрьевна
Исследование роли внеклеточной ДНК в регуляции транскрипции генов сигнальных путей в нейронах при окислительном стрессе2021 год, кандидат наук Филёв Антон Дмитриевич
Исследование молекулярного механизма действия малых доз радиации на функциональную активность генов стволовых клеток человека2021 год, кандидат наук Кальянов Андрей Александрович
Фрагменты рибосомных генов человека в составе внеклеточной ДНК: факторы стресс-сигнализации2007 год, кандидат биологических наук Костюк, Светлана Викторовна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль внеклеточной ДНК в функциональной активности генома человека»
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
Фрагменты ДНК, циркулирующие вне клеток в межклеточной среде организма или в среде культивирования клеток, называют внеклеточной ДНК (вкДНК) [Galeazzi et al., 2003]. Существует несколько гипотез о происхождении внеклеточной ДНК, основными из которых являются - образование пула внеклеточных нуклеиновых кислот в результате гибели клеток ("гипотеза клеточной гибели") и активная секреция ДНК живыми клетками (гипотеза "метаболической ДНК") [Pisetsky, 2012; Peters and Pretorius, 2011; Gahan et al., 2008].
Повышенный интерес к внеклеточной ДНК связан с возможностью ее использования в качестве маркера для диагностики. В составе внеклеточной ДНК, выделенной из плазмы или сыворотки периферической крови, обнаруживается ДНК опухоли (при онкологической патологии), ДНК плода (при беременности), что позволяет анализировать соответственно геном опухоли или плода, не прибегая к биопсии. Определение концентрации внеклеточной ДНК позволяет в ряде случаев оценить уровень гибели клеток при патологии или при действии повреждающих факторов, в том числе, ионизирующей радиации и ультрафиолета [Schwarzenbach, 2013; El Messaoudi et al., 2013; Gonzälez-Masia et al., 2013; Jung et al., 2010; Zhang et al.,2010; Chiu et al.,2013]. К моменту начала данного исследования гораздо меньшее число работ было посвящено биологическому действию внеклеточной ДНК на активность генома клеток организма человека [Gahan et al., 2010]. Вместе с тем, внеклеточная ДНК циркулирует в составе крови организма и потенциально может влиять на функциональную активность клеток разного типа. Известно, что многие клетки экспрессируют на поверхности и в цитоплазме ДНК-сенсоры, которые потенциально могут опознавать внеклеточную и цитоплазматическую ДНК с определенными свойствами. Поэтому исследование общих свойств вкДНК и биологического действия вкДНК на активность генома клеток человека является актуальной проблемой генетики.
Исследование свойств вкДНК необходимо как для создания новых подходов и методов диагностики состояний, сопровождающихся повышенным уровнем гибели клеток организма, так и для определения основных характеристик пула внеклеточной ДНК, благодаря которым вкДНК становится биологически активной молекулой. К таким свойствам вкДНК можно отнести содержание отдельных последовательностей генома человека, как повторяющихся, так и уникальных [Peters and Pretorius, 2012; Suzuki et al., 2008]. В составе вкДНК обнаружено увеличение содержания митохондриалыюй ДНК, приводятся сведения об увеличении ГЦ-состава вкДНК по сравнению с ДНК, выделенной
из ядер клеток. [Вейко и соавт., 2006; Яукоуа е1 а1., 2012; Ооп2а1ег-Ма51а е1 а1., 2013]. Однако в литературе нет данных, которые объясняли бы механизм значительного изменения количественного состава фрагментов вкДНК в норме и при патологии. Неизвестно также, каким образом изменение состава вкДНК изменяет биологическую активность вкДНК в отношении разных типов клеток.
Для того чтобы понять, какие функции выполняет вкДНК в организме в норме и при патологии, необходимо, во-первых, определить закономерности изменения ее свойств по сравнению с геномной ДНК нормально функционирующих клеток. Во-вторых, необходимо выяснить, приводит ли изменение характеристик вкДНК к изменению ее биологической активности в отношении различных типов клеток человека. И, наконец, важно определить основные звенья пока не известного клеточного механизма, посредством которого вкДНК изменяет функциональную активность различных клеток организма. Для решения перечисленных задач необходимо исследование свойств вкДНК в норме и при патологии, исследование процессов регуляции пула вкДНК в организме и биологического действия фрагментов вкДНК на клетки человека.
Результатом подобных исследований будут новые знания о молекулярных и клеточных механизмах действия вкДНК, которые необходимы как для создания новых методов молекулярной диагностики и лечения, так и для понимания фундаментальных основ взаимодействия внеклеточных нуклеиновых кислот с живыми клетками организма. Исследование роли молекулы внеклеточной ДНК - носителя генетической информации -в регуляции активности генома клеток разного типа представляется актуальной задачей генетики.
Цель исследования:
Установление взаимосвязи между структурными особенностями внеклеточной ДНК и ее способностью изменять уровень транскрипционной активности генов, имеющих ключевое значение для сохранения стабильности генома и регуляции адаптивных реакций клеток человека разного гистогенеза.
Задачи исследования:
1. Определить концентрацию, изменение содержания ГЦ- и АТ- богатых последовательностей, размер фрагментов, уровень окислительной модификации оснований вкДНК в плазме крови здоровых доноров, беременных женщин, больных аутоиммунными и сердечно-сосудистыми заболеваниями и лиц, контактировавших с источниками ионизирующего излучения. Выявить структурные особенности вкДНК, которые определяют ее выраженную биологическую активность.
2. Исследовать локализацию ГЦ-обогащеииых и окисленных фрагментов вкДНК в нормальных (на примере клеток эндотелия) и раковых клетках (на примере культуры клеток аденокарциномы молочной железы).
3. Проанализировать влияние фрагментов вкДНК на развитие окислительного стресса в клетках разного типа (HUVEC, МСК, фибробластах и MCF7) Определить локализацию синтеза АФК в раковых клетках линии MCF7. Охарактеризовать время развития окислительного стресса в разных типах клеток.
4. Изучить повреждающее действие фрагментов вкДНК на клетки (HUVEC, МСК, MCF7 и фибробласты). Проанализировать уровень окисления и количество одно- и двунитевых разрывов ДНК в ядрах клеток, а также признаки нестабильности генома раковых и нормальных клеток.
5. Исследовать ответ клеток (HUVEC, МСК, MCF7 и фибробласты) на окислительный стресс, индуцируемый фрагментами вкДНК с разными свойствами, на уровне транскриптома. Изучить пролиферативную активность клеток, клеточный цикл, экспрессию гена репарации BRCA1, пространственную структуру хроматина, уровень апоптоза и транскрипции антиапоптотических генов под действием вкДНК.
6. Исследовать транскрипционную активность генов сигнальных путей NF-kB, NRF2, PPARG и STAT3 в клетках (HUVEC, МСК, MCF7 и фибробластах) в ответ на действие ГЦ - обогащенных и окисленных фрагментов вкДНК.
7. Проанализировать перемещение транскрипционных факторов NF-kB, NRF2 и STAT3 в ядро клеток (HUVEC, МСК, MCF7 и фибробластов); исследовать уровень экспрессии генов - мишеней NF-kB - сигнального пути (TNF, IL1B, IL8, IL6, IL-10), и гена SOD1- мишени антиокислителыюго NRF2 - сигнального пути,
8. Исследовать влияние ГЦ-богатых и окисленных фрагментов вкДНК на уровень экспрессии генов внутриклеточных ДНК-сенсоров TLR9, AIM2, RIG1, участвующих в распознавании чужеродных нуклеиновых кислот и генов - адаптеров внутриклеточных рецепторов - MyD88 и STING. Проанализировать влияние фрагментов вкДНК на изменение экспрессии белков TLR9 и AIM2.
9. Исследовать влияние окисленных фрагментов вкДНК на синтез низкомолекулярного сигнального медиатора внутриклеточных и внеклеточных процессов - оксида азота в клетках эндотелия человека и на экспрессию генов четырех ключевых транскрипционных факторов миогенной диференцировки (MYOD1, MYOG, MYF5, MRF4) в МСК.
Научная новизна полученных результатов:
Впервые подробно охарактеризованы свойства внеклеточной ДНК (содержание ГЦ- и АТ-богатых последовательностей и уровня окисления) в норме (у здоровых доноров) и при патологии (на выбрке больных аутоиммунными, сердечнососудистыми заболеваниями), при беременности и при контакте с ионизирующим излучением. Выявлены общие структурные характеристики внеклеточной ДНК -накопление в ее составе ГЦ-богатых фрагментов рибосомного гена, устойчивого к нуклеазному гидролизу, снижение АТ-богатой последовательности сателлита 3 и увеличение содержания окисленной формы дезоксирибогуанозина.
На основании полученных данных предложена оригинальная обобщенная гипотеза образования пула вкДНК в организме, который подвергается хроническому воздействию ионизирующего излучения.
Впервые выявлены две составляющие пула вкДНК, которые превращают ее из относительно инертной молекулы, которой является геномная ДНК клеточных ядер, в биологически активную молекулу. Во-первых, это эпигенетическая модификация вкДНК - окисление фрагментов вкДНК, маркером которого является 8-окси-дезоксирибогуанозин. Во-вторых, накопление в составе вкДНК ГЦ-богатых фрагментов ДНК, маркером которых является транскрибируемая область рибосомного повтора.
Впервые была выявлена роль ГЦ-богатых и окисленных фрагментов вкДНК в функционировании клеток разного типа: дифференцированных (клеток эндотелия, фибробластов, лимфоцитов), недифференцированных мезенхимных стволовых клеток и раковых клеток.
Впервые был обнаружен новый клеточный механизм, посредством которого реализуется биологическое действие вкДНК в отношении различных типов клеток. Центральным звеном этого механизма является индукция при действии ГЦ-богатых и окисленных фрагментов вкДНК синтеза активных форм кислорода, что приводит к повреждению ДНК ядер клеток: образованию одно- и двунитевых разрывов и геномной нестабильности. В ответ на повреждение ядерной ДНК активируются системы репарации ДНК: снижается пролиферация, возникает остановка клеточного цикла и повышается экспрессия генов, ответственных за репарацию. В результате снижается уровень гибели в клеточных популяциях за счет активации транскрипции антиапоптотических генов и ингибирования апоптоза.
Впервые исследован ответ транскриптома клеток на изменение свойств вкДНК - от рецепторов, адаптеров и эффекторов каскада сигнальных путей до медиаторов клеточного ответа (цитокинов, факторов роста и молекул адгезии). Показана активация экспрессии
внутриклеточных рецепторов ТЫ19, А1М2, и, в меньшей степени, 11К31 на уровне генов и на уровне белков. Выявлены и исследованы сигнальные пути, которые активируются в ответ на воздействие ГЦ-богатых и/или окисленных фрагментов вкДНК. Впервые описана активация четырех транскрипционных факторов фрагментами при изменении свойств вкДНК: №-кВ, N111^2, ЭТАТЗ и РРА1Ю2.
Впервые была высказана и подтверждена экспериментально гипотеза о роли окисленной и ГЦ-богатой вкДНК как нового медиатора стресс-сигнализации в развитии адаптивного ответа клеток. Впервые предложена новая альтернативная стратегия повышения выживаемости МСК, применяемых в трансплантологии и для лечения заболеваний, сопровождающихся дегенерацией тканей, включающая использование ГЦ-богатых фрагментов ДНК в низких концентрациях.
Таким образом, данная работа является оригинальным исследованием, охватывающим новую область знаний о роли внеклеточной ДНК в функциональной активности генома клеток эндотелия, фибробластов, лимфоцитов, недифференцированных мезенхимных стволовых клеток и раковых клеток линии аденокарциномы молочной железы.
Научио-практичсская значимость работы:
1. Полученные в работе данные имеют фундаментальное значение и могут быть рекомендованы для использования на курсах лекций по разным разделам медицинской генетики, биологии развития, клеточной биологии, при подготовке специалистов в высших учебных заведениях медико - биологического профиля, а также включены в руководства и учебные пособия по данным специальностям.
2. Результаты проведенного анализа свойств вкДНК представляют собой базу для разработки диагностических систем эпигенетических маркеров. По результатам работы зарегистрирован патент регистрационный номер 2013147906/20 (074505). «Определение содержания вС-богатой последовательности генома (вС-ДНК) в составе циркулирующей внеклеточной ДНК плазмы периферической крови как способ определения уровня гибели клеток при хронических заболеваниях, при физиологических состояниях (беременность) и при хроническом действии неблагоприятных факторов окружающей среды на организм человека».
3. Часть материалов работы была получена и использована в рамках выполнения прикладных разработок по Государственному Контракту № 14.512.11.0090 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ по теме «Разработка высокоточной тест-
системы для оценю! и прогнозирования индивидуальной радиочувствительности человека».
4. В последнее время терапия стволовыми клетками приобретает все более актуальное значение для лечения заболеваний, сопровождающихся дегенерацией тканей. Массовая гибель клеток, пересаженных в очаг поражения, остается серьезной проблемой в трансплантологии. Полученные результаты позволяют предложить альтернативный подход к повышению выживаемости МСК при трансплантации или замещающей терапии. Культивирование МСК в присутствии низких количеств ДНК гена 18зРНК, накапливающейся в составе внеклеточной ДНК, способствует выживанию МСК при неблагоприятных и гибельных воздействиях среды микроокружения. Подана заявка на патент регистрационный номер 2013147907/20 (074506) «Применение фрагмента ДНК транскрибируемой области рибосомного повтора для повышения устойчивости мезенхимных стволовых клеток к действию агрессивных факторов окружающей среды».
5. Проведенное в ходе работы исследование характеристик вкДНК, механизмов регуляции вкДНК в организме, биологического действия вкДНК на разные типы клеток способствует получению новой информации о биологической функции циркулирующей внеклеточной ДНК крови в норме и при патологии. Обнаруженный при выполнении диссертационной работы факт повышения выживаемости раковых клеток при контакте с фрагментами внеклеточной ДНК может привести к коррекции схем проведения радиотерапевтических процедур при лечении в онкологии.
Основные положения, выносимые на защиту:
1. Накопление в составе вкДНК ГЦ-богатых последовательностей и окислительная модификация оснований обуславливают ее выраженную биологическую активность.
2. Проникающая способность окисленных фрагментов внеклеточной ДНК в раковые и нормальные клетки выше, чем неокисленных. Неокисленные фрагменты вкДНК связываются с мембраной клетки, окисленные -проникают в цитоплазму и локализуются вблизи ядра.
3. Синтез активных форм кислорода в клетках вблизи ядерной мембраны -новый, ранее не описанный фактор стресс-сигнализации на фрагменты вкДНК, посредством которого реализуется ответ клеток на внешнее воздействие.
4. Окисленные фрагменты вкДНК вызывают транзиторное образование быстрорепарируемых разрывов ДНК ядер клеток и нестабильность генома раковых клеток, сопровождающиеся кратковременным блокированием
пролиферативной активности клеток, остановкой клеточного цикла и активацией процесса репарации.
5. Адаптивный ответ на окислительный стресс, вызываемый ГЦ-богатыми и окисленными фрагментами в составе внеклеточной ДНК, на уровне транскриптома является общей закономерностью ответа злокачественных и нормальных клеток человека с разным пролиферативным потенциалом. Характерными особенностями адаптивного ответа являются: усиление транскрипции антиапоптотических генов семейства BCL-2, гена репарации BRCA-U генов адаптеров, костимуляторов и эффекторов сигнального пути NF-kB, транскрипционных факторов PPAR-гамма и STAT3, гена-мастер-регулятора антиокислительного ответа клеток NRF2. Результатом таких изменений транскриптома является повышение выживаемости клеток.
6. Перемещение транскрипционных факторов NF-kB, NRF2 и STAT3 из цитоплазмы в ядро с последующим усилением транскрипционной активности генов антиокислительного фермента SOD1, молекул адгезии, цитокинов (TNF, IL1B, IL8, IL6, IL-10) и усиление синтеза цитокинов происходят в процессе реализации адаптивного ответа клеток человека на фрагменты вкДНК. Реакция транскриптома клеток на воздействие ГЦ-богатых и окисленных фрагментов различается по длительности и амплитуде профиля экспрессии генов NRF2— и NF-kB - зависимых сигнальных путей.
7. Повышенная экспрессия внутриклеточных рецепторов TLR9, AIM2, RIG1, участвующих в распознавании чужеродных нуклеиновых кислот -особенность адаптивной реакции транскриптома разных типов клеток на ГЦ-обогащенные и окисленные фрагменты вкДНК.
8. Эпигенетическая модификация вкДНК, вызванная окислением, блокирует ее способность стимулировать синтез низкомолекулярного сигнального медиатора внутриклеточных и внеклеточных процессов N0 в клетках эндотелия человека. Повышение экспрессии генов четырех ключевых транскрипционных факторов миогенной дииференцировки (MY0D1, MYOG, MYF5, MRF4) в МСК - особенность ответа МСК на окисленные фрагменты.
9. Фрагменты вкДНК с умеренно повышенным содержанием ГЦ- пар или слабым окислением остатков гуанозина обладают способностью защищать клетки от гибели при воздействии химических и физических повреждающих факторов.
Похожие диссертационные работы по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Воздействие фрагментов рибосомных генов, накапливающихся во внеклеточной ДНК, на свойства мезенхимальных стволовых клеток человека2014 год, кандидат наук Чвартацкая, Оксана Викторовна
Регуляция апоптоза и пролиферации клеток эпидермоидной карциномы А431 при действии эпидермального фактора роста2007 год, кандидат биологических наук Грудинкин, Павел Сергеевич
Влияние новых производных фуллерена C60 на транскрипционную активность генома МСК, фибробластов человека и раковых клеток линии MCF72018 год, кандидат наук Сергеева, Василина Александровна
Внеклеточная ДНК - фактор сигнализации при радиационном эффекте свидетеля2011 год, кандидат биологических наук Конькова, Марина Сергеевна
Молекулярно-генетические характеристики рибосомных генов и процессы гибели клеток у больных ревматоидным артритом2004 год, кандидат биологических наук Шубаева, Наталья Олеговна
Заключение диссертации по теме «Генетика», Костюк, Светлана Викторовна
385 ВЫВОДЫ
1. На основании сравнения количества ГЦ-богатой последовательности рибосомного повтора в составе вкДНК и гДНК у 736 человек (больных аутоиммунными, сердечно-сосудистыми заболеваниями, беременных женщин, лиц, контактировавших с ионизирующим излучением, и здоровых доноров) показано увеличение содержания ГЦ-богатой последовательности рибосомного повтора в составе циркулирующей вкДНК плазмы периферической крови по сравнению с гДНК независимо от статуса здоровья (а«Ю"10).
2. Концентрация ГЦ-богатой последовательности рибосомного повтора в составе циркулирующей вкДНК плазмы периферической крови достоверно выше в группах больных заболеваниями, сопровождающимися увеличением клеточной гибели (ревматоидный артрит, атеросклероз сосудов головного мозга, артериальная гипертония, ОИМ, ИБС), лиц, подвергшихся воздействию ионизирующего облучения, и беременных женщин по сравнению с выборкой здоровых доноров (а«10"10). В составе вкДНК больных ОИМ и РМЖ обнаружено накопление окисленных остатков дезоксигуанозина (р<0,05). Выраженная биологическая активность вкДНК обусловлена накоплением ГЦ-богатой ДНК рибосомного повтора и окисленных оснований в её составе.
3. Окисленные фрагменты вкДНК обладают большей проникающей способностью как в нормальные (НиУЕС), так и в злокачественные клетки (МСР7) по сравнению с неокисленными фрагментами вкДНК, (р<0,05). Окисленные фрагменты проникают в цитоплазму и локализуются вблизи ядра, неокисленные связываются с мембраной клетки.
4. Показан новый, ранее не описанный ответ клеток на фрагменты вкДНК: ГЦ-обогащенные и окисленные фрагменты вкДНК вызывают в злокачественных (МСИ7) и нормальных клетках (ГШУЕС, МСК, фибробластах человека) кратковременный (от 15-30 минут в МСК и МСР7, до 3 часов - в НЦУЕС) синтез активных форм кислорода рядом с ядерной мембраной (р<0,05). Синтез активных форм кислорода связан с митохондриями (в МСР7) и ассоциирован с повышением уровня экспрессии гена N0X4 (в 1ШУЕС, МСК, МСР7) и количества белка N0X4 (в НЦУЕС).
5. Окисленные фрагменты вкДНК вызывают окислительную модификацию ДНК в ядрах раковых (МСР7) и нормальных клеток (НиУЕС, МСК), что сопровождается транзиторным образованием быстрорепарируемых одно- и двунитевых разрывов
ДНК и нестабильностью генома, которая сильнее выражена в раковых клетках MCF7.
6. В клетках эндотелия человека, фибробластах и злокачественных клетках линии MCF7 окисленные и ГЦ-богатые фрагменты вкДНК вызывают кратковременное блокирование пролиферативной активности, сопровождающееся повышением уровня экспрессии гена CCND1 (р<0,05). Фрагменты окисленной и, в меньшей степени, ГЦ-богатые фрагменты вкДНК блокируют клеточный цикл в клетках линии MCF7 в G0/G1- фазе, в культуре клеток HUVEC - в Gl-, S - и G2/M фазах клеточного цикла.
7. Общей закономерностью реакции клеток разного типа на окислительный стресс, вызываемый ГЦ-богатыми и окисленными фрагментами в составе вкДНК, на уровне транскриптома является адаптивный ответ. Характерной особенностью адаптивного ответа является достоверное повышение уровня экспрессии антиапоптотичсских генов BCL2, BCL2A1, BCL2L1, BIRC2(c-IAPl) и BIRC3 (с-IAP2), гена репарации BRCA-1, 30 генов адаптеров, костимуляторов и эффекторов сигнального пути NF-kB и генов транскрипционных факторов PPARG и STAT3. Результатом изменений транскриптома является повышение выживаемости всех типов клеток.
8. В клетках МСК, HUVEC и MCF7 достоверно изменяется транскрипционная активность генов NFKB1 и мастер-регулятора антиокислителыюго ответа клеток NRF2. Реакция транскриптома клеток на воздействие ГЦ-богатых и окисленных фрагментов различается по длительности и амплитуде профиля экспрессии генов транскрипционных факторов NRF2 и NF-kB (р<0,05).
9. Развитие инициируемого вкДНК адаптивного ответа клеток человека сопровождается перемещением транскрипционных факторов NF-kB, NRF2 и STAT3 из цитоплазмы в ядро в клетках MCF7, HUVEC, МСК и в фибробластах, что приводит к усилению экспрессии генов SOD1, цитокинов (TNF, IL1B, IL8, IL6, IL-1), молекул адгезии (1СAMI, VC AMI, VEGF в HUVEC) и повышению синтеза цитокинов.
10. Действие на клетки фрагментов вкДНК вызывает повышение уровня экспрессии внутриклеточных рецепторов TLR9, AIM2 и RIG1 (р<0,05), участвующих в распознавании чужеродных нуклеиновых кислот.
11. Эпигенетическая модификация фрагментов вкДНК, вызванная окислением, блокирует их способность стимулировать синтез в клетках эндотелия человека низкомолекулярного сигнального медиатора внутриклеточных и внеклеточных
процессов - оксида азота II (р<0,05). Окисленные фрагменты вкДНК повышают в МСК экспрессию генов ключевых транскрипционных факторов миогенной дифференцировки (MYOD1, MYOG, MYF5, MRF4) (р<0,05). 12. Фрагменты вкДНК с умерено повышенным содержанием ГЦ (5 - 150 иг/мл) или слабым окислением остатков гуанозина (до 400 8-oxodG на 106 нуклеозидов) обладают способностью защищать клетки от гибели при воздействии химических и физических повреждающих факторов.
ПРИМЕНЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ И НАУЧНЫХ ВЫВОДОВ
1. Результаты исследования, вошедшие в диссертацию, могут быть использованы при разработке тест-систем для диагностики хронических патологических процессов и состояний, характеризующихся повышенным уровнем гибели клеток организма. Часть результатов диссертационной работы была получена и использована в рамках выполнения прикладных разработок по Государственному Контракту № 14.512.11.0090 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ по теме «Разработка высокоточной тест-системы для оценки и прогнозирования индивидуальной радиочувствительности человека».
2. При выполнении диссертационной работы выявлено, что в составе внеклеточной ДНК накапливаются ГЦ-обогащенные фрагменты транскрибируемой области рибосомного повтора. Этот факт является базой для разработки диагностических систем эпигенетических маркеров. По результатам работы зарегистрирован патент регистрационный номер 2013147906/20 (074505). «Определение содержания ОС-богатой последовательности генома (ОС-ДНК) в составе циркулирующей внеклеточной ДНК плазмы периферической крови как способ определения уровня гибели клеток при хронических заболеваниях, при физиологических состояниях (беременность) и при хроническом действии неблагоприятных факторов окружающей среды на организм человека».
3. В диссертационной работе показано, что фрагменты внеклеточной ДНК с умеренно повышенным содержанием ГЦ-обогащенных и окисленных фрагментов могут повышать жизнеспособность клеток. На основании этого факта было разработана альтернативная стратегия «прекондиционирования» мезенхимных стволовых клеток при трансплантации и подана заявка на патент регистрационный номер 2013147907/20 (074506) «Применение фрагмента ДНК транскрибируемой области рибосомного повтора для повышения устойчивости мезенхимных стволовых клеток к действию агрессивных факторов окружающей среды».
4. Обнаруженный при выполнении диссертационной работы факт повышения выживаемости раковых клеток при контакте с фрагментами внеклеточной ДНК может привести к коррекции схем проведения радиотерапевтических процедур при лечении в онкологии.
Внедрение
С использованием результатов работы в ходе выполнения государственного контракта № 14.512.11.0090 (МОН РФ, 2013 г) разработана тест-система для оценки индивидуальной радиочувствительности человека.
Благодарности: Искренне благодарю Вейко Наталью Николаевну, моего научного консультанта, за неоценимые советы и помощь при выполнении диссертационной работы. Благодарю сотрудников лаборатории молекулярной биологии, включая группу работы с культурами клеток, и всех сотрудников ФГБУ «Медико-генетический научный центр» РАМН за помощь и поддержку при выполнении экспериментальной части работы и мудрые советы на всех этапах написания этой работы. Отдельная благодарность д.б.н., проф. В.М Писареву за внимательное рецензирование диссертационной работы и ценные советы.
Часть материалов работы была получена и использована в рамках выполнения прикладных разработок по Государственному Контракту № 14.512.11.0090 на
выполнение поисковых научно-исследовательских работ по теме «Разработка высокоточной тест-системы для оценки и прогнозирования индивидуальной радиочувствительности человека».
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Костюк, Светлана Викторовна, 2014 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Баскова, И.П. Применение нового реагента Cu-FL для анализа стимуляции синтеза N0 секретом слюнных клеток медицинской пиявки в эндотелии человека (HUVEC) и кардиомиоцитах крысы/ И.П. Баскова, АЛО.Алексеева, C.B. Костюк, М.Е. Неверова, Т.Д. Смирнова, H.H. Вейко // Биомедицинская химия - 2012. - Т. 58. - № 1.-С. 65-76.
2. Вейко, H.H. Стимулирующее действие фрагментов транскрибируемой области рибосомного повтора на лимфоциты периферической крови человека/ H.H. Вейко, Е.А. Калашникова, С.Н. Кокаровцева, C.B. Костюк, A.B. Ермаков, С.М. Иванова, Т.А. Рязанцева, H.A. Еголина, H.A. Ляпунова, Д.М. Спитковский // БЭБиМ. - 2006. -Т. 10.-С. 410-414.
3. Вейко, H.H. ДНК сыворотки крови больных ревматоидным артритом значительно обогащена фрагментами рибосомных повторов, содержащих иммуностимулирующие CpG-мотивы/ H.H. Вейко, Н.О. Шубаева, С.М. Иванова, А.И. Сперанский, H.A. Ляпунова, Д.М. Спитковский // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. -2006.-№ 9.-С. 313-316
4. Вейко, H.H. Изменение свойств внеклеточной ДНК периферической крови при ревматоидном артрите/ H.H. Вейко, C.B. Костюк, Н.О. Шубаева, С.М. Иванова, А.И. Сперанский // Иммунология. - 2007. - Т. 28. - № 3. - С. 389-394.
5. Вейко, H.H. Количественное определение повторяющихся последовательностей в геномной ДНК человека. Обнаружение увеличенного количества рибосомных повторов в геномах больных шизофренией (результаты молекулярного и цитогенетического анализа)/ H.H. Вейко, H.A. Еголина, Г.Г. Радзивил и др. // Молекулярная биология. - 2003. - Т. 37. - № 3. - С. 409-419.
6. Вейко, H.H. Сыворотка периферической крови здоровых людей содержит антитела к фрагменту транскрибируемой области рибосомного повтора/ H.H. Вейко, C.B. Костюк, A.B. Ермаков, Е.А. Калашникова, Т.А. Рязанцева, А.И. Сперанский // БЭБиМ. - 2007. - Т. 9. - С. 277-282.
7. Вейко, H.H. Фрагменты транскрибируемой области рибосомного повтора в составе внеклеточной ДНК - маркёр гибели клеток организма/ H.H. Вейко, Н.В. Булычева, O.A. Рогинко, Р.В. Вейко, Е.С. Ершова, O.A. Коздоба, В.А. Кузьмин, A.M. Виноградов, A.A. Юдин, А.И. Сперанский/ Биомед. химия. - 2008. - Т. 54. - № 1. -С. 78-92.
8. Дарий, М.В. Димерные бисбензимидазолы: цитотоксичность и влияние на метилирование ДНК в нормальных и раковых клетках человека/ М.В. Дарий, А.Р.
Рахимова, В.Н. Ташлицкий, C.B. Костюк, H.H. Вейко, Ф.Ф. Иванов, A.J1. Жузе, Е.С. Громова // Молекулярная биология, - 2013. - Т. 47. - № 2. - С. 292-301 9. Дерффель, К. Статистика в аналитической химии/ К. Дерффель //— М.: Мир, 1994. — 268 с
10. Ермаков, A.B. Развитие адаптивного ответа и эффекта свидетеля в мезенхимальных стволовых клетках человека после воздействия рентгеновского излучения в малой дозе/ A.B. Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, Т.Д. Смирнова, JI.B. Каменева, Р.В. Вейко, И.Ю. Кубасова, Л.Н. Любченко, H.H. Вейко // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2010. - Т. 50. - № 1. - С. 42-51.
11. Ермаков, A.B. CpG-ДНК ингибирует клеточные реакции, сопровождающие развитие адаптивного ответа в лимфоцитах человека после воздействия рентгеновского излучения в малых дозах/ А.В.Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, Е.А. Калашникова, С.Н. Кокаровцева, H.A. Еголина, H.H. Вейко // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2009. - Т. 49. - № 1. - С. 34-41.
12. Ермаков, A.B. ДНК-сигнальный путь, обеспечивающий развитие радиационного эффекта свидетеля в клетках человека/ A.B. Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, H.H. Вейко // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2011, - Т. 51. - № 6. - С. 651-659.
13. Ермаков, A.B. Развитие эффекта свидетеля в мезенхимальных стволовых клетках человека после воздействия рентгеновского излучения в малой дозе/ A.B. Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, Т.Д. Смирнова, Л.В. Каменева, Р.В. Вейко, И.Ю. Кубасова, Л.Н. Любченко, H.H. Вейко // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2010. -Т. 50.-№1.-С. 42-51.
14. Ермаков, A.B. Реакция раковых стволовых клеток человека на воздействие ионизирующего излучения в малых дозах/ A.B. Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, Е.С. Ершова, Т.Д. Смирнова, Л.В. Каменева, Л.В. Ефремова, Л.Н. Любченко, H.H. Вейко // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2009. - Т. 49. - № 5. -С. 528-537.
15. Ермаков, A.B. Сигнализация между лимфоцитами человека после индукции эффекта свидетеля ионизирующей радиацией в адаптирующих дозах/ A.B. Ермаков, C.B. Костюк, H.A. Еголина, Е.А. Калашникова, С.Н. Кокаровцева, Е.М. Малиновская, H.H. Вейко // Радиационная биология. Радиоэкология. - 2007. - Т. 476.-№6.-С. 650-657.
16. Ермаков, A.B. Субпопуляция лимфоцитов периферической крови человека, экстремально отвечающая на воздействие малых доз ионизирующей радиации, интерлейкина-2 и совместное влияние этих факторов/ A.B. Ермаков, Н.И.
Поспехова, Д.М. Спитковский // Радиац. биология. Радиоэкология. - 2000. - Т. 40. -№ 1. — С. 62-70.
17. Ермаков, A.B. Фрагменты внеклеточной ДНК из среды культивирования лимфоцитов человека, облученных в малых дозах, запускают развитие окислительного стресса и адаптивного ответа в необлученных лимфоцитах -свидетелях/ A.B. Ермаков, М.С. Конькова, C.B. Костюк, H.A. Еголина, H.H. Вейко // Радиационная биология. Радиоэкология. - 2008. - Т. 48. - С. 485-496.
18. Ермаков, A.B. Фрагменты ДНК, обнаруживаемые в среде после воздействия ионизирующей радиации в адаптирующих дозах, являются фактором стресс-сигнализации между лимфоцитами и клетками-свидетелями/ A.B. Ермаков, C.B. Костюк, H.A. Еголина Е.М. Малиновская, H.H. Вейко, Д.М. Спитковский // Радиационная биология. Радиоэкология. - 2007. - Т. 47. -№ 2. - С. 133-140.
19. Ефремова, JI.B. Внеклеточная ДНК влияет на количество NO в эндотелиальных клетках человека/ JI.B. Ефремова, A.IO. Алексеева, М.С. Конькова, C.B. Костюк, Е.С. Ершова, Т.Д. Смирнова, И.Л. Конорова, H.H. Вейко // БЭБиМ. - 2010. - Т. 149. - № 9. - С. 156-162.
20. Карпухин, A.B. Анализ взаиморасположения гомологичных хромосом в интерфазных ядрах лимфоцитов человека/ A.B. Карпухин, А.Г. Салимов, H.H. Вейко, С.А. Карпухин, А.И. Богуш // Генетика. - 1994. - Т. 30. - С. 66.
21. Карпухин, A.B. Нерадиоактивная детекция ДНК-зондов при гибридизации in situ с помощью нового фотоактивируемого реагента для биотинирования нуклеиновых кислот/ A.B. Карпухин, А.Г. Салимов, H.H. Вейко и др .// Мол. генетика, микробиология и вирусология. -1991. - № 11. - С. 13-14.
22. Костюк, C.B. Изменение свойств внеклеточной ДНК периферической крови и частоты TCR-мутантных клеток при действии на организм человека ионизирующей радиации/ C.B. Костюк, И.А. Замулаева, Р.К. Агапова, A.B. Ермаков, A.C. Саенко, Н.В. Орлова, С.Г. Смирнова, H.H. Вейко, Д.М. Спитковский // Радиационная биология. Радиоэкология. - 2008. - Т. 48. - С. 5-13.
23. Костюк, C.B. Внеклеточная ДНК влияет на функциональную активность клеток эндотелия/ C.B. Костюк, АЛО. Алексеева, М.С. Конькова, Т.Д. Смирнова, A.B. Ермаков, Л.В. Ефремова, И.Л. Конорова, H.H. Вейко // Медицинская генетика. -2010.-T. 1.-С. 38-46.
24. Костюк, C.B. Увеличение экспрессии iNOS в эндотелиальных клетках человека при длительном культивировании с фрагментами внеклеточной ДНК/ C.B. Костюк,
Т.Д. Смирнова, JI.B. Ефремова, М.С. Конькова, АЛО. Алексеева, Л.В. Каменева, H.H. Вейко//БЭБиМ.-2010.-Т. 149.-№9.-С. 151-156.
25. Костюк, C.B. Фрагменты внеклеточной ДНК усиливают транскрипционную активность генома мезенхимальных стволовых клеток человека, активируют TLR-зависимый сигнальный путь и ингибируют апоптоз/ C.B. Костюк, Е.М. Малиновская, A.B. Ермаков, Т.Д. Смирнова, JI.B. Каменева, О.В. Чвартацкая, П.А. Лосева, Е.С. Ершова, Л.Н. Любченко, H.H. Вейко // Биомедицинская химия. - 2012. -Т. 58,-№6.-С. 673-683.
26. Костюк, C.B. Хроническое действие ионизирующего излучения вызывает значительное снижение концентрации циркулирующей ДНК плазмы крови / C.B. Костюк, Е.С. Ершова, H.H. Вейко // Медицинская генетика. - 2013. — Т.12. - № 137. - С. 29-35.
27. Костюк, C.B.. Хроническое действие ионизирующего излучения вызывает увеличение содержания рибосомного повтора в составе циркулирующей ДНК плазмы крови/ C.B. Костюк, Е.С. Ершова, И.Л. Конорова, H.H. Вейко // Медицинская генетика. - 2013. - Т. 12. - № 138 - С. 20-28.
28. Ляпунова, H.A. Ядрышкообразующие районы (ЯОР) хромосом человека: опыт количественного цитологического и молекулярного анализа/ H.A. Ляпунова, H.A. Еголина, Т.Г. Цветкова и др., // Биологические мембраны. - 2001. - Т. 18. - С. 189199.
29. Малиновская, Е.М. Изменения комплекса рибосомных генов человека при старении/ Е.М. Малиновская, Т.Д. Смирнова, H.A. Еголина, Т.Г. Цветкова, Н.В. Косякова, И.А. Мандрон, Е.В. Мхитарова, C.B. Костюк, С.М. Терехов, Г.М. Местергази, H.H. Вейко, H.A. Ляпунова // Медицинская генетика. - 2008. - Т. 7. -№2.-С. 10-16.
30. Пол У. // Иммунология. - 1989. - Т. 3. - С. 358.
31. Сергеевичев, Д.С. Молекулярный анализ экспрессии генов семейства VEGF в мононуклеарных клетках костного мозга человека после плеттинга/ Д.С. Сергеевичев П.М. Ларионов, Д.В. Субботин, Р.Б. Новрузов, E.H. Кливер, A.M. Караськов // Патология кровообращения и кардиохирургия. - 2010. - № 1. - С. 7075.
32. Спитковский, Д.М. Концепция действия малых доз ионизирующих излучений на клетки и её возможные последствия к трактовке медико-биологических последствий/ Д.М. Спитковский// Радиац. биол. Радиоэкология. -1992. - Т. 32. - № 3. - С. 382-400.
33. Томилин, Н.В. Генетическая трансформация соматических клеток/ Н.В. Томилин, О.И. Подгорная, Д.С. Абрамян, O.K. Глебов // Цитология. - 1984. - Т. XXVII. - № 5.-С. 554-564.
34. Тырсина, Е.Г. Структурные перестройки хроматина в ходе адаптивного ответа в двух генетически родственных линиях фибробластов джунгарского хомячка с различной радиочувствительностью/ Е.Г. Тырсина, Е.Д. Алипов, Т.В. Иваненко // Радиац.биология.Радиоэкология. - 2006. - Т. 46. - № 6. - С. 697-706
35. Ярилин, А.А. Апоптоз: природа феномена и его роль в норме и при патологии/А.А. Ярилин // Актуальные проблемы патофизиологии. Под ред. Б.Б.Мороза. - М.: Медицина.-2001.-С. 13-56.
36. Abdelalim, Е.М. Molecular Mechanisms Controlling the Cell Cycle in Embryonic Stem Cells/ E.M. Abdelalim // Stem Cell Rev. - 2013. - V. 9. - № 6. - P. 764-773.
37. Ablasser, A. RIG-I-dependent sensing of poly(dA:dT) through the induction of an RNA polymerase Ill-transcribed RNA intermediate/ A. Ablasser, P. Bauernfeind, G. Hartmann, E. Latz, K.A. Fitzgerald, V. Hornung // Nat. Immunol. - 2009. - V. 10. - P. 1065-1072.
38. Adams, J.M. Ways of dying: multiple pathways to apoptosis/ J.M. Adams // Genes Dev. -2003. — V. 17.-№20.-P. 2481-2495.
39. Aggarwal, В. B. Molecular targets of dietary agents for prevention and therapy of cancer/ B.B. Aggarwal, S. Shishodia, // Biochem. Pharmacol. -2006. - V. 71. -P. 1397-1421.
40. Agostini, M. Circulating cell-free DNA: a promising marker of pathologic tumor response in rectal cancer patients receiving preoperative chemoradiotherapy/ M. Agostini, S. Pucciarelli, M.V. Enzo, P. Del Bianco, M. Briarava, C. Bedin, I. Maretto, M.L. Friso, S. Lonardi, C. Mescoli, P. Toppan, E. Urso, D. Nitti // Ann Surg Oncol. -2011. -V. 18.-P. 2461-2468.
41. Akira, S. Toll-like receptors: critical proteins linking innate and acquired immunity/ S. Akira, K. Takeda, T. Kaisho. //Nat Immunol. - 2001. - V.2. - P. 675-680.
42. A1 Nakib, M. Total and fetal cell-free DNA analysis in maternal blood as markers of placental insufficiency in intrauterine growth restriction/ M. A1 Nakib, R. Desbriere, N. Bonello, F. Bretelle, L. Boubli, J. Gabert, A. Levy-Mozziconacci // Fetal Diagn Ther. -2009. - V. 26. -№ 1. - P. 24-28.
43. Alekseeva, A.Y. Cell Free DNA (cfDNA) Influences Nitric Oxide and ros Levels in Human Endothelial Cells/ A.Y. Alekseeva, N.V.Bulicheva, S.V. Kostyuk, T.D. Smirnova, N.N. Veiko // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum. - 2011. - V. 31.-P. 219-223.
44. Andersen, J.M. Innate immunity at the mucosal surface: role of toll-like receptor 3 and toll-like receptor 9 in cervical epithelial cell responses to microbial pathogens / J.M. Andersen, D. Al-Khairy, R.R. Ingalls // Biol. Reprod. - 2006. - V.74. - № 5. - P. 824831.
45. Andersson, U. HMGB1 is a therapeutic target for sterile inflammation and infection/ U. Andersson, K.J. Tracey // Annu Rev Immunol. - 2011. - V. 29. - P. 139-162.
46. Anilkumar, N. 28-kDa splice variant of NADPH oxidase-4 is nuclear-localized and involved in redox signaling in vascular cells/ N. Anilkumar, G. San Jose, I. Sawyer, C.X. Santos, C. Sand, A.C. Brewer, D. Warren, M.A. Shah // Arterioscler Thromb Vase Biol. — 2013. — V. 33.-№4.-P. 104-112.
47. Ansell, P.J. Repression of cancer protective genes by 17beta-estradiol: ligand-dependent interaction between human Nrf2 and estrogen receptor alpha/ P.J. Ansell, S.C. Lo, L.G. Newton, C. Espinosa-Nicholas, D.D. Zhang, J.H. Liu, M. Hannink, D.B. Lubahn // Mol Cell Endocrinol. - 2005. - V. 243. - P. 27-34.
48. Antunes, F. Redox regulation of NF-kappaB: from basic to clinicalresearch/ P. Antunes,
D. Han // Antioxid. Redox Signal. - 2009. - V. 11. - P. 2055-2056.
49. Armant, M.A. Toll-like receptors: a family of pattern-recognition receptors in mammals/ M.A. Armant, M.J. Fenton // Genome Biol. - V. 3. - P. 3011-3016.
50. Arnalich, F. Prognostic value of cell-free plasma DNA in patients with cardiac arrest outside the hospital: an observational cohort study / F.Arnalich, M. Menendez, V. Lagos,
E. Ciria, A. Quesada, R. Codoceo, J.J.Vazquez, E. Lopez-Collazo, C.Montiel // Crit. Care. - 2010. - V. 14. - № 2. -P. 47-54.
51. Arroyo, J.D. Argonaute2 complexes carry a population of circulating microRNAs independent of vesicles in human plasma/ J.D. Arroyo, J.R. Chevillet, E.M. Kroh, I.K. Ruf, C.C. Pritchard, D.F. Gibson, P.S. Mitchell, C.F. Bennett, E.L. Pogosova-Agadjanyan, D.L. Stirewalt, J.F. Tait, M. Tewari // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2011. -V. 108.-P. 5003-5008.
52. Ashman, R. F. Sequence requirements for oligodeoxyribonucleotide inhibitory activity/ R.F. Ashman, J. A. Goeken, J. Drahos, P. Lenert // International Immunology. - 2005. -V. 17.-№4.-P. 411-420.
53. Ashman, R. F. Structural requirements and applications of inhibitory oligodeoxyribonucleotides/ R.F. Ashman, P. Lenert // Immunologic Research. - 2007. -V. 39.-№ 1-3.-P. 4-14.
54. Atamaniuk, J. Cell-free plasma DNA: a marker for apoptosis during hemodialysis/ J. Atamaniuk, K. Ruzicka, K.M. Stuhlmeier et al. // Clin. Chem. - 2006. - V. 52. - № 3. -P. 523-526.
55. Avalos, A. M. Cell-specific TLR9 trafficking in primary APCs of transgenic TLR9-GFP mice/ A.M. Avalos, O. Kirak, J.M. Oelkers, M.C. Pils, Y.M. Kim, M. Ottinger M, et al. // J. Immunol.-2013.-V. 190.-P. 695-702.
56. Avalos, A. M. Differential cytokine production and bystander activation of autoreactive B cells in response to CpG-A and CpG-B oligonucleotides/ A.M. Avalos, E. Latz, B. Mousseau, et al. // Journal of Immunology. - 2009. - V. 183. - № 8. - P. 6262-6268.
57. Avalos, A.M. RAGE-independent autoreactive B cell activation in response to chromatin and HMGB1/DNA immune complexes/ A.M. Avalos et al. // Autoimmunity. - 2010. -Y.43.-P. 103-110.
58. Banäth, J.P. Explanation for excessive DNA single-strand breaks and endogenous repair foci in pluripotent mouse embryonic stem cells/ J.P. Banäth, C.A. Banuelos, D. Klokov, S.M. MacPhail, P.M. Lansdorp, P.L. Olive // Exp Cell Res. - 2009. - V. 315. - № 8. - P. 1505-1520.
59. Barajas, B.N. NF-E2-related factor 2 promotes atherosclerosis by effects on plasma lipoproteins and cholesterol transport that overshadow antioxidant protection/ B.N. Barajas, F. Che, A. Yin, L.D. Rowshanrad, K.W. Orozco, X. Gong, L.W. Wang, K. Castellani, A.J. Reue, J.A. Lusis, K.M. Araujo // Arterioscler. Thromb. Vase. Biol. -2011.-V.31.-P. 58-66.
60. Baranovskii, A.G. Human deoxyribonucleases/ A.G. Baranovskii, V.N. Buneva, G.A. Nevinsky // Biochemistry. - 2004. - V. 69. - № 6. - P.587-601.
61. Barascu, A. Oxydative stress alters nuclear shape through lamins dysregulation: a route to senescence/ A. Barascu, C. Le Chalony, G. Pennarun, D. Genet, N. Zaarour, P. Bertrand // Nucleus. - 2012. - V. 3. - № 5. - P. 411-417.
62. Barber, G.N. Cytoplasmic DNA innate immune pathways/ G.N. Barber // Immunol Rev. -2011.-V. 243.-№ l.-P. 99-108.
63. Barber, G.N. Innate immune DNA sensing pathways: STING, AIMII and the regulation of interferon production and inflammatory responses/ G.N. Barber // Curr Opin Immunol. — 2011. —V.23.-№ l.-P. 10-20.
64. Barrat, F. J. Nucleic acids of mammalian origin can act as endogenous ligands for Tolllike receptors and may promote systemic lupus erythematosus/ F.J. Barrat, T. Meeker, J. Gregorio, et al. // Journal of Experimental Medicine. - 2005. - V. 202. - № 8. - P. 1131— 1139.
65. Barrat, F. J. Treatment of lupus-prone mice with a dual inhibitor of TLR7 and TLR9 leads to reduction of autoantibody production and amelioration of disease symptoms/ F.J. Barrat, T. Meeker, J.H. Chan, C. Guiducci, R.L. Coffmann // European Journal of Immunology. - 2007. - V. 37. - № 12. - P. 3582-3586.
66. Barrat, F.J. Nucleic acids of mammalian origin can act as endogenous ligands for Tolllike receptors and may promote systemic lupus erythematosus/ F.J. Barrat, T. Meeker, J. Gregorio, J.H. Chan, S. Uematsu, S. Akira et al. // J Exp Med. - 2005. - V. 202. - P. 1131-1139.
67. Barrett, A.N. Implementing prenatal diagnosis based on cell-free fetal DNA: accurate identification of factors affecting fetal DNA yield/ A.N. Barrett, B.G. Zimmermann, D. Wang, A. Holloway, L.S. Chitty // PLoS One. - 2011. - V. 6. - P. 252-258.
68. Barton, G.M. A cell biological view of Toll - like receptor function: regulation through compartmentalization/ G.M. Barton, J.C. Kagan // Nat.Rev.Immunol. - 2009. - V. 9. - P. 535-542.
69. Basith, S. Evolutionary, structural and functional interplay of the IkB family members/ S. Basith, B. Manavalan, V. Gosu, S. Choi // PLoS One. - 2013. - V. 8. - P. 541-543.
70. Basnakian, A.G. DNase I-like endonuclease in rat kidney cortex that is activated during ischemia/reperfusion injury/ A.G. Basnakian, N. Ueda, G.P. Kaushal, M.V. Mikhailova, S.V. Shah//J Am Soc Nephrol.-2002.-V. 13.-P. 1000-1007.
71. Baud, V. The alternative NF-kB activation pathway and cancer: friend or foe?/ V. Baud, E. Jacque // Med. Sci. - 2008. - V. 24. - P. 1083-1088.
72. Bauer, S. Toll-like receptor 9 processing: the key event in Toll-like receptor 9 activation?/ S. Bauer // Immunol Lett. - 2013. - V. 149. - P. 85-87.
73. Bauernfeind, F. Of inflammasomes and pathogens—sensing of microbes by the inflammasome/ F. Bauernfeind, V. Hornung // EMBO Mol Med. - 2013. - V.5. - P. 814826.
74. Beck, J. Next generation sequencing of serum circulating nucleic acids from patients with invasive ductal breast cancer reveals differences to healthy and nonmalignant controls/ J. Beck, H.B. Urnovitz, W.M. Mitchell, E. Schutz // Mol Cancer Res. - 2010. - V. 8. - P. 335-342.
75. Beck, J. Profile of the circulating DNA in apparently healthy individuals/ J. Beck, H.B. Urnovitz, J. Riggert, M. Clerici, E. Schutz // Clin Chem. - 2009. - V. 55. - P. 730-738.
76. Bedard, K. The NOX family of ROS-generating NADPH oxidases: physiology and pathophysiology/ K. Bedard, K.H. Krause // Physiol Rev. - 2007. - V.87. - № 1. - P. 245-313.
77. Behrens, M.I. Roe CMA common biological mechanism in cancer and Alzheimer's disease?/ M.I. Behrens, C. Lendon // Curr Alzheimer Res. - 2009. - V. 6. - № 3. - P. 196-204.
78. Beliaev, N.D. Mg2+- dependent interaction of DNA with eukaryotic cells/ N.D. Beliaev, V.G. Budker, O.E. Gorokhova, A.V. Sokolov et al. // Mol Biol. - 1988. - V. 22. -P. 1667-1672.
79. Belousov, V.V. Genetically encoded fluorescent indicator for intracellular hydrogen peroxide/ V.V. Belousov, A.F. Fradkov, K.A. Lukyanov, D.B. Staroverov, K.S. Shakhbazov, A.V. Terskikh, S. Lukyanov, Genetically // Nat. Methods. - 2006. - V. 3. P. 281-286.
80. Beyer, C. The extracellular release ofDNA and HMGB1 from Jurkat T cells during in vitro necrotic cell death / C. Beyer, N.A. Stearns, A. Giessl, J.H. Distler, G. Schett, D. Pisetsky // Innate Immun. - 2012. - V. 18. -№ 5. - P. 727-737.
81. Bianchi, A. Ku binds telomeric DNA in vitro/ A. Bianchi A. T. De Lange // Journal of Biological Chemistry. - 1999. - V. 274. -№ 30. - P. 21223-21227.
82. Bidard, F.C. Detection rate and prognostic value of circulating tumor cells and circulating tumor DNA in metastatic uveal melanoma/ F.C. Bidard, J. Madie, P. Mariani, S. Piperno-Neumann, A. Rampanou, V. Servois, N. Cassoux, L. Desjardins, M. Milder, I. Vaucher, J.Y. Pierga, R. Lebofsky, M.H. Stern, O. Lantz // Int J Cancer. - 2014. - V. 134. - №. 5. -P. 1207-1213.
83. Bierhaus, A. Understanding RAGE, the receptor for advanced glycation end products/ A. Bierhaus et al. // Mol Med. - 2005. - V. 83. - P. 876-886.
84. Blasco, M. A. Telomeres and telomerase/ M.A.Blasco, S. M. Gasser, J. Lingner // Genes and Development. - 1999. - V. 13. - P. 2353-2359.
85. Blasius, A. L. Intracellular toll-like receptors/ A.L. Blasius, B. Beutler // Immunity 32. -2010.-V. 10.-P. 305-315.
86. Bliks0en, M. Increased circulating mitochondrial DNA after myocardial infarction/ M. Bliks0en, L.H. Mariero, I.K. Ohm, F. Haugen, A. Yndestad, S. Solheim, I. Seljeflot, T. Ranheim, G.0. Andersen, P. Aukrust, G. Valen, L.E. Vinge. J. Int // Cardiol. - 2012. - V. 158.-№ l.-P. 132-134.
87. Bloomer, R.J. Blood oxidative stress biomarkers: influence of sex, exercise training status, and dietary intake/ R.J. Bloomer, K.H. Fisher-Wellman // Gend Med. - 2008. -V.3.-P. 218-228.
88. Bodera, P. Ynthetic immunostimulatory oligonucleotides in experimental and clinical practice/ P. Bodera, W. Stankiewicz, J. Kocik // Pharmacol Rep. - 2012. - V. 64. - №. 5. -P. 1003-1010.
89. Bologna-Molina, R. Comparison of the value of PCNA and Ki-67 as markers of cell proliferation in ameloblastic tumors / R. Bologna-Molina, A. Mosqueda-Taylor, N. Molina-Frechero, A.D. Mori-Estevez, G. S6nchez-Acuca // Med. Oral Patol. Oral. Cir. Bucal.-2013.-V. 18. -№ 2. - P. 174-179.
90. Bonner, W.M. Low-dose radiation: thresholds, bystander effects, and adaptive responses/ W.M. Bonner // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2003. - V. 100. - P. 4973-4975.
91. Booth, L.A. The role of cell signalling in the crosstalk between autophagy and apoptosis/ L.A. Booth, S. Tavallai, H.A. Hamed, N. Cruickshanks, P. Dent // Cell Signal. - 2013. -V. 26. — №3.-P. 549-555.
92. Borissoff, J.I. Elevated Levels of Circulating DNA and Chromatin Are Independently Associated With Severe Coronary Atherosclerosis and a Prothrombotic State/ J.I. Borissoff, I.A. Joosen, M.O. Versteylen, A. Brill, T.A. Fuchs, A.S. Savchenko, M. Gallant, K. Martinod, H. Ten Cate, L. Hofstra, H.J. Crijns, D.D. Wagner, B.L. Kietselaer // Arterioscler Thromb Vase Biol. - 2013. - V. 33. - P. 2032-2040.
93. Boule, M.W. Toll-like receptor 9-dependent and -independent dendritic cell activation by chromatin-immunoglobulin G complexes/ M.W. Boule, C. Broughton, F. Mackay, S. Akira, A. Marshak-Rothstein, I.R. Rifkin // J Exp Med. - 2004. - V. 199. - №. 12. - P. 1631-1640.
94. Boyd, J.H. Toll-like receptor stimulation in cardiomyoctes decreases contractility and initiates an NF-kappaB dependent inflammatory response/ J.H. Boyd, S. Mathur, Y. Wang, R.M. Bateman, K.R.Walley // Cardiovasc Res. - 2006. - V. 72. - № 3. - P. 384393.
95. Breitbach, S. Circulating cell-free DNA: an up-coming molecular marker in exercise physiology/ S. Breitbach, S. Tug, P. Simon // Sports Med. - 2012. - V. 42. - № 7. - P. 565-586.
96. Brencicova, E. Nucleic acids and endosomal pattern recognition: how to tell friend from foe?/ E. Brencicova, S.S. Diebold // Front Cell Infect Microbiol. - 2013. - V. 3. - P. 3037.
97. Brenner, D.J. Biomarkers specific to densely-ionising (high LET) radiations/ D.J. Brenner, N. Okladnikova, P. Hande, L. Burak, C.R. Geard, T. Azizova // Radiat Prot Dosimetry. - 2001. - V. 97. - № 1. - P. 69-73.
98. Brinkmann, M.M. The interaction between the ER membrane protein UNC93B and TLR3, 7, and 9 is crucial for TLR signaling/ M.M. Brinkmann et al. // J Cell Biol. -2007.-V. 177.-P. 265-275.
99. Brooks, J.C. Heat shock protein gp96 regulates Toll-like receptor 9 proteolytic processing and conformational stability/ J.C. Brooks, W. Sun, G. Chiosis, C.A. Leifer // Biochem Biophys Res Commun. - 2012. -V. 18. -№ 4. - P. 780-784.
100. Brown, D.I. Nox proteins in signal transduction/ D.I. Brown, K.K. Griendling // Free Radic. Biol. Med. - 2009. - V. 47. - P. 1239-1253.
101. Brown, S.L. Activating transcription factor 3 is a novel repressor of the nuclear factor erythroid-derived 2-related factor 2 (Nrf2) - regulated stress pathway/ S.L. Brown, K.R. Sekhar, G. Rachakonda, S. Sasi, M.L. Freeman // Cancer Res. - 2008. - V. 68. - P. 364368.
102. Buchko, G.W. Methylene blue-mediated photooxidation of 7,8-dihydro-8-oxo-2-deoxyguanosine / G.W. Buchko, J.R. Wagner, J. Cadet, S. Raoul, M. Weinfeld // Biochim. Biophys. Acta. - 1995. -V. 1263. -№ 1. -P.17-24.
103. Buelna-Chontal, M. Redox Activation of Nrf2 & NF-kB: A double end sword?/ M. Buelna-Chontal, C. Zazueta. // Cell Signal. - 2013. - V. 13. - P. 242-248.
104. Bulicheva, N. Effect of cell-free DNA of patients with cardiomyopathy and rDNA on the frequency of contraction of electrically paced neonatal rat ventricular myocytes in culture/ N. Bulicheva, O. Fidelina, N. Mkrtumova, M. Neverova, A. Bogush, M. Bogush, O. Roginko, N. Veiko // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 273-277.
105. Burckstummer, T. An orthogonal proteomic-genomic screen identifies AIM2 as a cytoplasmic DNA sensor for the inflammasome/ T. Burckstummer, C. Baumann, S. Bluml, E. Dixit, G. Durnberger, H. Jahn et al. // Nat Immunol. - 2009. - V. 10. - № 3. -P. 266-272.
106. Cai, H. Hydrogen peroxide regulation of endothelial function: origins, mechanisms, and consequences/ H. Cai // Cardiovasc Res. - 2005. - V. 68. - № 1. - P. 26-36.
107. Canick, J.A. DNA sequencing of maternal plasma to identify Down syndrome and other trisomies in multiple gestations/ J.A. Canick, E.M. Kloza, G.M. Lambert-Messerlian, J.E. Haddow, M. Ehrich, D. van den Boom, A.T. Bombard, C. Deciu, G.E. Palomaki // Prenat Diagn. - 2012. - V. 8. - P. 730-734.
108. Casadio, V. Urine Cell-Free DNA integrity as a marker for early bladder cancer diagnosis: Preliminary data/ V. Casadio, D. Calistri, M. Tebaldi, S. Bravaccini, R. Gunelli, G. Martorana, A. Bertaccini, L. Serra, E. Scarpi, D. Amadori, R. Silvestrini, W. Zoli // Urol Oncol. - 2013. - V. 31. -№ 8. - P. 1744-1750.
109. Casciano, I. Circulating Tumor Nucleic Acids: Perspective in Breast Cancer/1. Casciano, A.D. Vinci, B. Banelli, C. Brigati, A. Forlani, G. Allemanni, M. Romani // Breast Care. -2010.-V. 5.-P. 75-80.
110. Case, A.J. Mitochondrial-localized NADPH oxidase 4 is a source of superoxide in angiotensin II-stimulated neurons/ A.J. Case, S. Li, U. Basu, J. Tian, M.C. Zimmerman // Am J Physiol HeartCircPhysiol.-2013.-V. 305.-№. l.-P. 19-28.
111. Cassinotti, E. DNA as a biomarker of colorectal cancer/ E. Cassinotti, L. Boni, S. Segato, S. Rausei, A. Marzorati, F. Rovera, G. Dionigi, G. David, A. Mangano, D. Sambucci, R. Dionigi // Int J Surg. - 2013. - V. 1. - P. 54-57.
112. Cassinotti, E. DNA methylation patterns in blood of patients with colorectal cancer and adenomatous colorectal polyps/ E. Cassinotti, J. Melson, T. Liggett, A. Melnikov, Q. Yi, C. Replogle, S. Mobarhan, L. Boni, S. Segato, V. Levenson // Int J Cancer. - 2012. - V. 131.-№5.- P. 1153-1157.
113. Celhar, T. TLR7 and TLR9 in SLE: when sensing self goes wrong/ T. Celhar, R. Magalhäes, A.M. Fairhurst // Immunol Res. - 2012. - V. 53. - P. 58-77.
114. Chan, K.C. Circulating tumour-derived nucleic acids in cancer patients: potential applications as tumour markers/ K.C. Chan, Y.M. Lo // Br J Cancer. - 2007. - V. 96. - P. 681-685.
115. Chan, K.C. Effects of preanalytical factors on the molecular size of cell-free DNA in blood/ K.C. Chan, S.W. Yeung, W.B. Lui, T.H. Rainer, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2005. -V.51.-P. 781-784
116. Chan, K.C. Investigation of the genomic representation of plasma DNA in pregnant women by comparative genomic hybridization analysis: a feasibility study/ K.C. Chan, A.B. Hui, N. Wong, T.K. Lau, T.N. Leung, K.W. Lo, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2005. - V. 51.-P. 2398-2401.
117. Chan, K.C. Persistent aberrations in circulating DNA integrity after radiotherapy are associated with poor prognosis in nasopharyngeal carcinoma patients/ K.C. Chan, S.F. Leung, S.W. Yeung, A.T. Chan, Y.M. Lo // Clin Cancer Res. - 2008. - V. 14. - P. 41414145.
118. Chan, K.C. Size distributions of maternal and fetal DNA in maternal plasma/ K.C. Chan, J. Zhang, A.B. Hui, N. Wong, T.K. Lau, T.N. Leung, K.W. Lo, D.W. Huang, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2004. - V. 50. - P. 88-92.
119. Chang, C.P. Elevated cell-free serum DNA detected in patients with myocardial infarction/ C.P. Chang, R.H. Chia, T.L. Wu, K.C. Tsao, C.F. Sun, J.T. Wu // Clin Chim Acta. - 2003. - V. 327. - P. 95-101.
120. Chang, D. The evaluation of the oxidative stress parameters in patients with primary angle-closure glaucoma/ D. Chang, Q. Sha, X. Zhang, P. Liu, S. Rong, T. Han, P. Liu, H. Pan // PLoS One. - 2011. - V. 6. - P. 11-12.
121. Chaudhary, P.M. Cloning and characterization of two Toll/interleukin-1 receptor-like genes TIL3 and TIL4: evidence for a multi-gene receptor family in humans/ P.M. Chaudhary, C. Ferguson, V. Nguyen et al. // Blood. - 1998. - V.91. - P.4020-4027.
122. Chaudhry, M.A. Differential DNA methylation alterations in radiation-sensitive and -resistant cells/ M.A. Chaudhry, R.A. Omaruddin // DNA Cell Biol. - 2012. - V. 31. - P. 908-916.
123. Chauhan, S.K. Distinct autoantibody profiles in systemic lupus erythematosus patients are selectively associated with TLR7 and TLR9 upregulation/ S.K. Chauhan, V.V. Singh, R. Rai, M. Rai, G. Rai // J Clin Immunol. - 2013. - V. 33. - № 5. - P. 954-964.
124. Chelobanov, B.P. Proteins involved in binding and cellular uptake of nucleic acids/ B.P. Chelobanov, P.P. Laktionov, V.V. Vlassov // Biochemistry. - 2006. - V. 71. - № 6. - P. 583-596
125. Chen, F. From form to function: the role of Nox4 in the cardiovascular system/ F. Chen, S. Haigh, S. Barman, D.J. Fulton // Front Physiol. - 2012. - V. 1. - № 3. - P. 412.
126. Chen, G.Y. Inflammasomes in intestinal inflammation and cancer/ G.Y. Chen, G. Nunez //Gastroenterology.-201 l.-V. 141.-№6.-P. 1986-1999.
127. Chen, G.Y. The role of high mobility group box chromosomal protein 1 in rheumatoid arthritis/ G.Y. Chen, W. Sun, R. Gao, Y. Su, H. Umehara, L. Dong, F. Gong // Rheumatology.-2013.-V. 52.-№ 10.-P. 1739-1747.
128. Chen, Y. Identification of methylated CpG motifs as inhibitors of the immune stimulatory CpG motifs/ Y. Chen, P. Lenert, R. Weeratna, et al. // Gene Therapy. - 2001. - V. 8. - № 13.-P. 1024-1032.
129. Cheng, C. Quantification of circulating cell-free DNA in the plasma of cancer patients during radiation therapy/ C. Cheng, M. Omura-Minamisawa, Y. Kang, T. Hara, I. Koike, T. Inoue // Cancer Sci. - 2009. - V. 100. - № 2. - P. 303-309.
130. Chey, S. Validation and application of normalization factors for gene expression studies in rubella virus-infected cell lines with quantitative real-time PCR/ S. Chey, C. Claus, U.G. Liebert// J Cell Biochem. -2010. - V. 110.-№ l.-P. 118-128.
131. Chi, H. Dynamic regulation of pro- and anti-inflammatory cytokines by MAPK phosphatase 1 (MKP-1) in innate immune responses/ H. Chi, S.P. Barry, R.J. Roth, J.J. Wu, E.A. Jones, A.M. Bennett, R.A. Flavell // Proc Natl Acad Sci USA.- 2006. - V. 103.- №7.-P. 2274-2279.
132. Chiminqgi, M. Specific real-time PCR vs. fluorescent dyes for serum free DNA quantification/ M. Chiminqgi, S. Moutereau, P. Pernet, M. Conti, V. Barbu, J. Lemant, M. Sacko, M. Vaubourdolle, S. Loric // Clin Chem Lab Med. - 2007. - V. 45. - № 8. -P. 993-995.
133. Chiu, R.W. Clinical applications of maternal plasma fetal DNA analysis: translating the fruits of 15 years of research/ R.W. Chiu, Y.M. Lo // Clin Chem Lab Med. - 2013. - V. 51.-P. 197-204.
134. Chiu, Y.H. RNA polymerase III detects cytosolic DNA and induces type I interferons through the RIG-I pathway/ Y.H. Chiu, J.B. Macmillan, Z.J. Chen // Cell. - 2009. - V. 138.-№3.-P. 576-591.
135. Chockalingam, A. TLR9 traffics through the Golgi complex to localize to endolysosomes and respond to CpG DNA/ A. Chockalingam, J.C. Brooks, J.L. Cameron, L.K. Blum, C.A. Leifer // Immunol. Cell Biol. - 2009. - V. 87. - P. 209-217.
136. Choi, J.J. Release of DNA from dead and dying ymphocyte and monocyte cell lines in vitro?/ J.J. Choi, C.F. Reich 3rd, D.S. Pisetsky // Scand J Immunol. - 2004. - V. 60. - P. 159-166.
137. Choi, J.J. The role of macrophages in the in vitro generation of extracellular DNA from apoptotic and necrotic cells/ J.J. Choi, C.F. Reich 3rd, D.S. Pisetsky // Immunology. -2005.-V. 115.-P. 55-62.
138. Chomczynski, P. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction/ P. Chomczynski, N. Sacchi // Anal Biochem. - 1987. - V. 162.-P. 156-159.
139. Choubey, D. DNA-responsive inflammasomes and their regulators in autoimmunity/ D. Choubey // Clin Immunol. - 2012. - V. 142. - № 3. - P. 223-231.
140. Chua, S.L. UBC and YWIIAZ as suitable reference genes for accurate normalisation of gene expression using MCF7, HCT116 and HepG2 cell lines/ S.L. Chua, W.C. See Too, B.Y. Khoo, L.L. Few // Cytotechnology. - 2011. - V. 63. - № 6. - P. 645-654.
141. Chuang, T.H. Cloning and characterization of a sub-family of human Toll-like receptors: hTLR7, hTLR8 and hTLR9/ T.H. Chuang, R.J. Ulevitch // Europ. Cytokine Netw. -2000.-V.11.-P. 372-378.
142. CoIIado, R. Early ROS-mediated DNA damage and oxidative stress biomarkers in Monoclonal B Lymphocytosis/ R. Collado, I. Oliver, C. Tormos, M. Egea, A. Miguel, C. Cerda, D. Ivars, S. Borrego, F. Carbonell, G.T. Saez // Cancer Lett. - 2012. -V. 317. - № 2.-P. 144-149.
143. Collins, A.R. Measuring oxidative damage to DNA and its repair with the comet assay/ A.R. Collins // Biochim Biophys Acta. - 2013. - V. 13. - P. 150-155.
144. Cooper, P.R. Neutrophil extracellular traps as a new aradigm in innate immunity: friend or foe?/ P.R. Cooper, L.J. Palmer, I.L. Chappie // Periodontol. - 2000. - V. 63. - № 1. -P. 165-197.
145. Cory, S. The Bcl-2 family: roles in cell survival and oncogenesis/ S. Cory, D.C. Huang, J.M. Adams // Oncogene. - 2003. - V. 22. - № 53. - P. 590-607.
146. Cossarizza, A. Increased plasma levels of extracellular mitochondrial DNA during HIV infection: a new role for mitochondrial damage-associated molecular patterns during inflammation/ A. Cossarizza, M. Pinti, M. Nasi, L. Gibellini, S. Manzini, E. Roat, S. De Biasi, L. Bertoncelli, J.P. Montagna, L. Bisi, L. Manzini, T. Trenti, V. Borghi, C. Mussini // Mitochondrion. - 2011. - V. 11. - P. 750-755.
147. Cossarizza, A. Simultaneous analysis of reactive oxygen species and reduced glutathione content in living cells by polychromatic flow cytometry/ A. Cossarizza, R. Ferraresi, L. Troiano, E. Roat, L. Gibellini, L. Bertoncelli, M. Nasi, M. Pinti // Nat Protoc. - 2009. -V. 4.-№ 12.-P. 1790-1797.
148. Costa, A.C. Prospects for improving brain function in individuals with Down syndrome/ A.C. Costa, J.J. Scott-McKean // CNS Drugs. - 2013. - V. 27. - № 9. - P. 679-702.
149. Counis, M.F. DNases and apoptosis/ M.F. Counis, A. Torriglia // Biochem Cell Biol. -2000. - V. 78. - № 4. - P. 405-414.
150. Cui, M. Cell-Free circulating DNA: a new biomarker for the acute coronary syndrome/ M. Cui, M. Fan, R. Jing, H. Wang, J. Qin, H. Sheng, Y. Wang, X. Wu, L. Zhang, J. Zhu, S. Ju. // Cardiology. - 2013. - V. 124. - № 2. - P. 76-84.
151. Darzynkiewicz, Z. Analysis of individual molecular events of DNA damage response by flow- and image-assisted cytometry/ Z. Darzynkiewicz, F. Traganos, H. Zhao, H.D. Halicka, J. Skommer, D. Wlodkowic // Methods Cell Biol. - 2011. - V. 103. - P. 115147.
152. Darzynkiewicz, Z. DNA damage signaling assessed in individual cells in relation to the cell cycle phase and induction of apoptosis/ Z. Darzynkiewicz, H. Zhao, H.D. Halicka, P. Rybak, J. Dobrucki, D. Wlodkowic // Crit Rev Clin Lab Sci. - 2012. - V. 49. - № 5-6. -P. 199-217.
153. Degli-Esposti, M.A. Close encounters of different kinds; dendritic cells and NK cells take centre stage/ M.A. Degli-Esposti, M.J. Smyth // Nat. Rev. Immunol. - 2005. - V. 5 - P. 112-24.
154. DeNicola, G.M. Oncogene-induced Nrf2 transcription promotes ROS detoxification and tumorigenesis/ G.M. DeNicola et al. //Nature. - 2011. - V. 475. - P. 106.
155. Dennehy, K. M. Syk kinase is required for collaborative cytokine production induced through Dectin-1 and Toll-like receptors/ K.M. Dennehy, G. Ferwerda, I. Faro-Trindade I, E. Pyz, J.A. Willment, P.R. Taylor et al. // Eur. J. Immunol. - 2008. - V. 38. - P. 500506.
156. Di Virgilio, F. The therapeutic potential of modifying inflammasomes and NOD-like receptors/ F. Di Virgilio // Pharmacol Rev. - 2013. - V. 65. - № 3. - P. 872-905.
157. Dien, J. Signal transducers and activators of transcription-3 up-regulates tissue inhibitor of etalloproteinase-1 expression and decreases invasiveness of breast cancer/ J. Dien, H.M. Amin, N. Chiu, W. Wong et al. // Am J Pathol. - 2006. - V. 169. - P. 633-642.
158. Dikalov, S.I. Distinct roles of Noxl and Nox4 in basal and angiotensin II-stimulated superoxide and hydrogenperoxideproduction/ S.I. Dikalov, A.E. Dikalova, A.T. Bikineyeva, H.H. Schmidt, D.G. Harrison, K.K. Griendling, // FreeRadic.Biol.Med. -2008.-V. 45.-P. 1340-1351.
159. Dobrzycka, B. Circulating free DNA, p53 antibody and mutations of KRAS gene in endometrial cancer/ B. Dobrzycka, SJ. Terlikowski, A. Mazurek, O. Kowalczuk, W. Niklinska, L. Chyczewski, M. Kulikowski // Int J Cancer. - 2010. - V. 127. - № 3. - P. 612-621.
160. Dong, L. Suppressive oligodeoxynucleotides delay the onset of glomerulonephritis and prolong survival in lupus-prone NZB x NZW mice/ L. Dong, S. Ito, K. J. Ishii, and D. M. Klinman // Arthritis and Rheumatism. - 2005. - V. 52. - № 2. - P. 651-658.
161. Drummond, G.R. Transcriptional and posttranscriptional regulation of endothelial nitric oxide synthase expression by hydrogen peroxide/ G.R. Drummond, H. Cai, M.E. Davis, S. Ramasamy, D.G. Harrison // Circ Res. - 2000. - V. 86. - № 3. - P. 347-354.
162. Du, X. Three novel mammalian toll-like receptors: gene structure, expression, and evolution/ X. Du, A. Poltorak, Y. Wei, B. Beutler, // Europ. Cytokine Netw. - 2000. -V.ll.-P. 362-371.
163. Duan, X. Differential roles for the interferon-inducible IFI16 and AIM2 innate immune sensors for cytosolic DNA in cellular senescence of human fibroblasts/ X. Duan, L. Ponomareva, S. Veeranki, R. Panchanathan, E. Dickerson, D. Choubey // Mol Cancer Res. - 2011. - V. 5. - P. 589-602.
164. Dudek, S.M. Cytoskeletal regulation of pulmonary vascular permeability/ S.M. Dudek, J.G. Garcia // J Appl Physiol. - 2001. - V. 4. - P. 1487-1500.
165. Duramad, O. K. Inhibitors of TLR-9 act on multiple cell subsets in mouse and man in vitro and prevent death in vivo fromsystemic inflammation/ O.K. Duramad, K. L. Fearon, B. Chang etal.// Journal of Immunology. -2005.- V. 174.-№ 9.-P. 5193-5200.
166. Dwivedi, D.J. Prognostic utility and characterization of cell-free DNA in patients with severe sepsis/ D.J. Dwivedi, L.J. Toltl, L.L. Swystun, J. Pogue, K.L. Liaw, J.I. Weitz, D.J. Cook, A.E. Fox-Robichaud, P.C. Liaw // Crit Care. - 2012. - V. 16. - P. 151.
167. Eberle, M.E. Dectin-1 stimulation induces suppressor of cytokine signaling 1, thereby modulating TLR signaling and T cell responses/ M.E. Eberle, A.H. Dalpke // J. Immunol. - 2012. - V. 188. - P. 5644-5654.
168. Efremova, L.V. Accumulating fragments of extracellular DNA (ecDNA) influence rat primary cerebellum granule cell culture/ L.V. Efremova, S.V. Kostyuk, I.L. Konorova, G.P. Khaspekov, N.N. Veiko // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum. - 2010. -V. 29.-P. 213-218.
169. Ehrlich, M. DNA hypomethylation in cancer cells/ M. Ehrlich // Epigenomics. - 2009. -V. l.-P. 239-259.
170. El Messaoudi, S. Circulating cell free DNA: Preanalytical considerations/ S. El Messaoudi, F. Rolet, F. Mouliere, A.R. Thierry // Clin Chim Acta. - 2013. - V. 424C. -P. 222-230.
171. Ellinger, J. Circulating mitochondrial DNA in serum: a universal diagnostic biomarker for patients with urological malignancies/ J. Ellinger, D.C. Muller, S.C. Muller, S. Hauser, L.C. Heukamp, A. von Ruecker, P.J. Bastian, G. Walgenbach-Brunagel // Urol Oncol. -2012. -V. 30. - P. 509-515.
172. El-Zein, R.A. Rapid method for determination of DNA repair capacity in human peripheral blood lymphocytes amongst smokers/ R.A. El-Zein, C.M. Monroy, A. Cortes, M.R. Spitz, A. Greisinger, C.J. Etzel // BMC Cancer. - 2010. - V. 10. - P. 439.
173. Ermakov, A.V. An extracellular DNA mediated bystander effect produced from low dose irradiated endothelial cells/ A.V. Ermakov, M.S. Konkova, S.V. Kostyuk, T.D. Smirnova, E.M. Malinovskaya, L.V. Efremova, N.N. Veiko // Mutat Res. - 2011. - V. 712.-P. 1-10.
174. Ermakov, A.V. Development of the adaptive response and bystander effect induced by low-dose ionizing radiation in human mesenchymal stem cells/ A.V. Ermakov, M.S. Konkova, S.V. Kostyuk, T.D. Smirnova, L.V. Efremova, L.N. Lyubchenko, N.N. Veiko // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum. - 2010. - V. 29. - P. 225-231.
175. Ermakov, A.V. Extracellular DNA Fragments Factors of Stress Signaling between X-Irradiated and Nonirradiated Human Lymphocytes/ A.V. Ermakov, S.V. Kostyuk, M.S.
Konkova, N.A. Egolina, E.M. Malinovskaya, N.N. Veiko // Ann. N.Y. Acad. Sei. - 2008. -V. 1137.-P. 41-46.
176. Ermakov, A.V. Oxidative stress as a significant factor for development of an adaptive response in irradiated and nonirradiated human lymphocytes after inducing the bystander effect by low-dose X-radiation/ A.V. Ermakov, M.S. Konkova, S.V. Kostyuk, N.A. Egolina, L.V. Efremova, N.N. Veiko // Mutat. Res. - Fund. Mol. M. - 2009. - V. 669. -№ 1-2.-P. 155-161.
177. Ermakov, A.V. Oxidized extracellular DNA as a stress signal in human cells/ A.V. Ermakov, M.S. Konkova, S.V. Kostyuk, V.L. Izevskaya, A. Baranova, N.N. Veiko // Oxid Med Cell Longev. - 2013. - V. 2013. - P. 649-747.
178. Estecio, M.R. Genome architecture marked by retrotransposons modulates predisposition to DNA methylation in cancer/ M.R. Estecio, J. Gallegos, C. Vallot, R.J. Castoro, W. Chung, S. Maegawa, Y. Oki, Y. Kondo, J. Jelinek, L. Shen, H. Härtung, P.D. Aplan, B.A. Czerniak, S. Liang, J.P. Issa // Genome Res. - 2010. - V. 20. - P. 1369-1382.
179. Evans, D.L. Cellular expression and antimicrobial function of a phylogenetically conserved novel histone lx-like protein on mouse cells: a potential new class of pattern recognition receptor/ D.L. Evans, M.A. Connor, L.D. Moss, S.Lackay, J.H. Leary 3rd, T. Krunkosky, L. Jaso-Friedmann // J Leukoc Biol. - 2009. - V. 86. - № 1. - P. 133-141.
180. Ewald, S.E. The ectodomain of Toll-like receptor 9 is cleaved to generate a functional receptor/ S.E. Ewald, B.L. Lee, L. Lau, K.E. Wickliffe, G.P. Shi, H.A. Chapman et al. // Nature. - 2008. - V. 456. - P. 658-662.
181. Ewald. S.E. Nucleic acid sensing Toll-like receptors in autoimmunity/ S.E. Ewald, G.M. Barton // Curr Opin Immunol. - 2011. - V. 1. - P. 3-9.
182. Fan, Y. NF-kB and STAT3 signaling pathways collaboratively link inflammation to cancer/ Y. Fan, R. Mao, J. Yang II Protein Cell. - 2013. - V. 4. - № 3. - P. 176-185.
183. Faridi, F. Aberrant epigenetic regulators control expansion of human CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells/ F. Faridi, K. Ponnusamy, I. Quagliano-Lo Coco, L. Chen-Wichmann, M. Grez, R. Henschler, C. Wichmann // Front Genet. - 2013. - V. 4. -P. 254.
184. Faulkner, G.J. The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells/ G.J. Faulkner, Y. Kimura, C.O. Daub, S. Wani, C. Plessy, K.M. Irvine, K. Schroder, N. Cloonan, A.L. Steptoe, T. Lassmann, K. Waki, N. Hornig, T. Arakawa, H. Takahashi, J. Kawai, A.R. Forrest, H. Suzuki, Y. Hayashizaki, D.A. Hume, V. Orlando, S.M. Grimmond, P. Carninci // Nat Genet. - 2009. - V. 41. -№ 5. - P. 563-571.
185. Fenech, M. Molecular mechanisms of micronucleus, nucleoplasm^ bridge and nuclear bud formation in mammalian and human cells/ M. Fenech, M. Kirsch-Volders, A.T. Natarajan, J. Surralles, J.W. Crott et al. // Mutagenesis. - 2011. - V. 26. - P. 125-132.
186. Feng, J. The role of DNA methylation in the central nervous system and neuropsychiatric disorders/ J. Feng, G. Fan // Int Rev Neurobiol. - 2009. - V. 89. - P. 67-84.
187. Femandes-Alnemri, T. The pyroptosome: a supramolecular assembly of ASC dimers mediating inflammatory cell death via caspase-1 activation/ T. Fernandes-Alnemri, J. Wu, J.W. Yu, P. Datta, B. Miller, W. Jankowski, S. Rosenberg, J. Zhang, E.S. Alnemri // Cell Death Differ.-2007.-V. 14.-№9.-P. 1590-1604.
188. Fernando, M.R. A new methodology to preserve the original proportion and integrity of cell-free fetal DNA in maternal plasma during sample processing and storage/ M.R. Fernando, K. Chen, S. Norton, G. Krzyzanowski, D. Bourne, B. Hunsley, W.L. Ryan, C. Bassett // Prenat Diagn. - 2010. - V. 30. - P. 418-424.
189. Fink, T. Instability of standard PCR reference genes in adipose-derived stem cells during propagation, differentiation and hypoxic exposure/ T. Fink, P. Lund, L. Pilgaard, J.G. Rasmussen, M. Duroux, V. Zachar // BMC Mol Biol. - 2008. - V. 9. - P. 98.
190. Fisher, R.P. The CDK Network: Linking Cycles of Cell Division and Gene Expression/ R.P. Fisher// Genes Cancer. -2012. - V. 3. - № 11-12. - P. 731-738.
191. Fleischhacker, M. Circulating nucleic acids (CNAs) and cancer—a survey/ M. Fleischhacker, B. Schmidt // Biochim Biophys Acta. - 2007. - V. 1775. - P. 181-232.
192. Fleissner, F. Microvesicles as novel biomarkers and therapeutic targets in transplantation medicine/ F. Fleissner, Y. Goerzig, A. Haverich, T. Thum // Am J Transplant. - 2012. -V. 2.-P. 289-297.
193. Foijer, F. Restriction beyond the restriction point: mitogen requirement for G2 passage/ F. Foijer, H. Te Riele // Cell Div. - 2006. - V. 18. - P. 1-8.
194. Fournier, A, lql2 chromosome translocations form aberrant heterochromatic foci associated with changes in nuclear architecture and gene expression in B cell lymphoma/ A. Fournier, A. McLeer-Florin, C. Lefebvre, S. Duley, L. Barki, J. Ribeyron, K. Alboukadel, S. Hamaidia, A. Granjon, R. Gressin, A. Lajmanovich, T. Bonnefoix, S. Chauvelier, A. Debernardi, S. Rousseaux, F. de Fraipont, M. Figeac, J.P. Kerckaert, J. De Vos, Y. Usson, K. Delaval, A. Grichine, C. Vourc'h, S. Khochbin, R. Feil, D. Leroux, M.B. Callanan // EMBO Mol Med. - 2010. - V. 5. - P. 159-171.
195. Fox, C.E. Maternal cell-free messenger RNA in twin pregnancies: the effects of chorionicity and severe twin to twin transfusion syndrome (TTTS)/ C.E. Fox, A.
Sekizawa, S.J. Pretlove, B.C. Chan, T. Okai, M.D. Kilby // Acta Obstet Gynecol Scand. -
2012. -V. 91. -№ 10.-P. 1206-1211.
196. Franchi, L. Function of Nod-like receptors in microbial recognition and host defense/ L. Franchi, N. Warner, K. Viani, G. Nunez // Immunol Rev. - 2009. - V. 227. - № 1. - P. 106-128.
197. Fraser, D.A.r ,A.J. Clq differentially modulates phagocytosis and cytokine responses during ingestion of apoptotic cells by human monocytes, macrophages, and dendritic cells/ D.A. Fraser, A.K. Laust, E.L. Nelson, A.J. Tenner // J. Immunol. - 2009. - V. 183. -P. 6175-6185.
198. Frattini, M. Quantitative analysis of plasma DNA in colorectal cancer patients: a novel prognostic tool/ M. Frattini, G. Gallino, S. Signoroni, D. Balestra, L. Battaglia, G. Sozzi, E. Leo, S. Pilott, M.A. Pierotti // Ann N Y Acad Sci. - 2006. - V. 1075. - P. 185-190.
199. Fu, M. Cyclin DI represses p300 transactivation through a cyclin-dependent kinase-independent mechanism/ M. Fu, C. Wang, M. Rao et al. // J. Biol. Chem. - 2005. - V. 280.-№33.-29728-29742.
200. Fukui, R. Unc93Bl restricts systemic lethal inflammation by orchestrating Toll-like receptor 7 and 9 trafficking/ R. Fukui et al. // Immunity. - 2011. -V. 35. - P. 69-81.
201. Fulton, D. Localization of endothelial nitric-oxide synthase phosphorylated on serine 1179 and nitric oxide in Golgi and plasma membrane defines the existence of two pools of active enzyme / D. Fulton, J. Fontana, G. Sowa, J.P. Gratton, M. Lin, K.X. Li, B. Michell, B.E. Kemp, D. Rodman, W.C. Sessa // J. Biol. Chem. - 2002. - V.277. - № 6. -P. 4277-4284.
202. Gahan, P.B. Biology of circulating nucleic acids and possible roles in diagnosis and treatment in diabetes and cancer/ P.B. Gahan // Infect Disord Drug Targets. - 2012. - V. 12.-№5.-P. 360-370.
203. Gahan, P.B. Circulating nucleic acids in plasma and serum: applications in diagnostic techniques for noninvasive prenatal diagnosis/ P.B. Gahan //. Int J Womens Health. -
2013.-V. 5.-P. 177-186.
204. Gahan, P.B. Metabolic DNA as the origin of spontaneously released DNA?/ P.B. Gahan, P. Anker, M. Stroun // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 7-17.
205. Gahan, P.B. The virtosome - a novel cytosolic informative entity and intercellular messenger/ P.B. Gahan, P. Anker, M. Stroun // Cell Biochem Funct. - 2010. - V. 28. -№7.-P. 529-538.
206. Gaipl, U.S. Cooperation between Clq and DNase I in the clearance of necrotic cell-derived chromatin/ U.S. Gaipl, T.D. Beyer, P. Heyder, S. Kuenkele, A. Bottcher, R.E. Voll et al. // Arthritis Rheum. - 2004. - V. 50. - P. 640-649.
207. Galeazzi, M. Dosage and characterization of circulating DNA: present usage and possible applications in systemic autoimmune disorders/ M. Galeazzi, G. Morozzi, M. Piccini, J. Chen, F. Bellisai, S. Pineschi, R. Marcolongo // Autoimmun. Rev. - 2003. - V.2. - № 1. -P. 50-55.
208. Ganguly, D. Self-RNA-antimicrobial peptide complexes activate human dendritic cells through TLR7 and TLR8/ D. Ganguly // J Exp Med. - 2009. - V. 206. - P. 1983-1994.
209. Gao, YJ. Increased integrity of circulating cell-free DNA in plasma of patients with acute leukemia/ Y.J. Gao, Y.J. He, Z.L. Yang, H.Y. Shao, Y. Zuo, Y. Bai, H. Chen, X.C. Chen, F.X. Qin, S. Tan, J. Wang, L. Wang, L. Zhang // Clin Chem Lab Med. - 2010. - V. 48.-P. 1651-1656.
210. Garcia-Olmo, D.C. Cell-free nucleic acids circulating in the plasma of colorectal cancer patients induce the oncogenic transformation of susceptible cultured cells/ D.C. Garcia-Olmo, C. Domínguez, M. Garcia-Arranz, P. Anker, M. Stroun, J.M. Garcia-Verdugo, D. Garcia-Olmo // Cancer Res. - 2010. - V. 70. - P. 560-567.
211. Gerdes, J Cell cycle analysis of a cell proliferation-associated human nuclear antigen defined by the monoclonal antibody Ki-67/ J. Gerdes, H. Lemke, H. Baisch, H.H. Wacker, U. Schwab et al.//J Immunol. - 1984.-V. 133.-P. 1710-1715.
212. Ghorbian, S. Non-Invasive Detection of Esophageal Cancer using Genetic Changes in Circulating Cell-Free DNA/ S. Ghorbian, A.M. Ardekani // Avicenna J Med Biotechnol. -2012.— V. 4.-P. 3-13.
213. Giacinti, C. RB and cell cycle progression/ C. Giacinti, A. Giordano // Oncogene. -2006. - V. 25. - P. 5220-5227.
214. Gilliet, M. Antimicrobial peptides and self-DNA in autoimmune skin inflammation/ M. Gilliet, R. Lande // Curr Opin Immunol. - 2008. - V. 20. - P. 401-407.
215. Glasauer, A. ROS/ A. Glasauer, N.S. Chandel // Curr Biol. - 2013. - V. 4. - № 3. - P. 100-102.
216. Glebova, K. Oxidized extracellular DNA as a stress signal that may modify response to anticancer therapy/ K. Glebova, N. Veiko, S. Kostyuk, V. Izhevskaya, A. Baranova // Cancer Lett. - 2013. - V.S0304-3835. -№ 13. - P. 658-667.
217. Gloire, G. Redox regulation of nuclear post-translational modifications during NF-kappaB activation/ G. Gloire, J. Piette // Antioxid. Redox Signal. - 2009 - V. 11. - P. 2209-2222.
218. Goldshtein, H. A rapid direct fluorescent assay for cell-free DNA quantification in biological fluids/ H. Goldshtein, M.J. Hausmann, A. Douvdevani // Ann Clin Biochem. -2009. - V. 46. - № 6. - P. 488-494.
219. Gong, B. Cell-free DNA in blood is a potential diagnostic biomarker of breast cancer/ B. Gong, J. Xue, J. Yu, H. Li, H. Hu et al. // Oncol. - 2012. - V. 3. - P. 897-900.
220. González-Masiá, J.A. Circulating nucleic acids in plasma and serum (CNAPS): applications in oncology/ J.A. González-Masiá, D. García-Olmo, D.C. García-Olmo // Onco Targets Ther. - 2013. -V. 8. - № 6 - P. 819-32.
221. Goodarzi, A.A. The repair and signaling responses to DNA double-strand breaks/ A.A. Goodarzi, P.A. Jeggo // Adv Genet. - 2013. - V. 82. - P. 1-45.
222. Gorgoulis, V.G. Activation of the DNA damage checkpoint and genomic instability in human precancerous lesions/ V.G. Gorgoulis, L.V. Vassiliou, P. Karakaidos, P. Zacharatos, A. Kotsinas, T. Liloglou, M. Venere, R.A. Ditullio, N.G. Kastrinakis Jr., B. Levy, D. Kletsas, A. Yoneta, M. Herlyn, C. Kittas, T.D. Halazonetis // Nature. - 2005. -V. 434.-P. 907-913.
223. Gormally, E. TP53 and KRAS2 mutations in plasma DNA of healthy subjects and subsequent cancer occurrence: a prospective study/ E. Gormally, P. Vineis, G. Matullo, P. Veglia, E. Caboux, E. Le Roux, M. Peluso, S. Garte, S. Guarrera, A. Munnia, L. Airoldi, H. Autrup, C. Malaveille, A. Dunning, K. Overvad, A. Tjonneland, E. Lund, F. Clavel-Chapelon, H. Boeing, A. Trichopoulou, D. Palli, V. Krogh, R. Tumino, S. Pánico, H.B. Bueno-de-Mesquita, P.H. Peeters, G. Pera, C. Martinez, M. Dorronsoro, A. Barricarte, C. Navarro, J.R. Quiros, G. Hallmans, N.E. Day, T.J. Key, R. Saracci, R. Kaaks, E. Riboli, P. Hainaut // Cancer Res. - 2006. - V. 66. - P. 6871-6876.
224. Goulopoulou, S. Toll-like receptor 9 activation: a novel mechanism linking placenta-derived mitochondrial DNA and vascular dysfunction in pre-eclampsia/ S. Goulopoulou, T. Matsumoto, G.F. Bomfim, R.C. Webb // Clin Sei. - 2012. - V.123. - № 7. - P. 429435.
225. Govers, R. Endothelial nitric oxide synthase activity is linked to its presence at cell-cell contacts / Govers R, Bevers L, de Bree P, Rabelink TJ // Biochem J. - 2002. - V. 361. -P. 193-201,
226. Grady, W.M. Genomic and epigenctic instability in colorectal cancer pathogenesis/ W.M. Grady, J.M. Carethers // Gastroenterology. - 2008. - V. 135. - № 4. - P. 1079-1099.
227. Graham, K.A. NADPH oxidase 4 is an oncoprotein localized to mitochondria/ K.A. Graham, M. Kulawiec, K.M. Owens, X. Li, M.M. Desouki, D. Chandra et al. // CancerBiol.Ther. - 2010. - V. 10. - P. 223-231.
228. Griffith, T.S. Cell death in the maintenance and abrogation of tolerance: the five Ws of dying cells/ T.S. Griffith, T.A. Ferguson // Immunity. - 2011. - V. 35. - P. 456-466.
229. Gross, A. Bcl-2 family members and the mitochondria in apoptosis/ A. Gross, J.M. McDonnell, S.J. Korsmeyer, // Genes & Dev. - 1999. - V. 13. - P. 1899-1911.
230. Guiducci, C. Properties regulating the nature of the plasmacytoid dendritic cell response to Toll-like receptor 9 activation/ C. Guiducci, G. Ott, J.H. Chan et al. // Journal of Experimental Medicine. -2006. -V. 203. -№ 8. - P. 1999-2008.
231. Guillaud, P. Quantification and topographical description of Ki-67 antibody labelling during the cell cycle of normal fibroblastic (MRC-5) and mammary tumour cell lines (MCF7)/ P. Guillaud, S. du Manoir, D. Seigneurin // Anal Cell Pathol. - 1989. - V. 11. -P. 25-39.
232. Gummersbach, C. New aspects of adipogenesis: radicals and oxidative stress/ C. Gummersbach, K. Hemmrich, K.D. Kroncke et al. // Differentiation. - 2009. - V. 77. -№2.-P. 115-120.
233. Gursel, I. Repetitive elements in mammalian telomeres suppress bacterial DNA-induced immune activation/ I. Gursel, M. Gursel, H. Yamada, K.J. Ishii, F. Takeshita, D.M. Klinman//J Immunol.-2003.-V. 17.-P. 1393-1400.
234. Guz, J. The relationship between 8-oxo-7, 8-dihydro-2'- deoxyguanosine level and extent of cytosine methylation in leukocytes DNA of healthy subjects and in patients with colon adenomas and carcinomas/ J. Guz, M. Foksinski, A. Siomek, et al. // Mutat Res. - 2008. -V. 640. -№ 1-2. -P. 170-173.
235. Haas, T. The DNA sugar back bone 2'deoxyribose determines toll-like receptor 9 activation/ T. Haas, J. Metzger, F.Schmitz, A. Heit, T. Muller, E. Latz, et al. // Immunity. -2008.-V. 28.-P. 315-323.
236. Hahn, S. Noninvasive prenatal diagnosis of fetal aneuploidies and Mendelian disorders: new innovative strategies/ S. Hahn, L.G. Jackson, V. Kolla, A.P. Mahyuddin, M. Choolani // Expert Rev Mol Diagn. - 2009. - V. 9. - № 6. - P. 613-621.
237. Haider, L. Oxidative damage in multiple sclerosis lesions/ L. Haider, M.T. Fischer, J.M. Frischer, J. Bauer, R. Höftberger, G. Botond, H. Esterbauer, C.J. Binder, J.L. Witztum, H. Lassmann//. Brain.-201 l.-V. 134.-№7.-P. 1914-1924.
238. Haimovitz-Friedman, A. Imaging radiotherapy-induced apoptosis/ A. Haimovitz-Friedman, T.J. Yang, T.H. Thin, M. Verheij // Radiat Res. - 2012. - V. 177. - № 4. - P. 467-482.
239. Halpern, M.D. In vitro inhibition of murine IFNy production by phosphorothioate deoxyguanosine oligomers/ M.D. Halpern, D.S. Pisetsky // Immunopharmacology. -1995.-V. 29.-№ l.-P. 47-52.
240. Hamperl, S. Chromatin states at ribosomal DNA loci/ S. Hamperl, M. Wittner, V. Babl, J. Perez-Fernandez, H. Tschochner, J. Griesenbeck // Biochim Biophys Acta. - 2013. - V. 1829.-№3-4.-P. 405-417.
241. Hamurcu, Z. Micronucleus frequency in lymphocytes and 8-hydroxydeoxyguanosine level in plasma of women with polycystic ovary syndrome/ Z. Hamurcu, F. Bayram, G. Kahriman, H. Dönmez-Altuntas, G. Baskol // Gynecol Endocrinol. - 2010. - V. 8. - P. 590-595.
242. Han, K. DNA methylation of mobile genetic elements in human cancers/ K. Han, J. Lee, H.S. Km, K.M. Yang, J.M. Yi // Genes Genom. - 2013. - V. 35. - P. 265-271.
243. Hanaoka, H. Okazaki Y, Satoh T, Kaneko Y, Yasuoka H, Seta N, Kuwana M. Circulating anti-double-stranded DNA antibody-secreting cells in patients with systemic lupus erythematosus: a novel biomarker for disease activity/ H. Hanaoka, Y. Okazaki, T. Satoh, Y.Kaneko, H. Yasuoka, N. Seta, M. Kuwana // Lupus. - 2012. - V. 21. - № 12. - P. 1284-1293.
244. Harberts, E. TLR signaling and DNA repair: are they associated?/ E. Harberts, A.A. Gaspari // J Invest Dermatol. - 2013. - V. 133. - № 2. - P. 296-302.
245. Harris, H.E. HMGB1: a multifunctional alarmin driving autoimmune and inflammatory disease/ H.E. Harris, U. Andersson, D.S. Pisetsky // Nat Rev Rheumatol. - 2012. - V. 10.-P. 1038.
246. Hartmann, G. Rational design of new CpG oligonucleotides that combine B cell activation with high IFN-alpha induction in plasmacytoid dendritic cells/ G. Hartmann, J. Battiany, H. Poeck, M. Wagner, M. Kerkmann, N. Lubenow, S. Rothenfusser, S. Endres // Eur J Immunol. - 2003.-V. 33.-№6.-P. 1633-1641.
247. Harvey, S.A. The transcriptomic response of rat hepatic stellate cells to endotoxin: implications for hepatic inflammation and immune regulation/ S.A. Harvey, A. Dangi, A. Tandon, C.R. Gandhi // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 12. - P. 821-859.
248. Hasan, U. Human TLR10 is a functional receptor, expressed by B cells and plasmacytoid dendritic cells, which activates gene transcription through MyD88/ U. Hasan, C. Chaffois, C. Gaillard et al. // J. Immun. - 2005. - V. 174 - P. 2942-2950.
249. Hashad, D. Free circulating tumor DNA as a diagnostic marker for breast cancer/ D. Hashad, A. Sorour, A. Ghazal, I. Talaat // J Clin Lab Anal. - 2012. - V. 26. - P. 467-472.
250. Hayashi, T. Pattern recognition receptors/ T. Hayashi, T. Nakamura, A. Takaoka // Nihon Rinsho Meneki Gakkai Kaishi. - 2011. - V. 34. - № 12. - P. 329-345.
251. Hayes, J.D. Cancer chemoprevention mechanisms mediated through the Keapl-Nrf2 pathway/ J.D. Hayes, M. McMahon, S. Chowdhry, A.T. Dinkova-Kostova // Antioxid Redox Signal.-2010.-V. 13. -№11.-P. 1713-1748.
252. Hayes, J.D. The double-edged sword of Nrf2: subversion of redox homeostasis during the evolution of cancer/ J.D. Hayes, M. McMahon // Mol. Cell. - 2006. - V. 21. - P. 732.
253. He, G. NP-kB and STAT3 - key players in liver inflammation and cancer/ G. He, M. Karin // Cell. - 2011. - V. 21. - P. 159-168.
254. He, X.X. Expression of Toll-like receptors in human bone marrow mesenchymal stem cells/ X.X. He, H. Bai, G.R. Yang et al. // Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi. -2009. - V. 17. - № 3. - P. 695-699.
255. Hei, T.K. Mechanism of radiation-induced bystander effects: a unifying model/ T.K. Hei, H. Zhou, V.N. Ivanov, M. Hong, H.B. Lieberman, D.J. Brenner, S.A. Amundson, C.R. Geard // J. Pharm. Pharmacology. - 2008. - V. 60. - P. 943-950.
256. Heikenwalder, M. Lymphoid follicle destruction and immunosuppression after repeated CpG oligodeoxynucleotide administration/ M. Heikenwalder, M. Polymenidou, T. Junt et al. // Nat. Med. - 2004. - V. 10. - № 2. - P. 187-92.
257. Heiss, E. Nuclear factor kappa B is a molecular target for sulforaphane-mediated antiinflammatory mechanisms/ E. Heiss, C. Herhaus, K. Klimo, H. Bartsch, C. Gerhauser // J Biol Chem. -2001. - V. 276. - P. 32008-32015.
258. Hemmi, H. A toll-like receptor recognizes bacterial DNA/ H. Hemmi, O. Takeuchi, T. Kawai et al. // Nature. - 2000 - V. 408 - P. 740-745.
259. Hidestrand, M. Influence of temperature during transportation on cell-free DNA analysis/ M. Hidestrand, R. Stokowski, K. Song, A. Oliphant, J. Deavers, M. Goetsch, P. Simpson, R. Kuhlman, M. Ames, M. Mitchell, A. Tomita-Mitchell // Fetal Diagn Ther. - 2012. -V. 31.-P. 122-128.
260. Hill, M. Uses of cell free fetal DNA in maternal circulation/ M. Hill, A.N. Barrett, H. White, L.S. Chitty // Best Pract Res Clin Obstet Gynaecol. - 2012. - V. 26. - P. 639-654.
261. Hirata, Y. HMGB1 plays a critical role in vascular inflammation and lesion formation via toll-like receptor 9/ Y. Hirata, H. Kurobe, M. Higashida, D. Fukuda, M. Shimabukuro, K. Tanaka, Y. Higashikuni, T. Kitagawa, M. Sata // Atherosclerosis. - 2013. - V. 231. - № 2.-P. 227-233.
262. Ho, P.P. An immunomodulatory GpG oligonucleotide for the treatment of autoimmunity via the innate and adaptive immune systems/ P.P. Ho, P. Fontoura, P. J. Ruiz, L.
Steinman, H. Garren // Journal of Immunology. - 2003. - V. 171. - № 9. - P. 49204926.
263. Hofstetter, B. Impact of genomic methylation on radiation sensitivity of colorectal carcinoma/ B. Hofstetter, A. Niemierko, C. Forrer, J. Benhattar, V. Albertini, M. Pruschy, F.T. Bosman, C.V. Catapano, I.F. Ciernik // Int J Radiat Oncol Biol Phys. -2010.-V. 76. - P. 1512-1519.
264. Holdenrieder, S. Clinical use of circulating nucleosomes/ S. Holdenrieder, P. Stieber // Crit Rev Clin Lab Sci. - 2009. - V. 46. - P. 1-24.
265. Holdenrieder, S. DNA integrity in plasma and serum of patients with malignant and benign diseases/ S. Holdenrieder, A. Burges, O. Reich, F.W. Spelsberg, P. Stieber // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 162-170.
266. Holford, N.C. Normalization of circulating nucleic acid results/ N.C. Holford, A. Ramoutar, A.N. Butt, R. Swaminathan // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 112118.
267. Holm, C.K. DNA recognition in immunity and disease/ C.K. Holm, S.R. Paludan, K.A. Fitzgerald//CurrOpinImmunol.-2013.-V. 25.-№ l.-P. 13-18.
268. Honda, K. Spatiotemporal regulation of MyD88-IRF-7 signalling for robust type-I interferon induction/ K. Honda, Y. Ohba, H. Yanai et al. // Nature. - 2005. - V. 434. - № 7036.-P. 1035-1040.
269. Hong, B. Detecting circulating tumor cells: current challenges and new trends/ B. Hong, Y. Zu // Theranostics. - 2013. - V. 3. - P. 377-394.
270. I-Iornung, V. AIM2 recognizes cytosolic dsDNA and forms a caspase-1-activating inflammasome with ASC/ V. Hornung, A. Ablasser, M. Charrel-Dennis, F. Bauernfeind, G. Horvath, D.R. Caffrey et al. // Nature. - 2009. - V. 458. - № 7237. - P. 514-518.
271. Hu, C.W. Correlation between concentrations of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine in urine, plasma and saliva measured by on-line solid-phase extraction LC-MS/MS/ C.W. Hu, Y.J. Huang, Y.J. Li, M.R. Chao // Clin Chim Acta. - 2010. - V. 411. - P. 17-18.
272. Huang, L.Y. Thl-like cytokine induction by heat-killed Brucella abortus is dependent on triggering of TLR9/ L.Y. Huang, K.J. Ishii, S. Akira et al. // J.Immunol. - 2005. - V. 175. -P. 3964-3970.
273. Huang, R.B. Shear stress modulation of IL-ip-induced E-selectin expression in human endothelial cells / R.B.Huang, O. Eniola-Adefeso // PLoS ONE. - 2012. - V. 7. - № 2. -P. 31874.
274. Huang, X. Characterization of human plasma-derived exosomal RNAs by deep sequencing/ X. Huang, T. Yuan, M. Tschannen, Z. Sun, H. Jacob, M. Du, M. Liang, R.L.
Dittmar, Y. Liu, M. Liang, M. Kohli, S.N. Thibodeau, L. Boardman, L. Wang // BMC Genomics.-2013.-V. 14.-P. 319.
275. Ikeda, R.K. Accumulation of peribronchial mast cells in a mouse model of ovalbumin allergen induced chronic airway inflammation: modulation by immunostimulatory DNA sequences/ R.K. Ikeda, M. Miller, J. Nayar et al. // J. Immunol. - 2003. - V. 171 - № 9. -P. 4860-4867.
276. Ishikawa, H. STING regulates intracellular DNA-mediated, type I interferon-dependent innate immunity/ H. Ishikawa, Z. Ma, G.N. Barber // Nature. - 2009. - V. 461. - P. 788792.
277. Itoh, K. Transcription factor Nrf2 regulates inflammation by mediating the effect of 15-deoxy-Delta(l2,14)-prostaglandin j(2)/ K. Itoh, M. Mochizuki, Y. Ishii, T. Ishii, T. Shibata, Y. Kawamoto, V. Kelly, K. Sekizawa, K. Uchida, M. Yamamoto // Mol Cell Biol. - 2004. - V. 24. - P. 36-45.
278. Ivanov, S. A novel role for HMGB1 in TLR9-mediated inflammatory responses to CpGDNA/ S. Ivanov et al. // Blood. - 2007. - V. 110. - P. 197Q-1981.
279. Iyer, R. Low dose, low-LET ionizing radiation-induced radioadaptation and associated early responses in unirradiated cells/ R. Iyer, B.E. Lehnert // Mutat. Res. - 2003. - V. 503.-P. 1-9.
280. Jahn, P.S. BDCA-2 signaling inhibits TLR-9-agonist-induced plasmacytoid dendritic cell activation and antigen presentation/ P.S. Jahn, K.S. Zanker, J. Schmitz, A. Dzionek // Cell. Immunol. - 2010. - V. 265. - P. 15-22.
281. Jallepalli, P.V. Chromosome segregation and cancer: cutting through the mystery/ P.V. Jallepalli, C. Lengauer//Nat Rev Cancer. -2001. -V. 1. -P. 109-117.
282. Janeway, C.A. Innate immune recognition/ C.A. Janeway, R. Medzhitov // Annu Rev Immunol. - 2002. - V. 20. - P. 197-216.
283. Jang, Y.N. JAK-STAT pathway and myogenic differentiation/ Y.N. Jang, E.J. Baik // JAKSTAT. - 2013. - V. 2. - № 2. - P. 23282.
284. Jiang, N. Role of macrophages in the generation of circulating blood nucleosomes from dead and dying cells/ N. Jiang, C.F. Reich 3rd, D.S. Pisetsky // Blood. - 2003. - V. 102. - P. 2243-2250.
285. Jiang, N. The expression of plasma nucleosomes in mice undergoing in vivo apoptosis/ N. Jiang, C.F. Reich 3rd, M. Monestier, D.S. Pisetsky // Clin Immunol. - 2003. - V. 106. -P. 139-147.
286. Jiang, W.W. Increased plasma DNA integrity index in head and neck cancer patients/ W.W. Jiang, M. Zahurak, D. Goldenberg, Y. Milman, H.L. Park, W.H. Westra, W. Koch, D. Sidransky, J. Califano // Int J Cancer. - 2006. - V. 119. - P. 2673-2676.
287. Jing, N. G-quartet oligonucleotides: a new class of signal transducer and activator of transcription 3 inhibitors that suppresses growth of prostate and breast tumors through induction of apoptosis/ N. Jing, Y. Li, W. Xiong, W. Sha, L. Jing, D. J. Tweardy // Cancer Research. - 2004. - V. 64. - № 18. - P. 6603-6609.
288. Jozefowski, S. Role of scavenger receptor MARCO in macrophage responses to CpG oligodeoxynucleotides/ S. Jozefowski, T.H. Sulahian, M. Arredouani, L. Kobzik // J Leukoc Biol. - 2006. - V. 80. - № 4. - P. 870-879.
289. Jung, K. Cell-free DNA in the blood as a solid tumor biomarker - a critical appraisal of the literature/ K. Jung, M. Fleischhacker, A. Rabien // Clin Chim Acta. - 2010. - V. 411. -P. 1611-1624.
290. Kaminski, J.J. Synthetic oligodeoxynucleotides containing suppressive TTAGGG motifs inhibit AIM2 inflammasome activation/ J.J. Kaminski, S.A. Schattgen, T.C. Tzeng, C. Bode, D.M. Klinman, K.A. Fitzgerald // J Immunol. - 2013. - V. 191. - № 7. - P. 38763883.
291. Kamran, M.Z. Role of STAT3 in cancer metastasis and translational advances/ M.Z. Kamran, P. Patil, R.P. Gude // Biomed Res Int. - 2013. - V. 2013. - P. 421821.
292. Kang, J.Y. Structural biology of the toll-like receptor family/ J.Y. Kang, J.O. Lee // Annu Rev Biochem. -2011.-V. 80.-P.917-941.
293. Kansanen, E. The Keapl-Nrf2 pathway: Mechanisms of activation and dysregulation in cancer/ E. Kansanen, S.M. Kuosmanen, H. Leinonen, A.L. Levonen // Redox Biol. -2013.-V. l.-№ l.-P.45-49.
294. Karuri, A.R. 3H-l,2-dithiole-3-thione targets nuclear factor kappaB to block expression of inducible nitric-oxide synthase, prevents hypotension, and improves survival in endotoxemic rats/ A.R. Karuri, Y. Huang, S. Bodreddigari, C.H. Sutter, B.D. Roebuck, T.W. Kensler, T.R. Sutter // J Pharmacol Exp Ther. - 2006. - V. 317. - P.61-67.
295. Kato, H.,T. RIG-I-like receptors: cytoplasmic sensors for non-selfRNA/ H. Kato, K. Takahasi, T. Fujita // Immunol.Rev. - 2011. - V. 243. - P. 91-98.
296. Katsuda, T. Human adipose tissue-derived mesenchymal stem cells secrete functional neprilysin-bound exosomes/ R. Tsuchiya, N. Kosaka, Y. Yoshioka, K. Takagaki, K. Oki, F. Takeshita, Y. Sakai, M. Kuroda, T. Ochiya // Sci Rep. - 2013. - V. 3. - P. 1197.
297. Kawahara, T. Molecular evolution of the reactive oxygen-generating NADPH oxidase (Nox/Duox) family of enzymes/ T. Kawahara, M.T. Quinn, J.D. Lambeth // BMC Evol. Biol.-2007.-V. 7.-P. 109.
298. Kawai, T. Toll-like receptor and RIG-I-like receptor signaling/ T. Kawai, S. Akira // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1143. - P. 1-20.
299. Kawai, T. Toll-like receptors and their crosstalk with other innate receptors in infection and immunity/ T. Kawai, S. Akira // Immunity. - 2011. - V. 34. - № 5. - P. 637-650.
300. Kawai, Y. Diagnostic use of serum deoxyribonuclease I activity as a novel early-phase marker in acute myocardial infarction/ Y. Kawai, M. Yoshida, K. Arakawa, T. Kumamoto, N. Morikawa, K. Masamura, H.Tada, S. Ito, H. Hoshizaki, S. Oshima, K. Taniguchi, II. Terasawa, I. Miyamori, K. Kishi, T. Yasuda // Circulation. - 2004. - V. 109.-№20.-P. 2398-2400.
301. Kawasaki, T. Recognition of nucleic acids by pattern-recognition receptors and its relevance in autoimmunity/ T. Kawasaki, T. Kawai, S. Akira // Immunol Rev. - 2011. — V. 243. -№1.- P. 61-73.
302. Keating, S.E. Cytosolic DNA sensors regulating type I interferon induction/ S.E. Keating, M. Baran, A.G. Bowie // Trendslmmunol. - 2011. - V. 32. - P. 574-581.
303. Kensler, T.W. Nrf2: friend or foe for chemoprevention?/ T.W. Kensler, N. Wakabayashi //Carcinogenesis. - 2010.-V. 31.-P. 90.
304. Keren, A. The p38 MAPK signaling pathway: a major regulator of skeletal muscle development/ A. Keren, Y. Tamir, E. Bengal // Mol Cell Endocrinol. - 2006. - V. 252. -P. 224-230.
305. Kerrigan, A. M. Syk-coupled C-type lectin receptors that mediate cellular activation via single tyrosine based activation motifs/ A.M. Kerrigan, G.D. Brown // Immunol. Rev. -2010. - V. 243. - № 1. - P. 335-352
306. Kessenbrock, K. Proteinase 3 and neutrophil elastase enhance inflammation in mice byinactivating antiinflammatory progranulin/ K. Kessenbrock K et al. // J Clin Invest. -2008. - V. 118. - P. 2438-2447.
307. Khorasanizadeh, S. The nucleosome: from genomic organization to genomic regulation/ S. Khorasanizadeh // Cell. - 2004. - V. 116. - P. 259-272.
308. Kim, H.J. Contribution of impaired Nrf2-Keapl pathway to oxidative stress and inflammation in chronic renal failure/ H.J. Kim, N.D. Vaziri // Am. J. Physiol. Renal Physiol. - 2010. - V. 298. - P. 662-671.
309. Kim, J. A protective role of nuclear factor-erythroid 2-related factor-2 (Nrf2) in inflammatory disorders/ J. Kim, Y.N. Cha, Y.J. Surh // Mutat. Res. - 2010. - V. 690. - P. 12-23.
310. Kim, J.G. Epigenetics meets radiation biology as a new approach in cancer treatment/ J.G. Kim, M.T. Park, K. Heo, K.M. Yang, J.M. Yi // Int J Mol Sei. - 2013. - V. 14. - P. 15059-15073.
311. Kim, T. Aspartate-glutamate-alanine-histidine box motif (DEAH)/RNA helicase A helicases sense microbial DNA in human plasmacytoid dendritic cells/ T. Kim, S. Pazhoor, M. Bao, Z. Zhang, S. Hanabuchi, V. Pacchinetti, L. Bover, J. Plumas, L. Chaperot, J. Qin, et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. - 2010. - V. 107. - P. 15181— 15186.
312. Kim, Y.J. Pathogenesis and promising non-invasive markers for preeclampsia/ Y.J. Kim // Obstet Gynecol Sei. - 2013. - V. 56. -№ 1. - P. 2-7.
313. Kim, Y.M. UNC93B1 delivers nucleotide-sensing toll-like receptors to endolysosomes/ Y.M. Kim, M.M. Brinkmann, M.E. Paquet, H.L. Ploegh // Nature. - 2008. - V. 452. - P. 234-238.
314. Kindrachuk, J. Activation and regulation of toll-like receptor 9: CpGs and beyond/ J. Kindrachuk, J. Potter, H.L. Wilson, P. Griebel, L.A. Babiuk, S. Napper // Mini Rev Med Chem. - 2008. - V. 8. - № 6. - P. 590-600.
315. Kinet, V. Cardiovascular extracellular microRNAs: emerging diagnostic markers and mechanisms of cell-to-cell RNA communication/ V. Kinet, J. Halkein, E. Dirkx, L.J. Windt // Front Genet.. - 2013. - V. 12. - № 4. - P. 214.
316. Kiyokawa, T. A single base mutation in the PRAT4A gene reveals differential interaction of PRAT4A with Toll-like receptors/ T. Kiyokawa et al. // Int Immunol. - 2008. - V. 20. -P. 1407-1415.
317. Klammer, H. G. Bystander effects as manifestation of intercellular communication of DNA damage and of the cellular oxidative status/ H. Klammer, E. Mladenov, F. Li, G. Iliakis // Cancer Lett. - 2013. - V. 24. - P. 835-855
318. Klinman, D. Synthetic oligonucleotides as modulators of inflammation/ D. Klinman, H. Shirota, D. Tross, T. Sato, S. Klaschik // J Leukoc Biol. - 2008. - V. 84. - № 4. - P. 958964.
319. Klinman, D. Therapeutic applications and mechanisms underlying the activity of immunosuppressive oligonucleotides/ D. Klinman, H. Shirota, D. Tross, T. Sato, S. Klaschik // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2009. - V. 1175. - P. 8088.
320. Klinman, D.M. Immunotherapeutic uses of CpG oligodeoxynucleotides/ D.M. Klimman // Nature Rev. Immunol. - 2004. - V. 4. - P. 1-10.
321. Kondo, T. Radiation-induced cell death/ T. Kondo // Nihon Rinsho. - 2012. - V. 70. - № 3.-P. 389-393.
322. Kondrikov, D. Growth and density-dependent regulation of NO synthase by the actin cytoskeleton in pulmonary artery endothelial cells. / Kondrikov D, Han HR, Block ER, Su Y // Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. - 2006. - V.290. - № 1. - P. 41-50
323. Konorova, I.L. VE Influence of plasma DNA on acid-base balance, blood gas measurement, and oxygen transport in health and stroke/ I.L. Konorova, N.N. Veiko, V.E. Novikov // Ann N Y Acad Sei. - 2008. - V. 1137. - P. 278-282.
324. Kosaka, N. Trash or Treasure: extracellular microRNAs and cell-to-cell communication/ N. Kosaka, Y. Yoshioka, K. Hagiwara, N. Tominaga, T. Katsuda, T. Ochiya. // Front Genet.-2013.-V. 5,-№4.-P. 173.
325. Kostyuk, S. Extracellular GC-rich DNA activates TLR9- and NF-kB-dependent signaling pathways in human adipose-derived mesenchymal stem cells (haMSCs)/ S. Kostjuk, P. Loseva, O. Chvartatskaya, E. Ershova, T. Smirnova, E. Malinovskaya, O. Roginko, V. Kuzmin, V. Izhevskaia, A. Baranova, E. Ginter, N. Veiko // Expert Opin. Biol. Th. -2012. - V.12. -№ l.-P. 99-111.
326. Kostyuk, S.V. An exposure to the oxidized DNA enhances both instability of genome and survival in cancer cells/ S.V. Kostyuk, M.S. Konkova, E.S. Ershova, A.J. Alekseeva, T.D. Smirnova, S.V. Stukalov, E.A. Kozhina, N.V. Shilova, T.V. Zolotukhina, Z.G. Markova, V.L. Izhevskaya, A. Baranova, N.N. Veiko // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 10.-P. e77469.
327. Kostyuk, S.V. Oxidized DNA induces an adaptive response in human fibroblasts/ S.V. Kostyuk, V.J. Tabakov, V.V. Chestkov, M.S. Konkova, K.V. Glebova, G,V. Baydakova, E.S. Ershova, V.L. Izhevskaya, A. Baranova, N.N. Veiko // Mutat Res. - 2013. - V.747. -P. 6-18.
328. Kostyuk, S.V. Role of extracellular DNA oxidative modification in radiation induced bystander effects in human endotheliocytes/ S.V. Kostyuk, A.V. Ermakov, A.Y. Alekseeva, T.D. Smirnova, K.V. Glebova, L.V. Efremova, A. Baranova, N.N. Veiko // Mutat. Res. - Fund. Mol. M. - 2012. - V. 729. - № (1-2). - P. 52-60.
329. Krieg, A. CpG motifs in bacterial DNA trigger direct B-cell activation/ A. Krieg, A. Yi, S. Matson, T. Waldschmidt et al. // Nature. - 1995. - V. 374. - P. 546-549.
330. Krieg, A.M. CpG motifs in bacterial DNA and their immune effects/ A.M. Krieg // Ann. Rev. Immunol. - 2002. - V. 20. - P. 709-60.
331. Krieg, A.M. CpG motifs in bacterial DNA trigger direct B-cell activation/ A.M. Krieg, A.K. Yi, S. Matson, T.J. Waldschmidt et al. // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 79, № 4. -P. 17217-17223.
332. Krieg, A.M. CpG still rocks! Update on an accidental drug/ A.M. Krieg // Nucleic Acid Ther. - 2012. - V. 22. - № 2. - P. 77-89.
333. Krieg, A.M. Therapeutic potential of Toll-like receptor 9 activation/ A.M. Krieg // Nat Rev Drug Discov. - 2006. - V. 5. - № 6. - P. 471-484.
334. Krishnamachari, Y. Innovative strategies for co-delivering antigens and CpG oligonucleotides/ Y. Krishnamachari, A.K. Salem // Adv Drug Deliv Rev. - 2009. - V. 61. -№ 3. - P. 205-217.
335. Kuhmann, C. DNA methylation changes in cells regrowing after fractioned ionizing radiation/ C. Kuhmann, D. Weichenhan, M. Rehli, C. Plass, P. Schmezer, O. Popanda // Radiother Oncol.-2011.-V. 101.-P. 116-121.
336. Kukita, Y. Quantitative Identification of Mutant Alleles Derived from Lung Cancer in Plasma Cell-Free DNA via Anomaly Detection Using Deep Sequencing Data/ Y. Kukita, J. Uchida, S. Oba, K. Nishino, T. Kumagai, K. Taniguchi, T. Okuyama, F. Imamura, K. Kato // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 11. - P. e81468.
337. Kumagai, Y. TLR9 as a key receptor for the recognition of DNA/ Y. Kumagai, O. Takeuchi, S. Akira // Adv Drug Deliv Rev. - 2008. - V. 60. - № 7. - P. 795-804.
338. Kurisetty, V.V. Pathogenic and therapeutic role of miRNAs in breast cancer/ V.V. Kurisetty, R. Lakshmanaswamy, C. Damodaran // Front Biosci. - 2014. - V. 19. - P. 111.
339. Vrtovec, B. CD34+ stem cell therapy in nonischemic dilated cardiomyopathy patients/ G. Poglajen, M. Sever, L. Lezaic, A. Socan, F. Haddad, J.C. Wu. // Clin Pharmacol Ther. -2013. - V. 94. - № 4. - P. 452-481.
340. Lahoud, M.H. DEC-205 is a cell surface receptor for CpG oligonucleotides/ M.H. Lahoud, F. Ahmet, J.G. Zhang, S. Meuter, A.N. Policheni, S. Kitsoulis, C.N. Lee, M. O'Keeffe, L.C. Sullivan, A.G. Brooks, R. Berry, J. Rossjohn, J.D. Mintern, J. Vega-Ramos, J.A. Villadangos, N.A. Nicola, M.C. Nussenzweig, K.J. Stacey, K. Shortman, W.R. Heath, I. Caminschi. // Proc Natl Acad Sei U S A. - 2012. - V. 109. - № 40. - P. 16270-16275.
341. Laktionov, P.P. Cell surface oligonucleotide-binding proteins of human squamous carcinoma A431 cells/ P.P. Laktionov, B.P. Chelobanov, M.V. Kharkova, E.Y. Rykova, D.V. Pyshnyi, I.A. Pyshnaya, K. Marcus, H.E. Meyer, V.V. Vlassov // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. - 2003. - V. 22. - № 5-8. - P. 1715-1719.
342. Lambeth, J.D. Nox enzymes, ROS, and chronic disease: an example of antagonistic pleiotropy/ J.D. Lambeth // Free Radic Biol Med. - 2007. - V. 43. - № 3. - P. 332-347.
343. Lande, R. Plasmacytoid dendritic cells sense self-DNA coupled with antimicrobial peptide/ R. Lande R, J. Gregorio, V. Facchinetti, B. Chatterjee, Y.H. Wang, B. Homey et al. // Nature. - 2007. - V. 449. - № 7162. - P. 564-569.
344. Landolt-Marticorena, C. Increased expression of B cell activation factor supports the abnormal expansion of transitional B cells in systemic lupus erythematosus/ C. Landolt-Marticorena, R. Wither, H. Reich, A. Herzenberg, J. Scholey, D.D. Gladman, M.B. Urowitz, P.R. Fortin, J. Wither // J Rheumatol. - 2011. - V. 38. - № 4. - P. 642-651.
345. Latz, E. Activation and regulation of the inflammasomes/ E. Latz, T.S. Xiao, A. Stutz // Nat. Rev. Immunol.-2013.-V. 13.-P. 397-411.
346. Lau, A. Dual roles of Nrf2 in cancer/ A. Lau, N.F. Villeneuve, Z. Sun, P.K. Wong, D.D. Zhang // Pharmacol Res. - 2008. - V. 58. - P. 262-270.
347. Lau, C.M. RNA-associated autoantigens activate B cells by combined B cell antigen receptor/Toll-like receptor 7 engagement/ C.M. Lau, C. Broughton, A.S. Tabor et al. // J. Exp. Med. - 2005. -V. 202. - P. 1171-1177.
348. Leach, J.K. Ionizing radiation-induced, mitochondria-dependent generation of reactive oxygen/nitrogen/ J.K. Leach. G. Van Tuyle, P.S. Lin, R. Schmidt-Ullrich, R.B. Mikkelsen // Cancer Res. - 2001. - V. 61. - № 10. - P. 3894-3901.
349. Leary. R.J. Detection of chromosomal alterations in the circulation of cancer patients with whole-genome sequencing/ R.J. Leary, M. Sausen, I. Kinde, N, Papadopoulos, J.D. Carpten, D. Craig, J. O'Shaughnessy, K.W. Kinzler, G. Parmigiani, B. Vogelstein, L.A. Diaz Jr, V.E. Velculescu // Sei Transl Med. - 2012. - V. 4. - № 162. - P. 162.
350. LeBel, C.P. Evaluation of the probe 2_,7_-dichlorofluorescin as an indicator of reactive oxygen species formation and oxidative stress/ C.P. LeBel, H. Ischiropoulos, S.C. Bondy // Chem. Res. Toxicol. - 1992. - V. 5. - P. 227-231.
351. Lebre, M.C. Human keratinocytes express functional Toll-like receptor 3, 4, 5, and 9/ M.C. Lebre, A.M. van der Aar, L. van Baarsen et al. // J. Inves. Dermatol. - 2007. -V. 127-№ 2. - P. 331-341.
352. Lecomte, T. Circulating free tumor DNA and colorectal cancer/ T. Lecomte, N. Ceze, E. Dorval, P. Laurent-Puig // Gastroenterol Clin Biol. - 2010. - V. 34. - № 12. - P. 662681.
353. Lee, C.C. Accessory molecules for Toll-like receptors and their function/ C.C. Lee, A.M. Avalos, H.L. Ploegh // Nat Rev Immunol. - 2012. - V. 3. - № 12. - P. 168-179.
354. Lee, C.F. Nox 4 is a novel inducible source of reactive oxygen species in monocytes and macrophages and mediates oxidized low density lipoprotein-induced macrophage death/ C.F. Lee, M. Qiao, K. Schroder, Q. Zhao, R. Asmis // Circ. Res. - 2010. - V. 106. - P. 1489-1497.
355. Lee, J. Withaferin A inhibits activation of signal transducer and activator of transcription 3 in human breast cancer cells/ J. Lee, E.R. Hahm, S.V. Singh // Carcinogenesis. - 2010. -V.31.-P. 1991-1998.
356. Lee, T.H. Quantitation of genomic DNA in plasma and serum samples: higher concentrations of genomic DNA found in serum than in plasma/ T.PI. Lee, L. Montalvo, V. Chrebtow, M.P. Busch // Transfusion. - 2001. - V. 41. - P. 276-282.
357. Lehmann, B.D. Senescence-associated exosome release from human prostate cancer cells/ B.D.Lehmann, M.S. Paine, A.M. Brooks et al. // Cancer Res. - 2008. - V. 68. - P. 7864-7871.
358. Lener, B. The NADPH oxidase Nox4 restricts the replicative lifespan of human endothelial cells/ B. Lener, R. Koziel, H. Pircher, E. Hutter, R. Greussing, D. Herndler-Brandstetter, M. Hermann, H. Unterluggauer, P. Jansen-Durr // Biochem. J. - 2009. - V. 423.-P. 363-374.
359. Lenert, P.S. Classification, mechanisms of action, and therapeutic applications of inhibitory oligonucleotides for Toll-like receptors (TLR) 7 and 9/ P.S. Lenert // Mediators Inflamm. - 2010. - V. 2010. - P. 986596.
360. Lenert, P.S. CpG stimulation of primary mouse B cells is blocked by inhibitory oligodeoxyribonucleotides at a site proximal to NF-kB activation/ P.S. Lenert, L. Stünz, A.-K. Yi, A. M. Krieg, R. F. Ashman // Antisense and Nucleic Acid Drug Development. -2001.-V. 11. -№ 4. - P. 247-256.
361. Lenert, P.S. DNA-like class R inhibitory oligonucleotides (INH-ODNs) preferentially block autoantigen-induced B-cell and dendritic cell activation in vitro and autoantibody production in lupus-prone MRL-Faslpr/lpr mice in vivo/ P.S. Lenert, K. Yasuda, L. Busconi et al. // Arthritis Research and Therapy. - 2009. - V. 11. - № 3. - P. 79.
362. Lenert, P.S. Inhibitory oligodeoxynucleotides—therapeutic promise for systemic autoimmune diseases?/ P.S. Lenert // Clinical and Experimental Immunology. - 2005. -V. 140.-№ l.-P. 1-10.
363. Lenert, P.S. Structural characterization of the inhibitory DNA motif for the type A[D]-CpG-induced cytokine secretion and NK-cell lytic activity in mouse spleen cells/ P.S. Lenert, W. Rasmussen, R. F. Ashman, Z. K. Bailas // DNA and Cell Biology. - 2003. -V. 22.-№ 10.-P. 621-631.
364. Lenert, P.S. Targeting Toll-like receptor signaling in plasmacytoid dendritic cells and autoreactive B cells as a therapy for lupus/ P.S. Lenert // Arthritis Research and Therapy. - 2006. - V. 8. - № 1. - P. 203.
365. Levenson V.V. DNA methylation as a universal biomarker/ V.V. Levenson // Expert Rev Mol Diagn. - 2010. - V. 10. - P. 481-488.
366. Levy, D.E. Cytoplasmic transcription factors: mediators of cytokine signaling/ D.E. Levy, R. Raz, J.E. Durbin, H. Bluyssen, R. Muzaffar, S. Pisharody // Agents Actions Suppl. - 1995. - V. 47. - P. 79-85.
367. Li, D. Oxidative DNA damage and 8-hydroxy-2-deoxyguanosine DNA glycosylase/apurinic lyase in human breast cancer/ D. Li, W. Zhang, J. Zhu, P. Chang, A. Sahin, E. Singletary, M. Bondy, T. Hazra, S. Mitra, S.S. Lau, J. Shen, J. DiGiovanni // Mol Carcinog. - 2001. - V. 31. - P. 214-223.
368. Li, H. Structural mechanism of DNA recognition by the p202 HINa domain: insights into the inhibition of Aim2-mediated inflammatory signaling/ H.Li, J. Wang, J. Wang, L.S. Cao, Z.X. Wang, J.W. Wu // Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Commun. - 2014. - V. 70.-№ 1.-P. 21-29.
369. Li, J.Z. Plasma DNA in systemic lupus erythematosus. Characterization of cloned base sequences/ J.Z. Li, C.R. Steinman // Arthritis Rheum. - 1989. - V. 32. - № 6. - P. 726733.
370. Li, Z. Alternative cyclin D1 splice forms differentially regulate the DNA damage response/ Z. Li, X. Jiao, C. Wang et al. // Cancer Res. - 2010. - V. 70. - № 21. - P. 8802-8811.
371. Licht, R. Plasma levels of nucleosomes and nucleosome-autoantibody complexes in murine lupus: effects of disease progression and lipopolyssacharide administration/ R. Licht, M.C. vanBruggen, B. Oppers-Walgreen, T.P. Rijke, J.H. Berden // Arthritis Rheum.-2001.-V. 44.-P. 1320-1330.
372. Lim, M.H. Preparation of a copper-based fluorescent probe for nitric oxide and its use in mammalian cultured cells/ M.H. Lim // Nat Protoc. - 2007. - V. 2. - № 2. - P. 408-415.
373. Limmon, G. V. Scavenger receptor class-A is a novel cell surface receptor for double-stranded RNA/ G.V. Limmon, M. Arredouani, K.L. Mccann, R.A. Corn Minor, L. Kobzik, F. Imani // FASEB. -2008. - V. 22.-№ l.-P. 159-167
374. Liu, B. Folding of Toll-like receptors by the HSP90 paralogue gp96 requires a substratespecific cochaperone/ B. Liu et al. //Nat Commun. -2010. - V. l.-P. 79.
375. Liu, G.H. NF-kappaB=p65 antagonizes Nrf2-ARE pathway by depriving CBP from Nrf2 and facilitating recruitment of HDAC3 to MafK/ G.H. Liu, J. Qu, X. Shen // Biochim Biophys Acta. - 2008. - V. 1783. - P. 713-727.
376. Lo, Y.M. Genomic analysis of fetal nucleic acids in maternal blood/ Y.M. Lo, R. W. Chiu // Annu Rev Genomics Hum Genet. - 2012. - V. 13. - P. 285-306.
377. Lo, Y.M. Non-invasive prenatal testing using massively parallel sequencing of maternal plasma DNA: from molecular karyotyping to fetal whole-genome sequencing/ Y.M. Lo // Reprod Biomed Online. - 2013. - V. 27. - № 6. - P. 593-5988.
378. Lo, Y.M. Plasma DNA as a prognostic marker in trauma patients/ Y.M. Lo, T.H. Rainer, L.Y. Chan, N.M. Hjelm, R.A. Cocks // Clin Chem. - 2000. - V. 46. - P. 319-323.
379. Lo, Y.M. Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasma/ Y.M. Lo, J. Zhang, T.N. Leung, T.K. Lau, A.M. Chang, N.M. Hjelm // Am J Hum Genet. - 1999. - V. 64. - № 1. -P. 218-224.
380. Lobrich, M. H2AX foci analysis for monitoring DNA double-strand break repair. Strengths, limitations and oprtimization/ M. Lobrich, A. Shibata, A. Beucher, A. Fisher, M. Ensminger, A.A. Goodarzi, O. Barton, P.A. Jeggo // Cell Cycle. - 2010. - V. 9. - P. 662-669.
381. Loo, D.T. In situ detection of apoptosis by the TUNEL assay: an overview of techniques.Methods/ D.T. Loo // Mol Biol. - 2011. - V. 682. - P. 3-13.
382. Loree, J. Radiation-induced molecular changes in rat mammary tissue: possible implications for radiation-induced carcinogenesis/ J. Loree, I. Koturbash, K. Kutanzi, M. Baker, I. Pogribny, O. Kovalchuk // Int J Radiat Biol. - 2006. - V. 82. - P. 805-815.
383. Lorenzo, Y. The comet assay, DNA damage, DNA repair and cytotoxicity: hedgehogs are not always dead/ Y. Lorenzo, S. Costa, A.R. Collins, A. Azqueta // Mutagenesis. - 2013. - V. 28. - № 4. - P. 427-432.
384. Loseva, P. Extracellular DNA oxidation stimulates activation of NRF2 and reduces the production of ROS in human mesenchymal stem cells/ P. Loseva, S. Kostyuk, E. Malinovskaya, N. Clement, C. Dechesne, C. Dani, T. Smirnova, K. Glebova, G. Baidakova, A. Baranova, V. Izhevskaia, E. Ginter, N. Veiko // Expert Opin. Biol. Th. -2012.-V.12.-№ l.-P. 85-97.
385. Lotze, M.T. High-mobility group box 1 protein (HMGB1): nuclear weapon in the immune arsenal/ M.T. Lotze, K.J. Tracey // Nat Rev Immunol. - 2005. - V. 5. - P. 331342.
386. Lu ,Y. Apelin-APJ induces ICAM-1, VCAM-1 and MCP-1 expression via NF-kB/JNK signal pathway in human umbilical vein endothelial cells/ Y. Lu, X. Zhu, G.X. Liang,
R.R. Cui, Y. Liu, S.S. Wu, Q.H. Liang, G.Y. Liu, Y. Jiang, X.B. Liao, H. Xie, H.D. Zhou, X.P. Wu, L.O. Yuan, E.Y. Liao // Amino Acids. - 2012. - V. 43. - № 5. - P. 2125-2136.
387. Lui, Y.Y. Predominant hematopoietic origin of cell-free DNA in plasma and serum after sex-mismatched bone marrow transplantation/ Y.Y. Lui, K.W. Chik, R.W. Chiu, C.Y. Ho, C.W. Lam, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2002. - V. 48. - P. 421-427.
388. Lv, P. Inhibitory effects of mild hyperthermia plus docetaxel therapy on ER(+/-) breast cancer cells and action mechanisms/ P. Lv, Y. Yu, B. Zhang, D. Liang, Z.M. Li, W. You // J Huazhong Univ Sci Technolog Med Sci. - 2013. - V. 33. -№ 6. - P. 870-876.
389. Lyle, A.N.,P. Poldip 2 ,a novel regulator of Nox4 and cytoskeletal integrity in vascular smooth muscle cells/ A.N. Lyle, N.N. Deshpande, Y. Taniyama, B. Seidel-R ogol, L. Pounkova, P. Du et al. // Circ. Res. - 2009. - V. 105. - P. 249-259.
390. Ma, J. Coculture of osteoblasts and endothelial cells: optimization of culture medium and cell ratio/ J. Ma, JJ. van den Beucken, F. Yang, S.K. Both, F.Z. Cui, J. Pan, J.A. Jansen // Tissue Eng Part C Methods. - 2011. - V. 17. - № 3. - P. 349-357.
391. Magnusson, M. Cutting edge: natural DNA repetitive extragenic sequences from gramnegative pathogens strongly stimulate TLR9/ M. Magnusson, R. Tobes, J. Sancho, E. Pareja// J Immunol.-2007.-V. 179.-№ l.-P. 31-35.
392. Malik, A.N. Is mitochondrial DNA content a potential biomarker of mitochondrial dysfunction?/ A.N. Malik, A. Czajka // Mitochondrion. - 2013. - V. 13. - № 5. - P. 481492.
393. Malinovskaya, E.M. Fragments of Cell-free DNA (cfDNA) Enhance Transcription Activity in Human Mesenchymal Stem Cells (hMSCs) and Inhibit Their in vitro Differentiation/ E.M. Malinovskaya, S.V. Kostyuk, A. V. Ermakov, M.S. Kon'kova, T.D. Smirnova, L.V. Kameneva, L.V. Efremova, A.Y. Alekseeva, L.N. Lyubchenko, N.N. Veiko // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum.. - 2011. -V. 31. - P. 199-205.
394. Mandel, P. Les acides nucleiques du plasma sanguin chez 1'homme/ P. Mandel, P. Metais // CR Acad. Sci. Paris. -1948. -V. 142. - P. 241-243.
395. Mangal, D. Analysis of 7,8-dihydro-8-oxo-2'-deoxyguanosine in cellular DNA during oxidative stress/ D. Mangal, D. Vudathala, J.H. Park, S.H. Lee, T.M. Penning, I.A. Blair // Chem Res Toxicol. - 2009. - V. 22. - P. 788-797.
396. Mantovani A. Molecular pathways linking inflammation and cancer/ A. Mantovani // Curr Mol Med. - 2010. - V. 10. - № 4. - P. 369-373.
397. Marshall, J.D. Identification of a novel CpG DNA class and motif that optimally stimulate B cell and plasmacytoid dendritic cell functions/ J.D. Marshall, K. Fearon, C.
Abbate, S. Subramanian, P. Yee, J. Gregorio, R.L. Coffman, G. Van Nest // J Leukoc Biol. - 2003. - V. 73. - № 6. - P. 781-792.
398. Martin, L.M. Exposure to low dose ionising radiation: molecular and clinical consequences/ L.M. Martin, B. Marples, T.H. Lynch, D. Hollywood, L. Marignol // Cancer Lett. - 2013. - V. 338. - № 2. - P. 209-218.
399. Martin-Armas, M. Toll-like receptor 9 (TLR9) is present in murine liver sinusoidal endothelial cells (LSECs) and mediates the effect of CpG-oligonucleotides/ M. Martin-Armas, J. Simon-Santamaria, I. Pettersen, B. Sveinbjornsson // J. Hepatol. - 2006. -V. 44,-№5.-P. 939-946.
400. Martinez Valle, F. DNase 1 and systemic lupus erythematosus/ F. Martinez Valle, E. Balada, J. Ordi-Ros, M. Vilardell-Tarres // Autoimmun Rev. - 2008. - V. 7. - № 5. - P. 359-363.
401. Martinez, P. Computational optimisation of targeted DNA sequencing for cancer detection/ P. Martinez, N. McGranahan, N.J. Birkbak, M. Gerlinger, C. Swanton // Sci Rep.-2013.-V. 3.-№3.- P. 3309.
402. Marzese, D.M. Diagnostic and prognostic value of circulating tumor-related DNA in cancer patients/ D.M. Marzese, H. Hirose, D.S. Hoon // Expert Rev Mol Diagn. - 2013. -V. 13. -№ 8. - P. 827-844.
403. Massy, Z.A. The role of oxidative stress in chronic kidney disease/ Z.A. Massy, P. Stenvinkel, T.B. Drueke // Semin Dial. - 2009. - V. 22. - № 4. - P. 405-408.
404. Matsumoto, F. Cathepsins are required for Toll-like receptor 9 responses/ F. Matsumoto et al. // Biochem Biophys Res Commun. - 2008. - V. 367. - P. 693-699.
405. Matsumoto, H. Vanguards of paradigm shift in radiation biology: radiation-induced adaptive and bystander responses/ H. Matsumoto, N. Hamada, A. Takahashi, Y. Kobayashi, T. Ohnishi // J Radiat Res. - 2007. - V. 48. - № 2. - P. 97-106.
406. Mayer, A.K. Differential recognition of TLR-dependent microbial ligands in human bronchial epithelial cells/ A.K. Mayer, M. Muehmer, J. Mages et al. // J. Immunol. -2007.-V. 178.-№5.-P. 3134-3142.
407. McGettrick, A.F. Localisation and trafficking of Toll-like receptors: an important mode of regulation/ A.F. McGettrick, L.A. O'Neill // Curr Opin Immunol. - 2010. - V. 22. - № l.-P. 20-27.
408. McManus, K.J. ATM-dependent DNA damage-independent mitotic phosphorylation of H2AX in normally growing mammalian cells/ K.J. McManus, MJ. Hendzel // Mol Biol Cell. - 2005. - V. 16. - № 10. - P. 5013-5025.
409. McMillan, T.J. Cellular effects of long wavelength UV light (UVA) in mammalian cells/ T.J. McMillan, E. Leatherman, A. Ridley, J. Shorrocks, S.E. Tobi, J.R. Whiteside // J. Pharm. Pharmacol. - 2008. - V. 60. - P. 969-976.
410. Medzhitov, R. A human homologue of the Drosophila Toll protein signals activation of adaptive immunity/ R. Medzhitov, P. Preston-Hurlburt, C.A. Janeway // Jr. Nature. -1997.-V. 388.-P. 394-397.
411. Melnikov, A. Differential methylation profile of ovarian cancer in tissues and plasma/ A. Melnikov, D. Scholtens, A. Godwin, V. Levenson // J Mol Diagn. - 2009. - V. 11. - № l.-P. 60-65.
412. Mermershtain, I. Structural mechanisms underlying signaling in the cellular response to DNA double strand breaks /1. Mermershtain, J.N. Glover // Mutat Res. - 2013. - V. 750. -№1-2.-P. 15-22.
413. Meyer-Wentrup, F. DCIR is endocytosed into human dendritic cells and inhibits TLR8-mediated cytokine production/ F. Meyer-Wentrup, A. Cambi, B. Joosten, M.W. Looman, I.J. De Vries, C.G. Figdor et al. // J. Leukoc. Biol. - 2009. - V. 85. - P. 518-525.
414. Miao, E.A. A Caspase-1 -induced pyroptotic cell death/ E.A. Miao, J.V. Rajan, A. Aderem // Immunol Rev. - 2011. - V. 243. - № 1. - P. 206-214.
415. Mijatovic, T. Nucleolus and c-Myc: potential targets of cardenolidemediated antitumor activity / T. Mijatovic, N. De Neve, P. Gailly, V. Mathieu, B. Haibe-Kains, G. Bontempi, J. Lapeira, C. Decaestecker, V. Facchini, R. Kiss // Mol. Cancer Ther. - 2008. - V. 7. -№5.-P. 1285-1296.
416. Milani, P. Posttranscriptional regulation of SOD1 gene expression under oxidative stress: Potential role of ELAV proteins in sporadic ALS/ P. Milani, M. Amadio, U. Laforenza, M. Dell'Orco, L. Diamanti, V. Sardone, S. Gagliardi, S. Govoni, M. Ceroni, A. Pascale, C. Cereda//Neurobiol Dis.-2013.-V. 60.-P. 51-60.
417. Miller, F.J. NADPH oxidase 4: walking the walk with Poldip2/ F.J. Muller // Circ. Res. -2009.-V. 105.-P. 209-210.
418. Mitchell, S.A. Bystander effect and adaptive response in C3H 10T(l/2) cells/ S.A. Mitchell, S.A. Marino, D.J. Brenner, E.J. Hall // Int. J. Radiat. Biol. - 2004. - V. 80. - P. 465-472.
419. Moe, K.T. Nox 2 and Nox 4 mediate umour necrosis factor- alpha-induced ventricular remodelling in mice/ K.T. Moe, N.O. Yin, T.M. Naylynn, K. Khairunnisa, M.A. Wutyi, Y. Gu et al. // J. Cell.Mol.Med. - 2011. - V. 15. - P. 2601 -2613.
420. Moldovan, L. Analyzing the circulating microRNAs in exosomes/extracellular vesicles from serum or plasma by qRT-PCR/ L. Moldovan, K. Batte, Y. Wang, J. Wisler, M. Piper // Methods Mol Biol. - 2013. - V. 1024. - P. 129-145.
421. Moore, J.O. Effects of ultraviolet B exposure on the expression of proliferating cell nuclear antigen in murine skin/ J.O. Moore, S.R. Palep, R.N. Saladi, D. Gao, Y. Wang, R.G. Phelps, M.G. Lebwohl, H. Wei // Photochem. Photobiol. - 2004. - V. 80. - P. 587595.
422. Morozkin, E.S. A comparative study of cell-free apoptotic and genomic DNA using FISH and massive parallel sequencing/ E.S. Morozkin, E.M. Loseva, I.V. Morozov, A.M. Kurilshikov, A.A. Bondar, E.Y. Rykova, N.B. Rubtsov, V.V. Vlassov, P.P. Laktionov // Expert OpinBiol Ther.-2012.-V. 12.- № l.-P. 11-17.
423. Mosmann, T. Rapid colorimetric assay for cellular growth and survival: application to proliferation and cytotoxicity assays/ T. Mosmann // J Immunol Methods. - 1983. - V. 65.-№ 1-2.-P. 55-63.
424. Mothersill, C. Radiation-induced bystander effects and adaptive responses—the Yin and Yang of low dose radiobiology?/ C. Mothersill, C. Seymour // Mutat Res. - 2004. - V. 568.-№ l.-P. 121-128.
425. Mouliere, F. High fragmentation characterizes tumour-derived circulating DNA/ F. Mouliere, B. Robert, E. Arnau Peyrotte, M. Del Rio, M. Ychou, F. Molina, C. Gongora, A.R. Thierry // PLoS One. - 2011. - V. 6. - P. e23418.
426. Mouliere, F. The importance of examining the proportion of circulating DNA originating from tumor, microenvironment and normal cells in colorectal cancer patients/ F. Mouliere, A.R. Thierry // Expert Opin Biol Ther. - 2012. - V. 12. - № 1. - P. 209-215.
427. Muñoz-Pinedo, C. Signaling pathways that regulate life and cell death: evolution of apoptosis in the context of self-defense/ C. Muñoz-Pinedo // Adv Exp Med Biol. - 2012. -V. 738.-P. 124-143.
428. Nagano, T. Molecular design of fluorescent probes and development of novel fluorescent mother compounds/ T. Nagano // Yakugaku Zasshi. - 2014. - V. 134. - № l.-P. 89103.
429. Nagaria, P. DNA double-strand break response in stem cells: mechanisms to maintain genomic integrity/ P. Nagaria, C. Robert, F.V. Rassool // Biochim Biophys Acta. - 2013. -V. 1830.-№2.-P. 2345-2353.
430. Nagasawa H. Bystander effect for chromosomal aberrations induced in wild-type and repair deficient CHO cells by low fluences of alpha particles/ H. Nagasawa, J.B. Little // Mutat. Res.-2002.-Vol. 508.-№ 1-2.-P. 121-129.
431. Nagasawa, H. Induction of sister chromatid exchanges by extremely low doses of alpha-particles/ H. Nagasawa, J.B. Little // Cancer Res. - 1992. - V. 52. - P. 6394-6396.
432. Nair, S. Regulatory potential for concerted modulation of Nrf2- and Nfkbl- mediated gene expression in inflammation and carcinogenesis/ S. Nair, S.T. Doh, J.Y. Chan, A.N. Kong, L. Cai // Br J Cancer. - 2008. - V. 99. - P. 2070-2082.
433. Nanou, A. Viral delivery of antioxidant genes as a therapeutic strategy in experimental models of amyotrophic lateral sclerosis/ A. Nanou, A. Higginbottom, C.F. Valori, M. Wyles, K. Ning, P. Shaw, M. Azzouz // Mol Ther. - 2013. - V. 21. - № 8. - P. 14861296.
434. Naryzhny, S.N. Proliferating cell nuclear antigen: a proteomics view/ S.N. Naryzhny // Cell Mol Life Sci. - 2008. - V. 65. - P. 3789-3808.
435. Nasmyth, K. Viewpoint: putting the cell cycle in order/ K. Nasmyth // Scicnce. - 1996. -V. 274.-P. 1643-1645.
436. Valentino, T. PATZ1 interacts with p53 and regulates expression of p53-target genes enhancing apoptosis or cell survival based on the cellular context/ T. Valentino, D. Palmieri, M. Vitiello, G.M. Pierantoni, A. Fusco, M. Fedele // Cell Death Dis. - 2013. -V. 12.-№4.-P. 963.
437. Ng, S.K. Proteins that contain a functional Z-DNA-binding domain localize to cytoplasmic stress granules/ S.K. Ng, R. Weissbach, G.E. Ronson, A.D. Scadden // Nucleic Acids Res. - 2013. - V. 41. - № 21. - P. 9786-9799.
438. Nguyen, T. Transcriptional regulation of the antioxidant response element: activation by Nrf2 and repression by MafK/ T. Nguyen, H.C. Huang, C.B. Pickett // J Biol Chem. -2000.-V. 275.-P. 15466-15473.
439. Nielsen, C.T. Circulating microparticles in systemic Lupus Erythematosus/ C.T. Nielsen // Dan Med J.-2012.-V. 59.-№ 11.-P. 4548.
440. Nieto-Sampedro, M. Inhibitors of Glioma Growth that Reveal the Tumour to the Immune System/ M. Nieto-Sampedro, B. Valle-Argos, D. Gómez-Nicola, A. Fernández-Mayoralas, M. Nieto-Díaz // Clin Med Insights Oncol. - 2011. - V. 5. - P. 265-314.
441. Nikjoo, H. Biophysical model of the radiation-induced bystander effect/ H. Nikjoo, I.K. Khvostunov // Int. J. Radiat. Res. - 2003. - Vol. 79. - № 1. - P. 43-52.
442. Nisimoto, Y. Constitutive NADPH-Dependent Electron Transferase Activity of the Nox4 Dehydrogenase Domain/ Y. Nisimoto, H.M. Jackson, H. Ogawa, T. Awahara, J.D. Lambeth // Biochemistry. - 2010. - V. 49. - № 11. - P. 2433-2442.
443. O'Neill, P. Radiation chemistry comes before radiation biology/ P. O'Neill, P. Wardman // Int. J.Radiat. Biol. - 2009. - V. 85. - P. 9-25.
444. Ochs R.L., Smetana K. Fibrillar center distribution in nucleoli of PHA-stimulated human lymphocytes. // Exp.Cell Res. - 1989. - V. 184. - P. 552-557
445. Ojima, M. Radiation-induced bystander effects induce radioadaptive response by low-dose radiation/ R.L. Ochs, K. Smetana // Radiat. Prot. Dosim. - 2011. - V. 146. - P. 276-279.
446. Olson, E.N. bHLH factors in muscle development: dead lines and commitments, what to leave in and what to leave out/ E.N. Olson, W.H. Klein // Genes Dev. - 1994. - V. 8. - № l.-P. 1-8.
447. O'Neill, L.A. Primer: Toll-like receptor signaling pathways—what do rheumatologists need to know?/ L.A. O'Neill // Nat Clin Pract Rheumatol. - 2008. - V. 4. - № 6. - P. 319-327.
448. Pacher, P. Nitric oxide and peroxynitrite in health and disease/ P. Pacher, J.S. Beckman, L. Liaudet // Physiol. Rev. - 2007. - V. 87. - P. 315-424
449. Palaniyar, N. Nucleic acid is a novel ligand for innate, immune pattern recognition collectins surfactant proteins A and D and mannose-binding lectin/ N. Palaniyar, J. Nadesalingam, H. Clark, M.J. Shih, A.W. Dodds, K.B. Reid // J. Biol. Chem. - 2004. -V. 279.-P. 32728-32736.
450. Palucka A.K. Cross-regulation of TNF and IFN-alpha in autoimmune diseases / A.K Palucka., J.P. Blanck, L. Bennett, V. Pascual, J. Banchereau // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. - 2005. - V. 102. - № 9. - P. 3372-3377
451. Pan, M.H. Comparative studies on the suppression of nitric oxide synthase by curcumin and its hydrogenated metabolites through down-regulation of IkappaB kinase and NFkappaB activation in macrophages/ M.H. Pan, S.Y Lin-Shiau, J.K. Lin // Biochem Pharmacol. - 2000.-V. 60. -P. 1665-1676.
452. Papayannopoulos, V. Neutrophil elastase and myeloperoxidase regulate the formation of neutrophil extracellular traps/ V. Papayannopoulos, K.D. Metzler, A. Hakkim, A. Zychlinsky // J Cell Biol. - 2010. - V. 191. - P. 677-691.
453. Park, B. Granulin is a soluble cofactor for toll-like receptor 9 signaling/ B. Park et al. // Immunity. - 2011. - V. 34. - P. 505-513.
454. Park, B. Proteolytic cleavage in an endolysosomal compartment is required for activation of Toll-like receptor 9/ B. Park, M.M. Brinkmann, E. Spooner, C.C. Lee, Y.M. Kim, H.L. Ploegh // Nat. Immunol. - 2008. - V. 9. - P. 1407-1414.
455. Park, H.S. Cutting edge: direct interaction of TLR4 with NAD(P)H oxidase 4 is ozyme is essential for lipopolysaccharide-induced production of reactive oxygen species and
activation of NF-kappaB/ H.S. Park, H.Y. Jung, E.Y. Park, J. Kim, W.J. Lee, Y.S. Bae // J. Immunol. - 2004. - V. 173. - P. 3589-3593.
456. Park, S.H. Endoplasmic reticulum stress-activated C/EBP homologous protein enhances nuclear factor-kappaB signals via repression of peroxisome proliferator-activated receptor gamma/ S.H. Park, H.J. Choi, H, Yang et al. // J Biol Chem. - 2010. - V. 285. -№46.-P. 35330-35339.
457. Patel, S.J. The inflammatory response to double stranded DNA in endothelial cells is mediated by NF_B and TNF/ S.J. Patel, R. Jindal, K.P. King, A.W. Tilles, M.L. Yarmush //PLoSONE.- 2011.-V. 6.-P. 19910.
458. Pedruzzi, L.M. Nrf2-keapl system versus NF-kB: the good and the evil in chronic kidney disease?/ L.M. Pedruzzi, M.B. Stockier-Pinto, M. Jr. Leite, D. Mafra // Biochimie. -2012.-V. 94.-№ 12.-P. 2461-2466.
459. Pei, X.H. Biochemical and cellular mechanisms of mammalian CDK inhibitors: a few unresolved issues/ X.H. Pei, Y. Xiong // Oncogene. - 2005. - V. 24. - № 17. - P. 27872795.
460. Peter, M. Characterization of suppressive oligodeoxynucleotides that inhibit Toll-like receptor-9-mediated activation of innate immunity/ M. Peter, K. Bode, G.B. Lipford, F. Eberle,K. Heeg, A.H. Dalpke//Immunology. -2008.- V. 123.-№ l.-P. 118-128.
461. Peters, D.L. Continuous adaptation through genetic communication - a putative role for cell-free DNA/ D.L. Peters, P.J. Pretorius // Expert Opin Biol Ther. - 2012. - V. 12. - № l.-P. 127-132.
462. Peters, D.L. Origin, translocation and destination of extracellular occurring DNA - a new paradigm in genetic behaviour/ D.L. Peters, P.J. Pretorius // Clin Chim Acta. - 2011. - V. 412.-P. 806-811.
463. Pevsner-Fischer, M. Toll-like receptors and their ligands control mesenchymal stem cell functions/ M. Pevsner-Fischer, V. Morad, M. Cohen-Sfady, L. Rousso-Noori, A. Zanin-Zhorov, S. Cohen, I.R. Cohen, D. Zipori // Blood. - 2007. - V. 109. - № 4. - P. 14221432.
464. Pickering, A.M. Nrf2-dependent induction of proteasome and Pa28alphabeta regulator are required for adaptation to oxidative stress/ A.M. Pickering, R.A. Linder, H. Zhang, H.J. Forman, K.J. Davies // J. Biol. Chem. - 2012. - V. 287. - P. 10021-10031.
465. Pinzani, P. Circulating cell-free DNA in plasma of melanoma patients: qualitative and quantitative considerations/ P. Pinzani, F. Salvianti, S. Zaccara, D. Massi, V. De Giorgi, M. Pazzagli, C. Orlando // Clin Chim Acta. -2011. -V. 412. - P. 2141-2145.
466. Pinzani, P. Circulating nucleic acids in cancer and pregnancy/ P. Pinzani, F. Salvianti, M. Pazzagli, C. Orlando //Methods. -2010. -V. 50.- P. 302-307.
467. Pisetsky D.S. The origin and properties of extracellular DNA: from PAMP to DAMP/ D.S. Pisetsky // Clin Immunol. - 2012. - V. 144. - P. 32-40.
468. Pisetsky, D.S. Antinuclear antibodies in rheumatic disease: a proposal for a function-based classification/ D.S. Pisetsky // Scand J Immunol. - 2012. - V. 76. - № 3. - P. 223228.
469. Pisetsky, D.S. The blood nucleome in the pathogenesis of SLE/ D.S. Pisetsky, A.J. Ullal // Autoimmun Rev. - 2010. - V. 10. - P. 35-37.
470. Pisetsky, D.S. The generation of extracellular DNA in SLE: the role of death and sex/ D.S. Pisetsky, N. Jiang // Scand J Immunol. - 2006. - V. 64. - P. 200-204.
471. Pogribny, I. Dose-dependence, sex- and tissue-specificity, and persistence of radiation-induced genomic DNA methylation changes/ I. Pogribny, J. Raiche, M. Slovack, O. Kovalchuk // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - V. 320. - P. 1253-1261.
472. Poltorak, A. Genetic and physicalmapping of the Lps locus: identification of the toll-4 receptor as a candidate gene in the critical region/ A. Poltorak, I. Smirnova, X. He et al. // Blood CellsMol Dis. - 1998. - V. 24. - P. 340-355.
473. Ponomaryova, A.A. Concentration and distribution of single-copy beta-actin gene and LINE-1 repetitive elements in blood of lung cancer patients/ A.A. Ponomaryova, E.Y. Rykova, N.V. Cherdyntseva // Circ Nucleic Acids Plasma Serum. - 2011. - V. 2. - P. 4145.
474. Puszyk, W.M. Unequal representation of different unique genomic DNA sequences in the cell-free plasma DNA of individual donors/ W.M. Puszyk, F. Crea, R. W. Old // Clin Biochem. - 2009. - V. 42. - № 7-8. - P. 736-738.
475. Qi, R. Proteolytic processing regulates Toll-like receptor 3 stability and endosomal localization/ R. Qi, D. Singh, C.C. Kao // J Biol Chem. - 2012. - V. 287. - № 39. - P. 32617-32629.
476. Qiu, J. Toll-like receptor 9 agonist inhibits ERalpha-mediated transactivation by activating NF-kappaB in breast cancer cell lines/ J. Qiu, X. Wang, X. Guo, C. Zhao, X. Wu, Y. Zhang // Oncol Rep. - 2009. - V. 22. - № 4. - P. 935-941.
477. Radic, M. Neutrophil extracellular chromatin traps connect innate immune response to autoimmunity/ M. Radic, T.N. Marion // Semin Immunopathol. - 2013. - V. 35. - P. 465-480.
478. Raiche, J. Sex- and tissue-specific expression of maintenance and de novo DNA methyltransferases upon low dose X-irradiation in mice/ J. Raiche, R. Rodriguez-Juarez,
I. Pogribny, O. Kovalchuk // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - V. 325. - P. 3947.
479. Rainer, T.H. Effects of filtration on glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase mRNA in the plasma of trauma patients and healthy individuals/ T.H. Rainer, N.Y. Lam, N.B. Tsui, E.K. Ng, R.W. Chiu, G.M. Joynt, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2004. - V. 50. - P. 206208.
480. Rainer, T.H. Prognostic use of circulating plasma nucleic acid concentrations in patients with acute stroke/ T.H. Rainer, L.K. Wong, W. Lam, E. Yuen, N.Y. Lam, C. Metreweli, Y.M. Lo // Clin Chem. - 2003. - V. 49. - P. 562-569.
481. Rak, J. Extracellular vesicles - biomarkers and effectors of the cellular interactome in cancer/ J. Rak // Front Pharmacol. - 2013. - V. 6. - P. 4-21.
482. Raleigh, D.R. Molecular targets and mechanisms of radiosensitization using DNA damage response pathways/ D.R. Raleigh, D.A. Haas-Kogan // Future Oncol. - 2013. -V. 9.-№ 2.-P. 219-233.
483. Ramachandran, K. Free circulating DNA as a biomarker of prostate cancer: comparison of quantitation methods/ K. Ramachandran, C.G. Speer, S. Fiddy, I.M. Reis, R. Singal // Anticancer Res. - 2013. - V. 33. - № 10. - P. 4521-4529.
484. Ramaiah, S.K. Toll-like receptor and accessory molecule mRNA expression in humans and mice as well as in murine autoimmunity, transient inflammation, and progressive fibrosis/ S.K. Ramaiah, R. Gunthner, M. Lech, H.J. Anders // Int J Mol Sci. - 2013. - V. 14. -№ 7. - P. 13213-13230.
485. Ramirez, J.L. Serum DNA as a tool for cancer patient management/ J.L. Ramirez, C. Taron M, Balana, C. Sarries, P. Mendez, I. de Aguirre, L. Nunez, B. Roig, C. Queralt, M. Botia, R. Rosell // Rocz Akad Med Bialymst. - 2003. -V. 48. - P. 34-41.
486. Rani, S. Global analysis of serum microRNAs as potential biomarkers for lung adenocarcinoma/ S. Rani, K. Gately, J. Crown, K. O'Byrne, L. O'Driscoll // Cancer Biol Ther. -2013. - V. 4.-№ 14.-P. 12
487. Raptis, L. Quantitation and characterization of plasma DNA in normals and patients with systemic lupus erythematosus/ L. Raptis, H.A. Menard // J Clin Invest. - 1980. - V. 66. -P. 1391-1399.
488. Ravid, T. Ceramide accumulation precedes caspase-3 activation during apoptosis of A549 human lung adenocarcinoma cells/ T. Ravid, A. Tsaba, P. Gee, R. Rasooly, E.A. Medina, T. Goldkorn // Am. J. Physiol. Lung. Cell. Mol. Physiol. - 2003. - V. 284. - № 6.-P. 1082-1092.
489. Reed SI. Ratchets and clocks: the cell cycle, ubiquitylation and protein turnover/ S.I. Reed // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2003. - V. 4. - P. 855-864.
490. Ren, B. Is plasma cell-free DNA really a useful marker for diagnosis and treatment of trauma patients?/ B. Ren, P. Liu, F. Xu, J. He, H. Zhu, G. Zou // Clin Chim Acta. - 2013. -V.424.-P. 109-113.
491. Reuter S, Gupta SC, Chaturvedi MM, Aggarwal BB. Oxidative stress, inflammation, and cancer: how are they linked? Free Radic Biol Med. - 2010. - V. 49. - № 11. - P. 16031616.
492. Rhodes, A. Plasma DNA concentration as a predictor of mortality and sepsis in critically ill patients/ A. Rhodes, S.J. Wort, H. Thomas, P. Collinson, E.D. Bennett // Crit Care. 2006.-V. 10.-№2.-P. 60.
493. Richard, G.F. Comparative genomics and molecular dynamics of DNA repeats in eukaryotes/ G.F. Richard, A. Kerrest, B. Dujon // Microbiol Mol Biol Rev. - 2008. - V. 72.-№4.-P. 686-727.
494. Roberts, T.L. HIN-200 proteins regulate caspase activation in response to foreign cytoplasmic DNA/ T.L. Roberts, A. Idris, J.A. Dunn, G.M. Kelly, C.M. Burnton, S. Hodgson L.L. Hardy, V. Garceau, M.J. Sweet, I.L. Ross, D.A. Hume, K.J. Stacey // Science. - 2009. - V. 20. -№ 323(5917). - P. 1057-1060
495. Rock, F.L. A family of human receptors structurally related to Drosophila Toll/ F.L. Rock, G. Hardiman, J.C. Timans, R.A. Kastelein, J.F. Bazan // Proc. // Nat. Acad. Sci. -1998. -V. 95.-P. 588-593.
496. Rodriguez, G.P. In vivo bypass of 8-oxodG/ G.P. Rodriguez, J.B. Song, G.F. Crouse // PLoS Genet. -2013. -V. 20. -№ 9 (8). - P. el003682.
497. Rogakou, E.P. DNA doublestranded breaks induce histone H2AX phosphorylation on serine 139/ E.P. Rogakou, D.R. Pilch, A.H. Orr, V.S. Ivanova, W.M. Bonner // J. Biol. Chem. - 1998. - V. 273. - P. 5858-5868.
498. Rose, W.A. 2nd TLR9 is important for protection against intestinal damage and for intestinal repair/ W.A. Rose 2nd, K. Sakamoto, C.A. Leifer // Sci Rep. - 2012. - V. 2. -P. 574
499. Roszkowski, K. Oxidative DNA Damage - the possible use of biomarkers as additional prognostic factors in oncology/ K. Roszkowski //. Front Biosci. - 2014. - V. 19. - P. 808-817.
500. Roth, C. Apoptosis-related deregulation of proteolytic activities and high serum levels of circulating nucleosomes and DNA in blood correlate with breast cancer progression/ C.
Roth, K. Pantel, V. Mullcr, B. Rack, S. Kasimir-Bauer, W. Janni, H. Schwarzenbach // BMC Cancer.-201 l.-V. 11.-P. 4.
501. Royall J. A., H. Ischiropoulos, Evaluation of 2_,7_-dichlorofluorescin and dihydrorhodamine 123 as fluorescent probes for intracellular H202 in cultured endothelial cells/ J.A. Royall // Arch. Biochem. Biophys. 1993. - V. 302. - P. 348-355.
502. Ruff M.R. Rabbit tumor necrosis factor: mechanism of action / M.R Ruff, G.E. Gifford // Infect Immun. - 1981. - V.31. - № 1. - P. 235-241
503. Russo, M.T. The oxidized deoxynucleoside triphosphate pool is a significant contributor to genetic instability in mismatch repair-deficient cells/ M.T. Russo, M.F. Blasi, F. Chiera, P. Fortini, P. Degan, P. Macpherson, M. Furuichi, Y. Nakabeppu, P. Karran, G. Aquilina, M. Bignami // Mol Cell Biol. - 2004. - V. 24. - № 1/ - P. 465-474.
504. Rykova, E.Y. Cell-free and cell-bound circulating nucleic acid complexes: mechanisms of generation, concentration and content/ E.Y. Rykova, E.S. Morozkin, A.A. Ponomaryova, E.M. Loseva, I.A. Zaporozhchenko, N.V. Cherdyntseva, V.V. Vlassov, P.P. Laktionov//Expert Opin Biol Ther.-2012.-V. 12.-№1.-P. 141-153.
505. Salminen, A. Activation of innate immunity system during aging: NF-kB signaling is the molecular culprit of inflamm-aging/ A. Salminen, J. Huuskonen, J. Ojala, A. Kauppinen, K. Kaarniranta, T. Suuronen // Ageing Res. Rev. - 2008. - V. 7. - № 2. - P. 83-105.
506. Samejima, K. Trashing the genome: the role of nucleases during apoptosis/ K. Samejima, W.C. Earnshaw // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2005. - V. 6. - P. 677-688.
507. Sandgren, S. The human antimicrobial peptide LL-37 transfers extracellular DNA plasmid to the nuclear compartment of mammalian cells via lipid rafts and proteoglycan-dependent endocytosis/ S. Sandgren, A. Wittrup, F. Cheng, M. Jonsson, E. Eklund, S. Busch et al. // J Biol Chem. - 2004. - V. 279. - № 17. - P. 17951-17956.
508. Sandholm, J. Selander KS.Estrogen receptor-a and sex steroid hormones regulate Tolllike receptor-9 expression and invasive function in human breast cancer cells/ J. Sandholm, J.H. Kauppila, C. Pressey, J. Tuomela, A. Jukkola-Vuorinen, M. Vaarala, M.R. Johnson, K.W. Harris, K.S. Selander // Breast Cancer Res Treat. - 2012. - V. 132. - № 2. - P. 411-419.
509. Sano, H. Dna isolated from DNA/anti-DNA antibody immune complexes in systemic lupus erythematosus is rich in guanine-cytosine content/ H. Sano, C. Morimoto // J. Immunol. - 1982. - V.128. - № 3. - P. 1341-1345.
510. Saraiva, M. The regulation of IL-10 production by immune cells/ M. Saraiva, A. O'Garra //Nat Rev Immunol.-2010.-V. 10.-№3.-P. 170-181.
511. Sasai, M. Bifurcation of Toll-like receptor 9 signaling by adaptor protein 3/ M. Sasai, M.M. Linehan, A. Iwasaki // Science. - 2010. - V. 329. - P. 1530-1534.
512. Sasai, M. Pathogen Recognition Receptors: Ligands and Signaling Pathways by TollLike Receptors/ M. Sasai, M. Yamamoto // International Reviews of Immunology. -2013.-V. 32.-P. 116-133.
513. Sathe, A. TLR9 and RIG-I Signaling in Human Endocervical Epithelial Cells Modulates Inflammatory Responses of Macrophages and Dendritic Cells In Vitro/ A. Sathe, K.V. Reddy // PLoS One. - 2014. - V. 9. - № 1. - P. e83882.
514. Sato, N. Correlation between centrosome abnormalities and chromosomal instability in human pancreatic cancer cells/ N. Sato, K. Mizumoto, M. Nakamura et al. // Cancer Genet Cytogenet. - 2001. - V. 126. - P. 13-19.
515. Sawa, A. Targeting Toll-Like Receptors: Promising Therapeutic Strategies for the Management of Sepsis-Associated Pathology and Infectious Diseases/ A. Sawa, T. Roger // Front Immunol. - 2013. - V. 18. - № 4. - P. 387.
516. Sayres, L.C. Cell-free fetal nucleic acid testing: a review of the technology and its applications/ L.C. Sayres, M.K. Cho // Obstet Gynecol Surv. - 2011. - V. 66. - P. 431442.
517. Schindler, R. Correlations and interactions in the production of interleukin-6 (IL-6), IL-1, and tumor necrosis factor (TNF) in human blood mononuclear cells: IL-6 suppresses IL-1 and TNF?/ R. Schindler, J. Mancilla, S. Endres et al. // Blood. - 1990. - V. 75. - P. 4047.
518. Schmidt, B. Integrity of cell-free plasma DNA in patients with lung cancer and nonmalignant lung disease/ B. Schmidt, S. Weickmann, C. Witt, M. Fleischhacker // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 207-213.
519. Schmidt, M.V. The nuclear hormone receptor PPARgamma as a therapeutic target in major diseases/ M.V. Schmidt, B. Brune, A. von Knethen // Sci World J. - 2010. - V. 10.-P. 2181-2197.
520. Schnerch, D. Cell cycle control in acute myeloid leukemia/ D. Schnerch, J. Yalcintepe, A. Schmidts, H. Becker, M. Folio, M. Engelhardt, R. Wasch // Am J Cancer Res. - 2012. -V. 2.-№5.-P. 508-528.
521. Schorey JS, Bhatnagar S. Exosome function: from tumor immunology to pathogen biology. Traffic. - 2008. - V. 9. - P. 871-881.
522. Schroder, K. Nox 4 is a protective reactive oxygen species generating vascular NADPH oxidase/ K. Schroder, M. Zhang, S. Benkhoff, A. Mieth, R. Pliquett, J. Kosowski et al. // Circ. Res.-2012.-V. 110.-P. 1217-1225.
523. Schwarzenbach, H. Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients/ H. Schwarzenbach, D.S. Hoon, K. Pantel // Nat Rev Cancer. - 2011. - V. 11. - P. 426-437.
524. Schwarzenbach, H. Circulating nucleic acids as biomarkers in breast cancer/ H. Schwarzenbach // Breast Cancer Res. - 2013. - V.l 5. - № 5. - P. 211.
525. Schwarzenbach, H. Loss of heterozygosity at tumor suppressor genes detectable on fractionated circulating cell-free tumor DNA as indicator of breast cancer progression/ H. Schwarzenbach, C. Eichelser, J. Kropidlowski, W. Janni, B. Rack, K. Pantel // Clin Cancer Res.-2012.-V. 18.-№20.-P. 5719-5730.
526. Scott, B.R. A biological-base model that links genomic instability, bystander effects and adaptive response/ B.R. Scott // Mutat. Res. - 2004. - V. 568. - P. 129-143.
527. Scully, R. Double strand break repair functions of histone H2AX/ R. Scully, A. Xie // Mutat Res. - 2013. - V. 750. -№ 1-2. - P. 5-14.
528. Sedelnikova, O.A. Role of oxidatively induced DNA lesions in human pathogenesis/ O.A. Sedelnikova, C.E. Redon, J.S. Dickey, A.J. Nakamura, A.G. Georgakilas, W.M. Bonner//Mutat.Res.-2010.-V. 704.-P. 152-159.
529. Segurado, M. The S-phase checkpoint: targeting the replication fork/ M. Segurado, J.A. Tercero // Biol Cell. - 2009. - V. 101. - P. 617-627.
530. Seitz, N. A novel statistical approach for the evaluation of comet assay data/ N. Seitz, M. Bottcher, S. Keiter, T. Kosmehl, W. Manz, I-I. Hollert, T. Braunbeck // Mutat Res. -2008. - V. 652. - № 1. - P. 38-45.
531. Sekizawa, A. Cell-free fetal DNA in the plasma of pregnant women with severe fetal growth restriction/ A. Sekizawa, M. Jimbo, H. Saito, M. Iwasaki, R. Matsuoka, T. Okai, A. Farina // Am J Obstet Gynecol. - 2003. - V. 188. - № 2. - P. 480-484.
532. Seldon, M.P. Heme oxygenase-1 inhibits the expression of adhesion molecules associated with endothelial cell activation via inhibition of NF-kappaB RelA phosphorylation at serine 276/ M.P. Seldon, G. Silva, N. Pejanovic, R. Larsen, I.P. Gregoire, J. Filipe, J. Anrather, M.P. Soares // J Immunol. - 2007. - V. 179. - P. 7840- 7851.
533. Sellier, H. How should we define STAT3 as an oncogene and as a potential target for therapy?/ H. Sellier, A. Rébillard, C. Guette, B. Barré, O. Coqueret // JAKSTAT. -2013. - V. 2. - № 3. - P. e24716.
534. Selvarajoo, K. Macroscopic law of conservation revealed in the population dynamics of Toll-like receptor signaling/ K. Selvarajoo // Cell Commun Signal. - 2011. - V. 20. - № 9.-P. 9.
535. Shackelford, R.E. Oxidative stress and cell cycle checkpoint function. Free Radic/ R.E. Shackelford, W.K. Kaufmann, R.S. Paules // Biol. Med. - 2000. - V. 28. - № 9. - P. 1387-1404.
536. Shao, W. The caspase-1 digestome identifies the glycolysis pathway as a target during infection and septic shock/ W. Shao, G. Yeretssian, K. Doiron, S.N. Hussain, M. Saleh // J Biol Chem. - 2007. - V. 282. - № 50. - P. 36321-36329.
537. Sharma, V.K. Mass spectrometric based analysis, characterization and applications of circulating cell free DNA isolated from human body fluids/ V.K. Sharma, P. Vouros, J. Glick // Int J Mass Spectrom. - 2011. - V. 304. - № 2-3. - P. 172-183.
538. Shatz, M. The human TLR innate immune gene family is differentially influenced by DNA stress and p53 status in cancer cells/ M. Shatz, D. Menendez, M.A. Resnick // Cancer Res. - 2012. - V. 72. - № 16. - P. 3948-3957.
539. Shaw, N. Role of the HIN Domain in Regulation of Innate Immune Responses/ N. Shaw, Z.J. Liu // Mol Cell Biol. - 2014. - V. 34. - № 1. - P. 2-15.
540. Sherr, C.J. Living with or without cyclins and cyclin-dependent kinases/ C.J. Sherr, J.M. Roberts // Genes Dev. - 2004. - V. 18. - P. 2699-2711.
541. Shimony, A. Cell free DNA detected by a novel method in acute ST-elevation myocardial infarction patients/ A. Shimony, D. Zahger, H. Gilutz, H. Goldstein, G. Orlov, M. Merkin, A. Shalev, R. Ilia, A. Douvdevani // Acute Card Care. - 2010. - V. 12. - P. 109111.
542. Shintani, Y. TLR9 mediates cellular protection by modulating energy metabolism in cardiomyocytes and neurons/ Y. Shintani, A. Kapoor, M. Kaneko, R.T. Smolenski, F. D'Acquisto, S.R. Coppen, N. Harada-Shoji, HJ. Lee, C. Thiemermann, S. Takashima, K. Yashiro, K. Suzuki // Proc Natl Acad Sci USA.- 2013. - V. 110. - № 13. - P. 51095114.
543. Shirota, H. Suppressive oligodeoxynucleotides protect mice from lethal endotoxic shock/ H. Shirota, I. Gursel, M. Gursel, and D. M. Klinman, // Journal of Immunology. -2005. -V. 174. - № 8. - P. 4579-4583.
544. Shivji, K.K. Proliferating cell nuclear antigen is required for DNA excision repair/ K.K. Shivji, M.K. Kenny, R.D. Wood // Cel. - 1992. - V. 69. - P. 367-374.
545. Shrivastav, M. Nucleic Acid Sensors and Type I Interferon Production in Systemic Lupus Erythematosus/ K.K. Shivji, M.K. Kenny, R.D. Wood // Front Immunol. - 2013. - V. 4. -P. 319.
546. Silke, J. Inhibitor of apoptosis (IAP) proteins-modulators of cell death and inflammation/ J. Silke, P. Meier // Cold Spring Harb Perspect Biol. - 2013. - V. 5. - № 2. - P. a008730.
547. Singh, S.S. Nrf2/ARE stress response mechanism: a control point in oxidative stressmediated dysfunctions and chronic inflammatory diseases/ S.S. Singh, S. Vrishni, B.K. Singh, I. Rahman, P. Kakkar // Free Radic. Res. - 2010. - V. 44. - P. 1267-1288.
548. Sinha, K. Oxidative stress: the mitochondria-dependent and mitochondria-independent pathways of apoptosis/ K. Sinha, J. Das, P.B. Pal, P.C. Sil // Arch Toxicol. - 2013. - V. 87.-№7.-P. 1157-1180.
549. Skibsted, S. Bench-to-bedside review: Future novel diagnostics for sepsis - a systems biology approach/ S. Skibsted, M.K. Bhasin, W.C. Aird, N.I. Shapiro // Crit Care. -2013.-V. 17.-№ 5. — P. 231.
550. Sohni, A. Mesenchymal Stem Cells Migration Homing and Tracking/ A. Sohni, C.M. Verfaillie // Stem Cells Int. - 2013. - V. 2013. - P. 130763.
551. Speina, E. Contribution of hMTHl to the maintenance of 8-oxoguanine levels in lung DNA of non-small-cell lung cancer patients/ E. Speina, K.D. Arczewska, D. Gackowski, M. Zielinska, A. Siomek, J. Kowalewski, R. Olinski, B. Tudek, J.T. Kusmierek // J Natl Cancer Inst. - 2005. - V. 97. - № 5/ - P. 384-395.
552. Stacey, K. The molecular basis for the lack of immunostimulatory activity of vertebrate DNA/ K. Stacey, G. Young, F. Clark et al. // J. Immunol. - 2003. - V. 170. - P. 36143620.
553. Staron, M. Heat-shock protein gp96/grp94 is an essential chaperone for the platelet glycoprotein Ib-IX-V complex/ M. Staron et al. // Blood. - 2011. - V. 117. - P. 71367144.
554. Stevens, J.B. Heterogeneity of cell death/ J.B. Stevens, B.Y. Abdallah, G. Liu, S.D. Home, S.W. Bremer, K.J. Ye, J.Y. Huang, M. Kurkinen, C.J. Ye, H.H. Heng // Cytogenet Genome Res. - 2013. - V. 139.-№3.-P. 164-173.
555. Stroun, M. Alu repeat sequences are present in increased proportions compared to a unique gene in plasma/serum DNA: evidence for a preferential release from viable cells/ M. Stroun, J. Lyautey, C. Lederrey, H.E. Mulcahy, P. Anker // Ann. N. Y. Acad. Sei. -2001. - V.945. - № 9. - P. 258-264.
556. Struthers, L. Direct detection of 8-oxodeoxyguanosine and 8-oxoguanine by avidin and its analogues/ L. Struthers, R. Patel, J. Clark, S. Thomas // Anal Biochem. - 1998. - V. 255.-№ l.-P. 20-31.
557. Stünz, L.L. Inhibitory oligonucleotides specifically block effects of stimulatory CpG oligonucleotides in B cells/ L.L. Stünz, P. Lenert, D. Peckham et al. // European Journal of Immunology.-2002.-V. 32. —№5. -P. 1212-1222.
558. Su, T.T. Cellular responses to DNA damage: one signal, multiple choices/ T.T. Su // Annu Rev Genet. - 2006. - V. 40. - P. 187-208.
559. Sun, L. Cyclic GMP-AMP synthase is a cytosolic DNA sensor that activates the type I interferon pathway/ L. Sun, J. Wu, F. Du, X. Chen, Z.J. Chen // Science. - 2013. - V. 339.-P. 786-791.
560. Sun, L. JAK1-STAT1-STAT3, a key pathway promoting proliferation and preventing premature differentiation of myoblasts/ L. Sun, K. Ma, H. Wang, F. Xiao, Y. Gao, W. Zhang et al. // J Cell Biol. - 2007. - V. 179. - P. 129-138.
561. Sun, W. ERIS, an endoplasmic reticulum IFN stimulator, activates innate immune signaling through dimerization/ W. Sun, Y. Li, L. Chen, H. Chen, F. You, X. Zhou, Y. Zhou, Z. Zhai, D. Chen, Z. Jiang // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2009. - V. 106. - P. 8653-8658.
562. Surh, Y.J. Nrf2 as a master redox switch in turning on the cellular signaling involved in the induction of cytoprotective genes by some chemopreventive phytochemicals/ Y.J. Surh, J.K. Kundu, H.K. Na // Planta Med. - 2008. - V. 74. - P. 1526-1539.
563. Suzuki, M. Structure of Bax: oregulation of dimer formation and intracellular localization/ M. Suzuki, R.J. Youle, N. Tjandra // Cell. - 2000. - V. 103. - P. 645-654.
564. Suzuki, N. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma/ N. Suzuki, A. Kamataki, J. Yamaki, Y. Homma // Clin Chim Acta. - 2008. - V. 387. - P. 55-58.
565. Swarup, V. Circulating (cell-free) nucleic acids - a promising, non-invasive tool for early detection of several human diseases/ V. Swarup, M.R. Rajeswari // FEBS Lett. - 2007. -V. 581.-P. 795-799.
566. Swathi, A. Homology modeling and structural comparison of leucine rich repeats of Toll like receptors 1-10 of ruminants/ A. Swathi, G. Dhinakar Raj, A. Raja, K.G. Tirumurugaan // J Mol Model. - 2013. - V. 19. - № 9. - P. 3863-3874.
567. Swystun, L.L. Breast cancer chemotherapy induces the release of cell-free DNA, a novel procoagulant stimulus/ L.L. Swystun, S. Mukherjee, P.C. Liaw // J Thromb Haemost. -2011.-V, 9.-P. 2313-2321.
568. Symons, A. MAP kinase kinase kinases and innate immunity/ Symons, A., Beinke, S., Ley, S.C., // Trends Immunol. - 2006. - V. 2. - P. 40-48.
569. Szabo, A. Collaboration of Toll-like and RIG-I-like receptors in human dendritic cells: tRIGgering antiviral innate immune responses/ A. Szabo, E. Rajnavolgyi // Am J Clin Exp Immunol. - 2013. - V. 2. - № 3. - P. 195-207.
570. Szpechcinski, A. Evaluation of fluorescence-based methods for total vs. amplifiable DNA quantification in plasma of lung cancer patients/ A. Szpechcinski, R. Struniawska, J.
Zalcska, M. Chabowski, T. Orlowski, K. Roszkowski, J. Chorostowska-Wynimko // J Physiol Pharmacol. - 2008. - V. 59. - № 1. - P.675-681.
571. Tabeta, K. The Unc93bl mutation 3d disrupts exogenous antigen presentation and signaling via Toll-like receptors 3, 7 and 9/ K. Tabeta et al. // Nat Immunol. - 2006. - V. 7.-P. 156-164.
572. Taguchi, T. Chromosomal localization of TIL, a gene encoding a protein related to the Drosophila transmembrane receptor Toll, to human chromosome 4pl4/ T. Taguchi, J.L. Mitcham, S.K. Dower, J.E. Sims, J.R. Testa // Genomics. - 1996. - V. 32. - P. 486-488.
573. Takac, I. The E-loop is involved in hydrogen peroxide formation by the NADPH oxidase Nox4/1 Takac, K. Schroder, L. Zhang, B. Lardy, N. Anilkumar, J. D. Lambeth, A.M. Shah, F. Morel, R.P. Brandes // J Biol Chem. - 2011. - V. 286. - № 15. - P. 1330413313.
574. Takagi, M. Toll-like Receptor/ M. Takagi // J Clin Exp Hematop. - 2011. - V.51 - № 2. -P. 77-92.
575. Takahashi, K. A protein associated with Toll-like receptor (TLR) 4 (PRAT4A) is required for TLR-dependent immune responses/ K. Takahashi et al. // J Exp Med. - 2007. -V. 204.-P. 2963-2976.
576. Takeuchi, O. TLR6: a novel member of an expanding Toll-like receptor family/ O. Takeuchi, T. Kawai, H. Sanjo et al. // Gene. - 1999. - V. 231. - P. 59-65.
577. Tanaka K. Multiple functions of the S-phase checkpoint mediator/ K. Tanaka // Biosci Biotechnol Biochem. - 2010. - V. 74. - P. 2367-2373.
578. Tanaka, Y. STING specifies IRF3 phosphorylation by TBK1 in the cytosolic DNA signaling pathway/ Y. Tanaka, Z.J. Chen // Sci Signal. - 2012. - V. 5. - P. 20.
579. Tang, D. PAMPs and DAMPs: signal 0s that spur autophagy and immunity/ D. Tang, R. Kang, C.B. Coyne, H.J. Zeh, M.T. Lotze // Immunol Rev. - 2012. - V. 249. - № 1. - P. 158-175.
580. Theofilopoulos, A.N. Intracellular nucleic acid sensors and autoimmunity/ A.N. Theofilopoulos, D.H. Kono, B. Beutler, R. Baccala // J. Interferon CytokineRes. - 2011. -V.31.-P. 867-886.
581. Thierry, A.R. Origin and quantification of circulating DNA in mice with human colorectal cancer xenografts/ A.R. Thierry, F. Mouliere, C. Gongora, J. Oilier, B. Robert, M. Ychou, M. Del Rio, F. Molina//Nucleic Acids Res. -2010. -V. 38. - P. 6159-6175.
582. Thomas, S.R. Redox control of endothelial function and dysfunction: molecular mechanisms and therapeutic opportunities/ S.R. Thomas, P.K. Witting, G.R. Drummond //Antioxid Redox Signal.-2008. -V. 10.-№ 10.-P. 1713-1765.
583. Tian, J. Toll-like receptor 9-dependent activation by DNA-containing immune complexes is mediated by HMGB1 and RAGE/ J. Tian et al. // Nat Immunol. - 2007. - V. 8. - P. 487-496.
584. Tong, Y.K. Diagnostic developments involving cell-free (circulating) nucleic acids/ Y.K. Tong, Y.M. Lo // Clin Chim Acta. - 2006. - V. 363. - P. 187-196.
585. Tran, T.T. The release of DNA into the plasma of mice following hepatic cell death by apoptosis and necrosis/ T.T. Tran, P. Groben, D.S. Pisetsky // Biomarkers. - 2008. - V. 13.-P. 184-200.
586. Trenerry, M.K. Cameron-Smith D. JAK/STAT signaling and human in vitro myogenesis/ M.K. Trenerry, P.A. Delia Gatta // BMC Physiol 2011. - 2006. - V. 11. - P. 6/
587. Triantafilou, K. Herpes simplex virus 2-induced activation in vaginal cells involves Tolllike receptors 2 and 9 and DNA sensors DAI and IFI16/ K. Triantafilou, D. Eryilmazlar, M. Triantafilou // Am J Obstet Gynecol. - 2014. - V. 210. - № 2. - P. 122.
588. Trieu, A. DNA motifs suppressing TLR9 responses/ A. Trieu, T.L. Roberts, J.A. Dunn, M.J. Sweet, K.J. Stacey // Crit Rev Immunol. - 2006. - V. 26. -№ 6. - P. 527-544.
589. Tsai, N.W. The value of serial plasma nuclear and mitochondrial DNA levels in patients with acute ischemic stroke/ N.W. Tsai, T.K. Lin, S.D. Chen, W.N. Chang, H.C. Wang, T.M. Yang, Y.J. Lin, C.R. Jan, C.R. Huang, C.W. Liou, C.H. Lu // Clin Chim Acta. -2011. - V. 412. - № 5-6. - P. 476-479.
590. Tsikas, D. Analysis of nitrite and nitrate in biological fluids by assays based on the Griess reaction: appraisal of the Griess reaction in the L-arginine/nitric oxide area of research/ D. Tsikas // J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. - 2007. - V. 851. - № 1 -2. -P. 51-70.
591. Tsui, N.B. Recent advances in the analysis of fetal nucleic acids in maternal plasma/ N.B. Tsui, Y.M. Lo // Curr Opin Hematol. - 2012. - V. 19. - P. 462-468.
592. Turchinovich, A. Characterization of extracellular circulating microRNA/ A. Turchinovich, L. Weiz, A. Langheinz, B. Burwinkel // Nucleic Acids Res. - 2011. - V. 39.-P. 7223-7233.
593. Turpaev, KT. Keapl-Nrf2 signaling pathway: mechanisms of regulation and role in protection of cells against toxicity caused by xenobiotics and electrophiles/ K.T. Turpaev // Biochemistry. - 2. - V. 78. -№ 2. - P. 111-126.
594. Ulivi, P. Role of quantitative and qualitative characteristics of free circulating DNA in the management of patients with non-small cell lung cancer/ P. Ulivi, R. Silvestrini // Cell Oncol. - 2013. - V. 36. — № 6. - P. 439-448.
595. Umetani, N. Higher amount of free circulating DNA in serum than in plasma is not mainly caused by contaminated extraneous DNA during separation/ N. Umetani, S. Hiramatsu, D.S. Hoon // Ann N Y Acad Sci. - 2006. - V. 1075. - P. 299-307.
596. Umetani, N. Increased integrity of free circulating DNA in sera of patients with colorectal or periampullary cancer: direct quantitative PCR for ALU repeats/ N. Umetani, J. Kim, S. Hiramatsu, H.A. Reber, O.J. Hines, A.J. Bilchik, D.S. Hoon // Clin Chem. - 2006. - V. 52.-P. 1062-1069.
597. Umetani, N. Prediction of breast tumor progression by integrity of free circulating DNA in serum/ N. Umetani, A.E. Giuliano, S.IL Hiramatsu, F. Amersi, T. Nakagawa, S. Martino, D.S. Hoon // J Clin Oncol. - 2006. - V. 24. - P. 4270-4276.
598. Unterholzner, L. The interferon response to intracellular DNA: why so many receptors?/ L. Unterholzner // Immunobiology. - 2013. - V. 218. - № 11.-P. 1312-1321.
599. Urbanova, M. Circulating nucleic acids as a new diagnostic tool/ M. Urbanova, J. Plzak, H. Strnad, J. Betka // Cell Mol Biol Lett. - 2010. - V. 15. - P. 242-259.
600. Vabret, N. Sensing Microbial RNA in the Cytosol/ Vabret N, Blander JM. // Front Immunol. - 2013. - V. 25. - № 4. - P. 468.
601. Vacchelli, E. Trial Watch: Toll-like receptor agonists for cancer therapy/ E. Vacchelli, A. Eggermont, C. Sautes-Fridman, J. Galon, L. Zitvogel, G. Kroemer, L. Galluzzi // Oncoimmunology. - 2013. - V. 2. - № 8. - P. e25238.
602. Valadi, H. Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells/ H. Valadi, K. Ekstrom, A. Bossios, M. Sjostrand, JJ. Lee, J.O. Lotvall // Nat Cell Biol. - 2007. - V. 9. - P. 654-659.
603. Valavanidis, A. 8-hydroxy-2' -deoxyguanosine (8-OHdG): A critical biomarker of oxidative stress and carcinogenesis/ A. Valavanidis, T. Vlachogianni, C. Fiotakis // J Environ Sci Health C Environ Carcinog Ecotoxicol Rev. - 2009. - V. 27. - P. 120-139.
604. van den Heuvel, S. Cell-cycle regulation/ S. van der Heuvel // WormBook. - 2005. - V. 21.-P. 1-16.
605. van der Vaart, M. Characterisation of circulating DNA by parallel tagged sequencing on the 454 platform/ M. van der Vaart, D.V. Scmenov, E.V. Kuligina, V.A. Richter, P.J. Pretorius // Clin Chim Acta. - 2009. -V. 409. - P. 21-27.
606. van der Vaart, M. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma/ M. van der Vaart, P.J. Pretorius // Clin Chim Acta. - 2008. - V. 395. - P. 186.
607. van der Vaart, M. Circulating DNA. Its origin and fluctuation/ M. van der Vaart, P.J. Pretorius // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - V. 1137. - P. 18-26.
608. van der Vaart, M. The origin of circulating free DNA/ M. van der Vaart, P.J. Pretorius // Clin Chem. - 2007. - V. 53. - № 12. - P. 2215.
609. Van Helden, P.D. Potential Z-DNA-forming elements in serum DNA from human systemic lupus erythematosus/ P.D. Van Helden // J Immunol. - 1985. - V. 134. - № 1. -P. 177-9.
610. Vasilyeva I.N. Low-molecular-weight DNA in blood plasma as an index of the influence of ionizing radiation/ I.N. Vasilyeva // Ann N Y Acad Sei. - 2001. - V. 945. - P. 221228.
611. Vasquez MZ. Recommendations for safety testing with the in vivo comet assay/ M.Z. Vasquez//MutatRes.-2012.-V. 747. -№1.-P. 142-156.
612. Veiko, N.N. Elements of structural organization of the transcribed area of the ribosomal repeat (rDNA) in human peripheral blood lymphocytes/ N.N. Veiko, N.A. Liapunova, N.V. Kosiakova, D.M. Spitkovskii // Mol Biol. - 2001. - V. 35. - № 1. - P. 52-64.
613. Vernon, S.D. Analysis of 16S rRNA gene sequences and circulating cell-free DNA from plasma of chronic fatigue syndrome and non-fatigued subjects/ S.D. Vernon, S.K. Shukla, J. Conradt, E.R. Unger, W.C. Reeves // BMC Microbiol. - 2002. - V. 2. - P. 39.
614. Verthelyi, D. Immunoregulatory activity of CpG oligonucleotides in humans and nonhuman primates/ D. Verthelyi, D.M. Klinman // Clin. Immunol. - 2003. - V. 109. -P. 64-71.
615. Vilaysane, A. The innate immune response to DNA/ A. Vilaysane, D.A. Muruve // Semin Immunol. - 2009. - V. 21. - № 4. - P. 208-214.
616. Vladimer, G.I. Inflammasomes and host defenses against bacterial infections/ G.I. Vladimer, R. Marty-Roix, S. Ghosh, D. Weng, E. Lien // Curr Opin Microbiol. - 2013. -V. 16.-№ l.-P. 23-31.
617. Vladimirov, V.G. Extracellular DNA level in the blood of irradiated rats/ V.G. Vladimirov, A.S. Belokhvostov, S.S. Sherlina, I.N. Vasilyeva, A.M. Voskresensky // Int J Radiat Biol. - 1992. - V. 62. - № 6. - P.667-671.
618. Vollmer, J. TLR9 in Health and Disease/ J. Vollmer // Int. Rev. of Immunology. - 2006. -V. 25.-P. 155-181.
619. von Löhneysen, K. Structural insights into Nox4 and Nox2: motifs involved in function and cellular localization/ K. von Löhneysen, D. Noack, M.R. Wood, J.S. Friedman, U.G. Knaus // Mol Cell Biol. - 2010. - V. 30. -№ 4. - P. 961-975.
620. Wakabayashi, N. When NRF2 talks, who's listening?/ N. Wakabayashi, S.L. Slocum, J.J. Skoko, S. Shin, T.W. Kensler // Antioxid Redox Signal. - 2010. - V. 13. - № 11. - P. 1649-1663.
621. Wallace D.C. Mitochondrial DNA mutations in disease and aging/ D.C. Wallace // Environ Mol Mutagen. - 2010. - V. 51. - P. 440-450.
622. Wang, B.G. Increased plasma DNA integrity in cancer patients/ B.G. Wang, H.Y. Huang, Y.C. Chen, R.E. Bristow, K. Kassauei, C.C. Cheng, R. Roden, L.J. Sokoll, D.W. Chan, M. Shih Ie // Cancer Res. - 2003. - V. 63. - P. 3966-3968.
623. Wang, C.J. Rapid and simple one-step membrane extraction for the determination of 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine in human plasma by a combination of on-line solid phase extraction and LC-MS/MS/ C.J. Wang, N.H. Yang, C.C. Chang, S.H. Liou, H.L. Lee // J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. - 2011. - V. 879. - № 30. - P. 35383543.
624. Wang, D. Activation of nuclear factor-kappaB-dependent transcription by tumor necrosis factor-alpha is mediated through phosphorylation of RelA/p65 on serine 529 / D. Wang, A.S. Baldwin Jr. // J. Biol. Chem. - 1998. - V.273. - №.45. - P. 29411-29416.
625. Wang, H. Molecular modelling methods for prediction of sequence-selectivity in DNA recognition/ H.Wang, C.A. Laughton // Methods. - 2007. - V. 42. - № 2. - P. 196-203.
626. Wang, J. The functional effects of physical interactions among Toll-like receptors 7, 8, and 9/ J. Wang, Y. Shao, T.A. Bennett, R.A. Shankar, P.D. Wightman, L.G. Reddy // J Biol Chem. - 2006. - V. 281. - № 49. - P. 37427-37434.
627. Wang, X.J. Identification of retinoic acid as an inhibitor of transcription factor Nrf2 through activation of retinoic acid receptor alpha/ X.J. Wang, J.D. Hayes, C.J. Henderson, C.R. Wolf// Proc Natl Acad Sci USA. - 2007. - V. 104. - P. 19589-19594.
628. Wang, Z.J. Lipopolysaccharides can protect mesenchymal stem cells from oxidative stress-induced apoptosis and enhance proliferation of MSCs via Toll-like receptor(TLR)-4 and PI3K/Akt/ Z.J. Wang, F.M. Zhang, L.S. Wang, Y.W. Yao, Q. Zhao, X. Gao // Cell Biol Int. - 2009. - V. 33. - № 6. - P. 665-674.
629. Weber, C. A. Toll-like receptor (TLR) 3 immune modulation by unformulated small interfering RNA or DNA and the role of CD14 (in TLR-mediated effects)/ C. Weber, C. Miiller, A. Podszuweit, C. Montino, J. Vollmer, A. Forsbach // Immunology. - 2012. - V. 136.-№ l.-P. 64-77.
630. Weiss, L. Circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer/ L. Weiss, C. Hufnagl, R. Greil // N Engl J Med. - 2013. - V. 369. - P. 93.
631. Wells, A. The dormancy dilemma: quiescence versus balanced proliferation/ A. Wells, L. Griffith, J.Z. Wells, D.P. Taylor // Cancer Res. - 2013. - V. 73. - № 13. - P. 3811-3816.
632. Weyemi, U. The emerging role of ROS-generating NADPH oxidase N0X4 in DNA-damage responses/ U. Weyemi, C. Dupuy // Mutat Res. - 2012. - V. 751. - № 2. - P. 7781.
633. Widel, M. Bystander effect induced by UV radiation; why should we be interested?/ M. Widel // Postepy Hig Med Dosw. - 2012. - V. 14. - № 66. - P. 828-837.
634. Wieland, T. Analogs of phalloidin. D-Abu2-Lys7-phalloin, an F-actin binding analog, its rhodamine conjugate (RLP) a novel fluorescent F-actin-probe, and D-Ala2-Leu7-phalloin, an inert peptide.Int/ T. Wieland, T. Miura, A. Seeliger // J Pept Protein Res. -1983. -V. 21. — № 1. -P. 3-10.
635. Wlodkowic, D. Cytometry of apoptosis. Historical perspective and new advances/ D. Wlodkowic, J. Skommer, Z. Darzynkiewicz // Exp Oncol. - 2012. - V. 34. - № 3. - P. 255-262.
636. Yan, L. An intronic miRNA regulates expression of the human endothelial nitric oxide synthase gene and proliferation of endothelial cells by a mechanism related to the transcription factor SP-1/ L. Yan, M. Kang, Z. Qin, W. Zhang, Y. Li, H. Ou // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 8. - P. 70658.
637. Wu, J. Cyclic GMP-AMP is an endogenous second messenger in innate immune signaling by cytosolic DNA/ J. Wu, L. Sun, X. Chen, F. Du, H. Shi, C. Chen et al. // Science. - 2013. - V. 339. - P. 826-830.
638. Wu, J. The role of BRCA1 in DNA damage response/ J. Wu, L.Y. Lu, X. Yu // Protein Cell.-2010.-V. l.-№2.-P. 117-123.
639. Wu,J. New sensing mechanisms for design of fluorescent chemosensors emerging in recent years/ J. Wu, W. Liu, J. Ge, H. Zhang, P. Wang // Chem Soc Rev. - 2011. - V. 40. -№ 7. P. 3483-3495.
640. Xiang, D. Lung cancer screening: from imaging to biomarker/ D. Xiang, B. Zhang, D. Doll, K. Shen, G. Kloecker, C. Freier // Biomark Res. - 2013. - V. 1. - № 1. - P. 4.
641. Xu, J. Extracellular histones are major mediators of death in sepsis/ J. Xu, X. Zhang, R. Pelayo, M. Monestier, C.T. Ammollo, F. Semararo, F.B. Taylor, N.L. Esmon, F. Lupu, C.T. Esmon//Nature Med.-2009.-V. 15.-P. 1318-1322.
642. Xue,X. Optimizing the yield and utility of circulating cell-free DNA from plasma and serum/ X. Xue, M.D. Teare, I. Holen, Y.M. Zhu, P.J. Woll // Clin Chim Acta. - 2009. -V. 404.-№2.-P. 100-104.
643. Yamamoto, M. Current views of toll-like receptor signaling pathways/ M. Yamamoto, K. Takeda // Gastroenterol Res Pract. - 2010. - V. 2010. - P. 240365.
644. Yanai, H. HMGB proteins function as universal sentinels for nucleic-acid-mediated innate immune responses/ H. Yanai et al. //Nature. - 2009. - V. 462. - P. 99-103.
645. Yang, H. The many faces of HMGB1: molecular structure-functional activity in inflammation, apoptosis, and Chemotaxis/ H. Yang, D.J. AntoineDJ, U. Andersson, K.J. Tracey // J. Leukoc Biol. - 2013. - V. 93. - № 6. - P. 865-873.
646. Yang, Y. Heat shock protein gp96 is a master chaperone for toll-like receptors and is important in the innate function of macrophages/ Y, Yang et al. // Immunity. - 2007. - V. 26.-P. 215-226.
647. Yang, Y. Roles of heat shock protein gp96 in the ER quality control: redundant or unique function?/ Y. Yang, Z. Li // Mol Cells. - 2005. - V. 20. - P. 173-182.
648. Yasuda, K. CpG-motif independent activation of TLR9 upon endosomal translocation of "natural" phosphodiester DNA/ K. Yasuda, M. Rutz, B. Schlatter et al. // Eur. J. Immunol. - 2006. - V. 36 - P. 431-436.
649. Yasuda, T. Clinical applications of DNase I, a genetic marker already used for forensic identification/ T. Yasuda, Y. Kawai, M. Ueki, K. Kishi // Leg Med. - 2005. - V. 7. - № 4.-P. 274-277.
650. Yasuda, K. Macrophage activation by a DNA/cationic liposome complex requires endosomal acidification and TLR9-dependent and -independent pathways/ K. Yasuda, Y. Ogawa, I. Yamane, M. Nishikawa, Y. Takakura // J Leukoc Biol. - 2005. - V. 77. - № 1. -P. 71-79.
651. Yasutomo, K. et al. Mutation of DNASE 1 in people with systemic lupus erythematosus/ K. Yasutomo, T. Horiuchi, S. Kagami, H. Tsukamoto, C. Hashimura, M. Urushihara et al. // Nat.Genet. - 2001. - V. 28. - P. 313-314.
652. Yen, M.Y. Increased 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine in leukocyte DNA in Leber's hereditary optic neuropathy/ M.Y. Yen, S.H. Kao, A.G. Wang, Y. H. Wei // Invest Ophthalmol Vis Sei. - 2004. - V. 45. - № 6. - P. 1688-1691.
653. Yi, J.M. Novel methylation biomarker panel for the early detection of pancreatic cancer/ J.M. Yi, A.A. Guzzetta, V.J. Bailey, S.R. Downing, L. Van Neste, K.B. Chiappinelli, B.P. Keeley, A. Stark, A. Herrera, C. Wolfgang, E.P. Pappou, C.A. Iacobuzio-Donahue, M.G. Goggins, J.G. Herman, T,H. Wang, S.B. Baylin, N. Ahuja // Clin Cancer Res. -2013.-V. 19.-№23.-P. 6544-6555.
654. Yipp, B.G. NETosis: how vital is it?/ B.G. Yipp, P. Kubes // Blood. - 2013. - V. 122. -№ 16.-P. 2784-2794.
655. Yu M. Circulating cell-free mitochondrial DNA as a novel cancer biomarker: opportunities and challenges/ M. Yu // Mitochondrial DNA. - 2012. - V. 23. - P. 329332.
656. Yu, S.C. Noninvasive prenatal molecular karyotyping from maternal plasma/ S.C. Yu, P. Jiang, K.W. Choy, K.C. Chan, H.S. Won, W.C. Leung, E.T. Lau, M.H. Tang, T.Y. Leung, Y.M. Lo, R.W. Chiu // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 4. _ p. 60968.
657. Yu, X. The role of necroptosis, an alternative form of cell death, in cancer therapy/ X. Yu, Q. Deng, AS.M. Bode, Z. Dong, Y. Cao // Expert Rev Anticancer Ther. - 2013. - V. 13.- №7.-P. 883-893.
658. Yuan, A. Transfer of microRNAs by embryonic stem cell microvesicles/ A. Yuan, E.L. Farber, A.L. Rapoport, D. Tejada, R. Deniskin, N.B. Akhmedov, D.B. Färber // PLoS One. - 2009. - V. 4. - P. 4722.
659. Yuan, H. A modified extraction method of circulating free DNA for epidermal growth factor receptor mutation analysis/ H. Yuan, Z.Z. Zhu, Y. Lu, F. Liu, W. Zhang, G. Huang, G. Zhu, B. Jiang // Yonsei Med J. -2012. -V. 53. - № 1. - P. 132-137.
660. Yurdakul, S. Oxidative DNA damage is significantly correlated with flow-mediated dilation in patients with coronary artery disease/ S. Yurdakul, B. Ozben, A.K. Bilge, U.M. Turkoglu, S. Arkaya, Y. Nisanci // J Investig Med. - 2008. - V. 56. - № 7. - P. 925-930.
661. Zahner, N.L. Stimulatory type A CpG-DNA induces a Th2-like response in human endothelial cells/ N.L. Zahner, C. Habich, V./ Kolb-Bachofen // Int Immunopharmacol. -2011.-V. 11.-№ 11.-P. 1789-1795.
662. Zane, M. Circulating cell-free DNA, SLC5A8 and SLC26A4 hypermethylation, BRAF(V600E): A non-invasive tool panel for early detection of thyroid cancer/ M. Zane, M. Agostini, M.V. Enzo, E. Casal Ide, P. Del Bianco, F. Torresan, I. Merante Boschin, G. Pennelli, A. Saccani, D. Rubello, D. Nitti, M.R. Pelizzo. // Biomed Pharmacother. -2013. - V. 67. - № 8. - P. 723-730.
663. Zeuner, R.A. Influence of stimulatory and suppressive DNAmotifs on host susceptibility to inflammatory arthritis/ R.A. Zeuner, D. Verthelyi, M. Gursel, K.J. Ishii, D.M. Klinman //Arthritis and Rheumatism.- 2003. -V. 48.- №6.-P. 1701-1707.
664. Zhang, L. A new biodosimetric method: branched DNA-based quantitative detection of B1 DNA in mouse plasma/ L. Zhang, M. Zhang, S. Yang, Y. Cao, S. Bingrong Zhang, L. Yin, Y. Tian, Y. Ma, A. Zhang, P. Okunieff// Br J Radiol. - 2010. - V. 83. - P. 694-701.
9^/1
665. Zhang, X. Activation of the Nrf2=antioxidant response pathway increases IL-8 expression/ X. Zhang, X. Chen, H. Song, H.Z. Chen, B.H. Rovin // Eur J Immunol. -2005. - V. 35. - P. 3258-3267.
666. Zhang, Z. The helicase DDX41 senses intracellular DNA mediated by the adaptor STING in dendritic cells/ Z. Zhang, B. Yuan, M. Bao, N. Lu, T. Kim, Y.J. Liu // Nat. Immunol. -2011.-V. 12.-P. 959-965.
667. Zheng, H. Therapeutic potential of Nrf2 activators in streptozotocin-induced diabetic nephropathy/ H. Zheng et al. //. Diabetes. - 2011 .L - V. 60. - P. 3055.
668. Zhong, X.Y. Elevated level of cell-free plasma DNA is associated with breast cancer/ X.Y. Zhong, A. Ladewig, S, Schmid, E. Wight, S. Hahn S et al. // Arch Gynecol Obstet. -2007. -V. 276.-P. 327-331.
669. Zhong, Z. Cyclin Dl/cyclin-dependent kinase 4 interacts with filamin A and affects the migration and invasion potential of breast cancer cells/ Z. Zhong, W.S. Yeow, C. Zou et al. // Cancer Res. - 2010. - V. 70. -№ 5. - P. 2105-2114.
670. Zhou, W. ERRbeta: a potent inhibitor of Nrf2 transcriptional activity/ W. Zhou, S.C. Lo, J.H. Liu, M. Hannink, D.B. Lubahn // Mol Cell Endocrinol. - 2007. - V. 278. - P. 52-62.
671. Zhu, H. Oxidation pathways for the intracellular probe 2_,7_-dichlorofluorescein/ H. Zhu, G.L. Bannenberg, P. Moldeus, H.G. Shertzer // Arch. Toxicol. - 1994. - V. 68. - P. 582-587.
672. Zmetakova, I. Evaluation of protein expression and DNA methylation profiles detected by pyrosequencing in invasive breast cancer/1. Zmetakova, L. Danihel, B. Smolkova, M. Mego, V. Kajabov, T. Krivulcik, I. Rusnak, B. Rychly, D. Danis, V. Repiska, P. Blasko, M. Karaba, J. Benca, J. Pechan, I. Fridrichova // Neoplasma. - 2013. - V. 60. - № 6. - P. 635-646.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.