Комплементарно-адресованная окислительная модификация ДНК конъюгатами олигонуклеотидов с фталоцианинами Co(II) и Fe(II) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна
- Специальность ВАК РФ02.00.10
- Количество страниц 145
Оглавление диссертации кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна
Список сокращений
Введение
1. Окисление ДНК активными формами кислорода {Обзор литературы)
1.1. Активные формы кислорода
1.2. Окисление ДНК активными формами кислорода
1.2.1. Окисление ДНК синглетным кислородом
1.2.2. Окисление ДНК супероксидным радикалом
1.2.3. Окисление ДНК гидроксильными радикалами
1.2.3.1. Окисление гетероциклов в составе нуклеиновых кислот
1.2.3.1.1. Окисление остатка тимина
1.2.3.1.2. Окисление остатка цитозина
1.2.3.1.3. Окисление остатка гуанина
1.2.3.1.4. Окисление остатка аденина
1.2.3.2. Окисление углеводных фрагментов в составе нуклеиновых кислот
1.2.4. Окисление ДНК высоковалентными оксокомплексами металлов
1.2.4.1. Окисление ДНК мезо-тетра-(4-Ы-метилпиридинил)-порфирином марганца(Ш)
1.2.4.2. Окисление ДНК комплексом бис-(1,10-фенантролин) меди(1)
1.2.4.3. Окисление ДНК комплексом блеомицина с железом(П)
1.3. Каталитические свойства металлокомплексов фталоцианинов и их димерных комплексов
1.3.1. Каталитические свойства тетрасульфофталоциана железа и его димерных р-оксо-комплексов
1.3.2. Каталитические свойства димерных р-нитридо-комплексов фталоцианина железа
1.3.3. Каталитические свойства гетерогенных димерных комплексов, образованных меэ/сду фталоциашшами кобальта и железа, несущих положительные или отрицательно заряженные заместители 1.4. Заключение
2. Материалы и методы
3. Исследование механизмов окисления ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с 75 фталоциашшами Со(Н) и Ее(П) (Результаты и обсуждение)
3.1. Окисленне одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов 75 с тетракарбоксифталоцианинами Со(Н) и Ге(П)
3.1.1. Влияние остатка фталоцианина на кинетику образования и стабильность комплекса МеРс-ООМ^ИМА
3.1.1.1. Исследование кинетики образования комплексов СоРс
ОИN1 \ssDNA 1 и ОЭЫ1 \ssDNA 1 методом остановленной струи
3.1.1.2. Исследование стабильности комплексов СоРс
ООN1 КеРс-ООЮ'зхОМА2 и ООИ1 \ssDNA методом термической денатурации
3.1.2. Кинетика протекания побочных реакций
3.1.2.1. Деградация СоРс и 17еРс под действием Н2О
3.1.2.2. Каталитическое разлоэюение НоО
3.1.3. Кинетические закономерности протекания процесса модификации одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии 89 конъюгатов олигонуклеотидов с фтало цианинами Со(Н) и
Ре(П)
3.1.4. Механизм модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с 95 фтало цианинами Со(Н) и Ке(П)
3.2. Окисленне одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии гетерогенных димерных комплексов (МеРср05*МеРс), сформированных между МеРс в составе олнгонуклеотндных конъюгатов и МеРсрох в растворе
3.2.1. Взаимодействие МеРсрох с одноцепочечной и двуцепочечной ДНК
3.2.2. Взаимодействие МеРср0Х с МеРс
3.2.3. Окисление одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии (МеРсро5»МеРс)-СШ/У 3.3. Определение продуктов окисления 5'-монофосфат-2'дезоксигуанозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср
3.3.1. Окисление (ЮМР молекулярным кислородом в присутствии МеРс и (МеРср0^МеРс) и сопряженного восстановителя
3.3.2. Эпоксидирование карбамазепина оксокомплексами МеРс 119 Заключение 122 Выводы 127 Список литературы
Список сокращений
В настоящей работе использованы символы и сокращения структурных компонентов нуклеиновых кислот и их производных в соответствии с рекомендациями Комиссии по номенклатуре Международного Союза чистой и прикладной химии (ШРАС) и Международного Союза биохимиков (ШВ), а также следующие обозначения:
2аРи - 2-аминопурин,
BlmFe — комплекс железа(П) с блеомицином,
BPh - 2,2',3,3',5,5,-гексаметил-4,4,-дигидрокси-бифенил,
Bu'-ООН - гидроперекись трет-6утила,
Си(ОР)г - 1,10-фенантролиновый комплекс меди(1) или (II),
CBZ - 5//-дибензо[/?,/]-азепип-5-карбоксамид (карбамазепин)
CBZE - 10,11-эпоксид карбамазепина dGMP — 5'-монофосфат-2'-зезоксигуанозин,
ESI-MS — времяпролетная масс-спектрометрия с ионизацией при электрораспылении,
FePc'Bu^N — (i-нитридо-мостиковый комплекс тетра-трет-бутинфталоцианина железа,
FePc)2N - (i-нитридо-мостиковый димер фталоцианина железа,
FePcS — тетрасульфофталоциан железа,
GC-MS — газовая хроматография с последующим с массспектрометрическим анализом,
MALDITOF — времяпролетная масс-спектрометрия с матричноактивированной лазерной десорбцией/ионизацией,
МСМ-41 — мезопористое стекло,
МЕ — 2-меркаптоэтанол,
МеРс - комплекс тетракарбоксифталоцианипа кобальта(П) или железа(П),
MePCpos — комплекс окта-4,5-(Н-Р-аминоэтил-Р'-К,1Ч-диэтиламмониоэтоксикарбонил)фталоцианина кобальта(П) или железа(П) (фталоцианин с положительно заряженными заместителями),
MePcp0S*MePc) - гетерогенный димерный комплекс между фталоцианинами
МеРс и MePcpos
6-MeQ - 6-метилнафтахинон,
2MN - 2-метилнафталин,
МРРН - гидроперекись 1-фенилизопропила,
NIH-сдвиг - 1,2-сдвиг заместителя в соседнее положение ароматического кольца,
Ох - окислитель,
Рс - фталоцианин,
Рог - порфирин,
Рут - N-метилпиридин,
Red - восстановитель,
Rf - рибофлавин,
SSO - тиоантрен-5-оксид,
TMP - 2,3,6-триметилфенол,
TMQ - 2,3,6-триметилбензохинон,
АФК - активные формы кислорода,
НК - нуклеиновая кислота,
ОФ ВЭЖХ - обращено фазовая высокоэффективная жидкостная хроматография,
ФДТ - фото динамическая терапия.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Биоорганическая химия», 02.00.10 шифр ВАК
Конъюгаты олигонуклеотидов с металлофталоцианинами: Синтез, термодинамические свойства и реакционная способность2005 год, кандидат химических наук Черноносов, Александр Анатольевич
Окислительное расщепление ДНК аренами и их олигонуклеотидными конъюгатами в присутствии ионов Cu(II)2003 год, кандидат биологических наук Коваль, Ольга Александровна
Окислительное расщепление нуклеиновых кислот конъюгатами блеомицина с олигонуклеотидами2005 год, кандидат химических наук Воробьев, Павел Евгеньевич
Разработка подходов к направленному воздействию на нуклеиновые кислоты с помощью тандемных систем производных олигонуклеотидов1999 год, кандидат биологических наук Гайдамаков, Сергей Алексеевич
Окисление углеводородов пероксидом водорода в присутствии соединений меди и железа2009 год, кандидат химических наук Рамазанов, Джамалутдин Нажмутдинович
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Комплементарно-адресованная окислительная модификация ДНК конъюгатами олигонуклеотидов с фталоцианинами Co(II) и Fe(II)»
Существование высокоселективных взаимодействий между комплементарными цепями нуклеиновых кислот позволяет конструировать реагенты для воздействия на любые участки РНК или ДНК с целью направленного подавления их функций. Для этого к олигонуклеотидам заданной длины и последовательности, комплементарным к выбранным участкам ДНК или РНК, присоединяют реакционноспособные группы, которые проводят направленную модификацию участков мишени, располагающихся вблизи области образования комплементарного комплекса. Такой подход был впервые предложен Гриневой Н.И. с соавторами и получил название "комплементарно-адресованной модификации" нуклеиновых кислот [1]. Позже было показано, что подобным образом можно осуществлять селективную модификацию не только одпоцепочечных НК, но и двуцепочечных олигопурин/олигопиримидиновых участков [2-4]. Комплементарно-адресованная модификация является наиболее универсальным методом высокоизбирательного воздействия на нуклеиновые кислоты.
Каталитически активные металлокомплексы фталоцианинов являются перспективными реагентами для окислительного расщепления НК. Комплексы фталоцианинов с ионами парамагнитных металлов способны окислять различные органические соединения [5], при этом молекула фталоцианипа стабильна в условиях окисления [6]. К началу настоящего исследования в Лаборатории исследования модификации биополимеров ИХБФМ СО РАН под руководством Федоровой О.С. были разработаны методы синтеза конъюгатов фталоцианинов А1(Ш), Zn(II) и Со(Н) с олигодезоксирибонуклеотидами и исследованы физико-химические свойства полученных конъюгатов. Целью настоящей работы явилось продолжение начатой ранее работы и выяснение механизмов сайт-направленного окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами Со(П) и Ре(П). Особое внимание уделялось кинетическим характеристикам процесса модификации ДНК-мишени, поскольку оценка селективности и эффективности адресованной модификации чрезвычайно важны для практического использования реакционноспособных производных олигонуклеотидов. В задачи настоящего исследования входило:
• исследование окисления одпоцепочечной ДНК-мишени молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с тетракарбоксифталоцианинами кобальта(Н) и железа(Н) (МеРс);
• исследование окисления одноцепочечной ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии гетерогенных димеров фталоцианинов (МеРсМеРсрод), образованных между фталоцианином МеРс в составе конъюгата, несущим отрицательно заряженные заместители, и фталоцианином МеРсроз в растворе, несущим положительно заряженные заместители;
• определение продуктов окисления ДНК молекулярным кислородом на примере окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср05.
Кинетические аспекты окислительной модификации были исследованы на модельных ДНК-мишенях. Из литературных данных известно, что при использовании химически активных производных олигонуклеотидов наряду с процессом модификации мишени протекают побочные реакции, приводящие к параллельному расходованию реагента. В результате возможно образование продуктов деградации реагента, сохраняющих сродство к мишени, но не способных ее модифицировать и, таким образом, выступающих в роли конкурентного ингибитора [7-9]. В связи с этим была изучена кинетика побочных реакций разрушения МеРс под действием окислителя и каталитического разложения пероксида водорода.
В результате проведенного исследования получены данные, свидетельствующие о способности конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами кобальта(П) и железа(И) вызывать эффективную и селективную модификацию ДНК в темновых условиях.
Похожие диссертационные работы по специальности «Биоорганическая химия», 02.00.10 шифр ВАК
Кооперативное взаимодействие олигонуклеотидов на комплементарных ДНК-последовательностях1998 год, кандидат химических наук Адина-Зада, Абдуссалам
Замещенные порфиразины симметричного и несимметричного строения. Синтез и свойства2007 год, доктор химических наук Кудрик, Евгений Валентинович
Селективное жидкофазное окисление молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии катализаторов "ион металла в неорганической матрице"2006 год, доктор химических наук Холдеева, Оксана Анатольевна
Палладийсодержащие аквакомплексные системы в реакциях каталитического окисления неорганических и органических веществ. Кинетика и механизм реакций2009 год, доктор химических наук Потехин, Вячеслав Вячеславович
Конструирование реагентов для направленного расщепления рибонуклеиновых кислот2002 год, доктор химических наук Сильников, Владимир Николаевич
Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Кузнецова, Александра Александровна
Выводы
1. Синтезированы новые конъюгаты дезокеирибоолигонуклеотидов, несущие в качестве химически активной группы комплекс тетра-4-карбоксифталоцианина железа(Н). Проведено детальное сравнение каталитических свойств данных конъюгатов с конъюгатами дезокеирибоолигонуклеотидов с тетра-4-карбоксифталоцианином кобальта(П), синтезированными ранее. Показано, что конъюгаты фталоцианинов железа(П) обладают более высокой каталитической активностью при окислении ДНК пероксидом водорода и молекулярным кислородом по сравнению с конъюгатами фталоцианинов кобальта(Н).
2. Исследованы количественные закономерности модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в составе дуплексов с конъюгатами олигонуклеотидов с тегра-4-карбоксифталоцианинами кобальта(П) и железа(П) и предложены кинетические схемы процессов.
3. Впервые показано, что гетерогенные димеры фталоцианинов Ре(П) и Со(П), образуемые между фталоцианинами в составе конъюгатов, несущими отрицательно заряженные заместители, и свободными фталоцианинами с положительно заряженными заместителями, обладают более высокой каталитической активностью при окислении одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом, чем мономерные фталоцианины в составе конъюгатов олигонуклеотидов, и приводят к образованию прямых разрывов цепи ДНК.
4. Определены продукты окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуапозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов Ре(Н) и Со(П) и их гетерогенных димерных комплексов. Природа образующихся продуктов окисления зависит от природы сопряженного восстановителя: в присутствии аскорбиновой кислоты главным продуктом окисления является 5'-монофосфат-2'-дезокси-8-оксо-7,8-дигидрогуанин, тогда как в присутствии 2-меркаптоэтанола - ¡,N2-глиоксалевый аддукт 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина.
Заключение
В представленной работе выполнено комплексное исследование процесса модификации ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами кобальта(Н) и железа(Н). Данные комплексы катализируют образование активных форм кислорода при последовательном одноэлектронном восстановлении 02 или Н202 до Н20. В качестве окисляющих частиц при этом могут выступать как гидроксильпые радикалы, так и оксокомплексы металлов, находящиеся в высоковалентных состояниях окисления.
Каталитическую активность конъюгатов MePc-ODN в окислении ДНК пероксидом водорода можно рассматривать как пероксидазную активность [227, 228]. Из литературных данных известно, что в клетках Е. coli пероксид водорода образуется с постоянной скоростью (10 мкМ/с), однако вследствие активности пероксидаз внуктриклеточный уровень Н202 остается на уровне 0.1 мкМ [229,230]. В прокариотических клетках пероксид водорода также образуется с постоянной скоростью и внутриклеточная концентрация пероксида водорода может варьироваться от 0.001 мкМ до 0.5-0.7 мкМ [231]. При развитии различных онкологических заболеваний уровень Н202 может значительно повышаться [232, 233]. Таким образом, исследование каталитической окислительной модификации ДНК пероксидом водорода представляет интерес не только в качестве модельного исследования, но и в плане оценки возможности использования исследуемых реагентов in vivo.
Эксперименты по модификации ДНК молекулярным кислородом в составе дуплексов MePc-ODN*ssDNA показали, что прямых разрывов мишени не образуется. Модификацию выявляли после обработки реакционной пиперидином. Было показано, что реагенты MePc-ODN приводили к направленной модификации ssDNA молекулярным кислородом. Однако степень модификации ДНК-мишени была достаточно низкой: ~ 15 % для FePc-ODN2 и ~ 8 % для CoPc-ODNl за 6 часов реакции. В присутствии FePc-ODN2 реакция окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом протекала значительно быстрее, чем в присутствии CoPc-ODNl. Замена пары "молекулярный кислород + восстановитель" на пероксид водорода приводила к более интенсивному специфическому расщеплению ДНК-мишени. В этом случае также не наблюдали образования прямых разрывов цепи ДНК-мишени. При этом степень модификации, выявляемая обработкой реакционной смеси пиперидином составляла ~ 80 % для CoPc-ODNl и 40-50 % для FePc-ODN2. При обработке 8-оксогуанин-ДНКгликозилазой из Е. coli выявляемая степень модификации была ниже: ~ 40 % для СоРс-ODN1 и не более 10 % для FePc-ODN2.
Были исследованы количественные закономерности модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в составе дуплексов с копъюгатами олигонуклеотидов с тетра-4-карбоксифталоцианинами кобальта(И) и железа(Н). Для выяснения механизма модификации ДНК-мишени пероксидом водорода были изучены отдельные стадии процесса: образование комплекса между конъюгатом и мишеныо, побочные реакции деградации СоРс и FcPc под действием пероксида водорода и каталитическое разложение пероксида водорода и каталитическая окислительная модификация ДНК пероксидом водорода.
Методом остановленной струи с регистрацией оптического поглощения и методом термической денатурации показано, что остаток фталоцианипа не оказывает существенного влияния на стабильность комплекса, по влияет на кинетику его образования. Процесс образования комплекса ДНК-мишени с конъюгатом CoPc-ODNl описывается двухстадийной, а процесс образования комплекса ДНК-мишени с немодифицированпым олигонуклеотидом - одностадийной кинетической схемой. Были определены кинетические и термодинамические параметры процесса комплексообразования.
При исследовании кинетики побочных реакций было показано, что реакция деструкции остатка фталоцианипа имеет первый порядок, а реакция каталитического разложения пероксида водорода под действием фталоцианина — второй порядок по концентрации пероксида водорода. При исследовании деструкции остатка фталоцианина было показано, что группа СоРс более стабильна в условиях окисления, чем группа FePc. Следует отметить, что при взаимодействии СоРс с II2O2 порядок реакции каталитического разложения пероксида водорода был определен при анализе спектров оптического поглощения, полученных в ходе деградации остатка СоРс. Для определения порядка реакции каталитического разложения пероксида водорода под действием FePe был использован хемилюминесцентный метод, основанный на окислении люминола пероксидом водорода. Наличие XJI свидетельствовало о радикальном механизме разложения Н202 [208]. Окисление люминола в присутствии пероксида водорода и СоРс не приводило к генерации хемилюминесценции, что, вероятно, свидетельствовало о нерадикальном механизме разложения Н202.
Таким образом, в настоящей работе показано, что исследуемые реагенты приводили к эффективной и селективной модификации ДНК пероксидом водорода. Было показано, что при окислении ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии
CoPc-ODNl степень модификации возрастала с ростом начальной концентрации конъюгата и представляла собой гиперболическую зависимость. В тоже время при окислении ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии FePc-ODN2 максимальная степень модификации ДНК-мишени достигалась при эквимолярном соотношении реагентов. Зависимость предельного выхода модифицированного продукта от начальной концентрации пероксида водорода также представляла собой кривую с максимумом, но при этом диапазон оптимальных концентраций пероксида водорода был различным. При окислении ДНК-мишени в присутствии CoPc-ODNl требовалась достаточно большая концентрация пероксида водорода (~ 1-10 мМ) тогда как при окислении ДНК-мишени в присутствии FePc-ODN2 диапазон оптимальных концентраций пероксида водорода был на три порядка ниже 1-10 мкМ).
Колоколообразная зависимость степени модификации ДНК-мишени от концентрации пероксида водорода или конъюгата подтверждает конкуренцию процессов окисления ДНК-мишени, деградации каталитической группы и разложения пероксида водорода. На основании совокупности полученных данных была предложена кинетическая схема процесса модификации ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии исследуемых конъюгатов и определены константы скоростей элементарных стадий, входящих в кинетическую схему.
Следует отметить, что конъюгат олигонуклеогида с FcPc обладает более высокой каталитической активностью при окислении ДНК как пероксидом водорода, гак и молекулярным кислородом. Высокая активность этого конъюгата при низких концентрациях пероксида водорода свидетельствует о его преимуществе для использования гп vivo.
Впервые исследована модификация одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов CoPc-ODNl и РеРс-ODN2, отрицательно заряженные остатки фталоцианинов которых способны формировать в растворе гетерогенные димеры с положительно заряженными фталоцианинами Fe(II) и Co(II).
Показано, что MePcpos, присутствующий в растворе, взаимодействовал с двуцепочным и одноцепочным фрагментами дуплекса, формируемого олигонуклеотидом-мишеныо и конъюгатом, и с отрицательно заряженным фталоцианином в составе конъюгата.
При окислении ДНК пероксидом водорода было показано, что образование гетерогенных комплексов сопровождалось повышением стабильности каталитической группы в условиях окисления.
При окислении одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом образующиеся гетерогенные димеры фталоцианинов обладали высокой каталитической активностью. Расщепление ДНК этими комплексами происходило с большей эффективностью, чем конъюгатами олигонуклеотидов с тетракарбоксифталоцианинами кобальта(П) и железа(П). После обработки реакционных смесей пиперидином степень модификации составляла ~ 45-50 % в присутсвии (СоРсро5*СоРс) и — 40 % в присутсвии (РеРср05'РеРс). При этом модификации подвергались не только остатки гуанинов, но также остатки цитозина и тимина. Следует отметить, что окисление ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии гетерогенных фталоцианиновых комплексов приводило к появлению прямых разрывов цепи ДНК: —10% в присутсвии (СоРсРо5*СоРс) и ~ 3 % в присутсвии (РеРсРо5*РеРс). Повторное добавление сопряженного восстановителя к реакционной смеси приводило к дальнейшему накоплению щелочелабильных продуктов модификации и прямых разрывов цепи ДНК.
Гетерогенные димеры фталоцианинов железа катализировали окисление ДНК молекулярным кислородом с более высокой скоростью, чем гетерогенные димеры фталоцианинов кобальта. Было показано, что эффективная константа скорости окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии (РеРср05*РеРс) примерно в 40 раз больше, чем в присутсвии (СоРср05*СоРс).
Впервые определены продукты окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср05. Было показано, что МеРс и (МеРсро5*МеРс) приводили к накоплению одних и тех же продуктов окисления, главное отличие заключалось в выходе модифицированных продуктов. В целом, (МеРсрод'МеРс) приводил к более высокому выходу образования модифицированных продуктов.
Природа сопряженного восстановителя также влияла на распределение продуктов окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина. Так, в присутствии аскорбиновой кислоты главным продуктом окисления являлся 8-оксо-7,8-дигидрогуанин, тогда как в присутствии 2-меркаптоэтанола - глиоксалевое производное гуанина.
Образование 8-оксо-7,8-дигидрогуанина, а также продуктов окисления остатка сахара в нуклеотиде (свободных азотистых оснований и глиоксалевого производного гуанина) может свидетельствовать об образовании гидроксильных радикалов. Наличие оксокомплексов в реакционной смеси было подтверждено при окислении модельного субстрата - карбамазепина. Таким образом, в качестве окисляющих частиц при окислении различных субстратов молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии РеРс и СоРс выступают, вероятно, как гидроксильные радикалы, так и оксокомплексы различной природы.
Таким образом, в настоящей работе показано, фталоцианины кобальта(Н) и железа(Н), а также их димерные комплексы в составе олигонуклеотидных конъюгатов являются перспективными группами для каталитической окислительной модификации ДНК как молекулярным кислородом, так и пероксидом водорода. Результаты, полученные в данной работе, имеют большое значение для дальнейшей разработки ген-направленных реагентов.
Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна, 2009 год
1. Belikova A.M., Zarytova V.F., Grineva N.I. Synthesis of ribonucleosides and diribonucleoside phosphates containing 2-chloroethylamine and nitrogen mustard residues I I Tetrahedron Lett. -1967. -V. 37. -P. 3557-3562.
2. Moser H.E., Dei~van P.B. Sequence-specific cleavage of double helical DNA by triple helix formation // Science. -1987. -V. 238. -P. 645-650.
3. Fedorova O.S., Knorre D.G., Podust L.M., Zarytovaa V.F. Complementary addressed modification of double-stranded DNA within a ternary complex I I FEBS Lett. -1988. -V. 228. -P. 273-276.
4. Vol'pin M.E., Novodarova G.N., Krainova N.Yu., Lapikova V.P., Aver'yanov A.A. Redox and fungicidal properties of phthalocyanine metal complexes as related to active oxygen // J. Inorg. Biochem. -2000. -V. 81. -P. 285-292.
5. Вульфсон С.В., Любимова О.И., Котов А.Г., Калия О.Л., Лебедев О.Л., Лукъянец Е.А. Окислительно-восстановительные реакции фталоцианинов и родственных соединений // Ж. Общ. Химии. -1975. -Т. 45. -С. 1841-1846.
6. Гринева Н.И., Ломакина Т.С., Тигеева Н.Г., Чимитова Т.А. Кинетика ионизации С-С1 связи в 4-(Н-2-хлорэтил-М-метиламино)бензил-5'-фосфамидах нуклеозидов и олигонуклеотидов // Биоорган, химия. -1977. -Т. 3. -С. 210-214.
7. Valko М., Izakovic М., Mazur М., Rhodes C.J., Telser J. Role of oxygen radicals in DNA damage and cancer incidence // Mol. Cell. Biochem. -2004. -V. 266. -P. 37-56.
8. Evans M.D., Dizdaroglu M., Cooke M.S. Oxidative DNA damage and disease: introduction, repair and significance // Mutat. Res. -2004. -V. 567. -P. 1-61.
9. Valko M, Leibfritz D., Moncol J., Cronin M.T., Mazur M., Telser J. Free radicals and antioxidants in normal physiological functions and human disease // Int. J. Biochem. Cell. Biol. -2007. -V. 39. -P. 44-84.
10. Valko M, Rhodes C.J., Moncol ./., Izakovic M., Mazur M. Free radicals, metals and antioxidants in oxidative stress-induced cancer // Chern. Biol. Interact. —2006. -V. 160. -P. 1-40.
11. Tullius T.D., Dombroski B.A. Hydroxyl radical "footprinting": High-resolution information about DNA-protein contacts and application to X repressor and Cro protein // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1986. -V. 83. -P. 5469-5473.
12. Bonnett R. Photodynamic therapy in historical perspective // Rev. Contemp. Pharmacother. -1999.-V. 10.-P. 1-17.
13. MacDonald I.J., Dougherty T.J. Basic principles of photodynamic therapy // J. Porphyrins Phthalocyanines. -2001. -V. 5.-P. 105-129.
14. Kimoto E., Tanaka H., Gyotoku J., Morishige F., Pauling L. Enhancement of antitumor activity of ascorbate against Ehrlich ascites tumor cells by the copperrglycylglycylhistidine complex // Cancer Res. -1983. -V. 43. -P. 824-828.
15. Feofanov A.V., Grichine A.I., Shitova L.A., Karmakova T.A., Yakubovskaya R.I., Egret-Charlier M., Vigny P. Confocal Raman microspectroscopy and imaging study of theraphthal in living cancer cells // Biophys. J. -2000. -V. 78. -P. 499-512.
16. Гиренко Е.Г., Борисенкова С.А., Калия О.Л. Окисление аскорбиновой кислоты в присутствии фталоцианиновых комплексов металлов. Химические аспекты каталитической терапии рака // Изв. Ак. Наук. Серия Хим. -2002. -Т. 7. -С. 11371142.
17. Chen С.В., Gorin М.В., Sigman D.S. Sequence-specific scission of DNA by the chemical nuclease activity of l,10-phenanthroline-copper(I) targeted by RNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1993. -V. 90. -P. 4206-4210.
18. Chen C.B., Sigman D.S. Nuclease activity of 1,10-phenanthroline-copper: Sequencc-specific targeting// Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1986. -V. 83. -P. 7147-7151.
19. Коваль О.А., Черноловская Е.Л., Литвак В.В., Власов В.В. Сайт-направленное расщепление ДНК конъюгатом олигонуклеотида с о-бромбензойной кислотой в присутствии ионов меди // Изв. АН, Сер. хим. -2003. —Т. 11. -Р. 2380-2385.
20. Boutorin A.S., Vlassov V.V., Kazakov S.A., Kutiavin I.V., Podyminogin M.A. Complementary addressed reagents carrying EDTA-Fe(II) groups for directed cleavage of single-stranded nucleic acids // FEBS Lett. -1984. -V. 172. -P. 43-46.
21. Dreyer G.B., Dervan P.B. Sequence-specific cleavage of single-stranded DNA: oligodeoxynucleotide-EDTA'Fe(II) // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1985. -V. 82. -P. 968972.
22. Chu B.C., Orgel L.E. Nonenzymatic sequcnce-specific cleavage of single-stranded DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1985. -V. 82. -P. 963-967.
23. Vorobjev P.E., Smith V.F., Pyshnaya I.A., Levina A.S., Zarytova V.F. Site-specific cleavage of RNA and DNA by complementary DNA-bleomycin A5 conjugates // Bioconjugate Chem. -2003. -V. 14.-P. 1307-1313.
24. Le Doan Т., Perrouault L., Helens C. Chassignol M, Thuong N.T. Targeted cleavage of polynucleotides by complementary oligonucleotide covalently linked to iron-porphyrins // Biochemistry. -1986. -V. 25. -P.6736-6739.
25. Иванова E.M., Мамаев С.В., Федорова О.С., Фролова Е.И. Комплементарно-адресованная модификация одноцепочечного фрагмента ДНК железопорфириновым производным олигонуклеотида // Биоорган, химия. -1988. —V. 14. -Р. 551-554.
26. Mestre В., Jakobs A., Pratviel G., Meunier В. Structure/nuclease activity relationships of DNA cleavers based on cationic metalloporphyrin-oligonucleotide conjugates // Biochemistry. -1996. -V. 35. -P. 9140-9149.
27. Fedorova O.S., Savitskii A.P., Shoikhet K.G., Ponomarev G.V. Palladium(II)-coproporphyrin I as a photoactivable group in sequence-specific modification of nucleic acids by oligonucleotide derivatives 11 FEBS Lett. -1990. -V. 259. -P. 335-337.
28. Magda D., Miller R.A., Sessler J.L., Iverson B.L. Site-specific hydrolysis of RNA by europium (III) texaphyrin conjugated to a synthetic oligodeoxyribonucleotide // J. Am. Chem. Soc.-1994.-V. 116.-P. 7439-7440.
29. Magda D., Wright M., Miller R.A., Sessler J.L., Sansom P.I. Sequence-specific photocleavage of DNA by an expanded porphyrin with irradiation above 700 nm// J. Am. Chem. Soc. -1995. -V. 117. -P. 3629-3630.36
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.