Комплементарно-адресованная окислительная модификация ДНК конъюгатами олигонуклеотидов с фталоцианинами Co(II) и Fe(II) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна
- Специальность ВАК РФ02.00.10
- Количество страниц 145
Оглавление диссертации кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна
Список сокращений
Введение
1. Окисление ДНК активными формами кислорода {Обзор литературы)
1.1. Активные формы кислорода
1.2. Окисление ДНК активными формами кислорода
1.2.1. Окисление ДНК синглетным кислородом
1.2.2. Окисление ДНК супероксидным радикалом
1.2.3. Окисление ДНК гидроксильными радикалами
1.2.3.1. Окисление гетероциклов в составе нуклеиновых кислот
1.2.3.1.1. Окисление остатка тимина
1.2.3.1.2. Окисление остатка цитозина
1.2.3.1.3. Окисление остатка гуанина
1.2.3.1.4. Окисление остатка аденина
1.2.3.2. Окисление углеводных фрагментов в составе нуклеиновых кислот
1.2.4. Окисление ДНК высоковалентными оксокомплексами металлов
1.2.4.1. Окисление ДНК мезо-тетра-(4-Ы-метилпиридинил)-порфирином марганца(Ш)
1.2.4.2. Окисление ДНК комплексом бис-(1,10-фенантролин) меди(1)
1.2.4.3. Окисление ДНК комплексом блеомицина с железом(П)
1.3. Каталитические свойства металлокомплексов фталоцианинов и их димерных комплексов
1.3.1. Каталитические свойства тетрасульфофталоциана железа и его димерных р-оксо-комплексов
1.3.2. Каталитические свойства димерных р-нитридо-комплексов фталоцианина железа
1.3.3. Каталитические свойства гетерогенных димерных комплексов, образованных меэ/сду фталоциашшами кобальта и железа, несущих положительные или отрицательно заряженные заместители 1.4. Заключение
2. Материалы и методы
3. Исследование механизмов окисления ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с 75 фталоциашшами Со(Н) и Ее(П) (Результаты и обсуждение)
3.1. Окисленне одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов 75 с тетракарбоксифталоцианинами Со(Н) и Ге(П)
3.1.1. Влияние остатка фталоцианина на кинетику образования и стабильность комплекса МеРс-ООМ^ИМА
3.1.1.1. Исследование кинетики образования комплексов СоРс
ОИN1 \ssDNA 1 и ОЭЫ1 \ssDNA 1 методом остановленной струи
3.1.1.2. Исследование стабильности комплексов СоРс
ООN1 КеРс-ООЮ'зхОМА2 и ООИ1 \ssDNA методом термической денатурации
3.1.2. Кинетика протекания побочных реакций
3.1.2.1. Деградация СоРс и 17еРс под действием Н2О
3.1.2.2. Каталитическое разлоэюение НоО
3.1.3. Кинетические закономерности протекания процесса модификации одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии 89 конъюгатов олигонуклеотидов с фтало цианинами Со(Н) и
Ре(П)
3.1.4. Механизм модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с 95 фтало цианинами Со(Н) и Ке(П)
3.2. Окисленне одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии гетерогенных димерных комплексов (МеРср05*МеРс), сформированных между МеРс в составе олнгонуклеотндных конъюгатов и МеРсрох в растворе
3.2.1. Взаимодействие МеРсрох с одноцепочечной и двуцепочечной ДНК
3.2.2. Взаимодействие МеРср0Х с МеРс
3.2.3. Окисление одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии (МеРсро5»МеРс)-СШ/У 3.3. Определение продуктов окисления 5'-монофосфат-2'дезоксигуанозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср
3.3.1. Окисление (ЮМР молекулярным кислородом в присутствии МеРс и (МеРср0^МеРс) и сопряженного восстановителя
3.3.2. Эпоксидирование карбамазепина оксокомплексами МеРс 119 Заключение 122 Выводы 127 Список литературы
Список сокращений
В настоящей работе использованы символы и сокращения структурных компонентов нуклеиновых кислот и их производных в соответствии с рекомендациями Комиссии по номенклатуре Международного Союза чистой и прикладной химии (ШРАС) и Международного Союза биохимиков (ШВ), а также следующие обозначения:
2аРи - 2-аминопурин,
BlmFe — комплекс железа(П) с блеомицином,
BPh - 2,2',3,3',5,5,-гексаметил-4,4,-дигидрокси-бифенил,
Bu'-ООН - гидроперекись трет-6утила,
Си(ОР)г - 1,10-фенантролиновый комплекс меди(1) или (II),
CBZ - 5//-дибензо[/?,/]-азепип-5-карбоксамид (карбамазепин)
CBZE - 10,11-эпоксид карбамазепина dGMP — 5'-монофосфат-2'-зезоксигуанозин,
ESI-MS — времяпролетная масс-спектрометрия с ионизацией при электрораспылении,
FePc'Bu^N — (i-нитридо-мостиковый комплекс тетра-трет-бутинфталоцианина железа,
FePc)2N - (i-нитридо-мостиковый димер фталоцианина железа,
FePcS — тетрасульфофталоциан железа,
GC-MS — газовая хроматография с последующим с массспектрометрическим анализом,
MALDITOF — времяпролетная масс-спектрометрия с матричноактивированной лазерной десорбцией/ионизацией,
МСМ-41 — мезопористое стекло,
МЕ — 2-меркаптоэтанол,
МеРс - комплекс тетракарбоксифталоцианипа кобальта(П) или железа(П),
MePCpos — комплекс окта-4,5-(Н-Р-аминоэтил-Р'-К,1Ч-диэтиламмониоэтоксикарбонил)фталоцианина кобальта(П) или железа(П) (фталоцианин с положительно заряженными заместителями),
MePcp0S*MePc) - гетерогенный димерный комплекс между фталоцианинами
МеРс и MePcpos
6-MeQ - 6-метилнафтахинон,
2MN - 2-метилнафталин,
МРРН - гидроперекись 1-фенилизопропила,
NIH-сдвиг - 1,2-сдвиг заместителя в соседнее положение ароматического кольца,
Ох - окислитель,
Рс - фталоцианин,
Рог - порфирин,
Рут - N-метилпиридин,
Red - восстановитель,
Rf - рибофлавин,
SSO - тиоантрен-5-оксид,
TMP - 2,3,6-триметилфенол,
TMQ - 2,3,6-триметилбензохинон,
АФК - активные формы кислорода,
НК - нуклеиновая кислота,
ОФ ВЭЖХ - обращено фазовая высокоэффективная жидкостная хроматография,
ФДТ - фото динамическая терапия.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Биоорганическая химия», 02.00.10 шифр ВАК
Конъюгаты олигонуклеотидов с металлофталоцианинами: Синтез, термодинамические свойства и реакционная способность2005 год, кандидат химических наук Черноносов, Александр Анатольевич
Окислительное расщепление ДНК аренами и их олигонуклеотидными конъюгатами в присутствии ионов Cu(II)2003 год, кандидат биологических наук Коваль, Ольга Александровна
Окислительное расщепление нуклеиновых кислот конъюгатами блеомицина с олигонуклеотидами2005 год, кандидат химических наук Воробьев, Павел Евгеньевич
Разработка подходов к направленному воздействию на нуклеиновые кислоты с помощью тандемных систем производных олигонуклеотидов1999 год, кандидат биологических наук Гайдамаков, Сергей Алексеевич
Окисление углеводородов пероксидом водорода в присутствии соединений меди и железа2009 год, кандидат химических наук Рамазанов, Джамалутдин Нажмутдинович
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Комплементарно-адресованная окислительная модификация ДНК конъюгатами олигонуклеотидов с фталоцианинами Co(II) и Fe(II)»
Существование высокоселективных взаимодействий между комплементарными цепями нуклеиновых кислот позволяет конструировать реагенты для воздействия на любые участки РНК или ДНК с целью направленного подавления их функций. Для этого к олигонуклеотидам заданной длины и последовательности, комплементарным к выбранным участкам ДНК или РНК, присоединяют реакционноспособные группы, которые проводят направленную модификацию участков мишени, располагающихся вблизи области образования комплементарного комплекса. Такой подход был впервые предложен Гриневой Н.И. с соавторами и получил название "комплементарно-адресованной модификации" нуклеиновых кислот [1]. Позже было показано, что подобным образом можно осуществлять селективную модификацию не только одпоцепочечных НК, но и двуцепочечных олигопурин/олигопиримидиновых участков [2-4]. Комплементарно-адресованная модификация является наиболее универсальным методом высокоизбирательного воздействия на нуклеиновые кислоты.
Каталитически активные металлокомплексы фталоцианинов являются перспективными реагентами для окислительного расщепления НК. Комплексы фталоцианинов с ионами парамагнитных металлов способны окислять различные органические соединения [5], при этом молекула фталоцианипа стабильна в условиях окисления [6]. К началу настоящего исследования в Лаборатории исследования модификации биополимеров ИХБФМ СО РАН под руководством Федоровой О.С. были разработаны методы синтеза конъюгатов фталоцианинов А1(Ш), Zn(II) и Со(Н) с олигодезоксирибонуклеотидами и исследованы физико-химические свойства полученных конъюгатов. Целью настоящей работы явилось продолжение начатой ранее работы и выяснение механизмов сайт-направленного окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами Со(П) и Ре(П). Особое внимание уделялось кинетическим характеристикам процесса модификации ДНК-мишени, поскольку оценка селективности и эффективности адресованной модификации чрезвычайно важны для практического использования реакционноспособных производных олигонуклеотидов. В задачи настоящего исследования входило:
• исследование окисления одпоцепочечной ДНК-мишени молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с тетракарбоксифталоцианинами кобальта(Н) и железа(Н) (МеРс);
• исследование окисления одноцепочечной ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии гетерогенных димеров фталоцианинов (МеРсМеРсрод), образованных между фталоцианином МеРс в составе конъюгата, несущим отрицательно заряженные заместители, и фталоцианином МеРсроз в растворе, несущим положительно заряженные заместители;
• определение продуктов окисления ДНК молекулярным кислородом на примере окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср05.
Кинетические аспекты окислительной модификации были исследованы на модельных ДНК-мишенях. Из литературных данных известно, что при использовании химически активных производных олигонуклеотидов наряду с процессом модификации мишени протекают побочные реакции, приводящие к параллельному расходованию реагента. В результате возможно образование продуктов деградации реагента, сохраняющих сродство к мишени, но не способных ее модифицировать и, таким образом, выступающих в роли конкурентного ингибитора [7-9]. В связи с этим была изучена кинетика побочных реакций разрушения МеРс под действием окислителя и каталитического разложения пероксида водорода.
В результате проведенного исследования получены данные, свидетельствующие о способности конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами кобальта(П) и железа(И) вызывать эффективную и селективную модификацию ДНК в темновых условиях.
Похожие диссертационные работы по специальности «Биоорганическая химия», 02.00.10 шифр ВАК
Кооперативное взаимодействие олигонуклеотидов на комплементарных ДНК-последовательностях1998 год, кандидат химических наук Адина-Зада, Абдуссалам
Замещенные порфиразины симметричного и несимметричного строения. Синтез и свойства2007 год, доктор химических наук Кудрик, Евгений Валентинович
Селективное жидкофазное окисление молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии катализаторов "ион металла в неорганической матрице"2006 год, доктор химических наук Холдеева, Оксана Анатольевна
Палладийсодержащие аквакомплексные системы в реакциях каталитического окисления неорганических и органических веществ. Кинетика и механизм реакций2009 год, доктор химических наук Потехин, Вячеслав Вячеславович
Закономерности взаимодействия с РНК олигонуклеотидов, олигонуклеотидных конъюгатов и катализаторов гидролиза фосфодиэфирных связей2003 год, доктор биологических наук Зенкова, Марина Аркадьевна
Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Кузнецова, Александра Александровна
Выводы
1. Синтезированы новые конъюгаты дезокеирибоолигонуклеотидов, несущие в качестве химически активной группы комплекс тетра-4-карбоксифталоцианина железа(Н). Проведено детальное сравнение каталитических свойств данных конъюгатов с конъюгатами дезокеирибоолигонуклеотидов с тетра-4-карбоксифталоцианином кобальта(П), синтезированными ранее. Показано, что конъюгаты фталоцианинов железа(П) обладают более высокой каталитической активностью при окислении ДНК пероксидом водорода и молекулярным кислородом по сравнению с конъюгатами фталоцианинов кобальта(Н).
2. Исследованы количественные закономерности модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в составе дуплексов с конъюгатами олигонуклеотидов с тегра-4-карбоксифталоцианинами кобальта(П) и железа(П) и предложены кинетические схемы процессов.
3. Впервые показано, что гетерогенные димеры фталоцианинов Ре(П) и Со(П), образуемые между фталоцианинами в составе конъюгатов, несущими отрицательно заряженные заместители, и свободными фталоцианинами с положительно заряженными заместителями, обладают более высокой каталитической активностью при окислении одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом, чем мономерные фталоцианины в составе конъюгатов олигонуклеотидов, и приводят к образованию прямых разрывов цепи ДНК.
4. Определены продукты окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуапозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов Ре(Н) и Со(П) и их гетерогенных димерных комплексов. Природа образующихся продуктов окисления зависит от природы сопряженного восстановителя: в присутствии аскорбиновой кислоты главным продуктом окисления является 5'-монофосфат-2'-дезокси-8-оксо-7,8-дигидрогуанин, тогда как в присутствии 2-меркаптоэтанола - ¡,N2-глиоксалевый аддукт 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина.
Заключение
В представленной работе выполнено комплексное исследование процесса модификации ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов олигонуклеотидов с фталоцианинами кобальта(Н) и железа(Н). Данные комплексы катализируют образование активных форм кислорода при последовательном одноэлектронном восстановлении 02 или Н202 до Н20. В качестве окисляющих частиц при этом могут выступать как гидроксильпые радикалы, так и оксокомплексы металлов, находящиеся в высоковалентных состояниях окисления.
Каталитическую активность конъюгатов MePc-ODN в окислении ДНК пероксидом водорода можно рассматривать как пероксидазную активность [227, 228]. Из литературных данных известно, что в клетках Е. coli пероксид водорода образуется с постоянной скоростью (10 мкМ/с), однако вследствие активности пероксидаз внуктриклеточный уровень Н202 остается на уровне 0.1 мкМ [229,230]. В прокариотических клетках пероксид водорода также образуется с постоянной скоростью и внутриклеточная концентрация пероксида водорода может варьироваться от 0.001 мкМ до 0.5-0.7 мкМ [231]. При развитии различных онкологических заболеваний уровень Н202 может значительно повышаться [232, 233]. Таким образом, исследование каталитической окислительной модификации ДНК пероксидом водорода представляет интерес не только в качестве модельного исследования, но и в плане оценки возможности использования исследуемых реагентов in vivo.
Эксперименты по модификации ДНК молекулярным кислородом в составе дуплексов MePc-ODN*ssDNA показали, что прямых разрывов мишени не образуется. Модификацию выявляли после обработки реакционной пиперидином. Было показано, что реагенты MePc-ODN приводили к направленной модификации ssDNA молекулярным кислородом. Однако степень модификации ДНК-мишени была достаточно низкой: ~ 15 % для FePc-ODN2 и ~ 8 % для CoPc-ODNl за 6 часов реакции. В присутствии FePc-ODN2 реакция окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом протекала значительно быстрее, чем в присутствии CoPc-ODNl. Замена пары "молекулярный кислород + восстановитель" на пероксид водорода приводила к более интенсивному специфическому расщеплению ДНК-мишени. В этом случае также не наблюдали образования прямых разрывов цепи ДНК-мишени. При этом степень модификации, выявляемая обработкой реакционной смеси пиперидином составляла ~ 80 % для CoPc-ODNl и 40-50 % для FePc-ODN2. При обработке 8-оксогуанин-ДНКгликозилазой из Е. coli выявляемая степень модификации была ниже: ~ 40 % для СоРс-ODN1 и не более 10 % для FePc-ODN2.
Были исследованы количественные закономерности модификации одноцепочечной ДНК пероксидом водорода в составе дуплексов с копъюгатами олигонуклеотидов с тетра-4-карбоксифталоцианинами кобальта(И) и железа(Н). Для выяснения механизма модификации ДНК-мишени пероксидом водорода были изучены отдельные стадии процесса: образование комплекса между конъюгатом и мишеныо, побочные реакции деградации СоРс и FcPc под действием пероксида водорода и каталитическое разложение пероксида водорода и каталитическая окислительная модификация ДНК пероксидом водорода.
Методом остановленной струи с регистрацией оптического поглощения и методом термической денатурации показано, что остаток фталоцианипа не оказывает существенного влияния на стабильность комплекса, по влияет на кинетику его образования. Процесс образования комплекса ДНК-мишени с конъюгатом CoPc-ODNl описывается двухстадийной, а процесс образования комплекса ДНК-мишени с немодифицированпым олигонуклеотидом - одностадийной кинетической схемой. Были определены кинетические и термодинамические параметры процесса комплексообразования.
При исследовании кинетики побочных реакций было показано, что реакция деструкции остатка фталоцианипа имеет первый порядок, а реакция каталитического разложения пероксида водорода под действием фталоцианина — второй порядок по концентрации пероксида водорода. При исследовании деструкции остатка фталоцианина было показано, что группа СоРс более стабильна в условиях окисления, чем группа FePc. Следует отметить, что при взаимодействии СоРс с II2O2 порядок реакции каталитического разложения пероксида водорода был определен при анализе спектров оптического поглощения, полученных в ходе деградации остатка СоРс. Для определения порядка реакции каталитического разложения пероксида водорода под действием FePe был использован хемилюминесцентный метод, основанный на окислении люминола пероксидом водорода. Наличие XJI свидетельствовало о радикальном механизме разложения Н202 [208]. Окисление люминола в присутствии пероксида водорода и СоРс не приводило к генерации хемилюминесценции, что, вероятно, свидетельствовало о нерадикальном механизме разложения Н202.
Таким образом, в настоящей работе показано, что исследуемые реагенты приводили к эффективной и селективной модификации ДНК пероксидом водорода. Было показано, что при окислении ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии
CoPc-ODNl степень модификации возрастала с ростом начальной концентрации конъюгата и представляла собой гиперболическую зависимость. В тоже время при окислении ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии FePc-ODN2 максимальная степень модификации ДНК-мишени достигалась при эквимолярном соотношении реагентов. Зависимость предельного выхода модифицированного продукта от начальной концентрации пероксида водорода также представляла собой кривую с максимумом, но при этом диапазон оптимальных концентраций пероксида водорода был различным. При окислении ДНК-мишени в присутствии CoPc-ODNl требовалась достаточно большая концентрация пероксида водорода (~ 1-10 мМ) тогда как при окислении ДНК-мишени в присутствии FePc-ODN2 диапазон оптимальных концентраций пероксида водорода был на три порядка ниже 1-10 мкМ).
Колоколообразная зависимость степени модификации ДНК-мишени от концентрации пероксида водорода или конъюгата подтверждает конкуренцию процессов окисления ДНК-мишени, деградации каталитической группы и разложения пероксида водорода. На основании совокупности полученных данных была предложена кинетическая схема процесса модификации ДНК-мишени пероксидом водорода в присутствии исследуемых конъюгатов и определены константы скоростей элементарных стадий, входящих в кинетическую схему.
Следует отметить, что конъюгат олигонуклеогида с FcPc обладает более высокой каталитической активностью при окислении ДНК как пероксидом водорода, гак и молекулярным кислородом. Высокая активность этого конъюгата при низких концентрациях пероксида водорода свидетельствует о его преимуществе для использования гп vivo.
Впервые исследована модификация одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии конъюгатов CoPc-ODNl и РеРс-ODN2, отрицательно заряженные остатки фталоцианинов которых способны формировать в растворе гетерогенные димеры с положительно заряженными фталоцианинами Fe(II) и Co(II).
Показано, что MePcpos, присутствующий в растворе, взаимодействовал с двуцепочным и одноцепочным фрагментами дуплекса, формируемого олигонуклеотидом-мишеныо и конъюгатом, и с отрицательно заряженным фталоцианином в составе конъюгата.
При окислении ДНК пероксидом водорода было показано, что образование гетерогенных комплексов сопровождалось повышением стабильности каталитической группы в условиях окисления.
При окислении одноцепочечной ДНК молекулярным кислородом образующиеся гетерогенные димеры фталоцианинов обладали высокой каталитической активностью. Расщепление ДНК этими комплексами происходило с большей эффективностью, чем конъюгатами олигонуклеотидов с тетракарбоксифталоцианинами кобальта(П) и железа(П). После обработки реакционных смесей пиперидином степень модификации составляла ~ 45-50 % в присутсвии (СоРсро5*СоРс) и — 40 % в присутсвии (РеРср05'РеРс). При этом модификации подвергались не только остатки гуанинов, но также остатки цитозина и тимина. Следует отметить, что окисление ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии гетерогенных фталоцианиновых комплексов приводило к появлению прямых разрывов цепи ДНК: —10% в присутсвии (СоРсРо5*СоРс) и ~ 3 % в присутсвии (РеРсРо5*РеРс). Повторное добавление сопряженного восстановителя к реакционной смеси приводило к дальнейшему накоплению щелочелабильных продуктов модификации и прямых разрывов цепи ДНК.
Гетерогенные димеры фталоцианинов железа катализировали окисление ДНК молекулярным кислородом с более высокой скоростью, чем гетерогенные димеры фталоцианинов кобальта. Было показано, что эффективная константа скорости окисления ДНК-мишени молекулярным кислородом в присутствии (РеРср05*РеРс) примерно в 40 раз больше, чем в присутсвии (СоРср05*СоРс).
Впервые определены продукты окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина молекулярным кислородом в присутствии фталоцианинов МеРс и их гетерогенных димерных комплексов с МеРср05. Было показано, что МеРс и (МеРсро5*МеРс) приводили к накоплению одних и тех же продуктов окисления, главное отличие заключалось в выходе модифицированных продуктов. В целом, (МеРсрод'МеРс) приводил к более высокому выходу образования модифицированных продуктов.
Природа сопряженного восстановителя также влияла на распределение продуктов окисления 5'-монофосфат-2'-дезоксигуанозина. Так, в присутствии аскорбиновой кислоты главным продуктом окисления являлся 8-оксо-7,8-дигидрогуанин, тогда как в присутствии 2-меркаптоэтанола - глиоксалевое производное гуанина.
Образование 8-оксо-7,8-дигидрогуанина, а также продуктов окисления остатка сахара в нуклеотиде (свободных азотистых оснований и глиоксалевого производного гуанина) может свидетельствовать об образовании гидроксильных радикалов. Наличие оксокомплексов в реакционной смеси было подтверждено при окислении модельного субстрата - карбамазепина. Таким образом, в качестве окисляющих частиц при окислении различных субстратов молекулярным кислородом и пероксидом водорода в присутствии РеРс и СоРс выступают, вероятно, как гидроксильные радикалы, так и оксокомплексы различной природы.
Таким образом, в настоящей работе показано, фталоцианины кобальта(Н) и железа(Н), а также их димерные комплексы в составе олигонуклеотидных конъюгатов являются перспективными группами для каталитической окислительной модификации ДНК как молекулярным кислородом, так и пероксидом водорода. Результаты, полученные в данной работе, имеют большое значение для дальнейшей разработки ген-направленных реагентов.
Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Кузнецова, Александра Александровна, 2009 год
1. Belikova A.M., Zarytova V.F., Grineva N.I. Synthesis of ribonucleosides and diribonucleoside phosphates containing 2-chloroethylamine and nitrogen mustard residues I I Tetrahedron Lett. -1967. -V. 37. -P. 3557-3562.
2. Moser H.E., Dei~van P.B. Sequence-specific cleavage of double helical DNA by triple helix formation // Science. -1987. -V. 238. -P. 645-650.
3. Fedorova O.S., Knorre D.G., Podust L.M., Zarytovaa V.F. Complementary addressed modification of double-stranded DNA within a ternary complex I I FEBS Lett. -1988. -V. 228. -P. 273-276.
4. Vol'pin M.E., Novodarova G.N., Krainova N.Yu., Lapikova V.P., Aver'yanov A.A. Redox and fungicidal properties of phthalocyanine metal complexes as related to active oxygen // J. Inorg. Biochem. -2000. -V. 81. -P. 285-292.
5. Вульфсон С.В., Любимова О.И., Котов А.Г., Калия О.Л., Лебедев О.Л., Лукъянец Е.А. Окислительно-восстановительные реакции фталоцианинов и родственных соединений // Ж. Общ. Химии. -1975. -Т. 45. -С. 1841-1846.
6. Гринева Н.И., Ломакина Т.С., Тигеева Н.Г., Чимитова Т.А. Кинетика ионизации С-С1 связи в 4-(Н-2-хлорэтил-М-метиламино)бензил-5'-фосфамидах нуклеозидов и олигонуклеотидов // Биоорган, химия. -1977. -Т. 3. -С. 210-214.
7. Valko М., Izakovic М., Mazur М., Rhodes C.J., Telser J. Role of oxygen radicals in DNA damage and cancer incidence // Mol. Cell. Biochem. -2004. -V. 266. -P. 37-56.
8. Evans M.D., Dizdaroglu M., Cooke M.S. Oxidative DNA damage and disease: introduction, repair and significance // Mutat. Res. -2004. -V. 567. -P. 1-61.
9. Valko M, Leibfritz D., Moncol J., Cronin M.T., Mazur M., Telser J. Free radicals and antioxidants in normal physiological functions and human disease // Int. J. Biochem. Cell. Biol. -2007. -V. 39. -P. 44-84.
10. Valko M, Rhodes C.J., Moncol ./., Izakovic M., Mazur M. Free radicals, metals and antioxidants in oxidative stress-induced cancer // Chern. Biol. Interact. —2006. -V. 160. -P. 1-40.
11. Tullius T.D., Dombroski B.A. Hydroxyl radical "footprinting": High-resolution information about DNA-protein contacts and application to X repressor and Cro protein // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1986. -V. 83. -P. 5469-5473.
12. Bonnett R. Photodynamic therapy in historical perspective // Rev. Contemp. Pharmacother. -1999.-V. 10.-P. 1-17.
13. MacDonald I.J., Dougherty T.J. Basic principles of photodynamic therapy // J. Porphyrins Phthalocyanines. -2001. -V. 5.-P. 105-129.
14. Kimoto E., Tanaka H., Gyotoku J., Morishige F., Pauling L. Enhancement of antitumor activity of ascorbate against Ehrlich ascites tumor cells by the copperrglycylglycylhistidine complex // Cancer Res. -1983. -V. 43. -P. 824-828.
15. Feofanov A.V., Grichine A.I., Shitova L.A., Karmakova T.A., Yakubovskaya R.I., Egret-Charlier M., Vigny P. Confocal Raman microspectroscopy and imaging study of theraphthal in living cancer cells // Biophys. J. -2000. -V. 78. -P. 499-512.
16. Гиренко Е.Г., Борисенкова С.А., Калия О.Л. Окисление аскорбиновой кислоты в присутствии фталоцианиновых комплексов металлов. Химические аспекты каталитической терапии рака // Изв. Ак. Наук. Серия Хим. -2002. -Т. 7. -С. 11371142.
17. Chen С.В., Gorin М.В., Sigman D.S. Sequence-specific scission of DNA by the chemical nuclease activity of l,10-phenanthroline-copper(I) targeted by RNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1993. -V. 90. -P. 4206-4210.
18. Chen C.B., Sigman D.S. Nuclease activity of 1,10-phenanthroline-copper: Sequencc-specific targeting// Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1986. -V. 83. -P. 7147-7151.
19. Коваль О.А., Черноловская Е.Л., Литвак В.В., Власов В.В. Сайт-направленное расщепление ДНК конъюгатом олигонуклеотида с о-бромбензойной кислотой в присутствии ионов меди // Изв. АН, Сер. хим. -2003. —Т. 11. -Р. 2380-2385.
20. Boutorin A.S., Vlassov V.V., Kazakov S.A., Kutiavin I.V., Podyminogin M.A. Complementary addressed reagents carrying EDTA-Fe(II) groups for directed cleavage of single-stranded nucleic acids // FEBS Lett. -1984. -V. 172. -P. 43-46.
21. Dreyer G.B., Dervan P.B. Sequence-specific cleavage of single-stranded DNA: oligodeoxynucleotide-EDTA'Fe(II) // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1985. -V. 82. -P. 968972.
22. Chu B.C., Orgel L.E. Nonenzymatic sequcnce-specific cleavage of single-stranded DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1985. -V. 82. -P. 963-967.
23. Vorobjev P.E., Smith V.F., Pyshnaya I.A., Levina A.S., Zarytova V.F. Site-specific cleavage of RNA and DNA by complementary DNA-bleomycin A5 conjugates // Bioconjugate Chem. -2003. -V. 14.-P. 1307-1313.
24. Le Doan Т., Perrouault L., Helens C. Chassignol M, Thuong N.T. Targeted cleavage of polynucleotides by complementary oligonucleotide covalently linked to iron-porphyrins // Biochemistry. -1986. -V. 25. -P.6736-6739.
25. Иванова E.M., Мамаев С.В., Федорова О.С., Фролова Е.И. Комплементарно-адресованная модификация одноцепочечного фрагмента ДНК железопорфириновым производным олигонуклеотида // Биоорган, химия. -1988. —V. 14. -Р. 551-554.
26. Mestre В., Jakobs A., Pratviel G., Meunier В. Structure/nuclease activity relationships of DNA cleavers based on cationic metalloporphyrin-oligonucleotide conjugates // Biochemistry. -1996. -V. 35. -P. 9140-9149.
27. Fedorova O.S., Savitskii A.P., Shoikhet K.G., Ponomarev G.V. Palladium(II)-coproporphyrin I as a photoactivable group in sequence-specific modification of nucleic acids by oligonucleotide derivatives 11 FEBS Lett. -1990. -V. 259. -P. 335-337.
28. Magda D., Miller R.A., Sessler J.L., Iverson B.L. Site-specific hydrolysis of RNA by europium (III) texaphyrin conjugated to a synthetic oligodeoxyribonucleotide // J. Am. Chem. Soc.-1994.-V. 116.-P. 7439-7440.
29. Magda D., Wright M., Miller R.A., Sessler J.L., Sansom P.I. Sequence-specific photocleavage of DNA by an expanded porphyrin with irradiation above 700 nm// J. Am. Chem. Soc. -1995. -V. 117. -P. 3629-3630.36
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.