Характеристика аллелофонда свиней различных пород с использованием ISSR-маркеров тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Денискова, Татьяна Евгеньевна

• Денискова, Татьяна Евгеньевна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Денискова, Татьяна Евгеньевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1. ВВЕДЕНИЕ 6

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. ДНК-маркеры и их классификация 10

2.2. Высокополиморфные ДНК-маркеры: особенности и сферы применения

2.2.1. Микросателлиты 13

2.2.2. Полиморфизм однонуклеотидных замен 15

2.2.3. Случайно амплифицируемые полиморфные ДНК 19

2.2.4. Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов 21

2.2.5. Межмикросателлитный полиморфизм 24

2.2.6. Методы детекции и изучения полиморфизма ISSR- 27-30 маркеров

2.2.7. ISSR-маркеры в исследованиях генома 30-34 сельскохозяйственных животных

2.3. Обзор программных продуктов для анализа генетического разнообразия с использованием данных молекулярных маркеров

2.3.1. Программа MEGA 34

2.3.2. Программа GenAlEx 36

2.3.3. Программа STRUCTURE 37

2.3.4. Программа PAST 39

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1. Объекты исследований 41

3.2. Реактивы и оборудование

3.2.1. Реактивы и расходные материалы 42

3.2.2. Оборудование 43

3.3. Методы исследований 44

4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

4.1. Разработка системы мультиплексного генотипирования 47-53 188К-маркеров свиней

4.2. Сравнительный анализ 188Я-маркеров и генетических маркеров на основе групп крови

4.2.1. Сравнительный анализ 188К-профилей с генетическими 53-56 профилями свиней по группам крови

4.2.2. Сравнительное генетическое структурирование 56-60 популяций по 188Я-маркерам и группам крови

4.3. Сравнительный анализ 188Я-маркеров и ДНК-маркеров, основанных на полиморфизме длин амплифицированных фрагментов (АБЬР)

4.3.1. Сравнительный анализ аллельных профилей 188Я и 60-65 АРЬР

4.3.2. Сравнительное генетическое структурирование 65-69 популяций по 18813.- и АРЬР -маркерам

4.4. Сравнительный анализ 188Я-маркеров и микросателлитов

4.4.1. Сравнительный анализ аллельных профилей 69-73 188Я с микросателлитами

4.4.2. Сравнительный анализ определения породной 73-76 принадлежности по 18 8Я - маркерам и микросателлитам

4.5. Характеристика аллелофонда свиней пород крупная белая, ландрас и дюрок по ^БЯ-маркерам

4.5.1. Анализ ^Я-профилей 76

4.5.2. Анализ генетических дистанций, рассчитанных на 82-90 основе 1881*. - маркеров, между исследуемыми популяциями свиней

5. ВЫВОДЫ 91

6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Характеристика аллелофонда свиней различных пород с использованием ISSR-маркеров»

Актуальность темы.

Оценка значения породы с точки зрения ее консервации требует синтеза информации из целого ряда источников, в том числе из молекулярно - генетических исследований, дающих объективные критерии изучения разнообразия в породе и между породами, а также единых генетических характеристик [отчеты FAO, 2007].

Использование молекулярных маркеров значительно расширяет возможности генетического анализа популяций, позволяет установить межпородную и внутрипородную изменчивость отдельных участков генома и составить представление о генетической структуре породы [Сулгшова Г. К, 2004; Калашникова Л.А., 2004; Букаров Н.Г., 2010].

Хорошо изученным и широко распространенным для характеристики генетического разнообразия видов сельскохозяйственных животных, в частности свиней, является метод микросателлитного анализа [Зиновьева Н.А., Ларионова П.В., Тихомирова Т.И.,2008; Зиновьева Н.А., Сизарева Е.И., Гладырь Е.А.,2009], однако для объективной оценки состояния и динамики аллелофонда популяций животных необходимо расширение спектра высокополиморфных ДНК-маркеров.

Одним из таких типов маркеров являются межмикросателлитные последовательности, ISSR [Сулимова Г. И., 2004]. В геномах животных и растений количество микросателлитных повторов довольно велико, что делает метод удобным для генетического анализа. Микросателлитные последовательности окружают многие гены и могут использоваться как якорные последовательности к этим генам, а, следовательно, ISSR - маркеры могут показать большое число полиморфных фрагментов на праймер [Zietkiewicz Е. et al., 1994]. ISSR-маркеры проявляют специфику микросателлитных маркеров, но при этом не нуждаются в информации о последовательности для синтеза праймеров [Joshi S.P., Gupta V.S., Aggarwal R.K., 2000].

Традиционно для анализа полиморфизма ISSR применяется электрофоретическое разделение амплифицированных фрагментов в полиакриламидном геле с последующей визуализацией с использованием нитрата серебра или радиоизотопов, что является не всегда приемлемым. Информативность, чувствительность и скорость ISSR-анализа могут быть существенно увеличены посредством использования ДНК-анализаторов [Nagaraju J., Kathirvel М., Subbaiah Е. V., 2002, Archibald J.K., 2006].

Цель и задачи исследований.

Целью диссертационной работы явилось исследование информативности системы анализа ISSR-маркеров для характеристики аллелофонда свиней различных пород.

Для достижения указанной цели сформулированы следующие задачи:

1. Разработать систему анализа ДНК-маркеров доминантного типа -межмикросателлитных маркеров (ISSR), основанную на использовании флуоресцентно-меченных праймеров и лазерной детекции полиморфных фрагментов.

2. Выполнить сравнительный анализ информативности разработанной системы ISSR-маркеров и генетических маркеров на основе эритроцитарных антигенов групп крови.

3. Провести сравнительное исследование системы ISSR-маркеров с другим типом доминантных ДНК-маркеров на основе полиморфизма длин амплифицированных фрагментов (AFLP).

4. Дать сравнительную оценку информативности разработанной системы ISSR-маркеров и кодоминантных ДНК-маркеров - микросателлитов.

5. Выполнить построение ISSR-профилей и дать характеристику аллелофонда свиней различных пород.

Научная новизна исследований.

Впервые смоделирована система мультиплексного генотипирования 188К-маркеров свиней, основанная на использовании флуоресцентно-меченных праймеров и лазерной детекции продуктов амплификации. Выполнено сравнительное исследование информативности системы 188Я-маркеров с генетическими маркерами на основе эритроцитарных антигенов групп крови, с другим доминантным типом ДНК-маркеров, базирующимся на полиморфизме длин амплифицированных фрагментов (АБЬР), и с кодоминантными ДНК-маркерами - микросателлитами. Выполнено построение ^БЯ-профилей свиней пород крупная белая, ландрас и дюрок различного происхождения.

Практическая значимость.

Предложена высокопроизводительная система мультиплексного анализа свиней по 188Я-маркерам, пригодная для массового скрининга животных. Дана характеристика аллелофонда свиней трех основных пород, разводимых в России: крупная белая, ландрас и дюрок, - по 188К.-маркерам. Создана база данных ^БЯ-профилей свиней. Показана информативность І88Я-маркеров в характеристике аллелофонда свиней.

Апробация работы.

Результаты диссертационной работы доложены и обсуждены на следующих научных мероприятиях:

• Конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития -2011», г. Москва, 21-24 марта 2011 г.

• Конференция в рамках финала конкурса «У.М.Н.И.К», г. Пущино, 2 июня 2011 г.

• Конференция в рамках отборочного этапа конкурса «У.М.Н.И.К», пос. Дубровицы, 7 октября 2011 г.

• Конференции Центра биотехнологии и молекулярной диагностики животных ГНУ ВИЖ Россельхозакадемии, пос. Дубровицы, 2010-2012 гг.

Основные положения, выносимые на защиту:

• Система мультиплексного анализа ISSR-маркеров свиней, основанная на использовании флуоресцентно-меченных праймеров и лазерной детекции продуктов амплификации.

• Сравнительная оценка ISSR-маркеров с генетическими маркерами на основе эритроцитарных антигенов групп крови, AFLP-маркерами и микросателлитами.

• ISSR-профили свиней пород крупная белая, ландрас и дюрок различного происхождения.

• Популяционно-генетические параметры свиней трех пород, рассчитанные по ISSR-маркерам.

Публикации результатов исследований.

По материалам диссертации опубликованы 2 научные работы, в том числе 1 в журнале, рекомендованном ВАК РФ («Достижения науки и техники АПК», 2011, № 10)

Структура и объем работы.

Диссертация написана на 112 страницах, состоит из следующих разделов: введение, обзор литературы, материалы и методы исследований, результаты и обсуждение, выводы, практические предложения, список литературы. Диссертационная работа содержит 25 таблиц и 25 рисунков. Список литературы включает 167 источников, в том числе 124 источника на иностранном языке.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Денискова, Татьяна Евгеньевна

5. ВЫВОДЫ

1. Разработана система мультиплексного генотипирования 18811-маркеров свиней с использованием флуоресцентно меченных праймеров и лазерной детекции продуктов амплификации на ДНК-анализаторе. Оценка системы, выполненная на свиньях трех пород (п=307), показала, что 18811-маркеры характеризовались высоким уровнем полиморфизма - от 94,6 до 96,5% в зависимости от породы. В среднем по трем породам было идентифицировано 620 аллелей, что составляет 1,90±0,01 аллелей на локус.

2. Сравнительный анализ аллельных профилей свиней трех пород по 18811-маркерам и группам крови (ГК) показал более высокую степень полиморфизма 188К-маркеров по сравнению с ГК - 73,7 и 70,8%, соответственно. Установлено, что корректное отнесение особей к породе при 75% уровне исключения (С>) по данным 188К-анализа достигалось в 9,1% случаев у свиней породы дюрок, в 28,6% случаев - у свиней крупной белой породы и в 50% случаев - у свиней породы ландрас, в то время как при использовании ГК значения данного показателя составили 54,5, 14,3 и 16,7%, соответственно.

3. Сравнительное исследование системы 188Я-маркеров с АРЬР-маркерами показало их более высокий уровень полиморфизма: доля полиморфных локусов в среднем по трем породам составила 88,1 и 77,7%, соответственно. Идентификация породной принадлежности свиней при С2>75% при использовании 188Я- и АБЪР-маркеров достигалась, соответственно, в 12,5 и 0,0% случаев у свиней крупной белой породы, 12,5 и 75,5% случаев - у свиней породы ландрас и в 11,1 и 22,2% случаев - у свиней породы дюрок.

4. Сравнительная оценка полиморфизма 188Я-маркеров и микросателлитов показала более высокую долю полиморфных локусов микросателлитов (100,0 против 92,4%). Доля животных с корректно идентифицированной породной принадлежностью при использовании 18811-маркеров и микросателлитов составила, соответственно, 2,9 и 88,2% у свиней крупной белой породы, 15,0 и 80,0% - у свиней породы ландрас 47,4 и 89,5% - у свиней породы дюрок.

5. Дана характеристика аллелофонда свиней пород крупная белая, ландрас и дюрок трех свиноводческих предприятий России по 18811-маркерам. Показано, что наибольшим уровнем полиморфизма характеризовались свиньи крупной белой породы: 629 аллелей или 1,93±0,01 аллелей на локус. Для свиней пород ландрас и дюрок значения данных показателей составили 615 аллелей (1,89±0,02 аллелей на локус) и 617 аллелей (1,89±0,02 аллелей на локус), соответственно. Установлено наличие приватных аллелей во всех трех исследованных породах свиней: 21 - у свиней крупной белой породы, 4-у свиней породы ландрас и 10 - у свиней породы дюрок.

6. Основываясь на полученных 188Я-профилях, установлены генеалогические связи девяти популяций свиней трех пород. Показано, что формирующаяся структура филогенетического дерева, в большей степени, является отражением популяционной, а не породной принадлежности изучаемых групп свиней.

6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Молекулярно-генетическим лабораториям для повышения производительности КВЯ-анализа рекомендуем использовать разработанную нами систему, основанную на использовании флуоресцентно-меченных праймеров и лазерной детекции продуктов амплификации на ДНК-анализаторе.

Лабораториям, занимающимся вопросами изучения генофондов сельскохозяйственных животных, в частности свиней, рекомендуем использовать 18811-маркеры в качестве одного из критериев оценки состояния популяций.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Денискова, Татьяна Евгеньевна, 2012 год

1. Ахани Азари М. Сравнительный анализ генетического разнообразия пород крупного рогатого скота на основе ISSR-фингерпринтинга и полиморфизма гена Каппа-Казеина// автореф. дис. канд. биол. наук. Москва. - 2006. - 21с.

2. Банникова A.A. Молекулярные маркеры и современная филогенетика млекопитающих / А. А.Банникова //Журнал общей биологии. -2004. № 4(65). - С. 278-305.

3. Бардуков Н.В. Профили ДНК-маркеров (ISSR-PCR) у лошадей рысистых пород/ Н.В Бардуков., Г.К.Коновалова, Глазко В.И. //Известия ТСХА. 2010. -№ 6. - С. 152-157.

4. Боронникова С. В., Молекулярное маркирование и генетическая паспортизация ресурсных и редких видов растений с целью оптимизации сохранения их генофондов/ Боронникова С. В.//Аграрный вестник Урала. -2009, № 2(56). - С. 57-59

5. Букаров Н.Г. Оценка быков-производителей по генетическим маркерам групп крови/ Букаров Н.Г., Хрунова А.И., Новиков A.A., Мишина Н.С.// Зоотехния. -2010. № 11.-С. 2-3

6. Городная A.B. Полиморфизм структурных генов и ISSR-PCR маркеров при популяционно-генетических исследованиях некоторых пород крупного рогатого скота/ A.B. Городная, В.И. Глазко //Цитология и генетика. -2006. -№ 1(40). С. 49-57

7. Дымань Т.Н. Полиморфизм белков, RAPD-PCR- и ISSR-PCRмаркеров у некоторых видов Ungulata/ Т.Н. Дымань, В.И. Глазко // С.- х.i!бйология. Сер. Биология животных. -2000. -№6. С. 29-38

8. Дымань Т.Н. Участие маркеров ISSR-PCR в межвидовой дифференциации некоторых представителей видов Ungulata/ Т.Н. Дымань, Д.А. Кутузов, A.B. Городная //Доклады РАСХН. -2002. № 5. - С. 36-40

9. Зиновьева H.A. Проблемы биотехнологии и селекции сельскохозяйственных животных/ H.A. Зиновьева, JI. К. Эрнст // Дубровицы, ВИЖ. 2004. - С. 316.

10. Зиновьева H.A. Молекулярно-генетические методы и их использование в свиноводстве//Достижения науки и техники АПК. 2008. — № 10. - С. 34-36.

11. Зиновьева H.A. Методические рекомендации по использованию метода полимеразной цепной реакции в животноводстве/ H.A. Зиновьева, А.Н. Попов, J1.K. Эрнст, Н.С. Марзанов, В.В. Бочкарев, Н.И. Стрекозов, Г. Брем // Дубровицы, ВИЖ. -1998. 47 с.

12. Зиновьева H.A. Некоторые аспекты использования микросателлитов в свиноводстве/ Зиновьева H.A., Сизарева Е.И., Гладырь Е.А., Проскурина Н.В., Шавырина K.M. // Достижения науки и техники АПК. -2009.-№8.-С. 38-41.

13. Калашникова Л.А. Оценка холмогорских быков-производителей по генотипу каппа-казеина / Л.А Калашникова, И.М. Дунин, А.И. Прудов, К.К. Аджибеков // ВНИИплем, Московская область, пос. Лесные Поляны, -2004. С. 49-52.

14. Календарь Р.Н. Типы молекулярно генетических маркеров и их применение/ Календарь Р.Н., Глазко В.И.//Физиология и биохимия культ, растений. 2002. -№4 (34). - С. 279-296.

15. Каштанов С.Н., Молекулярно-генетические технологии в селекции соболя/ Каштанов С.Н., Свищева Г.Р., Лазебная И.В., Лазебный O.E., Колдаева Е.М., Сергеев Е.Г.//Проблемы биологии продуктивных животных. 2011. -№ 1. - С. 32 - 34.

16. Киль В.И. ДНК полиморфизм популяций хлопковой совки и картофельной минирующей моли по ISSR-маркерам/ Киль В.И., Беседина E.H. //Всерос. науч.-исслед. ин-т биол. защиты растений. 2008. -№ 5. - С. 415-420.

17. Кол Н.В., Полиморфизм ISSR-PCR-маркеров в тувинской популяции северного оленя (Rangifer tarandus L.)/ Кол Н.В., Лазебный O.E. // Генетика 2006. -№ 12 (42). - С. 1731-1734.

18. Логвинова Т.И., Молекулярно-генетический анализ свиней с помощью AFLP маркеров/ Логвинова Т.И., Зиновьева H.A., Гладырь Е.А. //Актуальные проблемы гуманитарных и естественных наук. -2011. —№ 1. -С. 27-28.

19. Марзанов Н.С., Микросателлиты и их использование для оценки генетического разнообразия животных/ Марзанов Н.С., Озеров М.Ю., Насибов М.Г. //Сельскохозяйственная биология. 2004. ~№2. - С. 104-111.

20. Мохаммад Абади Мохаммадреза. Дифференциация пород крупного рогатого скота по гену BoLa-DRB3 главного комплекса гистосовместимости и ISSR-маркерам/ Мохаммад Абади Мохаммадреза // автореф. дис. . канд. биол. наук. Москва. -2005. — 21 с.

21. Осипова Е.С. Вариабельность ДНК-маркеров (RAPD, ISSR) при сомаклональной изменчивости у кукурузы/ Осипова Е. С. // автореф. дис. . канд. биол. наук. Москва. -2003. -23 с.

22. Проскурина Н.В. Сравнительное исследование роли групп крови и ДНК-микросателлитов в генетической оценке свиней пород йоркшир, ландрас и дюрок/Проскурина Н.В.//автореф. дис. канд. биол. наук. -Дубровицы. 2008. -21 с.

23. Сизарева Е.И. Изучение продуктивных особенностей и характеристика аллелофонда свиней породы боди по ДНК-маркерам / Сизарева Е.И.// дис. канд. биол. наук. Дубровицы. - 2010. -106 с.

24. Столповский Ю.А. Популяционно-генетические основы сохранения ресурсов генофондов доместицированных видов животных/ Столповский Ю.А.// автореф. дис. . докт. биол. наук. 03.02.07. Москва. -2010.-48 с.

25. Столповский Ю.А. Полиморфизм молекулярно-генетических маркеров у овец романовской породы/ Столповский Ю.А., Лапшин A.B., Кол Н.В., Сулимова Г.Е., Глазко В.И. // Известия ТСХА. -2 008. №2. -С. 125134.

26. Сулимова Г.Е. Изучение генетического разнообразия калмыцкого скота с использованием ISSR- фингерпринтинга/ Сулимова Г.Е., Генджиева О.Б. // Зоотехния. 2009. - № 3. - С. 4-5.

27. Тихомирова Т.И. Мультилокусное исследование ДНК-микросателлитов в характеристике генофонда свиней различной породной принадлежности и происхождения /Тихомирова Т. И.// дис. канд. биол. наук. Дубровицы. - 2008. -160 с.

28. Эрнст Л.К. Биологические проблемы животноводства в XXI веке/ Л.К. Эрнст, H.A. Зиновьева// M.: РАСХН. -2008. 501 с.

29. Abbot P. Individual and population variation in invertebrates revealed by Inter- simple Sequence Repeats (ISSRs)/ Abbot P. // J. Insc. Sei -2001; 1.8: -1-3.

30. Ajmone-Marsan P. Assessing genetic diversity in Italian goat populations using AFLP markers /Ajmone-Marsan P., Negrini R., Crepaldi P., Milanesi E., Gorni C., Valentini A.// Anim Genet. 2001. 32. - P. 281-288.

31. Ajmone-Marsan P. AFLP markers for DNA fingerprinting in cattle/ Ajmone-Marsan P., Valentini A., Cassandro M., Vecchiotti-Antaldi G. // Anim Genet. -1997. 28. - P. 418-426.

32. Akagi H. Microsatellite DNA markers for the rice chromosomes/ Akagi H., Yokozeki Y., Inagaki A., Fujimura T. // Theor Appl Genet. 1996. -93.-P. 1071-1077.

33. Altshuler M.L. PCR Troubleshooting: The Essential Guide/ Altshuler M.L. // Caister Academic Press. 2006. - 80 p.

34. Alves E. Differentiation of the raw material of the Iberian pig meat industry based on the use of amplified fragment length polymorphism/ Alves E., Castellanos C., Ovilo C., Silio L. // Meat Sci. 2002. -61. - P. 157-162.

35. Amel S.-H. Inter-Simple Sequence Repeat fingerprints to assess genetic diversity in Tunisian fig{Ficus carica L.) germplasm/ Amel S.-H., Mokhtar T., Salwa Z.I I Genetic Resources and Crop Evolution. -2004. 3(51).- 3. - P. 269-275.

36. Arnau G. Fast and reliable strawberry cultivar identification using inter simple sequence repeat (ISSR) amplification/ Arnau G., Lallemand J., Bourgoin M. // Euphytica. 2003. - 129. - P. 69-79.

37. Ball A.O. Population genetic analysis of white shrimp, Litopenaeus setiferus, using microsatellite genetic markers/ Ball A.O., Chapman R.W. // Mol. Ecol. -2003.-12.-P. 2319-2330.

38. Beuzen N.D. Molecular markers and their use in animal breeding/ N.D. Beuzen, M.J. Stear, K.C. Chang // Vet. J. 2000. - 160. - P. 42-52.

39. Buntjer J.B. Phylogeny of bovine species based on AFLP fingerprinting / J.B. Buntjer, M. Otsen, I.J. Nijman // Heredity. 2002. -88. - P. 46-51.

40. Cabrita L.F. Suitable of isozyme, RAPD and AFLP markers to assess genetic differences and relatedness among fig (Ficus carica L.) clones/L.F. Cabrita, U. Aksoy, S. Hepaksoy, J.M. Leitao // Scientia horticulturae. 2001.-87. -P. 261-273.

41. Caetano-Annoles G. DNA amplification fingerprinting using veiy short arbitrary oligonucleotide primers /G. Caetano-Annoles, B.J. Bassam, P.M. Gresshoff// Bio-Technology. -1991. 9. - P. 553-557.

42. Cameron N.D. Genetic and nutritional effects on lactational performance of gilts selected for components of efficient lean growth/N.D. Cameron, J.C. Kerr, G.B. Garth, R. Fenty, A. Peacock // Anim Sci. -2002. 74. -P. 25-38.

43. Cameron N.D. Discrimination between selected lines of pigs using AFLP markers/ N.D. Cameron, M.J.T. van Eijk, B. Brugmans, J. Peleman // Heredity. 2003.-91. - P. - 494-501.

44. Campbell D. AFLP utility for population assignment studies: analytical investigation and empirical comparison with microsatellites/D. Campbell, P. Duchesne, L. Bernatchez L. // Molecular Ecology. 2003. - 12. - P. 1979-1991.

45. Caraway V. Assessment of hybridization and introgression in lava-colonizing Hawaiian Dubatia (Asteraceae: Madiinae) using RAPD markers/ V. Caraway, G.D. Carr, C.W. Morden // American Journal of Botany. 2001. - 88. -P. 1688-1694.

46. Chen X. Single nucleotide polymorphism genotyping: Biochemistry, protocol, cost and throughput/ X. Chen, P.F. Sullivan// Pharmacogenomics J. -2003.-3(2).-P. 77-96.

47. Cotti С. Molecular markers for the assessment of genetic variability in threatened plant species/ C. Cotti // Ph.D. in Biodiversity and Evolution. Department of Experimental Evolutionary Biology. 2008. - 126 p.

48. Dakin E.E. Microsatellite null alleles in parentage analysis// E.E. Dakin, J.C. Avise // Heredity. 2004. - 93. - P. 504 -509.

49. Deden H. PCR applications manual, 3th edition/H. Deden, D. Eisel, S.T. Grunvewold-Janho// Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany. -2006. 338p.

50. Dogan B. Phylogenetic Analysis of Jurinea (Asteraceae) Species from Turkey Based on ISSR Amplification/ B. Dogan, A. Duran, E.E. Hakki // Ann. Bot. Fennici. -2007. -44 (5). P. 353-358.

51. Edh K. Nuclear and chloroplast microsatellites reveal extreme population differentiation and limited gene flow in the Aegean endemic Brassica cretica (Brassicaceae) /К. Edh, B. Wide, A. Ceplitis // Mol. Ecol. -2007. -16. P. 4972—4983.

52. Erlich H.A. PCR technology: principles and applications for DNA amplification/H.A. Erlich, W.H. Freeman// New York. 1991. - P. 209-223.

53. Falush D. Inference of population structure using multilocus genotype data: dominant markers and null alleles/D. Falush, M. Stephens, J.K. Prichard // Molecular Ecology. -2007. P. 895-908.

54. Fan B. Genetic variation analysis within and among Chinese indigenous swine populations using microsatellite markers /В. Fan, Z.-G. Wang, Y.-J. Li, X.-L. Zhao, B. Liu //Animal Genetics. -2002. -33 (6). P. 422^127.

55. FAO: «Состояние всемирных генетических ресурсов животных в сфере продовольствия и сельского хозяйства». Отчет, Рим. — 2007. 526 с.

56. Goldstein D.B. Launching Microsatellites: A Review of Mutation Processes and Methods of Phylogenetic Inference/D.B. Goldstein, D.D. Pollock // Heredity. -1997. -88. P. 335-342.

57. Guo H.B. DNA isolation, optimization of ISSR-PCR system and primers screening of Scutellaria baicalensis /H.B. Guo, K.Y. Huang, T. S. Zhou // Journal of Medicinal Plants Research. 2009. - 3 (11). - P. 898-901.

58. Gupta M. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simple-sequence repeats/ M. Gupta, Y.S. Chyi, J. Romero-Severson, J.L. Owen //Theor. Appl. Genet. 1994. -89. P. 998- 1006.

59. Hammer 0. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis/ 0. Hammer, D.A.T. Harper, P.D. Ryan // Palaeontologia Electrónica. -2001. P. 4- 9.

60. Hammer 0. Paleontological Data Analysis/ 0. Hammer, D.A.T. Harper // Blackwell. 2006.

61. Harper D.A.T. Numerical Paleobiology /D.A.T. Harper //John Wiley & Sons. -1999.

62. Heaton M.P. SNP frequency and haplotype diversity in beef cattle cytokine genes/M.P. Heaton // Plant & Animal Genome VIII Conf. 2000. - P. 912.

63. Hedrick P.W. Genetics of Populations: 2nd Ed/ P.W. Hedrick// Boston: Jones and Bartlett. 2000.

64. Holm L.E. Elucidation of the molecular basis of a null allele in a rainbow trout microsatellite/ L.E. Holm, V. Loeschcke, C. Bendixen// Mar. Biotechnol. -2001. 3. - P. 555-560.

65. Hubisz M. J. Inferring weak population structure with the assistanceof sample group information/ M.J. Hubisz, D. Falush, J.K. Pritchard, M. Stephens102

66. Molecular Ecology Resources. 2009.- 9. - 5. - P. 1322-1332.

67. IHGSC (International Human Genome Sequencing Consortium). Initial sequencing and analysis of the human genome Nature. 2001. - 409. - P. 860-927.

68. IPGRI -International Plant Genetic Resources Institute

69. ISSR Genotyping of Endangered Plants Using an Optimized Workflow//Application Note ISSR Plant Genotyping. Режим доступа: www.appliedbiosystems.com/3500series

70. Joshi S.P. Genetic diversity and phylogenetic relationship as revealed by intersimple sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus Oryza / S.P. Joshi, V. S. Gupta, R.K. Aggarwal //Theor. Appl. Genet. 2000. -100. — P. 1311— 1320.

71. Kim K.S. Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus scrofa) using AFLP markers/ K.S. Kim, J.S. Yeo, J.W. Kim // Gen. Genet. Syst. -2002. 77(5). - P. 361-368.

72. Kim Т.Н. Genetic structure of pig breeds from Korea and China using microsatellite loci analysis/T.H. Kim, K.S. Kim, B.H. Choi, D.H. Yoon // Journal of Animal Science. -2005. 83 (10). - P. 2255-2263.

73. Kojima T. Genetic linkage map of ISSR and RAPD markers in Einkorn wheat in relation to that of RFLP markers/ T. Kojima, T. Nagaoka , N. Noda, Y. Ogihara // Theor. Appl. Genet. -1998. 96. - P. 37-45.

74. Koontz J.A., Genetic diversity and tests of the hybrid origin of the endangered yellow larkspur/J.A. Koontz, P.S. Soltis, S J. Brunsfeld // Conservation Biology.-2001.- 15.-P. 1608- 1618.

75. Kumar S. A Guide to Molecular Evolutionary Genetics Analysis Program for Microcomputers. Institute of Molecular Evolutionary Genetics/ S. Kumar, K. Tamura, M. Nei // Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania. 1993. - 140p.

76. Kumar S. MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers/ S. Kumar, K. Tamura, M. Nei // Comput. Appl. Biosci. -1994.-10.-P. 189-191.

77. Kumar S. MEGA 2: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software/S. Kumar, K. Tamura, I.B. Jakobsen, M. Nei //Bioinformatics. 2001. -17.-P. 1244-1245.

78. Labate J.A. Software for population genetic analyses of molecular marker data/ J.A. Labate// Crop Sci. 2000. - 40. - P. 1521-1528.

79. Lai E. Application of SNP technologies in medicine: lessons learned and future challenges/ E. Lai// Genome Res. 2001. -11. - P. 927-929.

80. Lee N.S. Molecular evidence for hybridization of Ilex xwandoensis (Aquifoliaceae) by RAPD analysis/ N.S. Lee, S.H. Yeau, J.O. Park, M.S. Roh // Journal of Plant Biology. 2006. - 49. - P. 491-497.

81. Leroy X.J. Plant genomic instability detected by microsatellite-primers/X.J. Leroy, K. Leon, M. Branchard // Electronic Journal of Biotechnology. 2000. - 2(3). Режим доступа: http://www.ejb.Org/content/vol3/issue2/full/2.

82. Leroy J.G. Dominant inheritance of sialuria, an inborn error of feedback inhibition/ J.G. Leroy, R. Seppala, M. Huizing, G. Dacremont, H. De Simpel // Am. J. Hum. Genet. 2001. - 68 (6). - P.1419-1427.

83. Li W.H. Rates of nucleotide substitution in primates and rodents and the generation-time effect hypothesis/ W.H. Li, D.L. Ellsworth, J. Krushkal, В. H. Chang, D. Hewett-Emmet // Mol. Phylogenet. Evol. 1996. - 5. - P. 182-187.

84. Litt M. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene/ M. Litt, J.M. Luty // Am. J. Hum. Genet. 1989. - 44. - P. 397-401.

85. Luikart G. The power and promise of population genomics: from genotyping to genome typing/G. Luikart, D. Tallmon, S. Jordan, P. Taberlet // Nature Reviews Genetics. 2003. - 4. - P. 981-994.

86. Lynch M. Analysis of population genetic structure with RAPD markers/M. Lynch, B.G. Milligan// Mol Ecol. -1994. -3. P. 91-99.

87. Marczewski W. Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers for the Ns resistance gene in potato (Solarium tuberosum L.)/ W. Marczewski // J.appl.Genet. 2001. - 2(42). - P. 139-146.

88. Marsan P.A. Geographic structure in goat diversity as revealed by AFLP molecular markers/ P.A. Marsan, R. Negrini, E. Milanesi// 7th World Congr Genet Appl Livestock Prod. 2002. - 33. - P. 657-660.

89. Marsjan P.A. Molecular Markers, a tool for exploring genetic diversity / P.A. Marsjan, J.K. Oldenbroek // FAO Research report, Rome. 2007. -P. 359-379.

90. Marle-Koster E. Genetic markers and their application in livestock breeding in South Africa: A review / E. Marle-Koster, L. H. Nel //South African Journal of Animal Science. 2003. - 33 (1). - P. 1-10.

91. Martinez A.M. Genetic structure of the Iberian pig breed using microsatellites/A.M. Martinez, J.V. Delgado, A. Rodero, J.L. Vega-Pla //Animal Genetics. 2000. - 31(5). - P. 295-301

92. McGregor C.E. A comparative assessment of DNA fingerprinting techniques (RAPD, ISSR, AFLP, and SSR) in tetraploid potato (Solarium tuberosum L.) germplasm/ C.E. McGregor, C.A. Lambert, M.M. Greyling // Euphytica. 2000. - 113. - P. 135-144.

93. Meekins J.F. Genetic variation and molecular biogeography of a North American invasive plant species (Alliaria petiolata, Brassicaceae) / J.F. Meekins,

94. H. E. Ballard, B.C. McCarthy// International Journal of Plant Sciences. 2001. -162.-P. 161-169.

95. Menz M.A. A high-density genetic map of Sorghum bicolor (L.) Moench based on 2926 AFLP (R), RFLP and SSR markers / M. A. Menz, R.R. Klein, J.E. Mullet, J.A. Obert, N. C. Unruh // Plant Mol. Biol. 2002. - 48. - P. 483-499.

96. Moreno S. Inter simple sequence repeats PCR for characterization of closely related grapevine germplasm/ S. Moreno, J.P. Martin, J.M. Ortiz // Euphytica. -1998 101. - P. 117-125.

97. Nagaraju J. FISSR-PCR: a simple and sensitive assay for highthroughput genotyping and genetic mapping/ J. Nagaraju, M. Kathirvel, E.V. Subbaiah, M. Muthulakshmi, L.D. Kumar // Molecular and Cellular Probes. -2002.- 16.-P. 67-72.

98. Negrini R.M. Pluvial lake sizes in the northwestern Great Basin throughout the Quaternary Period/ R.M. Negrini, D. Currey, D. Madsen, R. Hershler // Eds, Great Basin Aquatics Systems History, Smithson. Contr. Earth Sci. 2002. - 31. - P. 17-59.

99. Nei M. Genetic distance between populations/M. Nei // American Naturalist -1972. -106. P. 283-392.

100. Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals/M. Nei // Genetics. -1978. 89. - P. 583-590.

101. Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics/M. Nei // Oxford University Press. -2000. P. 333.

102. Neuffer B. Spread of violets in polluted pine forests: morphological and molecular evidence for the ecological importance of interspecific hybridization/B. Neuffer, H. Auge, H. Mesch, U. Amarell, R. Brandl // Molecular Ecology. -1999. 8. - P. 365-377.

103. Nicese F. Molecular characterization and genetic relatedness among walnut (Juglans regie L.) genotypes based on RAPD markers/ F. Nicese, J.I. Hormaza, G.H. McGranahan // Euphytica. 1998. - 101. - P. 199-206.

104. Ovilo C. Characterization of Iberian pig genotypes using AFLPrmarkers/ C. Ovilo, M.T. Cervera, C. Castellanos, J.M. Martinez-Zapater //Animal Genetics.-2000.-31.-P. 117-122.

105. Peakall R. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research/ R. Peakall, P. E. Smouse // Molecular Ecology Notes. 2006. - 6. - P. 288-295.

106. Pemberton J.M. Nonamplifying alleles at microsatellite loci: a caution for parentage and population studies / J.M. Pemberton, J. Slate, D.R. Bancroft, J.A. Barrett // Mol. Ecol. -1995. 4. - P. 249-252.

107. Pereira F. Identification of Species with DNA-Based Technology: Current Progress and Challenges/ F. Pereira, J. Carneiro, A. Amorim // Recent Patents on DNA & Gene Sequences. -2008. -2. P. 187-200.

108. Pires A. E. Molecular structure in peripheral dog breeds: Portuguese native breeds as a case study/A.E. Pires, I.R. Amorim, C. Ginja, M. Gomes, I. Godinho//Animal Genetics. 2009. - 40(4). - P. 383-392.

109. Pritchard J. K. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data / J.K. Pritchard, M. Stephens, P. Donnelly // Genetics. 2000. -155.-P. 945-959.

110. Ratnaparkhe M.B., Inter simple sequence-repeat (ISSR) polymorphisms are useful for finding markers associated with disease resistance gene clusters/ M.B. Ratnaparkhe, M. Tekeoglu, FJ. Muehlbauer // Theor.Appl. Genet.-1998-97-P. 515-517.

111. Rizza M.D. Genetic diversity and DNA content of three South American and threeEurasiatic Trifolium species/ M.D. Rizza, D. Real, R. Reyno // Genetics and Molecular Biology. 2007. - 30. - P. 1118-1124.

112. Rout G.R. Evaluation of genetic relationship in Typhonium species through random amplified polymorphic DNA markers/ G.R. Rout // Biologia Plantarum. 2006. - 50. - P. 127-130.

113. Ryan P.D. PALSTAT, Statistics for palaeontologists/ P.D. Ryan, D.A.T. Harper, J.S. Whalley // Chapman & Hall (now Kluwer Academic Publishers). -1995.

114. Sales E. Population genetic study in the Balearic endemic plant species Digitalis minor (Scrophulariaceae) using RAPD markers/ E. Sales, S.G.

115. Nebauer, M. Mus, J. Segura // American Journal of Botany. 2001. - 88. - P. 1750-1759.

116. Sangiri C. Genetic diversity of mungbean (Vigna radiata, Leguminosae) genepool on the basis of microsatellite analysis/ C. Sangiri, A. Kaga, N. Tomooka, D. Vaughan D., P. Srinives P. // Australian Journal of Botany. -2007.-55- P. 837-847.

117. Sankar A.A. Evaluation of inter-simple sequence repeat analysis for mapping in Citrus and extension of the genetic linkage map/ A.A. Sankar, G.A. Moore// Theoretical and Applied Genetics. 2001. - 102. - P. 206-214

118. Saitou K. Morphological and molecular (RAPD) analyses confirm the hybrid origin of the diploid grass Calamagrostis longiseta var. longe-aristata (Gramineae)/ K. Saitou, T. Fukuda, J. Yokoyama // Folia Geobotanica. 2007.42. - P. 63-76.

119. Schueler M.G. Structural and functional dynamics of human centromeric heterochromatin/ M.G. Schueler, B. Sullivan // Annual Review of Genomics and Human Genetics. 2006. - 7. - P. 301-313.

120. Schweder M.E. Effect of transition interval between melting and annealing temperatures on RAPD analyses/ M. E. Schweder, R.G. Shatters, S.H. West, R.L. Smith // Biotechniques. -1995. -19. P. 38-42.

121. Semagn K. An overview of molecular marker methods for plants/ K. Semagn,A. Bj0rnstad, M. N.Ndjiondjop // African Journal of Biotechnology. -2006. -25 (5). P. 2540-2568.

122. Sperisen C. Cloning of random amplified polymorphic DNA (RAPD) to generate codominant genetic marker// C. Sperisen, U. Biicher // Molecular Tools for Screening Biodiversity, Chapman & Hall, London. 1998. - P. 217-222.

123. Stoneking M. Single nucleotide polymorphisms: From the evolutionary past/ M. Stoneking //Nature. 2001. - 409. - P. 821-822.

124. Strachan T., Read A.P. Human molecular genetics (2nd ed.)/ T. Strachan, A.P. Read // BIOS Scientific Publishers. 1999. Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7580/

125. Sunnucks P. Efficient genetic markers for population biology/ P. Sunnucks // Trends Ecol. Evol. 2000. - 5(15).- P. 199-203.

126. Tamura K. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0/ K. Tamura, J. Dudley, M. Nei, S. Kumar //Molecular Biology and Evolution. 2007. - 24. - P. 1596-1599.

127. Tautz D. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers/ D. Tautz // Nucl Acids Res. 1989. - 17. - P. 64636471.

128. Teneva A. Molecular markers in animal genome analysis/ Teneva A. // Biotechnology in Animal Husbandry. 2009. -25 (5-6). - P. 1267-1284

129. Tsumura Y. Diversity and inheritance of inter-simple sequence repeat polymorphisms in Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii) and sugi (Cryptomeria japonica)/ Y. Tsumura, K. Ohba, S.H. Strauss // Theor.Appl. Genet. 1996. - 92. -P. 40-45.

130. Vicente A. A. Genetic diversity in native and commercial breeds of pigs in Portugal assessed by microsatellites/A. A. Vicente , M. I. Carolino, M.C. O. Sousa, C. Ginja, Silva F. S. // Journal of Animal Science. -2008. 86(10). - P. 2496-2507.

131. Vignal A. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics/ A. Vignal, D. Milan, M. Sancristobal, A.A. Eggen // Genet. Sel. Evol. 2002. - 34. - P. 275-305.

132. Vos P. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting/ P. Vos, R. Hogers, M. Bleeker, M. Reijans, T. Van De Lee, M. Homes, A. Frijters, J. Pot, J. Peleman, M. Kuiper, M. Zabeau //Nucleic Acids Res. 1995. -23. -4407- 4414.

133. Wang G.(CA) and (GA) anchored simple sequence repeats (ASSRs) generated polymorphism in soybean, Glycine max (L.) Merr. Theor/ G. Wang, R. Mahalingan, H.T. Knap //Appl. Genet. -1998. 96. - P. 1086-1096.

134. Weising K. DNA Fingerprinting in Plants and Fungi (ed. Arbor A.)/ K. Weising, H. Nybom, K. Wolff, W. Meyer // CRC Press, Boca Raton. 1995. -P. 1-3.

135. Welsh J. Fingerprint genomes using PCR with arbitrary primers/ J. Welsh, M. McClelland // Nucleic Acids Res. 1990. -24(18) - P. 7213 - 7218

136. Werner F.A.O. Standardized presentation of SNP genotypes for paternity testing, individual identification and genetic distance analysis/ F.A.O. Werner, G. Durstewitz, G. Thaller, H. Barkemeyer, U. Irps // I.S.A.G. 2002

137. Werner F.A.O. Detection and characterization of SNPs useful for identity control and parantage testing in major European dairy breeds/ F.A.O. Werner, G. Durtsewitz, N.F.A. Haberman, G. Thaller, W. Krämer // Animal Genetics. -2004. 35. - P. 44-49.rd

138. White P.S. 3 Int. Meeting on Single Nucleotide Polymorphism and Complex Genome Analysis: SNP's: «Some Notable Progress»/ P.S. White, P. Kwok, P. Oefiier, A.J. Brookes // Eur. J. Hum. Gen. 2001. - 9. - P. 316-318.

139. Williams J.G.K. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers/ J.G.K. Williams, A.R. Kubelik, K.J. Livak, J.A. Rafalski, S.V. Tingey //Nucleic Acids Research. 1990. - 18. - P. 6531-6535.

140. Wolfe A.D. Relationships within and among species of the holoparasitic genus Hyobanche (Orobanchaceae) inferred from ISSR bandingpatterns and nucleotide sequences/ A.D. Wolfe, C.P. Randle // Syst. Botany. -2001.-26.-P. 120-130.

141. Wolff K. Optimizing the generation of random amplified polymorphic DNA in chrysanthemum / K. Wolff, E.D. Schoen, J. Peters-Van Rijn // Theor. Appl. Genet. -1993 № 86. - P.1033-1037.

142. Wu K. Detection of microsatellite polymorphisms without cloning/ K. Wu, R. Jones, L. Dannaeberger, P.A. Scolnik //Nucleic Acids Res. -1994. 22. -P. 3257-3258.

143. Zhao W.G. A comparison of genetic variation among wild and cultivated Morus Species (Moraceae) as revealed by ISSR and SSR markers/ W.G. Zhao, Z.H. Zhou, X.X. Miao //Biodiversity and Conservation. 2007. - 16. - P. 275-290.