Полиморфизм фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов, в исследованиях пород овец, крупного рогатого скота, лошадей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Феофилов, Антон Владимирович

• Феофилов, Антон Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Феофилов, Антон Владимирович

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. Обзор литературы.

1.1. Биоразнообразие сельскохозяйственных видов животных.

1.1.1. Биоразнообразие в глобальном масштабе.

1.1.2. Проблема сохранения генетического разнообразия пород.

1.1.3. Генетически обоснованные программы сохранения генофондов исчезающих пород.

1.2. Поколения молекулярно-генетических маркеров в исследованиях генофондов пород.

1.2.1. Полиморфизм отдельных локусов.

1.2.2. Микросателлиты, их представленность в геномах и возможные функции.

1.2.3. Полилокусные маркеры ДНК.

1.2.4. Геномное сканирование.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Полиморфизм фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов, в исследованиях пород овец, крупного рогатого скота, лошадей»

Актуальность темы. Успешность решения задач общей и частной по-пуляционной генетики многих видов, в том числе и сельскохозяйственных зависит от изученности особенностей полиморфизма различных элементов геномов (Харченко, Глазко 2006; Эрнст, 2008; Зиновьева, 2008; Калашникова, 2010). В последнее время микросателлитные последовательности ДНК широко используются для генотипирования особей, исследования генофондов растений и животных, описания их изменений под влиянием факторов естественного и искусственного отборов, установления происхождения, поисков связей с фенотипическими признаками, картирования главных генов количественных признаков (Зиновьева, Гладырь, 2009, 2011; Храброва, 2008; Багиров с соавт. 2009). Работы с использованием микросателлитных последовательностей ДНК внесли определенный вклад в развитие новых направлений и нового взгляда на организацию генома как целого (Зайцев, Храброва, 2011). Геномика в нано-масштабе, или геномное сканирование - метод одновременного генотипирования внутри одного генома от десятков или пары сотен маркеров до истинного геномного сканирования путем полного секвени-рования геномов (Nosil et al., 2009). К настоящему времени геномы ряда сельскохозяйственных видов полностью секвепированы, широко используются оценки полиморфизмов по сотням тысячам мононуклеотидных замен (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) в целях картирования главных генов количественных признаков, полиморфизм которых можно использовать для прогноза желательного проявления хозяйственно ценных признаков («геномная селекция», Weller, Ron, 2011). В то же время, оказалось, что эффективность прямого включения результатов генотипирования нескольких десятков тысяч SNP в селекционные программы (genomic breeding values - GEBV) не очень высока и варьирует в зависимости от породной принадлежности (Flori et al. 2009) и эколого-географических условий разведения животных (Hammami et al. 2009). Поскольку у крупного рогатого скота были выявлены множественные сегментные дупликации (Gibbs et al. 2009), которые, предположительно, связаны с эффектами искусственного отбора, выполняются геномные сканирования по полиморфизму изменчивости числа копий нуклео-тидных последовательностей длиной от 100 до 1000 пар нуклеотидов (п.н.) в геномах крупного рогатого скота (Seroussi et al. 2010).

Альтернативным направлением геномного сканирования может быть использование оценок полиморфизма длин фрагментов ДНК, фланкированных короткими инвертированными повторами, поскольку, как правило, изменчивость по копийности нуклеотидных последовательностей ассоциирована с их наличием (Fleischmann et al. 1995; Kim et al. 2010). Применение мик-росателлитных последовательностей в качестве праймеров в полимеразной цепной реакции (ПЦР) для геномного сканирования получило название ISSR-PCR (Inter-Simple Sequence Repeat - Polymerase Chain Reaction). Co времен появления метода (Zietkiewicz et al. 1994) эти маркеры нашли широкое применение в популяционно-генетических исследованиях различных объектов, от растений и животных, различных инфекционных агентов до оценок нестабильности генетического аппарата при онкологических патологиях (Глазко 2009; Зиновьева с соавт. 2011). В то же время, геномное распределение микросателлитов и их инвертированных повторов существенно отличается у разных таксонов (Santana et al. 2009; Zhang De-Xing, Hewitt, 2003), возможные причины таких отличий до сих пор остаются недостаточно исследованными. Накоплено много данных, свидетельствующих о том, что сложность спектров продуктов амплификации TSSR-PCR маркеров, их полиморфизм, может зависеть от особенностей корового мотива микросателлита, используемого в качестве праймера, в частности, от его термодинамических характеристик (Wiesner, Wiesnerova, 2004). Это приводит к тому, что перед использованием ISSR-PCR для геномного сканирования необходимо предварительно исследовать полиморфизм спектров продуктов амплификации фрагментов ДНК, фланкированных участками инвертированных повторов микросателлитов, в зависимости от корового мотива микросателлита, видовой и породной принадлежности животных, эколого-географических условий их воспроизводства. В этих целях в настоящем исследовании выполнен сравнительный анализ полиморфизма 18811-РСК маркеров, полученных с использованием в качестве праймеров участков различных микросателлитов, у ряда видов сельскохозяйственных животных.

Цель и задачи исследований. Целью настоящего исследования являлась разработка и оптимизация методов использования ^БК-РСЯ маркеров для выявления и контроля генетического разнообразия генофондов некоторых видов и пород сельскохозяйственных животных.

Для этого были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Провести сравнительный анализ спектров продуктов амплификации, получаемых с использованием в качестве праймеров участков различных микросателлитов, у крупного рогатого скота, овец, лошадей, а также некоторых представителей диких видов семейства ВоУ1с1ае;

2. Оценить информативность спектров фрагментов ДНК, получаемых при использовании различных праймеров для геномного сканирования доме-стицированных видов Воу'1с1ае, а также домашней лошади;

3. Дать характеристику исследованных групп животных по доле полиморфных локусов, полиморфному информационному содержанию спектров продуктов амплификации 18811-РС11 маркеров в зависимости от нуклеотид-ной последовательности микросателлитов, используемых в качестве праймеров;

4. Выявить получаемые в результате ^БЯ-РСЯ генетические локусы, участвующие в межвидовой и внутривидовой (межпородной) генетической дифференциации;

5. Оценить возможные источники отличий в распределении 188Я-РСЯ маркеров путем анализа особенностей их локализации в секвенированных последовательностях геномной ДНК с использованием международной базы данных ОепВапк;

6. Изучить последовательности ампликонов, демонстрирующих разнообразие на внутривидовом уровне, с целью выявления возможных причин наблюдаемых различий.

Научная новизна работы состоит в том, что в ней впервые выполнен сравнительный анализ спектров фрагментов ДНК, получаемых методом ^БЛ-РСЛ анализа, для представителей доместицированных и диких видов копытных. Рассмотрены особенности генетической дифференциации крупного рогатого скота, овец, лошадей по полиморфизму «анонимных» фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами участков микроса-теллитных локусов. Впервые у исследованных групп животных изучены особенности спектров получаемых фрагментов ДНК в зависимости от нуклео-тидной последовательности флангов. Получены данные о видовой и породной специфичности, консервативности и изменчивости отдельных фрагментов ДНК, присутствующих в 188К-РСЯ спектрах, о возможной связи наблюдаемого полиморфизма со спецификой локализации микросателлитов в различных частях генома. Путем секвенирования показано, что источником появления отдельных фрагментов ДНК в 188Я-РСЯ спектрах может быть рекомбинация между участками эндогенных ретровирусов. Один из таких фрагментов у лошадей оказался ассоциированным с присутствием хромосомы У.

Практическая значимость работы заключается в том, что в результате выполненных исследований подобраны наиболее информативные полило-кусные сочетания 188К-РСЯ маркеров, позволяющие проследить родственные отношения между группами животных, разработать видовые, внутривидовые, породные и внутрипородные «генофондные стандарты» - совокупности ДНК фрагментов разной длины в ^ЗЯ-РСЯ спектрах, присутствие/отсутствие которых отличает одну группу животных от другой. Полученные результаты дают возможность предложить генетически обоснованные программы сохранения биоразнообразия редких и исчезающих видов и пород, контролировать динамику генофондов сельскохозяйственных животных в условиях искусственного и естественного отборов. Обнаруженный фрагмент ДНК в геноме лошади, ассоциированный с присутствием хромосомы У, может быть использован для пренатальной диагностики пола эмбриона методом ПЦР-анализа.

Положения, выносимые на защиту:

1. Результаты геномного сканирования при генотипировании нескольких десятков фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов (18811-РС11 маркеры) отражают популяционно-генетические взаимоотношения между группами животных на межвидовом, внутривидовом (породном) и внутрипородном уровнях.

2. Участки генома, фланкированные инвертированными повторами микросателлитов, позволяют создавать тест-системы, устанавливающие принадлежность животного к конкретной (видовой, породной, по признаку пола) группе.

3. Полиморфизм ^БЯ-РСЯ маркеров может быть тесно связан с перемещениями и рекомбинацией мобильных генетических элементов.

Апробация работы. Материалы диссертации были доложены и представлены: на Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2009», Москва; на Международной московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ'09); на Международной научно-практической конференции, посвященной 60-летию зоотехнической науки Беларуси, Жодино, 2009; на Национальной научной конференции по генетике, Болгария, 2009; на Международном молодежном научном форуме «ЛОМОНОСОВ-2010», Москва; на 7-ой Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии (Вет^'Ю), Новосибирск; на Международной научной конференции «24-е генетические дни», Брно, 2010; на IX Съезде Териологического общества при РАН, Москва, 2011; на VI Московском международном конгрессе «Биотехнология», 2011; на Международном молодежном научном форуме «ЛОМОНОСОВ-2011», Москва; на Международной московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ'11); на конкурсе молодых ученых на лучший инновационный проект по вопросам биотехнологии (ВИЖ, 2012); на 8-ой Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии (В0118'12), Новосибирск.

Публикация результатов исследования. Основные результаты работы опубликованы в 21 научной статье, в том числе 9 из них в журналах, рекомендованных ВАК России.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Феофилов, Антон Владимирович

ВЫВОДЫ

1. Сравнительный анализ геномной ДНК ряда пород крупного рогатого скота, овец и лошадей по полилокусным спектрам ISSR-PCR маркеров с использованием в качестве праймеров фрагментов микросателлитных локу-сов (AG)ç>C, (GA)9C, (GAG)ôC, (СТС)6С свидетельствует о видо- и поро-доспецифичных особенностях сочетаний фрагментов ДНК разной длины, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов.

2. Доли полиморфных локусов, индекс полиморфного информационного содержания (PIC) спектров ISSR-PCR маркеров зависят от нуклеотидной последовательности м икр о сателлита, используемого в качестве праймера, а не от длины его элементарного повтора. Так, у исследованных групп животных отличия в показателях полиморфизма спектров ампликонов праймеров (GA)qC, и (AG)9C, (СТС)бС и (GAG)gC были не меньше, чем в общем между спектрами ди- и тринуклеотидных праймеров.

3. Доля полиморфных локусов и значения PIC по спектрам всех праймеров были близкими у всех исследованных животных: у пород крупного рогатого скота от 0 до 97% и от 0 до 0,300 соответственно; у пород овец от 69% до 100% и от 0,071 до 0,399 соответственно; у пород лошадей от 43% до 92% и от 0,059 до 0,366 соответственно. В то же время, наблюдались видовые отличия вклада в полиморфизм спектров ISSR-PCR, полученных с разными праймерами. Так, у крупного рогатого скота и овец одним из наиболее полиморфных спектров был спектр праймера (СТС)бС, наименее - праймера (GA)9C; у лошадей наиболее полиморфными были спектры праймера (GAG)6C.

4. Выявлены ампликоны и их сочетания, присутствие которых типично для одной исследованной группы животных, представляющих определенную породу (крупного рогатого скота, овец, лошадей), и отличает их генофонды от животных других пород (например, фрагмент ДНК длиной в 370 п.н. у красной эстонской породы, фрагмент длиной в 410 п.н. у чернопестрой в спектрах ампликонов праймера (AG)9C). Обнаруженное нами соответствие взаимоотношений между генофондами пород, оцененное на основании дендрогамм, известной истории происхождения пород, позволяет проводить поиск молекулярно-генетических маркеров «генофондно-го стандарта» исследованных пород с использованием полученных нами данных.

5. Сравнительный анализ ISSR-PCR маркеров у овец свидетельствует о возможности их использования для выявления генофондной дифференциации не только пород, но и внутрипородных типов, таких как бирликский и суюндукский внутрипородные типы эдильбаевской овцы.

6. Кластеризация групп трех пород рысаков и двух групп лошадей алтайской породы на дендрограммах полностью совпала с историей их формирования, что свидетельствует об эффективности использования полученных нами полилокусных спектров ISSR-PCR маркеров для реконструкции происхождения в различных по численности группах животных.

7. Результаты поиска последовательностей, гомологичных к праймерам (GA)9C, и (AG)9C, в секвенированных последовательностях геномов крупного рогатого скота и овец свидетельствуют о том, что различия в полиморфизме в спектрах ампликонов этих праймеров частично обусловлены их локализацией в определенных геномных районах: праймера (AG)9C в интронах генов II класса главного комплекса гистосовместимости, а (GA)9C - в участках связывания белков, ответственных за упаковку хроматина (GAF, CTCF).

8. Секвенирование фрагментов ДНК из спектра продуктов амплификации лошади с использованием праймера (AG)9C позволило обнаружить ДНК фрагмент длиной в 416 п.н., участок которого длиной около 250 п.н. в большом количестве включений присутствует во всех секвенированных последовательностях хромосом лошади. Число локализаций гомологичных фрагментов коррелировало с длиной хромосом лошади (г=0,93, Р<0,001). Этот фрагмент имел высокую степень гомологии с лидирующим участком эндогенного ретровируса ЕЯУ1 лошади. Подбор праймеров по флангам секвенированного продукта длиной в 416 п.н. с последующей его амплификацией указывает на его локализацию в хромосоме У исследованных лошадей. Полученные данные свидетельствуют о том, что одним из механизмов формирования полиморфных 188Я-РСЯ маркеров являются рекомбинации между мобильными генетическими элементами.

ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ

Научным учреждениям при использовании 188Я-РСЯ в целях геномного сканирования рекомендуется проводить предварительное изучение параметров получаемых спектров продуктов амплификации геномной ДНК. При анализе генофондов крупного рогатого скота и овец рекомендуется использовать в качестве праймеров последовательности (СТС)6С и (АО^С; генетической структуры лошадей - последовательность (САС)6С.

Научным учреждениям, принимающим участие в племенной работе, предлагается использовать метод 188Я-РСЯ наравне с другими методами полилокусного генотипирования ввиду представленных в данной работе возможностей адекватно оценивать генетическую дифференциацию даже небольших групп животных, связанную как с особенностями их происхождения, так и влиянием факторов окружающей среды.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Выполнено геномное сканирование пород и внутрипородных групп сельскохозяйственных животных (крупный рогатый скот, овцы, лошади) с использованием 18811-РС11 (в среднем около 40 локусов на группу животных). Выявлена видовая и породная специфичность присутствия, а также консервативности и полиморфизма отдельных участков ДНК определенной длины, фланкированных инвертированными повторами микросателлитов. Дендрограммы, построенные по генетическим расстояниям М. Нея, рассчитанным суммарно по всем выявленным ^БЯ-РСЫ маркерам, соответствовали генетической дифференциации между исследованными группами животных, поскольку совпадали с известной историей расхождения видов, формирования пород, помесей.

При сравнительном анализе спектров 188Я-РСЯ маркеров обнаружены отличия в сложности спектров (количестве продуктов амплификации) и их полиморфизме. Такие отличия в спектрах, в частности, праймеров (Ав^С и (ОА)9С у крупного рогатого скота и овец, могут быть обусловлены особенностями геномной локализации микросателлитов: присутствием АО повторов в высокополиморфных генах иммунной системы, ОА последовательностей - в консенсусах ДНК-связывающих белков. Выраженных отличий между спектрами праймеров, основанных на динуклеотидных микросателлитных мотивах, и основанных на тринуклеотидных мотивах не выявлено. Результаты се-квенирования свидетельствуют о том, что одним из механизмов формирования полиморфных ^ЗЯ-РСЯ маркеров могут быть процессы рекомбинаций между мобильными генетическими элементами и ассоциированными с ними микросателлитами.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Феофилов, Антон Владимирович, 2012 год

1. Азаров, С. Г. Овцеводство Таджикистана: Монография. М.: Сель-хозгиз. 1930. 129 с.

2. Багиров В.А., Гладырь Е.А., Эрнст Л.К., Кленовицкий П.М., и др. Сохранение и рациональное использование генетических ресурсов яка (Bos mutus) // Сельскохозяйственная биология. Серия: Биология растений. Серия: Биология животных. 2009. № 2. С. 37-42.

3. Багиров В.А., Насибов Ш.Н., Кленовицкий П.М. и др. Сохранение и рациональное использование генофонда животных // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. 2009. № 2. С. 37-40.

4. Бакай Ф.Р., Семенов A.C. Анеуплоидия у голштинизированного крупного рогатого скота в связи с показателями воспроизводительной способности//Естественные науки. 2009. №2. С. 189-193.

5. Бородина Т. Основные методы детекции аллельных вариантов SNPs. Электронный ресурс. URL: http://molbiol.edu.ru/review/0403.html.

6. Бузыкина А., Стародумов М. О русской породе замолвите слово // «Золотой мустанг». 2003. № 4. С. 56-60.

7. Быкова A.C., Зиновьева H.A., Гладырь Е.А. Экспресс-диагностика аллелей BOLA-DRB3, ассоциированных с устойчивостью крупного рогатого скота к лейкозу // Проблемы биологии продуктивных животных. 2011. № 1. С. 12-15.

8. Васин Б.Н. Генетика овец. В 4 кн. М., 1928-1932.

9. Гладырь Е.А., Горелов П.В., Маурчева В.Н. и др. Оценка результативности тест-системы на основе микросателлитов в проведении ДНК-экспертизы крупного рогатого скота // Достижения науки и техники АПК. 2011. №8. С. 51-54.

10. Гладырь Е.А., Зиновьева H.A., Эрнст JI.K. и др. Молекулярные методы в диагностике заболеваний и наследственных дефектов сельскохозяйственных животных // Зоотехния. 2009. № 8. С. 26-27.

11. Глазко В.И., Созинов И.А. 1993. Генетика изоферментов животных и растений. Киев: "Урожай". 526 с.

12. Глазко В.И., Столповский Ю.А., Феофилов A.B., Кол Н.В. Распределение фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами ди-и тринуклеотидных микросателлитов, в геномах серого украинского скота // Известия ТСХА. 2009. № 1. С. 155-162.

13. Глазко В.И., Шульга. Е.В., Дымань Т.Н., Глазко Г.В. ДНК-технологии и биоинформатика в решении проблем биотехнологий млекопитающих. Белая Церковь. 2001. 488 е.;

14. Грикшас С.А., Черекаева Е.А., Калашникова JI.A. и др. Использование современных методов ДНК-диагностики для определения стрессчувстви-тельности свиней // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. 2006. № 4. С. 76-84.

15. Гузеев Ю.В., Гладырь Е.А., Зиновьева H.A. и др. Генетический мониторинг популяции серого украинского скота с использованием ДНК-маркеров // Проблемы биологии продуктивных животных. 2011. № 1. С. 1719.

16. Денискова Т.Е., Гладырь Е.А., Зиновьева H.A., Сизарева Е.И. Моделирование системы мультиплексного анализа ISSR-маркеров свиней // Достижения науки и техники АПК. 2011. № 10. С. 55-56.

17. Дымань Т.Н., Городиая A.B., Тарасюк С.И. и др. Участие маркеров структурных генов и анонимных последовательностей ДНК в генетической дифференциации у видов рода Ovis aries hivicola borealis // Цитология и генетика, 2000. № 6. С. 49-59.

18. Ермеков М. А. Курдючные овцы Казахстана: Монография / М. А. Ермеков, А. В. Голодное. Алма-Ата: Кайнар, 1976. 285 с.

19. Ерохин А.И. Овцеводство: Монография / А. И. Ерохин, С. А. Ерохин. М.: Изд-во МГУП, 2004. 453 с.

20. Ерохин А.И., Карасев Е.А., Ерохин С.А. Романовская порода овец: состояние, совершенствование, использование генофонда. М.: Росинформагро-тех, 2005.

21. Дмитриев Н.Г. Каталог пород крупного рогатого скота по странам мира//Ленинград: ВИРГЖ. 1973. 70 с.

22. Дмитриев Н.Г. Породы скота по странам мира // Ленинград: Колос 1978.350 с.

23. Зиновьева H.A. Молекулярно-генетические методы и их использование в свиноводстве // Достижения науки и техники АПК. 2008. № 10. С. 3436.

24. Зиновьева H.A., Гладырь Е.А. Генетическая экспертиза сельскохозяйственных животных: применение тест-систем на основе микросателлитов // Достижения науки и техники АПК. 2011. № 9. С. 19-20.

25. Зиновьева H.A., Костюнина О.В., Гладырь Е.А. и др. Роль ДНК-маркеров признаков продуктивности сельскохозяйственных животных // Зоотехния. 2010. № 1. С. 8-10.

26. Зиновьева H.A., Стрекозов Н.И., Молофеева Л.А. Оценка роли ДНК-микросателлитов в генетической характеристике популяции черно-пестрого скота // Зоотехния. 2009. № 1. С. 2-4.

27. Калашников В.В., Пустовой В.Ф. Практическое коневодство. М.: Колос, 2000. 376 с.

28. Калашников В.В., Храброва Л.А., Зайцев A.M. и др. Изучение полиморфизма сателлитной ДНК лошадей заводских и местных пород // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. 2010. № 6. С. 48-50.

29. Калашникова Jl.А. Геномная оценка молочного скота // Молочное и мясное скотоводство. 2010. № 1. С. 10-12.

30. Калашникова JI.A., Хабибрахманова Я.А., Тинаев А.Ш. Влияние полиморфизма генов молочных белков и гормонов на молочную продуктивность коров черно-пестрой породы // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. 2009. № 3. С. 49-52.

31. Календарь Р.Н., Глазко В.И. Типы молекулярно-генетических маркеров и их применение // Физиология и биохимия культурных растений. 2002. Т. 34. № 4. С. 279-296.

32. Калинкина Г.В., Крешихина В.В. Реализация генетического потенциала в орловской рысистой породе // Коневодство и конный спорт. 2010. № 3. С. 12-15.

33. Калинкина Г.В., Орлова Ю.А. Совет по племенной работе с орловской рысистой породой // Коневодство и конный спорт. 2008. № 1. С. 5-7.

34. Камбегов Б.Д., Балакшин O.A., Хотов В.Х. Лошади России: полная энциклопедия. М.: Издательство «РИЦ МДК». 2002. 240 с.

35. Канапин К. Курдючные грубошерстные овцы Казахстана: Монография. Алматы: Кайнар, 2000. 196 с.

36. Козловский Б. В Горном Алтае // Коневодство и конный спорт. 1984. №6. С. 32.

37. Корочкин Л.И., Серов О.Л., Пудовкин А.И. и др. Генетика изофермен-тов. 1977. М., Наука, 275 с.

38. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. 1984. М. Мир, 479 с.

39. Моисейкина Л.И., Трофименко С.П., Кленовицкий П.М. Связь групп крови с продуктивностью у овец // Зоотехния. 2009. № 5. С. 23-24.

40. Насибов Ш.Н., Багиров В.А., Кленовицкий П.М. и др. Сохранение и рациональное использование генофонда снежного барана // Достижения науки и техники АПК. 2010. № 12. С. 63-65.

41. Насибов Ш.Н., Воеводин В.А., Багиров В.А. и др. Биологические особенности гибридов яка с крупным рогатым скотом // Проблемы биологии продуктивных животных. 2010. № 4. С. 113-115.

42. Романов П.Л. Охрана и использование генофонда якутского скота // Якуткнигиздат. 1984. С. 144.

43. Свечин К.Б. и др. Коневодство. 2-е изд., перераб. и доп. М.: Колос, 1992. 271 с.

44. Серебровский A.C. Генетика и животноводство // Классики советской генетики. Л.: Наука. 1968. С. 325-354.

45. Серебровский A.C. Геногеография и генофонд сельскохозяйственных животных // Науч. слово. 1928. № 8. С. 7-42.

46. Скотоводство. Крупный рогатый скот, т. 1, М., 1961

47. Соколов В.В., Куц Г.А. "Мировое овцеводство". Справочник. Ижевск. Издательство Удмуртского университета, 1994.

48. Столповский Ю.А. Популяционно-генетические основы сохранения ресурсов генофондов доместицированных видов животных. автореферат докт. дис. Москва: ИОГЕН 2010. 50 с.

49. Столповский Ю.А., Кол Н.В., Лапшин A.B. и др. Полиморфизм моле-кулярно-генетических маркеров у овец романовской породы // Известия ТСХА. 2008. № 2. С. 48-54.

50. Столповский Ю.А., Лазебный O.E., Столповский К.Ю., Сулимова Г.Е. Применение метода ISSR-PCR для оценки популяционной структуры, идентификации и сходства генофондов пород и видов доместицированных животных//Генетика. 2010. Т. 46. № 6. С.825-833;

51. Уханов C.B., Столповский Ю.А., Банникова Л.В. и др. Генетические ресурсы крупного рогатого скота: редкие и исчезающие отечественные породы//М., Наука. 1993. С. 170.

52. Харченко П.Н., Глазко В.И. ДНК-технологии в развитии агробиологии. М.: Воскресенье, 2006. 480 с.

53. Храброва JI.A. Использование генетических исследований в коневодстве // Коневодство и конный спорт. 2010. № 2. С. 11-13.

54. Храброва JI.A., Зайцева М.А., Калинкова JI.B. Генетическая дифференциация чистокровных пород лошадей по микросателлитным локусам // Сельскохозяйственная биология. Серия: Биология растений. Серия: Биология животных. 2008. № 2. С. 31-34.

55. Храброва JT.A. Оценка гомозиготности лошадей с разным уровнем инбридинга по локусам микросателлитов ДНК // Зоотехния. 2010. № 9. С. 23.

56. Эрнст JI.K. Роль биологии в развитии животноводства в XXI веке // Достижения науки и техники АПК. 2008. № 10. С. 7-8.

57. Abajian C., University of Washington, Seattle Электронный ресурс. URL: http://espressosoftware.com/sputnik/index.html.

58. Bao W., Jurka J. DNA transposons from zebrafish // Repbase Reports. -2008. Vol.8, N.l 1. P. 1720

59. Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences // Nucleic Acids Res. 1999. No. 27. P. 573-580.

60. Boian S. Alexandrov, Vladimir Gelev, Yevgeniya Monisova, et al. A nonlinear dynamic model of DNA with a sequence-dependent stacking term // Nucleic Acids Research. 2009. Vol. 37. No. 7. P. 2405-2410.

61. Botstein D., White R.L., Scolnick M., Davis R.W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphism // Am. J. Hum.Genet., 1980. Vol. 32. P. 314-331.

62. Brookes A.J. The essence of SNP // Gene. 1999. No. 234. P. 177-186.

63. Butchart S.H.M., Walpole M., Collen B. et al. Global Biodiversity: Indicators of Recent Declines // www.sciencexpress.org 29 April 2010.

64. Campa A., Giansanti A. Experimental tests of the Peyrard-Bishop model applied to the melting of very short DNA chains // Phys. Rev. E. 1998. 58, 3585.

65. Cuadrado A., Schwarzacher T. The chromosomal organization of simple sequence repeats in wheat and rye genomes // Chromosoma. 1998. Vol.107. P. 587-594.

66. Dauxois T., Peyrard M. and Bishop A.R. Entropy-driven DNA denatura-tion // Phys. Rev. E Stat. Phys. Plasmas Fluids Relat. Interdiscip. 1993. Topics, 47, R44-R47.

67. Davydov A.S. The theory of contraction of proteins under their excitation // J. Theor. Biol. 1973. No. 38 P. 559-569.

68. Delgrange O., Rivals E. STAR: an algorithm to search for tandem approximate repeats // Bioinformatics. 2004. No. 20. P. 2812-2820.

69. Deshpande A.M., Newlon C.S. DNA replication fork pause sites dependent on transcription. 1996. Science. No. 272. P. 1030-1033.

70. Dujon B., Alexandraki D., Andre B. et al. Complete DNA sequence of yeast chromosome XI //Nature. 1994. No. 369. P. 371-378.

71. Dujon B., Sherman D., Fischer G. et al. Genome evolution in yeasts // Nature. 2004. No. 430. P. 35-44.

72. Elsik C.G., Tellam R.L., Worley K.C. The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution // Science. 24 April 2009: Vol. 324 No. 5926. P. 522-528.

73. Englander S.W., Kallenbach N.R., Heeger A.J. et al. Nature of the open state in long polynucleotide double helices: possibility of soliton excitations // Proc. Natl Acad. Sei. USA. 1980. No. 77. P. 7222-7226.

74. Epplen C., Melmer G., Siedlaczck I. On the essence of 'meaningless' simple repetitive DNA in eukaryote genomes // In: DNA Fingerprintin: State of the Science. Birkhauser Verlag, Basel Switzirland. 1993. P.29-45.

75. Farah J. A., Hartsuiker E., Mizuno K. et al. A 160-bp palindrome is a Rad50. Rad32-dependent mitotic recombination hotspot in Schizosaccharomyces pombe // Genetics. 2002. No. 161. P. 461-468.

76. Flori L., Fritz S., Jaffrezic F. et al. The Genome Response to Artificial Selection: A Case Study in Dairy Cattle // PLoS ONE. 2009. Vol. 4, No.8. e6595.

77. Freeman J.L., Perry G.H., Feuk L. et al. Copy number variation: New insights in genome diversity // Genome Res. 2006. No. 16. P. 949-961.

78. Gabig M., Wegrzyn G. An introduction to DNA chips: principles, technology, applications and analysis. Acta Biochimica Polonica. 2001. Vol.48. No. 3. P. 615-622.

79. Garcia-Etxebarria K., Jugo B.M. Genome-Wide Detection and Characterization of Endogenous Retroviruses in Bos Taurus // J. Virol. 2010. Vol. 84. P. 10852-10862.

80. Garza J.C., Slatkin M., Freimer N.B. Microsatellite allele frequencies in humans and chimpanzees, with implications for constraints on allele size // Molec. Biol, and Evol. 1995. Vol.12. P.594-603.

81. Gautier M., Laloe D., Moazami-Goudarzi K. Insights into the Genetic History of French Cattle from Dense SNP Data on 47 Worldwide Breeds // PLoS ONE 2010. Vol.5, No. 9. el3038

82. Gifford, R., Kabat P., Martin J. et al. Evolution and distribution of class II-related endogenous retroviruses // J. Virol. 2005. Vol. 79. P. 6478-6486.

83. Guo Z, Zhang L, Li Y Increased Dependence of Humans on Ecosystem Services and Biodiversity//PLoS 2010. Vol. 5,No.l0. el3113.

84. Hancock J.F. Plant Evolution and the Origin of Crop Species. 1992. Pren-ticeHall, Englewood Cliffs, New Jersey.

85. Hazell P., Wood S. Drivers of change in global agriculture // Phil. Trans. R. Soc. B 2008. Vol. 363. P. 495-515.

86. Hurst D., Zuiverloon C., Hafner C. et al. A SNaPshot assay for the rapid and simple detection of four common hotspot codon mutations in the PIK3CA gene // BMC Research Notes. 2009. No. 2. P. 66.

87. International HapMap Consortium. The International HapMap Project. Nature. 2003 Dec 18;426(6968):789-96.

88. Iruela M., Rubio J., Cubero J.I. et al. Phylogenetic Analysis In The Genus Cicer And Cultivated Chickpea Using RAPD And ISSR Markers // Theoretical and Applied Genetics TAG. 2002. T. 104. № 4. C. 643-651;

89. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Hypervariable 'minisatellite' regions in human DNA. Nature. 1985. No. 314. P.67-73.

90. Jern P., Coffin J. Effects of retroviruses on host genome function // Annu. Rev. Genet. 2008. Vol.42. P.709-732.

91. Jurka J. Putative non-autonomous ERVl-type endogenous retrovirus from horse // Repbase Reports. 2008. Vol.8, No.5. P.601.

92. Kalendar R., Grob T., Regina M. et al. IRAP and REMAP: Two new retrotransposon-based DNA fingerprinting techniques // Theoretical and Applied Genetics. 1999. Vol. 98. P. 704-711.

93. Kalendar R., Schulman A.H. IRAP and REMAP for retrotransposon-based genotyping and fingerprinting //Nature Protocols. 2006. V. 1. № 5. P. 2478-2484.

94. Kolpakov R., Bana G., and Kucherov G. mreps: efficient and flexible detection of tandem repeats in DNA // Nucleic Acids Res. 2003. No. 31. P. 36723678.

95. Kostia S., Ruohonen-Lehto M., Vainola R. et al. Phylogenetic information in inter-SINE and inter-SSR fingerprints of the artiodactyla and evolution of the bov-tA S //Heredity. 2000. Vol.84, Pt 1. P. 37-45.

96. Kozal M.J. et al. Extensive polymorphisms observed in HIV-1 clade B protease gene using high-density oligonucleotide arrays. Nat Med. 1996. Vol. 2. No.7. P.753-759.

97. Kuhn R.M., Clarke L., Carbon J. Clustered tRNA genes in Schizosaccharomyces pombe centromeric DNA sequence repeats // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. No. 88. P.1306-1310.

98. Van der Kuyl A.C. Characterization of a Full-Length Endogenous Beta-Retrovirus, EqERV-Betal, in the Genome of the Horse (Equus caballus) // Viruses 2011. Vol.3. P. 620-628.

99. Lai E Application of SNP technologies in medicine: lessons learned and future challenges // Genome Research. 2001. No. 11. P. 927-929.

100. Lewis J., Abas Z., Dadousis C. et al. Tracing Cattle Breeds with Principal Components Analysis Ancestry Informative SNPs // PLoS ONE 2011. V.6, N.4. el8007.

101. Li Y.C., Fahima T., Korol A. Microsatellite diversity correlated with eco-logical-edaphic and genetic factors in three microsites of wild emmer wheat in North Israel // Molec. Biol, and Evol. 2000. Vol.17. P.851-862.

102. Li Y.C., Fahima T., Peng J.H. et al. Edaphic microsatellite DNA divergence in wild emmer wheat, Triticum dicoccoides, at a microsite: Tabigha, Israel//Theor. and App. Genet. 2000. Vol.101. P. 1029-1038.

103. Li Y.C., Ruder M.S., Fahima T. et al. Climatic effect on microsatellite diversity in wild emmer wheat, Triticum dicoccoides, at Yehudiyya microsite // Israel: Heredity. 2002. Vol.89. P.127-132.

104. Li Y.C., Korol A., Fahima T., Nevo E. Microsatellites: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review // Molecular Ecology. 2002. P. 2453-2465.

105. Lipshutz R.F. et al. Advanced DNA sequencing technologies. Curr Opinion in Structural Biology. 1994. No. 4. P.376-380.

106. Litt M., Luty J. A. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene // Am. J. Hum. Genet. 1989. No. 44. P. 397-401.

107. Lobachev K.S., Gordenin D.A., Resnick M.A. The Mrell complex is required for repair of hairpin-capped double-strand breaks and prevention of chromosome rearrangements // Cell. 2002. No. 108. P. 183-193.

108. Lobachev K. S., Stenger J.E., Kozyreva O.G. et al. Inverted Alu repeats unstable in yeast are excluded from the human genome // EMBO J. 2000. No. 19. P. 3822-3830.

109. Long E.O., Dawid I.B. Repeated genes in eukaryotes // Ann. Rev. Biochem. 1980. No. 49. P.727-764.

110. Marton-Lefevre J. Biodiversity Is Our Life // Science. 2010. Vol. 327. P. 1179.

111. Mattioni C., Casasoli M., Gonzalez M. et al. Comparison of ISSR and RAPD markers to characterize three Chilean nothofagus species // Theoretical and Applied Genetics. 2002. V. 104. № 6-7. P. 1064-1070.

112. McClare C.W. A quantum mechanical muscle model. Nature. 1972. No. 240. P. 88-90.

113. Metzgar D., Bytof J., Wills C. Selection against frameshift mutations limits microsatellite expansion in coding DNA // Gen. Res. 2000. Vol.10. P.72-80.

114. Migliore L., Colognato R., Naccarati A, Bergamaschi E. Relationship between genotoxicity biomarkers in somatic and germ cells: findings from a biomonitoring study // Mutagenesis. 2006. V.21. №2. P. 149-152.

115. Miller M. Tools for population genetic analyses (TFPGA) 1.3: A Windows program for the analysis of allozyme and molecular population genetic data. 1997.

116. Molder A., Eesti punace veisetou aretus, Tallinn, 1966.

117. Nag D.K., and A. Kurst. A 140-bp-long palindromic sequence induces double-strand breaks during meiosis in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1997. No. 146. P. 835-847.

118. Narayanan V., Mieczkowski P. A., Kim H.M. et al. The pattern of gene amplification is determined by the chromosomal location of hairpin-capped breaks // Cell. 2006. No. 125. P. 1283-1296.

119. Nasar F., Jankowski C., Nag D.K. Long palindromic sequences induce double-strand breaks during meiosis in yeast // Mol. Cell. Biol. 2000. No. 20. P. 3449-3458.

120. Nei M. Genetic distance between populations // American Naturalist. 1972. Vol. 106. No. 949. P. 283-292.

121. Peelman L.J., Mortiaux F., Van Zeveren et.al. Evaluation of the genetic variability bovine microsatellite markers in four Belgian cattle breeds // Anim. Genet. 1998. Vol.29, №3. P.161-168.

122. Pereira E., Bardosa L., Rosa A. Influencia de fatores geneticos de meio empesos de bovinos de rasa nelore criados no estado de San-paulo // Rev. Soc. Bras. Zootech. 1989. Vol.18, №2. P. 103-111.

123. Perrings C., Duraiappah A., Larigauderie A., Mooney H. The Biodiversity and Ecosystem Services Science-Policy Interface // Science. 2011. Vol. 331. P. 1139-1140.

124. Peyrard M., Bishop A.R. Statistical mechanics of a nonlinear model for DNA denaturation // Phys. Rev. Lett., 1989. No. 62. P. 2755-2758.

125. Pritham E.J., Feschotte C. Massive amplification of rollingcircle transposons in the lineage of the bat Myotis lucifugus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2007. No. 104. P.1895-1900.

126. Pritham E.J., Putliwala T., Feschotte C. Mavericks, a novel class of giant transposable elements widespread in eukaryotes and related to DNA viruses // Gene. 2007. No. 390. P. 3-17.

127. Prokopowich C. D., Gregory T. R., Crease T. J. The correlation between rDNA copy number and genome size in eukaryotes // Genome. 2003. No. 46. P. 48-50.

128. Redon R., Shumpei Ishikawa, Karen R. Fitch et al. Global variation in copy number in the human genome // Nature. 2006 November 23; 444(7118): 444-454.

129. Richard G.-F., Kerrest A. and Dujon B. Comparative Genomics and Molecular Dynamics of DNA Repeats in Eukaiyotes // Microbiology And Molecular Biology Reviews, Dec. 2008, Vol. 72, No. 4, P. 686-727.

130. Richard, G.-F., Hennequin C., Thierry A. et al. Trinucleotide repeats and other microsatellites in yeasts//Res. Microbiol. 1999. No. 150. P. 589-602.

131. Rubes J., Horinova Z., Gustavson 1. et al. Somatic chromosome mutations and morphological abnormalities in sperms of boars // Hereditas. 1991. V. 115. P. 139-143.

132. Saiki R.K; Scharf S., Faloona F. et al. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia // Science Dec 20, 1985.230(4732): 1350-1354.

133. Samadi S., Erard F., Estoup A. et al. The influence of mutation selection and reproductive systems on microsatellite variability: a simulation approach // Genet. Res. 1998. Vol.71. P. 213-222.

134. Schlotterer C., Wiehe T. Microsatellites, a neutral marker to inter selective sweeps. In: Microsatellites: Evolution and Applications (eds Goldstein D.B., Schlotterer C.) // Oxford University Press. 1999. P. 238-247.

135. Schlotterer C., Wiehe T. Zangerl B. et al. Distribution of dinucleotide microsatellites in the Drosophila melanogaster genome // Molec. Biol, and Evol. 1999. Vol. 16. P. 602-610.

136. Schulze A., Downward J. Navigating gene expression using microarray a technology review // Nature cell biology. 2001. Vol. 3. P. 190-195.

137. Sebat J., Lakshmi B., Jennifer Troge et al. Large-Scale Copy Number Polymorphism in the Human Genome // Science 23 July 2004: Vol. 305 No. 5683 P. 525-528.

138. Seroussi E., Glick G., Shirak A. et al. Analysis of copy loss and gain variations in Holstein cattle autosomes using BeadChip SNPs // BMC Genomics. 2010. Vol. 11. P. 673-701.

139. Sharp P., Lloyd A. Regional base composition variation along yeast chromosome III: evolution of chromosome primary structure // Nucleic Acids Res. 1993. No. 21. P.179-183.

140. Smit A.F.A., Hubley R., Green P. RepeatMasker Ореп-З.О. 1996-2010 Электронный ресурс. URL: http://www.repeatmasker.org.

141. Smit A.F. Identification of a new, abundant superfamily of mammalian LTR-transposons //Nucleic Acids Res. 1993. Vol.21, N.8. P.1863-1872.

142. Smith P.J. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) // Stock identification methods. Application in fishery science. 2005. P. 371-387.

143. Takahashi K., Murakami S., Chikashige Y. et al. A large number of tRNA genes are symmetrically located in fission yeast centromeres // J. Mol. Biol. 1991. No. 218. P.13-17.

144. Templeton A. Nested clade analysis of phylogenetic data: testing hypotheses about gene flow and population history // Mol. Ecol. 1998. Vol.7. P. 381-397.

145. Thomas K., Bebeli P. Genetic diversity of Greek Aegilops species using different types of nuclear genome markers // Mol Phylogenet Evol. 2010 Sep;56(3):951-61. Epub 2010 May 5.

146. Toth G., Gaspari Z., Jurka J. Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis // Genome Research. 2000. Vol.10. P.417-432.

147. Tyler-Smith, C., Willard H.F. Mammalian chromosome structure. Curr. Opin. Genet. Dev. 1993. No. 3. P. 390-397.

148. Vos P., Hogers R., Bleeker et al. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting //Nucleic Acids Research. 1995. 23(21): 4407-4414.

149. Wade C.M., Giulotto E., Sigurdsson S. et al. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse // Science 6 November 2009: Vol. 326 No. 5954 P. 865-867

150. Wahls W.P., Moore P.D. Homologous recombination enhancement conferred by the Z-DNA motif d(TG)30 is abrogated by simian virus 40T antigen binding to adjacent DNA sequences // Molecular and Cellular Biology. 1990. Vol.10. P. 794-800.

151. Wahls W.P., Moore P.D. Relative frequencies of homologous recombination between plasmids introduced intoDNA repair deficient and other mammalian somatic cell lines // Somatic Cell and Molecular Genetics. 1990. Vol.16 (a). P. 321-329.

152. Walker P.M.B. Origin of satellite DNA // Nature. 1971. No. 229. P. 306308.

153. Wang D., Coscoy L., Zylberberg M. et al. Microarray-based detection and genotyping of viral pathogens // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002 Nov 26;99(24): 15687-92. Epub 2002 Nov 12.

154. Waterston R.H., Lindblad-Toh K., Birney E. et al. Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome // Nature. 2002. No. 420. P. 520-562.

155. Weiner A.M., Deininger P.L., Efstratiadis A. Nonviral retroposons: genes, pseudogenes, and transposable elements generated by the reverse flow of genetic information // Annu. Rev. Biochem. 1986. No. 55. P. 631-661.

156. Weller P., Jeffreys A.J., Wilson V. et al. Organization of the human myoglobin gene // EMBO J. 1984. No.3. P.439-446.

157. Wenzl P., Carling J., Kudrna D. et al. Diversity Arrays Technology (DArT) for whole-genome profiling of barley // Proc Natl Acad Sci USA. 2004 June 29; 101(26): 9915-9920.

158. Wicker T., Sabot F., Hua-Van A. et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements //Nat. Rev. Genet. 2007. No. 8. P. 973-982.

159. Williams J.G. et al. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucleic Acids Res. 1990 Nov 25;18(22):6531-5.

160. Wyman A.R., White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. No. 77. P.6754-6758.