Изучение биохимических свойств белка Est3p, компонента теломеразного комплекса дрожжей Saccharomyces cerevisiae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Шаранов, Юрий Сергеевич

• Шаранов, Юрий Сергеевич
• кандидат химических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат химических наук Шаранов, Юрий Сергеевич

Содержание.

Список сокращений.

1. Введение.

2. Обзор литературы. Компоненты и регуляция длины теломер почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae.

2.1. Структура дрожжевых теломер.

2.1.1 Теломерная ДНК дрожжей.

2.1.2. Субтеломерные области дрожжевых хромосом.

2.1.3. G-богатый одноцепочечный участок на 3'-конце.

2.2. Гены, влияющие на функции теломер.

2.3. Белки, взаимодействующие с G-богатым одноцепочечным участком теломер.

2.3.1. Белок Cdcl3.

2.3.2. Теломеразный комплекс дрожжей Saccharomyces cerevisiae.

2.3.2.1. Коровый фермент. Tlcl и Est2p.

2.3.2.2. Estlp и Est3p - in vivo регуляторные компоненты теломеразного комплекса.

2.3.3. Гетеродимер Ки.

2.3.4. MRX комплекс.

2.4. Белки, взаимодействующие с двухцепочечным участком теломер.

2.4.1. Белок Rapl и ассоциированные с ним факторы.

2.4.2. Гетеродимер Ки как компонент двухцепочечной области теломер.

2.5. Регуляция структуры теломерного конца.

2.6. Регуляция длины теломер.

2.6.1. Два состояния теломер.

2.6.2. Теломеразное удлиннение G-богатого одноцепочечного участка прочно связано с полимеразным синтезом комплементарной цепи.

2.6.3. Удлиннение теломер в течение клеточного цикла.

2.6.4. Ассоциация компонентов теломеразного комплекса с теломерным хроматином.

2.6.5. Контроль длины теломер с помощью рекомбинации.

2.6.6. Контроль длины теломер с помощью Tell киназы.

3. Результаты и обсуждение.

3.1. Получение белка Est3p с аффинным эпитопом GST.

3.2. Взаимодействие Est3p с рибо- и дезоксирибоолигонуклеотидами.

3.3. Способность Est3p разворачивать дуплексы.

3.4. Влияние мутаций Е104А и 104RE на свойства Est3p.

3.5. Димеризация Est3p.

3.5.1. Белок Est3p с различными аффинными эпитопами HaN- и С-концах.

3.5.2. Образование гомодимера Est3p in vitro.

3.6. СТРазная и АТРазная активности белка Est3p.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение биохимических свойств белка Est3p, компонента теломеразного комплекса дрожжей Saccharomyces cerevisiae»

На концах линейных хромосом эукариотических организмов находятся особые ДНК-белковые структуры, называемые теломерами. Они поддерживают стабильность хромосом, защищая их от деградации и слияния, участвуют в процессе клеточного старения (сенессенса), играют важную роль в формировании архитектуры ядра, участвуют в регуляции транскрипции прилежащих к ним генов [1]. Но, пожалуй, самой интересной функцией теломер является их работа в качестве своеобразных часов, отсчитывающих количество клеточных делений. Эту гипотезу в 1971 году выдвинул русский ученый A.M. Оловников [2], отметивший, что при каждом акте репликации после удаления с 5'-конца отстающей цепи РНК-затравки должно происходить укорочение теломер. При достижении теломерами некоторой критичной длины клетка входит в состояние сенессенса и погибает. Однако, во многих клетках, для которых природой предусмотрен неограниченный потенциал деления, например, в половых, стволовых клетках, одноклеточных организмах существует механизм поддержания стабильности длины теломер, в основу которого положен синтез теломерной ДНК с помощью специального фермента теломеразы [3]. Теломераза - сложный РНК-белковый комплекс, который состоит из молекулы РНК, обратно-транскриптазной субъединицы и ряда других белковых компонентов [4].

Теломеразная активность характерна для половых, стволовых, зародышевых, а также для раковых клеток [5-7]. Неослабевающий интерес к изучению теломеразного комплекса связан, в первую очередь, с перспективой лечения онкологических заболеваний путем ингибирования теломеразной активности и восстановления механизма контроля числа клеточных делений у раковых клеток. Известно, что такое ингибирование может быть осуществлено как путем воздействия непосредственно на каталитическую субъединицу (ингибиторы - аналоги субстратов) или на теломеразную РНК (антисенс технологии), так и воздействием на регуляторный аппарат теломеразы, который включает в себя ряд сложных и зачастую еще совсем неизученных компонентов.

В случае теломеразы дрожжей Saccharomyces cerevisiae, таким регуляторным компонентом, о котором очень мало что известно, является белок Est3p. Низшие одноклеточные эукариоты, почкующиеся дрожжи, представляют собой очень удобную для изучения модельную систему, помогающую прояснить многие непонятные моменты в работе теломеразы человека. С уверенностью можно утверждать, что ЕБ13р является компонентом теломеразного комплекса БассИаготусея сегеш1ае [8] и необходим для жизнедеятельности клетки, так как делеция его гена приводит к летальному фенотипу прогрессирующего укорочения теломер [9]. Однако до настоящего времени структура и конкретная функции белка ЕБ13р остаются неизвестными, в связи с чем, этот компонент теломеразного комплекса дрожжей БассИаготусея сегеу1я1ае вызывает огромный интерес у исследователей. Данная работа посвящена разработке метода выделения белка Еэ13р и изучению его биохимических свойств.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Шаранов, Юрий Сергеевич

5. Выводы.

1. Компонент теломеразного комплекса дрожжей Saccharomyces cerevisiae белок Est3p образует гомодимер in vitro.

2. Белок Est3p связывается с РНК- и ДНК-олигонуклеотидами с теломерной последовательностью.

3. Белок Est3p специфически узнает и раскручивает РНК/ДНК гибридные дуплексы.

4. Белок Est3p обладает СТРазной и АТРазной активностями.

5. Летальная мутация D86A в белке Est3p приводит к потере СТРазной и АТРазной активности.

3.7. Заключение.

Схема работы теломеразного комплекса включает в себя несколько этапов: а) связывание теломеразного комплекса с теломерным концом, б) элонгацию, в) транслокацию и г) диссоциацию (рис.25). Исходя из полученных в настоящей работе данных о новых свойствах белка Est3p, можно выдвинуть ряд предположений о возможной функции этого компонента теломеразного комплекса на той или иной стадии работы фермента.

Рисунок 25. Схема удлинения тедомерной ДНК тсломеразой.

Тот факт, что Е^13р с наибольшей эффективностью связываегся с О-богатыми олигонуклеотидами, позволяет высказать предположение, что в клетке этот компонент теломеразного комплекса может связываться с 3'-концом теломер. Возможно, с помощью этого связывания Ей13р освобождает О-богатый одноцепочечный участок от кзппруюших его белков и помогает теломеразе получить доступ к самому концу тело меры.

ЕэгЗр с довольно высокой эффективностью связывается с рнбоолигонуклеотидом К2. Этот олигонуклеотид является наиболее предпочтительным субстратом из всех протестированных одноцепочечных РНК и ДНК В последовательности К2 содержится участок 1ГС1Юи. который присутствует и в последовательности теломеразной РНК ТЬС1 (1082-1086). Этот участок* присутствует во всех известных дрожжевых теломеразяых Р1ГК и находится в частично не спаренном структурном элементе [111]. Исходя из всего этого, можно сделать предположение, что ЕьгЗр способен взаимодействовать с теломеразной РНК напрямую Тот факт, что скорее вызывает формирование РНК/РНК дуплексов, чем их диссоциацию, позволяет предположить, что, возможно, этот белок неким образом участвует в процессе правильного сворачивания теломеразной РНК во время сборки теломеразного комплекса.

Способность Est3p разворачивать ДНК/РНК гетеродуплексы может быть использована в процессе удлинения теломер теломеразным комплексом на стадии транслокации и влиять на процессивность этого комплекса. После синтеза теломеразой одного повтора образуется длинный комплементарный дуплекс теломерной ДНК с матричным участком теломеразной РНК, который должен быть хотя бы частично расплетен для того, чтобы синтез мог продолжаться. Известно, что теломераза дрожжей Saccharomyces cerevisiae способна синтезировать довольно протяженную теломерную ДНК in vivo [37], однако in vitro реконструированный фермент, состоящий только из TLC1 и Est2p добавляет к теломер-подобному праймеру всего один повтор [217]. В большинстве случаев дрожжевой теломеразный комплекс выделенный из клеточного экстракта с помощью ион-обменной [132] или аффинной [217, 218] хроматографии также способен синтезировать только один теломерный повтор. Возможно, во всех этих случаях какие-то белковые компоненты, необходимые теломеразному комплексу, в том числе и Est3p, просто теряются во время его выделения.

Ранее было показано, что N-концевой домен обратно-транскриптазной субъединицы теломеразного комплекса Tetrahymena Thermophila способен связываться с ДНК и РНК [219, 220], а похожий домен человеческой теломеразной обратной транскриптазы [203] необходим для процессивной работы теломеразного комплекса [218]. Возможно, что белок Est3p с его способностью взаимодействовать с ДНК и РНК и раскручивать ДНК/РНК гетеродуплексы выполняет ту же функцию, что и N-концевые домены каталитической субъеденицы в других теломеразах.

Способность раскручивать ДНК/РНК гетеродуплексы не исключает также возможности участия белка Est3p в завершающей стадии синтеза теломерной ДНК -диссоциации теломеразного комплекса.

На какой именно стадии работы теломеразы и как используется взаимодействие Est3p с ДНК и РНК, раскручивание этим белком ДНК/РНК гетеродуплексов, гидролиз GTP и АТР. Как точно устроен активный центр Est3p и каковы детали его функционирования, на все эти, а также на многие другие вопросы, касающиеся этого интересного компонента теломеразного комплекса дрожжей, еще предстоит ответить в ходе дальнейших исследований.

4. Материалы и методы.

4.1. Реактивы, биопрепараты, буферные растворы, олигодезоксирибонуклеотиды, штаммы.

В работе были использованы следующие реактивы и препараты:

- NaCl, NaOAc, Na2HP04, КН2Р04, KCl, КОАс, MgCl2, Mg(OAc)2, CaCl2, MnCl2, Tris, NaOH, КОН, ЭДТА, H3BO3, HEPES, персульфат аммония, бромфеноловый синий, ксиленцианол, бромистый этидий, имидазол, глицерин фирмы Merk, Германия;

- ДСН, акриламид, МД^'-метиленбисакриамид, ТЕМЕД, Кумасси R-250 фирмы Serva, Германия;

- уксусная кислота, соляная кислота, хлороформ, изоамиловый спирт, фирмы Химмед, Россия;

- водонасьиценный фенол, Triton Х-100 фирмы Roth, Германия;

- этанол фирмы Ферейн, Россия;

- LiOAc, БСА, ДТТ, ПМСФ, ИПТГ, спермидин, формальдегид, формамид, 2-меркаптоэтанол фирмы Sigma, Германия;

- полиэтиленгликоль 6000, Tween 20 фирмы Fluka, Германия;

- бакто-триптон, дрожжевой экстракт, бакто-агар, мочевина фирмы Difco, США;

- амициллин, канамицин, хлорамфеникол фирмы Invitrogen, США;

- легкоплавкая агароза для электрофореза фирмы Life Technologies, Шотландия;

- [a-32P]dGTP, [у-32Р]АТР, [y-32P]GTP [a-32P]ATP, [a-32P]GTP фирмы Amersham Biosciences Part of GE Healthcare, США;

- T4 ДНК-лигаза, Т4 ДНК-полимераза, Taq-полимераза, эндонуклеазы рестрикции ЕсоШ, Smal, Sphl, Nhel, Hindill, Ncol, Eagl фирмы MBI Fermentas, Литва; экзонуклеаза Exolll фирмы New England Biolabs, Великобритания;

- олигодезоксирибонуклеотиды были синтезированы фирмой Синтол, Россия и фирмой Sigma, Великобритания;

- Ni-NTA агароза, набор реагентов для выделения плазмидной ДНК и набор реагентов для выделения ДНК из агарозного геля фирмы Qiagen, Германия;

- суммарная тРНК, мембрана PVDF, ECL Western Blotting Detection Kit, Amersham-Pharmacia Biotech, США;

- набор ингибиторов протеаз в таблетках фирмы Roche, Германия;

- секвеназа 2.0 фирмы USB Corporation, США;

- первичные антитела мыши против шести гистидинов, первичные антитела мыши против, вторичные антитела, коньюгированные с пероксидазой хрена (HRP-anti-mouse) фирмы Promega, США.

- фильтровальная бумага Whatman ЗММ фирмы Whatman Biomerta, Германия;

- паластинки для тонкослойной хроматографии с PEI-целлюлозным покрытием фирмы Macherey-Nagel, Германия;

- плазмида рЕЗ была любезно предоставлена Петровым A.B.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Шаранов, Юрий Сергеевич, 2007 год

1. Blackburn, Е.Н. (1991) Structure and Function of Telomeres. Nature 350: 569-572.

2. Оловников, A.M. (1971) Принцип маргинотомии в матричном синтезе полинуклеотидов. Докл. АН СССР 201:1496-1499.

3. Greider, C.W., and Blackburn, Е.Н. (1985) Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts. Cell 43:405-413.

4. Collins, K. (2000) Mammalian Telomeres and Telomerase. Curr. Op. Cell Biol. 12: 378-383.

5. Harley, C.B., Futcher, A.B., and Greider, C.W. (1990) Telomeres shorten during ageing of human fibroblasts. Nature 345:458-460.

6. Vaziri, H., Dragowska, W., Allsopp, R.C., Thomas, Т.Е., Harley, C.B., and Landsdorp, P.M. (1994) Evidence for a mitotic clock in human hematopoietic stem cells: loss of telomeric DNA with age. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 9857-9860.

7. Hughes, T.R., Evans, S.R., Weilbaecher, R.G., and Lundbland, V. (2000) The Est3 protein is subunit of yeast telomerase. Curr. Biol. 10: 809-812.

8. Lingner, J., Cech, T.R., Hughes, T.R., and Lundbland, V. (1997) Three Ever Shorter Telomere (EST) genes are dispensable for in vitro yeast telomerase activity. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:11190-11195.

9. Szostak, J.W., and Blackburn, E.H. (1982) Cloning yeast telomeres on linear plasmid vectors. Cell 29:245-255.

10. Dunn, В., Szauter, P., Pardue, M.L., and Szostak, J.W. (1984) Transfer of yeast telomeres to linear plasmids by recombination. Cell 39:191-201.

11. Horowitz, H., and Haber, J.E. (1985) Identification of autonomously replicating circular subtelomeric Y' elements in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 5: 2369-2380.

12. Pluta, A.F., Dani, G.M., Spear, B.B., and Zakian, V.A. (1984) Elaboration of telomeres in yeast: recognition and modification of termini from Oxytricha macronuclear DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:1475-1479.

13. Carson, M.J., and Hartwell, L. (1985) CDC 17: an essential gene that prevents telomere elongation in yeast. Cell 42:249-57.

14. Lustig, A.J., and Petes, T.D. (1986) Identification of yeast mutants with altered telomere structure. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 83:1398-1402.

15. Meyne, J., Ratliff, R.L., and Moyzis, R.K. (1989) Conservation of the human telomere sequence (TTAGGG)n among vertebrates. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 86:7049-7053.

16. Higashiyama, T., Maki, S., and Yamada, T. (1995) Molecular organization of Chlorella vulgaris chromosome I: presence of telomeric repeats that are conserved in higher plants. Mol. Gen. Genet. 246:29-36.

17. Richards, E.J., and Ausubel, F.M. (1988) Isolation of a higher eukaryotic telomere from Arabidopsis thaliana. Cell 53:127-136.

18. Shakirov, E.V., and Shippen, D.E. (2004) Length regulation and dynamics of individual telomere tracts in wild-type Arabidopsis. Plant Cell 16:1959-1967.

19. Fajkus, J., Kovarik, A., Kralovics, R., and Bezdek, M. (1995) Organization of telomeric and subtelomeric chromatin in the higher plant Nicotiana tabacum. Mol. Gen. Genet. 247:633-638.

20. Blackburn, E.H., and Gall, J.G. (1978) A tandemly repeated sequence at the termini of the extrachromosomal ribosomal RNA genes in Tetrahymena. J. Mol. Biol. 120:33-53.

21. Shampay, J., Szostak, J.W., and Blackburn, E.H. (1984) DNA sequences of telomeres maintained in yeast. Nature 310:154-157.

22. Wang, S.S., and Zakian, V.A. (1990) Sequencing of Saccharomyces telomeres cloned using T4 DNA polymerase reveals two domains. Mol. Cell Biol. 10:4415-4419.

23. Singer, M.S., and Gottschling, D.E. (1994) TLC1: template RNA component of Saccharomyces cerevisiae telomerase. Science 266:404-409.

24. Prescott, J., and Blackburn, E.H. (1997) Functionally interacting telomerase RNAs in the yeast telomerase complex. Genes Dev. 11:2790-2800.

25. Prescott, J., and Blackburn, E.H. (1997) Telomerase RNA mutations in Saccharomyces cerevisiae alter telomerase action and reveal nonprocessivity in vivo and in vitro. Genes Dev. 11:528-540.

26. Forstemann, K., Hoss, M., and Lingner, J. (2000) Telomerase-dependent repeatdivergence at the 31 ends of yeast telomeres. Nucleic Acids Res. 28:2690-2694.

27. Forstemann, K., and Lingner, J. (2001) Molecular basis for telomere repeat divergence in budding yeast. Mol. Cell Biol. 21: 7277-7286.

28. Forstemann, K., and Lingner, J. (2005) Telomerase limits the extent of base pairing between template RNA and telomeric DNA. EMBO Rep. 6: 361-366.

29. Cohn, M., McEachern, M.J., and Blackburn, E.H. (1998) Telomeric sequence diversity within the genus Saccharomyces. Curr. Genet. 33: 83-91.

30. McEachern, M.J., and Hicks, J.B. (1993) Unusually large telomeric repeats in the yeast Candida albicans. Mol. Cell Biol. 13: 551-560.

31. McEachern, M.J., and Blackburn, E.H. (1994) A conserved sequence motif within the exceptionally diverse telomeric sequences of budding yeasts. Proc. Natl Acad. Sci. USA 91: 3453-3457.

32. Sugawara, N. 1998 DNA sequences at the telomeres of fission yeast S.pombe. Ph.D. thesis, Harvard University, Cambridge, Massachusetts.

33. Mitton-Fry, R.M., Anderson, E.M., Theobald, D.L., Glustrom, L.W., and Wuttke, D.S. (2004) Structural basis for telomeric single-stranded DNA recognition by yeast Cdcl3. J. Mol. Biol. 338:241-255.

34. Konig, P., and Rhodes, D. (1997) Recognition of telomeric DNA. Trends Biochem. Sci. 22:43-47.

35. Teixeira, M.T., Arneric, M., Sperisen, P., and Lingner, J. (2004) Telomere length homeostasis is achieved via a switch between telomerase- extendible and -nonextendible states. Cell 117:323-335.

36. Horowitz, H., Thorburn, P., and Haber, J.E. (1984) Rearrangements of highly polymorphic regions near telomeres of Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 4: 2509-2517.

37. Walmsley, R.W., Chan, C.S., Tye, B.K., and Petes, T.D. (1984) Unusual DNA sequences associated with the ends of yeast chromosomes. Nature 310:157-160.

38. Shampay, J., and Blackburn, E.H. (1988) Generation of telomere-length heterogeneity in Saccharomyces cerevisiae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 534-538.

39. Craven, R.J., and Petes, T.D. (1999) Dependence of the regulation of telomere length on the type of subtelomeric repeat in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics 152:1531-1541.

40. Chan, C.S., and Tye, B.K. (1983) A family of Saccharomyces cerevisiae repetitive autonomously replicating sequences that have very similar genomic environments. J.1. Mol. Biol. 168:505-523.

41. Chan, C.S., and Tye, B.K. (1983) Organization of DNA sequences and replication origins at yeast telomeres. Cell 33: 563-573.

42. Louis, E.J. (1995) The chromosome ends of Saccharomyces cerevisiae. Yeast 11: 1553-1573.

43. Murray, A.W., and Szostak, J.W. (1983) Construction of artificial chromosomes in yeast. Nature 305:189-193.

44. Pryde, F.E., and Louis, E.J. (1999) Limitations of silencing at native yeast telomeres. EMBOJ. 18:2538-2550.

45. Pryde, F.E., and Louis, E.J. (1997) Saccharomyces cerevisiae telomeres. A review. Biochemistry 62:1232-1241.

46. Lundblad, V., and Blackburn, E.H. (1993) An alternative pathway for yeast telomere maintenance rescues estl- senescence. Cell 73:347-360.

47. Makarov, V.L., Hirose, Y., and Langmore, J.P. (1997) Long G tails at both ends of human chromosomes suggest a C strand degradation mechanism for telomere shortening. Cell 88: 657-666.

48. Wellinger, R.J., Wolf, A. J., and Zakian, V.A. (1993) Saccharomyces telomeres acquire single-strand TG1-3 tails late in S phase. Cell 72:51-60.

49. Larrivee, M., LeBel, C., and Wellinger, RJ. (2004) The generation of proper constitutive G-tails on yeast telomeres is dependent on the MRX complex. Genes Dev. 18:1391-1396.

50. Griffith, J.D., Comeau, L., Rosenfield, S., Stansel, R.M., Bianchi, A., Moss, H., and de Lange, T. (1999) Mammalian telomeres end in a large duplex loop. Cell 97:503-514.

51. Tomaska, L., Willcox, S., Slezakova, J., Nosek, J., and Griffith, J.D. (2004) Tazl binding to a fission yeast model telomere: formation of telomeric loops and higher order structures. J. Biol. Chem. 279: 50764-50772.

52. Shore, D., and Nasmyth, K. (1987) Purification and cloning of a DNA binding protein from yeast that binds to both silencer and activator elements. Cell 51: 721-732.

53. Lustig, A.J., Kurtz, S., and Shore, D. (1990) Involvement of the silencer and UAS binding protein RAP1 in regulation of telomere length. Science 250:549-553.

54. Nugent, C.I., Hughes, T.R., Lue, N.F., and Lundblad, V. (1996) Cdcl3p: a singlestrand telomeric DNA-binding protein with a dual role in yeast telomere maintenance. Science 274:249-252.

55. Runge, K.W., and Zakian, V.A. (1996) TEL2, an essential gene required for telomere length regulation and telomere position effect in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell. Biol 16: 3094-3105.

56. Grandin, N., Reed, S.I., and Charbonneau, M. (1997) Stnl, a new Saccharomyces cerevisiae protein, is implicated in telomere size regulation in association with Cdcl3. Genes Dev. 11:512-527.

57. Grossi, S., Puglisi, A., Dmitriev, P.V., Lopes, M., and Shore, D. (2004) Pol 12, the B subunit of DNA polymerase alpha, functions in both telomere capping and length regulation. Genes Dev. 18: 992-1006.

58. Garvik, B., Carson, M., and Hartwell, L. (1995) Single-stranded DNA arising at telomeres in cdcl3 mutants may constitute a specific signal for the RAD9 checkpoint. Mol. Cell. Biol. 15:6128-6138.

59. Booth, C., Griffith, E., Brady, G., and Lydall, D. (2001) Quantitative amplification of single-stranded DNA (QAOS) demonstrates that cdcl3-l mutants generate ssDNA in a telomere to centromere direction. Nucleic Acids Res. 29:4414-4422.

60. Hackett, J.A., Feldser, D.M., and Greider, C.W. (2001) Telomere dysfunction increases mutation rate and genomic instability. Cell 106:275-286.

61. Craven, R.J., Greenwell, P.W., Dominska, M., and Petes, T.D. (2002) Regulation of genome stability by TEL1 and MEC1, yeast homologs of the mammalian ATM and ATR genes. Genetics 161:493-507.

62. Chan, S.W., and Blackburn, E.H. (2003) Telomerase and ATM/Tellp protect telomeres from nonhomologous end joining. Mol. Cell 11:1379-1387.

63. Hackett, J.A., and Greider, C.W. (2003) End resection initiates genomic instability in the absence of telomerase. Mol. Cell Biol. 23: 8450-8461.

64. Mieczkowski, P.A., Mieczkowska, J.O., Dominska, M., and Petes, T.D. (2003) Genetic regulation of telomere-telomere fusions in the yeast Saccharomyces cerevisae.

65. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:10854-10859.

66. Hartwell, L.H., Mortimer, R.K., Culotti, J., and Culotti, M. (1973) Genetic Control of the Cell Division Cycle in Yeast: V. Genetic Analysis of cdc Mutants. Genetics 74: 267-286.

67. Weinert, T.A., and Hartwell, L.H. (1993) Cell cycle arrest of cdc mutants and specificity of the RAD9 checkpoint. Genetics 134:63-80.

68. Lydall, D., and Weinert, T. (1995) Yeast checkpoint genes in DNA damage processing: implications for repair and arrest. Science 270:1488-1491.

69. Grandin, N., Damon, C., and Charbonneau, M. (2001) Tenl functions in telomere end protection and length regulation in association with Stnl and Cdcl3. EMBO J. 20: 1173-1183.

70. Pennock, E., Buckley, K., and Lundblad, V. (2001) Cdcl3 delivers separate complexes to the telomere for end protection and replication. Cell 104: 387-396.

71. Evans, S.K., and Lundblad, V. (2000) Positive and negative regulation of telomerase access to the telomere. J. Cell Sci. 19:3357-3364.

72. Lendvay, T.S., Morris, D.K., Sah, J., Balasubramanian, B., and Lundblad, V. (1996) Senescence mutants of Saccharomyces cerevisiae with a defect in telomere replication identify three additional EST genes. Genetics 144:1399-1412.

73. Evans, S.K., and Lundblad, V. (1999) Estl and Cdcl3 as comediators of telomerase access. Science 286:117-120.

74. Bianchi, A., Negrini, S., and Shore, D. (2004) Delivery of yeast telomerase to a DNA break depends on the recruitment functions of Cdcl3 and Estl. Mol. Cell 16:139-146.

75. Chandra, A., Hughes, T.R., Nugent, C.I., and Lundblad, V. (2001) Cdcl3 both positively and negatively regulates telomere replication. Genes Dev. 15:404-414.

76. Qi, H., and Zakian, V.A. (2000) The Saccharomyces Telomere-Binding Protein Cdcl3p Interacts With Both the Catalytic Subunit of DNA Polymerase a and the Telomerase-Associated Estl Protein Genes Dev. 14:1777-1788.

77. Mitton-Fry, R.M., Anderson, E.M., Hughes, T.R., Lundblad, V., and Wuttke, D.S. (2002) Conserved structure for single-stranded telomeric DNA recognition. Science 296:145-147.

78. Murzin, A.G. (1993) OB(oligonucleotide/oligosaccharide binding)-fold: common structural and functional solution for non-homologous sequences. EMBO J. 12: 861867.

79. Horvath, M.P., Schweiker, V.L., Bevilacqua, J.M., Ruggles, J.A., and Schultz, S.C.1998) Crystal structure of the Oxytricha nova telomere end binding protein complexed with single strand DNA. Cell 95:963-974.

80. Lei, M., Podell, E.R., Baumann, P., and Cech, T.R. (2003) DNA self-recognition in the structure of Potl bound to telomeric single-stranded DNA. Nature 426:198-203.

81. Theobald, D.L., Cervantes, R.B., Lundblad, V., and Wuttke, D.S. (2003) Homology among telomeric end-protection proteins. Structure 11:1049-1050.

82. Theobald, D.L., and Wuttke, D.S. (2004) Prediction of multiple tandem OB-fold domains in telomere end-binding proteins Potl and Cdcl3. Structure 12:1877-1879.

83. Taggart, A.K., Teng, S.C., and Zakian, V.A. (2002) Estlp as a cell cycle-regulated activator of telomere-bound telomerase. Science 297:1023-1026.

84. Schramke, V., Luciano, P., Brevet, V., Guillot, S., Corda, Y., Longhese, M.P., Gilson, E., and Geli, V. (2004) RPA regulates telomerase action by providing Estlp access to chromosome ends. Nat. Genet. 36:46-54.

85. Fisher, T.S., Taggart, A.K., and Zakian, V.A. (2004) Cell cycle-dependent regulation of yeast telomerase by Ku. Nat. Struct. Mol. Biol. 11:1198-1205.

86. Baumann, P., and Cech, T.R. (2001) Potl, the putative telomere end-binding protein in fission yeast and humans. Science 292:1171-1175.

87. Greider, C.W., and Blackburn, E.H. (1989) A telomeric sequence in the RNA of Tetrahymena telomerase required for telomere repeat synthesis. Nature 337:331-337.

88. Lingner, J., and Cech, T.R. (1996) Purification of telomerase from Euplotes aediculatus: requirement of a primer 3' overhang. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 10712-10717.

89. Witkin, K.L., and Collins, K. (2004) Holoenzyme proteins required for the physiological assembly and activity of telomerase. Genes Dev. 18:1107-1118.

90. Lundblad, V., and Szostak, J.W. (1989) A mutant with a defect in telomere elongation leads to senescence in yeast. Cell 57: 633-643.

91. Singer, M.S., Kahana, A., Wolf, A.J., Meisinger, L.L., Peterson, S.E., Goggin, C., Mahowald, M., and Gottschling, D.E. (1998) Identification of high-copy disruptors of telomeric silencing in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 150: 613-632.

92. Diede, S.J., and Gottschling, D.E. (1999) Telomerase-mediated telomere addition in vivo requires DNA primase and DNA polymerases alpha and delta. Cell 99: 723-733.

93. Friedman, K.L., Heit, J.J., Long, D.M., and Cech, T.R. (2003) N-terminal domain of yeast telomerase reverse transcriptase: recruitment of Est3p to the telomerase complex. Mol. Biol. Cell 14:1-13.

94. Marcand, S., Brevet, V., and Gilson, E. (1999) Progressive cis-inhibition of telomerase upon telomere elongation. EMBOJ. 18: 3509-3519.

95. Singh, S.M., Steinberg-Neifach, O., Mian, I.S., and Lue, N.F. (2002) Analysis of telomerase in Candida albicans: potential role in telomere end protection. Eukaryot Cell 1: 967-977.

96. Steinberg-Neifach, O., and Lue, N.F. (2006) Modulation of telomere terminal structure by telomerase components in Candida albicans. Nucleic. Acids Res. 34:2710-2722.

97. Bhattacharyya, A., and Blackburn, E.H. (1997) A functional telomerase RNA swap in vivo reveals the importance of nontemplate RNA domains. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 94:2823-2827.

98. Roy, J., Fulton, T.B., and Blackburn, E.H. (1998) Specific telomerase RNA residues distant from the template are essential for telomerase function. Genes Dev. 12: 3286-3300.

99. McCormick-Graham, M., and Romero, D.P. (1995) Ciliate telomerase RNA structural features. Nucleic Acids Res. 23:1091-1097.

100. McEachern, M.J., and Blackburn, E.H. (1995) Runaway telomere elongation caused by telomerase RNA gene mutations. Nature 376:403-409.

101. Blasco, M.A., Funk, W., Villeponteau, B., and Greider, C.W. (1995) Functional characterization and developmental regulation of mouse telomerase RNA. Science 269: 1267-1270.

102. Tsao, D.A., Wu, C.W., and Lin, Y.S. (1998) Molecular cloning of bovine telomerase RNA. Gene 221: 51-58.

103. Ares, M.Jr. (1986) U2 RNA from yeast is unexpectedly large and contains homology to vertebrate U4, U5, and U6 small nuclear RNAs. Cell 47:49-59.

104. Chen, J.L., and Greider, C.W.(2004) An emerging consensus for telomerase RNA structure. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 101:14683-14684.

105. Lustig, A. J. (2004) Telomerase RNA: a flexible RNA scaffold for telomerase biosynthesis. Curr. Biol. 14: 565-567.

106. Ly, H., Blackburn, E.H., and Parslow, T.G. (2003) Comprehensive structure-function analysis of the core domain of human telomerase RNA. Mol. Cell Biol. 23:6849-6856.

107. Zappulla, D.C., and Cech, T.R. (2004) Yeast telomerase RNA: a flexible scaffold for protein subunits. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101: 10024-10029.

108. Dandjinou, A.T., Levesque, N., Larose, S., Lucier, J.F., Abou Elela, S., and Wellinger, R. J. (2004) A phylogenetically based secondary structure for the yeast telomerase RNA. Curr. Biol. 14:1148-1158.

109. Livengood, A.J., Zaug, A.J., and Cech, T.R. (2002) Essential regions of Saccharomyces cerevisiae telomerase RNA: separate elements for Estlp and Est2p interaction. Mol. Cell Biol. 22: 2366-231A.

110. Seto, A.G., Livengood, A.J., Tzfati, Y., Blackburn, E.H., and Cech, T.R. (2002) A bulged stem tethers Estlp to telomerase RNA in budding yeast. Genes Dev. 16: 2800-2812.

111. Seto, A.G., Zaug, A.J., Sobel, S.G., Wolin, S.L., and Cech, T.R. (1999) Saccharomyces cerevisiae telomerase is an Sm small nuclear ribonucleoprotein particle. Nature 401:177-180.

112. Peterson, S.E., Stellwagen, A.E., Diede, S.J., Singer, M.S., Haimberger, Z.W., Johnson, C.O., Tzoneva, M., and Gottschling, D.E. (2001) The function of a stem-loop in telomerase RNA is linked to the DNA repair protein Ku. Nat. Genet. 27: 64-67.

113. Stellwagen, A.E., Haimberger, Z.W., Veatch, J.R., and Gottschling, D.E. (2003) Ku interacts with telomerase RNA to promote telomere addition at native and broken chromosome ends. Genes Dev. 17:2384-2395.

114. Will, C.L., and Luhrmann, R. (2001) Spliceosomal UsnRNP biogenesis, structure and function. Curr. Opin. Cell Biol. 13:290-301.

115. Henning, K.A., Moskowitz, N., Ashlock, M.A., and Liu, P.P. (1998) Humanizing the yeast telomerase template. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 5667-5671.

116. Tzfati, Y., Fulton, T.B., Roy, J., and Blackburn, E.H. (2000) Template boundary in a yeast telomerase specified by RNA structure. Science 288: 863-867.

117. Tzfati, Y., Knight, Z., Roy, J., and Blackburn, E.H. (2003) A novel pseudoknot element is essential for the action of a yeast telomerase. Genes Dev. 17:1779-1788.

118. Chen, J.L., Blasco, M.A., and Greider, C.W. (2000) Secondary structure ofvertebrate telomerase RNA. Cell 100: 503-514.

119. Chapon, C., Cech, T.R. and Zaug, A.J. (1997) Polyadenylation of telomerase RNA in budding yeast. RNA 3:1337-1351.

120. Prowse, K.R., Avilion, A. A., and Greider, C.W. (1993) Identification of a nonprocessive telomerase activity from mouse cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 1493-1497.

121. Lingner, J., Hughes, T.R., Shevchenko, A., Mann, M., Lundblad, V., and Cech, T.R. (1997) Reverse transcriptase motifs in the catalytic subunit of telomerase. Science 276:561-567.

122. Kelleher, C., Teixeira, M.T., Forstemann, K., and Lingner, J. (2002) Telomerase: biochemical considerations for enzyme and substrate. Trends Biochem. Sci. 27: 572-579.

123. Friedman, K.L., and Cech, T.R. (1999) Essential functions of amino-terminal domains in the yeast telomerase catalytic subunit revealed by selection for viable mutants. Genes Dev. 13:2863-2874.

124. Peng, Y., Mian, I.S. and Lue, N.F. (2001) Analysis of telomerase processivity: mechanistic similarity to HIV-1 reverse transcriptase and role in telomere maintenance. Mol. Cell 7:1201-1211.

125. Lue, N.F., Lin, Y.C. and Mian, I.S. (2003) A conserved telomerase motif within the catalytic domain of telomerase reverse transcriptase is specifically required for repeat addition processivity. Mol. Cell Biol. 23: 8440-8449.

126. Teixeira, M.T., Forstemann, K., Gasser, S.M., and Lingner, J. (2002) Intracellular trafficking of yeast telomerase components. EMBO Rep. 3:652-659.

127. Cohn, M., and Blackburn, E.H. (1995) Telomerase in yeast. Science 269: 396400.

128. Virta-Pearlman, V., Morris, D.K., and Lundblad, V. (1996) Estl has the properties of a single-stranded telomere end-binding protein. Genes Dev. 10:30943104.

129. Zhou, J., Hidaka, K., and Futcher, B. (2000) The Estl subunit of yeast telomerase binds the Tlcl telomerase RNA. Mol. Cell Biol. 20:1947-1955.

130. Evans, S.K., and Lundblad, V. (2002) The Estl subunit of Saccharomyces cerevisiae telomerase makes multiple contributions to telomere length maintenance. Genetics 162:1101-1115.

131. Clissold, P.M., and Ponting, C.P. (2000) PIN domains in nonsense-mediatedmRNA decay and RNAi. Curr. Biol. 10: 888-890.

132. Beernink, H.T., Miller, K., Deshpande, A., Bucher, P., and Cooper, J.P. (2003) Telomere maintenance in fission yeast requires an Estl ortholog. Curr. Biol. 13: 575580.

133. Reichenbach, P., Hoss, M., Azzalin, C.M., Nabholz, M., Bucher, P., and Lingner, J. (2003) A human homolog of yeast Estl associates with telomerase and uncaps chromosome ends when overexpressed. Curr. Biol. 13: 568-574.

134. Snow, B.E., Erdmann, N., Cruickshank, J., Goldman, H., Gill, R.M., Robinson, M.O., and Harrington, L. (2003) Functional conservation of the telomerase protein Estlp in humans. Curr. Biol. 13:698-704.

135. D'Andrea, L.D., and Regan, L. (2003) TPR proteins: the versatile helix. Trends Biochem. Sci. 28: 655-662.

136. Singh, S,M„ and Lue, N.F. (2003) Ever shorter telomere 1 (ESTl)-dependent reverse transcription by Candida telomerase in vitro: evidence in support of an activating function. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100: 5718-5723.

137. Morris, D.K., and Lundblad, V. (1997) Programmed translational frameshifting in a gene required for yeast telomere replication. Curr. Biol. 7: 969-976.

138. Taliaferro, D., and Farabaugh, P.J. (2007) An mRNA sequence derived from the yeast EST3 gene stimulates programmed +1 translational frameshifting. RNA 13: 606-613.

139. Clare, J.J., Belcourt, M., and Farabugh, P.J. (1998) Efficient translation frameshifting occurs within a conserved sequence of overlap between the two genes of yeast Tyl transposon Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 6816-6820.

140. Belcourt, M., and Farabugh, P.J. (1990) Ribosomal frameshifting in the yeast retrotransposon Ty: tRNAs induce slippage on 7 nucleotide minimal site Cell 62:339352.

141. Voytas, D.F., and Boeke, J.D. (1993) Yeast retrotransposon and tRNAs Trends Genet. 9:421-427.

142. Downs, J.A., and Jackson, S.P. (2004) A means to a DNA end: the many roles of Ku. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5:367-378.

143. Tuteja, R., and Tuteja, N. (2000) Ku autoantigen: a multifunctional DNA-binding protein. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 35:1-33.

144. Boulton, S.J., and Jackson, S.P. (1998) Components of the Ku-dependent nonhomologous end-joining pathway are involved in telomeric length maintenance andtelomeric silencing. EMBO J. 17: 1819-1828.

145. Laroche, T., Martin, S.G., Gotta, M., Gorham, H.C., Pryde, F.E., Louis, E.J., and Gasser, S.M. (1998) Mutation of yeast Ku genes disrupts the subnuclear organization of telomeres. Curr. Biol. 8:653-656.

146. Hediger, F., Neumann, F.R., Van Houwe, G., Dubrana, K., and Gasser, S.M. (2002) Live imaging of telomeres: yKu and Sir proteins define redundant telomere-anchoring pathways in yeast. Curr. Biol. 12:2076-2089.

147. Boulton, S.J., and Jackson, S.P. (1996) Identification of a Saccharomyces cerevisiae Ku80 homologue: roles in DNA double strand break rejoining and in telomeric maintenance. Nucleic Acids Res. 24:4639-4648.

148. Porter, S.E., Greenwell, P.W., Ritchie, K.B., and Petes, T.D. (1996) The DNA-binding protein Hdflp (a putative Ku homologue) is required for maintaining normal telomere length in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res. 24: 582-585.

149. Gravel, S., Larrivee, M., Labrecque, P., and Wellinger, R.J. (1998) Yeast Ku as a regulator of chromosomal DNA end structure. Science 280: 741-744.

150. Polotnianka, R.M., Li, J., and Lustig, A.J. (1998) The yeast Ku heterodimer is essential for protection of the telomere against nucleolytic and recombinational activities. Curr. Biol. 8: 831-834.

151. Walker, J.R., Corpina, R.A., and Goldberg, J. (2001) Structure of the Ku heterodimer bound to DNA and its implications for double-strand break repair. Nature 412:607-614.

152. Kramer, K.M., and Haber, J.E. (1993) New telomeres in yeast are initiated with a highly selected subset of TGI-3 repeats. Genes Dev. 7:2345-2356.

153. Kolodner, R.D., Putnam, C.D., and Myung, K. (2002) Maintenance of genome stability in Saccharomyces cerevisiae. Science 297:552-557.

154. Chen, C., and Kolodner, R.D. (1999) Gross chromosomal rearrangements in Saccharomyces cerevisiae replication and recombination defective mutants. Nat. Genet. 23: 81-85.

155. Myung, K., Datta, A., and Kolodner, R.D. (2001) Suppression of spontaneous chromosomal rearrangements by S phase checkpoint functions in Saccharomyces cerevisiae. Cell 104:397-408.

156. Bertuch, A.A., and Lundblad, V. (2004) EXOl contributes to telomere maintenance in both telomerase-proficient and telomerase-deficient Saccharomyces cerevisiae. Genetics 166:1651-1659.

157. Maringele, L., Lydall, D. (2002) EXO1 -dependent single-stranded DNA at telomeres activates subsets of DNA damage and spindle checkpoint pathways in budding yeast yku70Delta mutants. Genes Dev. 16:1919-1933.

158. Moreau, S., Morgan, E.A., and Symington, L.S. (2001) Overlapping functions of the Saccharomyces cerevisiae Mrel 1, Exol and Rad27 nucleases in DNA metabolism. Genetics 159:1423-1433.

159. Bertuch, A. A., and Lundblad, V. (2003) The Ku heterodimer performs separable activities at double-strand breaks and chromosome termini. Mol. Cell Biol. 23: 8202-8215.

160. Cosgrove, A.J., Nieduszynski, C.A., and Donaldson, A.D. (2002) Ku complex controls the replication time of DNA in telomere regions. Genes Dev. 16:2485-2490.

161. Dionne, I., and Wellinger, R.J. (1998) Processing of telomeric DNA ends requires the passage of a replication fork. Nucleic Acids Res. 26: 5365-5371.

162. Stracker, T.H., Theunissen, J.W., Morales, M„ and Petrini, J.H. (2004) The Mrel 1 complex and the metabolism of chromosome breaks: the importance of communicating and holding things together. DNA Repair. (Amst.) 3: 845-854.

163. Lichten, M. (2005) Rad50 connects by hook or by crook. Nat. Struct. Mol. Biol. 12:392-393.

164. Kironmai, K.M., and Muniyappa, K. (1997) Alteration of telomeric sequences and senescence caused by mutations in RAD50 of Saccharomyces cerevisiae. Genes Cells 2:443-455.

165. Nugent, C.I., Bosco, G., Ross, L.O., Evans, S.K., Salinger, A.P., Moore, J.K., Haber, J.E., and Lundblad, V. (1998) Telomere maintenance is dependent on activities required for end repair of double-strand breaks. Curr. Biol. 8: 657-660.

166. Ritchie, K.B., and Petes, T.D. (2000) The Mrel Ip/Rad50p/Xrs2p complex and the Tellp function in a single pathway for telomere maintenance in yeast. Genetics 155:475-479.

167. Diede, S.J., and Gottschling, D.E. (2001) Exonuclease activity is required for sequence addition and Cdcl3p loading at a de novo telomere. Curr. Biol. 11:13361340.

168. Tsukamoto, Y., Taggart, A.K., and Zakian, V.A. (2001) The role of the Mrel 1-Rad50-Xrs2 complex in telomerase- mediated lengthening of Saccharomyces cerevisiae telomeres. Curr. Biol. 11:1328-1335.

169. Lewis, L.K., Karthikeyan, G., Westmoreland, J. W„ and Resnick, M.A. (2002)

170. Differential suppression of DNA repair deficiencies of Yeast rad50, mrel 1 and xrs2 mutants by EXOl and TLC1 (the RNA component of telomerase). Genetics 160:4962.

171. Li, B., and Lustig, A.J. (1996) A novel mechanism for telomere size control in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev. 10:1310-1326.

172. Bucholc, M., Park, Y., and Lustig, A.J. (2001) Intrachromatid excision of telomeric DNA as a mechanism for telomere size control in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 21:6559-6573.

173. Takata, H., Tanaka, Y., and Matsuura, A. (2005) Late S phase-specific recruitment of Mrel 1 complex triggers hierarchical assembly of telomere replication proteins in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell 17:573-583.

174. Konig, P., Giraldo, R., Chapman, L., and Rhodes, D. (1996) The crystal structure of the DNA-binding domain of yeast RAP1 in complex with telomeric DNA. Cell 85:125-136.

175. Conrad, M.N., Wright, J.H., Wolf, A.J., and Zakian, V.A. (1990) RAP 1 protein interacts with yeast telomeres in vivo: overproduction alters telomere structure and decreases chromosome stability. Cell 63:739-750.

176. Kyrion, G., Boakye, K.A., and Lustig, A.J. (1992) C-terminal truncation of RAP1 results in the deregulation of telomere size, stability, and function in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 12:5159-5173.

177. Marcand, S., Gilson, E., and Shore, D. (1997) A protein-counting mechanism for telomere length regulation in yeast. Science 275: 986-990.

178. Levy, D.L., and Blackburn, E.H. (2004) Counting of Rifl p and Rif2p on Saccharomyces cerevisiae telomeres regulates telomere length. Mol. Cell Biol. 24: 10857-10867.

179. Tsukamoto, Y., Kato, J., and Ikeda, H. (1997) Silencing factors participate in DNA repair and recombination in Saccharomyces cerevisiae. Nature 388: 900-903.

180. Mishra, K., and Shore, D. (1999) Yeast Ku protein plays a direct role in telomeric silencing and counteracts inhibition by rif proteins. Curr. Biol. 9:1123-1126.

181. Roy, R., Meier, B., McAinsh, A.D., Feldmann, H.M., and Jackson, S.P. (2004)

182. Separation-of-function mutants of yeast Ku80 reveal a Yku80p-Sir4p interaction involved in telomeric silencing. J. Biol. Chem. 279: 86-94.

183. Wellinger, R.J., Ethier, K., Labrecque, P., and Zakian, V.A. (1996) Evidence for a new step in telomere maintenance. Cell 85:423-433.

184. Jia, X., Weinert, T., and Lydall, D. (2004) Mecl and Rad53 inhibit formation of single-stranded DNA at telomeres of Saccharomyces cerevisiae cdcl3-l mutants. Genetics 166:753-764.

185. Zubko, M.K., Guillard, S., and Lydall, D. (2004) Exo 1 and Rad24 differentially regulate generation of ssDNA at telomeres of Saccharomyces cerevisiae cdcl3-l mutants. Genetics 168:103-115.

186. Fan, X., and Price, C.M. (1997) Coordinate regulation of G- and C strand length during new telomere synthesis. Mol. Biol. Cell 8:2145-2155.

187. Adams, A.K., and Holm, C. (1996) Specific DNA replication mutations affect telomere length in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 16:4614-4620.

188. Adams Martin, A., Dionne, I., Wellinger, R.J., and Holm, C. (2000) The function of DNA polymerase alpha at telomeric G tails is important for telomere homeostasis. Mol. Cell Biol. 20:786-796.

189. Marcand, S., Brevet, V., Mann, C., and Gilson, E. (2000) Cell cycle restriction of telomere elongation. Curr. Biol. 10:487-490.

190. Bianchi, A., and Shore, D. (2007) Early Replication of Short Telomeres in Budding Yeast. Cell 128:1051-1062.

191. Smith, C.D., Smith, D.L., DeRisi, J.L., and Blackburn, E.H. (2003) Telomeric protein distributions and remodeling through the cell cycle in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Biol. Cell 14: 556-570.

192. Williams, B., Bhattacharyya, M.K., and Lustig, A.J. (2005) Mre 11 p nuclease activity is dispensable for telomeric rapid deletion. DNA Repair. (Amst.) 4:994-1005.

193. Garber, P.M., Vidanes, G.M., and Toczyski, D.P. (2005) Damage in transition. Trends Biochem. Sci. 30: 63-66.

194. Ritchie, K.B., Mallory, J.C., and Petes, T.D. (1999) Interactions of TLC1 (Which Encodes the RNA Subunit of Telomerase), TEL1, and MEC1 in Regulating Telomere Length in the Yeast Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell Biol. 19:60656075.

195. Takata, H., Kanoh, Y., Gunge, N., Shirahige, K., and Matsuura, A. (2004) Reciprocal association of the budding yeast ATM-related proteins Tell and Mecl withtelomeres in vivo. Mol. Cell 14: 515-522.

196. Yang, C.P., Chen, Y.B., Meng, F.L., and Zhou, J.Q. (2006) Saccharomyces cerevisiae Est3p dimerizes in vitro and dimerization contributes to efficient telomere replication in vivo. Nucleic Acids Res. 34: 407-416.

197. Funaba, M., and Mathews, L.S. (2000) Recombinant expression and purification of smad proteins. Protein Expr. Pur if. 20: 507-513.

198. Lejeune, D., Delsaux, N., Charloteaux, B., Thomas, A., and Brasseur, R. (2005) Protein-nucleic acid recognition: statistical analysis of atomic interactions and influence of DNA structure. Proteins 61: 258-271.

199. Moriarty, T.J., Huard, S., Dupuis, S., and Autexier, C. (2002) Functional multimerization of human telomerase requires an RNA interaction domain in the N terminus of the catalytic subunit. Mol. Cell Biol. 22: 1253-1265.

200. Beattie, T.L., Zhou, W., Robinson, M.O., and Harrington, L. (2001) Functional multimerization of the human telomerase reverse transcriptase. Mol. Cell Biol. 21: 6151-6160.

201. Wenz, C., Enenkel, B., Amacker, M., Kelleher, C., Damm, K., and Lingner, J. (2001) Human telomerase contains two cooperating telomerase RNA molecules. EMBOJ. 20: 3526-3534.

202. Wang, L., Dean, S.R., and Shippen, D.E. (2002) Oligomerization of the telomerase reverse transcriptase ftom Euplotes crassus. Nucleic Acids Res. 30:40324039.

203. Hsiao, K. (1993) Exonuclease III induced ligase-free directional subcloning of PCR products. Nucleic Acids Res. 21:5528-5529.

204. Lobau, S., Weber, J., Wilke-Mounts, S., and Senior, A.E. (1997) Fl-ATPase, roles of three catalytic site residues. J. Biol. Chem. 272: 3648-3656.

205. Senior, A.E., Nadanaciva, S., and Weber, J. (2000) Rate acceleration of ATP hydrolysis by F(l)F(o)-ATP synthase. J. Exp. Biol. 203: 35-40.

206. Tombline, G., Bartholomew, L.A., Tyndall, G.A., Gimi, K., Urbatsch, I.L., and Senior, A.E. (2004) Properties of P-glycoprotein with mutations in the "catalytic carboxylate" glutamate residues. J. Biol. Chem. 279: 46518-46526.

207. Zanetti, L., Ristoratore, F., Bertoni, A., and Cariello, L. (2004) Characterization of sea urchin transglutaminase, a protein regulated by guanine/adenine nucleotides. J. Biol. Chem. 279:49289-49297.

208. Najafi, S.M., Harris, D.A., and Yudkin, M.D. (1996) The SpoIIAA protein of Bacillus subtilis has GTP-binding properties. J. Bacteriol. 178: 6632-6634.

209. Bergara, F., Ibarra, C., Iwamasa, J., Patarroyo, J.C., Aguilera, R., and Marquez-Magana, L.M. (2003) CodY is a nutritional repressor of flagellar gene expression in Bacillus subtilis. J. Bacteriol. 185: 3118-3126.

210. Levdikov, V.M., Blagova, E., Joseph, P., Sonenshein, A.L., and Wilkinson, A.J. (2006) The structure of CodY, a GTP- and isoleucine-responsive regulator of stationary phase and virulence in gram-positive bacteria. J. Biol. Chem. 281:1136611373.

211. Bourne, H.R., Sanders, D.A., and McCormick, F. (1991) The GTPase superfamily: conserved structure and molecular mechanism. Nature 349:117-127.

212. Niu, H., Xia, J., and Lue, N.F. (2000) Characterization of the interaction between the nuclease and reversetranscriptase activity of the yeast telomerase complex. Mol. Cell Biol. 20: 6806-6815.

213. Moriarty, T.J., Marie-Egyptienne, D.T., and Autexier, C. (2004) Functional organization of repeat addition processivity and DNA synthesis determinants in the human telomerase multimer. Mol. Cell Biol. 24: 3720-3733.

214. Collins, K., and Gandhi, L. (1998) The reverse transcriptase component of the Tetrahymena telomerase ribonucleoprotein complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 8485-8490.

215. Bryan, T.M., Goodrich, K.J., and Cech, T.R. (2000) A mutant of Tetrahymena telomerase reverse transcriptase with increased processivity. J. Biol. Chem. 275: 24199-24207.

216. Sambrook, J., and Russell, D.W. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

217. Laemmli, U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature 227: 680-685.