Генотипирование альфавирусов серокомплекса синдбис-западного энцефаломиелита лошадей: Воспроизведение процесса рекомбинации у альфавирусов в культуре клеток при смешанной инфекции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.06, кандидат биологических наук Селиванова, Татьяна Константиновна

• Селиванова, Татьяна Константиновна
• кандидат биологических наук
• 2000

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Селиванова, Татьяна Константиновна

Введение.

Обзор литературы

Глава 1. Основные сведения о первичной структуре и филогенетических связях альфавирусов.

1.1. Общие черты строения геномов альфавирусов

1.2. Гены белков полимеразного комплекса

1.3. Синтез белков нуклеокахгёида^оболочки, кодируемых субгеномной 268 РНК

1.4. Сборка нуклеокапсидов и вирионов альфавирусов. Формирование химерных вирионов

1.5. Функциональная характеристика гликопротеидов оболочки

Глава 2. Рекомбинация у вирусов с непрерывным РНКгеномом.

2.2.1. Строение геномов вирусов-рекомбинантов

2.2.2. Экспериментальные доказательства процесса рекомбинации на модели ВС

Глава 3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) для обнаружения и индикации РНК-содержащих вирусов.Н

3.1. Основные характеристики метода ПЦР

3.2. Цели и варианты ПЦР- анализа

3.3. Подходы к разработке метода ОТ-ПЦР анализа дня индикации альфавирусов

Часть 2 Собственные исследования.

Глава 4. Материалы и методы.

4.1. Альфавирусы: культивирование и определение инфекционности

4.2. Смешанное инфицирование клеточных культур двумя видами альфавирусов

4.3. Реакция нейтрализации (РН) инфекционной активности альфавирусов

4.4. Приготовление материала для ПЦР-анализа из природных изолятов альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ

4.5. Методы выделения РНК альфавирусов

4.6. Постановка ОТ-ПЦР

4.7. Рестрикция ДНК- продуктов ОТ-ПЦР

4.8. Электрофоретический анализ ДНК в агарозном геле

4.9. Блот- гибридизация ПЦР- продуктов с олигонуклеотидными зондами. Исследование генетической структуры РНК вирусов-рекомбинантов

4.9.1. Метка зондов в реакции кинирования

4.9.2. Перенос ПЦР-продуктов на мембраны

4.9.3. Процедура гибридизации с Р-32 зондами

4.10. Расчет олигонуклеотидных ПЦР-праймеров и гибридизационных зондов

Глава 5. Результаты исследований.

5.1. Генотипирование вирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ методом ОТ-ПЦР и рестрикционного анализа

5.1.1. Структура олигонуклеотидных праймеров вирусов Синдбис (ВС)

5.1.2. Амплификация и рестрикция участков генов эталонных штаммов вирусов Синдбис

5.1.3. Структура олигонуклеотидных праймеров вирусов

5.1.4. Амплификация и рестрикция участков генов шР2 и Е2 эталонных штаммов вируса ЗЭЛ Мак Миллан

5.2. Генетические связи и биологические свойства географических вариантов альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ

5.2.1. Анализ географических вариантов вирусов Синдбис

5.2.2. Сходство и различие американских вирусов ЗЭЛ и ЗЭЛ-подобного вируса У-62-33 из России (Удмуртия)

5.2.3. Дифференциация антигеннородственных вирусов Синдбис и ЗЭЛ методом ОТ-ПЦР

5.3. Рекомбинация у альфавирусов

5.3.1. Сравнение участка рекомбинации С-Е2 у географических вариантов вируса ЗЭЛ

5.3.2. Моделирование процесса рекомбинации при смешанной инфекции вирусами ВЭЛ и ВКЛ в культуре клеток

5.3.3. ОТ-ПЦР анализ гибридных форм РНК в составе вирионов

5.3.4. Сравнительный рестрикционный анализ участков геномов рекомбинантных вирусов и вирусов-родителей

5.3.5. Результаты сравнительного изучения инфекционной активности и антигенного состава вирусной популяции, образующейся при смешанной инфекции, и исходных родительских вирусов

5.3.6.Гибридизационный анализ генетической структуры области рекомбинации

Глава 6 Обсуждение.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генотипирование альфавирусов серокомплекса синдбис-западного энцефаломиелита лошадей: Воспроизведение процесса рекомбинации у альфавирусов в культуре клеток при смешанной инфекции»

Актуальность проблемы.

Вирусы Синдбис (ВС) и западного энцефаломиелита лошадей (ЗЭЛ) объединены в один серокомплекс рода альфавирусов (семейство Togaviridae) на основании частичного антигенного сходства белков оболочки вирионов, выявляемых в серологических реакциях [СаН8Ьег,1994]. Входящие в указанный серокомплекс вирусы широко распространены в разных регионах мира: вирусы Синдбис выделяются на 4-х континентах (Евразия, Африка, Австралия, Южная Америка), а вирусы ЗЭЛ- преимущественно на Американском континенте. Однако, описаны случаи обнаружения ЗЭЛ-подобных вирусов и на Евроазиатском континенте (Словакия и Россия). Эти данные требуют дополнительной проверки с использованием методов анализа вирусного генома. Случаи выделения ВС-подобных вирусов описаны для многих областей России и ближнего зарубежья (Карелия, Эстония, Урал, Поволжье, Кавказ, Алтай и др.) и в странах Европы (Скандинавия, Италия, Греция) [Львов, 1989].

Вирусы ЗЭЛ, восточного и венесуэльского энцефаломиелитов лошадей (ВсЭЛ и ВЭЛ) относятся к особо опасным вирусам (летальность при заражении может достигать 10-30% у человека и 4070% у лошадей). Вирусы Синдбис менее патогенны и вызывают лихорадочные состояния, часто с сыпью, артралгиями и развитием полиартритов [Львов, Скворцова с соавт., 1982]. Основными переносчиками этих вирусов являются комары, но известны случаи выделения их от клещей. К началу наших исследований для диагностики этой группы вирусных инфекций, главным образом, использовались иммунологические методы анализа (выявление антител к белкам оболочки и обнаружение вирусных антигенов в серологических реакциях) [Calisher, 1988]. Расшифровка первичной структуры геномов основных представителей альфавирусов, в том числе, вирусов Синдбис (штаммы HRSP, AR 339, Окельбо и частично-ВКЛ) и вирусов ЗЭЛ Мак Миллан (штаммы BFS, 16310-5614) [Strauss a. Strauss, 1994; Shirako, 1991; Урываев с соавт., 1994-95; Hahn et. al., 1988; Weaver et. al., 1997; Netolitzki et. al., 2000] создает предпосылки для разработки методов генодиагностики альфавирусных инфекций. Метод ОТ-ПЦР является высокочувствительным и высокоспецифическим. Он позволяет в течение нескольких часов накопить значительные количества ДНК-копий генов и их участков, достаточных для рестрикционного анализа. В настоящее время данный метод широко применяется для обнаружения и идентификации вирусов в разных биологических пробах в практике медицинского и эпидемиологического надзора за вирусными заболеваниями [Глухов с соавт., 1996]. Особую ценность метод ОТ-ПЦР приобретает для индикации вирусов с неизвестной первичной структурой, а также для обнаружения природных вирусов-рекомбинантов. Несмотря на существенный прогресс в области изучения молекулярной биологии альфавирусов (Синдбис-ЗЭЛ и Леса Семлики), методы их генодиагностики по-прежнему остаются не разработанными. Представленные результаты исследований по оптимизации метода ОТ-ПЦР для определения генетического материала альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ демонстрируют решение ряда поставленных в этом направлении задач. О применении метода ПЦР для индикации вирусов ВсЭЛ, циркулирующих на территории Северной и Южной Америки, сообщили зарубежные авторы [Vodkin et. al., 1993; Monroy a. Webb, 1994; Strizki a. Repik, 1996].

Строение генома и этапы репродукции альфавирусов хорошо изучены на модели вируса Синдбис (вирионная 49S РЕК, размером 11тыс. нуклеотидов, имеет положительную полярность, кодирует неструктурные белки полимеразного комплекса nsPl-nsP4; структурные белки вириона С, Е2, El- и белки, участвующие в сборке вириона -ЕЗ и 6К, синтезируются на матрице 26S субгеномной РНК). Геном вируса ЗЭЛ имеет рекомбинантное происхождение от двух родителей (5'-NTR и гены белков полимеразного комплекса и белка нуклеокапсида родственны генам вируса ВсЭЛ, а гены белков оболочки и участок 3'- NTR имеют высокое сходство с аналогичными областями генома ВС). Поэтому объединение вирусов ЗЭЛ и Синдбис в один серокомплекс на основании только антигенных взаимосвязей не соответствует данным об их генетической структуре. В связи с этим возникает необходимость разработки методов генной дифференциации этих вирусов. У ряда РНК- содержащих вирусов животных и растений с позитивным непрерывным геномом показан процесс рекомбинации в системах ин виво и ин витро [Duggal а. Wimmer, 1999; Worobey а. Holmes, 1999]. Актуальным является изучение явления рекомбинации у вирусов при смешанной инфекции- как модель для выяснения возможностей образования рекомбинантов в природных условиях. Образование рекомбинантных РНК было показано в условиях трансфекции клеток фрагментами РНК ВС и при высокой множественности заражения, ведущей к образованию дефектных частиц [Weiss а. Schlesinger, 1981; Monroe et. al., 1982; Raju et. al., 1995]. До настоящего времени публикации о межвидовой рекомбинации альфавирусов в эксперименте при смешанной инфекции отсутствовали.

Цели и задачи исследования

Целью диссертационной работы было генотипирование природных изолятов вирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ и воспроизведение явления рекомбинации у альфавирусов при смешанной инфекции. Для достижения поставленной цели в ходе работы решались следующие задачи:

1. Применение метода ОТ-ПЦР с последующим рестрикционным анализом участков генов для дифференциации вирусов Синдбис и ЗЭЛ.

2. Проведение генотипирования природных изолятов альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ, выделенных в разных географических регионах.

3. Моделирование процесса межвидовой рекомбинации у альфавирусов в условиях смешанной инфекции вирусами ВЭЛ и ВКЛ в культуре клеток.

4. Выявление рекомбинантных альфавирусов методами ОТ-ПЦР, рестрикции и гибридизации среди природных ЗЭЛ-подобных вирусов и в популяции, образующейся при смешанной инфекции.

Научная новизна и практическая ценность работы

1.Разработан способ дифференциального обнаружения вирионной РНК альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ в биопробах с помощью метода ОТ-ПЦР и последующей рестрикции ДНК-продуктов. Предложенный способ основан на обязательном анализе вирусных генов, кодирующих белки полимеразного комплекса и структурные белки вирионов альфавирусов, и связан с наличием в этой группе вирусов-рекомбинантов. Данный методический подход может быть рекомендован для экологических обследований очагов альфавирусных инфекций и для диагностики вызываемых ими заболеваний.

2. Метод апробирован на природных изолятах с неизвестной первичной структурой генома, выделенных в разных географических регионах. Использование предложенного метода позволяет получить дополнительные характеристики вирусов, классифицирующие их как Синдбис и ЗЭЛ-подобные.

3. Установлено, что российский вирус У62-33 является вариантом особо опасного вируса ЗЭЛ Мак Миллан, циркулирующего на американском континенте.

4. Впервые описано образование межвидовых рекомбинантов вирусов ВЭЛ и ВКЛ при смешанной инфекции в культурах клеток и способ их выявления методами ОТ-ПЦР и гибридизации с использованием олигонуклеотидных праймеров и зондов в качестве генетических маркеров.

5. Выяснены закономерности накопления рекомбинантных вирусов и их родителей в смешанной популяции в условиях естественной селекции и иммунного давления. Показано доминирование в популяции высокорепродуктивного родителя- вируса ВЭЛ и быстрое преимущественное образование на его основе вирусов-рекомбинантов (в области генов структурных белков), ускользающих от действия нейтрализующих антител обоих вирусов-родителей. Наблюдается вытеснение из популяции менее активного вируса-родителя ВКЛ. Полученные данные позволяют обьяснить возникновение в природе рекомбинантного вируса ЗЭЛ, унаследовавшего высокую репродуктивную активность от вируса ВсЭЛ и приобретшего измененные антигенные свойства.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. ОСНОВНЫЕ СВЕДЕНИЯ О ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЕ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ СВЯЗЯХ АЛЬФАВИРУСОВ.

Первичная структура геномов альфавирусов достаточно хорошо изучена, главным образом, на модели вируса Синдбис [Strauss et. al., 1984; Shirako et. al; 1991; Strauss a.Strauss, 1994; Rumenaph et. al., 1995; Mc.Knight et. al., 1996]. Известны нуклеотидные и аминокислотные последовательности геномной РНК основных представителей серокомплексов Синдбис/ЗЭЛ, ВЭЛ/ВсЭЛ, ВЛС (таблЛ).Представители рода альфавирусов на основании анализа степени гомологии нуклеотидных и аминокислотных последовательностей разделены на 3 основные группы: ВС, ВЛС, ВсЭЛ/ВЭЛ. В особую группу выделены ЗЭЛ-подобные вирусы, имеющие рекомбинантное происхождение от вирусов ВсЭЛ и Синдбис [Hahn et. al., 1988; Юферов, 1991; Урываев с соавт., 1994-1995; Weaver; 1991]. Филогенетические связи представителей рода альфавирусов по первичной структуре белков (структурных и неструктурных) демонстрируют происхождение от общего прародителя [Strauss a. Strauss, 1994; Лебедев, 1996] (рис.1). Последующее эволюционное разделение на 2 основные группы вирусов: Старого Света (Синдбис и ЛС) и Нового Света (ВсЭЛ/ВЭЛ и ЗЭЛ), по-видимому, произошло вследствии географического деления единого материка в далеком прошлом (табл. 2). Новые данные об изоляции Синдбис -подобного вируса Аура (ВА) в Южной Америке (в Новом свете) [Rumenaph, 1995] и ЗЭЛ-подобных вирусов на Европейском и Азиатском континентах (в Старом Свете) [Libikova, 1957; Ильенко, Смородинцев, 1969; Левкович, 1969], по нашему мнению, отражают современные процессы в эволюции представителей рода, связанные с их широким межконтинентальным распространением птицами, животными и людьми.

Таблица 1.

Данные о первичной структуре альфавирусов

Генотип/ серотип Типичный представитель Штаммы География Литература

Синдбис/ Синдбис/ЗЭЛ Синдбис HRSP* AR 339, Египет, дельта Нила, 1952 Strauss a.Strauss,1984 Мс Knight et.al.,1996

Окельбо Карельская лихорадка Edsbyn 5/82 LEIV 9298 Швеция, 1982 Карелия, 1983 Shirako et. al., 1991 # Урываев и др., 1994

Аура BeAR 10315 Бразилия Аргентина Rumenaph et.al., 1995

Ватароа Новая Зеландия Shirako et.al., 1994

Рекомбинанты ЗЭЛ/ Синдбис/ЗЭЛ Мак; Миллан Хайлендс Джи BFS 1703* 16310-5614 B-230 L2-34 A WX3-2AP и др. США, 1953, Калифорния Россия*, 1980 США Флорида Луизиана Техас 1952-1994 #Hahn et.al., 1988 # Юферов и др.1992 # Урываев и др. 1994 # Weaver et.al., 1993 # Cilnis et. al., 1996

ВсЭЛ-ВЭЛ ВсЭЛ 82V-2137 Новосибирск *1991 США, Флорида, 1982 # Chang, Trent, 1987 Волчков и др., 1991

ВЭЛ BR56.AR36 AR38.PA84 Южная Америка # Weaver et.al., 1994

Trinidad donkey TC 83* CM27* 230* Южная Америка Россия Kinney et.al., # 1986,1989 Юферов, 1991,Фролов и др.,1991,Нетесов идр.

Леса Семлики/ Гета ЛесаСемлик и, Гета О Nyong--Nyong Ross River Nelson Bay T 48* Африка, Евразия Африка Австралия, Океания # Garoff et. al.,1980 Takkinen et.al., 1986 Levinsos et.al., 1990 #Faragher et.al., 1988 лабораторные штаммы; #-первичная структура участков генома.

Рисунок 1.

Эволюционные взаимосвязи альфавирусов

Ш щ пэР2

СП пэРЗ

Е2

Е1 шР1

С-конц«но4 участок) иР4

-сонцс*»й упсток)

Весьма вероятно возникновение новых географических вариантов альфавирусов (подвидов) вследствии высокой генетической изменчивости РНК-содержащих вирусов. Естественный отбор подвидов, более адаптированных к разным экологическим условиям, зависит от переносчика и чувствительного хозяина - (животные,птицы). Дополнительно, при смешанной инфекции разными вариантами и видами альфавирусов в насекомых-переносчиках и хозяевах теплокровных могут возникать рекомбинантные формы, как результат внутри - и межвидовой рекомбинации. Условия и места образования рекомбинантных вирусов ЗЭЛ в природе точно неизвестны. Более вероятно, что появление рекомбинантных вирусов ЗЭЛ происходило, преимущественно, на Северо-Американском континенте, где вирусы ЗЭЛ широко распространены и циркулируют совместно с вирусами ВсЭЛ и ВЭЛ. Среди альфавирусов группа вирусов лошадиных энцефалитов является наиболее патогенной ( до 80% летальности у лошадей и до 75% у человека) [Львов с соавт., 1989]. По степени патогенности вирусы лошадиных энцефалитов относятся к особоопасным возбудителям 2 группы.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Селиванова, Татьяна Константиновна

выводы

1. Разработан способ дифференциальной генодиагностики антигеннородственных вирусов Синдбис и ЗЭЛ на основе использованияметода ОТ-ПЦР с рассчитанными специфическими олигонуклеотидными праймерами к участкам генов белков полимеразного комплекса (nsPl, nsp2) и оболочки вирионов (El, Е2), отличающимся у вирусов Синдбис и ЗЭЛ по первичной структуре.

2. Впервые сравнительным ПЦР-рестрикционным анализом определены генетические связи ряда географических вариантов вирусов Синдбис, выделенных на территории Европы, Африки и Новой Зеландии. Установлено сходство североевропейских изолятов (Карелия 9298, Эстония 1381 и 1383) с африканскими штаммами AR339 и Бабанки по участкам генов nsPl и El. Выявлены отличия новозеландского вируса Ватароа в гене nsPl и изолята Ф-720 (Армения) в гене El. Обнаружены вариации в картах рестрикции участка гена nsPl у европейских и африканских вирусов Синдбис.

3. Показано, что североамериканские варианты вирусов ЗЭЛ (МакМиллан, Хайлендс Джи и Форт Морган) родственны по гену белка полимеразы nsP2, но имеют отличия в участках генов структурных белков. Выявлены различия в участках генов нуклеокапсида у вирусов Хайлендс Джи и МакМиллан и генов белков оболочки Е2 и El у вирусов Форт Морган и МакМиллан.

4. Установлено сходство участков геномов ЗЭЛ-подобного вируса У-62-33 (Удмуртия) с американским вирусом ЗЭЛ МакМиллан по 4-м генам (nsP2, С, Е2 и в области С-Е2), указывающее на общность их эволюционного происхождения.

5. Продемонстрирована возможность выявления рекомбинантных альфавирусов комбинацией методов ОТ-ПЦР, рестрикции и гибридизации при использовании в качестве генетических маркеров специфических олигонуклеотидных праймеров и зондов к РНК вирусов-родителей.

6. Обнаружено явление межвидовой рекомбинации альфавирусов ВЭЛ и ВКЛ при смешанной инфекции в культурах клеток ФЭК и Yero. Установлены закономерности накопления рекомбинантных вирусов и вирусов-родителей (в условиях естественной селекции и в присутствии антител) на протяжении нескольких пассажей: доминирование в популяции высокорепродуктивного вируса-родителя ВЭЛ, быстрое образование на его основе рекомбинантов в области генов структурных белков с измененными антигенными свойствами, вытеснение из популяции менее активного вируса ВКЛ.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Селиванова, Татьяна Константиновна, 2000 год

1. Агапов Е.В., С.Д. Лебедева, И.А. Разумов, И.В. Фролов,А.А. Колыхалов, В.Б. Локтев, C.B. Нетесов, Л.С. Сандахчиев.

2. Варианты вируса ВЭЛ, резистентные к нейтрализующему действию моноклональных антител. Докл. АН, т. 320, № 6, с. 1485-1488, 1991.

3. Бобков А.Ф., В.В. Покровский, Л.М. Селимова, Е.В. Казеннова, Н.Г. Карасева, H.H. Ладная, A.B. Кравченко, Р. Чейнгсон- Попов, Д.Вебер. Генотипирование и филогенетический анализ изолятов ВИЧ-1, циркулирующих в России. Вопр. вирусол., № 1, с. 13-16, 1997.

4. Волчков В.Е., Е.А. Волчкова, C.B. Нетесов. Полная нуклеотидная последовательность генома вируса Восточного энцефаломиелита лошадей. Молекул, генетика, № 5, с. 8-15, 1991.

5. Глухов А.И., С.А. Гордеев, Л.В. Аврамова, В.И. Киселев, Е.С. Северин. Детекция инфекционных агентов вирусной и бактериальной этиологии методом ПЦР. Клиническая лабораторная диагностика, № 1, с. 32-38, 1996.

6. Григорьев В.Б. Особенности структуры ряда вирусов человека и животных, определенные криогенными и иммуноцитихимическими методами электронной микроскопии, Автореф. докт. дис., 1993.

7. Деконенко А.Е., Е. Ткаченко, Г. Липская, Т. Дзагурова, А. Иванов, Л.Иванов и др. Генетическая дифференциация хантавирусов с помощью ПЦР и секвенирования. Вопр. вирусол., № 1, с. 24-27, 1996.

8. Ильенко В.И., A.A. Смородинцев. Выделение нового вируса из группы А на территории Советского Союза. В кн. "Арбовирусы, передаваемые комарами". Труды Института полиомиелита и вирусных энцефалитов. М., т. 13, с. 23-28, 1969.

9. Ионова К.С. Вирус Карельской лихорадки (биологические свойства, моноклональные антитела, экспериментальные подходы к диагностике). Диссертация канд. биол. наук., 1992.

10. Киселев О. Генетическая инженерия иммуномодуляторов и вакцинных препаратов. Л., с. 56-65, 1988.

11. Лебедев А.Ю. Анализ первичной структуры генома альфавирусов серокомплекса Синдбис-ЗЭЛ. Автореф. канд. дис., 1996.

12. Левкович E.H. Биологическая и иммунологическая характеристика комариных арбовирусов. Труды Института полиомиелита и вирусных энцефалитов. М., т. 13, с. 41-53,1969.

13. Либикова Н. Природная очаговость северо-американского лошадиного энцефалита западного типа (WEE) в Чехословакии. Acta virologica, т. 1, с. 93-102, 1957.

14. Львов Д.К., Т.М. Скворцова, Н.Г. Кондрашова и др. Этиология Карельской лихорадки, новая арбовирусная инфекция. Вопр. вирусол., N 6, с. 690-692, 1982.

15. Львов Д.К., Т.М. Скворцова, В. Л. Громашевский, Л.К. Березина,

16. В.И. Яковлев, Б.В.Гущин, В.А. Аристова, Г.А. Сидорова, Е.А. Гущина, Ç.M. Клименко, С.Д. Львов, Н.В. Хуторецкая, И.А. Мясникова, Т.М. Хижнякова. Изоляция возбудителя Карельской лихорадки от комаров Aedes sp. Вопр. вирусол., N 3, с. 311-315, 1985.

17. Львов Д.К., С.М. Клименко, С.Я. Гайдамович. Арбовирусы и арбовирусные инфекции.-М., "Медицина" с. 7-49, 1989.

18. Львов Д.К., С. Миширо, H.A. Селиванов, Е.И. Самохвалов Распространение генотипов вируса гепатита С, циркулирующих на территориях Северо- Западной и Центральной частей России. Вопр. вирусол., N 6, с. 251-253, 1995.

19. Маныкин A.A. Исследование структуры вирусных нуклеиновых кислот и нуклеопротеидов методом электронной микроскопии. Автореф. докт. дис., 1993.

20. Нетесов C.B. Генно-инженерные исследования геномов РНК-содержащих вирусов. Автореф. докт. дис., 1992.

21. Радюк С.Н., Мацевич Г.Р., Анджапаридзе О.Г. Полимеразная цепная реакция в диагностике и прогнозе ВИЧ- инфекции. Вопр. вирусол. N 3, с. 98-101, 1994.

22. Соколова Т.М., Т.К. Селиванова, А.Ю. Лебедев, Н.С. Быстров,

23. В.Л. Громашевский, H.A. Парасюк, К.С. Ионова, Л.В. Урываев. Сходство и различие вирусов западного энцефаломиелита лошадей по генам неструктурного белка nsP2 и структурных белков С и Е2. Вопр. вирусол., N5, с. 209-213, 1996.

24. Урываев Л.В., H.A. Парасюк, К.С. Ионова, Т.Г. Михеева, А.Ю. Злобин, Т.М. Скворцова, Э.Е. Мельникова, О.П. Глущенко, Д.К. Львов. Моноклональные антитела к вирусу Карельской лихорадки. Вопр. вирусол., N 4, с. 322-326, 1990.

25. Урываев Л.В. Репродукция альфавирусов. Диссертация докт. мед. наук, 1991.

26. Урываев Л.В., В.А. Василенко, H.A. Парасюк, К.С. Ионова, Е.А. Гущина,A.A. Куллатяре, Э. Ленбах, Д.К. Львов. Выделение и идентификация вируса Синдбис от перелетных птиц Эстонии. Вопр. вирусол., N 1, с. 67-70, 1992.

27. Урываев Л.В., А.Ю. Лебедев, Т.М. Соколова, В.П. Юферов. Первичная структура гена С и кодируемого им белка нуклеокапсида у вируса Западного энцефаломиелита лошадей. Докл.РАН, т. 344, N 3, с. 397-401,1995.

28. Урываев Л.В., H.A. Петров, Т.М. Соколова, Е.И. Самохвалов, А.Ю. Лебедев,Т.К. Селиванова, H.A. Парасюк, К.С. Ионова, A.A. Гринев. Анализ первичной структуры участков генома вируса Карельской лихорадки. Вопр. вирусол., N 5, с. 198-202, 1995.

29. Фролов И.В., A.A. Колыхалов, В.Е. Волчков, C.B. Нетесов, Л.С.

30. Сандахчиев. Сравнение аминокислотных последовательностей структурных белков аттенуированных и патогенных штаммов вируса Венесуэльского энцефаломиелита лошадей. Докл. АН СССР, т. 318, N 6, с. 1488-1491, 1991.

31. Шипулина О.Ю., Шахгильдян В.И., Шипулин Г.А., Кравченко А.В., Серебровская JI.B., Покровский В.В. Полимеразная цепная реакция в диагностике ЦМВ у ВИЧ-инфицированных пациентов. Вопр. вирусол., N 2, с. 91-95, 1998.

32. Щербатых П.Я. Инфекционный энцефаломиелит лошадей в СССР. В кн.: Вирусные болезни животных. М., 1963.

33. Юферов В.П. Анализ первичной структуры индивидуальных генов РНК-содержащих вирусов. Автореф. докт. дис., М., 1991.

34. Bachmair A., A. Varshavasky. The degradation signal in a short-lived protein. Cell, v. 56, p. 1019-1032, 1989.

35. Barth B.U., M. Suomalainen, P. Liljestrom, H. Garoff. Alphavirus assembly and entry: role of the cytoplasmic tail of the El spike subunit. J. Virol., v. 66, p. 7560-7564, 1992.

36. Barrett A.D.T., W.D. Cubitt, N.J. Dimmock. Defective interfering particles of Semliki Forest virus are smaller than particles of standard virus. J. Gen. Virol., v. 65, p. 2265-2268, 1984.

37. Barton D.J., S.G. Sawicki, D.L. Sawicki. Solubilization and immunoprecipitation of alphavirus replication complexes. J. Virol., v. 65, p. 1496-1506, 1991.

38. Braakman I., J. Helenius, A. Helenius. Role of ATP and disulphide bonds during protein folding in the endoplasmic reticulum. Nature, v. 356, p. 260262, 1992.

39. Bujarski J.J. and P.D. Nagy. Different mechanisms of homologous and nonhomologous recombination in brome mosaic virus: role of RNA sequences and replicase proteins. Semin. Virol., N 7, p. 363-372, 1996.

40. Bujarski J.J., and A.M. Dzianoff. Generation and analysis of nonhomologous RNA-RNA recombinants in brome mosaic virus: sequense complementarities at crossover sites. J. Virol., v. 65, p. 4153-4159, 1991.

41. Biotechnology Catalog, Perkin Elmer Cetus, 1991.

42. Calisher C.H., N. Karabatsos. Arbovirus serogroups: Definition and geographic distribution. In "The Arboviruses: Epidemiology and ecology" ed. Monath T.P. CRC Press, Baca Raton, FL., p. 19-57, 1988.

43. Calisher C.H. Medically important arboviruses of the United States and Canada. Clin. Microbiol. Rev., v. 7, p. 89-116, 1994.

44. Chanas A.S., E.A. Gould, J.C.A. Clegg, M.G.R. Varma. Monoclonal antibodies to Sindbis virus glycoprotein El can neutralize, enhance infectivity and independently inhibit haemagglutination or haemolysis. J. Gen. Virol., v. 32, p. 295-300, 1982.

45. Chetverin A.B., Chetverina H.V., Demidenko A.A., Ugarov V.I. Nongomologous RNA recombination in a cell-free system: evidence for atransesterification mechanism guided by secondary structure. Cell, v. 88, p. SOS-SB. c

46. Choi H.K., L. Tong, W. Minor, P. Dumas, U. Boege, M.G. Rossman, G. Wengler. Structure of Sindbis virus core protein reveals a chymotripsin-like serine proteinase and the organization of the virion. Nature, v. 354, p. 37-43, 1991.

47. Chomczyncki P., N. Sacci. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal. Biochem., v. 162, p. 156-159, 1987.

48. Chumakov K.M. PCR engineering of viral quasi-species: A new method to preserve and manipulate genetic diversity of RNA virus populations. J. Virol, v. 70, p. 7331-7334, 1996.

49. Cilnis M.J., Kang W. a. Weaver S.C. Genetikc Conservation of Highlands J Viruses. Virolog. v. 218, p. 343-351, 1996.

50. Collier N.C., S.P. Adams, H. Weingarten, S. Schlesinger. Inhibition of enveloped RNA virus formation by peptides corresponding to glycoprotein sequences. Antiviral. Chem. Chemother., v. 3, p. 31-36, 1992.

51. Ding M. a. M.G. Schlesinger. Evidence that Sindbis virus nsP2 is an autoprotease which processes the virus nonstructural polyprotein. Virology, v. 171, p. 280-294, 1989.

52. Doms W., R.A. Lamb, J.K. Rose, A. Helenius. Folding and assembly viral membrane proteins. Virology, v. 193, p. 545-562, 1993.

53. Dominguez G., C.Y. Wang, T.K. Frey. Sequence of the genome RNA of Rubella Virus: Evidence for genetic rearrangment during Togavirus evolution. Virology, v. 177, p. 225-238, 1990.

54. Dubuisson J., C.M. Rice. Sindbis virus attachment: isolation and characterization of mutants with impairewd binding to vertebrate cells. J. Virol., v. 67, p. 3363-3374, 1993.

55. Duggal R., Cuconati A., Gromeier M. a. Wimmer E. Genetic recombination of poliovirus in a cell-free system. Proc. Nat. Acad. Sei., v. 94, p. 13786-13791, 1997.

56. Duggal R. and E. Wimmer. Genetic recombination of Poliovirus in Vitro and in Vivo: temperature- dependent alteration of crossover sites. Virology, v. 258, p.30-41, 1999.

57. Eldadah Z.A., Asher D.M., Godee M.S. et. al. Detection of Flaviviruses by Reverse- Transcriptase PCR. J. of Med. Virol, v. 33, p. 260-267, 1991.

58. Frolov L., S. Schlesinger. A comparision of the effects of Sindbis virus and Sindbis virus replicons on host cell protein synthesis and cytopathogenicity in BHK cells. J. Virol., v. 68, p. 1721-1727, 1994.

59. Gaedigk-Nitschko K., M.J. Schlesinger. The Sindbis virus 6K protein can be de-tected in virions and is acylated with fatty acid. Virology, v. 175, p. 274281, 1990.

60. GaroffH., K. Simons. Location of the spikes glycoproteins in the Semliki Forest virus membrane. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 71, p. 3988-3992, 1974.

61. GaroffH., K. Simons, B. Dobberstain. Assembly of the Semliki Forest virus membrane glycoproteins in the membrane of the endoplasmic reticulum in vitro. J. Mol. Biol., v. 124, p. 587-600, 1978.

62. GaroffH., A,M. Frischauf, K. Simons, H. Lehrach, H. Delius. Nucleotide sequence of cDNA coding for SFV membrane glycoproteins. Nature, v. 288, p. 231- 241, 1980.

63. GaroffH., D. Huylebroeck, A. Robinson, U. Tillman, P. Liljestrom. The signal sequence of the p62 protein of Semliki Forest virus is involved in initiation but not in completing chain translocation. J. Cell. Biol., v. 111, p. 867-876, 1990.

64. Gibbs E.P.J, a. Tsai T.F. Eastern encephalitis. Handbook of Zoonoses, Viral. CRC Press, p. 11-24, 1994.

65. Gorbalenya A.E., E.V. Koonin, A.P. Donchenko, V.M. Blinov. A novel superfamily of NTP-binding motif containing proteins which are probably involved in duplex unwimding in DNA replication and recombination. FEBS lett., v. 235, p. 16- 24, 1988.

66. Hahn C.S., S. Lustig, E.G. Strauss et al. Western equine encephalitis virus is a recombinant virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 85, p. 5997- 6001, 1988.

67. Hahn Y.S., C.M. Rice, E.G. Strauss, E.M. Lenches, J.H. Strauss. Sindbis virus tsl03 has a mutation in glycoprotein E2 that leads to defective assembly of virions. J. Virol., v. 63, p. 3459-3465, 1989b.

68. Hahn Y.S., E.G. Strauss, J.H. Strauss. Mapping of RNA temperature-sensitive mutants of Sindbis virus: assigment of complementation groups A,B and G to nonstructural proteins. J. Virology, v. 63, 3142-3150, 1989c.

69. HahnY.S., J.H.Strauss. Site-directed mutagenesis of the proposed catalytic amino acids of the Sindbis virus capsid protein autoprotease. J. Virol., v. 64, p. 3069 3073, 1990.

70. HardyW.R. a. J.H. Strauss. Processing the nonstructural polyproteins of Sindbis virus : nonstructural proteinase is in the C-terminal half of nsP2 andfunctional both in cis and in trans. J. Virol., v. 63, p. 4653-4664, 1989.

71. Harrison S.C., S. Schlesinger, M.J. Schlesinger, R.K. Strong. Crystallization of Sindbis virus and its nucleocapsid. J. Mol. Biol., v. 226, p. 277-280, 1992.

72. Hefti E., D.H.L. Bishop, D.T. Dubin, V. Stollar. 5'-nucleotide sequence of Sindbis viral RNA. J. Virol., v. 17, p. 149-159, 1976.

73. Jarvis T.C., and K. Kirkegaard. Poliovirus RNA recombination: mtchanistic studies in the absence of selection. EMBOJ., v. 11, p. 3135-3145, 1992.

74. Ivanova L., M.J. Schlesinger. Site-directed mutations in the Sindbis virus E2 glycoprotein identify palmytoylation sites and affect virus budding. J. Virol., v. 67, p. 2546-2551, 1993.

75. Justman J., M.R. Klimjack, M. Kielian. Role of spike protein conformational changes in fusion of Semliki Forest virus. J. Virol., v. 67, p. 7579-7607, 1993.

76. Jversen J.O. Western equine encephalomyelitis. Handbook of Zoonoses: Viral., 1994.

77. Kail M., M. Hollinshead, W. Ansorge, R. Pepperkok, R. Frank, G. Griffiths, D. Vaux. The cytoplasmic domain of alphavirus E2 glycoprotein contains a short linear recognition site required for viral budding. EMBO, v. 10, p. 2343-2351, 1991.

78. Kaneko S., R.H. Miller. Characterization of primers for optimal amplification of hepatitis B virus DNA in the polymerase chain reaction assay. J. Virol. Meth., v. 29, p. 225 230, 1990.

79. Kinney R.M., B.J.B. Johnson, J.B. Welch et al. The full-length nucleotide sequences of the virulent Trinidad Donkey strain of VEE virus and its attenuated derivative, strain TC- 83. Virology, v. 170, p. 19-30, 1989.

80. Kirkegaard K., and D. Baltimore. The mechanism of RNA recombination in poliovirus. Cell, v. 47, N3, p. 433-443, 1986.

81. Kottier S.A., D. Cavanagh, and P. Britton. Experimental evidence ofrecombination in Coronavirus infectious bronchitis virus. Virology, v. 213, p. 569-580, 1995.

82. Kuhn R.J., Z. Hong, J.H. Strauss. Mutagenesis of the 3-nontranslated region of indbis virus RNA. J. Virol., v. 64, p. 1465-1476, 1990.

83. Lai M.M.C. Recombination in large RNA viruses: coronaviruses. Semin. Virol., N7, p. 381-388, 1996.

84. Lai M.M. C. RNA Recombination in animal and plant viruses. Microbiol. Rev. , v. 56, N1, p. 61-79, 1992.

85. Larzul D., D. Chevrier, V. Thiers, J.-L. Guesdon. An automatic modified polimerase chain reaction procedure for hepatitis B virus DNA detection. J. Vir. Meth., v. 27, p. 49-60, 1990.

86. Lee H., D.T. Brown. Mutations in an exposed domain of Sindbis virus capsid protein result in the production of noninfectious virions and morphological variants.- Virology, v. 202, p. 390-400, 1994.

87. Lemm J.A., A. Bergqvist, C.M. Read and C.M. Rice. Template- dependent initiation of Sindbis virus RNA replication in vitro. J. of Virol., v. 72, p. 6546-6553, 1998.

88. Levin B., D.E. Griffin. Molecular analysis of neurovirulent strains of Sindbis virus that evolve during persistent infection of scid mice. J. Virol., v. 67, p. 6872-6875, 1993.

89. Levis R., B. Weiss, M. Tsiang, H. Huang, S. Schlesinger. Deletion mapping of Sindbis virus DI RNAs derived from c DNA defines the sequences essential for replication and packaging. Cell, v. 44, p. 137-145, 1986.

90. Lewis J., S. L. Wesselingh, D.E. Griffin a. J.M.Hardwick. Alphavirus-Induced Apoptosis in Mouse Brains Correlates with Neurovirulence. J. Virol., v. 70, N3, p. 1828-1835, 1996.

91. Li G., C.M. Rice. Mutagenesis of the in-frame opal termination codon preceding nsP4 of Sindbis virus: studies of translation readthrough and its effect on virus replication. J. Virol., v. 63, p. 1326-1337, 1989.

92. Li G., M.W.L. Starza, W.R. Hardy, J.H. Strauss, C.M. Rice. Phosphorylation of Sindbis virus nsP3 in vivo and in vitro. Virology, v. 179, p. 416-427, 1990.

93. Liljestrom P., H. Garoff. Internally located cleavable signal sequences direct the formation of Semliki Forest virus membrane proteins from a polyprotein precursor. J. Virol., v. 65, p. 147 154, 1991.

94. Lobigs M., H. Garoff. Fusion function of the Semliki Forest virus spike isactivated by proteolytic cleavage of the envelope glycoprotein precursor p62. J. Virol., v. 64, p. 1233-1240, 1990.

95. Lopez S., J.C. Yao, R.J. Kuhn, E.G. Strauss, J.R. Strauss. Nucleocapsid-glycoprotein interactions required for assembly of alphaviruses. J. Virol., v. 68, p. 1316-1323, 1994.

96. Maniatis T., E.F. Fritsch, J. Sambrook. Molecular Cloning. Cold Spring Harbor Laboratori, p. 324- 327, 1982.

97. Mc Pherson, P. Qurke, J.R. Taylor. PCR. A Practical Approach. Lond.,1991.

98. Meyerhaus A., J.P. Vartanian and S. Wain-Hobson. DNA recombination during PCR. Nucleic. Acid Res., v. 18, p. 1687-1691, 1990.

99. Mi S., R. Durbin, H.V. Huang, C.M. Rice, V. Stollar. Association of Sindbis virus RNA methyltransferase activity with the nonstructural protein nsPl. Virology, v. 170, p. 385-391 , 1989.

100. Mi S., V. Stollar. Both an amino acid changes in nsPl of Sindbis virus LM21 contribute to and are required for efficient expression of the mutant phenotype. Virology, v. 178, p. 429-434, 1990.

101. Mi S., V. Stollar. Expression of Sindbis virus nsPl and methyltransferase activity in Eschrichia coli. Virology, v. 184, p. 423-427, 1991.

102. Monroe S. S. a. S. Schlesinger. RNAs of two independently isolated defective interfering particles of Sindbis virus contain a cellular tRNA sequence at their 5' ends. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 80, p. 3279 3283, 1983.

103. Monroe S.S., J.-H. Ou, C.M. Rice, S. Schlesinger, E.G. Strauss, and J.H. Strauss. Sequence analysis of c-DNAs derived from the RNA of Sindbis virions and of defective interfering particles. J. Virolog., v. 41, p. 153-162, 1982.

104. Monroy C.D. a. B.A. Webb. Detection of WEE virus in mosquitoes by PCR. Proc. New Jersey Mosq. Control Assoc., v. 8 , p. 103-111, 1994.

105. NagyP.D. a. A.E. Simon. New insights into the mechanisms of RNA recombination. Virology, v. 235, p. 1-9, 1997.

106. Netolitzki et. al. J. Gen. Virol., N 1, 2000.

107. Niesters H.G.M., J.H. Strauss. Defined mutations in the 5-nontranslated sequence of Sindbis virus RNA. J. Virol., v. 64, 4162 4168, 1990.

108. Niesters H.G.M., J.H. Strauss. Mutagenesis of the conserved 51-nucleotide region of Sindbis virus. J. Virol., v. 64, p. 1639-1647, 1990b.

109. Norder H., J.O. Lundstrom, Oto Kozuch, L.O. Magnins. Genetic Relatedness of Sindbis Virus. Strains from Europe, Middle East and Africa. Virol., v. 222, p. 440-445, 1996.

110. Olmsted R.A., W.J. Meyer, R.E. Johnston. Characterization of Sindbis virus epitopes important for penetration in cell culture and pathogenesis in animals. Virology, v. 148, p. 245-254, 1986.

111. Omar A., H. Koblet. The use of sulfite to study the mechanism of membrane fusion induced by El of Semliki Forest virus. Virology, v. 168, p. 177-179, 1989.

112. Ou J-H., C.M. Rice, L. Dalgarno, E.G. Strauss, J.H. Strauss. Sequencestudies of several alphavirus genomic RNAs in the region, containing the start of subgenomic RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 79, p. 5235-5239, 1982b.

113. Pardigon N., E. Lemches, J.H. Strauss. Multiple binding sites for cellular proteins in the 3'-end of Sindbis alphavirus minus sense RNA. J. Virol., v.67, p. 5003-5011, 1993.

114. A PCR Protocols: A Guide to methods and Applications, ed. Junis, M.A. et. al., Academic Press, Ca, p. 129-141, 1990.

115. Pence D.F., N.L. Davis, R.E. Johnston. Antigenic and genetic characterization of Sindbis virus monoclonal antibody escape mutants which define a pathogenesis domain on glycoprotein E2. Virology, v. 175, p. 41-49, 1990.

116. Peranen J., K. Takkinen, N. Kalkkinen, L. Kaarianen. Semliki Forest virus-specific non-structural protein nsP3 is a phosphoprotein. J. Gen. Virol., v. 69, p. 2165-2178, 1988.

117. Peranen J., M. Rikkonen, P. Liljestrom, L. Kaariainen. Nuclear localization of Semliki Forest virus-specific nonstructural protein nsP2. J. Virol., v. 64, p. 1888- 1896, 1990.

118. Polo J.M., N.L. Davis, C.M. Rice, H.V. Huang, R.E. Johnston. Molecular analysis of S indbis virus pathogenesis in neonatal mice by using virus recombinants constructed in vitro. J. Virol., v. 62, p. 2124 2133, 1988.

119. Presley J.F., D.T. Brown. The proteolytic cleavage of pE2 to envelope glycoprotein E2 is not strictly required for the maturation of Sindbis virus. J. Virol., v. 63, p. 1975 1980, 1989.

120. Puthavathana P., Ho Wang Lee< C. Y. Kang. Typing of Hantaviruses from five continents by polimerase chain reaction. Vir. Res., v. 26, p. 1-14, 1992.

121. Raju R., S. V. Subramaniam, N. Hajjou. Genesis of SV by in vivo recombination of nonreplicative RNA precursors. J. of Virol., v. 12, p. 73917401, 1995.

122. Rentier-Delrue F., and N.A. Young. Genomic divergence among Sindbis virus strains. Virology, v. 106, p. 59-70, 1980.

123. Rice C.M., J.H. Strauss. Nucleotide sequence of the 26S mRNA of Sindbis virus and deduced sequence of the encoded virus structural proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 78, p. 2062-2066, 1981.

124. Rikkonen M., J. Peranen, L. Kaariainen. Nuclear and nucleolar targeting signals of Semliki forest virus nonstructural protein nsP2. Virology, v. 189, p. 462 473, 1992.

125. Rikkonen M., J. Peranen, L. Kaariainen. ATPase and GTPase activities associated with Semliki Forest virus nonstructural protein nsP2. J. Virol., v.68, p. 5804- 5810, 1994.

126. Robertson D. L., B.H. Hahn a. P.M. Sharp. Recombination in AIDS viruses. J. of Mol. Evol., v. 40, p. 249-259, 1995.

127. Rychlik W. a. Rhoads R.E. A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hibridisation, sequencing and in vitro amplification of DNA. Nucl. Acids. Res., v. 17, p. 8543-8551, 1989.

128. Rumenaph J., E.G. Strauss, J.H. Strauss. Subgenomic mRNA of Aura Alpha-virus is packaged into virions. J. Virol., v. 68, p. 56-62, 1994.

129. Rumenaph J., E.G. Strauss, J.H. Strauss. Aura virus is a New World representative of Sindbis-like viruses. Virology, v. 208, p. 621-633, 1995.

130. Russel D.L., J.M.Dalrymple, R.E. Johnston. Sindbis virus mutations which coordinately affect glycoprotein processing, penetration and virulence in mice. J.Virol., v. 63, p. 1619 1629, 1989.

131. Samuel C.E. Antiviralactions of interferon. Interferon- regulated cellular proteins and their surprisingly selective antiviral activities. Virology, v. 183, p. 1-11, 1991.

132. Sawicki D.L., and S.G. Sawicki. Alphavirus positive and negative strand RNA synthesis and the role of the polyproteins in formation of viral replicationcomplexes. Arch. Virol. Suppl., v. 9, p. 393-405, 1994.

133. Sawicki D.L., S.G. Sawicki. A second nonstructural protein functions in the regulation of alphavirus negative strand RNA synthesis. J.Virol., v. 67, p. 3605- 3610, 1993.

134. Sawicki D.L., S.G. Sawicki. Functional analysis of the A complementation group mutants of Sindbis HR virus. Virology, v. 144, p. 20-34, 1985.

135. Scheidel L.M. a. V. Stollar. Mutations that confer resistance of mycophenolic acid ribovirin on Sindbis virus map to the nonstructural protein nsPl. Virology, v. 181 p. 490-499, 1991.

136. Schlesinger S., and M.J. Schlesinger. Replication of Togaviridae and Flaviviridae. In Fundamental Virology, 2-nd ed., Fields, B.N. and Knipe, D.M., Raven Press, New Jork, 453, 1990.

137. Schlesinger S., R. Levis, B.G. Weiss, M. Tsiang, H. Huang. Replication and packaging sequences in defective interfering RNAs of Sindbis virus. In

138. Positive-strand RNA viruses" eds. M.A.Brinton and R.Rueckert. Alan R.Liss, Inc., New York. p. 241 250, 1986.

139. Schmaljohn A.L., E.D.Johnson, D.E. Dalrymple, G.A.Cole. Nonneutralizing monoclonal antibodies can prevent lethal alphavirus encephalitis. Nature, v. 297, p. 70-72, 1982.

140. Shirako Y., B. Nicklasson, J.M. Dalrymple, E.G. Strauss, J.H. Strauss. Structure of the Ockelbo virus genome and its relationships to other Sindbis virus. Virology, v. 182, p. 753 764, 1991.

141. Simon A.E. and J.J. Bujarski. RNA-RNA recombination and evolution in virus infected plants. Ann. Rev. Phytopathol., v. 32, p. 337-362, 1994.

142. Spall V.E., M. Shanks, and G.P. Lomonossoff. Polyprotein processing as a strategy for gene expression in RNA viruses. Seminars in Virology, v. 8, N1, p. 15-24, 1997.

143. Strauss E.G., C.M. Rise, and J.H. Strauss. Complete nucleotide sequence of the genomic RNA of Sindbis virus. Virology, v. 133, p. 92-110, 1984.

144. Strauss E.G., J.H. Strauss. Structure and replication of alphavirus genome. In:"The Togaviridae and Flaviviridae" eds. S.Schlesinger and M.J.Schlesinger. Plenum Publishing Corp., New York. p. 35-90, 1986.

145. Strauss E.G., D.S. Stec, A.L. Schmaljohn, J.H. Strauss. Identification of antigénically important domains in the glycoproteins of Sindbis virus by analysis of antibody escape variants. J.Virol., v. 65, p. 4654 4664, 1991.

146. Strauss J.H. Recombination in the evolution of RNA viruses. In S.S. Morse (ed) Emerging viruses. Oxford University Press, New Jork, p. 241-251, 1993.

147. Strauss J.H., E.G.Strauss. The Alphaviruses: gene expression, replication and evolution. Microbiol.Reviews, v. 58, p. 491-562, 1994.

148. Strauss J.H. a. E.G. Strauss. Recombination in Alphaviruses. Seminars in Virology, v.8, p. 85-94, 1997.

149. Strizki J.M., P.M. Repik. Coupled PCR- restriction enzyme analysis for rapid identification of structural gene relationships among strains of eastern equine encefalitis virus. Virus. Res., v. 43, p. 69-75, 1996.

150. Stubbs M.J., A. Miller, P.J.H. Sizer, J.R. Stepenson, A.J. Crooks. X-ray solution scattering of Sindbis virus: changes in conformation induced at low pH. J. Mol. Biol., v. 221, p. 39-42, 1991.

151. Torrisi M.R., S. Bonatti. Immunocytochemical study of the partition and distribution of Sindbis virus glycoproteins in freeze fractured membranes of infected baby hamster kidney cells. J. Cell.Biol., v. 101, p. 300-306, 1985.

152. Trent D.W. and J. A. Grant. A comparison of New World alphaviruses in the Western equine encephalitis virus complex by immunochemical and oligonucleotide fingerprint techniques. J. Gen. Virol., v. 47, p. 261-282, 1980.

153. Tucker P. C., E. G. Strauss, R. J. Kuhn, J. N. Strauss, and D. E. Griffin. Viral determinants of age- dependent virulence of Sindbis virus for mice. J. Virol., v. 67, p. 4605-4610, 1993.

154. RNAs. Nucleic Acids Res., v. 20, p. 3375-3381, 1992.

155. Vilcek J. and G.C. Sen. Interferons and other cytokines. In " Fundamental Virology", p. 341-365, 1996. Lippincott-Raven Press. New Jork.

156. Vodkin M.N., McLaghlin G.L., J.F. Day, R.E. Shope, Novak R.J. A rapid diagnostic assay for eastern equine encephalomielitis viral RNA. Am. J. Trop. Med. Hyg. v. 49, p. 772-776, 1993.

157. Weaver S.C., W. Kang, Y. Shirako, T. Rumenapf, E.G. Strauss and J.H Strauss. Recombinational history and molecular evolution of Western equine encephalomyelitis complex Alphaviruses. J. Virol, v. 71, N1, p. 613-623, 1997.

158. Weaver S.C., Hagenbaugh, L.A. Bellew, L. Gousset, V. Mallampalli, J.J. Holland, T.W. Scott. Evolution of alphaviruses in the eastern equine encephalomyelitis complex. J. Virol., v. 68, p. 158-169, 1994.

159. Weaver S.C., T.W. Scott, and R. Rico-Hesse. Molecular evolution of Eastern eqyine encephalomyelitis virus in North America. Virology, v. 182, p. 774-784, 1991.

160. Weiss B.G., and S. Schlesinger. Recombination between Sindbis virus RNAs. J. Virol., v. 65, p. 4017-4025, 1991.

161. Weiss B.G., H. Nitschko, I. Ghattas, R. Wright S. Schlesinger. Evidence for specificity in the encapsidation of Sindbis virus RNAs. J. Virol., v. 63, p. 5310-5318, 1989.

162. Wengler G. The model of assembly of alphavirus cores implies a mechanism for the disassembly of the cores in the early stages of infection. Arch. Virol, v. 94, p.1-14, 1987.

163. Worobey M., E.C. Holmes. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses. J. Gen Virol., v. 80, p. 2535-2543, 1999.

164. Zhao H., H. Garoff. Role of cell surface spikes in alphavirus budding. J.Virol., v. 66, p. 7089-7095, 1992.1. РОССИЙСКАЯ ГОСУДАРСТВЕН^сызатсз