Характеристика генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии участков вирусного генома тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.06, кандидат биологических наук Демина, Татьяна Васильевна

• Демина, Татьяна Васильевна
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Демина, Татьяна Васильевна

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Генетическая гетерогенность вируса клещевого энцефалита, определяемая с помощью фенотипических признаков

1.1. Патогенность для животных

1.2. Генетические признаки вирусов, связанные с особенностями их внутриклеточной репродукции и выявляемые in vitro

1. 3. Генетические признаки, обусловленные свойствами поверхностной структуры вирусов КЗ и ККЗ

Глава 2. Методы молекулярной биологии, используемые для оценки генетических различий штаммов вируса клещевого энцефалита

2.1. Изучение вирусспецифических белков и отдельных антигенных детерминант

2. 2. Методы изучения вирусных геномов и их фрагментов

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 3. Материалы и методы

3.1. Материалы.

3. 2. Методы.

Глава 4. Разработка и применение плазмидных и дезоксиолигонуклеотидных зондов для изучения вариабельности вируса клещевого энцефалита

4.1. Генетические варианты вируса КЗ, определяемые методом МГНК

4. 2. Оценка специфичности молекулярных зондов.

4. 3. Географическое распространение генетических вариантов вирусов КЗ

4. 4. Результаты гибридизации РНК штаммов ВКЗ, взятых на разном уровне пассажей

4. 5. Оценка возможностей МГНК для генетической дифференциации ВКЗ

Глава 5. Характеристика генетической гетерогенности вируса клещевого энцефалита, изученная с помощью полимеразной цепной реакции и секвенирования

Фрагментов генома

5.1. Обоснование выбора участка генома для секвенирования

5. 2. Сравнение полученных и опубликованных данных по нуклеотидным последовательностям среди штаммов ВКЗ и вирусов ККЗ

5. 3. Определение уровней сходства и различий между штаммами ВКЗ и вирусами комплекса КЗ

5. 4. Аминокислотный состав фрагментов белка Е штаммов ВКЗ

Глава 6. Генетическое типирование вируса клещевого энцефалита

6.1. Критерии генотипирования на основе анализа гомологии участков вирусного генома

6. 2. Сопоставление результатов генотипирования, полученных с помощью МГНК и секвенирования фрагментов генома. Географическое распространение генотипов ВКЗ . 6. 3. Результаты сравнения фрагментов аминокислотных последовательностей изученных штаммов ВКЗ с учетом новых критериев генотипирования

- 6

6.4. Построение филогенетических деревьев

Глава 7. Получение и характеристика генотипспецмфических кДНК-зондов.

7.1. Получение новых кДНК-зондов

7.2. Результаты испытания полученных зондов

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Характеристика генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии участков вирусного генома»

АКТУАЛЬНОСТЬ ПРОБЛЕМЫ. В последние годы отмечается неблагоприятное развитие эпидемической обстановки по клещевому энцефалиту (КЗ). Наблюдается рост заболеваемости на многих территориях в пределах ареала КЗ, иногда в десятки раз за последние 15-20 лет. Внутри этого ареала имеются крупные регионы, отличающиеся друг от друга по показателям риска заражения, заболеваемости, летальности и клиническим проявлениям КЗ. Все это определяет актуальность выполнения исследований, характеризующих выявление генетических вариантов вируса КЗ и возможную их роль в формировании этих разнообразных проявлений КЗ в разных субрегионах единого ареала КЗ.

В настоящее время вирус КЗ СВКЗ) принято считать типовым представителем комплекса вирусов клещевого энцефалита, куда входит несколько видов, переносимых разными видами клещей и распространенных в географически удаленных друг от друга районах Европы, Азии и Америки. Однако эволюционные и генетические взаиммоотноше-ния как между этими вирусами, так и между штаммами собственно ВКЗ остаются недостаточно ясными [25, 82, 1483.

Обобщение результатов исследований за многолетний период показало, что КЗ в Сибири отличается как от центрально-европейского, так и от дальневосточного вариантов этой инфекции, и что, на территории России циркулируют, по крайней мере, 5 антигенных подтипов вируса КЗ £251: 1) дальневосточный (прототипный штамм Софьин), 2) западный СНайдорф, 256), 3) Вергина, 4) восточно-сибирский САйна/1448), 5) урало-сибирский (Лесопарк-11) [8, 26, 39, 60, 62, 77, 90, 1423.

Крупным шагом в исследованиях вируса КЗ явились работы по определению нуклеотидных последовательностей РНК [55-58, 70, 128, 129].

Плетнев А.Г. с соавт. (1985) С 56] впервые показал возможность использования молекулярных зондов для детекции генома ВКЗ. Фрагменты комплементарной ДНК СкДНК), полученные ими в ходе работ по определению нуклеотидной последовательности РНК этого вируса, были использованы для отработки метода молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот СМГНЮ. Была показана высокая чувствительность этого метода [55, 68].

Расшифровка нуклеотидной последовательности м организации генома вируса КЗ позволили осуществить иной подход к детекции вирусной РНК, основанный на получении синтетических зондов с заданной структурой. С помощью компьютерного анализа последовательностей нуклеотидов генома вируса КЗ С дальневосточного штамма Софьин) и ряда других флавивирусов С по опубликованным данным) были отобраны и синтезированы 18-27-членные дезоксиолигонуклеотиды, комплементарные консервативным и вариабельным участкам различных генов [1441. Результаты гибридизации зондов с различными штаммами показали, что зонды имели разную специфичность по отношению к РНК исследуемых штаммов, которая коррелировала с консервативностью соответствующей последовательности белка.

Т. о. , показано, что набор олигонуклеотидных зондов позволяет исследовать различные участки вирусного генома и дифференцировать штаммы вируса КЗ. Кроме того, сделан вывод о перспективности метода для решения проблем таксономии и классификации вирусов, а также изучения их эволюционных взаимоотношений.

В дальнейшем методом МГНК была изучена обширная коллекция штаммов вируса КЗ, изолированных в различных частях ареала от Приморья до западных границ бывшего СССР [24, 28]. Все проанализированные штаммы были разделены на 6 генетических вариантов, в зависимости от способности гибридизоваться с зондами, комплементарными тем или иным последовательностям нуклеотидов РНК штаммов

Софьин и Найдорф. Следовательно, подобная классификация характеризовала степень родства изученных штаммов по отношению к этим двум прототипным вирусам, но не давала возможности оценить особенности их собственной генетической структуры. Наиболее полную информацию в этом отношении дает определение структуры генома. Поэтому нами предприняты исследования по определению нуклеотид-ных последовательностей фрагментов геномов штаммов вируса КЗ, выделенных из разных частей ареала и их типированию на основании характеристики гомологии участков вирусной РНК.

ЦЕЛЬ РАБОТЫ - оценка генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита и разработка критериев генотипирования штаммов на основе анализа гомологии участков вирусного генома.

В соответствии с целью исследования были поставлены следующие задачи:

1) Изучить межштаммовые различия вируса КЗ с помощью плазмид-ных и дезоксиолигонуклеотидных зондов в реакции молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот (МГНЮ.

2) Расшифровать нуклеотидные последовательности определенного фрагмента генома штаммов вируса КЗ, выделенных из различных частей ареала.

3) Сопоставить результаты молекулярной гибридизации и секве-нирования.

4) Разработать критерии для установления генетических типов вируса КЗ.

5) Получить кДНК-зонды для специфического определения некоторых генотипов ВКЗ.

НАУЧНАЯ НОВИЗНА И ПРАКТИЧЕСКАЯ ЦЕННОСТЬ ИССЛЕДОВАНИЯ. В настоящей работе определены нуклеотидные последовательности фрагментов геномов нескольких оригинальных штаммов ВКЗ, данные о первичной структуре которых еще не были известны. Из расшифрованных

- 10 нуклеотидных последовательностей Фрагментов гена Е выведены аминокислотные последовательности фрагментов белка Е 29 штаммов ВКЗ. Установлено наличие 6 генетических типов вируса КЗ.

Впервые получены плазмидные кДНК-зонды для специфического определения доминирующего на территории России генома 5, а также генотипа 4 ВКЗ. Использование зондов рекомендуется для генотипи-рования штаммов методом МГНК.

СТРУКТУРА И ОБЪЕМ РАБОТЫ. Диссертация состоит из введения, обзора литературы С две главы), пяти глав собственных исследований, заключения, выводов и списка литературы (78 отечественных и 80 зарубежных источников). Общий объем работы 156 страниц машинописного текста, включающего 18 таблиц и 14 рисунков.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Демина, Татьяна Васильевна

Выводы работы, возможно, еще потребуют дополнительной про

- 124 верки и пересмотра. Однако, по нашему мнению, все вышеизложенное поможет в решении проблем внутривидовой классификации вируса КЗ и дифференциации с вирусами комплекса КЗ, а также окажется важным для изучения роли различных генотипов ВКЗ в развитии патологии разной степени тяжести.

Глава 7. ПОЛУЧЕНИЕ И ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОТИПСПЕЦИФИЧЕСКИХ кДНК-зондов

Ранее было показано, что метод молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот СИГНЮ даёт возможность определить степень гомологии того или иного штамма вируса клещевого энцефалита по отношению к определенному прототипу. В качестве прототипов были использованы штаммы Софьин и Найдорф, представляющие дальневосточный и западный антигенные подтипы соответственно. На основе полных нуклеотидных последовательностей их геномов были сконструированы и успешно апробированы плазмидные ССофьин) и дезоксиолиго-нуклеотидные (Софьин, Найдорф) зонды. Для более эффективного генетического анализа необходимо либо секвенировать штаммовые геномы (или участки геномов,' и сопоставлять их структуры, либо иметь специфичные зонды по отношению к каждому генотипу. Поскольку первый способ достаточно трудоемок и не пригоден в качестве рутинного, мы попытались получить генотипспецифические плазмидные зонды.

7.1. Получение новых кДНК-зондов

Обработка данных, полученных нами при расшифровке нуклеотидных последовательностей фрагментов геномов 29 штаммов ВКЭ, позволила установить наличие б генетических типов с гл.5).

В ходе подготовки и проведения работ по секвенированию фрагментов геномов ВКЗ (гл. 5), были получены клоны, ДНК рекомбинан-тных плазмид которых содержали вставки длиною 1,5 тысячи н.п. (гл. 3, рис. 3. 2, стр.60). Эти вставки получены в качестве продуктов амплификации в полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием синтетических ДНК-праймеров 663 и 666 (табл. 3.3, стр.59) и обратно-транскриптазной реакции. Праймеры, использованные для получения ПЦР-фрагментов: олигонуклеотид dC CAACACTCCAGTCTGGTCTCC), комплементарный последовательности РНК ВКЗ, штамм Софьин, на участке 1738-1758; олигонуклеотид а( GTCCAAATGCCAAATGGACT), комплементарный минус-цепи РНК ВКЗ в положении 217-236 нуклеотид С по [583 ). Участок, соответствующий полученным фрагментам на геноме ВКЗ, перекрывает область, кодирующую белки С (частично), пре-М, М и Е (частично).

В качестве вектора для клонирования использовали линейную форму ДНК плазмиды pGEM-5Zf(+) (3003 н.п.) фирмы Promega. Очищенные в легкоплавкой агарозе ПЦР-продукты встраивали в плазмидный вектор и рекомбинантными плазмидами трансформировали Е.coli, как описано в главе 3.

Таким путем были получены два клона штаммов Байкал-4 и 178/79. Первый является представителем генотипа 5 (с прототипны-ми штаммами Лесопарк-11 и Айна/1448), второй представляет прото-типный штамм генотипа 4. Из ночных культур полученных клонов экстрагировали ДНК рекомбинантных плазмид, обрабатывали РНК-азой, затем фенолом, и очищали с помощью гель-фильтрации. При этом использовали колонку (стекляную трубку) с внутренним диаметром 10 мм и высотой 150 мм, оканчивающуюся снизу нейлоновой мелкоячеистой сетью, препятствующей выходу геля. В качестве наполнителя послужил сефадекс G-200 Super fine (Pharmacia). Подготовку геля и заполнение колонки осуществляли по [513. Раствор ДНК рекомбинантных плазмид наносили на колонку в объеме 300-500 мкл. При высоте столбика геля в 9,5 см, после нанесения образца, пропускали первые 1,5 мл элюента (буфер ТЕ) и собирали 4 фракции по 0,5 мл. Очищенная плазмидная ДНК находилась во второй и третьей фракциях, в четвертой фракции обычно имелась примесь РНК. Фракции с очищенным продуктом объединяли и высаживали ДНК этанолом.

Полученные рекомбинантные плазмиды подвергли рестрикционному анализу для подтверждения наличия ожидаемых вставок и их гетерогенности. Для этого использовали имеющиеся в наличии ферменты рестрикции: Bgl I, Pst I, Нра II и Нае III. Поскольку из руководства фирмы Promega известно, что вставки должны находиться по 51-му сайту плазмиды pGEM-5Zf(+), а рестриктаза Bgl I имеет на плазмидном геноме 3 сайта узнавания, после отжига ДНК плазмиды с этим ферментом следует ожидать образования трех фрагментов: 3018, 1321 и 206 н.п. На фото.1 ожидаемые фрагменты имеют место при рестрикции плазмиды со вставкой кДНК фрагмента генома штамма 178/73 (дорожка 4). Результатом аналогичной рестрикции плазмиды со вставкой кДНК штамма Байкал-4 оказались не три, а четыре фрагмента (фото. 1, дорожка 3). Анализ длин фрагментов показал, что сумма их длин составляет 4,5 тысячи п. н. , что соответствует величине суммы длин вектора и требуемой вставки. Можно сделать вывод, что клонируемый фрагмент имеет сайт узнавания для рестриктазы Bgl I. Проанализировав геном штамма Софьин, в предполагаемом районе, мы обнаружили аналогичный сайт узнавания для Bgl I в позиции 1204-1206 и 1212-1214 н. о. Результаты фореза рестрикционных фрагментов рекомбинантных плазмид рестриктазами HpalI и Нае III демонстрируют гетерогенность интересующего нас участка генома у штаммов ВКЗ (фото. 2., дорожки 2-3, 5-6).

7.2. Результаты испытания полученных зондов

Для последующего использования в опытах МГНК в качестве зондов очищенные ДНК рекомбинантных плазмид метили радиоактивным фосфором (<£--32р) с помощью ПЦР. Реакцию проводили в объеме 20 мкл из расчета 4-20 нг ДНК и 0,37 МБк </-32р (1мкл спиртового раствора меченого АТР объемом 25 мкл и радиоактивностью 9,25 МБк), для чего замешивали реакционную смесь следующего состава: 10,7 мкл би

Фото 1. Форез фрагментов Е^1-переваров рекомбинантных плазмид, содержащих, кДНК штаммов 178/79 С4-я дорожка) и Бай-кал-4 СЗ дорожка). "На дорожках 1 и 7, 2 и 6 - маркеры длин фрагментов С рестрикция ДНК фага ^ ферментами Вй11 и РэН). дистиллята, 2 мкл ПЦР-буфера, 2,4 мкл 25 мМ МёС1г, О,5 мкл 25 мМ смеси трех нуклеозидтрифосфатов (&, Т, С), 1 мкл 6 мМ раствора АТР, О, 4 мкл Тац-полимеразы, по одному микролитру праймеров 663 и 666 С по 10 пмоль) и 1 мкл спиртового раствора метки. Добавляли каплю вазелинового масла. Режим амплификации: 94°С - 80 сек С денатурация), 51°С - 80 сек С отжиг), 72°С - 4 минуты (достройка). Всего 40 циклов. После инкубации при 72°С в течение 10 минут (пролонгированная достройка) добавляли два объема раствора ТЕ и три объема хлороформа, чтобы избавиться от вазелинового масла. Смесь перемешивали, центрифугировали и отбирали водную фазу («50 мкл). Добавляли 5 мкл ацетата натрия, 1 мкл тРНК (транспортной РНК) в качестве носителя и 100 мкл этанола. Смесь выдерживали полчаса при -45°С, центрифугировали, осадок растворяли в буфере ТЕ. Далее, подготовленный таким образом зонд, использовали в МГНК, согласно описанию, содержащемуся в главе 3.

Образцы РНК пяти штаммов ВКЗ гибридизовали с полученными зондами в мягких (65°С, водный раствор), умеренно-жестких (60°С, 50/. формамид) и жестких (65° С, 50/. формамид) условиях. Использование жестких и умеренно-жестких условий повышает специфичность комплементарного взаимодействия зонда с вирусной РНК. Каждый штамм представлял один из пяти генетических типов: штамм Софьин -генотип 1, N 272 - генотип 2, Вергина - генотип 3, 178/79 генотип 4, Лесопарк-11 - генотип 5 (рис. 7.1)

Зонд штамма Байкал-4 в мягких условиях реагировал в различной степени с РНК всех штаммов, кроме штамма Вергина (слабее всего с РНК штамма Софьин и в наибольшей степени с РНК штамма Лесопарк-11), а в жестких условиях - только с Лесопарк-11. Зонд штамма 178/79 в мягких условиях слабее всего реагировал со штаммом Софьин, чуть энергичнее - с N 272 и Лесопарк-11 и активно гибри-дизовался с РНК штамма 178/79. В жестких условиях зонд реагировал

130 тЪ • • • • • • • т и • • • • • •

Л.1 • • • • • • и* tu r+Ъ Tfcf ф * ' Att • ф

Рис. 7.1. Гибридизация генотипспецифических кДНК-зондов с РНК штаммов пяти генотипов RK3. Вверху указаны условия проведения опытов: мягкие СвБ'С^^О). умеренно-жесткие С60еС, 50/ Формамид) и жесткие С65"С. 50/ форма-мид). т8 - кДНК зонд генотипа 5; т11 - кДНК-зонд генотипа 4: 51.1 - кДНК-зонд генотипа 1. Внизу показана схема расположения препаратов РНК штаммов ВКЗ; СоФьин (генотип 1). 272-75 (генотип 21, Лесопарк-ll (генотип 53. 178/79 Сгенотип 4) и Вергина (генотип "Интакт." - отрицательный контроль.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Исследована межштаммовая вариабельность 54 изолятов ВКЗ из различных частей ареала методом МГНК и 29 штаммов из их числа с помощью полимеразной цепной реакции и секвенирования.

Генотипирование, осуществленное с помощью молекулярной гибридизации с плазмидными и олигонуклеотидными зондами, комплементарными участкам генома штаммов Софьин и Найдорф С гл.4), относящихся к разным субтипам вируса КЗ, позволило показать распространение шести генетических вариантов ВКЗ на территории Азии и Восточной Европы. Установлено, что подобные дальневосточному вирусу Софьин штаммы, составили 177., преобладали на Дальнем Востоке (507.) и отмечены повсеместно, исключая Алтай и Западную Сибирь. Штаммы, реагировавшие с олигонудлеотидными зондами, сконструированными по структуре Найдорф, составили 22,97 С по сумме генова-риантов У и VI), превалировали в Европейской части бывшего СССР, отмечены на Урале, в Западной Сибири, впервые обнаружены в Восточной Сибири (367-81, 272-75) и не обнаружены на Тянь-Шане и Дальнем Востоке. 5, 7 7 от изученной коллекции составили изоляты редко встречаемого 11-го геноварианта. Все остальные штаммы, отнесенные к геновариантам III и IV, встречались по всему ареалу (исключение: вариант IV не отмечен в Европейской части бывшего СССР) и составили 54,5 7. Таким образом, больше половины изученных штаммов не имели сходства с прототипами восточного и западного субтипов. Для полноценной их характеристики требовалось секве-нировать участки штаммовых геномов и сопоставить их структуры, либо иметь специфичные зонды для каждого генотипа, не имеющего сходства с западным и восточным вариантами КЗ (кДНК в жестких условиях гибридизации или дезоксиолигонуклеотидные зонды).

С помощью ПЦР, клонирования и секвенирования (гл.3) получены нуклеотидные последовательности фрагмента гена Е 29 штаммов ВКЗ С гл.5). Попарное сравнение, полученных нами и взятых из литературы данных (по пяти штаммам ВКЗ С 58, 128, 158, 9?, 703 ), позволило разделить изученные штаммы на 6 генотипов, используя в качестве критериев различия в 12/ и более между двумя генотипами и в 9/ и менее внутри генотипа. При этом три генотипа (1, 2, 3) соответствовали трем серотипам из пяти, установленным к настоящему времени £253: генотип 1 соответствовал дальневосточному антигенному подтипу С с прототипным штаммом Софьин), генотип 2 - западному (Найдорф), генотип 3 - Вергина (штамм Вергина). В состав генотипа 5 вошли представители двух остальных (из пяти) антигенных вариантов, за исключением штамма 178/79, впервые отнесенного к отдельному генотипу (генотип 4). Как стало известно из еще неопубликованных данных, но депонированных в GenBank США (каталожный номер AF0910Q6), структура аналогичного фрагмента штамма Айна/1448, являющегося прототипом серотипа Айна, оказалась идентичной таковой штамма Лесопарк-11 (прототип урало-сибирского серотипа по данным анализа растворимого антигена). Этот факт подкрепляет наши выводы по генотипу 5.

Анализ попарного сравнения нуклеотидных последовательностей штаммов ВКЗ с аналогичными данными по вирусам комплекса КЗ подтвердил результаты проведенных ранее исследований, показавших близкое антигенное сходство между штаммами вирусов КЗ, Негиши и ШЭО в реакциях подавления гемагглютинации с адсорбированными антисыворотками С 903 и между западными изолятами ВКЗ и вирусом ШЭО методом ELISA с моноклональными антителами [1483, а также генетически близкое родство этих вирусов методом МГНК [1443. То обстоятельство, что представители генотипа 3 в равной степени отличались как от вирусов комплекса КЗ, так и от штаммов ВКЗ (исключая штаммы 2-го генотипа), позволяет рассматривать уровень геномных различий в 20/. нуклеотидных оснований по исследуемому фрагменту как, возможно, выходящий за пределы межштаммовых различий. Это, по нашему мнению, может послужить основанием для исключения штаммов Турецкий и Вергина из числа штаммов вируса КЗ. Такой вывод покажется более убедительным, если принять во внимание различия членистоногих переносчиков штаммов, изолированных на территории бывшего СССР, и штамма Вергина, который ассоциируется с необычным переносчиком - клещем Rhipicephalus bursa [61]. Однако обсуждать это преждевременно и для окончательного заключения по вопросу таксономического статуса штаммов Турецкий и Вергина необходимы дополнительные исследования.

В данной работе все исследованные штаммы ВКЗ подразделяются на шесть генотипов вируса КЗ.

Сравнение результатов генотипирования, полученных с помощью МГНК, и секвенирования фрагментов геномов штаммов ВКЗ, показало в общем и целом корреляцию данных. Изучение географического распространения генотипов, установленных на основе анализа гомологии участков геномов (длиной 160 н. о. ) штаммов ВКЗ, также показало корреляцию с данными по генотипированию с помощью МГНК. Так, штаммы, отнесенные к геноварианту VI по результатам молекулярного зондирования, распределились по генотипам 2, 3 и 5 на основе сравнения гомологии участков генома длиною в 160 н. о. и не были зафиксированы среди представителей остальных трех генотипов (1, 4 и 6) (п. 6. 2).

Материалы сравнительного анализа аминокислотных последовательностей, выведенных из данных, полученных нами при секвениро-вании (п. 5. 4, п.?. 3), в основном соответствовали результатам генотипирования штаммов ВКЗ на основе сравнения фрагментов гена белка Е.

Компьютерная обработка результатов исследования путем пос

1. Определение первичной структуры фрагментов геномов дает наиболее полную информацию для генетического типированя штаммов ВКЗ. На основе сравнения фрагментов гена Е вируса КЗ длиной в 160 нуклеотиднык оснований установлено наличие шести генетических типов вируса КЗ.

2. Разработаны критериями генотипирования: 12/ и более различий нуклеотидных последовательностей исследуемого фрагмента гена Е при попарном сравнении штаммов ВКЗ между генотипами и ЗУ. и менее различий - внутри генотипов.

3. Генотипы 1, 2 и 3 включают три из пяти прототипных штаммов известных серотипов ВКЗ - дальневосточного, западного и Вергина. В состав генотипа 5 вошли представители двух других антигенных вариантов, за исключением штамма 178/79, образующего отдельный генотип 4.

4. Впервые установлено, что циркуляция штаммов с генотипом западного варианта ВКЗ С генотип 2), распространяется на восток до территории Восточной Сибири включительно.

5. Уровни гомологии геномов штаммов различных генотипов ВКЗ сопоставимы с таковыми некоторых вирусов комплекса КЗ, что ставит вопрос о необходимости коррективов в классификации этой группы вирусов.

6. Впервые получены генотипспецифические кДНК-зонды для идентификации штаммов генотипов 4 и 5 ВКЗ.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Демина, Татьяна Васильевна, 1999 год

1. Анджапаридзе О. Г. , Степанова Л. Г. Изучение изменчивости вируса клещевого энцефалита. Сообщение 3. Выделение из вирусных популяций клонов со сниженной нейропатогенностью// Вопр. вирусол. 196?. - N5. - С. 604-607.

2. Бочкова Н. Г. , Погодина В. В. , Левина Л, С. Серотип Айна/1448 вируса КЗ // Вирусы и вирусные инфекции человека. М., 1981. - С. 66-6?.

3. Васильев В. В. , Злобин В. И. , Дживанян Т. И. и др. Изучение злектрофоретической подвижности вирусспецифических белков штаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных в разных географических районах СНГ // Вопр. вирусол. 1993. - N 1. - С. 11-16.

4. Верета Л. А. Принципы прогнозирования заболеваемости клещевым энцефалитом. М. , Медицина, 1975. - 135 с. Верета Л. А. , Воробьева М. С. Природная гетерогенность и целенаправленный отбор штаммов вируса клещевого энцефалита. И. , Медицина, 1990. - 124 с.

5. Верета Л. А. , Островская О. В. , Николаева С."П. , Пуховская Н. М. Выявление естественной неоднородности природных популяций вируса клещевого энцефалита и группировка штаммов // Вопр. вирусол. 1983. - N 6. - С. 706-710.

6. Верета Л. А. , Пуховская А. М. , Островская О. В. Использование метода ионно-обменной хроматографии для дифференциации штаммов вируса клещевого энцефалита // Природно-очаговые инфекции и инвазии Дальнего Востока. Хабаровск, 1985. С. 12-20.

7. Вотяков В. И. , Протас И. И. , Жданов В. М. Западный клещевой энцефалит. Минск, 1978. - 256 с .

8. У. Гендон НХ3. Генетика вирусов человека и животных. 196?.

9. Гильманова Г.X. 06 отражении многообразия антигенных вариантов штаммов вируса клещевого энцефалита, циркулирующих в природных очагах ТатАССР // В сб. : Клещевой энцефалит и вирусные геморрагические лихорадки. Омск, 1963. - С. 45-49.

10. Гловер Д. В кн.: Клонирование ДНК. М. , Мир, 1988. - С. 15?.

11. Горев Н.Е. Изучение антигенных взаимоотношений арбовирусов подгруппы клещевого энцефалита в реакции диффузной преципи-' тации методом сопоставления количественных показателей. // Вопр. вирусол. 1969. - N 4. - С. 475-481.

12. Дживанян Т. И. , Королев М. Б. , Карганова Г. Г. и др. Изменение зависимых от хозяина характеристик вируса клещевого энцефа-литапри его адаптации к клещам и переадаптации к белым мышам // Там же. 1988. - N5. - С. 589-595.

13. Добрикова Е. Ю. , Плетнев А. Г. , Шаманин В. А. Обнаружение вируса КЗ в крови людей и в индивидуальных клещах методом молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот // Вопр. вирусол. -1986. N 6. - С. 739-742.

14. Дрокин Д. А. , Злобин В. И. , Шаманин В. А. Выбор оптимальных олигонуклеотидных зондов для идентификации флавивирусов // Итоги науки и техники. Вирусология. М. , 1991. - Т.24.1. С. 59-60.

15. Жанков А. И. , Дживанян Т. И. , Лашкевич В. А. Различия в электрофоретической подвижности низкомолекулярных вирусспецифи-ческих белков вирусов комплексаклещевого энцефалита // Вопр. вирусол. 1985. - N 5. - С. 610-614.

16. Жанков А. И. , Жданов В. М. , Ляпустин В. Н. и др. Сравнительное изучение олигопептидных карт вирусспецифических белков вирусов комплекса клещевого энцефалита // Там же. 1985. - N 1. - С. 86-89.

17. Жданов В. М. , Лашкевич В. А. , Дживанян Т. И. Олигопептидное картирование вирусов комплекса клещевого энцефалита // Там же. 1981. - N 1. - С. 20-23.

18. Засухина Г. Д. , Завада Я. Влияние химических и физических мутагенных факторов на вирус клещевого энцефалита // В сб.: Генетика микроорганизмов. М. , 1963. - С. 200-207.

19. Засухина Г. Д. , Рапопорт И. А. Мутации у некоторых арбовиру-сов, индуцированные химическими мутагенами // Генетика. 1966. N1. - С. 89.

20. Засухина Г. Д. , Чекова В. В. , Дживанян Т. И. , Рапопорт И. А. Мутагенный эффект И-нитрозоэтилмочевины на вирус комплекса клещевого энцефалита (ККЗ) // Генетика. 1967. - N 1.1. С. 144-151.

21. Злобин В. И. Молекулярно-биологическое определение и геноти-пическая дифференциация вируса клещевого энцефалита: Дис.. . д-ра мед. наук. М. , 1992. - 67 с.

22. Злобин В. И. , Горин О. 3. Клещевой энцефалит: Этиология, эпидемиология и профилактика в Сибири. Новосибирск, Наука., 1996. - С. 17-37.

23. Злобин В. И. , Дрокин Д. А. , Мансуров П. Г. и др. Типирование штаммов вируса клещевого энцефалита по растворимому антигену // Вопр. вирусол. 1991. - N 1. - С. 24-27.

24. Злобин В. И. , Шаманин В. А. , Дрокин Д. А. и др. Географическоераспространение генетических вариантов вируса клещевого энцефалита // Там же. 1992. - NN 5-6. - С. 252-256.

25. Злобин В. И. , Шаманин В. А. , Плетнев А. Г. и др. Специфическая реактивность кДНК и дезоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных геному вируса клещевого энцефалита, с РНК штаммов различного географического происхождения // Там же.1. С. 248-252.

26. Иваненко А. И. Серологический анализ антигенной структуры штаммов западного варианта весенне-летнего клещевого энцефалита в опытах нейтрализации и РСК. Сообщения 1 и 2 // Вопр. мед. вирусол. 1958. - N 3. - С. 175-185.

27. Ильенко В. И. , Платонов В. Г. , Смородинцев А. А. Биологические варианты вируса клещевого энцефалита, выделенные в различных очагах заболеваний // Вопр. вирусол, 1974. N 4.1. С. 414-418.

28. Ильенко В. И. , Покровская O.A. Материалы к дифференцированию вирусов из группы клещевого энцефалита // В сб.: Очерки кли-нич. неврол. Л. , Медгиз, 1962. - С. 183-194.

29. Караванов А. С. , Матвеев Л. Э. , Рубин С. Г. и др. Идентификация отдельных антигенных эпитопов белка оболочки вируса клещевого энцефалита с применением моноклональных антител // Вопр. вирусол. 1990. - N 2. - С. 140-143.

30. Караванов А. С. , Прессман Е. К. , Рубин С. Г. и др. Вариабельность антигенной структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Современные проблемы эпидемиологии, диагностикии профилактики клещевого энцефалита. Иркутск, 1990. С. 6-7.

31. Карпович Л. Г. , Логинова Н. В. , Кармышева В. Я. Генетический признак вирусов комплекса клещевого энцефалита гс!42 // В сб.: Матер. XIII сессии Института полиомиелитов и вирусных энцефалитов. М. , 1967. - С. 135-137.

32. Краминская Н. Н. , Живоляпина Р. Р. , Мейерова Р. А. , Перевозни-ков В.А. Своеобразный штамм вируса клещевого энцефалита, выделенный от больного с прогредиентным течением заболевания // Актуальные проблемы вирусных инфекций. М., 1965. С. 190-191.

33. Левкович Е. Н. , Погодина В. В. , Засухина Г. Д. , Карпович Л. Г. Вирусы комплекса клещевого энцефалита. Л. , "Медицина", 196?. - 245 с.

34. Левкович Е. Н. , Робинзон А. И. , Шутова Т. Н. Сравнительно-экспериментальное изучение клещевого энцефалита на овцах // В сб.: Тезисы докладов 1 научной сессии Института неврологии АМН СССР. М. , 1946. С. 10.

35. Логинова Н. В. , Карпович Л. Г. , Левкович Е. Н. , Овчинникова Э.А. Изучение репродукции некоторых арбовирусов при повышенной температуре как генетический маркер // Бюлл. экспер. биол. и мед. 1967, вып. 64 - N. 9. - С. 101-103.

36. Ляпустин В. Н. , Жанков А. И. , Дживанян Т. И. , Лашкевич В. А. Сравнительный анализ электрофоретической подвижности высокомолекулярных вирусспецифических белков флавивирусов // Вопр. вирусол. 1984. - N 6. - С. 740-746.

37. Ляпустин В. Н. , Лашкевич В. А. Получение вирионного и низкомолекулярного невирионного С"растворимого") антигенов вируса клещевого энцефалита дробным осаждением полиэтиленгликолем // Там же. 1983. - N 4. - С. 122-124.

38. Мамоненко Л. Л. , Карпович Л. Г. // В кн. : Материалы X сессии Института полиомиелита и вирусных энцефалитов. М., 1968. -С. 44.

39. Маниатис Т. , Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование.- М. , Мир, 1984.

40. Минаева В. М. , Слуцкая М.С. Изучение цитопатических свойств некоторых штаммов вируса клещевого энцефалита в культуре клеток НеЬа // Тр. Пермск. мед. ин-та. 1967, 68. - 51-57.

41. Минаева В. М. , Сергиевич Е. А. Использование реакции нейтрализации в тканевой культуре для диагностики клещевого энцефалита // В сб. : Риккетсиозные и вирусные инфекции. Пермь, 1963. - С. 192-196.

42. Остерман Л. А. Хроматография белков и нуклеиновых кислот. М. , Наука, 1985.

43. Островская 0. В. , Верета Л. А. , Пуховская Н. М. Влияние детергентов на гемагглютинирующую ' активность различных штаммов вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. 1985. - N 4.- С. 437-440.

44. Панов А. Г. Клещевой энцефалит. Л. , Медгиз, 1956. - 283 с.

45. Платонов В. Г. В кн. •■ Актуальные проблемы вирусных инфекций.- М. , 1965. С. 173.

46. Плетнев А. Г. Структура, организация и детекция генома вируса клещевого энцефалита: Автореф. дис. . . . докт. хим. наук.- М. , 1990. 48с.

47. Плетнев А. Г. , Ямщиков В. Ф. Ы-концевые аминокислотные последовательности структурных белков вируса клещевого энцефалита // Биоорг. химия. 1985. - Т. 11, N 12. - С. 1681-1684.

48. Плетнев А. Г. , Ямщиков В. Ф. , Блинов В. М. Нуклеотидная последовательность участка генома вируса клещевого энцефалита, кодирующего структурные белки вириона // Там же. 1986.1. Т. 12, N 9. С. 1189-1202.

49. Плетнев А. Г. , Ямщиков В. Ф. , Блинов В. М. Нуклеотидная последовательность генома и полная аминокислотная последовательность полипротеина вируса клещевого энцефалита // Там же. -1989. Т. 15, N 11. - С. 1504-1521.

50. Погодина В. В. Вариабельность вирусов группы клещевого энцефалита в отношении вирусемии и других биологических показателей // Тр. Ин-та полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР. 1965. - N 7. - С. 22-23 .

51. Погодина В. В. , Бочкова Н. Г. , Злобин В. И. и др. Вергинаподобные штаммы вируса клещевого энцефалита в России // Вопр. вирусол. 1995. - N 6. - С. 260-264.

52. Погодина В. В. , Бочкова Н. Г. , Злобин В. И. и др. Генетическая характеристика серотипа Вергина вируса клещевого энцефалита и особенности его патогенности // Там же. 1993. - N 4.1. С. 158-162.

53. Погодина В. В. , Бочкова Н. Г. , Левина Л. С. и др. Иммунологические и некоторые этиологические аспекты изучения серотипа Айна/1448 вируса КЗ // Там же. 1981. - N 6. - С. 735-741.

54. Погодина В. В. , Левкович Е. Н. , Родин И. М. , Карпович Л. Г. Изучение вариаций патогенности вирусов группы клещевого энцефалита в опытах на разных видах животных // Acta virol. 1964. Т. 8. - вып. 6. - С. 521-531.

55. Погодина В. В. , Левкович Е. Н. Сравнительное изучение вирусов группы клещевого энцефалита на овцах // В сб. : Тр. Ин-та полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР. 1965.1. С. 25-27.

56. Погодина В. В. , Трухина Ф. Г. , Шаманин В. А. и др. Дезоксиоли-гонуклеотидные зонды, дифференцирующие антигенные и патогенетические варианты вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. 1992. - N 1. - С. 53-56.

57. Погодина В. В. , Фролова М. П. , Ерман Б. А. Хронический клещевой энцефалит. Новосибирск, Наука, 1986. -233 с.

58. Пуховская Н. М. , Верета Л. Н. , Шаманин В. А. , Плетнев А. Г. Диагностические возможности метода молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот для индикации вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. 1991. - N 3. - С. 250-253. ык

59. Смородинцев А. А. , Дубов А.В. Клещевой энцефалит и его вакци-нопрофилактика. Л. , 1986. - 232 с.

60. Чумаков М. П. , Кусов Ю. НЗ. , Рубин С. Г. и др. Клонирование и изучение первичной структуры ДНК-копий участков генома вируса клещевого энцефалита // Биоорган, химия. 1983. - т. 9, N 2. - С. 276-279.

61. Чумаков М. П. , Рубин С. Г. , Линев М. Б. Три антигенных типа вируса клещевого энцефалита, их зависимость от основных видов клещей-переносчиков и географическое распространение // Вопр. мед. вирусол. М. , 1975. - С. 371-372.

62. Чунихин С.П., Дживанян Т. И. Экологические маркеры арбовиру-сов: ДС-маркер вируса клещевого энцефалита // Вестн. АМН СССР. 1977. - N 5. - С. 17-21.

63. Blok J. Genetic relationships of Denge virus serocomplex // Л. Gen. Virol. 1985. - Vol. 66. - P. 1323-1325.

64. Blok J., Kay В. H. , Hall R. A. , Gorman В. M. Isolation and characterization of Denge serotipe 1 from an epidemic in northern Queensland, Australia // Arch. virol. 1988. Vol. 100, N 3-4. - P. 213-220.

65. Calisher С. H. (Антигенная классификация и таксономия Флави-вирусов (семейство Flaviviridae). Создание универсальной системы для таксономии вирусов, вызывающих клещевой энцефалит) // Acta viroi. 1988. - Vol. 32. - С. 464-473.

66. Casals J. Relationships among arthropod-borne animal viruses determined by cross-challenge test // Amer. j. Trop. Med. and Hyg. 1963. - Vol.12, N4. - P. 587-596.

67. Casals J. , Webster L. T. Relationship of louping-iil in sheep and the virus of Russian spring-summer encephalitis in man // J. Exp. Med. 1944. - Vol.79. - P. 45.

68. Castle E. , Leidner U. , Nowak Th. et al. Primari structure of the Uest Nile flavivirus genome regions coding for all nonstructural proteins // Virology. 1986. - Vol. 149.1. P. 10-26.

69. Castle E. & Uengler G. Nucleotide sequence of the 5'-terminal untranslated part of the genome of the flavivirus West Nile virus // Arch. Virol. 1987. - Vol. 92. - P. 309-313.

70. Chen U. -R. , Tesh R. B. , Rico-Hesse R. Genetic variation of Japanese encephalitis virus in nature // J. Gen. Virol. 1990. Vol. 71. - P. 2915-2922.

71. Chungue E. , Cassar u. , Drouet M. T. et al. Molecular epidemiology of dengue-1 and dengue-4 viruses // Ibid. 1995. Vol. 76. - P. 1877-1884.

72. Clark D. H. Antigenic analysis of strains group B artropod-borne viruses by antibody absorbtion // J. Exp. Med. 1960. - Vol. Ill, N 1. - P. 21.

73. Clark D. H. Further studies on antigenic relationship among the viruses of the group B tick-borne complex // Bull. Uld. Hlth. Org. 1964. - Vol. 31. P. 45-56.

74. Coelen R. F. , Mackenzie J. S. Genetic variation of Murrey Valley encephalitis virus // J. Gen. Virol. 1988. - Vol. 69. - P. 1903-1912.

75. Deubel V., Digoutte J. P. , Monath T. P. , Girard M. Genetic heterogenity of Yellow fever virus strains from Africa and Americas // Ibid. 1986. - Vol. 67. - P. 209-213.

76. Flynn L. M. , CoeleT R. J. , Mackenzie J. S. Kunjin virusisolates of Australia are genetically homogeneous // Ibid. -1988. Vol. 69, N 8. - P. 1903-1912.

77. Gaidamovich S. Y. , Melnikova Y. E. , Gresikova M. et al. Two kind of monoclonal antibodies to tick-borne encephalitis virus // Acta Virol. 1986. - Vol. 30. - P. 206-212.

78. Gresikova M. and Sekeyova ¡1. Antigenic relationships among viruses of the tick-borne encephalitis complex as stadied by monoclonal antibodies // Ibid. 1984. - Vol.28. - P. 64-68.

79. Gritsun T. S. , Lashkevich V. A. , Gould E. A. Nucleotide and deduced amino-acid-sequence of the envelope glycoprotein of Omsk hemmoragic fever virus comparison with other flaviviruses // J. Gen. Virol. 1993. - Vol. 74. - P. 287-291.

80. Guirakhoo F. , Heinz F. X. , Mandl C. U. et al. The relationship between the flaviviruses Scalica, and Langat as revealed by monoclonal antibodies, peptide mapping and RNA sequece analysis // Ibid. 1991. - Vol.72. - P. 333-338.

81. Guirakhoo F. , Radda A. C. , Heinz F. X. , Kunz C. Evidence forantigenic stability of tick-borne encephalitis virus by the analysis of natural isolates /'/ J. Gen. Virol. 1987. Vol. 68. - P. 859-864.

82. Heinz F.X. Epitope mapping of flavivirus glicoproteins // Adv. Virus Res. 1986. - Vol. 31. - P. 103-186.

83. Heinz F. X. , Berger R. , Majdic 0. et al. Monoclonal antibodies to the structural glycoproteins of tick-borne encephalitis virus // Infect. Immun. 1982. - Vol.37. - P. 869-874.

84. Heinz F. X. , Berger R. , Tuma IJ. , Kunz C. A topological and functional model of epitopes on the structural glycoprotein of tick-borne encephalitis virus defined by monoclonal antibodies // Virology. 1983. - Vol. 126. - P. 525-537.

85. Heinz F.X., Kunz C. Homogeneiti of the structural glicopro-tein from European isolates of tick-borne encephalitis virus: comparison with other fiaviviruses // J. Gen. Viroi. 1981. - Vol. 57. - P. 263-274.

86. Heinz F. X. , Kunz C. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: peptide mapping of large nonstructural protein of European isolates and comparison with other fiaviviruses // Ibid. 1982. - Vol. 62. - P. 271-283.

87. Heinz F.X. & Roehrig J. T. Fiaviviruses // In Immunochemistry of Viruses. 1990. - Vol. 2 The Basis for Serodiagnosis and Vaccines (eds van Regenmortel, M. H. V. & Neurath, A. R. ) .1. P. 289-305.

88. Holzmann H. , Hein2 F. X. , Mandl C. U. , Guirachoo F. , Kunz C. A single amino asid substitution in envelope protein E of tick-borne encephalitis virus leads to attenuation in the mouse model // J. Virol. 1990. - Vol. 64. - P. 5156-5159.

89. Holzmann H. , Mandl C. U. , Guirakhoo F. et al. Characterization of antigenic variants of tick-borne encephalitis virus selected with neutralising monoclonal antibodies //' J. Gen. Virol. 1989. - Vol. 70. - P. 219-222.

90. Holzmann H. , Mandl C. U. , Guirakhoo F. et al. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis (TBE) virus // 2nd Intern. Symp. on Tick-Borne Encephlitis, 6-7 June, 1991, Baden near Vienna, Austria. P. 66.

91. Hori H. Oligonucleotide fingerprint analysis of Japanese encephalitis CJE) virus strains of different geographic origin // Trop. Med. 1986. - Vol. 28. - P. 179-190.

92. Hori H. , Igarashi A., Youshida I., Takagi M. Oligonucleotide fingerprint analysis on Japanese encephalitis virus strains after passage histories // Acta Virol. 1986. - Vol. 30. , N5. - P. 428-431.

93. Hori H. , Morita K. , Igarashi A. Oligonucleotide fingerprint analysis on Japanese encephalitis virus strains isolates in Japan and Tailand // Ibid. P. 353-359.

94. Innis M. A. , Myambo K. B. , Gelfand D.N. & Mary Ann D. Brow. DNA sequensing with Thermus aquaticus DNA polymerase and direct sequencing of polymerase DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. Vol. 85. - N 24. - C. 9436-9440.

95. Kumar S. , Tamura K. & Nei M. 1993. Molecular evolutionary genetics analysis version 1.01. The Pennsylvania State University, University Park, Pa.

96. Lanciotti R. S. , Lewis J. G. , Gubler D. J. , Trent D. U. Molecular evolution and epidemiology of dengue-3 viruses // J. Gen. Virol. 1994. - Vol. 75. - P. 65-75.

97. Libikova H. (Свойства цитопатогенных вариантов вирусов из группы клещевого энцефалита (КЗ)) // Acta virol. 1961. Vol. 5. - P. 387.

98. Libikova H., Smidova V. The cytolytic activity of the tickborne encephalitis virus on the carcinomatous cells i strain HeLa) in vitro // Neoplasma. 1962. - Vol.9. - N 1. - P. 39-45.

99. Libikova H., Stancek D. (Характеристика трек различных видов одного штамма клещевого энцефалита) // Acta virol. 1965. Vol.9. - P. 481-487.

100. Lobigs M. , Marshall I.D. , Ueir R. C. , Dalgarno L. Genetic differentiation of Murrey Valley encephalitis virus in Australia and Papua New Guinea // Aust. J. Exp. Biol. Med. Sci. 1986. - Vol. 64. - P. 571-585.

101. Lobigs M. , Ueir R. C. , Dalgarno L. Genetic analisys of Kanjin virus isolates using Hae 111 and Taq 1 restriction digest ofsingle stranded cDNA to virion RNA // Aust. J. Exp. Biol. Med. Sci. 1986. - Vol. 64. - P. 185-196.

102. De Madrid A. T. , Porterfield J. S. The Flaviviruses (group В arboviruses): a cross-neutralization study'// J. Gen. Virol. 1974. - Vol. 23. - P. 91-96.

103. Mandl С. Ы. , Guirakhoo F. , Holzmann H. et al. Antigenic structure of the flavivirus envelope protein E at the molecular level, using tick-borne encephalitis virus as a model // J. virol. 1989. - Vol. 63. - P. 564-571.

104. Mandl C. U. , Heinz F. X. , Kunz Ch. Sequence of the structural proteins of tick-borne encephalitis virus (western subtype) and comparative analysis with other flaviviruses // Virology. 1988. - Vol. 166. - P. 197-205.

105. Mandl C. U. , Heinz F. X. , Stocke E. , Kunz Ch. Genomic sequence of tick-borne encephalitis virus (Uestern Subtype) and comparative analysis of Nonstructural proteins with other flaviviruses // Ibid. 1989. - Vol. 173. - P. 291-301.

106. Mandl С. LJ. , Holzmann H. , Kunz C. , Heinz F. X. Complete genomic sequence of powassan virus evaluation of genetic elements in tick-borne versus mosquito-borne flaviviruses // Ibid. 1993. - Vol. 194, N 1. - P. 173-184.

107. Mayer V. ("Частичное" цитопатогенное действие вируса клещевого энцефалита следствие хронической инфекции устойчивых клеточных линий) // Acta viroi. - 1962. - Vol. 6. - P. 92.

108. Mayer V. (Изучение вирулентности вируса клещевого знцефалита. III. Биологическая оценка вариантов вирусов комплекса клещевого энцефалита, образующих мелкие и крупные бляшки) // Ibid. 1964. - Vol. 6. - P. 50?.

109. Mayer V., Sabo А. (Изучение вирулентности вируса клещевого энцефалита. V. Действие мочевины на термолабильные и термостабильные вирусные варианты) // Ibid. 1966. - Vol. 10.1. P. 486-495.

110. Mayer V., Slavic I. Chromatography of tick-borne encephalitis viras variants on hydroxylapatite // Virology. 1965. -Vol. 26. - P. 368.

111. Monath T. P. , Wands J. R. , Hill L.J. et al. Geographic classification of denge-2 virus strains by antigen signature analysis // Ibid. 1986. - Vol. 154. - P. 313-324.

112. Pletnev A. G. , Yamshchikov V. F. , Blinov V. M. Tick-borne encephalitis virus genome // FEBS Lett. 1986. - Vol. 200.1. P. 317-321.

113. Porter K. R. , Summers P. L. , Dubois D. et al. Detection of Uest Nile virus by the polymerase chain reaction and analysis of nucleotide sequence variation // Amer. J. Trop. Med. Hyg. 1993. - Vol. 43. - P. 440-446.

114. Repic P.M., Dalrimple J. M. , Brandt Id. E. , McCown J. M. , Russel P. K. RNA fingerprinting as a method for distinguishing dengue I virus strains // Ibid. 1983. - Vol.32. - P. 577-589.

115. Rigby P. UI. , Dieckmann M. , Rhodes C. , Berg P. Labeling deoxyribonucleic acid to high specific activity in vitro by nick translation with DNA polymerase I // J. molec. Biol. 1977. - Vol. 113. - P. 237-251.

116. Rice С. M. , Lenches E. M. , Eddy S. R. et al. Nucleotide sequence of the yellow fever virus: Implications for f'lavivirus gene expression and evolution // Science. 1985. - Vol.229,1. N 4715. P. 726-733.

117. Rubin С. G. , Chumakov M. P. New Data on the Antigenic types of ticke-borne encephalitis CTBE) virus // In: arboviruses in the Mediterranean countries. Stuttgart New York., 1980.1. P. 231-236.

118. Sanger F. , Nicken S. & Coulson A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977. Vol. 74. - P. 5463.

119. Shamanin V. A. , Pletnev A. G. , Rubin S. G. , Zlobin V.I. Differentiation of strains of tick-borne encephalitis virus by means of RNA-DNA hybridization // J. Gen. Virol. 1990. Vol. 71. - P. 1505-1515.

120. Shiu S. Y. Ы. , Ayres M. D. , Gould E. A. Genomic sequence of the structural proteins of Louping ill virus: comparative analysis with tick-borne encephalitis virus // Virology. 1991. Vol. 180. - P. 411-415.

121. Slonim D. С Вирус чехословацкого клещевого энцефалита. Антигенное отношение к вирусам шотландского и восточного (русского, есеннелетнего) энцефалитов) // 2Ы. Bact. Parasitenkunde Inf. u Hyg. 1956. - Vol. 167. - N 3. - P. 201.

122. Stephenson J. R. , Lee J. M. , Uilton-Smith P. D. Antigenic variation among members of the tick-borne encephalitis complex // J. Gen. Virol. 1984. - Vol.65. - P. 81-89.

123. Suggs S. V. , Hirose T. , Miyake T. et al. Use of synthetic oligodeoxyribonucleotides for the isolation of specificcloned DNA sequense // In: Developmental Biology using Purified Genes. New York: Academic Press, 1981. P. 683-693.

124. Sumiyoshi H. , Mori C. , Fuke I. et al. Complete nucleotide sequence of the Japanese encephalytis virus genome RNA // Virology. 198?. - Vol. 161. - P. 497-510.

125. Tanaka M. , Aira Y. , Igarashi A. Comparative nucleotide and amino acid sequence of five Japanese virus strains isolated in Japan and China // Trop. Med. 1991. - Vol. 33.1. P. 15-21.

126. Trent D. U. , Grant J. A. , Rosen L. , Monath T. P. Genetic variation among dengue 2 viruses of different geographic origin // Virology. 1983. - Vol. 128. - P. 271-284.

127. Trent D. U. , Grant J. A. , Vorndam A. V. , Monath T. P. Genetic heterogeneity among Saint Louis encephalitis virus isolates of different geographic origin // Virology. 1981. - Vol. 114. - P. 319-332.

128. Venugopal K. , Buckley A., Reid H. U. , Gould E. A. Nucleotide sequence of the envelope glycoprotein of Negishi virus shows very close homology to Loupin ill virus // Virology. 1992. - Vol. 190. - P. 515-521.

129. Venugopal K. , Shiu S. Y. U. , Gritsun T. , Gould E. A. Nucleotide sequence comparisons of the viral envelope gene of geographically separate tick-borne Fiaviviruses // Abstract Book, 2nd International Symposium on Tick-Borne Encephalitis, 6-7