Генетические механизмы лекарственной устойчивости Mycobacterium Tuberculosis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Липин, Михаил Юрьевич

• Липин, Михаил Юрьевич
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Липин, Михаил Юрьевич

ПРИНЯТЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Эпидемиология лекарственно-устойчивого туберкулёза в России и за рубежом.

1.2. Методы видовой идентификации М. tuberculosis.

1.3. Противотуберкулёзные средства.

1.4. Фенотипические методы определения лекарственной устойчивости М. tuberculosis.

1.5. Генотипические методы определения лекарственной устойчивости М. tuberculosis.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Источники клинических штаммов М. tuberculosis.

2.2. Определение видовой принадлежности микроорганизмов.

2.2.1. Рост на среде с салицилатом натрия.

2.2.2. Тест на наличие термолабильной каталазы.

2.2.3. Ниациновый тест.

2.3. Определение лекарственной устойчивости in vitro.

2.4. Определение вирулентности штаммов М. tuberculosis для мышей.

2.5. ПЦР- секвенирование генов katG, inhA, rpoB, pncA,16SrRNA и rpsL.

2.6. Статистические методы.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Характеристика пациентов - источников микобакгериальных культур.

3.2. Видовая принадлежность микобактериальных культур.

3.3. Лекарственная устойчивость клинических штаммов М. tuberculosis.

3.3.1. Распространённость лекарственно-устойчивого туберкулёза среди городского населения (г. Тула, г. Богородицк, г. Павлово, г. Дзержинск).

3.3.2. Сравнение распространённости лекарственно-устойчивого туберкулёза среди городского населения г. Тула и заключённых - бывших жителей г. Тула.

3.3.3. Лекарственная устойчивость штаммов М. tuberculosis от впервые выявленных больных в г. Тула, г. Богородицк и п. Озерки.

3.3.4. Сравнение лекарственной чувствительности штаммов М. tuberculosis от впервые выявленных и хронических больных (г. Тула, г. Богородицк).

3.3.5. Приобретение дополнительной лекарственной устойчивости возбудителем туберкулёза в результате лечения больных.

3.4. ПЦР-секвенирование генов katG, inhA, rpoB, рпсА, 16SrRNA и rpsL.

3.4.1. Фильтрация изображения данных секвенирования.

3.4.2. Секвенирование генов katG и inhA.

3.4.3. Секвенирование гена гроВ.

3.4.4. Секвенирование гена рпсА.

3.4.5. Секвенирование генов 16SrRNA (149-320 кодоны) и rpsL.

3.4.6. Секвенирование гена 16SrRNA (423-515 кодоны).

3.5. Связь мутаций с уровнями лекарственной устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis.

3.6. Оценка количества штаммов М. tuberculosis с неспецифической МЛУ.

3.7. Связь лекарственной устойчивости клинических штаммов

М. tuberculosis с вирулентностью для мышей линии Balb/c.

3.8. Разработка метода определения мутаций в ДНК М. tuberculosis блокированием ПЦР полипептидными нуклеиновыми кислотами.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Характеристика пациентов - источников микобактериальных культур.

4.2. Лекарственная устойчивость клинических штаммов М. tuberculosis.

4.3. Генетические механизмы устойчивости М. tuberculosis к изониазиду, рифампицину, пиразинамиду, стрептомицину и канамицину.

4.4. Связь лекарственной устойчивости с вирулентностью клинических штаммов М. tuberculosis.

4.5. Метод определения мутаций в геномной ДНК М. tuberculosis блокированием ПЦР полипептидными нуклеиновыми кислотами.

4.6. Метод фильтрации изображения данных секвенирования.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетические механизмы лекарственной устойчивости Mycobacterium Tuberculosis»

Распространение туберкулёза является одной из самых острых проблем здравоохранения как в экономически развитых, так и развивающихся странах. У одной трети населения Земли обнаруживаются признаки инфицирования М. tuberculosis [162]. Каждый год у 8 миллионов человек развивается активная форма туберкулёза, почти 3 миллиона человек умирают от этой болезни, а в развивающихся странах каждый пятый случай смерти связан с туберкулёзом [6].

Особую опасность представляет повсеместное распространение лекарственно-устойчивого (ЛУ) туберкулёза. Возникновение лекарственно-устойчивого туберкулёза является одновременно причиной и следствием неэффективного лечения больных [105]. Эффективность лечения больных туберкулёзом с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) не превышает 50% [34], а стоимость - почти на два порядка выше стоимости лечения лекарственно-чувствительного туберкулёза. В экономически развитых странах распространение лекарственно-устойчивого туберкулёза достаточно эффективно сдерживается продуманными противотуберкулёзными мерами. Например, в Японии заболеваемость туберкулёзом с множественной лекарственной устойчивостью составляет 0,8% [123]. Основную угрозу для развитых стран представляет иммиграция больных туберкулёзом из развивающихся стран [104, 129] и широкое распространение ВИЧ [47, 1111. Напротив, в социально неблагополучных странах наблюдается тенденция вытеснения штаммов лекарственно чувствительного туберкулёза штаммами лекарственно-устойчивого туберкулёза. Например, распространённость туберкулёза с множественной лекарственной устойчивостью в Непале составляет 48%, а в Гуджарате (Индия) - 33,8% [157]. Такая тенденция обусловлена наличием в социально неблагополучных странах следующих факторов:

1) лечение больных ограниченным количеством противотуберкулёзных препаратов (так, например, назначение только одного препарата при лечении впервые выявленных больных [157]);

2) назначение противотуберкулёзных препаратов без учёта лекарственной устойчивости штаммов, что допускается даже в программе DOTS для впервые выявленных больных, если отсутствуют данные по лекарственной чувствительности штаммов [78];

3) отсутствие контроля со стороны лечащего персонала за приёмом препаратов пациентами, что часто приводит к досрочному прекращению курса лечения, а также широко практикующееся самолечение [61];

4) недостаточное материально-техническое обеспечение клинических лабораторий, что затрудняет не только определение лекарственной устойчивости штаммов, но и раннюю постановку диагноза [31,60];

5) недостаточное финансирование закупки дорогих и эффективных противотуберкулёзных препаратов;

6) наличие огромной системы исправительных учреждений, заболеваемость в которых зачастую в 10 - 50 раз превышает среднестатистическую, и которые служат резервуаром туберкулёзной инфекции для всего населения [31];

7) отсутствие в некоторых странах эффективной и разумной единой противотуберкулёзной стратегии в системе здравоохранения [104], что делает борьбу с туберкулёзом неэффективной даже при наличии достаточного финансирования.

8) низкий жизненный уровень населения, и, как следствие, пониженный иммунитет к туберкулёзной инфекции, что сильно облегчает селекцию и распространение лекарственно-устойчивых штаммов [31].

9) применение некачественного рифампицина с низкой биологической доступностью, произведённою в развивающихся странах [117].

10) система льгот пациентам, получившим инвалидность по туберкулёзу, не связанная с соблюдением предписаний врачей, что часто приводит к прекращению лечения сразу же после подтверждения группы инвалидности [17].

В случае с лечением туберкулёза лучше не делать ничего, чем где-то допустить небрежность, поскольку результатами просчётов в лечении являются не только невылеченные больные с интоксикациями от противотуберкулёзных средств и потраченные впустую средства налогоплательщиков, но и появление штаммов М. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью [143].

Общепринятые к настоящему времени методы определения лекарственной устойчивости М. tuberculosis включают процедуры выделения штаммов и выращивания их на среде, содержащей противотуберкулёзное средство, и занимают от 3 до 12 недель [127], в течение которых больному не может быть назначен обоснованный режим химиотерапии. В то же время устойчивость к основным противотуберкулёзным препаратам большинства клинических штаммов М. tuberculosis обусловлена мутациями в ДНК, выявить которые можно в течение нескольких часов.

Распространённость лекарственно-устойчивого туберкулёза имеет свои региональные особенности. Несмотря на то, что к настоящему времени в литературе имеются многочисленные данные по вкладу различных мутаций в формирование лекарственно-устойчивого туберкулёза за рубежом, аналогичных данных по регионам России нет. А такие данные важны не только для выяснения молекулярных механизмов устойчивости микобакгерий к противотуберкулёзным препаратам, но и для разработки диагностических тестов с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР), способных выявлять точечные мутации в геномной ДНК микобактерий, выделенных непосредственно из мокроты больных.

Актуальность. Актуальность работы определяется исключительной важностью наличия данных о распространённости лекарственно-устойчивого туберкулёза и генетических механизмах лекарственной устойчивости М. tuberculosis, а также методов быстрого выявления мутаций в ДНК микобактерий для разработки и реализации эффективных противотуберкулёзных программ.

Цель диссертационной работы - определение геномных мутаций у изониазид-, рифампицин-, пиразинамид- и стрептомицин- устойчивых клинических штаммов М. tuberculosis и разработка метода быстрого выявления мутаций в ДНК М. tuberculosis.

Задачи исследования:

1. Анализ распространённости лекарственно-устойчивого туберкулёза среди городского населения (Тула, Богородицк, Дзержинск, Павлово) и заключённых (Озерки).

2. Определение вклада мутаций в генах katG, rpoB, рпсА, rpsL и 16SrRNA М: tuberculosis в формирование лекарственно-устойчивого туберкулёза.

3. Разработка метода быстрого определения точечных мутаций в ДНК М. tuberculosis блокированием ПЦР полипептидными нуклеиновыми кислотами (ПНК).

Научная новизна результатов. Выявлена высокая распространённость лекарственно-устойчивого возбудителя туберкулёза среди больных туберкулёзом лёгких средней полосы России: количество клинических штаммов М: tuberculosis, чувствительных ко всем препаратам, составляет менее 25±5%, а количество штаммов с множественной лекарственной устойчивостью - от 42±15% до 79±11%. Выявлены не описанные ранее мутации в генах katG, rpoB и рпсА М. tuberculosis. Получены данные о вкладе отдельных мутаций в формирование лекарственноустойчивого туберкулёза. Показано наличие общих механизмов устойчивости у 1,8% штаммов М. tuberculosis к изониазиду и рифампицину. Разработан алгоритм фильтрации изображений секвенирования ДНК на рентгеновской плёнке. Выявлено отсутствие пониженной вирулентности у лекарственно-устойчивых клинических штаммов М. tuberculosis для мышей линии Ва!Ь/с. Разработан оригинальный метод быстрого выявления точечных мутаций в ДНК М. tuberculosis.

Научно-практическая значимость работы. Полученные данные о вкладе отдельных мутаций в формирование лекарственно-устойчивого туберкулёза необходимы для разработки и применения любых диагностических систем по определению мутаций, вызывающих лекарственную устойчивость у М. tuberculosis. Выявление не описанных ранее мутаций в генах katG, гроВ и рпсА и штаммов с неспецифической множественной лекарственной устойчивостью дополняет известный набор механизмов возникновения лекарственной устойчивости у М. tuberculosis. Разработанный метод фильтрации изображений может быть применён в системах обработки информации в разных областях науки и техники. Полученные данные о распространении лекарственно-устойчивого туберкулёза путём инфицирования людей штаммами М. tuberculosis с ранее приобретённой лекарственной устойчивостью, а также о преимущественном приобретении множественной лекарственной устойчивости штаммами М. tuberculosis в процессе лечения могут служить основанием для разработки более эффективной противотуберкулёзной программы. Разработанный метод выявления точечных мутаций в геноме М. tuberculosis посредством ПНК-блокирования ПЦР может применяться в клинической практике.

Положения, выносимые на защиту.

1. Установлено, что основным генетическим механизмом устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis в средней полосе России к изониазиду являются мутации в 315 кодоне гена katG (94,3±2,6%), к рифампицину - мутации в 516, 526 или 531 кодонах гена гроВ (86,7±3,8%), к стрептомицину - мутации в 43 кодоне гена rpsL (59±20%) или 516 нуклеотиде гена 16SrRNA (35±19%).

2. Разработанный метод фильтрации изображений повышает разрешающую способность ПЦР- секвенирования по Сэнгеру.

3. Разработанный метод блокирования ПЦР полипептидными нуклеиновыми кислотами позволяет быстро выявлять мутации в ДНК М. tuberculosis.

Аннотация диссертационной работы по главам.

В первой главе представлен литературный обзор по эпидемиологии лекарственно-устойчивого туберкулёза, противотуберкулёзным средствам, механизмам лекарственной устойчивости М. tuberculosis, влиянию на вирулентность приобретённых механизмов устойчивости к противотуберкулёзным средствам и методам определения лекарственной устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis.

Во второй главе описаны использованные в работе материалы (клинические штаммы М. tuberculosis) и методы исследований (видовая идентификация микобактерий, определение уровней лекарственной устойчивости, ПЦР-секвенирование генов katG, inhA, гроВ, рпсА, 16SrRNA и rpsL, определение вирулентности клинических штаммов М. tuberculosis для мышей линии Balb/c, а также методы теории вероятности).

В третьей главе приведены результаты исследования:

1. Обобщённые данные по определению лекарственной устойчивости 947 клинических штаммов от больных из разных регионов, а также распространённость лекарственно-устойчивого туберкулёза среди городского населения (г. Тула, г. Богородицк, г. Павлово, г. Дзержинск), сравнение распространённости лекарственно-устойчивого туберкулёза среди городского и тюремного населения (г. Тула), лекарственной устойчивости штаммов М. tuberculosis от впервые выявленных больных (г. Тула, г. Богородицк, п. Озерки), сравнение лекарственной чувствительности штаммов М. tuberculosis от впервые выявленных и хронических больных (г. Тула, г. Богородицк), приобретение дополнительной лекарственной устойчивости возбудителем туберкулёза в результате лечения больных.

2. Данные ПЦР-секвенирования генов katG, inhA, rpoB, рпсА, 16SrRNA и rpsL, а также разработка метода фильтрации изображений данных секвенирования на рентгеновской плёнке.

3. Связь мутаций в генах katG и гроВ с уровнями устойчивости к изониазиду и рифампицину клинических штаммов М. tuberculosis.

4. Оценка количества штаммов М. tuberculosis с неспецифической множественной лекарственной устойчивостью.

5. Связь лекарственной устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis с вирулентностью для мышей линии Balb/c.

6. Разработка метода определения мутаций в ДНК М. tuberculosis ПНК-блокированием ПЦР.

В четвёртой главе приведено обсуждение результатов исследования.

В приложении 1 представлены данные по лекарственной устойчивости штаммов М. tuberculosis, полученных от больных с разными интервалами времени.

В приложении 2 представлен листинг программы фильтрации изображений, написанной в системе MATLAB 5.3.11.

Благодарности

Автор очень признателен следующим сотрудникам Государственного Института Прикладной Микробиологии, без содействия и помощи которых выполнение данной работы было бы невозможным:

Шемякину И.Г. - за постоянное руководство и материально-техническое обеспечение практически всех исследований.

Степаншиной В.Н. - за ценные консультации по проведению исследований и рекомендации по интерпретации полученных результатов;

Коробовой О.В. - за неоценимую помощь при проведении культуральных и биохимических исследований;

Гаврюшкину А.В. - за предоставленные образцы ПНК;

Онасенко А. Г. - за помощь при проведении секвенирования микобактериапьной ДНК.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Липин, Михаил Юрьевич

выводы

1. Частота встречаемости клинических штаммов М. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью в средней полосе России составляет более 41,6%, а лекарственно-чувствительных штаммов - менее 24,5%. Частота встречаемости клинических штаммов М. tuberculosis с первичной множественной лекарственной устойчивостью составляет 22,7%.

2. Мутации в 315 кодоне гена katG (94,3%) являются основным генетическим механизмом устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis к изониазиду.

3. Мутации в 516 (36,0%), 526 (15,5%) или 531 (35,3%) кодонах гена гроВ являются основным генетическим механизмом устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis к рифампицину.

4. Установлено наличие значимых мутаций в гене рпсА у 16,7% клинических штаммов М. tuberculosis.

5. Мутации в 43 кодоне гена rpsL (58,8%) или в 516 нуклеотиде гена 16SrRNA (35,3%) являются основным генетическим механизмом устойчивости клинических штаммов М. tuberculosis к стрептомицину.

6. Выявлены новые мутации в генах katG (335GTC), гроВ (479TTG, 515-517 AATGGACCAG, 516ТТС, 524ТСС, 525ACG, 535СТС, 565AGT, 566AGGG, 580CAG) и рпсА (22АСТ, 63GAA, 63GCC, 96AGG, 108GTA, 132CGT, 164CCG, 175AGG,' 78AG, делеция с 87 по 148 кодоны, вставка 131GGTC).

7. Разработан новый метод быстрого определения мутаций в ДНК М. tuberculosis блокированием ПЦР полипептидными нуклеиновыми кислотами.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Липин, Михаил Юрьевич, 2004 год

1. Аминев Х.К., Азаматова М.М., Фаттахова Л.З. Динамика смертности от туберкулёза в республике Башкортостан // Туберкулёз сегодня. Материалы VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 6.

2. Андреева Т.Н., Кирилов М.Н. Рецидивы туберкулёза органов дыхания // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва, 2003. -С. 6

3. Белобородова Н.Г., Козлова А.В., Мишин В.Ю. Туберкулёз у лиц молодого возраста в период напряжённой эпидемической ситуации // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 6

4. Блум Б.Р. Туберкулёз. Патогенез, защита, контроль: Пер. с англ./ Под ред. Карачунского. М.: Медицина, 2002. - 676 с.

5. Бородулина Е.А., Бородулин Б.Е., Хафизова М.Б., Колганова Е.Н. Анализ смерти пациентов в противотуберкулёзном диспансере // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 7.

6. Бронштейн И.Н., Семендяев КА Справочник по математике для инженеров и учащихся ВТУЗов // 13-е издание. Москва: "Наука". - Главная редакция физико-математической литературы. -1986 г. - 544 с.

7. Винокурова М.К., Корнилов А.А., Иванов Е.А. Клиническая структура впервые выявленного туберкулёза органов дыхания в республике Саха (Якутия) // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. -2003. - С. 9.

8. Голубев Д.Н., Газизуллина Г.Х. Медико-социальная характеристика заболевших туберкулёзом органов дыхания в Удмуртии // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 10.

9. Грузевский А.А. Современные данные о роли фотохромогенных микобакгерий в патологии человека // Проблемы Туберкулёза. 1999. - №6. - С. 58-61.

10. Гурьянов В.Н., Рогожина Н.А., Гладышева И.Г. Социальный портрет больных туберкулёзом лёгких в республике Мордовия // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 12.

11. Докторова Н.П., Паролина J1.E. Социальный статус молодых больных туберкулёзом // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 12.

12. Дорожкова И.Р., И.М. Медведева. Проблема лекарственной устойчивости возбудителя туберкулёза на современном этапе // Туберкулёз и экология. -1997. №2. - С. 25-27.

13. Копылова И.Ф., Чернов М.Т., Смердин С.В. Динамика эпидемической обстановки по туберкулёзу в Кузбассе // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 17.

14. Корнеев Ю.В., Галкин В.Б., Власова Г.А. Динамика туберкулёзного бациллярного ядра в Ленинградской области // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 18.

15. Литвинов В.И., Сельцовский П.П., Кочеткова Е.Я., Сон И.М., Андрюхина Г.Я. Эпидемическая ситуация и особенности эндемии туберкулёза в Москве //

16. Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. -2003. - С. 20.

17. Мельник В.М. Туберкулез на Украине: состояние, проблемы и прогноз // Проблемы Туберкулёза. 2000. -№ 5. - С. 28-31.

18. Молофеев А.Н., Асанов Е.М., Пантелеева Н.В., Занкина Н.А., Наумова АП., Назаренко П.Н., Егорычева С.М. Туберкулёз в Ульяновской области в начале XXI века // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. -Москва. 2003. - С. 21.

19. Мурашкина Г.С., Новикова Н.М., Ревякина О.В., Алексеева Т.В., Силайкина С.Т. Туберкулёз в Сибирском Федеральном Округе // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 22.

20. Нечаев В.И., Миляев А.А., Хованов А.В., Крылов В.В., Асеев А.В. Причины роста смертности от туберкулёза // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 23.

21. Окуловская С.С., Гуревич Г.Л., Богомазова А.В. Клинико-эпидемиологическая характеристика больных с лекарственно-устойчивым туберкулезом // Проблемы Туберкулёза. -1999. № 6. - С. 6-8.

22. Ондар Э.А, Матракшин А.Г., Чаянмаа АА, Ооржак Л.Д., Месько Е.М. Современный взгляд на проблему туберкулёза в республике Тува // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 23.

23. Покровский В.И., Онищенко Г.Г., Черкасский Б.Л. Инфекционные заболевания в конце XX века и санитарно-эпидемиологическая ситуация в России в XXI веке // Журнал Микробиологии. 2002. - № 3. - С. 16-23.

24. Приказ №109 МЗ РФ от 21 марта 2003 года "О совершенствовании противотуберкулёзных мероприятий в Российской Федерации". Москва. - 2003. -347 с.

25. Приказ №558 МЗ СССР от 8 июня 1978 г. "Об унификации микробиологических методов исследования при туберкулёзе". Москва. - 1978. -72 с.

26. Ракова Н.Н., Марьяндышев А.О., Низовцева Н.И., Никишова Е.И., Тоичкина Т.В. Причины смертности от туберкулёза в 2002 г. в Архангельскойобласти // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. -Москва. 2003. - С. 25.

27. Скотникова О.И., Демкин В.В., Николаева Н.П., Мороз А.М., Литвинов В.И. Использование полимеразной цепной реакции в диагностике туберкулёза лёгких //Журнал Микробиологии Эпидемиологии и Иммунобиологии. 1999. - № 4. -С. 81-84.

28. Стародубов В.И., М.И. Перельман, С.Е. Борисов. Туберкулёз в России. Проблемы и пути их решения // Большой целевой журнал о туберкулёзе. 1999. -№ 3. - С. 8-10.

29. Филиповский А.А. Значение микобактерий комплекса Avium-intracellulare в инфекционной патологии // Проблемы туберкулёза. -1999. № 5. - С. 45-48.

30. Фрейман Г.Е., Мухамбетжанов С.А. Эффективность выявления туберкулёза в клинико-диагностических лабораториях общей лечебной сети в Тургайской области Казахстана // Туберкулёз и экология. -1997. № 2. - С. 13-14.

31. Хоменко А.Г., Чуканов В.И., Корнеев А.А. Эффективность химиотерапии туберкулеза в легких с лекарственно-устойчивыми микобактериями // Проблемы Туберкулёза. 1996. - № 6. - С. 42-44.

32. Шилова М.В. Распространение туберкулёза в России в конце XX века // Новые информационные технологии и мониторинг туберкулёза. Российская конференция с международным участием. Москва. - 2000. - С. 31-35.

33. Эль-Тайебб О. Проект "DOTS-плюс" в ЛИУ-33, Мариинск // Туберкулёз сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. Москва. - 2003. - С. 43.

34. Bergmann J.S. and Woods G.L. Reliability of Mycobacteria Growth Indicator Tube for Testing Susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to Ethambutol and Streptomycin // Journal of Clinical Microbiology. 1997. - Vol. 35. - No. 12. - P. 33253327.

35. Billington, O.J., McHugh T.D., and Gillespie S.H. Physiological Cost of Rifampin Resistance Induced In Vitro in Mycobacterium tuberculosis II Antimicrobial Agents and Chemotherapy. -1999. Vol. 43. - No. 8. - P. 1866-1869.

36. Bock N.N., Reeves M., LaMarre M., DeVoe B. Tuberculosis Case Detection in a State Prison System // Public Health Reports. 1998. - Vol. 113. - P. 359-364.

37. Cavenaghi R. Rifampicin raw material characteristics and their effect on bioavailability // Bull. Int. Union Tuberc. Lung Dis. -1989. Vol. 64. - P. 36-41.

38. Chaves F., Dronda F., Gonzalez L.A., Gonzalez F.F., Catalan S. Tuberculosis in the prison population: a study of 138 cases // Med. Clin. (Bare.). -1993. -Vol. 101.-P. 525-529.

39. Cohn, D.L., O'Brien R.J. The use of restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis for epidemiological studies of tuberculosis in developing countries // The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease. -1997. Vol. 2. - P. 16-26.

40. Coninx R., Maher D., Reyes H., Grzemska M. Tuberculosis in prisons in countries with high prevalence // BMJ. 2000 - Vol. 320. - P. 440-442.

41. Coninx, R., Mathieu C., Debacker M., Mirzoev F., Ismaelov A., de Haller R., Meddings D.R. First-line tuberculosis therapy and drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in prisons //The Lancet. -1999. Vol. 353. - P. 969-973.

42. Coninx, R., Pfyffer G. E., Mathieu C., Savina D., Debacker M., Jafarov F., Jabrailov I., Ismailov A., Mirzoev F., de Haller R., Portaels F. Drug Resistant tuberculosis in prisons in Azerbaijan: case study // BMJ. 1998. - Vol. 316. - P. 14231425.

43. Cooksey R.C., Morlock G.P., Holloway B.P., Mazurek G.H., Abaddi S., Jackson L.K., Buzard G.S., Crawford J.T. Comparison of Two Nonradioactive, Single-Strand Conformation Polymorphism Electrophoretic Methods for Identification of rpoB

44. Mutations in Rifampin-Resistant Isolates of Mycobacterium tuberculosis II Molecular Diagnosis. -1998. Vol. 3. - No. 2. - P. 1-8.

45. Couldwell D.L., Dore G.J., Harkness J.L., Marriott D.J.E., Cooper D.A., Edwards R., Li Y., and Kaldor J.M. Nosocomial outbreak of tuberculosis in an outpatient HIV treatment room //AIDS. 1996. - Vol. 10. - P. 521-525.

46. De Cock KM., Soro В., Coulibaly I.M., and Lucas S.B. Tuberculosis and HIV infection in sub-Saharian Africa // JAMA. -1992. Vol. 268. - P. 1581-1587.

47. Douglas J., and Steyn L.M. A ribosomal mutation in streptomycin-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates // J. Infect. Dis. -1993. Vol. 167. - P. 1505-1506.

48. Dye С., Espinal M.A., Watt C.J., Mbiaga C., Williams B.G., Worldwide incidence of multidrug-resistant tuberculosis // J. Infect. Dis. 2002. Vol. 185. - No. 8. -P. 1197-1202.

49. Edwards К J., Metherell L.A., Yates M., and Saunders N.A. Detection of rpoB Mutations in Mycobacterium tuberculosis by Biprobe Analysis // Journal of Clinical Microbiology. 2001. - Vol. 39. - No. 9. - P. 3350-3352.

50. El-Hajj H.H., Marras S.A., Tyagi S.f Kramer F.R., Alland D. Detection of rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis in a single tube with molecular beacons//Journal of Clinical Microbiology. -2001. Vol. 39. - No. 11. - P. 4131-4137.

51. Farmer P., Furin J., Shin S. Managing Multidrug-Resistant Tuberculosis. The Journal of Respiratory Diseases. 2000. - Vol. 21. - No. 1. P. 106-111.

52. Fermentas. Molecular biology // Catalogue & Application Guide. 1998/1999. -1997. Lithuania. - P. 152.

53. Frieden T.R., Sherman L.F., Maw K.L., Fujiwara P.I., Crawford J.T., Nivin В., Sharp V., Hewlett D., Brudney K., Alland DM Kreiswirth B.N. A Multi-institutional Outbreak of Highly Drug-Resistant Tuberculosis // JAMA. 1996. - Vol. 276. P. 12291235.

54. Glynn J.R. Resurgence of tuberculosis and the impact of HIV infection // British Med. Bull. 1998. - Vol. 54. - P. 579-593.

55. Glynn J.R., Whiteley J., Bifani P.J., Kremer K., and van Soolingen D. Worldwide Occurrence of Beijing/W Strains of Mycobacterium tuberculosis: A Systemaic Review II Emerging Infectious Diseases. 2002 - Vol. 8. - No. 8. - P. 843849.

56. Gonzalez N. Torres M.J., Aznar J., Palomares J.C. Molecular analysis of rifampin and isoniazid resistance of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates in Seville, Spain //Tubercle and Lung Disease. 1999. - Vol. 79. - No. 3. - P. 187-190.

57. Grosset J., C. Truffot-Pernot, C. Lacroix, and B. Ji. Antagonism between Isoniazid and the Combination Pyrazinamide-Rifampin against Tuberculosis Infection in Mice //Antimicrobial Agents and Chemotherapy. -1992. Vol. 36. - No. 3. - P. 548-551.

58. Heersma F.H., Kremer K., and van Embden J.D.A. Computer Analysis of IS6110 RFLP Patterns of Mycobacterium tuberculosis. From: Methods in Molecular

59. Biology, Vol. 101: Mycobacteria Protocols. Edited by: Parish T. and Stoker N.G. Humana Press Inc., Totowa, NJ, P. 395-422.

60. Heifets, L., and P. Lindholm-Levy. Pyrazinamide sterilizing activity in vitro against semidormant Mycobacterium tuberculosis bacterial populations // Am. Rev. Resp. Dis. 1992. - Vol. 145. - P. 1223-1225.

61. HellyerT.J., DesJardin L.E., Hehman G.L., Cave M.D., and Eisenach K.D. Quantitative analysis of mRNA as a marker for viability of Mycobacterium tuberculosis II J. Clin. Microbiol. -1999. Vol. 37. - P. 290-295.

62. Heym В., Saint-Joanis В., Cole S.T. The molecular basis of isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis И Tubercle and Lung Disease. 1999. - Vol. 79. - No. 4. - P. 267-271.

63. Hirano K, Kazumi Y., Abe C., Mori Т., Aoki M:, Aoyagi T. Resistance to antituberculosis drugs in Japan II Tubercle Lung Disease. -1996. Vol. 77. - No. 2. - P. 130-135.

64. Holden C. Stalking a Killer in Russia's Prisons // Science. -1999. Vol. 286. -P. 1670.

65. Huebner R.E., Castro K.G. The changing face of tuberculosis // Annu. Rev. Med. 1995. - Vol. 46. - P. 47-55.

66. Jindani A., Aber V.R., Edwards E.A., and Mitchison D.A. The Early Bactericidal Activity of Drugs in Patients with Pulmonary Tuberculosis // American Review of Respiratory Disease. -1980. Vol. 121. - P. 939-949.

67. Kimerling M.E., Phillips P., Patterson P., Hall M.f Robinson C.A., and Dunlap N.E. Low Serum Antimycobacterial Drug Levels in Non-HIV-lnfected Tuberculosis Patients//Chest. 1998. - Vol. 113. - No. 5. - P. 1178-1183.

68. Kirschner P., Bottger E.C. Species Identification of Mycobacteria Using rDNA Sequencing // Methods in Molecular Biology, Vol. 101: Mycobacteria Protocols / Edited by: T. Parish and N.G. Stacker. Humana Press Inc., Totowa, NJ. - 1998. - P. 349-361.

69. Lee A.S.G., Teo A.S.M., Wong S.-Y. Novel Mutations in ndh in Isoniazid-Resistant Mycobacterium tuberculosis Isolates // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. -2001. Vol. 45. - No. 7. - P. 2157-2159.

70. Low D.E. Antimicrobial drug use and resistance among respiratory pathogenesis the community // CID. 2001. - Vol. 33 (suppl. 3). - P. 5206-5213.

71. Maclntyre C.R., Kendig N. Kummer L., Birago S., Graham N.M.H., and Plant A.J. Unrecognized transmission of tuberculosis in prisons // Clinical Infectious Diseases. -1999. 29. - P. 705-709.

72. Maclntyre C.R., Kendig N. Kummer L., Birago S., and Graham N.M.H. Impact of Tuberculosis Control Measures and Crowding on the Incidence of Tuberculosis Infection in Maryland Prisons // Clinical Infectious Diseases. 1997. - Vol. 24. - P. 1060-1067.

73. March F., Coll P., Guerrero R.A., Busquets E., Cayla J.A., Prats G. Predictors of tuberculosis transmission in prisons: an analysis using conventional and molecular methods // AIDS. 2000. - Vol. 14. - P. 525-535.

74. Martin V., Gonzalez P., Cayla J.A. Case finding of pulmonary tuberculosis on admission to a penitentiary centre // Tuberc. Lung Dis. 1994. - Vol. 74. - P. 49-53.

75. Matsiota-Bernard P., Vrioni G., and Marinis E. Characterization of гроВ mutations in rifampicin resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates from Greece //J. Clin. Microbiol. -1998. Vol. 36. - P. 20-23.

76. McCarthy M. Active tuberculosis boosts HIV replication II Lancet. 1996. -Vol. 348. - No. 9024. - P. 393.

77. Miesel L., Rozwarski D.A., Sacchettini T.C., Jacobs W.R.Jr. Mechanisms of isoniazid action and resistance // Genetics and tuberculosis. John Wiley and Sons. -1998. - P. 209-220.

78. Mitchison DA The action of antituberculosis drugs in short-course therapy //Tubercle. -1985. Vol. 66. - P. 219-225.

79. Mitchison, DA Role of individual drugs in the chemotherapy of tuberculosis II Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2000. - Vol. 4. - No. 9. - P. 796-806.

80. Mitchison, D.A. Understanding the chemotherapy of tuberculosis current problems II Journal of Antimicrobial Chemotherapy. -1992. Vol. 29. - P. 477-493.

81. Mori T. Recent trends in Tuberculosis, Japan // Emerging Infectious Diseases. 2000. - Vol. 6. - No. 6. - P. 566-568.

82. Musser J.M. Antimicrobial Agent Resistance in Mycobacteria: Molecular Genetic Insights // Clinical Microbiology Review. -1995. Vol. 8. - No. 4. - P. 496-514.

83. Nachamkin I., Kang C., Weinstein M.P. Detection of Resistance to Isoniazid, Rifampin, and Streptomycin in Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis by Molecular Methods II Clinical Infectious Diseases. -1997. Vol. 24. - P. 894-900.

84. Nair J., Rouse D.A., Bai G.-H., and Morris S.L The rpsL gene and eptomycin resistance in single and multiple drug-resistant strains of Mycobacterium

85. Jberculosis II Molecular Microbiology. -1993. Vol. 10. - No. 3. - P. 521-527.

86. Nastasi A., C. Mammina. Epidemiological Study of Tuberculosis in Palermo, Italy: IS6110 Fingerprinting of Mycobacterium tuberculosis Strains Isolated in the Years 1994-1998 // Infection. -1999. Vol. 27. - P. 318-322.

87. Niemann S., Rusch-Gerdes S., and Richter E. IS6110 Fingerprinting of Drug-Resistant Mycobacterium tuberculosis Strains Isolated in Germany during 1995 // Journal of Clinical Microbiology. 1997. - Vol. 35. - No. 12. - P. 3015-3020.

88. Nyangulu D.S., Harries A.D., C. Kang'ombe, A.E. Yadidi, K. Chokani, T. Cullinan, D. Maher, P. Nunn, F.M. Salaniponi. Tuberculosis in a prison population in Malawi // Lancet. -1997. Vol. 350. - P. 1284-1287.

89. Orum H., Nielsen P.E., Egholm M.t Berg R.H., Buchardt O., and Stanley C. Single base pair mutation analysis by PNA directed PCR champing // Nucleic Acids Res. 1993. - Vol. 21. - P. 5332-5336.

90. Park Y.-K., Cho S.-H., Na B.-K., Song C.-Y., Bai G.-H., and Kim S.-J. Evaluation of Line Probe Assay in Detecting Rifampicin Resistance of Mycobacterium tuberculosis // The Journal of Microbiology. 1997. - Vol. 35. - No. 3. - P. 177-180.

91. Patel K.B., Belmonte R., Crowe H.M. Drug malabsorbtion and resistant tuberculosis in HIV-infected patients letter. // N. Engl. J. Med. 1995. - Vol. 332. - P. 336-337.

92. Pozzi G., Meloni M., lona E., Orru G., Thoresen O.F., Ricci M.L., Oggioni M.R., Fattorini L., and Orefici G. rpoB Mutations in Multidrug-Resistant Strains of

93. Mycobacterium tuberculosis Isolated in Italy II Journal of Clinical Microbiology. -1999. -Vol. 37. No. 4. - P. 1197-1199.

94. Pym A.S., Saint-Joanis В., Cole S.T. Effect of katG mutations on the virulence of Mycobacterium tuberculosis and the implication for transmission in humans II Infect. Immun. 2002. - Vol. 70. - No. 9. - P. 4955-4960.

95. Ramaswamy S.V., Musser J.M. Molecular genetic basis of antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis: 1998 update // Tubercle and Lung Disease. 1998. - Vol. 79. - No. 1. - P. 3-29.

96. Rastogi N. Goh K.S., and David H.L. Enhancement of drug susceptibility of Mycobacterium avium by inhibitors of cell envelope synthesis // Antimicrob. Agents Chemother. -1990. Vol. 34. P. 759-764.

97. Reyes H., Coninx R. Pitfalls of tuberculosis programmes in prisons // BMJ. -1997. Vol. 315. - P. 1447-50.

98. Rieder H.L. Interventions for Tuberculosis Control and Elimination // International Union Against Tuberculosis and Lung Disease. 2002. - Paris. France. -251 p.

99. Rouse D.A., Li Z., Bai G.-H., and Morris S.L. Characterization of the katG and inhA Genes of Isoniazid-Resistant Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis II Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1995. - Vol. 39. - No. 11. - P. 2472-2477.

100. Salfinger M., Crowle A.J. and Reller L.B. Pyrazinamide and pyrazinoic acid activity against tubercle bacilli in cultured human macrophages and in the BACTEC system // Journal of Infectious Diseases. -1990. Vol. 162. P. 201-207.

101. Sambrook J. et al. Molecular Cloning IIA Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory. 1989. - Cold Spring Harbor, N.Y. - P. 342.

102. Sanger F. Nicklen S. Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. Vol. 74. - P. 5463-5467.

103. Scorpio A., Lindholm-Levy P., Heifets L., Gilman R., Sddiqi S., Cynamon M., and Zhang Y. Characterization of pncA Mutations in Pyrazinamide-Resistant

104. Mycobacterium tuberculosis II Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 1997. - Vol. 41.-No. 3.-P. 540-543.

105. Shafer R.W., Chirgwin K.D., Glatt A.E., Dahdouh M. Landesman S., and Suster B. HlV-prevalence, immunosuppression and drug resistance in patients with tuberculosis in an area endemic for AIDS // AIDS. -1991. Vol. 5. P. 399-405.

106. Slayden R.A., and Barry C.E. III. The genetics and biochemistry of isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis И Microbes Infect. 2000. - Vol. 2. - P. 659669.

107. Small P.M. and Moss A. Molecular Epidemiology and the New Tuberculosis II Infection Agents and Disease. 1993. - Vol. 2. - P. 132-138.

108. Snider D.E., Caras G.J. Isoniazid-associated hepatitis death: a review of available information //American Review Respiratory Disease. -1992. Vol. 145. P. 495497.

109. Takayama K, Kilbum J.O. Inhibition of synthesis of arabinogaladan by ethambutol in Mycobacterium smegmatis II Antimicrobial Agents Chemotherapy. -1989. -Vol. 33.-P. 1493-1499.

110. Taniguchi H., Aramaki H., Nikaido Y., Mizuguchi Y., Nakamura M., Кода Т., Yoshida S. Rifampicin resistance and mutation of the гроВ gene in Mycobacterium tuberculosis IIFEMS Microbiology Letters. -1996. Vol. 144. - P. 103-108.

111. Telenti A. Genetics of Drug Resistance in Tuberculosis II Tuberculosis. -1997. Vol. 18. - No. 1. - P. 55-64.

112. Telenti A., Imboden P., Marchesi F., Lowrie D., Cole S., Colston M.J., Matter L., Schopfer K, Bodmer T. Detection of rifampicin-resistance mutations in Mycobacterium tuberculosis II The Lancet. -1993. Vol. 341. - P. 647-650.

113. Tenover F.C., Crawford J.T., Huebner R.E., Getier L.J., Horsburgh C.R. Jr., and Good R.C. The resurgence of tuberculosis: is your laboratory ready? // J. Clin. Microbiol. -1993. Vol. 31. - P. 767-770.

114. Thein S.L., Wallance R.B. Human Genetic Diseases: a practical approach // IRL Press, Herndon, Virginia. 1986. - P. 33-50.

115. Torres M.J., Criado A., Palomares J.C., and Aznar J. Use of Real-Time PCR and Fluorimetry for Rapid Detection of Rifampin and Isoniazid Resistance-Associated

116. Mutations in Mycobacterium tuberculosis II Journal of Clinical Microbiology. 2000. -Vol. 38. - No. 9. - P. 3194-3199.

117. Troesch A., Nguyen H.f Miyada C.G. Mycobacterium species identification and rifampin resistance testing with high-density DNA probe arrays II Journal of Clinical Microbiology. 1999. - Vol. 39. - No. 1. - P. 49-55.

118. Valim A.R.M., Rossetti M.L.R., Ribeiro M.O., and Zaha A. Mutations in the rpoB Gene of Multidrug-Resistant Mycobacterium tuberculosis Isolates from Brazil II Journal of Clinical Microbiology. 2000. - Vol. 38. - No. 8. - P. 3119-3122.

119. Valvay S.E., Greifinger R.B., Papania M.t Kilburn J.O., Woodley C., DiFerdinando G.T., and Dooley S.W. Multidrug-Resistant Tuberculosis in the New-York State Prison System, 1990-1991 II The Journal of Infectious Diseases. 1994. - Vol. 170.-P. 151-156.

120. Valvay S.E., Richards S.B., Kovacovich J., Greifinger R.B., Crawford J.T., and Dooley S.W. Outbreak of Multi-Drug-resistant Tuberculosis in a New-York State Prison, 1991 //American Journal of Epidemiology. 1994. - Vol. 140. P. 113-122.

121. Van Soolingen D., Borgdorff M.W., De Haas P.E.W., et. al. Molecular epidemiology of tuberculosis in the Netherlandes: a nationwide study from 1993 through 1997 // J. Infect. Dis. -1999. Vol. 180. - P. 726-736.

122. Weiler J., Gausepohl H., Hauser N., Jensen O.N., and Hoheisel J.D. Hybridisation based DNA screening on peptide nucleic acid (PNA) oligomer arrays II Nucleic Acids Research. -1997. Vol. 25. - No. 14. - P. 2792-2799.

123. Yuen L.K.W., Leslie D., and Coloe P.J. Bacteriological and Molecular Analysis of Rifampin-Resistant Mycobacterium tuberculosis Strains Isolated in Australia // Journal of Clinical Microbiology. -1999. Vol. 37. - No. 12. - P. 3844-3850.

124. Zhang Y., Scorpio A., Nikaido H., Sun Z. Role of Acid pH and Deficient Efflux of Pyrazinoic Acid in Unique Susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to Pyrazinamide // Journal of Bacteriology. -1999. Vol. 181. - No. 7. - P. 2044-2049.

125. Zhang Y., Dhandayuthapani S., and Deretic V. Molecular basis for the exquisite sensitivity of Mycobacterium tuberculosis to isoniazid // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. - Vol. 93. - P. 13212-13216.

126. Даты выделения и лекарственная устойчивость первичных и вторичных штаммов М. tuberculosis от 173 пациентовпервый штамм второй штамм Период между выделениями штаммов, мсс. Дополнительная ЛУ Дополнительная МЛУ