Генетическое разнообразие и эволюция Mycobacterium tuberculosis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, доктор биологических наук Мокроусов, Игорь Владиславович

• Мокроусов, Игорь Владиславович
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Мокроусов, Игорь Владиславович

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Туберкулез: древнее и современное заболевание человечества.

1.2. Структура генома М. tuberculosis.

1.3. Эволюция М. tuberculosis complex.

1.4. Реконструкция ранней эволюции М. tuberculosis complex.

1.5. Популяционная структура М tuberculosis и филогенетические построения.

1.6. Молекулярно-эпидемиологические маркеры М. tuberculosis.

1.7. Генетическое семейство Beijing вида М. tuberculosis.

1.8. Развитие лекарственной устойчивости М. tuberculosis как форма микроэволюции.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.'.

2.1. Штаммы М. tuberculosis и определение лекарственной устойчивости.

2.2. Определение мутаций устойчивости к ПТП.

2.2.1. Определение мутаций в katG315.

2.2.1.1. Определение мутаций в katG315 методом ПЦР-ПДРФ.

2.2.1.2. Определение мутаций в katG315 методом МАС-ПЦР.

2.2.2. Определение мутаций в гроВ методом МАС-ПЦР.

2.2.2.1. Вариант простой МАС-ПЦР.

2.2.2.2. Вариант двушаговой гнездной аллель-специфической ПЦР.

2.2.3. Определение мутаций в етЬВЗОб.

2.2.3.1. Определение мутаций в етЬВЗОб методом ПЦР-ПДРФ.

2.2.3.2. Определение мутаций в етЬВЗОб методом МАС-ПЦР.

2.3. Геномная дактилоскопия штаммов М. tuberculosis.

2.3.1. Сполиготипирование.

2.3.2. IS677Ö-RFLP типирование.

2.3.3. VNTR типирование.

2.3.4. Типирование с использованием инвертированной IS<577ö-ni]P.

2.4. Анализ IS1547.

2.5. Анализ длины гена Rv3135.

2.6. Анализ структуры локуса NTF.

2.7. Сбор данных по VNTR локусам и создание глобальной базы данных VNTR штаммов Beijing.

2.8. Статистический анализ.

2.9. Расчет генетического расстояния между географическими популяциями.

2.10. Анализ исторических связей между географическими регионами.

Глава 3. АНАЛИЗ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИ ЗНАЧИМЫХ IS-ИРРЕ-ЭЛЕМЕНТОВ ГЕНОМА ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS.

3.1. Филогенетический анализ штаммов Beijing на основе IS6110.

3.2. Анализ полиморфизма IS1547/IS6110.

3.3. Анализ полиморфизма reHai?v373J-PPE.

3.4. Анализ локуса NTF.

3.5. Генотипирование штаммов М. tuberculosis, выделенных в Китае.

3.6. Применение инвертированной

§6110-1ШР для генотипирования

М. tuberculosis и детекции генотипа Beijing.

3.7. «Право-левое» сполиготипирование.

Глава 4. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ И ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS.

4.1. Анализ мутаций в katG315.

4.2. Анализ мутаций в «горячем участке» гроВ (кодоны 516,526,531).

4.3. Анализ мутаций в етЪВЗОб.

4.4. Анализ распределения основных мутаций устойчивости.

Глава 5. ПРИМЕНЕНИЕ ЛОКУСОВ VNTR ДЛЯ ОЦЕНКИ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ И ЭВОЛЮЦИИ М. TUBERCULOSIS.

5.1. Оценка нового поколения VNTR маркеров для высокоразрешающего генотипирования.

5.1.1. Анализ штаммов с различными профилями ISd/70-RFLP выборка 1).

5.1.2. VNTR генотипирование штаммов Beijing двух преобладающих

IS6110-KFLV кластеров.

5.2. Глобальная база данных MIRU-VNTR и филогеографический анализ генотипа Beijing.

Глава 6. ОБСУЖДЕНИЕ.

6.1. Древние и современные штаммы Beijing: концепция, эволюция и диагностика.

6.2. Изменения в генах резистентности как форма микроэволюции генома

М. tuberculosis и генотипическое определение лекарственной устойчивости.

6.3. Редуцированная схема VNTR-типирования российских штаммов

Beijing и анализ кластера Beijing/BO.

6.4. Филогеография генотипа Beijing в контексте коэволюции Н. sapiens иМ. tuberculosis.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическое разнообразие и эволюция Mycobacterium tuberculosis»

Актуальность проблемы

История сосуществования видов Homo sapiens и Mycobacterium tuberculosis сопровождалась периодами подъемов и спадов заболеваемости туберкулезом на различных этапах развития человеческого общества. В настоящее время туберкулез (ТБ), эпидемически распространенный во многих регионах мира, относят к числу так называемых «вновь вернувшихся» заболеваний. По оценке ВОЗ, треть населения Земли инфицирована М. tuberculosis; общее количество заболевших и умерших от туберкулеза в 2006 г. составило 9,2 млн и 1,7 млн человек, соответственно (WHO, 2008).

Современные молекулярные методы позволили понять функционирование генома М. tuberculosis - возбудителя туберкулеза человека и оценить эволюцию и адаптацию этого микроорганизма к человеческой популяции (Brosch et al., 2002; Wirth et al., 2008). M. tuberculosis может адаптироваться к воздействию факторов иммунного ответа организма хозяина и селективному давлению антибиотиков посредством точечных мутаций. Последнее десятилетие прошлого века было отмечено началом широкого распространения лекарственно-устойчивых штаммов возбудителя туберкулеза во многих странах мира, включая Россию.

Было показано, что М. tuberculosis, М. bovis и другие родственные виды возбудителя туберкулеза сформировались в процессе эволюции из единого предшественника М. tuberculosis complex путем делеций крупных фрагментов генома. В то же время, на более коротких отрезках времени генетическая вариабельность М. tuberculosis достигается изменениями в минисателлитной ДНК и перемещениями коротких инсерционных последовательностей IS6J10. В связи с клинической значимостью штаммового разнообразия М. tuberculosis (Kato-Maeda et al., 2001; Malik et al., 2005), понимание глобальной филогеографии этого патогена имеет и практическое значение.

Применение методов IS6770-RFLP, сполиготипирования, и MIRU-VNTR для внутривидового типирования штаммов М. tuberculosis (van Embden et al., 1993; Kamerbeek et al., 1997; Supply et al., 2001, 2006) позволило выявить семейства родственных штаммов со сходными генетическими характеристиками (van Soolingen et al., 1995; Bhanu et al., 2002; Filliol et al., 2003) и создать компьютерные базы данных, содержащие информацию о генотипических профилях циркулирующих штаммов. Международная база данных сполиготипов SpolDB4 (Brudey et al., 2006) включает на данный момент более 60000 профилей и позволяет проведение сравнительного анализа штаммов в глобальном и локальном контексте. База данных MIRU-VNTRplus включает информацию о профилях VNTR, IS6/70-RFLP и др. (Allix-Beguec et al., 2008), хотя ее ограничением является небольшой размер выборки (только 186 штаммов) и недостаточная географическая представительность. Наличие доступных, обновляющихся и представительных баз данных имеет также исключительное значение и для разработки стандартизованной терминологии для обозначения циркулирующих вариантов (генотипов) возбудителя туберкулеза.

Среди генетических линий/семейств, выделяемых внутри вида М. tuberculosis, генотип Beijing характеризуется в целом генетической однородностью и широким географическим распространением (Bifani et al., 2002; Glynn et al., 2002). Штаммы Beijing превалируют в структуре популяции возбудителя туберкулеза в России, составляя около 50% а профиль Beijing/B0 является наиболее распространенным в России (20-27%) вариантом генотипа Beijing (Toungoussova et al., 2002; Нарвская, 2003). В настоящее время генотип Beijing привлекает внимание и с клинической точки зрения, поскольку штаммы Beijing в целом, и вариант ВО в особенности, демонстрируют высокую вирулентность (Вишневский и др., 2003; Черноусова и др., 2008; Zhang et al., 1999; Lopez et al., 2003), ассоциацию с лекарственной устойчивостью (Kruuner et al., 2001; Toungoussova et al., 2002; Нарвская, 2003) и высокую трансмиссивность (Андреевская и др., 2006; Caminero et al., 2001; Narvskaya et al., 2002). Клональная структура популяции и однонаправленность эволюции М. tuberculosis делают возможным частный анализ отдельных филогенетических линий как редуцированной модели вида в целом. В этой связи, представляется актуальным изучение особенностей эволюции генотипа Beijing М. tuberculosis в России и в глобальном контексте.

Цель исследования

Изучить микро- и макроэволюционные изменения в геноме и разработать методологические подходы для мониторинга циркулирующих штаммов М. tuberculosis.

Задачи работы

1. Провести анализ филогенетически значимых фрагментов генома М. tuberculosis генотипа Beijing.

2. Осуществить филогеографический анализ, провести реконструкцию происхождения и путей распространения циркулирующих вариантов М. tuberculosis генотипа Beijing

3. Изучить генетические основы развития лекарственной устойчивости как формы микроэволюции М. tuberculosis.

4. Разработать методологические подходы на основе информативных молекулярных маркеров для эффективного мониторинга и диагностики лекарственной устойчивости циркулирующих штаммов М. tuberculosis.

Научная новизна

Впервые в мире проведена компьютерная реконструкция происхождения и исторических путей диссеминации штаммов М. tuberculosis генотипа Beijing в мире.

Разработана концепция существования древних и современных линий генотипа Beijing.

Впервые на основе компьютерного моделирования эволюции локусов VNTR показан ускоренный характер роста субпопуляции клонального варианта BO/Beijing в России.

Предложена переоценка роли мутаций в етЬВЗОб как маркера устойчивости к этамбутолу. Выдвинута гипотеза о дополнительном механизме устойчивости к этамбутолу М. tuberculosis, не связанном с изменениями в гене арбинозилтрансферазы етЬВ.

Практическая значимость исследования

Созданная и обновляемая глобальная база данных по 11 локусам VNTR штаммов М. tuberculosis Beijing (1853 штамма на 30.06.2009) эффективно применяется для филогенетических исследований и эпидемиологического мониторинга циркуляции штаммов этого генотипа.

Разработан способ быстрой детекции штаммов М. tuberculosis генотипа Beijing, его основных филогенетических линий и клонального варианта BO/Beijing на основе использования инвертированной 18<5У70-ПЦР и VNTR типирования.

Разработана минимальная схема на основе семи локусов VNTR для первичного скринингового типирования штаммов М. tuberculosis генотипа Beijing, циркулирующих в России.

Показана высокая информативность сочетанного применения методов IS6770-RFLP и VNTR типирования для дифференциации штаммов М. tuberculosis при эпидемиологических исследованиях.

Предложен способ определения генетического расстояния между географическими популяциями клональных видов бактерий.

Разработан способ экспрессного определения основных мутаций, ассоциированных с устойчивостью к рифампицину и изониазиду, в генах гроВ кодоны 516, 526, 531) и katG315 на основе методологии мультиплексной аллель-специфической ПЦР.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

1. Генетическое разнообразие М. tuberculosis сформировалось в результате миграций населения. Генотип Beijing М. tuberculosis возник на территории северного Китая более 2000 лет назад; его проникновение в другие регионы мира было опосредовано миграциями из Юго-Восточной Азии.

2. Генотип Beijing М. tuberculosis включает две крупные филогенетические линии - «древнюю» и «современную» - с различной структурой генома и эволюционным потенциалом. Быстрая детекция этих линий возможна на основе инвертированной 18<5У/0-ПЦР.

3. Вариант Beijing/BO, выявляемый в 25% российских штаммов генотипа Beijing, является «успешным» вариантом, для которого характерен существенно более быстрый популяционный рост в сравнении с общей популяцией Beijing в России.

4. Первичное скрининговое типирование штаммов Beijing в России возможно на основе анализа семи локусов VNTR. Использование методов IS6Í70-RFLP и VNTR необходимо для детального генотипирования М. tuberculosis.

5. Разработанный метод мультиплексной аллель-специфической ПЦР для анализа основных мутаций резистентности в генах гроВ и katG эффективен для выявления большинства штаммов М. tuberculosis, устойчивых к рифампицину и изониазиду. Наличие мутации в етЬВЗОб недостаточно для развития устойчивости М. tuberculosis к этамбутолу.

Апробация работы

Основные результаты исследований были доложены и обсуждены на 14 российских и международных семинарах, конгрессах и конференциях в 20012009 гг.: 3rd International Conference "Infectious diseases in the Barents region"

Архангельск, Россия, 09.2001); Meeting of IAEA Multicenter Project (Дели, Индия, 03.2001); Meeting of Mycobacteria Study Group of Pasteur Institutes (Алжир, Алжир, 02.2001); International Conference "Tuberculosis: old problem in iL new millennium" (Новосибирск, Россия, 07.2002); 4 Nordic Baltic Congress on Infectious Diseases (С.-Петербург, Россия, 05.2002); 12th European Congress on Clinical Microbiology and Infectious Diseases (Милан, Италия, 04.2002); 4th International Conference "Infectious diseases in the Barents region" (Петрозаводск, Россия, 2003); 24th Congress of European Society of Mycobacteriology (Тарту, Эстония, 07.2003); Scientific Symposium of International Network of Pasteur Institutes (Тегеран, Иран, 17-19.11.2004); 10th International Workshop on virus evolution and molecular epidemiology (Хельсинки, Финляндия, 30.08.-05.09.2004); 25th Congress of European Society of Mycobacteriology (Альгеро, Италия, 2730.06.2004); Meeting of Mycobacteria and Tuberculosis Study Group of Pasteur Institutes (Париж, Франция, 16-18.02.2004); VI Всероссийский конгресс по молекулярной диагностике (Москва, 28-30.11.2007). 30th Congress of European Society of Mycobacteriology (Порту, Португалия, 5-8.07.2009).

По теме диссертации опубликовано 54 статьи в рекомендованных ВАК РФ журналах и 5 глав в трех монографиях.

Внедрение результатов исследования в практику

На основе результатов работы подготовлены следующие документы:

1. Патент на изобретение №2287586 (Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Нарвская О.В., Вишневский Б.И., Способ экспрессного определения устойчивости к рифампицину у микобактерий туберкулеза). Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 20.11.2006. Приоритет: 27.05.2003.

2. Патент на изобретение №2339040 (Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Нарвская О.В., Вишневский Б.И., Способ экспрессного определения устойчивости к изониазиду у микобактерий туберкулеза). Зарегистрировано в

Государственном реестре изобретений РФ 20.11.2008. Приоритет: 08.02.2006.

3. Заявка на патент (Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Вязовая A.A., Вишневский Б.И., Нарвская О.В. Способ выявления микобактерий туберкулеза генотипа Beijing). Per. №2008118836, приоритет от 12.05.2008 Результаты исследований внедрены в практическую деятельность ФГУ «Санкт-Петербургский ПИИ фтизиопульмонологии Росмедтехнологий».

Личное участие автора в получении результатов

Основные результаты получены лично автором. Выделение штаммов и определение их чувствительности к противотуберкулезным препаратам было проведено в ФГУ «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии Федерального агентства по высокотехнологичной медицинской помощи» в лаборатории микробиологии туберкулеза при участии д.м.н. профессора Б.И. Вишневского, д.м.н. Т.Ф. Оттен и к.б.н. O.A. Маничевой. Молекулярно-генетические исследования, компьютерный и статистический анализ данных были проведены автором в лаборатории молекулярной микробиологии ФГУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

Структура и объем диссертации

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Мокроусов, Игорь Владиславович

выводы

1. Современная глобальная популяция М. tuberculosis генотипа Beijing характеризуется генетической неоднородностью и, в целом, сформировалась в результате человеческих миграций. Генотип Beijing возник на территории северного Китая более 2000 лет назад и проник в другие регионы мира из Юго-Восточной Азии: в Россию - в средние века, в Южную Африку с 17 века и в Австралию в конце 19 века.

2. Генотип Beijing включает две крупные филогенетические линии («древние» и «современные» штаммы), которые различаются по структуре локусов NTF, IS6770, IS 1547 и i?v3735-PPE и особенностям развития лекарственной устойчивости.

3. Субпопуляция варианта BO/Beijing отличается существенно более быстрым (в 10,6 раза) ростом в сравнении с популяцией Beijing в целом, что показывает «успешный» характер этого клонального варианта М. tuberculosis, распространенного в России.

4. Метод инвертированной ISóllO-UU^ пригоден для детекции штаммов М. tuberculosis генотипа Beijing и его двух основных филогенетических линий, а VNTR-типирование - для детекции и дифференциации штаммов кластера ВО.

5. Разработанная минимальная схема VNTR-типирования на основе 7 локусов (QUB-llb, Mtub21, QUB-26, MIRU26, QUB-3232, VNTR-3820, VNTR-4120) эффективна для скринингового анализа штаммов М. tuberculosis Beijing. Сочетанное применение методов VNTR и ISd//6>-RFLP необходимо для высокоразрешающего типирования М. tuberculosis.

6. Разработанный метод мультиплексной аллель-специфической ПЦР для анализа основных мутаций резистентности в генах гроВ и katG эффективен для выявления большинства мультирезистентных штаммов М. tuberculosis, циркулирующих в России и других странах с высоким уровнем заболеваемости туберкулезом.

7. Мутации резистентности в katG315, етЬВЗОб, и гроВ531 наиболее часто встречаются у штаммов генотипа Beijing в сравнении со штаммами других генотипов.

8. Мутации в гене етЬВЗОб, выявленные у 30% штаммов М. tuberculosis, чувствительных к этамбутолу, не могут служить маркером устойчивости к этамбутолу.

9. Разработанные методологические подходы на основе применения комплекса информативных молекулярных маркеров могут быть использованы для проведения филогенетических и филогеографических исследований, эффективного мониторинга и диагностики лекарственной устойчивости циркулирующих штаммов М. tuberculosis.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Мокроусов, Игорь Владиславович, 2009 год

1. Андреевская С.Н., Черноусова Л.Н., Смирнова Т.Г., Ларионова Е.Е., Кузьмин А.В. Влияние генотипа М. tuberculosis на выживаемость мышей при экспериментальном туберкулезе // Проблемы туберкулеза и болезней легких. 2007. - №7. - С. 45-50.

2. Апт А.С., Кондратьева Т.К. Туберкулез: патогенез, иммунный ответ и генетика хозяина // Молекулярная биология. 2008. - Т. 42. - №5. -С. 880890.

3. Богун А.Г., Анисимова В.А., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г. Структура делеций, выявленных в геномах клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis // Проблемы туберкулеза и болезней легких. 2007. - №12. - С. 42-47.

4. Вишневский Б.И., Нарвская О.В., Васильева СЛ., Сапожникова Н.В., Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф. Вирулентность микобактерий туберкулеза // Проблемы туберкулеза. 2002а. - №10. - С. 33-36.

5. Владимирский М.А., Аляпкина Ю.С., Варламов Д.А., Алексеев Я.И., Шипина Л.К., Шульгина М.В., Домотенко Л.В., Быкадорова К.Р., Гащенко Н.Н.,

6. И. Дмитриев А.В., Шен А.Д., Тотолян А.А. TR Прямые повторы и спейсеры гена sak0192 Streptococcus agalactiae генетические маркеры для характеристики штаммов // Молекулярная генетика микробиология и вирусология. - 2007. №4. - С. 37-41

7. Добровольский А.В. Хоа // Народы и религии мира / Глав. ред. В. А. Тишков. М.: Большая Российская Энциклопедия, 1998. С. 358.

8. Климанов В.А., Хотинский H.A., Благовещенская Н.В. Колебания климата за исторический период в центре Русской равнины. // Изв. АН СССР. Сер. географ. 1995. - №1. - С. 89-96.

9. Нарвская О.В. Геномный полиморфизм Mycobacterium tuberculosis и его роль в эпидемическом процессе. Дисс. докт. мед. наук. С.-Петербург, 2003.

10. Нарвская О.В., Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Вишневский Б.И. Генетическое маркирование полирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России // Проблемы туберкулеза. 1999. - №3. -С. 39-41.

11. Пузырев В.П., Фрейдин М.Б., Рудко A.A., Стрелис А.К., Колоколова О.В. Полиморфизм генов кандидатов подверженности к туберкулезу у славянского населения Сибири: политное исследование // Молекулярная биология. 2002. - Т. 36. - №5. - С. 788-791.

12. Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Дубилей С.А., Игнатова А.Н., Шемякин И.Г. Доминирующие генотипы штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от заключенных в поселке Озерки // Молекулярная генетика микробиология и вирусология. 2007. - №3. — С. 27-33.

13. Черноусова Л.Н., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г., Земскова З.С., Ларионова Е.Е. Биологические свойства штаммов М. tuberculosis кластера W // Проблемы туберкулеза и болезней легких. 2008. - №10. - С. 45-50.

14. Aanensen D.M., Spratt B.G. The multilocus sequence typing network: mlst.net // Nucleic Acids Res. -2005. Vol. 33. - P. W728-733.

15. Abadi FJ.R., Carter P.E., Cash P., Hugh Pennington T. Rifampin resistance in Neisseria meningitidis due to alterations in membrane permeability // Antimicrob. Agents Chemother. 1996. - Vol. 40. - P. 646-651.

16. Abbadi S.H., Sameaa G.A., Morlock G., Cooksey R.C. Molecular identification of mutations associated with anti-tuberculosis drug resistance among strains of Mycobacterium tuberculosis. II Int. J. Infect. Dis. 2009. - Jan 8. Epub ahead of print.

17. Achtman M., Zurth K., Morelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1999. Vol. 96. - P. 1404314048.

18. Alcaide F., Pfyffer G.E., Telenti A. Role of embB in natural and acquired resistance to ethambutol in mycobacteria // Antimicrob. Agents Chemother. -1997.-Vol. 41.-P. 2270-2273.

19. Anh D.D, Borgdorff M.W, Van L.N., Lan N.T., van Gorkom T., Kremer K., van Soolingen D., Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam // Emerg. Infect. Dis. 2000. - Vol. 6. - P. 302-305.

20. Aziz M.A., Wright A., De Muynck A., Laszlo A. Anti-tuberculosis drug resistance in the world: third global report WHO-IUATLD; Global Project on Anti-Tuberculosis Drug Resistance Surveillance / Global Alliance for TB Drug Development, Geneva, 2004.

21. Baker L., Brown T., Maiden M.C., Drobniewski F. Silent nucleotide polymorphisms and a phylogeny for Mycobacterium tuberculosis // Emerg. Infect. Dis. 2004. -Vol. 10.-P. 1568-1577.

22. Banu S., Gordon S.V, Palmer S., Islam M.R., Ahmed S., Alam K.M., Cole S.T., Brosch R., Genotypic analysis of Mycobacterium tuberculosis in Bangladesh and prevalence of the Beijing strain // J. Clin. Microbiol. 2004. - Vol. 42. - P. 674682.

23. Barnes P.F., Cave M.D. Molecular epidemiology of tuberculosis // N. Engl. J. Med.-2003.-Vol. 349.-P. 1149-1156.

24. Baumont M.A. Detecting population expansion and decline using microsatellites //Genetics. 1999.-Vol. 153.-P. 2013-2029.

25. Becq J., Gutierrez M.C., Rosas-Magallanes V., Rauzier J., Gicquel B., Neyrolles O., Deschavanne P. Contribution of horizontally acquired genomic islands to the evolution of the tubercle bacilli // Mol Biol Evol. 2007. - Vol. 24. - N8. - P. 1861-1871.

26. Beggs M.L., Eisenach K.D., Cave M.D. Mapping of IS6110 insertion sites in two epidemic strains of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. 2000. -Vol. 38.-P. 2923-2928.

27. Behr M.A., Wilson M.A., Gill W.P., Salamon H., Schoolnik G.K., Rane S., Small P.M. Comparative genomics of BCG vaccines by whole-genome DNA microarray //Science. 1999.-Vol. 284.-P. 1520-1523.

28. Bellamy R. Genetic susceptibility to tuberculosis in human populations // Thorax. 1998.-Vol. 53.-P. 588-593.

29. Bellamy R. Genetic susceptibility to tuberculosis // Clin. Chest. Med. 2005. -Vol. 26.-P. 233-246.

30. Bhanu N.V., van Soolingen D., van Embden J.D., Dar L., Pandey R.M., Seth P. Predominace of a novel Mycobacterium tuberculosis genotype in the Delhi region of India // Tuberculosis (Edinb.). 2002. - Vol. 82. - P. 105-112.

31. Bifani J., Mathema B., Kurepina N.E., Kreiswirth B.N. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains // Trends Microbiol. -2002.-Vol. 10.-P. 45-52.

32. Billington O.J., McHugh T.D. Gillespie S.H. Physiological cost of rifampin resistance induced in vitro in Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. - Vol. 43. - P. 1866-1869.

33. Bolotin A., Quinquis B., Sorokin A., Ehrlich S.D. Clustered regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have spacers of extrachromosomal origin // Microbiology.-2005.-Vol. 151.-P. 2551-2561.

34. Brodin P., Rosenkrands I., Andersen P., Cole S.T., Brosch R. ESAT-6 proteins: protective antigens and virulence factors? // Trends Microbiol. 2004. - Vol. 12. -N11.-P. 500-508.

35. Brudey K., J. R. Driscoll, L. Rigouts, W. M. Prodinger, A. Gori, S. A. Al-Hajoj,

36. C. Allix, L. Aristimuno, J. Arora, V. Baumanis, L. Binder, P. Cafrune, A. Cataldi, S. Cheong, R. Diel, C. Ellermeier, J. T. Evans, M. Fauville-Dufaux, S. Ferdinand,

37. Budnik A., Liczbinska G. Urban and rural differences in mortality and causes of death in historical Poland //Am. J. Phys. Anthropol. 2006. - Vol. 129. - P. 294304.

38. Camus J.C., Pryor M.J., Medigue C., Cole S.T. Re-annotation of the genome sequence of Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Microbiology. — 2002. Vol. 148-P. 2967-2973.

39. Cavalli-Sforza L.L. Genes, peoples and languages. Penguin Books. London, 2001.

40. Cavalli-Sforza L.L., Menozzi P., Piazza A. The History and Geography of Human Genes: Princeton Univ. Press, Princeton, 1996

41. Chaves F., Alonso-Sanz M., Rebollo M.J., Tercero J.C., Jimenez M.S., Noriega A.R. rpoB mutations as an epidemiologic marker in rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2000. - Vol. 4. — P. 765-770.

42. Cheow E.T.C. Sino-Japanese Relations: Conflict Management and Resolution. Central Asia-Caucasus Institute and Silk Road Studies Program. Uppsala (Sweden), 2006.

43. Cockerill F.R., 3rd. Genetic methods for assessing antimicrobial resistance // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. - Vol. 43. - P. 199-212.

44. Cole S.T. Comparative and functional genomics of the Mycobacterium tuberculosis complex // Microbiology. 2002. - Vol.148. - P. 2919-2928.

45. Conference on Chinese population and socioeconomic studies: utilizing the 2000/2001 round census data. Hong Kong University of science and technology, Hong Kong SAR, 2002.

46. Corbett E.L., Watt C.J., Walker N., Maher D., Williams B.G., Raviglione M.C. Dye C. The growing burden of tuberculosis: global trends and interactions with the HIV epidemic // Arch. Intern. Med. 2003. - Vol. 163. - P. 1009-1021.

47. Cox H.S., Kubica T., Doshetov D., Kebede Y., Rüsch-Gerdess S., Niemann S. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia // Respir. Res. 2005. - Vol. 6. - P. 134.

48. Christian D. A History of Russia, Central Asia and Mongolia. Vol. 1: Inner Eurasia from Prehistory to the Mongol Empire. Blackwell Publishers, London, UK, 1998.

49. Daley C.L. Molecular epidemiology: a tool for understanding control of tuberculosis transmission // Clin. Chest Med. 2005. - Vol. 26. - P. 217-231.

50. Daniel T.M. The history of tuberculosis // Respir. Med. 2006. - Vol. 100. - P. 1862-1870.

51. David H.L. Probability Distribution of Drug-Resistant Mutants in Unselected Populations of Mycobacterium tuberculosis // Appl. Environ. Microbiol. 1970. -Vol. 20. -N5.-P. 810-814.

52. Douglas J.T., Qian L., Montoya J.C., Musser J.M., Van Embden J.D., Van Soolingen D., Kremer K. Characterization of the Manila family of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. 2003. - Vol. 41. - P. 2723-2726.

53. Dragon E.A., Spadoro J.P., Madej R. Quality control of polymerase chain reaction, p. 160-168. / Persing D.H., Smith T.F., Tenover F.C., White T.J. (ed.), Diagnostic molecular microbiology. American Society for Microbiology, Washington, D.C., 1993.

54. Drake J.W. A constant rate of spontaneous mutation in DNA-based microbes. // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991. - Vol. 88. - P. 7160-7164.

55. Dykhuizen D.E., Green L. Recombination in Escherichia coli and the definition of biological species // J. Bacteriol. 1991. - Vol. 173. - P. 7257-7268.

56. Eisen J.A., Heidelberg J., White O., Salzberg S.-L. Evidence for symmetric chromosomal inversions around the replication origin in bacteria // Genome Biology. 2000. - Vol. 1 - researchOOl 1.

57. El Sahly H.M., Wright J.A., Soini H., Bui T. T., Williams-Bouyer N., Escalante P., Musser J.M., Graviss E.A. Recurrent tuberculosis in Houston, Texas: a population-based study // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2004. - Vol. 8. - P. 333-340.

58. Enright M.C., Robinson D.A., Randle G., Feil E.J., Grundmann H., Spratt B.G. The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. - Vol. 99. - P. 7687-7692.

59. Ernst J.D., Trevejo-Nunez G., Banaiee N. Genomics and the evolution, pathogenesis, and diagnosis of tuberculosis // J. Clin. Invest. — 2007. — Vol. 117.-P. 1738-1745.

60. Escribano I., Rodriguez J.C., Llorca B., Garcia-Pachon E., Ruiz M., Royo G. Improtance of the efflux pump systems in the resistance of Mycobacterium tuberculosis to fluoroquinolones and linezolid // Chemotherapy. 2007. - Vol. 53. -P. 397-401.

61. Espinal M.A., Watt C.J., Mbiaga C., Williams B.G. Worldwide incidence of multidrug-resistant tuberculosis // J. Infect. Dis. 2002. - Vol. 185. - P. 11971202.

62. Euro TB, Surveillance of tuberculosis in Europe. Report on tuberculosis cases notified in 2006. EuroTB-Institut de Veille Sanitaire. Saint-Maurice, France, 2008.

63. Fagundes N.J., Ray N., Beaumont M., Neuenschwander S., Salzano F.M., Bonatto S.L., Excoffier L., Statistical evaluation of alternative models of human evolution // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2007. - Vol. 104. - P. 17614-17619.

64. Fan C.C. Modeling interprovincial migration in China, 1985-2000 // Eurasian Geography Economics. 2005. - Vol. 46. - P. 165-184.

65. Fang Z., Forbes K.J. A Mycobacterium tuberculosis IS6110 preferential locus (ipl) for insertion into the genome // J. Clin. Microbiol. 1997. - Vol. 35. - P. 479-481.

66. Feil E.J. Small change: keeping pace with microevolution // Nat. Rev. Microbiol. 2004. - Vol. 2. - P. 483-495.

67. Feil E.J., Spratt B.G. Recombination and the population structures of bacterial pathogens // Annu. Rev. Microbiol. 2001. - Vol. 55. - P. 561-590.

68. Felsenstein J. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6b. Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle USA, 2004.

69. Fernando S.L., Britton W.J. Genetic susceptibility to mycobacterial disease in humans // Immunol. Cell. Biol. 2006. - Vol. 84. - N2. - P. 125-137.

70. Filliol I., Sola C., Rastogi N., Detection of a previously unamplified spacer within the DR locus of Mycobacterium tuberculosis: epidemiological implications // J. Clin. Microbiol. 2000. - Vol. 38. - P. 1231-1234.

71. Filliol I., Motiwala A.S., Cavatore M., Qi W., Hazbön M.H., Bobadilla del Valle M., Fyfe J., Garcia-Garcia L., Rastogi N., Sola C., Zozio T., Guerrero M.I., Leon C.I., Crabtree J., Angiuoli S., Eisenach K.D., Durmaz R., Joloba M.L., Rendön A.,

72. Flores L., Van T., Narayanan S., DeRiemer K., Kato-Maeda M., Gagneux S. Large sequence polymorphisms classify Mycobacterium tuberculosis strains with ancestral spoligotyping patterns // J. Clin. Microbiol. 2007. - Vol. 45. - P. 33933395.

73. Frothingham R., Meeker-O'Connell W.A. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats // Microbiology. 1998. - Vol. 144. - P. 1189-1196.

74. Gagneux S. Small P.M. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development // Lancet Infect. Dis. (2007) 7, 328-337

75. Garcia de Viedma D., Chaves F., Inigo J., for the Tuberculosis molecular epidemiology study group. New route of importation of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype // Emerg. Infect. Dis. 2006. - Vol. 12. - P. 169170.

76. Gevers D., Cohan F.M., Lawrence J.G., Spratt B.G., Coenye T., Feil E.J., Stackebrandt E., Van de Peer Y., Vandamme P., Thompson F.L., Swings J. Opinion: Re-evaluating prokaryotic species. // Nat. Rev. Microbiol. 2005. - Vol. 3.-P. 733-739.

77. Gilbert M. Paper trails: connecting Viet Nam and world history through documents, film, literature and photographs // World History Connected. 2005. -Vol. 2.-P. 2.

78. Gillespie S.H. Evolution of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis: clinical and molecular perspective // Antimicrob. Agents Chemother. 2002. -Vol. 46.-P. 267-274.

79. Gillespie S.H. Tuberculosis: evolution in millennia and minutes // Biochem. Soc. Trans. 2007. - Vol. 35.-P. 1317-1320.

80. Gilman J., Myatt, M. EpiCalc 2000, version 1.02. Brixton Books. London, UK, 1998.

81. Gilpin C.M., Songhurst C., Coulter C. MIRU: The national tuberculosis genotyping strategy in Australia // 25th Congress of the European Society of Mycobacteriology, Alghero, Italy. 2004.

82. Glynn J.R., Whiteley J., Bifani P.J., Kremer K., van Soolingen D. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review // Emerg. Infect. Dis. 2002. - Vol. 8. - P. 843-849.

83. Grant A., Arnold C., Thorne N., Gharbia S., Underwood A. Mathematical modelling of Mycobacterium tuberculosis VNTR loci estimates a very slow mutation rate for the repeats // J. Mol. Evol. 2008. - Vol. 66. - P. 565-574.

84. Grimont P.A.D. Taxotron package. Taxolab, Institut Pasteur, Paris, 2000.

85. Guan Q. Lilong housing: a traditional settlement form, PhD Thesis. McGill University, Montreal, Canada. 1996.

86. Guo H., Seet Q., Denkin S., Parsons L., Zhang Y. Molecular characterization of isoniazid-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from the USA //J. Med. Microbiol. 2006. - Vol. 55. - P. 1527-1531.

87. Gutacker M.M., Smoot J.C., Migliaccio C.A., Ricklefs S.M., Hua S., Cousins

88. Gutacker M.M., Mathema B., Soini H., Shashkina E., Kreiswirth B.N., Graviss

89. E.A., Musser J.M. Single-nucleotide polymorphism-based population genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains from 4 geographic sites // J. Infect. Dis.-2006.-Vol. 193.-P. 121-128.

90. Gutierrez M.C., Brisse S., Brosch R., Fabre M., Omais B., Marmiesse M., Supply P., Vincent V. Ancient origin and gene mosaicism of the progenitor of Mycobacterium tuberculosis // PLoS Pathog. 2005. - Vol. 1. - P. e5.

91. Gutierreza M.C., Supply P., Brosch R. Pathogenomics of Mycobacteria // Genome Dyn. 2009. - vol. 6 - P. 198-210.

92. Hamed M.B. Neighbour-nets portray the Chinese dialect continuum and the linguistic legacy of China's demic history // Proc. Biol. Sei. 2005. - Vol. 272. - P. 1015-1022.

93. Han H., Wang F.,. Xiao Y., Ren Y., Chao Y., Guo A., Ye L., Utility of mycobacterial interspersed repetitive unit typing for differentiating

94. Mycobacterium tuberculosis isolates in Wuhan, China // J. Med. Microbiol. 2007. -Vol. 56.-P. 1219-1223.

95. Harrison G., So L.K.H., The background to language change in Hong Kong // Curr. Issues Language Soc. 1996. - Vol. 3. - P. 114-123.

96. Hermans P.W.M., van Soolingen D., Bik E. M., de Haas P. E. W., Dale J. W., van Embden J. D. A., The insertion element IS987 from Mycobacterium bovis

97. BCG is located in a hot spot integration region for insertion elements in Mycobacterium tuberculosis complex strains // Infect. Immun. 1991. - Vol. 59. -P. 2695-2705.

98. Herzog H. History of tuberculosis // Respiration. 1998. - Vol. 65. - P. 5-15.

99. Hillemann D., Wan-en R., Kubica T., Rusch-Gerdes S., Niemann S. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains by real-time PCR // J. Clin. Microbiol. 2006. - Vol. 44. - P. 302-306.

100. Hirsh A.E., Tsolaki A.G., DeRiemer K., Feldman M.W., Small P.M. Stable association between strains of Mycobacterium tuberculosis and their human host populations // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2004. - Vol. 101. - P. 4871-4876.

101. Huang T.S., Kunin C.M., Shin-Jung Lee S., Chen Y.S., Tu H. Z., Liu Y.C. Trends in fluoroquinolone resistance of Mycobacterium tuberculosis complex in a Taiwanese medical centre: 1995-2003 // J. Antimicrob. Chemother. 2005. - Vol. 56.-P. 1058-1062.

102. Hughes A.L., Friedman R., Murray M. Genomewide pattern of synonymous nucleotide substitution in two complete genomes of Mycobacterium tuberculosis // Emerg. Infect. Dis. 2002. - Vol. 8. - P. 1342-1346.

103. Hugo G. Recent trends in Chinese migration to Australia, University of Adelaide, Australia, 2007.

104. Hunter P.R., Gaston M.A., Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpsons's index of diversity // J. Clin. Microbiol. 1988. - Vol. 26. - P. 2465-2466.

105. Iseman M.D. Tuberculosis therapy: past, present and future // Eur. Respir. J. -2002.-Vol. 36.-P. 87s-94s.

106. Jang J., Becq J., Gicquell B., Deschavanne P., Neyrolles O. Horizontally acquired genomic islands in the tubercle bacilli // Trends Microbiol. 2008. - Vol. 16. - N7.-P. 303-308.

107. Jansen R., van Embden J.D.A., Gaastra W., Schouls L.M. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes // Mol. Microbiol. 2002. -Vol. 43.-P. 1565-1575.

108. Jiao W.W., Mokrousov I., Sun G.Z., Li M., Liu J.W., Narvskaya O., Shen A.D. Molecular characteristics of rifampin and isoniazid resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Beijing, China // Chin. Med. J. (Engl.). 2007. - Vol. 120.-P. 814-819.

109. Jones P. Chinese-Australian Journeys. Records on Travel, Migration and Settlement, 1860-1975. National Archives of Australia, Canberra, 2005.

110. Jones P. New Pathways or Old Trajectories? The Chinese Diaspora in Australia, 1985 to 2005, University of Melbourne Australia, 2007.

111. Jou R., Chen H.Y., Chiang C.Y., Yu M.C., Su I.J., Genetic diversity of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates and identification of 11 novel rpoB alleles in Taiwan // J. Clin. Microbiol. 2005. - Vol. 43. - P. 13901394.

112. Jureen P., Werngren J., Toro J.C., Hoffner S. Pyrazinamide resistance and pncA gene mutations in Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob. Agents Chemother. -2008.-Vol. 52. -N5.-P. 1852-1854.

113. Kapur V., Whittam T.S., Musser J.M. Is Mycobacterium tuberculosis 15 000 years old? // J. Infect. Dis. 1994. - Vol. 170. - P. 1348-1349.

114. Kato-Maeda M., Bifani P.J., Kreiswirth B.N., Small P.M. The nature and consequence of genetic variability within Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Invest.-2001.-Vol. 107.-P. 533-537.

115. Kaufhold A., Podbielski A., Baumgarten G., Blokpoel M., Top J., Schouls L.

116. Rapid typing of group A streptococci by the use of DNA amplification and nonradioactive allele-specific oligonucleotide probes // FEMS Microbiol. Lett. 1994. -Vol. 119.-P.19-25.

117. Kelley C.L., Rouse D.A., Moms S.L. Analysis of ahpC gene mutations in isoniazid-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis // Antimicrob. Agents Chemother. 1997. - Vol. 41. - P. 2057-2058.

118. Kidgell C., Reichard U., Wain J., Linz B., Torpdahl M., Dougan G., Achtman M. Salmonella typhi, the causative agent of typhoid fever, is approximately 50,000 years old // Infect. Genet. Evol. 2002. - Vol. 2. - P. 39-45.

119. Kremer K., 2005. Genetic markers for Mycobacterium tuberculosis: Characterization and spread of the Beijing genotype. Ph.D. Thesis. University of Amsterdam, Blaricum, The Netherlands.

120. Kubica T., Rusch-Gerdes S., Niemann S. The Beijing genotype is emerging among multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Germany // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2004. - Vol. 8. - P. 1107-1113.

121. Kubica T., Agzamova R., Wright A., Aziz M.A., Rakishev G., Bismilda V., Richter E., Rüsch-Gerdes S., Niemann S. The Beijing genotype is a major causeof drug-resistant tuberculosis in Kazakhstan // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2005. -Vol. 9.-P. 646-653.

122. Krüüner A., Hoffner S.E., Sillastu H., Danilovits M., Levina K., Svenson S.B., Ghebremichael S., Koivula T., Källenius G. Spread of drug-resistant pulmonary tuberculosis in Estonia//J. Clin. Microbiol. 2001. - Vol. 39. - P. 3339-3345.

123. Lapina A.I. The development of tuberculosis control in the USSR // Bull. Int. Union. Against. Tuberc. 1970. - Vol. 43. - P. 188-192.

124. Lavender C., Globan M., Sievers A., Billman-Jacobe H., Fyfe J. Molecular characterization of isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates collected in Australia. Antimicrob. Agents Chemother. 2005. - Vol. 49. — P. 4068-4074.

125. Lee A.S.G., Lim I.H.K., Tang L.L.H., Telenti A., Wong S.Y. Contribution of kasA analysis to detection of isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis in Singapore // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. - Vol. 43. - P.2087-2089.

126. Lee A.S.G., Teo A.S.M., Wong S.Y. Novel mutations in ndh in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates // Antimicrob. Agents Chemother. -2001.-Vol. 45.-P. 2157-2159.

127. Lee A.S., Othman S.N., Ho Y.M., Wong S.Y. Novel mutations within the embB gene in ethambutol-susceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis II Antimicrob. Agents Chemother. 2004. - Vol. 48. - P. 4447-4449.

128. Lee A.S., Tang L.L., Lim I.H., Wong S.Y. Characterization of pyrazinamide and ofloxacin resistance among drug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from Singapore II Int. J. Infect. Dis. 2002. - Vol. 6. - P. 48-51.

129. Lewis G. Conflict in Indochina 1954 1979. Vietnam to the Second Indochina Warhttp://hsc.csu.edu.au/modernhistory/internationalstudies/indochina/indoviet/pa gel3.htm

130. Lindgren P.K., Karlsson A., Hugues D. Mutation rate and evolution of fluoroquinolone resistance in Escherichia coli isolates from patients with urinary tract infections. // Antimicrob. Agents Chemother. 2003. - Vol. 47. - P. 32223232.

131. Liu W. History ofNingbo. Wildflowers Institute. San Francisco, USA, 2005.

132. Lopez B., Aguilar D., Orozco H., Burger M., Espitia C., Ritacco V., Barrera L., Kremer K., Hernandez-Pando R., Huygen K., van Soolingen D. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different

133. Mycobacterium tuberculosis genotypes // Clin. Exp. Immunol. 2003. - Vol. 133. -P. 30-37.

134. Maiden M.C. High-throughput sequencing in the population analysis of bacterial pathogens of humans // Int. J. Med. Microbiol. 2000. - Vol. 290. - P. 183-190.

135. Malik A.N.J., Godfrey-Faussett P. Effects of genetic variability of Mycobacterium tuberculosis strains on the presentation of disease // Lancet Infect. Dis.-2005.-Vol. 5.-P. 174-183.

136. Marquet S., Schurr E. Genetics of susceptibility to infectious diseases: tuberculosis and leprosy as examples // Drug Metab. Dispos. 2001. - Vol. 29. -P. 479-483.

137. Martin A., Portaeis F., 2007. Drug resistance and drug resistance detection. In: Palomino J.C., Leao S.C., Ritacco V., eds. Tuberculosis. From basic science to patient care. www.TuberculosisTextbook.com, pp. 635-660.

138. Marttila H.J., Makinen J., Marjamaki M., Ruutu P., Soini H. Molecular genetics of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Finland, 1995-2004 // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2008. Vol. 12. - P. 338-343.

139. McAdam R.A., Hermans P.W., van Soolingen D., Zainuddin Z.F., Catty D., van Embden J.D., Dale J.W. Characterization of a Mycobacterium tuberculosis insertion sequence belonging to the IS3 family // Mol. Microbiol. 1990. - Vol. 4. -P. 1607-1613.

140. McEvoy C.R., Falmer A.A., van Pittius N.C., Victor T.C., van Helden P.D., Wan^en R.M. The role of IS6110 in the evolution of Mycobacterium tuberculosis // Tuberculosis (Edinb.). 2007. - Vol. 87. - P. 393-404.

141. McNeill W.H., 1976. Plagues and peoples. Anchor Press. New York.

142. Migliori G.B., Loddenkemper R., Blasi F., Raviglione M.C. 125 years after Robert Koch's discovery of the tubercle bacillus: the new XDR-TB threat. Is "science" enough to tackle the epidemic? // Eur. Respir. J. 2007. - Vol. 29. - P. 423-427.

143. Mikerezi I., Pizzetti P., Lucchetti E., Ekonomi M., Isonymy and the genetic structure of Albanian populations // Coll. Antropol. 2003. - Vol. 27. - P. 507514.

144. Mithen S. After the ice: a global human history 20,000-5000 BC. Phoenix. London, UK, 2004.

145. Mojica F.J., Diez-Villasenor C., Garcia-Martinez J., Soria E. Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements // J. Mol. Evol. 2005. - Vol. 60. - P. 174-182.

146. Mokrousov I. Corynebacterium diphtheriae: Genome diversity, population structure and genotyping perspectives // Infect Genet Evol. 2009. — Vol. 9. — P. 1-15.

147. Mokrousov I., Ly H.M., Otten T., Lan N.N., Vyshnevskyi B., Hoffner S., Narvskaya O. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography // Genome Res. 2005. -Vol. 15.-P. 1357-1364.

148. Monot M., Honore N., Gamier T., Araoz R., Coppee J.Y., Lacroix C., Sow S., Spencer J.S., Truman R.W., Williams D.L., Gelber R., Virmond M., Flageul B., Cho S.N., Ji B., Paniz-Mondolfi A., Convit J., Young S., Fine P.E., Rasolofo V.,

149. Brennan P.J., Cole S.T. On the origin of leprosy // Science. 2005. - Vol. 308. -P. 1040-1042.

150. Mostowy S., Cousins D., Behr M.A. Genomic interrogation of the dassie bacillus reveals it as a unique RD1 mutant within the Mycobacterium tuberculosis complex // J. Bacteriol. 2004. - Vol. 186. - P. 104-109.

151. Murphy S., Egger M. Studies of the social causes of tuberculosis in Germany before the First World War: extracts from Mosse and Tugendreich's landmark book // Int. J. Epidemiol. 2002. - Vol. 31. - P. 742-749.

152. Murray J.F. A century of tuberculosis // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2004. -Vol. 169. - P. 1181-1186.

153. Musser J.M., Kroll J.S., Granoff D.M. Global genetic structure and molecular epidemiology of encapsulated Haemophilus influenzae // Rev. Infect. Dis. 1990. -Vol. 12.-P. 75-111.

154. Musser J.M., Amin A., Ramaswamy S. Negligible genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis host immune system protein targets: evidence of limited selective pressure // Genetics. 2000. - Vol. 155. — P. 7-16.

155. Nakamura, J., Nishio Y., Ikeo K., Gojobori T. The genome stability in Corynebacterium diphtheriae species due to lack of the recombinational repair system//Gene. -2003.-Vol. 317.-P. 149-155.

156. Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals // Genetics. 1978. - Vol. 89. - P. 583-590

157. Nikolayevskyy V., Gopaul K., Balabanova Y., Brown T., Fedorin I., Drobniewski F. Differentiation of tuberculosis strains in a population with mainly Beijing-family strains // Emerg. Infect. Dis. 2006. - Vol. 12. - P. 1406-1413.

158. Nikonenko B.V., Averbakh M.M. Jr, Lavebratt C., Schurr E., Apt A.S. Comparative analysis of mycobacterial infections in susceptible I/St and resistant A/Sn inbred mice // Tuber. Lung Dis. 2000. - Vol. 80. - N1. - P. 15-25.

159. Nusrath Unissa A., Selvakumar N., Narayanan S., Narayanan P.R. Molecular analysis of isoniazid-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from India // Int. J. Antimicrob. Agents. 2008. - Vol. 31. - P. 71-75.

160. Page R.D.M., TREEVIEW: An application to display phylogenetic trees on personal computers // Comput. Appl.Biosci. 1996. - Vol. 12. - P. 357-358.

161. Palys T., Nakamura L.K., Cohan F.M. Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: The role of DNA sequence data //Int. J. Syst. Bacterid. 1997.-Vol. 47.-P. 1145-1156.

162. Pavesi A., Utility of JC polyomavirus in tracing the pattern of human migrations dating to prehistoric times // J. Gen. Virol. 2005. - Vol. 86. - P. 1315-1326.

163. Perelman M.I. Tuberculosis in Russia // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2000. - Vol. 4.-P. 1097-1103.

164. Piazza A., Rendine S., Zei G., Moroni A., Cavalli-Sforza L.L., Migration rates of human populations from surname distributions //Nature. 1987. - Vol. 329. -P. 714-716.

165. Plikaytis B.B., Marden J.L., Crawford J., Woodley C.L., Butler W. R., Shinnick T.M. Multiplex PCR assay specific for the multidrug resistant strain W of Mycobacterium tuberculosis II J. Clin. Microbiol. 1994. - Vol. 32. - P. 15421546.

166. Plinke C., Ruesch-Gerdes S., Niemann S. Significance of mutations in embB codon 306 for prediction of ethambutol resistance in clinical Mycobacterium tuberculosis isolates // Antimicrob. Agents Chemother. 2006. - Vol. 50. - P. 1900-1902.

167. Pourcel C., Salvignol G., Vergnaud G. CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies // Microbiology. 2005. - Vol. 151. - P. 653-663.

168. Prodinger W.M., Bunyaratvej P., Prachaktam R., Pavlic M. Mycobacterium tuberculosis isolates of Beijing genotype in Thailand // Emerg. Infect. Dis. 2001. -Vol. 7.-P. 483.

169. Puranen B. Tuberculosis. Occurrence and causes in Sweden 1750-1980. PhD Thesis. Umea Studies in Economic History, Umea, Sweden, 1984.

170. Qian L., Abe C., Lin T.P., Yu M.C., Cho S.N., Wang S., Douglas J.T. rpoB genotypes of Mycobacterium tuberculosis Beijing family isolates from East Asian countries // J. Clin. Microbiol. 2002. - Vol. 40. - P. 1091-1094.

171. Ramaswamy S., Musser J. Molecular genetic basis of antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis: 1998 update // Tuberc. Lung Dis. -1998.-Vol. 79.-P. 3-29.

172. Rambaut A., Drummond A.J. Tracer vl.4.1. MCMC Trace Analysis Package. Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh; Department of Computer Science, University of Auckland, New Zealand, 2008.

173. Rengarajan J., Bloom B.R., Rubin E.J. Genome-wide requirements for Mycobacterium tuberculosis adaptation and survival in macrophages // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2005. - Vol. 102. - P. 8327-8332.

174. Ross B.C., Dwyer B. Rapid, simple method for typing isolates of Mycobacterium tuberculosis by using the polymerase chain reaction // J. Clin. Microbiol. 1993.-Vol. 31.-P. 329-334.

175. Rozwarski D.A., Grant G.A., Barton D.H.R., Jakobs Jr. W.R., Sacchettini J.C. Isoniazid modifies the NADH of its target enzyme (InhA) from Mycobacterium tuberculosis // Science. 1998. - Vol. 279. - P. 98-102.

176. Samarina A., Zhemkov V., Zakharova O., Hoffner S. Tuberculosis in St Petersburg and the Baltic Sea region // Scand. J. Infect. Dis. 2007. - Vol. 39. - P. 308-314.

177. Sampson S., Warren R., Richardson M., van der Spuy G., van Helden P. IS6110 insertions in Mycobacterium tuberculosis: predominantly into coding regions // J. Clin. Microbiol. -2001. Vol. 39. - N9. - P. 3423-3424.

178. Schatz A., Bugie E., Waksman S.A. Streptomycin, a substance exhibiting antibiotic activity against gram-positive and gram-negative bacteria // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. N.Y. 1944. - Vol. 55. - P. 66-69.

179. Sebban M., Mokrousov I., Rastogi N., Sola C. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis II Bioinformatics. 2002. -Vol. 18. -N2.-P. 235-243.

180. Semaw S., Simpson S.W., Quade J., Renne P.R., Butler R.F., Mcintosh W.C., Levin N., Dominguez-Rodrigo M., Rogers M.J. Early Pliocene hominids from Gona, Ethiopia // Nature. 2005. - Vol. 433. - P. 301-305.

181. Shen G., Xue Z., Shen X., Sun B., Gui X., Shen M., Mei J., Gao Q. The study recurrent tuberculosis and exogenous reinfection, Shanghai, China. // Emerg. Infect. Dis. 2006. - Vol. 12. - P. 1776-1778.

182. Sigurdsson S. Um berklaveiki a islandi, 1976 II Laeknabladi6. 2005. - Vol. 91. -P. 69-102.

183. Singapore Department of Statistics, 2001. Census of population 2000. Singapore, 2001.

184. Slayden R.A., Barry C. E. 3rd. The genetics and biochemistry of isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis // Microbes Infect. 2000. - Vol. 2. - P. 659-669.

185. Smith N.H., Dale J., Inwald J., Palmer S., Gordon S.V., Hewinson R.G., Smith J.M. The population structure of Mycobacterium bovis in Great Britain: Clonal expansion//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. - Vol. 100.-P. 15271-15275.

186. Smith, N.H., Hewinson R.G., Kremer K., Brosch R., Gordon S.V. Myths and misconceptions: the origin and evolution of Mycobacterium tuberculosis // Nat. Rev. Microbiol. 2009 - Vol. 7. - P. 537-544.

187. Smith N.H., Kremer K., Inwald J., Dale J., Driscoll J.R., Gordon S.V., van Soolingen D., Hewinson R.G., Smith J.M. Ecotypes of the Mycobacterium tuberculosis complex // J. Theor. Biol. 2006. - Vol. 239. - P. 220-225.

188. S0borg C., Andersen A.B., Madsen H.O., Kok-Jensen A., Skinh0j P., Garred P. Natural resistance associated macrophage protein 1 polymorphsims are associated with microscopy-positive tuberculosis // J. Infect. Dis. 2002. - Vol. 186. - P. 1517-1521. '

189. Spratt B.G. Exploring the concept of clonality in bacteria // Methods Mol. Biol. 2004. - Vol. 266. - P. 323-352.

190. Stead W.W. The origin and erratic global spread of tuberculosis. How the past explains the present and is the key to the future // Clin. Chest Med. 1997. - Vol. 18.-P. 65-77.

191. Strimmer K., von Haeseler A. Quartet Puzzling: a quartet maximum likelihood method for reconstructing tree topologies // Mol. Biol. Evol. 1996. - Vol. 13. -P. 964-969.

192. Swofford D.L. PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods) 4.0 Beta. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts, USA, 2002.

193. Takasaka T., Kitamura T., Sugimoto C., Guo J., Zheng H.Y., Yogo Y. Phylogenetic analysis of major African genotype (Af2) of JC virus: Implications for origin and dispersals of modern Africans // Am. J. Phys. Anthropol. 2006. -Vol. 129.-P. 465-472.

194. Taype C. PhD thesis, University of Leeds, UK, 2009.

195. Telenti A., Imboden P., Marchesi F., Lowrie D., Cole S., Colston M.J., Matter L., Schopfer K., Bodmer T. Detection of rifampicin-resistant mutations in Mycobacterium tuberculosis // Lancet. 1993. - Vol. 341. - P. 647-650.

196. Telenti A., Philipp W.J., Sreevatsan S., Bernasconi C., Stockbauer K.E., Wieles B., Musser J.M., Jacobs W.R. Jr. The emb operon, a gene cluster of

197. Mycobacterium tuberculosis involved in resistance to ethambutol // Nature Med. -1997.-Vol. 3.-P. 567-570.

198. Templeton A. Out of Africa again and again // Nature. 2002. - Vol. 416. - P. 45-51.

199. Tenaillon O., Taddei F., Radman M., Matic I. Second-order selection in bacterial evolution: selection acting on mutation and recombination rates in the course of adaptation // Res. Microbiol. 2001. - Vol. 152. - P. 11 -16.

200. The Columbia Electronic Encyclopedia, Sixth Edition Columbia University Press, USA, 2003.

201. Tishkoff S.A., Verrelli B.C. Patterns of human genetic diversity: implications for human evolutionary history and disease // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2003. - Vol. 4. - P. 293-340.

202. Tuyen L.T.K, Hoa B.K., Ly H.M, Van L.N., Lan N.T.N., Chevrier D, Guesdon J.-L. Molecular fingerprinting of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Vietnam using IS6110 as probe // Tuberc. Lung Dis. 2000. - Vol. 80. - P. 75-83.

203. Underhill P.A., Passarino G, Lin A.A., Shen P, Mirazon Lahr M, Foley R.A, Oefner P.J, Cavalli-Sforza L.L. The phylogeography of Y chromosome binary haplotypes and the origins of modern human populations // Ann. Hum. Genet. -2001.-Vol. 65. P. 43-62.

204. Valcheva V, Mokrousov I., Rastogi N, Narvskaya O, Markova N. Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates from different regions of Bulgaria // J. Clin. Microbiol. 2008a. - Vol. 46. - P. 1014-1018.

205. Vera-Cabrera L., Howard S.T., Laszlo A., Johnson W.M. Analysis of genetic polymorphism in the phospholipase C region of Mycobacterium tuberculosis II J. Clin. Microbiol. 1997.-Vol. 35.-P. 1190-1195.

206. Vera-Cabrera L., Hernandez-Vera M.A., Welsh O., Johnson W.M., Castro-Garza J. Phospholipase region of Mycobacterium tuberculosis is a preferential locus for IS 6110 transposition 11 J. Clin. Microbiol. 2001. - Vol. 39. - P. 3499504.

207. Victor T.C., van Helden P.D., Warren R. Prediction of drug resistance in M. tuberculosis: molecular mechanisms, tools and applications // IUBMB Life 2002. -Vol. 53.-P. 231-237.

208. Vink M., The world's oldest trade: Dutch slavery and slave trade in the Indian ocean in the seventeenth century // J. World History. 2003. Vol. 14. - P. 131177.

209. Weir B.C. Genetic Data Analysis II: Methods for Discrete Population Genetic Data: Sinauer Assoc., Inc., Sunderland, MA, USA, 1996.

210. WHO. Laboratory Services in Tuberculosis Control. Part III: Culture. Geneva, Switzerland, 1998.

211. WHO. Extensively drug-resistant tuberculosis (XDR-TB): recommendations for prevention and control // Wkly Epidemiol. Ree. 2006. - Vol. 81. - P. 430-432.

212. WHO. Anti-Tuberculosis Drug Resistance in the World Fourth Global Report. Geneva, Switzerland, 2008a.

213. WHO. Global tuberculosis control: surveillance, planning, financing. Geneva, Switzerland, 2008b.

214. Wima, L.G., Beskow R. Understoedsbyraan foer tuberkuloesa i Uppsala ett 100-aarsminne // Laekartidningen. - 2006. - Vol. 103. - P. 1229-1230.

215. Wood S.R. A contribution to the history of tuberculosis and leprosy in 19th century Norway // J. R. Soc. Med. 1991. - Vol. 84. - P. 428-430

216. Yu N., Chen F.C., Ota S., Jorde L.B., Pamilo P., Patthy L., Ramsay M., Jenkins T., Shyue S.K., Li W.H. Larger genetic differences within Africans than between Africans and Eurasians // Genetics. 2002. - Vol. 161. -P. 269-274.

217. Yuan Y.D., Zhang C., Yang H.M. Population genetics of Chinese surnames. II. Inheritance stability of surnames and regional consanguinity of population // Yi Chuan Xue Bao. 2000. - Vol. 27. - P. 565-572.

218. Yuezhi X. The image and identity of the Shanghainese. In: Unity and Diversity: Local Cultures and Identities in China. D. Faure, T. T. Liu, Eds, Hong Kong University Press, Hong Kong, 1996. P. 99-106.

219. Zhang M., Cong J., Yang Z., Samten B., Barnes P.F. Enhanced capacity of a widespread strain of Mycobacterium tuberculosis to grow in human macrophages //J. Infect. Dis.- 1999. -Vol. 179.-P. 1213-1217.

220. Последовательности олигонуклеотидных праймеров и зондов, использованных в настоящем исследовании.

221. Ген, локус Праймер, зонд Последовательность (5'-) Ссылкака1С ка101Г АОСТССТАТСССАССССААС Настоящая работакаЮ4КВ ААССООТСССООАТООТС Настоящая работаkatgOF ССАОАТОООССТСАТСТАСО Настоящая работа

222. ААСООетССССОАТООТС Настоящая работа

223. АТАССАССТСОАТССССС Настоящая работагроВ ЛОБ СТССССОСОАТСААООА Настоящая работа

224. МЯ ТСАСССОСОСОТАСАС Настоящая работа

225. Я516В ОСТСАОССААТТСАТСОА Настоящая работа

226. Я526В СТСОСОСТТСАСССА Настоящая работа

227. Я531В АСААОСОССОАСТСТС Настоящая работаетЪВ ЕтЬБ АТТСОССТТССТССТСТСО Настоящая работа

228. ЕтЬЫ ОААССАОСОСАААТАОТТСО Настоящая работа

229. ЕтЫБ СООСОСООСТСААТТССС Настоящая работа

230. ЕтЬ2Я ОСССАТССАСАСАСТССССТС Настоящая работа

231. ЕтЬЗОбА GACGACGGCTACATCCTGGGCA Настоящая работа

232. ЕтЬЗОбВ GGTCGGCGACTCGGGCC Настоящая работа

233. DR (праймеры) DRb CCGAGAGGGGACGGAAAC Kamerbeek et al., 1997

234. DRa 5'-биотин GGTTTTGGGTCTGACGAC Kamerbeek et al., 1997

235. Ш110 Risl GGCTGAGGTCTCAGATCAG Ross, Dwyer, 1991

236. Ris2 ACCCCATCCTTTCCAAGAAC Ross, Dwyer, 1991

237. S1 CGTGAGGGCATCGAGGTGGC Van Embden etal., 1993

238. S2 GCGTAGGCGTCGGTGACAAA VanEmbden et al., 1993

239. ACCAGTACTGCGGCGACGTC Plikaytis et al., 1994

240. GACCGCGGATCTCTGCGACC Plikaytis etal., 19941. 1547 IS1547-15F TGTGTGTGCCGCGAGGTGGG Настоящая работа1.1547-15R GCAATAGCTCCTATGGCAAGCGGC Настоящая работа

241. Rv3135 Rv3135F TCGACTGCCATACAACCTG Musser et al., 2000

242. Rv3135 R GTGCTGGTCGAGAACTGAATG Musser et al., 2000

243. NTF MDR-6 CCAGATATCGGGTGTGTCGAC Plikaytis et al., 1994

244. MDR-7 CGCGAGATCTCATCGACAACC Plikaytis et al., 1994

245. DR (зонды) DRspl 5' -amino ATAGAGGGTCGCCGGCTCTGGATC A Kamerbeek et al., 1997

246. DRsp2 5'-amino CCTCATGCTTGGGCGACAGCTTTTG Kamerbeek et al., 1997

247. DRsp3 5'-amino CCGTGCTTCCAGTGATCGCCTTCTA Kamerbeek et al, 1997

248. DRsp4 5 '-amino ACGTCATACGCCGACCAATCATCAG Kamerbeek et al, 1997

249. DRsp5 5'-amino TTTTCTGACCACTTGTGCGGGATTA Kamerbeek et al, 1997

250. DRsp6 5'-amino CGTCGTCATTTCCGGCTTCAATTTC Kamerbeek et al, 1997

251. DRsp7 5'-amino GAGGAGAGCGAGTACTCGGGGCTGC Kamerbeek et al, 1997

252. DRsp8 5'-amino CGTGAAACCGCCCCCAGCCTCGCCG Kamerbeek et al, 1997

253. DRsp9 5'-amino ACTCGGAATCCCATGTGCTGACAGC Kamerbeek et al, 1997

254. DRsplO 5'-amino TCGACACCCGCTCTAGTTGACTTCC Kamerbeek et al, 1997

255. DRspll 5'-amino GTGAGCAACGGCGGCGGCAACCTGG Kamerbeek et al, 1997

256. DRspl2 5' -amino AT ATCTGCTGCCCGCCCGGGG AG AT Kamerbeek et al, 1997

257. DRspl3 5'-amino GACCATCATTGCCATTCCCTCTCCC Kamerbeek et al, 1997

258. DRspl4 5'-amino GGTGTGATGCGGATGGTCGGCTCGG Kamerbeek et al, 1997

259. DRspl5 5'-amino CTTGAATAACGCGCAGTGAATTTCG Kamerbeek et al, 1997

260. DRspl6 5'-amino CGAGTTCCCGTCAGCGTCGTAAATC Kamerbeek et al, 1997

261. DRspl7 5 '-amino GCGCCGGCCCGCGCGGATGACTCCG Kamerbeek et al, 1997

262. DRsp 18 5'-amino CATGGACCCGGGCGAGCTGCAGATG Kamerbeek et al, 1997

263. DRspl9 5'-amino TAACTGGCTTGGCGCTGATCCTGGT Kamerbeek et al, 1997

264. DRsp20 5 '-amino TTGACCTCGCC AGGAGAGAAGATC A Kamerbeek et al, 1997

265. DRsp21 5 '-amino TCGATGTCGATGTCCCAATCGTCGA Kamerbeek et al, 1997

266. DRsp22 5'-amino ACCGCAGACGGCACGATTGAGACAA Kamerbeek et al, 1997

267. DRsp23 5 '-amino AGCATCGCTGATGCGGTCCAGCTCG Kamerbeek et al., 1997

268. DRsp24 5'-amino CCGCCTGCTGGGTGAGACGTGCTCG Kamerbeek et al., 1997

269. DRsp25 5'-amino GATCAGCGACCACCGCACCCTGTCA Kamerbeek et al., 1997

270. DRsp26 5'-amino CTTCAGCACCACCATCATCCGGCGC Kamerbeek et al., 1997

271. DRsp27 5'-amino GGATTCGTGATCTCTTCCCGCGGAT Kamerbeek et al., 1997

272. DRsp28 5'-amino TGCCCCGGCGTTTAGCGATCACAAC Kamerbeek et al., 1997

273. DRsp29 5'-amino AAATACAGGCTCCACGACACGACCA Kamerbeek et al., 1997

274. DRsp30 5'-amino GGTTGCCCCGCGCCCTTTTCCAGCC Kamerbeek et al., 1997

275. DRsp31 5 '-amino TCAGACAGGTTCGCGTCGATCAAGT Kamerbeek et al., 1997

276. DRsp32 5'-amino GACCAAATAGGTATCGGCGTGTTCA Kamerbeek et al., 1997

277. DRsp33 5'-amino GACATGACGGCGGTGCCGCACTTGA Kamerbeek et al., 1997

278. DRsp34 5'-amino AAGTCACCTCGCCCACACCGTCGAA Kamerbeek et al., 1997

279. DRsp35 5'-amino TCCGTACGCTCGAAACGCTTCCAAC Kamerbeek et al., 1997

280. DRsp36 5'-amino CGAAATCCAGCACCACATCCGCAGC Kamerbeek et al., 1997

281. DRsp37 5'-amino CGCGAACTCGTCCACAGTCCCCCTT Kamerbeek et al., 1997

282. DRsp38 5'-amino CGTGGATGGCGGATGCGTTGTGCGC Kamerbeek et al., 1997

283. DRsp39 5'-amino GACGATGGCCAGTAAATCGGCGTGG Kamerbeek et al., 1997

284. DRsp40 5'-amino CGCCATCTGTGCCTCATACAGGTCC Kamerbeek et al., 1997

285. DRsp41 5'-amino GGAGCTTTCCGGCTTCTATCAGGTA Kamerbeek et al., 1997

286. DRsp42 5 '-amino ATGGTGGGACATGGACGAGCGCGAC Kamerbeeket al., 1997

287. DRsp43 5'-amino CGCAGAATCGCACCGGGTGCGGGAG Kamerbeek et al., 1997

288. MIRU4 MIRU4F GCGCGAGAGCCCGAACTGC Supply et al., 2001

289. MIRU4R GCGCAGCAGAAACGTCAGC Supply et al., 2001

290. MIRU26 MIRU26F TAGGTCTACCGTCGAAATCTGTGAC Supply et al., 2001

291. MIRU26R CATAGGCGACCAGGCGAATAG Supply et al., 2001

292. MIRU40 MIRU40F GGGTTGCTGGATGACAACGTGT Supply et al., 2001

293. MIRU40R GGGTGATCTCGGCGAAATCAGATA Supply et al., 2001

294. MIRU10 MIRUIOF GTTCTTGACCAACTGCAGTCGTCC Supply et al, 2001

295. MIRUIOR GCCACCTTGGTGATCAGCTACCT Supply et al., 2001

296. MIRU16 MIRU16F TCGGTGATCGGGTCCAGTCCAAGTA Supply-et al., 2001

297. MIRU16R CCCGTCGTGCAGCCCTGGTAC ! Supply et al., 2001

298. MIRU31 MIRU31F ACTGATTGGCTTCATACGGCTTTA Supply et al., 2001

299. MIRU31R GTGCCGACGTGGTCTTGAT Supply et al., 2001

300. MIRU2 MIRU2F TGGACTTGCAGCAATGGACCAACT Supply et al., 2001

301. MIRU2R TACTCGGACGCCGGCTCAAAAT Supply et al., 2001

302. MIRU23 MIRU23F CTGTCGATGGCCGCAACAAAACG Supply et al., 2001

303. MIRU23R AGCTCAACGGGTTCGCCCTTTTGTC Supply et al., 2001

304. MIRU39 MIRU39F CGCATCGACAAACTGGAGCCAAAC Supply et al., 2001

305. MIRU39R CGGAAACGTCTACGCCCCACACAT Supply et al., 2001

306. MIRU20 MIRU20F TCGGAGAGATGCCCTTCGAGTTAG Supply et al., 2001

307. MIRU20R GGAGACCGCGACCAGGTACTTGTA Supply et al., 2001

308. MIRU24 MIRU24F CGACCAAGATGTGCAGGAATACAT Supply et al., 2001

309. MIRU24R GGGCGAGTTGAGCTCACAGAA Supply et al., 2001

310. MIRU27 MIRU27F TCGAAAGCCTCTGCGTGCCAGTAA Supply et al., 2001

311. MIRU27R GCGATGTGAGCGTGCCACTCAA Supply et al., 2001

312. Mtub04 Mtub04-F CTTGGCCGGCATCAAGCGCATTATT Supply et al., 2006

313. Mtub04-R GGCAGCAGAGCCCGGGATTCTTC Supply et al., 2006

314. ETRC ETRC-F CGAGAGTGGCAGTGGCGGTTATCT Supply et al., 2006

315. ETRC-R AATGACTTGAACGCGCAAATTGTGA Supply et al., 2006

316. ETRA ETRA-F AAATCGGTCCCATCACCTTCTTAT Supply et al., 2006

317. ETRA-R CGAAGCCTGGGGTGCCCGCGATTT Supply et al., 2006

318. Mtub30 Mtub30-F CTTGAAGCCCCGGTCTCATCTGT Supply et al., 2006

319. Mtub30-R ACTTG A ACCCCC ACG CCC ATT AGT A Supply et al., 2006

320. Mtub39 Mtub39-F CGGTGGAGGCGATGAACGTCTTC Supply et al., 2006

321. Mtub39-R TAGAGCGGCACGGGGGAAAGCTTAG Supply et al., 2006

322. QUB-4156 QUB-4156F TGACCACGGATTGCTCTAGT Supply et al., 2006

323. QUB-4156R GCCGGCGTCCATGTT Supply et al., 2006

324. QUB-llb QUB-llb-F CGTAAGGGGGATGCGGGAAATAGG Supply et al., 2006

325. QUB-llb-R CGAAGTGAATGGTGGCAT Supply et al., 2006

326. Mtub21 Mtub21-F AGATCCC AGTTGTC GTCGTC Supply et al., 2006

327. Mtub21-R C A AC ATCG CCTG GTTCTGT A Supply et al., 2006

328. QUB-26 QUB-26-F AACGCTCAGCTGTCGGAT Supply et al., 2006

329. QUB-26-R CGGCCGTGCCGGCCAGGTCCTTCCCGAT Supply et al., 2006

330. Mtub29 Mtub29-F GCCAGCCGCCGTGCATAAACCT Supply et al., 2006

331. Mtub29-R AGCCACCCGGTGTGCCTTGTATGAC Supply et al., 2006

332. ETRB ETRB-F ATGGCCACCCGATACCGCTTCAGT Supply et al., 2006

333. ETRB-R CGACGGGCCATCTTGGATCAGCTAC Supply et al., 2006

334. Mtub34 Mtub34-F GGTGCGCACCTGCTCCAGATAA Supply et al., 2006

335. Mtub34-R GGCTCTCATTGCTGGAGGGTTGTAC Supply et al., 2006

336. QUB-3232 QUB3232F CCCCAGCCTTACGACTGA Iwamoto et al., 2007

337. QUB3232R GTCGGGCTTGGTGAAGG Iwamoto et al., 2007

338. VNTR-3820 VNTR3820F ACCTTCATCCTTGGCGAC Iwamoto et al., 2007

339. VNTR3820R TG C G C G GTG A ATG AG AC G Iwamoto et al., 2007

340. VNTR-4120 VNTR4120F GTTCACCGGAGCCAACC Iwamoto et al., 2007

341. VNTR4120R GAGGTGGTTTCGTGGTCG / Iwamoto et al., 2007