Cравнительная характеристика факторов вирулентности уропатогенных штаммов Morganella morganii тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Миннуллина Лейла Фарвазовна

• Миннуллина Лейла Фарвазовна
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Миннуллина Лейла Фарвазовна

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Мо^апвПа тот^апи как возбудитель оппортунистических инфекций

1.1.1 Общая характеристика вида Moтganella moтganii

1.1.2 Инфекции, вызванные Moтganella moтganii

1.1.3 Геном Moтganella moтganii

1.2 Факторы вирулентности Enteтobacteтales

1.2.1 Краткий обзор факторов вирулентности

1.2.2 Факторы вирулентности уропатогенов

1.2.3 Регуляция экспрессии генов факторов вирулентности

1.3 Вклад адгезивных свойств и подвижности в вирулентность

1.4 Роль бактериальных металлопротеиназ в развитии инфекционного процесса

1.4.1 Внеклеточные металлопротеиназы

1.4.2 Внутриклеточные металлопротеиназы

1.5 Гемолизины как факторы вирулентности

1.5.1 Общая характеристика RTX-токсинов

1.5.2 Свойства гемолизинаМ. moтganii

Заключение

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Использованные штаммы бактерий, плазмиды и культуры клеток эукариот

2.2 Использованные среды и условия культивирования

2.3 Определение устойчивости бактерий к антибиотикам

2.4 Исследование гемолитических свойств культур

2.5 Определение цитотоксичности штаммов бактерий

2.6 Изучение адгезивных свойств бактерий

2.7 Определение подвижности бактерий

2.8 Получение внутриклеточного экстракта бактерий

2.9 Определение протеолитической активности

2.10 Выделение ДНК

2.11 Анализ экспрессии генов

2.12 Полимеразная цепная реакция

2.13 Клонирование генов

2.14 Биоинформатический анализ данных

2.15 Статистическая обработка результатов

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Характеристика штаммов Morganella morganii

3.1.1 Морфологические и физиологические свойстваM. morganii

3.1.2 Чувствительность штаммов к действию антибиотиков

3.2 Геномы клинических изолятов Morganella morganii

3.2.1 Сборка геномовM. morganii

3.2.2 Биоинформатический анализ геномовM. morganii

3.2.3 Функциональная аннотация геномов

3.3 Характеристика адгезивных свойств Morganella morganii

3.3.1 Определение адгезивных свойств штаммовM. morganii

3.3.2 Анализ геномных локусов, содержащих фимбриальные гены

3.4 Подвижность Morganella morganii

3.4.1 Плавающая подвижность штаммовM. morganii

3.4.2 Анализ геномных локусов, содержащих флагеллярные гены

3.5 Определение цитотоксических свойств Morganella morganii

3.6 Характеристика протеолитических свойств Morganella morganii

3.6.1 Определение протеолитической активности штаммовM. morganii

3.6.2 Идентификация гена термолизиновой металлопротеиназы и определение его экспрессии у штаммов M. morganii

3.6.3 Бионформатический анализ геномного локуса металлопротеиназы штаммов M. morganii

3.6.4 Клонирование гена металлопротеиназыM. morganii

3.7 Характеристика гемолитических свойств Morganella morganii

3.7.1 Определение способности к гемолизу штаммовM. morganii

3.7.2 Гемолитическая активность в культуральной жидкости штаммов M.

morganii

3.7.3 Идентификация генов гемолизинов в геномах клинических изолятов M. morganii

3.7.4 Анализ геномных локусов, несущих гены гемолизинов

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Cравнительная характеристика факторов вирулентности уропатогенных штаммов Morganella morganii»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности.

Несмотря на все достижения медицины, инфекционные заболевания продолжают оставаться серьезной проблемой для системы здравоохранения. Открытие антибактериальных веществ позволило человечеству практически забыть о таких страшных недугах, как чума или сибирская язва, но в XX-XXI вв. им на смену пришли заболевания, возбудителями которых являются на первый взгляд совершенно безобидные микроорганизмы. Один из таких микроорганизмов - бактерия Morganella morganii - нормальный обитатель толстого кишечника млекопитающих, который при определенных условиях может стать причиной широкого спектра нозокомиальных и внебольничных инфекций, среди которых особое место занимают инфекции мочевыводящих путей [Lin et al., 2015; Erlanger et al., 2019]. В последние годы увеличиваются случаи обнаружения в клинических образцах изолятов M. morganii, характеризующихся свойствами продуцентов ß-лактамаз расширенного спектра [Liu et al., 2016; Akinbami et al., 2018; Szabo et al., 2018]. В связи с быстрым ростом резистентности среди возбудителей оппортунистических инфекций возникает необходимость в поиске альтернативных методов борьбы с подобными микроорганизмами.

Для возникновения инфекционного процесса необходимо, чтобы микроорганизм был способен к синтезу веществ, способствующих сохранению и размножению возбудителя в организме хозяина, веществ, повреждающих клетки и ткани макроорганизма и подавляющих активность его иммунной системы, которые в совокупности именуются факторами вирулентности [Meena et al., 2019]. К подобным факторам принято относить адгезины, способствующие прикреплению бактерий к клеткам эукариот [Joo, Otto, 2012], цитотоксины и гидролитические ферменты, повреждающие клетки хозяина [Reis, Horn, 2010; Ristow, Welch, 2016], а также способность к подвижности и формированию клеточных ассоциаций [Yazdi, Ardekani, 2012; Lüthje, Brauner, 2014]. Детальное изучение данных факторов может стать ключом к созданию новых методов антимикробной терапии. Так, компоненты MR/P-фимбрий Proteus mirabilis - MrpH и MrpA [Armbruster et al., 2018], комбинация белков FimH и FimC фимбрий I типа Escherichia coli, а также гемолизин HlyA зарекомендовали себя в качестве потенциальных вакцин для профилактики инфекций мочевыводящих путей в

группах повышенного риска [Asadi Karam et al., 2019]. На рынке уже много лет присутствует препарат Solco-Urovac, содержащий убитые уропатогены из 5 видов (E. coli, P. mirabilis, M. morganii, Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecalis), который обладает определенной долей эффективности против рецидивирующих форм инфекций мочевыводящих путей [Uehling et al., 2003].

В последние годы увеличивается частота встречаемости M. morganii как по всему миру, так и на территории России [Glinskaya et al., 2015; Liu et al., 2016]. При этом факторы вирулентности M. morganii до сих пор остаются малоизученными, поскольку большая часть научных статей с упоминанием данного микроорганизма являются лишь описаниями клинических случаев. На сегодняшний день в литературе имеются данные о гемолитических свойствах [Senior, Hughes, 1988; Eberspächer et al., 1990] и антибиотикорезистентности M. morganii [Brizio et al., 2006; Rozales et al., 2014; Kukla et al., 2018], а также об анализе ее генома на наличие генов вирулентности [Chen et al., 2012; Olaitan et al., 2014] и генов резистентности к антимикробным веществам [Singh et al., 2015; Chen et al., 2019]. Однако данного количества информации недостаточно для успешной борьбы с этим возбудителем, что создает необходимость в детальном изучении факторов вирулентности и генетических детерминант, опосредующих экспрессию данных факторов.

Цель и задачи исследований. Цель работы - анализ геномов и сравнительная характеристика факторов вирулентности уропатогенных штаммов Morganella morganii.

Для достижения этой цели решались следующие задачи:

1. Провести сравнительную характеристику морфологических и физиологических свойств урологических изолятов M. morganii MM 1, MM 4 и MM 190. Секвенировать геномы штаммов M. morganii и провести их биоинформатический анализ.

2. Охарактеризовать адгезию штаммов M. morganii к абиотическим и биотическим субстратам в зависимости от температуры культивирования. Идентифицировать генетические детерминанты, ответственные за процесс адгезии.

3. Выявить влияние температуры на формирование жгутиков и подвижность штаммов M. morganii и провести сравнительный анализ генетических детерминант, ответственных за данный признак.

4. Идентифицировать ген внутриклеточной металлопротеиназы в геномах штаммов M. morganii MM 1, MM 4 и MM 190, изучить его экспрессию и провести клонирование в клетках E. coli DH5a.

5. Установить влияние температуры и состава среды на гемолитическую активность M. morganii, определить вклад гемолитической активности в цитотоксичность штаммов. Идентифицировать гены гемолизинов в геномах штаммов M. morganii и провести их биоинформатический анализ.

Научная новизна. Проведены секвенирование и сравнительный анализ геномов трех урологических изолятов M. morganii MM 1, MM 4 и MM 190, выделенных на территории г. Казани. Установлено, что геномы штаммов различаются между собой по количеству и составу профагов и островов патогенности. Показано, что штаммы M. morganii способны к адгезии и плавающей подвижности, последняя из которых зависит от температуры культивирования. Проведен биоинформатический анализ генетических детерминант, ответственных за данные признаки. Впервые определена экспрессия гена термолизиновой металлопротеиназы M. morganii и проведено его клонирование в клетках E. coli DH5a. Установлено, что цитотоксичность урологических изолятов M. morganii коррелирует с их способностью синтезировать гемолизин, гомологичный а-гемолизину E. coli. Впервые показано, что оперон, кодирующий данный токсин, привнесен в геном M. morganii профагом, гомологичным фагу 118970_sal4 Salmonella.

Теоретическая и практическая значимость работы. Полученные данные будут способствовать лучшему пониманию биологии M. morganii как возбудителя оппортунистических инфекций, а также расширению знаний о вирулентных свойствах уропатогенных бактерий. Результаты экспериментов по изучению адгезивных, гемолитических свойств и подвижности урологических изолятов M. morganii могут быть использованы при создании вакцин для профилактики инфекций мочевыводящих путей, вызванных данным микроорганизмом.

Положения, выносимые на защиту:

1. Геномы уропатогенных штаммов M. morganii ММ 1, ММ 4 и ММ 190 имеют высокую гомологию, но различаются по количеству и составу профагов и островов патогенности. Потеря термочувствительной регуляции подвижности у M. morganii ММ 1 обусловлена вставкой фрагмента длиной в 17.7 кб после гена fliE флагеллярного регулона.

2. Цитотоксичность штаммов M. morganii в отношении клеток карциномы мочевого пузыря линии Т24 коррелирует с синтезом RTX-токсина, ген которого обладает 76% идентичностью с геном а-гемолизина уропатогенной E. coli 536 и привнесен в геномы M. morganii профагом, гомологичным фагу 118970_sal4 Salmonella.

Степень достоверности полученных результатов подтверждается большим количеством экспериментов, проведенных с использованием современного высокоточного оборудования и анализированных с помощью соответствующего программного обеспечения, а также публикацией полученных данных в рецензируемых научных изданиях.

Апробация работы. Основные положения диссертации представлены на международных и всероссийских конференциях: XVIII, XIX Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука ХХ1 века» (Пущино, 2014, 2015), VII Всероссийской конференции «Протеолитические ферменты: структура, функции, эволюция» (Петрозаводск, 2014), I-III Всероссийской школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и технологии XXI века» (Казань, 2014, 2016, 2018), XVIII Международной медико-биологической конференции молодых исследователей «Фундаментальная наука и клиническая медицина - Человек и его здоровье» (Санкт-Петербург, 2015), I Международной школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Биомедицина, материалы и технологии XXI века» (Казань, 2015), 69-й Всероссийской школе-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение и управление» (Н. Новгород, 2016), V Съезде биохимиков России (Дагомыс, 2016), Всероссийской конференции с международным участием «Актуальные проблемы современной генетики» (Казань, 2016), Российско-Китайском конгрессе по медицинской микробиологии, эпидемиологии и клинической микологии «XX Кашкинские чтения» (Санкт-Петербург, 2017), VI Всероссийской заочной научно-практической конференции с международным участием «Микробиология в современной медицине» (Казань, 2018), VI Международной конференции «Современные биотехнологии для науки и практики» (Санкт-Петербург, 2019), Российско-немецком семинаре «Взаимодействие: от клетки до человека» (Казань, 2019).

Связь работы с научными программами и личный вклад соискателя. Работа выполнена на базе НИЛ Микробные биотехнологии в рамках государственной программы повышения конкурентоспособности Казанского (Приволжского)

федерального университета среди ведущих мировых научно-исследовательских центров. Исследования проводились при поддержке гранта РФФИ №13-04-97130-р_поволжье_а, а также гранта Академии наук Республики Татарстан для поддержки научных исследований молодых ученых РТ, проводимых на татарском языке, 2016 г. (договор №6 от 07.12.2016).

Личный вклад автора работы заключается в разработке основной проблемы исследования, планировании, организации и реализации экспериментов, интерпретации полученных результатов.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 25 научных работ, в том числе 4 статьи и 3 тезиса в рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК (включая журналы, индексируемые WoS и Scopus), а также 2 статьи в журналах из перечня РИНЦ.

Структура и объем диссертации. Диссертационная работа включает следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты, обсуждение результатов, заключение, список сокращений, список литературы и приложение. Работа изложена на 167 страницах машинописного текста, содержит 36 рисунков, 15 таблиц и 2 приложения. Библиография включает 278 наименований публикаций российских и зарубежных авторов.

Благодарности. Автор выражает благодарность научному руководителю к.б.н., доценту кафедры микробиологии КФУ А. М. Мардановой за чуткое руководство и всестороннюю поддержку; д.б.н., профессору кафедры микробиологии КФУ М. Р. Шариповой за критические замечания при обсуждении работы; Д. С. Пудовой, З. С. Тошевой, к.б.н. Н. М. Замалютдиновой за помощь в организации экспериментов; к.б.н., ведущему специалисту Департамента образования КФУ А. В. Макеевой за подготовку для работы культуры клеток эукариот; к.б.н., с.н.с. НИЛ Экстремальная биология КФУ Е. И. Шагимардановой за проведение полногеномного секвенирования штаммов бактерий; сотрудникам Междисциплинарного центра «Аналитическая микроскопия» КФУ за проведение сканирующей и трансмиссионной электронной микроскопии образцов; сотрудникам Междисциплинарного центра геномных и протеомных исследований КФУ за секвенирование образцов ДНК. Автор выражает признательность всем сотрудникам кафедры микробиологии и НИЛ Микробные биотехнологии КФУ за полезные советы и доброжелательную атмосферу.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Morganella morganii как возбудитель оппортунистических инфекций

1.1.1 Общая характеристика вида Morganella morganii

Грамотрицательная факультативно-анаэробная бактерия Morganella morganii является нормальным обитателем слизистой оболочки толстого кишечника человека, млекопитающих и рептилий, а также обнаруживается в окружающей среде в качестве сапрофита [O'hara et al., 2000; Lin et al., 2015]. Однако, как и все представители трибы Proteeae, к которой принадлежат роды Morganella, Proteus и Providencia, данная бактерия являются также важным оппортунистическим патогеном, вызывающим широкий спектр больничных и внебольничных инфекций [Chen et al., 2012; Liu et al., 2016].

До недавнего времени M. morganii относили к семейству Enterobacteriaceae. Известно, что семейство Enterobacteriaceae включало в себя огромное количество разнообразных родов, филогенетическое родство которых было основано лишь на гомологии генов 16S рРНК и нескольких других генов. В 2016 г. канадскими исследователями была предложена новая классификация, основанная на полногеномном анализе всех представителей данного семейства. Согласно новой классификации, новый порядок Enterobacterales включает в себя 7 семейств, среди которых и новое семейство Morganellaceae, содержащее 8 родов - Arsenophonus, Cosenzaea, Moellerella, Morganella, Photorhabdus, Proteus, Providencia и Xenorhabdus (рисунок 1). Члены семейства Morganellaceae отличаются от всех других представителей Enterobacterales по консервативным вставкам в последовательности семи белков: дигидролипоамид-сукцинилтрансферазы, Xaa-Pro-дипептидазы, бифункциональной УДФ-сахар гидролазы, транскрипционного фактора репарации, фосфат-ацетилтрансферазы, гистидин-тРНК-лигазы и ^ацетилмурамил^-аланиламидазы. Таким образом, представители трибы Proteeae были объединены в одном семействе, типовым родом которого стал род Morganella [Adeolu et al., 2016].

На сегодняшний день род Morganella включает в себя два вида: M. morganii и M. psychrotolerans. Вид M. morganii впервые описал Morgan в 1906 г. как лактозонегативную бактерию при изучении этиологии детской диареи [Liu et al., 2016]. Эту бактерию, которая стала известна как палочка Моргана, Winslow с соавт. в 1919 г. назвали Bacillus morganii. В 1936 г. Rauss отнес данную бактерию к роду Proteus,

поэтому в «Определителе бактерий Берджи» за 1939 г. она именуется уже как Proteus morganii. В 1943 г. Fulton предложил выделить данный вид в отдельный род Morganella, основываясь на его способности синтезировать индол и неспособности ферментировать лактозу и сахарозу [O'hara et al2000]. В 1978 г. Brenner с соавт. на основании ДНК-ДНК гибридизации подтвердили, что M. morganii не принадлежит к роду Proteus, так как ее ДНК имеет более высокое содержание GC-пар [Schonwetter, Orson, 1988]. Наконец, в 1992 г. Jensen с соавт. на основании ДНК-гибридизации, разделили вид M. morganii на два подвида sibonii и morganii, которые дифференцируются по способности ферментировать трегалозу [O'hara et al., 2000]. Подвид M. morganii subsp. morganii, неспособный ферментировать трегалозу, состоит из четырех биогрупп (A, B, C, D), а подвид M. morganii subsp. sibonii, способный ферментировать трегалозу - из трех (E, F, G) [Janda et al., 1996].

Рисунок 1. Таксономические положение рода Morganella согласно современной

классификации.

M. morganii - это подвижная палочка, способная расти в диапазоне температур 445 °С [Emborg et al., 2006], синтезировать лизин- и орнитиндекарбоксилазу, фенилаланиндезаминазу и уреазу. Как и другие члены порядка Enterobactemles, M. morganii обладает естественной резистентностью к некоторым Р-лактамным антибиотикам: ампициллину, бензилпенициллину, оксациллину, амоксициллину, таким цефалоспоринам, как цефалексин, цефалотин, цефазолин (I поколение), цефпрозил,

цефуроксим, лоракарбеф (II поколение), цефдинир, цефиксим, цефподоксим и цефетамет (III поколение) [O'hara et al., 2000; Liu et al., 2016]. Бактерия устойчива также к макролидам, линкозамидам, гликопептидам, стрептограминам, тетрациклину, полимиксинам, нитрофурантоину, даптомицину, линезолиду, рифампицину, колистину и фузидиевой кислоте [Экспертные правила EUCAST, 2016; Zhao et al., 2019]. Большинство изолятов чувствительны к цефтазидиму, цефепиму, азтреонаму, тазобактаму, аминогликозидам (гентамицин, амикацин), хинолонам (ципрофлоксацин), хлорамфениколу, антипсевдомонадным пенициллинам, ко-тримоксазолу и карбапенемам [Liu et al., 2016].

Однако в последние годы по всему миру все чаще встречаются изоляты M. morganii, продуцирующие Р-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), а также металло-Р-лактамазы [Hakyemez et al., 2012; Brahmi et al., 2018], что в большинстве своем является результатом горизонтального переноса генов между представителями комменсальной микрофлоры, а также мутаций в некоторых генах [Machado et al., 2013; Liu et al., 2016]. На сегодняшний день уже известны штаммы M. morganii, устойчивые к карбапенемам, фторхинолонам и аминогликозидам, что представляет серьезную проблему для системы здравоохранения [Olaitan et al., 2014; Glinskaya et al., 2015; Szabo et al., 2018]. К примеру, в 2006 г. исследователями из Португалии впервые были описаны клинические изоляты M. morganii, характеризующиеся способностью к синтезу Р-лактамазы CTX-M-15 (CefoTaXime isolated in Munich), придающей резистентность к цефалоспоринам III-IV поколения [Brizio et al., 2006]. Позже продуценты CTX-M-15 были обнаружены в Тунисе [Mahrouki et al., 2012] и в Сенегале [Diene et al., 2014]. В 2013 г. исследователи из Бразилии обнаружили штаммы M. morganii, способные к синтезу карбапенемазы NDM-1 (New Delhi metallo-b-lactamase-1) [Rozales et al., 2014], в Канаде и в Чехие описаны продуценты карбапенемаз IMP и KPC [Walkty et al., 2018; Kukla et al., 2018]. Резистентные к карбапенемам штаммы были также выделены на территории Уругвая [Seija et al., 2015], Израиля [Olaitan et al., 2014], Китая [Wang et al., 2015] и Франции [Hobson et al., 2019]. В 2015 г. в США был выделен штамм, синтезирующий фермент OXA-181, который специфичен к оксациллину, клоксациллину и обладает слабой карбапенемазной активностью [McGann et al., 2015]. Необходимо отметить, что часто изоляты M. morganii характеризуются способностью к синтезу сразу

нескольких БЛРС и ферментов, инактивирующих антибиотики других групп. Так, в Иране был выделен изолят M. morganii, несущий гены blaVIM, blaCTX-M и blaSHV [Leylabadlo et al., 2016]. Продуцент NDM-1 из Уругвая обладал генотипом blaNDM-1 и qnrD1 (резистентность к хинолонам) [Seija et al., 2015], а продуцент CTX-M-15 из Туниса был способен синтезировать также CTX-M-8, TEM-24, TEM-1 и TEM-2 [Mahrouki et al., 2012]. В Нигерии обнаружены штаммы, синтезирующие БЛРС типа CTX, TEM, SHV, и резистентные к фосфомицину [Akinbami et al., 2018]. Недавно в Венгрии были выделены штаммы, резистентные к хинолонам [Szabo et al., 2018], а в Китае обнаружен штамм, устойчивый к линезолиду [Chen et al., 2019].

В 2006 г. Emborg с соавт. выделили из морепродуктов M. morganii-подобный психротолерантный штамм, который по данным ДНК-ДНК гибридизации обладал всего 41% и 17.8% гомологией с мезофильными изолятами M. morganii subsp. morganii и M. morganii subsp. sibonii соответственно. Помимо этого, данный изолят отличался от типовых штаммов M. morganii по оптимальной температуре роста и ферментации D-галактозы, что позволило выделить его в новый вид Morganella psychrotolerans [Emborg et al., 2006]. Данная бактерия способна расти при температуре 2-35 °C и pH 4.6-9.2 и часто становится причиной накопления токсичных концентраций гистамина в морепродуктах, хранящихся при низкой температуре [Bjornsdottir-Butler et al., 2016]. M. psychrotolerans способна ферментировать D-маннозу, D-рибозу, D-фруктозу, ксилитол, N-ацетилглюкозамин, глюконат калия, но не способна усваивать глицерин, ксилозу, арабинозу, D-маннитол, D-сорбитол, D-мальтозу, D-лактозу, D-трегалозу, гликоген и т. д. Она чувствительна к действию хлорамфеникола, ципрофлоксацина, гентамицина, налидиксовой кислоты, неомицина, стрептомицина, сульфаметаксозола и триметоприма [Emborg et al., 2006].

1.1.2 Инфекции, вызванные Morganella morganii

Ранее считалось, что M. morganii не играет существенную роль как патоген человека. Однако, оказалось, что бактерии этого вида, хотя и редко, но способны вызывать серьезные внутрибольничные и внебольничные оппортунистические инфекции иногда с летальным исходом [Lee, Liu, 2006; Lin et al., 2015; Erlanger et al., 2019]. В частности, по данным Chen с соавт. M. morganii занимает 9 место среди наиболее распространенных причин больничных инфекций у пациентов одного из

тайваньских госпиталей [Chen et al., 2012]. Из 182 клинических изолятов, выделенных из мочи в случае катетер-ассоциированных инфекций мочевыводящих путей (ИМП) на территории 12 домов престарелых США в 2010-2013 гг., 12.7% приходились на M. morganii [Armbruster et al., 2017]. M. morganii занимает 12 место среди грамотрицательных бактерий, вызывающих инфекции кровотока, согласно данным проекта SENTRY, а по частоте встречаемости в клинических образцах относится к 4 группе по классификации Farmer (к группе «0» относятся бактерии, которые практически не встречаются в клинических образцах, к группе «11» - наиболее распространенные) [Liu et al., 2016].

Растет доля M. morganii среди клинических изолятов, выделенных на территории России. Так, из 536 изолятов, выделенных при внутрибольничных инфекциях в отделении экстренной хирургии г. Новокузнецка в 2002-2007 гг., 0.9% приходилось на M. morganii [Воробьева c соавт., 2009]. Встречаемость данной бактерии среди возбудителей ИМП в г. Саратове в 2015 г. составила 1.5% [Glinskaya et al., 2015], а среди возбудителей ИМП у детей по всей России - 2% (на 2006 г.) [Шапошникова с соавт., 2006]. Было показано, что в 2013 г. M. morganii занимала 4 место по частоте встречаемости среди возбудителей внебольничных инфекций из порядка Enterobacterales по г. Казани, при этом встречались штаммы, резистентные к цефалоспоринам III поколения, аминогликозидам и хинолонам [Миннуллина с соавт., 2017]. M. morganii также становится причиной инфекций в Южной Америке, Западной Европе, Японии и на Среднем Востоке, при этом не установлена корреляция между регионом обнаружения инфекции и экономической, экологической, санитарной ситуацией в стране и мобильностью ее населения [Liu et al., 2016].

К основным инфекциям, возбудителем которых является M. morganii, относятся комплексные инфекции мочевыводящих путей, катетер-ассоциированная бактериурия [Stickler, 2014; Leylabadlo et al., 2016; Ito, Maia de Almeida, 2019], раневые инфекции и сепсис [McGann et al., 2015; Omoyibo et al., 2018; Erlanger et al., 2019]. Данные бактерии способны вызывать также инфекции мягких тканей и кожи (гнойные воспаления подкожной клетчатки, язвенные поражения ног у пациентов, страдающих сахарным диабетом, гнойные миозиты и т. п.) [O'hara et al., 2000; Olaitan et al., 2014; Lin et al., 2015; Ponte, Costa, 2015], заболевания органов дыхания [Prieto Amorin et al., 2018; Tan et al., 2019], абсцесс мозга и менингит [Abdalla et al., 2006; Patil et al., 2012], Синдром

Уотерхауса-Фридериксена, Ангину Людвига, панкреатит [O'hara et al., 2000; Liu et al., 2016], абсцесс печени [Hakyemez et al., 2012; Ponte, Costa, 2015], диарею [Singh et al., 2015] и т. д.

M. morganii часто выделяется из мочи, желчного пузыря, стула, мокроты и ран разного типа [O'hara et al., 2000; Liu et al., 2016]. Основным порталом для проникновения бактерий в организм человека являются мочевыводящие пути (41.3%), затем гепатобилиарный тракт (27.5 %), кожа и мягкие ткани (21.1 %), а также кровь (10.1%). Поэтому сепсис чаще всего является вторичной инфекцией по отношению к инфекциям мочевыводящих и гепатобилиарных путей [Lee, Liu, 2006; Kim et al., 2007; Lin et al., 2015]. Основным источником инфекций, вызванных M. morganii, является кишечная микрофлора хозяина и окружающая среда [Liu et al., 2016]. Показано, например, что бактериурия, возникающая у лиц, не подвергавшихся катетеризации и у которых отсутствуют какие-либо симптомы активной ИМП, вызвана кожным носительством этих бактерий [Ehrenkranz et al., 1989]. К тому же, важным источником инфекции могут стать животные, в кишечнике или ротовой полости которых обитают эти бактерии, например, нематоды, насекомые, змеи и т. д. [Chen et al., 2012; Résière et al., 2018].

M. morganii больше известна как возбудитель инфекций мочевыводящих путей, таких как цистит, уретрит, пиелонефрит, бактериурия и т. д. [Sakai et al., 2013; Liu et al., 2016; Szabo et al., 2018]. Бактерия способна синтезировать уреазу, что может стать причиной появления в моче кристаллов струвита и развития мочекаменной болезни [Sakaguchi et al., 2014]. Известно, что чаще всего ИМП подвержены пациенты с уретральными катетерами. Длительная катетеризация чревата формированием кристаллиновых биопленок, которые могут закупорить просвет катетера и вызвать пиелонефрит и сепсис. Показано, что в 13% случаев из подобных биопленок выделяются M. morganii [Stickler, 2014]. Также у пациентов с катетерами часто развивается синдром фиолетового мочеприемника [Ito, Maia de Almeida, 2019]. В 2016 г. Leylabadlo с соавт. описали случай персистирующей ИМП у пациента с трансплантацией почек [Leylabadlo et al., 2016]. Установлено, что M. morganii может вызвать внутрибольничные ИМП в отделениях акушерства и гинекологии [Tucci, Isenberg, 1981].

M. morganii может привести к развитию гнойных воспалений различной локализации. К началу XXI в. была задокументировано 9 случаев инфекций центральной нервной системы, вызванных M. morganii [Chuang et al., 1998]. Patil с соавт. описали историю болезни 12-летнего мальчика, у которого был диагностирован абсцесс мозга в правой височно-теменной области как результат осложнения отита [Patil et al., 2012]. Известны случаи тубоовариального абсцесса [Chou et al., 2009], хориоамнионита, а также неонатального сепсиса и абсцесса головного мозга у новорожденных, вызванные M. morganii [O'hara et al., 2000; Chang et al., 2011]. Причиной неонатального сепсиса в большинстве случаев является прием беременной женщиной ампициллина/ амоксициллина в комбинации с антенатальными стероидами, которые часто назначают женщинам с угрозой преждевременных родов, что способствует селективному отбору резистентных грамотрицательных бактерий [Liu et al., 2016]. В 2012 г. Hakyemez с соавт. описали редкий случай абсцесса печени у пожилой женщины, который был вызван инфицированием эхинококковой кисты бактериями M. morganii, проникшими в печень из кишечника через воротную вену [Hakyemez et al., 2012]. В том же году Chen и Lin сообщили о случае абсцесса гастроинтестинальной стромальной опухоли у 22-летнего пациента [Chen, Lin, 2012]. Показана способность данной бактерии вызывать инфекционные поражения костной ткани. Так, описаны случаи остеомиелита и абсцесса костей у пациентов разных возрастных групп, вызванные M. morganii [Koyuncu, Ozan, 2012; Vijaya et al., 2014; Harris et al., 2019]. M. morganii стала причиной септического артрита у пожилых людей, страдавших онкологическими заболеваниями и сахарным диабетом [Schonwetter, Orson, 1988; Cetin et al., 2008], а также у молодой девушки после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток по причине острого миелоидного лейкоза [Lopez-Iniguez et al., 2018]. В 2017 г. был зафиксирован случай абсцесса подвздошной кости у 74-летней женщины, страдающей шизофренией. Культура M. morganii была выделена из гнойного очага и мочи, в последующем было показано, что абсцесс кости является результатов осложнения почечного абсцесса [Nakajima et al., 2017].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Миннуллина Лейла Фарвазовна, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1) Анганова, Е. В. Способность патогенных и условно-патогенных энтеробактерий к формированию биопленок [Текст] / Е. В. Анганова, Е. Д. Савилов, О. А. Ушкарева, А. М. Аблов, А. В. Духанина // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2014. - Т. 99, № 5. - С. 34-37.

2) Божокина, Е. С. Термолизиноподобные металлопротеазы бактерий и их роль в инвазии эукариотических клеток [Текст]: автореф. дис. канд. биол. наук / Е. С. Божокина; Институт цитологии РАН. - Санкт-Петербург, 2008. - 24 с.

3) Воробьева, О. H. Микробиологический мониторинг возбудителей внутрибольничных инфекций в отделении экстренной хирургии [Текст] / О. H. Воробьева, Л. И. Денисенко, Т. Н. Штанова, Л. М. Соседова // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2009. -Т. 68, № 4. - С. 61-67.

4) Габидуллин, З. Г. Факторы патогенности бактерий семейства Enterobacteriaceae, обеспечивающие выживание в организме хозяина [Текст] / З. Г. Габидуллин, А. А. Ахтариева, М. М. Туйгунов, Р. С. Суфияров, В. Г. Туйгунова, Р. Р. Суфияров, Ю. З. Габидуллин, В. М. Изикаев, Г. А. Идиатуллина // Мед. вестн. Башкортостана. - 2009.

- Т. 4, № 5. - С. 86-94.

5) Гостев, В. В. Бактериальные биопленки и инфекции [Текст] / В. В. Гостев, С. В. Сидоренко // Журнал инфектологии. - 2010. - Т. 2, № 3. - С. 4-15.

6) Замалютдинова, Н. М. Сравнительная характеристика инвазивной и протеолитической активности Proteus mirabilis и Morganella morganii [Текст]: дис. канд. биол. наук 03.02.03. Защищена 24.03.2016 / Н. М. Замалютдинова; Казанский (Приволжский) федеральный университет. - Казань, 2015. - 143 с.

7) Мележик, И. А. Роль биопленок Pseudomonas aeruginosa в развитии эндогенных инфекций [Текст] / И. А. Мележик, Н. В. Яворская, В. В. Шепелевич, В. Н. Кокозей // Бюлл. Оренбург. Науч. Центра УрО РАН. - 2013. - № 3. - С. 1-28.

8) Миннуллина, Л. Ф. Возбудитель оппортунистических инфекций Morganella morganii: резистентность к антибиотикам и биопленкообразование [Текст] / Л. Ф. Миннуллина, Э. Р. Шайдуллина, А. М. Марданова // Фэнни Татарстан. - 2017. - № 3.

- С. 124-129.

9) Нечаева, О. В. Особенности формирования микробных биопленок условно-патогенными штаммами Escherichia coli и разработка способов борьбы с ними [Текст] / О. В. Нечаева, Б. М. Аль-Баяти, Е. В. Глинская, В. Ю. Ульянов, М. М. Вакараева, Д.

А. Заярский, Е. И. Тихомирова, Н. В. Беспалова // Изв. Самар. Науч. Центра РАН. -2016. - Т. 18, №2. - С. 776-782.

10) Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: методические рекомендации МУК 4.2.1890-04 [Текст] // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. - 2004. - Т. 6, № 4. - С. 306-359.

11) Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам: клинические рекомендации, версия-2018-03 // Раздел Главного внештатного специалиста Министерства здравоохранения Российской Федерации по клинической микробиологии и антимикробной резистентности [Электронный ресурс]. - 2018. -Режим доступа: http://www.antibiotic.ru/minzdrav/files/docs/clrec-dsma2018.pdf

12) Поздеев, О. К. Молекулярно-генетические основы патогенности энтеробактерий [Текст] / О. К. Поздеев // Практическая медицина. - 2010. - Т. 41, № 2. - С. 84-88.

13) Серегин, А. В. Современные аспекты этиопатогенеза мочекаменной болезни [Текст] /

A. В. Серегин, Н. С. Мулабаев, Э. Р. Толордава // Лечебное дело. - 2012. - № 4. - С. 4-10.

14) Серегина, Н. В. Обзор биофизических особенностей микробной адгезии [Текст] / Н.

B. Серегина, Т. В. Честнова, В. А. Жеребцова, В. А. Хромушин // Вестник новых медицинских технологий. - 2008. - Т. 15, № 3. - С. 175-177.

15) Сидоренко, С. В. Инфекционный процесс как «диалог» между хозяином и паразитом [Текст] / С. В. Сидоренко // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. -2001. - Т. 3, № 4. - С. 301-315.

16) Хайтлина, С. Ю. История загадочной актин-специфической протеазы, которая превратилась в гримелизин, члена респектабельного семейства термолизиноподобных металлопротеиназ [Текст] / С. Ю. Хайтлина // Цитология. -2009. - Т. 51, № 3. - С. 182-189.

17) Цаплина, О. А. Роль протеализина в бактериальной инвазии [Текст]: автореф. дис. канд. биол. наук / О. А. Цаплина; Институт цитологии РАН. - Санкт-Петербург,

2011. - 25 с.

18) Цаплина, О. А. Участие порообразующего токсина в инвазии бактерий рода Serratia [Текст] / О. А. Цаплина, Е. С. Божокина // Медицинский академический журнал. -

2012. - Т. 12, № 4. - С. 61-63.

19) Цаплина, О. А. Фагоцитоз патогенных бактерий: модификация клеточных процессов бактериальными эффекторами [Текст] / О. А. Цаплина // Цитология. -2013. - Т. 55, № 2. - С. 83-91.

20) Честнова, Т. В. Особенности существования бактерий в составе биопленок на примере уропатогенных кишечных палочек [Текст] / Т. В. Честнова, Н. В. Серегина // Вестник новых медицинских технологий. - 2010. - Т. 17, № 4. - С. 28-30.

21) Шапошникова, Н. Ф. Инфекции мочевой системы у детей и подростков: учебно-методическое пособие для слушателей факультета усовершенствования врачей (участковые педиатры) [Текст] / Н. Ф. Шапошникова, Л. А. Петренко, Л. М. Бражник. - Волгоград: Волгоградское науч. изд-во, 2006. - 51 с.

22) Экспертные правила EUCAST. Природная резистентность и редкие фенотипы: версия 3.1 // МАКМАХ [Электронный ресурс]. - 2016. - Режим доступа: http://www.antibiotic.ru/iacmac/ru/info/eucast.shtml

23) Abdalla, J. Central nervous system infection caused by Morganella morganii [Text] / J. Abdalla, M. Saad, I. Samnani, P. Lee, J. Moorman // Am. J. Med. Sci. - 2006. - V. 331, No. 1. - P. 44-47.

24) Adeolu, M. Genome-based phylogeny and taxonomy of the 'Enterobacteriales': proposal for Enterobacterales ord. nov. divided into the families Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., Pectobacteriaceae fam. nov., Yersiniaceae fam. nov., Hafniaceae fam. nov., Morganellaceae fam. nov., and Budviciaceae fam. nov. [Text] / M. Adeolu, S. Alnajar, S. Naushad, R. S. Gupta // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2016. - V. 66. - P. 5575-5599.

25) Akinbami, O. R. Prevalence of extended spectrum beta lactamase and plasmid mediated quinolone resistant genes in strains of Klebsiella pneumonia, Morganella morganii, Leclercia adecarboxylata and Citrobacter freundii isolated from poultry in South Western Nigeria [Text] / O. R. Akinbami, S. Olofinsae, F. A. Ayeni // PeerJ. - 2018. - V. 6: e5053. doi: 10.7717/peerj.5053

26) Alcántar-Curiel, M. D. Multi-functional analysis of Klebsiella pneumoniae fimbrial types in adherence and biofilm formation [Text] / M. D. Alcántar-Curiel, D. Blackburn, Z. Saldaña, C. Gayosso-Vázquez, N. M. Iovine, M. A. De la Cruz, J. A. Girón // Virulence. -2013. - V. 4, No. 2. - P. 129-138.

27) Alikhan, N. F. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons [Text] / N. F. Alikhan, N. K. Petty, N. L. Ben Zakour, S. A. Beatson // BMC Genomics. - 2011. - V. 12:402. doi: 10.1186/1471-2164-12-402

28) Andersen, T. E. Escherichia coli uropathogenesis in vitro: invasion, cellular escape, and secondary infection analyzed in a human bladder cell infection model [Text] / T. E. Andersen, S. Khandige, M. Madelung, J. Brewer, H. J. Kolmos, J. M0ller-Jensen // Infect. Immun. - 2012. - V. 80, No. 5. - P. 1858-1867.

29) Angiuoli, S. V. Toward an online repository of standard operating procedures (SOPs) for (meta)genomic annotation [Text] / S.V. Angiuoli, A. Gussman, W. Klimke, G. Cochrane, D. Field, G. Garrity, C. D. Kodira, N. Kyrpides, R. Madupu, V. Markowitz, T. Tatusova, N. Thomson, O. White // Omics. - 2008. - V. 12, No. 2. - P. 137-141.

30) Armbruster, C. E. How often do clinically diagnosed catheter-associated urinary tract infections in nursing homes meet standardized criteria? [Text] / C. E. Armbruster, K. Prenovost, H. L. Mobley, L. Mody // J. Am. Geriatr. Soc. - 2017. - V. 65, No. 2. - P. 395-401.

31) Armbruster, C. E. Pathogenesis of Proteus mirabilis infection [Text] / C. E., Armbruster, H. L. T. Mobley, M. M. Pearson // EcoSal Plus. - 2018. - V. 8, No. 1. doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0009-2017

32) Arndt, D. PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool [Text] / D. Arndt, J. R. Grant, A. Marcu, T. Sajed, A. Pon, Y. Liang, D. S. Wishart // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44. - W16-W21. doi: 10.1093/nar/gkw387

33) Asadi Karam, M. R. Urinary tract infection: pathogenicity, antibiotic resistance and development of effective vaccines against uropathogenic Escherichia coli [Text] / M. R. Asadi Karam, M. Habibi, S. Bouzari // Mol. Immunol. - 2019. - V. 108. - P. 56-67.

34) Atalay, H. First case of CAPD-related peritonitis caused by Morganella morganii [Text] / H. Atalay, I. Güney,Y. Solak, E. Almaz // Perit. Dial. Int. - 2010. - V. 30. - P. 119-121.

35) Aziz, R. K. The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology [Text] / R. K. Aziz, D. Bartels, A. A. Best, M. DeJongh, T. Disz, R. A. Edwards, K. Formsma, S. Gerdes, E. M. Glass, M. Kubal, F. Meyer, G. J. Olsen, R. Olson, A. L. Osterman, R. A. Overbeek, L. K. McNeil, D. Paarmann, T. Paczian, B. Parrello, G. D. Pusch, C. Reich, R. Stevens, O.Vassieva, V. Vonstein, A. Wilke, O. Zagnitko // BMC Genomics. - 2008. - V. 9:75. doi: 10.1186/1471-2164-9-75

36) Bankevich, A. Spades: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing [Text] / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov, A.A. Gurevich, M. Dvorkin, A. S. Kulikov, V. M. Lesin, S. I. Nikolenko, S. Pham, A. D. Prjibelski, A. V. Pyshkin, A. V. Sirotkin, N. Vyahhi, G. Tesler, M. A. Alekseyev, P. A. Pevzner // J. Comput. Biol. -2012. - V. 19, No. 5. - P. 455-477.

37) Beier, D. Regulation of bacterial virulence by two-component systems [Text] / D. Beier, R. Gross // Curr. Opin. Microbiol. - 2006. - V. 9, No. 2. - P. 143-152.

38) Beilstein, F. Temperate bacteriophage PhiO18P from an Aeromonas media isolate: characterization and complete genome sequence [Text] / F. Beilstein, B. Dreiseikelmann // Virology. - 2008. - V. 373, No. 1. - P. 25-29.

39) Benz, R. Pore formation in artificial membranes by the secreted hemolysins of Proteus vulgaris and Morganella morganii [Text] / R. Benz, K. R. Hardie, C. Hughes // Eur. J. Biochem. - 1994. - V. 220, No. 2. - P. 339-347.

40) Berne, C. Adhesins involved in attachment to abiotic surfaces by gram-negative bacteria [Text] / C. Berne, A. Ducret, G. G. Hardy, Y. V. Brun // Microbiol. Spectr. - 2015. - V. 3, No. 4. doi: 10.1128/microbiolspec.MB-0018-2015

41) Bertelli, C. IslandViewer 4: expanded prediction of genomic islands for larger-scale datasets [Text] / C. Bertelli, M. R. Laird, K. P. Williams, Simon Fraser University Research Computing Group, B. Y. Lau, G. Hoad, G. L. Winsor, F. S. L. Brinkman // Nucleic Acids Res. - 2017. - V. 45. - W30-W35. doi: 10.1093/nar/gkx343

42) Bjornsdottir-Butler, K. Draft genome sequences of histamine-producing Morganella psychrotolerans strains [Text] / K. Bjornsdottir-Butler, M. Leon S., R. A. Jr. Benner // Genome Announc. - 2016. - V. 4, No. 5. doi: 10.1128/genomeA.01001-16

43) Blom, J. EDGAR 2.0: an enhanced software platform for comparative gene content analyses [Text] / J. Blom, J. Kreis, S. Spänig, T. Juhre, C. Bertelli, C. Ernst, A. Goesmann // Nucleic Acids Res. - 2016. - V. 44. - W22-W28. doi: 10.1093/nar/gkw255

44) Bolger, A. M. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data [Text] / A. M. Bolger, M. Lohse, B. Usadel // Bioinformatics. - 2014. - V. 30, No. 15. - P. 2114-2120.

45) Bosi, E. MeDuSa: a multi-draft based scaffolder [Text] /E. Bosi, B. Donati, M. Galardini, S. Brunetti, M. F. Sagot, P. Lió, P. Crescenzi, R. Fani, M. Fondi // Bioinformatics. - 2015. - V. 31, No. 15. - P. 2443-2451.

46) Bozhokina, E. Grimelysin, a novel metalloprotease from Serratia grimesii, is similar to ECP32 [Text] / E. Bozhokina, S. Khaitlina, T. Adam // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2008. doi: 10.1016/j.bbrc.2008.01.003

47) Bozhokina, E. S. Bacterial invasion of eukaryotic cells can be mediated by actin-hydrolysing metalloproteases grimelysin and protealysin [Text] / E. S. Bozhokina, O. A. Tsaplina, T. N. Efremova, L. V. Kever, I. V. Demidyuk, S. V. Kostrov, T. Adam, Y.Yu. Komissarchik, S. Yu. Khaitlina // Cell Biol. Int. - 2011. - V. 35, No. 2. - P. 111-118.

48) Brahmi, S. High prevalence of extended-spectrum ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae in wild fish from the Mediterranean sea in Algeria // S. Brahmi, A. Touati, C. Dunyach-Remy, A. Sotto, A. Pantel, J. P. Lavigne [Text] / Microb. Drug. Resist. - 2018. - V. 24, No. 3. - P. 290-298.

49) Brenes-Chacón, H. Bacterial infections associated with viperidae snakebites in children: a 14-year experience at the Hospital Nacional De Niños De Costa Rica [Text] / H. Brenes-Chacón, R. Ulloa-Gutierrez, A. Soriano-Fallas, K. Camacho-Badilla, K. Valverde-Muñoz, M. L. Ávila-Agüero // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 2019. - V. 100, No. 5. - P. 1227-1229.

50) Brízio, A. First report of Morganella morganii producing CTX-M-15 beta-lactamase [Text] / A. Brízio, S. Vasco, T. Concei?äo, L. Lito, J. Melo-Cristino, M. J. Salgado, A. Duarte // Int. J. Antimicrob. Agents. - 2006. - V. 28, No. 1. - P. 79-80.

51) Brüssow, H. Phages and the evolution of bacterial pathogens: from genomic rearrangements to lysogenic conversion [Text] / H. Brüssow, C. Canchaya, W. D. Hardt // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2004. - V. 68, No. 3. - P. 560-602.

52) Buckles, E. L. Identification and characterization of a novel uropathogenic Escherichia coli-associated fimbrial gene cluster [Text] / E. L. Buckles, F. K. Bahrani-Mougeot, A. Molina, C. V. Lockatell, D. E. Johnson, C. B. Drachenberg, V. Burland, F. R. Blattner, M. S. Donnenberg // Infect. Immun. - 2004. - V. 72, No. 7. - P. 3890-3901.

53) Butterworth, M. B. Modulation of the epithelial sodium channel (ENaC) by bacterial metalloproteases and protease inhibitors [Text] / M. B. Butterworth, L. Zhang, X. Liu, R. M. Shanks, P. H. Thibodeau // PLoS One. - 2014. - V. 9, No. 6: e100313. doi: 10.1371/journal.pone.0100313

54) Carson, L. Comparison of the binding specificity of two bacterial metalloproteases, LasB of Pseudomonas aeruginosa and ZapA of Proteus mirabilis, using N-alpha mercaptoamide

template-based inhibitor analogues [Text] / L. Carson, G. R. Cathcart, H. Ceri, B. Walker, B. F. Gilmore // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2012. - V. 422, No. 2. - P. 316-320.

55) Carson, M. J. The FtsQ protein of Escherichia coli: membrane topology, abundance, and cell division phenotypes due to overproduction and insertion mutations [Text] / M. J. Carson, J. Barondess, J. Beckwith // J. Bacteriol. - 1991. - V. 173, No. 7. - P. 2187-2195.

56) Casadevall, A. Virulence factors and their mechanisms of action: the view from a damage-response framework [Text] / A. Casadevall, L. A. Pirofski // J. Water Health. -2009. - V. 7 (Suppl 1): S2-S18. doi: 10.2166/wh.2009.036

57) Casjens, S. Prophages and bacterial genomics: what have we learned so far [Text] / S. Casjens // Mol. Microbiol. - 2003. - V. 49, No. 2. - P. 277-300.

58) Cetin, M. Morganella morganii-associated arthritis in a diabetic patient [Text] / M. Cetin, S. Ocak, G. Kuvandik, B. Aslan, M. Temiz, A. Aslan // Adv. Ther. - 2008. - V. 25, No. 3. - P. 240-244.

59) Chang, H. Y. Neonatal Morganella morganii sepsis: a case report and review of the literature [Text] / H. Y. Chang, S. M. Wang, N. C. Chiu, H. Y. Chung, H. K. Wang // Pediatr. Int. - 2011. - V. 53, No. 1. - P. 121-123.

60) Chen, H. W. Tumor abscess formation caused by Morganella morganii complicated with bacteremia in a patient with gastrointestinal stromal tumor [Text] / H. W. Chen, T. Y. Lin // Clin. Res. Hepatol. Gastroenterol. - 2012. - V. 36, No. 2: e29-31. doi: 10.1016/j.clinre.2011.08.004

61) Chen, Y. T. Whole-genome sequencing and identification of Morganella morganii KT pathogenicity-related genes [Text] / Y. T. Chen, H. L. Peng, W. C. Shia, F. R. Hsu, C. F. Ken, Y. M.Tsao, C. H. Chen, C. E. Liu, M. F. Hsieh, H. C. Chen, C.Y. Tang, T. H. Ku // BMC Genomics. - 2012. - V. 13. - 13(Suppl 7): S4.

62) Chen, Y. A Novel c/T-carrying Tn7 transposon derivative characterized in Morganella morganii of swine origin in China [Text] / Y. Chen, C. Lei, L. Zuo, L. Kong, Z. Kang, J. Zeng, X. Zhang, H. Wang // J. Antimicrob. Chemother. - 2019. - V. 74, No. 3. - P. 603-606.

63) Chenal, A. RTX calcium binding motifs are intrinsically disordered in the absence of calcium: implication for protein secretion [Text] / A. Chenal, J. I. Guijarro, B. Raynal, M. Delepierre, D. Ladant // J. Biol. Chem. - 2009. - V. 284, No. 3. - P. 1781-1789.

64) Chenal, A. Structure and function of RTX toxins [Text] / A. Chenal // The comprehensive sourcebook of bacterial protein toxins / A. Chenal, A. C. Sotomayor-Perez, D. Ladant. -4th ed. - Elsevier, 2015. - P. 677-718.

65) Chilcott, G. S. Coupling of flagellar gene expression to flagellar assembly in Salmonella enterica serovar Typhimurium and Escherichia coli [Text] / G. S. Chilcott, K. T. Hughes // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2000. - V. 64, No. 4. - P. 694-708.

66) Chou, Y. Y. Tubo-ovarian abscess with Morganella morganii bacteremia [Text] / Y. Y. Chou, S. K. Chiu, H. C. Lai, F. Y. Chang // J. Microbiol. Immunol. Infect. - 2009. - V. 42, No. 4. - P. 357-359.

67) Chuang, Y. C. Morganella morganii central nervous system infection: case report and review [Text] / Y. C. Chuang, W. Chang, C. R. Huang, H. Chen // Infect. Dis. Clin. Pract.

- 1998. - V. 8. - P. 50-52.

68) Chukhontseva, K. N. Protealysin is not secreted constitutively [Text] / K. N. Chukhontseva, V. V. Salnikov, O. S. Morenkov, S. V. Kostrov, I. V. Demidyuk // Protein Pept. Lett. - 2019. - V. 26, No. 3. - P. 221-226.

69) Clarke, D. J. The Rcs phosphorelay: more than just a two-component pathway [Text] / D. J. Clarke // Future Microbiol. - 2010. - V. 5, No. 8. - P. 1173-1184.

70) Darling, A. C. Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements [Text] / A. C. Darling, B. Mau, F. R. Blattner, N. T. Perna // Genome Res.

- 2004. - V. 14, No. 7. - P. 1394-1403.

71) Davies, E. V. The role of temperate bacteriophages in bacterial infection [Text] / E. V. Davies, C. Winstanley, J. L. Fothergill, C. E. James // FEMS Microbiol. Lett. - 2016. - V. 363, No. 5: fnw015. doi: 10.1093/femsle/fnw015

72) de Alba, C. F. Essential residues in the H-NS binding site of Hha, a co-regulator of horizontally acquired genes in Enterobacteria [Text] / C. F. de Alba, C. Solorzano, S. Paytubi, C. Madrid, A. Juarez, J. Garcia, M. Pons // FEBS Lett. - 2011. - V. 585, No. 12.

- P. 1765-1770.

73) De Kerchove, A. J. Bacterial swimming motility enhances cell deposition and surface coverage [Text] / A. J. De Kerchove, M. Elimelech // Environ. Sci. Technol. - 2008. - V. 42, No. 12. - P. 4371-4377.

74) Demidyuk, I. V. Cloning, sequencing, expression and characterization of protealysin, a novel neutral proteinase from Serratia proteamaculans representing a new group of

thermolysin-like proteases with short N-terminal region of precursor [Text] / I.V. Demidyuk, A.E. Kalashnikov, T.Y. Gromova, E.V. Gasanov, D.R. Safina, M.V. Zabolotskaya, G.N. Rudenskaya, S.V. Kostrov // Protein Expr. Purif. - 2006. - V. 47, No. 2. - P. 551-561.

75) Demidyuk, I. V. Crystal structure of the protealysin precursor insights into propeptide function [Text] / I. V. Demidyuk, T. Y. Gromova, K. M. Polyakov, W. R. Melik-Adamyan, I. P. Kuranova // J. Biol. Chem. - 2010. - V. 285, No. 3. - P. 2003-2013.

76) Demidyuk, I. V. The propeptide is required for in vivo formation of active protealysin [Text] / I. V. Demidyuk, T. Y. Gromova, S. V. Kostrov // Protein Pept. Lett. - 2015. - V. 22, No. 6. - P. 509-513.

77) Diene, S. M. CTX-M-15-producing Morganella morganii from Hôpital Principal de Dakar, Senegal [Text] / S. M. Diene, F. Fenollar, B. Fall, K. Sow, B. Niang, P. Samba Ba, B. Wade, D. Raoult, J.-M. Rolain // New Microbes New Infect. - 2014. - V. 2, No. 2. - P. 46-49.

78) Dowling, J. N. Virulence factors of the family Legionellaceae [Text] / J. N. Dowling, A. K Saha, R H. Glew // Microbiol. Rev. - 1992. - V. 56. - P. 32-60.

79) Duarte, A. S. Bacterial collagenases - a review [Text] / A. S. Duarte, A. Correia, A. C. Esteves // Crit. Rev. Microbiol. - 2016. - V. 42, No. 1. - P. 106-126.

80) Eberspächer, B. Functional similarity between the haemolysins of Escherichia coli and Morganella morganii [Text] / B. Eberspächer, F. Hugo, M. Pohl, S. Bhakdi // J. Med. Microbiol. - 1990. - V. 33, No. 3. - P. 165-170.

81) Edgar, R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput [Text] / R. C. Edgar // Nucleic Acids Res. - 2004. - V. 32, No. 5. - P. 1792-1797.

82) Elfadl, A. K. Fatal fibrino-hemorrhagic bronchopneumonia associated with Morganella morganii in a bottlenose dolphin: a case report [Text] / A. K. Elfadl, S. W. Lee, J. H. Kim, K. L. Lee, H. M. Arif Ullah, M. J. Chung, S. G. Ghim, E. J. Lee, Y. D. Kim, S. M. Kim, S. G. Jeon, J. H. Lim, H. J. Choi, J. K. Park, K. S. Jeong // Dis. Aquat. Organ. - 2017. - V. 127, No. 1. - P. 41-47.

83) Ehrenkranz, N. J. Proteeae species bacteriuria accompanying Proteeae species groin skin carriage in geriatric outpatients [Text] / N. J. Ehrenkranz, B. C. Alfonso, D. G. Eckert, L. B. Moskowitz // J. Clin. Microbiol. - 1989. - V. 27, No. 9. - P. 1988-1991.

84) Emborg, J. Morganella psychrotolerans sp. nov., a histamine-producing bacterium isolated from various seafoods [Text] / J. Emborg, P. Dalgaard, P. Ahrens // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2006. - V. 56. - P. 2473-2479.

85) Erlanger, D. Clinical manifestations, risk factors and prognosis of patients with Morganella morganii sepsis [Text] / D. Erlanger, M. V. Assous, Y. Wiener-Well, A. M. Yinnon, E. Ben-Chetrit // J. Microbiol. Immunol. Infect. - 2019. - V. 52, No. 3. - P. 443-448.

86) Eshdat, Y. Participation of pili and cell wall adhesion in the yeast agglutination activity of Escherichia coli [Text] / Y. Eshdat, V. Speth, K. Jann // Infect. Immun. - 1981. - V. 34, No. 3. - P. 980-986.

87) Eshwar, A. K. Interaction of matrix metalloproteinase-9 and Zpx in Cronobacter turicensis LMG 23827 [Text] / A. K. Eshwar, N. Wolfrum, R. Stephan, S. Fanning, A. Lehner // Cell Microbiol. - 2018. - V. 20, No. 11: e12888. doi: 10.1111/cmi.12888

88) Fitzgerald, D. M. Comprehensive mapping of the Escherichia coli flagellar regulatory network [Text] / D. M. Fitzgerald, R. P. Bonocora, J. T. Wade // PLoS Genet. - 2014. - V. 10, No. 10: e1004649. doi: 10.1371/journal.pgen.1004649

89) Flemming, H. C. Biofilms: an emergent form of bacterial life [Text] / H. C. Flemming, J. Wingender, U. Szewzyk, P. Steinberg, S. A. Rice, S. Kjelleberg // Nat. Rev. Microbiol. -2016. - V. 14, No. 9. - P. 563-575.

90) Flores-Kim, J. Regulation of bacterial virulence gene expression by cell envelope stress responses [Text] / J. Flores-Kim, A. J. Darwin // Virulence. - 2014. - V. 5, No. 8. - P. 835-851.

91) Fortier, L. C. Importance of prophages to evolution and virulence of bacterial pathogens [Text] / L. C. Fortier, O. Sekulovic // Virulence. - 2013. - V. 4, No. 5. - P. 354-365.

92) Fraser, G. M. Swarming-coupled expression of the Proteus mirabilis hpmBA haemolysin operon [Text] / G. M. Fraser, L. Claret, R. Furness, S. Gupta, C. Hughes // Microbiology. - 2002. - V. 148. - P. 2191-2201.

93) Gal-Mor, O. Pathogenicity islands: a molecular toolbox for bacterial virulence [Text] / O. Gal-Mor, B. B. Finlay // Cell Microbiol. - 2006. - V. 8, No. 11. - P. 1707-1719.

94) Garg, N. Bacterial quorum sensing: circuits and applications [Text] / N. Garg, G. Manchanda, A. Kumar // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2014. - V. 105, No. 2. - P. 289-305.

95) Garda-Contreras, R. Protein translation and cell death: the role of rare tRNAs in biofilm formation and in activating dormant phage killer genes [Text] / R. Garcia-Contreras, X. S.

Zhang, Y. Kim, T. K. Wood // PLoS One. - 2008. - V. 3, No. 6: e2394. doi: 10.1371/journal.pone.0002394

96) Gauthier, A. Bacterial injection machines [Text] / A. Gauthier, N. A. Thomas, B.B. Finlay // J. Biol. Chem. - 2003. - V. 278, No. 28. - P. 25273-25276.

97) Ghosh, S. Fatal Morganella morganii bacteraemia in a diabetic patient with gas gangrene [Text] / S. Ghosh, A. M. Bal, I. Malik, A. Collier // J. Med. Microbiol. - 2009. - V. 58, No. 28. - P. 965-967.

98) Gibert, I. Distribution of insertion sequence IS200 in Salmonella and Shigella [Text] / I. Gibert, J. Barbé, J. Casadesús // J. Gen. Microbiol. - 1990. - V. 136, No. 12. - P. 2555-2560.

99) Glasner, J. D. ASAP, a systematic annotation package for community analysis of genomes [Text] / J. D.Glasner, P. Liss, G. Plunkett, A. Darling, T. Prasad, M. Rusch, A. Byrnes, M. Gilson, B. Biehl, F. R. Blattner, N. T. Perna // Nucleic Acids Res. - 2003. - V. 31, No. 1. - P. 147-151.

100) Glinskaya, E. V. Antibiotic susceptibility of pathogens in urinary tract infections in community [Text] / E. V. Glinskaya, B. M. Al-Bayati, O. V. Nechaeva, I. O. Luneva // Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Химия. Биология. Экология. - 2015. - V. 15, No. 4. -P. 63-66.

101) Goluszko, P. Haemolytic activity of Morganella morganii strains [Text] / P. Goluszko, E. Gospodarek, R. Bugalski // Acta Microbiol. Pol. - 1988. - V. 37, No. 1. - P. 65-71.

102) Green, E. R. Bacterial secretion systems: an overview [Text] / E. R. Green, J. Mecsas // Microbiol. Spectr. - 2016. - V. 4, No. 1. doi: 10.1128/microbiolspec.VMBF-0012-2015

103) Grosso-Becera, M. V. RNA Structures are involved in the thermoregulation of bacterial virulence-associated traits [Text] / M. V. Grosso-Becera, L. Servín-González, G. Soberón-Chávez // Trends Microbiol. - 2015. - V. 23, No. 8. - P. 509-518.

104) Gurevich, A. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. [Text] / A. Gurevich, V. Saveliev, N. Vyahhi, G. Tesler // Bioinformatics. - 2013. - V. 29, No. 8. - P. 1072-1075.

105) Ha, D. G. Plate-based assay for swimming motility in Pseudomonas aeruginosa [Text] / D. G. Ha, S. L. Kuchma, G. A. O'Toole // Methods Mol. Biol. - 2014. - V. 1149. - P. 59-65.

106) Hacker, J. Pathogenicity islands and the evolution of microbes [Text] / J. Hacker, J. B. Kaper // Annu. Rev. Microbiol. - 2000. - V. 54. - P. 641-679.

107) Hakyemez, I. N. A case of giant hepatic hydatid cyst infected with Morganella morganii and the literature review [Text] / I. N. Hakyemez, M. Sit, G. Aktas, T. Tas, F. Z. Mengeloglu, A. Kucukbayrak // Case Rep. Gastrointest. Med. - 2012. - V. 2012: 591561. doi: 10.1155/2012/591561

108) Hall, T. A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT [Text] / T. A. Hall // Nucl. Acids. Symp. Ser. - 1999. - V. 41. - P. 95-98.

109) Hannan, T. J. LeuX tRNA-dependent and -independent mechanisms of Escherichia coli pathogenesis in acute cystitis [Text] / T. J. Hannan, I. U. Mysorekar, S. L. Chen, J. N. Walker, J. M. Jones, J. S. Pinkner, S. J. Hultgren, P. C. Seed // Mol. Microbiol. - 2008. -V. 67, No. 1. - P. 116-128.

110) Harris, M. C. Subacute osteomyelitis of the pediatric talus: a first report of Brodie's abscess from Morganella morganii [Text] / M. C. Harris, D. C. DeRosa, P. A. West // Case Rep. Orthop. - 2019: 7108047. doi: 10.1155/2019/7108047

111) Häse, C. C. Bacterial extracellular zinc-containing metalloproteases [Text] / C. C. Häse, R. A. Finkelstein // Microbiol. Rev. - 1993. - V. 57, No. 4. - P. 823-837.

112) Herlax, V. The lytic mechanism of Escherichia coli a-hemolysin associated to outer membrane vesicles [Text] / V. Herlax, M. F. Henning, A. M. Bernasconi, F. M. Goni, L. Bakas // Health. - 2010. - V. 2, No. 5. - P. 484-492.

113) Hilbert, D. W. Clinical Escherichia coli isolates utilize alpha-hemolysin to inhibit in vitro epithelial cytokine production [Text] / D. W. Hilbert, T. E. Paulish-Miller, C. K. Tan, A. J. Carey, G. C. Ulett, E. Mordechai, M. E. Adelson, S. E. Gygax, J. P. Trama // Microbes Infect. - 2012. - V. 14. - P. 628-638.

114) Hobden, J. A. Pseudomonas aeruginosa proteases and corneal virulence [Text] / J. A. Hobden // DNA Cell Biol. - 2002. - V. 21. - P. 391-396.

115) Hobson, C. A. Successful treatment of bacteremia due to NDM-1-producing Morganella morganii with aztreonam and ceftazidime-avibactam combination in a pediatric patient with hematologic malignancy [Text] / C. A. Hobson, S. Bonacorsi, M. Fahd, A. Baruchel, A. Cointe, N. Poey, H. Jacquier, C. Doit, A. Monjault, O. Tenaillon, A. Birgy // Antimicrob. Agents Chemother. - 2019. - V. 63, No. 2. doi: 10.1128/AAC.02463-18

116) Hochhut, B. Role of pathogenicity island-associated integrases in the genome plasticity of uropathogenic Escherichia coli strain 536 [Text] / B. Hochhut, C. Wilde, G. Balling, B.

Middendorf, U. Dobrindt, E. Brzuszkiewicz, G. Gottschalk, E. Carniel, J. Hacker // Mol. Microbiol. - 2006. - V. 61, No. 3. - P. 584-595.

117) Huang, G. Catfish spine envenomation and bacterial abscess with Proteus and Morganella: a case report [Text] / G. Huang, R. Goldstein, D. Mildvan // J. Med. Case Rep. - 2013. - V. 7:122. doi: 10.1186/1752-1947-7-122

118) Huang, Y. H. The role of the Rcs phosphorelay in Enterobacteriaceae [Text] / Y. H. Huang, L. Ferneres, D. J. Clarke // Res. Microbiol. - 2006. - V. 157, No. 3. - P. 206-212.

119) Hung, C. Escherichia coli biofilms have an organized and complex extracellular matrix structure [Text] / C. Hung, Y. Zhou, J. S. Pinkner, K. W.Dodson, J. R. Crowley, J. Heuser, M. R. Chapman, M. Hadjifrangiskou, J. P. Henderson, S. J. Hultgren // MBio. - 2013. - V. 4, No. 5: e00645-13. doi: 10.1128/mBio.00645-13

120) Imataki, O. Fatal rhabdomyolysis caused by Morganella morganii in a patient with multiple myeloma [Text] / O. Imataki, M. Uemura // Intern. Med. - 2017. - V. 56, No. 3. -P. 369-371.

121) Ito, W. E. Purple urine-bag syndrome [Text] / W. E. Ito, S. H. Maia de Almeida // Int. Urogynecol. J. - 2019. - V. 30, No. 1. - P. 157-158.

122) Jacoby, G. A. AmpC beta-lactamases [Text] / G. A. Jacoby // Clin. Microbiol. Rev. -2009. - V. 22, No. 1. - P. 161-182.

123) Janda, J. M. Biochemical investigations of biogroups and subspecies of Morganella morganii [Text] / J. M. Janda, S. L. Abbott, S. Khashe, T. Robin // J. Clin. Microbiol. -1996. - V. 34, No. 1. - P. 108-113.

124) Javadi, M. Horizontal gene transfer and the diversity of Escherichia coli, in Escherichia coli [Text] / M. Javadi // Escherichia coli - recent advances on physiology, pathogenesis and biotechnological applications / M. Javadi, S. Bouzari, M. Oloomi. - London: IntechOpen, 2017. - P. 317-331.

125) Jiang, H. Y. Genome sequence of Morganella morganii DG56-16, isolated from Shinisaurus crocodilurus [Text] / H. Y. Jiang, L. B. Lin, M. W. Huang, Y. A. Zang, J. P. Chen // Microbiol. Resour. Announc. - 2019. - V. 8, No. 4. doi: 10.1128/MRA.01301-18

126) Jones, B. D. Genetic and biochemical diversity of ureases of Proteus, Providencia, and Morganella species isolated from urinary tract infection [Text] / B. D. Jones, H. L. Mobley // Infect. Immun. - 1987. - V. 55, No. 9. - P. 2198-2203.

127) Jones-Dias, D. Draft genomic analysis of an avian multidrug resistant Morganella morganii isolate carrying qnrDl [Text] / D. Jones-Dias, L. Clemente, I. B. Moura, D. A. Sampaio, T. Albuquerque, L. Vieira, V. Manageiro, M. Cani5a // Front. Microbiol. - 2016. - V. 7: 1660. doi: 10.3389/fmicb.2016.01660

128) Joo, H. S. Molecular basis of in vivo biofilm formation by bacterial pathogens [Text] / H. S. Joo, M. Otto // Chem. Biol. - 2012. - V. 19, No. 12. - P. 1503-1513.

129) Joseph, J. Filamentous gram-negative bacteria masquerading as Actinomycetes in infectious endophthalmitis: a review of three cases [Text] / J. Joseph, S. Sharma, V. P. Dave // J. Ophthalmic Inflamm. Infect. - 2018. - V. 8, No. 1: 15. doi: 10.1186/s12348-018-0157-4

130) Kalita, A. Recent advances in adherence and invasion of pathogenic Escherichia coli [Text] / A. Kalita, J. Hu, A. G. Torres // Curr. Opin. Infect. Dis. - 2014. - V. 27, No. 5. -P. 459-464.

131) Kapatral, V. Co-ordinate, temperature-sensitive regulation of the three Yersinia enterocolitica flagellin genes [Text] / V. Kapatral, S. A. Minnich // Mol. Microbiol. -1995. - V. 17, No. 1. - P 49-56.

132) Kearns, D. B. A field guide to bacterial swarming motility [Text] / D. B. Kearns // Nat. Rev. Microbiol. - 2010. - V. 8, No. 9. - P. 634-644.

133) Kelley, L. A. Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server [Text] / L. A. Kelley, M. J. E. Sternberg // Nat. Protoc. - 2009. - V. 4, No 3. - P. 363-371.

134) Khatri, I. Draft genome sequence of the opportunistic human pathogen Morganella morganii SC01 [Text] / I. Khatri, C. Dureja, S. Raychaudhuri, S. Subramanian // Genome Announc. - 2013. - V. 1, No. 1. doi: 10.1128/genomeA.00051-12

135) Khaitlina, S. Yu. Physico-chemical properties of actin cleaved with bacterial protease from E. coli A2 strain [Text] / S. Yu. Khaitlina, J. H. Collins, I. M. Kuznetsova, V. P. Pershina, I. G. Synakevich, K. K. Turoverov, A. M. Usmanova // FEBS Lett. - 1991. - V. 279, No. 1. - P. 49-51.

136) Kim, J. H. Morganella morganii sepsis with massive hemolysis [Text] / J. H. Kim, C. R. Cho, T. H. Um, J. Y. Rhu, E. S. Kim, J. W. Jeong, H. R. Lee // J. Korean Med. Sci. -2007. - V. 22 - P. 1082-1084.

137) Kisiela, D. I. Evolutionary analysis points to divergent physiological roles of type 1 fimbriae in Salmonella and Escherichia coli [Text] / D. I. Kisiela, S. Chattopadhyay, V.

Tchesnokova, S. Paul, S. J. Weissman, I. Medenica, S. Clegg, E. V. Sokurenko // MBio. -2013. - V. 4, No. 2. doi: 10.1128/mBio.00625-12

138) Ko, M. H-NS-dependent regulation of flagellar synthesis is mediated by a LysR family protein [Text] / M. Ko, C. Park // J. Bacteriol. - 2000. - V. 182, No. 16. - P. 4670-4672.

139) Koronakis, V. The secreted hemolysins of Proteus mirabilis, Proteus vulgaris and Morganella morganii are genetically related to each other and to the alpha-hemolysin of Escherichia coli [Text] / V. Koronakis, M. Cross, B. Senior, E. Koronakis, C. Hughes // J. Bacretiol. - 1987. - V. 169, No. 4. - P. 1509-1515.

140) Kothary, M. H. Characterization of zinc-containing metalloprotease encoded by zpx and development of a species-specific detection method for Enterobacter sakazakii [Text] / M. H. Kothary, B. A. McCardell, C. D. Frazar, D. Deer, B. D. Tall // Appl. Environ. Microbiol. - 2007. - V. 73, No. 13. - P. 4142-4151.

141) Koyuncu, Morganella morganii osteomyelitis complicated by secondary septic knee arthritis: a case report [Text] / §. Koyuncu, F. Ozan // Acta Orthop. Traumatol. Turc. -2012. - V. 46, No. 6. - P. 464-467.

142) Kuan, C. S. Klebsiella pneumoniae yggG gene product : a zinc-dependent metalloprotease [Text] / C. S. Kuan, M. T. Wong, S. B. Choi, C. C. Chang, Y. H. Yee, H. A. Wahab, Y. M. Normi, W. C. See Too, L. L. Few // Int. J. Mol. Sci. - 2011. - V. 12. - P. 4441-4455.

143) Kukla, R. Characterization of KPC-encoding plasmids from Enterobacteriaceae isolated in a Czech hospital [Text] / R. Kukla, K. Chudejova, C. C. Papagiannitsis, M. Medvecky, K. Habalova, L. Hobzova, R. Bolehovska, L. Pliskova, J. Hrabak, H. Zemlickova // Antimicrob. Agents Chemother. - 2018. - V. 62, No. 3. doi: 10.1128/AAC.02152-17

144) Kuo, J. Electron microscopy: methods and protocols / J. Kuo - 2nd ed. - NJ: Humana Press Inc., 2007. - 608 pp.

145) Kwon, K. Recombinant expression and functional analysis of proteases from Streptococcus pneumoniae, Bacillus anthracis, and Yersinia pestis [Text] / K. Kwon, J. Hasseman, S. Latham, C. Grose, Y. Do, R. D. Fleischmann, R. Pieper, S. N. Peterson // BMC Biochemistry. - 2011a. - doi: 10.1186/1471-2091-12-17

146) Kwon, O. Y. Infected abdominal aortic aneurysm due to Morganella morganii: CT findings [Text] / O. Y. Kwon, J. S. Lee, H. S. Choi, H. P. Hong, Y. G. Ko // Abdom. Imaging. - 2011b. - V. 36, No. 1. - P. 83-85.

147) Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 [Text] / U. K. Laemmli // Nature. - 1970. - V. 227. - P. 680-685.

148) Lam, O. Thermal control of virulence factors in bacteria: a hot topic [Text] / O. Lam, J. Wheeler, C. M Tang // Virulence. - 2014. - V. 5, No. 8. - P. 852-862.

149) Land, M. Insights from 20 years of bacterial genome sequencing [Text] / M. Land, L. Hauser, S. R. Jun, I. Nookaew, M. R. Leuze, T. H. Ahn, T. Karpinets, O. Lund, G. Kora, T. Wassenaar, S. Poudel, D. W. Ussery // Funct. Integr. Genomics - 2015. - V. 15, No. 2.

- P. 141-161.

150) Lasica, A. M. The type IX secretion system (T9SS): highlights and recent insights into its structure and function [Text] / A. M. Lasica, M. Ksiazek, M. Madej, J. Potempa // Front. Cell. Infect. Microbiol. - 2017. - V. 7: 215. doi: 10.3389/fcimb.2017.00215

151) Lawson, C. L. Catabolite activator protein (CAP): DNA binding and transcription activation [Text] / C. L. Lawson, D. Swigon, K. S. Murakami, S. A. Darst, H. M. Berman, R. H. Ebright // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2004. - V. 14, No. 1. - P. 10-20.

152) Lebeaux, D. From in vitro to in vivo models of bacterial biofilm-related infections [Text] / D. Lebeaux, A. Chauhan, O. Rendueles, C. Beloin // Pathogens. - 2013. - V. 2, No. 2. - P. 288-356.

153) Leylabadlo, H. E. Persistent infection with metallo-beta-lactamase and extended spectrum ß-lactamase producer Morganella morganii in a patient with urinary tract infection after kidney transplantation [Text] / H. E. Leylabadlo, H. S. Kafil, M. Yousefi, M. Aghazadeh, M. Asgharzadeh // J. Nat. Sci. Biol. Med. - 2016. - V. 7, No. 2. - P. 179-181.

154) Lee, I. K. Clinical characteristics and risk factors for mortality in Morganella morganii bacteremia [Text] / I. K. Lee, J. W. Liu // J. Microbiol. Immunol. Infect. - 2006. - V. 39, No. 4. - P. 328-334.

155) Li, A. N. Cloning, expression and characterization of the serine protease gene from Chaetomium thermophilum [Text] / A. N. Li, D. C. Li // J. Appl. Microbiol. - 2009. - V. 106, No. 2. - P. 369-380.

156) Li, D. Infection of finger caused by Morganella morganii leading to digital amputation: a case report // D. Li, W. Gao, Y. Niu, P. Zhao, W. Zheng, C. J. Li // Medicine (Baltimore).

- 2019. - V. 98, No. 2: e14002. doi: 10.1097/MD.0000000000014002

157) Li, X. Repression of bacterial motility by a novel fimbrial gene product [Text] / X. Li, D. A. Rasko, C. V. Lockatell, D. E. Johnson, H. L. T. Mobley // EMBO J. -2001. - V. 20. -P. 4854-4862.

158) Licata, G. Black nail infection caused by Morganella morganii [Text] / G. Licata, A. Gambardella, A. B. De Rosa, G. Argenziano // Int. J. Dermatol. - 2019. doi: 10.1111/ijd.14517

159) Lin, T. Y. Clinical manifestations and prognostic factors of Morganella morganii bacteremia [Text] / T. Y. Lin, M. C. Chan, Y. S. Yang, Y. Lee, K. M. Yeh, J. C. Lin, F. Y. Chang // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2015. - V. 34, No. 2. - P. 231-236.

160) Lin, W. Identification of a Vibrio cholerae RTX toxin gene cluster that is tightly linked to the cholera toxin prophage [Text] / W. Lin, K. J. Fullner, R. Clayton, J. A. Sexton, M. B. Rogers, K. E. Calia, S. B. Calderwood, C. Fraser, J. J. Mekalanos // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - V. 96, No. 3. - P. 1071-1076.

161) Linhartová, I. RTX proteins: a highly diverse family secreted by a common mechanism [Text] / I. Linhartová, L. Bumba, J. Masín, M. Basler, R. Osicka, J. Kamanová, K. Procházková, I. Adkins, J. Hejnová-Holubová, L. Sadílková, J. Morová, P. Sebo // FEMS Microbiol. Rev. -2010. - V. 34, No. 6. - P. 1076-1112.

162) Liu, H. Morganella morganii, a non-negligent opportunistic pathogen [Text] / H. Liu, J. Zhu, Q. Hu, X. Rao // Int. J. Infect. Dis. - 2016. - V. 50. - P. 10-17.

163) Livani, F. Gram-negative folliculitis caused by Morganella morganii [Text] / F., Livani, S. Kabir // JAAD Case Rep. - 2019. - V. 5, No. 6. - P. 558-559.

164) López-Iñiguez, A. Recurrent arthritis and immune reconstitution inflammatory syndrome in hematopoietic stem cell transplantation (Hsct) [Text] / A. López-Iñiguez, K. A. Carrera-Villanueva, E. León-Rodríguez, J. Cuellar-Rodriguez // Bone Marrow Transplant. - 2018. - V. 53, No. 3. - P. 374-376.

165) Los, F. C. Role of pore-forming toxins in bacterial infectious diseases [Text] / F. C. Los, T. M. Randis, R. V. Aroian, A. J. Ratner // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2013. - V. 77, No. 2. - P. 173-207.

166) Lu, Y. Uropathogenic Escherichia coli virulence factor hemolysin a causes programmed cell necrosis by altering mitochondrial dynamics [Text] / Y. Lu, A. Rafiq, Z. Zhang, F. Aslani, M. Fijak, T. Lei, M. Wang, S. Kumar, J. Klug, M. Bergmann, T. Chakraborty, A. Meinhardt, S. Bhushan // FASEB J. - 2018. - V. 32, No. 8. - P. 4107-4120.

167) Lüthje, P. Virulence factors of uropathogenic E. coli and their interaction with the host [Text] / P. Lüthje, A. Brauner // Adv. Microb. Physiol. - 2014. - V. 65. - P. 337-372.

168) Machado, E. Commensal Enterobacteriaceae as reservoirs of extended-spectrum beta-lactamases, integrons, and sul genes in Portugal [Text] / E. Machado, T. M. Coque, R. Cantón, J. C. Sousa, L. Peixe // Front. Microbiol. - 2013. - V. 4: 80. doi: 10.3389/fmicb.2013.00080

169) Mahlen, S. D. Serratia infections: from military experiments to current practice [Text] / S. D. Mahlen // Clin. Microbiol. Rev. - 2011. - V. 24, No. 4. - P. 755-791.

170) Mahrouki, S. Chromosomal blaCTX-M-15 associated with ISEcp1 in Proteus mirabilis and Morganella morganii isolated at the Military Hospital of Tunis, Tunisia [Text] / S. Mahrouki, O. Belhadj, H. Chihi, B. M. Mohamed, G. Celenza, G. Amicosante, M. Perilli // J. Med. Microbiol. - 2012. - V. 61. - P. 1286-1289.

171) Mao, Y. C. Bacteriology of Naja atra snakebite wound and its implications for antibiotic therapy [Text] / Y. C. Mao, P. Y. Liu, D. Z. Hung, W. C. Lai, S. T. Huang, Y. M. Hung, C. C. Yang // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 2016. V. 94, No. 5. - P. 1129-1135.

172) May, A. K. Contribution of Escherichia coli alpha-hemolysin to bacterial virulence and to intraperitoneal alterations in peritonitis [Text] / A. K. May, T. G. Gleason, R. G. Sawyer, T. L. Pruett // Infect. Immun. - 2000. - V. 68, No. 1. - P. 176-183.

173) McCusker, M. P. DNA sequence heterogeneity in Fim tyrosine-integrase recombinase-binding elements and functional motif asymmetries determine the directionality of the fim genetic switch in Escherichia coli K-12 [Text] / M. P. McCusker, E. C. Turner, C. J. Dorman // Mol. Microbiol. - 2008. - V. 67. - P. 171-187.

174) McGann, P. War wound treatment complications due to transfer of an IncN plasmid harboring blaOXA-181 from Morganella morganii to CTX-M-27-producing sequence type 131 Escherichia coli [Text] / P. McGann, E. Snesrud, A. C. Ong, L. Appalla, M. Koren, Y. I. Kwak, P. E. Waterman, E. P. Lesho // Antimicrob. Agents Chemother. - 2015. - V. 59, No. 6. - P. 3556-3562.

175) Meena, M. Virulence Factors and Their Associated Genes in Microbes [Text] / M. Meena // New and future developments in microbial biotechnology and bioengineering / M. Meena, P. Swapnil, A. Zehra, M. Aamir, M. K. Dubey, C. B. Patel, R. S. Upadhyay. -Elsevier, 2019. - P. 181-208.

176) Merritt, J. H. Growing and analyzing static biofilms [Text] / J. H. Merritt, D. E. Kadouri,

G. A. O'Toole // Curr. Protoc. Microbiol. - 2005. - Chapter 1: Unit 1B.1. doi: 10.1002/9780471729259.mc01b01s00

177) Meuskens, I. Type V secretion systems: an overview of passenger domain functions [Text] / I. Meuskens, A. Saragliadis, J. C. Leo, D. Linke // Front. Microbiol. - 2019. - V. 10: 1163. doi: 10.3389/fmicb.2019.01163

178) Mihara, T. Linking virus genomes with host taxonomy [Text] / T. Mihara, Y. Nishimura, Y. Shimizu, H. Nishiyama, G. Yoshikawa, H. Uehara, P. Hingamp, S. Goto, H. Ogata // Viruses. - 2016. - V. 8, No. 3: 66. doi: 10.3390/v8030066

179) Mitrophanov, A. Y. Signal integration in bacterial two-component regulatory systems [Text] / A. Y. Mitrophanov, E. A. Groisman // Genes Dev. - 2008. - V. 22, No. 19. - P. 2601-2611.

180) Miyoshi, S. Microbial metalloproteases and pathogenesis [Text] / S. Miyoshi, S. Shinoda // Microbes Infect. - 2000. - V. 2, No. 1. - P. 91-98.

181) Mobley, H. L. T. Urease-positive bacteriuria and obstruction of long-term urinary catheters [Text] / H. L. T. Mobley, J. W. Warren // J. Clin. Microbiol. - 1987. - V. 25, No. 11. - P. 2216-2217.

182) Moens, S. Functions of bacterial flagella [Text] / S. Moens, J. Vanderleyden // Crit. Rev. Microbiol. - 1996. - V. 22, No. 2. - P. 67-100.

183) Mottawea, W. Prophage sequence profiles reflect genome diversity and can be used for high discrimination subtyping [Text] / W. Mottawea, M. O. Duceppe, A. A. Dupras, V. Usongo, J. Jeukens, L. Freschi, J. G. Emond-Rheault, J. Hamel, I. Kukavica-Ibrulj, B. Boyle, A. Gill, E. Burnett, E. Franz, G. Arya, J. T. Weadge, S. Gruenheid, M. Wiedmann,

H. Huang, F. Daigle, S. Moineau, S. Bekal, R. C. Levesque, L. D. Goodridge, D. Ogunremi // Front. Microbiol. - 2018. - V. 9: 836. doi: 10.3389/fmicb.2018.00836

184) Mourino, M. Environmental regulation of alpha-haemolysin expression in Escherichia coli [Text] / M. Mourino, F. Munoa, C. Balsalobre, P. Diaz, C. Madrid, A. Juarez // Microb. Pathog. - 1994. - V. 16, No. 4. - P. 249-259.

185) Mullis, K. B. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction [Text] / K. B. Mullis, F. A. Faloona // Methods Enzymol. - 1987. - V. 155. - P. 335-350.

186) Müller, C. M. Type 1 fimbriae, a colonization factor of uropathogenic Escherichia coli, are controlled by the metabolic sensor CRP-cAMP [Text] / C. M. Müller, A. Äberg, J.

Strasevi?iene, L. Emody, B. E. Uhlin, C. Balsalobre // PLoS Pathog. - 2009. - V. 5, No. 2: e1000303. doi: 10.1371/journal.ppat.1000303

187) Murphy, K. Neonatal sulfhemoglobinemia and hemolytic anemia associated with intestinal Morganella morganii [Text] / K. Murphy, C. Ryan, E. M. Dempsey, P. W. O'Toole, R. P. Ross, C. Stanton, C. A. Ryan // Pediatrics. - 2015. - V. 136, No. 6. - P. 1641-1645.

188) M. V. Murthy, A. Regulation of hemolysin in uropathogenic Escherichia coli fine-tunes killing of human macrophages [Text] / A. M. V. Murthy, M. D. Phan, K. M. Peters, N. T. K. Nhu, R. A. Welch, G. C. Ulett, M. A. Schembri, M. J. Sweet // Virulence. - 2018. - V. 9, No. 1. - P. 967-980.

189) Nakajima, M. Giant iliopsoas abscess caused by Morganella morganii [Text] / M. Nakajima, M. Shirokawa, Y. Miyakuni, T. Nakano, H. Goto // Am. J. Case Rep. - 2017. -V. 18. - P. 395-398.

190) Nakao, T. Morganella morganii pericarditis in a patient with multiple myeloma [Text] / T. Nakao, M. Yoshida, H. Kanashima, T. Yamane // Case Rep. Hematol. - 2013. - V. 2013. -P. 1-3.

191) Nhu, N. T. K. Complex multilevel control of hemolysin production by uropathogenic Escherichia coli [Text] / N. T. K. Nhu, M. D. Phan, B. M. Forde, A. M. V. Murthy, K. M. Peters, C. J. Day, J. Poole, T. J. Kidd, R. A. Welch, M. P. Jennings, G. C. Ulett, M. J. Sweet, S. A. Beatson, M. A. Schembri // MBio. - 2019. - V. 10, No. 5. doi: 10.1128/mBio.02248-19

192) Nieto, J. M. The Hha gene modulates haemolysin expression in Escherichia coli [Text] / J. M. Nieto, M. Carmona, S. Bolland, Y. Jubete, F. de la Cruz, A. Juárez // Mol. Microbiol. - 1991. - V. 5, No. 5. - P. 1285-1293.

193) Nieto, J. M. Expression of the hemolysin operon in Escherichia coli is modulated by a nucleoid-protein complex that includes the proteins Hha and H-NS [Text] / J. M. Nieto, C. Madrid, A. Prenafeta, E. Miquelay, C. Balsalobre, M. Carrascal, A. Juárez // Mol. Gen. Genet. - 2000. - V. 263, No. 2. - P. 349-358.

194) O'hara, C. M. Classification, identification, and clinical significance of Proteus, Providencia, and Morganella [Text] / C. M. O'hara, F. W. Brenner, J. M. Miller // Clin. Microbiol. Rev. - 2000. - V. 13, No. 4. - P. 534-546.

195) Okamoto, T. Activation of human matrix metalloproteinase by various bacterial proteinases [Text] / T. Okamoto, T. Akaike, M. Suga, S. Tanase, H. Horie, S. Miyajima,

M. Ando, Y. Ichinose, H. Maeda // J. Biol. Chem. - 1997. - V. 272, No. 9. - P. 6059-6066.

196) Okazaki, N. Novel observation of hot-cold-hot hemolysis exhibited by group B Streptococci [Text] / N. Okazaki, R. Osawa, R. Suzuki, T. Nikkawa, R. A. Whiley // J. Clin. Microbiol. - 2003. - V. 41, No. 2. - P. 877-879.

197) Olaitan, A. O. Genome analysis of NDM-1 producing Morganella morganii clinical isolate [Text] / A. O. Olaitan, S. M. Diene, S. K. Gupta, A. Adler, M. V. Assous, J. M. Rolain // Expert Rev. Anti. Infect. Ther. - 2014. - V. 12, No. 10. - P. 1297-1305.

198) Oloomi, M. Molecular profile and genetic diversity of cytolethal distending toxin (CDT)-producing Escherichia coli isolates from diarrheal patients [Text] / M. Oloomi, S. Bouzari // APMIS. - 2008. - V. 116, No. 2. - P. 125-132.

199) Omoyibo, E. E. Antibiotic susceptibility of wound swab isolates in a tertiary hospital in Southwest Nigeria [Text] / E. E. Omoyibo, A. O. Oladele, M. H. Ibrahim, O. T. Adekunle // Ann. Afr. Med. - 2018. - V. 17, No. 3. - P. 110-116.

200) Ostolaza, H. Membrane permeabilization by pore-forming RTX toxins: what kind of lesions do these toxins form? [Text] / H. Ostolaza, D. González-Bullón, K. B. Uribe, C. Martín, J. Amuategi, X. Fernandez-Martínez // Toxins (Basel). - 2019. - V. 11, No. 6. doi: 10.3390/toxins11060354

201) Pannen, D. Interaction of the RcsB response regulator with auxiliary transcription regulators in Escherichia coli [Text] / D. Pannen, M. Fabisch, L. Gausling, K. Schnetz // J. Biol. Chem. - 2016. - V. 291, No. 5. - P. 2357-2370.

202) Paradiso, R. Complete genome sequence of a Myoviridae bacteriophage infecting Salmonella enterica serovar Typhimurium [Text] / R. Paradiso, M. Orsini, S. Bolletti Censi, G. Borriello, G. Galiero // Genome Announc. - 2016. - V. 4, No. 5. 4:e00940-16. doi: 10.1128/genomeA.00940-16

203) Patil, A. B. Morganella morganii, subspecies morganii, biogroup A: an unusual causative pathogen of brain abscess [Text] / A. B. Patil, S. D. Nadagir, S. A. Lakshminarayana, F. M. Syeda // J. Neurosci. Rural. Pract. - 2012. - V. 3, No. 3. - P. 370-372.

204) Pearson, M. M. Repression of motility during fimbrial expression: identification of 14 mrpJ gene paralogues in Proteus mirabilis [Text] / M. M. Pearson, H. L. T. Mobley // Mol. Microbiol. - 2008. - V. 69. - P. 548-558.

205) Pignato, S. Molecular characterization of the genera Proteus, Morganella and Providencia by ribotyping [Text] / S. Pignato, G. M. Giammanco, F. Grimont, P. A. D. Gromont, G. Giammanco // J. Clin. Microbiol. - 1999. - V. 37, No. 9. - P. 2840-2847.

206) Polaina, J. Industrial enzymes: structure, function, and applications [Text] / J. Polaina, A. P. MacCabe. - Springer, 2007. - 642 p.

207) Ponte, A. Multiple liver abscesses due to Morganella morganii [Text] / A. Ponte, C. Costa // Acta Med. Port. - 2015. - V. 28, No. 4. - P. 539.

208) Porcheron, G. Survival games at the dinner table: regulation of enterobacterial virulence through nutrient sensing and acquisition [Text] / G. Porcheron, C. Schouler, C. M. Dozois // Curr. Opin. Microbiol. - 2016. - V. 30. - P. 98-106.

209) Prieto Amorin, J. Early bacterial pneumonia after hepatic transplantation: epidemiologic profile [Text] / J. Prieto Amorin, M. Lopez, K. Rando, J. Castelli, J. Medina Presentado // Transplant. Proc. - 2018. - V. 50, No. 2. - P. 503-508.

210) Ratiner, Y. A. Temperature-dependent flagellar antigen phase variation in Escherichia coli [Text] / Y. A. Ratiner // Res. Microbiol. - 1999. - V. 150, No. 7. - P. 457-463.

211) Rattanama, P. Sigma E regulators control hemolytic activity and virulence in a shrimp pathogenic Vibrio harveyi [Text] / P. Rattanama, J. R. Thompson, N. Kongkerd, K. Srinitiwarawong, V. Vuddhakul, J. J. Mekalanos // PLoS One. - 2012. - V. 7, No. 2: e32523. doi: 10.1371/journal.pone.0032523

212) Résiere, D. Oral microbiota of the snake [Text] / D. Résiere, C. Olive, H. Kallel, A. Cabié, R. Néviere, B. Mégarbane, J. M. Gutiérrez, H. Mehdaoui // Int. J. Environ. Res. Public. Health. - 2018. - V. 15, No. 10. doi: 10.3390/ijerph15102122

213) Richter, M. JSpeciesWS: a web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison [Text] / M. Richter, R. Rosselló-Móra, F. Oliver Glöckner, J. Peplies // Bioinformatics. - 2016. - V. 32, No. 6. - P. 929-931.

214) Rio, D. C. Reverse transcription-polymerase chain reaction [Text] / D. C. Rio // Cold Spring Harb. Protoc. - 2014. - V. 2014, No. 11. - P. 1207-1216.

215) Ristow, L. C. Hemolysin of uropathogenic Escherichia coli: a cloak or a dagger? [Text] / L. C. Ristow, R. A. Welch // Biochim. Biophys. Acta. - 2016. - V. 1858, No. 3. - P. 538-545.

216) R0der, H. L. Studying bacterial multispecies biofilms: where to start? [Text] / H. L. Roder, S. J. Sorensen, M. Burmolle // Trends Microbiol. - 2016. - V. 24, No. 6. - P. 503-513.

217) Rottner, K. Bacteria-host-cell interactions at the plasma membrane: stories on actin cytoskeleton subversion [Text] / K. Rottner, T. E. Stradal, J. Wehland // Dev. Cell. - 2005. - V. 9, No. 1. - P. 3-17.

218) Rozales, F. P. Emergence of NDM-1-producing Enterobacteriaceae in Porto Alegre, Brazil [Text] / F. P. Rozales, V. B. Ribeiro, C. M. Magagnin, M. Pagano, L. Lutz, D. R. Falci, A. Machado, A. L. Barth, A. P. Zavascki // Int. J. Infect. Dis. - 2014. - V. 25. - P. 79-81.

219) Rudenko, I. Inefficient secretion of anti-sigma factor FlgM inhibits bacterial motility at high temperature [Text] / I. Rudenko, B. Ni, T. Glatter, V. Sourjik // iScience. - 2019. - V. 16. - P. 145-154.

220) Russell, P. W. Lesions in two Escherichia coli type 1 pilus genes alter pilus number and length without affecting receptor binding [Text] / P. W. Russell, P. E. Orndorff // J. Bacteriol. - 1992. - V.1 74. - P. 5923-5935.

221) Sakaguchi, S. White urine due to urinary tract infection [Text] / S. Sakaguchi, K. Nishi, Y. Yamashita, T. Hiratsuka, S. Hara, A. Okayama // Kidney Int. - 2014. - V. 86, No. 3. - P. 655.

222) Sakai, K. Urinary tract infection due to "lower" urethral stricture [Text] / K. Sakai, A. Kuriyama, K. Kumagai // Intern. Med. - 2013. - V. 52, No. 19. - P. 2293.

223) Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual [Text] / J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis - 2nd ed. - NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.

224) Schleif, R. S. DNA looping [Text] / R. S. Schleif // Ann. Rev. Biochem. - 1992. - V. 61. -P. 199-223.

225) Schmidt, H. Pathogenicity islands in bacterial pathogenesis [Text] / H. Schmidt, M. Hensel // Clin. Microbiol. Rev. - 2004. - V. 17, No. 1. - P. 14-56.

226) Schonwetter, R. S. Chronic Morganella morganii arthritis in an elderly patient [Text] / R. S. Schonwetter, F. M. Orson // J. Clin. Microbiol. - 1988. - V. 26, No. 7. - P. 1414-1415.

227) Seija, V. Sepsis caused by New Delhi metallo-b-lactamase (blaNDM-1) and qnrD-producing Morganella morganii, treated successfully with fosfomycin and meropenem: case report and literature review [Text] / V. Seija, J. C. Medina Presentado, I. Bado, R. Papa Ezdra, N. Batista, C. Gutierrez, M. Guirado, M. Vidal, M. Nin, R. Vignoli // Int. J. Infect. Dis. - 2015. - V. 30. - P. 20-26.

228) Senior, B. W. Production and properties of haemolysins from clinical isolates of the Proteeae [Text] / B. W. Senior, C. Hughes // J. Med. Microbiol. - 1988. V. 25, No. 1. - P. 17-25.

229) Schwan, W. R. Regulation offim genes in uropathogenic Escherichia coli [Text] / W. R. Schwan // World J. Clin. Infect. Dis. - 2011. - V. 1. - P. 17-25.

230) Sica, S. Morganella morganii pericarditis after resolvent splenectomy for immune pancytopenia following allogeneic bone marrow transplantation for acute lymphoblastic leukemia [Text] / S. Sica, A. Di Mario, P. Salutari, G. d'Onofrio, A. Antinori, P. Chiusolo, G. Leone // Clin. Infect. Dis. - 1995. - V. 21, No. 4. - P. 1052-1053.

231) Singh, P. Draft genome sequence of a diarrheagenic Morganella morganii isolate [Text] / P. Singh, R. Mosci, J. T. Rudrik, S. D. Manning // Genome Announc. - 2015. - V. 3, No. 5. doi: 10.1128/genomeA.01165-15

232) Skals, M. a-hemolysin from Escherichia coli uses endogenous amplification through P2X receptor activation to induce hemolysis [Text] / M. Skals, N. R. Jorgensen, J. Leipziger, H. A. Praetorius // PNAS. - 2009. - V. 106, No. 10. - P. 4030-4035.

233) Skals, M. Bacterial RTX toxins allow acute ATP release from human erythrocytes directly through the toxin pore [Text] / M. Skals, R. G. Bjaelde, J. Reinholdt, K. Poulsen, B. S. Vad, D. E. Otzen, J. Leipziger, H. A. Praetorius // J. Biol. Chem. - 2014. - V. 289, No. 27.

- P. 19098-19109.

234) Solano, C. Biofilm dispersion and quorum sensing [Text] / C. Solano, M. Echeverz, I. Lasa // Curr. Opin. Microbiol. - 2014. - V. 18. - P. 96-104.

235) Solovyev, V. Automatic annotation of microbial genomes and metagenomic sequences [Text] / V. Solovyev // In: metagenomics and its applications in Agriculture, Biomedicine and Environmental Studies / V. Solovyev, A. Salamov. - Nova Science Publishers, 2010.

- P. 61-78.

236) Soutourina, O. Multiple control of flagellum biosynthesis in Escherichia coli: role of HNS protein and the cyclic AMP-catabolite activator protein complex in transcription of the flhDC master operon [Text] / O. Soutourina, A. Kolb, E. Krin, C. Laurent-Winter, S. Rimsky, A. Danchin, P. Bertin // J. Bacteriol. - 1999. - V. 181, No. 24. - P. 7500-7508.

237) Soutourina, O. A. Regulation cascade of flagellar expression in Gram-negative bacteria [Text] / O. A. Soutourina, P. N. Bertin // FEMS Microbiol. Rev. - 2003. - V. 27, No. 4. -P. 505-523.

238) Stickler, D. J. Clinical complications of urinary catheters caused by crystalline biofilms: something needs to be done [Text] / D. J. Stickler // J. Intern. Med. - 2014. - V. 276, No. 2. - P. 120-129.

239) Stohl, E. A. Neisseria gonorrhoeae metalloprotease NGO1686 is required for full piliation, and piliation is required for resistance to H2O2- and neutrophil-mediated killing [Text] / E. A. Stohl, E. M. Dale, A. K. Criss, H. S. Seiferta // mBio. - 2013. - V. 4. doi : 10.1128/mBio.00399-13

240) Su, W. Methods of endotoxin detection [Text] / W. Su, X. Ding // J. Lab. Autom. - 2015.

- V. 20, No. 4. - P. 354-364.

241) Sullivan, M. J. Easyfig: a genome comparison visualizer [Text] / M. J. Sullivan, N. K. Petty, S. A. Beatson // Bioinformatics. - 2011. - V. 27, No. 7. - P. 1009-1010.

242) Summer, E. J. Divergence and mosaicism among virulent soil phages of the Burkholderia cepacia complex [Text] / E. J. Summer, C. F. Gonzalez, M. Bomer, T. Carlile, A. Embry, A. M. Kucherka, J. Lee, L. Mebane, W. C. Morrison, L. Mark, M. D. King, J. J. LiPuma, A. K. Vidaver, R. Young // J. Bacteriol. - 2006. - V. 188, No. 1. - P. 255-268.

243) Szabo, O. Plasmid-mediated quinolone resistance determinants in Enterobacteriaceae from urine clinical samples [Text] / O. Szabo, D. Gulyas, N. Szabo, K. Kristof, B. Kocsis, D. Szabo // Acta Microbiol. Immunol. Hung. - 2018. - V. 65, No. 3. - P. 255-265.

244) Tagini, F. Bacterial genome sequencing in clinical microbiology: a pathogen-oriented review [Text] / F. Tagini, G. Greub // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2017. - V. 36, No. 11. - P. 2007-2020.

245) Tamura, K. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. [Text] / K. Tamura, J. Dudley, M. Nei, S. Kumar // Mol. Biol. Evol. - 2007. -V. 24, No. 8. - P. 1596-1599.

246) Tan, P. S. C. Pleural empyema in a patient with a perinephric abscess and diaphragmatic defect [Text] / P. S. C. Tan, A. Badiei, D. B. Fitzgerald, Y. J. Kuok, Y. C. G. Lee // Respirol. Case Rep. - 2019. - V. 7, No. 3: e00400. doi: 10.1002/rcr2.400

247) Tanabe, Y. The transcript from the a28-dependent promoter is translationally inert in the expression of the a28-encoding gene fliA in the fliAZ operon of Salmonella enterica serovar Typhimurium [Text] / Y. Tanabe, T. Wada, K. Ono, T. Abo, K. Kutsukake // J. Bacteriol.

- 2011. - V. 193, No. 22. - P. 6132-6141.

248) Tapader, R. Secreted proteases: a new insight in the pathogenesis of extraintestinal pathogenic Escherichia coli [Text] / R. Tapader, S. Basu, A. Pal // Int. J. Med. Microbiol.

- 2019. - V. 309, No. 3-4: 159-168.

249) Thomas, M. S. Regulation of virulence gene expression [Text] / M. S. Thomas, S. Wigneshweraraj // Virulence. - 2014. - V. 5, No. 8. - P. 832-834.

250) Thomas, S. The Type 1 secretion pathway - the hemolysin system and beyond [Text] / S. Thomas, I. B. Holland, L. Schmitt // Biochim. Biophys. Acta. - 2014. - V. 1843. - P. 1629-1641.

251) Towbin, H. Electrophoretic transfer of proteins from polyacrylamide gels to nitrocellulose sheets: procedure and some applications [Text] / H. Towbin, T. Staehelin, J. Gordon // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1979. - V. 76, No. 9. - P. 4350-4354.

252) Trunk, T. Bacterial autoaggregation [Text] / T. Trunk, H. S. Khalil, J. C. Leo // AIMS Microbiol. - 2018. - V. 4, No. 1. - P. 140-164.

253) Tsai, M. T. CAPD-related peritonitis caused by Morganella morganii [Text] / M. T. Tsai, J. T. Yeh, W. C. Yang, T. H. Wu // Perit. Dial. Int. - 2013. - V. 33, No. 1. - P. 104-105.

254) Tsai, Y. H. Necrotizing fasciitis following venomous snakebites in a tertiary hospital of southwest Taiwan [Text] / Y. H. Tsai, W. H. Hsu, K. C. Huang, P. A. Yu, C. L. Chen, L. T. Kuo // Int. J. Infect. Dis. - 2017. - V. 63. - P. 30-36.

255) Tsaplina, O. Filamentous actin is a substrate for protealysin, a metalloprotease of invasive Serratia proteamaculans [Text] / O. Tsaplina, T. Efremova, I. Demidyuk, S. Khaitlina // FEBS J. - 2012. - V. 279. - P. 264-274.

256) Tsaplina, O. Virulence factors contributing to invasive activities of Serratia grimesii and Serratia proteamaculans [Text] / O. Tsaplina, E. Bozhokina, A. Mardanova, S. Khaitlina // Arch. Microbiol. - 2015. - V. 197, No. 3. - P. 481-488.

257) Tucci, V. Hospital cluster epidemic with Morganella morganii [Text] / V. Tucci, H. D. Isenberg // J. Clin. Microbiol. - 1981. - V. 14, No. 5. - P. 563-566.

258) Uehling, D. T. Phase 2 clinical trial of a vaginal mucosal vaccine for urinary tract infections [Text] / D. T. Uehling, W. J. Hopkins, J. E. Elkahwaji, D. M. Schmidt, G. E. Leverson // J. Urol. - 2003. - V. 170. - P. 867-869.

259) van Ditmarsch, D. Convergent evolution of hyperswarming leads to impaired biofilm formation in pathogenic bacteria [Text] / D. van Ditmarsch, K. E. Boyle, H. Sakhtah, J. E. Oyler, C. D. Nadell, E. Deziel, L. E. Dietrich, J. B. Xavier // Cell Rep. - 2013. - V. 4, No. 4. - P. 697-708.

260) Vejborg, R. M. Comparative genomics of Escherichia coli strains causing urinary tract infections [Text] / R. M. Vejborg, V. Hancock, M. A. Schembri, P. Klemm // Appl. Environ. Microbiol. - 2011. - V. 77, No. 10. - P. 3268-3278.

261) Vijaya, D. Morganella morganii causing abscess over the anterior chest wall - a case report [Text] / D. Vijaya, J. V. Sathish, M. K. Yashaswini, S. Sulaiman // J. Clin. Diagn. Res. - 2014 - V. 8, No. 9: DD03. doi: 10.7860/JCDR/2014/8588.4898

262) Vollmer, P. Novel pathogenic mechanism of microbial metalloproteinases : liberation of membrane-anchored molecules in biologically active form exemplified by studies with the human interleukin-6 receptor [Text] / P. Vollmer, I. Walev, S. Rose-John, S. Bhakdi // Infect. Immun. - 1996. - V. 64, No. 9. - P. 3646-3651.

263) Walkty, A. Failure of a multiplex polymerase chain reaction assay to detect IMP-27 in a clinical isolate of Morganella morganii [Text] / A. Walkty, H. Adam, V. Tran, D. C. Alexander, D. Boyd, A. Bharat, J. Karlowsky // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2018. - V. 92, No. 3. - P. 194-195.

264) Wang, X. Cryptic prophages help bacteria cope with adverse environments [Text] / X. Wang, Y. Kim, Q. Ma, S. H. Hong, K. Pokusaeva, J. M. Sturino, T. K. Wood // Nat. Commun. - 2010. - V. 1: 147. doi: 10.1038/ncomms1146

265) Wang, X. Increased prevalence of carbapenem resistant Enterobacteriaceae in hospital setting due to cross-species transmission of the blaNDM-i element and clonal spread of progenitor resistant strains [Text] / X. Wang, G. Chen, X. Wu, L. Wang, J. Cai, E. W. Chan, S. Chen, R. Zhang // Front. Microbiol. - 2015. - V. 6: 595. doi: 10.3389/fmicb.2015.00595

266) Welch, R. A. Uropathogenic Escherichia coli-associated exotoxins [Text] / Welch R. A. // Microbiol. Spectr. - 2016. - V. 4, No. 3. doi: 10.1128/microbiolspec.UTI-0011-2012

267) White-Ziegler, C. A. H-NS controls Pap and Daa fimbrial transcription in Escherichia coli in response to multiple environmental cues [Text] / C. A. White-Ziegler, A. Villapakkam, K. Ronaszeki, S. Young // J. Bacteriol. - 2000. - V. 182, No. 22. - P. 6391-6400.

268) Wiles, T. J. Origins and virulence mechanisms of uropathogenic Escherichia coli [Text] / T. J. Wiles, R. R. Kulesus, M. A. Mulvey // Exp. Mol. Pathol. - 2008. - V. 85, No. 1. - P. 11-19.

269) Wiles, T. J. The RTX pore-forming toxin a-hemolysin of uropathogenic Escherichia coli: progress and perspectives [Text] / T. J. Wiles, M. A. Mulvey // Future Microbiol. - 2013. -V. 8, No. 1. - P. 73-84.

270) Williams, E. W. Serious nosocomial infection caused by Morganella morganii and Proteus mirabilis in a cardiac surgery unit [Text] / E. W. Williams, P. M. Hawkey, J. L. Penner, B. W. Senior, L. J. Barton // J. Clin. Microbiol. - 1983. - V. 18, No. 1. - P. 5-9.

271) Wong, M. T. Structural modeling and biochemical characterization of recombinant KPN_02809, a zinc-dependent metalloprotease from Klebsiella pneumoniae MGH 78578 [Text] / M. T. Wong, S. B. Choi, C. S. Kuan, S. L. Chua, C. H. Chang, Y. M. Normi, W. C. S. Too, H. A. Wahab, L. L. Few // Int. J. Mol. Sci. - 2012. - V. 13. - P. 901-917.

272) Wu, J. W. Extracellular metalloproteases from bacteria [Text] / J. W. Wu, X. L. Chen // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2011. - V. 92, No. 2. - P. 253-262.

273) Xu, L. Protein secretion systems in bacterial pathogens [Text] / L. Xu, Y. Liu // Front. Biol. - 2014. - V. 9, No. 6. - P. 437-447.

274) Yazdi, S. Bacterial aggregation and biofilm formation in a vortical flow [Text] / S. Yazdi, A. M. Ardekani // Biomicrofluidics. - 2012. - V. 6, No. 4: 44114. doi: 10.1063/1.4771407

275) Zenunaj, G. Biosynthetic graft failure to replace infected infrainguinal bypass as developing infection due to Morganella morganii leading to disrupture of the anastomosis. Case report [Text] / G. Zenunaj, C. Spataro, L. Traina, V. Gasbarro // Int. J. Surg. Case Rep. - 2017. - V. 41. - P. 411-413.

276) Zhang, B. Bilateral Morganella morganii keratitis in a patient with facial topical corticosteroid-induced rosacea-like dermatitis: a case report [Text] / B. Zhang, F. Pan, K. Zhu // BMC Ophthalmol. - 2017. - V. 17, No. 1: 106. doi: 10.1186/s12886-017-0504-5

277) Zhao, G. Draft genome sequencing and annotation of a low virulence Morganella morganii strain CQ-M7, a multidrug-resistant isolate from the Chinese giant salamander in China [Text] / G. Zhao, Z. Luo, Y. Wang, J. Liu, D. Wu, L. Zhang, Y. Xiaowei // J. Glob. Antimicrob. Resist. - 2019. doi: 10.1016/j.jgar.2019.08.012

278) Zhao, X. Pathogenicity-island-encoded regulatory RNAs regulate bacterial virulence and pathogenesis [Text] / X. Zhao, Y. Zhang, X. Huang // Microb. Pathog. - 2018. - V. 125. -P. 196-204.

ПРИЛОЖЕНИЕ

Приложение 1. Гены, ассоциированные с вирулентностью, идентифицированные в геномах уропатогенных штаммов М.

тот^апи ММ 1, ММ 4 и ММ 190

Функциональные группы генов ММ 1 ММ 4 ММ 190

Количество генов Локусы Количество генов Локусы Количество генов Локусы

БУИ52 Я801195- DVJ80 Я801445, DQ401 Я801455,

БУИ52 Я801205, DVJ80 Я803400, DQ401 Я803410,

БУИ52 Я803770, DVJ80 Я803405, DQ401 Я804710,

БУИ52 Я803810- DVJ80 Я805635, DQ401 Я805555-

БУИ52 Я803910, DVJ80 Я805640, DQ401 Я805580,

БУИ52 Я803965- DVJ80 Я805725- DQ401 Я806310,

БУИ52 Я803980, DVJ80 Я805755, DQ401 Я807830,

БУИ52 Я804460- DVJ80 Я805950, DQ401 Я807835,

Фимбрии и адгезия БУИ52 Я804485, DVJ80 Я306225- DQ401 Я807920-

(фимбрии I и IV БУИ52 Я804580, DVJ80 Я806240, DQ401 Я807950,

типа, МЯ- БУИ52 Я805455, DVJ80 Я306295- DQ401 Я808420-

фимбрии, 73 БУИ52 Я805460, 75 DVJ80 Я806395, 77 DQ401 Я808435,

адгезины, БУИ52 Я805720- DVJ80 Я806440, DQ401 Я808490-

компоненты БУИ52 Я805735, DVJ80 Я807640, DQ401 Я808590,

систем секреции и БУИ52 Я811250- DVJ80 Я808290, DQ401 Я808635,

т. п.) БУИ52 К811315, БУИ52 Я814560, БУИ52 Я814585, БУИ52 Я816240, БУИ52 Я816495, БУИ52 Я816500, БУИ52 Я817235-БУИ52 Я817255, БУИ52 Я817520- DVJ80 Я808315, DVJ80 Я810225-DVJ80 Я810250, DVJ80 Я810980, DVJ80 Я812155-DVJ80 Я812165, DVJ80 Я812540, DVJ80 Я814525, DVJ80 Я814745- DQ401 Я810685, DQ401 Я810710, DQ401 Я812620-DQ401 Я812630, DQ401 Я814595, DQ401 Я814840-DQ401 Я814855, DQ401 Я815075, DQ401 Я815660-

БУИ52 Я817535, БУИ52 Я817635, БУИ52 Я817650, БУИ52_Я817895 БУ180 Я814760, БУ180 Я815005, БУ180 Я815295-БУ180 Я815310, БУ180 Я815575-БУ180 Я815595, БУ180 Я815840, БУ180 Я815845, БУ180 К816110-БУ180 Я816125, БУ180 Я816740 Б0401 Я815675, Б0401 Я815775-Б0401 Я815790, Б0401 Я816055-Б0401 Я816075, Б0401 Я816710, Б0401 Я817415, Б0401 Я817605, Б0401 Я817610, Б0401 Я817875-Б0401 Я817890

Подвижность (структурные белки компонентов жгутиков, белки Т388, факторы транскрипции и т. п.) 60 БУИ52 Я802520, БУИ52 Я803040, БУИ52 Я804050, БУИ52 Я804155-БУИ52 Я804170, БУИ52 Я804190, БУИ52 Я811330, БУИ52 Я812265-БУИ52 Я812335, БУИ52 Я812350-БУИ52 Я812370, БУИ52 Я812380-БУИ52 Я812415, БУИ52 Я812430-БУИ52 Я812495, БУИ52 Я812645-БУИ52 Я812675, БУИ52 Я816055, БУИ52 Я817890, БУИ52 Я818210 63 БУ180 Я800620-БУ180 Я800690, БУ180 Я800705-БУ180 Я800770, БУ180 Я800785-БУ180 Я800850, БУ180 Я800890-БУ180 Я800920, БУ180 Я806015, БУ180 Я806030-БУ180 Я806050, БУ180 Я806155, БУ180 Я810205, БУ180 Я813805, БУ180 Я813940, БУ180 Я814095, БУ180 Я815055, БУ180 Я816745, БУ180 Я817805 65 Б0401 Я804175-Б0401 Я804205, Б0401 Я804245-Б0401 Я804310, Б0401 Я804325-Б0401 Я804390, Б0401 Я804405-Б0401 Я804475, Б0401 Я805535, Б0401 Я808210, Б0401 Я808225-Б0401 Я808245, Б0401 Я808350, Б0401 Я809055, Б0401 Я814270, Б0401 Я814400, Б0401 Я814405, Б0401 Я815510, Б0401 Я815535, Б0401 Я817420,Б 0401 Я818125

Токсины (гемолизины, гемагглютинины, инсектицидные токсины, компоненты системы секреции и т. п.)

БУН52

БУН52

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

БУН52~

ОУН52

Я802010-11802025, Я802050, Я802160, Я802165, Я802870, Я803715, Я804415, Я806560, Я809205, Я809210, Я809485, Я811500, Я811655, Я812340, ЬЮ12345, ЬЮ 14045, Я814380, Я814385, ЬЮ 14405, Я814415, Я814800, Я815150, 1^15885, Я815940, Я815945, Я815965, Я816640

DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80 DVJ80

RS00025, RS0005 5, RS00695, RS01165-RS01180, RS0405 5, RS04060, RS04275, RS05255, RS05800, RS07190, RS07890-RS07895, RS08075, RS08465, RS08475, RS08495, RS08500, RS08835, RS09890, RS 10035, RS 13135, RS 13145, RS 13850, RS 14605, RS 16360, RS 17460, RS 17465, RS 17470, RS 17475, RS18145

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ40f

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ40f

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

DQ401

RS00790, RS00795, RS03 630, RS03 63 5, RS03640, RS03915-RS03930, RS04400, RS05040, RS05075, RS07450, RS07995, RS09490, RS09995, RS 10000, RS 10130-RS10145, RS 10470, RS 10870, RS 10890, RS 10895, RS 11230, RS 13600, RS 13610, RS 14315, RS 14995, RS 17035

Формирование биопленок (компоненты системы А1-2, белковые регуляторы) 9 БУИ52 Я808815, БУИ52 Я808825-БУИ52 Я808850, БУИ52 Я809170, БУИ52_Я812205 8 БУ180 Я800565, БУ180 Я801995-БУ180_Я802030 11 Б0401 Я802825-Б0401 Я802860, Б0401 Я803160, Б0401 Я804530, Б0401_Я810475

Уреазы 7 БУИ52 Я816945-БУИ52_Я816975 7 БУ180 Я814270-БУ180_Я814300 7 Б0401 Я815300-Б0401_Я815330

Регуляция синтеза капсул 4 БУИ52 Я812795-БУИ52 Я812805, БУИ52_Я816225 4 БУ180 Я801040-БУ180 Я801050, БУ180_Я815020 4 Б0401 Я804045-Б0401 Я804055, Б0401_Я814580

Инвазия 3 БУИ52 Я804140, БУИ52 Я804330, БУИ52 Я804340 1 БУ180_Я806060 1 Б0401_Я808255

Приложение 2. Геномные острова и островки в геномах штаммов М. тот^апИ ММ 1, ММ 4 и ММ 190, обнаруженные с

помощью программы IslandViewer4 с использованием методов Ыа^РаШ^!МОВ и SIGI-ИMM

Геном Размер, кб Расположение в геноме Количество генов Примечания

24.5 DYH52_RS15950-DYH52_RS15840 23 содержит компоненты системы токсин-

9* DYH52 RS15940-DYH52 RS15900 9 антитоксин II типа, гены транспозаз

5.7 DYH52_RS15890-DYH52_RS15865 6

10.8 DYH52_RS15555-DYH52_RS15505 11

15.7 DУИ52_RS14425-DУИ52_RS14500 15 содержит компоненты ЛБС-транспортера железа