Новые протеиназы грамотрицательных и грамположительных бактерий: характеристика, свойства и практическое применение тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, доктор наук Марданова Айслу Миркасымовна

• Марданова Айслу Миркасымовна
• доктор наук
• 2020

Оглавление диссертации доктор наук Марданова Айслу Миркасымовна

СОДЕРДЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Протеолитические ферменты бактерий: основы классификации и общие базы

1.1.1 Металлопротеиназы бактерий

1.1.2 Сериновые пептидазы

1.2 Функциональная роль протеиназ 30 1.2.1 Роль протеиназ в ответе на стресс и адаптации бактерий 31 1.2.2. Роль бактериальных протеиназ в инфекционной патологии

1.2.2.1 Внеклеточные (секретируемые) протеиназы как факторы вирулентности

1.2.2.2 Бактериальные протеиназы как мишени для терапии

1.3 Использование бактериальных протеиназ в различных областях

1.3.1 Использование бактериальных протеиназ в народном хозяйстве

1.3.2 Использование протеиназ в медицине 50 Заключение к обзору литературы

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Штаммы бактерий, плазмиды, культура эукариотических клеток

2.2 Питательные среды и условия культивирования

2.3 Выделение клеточного экстракта бактерий и определение концентрации белков

2.4 Определение протеолитической активности

2.5 Выделение и очистка белков

2.5.1 Выделение актина

2.5.2 Выделение актиноподобных и альфа-актининоподобных белков цианобактерий

2.5.3 Выделение и очистка протеиназ

2.6 Исследование физико-химических и биологических свойств протеиназ

2.6.1 Ингибиторный анализ

2.6.2 Исследование субстратной специфичности протеиназ

2.6.3 Характеристика энзиматических свойств протеиназ

2.6.4 Анализ фибринолитической, тромболитической и антикоагулянтной активностей протеиназ бацилл

2.6.5 Способность протеиназ к разрушению бактериальных биопленок

2.6.6 Оценка способности субтилизиноподобной протеиназы B. amyloliquefaciens к синтезу пептидных связей

2.7 Электрофорез

2.8 Идентификация N-концевой последовательности

2.9 Иммунологические исследования

2.9.1 Используемые антитела

2.9.2 ELISA и Western-иммуноблотинг

2.10 Выделение ДНК, ПЦР-амплификация и секвенирование ДНК

2.11 Биоинформатический анализ

2.12 Исследование инвазивных свойств энтеробактерий

2.12.1 Гентамициновый метод

2.12.2 Определение жизнеспособности клеток HeLa

2.12.3 Влияние внеклеточных метаболитов бактерий на монослой культуры клеток HeLa

2.13 Методы микроскопии

2.14 Получение актина, меченого 1,5-IAEDANS

2.15 Измерение спектра флуоресценции

2.16 Ингибирование ДНКазной активности

2.17 Статистическая обработка 73 3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

НОВЫЕ ПРОТЕИНАЗЫ ЭНТЕРОБАКТЕРИЙ

3.1 Выделение протеиназы из клеток Serratiagrimesii А2

3.1.1 Динамика накопления специфической активности в клетках бактерий S. grimesii 74 А2

3.1.2 Очистка протеиназы из клеточного экстракта S. grimesii А2

3.1.3 Характеристика протеиназы ECP

3.1.3.1 Влияние рН, температуры и ингибиторов на активность протеиназы

3.1.3.2 Протеолиз актина протеиназой ЕСР 32-гримелизином

3.1.3.3 Локализация пептидных связей, расщепляемых гримелизином при 81 ограниченном протеолизе актина, и субстратная специфичность протеиназы

3.2 Использование гримелизина для исследования молекулярных свойств актина

3.2.1 Характер расщепления нативного актина и сохранение его структуры

3.2.2 Способность «расщепленного» актина к полимеризации

3.2.3 Анализ структурных эффектов, индуцируемых взаимодействием ДНКазы I с 87 актином в мономерной форме или в комплексе с CapZ

3.2.3.1 Взаимодействие «расщепленного» актина с ДНКазой I

3.2.3.2 Влияние расщепления связи между 42-43 аминокислотными остатками 89 молекулы актина на формирование комплекса ДНКазы I с актином

3.2.3.3 Структурные модификации субдомена-1 молекулы актина при связывании с 90 ДНКазой I

3.2.3.4 Влияние ДНКазы-I на взаимодействие мономерного актина с белком CapZ

3.3 Секвенирование, аннотация и анализ генома S. grimesii A2

3.3.1 Морфология и физиология бактерий S. grimesii A2

3.3.2 Характеристика генома S. grimesii А2 и сравнение с геномами разных видов 97 Serratia

3.3.3 Анализ оперона, в который входит ген гримелизина

3.3.4 Поиск генов, кодирующих белки с пептидазной активностью в геноме S. grimesii 106 A2

3.4 Биоинформатический поиск в геномах различных видов бактерий генов 107 ортологов гримелизина и анализ геномных локусов

3.4.1 Скрининг геномов различных бактерий на наличие генов-ортологов ЕСР 107 32/гримелизина S. grimesii

3.4.2 Структурная организация локусов генов металлопротеазы в геномах разных 110 энтеробактерий

3.5 Идентификация и анализ генов гипотетических металлопротеиназ в геномах 113 штаммов Morganella morganii ZM и Providencia stuartii NK

3.5.1 Секвенирование последовательности генов-аналогов гримелизина

3.5.2 Анализ протеолитической активности в клетках M. morganii ZM и P. stuartii NK

3.5.3 Выделение внутриклеточной металлопротеиназыM. morganii ZM

3.6 Внеклеточные металлопротеиназы энтеробактерий

3.6.1 Идентификация внеклеточной металлопротеиназы S. grimesii A2

3.6.2 Особенности биосинтеза внеклеточной протеиназы Proteus mirabilis

3.6.3 Цитотоксическое действие секретируемых протеиназ энтеробактерий на клетки 128 HeLа

3.7 Характеристика инвазии бактерий M. morganii ZM, P. stuartii NK и P. mirabilis 129 5127-1 клеток M HeLa

3.7.1 Жизнеспособность клеток M HeLa в зависимости от инфицирующей дозы 129 бактерий P. mirabilis 5127-1 и M. morganii ZM

3.7.2 Влияние инфицирующей дозы и возраста бактериальной культуры на 129 инвазивные свойства бактерий

3.7.3 Изучение морфологии клеток HeLa, инфицированных энтеробактериями, 133 методом конфокальной микроскопии

3.8 Актино- и а-актининоподобные белки у цианобактерий

3.8.1 Очистка и структурные характеристики актиноподобного белка из Synechocystis 138 и его взаимодействие с очищенными мышечными белками

3.8.2 Характеристика актино- и а-актининоподобных белков в Spirulina

НОВЫЕ ПРОТЕИНАЗЫ БАЦИЛЛ

3.9 Выделение сериновых протеиназ бацилл и оптимизация их биосинтеза

3.9.1 Динамика роста, биосинтеза сериновых протеиназ и спорообразования культур 145 Bacillus amyloliquefaciens Н2 и Bacillus pumilus КММ

3.9.2 Влияние компонентов питательных сред на эффективность синтеза протеиназ B. 147 amyloliquefaciens Н2 и B. pumilus КММ

3.9.3 Выделение из культуральной жидкости субтилизиноподобных протеиназ и 154 глутамилэндопептидаз B. amyloliquefaciens Н2 и B. pumilus КММ

3.10 Характеристика свойств внеклеточных протеиназ бацилл

3.10.1 Ингибиторный анализ активности протеиназ B. amyloliquefaciens и B. pumilus

3.10.2 Энзиматические свойства сериновых протеиназ B. amyloliquefaciens и B. 158 pumilus

3.10.3 Субстратная специфичность сериновых протеиназ B. amyloliquefaciens и B. 163 pumilus

3.11 Регуляция биосинтеза внеклеточных протеиназ бацилл

3.11.1 Взаимосвязь споруляции и биосинтеза внеклеточной протеиназы B. pumilus

3.11.2 Регуляция биосинтеза субтилизиноподобной протеиназы

3.12 Потенциал использования бациллярных протеиназ в медицине

3.12.1 Характеристика фибринолитической, тромболитической и антикоагулянтной 172 активностей сериновых протеиназ B. amyloliquefaciens и B. pumilus

3.12.2 Способность субтилизиноподобных протеиназ B. amyloliquefaciens к

ферментативному синтезу пептидных связей

3.12.3 Влияние бациллярных протеиназ на биопленки

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Протеиназы энтеробактерий

4.2 Протеиназы бацилл

4.3 Применение бактериальных протеиназ

4.3.1 Использование гримелизина в исследованиях актина

4.3.2 Использование сериновых протеиназ бацилл 203 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 206 СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ 209 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 211 ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые протеиназы грамотрицательных и грамположительных бактерий: характеристика, свойства и практическое применение»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования. Протеолитические ферменты представляют одну из важных групп ферментов, которые обнаружены у всех организмов от вирусов до высших эукариот, и обеспечивают белковый обмен клетки. Первичная роль протеолитических ферментов связана со способностью к гидролизу пептидных связей. Вторичная роль этих ферментов чрезвычайно разнообразна и опосредована активацией или инактивацией функций белков и пептидов. Протеазы были открыты в XIX веке: в 1836 году немецкий ученый Т. Шванн описал пепсин, а в 1856 году Л. Корвизар - трипсин. После этого начинается история интенсивных исследований и применения протеолитических ферментов.

В результате секвенирования большого количества геномов про- и эукариот и сравнительного биоинформатического анализа полученных данных стало известно, что в клетках значительная часть генома представлена генами протеолитических ферментов. Так, в геноме человека предсказано наличие более 500 генов, кодирующих белки с протеолитической активностью [Puente et al., 2005]. В геномах прокариот не менее 2-4% всех генов кодируют протеолитические ферменты [Lindsay et al., 2017; Rawlings et al., 2018]. Такое высокое количество различных протеолитических ферментов в клетках может быть обосновано чрезвычайно важной ролью этих белков для функционирования живых организмов. Высокий интерес к этой группе ферментов обусловил разработку современных Баз Данных по пептидазам, важнейшей среди которых является БД MEROPS, в которой на октябрь 2019 года содержится информация о 1137158 последовательностях (4341 индивидуальных пептидаз) [https://www.ebi.ac.uk/merops/cgi-bin/statistics_index?type=P]. Возможность использования на современном этапе омиксных технологий и исследований in silico открывает перспективы для идентификации новых бактериальных протеиназ. Новые знания и методы в геномике, транскриптомике и деградомике могут помочь раскрыть роль, которую играют разнообразные протеиназы в физиологии клетки в норме и патологии.

Наиболее интенсивно изучаемыми и используемыми в практике являются протеиназы микробного происхождения [Anandharaj et al., 2016; Rehman et al., 2017; Contesini et al., 2018; Razzag et al., 2019, Thapa et al., 2019]. Использование протеиназ, обладающих высокой активностью и различной субстратной специфичностью, является важным этапом современных биотехнологий и позволяет обеспечить эффективность и экологическую безопасность. В настоящее время протеолитические ферменты применяют в пищевой [Feijoo-Siota et al., 2014; Suzuki et al., 2017] и кожевенной промышленности [Zambare et al., 2011; Zaraî Jaouadi et al., 2015], производстве моющих средств [Demain and Adrio, 2008; Niyonzima and More, 2015], переработке отходов [Vidmar and Vodovnik, 2018] и др. Важным аспектом является использование протеиназ

в медицинских целях [Brandelli et al., 2010; Kunamneni and Durvasula, 2014; Duarte et al., 2016] и сельском хозяйстве [Olukosi et al., 2015; Erdaw et al., 2018], а также в научных исследованиях [Cassady-Cain et al., 2016; Umeki et al., 2016; Schwebach et al., 2017].

Помимо потенциала практического применения протеиназы привлекают исследователей как ключевые участники всех процессов, протекающих в живых организмах. Протеолитические ферменты принципиально важны для роста, размножения организмов, регуляции различных процессов [Ehrmann and Clausen, 2004; Mo and Burkholder, 2010; Barchinger and Ades, 2013; Konovalova et al., 2014]. Другим аспектом исследования микробных протеиназ является выявление их роли в патогенезе различных заболеваний [Hodgson et al., 2015; Korhonen, 2015; Benitez and Silva, 2016; Hodgson and Wan, 2016]. Понимание вклада микробных протеиназ в вирулентный потенциал патогенов и механизма их действия важно для развития новых подходов в терапии инфекционных болезней [Marshall et al., 2017; Tapader et al., 2019].

Протеолитические ферменты различаются размерами, структурной организацией и физико-химическими свойствами. Важной характеристикой протеиназ, определяющей потенциал их использования, является субстратная специфичность. Протеиназы с узкой специфичностью - это удобный инструмент в исследовании структуры, свойств и функциональной активности многофункциональных белков. Примером такого белка является скелетно-мышечный актин, в структуре которого идентифицировано несколько активных центров и который существует в клетках в фибриллярной и глобулярной формах [Dominguez and Holmes, 2011; De La Cruz and Gardel, 2015]. Протеиназы с узкой специфичностью позволяют проводить ограниченный протеолиз белковых субстратов с формированием крупных фрагментов, сохраняющих пространственную структуру и активность, что важно для исследования тонких механизмов функционирования мультифункциональных белков [Cassady-Cain et al., 2016]. Например, для исследования свойств актина ранее использовали такие протеиназы, как субтилизин, трипсин и химотрипсин [Kudryashov et al., 2008; Umeki et al., 2016]. Однако эти протеиназы обладают широкой субстратной специфичностью, что затрудняет проведение ограниченного протеолиза актина и получение стабильных фрагментов. С другой стороны, протеиназы с высокой активностью и широкой специфичностью эффективны в деструкции белковых компонентов биопленок, что позволяет использовать их для борьбы с последними.

Наиболее широко в клетках представлены металлопептидазы и сериновые пептидазы -белки, чрезвычайно различающиеся по свойствам и функциям. Однако выделена и охарактеризована только небольшая доля аннотированных протеиназ. Энтеробактерии и бациллы являются важнейшими группами микроорганизмов с точки зрения инфекционной патологии человека и биотехнологии, в связи с чем систематизация знаний о протеолитических

ферментах этих бактерий, характеристика новых протеиназ, оценка практического потенциала остаются актуальной проблемой современной микробиологии.

Таким образом, высокий интерес к протеолитическим ферментам обусловлен фундаментальной ролью этих белков в физиологии всех живых клеток и возможностью практического применения. Поиск и характеристика новых протеиназ необходимы для понимания конкретной роли в физиологических процессах клеток и увеличения арсенала практически ценных белков.

Целью работы является структурная и функциональная характеристика новых металлопротеиназ энтеробактерий и сериновых протеиназ бацилл, анализ их генетических детерминант и оценка потенциала практического применения.

В работе решались следующие задачи:

1. Выделить и охарактеризовать физико-химические и энзиматические свойства новой внутриклеточной металопротеиназы Serratia grimesii А2, ограниченно расщепляющей скелетно-мышечный актин с образованием стабильного комплекса из N- и C-концевого фрагментов. Провести анализ данных полногеномного секвенирования штамма S. grimesii А2 для выявления всех металлопептидаз.

2. Охарактеризовать свойства скелетно-мышечного актина с использованием метода ограниченного протеолиза гримелизином и выявить молекулярные особенности взаимодействия актина с актин-связывающими белками.

3. Выявить и охарактеризовать гены гримелизиноподобных металлопротеаз в геноме энтеробактерий родов Morganella и Providencia. Провести сравнительную характеристику гримелизина S. grimesii и гомологичных металлопротеиназ энтеробактерий родов Morganella и Providencia. Охарактеризовать влияние фазы роста бактерий, инфицирующей дозы, времени инкубации и внеклеточной протеолитической активности на инвазивный потенциал Morganella morganii ZM, Providencia stuartii NK и Proteus mirabilis 5127-1.

4. Идентифицировать актиноподобные белки цианобактерий Spirulina и Synechocystis по антигенным детерминантам, присущим эпитопам актина.

5. Выделить и охарактеризовать внеклеточные протеиназы бацилл, подобрать условия для оптимальной продукции и выявить регуляторную сеть для контроля их биосинтеза. Оценить потенциал использования внеклеточных сериновых протеиназ бацилл в качестве тромболитиков, агентов деструкции биопленок и энзиматического синтеза пептидов.

Научная новизна полученных результатов. В работе впервые выделены и охарактеризованы новые бактериальные протеиназы грамотрицательных и грамположительных бактерий. Получена в гомогенном состоянии и детально охарактеризована внутриклеточная металлопротеиназа S. grimesii A2. Впервые дана биохимическая характеристика гримелизина, и

показано, что особым свойством фермента является узкая субстратная специфичность и способность к ограниченному протеолизу скелетно-мышечного актина с образованием стабильного комплекса из двух фрагментов с молекулярными массами 8 и 36 кДа.

Использование иммунологических методов и антител к различным локусам молекулы мышечного актина позволило идентифицировать в клетках цианобактерий Spirulina и Synechocystis прокариотические актиноподобные белки, а также актин-связывающие белки.

Впервые секвенирован геном штамма S. grimesii А2 и проведен анализ всех генов гипотетических протеолитических ферментов бактерии. В геноме идентифицировано более 40 генов металлопротеиназ. Биоинформатический анализ показал, что протеиназы, гомологичные гримелизину, встречаются только у некоторых родов энтеробактерий, но обнаруживаются у филогенетически отдаленных бактерий (например, актинобактерий и фирмикутов). В геномах клинических изолятов M. morganii ZM и P. stuartii NK нами идентифицированы последовательности генов гомологичных гримелизину, но показано, что геномные локусы сильно различаются. Впервые выделен препарат новой внутриклеточной металлопротеиназы M. morganii с молекулярной массой 35 кДа. Установлено, что биосинтез внеклеточной металлопротеиназы P. mirabilis 5127-1 индуцируется в присутствии мочевины и наличие этого белка определяет цитопатический эффект бактерий в отношении эукариотических клеток.

В работе охарактеризованы новые внеклеточные сериновые протеиназы, субтилизиноподобные и глутамилэндопептидазы, из двух видов бацилл - B. amyloliquefaciens и B. pumilus. Установлено, что биосинтез внеклеточных субтилизиноподобных протеиназ B. pumilus контролируется сложной регуляторной сетью в зависимости от стадии роста: 1) двухкомпонентной системой DegS-DegU, 2) катаболитной репрессией, 3) плейотропным регуляторным белком AbrB, а также 4) транскрипционным фактором Spo0A.

Теоретическая и практическая значимость. Результаты исследований вносят вклад в расширение представления о разнообразии протеиназ в клетках грамотрицательных и грамположительных бактерий. Систематизация знаний, выделение и характеристика новых протеолитических ферментов с различной субстратной специфичностью являются фундаментом для практического использования ферментов.

Продуктивность штаммов по синтезу внеклеточных сериновых протеиназ была повышена до 10 раз за счет оптимизации состава питательной среды для культивирования бацилл. Данные по молекулярным механизмам контроля биосинтеза протеиназ и подходы по оптимизации состава среды культивирования могут быть полезны при разработке стратегии синтеза ферментов промышленными штаммами бактерий. Разработаны методы выделения и очистки гомогенных препаратов гримелизина, субтилизиноподобных протеиназ и глутамилэндопептидаз, что увеличивает арсенал белков, используемых в научных исследованиях

и практических целях. Изучаемые ферменты обладают практически ценными свойствами. Новая металлопротеиназа Serratia grimesii с узкой специфичностью может быть использована для исследования свойств скелетно-мышечного актина и других мультифункциональных белков. «Расщепленный» актин, полученный с помощью гримелизина, позволил изучить молекулярные механизмы взаимодействия актина с различными белками, а также получить кристаллы актина для исследования третичной структуры. Препарат внутриклеточной металлопротеиназы M. morganii может быть использован для изучения особенностей структуры и свойств нового фермента, характеристики его роли как потенциального фактора вирулентности этих условно-патогенных бактерий. Выявление способности бактерий трибы Proteeae инвазировать эукариотические клетки важно для расшифровки механизмов патогенеза уропатогенных инфекций, поиска новых мишеней и разработки новых стратегий для терапии инфекций, вызванных этими возбудителями. Наличие тромболитической и антикоагулянтной активностей у субтилизиноподобных протеиназ B. amyloliquefaciens и B. pumilus делает эти ферменты перспективными для лечения заболеваний, связанных с возникновением тромбов. Показана возможность синтеза трипептида - специфического хромогенного субстрата протеиназ - с помощью субтилизиноподобных протеиназ 1 и 2 B. amyloliquefaciens. Установлено, что субтилизиноподобные протеиназы могут быть использованы для разрушения биопленок, образованных различными патогенными бактериями.

Методология и методы исследования. В работе использованы современные методы микробиологии, биохимии, молекулярной биологии и биоинформатического анализа, а именно секвенирование, сборка и аннотация бактериального генома, методы выделения гомогенных белков и характеристика их физико-химических и энзиматических свойств, методы иммуноферментного и иммунохимического анализа, методы микроскопии и др.

Положения, выносимые на защиту:

1. В геноме бактерий S. grimesii A2 идентифицированы 47 генов, кодирующих металлопептидазы, в том числе гримелизин - металлопротеиназа семейства М4, обладающая узкой субстратной специфичностью и участвующая в инвазии бактерий. Гримелизин выделен в гомогенном состоянии, протеаза расщепляет скелетно-мышечный актин по связи Gly42-Val43 с образованием стабильного комплекса из 36- и 8 кДа-фрагментов, частично утерявшего способность к полимеризации, но способного к взаимодействию с актин-связывающими белками. Гримелизин является удобным инструментом для исследования свойств актина.

2. Бактерии M. morganii ZM и P. stuartii NK способны к инвазии эукариотических клеток. В геномах бактерий идентифицированы гомологи гримелизина. Металлопротеиназа M. morganii ZM выделена в высокоочищенном виде, имеет молекулярную массу 35 кДа и неспецифически расщепляет актин.

3. Инвазия P. mirabilis 5127-1 клеток эпителиоидной карциномы шейки матки человека М HeLa, в отличие от M. morganii ZM и P. stuartii NK, сопровождается выраженным цитопатическим действием, обусловленным активностью секретируемой металлопротеиназы. Внеклеточная металлопротеиназа P. mirabilis 5127-1 способна образовывать две изоформы; изоформа с молекулярной массой 52 кДа более стабильна и не подвергается процессингу при культивировании бактерий на среде с мочой.

4. Сериновые протеиназы бацилл активируются в период их клеточной дифференцировки. Выделены и охарактеризованы сериновые протеиназы B. amyloliquefaciens и B. pumilus, установлены оптимальные условия для их биосинтеза и сеть сигнальной трансдукции (катаболитная репрессия, системы DegU и Spo0A), участвующая в экспрессии соответствующих генов, установлены практически значимые характеристики протеиназ: фибринолитическая, тромболитическая, антикоагулянтная активности; пептидсинтетическая активность; способность к деструкции биопленок патогенных грамотрицательных бактерий.

Апробация работы и публикации. По материалам работы опубликовано 50 статей в рецензируемых журналах, индексируемых в базе РИНЦ и рекомендованных ВАК РФ, из которых 44 в журналах, индексируемых Web of Science и Scopus, 6 - в отечественных журналах, 47 тезисов, получено 3 патента. Работа выполнена в рамках государственной программы повышения конкурентоспособности Казанского (Приволжского)

федерального университета среди ведущих мировых научно-образовательных центров РФ. Работа поддержана грантами: РНФ №16-16-04062 2016-2020 гг. «Разработка новых подходов с применением бактериальных ферментов и пробиотиков для повышения усвояемости корма сельскохозяйственной птицы на основе изучения физиологии ее пищеварения»; Госзадание 14-83 2014-2016 гг. «Микробные ферменты и метаболиты как основа новых технологий в сельском хозяйстве»; РФФИ №13-04-97130-р_поволжье_а 2012-2014 гг. «Гидролазы энтеробактерий как факторы вирулентности»; РФФИ №09-04-99044-р_офи 20092010 гг. «Сериновые протеиназы бацилл как потенциальные лекарственные препараты микробного происхождения»; РФФИ №05-04-48182а 2005-2007 гг. «Роль сигнальной трансдукции в регуляции синтеза внеклеточных гидролаз бацилл»; РФФИ №01-04-48037-а «Внеклеточные ферменты спорообразующих бактерий и их участие в процессе спорообразования»; ФЦП Соглашение № 14.A18.21.1516 «Регуляторная роль гидролаз энтеробактерий в патогенезе оппортунистических инфекций» 20.09.2012-15.11.2013 гг.; Федеральной целевой программой (ФЦП) Соглашение № 14.A18.21.1118 «Выяснение механизмов инвазии оппортунистических патогенов рода Morganella и Providencia» 14.09.201215.11.2013 гг.; ФЦП ГК № П815 от 24 мая 2010 г. «Новые агробиопрепараты на основе бактериальных гидролаз»; ФЦП ГК № П1053 от 31 мая 2010 г «Современные технологии

создания биопрепаратов на основе моделирования бактериальных генов»; ФЦП ГК № П406 от 12 мая 2010 г. «Микробные гидролазы как основа новых агробиотехнологий».

Материалы диссертации представлены и обсуждены на IV Международной научной конференции «Современное состояние, проблемы и перспективы развития аграрной науки» (Ялта, 2019); на Международной конференции «Трансляционная медицина 2016» (Казань, 2016); на XIII Международной научной конференции «Ферменты микроорганизмов: структура, функции, применение» (Казань, 2005); на VI Международной научно-практической конференции «Биотехнология: наука и практика» (Ялта, 2018); на III и IV Международных научно-практических конференциях «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Казань, 2012, 2014); на 9, 15, 19 Международных Пущинских школах-конференциях молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2005; 2011; 2015); на 41-м Конгрессе FEBS «Molecular and Systems Biology for a Better Life» (Ephesus/Ku§adasi, Turkey, 2016); на 8 Европейском конгрессе по Биотехнологии (Будапешт, 1997); на I и II Международных конгрессах «Биотехнология: состояние и перспективы развития» (Москва, 2002, 2003); на конгрессе FEMS of European Microbiologist «Bacillus-2003» (Ljubljania, Slovenia, 2003); на VII Всероссийской конференции «Протеолитические ферменты: структура, функции, эволюция» (Петрозаводск, 2014); на IV, V и VI Российских симпозиумах «Белки и пептиды» (Казань, 2009; Петрозаводск, 2011; Уфа, 2013); на III, V и VI симпозиумах «Химия протеолитических ферментов» (Москва, 1993, 2002, 2007); на IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008).

Личный вклад автора. Представленные в работе экспериментальные данные получены лично автором, либо при его непосредственном участии на всех этапах исследования, включая планирование и проведение экспериментов, обработку и анализ полученных результатов, оформление и публикацию статей. Планирование экспериментов по выделению гримелизина проведено совместно с д.б.н. С.Ю. Хайтлиной (Институт Цитологии РАН, РФ), экспериментов по выделению и идентификации актиноподобного белка и актин-связывающих белков цианобактерий осуществлено совместно с профессором Ив Беньямином (Институт белка, Монпелье, Франция). Секвенирование генома S. grimesii A2 проведено в Геномном центре Междисциплинарного центра Института фундаментальной медицины и биологии (ИФМиБ) КФУ. Сканирующая микроскопия клеток S. grimesii A2 проведена на сканирующем электронном микроскопе Merlin в Междисциплинарном центре микроскопии КФУ с участием к.б.н. В.Г. Евтюгина. Конфокальная микроскопия проведена на микроскопе LSM 780 (Carl Zeiss) в Междисциплинарном центре микроскопии КФУ и Leica TCS SL в Институте цитологии РАН с участием к.б.н. Т.Н. Ефремовой и к.б.н. Е.О. Божокиной.

Объем и структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов исследования, результатов исследований, обсуждения результатов, выводов, списка цитируемой литературы и приложения. Текст изложен на 263 страницах, проиллюстрирован 98 рисунками, включает 30 таблиц; список литературы содержит 474 (в том числе англоязычных 443) библиографических источников и 17 ссылок на электронные ресурсы. Приложение включает данные по идентифицированным в геноме 5. grmesii генам с протеолитической активностью (таблица П1), данные по гипотетическим металлопротеиназам grimesii (таблица П2), данные о гомологах гримелизина в различных бактериях (таблица П3).

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Протеолитические ферменты бактерий: основы классификации и общие базы данных

По типу катализируемых реакций ферменты подразделяются на шесть классов (КФ, EC -Enzyme Comission code). Классификация ферментов (КФ, EC) разработана Международным союзом Биохимии и Молекулярной биологии (International Union of Biochemistry and Molecular Biology) [NC-IUBMB, 1992]. Все ферменты с протеолитической активностью предложено называть общим термином пептидазы [Barrett and McDonald, 1986] и по принятой классификации они отнесены к третьему классу - гидролазам. Каждый класс содержит подклассы, в связи с этим фермент описывается совокупностью четырех чисел, разделенных точками. Таким образом, гидролазы КФ^^ 3.4 объединяют ферменты, гидролизующие пептидные связи. Изначально протеолитические ферменты подразделялись на четыре класса: сериновые, цистеиновые, аспартатные и металлопротеазы на основании механизма катализа [Hartley, 1960]. Позднее были добавлены еще три категории: N-концевые треониновые пептидазы, глутаматные пептидазы и аспарагиновые пептидазы [Barrett and McDonald, 1986; Rawlings et al., 2010]. Пептидазы (допускается использование также термина «протеазы») делятся на экзопептидазы и эндопротеиназы. Экзопептидазы отщепляют аминокислотные остатки с концов пептидных и белковых молекул (Рисунок 1). Экзопептидазы могут быть разделены на аминопептидазы и карбоксипептидазы, отщепляющие аминокислотные остатки с N- или C-концов молекулы соответственно. Эндопептидазы (протеиназы) расщепляют пептидные связи внутри молекулы белков [Barrett and McDonald, 1986].

Гидролазы, расщепляющие пептидную связь Пептидазы (= Протеазы)

Гидролазы, расщепляющие

Гидролазы, расщепляющие

концевые пептидные связи

внутренние пептидные связи Эндопептидазы (= Протеиназы)

Экзопептидазы

Рисунок 1 - Схема, иллюстрирующая принятые термины для основных типов

протеолитических ферментов.

В зависимости от того, какой каталитический аминокислотный остаток расположен в активном центре, все эндопептидазы разделяют на пять групп на основе каталитического типа: сериновые (КФ 3.4.21), цистеиновые (КФ 3.4.22), аспартатные (КФ 3.4.23), металлопротеазы (КФ 3.4.24) и треониновые (КФ 3.4.25). Кроме этих групп имеются эндопептидазы с неизвестным механизмом катализа (КФ 3.4.99). Полная номенклатура протеолитических ферментов отражена на сайте [http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/].

В 1993 году A.J. Barret c коллегами предложили классифицировать протеиназы на основе их эволюционного родства, что нашло отражение в гомологии первичных структур белков [Rawlings and Barret, 1993]. Авторы предложили иерархическую систему, согласно которой в семейство объединяется группа ферментов, каждый член которой демонстрирует эволюционное родство (близость) этой группы на основе гомологии полной последовательности молекулы или участка, ответственного за каталитическую активность. В некоторых семействах можно выделить отдельные группы, относительно удаленные друг от друга. Графически такое семейство может быть изображено в виде дерева, где группы образуют ветви. Такие группы внутри семейства предложено называть субсемействами [Rawlinga and Barret, 1999, a]. Авторы объединили близкородственные семейства в кланы на основе признаков эволюционной близости, включая отсутствие гомологии в последовательностях. Об эволюционной близости могут свидетельствовать такие признаки, как каталитические остатки и третичная структура белков. Кроме того, важно учитывать особенности каталитических характеристик и ингибиторную чувствительность ферментов. В результате анализа огромного массива данных была разработана База данных (БД) протеолитических ферментов MEROPS, которая стартовала с 1996 года в Институте в Бабрахаме, Англия (Babrahan Institude) [Rawlings and Barrett, 1999, б]. С октября 2002 года БД MEROPS базируется в Институте Сенгера, Англия (Wellcome Trust Sanger Institute) [Rawlings et al., 2004]. Основным принципом MEROPS является классификация протеолитических ферментов по сходству третичной структуры в кланы и по сходству последовательностей в семейства [Rawlings, 2019].

Таким образом, MEROPS является Базой данных о пептидазах, которые классифицируются в семейства, а семейства сгруппированы в кланы [https://www.ebi.ac.uk/merops/]. Для каждой пептидазы, семейства и клана присвоен свой идентификационный номер, который начинается с прописной буквы, которая показывает к какому каталитическому типу относится протеаза в группе. Для обозначения семейства используются буквы «А» (аспарагин), «С» (цистеин), «М» (металло), «S» (серин), «Т» (треонин), «U» (unknown type - неизвестный тип), «Р» (смешанные). Следовательно, семейство сериновых и металлопротеиназ обозначается, как S или M соответственно. Внутри некоторых семейств выделяют подсемейства. Например, семейство сериновых протеиназ S1 включает в себя шесть

подсемейств, которые обозначают как S1A (типовой фермент - хемотрипсин А), S1B (типовой фермент - глутамилэндопептидаза 1) и т.д. Кланы обозначают двумя буквами. Так, клан сериновых протеиназ SB включает два семейства - S8 (субтилизинов - типовой белок субтилизин Карлсберг) и S53 (седолизинов - типовой белок седолизин Pseudomonas sp. 101). Идентификатор для индивидуального белка состоит из названия семейства (длиной в три символа; при необходимости дополнительно вводится нуль), точки и трехзначного серийного номера. Например, субтилизин Карлсберг Bacillus licheniformis имеет код S08.001, термолизин Bacillus thermoproteolyticus - М04.001, псевдолизин Pseudomonas aeruginosa - М04.005 [https://www.ebi.ac.uk/merops/cgi-bin/famsum?family].

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Марданова Айслу Миркасымовна, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Балабан, Н. П. Новая адамализиноподобная микробная металлоэндопептидаза / Н. П. Балабан, Н. Л. Рудакова, А. Р. Сабирова, М. Р. Шарипова // Биоорганическая химия. - 2012. - Т. 38. - № 4. - С. 1-8. (а)

2. Балабан, Н. П. Очистка и характеристика тиолзависимой сериновой протеиназы 2 Bacillus intermedius 3-19 / Н. П. Балабан, А. М. Марданова, М. Р. Шарипова, Л. А. Габдрахманова, Е. А. Соколова, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Биохимия. - 2004. - Т.69. - №4. - С. 519-526.

3. Балабан, Н. П. Получение и характеристика глутамилэндопептидазы 2 Bacillus intermedius 3-19 / Н. П. Балабан, А. М. Марданова, М. Р. Шарипова, Л. А. Габдрахманова, Е. А. Соколова, А. В. Гарусов, Е. И. Мильготина, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Биохимия. - 2003.

- Т.68. - №11. - С. 1514-1521. (а)

4. Балабан, Н. П. Синтез и секреция протеиназ Bacillus intermedius 3-19 на поздних стадиях спорообразования / Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова, Л. А. Габдрахманова, А. М. Марданова, Ю. С. Токмакова, Е. А. Соколова, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Микробиология. - 2003. - Т.72.

- №3. - С. 338-342. (б)

5. Балабан, Н. П. Структурные особенности и функциональная значимость метцинкиновых металлоэндопептидаз / Н. П. Балабан, Н. Л. Рудакова, М. Р. Шарипова // Биоорганическая химия.

- 2013. - Т.39. - №5. - С. 552-557.

6. Балабан, Н. П. Структурно-функциональные особенности и свойства метцинкинов / Н. П. Балабан, Н. Л. Рудакова, М. Р. Шарипова // Биохимия. - 2012. - Т.77. - №2. - С. 149-159. (б)

7. Вышлов, Е. В. Сравнительная эффективность ферментного препарата с тромболитическим действием при внутрипредсердном тромбозе и спонтанном эхоконтрастировании у больных с фибрилляцией предсердий / Е. В. Вышлов, Р. Е. Баталов, В. А. Марков, С. В. Попов // Российский кардиологический журнал. - 2015. - Т.9. - С. 71-74.

8. Габдрахманова, Л.А. Оптимизация среды культивирования для продукции глутамилэндопептидазы Bacillus intermedius 3-19 / Л. А. Габдрахманова, Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова, Ю. С. Токмакова, Е. А. Соколова, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Микробиология.

- 2002. - Т.71. - №3. - С. 323-329.

9. Демидюк, И. В. Особенности функциональной организации глутамилэндопептидаз / И. В. Демидюк, С. В. Костров // Мол. Биология. - 1999. - Т.33.- №1. - С. 100-105.

10. Замалютдинова, Н. М. Новая металлоэндопептидаза Morganella morganii / Н. М. Замалютдинова, Л. Ф. Миннуллина, М. Р. Шарипова, А. М. Марданова // Биоорганическая химия.

- 2014. - Т.40. - №6. - С. 682-687.

11. Ицкович, Е.Л. Биосинтез щелочной внеклеточной протеиназы Bacillus intermedius / Е. Л. Ицкович, Л. В. Знаменская, Н. П. Балабан // Микробиология. - 1995. - Т.64. - №5. - С. 623-629.

12. Краснов, С. И. Комплекс программ «BIOPT» для оптимизации в биологических исследованиях / С. И. Краснов, Л. В. Знаменская // Биологические науки. - 1992. - №2. - С.15-18.

13. Люблинская, Л. А. ^-Нитроанилиды пироглутамилпептидов - хромогенные субстраты сериновых протеиназ /Л. А. Люблинская, И. Хайду, Г. Н. Баландина, И. Ю. Филиппова, А. И. Маркарян, Е. Н. Лысогорская, Е. С. Оксенойт, В. М. Степанов // Биоорганическая химия. - 1987.

- Т.13. - С. 748-753.

14. Мадонов, Л. Г. Фармакологические свойства и клиническое применение Тромбовазима / Л. Г. Мадонов, К. И. Ершов, М. А. Шилова // Флебология. - 2014. - Т.8. - №2. - С. 90-91.

15. Мадонов, П. Г. Опыт клинического применения нового лекарственного препарата Тромбовазим в сосудистой хирургии / П. Г. Мадонов, Д. Н. Киншт, К. И. Ершов и др. // Ангиология и сосудистая хирургия. - 2015. - Т.21. - №1. - С. 99-104.

16. Марданова, А. М. Субтилизиноподобная протеиназа, секретируемая штаммом Bacillus pumilus KMM 62 на разных фазах роста / А.М. Марданова, Л.А. Маликова, Н.Б. Балабан, Н.М. Замалютдинова, М.Р. Шарипова // Биоорг. хим. - 2012. - Т.38, №2. - С. 234-241.

17. Марданова, А. М. Эффлюкс системы Serratia marcescens / А. М. Марданова, Л. М. Богомольная, Ю. Д. Романова, М. Р. Шарипова // Микробиология - 2014. - Т.83. - № 1. - С. 3-14.

18. Мишенина, С. В. Эффективность перорального препарата Тромвобазим® в терапии тромбозов глубоких вен нижних конечностей / С. В. Мишенина, П. Г. Мадонов, Д. Н. Киншт, Т. А. Эмедова, С. П. Зотов, М. С. Уфимцев, С. Г. Леонтьев // Ангиология и сосудистая хирургия. -2016. - Т.22. - №3. - С. 1-5.

19. Можина, Н. В. Коллагенолитические ферменты патогенных микроорганизмов / Н. В. Можина, Г. Н. Руденская // Биомедицинская химия. - 2004. - Т.50. - №6. - С. 539-553.

20. Мосолова, О. В. Glu, Asp-специфичная протеиназа актиномицетов / О. В. Мосолова, Г. Н. Руденская, В. М. Степанов, О. М. Ходова, И. А. Цаплина // Биохимия. - 1987. - Т.52. - №3. - С. 414-422.

21. Новикова, Т. М. Внеклеточная протеаза Bacillus alvei B-724 / Т. М. Новикова, С. Н. Выборных, Н. С. Егоров, Ж. К. Лория // Прикладная биохимия и микробиология. - 1986. - Т.22.

- №6. - С. 772-777.

22. Плотников, М. Б. Антитромботический и тромболитический эффект нового протеолитического препарата Тромбовазим / М. Б. Плотников, А. М. Дыгай, О. И. Алиев и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2009. - Т.147. - №4. - С. 418-421.

23. Ревина, Л. П. Исследование действия Glu-, Asp-специфичной протеиназы Streptomyces thermovulgaris на пептидные субстраты / Л. П. Ревина, Н. В. Хайдарова, Г. Н. Руденская, Н. И. Гребенщиков, Л. А. Баратова, В. М. Степанов // Биохимия. - 1989. - Т.54. - №5. - С.1230-1241.

24. Руденская, Г. Н. Глутамилэндопептидазы микроорганизмов - новое подсемейство химотрипсиновых протеиназ / Г. Н. Руденская // Биоорг. Химия. - 1998. - Т.24. - №4. - С. 256261.

25. Тойменцева, А. А. Новое филогенетическое положение штамма Bacillus intermedius 3-19. /А. А. Тойменцева, А. Р. Сабирова, А. Д.Мухаметзянова, А. И. Ахметова, А. М. Марданова, Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова // Микробиология. - 2011. - Т.80. - №3. - С. 424-426.

26. Туроверов, К. К. Флуоресцентные свойства и определение содержания нативного актина в его препаратах / К. К. Туроверов, С. Ю. Хайтлина, Г. П. Пинаев // Биохимия. - 1975. - Т.40. -№2. - С. 316-322.

27. Усманова, А. М. Протеаза бактерий E. coliA2, специфически расщепляющая актин / A. M. Усманова, С. Ю. Хайтлина // Биохимия. - 1989. - №54. - С. 1308-1314.

28. Хайдарова, Н. В. Glu-, Asp-специфичная протеиназа из Streptomyces thermovulgaris/Н. В. Хайдарова, Г. Н. Руденская, Л. П. Ревина, В. М. Степанов, Н. С. Егоров // Биохимия. - 1989. -Т.54. - №1. - С. 46-52.

29. Шакиров, Е. В. Влияние компонентов питательной среды на накопление глутамилэндопептидазы в культуральной жидкости Bacillus intermedius / Е. В. Шакиров, Л. А. Габдрахманова, Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова // Микробиология. - 2000. - Т.69. - №1. - С. 2933.

30. Шамов, О. В. Изучение молекулярно-клеточных основ цитотоксического действия антимикробных пептидов на опухолевые клетки / О. В. Шамов, Д. С. Орлов, Т. Ю. Пазина, Е. В. Ямщикова, С. Б. Орлов, М. С. Жаркова, Т. М. Гринчук, И. В. Арцыбашева, В. А. Юхнев, В. Н. Кокряков // Фундаментальные науки. Биологические исследования. - 2012. - №5. - С. 207-212.

31. Шарипова, М. Р. Гидролитические ферменты и спорообразование у Bacillus intermedius / М. Р. Шарипова, Н. П. Балабан, Л. А. Габдрахманова, М. А. Шилова, Ю. М. Кадырова, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Микробиология. - 2002. - Т.71. - №4. - С. 494-499.

32. Abe, S. Regulation of Bacillus subtilis aprE expression by glnA through inhibition of scoC and sigma(D)-dependent degR expression / S. Abe, A. Yasumura, T. Tanaka // J. Bacteriol. - 2009. -V. 191. - P. 3050-3058.

33. Abfalter, C. M. Cloning, Purification and Characterization of the Collagenase ColA Expressed by Bacillus cereus ATCC 14579 / C. M. Abfalter, E. Schönauer, K. Ponnuraj, M. Huemer, G. Gadermaier, C. Regl, P. Briza, F. Ferreira, C. G. Huber, H. Brandstetter, G. Posselt, S. Wessler // PLoS One. - 2016. - V.11. - №9. - Р. 1-19.

34. Abidi, F. Purification and biochemical characterization of stable alkaline protease Prot-2 from Botrytis cinerea / F. Abidi, J-M. Chobert, T. Haertle // Process Biochem. - 2011. - V.46. - P. 23012310.

35. Adekoya, O. A. The thermolysin family (M4) of enzymes: therapeutic and biotechnological potential / O. A. Adekoya, I. Sylte // Chemical Biology and Drug Design. - 2009. - V.73. - №1. - P. 716.

36. Adinarayana, K. Response surface optimization of the critical medium components for the production of alkaline protease by a newly isolated Bacillus sp. / K. Adinarayana, P. Ellaiah // J. Pharmaceut Sci. - 2002. - V.5. - №3. - P. 272-278.

37. Adivitiya, Y. P. K. The evolution of recombinant thrombolytics: Current status and future directions / Y. P. K. Adivitiya // Bioengineered. - 2017. - V.8. - №4. - P. 331-358.

38. Adow, M. Staphylococcus aureus secretes coagulase and von Willebrand factor binding protein to modify the coagulation cascade and establish host infections / D. M. Missiakas, O. Schneewind // McJ Innate Immun. - 2012. - V.4. - №2. - P. 141-148.

39. Alhuwaider, A. A. H. AAA+ Machines of Protein Destruction in Mycobacteria /A. A. H. Alhuwaider, D. A. Dougan // Front. Mol. Biosci. - 2017. - V.4. - №49.

40. Ali, M. D. Aspect of Thrombolytic Therapy: A Review / M. D. Ali, M. S. Hossain, M. A. Islam, M. S. I. Arman, G. S. Raju, P. Dasgupta, T. F. Noshin // Scientific World J. - 2014. - P. 1-8.

41. Anagnostopolous, C. Requirements for transformation in Bacillus subtilis / C. Anagnostopolous, J. Spizizen // J. Bacteriol. - 1961. -V.81 - P. 741-746.

42. Anandharaj, M. Production, purification, and biochemical characterization of thermostablemetallo-protease from novel Bacillus alkalitelluris TWI3 isolated from tannery waste / M. Anandharaj, B. Sivasankari, N. Siddharthanet et al. // Appl. Biochem. Biotechnol. - 2016. - V.178 - P. 1666-1686.

43. Arenas, J. Expression of the Gene for Autotransporter AutB of Neisseria meningitidis Affects Biofilm Formation and Epithelial Transmigration / J. Arenas, F. L. Paganelli, P. Rodriguez-Castano, S. cano-Crespo, A. van der Ende, J. P. van Putten, J. Tommassen // Front. Cell Infect. Microbiol. - 2016.

- V.6. - P. 162.

44. Ashie, I. N. A.Effects of papain and a microbial enzyme on meat proteins and beef tenderness / I. N. A. Ashie, T. L. Sorensen, P. M. Nielsen // Journal of Food Science. - 2002. - V.67. - P. 21382142.

45. Astrup, T. Estimation of proteolytic enzymes by means of their fibrinolytic activity / T. Astrup, N. Alkjaersig // Arch. Biochem. Biophys. - 1952. - V.37. - №1. - P. 99-105.

46. Backert, S. Extracellular HtrA serine proteases: An emerging new strategy in bacterial pathogenesis / S. Backert, S. Bernegger, J. Skorko-Glonek, S. Wesser // Cell. Microbiol. - 2018. - V.20.

- №6: e12845.

47. Balaban, N. Selection of cultivation medium for production of late stationary phase serine proteinases from Bacillus intermedius / N. Balaban, L. Gabdrachmanova, M. Sharipova, E. Sokolova,

L. Malikova, A. M. Mardanova, G. Rudenskaya, I. Leshchinskaya // J. Basic. Microbiol. - 2004. - V.44. - №6. - P. 415-423.

48. Banbula, A. Amino-acid sequence and three-dimensional structure of the Staphylococcus aureus metalloproteinase at 1.72 A resolution / A. Banbula, J. Potempa, J. Travis, C. Fernandez-Catalán, K. Mann, R. Huber, W. Bode, F. Medrano // Structure. - 1998. - V.15. - №9. - P. 1185-1193.

49. Banerjee, G. Impact of microbial proteases on biotechnological industries / G. Banerjee, A. K. Ray // Biotechnol. Genet. Eng. Rev. - 2017. - V.33. - №2. - P. 119-143.

50. Banse, A. V. Parallel pathways of repression and antirepression governing the transition to stationary phase in Bacillus subtilis / A. V. Banse, A. Chastanet, L. Rahn-Lee, E. C. Hobbs, R. Losick // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - V.105. - №40. - P. 15547-15552.

51. Banse, A. V. Parallel pathways of repression and antirepression governing the transition to stationary phase in Bacillus subtilis / A. V. Banse, A. Chastanet, L. Rahn-Lee, E. C. Hobbs, R. Losick // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. - 2008 - V. 105. - P. 15547-15552.

52. Barbara, T. Antimicrobial enzymes: an emerging strategy to fight microbes and microbial biofilms / T. Barbara, N. P. Endry, S. N. Gibson, M. G. Georg // Biotechnol J. - 2013. - V.8. - P. 97109.

53. Barbieri, G. Interplay of CodY and ScoC in the Regulation of Major Extracellular Protease Genes of Bacillus subtilis / G. Barbieri, A. M. Albertini, E. Ferrari, A. L. Sonenshein, B. R. Belitsky // J. Bacteriol. - 2016. - V.198. - №6. - P. 907-920.

54. Barchinger, S. E. Regulated proteolysis: control of the Escherichia coli o(E)-dependent cell envelope stress response / S. E. Banchinger, S. E. Ades // Subcell. Biochem. - 2013. - V.66. - P. 129160.

55. Barrett, A. J. «Species» of peptidases / A. J. Barrett, N. D. Rawlings // Biol. Chem. - 2007. -V.388. - P. 1151-1157.

56. Barrett, A. J. Families and clans of serine peptidases / A. J. Barrett, N. D.Rawlings // Arch. Biochem. Biophys. - 1995. - V.318. - №2. - P. 247-250.

57. Barrett, A. J. Nomenclature: protease, proteinase and peptidase / A. J. Barrett, J. K. McDonald // Biochem. J. - 1986. - V.237. - №3. - P. 935.

58. Battesti, A. The RpoS-mediated general stress response in Escherichia coli / A. Battesti, N. Majdalani, S. Gottesman // Annu. Rev. Microbiol. - 2011. - V.65. - P. 189-213.

59. Baumann, U. Crystal structure of the 50 kDa metallo protease from Serratia marcescens / U. Baumann // J. Mol. Biol. - 1994. - V.242. - №3. - P. 244-251.

60. Beaufort, N. The thermolysin-like metalloproteinase and virulence factor LasB from pathogenic Pseudomonas aeruginosa induces anoikis of human vascular cells / N. Beaufort, E. Corvazier, A.

Hervieu, C. Choqueux, M. Dussiot, L. Louedec, A. Cady, S. de Bentzmann, J. B. Michel, D. Pidard // Cell Microbiol. - 2011. - V.13. - №8. - P. 1149-67.

61. Belas, R. Proteus mirabilis ZapA metalloprotease degrades a broad spectrum of substrates, including antimicrobial peptides / R. Belas, J. Manos, R. Suvanasuthi // Infect. Immun. - 2004. - V. 72.

- №9. - P. 5159-5167.

62. Bendtsen, J. D. Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0 / J. D. Bendtsen, H. Nielsen, G. von Heijne, S. Brunak // J. Mol. Biol. - 2004. - V.340. - №4. - P. 783-795.

63. Benitez, J. A. Vibrio cholera hemagglutinin (HA) / protease: An extracellular metalloprotease with multiple pathogenic activities / J. A. Benitez, A. J. Silva // Toxicon. - 2016. - V.115. - P. 55-62.

64. Bertazzon, C. Enthalpic and entropic contribution to actin stability calorimetry circular dichroism and fluorescence study and effects of calcium / C. Bertazzon, G. H. Tian, A. Lamblin, T. Y. Tsong // Biochemistry. - 1990. - V.29. - P. 291-298.

65. Bhatnagar, R. Anthrax toxin / R. Bhatnagar, S. Batra // Crit. Rev. Microbiol. - 2001. - V.27. -№3. - P. 167-200.

66. Bittner, L. M. Mini review: ATP-dependent proteases in bacteria / L. M. Bittner, J. Arends, F. Narberhaus // Biopolymers. - 2016. - V.105. - №8. - P. 505-517.

67. Blanchard, L. Conservation and diversity of the IrrE/DdrO-controlled radiation response in radiation-resistant Deinococcus bacteria / L. Blanchard, P. Guerin, D. Roche, S. Cruveiller, D. Pignol, D. Vallenet, J. Armengaud, A. de Groot // Microbiology open. - 2017.

- V.6. - №4. - P. 1-14.

68. Blasche, S.The E. coli effector protein NleF is a caspase inhibitor / S. Blasche,M. Mörtl, H. Steuber, G. Siszler, S. Nisa, F. Schwarz, I. Lavrik, T. M. Gronewold, K. Maskos, M. S. Donnenberg, D. Ullmann, P. Uetz, M. Kögl // PLoS One. - 2013. - V.8. - №3. - P. 1-11.

69. Bode, W. Astacins, serralysins, snake venom and matrix metalloproteinases exhibit identical zinc-binding environments (HEXXHXXGXXH and Met-turn) and topologies and should be grouped into a common family, the 'metzincins' / W. Bode, F. X. Gomis-Rüth, W. Stöckler // FEBS Lett. - 1993. -V.331. - №1-2. - P. 134-140.

70. Bott, R. The three-dimensional structure of Bacillus amyloliquefaciens subtilisin at 1.8 A and an analysis of the structural consequences of peroxide inactivation / R. Bott, M. Ultsch, A. Kossiakoff, T. Graycar, B. Katz, S. Power // J. Biol. Chem. - 1988. - V.263. - №16. - P. 7895-7906.

71. Böttcher, T. Beta-lactones as specific inhibitors of ClpP attenuate the production of extracellular virulence factors of Staphylococcus aureus / T. Böttcher, S. A. Sieber // J. Am. Chem. Soc. - 2008. -V.130. - №44. - P. 14400-14401.

72. Bouacem, K. Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities / K. Bouacem, A. Bouanane-darenfed, N. Zarai Jaouadi, H. Joseph M.mHacene, B. Olliver, M. L. Fardeau, S. Bejar, B. Jaouadi // Int. J. Biol. Macromol. - 2016. - V.86. - P. 321-328.

73. Boyd, S. E. PoPS: a computational tool for modeling and predicting protease specificity / S. E. Boyd, R. N. Pike, G. B. Rudy, J. C. Whisstock, M. Garcia de la Banda // J. Bioinform. Comput. Biol. -

2005. - V.3. - P. 551-585.

74. Boyer, M. D. Nase I-actin complex an immunologic study / C. Roustam, Y. Benyamin // Biosci Rep. - 1985. - V.5. - P. 39-46.

75. Bozhokina, E. Grimelysin, a novel metalloprotease from Serratia grimesii, is similar to ECP32 / E. Bozhokina, S. Khaitlina, T. Adam // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2008. - V.367. - №4. -P. 888-892.

76. Bozhokina, E. S. Bacterial invasion of eukaryotic cells can be mediated by actin-hydrolysing metalloproteases grimelysin and protealysin / E. S. Bozhokina, O. A. Tsaplina, T. N. Efremova, L. V. Kever, I. V. Demidyuk, S. V. Kostrov, T. Adam, Y. Y. Komissarchik, S. Y. Khaitlina // Cell Biol. Int. -2011. - V.35. - №2. - P. 111-118.

77. Bozhokina, E. Dihydrolipoic but not alpha-lipoic acid affects susceptibility of eukaryotic cells to bacterial invasion / E. Bozhokina, S. Khaitlina, I. Gamaley // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2015. - V.460. - №3. - P. 697-702.

78. Bradford, M. M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-binding / M. M. Bradford // Anal Biochem. - 1976. - V.72. -P. 248-257.

79. Brandelli, A. Biochemical features of microbial keratinases and their production and applications / A. Brandelli, D. J. Daroit, A. Riffel // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2010. - V.85. - №6.

- P.1735-1750.

80. Bravaya, K. Molecular Modeling the Reaction Mechanism of Serine-Carboxyl Peptidases / K. Bravaya, A. Bochenkova, B. Grigorenko, I. Topol, S. Burt, A. J. Nemukhin // Chem. Theory Comput. -

2006. -V.2. - №4. - P. 1168-1175.

81. Brötz-Oesterhelt, H. Dysregulation of bacterial proteolytic machinery by a new class of antibiotics / H. Brötz-Oesterhelt, D. Beyer, H. P. Kroll, R. Endermann, C. Ladel, W. Schroeder, B. Hinzen, S. Raddatz, H. Paulsen, K. Henninger, J. E. Bandow, H. G. Sahl, H. Labischinski // Nat Med.

- 2005. - V.11. - №10. - P. 1082-1087.

82. Brückner, R. Carbon catabolite repression in bacteria: choice of the carbon source and autoregulatorylimitation of sugar utilization / R. Brückner, F. Titqemeyer // FEMS Microbiol. Lett. -2002. - V.209. - №2. - P. 141-148.

83. Brüggemann, H. The genome sequence of Clostridium tetani, the causative agent of tetanus disease / H. Brüggemann, S. Baumer, W. F. Fricke, A. Wiezer, H. Liesegang, I. Decker, C. Herzberg, R. Martinez-Arias, R. Merkl, A. Henne, G. Gottschalk // ProcNatlAcadSci USA. - 2003. - V.100. -P.1316-1321.

84. Burtnick, L. D. Protection of actin against proteolysis by complex formation with deoxyribonuclease I / L. D. Burtnick, K. W. Chan // Can J Biochem. - 1980. - V.58. - №12. - P. 13481354.

85. Busiek, K. K. Bacterial actin and tubulin homologs in cell growth and division / K. K. Busiek, W. Margolin // Curr. Biol. - 2015. - V.25. - №6. - P. 243-254.

86. Cai, D. Engineering Bacillus for efficient production of heterologous protein: current progress, challenge and prospect / D. Cai, Y. Rao, Y. Zhan, Q. Wang, S. Chen // J. Appl. Microbiol. - 2019. - V. 126. - №6. - P. 1632-1642.

87. Calik, P. Inorganic compounds have dual effect on recombinant protein production: influence of anions and cations on serine alkaline protease production / P. Calik, E. Bilir, I. S. Ozçelik, G. Calik, T. H. Ozdamar // J. Appl. Microbiol. - 2004. - V.96. - №1. - P. 194-200.

88. Calik, P. Regulatory effects of alanine-group amino acids on serine alkaline protease production by recombinant Bacilluslicheniformis / P. Calik, A. Bayram, T. H. Ozdamar// Biotechnol. Appl. Biochem. - 2003. - V. 37. - P. 165-171.

89. Carballido-Lopez, R. The bacterial actin-like cytoskeleton / R. Carballido-Lopez // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2006. - V.70. - №4. - P. 888-909.

90. Casilaq, F. The LasB Elastase of Pseudomonas aeruginosa Acts in Concert with Alkaline Protease AprA To Prevent Flagellin-Mediated Immune Recognition / F. Casilaq, A. Lorenz, J. Krueger, F. Klawonn, S. Weiss, S. Häussler // Infect. Immun. - 2015. - V.84. - №1. - P. 162-171.

91. Cassady-Cain, R. L. Biophysical Characterization and Activity of Lymphostatin, a Multifunctional Virulence Factor of Attaching and Effacing Escherichia coli / R. L. Cassady-Cain, E. A. Blackburn, H. Alsarraf, E. Dedic, A. G. Bease, B. Böttcher, R. J0rgensen, M. Wear, M. P. Stevens // J. Biol. Chem. - 2016. - V.291. - №11. - P. 5803-5816.

92. Cathcart, G.R. Novel inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa virulence factor LasB: a potential therapeutic approach for the attenuation of virulence mechanisms in pseudomonal infection / G. R. Cathcart, D. Quinn, B. Greer, P. Harriott, J. F. Lynas, B. F. Gilmore, B. Walker // Antimicrob. Agents Chemother. - 2011. - V.55. - №6. - P. 2670-2678.

93. Caulfield, A. J. Substrates of the plasminogen activator protease of Yersinia pestis / A. J. Caulfield, W. W. Lathem // Adv. Exp. Med. Biol. - 2012. - V.954. - P. 253-260.

94. Cavarelli, J. The structure of Staphylococcus aureus epidermolytic toxin A, an atypic serine protease, at 1.7 A resolution / J. Cavarelli, G. Prévost, W. Bourguet, L. Moulinier, B. Chevrier, B.

Delagoutte, A. Bilwes, L. Mourey, S. Rifai, Y. Piémont, D. Moras // Structure. - 1997. - V.5. - №6. -P. 813-824.

95. Cedra-Costa, N. Architecture and function of metallopeptidase catalytic domains / N. Cedra-Costa, F. X. Gomis-Rûth // Protein Sci. - 2014. - V.23. - №2. - P. 123-144.

96. Chan, X. Y. Insights of biosurfactant producing Serratia marcescens strain W2.3 isolated from diseased tilapia fish: a draft genome analysis / X. Y. Chan, C. Y. Chang, K. W. Hong, K. K. Tee, W. F. Yin, K. G. Chan // Gut. Pathol. - 2013. - V.5. - №1. - P. 29.

97. Chang, S. High frequency transformation of Bacillus subtilis protoplasts by plasmid DNA / S. Chang, S. N. Cohen // Mol. Gen. Genet. - 1979. - V.168. - P. 111-115.

98. Cheng, Y. S. Cleavage of loops 1 and 2 in skeletal muscle heavy meromyosin (HMM) leads to a decreased function / Y. S. Cheng, O. S. Matusovskiy, D. E. Rassier // Arch. Biochem. Biophys. - 2019.

- V. 661. - P. 168-177.

99. Chumsakul, O. Genome-wide binding profiles of the Bacillus subtilis transition state regulator AbrB and its homolog Abh reveals their interactive role in transcriptional regulation / O. Chumsakul, H. Takahashi, T. Oshima, T. Hishimoto, S. Kanaya, N. Ogasawara, S. Ishikawa // Nucleic Acids Res. -2011. - V.39. - №2. - P. 414-428.

100. Chung, G-T. Identification of a Third Metalloprotease Toxin Gene in Extraintestinal Isolates of Bacteroidesfragilis /G-T. Chung, A. A. Franco, S. Wu, Gi-E. Rhie, R. Cheng, H-B. Oh, C. L. Sears // Infect. Immun. - 1999. - V.67. - №9. - P. 4945-4049.

101. Chung, M.C. Secreted neutral metalloproteases of Bacillus anthracis as candidate pathogenic factors / M. C. Chung, T. G. Popova, B. A. Millis, D. V. Mukherjee, W. Zhou, L. A. Liotta, E. F. Petricoin, V. Chandhoke, C. Bailey, S. G. Popov // J. Biol. Chem. - 2006. - V.281. - №42. - P. 3140831418.

102. Clementi, C.F. Internalization and trafficking of nontypeable Haemophilus influenzae in human respiratory epithelial cells and roles of IgA1 proteases for optimal invasion and persistence / C. F. Clementi, A. P. Hâkansson, T. F. Murphy // Infect. Immun. - 2014. - V.82. - №1. - P. 433-444.

103. Colaert, N. The Online Protein Processing Resource (TOPPR): a database and analysis platform for protein processing events / N. Colaert, D. Maddelein, F. Impens, P. Van Damme, K. Plasman, K. Helsens, N. Hulstaert, J. Vandekerckhove, K. Gevaert, L. Martens // Nucleic Acids Res. - 2013. - V. 41. - P. 333-337.

104. Coleman, G. The effect of glucose on the differential rates of extracellular protein and alpha-toxin formation by Staphylococcus aureus (Wood 46) / G. Coleman // Arch. Microbiol. - 1983. - V.134.

- №3. - P. 208-211.

105. Compton, C. L. Antibacterial activity of and resistance to small molecule inhibitors of the ClpP peptidase / C. L. Compton, K. R. Schmitz, R. T. Sauer, J. K. Sello // ACS Chem. Biol. - 2013. - V.8. -P.2669-2677.

106. Contesini, F. J. An overview of Bacillus proteases: from production to application / F. J. Contesini, R. R. Melo, H. H. Sato // Crit. Rev. Biotechnol. - 2018. - V.38. - №3. - P. 321-334.

107. Cooper, J. A. New insights into mechanism and regulation of actin capping protein / J. A. Cooper, D. Sept // Int. Rev. Cell. Mol. Biol. - 2008. - V. 267. - P. 183-206

108. Cover, T. L. Helicobacter pylori VacA, a paradigm for toxin multifunctionality / T. L. Cover, S. R. Blanke // Nat. Rev. Microbiol. - 2005. - V.3. - P. 320-332.

109. Craik, C. S. Proteases as therapeutics / C. S. Craik, M. J. Page, E. L. Maduson // Biochem. J. -2011. - V.435. - №1. - P. 1-16.

110. Crawford, E. D. The DegraBase: a database of proteolysis in healthy and apoptotic human cells / E. D. Crawford, J. E. Seaman, N. Agard, G. W. Hsu, O. Julien, S. Mahrus, H. Nguyen, K. Shimbo, H. A. Yoshihara, M. Zhuang // Mol. Cell. Proteomics. - 2013. - V.12. - P. 813-824.

111. Dabbagh, F. Nattokinase: production and application / F. Dabbagh, M. Negahdaripour, A. Berenjian, A. Behfar, F. Mohammadi, M. Zamani, C. Irajie, Y. Ghasemi // Appl. Microbiol. Biotchnol. - 2014. - V.98. - №22. - P. 9199-9206.

112. De Cera, E. Serine Proteases / E. De Cera // IUBMB Life. - 2009. - V.61. - №5. - P. 510-515.

113. De Clercq, E. The nucleoside reverse transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors, and protease inhibitors in the treatment of HIV infections (AIDS) / E. De Clercq // Adv. Pharmacol. - 2013. - V.67. - P. 317-358.

114. De La Cruz, E.M. Actin mechanics and fragmentation. / E. M. De La Cruz, M. L. Gardel / J. Biol. Chem. - 2015 - V. 290. - №28. - P. 17137-17144.

115. Demain, A. L. Contributions of Microorganisms to Industrial Biology / A. L. Demain, J. A. Adrio // Mol. Biotechnol. - 2008. - V.38. - P. 41-55.

116. Demidyuk, I. K. Crystal structure of the protealysin precursor: insights into propeptide function / I. K. Demidyuk, T. Y. Gromova, K. M. Polyakov, W. R. Melik-Adamyan, I. P. Kuranova, S. W. Kostrov // J. Biol. Chem. - 2010. - V.285. - №3. - P. 2003-2013.

117. Demidyuk, I. V. Glutamyl Endopeptidases: The Puzzle of Substrate Specificity / I. V. Demidyuk, K. N. Chukhontseva, S. V. Kostrov // Acta nature. - 2017. - V.9. - №2. - P. 17-33.

118. Demidyuk, I. V. The Propeptide is Required for In Vivo Formation of Active Protealysin / I. V. Demidyuk, T. Y. Gromova, S. V. Kostrov // Protein Pept. Lett. - 2015. - V.22. - №6. - P. 509-513.

119. Demidyuk, I. Y. Cloning, sequencing, expression, and characterization of protealysin, a novel neutral proteinase from Serratia proteamaculans representing a new group of thermolysin-like proteases with short N-terminal region of precursor / I. Y. Demidyuk, A. E. Kalashnikov, T. Yu. Gromova, E. V.

Gasanov, D. R. Safina, M. V. Zabolotskaya, G. N. Rudenskaya, S. V. Kostrov // Protein Expression and Purification. - 2006. - V.47. - P. 551-561.

120. Derman, A. I. Phylogenetic analysis identifies many uncharacterized actin-like proteins (Alps) in bacteria: regulated polymerization, dynamic instability and treadmilling in Alp7A / A. I. Derman, E. C. Becker, B. D. Truong, A. Fujioka, T. M. Tucey, M. L. Erb, P. C. Patterson, J. Poqliano // Mol. Microbiol. - 2009. - V.73. - P. 534-552.

121. Derouiche, A. Bacillus subtilis SalA is a phosphorylation-dependent transcription regulator that represses scoC and activates the production of the exoprotease AprE / A. Derouiche, L. Shi, V. Bidnenko, M. Ventroux, N. Pigonneau, M. Franz-Wachtel, A. Kalantari, S. Nessler, M. F. Noirot-Gros, I. Mijakovic // Mol. Microbiol. - 2015 - V. 97. - P. 1195-1208.

122. Devenyi, A. G. Post-infectious human serum antibodies inhibit IgA1 proteinases by interaction with the cleavage site specificity determinant / A. G. Devenyi, A. G. Plaut, F. J. Grundy, A. Wright // Mol. Immunol.- 1993. - V.30. - P. 1243-1248.

123. Devi, U. Draft Genome Sequence of Plant-Growth-Promoting Rhizobacterium Serratiafonticola Strain AU-AP2C, Isolated from the Pea Rhizosphere / U. Devi, I. Khatri, N. Kumar, D. Sharma, S. Subramanian, A. K. Saini // Genome Announc. - 2013. - V.1. - №6. - P. 1-2.

124. Dominguez, R. Actin Structure and Function / R. Dominguez, K. C. Holmes // Annu Rev Biophys. - 2011. - V. 40. - P. 169-186.

125. Dong, G. Regulated proteolysis of the alternative sigma factor SigX in Streptococcus mutans: implication in the escape from competence / G. Dong, X. L. Tian, Z. A. Gomez, Y. H. Li // BMC Microbiol. - 2014. - V.14. - №183.

126. Dos Santos Aguilar, J. G. Microbial proteases: Production and application in obtaining protein hydrolysates / J. G. Dos Santos Aguilar, H. H. Sato // Food. Res. Int. - 2018. - V.103. - P. 253-262.

127. Drapeau, G. R. Purification and properties of an extracellular protease of Staphylococcus aureus / G. R. Drapeau, Y. Boily, J. Houmard // J. Biochem. Chem. - 1972. - V.247. - №20. - P.6720-6726.

128. Drewes, G. A reversible conformational transition in muscle actin is caused by nucleotide exchange and uncovers cysteine in position 10 / G. Drewes, H. Faulstich // J. Biol. Chem. - 1991. -V.266. - P. 5508-5513.

129. Duarte, A. S. Bacterial collagenases - A review / A. S. Duarte, A. Correia, A. C. Esteves // Crit. Rev. Microbiol. - 2016. - V.42. - №1. - P. 106-126.

130. Dumorne, K. Extremozymes: A Potential Source for Industrial Applications / K. Dumorne, D. C. Cordova, M. Astorga-Elo, P. J. Renganathan // Microbiol. Biotechnol. - 2017. - V.27. - №4. - P. 649-659.

131. Eckhard, U. Proteomic protease specificity profiling of clostridial collagenases reveals their intrinsic nature as dedicated degraders of collagen / U. Eckhard, P. F. Huesgen, H. Brandstetter, C. M. Overall // J. Proteomics. - 2014. - V.100. - P. 102-114.

132. Eckhard, U. Structural basis for activity regulation and substrate preference of clostridial collagenases G, H, and T / U. Eckhard, E. Schönauer, H. Brandstetter // J. Biol. Chem. - 2013. - V.288. - №28. - P. 20184-20194.

133. Ehrmann, M. Proteolysis as a regulatory mechanism / Ehrmann M., Clausen T. // Annu. Rev. Genet. 2004. - V.38. - P. 709-724. doi: 10.1146/annurev.genet.38.072902.093416

134. Eijsink, V.G. H. The role of calcium ions in the stability and instability of a thermolysin-like protease / V. G. H. Eijsink, B. W. Matthews, G. Vriend // Protein Sci. - 2011. - V.20. - №8. - P. 13461355.

135. Elmwall, J. Galectin-3 Is a Target for Proteases Involved in the Virulence of Staphylococcus aureus / J. Elmwall, J. Kwiecinski, M. Na, A. A. Ali, V. Osla, L. N. Shaw, W. Wang, K. Sävman, E. Josefsson, J. Bylund, T. Jin, A. Welin, A. Karlsson // Infect. Immun. - 2017. - V.85. - №7. - P. 1-13.

136. Elsholz, A.K. CtsR, the Gram-positive master regulator of protein quality control, feels the heat // A. K. Elsholz, S. Michalik, D. Zuhlke, M. Hecker, U. Gerth // EMBO J. - 2010. - V.29. - P. 36213629.

137. Elsholz, A.K.W. Functional Diversity of AAA+ Protease Complexes in Bacillus subtilis / A. K. W. Elsholz, M. S. Birk, E. Charpentier, K. Turgay // Front. Mol. Biosci. - 2017. - V.4. - №44. - P. 114.

138. Elsinghorst, E. A. Measurement of invasion by gentamicin resistance / E. A. Elsinghorst // Methods in Enzymology. - 1994. - V.236. - P. 405-420.

139. Elzinga, M. Complete amino-acid sequence of actin of rabbit skeletal muscle /M. Elzinga, J. H. Collins, W. M. Kuehl, R. S. Adelstein // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1973. - V.70. - №9. - P. 26872691.

140. Erdaw, M. M. Physiological and health-related response of broiler chickens fed diets containing raw, full-fat soya bean meal supplemented with microbial protease / M. M. Erdaw, R. A. Perez-Maldonado, P. A. Iji // J. Anim. Physiol. Anim. Nutr. - 2018. - V. 102. - №2. - P. 533-544.

141. Errington, J. Bacillus subtilis sporulation: regulation of gene expression and control of morphogenesis // J. Errington // Microbiol. Rev. - 1993. - V.57. - №1. - P. 1-33.

142. Euliz, D. Inhibition of deoxuribonuclease I by actin is to protect cells from premature cell death // D. Eulitz, H. G. Mannherz // Apoptosis. - 2007. - V.12. - №8. - P. 1511-1521.

143. Feijoo-Siota, L. Recent patents on microbial proteases for the dairy industry / L. Feijoo-Siota, L. Blasco, J. L. Rodríguez-Rama, J. Barros-Velázquez, Td. Miguel, A. Sánchez-Pérez, T. G. Villa // Recent Adv. DNA Gene Seq. - 2014. - V.8. - №1. - P. 44-55.

144. Fernandes, P. Enzymes in food processing: a condensed overview on strategies for better biocatalysts / P. Fernandes // Enzyme Res. - 2010. - P. 1-19.

145. Ferrari, E. Commercial production of extracellular enzymes / E. Ferrari, A. S. Jarnagin, B. F. Schmidt / In Sonenshein AL, Hoch JA, Losick R. (ed), Bacillus subtilis and other Gram-positive bacteria // American Society for Microbiology, Washington, DC. - 1993. - P. 917-937.

146. Ferrari, E. Transcription of Bacillus subtilis subtilisin and expression of subtilisin in sporulation mutants / E. Ferrari, D. J. Henner, M. Perego, J. A. Hoch // J. Bacteriol. - 1988 - V.170. - P. 289-295.

147. Fortelny, N. Proteome TopFIND 3.0 with TopFINDer and PathFINDer: database and analysis tools for the association of protein termini to pre- and post-translational events / N. Fortelny, S. Yang, P. Pavlidis, P. F. Lange, C. M. Overall // Nucleic Acids Res. - 2015. - V.43. - P. 290-297.

148. Frieden, C. A fluorescent probe for conformational changes in skeletal muscle G-actin / C. Frieden, D. Lieberman, H. R. Gilbert // J. Biol. Chem. - 1980. - V.255. - №19. - P. 8991-8993.

149. Fruton, J. S. Proteinases as catalysts of peptide bond synthesis / J. S. Fruton // Trans. N. Y. Acad. Sci. - 1983. - V.41. - P. 49-56.

150. Fujinami, S. Industrial application of alkaliphiles and their enzymes-past, present and future / S. Fujinami, M. Fujisawa // Environ. Technol. - 2010. - V. 31. - №8-9. - P. 845-856.

151. Fujita, Y. Carbon catabolite control of the metabolic network in Bacillus subtilis / Y. Fujita // Biosci. Biotechnolo. Biochem. - 2009. - V.73. - № 2. - P. 245-259.

152. Fuller, R. In Handbook of Proteolytic Enzymes, 2 edn. (Barrett A.J., Rawlings N.D., Woessner J.F. eds.) / R. Fuller, S. Kexin // Elsevier, London. - 2004. - P. 1849-1854.

153. Garbeva, P. Draft genome sequence of the antagonistic rhizosphere bacterium Serratiaplymuthica strain PRI-2C / P. Garbeva, J. D. Elsas, W. J. de Boer // Bacteriol. - 2012.

- V.194. - №15. - P. 4119-4120.

154. Gayathri, P. Bacterial Actins and Their Interactors / P. Gayathri // Curr Top Microbiol Immunol.

- 2017. - V.399. - P. 221-242.

155. Gill, N. Neutrophil elastase alters the murine gut microbiota resulting in enhanced Salmonella colonization. / N. Gill, R. B. Ferreira, L. C. Antunes, B. P. Willing, I. Sekirov, F. Al-Zahrani, M. Hartmann, B. B. Finlay // PLoS One. - 2012. - V. 7. - №11. - P. 1-12.

156. Goth, C. K. Fine-tuning limited proteolysis: a major role for regulated site-specific O-glycosylation / C. K. Goth, S. Y. Vakhrushev, H. J. Joshi, H. Clausen, K. T. Schjoldager // Trends Biochem. Scienc. - 2018. - V.43. - №4. - P. 269-284.

157. Goulas, T. Structure, function and latency regulation of a bacterial enterotoxin potentially derived from a mammalian adamalysinADAM xenolog/ T. Goulas, J. L. Arolas, F. X. Gomis-Rüth // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2011. - V.108. - № 5. - P. 1856-1861.

158. Grijpstra, J. Autotransporter secretion: varying on a theme / J. Grijpstra, J. Arenas, L. Rutten, J. Tommassen // Res. Microbiol. - 2013. - V. 164. - P. 562-582.

159. Groot, A. RNA sequencing and proteogenomics reveal the importance of leaderless mRNAs in the radiation tolerant bacterium Deinococcus deserti / A. de Groot, D. Roche, B. Fernandez, M. Ludanyi, S. Cruveiller, D. Pignol, D. Vallenet, J. Armengaud, L. Blanchard // Genome Biol. Evol. -2014. - V.6. - P. 932-948.

160. Gu, S. Assembly and function of the botulinum neurotoxin progenitor complex / S. Gu, R. Jin // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2013. - V.364. - P. 21-44.

161. Gunn, J. S. What's on the Outside Matters: The Role of the Extracellular Polymeric Substance of Gram-negative Biofilms in Evading Host Immunity and as a Target for Therapeutic Intervention / J. S. Gunn, L. O. Bakaletz, D. J. Wozniak // J. Bio. Chem. - 2016. - V.291. - №24. - P. 12538-12546.

162. Gupta, R. Bacterial alkaline proteases: molecular approaches and industrial applications / R. Gupta, Q. K. Beg, P. Lorenz // Appl Microbiol Biotechnol. - 2002. - V. 59. - P. 15-32.

163. Gupta, R. Microbial keratinases and their prospective applications: an overview / R. Gupta, P. Ramnani // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2006. - V.70. - P. 21-33.

164. Gupta, R. Revisiting microbial keratinases: next generation proteases for sustainable biotechnology / R. Gupta, R. Sharma, Q. K. Beg // Crit. Rev. Biotechnol. - 2013. - V.33. - №2. - P. 216-228.

165. Halter, R. IgA protease of Neisseria gonorrhoeae: isolation and characterization of the gene and its extracellular product / R. Halter, J. Pohlner, T. F. Meyer // EMBO J. - 1984. - V.3 - №7. - P. 15951601.

166. Han, H. J. Pathogenic potential of a collagenase gene from Aeromonas veronii / H. J. Han, T. Taki, H. Kondo, I. Hirono, T. Aoki // Can. J. Microbiol. - 2008. - V. 54. - №1. - P. 1-10.

167. Hang, F. Structural insight into a novel metalloproteinase from Paenibacillus spp. BD3526: implications for mechanisms of rapid inactivation and calcium-dependent stability / F. Hang, Q. Wang, Q. Hong, C. Gao, H. Zhang, W. Chen // Int. J. Biol. Macromol. - 2017. - V.95. - P. 1082-1090.

168. Hartland, E. L. Enteropathogenic and enterohemorrhagic E. coli: ecology, pathogenesis, and evolution / E. L. Hartland, J. M. Leong // Front. Cell Infect. Microbiol. - 2013. - V.3. - P. 1-3.

169. Hartley, B. S. Proteolytic enzymes / B. S. Hartley // Ann Rev Biochem. - 1960. - V.29. - P. 4572.

170. Hartman, T. J. CapZ dynamics are altered by endothelin-1 and phenylephrine via PIP2- and PKC-dependent mechanisms // T. J. Hartman, J. L. Martin, R. J. Solaro, A. M. Samarel, B. Russell // Am. J. Physiol. Cell. Physiol. - 2009. - V. 296. - №5. - P. 1034-1039.

171. Harwood, C. R. Bacillus protein secretion: an unfolding story / C. R. Harwood, R. Cranenburgh // Trends Microbiol. - 2008. - V. 16. - №2. - P. 73-79.

172. Heintz, D. Use of bimanyl actin derivative (TMB-actin) for studying complexation of ß-thymosins. Inhibition of actin polymerization by thymosin ß 9 / D. Heintz, A. Reichert, M. Mihelic, W. Voelter, H. Faulstich // FEBS Lett. - 1993. - V. 329. - P. 9-12.

173. Helmann, J. D. Structure and function of bacterial sigma factors / J. D. Helmann, M. J. Chamberlin // Annu. Rev. Biochem. - 1988. - V.57. - P. 839-872.

174. Henkin, T. M. The role of the CcpA transcriptional regulator in carbon metabolism in Bacillus subtilis / T. M. Henkin // FEMS Microbiol. Lett. - 1996. - V. 135. - P. 9-15.

175. Henly, E. L. Biocide Exposure Induces Changes in Susceptibility, Pathogenicity and Biofilm Formation in Uropathogenic Escherichia coli / E. L. Henly, J. A. R. Dowling, J. B. Maingay, M. M.Lacey, T. J. Smith, S. Forbes. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2019. - V.63. - P.1-15.

176. Henriques, I. Draft Genome Sequence of Serratia fonticola UTAD54, a Carbapenem-Resistant Strain Isolated from Drinking Water / I. Henriques, R. T. Juca Ramos, R. A. Barauna, P. H. de Sa, D. Marinho Almeida // Genome Announc. - 2013. - V.1. - №6. - P. 1-2.

177. Herbst, K. Intrinsic thermal sensing controls proteolysis of Yersinia virulence regulator RovA / K. Herbst, M. Bujara, A. K. Heroven, W. Opitz, M. Weichert, A. Zimmermann, P. Dersch // PloS. Pathog. - 2009. - V.5. - №5. - P. 1-16.

178. Hill, S. A. Gonorrhea - an evolving disease of the new millennium / S. A. Hill, T. L. Masters, J. Wachter // Microbiol. Cell. - 2016. - V.3. - № 5. - P. 371-389.

179. Hobbs, M. M. Experimental Gonococcal Infection in Male Volunteers: Cumulative Experience with Neisseria gonorrhoeae Strains FA1090 and MS11mkC / M. M. Hobbs, P. F. Sparling, M. S. Cohen, W. M. Shafer, C. D. Deal, A. E. Jerse // Front. Microbiol. - 2011. - V. 2. - P. 1-12.

180. Hobley, L. Giving structure to the biofilm matrix: an overview of individual strategies and emerging common themes / L. Hobley, C. Harkins, C. E. MacPhee, N. R. Stanley-Wall // FEMS Microbiol. Rev. - 2015. - V.39. - № 5. - P. 649-669.

181. Hoch, J. A. Keeping signals straight in phosphorelay signal transduction / J. A. Hoch, K. I. Varughese // J. Bacteriol. - 2001. - V. 183. - №17. - P. 4941-4949.

182. Hodgson, A. Interference with nuclear factor kappaB signaling pathway by pathogen-encoded proteases: global and selective inhibition / A. Hodgson, F. Wan // Mol. Microbiol. - 2016. -V.99. - № 3. - P. 439-452.

183. Hodgson, A. Metalloprotease NleC suppresses host NF-KB/inflammatory responses by cleaving p65 and interfering withthe p65/RPS3 interaction / A. Hodgson, E. M. Wier, K. Fu, X. Sun, H. Yu, W. Zheng, H. P. Sham, K. Johnson, S. Bailey, B. A. Vallance, F. Wan // Plos. Pathog. - 2015. - V.11. -№3. - P. 1-23.

184. Hogan, S. Potential use of targeted enzymatic agents in the treatment of Staphylococcus aureus biofilm-related infections / S. Hogan, M. Zapotoczna, N. T. Stevens, H. Humphreys, J. P. O'Gara, E. O'Neill // J. Hosp. Infect. - 2017. - V.96. - №2. - P. 177-182.

185. Holland, D. R. Structural comparison suggests that thermolysin and related neutral proteases undergo hinge-bending motion during catalysis / D. R. Holland, D. E. Tronrud, H. W. Pley, K. M. Flaherty, W. Stark, J. N. Jansonius, D. B. McKay, B. W. Matthews// Biochemistry - 1992. - V.31. -№46. - P. 11310-11316.

186. Hooper, N. M. Families of zinc metalloproteases / N. M. Hooper // FEBS Lett. - 1994. - V. 354.

- №1. - P. 1-6.

187. Hoy, B. Helicobacter pylori HtrA is a new secreted virulence factor that cleaves E-cadherin to disrupt intercellular adhesion / B. Hoy, M. Lower, C. Weydig, G. Carra, N. Tegtmeyer, T. Geppert, P. Schoder, N. Sewald, S. Backert, G. Schneider, S. Wessler // EMBO Rep. - 2010. - V.11. - №10. - P. 798-804.

188. Hua, Y. PprI: A general switch responsible for extreme radioresistance of Deinococcus radiodurans / Y. Hua, I. Narumi, G. Gao, B. Tian, K. Satoh, S. Kitayama, B. Shen // Biochem. Biophys. Res. Communs. - 2003. - V.306. - №2. - P. 354-360.

189. Huang, E. Antitoxin treatment of inhalation anthrax: A systematic review / E. Huang, S. K. Pillai, W. A. Bower, K. A. Hendricks, J. T. Guarnizo, J. D. Hoyle, S. E. Gorman, A. E. Boyer, C. P. Quinn, D. Meaney-Delman // Health Secur. - 2015. - V.13. - №6. - P. 365-377.

190. Igarashi, Y. PMAP: databases for analyzing proteolytic events andpathways / Y. Igarashi, E. Heureux, K. S. Doctor, P. Talwar, S. Gramatikova, K. Gramatikoff, Y. Zhang, M. Blinov, S. S. Ibragimova, S. Boyd et al. // Nucleic Acids Res. - 2009. - V.37. - P. 611-618.

191. Itzhaki, R. F. Micro-biuret method for estimating proteins / R. F. Itzhaki, D. M. A. Gill // Anal. Biochem. - 1964. - V.9. - №2. - P. 401-407.

192. Iwase, T. Staphylococcus epidermidis Esp inhibits Staphylococcus aureus biofilm formation and nasal colonization / T. Iwase, Y. Uehara, H. Shinji, A. Tajima, H. Seo, K. Takada, T. Agata, Y. Mizunoe // Nature. - 2010. - V.465. - №7296. - P. 346-349.

193. Jaouadi, B. Biochemical and molecular characterization of a detergent-stable serine alkaline protease from Bacillus pumilus CBS with high catalytic efficiency / B. Jaouadi, S. Ellouz-Chaabouni, M. Rhimi, S. Bejar // Biochimie. - 2008. - V.90. - №9. - P. 1291-1305.

194. Jena, L. MycoProtease-DB: Useful resource for Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacterial proteases / L. Jena, S. Kumar, B. C. Harinath // Bioinformation. - 2012.

- V.8. - №24. - P. 1240-1242.

195. Jenal, U. Regulation by proteolysis in bacterial cells / U. Jenal, R. Hengge-Aronis // Curr. Opin. Microbiol. - 2003. - V.6. - №2. - P. 163-172.

196. Jesaitis, A. J. Compromised host defense on Pseudomonas aeruginosa biofilms: characterization of neutrophil and biofilm interactions / A. J. Jesaitis, M. J. Franklin, D. Berglund, M. Sasaki, C. I. Lord, J. B. Bleazard, J. E. Duffy, H. Beyenal, Z. Lewandowski // J. Immunol. - 2003. -V.171. - №8. - P. 4329-4339.

197. Ji, Y. C5a peptidase alters clearance and trafficking of group A streptococci by infected mice / Y. Ji, L. McLandsborough, A. Kondagunta, P. P. Cleary // Infect. Immun. - 1996. - V.64. - P. 503-510.

198. Jin, H-S. Development of a keratinase activity assay using recombinant chicken feather keratin substrates / H-S. Jin, S. Y. Park, K. Kim, Y-J. Lee, G.W. Nam, N.J. Kang, D.W. Lee // Plos. One. -2017. - V.12. - №2. - P. 1-18.

199. Johnson, C. J. Oral transmissibility of prion disease is enhanced by binding of soil particles / C. J. Johnson, J. A. Pedersen, R. J. Chappell, D. McKenzie, J. M. Aiken // PLoS. Pathog. - 2007. - V.3. -№7. - P. 1-8.

200. Jones, L. J. Control of cell shape in bacteria: helical, actin-like filaments in Bacillus subtilis / L. J. Jones, R. Carballido-Lopez, J. Errington // Cell. - 2001. - V.104. - №6. - P. 913-922.

201. Jongeneel, C. V. A unique signature identifies a family of zinc-dependent metallopeptidases / C. V. Jongeneel, J. Bouvier, A. Bairoch // FEBS Lett. - 1989. - V.242. - №2. - P. 211-214.

202. Joo, H. S. Oxidant and SDS-stable alkaline protease from a halo-tolerant Bacillus clausii I-52: enhanced production and simple purification / H.S. Joo, C.S. Chang / J. Appl. Microbiol. - 2005. - V. 98. - №2. - P. 491-497.

203. Kabsch, W. Atomic structure of the actin: DNase I complex / W. Kabsch, H-G. Mannherz, D. Suck, P. B. Pai, K. Holmes // Nature. - 1990. - V.347. - P. 37-44.

204. Kain, J. Polar localization and compartmentalization of ClpP proteases during growth and sporulation in Bacillus subtilis / J. Kain, G. G. He, R. Losick // J. Bacteriol. - 2008. - V.190. - №20. -P. 6749-6757.

205. Kalyankar, P. Investigation of the substrate specificity of glutamyl endopeptidase using purified bovine P-casein and synthetic peptides / P. Kalyankar, Y. Zhu, G. O'Cuinn, R. J. FitzGerald // J. Agric. Food. Chem. - 2013. - V.61. - №3. - P. 3193-3204.

206. Kamal, M. Isolation, characterization and structure of subtilisin from a thermostable Bacillus subtilis isolate / M. Kamal, J. O. Hoog, R. Kaiser, J. Shafqat, T. Razzaki, Z. H. Zaidi, H. Jornvall // FEBS Lett. - 1995. - V.374. - №3. - P. 363-366.

207. Kawamura, F. Construction of a Bacillus subtilis double mutant deficient in extracellular alkaline and neutral proteases / F. Kawamura, R. H. Doi // J. Bacteriol. - 1984. - V. 160. - №1. - P. 442444.

208. Keramati, M. Towards a superior streptokinase for fibrinolytic therapy of vascular thrombosis / M. Keramati, R. A. Mianroodi, A. Memarnejadian, A. Mirzaie, S. Sazvari, M. M. Aslani, F. Roohvand // Cardiovasc. Hematol. Agents Med. Chem. - 2013. - V.11. - №3. - P. 218-229.

209. Khaitlina, S. Yu. A novel actin-specific bacterial protease ECP32 — enzyme with an intriguing function. In: Protein structures: kaleidoscope of structural properties and functions / S. Yu. Khaitlina // Kerala, India: Transworld Res. Network. - 2003. - P. 239-253.

210. Khaitlina, S. Yu. Limited proteolysis of actin by a specific bacterial protease / S. Yu. Khaitlina, T. D. Smirnova, A. M. Usmanova // FEBS Letters. - 1988. - V.228. - P. 172-174.

211. Khaitlina, S. Yu. Polymerization of beta-like actin from scallop adductor muscle / S. Yu. Khaitlina // FEBS Letters. - 1986. - V.198. - №2. - P. 221-224.

212. Khaitlina S. Yu. Physico-chemical properties of actin cleaved with bacterial protease from E. coli A2 strain / S. Yu. Khaitlina, J. H. Collins, I. M. Kuznetsova, V. P. Pershina, I. G. Synakevich, K. K. Turoverov, A. M. Usmanova // FEBS Lett. - 1991. - V. 279. - №1. - P. 49-51.

213. Khaitlina S. Y. Role of the DNase-I-binding loop in dynamic properties of actin filament / S. Y. Khaitlina, H. Strezelecka-Golaszewska // Biophys. J. - 2002. - V.82. - №1. - P. 321-334.

214. Kida, Y. Serratia marcescens serralysin induces inflammatory responses through protease-activated receptor 2 / Y. Kida, H. Inoue, T. Shimizu, K. Kuwano // Infect Immun. - 2007. - V.75. - №1.

- P. 164-174.

215. Kim, H. J. Complex regulation of the Bacillus subtilis aconitase gene / H. J. Kim, S. I. Kim, M. Ratnayake-lecamwasam, K. Tachikawa, A. L. Sonenshein, M. Strauch // J. Bacteriol. - 2003. - V.185.

- P.1672-1680.

216. Kim, J. H. Evidence that Bacillus catabolite control protein CcpA interacts with RNA polymerase to inhibit transcription / J. H. Kim, Y. K. Yang, G. H. Chambliss // Mol. Microbiol. - 2005.

- V.56. - №1. - P.155-162.

217. Kim, N. Characterization and primary specificity of an extracellular metalloproteinase from Serratia marcescens / N. Kim, S. I. Kim // Can. J. Microbiol. - 1994. - V.40. - №2. - P. 120-126.

218. Kim, C. H. Inhibition of MuSK expression by CREB interaction with a CRE-like element and MyoD / C. H. Kim, W. C. Xiong, L. Mei // Mol. Cell. Biol. - 2005 - V.25. - №13. - P. 5329-5338.

219. Kirstein, J. Adapting the machine: adaptor proteins for Hsp100/Clp and AAA+ proteases / J. Kirstein, N. Moliere, D. A. Dougan, K. Turgay // Nat Rev Microbiol. - 2009. - V.7. - №8. - P. 589599.

220. Kirstein, J. Localization of general and regulatory proteolysis in Bacillus subtilis cells / J. Kirstein, H. Strahl, N. Molière, L. W. Hamoen, K. Turgay // Mol Microbiol. - 2008. - V.70. - №3. - P. 682-694.

221. Kitadokoro, K. Purification, characterization and molecular cloning of a cidic amino-specific proteinase from Streptomyces fradiae ATCC 145441993 / K. Kitadokoro, E. Nakamura, M. Tamaki, T. Horii, H. Okamoto, M. Shin, T. Sato, T. Fujiwara, H. Tsuzuki, N. Yoshida, H. Teraoki // Biochem. Biophys. Acta. - 1993. - V.1163. - №2. - P. 149-157.

222. Klegerman, M. E. Translational initiatives in thrombolytic therapy / M. E. Klegerman // Front. Med. - 2017. - V.11. - №1. - P. 1-19.

223. Klein, J. Proteasix: a tool for automated and large-scale prediction of proteases involved in naturally occurring peptide generation / J. Klein, J. Eales, P. ZEurbig, A. Vlahou, H. Mischak, R. Stevens // Proteomics. - 2013. - V.13. - P. 1077-1082.

224. Kolaczkowska, E. Molecular mechanisms of NET formation and degradation revealed by intravital imaging in the liver vasculature / E. Kolaczkowska, C. N. Jenne, B. G. Surewaard, A. Thanabalasuriar, W. Y. Lee, M. J. Sanz, K. Mowen, G. Opdenakker, P. Kubes // Nat Commun. - 2015. - V.6. - P. 6673.

225. Kolloli, A. Host-Directed Therapeutic Strategies for Tuberculosis / A. Kolloli, S. Subbian // Front. Med. (Lausanne). - 2017. - V.4. - P. 171.

226. Komeili, A. Magnetosomes are cell membrane invaginations organized by the actin-like protein MamK / A. Komeili, Z. Li, D. K. Newman // Science. - 2006. - V.311. - P. 242-245.

227. Konkel, M. E. Temperature-regulated expression of bacterial virulence genes / M. E. Konkel, K. Tilly // Microbes Infect. - 2000. - V.2. - P. 157-166.

228. Konno, K. G-actin structure revealed by chymotryptic digestion / K. Konno // J. Biochem. -1988. - V.103. - P. 386-392.

229. Konno, K. G-actin structure revealed by chymotryptic digestion / K. Konno // Biochemistry. -1987. - V.26. - P. 3582-3589.

230. Konovalova, A. Regulated proteolysis in bacterial development / A. Konovalova, L. S0gaard-Andersen, L. Kroos // FEMS Microbiol Rev. - 2014. - V.38. - №3. - P. 493-522.

231. Korhonen, T. K. Fibrinolytic and procoagulant activities of Yersinia pestis and Salmonella enterica / T. K. Korhonen // J. Thromb. Haempst. - 2015. - V.13 - P. 115-120.

232. Kostrov, S. The expression of the serine proteinase gene of Bacillus intermedius in Bacillus subtilis / S. Kostrov // Microbiological Research. - 2008. - V.163. - P. 39-50.

233. Kothary, M. H. Characterization of the Zinc-Containing Metalloprotease Encoded by zpx and Development of a Species-Specific Detection Method for Enterobacter sakazakii / M. H. Kothary, B. A. McCardell, C. D. Frazar, D. Deer, B. D. Tall // Appl. Environ. Microbiol. - 2007. - V.73. - №13. -P. 4142-4151.

234. Kovacs, A.T. Bacterial differentiation via gradual activation of global regulators / A.T. Kovacs // Curr. Genet. - 2016. - V.62. - №1. - P. 125-128.

235. Koziel, J. Protease-armed bacteria in the skin / J. Koziel, J. Potempa // Cell Tissue Res. - 2013.

- V.351. - №2. - P. 325-337.

236. Krzysciak, P. Acinetobacter baumannii isolated from hospital-acquired infection: biofilm production and drug susceptibility / P. Krzysciak, A. Chmielarczyk, M. Pobiega, D. Romaniszyn, M. Wojkowska-Mach // APMIS. - 2017. - V.125. - №11. - P. 1017-1026.

237. Kubota, H. D-loop of actin differently regulates the motor function of myosins II and V / H. Kubota, S. V. Mikhailenko, H. Okabe, H. Taguchi, S. Ishiwata // J. Biol. Chem. - 2009. - V.284. - №50.

- P. 35251-35258.

238. Kudryashov, D. S. Connecting actin monomers by iso-peptide bond is a toxicity mechanism of the Vibrio cholerae MARTX toxin / D. S. Kudryashov, Z. A. Durer, A. J. Ytterberg, M. R. Sawaya, K. Prochazkova, T. O. Yeates, R. R. Loo, J. A. Loo, K. J. Satchell, E. Reisler // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

- 2008. - V.105. - №47. - P. 18537-18542.

239. Kumar, P. S. Oral microbiota and systemic disease / P. S. Kumar // Anaerobe. - 2013. - V.24.

- P. 90-93.

240. Kumar, S. CleavPredict: A Platform for Reasoning about Matrix Metalloproteinases Proteolytic Events / S. Kumar, B. I. Ratnikov, M. D. Kazanov, J. W. Smith, P. Cieplak // PLoS One. - 2015. - V.10.

- №6. - P. 1.

241. Kumar, S. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Molecular Biology and Evolution. - 2016. - V.33. - P.1870-1874.

242. Kunamneni, A. Streptokinase-A Drug for Thrombolytic Therapy: A Patent Review / A. Kunamneni, R. Durvasula // Recent. Adv. Cardiovasc. Drug. Discov. - 2014. - V.9. - №2. - P. 106121.

243. Kunst, F. The DegS/DegU and ComP/ComA two-component systems are part of a network controlling degradative enzyme synthesis and competence in Bacillus subtilis / F. Kunst, T. Msadek, J. Bignon, G. Rapoport // Res Microbiol. - 1994. - V.145. - №5-6. - P. 393-402.

244. Kuo, S. R. Anthrax toxin-induced shock in rats is associated with pulmonary edema and hemorrhage / S. R. Kuo, M. C. Willingham, S. H. Bour, E. A. Andreas, S. K. Park, C. Jackson, N. S. Duesbery, S. H. Leppla, W. J. Tang, A. E. Frankel // Microb Pathog. - 2008. - V.44. - №6. - P. 467472.

245. Kuznetsova, I. M. Changes of structure and intramolecular mobility in the course of actin denaturation / I. M. Kuznetsova, S. Yu. Khaitlina, S. N. Konditerov, A. A. Surin, K. K. Turoverov // Biophys. Chem. - 1988. - V.32. - P. 73-78.

246. Labbe, J. P. Biochemical evidence for the presence of an actin like protein in prokaryotic cyanobacteria group / J. P. Labbe, M. C. Harricane, J. Derancourt, C. Roustan, Y. Benyamin // J. Muscle Res Cell Motil. - 1992. - V.13. - P. 241-242.

247. Labbe, J. P. Biochemical evidence for the presence of an unconventional actin protein in a prokaryotic organism / J. P. Labbe, M. C. Harricane, M. Boyer, J. Derancourt, C. Roustan, Y. Benyamin // Comp. Biochem. Physiol. - 1996. - V. 114. - P. 287-293.

248. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U. K. Laemmli // Nature. - 1970. - №227. - P. 680-685.

249. Lai H. C. The RssAB two-component signal transduction system in Serratia marcescens regulates swarming motility and cell envelope architecture in response to exogenous saturated fatty acids / H. C. Lai, P. C. Soo, J. R. Wei, W. C. Yi, S. J. Liaw, Y. T. Horng, S. M. Lin, S. W. Ho, S. Swift, P. Williams // J. Bacteriol. - 2005. - V. 187. - P. 3407-3414.

250. Lakshmi Bhargavi, P. A fibrinolytic, alkaline and thermostable metalloprotease from the newly isolated Serratia sp RSPB11 / P. Lakshmi Bhargavi, R. S. Prakasham // Int. J. Biol. Macromol. - 2013. - V.61. - P. 479-486.

251. Langeveld, J. P. M. Enzymatic degradation of prion protein in brain stem from infected cattle and sheep / J. P. M. Langeveld, J. J. Wang, D. F. M. Van de Wiel, G. C. Shih, G. J. Garssen, A. Bossers, J. C. H. Shih // J. Infect. Dis. - 2003. - V.188. - P. 1782-1789.

252. Lazarides, E. Actin is the naturally occurring inhibitor of deoxyribonuclease I. / E. Lazarides, U. Lindberg // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1974. - V.71. - №12. - P. 4742-4746.

253. Lebart, M. C. Characterization of the actin binding site on smooth muscle filamin / M. C. Lebart, C. Mejean, D. Casanova, E. Audemard, J. Derancourt, C. Roustan, Y. Benyamin // J. Biol. Chem. -1994. - V.269. - P. 4279-4284.

254. Lebart, M. C. further characterization of the alpha-actinin-actin interface and comparison with filamin-binding sites on actin / M. C. Lebart, C. Mejean, C. Roustan, Y. Benyamin // J. Biol. Chem. -1993. - V.286. - P.5642-5648.

255. Lee, B. G. Structures of ClpP in complex with acyldepsipeptide antibiocics reveal its activation mechanism / B. G. Lee, E. Y. Park, K. E. Lee, H. Jeon, K. H. Sung, H. Paulsen, H. Rübsamen-Schaeff, H. Brötz-Oesterhelt, H. K. Song // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2010. - V.17. - №4. - P. 471-478.

256. Leigh, J. A. Nitrogen Regulation in Bacteria and Archaea / J. A. Leigh, J.A. Dodsworth // Ann. Rev. Microbiol. - 2007. - V.61. - №1. - P. 349-377.

257. Lenart, A. CLCAs - a family of metalloproteases of intriguing phylogenetic distribution and with cases of substituted catalytic sites / A. Lenart, M. Dudkiewicz, M. Grynberg, K. Pawlowski // PLoS One. - 2013. - V.8. - №5. - P. 1-12.

258. Lequettea, Y. Using enzymes to remove biofilms of bacterial isolates sampled in the food-industry / Y. Lequettea, G. Boelsb, M. Martine Clarissea, C. Failleb // Biofouling. - 2010. - V.26. - №4.

- P. 421-431.

259. Leschinskaya, I. B. Glutamyl endopeptidase of Badllus intermedius, strain S-19 / I. B. Leschinskaya, E. V. Shakirov, N. L. Itskovitch, N. P. Balaban, A. M. Mardanova, M. R. Sharipova, M. B. Viryasov, G. N. Rudenskaya, V. M. Stepanov // FEBS Letters. - 1997. - V.404. - P. 241-244.

260. Leuze, M. R. Binding Motifs in Bacterial Gene Promoters Modulate Transcriptional Effects of Global Regulators CRP and ArcA / M. R. Leuze, T. V. Karpinets, M. H. Syed, A. S. Beliaev, E. C. Uberbacher // Gene Regul Syst Bio. - 2012. - V.6. - P. 93-107.

261. Li, J. Phylogenomic evolutionary surveys of subtilase superfamily genes in fungi / J. Li, F. Gu, R. Wu, J. Yang, K.Q. Zhang // Sci. Rep. - 2017. - V.7. - №45456. - P. 1-15.

262. Liang, W. The cyclic AMP receptor protein modulates quorum sensing, motility and multiple genes that affect intestinal colonization in Vibrio cholera / W. Liang, A. Pascual-Montano, A. J. Silva, J. A. Benitez // Microbiology. - 2007. - V.153. - №9. - P. 2964-2975.

263. Lin, L. The Neisseria type 2 IgA1 protease cleaves LAMP1 and promotes survival of bacteria within epithelial cells / L. Lin, P. Ayala, J. Larson, M. Mulks, M. Fukuda, S.R. Carlsson, C. Enns, M. So // Mol. Microbial. - 1997. - V.24. - №5. - P. 1083-1094.

264. Lindsay, S. The detrimental impact of extracellular bscterial proteases on wound healing / S. Lindsay, A. Oates, K. Bourdillon // Int. Woumd. J. - 2017. - V.14, №6. - P. 1237-1247.

265. Liu, L. Quantitative analysis of urea in human urine and serum by 1H nuclear magnetic resonance / L. Liu, H. Mo, S. Wei, D. Raftery // Analyst. - 2012. - V.137. - №3. - P. 595-600.

266. Liu, P. Y. Draft Genome Sequence of the Serratia marcescens Strain VGH107, a Taiwanese Clinical Isolate / P. Y. Liu, Y. T. Huang, S. Y. Lin, G. C. Chang, J. W. Chen // Genome Announc.

- 2013. - V.1. - №3. - P. 1.

267. Lombard, C. Recent trends in protease-catalyzed peptide synthesis / C. Lombard, J. Saulnier, J. M. Wallach // Protein Pept. Lett. - 2005. - V.12. - №7. - P. 621-629.

268. Long, S. The expression of soluble and active recombinant Haemophilus influenzae IgA1 protease in E. coli / S. Long, E. Phan, M. C. Vellard // J. Biomed. Biotechnol. - 2010.

- P. 1-9.

269. Longhi, C. Protease treatment affects both invasion ability and biofilm formation in Listeria monocytogenes / C. Longhi, G. L. Scoarughi, F. Poggiali, A. Cellini, A. Carpentieri, L. Seganti, P. Pucci, A. Amoresano, P S. Cocconcelli, M. Artini, J.W. Costerton, L. Selan // Microb. Pathog. - 2008. - V.45.

- №1. - P. 45-52.

270. Lorenz, M. Refinement of the F-actin model against X-ray fiber diffraction data by the use of a directed mutation algorithm / M. Lorenz, D. Popp, K. C. Holmes // J. Mol. Biol. - 1993. - V.234. - P. 826-836

271. Löwer, M. Prediction of extracellular proteases of the human pathogen Helicobacter pylori reveals proteolytic activity of the Hp1018/19 protein HtrA / M. Löwer, C. Weydig, D. Metzler, A. Reuter, A. Starzinski-Powitz, S. Wessler, G. Schneider // PLoS One. - 2008. - V.3. - №10. - P. 1-8. e3510.

272. Lowther, W. T. Metalloaminopeptidases: common functional themes in disparate structural surroundings / W. T. Lowther, B. W. Matthews // Chem Rev. - 2002. - V.102. - P. 4581-4608.

273. Ludanyi, M. Radiation response in Deinococcus deserti: IrrE is a metalloprotease that cleaves repressor protein DdrO / M. Ludanyi, L. Blanchard, R. Dulermo, G. Brandelet, L. Bellanger, D. Pignol, D. Lemaire, A. de Groot // Mol. Microbiol. - 2014. - V.94. - №2. - P. 434-449.

274. Ma, X. Expression, purification and identification of a thermolysin-like protease, neutral protease I, from Aspergillus oryzae with the Pichiapastoris expression system / X. Ma, Y. Liu, Q. Li, L. Liu, L. Yi, L. Ma, C. Zhai // Protein Expr Purif. - 2016. - V.128. - P. 52-59.

275. MacLennan, J. D. Bacterial digestion of collagen / J. D. MacLennan, I. Mandl, E. L. Howes // J. Clin. Invest. - V.32. - P.1317-1322.

276. Mahlen, S. D. Serratia infections: from military experiments to current practice / S. D. Mahlen // Clin. Microbiol. Rev. - 2011. - V.24. - №4. - P. 755-791.

277. Malak, C. A. Pepsin as a catalyst for peptide synthesis: formation of peptide bonds not typical for pepsin substrate specificity / C.A. Malak // J. Pept. Res. - 1999. - V.53. - №6. - P. 606-610.

278. Mardanova, A. M. Draft Genome Sequence of Serratia grimesii strain A2 / A. M. Mardanova, A. A. Toymenceva, A. G. Gilyazeva, S. V. Kazakov, E. I. Shagimardanova, S. Yu. Khaitlina, M. R. Sharipova // Genome Announcements. - 2014. - V.2. - P. 1-2.

279. Marshall, N. C. Sharpening Host Defenses during Infection: Proteases Cut to the Chase / N. C. Marshall, B. B. Finlay, C. M. Overall // Mol. Cell. Proteomics. - 2017. - V.16. - (4 Suppl 1). - P. 161171.

280. Marty, K. B. Characterization of a cytotoxic factor in culture filtrates of Serratia marcescens / K. B. Marty, C. L. Williams, L. J. Guynn, M. J. Benedik, S. R. Blanke // Infect Immun. - 2002. - V.70. - №3. - P. 1121-1128.

281. Matsushita, O. Gene duplication and multiplicity of collagenases in Clostridium histolyticum / O. Matsushita, C. M. Jung, S. Katayama, J. Minami, Y. Takahashi, A. Okabe // J Bacteriol. - 1999. -V.181. - P. 923-933.

282. Matsushita, O. Purification and characterization of a Clostridium perfringens 120-kilodalton collagenase and nucleotide sequence of the corresponding gene / O. Matsushita, K. Yoshihara, S. Katayama, J. Minami, A. Okabe // J Bacteriol. - 1994. - V.176. - P. 149-156.

283. Matthews, B. W. Three-dimensional structure of thermolysin / B. W. Matthews, J. N. Jansonius, P. M. Colman, B. P. Schoenborn, D. Dupourque // Nat. New Biol. - 1972. - V.238. - P. 37-41.

284. Matveyev, V. V. Purification and characterization of the proteinase ECP 32 from Escherichia coli A2 strain / V. V. Matveyev, A. M Usmanova, A. V. Morozova, J. H. Collins, S. Yu. Khaitlina // BBA. - 1996. - V.1296. - P. 55-62.

285. McClain, M. S. Helicobacter pylori Vacuolating Toxin and Gastric Cancer / M. S. McClain, A. C. Beckett, T. L. Cover // Toxins (Basel) - 2017. - V.9. - №10. - pii: E316.

286. McKay D. B. Crystallographic structures of the elastase of Pseudomonas aeruginosa / D. B. McKay, M. M. Thayer, K. M. Flaherty, H. Pley, D. Benvegnu // Matrix Suppl. - 1992. - V.1. - P. 112115.

287. McKerrow, J. H. Human fibroblast collagenase contains an amino acid sequence homologous to the zinc-binding site of Serratia protease / J. H. McKerrow // J. Biol. Chem. - 1987. - V.262. - P. 5943-5943.

288. McLeod, A. H. Proteolytic inactivation of the bovine spongiform encephalopathy agent / A. H. McLeod, H. Murdoch, J. Dickinson, M. J. Dennis, G. A. Hall, C. M. Buswell, J. Carr, D. M. Taylor, J. M. Sutton, N. D. Raven // Biochem. Biophys. Res. Com. - 2004. - V.317. - P. 1165-1170.

289. Mechri, S. Identification of a novel protease from the thermophilic Anoxybacillus kamchatkensis M1V and its application as laundry detergent additive / S. Mechri, K. Bouacem, N. Zarai Jaouadi, H. Rekik, M. Ben Elhoul et al. // Extremophiles. - 2019. - V.23. -№6. - P. 687-706.

290. Mechri, S. Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from Lysinibacillusfusiformis C250R / S. Mechri, M. Kriaa, M. Ben Elhoul Berrouina, M. Omrane Benmrad, N. Zarai Jaouadi, H. Rekik, K. Bouacem, A. Bouanane-Darenfed, A. Chebbi, S. Sayadi, M. Chamkha, S. Bejar, B. Jaouadi // J. Biol. Macromol. - 2017. - V.101. - P. 383-397.

291. Meijers, R. The crystal structure of glutamyl endopeptidase from Bacillus intermedius reveals a structural link between zymogen activation and charge compensation / R. Meijers, E. V. Blagova, V. M. Levdikov, G. N. Rudenskaya, G. G. Chestukhina, T. V. Akimkina, S. V. Kostrov, V. S. Lamzin, I. P. Kuranova // Biochemistry. - 2004. - V.43. - №10. - P. 2784-2791.

292. Mejean, C. Antigenic probes locate the myosin subfragment 1 interaction site on the N-terminal part of actin / C. Mejean, M. Boyer, J. P. Labbe, J. Derancourt, Y. Benyamin, C. Roustan // Biosci. Rep. - 1986. - V.6. - P. 493-499.

293. Mejean, C. Cation binding sites on actin: a structural relationship between antigenic epitopes and cation exchange / C. Mejean, H. K. Hue, F. Pons, Y. Benyamin // Biochem. Biophys. Res. Commun.

- 1988. - V.152. - P. 368-375.

294. Mejean, C. Localization and identification of actin structures involved in the filamin-actin interaction / C. Mejean, M. C. Lebart, M. Boyer, C.Roustan, Y. Benyamin // Eur. J. Biochem. - 1992. -V.209. - P. 555-562.

295. Meltzer, M. Structure, function and regulation of the conserved serine proteases DegP and DegS of Escherichia coli / M. Meltzer, S. Hasenbein, N. Mamant, M. Merdanovic, S. Poepsel, P. Hauske, M. Kaiser, R. Huber, T. Krojer, T. Clausen, M. Ehrmann // Res. Microbiol. - 2009. -V.160. - №9. - P. 660666.

296. Mistry, D. IgA1 protease / D. Mistry, R. A. Stockley // Int. J. Biochem. Cell. Biol. - 2006. -V.38. - №8. - P. 1244-1248.

297. Miyoshi, S. Extracellular proteolytic enzymes produced by human pathogenic vibrio species / S. Miyoshi // Front. Microbiol. - 2013. - V.4. - P. 339.

298. Mo, A. H. YneA, an SOS-induced inhibitor of cell division in Bacillus subtilis, is regulated posttranslationally and requires the transmembrane region for activity / A. H. Mo, W. F. Burkholder // J.Bacteriol. - 2010. - V.192. - №12. - P. 3159-3173.

299. Mohapatra, P. K. Effect of amino acids on tannase biosynthesis by Bacillus licheniformis KBR6 / P. K. Mohapatra, B. P. Pati, K. C. Mondal // J. Microbiol. Immunol. Infect. - 2009. - V.42. - №2. - P. 171-175.

300. Moliere, N. General and regulatory proteolysis in Bacillus subtilis / N. Moliere, K. Turgay // Subcell. Biochem. - 2013. - V.66. - P. 73-103.

301. Moliere, N. Role of Hsp 100/Clp protease Complexes in Controlling the Regulation of Motility in Bacillus subtilis / N. Moliere, J. Hoßmann, H. Schäfer, K. Turgay // Front. Microbiol. - 2016. - V.7.

- P. 315.

302. M0ller-Jensen, J. Prokaryotic DNA segregation by an actin-like filament / J. M0ller-Jensen, R. B.Jensen, J. Löwe // EMBO J.- 2002. - V.21. - P. 3119-3127.

303. Moncrief, J. S. The enterotoxin of Bacteroides fragilis is a metalloprotease / J. S. Moncrief, R. Jr. Obiso, L. A. Barroso, J. J. Kling, R. L. Wright, R. L. Van Tassell, D. M. Lyerly, T. D. Wilkins // Infect. Immun. - 1995. - V.63. - №1. - P. 175-181.

304. Montgelard, C. Immunological comparison between albumins of three species of mice (genus Mus.) / C. Montgelard, Y. Benyamin, C. Roustan // Experientia. - 1990. - V.46. - P. 303-307.

305. Moraczewska, J. The DNase-I binding loop of actin may play a role in the regulation of actin-myosin interaction by tropomyosin/troponin / J. Moraczewska, J. Gruszczynska-Biegala, M.J. Redowicz, S. Y. Khaitlina, H. Strzelecka-Golaszewska // The DNase-I binding loop of actin may play a

role in the regulation of actin-myosin interaction by tropomyosin/troponin // J. Biol. Chem. - 2004. -V.279. - №30. - P. 31197-31204.

306. Moreira, W. Towards Selective Mycobacterial ClpP1P2 Inhibitors with Reduced Activity against the Human Proteasome / W. Moreira, S. Santhanakrishnan, G. J. Y. Ngan, C. B. Low, K. Sangthongpitag, A. Poulsen, B. W. Dymock, T. Dick // Antimicrob Agents Chemother. - 2017. - V.61.

- №5. - P. 1-25.

307. Moreno, M. S. Catabolite repression mediated by the CcpA protein in Bacillus subtilis: novel modes of regulation revealed by whole-genome analyses / M. S. Moreno, B. L. Schneider, R. R. Maile, W. Weyler, M. H. Jr.Saier // Mol. Microbiol. - 2001. - V.39. - №5. - P. 1366-1381.

308. Mornet, D. Proteolysis and structure of skeletal muscle actin / D. Mornet, K. Ue // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1984. - V.81. - P. 3680-3684.

309. Mothe, T. Production, purification and characterization of a thermotolerant alkaline serine protease from a novel species Bacillus caseinilyticus /T. Mothe, V. R. Sultanpuram // 3 Biotech.

- 2016. - V.6. - №1 - P. 53.

310. Mugita, N. Proteases, actinidin, papain and trypsin reduce oral biofilm on the tongue in elderly subjects and in vitro / N. Mugita,T. Nambu, K. Takahashi, P. L.Wang, Y. Komasa // Arch. Oral. Biol. -2017. - V.2. - P. 233-240.

311. Mukherjee, D. V. Bacillus anthracis protease InhA increases blood brain barrier permeability and contributes to cerebral hemorrhages / D. V. Mukherjee, J. H. Tonry, K. S. Kim, N. Ramarao, T. G. Popova, C. Bailey, S. Popov, M. C. Chung // PloS One. - 2011. - V.6. - №3. - P. 1-11.

312. Müller, H. Genome Sequence of Serratiaplymuthica Strain S13, an Endophyte with Germination- and Plant-Growth-Promoting Activity from the Flower of Styrian Oil Pumpkin / H. Müller, M. Fürnkranz, M. Grube, G. Berg // Genome Announc. - 2013 - V.1. - №4. - P. 1-2.

313. Mullis, K. B. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction / K. Mullis, F. A. Faloona // Methods Enzymol. - 1987. - V.155. - P. 335-350.

314. Murphy, J. Staphylococcus aureus V8 protease disrupts the integrity of the airway epithelial barrier and impairs IL-6 production in vitro / J. Murphy, M. Ramezanpour, N. Stach, G. Dubin, A. J. Psaltis, P. J. Wormald, S. Vreuqde // Laryngoscope. - 2017. - V.128. - №1. - P. 8-15.

315. Nagasawa, S. Uptake of Shiga-toxigenic Escherichia coli SubAB by HeLa cells requires an actin- and lipid raft-dependent pathway / S. Nagasawa, K. Ogura, H. Tsutsuki, H. Saitoh, J. Moss, H. Iwase, M. Noda, K. Yahiro // Cell Microbiol. - 2014. - V.16. - №10. - P. 1582-1601.

316. Nagase, H. Metalloproteases / H. Nagase // Curr. Protoc. Protein Sci. - 2001. - Chapter 21:Unit 21.4.

317. Nagata, H. Inhibitory effects of macrocarpals on the biological activity of Porphyromonas gingivalis and other periodontopathic bacteria / H. Nagata, Y. Inagaki, Y. Yamamoto, K. Maeda, K. Kataoka, K. Osawa, S. Shizukuishi // Oral Microbiol. Immunol. - 2006. - V.21. - №3. - P. 159-163.

318. Narberhaus, F. Degradation of cytoplasmic substrates by FtsH, a membrane-anchored protease with many talents / F. Narberhaus, M. Obrist, F. Führer, S. Langklotz // Res. Microbiol. - 2009. - V.160. - P. 652-659.

319. Nazir, A. Inactivation of Cell Division Protein FtsZ by SulA Makes Lon Indispensable for the Viability of a ppGpp0 Strain of Escherichia coli / A. Nazir, R. Harinarayanan // J. Bacterial. - 2015. -V.198. - №4. - P. 688-700.

320. NC-IUBMB (Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology) (1992) Enzyme Nomenclature. 1992. Recommendations of the Nomenclature Committee of the Nomenclature and Classification of Enzymes. Academic Press, Orlando.

321. Neupane, S. Complete genome sequence of the rapeseed plant-growth promoting Serratiaplymuthica strain AS9 / S. Neupane, N. Högberg, S. Alström, S. Lucas, J. Han, et al // Stand. Genomic. Sci. - 2012. - V.6. - №1. - P. 54-62.

322. Niazi, S. A. Synergistic effect of 2% chlorhexidine combined with proteolytic enzymes on biofilm disruption and killing / S. A. Niazi, W. M. Al-Ali, S. Patel, F. Foschi, F. Mannocci // Intern. Endodontic J. - 2015. - V.48. - P. 1157-1167.

323. Niazi, S. A. The effectiveness of enzymic irrigation in removing a nutrient-410 stressed endodontic multispecies biofilm / S. A. Niazi, D. Clark, T. Do, S. C. Gilbert, F. Foschi, F. Mannocci, D. Beighton // Intern. Endodontic J. - 2014. - V.47. - P. 756-768.

324. Niyonzima, F. N. Detergent-compatible proteases: microbial production, properties, and stain removal analysis / F. N. Niyonzima, S. More // Prep. Biochem. Biotechnol. - 2015. - V.45. - №3. - P. 233-258.

325. Noegel, A. Calcium-sensitive non-muscle alpha-actinin contains EF-hand structures and highly conserved regions / A. Noegel, W. Witke, M. Schleicher // FEBS Lett. - 1987. - V.221. - P. 391-396.

326. Norsworthy, A. N. From Catheter to Kidney Stone: The Uropathogenic Lifestyle of Proteus mirabilis / A. N. Norsworthy, M. M. Pearson // Trends Microbiol. - 2017. - V.25. - №4. - P. 304-315.

327. Nuss, A. M. A Precise Temperature Responsive Bistable Switch Controlling Yersinia Virulence / A. M. Nuss, F. Schuster, L. Roselius, J. Klein, R. Bücker, K. Herbst, A. K. Heroven, F. Pisano, C. Wittmann, R. Münch, J. Müller, D. Jahn, P. Dersch / PLoS Pathog. - 2016. - V.12. - №12. - P.1-21.

328. O'Donohue, M. J. The roles of the prosequence of thermolysin in enzyme inhibition and folding in vitro / M. J. O'Donohue, A. Beaumont // J. Biochem. - 1996. - V.271. - P. 26477-26481.

329. Oda, K. New families of carboxyl peptidases: serine-carboxyl peptidases and glutamic peptidases / K. Oda // J. Biochem. - 2012. - V.151. - №1. - P. 13-25.

330. Ogura, M. Bacillus subtilis SalA (YbaL) negatively regulates expression of scoC, which encodes the repressor for the alkaline exoprotease gene, aprE / M. Ogura, A. Matsuzawa, H. Yoshikawa, T. Tanaka // J. Bacteriol. - 2004. - V.186. - P. 3056-3064.

331. Ogura, M. Binding of response regulator DegU to the aprE promoter is inhibited by RapG, which is counteracted by extracellular PhrG in Bacillus subtilis / M. Ogura, K. Shimane, K. Asai, N. Ogasawara, T. Tanaka // Mol. Microbiol. - 2003 - V.49. - P. 1685-1697.

332. Oliver, G. W. Zymography, casein zymography and reverse zymography; activity proteases and their inhibitors / G. W. Oliver, W. G. Stettler-Stevenson, D. E. KleinerIn // Handbook of proteolyitic enzymes. San Diego. Acad. Press. - 1999. - P. 61-76.

333. Ollinger, J. Validation of the essential ClpP protease in Mycobacterium tuberculosis as a novel drug target / J. Ollinger, T. O'Malley, E. A. Kesicki, J. Odingo, T. Parish // J. Bacteriol. - 2012. - V.194.

- №3. - P. 663-668.

334. Olukosi, O. A. Effects of exogenous proteases without or with carbohydrases on nutrient digestibility and disappearance of non-starch polysaccharides in broiler chickens / O.A. Olukosi, L.A. Beeson, K. Englyst, L.F. Romero // Poultry Sci. - 2015. - V.94. - №11. - P. 2662-2669.

335. Ooi, A. Effects of subtilisin cleavage of monomeric actin on its nucleotide binding / A. Ooi, K. Mihashi // J. Biochem. - 1996. - V.120. - №6. - P. 1104-1110.

336. Ota-Tsuzuki, C. Collagenase production and hemolytic activity related to 16S rRNA variability among Parvimonas micra oral isolates / C. Ota-Tsuzuki, M.P. Alves Mayer // Anaerobe. - 2010. - V.16.

- P. 38-42.

337. O'Toole, G. A. Initiation of biofilm formation in Pseudomonas fluorescens WCS365 proceeds via multiple, convergent signalling pathways: a genetic analysis / G. A. O'Toole, R. Kolter // Mol. Microbiol. - 1998. - V.28. - №3. - P. 449-461.

338. Otterbein, L. R. The crystal structure of uncomplexed actin in the ADP state / L. R. Otterbein, P. Graceffa, R. Dominguez // Science. - 2001. - V.293. - P. 708-711.

339. Page, M. J. Evolution of peptidase diversity / M. J. Page, E. Di Cera // J. Biol. Chem. - 2008. -V.283. - P. 30010-30014 (a).

340. Page, M. J. Serine peptidases: classification, structure and function / M. J. Page, E. Di Cera // Cell Mol. Life Sci. - 2008. - V.65. - P. 1220-1236 (b).

341. Paharik, A. E. The Spl Serine Proteases Modulate Staphylococcus aureus Protein Production and Virulence in a Rabbit Model of Pneumonia / A. E. Paharik, W. Salgado-Pabon, D. K. Meyerholz, M. J.White, P. M. Schlievert, A. R. Horswill // mSphere. - 2016. - V.1. - №5. - P. 1-16.

342. Park, J. H. Acceleration of protease effect on Staphylococcus aureus biofilm dispersal / J. H. Park, J. H. Lee, M. H. Cho, M. Herzberg, J. Lee // FEMS Microbiol Lett. - 2012. - V.335. - №1. - P.31-38 (a).

343. Park, J. H. Extracellular protease in Actinomycetes culture supernatants inhibits and detaches Staphylococcus aureus biofilm formation / J. H. Park, J-H. Lee, C. J. Kim, J. C. Lee, M. H. Cho, J. Lee // Biotechnol. Lett. - 2012. - V.34 - P. 655-661 (b).

344. Patick, A. K. Protease inhibitors as antiviral agents / A. K. Patick, K. E. Potts // Clin. Microbiol. Rev. - 1998. - V.11. - P. 614-627.

345. Paulsen, K. Cloning and sequencing of the immunoglobulin A1 protease gene (iga) of Haemophilus influenzae serotype b / K. Paulsen, J. Brandt, J. Hjorth, H. C.Thogersen, M. Kilian // Infect. Immun. - 1989. - V.57. - №10. - P. 3097-3105.

346. Pearson, M. M. Complete genome sequence of uropathogenic Proteus mirabilis, a master of both adherence and motility / M. M. Pearson, M. Sebaihia, C. Churcher, M. A. Quail, A. S. Seshasayee, et al. // J. Bacteriol. - 2008. - V.190. - №11. - P. 4027-4037.

347. Peetermans, M. Bacterial pathogens activate plasminogen to breach tissue barriers and escape from innate immunity / M. Peetermans, T. Vanassche, L. Liesenborghs, R. H. Lijnen, P. Verhamme // Crit. Rev. Microbiol. - 2015. - V.42. - №6. - P. 866-882.

348. Pellizzari, R. Tetanus and botulinum neurotoxins: Mechanism of action and therapeutic uses / R. Pellizzari, O. Rossetto, G. Schiavo, C. Montecucco // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. - 1999.

- V. 354. - P. 259-268.

349. Percival, S. L. Importance of biofilm formation in surgical infection // Br. J. Surg. - 2017. -V.104. - №2. - P. 85-94.

350. Perego, M. Pentapeptide regulation of aspartyl-phosphate phosphatases / M. Perego, J. A. Brannigan // Peptides. - 2001. - V.22. - P. 1541-1547.

351. Pierre, H. Immobilization of proteinases on chitosan for the development of filmswith anti-biofilm properties / H. Pierre,C. Elchinger, S. Delattrec, O. R. Faureab // Inter. J. Biol. Macromolecules.

- 2015. - V.72. - P. 1063-1068.

352. Pietrocola, G. Staphylococcus aureus Manipulates Innate Immunity through Own and Host-Expressed Proteases / G. Pietrocola, G. Nobile, S. Rindi, P. Speziale // Front. Cell. Infect. Microbiol. -2017. - V.7. - P. 166.

353. Pilon, J. L. Feasibility of infectious prion digestion using mild conditions and commercial subtilisin / J. L. Pilon, P. B. Nash, T. Arver, D. Hoglund, K. C. VerCauteren // J. Virol. Met. - 2009. -V.161. - P. 168-172.