Молекулярно-генетическая характеристика нозокомиальных изолятов Klebsiella pneumoniae, продуцирующих карбапенемазы, в России тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Шайдуллина Эльвира Расиловна

• Шайдуллина Эльвира Расиловна
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Шайдуллина Эльвира Расиловна

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Klebsiella pneumoniae: общие сведения

1.1.1 Характеристика вида K. pneumoniae

1.1.2 Место вида K. pneumoniae в таксономии рода Klebsiella

1.2 Клиническая значимость K. pneumoniae

1.3 Природная и приобретенная резистентность K. pneumoniae к антибактериальным препаратам

1.3.1 Природная резистентность K. pneumoniae к антибактериальным препаратам

1.3.2 Ферментативные механизмы устойчивости к ß-лактамным антибиотикам

1.3.3. Неферментативные механизмы устойчивости к ß-лактамным антибиотикам

1.3.4. Механизмы устойчивости к другим группам антибиотиков

1.3.5 Молекулярные механизмы распространения детерминант резистентности

1.4 Факторы патогенности K. pneumoniae

1.4.1 Хромосомные факторы патогенности K. pneumoniae

1.4.2 Приобретенные факторы патогенности K. pneumoniae

1.5 Молекулярная эпидемиология K. pneumoniae

1.5.1 «Классическая» и гипервирулентная эволюционные линии K. pneumoniae

1.5.2 Популяционная структура K. pneumoniae

Заключение к обзору литературы

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Бактериальные изоляты

2.2 Микробиологические методы

2.2.1 Видовая идентификация

2.2.2 Определение чувствительности к антибактериальным препаратам

2.2.3 Выявление фенотипической продукции ß-лактамаз расширенного спектра

2.2.4 Определение продукции карбапенемаз методом инактивации карбапенемов

2.2.5 Определение продукции карбапенемаз методом MALDI-TOF масс-спектрометрии

2.3 Молекулярно-генетические методы

2.3.1 Выделение геномной ДНК бактерий

2.3.2 Выявление генов карбапенемаз методом ПЦР в режиме реального времени

2.3.3 Субвидовое типирование методом мультилокусного секвенирования-типирования

2.3.4 Субвидовое типирование методом SNP-типирования

2.3.5 Полногеномное секвенирование

2.4 Биоинформатический анализ данных WGS

2.5 Статистическая обработка данных

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Анализ чувствительности к антибактериальным препаратам нозокомиальных изолятов K. pneumoniae

3.1.1 Источники клинических изолятов K. pneumoniae

3.1.2 Анализ чувствительности к ß-лактамным антибиотикам нозокомиальных изолятов K. pneumoniae

3.1.3 Анализ чувствительности нозокомиальных изолятов K. pneumoniae к

другим классам антибиотиков

3.2 Разработка и оптимизация метода определения продукции карбапенемаз с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии и дисков с

эртапенемом

3.2.1 Подбор антибиотика карбапенема

3.2.2 Оптимизация условий пробоподготовки

3.2.3 Верификация метода

3.3 Оценка распространенности генов различных карбапенемаз у изолятов K. pneumoniae с помощью ПЦР в режиме реального времени

3.3.1 Определение продукции карбапенемаз нозокомиальными изолятами K. pneumoniae

3.3.2 Устойчивость к антибиотикам нозокомиальных изолятов K. pneumoniae, продуцирующих карбапенемазы

3.4 Разработка и оптимизация метода SNP-типирования K. pneumoniae

3.4.1 Выбор однонуклеотидных полиморфизмов и дизайн праймеров для SNP-типирования

3.4.2 Оптимизация протокола SNP-типирования

3.4.3 Верификация метода

3.5 Оценка генетического разнообразия и молекулярная эпидемиология нозокомиальных изолятов K. pneumoniae в России в 2013-2020 гг. по

данным SNP-типирования

3.5.1 Генетическое разнообразие нозокомиальных изолятов K. pneumoniae

в России в 2013-2020 гг

3.5.3 Создание информационного web ресурса, описывающего структуру популяции K. pneumoniae в России

3.6 Молекулярно-генетический анализ карбапенемазо-продуцирующих штаммов K. pneumoniae на основе данных полногеномного секвенирования

3.6.1 Анализ данных генотипирования по сиквенс-типу, K-серотипу и O-серотипу изолятов K. pneumoniae

3.6.2 Анализ генетических детерминант резистентности и вирулентности изолятов K. pneumoniae

3.6.3 Оценка роли плазмид различных групп в распространении

карбапенемаз и генов аэробактина на территории России

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

109

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Таблица П1 - Характеристика изолятов и наличие маркерных пиков масс-спектров, использованных для верификации метода детекции

карбапенемаз с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии

Таблица П2 - Детерминанты антибиотикорезистентности изолятов

K. pneumoniae

Таблица П3 - Детерминанты вирулентности изолятов K. pneumoniae

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетическая характеристика нозокомиальных изолятов Klebsiella pneumoniae, продуцирующих карбапенемазы, в России»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее изученности

Klebsiella pneumoniae является одним из основных оппортунистических патогенов, вызывающих у лиц с ослабленным иммунитетом вторичные нозокомиальные инфекции, включая пневмонии, инфекции мочевыводящих путей и другие заболевания. Более того, K. pneumoniae способна вызывать тяжелые первичные инфекции у здоровых лиц, например, абсцессы печени, эндокардиты, эндофтальмиты, менингиты с частой генерализацией инфекции [Salawati, 2021; Chang and Ong, 2022; Zhang et al., 2022a]. «Типичные» изоляты K. pneumoniae, вызывающие вторичные инфекции и циркулирующие в госпитальной среде, относят к «классическому» патотипу K. pneumoniae (cKP), тогда как другие, циркулирующие во внебольничной среде, более вирулентны и относятся к гипервирулентному патотипу (hvKP).

В последние десятилетия K. pneumoniae становится серьезной угрозой для общественного здравоохранения. Это связано с несколькими причинами. Во-первых, «классические» изоляты K. pneumoniae, распространяясь в госпитальной среде в условиях постоянного селективного давления со стороны антибиотиков и дезинфицирующих средств, приобретают множественную или экстремальную резистентность. В 2017 году K. pneumoniae была включена Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) в список «приоритетных патогенов», имеющих множественную устойчивость к антимикробным препаратам и представляющих наибольшую угрозу для человечества [Tacconelli and Magrini, 2017]. В первую очередь это связано со стремительным ростом устойчивости к карбапенемам [Surveillance ..., 2022], основным препаратам, применяемым для терапии нозокомиальных инфекций, вызванных грамотрицательными бактериями. Частое использование карбапенемов в терапии инфекций привело к тому, что в настоящее время распространение карбапенем-резистентных штаммов является одной из самых серьезных угроз в современной медицине. В первую очередь опасность представляют изоляты K. pneumoniae, продуцирующие карбапенемазы - ферменты, которые расщепляют карбапенемы. Продукция карбапенемаз является наиболее эффективным механизмом устойчивости к карбапенемам и может приводить к

формированию высоких уровней устойчивости к антибиотикам данной группы [Тапальский и Петренёв, 2017; Galani et al., 2018; Pilato et al., 2022].

В то же время, серьезную опасность представляют гипервирулентные штаммы K. pneumoniae, которые обладают множеством дополнительных факторов патогенности и способны вызывать тяжелые, жизнеугрожающие инфекции. Несмотря на то, что штаммы hvKP, как правило, проявляют чувствительность к большинству антибиотиков, лечение вызываемых ими инфекций может быть затруднительным из-за крайне быстрого и агрессивного течения, что в свою очередь обусловливает высокую смертность [Chen and Chen, 2021; Xu et al., 2023].

Наконец, в последние годы все чаще описываются случаи конвергенции двух основных патотипов K. pneumoniae и появления штаммов, сочетающих в себе признаки как cKP с множественной резистентностью, так и hvKP. Серьезную обеспокоенность в первую очередь вызывает быстрое распространение штаммов hvKP с продукцией карбапенемаз, которые часто проявляют фенотип множественной или экстремальной резистентности [Mukherjee et al., 2020; Shankar et al., 2020; Blanc et al., 2021].

Во многих странах существуют национальные программы мониторинга устойчивости к антибиотикам, а также изучения молекулярной эпидемиологии K. pneumoniae [Surveillance ..., 2022]. В Российской Федерации с 1997 года действует национальная программа мониторинга антибиотикорезистентности, целью которой является динамическое наблюдение за изменениями видового состава и чувствительности к антибиотикам бактериальных возбудителей нозокомиальных и внебольничных инфекций. Результаты исследований, проводимых в рамках данной программы, представлены на открытом геоинформационном ресурсе "Карта антимикробной резистентности", https://amrmap.ru/ [Виноградова и Кузьменков, 2019]. Однако, данные о молекулярной эпидемиологии K. pneumoniae и механизмах распространения генов вирулентности и резистентности, в первую очередь карбапенемаз, в России имеют разрозненный характер и охватывают, как правило, только отдельные стационары или регионы.

Поэтому, целью данной работы было изучение молекулярной эпидемиологии нозокомиальных карбапенемазопродуцирующих изолятов Klebsiella pneumoniae в России.

Для достижения этой цели решались следующие задачи:

1. Проанализировать устойчивость к антибактериальным препаратам нозокомиальных изолятов K. pneumoniae, выделенных у госпитализированных пациентов в 37 городах России за период с 2013 по 2020 гг.

2. Разработать метод MALDI-TOF масс-спектрометрии с использованием коммерческих дисков с эртапенемом для определения продукции карбапенемаз.

3. Проанализировать распространенность генов карбапенемаз различных групп среди нозокомиальных изолятов K. pneumoniae в России.

4. Разработать метод субвидового SNP-типирования K. pneumoniae.

5. Проанализировать генетическое разнообразие и молекулярную эпидемиологию нозокомиальных изолятов K. pneumoniae в России.

6. Провести на основе данных полногеномного секвенирования анализ генетических детерминант резистентности и вирулентности карбапенемазопродуцирующих изолятов K. pneumoniae. Определить типы и распространенность плазмид, несущих гены карбапенемаз и аэробактина.

Научная новизна

Была определена устойчивость к антибактериальным препаратам референтным методом микроразведений в бульоне, а также продукция карбапенемаз для большой коллекции нозокомиальных изолятов K. pneumoniae, собранных в 37 городах Российской Федерации. Впервые был разработан модифицированный фенотипический метод определения карбапенемазной активности у Enterobacterales с применением MALDI-TOF масс-спектрометрии и коммерческих дисков с эртапенемом в качестве источника антибиотика. Впервые разработан высокопроизводительный метод внутривидового SNP-типирования K. pneumoniae, основанный на анализе однонуклеотидных полиморфизмов в семи генах корового генома, используемых в схеме MLST-типирования K. pneumoniae. С применением разработанного метода SNP-типирования изучена популяционная структура, распространенность основных генетических линий и молекулярная эпидемиология K. pneumoniae на территории Российской Федерации. Впервые показано, что

карбапенемазы группы OXA-48, распространяются преимущественно штаммами K. pneumoniae, относящимися к клональному комплексу (СС) 395 и гипервирулентной линии CC23, которые представляют собой международные клоны «высокого риска». На основе анализа данных полногеномного секвенирования показана корреляция между фенотипом и генотипом резистентности к антибактериальным препаратам карбапенемазопродуцирующих изолятов K. pneumoniae. Впервые показана широкая распространенность гибридных плазмид, несущих как гены вирулентности, так и гены резистентности, в том числе гены карбапенемаз группы NDM, среди карбапенемазопродуцирующих изолятов K. pneumoniae на территории Российской Федерации.

Теоретическая и практическая значимость

Результаты исследования дают представления о популяционной структуре и молекулярной эпидемиологии K. pneumoniae, а также генетических механизмах распространения детерминант антибиотикорезистентности и гипервирулентности в Российской Федерации. Создан доступный и эффективный метод определения продукции карбапенемаз, который может быть использован в клинических микробиологических лабораториях. В виду высокой генетической пластичности K. pneumoniae и способности к приобретению дополнительного генетического материала, результаты исследования субвидового генетического разнообразия и распространенности генетических детерминант вирулентности и резистентности имеют принципиальное значение для разработки эффективных мер инфекционного контроля и национальных стандартов лечения инфекций, вызванных данным возбудителем. Кроме того, полученные результаты могут быть использованы как основа для эффективного применения имеющихся и разработки новых антимикробных препаратов и вакцин с учетом особенностей популяции штаммов K. pneumoniae, циркулирующих на территории Российской Федерации.

Положения, выносимые на защиту:

1. Разработанный метод MALDI-TOF масс-спектрометр ии с использованием коммерческих дисков с эртапенемом для определения карбапенемазной активности повышает скорость и доступность анализа, что позволяет использовать его в рутинной диагностике бактериологических лабораторий, оснащенных масс-спектрометром.

2. Разработан высокопроизводительный метод SNP-типирования K. pneumoniae, позволяющий с высокой точностью определять принадлежность изолятов к различным генетическим линиям и клональным комплексам, включая международные клоны "высокого риска", и изучать генетическое разнообразие K. pneumoniae при проведении масштабных популяционных эпидемиологических исследований.

3. В России преобладающим типом карбапенемаз, продуцируемых K. pneumoniae, являются карбапенемазы группы OXA-48 (61,7%). Ведущая роль в вертикальном распространении генов карбапенемаз принадлежит штаммам двух генетических линий: СС395 (64,6%) и гипервирулентной СС23 (11,6%). Гены карбапенемаз группы OXA-48 в 96,9% случаев распространяются горизонтально плазмидами групп IncL (55,6%) и IncM2 (41,3%). Нозокомиальные карбапенемазопродуцирующие изоляты K. pneumoniae в 43,6% случаев содержат гибридные плазмиды, одновременно несущие детерминанты антибиотикорезистентности и гипервирулентности.

Степень достоверности подтверждается большим объемом лабораторных исследований, проведенных с использованием современного высокоточного оборудования и проанализированных с помощью соответствующего программного обеспечения, а также публикацией результатов исследования в рецензируемых отечественных и международных изданиях.

Апробация работы и публикации

По материалам диссертации опубликовано 10 статей в рецензируемых журналах, из которых 6 в журналах, индексируемых Scopus и Web of Science, 2 - в журналах, рекоментованных ВАК РФ, 11 тезисов, из них 3 в зарубежных изданиях, 8 - индексируемых в базе РИНЦ.

Материалы диссертации представлены на VII Всероссийском конгрессе по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (Санкт-Петербург, 2023); на XXV Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Москва, 2023); на IV Уральской конференции МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Челябинск, 2023); на Международной юбилейной конференции, посвященной 100-летию основания кафедры микробиологии в Казанском университете

«Микробиология: вчера, сегодня, завтра» (Казань, 2021); на VIII Международной научно-практической конференции молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов (Новосибирск, 2021); на 74-ой всероссийской с международным участием школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Нижний Новгород, 2021); на 30th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) (Париж, 2020); на 29th European congress of clinical microbiology and infectious diseases (Амстердам, 2019); на 28th European congress of clinical microbiology and infectious diseases (Мадрид, 2018); на VI Всероссийской заочной научно-практической конференции с международным участием «Микробиология в современной медицине» (Казань, 2018 г.); на X Ежегодном Всероссийском Конгрессе по инфекционным болезням с международным участием (Москва, 2018); на ХХ Международной медико-биологической конференции молодых исследователей «Фундаментальная наука и клиническая медицина - человек и его здоровье» (Санкт-Петербург, 2017); на II Международной школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Биомедицина, материалы и технологии XXI века» (Казань, 2016); на XVIII Международной медико-биологической конференции молодых исследователей «Фундаментальная наука и клиническая медицина - человек и его здоровье» (Санкт-Петербург, 2015).

Место выполнения работы и личный вклад соискателя

Работа выполнена в НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России и на кафедре микробиологии ИФМиБ ФБАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет». Совместно с научными руководителями автором сформулированы цели и задачи исследования, разработан основной план работы и осуществлен подбор методик. Результаты исследования получены лично автором либо при его непосредственном участии на всех этапах работы. Анализ данных отечественной и зарубежной литературы по теме диссертации, статистическая обработка и интерпретация полученных результатов исследования выполнены автором лично.

Объем и структура диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов исследования, обсуждения результатов, заключения, выводов и списка литературы. Материалы диссертации изложены на 169 страницах машинописного текста и содержит 17 рисунов и 17 таблиц (включая три в Приложении). Библиография состоит из 291 источника, среди которых 16 российских и 275 зарубежных источников.

Благодарности

Автор выражает искреннюю признательность своим научным руководителям д.б.н., профессору А. М. Мардановой и к.б.н., М. В. Эйдельштейну за душевное руководство и всестороннюю поддержку; к.б.н., зав. лаб. микробиологии НМИЦ нейрохирургии им. ак. Н. Бурденко М. В. Сухоруковой и сотрудникам НИИАХ ФГБОУ ВО СГМУ к.б.н., с.н.с. Н. В. Иванчик, н.с. А. В. Микотиной за помощь в определении чувствительности к антибиотикам; н.с. А. В. Романову за помощь в планировании метода MALDI-TOF масс-спектрометрии; н.с. Е. А. Шеку за консультативную помощь в разработке метода SNP-типирования; н.с. В. В. Шаповаловой и к.ф.-м.н. ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора А. А. Шеленкову за помощь в секвенировании.

Автор благодарит всех сотрудников кафедры микробилогии ФГАОУ ВО КФУ и НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО СГМУ за помощь и поддержку.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1 Klebsiella pneumoniae: общие сведения 1.1.1 Характеристика вида K. pneumoniae

Klebsiella pneumoniae - условно-патогенная грамотрицательная неподвижная бактерия из семейства Enterobacteriaceae, порядка Enterobacterales. Имеет форму короткой палочки размером около 1-2 мкм х 0,5-0,8 мкм, образует капсулу. На твердых средах, например, мясопептонном агаре, образует крупные, куполообразные, слизистые колонии белого цвета, диаметром 3-6 мм; в мясопептонном бульоне рост в виде равномерного помутнения среды. Способна к утилизации глюкозы и цитрата натрия, ферментированию инозита и гидролизации мочевины, не образует индол и сероводород [Lenchenko et al., 2020].

K. pneumoniae может встречаться в окружающей среде, почве и поверхностных водах, а также в кишечнике, на коже и в ротовой полости человека и животных, где ведет сапрофитный образ жизни [Wyres and Holt, 2018]. Штаммы этого вида могут образовывать биопленки, внеклеточные структуры которых представлены полисахаридами, белками и ДНК [Lenchenko et al., 2020; Guerra et al., 2022]. Способность K. pneumoniae формировать биопленки может приводить к колонизации дыхательных, желудочно-кишечных и мочевыводящих путей и развитию инвазивных инфекций (особенно у пациентов с иммунодефицитными состояниями) [Hall-Stoodley et al., 2004; Wang et al., 2020]. Liu с соавторами [2020] показали, что клинические изоляты K. pneumoniae могут формировать нетипичные биопленки (R-биопленки), индуцированные двуцепочечными разрывами ДНК, что позволило авторам предположить участие в процессе биопленкообразования помимо SOS-ответа дополнительных неклассических сигнальных путей.

В 1882 году Карл Фридлендер описал инкапсулированную бациллу, выделенную из легких пациента, умершего от пневмонии, и назвал ее «Hyalococcus pneumoniae». Впоследствии, в 1887 году, она была переименована в Klebsiella pneumoniae [Trevisan, 1987; Brisse et al., 2005]. В этом же году также была описана бацилла, выделенная от пациента с риносклеромой, позже названная Klebsiella rhinoscleromatis [Von Frish, 1982; Trevisan, 1987]. Спустя год Abel наблюдал инкапсулированную бациллу, выделенную из носа пациента с атрофическим ринитом. Описанная бактерия затем была отнесена к роду Klebsiella и получила

название Klebsiella ozaenae [Abel, 1893; Bergey et al., 1925]. Познее K. rhinoscleromatis и K. ozaenae были отнесены к подвидам K. pneumoniae.

Таким образом, в настоящее время вид K. pneumoniae (K. pneumoniae sensu stricto) подразделяется на три подвида: K. pneumoniae subsp. pneumoniae, K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis и K. pneumoniae subsp. ozaenae. Два последних, несмотря на широкое географическое распространение, встречаются в клинической практике достаточно редко и сильно ассоциированы с определенными инфекциями: риносклеромой и атрофическим ринитом (озена) соответственно. Подвид K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis очень гомогенен и соответствует одной клональной группе CG3, названной клоном Rhinoscleromatis. Все описанные изоляты этого подвида имеют капсульный серотип K3 [Brisse et al., 2009; Corelli et al., 2018]. Штаммы подвида K. pneumoniae subsp. ozaenae относятся к одной клональной группе CG90, названной клоном Ozaenae, который более гетерогенен в сравнении с клоном Rhinoscleromatis. Изоляты этого подвида имеют капсульный серотип K4 и реже K5 [Brisse et al., 2009].

Известные геномы, загруженные в базу данных NCBI, показывают, что средний размер генома K. pneumoniae составляет ~5,6 Мб со средним содержанием GC пар 57 % (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=klebsiella+pneumoniae). Сравнительный анализ данных полногеномного секвенирования (WGS) выявил, что среднее количество генов, закодированных в одном геноме K. pneumoniae составляет приблизительно 5000-6000, из которых около 1700 генов составляют коровый геном и встречаются во всех проанализированных изолятах [Lam, 2021]. Lam M.M. с соавторами также выявили, что геномы содержали тысячи уникальных генов, которые составили в среднем 3817 генов на штамм [Lam, 2021], что в значительной степени показывает высокую пластичность генома, присущую виду K. pneumoniae. Эти данные подтверждают раннее полученные результаты исследований, которые показывают, что гены, аннотированные у K. pneumoniae, имеют значительно более высокое разнообразие по содержанию GC пар по сравнению с Enterobacter cloaceae, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii и Psudomonas aeruginosa. Это позволяет предположить, что K. pneumoniae способна получать ДНК посредством горизонтального переноса генов от широкого круга доноров, включающих не только представителей семейства энтеробактерий, но и

таких родов, как Acinetobacter, Streptomyces, Vibrio, Xyella, Bukholderia и Xanthomonas [Holt et al., 2015].

1.1.2 Место вида K. pneumoniae в таксономии рода Klebsiella

K. pneumoniae является типовым видом рода Klebsiella. Штаммы этого рода были впервые выделены и описаны в 19 веке и названы Тревизаном Klebsiella в честь немецкого микробиолога Эдвина Клебса [Trevisan, 1885]. В настоящий момент род Klebsiella разделяется на 19 видов (K. pneumoniae, K. oxytoca, K. grimontii, K. aerogenes, K. michiganensis и другие), а также включает множество неклассифицированных штаммов Klebsiella sp.

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=570).

Исследования с помощью RAPD-анализа (анализа комбинаций случайно амплифицированной полиморфной ДНК), секвенирования генов gyrA и parC и автоматического риботипирования, проведенные в 2001 году, позволили разделить изоляты, ранее классифицированные как K. pneumoniae, на три кластера, обозначенные как KpI, KpII (KpII-A и KpII-B) и KpIII [Brisse and Verhoef, 2001]. Позднее штаммы групп KpII и KpIII были выделены в отдельные виды: Klebsiella quasipneumoniae subsp. quasipneumoniae (KpII-A), K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae (KpII-B) и Klebsiella variicola (KpIII) [Brisse et al., 2014].

Дальнейшие исследования на основе сравнительного анализа данных WGS также показали, что значительная часть изолятов, идентифицированная ранее как K. pneumoniae на основании биохимических тестов и протеомного анализа, на самом деле принадлежит к близкородственным видам, имеющим 95-96% сходство по анализу средней нуклеотидной идентичности (Average nucleotide identity, ANI) [Long et al., 2017; Martinez-Romero et al., 2018; Rodrigues et al., 2019]. Формально эта группа близкородственных видов не получила таксономического названия, но была обозначена Wyres с соавторами как K. pneumoniae species complex (KpSC) [Wyres et al, 2020].

Таким образом, на настоящий момент KpSC включает 5 видов и разделяется на 7 филогенетических групп: K. pneumoniae sensu stricto (Kp1), K. quasipneumoniae subsp. quasipneumoniae (Kp2) и subsp. simillipneumoniae (Kp4), K. variicola subsp. variicola (Kp3) и subsp. tropica (Kp5), K. quasivariicola (Kp6) и K. africana (Kp7) [Wyres et al, 2020].

Как было сказано выше, все представители KpSC обладают перекрывающимися биохимическими и фенотипическими признаками [Brisse and Verhoef, 2001; Brisse et al., 2014], в следствие чего дифференциация видов внутри комплекса с помощью традиционных микробиологических методов не представляется возможной, и обычно все таксоны комплекса KpSC ошибочно идентифицируются как K. pneumoniae. Поиск надежных методов дифференциации видов внутри комплекса показал, что использование времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF масс- спектрометрии) с обновленными базами референтных спектров микроорганизмов позволяет с достаточно высокой точностью разделить виды KpSC (точность идентификации составляет 84-100% для разных филогенетических групп) [Rodrigues et al., 2018; Bridel et al., 2021]. Безусловно, на сегодняшний день самым точным методом дифференциации видов KpSC остается анализ данных полногеномного секвенирования [Long et al., 2017; Martínez-Romero et al., 2018; Rodrigues et al., 2019], который, однако, практически невозможен для использования в рутинной диагностике микробиологических лабораторий.

Таким образом, видовая идентификация бактерий рода Klebsiella и, в частности, комплекса KpSC, с учетом современной таксономии остается сложной, и используемые на практике методы постоянно совершенствуются.

1.2 Клиническая значимость K. pneumoniae

K. pneumoniae известна тем, что способна вызывать широкий спектр заболеваний, в первую очередь, у людей с ослабленным иммунитетом. Колонизация желудочно-кишечного тракта штаммами K. pneumoniae является фактором риска развития клебсиеллезной инфекции, при этом уровень бессимптомного носительства может значительно варьировать от 5,2% в странах Запада до 88,7% в странах Азиатско-Тихоокеанского региона [Lin et al., 2012; Martin et al., 2016; Gorrie et al., 2017; Huang et al., 2018c; Huynh et al., 2020]. При этом, например, данные исследований в группе пациентов отделений интенсивной терапии показали, что примерно в 50% случаев инфекций, вызванных K. pneumoniae, источником возбудителя являлась собственная микробиота пациента [Gorrie et al., 2017].

K. pneumoniae является оппортунистическим возбудителем внекишечных инфекций, например, инфекций мочевыводящих путей (ИМП), в том числе рецидивирующего характера [Cristea et al., 2017; Vachvanichsanong et al., 2021; Krawczyk et al., 2022]. При этом ИМП нередко возникают как осложнение, связанное с катетеризацией у госпитализированных пациентов [Liu et al., 2020]. K. pneumoniae может вызывать вторичные интраабдоминальные [Blot et al., 2019; Yoon et al., 2019; Guedes et al., 2020] и хирургические раневые инфекции [Антонова, 2021; Bulbin et al., 2017]. Частота встречаемости K. pneumoniae в этиологии этих инфекций может варьировать от 6,8% до 19,8% [Дмитириева с соавт., 2019; Захватова с соавт., 2022; Blot et al, 2019; Yoon et al, 2019; Adugna et al, 2021].

K. pneumoniae также является частым возбудителем острых респираторных инфекций [Zar et al., 2022], в том числе внебольничных и, особенно часто, нозокомиальных пневмоний [Антонова, 2021; Liu et al., 2021]. При этом доля клебсиелл может достигать 21,0% в этиологической структуре возбудителей пневмонии у госпитализированных пациентов [Дмитриева с соавт., 2019]. Показано, что повышение бактериальной нагрузки K. pneumoniae опосредует воспалительный ответ в нижних дыхательных путях и может быть связано с обострениями хронической обструктивной болезни легких [Wang et al., 2015].

Кроме того, K. pneumoniae может вызывать такие тяжелые заболевания, как эндокардит [Ioannou et al., 2021], вторичные гнойные менингиты [Антонова, 2021], инфекции кровотока, сепсис у иммунокомпрометированных взрослых пациентов [Антонова, 2021; Ple§ca et al., 2015] и ранний сепсис у новорожденных [Mukherjee et al., 2021]. В России доля K. pneumoniae в структуре возбудителей инфекций кровотока может составлять 3,9-8,5% [Дмитриева с соавт., 2019; Захватова с соавт., 2022].

В середине 1980-х годов стали появляется сообщения о новых клинически значимых гипервирулентных штаммах K. pneumoniae, вызывающих инфекции не только у людей с иммунодефицитами, но и у иммунокомпетентных людей. Одна из первых таких публикаций описывает семь случаев абсцесса печени с осложнениями в виде эндофтальмита [Liu, 1986]. В последующем, рестроспективный анализ, проведенный в Тайване и Юго-Восточной Азии, выявил еще 160 случаев абсцессов печени с метастатическим распространением гнойного процесса, вызванных

K. pneumoniae [Wang et al., 1998]. При этом метастатическим поражениям подвергались различные системы органов с развитием эндофтальмита или увеита, абсцесса и эмболии легких, абсцесса головного мозга и менингита, бактериурии и абсцесса предстательной железы [Wang et al., 1998]. В настоящее время имеются сообщения о распространении гипервирулентных штаммов K. pneumoniae не только в Азии, но и по всему миру: Северной и Южной Америке [Cerdeira et al., 2021; Lee et al., 2021], Европе [Blanc et al., 2021; Roulston et al., 2018], Африке [Ahmed et al., 2021] и Австралии [Sturm et al., 2018]. В России также описаны многочисленные случаи выделения гипервирулентных изолятов K. pneumoniae [Скачкова с соавт., 2019; Шамина с соавт., 2020; Shaidullina el al., 2020].

K. pneumoniae также может вызывать инфекции у домашних и диких животных. Описаны случаи клебсиеллезной инфекции у кошек и собак, а также крупного рогатого скота [Hayakawa Ito de Sousa et al., 2021; Lee et al., 2021; Tsuka et al., 2021; Zhang et al., 2022]. Среди диких животных зафиксированы случаи инфекций, вызванных K. pneumoniae, у обезьян мармозеток и лемуров [Suski et al., 2017; Guerra et al, 2020].

Таким образом, в настоящее время серьезную обеспокоенность вызывает не только значительный рост доли K. pneumoniae в структуре возбудителей многих заболеваний, но и широкое распространение гипервирулентных штаммов K. pneumoniae по всему миру.

1.3 Природная и приобретенная резистентность K. pneumoniae к антибактериальным препаратам

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шайдуллина Эльвира Расиловна, 2023 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алексеева, А. Е. Мобилом клинических карбапенем-устойчивых изолятов Klebsiella pneumoniae / А. Е. Алексеева, Н. Ф. Бруснигина, Н. А. Гординская [Текст] // Генетика - 2020. - Т. 56. - № 3. - С. 272-281.

2. Антонова, Е. Г. Особенности клинического течения внутрибольничных инфекций, вызванных штаммами Klebsiella pneumoniae, резистентными к карбапенемам [Текст] / Е. Г. Антонова // Смоленский медицинский альманах. - 2021. - № 1. - С. 19-23.

3. Виноградова, А. Г. Практическое применение AMRmap: элементы подхода «от общего к частному» на примере Klebsiella pneumoniae [Текст] / А. Г. Виноградова, А. Ю. Кузьменков // КМАХ. - 2019. - Т. 21. - № 2. - С. 181-186.

4. ГОСТ Р ИСО 20776-1-2010 Клинические лабораторные исследования и диагностические тест-системы in vitro. Исследование чувствительности инфекционных агентов и оценка функциональных характеристик изделий для исследования чувствительности к антимикробным средствам. Часть 1. Референтный метод лабораторного исследования активности антимикробных агентов против быстрорастущих аэробных бактерий, вызывающих инфекционные болезни. - М.: Стандартинформ, 2012. - 22 с.

5. Дмитриева, Н. В. Нозокомиальные инфекции, вызванные бактериями семейства Enterobacteriacae, в онкологической клинике [Текст] / Н. В. Дмитриева, В. В. Агинова, И. Н. Петухова, З. В. Григорьевская, А. И. Дмитриева, Н. С. Багирова, И. В. Терещенко, Е. Н. Хмаладзе // Сибирский онкологический журнал. - 2019. - Т. 18. - № 1. - С. 36-42.

6. Захватова, А. С. Микробиологический мониторинг антимикробной резистентности потенциальных возбудителей инфекций кровотока [Текст] / А. С. Захватова, М. Г. Дарьина, Ю. С. Светличная, Л. П. Зуева, Б. И. Асланов, М. А. Червякова // Инфекция и иммунитет. - Т. 12. - № 1. - С. 185-192.

7. Кузнецова, Д. А. Сидерофоры бактерий: структура, функции и роль в патогенезе инфекций [Текст] / Д. А. Кузнецова, В. А. Рыкова, О. Н. Подладчикова // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 3. - С. 1422.

8. Кузьменков, А. Ю. AMRcloud: новая парадигма мониторинга антибиотикорезистентности [Текст] / А. Ю. Кузьменков, А. Г. Виноградова, И. В. Трушин, А. А. Авраменко, М. В. Эйдельштейн, А. В. Дехнич, Р. С. Козлов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. -2019. - Т. 21. - № 2. - С. 119-124.

9. Сидоренко, С. В. Бета-лактамные антибиотики [Текст] / С. В. Сидоренко, С. В. Яковлев // РМЖ. - 1997. - № 21. - С. 2.

10. Скачкова, Т. С. Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения [Текст] / Т. С. Скачкова, О. Ю. Шипулина, Г. А. Шипулин, А. А. Шеленков, Ю. Г. Янушевич, Ю. В. Михайлова, М. Н. Замятин, В. Г. Гусаров, Н. В. Петрова, Н. Н. Лашенкова, В. С. Фомина, Д. А. Шагин // КМАХ. - 2019. - Т. 21. - № 1. - С. 69-74.

11. Сухорукова, М. В. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011-2012 гг. [Текст] / М. В. Сухорукова, М. В. Эйдельштейн, Е. Ю. Склеенова, Н. В. Иванчик, А. В. Тимохова, А. В. Дехнич, Р. С. Козлов, Д. А. Попов, М. А. Астанина, О. А. Жданова, Г. С. Болышева, Р. И. Новикова, И. Р. Валиуллина, Т. С. Кокарева, А. Н. Частоедова, А. А. Рог, С. В. Поликарпова, Н. А. Гординская, Е. С. Некаева, Н. В. Абрамова, О. В. Доманская, О. А. Землянская, Л. А. Горюнова, С. В. Скальский, Е. В. Елохина, Л. Д. Попова, С. А. Божкова, Ю. М. Гомон, О. И. Кречикова, В. М. Мищенко, С. А. Рачина, Ю. А. Стреж, Л. В. Гудкова, И. П. Колосова, Т. М. Вунукайнен, Э. А. Ортенберг, Р. М. Хохлявина, У. С. Портнягина, С. Х. Шамаева, А. С. Матвеев, Ш. Х. Палютин, А. В. Власова, М. Г. Ершоваа, М. С. Лебедева, Л. В. Феоктистова, С. А. Гордеева, В. В. Долинина, Ю. Л. Чернявская, В. А. Багин, С. М. Розанова // КМАХ. - 2014. -Т. 16. - № 4. - С. 254-265.

12. Сухорукова, М. В. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН 2015-2016 [Текст] / М. В. Сухорукова, М. В. Эйдельштейн, Н. В. Иванчик, Е. Ю. Склеенова, Э. Р.

Шайдуллина, И. С. Азизов, Е. А. Шек, А. Ю Кузьменков, А. В. Дехнич, Р. С. Козлов, Н. В. Семенова, С. А. Слепакова, Н. В. Шепотайлова, В. В. Стребкова, Н. А. Рыбина, Н. З. Яранцева, Е. Ю. Перевалова, С. М. Розанова, С. Г. Наговицина, М. Г. Молдовану, З. З. Насыбуллова, М. В. Архипенко, Р. М. Шахмурадян, И. А. Нижегородцева, Е. В. Варибрус, И. А. Александрова, А. В. Лазарева, О. А. Крыжановская, Н. Н. Маркелова, Ю. Л. Чернявская, Е. В. Лебедева, Г. Ш. Кириллова, Г. Г. Беккер, Л. Д. Попова, Е. В. Елохина, Ю. Е. Смолькова, Д. Ю. Зиновьев, Л. Н. Итяева, Г. Ю. Блинова, Н. А. Зубарева, В. П. Витязева, М. Г. Плаксина, О. Ю. Куцевалова, Н. И. Панова, Т. Н. Суборова, О. В. Полухина, Т. М. Ворошилова, Е. М. Чурикова, Е. Н. Москвитина, О. И. Кречикова, Т. А. Петрова, Н. М. Мартьянова, К. О. Хохлова, Л. В. Гудкова, С. А. Быконя, Р. М. Хохлявина, Л. В. Шпилькина, Е. Г. Бурасова, В. А. Хребтовская, И. В. Молчанова, О. В. Звонарева, П. А. Корнилова, В. Г. Крянга, У. С. Портнягина, С. Х. Шамаева // КМАХ. - 2019. - Т. 21. - № 2. - С. 147159.

13. Тапальский, Д. В. Распространенность Klebsiella pneumoniae-продуцентов карбапенемаз в Беларуси и их конкурентоспособность [Текст] / Д. В. Тапальский, Д. Р. Петренёв // КМАХ. - 2017. - Т. 19. - № 2. - С. 139-144.

14. Тимофеева, О. Г. Локальный микробиологический мониторинг штаммов Enterobacterales, продуцирующих карбапенемазы [Текст] / О. Г. Тимофеева, С. В. Поликарпова // Лабораторная служба. - 2019. - Т. 7. - № 903. - С.14-19.

15. Шамина, О. В. Устойчивость карбапенемрезистентных штаммов Klebsiella pneumoniae к колистину: молекулярные механизмы и бактериальный фитнес [Текст] / О. В. Шамина, О. А. Крыжановская, А. В. Лазарева, Н. М. Алябьева, Н. А. Маянский // Вестник Российского государственного медицинского университета. - 2020. - № 3. - С. 11-18.

16. Эйдельштейн, М. В. Р-Лактамазы аэробных грамотрицательных бактерий: характеристика, основные принципы классификации, современные методы выявления и типирования [Текст] / М. В. Эйдельштейн // КМАХ. - 2001. -Т. 3. - № 3. - С. 223-242.

17. Abe, R. Genomic characterisation of a novel plasmid carrying blaIMP-6 of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae isolated in Osaka, Japan [Text] /

R. Abe, Y. Akeda, N. Sakamoto, G. Kumwenda, Y. Sugawara, N. Yamamoto, R. Kawahara, K. Tomono, Y. Fujino, S. Hamada // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2020. - V. 21. - P. 195-199.

18. Abel, R. Bakteriologische Studien über Ozaena simplex [Text] / R. Abel // Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkd. Infektionskr. Hyg. Abt. - 1893. - V. 1. - P. 161-173.

19. Adugna, B. Bacterial profile, antimicrobial susceptibility pattern, and associated factors of community-and hospital-acquired urinary tract infection at Dessie Referral Hospital, Dessie, Northeast Ethiopia [Text] / B. Adugna, B. Sharew // International journal of microbiology. - 2021. - V. 2021. - P. 1-14.

20. Aires-de-Sousa, M. Epidemiology of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in a hospital, Portugal [Text] / M. Aires-de-Sousa, J. M. O. de la Rosa, M. L. Gon5alves, A. L. Pereira, P. Nordmann, L. Poirel // Emerging Infectious Diseases. - 2019. - V. 25. - № 9. - P. 1632.

21. Ahmed, M. A. E. G. E. S. Emergence of hypervirulent carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae coharboring a blaNDM-1-carrying virulent plasmid and a blaKPC-2-carrying plasmid in an Egyptian hospital [Text] / M. A. E. G. E. S. Ahmed, Y. Yang, Y. Yang, B. Yan, G. Chen, R. M. Hassan, L. L. Zhong, Y. Chen, A. P. Roberts, Y. Wu, R. He, X. Liang, M. Qin, M. Dai, L. Zhang, H. Li, L. Xu, G. B. Tian // Msphere. - 2021. - V. 6. - № 3. - e00088-21.

22. Alikhan, N. F. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons [Text] / N. F. Alikhan, N. K. Petty, N. L. Ben Zakour, S. A. Beatson // BMC genomics. - 2011. - V. 12. - № 1. - P. 1-10.

23. Aqel, A. A. Characterization of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae from patients in Amman, Jordan [Text] / A. A. Aqel, J. Findlay, M. Al-Maayteh, A. Al-Kaabneh, K. L. Hopkins, H. Alzoubi, I. Masalha, J. Tirton, N. Woodford, M. J. Ellington // Microbial Drug Resistance. - 2018. - V. 24. - № 8. - P. 11211127.

24. Arca-Suárez, J. Emergence of 16S rRNA methyltransferases among carbapenemase-producing Enterobacterales in Spain studied by whole-genome sequencing [Text] / J. Arca-Suárez, B. K. Rodiño-Janeiro, A. Pérez, P. Guijarro-Sánchez, J. C. Vázquez-Ucha, F. Cruz, J. Gomes-Garrido, T. S. Alioto, M. Alvarez-

Tejado, M. Gut, I. Gut, M. Oviano, A. Beceiro, J. Fernández // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2022. - V. 59. - № 1. - 106456.

25. Argente, M. Molecular characterization of OXA-48 carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae strains after a carbapenem resistance increase in Catalonia [Text] / M. Argente, E. Miró, C. Martí, A. Vilamala, C. Alonso-Tarrés, F. Ballester, A. Calderon, C. Galles, A. Gasos, B. Mirelis, M. Morta, M. Olsina, G. Sauca, M. Sierra, A. Rivera, F. Navarro // Enfermedades infecciosas y Microbiologia clínica. - 2019. - V. 37. - № 2. - P. 82-88.

26. Asempa, T. E. Evaluation of Metallo-ß-lactamase susceptibility testing in a physiologic medium [Text] / T. E. Asempa, H. Bajor, J. H. Mullins, J. Hartnett, D. P. Nicolau // Microbiology Spectrum. - 2021. - V. 9. - № 3. - e01670-21.

27. Ashwath, P. The Action of Efflux Pump Genes in Conferring Drug Resistance to Klebsiella Species and Their Inhibition [Text] / P. Ashwath, A. D. Sannejal // Journal of Health and Allied Sciences NU. - 2022. - V. 12. - № 01. - P. 24-31.

28. Aslam, B. Distribution of mcr-1 harboring hypervirulent Klebsiella pneumoniae in clinical specimens and lytic activity of bacteriophage KpnM against isolates [Text] / B. Aslam, M. H. Siddique, A. B. Siddique, M. Shafique, S. Muzammil, M. Khurshid, M. H. Rasool, M. Ahmad, T. H. Chaudhry, A. Amir, M. Salman, Z. Baloch, N. A. Alturki, A. Alzamami // Infection and Drug Resistance. - 2022. -P. 5795-5811.

29. Avgoulea, K. Characterization of extensively drug-resistant or pandrug-resistant sequence type 147 and 101 OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae causing bloodstream infections in patients in an intensive care unit [Text] / K. Avgoulea, V. Di Pilato, O. Zarkotou, S. Sennati, L. Politi, A. Cannatelli, K. Themeli-Digalaki, T. Giani, A. Tsakris, G. M. Rossolini S. Pournaras // Antimicrob. Agents Chemother. - 2018. - V. 62. - № 7. - 02457-17.

30. Bankevich, A. SPAdes: A new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing [Text] / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov, A. A. Gurevich, M. Dvorkin, A. S. Kulikov, V. M. Lesin, S. I. Nikolenko, S. Pham, A. D. Prjibelski, A. V. Pyshkin, A. V. Sirotkin, N. Vyahhi, G. Tesler, M. A. Alekseyev, P. A. Pevzner // J. Comput. Biol. - 2012. - V. 19. - № 5. - P. 455-477.

31. Becker, L. Whole genome sequence analysis of CTX-M-15 producing Klebsiella isolates allowed dissecting a polyclonal outbreak scenario [Text] / L. Becker, S. Fuchs, Y. Pfeifer, T. Semmler, T. Eckmanns, G. Korr, D. Sissolak, M. Friedrichs,

E. Zill, M.-L. Tung, C. Dohle, M. Kaase, S. Gatermann, H. Russmann, M. Steglich, S. Haller, G. Werner // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. - P. 322.

32. Becker, L. Genome-based analysis of Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae isolates from German hospital patients, 2008-2014 [Text] / L. Becker, M. Kaase, Y. Pfeifer, S. Fuchs, A. Reuss, A. von Laer, M. A. Sin, M. Korte-Berwanger, S. Gatermann, G. Werner // Antimicrob. Resist. Infect. Control. -2018b. - V. 7. - № 1. - P. 1-12.

33. Bengoechea, J. A. Klebsiella pneumoniae infection biology: living to counteract host defences [Text] / J. A. Bengoechea, J. Sa Pessoa // FEMS microbiology reviews. - 2019. - V. 43. - № 2. - P. 123-144.

34. Bergey, D.H. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 2nd ed. / D. H. Bergey, F. C. Harrison, R. S. Breed, B. W. Hammer, F. M. Huntoon. - Baltimor: The Williams & Wilkins Co, 1925. - 462 p.

35. Bialek-Davenet, S. Genomic definition of hypervirulent and multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae clonal groups [Text] / S. Bialek-Davenet, A. Criscuolo,

F. Ailloud, V. Passet, L. Jones, A. S. Delannoy-Vieillard, B. Garin, S. L. Hello,

G. Arlet, M. H. Nicolas-Chanoine, D. Decre, S. Brisse // Emerging infectious diseases. - 2014. - V. 20. - № 11. - P. 1812.

36. Bialek-Davenet, S. In-vivo loss of carbapenem resistance by extensively drug-resistant Klebsiella pneumoniae during treatment via porin expression modification [Text] / S. Bialek-Davenet, N. Mayer, J. Vergalli, M. Duprilot, S. Brisse, J. M. Pagès, M. H. Nicolas-Chanoine // Scientific Reports. - 2017. - V. 7. - № 1. -P. 6722.

37. Biedrzycka, M. Dissemination of Klebsiella pneumoniae ST147 NDM-1 in Poland, 2015-19 [Text] / M. Biedrzycka, P. Urbanowicz, A. Guzek, S. Brisse, M. Gniadkowski, R. Izdebski // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2021. -V. 76. - № 10. - P. 2538-2545.

38. Blanc, D. S. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae ST23 producing OXA-48 in Switzerland [Text] / D. S. Blanc, L. Poirel, M. Van Singer, G. Greub, P. Nordmann // Int. J. Antimicrob. Agents. - 2021. - V. 58. - № 6. - 106457.

39. Blot, S. Epidemiology of intra-abdominal infection and sepsis in critically ill patients: "AbSeS", a multinational observational cohort study and ESICM Trials Group Project [Text] / S. Blot, M. Antonelli, K. Arvaniti, K. Blot, B. Creagh-Brown, D. De Lange, J. De Waele, M. Deschepper, Y. Dikmen, G. Dimopoulos, C. Eckmann, G. Francois, M. Girardis, D. Koulenti, S. Labeau, J. Lipman, F. Lipovestky, E. Maseda, P. Montravers, A. Mikstacki, J.-A. Paiva, C. Pereyra, J. Rello, J.-F. Timsit, D. Vogelaers //Intensive care medicine. - 2019. - V. 45. -P. 1703-1717.

40. Boueroy, P. Plasmidome in mcr-1 harboring carbapenem-resistant Enterobacterales isolates from human in Thailand [Text] / P. Boueroy, T. Wongsurawat, P. Jenjaroenpun, P. Chopjitt, R. Hatrongjit, S. Jittapalapong,

A. Kerdsin // Scientific Reports. - 2022. - V. 12. - № 1. - 19051.

41. Bowers, J. R. Genomic analysis of the emergence and rapid global dissemination of the clonal group 258 Klebsiella pneumoniae pandemic [Text] / J. R. Bowers,

B. Kitchel, E. M. Driebe, D. R. MacCannell, C. Roe, D. T. Lemmer, T. de Man, J. K. Rasheed, D. M. Endelthaler, P. Keim, B. M. Limbago // PLoS One. - 2015. -V. 10. - № 7. - e0133727.

42. Bridel, S. Klebsiella MALDI TypeR: a web-based tool for Klebsiella identification based on MALDI-TOF mass spectrometry [Text] / S. Bridel, S. C. Watts, L. M. Judd, T. Harshegyi, V. Passet, C. Rodrigues, K. E. Holt, S. Brisse // Research in Microbiology. - 2021. - V. 172. - № 4-5. - P. 103835.

43. Brisse, S. Phylogenetic diversity of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca clinical isolates revealed by randomly amplified polymorphic DNA, gyrA andparC genes sequencing and automated ribotyping [Text] / S. Brisse, J. Verhoef // International journal of systematic and evolutionary microbiology. - 2001. -V. 51. - № 3. - P. 915-924.

44. Brisse, S. Virulent clones of Klebsiella pneumoniae: identification and evolutionary scenario based on genomic and phenotypic characterization [Text] / S. Brisse,

C. Fevre, V. Passet, S. Issenhuth-Jeanjean, R. Tournebize, L. Diancourt, P. Grimont // PloS one. - 2009. - V. 4. - № 3. - e4982.

45. Brisse, S. Description of Klebsiella quasipneumoniae sp. nov., isolated from human infections, with two subspecies, Klebsiella quasipneumoniae subsp. quasipneumoniae subsp. nov. and Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae subsp. nov., and demonstration that Klebsiella singaporensis is a junior heterotypic synonym of Klebsiella variicola [Text] / S. Brisse, V. Passet, P. A. D. Grimont // International journal of systematic and evolutionary microbiology. - 2014. - V. 64. - № Pt_9. - P. 3146-3152.

46. Bulbin, A. Successful treatment of Klebsiella pneumoniae harboring a Klebsiella pneumoniae carbapenemase isolated from lumbar wound infection and blood in a patient with hardware retention [Text] / A. Bulbin, C. Bono, T. Philp, N. Mariano,

C. Urban // Case Reports in Infectious Diseases. - 2017. - V. 2017. - 9028543.

47. Bulger, J. Metabolite transporter PEG344 is required for full virulence of hypervirulent Klebsiella pneumoniae strain hvKP1 after pulmonary but not subcutaneous challenge [Text] / J. Bulger, U. MacDonald, R. Olson, J. Beanan, T. A. Russo // Infection and immunity. - 2017. - V. 85. - № 10. - e00093-17.

48. Burckhardt, I. Using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry to detect carbapenem resistance within 1 to 2.5 hours [Text] / I. Burckhardt, S. Zimmermann // Journal of clinical microbiology. - 2011. -V. 49. - № 9. - P. 3321-3324.

49. Bush, K. A functional classification scheme for beta-lactamases and its correlation with molecular structure [Text] / K. Bush, G. A. Jacoby, A. A. Medeiros // Antimicrob. Agents Chemother. - 1995. - V.39. - № 6. - P. 1211-1233.

50. Bush, K. Updated functional classification of beta-lactamases [Text] / K. Bush, G. A. Jacoby // Antimicrob. Agents Chemother. - 2010. - V.54. - № 3. - P. 969-976.

51. Cain, A. K. Morphological, genomic and transcriptomic responses of Klebsiella pneumoniae to the last-line antibiotic colistin [Text] / A. K. Cain, C. J. Boinett, L. Barquist, J. Dordel, M. Fookes, M. Mayho, M.J. Ellington, D. Goulding,

D. Pickard, R.R. Wick, K.E. Holt, J. Parkhill, N. R. Thomson // Scientific reports. -2018. - V. 8. - № 1. - P. 9868.

52. Carattoli, A. Resistance plasmid families in Enterobacteriaceae [Text] /

A. Caratolli // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2009. - V. 53. - № 6. -P. 2227-2238.

53. Carattoli, A. Differentiation of IncL and IncM plasmids associated with the spread of clinically relevant antimicrobial resistance [Text] / A. Carattoli, S. N. Seiffert, S. Schwendener, V. Perreten, A. Endimiani // PLOS One. - 2015. - T. 10. - № 5. -e0123063.

54. Castanheira, M. Detection of mcr-1 among Escherichia coli clinical isolates collected worldwide as part of the SENTRY antimicrobial surveillance program in 2014 and 2015 [Text] / M. Castaheira, M. A. Griffin, L. M. Deshapande, R. E. Mendes, R. N. Jones, R. K. Flamm // Antimicrob Agents Chemother. -2016. - V. 60. - № 9. - P. 5623-5624.

55. Cerdeira, L. T. Small IncQ1 and Col-like plasmids harboring blaKPC-2 and non-Tn4401 elements (NTEKPC-IId) in high-risk lineages of Klebsiella pneumoniae CG258 [Text] / L. T. Cerdeira, M. M. Lam, K. L. Wyres, R. R. Wick, L. M. Judd, R. Lopes, R. M. Ribas, M. M. Morais, K. E. Holt, N. Lincopan // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2019. - V. 63. - № 3. - e02140-18.

56. Cerdeira, L. A novel hypermucoviscous Klebsiella pneumoniae ST3994-K2 clone belonging to Clonal Group 86 [Text] / L. Cerdeira, R. Nakamura-Silva, M. Oliveira-Silva, E. Sano, F. Esposito, B. Fuga, Q. Moura, C. E. S. Miranda, K. Wyres, N. Lincopan, A. Pitondo-Silva // Pathogens and Disease. - 2021. - V. 79. - № 8. -ftab047.

57. Chang, C. Y. Positive string test in hypervirulent Klebsiella pneumoniae liver abscess [Text] / C. Y. Chang, E. L. C. Ong // Oxford Medical Case Reports. -2022. - V. 2022. - № 4. - omac035.

58. Chen, F. J. et al. Emergence of mcr-1, mcr-3 and mcr-8 in clinical Klebsiella pneumoniae isolates in Taiwan [Text] / F. J. Chen, T. L. Lauderdale, W. C. Huang, Y. R. Shiau, H. Y. Wang, S. C. Kuo // Clinical Microbiology and Infection. -2021. - V. 27. - № 2. - P. 305-307.

59. Chen, L. Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae: molecular and genetic decoding [Text] / L. Chen, B. Mathema, K. D. Chavda, F. R. DeLeo, R. A. Bonomo,

B. N. Kreiswirth // Trends in microbiology. - 2014. - V. 22. - № 12. - P. 686-696.

60. Chen, Y. Clinical Challenges with Hypervirulent Klebsiella pneumoniae (hvKP) in China [Text] / Y. Chen, Y. Chen // J. Transl. Intern. Medv. - 2021. - V. 9. - № 2. -P. 71-75.

61. Chetri, S. AcrAB-TolC efflux pump system plays a role in carbapenem non-susceptibility in Escherichia coli [Text] / S. Chetri, D. Bhowmik, D. Paul, P. Pandey, D. D. Chanda, A. Chakravarty, D. Bora, A. Bhattacharjee // BMC microbiology. - 2019. - V. 19. - P. 1-7.

62. Corelli, B. Rhinoscleroma pathogenesis: The type K3 capsule of Klebsiella rhinoscleromatis is a virulence factor not involved in Mikulicz cells formation [Text] / B. Corelli, A. S. Almeida, F. Sonego, V. Castiglia, C. Fevre, S. Brisse, P. J. Sansonetti, R. Tournebize // PLoS Neglected Tropical Diseases. - 2018. -V. 12. - № 1. - e0006201.

63. Cristea, O. M. Urinary tract infection with Klebsiella pneumoniae in Patients with Chronic Kidney Disease [Text] / O. M. Cristea, C. S. Avrämescu, M. Bäläsoiu,

F. D. Popescu, F. Popescu, M. O. Amzoiu // Current health sciences journal. -2017. - V. 43. - № 2. - P. 137.

64. Cuzon, G. Functional characterization of Tn4401, a Tn3-based transposon involved in blaKPC gene mobilization [Text] / G. Cuzon, T. Naas, P. Nordmann // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2011. - V. 55. - № 11. - P. 5370-5373.

65. Dallman, T. SnapperDB: a database solution for routine sequencing analysis of bacterial isolates [Text] / T. Dallman, P. Ashton, U. Schafer, A. Jironkin, A. Painset, S. Shaaban, H. Hartman, R. Myers, A. Underwood, C. Jenkins, K. Grant // Bioinformatics. - 2018. - V. 34. - № 17. - P. 3028-3029.

66. David, S. Epidemic of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae in Europe is driven by nosocomial spread [Text] / S. David, S. Reuter, S. R. Harris, M. Asbury, S. Sjunnebo, the EuSCAPE Working group, the ESGEM Study group, E. J. Feil,

G. M. Rossolini, D. M. Aanensen, H. Grundmann //Nature microbiology. - 2019. -V. 4. - № 11. - P. 1919-1929.

67. de Man, T. J. B. Genomic analysis of a pan-resistant isolate of Klebsiella pneumoniae, United States 2016 [Text] / T. J. de Man, J. D. Lutgring, D. R. Lonsway, K. F. Anderson, J. A. Kiehlbauch, L. Chen, M. S. Walters,

M. Sjolund-Karlsson, J. K. Rasheed, A. Kallen, A. L. Halpin // MBio. - 2018. -V. 9. - № 2. - 00440-18.

68. Deng, Y. Resistance integrons: class 1, 2 and 3 integrons [Text] / Y. Deng, X. Bao, L. Ji, L. Chen, J. Liu, J. Miao, D. Chen, H. Bin, Y. Li, G. Yu // Annals of clinical microbiology and antimicrobials. - 2015. - V. 14. - P. 1-11.

69. Diancourt, L. Multilocus sequence typing of Klebsiella pneumoniae nosocomial isolates [Text] / L. Diancourt, V. Passet, J. Verhoef, P. A. Grimont, S. Brisse // Journal of clinical microbiology. - 2005. - V. 43. - № 8. - P. 4178-4182.

70. Diancourt, L. Multilocus Sequence typing of Klebsiella pneumoniae nosocomial isolates [Text] / L. Diancourt, V. Passet, J. Verhoef, P. A. D. Grimont, S. Brisse // J Clin Microbiol. - 2005. - V.43. - № 8. - P. 4178-4182.

71. Di Pilato, V. Resistome and virulome accretion in an NDM-1-producing ST147 sublineage of Klebsiella pneumoniae associated with an outbreak in Tuscany, Italy: a genotypic and phenotypic characterization [Text] / V. Di Pilato, L. H. De Angelis, N. Aiezza, I. Baccani, C. Niccolai, E. M. Parisio, C. Giordano, G. Camarlinghi, S. Barnini, S. Forni, L. Righi, M. T. Mechi, T. Giani, A. Antonelli, G. M. Rossolini // The Lancet Microbe. - 2022. - V. 3. - № 3. - P. e224-e234.

72. Doménech-Sánchez, A. Identification and characterization of a new porin gene of Klebsiella pneumoniae: its role in ß-lactam antibiotic resistance [Text] / A. Doménech-Sánchez, S. Hernández-Allés, L. Martínez-Martínez, V. J. Benedí, S. Albertí // Journal of bacteriology. - 1999. - V. 181. - № 9. - P. 2726-2732.

73. Dong, H. Genomic epidemiology insights on NDM-producing pathogens revealed the pivotal role of plasmids on blaNDM transmission [Text] / H. Dong, Y. Li, J. Cheng, Z. Xia, W. Liu, T. Yan, F. Chen, Z. Wang, R. Li, J. Shi, S. Qin // Microbiology Spectrum. - 2022. - V. 10. - № 2. - e02156-21.

74. Dortet, L. Characterization of BRPMBL, the bleomycin resistance protein associated with the Carbapenemase NDM [Text] / L. Dortet, D. Girlich, A. L. Virlouvet, L. Poirel, P. Nordmann, B. I. Iorga, T. Naas // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2017. - V. 61. - № 3. - 02413-16.

75. Douglass, A. P. Coverage-versus-length plots, a simple quality control step for de novo yeast genome sequence assemblies [Text] / A. P. Douglass, C. E. O'Brien,

B. Offei, A. Y. Coughlan, R. A. Ortiz-Merino, G. Butler, K. P. Byrne, K. H. Wolfe // G3: Genes, Genomes, Genetics. - 2019. - V. 9. - № 3. - P. 879-887.

76. El-Badawy, M. F. Molecular identification of aminoglycoside-modifying enzymes and plasmid-mediated quinolone resistance genes among Klebsiella pneumoniae clinical isolates recovered from Egyptian patients [Text] / M. F. El-Badawy, W. M. Tawakol, S. W. El-Far, I. A. Maghrabi, S. A. Al-Ghamdi, M. S. Mansy, M. S. Ashour, M. M. Shohayeb // International journal of microbiology. - 2017. - Т. 2017. - 8050432.

77. Ellington, M. J. Contrasting patterns of longitudinal population dynamics and antimicrobial resistance mechanisms in two priority bacterial pathogens over 7 years in a single center [Text] / M. J. Ellington, E. Heinz, A. M. Wailan, M. J. Dorman, M. De Goffau, A. K. Cain, S. P. Henson, N. Gleadall, C. J. Boinett, G. Dougan, N. M. Brown, N. Woodford, J. Parkhill, M. E. Torok, S. J. Peacock, N. R. Thomson // Genome Biology. - 2019. - V. 20. - P. 1-16.

78. Emeraud, C. Outbreak of CTX-M-15 extended-spectrum ß-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae ST394 in a French intensive care unit dedicated to COVID-19 [Text] / C. Emeraud, S. Figueiredo, R. A. Bonnin, M. Khecharem, S. Ouzani, P. E. Leblanc, A. B. Jousset, N. Fortineau, J. Duteau, L. Dortet // Pathogens. -2021. - V. 10. - № 11. - P. 1426.

79. EUCAST: Expected phenotypes [Электронный ресурс]. - URL: https://www. eucast. org/expert_rules_and_expected_phenotypes/expected_phenoty pes/ (дата обращения: 26.08.2022).

80. Exner, M. Antibiotic resistance: What is so special about multi-drug resustance Gram-negative bacteria [Electronic resource] / M. Exner, S. Bhattacharya, B. Christiansen, J. Gebel, P. Goroncy-Bermes, P. Hartemann, P. Heeg, C. Ilschner, A. Kramer, E. Larson, W. Merkens, M. Mielke, P. Oltmanns, B. Ross, M. Rotter, R. M. Schmithausen, H.-G. Sonntag, M. Trautmann // GMC Hyg Infect Control. -2017. - V.12. - URL: http://www.egms.de/static/en/journals/dgkh/2017-12/dgkh000290.shtml (дата обращения: 27.03.2023).

81. Falgenhauer, L. Colistin resistance gene mcr-1 in extended-spectrum ß-lactamase-producing and carbapenemase-producing Gram-negative bacteria in Germany [Text] / L. Falgenhauer, S. E. Waezsada, Y. Yao, C. Imirzalioglu, A. Käsbohrer,

U. Roesler, G. B. Michael, S. Schwarz, G. Wemer, L. Kreienbrock, T. Chakraborty, RESET consortium // Lancet Infect Dis. - 2016. - V.16. - № 3. - P. 282-283.

82. Fang, C. T. A novel virulence gene in Klebsiella pneumoniae strains causing primary liver abscess and septic metastatic complications [Text] / C. T. Fang, Y. P. Chuang, C. T. Shun, S. C. Chang, J. T. Wang // The Journal of experimental medicine. - 2004. - V. 199. - № 5. - P. 697-705.

83. Fiett, J. The first NDM metallo-ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae isolate in Poland: evolution of IncFII-type plasmids carrying the blaNDM-1 gene [Text] / J. Fiett, A. Baraniak, R. Izdebski, I. Sitkiewicz, D. Zabicka, A. Meler, K. Fiiczak, W. Hryniewicz, M. Gniadkowski // Antimicrobial agents and chemotherapy. -2014. - V. 58. - № 2. - P. 1203-1207.

84. Ford, P. J. Evolutionary mapping of the SHV beta-lactamase and evidence for two separate IS26-dependent blaSHV mobilization events from the Klebsiella pneumoniae chromosome [Text] / P. J. Ford, M. B. Avison // J. Antimicrob. Chemother. - 2004. - V. 54. - № 1. - P. 69-75.

85. Frisch, A. Zur Aetiologie des Rhinoskleroms, Wiener, med / A. Frisch // Wchnschr. - V. 32. - P. 969.

86. Fu, P. Pandemic spread of blaKPC-2 among Klebsiella pneumoniae ST11 in China is associated with horizontal transfer mediated by IncFII-like plasmids [Text] / P. Fu, Y. Tang, G. Li, L. Yu, Y. Wang, X. Jiang // International journal of antimicrobial agents. - 2019. - V. 54. - № 2. - P. 117-124.

87. Galani, I. Epidemiology and resistance phenotypes of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in Greece, 2014 to 2016 [Text] / I. Galani, I. Karaiskos, I. Karantani, V. Papoutsaki, S. Maraki, V. Papaioannou, P. Kazila, H. Tsorlini, N. Charalampaki, M. Toutouza, H. Vagiakou, K. Pappas, A. Kyratsa, K. Kontopoulou, O. Legga, E. Petinaki, H. Papadogeorgaki, E. Chinou, M. Souli, H. Giamarellou // Eurosurveillance. - 2018. - V. 23. - № 31. - 1700775.

88. García-Fernández, A. Klebsiella pneumoniae ST258 producing KPC-3 identified in Italy carries novel plasmids and OmpK36/OmpK35 porin variants [Text] / A. García-Fernández, L. Villa, C. Carta, C. Venditti, A. Giordano, M. Venditti, C. Mancini, A. Carattoli // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2012. - V. 56. - № 4. - P. 2143-2145.

89. Gharaibeh, M. H. Emergence of mcr-1 gene and carbapenemase-encoding genes among colistin-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates in Jordan [Text] / M. H. Gharaibeh, D. A. Alyafawi, Z. A. Elnasser, S. Q. Lafi, H. M. Obeidat // Journal of Infection and Public Health. - 2022. - V. 15. - № 8. - P. 922-929.

90. Ghebremedhin, B. MALDI-TOF MS based carbapenemase detection from culture isolates and from positive blood culture vials [Text] / B. Ghebremedhin, A. Halstenbach, M. Smiljanic, M. Kaase, P. Ahmad-Nejad // Annals of clinical microbiology and antimicrobials. - 2016. - V. 15. - № 1. - P. 1-6.

91. Gona, F. Emergence of two novel sequence types (3366 and 3367) NDM-1-and OXA-48-co-producing K. pneumoniae in Italy [Text] / F. Gona, D. Bongiorno, A. Aprile, E. Corazza, B. Pasqua, M. G. Scuderi, M. Chiacchiaretta, D. M. Citillo, S. Stefani, M. L. Mezzatesta // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - 2019. - V. 38. - P. 1687-1691.

92. Gon^alves, D. Intra-and extra-hospital dissemination of IMP-22-producing Klebsiella pneumoniae in northern Portugal: the breach of the hospital frontier toward the community [Text] / D. Gon5alves, P. Cecilio, A. Faustino, C. Iglesias, F. Branca, A. Estrada, H. Ferreira // Frontiers in Microbiology. - 2021. - V. 12. -777054.

93. Gorrie, C. L. Gastrointestinal carriage is a major reservoir of Klebsiella pneumoniae infection in intensive care patients [Text] / C. L. Gorrie, M. Mirceta, R. R. Wick, D. J. Edwards, N. R. Thomson, R. A. Strugnell, N. F. Pratt, J. S. Garlick, K. M. Watson, D. V. Pilcher, S. A. McGloughlin, D. W. Spelman, A. W. J. Jenney, K. E. Holt // Clinical infectious diseases. - 2017. - V. 65. - № 2. - P. 208-215.

94. Grimont, P. A. D. Genus XVI. Klebsiella. Bergey's manual of Systematic Bacteriology [Text]. - Berlin: Spreanger Verlag, 2005. - V. 2. - P. 685-693.

95. Guedes, M. Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae intra-abdominal infection successfully treated with ceftazidime/avibactam plus tigecycline [Text] / M. Guedes, R. Duro, T. Fonseca, I. Abreu, N. Rocha-Pereira // IDCases. - 2020. -V. 20. - e00745.

96. Guerra J. M. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae as unexpected cause of fatal outbreak in captive marmosets, Brazil / J. M. Guerra, N. C. C. D. A. Fernandes, A. L. M. Dos Santos, J. D. S. P. Barrel, B. S. S. Petri, L. Milanelo, M. R. Tiba-

Casas, A. M. Liserre, C. R. Goncalves, C. T. Sacchi, J. L. Catao-Dias,

C. H. Camargo // Emerging Infectious Diseases. - 2020. - V. 26. - № 12. - P. 3039.

97. Guerra, M. E. S. Klebsiella pneumoniae biofilms and their role in disease pathogenesis [Text] / M. E. S. Guerra, G. Destro, B. Vieira, A. S. Lima, L. F. C. Ferraz, A. P. Hakansson, M. Darrieux, T. R. Converso // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2022. - V. 12. - 877995.

98. Gurevich, A. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies [Text] / A. Gurevich, V. Saveliev, N. Vyahhi, G. Tesler // Bioinformatics. - 2013. - V. 29. - № 8. - P. 1072-1075.

99. Hall, L. M. OXA-11, an extended-spectrum variant of OXA-10 (PSE-2) beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa [Text] / L. M. Hall, D. M. Livermore,

D. Gur, M. Akova, H. E. Akalin // Antimicrobial agents and chemotherapy. -1993. - V. 37. - № 8. - P. 1637-1644.

100. Hall, T. A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT [Text] / T. A. Hall // Nucleic acids symposium series. - 1999. - V. 41. - № 41. - P. 95-98.

101. Hall-Stoodley, L. Bacterial biofilms: from the natural environment to infectious diseases [Text] / L. Hall-Stoodley, J. W. Costerton, P. Stoodley // Nature reviews microbiology. - 2004. - V. 2. - № 2. - P. 95-108.

102. Hamzaoui, Z. An outbreak of NDM-1-producing Klebsiella pneumoniae, associated with OmpK35 and OmpK36 porin loss in Tunisia [Text] / Z. Hamzaoui, A. Ocampo-Sosa, E. Maamar, M. Fernandez Martinez, S. Ferjani, S. Hammami, S. Harbaoui, N. Genel, G. Arlet, M. Saidani, A. Slim, I. B. B. Boubaker, L. Martinez-Martinez // Microbial Drug Resistance. - 2018. - V. 24. - № 8. - P. 1137-1147.

103. Hamzaoui, Z. Role of association of OmpK35 and OmpK36 alteration and blaESBL and/or blaAmpC in conferring carbapenem resistance among non-producing carbapenemase-Klebsiella pneumoniae [Text] / Z. Hamzaoui, A. Ocampo-Sosa, M. F. Martinez, S. Landolsi, S. Ferjani, E. Maamar, M. Saidani, A. Slim, L. Martinez-Martinez, I. B. Boubaker // Int. J. Antimicrob. Agents. -2018. - V. 52. - № 6. - P. 898-905.

104. Hasman, H. Detection of mcr-1 encoding plasmid-mediated colistin-resistant Escherichia coli isolates from human bloodstream infection and imported chicken

meat, Denmark 2015 [Electronic resource] / H. Hasman, A. M. Hammerum, F. Hansen, R. S. Hendriksen, B. Olesen, Y. Agers0, E. Zankari, P. Leekitcharoenphon, M. Stegger, R. S. Kaas, L. M. Cavaco, D. S. Hansen, F. M. Aarestrup, R. L. Skov // Euro Surveill. - V. 20. - № 49. - 30085.

105. Hawkey, J. ESBL plasmids in Klebsiella pneumoniae: diversity, transmission and contribution to infection burden in the hospital setting [Text] / J. Hawkey, K. L. Wyres, L. M. Judd, T. Harshegyi, L. Blakeway, R. R. Wick, A. W. J. Jenney, K. E. Holt // Genome medicine. - 2022. - V. 14. - № 1. - P. 1-13.

106. Hayakawa Ito de Sousa, A. T. Multidrug-resistant mcr-1 gene-positive Klebsiella pneumoniae ST307 causing urinary tract infection in a cat [Text] / A. T. Hayakawa Ito de Sousa, M. T. dos Santos Costa, H. Makino, S. L. Candido, I. de Godoy Menezes, N. Lincopan, N. Nacazato, V. Dutra // Brazilian Journal of Microbiology. - 2021. - V. 52. - P. 1043-1046.

107. Heiden, S. E. Nearly identical plasmids encoding VIM-1 and mercury resistance in Enterobacteriaceae from north-eastern Germany [Text] / S. E. Heiden, K. Sydow, S. Schaefer, I. Klempien, V. Balau, P. Bauer, N. O. Hubner, K. Schaufler // Microorganisms. - 2021. - V. 9. - № 7. - P. 1345.

108. Hennart, M. A dual barcoding approach to bacterial strain nomenclature: genomic taxonomy of Klebsiella pneumoniae strains [Text] / M. Hennart, J. Guglielmini, S. Bridel, M. C. Maiden, K. A. Jolley, A. Criscuolo, S. Brisse // Molecular Biology and Evolution. - 2022. - V. 39. - № 7. - msac135.

109. Hernández, M. First report of an extensively drug-resistant ST23 Klebsiella pneumoniae of capsular serotype K1 co-producing CTX-M-15, OXA-48 and ArmA in Spain [Text] / M. Hernández, L. López-Urrutia, D. Abad, M. De Frutos Serna, A. A. Ocampo-Sosa, J. M. Eiros // Antibiotics. - 2021. - V. 10. - № 2. - P. 157.

110. Holt, K. E. Genomic analysis of diversity, population structure, virulence, and antimicrobial resistance in Klebsiella pneumoniae, an urgent threat to public health [Text] / K. E. Holt, H. Wertheim, R. N. Zadoks, S. Baker, C. A. Whitehouse, D. Dance, A. Jenney, T. R. Connor, L. Y. Hsu, J. Severin, S. Brisse, H. Cao, J. Wilksch, C. Gorrie, M. B. Schultz, D. J. Edwards, K. V. Nguyen, T. V. Nguyen, T. T. Dao, M. Mensink, V. L. Minh, N. T. K. Nhu, C. Schultsz, K. Kuntaman,

P. N. Newton, C. E. Moore, R. A. Strugnell, N. R. Thomson // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - V. 112. - № 27. - P. E3574-E3581.

111. Hrabak, J. Carbapenemase activity detection by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry [Text] / J. Hrabak, R. Walkova, V. Studentova, E. Chudackova, T. Bergerova // Journal of clinical microbiology. -2011. - V. 49. - № 9. - P. 3222-3227.

112. Hu, X. Genetic contexts related to the diffusion of plasmid-mediated CTX-M-55 extended-spectrum beta-lactamase isolated from Enterobacteriaceae in China [Text] / X. Hu, J. Gou, X. Guo, Z. Cao, Y. Li, H. Jiao, X. He, Y. Ren, F. Tian // Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. - 2018. - V. 17. - P. 1-7.

113. Huang, Q. S. Prevalence of the NTEKPC-I on IncF plasmids among Hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates in Jiangxi Province, South China [Text] / Q. S. Huang, W. Liao, Z. Xiong, D. Li, F. L. Du, T. X. Xiang, D. D. Wei, L. G. Wan, Y. Liu, W. Zhang // Frontiers in Microbiology. - 2021. - V. 12. - 622280.

114. Huang, X. Characteristics of NDM-1-producing Klebsiella pneumoniae ST234 and ST1412 isolates spread in a neonatal unit [Text] / X. Huang, X. Cheng, P. Sun, C. Tang, F. Ni, G. Liu // BMC microbiology. - 2018. - V. 18. - № 1. - P. 1-6.

115. Huang, Y. H. Emergence of an XDR and carbapenemase-producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae strain in Taiwan [Text] / Y. H. Huang, S. H. Chou, S. W. Liang, C. E. Ni, Y. T. Lin, Y. W. Huang, T. C. Yang // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. - V. 73. - № 8. - P. 2039-2046.

116. Huang, Y. T. The prevalence of rectal carriage of Klebsiella pneumoniae amongst diabetic patients and their clinical relevance in Taiwan: A five-year prospective study [Text] / Y. T. Huang, J. Y. Jiang, M. S. Hsu, H. S. Hsu, C. H. Liao, P. R. Hsueh // Journal of Microbiology, Immunology and Infection. - 2018. -V. 51. - № 4. - P. 510-518.

117. Huynh, B. T. Klebsiella pneumoniae carriage in low-income countries: antimicrobial resistance, genomic diversity and risk factors [Text] / B. T. Huynh, V. Passet, A. Rakotondrasoa, T. Diallo, A. Kerleguer, M. Hennart, A. De Lauzanne, P. Herindrainy, A. Seck, R. Bercion, L. Borand, M. P. de la Gandara, E. Delarocque-Astagneau, D. Guillenot, M. Vray, B. Garin, J. M. Collard, C. Rodrigues, S. Brisse // Gut microbes. - 2020. - V. 11. - № 5. - P. 1287-1299.

118. Ioannou, P. Infective endocarditis by Klebsiella species: a systematic review [Text] / P. Ioannou, E. Miliara, S. Baliou, D. P. Kofteridis // Journal of Chemotherapy. -2021. - V. 33. - № 6. - P. 365-374.

119. ISO 20776-1:2019 Susceptibility testing of infectious agents and evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices — Part 1: Broth micro-delution reference method for testing the in vitro activity of antimicrobial agents against rapidly growing aerobic bacteria involved in infectious diseases, 2019. -20 p.

120. Ito, H. Plasmid-mediated dissemination of the metallo-beta-lactamase gene blaIMP among clinically isolated strains of Serratia marcescens [Text] / H. Ito, Y. Arakawa, S. Ohsuka, R. Wacharotayankun, N. Kato, M. Ohta // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1995. - V. 39. - № 4. - P. 824-829.

121. Ito, R. Widespread fosfomycin resistance in Gram-negative bacteria attributable to the chromosomal fosA gene [Text] / R. Ito, M. M. Mustapha, A. D. Tomich, J. D. Callaghan, C. L. McElheny, R. T. Mettus, R. M. Q. Shanks, N. Sluis-Cremer, Y. Doi // MBio. - 2017. - V. 8. - № 4. - 00749-17.

122. Jiménez-Castellanos, J. C. Comparative effects of overproducing the AraC-type transcriptional regulators MarA, SoxS, RarA and RamA on antimicrobial drug susceptibility in Klebsiella pneumoniae [Text] / J. C. Jiménez-Castellanos, W. N. I. Wan Ahmad Kamil, C. H. P. Cheung, M. S. Tobin, J. Brown, S. G. Isaac, K. J. Heeson, T. Schneiders, M. B. Avison // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2016. - V. 71. - № 7. - P. 1820-1825.

123. Jolley, K. A. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST. org website and their applications [Text] / K. A. Jolley, J. E. Bray, M. C. J. Maiden // Wellcome open research. - 2018. - V. 3. - P. 124.

124. Khater, F. In silico analysis of usher encoding genes in Klebsiella pneumoniae and characterization of their role in adhesion and colonization / F. Khater, D. Balestrino, N. Charbonnel, J. F. Dufayard, S. Brisse, C. Forestier // PloS one. - 2015. - V. 10. -№ 3. - e0116215.

125. Kiaei, S. Endemic dissemination of different sequence types of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains harboring blaNDM and 16S rRNA methylase genes in Kerman hospitals, Iran, from 2015 to 2017 [Text] / S. Kiaei,

M. Moradi, H. Hosseini-Nave, M. Ziasistani, D. Kalantar-Neyestanaki // Infection and Drug Resistance. - 2019. - V. 12. - P. 45-54.

126. Kim, J. H. Two distinct genotypes of KPC-2-producing Klebsiella pneumoniae isolates from South Korea [Text] / J. H. Kim, Y. Y. Cho, J. Y. Choi, Y. M. Wi, K. S. Ko // Antibiotics. - 2021. - V. 10. - № 8. - P. 911.

127. Kitchel, B. Molecular epidemiology of KPC-producing Klebsiella pneumoniae isolates in the United States: clonal expansion of multilocus sequence type 258 [Text] / B. Kitchel, J. K. Rasheed, J. B. Patel, A. Srinivasan, S. Navon-Venezia, Y. Carmeli, A. Brolund, C. G. Giske // Antimicrobial agents and chemotherapy. -2009. - V. 53. - № 8. - P. 3365-3370.

128. Kolmogorov, M. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs [Text] / M. Kolmogorov, J. Yuan, Y. Lin, P. A. Pevzner // Nature biotechnology. - 2019. -V. 37. - № 5. - P. 540-546.

129. Kong, H. K. Fine-tuning carbapenem resistance by reducing porin permeability of bacteria activated in the selection process of conjugation [Text] / H. K. Kong, Q. Pan, W. U. Lo, X. Liu, C. O. Law, T. F. Chan, P. L. Ho, T. C. K. Lau // Scientific Reports. - 2018. - V. 8. - № 1. - 15248.

130. Kontopoulou, K. Spread of NDM-producing Klebsiella pneumoniae in a tertiary Greek hospital [Text] / K. Kontopoulou, G. Meletis, S. Pappa, S. Zotou, K. Tsioka, P. Dimitriadou, E. Antoniadou, A. Papa // Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. - 2021. - V. 68. - № 3. - P. 162-168.

131. Krawczyk, B. Urinary Tract Infections Caused by K. pneumoniae in Kidney Transplant Recipients-Epidemiology, Virulence and Antibiotic Resistance [Text] / B. Krawczyk, M. Wysocka, M. Michalik, J. Gol^biewska // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2022. - V. 12. - P. 446.

132. Kutlu, H. H. Investigation of carbapenemase genes and molecular epidemiology of Enterobacteriaceae strains isolated between 2010-2014 in a university hospital [Text] / H. H. Kutlu, E. Us, A. Tekeli // Mikrobiyoloji Bulteni. - 2018. - V. 52. -№ 1. - P. 1-12.

133. Lam, M. M. C. Genetic diversity, mobilisation and spread of the yersiniabactin-encoding mobile element ICEKp in Klebsiella pneumoniae populations [Text] /

M. M. C. Lam, R. R. Wick, K. L. Wyres, C. L. Gorrie, L. M. Judd, A. W. Jenney, S. Brisse, K. E. Holt // Microbial genomics. - 2018. - V. 4. - № 9. - e000196.

134. Lam, M. M. C. Population genomics of hypervirulent Klebsiella pneumoniae clonal-group 23 reveals early emergence and rapid global dissemination [Text] / M. M. C. Lam, K. L. Wyres, S. Duchene, R. R. Wick, L. M. Judd, Y. H. Gan, C. H. Hoh, S. Archuleta, J. S. Milton, S. Kalimuddin, T. H. Koh, V. Passet, S. Brisse, K. E. Holt // Nature communications. - 2018. - V. 9. - № 1. - P. 2703.

135. Lam, M. Tracking key virulence loci encoding aerobactin and salmochelin siderophore synthesis in Klebsiella pneumoniae [Text] / M. Lam, K. L. Wyres, L. M. Judd, R. R. Wick, A. Jenney, S. Brisse, K. E. Holt // Genome medicine. -2018. - V. 10. - № 1. - P. 1-15.

136. Lam, M. M. C. A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex [Text] / M. M. C. Lam, R. R. Wick, S. C. Watts, L. T. Cerdeira, K. L. Wyres, K. E. Holt // Nat. Commun. -2021. - V. 12. - № 1. - C. 4188.

137. Lan, P. A global perspective on the convergence of hypervirulence and carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae [Text] / P. Lan, Y. Jiang, J. Zhou, Y. Yu // Journal of global antimicrobial resistance. - 2021. - V. 25. - P. 26-34.

138. Lascols, C. Surveillance and molecular epidemiology of Klebsiella pneumoniae isolates that produce carbapenemases: first report of OXA-48-like enzymes in North America [Text] / C. Lascols, G. Peirano, M. Hackel, K. B. Laupland, J. D. Pitout // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2013. - V. 57. - № 1. - P. 130-136.

139. Latorra, D. Enhanced allele- specific PCR discrimination in SNP genotyping using 3' locked nucleic acid (LNA) primers [Text] / D. Latorra, K. Campbell, A. Wolter, J. M. Hurley // Human mutation. - 2003. - V. 22. - № 1. - P. 79-85.

140. Lauretti, L. Cloning and characterization of blaVIM, a new integron-borne metallo-ß-lactamase gene from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate [Text] / L. Lauretti, M. L. Riccio, A. Mazzariol, G. Cornaglia, G. Amicosante, R. Fontana, G. M. Rossolini // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1999. - V. 43. -№ 7. - P. 1584-1590.

141. Lee, C. H. Hypermucoviscosity associated with Klebsiella pneumoniae-mediated invasive syndrome: a prospective cross-sectional study in Taiwan [Text] / C. H. Lee,

J. W. Liu, L. H. Su, C. C. Chien, C. C. Li, K. D. Yang // International Journal of Infectious Diseases. - 2010. - V. 14. - № 8. - P. e688-e692.

142. Lee, C. H. Sialic acid involved in hypermucoviscosity phenotype of Klebsiella pneumoniae and associated with resistance to neutrophil phagocytosis [Text] / C. H. Lee, C. C. Chang, J. W. Liu, R. F. Chen, K. D. Yang // Virulence. - 2014. -V. 5. - № 6. - P. 673-679.

143. Lee, H. C. Clinical implications of hypermucoviscosity phenotype in Klebsiella pneumoniae isolates: association with invasive syndrome in patients with community- acquired bacteraemia [Text] / H. C. Lee, Y. C. Chuang, W. L. Yu, N. Y. Lee, C. M. Chang, N. Y. Ko, L. R. Wang, W. C. Ko // Journal of internal medicine. - 2006. - V. 259. - № 6. - P. 606-614.

144. Lee, S. E. Lemierre's syndrome associated with hypervirulent Klebsiella pneumoniae: a case report and genomic characterization of the isolate [Text] / S. E. Lee, A. Mushtaq, M. Gitman, A. Paniz-Mondolfi, M. Chung, A. Obla, E. M. Sordillo, M. D. Nowak, H. van Bakel, J. D. Ramirez, M. Munoz, M. Lee // IDCases. - 2021. - V. 25. - e01173.

145. Lee, D. Prevalence and antimicrobial resistance of Klebsiella species isolated from clinically ill companion animals [Text] / D. Lee, J. Y. Oh, S. Sum, H. M. Park // Journal of Veterinary Science. - 2021. - V. 22. - № 2. - e17.

146. Lenchenko, E. Morphological and adhesive properties of Klebsiella pneumoniae biofilms [Text] / E. Lenchenko, D. Blumenkrants, N. Sachivkina, N. Shadrova, A. Ibragimova // Veterinary world. - 2020. - V. 13. - № 1. - P. 197-200.

147. Li, J. Efflux pump AcrAB confers decreased susceptibility to piperacillin-tazobactam and ceftolozane-tazobactam in tigecycline-non-susceptible Klebsiella pneumoniae [Text] / J. Li, Q. Xu, S. Ogurek, Z. Li, P. Wang, Q. Xie, Z. Sheng, M. Wang // Infection and Drug Resistance. - 2020. - V. 13. - C. 4309-4319.

148. Li, J. The nature and epidemiology of OqxAB, a multidrug efflux pump [Text] / J. Li, H. Zhang, J. Ning, A. Sajid, G. Cheng, Z. Yuan, H. Hao // Antimicrobial Resistance and Infection Control. - 2019. - V. 8. - № 1. - P. 1-13.

149. Li, X. Z. Efflux-mediated drug resistance in bacteria [Text] / X. Z. Li, H. Nikaido // Drugs. - 2004. - V. 64. - P. 159-204.

150. Li, J. The nature and epidemiology of OqxAB, a multidrug efflux pump [Text] / J. Li, H. Zhang, J. Ning, A. Sajid, G. Cheng, Z. Yuan, H. Hao // Antimicrobial Resistance and Infection Control. - 2019. - V. 8. - № 1. - P. 1-13.

151. Liakopoulos, A. A review of SHV extended-spectrum ß-lactamases: neglected yet ubiquitous [Text] / A. Liakopoulos, D. Mevius, D. Ceccarelli // Frontiers in microbiology. - 2016. - V. 7. - P. 1374.

152. Lin, D. Epidemiological study of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae [Text] / D. Lin, J. Chen, Y. Yang, J. Cheng, C. Sun // Open Medicine. - 2018. -V. 13. - № 1. - P. 460-466.

153. Lin, Y. C. Assessment of hypermucoviscosity as a virulence factor for experimental Klebsiella pneumoniae infections: comparative virulence analysis with hypermucoviscosity-negative strain [Text] / Y. C. Lin, M. C. Lu, H. L. Tang, H. C. Liu, C. H. Chen, K. S. Liu, C. Lon, C. S. Chou, M. K. Chiang, C. M. Chen, Y. C. Lai // BMC microbiology. - 2011. - V. 11. - P. 1-8.

154. Lin, Y. T. Seroepidemiology of Klebsiella pneumoniae colonizing the intestinal tract of healthy Chinese and overseas Chinese adults in Asian countries [Text] / Y. T. Lin, L. K. Siu, J. C. Lin, T. L. Chen, C. P. Tseng, K. M. Yeh, F. Y. Chang, C. P. Fung // BMC microbiology. - 2012. - V. 12. - № 1. - P. 1-7.

155. Liu, Y. Nonclassical biofilms induced by DNA breaks in Klebsiella pneumoniae [Text] / Y. Liu, C. Pan, L. Ye, Y. Si, C. Bi, X. Hua, Y. Yu, L. Zhu, H. Wang // Msphere. - 2020. - V. 5. - № 3. - 00336-20.

156. Liu, Y. Klebsiella pneumoniae pneumonia in patients with rheumatic autoimmune diseases: clinical characteristics, antimicrobial resistance and factors associated with extended-spectrum ß-lactamase production [Text] / Y. Liu, Y. Liu, J. Dai, A. Liu, Y. Li, J. Xu, J. Liu, H. Zhu // BMC Infect. Dis. - 2021. - V.21. - № 1. -P. 1-10.

157. Liu, Y. C. Klebsiella pneumoniae liver abscess associated with septic endophthalmitis [Text] / Y. C. Liu, D. L. Cheng, C. L. Lin // Archives of internal medicine. - 1986. - V. 146. - № 10. - P. 1913-1916.

158. Liu, X. Clinical characteristics and risk factors of catheter-associated urinary tract infections caused by Klebsiella pneumoniae [Text] / X. Liu, F. Sai, L. Li, C. Zhu, H. Huang // Ann Palliat Med. - 2020. - V. 9. - № 5. - P. 2668-2677.

159. Long, S. W. Whole-genome sequencing of human clinical Klebsiella pneumoniae isolates reveals misidentification and misunderstandings of Klebsiella pneumoniae, Klebsiella variicola, and Klebsiella quasipneumoniae [Text] / S. W. Long, S. E. Linson, M. Ojeda Saavedra, C. Cantu, J. J. Davis, T. Brettin, R. J. Olsen // Msphere. - 2017. - V. 2. - № 4. - 00290-17.

160. Lorenzin, G. Detection of NDM-1/5 and OXA-48 co-producing extensively drug-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae in Northern Italy [Text] / G. Lorenzin, F. Gona, S. Battaglia, A. Spitaleri, F. Saluzzo, A. Trovato, F. di Marco, P. Cichero, A. Biancardi, P. Nizzero, B. Castiglione, P. Scarpellini, M. Moro, D. M. Cirillo // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2022. - V. 28. - P. 146-150.

161. Lowe, M. Klebsiella pneumoniae ST307 with blaOXA-181, South Africa, 20142016 [Text] / M. Lowe, M. M. Kock, J. Coetzee, E. Hoosien, G. Peirano, K. A. Strydom, M. M. Ehlers, N. M. Mbelle, E. Shashkina, D. B. Haslam, P. Dhawan, R. J. Donnely, L. Chen, B. N. Kreiswirth, J. D. Pitout // Emerging Infectious Diseases. - 2019. - V. 25. - № 4. - P. 739.

162. Lu, M. C. Colibactin contributes to the hypervirulence of pks+ K1 CC23 Klebsiella pneumoniae in mouse meningitis infections [Text] / M. C. Lu, Y. T. Chen, M. K. Chiang, Y. C. Wang, P. Y. Hsiao, Y. J. Huang, C. T. Lin, C. C. Cheng, C. L. Liang, Y. C Lai // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2017. -V. 7. - P. 103.

163. Lv, F. Overexpression of efflux pumps mediate pan resistance of Klebsiella pneumoniae sequence type 11 [Text] / F. Lv, J. Cai, Q. He, W. Wang, Y. Luo, X. Wang, N. Mi, Z. Zhao, G. Li, W. Luo // Microbial Drug Resistance. - 2021. -V. 27. - № 10. - P. 1405-1411.

164. Macesic, N. Detection of mcr-1 -carrying Escherichia coli causing bloodstream infection in a New York City Hospital: avian origins, human concerns? [Text] / N. Macesic, D. Green, Z. Wang, S. B. Sullivan, K. Shim, S. Park, S. Whittier, E. Y. Furuya, A. Gomez-Simmonds, A. C. Uhlemann // Open Forum Infect Dis. -2017. - V. 4. - № 3. - ofx115.

165. Maiden, M. C. J. MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomics [Text] / M. C. J. Maiden, M. J. J. Van Rensburg, J. E. Bray, S. G. Earle,

S. A. Ford, K. A. Jolley, N. D. McCarthy // Nature Reviews Microbiology. - 2013. -V. 11. - № 10. - P. 728-736.

166. Maiden, M. C. J. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms [Text] / M. C. J. Maiden, J. A. Bygraves, E. Feil, G. Morelli, J. E. Russell, R. Urwin, Q. Zhang, J. Zhou, K. Zurth, D. A. Caugant, I. M. Feavers, M. Achtman, B. G. Spratt // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1998. - V. 95. -№ 6. - P. 3140-3145.

167. Manni, M. BUSCO: assessing genomic data quality and beyond [Text] / M. Manni, M. R. Berkeley, M. Seppey, E. M. Zdobnov // Current Protocols. - 2021. - V. 1. -№ 12. - P. e323.

168. Mariappan, S. Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: Risk factors for infection and impact of resistance on outcomes [Text] / S. Mariappan, U. Sekar, A. Kamalanathan // International Journal of Applied and Basic Medical Research. -2017. - V. 7. - № 1. - P. 32.

169. Marr, C. M. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae: a new public health threat [Text] / C. M. Marr, T. A. Russo // Expert review of anti-infective therapy. - 2019. -V. 17. - № 2. - P. 71-73.

170. Martin, R. M. Molecular epidemiology of colonizing and infecting isolates of Klebsiella pneumoniae [Text] / R. M. Martin, J. Cao, S. Brisse, V. Passet, W. Wu, L. Zhao, P. N. Maiani, K. Rao, M. A. Bachman // MSphere. - 2016. - V. 1. - № 5. -00261-16.

171. Martínez-Romero, E. Genome misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated from plants, animals and humans [Text] / E. Martínez-Romero, N. Rodríguez-Medina, M. Beltrán-Rojel, J. Silva-Sánchez, H. Barrios-Camacho, E. Pérez-Rueda, U. Garza-Ramos // Salud pública de méxico. - 2018. - V. 60. - № 1. - P. 56-62.

172. Matsumura, Y. Genomic characterization of IMP and VIM carbapenemase-encoding transferable plasmids of Enterobacteriaceae [Text] / Y. Matsumura, G. Peirano, P. A. Bradford, M. R. Motyl, R. DeVinney, J. D. Pitout // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. - V. 73. - № 11. - P. 3034-3038.

173. Matsumura, Y. Genomic epidemiology of global VIM-producing Enterobacteriaceae [Text] / Y. Matsumura, G. Peirano, R. Devinney, P. A. Bradford, M. R. Motyl, M. D. Adams, L. Chen, B. Kreiswirth, J. D. D. Pitout // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2017. - V. 72. - № 8. - P. 2249-2258.

174. Maurya, N. Alliance of efflux pumps with ß-lactamases in multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae isolates [Text] / N. Maurya, M. Jangra, R. Tambat, H. Nandanwar // Microbial Drug Resistance. - 2019. - V. 25. - № 8. - P. 1155-1163.

175. Mendes, A. C. mcr-1 in carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae with hospitalized patients, Portugal, 2016-2017 / A. C. Mendes, A. Novais, J. Campos, C. Rodrigues, C. Santos, P. Antunes, H. Ramos, L. Peixe // Emerging infectious diseases. - 2018. - V. 24. - № 4. - P. 762.

176. Monteferrante, C. G. Evaluation of different pretreatment protocols to detect accurately clinical carbapenemase-producing Enterobacteriaceae by MALDI-TOF [Text] / C. G. Monteferrante, S. Sultan, M. T. Ten Kate, L. J. Dekker, K. Sparbier, M. Peer, M. Kostzrewa, T. M. Luider, W. H. F. Goessens, P. C. Burgers // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2016. - V. 71. - № 10. - P. 2856-2867.

177. Mori, N. A transferrable IncL/M plasmid harboring a gene encoding IMP-1 metallo-ß-lactamase in clinical isolates of Enterobacteriaceae [Text] / N. Mori, T. Tada, S. Oshiro, K. Kuwahara-Arai, T. Kirikae, Y. Uehara // BMC Infectious Diseases. - 2021. - V. 21. - № 1. - P. 1-7.

178. Muggeo, A. Spread of Klebsiella pneumoniae ST395 non-susceptible to carbapenems and resistant to fluoroquinolones in North-Eastern France [Text] / A. Muggeo, T. Guillard, F. Klein, F. Reffuveille, C. François, A. Babosan, O. Bajolet, X. Bertrand, C. de Champs // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2018. - V. 13. - P. 98-103.

179. Mukherjee, S. Emergence of OXA-232-producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae ST23 causing neonatal sepsis [Text] / S. Mukherjee, S. Naha, P. Bhadury, B. Saha, M. Dutta, S. Dutta, S. Basu // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2020. - V. 75. - № 7. - P. 2004-2006.

180. Mukherjee, S. Neonatal sepsis: the impact of carbapenem-resistant and hypervirulent Klebsiella pneumoniae [Text] / S. Mukherjee, S. Mitra, S. Dutta, S. Basu // Frontiers in Medicine. - 2021. - V. 8. - 634349.

181. Müller-Schulte, E. High prevalence of ESBL-producing Klebsiella pneumoniae in clinical samples from central Côte d'Ivoire [Text] / E. Müller-Schulte, M. N. Tuo, C. Akoua-Koffi, F. Schaumburg, S. L. Becker // International journal of infectious diseases. - 2020. - V. 91. - P. 207-209.

182. Murphy, C. N. Role of Klebsiella pneumoniae type 1 and type 3 fimbriae in colonizing silicone tubes implanted into the bladders of mice as a model of catheter-associated urinary tract infections [Text] / C. N. Murphy, M. S. Mortensen, K. A. Krogfelt, S. Clegg // Infection and immunity. - 2013. - V. 81. - № 8. -P. 3009-3017.

183. Myakishev, M. V. High-throughput SNP genotyping by allele-specific PCR with universal energy-transfer-labeled primers [Text] / M. V. Myakishev, Y. Khripin, S. Hu, D. H. Hamer // Genome research. - 2001. - V. 11. - № 1. - P. 163-169.

184. Naseer, U. The CTX-M conundrum: dissemination of plasmids and Escherichia coli clones [Text] / U. Naseer, A. Sundsfjord // Microbial drug resistance. - 2011. -V. 17. - № 1. - P. 83-97.

185. Navon-Venezia, S. Klebsiella pneumoniae: a major worldwide source and shuttle for antibiotic resistance [Text] / S. Navon-Venezia, K. Kondratyeva, A. Carattoli // FEMS microbiology reviews. - 2017. - V. 41. - № 3. - P. 252-275.

186. Nicolas-Chanoine, M. H. Escherichia coli ST131, an intriguing clonal group [Text] / M. H. Nicolas-Chanoine, X. Bertrand, J. Y. Madec // Clinical microbiology reviews. - 2014. - V. 27. - № 3. - P. 543-574.

187. Nordmann, P. Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae: here is the storm! [Text] / P. Nordmann, L. Dortet, L. Poirel // Trends in molecular medicine. - 2012. -V. 18. - № 5. - P. 263-272.

188. Nourozi, M. Frequency of plasmid-mediated quinolone resistance genes qnrA, qnrB, and qnrS among clinical isolates of Klebsiella pneumoniae [Text] / M. Nourozi, S. Mirkalantari, S. Omidi // Journal of Applied Biotechnology Reports. - 2020. - V. 7. - № 4. - P. 203-207.

189. Oho, M. Rapid detection method of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae by MALDI-TOF MS with imipenem/cilastatin (KB) disc and zinc sulfate solution [Text] / M. Oho, Y. Funashima, Z. Nagasawa, H. Miyamoto, E. Sueoka // Journal of Infection and Chemotherapy. - 2021. - V. 27. - № 2. - P. 205-210.

190. Okanda, T. Characteristics of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae isolated in the intensive care unit of the largest tertiary hospital in Bangladesh / T. Okanda, A. Haque, T. Koshikawa, A. Islam, Q. Huda, H. Takemura, T. Matsumoto, S. Nakamura // Frontiers in Microbiology. - 2021. - V. 11. -612020.

191. Paczosa, M. K. Klebsiella pneumoniae: going on the offense with a strong defense [Text] / M. K. Paczosa, J. Mecsas // Microbiology and molecular biology reviews. -2016. - V. 80. - № 3. - P. 629-661.

192. Papagiannitsis, C. C. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry meropenem hydrolysis assay with NH4HCO3, a reliable tool for direct detection of carbapenemase activity [Text] / C. C. Papagiannitsis, V. Studentova, R. Izdebski, O. Oikonomou, Y. Pfeifer, E. Petinaki, J. Hrabak // Journal of clinical microbiology. - 2015. - V. 53. - № 5. - P. 1731-1735.

193. Partridge, S. R. Genetic contexts of blaNDM-1 [Text] / S. R. Partridge, J. R. Iredell // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2012. - V. 56. - № 11. -P. 6065-6067.

194. Paskova, V. Characterization of NDM-encoding plasmids from Enterobacteriaceae recovered from Czech hospitals [Text] / V. Paskova, M. Medvecky, A. Skalova, K. Chudejova, I. Bitar, V. Jakubu, T. Bergerova, H. Zemlickova, C. C. Papagiannitsis, J. Hrabak // Frontiers in microbiology. -2018. - V. 9. - P. 1549.

195. Pedersen, T. Spread of plasmid-encoded NDM-1 and GES-5 carbapenemases among extensively drug-resistant and pandrug-resistant clinical Enterobacteriaceae in Durban, South Africa [Text] / T. Pedersen, J. O. Sekyere, U. Govinden, K. Moodley, A. Sivertsen, O. Samuelsen, S. Y. Essack, A. Sundsfjord // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2018. - V. 62. - № 5. - e02178-17.

196. Phetburom, N. Klebsiella pneumoniae Complex Harboring mcr-1, mcr-7, and mcr-8 Isolates from Slaughtered Pigs in Thailand [Text] / N. Phetburom, P. Boueroy, P. Chopjitt, R. Hatrongjit, Y. Akeda, S. Hamada, S. Nuanualsuwan, A. Kerdsin // Microorganisms. - 2021. - V. 9. - № 12. - P. 2436.

197. Piazza, A. Identification of blaVIM-1 gene in ST307 and ST661 Klebsiella pneumoniae clones in Italy: old acquaintances for new combinations [Text] /

A. Piazza, F. Comandatore, F. Romeri, M. Brilli, B. Dichirico, A. Ridolfo, C. Antona, C. Bandi, M. R. Gismondo, S. G. Rimoldi // Microbial Drug Resistance. - 2019. - V. 25. - № 5. - P. 787-790.

198. Pitout, J. D. D. The global ascendency of OXA-48-type carbapenemases [Text] / J. D. D. Pitout, G. Peirano, M. M. Kock, K. A. Strydom, Y. Matsumura // Clinical microbiology reviews. - 2019. - V. 33. - № 1. - e00102-19.

199. Pitout, J. D. D. Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae, a key pathogen set for global nosocomial dominance [Text] / J. D. D. Pitout, P. Nordmann, L. Poirel // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2015. - V. 59. - № 10. - P. 5873-5884.

200. Ple^ca, C. E. Etiology and resistance profile of isolated strains from severe systemic infections in patients with immunodepression—experience of the iasi infectious diseases hospital 2011-2014 [Text] / C. E. Ple§ca, M. C. Luca, A. S. Luca, S. Constantinescu, L. S. Iancu // Revista Medico-Chirurgicala a Societatii de Medici si Naturalisti din Iasi. - 2015. - V. 119. - № 4. - P. 1141-1146.

201. Poirel, L. Emergence of oxacillinase-mediated resistance to imipenem in Klebsiella pneumoniae [Text] / L. Poirel, C. Héritier, V. Tolün, P. Nordmann // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2004. - V. 48. - № 1. - P. 15-22.

202. Poirel, L. Genetic features of the widespread plasmid coding for the carbapenemase OXA-48 [Text] / L. Poirel, R. A. Bonnin, P. Nordmann // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2012. - V. 56. - № 1. - P. 559-562.

203. Potron, A. Origin of OXA-181, an emerging carbapenem-hydrolyzing oxacillinase, as a chromosomal gene in Shewanella xiamenensis [Text] / A. Potron, L. Poirel, P. Nordmann // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2011. - V. 55. - № 9. -P. 4405-4407.

204. Potron, A. A mosaic transposon encoding OXA-48 and CTX-M-15: towards panresistance [Text] / A. Potron, P. Nordmann, E. Rondinaud, F. Jaureguy, L. Poirel // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2013. - V. 68. - № 2. - P. 476-477.

205. Potron, A. Derepressed transfer properties leading to the efficient spread of the plasmid encoding carbapenemase OXA-48 [Text] / A. Potron, L. Poirel, P. Nordmann // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2014. - V. 58. - № 1. -P. 467-471.

206. Price, E. P. Computer-aided identification of polymorphism sets diagnostic for groups of bacterial and viral genetic variants [Text] / E. P. Price, J. Inman-Bamber, V. Thiruvenkataswamy, F. Huygens, P. M. Giffard // BMC bioinformatics. -2007. - V. 8. - № 1. - P. 1-8.

207. Primer-BLAST: a tool for finding specific primers [Электронный ресурс]. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast (дата обращения: 26.08.2023).

208. Ramirez, M. S. Small Klebsiella pneumoniae plasmids: neglected contributors to antibiotic resistance [Text] / M. S. Ramirez, A. Iriarte, R. Reyes-Lamothe, D. J. Sherratt, M. E. Tolmasky // Frontiers in microbiology. - 2019. - V. 10. -P. 2182.

209. Rasmussen, B. A. Characterization of IMI-1 beta-lactamase, a class A carbapenem-hydrolyzing enzyme from Enterobacter cloacae [Text] / B. A. Rasmussen, K. Bush, D. Keeney, Y. Yang, R. Hare, C. O'Gara, A. A. Medeiros // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1996. - V. 40. - № 9. - P. 2080-2086.

210. Robertson, G. A. Identification and interrogation of highly informative single nucleotide polymorphism sets defined by bacterial multilocus sequence typing databases [Text] / G. A. Robertson, V. Thiruvenkataswamy, H. Shilling, E. P. Price, F. Huygens, F. A. Henskens, P. M. Giffard // Journal of medical microbiology. -2004. - V. 53. - № 1. - P. 35-45.

211. Robertson, J. MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies [Text] / J. Robertson, J. H. E. Nash // Microbial genomics. - 2018. - V. 4. - № 8. - 000206.

212. Rocker, A. Global trends in proteome remodeling of the outer membrane modulate antimicrobial permeability in Klebsiella pneumoniae [Text] / A. Rocker, J. A. Lacey, M. J. Belousoff, J. J. Wilksch, R. A. Strugnell, M. R. Davies, T. Lithgow // MBio. - 2020. - V. 11. - № 2. - 00603-20.

213. Rodrigues, C. Identification of Klebsiella pneumoniae, Klebsiella quasipneumoniae, Klebsiella variicola and related phylogroups by MALDI-TOF mass spectrometry [Text] / C. Rodrigues, V. Passet, A. Rakotondrasoa, S. Brisse // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. - P. 3000.

214. Rodrigues, C. Description of Klebsiella africanensis sp. nov., Klebsiella variicola subsp. tropicalensis subsp. nov. and Klebsiella variicola subsp. variicola subsp. nov

[Text] / C. Rodrigues, V. Passet, A. Rakotondrasoa, T. A. Diallo, A. Criscuolo, S. Brisse // Research in microbiology. - 2019. - V. 170. - № 3. - P. 165-170.

215. Rojas, L. J. NDM-5 and OXA-181 beta-lactamases, a significant threat continues to spread in the Americas [Text] / L. J. Rojas, A. M. Hujer, S. D. Rudin, M. S. Wright, T. N. Domitrovic, S. H. Marshall, K. M. Hujer, S. S. Richer, E. Cober, F. Perez, M. D. Adams, D. van Duin, R. A. Bonomo // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2017. - V. 61. - № 7. - 00454-17.

216. Roulston, K. J. A case of NDM-carbapenemase-producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae sequence type 23 from the UK [Text] / K. J. Roulston, T. Bharucha, J. F. Turton, K. L. Hopkins, D. J. Mack // JMM case reports. - 2018. -V. 5. - № 9. - e005130.

217. Rozwandowicz, M. Plasmids carrying antimicrobial resistance genes in Enterobacteriaceae [Text] / M. Rozwandowicz, M. S. M. Brouwer, J. Fischer, J. A. Wagenaar, B. Gonzalez-Zorn, B. Guerra, D. J. Mevius, J. Hordijk // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. - V. 73. - № 5. - P. 1121-1137.

218. Russo, T. A. Aerobactin, but not yersiniabactin, salmochelin, or enterobactin, enables the growth/survival of hypervirulent (hypermucoviscous) Klebsiella pneumoniae ex vivo and in vivo [Text] / T. A. Russo, R. Olson, U. MacDonald, J. Beanan, B. A. Davidson // Infection and immunity. - 2015. - V. 83. - № 8. -P. 3325-3333.

219. Russo, T. A. Identification of biomarkers for differentiation of hypervirulent Klebsiella pneumoniae from classical K. pneumoniae [Text] / T. A. Russo, R. Olson, C. T. Fang, N. Stoesser, M. Miller, U. MacDonald, A. Hutson, J. H. Barker, R. M. La Hoz, J. R. Johnson // Journal of clinical microbiology. - 2018. - V. 56. -№ 9. - 00776-18.

220. Russo, T. A. Aerobactin synthesis proteins as antivirulence targets in hypervirulent Klebsiella pneumoniae [Text] / T. A. Russo, A. M. Gulick // ACS infectious diseases. - 2019. - V. 5. - № 7. - P. 1052-1054.

221. Russo, T. A. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae [Text] / T. A. Russo, C. M. Marr // Clinical microbiology reviews. - 2019. - V. 32. - № 3. - e00001-19.

222. Salawati, E. M. Fatal disseminated pyogenic infection due to hypermucoviscous hypervirulent Klebsiella pneumoniae: A case report and literature review [Text] / E. M. Salawati // Clinical Case Reports. - 2021. - V.9. - № 9. - e04754.

223. Safavi, M. Global genotype distribution of human clinical isolates of New Delhi metallo-ß-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae; A systematic review [Text] / M. Safavi, N. Bostanshirin, B. Hajikhani, S. Yaslianifard, A. van Belkum, M. Goudarzi, A. Hashemi, D. Darban-Sarokhalil, M. Dadashi //Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2020. - V. 23. - P. 420-429.

224. Saharman, Y. R. Clinical impact of endemic NDM-producing Klebsiella pneumoniae in intensive care units of the national referral hospital in Jakarta, Indonesia [Text] / Y. R. Saharman, A. Karuniawati, R. Sedono, D. Aditianingsih, W. H. Goessens, C. H. Klaassen, H. A. Verbrugh, J. A. Severin // Antimicrobial Resistance & Infection Control. - 2020. - V. 9. - № 1. - P. 1-14.

225. Sahoo, R. K. The first report of colistin-carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae ST70 isolated from the pediatric unit in India [Text] / R. K. Sahoo, A. Das, S. Sahoo, M. Gaur, E. V. Rao, E. Subudhi // Brazilian Journal of Microbiology. - 2020. - V. 51. - P. 1-3.

226. Samuelsen, 0. Molecular and epidemiological characterization of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Norway, 2007 to 2014 [Text] / 0. Samuelsen, S. Overballe-Petersen, J. V. Bj0rnholt, S. Brisse, M. Doumith, N. Woodford, K. L. Hopkins, B. Aasnss, B. Haldorsen, A. Sundsfjord, Norwegian Study Group on CPE. // Plos one. - 2017. - V. 12. - № 11. - e0187832.

227. Santajit, S. Mechanisms of antimicrobial resistance in ESKAPE pathogens [Text] / S. Santajit, N. Indrawattana // BioMed research international. - 2016. - V. 2016. -2475067.

228. Sasaki, E. Peracute bacterial meningitis due to infection with Klebsiella pneumoniae in captive-bred ruffed lemurs (Varecia variegate) [Text] / E. Sasaki, T. Tokiwa, K. Tsugo, Y. Higashi, H. Hori, Y. Une // Journal of comparative pathology. - 2017. - V. 156. - № 2-3. - P. 281-285.

229. Selander, R. K. Genetic diversity and structure in Escherichia coli populations [Text] / R. K. Selander, B. R. Levin // Science. - 1980. - V. 210. - № 4469. -P. 545-547.

230. Shaidullina, E. R. Genomic analysis of the international high-risk clonal lineage Klebsiella pneumoniae sequence type 395 [Text] / E. R. Shaidullina, M. Schwabe, T. Rohde, V. V. Shapovalova, M. S. Dyachkova, A. D. Matsvay, Y. A. Savochkina,

A. A. Shelenkov, Y. V. Mikhaylova, K. Sydow, F. Lebreton, E. A. Idelevich, S. E. Heiden, K. Becker, R. S. Kozlov, G. A. Shipulin, V. G. Akimkin, M. Lalk, S. Guenther, A. E. Zautner, J. A. Bohnert, A. M. Mardanova, R. Bouganim, D. Marchaim, K. J. Hoff, K. Schaufler, M. V. Edelstein // Genome Medicine. -2023. - V. 15. - № 1. - 9.

231. Shankar, C. Aerobactin seems to be a promising marker compared with unstable RmpA2 for the identification of hypervirulent carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae: in silico and in vitro evidence [Text] / C. Shankar, S. Basu, B. Lal, S. Shanmugam, K. Vasudevan, P. Mathur, S. Ramaiah, A. Anbarasu,

B. Veeraraghavan // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2021. -V. 11. - 709681.

232. Shankar, C. Emergence of multidrug resistant hypervirulent ST23 Klebsiella pneumoniae: multidrug resistant plasmid acquisition drives evolution [Text] /

C. Shankar, J. J. Jacob, K. Vasudevan, R. Biswas, A. Manesh, D. M. M. Sethuvel, S. Varughese, I. Biswas, B. Veeraraghavan // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2020. - V. 10. - P. 575289.

233. Shapovalova, V. Molecular Epidemiology of mcr-1 -Positive Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Isolates: Results from Russian Sentinel Surveillance (20132018) [Text] / V. Shapovalova, E. Shaidullina, I. Azizov, E. Sheck, A. Martinovich, M. Dyachkova, A. Matsvay, Y. Savochkina, K. Khafizov, R. Kozlov, G. Shipullin, M. Edelstein // Microorganisms. - 2022. - V. 10. - № 10. - P. 2034.

234. Shen, X. High prevalence of 16S rRNA methyltransferase genes in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates associated with bloodstream infections in 11 Chinese teaching hospitals [Text] / X. Shen, L. Liu, J. Yu, W. Ai, X. Cao, Q. Zhan, Y. Guo, L. Wang, F. Yu // Infection and Drug Resistance. -2020. - V. 13. - P. 2189-2197.

235. Silva, C. P. CTX-M-15-producing Klebsiella pneumoniae ST273 associated with nasal infection in a domestic cat [Text] / C. P. Silva, C. J. B. de Oliveira, E. L. Leite, S. P. Cibulski, M. Fernandes, P. C. Vasconcelos, L. M. Dias, N. M. V. da Silva,

F. G. Junior, A. C. de Carvalho Fernandes // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2022. - V. 28. - P. 203-205.

236. Snitkin, E. S. Tracking a hospital outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with whole-genome sequencing [Text] / E. S. Snitkin, A. M. Zelazny, P. J. Thomas, F. Stock, NISC Comparative Sequencing Program, D. K. Henderson, T. N. Palmore, J. A. Segre // Science translational medicine. - 2012. - V. 4. -№ 148. - P. 148ra116.

237. Solgi, H. Molecular epidemiology of NDM-1-and OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae in an Iranian hospital: clonal dissemination of ST11 and ST893 [Text] / H. Solgi, F. Badmasti, C. G. Giske, S. Aghamohammad, F. Shahcheraghi // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. - V. 73. - № 6. - P. 1517-1524.

238. Solgi, H. Molecular epidemiology of OXA-48 and NDM-1 producing Enterobacterales species at a University Hospital in Tehran, Iran, between 2015 and 2016 [Text] / H. Solgi, S. Nematzadeh, C. G. Giske, F. Badmasti, F. Westerlund, Y. L. Lin, Y. L. Lin, G. Goyal, V. S. Nikbin, A. H. Nemati, F. Shahcheraghi // Frontiers in microbiology. - 2020. - V. 11. - P. 936.

239. Sotgiu, G. Nosocomial transmission of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae in an Italian university hospital: a molecular epidemiological study [Text] / G. Sotgiu, B. M. Are, L. Pesapane, A. Palmieri, N. Muresu, A. Cossu, M. Dettori, A. Azara, I. I. Mura, C. Cocuzza, S. Aliberti, A. Piana // Journal of Hospital Infection. - 2018. - V. 99. - № 4. - P. 413-418.

240. Starkova, P. Emergence of hybrid resistance and virulence plasmids harboring New Delhi metallo-ß-lactamase in Klebsiella pneumoniae in Russia [Text] / P. Starkova, I. Lazareva, A. Avdeeva, O. Sulian, D. Likholetova, V. Ageevets, M. Lebedeva, V. Gostev, J. Soporova, S. Sidorenko // Antibiotics. - 2021. - V. 10. -№ 6. - P. 691.

241. Strakova, N. Klebsiella pneumoniae producing bacterial toxin colibactin as a risk of colorectal cancer development - A systematic review [Text] / N. Strakova, K. Korena, R. Karpiskova // Toxicon. - 2021. - V. 197. - P. 126-135.

242. Stoesser, N. Genomic epidemiology of global Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Escherichia coli [Text] / N. Stoesser, A. E. Sheppard, G. Peirano, L. W. Anson, L. Pankhurst, R. Sebra, H. T. T. Phan,

A. Kasarskis, A. J. Mathers, T. E. A. Peto, P. Bradford, M. R. Motyl, A. S. Walker, D. W. Crook, J. D. Pitout // Scientific reports. - 2017. - V. 7. - № 1. - P. 1-11.

243. Sturm, E. Bilateral osteomyelitis and liver abscess caused by hypervirulent Klebsiella pneumoniae - a rare clinical manifestation (case report) [Text] / E. Sturm, A. Tai, B. Lin, J. Kwong, E. Athan, B. P. Howden, R. D. Angliss, R. Asaid, J. Pollard // BMC Infectious Diseases. - 2018. - V. 18. - № 1. - P. 1-5.

244. Surveillance Atlas of Infectious Diseases [Электронный ресурс] // ECDC. - URL: http://atlas.ecdc.europa.eu/public/index.aspx?Instance=GeneralAtlas (дата обращения: 25.08.2023).

245. Szabo, D. Outer membrane protein changes and efflux pump expression together may confer resistance to ertapenem in Enterobacter cloacae [Text] / D. Szabo, F. Silveira, A. M. Hujer, R. A. Bonomo, K. M. Hujer, J. W. Marsh, C. R. Bethei, Y. Doi, K. Deeley, D. L. Paterson // Antimicrobial agents and chemotherapy. -2006. - V. 50. - № 8. - P. 2833-2835.

246. Tacäo, M. Environmental Shewanella xiamenensis strains that carry blaOXA-48 or blaOXA-204 genes: additional proof for blaOXA-48-like gene origin [Text] / M. Tacao, A. Correia, I. Henriques //Antimicrobial agents and chemotherapy. -2013. - V. 57. - № 12. - P. 6399.

247. Tacconelli, E. Global Priority List of Antibiotic-Resistant Bacteria to Guide Research, Discovery, and Development of New Antibiotics. The World Health Organization Report. Section 2: Ranking of other drug-resistant bacterial infections [Электронный ресурс] [Text] / E. Tacconelli, N. Magrini. - Geneva: World Health Organization. - 2017. - 87 p. - URL: https://www.who.int/publications/i/item/WHO-EMP-IAU-2017.12 (дата обращения: 25.08.2023).

248. Tada, T. Emergence of IncX4 plasmids encoding mcr-1 in a clinical isolate of Klebsiella pneumoniae in Japan [Text] / T. Tada, K. Uechi, I. Nakasone, M. Nakamatsu, K. Satou, T. Hirano, T. Kirikae, J. Fujita // International Journal of Infectious Diseases. - 2018. - V. 75. - P. 98-100.

249. Trevisan, V. Sul Micrococco della rabbia e sulla possiblita di riconoscere durante il periodo d'incubazione, dall'esame del sangue della persona moricata, se ha

contratta l'infezione rabbica [Text] / V. Trevisan // Rend Ist Lombardo Accad Sci Lett Sez (ser. 2). - 1887. - V. 20. - P. 88-105.

250. Trevisan, V. Caratteri di alcuni nuovi generi di Batteriacee [Text] / V. Trevisan // Atti della Accademia Fisio-Medico-Statistica in Milano. Series. - 1885. - V. 4. -№ 3. - P. 92-107.

251. Tsai, Y. K. Klebsiella pneumoniae outer membrane porins OmpK35 and OmpK36 play roles in both antimicrobial resistance and virulence [Text] / Y. K. Tsai, C. P. Fung, J. C. Lin, J. H. Chen, F. Y. Chang, T. L. Chen, L. K. Siu // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2011. - V. 55. - № 4. - P. 1485-1493.

252. Tsioutis, C. Transmission of Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Klebsiella pneumoniae: the role of infection control [Text] / C. Tsioutis, V. M. Eichel, N. T. Mutters // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2021. -V. 76. - № Supplement_1. - P. i4-i11.

253. Tsuka, T. Genetic characterization of CTX-M-2-producing Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca associated with bovine mastitis in Japan [Text] / T. Tsuka, H. Ozaki, D. Saito, T. Murase, Y. Okamoto, K. Azuma, T. Osaki, N. Ito, Y. Murahata, T. Imagawa // Frontiers in Veterinary Science. - 2021. - V. 8. -659222.

254. Turton, J. F. Virulence genes in isolates of Klebsiella pneumoniae from the UK during 2016, including among carbapenemase gene-positive hypervirulent K1-ST23 and 'non-hypervirulent'types ST147, ST15 and ST383 [Text] / J. F. Turton, Z. Payne, A. Coward, K. L. Hopkins, J. A. Turton, M. Doumith, N. Woodford // Journal of medical microbiology. - 2018. - V. 67. - № 1. - P. 118-128.

255. Turton, J. Hybrid resistance and virulence plasmids in "high-risk" clones of Klebsiella pneumoniae, including those carrying bla NDM-5 [Text] / J. Turton, F. Davies, J. Turton, C. Perry, Z. Payne, R. Pike // Microorganisms. - 2019. -V. 7. - № 9. - P. 326.

256. Vachvanichsanong, P. Extended-spectrum beta-lactamase Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae urinary tract infections [Text] / P. Vachvanichsanong, E. B. McNeil, P. Dissaneewate // Epidemiology & Infection. - 2021. - V. 149. - e12.

257. Vaziri, S. Frequency of qnr and aac(6')-Ib-cr genes among ESBL-producing Klebsiella pneumoniae strains isolated from burn patients in Kermanshah, Iran

[Text] / S. Vaziri, M. Afsharian, F. Mansouri, M. Azizi, F. Nouri, N. Madadi-Goli, Z. M. Afshar, M. H. Zamanian, A. Alvandi, K. Ahmadi // Jundishapur journal of microbiology. - 2020. - V. 13. - № 7. - P. 1-8.

258. Wailan, A. M. Genomic characteristics of NDM-producing Enterobacteriaceae isolates in Australia and their bla NDM genetic contexts [Text] / A. M. Wailan, D. L. Paterson, K. Kennedy, P. R. Ingram, E. Bursle, H. E. Sidjabat // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2016. - V. 60. - № 1. - P. 136-141.

259. Walker, K. A. A Klebsiella pneumoniae regulatory mutant has reduced capsule expression but retains hypermucoviscosity / K. A. Walker, T. A. Miner, M. Palacios, D. Trzilova, D. R. Frederick, C. A. Broberg, V. E. Sepulveda, J. D. Quinn, V. L. Miller // MBio. - 2019. - V. 10. - № 2. - 00089-19.

260. Walker, K. A. The small protein RmpD drives hypermucoviscosity in Klebsiella pneumoniae [Text] / K. A. Walker, L. P. Treat, V. E. Sepulveda, V. L. Miller // MBio. - 2020. - V. 11. - № 5. - 01750-20.

261. Walther-Rasmussen, J. Class A carbapenemases [Text] / J. Walther-Rasmussen, N. H0iby // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2007. - V. 60. - № 3. -P. 470-482.

262. Wang, G. et al. The characteristic of virulence, biofilm and antibiotic resistance of Klebsiella pneumoniae [Text] / G. Wang, G. Zhao, X. Chao, L. Xie, H. Wang // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2020. -V. 17. - № 17. - P. 6278.

263. Wang, H. Quantitative analysis of pathogens in the lower respiratory tract of patients with chronic obstructive pulmonary disease [Text] / H. Wang, X. Gu, Y. Weng, T. Xu, Z. Fu, W. Peng, W. Yu // BMC pulmonary medicine. - 2015. -V. 15. - № 1. - P. 1-13.

264. Wang, J. H. Primary liver abscess due to Klebsiella pneumoniae in Taiwan [Text] / J. H. Wang, Y. C. Liu, S. S. J. Lee, M. Y. Yen, Y. S. Chen, J. H. Wang, S. R. Wann, H. H. Lin // Clinical Infectious Diseases. - 1998. - V. 26. - № 6. - P. 1434-1438.

265. Watanabe, M. Transferable imipenem resistance in Pseudomonas aeruginosa [Text] / M. Watanabe, S. Iyobe, M. Inoue, S. Mitsuhashi // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1991. - V. 35. - № 1. - P. 147-151.

266. WHO publishes list of bacteria for which new antibiotics are urgently needed [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/en/news-room/detail/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgently-needed (дата обращения: 26.08.2023).

267. Wick, R. R. Unicycler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads [Text] / R. R. Wick, L. M. Judd, C. L. Gorrie, K. E. Holt // PLoS computational biology. - 2017. - V. 13. - № 6. - e1005595.

268. Wong, J. L. C. OmpK36-mediated Carbapenem resistance attenuates ST258 Klebsiella pneumoniae in vivo [Text] / J. L. C. Wong, M. Romano, L. E. Kerry, H. S. Kwong, W. W. Low, S. J. Brett, A. Clements, K. Beis, G. Frankel // Nature communications. - 2019. - V. 10. - № 1. - P. 3957.

269. Wong, J. L. C. Recurrent emergence of Klebsiella pneumoniae carbapenem resistance mediated by an inhibitory ompK36 mRNA secondary structure [Text] / J. L. C. Wong, S. David, J. Sanchez-Garrido, J. Z. Woo, W. W. Low, F. Morecchiato, T. Giani, G. M. Rossolini, K. Beis, S. J. Brett, A. Clements, D. M. Aanensen, S. Rouskin, G. Frankel // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2022. - V. 119. - № 38. - e2203593119.

270. Wyres, K. L. Identification of Klebsiella capsule synthesis loci from whole genome data [Text] / K. L. Wyres, R. R. Wick, C. Gorrie, A. Jenney, R. Follador, N. R. Thomson, K. E. Holt // Microbial genomics. - 2016. - V. 2. - № 12. -e000102.

271. Wyres, K. L. Klebsiella pneumoniae as a key trafficker of drug resistance genes from environmental to clinically important bacteria [Text] / K. L. Wyres, K. E. Holt // Current opinion in microbiology. - 2018. - V. 45. - P. 131-139.

272. Wyres, K. L. Population genomics of Klebsiella pneumoniae [Text] / K. L. Wyres, M. M. Lam, K. E. Holt // Nature Reviews Microbiology. - 2020. - V. 18. - № 6. -P. 344-359.

273. Xu, J. Characterization of an IMP-4-producing Klebsiella pneumoniae ST1873 strain recovered from an infant with a bloodstream infection in China [Text] / J. Xu, W. Lin, Y. Chen, F. He // Infection and Drug Resistance. - 2020. - V. 13. - P. 773779.

274. Xu, Q. Molecular mechanisms underlying the high mortality of hypervirulent Klebsiella pneumoniae and its effective therapy development [Text] / Q. Xu, M. Xie, X. Liu, H. Heng, H. Wang, C. Yang, E. W.-C. Chan, R. Zhang, G. Yang, S. Chen // Signal Transduction and Targeted Therapy. - 2023. - V. 8. - № 1. -P. 221.

275. Yamakawa, H. Molecular and epidemiological analysis of IMP-1 metallo-ß-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in a tertiary care hospital in Japan [Text] / H. Yamakawa, K. Kosai, N. Akamatsu, J. Matsuda, N. Kaku, N. Uno, Y. Morinaga, H. Hasegawa, T. Tsubouchi, Y. Kaneko, T. Miyazaki, K. Izumikawa, H. Mukae, K. Yanagihara // Journal of Infection and Chemotherapy. - 2019. -V. 25. - № 4. - P. 240-246.

276. Yang, Y. J. Biochemical characterization of a beta-lactamase that hydrolyzes penems and carbapenems from two Serratia marcescens isolates [Text] / Y. J. Yang, P. J. Wu, D. M. Livermore // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1990. -V. 34. - № 5. - P. 755-758.

277. Yeh, K. M. Capsular serotype K1 or K2, rather than magA and rmpA, is a major virulence determinant for Klebsiella pneumoniae liver abscess in Singapore and Taiwan [Text] / K. M. Yeh, A. Kurup, L. K. Siu, Y. L. Koh, C. P. Fung, J. C. Lin, T. L. Chen, F. Y. Chang, T. H. Koh // Journal of clinical microbiology. - 2007. -V. 45. - № 2. - P. 466-471.

278. Yigit, H. Novel carbapenem-hydrolyzing ß-lactamase, KPC-1, from a carbapenem-resistant strain of Klebsiella pneumoniae [Text] / H. Yigit, A. M. Queenan,

G. J. Anderson, A. Domenech-Sanchez, J. W. Biddle, C. D. Steward, S. Alberti, K. Bush, F. C. Tenover // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2001. -V. 45. - № 4. - P. 1151-1161.

279. Yigit, H. Carbapenem resistance in a clinical isolate of Enterobacter aerogenes is associated with decreased expression of OmpF and OmpC porin analogs [Text] /

H. Yigit, G. J. Anderson, J. W. Biddle, C. D. Steward, J. K. Rasheed, L. L. Valera, J. E. McGowan, F. C. Tenover // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2002. -V. 46. - № 12. - P. 3817-3822.

280. Yonekawa, S. Molecular and epidemiological characteristics of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae clinical isolates in Japan [Text] / S. Yonekawa,

T. Mizuno, R. Nakano, A. Nakano, Y. Suzuki, T. Asada, A. Ishil, N. Kakuta, S. Mizuno, M. Ogawa, H. Yano, K. Kasahara, K. Mikasa // Msphere. - 2020. -V. 5. - № 5. - 00490-20.

281. Yong, D. Characterization of a new metallo-ß-lactamase gene, blaNDM-1, and a novel erythromycin esterase gene carried on a unique genetic structure in Klebsiella pneumoniae sequence type 14 from India [Text] / D. Yong, M. A. Toleman,

C. G. Giske, H. S. Cho, K. Sundman, K. Lee, T. R. Walsh // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2009. - V. 53. - № 12. - P. 5046-5054.

282. Yoon, E. J. New Delhi metallo-beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in South Korea between 2010 and 2015 [Text] / E. J. Yoon, D. Y. Kang, J. W. Yang,

D. Kim, H. Lee, K. J. Lee, S. H. Jeong // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. -P. 571.

283. Yoon, Y. K. Antimicrobial susceptibility of microorganisms isolated from patients with intraabdominal infection in Korea: a multicenter study [Text] / Y. K. Yoon, J. Kim, C. Moon, M. S. Lee, J. Hur, H. Lee, S. W. Kim // Journal of Korean medical science. - 2019. - V. 34. - № 47. - e309.

284. Yu, J. Rapid detection of carbapenemase activity of Enterobacteriaceae isolated from positive blood cultures by MALDI-TOF MS [Text] / J. Yu, J. Liu, Y. Li, J. Yu, W. Zhu, Y. Liu, L. Shen // Annals of clinical microbiology and antimicrobials. -2018. - V. 17. - P. 1-7.

285. Zar, H. J. Klebsiella pneumoniae Lower Respiratory Tract Infection in a South African birth cohort: a longitudinal study [Text] / H. J. Zar, R. MacGinty, L. Workman, T. Burd, G. Smith, L. Myer, J. Haggstrom, M. P. Nicol // International Journal of Infectious Diseases. - 2022. - V. 121. - P. 31-38.

286. Zeng, X. Beta-lactamase induction and cell wall metabolism in Gram-negative bacteria [Text] / X. Zeng, J. Lin // Frontiers in microbiology. - 2013. - V. 4. -P. 128.

287. Zhang, X. High-level aminoglycoside resistance in human clinical Klebsiella pneumoniae complex isolates and characteristics of armA-carrying IncHI5 plasmids [Text] / X. Zhang, Q. Li, H. Lin, W. Zhou, C. Qian, Z. Sun, L. Lin, H. Liu, J. Lu, X. Lin, K. Li, T. Xu, H. Zhang, C. Li, Q. Bao // Frontiers in Microbiology. - 2021. -V. 12. - 636396.

288. Zhang, Z. A. Case of Meningitis in an Infant Due to Hypervirulent Klebsiella pneumoniae Transmission Within a Family [Text] / Z. Zhang, H. Wen, H. Wang, P. Zhang, J. Li, Y. Liang, Y. Liu, L. Sun, S. Xie // Infection and Drug Resistance. -2022. - V. 15. - C. 4927-4933.

289. Zhang, Z. Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae complex from clinical dogs and cats in China: molecular characteristics, phylogroups, and hypervirulence-associated determinants [Text] / Z. Zhang, L. Zhang, H. Dai, H. Zhang, Y. Song, Q. An, J. Wang, Z. Xia // Frontiers in Veterinary Science. - 2022. - V. 9. - 816415.

290. Zhao, W. H. Epidemiology and genetics of VIM-type metallo-ß-lactamases in Gram-negative bacilli [Text] / W. H. Zhao, Z. Q. Hu // Future microbiology. -2011. - V. 6. - № 3. - P. 317-333.

291. Zhao, W. H. IMP-type metallo-ß-lactamases in Gram-negative bacilli: distribution, phylogeny, and association with integrons [Text] / W. H. Zhao, Z. Q. Hu // Critical reviews in microbiology. - 2011. - V. 37. - № 3. - P. 214-226.

ПРИЛОЖЕНИЕ

Таблица П1 - Характеристика изолятов и наличие маркерных пиков масс-спектров, использованных для верификации

метода детекции карбапенемаз с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии

Изолят Вид Карбапе-немаза МПК карбапенемов, мкг/мл Пики масс-спектра интактного эртапенема Пики-масс-спектров гидролизованного эртапенема

Эрта-пенем Меро-пенем Ими-пенем [M+H] m/z 476,5 [M+Na] m/z 498,5 [M+2Na] m/z 520,5 [M+3Na] m/z 542,5 [Mh/d+H] m/z 450,5 [Mh/d+Na] m/z 472,5 [Mh+H] m/z 494,5 [Mh+Na] m/z 516,5 [Mh+2Na] m/z 538,5

M13-428 K. pneumoniae VIM-1 16 32 16 + (Î)2 +

M14-13 K. pneumoniae OXA-48 32 32 16 + ш1 + (Î) +

M14-14 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (Î) + + +

M14-16 K. pneumoniae OXA-48 1 1 2 + (Î) + +

M14-17 K. pneumoniae OXA-48 2 0,5 1 + (Î) + +

M14-233 K. pneumoniae NDM-1 32 8 16 + (Î) + + +

M14-324 K. pneumoniae OXA-48 8 0,5 1 + (Î) + +

M14-327 K. pneumoniae OXA-48 8 0,5 1 + (Î) + +

M14-456 K. pneumoniae OXA-48 2 0,5 1 + (Î) + +

M14-514 K. pneumoniae OXA-48 4 0,5 0,5 + (Î) + +

M14-517 K. pneumoniae OXA-48 32 4 1 + (Î) + +

M14-948 K. pneumoniae OXA-48 32 32 8 + (Î) + +

M17-1235 E. cloacae NDM-1 32 32 32 + (Î) + + +

M14-1243 K. oxytoca OXA-48 0,5 0,25 0,5 + (Î) + +

M14-1653 K. pneumoniae NDM-1 32 32 16 + + (4) + (Î) +

M14-1698 S. marcescens OXA-48 16 16 16 + (Î) + + +

M14-1714 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + + (4) + (Î) +

M14-1845 K. pneumoniae OXA-48 4 1 1 + (Î) + + +

M14-1982 K. pneumoniae OXA-48 2 0,25 0,5 + (Î) + +

M15-2013 P. mirabilis NDM-1 8 32 32 + + (4) + (Î) + +

M14-2068 K. pneumoniae OXA-48 2 1 0,5 + (Î) + + +

M14-2260 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (Î) + + +

M14-2539 K. pneumoniae OXA-48 4 1 1 + (Î) + +

M14-3368 K. pneumoniae OXA-48 4 0,5 1 + (Î) + +

M14-3395 K. pneumoniae NDM-1 +OXA-244 32 32 32 + (Î) + +

M14-3396 K. pneumoniae KPC-3 32 32 16 + (Î) + + +

M14-3409 K. pneumoniae OXA-48 2 1 2 + (!) + +

M14-3436 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (!) + + +

M14-3484 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (!) + + +

M14-3447 K. pneumoniae NDM-1 +OXA-48 32 32 32 + (!) + + +

M14-3484 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (!) + + +

M14-3499 C. freundii OXA-48 0,5 0,25 2 + (!) + + +

M14-3526 E. coli NDM-1 32 32 8 + (!) + + +

M14-3610 K. pneumoniae NDM-16 32 32 32 + (!) + + +

M14-3618 K. pneumoniae OXA-48 4 2 1 + (!) + + +

M16-3634 S. marcescens NDM-1 8 32 8 + (!) + + +

M15-3636 E. aerogenes OXA-48 16 2 1 + (!) + +

M14-3645 K. pneumoniae OXA-48 1 0,5 2 + (!) + + +

M14-3684 K. pneumoniae OXA-48 16 8 4 + (!) + + + +

M16-3766 E. coli OXA-48 2 0,5 1 + (!) + + +

M14-3951 K. pneumoniae OXA-48 8 2 1 + (!) +

M14-4027 K. pneumoniae OXA-48 4 2 4 + (!) + +

M14-4065 K. pneumoniae OXA-48 32 8 4 + (!) + + +

M14-4172 E. cloacae OXA-48 8 1 2 + (!) + + +

M14-4185 K. pneumoniae NDM-1 32 32 32 + (!) + + +

M14-4220 K. pneumoniae OXA-48 32 16 16 + (!) + + +

M15-4340 E. coli OXA-48 2 0,5 1 + (!) + + +

M15-4045 K. pneumoniae OXA-48 16 16 16 + (!) + +

55/1389 E. coli VIM-4 2 0,5 4 + (!) +

Диск с эртапенем ом (10 мкг) - - - - - + + + + + (!)

ATCC 25922 E. coli - 0,06 0,06 0,25 + + + + + (!)

M15-180 E. cloacae - 16 2 2 + + + + + (!)

M15-558 E. coli - 32 4 4 + + + + + (!)

M15-608 K. pneumoniae - 32 16 2 + + + + + (!)

M15-799 K. pneumoniae - 16 2 0,125 + + + + (!)

M15-826 K. pneumoniae - 0,125 0,25 0,125 + + + + + (!)

M15-938 K. pneumoniae - 32 32 32 + + + + + (4)

M15-971 E. coli - 0,25 0,06 0,125 + + + + + (4)

M15-972 K. pneumoniae - 0,25 0,06 0,125 + + + + (4)

M15-1181 K. pneumoniae - 32 8 2 + + + + + (4)

M15-1191 K. pneumoniae - 32 8 2 + + + + + (4)

M15-1197 K. pneumoniae - 32 8 2 + + + + + (4)