Анализ статуса экспрессии раково-тестикулярных генов как мишеней для терапии и профилактики онкологических заболеваний тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Скородумова, Любовь Олеговна

• Скородумова, Любовь Олеговна
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Скородумова, Любовь Олеговна

СОДЕРЖАНИЕ

Введение

1. Обзор литературы. Раково-тестикулярные антигены как прогностические маркеры и мишени иммунотерапии опухолей

1.1. Генно-клеточные вакцины, разработанные в ИБГ РАН

1.2. Общая характеристика группы раково-тестикулярных антигенов

1.2.1. История изучения и номенклатура раково-тестикулярных антигенов

1.2.2. Классификация раково-тестикулярных антигенов

1.2.3. Регуляция экспрессии раково-тестикулярных-антигенов

1.2.4. Функции раково-тестикулярных-антигенов

1.2.5. Раково-тестикулярные антигены как мишени для иммунотерапии

1.3. Характеристика отдельных групп раково-тестикулярных антигенов

1.3.1. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства MAGE-A

1.3.1.1. Номенклатура семейства MAGE

1.3.1.2. Экспрессия генов и антигенов семейства MAGE-A

в нормальных тканях н в опухолях

1.3.1.3. Иммунногенность раково-тестикулярных антигенов

семейства MAG Е-А

1.3.2. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства BAGE

1.3.2.1. Номенклатура семейства BAGE

1.3.2.2. Экспрессия генов и антигенов семейства BAGE

в нормальных тканях и в опухолях

1.3.2.3. Иммуногенность раково-тестикулярных антигенов семейства BAGE

1.3.3. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства GAGE

1.3.3.1. Номенклатура семейства GAGE

1.3.3.2. Экспрессия генов и антигенов семейства GAGE

в нормальных тканях и в опухолях

1.3.3.3. Иммуногенность раково-тестикулярного антигена GAGE

1.3.4. Раково-тестикулярные антиген и ген NY-ESO-1

1.3.4.1. Номенклатура семейства NY-ESO-1

1.3.4.2. Экспрессия гена и антигена NY-ESO-1 в нормальных тканях и в опухолях

1.3.4.3. Иммуногенность антигенов семейства ¡NY-ESO-1

1.4. Раково-тестикулярные гены и антигены при раке молочной железы

1.5. Раково-тестикулярные гены и антигены при лейкоплакии слизистой

оболочки полости рта

2. Материалы и методы

2.1 Пациенты и биообразцы

2.1.1. Сбор биологического материала

2.1.2. Пациенты с лейкоплакией и образцы слизистой оболочки полости рта

2.1.3. Пациенты с нлоскоклеточным раком слизистой оболочки полости рта и характеристика собранных образцов опухолей

2.1.4. Пациенты с раком молочной железы и характеристика собранных образцов опухолей

2.2. Стабилизация РНК в образцах

2.3. Выделение тотальной РНК из стабилизированных образцов

2.4. Обработка РНК ДНКазой

2.5. Реакция обратной транскрипции

2.6. Система контрольных образцов для исследования экспрессии раково-тестикулярных генов человека

2.7. Полимеразная цепная реакция

2.7.1. Состав реакции

2.7.1.1. Состав реащгюшюй смеси

2.7.1.2. Праймеры

2.7.2. Условия проведения ПЦР

2.8. Порядок проведения ПЦР для исследованных образцов

2.9. ДНК-электрофорез в агарозно.м геле

2.10. Регистрация результатов исследования

2.11. Учет результатов исследования

2.12. Анализ транскриптома клеточной линии Ме1Р, входящей в состав генно-клеточной противоопухолевой вакцины «Аллоген»

2.12.1. Клеточная линия меланомы Ме1Р

2.12.2. Выделение тотальной РНК, оценка количества, качества, обработка ДНКазой

2.12.3. Выделение мРНК

2.12.4. Построение фрагментной библиотеки

2.12.5. Секвенирование РНК-библиотек

2.12.6. Биоинформатическая обработка результатов секвенирования транскриитомов меланомы

2.13. Статистическая обработка результатов анализа экспрессии генов

3. Результаты и обсуждение

3.1. Разработка набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики экспрессии РТ-генов методом полимеразной цепной реакции

3.1.1 .Выбор генов для набора реагентов

3.1.3. Подготовка документов для регистрационного досье «Набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики экспрессии РТ-антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген)»

3.1.4. Состав набора реагентов

3.1.5.1. Технические испытания

3.1.5.2. Медицинские испытания

3.1.5.3. Получение регистрационного удостоверения

3.2. Результаты исследования экспрессии раково-тестнкулярных генов в образцах рака молочной железы

3.2.1. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах нормальной ткани молочной железы

3.2.2. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы

3.2.3. Сопоставление профиля экспрессии РТ-генов в образцах рака молочной железы с набором РТ-генов клеточных линий противоопухолевых вакцин «Компливак» и «Аллоген»

3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта

3.3.1. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах нормальной слизистой оболочке полости рта

3.3.2. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта

3.3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии слизистой оболочки полости рта

3.4. Теоретическое обобщение литературных данных для обоснования перспективных направлений исследований функций МАвЕ-А антигенов

4. Заключение

5. Выводы

103

6. Список сокращений

7. Список литературы

Приложение А

Приложение Б

Приложение В

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ статуса экспрессии раково-тестикулярных генов как мишеней для терапии и профилактики онкологических заболеваний»

Введение

Актуальность работы и степень её разработанности

Превращение нормальной клетки в опухолевую, или злокачественная трансформация, - событие, происходящее вследствие накопления в геноме соматических клеток мутаций в ключевых генах опухолевых супрессоров и протоонкогенах. Генетические аберрации в опухолевых клетках приводят к неконтролируемой пролиферации и изменению профиля экспрессии генов, и появляются так называемые опухоль-ассоциированпые антигены. К ним относят уникальные опухолевые белки - мутированные варианты обычных белков, и белки, в норме отсутствующие или экспрессирующиеся менее интенсивно в данной ткани. Клетки иммунной системы распознают такие белки как чужеродные. Чужеродные белки могут индуцировать развитие противоопухолевого иммунного ответа. Опухоль-ассоциированные антигены, появившиеся в опухоли, являются ♦ перспективными мишенями для молекулярно-генетической диагностики и иммунотерапии злокачественных опухолей. Возможность диагностировать и лечить опухоль на ранней стадии увеличивает вероятность положительного исхода.

Одной из групп опухоль-ассоциированных антигенов являются раково-тестикулярные (РТ) антигены [1,2]. Они характеризуются нормальной экспрессией преимущественно в зародышевых клетках человека и аберрантным присутствием в опухолях. В зрелых соматических клетках РТ-антигены отсутствуют, и их появление может служить молекулярным маркёром опухолевой ткани и запускать иммунный ответ. Однако если бы иммунный ответ всегда запускался, то, вероятно, опухолевые заболевания были бы не так распространены. На самом деле, образование опухоли происходит одновременно с изменением окружающих тканей, формируется так называемая опухолевая строма, клетки которой, как и опухолевые клетки, активно подавляют развитие иммунных реакций [3-8]. Иммунный ответ на Р'Г-антигены может быть запущен с помощью генно-клеточных противоопухолевых вакцин [9]. При этом пациенту вводятся инактивированные опухолевые клетки, которые несут РТ-антигены и продуцируют факторы, стимулирующие распознавание опухолевых антигенов и их презентацию

антиген-презентирующими клетками [10, 11]. В результате этого формируется пул антиген-специфических Т- и В-лимфоцитов, которые воздействуют на опухолевые клетки, и теоретически должны вызывать элиминацию опухоли.

Ранее в лаборатории генной терапии ИНГ РАН были разработаны генно-клеточные вакцины, на основе клеточных линий мслаиомм человека модифицированных с использованием генов /а£7 и/или ОМ-СБЕ, экснрессирующие в том числе и РТ-антигены [9, 12-15]. Проведены клинические испытания данных вакцин для терапии и профилактики метастазирования меланом и рака почки [15, 16].

Потенциально данный подход может быть применим и для других видов рака. Например, для рака молочной железы (РМЖ), который является самым распространённым онкологическим заболеванием среди женщин [17]. Разработка иммунотерапевтических подходов, направленных на РТ-антигены, является важной и актуальной задачей на пути борьбы за снижение смертности от злокачественных новообразований вообще и рака молочной железы в частности.

Перспектива внедрения в практическое использование методов активной специфической иммунопрофилактики и иммунотерапии злокачественных новообразований, в том числе и генно-клеточных противоопухолевых вакцин, разработанных в ИБГ РАН, делает особо актуальным вопрос о рациональной селекции пациентов-участников клинических испытаний с учётом сведений о профиле экспрессии раково-тестикулярных генов в опухолях пациентов и его пересечении с таковым в составе терапевтических вакцин. В связи с этим встаёт вопрос о разработке валидированного и одобренного уполномоченными государственными органами инструментария для оценки экспрессии раково-тестикулярных генов в опухолевых образцах.

Наличие валидированной системы оценки уровня экспрессии РТ-генов обеспечивает не только обоснованность подбора пациентов для иммунотерапии опухолей, но и возможность истинных иммуно-профилактических подходов в случае потенциально злокачественных заболеваний. В настоящее время известна вакцина «Гардасил» для профилактики распространения рака шейки матки, вызванного вирусом папилломы человека [18-20]. Однако данная вакцина не является в чистом виде «раково-профилактической», а сё эффект на снижение

заболеваемости опосредован через предотвращение появления этиологического фактора - вирусной инфекции. Профилактических вакцин, индуцирующих специфический иммунный ответ против именно раковых антигенов/клеток в настоящее время нет в практическом использовании. Таким образом, изучение фундаментальных основ специфической иммунопрофилактики опухолей на ранних стадиях её развития остаётся по-прежнему важной и актуальной задачей. Гипотеза данного исследования состоит в том, что предраковые заболевания, с большей вероятностью прогрессирующие в злокачественные, будут отличаться по наличию и характеру генетических и молекулярных нарушений от тех предраковых заболеваний, которые не будут прогрессировать. Такие отличия могут стать молекулярными маркерами, которые помогут разработать наиболее оптимальную стратегию лечения и профилактики. На примере плоскоклеточного рака слизистой оболочки ротовой полости (COUP) известно, что существуют трудности в дифференциальной диагностике плоскоклеточного рака СОПР и предраковых заболеваний [21, 22]. Почти половина плоскоклеточных карцином полости рта развивается из потенциально злокачественных образований. Самым распространённым потенциально злокачественным заболеванием полости рта является лейкоплакия. Особенности экспрессии РТ-генов в лейкоплакии практически неизвестны. Возможно, появление мРНК РТ-генов или их продуктов, РТ-антигенов, в патологически изменённых тканях слизистой оболочки полости рта является показателем повышенного риска злокачественной трансформации.

Цели и задачи работы

В связи с вышеизложенным, целью нашей работы было изучение экспрессии РТ-генов в образцах опухолей, потенциально злокачественных заболеваний и нормальных тканей в рамках разработки метода диагностики и рационального выбора пациентов-участников клинических испытаний генно-терапевтических противоопухолевых вакцин

Для достижения указанной цели были поставлены следующие экспериментальные задачи:

1) Разработать и валидировать набор реагентов для молекулярно-генетнческой диагностики РТ-антигенов методом ПЦР

2) Сопоставить профиль экспрессии РТ-генов в образцах рака молочной железы и нормальной ткани молочной железы с набором РТ-генов в генно-клеточных противоопухолевых вакцинах «Комнливак» и «Лллоген»

3) Изучить экспрессию РТ-генов в образцах нормальной ткани и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта

4) Изучить экспрессию РТ-генов в образцах лейкоплакии слизистой оболочки полости рта.

Научная новизна, теоретическая и практическая значимость работы

В ходе диссертационной работы Скородумовой JI.O. было выявлено, что в нормальной ткани и в лейкоплакиях слизистой оболочки полости рта с низким риском злокачественной трансформации не экснрессируются раково-тестикулярные гены MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A12 и NY-ESO-1. При этом вышеперечисленные раково-тестикулярные гены экснрессируются с высокой частотой в плоскоклеточном раке слизистой оболочки полости рта. Полученные результаты дают основание использовать экспрессию раково-тестикулярных генов MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A12 и NY-ESO-1 для подтверждающей дифференциальной диагностики нормальной ткани и лейкоплакии от плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта.

В результате выполнения диссертационной работы было показано, что экспрессия раково-тестикулярных генов, входящих в состав набора «РТ-антиген», может служить критерием отбора пациентов для участия в клинических испытаниях генно-клсточных противоопухолевых вакцин, разработанных в ИБГ РАН.

Практическая значимость работы была подтверждена в ходе официальных медицинских испытаний разрабатываемого набора в трёх независимых клинических учреждениях: РОПЦ им. H.H. Блохина РАМН, ФГУ «ФНКЦ ДГОИ» Росздрава, ГОУ ДПО РМАГЮ. Апробированный набор прошёл регистрацию в

Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения и социального развития «Набор реагентов для молекулярно-генетической диагностики раково-тестикулярных антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген)» номер регистрационного удостоверения ФСР 2010/09180 от 9 ноября 2010 года.

Таким образом, результаты представленной диссертационной работы обладают не только научной новизной, но и несомненной практической значимостью как для обеспечения дальнейших научных исследований и проведения клинических испытаний новых вариантов генно-клеточных вакцин, разработанных в ИБГ РАН, так и для текущего проведения дифференциальной диагностики атипичной пролиферации СОПР, а в будущем для расширения потенциального спектра применения этих вакцин для отличных от меланомы видов злокачественных опухолей.

Положения, выносимые на защиту

1. Анализ экспрессии выбранного набора РТ-генов может применяться для рациональной селекции пациентов при включении в клинические испытания гснно-клеточных противоопухолевых вакцинах «Компливак» и «Аллоген» для различных гистологических типах опухолей.

2. Экспрессия раково-тестикулярных генов может быть использована для дифференциальной подтверждающей диагностики нормальной ткани и лейкоплакии с низким риском злокачественной трансформации от плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта.

Личный вклад соискателя

Диссертационная работа основана на собственных данных, полученных в период 2009-2014 гг. Вся экспериментальная работа по изучению экспрессии генов раково-тестикулярных антигенов, анализу и обработке результатов выполнены автором самостоятельно. Скородумова Л.О. является автором и соавтором

материалов регистрационного досье набора реагентов «РТ-антиген», использованного в ходе её научных исследований: «Лабораторного регламента на производство набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики раково-тестикулярных антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген)», «Опытно-промышленный регламента на производство набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики раково-тестикулярных антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-аитиген)», нормативного документа «Набор реагентов для молекулярно-генетической диагностики раково-тестикулярных антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген) (Технические условия)», «Инструкции по применению набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики раково-тестикулярных антигенов методом полимеразной ценной реакции (РТ-антиген)». Скородумова Л.О. являлась ключевым исполнителем со стороны ИБГ РАН при проведении технических и медицинских испытаний набора «РТ-антиген».

Автором были сформулированы основные положения диссертации, составляющие её новизну и практическую значимость, а также подготовлены материалы публикаций в научных журналах. Ключевая роль в проведении исследования и интерпретации результатов подтверждается первой позицией Л.О. Скородумовой в авторских коллективах, опубликованных по теме диссертации работ. Имена соавторов указаны в соответствующих публикациях.

Предварительные работы по дизайну праймеров к раково-тестикулярным генам был проведены Шепелевым М.В. Свежие и консервированные образцы потенциально злокачественных, злокачественных и нормальных тканей были получены в ходе сотрудничества с к.м.н. Мураевым A.A., к.м.н. Задеренко И.А., к.м.н. Тихоновой O.A.

Методология и методы работы

Работа Скородумовой J1.0. выполнена на высоком методическом уровне с использованием современного оборудования и методов молекулярной биологии, в том числе методов молекулярного клонирования, различных вариаций полимеразной цепной реакции и полного цикла работ по выполнению полнотранскриптомного секвенирования и биоинформатической обработке его результатов.

Степень достоверности и апробация результатов

Цель, поставленная в работе, достигнута, решены все исследовательские задачи. Все представленные в диссертационной работе результаты в полном объёме отражены в публикациях журналов, входящих в «Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание учёной степени доктора и кандидата наук» («Вопросы онкологии», «Доклады академии наук») и доложены на российской и международных конференциях.

Публикации в научных журналах:

1. Скородумов JI.O., Мураев A.A., Володина Е.В., Иванов С.Ю., Гнучев Н.В., Георгиев Г.П., Ларин С.С. Молекулярные маркеры риска злокачественной трансформации лейкоплакии слизистой оболочки полости рта // Вопросы онкологии. - 2012. - Т.58.- №3. - Стр. 327-332.

2. Скородумова JI.O,. Мураев A.A., Захарова Е.С., Шепелев М.В., Коробко И.В., Задеренко И.А., Иванов С.Ю., Гнучев Н.В., Георгиев Г.П., Ларин С.С. Изучение экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта // Вопросы онкологии. - 2012. - Т.58.- №4. - Стр. 486-492.

3. Скородумова Л.О., Мураев A.A., Володина Е.В., Иванов С.Ю., Гнучев Н.В., Георгиев Г.П., Ларин С.С. Лейкоплакия слизистой оболочки полости рта: классификация, гистопатология, методы диагностики и лечения // Вопросы онкологии. - 2013.- №5. - Стр. 548-554.

4. Скородумова Л.О., Лукашина М.И., Сальникова Л.Е., Тихонова O.A., Иванов С.Ю., Ларин С.С. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы // Доклады Академии наук. - 2013, №6, - Стр. 694-696.

Материалы конференций:

1. Скородумова Л.О., Захарова Е.С., Мураев A.A., Иванов С.Ю., Задеренко И.А., Шепелев М.В., Коробко И.В., Ларин С.С. Изучение экспрессии раково-тестикулярных антигенов в образцах лейкоплакии и плоскоклеточного рака ротовой полости. Сборник трудов VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика - 2010», г. Москва.

2. Скородумова Л.О., Лукашина М.И., Сальникова Л.Е., Тихонова O.A., Иванов С.Ю., Ларин С.С. «Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы» Зимняя школа «Современная биология и биотехнологии будущего 2014», 2014, Звенигород.

3. Скородумова Л.О. «Анализ статуса экспрессии раково-тестикулярных генов как мишеней для терапии и профилактики онкологических заболеваний» IX Симпозиум «Биологические основы терапии онкологических и гематологических заболеваний» II Международный симпозиум «Трансляционная и регенеративная медицина», 2015, Москва.

1. Обзор литературы. Раково-тестикулярные антигены как прогностические маркеры и мишени иммунотерапии

опухолей

1.1. Генно-клеточные вакцины, разработанные в ИБГ РАН

Одним из распространённых направлений разработки противоопухолевых препаратов является создание противоопухолевых терапевтических вакцин на основе генетически модифицированных опухолевых клеток. Впервые идея подхода была предложена в начале 90-х G. Dranoff [23]. Суть подхода состоит в получении линий трансформированных аутологичных или аллогенных опухолевых клеток, секретирующих после генетической модификации различные иммуноактиваторные цитокины или костимуляторные молекулы. При таком подходе опкобелки опухолевых клеток являются универсальным источником антигенов, а иммуноактиваторные молекулы, например, цитокины, экспрессирующиеся вследствие генетической модификации, выполняют иммуностнмуляторную роль, являясь своеобразными адыовантами.

Достоинством такого подхода являются наличие широкого спектра естественных опухолевых антигенов в препарате вакцишл, содержащем полный набор белков опухолевой клетки, что в меньшей степени позволяет ускользать опухолям от иммунного надзора, а недостатком - необходимость наличия высокотехнологичного производства клеточных культур и квалифицированного персонала для работы на нем.

Однако до сих пор идут дискуссии по выбору наиболее эффективного набора антигенов и адыованта для противоопухолевой вакцинации. С учётом последних достижений в области молекулярной иммунологии, показавших необходимость активации врождённого иммунного ответа для развития эффективного приобретённого ответа, актуальным стало использование в качестве адъювантов для противоопухолевых вакции молекул влияющих на активацию врождённого иммунного ответа [9]. Одной из таких молекул является белок Tag7/PGRP, ген которого ранее был клонирован в ИБГ РАН [24]. Оказалось, что tag7 генетически

модифицированные опухолевые клетки способны существенным образом защищать организм от формирования опухоли из исходных клеток и тормозить развитие уже сформированных опухолей из исходных клеточных линий. В ИБГ РАН был разработан и экспериментально реализован новый метод биотерапии злокачественных новообразований, основанный на применении аутологичных генетически модифицированных опухолевых клеток для индукции противоопухолевого иммунного ответа [25].

В результате совместной работы сотрудников Института биологии гена РАН и РОНЦ им H.H. Блохина РАМН, ПИИ онкологии им. II.II. Петрова была разработана схема аутологичной противоопухолевой иммунотерапии, при которой опухолевые клетки пациента, полученные при биопсии или хирургической операции, культивировали in vitro, траисфицировали генетическими конструкциями, кодирующими иммунорегуляторные белки (Tag7 или GM-CSF), а затем облучали и вводили пациентам. Позднее на основе созданного в ходе работ банка клеточных линий меланомы и рака почки человека были разработаны препараты для аутологичной и аллогенной иммунотерапии рака: «Аллоген», «Мелавак» и ряд других [12, 14], которые прошли I/II фазы клинических испытаний. Была показана их безопасность и, в отдельных случаях, терапевтическая эффективность разрабатываемых подходов [15, 26]Применение генно-тераиевтпческих вакцин уже на стадии I/II фаз испытаний привело к выраженным клиническим эффектам в 20% случаев больных с исчерпанными возможностями традиционного лечения [15].

К сожалению, процедура получения индивидуальных аутологичных опухолевых линий для вакцинации технически сложна и не всегда осуществима, к тому же плохо поддаётся масштабированию. В итоге это привело к ограниченности таких работ лишь рядом исследовательских центров с высокой квалификацией сотрудников. Для дальнейшего внедрения иммунотерапевтичесих подходов в практическое использование рациональным явился переход от схем с аутологичной вакцинацией к использованию аллогенных клеток в составе для стимуляции противоопухолевого ответа. В связи с этим актуальным стал вопрос об определении молекулярного или антигенного соответствия аллогенных клеток в составе иммунотерапевтических вакцин антигенному профилю опухолей

конкретных пациентов. В этом ключе наибольшее внимание исследователей всего мира сосредоточено на раково-тестикулярных антигенах, являющихся, с одной стороны, высоко-иммунногенными, а с другой, достаточно специфичными для опухолевых клеток.

1.2. Общая характеристика группы раково-тестикулярных

антигенов

Раково-тестикулярные антигены - это большая группа семейств антигенов, которые в норме экспрессируются преимущественно в зародышевых клетках человека и в трофобласте [1, 2]. Другой характерной чертой, определяющей принадлежность белка к группе РТ-антигенов, является наличие экспрессии в различных опухолях. Экспрессия РТ-антигенов и кодирующих их РТ-генов может служить биомаркером злокачественных новообразований. Кроме того, избирательная экспрессия РТ-антигенов в семенниках и мозге, которые являются иммунопривилегированными органами, делает эту группу антигенов привлекательными объектами для создания противоопухолевых вакцин. Пептиды РТ-антигенов, которые презентируются молекулами главного комплекса гистосовмсстимости (МНС - Major Histocompatibility Complex) I класса, теоретически и практически доступны для распознавания цитотоксическим лимфоцитам [27-29].

Далее рассматриваются основные положения, касающиеся всей группы РТ-антигенов и РТ-генов: история изучения, классификация, регуляция экспрессии, общий обзор функций и иммуногенные свойства.

1.2.1. История изучения и номенклатура раково-тестикулярных

антигенов

Раково-тестикулярные антигены были впервые обнаружены в 1991 году Тьерри Буном и его коллегами, которые использовали очень трудный и длительный метод клонирования эпитопов Т-клеток [30]. Первый успешно

клонированный опухолевый антиген был назван сначала MZ2-E, а затем MAGE-Л1. В ходе дальнейших исследований было обнаружено, что MAGE-Al в нормальных тканях взрослого организма экспрессируется только в семенниках. С иомощыо метода клонирования эпитопов Т-клеток были открыты BAGE, GAGE1. Их экспрессия в норме также была ограничена семенниками. В 1995 году Pfreundschuh M. et al. предложили технологию клонирования опухолевых антигенов, распознающихся антителами сывороток больных опухолевыми заболеваниями - SEREX (serological expression cloning) [31]. С помощью технологии SEREX были обнаружены SSX-2, NY-ESO-1, SYCP-1. Эти антигены также экспрессировались исключительно в семенниках и опухолях. Для того чтобы объединить выявленные антигены со схожим паттерном экспрессии Chen Y.T. с соавторами, 6елл предложен термин «раково-тестикулярные» [32]. В дальнейшем разработка RDA (representational difference analysis) [33], дифференциального дисплея (differential display), анализа кДИК-микрочинов (cDNA microarray analysis), SAGE (serial analysis of gene expression) и ссквенировапия EST (expressed sequence tag) способствовала поиску дополнительных продуктов генов с профилем экспрессии мРПК, ограниченным семенниками и опухолями. Накопленная информация позволила подсчитать, что РТ-антигены выявляются в 40% случаев опухолевых заболеваний.

Открываемым РТ-антигенам присваивались названия, имеющие окончание «AGE», однако из-за бурного роста списка РТ-антигенов возникла задача разработки новой номенклатуры. Для этого было предложено использовать идентификационный номер, состоящий из букв CT («cancer-testis» - раково-тестикулярный) и цифры. Присваиваемый номер обычно соответствовал хронологическому порядку открытия. Если в семействе несколько членов, то каждому из них присваивался номер через точку [34]. При этом название генов совпадает с названием антигенов. Например, первым открытым семейством РТ-антигенов стало семейство MAGE-A, которое впоследствии получило идентификационный номер СТ1, а первый открытый антиген MAGE-Al - СТ1.1. Вторым обнаруженным семейством РТ-антигенов стало семейство BAGE (СТ2), третьим - MAGE-B (СТЗ), четвертым - GAGE (СТ4), пятым - SSX (synovial sarcoma X) (СТ5). Шестое семейство включает в себя гены LAGE la, LAGE lb и NY-

ESO-1 (CT6), седьмое - MAGK-C (CT7). Эти 7 семейств РТ-антигенов на сегодняшний день являются наиболее изученными. Всего обнаружено 276 РТ-антигенов, которые объединены в 138 семейств, и все время открываются новые антигены. Для упорядочивания огромного потока информации, касающейся РТ-антигенов и РТ-генов, была создана электронная база данных - CTDatabase [35].

1.2.2. Классификация раково-тестикулярных антигенов

В группу РТ-антигенов входят белки с разным строением, объединяемые лишь схожим паттерном экспрессии. Гомология в строении наблюдается только внутри семейств между их членами. Принято классифицировать РТ-антигены по расположению генов, их кодирующих, в геноме. Так выделяют РТ-гены, расположенные на Х-хромосоме - СТ-Х (cancer-testis X) гены (например, MAGE-A, MAGE-B, MAGE-C, LAGE, NY-ESO-1, GAGE, SSX). РТ-гены, расположенные на других хромосомах называются non-X CT гены (например, BAGE, ACRBP, ADAM2, АКАРЗ, BORIS, SPOl 1, SYCP1). Из 276 РТ генов 129 локализованы на X-хромосоме, а на Y-хромосоме расположены 9 генов, принадлежащих одному семейству TSPY. По результатам исследования экспрессии 153 РТ-генов, проведенного Hoffman О. с соавторами [1], была предложена другая классификация, подразделяющая РТ-гены на 3 группы, в зависимости от того, в каких органах регистрируется их экспрессия:

■ тестикулярно-ограниченные;

■ тестикулярно-энцефалитно ограниченные;

■ тестикулярно-селективные.

К группе тестикулярно-ограниченных РТ-генов отнесли 39 генов, которые экспрессируются только в семенниках и больше ни в какой другой нормальной зрелой ткани, кроме плаценты (например, MAGE-Al, MAGE-Bl, LAGE 1а). К группе тестикулярно-энцефалитно ограниченных РТ-генов отнесли 14 генов, мРПК которых обнаруживается помимо семенников в другом иммунопривилегированном органе - мозге (например, GAGE1, MAGE-A9, MAGE-C2). Группа тестикулярно-селективных РТ-генов объединила 85 генов, которые, помимо семенников,

яичников, мозга, плаценты, эксирессировалиеь в некоторых других органах, например, в поджелудочной железе, печени, почках, молочной железе, легких (MAGE-A3, -A4, -А6, -All, -А12, BAGE, NY-ESO-1). Была выявлена интересная закономерность, связывающая паттерн экспрессии РТ-генов с их локализацией в хромосомах. Большинство non-Х С Г генов являются тестикулярно-селективными, в то время как большинство СТ-Х генов являются тестикулярно-ограниченными или тестикулярно-энцефалитно ограниченными [1].

1.2.3. Регуляция экспрессии раково-тестикулярных-антигенов

Экспрессия раково-тестикулярных антигенов и генов носит яркий ткане-сиецифический характер, что указывает на наличие сложных эпигенетических механизмов реализации генетического материала. Для того чтобы понимать, почему в одной опухоли экспрессируются РТ-гены, а в другой — нет, необходимо, во-первых, знать, какими механизмами регулируется экспрессия генов в данной опухоли, а во-вторых, знать, с какими другими молекулярными процессами связана работа этих механизмов. Ile менее актуальным является исследование механизмов регуляции трансляции мРНК, кодирующих РТ-антигены. Знание закономерностей, которые определяют, будет ли в клетке синтезирован белок или нет, исключительно важно как для диагностических целей, так и для целей иммунотерапии.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Скородумова, Любовь Олеговна, 2015 год

7. Список литературы

1. Hofmann О., Caballero O.L., Stevenson В.J., Chen Y.T., Cohen Т., Chua R., Maher С.Л., Panji S., Schaefer U., Kruger Л., Lehvaslaiho M., Carninci P., Hayashizaki Y., Jongeneel C.V., Simpson A.J., Old L.J., Hide W. Genome-wide analysis of cancer/testis gene expression // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2008. - 105. - № 51. -P: 20422-7.

2. Scanlan M.J., Simpson A.J., Old L.J. The cancer/testis genes: review, standardization, and commentary // Canccr Immun. - 2004. - 4. -№. - P: 1.

3. Hanahan D., Weinberg R.A. Hallmarks of Cancer: The Next Generation // Cell. -2011.- 144.-№5.-P: 646-674.

4. Blankenstein T. The role of tumor stroma in the interaction between tumor and immune system // Curr Opin Immunol. - 2005. - 17. - №. - P: 180-6.

5. Staveley-O'Carroll K., Sotomayor E., Montgomery J., Borrello I., Hwang L., Fein S., Pardoll D., Levitsky II. Induction of antigen-specific T cell anergy: An early event in the course of tumor progression // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1998 -95.-Ж-Р: 1178-1183.

6. Бережной A.E., Енучев H.B., Ееоргиев Е.П., Козлов A.M., Ларин С.С. Молекулярные механизмы взаимодействия опухоли и иммунной системы // Вопр. Онкологии. - 2008. - 54. -№ 6. - Р: 669-683.

7. Закеева И.Р., Бережной А.Е., Енучев II.В., Ееоргиев Е.П., Ларин С.С. Ингибиторные рецепторы лимфоцитов и их роль в противоопухолевом иммунитете // Вопр. онкол. - 2007. - 53. - № 2. - Р: 140-9.

8. Бережной А.Е., Чернышева А.Д., Закеева И.Р., Данилова А.Б., Данилов А.О., Моисеенко В.М., Geraghty D., Енучев П.В., Георгиев Е.П., Кибардин А.В., Ларин С.С. Индукция экспрессии молекулы IILA-E на поверхности опухолевых клеток интерфероном-гамма приводит к защите опухолевых клеток от цитотоксического действия лимфоцитов // Вопр. Онкологии. -2009. - 55. - № 2. - Р: 224-9.

9. Larin S.S., Georgiev G.P., Kiselev S.L. Gene transfer approaches in cancer immunotherapy//Gene Ther. -2004. - 11 Suppl l.-№.-P: SI8-25.

10. Soiffer R., Lynch Т., Mihm M., Jung K., Rhuda C., Schmollinger J.C., Hodi F.S., Liebster L., Lam P., Mentzer S., Singer S., Tanabe K.K. Vaccination with irradiated autologous melanoma cells engineered to secrete human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor generates potent antitumor immunity in patients with metastatic melanoma // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 1998. - 95. - №. - P: 131416.

11. Soiffer R., Hodi S., Ilaluska F., Jung K., Gillessen S. Vaccination With Irradiated, Autologous Melanoma Cells Engineered to Secrete Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor by Adenoviral-Mediated Gene Transfer Augments Antitumor Immunity in Patients With Metastatic Melanoma // J Clin Oncol. - 2003. - 21. -№. - P: 3343-3350.

12. Mikhaylova I.N., Lukashina M.I., Baryshnikov A.I., Morozova L.F., Burova O.S., Palkina T.N., Kozlov A.M., Golubeva V.A., Cheremushkin E.A., Doroshenko M.B., Demidov L.V., Kiselev S.L., Larin S.S., Georgiev G.P. Melanoma cell lines

as the basis for antitumor vaccine preparation // Vestn Ross Akad Med Nauk. — 2005. - 7. -№. - P: 37-40.

13. Данилов A.O., Ларин C.C., Данилова А.Б., Моисеенко В.М., Балдуева И.А., Киселев С.Л., Туркевич Е.А., Барчук A.C., Анисимов В.В., Гафтов Г.И., Кочнев В.A., Hanson K.P. Усовершенствование метода приготовления аутологичных модифицированных противоопухолевых вакцин для активной специфической иммунотерапии больных диссеминированными солидными опухолями // Вопр. онкол. - 2004. - 50. - № 2. - Р: 219-227.

14. Бережной А.Е., Сапрыкина II.С., Барышников А.Ю., Ларин С.С., Козлов A.M. Изучение противоопухолевой активности вакцин на основе генетически модифицированных опухолевых клеток, секретирующих ГМ-КСФ // Российский биотераневтический журнал. - 2006. - 5. -№ 4. - Р: 47-53.

15. Moiseyenko V.M., Danilov А.О., Baldueva I.A., Danilova A.B., Tyukavina N.V., Larin S.S., Kiselev S.L., Orlova R.V., Anisimov V.V., Semenova A.I., Shchekina L.A., Gallon G.I., Kochnev V.A., Barchuk A.S., Kanaev S.V., Hanson K.P., Georgiev G.P. Phase I/II trial of gene therapy with autologous tumor cells modified with tag7/PGRP-S gene in patients with disseminated solid tumors: miscellaneous tumors // Ann Oncol. - 2005. - 16. - № 1. - P: 162-8.

16. Моисеенко B.M., Данилов А.О., Балдуева И.А., Данилова А.Б., Тюкавина II.В., Орлова Р.В., Семенова А.И., Туркевич Е.А., Шекина Л.А., Анисимов

B.В., Гафтов Г.И., Кочнев В.А., Барчук A.C., Канаев С.В., Hanson K.P., Ларин

C.С., Георгиев Г.П., Киселев СЛ. 1-Й фаза клинической оценки эффективности генотерапии на основе аутологичных опухолевых клеток, модифицированных геном tag7 у больных диссеминированными солидными опухолями // Вопр. Онкол. - 2004. - 50. - № 3. - Р: 299-303.

17. Ferlay J., Soerjomataram I., Ervik M., Dikshit R., Eser S., Mathers C., Rebelo M., Parkin D.M., Forman D., Bray F., GLOBOCAN 2012 vl.0, Cancer Incidence and Mortality Worldwide: IARC CancerBase No. 11 [Internet]. Available from: fittp://slobocan.iarc. fr, accessed on 08/03/2015. , 2013, International Agency for Research on Cancer Lyon, France.

18. Garland S.M., Hernandez-Avila M., Wheeler C.M., Perez G., Harper D.M., Leodolter S., Tang G.W., Ferris D.G., Steben M., Bryan J., Taddeo F.J., Railkar R., Esser M.T., Sings ILL., Nelson M., Boslego J., Sattler С., Barr E., Koutsky L.A., Investigators F.U.t.U.R.E.E.D.F.I. Quadrivalent vaccine against human papillomavirus to prevent anogenital diseases // N Engl J Med. - 2007. - 356. - № 19.-P: 1928-43.

19. Muñoz N., Manalastas R.J., Pitisuttithum P., Tresukosol D., Monsonego J., Ault K., Clavel С., Luna J., Myers E., Hood S., Bautista О., Bryan J., Taddeo F.J., Esser M.T., Vuocolo S., Haupt R.M., Barr E., Saah A. Safety, immunogenicity, and efficacy of quadrivalent human papillomavirus (types 6, 11, 16, 18) recombinant vaccine in women aged 24-45 years: a randomised, double-blind trial // Lancet. -2009. - 373. - № 9679. - P: 1949-57.

20. Giuliano A.R., Palefsky J.M., Goldstone S., Moreira E.D.J., Penny M.E., Aranda C., Vardas E., Moi H., Jessen IL, Ilillman R., Chang Y.H., Ferris D., Rouleau D., Biyan J., Marshall J.B., Vuocolo S., Barr E., Radley D., Haupt R.M., Guris D. Efficacy of quadrivalent HPV vaccine against HPV Infection and disease in males // N Engl J Med. - 2011. - 364. - № 5. - P: 401-11.

21. Ogden G., Lewthwaite R., Shepherd S.D. Early detection of oral cancer: how do I ensure I don't miss a tumour? // Dent Update. - 2013. - 40. - № 6. - P: 462-5.

22. Messadi D.V. Diagnostic aids for detection of oral precancerous conditions // Int J Oral Sei. - 2014. - 5. - № 2. - P: 59-65.

23. Dranoff G., Jaffee E., Lazenby A., Golumbek P., Levitsky II., Brose K., Jackson V., Ilamada H., Pardoll D., Mulligan R.C. Vaccination with irradiated tumor cells engineered to secrete murine granulocyte-macrophage colony-stimulating factor stimulates potent, specific, and long-lasting anti-tumor immunity // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 1993. - 90. -№. - P: 3539-3543.

24. Кустикова O.C., Киселев СЛ., Бородулина О.Р., Сенин В.М., Афанасьева A.B., Кабишев A.A. Клонирование гена tag(7), экспрессирующегося в метастазирующих опухолях мыши // Генетика. - 1996. — 32. - № 5. - Р: 621628.

25. Larin S.S., Korobko E.V., Kustikova O.S., Borodulina O.R., Raikhlin N.T., Brisgalov I.P., Georgiev G.P., Kiselev S.L. Immunotherapy with autologous tumor cells engineered to secrete Tag7/PGRP, an innate immunity recognition molecule // J Gene Med. - 2004. - 6. -№ 7. - P: 798-808.

26. Михайлова И.Н., Демидов JI.B., Барышников АЛО., Бурова О.С., Харкевич Г.Ю., Палкина Т.Н., Козлов A.M., Морозова Л.Ф., Вайнсон A.A., Кадагидзе З.Г., Заботина Т.П., Буркова A.A., Дорошенко М.Б., Хатырев С.А., Носов Д.А., Тюляндин С.А., Гарин A.M., Киселев С.Л., Ларин С.С., Георгиев Г.П. Клинические испытания аутологичной вакцины на основе опухолевых клеток, модифицированных геном tag7 // Сибирский Онкологический Журнал. — 2005. - l.-№ 13.-Р: 23-27.

27. Mcek D.W., Marcar L. MAGE-A antigens as targets in tumour therapy // Cancer Lett.-2012.-324.-№ 2.-P: 126-32.

28. Sang M., Lian Y., Zhou X., Shan B. MAGE-A family: attractive targets for cancer immunotherapy // Vaccine. - 2011. - 29. - № 47. - P: 8496-500.

29. Caballero O.L., Chen Y.T. Cancer/testis (CT) antigens: potential targets for immunotherapy // Cancer Sei. - 2009. - 100. - № 11. - P: 2014-21.

30. van der Brüggen P., Traversari C., Chomez P., Lurquin C., De Plaen E., Van den Eynde В., Knuth A., Boon T. A gene encoding an antigen recognized by cytolytic T lymphocytes on a human melanoma // Science. - 1991. - 254. -№ 5038. - P: 16437.

31. Sahin U., Tureci O., Schmitt H., Cochlovius В., Johannes Т., Schmits R., Stenner F., Luo G., Schobert I., Pfreundschuh M. Human neoplasms elicit multiple specific immune responses in the autologous host // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 1995. -92. -№ 25. - P: 11810-3.

32. Chen Y.T., Scanlan M.J., Sahin U., Tureci O., Gure A.O., Tsang S., Williamson В., Stockert E., Pfreundschuh M., Old L.J. A testicular antigen aberrantly expressed in human cancers detected by autologous antibody screening // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 1997.-94.-№5.-P: 1914-8.

33. Lethe В., Lucas S., Michaux L., De Smet C., Godelaine D., Serrano A., De Plaen E., Boon T. LAGE-l, a new gene with tumor specificity // Int J Cancer. - 1998. -76. - № 6. - P: 903-8.

34. Chen Y.T., Gure A.O., Tsang S., Stockert E., Jager E., Knuth A., Old L.J. Identification of multiple cancer/testis antigens by allogeneic antibody screening of

a melanoma cell line library // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 1998. - 95. - № 12. -P: 6919-23.

35. Almeida L.G., Sakabe N.J., deOHveira A.R., Silva M.C., Mundstein A.S., Cohen T., Chen Y.T., Chua R., Gurung S., Gnjatic S., Jungbluth A.A., Caballero O.L., Bairoch A., Kiesler E., White S.L., Simpson A.J., Old L.J., Camargo A.A., Vasconcelos A.T. CTdatabase: a knowledge-base of high-throughput and curated data on cancer-testis antigens // Nucleic Acids Res. - 2009. - 37. - № Database issue.-P: D816-9.

36. Shichijo S., Yamada A., Sagawa K., Iwamoto O., Sakata M., Nagai K., Itoh K. Induction of MAGE genes in lymphoid cells by the demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine // Jpn J Cancer Res. - 1996. - 87. - № 7. - P: 751 -6.

37. Gjerstorff M., Burns J.S., Nielsen O., Kassem M., Ditzel II. Epigenetic modulation of cancer-germline antigen gene expression in tumorigenic human mesenchymal stem cells: implications for cancer therapy // Am J Pathol. - 2009. - 175. - № 1. -P: 314-23.

38. De Smet C., De Backer O., Faraoni I., Eurquin C., Brasseur F., Boon T. The activation of human gene MAGE-1 in tumor cells is correlated with genome-wide demethylation // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 1996. - 93. -№ 14. - P: 7149-53.

39. Vatolin S., Abdullaev Z., Pack S.D., Flanagan P.T., Custer M., Loukinov D.I., Pugacheva E., Hong J.A., Morse H., 3rd, Schrump D.S., Risinger J.I., Barrett J.C., Eobanenkov V.V. Conditional expression of the CTCF-paralogous transcriptional factor BORIS in normal cells results in demethylation and derepression of MAGE-A1 and reactivation of other cancer-testis genes // Cancer research. - 2005. - 65. — № 17.-P: 7751-62.

40. Akers S.N., Odunsi K., Karpf A.R. Regulation of cancer germline antigen gene expression: implications for cancer immunotherapy // Future Oncol. - 2010. - 6. -№ 5. - P: 717-32.

41. Yawata T., Nakai E., Park K.C., Chihara T., Kumazawa A., Toyonaga S., Masahira T., Nakabayashi II., Kaji T., Shimizu K. Enhanced expression of cancer testis antigen genes in glioma stem cells // Mol Carcinog. - 2010. - 49. - № 6. - P: 53244.

42. Yang B., Wu J., Maddodi N., Ma Y., Setaluri V., Longley B.J. Epigenetic control of MAGE gene expression by the KIT tyrosine kinase // J Invest Dermatol. - 2007. — 127. -№ 9. -P: 2123-8.

43. Gjerstorff M.F., Johansen L.E., Nielsen O., Kock K., Ditzel H.J. Restriction of GAGE protein expression to subpopulations of cancer cells is independent of genotype and may limit the use of GAGE proteins as targets for cancer immunotherapy // British journal of cancer. - 2006. - 94. -№ 12. - P: 1864-73.

44. Gjerstorff M.F., Kock K., Nielsen O., Ditzel H.J. MAGE-A1, GAGE and NY-ESO-1 cancer/testis antigen expression during human gonadal development // Hum Reprod. - 2007. - 22. - № 4. - P: 953-60.

45. Diefenbach C.S., Gnjatic S., Sabbatini P., Aghajanian C., Ilensley M.L., Spriggs D.R., Iasonos A., Lee II., Dupont B., Pezzulli S., Jungbluth A.A., Old L.J., Dupont J. Safety and immunogenicity study of NY-ESO-lb peptide and montanide ISA-51 vaccination of patients with epithelial ovarian cancer in high-risk first remission // Clin Cancer Res. - 2008. - 14. -№ 9. - P: 2740-8.

46. Valmori D., Souleimanian N.E., Tosello V., Bhardwaj N., Adams S., O'Neill D., Pavlick A., Escalon J.B., Cruz C.M., Angiulli A., Angiulli F., Mears G., Vogel S.M., Pan L., Jungbluth A.A., Hoffmann E.W., Venhaus R., Ritter G., Old L.J., Ayyoub M. Vaccination with NY-ESO-1 protein and CpG in Montanide induces integrated antibody/Thl responses and CD8 T cells through cross-priming // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2007. - 104. - № 21. - P: 8947-52.

47. Yuan J., Ginsberg B., Page D., Li Y., Rasalan T., Gallardo II.F., Xu Y., Adams S., Bhardwaj N., Busam K., Old L.J., Allison J.P., Jungbluth A., Wolchok J.D. CTLA-4 blockade increases antigen-specific CD8(+) T cells in prevaccinated patients with melanoma: three cases // Cancer Immunol Immunother. - 2011. - 60. - № 8. - P: 1137-46.

48. Bhatia N., Yang B., Xiao T.Z., Peters N., Hoffmann M.F., Longley B.J. Identification of novel small molecules that inhibit protein-protein interactions between MAGE and KAP-1 // Arch Biochem Biophys. - 2011. - 508. - № 2. - P: 217-21.

49. De Plaen E., Arden K., Travcrsari C., Gaforio J.J., Szikora J.P., De Smet C., Brasseur F., van der Bruggen P., Lethe B., Lurquin C., et al. Structure, chromosomal localization, and expression of 12 genes of the MAGE family // Immunogenetics. - 1994. - 40. -№ 5. - P: 360-9.

50. Lurquin C., De Smet C., Brasseur F., Muscatelli F., Martelange V., De Plaen E., Brasseur R., Monaco A.P., Boon T. Two members of the human MAGEB gene family located in Xp21.3 are expressed in tumors of various histological origins // Genomics. - 1997. - 46. - № 3. - P: 397-408.

51. Lucas S., De Smet C., Arden K.C., Viars C.S., Lethe B., Lurquin C., Boon T. Identification of a new MAGE gene with tumor-specific expression by representational difference analysis // Canccr research. - 1998. - 58. - № 4. - P: 743-52.

52. Gure A.O., Stockert E., Arden K.C., Boyer A.D., Viars C.S., Scanlan M.J., Old L.J., Chen Y.T. CT10: a new cancer-testis (CT) antigen homologous to CT7 and the MAGE family, identified by representational-difference analysis // Int J Cancer. -2000. - 85. - № 5. - P: 726-32.

53. Lucas S., Brasseur F., Boon T. A new MAGE gene with ubiquitous expression does not code for known MAGE antigens recognized by T cells // Cancer research. -1999.- 59. -№ 16.-P: 4100-3.

54. Salehi A.H., Roux P.P., Kubu C.J., Zeindler C., Bhakar A., Tannis L.L., Verdi J.M., Barker P.A. NRAGE, a novel MAGE protein, interacts with the p75 neurotrophin receptor and facilitates nerve growth factor-dcpendent apoptosis // Neuron. - 2000. - 27. - № 2. - P: 279-88.

55. Saburi S., Nadano D., Akama T.O., Ilirama K., Yamanouchi K., Naito K., Tojo II., Tachi C., Fukuda M.N. The trophinin gene encodes a novel group of MAGE proteins, magphinins, and regulates cell proliferation during gametogenesis in the mouse // The Journal of biological chemistry. - 2001. - 276. - № 52. - P: 4937889.

56. Boccaccio I., Glatt-Deeley H., Watrin F., Roeckel N., Lalande M., Muscatelli F. The human MAGEL2 gene and its mouse homologue are paternally expressed and mapped to the Prader-Willi region // Hum Mol Genet. - 1999. - 8. - № 13. - P: 2497-505.

57. Chomcz P., De Backer O., Bertrand M., De Plaen E., Boon T., Lucas S. An overview of the MAGE gene family with the identification of all human members of the family // Cancer research. - 2001. - 61. - № 14. - P: 5544-51.

58. Simpson A.J., Caballero O.L., Jungbluth A., Chen Y.T., Old L.J. Cancer/testis antigens, gametogenesis and cancer // Nature reviews. Cancer. - 2005. - 5. — № 8. — P: 615-25.

59. Bolli M., Kocher T., Adamina M., Guller U., Dalquen P., Haas P., Mirlacher M., Gambazzi F., Harder F., Heberer M., Sauter G., Spagnoli G.C. Tissue microarray evaluation of Melanoma antigen E (MAGE) tumor-associated antigen expression: potential indications for specific immunotherapy and prognostic relevance in squamous cell lung carcinoma // Ann Surg. - 2002. - 236. - № 6. - P: 785-93; discussion 793.

60. Bai S., Grossman G., Yuan L., Lessey B.A., French F.S., Young S.L., Wilson E.M. Hormone control and expression of androgen receptor coregulator MAGE-11 in human endometrium during the window of receptivity to embryo implantation // Mol Hum Reprod. - 2008. - 14. -№ 2. - P: 107-16.

61. Muller-Richter U.D., Dowejko A., Zhou W., Reichert T.E., Driemel O. Different expression of MAGE-A-antigens in foetal and adult keratinocyte cell lines // Oral Oncol. - 2008. - 44. - № 7. - P: 628-33.

62. Pauls K., Schorle II., Jcske W., Brehm R., Steger K., Wernert N., Buttner R., Zhou H. Spatial expression of germ cell markers during maturation of human fetal male gonads: an immunohistochemical study // Hum Reprod. - 2006. - 21. - № 2. - P: 397-404.

63. Nelson P.T., Zhang P.J., Spagnoli G.C., Tomaszewski J.E., Pasha T.L., Frosina D., Caballero O.L., Simpson A.J., Old L.J., Jungbluth A.A. Cancer/testis (CT) antigens are expressed in fetal ovaiy // Cancer Immun. - 2007. - 7. - №. - P: 1.

64. IIoei-Hansen C.E., Kraggerud S.M., Abeler V.M., Kaern J., Rajpert-De Meyts E., Lothe R.A. Ovarian dysgerminomas are characterised by frequent KIT mutations and abundant expression of pluripotency markers // Mol Cancer. - 2007. - 6. -№. -P: 12.

65. Gjerstorff M.F., Harkness L., Kassem M., Frandsen U., Nielsen O., Lutterodt M., Mollgard K., Ditzel II.J. Distinct GAGE and MAGE-A expression during early human development indicate specific roles in lineage differentiation // Hum Reprod. -2008. -23.-№ 10.-P: 2194-201.

66. Kim C.G., Lee J.J., Jung D.Y., Jeon J., Heo H.S., Kang II.C., Shin J.H., Cho Y.S., Cha K.J., Do B.R., Kim K.S., Kim U.S. Profiling of differentially expressed genes in human stem cells by cDNA microarray // Mol Cells. - 2006. - 21. - № 3. - P: 343-55.

67. Gjerstorff M.F., Ditzel H.J. An overview of the GAGE cancer/testis antigen family with the inclusion of newly identified members // Tissue Antigens. - 2008. - 71. -№ 3. - P: 187-92.

68. Gillespie A.M., Rodgers S., Wilson A.P., Tidy J., Rees R.C., Coleman R.E., Murray A.K. MAGE, BAGE and GAGE: tumour antigen expression in benign and malignant ovarian tissue // British journal of cancer. - 1998. - 78. -№ 6. - P: 81621.

69. Joyner D.E., Damron T.A., Aboulafia A., Bokor W., Bastar J.D., Randall R.L. Heterogeneous expression of melanoma antigen (hMAGE) mRNA in mesenchymal neoplasia // Tissue Antigens. - 2006. - 68. - № l.-P: 19-27.

70. Brasseur F., Rimoldi D., Lienard D., Lethe B., Carrel S., Arienti F., Suter L., Vanvvijck R., Bourlond A., Ilumblet Y., et al. Expression of MAGE genes in primary and metastatic cutaneous melanoma // Int J Cancer. - 1995. - 63. - № 3. -P: 375-80.

71. Barrow C., Browning J., MacGregor D., Davis I.D., Sturrock S., Jungbluth A.A., Cebon J. Tumor antigen expression in melanoma varies according to antigen and stage //Clin Cancer Res. - 2006. - 12. - № 3 Pt 1. - P: 764-71.

72. Bergeron A., Picard V., LaRue II., Ilarel I7., Hovington II., Lacombe L., Fradet Y. High frequency of MAGE-A4 and MAGE-A9 expression in high-risk bladder cancer // Int J Cancer. - 2009. - 125. -№ 6. - P: 1365-71.

73. Li M., Yuan Y.II., Ilan Y., Liu Y.X., Yan L., Wang Y., Gu J. Expression profile of cancer-testis genes in 121 human colorectal cancer tissue and adjacent normal tissue // Clin Canccr Res. - 2005. - 11. - № 5. - P: 1809-14.

74. Yoshida N., Abe H., Ohkuri T., Wakita D., Sato M., Noguchi D., Miyamoto M., Morikawa T., Kondo S., Ikeda H., Nishimura T. Expression of the MAGE-A4 and NY-ESO-1 cancer-testis antigens and T cell infiltration in non-small cell lung carcinoma and their prognostic significance // Int J Oncol. - 2006. - 28. - № 5. - P: 1089-98.

75. Sienel W., Mecklenburg I., Dango S., Ehrhardt P., Kirschbaum A., Passlick B., Pantcl K. Detection of MAGE-A transcripts in bone marrow is an independent prognostic factor in operable non-small-cell lung cancer // Clin Canccr Res. - 2007. - 13.-№ 13.-P: 3840-7.

76. Gure A.O., Chua R., Williamson B., Gonen M., Ferrera C.A., Gnjatic S., Ritter G., Simpson A.J., Chen Y.T., Old L.J., Altorki N.K. Cancer-testis genes are coordinately expressed and are markers of poor outcome in non-small cell lung cancer // Clin Cancer Res. - 2005. - 11. - № 22. - P: 8055-62.

77. Grah J., Samija M., Juretic A., Sarcevic B., Sobat II. Immunohystochemical expression of cancer/testis antigens (MAGE-A3/4, NY-ESO-1) in non-small cell lung cancer: the relationship with clinical-pathological features // Coll Antropol. -

2008. - 32. - № 3. - P: 731-6.

78. Graff-Dubois S., Faure O., Gross D.A., Alves P., Scardino A., Chouaib S., Lemonnier F.A., Kosmatopoulos K. Generation of CTL recognizing an HLA-A*0201-restricted epitope shared by MAGE-A1, -A2, -A3, -A4, -A6, -A 10, and -A12 tumor antigens: implication in a broad-spectrum tumor immunotherapy // J Immunol.-2002.- 169,-№ l.-P: 575-80.

79. Goldman B., DeFrancesco L. The cancer vaccine roller coaster // Nat Biotechnol. -

2009. - 27. - № 2. - P: 129-39.

80. Brichard V.G., Lejeune D. GSK's antigen-specific cancer immunotherapy programme: pilot results leading to Phase III clinical development // Vaccine. -2007. - 25 Suppl 2. - №. - P: B61 -71.

81. Brichard V.G., Lejeune D. Canccr immunotherapy targeting tumour-specific antigens: towards a new therapy for minimal residual disease // Expert Opin Biol Ther. - 2008. - 8. - № 7. - P: 951 -68.

82. Tyagi P., Mirakhur B. MAGRIT: the largest-ever phase III lung cancer trial aims to establish a novel tumor-specific approach to therapy // Clin Lung Cancer. - 2009. -10. -№ 5. - P: 371-4.

83. Goodyear O., Agathanggelou A., Novitzky-Basso I., Siddique S., McSkeane T., Ryan G., Vyas P., Cavenagh J., Stankovic T., Moss P., Craddock C. Induction of a CD8+ T-cell response to the MAGE cancer testis antigen by combined treatment with azacitidine and sodium valproate in patients with acute myeloid leukemia and myelodysplasia//Blood.-2010.- 116.-№ 11.-P: 1908-18.

84. Cruz C.R., Gerdemann U., Leen A.M., Shafer J.A., Ku S., Tzou B., Ilorton T.M., Sheehan A., Copeland A., Younes A., Rooney C.M., Heslop I I.E., Bollard C.M. Improving T-cell therapy for relapsed EBV-negative Hodgkin lymphoma by targeting upregulated MAGE-A4 // Clin Cancer Res. - 2011. - 17. - № 22. - P: 7058-66.

85. Rezvani K. MAGE: the spell is broken // Clin Cancer Res. - 2011. - 17. - № 22. -P: 6955-7.

86. Shirakura Y., Mizuno Y., Wang L., Imai N., Amaike C., Sato E., Ito M., Nukaya I., Mineno J., Takesako K., Ikeda II., Shiku H. T-cell receptor gene therapy targeting melanoma-associated antigen-A4 inhibits human tumor growth in non-obese diabetic/SCID/gammacnull mice // Cancer Sci.-2012. - 103.-№ l.-P: 17-25.

87. Straetemans T., van Brakel M., van Steenbergen S., Broertjes M., Drexhage J., Hegmans J., Lambrecht B.N., Lamers C., van Der Bruggen P., Coulie P.G., Debets R. TCR gene transfer: MAGE-C2/IILA-A2 and MAGE-A3/IILA-DP4 epitopes as melanoma-specific immune targets // Clin Dev Immunol. - 2012. - 2012. — №. - P: 586314.

88. Boel P., Wildmann C., Sensi M.L., Brasseur R., Renauld J.C., Coulie P., Boon T., van der Bruggen P. BAGE: a new gene encoding an antigen recognized on human melanomas by cytolytic T lymphocytes // Immunity. - 1995. - 2. - № 2. - P: 16775.

89. Ruault M., van der Bruggen P., Brun M.E., Boyle S., Roizes G., De Sario A. New BAGE (B melanoma antigen) genes mapping to the juxtaccntromeric regions of human chromosomes 13 and 21 have a cancer/testis expression profile // Eur J Hum Genet. - 2002. - 10. - № 12. - P: 833-40.

90. Ruault M., Ventura M., Galtier N., Brun M.E., Archidiácono N., Roizes G., De Sario A. BAGE genes generated by juxtaccntromeric reshuffling in the Hominidae lineage are under selective pressure // Genomics. - 2003. - 81. -№ 4. - P: 391-9.

91. Andrade V.C., Vettore A.L., Felix R.S., Almeida M.S., Carvalho F., Oliveira J.S., Chauffaille M.L., Andriolo A., Caballero O.L., Zago M.A., Colleoni G.W. Prognostic impact of cancer/testis antigen expression in advanced stage multiple myeloma patients // Cancer Immun. - 2008. - 8. - №. - P: 2.

92. Dalerba P., Frascella E., Macino B., Mandruzzato S., Zambón A., Rosolcn A., Carli M., Ninfo V., Zanovello P. MAGE, BAGE and GAGE gene expression in human rhabdomyosarcomas // Int J Cancer. - 2001. - 93. - № 1. - P: 85-90.

93. Cuffel C., Rivals J.P., Zaugg Y., Salvi S., Seelentag W., Speiser D.E., Lienard D., Monnier P., Romero P., Bron L., Rimoldi D. Pattern and clinical significance of cancer-testis gene expression in head and neck squamous cell carcinoma // Int J Cancer.-2011.- 128.-№ ll.-P: 2625-34.

94. Nagcl H., Laskawi R., Eiffcrt H., Schlott T. Analysis of the tumour suppressor genes, FIIIT and WT-l, and the tumour rejection genes, BAGE, GAGE-1/2, IIAGE, MAGE-1, and MAGE-3, in benign and malignant neoplasms of the salivary glands // Mol Pathol. - 2003. - 56. -№ 4. - P: 226-31.

95. Atanackovic D., Arfsten J., Cao Y., Gnjatic S., Schnieders F., Bartels K., Schilling G., Faltz C., Wolschke C., Dierlamm J., Ritter G., Eicrmann T., Hossfeld D.K., Zander A.R., Jungbluth A.A., Old E.J., Bokemeyer C., Kroger N. Canccr-testis antigens are commonly expressed in multiple myeloma and induce systemic immunity following allogeneic stem cell transplantation // Blood. - 2007. - 109. -№ 3. - P: 1103-12.

96. van Baren N., Brasseur F., Godelaine D., I lames G., Ferrant A., Lehmann F., Andre M., Ravoet C., Doyen C., Spagnoli G.C., Bakkus M., Thielemans K., Boon T. Genes encoding tumor-spccific antigens are expressed in human myeloma cells // Blood. - 1999. - 94. - № 4. - P: 1156-64.

97. Kobayashi Y., Iligashi T., Nouso K., Nakatsukasa II., Ishizaki M., Kaneyoshi T., Toshikuni N., Kariyama K., Nakayama E., Tsuji T. Expression of MAGE, GAGE and BAGE genes in human liver diseases: utility as molecular markers for hepatocellular carcinoma // J Hepatol. - 2000. - 32. - № 4. - P: 612-7.

98. Ilofmann M., Ruschenburg I. mRNA detection of tumor-rejection genes BAGE, GAGE, and MAGE in peritoneal fluid from patients with ovarian carcinoma as a potential diagnostic tool // Cancer. - 2002. - 96. -№ 3. - P: 187-93.

99. Zhang S., Zhou X., Yu H., Yu Y. Expression of tumor-specific antigen MAGE, GAGE and BAGE in ovarian cancer tissues and cell lines // BMC cancer. - 2010. -10. -№. — P: 163.

100. Grunau C., Sanchez C., Ehrlich M., van der Bruggen P., Ilindermann W., Rodriguez C., Krieger S., Dubeau L., Fiala E., De Sario A. Frequent DNA hypomethylation of human juxtacentromeric BAGE loci in cancer // Genes, chromosomes & cancer. - 2005. - 43. - № 1. - P: 11-24.

101. Grunau C., Brun M.E., Rivals I., Selves J., Hindermann W., Favre-Mercuret M., Granier G., De Sario A. BAGE hypomethylation, a new epigenetic biomarker for colon cancer detection // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. — 2008. - 17. — № 6. — P: 1374-9.

102. Van den Eynde B., Peeters O., De Backer O., Gaugler B., Lucas S., Boon T. A new family of genes coding for an antigen recognized by autologous cytolytic T lymphocytes on a human melanoma // J Exp Med. - 1995. - 182. - № 3. - P: 68998.

103. De Backer O., Arden K.C., Boretti M., Vantomme V., De Smet C., Czekay S., Viars C.S., De Plaen E., Brasseur F., Chomez P., Van den Eynde B., Boon T., van der Bruggen P. Characterization of the GAGE genes that are expressed in various human canccrs and in normal testis // Cancer Res. - 1999. - 59. - № 13. - P: 315765.

104. Scarcella D.L., Chow C.W., Gonzales M.F., Economou C., Brasseur F., Ashley D.M. Expression of MAGE and GAGE in high-grade brain tumors: a potential target for specific immunotherapy and diagnostic markers // Clin Cancer Res. -1999. - 5. -№ 2. - P: 335-41.

105. Kasuga C., Nakahara Y., Ueda S., Hawkins C., Taylor M.D., Smith C.A., Rutka J.T. Expression of MAGE and GAGE genes in medulloblastoma and modulation of

resistance to chemotherapy. Laboratory investigation // J Neurosurg Pediatr. - 2008. — 1. -№ 4. - P: 305-13.

106. van Duin M., Broyl A., de Knegt Y., Goldschmidt H., Richardson P.G., Hop W.C., van der Holt B., Joseph-Pietras D., Mulligan G., Neuvvirth R., Sahota S.S., Sonneveld P. Cancer testis antigens in newly diagnosed and relapse multiple myeloma: prognostic markers and potential targets for immunotherapy // Haematologica. - 2011. - 96. - № 11. - P: 1662-9.

107. Figueiredo D.L., Mamede R.C., Spagnoli G.C., Silva W.A., Jr., Zago M., Neder L., Jungbluth A.A., Saggioro F.P. High expression of cancer testis antigens MAGE-A, MAGE-C1/CT7, MAGE-C2/CT10, NY-ESO-1, and gage in advanced squamous cell carcinoma of the larynx //Head Neck. - 2011. - 33. -№ 5. - P: 702-7.

108. Chen Y.T., Chiu R., Lee P., Beneck D., Jin B., Old L.J. Chromosome X-encoded cancer/testis antigens show distinctive expression patterns in developing gonads and in testicular seminoma // Hum Reprod. - 2011. - 26. - № 12. - P: 3232-43.

109. Cheung I.Y., Chi S.N., Cheung N.K. Prognostic significance of GAGE detection in bone marrows on survival of patients with metastatic neuroblastoma // Med Pediatr Oncol. - 2000. - 35. - № 6. - P: 632-4.

110. Kong U., Koo J., Choi K., Park J., Chang II. The expression of GAGE gene can predict aggressive biologic behavior of intestinal type of stomach cancer // I lepatogastroenterology. - 2004. - 51. -№ 59. - P: 1519-23.

111. Zambon A., Mandruzzato S., Parenti A., Macino B., Dalerba P., Ruol A., Merigliano S., Zaninotto G., Zanovello P. MAGE, BAGE, and GAGE gene expression in patients with esophageal squamous cell carcinoma and adenocarcinoma of the gastric cardia // Cancer. - 2001. - 91. — № 10. - P: 1882-8.

112. Jungbluth A.A., Chen Y.T., Stockert E., Busam K.J., Kolb D., Iversen K., Coplan K., Williamson B., Altorki N., Old L.J. Immunohistochemical analysis of NY-ESO-1 antigen expression in normal and malignant human tissues // Int J Cancer. - 2001. -92.-№6.-P: 856-60.

113. Gotter J., Brors B., Ilergenhahn M., Kyewski B. Medullary epithelial cells of the human thymus express a highly diverse selection of tissue-specific genes colocalized in chromosomal clusters // J Exp Med. - 2004. - 199. - № 2. - P: 15566.

114. Sato S., Noguchi Y., Wada H., Fujita S., Nakamura S., Tanaka R., Nakada T., Hasegawa K., Nakagawa K., Koizumi F., Ono T., Nouso K., Jungbluth A., Chen Y.T., Old L.J., Shiratori Y., Nakayama E. Quantitative real-time RT-PCR analysis of NY-ESO-1 and LAGE-la mRNA expression in normal tissues and tumors, and correlation of the protein expression with the mRNA copy number // Int J Oncol. -2005.-26. -№ l.-P: 57-63.

115. Gnjatic S., Nishikawa II., Jungbluth A.A., Gure A.O., Ritter G., Jager E., Knuth A., Chen Y.T., Old L.J. NY-ESO-1: review of an immunogenic tumor antigen // Adv Cancer Res. - 2006. - 95. - №. - P: 1-30.

116. Hemminger J.A., Ewart Toland A., Scharschmidt T.J., Mayerson J.L., Kraybill W.G., Guttridge D.C., Iwenofu O.I I. The cancer-testis antigen NY-ESO-1 is highly expressed in myxoid and round cell subset of liposarcomas // Mod Pathol. - 2012. -№. - P.

117. Sharma P., Gnjatic S., Jungbluth A.A., Williamson B., Ilerr II., Stockert E., Dalbagni G., Donat S.M., Reuter V.E., Santiago D., Chen Y.T., Bajorin D.F., Old

L.J. Frequency of NY-ESO-1 and LAGE-1 expression in bladder cancer and evidence of a new NY-ESO-1 T-cell epitope in a patient with bladder cancer // Cancer Immun. - 2003. - 3. - №. - P: 19.

118. Dyrskjot L., Zieger K., Kissow Lildal T., Reinert T., Gruselle O., Cochc T., Borre M„ Orntoft T.F. Expression of MAGE-A3, NY-ESO-1, LAGE-1 and PRAME in urothelial carcinoma // British journal of cancer. - 2012. - 107. -№ 1. - P: 116-22.

119. Odunsi K., Jungbluth A.A., Stockert E., Qian F., Gnjatic S., Tammela J., Intengan M., Beck A., Kcitz B., Santiago D., Williamson B., Scanlan M.J., Ritter G., Chen Y.T., Driscoll D., Sood A., Lele S., Old L.J. NY-ESO-1 and LAGE-1 canccr-testis antigens are potential targets for immunotherapy in epithelial ovarian cancer // Cancer research. - 2003. - 63. - № 18. - P: 6076-83.

120. Chapman C.J., Hcaley G.F., Murray A., Boyle P., Robertson C., Peek L.J., Allen J., Thorpe A.J., Ilamilton-Fairley G., Parsy-Kowalska C.B., Macdonald I.K., Jewell W., Maddison P., Robertson J.F. EarlyCDT(R)-Lung test: improved clinical utility through additional autoantibody assays // Tumour Biol. - 2012. - 33. - № 5. - P: 1319-26.

121. Fujita S., Wada H., Jungbluth A.A., Sato S., Nakata T., Noguchi Y., Doki Y., Yasui M., Sugita Y., Yasuda T., Yano M., Ono T., Chen Y.T., Iligashiyama M., Gnjatic S., Old L.J., Nakayama E., Monden M. NY-ESO-1 expression and immunogenicity in esophageal cancer //Clin Cancer Res. - 2004. - 10. - № 19. - P: 6551 -8.

122. Perez D., Ilauswirth F., Jager D., Metzger U., Samartzis E.P., Went P., Jungbluth A. Protein expression of cancer testis antigens predicts tumor recurrence and treatment response to imatinib in gastrointestinal stromal tumors // Int J Cancer. -2011.- 128.-№ 12.-P: 2947-52.

123. Velazquez E.F., Jungbluth A.A., Yancovitz M., Gnjatic S., Adams S., O'Neill D., Zavilevich K., Albukh T., Christos P., Mazumdar M., Pavlick A., Polsky D., Shapiro R., Berman R., Spira J., Busam K., Osman I., Bhardwaj N. Expression of the canccr/testis antigen NY-ESO-1 in primary and metastatic malignant melanoma (MM)--correlation with prognostic factors // Cancer Immun. - 2007. - 7. - №. - P: 11.

124. Weide B., Zelba II., Derhovanessian E., Pflugfelder A., Eigentier T.K., Di Giacomo A.M., Maio M., Aarntzen E.H., de Vries I.J., Sucker A., Schadendorf D., Buttner P., Garbe C., Pawelec G. Functional T cells targeting NY-ESO-1 or Melan-A are predictive for survival of patients with distant melanoma metastasis // J Clin Oncol. - 2012. - 30. -№ 15.-P: 1835-41.

125. Davis I.D., Chen W., Jackson IL, Parente P., Shackleton M., Hopkins W., Chen Q., Dimopoulos N., Luke T., Murphy R., Scott A.M., Maraskovsky E., McArthur G., MacGregor D., Sturrock S., Tai T.Y., Green S., Cuthbertson A., Mäher D., Miloradovic L., Mitchell S.V., Ritter G., Jungbluth A.A., Chen Y.T., Gnjatic S., Hoffman E.W., Old L.J., Ccbon J.S. Recombinant NY-ESO-1 protein with ISCOMATRIX adjuvant induces broad integrated antibody and CD4(+) and CD8(+) T cell responses in humans // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 2004. — 101. — № 29. - P: 10697-702.

126. Karbach J., Gnjatic S., Bender A., Neumann A., Weidmann E., Yuan J., Ferrara C.A., Hoffmann E., Old L.J., Altorki N.K., Jager E. Tumor-reactive CD8+ T-cell responses after vaccination with NY-ESO-1 peptide, CpG 7909 and Montanide ISA-51: association with survival // Int J Cancer. - 2010. - 126. - № 4. - P: 909-18.

127. Stockert E., Jager E., Chen Y.T., Scanlan M.J., Gout I., Karbach J., Arand M., Knuth A., Old L.J. A survey of the humoral immune response of cancer patients to a panel of human tumor antigens // J Exp Med. - 1998. - 187. - № 8. - P: 1349-54.

128. Yuan J., Adamow M., Ginsberg B.A., Rasalan T.S., Ritter E., Gallardo H.F., Xu Y., Pogoriler E., Terzulli S.L., Kuk D., Panageas K.S., Ritter G., Sznol M., Halaban R., Jungbluth A.A., Allison J.P., Old L.J., Wolchok J.D., Gnjatic S. Integrated NY-ESO-1 antibody and CD8+ T-cell responses correlate with clinical benefit in advanced melanoma patients treated with ipilimumab // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. -2011.- 108.-№40.-P: 16723-8.

129. Yuan J., Gnjatic S., Li II., Powel S., Gallardo II.F., Ritter E., Ku G.Y., Jungbluth A.A., Segal N.H., Rasalan T.S., Manukian G., Xu Y., Roman R.A., Terzulli S.L., Ileywood M., Pogoriler E., Ritter G., Old L.J., Allison J.P., Wolchok J.D. CTLA-4 blockade enhances polyfunctional NY-ESO-1 specific T cell responses in metastatic melanoma patients with clinical benefit // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 2008. - 105. -№ 51.-P: 20410-5.

130. Fourcade J., Kudela P., Sun Z., Shen H., Land S.R., Lenzner D., Guillaume P., Luescher I.F., Sander C., Ferrone S., Kirkwood J.M., Zarour H.M. PD-1 is a regulator of NY-ESO-1-specific CD8+ T cell expansion in melanoma patients // J Immunol. - 2009. - 182. - № 9. - P: 5240-9.

131. Fourcade J., Sun Z., Benallaoua M., Guillaume P., Luescher I.F., Sander C., Kirkwood J.M., Kuchroo V., Zarour II.M. Upregulation of Tim-3 and PD-1 expression is associated with tumor antigen-specific CD8+ T cell dysfunction in melanoma patients // J Exp Med. - 2010. - 207. -№ 10. - P: 2175-86.

132. Matsuzaki J., Gnjatic S., Mhawech-Fauceglia P., Beck A., Miller A., Tsuji T., Eppolito C., Qian F., Lele S., Shrikant P., Old L.J., Odunsi K. Tumor-infiltrating NY-ESO-1-specific CD8+ T cells are negatively regulated by LAG-3 and PD-1 in human ovarian cancer // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 2010. - 107. - № 17. - P: 7875-80.

133. Gabrilovich D.I., Nagaraj S. Myeloid-derived suppressor cells as regulators of the immune system // Nature reviews. Immunology. - 2009. - 9. -№ 3. - P: 162-74.

134. Nicholaou T., Ebert L.M., Davis I.D., McArthur G.A., Jackson II., Dimopoulos N., Tan B., Maraskovsky E., Miloradovic L., Hopkins W., Pan L., Venhaus R., Hoffman E.W., Chen W., Cebon J. Regulatory T-cell-mediated attenuation of T-cell responses to the NY-ESO-1 ISCOMATRIX vaccine in patients with advanced malignant melanoma // Clin Cancer Res. - 2009. - 15. -№ 6. - P: 2166-73.

135. Chen Q., Jackson II., Parente P., Luke T., Rizkalla M., Tai T.Y., Zhu II.C., Mifsud N.A., Dimopoulos N., Masterman K.A., Hopkins W., Goldie II., Maraskovsky E., Green S., Miloradovic L., McCluskey J., Old L.J., Davis I.D., Cebon J., Chen W. Immunodominant CD4+ responses identified in a patient vaccinated with full-length NY-ESO-1 formulated with ISCOMATRIX adjuvant // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 2004. - 101. —№ 25. — P: 9363-8.

136. Mischo A., Bubel N., Cebon J.S., Samaras P., Petrausch U., Stenner-Liewen F., Schaefer N.G., Kubuschok B., Renner C., Wadle A. Recombinant NY-ESO-1 protein with ISCOMATRIX adjuvant induces broad antibody responses in humans, a RAYS-based analysis // Int J Oncol. - 2011. - 39. -№ 1. - P: 287-94.

137. Nicholaou T., Chen W., Davis I.D., Jackson H.M., Dimopoulos N., Barrow C., Browning J., Macgregor D., Williams D., Hopkins W., Maraskovsky E., Venhaus

R., Pan L., Hoffman E.W., Old L.J., Cebon J. Immunocditing and persistence of antigen-specific immunity in patients who have previously been vaccinated with NY-ESO-1 protein formulated in ISCOMATRIX // Cancer Immunol Immunother. -2011. - 60. -№ 11. - P: 1625-37.

138. Aoki M., Ueda S., Nishikawa H., Kitano S., Ilirayama M., Ikeda II., Toyoda II., Tanaka K., Kanai M., Takabayashi A., Imai IL, Shiraishi T., Sato E., Wada II., Nakayama E., Takei Y., Katayama N., Shiku II., Kageyama S. Antibody responses against NY-ESO-1 and IIER2 antigens in patients vaccinated with combinations of cholesteryl pullulan (CIIP)-NY-ESO-l and CHP-HER2 with OK-432 // Vaccine. -2009. - 27. - № 49. - P: 6854-61.

139. Shackleton M., Davis I.D., Hopkins W., Jackson II., Dimopoulos N., Tai T., Chen Q., Parente P., Jefford M., Masterman K.A., Caron D., Chen W., Maraskovsky E., Cebon J. The impact of imiquimod, a Toll-like receptor-7 ligand (TLR7L), on the immunogenicity of melanoma peptide vaccination with adjuvant Flt3 ligand // Cancer Immun. - 2004. - 4. -№. - P: 9.

140. Kakimi K., Isobe M., Uenaka A., Wada H., Sato E., Doki Y., Nakajima J., Seto Y., Yamatsuji T., Naomoto Y., Shiraishi K., Takigawa N., Kiura K., Tsuji K., Iwatsuki K., Oka M., Pan L., Hoffman E.W., Old L.J., Nakayama E. A phase I study of vaccination with NY-ESO-If peptide mixed with Picibanil OK-432 and Montanide ISA-51 in patients with canccrs expressing the NY-ESO-1 antigen // Int J Cancer. -2011. - 129. - № 12. - P: 2836-46.

141. Jager E., Karbach J., Gnjatic S., Neumann A., Bender A., Valmori D., Ayyoub M., Ritter E., Ritter G., Jager D., Panicali D., Hoffman E., Pan L., Oettgcn II., Old L.J., Knuth A. Recombinant vaccinia/fowlpox NY-ESO-1 vaccines induce both humoral and cellular NY-ESO-1-specific immune responses in cancer patients // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. - 2006. - 103. -№ 39. - P: 14453-8.

142. Nishikawa H., Sato E., Briones G., Chen L.M., Matsuo M., Nagata Y., Ritter G., Jager E., Nomura H., Kondo S., Tawara I., Kato T., Shiku II., Old L.J., Galan J.E., Gnjatic S. In vivo antigen delivery by a Salmonella typhimurium type III secretion system for therapeutic cancer vaccines // J Clin Invest. - 2006. - 116. - № 7. - P: 1946-54.

143. Davis I.D., Chen Q., Morris L., Quirk J., Stanley M., Tavarnesi M.L., Parente P., Cavicchiolo T., Hopkins W., Jackson II., Dimopoulos N., Tai T.Y., MacGregor D., Browning J., Svobodova S., Caron D., Maraskovsky E., Old L.J., Chen W., Cebon J. Blood dendritic cells generated with Flt3 ligand and CD40 ligand prime CD8+ T cells efficiently in cancer patients // J Immunother. - 2006. - 29. - № 5. - P: 499511.

144. Ilunder N.N., Wallen IL, Cao J., Hendricks D.W., Reilly J.Z., Rodmyre R., Jungbluth A., Gnjatic S., Thompson J. A., Yee C. Treatment of metastatic melanoma with autologous CD4+ T cells against NY-ESO-1 // N Engl J Med. - 2008. - 358. -№ 25. - P: 2698-703.

145. Robbins P.P., Morgan R.A., Feldman S.A., Yang J.C., Sherry R.M., Dudley M.E., Wunderlich J.R., Nahvi A.V., Helman L.J., Mackall C.L., Kammula U.S., Hughes M.S., Restifo N.P., Raffeid M., Lee C.C., Levy C.L., Li Y.F., El-Gamil M., Schwarz S.L., Laurencot C., Rosenberg S.A. Tumor regression in patients with metastatic synovial cell sarcoma and melanoma using genetically engineered

lymphocytes reactive with NY-ESO-1 // J Clin Oncol. - 2011. - 29. - № 7. - P: 917-24.

146. Каприн Л.Д., Старинскии В.В., Петрова Г.В., Состояние онкологической помощи населению России в 2013 году.2014, М.: ФГБУ «МИИОИ им. П.А. Герцена» Минздравсоцразвития России.

147. Ahmad A. Pathways to breast cancer recurrence // ISRN Oncol. — 2013. — 2013. — №. - P: 290568.

148. Mischo A., Kubuschok В., Ertan K., Preuss K.D., Romeike В., Regitz E., Schormann C., de Bruijn D., Wadle A., Neumann F., Schmidt W., Renner C., Pfreundschuh M. Prospective study on the expression of cancer testis genes and antibody responses in 100 consecutive patients with primary breast cancer // Int J Cancer. - 2006. - 118. - № 3. - P: 696-703.

149. Taylor M., Bolton L.M., Johnson P., Elliott Т., Murray N. Breast cancer is a promising target for vaccination using cancer-testis antigens known to elicit immune responses // Breast Cancer Res. - 2007. - 9. - № 4. - P: R46.

150. Curigliano G., Locatelli M., Fumagalli L., Goldhirsch A. Immunizing against breast cancer: a new swing for an old sword // Breast. - 2009. - 18 Suppl 3. - №. - P: S51-4.

151. Ilerold C.I., Blackwell K.L. Aromatase inhibitors for breast cancer: proven efficacy across the spectrum of disease // Clin Breast Cancer. - 2008. - 8. - № 1. - P: 50-64.

152. Theurillat J.P., Ingold F., Frei C., Zippelius A., Varga Z., Seifert В., Chen Y.T., Jager D., Knuth A., Moch II. NY-ESO-1 protein expression in primary breast carcinoma and metastases: correlation with CD8+ T-cell and CD79a+ plasmacytic/B-cell infiltration // Int J Cancer. - 2007. - 120. - № 11. - P: 2411-7.

153. Kruger S., Ola V., Feller Л.С., Fischer D., Friedrich M. Expression of cancer-testis antigen CT7 (MAGE-C1) in breast cancer: an immunohistochemical study with emphasis on prognostic utility // Pathol Oncol Res. - 2007. - 13. - № 2. - P: 91-6.

154. Kavalar R., Sarcevic В., Spagnoli G.C., Separovic V., Samija M., Terracciano L., Ileberer M., Jurctic A. Expression of MAGE tumour-associated antigens is inversely correlated with tumour differentiation in invasive ductal breast cancers: an immunohistochemical study // Virchows Arch. - 2001. - 439. - № 2. - P: 127-31.

155. Bandic D., Juretic A., Sarcevic В., Separovic V., Kujundzic-Tiljak M., Iludolin Т., Spagnoli G.C., Covic D., Samija M. Expression and possible prognostic role of MAGE-A4, NY-ESO-1, and HER-2 antigens in women with relapsing invasive ductal breast cancer: retrospective immunohistochemical study // Croat Med J. -2006,-47.-№ l.-P: 32-41.

156. Matkovic В., Juretic A., Spagnoli G.C., Separovic V., Gamulin M., Separovic R., Saric N., Basic-Koretic M., Novosel I., Kruslin B. Expression of MAGE-A and NY-ESO-1 cancer/testis antigens in medullary breast cancer: retrospective immunohistochemical study // Croat Med J. -2011. - 52. -№ 2. - P: 171-7.

157. Lian Y., Sang M., Ding C., Zhou X., Fan X., Xu Y., Lu W., Shan B. Expressions of MAGE-A10 and MAGE-A11 in breast cancers and their prognostic significance: a retrospective clinical study // J Cancer Res Clin Oncol. - 2012. - 138. - № 3. - P: 519-27.

158. Otte M., Zafrakas M., Riethdorf L., Pichlmeier U., Loning Т., Janicke F., Pantel K. MAGE-A gene expression pattern in primary breast cancer // Cancer research. — 2001.-61.-№ 18.-P: 6682-7.

159. Grigoriadis A., Caballero O.L., Iloek K.S., da Silva L., Chen Y.T., Shin S.J., Jungbluth A.A., Miller L.D., Clouston D., Cebon J., Old L.J., Lakhani S.R., Simpson A.J., Neville A.M. CT-X antigen expression in human breast cancer // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2009. - 106. -№ 32. - P: 13493-8.

160. Perou C.M., Sorlie T., Eisen M.B., van de Rijn M., Jeffrey S.S., Rees C.A., Pollack J.R., Ross D.T., Johnsen II., Akslen L.A., Fluge O., Pergamenschikov A., Williams C., Zhu S.X., Lonning P.E., Borresen-Dale A.L., Brown P.O., Botstein D. Molecular portraits of human breast tumours // Nature. - 2000. - 406. - № 6797. -P: 747-52.

161. Pazaiti A., Fentiman I.S. Basal phenotype breast cancer: implications for treatment and prognosis // Womens Health (Lond Engl). - 2011. - 7. - № 2. - P: 181-202.

162. Brouckaert O., Wildiers II., Floris G., Neven P. Update on triple-negative breast cancer: prognosis and management strategies // Int J Womens Health. - 2012. - 4. -№. - P: 511-20.

163. Sugita Y., Wada H., Fujita S., Nakata T., Sato S., Noguchi Y., Jungbluth A.A., Yamaguchi M., Chen Y.T., Stockert E., Gnjatic S., Williamson B., Scanlan M.J., Ono T., Sakita I., Yasui M., Miyoshi Y., Tamaki Y., Matsuura N., Noguchi S., Old L.J., Nakayama E., Monden M. NY-ESO-1 expression and immunogenicity in malignant and benign breast tumors // Cancer research. - 2004. - 64. - № 6. - P: 2199-204.

164. Badovinac-Crnjevic T., Spagnoli G., Juretic A., Jakic-Razumovic J., Podolski P., Saric N. Erratum to: High expression of MAGE-A10 cancer-testis antigen in triple-negative breast cancer // Med Oncol. - 2012. - №. - P.

165. Tanja B.C., Giulio S., Antonio J., Jasminka J.R., Paula P., Nera High expression of MAGE-A10 cancer-testis antigen in triple-negative breast cancer // Med Oncol. -2012. -29. -№ 3. - P: 1586-91.

166. Ilamai A., Duperrier-Amouriaux K., Pignon P., Raimbaud I., Memeo L., Colarossi C., Canzonieri V., Perin T., Classe J.M., Campone M., Jezequel P., Campion L., Ayyoub M., Valmori D. Antibody responses to NY-ESO-1 in primary breast cancer identify a subtype target for immunotherapy // PLoS One. - 2011. - 6. - № 6. - P: e21129.

167. Iludis C.A., Gianni L. Triple-negative breast cancer: an unmet medical need // Oncologist.-2011.-16 Suppl 1. -№. - P: 1-11.

168. Venkitaraman R. Triple-negative/basal-like breast cancer: clinical, pathologic and molecular features // Expert Rev Anticancer Ther. - 2010. - 10. - № 2. - P: 199207.

169. Karn T., Pusztai L., Ruckhabcrle E., Liedtke C., Muller V., Schmidt M., Metzler D., Wang J., Coombes K.R., Gatje R., Hanker L., Solbach C., Ahr A., Iloltrich U., Rody A., Kaufmann M. Melanoma antigen family A identified by the bimodality index defines a subset of triple negative breast cancers as candidates for immune response augmentation // Eur J Cancer. - 2012. - 48. - № 1. - P: 12-23.

170. Curigliano G., Viale G., Ghioni M., Jungbluth A.A., Bagnardi V., Spagnoli G.C., Neville A.M., Nole F., Rotmensz N., Goldhirsch A. Cancer-testis antigen expression in triple-negative breast cancer // Ann Oncol. - 2011. - 22. - № 1. - P: 98-103.

171. Ademuyiwa F.O., Bshara W., Attwood K., Morrison C., Edge S.B., Ambrosone C.B., O'Connor T.L., Levine E.G., Miliotto A., Ritter E., Ritter G., Gnjatic S.,

Odunsi K. NY-ESO-1 cancer testis antigen demonstrates high immunogenicity in triple negative breast cancer // PLoS One. - 2012. - 7. - № 6. - P: e38783.

172. Ilamai A., Memeo L., Colarossi C., Canzonieri V., Perin T., Ayyoub M., Valmori D. Expression of MAGE-A antigens is frequent in triple-negative breast cancers but does not correlate with that of basal-like markers //Ann Oncol. - 2011. - 22. — № 4. - P: 986-7.

173. Adams S., Greeder L., Reich E., Shao Y., Fosina D., Hanson N., Tassello J., Singh B., Spagnoli G.C., Demaria S., Jungbluth A.A. Expression of cancer testis antigens in human BRCA-associated breast cancers: potential targets for immunoprevention? // Cancer Immunol Immunother. - 2011. - 60. - № 7. - P: 999-1007.

174. Odunsi K., Matsuzaki J., Karbach J., Neumann A., Mhawech-Fauceglia P., Miller A., Beck A., Morrison C.D., Ritter G., Godoy II., Lele S., duPont N., Edwards R., Shrikant P., Old L.J., Gnjatic S., Jager E. Efficacy of vaccination with recombinant vaccinia and fowlpox vectors expressing NY-ESO-1 antigen in ovarian cancer and melanoma patients // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2012. - 109. - № 15. - P: 5797802.

175. Barnes L., Eveson J.W., Reichart P., Sidransky D., World Health Organization Classification of tumours. Pathology and Genetics of Head and Neck Tumours.2005, Lyon: IARC Press.

176. Howlader N., Noone A.M., Krapcho M., Neyman N., Aminou R., Altekruse S.F., Kosary C.L., Ruhl J., Tatalovich Z., Cho II., Mariotto A., Eisner M.P., Lewis D.R., Chen U.S., Feuer E.J., Cronin K.A., SEER Cancer Statistics Review, 1975-2009 (Vintage 2009 Populations), based on November 2011 SEER data submission, posted to the SEER web site, April 2012. http://seer.cancer.Qov/csr/J975 2009 pops09/, 2012, National Cancer Institute Bethesda, MD.

177. Warnakulasuriya S., Johnson N.W., van der Waal I. Nomenclature and classification of potentially malignant disorders of the oral mucosa // J Oral Pathol Med. - 2007. - 36. - № 10. - P: 575-80.

178. Reibel J. Prognosis of oral pre-malignant lesions: significance of clinical, histopathological, and molecular biological characteristics // Crit Rev Oral Biol Med. - 2003. - 14. - № 1. - P: 47-62.

179. Warnakulasuriya S., Reibel J., Bouquot J., Dabelsteen E. Oral epithelial dysplasia classification systems: predictive value, utility, weaknesses and scope for improvement // J Oral Pathol Med. - 2008. - 37. - № 3. - P: 127-33.

180. Warnakulasuriya S., Kovacevic T., Madden P., Coupland V.I I., Sperandio M., Odell E., Moller II. Factors predicting malignant transformation in oral potentially malignant disorders among patients accrued over a 10-year period in South East England // J Oral Pathol Med. - 2011. - №. - P.

181. Ilsue S.S., Wang W.C., Chen C.I I., Lin C.C., Chen Y.K., Lin L.M. Malignant transformation in 1458 patients with potentially malignant oral mucosal disorders: a follow-up study based in a Taiwanese hospital // J Oral Pathol Med. - 2007. — 36. -№ l.-P: 25-9.

182. Cowan C.G., Gregg T.A., Napier S.S., McKenna S.M., Kee F. Potentially malignant oral lesions in northern Ireland: a 20-year population-based perspective of malignant transformation // Oral Dis. - 2001. - 7. - № 1. - P: 18-24.

183. Liu W., Wang Y.F., Zhou H.W., Shi P., Zhou Z.T., Tang G.Y. Malignant transformation of oral leukoplakia: a retrospective cohort study of 218 Chinese patients // BMC cancer. - 2010. - 10. -№. - P: 685.

184. Liu W., Bao Z.X., Shi L.J., Tang G.Y., Zhou Z.T. Malignant transformation of oral epithelial dysplasia: clinicopathological risk factors and outcome analysis in a retrospective cohort of 138 cases // Histopathology. - 2011. - 59. - № 4. - P: 73340.

185. Kujan O., Khattab A., Oliver R.J., Roberts S.A., Thakker N.. Sloan P. Why oral histopathology suffers inter-observer variability on grading oral epithelial dysplasia: an attempt to understand the sources of variation // Oral Oncol. - 2007. - 43. -№ 3. -P: 224-31.

186. Lee J.J., Hung H.C., Cheng S.J., Chiang C.P., Liu B.Y., Yu C.H., Jeng J.H., Chang II.H., Kok S.I I. Factors associated with underdiagnosis from incisional biopsy of oral leukoplakic lesions // Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod. -

2007. - 104. - № 2. - P: 217-25.

187. Fischer D.J., Epstein J.B., Morton T.I I., Schwartz S.M. Interobservcr reliability in the histopathologic diagnosis of oral pre-malignant and malignant lesions // J Oral Pathol Med. - 2004. - 33. - № 2. - P: 65-70.

188. Holmstrup P., Vedtofte P., Reibcl J., Stoltze K. Oral premalignant lesions: is a biopsy reliable? // J Oral Pathol Med. - 2007. - 36. - № 5. - P: 262-6.

189. Scully C. Challenges in predicting which oral mucosal potentially malignant disease will progress to neoplasia. // Oral Dis. - 2014. - 20. - № 1. - P: 1-5.

190. Sperandio M., Brown A.L., Lock C., Morgan P.R., Coupland V.I I., Madden P.B., Warnakulasuriya S., Moller H., Odell E.W. Predictive value of dysplasia grading and DNA ploidy in malignant transformation of oral potentially malignant disorders. // Cancer Prev Res (Phila). - 2013. - 6. -№ 8. - P: 822-31.

191. Smith J., Rattay T., McConkey C., Ilelliwell T., Mehanna II. Biomarkers in dysplasia of the oral cavity: a systematic review // Oral Oncol. - 2009. - 45. - № 8. - P: 647-53.

192. Kawaguchi II., El-Naggar A.K., Papadimitrakopoulou V., Ren H., Fan Y.H., Feng L., Lee J.J., Kim E., Hong W.K., Lippman S.M., Mao L. Podoplanin: a novel marker for oral cancer risk in patients with oral premalignancy // J Clin Oncology. -

2008. - 26. - № 3. - P: 354-60.

193. Ries J., Mollaoglu N., Toyoshima T., Vairaktaris E., Neukam F.W., Ponader S., Nkenke E. A novel multiple-marker method for the early diagnosis of oral squamous cell carcinoma // Dis Markers. - 2009. - 27. -№ 2. - P: 75-84.

194. Metzlcr P., Mollaoglu N., Schwarz S., Neukam F.W., Nkenke E., Ries J. MAGE-A as a novel approach in the diagnostic accuracy of oral squamous cell cancer: a case report // Head Neck Oncol. - 2009. - 1. - №. - P: 39.

195. Ries J., Ponader S., Mollaoglu N., Vairaktaris E., Neukam F.W., Nkenke E. Early findings of a novel established molecular diagnostic technique for the prediction of malignant transformation in leukoplakia // Mol Med Report. - 2009. - 2. - № 6. -P: 947-52.

196. Mollaoglu N., Metzler P., Zenk J., Nkenke E., Neukam F.W., Ries J. Prediction of recurrence using exfoliative cytology and melanoma-associated antigen-A mRNA analysis following wide excision of oral squamous cell carcinoma: short report // Cytopathology. - 2011. - 22. - № 6. - P: 387-91.

197. Krauss E., Rauthe S., Gattenlohner S., Rcuthcr Т., Kochel M., Kriegebaum U., Kublcr Л.С., Muller-Richter U.D. MAGE-A antigens in lesions of the oral mucosa // Clin Oral Investig. -2011. - 15. -№ 3. - P: 315-20.

198. Ries J., Agaimy A., Vairaktaris E., Gorecki P., Neukam F.W., Strassburg L.I I., Nkcnke E. Detection of MAGE-A expression predicts malignant transformation of oral leukoplakia // Cancer Invest. - 2012. - 30. - № 7. - P: 495-502.

199. Ries J., Agaimy A., Vairaktaris E., Kvvon Y., Neukam F.W., Strassburg L.H., Nkenke E. Evaluation of MAGE-A expression and grade of dysplasia for predicting malignant progression of oral leukoplakia // Int J Oncol. - 2012. - 41. - № 3. - P: 1085-93.

200. Михайлова И.Н., Барышников Л.Ю., Морозова Л.Ф., Бурова О.С., Демидов Л.В., Козлов A.M., Ларин С.С., Георгиев Г.П., Ворожцов Г.Н., Гнучев II.В., Приоритет изобретения 22.04.2005. Клеточная линия меланомы человека mel Ког, используемая для получения противоопухолевых вакцин. , Патент RU 2387578.

201. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis Т., Molecular cloning. 2nd ed.\ 989, Ann Arbor, MI: Cold Spring I Iarbor Laboratory Press.

202. KCMbuffer (5X) Recipe., 2008., Cold Spring Harbor Protocols 2008(9).

203. Михайлова И.Н., Барышников АЛО., Морозова Л.Ф., Бурова О.С., Демидов Л.В., Палкина Т.П., Козлов A.M., Ларин С.С., Георгиев Г.П., Ворожцов Г.Н., Гнучев II.В., Приоритет изобретения от 22.04.2005. Клеточная линия меланомы человека mel Р, используемая для получения противоопухолевых вакцин, Патент RU 2287575..

204. Гланц С., Медико-биологическая статистика\99?>, М.: Практика. 459.

205. Sahin U., Tureci О., Chen Y.T., Seitz G., Villena-IIeinsen С., Old L.J., Pfreundschuh M. Expression of multiple cancer/testis (CT) antigens in breast cancer and melanoma: basis for polyvalent CT vaccine strategies // Int J Cancer. - 1998. -78. -№3.-P: 387-9.

206. Mashino K., Sadanaga N., Tanaka F., Yamaguchi II., Nagashima H., Inoue II., Sugimachi K., Mori M. Expression of multiple cancer-testis antigen genes in gastrointestinal and breast carcinomas // British journal of cancer. - 2001. - 85. -№ 5.-P: 713-20.

207. Ries J., Vairaktaris E., Mollaoglu N., Wiltfang J., Neukam F.W., Nkenke E. Expression of melanoma-associated antigens in oral squamous cell carcinoma // J Oral Pathol Med. - 2008. - 37. - № 2. - P: 88-93.

208. Ries J., Mollaoglu N., Vairaktaris E., Neukam F.W., Nkenke E. Diagnostic and therapeutic relevance of NY-ESO-1 expression in oral squamous cell carcinoma // Anticanccr Res. - 2009. - 29. - № 12. - P: 5125-30.

209. Atanackovic D., Blum I., Cao Y., Wenzel S., Battels K., Faltz C., Ilossfeld D.K., Ilegewisch-Becker S., Bokemeyer C., Leuwer R. Expression of cancer-testis antigens as possible targets for antigen-specific immunotherapy in head and neck squamous cell carcinoma // Cancer Biol Ther. - 2006. - 5. -№ 9. - P: 1218-25.

210. Figueiredo D.L., Mamede R.C., Proto-Siqueira R., Neder L., Silva W.A., Jr., Zago M.A. Expression of cancer testis antigens in head and neck squamous cell carcinomas // I lead Neck. - 2006. - 28. - № 7. - P: 614-9.

211. Kienstra M.A., Neel II.B., Stromc S.E., Rochc P. Identification of NY-ESO-1, MAGE-1, and MAGE-3 in head and neck squamous cell carcinoma // Head Neck. —

2003. - 25. - № 6. - P: 457-63.

212. Becker J.C., Gillitzer R., Brocker E.B. A member of the melanoma antigen-encoding gene (MAGE) family is expressed in human skin during wound healing // Int J Cancer. - 1994. - 58. -№ 3. - P: 346-8.

213. Muller-Richter U.D., Dowejko A., Peters S., Rauthe S., Reuther T., Gattenlohner S., Reichert T.E., Driemel O., Kubler A.C. MAGE-A antigens in patients with primary oral squamous cell carcinoma // Clin Oral Investig. - 2010. - 14. -№ 3. - P: 291-6.

214. Laduron S., Deplus R., Zhou S., Kholmanskikh O., Godelainc D., Dc Smet C., Hayward S.D., Fuks F., Boon T., De Plaen E. MAGE-A1 interacts with adaptor SKIP and the dcacctylase HDAC1 to repress transcription // Nucleic Acids Res. -

2004. - 32. - № 14. - P: 4340-50.

215. Kopan R., Ilagan M.X. The canonical Notch signaling pathway: unfolding the activation mechanism // Cell. - 2009. - 137. -№ 2. - P: 216-33.

216. Wallberg A.E., Pedcrsen K., Lendahl U., Roeder R.G. p300 and PCAF act cooperatively to mediate transcriptional activation from chromatin templates by notch intracellular domains in vitro // Mol Cell Biol. - 2002. - 22. - № 22. - P: 7812-9.

217. Lai E.C. Keeping a good pathway down: transcriptional repression of Notch pathway target genes by CSL proteins // EMBO Rep. - 2002. - 3. - № 9. - P: 8405.

218. Kovall R.A. Structures of CSL, Notch and Mastermind proteins: piecing together an active transcription complex // Curr Opin Struct Biol. - 2007. - 17. — № 1. - P: 11727.

219. Zhou S., Fujimuro M., Hsich J.J., Chen L., Miyamoto A., Weinmaster G., Ilayward S.D. SKIP, a CBF1-associated protein, interacts with the ankyrin repeat domain of NotchIC To facilitate NotchIC function // Mol Cell Biol. - 2000. - 20. - № 7. - P: 2400-10.

220. Borggrcfc T., Oswald F. The Notch signaling pathway: transcriptional regulation at Notch target genes // Cell Mol Life Sci. - 2009. - 66. -№ 10. - P: 1631-46.

221. Garcia T.X., DeFalco T., Capel B., Ilofmann M.C. Constitutive activation of NOTCII1 signaling in Sertoli cells causes gonocyte exit from quiescence // Dev Biol. -2013,- 377. -№ l.-P: 188-201.

222. Bai S., He B., Wilson E.M. Melanoma antigen gene protein MAGE-11 regulates androgen receptor function by modulating the interdomain interaction // Mol Cell Biol. - 2005. - 25. - № 4. - P: 1238-57.

223. Bai S., Wilson E.M. Epidermal-growth-factor-dependent phosphorylation and ubiquitinylation of MAGE-11 regulates its interaction with the androgen receptor // Mol Cell Biol. - 2008. - 28. - № 6. - P: 1947-63.

224. Askew E.B., Bai S., Ilnat A.T., Minges J.T., Wilson E.M. Melanoma antigen gene protein-All (MAGE-11) F-box links the androgen receptor NH2-terminal transactivation domain to pl60 coactivators // J Biol Chem. - 2009. - 284. - № 50. - P: 34793-808.

225. Askew E.B., Bai S., Blackwelder A.J., Wilson E.M. Transcriptional synergy between melanoma antigen gene protein-All (MAGE-11) and p300 in androgen reccptor signaling // J Biol Chem. - 2010. - 285. - № 28. - P: 21824-36.

226. Leong G.M., Subramaniam N., Issa L.L., Barry J.B., Kino T., Driggers P.H., Hayman M.J., Eisman J.A., Gardiner E.M. Ski-interacting protein, a bifunctional nuclear receptor coregulator that interacts with N-CoR/SMRT and p300 // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - 315. -№ 4. -P: 1070-6.

227. Zhang C., Baudino T.A., Dowd D.R., Tokumaru H., Wang W., MacDonald P.N. Ternary complexes and cooperative interplay between NCoA-62/Ski-interacting protein and steroid receptor coactivators in vitamin D receptor-mediated transcription // J Biol Chem. - 2001. - 276. -№ 44. - P: 40614-20.

228. Rachez C., Freedman L.P. Mechanisms of gene regulation by vitamin D(3) receptor: a network of coactivator interactions // Gene. - 2000. - 246. -№ 1-2. - P: 9-21.

229. Celis E., Fikes J., Wentworth P., Sidney J., Southwood S., Maewal A., Del Guercio M.F., Sette A., Livingston B. Identification of potential CTL epitopes of tumor-associated antigen MAGE-1 for five common HLA-A alleles // Mol Immunol. -1994.-31.-№ 18. - P: 1423-30.

230. Abankwa D., Millard S.M., Martel N., Choong C.S., Yang M., Butler L.M., Buchanan G., Tilley W.D., Ueki N., Hayman M.J., Leong G.M. Ski-interacting protein (SKIP) interacts with androgen receptor in the nucleus and modulates androgen-dependent transcription // BMC Biochem. - 2013. - 14. - №. - P: 10.

Таблица А.1. - Данные пациентов с раком молочной железы

Код образца Пол, ГОД рождения Клинический диагноз Тсраппя Метастазы (mts) в л/v Рецепторы эстрогена Рецепторы прогестерона Рецепторы НЕК2/п ей

1.1 ж., 1964 Карцинома молочной железы, Т21Ч0М0 ст. 2Л

2.1 ж., 1954 Инфильтрующая протоковая карцинома, Т21\ПМ0 ст. 3 Адъювантная ПХТ (4курса) и гормонотерапия в 2 л/у mts Эр+++ ПР+++

3.1 ж., . 1965 Инфильтрующая протоковая карцинома, Т2Ы0М0 ст. 3 Лдъювантная ПХТ (4курса) и гормонотерапия в л/у mts нет Эр+++ ПР+++ Отрицательно

4.1 ж., 1952 Инфильтрующая протоковая крацинома Т2Ы1М0 ст. 3 Адъювантная ПХТ (4курса) и гормонотерапия и лучевая терапия в 2 л/у mts Эр- ПР+++ Отрицательно

5.1 ж., 1938 Инфильтрующая протоковая карцинома Т21Ч0М0 ст.З Адыоваитная ПХТ (4курса) и гормонотерапия в 2 л/у mts Эр- Пр+++ Отрицательно

6.1 ж., 1961 Карцинома молочной железы, Т4Ы2Мх

7.1 ж., 1961 Инфильтрующая протоковая карцинома Т2Ы1М0 ст.З Адъювантная ПХТ (4 курса) и гормонотерапия в 2 л/у mts Эр+++ 11P+++ Отрицательно

8.1 ж., 1952 Инфильтрующая протоковая крацинома Т2Ы1М0 ст. 3 в 3 л/у mts Эр+ ПР+++ Отрицательно

9.1 ж., 1949 Карцинома молочной железы, ТЗЫ2Мх

10.1 ж. Карцинома молочной железы

11.1 ж. Карцинома молочной железы

Таблица А.1. (Продолжение).

Код образ -ца Пол, год рожден ИИ Клинический диагноз Терапия Метастазы (п^) в л/у Рецепторы эстрогена Рецепторы прогестерона Рецепторы НЕШ/п си

12.1 ж. Карцинома молочной железы

13.1 ж. Карцинома молочной железы

14.1 1926 И н фильтрующая протоковая карцинома Т2ШМ0 ст.З Адыовантиая ПХТ (4 курса) в 2 л/у пИв нет Эр++ Пр+++ Отрицательно

15.1 ж. Карцинома молочной железы, Т2№М2

16.1 ж. Карцинома молочной железы

17.1 ж. Карцинома молочной железы

18.1 ж. Карцинома молочной железы

19.1 ж. Карцинома молочной железы

20.1 ж. Карцинома молочной железы

21.1 ж. Карцинома молочной железы

22.1 ж., 1967 И н фильтрующая протоковая карцинома Т21Ч0М0 ст.З Адыовантиая ПХТ (4 курса) и гормонотерапия в 2 л/у гг^э нет Эр- Пр- Отрицательно

23.1 ж., 1962 Инфильтрующая протоковая карцинома Т21Ч0М0 ст.З Лдыовантная ПХТ (4 курса) и гормонотерапия в л/у п^б нет Эр- Пр- Отрицательно

24.1 ж., 1937 Инфильтрующая протоковая крцинома Т21Ч0М0, ст.2-3 Тамоксифен в л/у пиз нет Эр+++ ПР+++ Отрицательно

25.1 ж., 1927 Скирр Т41Ч1Мх ст.2 с инвазией в кожу Нет

26.1 ж., 1931 Инфильтрующая протоковая карцинома Т2Ы1 МО ст.2 Тамоксифен в 1 из 5 л/у гШб Эр+++ Пр+ НЕЯ2/пе и++

27.1 ж., 1934 Скирр ТЗТЧОМО ст.2 Адъювантная ПХТ Эр- Пр++++ Отрицательно

Таблица А.1. (Продолжение).

Код образца Пол, год рождения Клинический диагноз Терапия Метастаз 1.1 (пИэ) в л/у Рецепторы эстрогена Рецепторы прогестерона Рецепторы НЕК2/пеи

28.1 ж., 1931 Ипфильтрующая протоковая карцинома T1N0M0 ст.2 Тамоксифен в л/у пив нет Эр+++ Пр++ Отрицательно

29.1 ж., 1956 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N0M0 ст.2 Лдъювантная ПХТ в 1 ИЗ 5 л/у гт^ Эр+ Пр+ Отрицательно

30.1 ж., 1932 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N0M0 ст.З Гормонотерапия (тамоксифен) в 1 л/у гт^ нет Эр+++ Пр+++ Отрицательно

31.1 ж., 1951 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N0M0 ст.З Лдъювантная ПХТ 6 курсов в 4 л/у п^б нет

32.1 ж., 1978 Ипфильтрующая протоковая карцинома T1N0M0 ст. 1 Лдъювантная ПХТ (4 курса) и гормонотерапия в 4 л/у н^э нет Эр+++ Пр+++ Отрицательно

33.1 ж. Карцинома молочной железы

34.1 ж. Карцинома молочной железы

35.1 ж., 1939 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N1M0 ст. 3 в л/у г^б нет Эр- Пр- Отрицательно

36.1 ж. Карцинома молочной железы

37.1 ж, 1964 Карцинома молочной железы

38.1 ж. Карцинома молочной железы

39.1 ж.,1938 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N0M0 ст. 3 Лдъювантная ПХТ (5 курсов)и гормонотерапия в л/у нПб нет Эр-н- 11р++ Отрицательно

40.1 ж. Карцинома молочной железы

41.1 ж., 1938 Ипфильтрующая протоковая карцинома T2N0M0 ст.2 в л/у п^ нет Эр+ Г1р+ Отрицательно

Таблица Б.1. - Перечень олигонуклеотидиых праимеров, мспользовапнмх в pa6oic, и условий проведения полимеразнон ценной реакции.__

Название гена Поеледовател ы i ости ол и гону кл еоти д н ых праимеров Условия проведения ПЦР Размер амплифи-цируемо- го участка (пл.)

MAGE-A3 (СТ1.3) 5'-ACAATCAGATCATGCCCAAGG-3' 5 ' -ТССТСС ACTG АТСТТТАСС АТ-3 ' 94°C 2 минуты - 1 цикл 314

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

MAGE-A4 (CTI.4) 5'-CTGATAATCGTCCTGGGCACA-3' 5'-CTTGCATTGACCCTGACCAC-3' 94°С 2 минуты - 1 цикл 284

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

MAGE-A6 (СТ1.6) 5'-AAGACAGGCTTCCTGATAATCA-3 5'-TCCTCCACTG АТСТТТАССАТ-3 ' 94°С 2 минуты - 1 цикл 297

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

MAGE-А10 (СП. 10) 5 '-GCATTCI CATACTTATCCTA AG-3 ' 5'-AGTGGGAAGGA'I CTTGG ATCA-3 ' 94°С 2 минуты - 1 цикл 310

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

MAGE-А12 (СТ1.12) 5 '-CTCCTG ATA ATCGTCCTG G C-3 ' 5'-GTCCTCCACTGATCTTTAGCA A-3 94°С 2 минуты - 1 цикл 289

94°С 40 секунд 37 циклов

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

BAGE2 (СТ2.2, СТ2.3) 5'-GCTGGAGCAGTAAGATGGC-3' 5'-GATAGTGCCTCCAAAGTGCT-3' 94°С 2 минуты - 1 цикл 198

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

GAGE ' (СТ4.2- СТ4.8) 5'-CAGCAACTCAACGTCAGGATC-3' 5*-CAACATAGGAGCAGCCTGCA-3 94°С 2 минуты - 1 цикл 258

94°С 40 секунд 30 циклов

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл -

NY-ESO-1 (СТ6.1) 5'-TGCTTGAGTTCTACCTCGCC-3' 5'-CTGCGTGATCCACATCAACA-3' 94°С 2 минуты - 1 цикл 233

94°С 40 секунд 34 цикла

55°С 1 минута

72°С 1 минута

72°С 2 минуты - 1 цикл

САРИН З'-ОАТОСТТОАТОСССАТТТССАТТ-З' 5'-ТОАСТССТАССТТСАССТТТС-3' 94°С 2 минуты - 1 цикл 250

94°С 40 секунд 55°С 1 минута 72°С 1 минута 26 циклов

72°С 2 минуты - 1 цикл

Таблица В.1. - Экспрессия РТ-генов и генов «домашнего хозяйства» в клеточной линии Ме1Р на основании данных полнотранскриптомного секвенирования. (зеленым цветом выделены гены «домашнего хозяйства», синим -РТ-гены, имеющие известную функцию в клетке, красным - РТ-гены, входящие в набор реагентов)

Название гена Число аннотированных транскриптов Длина гена Повтор 1 Повтор 2 Повтор 3

Число уникальных ридов Число тотальное ридов Число уникальных ридов Число тотальное ридов Число уникальных ридов Число тотальное ридов

АСТВ 13 3256 39100 41010 58326 59468 50631 51956

GAPDH 10 2975 44733 86352 196986 312662 168559 532505

PRAME 16 3778 10305 10306 16988 16988 29697 29698

MAGEA6 3 1863 1172 2131 2336 3550 3643 5159

CSAG1 4 1092 751 769 1335 1352 1853 1874

MAGEA3 3 2216 861 1470 1513 2213 2806 3769

МСАК 10 3658 487 805 . 131Щ 1379 1 z/Чэ

SYCE1 5 2934 432 630 1017 1524 1101 1607

1МР-3 17 8511 445 518 1280 1335 1865 1952

MAGE-A2B 11 2415 15 621 9 793 14 1429

CSAG2 2 1083 3 349 0 221 1 529

РВК 4 2165 193 359 431 841 421 820

DCAF12 5 4390 230 878 327 970 490 1732

9 5292 681 682 1543 1544 1935 1935

DSCR8 2 1083 4 445 3 3 0 0

SPAG9 21 11948 1368 1383 1644 1663 4143 4179

KIAA0100 16 9235 713 1199 800 1428 1518 2443

MAGEA2 7 2228 3 166 6 627 4 498

LEMD1 8 1063 167 231 310 428 331 522

MAGEA12 3 1943 28 114 50 196 189 679

ODF2 21 6342 454 484 820 848 1630 1687

SSX2b 3 1540 0 72 1 135 5 441

СЕР55 3 3271 244 244 431 435 422 433

IGSF11 ш 4883 357 363 239 246 817 824

шш 3 1536 0 77 1 126 1 159

CT45A5 3 1391 15 60 53 166 24 62

SAGE1 4 3092 111 114 220 223 478 479

ROPN1 10 4395 121 181 299 413 233 288

OIP5 2 1236 54 61 70 76 139 154

ттк 10 4579 159 159 278 278 410 411

ATAD2 8 7118 276 281 494 498 415 419

CT45A4 4 1805 9 40 53 189 66 189

АКАРЗ ВИН 13 8809 591 592 0 2 0 1

СЕР290 8 10386 162 196 180 216 534 666

CA8YR J 15 о 1УЪ 36 44 61 93 1 ->э PVH 178

CTAGE5 14 6108 5 99 11 136 19 259

Таблица В.1. (Продолжение)

Название гена

Среднее значение ИРКМ

Повтор 1

ИРКМ

Повтор 2

КРКМ

Повтор 3

ИРКМ

МАбЕАб

91,824

92,01

95,55

87,92

СБАБ!

57,272

56,65

61,70

53,48

МА6ЕАЗ

ОБСР!8

52,720