TAR-клонирование короткого плеча хромосомы 7 человека в YAC и анализ функционально-значимых последовательностей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Глазкова, Дина Викторовна

• Глазкова, Дина Викторовна
• кандидат биологических наук
• 2001

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Глазкова, Дина Викторовна

ГЛАВА 1 ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1 Искусственные хромосомы дрожжей.

2.1.1 Клонирование методом лигирования in vitro.

2.1.2 Клонирование методом трансформационно-ассоциированной рекомбинации.

2.2 Терминальные участки хромосом.

2.2.1 Теломеры.

2.2.2 Теломерные повторы.

2.2.3 Белки, связывающиеся с тёломерами.

2.2.4 Структура теломеры.

2.2.5 Теломераза.

2.2.6 Теломераза и изменение длины теломер.

2.2.7 Субтеломерная область.

2.2.8 Прителомерная область.

2.2.9 Клонирование терминальных последовательностей хромосом человека.

2.3 Эндогенные ретровирусы человека.

2.3.1 Введение.

2.3.2 Ретроэлементы генома человека.

2.3.3 Эндогенные ретровирусы.

2.3.4 Роль эндогенных ретровирусов в геноме человека.

2.3.5 Регуляция промоторной активности LTR HERV в конструкциях с репортерным геном.

2.3.6 Ретровирусы семейства HERV-K.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «TAR-клонирование короткого плеча хромосомы 7 человека в YAC и анализ функционально-значимых последовательностей»

Актуальность проблемы.

Успех чернового прочтения нуклеотидной последовательности генома человека на рубеже третьего тысячелетия был обусловлен многими факторами, один из которых - возможность клонировать протяженные фрагменты ДНК в искусственных хромосомах дрожжей (YAC). Популярный объект генетики дрожжи Saccharomyces cerevisiae - первый эукариотический организм, у которого создана искусственная хромосома, а геном его стал первым полностью секвенированным эукариотическим геномом. Важный этап международных исследований в программе "Геном человека" - построение генетических и физических карт низкого разрешения для хромосом человека стал реальностью после того как 90% ДНК человека были клонированы в YAC.

Основные YAC-библиотеки генома человека сконструированы методом лигирования in vitro фрагментов клонируемой ДНК и ДНК плеч искусственной хромосомы с последующей трансформацией YAC в протопласты дрожжей. Сравнительно недавно был разработан новый подход к клонированию в YAC, основанный на гомологичной рекомбинации in vivo ^трансформированных ДНК человека и ДНК YAC-векторов. Этот метод трансформационно-ассоциированной рекомбинации (TAR) относительно менее трудоемок, практически исключает образование химерных клонов и перспективен для тотального и адресного клонирования любых геномов высших организмов (Larionov, 1998). Представлялось актуальным и практически значимым апробирование этого метода в специфических условиях клонирования и возможность применения в практике отечественных исследований.

К началу данной работы в 1996 году наиболее представительная YAC-библиотека (33000 упорядоченных перекрывающихся фрагментов ДНК) содержала 90% ДНК генома человека. Отсутствовали, в основном, теломерные области, повторяющиеся последовательности, метилированные участки. Концы хромосом являются важными маркерами при сопоставлении физических и генетических карт хромосом и определении их границ. Изучение этих областей необходимо для детализации их собственной структуры и функции, а также в медицинской генетике для диагностики заболеваний, связанных с перестройками хромосом в области теломеры.

Интенсивные исследования генома человека повысили интерес к проблеме консервативности некодирующих областей генома и их значимости в реализации генетической информации. В частности, все больше фактов свидетельствуют об участии эндогенных ретровирусов человека (HERV) и их длинных концевых повторов (LTR) в регуляции генов и влиянии этих элементов на ряд клеточных процессов. Несмотря на большой объем данных об эндогенных ретровирусах для понимания их биологической и эволюционной роли необходимы дальнейшие исследования.

Цели и задачи работы

Диссертационная работа посвящена клонированию и анализу структуры и функции специфических областей генома человека, локализованных на хромосоме 7. Объектами исследования служили терминальная область хромосомы 7 человека, которая к началу данной работы отсутствовала в хромосом-специфичных и тотальных библиотеках генома, а также длинные концевые повторы эндогенных ретровирусов человека, которые по современным представлениям сыграли заметную роль в эволюции приматов и человека.

В задачу работы входило создание YAC-клонотеки короткого плеча хромосомы 7, поиск и локализация терминальной последовательности 7р, скрининг, локализация и определение нуклеотидной последовательности HERV-K LTR, а также анализ их возможной функциональной значимости.

Для клонирования ДНК в YAC в работе применен новый, сравнительно быстрый и перспективный метод, основанный на трансформационно-ассоциированной рекомбинации (TAR).

Научная новизна и практическая ценность работы

TAR-метод впервые использован для изоляции терминальной последовательности, которая труднодоступна для клонирования. Выявлено, что терминальный фрагмент 7р имеет гомологию с концами хромосом 1 р, 5q, 16р и 16q.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Глазкова, Дина Викторовна

выводы

1. Методом трансформационно-ассоциированной рекомбинации создана частичная YAC-клонотека ДНК короткого плеча хромосомы 7 человека, содержащая 12 млн. п. н. этой хромосомы (20%). Определены размеры клонов, их сегрегационная стабильность, показана случайность распределения по хромосоме.

2. Клонирован терминальный участок короткого плеча хромосомы 7. Локализация последовательности в 7р терминальной области подтверждена методами FISH и амплификацией с известными STS праймерами.

3. В 6-ти YAC-клонах обнаружены последовательности LTR эндогенного ретровируса человека семейства HERV-K, три из которых содержат полноразмерный одиночный LTR. Их локализация определена методом FISH и уточнена путем сравнения их нуклеотидной последовательности с базой данных.

4. Транскрипты трех LTR-содержащих локусов обнаружены в нормальных клетках зародышевого пути (в ткани паренхимы яичка). Показана дифференциальная транскрипция этих локусов в опухолевых клетках той же ткани (семиномы).

5. Промоторная активность LTR YAC 22-19 впервые продемонстрирована в клетках низших эукариот - дрожжей в конструкции с репортерным геном лихеназы. Показано двунаправленность промоторной активности LTR, проведено количественное сравнение уровня активности LTR промотора с сильными промоторами дрожжевых генов Gal и TDH.

114

В заключение я хотела бы выразить сердечную благодарность моему научному руководителю Инге Павловне Арман за постоянную заботу, внимание и помощь на всех этапах работы.

Я глубоко признательна сотрудникам нашей лаборатории Светлане Петровне Легчилиной и Ирине Георгиевне Ефименко, которые были моими первыми учителями, и вместе с которыми была проделана огромная работа по получению YAC-клонотеки.

Большое спасибо сотрудникам лаборатории структуры и функции генов человека (ИБХ РАН) Юрию Борисовичу Лебедеву и Евгению Надеждину за предоставление нукпеотидной последовательности LTR и за обсуждение полученных результатов. Также я благодарна Татьяне Виноградовой, предоставившей образцы для проведения экспериментов по изучению транскрипции. Я глубоко признательна заведующему лабораторией академику Евгению Давыдовичу Свердлову за чуткое руководство и внимание к нашей совместной работе.

Хочется поблагодарить Ирину Васильевну Голденкову и Константина Мусийчук, которые предоставили плазмиду с репортерным геном и помогали планировать эксперименты этой части работы, за доброе отношение, внимание и помощь в работе.

Также я многим обязана профессору Марбургского Университета Карлу-Хайнцу Гржешику, в лаборатории которого были получены многие результаты данной работы.

2.3.7 Заключение

Успехи, достигнутые при осуществлении проекта Геном Человека, открывают возможность более глубокого понимания структурной организации генома в целом и функционального взаимодействия его элементов. Повторяющиеся последовательности, составляющие около 30% генома, не кодируют белков, важных для жизнедеятельности организма хозяина. Однако,

48 по-видимому, они не могут рассматриваться как последовательности, потерявшие свою биологическую значимость в процессе эволюции. В частности, все больше фактов свидетельствуют об участии эндогенных ретровирусов в регуляции генов и их влиянии на многие клеточные процессы. Несмотря на возрастающий объем данных о биологической значимости эндогенны:/ ретровирусов, их действительный вклад в биологические процессы требует дальнейшего исследования.

ГлаваЗ МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1 Объекты, использованные в работе

3.1.1 Штаммы дрожжей и бактерий

В качестве реципиентов рекомбинантных плазмид, а также при проведении генноинженерных манипуляций в работе использовали штамм Escherichia coli

XL1-Blue: F'::Tn10tet, proA+B+, /aclQ, D(/acZ)M15/recA1, gyrA96, thi, hsdRM (rk.mk+), supE44, re/A1, lac ("Stratagene")

Для получения YAC, а также для трансформации дрожжей рекомбинантными плазмидами в работе использовали следующие штаммы дрожжей Saccharomyces cerevisiae\ VL6-48:

МАТа, his3-200, trp1-1, ura3-52, Iys2, ade2-101, met14 (Larionov et al., 1997) YPH 857:

MATa, his3-200, trp1-1, ura3-52, Ieu2-1, Iys2-801, ade2-101 (Spencer et al., 1994).

3.1.2 Гибридные линии

Источником ДНК короткого плеча хромосомы 7 человека служили клетки монохромосомного гибрида мышь/человек RuRag 14-4-7-44. В качестве контроля в опытах использовали ДНК клеток монохромосомного гибрида мышь/человек RuRag 6-20-12, содержащего длинное плечо хромосомы 7 человека. Клетки этих гибридов выращены и цитологически охарактеризованы в лаборатории генетики человека, Филиппе университет Марбурга, Германия (Grzeschik et al., 1994/

3.1.3 Образцы первых цепей ДНК для RT-PCR анализа

В работе были использованы образцы первых цепей ДНК, полученные из нормальной ткани паренхимы яичка и семиномы (опухолевая ткань паренхимы яичка, семиномный тип). Гистологически охарактеризованные образцы тканей получены в результате орхифоникулоэктомии при опухолях яичка (предоставлены Институтом канцерогенеза).

Характеристика тканей приведена в таблице 1.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Глазкова, Дина Викторовна, 2001 год

1. Abidi, F.E., Wada, М., Little, R.D., and Schlessinger, D. (1990) Yeast artificial chromosomes containing human Xq24-Xq28 DNA: Library construction and representation of probe sequence. Genomics 7: 363-376.

2. Abraham, H.N., Khan, A.S. (1990) Human endogenous retroviruses and immune disease. Clin. Immunol. Immunopathol. 56: 1-8.

3. Akopov, S.B., Nikolaev, L.G., Khil, P.P., Lebedev, Y.B., Sverdlov, E.D. (1998) Long terminal repeats of human endogenous retrovirus К family (HERV-K) specifically bind host cell nuclear proteins. FEBS Letters 421: 229-233.

4. Anand, R„ Riley, J.H., Butler, R., Smith, J.C., and Markham, A.F. (1990) A 3.5 genome equivalent multiaccess YAC library: Construction, characterization, screening and storage. Nucleic Acids Res. 18: 1951-1955.

5. Anderssen, S., Sjottem, E., Svineng, G., Johansen, T. (1997) Comparative analyses of LTRs of the ERV-H family of primate-specific retrovirus-like elements located from marmoset african green monkey and man. Virology 234:14-30.

6. Baban, S., Freeman, J.D., Mager, D.L. (1996) Transcripts from a novel KRAB zinc finger gene contain spliced Alu and endogenous retroviral segments. Genomics 33: 463-472.

7. Baird, D.M. and Royle, N.J. (1997) Sequences from higher primates orthologous to the human Xp/Yp telomere junction region reveal gross rearrangements and high levels of divergence. Hum. Mol. Genet. 6: 22912299.

8. Banfi, S., Ledbetter, S.A., Chinault, A.C., Zoghbi, H.Y. (1992) An easy and rapid method for the detection of chimeric yeast artificial chromosome clones. Nucl. Acids Res. 20:1814.

9. Barbulescu, M., Turner, G., Seaman, M.I., Deinard, A.S., Kidd, K.K., Lenz, J. (1999) Many human endogenous retrovirus К (HERV-K) proviruses are unique to humans. Curr. Biol. 9: 861-868.

10. Baust, C., Seifarth, W., Germaier, H., Hehlmann, R., Leib-Mosch, C. (2000) HERV-K-T47D-related long terminal repeats mediate polyadenylation of cellular transcripts. Genomics 66: 98-103.

11. Beattie T.L., Zhou W., Robinson M.O., Harrington L. (1998) Reconstitution of human telomerase activity in vitro. Curr Biol 8:177-180.

12. Belair, C.D., Yeager, T.R., Lopez, P.M., Reznikoff, C.A. (1997) Telomerase activity: a biomarker of cell proliferation, not malignant transformation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 13677-13682.

13. Bianchi, A., de Lange, T. (1999) Ku binds telomeric DNA in vitro. J. Biol. Chem. 274: 21223-21227.

14. Blasco, M.A., Rizen, M., Greider, C.W., Hanahan, D. (1996) Differential regulation of telomerase activity and telomerase RNA during multi-stage tumorigenesis. Nat Genet 2:200-204.

15. Blomberg, J., Nived, O., Pipkorn, R. et al. (1993) Antibodies reactive with evolutionary conserved retroviral gag peptide sequences in patients suffering from systemic lupus erythematosus (SLE). Arthritis Rheumatism 37' 57-66.

16. Boiler, K., Frank, H., Lower, J., Lower, R. and Kurth, R. (1983) Structural organization of unique retrovirus-like particles budding from human teratocarcinoma cell lines. J. Gen. Virol. 64: 2549-2559.

17. Bradford M.M. (1976) A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal Biochem 72: 248-54.

18. Bradshaw, M.S., Bollekens, J.A., Ruddle, F.H. (1995) A new vector for recombination-based cloning of large DNA fragments from yeast artificial chromosomes. Nuci. Acids Res. 23: 4850-4856.

19. Bratthauer, G.L., Cardiff, R.D., Fanning, G.T. (1994) Expression of LINE-1 retrotransposons in human breast cancer. Cancer 73: 2333-2336.

20. Britten, R.J. (1994) Evolutionary selection against change in many Alu repeat sequences interspersed through primate genomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 5992-5996.

21. Britten, R.J. (1996) Cases of ancient mobile element DNA insertions that now affect gene regulation. Mol. Phylogenet. Evol. 5: 13-17.

22. Brookes, S. M., Pandolfino, Y. A., Mitchell, T. J. et al. (1992) The immune response to and expression of cross-reactive retroviral gag sequences in autoimmune disease. Br. J. Rheumatol 31: 735-42.

23. Brosius, J. and Tiedge, H. (1995) Reverse transcriptase: mediator of genomic plasticity. Virus Genes 11: 163-179.

24. Brown, W. R. A. (1989) Molecular cloning of human telomeres in yeast. Nature (London) 338: 774-776.

25. Brown, W.R.A., MacKinnon, P.J., Villasante, A., Spurr, N., Buckle, V.J., Dobson, M.J. (1990) Structure and polymorphism of human telomere-associated DNA. Cell: 63: 119-132.

26. Brownstein, B.H., Silverman, G.A., Little, R.D., Burke, D.T., Korsmeyer, S.J., Schlessinger, D., and Olson, M.V. (1989) Isolation of single human genes from a library of yeast artificial chromosome clones. Science 244: 1348-1351.

27. Burke, D.T., Carle, G.F. and Olson, M.V. (1987) Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artificial chromosome vectors. Science 236: 806-812.

28. Candau, R., Chavez, S., Beato, M. (1996) The hormone responsive region of mouse mammary tumor virus positions a nucleosome and precludes access of nuclear factor I to the promoter. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 57: 19-31.

29. Chang, E., Welch, S., Luna, J., Giacalone, J., and Francke, U. (1993) Generation of a human chromosome 18-specific YAC clone collection and mapping of 55 unique YACs by FISH and fingerprinting. Genomics 17: 393402.

30. Charlieu, J.-P., Roizes, G., Marcais, В., and Bellis, M. (1991) Construction of a new yeast artificial chromosome vector containing ТЗ, T7, promoters and Not\ sites. Bio-Techniques 10: 317-319.

31. Cheng, J.-F., Smith, C.L., and Cantor, C.R. (1989) Isolation and characterization of a human telomere. Nucleic Acids Res. 17: 6109-6127.

32. Coffin, J. (1984) Endogenous viruses. In: Weiss, R., Teich, N., Varmus, H., Coffin, J. eds. RNA Tumour Viruses. 2nd edn. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 1984: 1109-1203.

33. Cohen, M. and Larsson, E. (1988) Human endogenous retroviruses. Bioessays 9: 191-196.

34. Colgin, L.M. and Reddel, R.R. (1999) Telomere maintenance mechanisms and cellular immortalization. Curr. Opin. Gen. Dev. 9: 97-103.

35. Collins, K. (2000) Mammalian telomeres and telomerase. Curr. Opin. Cell Biol. 12: 378-383.

36. Conrad, В., Weissmahr, R.N., Boni, J. et al. (1997) A human endogenous retroviral superantigen as candidate autoimmune gene in type I diabetes. Cell 90: 303-313.

37. Cooke, H. and Cross, S. (1988) PYAC-4 Neo, a yeast artificial chromosome vector which codes for G418 resistance in mammalian cells. А/ас/. Acid Res. 16: 11817.

38. Coulson, A., Waterston, R., Kiff, J., Sulston, J., and Kohara, Y. (1988) Genome linking with yeast artificial chromosomes. Nature 335: 184-186.

39. Cramer, P., Pesce, C.G., Baralle, F.E., Kornblihtt, A.R. (1997) Functional association between promoter structure and transcript alternative splicing. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 11456-11460.

40. Criswell, T. L. and Bradshaw, S. (1998) Transfer of P1 inserts into a yeast-bacteria shuttle vector by co-transformation mediated homologous recombination. Nucl. Acids Res. 26: 3611-3613.

41. Cross, S.H., Allshire, R.C., McKay, S.J., McGill, N.I., and Cooke, H.J. (1989) Cloning of human telomeres by complementation in yeast. Nature 338: 771-774.

42. Davey, C., Pennings, S., Allan, J. (1997) CpG methylation remodels chromatin structure in vitro. J. Mol. Biol. 267: 276-288.

43. De Lange, T. (1998) Telomeres and senescence: ending the debate. Science 279: 334-335.

44. De Lange, Т., Shiue, L„ Myers, R„ Cox, D.R., Naylor, S.L., Killery, A.M., Varmus, H.E. (1990) Structure and variability of human chromosome ends. Mol. Cell. Biol. 10: 518-527.

45. De Valck, D., Jin, D.Y., Heyninck, K., Van de Craen, M., Contreras, R., Fiers, W., Jeang, K.T., Beyaert, R. (1999) The zinc finger protein A20 interacts with a novel anti-apoptotic protein which is cleaved by specific caspases. Oncogene 18: 4182-4190.

46. Degryse, E., Dumas, В., Dietrich, M., Laruelle, L. and Achstetter, T. (1995) In vivo cloning by homologous recombination in yeast using a two-plasmid-based system. Yeast 11: 629-640.

47. Deininger, P.L., Batzer, A., Hutchison III, C.A., Edgel, M.H. (1992) Master genes in mammalian repetitive DNA replication. Trends Genet. 8: 307-311.

48. Den Dunnen, J.T., Grootscholten, P.M., Dauwerse, J.D., Monaco, A.P., Walker, A.P., Butler, R., Anand, R., Coffey, A.J., Bentley, D.R., Steensma,

49. H.Y., and Van Ommen, G.J.B. (1992) Reconstruction of the 2.4 MB human DMD-gene by homologous YAC recombination. Hum. Mol. Genet. 1: 19-28.

50. Dillon, N. and Grosveld, F. (1993) Transcriptional regulation of multigene loci: multilevel control. Trends Genet. 9: 134-137.

51. Ding, J., Hayashi, M.K., Zhang, Y., Manche, L., Krainer, A.R., Xu, R. (1999) Crystal structure of the two-RRM domain of hnRNP A1 (U1) complexed with single-stranded telomeric DNA. Genes Dev. 13: 1103-1115.

52. Dokal, I. (1996) Dyskeratosis congenita: an inherited bone marrow failure syndrome. Br. J. Haematol. 92: 775-779.

53. Domansky, A.N., Kopantzev, E.P., Snezhkov, E.V., Lebedev, Y.B., Leib-Mosch, C., Sverdlov, E.D. (2000) Solitary HERV-K LTRs possess bidirectional promoter activity and contain a negative regulatory element in the U5 region. FEBS Letters 472: 191-195.

54. Donis-Keller, H., Green, P., Helms, C., Cartinhour, S., Weiffenbach, В., Stephens, K„ Keith, T.P., Bowden, D.W., Smith, D.R., Lander, E.S. et al (1987) A genetic linkage map of the human genome. Cell 51:319-337.

55. Ehretsmann, C.P., Chandler, L.A., Bourgeois, S. (1995) A nuclear posttranscriptional mechanism mediates the induction of fibronectin by glucocorticoids. Mol. Cell Endocrinol. 110: 185-194.

56. Eisfeld, K., Candau, R., Truss, M., Beato, M. (1997) Binding of NF1 to the MMTV promoter in nucleosomes: influence of rotational phasing, translational positioning and histone H1. Nucleic. Acid Res. 25: 3733-3742.

57. Eissenberg, J.C. and Eglin, S.C.R. (1991) Boundary function in the control of gene expression. Trends Genet. 7: 335-340.

58. Engelman, A. (1994) Most of the avian genome appears available for retroviral DNA integration. BioEssays 16: 797-799.

59. Erickson, J.R. and Johnston, M. (1993) Direct cloning of yeast genes from an ordered set of lambda clones in Saccharomyces cerevisiae by recombination in vivo. Genetics 134: 151-157.

60. Feuchter, A., and Mager, D. (1990) Functional heterogeneity of a large family of human LTR-like promoters and enhancers. Nucleic Acids Res. 18(5): 1261-1270.

61. Feuchter, A.E., Freeman, J.D., Mager, D.L. (1992) Strategy for detecting cellular transcripts promoted by human endogenous long terminal repeats: identification of a novel gene (CDC4L) with homology to yeast CDC4. Genomics 13: 1237-46.

62. Flint, J., Thomas, K., Micklem, G„ Raynham. H., Clark, K., Doggett, N.A., King, A., Higgs, D.R. (1997a) The relationship between chromosome structure and function at a human telomeric region. Nature Genet. 15: 252257.

63. Foulds, S., Wakefield, C.H., Giles, M. et al. (1993) Expression of a suppressive p15E-related epitope in colorectal and gastric cancer. Br. J. Cancer 68: 610-616.

64. Fragoso, G., John, S., Roberts, M.S., Hager, G.L. (1995) Nucleosome positioning on the MMTV LTR results from the frequency-biased occupancy of multiple frames. Genes Dev. 9: 1933-1947.

65. Fraser, C., Humphries, R.K., Mager, D.L. (1988) Chromosomal distribution of the RTVL-H family of human endogenous retrovirus-like sequences. Genomics 2: 280-287.

66. Frischauf, A.-M., Lehrach, H., Poustka, A., Murray, N. (1983) Lambda replacement vectors carrying polylinker sequences. J. Mol. Biol. 170: 827842.

67. Garza, D., Ajioka, J.W., Burke, D.T., and Hartl, D.L. (1989) Mapping the Drosophila genome with yeast artificial chromosomes. Science 246: 641646.

68. Gingrich, J.C., Lowry, S.R., Kuo, W.-L., Gray, J., Smith, C.L., and Cantor, C.R. (1993) Cloning and characterization of Eagl YACs from human chromosome 21. Genomics 15: 228-230.

69. Gnirke, A. and Huxley, C. (1991) Transfer of the human HPRT and GART genes from yeast to mammalian cells by microinjection of YAC DNA. Somat. Cell. Mol. Genet. 17: 573-580.

70. Goff, S.P. (1996) Operating under a Gag order: a block against incoming virus by the Fv1 gene. Cell 86: 691-693.

71. Goodchild, N.L., Wilkinson, D.A. and Mager, D.L. (1993) Recent evolutionary expansion of a family of RTVL-H human endogenous retrovirus-like elements. Virology 196: 778-788.

72. Goodchild, N.L., Wilkinson, D.A., Mager, D.L (1992) A human endogenous long terminal repeat provides a polyadenylation signal to a novel, alternatively spliced transcript in normal placenta. Gene 121: 278-94.

73. Gottschling, D.E., Aparicio, O.M., Billington, B.L., and Zakian, V.A. (1990) Position effect at S.cerevisiae telomeres: reversible repression of Pol II transcription. Cell 63: 751-762.

74. Gotzinger, N., Sauter, M., Roemer, K., Mueller-Lantzsch, N. (1996) Regulation of human endogenous retrovirus-K Gag expression in teratocarcinoma cell lines and human tumours. J. Gen. Virol. 77: 2983-2990.

75. Green, E.D. and Olson, M.V. (1990) Chromosomal region of the cystic fibrosis gene in yeast artificial chromosomes: A model for human genome mapping. Science 250: 94-98.

76. Green, E.D., Riethman, H.C., Dutchik, J.E., Olson, M.V. (1991) Detection and characterization of chimeric yeast artificial chromosome clones. Genomics 11: 658-669.

77. Griffith, G.D., Comeau, L., Rosenfield, S., Stansel, R.M., Bianchi, A., Moss, H., de Lange, T. (1999) Mammalian telomeres end in a large duplex loop. Cell 97: 503-514.

78. Grzeschik K-H., Tsui L-C., Green E.D. (1994) Report of the first international workshop on human chromosome 7 mapping 1993. Cytogenet. Cell Genet. 65: 52-73.

79. Guzman, P., and Ecker, J. (1988) Development of large DNA methods for plants: Molecular cloning of large segments of Arabidopsis and carrot DNA into yeast. Nucleic Acids Res. 16: 11091-11105.

80. Нага, I., Izui, S., Dixon, F.J. (1982) Murine serum glycoprotein gp70 behaves as an acute phase reactant. J. Exp. Med. 155: 345-357.

81. Harley, C.B., Futcher, A.B., Greider, C.W. (1990) Telomeres shorten during ageing of human fibroblasts. Nature 345:458-460.

82. Harris, D.T., Cianciolo, G.J., Snyderman, R. et al. (1987) Inhibition of human natural killer cell activity by a synthetic peptide homologous to a conserved region in the retroviral protein, p15E. J. Immunol. 138: 889-894.

83. Hartwell, L.H. and Smith, D. (1985) Altered fidelity of mitotic chromosome transmission in cell cycle mutants of S. cerevisiae. Genetics 110: 381-395.

84. Hata, K. and Sakaki, Y. (1997) Identification of critical CpG sites for repression of L1 transcription by DNA methylation. Gene 189: 227-234.

85. Henderson, E.H. (1995) Telomere DNA structure. In Telomeres. Edited by Blackburn,E., Greider, C. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 11 -34.

86. Hinnen, A., Hicks, J.В., and Fink, G.R. (1978) Transformation of yeast. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75: 1929-1933.

87. Holt S.E., Aisner D.L., Baur J., Tesmer V.M., Dy M., Ouellette M., Trager J.В., Morin G.B., Toft D.O., Shay J.W., et al (1999) Functional requirement of p23 and hsp90 in telomerase complexes. Genes Dev. 13: 817-826.

88. Hsieh, C.-L., and Lieber, M.R. (1992) CpG methylated minichromosomes become inaccessible for V(D)J recombination after undergoing replication. EMBOJ. 11: 315-325.

89. Hurst, L.D. and Hurst, G.D.D. (1996) Genomic revolutionaries rise up. Nature 384: 317-318.

90. Jurka, J., and Klonowski, P. (1996) Integration of retroposable elements in mammals: selection of target sites. J. Mol. Evol. 43: 685-689.

91. Jurka, J., and Milosavljevic, A. (1991) Reconstruction and analysis of human Alu genes. J. Mol. Evol. 32: 105-121.

92. Kapitonov, V. and Jurka, J. (1996) The age of Alu subfamilies. J. Mol. Evol. 42: 59-65.

93. Kapitonov, V.V. and Jurka, J. (1999) The long terminal repeat of an endogenous retrovirus induces alternative splicing and encodes anadditional carboxy-terminal sequence in the human leptin receptor. J. Mol. Evol. 48: 248-251.

94. Karlseder, J., Broccoli, D., Dai, Y., Hardy, S., de Lange, T. (1999) p53-and ATM-dependent apoptosis induced by telomeres lacking TRF2. Science 283: 1321-1325.

95. Kass, S.U., Pruss, D„ Wolffe, A.P. (1997) How does DNA methylation repress transcription. Trends Genet. 13: 444-449.

96. Kato, N., Shimotohno, K., VanLeeuwen, D. and Cohen, M. (1990) Human proviral mRNAs down regulated in choriocarcinoma encode a zinc finger protein related to Kruppel. Mol. Cell. Biol. 10: 4401-4405.

97. Kazazian, H.H.Jr. (1998) Mobile elements and disease. Curr. Opin. Gen. Dev. 8: 343-350.

98. Ketner, G., Spencer, F., Tugendreich, S., Connelly, C., Hieter, P. (1994) Efficient manipulation of the human adenovirus genome as an infectious yeast artificial chromosome clone. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 91: 61866190.

99. Khil, P.P., Kostina, M.B., Azhikina, T.L., Kolesnik, T.B., Lebedev, Yu.B., Sverdlov, E.D. (1997) Structural features of four long terminal repeats of human endogenous retroviruses and their integration sites. Russian J. Bioorg. Chem. 23: 406-411.

100. Kidwell, M.G. and Lisch, D (1997) Transposable elements as source of variations in animals and plants. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 7704-7711.

101. Kim, S., Kaminker, P., Campisi, J. (1999) TIN2, a new regulator of telomere length in human cells. Nat. Genet. 23: 405-412.

102. Kipling, D. (1995) The telomere. Oxford University Press, Oxford.

103. Kiyono, Т., Foster, S.A., Koop, J.I., McDougall, J,K„ Galloway, D.A., Kii.gelhutz, A.J. (1998) Both Rb/p16INK4a inactivation and telomerase activity are required to immortalize human epithelial cells. Nature 396: 8488.

104. Kjellman, С., Sjogren, H.O. and Widegren, В. (1995) The Y chromosome: a graveyard for endogenous retroviruses. Gene 161: 163-170.

105. Kjellman, C„ Sjorgen, H.O., Salford, L.G., Widegren, B. (1999) HERV-F (XA34) is a full-length human endogenous retrovirus expressed in placental and fetal tissues. Gene 239: 99-107.

106. Knight, S.J.L., Lese, C.M., Precht, K.S., Kuc, J., Ning, Yi., Lucas, S., Regan, RM et al. (2000) Optimized set of human telomere clones for studying telomere integrity and architecture. Am. J. Hum. Genet. 67: 320332.

107. Knight, S.J.L., Regan, R., Nicod, A., Horsley, S.W., Kearney, L., Homfray, Т., Winter, R.M., et al. (1999) Subtle chromosomal rearrangements in children with unexplained mental retardation. Lancet 354: 1676-1681.

108. Knossl, M., Lower, R., Lower, J. (1998) Expression of the human endogenous retrovirus HTDV/HERV-K is enhanced by cellular transcription factor YY1. J. Virol. 73: 1254-1261.

109. Kouprina, N., Eldarov, M., Moyzis, R., Resnick, M. and Larionov, V. (1994) A model system to assess the integrity of mammalian YACs during transformation and propagation in yeast. Genomics 21: 7-17.

110. Kouprina, N., Graves, J., Resnick, M.A., Larionov, V. (1997) Specific isolation of human rDNA genes by TAR-cloning. Gene 197: 269-276.

111. Kouprina, N., Nikolaishvili, N., Graves, J., Koriabine, M., Resnick, M.A., Larionov, V. (1999) Integrity of human YACs during propagation in recombination-deficient yeast strains. Genomics 56: 262-273.

112. Kowalski, P.E. and Mager, D.L. (1998) A human endogenous retrovirus suppresses translation of an associated fusion transcript, PLA2L. J. Virol. 72: 6164-6168.

113. Kowalski, P.E., Freeman, J.D., Mager, D.L. (1999) Intergenic splicing between a HERV-H endogenous retrovirus and two adjacent human genes. Genomics 57: 371-379.

114. Kowalski, P.E., Freeman, J.D., Nelson, D.T., Mager, D.L. (1997) Genomic structure and evolution of a novel gene (PLA2L) with duplicated phospholipase A2-like domains. Genomics 39: 38-46.

115. Krieg A.M., Gourley, M.F., Perl, A. (1992) Endogenous retroviruses: potential etiologic agents in autoimmunity. FASEB J. 6: 2537-2544.

116. Krieg, A.M., Gause, W.C., Gourley, M.F. et al. (1989) A role for endogenous retroviral sequences in the regulation of lymphocyte activation. J. Immunol. 143: 2448-2451.

117. Krieg, A.M., Steinberg, A.D. (1990) Retroviruses and autoimmunity. J. Autoimmun. 3: 137-66.

118. Kuspa,A., Vollrath, D., Cheng, Y., and Kaiser, D. (1989) Physical mapping of the Myxococcus xanthus genome by random cloning in yeast artificial chromosomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 8917-8921.

119. La Branche, H., Dupuis, S., Ben-David, Y., Bani, M., Wellinger, R.J., Chabot, B. (1998) Telomere elongation by hnRNP A1 and a derivative that interacts with telomeric repeats and telomerase. Nat. Genet. 19: 199-202.

120. Larin, Z., Monaco, A.P., and Lehrach, H. (1991) Yeast artificial chromosome libraries containing large inserts from mouse and human DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 4123-4127.

121. Larionov V., Kouprina N., Solomon G., Barrett, J.C., and Resnick, M.A. (1997) Direct isolation of human BRCA gene by transformation-associated recombination in yeast. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94: 7384-7387.

122. Larionov, V. (1998) Direct isolation of specific chromosomal regions and entire genes by TAR-cloning. Genet. Eng. Princ. Methods 21: 141-159.

123. Larionov, V., Kouprina, N., Graves, J. and Resnick, M.A. (1996a) Specific cloning of human DNA as yeast artificial chromosomes by transformation-associated recombination. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 491-496.

124. Larionov, V., Kouprina, N., Nikolaishvili, N., and Resnick, M. (1994) Recombination during transformation as a source of chimeric mammalian artificial chromosomes in yeast (YACs). Nuci. Acids Res. 22: 4154-4161.

125. Larsen, F., Gundersen, G., Lopez, R., Prydz, H. (1992) CpG islands as gene markers in the human genome. Genomics, 13: 1095-1107.

126. Larsson, E., and Andersson, G. (1998) Beneficial role of human endogenous retroviruses: facts and hypotheses. Scand. J. Immunol. 48: 329-338.

127. Larsson, E., Kato, N. and Cohen, M. (1989) Human endogenous proviruses. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 148: 115-132.

128. Ledbetter, D.H. (1992) Minireview: cryptic translocation and telomere integrity. Am. J. Hum. Genet 51: 451-456.

129. Leib-Mosch, C. and Seifarth, W. (1996) Evolution and biological significance of human retroelements. Virus Genes 11: 133-145.

130. Leib-Mosch, C., Brack-Werner, R., Werner, Т., Bachmann, M., Faff, 0., Erfle, V., and Hehlmann, R. (1990) Endogenous retroviral elements in human DNA. Cancer Res. 50: 5636s-5642s.

131. Leib-Mosch, C., Haltmeier, M., Werner, Т., Geigl, E. M., Brack-Werner, R., Francke, U., Erfle, V. and Hehlmann, R. (1993) Genomic distribution and transcription of solitary HERV-K LTRs. Genomics 18: 261-269.

132. Lengauer C., Green E.D. and Cremer T. (1992) Fluorescence in situ hybridization of YAC clones after Alu-PCR amplification. Genomics 13: 826828.

133. Li, M.D., Branson, D.L., Lemke, T.D. and Faras, A.J. (1995) Restricted expression of new HERV-K members in human teratocarcinoma cells. Virology 208: 733-741.

134. Li, M.D., Lemke, T.D., Branson, D.L. and Faras, A.J. (1996) Synthesis and analysis of a 640-bp pol region of novel human endogenous retroviral sequences and their evolutionary relationships. Virology 217: 1-10.

135. Ling, L. and Goeddel, D.V. (2000) T6BP, a TRAF6-interacting protein involved in IL-1 signaling. Proc. Nat. Acad. Sci. 97: 9567-9572.

136. Lingner J., Hughes, T.R., Shevchenko, A., Mann, M., Lundblad , V., Cech, T.R. (1997) Reverse transcriptase motifs in the catalytic subunit of telomerase. Science 276: 561-567.

137. Little, R., Pilia, G., Johnston, S., D'Urso, M., Schlessinger, D. (1992) Yeast artificial chromosomes spanning 8 megabases and 10-15 centimorgans of human cytogenetic band Xq26. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 177-181.

138. Lorenz, M.C., Muir, R.S., Lim, E., McElver, J., Weber, S.C., and Heitman, J. (1995) Gene disruption with PCR products in Saccharomyces cerevisiae. Gene 158: 113-117.

139. Lower, R., Lower, J., Kurth, R. (1996) The viruses in all of us: characteristics and biological significance of human endogenous retrovirus sequences. Proc. Natl.Acad. Sci. USA 93: 5177-5184.

140. Luciw, P.A., and Leung, N.J. (1992) Mechanism of retrovirus replication. In J. A. Levy (ed.), The Retroviridae, vol.1 Plenum Press, New York, N. Y., 159-298.

141. Ma, H., Kunes, S., Schatz, P.J. and Botstein, D. (1987) Plazmid construction by recombination in yeast. Gene 58: 201-216.

142. Macina, R.A., and Riethman, H.C. (1992) Direct DNA hybridization screening of primary yeast transformants in the construction of targeted yeast artificial chromosome (YAC) libraries. Genet. Anal. Tech. Appl. 9: 5863.

143. Macina, R.A., Morii, K., Hu, X.L., Negorev, D.G., Spairs, C., Ruthig, L.A. and Riethmam, H.C. (1995) Molecular cloning and RARE cleavage mapping of human 2p, 6q, 8q, 12q, and 18q telomeres. Genome Res. 5: 225-232.

144. Mager, D.L. (1989) Polyadenylation function and sequence variability of the long terminal repeats of the human endogenous retrovirus-like family HERV-H. Virology 173: 591-599.

145. Mager, D.L., Hunter, D.G., Schertzer, M., Freeman, J.D. (1999) Endogenous retroviruses provide the primary polyadenylation signal for two new human genes (HHLA2 and HHLA3). Genomics 59: 255-263.

146. Marchuk, D., and Collins, F.S. (1988) pYAC-RC, A yeast artificial chromosome vector for cloning DNA cut with infrequently cutting restriction endonucleases. Nucl. Acids Res. 16: 7743.

147. Martin, S.L., Voliva, C.F., Burton, F.H., Edgel, M.H., Hutchison III, C.A. (1984) A large interspersed repeat found in mouse DNA contains a long open reading frame that evolves as if it encodes a protein.Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81: 2308-2312.

148. McCormick, M.K., Shero, J.H., Cheung, M.C., Kan, Y.W., Hieter, P.A., and Antonarakis, S.E. (1989) Construction of human chromosome 21-specific yeast artificial chromosomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 9991-9995.

149. McCracken, S., Fong, N., Yankulov, K., Ballantyne, S., Pan, G., Greenblat, J., Patterson, S.D., Wickens, M., Bentley, D. (1997) The C-terminal domain of RNA polymerase II couples mRNA processing to transcription. Nature 385: 357-361.

150. Medstrand, P., and Mager, D.L. (1998) Human-specific integrations of the HERV-K endogenous retrovirus family. J. Virol. 72: 9782-9787.

151. Medstrandt, P., Mager, D.L., Yin, H., Dietrich, U., Blomberg, J. (1997) J. Gen. Virol. 78: 1731-1744.

152. Lingner J., Hughes, T.R., Shevchenko, A., Mann, M., Lundblad , V., Cech, T.R. (1997) Reverse transcriptase motifs in the catalytic subunit of telomerase. Science 276: 561-567.

153. Little, R„ Pilia, G., Johnston, S., D'Urso, M., Schlessinger, D. (1992) Yeast artificial chromosomes spanning 8 megabases and 10-15 centimorgans of human cytogenetic band Xq26. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 177-181.

154. Lorenz, M.C., Muir, R.S., Lim, E., McElver, J., Weber, S.C., and Heitman, J. (1995) Gene disruption with PCR products in Saccharomyces cerevisiae. Gene 158: 113-117.

155. Lower, R., Lower, J., Kurth, R. (1996) The viruses in all of us: characteristics and biological significance of human endogenous retrovirus sequences. Proc. Natl.Acad. Sci. USA 93: 5177-5184.

156. Luciw, P.A., and Leung, N.J. (1992) Mechanism of retrovirus replication. In J. A. Levy (ed.), The Retroviridae, vol.1 Plenum Press, New York, N. Y., 159-298.

157. Ma, H., Kunes, S., Schatz, P.J. and Botstein, D. (1987) Plazmid construction by recombination in yeast. Gene 58: 201-216.

158. Macina, R.A., and Riethman, H.C. (1992) Direct DNA hybridization screening of primary yeast transformants in the construction of targeted yeast artificial chromosome (YAC) libraries. Genet. Anal. Tech. Appl. 9: 5863.

159. Macina, R.A., Morii, K., Hu, X.L., Negorev, D.G., Spairs, C., Ruthig, L.A. and Riethmam, H.C. (1995) Molecular cloning and RARE cleavage mapping of human 2p, 6q, 8q, 12q, and 18q telomeres. Genome Res. 5: 225-232.

160. Mager, D.L. (1989) Polyadenylation function and sequence variability of the long terminal repeats of the human endogenous retrovirus-like family HERV-H. Virology 173: 591-599.

161. Mager, D.L., Hunter, D.G., Schertzer, M., Freeman, J.D. (1999) Endogenous retroviruses provide the primary polyadenylation signal for two new human genes (HHLA2 and HHLA3). Genomics 59: 255-263.

162. Marchuk, D., and Collins, F.S. (1988) pYAC-RC, A yeast artificial chromosome vector for cloning DNA cut with infrequently cutting restriction endonucleases. Nucl. Acids Res. 16: 7743.

163. Meehan, R., Lewis, J., Jeppesen, P., Bird, A. (1993) Methylated DNA binding proteins and chromatin structure. In: Chromosomes Today, 11, (ed. A.T. Sumner and A.C. Chandley), Chapman and Hall, London.

164. Mitchell, J.R., Wood, E., Collins, K. (1999) A telomerase component is defective in the human disease dyskeratosis congenita. Nature 402: 551555.

165. Monfouilloux, S., Avet-Loiseau, H., Amarger, V., Balazs, I., Pourcel, C., Vergnaud, G. (1998) Recent human-specific spreading of a subtelomeric domain. Genomics 51: 165-176.

166. Morales, C.P., Holt, S.E., Oulette, M„ Kaur, K.J., Yan, Y„ Wilson, K.S., White, M.A., Wright, W.E., Shay, J.W. (1999) Absence of cancer-associated changes in human fibroblasts immortalized with telomerase. Nat Genet 21: 115-118.

167. Mouchiroud, D., D'Onofrio, G., Aissani, В., Macaya, G., Gautier, C. (1991) The distribution of genes in the human genome. Gene 100: 181-187.

168. Muller, H.J. (1938) The remaking of chromosome. Collect Net 8: 182-195.

169. Murrey, A.W., Schultes, N.P., Szostak, J.V. (1986) Chromosome length controls mitotic chromosome segregation in yeast. Cell 45: 529-536.

170. Naas, T.P., DeBerardinis, R.J., Moran, J.V., Ostertag, E.M., Kingsmore, S.F., Seldin, M.F., Hayashizaki, Y., Martin, S.L. and Kazazian, H.H. (1998) An actively retrotransposing, novel subfamily of mouse L1 elements. EMBO J. 17: 590-597.

171. Nakagawa, K. and Harrison, L.C. (1996) The potential roles of endogenous retroviruses in autoimmunity. Immunol. Rev. 152: 193-236.

172. Nakamura, T.M., Morin, G.B., Chapman, K.B., Weinrich, S.L., Andrews, W.H., Lingner, J., Harley, C.B. and Cech, T.R. (1997) Telomerase catalytic subunit homologs from fission yeast and human. Science 277: 955-959.

173. Nakayama, J., Saito, M., Nakamura, H., Matsuura, A., Ishikawa, F. (1997) TLP1: a gene encoding a protein component of mammalian telomerase is a novel member of WD repeats family. Cell 88: 875-884.

174. Neil, D.L., Villasante, A., Fisher, R.B., Vetrie, D., Cox, B. and Tyler-Smith, C. (1990) Structural instability of human tandemly repeated DNA sequences cloned in yeast artificial chromosome vectors. Nucl. Acids Res. 18: 14211428.

175. Nelson, P.N. (1995) Retroviruses in rheumatic diseases. Ann. Rheum. Dis. 54: 441-442.

176. Nickoloff, J.A. (1992) Transcription enhances intrachromosomal homologous recombination in mammalian cells. Mol. Cell. Biol. 12: 53115318.

177. Norgen, S., Li, L.S., Luthman, H. (1994) Regulation of human insulin receptor RNA splicing in HepG2 cells: effects of glucocorticoid and low glucose concentration. Biochem. Biophys. Res. Commun. 199: 277-284.

178. O'Connel, C„ O'Brien, S„ Nash, W. and Cohen, M. (1984) ERV3, a full-length human endogenous provirus: chromosomal localization and evolutionary relationships. Virology 138: 225-235.

179. Oldenburg, K.R., Vo, K.T., Michaelis, S. and Paddon, C. (1997) Recombination-mediated PCR-directed plasmid construction in vivo in yeast. Nucl. Acids Res. 25: 451-452.

180. Ono, M., Kawakami, M., Ushikubo, H. (1987) Stimulation of expression of the human endogenous retrovirus genome by female steroid hormones in human breast cancer cell line T47D. J. Virol. 61: 2059-2062.

181. Ono, M„ Yasunaga, Т., Miyata, Т. and Ushikubo, H. (1986) Nucleotide sequence of human endogenous retrovirus genome related to the mouse mammary tumour virus genome. J. Virol. 60: 589-598.

182. Orr-Weave, T.L., Szostak, J.W., and Rothstein, C., (1981). Yeast transformation: A model system for the study of recombination. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78: 6354-6358.

183. Pachnis, V., Pevny, L., Rothstein, R. and Costantini, F. (1990) Transfer of a yeast artificial chromosome carrying human DNA from Saccharomyces cerevisiae into mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 5109-13.

184. Patience, C., Wilkinson, D.A. and Weiss, R.A. (1997) Our retroviral heritage. Trends Genet. 13: 116-120.

185. Paulson, K.E., Deka, N„ Schid, C.W., Misra, R„ Schinder, C.W., Rush, M.G., Kadyk, L. and Leinwand, L. (1985) A transposon-like element in human DNA. Nature 316: 359-361.

186. Pavan, W.J., Hieter, P. and Reeves, R.H. (1990) Modification and transfer into an embrional carcinoma cell line of a 360-kilobase human-derived yeast artificial chromosome. Mol. Cell Biol. 10: 4163-4169.

187. Pavelitz, Т., Rusche, L„ Matera, A.G., Scharf, J.M., Weiner, A.M. (1995) Concerted evolution of the tandem array encoding primate U2 snRNA occurs in situ, without changing the cytological context of the RNU2 locus. EMBO J. 14: 169-177.

188. Perl, A. and Banki, K. (1993) Human endogenous retroviral elements and autoimmunity: data and concepts. Trends Microbiol. 1: 153-156.

189. Perron, H., Garson, J.A., Bedin, F. et al. (1997) Molecular identification of a novel retrovirus repeatedly isolated from patients with multiple sclerosis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 7583-7588.

190. Pipkorn, R., Toth, L., Blomberg, J. (1996) Synthetic peptides derived from human endogenous retroviruses: Ab reactivity in human sera. In: Schneider, С. H., ed. Peptides in Immunology. London: John Wiley, 273-77.

191. Pompon, D. and Nicolas, A. (1989) Protein engineering by cDNA recombination in yeast: shuffling of mammalian cytochrome P450 functions. Gene 83: 15-24.

192. Popov, A.V., Butzler, C., Frippiat, J.-P., Lefranc, M.-P., and Bruggemann, M. (1996) Assembly and extension of yeast artificial chromosomes to build up a large locus. Gene 177:195-201.

193. Potier, M.-C., Kuo, W.L., Dutriaux, A., Gray, J., and Goedert, M. (1992) Construction and characterization of a yeast artificial chromosome library containing 1.5 equivalents of human chromosome 21. Genomics 14: 481483.

194. Price, С. M. (1999) Telomeres and telomerase: broad effects on cell growth. Curr. Opin. Gen. Dev. 9: 218-224.

195. Pritchard, C., Casher, D., Bull, L., Cox, D.R., Myer, R.M. (1990) A cloned segment for the telomeric region of human chromosome 4p is not detectably rearranged in Huntington's disease patients. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 7309-7313.

196. Qin, S., Zhang, J., Isaacs, C.M., Nagafuchi, S., Jani Sait, S.N., Abel, K.J., Higgins, M.J., Nowak, N.J., and Shows, T.B. (1993) A chromosome 11 YAC library. Genomics 16: 580-585.

197. Ragoussis, J., Trownsdale, J., and Markie, D. (1992) Mitotic recombination of yeast artificial chromosomes. Л/ас/. Acids Res. 20: 3135-3138.

198. Reddel, R.R. (1998) A reassessment of the telomere hypothesis of senescence. Bioessays 20: 977-984.

199. Repaske, R., Steele, P.E., O'Neill, R.R., Rabson, A.B. and Martin, M.A. (1985) Nucleotide sequence of a full-length human endogenous retroviral segment. J.Virol. 54: 764-772.

200. Riethman, H.C., Moyzis, R.K., Meyne, J., Burke, D.T., and Olson, M.V. (1989) Cloning human telomere DNA fragments into Saccharomyces cerevisiae using a yeast-artificial-chromosome vector. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 6240-6244.

201. Rotomondo, F. and Carle, G.F. (1994) Genetic selection of meiotic and mitotic recombinant yeast artificial chromosomes. Л/ас/. Acids Res. 22: 1208-1214.

202. Royle, N.J., Daird, D.M., and Jeffreys, A.J. (1994) A subterminal satellite located adjacent to telomeres in chimpanzees is absent from the human genome. Nat. Genet. 6: 52-56.

203. Runge, K.W., and Zakian, V.A. (1989) Introduction of extra telomeric DNA sequences into Saccharomyces cerevisiae results in telomere elongation. Mol. Cell. Biol. 9: 1448-1497.

204. Saccone, S., De Sario, A., Delia Valle, G. & Bernardi, G. (1992) The highest gene concentrations in the human genome are in telomeric bands of metaphase chromosomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 4913-4917.

205. Sassaman, D.M., Dombroski, B.A., Moran, J.V., Kimberland, M.L., Naas, T.P., DeBerardinis, R.J., Gabriel, A., Swergold G.D. and Kazazian, H.H.Jr. (1997) Many human L1 elements are capable of retrotransposition. Nat. Genet. 16: 37-43.

206. Schedl, A., Beerman, F., Thies, E., Montoliu, L., Kelsey, G., and Schutz, G. (1992). Transgenic mice generated by pronuclear injection of a yeast artificial chromosome. Nucl. Acid Res. 20: 3071-3077.

207. Scherdin, U., Rhodes, K., Breindl, M. (1990) J. Virol. 64: 907-912.

208. Scherer, S.W., Tompkins, B.J.F., and Tsui, L.-C. (1992) A human chromosome 7-specific genomic DNA library in yeast artificial chromosomes. Mamm. Genome 3: 179-181.

209. Schommer, S., Sauter, M., Krausslich, H.-G., Best, B. and Mueller-Lantzsch, N. (1996) Characterization of the human endogenous retrovirus К (HERV-K) proteinase. J. Gen. Virol. 77: 375-379.

210. Schon, U„ Seifarth, W„ Baust, C., Hohenadl, C., Erfle, V., Leib-Mosch, C. (2001) Cell type-specific expression and promoter activity of human endogenous retroviral long terminal repeats. Virology 279(1): 280-291.

211. Sears, D.D., Hieter, P., and Simchen, G. (1994) An implanted recombination hot spot stimulates recombination and enhances sister chromatid cohesion of heterologous YACs during yeast meiosis. Genetics 138: 1055-1065.

212. Seifarth, W., Skladny, H., Krieg-Schneider, F., Reichert, A., Hehlmann, R. and Leib-Mosch, C.J. (1995) Virology. 69: 6408-6416.

213. Shaffer, C.D.S., Wallrath, L.L., Eglin, S.C.R. (1993) Regulating genes by packaging domains: bits of heterochromatin in euchromatin. Trends Genet. 9: 35-37.

214. Chen, L., Wu, L., Sanlioglu, S., Chen, R., Mendoza, A.R., Dangel, A.W., Carroll, M.C., Zipf, W.B. and Yu, C.Y. (1994) J. Biol. Chem. 269: 8466-8476.

215. Shero, J.H., McCormick, M.K., Antonarakis, S.E., and Hieter, P. (1991) Yeast artificial chromosome vectors for efficient clone manipulation and mapping. Genomics 10: 505-508.

216. Sleister, H.M., Mills, K.A., Blackwell, S.E., Killary, A.M., Murray, J.C., and M?lone, R.E. (1992) Construction of a human chromosome 4 YAC pool and analysis of artificial chromosome stability. Nucleic Acids Res. 20: 34193425.

217. Smit, A.F. and Riggs A.D. (1995) MIRs are classic, tRNA-derived SINEs that amplified before the mammalian radiation. Nucleic Acids Res. 23(1): 98102.

218. Smit, A.F., Toth, G., Riggs, A.D., Jurka, J. (1995) Ancestral, mammalian-wide subfamilies of LINE-1 repetitive sequences. J. Mol. Biol. 246: 3401-17.

219. Smit, A.F.A. (1996) The origin of interspersed repeats in the human genome. Cur. Opinion in Genet. & Development 6: 743-748.

220. Smith, D.R. (1994) Vectors and host strains for cloning and modification of yeast artificial chromosomes. In: YAC libraries. Ed. Nelson, D. L. And Brownstein, В. H.; W. H. Freeman and Company.

221. Smith, D.R., Smyth, A.P., and Moir, D.T. (1990) Amplification of large artificial chromosomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 8242-8246.

222. Smith, D.R., Smyth, A.P., and Moir, D.T. (1992) Copy number amplification of yeast artificial chromosomes. In Methods in Enzymology Recombinant DNA, Part G, Vol.216. R. Wu, ed., Academic Press, New York, 603-614.

223. Smith, SM Giriat, I., Schmitt, A., de Lange, T. (1998) Tankyrase, a poly(ADP ribose) polymerase at human telomeres. Science 282: 1484-1487.

224. Smith, T.M., Lee, M.K., Szabo, C.I., Jerome, N., McEuen, M„ Taylor, M., Hood, L., King, M.C. (1996) Genome Res. 6:1029-1049.

225. Smorgorzewska, A., van Steensel, В., Bianchi, A., Oelmann, S., Schaefer, M.R., Schnapp, G., de Lange, T. (2000) Control pf human telomere length by TRF1 and TRF2. Mol. Cell Biol. 20: 1659-68.

226. Spencer, F., Hugerat, Y., Simchen, G. et al. (1994) Yeast karl mutants an effective method for YAC transfer to new hosts. Genomics 22: 118-126.

227. Steinhuber, S., Brack, M., Hunsman, G., Schwelberger, H., Dierich, M.P., Vogetseder, W. (1995) Distribution of human endogenous retrovirus HERV-K genomes in humans and different primates. Hum. Genet. 96: 188-192.

228. Stinchcomb D.T., Thomas M., Kelly I., Selker, E., Davis, R. W. (1980) Eucaryotic DNA segments capable of autonomous replication in yeast. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 77: 4559-4563.

229. Gtrazzullo, M., Parisi, Т., Di Cristofano, A., Rocchi, M., La Mantia, G. (1998) Characterization and genomic mapping of chimeric ERV9 endogenous retroviruses-host gene transcripts. Gene 206: 77-83.

230. Strazzulo, M., Majello, В., Lania, L., La Mantia, G. (1994) Mutational analysis of the human endogenous ERV9 proviruses promoter region. Virology 200: 686-695.

231. Sverdlov, E.D. (1998) Perpetually mobile footprints of ancient infections in human genome. FEBS Lett. 428: 1-6.

232. Sverdlov, E.D. (2000) Retroviruses and primate evolution. BioEssays 22: 161-171.

233. Takeuchi, K., Katsumata, K., Ikeda, H. et al. (1995) Expression of endogenous retroviruses, ERV3 and lambda 4-1, in synovial tissues from patients with rheumatoid arthritis. Clin. Exp. Immunol. 99: 338-44.

234. Teather, R.M., and Wood, P.J. (1982) Use of Congo red-polysaccharide interactions in enumeration and characterization of cellulolytic bacteria from the bovine rumen. Appl Environ Microbiol 43: 777-80.

235. Temin, H.M. (1992) Origin and general nature of retroviruses. In The Retroviridae, ed. Levy, J. A. (Plenum, New York), v. 1, 1-18.

236. Theis, J.F. and Newlon, C.S. (1997) The ARS309 chromosomal replicator of Saccharomyces cerevisiae depends on an exceptional ARS consensus sequence. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 10786-10791.

237. Tosi, S., Schere, S.W., Giudici, G., Czepulkowski, В., Biodi, A., Kearney, L. (1999) Delineation of multiple deleted region in 7q in myeloid disorders. Genes Chromosomes Cancer 25: 384-392.

238. Traver, C.N., Klapholz, S., Hyman, R.W., and Davis, R.W. (1989) Rapid screening of a human genomic library in yeast artificial chromosomes for single-copy sequences. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 5898-5902.

239. Truss, M„ Bartsch, J., Hache, R. S„ Beato, M. (1993) Chromatin structure modulates transcription factor binding to the mouse mammary tumor virus (MMTV) promoter. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 47:1-10.

240. Van Steensel, В., Smogorzewska, A., de Lange, T. (1998) TRF2 protects human telomeres from end-to-end fusion. Cell 92: 401-413.

241. VanGeel, M., Heather, L.J., Lyle, R., Hewitt, J.E., Frants, R.R., deJong, P.J. (1999) The FSHD region on human chromosome 4q35 contains potential coding regions among pseudogenes and a high density of repeat elements. Genomics 61: 55-65.

242. Venables, P.J.W., Brookes, S.M., Griffiths, D., Weiss, R.A. and Boyd, M.T. (1995) Abundance of an endogenous retroviral envelope protein in placental trophoblasts suggests a biological function. Virology 211: 589-592.

243. Vocero-Akbani, A., Helms, C., Wang, J-C., Sanjurjo, F.J., Korte-Sarfaty, J., Viele, R.A., Liu, L., Jauch, A., Burgess, A.K., Hing, A.V., Holt, M.S.,

244. Ramachandra, S. et al. (1996) Mapping human telomere regions with YAC and P1 clones: chromosome-specific markers for 27 telomeres including 149 STSs and 24 polymorphisms for 14 proterminal regions. Genomics. 36: 492506.

245. Volkmer, E. and Karnitz, L.M. (1999) Human homologs of Schizosaccharo-myces pombe Rad1, Hus1, and Rad9 form a DNA damage-responsive protein complex. J. Biol. Chem. 274: 567-570.

246. Wada, M., Abe, K., Okumura, K., Taguchi, H., Kohno, K., Imamoto, F., Schlessinger, D., Kuwano, M. (1994) Chimeric YACs were generated at unreduced rates in conditions that suppress coligation. Nucl. Acids Res. 22: 1561-1564.

247. Weinberg, R.A. (1980) Origin and roles of endogenous retroviruses. Cell 22: 643-644.

248. Wilkie, A.O.M., Lamb, J., Harris, P.S., Finney, R.D., Higgs, D.R. (1990) A truncated human chromosome 16 associated with a-thalassaemia is stabilized by addition of telomeric repeat (TTAGGG)n. Nature 346: 868-871.

249. Wilkinson, D.A., Mager, D.L. and Leong, J.A.C. (1994) Endogenous human retroviruses, in J.A. Levy (ed.), The Retroviridae, vol.3 Plenum Press, New York., 465-535.

250. Withers-Ward, E.S., Kitamura, Y., Barnes, J.P., Coffin, J.M. (1994) Distribution of targets for avian retrovirus DNA integration in vivo. Genes Dev. 8: 1473-1487.

251. Wolffe, A.P. (1994) Nucleosome positioning and modification: chromatin structures that potentiate transcription. Trends Biochem. Sci. 19: 240-244.

252. Wood, T.M. and Bhat, K.M. (1988) Methods for measuring cellulase activities. Methods Enzymol. 160: 87-112.

253. Woodcock, D.M., Lawler, C.B., Linsenmeyer, M.E., Doherty, J.P., Warren, W.D. (1997) Asymmetric methylation in the hypermethylated CpG promoter region of the human L1 retrotransposon. J. Biol. Chem. 272: 7810-7816.145

254. Yoder, J.A., Walsh, С.P. and Bestor, Т.Н. (1997) Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites. Trends Genet. 13, 335-340.

255. Zakian, V.A. (1995) Telomeres: beginning to understand the end. Science 270: 1601-1607.

256. Арман, И.П., Лечилина, С.П., Семенова, В.Д., Грановский, Н.Н., Жданов, В.М. (1984) Репликация гибридных плазмид, содержащих полный геном вируса SV40, в трансформантах дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Молекул, генет., микробиол. и вирусол. 8: 17-23.

257. Артамонова, И.И., Городенцева, Т.Н., Лебедев, Ю.Б., Свердлов, Е.Д. (2000) Неслучайное распределение эндогенных ретровирусных регуляторных элементов HERV-K LTR на 22-й хромосоме человека. ДАН 372:401-403.

258. Маниатис, Т., Фрич, Э., Сэмбрук, Дж. Молекулярное клонирование. М 1984.

259. Хесин Р. Б. "Непостоянство генома" М.,"Наука" 1985.