Структурный полиморфизм ДНК в растворах гомологичных фрагментов и его влияние на выявление точечных мутаций в опухолях тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.00.14, кандидат медицинских наук Несчастнова, Анна Александровна

• Несчастнова, Анна Александровна
• кандидат медицинских наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат медицинских наук Несчастнова, Анна Александровна

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ДЕТЕКЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ НАРУШЕНИЙ, АССОЦИИРОВАННЫХ С РАЗВИТИЕМ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ

ЗАБОЛЕВАНИЙ.

2.1. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ НАРУШЕНИЯ - ОСНОВНОЕ ПАТОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ЗВЕНО ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ.

2.1.1. Роль изменений ДНК, происходящих на терминальном уровне, в развитии онкологических заболеваний.

2.1.1.1. Рецессивные мутации в генах супрессорах опухолевого роста.

2.1.1.2. Нарушения в генах ферментов репарации.

2.1.1.3. Нарушения в генах, ответственных за метаболизм ксенобиотиков.

2.1.1.4. Изменения сбалансированности генома при наследственных неонкологических заболеваниях.

2.1.2. Соматические мутации, ассоциированные с онкологическими заболеваниями.

2.1.2.1. Нарушения в структуре онкогенов и генов супрессоров опухолевого роста

2.1.2.2. Нарушения структуры гена р53, ассоциированные с онкологическими заболеваниями.

2.1.2.3. Генетические нарушения, затрагивающие микросателлитные локусы.

2.2. МЕТОДЫ ДЕТЕКЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ НАРУШЕНИЙ, АССОЦИИРОВАННЫХ С РАЗВИТИЕМ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ.

2.2.1. Цитогенетические методы анализа генома клетки.

2.2.2. Метод блот-гибридизации по Саузерну.

2.2.3. Методы, основанные на ПЦР.

2.2.3.1. Используемые модификации ПЦР.

2.2.3.2. Анализ микросателлитной нестабильности (MSI) и потери гетерозиготности по микросателлитным локусам (LOH).

2.2.3.3. Тест на наличие укороченного белка (Protein truncation test).

2.2.3.4. Детекция точечных мутаций ДНК.

2.2.3.5. Методы детекции точечных мутаций известной локализации.

2.2.3.6. Методы детекции точечных мутаций неизвестной локализации.

2.2.3.7. Методы детекции точечных мутаций, опосредованные формированием гетеродуплексов.

2.3. ХИМИЧЕСКАЯ МОДИФИКАЦИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ.

2.3.1. Описание химических реакций, используемых для модификации нуклеиновых кислот.

2.3.2. Природа реакционных центров.

2.3.3. Влияние ионизации.

2.3.4. Химическое расщепление полинуклеотидных цепей.

2.3.5. Реакции с электрофильными реагентами.

2.3.6. Взаимодействие с нуклеофильными реагентами.

2.3.7. Реакции присоединения перманганата калия и тетраоксида осмия.

2.3.8. Гидролиз N-гликозидной связи.

2.3.9. Расщепление межнуклеотидной связи.

2.3.10. Влияние пространственной структуры НК на реакционную способность.

2.4. СТРУКТУРНЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ ДНК.

2.4.1. Модель Робина Холлидея для описания поведения хромосом в процессе рекомбинации.

2.4.2. Доказательства существования структур Холлидея in vivo.

2.4.3. Современное описание механизма рекомбинации.

2.4.4. Образование структур Холлидея в процессе репликации.

2.4.5. Изучение свойств структур Холлидея iv vitro.

2.4.5.1. Разрешение структур Холлидея резолвазами.

2.4.5.2. Влияние последовательности в точке ветвления на количественное отношение изомеров структур Холлидея.

2.4.5.3. Изучение процесса миграции точки ветвления в структуре Холлидея.

2.4.5.4. Существование термодинамического равновесия в растворе структур Холлидея и гомологичных дуплексов ДНК.

2.4.5.5. Изучение ДНК-ДНК взаимодействия рестрикционных фрагментов.

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

3.1. Список используемых реактивов.

3.2 Выделение геномной ДНК из ткани.

3.2.1. Фенольная экстракция.

3.3. Осаждение ДНК этанолом.

3.4. Спектрофотометрическое определение концентрации ДНК.

3.5. Амплификация ДНК с помощью полимеразной цепной реакции.

3.5.1. Условия проведения амплификации используемых в работе фрагментов.

3.5.2. ПЦР-амплификация фрагментов ДНК, включающих ген Ki-ras, с искусственной заменой первого нуклеотида в 12 кодоне.

3.5.3. Синтез одноцепочечных фрагментов с помощью ПЦР.

3.6. Электрофоретическое разделение ДНК.

3.6.1. Электрофорез ДНК в агарозном геле.

3.6.2. Электофорез ДНК в неденатурирующем 8% ПААГ с глицерином.

3.6.3. Электрофорез ДНК в неденатурирующем 10% ПААГ.

3.6.4. Электрофорез ДНК в денатурирующем ПААГ.

3.7. Визуализация ДНК.

3.7.1. Визуализация ДНК с помощью бромистого этидия.

3.7.2. Визуализацию ДНК с помощью SYBR GOLD (Molecular Probes, USA).

3.7.3. Визуализация с помощью окрашивания серебром.

3.8. Выделение ДНК из геля.

3.8.1. Выделение ДНК из агарозного геля.

3.8.1.1 Выделение с помощью мелкодисперсной двуокиси кремния.

3.8.1.2. Выделение ДНК элюцией в вырезанную в геле лунку.

3.8.2. Выделение ДНК из нативного ПААГ.

3.9. Анализ с помощью Sl-нуклеазы.

3.10. Молекулярная гибридизация по Саузерну.

3.10.1. Перенос ДНК из агарозного геля на нейлоновые фильтры.

3.10.2. Перенос ДНК из ПААГ на нейлоновые фильтры.

3.10.3. Радиоактивное мечение ДНК методом кинирования.

3.10.4. Гибридизация ДНК, иммобилизованной на нейлоновом фильтре.

3.10.5. Авторадиография.

3.11. Электронная микроскопия.

3.12. Процедура формирования гетеродуплексов.

3.13. Иммобилизация биотинилированных фрагментов ДНК на магнитные частицы.

3.14. Химическое расщепление неканонических пар нуклеотидов.

3.14.1. Проведение реакций в растворе.

3.14.1.1 Обработка перманганатом калия.

3.14.1.2 Обработка гидроксиламином.

3.14.1.3 Последовательная обработка перманганатом калия и гидроксиламином.

3.14.1.4 Последовательная обработка ЭДК и перманганатом калия.

3.14.1.5 Последовательная обработка ЭДК и гидроксиламином.

3.14.1.6 Обработка пиперидином.

3.14.2. Проведение химических реакций на твердой фазе.

3.15. Анализ полиморфизма конформации одноцепочечных фрагментов ДНК.

3.16. Секвенирование.

3.17. Компьютерная обработка электрофореграмм.

4 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

4.1. Анализ растворов гомологичных фрагментов ДНК на наличие нелинейных структур.

4.1.1. Появление тетрамеров в растворах очищенных ПЦР-продуктов.

4.1.2. Образование тетрамеров в различных условиях.

4.1.3. Доказательство двухцепочечной структуры взаимодействующих фрагментов ДНК.

4.1.4. Структура тетрамеров.

4.1.5. Механизм образования структур Холлидея в растворах гомологичных дуплексов ДНК.

4.1.6. Демонстрация процесса обмена нитей между гомологичными дуплексами.

4.1.7. Отсутствие взаимодействия между фрагментами, имеющими негомологичные концевые последовательности.

4.1.8. Влияние последовательности нуклеотидов по концам дуплексов на равновесную концентрацию структур Холлидея.

4.1.9. Влияние температуры на взаимодействие гомологичных фрагментов.

4.1.10. Расчет разницы свободной энергии для реакции образования структур Холлидея в зависимости от концевой последовательности дуплексов.

4.1.11. Электронно-микроскопический анализ локализации точки перекреста в популяции структур Холлидея.

4.2. Анализ структуры ДНК в растворах гомологичных дуплексов после формирования гетеродуплексов.

4.2.1. Спонтанное ДНК-ДНК взаимодействие гомологичных дуплексов при формировании гетеродуплексов.

4.2.2. Электронно-микроскопический анализ структур ДНК после формирования гетеродуплексов.

4.2.3. Изучение возможности взаимодействия фрагментов ДНК, имеющих гомологичные внутренние участки, но различные последовательности нуклеотидов по концам фрагментов при формировании гетеродуплексов.

4.2.4. Влияние нуклеотидного состава концевых участков фрагментов на ДНК-ДНК взаимодействие при формировании гетеродуплексов.

4.2.5. Влияние состава реакционной смеси на интенсивность ДНК-ДНК взаимодействия при формировании гетеродуплексов.

4.3. Выявление точечных мутаций в образцах ДНК опухолевой и нормальной ткани пациентов с раком молочной железы.

4.3.1. Оптимизация метода ССМ.

4.3.2. Анализ мутаций в гене р53 в образцах ДНК из опухолевой и нормальной ткани пациентов с раком молочной железы с помощью ССМ.

4.3.3. Анализ коллекции образцов на наличие точечных мутаций в гене р53 методом SSCP и прямым секвенированием.

4.4. Получение модели для химического расщепления всех возможных типов неканонических пар нуклеотидов.

4.4.1. Экспериментальное получение модельной системы гетеродуплексов с различными типами неканонической пары.

4.4.2. Анализ ССМ на модельной системе гетеродуплексов с различными типами неканонических пар.

4.4.3. Выявление результатов ССМ с помощью асимметричной амплификации.

5 ОБСУЖДЕНИЕ.

5.1. Феномен спонтанного взаимодействия линейных гомологичных дуплексов ДНК с образованием структур Холлидея.

5.2. Механизм и закономерности спонтанного взаимодействия гомологичных линейных дуплексов ДНК.

5.3. Взаимодействие ДНК-ДНК при формировании гетеродуплексов.

5.4. Сравнительный анализ различных методических подходов выявления мутаций неизвестной локализации.

5.5. Создание модельной системы для изучения особенностей химической модификации неканонических пар оснований.

5.6. Теоретический анализ модифицирующей атаки химических агентов различных типов неканонических пар нуклеотидов в гетеродуплексах.

6 ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурный полиморфизм ДНК в растворах гомологичных фрагментов и его влияние на выявление точечных мутаций в опухолях»

Актуальность исследования. Основным патогенетическим звеном онкологических заболеваний являются нарушения генетического аппарата клетки. К генетическим нарушениям, наблюдаемым при трансформации клеток, относятся точечные мутации, представляющие собой замены, инсерции или делеции одной или нескольких пар нуклеотидов. Точечные мутации являются качественно новой характеристикой опухолевой клетки, идентификация даже следовых количеств мутантной последовательности ДНК в биологических жидкостях однозначно свидетельствует о существовании в организме трансформированных клеток. Выявление точечных мутаций как молекулярных маркеров опухоли используют для разных целей: диагностики, мониторинга опухоли, выбора стратегии лечения.

Точечные мутации, приводящие к трансформации клеток, в генах-супрессорах опухолевого роста могут возникать в любой позиции консервативной области, в частности, в гене р53, наиболее часто повреждаемом при развитии онкологических заболеваний, обнаруживается широкий спектр точечных мутаций, как по типу замены нуклеотида, так и по их локализации (мутации неизвестной локализации). В настоящее время разработаны высокочувствительные методы детекции мутаций в "горячих точках", то есть мутаций известной локализации. Надежного метода детекции точечных мутаций неизвестной локализации, обладающего широкой специфичностью и достаточной чувствительностью пока не существует. Наиболее перспективным направлением исследований в этой области считается химическое расщепление неканонических пар нуклеотидов. Развитие данного методического подхода тормозилось высоким уровнем фонового расщепления, не позволявшим однозначно идентифицировать мутантные последовательности. В связи с этим, изучение структурных особенностей ДНК, приводящих к появлению неспецифического фонового расщепления, и оптимизация на основании этих данных метода химического расщепления неканонических пар нуклеотидов представляется актуальным для молекулярной онкологии.

Современные методы генной диагностики основаны на использовании продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР) - гомологичных линейных дуплексов. При проведении анализов может происходить формирование нелинейных структур ДНК, структур Холлидея, что приведет к искажению и неправильной интерпретации результатов. В связи с этим, выявление нового феномена ДНК-ДНК взаимодействия гомологичных линейных фрагментов и изучение его механизма и закономерностей, демонстрация существования ДНК-ДНК взаимодействия при проведении различных методических процедур и поиск оптимальных условий, препятствующих ДНК-ДНК взаимодействию, представляется актуальным не только для онкологии, но и в целом для современной молекулярной диагностики.

В исследованиях по детекции мутаций, проводимых с помощью химической модификации неканонической пары с последующим расщеплением ДНК, в качестве контроля используют пробы ДНК со случайными мутациями, выявленными прямым секвенированием. Данные биофизических исследований свидетельствуют, что физико-химические характеристики гетеродуплексов зависят от типа структурной аномалии, что соответственно отражается на эффективности химической модификации и чувствительности и эффективности метода в целом. Для получения объективной оценки эффективности метода «химического расщепления», оценки его чувствительности для выявления структурных аномалий разного типа представляется актуальным создание искусственной модельной системы, позволяющей судить об эффективности химической модификации гетероциклических оснований в зависимости от типа неканонической пары в гетеродуплексе. Результаты полученные на данной модельной системе позволят более правильно оценивать тип и более четко определять локализацию мутации, выявленной с помощью химического расщепления неканонических пар нуклеотидов.

Представляется важным сравнение чувствительности и эффективности оптимизированного метода детекции мутаций неизвестной локализации, химического расщепления неканонических пар нуклеотидов, с широко используемым в настоящее время методом полиморфизма конформаций однонитевых фрагментов на примере анализа коллекции образцов ДНК, полученных из опухолевой и нормальной ткани.

Цели и задачи исследования. Цель работы заключалась в анализе структурного полиморфизма ДНК для усовершенствования метода химического расщепления неканонических пар нуклеотидов и применении этого метода для выявления точечных мутаций в опухолях. В задачи исследования входило:

1) провести анализ растворов гомологичных фрагментов различной длины и нуклеотидной последовательности с помощью электронной микроскопии и ряда молекулярно-биологических методов с целью выявление в них нелинейных структур ДНК;

2) изучить закономерности и механизм спонтанного ДНК-ДНК-взаимодействия гомологичных линейных фрагментов;

3) проанализировать возможность ДНК-ДНК взаимодействия, приводящего к формированию структур Холлидея и более сложных высокомолекулярных структур ДНК при проведении реакции формирования гетеродуплексов;

4) оценить возможность взаимодействия фрагментов ДНК, обладающих внутренними гомологичными районами, но различными концевыми нуклеотидными последовательностями в процессе формирования гетеродуплексов;

5) на основании выявленных закономерностей ДНК-ДНК взаимодействия провести оптимизацию процедуры формирования гетеродуплексов и метода химического расщепления неканонических пар нуклеотидов, направленную на уменьшение содержания нелинейных структур ДНК в исследуемых растворах;

6) с помощью оптимизированного метода химического расщепления неканонических пар нуклеотидов провести анализ коллекции образцов ДНК из опухолевой и нормальной ткани молочной железы на наличие мутаций гена р53 с 5 по 9 экзоны; проанализировать пробы, давшие позитивный сигнал, с помощью методов полиморфизма конформации однонитевых фрагментов и прямого секвенирования;

7) разработать модельную систему, позволяющую судить об эффективности химической модификации гетероциклических оснований в зависимости от типа неканонической пары в гетеродуплексе, которую можно будет использовать в качестве положительного контроля расщепления при анализе мутантной ДНК из образцов опухолевой ткани.

Научная новизна. ПЦР продукты, представляющие собой линейные фрагменты ДНК, широко используются в современной медицинской практике и научных исследованиях, однако способность гомологичных линейных дуплексов к спонтанному ДНК-ДНК взаимодействию до настоящего времени выявлена не была. В рамках данной работы впервые был выявлен феномен спонтанного ДНК-ДНК взаимодействия гомологичных линейных дуплексов с образованием структур Холлидея, крестообразных четырехцепочечных структур ДНК, в том числе, и при формировании гетеродуплексов. Описание данного нового феномена, его демонстрация с использованием современной электронно-микроскопической техники, изучение механизма выявленного ДНК-ДНК взаимодействия, определение сравнительных термодинамических характеристик процессов, происходящих в растворах гомологичных дуплексов, открывает новую область в изучении структуры и функций нуклеиновых кислот, что в свою очередь создает условия как для развития представлений о механизмах перестроек ДНК, эволюции нуклеиновых кислот, так и расширяет возможности дальнейшего усовершенствования подходов для выявления точечных генетических нарушений, происходящих при опухолевой трансформации клеток. Несмотря на длительное и интенсивное использование гетеродуплексов в молекулярно-биологических исследованиях, особенностям проведения процедуры их формирования не уделялось должного внимания. Они значительно варьируют, а это, в свою очередь, приводит к различиям в чувствительности и эффективности анализов. В данной работе впервые проанализированы и выбраны оптимальные условия для формирования линейных гетеродуплексов, что позволило значительно снизить уровень неспецифического расщепления при выявлении мутаций неизвестной локализации методом химического расщепления неканонических пар нуклеотидов и, таким образом, повысить чувствительность анализа. Это было продемонстрировано на примере анализа мутаций гена р53 в опухолях больных раком молочной железы. Впервые была создана модельная система, представляющая собой набор гетеродуплексов, несущих все варианты неканонических пар нуклеотидов, которая была использована в качестве положительного контроля расщепления при анализе мутантной ДНК из образцов опухолевой ткани.

Научно-практическая значимость исследования. Впервые описан феномен ДНК-ДНК взаимодействия гомологичных линейных фрагментов с образованием структур Холлидея, крестообразных четырехцепочечных структур ДНК. Теоретически обосновано и доказано экспериментально, что ДНК-ДНК взаимодействие может происходить без участия белков, изучен механизм и термодинамические характеристики этого процесса. Известно, что в образовании структур Холлидея in vivo в процессе рекомбинации играют роль пространственная конформация ДНК и целый ряд взаимодействий ДНК - белок. Результаты проведенного исследования позволяют предположить, что физико-химические закономерности ДНК-ДНК-взаимодействия также важны для образования структур Холлидея in vivo. Это важно не только для расширения наших представлений о механизмах перестроек ДНК, но и в плане понимания закономерностей эволюции ДНК.

Современные методы генной диагностики основаны на использовании продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР) - гомологичных линейных дуплексов. При проведении анализов может происходить формирование нелинейных структур ДНК, что приводит к искажению и неправильной интерпретации результатов, как это было продемонстрировано нами при оптимизации метода выявления точечных мутаций неизвестной локализации в опухолях. Выявление феномена ДНК-ДНК взаимодействия и раскрытие его механизма позволило оптимизировать как широко используемую в молекулярной биологии процедуру формирования гетеродуплексов, так и метод химического расщепления неканонических пар нуклеотидов, используемый для детекции точечных мутаций неизвестной локализации.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ДЕТЕКЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ НАРУШЕНИЙ, АССОЦИИРОВАННЫХ С РАЗВИТИЕМ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ

Заключение диссертации по теме «Онкология», Несчастнова, Анна Александровна

6. ВЫВОДЫ:

1. Впервые выявлен феномен спонтанного ДНК-ДНК взаимодействия гомологичных линейных фрагментов с образованием структур Холлидея, крестообразных четырехцепочечных структур ДНК.

2. Процесс ДНК-ДНК-взаимодействия гомологичных линейных фрагментов происходит за счет нуклеации диссоциированных концевых пар нуклеотидов, далее происходит процесс миграции точки ветвления в образованных структурах Холлидея, приводящий к их разрешению в новые или существовавшие ранее дуплексы.

3. В растворах гомологичных фрагментов ДНК существует термодинамическое равновесие между линейными дуплексами, структурами Холлидея и более сложными ветвистыми структурами ДНК. Интенсивность образования структур Холлидея зависит от последовательности нуклеотидов по концам фрагментов, температуры инкубации, концентрации ДНК и состава реакционных буферов.

4. При формировании гетеродуплексов также происходит спонтанное ДНК-ДНК взаимодействие гомологичных фрагментов, приводящее к формированию структур Холлидея и более сложных высокомолекулярных структур ДНК.

5. Фрагменты ДНК, обладающие внутренними гомологичными районами, но различными концевыми последовательностями нуклеотидов, не взаимодействуют между собой при формировании гетеродуплексов, что дает основание для проведения мультиплексных процедур.

6. Оптимальными условиями для формирования гетеродуплексов, необходимыми для снижения фонового неспецифического расщепления при выявлении точечных мутаций являются следующие:

1) соблюдение низких концентраций ДНК;

2) включение нескольких оснований гуанина и цитозина по концам используемых фрагментов ДНК;

3) содержание в реакционной смеси оптимальных концентраций ионов натрия и отсутствие ионов магния.

7. Анализ коллекции образцов ДНК из опухолевой и нормальной ткани молочной железы 89 пациентов на наличие мутаций гена р53 с 5 по 9 экзоны с помощью оптимизированного метода химического расщепления неканонических пар нуклеотидов выявил 48 позитивных сигналов. Анализ этих проб с помощью метода полиморфизма конформации одноцепочечных фрагментов дал положительный результат в 17 случаях, а с помощью прямого секвенирования среди них были идентифицированы 10 мутаций. Таким образом, для выявления точечных мутаций неизвестной локализации более эффективным является метод химического расщепления неканонических пар нуклеотидов.

8. Впервые разработана модельная система, позволяющая судить об эффективности химической модификации гетероциклических оснований в зависимости от типа неканонической пары в гетеродуплексе, более четко определять тип и локализацию мутации при анализе мутантной ДНК из образцов опухолевой ткани.

Список литературы диссертационного исследования кандидат медицинских наук Несчастнова, Анна Александровна, 2004 год

1. Aas Т, Borresen AL, Geisler S, Smith-Sorensen В, Johnsen H, Varhaug JE, Akslen LA, Lonning PE. Specific p53 mutations are associated with de novo resistence to doxorubicin in breast cancer patients. // Nat.Med., 1996 - N 2 - P. 811-814.

2. Arguello JR, Little AM, Pay AL, Gallardo D, Rojas I, Marsh SG, Goldman JM, Madrigal JA., Mutation detection and typing of polymorphic loci through double-strand conformation analysis. // Nat Genet. 1998 - N 18(2)- P. 192-194.

3. Arnheim N., Erlich H., Polymerase Chain Reaction stratagy. // Annu. Rev. Biochem. -1992 -N 61 -P. 131-156.

4. Ashman JN, Brigham J, Cowen ME, Bahia H, Greenman J, Lind M, Cawkwell L.,Chromosomal alterations in small cell lung cancer revealed by multicolour fluorescence in situ hybridization. // Int J Cancer. -2002 N 102(3) - P. 230-236.

5. Baumann H., Cherif D., & Berger R. Interfase cytogenetics by fluorescent in situ hybridization for characterization of monosomy-7-associated myeloid disorders. // Leukemia -1993- N 7 P. 384-391.

6. Bell L., Byers B. Occurrence of crossed strand-exchange forms in yeast DNA during meiosis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1979 - N 76 - P. 3445-3449.

7. Belotserkovskii B.P., Johnston B.H. Polypropylene tube surfaces may induce denaturation and multimerization of DNA. // Science. -1996- N 271, P. 222-223.

8. Belotserkovskii B.P., Reddy G., Zarling D.A. DNA hybrids stabilized by heterologies. // Biochemistry -1999 N 38 P. 10785-92.

9. Belotserkovskii B.P., Zarling D.A. Theoretical analysis of DNA branch migration in the presence of a slow reversible initiation step. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2000. N 17, - P. 1057 -75.

10. Belotserkovskii BP, Johnston ВН. Denaturation and association of DNA sequences by certain polypropylene surfaces. Anal Biochem. -1997 N5;251(2) - P. 251-62.

11. Benbow R.M., Krauss M.R., Recombinant DNA Formation in a Cell-Free System from Xenopus laevis Eggs,//Cell 1977-N 12, - P. 191-204.

12. Benet A, Azorin F. The formation of triple-stranded DNA prevents spontaneous branch-migration. J.Mol Biol. 1999 Dec 10;294(4):851-7.

13. Bertram JS,. The molecular biology of cancer. // Molecular Aspects of Medicine 2001 -N21 - P. 167-223.

14. Breslauer K.J., Frank R. et al. Predicting DNA duplex stability from the base sequence. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986 N 83, - P. 3746-3750.

15. BronnerC.E. Mutation in the DNA mismatch repair gene homologue MLH1 is associated with hereditary non-polyposis colon cancer. // Nature -1994 -N 368 P.258-261.

16. Bunschoten A, Tiemersma E, Schouls L, Kampman E. Simultaneous determination of polymorphism in N-acetyltransferase 1 and 2 genes by reverse line blot hybridization. // Anal Biochem. 2000-N285(1)-P. 156-62.

17. Burdon MG, Lees JH, Double strand cleavage at a 2- base deletion mismatch in a DNA heteroduplex by nuclease S-l. // Bioscience reports 1985 - N 5 - P. 627-632.

18. Cama A, Palmirotta R, Curia MC, Esposito DL, Ranieri A, Ficari F, Valanzano R, Battista P, Modesti A, Tonelli F. Multiplex PCR analysis and genotype-phenotype correlations of frequent APC mutations. // Hum Mutat. 1995- N 5(2) - P. 144-152.

19. Cha R.S., Zarbl H., Keohavong P. et al., Mismatch amplification mutation assay (MAMA): application to the c-Ha-ras gene. // PCR Methods applications 1992 - N2-P. 4-20.

20. Chalikian T.V., Volker J. et al. A more unified picture for the thermodynamics of nucleic acid duplex melting: A characterization by calorimetric and volumetric techniques. // Proc. Natl. Acad. Sci. 1999 - N 83 - P. 7853-7858.

21. Chang LL, Yeh WT, Yang SY, Wu WJ, Huang CH.Genetic alterations of pl6INK4a and pl4ARF genes in human bladder cancer. // J Urol. 2003 - N 170(2 Pt 1) - P. 595-600.

22. Chen PM, Liu JH, Yu IT, Kao SC, Lin YC, Chiang H, Fan FS, Chiou TJ, Wang WS, Yen CC. Lack of mutations of BCL6 and BCL10 genes in mucosa-associated lymphoid tissue lymphomas of the orbital adnexa. // Cancer Genet Cytogenet. 2000 - N 123(1) - P. 4448.

23. Cheng J.Q. pl6 alterations and deletions mapping of 9p21-p22 in malignant mesothelioma. // Cancer Res.- 1994 N 54- P. 5547-5551.

24. Colin S. Cooper. Applications of microarray technology in breast cancer research. // Breast Cancer Res. 2001 - N 3 (3) - P. 158-175.

25. Cotton R.G.H. Detection of single base changes in nucleic acid. // Adv. Genome Biology. -1992-N1-P. 253-300.

26. Cotton R.G.H. Detection of single base changes in nucleic acids. // Biochem. J. 1989 -N263 -P. 1-10.

27. Curiel D.T., Buchhagen D.L., Chiba I., D'Amico D., Takahashi Т., Minna J.D. A Chemical Mismatch Cleavage Method Useful for the Detection of Point Mutations in the p53 Gene in Lung Cancer. // Am.J.Respir.Cell & Mol. Biology 1990 - N 3 - P. 405411.

28. De Luca A, Buccino A, Gianni D, Mangino M, Giustini S, Richetta A, Divona L, Calvieri S, Mingarelli R, Dallapiccola B, NF1 gene analysis based on DHPLC. // Hum Mutat.- 2003-N21(2)-P. 171-2.

29. Dierlamm J, Schilling G, Michaux L, Hinz K, Penas EM, Seeger D, Hagemeijer A, Hossfeld DK. Deletion of chromosome 15 represents a rare but recurrent chromosomal abnormality in myelocytic malignancies. // Cancer Genet Cytogenet. 2003- N 144(1) -P. 1-5.

30. Doktycz M.J., Morris M.D., Dormady S.J. et al. Optical melting og 128 octamer DNA duplexes. Effects of base pair location and nearest neighbors on thermal stability. // J. Biol. Chem.-1995 N270,-P. 8439-45.

31. Duckett D.R., Murchie, A.I., Diekmann, S., von Kitzing, E., Kemper, В., Lilley, D.M. (1988).The structure of the Holliday junction, and its resolution. Cell 55, 79-89.

32. Dunnen J.Т., Van Ommen G.B. The protein truncation test: A review. // Human Mutation,- 1999 N 14(2),-P. 95-102.

33. Eggerding FA, Fluorescent oligonucleotide ligation technology for identification of ras oncogene mutations. // Mol Biotechnol. 2000 - N 14(3) - P. 223-233.

34. Ellis TP, Humphrey KE, Smith MJ, Cotton RG, Chemical cleavage of mismatch : a new look at an established method. // Hum Mut. 1998 - N 11(5) - P. 343-53.

35. Felley-Bosco E., Pourzand C., Zijlstra J. A genomic mutation system measuring mutations in restriction recognition sequences. // Nucleic Acids Res. 1991-N19 -P. 2913-2919.

36. Ferreira PM, Medeiros R, Vasconcelos A, Costa S, Pinto D, Morais A, Oliveira J, Lopes C. Association between CYP2E1 polymorphisms and susceptibility to prostate cancer. // Eur J Cancer Prev. 2003 - N 12(3) - P. 205-211.

37. Figer A, Irmin L, Geva R, Flex D, Sulkes A, Friedman E. Genetic analysis of the APC gene regions involved in attenuated APC phenotype in Israeli patients with early onset and familial colorectal cancer. // Br J Cancer. 2001 - N 85(4) - P. 523-526.

38. Fishel R.A., Ewel A., Lescoe M.K., Purified human MSH2 protein binds to DNA mismatched nucleotides. // Cancer Res. 1994 - N 54- P. 5539-5542.

39. Fisher S.G., Lerman L.S. DNA fragments differing by single base-pair substitution are separated in denaturing gradient gels: Correspondence with melting theory. // Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A. 1983 -N 80 - P. : 1579-1583.

40. Fisher S.G., Lerman L.S. Length independent separation of DNA restriction fragments in two-dimension angel electrophoresis. // Cell, 1979 - N 16 - P. 191-200.

41. Frueh FW, Noyer-Weidner M. The use of denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) for the analysis of genetic variations: impact for diagnostics and pharmacogenetics. // Clin Chem Lab Med. 2003 - N 41(4) - P. 452-461.

42. Fu T.J., Kemper В., Seeman N.C., Cleavage of double-crossover molecules by T4 endonuclease VII. // Biochemistry 1994 - N 33(13), - P. 3896-3905.

43. Fukushima T, Mashiko M, Takita K, Otake T, Endo Y, Sekikawa K, Takenoshita S., Mutational analysis of TGF-beta type II receptor, Smad2, Smad3, Smad4, Smad6 and Smad7 genes in colorectal cancer. // J Exp Clin Cancer Res. 2003 - N 22(2) - P. 315320.

44. Futreal P.A. BRCA1 mutations in primary breast and ovarian carcinomas. // Science -1994-N,-P. 1523-1524.

45. Gaillard C. & Strauss F. Association of poly(CA).poly(TG) DNA fragments into four-stranded complexes bound by HMG1 and 2. // Science. 1994 - N 264, - P. 433-436.

46. Gaillard C., Flavin M., Woisard A. et al. Association of double-stranded DNA fragments into multistranded DNA structures. // Biopolymers. -1999 N 50, P. 679-689.

47. Galiana C., Lozano J-C., Bancell В., Nakazawa H., Yamasaki H. High frequency of Ki-ras Amplification and p53 Gene Mutations in Adenocarcinomas of the Human Esophagus. // Molecular Carcinogenesis -1995 N 14- P.286-293.

48. Gendrel C-G., Boulet A. Dutreix M., (CA|GT)n microsatellites affect homologous recombination during yeast meiosis. // Genes&Development 2000 - N 14 - P 12611268.

49. Gerry NP, Witowski NE, Day J, Hammer RP, Barany G, Barany F. Universal DNA microarray method for multiplex detection of low abundance point mutations. // J Mol Biol. 1999-N292(2)-P. 251-62.

50. Gierer A. Model for DNA and protein interactions and function of the operator. // Nature 1966-212, 1480-1481.

51. Greenblatt M.S., et. al., 1996

52. Guengerich F. P. Forging the links between metabolism and carcinogenesis. // Mut.Res. -2001-N488-P. 195-209.

53. Goldrick MM, Kimbal GR, Liu Q, Martin LA, Sommer SS, Tseng JH, NIRCA(Tm)- A rapid robust method for screening for unknown point mutation. // Biotechnich 1996 -N21 -P. 106-112.

54. Gressani KM, Rollins LA, Leone-Kabler S, Cline JM, Miller MS. Induction of mutations in Ki-ras and INK4a in liver tumors of mice exposed in utero to 3-methylcholanthrene. // Carcinogenesis.- 1998-N (6)-P 1 045-1052.

55. Grompe M. The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids. // Nature Genetics. 1993-N 5-P. 111-117.

56. Hacia JG, Collins FS. Mutational analysis using oligonucleotide microarrays. // J Med Genet. 1999-N36(10)-P. 730-736.

57. Hansen L., Justesen J., Kruse T. Sensitive and fast mutation detection by solid phase chemical cleavage. // Human Mutation 1996 - N 7 - P. 256-263.

58. Hattori M., Yoshioka K., Sakaki Y., High-sensitive fluorescent DNA sequencing and its application for detection and mass-screening of point mutations. // Electrophoresis -1992-N 13-P. 560-565.

59. Heisler L, Lee CH. Cleavase fragment length polymorphism analysis for genotyping and mutation detection. // Methods Mol Biol. 2002 - N187 - P. 165-178.

60. Hemminki A., Peltomaki P., Macklin J.-P., Jarvinen H., Salovaara, Nystrom-Lahti M., Chapelle A., AaltonenL.A. Loss of the wild type MLH1 gene is a feature of hereditary nonpolyposis colorectal cancer. //Nature Genetics 1994 - N 8 - P. 405-410.

61. Hibi K, Robinson CR, Booker S, Wu L, Hamilton SR, Sidransky D, Jen J. Molecular detection of genetic alterations in the serum of colorectal cancer patients. // Cancer Res. -1998-N 58(7) p.1405-1407.

62. Hill AS, Foot NJ, Chaplin TL, Young BD. The most frequent constitutional translocation in humans, the t(l 1 ;22)(q23;ql 1) is due to a highly specific alu-mediated recombination. // Hum Mol Genet. 2000 - N 9(10) - P. 1525-1532.

63. Hsu 1С, Yang QP, Kahng M, Xu JF, Detection of DNA point mutation with DNA mismatch repair. // Carcinogenesis 1994 - N 15, 8, - P. 1657-1662.

64. Jackson A.L., Loeb L.A. The contribution of endogenous sources of DNA damage to the multiple mutations in cancer. // Mut.Res 2001 - N 477 - P. 7-21.

65. Jackson A.L., Loeb L.A. The mutation rate and cancer. // Genetics 1998 - N 148 - P 1483-1490.

66. Jen J, Wu L, Sidransky D. An overview on the isolation and analysis of circulating tumor DNA in plasma and serum. // Annals New York Academy of sciences, 2000- N 906-P. 8-12.

67. Jiang W„ Kahn S.M., Tomita N., Zhang Y.J., Lu S.H.,. Weinstein I.B. Amplification and expression of the human cyclin D gene in esophageal cancer. // Cancer Res. 1992 - N 52 -P. 2980-2983.

68. Kahn S.M., Jiang W., Culbertson T.A., Weinstein I.B., Williams G.M., Tomita N., Ronai Z. Rapid and Sensitive nonradioactive detection of mutant K-ras genes via 'enriched ' PCR amplification. // Oncogene 1991 - N6-P. 1079-1083.

69. Kajiwara H, Kaneko Т., Utility of single-strand conformation polymorphism analysis was improved by low-cross-linking polyacrylamide gel and quick low-background silver staining. // Anal Biochem. 2002 - N 300(2) - P 273-274.

70. Kazazian H.H. Diagnosis of monogenic disease based on polymerase chain reactions. Current Communications in Molecular Biology. Polymerase Chain Reaction. // Gold Spring Harbor Laboratory Press: New York. 1989 -P. 45-47.

71. Keen J., Lester D., Ingleheam C., Curtis A., Bhattacharya S. Rapid detection of single-base mismatches as heteroduplexes on Hydro Link gels. // Trends Genet. 1991 - N 7 -P.5.

72. Keyomarsi K. Cyclin E., A potential prognostic marker for breast cancer. // Cancer Res. -1994-N54-P. 380-385.

73. Kilimann M.W., Pizzuti A., Grompe M., Caskey C.T. Point mutation and polymorphism in the human dystrophin gene identified in genomic DNA sequences amplified by multiplex PCR

74. Kohoutova M, Stekrova J, Jirasek V, Kapras J. APC germline mutations identified in Czech patients with familial adenomatous polyposis. // Hum Mutat. 2002- N 9(4) - P 460-461.

75. Kumar R., Sukumar S., Barbacid M. Activation of oncogenes preceding the onset of neoplasia. // Science. 1990 - N248 -P. 1101-1104.

76. Kurzawski G, Safranow K, Suchy J, Chlubek D, Scott RJ, Lubinski J. Mutation analysis of MLH1 and MSH2 genes performed by denaturing high-performance liquid chromatography. // J Biochem Biophys Methods. 2002 -N 51(1) - P. 89-100.

77. Labuda D, Krajinovic M, Richer C, Skoll A, Sinnett H, Yotova V, Sinnett D. Rapid detection of CYP1A1, CYP2D6, and NAT variants by multiplex polymerase chain reaction and allele-specific oligonucleotide assay. // Anal Biochem. 1999 - N 275(1) -P.84-92.

78. Lambrinakos A, Humphrey KE, Babon J J, Ellis TP, Cotton RG. Reactivity of potassium permanganate and tetraethylammonium chloride with mismatched bases and a simple mutation detection protocol. // Nucleic Acids Res. 1999 - N 15;27(8):1- P. 866-874.

79. Landegren U., Kaiser R., Sanders J., Hoog L. A ligase-mediated gene detection technique. // Science 1988 -N 241 -P. 1077-1080.

80. Lee W.-H., Bookstein R., Hong F. Human retinoblastoma susceptibility gene: cloning, identification and sequence. // Science-1987 -N 235 P. 1394-1399.

81. Leijon M., Graslund A. Effects of sequence and length on imino proton exchange and base pair opening kinetics in DNA oligonucleotide duplexes. // Nucleic. Acids. Res. -1992 N20,-P. 5339-43.

82. Lenz W., Medizinsche Genetik, Georg Thieme verlag Stuttgart, New York, 1981.

83. Levine A.J., Momand J., Finlay C.A., The p53 tumour suppressor gene. // Nature 1991 -N-P.

84. Lilley,D.M.J., All change at Holliday junction. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997 -N94-P. 9513-9515.

85. Lu A.L., Hsu 1С, Detection of single base DNA mutations with mismatch repair enzymes. // Genomics 1992 - N 14 - P. 249-255.

86. Lu,M &Kallenbach, N.R., Termodinamics of DNA Branching // Mol. Biol. J 1992 - N 223-P. 781-789

87. Manguoglu AE, Luleci G, Ozcelik T, Colak T, Schayek H, Akaydin M, Friedman E., Germline mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes in Turkish breast/ovarian cancer patients. // Hum Mutat. 2003- N 21(4) - P. 444-445.

88. Mao L., Hruban R.H., Boyle J.O., Tockman M., Sidransky D. Detection of oncogene mutations in sputum precedes diagnosis of lung cancer. // Cancer Res. 1994 -N 54 - P. 1634-1637.

89. Marky L.A., Kallenbach N.R. et al. The melting behavior of a DNA junction structure: a calorimetric and spectroscopic study. // Biopolymers. -1987 N 26, P. 1621-1634.

90. Martens UM, Brass V, Sedlacek L, Pantic M, Exner C, Guo Y, Engelhardt M, Lansdorp PM, Waller CF, Lange W. Telomere maintenance in human В lymphocytes. // Br J Haematol. 2002-N 119(3) - P. 810-818.

91. Martinez A, Lehman ТА, Modali R, Mulshine JL. Screening of mutations in the ras family of oncogenes by polymerase chain reaction-based ligase chain reaction. // Methods Mol Med. 2003 - N 74 - P. 187-200.

92. Maxam A.M. & Gilbert W. A new method for sequencing DNA. // Proc. Natn Acad.Sci. U.S.A. 1977 - N 74 -P. 560-564.

93. Meyer P, Voigtlaender T, Bartram CR, Klaes R Twenty-three novel BRCA1 and BRCA2 sequence alterations in breast and/or ovarian cancer families in Southern Germany. // Hum Mutat. 2003 - N 22(3) - P. 259.

94. Miick,S.M., Fee,R.S., Millar,D.P., Chasin,W.J., Crossover isomer bias is the primery sequence-dependent property of immobilized Holliday junctions. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA- 1997-N94-P. 9080-9084

95. Miki Y., Swensen J., Shattuck -Bidens D., Futreal P.A., Harshman K., Tavtigian S., Liu Q. A strong candidate for the breast and ovarian cancer susceptibility gene BRCA1. // Science -1994 N 266- P.66-71.

96. Minamoto Т., Ronai Z. Gene mutation as a target for early detection in cancer diagnosis. // Oncology/Hematology 2001 - N 40 -P. 195-213.

97. Moaszed D., Noller H.F. Intermediate states in the movement of transfer RNA in the ribosome. // Nature 1989 - N 342 -P. 142-148.

98. Moore L, Godfrey T, Eng C, Smith A, Ho R, Waldman FM Validation of fluorescent SSCP analysis for sensitive detection of p53 mutations.,. // Biotechniques. 2000 - N 28(5) - P.986-992.

99. Motokura Т., Arnold A. Cyclin D and oncogenesis. // Curr. Opin. Genet. Dev. -1993- N 3-P. 5-10.

100. Mueller J.E., Newton C.J., Jensch F., Kemper В., Cunningham R.P., Kallenbach N.R., Seeman N.C., Resolution of Holliday junction analogs by T4 endonuclease VII can be directed by substrate structure. // J Biol Chem 1990 - N 265(23) - P 13918-13924

101. Nagase H., Nagimura Y. Mutations of the APC(adenomatouspolyposis coli) gene. // Hum. Genet 1995 - N 2 - P.425-443.

102. Nakazawa H., Aguelon A.-M. Yamasaki H. Identification and quantification of carcinogen-induced molecular initiation event in cell transformation. // Oncogene. 1992 -N7-P. 2295-2301.

103. Neschastnova A.A., Markina V.K.,.Danilova O.A, Belitsky G.A., Yakubovskaya M.G. Mechanism of spontaneous DNA-DNA interaction of homologous linear duplexes. // Biochemistry 2002 - N 41(24) - P. 7795-7801.

104. Nicolaides N.C. Mutations of two PMS homologues in hereditary colon cancer. // Nature 1994-N 371-P.75-80.

105. Papodopoulos N. Mutation of mutL homolog in hereditary colon cancer. // Science -1994-N263-P. 1625-1659.

106. Patrikis MI, Bryan EJ, Thomas NA, Rice GE, Quinn MA, Baker MS, Campbell IG., Mutation analysis of CDP, TP53, and KRAS in uterine leiomyomas. // Mol Carcinog. -2003-N 37(2)-P 61-64.

107. Porschke D. Elementary steps of base recognition and helix-coil transitions in nucleic acids. // Mol. Biol. Biochem. Biophys. 1977 - N 24, - P. 191-218.

108. Postow L., Ullsperger C. et al. Positive torsional strain causes the formation of a four-way junction at replication forks. // J.Biol. Chem. 2001 - N 276, - P. 2790-2796

109. Potter H., Dressier D., On the mechanism of genetic recombination: Electron microscopic observation of recombination intermediates. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1976 - N 73, - P. 300-3004.

110. Pottmeyer S., Kemper В., T4 endonuclease VII resolves cruciform DNA with nick and counter-nick and its activity is directed by local nucleotide sequence. // J Mol Biol.1992-N 223(3)-P 607-615

111. Pourzand C., Cerutti P. Genotypic mutation analysis by RFLP/PCR. // Mutat. Res.1993-N 288-P.113-121.

112. Powell S.M. Peterson G.M. Krush A.J. Booker S„ Jen J., Giardiello F.M., Hamilton S.R. Molecular diagnosis of Familial Adenomatous Polyposis. // N.Engl.J.Med., -1993 N 329-P. 1982-1987.

113. Powers Т., H.F. Noller. Dominant lethal mutations in conserved loop in 16S rRNA, PNAS, 1990, 87: 1042-1046

114. Prosser J, CondieA, Wright M, Horn JM, Fantes JA, Wyllie AH, Dunlop MG, APC mutationsanalysis by chemical cleavage of mismatch and a protein truncation assay in familian adenomatous polyposis. // Br J Cancer- 1994 N 70 - P. 8 41-846

115. Ramus SJ, Cotton RGH, Mutations Ivs4ntl, 47delCT, and G 148S identified in the phenylalanine gedroxylase gene by RT-PCR of illegitimate transcripts and chemical cleavage of mismatch. // Hum Mut 1995 - N 6 - P 250-251.

116. Ren J, Ulvik A, Refsum H, Ueland PM, Chemical mismatch cleavage combined with capillary electrophoresis; detection of mutations in exon 8 of the cystatyonine P-syntase gene. // Clinical Chemistry 1998 - N 44(10) - P 2108-2114.

117. Ren J., High-throuput single-strand conformation polymorphism analysis by capillary electrophoresis. // Journal of Chromatography B, 2000 - N 741 - P. 1150 -1128.

118. Reynaldo, L.P., Vologodskii, A.V., Neri, B.P. and Lyamichev. The kinetics of oligonucleotide replacements. // J. Mol. Biol. 2000 - N 297, - P. 511-520.

119. Righetti PG, Gelfi C., Capillary electrophoresis of DNA for molecular diagnostics // Electrophoresis- 1997-N 18(10) P. 1709-1714. Roberts E., et. al., 1997

120. Roest R.A.M., Roberts R.G., Suigino S., van Ommen G-J.B., den Dunnen J.T. Protein truncation test (PTT) for rapid detection of translation terminating mutations. // Hum. Mol. Genet.,-1993-N 2-P.1719-1721.

121. Ronai Z, Yarubovskaya M. PCR in clinical diagnosis. // Jour. Of clinical laboratory analisis 1995 - N 9 - P 269-283.

122. Rooney D.E. and Czepulkowski B.H., // P Human cytogenetics: a practical approach. IRL Press, Oxford, New York, — N 1992.

123. Sambrook J, Russel D. // Molecular Cloning, 2001 - P .2 .

124. Samowitz WS, Thliveris A, Spirio LN, White R. Alternatively spliced adenomatous polyposis coli (APC) gene transcripts that delete exons mutated in attenuated APC. // Cancer Res. 1995 - N 55(17) - P. 3732-3734.

125. Sanger F., Nicklen S & Coulson A.R., DNA sequencing with chain terminating inhibitors. // Proc. Natl. Acad. Sci. 1977 - N 74 - P. 560-564.

126. Sarkar G., Cassady J.D., Sommer S.S., Botema C.D., Characterization of polymerase chain reaction amplification of specific alleles. // Analytical Biochem. 1990 -N 186 -P. 64-68.

127. Sena E.P., Revet В., Moustacchi E., In vivo gomologous recombination intermediates of yeast mitohondrial DNA analysed by electron microscopy. // Mol Genet 1996 - N 202 -P 421-428.

128. Sergiev P., O.Dontsova .et. al, Mutations at position A960 of E.Coli 23 S ribosomal RNA influence the structure of 5 S ribosomal RNA and the peptidyltransferase region of 23S ribosomal RNA. J. Mol. Biol. 2000 299:379-389; П.В.

129. Sidransky D, Hollstein M. Clinical implications of the p53 gene. // Annu. Rev. Med., 1996-N47-P. 285-301.

130. Sleeba JA, Ramua SJ, Cotton RGH, Complete mutation detection using unlabeled chemical cleavage // HumMut 1992 - N 1 - P. 63-69.

131. Smith j., Modrich P, Mutation detection with MutH, MutL, MutS, mismatch repair proteins. // PNAS 1996 - N 93 - P. 4374-4379. Southern E., 1975

132. Syvanen A.C., Aalto S.K., Kontula k., Soderlundh., Direct sequencing of affinity captured amplified human DNA application to the detection of a polypoprotein E polymorphism; // FEBS Lett 1989 - N 258 - P. 491-494.

133. Taylor GR. Enzymatic and chemical cleavage methods, // Electrophoresis. 1999 - N 20(6)-P 1125-30).

134. Teixeira MR. Combined classical and molecular cytogenetic analysis of cancer. // Eur J Cancer. 2002-N 38(12) - P. 1580-1584.

135. Thomas D.C., Kunkel T.A., Casna N.J., Ford J.P., Sancar Aziz. Activities and Incision Pattern of ABC Excinuclease on Modified DNA containing Single-base Mismstches and Extrahelical Bases. // J.Biol.Chem. 1986 - N 31 - P. 14496-14505.

136. Tillib S.V., Mirzabekov A.D. Advances in the analysis of DNA sequence variations using oligonucleotide microchip technology. // current opinion in Biotechnology 2001 - N 12 -P. 53-58.

137. Varley JM., Germline TP53 mutations and Li-Fraumeni syndrome. // Hum Mutat. 2003 - N21(3)-P. 313-320.

138. Verpy E., Biasotto M., Meo Т., Tosy M. Efficient detection of point mutations on color -coded strands of target DNA. // PNAS 1994 -N 91 - P. 1873-1877.

139. Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, van de Lee T, Homes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, Kuiper M, AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. // Nucleic Acids Res. 1995-N 23(21)-P.4407-4414.

140. Wang L, Ogawa S, Hangaishi A, Qiao Y, Hosoya N, Nanya Y, Ohyashiki K, Mizoguchi H, Hirai H. Molecular characterization of the recurrent unbalanced translocation der(l;7)(ql0;pl0). // Blood. 2003-N-P

141. Whitcombe D.,.Newton C.R, Little S. Advances in approaches to DNA-based diagnostics. // Current Opinion in Biotechnology 1998 - N9 - P. 602-608.

142. Wiedman M. Wilson W.J., Czajka J. et al., Ligase Chain Reaction(LCR)- overview and applications. // PCR Methods Appl. 1994 - N 3 - P. S51-64.

143. Wooster R. Localization of a breast cancer susceptibility gene, BRCA2, to chromosome 13q 12-13. // Science -1994 N 265 - P. 1523-1524.

144. Wu D.Y., Wallance R.B. Specificity of the nick-closing activity of bacteriophage T4 DNA ligase.// Gene 1989 - N 76 - P. 245-254.

145. Xiong Y., Menninger j., Beach D., Ward D.C. Molecular cloning and chromosome mapping of CCND genes encoding human D-type cyclins. // Genomics 1992- N,13-P. 575-584.

146. Yakubovskaya M.G., Neschastnova A.A., Humphrey K.E. et al. Interaction of linear homologous DNA duplexes via Holliday junction formation. // Eur.J.Biochem. -2001 -N268- P. 7-14.

147. Yap E.P., McGee J.O., Nonisotopic SSCP detection in PCR products by ethidium bromide staining. // Trends Genet. 1992 - N 8 - P. 49.

148. Youil RD, Kemper B, Cotton RGH, Detection of 81 of 81 known mouse p-globin promotor mutations with T4 Endonuclease VII the EMC method. // Genomics - 1996 -N.32,-P 431-435.

149. Zhang F.R., Heiling R., Thomas G. & Aurias A. A one step efficient and specific nonradioactive non-fluorescent method for in situ hybridization of banded chromosomes. // -Chromosome 1990- N 99- P. 436-439.

150. Zheng et al., Fidelity of targeted recombination in human fibroblasts and murinne embryonic stem cells. // Proc.Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991 - N 88 - P. 8067-8071.

151. Албертс Б., Д.Брей, Дж.Льюис, М.Рэфф, К.Робертс, Дж.Уотсон, // Москва," Мир", -1994-N-P

152. Горбунова В.Н., Баранов B.C. // Введение в молекулярную диагностику и генотерапию наследственных заболеваний. Санкт-Петербург "Специальная литература" 1997 - Р. 96-117.

153. Долинная Н.Г., Грязнова О.И. Комплексы олиго(поли)нуклеотидов со структурными аномалиями. // Успехи химии 1989 - N LVIII - Р. 1318-1352.

154. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. // М.: Мир -1987- Р. 384.

155. Копнин Б.П. Механизмы действия онкогенов и опухолевых супрессоров.

156. Копнин Б.П. Опухолевые супрессоры и мутаторные гены. // Канцерогенез, Научный мир, Москва 2000 - Р. 79-81.

157. Кочетков Н.К., Будовский Э.И. Реакции замещения и присоединения по гетероциклическим ядрам нуклеиновых кислот и их производных. //Органическая химия нуклеиновых кислот, изд. "Химия" 1970 - р. 311-392.

158. Лихтенштейн А.В., Потапова Г.И. Генетические дефекты как маркеры опухолевого роста. // Молекулярная биология -2003 N 37(2), - Р. 181-193.

159. Маркина В.К., Данилова О.А., Несчастнова А.А., Белицкий Г.А., Якубовская М.Г. Роль концевых участков дуплексов в спонтанном взаимодействии гомологичных линейных фрагментов ДНК. // Молекулярная биология 2002 - N 36(5) - Р. 862867.

160. Сергеев П.В., О.А.Донцова, А.А. Богданов. Изучение структуры прокариотической рибосомы биохимическими методами:судный день. Мол. биол., 2001, 35: 559-583

161. Турусов B.C., Белицкий Г.А., Химический канцерогенез. // Канцерогенез, Научный мир, Москва, 2000 - Р.106-131.

162. Шабарова З.А. Богданов А.А. //Химия нуклеиновых кислот и их компонентов, изд. " Химия"- 1978.

163. Шабарова З.А., Богданов А.А., Золотухин А.С. Химические методы специфического расщепления полидезоксирибонуклеотидной цепи. // Химические основы генетической инженерии. Изд. МГУ 1994 - Р. 52-60.

164. Якубовская М.Г., Несчастнова А.А., Попенко В.И.,Липатова Ж. В., Белицкий Г.А. Структуры Холлидея образуются в концентрированных растворах очищенных продуктов амплификации ДНК. // Биохимия. 1999 - N 64 - Р. 1550-1554.