Новые технологии детекции точечных мутаций и анализа полиморфизма повторяющихся последовательностей геномов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.23, доктор биологических наук Шилов, Илья Александрович

• Шилов, Илья Александрович
• доктор биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации доктор биологических наук Шилов, Илья Александрович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Роль точечных мутаций в патогенезе различных заболеваний человека.

1.1.1. Мутации в генах факторов И, V свертываемости крови, метилентетрагидро-фолатредуктазы человека и их связь с предрасположенностью к тромбозам и гипергомоцистеинемии.

1.1.2. Мутации в гене ангиотензиногена человека и их связь с предрасположенностью к первичной гипертонии и преэклампсии.

1.1.3. Мутации в генах рецептора витамина D3, al-коллагена типа 1, эстрогенового рецептора а человека и их связь с предрасположенностью к остеопорозу.

1.2. Современные методы детекции точечных мутаций.

1.2.1. Метод детекции точечных мутаций, основанный на удлинении праймера на один нуклеотид.

1.2.1.1. Анализ точечных мутаций с помощью капиллярного электрофореза.

1.2.1.2. Анализ точечных мутаций с помощью флуоресцентной поляризации.

1.2.1.3. Анализ точечных мутаций с помощью масс-спектрометрии.

1.2.2. Метод детекции точечных мутаций на основе полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме реального времени.

1.2.3. Метод детекции точечных мутаций на основе аллель-специфического олиго-нуклеотидного лигирования.

1.2.4. Метод детекции точечных мутаций на основе аллель-специфической гибридизации олигонуклеотидов.

1.2.5. Методы детекции точечных мутаций, основанные на анализе конформационного полиморфизма ДНК.

1.2.5.1. Гетеродуплексный анализ.

1.2.5.2. Анализ конформационного полиморфизма одноцепочечных фрагментов

1.2.6. Методы детекции точечных мутаций, основанные на использовании эндонуклеаз.

1.2.6.1. Аллель-специфический анализ с использованием эндонуклеаз рестрикции.

1.2.6.2. Анализ с использованием эндонуклеаз, специфичных к неспаренным нуклеотидам в ДНК.

1.2.7. Метод детекции точечных мутаций на основе аллель-специфической поли-меразной цепной реакции.

1.2.8. Практическая реализация технологии детекции точечных мутаций.

1.2.8.1. Наборы реагентов, основанные на удлинении праймера на один нуклеотид.

1.2.8.2. Наборы реагентов, основанные на полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме реального времени.

1.2.8.3. Наборы реагентов, основанные на использовании аллель-специфической гибридизации олигонуклеотидов.

1.2.8.4. Наборы реагентов, основанные на использовании эндонуклеаз и ферментов репарации.

1.2.8.5. Наборы реагентов, основанные на аллель-специфической полимеразной цепной реакции.

1.3. Современные методы идентификации геномов (ДНК-типирования).

1.3.1. Метод прямого секвенирования полиморфных участков генома.

1.3.2. Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ).

1.3.3. Генетическое типирование с использованием праймеров произвольной первичной структуры.

1.3.4. Генетическое типирование с использованием геномных фингерпринтов.

1.3.5. Микросателлитный анализ.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и материалы.

2.2. Приборы и методы.

2.3. Общие методики.

2.3.1. Ферментативное введение радиоактивной метки в олигонуклеотиды.

2.3.2. Реакция химической модификации ДНК.

2.3.3. Определение активности Tth ДНК-лигазы.

2.3.4. Определение активности термостабильной структуро-специфичекской эндонуклеазы (Cleavase).

2.3.5. Проведение реакции лигирования на матрице и лигазной цепной реакции (ЛЦР).

2.3.5.1. Проведение лигирования на матрице и ЛЦР с радиоактивной детекцией продуктов реакции.

2.3.5.2. Проведение ЛЦР с флуоресцентной детекцией продуктов реакции.

2.3.5.3. Проведение ЛЦР с колориметрической детекцией продуктов реакции.

2.3.6. Проведение ПЦР с твердофазной детекцией продуктов реакции.

2.3.7. Выращивание растений.

2.3.8. Выделение геномной ДНК.

2.3.8.1. Выделение ДНК с использованием протеиназы К и фенольной экстракции.

2.3.8.2. Выделение ДНК с использованием сорбента Chelex 100.

2.3.8.3. Выделение ДНК с помощью силикагелевого сорбента.

2.3.8.4. Выделение ДНК из растений СТАВ-методом.

2.3.9. Аллель-специфическая полимеразная цепная реакция.

2.3.10. Амплификация фрагментов ДНК, содержащих микросателлитные последовательности.

2.3.11. Электрофорез в агарозном геле.

2.3.12. Электрофорез в полиакриламидном геле.

2.3.13. Визуализация ДНК в полиакриламидном геле с помощью нитрата серебра.

2.3.14. Капиллярный электрофорез.

2.3.15. Приготовление стандартов длины для капиллярного электрофореза.

2.3.16. Анализ флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК на автоматическом анализаторе ALFexpressII.

2.3.17. Клонирование амплифицированных фрагментов ДНК.

2.3.18. Трансформация клеток Е. coli и анализ клонов.

2.3.19. Выделение плазмидной ДНК.

2.3.20. Проведение ферментативных реакций.

2.3.21. Секвенирование ДНК методом Сэнгера.

2.3.22. Анализ нуклеотидных последовательностей.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Разработка новых подходов для детекции точечных мутаций.

3.1.1. Исследование возможности применения лигазной цепной реакции (ЛЦР) для детекции точечных мутаций.

3.1.1.1. Проблема неспецифического лигирования.

3.1.1.2. Повышение точности лигирования с использованием структуро- 107 специфической эндонуклеазы (Cleavase).

3.1.1.3. Разработка системы детекции продуктов ЛЦР.

3.1.1.3.1. Исследование возможности флуоресцентной детекции продуктов ЛЦР после сорбции их на твердой фазе.

3.1.1.3.2. Колориметрическая детекция продуктов ЛЦР.

3.1.1.3.3. Система детекции точечных мутаций модифицированным методом ЛЦР. 115 3.1.2. Разработка технологии детекции точечных мутаций на основе аллель-специфической ПЦР (АС-ПЦР) с применением автоматических анализаторов ДНК. 118 3.1.2.1. Разработка методологии конструирования аллель-специфических праймеров для АС-ПЦР в сочетании с капиллярным электрофорезом.

3.1.2.2. Создание систем детекции мутаций (G20210A) и (G1691A) в генах факторов II и V свертываемости крови человека; (С677Т) в гене метилен-тетрагидрофолатредуктазы; С1015Т, Т1198С и G(-6)A в гене ангиотензиногена; (G2046T) в гене al-коллагена типа I; (G45082A) в гене рецептора витамина D3 и

Т938С и A984G) в гене эстрогенового рецептора а человека методом АС-ПЦР.

3.1.2.2.1. Дизайн праймеров и оптимизация условий АС-ПЦР.

3.1.2.2.2. Анализ продуктов АС-ПЦР с помощью автоматических анализаторов

ДНК с флуоресцентной детекцией.

3.1.2.2.2.1. Современные системы для автоматического анализа флуоресцентно-меченых фрагментов ДНК.

3.1.2.2.2.2. Создание отечественного генетического анализатора «Мультиген» и его использование для анализа точечных мутаций.

3.1.2.3. Концепция создания наборов реагентов для детекции точечных мутаций.

3.2. Разработка подходов к стандартизации технологий генотипирования, основанных на анализе полиморфизма микросателлитов.

3.2.1. Концепция стандартизации технологии молекулярно-генетической идентификации личности.

3.2.1.1. Принципы создания наборов реагентов для идентификации личности.

3.2.1.2. Автоматизация анализа идентификации личности с использованием генетического анализатора «Мультиген».

3.2.2. Разработка и стандартизация технологий генотипирования растений.

3.2.2.1. Исследование генетического разнообразия растений рода Solatium методом микросателлитного анализа.

3.2.2.1.1. Выбор локусов для генотипирования растений рода Solanum.

3.2.2.1.2. Исследование межвидовой и внутривидовой вариабельности растений рода Solanum.

3.2.2.1.3. Исследование полиморфизма генома картофеля методом микросателлитного анализа.

3.2.2.2. Исследование генетического разнообразия растений рода Brassica.

3.2.2.2.1. Выбор локусов для микросателлитного анализа растений рода Brassica.

3.2.2.2.2. Микросателлитный анализ видов и разновидностей Brassica и родственных представителей семейства Brassicaceae.

3.2.2.2.3. Исследование интрогрессии фрагментов геномов А, В и С Brassica в межвидовые и межродовые гибриды.

3.2.2.2.4. Исследование природы полиморфизма микросателлитных локусов геномов А, В и С Brassica.

3.2.2.3. Практическое применение технологии микросателлитного анализа в селекции.

3.2.2.3.1. Определение сортовой подлинности образцов картофеля.

3.2.2.3.2. Различение близкородственных сортов рапса (B.napus).

3.2.2.3.3. Контроль интрогрессии генетического материала от родительских форм в гибриды.

3.2.2.3.3.1. Оценка эффективности передачи генетического материала при межвидовой гибридизации картофеля.

3.2.2.3.3.2. Исследование интрогрессии аллельных форм микросателлитных локусов листовых овощных сортов В.г ара в их гибриды.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые технологии детекции точечных мутаций и анализа полиморфизма повторяющихся последовательностей геномов»

Возникновение многих заболеваний человека обусловлено наследственной предрасположенностью, которая во многих случаях вызвана точечными нуклеотидными заменами (мутациями) в геномной ДНК. Наличие мутации в гомозиготном состоянии, а также доминантной мутации в гетерозиготном состоянии вызывает образование мутантного фенотипа, что обуславливает возникновение патологии или предрасположенности к ней, как в случае мультифакториальных заболеваний, возникновение которых происходит в результате совокупного влияния мутаций во многих генах и факторов окружающей среды. Поскольку мутации, обуславливающие наследственную предрасположенность, содержатся в геномной ДНК каждой клетки организма на протяжении всей жизни, то посредством их диагностирования можно узнать о предрасположенности к патологии задолго до ее развития. Это может помочь либо совсем избежать ее проявления, либо уменьшить риск возникновения осложнений во время болезни, назначить индивидуальное лечение. Таким образом, детекция мутаций является одной из важных задач современной медицинской диагностики.

Существующие методы детекции известных точечных мутаций можно разделить на две группы. В одной группе методов анализ мутаций проводится после амплификации исследуемого участка ДНК. Точечные мутации обнаруживают по расщеплению анализируемых фрагментов ДНК соответствующими рестриктазами, с помощью аллель-специфической гибридизации или удлинения праймера на один нуклеотид. Ко второй группе методов относятся те, в которых амплификация является частью системы детекции. Эти методы основаны на лигировании специфических олигонуклеотидных зондов в месте потенциальной мутации и аллель-специфической полимеразной цепной реакции. Тем не менее, при всем существующем многообразии методов не один из них пока не является полностью подходящим для клинического использования. К общим недостаткам методов первой группы, ограничивающим их применение в клинической практике и крупномасштабных исследованиях, можно отнести трудоемкость, наличие стадии пост-реакционной обработки продуктов амплификации (это способствует контаминации), долгое время анализа и низкую производительность. Кроме того, наиболее используемый в клинической диагностике метод первой группы, основанный на анализе полиморфизма длин рестрикционных фрагментов, имеет существенные ограничения по применению, поскольку требует наличия сайта рестрикции в месте предполагаемой мутации. Методы второй группы являются более предпочтительными с точки зрения использования их в клинической практике, т.к. они позволяют проводить генотипирование в одну стадию, что сокращает время анализа и значительно упрощает анализ. Однако, эти методы также являются малопроизводительными, что ограничивает их широкое применение. Кроме того, метод аллель-специфического олигонуклеотидного лигирования характеризуется низким выходом продукта реакции. Таким образом, разработка новых, удобных в эксплуатации, быстрых, высокопроизводительных и надежных методов детекции известных точечных мутаций в ДНК является актуальной задачей современной биотехнологии.

Результаты многочисленных научных исследований, полученные при изучении структуры и организации геномной ДНК животных, растений и микроорганизмов, существенным образом отразились на методологии их систематизации, ранее основанной, главным образом, на анализе фенотипических признаков. Проблема адекватного отнесения конкретного организма к той или иной группе не является чисто академической. Основанная на точных критериях систематика живых организмов, определяющая эволюционное родство между ними, помимо чисто теоретического представляет и большой практический интерес. В частности, определение источника патогенных микроорганизмов при больничных инфекциях позволило бы выработать эффективные меры защиты против их распространения. Идентификация микроорганизмов важна не только для медицинской практики, но также и в других областях, например, при сертификации продуктов питания, при определении экологической чистоты воды и почвы и т.д. В настоящее время молекулярно-генетические методы позволяют осуществлять идентификацию личности в судебно-медицинских исследованиях, а также решать в спорных случаях проблему определения отцовства. Применение технологий генотипирования в сельском хозяйстве открывает новые возможности для эффективного решения различных задач современной селекции, таких как поддержание генетических коллекций, подбор родительских форм для скрещивания, составление родословных, контроль интрогрессии генетического материала, паспортизация и сертификация сортов, создание «генетических паспортов» сельскохозяйственных растений, представляющих собой основу защиты интеллектуальной собственности селекционеров.

Наиболее важным подходом для исследования генетического полиморфизма представляется использование методов молекулярного анализа, позволяющих получать индивидуальную характеристику отдельного генотипа - ДНК-профиль. Существующие методы ДНК-типирования геномов отличаются по сложности, надежности и объему получаемой информации. Для надежного различения и идентификации генотипов, исследования филогенетических взаимосвязей и интрогрессии генетического материала, наиболее перспективным является метод анализа полиморфизма микросателлитов, позволяющий получать воспроизводимые, информативные профили известных фрагментов генома.

Целью данной работы явилась разработка новых подходов для детекции точечных мутаций, а также разработка принципов стандартизации технологий генотипирования, основанных на анализе полиморфизма микросателлитов. Исследования были направлены на создание конкретных технологических решений, обеспечивающих применение разработанных подходов к идентификации геномов в практике клинических, судебно-медицинских исследований и в сельском хозяйстве. Для выполнения работы были поставлены следующие ЗАДАЧИ:

1. Исследовать возможность применения лигазной цепной реакции (ЛЦР) для детекции однонуклеотидных полиморфизмов.

2. Разработать технологию детекции точечных мутаций на основе аллель-специфической полимеразной цепной реакции (АС-ПЦР) с последующим анализом продуктов реакции с помощью автоматического анализатора ДНК на основе электрофореза высокого разрешения.

3. Разработать методологию конструирования аллель-специфических праймеров для выявления мутаций в любых интересующих генах путем анализа продуктов АС-ПЦР на автоматическом анализаторе ДНК.

4. Применить разработанную технологию для выявления нуклеотидных замен в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—*Т), факторов II (20210G—»А) и V (1691G—»А) свертываемости крови, для анализа полиморфизмов М235Т, Т174М, G(-6)A в гене ангиотензиногена человека, а также нуклеотидных замен в генах а 1-коллагена типа 1 (2046G—+Т), рецептора витамина D3 (45082G—+А) и эстрогенового рецептора а (938Т-+С и 984А—>G).

5. Разработать методические подходы, позволяющие стандартизировать технологию молекулярно-генетической идентификации личности, основанную на анализе количества тандемных повторов в микросателлитных локусах геномной ДНК человека.

6. Исследовать возможность применения метода микросателлитного анализа для генотипирования растений родов Solanum и Brassica. Разработать универсальную технологию для генотипирования картофеля, культурных и дикорастущих форм Brassica на основе анализа полиморфизма микросателлитов. Отобрать оптимальные наборы праймеров к полиморфным микросателлитным локусам для различения и идентификации растений родов Solanum и Brassica, соответственно.

7. Применить технологию микросателлитного анализа для исследования генетического разнообразия представителей родов Solanum и Brassica как на внутри- и межвидовом уровне, так и для генотипирования сортов картофеля отечественной и зарубежной селекции, а также близкородственных сортов и гибридов Brassica.

8. Изучить природу межвидового и внутривидового полиморфизма исследуемых микросателлитных локусов.

9. Исследовать возможность применения технологии микросателлитного анализа для осуществления контроля интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды/сорта при межродовых, межвидовых и внутривидовых скрещиваниях.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Технология детекции мутаций на основе АС-ПЦР с последующим анализом продуктов реакции с помощью автоматического анализатора ДНК на основе капиллярного электрофореза.

2. Методология конструирования аллель-специфических праймеров для выявления мутаций в любых интересующих генах путем анализа продуктов АС-ПЦР на автоматическом анализаторе ДНК.

3. Разработанные тест-системы для выявления нуклеотидных замен в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—>Т), факторов II (20210G—>А) и V (1691G—»А) свертываемости крови, для анализа полиморфизмов М235Т, Т174М, G(-6)A в гене ангиотензиногена человека, а также нуклеотидных замен в генах al-коллагена типа 1 (2046G—►Т), рецептора витамина D3 (45082G—>А), эстрогенового рецептора a (938Т—>С и 984А—>G).

4. Основные принципы стандартизации технологии молекулярно-генетической идентификации личности, основанной на анализе количества тандемных повторов в микросателлитных локусах геномной ДНК человека.

5. Технология генотипирования картофеля и его дикорастущих сородичей на основе анализа 20 микросателлитных локусов.

6. Технология генотипирования культурных и дикорастущих растений рода Brassica на основе анализа 18 микросателлитных локусов.

Научная новизна работы. В настоящей работе осуществлено комплексное исследование вопросов идентификации геномных полиморфизмов. В процессе выполнения исследования создан ряд научно обоснованных технологических решений, имеющих приоритетное значение для современной ДНК-диагностики:

1. Впервые разработана методология создания тест-систем для детекции мутаций на основе АС-ПЦР и капиллярного электрофореза, адаптированная для использования в клинической практике. На основе предложенной технологии разработаны диагностические наборы реагентов для выявления нуклеотидных замен в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—>Т), факторов II

20210G—>А) и V (1691G—>А) свертываемости крови, полиморфизмов М235Т, Т174М, G(-6)A в гене ангиотензиногена человека, а также для нуклеотидных замен в генах а 1-коллагена типа 1 (2046G—>T), рецептора витамина D3 (45082G—>А) и эстрогенового рецептора а (938Т—>С и 984А—>G).

2. В рамках задачи создания технологии детекции точечных мутаций, адаптированной для использования в клинической практике, разработан и создан прибор для автоматизированного анализа фрагментов ДНК методом капиллярного электрофореза - «Мультиген». Генетический анализатор «Мультиген» основан на оригинальной оптической схеме, защищен патентом на изобретение (Шилов И.А. и др., 2000) и рекомендован для применения в медицинской практике Комитетом по новой медицинской технике Министерства здравоохранения Российской Федерации.

3. На основании комплексного исследования источников возможных ошибок при проведении молекулярно-генетической идентификации личности разработаны основные подходы к стандартизации этой технологии, а именно принцип единого технологического цикла, принципы создания наборов реагентов для идентификации личности, а также способы, обеспечивающие однозначную идентификацию аллелей при проведении генетических экспертиз с использованием автоматических анализаторов.

4. В результате проведенных исследований были отобраны 20 микросателлитных локусов, являющихся перспективными для идентификации видов и сортов картофеля. С применением технологии микросателлитного анализа были получены уникальные генетические профили 85 образцов растений рода Solarium, 44 из которых являются сортами картофеля отечественной и зарубежной селекции.

5. Впервые показано, что предлагаемая технология микросателлитного анализа позволяет осуществлять контроль интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды/сорта. На основе экспериментального анализа первичных структур ряда микросателлитных локусов показана возможность контроля интрогрессии генетического материала дикого вида S. bulbocastanum и сорта Ласунак в гибрид L4-11, а также интрогрессии генетического материала родительских форм, участвовавших в селекции сорта Скороплодный.

6. На основании проведенных исследований были отобраны 18 микросателлитных локусов, являющиеся перспективными для идентификации видов, сортов и дикорастущих форм Brassica. Показано, что с помощью технологии микросателлитного анализа можно различать и идентифицировать растения рода Brassica, составляющие треугольник U, а также представителей других родов семейства Brassicaceae (Sinapis, Raphanus, Camelina) на родовом, видовом и внутривидовом уровне.

7. В результате микросателлитного анализа впервые были идентифицированы фрагменты, специфичные для геномов А, В и С диплоидных видов Brassica и подтверждена их интрогрессия в амфидиплоидные виды, а также межвидовые и межродовые гибриды. Впервые показана возможность контроля интрогрессии генетического материала родительских форм (сортов В. гара) в гибриды с помощью технологии микросателлитного анализа.

Научно-практическое значение работы. В результате проведенной работы созданы наборы реагентов АСП-МТГФР, АСП-ПР и АСП-Ф5Л для детекции мутаций в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—^Т), факторов II (20210G—»А) и V (1691G—>А) свертываемости крови, соответственно. Завершены медицинские испытания наборов, инструкции по применению наборов утверждены Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации. С использованием разработанных наборов реагентов было проведено обследование пациенток с нормальным течением беременности и гестозом; при этом выявлена более высокая частота встречаемости вышеупомянутых мутаций у пациенток с гестозом. Также была выявлена высокая частота встречаемости данных мутаций в ДНК беременных женщин с варикозной болезнью. Данные результаты свидетельствуют о связи этих мутаций с предрасположенностью к гестозу и варикозной болезни во время беременности.

Разработанная технология может служить основой для создания новых тест-систем для выявления мутаций в любых интересующих генах.

На основании разработанных в данной работе технологических подходов созданы наборы реагентов для идентификации личности CTWA и FFTL. Эти наборы реагентов зарегистрированы Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации и внесены в государственный реестр изделий медицинского назначения и медицинской техники.

Показана перспективность применения технологии микросателлитного анализа для исследования генетического разнообразия сельскохозяйственных культур, а также их идентификации, генетической паспортизации и сертификации, подбора генетически однородного материала для скрещиваний и контроля селекционной работы, а также для решения проблем молекулярной систематики и эволюции.

Продемонстрирована возможность различения близкородственных сортов картофеля Альтаир и Аксамит, в селекции которых участвовали одни и те же родительские формы; различения сортов отечественной и зарубежной селекции (сорт Скороплодный и Wauseon); различения близкородственных генотипов - сортов Голубизна и Скороплодный, являющихся полусестринскими сортами картофеля. На примере сорта Голубизна показано, что предлагаемая технология микросателлитного анализа позволяет отслеживать и подтверждать сортовую подлинность экспертных образцов, сохраняемых и поддерживаемых в различных опытно-производственных хозяйствах.

Полученные в работе результаты микросателлитного анализа шести исследованных видов В. гара, В. nigra, В. oleracea, B.juncea, В. napus и В. carinata полностью соответствуют их ботанической и цитогенетической классификации и могут быть использованы для решения задач молекулярной систематики представителей семейства Brassicaceae. В результате микросателлитного анализа выявлены фрагменты, специфичные для геномов А, В и С, которые могут быть использованы в качестве маркеров интрогрессии генетического материала при межвидовых и межродовых скрещиваниях.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология», Шилов, Илья Александрович

выводы

1. Разработана общая технология детекции мутаций в геномной ДНК на основе аллель-специфической полимеразной цепной реакции (АС-ПЦР) с последующим анализом продуктов реакции с помощью автоматического анализатора ДНК на основе электрофореза высокого разрешения.

2. Разработана общая методология конструирования аллель-специфических праймеров для выявления мутаций в любых интересующих генах путем анализа продуктов АС-ПЦР на автоматическом анализаторе ДНК.

3. Разработаны тест-системы для выявления нуклеотидных замен в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—>Т), факторов II (20210G—>А) и V (1691G—>А) свертываемости крови, для анализа полиморфизмов М235Т, Т174М, G(-6)A в гене ангиотензиногена человека, а также нуклеотидных замен в генах al-коллагена типа 1 (2046G—^Т), рецептора витамина D3 (45082G-+A), эстрогенового рецептора a (938Т^С и 984А-Ю).

4. Созданы наборы реагентов АСП-МТГФР, АСП-ПР и АСП-Ф5Л для детекции мутаций в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (677С—>'Г), факторов II (20210G—>А) и V (1691G—>А) свертываемости крови, соответственно. Завершены медицинские испытания наборов, инструкции по применению наборов утверждены Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации.

5. Разработаны основные принципы стандартизации технологии молекулярно-генетической идентификации личности, основанной на анализе количества тандемных повторов в микросателлитных локусах геномной ДНК человека. На основании разработанных в данной работе технологических подходов созданы наборы реагентов для идентификации личности CTWA и FFTL. Наборы зарегистрированы Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации и внесены в государственный реестр изделий медицинского назначения и медицинской техники.

6. Разработана универсальная технология генотипирования растений рода Solanum на основе анализа 20 микросателлитных локусов. С помощью этой технологии проведено межвидовое и внутривидовое различение растений рода Solanum, а также ДНК-типирование 44 сортов картофеля отечественной и зарубежной селекции. На примере сорта Голубизна проведено подтверждение сортовой подлинности экспертных образцов картофеля, полученных из различных опытно-производственных хозяйств.

7. Разработана универсальная технология генотипирования культурных и дикорастущих растений рода Brassica на основе анализа 18 микросателлитных локусов. Показано, что разработанная технология позволяет различать и идентифицировать растения рода Brassica, составляющие треугольник U, а также представителей других родов семейства Brassicaceae {Sinapis, Raphanus, Camelina) на родовом, видовом и внутривидовом уровне.

8. Показано, что разработанные технологии генотипирования растений позволяют осуществлять контроль интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды/сорта при межродовых, межвидовых и внутривидовых скрещиваниях. На основе экспериментального анализа первичных структур ряда микросателлитных локусов показана возможность контроля интрогрессии генетического материала дикого вида S. bulbocastanum и сорта Ласунак в гибрид L4-11, а также интрогрессии генетического материала сортов Osaka Market и Sensudzi Kio Mizuna вида В. гара в их реципрокные гибриды.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведенных исследований была разработана надежная технология детекции точечных мутаций на основе аллель-специфической ПЦР с применением автоматических анализаторов ДНК, адаптированная для использования в клинической практике. Эта технология была применена для выявления нуклеотидных замен в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (С677Т), факторов II (G20210A) и V (G1691 А) свертываемости крови, для анализа полиморфизмов М235Т, Т174М, G(-6)A в гене ангиотензиногена, а также нуклеотидных замен в генах а 1-коллагена типа 1 (G2046T), рецептора витамина D3 (G45082A), эстрогенового рецептора а человека (Т938С и A984G). При использовании данных систем было обследовано 139 беременных женщин с неосложненным течением беременности и с гестозом различной степени тяжести, наблюдавшихся и проходивших лечение в Научном Центре акушерства, гинекологии и перинатологии РАМН (г. Москва) на наличие мутаций в гене ангиотензиногена, метилентетрагидрофолатредуктазы, факторов II и V свертываемости крови, а также 130 больных с остеопорозом, наблюдавшихся в медицинском центре ОАО "Медицина" (г. Москва) и Центральном институте травматологии и ортопедии (ЦИТО) им. Н.Н. Приорова (г. Москва) на наличие мутаций, ответственных за предрасположенность к остеопорозу.

В результате работы созданы наборы реагентов для детекции мутаций в генах метилентетрагидрофолатредуктазы (С677Т), факторов II (G20210A) и V (G1691 А) свертываемости крови. К настоящему времени завершены государственные медицинские испытания данных наборов. Инструкции по применению наборов утверждены Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации.

Разработанная технология может служить основой для создания новых тест-систем для выявления мутаций в любых интересующих генах.

Одним из важных итогов данной работы явилась разработка принципов стандартизации технологии молекулярно-генетической идентификации личности и создание на их основе наборов реагентов CTWA и FFTL. Эти наборы реагентов зарегистрированы Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития Российской Федерации и внесены в государственный реестр изделий медицинского назначения и медицинской техники. В настоящее время наборы реагентов для идентификации личности CTWA и FFTL успешно применяются в 15 региональных Бюро судебно-медицинской экспертизы Российской Федерации.

Проведенные в работе экспериментальные исследования позволили создать технологии генетической идентификации растений родов Solanum и Brassica, включающие виды большого сельскохозяйственного значения, такие как картофель, масличный рапс, различные виды капусты и др. Эти технологии генотипирования позволяют надежно различать рода, виды, сорта и предназначены для решения задач современной селекции, таких как поддержание генетических коллекций, анализ родословных, подбор родительских форм для скрещивания, контроль интрогрессии генетического материала, регистрация новых сортов, создание «генетических паспортов» сельскохозяйственных растений, представляющих собой основу защиты интеллектуальной собственности селекционеров.

Разработанные методики легли в основу методических рекомендаций, изданных Всероссийским научно-исследовательским институтом сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН для специалистов-биотехнологов, сельскохозяйственных биотехнологических и селекционных центров.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Шилов, Илья Александрович, 2006 год

1. Bertina R.M., Koeleman В.Р., Koster Т., Rosendaal F.R., Dirven R.J., Ronde H., Velden P.A., Reitsma P.H. Mutation in blood coagulation factor V associated with resistance activated protein С //Nature. 1994. V. 369. P.64-67.

2. Rosendaal F.R., Koster Т., Vandenbroulke J.P., Reitsma P.H. High risk of thrombosis in patients homozygous for factor V Leiden (activated protein С resistance)//Blood. 1995. V. 85. P. 1504-1508.

3. Cohen D. Inherited thrombophilia and pregnancy: complications, diagnosis, and treatment//Am. Biotech. Lab. 2002. V. 4. P. 22-24.

4. Gerhardt A., Scharf R.E., Beckmann M.W., Struve S„ Bender H.G., Pillny M., Sandmann W., Zotz R.B. Prothrombin and factor V mutations in women with a history of thrombosis during pregnancy and the puerperium // N. Engl. J. Med. 2000. V. 342. P. 374-80.

5. Lin J., August P. Genetic thrombophilias and preeclampsia: a meta-analysis // Obstet. Gynecol. 2005. V. 105. P. 182-192.

6. Hobikoglu G.F., Akyuz U., Akyuz F., Ozer O., Guney D., Narin A., Unaltuna N. Factor V Leiden is a risk factor for myocardial infarction in young Turkish men // Acta. Cardiol. 2004. V. 59. P. 594-597.

7. Seligsohn U., Lubetsky A. Genetic susceptibility to venous thrombosis // N. Eng. J. Med. 2001. V. 344. P. 1222-1231.

8. Gadelha T, Andre C., Juca A.A., Nucci M. Prothrombin 2021 OA and oral contraceptive use as risk factors for cerebral venous thrombosis // Cerebrovasc. Dis. 2005. V. 19. P. 49-52.

9. McGlennen R.C., Key N.S. Clinical and laboratory management of the prothrombin G20210A mutation // Arch. Pathol. Lab. Med. 2002 V. 126. P. 1319-1325.

10. Botto L.D., Yang Q. 5,10-Methylenetetrahydrofolate reductase gene variants and congenital anomalies: a huge review // Am. J. Epidemiol. 2000. V. 151. P. 862877.

11. Park H., Kim Y.J., На E.H., Kim K.N., Chang N. The risk of folate and vitamin В12 deficiencies associated with hyperhomocysteinemia among pregnant women // Am. J. Perinatal. 2004. V. 21. P. 469-475.

12. Kang S.S., Wong P.W., Bock H.G., Horwitz A., Grix A. Intermediate hyperhomocysteinemia resulting from compound heterozygosity of methylenetetrahydrofolate reductase mutations // Am. J. Hum. Genet. 1991. V. 48. P. 546-551.

13. Shen H., Newmann A.S., Hu Z., Zhang Z., Xu Y., Wang L., Ни X., Guo J., Wang X., Wei O. Methylenetetrahydrofolate reductase polymorphisms/haplotypes and risk of gastric cancer: a case-control analysis in China // Oncol. Rep. 2005. V. 13. P. 355360.

14. Kang S.S., Wong P.W., Susmano A., Sora J., Norusis M., Ruggie N. Thermolabile methylenetetrahydrofolate reductase: an inherited risk factor for coronary artery disease // Am. J. Hum. Genet. 1991. V. 48. P. 536-545.

15. Grody W.W., Telatar M. Multiplex SNP analysis: screening factor V R506Q (Leiden) mutations // Am. Biotech. Lab. 2003. V. 2. P. 34-37.

16. Liew M., Pryor R., Palais R., Meadows C., Erali M., Lyon E., Wittwer C. Genotyping of single-nucleotide polymorphisms by high-resolution melting of small amplicons // Clin. Chem. 2004. V. 50. P. 1156-1164.

17. Чистяков Д.А., Чугунов JI.А., Шамхалова М.Ш., Шестакова М.В., Миленькая Т.М. Полиморфизм гена сосудистого рецептора ангиотензиногена II и микроангиопатия при инсулинзависимом сахарном диабете // Генетика. 1999. Т.35. С. 1289-1293.

18. Jeunemaitre X., Soubrier F., Kotelevtsev Y., Lifton R., Williams C., Charru A. Molecular basis of human hypertension: role of angiotensinogen // Cell. 1992. V. 71. P. 169-180.

19. Марри Р., Греннер Д., Мейес П., Родуэлл В. Биохимия человека: в 2-х томах. Т. 2. Пер. с англ. //М.: Мир. 1993.415 с.

20. Walker W., Whelton P., Saito H., Russel R. Relation between blood pressure and renin, renin substrate, angiotensin II, aldosterone and urinary sodium and potassium in 574 ambulatory subjects // Hypertension. 1979. V. 1. P. 287-291.

21. Hata A., Namikawa C., Sasaki M., Sato K., Nakamura Т., Tamura K., Lalouel J.-M. Angiotensinogen as a risk factor for essential hypertension in Japan.// J. Clin. Invest. 1994. V. 93. P. 1285-1287.

22. Schunkert H., Hense H., Gimenez-Roqueplo A., Stieber J., Keil U. The angiotensinogen T235 variant and the use of antihypertensive drugs in a population-based cohort//Hypertension. 1997. V. 29. P. 628-633.

23. Staessen J., Ginocchio G., Wang J., Saavedra A., Soubrier F., Vlietinck R., Fagard R. Genetic variability in the renin-angiotensin system: prevalence of alleles and genotypes II J. Cardiovask. Rise. 1997. V. 4. P. 401-422.

24. Schunkert H., Hense H.W., Gimenez-Roqueplo A.P., Stieber J., Keil U., Riegger G.A., Jeunemaitre X. The angiotensinogen T235 variant and the use ofantihypertensive drugs in a population-based cohort. // Hypertension. 1997. V. 29. P. 628-633.

25. Shoji M., Tsutaya S., Takamatu H., Yasujima M. Hypertension and gene polymorphisms // Rinsho. Byori. 2001. V. 49. P. 157-160.

26. Jeunemaitre X., Inoue I., Williams C.,Tichet J., Powers M. Haplotypes of angiotensinogen in essential hypertension // Am. J. Hum. Genet. 1997. V. 60. P. 1448-1460.

27. Sasaki N. The relationship of salt intake to hypertension in the Japanese // Geriatrics. 1964. V. 19. P. 735-744.

28. Caulfield M., Lavender P., Newell-Price J., Farrall M., Kamdar S. Linkage of the angiotensinogen gene locus to human essential hypertension in African Caribbeans // J. Clin. Invest. 1995. V. 96. P. 687-692.

29. Mondry A., Loh M., Liu P., Zhu A.L., Nagel M. Polymorphisms of the insertion / deletion ACE and M235T AGT genes and hypertension: surprising new findings and meta-analysis of data // BMC Nephrol. 2005. V. 6. P. 1-11.

30. Caulfield M., Lavender P., Farrall M., Munroe, P., Lawson M., Turner P., Clark A. Linkage of the angiotensinogen gene to essential hypertension // New Eng. J. Med. 1994. V. 330. P. 1629-1633.

31. Fardella C., Zamorana P., Mosso L., Gomes L., Pinto M., Soto J. A(-6)G variant of angiotensinogen gene and aldosterone levels in hypertensives // Hypertension. 1999. V. 34. P. 779-81.

32. Yanai K., Nibu Y., Murakami K., Fukamizu A. A cis-acting DNA located between TATA box and transcription initiation site is critical in response to regulatory sequence in human angiotensinogen gene // J. Biol. Chem. 1996. V. 271. P. 1598115986.

33. Morishita R., Higaki J., Tomita N., Aoki M., Moriguchi A., Tamura K. Role of transcriptional cis-elements? Angiotensinogen gene-activating elements of angiotensinogen gene in blood pressure regulation // Hypertension. 1996. V. 27. P. 502-507.

34. Ward K., Hata A., Jeunemaitre X., Helin C., Nelson L., Namikawa C., Farrington P. A molecular variant of angiotensinogen associated with preeclampsia // Nature Genet. 1993. V. 4. P. 59-61.

35. Arngrimsson R., Purandare S., Connor M., Walker J., Bjornsson S., Soubrier F. Angiotensinogen: a candidate gene involved in preeclampsia? // Nature Genet. 1993. V.4. P. 114-115.

36. Morgan L., Baker F., Pipkin F., Kalsheker N. Pre-eclampsia and the angiotensinogen gene // Br. J. Obstet. Gynaecol. 1995. V. 102. P. 489-490.

37. Bouba I., Makrydimas G., Kalaitzidis R., Lolis D.E., Siamopoulos K.C., Georgiou I. Interaction between the polymorphisms of the renin-angiotensin system in preeclampsia// Eur. J. Obstet. Gynecol. Reprod. Biol. 2003. V.l 10. P. 8-11.

38. Chesley L., Cooper D. Genetics of hypertension in pregnancy: possible single gene control of pre-eclampsia in the descendants of eclamptic women // Br. J. Obstet. Gynaecol. 1990. V. 97. P. 762-769.

39. Ikedife D. Eclampsia in multipara // Br. Med. J. 1980. V. 1. P. 985-986.

40. Tornton J., Onwude J. Pre-eclampsia: discordance among identical twins // Br. Med. J. 1991. V. 303. P. 1241-1242.

41. Pipkin F., Roberts J. Hypertension in pregnancy // J. Hum. Hypertens. 2000. V. 14. P. 705-724.

42. Morgan Т., Craven C., Ward K. Human spiral artery renin-angiotensin system // Hypertension. 1998. V. 32. P. 683-687.

43. Morgan J., Craven C., Nelson L., Lalouel J.M., Ward K. Angiotensinogen T235 expression is elevated in decidual spiral arteries // J. Clin. Invest. 1997. V. 100. P. 1406-1415.

44. Brenner D., Labreuche J., Poirier O., Cambien F., Amarenco P. Renin-angiotensin-aldosterone system in brain infarction and vascular death. // Ann. Neurol. 2005. V. 58. P. 131-138.

45. Kiema T.R., Kauma H., Rantala A., Lilja M., Reunanen A. Variation at the angiotensin-converting enzyme gene and angiotensinogen gene loci in relation to blood pressure // Hypertension. 1996. V. 28. P. 1070-1075.

46. Guo G., Wilton A., Fu Y., Qui H., Brennecke S. Angiotensinogen gene variation in a population case-control study of preeclampsia/eclampsia in Australians and Chinese //Electrophoresis. 1997. V. 18. P. 1646-1649.

47. Риггз Б.Л., Мелтон Л.Д. Остеопороз: этиология, диагностика, лечение // М.: Невский диалект. Бином. 2000. 560 с.

48. Eisman J.A. Genetic of osteoporosis // Endocrine Rev. 1999. V. 20. P. 788-804.

49. Stewart T.L., Ralston S.H. Genetic of osteoporosis // J. Endocrinol. 2000. V. 166. P. 235-245.

50. Haussler M.R. Vitamin D receptors: nature and function // Annu. Rev. Nutr. 1986. V. 6. P. 527-562.

51. Morrison N.A., Qi J.C., Tokita A. Contribution of trans-acting factors alleles to normal physiological variability: vitamin D receptor gene polymorphismand circulating osteocalcin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 6665-6669.

52. Farrow S. Allelic variations of vitamin D receptor // Lancet. 1994. V. 343. P. 1242.

53. Gross C., Krishnan A.V., Malloy P.J., Eccleshall T.R., Zhao X.Y., Feldman D. The vitamin D receptor gene start codon polymorphism: a functional analysis of Fokl variants // J. Bone Miner. Res. 1998. V. 13. P. 1691-1699.

54. Morrison N.A., Qi J.C., Tokita A., Kelly P., Crofts L., Nguyen T.V., Sambrook P. N., Eisman J. A. Prediction of bone density from vitamin D receptor alleles // Nature. 1994. V. 367. P. 284-287.

55. Ingles S.A., Ross R.K., Yu M.C., Irvine R.A., La Pera G., Haile R.W., Coetzee G.A // J. Natl. Cancer Institute. 1997. V. 89. P. 6-10.

56. Кольман Я., Рем К. -Г. Наглядная биохимия // М: Мир. 2000. 322 с.

57. Grant S.F.A., Reid D.M., Blake G., Herd R., Fogelman I., Ralston S.T. Reduced bone density and osteoporosis associated with a polymorphic Spl binding site in the collagene type I al gene // Nat. Genet. 1996. V. 14. P. 203-205.

58. Qureshi A.M., McGuigan F.E., Seymour D.G., Hutchison J.D., Reid D.M., Ralston S.H. Association between COLIA1 Spl Alleles and femoral neck geometry // Calcif. Tissue Int. 2001. V. 69. P. 67-72.

59. Weichetova M., Stepan J.J., Michalska D., Haas Т., Pols H.A., Uitterlinden A.G. COLIA1 Polymorphism contributes to bone mineral density to assess prevalent wrist fractures // Bone. 2000. V. 26. P. 287-290.

60. Liden M., Wilen В., Ljunghall S., Melhus H. Polymorphism at th Spl binding site in the COLIA1 gene does not predict bone mineral density in postmenopausal women in Swedish // Calcif. Tissue Int. 1998. V. 63. P. 293-295.

61. Sano M., Inoue S., Hosoi Т., Ouchi Y., Emi M., Shiraki M., Orimo H. Association of estrogen receptor dinucleatide polymorphism with osteoporosis // Biochem. Biophis. Res. Commun. 1995. V. 217. P. 378-383.

62. Kobayashi S., Inoue S., Hosoi Т., Shiraki M., Orimo H. Association of bone mineral density with polymorphisms of the estrogen receptor gene in post-menopausal women // J. Bone Miner. Res. 1996. V. 11. P. 306-311.

63. Sowers M., Willing M., Burns Т., Deschenes S., Hollis В., Crutchfield M., Jannausch M. Genetic markers, bone mineral density and serum osteocalcin levels // J. Bone Miner. Res. 1999. V. 14. P. 1411-1419.

64. Langdahl B.L., Gravholt C.H., Brixen K., Eriksen E.F. Polymorphisms in the vitamin D receptor gene and bone mass, bone turnover and osteoporotic fractures // Eur. J. Clin. Invest. 2000. V. 30. P. 608-617.

65. Kikuchi R., Uemura Т., Gorai I., Ohno S., Minaguchi H. Early and late postmenopausal bone loss is associated with BsmI vitamin D receptor gene polymorphism in Japanese women // Calcif. Tissue Int. 1994. V. 64. P. 102106.

66. Sokolov B.P. Primer extension technique for the detection of single nucleotide in genomic DNA // Nucl. Acids. Res. 1990. V. 18. P. 3671.

67. Sanchez J.J., Borsting C., Morling N. Typing of Y chromosome SNPs with multiplex PCR methods // Methods Mol. Biol. 2005. V. 297. P. 209-228.

68. Ben-Avi L., Durst R., Shpitzen S., Leitersdorf E., Meiner V. Apolipoprotein E genotyping: accurate, simple, high throughput method using ABI Prism SNaPshot Multiplex System // J. Alzheimers Dis. 2004. V. 6. P. 497-501.

69. Il'ina E.N., Malakhova M.V., Generozov E.V., Nikolaev E.N., Govorun V.M. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (mass spectrometry) for hepatitis С virus genotyping // J. Clin. Microbiol. 2005. V. 43. P. 2810-2815.

70. Li J., Butler J.M., Tan Y., Lin H., Royer S. Single nucleotide polymorphism determination using primer extension and time-of-flight mass spectrometry // Electrophoresis. 1999. V. 20. P. 1258-1265.

71. Ross P., Hall L., Smirnov I., Haff L. High level multiplex genotyping by MALDI-TOF mass spectrometry // Nat. Biotech. 1998. V. 16. P. 1347-1351.

72. Xiao M., Phong A., Lum K., Greene R., Buzby P., Kwok P.-Y. Role of excess inorganic pyrophosphate in primer-extension genotyping assays // Genome Res. 2004. V. 14 P. 1749-1755.

73. Kornher J.S., Livak K.J. Mutation Detection using nucleotide analogs that alter electrophoretic mobility // Nucl. Acids. Res. 1989. V. 17. P. 7779-7784.

74. Syvanen A.C., Aalto-Setala K., Haiju L., Kontula K., Soderlimd H. A primer-guided nucleotide incorporation assay in the genotyping of apolipoprotein E // Genomics. 1990. V. 8. P. 684-692.

75. Lee J.S., Anvret M. Identification of the most common mutation within the porphobilinogen deaminase gene in Swedish patients with acute intermittent porphyria//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 10912-10915.

76. Ronaghi M. Pyrosequencing sheds light on DNA sequencing // Genome Res. V. 11. P. 3-11.

77. Ahmadian A., Gharizadeh В., Gustafsson A.C., Sterky F., Nyren P., Uhlen M., Lundeberg J. Single nucleotide polymorphism analysis by pyrosequencing // Anal. Biochem. 2000. V. 280. P. 103-110.

78. Wilde J.T., O'Sullivan J.J., Roper J.L., Aerts P., Horowitz M., Navot N. A novel ELISA-based primer extension assay for the detection of the factor V Leiden mutation//British J. Haematology. 1999. V. 106. P. 427.

79. Andersen P.S., Jespersgaard C., Vuust J., Christiansen M., Larsen L.A. Capillary electrophoresis-based single strand DNA conformation analysis in high-throughput mutation screening // Human Mutat. 2003. V. 21. P. 455-465.

80. Marziali A., Akeson M. New DNA sequencing methods // Annu. Rev. Biomed. Eng. 2001. V. 3.P. 195-223.

81. Kwok P.-Y. Methods of genotyping of single nucleotide polymorphisms // Ann. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001. V. 2. P. 235-258.

82. Chen X., Levine L., Kwok P.-Y. Fluorescence polarization in homogeneous nucleic acid analysis // Genome Res. 1999. V. 9. P. 492-498.

83. Greene R.A., DiMeo J.J., Malone M.E., Swartwout S., Liu J., Buzby P.R. Acyclo-prime, a novel method for SNP analysis using fluorescence polarization // Proc. SPIE. 2002. V. 4626. P. 332-339.

84. Lyamichev V., Brow M.A., Dahlberg J.E. Structure specific endonucleolytic cleavage of nucleic acids by eubacterial DNA polymerases // Science. 1993. V. 260. P. 778 783.

85. Heid C.A., Stevens J., Livak K.J., Williams P.M. Real time quantitative PCR // Genome Res. 1996. V. 6. P. 986-994.

86. Alves A.M., Carr F.J. Dot blot detection of point mutations with adjacently hybridizing synthetic oligonucleotide probes // Nucl. Acids Res. 1988. V. 16. P. 8723.

87. Landegren U., Kaiser R., Sanders J., Hood L. A ligase-mediated gene detection technique//Science. 1988. V. 241. P. 1077-1080.

88. Sekiguchi J., Shuman S. Nick sensing by vaccinia virus DNA ligase requires a 5' phosphate at the nick and occupancy of the adenylate binding site on the enzyme // J. Virol. 1997. V. 71. P. 9679-9684.

89. Conner B.J., Reyes A.A. Detection of sickle cell beta S-globin allele by hybridization with synthetic oligonucleotides // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. V. 80. P. 278282.

90. Farr C.J., Saiki R.K., Erlich H.A., McCormick F., Marshall C.J. Analysis of ras gene mutations in acute myeloid leukemia by polymerase chain reaction and oligonucleotide probes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 16291633.

91. Saiki R.K., Walsh P.S., Levenson C.H., Erlich H.A. Genetic analysis of amplified DNA with immobilized sequence-specific oligonucleotide probes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V. 86. P. 6230-6234.

92. Day I.N., O'Dell S.D., Cash I.D., Humphries S.E., Weavind G.P. Electrophoresis for genotyping: temporal thermal gradient gel electrophoresis for profiling of oligonucleotide dissociation // Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 2404-2412.

93. Dahlen P., Carlson J., Liukkonen L., Lilja H., Siitari H. Europium-labeled oligonucleotides to detect point mutations: application to PIZi-antitrypsin deficiency //Clin. Chem. 1993. V. 39. P. 1626-1631.

94. Tong D., Kucera E., Stimpfl M., Kolbl H., Leodolter S., Zeillinger R. Detection of p53 polymorphism at codon 72 by PCR and allele-specific oligonucleotide hybridization on microtiter plates // Clin. Chem. 2000. V. 46. P. 124-126.

95. Kozlowski P., Krzyzosialc W.J. Structural factors determining DNA length limitations in conformation-sensitive mutation detection methods // Electrophoresis. 2005. V. 26. P. 71-81.

96. Kleparnik K., Grochova D., Skopkova Z., Adam T. Detection of the major mutation M467T causing cystinuria by single-strand conformation polymorphism analysis using capillary electrophoresis // Electrophoresis. 2004. V. 25. P. 57-64.

97. Esteban-Cardenosa E., Duran M., Infante M., Velasco E., Miner C. High-throughput mutation detection method to scan BRCAI and BRCA2 based on heteroduplex analysis by capillary array electrophoresis // Clin. Chem. 2004. V. 50. P. 313-320.

98. Sozen M., Whittall R., Humphries S.E. Mutation detection in patients with familial hypercholesterolaemia using heteroduplex and single conformation polymorphism analysis by capillary electrophoresis // Atherosclerosis Suppl. 2004. V. 5. P. 7-11.

99. Atha D.H., Wenz H.M., Morehead H., Tian J., O'Connell C.D. Detection of p53 point mutations by single strand conformation polymorphism: analysis by capillary electrophoresis//Electrophoresis. 1998. V. 19. P. 172-179.

100. Goodman M.F. DNA polymerase fidelity: misinsertions and mismatched extensions. In: Innis M.A. PCR strategies // San Diego: Academic Press. 1995. P. 17-31.

101. Arguello JR, Little AM, Pay AL, Gallardo D, Rojas I, Marsh SG, Goldman JM, Madrigal JA. Mutation detection and typing of polymorphic loci throughdouble-strand conformation analysis // Nat. Genet. 1998. V. 18. P. 192-194.

102. Kozlowski P., Krzyzosiak W.J. Combined SSCP/duplex analysis by capillary electrophoresis for more efficient mutation detection // Nucl. Acids Res. 2001. V. 29. P. e71.

103. Orita M., Suzuki Y., Sekiya Т., Hayashi K. Rapid and sensitive detection of point mutations and DNA polymorohisms using the polymerase chain reaction // Genomics. 1989. V. 5. P. 874-879.

104. Hayashi K., Wenz H.M., Inazuka M., Tahira Т., Sasaki Т., Atha D.H. SSCP analysis of point mutations by multicolor capillary electrophoresis // Methods Mol. Biol. 2001. V. 163. P. 109-126.

105. Ellis L.A., Taylor C.F., Taylor G.R. A comparison of fluorescent SSCP and denaturing HPLC for high throughput mutation scanning // Hum. Mutat. 2000. V. 15. P. 556-564.

106. Tsang T.C., Bentley D.R., Nilsson I.M., Giannelli F. The use of DNA amplification for genetic counseling related diagnosis in haemophilia В // Thromb. Haemost. 1989. V.61.P. 343-347.

107. Chen J., Viola M.V. A method to detect ras point mutations in small subpopulations of cells //Anal. Biochem. 1991. V. 195. P. 51-56.

108. Khan S.M., Jiang W., Culbertson T.A. Rapid and sensitive nonradioactive detection of mutant K-ras genes via "enriched" PCR amplification // Oncogene. 1991. V. 6. P. 1079-1083.

109. Zhao C., Xu G., Gao P., Yang J., Shi X., Tian J. Rapid identification of pathogenic bacteria by capillary electrophoretic analysis of rRNA genes // J. Separation Sci. 2005. V. 28. P. 513-521.

110. Ho H.-T., Chang P.-L., Hung C.-C., Chang H.-T. Capillary electrophoretic restriction fragment length polymorphism patterns for the Mycobacterial hsp65 gene // J. Clin. Microbiology. 2004. V. 42. P. 3525-3531.

111. Qiu P, Shandilya H, D'Alessio JM, O'Connor K, Durocher J, Gerard GF. Mutation detection using Surveyor nuclease // Biotechniques. 2004. V. 36. P. 702-707.

112. Till В., Burtner C., Comai L., Henikoff S. Mismatch cleavage by single-strand specific nucleases // Nucl. Acids Res. 2004. V. 32. P. 2632-2641.

113. Marziali A., Akeson M. New DNA sequencing methods // Ann. Rev. Biomed. Eng. 2001. V. 3. P. 195-223.

114. Newton C.R., Graham A., Heptinstall L.E. Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS) // Nucl. Acids Res. 1989. V. 17. P. 2503-2516.

115. Wu D.Y., Ugozzoli L., Pal B.K., Wallace R.B. Allele-specific enzymatic amplification of beta-globin genomic DNA for diagnosis of sickle cell anemia // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V. 86. P. 2757-2760.

116. Sommer S.S., Cassady J.D., Sobel J.L., Bottema C.D. A novel method for detecting point mutations or polymorphisms and its application to population screening for carriers of phenylketonuria // Mayo Clin. Proc. 1989. V. 64. P. 1361-1372.

117. Rust S„ Funke H., Assmann G. Mutagenically separated PCR (MS-PCR): a highly specific one step procedure for easy mutation detection // Nucl. Acids Res. 1993. V. 21. N. 16. P. 3623-3629.

118. Okayama H., Curiel D.T., Brantly M.L., Holmes M.D. and Crystal R.G. Rapid, nonradioactive detection of mutations in the human genome by allele-specific amplification//J. Lab. Clin. Med. 1989. V. 114. P. 105-113.

119. Gibbs R.A., Nguyen P.N., Caskey C.T. Detection of single DNA base differences by competitive oligonucleotide priming // Nucl. Acids Res. 1989. V. 17. P. 2437-2448.

120. Chehab F.F., Kan Y.W. Detection of specific DNA sequences by fluorescence amplification: a color complementation assay // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V. 86. P. 9178-9182.

121. Kropp G.L., Fucharoen S., Embury S.H. Asymmetrically primed selective amplification/temperature shift fluorescence polymerase chain reaction to detect the hemoglobin constant spring mutation // Blood. 1991. V. 78. P. 26-29.

122. Li H., Cui X., Arnheim N. Direct electrophoretic detection of the allelic state of single DNA molecules in human sperm by using the polymerase chain reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 4580-4584.

123. Dutton C. and Sommer S.S. Simultaneous detection of multiple single-base alleles at a polymorphic site // Biotechniques. 1991. V. 11. P. 700-702.

124. Lo Y.M., Patel P., Newton C.R., Markham A.F., Fleming K.A., Wainscoat J.S. Direct haplotype determination by double ARMS: specificity, sensitivity and genetic applications//Nucl. Acids Res. 1991. V. 19. P. 3561-3567.

125. Sommer S.S., Groszbach A.R., Bottema C.D. PCR amplification of specific alleles (PASA) is a general method for rapidly detecting known single-base changes // Biotechniques. 1992. V. 12. P. 82-87.

126. Ferrie R.M., Schwarz M.J., Robertson N.H. Development, multiplexing and application of ARMS tests for common mutations in the CFTR gene // Am. J. Hum. Genet. 1992. V. 51. P. 251-262.

127. Germer S., Higuchi R. Single-tube genotyping without oligonucleotide probes // Genome Res. 1999. V. 9. P. 72-78.

128. Xiao M., Phong A., Lum K., Greene R., Buzby P., Kwok P.-Y. Role of excess inorganic pyrophosphate in primer-extension genotyping assays // Genome Res. 2004. V. 14. P. 1749-1755.

129. Decker K., Trager Т., Missel A., Heitz K., Kobsch S., Machura K., LafFert D. Optimizing probe hybridization in real-time PCR for quantification and SNP genotyping // Qiagen News. 2002. V. 4. P. 13-16.

130. Huang J., Lu J., Barany F., Cao W. Multiple cleavage activities of endonuclease V from Thermotoga maritima: recognition and strand nicking mechanism // Biochemistry. 2001. V 40. P. 8738-8748.

131. Vaughan P., McCarthy T.V. A novel process for mutation detection using uracil DNA-glycosylase // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 810-815.

132. Shagin D.A., Rebrikov D.V., Kozhemyako V.B., Altshuler I.M., Shcheglov A.S., Zhulidov P.A., Bogdanova E.A., Staroverov D.B., Rasskazov V.A., Lukyanov S.A.

133. A novel method for SNP detection using a new duplex-specific nuclease from Crab hepatopancreas // Genome Res. 2002. V. 12. P. 1935-1942.

134. BotsteinD., Write R.L., SkolnikM., Davis R.W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms // Am. J. Hum. Genet. 1980. V. 32. P. 314-331.

135. Картель H. А., ПроснякМ.И., КорзунВ.Н. Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов ДНК и его использование в генетике и селекции растений // Сельскохозяйственная биология. 1991. № 5. С. 41-48.

136. КорзунВ.Н., Плашке И., БернерА., Картель Н.А. ПДРФ-картирование гена карликовости ctl в геноме ржи Secale cereale L. // Генетика. 1995. Т. 31. № 9. С. 1282-1286.

137. Apuya N.R., Frazier B.L., Keim P., Roth E.J., Lark K.G. Restriction fragment length polymorphisms as genetic markers in soybean // Theor. Appl. Genet. 1988. V. 75. P. 889-901.

138. Bonierbale M.W., Plasted R.L., Tanksley S.D. RFLP maps based on a common set of clones reveal modes of chromosomal evolution in potato and tomato // Genetics. 1988. V. 120. P. 1095-1103.

139. Chang C., Bowman J.L., DejohnA.W., Lander E.S., Meyerowitz E.M. Restriction fragment length polymorphism linkage map for Arabidopsis thaliana II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 6856-6860.

140. Helentjaris T. A genetic lineage map for maize based on RFLP // Trends in Genetics. 1992. V. 3. P. 215-219.

141. McCouch S.R., KochertG., YuZ.H., WangZ.Y., KhushG.S., CoffmanW.R., Tankersly S.D. Molecular mapping of rice chromosomes // Theor. Appl. Genet. 1988. V. 76. P. 815-829.

142. Williams J.G., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 6531-6535.

143. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers //Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 7213-7218.

144. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gressho P.M. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers // Biotechnology. 1991. V. 9. P. 553-557.

145. JoshiC.P., Nguyen H.T. Application of random amplified polymorphic DNA technique for the detection of polymorphism among wild and cultivated tetraploid wheats // Genome. 1993. V. 36. P. 602-609.

146. Koller В., Lehmann A., McDermott J.M., Gessler C. Identification of apple cultivars using RAPD markers // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 85. P. 901-904.

147. MultaniD.S., LyonB.R. Genetic fingerprinting of Australian cotton cultivars with RAPD markers//Genome. 1995. V. 35. P. 1005-1008.

148. Оганисян A.C., КочиеваЕ.З., Рысков А.П. Маркирование видов и сортов картофеля с помощью метода RAPD-PCR // Генетика. 1996. Т. 32. № 3. С. 448451.

149. Somers D.J., Rakow G., Prabhu V.K., Friesen K.R.D. Identification of a major gene and RAPD markers for yellow seed coat colour in Brassica napus II Genome. 2001. V. 44. P. 1077-1082.

150. Ge Z„ Taylor D.E. Helicobacter pylori molecular genetics and diagnostic typing // Br. Med. Bull. 1998. V. 54. P. 31-38.

151. Abba M.C., Golijow C.D. Herpes simplex virus genotyping: multiple optional PCR-based RFLP systems and a non-isotopic single-strand conformation polymorphism method // J. Virol. Methods. 2004. V. 118. P. 73-76.

152. MorganteM., HanaferM., Powell W. Microsatellites are preferentially associated with nonrepetetive DNA in plant genomes // Nat. Genet. 2002. V. 30. P. 194-200.

153. Gur-ArieR., CobenCJ., EitanY., Shelf I., Hallerman E.M., KashiY. Simple sequence repeat in Escherichia coli: abundance, distributions, composition, and polymorphism // Genome Res. 2000. V. 10. P. 62-71.

154. Chambers G.K., MacAvoy E.S. Microsatellites: consensus and controversy // Сотр. Biochem. Physiol. 2000. V. 126. P. 455-476.

155. PanaudO., ChenX., McCouchS.R. Frequency of microsatellite sequence in rice (Oryza sativa L.) // Genome. 1995. V. 38. P. 1170-1176.

156. Hancock J.M. The contribution of slippage-like processes to genome evolution // J. Mol. Evol. 1995. V. 41. P. 1038-1047.

157. Beckmann J.S., Weber J.L. Survey of human and rat microsatellites // Genomics. 1992. V. 12. P. 627-631.

158. Lagercrantz U., EllegrenH., AnderssonL. The abundance of various polymorphic microsatellite motifs differs between plants and vertebrates // Nucl. Acids Res. 1993. V.21.P. 1111-1115.

159. TautzD., Schl6tterer C. Simple sequences // Curr. Opin. Genet. Dev. 1994. V. 4. P. 832-837.

160. Toth G., Gaspari Z., Jurka J. Microsatellites in different eucariotic genomes: survey and analysis // Genome Research. 2000. V. 10. P. 967-981.

161. KruglyakS., DurrettR.T., SchugM.D., AquadroC.F. Equilibrium distribution of microsatellite repeat length resulting from a balance between slippage events and point mutation // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95. P. 10774-10778.

162. Jeffreys A.J., MacLeod A., Tamaki K., Neil D.L., Monckton D.G. Minisatellite repeat coding as digital approach to DNA typing // Nature. 1991. V. 354. P. 204209.

163. Bishop M.D., Kappes S.M., Keele J.W., Stone R.T., Sunden S.L., Hawkins G.A., Toldo S.S., Fries R., Grosz M.D., Yoo J. A genetic linkage map for cattle // Genetics. 1994. V. 136. P. 619-639.

164. Barendse W., Armitage S.M., Kossarek L.M., Shalom A., Kirkpatrick B.W., Ryan A.M., Clayton D., Li L., Neibergs H.L., Zhang N. A genetic linkage map of the bovine genome //Nature Genet. 1994. V. 6. P. 227-235.

165. Озеров М.Ю., Тапио М., Марзанов Н.С., Насибов М.Г., Шайдуллин И.Н., Кантанен Ю. Микросателлитный анализ эволюционно-генетических связей у различных пород овец // Доклады РАСХН. 2006. № 2. С. 30-33.

166. Ferretti L., Leone P., Pilla F., Zhang Y., Nocart M., Guerin G. Direct characterization of bovine microsatellites from cosmids: polymorphism and synteny mapping //Anim. Genet. 1994. V. 25. P. 209-214.

167. Swinburne J.E., Marti E., Breen M., Binns M.M. Characterization of twelve new horse microsatellite loci: AHT12-AHT23 // Anim. Genet. 1997. V. 28. P. 453.

168. Maxam A., Gilbert W. Sequencing end-labeled DNA with base-specific chemical cleavages // Methods Enzymol. 1980. V. 65. P. 499-560.

169. New England Biolabs Inc. 1998/99 Catalog // P. 91.

170. Boom R., Sol C.J., Salimans M.M. Jansen C.L., Wertheim-van Dillen P.M., van der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. 1990. V. 28. P. 495-503.

171. Kidwell, K.K., Osborn T.C. Plant Genomes: Methods for Genetic and Physical Mapping // Kluever Academic Publishers Group. A.H. Dordrecht, The Netherlands. 2001. P. 1-13.

172. Sambrook J., Fritsch E.F. Maniatis T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual // Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.

173. Gootlieb M., Chavko M. Silver staining of native and denatured eukaryotic DNA in agarose gels//Analytical Biochemistry. 1987. V. 165. P. 33-37.

174. Sanger F., NicklenS., CoulsonA.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 5463-5467.

175. Sneath P.H.A., SokalR.P. Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification // San Francisco: W.H. Freedman and Co. 1973.

176. Van de Peer Y., De Wacheter R. TREECON for Windows: A software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment//Сотр. Appl. Biosci. 1994. V. 10. P. 569-570.

177. Luo J., Bergstrom D., Barany F. Improving the fidelity of Thermus thermophilus DNA ligase // Nucl. Acids Res. 1996. V. 24. P. 3071-3078.

178. Патрушев Л.И. Экспрессия генов // M.: Наука 2000.527 с.

179. Locht L. Т., Kuypers A.W., Verbruggen B.W., Linssen Р.С., Novakova I.R., Mensink E. J. Semi-automated detection of the factor V mutation by allele specific amplification and capillary electrophoresis // Thromb. Haemost. 1995. V. 74. P. 1276-1279.

180. Rust S., Funke H., Assmann G. Mutagenically separated PCR (MS-PCR): a highly specific one step procedure for easy mutation detection // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 3623-3629.

181. Mitterer M., Lanthaler A.J., Mair W., Giacomuzzi K., Coser P. Simultaneous detection of FV Q506 and prothrombin 2021 OA variation by allele-specific PCR // Haematologica. 1999. V. 84. P. 204-207.

182. Hezard N., Cornillet-Lefebvre P., Gillot L„ Potron P., Nguyen P. Multiplex ASA PCR for a simultaneous determination of factor V Leiden gene, G->A 20210

183. Prothrombin gene and C-»T 677 MTHFR gene mutations // Thromb. Haemost. 1998. V. 79. P. 1054-1055.

184. Walsh P.S., Metzger D.A., Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material // Biotechniques. 1991. V. 10. P. 506-513.

185. Patrushev L.I., Zykova E.S., Kayushin A.L., Korosteleva M.D., Miroshnikov A.I., Bokarew I.N., Leont'ev S.G., Koshkin V.M., Severin E.S. New DNA diagnostic system for detection of factor V Leiden // Thromb. Res. 1998. V. 92. P. 251-259.

186. ГОСТ Р 51088-97 «Наборы реагентов для клинической лабораторной диагностики». Принят и введен в действие Постановлением Госстандарта России от 14 августа 1997 г. № 277.

187. Приказ МЗ РФ от 10 мая 2000 г. № 156 «О разрешении на применение в медицинских целях изделий медицинского назначения и медицинской техники отечественного и зарубежного производства в Российской Федерации».

188. GenePrint STR Systems (Silver Stain Detection). Technical Manual TMD004. Promega Corporation, Madison, WI, 1999.

189. Yoshida К., Sekiguchi К., Kasai К., Sato H., Seta S., Sensabaugh G. F. Evaluation of new primers for CSF1PO // Int. J. Legal Med. 1997. V. 110. P. 36-38.

190. Mills K.A., Even D., Murray J.C. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human alpha fibrinogen locus (FGA) // Hum. Mol. Genet. 1992. V. 1. P. 779.

191. Polymeropoulos M.H., Xiao H., Rath D.S., Merril C.R. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human tyrosine hydroxylase gene (TH) // Nucl. Acids Res. 1991. V.19. P. 3753.

192. Anker R., Steinbrueck T. and Donis-Keller H. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human thyroid peroxidase (hTPO) locus // Hum. Mol. Genet. 1992. V. 1. P.137.

193. Kimpton C.P., Walton A., Gill P. A further tetranucleotide repeat polymorphism in the vWF gene // Hum. Mol. Genet. 1992. V. 1. P. 287.

194. Li H., Schmidt L., Wei M.-H., Hustad Т., Lerman M.I., Zbar В., Tory K. Three tetranucleotide polymorphisms for loci: D3S1352, D3S1358, D3S1359 // Hum. Mol. Genet. 1993. V. 2. P. 1327.

195. Lins A.M., Micka K.A., Sprecher C.J., Taylor J.A., Bacher J.W., Rabbach D., Bever R.A., Creacy S., Schumm J.W. Development and population study of an eight-locus short tandem repeat (STR) multiplex system // J. Forensic Sci. 1998. V. 43. P. 11681180.

196. Barber M.D., Parkin B.H. Sequence analysis and allelic designation of the two short tandem repeat loci D18S51 and D8S1179 // Int. J. Leg. Med. 1996. V. 109. P. 62-65.

197. Sharma V., Litt M. Tetranucleotide repeat polymorphism at the D21S11 locus // Hum. Mol. Genet. V. 1. P. 67.

198. Polymeropoulos M.H., Rath D.S., Xiao H., Merril C.R. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human coagulation factor XIIIA subunit gene (F13A1) // Nucl. Acids Res. 1991. V. 19. P. 4306.

199. Zuliani, G. and Hobbs, H.H. Tetranucleotide repeat polymorphism in the LPL gene // Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 4958.

200. Polymeropoulos M.H., Rath D.S., Xiao H., Merril C.R. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human c-fes/fps proto-oncogene (FES) // Nucl. Acids Res. 1991. V. 19. P. 4018.

201. Nishimura D.Y., Murray J.C. A tetranucleotide repeat for the F13B locus // Nucl. Acids Res. 1992. V. 20. P. 1167.

202. Walsh P.S., Fildes N.J., Reynolds R. Sequence analysis and characterization of stutter products at the tetranucleotide repeat locus vWA // Nucl. Acids Res. 1996. V. 24. P. 2807-2812.

203. Hu G. DNA polymerase-catalyzed addition of nontemplated extra nucleotides to the 3' end of a DNA fragment // DNA Cell. Biol. V. 12. P. 763-770.

204. Watts D. Genotyping STR loci using an automated DNA sequencer // Methods Mol. Biol. 1998. V. 98. P. 193-208.

205. Kadash K., Kozlowski B.E., Biega L.A., Duceman B.W. Validation study of the TrueAllele automated data review system. // J. Forensic Sci. 2004. V. 49. P. 660667.

206. Matsumoto Т., Yukawa W., Nozaki Y., Nakashige R., Shinya M., Makino S., Yagura M., Ikuta Т., Imanishi Т., Inoko H., Tamiya G., Gojobori T. Novel algorithm for automated genotyping of microsatellites // Nucl. Acids Res. 2004. V. 32. P. 60696077.

207. Johansson A., Karlsson P., Gyllensten U. A novel method for automatic genotyping of microsatellite markers based on parametric pattern recognition // Hum. Genet. 2003. V. 113. P. 316-324.

208. Palsson В., Palsson F., Perlin M., Gudbjartsson H., Stefansson K., Gulcher J. Using quality measures to facilitate allele calling in high-throughput genotyping // Genome Res. 1999. V. 9. P. 1002-1012.

209. Idury R.M., Cardon L.R. A simple method for automated allele binning in microsatellite markers // Genome Res. 1997. V. 7. P. 1104-1109.

210. Cooke R.J., Reeves J.C. Plant genetic resources and molecular markers: variety registration in a new era // Plant Genet. Resources. 2003. V. 1. P. 81-87.

211. KnappS., BohsL., NeeM., SpoonerD.M. Solanaceae a model for linking genomics with biodiversity // Сотр. and Funct. Genomics. 2004. V. 5. P. 285-291.

212. Broun P., Tanskley S.D. Characterization and molecular genetic mapping of simple repeat sequences in tomato genome // Mol. Gen. Genet. 1996. V. 250. P. 39-49.

213. He C., Poysa V., Yu K. Development and characterization of simple sequence repeat (SSR) markers and their use in determining relationships among Lycopersicon esculentum cultivars // Theor. Appl. Genet. 2003. V. 106. P. 363-373.

214. VosmanB., ArensP. Molecular characterization of GATA/GACA microsatallite repeats in tomato // Genome. 1997. V. 40. P. 25-33.

215. Prince J.P., Lackney V.K., Angeles C., Blauth J.R., Kyle M.M. A survey of DNA polymorphism within the genus Capsicum and the fingerprinting of peper cultivar // Genome. 1995. V. 36. P. 404-417.

216. Paran I., Aftergoot E., Shifriss C. Variation in Capsicum annum revealed by RAPD and AFLP markers // Euphytica. 1998. V. 99. P. 167-173.

217. Rodriguez J.M., BerkeT., EngleL., NienhuisJ. Variation among and within Capsicum species revealed by RAPD markers // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 99. P. 147-156.

218. Lee J.M., Nahm S.H., Kim Y.M., Kim B.D. Characterization and molecular genetic mapping of microsatellite loci in pepper // Theor. Appl. Genet. 2004. V. 108. P. 619627.

219. LefebreV., PalloixA., CarantaC., Pochard E. Construction of an intraspecific integrated linkage map of pepper using molecular markers and doubled-haploid progenies//Genome. 1995. V. 38. P. 112-121.

220. Lee J.M., Kim B-D. Combined genome mapping of RFLP-AFLP-SSR in pepper // Genomics & Informatics. 2003. V. 1. P. 108-112.

221. Sanwen H., Baoxi Z., Milbourne D., Cardie L., Guimei Y., Janzhen G. Development of pepper SSR markers from sequence databases // Euphytica. 2000. V. 117. P. 163167.

222. NunomeT., IshiguroK., YoshidaT., HiraiM. Mapping of fruit shape and color development traits in eggplant (Solanum melongena L.) based on RAPD and AFLP markers //Breed. Sci. 2001. V. 51. P. 19-26.

223. KarihalooJ., BraunerS., Gottlieb L.D. Random amplified polymorphic DNA variation in the eggplant, Solanum melongena L. (Solanaceae) // Theor. Appl. Genet. 1995. V. 90. P. 767-770.

224. MaceE.S., Lester R.N., GebhardtC.G. AFLP analysis of genetic relationships among the cultivated eggplant, Solanum melongena L., and wild relatives (Solanaceae) // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 99. P. 626-633.

225. Kawchuk L.M., Lynch D.R., Thomas J., Penner В., Sillito D., Kulcsar F. Characterization of Solarium tuberosum simple repeats and application to potato cultivar identification // Am. Potato J. 1996. V. 73. P. 325-333.

226. Powell W., Machray G.C., Provan J. Polymorphism by simple sequence repeats // Trends in Plant Sci. 1996. V. 1. P. 215-222.

227. MilbourneD., Meyer R.C., Collins A.J., Ramsay L.D., GebhardtC., WaughR. Isolation, characterization and mapping of simple sequence repeat loci in potato // Mol. Gen. Genet. 1998. V. 259. P. 233-245.

228. Ashkenazi V., Chani E., Lavi U., Levy D., Hillel J., Veilleux R.E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses // Genome. 2001. V. 44. P. 50-62.

229. McGregor C.E., Lambert C.A., Greyling M.M., LouwJ.H., WarnichL. A comparative assessment of DNA fingerprinting techniques (RAPD, ISSR, AFLP and SSR) in tetraploid potato {Solarium tuberosum L) // Euphytica. 2000. V. 113. P. 135144.

230. NeiM., LiW.H. Mathematical model for studying genetic variation in terms of rectriction endonucleases // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1979. V. 76. P. 5269-5273.

231. Humans R.J., Spooner D.M. Geographic distribution of wild potato species // Am. J. Botany. 2001. V. 88. P. 2101-2112.

232. U N. Genome analysis in Brassica with special reference to the experimental formation of B. napus and peculiar mode of fertilization // Jpn. J. Bot. 1935. V. 7. P. 389-452.

233. Lowe A.J., Jones A.E., Raybould A.F., Trick M., Moule C.J., Edwards K.J. Transferability and genome specificity of a new set of microsatellite primers among Brassica species of the U triangle // Mol. Ecol. Notes. 2002. V. 2. P. 7-11.

234. Lowe A.J., Moule С., Trick M., Edwards K.J. Efficient large-scale development of microsatellites for marker and mapping applications in Brassica crop species // Theor. Appl. Genet. 2004. V 108. P. 1103-1112.

235. Ryder C.D., Smith L.B., Teakle G.R., King G.J. Contrasting genome organisation: two regions of the Brassica oleracea genome compared with collinear regions of the Arabidopsis thaliana genome // Genome. 2001. V. 44. P. 808-817.

236. Szewc-McFadden A.K., Kresovich S, Bliek S.M., Mitchell S.E., McFerson J.R. Identification of polymorphic, conserved simple sequence repeats (SSRs) in cultivated Brassica species // Theor. Appl. Genet. 1996. V. 93. P. 534-538.

237. Sharpe A.G., Lydiate G.J. Mapping the mosaic of ancestral genotypes in a cultivar of oilseed rape (Brassica napus) selected via pedigree breeding // Genome. 2003. V. 46. P. 461-468.

238. Suwabe K., Iketani H., Nunome Т., Kage Т., Hirai M. Isolation and characterization of microsatellites in Brassica rapa L. // Theor. Appl. Genet. 2002. V. 104. P. 10921098.

239. Uzunova M.I., Ecke W. Abundance, polymorphism and genetic mapping of microsatellites in oilseed rape (Brassica napus L.) // Plant Breed. 1999. V. 118. P. 323-326.

240. Bell C.J., Ecker J.R. Assignment of 30 microsatellite 1 linkage map of Arabidopsis // Genomics. 1994. V. 19.137-144.

241. Tongue M., Griffiths P.D. Transfer of powdery mildew resistance from Brassica carinata to Brassica oleracea through embryo rescue // Plant Breed. 2004. V.123. P. 1-3.

242. Westman A.L., Kresovich S. Simple sequence repeat (SSR)-based marker variation in Brassica nigra genebank accessions and weed populations // Euphytica. 1999. V. 109. P. 85-92.

243. Plieske J., Struss D. STS markers linked to Phoma resistance genes of the Brassica B-genome revealed sequence homology between Brassica nigra and Brassica napus. II Theor. Appl. Genet. 2001. V. 102. P.483^188.

244. Westman A.L., Kresovich S. The potential for cross-taxa simple-sequence repeat (SSR) amplification between Arabidopsis thaliana L. and crop brassicas // Theor. Appl. Genet. 1998. V. 96. P. 272-281.

245. Жуковский П.М. Культурные растения и их сородичи. М: Колос. 1971.

246. Schelfhout C.J., Snowdon R„ Cowling W.A., Wroth J.M. A PCR based B-genome-specific marker in Brassica species // Theor. Appl. Genet. 2004. V. 109. P. 917-921.

247. Song K.M., Osborn T.C., Williams P.H. Brassica taxonomy based on nuclear restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) 1. Genome evolution of diploid and amphidiploid species // Theor. Appl. Genet. 1988. V. 75. P. 784-794.

248. Warwick S.I., Sauder C.A. Phylogeny of tribe Brassiceae (Brassicaceae) based on chloroplast restriction site polymorphisms and nuclear ribosomal internal transcribed spacer and chloroplast trnL intron sequences // Can. J. Bot. 2005. V. 83. P. 467-483.

249. Yang Y.W., Lai K.N., Tai P.Y., Ma D.P., Li W.H. Molecular phylogenetic studies of Brassica, Rorippa, Arabidopsis and allied genera based on the internal transcribed spacer region of 18S-25S rDNA // Mol. Phylogenet. Evol. 1999. V. 13. P. 455-462.

250. Карпеченко Г.Д. Избранные труды. М. 1971.

251. Hosaka К., Kianian S.F., McGrath J.M., Quiros C.F. Development and chromosomal localization of genome-specific DNA markers of Brassica and the evolution of amphidiploids and n=9 diploid species // Genome. 1990. V. 33. P. 131-142.

252. Chevre A.M., This P., Eber F., Deschamps M., Renard M., Delseny M., Quiros C.F. Characterization of disomic addition lines Brassica napus-Brassica nigra by isozyme, fatty acid, and RFLP markers // Theor. Appl. Genet. 1991. V. 81. P. 43-49.