Структура и функционирование 5"-регуляторной области гена NANOG восточно-европейской полёвки тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Сорокин, Михаил Алексеевич

• Сорокин, Михаил Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Сорокин, Михаил Алексеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Плюрипотентные клетки мыши

1.1.1 Развитие плюрипотентности в онтогенезе мыши

1.1.2 Плюрипотентные клетки мыши in vitro

1.1.3 Молекулярный контроль плюрипотентности у мыши

1.2 Функция гена Nanog

1.2.1 Nanog препятствует дифференцировке ЭСК, но не является

27

необходимым для поддержания их плюрипотентности

1.2.2 Nanog необходим для формирования «наивной» плюрипотентности

1.2.3 Nanog косвенно необходим для развития гипобласта

1.2.4 Nanog необходим для развития половой линии

1.2.5 Nanog завершает молекулярное in vitro репрограммирование

33

соматических клеток

1.2.6 Молекулярный механизм действия Nanog

1.3 Цис-элементы, регулирующие транскрипцию гена Nanog

1.3.1 Ocf4 и Sox2

1.3.2 Spl/Sp3

1.3.3 Klf4

1.3.4 Sall4 и Salll

1.3.5 FoxD3

1.3.6 GCNF

1.3.7 Nanog и Zfp281 (прямая негативная авторегуляция)

1.3.8 p53

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объект исследования

2.2 Выделение геномной ДНК

2.3 Методы работы с РНК

2.3.1 Выделение РНК

2.3.2 Обработка РНК ДНКазой

2.3.3 Синтез кДНК

2.3.4 RACE

2.4 Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК

2.5 Полимеразная цепная реакция

2.5.1 ОТ ПЦР

2.5.2 Инверс-ПЦР

2.6 Микробиологические методы работы

2.6.1 Приготовление компетентных клеток Е. Coli

2.6.2 Трансформация компетентных клеток Е. Coli

2.7 Методы работы с рекомбинантной ДНК

2.7.1 Выделение плазмидной ДНК методом щелочного лизиса

2.7.2 Очистка плазмидной ДНК на колонках

2.7.3 Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции

2.7.4 Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.7.5 Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей

2.7.6 А-тейлинг фрагментов ДНК

2.7.7 Цитирование фрагментов ДНК

2.8 Определение нуклеотидной последовательности ДНК

2.9 Методы работы с культурами эукариотических клеток

2.9.1 Состав кулыуральной среды и условия культивирования

2.9.2 Замораживание клеток

2.9.3 Размораживание клеток

2.10 Изучение активности репортёрных конструкций

2.10.1 Получение репортёрных конструкций

2.10.2 Временная трансфекция и измерение активности люциферазы

2.11 Бисульфитное секвенирование ДНК

2.11.1 Бисульфитная модификация ДНК

2.11.2 ПЦР с ДНК, модифицированной бисульфитом

2.12 Иммунофлуоресцентное окрашивание

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Структура и экспрессия генов Sox2, Klf4, SalI4, Esrrb и Мус полёвки

3.2 Сравнительный анализ последовательностей 5'-регуляторной области ^ гена Nanog млекопитающих

3.3 Определение потенциальных регуляторных элементов в 5'-регуляторной

области гена Nanog полёвки

4

3.4 Функциональный анализ 5'-регуляторной области гена Истод полёвки

3.5 Анализ регуляторной активности сайтов связывания ОСТ4, БОХ2 и

90

КЬБ4 в промоторе гена Иаш^ полёвки

3.6 Изучение роли метилирования ДНК в поддержании неактивного состояния

94

гена Истод полёвки

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

а.о. - аминокислотный остаток; ВКМ - внутренняя клеточная масса бластоцисты; ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота; д.п.о. - день после оплодотворения;

иПСК - индуцированные плюрипотентные стволовые клетки;

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота;

ОТ ПЦР - обратной транскрипция с последующей ПЦР;

п.н. - пара нуклеотидов;

ПЦР - полимеразная цепная реакция;

РНК - рибонуклеиновая кислота;

т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов;

ТС клетки - трофобластные стволовые клетки;

ЭСК - эмбриональные стволовые клетки;

АР - щелочная фосфатаза (alkaline posphatase)

BMP - белковый фактор, подавляющий нейральную дифференцировку ЭСК мыши (bone morphogenetic protein);

ChIP - иммунопреципитация хроматина (chomatin immunoprecipitation);

N

CR - консервативный район (conservative region);

FGF - фактор роста фибробластов (fibroblast growth factor);

LIF - белковый фактор, подавляющий дифференцировку ЭСК мыши (leukemia inhibitory factor);

PBS - фосфатный буфер (phosphate-buffered saline);

RACE - амплификация концов кДНК (rapid amplification of cDNA ends);

SINE - короткий диспергированный ядерный элемент (short interspersed nuclear

element);

SSEA - стадиоспецифичные эмбриональные антигены (stage-specific embryonic antigenes)

UTR - нетранслируемый район мРНК (untranslated region);

XEN клетки - клетки экстраэмбриональной энтодермы (extraembryonic ENdoderm).

6

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структура и функционирование 5"-регуляторной области гена NANOG восточно-европейской полёвки»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность. В раннем развитии млекопитающих формируются три эмбриональных закладки: трофобласт, гипобласт и эпибласт. Вместе они составляют бластоцисту — зародыш, готовый к имплантации в матку и дальнейшему развитию (Zernicka-Goetz et al, 2009). Клетки эпибласта мыши обладают свойством плюрипотентности — они способны как in vivo, так и in vitro дифференцироваться в производные всех трёх зародышевых листков, а также образовывать функциональные гаметы (Nichols, Smith, 2009).

На молекулярном уровне плюрипотентность представляет собой состояние, в котором подавлены гены, отвечающие за дифференцировку, и активны гены, отвечающие за самообновление клеток (Young, 2011). Поддержание контрастного статуса экспрессии двух типов генов обеспечивается совместно действующими транскрипционными факторами NANOG, ОСТ4, SOX2, KLF4, ESRRB, SALL4 и некоторыми другими. Они кооперативно связываются с ДНК, привлекают активирующие, либо репрессирующие белковые комплексы и в результате поддерживают состояние самообновления клеток (Young, 2011). Гены факторов плюрипотентности регулируют транскрипцию друг друга, формируя автономную сеть.

NANOG является одним из центральных транскрипционных факторов плюрипотентности. Ген Nanog необходим для развития плюрипотентных клеток и клеток половой линии у млекопитающих in vivo и in vitro, а также повышает эффективность самообновления плюрипотетных стволовых клеток в культуре (Theunissen, Silva, 2011). Формирование плюрипотентности в раннем развитии строго в нужное время и в ограниченном компартменте зародыша зависит от уровня белка NANOG в клетках, поэтому экспрессия гена Nanog должна очень точно контролироваться (Miyanari, Torres-Padilla, 2012). Регуляция транскрипции Nanog изучена, главным образом, у мыши и в меньшей степени — у человека. В регуляторной области гена Nanog мыши выявлены два основных регуляторных района: проксимальный промотор и дистальный энхансер. В этих районах локализованы сайты связывания ряда транскрипционных факторов (SP1/SP3, KLF, ZIC3, OCT4-SOX2, Т, STAT3, ZFP281). В то же время значительное количество

сайтов, выявленных у мыши, имеют необязательное или минорное влияние на экспрессию Nanog, а некоторые из них к тому же локализованы в неконсервативных зонах повторов (сайты ZFP143, FOXD3, REST, р53, TCF/LEF, GCNF) и, кроме того, полностью отсутствуют у крысы. Таким образом, актуальной задачей является детальное исследование регуляторной области гена Nanog различных видов млекопитающих для определения наиболее консервативных регуляторов транскрипции Nanog.

Полёвки рода Microtus являются важным объектом изучения раннего развития, инактивации Х-хромосомы, индуцированной плюрипотентности (Shevchenko et al, 2009; Сорокин et al, 2010; Manoli et al., 2012). Кроме того, полёвки удачно подходят для сравнения с мышью и крысой: все три вида входят в один подотряд мышеобразных грызунов (Myomorpha), но при этом полёвки (семейство хомяковые Cricetidae) достаточно эволюционно отделены от мыши и крысы (семейство мышиные Muridae). Сравнительный подход позволяет различить у грызунов основные и вспомогательные регуляторные взаимодействия генов плюрипотентности и создать модель, удобную для экспериментального изучения сложной транскрипционной сети факторов плюрипотентности.

Изучение системы плюрипотентности у полёвки требует комплексного подхода, включающего секвенирование Б'-регуляторной области гена Nanog; идентификацию у полёвки генов Sox2, Klf4, Sall4, Esrrb, Мус — важнейших регуляторов Nanog; функциональный анализ 5'-регуляторной области гена Nanog.

Цель и задачи исследования.

Цель: исследовать структуру и функционирование 5'-регуляторной области гена Nanog восточно-европейской полёвки Microtus levis.

Задачи:

1. Определить нукпеотидную последовательность 5'-регуляторной области гена Nanog полёвки и сравнить её с ортологичными последовательностями других видов млекопитающих. Определить в 5'-области гена Nanog полёвки потенциальные сайты связывания транскрипционных факторов.

2. Определить регуляторную активность участков 5'-области гена Nanog полёвки в составе репортёрных конструкций.

3. Идентифицировать у полёвки ортологи генов-регуляторов гена Nanog: Sox2, Klf4, Sall4 и Мус. Определить консервативность их нуклеотидной последовательности и паттерна экспрессии.

4. Определить функциональность сайтов связывания транскрипционных факторов ОСТ4, SOX2 и KLF4 в 5-области гена Nanog полёвки.

5. Изучить роль метилирования ДНК в регуляции активности гена Nanog полёвки.

Научная новизна исследования. В работе впервые проведён системный анализ

у полёвки генов, регулирующих плюрипотентность. У полёвки обнаружены ортологи генов Sox2, Klf4, Мус, Sall4, которые являются ключевыми в процессе регуляции транскрипции гена Nanog. Определена нуклеотидная последовательность 5'-регуляторной области гена Nanog полёвки. Посредством молекулярно-генетического анализа идентифицированы участки 5'-регуляторной области Nanog полёвки, оказывающие позитивное и негативное влияние на транскрипцию гена, а также определены транскрипционные факторы, которые потенциально могут взаимодействовать с этими участками. В начале первого интрона Nanog обнаружен дифференциально метилируемый район, который, вероятно, участвует в репрессии гена в экстраэмбриональных тканях полёвки. Полученные результаты имеют существенное значение для понимания механизмов регуляции транскрипции гена Nanog и поддержания состояния плюрипотентности у грызунов.

Основные положения работы, выносимые на защиту.

1. Наличие у полёвки генов Oct4, Sox2, Klf4, Esrrb, Sall4 и Мус, консервативность их структурной организации и специфичного паттерна транскрипции, а также сохранение в 5'-регуляторной области гена Nanog млекопитающих основных регуляторных областей говорит о наличии общих механизмов развития и поддержания плюрипотентности у разных видов млекопитающих.

2. Сайты связывания транскрипционных факторов SP1/SP3, KLF, ZIC3, ОСТ4-SOX2 в области промотора, и сайты связывания Т, STAT, ZFP281, KLF и SALL4 в дистальном энхансере являются консервативными облигатными регуляторными элементами гена Nanog грызунов.

3. Сайты связывания транскрипционных факторов ZFP143, FOXD3, REST, р53, TCF и GCNF являются факультативными регуляторными элементами гена Nanog грызунов.

Теоретическая и практическая значимость исследования. Результаты данной работы расширяют знания о молекулярно-генетических механизмах поддержания плюрипотентности у млекопитающих и могут быть использованы при планировании и проведении экспериментов по получению индуцированных плюрипотентных стволовых клеток.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на международной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2009» (Москва, 13-18 апреля 2009 г.), на Международной конференции BGRS/SB'2012 (Новосибирск, 25-29 июня 2012 г.), на Международной конференции «Хромосома 2012» (Новосибирск, 2-7 сентября 2012 г.), а также на семинарах Института цитологи и генетики СО РАН.

По материалам диссертации опубликованы две статьи в рецензируемых отечественных журналах из списка ВАК.

Вклад автора. Основные результаты получены автором самостоятельно. Автор принимал личное участие в планировании, проведении и обсуждении всех экспериментов, по результатам которых написана диссертация. Биоинформатический анализ проводился совместно с к.б.н. Е.А. Елисафенко.

Структура и объём работы. Диссертация состоит из введения, трёх глав (обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение), заключения, выводов и списка литературы (220 ссылок). Работа изложена на 119 страницах, иллюстрирована 15 рисунками, содержит 11 таблиц.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Сорокин, Михаил Алексеевич

выводы

1. Потенциальные сайты связывания транскрипционных факторов SP1/SP3, KLF, ZIC3, OCT4-SOX2 в составе промотора гена Nanog, а также сайты Т, STAT, ZFP281, KLF и SALL4 в составе энхансера этого гена, являются консервативными регуляторными элементами Nanog грызунов. Сайты FOXD3, REST, р53, TCF и GCNF имеются не у всех грызунов и являются факультативными регуляторными элементами гена Nanog.

2. В 5'-регуляторной области гена Nanog восточно-европейской полёвки Microtus levis присутствуют и функционируют проксимальный промотор и дистальный энхансер.

3. Установлено, что проксимальный промотор гена Nanog полёвки активирует экспрессию независимо от статуса плюрипотентности клетки, а дистальные регуляторные районы специфично усиливают экспрессию гена Nanog в плюрипотентных клетках и подавляют её в эмбриональных фибробластах.

4. Показано, что гены Oct4, Sox2, Klf4, Esrrb, Sall4 и Мус полёвки сходны с соответствующими генами мыши и человека как по нуклеотидной последовательности, так и по паттерну экспрессии в органах взрослых особей.

5. Белки ОСТ4 и KLF4 полёвки способны активировать минимальный промотор Nanog полёвки in vitro, что подтверждает функциональность соответствующих сайтов связывания.

6. CpG метилирование ингибирует активность минимального промотора гена Nanog полёвки. В стволовых клетках экстраэмбриональных тканей полёвки наблюдается гиперметилирование CpG-обогащённого участка в начале первого интрона гена Nanog.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В данной работе представлены результаты исследования молекулярно-генетических механизмов регуляции траскрипции гена Истод грызунов.

Определены полные или частичные нуклеотидные последовательности кДНК генов Бох2, КЦ4, БаМ, ЕбггЪ и Мус полёвки. Определены рамки считывания и предсказаны последовательности полипептидных продуктов данных генов. Сравнение с ортологичными последовательностями мыши и крысы показало высокий уровень межвидовой гомологии кодирующих областей изучаемых генов на уровне 90-100%. Исключением является менее консервативный ген БаМ: уровень межвидового сходства его кодирующей области составляет у грызунов 80-90%. Примерно такой же уровень консервативности характерен для гена ОсГ4, тогда как ген Истод ещё менее консервативен у грызунов, имея уровень сходства 60-70%. В кодирующих частях генов изменчивость во всех случаях представлена только однонуклеотидными заменами, мелкими делециями/инсерциями без сдвига рамки считывания, что согласуется с белок-кодирующей функцией этих последовательностей. В предсказанных полипептидных последовательностях БОХ2, КЬР4, 5А1Х4, ЕБМШ и МУС полёвки обнаружены консервативные домены, необходимые для функционирования ортологичных белков мыши и человека.

Исследование экспрессии генов Оа4, 5ох2, КЦ4, Ба\14, ЕбггЬ, Мус в культивируемых клетках предымплантационных эмбрионов, в постымплантационных эмбрионах, а также органах взрослых полёвок показало, что данные гены в основаном сохраняют паттерн органо- и тканеспецифичной транскрипции характерный для мыши. Таким образом, ключевые транскрипционные факторы системы плюрипотентности достаточно консервативны у полёвки как по структуре, так и по экспрессии. При этом ряд генов, ассоциированных с поддержанием плюрипотентных клеток мыши, транскрибируются у полёвки во многих типах не плюрипотентых клеток. Например, транскрипты генов БаШ и ЕбггЬ обнаружены в трофобластных стволовых клетках полёвки. Вероятно, соответствующие транскрипционные факторы не направляют у полёвки развитие и поддержание плюрипотентности. Кандидатами на эту роль являются гены Напод и Осг4 — паттерн их экспрессии у полёвки гораздо более ограничен (Медведев et ah, 2009). В частности, у взрослых полёвок ген Oct4 экспрессируется только в яичниках.

Определена нуклеотидная последовательность 5'-регуляторной области гена Nanog полёвки размером 4,7 т.п.н. от точки старта транскрипции. Сравнение полученной последовательности 5'-области Nanog полёвки с ортологичными последовательностями мыши и ещё шести различных млекопитающих показало наличие у полёвки ортологов промотора и дистального энхансера Nanog. Центральная часть 5'-регуляторной области Nanog, расположенная между промотором и дистальным энхансером, обогащена мобильными элементами, и её нуклеотидная последовательность сравнительно слабо консервативна у млекопитающих.

В 5-обласги Nanog полёвки были локализованы 15 потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. В промоторе Nanog полёвки были обнаружены потенциальные сайты связывания SP1/SP3, KLF, ZIC3, OCT4-SOX2, а в дистальном энхансере — сайты Т, STAT, ZFP281, KLF, SALL4. Ортологи этих сайтов найдены также в 5'-регуляторных областях Nanog мыши, крысы и хомяка и, по-видимому, являются облигатными регуляторными элементами гена Nanog грызунов. Кроме того, в 5-области Nanog полёвки обнаружены потенциальные сайты связывания транскрипционных факторов FOXD3, REST и р53. У полёвки не обнаружены ортологи сайтов связывания транскрипционных факторов TCF и GCNF мыши. У крысы сайты FOXD3, REST, р53, TCF и GCNF удалены из 5-регуляторной области Nanog протяжённой делецией и, по-видимому, являются факультативными регуляторными элементами данного гена у грызунов. Среди выявленных облигатных регуляторных элементов Nanog грызунов наблюдается дефицит негативных регуляторов. Транскрипционные факторы ZFP281-NANOG являются единственной негативной регуляторной системой Nanog, найденной у всех исследованных грызунов, тогда как позитивная регуляция этого гена представлена большим количеством консервативных вариантов. Очевидно, процесс «выключения» Nanog в развитии млекопитающих ещё недостаточно изучен.

Функциональный анализ обнаруженных потенциальных регуляторных районов показал, что проксимальный промотор Nanog полёвки, содержащий предполагаемые сайты SP1/SP3, KLF, ZIC3 и OCT4-SOX2, способен активировать транскрипцию в составе репортёрной конструкции, не зависимо от статуса плюрипотентности клеток.

Индуцированная экспрессия Klf4 и Oct4 усиливает активирующее действие проксимального промотора Nanog полёвки в составе репортёрной конструкции. Это подтверждает функциональную активность у полёвки соответствующих сайтов связывания. Более дистальные регуляторные элементы специфично усиливают экспрессию репортёрного гена в плюрипотентных клетках и подавляют её в эмбриональных фибробластах. Область промотора, содержащая сайты FOXD3, REST и р53, имеет активирующее, либо репрессирующее действие в зависимости от статуса шпорипотентности клеток, что может объясняться функционированием у полёвки всех трёх сайтов. Проксимальный блок SINE-повторов полёвки содержит неизвестный позитивный регуляторный элемент, активный в плюрипотентных клетках. Область между проксимальным блоком SINE-повторов и дистальным энхансером не влияет на экспрессию в составе репортёрной конструкции и, по-видимому, лишена регуляторных элементов. Дистальный энхансер Nanog полёвки лишь незначительно усиливает экспрессию репортёрного гена в плюрипотентных ЭСК мыши, культивируемых при стандартной концентрации LIF, что характерно и для дистального энхансера Nanog мыши (Suzuki et al, 2006).

Б'-область Nanog полёвки не имеет характерных для некоторых генов CpG-островков. Единственная область, обогащённая CpG-динуклеотидами, расположена у полёвки в начале первого интрона Nanog. Эта область гиперметилирована в стволовых клетках экстраэмбриональных тканей, но метилирована на среднем уровне в эмбриональных фибробластах полёвки. Таким образом, данный район является у полёвки дифференциально-метилируемым, что указывает на потенциальное участие метилирования в подавлении экспрессии Nanog в экстраэмбриональных тканях полёвки.

Полученные в работе данные позволяют лучше понять молекулярно-генетические механизмы регуляции транскрипции гена Nanog у грызунов и функционирования системы шпорипотентности у млекопитающих в целом. Данные будут полезны при планировании и проведении экспериментов по получению индуцированных плюрипотентных стволовых клеток.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Сорокин, Михаил Алексеевич, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Adewumi O., Aflatoonian B., Ahrlund-Richter L. et al. Characterization of human embryonic stem cell lines by the International Stem Cell Initiative // Nat. Biotechnol. 2007. V. 25. № 7. P. 803-816.

Ahn S., Huang C.L., Ozkumur E. et al. TATA Binding Proteins Can Recognize Nontraditional DNA Sequences // Biophys. J. 2012. V. 103. N° 7. P. 1510-1517.

Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. Basic local alignment search tool // J. Mol. Biol. 1990. V. 215. № 3. P. 403-410.

Amati B., Alevizopoulos K. and Vlach J. Myc and the cell cycle // Front. Biosci. 1998. V. 3. № P. d250-268.

Amit M., Carpenter M.K., Inokuma M.S. et al. Clonally derived human embryonic stem cell lines maintain pluripotency and proliferative potential for prolonged periods of culture // Dev. Biol. 2000. V. 227. № 2. P. 271-278.

Arman E., Haffner-Krausz R., Chen Y. et al. Targeted disruption of fibroblast growth factor (FGF) receptor 2 suggests a role for FGF signaling in pregastrulation mammalian development // Proc. Nad. Acad. Sci. U. S. A. 1998. V. 95. № 9. P. 5082-5087.

Assou S., Le Carrour T., Tondeur S. et al. A meta-analysis of human embryonic stem cells transcriptome integrated into a web-based expression atlas // Stem Cells 2007. V. 25. № 4. P. 961-973.

Avilion AA, Nicolis S.K., Pevny L.H. et al. Multipotent cell lineages in early mouse development depend on SOX2 function // Genes Dev. 2003. V. 17. № 1. P. 126-140.

Beddington RS. and Robertson E.J. Axis development and early asymmetry in mammals // Cell 1999. V. 96. Nq 2. P. 195-209.

Bendall S.C., Stewart M.H., Menendez P. et al. IGF and FGF cooperatively establish the regulatory stem cell niche of pluripotent human cells in vitro // Nature 2007. V. 448. № 7157. P. 1015-1021.

Benezra R., Davis R.L., Lockshon D. et al. The protein Id: a negative regulator of helix-loop-helix DNA binding proteins // Cell 1990. V. 61. № 1. P. 49-59.

Bilodeau S., Kagey M.H., Frampton G.M. et al. SetDBl contributes to repression of genes encoding developmental regulators and maintenance of ES cell state // Genes Dev. 2009. V. 23. № 21. P. 2484-2489.

Bouwman P., Gollner H., Elsasser H.P. et al. Transcription factor Sp3 is essential for postnatal survival and late tooth development // EMBO J. 2000. V. 19. N° 4. P. 655-661.

Boyer L.A, Lee T.I., Cole M.F. et al. Core transcriptional regulatory circuitry in human embryonic stem cells // Cell 2005. V. 122. N° 6. P. 947-956.

Boyer LA., Plath K., Zeitlinger J. et al. Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells // Nature 2006. V. 441. N° 7091. P. 349353.

Brinster R.L. The effect of cells transferred into the mouse blastocyst on subsequent development // J. Exp. Med. 1974. V. 140. N° 4. P. 1049-1056.

Brons I.G., Smithers L.E., Trotter M.W. et al. Derivation of pluripotent epiblast stem cells from mammalian embryos // Nature 2007. V. 448. N° 7150. P. 191-195.

Bruce S.J., Gardiner B.B., Burke L.J. et al. Dynamic transcription programs during ES cell differentiation towards mesoderm in serum versus serum-freeBMP4 culture // BMC Genomics 2007. V. 8. N° P. 365.

Cartharius K., Freeh K., Grote K. et al. Matlnspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites // Bioinformatics 2005. V. 21. № 13. P. 29332942.

Cartwright P., McLean C., Sheppard A et al. LIF/STAT3 controls ES cell self-renewal and pluripotency by a Myc-dependent mechanism // Development 2005. V. 132. № 5. P. 885-896.

Cauffman G., Van de Velde H., Liebaers I. et al. Oct-4 mRNA and protein expression during human preimplantation development // Mol. Hum. Reprod. 2005. V. 11. N° 3. P. 173181.

Chambers I., Colby D., Robertson M. et al. Functional expression cloning of Nanog, a pluripotency sustaining factor in embryonic stem cells // Cell 2003. V. 113. N° 5. P. 643-655.

Chambers I., Silva J., Colby D. et al. Nanog safeguards pluripotency and mediates germline development // Nature 2007. V. 450. № 7173. P. 1230-1234.

Chazaud C., Yamanaka Y., Pawson T. et al. Early lineage segregation between epiblast and primitive endoderm in mouse blastocysts through the Grb2-MAPK pathway // Dev Cell 2006. V. 10. № 5. P. 615-624.

Chen X., Fang F., Liou Y.C. et al. Zfpl43 regulates Nanog through modulation of Oct4 binding // Stem Cells 2008. V. 26. № 11. P. 2759-2767.

Chen X., Xu H., Yuan P. et al. Integration of external signaling pathways with the core transcriptional network in embryonic stem cells // Cell 2008. V. 133. № 6. P. 11061117.

Cheng AM., Saxton T.M., Sakai R. et al. Mammalian Grb2 regulates multiple steps in embryonic development and malignant transformation // Cell 1998. V. 95. № 6. P. 793-803.

Clark S.J., Harrison J., Paul C.L. et al High sensitivity mapping of methylated cytosines // Nucleic Acids Res 1994. V. 22. № 15. P. 2990-2997.

Cole M.F., Johnstone S.E., Newman J.J. et al Tcf3 is an integral component of the core regulatory circuitry of embryonic stem cells // Genes Dev. 2008. V. 22. № 6. P. 746755.

Cooney A J., Hummelke G.C., Herman T. et al Germ cell nuclear factor is a response element-specific repressor of transcription // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998. V. 245. № 1. P. 94-100.

Dani C., Chambers I., Johnstone S. et al Paracrine induction of stem cell renewal by LIF-deficient cells: a new ES cell regulatory pathway // Dev. Biol. 1998. V. 203. № 1. P. 149-162.

Dejosez M., Krumenacker J.S., Zitur L.J. et al Ronin is essential for embryogenesis and the pluripotency of mouse embryonic stem cells // Cell 2008. V. 133. № 7. P. 1162-1174.

Dejosez M., Levine S.S., Frampton G.M. et al Ronin/Hcf-1 binds to a hyperconserved enhancer element and regulates genes involved in the growth of embryonic stem cells // Genes Dev. 2010. V. 24. № 14. P. 1479-1484.

Dvorak P., Dvorakova D., Koskova S. et al Expression and potential role of fibroblast growth factor 2 and its receptors in human embryonic stem cells // Stem Cells 2005. V. 23. № 8. P. 1200-1211.

Egli D., Birkhoff G. and Eggan K. Mediators of reprogramming: transcription factors and transitions through mitosis // Nat Rev Mol Cell Biol 2008. V. 9. № 7. P. 505-516.

Eilers M. and Eisenman R.N. Myc's broad reach // Genes Dev. 2008. V. 22. № 20. P. 27552766.

Eiselleova L., Matulka K., Kriz V. et al. A complex role for FGF-2 in self-renewal, survival, and adhesion of human embryonic stem cells // Stem Cells 2009. V. 27. N° 8. P. 18471857.

Elling 17., Klasen C., Eisenberger T. et al. Murine inner cell mass-derived lineages depend on Sall4 function // Proc. Nad. Acad. Sei. U. S. A. 2006. V. 103. № 44. P. 1631916324.

Evans M.J. and Kaufman M.H. Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos // Nature 1981. V. 292. № 5819. P. 154-156.

Falkner F.G. and Zachau H.G. Correct transcription of an immunoglobulin kappa gene requires an upstream fragment containing conserved sequence elements // Nature 1984. V. 310. № 5972. P. 71-74.

Feldman B., Poueymirou W., Papaioannou V.E. et al. Requirement of FGF-4 for postimplantation mouse development // Science 1995. V. 267. № 5195. P. 246-249.

Fidalgo M., Faiola F., Pereira C.F. et al Zfp281 mediates Nanog autorepression through recruitment of the NuRD complex and inhibits somatic cell reprogramming // Proc. Nad. Acad. Sei. U. S. A. 2012. V. № P.

Frankenberg S., Gerbe F., Bessonnard S. et al Primitive endoderm differentiates via a three-step mechanism involving Nanog and RTK signaling // Dev Cell 2011. V. 21. № 6. P. 1005-1013.

Frazer K.A, Pachter L., Poliakov A et al. VISTA: computational tools for comparative genomics // Nucleic Acids Res 2004. V. 32. № Web Server issue. P. W273-279.

Fuchs E. and Segre J.A Stem cells: a new lease on life // Cell 2000. V. 100. № 1. P. 143155.

Fuhrmann G., Chung AC., Jackson K.J. et al. Mouse germline restriction of Oct4 expression by germ cell nuclear factor // Dev Cell 2001. V. 1. N° 3. P. 377-387.

Fujikura J., Yamato E., Yonemura S. et al Differentiation of embryonic stem cells is induced by GATA factors // Genes Dev. 2002. V. 16. № 7. P. 784-789.

Gardner R.L. and Beddington R.S. Multi-lineage 'stem' cells in the mammalian embryo // J. Cell Sei. Suppl. 1988. V. 10. № P. 11-27.

Goldin S.N. and Papaioannou V.E. Paracrine action of FGF4 during periimplantation development maintains trophectoderm and primitive endoderm // Genesis 2003. V. 36. № 1. P. 40-47.

Greber B., Wu G., Bernemann C. et ah Conserved and divergent roles of FGF signaling in mouse epiblast stem cells and human embryonic stem cells // Cell Stem Cell 2010. V. 6. № 3. P. 215-226.

Grigor'eva E.V., Shevchenko AI., Mazurok NA. et ah FGF4 independent derivation of trophoblast stem cells from the common vole // PLoS One 2009. V. 4. № 9. P. e7161.

Gu P., LeMenuet D., Chung A.C. et ah Orphan nuclear receptor GCNF is required for the repression of pluripotency genes during retinoic acid-induced embryonic stem cell differentiation // Mol. Cell. Biol. 2005. V. 25. № 19. P. 8507-8519.

Guenther M.G., Frampton G.M., Soldner F. et ah Chromatin structure and gene expression programs of human embryonic and induced pluripotent stem cells // Cell Stem Cell 2010. V. 7. № 2. P. 249-257.

Guo G., Huss M., Tong G.Q. et ah Resolution of cell fate decisions revealed by single-cell gene expression analysis from zygote to blastocyst // Dev Cell 2010. V. 18. № 4. P. 675-685.

Guo G., Yang J., Nichols J. et ah Klf4 reverts developmental^ programmed restriction of ground state pluripotency // Development 2009. V. 136. № 7. P. 1063-1069.

Hahnel AC., Rappolee DA., Millan J.L. et ah Two alkaline phosphatase genes are expressed during early development in the mouse embryo // Development 1990. V. 110. № 2. P. 555-564.

Han J., Yuan P., Yang H. et ah Tbx3 improves the germ-line competency of induced pluripotent stem cells // Nature 2010. V. 463. N° 7284. P. 1096-1100.

Hanna J., Saha K., Pando B. et ah Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration // Nature 2009. V. 462. № 7273. P. 595-601.

Hanna J.H., Saha K. and Jaenisch R. Pluripotency and cellular reprogramming: facts, hypotheses, unresolved issues // Cell 2010. V. 143. Na 4. P. 508-525.

Hanna L.A, Foreman R.K., Tarasenko I.A et ah Requirement for Foxd3 in maintaining pluripotent cells of the early mouse embryo // Genes Dev. 2002. V. 16. № 20. P. 2650-2661.

Hart AH., Hartley L., Ibrahim M. et ah Identification, cloning and expression analysis of the pluripotency promoting Nanog genes in mouse and human // Dev. Dyn. 2004. V. 230. № 1. P. 187-198.

Hatano S.Y., Tada M., Kimura H. et al. Pluripotential competence of cells associated with Nanog activity // Mech. Dev. 2005. V. 122. № 1. P. 67-79.

Hattori N., Imao Y., Nishino K. et al. Epigenetic regulation of Nanog gene in embryonic stem and trophoblast stem cells // Genes Cells 2007. V. 12. N° 3. P. 387-396.

Hayashi K., Lopes S.M., Tang F. et al. Dynamic equilibrium and heterogeneity of mouse pluripotent stem cells with distinct functional and epigenetic states // Cell Stem Cell 2008. V. 3. № 4. P. 391-401.

Herr W. and Cleary MA. The POU domain: versatility in transcriptional regulation by a flexible two-in-one DNA-binding domain // Genes Dev. 1995. V. 9. N° 14. P. 16791693.

Hikasa H., Ezan J., Itoh K. et al. Regulation of TCF3 by Wnt-dependent phosphorylation during vertebrate axis specification // Dev Cell 2010. V. 19. № 4. P. 521-532.

Hikasa H. and Sokol S.Y. Phosphorylation of TCF proteins by homeodomain-interacting protein kinase 2 // J. Biol. Chem. 2011. V. 286. N° 14. P. 12093-12100.

Hoffman W.H., Biade S., Zilfou J.T. et al. Transcriptional repression of the anti-apoptotic survivin gene by wild type p53 // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. N° 5. P. 3247-3257.

Hogan B.L. Changes in the behaviour of teratocarcinoma cells cultivated in vitro // Nature 1976. V. 263. № 5573. P. 136-137.

Ivanovo N., Dobrin R., Lu R. et al. Dissecting self-renewal in stem cells with RNA interference // Nature 2006. V. 442. № 7102. P. 533-538.

Jiang J., Chan Y.S., Loh Y.H. et al. A core Klf circuitry regulates self-renewal of embryonic stem cells // Nat Cell Biol 2008. V. 10. № 3. P. 353-360.

Johnson M.H. and Ziomek CA. The foundation of two distinct cell lineages within the mouse morula // Cell 1981. V. 24. № 1. P. 71-80.

Jurka J., Klonowski P., Dagman V. et al. CENSOR—a program for identification and elimination of repetitive elements from DNA sequences // Comput. Chem. 1996. V. 20. № 1. P. 119-121.

Kaczynski J., Cook T. and Urrutia R. Spl- and Kruppel-like transcription factors // Genome Biol 2003. V. 4. № 2. P. 206.

Karantzali E., Lekakis V., Ioannou M. et al. Salll regulates embryonic stem cell differentiation in association with nanog // J. Biol. Chem. 2011. V. 286. № 2. P. 10371045.

Karantzali E., Schulz H., Hummel О. et al. Histone deacetylase inhibition accelerates the early events of stem cell differentiation: transcriptomic and epigenetic analysis // Genome Biol 2008. V. 9. № 4. P. R65.

Kelly K.E, Ng D.Y., Jayakumaran G. et al. beta-catenin enhances Oct-4 activity and reinforces pluripotency through a TCF-independent mechanism // Cell Stem Cell 2011. V. 8. № 2. P. 214-227.

Kelly S.J. Studies of the developmental potential of 4- and 8-cell stage mouse blastomeres // J. Exp. Zool. 1977. V. 200. № 3. P. 365-376.

Kidder B.L., Yang J. and Palmer S. Stat3 and c-Myc genome-wide promoter occupancy in embryonic stem cells // PLoS One 2008. V. 3. № 12. P. e3932.

Kiefer S.M., McDill B.W., Yang J. et al. Murine Salll represses transcription by recruiting a histone deacetylase complex // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. № 17. P. 14869-14876.

Kim J., Chu J., Shen X. et al. An extended transcriptional network for pluripotency of embryonic stem cells // Cell 2008. V. 132. № 6. P. 1049-1061.

Kim J., Woo A.J., Chu J. et al. А Мус network accounts for similarities between embryonic stem and cancer cell transcription programs // Cell 2010. V. 143. № 2. P. 313-324.

Kim K., Doi A, Wen B. et al. Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells // Nature 2010. V. 467. № 7313. P. 285-290.

Knoepfler P.S., Zhang X.Y., Cheng P.F. et al. Мус influences global chromatin structure // EMBO J. 2006. V. 25. № 12. P. 2723-2734.

Ко L.J. and Prives C. p53: puzzle and paradigm // Genes Dev. 1996. V. 10. № 9. P. 10541072.

Kunath Т., Saba-El-Leil M.K., Almousailleakh M. et al. FGF stimulation of the Erkl/2 signalling cascade triggers transition of pluripotent embryonic stem cells from self-renewal to lineage commitment // Development 2007. V. 134. № 16. P. 2895-2902.

Kurimoto K, Yabuta Y., Ohinata Y. et al. An improved single-cell cDNA amplification method for efficient high-density oligonucleotide microarray analysis // Nucleic Acids Res 2006. V. 34. № 5. P. e42.

Kuroda Т., Tada M., Kubota H. et al. Octamer and Sox elements are required for transcriptional eis regulation of Nanog gene expression // Mol. Cell. Biol. 2005. V. 25. № 6. P. 2475-2485.

Lan Z.J., Gu P., Xu X. et al Expression of the orphan nuclear receptor, germ cell nuclear factor, in mouse gonads and preimplantation embryos // Biol. Reprod. 2003. V. 68. № 1. P. 282-289.

Lauberth S.M., Bilyeu AC., Firulli B.A et al A phosphomimetic mutation in the Salll repression motif disrupts recruitment of the nucleosome remodeling and deacetylase complex and repression of Gbx2 // J. Biol. Chem. 2007. V. 282. № 48. P. 3485834868.

Lauberth S.M. and Rauchman M. A conserved 12-amino acid motif in Salll recruits the nucleosome remodeling and deacetylase corepressor complex // J. Biol. Chem. 2006. V. 281. № 33. P. 23922-23931.

Lee T.I., Jenner JR.G., Boyer LA. et al Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells // Cell 2006. V. 125. № 2. P. 301-313.

Liang J., Wan M., Zhang Y. et al Nanog and Oct4 associate with unique transcriptional repression complexes in embryonic stem cells // Nat Cell Biol 2008. V. 10. N° 6. P. 731-739.

Lim L.S., Hong F.H., Kunarso G. et al The pluripotency regulator Zic3 is a direct activator of the Nanog promoter in ESCs // Stem Cells 2010. V. 28. № 11. P. 1961-1969.

Lin T., Chao C., Saito S. et al p53 induces differentiation of mouse embryonic stem cells by suppressing Nanog expression // Nat Cell Biol 2005. V. 7. № 2. P. 165-171.

Littlefield O., Korkhin Y. and Sigler P.B. The structural basis for the oriented assembly of a TBP/TFB/promoter complex // Proc. Nad. Acad. Sci. U. S. A. 1999. V. 96. N° 24. P. 13668-13673.

Lluis F., Ombrato L., Pedone E. et al T-cell factor 3 (Tcf3) deletion increases somatic cell reprogramming by inducing epigenome modifications // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011. V. 108. № 29. P. 11912-11917.

Loh Y.H., Wu Q., Chew J.L. et al The Oct4 and Nanog transcription network regulates pluripotency in mouse embryonic stem cells // Nat. Genet. 2006. V. 38. № 4. P. 431440.

Lu J., Jeong H.W., Kong N. et al. Stem cell factor SALL4 represses the transcriptions of PTEN and SALL1 through an epigenetic repressor complex // PLoS One 2009. V. 4. № 5. P. e5577.

Luo J., Sladek R., Bader J A. et al. Placental abnormalities in mouse embryos lacking the

orphan nuclear receptor ERR-beta // Nature 1997. V. 388. N° 6644. P. 778-782. Lyashenko N., Winter M., Migliorini D. et al. Differential requirement for the dual functions of beta-catenin in embryonic stem cell self-renewal and germ layer formation // Nat Cell Biol 2011. V. 13. № 7. P. 753-761. MacDonald B.T., Tamai K. and He X. Wnt/beta-catenin signaling: components,

mechanisms, and diseases // Dev Cell 2009. V. 17. № 1. P. 9-26. Manoli D.S., Subramanyam D., Carey C. et al. Generation of induced pluripotent stem cells

from the prairie vole // PLoS One 2012. V. 7. № 5. P. e38119. Marin M., Karis A, Vzsser P. et al. Transcription factor Spl is essential for early embryonic development but dispensable for cell growth and differentiation // Cell 1997. V. 89. № 4. P. 619-628.

Marson A, Levine S.S., Cole M.F. et al. Connecting microRNA genes to the core transcriptional regulatory circuitry of embryonic stem cells // Cell 2008. V. 134. № 3. P. 521-533.

Martin G.R. Isolation of a pluripotent cell line from early mouse embryos cultured in medium conditioned by teratocarcinoma stem cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981. V. 78. № 12. P. 7634-7638. Masui S., Nakatake Y., Toyooka Y. et al. Pluripotency governed by Sox2 via regulation of Oct3/4 expression in mouse embryonic stem cells // Nat Cell Biol 2007. V. 9. № 6. P. 625-635.

Matsui Y., Zsebo K. and Hogan B.L. Derivation of pluripotential embryonic stem cells from

murine primordial germ cells in culture // Cell 1992. V. 70. № 5. P. 841-847. McConnell B.B., Ghaleb AM., Nandan M.O. et al. The diverse functions of Kruppel-like factors 4 and 5 in epithelial biology and pathobiology // Bioessays 2007. V. 29. № 6. P. 549-557.

Medvedev S.P., Shevchenko A I., Elisaphenko E. A et al. Structure and expression pattern of Oct4 gene are conserved in vole Microtus rossiaemeridionalis // BMC Genomics

2008. V. 9. No P. 162.

Meilhac S.M., Adams R.J., Morris SA et al. Active cell movements coupled to positional induction are involved in lineage segregation in the mouse blastocyst // Dev. Biol.

2009. V. 331. № 2. P. 210-221.

Meissner A, Wernig M. and Jaenisch R. Direct reprogramming of genetically unmodified fibroblasts into pluripotent stem cells // Nat. Biotechnol. 2007. V. 25. № 10. P. 11771181.

Merrill B.J., Pasolli H.A, Polak L. et al. Tcf3: a transcriptional regulator of axis induction in the early embryo // Development 2004. V. 131. N° 2. P. 263-274.

Messerschmidt D.M. and Kemler R. Nanog is required for primitive endoderm formation through a non-cell autonomous mechanism // Dev. Biol. 2010. V. 344. № 1. P. 129137.

Mitsui K, Tokuzawa Y., Itoh H. et al. The homeoprotein Nanog is required for maintenance of pluripotency in mouse epiblast and ES cells // Cell 2003. V. 113. N° 5. P. 631-642.

Miyanari Y. and Torres-Padilla M.E. Control of ground-state pluripotency by allelic regulation of Nanog // Nature 2012. V. 483. N° 7390. P. 470-473.

Monk M., Boubelik M. and Lehnert S. Temporal and regional changes in DNA methylation in the embryonic, extraembryonic and germ cell lineages during mouse embryo development // Development 1987. V. 99. N° 3. P. 371-382.

Monk M. and McLaren A X-chromosome activity in foetal germ cells of the mouse // J. Embryol. Exp. Morphol. 1981. V. 63. N° P. 75-84.

Navarro P. and Avner P. When X-inactivation meets pluripotency: an intimate rendezvous // FEBS Lett. 2009. V. 583. N° 11. P. 1721-1727.

Navarro P., Chambers I., Karwacki-Neisius V. et al. Molecular coupling of Xist regulation and pluripotency // Science 2008. V. 321. N° 5896. P. 1693-1695.

Newman AM. and Cooper J.B. Lab-specific gene expression signatures in pluripotent stem cells // Cell Stem Cell 2010. V. 7. № 2. P. 258-262.

Nguyen H., Rendí M. and Fuchs E. Tcf3 governs stem cell features and represses cell fate determination in skin // Cell 2006. V. 127. № 1. P. 171-183.

Niakan K.K., Ji H., Maehr R. et al. Soxl7 promotes differentiation in mouse embryonic stem cells by directly regulating extraembryonic gene expression and indirectly antagonizing self-renewal // Genes Dev. 2010. V. 24. № 3. P. 312-326.

Nichols J., Chambers I., Taga T. et al. Physiological rationale for responsiveness of mouse embryonic stem cells to gpl30 cytokines // Development 2001. V. 128. № 12. P. 2333-2339.

Nichols J., Silva J., Roode M. et al. Suppression of Erk signalling promotes ground state pluripotency in the mouse embryo // Development 2009. V. 136. № 19. P. 3215-3222.

Nichols J. and Smith A Naive and primed pluripotent states // Cell Stem Cell 2009. V. 4. № 6. P. 487-492.

Nichols J., Zevnik B., Anastassiadis K. et al. Formation of pluripotent stem cells in the mammalian embryo depends on the POU transcription factor Oct4 // Cell 1998. V. 95. № 3. P. 379-391.

Niwa H., Burdon T., Chambers I. et al. Self-renewal of pluripotent embryonic stem cells is mediated via activation of STAT3 // Genes Dev. 1998. V. 12. № 13. P. 2048-2060.

Niwa H., Miyazaki J. and Smith AG. Quantitative expression of Oct-3/4 defines differentiation, dedifferentiation or self-renewal of ES cells // Nat. Genet. 2000. V. 24. № 4. P. 372-376.

Niwa H., Ogawa K., Shimosato D. et al. A parallel circuit of LIF signalling pathways maintains pluripotency of mouse ES cells // Nature 2009. V. 460. № 7251. P. 118122.

Niwa H., Toyooka Y., Shimosato D. et al. Interaction between Oct3/4 and Cdx2 determines trophectoderm differentiation // Cell 2005. V. 123. Nq 5. P. 917-929.

Okita K, Ichisaka T. and Yamanaka S. Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells // Nature 2007. V. 448. № 7151. P. 313-317.

Orkin S.H., Wang J., Kim J. et al. The transcriptional network controlling pluripotency in ES cells // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 2008. V. 73. № P. 195-202.

Ovitt C.E. and Scholer H.R. The molecular biology of Oct-4 in the early mouse embryo // Mol. Hum. Reprod. 1998. V. 4. № 11. P. 1021-1031.

Paling N.R., Wheadon H., Bone H.K. et al. Regulation of embryonic stem cell self-renewal by phosphoinositide 3-kinase-dependent signaling // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. № 46. P. 48063-48070.

Pan G., Li J., Zhou Y. et al. A negative feedback loop of transcription factors that controls stem cell pluripotency and self-renewal // FASEB J. 2006. V. 20. № 10. P. 17301732.

Parslow T.G., Blair D.L., Murphy W.J. et al. Structure of the 5' ends of immunoglobulin genes: a novel conserved sequence // Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A. 1984. V. 81. № 9. P. 2650-2654.

Pasini D., Bracken AP., Jensen M.R. et al. Suzl2 is essential for mouse development and for EZH2 histone methyltransferase activity // EMBO J. 2004. V. 23. N° 20. P. 40614071.

Pearson W.R. and Lipman D.J. Improved tools for biological sequence comparison // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988. V. 85. № 8. P. 2444-2448.

Pebay A, Wong R.C., Pitson S.M. et al. Essential roles of sphingosine-l-phosphate and platelet-derived growth factor in the maintenance of human embryonic stem cells // Stem Cells 2005. V. 23. N° 10. P. 1541-1548.

Pereira L., Yi F. and Merrill B.J. Repression of Nanog gene transcription by Tcf3 limits embryonic stem cell self-renewal // Mol. Cell. Biol. 2006. V. 26. N° 20. P. 7479-7491.

Plusa B., Piliszek A, Frankenberg S. et al. Distinct sequential cell behaviours direct primitive endoderm formation in the mouse blastocyst // Development 2008. V. 135. N° 18. P. 3081-3091.

Pratt H.P., Bolton V.N. and Gudgeon K.A The legacy from the oocyte and its role in controlling early development of the mouse embryo // Ciba Found. Symp. 1983. V. 98. N° P. 197-227.

Qi X., Li T.G., Hao J. et al. BMP4 supports self-renewal of embryonic stem cells by inhibiting mitogen-activated protein kinase pathways // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004. V. 101. N° 16. P. 6027-6032.

Rao S., Zhen S., Roumiantsev S. et al. Differential roles of Sall4 isoforms in embryonic stem cell pluripotency // Mol. Cell. Biol. 2010. V. 30. N° 22. P. 5364-5380.

Rastan S. and Robertson E.J. X-chromosome deletions in embryo-derived (EK) cell lines associated with lack of X-chromosome inactivation // J. Embryol. Exp. Morphol. 1985. V. 90. N° P. 379-388.

Reik W., Dean W. and Walter J. Epigenetic reprogramming in mammalian development // Science 2001. V. 293. № 5532. P. 1089-1093.

Resnick J.L.y Bixler L.S., Cheng L. et al. Long-term proliferation of mouse primordial germ cells in culture // Nature 1992. V. 359. N° 6395. P. 550-551.

Rodda D.J., Chew J.L., Lim L.H. et al. Transcriptional regulation of nanog by OCT4 and SOX2 // J. Biol. Chem. 2005. V. 280. N° 26. P. 24731-24737.

Roussigne M., Kossida S., Lavigne AC. et al. The THAP domain: a novel protein motif with similarity to the DNA-binding domain of P element transposase // Trends Biochem. Sei. 2003. V. 28. № 2. P. 66-69.

Rowland B.D., Bernards R. and Peeper D.S. The KLF4 tumour suppressor is a transcriptional repressor of p53 that acts as a context-dependent oncogene // Nat Cell Biol 2005. V. 7. № 11. P. 1074-1082.

Rowland B.D. and Peeper D.S. KLF4, p21 and context-dependent opposing forces in cancer // Nat Rev Cancer 2006. V. 6. N° 1. P. 11-23.

Sakaki-Yumoto M., Kobayashi C., Sato A. et al. The murine homolog of SALL4, a causative gene in Okihiro syndrome, is essential for embryonic stem cell proliferation, and cooperates with Salll in anorectal, heart, brain and kidney development // Development 2006. V. 133. № 15. P. 3005-3013.

Schwartz S., Zhang Z., Frazer K.A et al. PipMaker—a web server for aligning two genomic DNA sequences // Genome Res. 2000. V. 10. № 4. P. 577-586.

Seiwood L. and Johnson M.H. Trophoblast and hypoblast in the monotreme, marsupial and eutherian mammal: evolution and origins // Bioessays 2006. V. 28. № 2. P. 128-145.

Shamblott M.J., Axelman J., Wang S. et al. Derivation of pluripotent stem cells from cultured human primordial germ cells // Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A. 1998. V. 95. № 23. P. 13726-13731.

Shevchenko A.I., Pavlova S.V., Dementyeva E.V. et al. Mosaic heterochromatin of the inactive X chromosome in vole Microtus rossiaemeridionalis // Mamm. Genome 2009. V. 20. № 9-10. P. 644-653.

Shi J.J., Cai D.H., Chen X.J. et al. Cloning and characterization of the rabbit POU5F1 gene // DNA Seq. 2008. V. 19. N° 1. P. 56-61.

Shields J.M., Christy R.J. and Yang V.W. Identification and characterization of a gene encoding a gut-enriched Kruppel-like factor expressed during growth arrest // J. Biol. Chem. 1996. V. 271. № 33. P. 20009-20017.

Silva J., Barrandon O., Nichols J. et al. Promotion of reprogramming to ground state pluripotency by signal inhibition // PLoS Biol 2008. V. 6. № 10. P. e253.

Silva J., Chambers I., Pollard S. et al. Nanog promotes transfer of pluripotency after cell fusion // Nature 2006. V. 441. N° 7096. P. 997-1001.

Silva J., Nichols J., Theunissen T.W. et al. Nanog is the gateway to the pluripotent ground state // Cell 2009. V. 138. N° 4. P. 722-737.

Silva S.S., Rowntree R.K., Mekhoubad S. et al. X-chromosome inactivation and epigenetic fluidity in human embryonic stem cells // Proc. Nad. Acad. Sci. U. S. A. 2008. V. 105. N° 12. P. 4820-4825.

Sineva G.S. and Pospelov V.A Inhibition of GSK3beta enhances both adhesive and signalling activities of beta-catenin in mouse embryonic stem cells // Biol. Cell. 2010. V. 102. N° 10. P. 549-560.

Smith K.N., Lim J.M., Wells L. et al. Myc orchestrates a regulatory network required for the establishment and maintenance of pluripotency // Cell Cycle 2011. V. 10. N° 4. P. 592-597.

Smith K.N., Singh AM. and Dalton S. Myc represses primitive endoderm differentiation in pluripotent stem cells // Cell Stem Cell 2010. V. 7. № 3. P. 343-354.

Sridharan R., Tchieu J., Mason M.J. et al. Role of the murine reprogramming factors in the induction of pluripotency // Cell 2009. V. 136. N° 2. P. 364-377.

Strizzi L., Bianco C., Normanno N. et al. Cripto-1: a multifunctional modulator during embiyogenesis and oncogenesis // Oncogene 2005. V. 24. N° 37. P. 5731-5741.

Surani M.A Reprogramming a somatic nucleus by trans-modification activity in germ cells // Semin. Cell Dev. Biol. 1999. V. 10. N° 3. P. 273-277.

Surani MA., Hayashi K. and Hajkova P. Genetic and epigenetic regulators of pluripotency // Cell 2007. V. 128. N° 4. P. 747-762.

Suzuki A, Raya A, Kawakami Y. et al. Nanog binds to Smadl and blocks bone morphogenetic protein-induced differentiation of embryonic stem cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006. V. 103. N° 27. P. 10294-10299.

Takahashi K. and Yamanaka S. Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors // Cell 2006. V. 126. N° 4. P. 663-676.

Takeda J., Seino S. and Bell G.I. Human Oct3 gene family: cDNA sequences, alternative splicing, gene organization, chromosomal location, and expression at low levels in adult tissues // Nucleic Acids Res 1992. V. 20. N° 17. P. 4613-4620.

Tam W.L., Lim C.Y., Han J. et al. T-cell factor 3 regulates embryonic stem cell pluripotency and self-renewal by the transcriptional control of multiple lineage pathways // Stem Cells 2008. V. 26. N° 8. P. 2019-2031.

Tanaka S., Kunath T., Hadjantonakis AK. et al. Promotion of trophoblast stem cell proliferation by FGF4 // Science 1998. V. 282. № 5396. P. 2072-2075.

Tesar P.J., Chenoweth J.G., Brook F.A et al. New cell lines from mouse epiblast share defining features with human embryonic stem cells // Nature 2007. V. 448. № 7150. P. 196-199.

Theunissen T.W., Costa Y., Radzisheuskaya A et al. Reprogramming capacity of Nanog is functionally conserved in vertebrates and resides in a unique homeodomain // Development 2011. V. 138. № 22. P. 4853-4865.

Theunissen T.W. and Silva J.C. Switching on pluripotency: a perspective on the biological requirement of Nanog // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2011. V. 366. № 1575. P. 2222-2229.

Theunissen T.W., van Oosten AL., Castelo-Branco G. et al. Nanog overcomes reprogramming barriers and induces pluripotency in minimal conditions // Curr. Biol. 2011. V. 21. N° 1. P. 65-71.

Thomson J.A, Itskovitz-EIdor J., Shapiro S.S. et al. Embryonic stem cell lines derived from human blastocysts // Science 1998. V. 282. № 5391. P. 1145-1147.

Thomson M., Liu S.J., Zou L.N. et al. Pluripotency factors in embryonic stem cells regulate differentiation into germ layers // Cell 2011. V. 145. № 6. P. 875-889.

Triglia T., Peterson M.G. and Kemp D.J. A procedure for in vitro amplification of DNA segments that he outside the boundaries of known sequences // Nucleic Acids Res 1988. V. 16. № 16. P. 8186.

Tropepe V., Hitoshi S., Sirard C. et al. Direct neural fate specification from embryonic stem cells: a primitive mammalian neural stem cell stage acquired through a default mechanism // Neuron 2001. V. 30. N° 1. P. 65-78.

Tsirigos A and Rigoutsos I. Alu and bl repeats have been selectively retained in the upstream and intronic regions of genes of specific functional classes // PLoS Comput Biol 2009. V. 5. N° 12. P. el000610.

Tutter AV, Kowalski M.P., Baltus G.A et al. Role for Medl2 in regulation of Nanog and Nanog target genes // J. Biol. Chem. 2009. V. 284. № 6. P. 3709-3718.

Vallier I., Alexander M. and Pedersen JR.A Activin/Nodal and FGF pathways cooperate to maintain pluripotency of human embryonic stem cells // J. Cell Sci. 2005. V. 118. № Pt 19. P. 4495-4509.

Vallier L., Mendjan S., Brown S. et al. Activin/Nodal signalling maintains pluripotency by controlling Nanog expression // Development 2009. V. 136. N° 8. P. 1339-1349.

van den Berg D.L., Snoek T., Mullin N.P. et al. An Oct4-centered protein interaction network in embryonic stem cells // Cell Stem Cell 2010. V. 6. № 4. P. 369-381.

van den Berg D.L., Zhang W., Yates A et al. Estrogen-related receptor beta interacts with Oct4 to positively regulate Nanog gene expression // Mol. Cell. Biol. 2008. V. 28. Nq 19. P. 5986-5995.

Wang C. and Song B. Cell-type-specific expression of the platelet-derived growth factor alpha receptor: a role for GATA-binding protein // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. № 2. P. 712-723.

Wang J., Rao S., Chu J. et al. A protein interaction network for pluripotency of embryonic stem cells // Nature 2006. V. 444. N° 7117. P. 364-368.

Wang Y, Smedberg J.L., Cai K.Q. et al. Ectopic expression of GATA6 bypasses requirement for Grb2 in primitive endoderm formation // Dev. Dyn. 2011. V. 240. No 3. P. 566576.

Wei Z., Yang Y., Zhang P. et al. Klf4 interacts directly with Oct4 and Sox2 to promote reprogramming // Stem Cells 2009. V. 27. N° 12. P. 2969-2978.

Wernig M., Meissner A, Foreman R. et al. In vitro reprogramming of fibroblasts into a pluripotent ES-cell-like state // Nature 2007. V. 448. N° 7151. P. 318-324.

Williams D.C., Jr., Cai M. and Clore G.M. Molecular basis for synergistic transcriptional activation by Octl and Sox2 revealed from the solution structure of the 42-kDa Octl.Sox2.Hoxbl-DNA ternary transcription factor complex // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. № 2. P. 1449-1457.

Wray J., Kalkan T., Gomez-Lopez S. et al. Inhibition of glycogen synthase kinase-3 alleviates Tcf3 repression of the pluripotency network and increases embryonic stem cell resistance to differentiation // Nat Cell Biol 2011. V. 13. № 7. P. 838-845.

WuD.Y. and Yao Z. Functional analysis of two Spl/Sp3 binding sites in murine Nanog gene promoter // Cell Res. 2006. V. 16. N° 3. P. 319-322.

Wu Q., Chen X., Zhang J. et al. Sall4 interacts with Nanog and co-occupies Nanog genomic sites in embryonic stem cells // J. Biol. Chem. 2006. V. 281. № 34. P. 24090-24094.

Wysocka J., Myers M.P., Laherty C.D. et al Human Sin3 deacetylase and trithorax-related Setl/Ash2 histone H3-K4 methyltransferase are tethered together selectively by the cell-proliferation factor HCF-1 // Genes Dev. 2003. V. 17. № 7. P. 896-911.

Xu R.H., Sampsell-Barron TL., Gu F. et al NANOG is a direct target of TGFbeta/activin-mediated SMAD signaling in human ESCs // Cell Stem Cell 2008. V. 3. № 2. P. 196206.

Yamaguchi S., Kimura H., Tada M. et al Nanog expression in mouse germ cell development // Gene Expr Patterns 2005. V. 5. № 5. P. 639-646.

Yamaguchi S., Kurimoto K., Yabuta Y. et al Conditional knockdown of Nanog induces apoptotic cell death in mouse migrating primordial germ cells // Development 2009. V. 136. № 23. P. 4011-4020.

Yamanaka Y., Lanner F. and Rossant J. FGF signal-dependent segregation of primitive endoderm and epiblast in the mouse blastocyst // Development 2010. V. 137. № 5. P. 715-724.

Yamashita K., Sato A, Asashima M. et al Mouse homolog of SALL1, a causative gene for Townes-Brocks syndrome, binds to A/T-rich sequences in pericentric heterochromatin via its C-terminal zinc finger domains // Genes Cells 2007. V. 12. № 2. P. 171-182.

Yan Z.H., Medvedev A., Hirose T. et al Characterization of the response element and DNA binding properties of the nuclear orphan receptor germ cell nuclear factor/retinoid receptor-related testis-associated receptor // J. Biol. Chem. 1997. V. 272. № 16. P. 10565-10572.

Yang J., Corsello T.R. and Ma Y. Stem cell gene SALL4 suppresses transcription through recruitment of DNA methyltransferases // J. Biol. Chem. 2012. V. 287. Na 3. P. 19962005.

Yang J., Gao C., Chai L. et al A novel SALL4/OCT4 transcriptional feedback network for pluripotency of embryonic stem cells // PLoS One 2010. V. 5. № 5. P. el0766.

Yi F., Pereira I., Hoffman J.A et al Opposing effects of Tcf3 and Tcfl control Wnt stimulation of embryonic stem cell self-renewal // Nat Cell Biol 2011. V. 13. № 7. P. 762-770.

Yi F., Pereira L. and Merrill B.J. Tcf3 functions as a steady-state limiter of transcriptional programs of mouse embryonic stem cell self-renewal // Stem Cells 2008. V. 26. № 8. P. 1951-1960.

Ymg Q.L., Nichols J., Chambers I. et al. BMP induction of Id proteins suppresses differentiation and sustains embryonic stem cell self-renewal in collaboration with STAT3 // Cell 2003. V. 115. № 3. P. 281-292.

Ymg Q.L., Wray J., Nichols J. et al. The ground state of embryonic stem cell self-renewal // Nature 2008. V. 453. № 7194. P. 519-523.

Ymg Y.y Qi X. and Zhao G.Q. Induction of primordial germ cells from murine epiblasts by synergistic action of BMP4 and BMP8B signaling pathways // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001. V. 98. № 14. P. 7858-7862.

Young RA Control of the embryonic stem cell state // Cell 2011. V. 144. № 6. P. 940-954.

Yii J., Vodyanik MA., Smuga-Otto K. et al. Induced pluripotent stem cell lines derived from human somatic cells // Science 2007. V. 318. № 5858. P. 1917-1920.

Yuri S., Fujimura S., Nimura K. et al. Sall4 is essential for stabilization, but not for pluripotency, of embryonic stem cells by repressing aberrant trophectoderm gene expression // Stem Cells 2009. V. 27. № 4. P. 796-805.

Zandstra P.W., Le H.V., Daley G.Q. et al. Leukemia inhibitory factor (LIF) concentration modulates embryonic stem cell self-renewal and differentiation independently of proliferation // Biotechnol. Bioeng. 2000. V. 69. № 6. P. 607-617.

Zernicka-Goetz M., Morris SA and Bruce AW. Making a firm decision: multifaceted regulation of cell fate in the early mouse embryo // Nat Rev Genet 2009. V. 10. № 7. P. 467-477.

Zhang P., Andrianakos R., Yang Y. et al. Kruppel-like factor 4 (Klf4) prevents embryonic stem (ES) cell differentiation by regulating Nanog gene expression // J. Biol. Chem. 2010. V. 285. № 12. P. 9180-9189.

Zwaka T.P. and Thomson J A A germ cell origin of embryonic stem cells? // Development 2005. V. 132. № 2. P. 227-233.

Васильева Л А Статистические методы в биологии, медицине и сельском хозяйстве Новосибирск. Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирский государственный университет, 2007. С.

Медведев С.П., Елисафенко Е.А, Шевченко А.И. еГ а/. Молекулярно-генетическая организация и особенности экспрессии гена Истод у полёвки МкгоШб гоБз1аетеп(ИопаИ5 II Доклады Академии наук 2009. V. 425. № 5. Р. 688-691.

Сорокин М.А, Медведев С.П., Шевченко А.И. еГ а1. Экспрессия генов раннего развития у полёвки МлсгоШб го551аетепс1юпаН8 // Генетика 2010. V. 46. № 2. Р. 282-286.

Шевченко АИ., Демина В.В., Мазурок НА е1 а1. Линии клеток экстраэмбриональной эндодермы обыкновенных полевок рода МгсгоШБ II Генетика 2008. V. 44. N° 11. Р. 1477-1485.