Совершенствование методов идентификации вируса гриппа птиц тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 06.02.02, кандидат наук Акшалова Перизат Батырханкызы

• Акшалова Перизат Батырханкызы
• кандидат наук
• 2021

Оглавление диссертации кандидат наук Акшалова Перизат Батырханкызы

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Распространение гриппа птиц на территории РФ

1.2. Характеристика возбудителя болезни

1.2.1. Классификация

1.2.2. Морфология

1.2.3. Жизненный цикл вируса

1.2.4. Антигенная вариабельность вируса

1.2.5. Устойчивость вируса

1.3. Эпизоотология

1.4. Филогенетическое разнообразие вирусов гриппа птиц

1.4.1. Азиатская линия вируса гриппа птиц подтипа Н5

1.4.2. Генетические линии низкопатогенного вируса гриппа птиц подтипа Н9Ш

1.5. Клинические признаки и патологоанатомические изменения

1.6. Специфическая и неспецифическая профилактика

1.7. Лабораторная диагностика гриппа птиц

1.7.1. Выделение вируса

1.7.2. Молекулярные методы диагностики

1.8. Заключение по обзору литературы

2. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы

2.1.1. Вирус гриппа птиц

2.1.2. Растворы и буферные смеси

2.1.3 Ферменты

2.1.4. Коммерческие наборы

2.1.5. Праймеры

2.1.6. Оборудование

2.2. Методы

2.2.1. Подбор праймеров и зондов для ОТ-ПЦР-РВ и классической ОТ-ПЦР

2.2.2. Выделение суммарной РНК

2.2.3. Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией

2.2.4. Очистка продуктов ПЦР

2.2.5. Определение первичной нуклеотидной последовательности амплифицированных фрагментов кДНК

2.2.6. Компьютерный анализ и сравнение первичных структур нуклеиновых кислот

2.2.7. Определение титра инфекционной активности вируса гриппа птиц

2.2.8. Статистическая обработка результатов

3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Разработка методов выявления гена NА ВГП подтипов N2 и N8

с помощью ОТ-ПЦР-РВ

3.1.1.а Выбор праймеров для амплификации фрагментов гена NA изолятов ВГП подтипа N2 в ОТ-ПЦР-РВ

3.1.2.а Оптимизация метода выявления РНК вируса гриппа птиц подтипа

N2

3.1.3.а Сравнительная чувствительность и специфичность метода ОТ-ПЦР-РВ для выявления генома ВГП подтипов N2

3.1.1.б Выбор праймеров для амплификации фрагментов гена NA изолятов ВГП подтипа N8 в ОТ-ПЦР-РВ

3.1.2.б Оптимизация метода выявления РНК вируса гриппа птиц подтипа

N8

3.1.3.б Сравнительная чувствительность и специфичность метода ОТ-ПЦР-РВ для выявления генома ВГП подтипа N8

3.1.4 Выявление гена NA ВГП/А и идентификация подтипов N2 и N8 в патологическом материале с помощью ОТ-ПЦР в режиме реального времени

3.2. Разработка метода определения первичной структуры гена NА изолятов ВГП подтипов N2 и N8 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования

3.2.1. Выбор праймеров для определения первичной структуры гена NА изолятов ВГП подтипа N2 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования

3.2.2. Оптимизация метода определения первичной структуры гена NA изолятов вируса ВГП подтипа N2

3.2.3. Определение аналитической чувствительности методов выявления ВГП подтипа N2 с помощью "гнездовой" ПЦР

3.2.4. Генетический анализ нуклеотидных последовательностей гена нейраминидазы подтипа N2 ВГП

3.2.1а. Выбор праймеров для определения первичной структуры гена NА изолятов ВГП подтипа N8 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования

3.2.2а. Оптимизация метода определения первичной структуры гена NA изолятов ВГП подтипа N8

3.2.3а. Определение аналитической чувствительности методов выявления ВГП подтипа N8 с помощью "гнездовой" ПЦР

3.2.4а. Генетический анализ нуклеотидных последовательностей гена нейраминидазы подтипа N8 ВГП

4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

4.1. Выводы

4.2. Практические предложения

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Совершенствование методов идентификации вируса гриппа птиц»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Грипп птиц (ГП) - острая инфекционная вирусная болезнь птиц, характеризующаяся поражением органов пищеварения, дыхания, высокой летальностью. Возбудителем заболевания является РНК-содержащий вирус с сегментированным геномом. Таксономическое положение вируса гриппа птиц было обновлено ISTCV в 2019 г.: Riboviria > Orthornavirae > Negarnaviricota > Polyploviricotina > Insthoviricetes > Articulavirales > Orthomyxoviridae > Alphainfluenzavirus > Influenza A virus.

Актуальность проблемы болезни гриппа птиц обусловлена значимым экономическим ущербом птицеводству России, эпизоотической значимостью и распространением этого заболевания по всему миру.

Изменчивость поверхностных гликопротеинов вириона: гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA) позволяет классифицировать вирус на разные подтипы. В настоящее время известны 16 подтипов гемагглютинина и 9 подтипов нейраминидазы вирусов, выделенных от птиц, и два новых подтипа - H17N10 и H18N11, идентифицированных у летучих мышей [43, 44, 145, 210]. Благодаря своим генетическим особенностям, вирус гриппа постоянно изменяется, приобретая уникальные мутации, которые способствуют его распространению и образованию новых генетических линий и клад, что позволяет отнести его к особо опасным болезням [23].

Как установлено, только изоляты вируса гриппа птиц (ВГП) подтипов H5 и H7 могут быть высоковирулентными. Для постановки диагноза с использованием методов лабораторной диагностики достаточно обнаружение белков или РНК вируса гриппа подтипа H5 и H7. Однако, для анализа эволюции вируса, выявления путей заноса и распространения инфекции актуальным является и идентификация NA - подтипа вируса, что указывается также при нотификации в МЭБ. Вирусы гриппа птиц остальных подтипов являются низковирулентными.

Начиная с 1996 года, эпизоотическое распространение получил грипп птиц, вызванный вирусом A/H5N1 . В связи заносом болезни в Россию в 2005 году и причинением значительного ущерба птицеводству страны, были разработаны

современные методы диагностики, в первую очередь предназначенные для выявления вируса А/Н5Ш. Однако, в 2014 году на территории Республики Саха у мигрирующей утки был выявлен новый подтип вируса А/Н5К8, который впоследствии неоднократно вызывал вспышки болезни в популяциях сельскохозяйственных птиц как в России, так и во множестве стран Азии, Африки и Европы вплоть до настоящего времени. В 2017 и 2018 годах зарегистрированы вспышки гриппа птиц в птицефабрике закрытого типа в Костромской области, где этиологическим агентом являлся вирус А/Н5К2.

Низковирулентные вирусы гриппа также периодически выявляются в стадах домашних птиц, в отношении которых разрабатываются и реализуются программы искоренения инфекции. Изучение биологических свойств таких вирусов проводится весьма ограниченно ввиду их меньшего влияния на здоровье и продуктивность птиц, и молекулярно-биологические исследования зачастую ограничиваются исследованиями НА - гена. Однако, при сочетанной инфекции, вызванной высоко- и низковирулентным вирусом гриппа, возможна реассортация генов, и получение вирусного потомства с новыми биологическими свойствами. Одним из наиболее значимых для промышленного птицеводства низковирулентным вирусом является А/Н9К2.

Повсеместно регистрирующиеся вспышки гриппа птиц подчеркивают необходимость контроля распространения вируса гриппа птиц и требуют своевременного проведения эффективных профилактических мероприятий. Одним из факторов эффективной борьбы с болезнью является быстрое получение результата в процессе проведения диагностических исследований.

При проведении мониторинговых и других исследований для выявления ВГП типа А в патологическом материале сначала используют обратно-транскриптазную полимеразную цепную реакцию в режиме реального времени (ОТ-ПЦР-РВ), с праймерами, фланкирующими ген М [27, 172]. В случае получения положительного результата исключают принадлежность гемагглютинина к подтипам Н5 и Н7, поскольку вирусы ГП данных подтипов могут быть высокопатогенными.

В молекулярной диагностике для определения подтипов гемагглютинина используется метод ОТ-ПЦР. Для полноты характеристики вируса не менее важным является определение подтипа нейраминидазы. Одним из методов типирования NA является реакция торможения нейраминидазной активности (РТНА) [152], которая, впрочем, обладает рядом недостатков: постановка РТНА занимает много времени, достаточно трудоемка, требует набора высококачественных моноспецифических антисывороток и контрольных антигенов, метод проводится с использованием высокотоксичных реагентов, ввиду чего необходимы особые условия проведения реакции. Следовательно, поиск новых высокочувствительных, специфичных и эффективных методов обнаружения и определения подтипа NA, крайне необходим для своевременной постановки диагноза.

Использование ПЦР в режиме реального времени, с праймерами, специфичными к разным подтипам нейраминидаз, позволит проводить быструю идентификацию вируса. Определение и сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей гена нейраминидазы позволит не только типировать вирус, но и определить генетическую линию, к которой принадлежит данный изолят и выявить изменения, происходящие в вирусной популяции.

В этой связи идентификация и изучение генетической принадлежности не только гемагглютинина, но и нейраминидазы на основе ОТ-ПЦР представляются научно-востребованными.

Цель и задачи исследования. В соответствии с вышеизложенным, целью работы являлась разработка методов на основе ПЦР для выявления гена КА ВГП, идентификация подтипов N2 и N8 и оценка молекулярно-генетических особенностей КА-генов изолятов ВГП, выявленных на территории Российской Федерации.

Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи:

1) разработать методы выявления гена КА ВГП (подтипы N2 и N8) на основе ОТ-ПЦР в режиме реального времени;

2) разработать методы определения первичной структуры гена NA изолятов вируса гриппа птиц подтипов N2 и N8 с помощью нуклеотидного секвенирования;

3) определить полную нуклеотидную последовательность гена NA вируса гриппа птиц подтипов N2 и N8, выявленных в РФ в 2009-2020 гг.;

4) на основе определения полных нуклеотидных последовательностей гена NA изолятов ВГП подтипов N2 и N8, выявленных в РФ в 2009-2020 гг., провести их сравнительный и филогенетический анализ с известными штаммами данных подтипов.

Научная новизна исследования: - В результате проведенных исследований подобраны оригинальные олигонуклеотидные праймеры и зонды, на основе которых разработаны методы выявления РНК ВГП подтипов N2 и N8 методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени в различных образцах биологического материала;

- Разработан метод определения первичной структуры гена NA изолятов вируса гриппа птиц подтипов N2 и N8 с помощью нуклеотидного секвенирования с оригинальными праймерами;

- Определены полные нуклеотидные последовательности гена NA семи изолятов ВГП подтипа N2 и девяти изолятов ВГП подтипа N8, в том числе выделенных при вспышках заболевания в 2018-2020 гг;

- Опубликованы в GenBank и GisAID полные нуклеотидные последовательности гена NA ВГП подтипа N8 изолятов A/domestic goose/Omsk/1521 -1/2020, A/duck/Chelyabinsk/1207-1/2020, A/goose/Kurgan/1345-25/2020, A/duck/Saratov/1578-2/2020, A/swan/Tumen/1479-2/2020, A/goose/Tatarstan/1730-2/2020 (MW276113, EPI1812535, EPI1811687, EPI1811679, EPI1814686, EPI1815193).

Теоретическая и практическая значимость исследования. Проанализированы полные нуклеотидные последовательности гена NA изолятов ВГП подтипов N2 и N8, представленные в базе данных GenBank и платформе

01вА1ё, что позволило определить консервативные участки гена для подбора специфических праймеров и зондов.

Разработаны, одобрены Ученым советом, утверждены директором ФГБУ «ВНИИЗЖ» и используются практике следующие методические рекомендации:

- «Методические рекомендации по выявлению РНК вируса гриппа птиц подтипа N2 методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени» (2019 г.) (Приложение 1);

- «Методические рекомендации по выявлению РНК вируса гриппа птиц подтипа N8 методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени» (2019 г.) (Приложение 2);

- «Методические рекомендации по определению первичной структуры гена NА изолятов вируса гриппа птиц подтипа N2 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования» (2020 г.) (Приложение 3);

- «Методические рекомендации по определению первичной структуры гена NА изолятов вируса гриппа птиц подтипа N8 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования» (2020 г.) (Приложение 4).

С помощью разработанных методических рекомендаций в период с 2018 по 2020 гг. было исследовано 262 проб биологического материала, из которых было получено 61 положительный результат на N2 и 201 - на N8.

Штаммы А/сЫскеп/Ков1хота/3175/17 Н5№, А/сЫскеп/Ков1хота/2367/18 Н5№ и АЛигкеу/Ков1:оу/1/19 Н5Ш вируса гриппа птиц детально охарактеризованы и депонированы в Коллекцию штаммов и микроорганизмов ФГБУ «ВНИИЗЖ» (Приложения 5-7).

Методология и методы исследования. Для решения поставленных задач в исследованиях применяли молекулярные (ОТ-ПЦР-РВ, ОТ-ПЦР, секвенирование и филогенетический анализ), вирусологические (культивирование вируса на куриных эмбрионах и титрование вируса по 50%-ному инфекционному действию), препаративные методы (электрофорез в агарозном геле, очистка продуктов ПЦР). Расчет величины инфекционного титра вируса проводили используя метод Кербера. Все исследования по диссертационной работе

выполнены в референтной лаборатории вирусных болезней птиц Федерального государственного бюджетного учреждения Федеральный центр охраны здоровья животных (ФГБУ «ВНИИЗЖ»).

Основные положения, выносимые на защиту:

- Система праймеров, подобранная для выявления подтипов N2 и N8 в ОТ-ПЦР-РВ является специфичной и позволяет обнаруживать РНК ВГП соответствующих подтипов в биологическом материале;

- Метод определения первичной структуры нейраминидазы ВГП подтипов N2 и N8 позволил определить полную последовательность гена NA у 7 изолятов подтипа N2 и у 9 изолятов подтипа N8, выявленных на территории России в 2009, 2011, 2017-2020 гг.;

- Филогенетический анализ геномов изолятов подтверждает, что занос ВГП на территорию Российской Федерации происходит преимущественно из Юго -Восточной Азии, причем изоляты подтипа N2 группируются в три генетические группы, изоляты подтипа N8 - в четыре группы;

- Изоляты ВГП подтипа Н5Ш, выявленные на территории России в период 2016-2020 гг., генетически различны, что указывает на непрекращающуюся эволюцию внутри изученного подтипа.

Апробация работы. Материалы диссертационной работы доложены и обсуждены на заседаниях Ученого совета и методической комиссии ФГБУ «ВНИИЗЖ», на V Международной научной конференции "Достижения молодых ученых - в ветеринарную практику" (г. Владимир 2019 г.). Результаты исследований были опубликованы в материалах Международной научно-практической конференции молодых ученых "Актуальные вопросы фундаментальных и прикладных исследований в области ветеринарной медицины, биологии и биотехнологии" (г. Алматы, 2019 г.), в Сборниках научных трудов Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика и биобезопасность - 2020» (г. Москва, 2020 г.). Достоверность проведенных исследований подтверждена результатами комиссионных испытаний.

Личный вклад соискателя. Диссертационная работа выполнена автором самостоятельно с использованием собственных результатов. Автор выражает искреннюю благодарность научному руководителю Чвала И.А., к.б.н. Колосову С.Н., к.б.н. Андриясову А.В., к.б.н. Щербаковой Л.О., д.б.н. Мудрак Н.С., к.б.н. Зинякову Н.Г., к.б.н. Сосипаторовой В.Ю., к.б.н. Козлову А.А. и всему коллективу референтной лаборатории вирусных болезней птиц за консультативную и методическую помощь при выполнении отдельных этапов работы.

Исследования по диссертационной работе выполнены в период с 2017 по 2020 гг. в ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных».

Публикация научных исследований. По теме диссертации опубликовано 6 научных работ, в том числе 2 работы опубликованы в изданиях, рекомендованных ВАК РФ.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 173 страницах компьютерного текста и содержит следующие разделы: обзор литературы, результаты собственных исследований и их обсуждение, заключение. Работа иллюстрирована 19 рисунками и 37 таблицами. Список литературы включает 212 источников, в том числе 44 работ на русском языке. В приложении представлены копии титульных листов документов, подтверждающих достоверность результатов работы, ее научную новизну и практическую значимость.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Распространение гриппа птиц на территории РФ

Первое описание гриппа птиц относится к 1878 году, когда Perroncito

впервые описал контагиозное заболевание птиц, похожее на грипп птиц, в птицеводстве северной Италии, характеризующееся высокой смертностью. Позднее болезнь назвали «чумой птиц». Изначально «чуму птиц» ошибочно считали острой септической формой птичьей холеры. Однако, в 1880 году ученые Revolta и Delprato дифференцировали грипп птиц от холеры птиц, основываясь на клинических и патологических особенностях инфекции. В 1901 году Centanni и Savunozzi впервые доказали вирусную природу классической чумы птиц. Однако только в 1955 году была установлена принадлежность вируса к гриппу типа А. Так, в 1981, на первом международном симпозиуме по гриппу птиц, термин «чума птиц» был заменен термином «грипп птиц» и введено определение высокопатогенный грипп птиц (ВПГП) [133].

Как сообщает Stubs, существует мнение, что вспышки высокопатогенного гриппа птиц (ВПГП) происходили в Италии и в других европейских странах до описания Перрончито и до того, как Revolta и Delprato дифференцировали его от холеры птиц [178]. Имеются сообщения о последующих вспышках ВПГП в Италии в 1894 и 1901 годах, которые распространились вместе с поголовьем домашней птицы по торговому маршруту в восточную Австрию и Германию, а затем в Бельгию и Францию [185].

Первая вспышка ВПГП в Соединенных Штатах Америки произошла осенью и зимой 1924-1925 гг. Впервые болезнь вызвала массовую гибель на рынках живых птиц в Нью-Йорке [138]. Затем болезнь стремительно распространилась в штаты Нью-Джерси, Пенсильвания и Коннектикут. Во всех этих случаях вспышки возникали после ввоза домашних птиц из пострадавших районов. Вспышки также были зарегистрированы в штатах Индиана, Мичиган, Западная Вирджиния, Миссури и Иллинойс в феврале-апреле 1925 года. К концу апреля 1925 года ситуация с болезнью была под контролем, однако она вновь возникла в 1929 году в шт. Нью-Джерси. Эти две вспышки были успешно взяты под

контроль путем введения ограничений на перевозку живых птиц, наложения карантина, проведение депопуляции птиц в местах карантина, чистка и дезинфекция помещений и инвентаря. В результате принятых мер удалось избавиться от заболевания и не допустить его распространения по всей территории Соединенных Штатов Америки. Согласно оценкам, прямой экономический ущерб от вспышки составил более 1 млн. долларов.

Первоначально ВГП сопоставляли с вирусом бешенства в связи с проявлением нарушений нервной системы у птиц. В 1934 году Burnet и Ferry установили, что вирус гриппа птиц (ВГП), как и вирус болезни Ньюкасла, можно титровать на развивающихся эмбрионах [1, 64, 65]. В 1943 году французский ученый Luch впервые установил гемагглютинирующие свойства вируса гриппа, тем самым показал, что между вирусом болезни Ньюкасла и ВГП нет серологической связи. Эти различия стали дополнительным подтверждением открытия вируса гриппа птиц как отдельной нозологической единицы [133].

Новая эра в истории гриппа птиц началась в середине 1900-х гг. когда впервые были выделены менее вирулентные формы вируса гриппа птиц. Так называемый вирус «N» был выделен от взрослой мертвой курицы в Германии (A/chicken/Germany/49 (H10N7)), но до конца 1960 года не был признан в качестве вируса гриппа птиц типа А. Аналогичным образом, несколько вирусов были выделены от домашних уток с респираторными заболеваниями в Манитобе, Канада (A/duck/Canada/52 (H10N7)) [89], Чехословакия (АМиск/Чехословакия/56 (H4N6)) [136, 166], Англия (A/duck/England/56 (H11N6)) [196] и Украина (A/duck/Ukraine/60(H11N8)) [203].

До середины 1950 г. все выделенные вирусы ВПГП (чумы птиц) относились к подтипу H7. Однако в 1959 и 1961 годах два вируса ВПГП подтипа H5, вызывающие клиническое заболевание, неотличимое от традиционной чумы птиц, были выделены в Шотландии (A/chicken/Scotland/59 (H5N1)) [1, 153] и в Южной Африке (A/tern/South Africa/61 (H5N3)). Это привело к ошибочному представлению о том, что все вирусы H5 и H7 являются высокопатогенными. Позднее эта догма оказалась неверной, когда низкопатогенные вирусы H5 и H7

были выделены у индеек в Канаде (A/turkey/Ontario/66 (H5N9)), в Висконсине (A/turkey/Wisconsin/68 (H5N9)) [1, 197] и в Орегоне (A/turkey/Oregon/71 (H7N3)). Кроме того, в течение 1960-х годов были выделены несколько вирусов низкопатогенного гриппа птиц различных подтипов у индеек, цыплят, уток, перепелов, фазанов и куропаток [1, 89] с респираторными и репродуктивными заболеваниями, что позволило по-новому взглянуть на большое разнообразие вируса гриппа.

До 1973 года вирусы гриппа типа А только дважды регистрировались среди диких птиц: крачка обыкновенная (A/tern/South Africa/61(H5N9)) и буревестник (A/shearwater/East Australia/72 (H6N5)). С тех пор ВГП были выделены, по меньшей мере, от 105 видов диких птиц 26 различных семейств, как было обобщено в работе Olsen и др. [108]. Хотя многие виды диких птиц могут быть инфицированы ВГП, птицы отряда Гусеобразные (Anseriformes) (утки, гуси, лебеди) и Ржанкообразные (Charadriiformes) (вороны, чайки, цапля) составляют основной резервуар ВГП.

Выявление многочисленных штаммов ВГП и признание диких птиц водного и околоводного экологических комплексов в качестве резервуаров вирусов гриппа типа А привели к изменению их классификации. Изначально вирусы гриппа классифицировались по видам происхождения и серологической реактивности белков рибонуклеопротеина (NP) (тип) и гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA) [1, 55]. Однако признание того, что среди популяций диких птиц также присутствуют вирусы, серологически связанные с вирусами человека, свиней и лошадей, привело к созданию единой системы классификации [1, 56].

ВОЗ решила эту проблему, создав комитет экспертов для рассмотрения таксономии и классификации вирусов гриппа. Первый отчет после заседания комитета в 1971 году установил три типа вируса гриппа: A, B и C. Эти три типа были основаны на антигенном родстве нуклеопротеина и матриксных белков вирусов. Вирусы гриппа A были далее разделены на подтипы на основе антигенной связи поверхностных гликопротеинов гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA). Комитет вновь собрался в 1979 году и, признавая

некоторые расхождения в системе, поскольку было показано, что некоторые подтипы НА и NА, обнаруженные у разных видов-хозяев, одинаковы, рекомендовал, чтобы существующая номенклатура все еще использовалась [52].

Комитет также рассмотрел способ определения штаммов и изолятов, и были выдвинуты строгие правила. Название штамма должно включать:

а) тип (А, В или С)

б) источник выделения вируса, хозяин (не указывается для вирусов человека)

в) географическое положение (обычно страна или штат)

г) номер штамма

д) год выявления

1 для вирусов типа А: подтипы НА и NА.

Система номенклатуры вирусов гриппа, установленная экспертной комиссией, остается неизменной с 1981 года (А/сЫскеп/Ков1гота/17 (Н5№)).

Начиная с 1996 года резко увеличилось количество вспышек гриппа птиц. Особенно следует отметить высоковирулентные вирусы гриппа птиц подтипа Н5Ш. Первоначально высокопатогенные ВГП Н5№ были выделены от домашних гусей в южном Китае и легли в основу обширной генетической линии ВГП подтипа Н5. В течение последующих 10 лет ВГП Н5Ш распространился в страны Азии, Европы и Африки [188] и нанёс огромный ущерб промышленному птицеводству.

На территории Российской Федерации первая эпизоотия высокопатогенного гриппа Н5Ш была зафиксирована в 2005 г. в Новосибирской области в селе Суздалка, последующие очаги появились на территории Западной Сибири и в Центрально-Европейской части России в период 2005-2007 гг. [23]. В 2008 г. вспышки высокопатогенного вируса гриппа Н5Ш зарегистрированы на территории Приморского края, который как выяснилось позже принадлежал к генетической линии Gs/Gd/1/96 (сублиния УКМ2) клады 2.3.2. В дальнейшем изоляты вируса данной клады выделялись в 2009 и 2010 гг. на территории оз. Убсу-Нур в Республике Тыва. В 2009 и 2010 гг. данный вирус был выявлен у

диких птиц в Московской области и в Республике Тыва. Информация о циркуляции в России вируса Н5Ш в 2011-2013 гг. отсутствует [23].

Однако в сентябре 2014 г. вирус был зафиксирован на территории Алтайского края среди сельскохозяйственных птиц. Весной 2015 г. данный субтип вируса также был выделен от диких птиц в Астраханской области, где была отмечена гибель диких пеликанов. [23, 37]. В мае 2015 г. в ходе мониторинга вируса гриппа Н5Ш несколько изолятов было выделено от диких птиц на территории Новосибирской области. Исследования показали, что данные штаммы относятся к продолжающему циркулировать вирусу клады 2.3.2.1с. Филогенетический анализ данных штаммов показал их высокую степень идентичности со штаммами, выделенными в странах Африки и Европы, что позволило отнести их к Африканско-Европейской линии [37, 40].

В 2014 г. наряду с циркуляцией вируса гриппа Н5Ш, получил широкое распространение вирус с антигенной формулой Н5Ш. Впервые вирус Н5Ш на территории Российской Федерации был выделен от дикой утки в октябре 2014 г. в ходе мониторинговых мероприятий на территории республики Саха (Якутия) в районе поселка Белая Гора [8]. Филогенетический анализ гена НА выделенного штамма указывает на его принадлежность генетической кладе 2.3.4.4. [23]

В конце 2016 и начале 2017 г. эпизоотическая ситуация по высокопатогенному гриппу птиц на территории Российской Федерации еще более усугубилась. Так, с ноября по декабрь 2016 года вспышки ВПГП Н5Ш среди домашних птиц были зарегистрированы в Астраханской, Ростовской, Московской, Нижегородской, Самарской областях, Краснодарском крае, Республиках Татарстан, Марий Эл, Калмыкия, Удмуртской и Чеченской Республиках. Вспышки этой карантинной инфекции нанесли огромный экономический ущерб промышленным хозяйствам Астраханской, Ростовской, Московской областей, Республики Татарстан [6].

По данным МЭБ в 2017 г., выявление высокопатогенного вируса гриппа птиц подтипа Н5№ (более 30 случаев) в стадах домашних птиц было зарегистрировано в 9 регионах: Ростовской, Московской, Нижегородской,

Костромской и Самарской областях, республиках Татарстан, Марий Эл, Удмуртия, а также Чеченской Республике [6]. В Краснодарском крае и Калининградской области установлены случаи гриппа у диких мигрирующих птиц, в Воронежской области - в зоопарке. В 2018 г. было зарегистрировано 15 неблагополучных по гриппу птиц регионов. Вирус гриппа птиц подтипа Н5 N8 был обнаружен у домашних птиц из Курской, Орловской, Воронежской, Костромской, Смоленской, Саратовской, Самарской, Ульяновской, Пензенской, Нижегородской, Ростовской областей, республик Удмуртия, Марий Эл, Чувашия и Татарстан (более 80 случаев) [34]. Все вспышки за исключением, произошедшей в Костромской области, вызваны высоковирулентным вирусом гриппа птиц подтипа Н5Ш.

По информации, опубликованной МЭБ на 03 сентября 2020 года, зарегистрирована 31 вспышка высокопатогенного гриппа птиц подтипа Н5№ (30-среди домашней, одна - среди дикой птицы) в четырех регионах РФ (Курганская, Челябинская, Тюменская и Омская области).

Помимо ВПГП особое внимание следует обратить на изучение низкопатогенного вируса гриппа птиц, поскольку большинство высокопатогенных вирусов являются следствием реассортации с низкопатогенными вирусами, что подтверждается данными филогенетического анализа. К тому же, из-за того что низкопатогенный грипп птиц не подлежит обязательному уведомлению в МЭБ, информации о его распространении представлено недостаточно чтобы оценить действительный ареал распространения патогена.

На сегодняшний день наиболее распространенным подтипом низкопатогенного вируса гриппа птиц является подтип Н9№. Его принято разделять на две основные генетические группы - североамериканского и евразийского происхождения. Особое распространение вирус Н9 получил в странах Азии, особенно в Китае, где широко представлены две генетических линии: Y280 (клада h 9.4.2) и с 2013 г. - 01 (И 9.4.1) [7]. До 2013 г. преобладающим генотипом вируса были линии BJ94-подобный Н9№ и SF98-

подобный Н9№. При этом вирус линии G1 чаще выявляли от перепелов, а BJ94-подобный (генотип А) и SF/98-подобные (Н) генотипы - от кур. После 2000 г. генотип Н заменил генотип А и стал доминирующим в Восточном Китае [80].

Вирус низкопатогенного гриппа Н9№ обладает потенциалом передачи от животных к человеку и наоборот. Генетический анализ показал, что вирус Н9 претерпевает быструю эволюцию за счет процессов реассортации, и сегодня известно уже более чем о 70 генотипах вируса [7].

Первый случай выявления вируса низкопатогенного гриппа Н9 в России произошел в феврале 2012 г. Анализ эпизоотологических данных и результатов лабораторных исследований позволил сделать вывод об ассоциированном течении низкопатогенного гриппа подтипа Н9№, который относился к BJ94-подобному генотипу, широко распространенному в материковом Китае. В последующем вплоть до 2017 года вирус этого подтипа обнаруживали у диких птиц в Центральной части России, Сибири, Дальнего Востока, в Тульской области и в Республике Тыва [7]. В 2018 году ВГП подтипа Н9№ был выявлен в трех коммерческих хозяйствах Приморского края, на птицефабрике Республики Таджикистан, а также был выделен от диких птиц в Томской области и Хабаровском крае. В 2019 году ВГП подтипа Н9№ выявляли в Челябинской области и в Забайкальском крае. В 2020 году ВГП Н9№ вновь выявлен в Челябинской области.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Акшалова Перизат Батырханкызы, 2021 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алтунин, Д.А. Биологические свойства вирусов высокопатогенного гриппа

птиц, выделенных на территории РФ в 2014-2017 гг.: 06.02.02: дис. ... канд. вет. наук / Алтунин Дмитрий Александрович. - Владимир, 2019. - 157 с.

2. Болезни домашних и сельскохозяйственных птиц: пер. с англ./ под ред. Б. У. Кэлнека, Х. Д. Барнса. - М.: Аквариум, 2003. - С. 672 - 693.

3. Болезни сельскохозяйственных птиц: справочник / А.А. Лимаренко, И.С. Дубров, А.А. Таймасуков, С.Н. Забашта. - СПб.: Лань, 2005. - 448 с.

4. Борисов, А.В. Конструирование и иммунобиологические свойства экспериментальных вакцин против гриппа птиц: дис. ... канд. вет. наук: 16.00.03 / Борисов Алексей Васильевич. - Москва, 2009. - 167 с.

5. Ветеринарные правила лабораторной диагностики гриппа А птиц: Приказ МСХ РФ от 3.04.2006 г. № 105 // Вет. консультант. - 2006. - № 12. - С. 8-9.

6. Волков М. С., Опыт ликвидации высокопатогенного гриппа птиц на территории Российской Федерации в 2016-2017 гг. / М. С. Волков, В. Н. Ирза, А. В. Варкентин // Ветеринария сегодня. - 2018. - №1 (24). - С. 3-10.

7. Волков М. С., О распространении вируса низкопатогенного гриппа А/Н9№ в мире и на территории Российской Федерации. Проблемы искоренения болезни / М. С. Волков, А. В. Варкентин, В. Н. Ирза // Ветеринария сегодня. - 2019. - №3 (30). DOI: 10.29326/2304-196Х-2019-3-30-51-56

8. Выделение высокопатогенного вируса гриппа А субтипа Н5№ на территории Республики Саха (Якутия) / В.Ю. Марченко, И.М. Суслопаров, Н.П. Колосова [и др.] // Дальневосточный журн. инфекц. патологии. - 2015. -№28. - С. 38-43.

9. Гринев, В.В. Введение в технику полимеразной цепной реакции: метод. пособие к лаб. занятиям по спец. практикуму для студентов биол. фак. / авт.-сост. В.В. Гринев. - Минск: БГУ, 2008. - 48 с. 10. Грипп и другие вирусные инфекции птиц / под ред. В.А. Бакулина // СПб: НАЦ «Время», 2005. - 74с.

11. Джавадов, Э.Д. Грипп птиц / Э.Д. Джавадов, М.Е. Дмитриева. - СПб: ГНУ ВНИВИП Россельхозакадемии, 2011. - 187 с.

12. Дизайн праймеров для полимеразной цепной реакции / Д.А. Чемерис, О.Ю. Кирьянова, И.М. Губайдуллин, А.В. Чемерис // Биомика. - 2016. - Т.8, № 3. -С. 215-238.

13. Зорина, В.В. Основы полимеразной цепной реакции (ПЦР) метод. пособие / сост. В.В. Зорина. - М.: ДНК-технология, 2012. - 76 с.

14. Изменчивость вируса гриппа типа А / И.А. Соболев, О.Г. Курская, К.А. Шаршов [и др.] // Юг России: Экология, развитие. - 2016. - №1. - С.170-177.

15. Каверин, Н. В. Антигенная структура гемагглютинина вируса гриппа А / Н.В. Каверин, И.А. Руднева, Т.А. Тимофеева [и др.] // Вопросы вирусологии. -2012. - S1. - С. 148-158.

16. Каверин, Н.В. Ортомиксовирусы (Orhtomyxoviridae) / Н.В. Каверин, Д.К. Львов, М.Ю. Щелканов // Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / ред. Д.К. Львов. - М., 2013. - Ч.1. - С. 307314.

17. Киселев, О.И. Молекулярно-генетические особенности вирусов гриппа птиц и разработка на их основе новых вакцинных штаммов / О.И. Киселев, А.Ю. Егоров, М.П. Грудинин [и др.] // Грипп птиц: профилактика и меры борьбы: материалы научно - практ. конф. / под ред. В.Б. Зотова, У.С. Воронина. - М., 2007. - С. 63-71.

18. Ковтун, И.С. Особенности подбора праймеров конститутивного гена для проведения полимеразной цепной реакции после обратной транскрипции / И.С. Ковтун, М.В. Ефимова // Вестник Томского гос. ун-та. Биология. - 2013.

- № 2 (22). - С 160-171.

19. Львов, Д.К. Грипп домашних птиц (классическая чума птиц) / Д.К. Львов, М.Ю. Щелканов, Т.И. Алипер // Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных / ред. Д.К. Львов. - М., 2013. - Ч.2.

- С.1104-1115.

20. Лысенко Е.А. Полимеразная цепная реакция. Стратегия подбора праймеров для анализа экспрессии генов / Е.А. Лысенко // Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений / под ред. Вл. В. Кузнецова, В.В. Кузнецова, Г.А. Романова. - М., 2011. - С. 75-96.

21. Ляхнович, Г.В. Дизайн, синтез и использование синтетических олигонуклеотидов / Г.В. Ляхнович, Е.М. Кабачевская // Весщ НАН Беларуси, Сер. бiял. навук. - 2013. - № 2. - С. 109-117.

22. Малой В.П. Грипп (сезонный, птичий, пандемический) и другие ОРВИ / В.П. Малой, М.А. Андрейчин. - М.: ГЕОТАР-Медиа, 2013. - Гл. 1 - С. 11-16.

23. Мельнов, С.Б. Основы молекулярно-генетического анализа / С.Б. Мельнов, Т.Л. Лебедь, В.Н. Кипень // Современные проблемы биохимии: учеб. пособие / Е.В. Барковский [и др.]; под ред. проф. А.А. Чиркина. - Минск, 2013. - С. 404-438.

24. Мезенцев, С.В. Проблема птичьего гриппа в неблагополучных регионах / С. В. Мезенцев // Птицеводство. - 2005. - № 11. - С. 36-37.

25. Мезенцев, С.В. Обеспечение безопасности поголовья сельхозптицы промышленного назначения и домашнего содержания от вируса гриппа птиц / С.В. Мезенцев // Грипп птиц: профилактика и меры борьбы: материалы научно - практ. конф. / под ред. Зотова, У.С. Воронина. - М., 2007. - С. 153-160.

26. Методические рекомендации к применению ПЦР-метода: метод. материал / В.В. Оберемок; ТНУ им. В.И. Вернадского. - Симферополь, 2008. - 36 с. DOI: 10.13140/2.1.2539.4248

27. Методические рекомендации по выявлению РНК вируса гриппа птиц типа А методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени: метод. материал / 45-16 / А. В. Андриясов, Д. Б. Андрейчук, И. А. Чвала; ФГБУ «ВНИИЗЖ». - Владимир, 2016. - 13 с.

28. Методы лабораторной диагностики вирусных болезней животных / В.Н. Сюрин, Р.В. Белоусова, Б.В. Соловьев, Н.В. Фомина. - М.: Агропромиздат, 1986. - 351 с.

29. Методы молекулярной диагностики / А.Д. Перенков, Д.В. Новиков, С.Г. Фомина [и др.] // Биология: учебно-метод. пособие для студентов. - Нижний Новгород: Нижегородский гос. ун-т им. И.Н. Лобачевского, 2015. - 44 с.

30. Новикова, М.В. Изучение первичной структуры генома изолятов вируса высокопатогенного гриппа птиц А/Н5Ш, выделенных на территории Российской Федерации: дис. ... канд. биол. наук: 03.02.02 / Новикова Мария Викторовна. - Владимир, 2012. - 205 с.

31. Полуян, О. С. Реакция транскрипционной амплификации как новый этап в развитии технологий клинико-лабораторного молекулярно-биологического исследования / О.С. Полуян, С. А. Костюк, Т. В. Глинкина // Весщ Нацыянальнай Акадэмп Навук Беларуси - 2011. - № 3. - С. 119-123.

32. Правила по борьбе с гриппом птиц // Вестник ветеринарии. - 2006. - № 4 (39). - С. 19-29.

33. ПЦР в реальном времени / Д.В. Ребриков, Г.А. Саматов, Д.Ю. Трофимов [и др.]. - М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - С. 223.

34. Серологический мониторинг гриппа птиц в Российской Федерации в 20172018 годах / М. А. Волкова, Ир. А. Чвала, П. С. Ярославцева [и др.] // Ветеринария сегодня. - 2019. - №2 (29). - С. 3-7. Б01 10.29326/2304-196Х-2019-2-29-3-7

35. Соболев, И. А. Изменчивость поверхностных гликопротеинов вирусов гриппа А(Н3№) и В, циркулировавших на территории азиатской части РФ с 2008 по 2013 гг.: дис. ... канд. биол. наук: 03.02.02 / Соболев Иван Андреевич. - СПб, 2017. - 225 с.

36. Сомма, М. Анализ образцов пищевых продуктов на присутствие генетически модифицированных организмов. Сессия 6. Полимеразная цепная реакция / М. Сомма, М. Кверчи // Всемирная организация здровоохранения. Европейское бюро. - 33 с.

37. Сосипаторова, В.Ю. Биологические свойства вируса гриппа А/Н5Ш при экспериментальном заражении птиц: дис. ... канд. биол. наук: 03.02.02 / Сосипаторова Виктория Юрьевна. - Владимир, 2018. - 128 с.

38. Сюрин, В.Н. Ветеринарная вирусология: учеб. пособие / В.Н. Сюрин, Р.В. Белоусова, Н.В. Фомина. - М.: Колос, 1984. - 376 с.

39. Сюрин, В.Н. Диагностика вирусных болезней животных: справочник / В.Н. Сюрин, Р.В. Белоусова, Н.В. Фомина - М.: Агропромиздат, 1991. - 528 с.

40. Циркуляция высокопатогенного вируса гриппа птиц в России в 2014-2015 гг. / В.Ю. Марченко, И.М. Суслопаров, А.В. Шиповалов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - №1. - С.48-54. DOI: 10.21055/0370-10692016-1-48-54

41. Шевяков, А.Г. Петлевая изотермическая амплификация и иммуномагнитная сепарация в диагностике микробной контаминации / А.Г. Шевяков, С.С. Ветчинин, С.Ф. Бикетов // Биотехнология и общество в XXI веке: материалы конф. - Барнаул, 2015. - С. 93-96.

42. Штыря, Ю.А. Нейраминидаза вируса гриппа: структура и функция / Ю.А. Штыря, Л.В. Мочалова, Н.В. Бовин // Acta Naturae. - 2009. - № 2. - С. 28-34.

43. Щелканов М.Ю. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга / М.Ю. Щелканов, Д.К. Львов // Вопросы вирусологии - 2012. - S1. - С. 159-168.

44. A distinct lineage of influenza A virus from bats. / SX. Tong, Y. Li, P. Rivailler [et al] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA - 2012. - Vol. 109. - P. 4269-4274. DOI: 10.1073/ pnas.1116200109

45. A novel genotype H9N2 influenza virus possessing human H5N1 internal genomes has been circulating in poultry in eastern China since 1998 / P Zhang, Y Tang, X Liu [et al] // J. Virology. - 2009. - Vol. 83. - P. 8428-8438 DOI 10.1128/JVI.00659-09.

46. Acute renal failure as the cause of death in chickens following intravenous inoculation with avian influenza virus A/Chicken/Alabama/7395/75 (H4N8) / D.E. Swayne, M.J. Radin, T.M. Hoepf [et al.] // Avian Dis. - 1994. - Vol. 38. - P. 151157.

47. Alexander, D.J. A review of avian influenza in different bird species / D.J. Alexander // Vet. Microbiol. - 2000. - Vol. 74. - P. 3-13.

48. Alexander, D.J. Avian influenza in poultry / D.J. Alexander, I. Capua // World's Poultry Sci. J. - 2008. - Vol. 64. - P. 513-532.

49. Alexander, D.J. An overview of the epidemiology of avian influenza / D.J. Alexander // Vaccine. - 2007. - Vol. 25, № 30. - P. 5637-5644.

50. Alexander, D.J. Ecology of avian influenza in domestic birds / D.J. Alexander // Proc. Intern. Symp. on Emergence and Control of Zoonotic Ortho- and Paramyxovirus Diseases. - France, 2001. - P. 25-34.

51. Alexander, D.J. Highly pathogenic avian influenza oubreaks in Europe, Asia, and Africa since 1959, excluding the Asian H5N1 virus outbreaks / D.J. Alexander, I. Capua, G. Koch // Avian influenza: 1st edn / ed. D.E. Swayne. - Ames, 2008. - P. 217-237.

52. Alexander, D.J. History of highly pathogenic avian influenza / D.J. Alexander, I.H. Brown // Rev. Sci. tech. Off. Intern. Epiz. - 2009. - Vol. 28, N 1. - P. 19-38.

53. Antigenic and genetic characterization of H9N2 swine influenza viruses in China / Y.L. Cong, J. Pu, Q.F. Liu [et al] // J. Gen.Virology. - 2007. - Vol. 88. - P. 20352041. DOI 10.1099/vir.0.82783-0.

54. A reverse transcription-PCR for subtyping of the neuraminidase of avian influenza viruses / B.F. Qiu, W.J. Liu, D.X. Peng [et al.] // J. Virol. Methods. - 2009. -Vol.155. - P.193-198.

55. A revised system of nomenclature for influenza viruses // Bull. World Health Org. 1971 - Vol. 45. - P. 119-124.

56. A revision of the system of nomenclature for influenza viruses: a WHO memorandum // Bull. World Health Org. - 1980. - Vol. 58. - P. 585-591.

57. Avian influenza H9N2 seroprevalence among poultry workers in Pune, India, 2010 / SD. Pawar, BV. Tandale, CG. Raut [et al] // PLoS ONE. - 2012. - Vol.7, N 5 -P. e36374. DOI 10.1371/journal.pone.0036374.

58. Avian influenza in Russia in 2005-2008: some epidemiological aspect and control strategies /V.N. Irza, T.B. Manin, A.V. Frolov [et. al.] // 7th Symposium on Avian Influenza: Avian influenza in poultry and wild birds. - Athens, Georgia, USA, 2009. - P. 69.

59. Avian influenza // OIE. Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals 2014. - Vol. 1. Chap. 2.3.4. URL: http: //www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/tahm/2.03.04_AI.pdf. (дата обращения 13.08.19 г.).

60. Avian influenza overview August - November 2019 / C. Adlhoch, A. Fusaro, T. Kuiken [et al.] // EFSA J., 2019. - Vol. 17. - P. e5843. DOI: 10.2903/j.efsa.2019.5843

61. Avian-to-human transmission of H9N2 subtype influenza A viruses: relationship between H9N2 and H5N1 human isolates / YP. Lin, M. Shaw, V. Gregory [et al] // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2000. - Vol. 97. - P. 9654-9658 DOI 10.1073/pnas.160270697.

62. Avian flu: influenza virus receptors in the human airway / K. Shinya, M. Ebina, S. Yamada [et al.] // Nature. - 2006. - Vol. 440 N 7083. - P. 435-436.

63. Bialy D. Functional neuraminidase inhibitor resistance motifs in avian influenza A (H5Nx) viruses / D. Bialy, H, Skelton // Antiviral Research. - 2020. - Vol. 182. -P. 1-11. URL: https: //doi.org/ 10.1016/j.antiviral .2020.104886

64. Burnet, F.M. Influenza virus on the developing egg. I. Changes associated with the development of an egg passage strain of virus. // Brit. J. Exp. Pathol. - 1936. -Vol.17. - P.282-293.

65. Burnet, F.M. The differentiation of the viruses of fowl plague and Newcastle disease: experiments using the technique of chorioallantoic membrane inoculation of the developing egg / F.M. Burnet, J.D. Ferry // Brit. J. Exp. Pathol. - 1934. -Vol.15. - P. 56-64.

66. Calder, L.J. S. Structural organization of a filamentous influenza A virus / L.J. Calder, S. Wasilewski, J.A. Berriman [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2010. - Vol. 107, N 23. - P. 10685-10690.

67. Capua, I. C. Terregino / I. Capua // Avian Influenza and Newcastle Disease - a Field and Laboratory Manual. - 3rd edn. / ed. I. Capua, D.J. Alexander. - Milan, 2009. - P. 45-71.

68. Capua, I. The avian influenza epidemic in Italy, 1999-2000: A review / I. Capua, S. Maragon // Avian Pathol. - 2000. - Vol. 29. - P. 289-294.

69. Catolli, G. Molecular diagnosis / G. Catolli, I. Monne // Avian Influenza and Newcastle Disease - a Field and Laboratory Manual. - 3rd edn. / ed. I. Capua. D.J. Alexander. - Milan, 2009. - Chap. 9. - P. 87 - 111.

70. Cattoli, G. New Perspectives in Avian Influenza Diagnosis / G. Cattoli, C. Terregino // Zoonoses and Public Health. - 2008. - Vol. 55. - P. 24-28. DOI: 10.1111/j.1863-2378.2007.01085.x

71. Characterization of H7N9 influenza A viruses isolated from humans / T. Watanabe, M. Kiso, S. Fukuyama [et al] // Nature. - 2013. - Vol. 501. - P. 551555 DOI 10.1038/nature 12392.

72. Characterization of H9 subtype influenza viruses from the ducks of southern China: a candidate for the next influenza pandemic in humans? / K.S. Li, K.M. Xu, J.S. Peiris [et al] // Journal of Virology. - 2003. - Vol. 77, N 12. - P. 6988-6994. DOI 10.1128/JVI.77.12.6988-6994.2003.

73. Characterization of low-pathogenic H5 subtype influenza viruses from Eurasia: implications for the origin of highly pathogenic H5N1 viruses / L. Duan, L. Campitelli, X. H. Fan [et al] // J. Virology. - 2007. - Vol. 81. - P. 7529-7539.

74. Characterization of three H5N5 and one H5N8 highly pathogenic avian influenza viruses in China / K. Zhao, M. Gu, L. Zhong [et al] // Vet. Microbiol. - 2013. -Vol. 163. - P. 351-357.

75. Cocirculation of avian H9N2 and contemporary "human" H3N2 influenza A viruses in pigs in southeastern China: potential for genetic reassortment? / J.S. Peiris, Y. Guan, D. Markwell [et al] // J. Virology. - 2001. - Vol. 75. - P. 96799686 DOI 10.1128/JVI.75.20.9679-9686.2001.

76. Colman, P.M. Structure of the catalytic and antigenic sites in influenza virus neuraminidase / P.M. Colman, J.N. Varghese, W.G. Laver // Nature - 1983. - Vol. 303. - P. 41-44.

77. Connor, R.J. Receptor specificity in human, avian, and equine H2 and H3 influenza virus isolates / R.J. Connor, Y. Kawaoka, R.G. Webster [et al.] // Virology. - 1994. - Vol. 205, N 1. - P. 17-23.

78. Continued evolution of highly pathogenic avian influenza A (H5N1): updated nomenclature / WHO, OIE, FAO // Influenza and Other Respiratory Viruses. -2012. - Vol.6, N 1. - P. 1-5. DOI: 10.1111/j.1750-2659.2011.00298.x

79. Continuing evolution of H9N2 influenza viruses in Southeastern China. / Y. Choi, H. Ozaki, R. Webby [et al] // J. Virology. - 2004. - Vol. 78. - P. 8609-8614. DOI 10.1128/JVI.78.16.8609-8614.2004.

80. Current situation of H9N2 subtype avian influenza in China / M. Gu, L. Xu, X. Wang, X. Liu // Vet. Research. - 2017. - Vol. 48 N 1. - P. 49; DOI: 10.1186/s13567-017-0453-2.

81. Dalby, A.R. A Global Phylogenetic Analysis in Order to Determine the Host Species and Geography Dependent Features Present in the Evolution of Avian H9N2 Influenza Hemagglutinin / A.R. Dalby, M. Iqbal // PeerJ. - 2014. - P. 18 -42. DOI: 10.7717/peerj.655

82. de la Luna, S. Influenza virus NS1 protein enhances the rate of translation initiation of viral mRNAs / S. de la Luna, P. Fortes, A. Beloso [et al.] // J. Virology. - 1995. -Vol. 69, N 4. - P. 2427-2433.

83. Deiman, B. Characteristics and applications of nucleic acid sequence based amplification (NASBA) / B. Deiman // Mol. Biotech. - 2007. - Vol. 20. - P. 163179.

84. Development and validation of a one-step real-time PCR assay for simultaneous detection of subtype H5, H7 and H9 avian influenza viruses / I. Monne, S. Ormelli, A. Salviato [et al] // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46, N 5. - P. 1769-1773.

85. Development of a multiplex probe combination-based one-step real-time reverse transcription-PCR for NA subtype typing of avian influenza virus / Zh. Sun, T. Qin, F. Meng [et al.] // Sci. Reports. - 2017. - Vol. 7. - P. 13455. DOI:10.1038/s41598-017-13768-4

86. Diagnostic approach for differentiating infected from vaccinated poultry on the basis of antibodies to NS1, the nonstructural protein of influenza A virus / T.M. Tumpey, R. Alvarez, D.E. Swayne, and D.L. Suarez // J. Clin.Microbiol. - 2005. -Vol. 43, N 2. - P.676-683.

87. Diversified reassortant H9N2 avian influenza viruses in chicken flocks in northern and eastern China / Y. Huang, B. Hu, X. Wen [et al.] // Virus Research. - 2010. -Vol. 151, N 1. - P. 26-32. DOI 10.1016/j.virusres.2010.03.010.

88. Donis, R. O. Nomenclature updates resulting from the evolution of avian influenza A (H5) virus clades 2.1.3.2a, 2.2.1, and 2.3.4 during 2013-2014 / R. O. Donis, G. J. Smith // Influenza and Other Respiratory Viruses. - 2015. - Vol.9. - P. 271-276.

89. Easterday, B.C. Avian influenza / B.C. Easterday, B. Tumova // Diseases of poultry. - 6th ed. / ed. H.E. Biester. - Ames, Iowa, 1972. - P. 670-700.

90. Emergence of multiple genotypes of H5N1 avian influenza viruses in Hong Kong SAR / Y. Guan, J. S. Peiris, A. S. Lipatov [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2002. - Vol.99. - P. 8950-8955.

91. Enhanced recovery of avian influenza virus isolates by a combination of chicken embryo inoculation methods / P.R. Woolcock, M.D. McFarland, S. Lai [et al.] // Avian Dis. - 2001. - Vol. 45. - P. 1030-1035.

92. Enzootic genotype S of H9N2 avian influenza viruses donates internal genes to emerging zoonotic influenza viruses in China / M. Gu, H. Chen, Q. Li [et al.] // Vet. Microbiol. - 2014. - Vol. 174. - P. 309-315. DOI: 10.1016/ j.vetmic.2014.09.029

93. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam / G.J. Smith, T.S. Naipospos, T.D. Nguyen [et al.] // Virology. - 2006. - Vol. 350. - P. 258-268.

94. Evolution, global spread, and pathogenicity of highly pathogenic avian influenza H5Nx clade 2.3.4.4 / D. Lee, K. Bertran, J. Kwon, D. E. Swayne // J. Vet. Sci. -2017. - P. 269-280. DOI: 10.4142/jvs.2017.18.S1.269

95. Evolutionary history and phylodynamics of Influenza A and B neuraminidase (NA) genes inferred from large-scale sequence analyses / J. Xu, C.T Davis, M. C.

Christman [et al.] // PLoS ONE. - 2012. - Vol. 7, N 7. - P. e38665. D01:10.1371/ journal.pone.0038665

96. Evolution and ecology of influenza A viruses / R.G. Webster, W.J. Bean, O.T. Gorman [et al.] // Microbiol. Rev. - 1992. - Vol.56, N 1. - P. 152-179.

97. Evolution of H9N2 influenza viruses from domestic poultry in Mainland China / C. Li, K. Yu, G. Tian [et al.] // Virology. - 2005. - Vol. 340. - P. 70-83. DOI 10.1016/j.virol.2005.06.025.

98. Experimental transmission in guinea pigs of H9N2 avian influenza viruses from indoor air of chicken houses / J. Lv, B. Wei, Y. Yang [et al.] // Virus Research. -2012. - Vol. 170. - P. 102-108. DOI 10.1016/j.virusres.2012.09.003.

99. Expression of the nonstructural protein NS1 of equine influenza A virus: detection of anti-NS1 antibody in post infection equine sera / I. A. Birch-Machin, J. Rowan, J. Pick // J. Virol. Methods. - 1997. - Vol. 65. - P. 255-263.

100. Ferguson, L. Influenza D virus infection in Mississippi beef cattle / L. Ferguson, L. Eckard, W.B. Epperson [et al.] // Virology. - 2015. - Vol. 486. - P. 28-34.

101. Fouchier, R.A, Epidemiology of low pathogenic avian influenza viruses in wild birds / R.A. Fouchier, V.J. Munster // Rev. Sci. Techn. Off. Intern. Epiz. - 2009 -№ 28, N 1. - P. 49-58.

102. Gamblin, S.J. Influenza hemagglutinin and neuraminidase membrane glycoproteins / S.J. Gamblin, J.J. Skehel // J. Bio. Chem. - 2010. - Vol. 285, N 37.

- P. 28403-28409.

103. Garman, E. The structure, function, and inhibition of influenza virus neuraminidase / E. Garman, G.Laver // Viral Membrane Proteins: Structure, Function, and Drug Design. Protein Reviews / ed. W.B. Fischer. - 2014. - Vol. 1.

- P. 247-267.

104. Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia / K. S. Li, Y. Guan, J. Wang [et al.] // Nature. - 2004. - Vol. 430. - P. 209-213.

105. Genetic characterization of clade 2.3.2.1 avian influenza A (H5N1) viruses, Indonesia, 2012 / N. L. Dharmayanti, R. Hartawan, H. Wibawa [et al.] // Emerg.

Infecti. Dis. - 2014. - Vol. 20. - P. 671-674.

106. Genetic characterization of the H9N2 influenza viruses circulated in the poultry population in Israel / S. Perk, C. Banet-Noach, E. Shihmanter [et al.] // Comp. Immunol. Microbiol. and Infect. Dis. - 2006. - Vol. 29. - P. 207-223. DOI 10.1016/j.cimid.2006.06.004.

107. Genomic analysis of avian influenza viruses from waterfowl in western Alaska / A.B. Reeves, J.M. Pearce, A.M. Ramey [et al.] // J. Wildlife Dis. - 2013. Vol. 49, N 3. - P. 600-610.

108. Global patterns of influenza a virus in wild birds / B. Olsen, V.J. Munster, A. Wallensten, J. Waldenstrom [et al.] // Science. - 2006. - Vol. 31, N 5722. - P. 2384-2388.

109. Gottschalk, A. The influenza virus neuraminidase / A. Gottschalk // Nature. - 1958. - Vol. 181, N 4606. - P. 377-378.

110. H5N1 influenza: a protean pandemic threat / Y. Guan, L. L. Poon, C. Y. Cheung [et al.] // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2004. - Vol.101. - P. 8156-8161.

111. H5N1 outbreaks and enzootic influenza / R.G. Webster, M. Peiris, H. Chen [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 12, N 1. - P. 3-8.

112. H9N2 influenza A virus circulates in H5N1 endemically infected poultry population in Egypt / I. Monne, HA. Hussein, A. Fusaro [et al.] // Influenza and Other Respiratory Viruses. - 2013. - Vol. 7. - P. 240-243. DOI 10.1111/j.1750-2659.2012.00399.x.

113. Hampson, A.W. Influenza virus antigens and 'antigenic drift' / A.W. Hampson // C. W. Potter. Influenza. Perspectives in medical virology. - Amsterdam, 2002. -P. 49-85.

114. High genetic compatibility and increased pathogenicity of reassortants derived from avian H9N2 and pandemic H1N1/2009 influenza viruses / Y. Sun, K. Qin, J. Wang [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2011. - Vol. 108. - P. 4164-4169. DOI 10.1073/pnas.1019109108.

115. Huang, Y. Neuraminidase subtyping of avian influenza viruses with primerhunter-designed primers and quadruplicate primer pools / Y. Huang, M. Khan, I. I.

Mändoiu // PLOS ONE. - 2013. - Vol. 8, N 11. - P. e81842 doi: 10.1371/journal.pone.0081842

116. Human and avian influenza viruses target different cell types in cultures of human airway epithelium / M.N. Matrosovich, T.Y. Matrosovich, T. Gray [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - Vol. 101, N 13. - P. 4620-4624.

117. Human infection with an avian H9N2 influenza A virus in Hong Kong in 2003 / KM. Butt, GJ. Smith, H. Chen [et al. // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43. - P. 5760-5767. DOI 10.1128/JCM.43.11.5760-5767.2005.

118. Human infection with influenza H9N2 / M. Peiris, KY. Yuen, CW. Leung [et al.] // Lancet. - 1999. - Vol. 354. - P. 916-917. DOI 10.1016/S0140-6736(99)03311-5.

119. Hutchinson, E.C. Genome packaging in influenza A virus / E.C. Hutchinson, J.C. von Kirchbach, J.R. Gog et al. // J Gen Virol. - 2010. - 91 (Pt 2). - P. 313-328.

120. Infection of immunocompromised patients by avian H9N2 influenza A virus / VC. Cheng, X. Wen, W. Wu [et al.] // J. Infection. - 2011. - Vol. 62. - P. 394-399. DOI 10.1016/j.jinf.2011.02.007.

121. Infectious salmon anemia virus: causative agent, pathogenesis and immunity / Kibenge, F.S., K. Munir, M.J. Kibenge [et al.] // Animal Health Research Reviews. - 2004. - N 5. - P. 65-78.

122. Influenza virus neuraminidase structure and functions / J.L. McAuley, B.P. Gilberton, S. Trifkovic [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2019. - Vol. 10. DOI 10.3389/fmicb.2019.00039

123. Importance of neuraminidase active-site residues to the neuraminidase inhibitor resistance of influenza viruses / H.L. Yen, E. Hoffmann, G. Taylor [et al.] // J. Virol. - 2006. Vol. 80, N 17. - P. 8787-8795. DOI: 10.1128/JVI.00477-06. PubMed PMID: 16912325; PubMed Central PMCID: PMCPMC1563878.

124. Importing alpha nuclear localization signal binding sites for STAT1, STAT2, and influenza A virus nucleoprotein / K. Melen, R. Fagerlund, J. Franke [et al.] // J. Biol. Chem. - 2003. - Vol. 278, N 30. - P. 28193-28200.

125. Isolation and genetic characterization of avian origin H9N2 influenza viruses from pigs in China / H. Yu, RH. Hua, TC. Wei [et al.] // Vet. Microbiol. - 2008. - Vol. 131. - P. 82-92. DOI 10.1016/j.vetmic.2008.02.024.

126. Isolation and identification of swine influenza recombinant A/Swine/Shandong/1/2003(H9N2) virus / C. Xu, W. Fan, R. Wei, H. Zhao // Microbes and Infection. - 2004. - Vol. 6. - P. 919-925. DOI 10.1016/j.micinf.2004.04.015.

127. Ito, T. Molecular basis for the generation in pigs of influenza A viruses with pandemic potential / T. Ito, J.N. Couceiro, S. Kelm [et al.] // J. Virol. - 1998. -Vol. 72, N 9. - P. 7367-7373.

128. Jones, I.M. Nuclear location of all three influenza polymerase proteins and a nuclear signal in polymerase PB2 / I.M. Jones, P.A. Reay, K.L. Philpott // EMBO J. - 1986. - Vol. 5, N 9. - P. 2371-2376.

129. Kawaoka, Y. Orthomyxoviridae / Kawaoka Y., N.J. Cox, O. Haller [et al.] // Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Eighth Report of the International Committe on the Taxonomy of Viruses / C. M. Fauquet [et al.]. -London, 2012. - P. 681-693.

130. Krauss, S. Avian influenza virus surveillance and wild birds: past and present / S. Krauss, R. G. Webster // Avian Dis. - 2010. - Vol. 54 (1 Suppl). - P. 394-398.

131. Lamb, R.A. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication / R.A. Lamb // Fields virology / B. N. Fields [et al.]. - Philadelphia, 2001. - P. 1487-1531.

132. Loop-mediated iso-thermal amplification of DNA / T. Notomi, H. Okayama, H. Masubuchi [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2000. - Vol. 28, N 12. - P. 63e-63.

133. Lupiani, B. The history of avian influenza / B. Lupiani, S.M. Reddy // Comp. Immunol., Microbiol. and Infect. Dis. - 2009. - Vol. 32. - P. 311-323.

134. Mahy, B.W.J. Hemagglutination-inhibition / B.W.J. Mahy, H.O. Kangro // in Virology Methods Manual. - London, 1996. - P. 114-116.

135. Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals. Avian influenza / OIE. - Paris, France, 2018. - URL: http: //www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/tahm/3.03.04_AI.pdf

136. Mass illness of ducklings in Eastern Slovakia with clinical picture of infectious sinusitis / Z. Koppel, J. Vrtiak, M. Vasil, St. Spiesz. // Veterinaria. - 1956. - N 6. -P. 267-268.

137. Matrosovich, M.N. Avian influenza A viruses differ from human viruses by recognition of sialyloligosaccharides and gangliosides and by a higher conservation of the HA receptor-binding site / M.N. Matrosovich, A.S. Gambaryan, S. Teneberg [et al.] // Virology. - 1997. - Vol. 233, N 1. - P. 224-234.

138. Mohler, J.R. Fowl pest in the United States / J.R. Mohler // J. Amer. Vet. Med. Assoc. - 1926. - Vol. 21. - 549-559.

139. Molecular characterization and receptor binding specificity of H9N2 avian influenza viruses based on poultry-related environmental surveillance in China between 2013 and 2016 / S. Zou, Y. Zhang, X. Li [et al.] // Virology. - 2019. -Vol.529. - P.135-143.

140. Molecular evolution of H9N2 avian influenza viruses in Israel / I. Davidson, A. Fusaro, A. Heidari [et al.] // Virus Genes. - 2014. - Vol. 48. - P. 457-463. DOI 10.1007/s 11262-014-1037-0.

141. Morens, D.M. The persistent legacy of the 1918 influenza virus / D.M. Morens, J.K. Taubenberger, A.S. Fauci // N Engl. J. Med. - 2009. - Vol. 361, N 3. - P. 225-229.

142. Multidrug- resistant pandemic (H1N1) 2009 infection in immunocompetent child / A. Eshaghi, SN. Patel, A. Sarabia [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 17, N 8 - P. 1472-1474. DOI: 10.3201/eid1708.102004. PubMed PMID:21801626; PubMed Central PMCID: PMCPMC3381550.

143. Neumann, G. Evolution of highly pathogenic avian H5N1 influenza viruses and the emergence of dominant variants / G. Neumann, M. A. Green, C. A. Macken // J. Gen. Virology. - 2010. - Vol. 91. - P. 1984-1995.

144. Neuraminidase is important for the initiation of influenza virus infection in human airway epithelium / M.N. Matrosovich, T.Y. Matrosovich, T. Gray, [et al.] // J. Virology. - 2004. - Vol. 78. - P. 12665-12667.

145. New world bats harbor diverse influenza A viruses / S. Tong, X. Zhu, Y. Li [et al.] // PLoS Pathog. - 2013. - Vol. 9, N 10. DOI:10.1371/journal.ppat.1003657OIE.

146. Nili, H. Natural cases and an experimental study of H9N2 avian influenza in commercial broiler chickens of Iran / H. Nili, K. Asasi // Avian Pathol. - 2002. -Vol. 31. - P. 247-252. DOI 10.1080/03079450220136567.

147. Noda, T. Structure of influenza virus ribonucleoprotein complexes and their packaging into virions / T. Noda, Y. Kawaoka // Rev. Med. Virol. - 2010. - Vol. 20, N 6. - P. 380-391.

148. Novel Eurasian highly pathogenic avian influenza A H5 viruses in wild birds / H. S. Ip, M. K. Torchetti, R. Crespo [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2014. - Vol. 21. -P. 886-890.

149. Palese, P. Orthomyxoviridae: The Viruses and Their Replication / P. Palese, M.L. Shaw // Fields Virology. - 5th ed. / ed. D.M. Knipe, P.M. Howley. - Philadelphia, 2007. - 1647-1689.

150. Pantin-Jackwood, M.J. Pathogenesis and pathobiology of avian influenza virus infection in birds / M.J. Pantin-Jackwood, D.E. Swayne // Rev. Sci. Tech. - 2009. - Vol. 28, N 1. - P. 113-136.

151. Paterson, D. Emerging roles for the influenza A virus nuclear export protein (NEP) / D. Paterson, E. Fodor // PLoS Pathog. - 2012. - Vol. 8, N 12. - P. 1-8.

152. Pedersen, J.C. Neuraminidase-inhibition assay for the identification of influenza A virus neuraminidase subtype or neuraminidase antibody specificity / J.C. Pedersen // Methods Mol. Biol. - 2008. - Vol. 436. - P. 67-75. PubMed: 18370042.

153. Pereira, H.G. Avian influenza A viruses / H.G. Pereira, B. Tumova, V.G. Law // Bull. World Health Org. - 1965. - Vol. 32. - P. 855-860.

154. Perez, D.R. The matrix 1 protein of influenza A virus inhibits the transcriptase activity of a model influenza reporter genome in vivo / D.R. Perez, R.O. Donis // Virology. - 1998. - Vol. 249, N 1. - P. 52-61.

155. Phylogenetic diversity and genotypical complexity of H9N2 influenza A viruses revealed by genomic sequence analysis / G. Dong, J. Luo, H. Zhang [et al.] // PLoS ONE. - 2011. -Vol. 6, N 2. - P. e17212. DOI 10.1371/journal.pone.0017212.

156. Phylogeography and evolutionary history of reassortant H9N2 viruses with potential human health implications / A. Fusaro, I. Monne, A. Salviato [et al.] // J. Virology. - 2011. - Vol. 85. - P. 8413-8421. DOI 10.1128/JVI.00219-11.

157. Pinto, L.H. Controlling influenza virus replication by inhibiting its proton channel. / L.H. Pinto, R.A. Lamb // Molecular Biosystems. - 2007. - Vol. 3. - P. 18-23.

158. Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction / J. G. Ye, J. Coulouris, I. Zaretskaya [et al.] // BMC Bioinformatics. -2012. - Vol. 13. - P. 134

159. Rapid and highly sensitive pathotyping of avian influenza A H5N1 virus by using real-time reverse transcription-PCR / B. Hoffmann, T. Harder, E. Starick [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45. - P. 600-603.

160. Rapid molecular subtyping by reverse transcription polymerase chain reaction of the neuraminidase gene of avian influenza A viruses / S.R. Fereidouni, E.Starick, C.Grund [et al.] // Vet. Microbiol. - 2009. - Vol. 135, N 3-4. - P. 253-260. DOI: 10.1016/j.vetmic.2008.09.077

161. Reassortant highly pathogenic influenza A (H5N6) virus in Laos / F. Y. Wong, P. Phommachanh, W. Kalpravidh [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2015. - Vol. 21. - P. 511-516.

162. Replication and transmission of H9N2 influenza viruses in ferrets: evaluation of pandemic potential / H. Wan, E. M. Sorrell, H. Song [et al.] // PLoS ONE. - 2008. - Vol. 3, N 8. - e2932. DOI: 10.1371/journal.pone.0002923.

163. Revised and updated nomenclature for highly pathogenic avian influenza A (H5N1) viruses / WHO, OIE, FAO // Influenza and Other Respiratory Viruses. -2014. - Vol. 8. - P. 384-388.

164. Respiratory transmission of an avian H3N8 influenza virus isolated from a harbour seal / E. A. Karlsson, S. Ip. Hon, J. S. Hall [et al.] // Nature communications. -2016. - Vol. 5. - P. 4791. DOI: 10.1038/ncomms5791

165. Riems influenza a typing array (RITA): An RT-qPCR based low-density array for subtyping avian and mammalian influenza a viruses / B. Hoffmann, D. Hoffmann, D. Henritzi [et al.] // Scientific Report. - 2016. - N 6. - P. 27211. DOI: 10.1038/srep27211. http://www.nature.com/articles/srep27211

166. Roberts, D. H. The isolation of an influenza A virus and a mycoplasma associated with duck sinusitis // Vet. Record. - 1964. - Vol. 76. - P. 470-473.

167. Rogers, G.N. Receptor determinants of human and animal influenza virus isolates: differences in receptor specificity of the H3 hemagglutinin based on species of origin / G.N. Rogers, J.C. Paulson // Virology. - 1983. - 127, N 2. - P. 361-373.

168. Seto, J.T. Functional significance of sialidose during infl uenza virus multiplication / J.T. Seto, R. Rott // Virology. - 1966. - Vol. 30. - P.731-737.

169. Skehel, J.J. Receptor binding and membrane fusion in virus entry: the influenza hemagglutinin / J.J. Skehel, D.C. Wiley // Annu. Rev. Biochem. - 2000. - Vol. 69. - P. 531-569.

170. Shichinohe, S. Selection of H3 avian influenza viruses with SAalpha2,6Gal receptor specificity in pigs / S. Shichinohe, M. Okamatsu, Y. Sakoda [et al.] // Virology. - 2013. - Vol. 444, N 1-2. - P. 404-408.

171. Sims L.D. Multi-continental panzootic of H5 highly pathogenic avian influenza (1996-2015) / L.D. Sims, I.H. Brown // Animal Influenza / ed. D.E. Swayne. -Ames, Iowa, USA [etc.], 2017. - Chap. 9. - P. 202-238.

172. Spackman, E. Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes / E. Spackman, D. A. Senne, T. J. Myers [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2002. - Vol. 40. - P. 32563260. DOI: 10.1128/JCM.40.9.3256-3260.2002. PubMed: 12202562.

173. Spackman, E. Methods in Molecular Biolog. Vol. 436 Avian influenza virus / E. Spackman. - Totowa (NJ), Humana Press Inc., - 2008.

174. Spickler, A.R. Influenza / A.R. Spickler. - Iowa, USA: The Center for Food Security & Public Health, 2016. - 60 p.

175. Steinhauer, D.A. Role of hemagglutinin cleavage for the pathogenicity of influenza virus / D.A. Steinhauer // Virology. - 1999. - Vol. 258. - P. 1-20.

176. Structural insight into the mechanism of neuraminidase inhibitor-resistant mutations in human-infecting H10N8 Influenza A virus / B.O. Oladejo, Y. Bi,

C.J.Vavricka, Ch. Li [et al] // BIORXIV. - 2018. - 30 p. DOI: 10.1101/378075

177. Structure of the uncleaved human H1 hemagglutinin from the extinct 1918 influenza virus / J. Stevens, A.L. Corper, C.F. Basler [et al.] // Science. - 2004. -Vol. 303, N 5665. - P. 1866-1870.

178. Stubs, E.L. Fowl Pest // Diseases of poultry. - 1 ed. / ed. H.E. Biester, L. Devries. -Ames, Iowa, USA, 1943. p. 493-502.

179. Suarez, D.L. Influenza A Virus / D.L. Suarez // Avian Influenza / ed. D.E. Swayne.

- Ames, Iowa, USA [etc.], 2008. - Chap. 1. - P. 3-16.

180. Suarez, D.L. Influenza A Virus / D.L. Suarez // Animal Influenza / ed. D.E. Swayne. - 2nd ed. - Ames, Iowa, USA [etc.], 2016. - Chap. 1. - P. 6-22.

181. Suarez, D.L. Recombination resulting in virulence shift in avian influenza outbreak, Chile / D.L. Suarez, D.A. Senne, J. Banks [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2004. - Vol. 10, N 4. - P. 693-699.

182. Suarez, D.L. Review of rapid molecular diagnostic tools for avian influenza virus /

D.L. Suarez, A. Das, E. Ellis // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51 (1 Suppl.). - P. 201208. DOI: 10.1637/7732-101006-REGR. 1.

183. Surveillance for neuraminidase inhibitor resistance among human influenza A and B viruses circulating worldwide from 2004 to 2008 / T.G. Sheu, V.M. Deyde, M. Okomo-Adhiambo [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2008. Vol. 52, N 9.

- P. 3284-3292. DOI: 10.1128/AAC.00555-08. PubMed PMID: 18625765; PubMed Central PMCID: PMCPMC2533500.

184. Susceptibility of North American ducks and gulls to H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses / J.D. Brown, D.E. Stallknecht, J.R. Beck [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 12. - P. 1663-1670.

185. Swayne, D.E. Influenza / D.E. Swayne, D.L. Suarez, L.D. Sims // Diseases of poultry, 13th ed. / ed. Swayne D.E. [et al]. - Ames, Iowa, USA, 2013. - P. 191218.

186. Swayne, D.E. Influenza / D.E. Swayne, D.A. Halvorson // Diseases of Poultry. -11th ed. / ed. Y.M. Saif [et al.]. - Ames, Iowa, USA, 2003. - P. 135-160.

187. Swayne, D.E. Understanding the complex pathobiology of high pathogenicity avian influenza viruses in birds / D.E. Swayne // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51. - P. 242-249.

188. Swayne, D.E. Pathobiology of avian influenza virus infections in birds and mammals / D.E Swayne., M. Pantin-Jackwood // Avian Influenza. - Ames, Iowa, USA [etc.], 2008. - P. 87-122.

189. Swayne, D.E. Pathogenicity of avian influenza viruses in poultry / D.E. Swayne, M. Pantin-Jackwood // Dev. Biol. - 2006. - Vol. 124. - P. 61-67.

190. Synthesis and cellular location of the ten influenza polypeptides individually expressed by recombinant vaccinia viruses / G.L. Smith, J.Z. Levin, P. Palese, B. Moss // Virology. - 1987. - Vol. 160, N 2. - P. 336-345.

191. The evolution of H5N1 influenza viruses in ducks in southern China / H. Chen, G. Deng, Z. Li [et al] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - Vol. 101. - P. 1045210457.

192. Tisoncik-Go, J. Analysis of oseltamivir resistance substitutions in influenza virus glycoprotein neuraminidase using a lentivirus-based surrogate assay system / J. Tisoncik-Go, K. S. Cordero, L. Rong // Virologica Sinica. - 2013. - Vol. 28, N 2. - P. 81-91. DOI 10.1007/s12250-013-3307-8

193. Toward a unified nomenclature system for highly pathogenic avian influenza virus (H5N1) / WHO, OIE, FAO // Emerg. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 14, N 7 : e1. DOI: 10320/eid1407.071681

194. Transmission and reassortment of avian influenza viruses at the Asian-North American interface / A.M. Ramey, J.M. Pearce, C.R. Ely [et al.] // Virology. -2010. - Vol. 406, N 2. - P. 352-359.

195. Treanor, J. Influenza vaccine - outmaneuvering antigenic shift and drift / J. Treanor // N Engl. J. Med. - 2004. - Vol. 350, N 3. - P. 218-220.

196. Tsimokh, P.F. Haemagglutination reaction in infectious sinusitis of ducks / P.F. Tsimokh // Veterinaria. - 1961. - Vol.38. - P. 63-65.

197. Two different type A influenza virus infections in turkeys in Wisconsin. I. 196566 outbreak / L.K. Smithies, D.B. Radloff, R.W. Friedell [et al.] // Avian Dis. -1969. - Vol. 13, N 3. - P. 603-606.

198. Universal primer set for amplification and sequencing of HA cleavage sites of all Influenza A Viruses / A. Gall, B. Hoffmann, T. Harder [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46, N 8. - P.2561-2567. DOI: 10.1128/JCM.00466-08

199. Use of reverse transcriptase PCR to subtype N1 to N9 neuraminidase genes of avian influenza viruses / K. Tsukamoto, T. Ashizawa, K. Nakanishi [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47, N 7. - P. 2301-2303. DOI: 10.1128/JCM.02366-08

200. Ushikubo, H. The principle of LAMP method — A simple and rapid gene amplification method / H. Ushikubo // Uirusu. - 2004. - Vol. 54, N 1. - P. 107112.

201. Validated H5 Eurasian realtime reverse transcriptase-polymerase chain reaction and its application in H5N1 outbreaks in 2005-2006 / M. J. Slomka, T. Pavlidis, J. Banks [et al.] // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51. - P.373-377.

202. Flint, S.J. Virus cultivation, detection, and genetics / S.J. Flint, L.W. Enquist, V.R. Racaniello // Principles of Virology: Molecular Biology, Pathogenesis, and Control of Animal Viruses. - 2nd ed. - Washington, 2004. - P. 291-292.

203. Walker, R.V.L. A filterable agent in ducks / R.V.L. Walker, G.L. Bannister // Canad. J. Comp. Med. Sci. - 1953. - Vol. 17. - P. 248-250.

204. Wang, M. Antibodies against H5 and H9 avian influenza among poultry workers in China / M. Wang, C.X. Fu, B.J. Zheng // New England J. Med. - 2009. - Vol. 360. - P. 2583-2584. DOI 10.1056/NEJMc0900358.

205. Wilkinson, L. The development of the virus concept as reflected in corpora of studies on individual pathogens. The agent of fowl plague-A model virus? / L. Wilkinson, A.P. Waterson // Med. Hist. - 1975. - Vol. 19. - P. 52-72.

206. Wong, M.L. Real-time PCR for mRNA quantitation / M. L. Wong, J. F. Medrano // Biotechniques. - 2005. - Vol.39, N 1. - P.75-85. DOI: 10.2144/05391RV01

207. World Health Organization. Antigenic and genetic characteristics of H5N1 viruses and candidate H5N1 vaccine viruses developed for potential use as pre-pandemic vaccines / WHO // Weekly Epidemiological Record. - 2007. Vol. 82. - P. 164167.

208. World Health Organization. Evolution of H5N1 avian influenza viruses in Asia / WHO // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 11. - P. 1515-1521.

209. Wright, P.F. Orthomyxoviruses / P.F. Wright, G. Neumann, Y. Kawaoka // Fields Virology / ed. D.M. Knipe [et al.]. - Philadelphia, 2007. - P. 1691-1740.

210. Wu, Y. Bat-derived influenza-like viruses H17N10 and H18N11 / Y. Wu, Y. Wu, B. Tefsen [et al.] // Trends Microbiol. - 2014. - Vol. 22, N 4. - P. 183-191.

211. Yoon, S.W. Evolution and ecology of influenza A viruses / S.W. Yoon, R.J. Webby, R.G. Webster // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2014. - Vol. 385. - P. 359-375.

212. Zanamivir-resistant influenza viruses with a novel neuraminidase mutation / A.C Hurt, J.K. Holien, M. Parker [et al.] // J. Virol. - 2009. - Vol. 83, N 20. - P. 10366-10373. DOI: 10.1128/JVI.01200-09. PubMed PMID: 19641000; PubMed Central PMCID: PMCPMC2753113.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Федеральная служба по ветеринарному м фитосаннт арному надзору

(РОССЕЛ ЬХОЗН АДЗОР) федеральное государственное бюджетное учреждение «Федеральный центр охраны здоровья животных» __(ФГБУ «ВНИИЗЖ»)

Региональная референтам лабораюрня МЭБ по ящуру.ЦентрМЭБ но сотрудничеиву в области nnaiíwíiiKii и контроля болешей животных для стран Восточной Европы, Центральной Aíi'iii и Зякавь-ять» Референтный центр ФАО но ящуру для стран Центральной Aiiui 11 Занятном Евразии

600901, Россия, Владимирская область, г. Владимир, мкр. Юрьевец тел.: [phone], тел./факс: 26-38-77 E-mail: [e-mail]

« V

20

Федеральный институт промышленной собственности (ФИПС) Роспатента 125993, Москва, Бережковская наб.. д. 30, корп. 1, Г-59, ГСП-3 E-mail: fips@,rupto.ru

(заполняется при отправке)

СПРАВКА № 126 - деп / 19-16 о депонировании штамма «A/turkey/Rostov/1/19 Н5№» вируса гриппа птиц для целей патентной процедуры

Форма депонирования: «Национальное патентное депонирование».

Авторы штамма: И.А. Чвала, В.Ю. Сосипаторова, Д.А. Алтунин, A.B. Андриясов, О.С. Осипова, М.А. Волкова, Ир.А. Чвала, Е.В. Овчинникова, П.Б. Акшалова^ Д.Б. Андрейчук.

Депозитор: ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»),

Вирус был выделен в ФГБУ «ВНИИЗЖ» в 2019 г. из патологического материала, полученного от индеек и поступившего из ООО «Урсдон» Усть-Донецкого района Ростовской области РФ.

Штамм адаптирован к 9-11-суточным СПФ-эмбрионам кур в условиях ФГБУ «ВНИИЗЖ».

Штамм относится к отряду Articulavirales, семейству Orthomyxoviridae, роду Alphainfluenzavirus, виду Influenza A virus.

Штамм предложен в качестве диагностического.

Регистрационный номер: № 126 - деп /19-16 - КШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ».

Местом хранения штамма определена Коллекция штаммов микроорганизмов Ф1 БУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ») по адресу: 600901, Россия, Владимирская область, г. Владимир, мкр. Юрьевец.

Дата депонирования штамма: 10 декабря 2019 г.

Зам. директора ФГБУ «ВНИИЗЖ» по качеству

Руководитель Коллекции штаммов микроорганизмов ФГБУ «ВНИИЗЖ»

С.К. Старов

ЫЮЖМ, Гнсснм. Ria шмнрекаи ufuarii- nipti i^Ä^jjjm нм.: (4<>2I) 2(>-Uív-14. ic.i./фякс: (49¿ F.-mail: mail и arriah.ru

льныи

ir PH

•lililí • с »VUü