Изучение первичной структуры генома изолятов вируса высокопатогенного гриппа птиц A/H5N1, выделенных на территории Российской Федерации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 06.02.02, кандидат наук Новикова, Мария Викторовна

• Новикова, Мария Викторовна
• кандидат наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат наук Новикова, Мария Викторовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Историческая справка о вирусе гриппа птиц

1.2. Распространение высокопатогенного гриппа птиц в мире

1.3. Классификация и номенклатура вируса гриппа птиц

1.4. Структура вириона вируса гриппа птиц

1.5. Репликация вируса гриппа птиц

1.6. Вирус гриппа у диких водоплавающих птиц

1.7. Вспышки ВПГП/ШМсреди диких и домашних птиц в России

1.8. Клинические признаки, патологоанатомические изменения и патогенез при гриппе птиц

1.9. Биологические свойства вируса гриппа птиц

1.9.1. Молекулярные детерминанты хозяйской специфичности

вируса гриппа птиц

1.9.2. Гемагглютинин как генетический маркер патогенности

1.9.3. Использование данных о структуре белков вируса для профилактики высокопатогенного гриппа птиц Н5Ш

1.10 Молекулярная диагностика гриппа птиц

1.10.1. Диагностика гриппа птиц с помощью классической ОТ-ПЦР

1.10.2. Диагностика гриппа птиц с помощью ОТ-ПЦР в режиме

| реального времени

1.11. Заключение по обзору литературы

I 2. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы и оборудование

2.1.1. Вирус гриппа птиц

I

2.1.2. Нуклеотидные последовательности ВГП

2.1.3. Коммерческие наборы, ферменты

2.1.4. Растворы, буферные смеси, реагенты

2.1.5. Праймеры

2.1.6. Оборудование и расходные материалы

2.2. Методы исследования

2.2.1. Подбор праймеров для ОТ-ПЦР

2.2.2. Экстракция суммарной РНК

2.2.3. Обратно-транскриптазная полимеразная цепная реакция

2.2.4. ОТ-ПЦР в режиме реального времени

2.2.5. Учет результатов ОТ-ПЦР

2.2.6. Очистка продуктов ПЦР

2.2.7. Определение нуклеотидной последовательности амплифицированных фрагментов к ДНК

2.2.8. Компьютерный анализ и сравнение первичных структур нуклеиновых кислот

3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Определение первичной структуры генома изолятов вируса ВПГП А/Н5Ш генетической подгруппы с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования

3.2. Выбор праймеров для амплификации фрагментов генома изолятов вируса ВПГП/Н5М1 подгруппы (^т^ш

3.3. Оптимизация метода определения первичной структуры генома изолятов вируса ВПГП А/Н51Ч1 генетической подгруппы (^п^а! с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования

3.4. Генетический анализ изолятов вируса ВПГП/Н5№

3.5. Разработка метода определения генетических маркеров изолятов вируса ВПГП/Н5К1, выделенных в России

3.5.1. Филогенетический анализ вирусов ВПГП/Н5№, выделенных

на территории РФ в 2008-2009гг

3.5.2. Выбор праймеров для амплификации фрагментов генома изолятов вируса ВПГП/Н5К1

3.5.3. Оптимизация метода определения генетических маркеров

изолятов вируса ВГТГП A/H5N1

4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

5. ВЫВОДЫ

6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение первичной структуры генома изолятов вируса высокопатогенного гриппа птиц A/H5N1, выделенных на территории Российской Федерации»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Высокопатогенный грипп птиц -высококонтагиозное вирусное генерализованное заболевание птиц, характеризующееся высокой смертностью, сопровождается кровоизлияниями и воспалительными процессами во внутренних органах, мозге и коже, гибель птицы может достигать 100%. Высокопатогенный грипп птиц (ВПГП) относится к болезням, подлежащим обязательному уведомлению Всемирной организации здравоохранения животных [3, 6, 11].

В 2003-2004гг. резко обострилась ситуация в странах Юго-Восточной Азии и Дальнего Востока в связи с возросшим количеством случаев регистрации вспышек ВПГП подтипа H5N1 среди домашних птиц [9]. В результате эпизоотии ВПГП H5N1 2003-2004гг. погибло 60 человек, потери среди домашних птиц составили 150 миллионов голов [7]. С начала 2005г. случаи выявления ВПГП регистрировали в Китае, Тайланде, Вьетнаме, Гонконге, Индонезии и Камбодже [7, 9, 14].

Вирус гриппа (ВГ) подтипа H5N1 является патогенным для широкого круга диких, в том числе водоплавающих, птиц [4, 8, 13, 14]. Данный факт был установлен в течение эпизоотии гриппа птиц A/H5N1 в странах юго-восточной части Азии, а затем и Европы в 1996-2007 гг. Особенно масштабной была вспышка ВПГП H5N1 в популяции диких водоплавающих птиц провинции Qinghai (северо-запад Китая) [4]. Вирус, генетически близкородственный штаммам, выделенным в северо-западном Китае, вызвал вспышки болезни среди диких и домашних птиц в России в 2005-2007гг., а также странах Европы и Африки. [1,2, 10, 12].

В период с 2008 по 2010 годы на территории Российской Федерации (далее - РФ) спорадически выявляли изоляты вируса ВПГП/Н5]Ч1, генетически отличные от изолятов подгруппы Qinghai. При этом в 20092010гг. Bnrn/H5N1 регистрировали только у диких птиц в Республике Тыва.

Следует отметить, что для детального молекулярно-генетического анализа изолятов вируса гриппа птиц (ВГП) необходимо определить полную

первичную структуру генома, что является достаточно трудоемким и длительным процессом. Однако далеко не всегда требуется столь детальная генетическая характеристика. При этом в литературных источниках, посвященных генетическому анализу изолятов ВПГП/Н5Ш, неоднократно описаны молекулярные детерминанты, определяющие такие важные биологические свойства вируса как рецепторную специфичность, патогенность для различных видов животных, резистентность к медицинским препаратам, применяемым для профилактики и лечения гриппа в здравоохранении [5, 7, 15, 16].

Тем не менее до настоящего времени не разработаны методы позволяющие при проведении эпизоотологического расследования охарактеризовать ключевые свойства исследуемых изолятов ВГП в достаточно сжатые сроки, без проведения полного сиквенса генома изолята. Такая экспресс-характеристика «полевых» штаммов ВГП позволит своевременно корректировать планы противоэпизоотических мероприятий и избежать необоснованных финансовых расходов, что особенно важно в условиях рыночной экономики.

Для осуществления молекулярно-генетической характеристики, целесообразно разработать и применять на практике методы по определению первичной структуры генома исследуемых изолятов ВГП, а также определению нуклеотидных последовательностей фрагментов генов (РВ2, Н, Ы, М, N8), включающих генетические маркеры, обуславливающие биологические свойства изолятов вируса ВПГГТ А/Н51М1, выделенных на территории РФ в последние годы (2005-20Югг). В зависимости от поставленной задачи, использование данных методов позволит с максимальной степенью эффективности охарактеризовать молекулярно-генетические свойства исследуемых изолятов вируса ВПГП/Н5Ы1,

Степень разработанности проблемы. В результате многочисленных исследований установлено, что генетические маркеры, влияющие на биологические свойства изолятов вируса ВПГП А/Н5Ы1, выделенных на

территории РФ в последние годы определены нуклеотидными последовательностями генов РВ2, Н, К, М и N8.

Всемирной организацией здравоохранения животных рекомендованы к применению в диагностической практике утвержденные и соответствующие ее стандартам протоколы ОТ-ПЦР и ОТ-ПЦР-РВ, позволяющие быстро выявить и идентифицировать ВГП [11]. Среди них указаны несколько систем для индикации ВГП с праймерами на ген М, а также системы идентификации различных подтипов, особенно Н5, Н7.

В то же время определение полных нуклеотидных последовательностей генома изолятов ВГП и их детальная молекулярно-генетическая характеристика являются приоритетными задачами для референтных лабораторий, осуществляющих диагностику ГП. Кроме того, для обеспечения возможности принятия соевременных мер по профилактике и ликвидации ГП необходимо на основании данных о молекулярных детерминантах определяющих биологические свойства ВГП разрабатывать методы, позволяющие делать прогнозы развития эпизоотической ситуации.

Цель и задачи исследований. Изучить молекулярно-генетическе свойства вирусов гриппа птиц, выделенных на территории РФ, с помощью оптимизированного метода определения первичной структуры генома и разработать метод определения молекулярных детерминант патогенности и рецепторной специфичности изолятов вируса гриппа.

Задачи:

- оптимизировать метод определения первичной структуры генома изолятов ВГП/Н5М1 генетической подгруппы на основе ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования;

- определить полные нуклеотидные последовательности генома изолятов ВГПУН5>П, выделенных в 2005-2006гг. и изучить их молекулярно-генетические свойства;

осуществить сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генома изолятов вируса ВПГП/Н5М1, выделенных в

2008-2010гг. в России, с таковыми изолятов ВГП подтипа H5N1, выявленных и выделенных в странах Евразии в течение 2008-2011гг.

- разработать метод, позволяющий охарактеризовать молекулярные детерминанты патогенности и рецепторной специфичности изолятов вируса ВПГП A/H5N1 с помощью ОТ-ГЩР и нуклеотидного секвенирования.

Научная новизна исследований. Впервые определена полная нуклеотидная последовательность генома 5 изолятов ВГПУН51чГ1, выделенных на территории РФ в течение 2005-2006гг., и изучены их молекулярно-генетические свойства.

Оптимизирован метод определения первичной структуры генома изолятов BFn/H5N 1 генетической подгруппы Qinghai на основе ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования.

Разработан метод определения молекулярных маркеров патогенности и рецепторной специфичности изолятов вируса ВПГП A/H5N1 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования с оригинальной системой праймеров.

Практическая значимость работы. Получены малекулярно-генетические характеристики 5 изолятов вируса гриппа птиц, выделенных на территории Российской Федерации.

Разработаны «Методические положения по определению первичной структуры генома изолятов вируса высокопатогенного гриппа птиц A/H5N1 генетической подгруппы Qinghai с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования», которые утверждены директором ФГБУ «ВНИИЗЖ» 19.01.2012 г (Приложение № 1).

Разработаны «Методические положения по определению молекулярных детерминант патогенности и рецепторной специфичности изолятов вируса высокопатогенного гриппа птиц A/H5N1 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования», которые утверждены директором ФГБУ «ВНИИЗЖ» 19.01.2012 г (Приложение № 2).

Соответствие диссертации паспорту научной специальности. В соответствии с формулой специальность 06.02.02 «Ветеринарная

микробиология, вирусология, эпизоотология, микология с микотоксикологией и иммунология» представляет собой область науки, изучающая систематику, структуру, физиологию, биохимию, генетику, экологию патогенных микроорганизмов (бактерий, вирусов, грибов), имеющих ветеринарное значение, эпизоотологические и экологические закономерности возникновения, распространения инфекционных болезней и иммунологию сельскохозяйственных, домашних и диких животных, изучающая и разрабатывающая методы, средства и организационные основы диагностики, лечения, профилактики и ликвидации этих болезней. В диссертационной работе приведены результаты исследований по разработке методов определения полных нуклеотидных последовательностей изолятов вируса ВПГПУН5]Ч1, а также генетических маркеров, обуславливающих биологические свойства вируса, на основе ПЦР, их применению в лабораторной диагностике болезни, а также изучению молекулярно-биологических свойств изолятов ВГП.

Результаты научного исследования соответствуют пунктам 1, 4, 5 паспорта специальности.

Апробация результатов работы. Результаты исследований по теме диссертации заслушаны и обсуждены на заседаниях учёного совета ФГБУ «ВНИИЗЖ» в 2008-2011 гг. Основные материалы диссертации были опубликованы и доложены на VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2010» (г. Москва, 2010г.), Международной научно-практической конференции молодых ученых «Достижения молодых ученых - в ветеринарную практику» (г. Владимир, 2010г.).

Публикации научных исследований. По теме диссертации опубликовано 5 научных работ, в том числе 2 работы опубликованы в изданиях, включенных в перечень ВАК РФ.

Основные положения, выносимые на защиту:

Метод определения первичной структуры генома изолятов ВГПУН5Ш

генетической подгруппы Qinghai на основе ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования, позволяющий сократить количество амплифицируемых фрагментов генома.

Первичная структура генома изолятов ВГП/Н5Ш генетической подгруппы Qinghai, выделенных в РФ в 2005-2006гг.

Результаты сравнительного анализа нуклеотидных

последовательностей генома изолятов вируса ВПГП/Н5Ш, выделенных в 2008-201 Orr. в России, с таковыми изолятов ВГП подтипа H5N1, выявленных и выделенных в странах Евразии в течение 2008-2011 гг.

Метод определения молекулярных маркеров патогенности и рецепторной специфичности изолятов вируса ВПГП A/H5N1 с помощью ОТ-ПЦР и нуклеотидного секвенирования, позволяющий охарактеризовывать ряд молекулярно-генетических свойст вируса данного подтипа в сжатые сроки.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 129 страницах компьютерного текста и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, результаты собственных исследований и их обсуждение, заключение, выводы, практические предложения. Список литературы включает 172 источника. Работа иллюстрирована 22 рисунками и 19 таблицами.

Личный вклад соискателя. Основной объем исследований проведен автором самостоятельно. Консультативную и методическую помощь при выполнении отдельных этапов работы оказывал к.б.н. Андриясов A.B. Автор выражает искреннюю благодарность коллективу лаборатории «диагностики болезней сельскохозяйственных животных» за помощь и консультации при проведении исследований и оформлении отдельных глав диссертации.

Исследования по теме диссертационной работы выполнены в 20082011 гг. в ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»), г. Владимир.

1. Обзор литературы.

1.1. Историческая справка о вирусе гриппа птиц

Грипп птиц - острая контагиозная болезнь, характеризующаяся общим угнетением, отеками, поражением органов дыхания и пищеварения [23]. Высокопатогенный грипп птиц - высококонтагиозное системное вирусное заболевание домашней и дикой птицы, характеризующееся высокой смертностью. Вирус вызывает некротические повреждения, геморрагии и катаральные воспаления во внутренних органах, мозге и коже (ссылки). Болезнь протекает в виде эпизоотий в любое время года. Высокопатогенный грипп птиц (ВПГП) относится к болезням, подлежащим обязательному уведомлению Всемирной организации здравоохранения животных [8, 78, 92]. Возбудителем болезни являются вирусы гриппа А (семейство Orthomyxoviridae, род Orthomyxovirus, Influenza A virus), обладающие высокой степенью изменчивости генома. Они вызывают опасные инфекционные болезни человека и животных, способные протекать в форме обширных эпизоотий, эпидемий и пандемий с высокой смертностью [5, 74].

Вирусы гриппа А являются этиологическими агентами эпизоотической бронхопневмонии свиней; гриппа и тяжёлых пневмоний, осложнённых бактериальными коинфекциями человека; инфекционного катара верхних дыхательных путей лошадей; заразного кашля верблюдов; эпизоотических бронхопневмоний морских млекопитающих [4, 10]. Вирусы гриппа А занимают важное место в структуре заболеваемости людей острыми респираторными вирусными инфекциями (ОРВИ), составляющими до 90 % от всех других инфекционных болезней.

В период пандемий заболеваемость и смертность от гриппа А приобретают масштабы стихийного бедствия. Например, пандемия «испанки» (1918 - 1919 гг.; прототип - A/Brevig Mission/1/18 (H1N1) [А, А, А, 1А, А, 1А, В, 1А]) привела к заражению 600 млн. и гибели 50-100 млн. человек (т.е. 30 % и 5 % населения Земли, соответственно). Пандемия «азиатского гриппа» (1957-1959 гг.; прототипный штамм - A/Singapore/1/57

(H2N2) [А, Е, В, 2А, А, 2А, В, 1А]) стала причиной гибели более 1 млн.; пандемия «гонконгского гриппа» (1968-1970 гг.; A/Hong Kong/1/68 (H3N2) [A, D, В, ЗА, А, 2А, В, 1 А]) - около 1 млн.; крупная эпидемия «русского гриппа» (1977-1978 гг.; A/USSR/90/77 (H1N1) [А, А, В, IB, А, 1А, В, 1А]) -около 300 тыс. человек. Современная пандемия «свиного гриппа» (2009-2010 гг.; A/California/07/09 (H1N1) swl [С, D, Е, IB, A, IF, F, 1А]), на конец марта 2010 г., по данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), стала причиной более 17 тыс. смертей, потребовала масштабных затрат и усилий международного сообщества на проведение противоэпидемических мероприятий [14].

Иными словами, потери человеческих жизней от гриппа сравнимы с общими потерями от всех войн в истории человечества. Это и показывает истинную роль данной болезни, даже если не учитывать экономический ущерб от нее.

Тяжелая, быстро распространяющяяся болезнь, вызвавшая высокую смертность кур была впервые описаноа в Италии в 1878 году Перрончито. В 1880 году Риволто и Дельпрато дифференцировали чуму домашней птицы от клинически схожей холеры домашней птицы и дали ей название typhus exudatious gallinarium. В конце 19 века в связи с выставками домашней птицы болезнь распространилась по всей Европе и с 1930 года стала эндемичной у домашней птицы. В 1901 году было установлено, что источником болезни является фильтрующийся вирус, но только в 1955 году он был идентифицирован и классифицирован, как вирус гриппа типа А [142].

В 1941 году [95] Хирст исследовал гемагглютинирующую активность вируса гриппа (ВГ). В 1957 были выявлены штаммы пандемичные для человека, что усилило интерес к изучению возбудителя [103]. В процессе многочисленных исследований было выделено большое количество низкопатогенных вирусов гриппа птиц (ВГП) типа А от различных видов птиц [94, 163]. Было показано, что эти вирусы широко распространены среди птиц, особенно - водоплавающих. Высокопатогенные изоляты ВГ подтипа

Н5 были впервые выявлены у кур в Шотландии [А/СЫскеп/8со1:1апс1/59 (Ы5Ш)] и у крачек в Африке [А/Тет/БоШЬ А1пса/61 (Н5Ш)] [37].

1.2. Распространение высокопатогенного гриппа птиц в мире

За последние несколько десятилетий высокопатогенные вирусы гриппа птиц стали причиной вспышек среди домашней птицы в Австралии (1976 [Н7], 1985 [Н7], 1992 [Н7], 1995 [Н7], 1997 [Н7]) [35, 52, 109, 130], в Англии (1979 [Н7] и 1991 [Н5]) [27, 54], в США (1983-1984 [Н5]) [62], в Ирландии (1983-1984 [Н5]) [110], в Германии (1979 [Н7]) [59], в Мексике (1994-1995 [Н5]) [88, 125], в Пакистане (1995 [Н7]) [130], в Италии (1997 [Н5]), Гонг-Конге (1997, [Н5]) [96], в Италии (1999-2001 [Н7№]), в Нидерландах, Германии, Бельгии (2003 [Н7Ы7]).

С декабря 2003 по февраль 2004 года 8 стран Восточной и Юго-Восточной Азии практически одновременно заявили о вспышках болезни, вызванной вирусом гриппа подтипа Н5Ш[69, 78].

С начала 2005г. случаи выявления ВПГП регистрировали в Китае, Тайланде, Вьетнаме, Гонг Конге, Индонезии и Камбодже [69, 78, 100].

В течение эпизоотии гриппа А в 1996-2007 гг. в Азии была установлена патогенность ВГ подтипа Н5№ для широкого круга диких, в том числе водоплавающих, птиц [74, 91, 100]. Особенно масштабной была вспышка ВПГП Н5Ш в популяции диких водоплавающих птиц озера СИп^а! (северо-запад Китая) [30]. Вирус, генетически близкородственный штаммам с озера СНп§1ш, вызвал вспышки болезни среди диких и домашних птиц в России в 2005-2007гг., а также странах Европы и Африки, что явилось беспрецедентным событием в эпизоотологии. [8, 9, 80, 92].

В период с 2008 по 2010 годы на территории Российской Федерации (РФ) спорадически выявляли изоляты вируса ВПГП/Н5№, генетически отличные от изолятов подгруппы С^п^аь При этом в 2009-2010гг. ВПГП/Н5№ регистрировали только у диких птиц в Республике Тыва. В 2011 году официально не выявлено ни одного случая ВПГП/Н5М1.

Согласно данным OIE в 2008-2011гг. зарегистрированы многочисленные вспышки ВПГП/Н5Ы1, преимущественно, в странах Юго-Восточной Азии. Данные обобщены в табл. 1.

Таблица 1

Вспышки высокопатогенного гриппа подтипа H5N1 среди

домашних и диких птиц в 2008-2011 гг.

Страна/кол-во вспышек Временной отрезок Примечание

2008 2009 2010 2011

Бангладеш (459) + + + + Многочисленные вспышки болезни среди домашней птицы подворий и коммерческих ферм. Преобладают в начале года (первые 4 месяца). Погибло и уничтожено 2162078 птиц

Бутан (5) - - + - Единичные вспышки в частных подворьях

Камбоджа (7) + + + + Единичные вспышки в частных подворьях и коммерческой ферме

Китай (14) + + + + Вспышки среди домашних и диких птиц. Массовая гибель диких птиц в 2009г.

Гонконг (23) + + + + Вспышки среди домашних и диких птиц. Регистрировали единичные случаи гибели синантропных птиц

Индия (80) + + + + Многочисленные вспышки среди домашней птицы в 20082009гг. Всего за отчетный период погибло и уничтожено 5318088 птиц

Япония (77) + - + + Единичные случаи гибели диких птиц, в основном лебедей, в 2008г., 2010г. 23 вспышки среди домашних птиц (коммерческие хозяйства), в которых погибло и уничтожено 1861047 особей в 2011г. Зарегистрировано 46 вспышек (немасштабные, гибель и уничтожение 74 особей) среди диких птиц в 2011г.

Республика Корея (91) + - + + В 2008г. и 2011г. зарегистрировано 89 вспышек среди домашних птиц, в основном в коммерческих

хозяйствах (утки, куры). В эти два года погибло и было уничтожено 2122191 голов птицы. Отмечены единичные случаи гибели диких птиц

Тайланд (4) + - - - Единичные вспышки среди домашних птиц частных подворий и одной фермы

Вьетнам (197) + + + + Многочисленные вспышки среди домашней птицы в основном утки, в меньшей степени - куры). Погибло и вынужденно убито около 200000 голов птицы

Лаос (6) + + + - Единичные вспышки среди домашних птиц

Мьянма (13) - - + + Вспышки домашней птицы в небольших коммерческих хозяйствах

Индонезия (18) - - - + Вспышки среди домашних птиц. Небольшие потери

Непал (12) - + + + Вспышки среди домашних птиц частных подворий

Монголия (4) - + + + Вспышки исключительно среди диких водоплавающих птиц.

Иран (3) - - - + В основном фиксировали случаи домашних уток и гусей

Пакистан (7) + - - - Вспышки домашней птицы

Саудовская Аравия (1) + - - - Единственная вспышка зарегистрирована в 2008г. При этом в конце 2007г. отмечено около 30 вспышек спеди домашней птицы коммерческих ферм. Погибло и уничтожено более 5 миллионов голов.

Израиль (4) - - + + Единичные вспышки среди домашних и диких птиц

Автономная Палестинская территория (1) - - - + Вспышка среди домашних птиц

Россия (4) + + + - Две вспышки среди диких птиц в Р. Тыва на границе с Монголией в 2009-2010гг. Одна вспышка в Дальневосточном Ф О в частном секторе в смешанной популяции домашних птиц

Турция (7) + - - - Вспышки среди домашних птиц (куры) частного сектора

Украина (3) + - - - Вспышки среди домашних и диких птиц

Болгария (1) - - + - Зафиксирована гибель обыкновенного канюка

Германия (2) + + - - Вирус в смешанной популяции домашних птиц (гуси, утки, куры, индейки). Выявлен вирус у кряквы.

Румыния (2) - - + - Дом. птица частных подворий

Швейцария (1) + - - - Выявление вируса у диких уток

Великобритания (2) + - - - Выявление вируса у диких водоплавающих птиц

Египет(87) + - - - В период с 2006 по 2008гг. зарегистрированы многочисленные вспышки (более 1000) среди домашних птиц коммерческих хозяйств и частного сектора (куры и утки). В 2008г. - 87 вспышек. Потери - более 260000 голов птицы. За последние годы - более 10 миллионов.

Нигерия (4) + + - - Вспышки среди домашних птиц

Того (2) + - - - Вспышки среди домашних птиц

В начале 2012 года OIE уведомили о вспышках ВПГП H5N1 представители двух азиатских государств: Гонконга, Индии.

Анализ полученной информации, охватывающий четырехлетний период, указывает на то, что большинство вспышек ВПГП/Н5М1 зарегистрированы на территории юго-восточной части Азии. Особенно неблагополучными странами по данному заболеванию являются: Китай, Гонконг, Бангладеш, Индия, Япония, Республика Корея, Вьетнам. В результате вспышек болезни многие из этих стран понесли серьезный экономический ущерб, погибли и были уничтожены несколько миллионов голов птицы.

В странах Европы спорадически выявляли изоляты высокопатогенного гриппа среди диких и домашних птиц. Однако, согласно информации OIE в 2011 г. не были зафиксированы случаи заболевания ВПГП подтипа H5N1 в европейских странах.

1.3. Классификация и номенклатура вируса гриппа птиц

Семейство Orthomyxoviridae, в настоящее время, включает 5 родов: Influenza A virus (прототип - вирус гриппа A); Influenza В virus (вирус гриппа В); Influenza С virus (вирус гриппа С); Thogotovirus (вирус Тогото); Isavirus (вирус инфекционной анемии лососевых).

Геном вируса гриппа А представлен 8 сегментами РНК негативной полярности:[РВ2, РВ1, РА, Н, NP, N, М, NS]. В настоящее время идентифицированы вирусы гриппа типа А 16 подтипов по гемагглютинину (Н1-Н16) и 9 - по нейраминидазе (N1-N9) [53,70, 115, 119]. У птиц обнаружены вирусы гриппа А всех подтипов по НА и по NA. Из 144 теоретически возможных комбинаций подтипов НА и NA в настоящее время выявлены 115.

Развитие и совершенствование молекулярно-генетических методов исследования, таких как ОТ-ПЦР и секвенирование привело к накоплению большого объема информации о полноразмерных нуклеотидных последовательностей генома, классификация которых позволила выделить отдельные генотипы для каждого сегмента. Для гена РВ2: А-С, E-L (11 генотипов); РВ1: A-I (8 генотипов); РА: А-К (11 генотипов); Н: Hl: A-D (4 генотипа); Н2: A-I (9 генотипов); НЗ: A-D, F (5 генотипов); Н4: А-С (3 генотипа); Н5: А-С, Е-К (10 генотипов); Н6: A-G (7 генотипов); Н7: A-F (6 генотипов); Н8: А (1 генотип); Н9: А-С, E-G, I, J (8 генотипов); НЮ: А-Е (4 генотипа); НИ: А-С (3 генотипа); Н12: А, В (2 генотипа); Н13: А-С (3 генотипа); Н14: А (1 генотип); Н15: А (1 генотип); Н16: А, В, С (3 генотипа). Всего для гена Н показано 70 генотипов. Для гена NP: А-Н (8 генотипов); N: N1: A-L (12 генотипов); N2: A-G (7 генотипов); N3: A-D, F (4 генотипа); N4: А-С (3 генотипа); N5: B-D (3 генотипа); N6: А-Е (5 генотипов); N7: A-G (7 генотипов); N8: А-С (3 генотипа); N9: А, В (2 генотипа). Всего для гена N представлено 46 генотипов. Для гена М: A-G (7 генотипов); NS: подтип Г. А— F (6 генотипов); подтип 2: А, В, D (3 генотипа) (итого для NS: 2 подтипа, 9 генотипов).

В соответствии с международными требованиями для обозначения вируса гриппа типа А используется следующая схема: тип/источник выделения/место выделения/номер изолята/год выделения (например, A/goose/Guangdong/1/96 H5N1) [83, 87].

Как уже отмечено выше, в настоящее время установлено 16 подтипов гемагглютинина (НА) и 9 подтипов нейраминидазы (NA) - поверхностных гликопротеинов ВГПУА [41, 42, 81, 83] и они указываются последними в официальном названии штаммов и изолятов.

Штаммы ВГП существенно различаются по вирулентности. Как правило, подавляющее большинство случаев высокопатогенного гриппа птиц, сопровождаемых высокой смертностью, вызваны вирусом подтипов Н5 и Н7. Однако не все штаммы данных подтипов высоковирулентны и не все штаммы иных подтипов не являются низкопатогенными. Характерно, что тяжесть заболевания, вызванного штаммами вируса, относящимися к подтипам Н5 и Н7, может варьировать в широких пределах: от бессимптомного носительства до болезни с высокой смертностью [21, 22, 23, 30,34, 63, 162].

Согласно руководству МЭБ «Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals» [120] высокопатогенными считаются ВГП соответствующий следующим критериям:

- ВГП значение внутривенного индекса патогенности которого больше чем 1,2 для цыплят 4-8-недельного возраста, или вызывающий гибель 75% цыплят 4-8-недельного возраста, зараженных внутривенно;

- ВГП подтипа Н5 и Н7 с последовательностью аминокислот в сайте расщепления белка гемагглютинина сходной с последовательностью характерной для высокопатогенных вирусов ГП.

1.4. Структура вириона вируса гриппа птиц

Все вирусы гриппа типа А имеют сходное строение [105]. Вирионы плеоморфной формы, сферические (от 80 до 120 нм в диаметре), а также

цилиндрические, однако довольно часто, особенно при изучении свежевыделенных штаммов, обнаруживаются протяженные нитевидные формы. Нуклеокапсид обладает симметрией спирального типа. В процентном соотношении вирион состоит приблизительно из 0,8-1,1% РНК, 70-75% белков, 20-24% липидов и 5-8% углеводов [46, 49]. Отдельные углеводы, в том числе рибоза, содержатся в РНК, а галактоза, манноза, фруктоза и глюкозамин - входят в состав гликопротеинов или гликолипидов вириона [161].

Геном вируса гриппа птиц (ВГП) представлен восьмью сегментами одиночной цепи минус-РНК, состоящей более чем из 13 500 нуклеотидов. Восемь генов (РВ2, РВ1, РА, H, NP, N, M, NS) кодируют 11 вирусных полипептидов: четыре белка полимеразного комплекса (РВ2, РВ1, PB1-F2, РА), гемагглютинин (НА), нуклеопротеин (NP), нейраминидазу (NA), матриксные белки 1 и 2 (Ml, М2), а также неструктурные белки 1 и 2 (NS1, NS2) [105].

На поверхности вириона есть два типа выступов гемагглютининовых и нейраминидазных длиной около 16 нм. Гемагглютининовый - тример, имеет форму стержня [171]; нейраминидазный - тетрамер, имеет грибоподобную форму [48]. Эти два гликопротеина закрепляются в плазматической мембране хозяйской клетки и вирусной суперкапсидной оболочке при помощи участка полипептидной цепи, обогащенной гидрофобными аминокислотами (трансмембранный участок).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Новикова, Мария Викторовна, 2012 год

7. СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Биология вирусов животных/ Ф. Феннер, Б. Мак-Ослен, С. Миме [и др.] //Москва: Мир, 1977. - Т. 1. - 13-331 с.

2. Болезни домашних и сельскохозяйственных птиц: пер. с англ./ под ред. Б. У. Кэлнека, X. Д. Барнса - М., 2003. - С. 672 - 693.

3. В.Н. Сюрин, Р.В. Белоусова, Н.В. Фомина. Ветеринарная вирусология. - 2-е изд. //М. : Колос, 1991. - 376 с. - 619.

4. Вирусные болезни животных / В. Н. Сюрин, А. Я. Самуйленко, Б. В. Соловьёв, Н. В. Фомина. - М.: ВНИИТиБП, 1998. - С. 324-336.

5. Гендон Ю. 3. Пандемия гриппа: предположения и факты // Журн. микробиол. эпидемиол. и иммунологии . - 2008. - №5. - С. 109-118.

6. Говоркова Е.А., Смирнов Ю.А. Молекулярные основы и механизмы адаптации вирусов гриппа к репродукции в легких мышей // Вопр. вирусол. - 2000. - №5. _ с. 4-10.

7. Жданов В.М. Эволюция вирусов. - АМН СССР. - М.: Медицина, 1990. -С.153-167.

8. Изоляты вируса гриппа подтипа H5N1, выделенные от домашней птицы в Курганской области в 2005 году: молекулярно-генетическая характеристика /Киселев О.И., Блинов В.М., Писарева М.М. [и др.] // Мол. Биол. - 2008. - Т.42, №1. - С.78-87.

9. Изоляция и молекулярная характеристика вирусов гриппа A/H5N1, выделенных во время вспышек гриппа у птиц в 2005 г. в европейской части России: выделение штамма вируса с мутацией устойчивости к озельтамивиру /Яцышина С.Б., Шестопалов A.M., Евсеенко В.А. [и др.] // Мол. Ген. Микробиол. Вирусол. - 2008. - № 1. - С. 26-34.

10. Межпопуляционные взаимодействия в системе вирусы гриппа А -животные - человек / Д. К. Львов, С. С. Ямникова, А. Д. Забережный, Т. В. Гребенникова // Вопр. вирусол. - 2005. - № 4. - С. 4-10.

11. Молекулярная характеристика вируса гриппа A/duck/Novosibirsk/02/05 H5N1, выделенного во время эпизоотии 2005 г. в России /Щербакова

Л.О., Колосов С.Н., Шульпин М.И. [и др.] // Труды Федерального центра охраны здоровья животных. - Владимир, 2007. - Т. 5. - С. 94110.

12. Различная рецеиторная специфичность вирусов гриппа уток и кур и ее отражение в составе сиалозидов на хозяйских клетках и муцинах / А.С. Гамбарян, В.П. Маринина, Т.А. Солодарь [и др.] // Вопр. вирусол. -2006. - Т.52, № 4. - С. 24-32.

13. Сюрин В. Н. , Белоусова Р. В., Фомина Н. В. Диагностика вирусных болезней животных: Справочник. -М., 1991. - С. 182- 196.

14. Щелканов М.Ю. Эволюция высоковирулентного вируса гриппа А (H5N1) в экосистемах Северной Евразии (2005-2009 гг.) // Автореферат диссертации - 2010, 52 с.

15. A HI hemagglutinin of a human influenza A virus with a carbohydrate-modulated receptor binding site and an unusual cleavage site /Giinther I., Glatthaar В., Doller G., Garten W. // Virus Res. - 1993. - Vol. 27. - P. 147160.

16. A new influenza virus virulence determinant: the NS1 protein four C-terminal residues modulate pathogenicity / D. Jackson, M.J. Hossain, D. Hickman [et al] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - Vol. 105. - P. 4381-4386.

17. A novel influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death / W. Chen, P. A. Calvo, D. Malide [et al] // Nat. Med. - 2001. - Vol. 7. - P. 13061312.

18. A reverse transcription-PCR for subtyping of the neuraminidase of avian influenza viruses / B.F. Qiu, W.J. Liu, D.X. Peng [et al.] // J. of Virol. Methods - 2009. - Vol. 155.-P. 193-198.

19. Age at infection affects the pathogenicity of asian highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses in ducks / M.J. Pantin-Jackwood, D.L. Suarez, E. Spackman, D.E. Swayne // Virus Research. - 2007. - Vol. 130, N. 1-2. - P. 151-161.

20. Akey B.L. Low-pathogenicity H7N2 avian influenza ity outbreak in Virginia during 2002. // Avian Dis. - 2003. - Vol. 47. - P. 1099-1103.

21. Alexander, D.J. A review of avian influenza in different bird species // Vet. Microbiol. - 2000. - Vol. 74. - P. 3-13.

22. Alexander, D.J. Ecology of avian influenza in domestic birds // Proceedings of the International Symposium on Emergence and Control of Zoonotic Ortho- and Paramyxovirus Diseases. - 2001. - P. 25-34.

23. Alexander D.J., Parsons G., Manvell R.J. Experimental assessment of the pathogenicity of eight avian influenza A viruses of H5 subtype for chickens, turkeys ducks and quail // Avian Pathol. - 1986. - Vol. 15. - P. 647-662.

24. Almond, J. W. A single gene determines the host range of influenza virus // Nature (London). - 1977. - Vol. 270. - P. 617-618.

25. Altered tissue tropism of human-avian reassoitant influenza viruses / V. S. Hinshaw, R. G. Webster, C. W. Naeve, B. R. Murphy // Virology. - 1983. -Vol. 128.-P. 260-263.

26. Amino acid residues contributing to the substrate specificity of the influenza A virus neuraminidase / D. Kobasa, S. Kodihalli, M. Luo [et al.] // J. Virol. -1999.-Vol. 73.-P. 6743-6751.

27. An outbreak of highly pathogenic avian influenza in turkeys in Great Britain in 1991 / D. J. Alexander, S. A. Lister, M. J. Johnson [et al.] // Vet. Rec. -1993.-Vol. 132.-P. 535-536.

28. Apoptosis: a mechanism of cell killing by influenza A and B viruses / V.S. Hinshaw, C.W. Olsen, N. Dybdahl-Sissoko, D. Evans // J. Virol. - 1994. -Vol. 68.-P. 3667-3673.

29. Apoptosis: molecular aspects of cell death and disease / D J. Granville, C.M. Carthy, D.W. Hunt, B.M. McManus // Laboratory Investigation. - 1998. -Vol. 78.-P. 893-913.

30. Avian flu: H5N1 virus outbreak in migratory waterfowl / H. Chen, G.J. Smith, S.Y. Zhang [et al.] // Nature - 2005. - Vol. 436. -P. 191-192.

31. Avian influenza a viruses differ from human viruses by recognition of sialyloligosaccharides and gangliosides and by a higher conservation of the HA receptor-binding site / M. N. Matrosovich, A. S. Gambaryan, S. Teneberg [et al.] // Virology. - 1997. - Vol. 233. - P. 224-234.

32. Avian influenza (H5N1) viruses isolated from humans in Asia in 2004 exhibit increased virulence in mammals / T.R. Maines, X.H. Lu, S.M. Erb [etal.]//J. Virol.-2005.-Vol. 79, № 18.-P. 11788-11800.

33. Avian influenza in Italy 1997-2001 /1. Capua, S. Marangon, M. dalla Pozza [et al.] // Avian Dis. - 2003. - Vol. 47. - P. 839-843.

34. Avian influenza viruses in Korean live poultry markets and their pathogenic potential / Y.K. Choi, S.H. Seo, J.A. Kim [et al.] // Virology. - 2005. - Vol. 332.-P. 529-537.

35. Bashiruddin J. B., Gould A. R., Westbury H. A. Molecular pathotyping of two avian influenza viruses isolated during the Victoria 1976 outbreak // Aust. Vet. J. - 1992. - Vol. 69. - P. 140-142.

36. Baum L. G., Paulson J. C. The N2 neuraminidase of human influenza virus has acquired a substrate specificity complementary to the hemagglutinin receptor specificity // Virology. - 1991. - Vol. 180. - P. 10-15.

37. Becker W. B. The isolation and classification of tern virus: influenza virus A/Tern/South Africa/61 // J. Hyg. - 1966. - Vol. 64. - P. 309-320.

38. Belshe, R.B. The origins of pandemic influenza-lessons from the 1918 virus // N. Engl. J. Med. - 2005. - N 353. - P. 2209-2211.

39. Castrucci M.R., Kawaoka Y. Biologic importance of neuramenidase stalk length in influenza A virus // J. Virol. - 1993. - Vol. 67. - P. 759-764.

40. Characteristics of diagnostic tests used in the 2002 low-pathogenicity avian influenza H7N2 outbreak in Virginia / F. Elvinger, B.L. Akey, D.A. Senne [et al.] // J. Vet. Diagn. Invest. - 2007. - Vol. 19. - P. 341-348.

41. Characterization of a new avian-like influenza A virus from horses in China / Y. Guo, M. Wang, Y. Kawaoka [et al.] // Virology. - 1992. - Vol. 188. - P. 245-255.

42. Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (HI6) obtained from black-headed gulls / R.A. Fouchier, V. Munster, A. Wallensten [et al.] // J. Virol. - 2005. - Vol. 79. - P. 2814-2822.

43. Characterization of avian H5N1 influenza viruses from poultry in Hong Kong / K.F. Shortridge, N.N. Zhou, Y. Guan [et al.] // Virology. - 1998. -Vol. 252, №2.-P. 331-342.

44. Characterization of H5N1 influenza viruses isolated from migratory birds in Qinghai Province of China in 2006 / F. Lei, S. Tang, D. Zhao [et al.] // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51. - P. 568-572.

45. Characterization of temperature sensitive influenza virus mutants defective in neuraminidase / P. Palese, K. Tobita, M. Ueda [et al] // Virology. - 1974. -Vol. 61, №2.-P. 397-410.

46. Choppin P.W. , Compans R.W. The structure of influenza virus // E.D. Kilbourne (ed.). The Influenza Viruses and Influenza. - New York, 1975. -P. 15-47.

47. Clinical, gross, and microscopic findings in different avian species naturally infected during the H7N1 low- and high-pathogenicity avian influenza epidemics in Italy during 1999 and 2000 / F. Mutinelli, I. Capua, C. Terregino, G. Cattoli // Avian Dis. - 2003. - N 47. - P. 844-848.

48. Colman P. M., Laver W. G., Varghese J. N. The three-dimensional structure of a complex of influenza virus neuraminidase and an antibody // Nature (London). - 1987. - Vol. 326. - P. 358-363.

49. Compans R.W., Choppin P.W. Reproduction of mixoviruses // Fraenkel-Conrat H., Wagner R.R., (eds.). Comprehensive Virology. - New York, 1975.-Vol. 4.-P. 179-252.

50. Correlation of pathogenicity and gene constellation of influenza A viruses. 2. Highly neurovirulent recombinants derived from non-neurovirulent or weakly neurovirulent parent virus strains /Scholtissek C., Vallbracht A., Flehmig B., Rott R. // Virology. - 1979. - Vol. 95, № 2. - P. 492-500.

51. Cox N.J., Brammer T.L., Regnery H.L. Influenza: global surveillance for

epidemic and pandemic variants // Eur. J. Epidemiol. - 1994. - N 10. - P. 467-470.

52. Cross G. M. The status of avian influenza in poultry in Australia // Proc. 2nd Int. Symp. on Avian Influenza. - 1987. - P. 96-103.

53. Dalessi S., Hoop R., Engels M. The 2005/2006 avian influenza monitoring of wild birds and commercial poultry in Switzerland // Avian Dis. - 2007. -Vol. 51.-P. 355-358.

54. Deduced amino acid sequences at the haemagglutinin cleavage site of avian influenza A viruses of H5 and H7 subtypes / G. W. Wood, J. W. McCauley, J. B. Bashiruddin, D. J. Alexander // Arch. Virol. - 1993. - Vol. 130. - P. 209-217.

55. Detection of Influenza A Viruses from Different Species by PGR Amplification of Conserved Sequences in the Matrix Gene / R. Fouchier, T. M. Bestebroer, S. Herst [et al.] // J. Clinical. Microbiol. - 2000. - Vol. 38. -P. 4096-4101.

56. Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes / E. Spackman, D. A. Senne, T. J. Myer [et al.] // J. Clinical Microbiol. -2002. -Vol.40, №9.-p. 3256-3260.

57. Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents / A. Das, E. Spackman, D.A. Senne [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - P. 3065-3073.

58. Differences in sialic acid-galactose linkages in the amnion and allantois of chicken eggs influence human influenza virus receptor specificity and varian selection / T. Ito, Y. Suzuki, A. Takada [et al.] // J. Virol. - 1997. - Vol. 71. -P. 3357-3362.

59. Different hemagglutinin cleavage site variants of H7N7 in an influenza outbreak in chickens in Leipzig, Germany / C. Rohm, J. Suss, V. Pohle, R. G. Webster // Virology. - 1996. - Vol. 218. - P. 253-257.

60. Differential sensitivity of human, avian, and equine influenza A viruses to a glycoprotein inhibitor of infection: selection of receptor specific variants / G. N. Rogers, T. J. Pritchett, J. L. Lane, J. C. Paulson // Virology. - 1983. -Vol. 131.-P. 394-408.

61. Easterday B. C., Hinshaw V. S., Halvorson D. A. // Diseases of poultry. -Iowa State University Press, Ames. - P. 583-605.

62. Eckroade R. J., Bachin L. A. S. Avian influenza in Pennsylvania: the beginning // Proc. 2nd Int. Symp. on Avian Influenza. - 1987. - P. 22-32.

63. Ecology and epidemiology of avian influenza in North and South America / D.A. Senne, D.L. Suarez, D.E. Stallnecht [et al.] // Developments in biology. -2006.-Vol. 124. - P. 37-44.

64. Elbers A.R. , Kamps B., Koch G. Performance of gross lesions at postmortem for the detection of outbreaks during the avian influenza A virus (H7N7) epidemic in the Netherlands in 2003 // Avian Pathol. - 2004. - Vol. 33.-P. 418-422.

65. Elbers A.R. , Koch G., Bouma A. Performance of clinical signs in poultry for the detection of outbreaks during the avian influenza A (H7N7) epidemic in The Netherlands in 2003 // Avian Pathol. - 2005. - Vol. 34. - P. 181-187.

66. Ellis J. S., Zambon M. C. Combined PCR-Heteroduplex mobility assay for detection and differentiation of influenza A viruses from different animal spiecies // J. Clin. Microbiol. -2001. - Vol. 39, № 11. - P. 4097-4102.

67. Epidemiology, pathology, and immunohistochemistry of layer hens naturally affected with H5N1 highly pathogenic avian influenza in Japan / H. Nakatani, K. Nakamura, Y. Yamamoto [et al.] // Avian Dis. - 2005. - Vol. 49.-P. 436-441.

68. Establishment of multiple sublineages of H5N1 influenza virus in Asia: implications for pandemic control /Chen H., Smith G.J.D., Li K.S. [et al.] // PNAS. - 2006. - Vol. 103. - P. 2845-2850.

69. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam /Smith G., Naipospos T., Nguyen T. [et al.] // Virology. - 2006. - Vol. 350. - P. 258-268.

70. Evolution and ecology of influenza A viruses / R. G. Webster, W. J. Bean, O. T. Gorman [et al.] // Microbiol. Rev. - 1992. - Vol. 56. - P. 152-179.

71. Evolution of the H3 influenza virus hemagglutinin from human and nonhuman hosts / W. J. Bean, M. Schell, J. Katz [et al.] // J. Virol. - 1992. -Vol. 66.-P. 1129-1138.

72. Evolution of the receptor binding phenotype of influenza A (H5) viruses / A. Gambaryan, A. Tuzikov, G. Pazynina [et al.] // Virology. - 2006. - N 344. -P. 432-438.

73. Expression and analysis of the NS2 protein of influenza A virus / A. C. Ward, L. A. Castelli, A. C. Lucantoni [et al.] // Arch. Virol. - 1995. - Vol. 140. - P. 2067-2073.

74. Feare, C. J. The role of wild birds in the spread of HPAI H5N1 // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51. - P. 440-447.

75. Fereidouni S.R., Harder T.C., Starick E. Rapid pathotyping of recent H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses and of H5 viruses with low pathogenicity by RT-PCR and restriction enzyme cleavage pattern (RECP) // J. Virol. Methods - 2008. - Vol. 154. - P. 14-19.

76. First introduction of highly pathogenic H5N1 avian influenza A viruses in wild and domestic birds in Denmark, Northern Europe /Bragstad K., Jorgensen P.H., Handberg K. [et al.] // J. Virol. - 2007. - Vol. 81. - P. 4352.

77. Garten W. Understanding influenza virus pathogenicity / W. Garten, H.-D. Klenk // Trends Microbiol. - 1999. - Vol. 7. - P. 99-100.

78. Genesis of highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in Eastern Asia /Li K.S., Guan Y., Wang J. [et al.] // Nature. - 2004. -Vol. 430.-P. 209-213.

79. Genetic analyses of H5N1 avian influenza virus in Mongolia, 2009 and its

relationship with those of eastern Asia / H. Kang, D. Batchuluun, M. Kim [et al.] // Vet. Microbiol. - 2010. [Epub ahead of print].

80. Genome analysis linking recent european and african influenza (H5N1) viruses /Salzberg S.L., Kingsford C., Cattoli G. [et al.] // Emerging Infect. Dis.-2007.-Vol. 13.-P. 713-718.

81. Global patterns of influenza A virus in wild birds / B. Olsen, V.J. Munster, A. Wallensten [et al.] // Science. - 2006. - N 31. - P. 2384-2388.

82. Gottschalk A. The specific enzyme of influenza virus and Vibrio cholerae // Biochim. Biophys. Acta. - 1957. - Vol. 23. - P. 645-646.

83. Giirtler, L. Virology of Human Influenza /L. Gurtler. In Behrens G., Gottschalk R., Gurtler L. [et al.] // Influenza Report 2006. Flying Publisher, 2006.-P. 87-91.

84. H5N1 chicken influenza viruses display a high binding affinity for Neu5Acalpha2-3Gaibetal-4(6-HS03)Gic-NAc-containing receptors / A. Gambaryan, G.V. Tuzikov, R.G. Pazynina [et al.] // Virology. - 2004. - Vol. 326.-P. 310-316.

85. H7N1 avian influenza in Italy (1999-2000) in intensively reared chickens and turkeys /1. Capua, F. Mutinelli, S. Marangon, D.J. Alexander // Avian Pathol. - 2000. - Vol. 29. - P. 537-543.

86. Hayden F. WHO guidelines on the use of vaccines and antivirals during influenza //Annex 5-considerations for the use of antivirals during an influenza pandemic.- Geneva. - 2-4 October, 2002

87. Herrler G. , Hausmann J., Klenk H.D. Sialic acid as receptor determinant of ortho- and paramyxoviruses // Rosenberg A. (ed.), Biology of the Sialic Acids/ - New York, 1995. - P. 315-336.

88. Heterogeneity in the haemagglutinin gene and emergence of the highly pathogenic phenotype among recent H5N2 avian influenza viruses from Mexico / M. Garcia, J. M. Crawford, J. W. Latimer E. [et al.] // J. Gen. Virol. - 1996. - Vol. 77. - P. 1493-1504.

89. Highly pathogenic avian influenza (H5N1) in the commercial domestic

ducks of South Korea / Y.K. ICwon, S.J. Joh, M.C. Kim [et al.] // Avian Pathol. - 2005. - Vol. 34. - P. 367-370.

90. Highly pathogenic avian influenza (H7N1) in ostriches farmed in Italy / I. Capua, F. Mutinelli, C. Terregino [et al.] // Vet. Rec. - 2000. - Vol. 146. -N 12.-P. 356.

91. Highly pathogenic H5N1 influenza virus infection in migratory birds / J. Liu, H. Xiao, F. Lei [et al.] // Science. - 2005. -N 309. - P. 1206.

92. Highly pathogenic avian influenza subtype H5N1 in Africa: a comprehensive phyligenetic analysis and molecular characterization of isolates / G. Cattoli, I. Monne, A. Fusaro [et al.] // PLoS. - 2009. - Vol. 4. -P. 1-9.

93. Highly pathogenic avian influenza virus subtype H5N1 in Mute swans in the Czech Republic / A. Nagy, J. Machova, J. Hornickova [et al.] // Vet. Microbiol. - 2007. - Vol. 120. - P. 9-16.

94. Hinshaw V. S., Webster R. G., Turner B. The perpetuation of orthomyxoviruses and paramyxoviruses in Canadian waterfowl // Can. J. Microbiol. - 1980. - Vol. 26. - P. 622-629.

95. Hirst G. K. Agglutination of red cells by allantoic fluid of chick embryos infected with influenza virus // Science - 1941. - Vol. 94. - P. 22-23.

96. Human influenza A H5N1 virus related to a highly pathogenic avian influenza virus / E. J. Claas, A. E. Osterhaus, R. Van Beek J. [et al.] // Lancet. - 1998.-Vol. 351.-P. 472-477.

97. Identification and subtyping of avian influenza viruses by reverse transcription-PCR / M. Lee, P. Chang, J. Shien [et al.] // J. Virol. Methods. -2001.-Vol. 97.-P. 13-22.

98. Influenza A virus lacking the NS1 gene replicates in interferon-deficient systems / A. Garcia-Sastre, A. Egorov, D. Matassov [et al.] // Virology. -1995. - Vol. 252. - P. 324-330.

99. Intersegmental recombination between the haemagglutinin and matrix genes was responsible for the emergence of a highly pathogenic H7N3 avian

influenza virus in British Columbia / J. Pasick, K. Handel, J. Robinson [et al.] // J Gen Virol. - 2005. - Vol. 86. - P. 727-731.

100. Investigation of outbreaks of highly pathogenic H5N1 avian influenza in waterfowl and wild birds in Hong Kong in late 2002 / T. M. Ellis, R. B. Bousfield, L. A. Bissett [et al.] // Avian Pathol. - 2004. - Vol. 33. - P. 492505.

101. Intestinal influenza: replication and characterization of influenza viruses in ducks / R. G. Webster, M. Yakhno, V. S. Hinshaw [et al.] // Virology. -1978.-Vol. 84.-P. 268-278.

102. Is the gene pool of influenza viruses in shorebirds and gulls different from that in wild ducks? / Y. Kawaoka, T.M. Chambers, W.L. Sladen, R.G.Webster // Virology. - 1988. - Vol. 163. - P. 247-250.

103. Kaplan M., Beveridge W. I. WHO coordinated research on the role of animals in influenza epidemiology: introduction // Bull. W. H. O. - 1972. -Vol. 47.-P. 439-448.

104. Kilbourne E.D. Influenza // New York: Plenum Press. - 1987.

105. Lamb R. A., Krug R. M. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication //B.N. Fields, D. M. Knipe, P. M. Howley (ed.), Fields Virology. - 3rd ed. Lippincott-Raven, Philadelphia, Pa, 1996.-P. 1353-1395.

106. Lazarowitz S. G., Choppin P. W. Enhancement of the infectivity of influenza A and B viruses by proteolytic cleavage of the hemagglutinin polypeptide // Virology. - 1975. - Vol. 68. - P. 440-454.

107. Lee C.W., Suarez D.L. Avian influenza virus: prospects for prevention and control by vaccination // Anim. Health. Res. Rev. - 2005. - № 6. - P. 1-15.

108. Li M.L., Rao P., Krug R.M. The active sites of the influenza cap-dependent endonuclease are on different polymerase subunits // EMBO J. - 2001. -Vol. 20. N8.-P. 2078-2086.

109. Molecular analysis of the hemagglutinin genes of Australian H7N7 influenza viruses: role of passerine birds in maintenance or transmission? / A. Nestorowicz, Y. Kawaoka, W. J. Bean, R. G. Webster // Virology. -

1987.-Vol. 160.-P. 411-418.

110. Molecular analysis of the hemagglutinin genes of H5 influenza viruses: origin of a virulent turkey strain / Y. Kawaoka, A. Nestorowicz, D. J. Alexander, R. G. Webster // Virology. - 1987. - Vol. 158. - P. 218-227.

111. Molecular basis for high virulence of Hong Kong H5N1 influenza A viruses /Hatta M., Gao P., Halfmann P., Kawaoka Y. // Science. - 2001. - Vol. 293, № 5536.-P. 1773-1775.

112. Molecular basis for the generation in pigs of influenza A viruses with pandemic potential / T. Ito, J. S. Couceiro, S. Kelm [et al.] // J. Virol. -1998. - Vol. 72. - P. 7367-7373.

113. Molecular mechanisms of variation in influenza viruses / R. G. Webster, W. G. Laver, G. M. Air, G. C. Schild // Nature (London) - 1982. - Vol. 296. -P. 115-121.

114. Mukaigawa J., Nayak D. P. Two signals mediate nuclear localization of influenza virus (A/WSN/33) polymerase basic protein 2 // J. Virol. - 1991. -Vol. 65.-P. 245-253.

115. Murphy B. R., Webster R. G. Orthomyxoviruses // B. N. Fields, D. M. Knipe, P. M. Howley (ed.), Fields Virology. - 3rd ed. Lippincott-Raven, Philadelphia, Pa, 1996.-P. 1397-1445.

116. Nakayama K. Furin: a mammalian subtilisin/Kex2p-like endoprotease involved in processing of a wide variety of precursor proteins // Biochem. J. - 1997. - Vol. 327. - P. 625-635.

117. Nath S. T., Nayak D. P. Function of two discrete regions is required for nuclear localization of polymerase basic protein 1 of A/WSN/33 influenza virus (HIN1) // Mol. Cell. Biol. - 1990. - Vol. 10. - P. 4139-4145.

118. Neurotropism of highly pathogenic avian influenza virus A/chicken/Indonesia/2003 (H5N1) in experimentally infected pigeons (Columbia livia f. domestica) / R. Klopfleisch, O. Werner, E. Mundt [et al] // Vet. Pathol. - 2006. - Vol. 43. - P. 463-470.

119. Observations on the relationship in chickens between the virulence of

some avian influenza viruses and their pathogenicity for various organs / P. T. Hooper, G. W. Russell, P. W. Selleck, W. L. Stanislawek // Avian Dis. -1995.-Vol. 39.-P. 458-464.

120. OIE. Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals. V.l. 6-th ed. Paris, 2008. P.465-481.

121. OIE. Terestrial Animal Health Code. Chapter 10.4. Avian Influenza // Paris. -2010.-P. 608-629.

122. O'Neill R. E., Talon J., Palese P. The influenza virus NEP (NS2 protein) mediates the nuclear export of viral ribonucleoproteins // EMBO J. - 1998. -Vol. 17.-P. 288-296.

123. On the origin of the human influenza virus subtype H2N2 and H3N2 / C Scholtissek, W. Rohde, V. Von Hoyningen, R. Rott // Virology. - 1978. -Vol. 87.-P. 13-20.

124. Origin and evolution of highly pathogenic H5N1 avian influenza in Asia / L.D. Sims, J. Domench, C. Benigno [et al.] // Vet. Rec. - 2005. - Vol. 157. -P. 159-164.

125. Origin and molecular changes associated with emergence of a highly pathogenic H5N2 influenza virus in Mexico / T. Horimoto, E. Rivera, J. Pearson [et al.] // Virology. - 1995. - Vol. 213. - P. 223-230.

126. Outbreaks of low pathogenicity avian influenza in USA / D.A. Halvorson, D.D. Frame, A.J. Friendshuh, D.P. Shaw // Proceedings of the Fourth International Symposium on Avian Influenza, Athens, Georgia. - 1998. - P. 36-46.

127. Pantin-Jackwood M.J., Swayne D.E. Pathobiology of asian highly pathogenic avian influenza H5N1 virus infection in ducks // Avian Dis. -2007.-Vol. 51.-P. 250-259.

128. Pathogenicity of H5N1 influenza A viruses isolated in Vietnam between late 2003 and 2005 / Y. Muramoto, T.Q. Le, L.S. Phuong [et al] // J. Vet. Med. Sci. - 2006. - Vol. 68, № 7. - P. 735-737.

129. Paulson J. C. Interactions of animal viruses with cell surface receptors // M.

Connor (éd.), The receptors. Orlando, 1985. -P. 131-219.

130. Perdue M. L., Garcia M., Senne D. Virulence-associated sequence duplication at the hemagglutinin cleavage site of avian influenza viruses // Virus Res. - 1997. - Vol. 49. - P. 173-186.

131. Perkins L.E., Swayne D.E. Comparative susceptibility of selected avian and mammalian species to a Hong Kong-origin H5N1 high-pathogenicity avian influenza virus // Avian Dis. - 2003. - Vol. 47. - P. 956-967.

132. Perkins L.E., Swayne D.E. Pathogenicity of a Hong Kong-origin H5N1 highly pathogenic avian influenza virus for emus, geese, ducks, and pigeons. // Avian Dis. - 2002. - Vol.46. - P. 53-63.

133. Perpetuation of influenza A viruses in Alaskan waterfowl reservoirs / T. Ito, K. Okazaki, Y. Kawaoka [et al.] // Arch. Virol. - 1995. - Vol. 140. - P. 1163-1172.

134. Programmed ceil death (apoptosis) in human monocytes infected by influenza A virus / H. Fesq, M. Bâcher, M. Nain, D. Gemsa // Immunobiology. - 1994. - Vol. 190. - P. 175-182.

135. Properties and dissemination of H5N1 viruses isolated during an influenza outbreak in migratory waterfowl in Western China /Chen H., Li Y., Shi J. [et al.] // J. Virol. - 2006. - Vol. 80, № 12. - P. 5976-5983.

136. Proteolytic cleavage of influenza virus hemagglutinins: primary structure of the connecting peptide between HA1 and HA2 determines proteolytic cleavability and pathogenicity of avian influenza viruses / F.Bosch, W. Garten, H.D. Klenk, R. Rott // Virology. - 1981. - Vol. 113. - P. 725-735.

137. Rapid molecular subtyping by reverse transcription polymerase chain reaction of the neuraminidase gene of avian influenxa A viruses / S.R. Fereidouni, E. Starick, C. Grund [et al.] // Vet. Microbiol. - 2009. - Vol. 135.-P. 253-260.

138. Reassortants of H5N1 Influenza Viruses Recently Isolated from Aquatic Poultry in Hong Kong SAR / Y. Guan, J.S.M. Peiris, L.L.M. Poon [et al.] //Avian Dis. - 2003. - Vol. 47. - P. 911-913.

139. Receptor specificity in human, avian, and equine H2 and H3 influenza virus isolates / R. J. Connor, Y. Kawaoka, R. G. Webster, J. C. Paulson // Virology. - 1994. - Vol. 205. - P. 17-23.

140. 51'Rogers G. N., B. L. D'Souza Receptor binding properties of human and animal HI influenza virus isolates // Virology. - 1989. - Vol. 173. - P. 317322.

141. Role of quail in the interspecies transmission of H9 influenza A viruses: molecular changes on HA that correspond to adaptation from ducks to chicken / D.R. Perez, W. Lim, J.P. Seiler [et al.] // J. Virol. - 2003. - Vol. 77. - P. 3148-3156.

142. Schafer W. Sero-immunologic studies on incomplete forms of the virus of classical fowl plague (German) // Arch. Exp. Vet. Med. - 1955. - Vol. 9. -P. 218-230.

143. Scholtissek C. V., Koennecke I., Rott R. Host-range recombinants of fowl plague (influenza A) virus // Virology. - 1978. - Vol. 91. - P. 79-85.

144. Shaw M. W., Arden N.H., Maassab H.F. New Aspects of Influenza Viruses // Clinical microbiology reviews. - 1992. - P. 74-92.

145. Sialic acid species as a determinant of the host range of influenza A viruses / Y. Suzuki, T. Ito, T. Suzuki [et al.] // J. Virol. - 2000. - Vol. 74. - P. 1182511831.

146. Skehel J.J., Wiley D.C. Receptor binding and membrane fusion in virus entry: the influenza hemagglutinin // Annu. Rev. Biochem. - 2000. - N 69. -P. 531-569.

147. Specification of receptor-binding phenotypes of influenza virus isolates from different hosts using synthetic sialylglycopolymers: non-egg-adapted human HI and H3 influenza A and influenza B viruses share a common high binding affinity for 6'-sialyl(N-acetyllactosamine) / A. S. Gambaryan, A. B. Tuzikov, V. E. Piskarev [et al.] // Virology. - 1997. - Vol. 232. - P. 345350.

148. Stallknecht E. D. Ecology and epidemiology of avian influenza viruses in wild bird populations: waterfowl, shorebirds, pelicans, cormorants, etc. // Proc. 4th Int. Symp. on Avian Influenza, May 29-31, 1997. - Athens, USA. -P. 61-67.

149. Starick E., Romer-Oberdorfer A., Werner O. Type- and subtype-specific RT-PCR assays for avian influenza A viruses (AIV) // J. Vet. Med. B. -2000.-Vol.47 - P. 295-301.

150. Suarez D.L. Influenza A virus // Avian Influenza / ed. D.E. Swayne. -Ames, Iowa, USA etc., 2008. - Chap. 1. - P. 3-22.

151. Suarez D. L. Molecular diagnostic techniques: Can we identify influenza viruses, differentiate subtypes and determine pathogenicity potential of viruses by RT-PCR? // Proc. Fourth Int. Symp. on Avian Influenza. -Tallahassee, FL, 1998. -P 318-325.

152. Subbarao E. K., London W., Murphy B. R. A single amino acid in the PB2 gene of influenza A virus is a determinant of host range // J. Virol. - 1993. -Vol. 67.-P. 1761-1764.

153. Survey of the hemagglutinin (HA) cleavage site sequence of H5 and H7 avian influenza viruses: amino acid sequence at the HA cleavage site as a marker of pathogenicity potential /Senne D.A., Panigrahy B., Kawaoka Y. [et al.] // Avian Dis. - 1996. - Vol. 40. - P. 425-437

154. Suzuki, Y. Gangliosides as influenza virus receptors. Variation of influenza viruses and their recognition of the receptor sialo-sugar chains // Prog. Lipid Res. - 1994. - Vol. 33. - P. 429-457.

155. Swayne D.E. Avian influenza vaccine strategies // Proc. 32nd National Meeting on Poultry Health and Processing (S. Klopp, ed.), 14-16 Oct. 1997, Ocean City, Maryland. Delmarva Poultry Industry. - Ocean City, Maryland, 1997.-P. 115-121.

156. Swayne D.E. Pathobiology of H5N2 Mexican avian influenza viruses for chickens // Vet. Pathol. - 1997. - Vol. 34. - P. 557-567.

157. Swayne D.E., Senne D.A., Beard C.W. Influenza // In: Isolation and

Identification of Avian Pathogens, Fourth Edition, Swayne D.E., Glisson J.R., Jackwood M.W., Pearson J.E. eds. Kennett Square, Pennsylvania, USA, 1998.-P. 150-155.

158. Swayne D.E., Suarez D.L. Highly pathogenic avian influenza // Rev. Sci. Tech. - 2000. - N 19. - P. 463-468.

159. The avian influenza virus nucleoprotein gene and a specific constellation of avian and human virus polymerase genes each specify attenuation of avian/human influenza A/Pintail/79 reassortant viruses from monkeys / M. H. Snyder, A. J. Buckler-White, W. T. London [et al.] // J. Virol. - 1987. -Vol. 61.-P. 2857-2863.

160. The B allele of the NS gene of avian influenza viruses, but not the A allele, attenuates a human influenza A virus for squirrel monkeys / J. J. Treanor, M. H. Snyder, W. T. London, B. R. Murphy // Virology. - 1989. - Vol. 171. -

T» rv

r. i-y.

161. The characterization of influenza A viruses by carbohydrate analysis / H.D. Klenk, W. Keil, H. Niemann [et al.] // Curr. Top. Microbiol. Immunol. -1983. - Vol. 104.-P. 247-257.

162. The evolution of H5N1 influenza viruses in ducks in southern China / H. Chen, G. Deng, Z. Li [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2004. - Vol. 101.-P. 10452-10457.

163. Type-A influenza viruses isolated from wild free-flying ducks in California / R. D. Slemons, D. C. Johnson, J. S. Osborn, F. Hayes // Avian Dis. - 1974. -Vol. 18.-P. 119-125.

164. Validated H5 Eurasian real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction and its application in H5N1 outbreaks in 2005-2006 / M.J. Slomka, T. Pavlidis, J. Banks [et al.] // Avian Dis. - 2007. - Vol. 51. - P. 373-377.

165. Wagner R., Matrosovich M., Klenk H.D. Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections // Rev. Med. Virol. - 2002. - Vol. 12.-P. 159-166.

166. Wang P., Palese P., O'Neill R. E. The NPI-l/NPI-3 (Karyopherin a) binding site on the influenza A virus nucleoprotein NP is a nonconventional nuclear localization signal //J. Virol. - 1990. - Vol. 71. - P. 1850-1856.

167. Webster R.G., Hulse D.J. Microbial adaptation and change: avian influenza // Rev. Sci. Tech. - 2004. - N 23. - P. 453-465.

168. Webster R.G., Reay P.A., Laver W.G. Protection against lethal influenza with neuraminidase // Virology. - 1988. - Vol. 164. - P. 230-237.

169. White J., Kartenbeck J., Helenius A. Membrane fusion activity of influenza virus // EMBO J. - 1982. - Vol. 1. - P. 217-222.

170. Wild ducks are the reservoir for only a limited number of influenza A-subtypes / G. B. Sharp, Y. Kawaoka, S. M. Wright [et al.] // Epidemiol. Inject. - 1993.-Vol. 110.-P. 161-176.

171. Wilson I. A., Skehel J. J., Wiley D. C. Structure of the haemagglutinin membrane glycoprotein of influenza virus at 3A resolution /'/' Nature (London). - 1981. - Vol. 289. - P. 366-373.

172. Zebedee S. L., Lamb R. A. Influenza A virus M2 protein: monoclonal antibody restriction of virus growth and detection of M2 in virions // J. Virol. - 1988. - Vol. 62. - P. 2762-2772.