Разработка системы типирования генов HLA I и II классов на уровне высокого разрешения методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.03.03, кандидат наук Янкевич Татьяна

• Янкевич Татьяна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Янкевич Татьяна

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Цель исследования

Задачи исследования

Научная новизна

Научно-практическая значимость

Объем и структура диссертации

ГЛАВА1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Главный комплекс гистосовместимости человека

1.2 Полиморфизм системы HLA

1.3 Номенклатура системы HLA

1.4. Клиническая значимость HLA

1.4.1 Трансплантология

1.4.2 Популяционные исследования

1.4.3 HLA и болезни

1.4.4 HLA и репродукция

1.5 Методы исследования HLA

1.5.1 Серологическое типирование

1.5.2 Методы, основанные на ПЦР

1.5.2.1 SSP-ПЦР

1.5.2.2 SSO-ПЦР

1.5.2.3 ЯТ-ПИР

1.5.3 Методы секвенирования

1.5.3.1 Секвенирование по Сэнгеру

1.5.3.2 Высокопроизводительное секвенирование

1.5.3.2.1 Этапы высокопроизводительного секвенирования

1.5.3.2.2 Технологические платформы N08

1.5.3.2.3 Подготовка библиотек для N08

1.5.3.2.4 Фрагментация ДНК

1.5.3.2.5 Присоединение адаптеров

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Материалы и оборудование

2.1.1 Дизайн и синтез олигонуклеотидных праймеров

2.1.2 Растворы

2.1.3 Ферменты

2.1.4 Оборудование

2.2 Методы исследования

2.2.1 Выделение ДНК

2.2.2 Амплификация

2.2.3 Оценка ампликонов

2.2.4 Лигирование

2.2.5 Промежуточная очистка и отбор продуктов нужной длины

2.2.6 Дополнительная амплификация

2.2.7 Финальная очистка и отбор продуктов нужной длины

2.2.8 Оценка качества и количества библиотеки

2.2.9 Эмульсионная ПЦР

2.2.10 Секвенирование

2.2.11 Биоинформатический анализ данных

2.2.12 Характеристика контрольных групп

2.2.13 Статистический анализ

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 Выбор требований к Н^А-генотипированию

3.2 Разработка системы типирования генов Н^А

3.2.1 Разработка лабораторного протокола

3.2.2 Разработка алгоритма программного обеспечения

3.3 Валидация системы

3.4 Определение аналитических и диагностических характеристик

3.5 Апробация системы

3.6 Исследование полиморфизм генов Н^А

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Обсуждение выбора разработки

4.1.1 Выбор этапов разработки

4.1.2 Выбор способа присоединения адаптеров

4.1.5 Выбор праймеров

4.1.6 Выбор адаптеров

4.2 Обсуждение полученных данных о полиморфизме системы Н^А

4.3 Заключение

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка системы типирования генов HLA I и II классов на уровне высокого разрешения методом высокопроизводительного секвенирования (NGS)»

Актуальность темы исследования

Гены главного комплекса тканевой совместимости (МНС - Major Histocompatibility Complex) были открыты Питером Горером и Джорджем Снеллом в 40-х годах прошлого века. На основании проведенных экспериментов было сделано предположение о существовании значительного по размеру комплекса генов, от которого больше, чем от других генов, зависит скорость отторжения трансплантата [220].

В 1974 году Цинкернагель и Дохерти опубликовали в журнале «Nature» статью, в которой описали феномен, впоследствии названный двойным распознаванием или МНС-рестрикцией Т-лимфоцитов (МНС-restricted Т cells) [242]. Последующие многочисленные исследования доказали роль системы HLA в развитии различных иммуноопосредованных заболеваний: аутоиммунных, инфекционных и онкологических.

В 1977 году Сэнгер предложил усовершенствованную технологию определения последовательности ДНК, основанный на использовании ДНК-полимеразы и радиоактивно меченных нуклеотидов, создав метод дезокситерминаторов (в последствии получивший название «метод Сэнгера») [213]. С момента своего открытия и по настоящее время метод определения нуклеотидной последовательности ДНК по Сэнгеру и его различные модификации являются золотым стандартом в области секвенирования ДНК и широко используются для HLA-генотипирования. Однако высокая дороговизна и трудоемкость метода не позволяет использовать его для массовых исследований популяционного полиморфизма.

Огромный прорыв в исследовании системы HLA произошел после проведения в 1983 году Кэри Муллисом экспериментов по разработке полимеразной цепной реакции (ПЦР) и начала использования термостабильной Taq-полимеразы [186]. На основе ПЦР стали развиваться новые технологии HLA-генотипирования, которые стали широко

использоваться исследователями системы HLA. В результате этих исследований стала быстро набираться информации о полиморфизме и клинической значимости генов HLA.

В 1988 году Джоном Гольдманом (Великобритания), Э. Доннеллом Томасом (США) и Джоном Дж. ван Рудом (Нидерланды) было инициировано создание Международной ассоциации доноров косного мозга (WMDA - The World Marrow Donor Association). С тех пор WMDA стала общемировой: в нее входят 210 банков крови из 58 стран мира. Общее число доноров, информация о которых содержится в базе данных Международной ассоциации доноров костного мозга, по данным на 26 декабря 2018 г. составляет 34 163 600 (https://statistics.wmda.info/). В то же время лишь двое из трех потенциальных реципиентов, обратившихся в WMDA, находят подходящего для себя донора. И лишь 30% из числа подходящих доноров полностью совпадают с реципиентом по HLA-генам на уровне аллелей.

Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток является одним из наиболее эффективных методов лечения многих гематологических, онкологических, аутоиммунных и наследственных заболеваний у детей и взрослых, а во многих случаях - единственным методом, позволяющим спасти жизнь больного. Одним из самых важных факторов, определяющих успех трансплантации, является совместимость донора и реципиента по генам системы HLA. При отсутствии у больного HLA-идентичного родственного донора применяется трансплантация гемопоэтических стволовых клеток от неродственного донора, совместимого по HLA-системе [1, 6, 38].

Ориентировочная потребность в аллогенных трансплантациях для России составляет около 3000 в год [13, 14], однако реально проводится значительно меньше, что связано как с отсутствием достаточного по величине и разнообразию Национального регистра, так и, вероятно, с недостаточным числом трансплантационных центров.

До недавнего времени в России не существовало национального регистра доноров костного мозга. Были лишь отдельные лаборатории самостоятельно типировавшие доноров стволовых клеток, информация о которых хранилась в пределах самой лаборатории. Пациентам, нуждавшимся в трансплантации костного мозга, приходилось обращаться в различные международные регистры. Однако, так как для системы Н^А свойственен выраженный популяционный полиморфизм, зачастую доноров подобрать не удавалось [6, 13, 14].

В 2013 г. Первым Санкт-Петербургским государственным медицинским университетом имени академика И.П. Павлова в подведомственном ему НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии имени Р.М. Горбачевой совместно с Русфондом был организована единая национальная база данных, объединившая 1 6 региональных регистров России. Количество типированных доноров, включенных в базу данных, составляет 89 919человек (данные на 30 ноября 2018 г.). Из них 8 483 потенциальных донора типированы на уровне высокого разрешения и 81 429 потенциальных доноров типированы на уровне низкого разрешения (https://rdkm.rusfond.ru/rsgistr ^001).

Количество потенциальных доноров, включенных в регистр, и количество выполненных пересадок для такой большой и многонациональной страны как Россия, является недостаточным. С учетом потребностей России в аллогенных трансплантациях регистр доноров костного мозга необходимо развивать [13, 14].

Также система Н^А играет ведущую роль в развитии адаптивного иммунного ответа. Уникальное разнообразие генов Н^А - результат естественного отбора, следствием которого является неравномерное распределение генов системы Н^А в разных популяциях.

Известны положительные и отрицательные ассоциации генов Н^А с развитием аутоиммунных заболеваний (сахарный диабет 1 типа, ревматоидный артрит, анкилозирующий спондилит, целиакия и др.), инфекционных заболеваний (лепра, туберкулез, гепатит В и С и др.) и

чувствительность к некоторым лекарственным препаратам (абакавир), которые имеют популяционные особенности [12, 30, 36, 39, 40, 41].

До недавнего времени в рутинной практике типирования HLA использовались достаточно простые методы, имеющие ограничения по степени разрешения получаемых результатов и сложные дорогостоящие методы, позволяющие типировать на уровне высокого разрешения. В 2005 году были разработаны технологии высокопроизводительного секвенирования (англ. Next Generation Sequencing, NGS), которые позволили значительно увеличить производительность и скорость прочтения любых последовательностей ДНК до миллиардов пар оснований и существенно снизить стоимость процесса секвенирования [37]. Внедрение метода NGS позволяет просто, быстро и надежно типировать гены HLA на уровне высокого разрешения.

Цель исследования

Разработать систему для типирования генов HLA I и II классов (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1, DRB3/4/5) на уровне высокого разрешения методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) для повышения эффективности подбора доноров костного мозга и последующей трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, расширения популяционного состава национального регистра доноров костного мозга, проведения клинических исследований в области популяционной иммуногенетики и связи системы HLA c различными иммуноопосредованными заболеваниями.

Задачи исследования

1. Выбрать и обосновать требования к HLA-генотипированию по количеству генов и уровню разрешения для создания системы типирования генов HLA I и II классов на основе метода высокопроизводительного секвенирования (NGS), необходимые при типировании потенциальных

доноров в соответствия с отечественными и международными требованиями к НЬА-типированию для трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.

2. Разработать систему типирования генов НЬА I и II классов на основе метода высокопроизводительного секвенирования (NGS), соответствующей международным требованиям для пересадок гемопоэтических стволовых клеток, включая разработку специфичных праймеров, подбор реагентов и модификацию стандартного протокола для приготовления «библиотек», разработку алгоритма определения генотипа на уровне высокого разрешения по данным секвенирования.

3. Валидировать разработанную систему на международной панели контрольных образцов ДНК с помощью международной панели контрольных образцов ДНК.

4. Определить аналитические и диагностические характеристики для последующей государственной регистрации системы в качестве медицинского изделия в Росздравнадзоре в качестве медицинского изделия для «т vitш»-диагностики.

5. Апробировать разработанную систему с помощью коллекций ФГБУ «ГНЦ Института иммунологии» ФМБА России (русских из г. Архангельска, удмуртов и доноров первичной кроводачи из г. Москвы), ранее охарактеризованных по системе НЬА на уровне низкого разрешения.

6. Исследовать распределения аллельных вариантов генов НЬА-А, НЬА-В, НЬА-С, НЬА-ОКВ1, НЬА-О0В1, НЬА-ОРВ1, их 6-локусных гаплотипов и провести сравнительный анализ распределения частот НЬА-генов и гаплотипов в популяционных группах русских из г. Архангельска и удмуртов, а также у доноров первичной кроводачи из г. Москвы.

Научная новизна

Впервые обоснована необходимость типирования девяти генов (НЬА-А, НЬА-В, НЬА-С, НЬА-ОКВ1, НЬА-О0В1, НЬА-ОРВ1, БЯВ3/4/5) для

повышения эффективности подбора доноров костного мозга и последующей трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.

Впервые разработана отечественная система для типирования девяти генов HLA I и II классов (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1, DRB3/4/5) на уровне высокого разрешения методом высокопроизводительного секвенирования, для которой получены аналитические и диагностические характеристики, необходимые для регистрации системы в качестве медицинского изделия для «in vitro»-диагностики и которая была валидирована на международной панели образцов ДНК в рамках участия во внешнем контроле качества (External Proficiency Testing CET2011-2017).

Впервые разработано отечественное программное обеспечение, основанное на оригинальном алгоритме расчета результатов NGS с выдачей HLA-генотипа на уровне высокого разрешения.

Впервые установлены частоты шести генов HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1 на уровне высокого разрешения в популяционных группах русских из г. Архангельска, удмуртов и доноров первичной кроводачи из г. Москвы.

Впервые установлены шестилокусные гаплотипы HLA-A - HLA-B - HLA-C -HLA-DRB1 - HLA-DQB1 - HLA-DPB1 на уровне высокого разрешения для популяций русских из г. Архангельск, удмуртов и группы доноров первичной кроводачи из г. Москвы.

Впервые проведен сравнительный анализ распределения частот HLA-генов и гаплотипов в популяционных группах русских из г. Архангельска, удмуртов и доноров первичной кроводачи из г. Москвы.

Научно-практическая значимость исследования

Впервые разработана отечественная система типирования девяти генов HLA I и II классов (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1, DRB3/4/5) на уровне высокого разрешения методом NGS для

повышения эффективности подбора доноров костного мозга и последующей трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, расширения состава национального регистра доноров костного мозга.

Система для типирования генов НЬА I и II классов на уровне высокого разрешения может быть использована при типировании потенциальных доноров для включения в национальный регистр доноров костного мозга в соответствии с международными требованиями и типировании гистосовместимых пар донор-реципиент при пересадках гемопоэтических стволовых клеток на уровне, соответствующим международным требованиям.

На основе полученных данных о различиях в распределении частот шести генов ^А-А, ИЬА-Б, ИЬА-С, ИЬА-ОКБ1, ИЬА-О0Б1 ИЬА^РВ1 и их шестилокусных гаплотипов на уровне высокого разрешения у представителей популяционных групп русских из г. Архангельска, удмуртов и доноров первичной кроводачи из г. Москвы созданы практические рекомендации по расширению состава национального регистра доноров костного мозга с целью повышения эффективности подбора доноров стволовых гемопоэтических клеток для пациентов, которым требуется такой вид лечения.

Полученные данные о распределении частот шести генов НЬА-А, ИЬА-Б, ИЬА-С, ИЬА-ОКБ1, ИЬА-О0Б1, ИЬА-ОРБ1 и их шестилокусных гаплотипов на уровне высокого разрешения в популяционных группах русских из г. Архангельска и удмуртов имеют значение для фундаментальных исследований процессов формирования различных этносов в результате миграционных процессов, связанных с различными социальными и биологическими факторами естественного отбора.

Впервые установлены шестилокусные гаплотипы ИЬА-А - ИЬА-Б - ИЬА-С - ИЬА-ШБ1 - ИЬА-ООШ - HLA-DPB1, являющиеся специфичными для популяций русских из г. Архангельск и удмуртов, что определяет значимость

полученных данных для будущих сравнительных исследований популяционного полиморфизма генов иммунного ответа.

Полученные данные о распределении частот шести генов НЬА-А, НЬА-В, НЬА-С, НЬА-ОКВ1, НЬА-Б0В1 НЬА-БРВ1 и их шестилокусных гаплотипов на уровне высокого разрешения могут быть использованы как контрольные данные для последующих исследований связи генов системы HLA с наследственной предрасположенностью и устойчивостью к иммуноопосредованным заболеваниям, таким как инфекционные, онкологические, аутоиммунные, аллергические, а также могут способствовать пониманию функционирования иммунной системы, ее эволюции и естественному отбору по генам иммунной системы.

Разработанная система валидирована на международной панели образцов с известным НЬА-генотипом. Получены все аналитические и диагностические характеристики, необходимые для государственной регистрации системы в качестве медицинского изделия для «т уйго»-диагностики. Подготовлен пакет документов, необходимых для регистрации системы НЬА-типирования в качестве медицинского изделия в Росздравнадзоре.

Объем и структура диссертации

Диссертация изложена на 1 48 страницах машинописного текста, содержит 13 таблиц, 30 рисунков. Диссертация включает главы: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты исследований», «Обсуждение результатов», «Выводы», «Список литературы». Библиография включает 242 источника, в том числе 56 отечественных и 188 зарубежных.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Главный комплекс гистосовместимости человека

Гомологичный комплекс локусов человека впервые был идентифицирован в 1957 году J.Dausset. Произошло в исследованиях реактивности антител из крови людей, перенесших трансплантации, или многорожавших женщин с лейкоцитами из крови других людей. Поэтому комплекс был обозначен HLA (от Human leukocyte antigen).

Гены главного комплекса гистосовместимости компактно расположен на коротком плече 6-й аутосомной хромосомы и занимает чуть боле 3500 kb (3,5х106 пар оснований) (рисунок 1). Является одним из самых сложных и полиморфных регионов в геноме человека [227].

Human chromosome 6(171 million bp)

lupus-susceptibility-genes of figl 228116375)

Выделяют 3 класса генов ИЬА — I, II и III. В отторжении несовместимых трансплантатов и презентации антигена Т-клеткам участвуют продукты генов классов I и II, расположенные соответственно в 3'- и 5'-частях области.

Гены НЬА I класса наиболее удалены от центромеры, отличаются очень высоким полиморфизмом и кодируют синтез молекул НЬА класса I, участвующих в иммунном ответе представляя антиген цитотоксическим Т-клеткам. В дополнение к «классическим» генам НЬА-А, ИЬА-Б, ИЬА-С к первому классу относят «неклассические» гены НЬА-Б, ИЬА-Б, ИЬА^, а также псевдогены ^А-И, ИЬА-1, ИЬА-К, ИЬА-Ь, ИЬА-К, ИЬА-Р, ИЬА-Б, ИЬА-Т, ИЬА-и, ИЬА-У, ИЬА-1^, ИЬА-Х, ИЬА-У (рисунок 2).

Гены НЬА II класса расположены наиболее близко к центромере являются менее полиморфными, чем гены НЬА I и кодируют синтез молекул НЬА класса II, участвующих в иммунном ответе представляя антиген Т-хелперам. Область ИЬА II класса содержит три локуса — БЯ, Эр, ЭР, каждый из которых содержит переменное количество а- и Р-цепей генов. Таким образом регион ИЬА II класса состоит из локусов ИЬА-ОКА, ИЬА-ОЯБ, ИЬА-О0А1, ИЬА-О0Б1, ИЬА-ЭРА1, ИЬА-БРА2, ИЬА-ЭРБ1, ИЬА-БРБ2, ИЬА-БМА, ИЬА-БМБ, ИЬА-ЭОА, ИЬА-ЭОБ, самый полиморфный из которых ИЬА-ОКБ в свою очередь состоит из генов ИЬА-ОКБ1, ИЬА-ОЯБЗ, ИЬА-ОКБ4, ИЬА-БКБ5 и псевдогенов ИЬА-ОКБ2, ИЬА-БКБб, ИЬА-БКБ7, ИЬА-ОКБ8, ИЬА-БКБ9.

Рисунок 2. Схема расположения генов в НЬА регионе (Источник: http://hla.alleles.org/alleles/index.html)

В регионе между НЬА I и НЬА II класса расположены гены класса III, не причастные к молекулам гистосовместимости и осуществляемой ими презентации, которые кодируют молекулы врожденного иммунитета (компоненты комплемента С2, С4, ФНО, лимфотоксин, фактор В, вовлекаемый в альтернативный путь активации комплемента, белки теплового шока и др.) [34, 45, 49, 56, 156].

Молекулы НЬА I класса представляют из себя трансмембранные гетеродимеры (рисунок 3). Каждый локус НЬА I класса кодирует полипептидную цепь, обозначаемую а, с молекулярной массой около 45 кДа, состоящую примерно из 325 аминокислот. Цепь а имеет 3 внеклеточных домена (а1, а2, а3), трансмембранный участок, состоящий из 25 аминокислот, и цитоплазматический участок, состоящий из 30 аминокислот.

С внеклеточными а3-доменом нековалентно связана легкая неполиморфная полипептидная цепь с молекулярной массой порядка 12 кДа, называемая р2-микроглобулином, не имеющая трансмембранного участка. Гены, кодирующие микроглобулин р2, не сцепленным с МНС и располагаются на 15 хромосоме. Домены а1 и а2 образуют щель размером около 2,5 нм. Это углубление называется антигенпрезентирующей или пептидсвязывающей бороздкой (щелью), в которой располагается пептид-антиген, предназначенный для распознавания цитотоксическими Т-клетками [34, 45, 49, 56, 156].

Молекулы ИЬА I классы связывают пептиды длиной 8—10 аминокислот, фиксируя пептид по обоим концам молекулы — С- и N конца. Молекулы ИЬА разных аллельных вариантов связывают пептиды с определенными аминокислотами в якорных позициях: это первая С-концевая аминокислота, 2-я или 5-я с Оконца. Важно, что каждый конкретный аллельный вариант молекулы ИЬА связывает пептиды с данными, а не другими якорными аминокислотами. Другой аллельный вариант МНС имеет химическое сродство к иным якорным остаткам аминокислот [34, 45, 49, 56, 156].

Молекулы ИЬА II класса представляют из себя антипараллельные гетеродимеры из двух трансмембранных гликопротеинов: а-цепи с молекулярной массой 34 кДа и Р-цепи с молекулярной массой 29 кДа. Внеклеточная часть каждой цепи имеет два домена. Антигенпрезентирующую бороздку формируют а1 и р1-домены. В отличие от пептидсвязывающей бороздки ИЬА I класса бороздка ИЬА II класса открыта с обеих сторон, что позволяет связывать более длинные пептиды, чем в случае ИЬА-!, — до 30 аминокислот (как правило 13—17 аминокислот). Якорные аминокислоты для большинства изученных аллельных вариантов ИЬА II класса находятся в 1-й, 4-й, 6-й и 9-й позициях [34, 45, 49, 56, 156].

Рисунок 3. Структуры молекул HLA I и HLA II классов. Молекулы HLA класса I состоят из тяжелой цепи, образованной тремя полипептидными доменами (al, а2, а3) и нековалентно связанной легкой цепи, ß2 -микроглобулина. Молекулы HLA класса II являются гетеродимерами a и ß-цепей с очень сходной с HLA класса I общей структурой и связывающей пептид поверхностью. (Источник: http ://what-when-how.com/ acp-medicine/adaptive-immunity-histocompatibility-antigens-and-immune-response-genes-part-1/)

Таким образом, все молекулы НЬА содержат 2 примембранных домена и 2 дистальных домена. Дистальные домены в молекулах НЬА I класса образованы одной цепью (а), а в молекулах НЬА II класса — разными цепями (а и в). Именно эти дистальные домены молекул НЬА связывают пептид-антиген и играют ключевую роль в формировании лиганда TCR [34, 45, 49, 56, 156].

Молекулы НЬА I класса экспрессируются на всех ядросодержащих клетках организма и связывают эндогенные пептиды, транспортируемые в эндоплазматический ретикулум (место синтеза МНС) из цитозоля. Таким образом, молекулы НЬА I класса презентируют антиген для Т-клеточного

рецептора (TCR) на CD8+ цитотоксических Т-клетках, обладающих сродством к молекулам HLA I класса (но не к антигенному пептиду) [34, 45, 49, 56, 156].

Также молекулы HLA I класса играют важную роль при взаимодействии с KIR (киллер-ингибирующими рецепторами), экспрессируемыми на NK-клетках. Молекулы HLA I класса, взаимодействуя с KIR-рецепторами, тормозят активность естественных киллеров [34, 45, 49, 56, 156].

Молекулы HLA II класса экспрессируются только на антигенпрезентирующих клетках (В-клетки, дендритные клетки, макрофаги) и связывают пептиды экзогенного происхождения, попадающие в клетку в результате эндоцитоза, и презентируют антиген для Т-клеточного рецептора (TCR) на CD4+ Т-хелперах, обладающих сродством к молекулам HLA II класса [34, 45, 49, 56, 156].

Из всего вышеизложенного важно, что каждый конкретный аллельный вариант молекулы HLA связывает определенные пептиды с определенными якорными аминокислотами. Другой аллельный вариант HLA связывает иные пептиды с иным якорным аминокислотами. Поэтому учитывая высокую полиморфность, полигенность и кодоминантность системы HLA можно предположить, что вся человеческая популяция в целом представлена индивидуумами, презентируюшими пептиды необычайно огромного спектра [34, 45, 49, 56, 156].

1.2. Полиморфизм системы HLA

Классические гены HLA I и II класса HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1 и HLA-DPB1 являются наиболее полиморфными локусами из числа известных на сегодняшний день полиморфных генов у человека. Все чаще в научных исследованиях генов HLA используются методы высокоразрешающих методов HLA-типирования, следствием чего является открытие новых аллелей и увеличению общего количества

известных аллелей. Так, в настоящее время общее количество аллелей в локусах HLA I и II классов составляет 18 771 (данные на июнь 2018). С каждым днем эта цифра неуклонно растет (рисунок 4).

Рисунок 4. График, показывающий количество известных аллелей, с 1987 до сентября 2018 года. (Источник: http://hla.alleles.org/nomenclatuie/index.html)

На данный момент база данных содержит следующую информацию о генах, их аллелях, кодируемых ими протеинах и неэкспрессируемых аллелях (таблица 1).

Таблица 1. Количество известных аллелей всех HLA-генов, включая аллели, которых описаны, но их последовательности остаются конфиденциальными. Источник: http://hla.alleles.org/nomenclature/stats.html. Обновлено в сентябре 2018.

Количество HLA аллелей

Аллели НЬА I класса 14 800

Аллели НЬА II класса 5 288

Всего НЬА аллелей 20 088

Другие не НЬА аллели 184

Конфиденциальные аллели 3

HLA I класс

Гены A B C E F G

Аллели 4 638 5 590 4 374 27 31 61

Белки 3 172 3 923 2 920 8 6 19

Нулевые 224 169 171 1 0 3

HLA I класс — псевдогены

Гены H J K L N P

Аллели 12 9 6 5 5 5

Белки 0 0 0 0 0 0

Нулевые 0 0 0 0 0 0

HLA I класс — псевдогены

Гены S T U V W Y

Аллели 7 8 5 3 11 3

Белки 0 0 0 0 0 0

Нулевые 0 0 0 0 0 0

HLA II класс

Гены DRA DRB DQA1 DQB1 DPA1 DPA2

Аллели 7 2 639 100 1 316 73 5

Белки 2 1 908 36 878 32 2

Нулевые 0 84 4 35 0 0

НЬА II класс

Гены БРБ1 БРБ2 DMA DMB DOA DOB

Аллели 1 097 6 7 13 12 13

Белки 728 3 4 7 3 5

Нулевые 34 0 0 0 1 0

НЬА II класс — БЯВ аллели

Гены БКБ1 DRB2 DRB3 DRB4 DRB5

Аллели 2 300 1 175 83 68

Белки 1 644 0 142 63 59

Нулевые 62 0 7 11 4

НЬА II класс — БЯВ аллели

Гены БИБб DRB7 DRB8 DRB9

Аллели 3 2 1 6

Белки 0 0 0 0

Нулевые 0 0 0 0

Другие не НЬА аллели

Гены ИРЕ MICA MICB TAP1 TЛP2

Аллели 6 107 47 12 12

Белки 4 82 30 6 5

Нулевые 0 2 2 1 0

1.3 Номенклатура системы ИЬЛ

Такое многообразие аллельных вариантов генов НЬА, наиболее полиморфными из которых являются классические гены НЬА I класса: НЬА-А, НЬА-В, НЬА-С и НЬА II класса: БКБ1, БОЫ, БРВ1, утяжеляет номенклатуру генов НЬА. Номенклатурой системы НЬА занимается

Номенклатурный Комитет Всемирной Организации Здравоохранения по факторам системы HLA, который присваивает наименования новым открытым аллелям. Комитет регулярно публикует список новых аллелей и их последовательности, а также ошибки и уточнения по ранее опубликованным аллелям и их сиквенсам в таких журналах как Tissue Antigens, Human Immunology и International Journal of Immunogenetics, а также на веб-ресурсе номенклатурного комитета (http://hla.alleles.org/nomenclature). Здесь можно найти последнюю информацию обо всех генах HLA с их характеристикой, о количестве открытых аллелей разных генов HLA. Информация о последовательностях всех аллелей HLA хранится в базе данных HLA IPD-IMGT/HLA Database (международная иммуногенетическая информационная система) (https: //www.ebi.ac. uk/ipd/imgt/hl a/).

Номенклатура HLA неоднократно претерпевала изменения и дополнения, что связано, во-первых, с переходом от серологического типирования поверхностных клеточных антигенов к молекулярным исследованиям полиморфных ДНК последовательностей (аллелей), во-вторых, открытия новых аллельных вариантов HLA-генов (рис. 3), установления полиморфизмов в экзонных и интронных областях генов HLA, различия в уровнях экспрессии HLA-антигенов повлекли за собой необходимость так или иначе отразить это в современной номенклатуре. Каждое название аллели HLA имеет уникальный номер, состоящий из четырех групп цифр, разделенных двоеточиями. Длина названия аллеля зависит от последовательности самого аллеля и наиболее похожей другой последовательности. Все аллели имеют, по меньшей мере, четырехзначное имя, состоящее из первых двух групп цифр, разделенных двоеточием. В зависимости от последовательности присваиваются более длинные названия аллеля. В дополнение к уникальному номеру аллеля введены дополнительные необязательные суффиксы, которые могут быть добавлены в аллель для указания его экспрессии (рисунок 5, таблица 2).

Hyphen used to separate gene name from HLA prefix

Suffix used to denote changes in expression

Separator

Field Separators

HLA-A*02:101:01:02N

HLA Prefix

Gene Field 1; allele group

Field 2; specific HLA protein

Field 4; used to show differences in a non-coding region

Field 3; used to show a synonymous DNA substitution within the coding region

e SGE Marsh 04/10

Рисунок 5. Современная номенклатура HLA. Введена с апреля 2010 года. (Источник: http://hla.alleles.org/nomenclature/naming.html)

Таблица 2. Современная номенклатура НЬА. Введена с апреля 2010 года. (Источник: Мр://Ыа.аПе1е8.ощ/потепс1а:иге/патте.Ыт[)

Номенклатура Значение

HLA Комплекс НЬА-генов на шестой хромосоме.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Янкевич Татьяна, 2019 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алексеев Л. П., Хаитов Р.М., Долбин А.Г., Минина М.Г., Болдырева М.Н., Хаманева Н.Ю., Караулов А.В., Алексеева П.Л. Таневая совместимость донора и реципиента при трансплантации органов - необходимость или фантом? // Иммунология. - 2011. - том 32 (4). - С. 172-177.

2. Алексеев Л.П., Гусева И.А., Ульянова Л.И., Стрижаков А.Н., Тимохина Т.Ф. НЬА-совместимость и привычное невынашивание беременности. //Иммунология. - 1986. - №2. - С.76-77.

3. Алексеев Л. П., Хаитов Р.М., Долбин А.Г., Болдырева М.Н., Алексеева П.Л., Трофимов Д.Ю., Минина М.Г., Кофиади И.А., Сергеев И.В. , Кривошеев М.В. Иммуногенетика человека и клиническая трансплантация органов в России // Иммунология. - 2015. - Том 36 (2). -С. 76-89.

4. Аникаев А.Ю., Ломоносов А.М. Применение секвенирования нового поколения (NGS) в клинической практике //Лабораторная служба. 2014. № 1. С. 32-36.

5. Беркос А.С., Беляева Е.В., Ерохина Л.В., Бубнова Л.Н. Распределение НЬА гаплотипов в семьях больных гемобластозами. // Вестник гематологии. 2015. Т. 11. № 2. С. 6-7.

6. Беркос А.С., Терентьева М.А., Беляева Е.В., Ерохина Л.В., Бакай В.В., Моисеева Л.М., Бубнова Л.Н. Подбор родственного и неродственного донора ГСК для пациентов клиники Научно-исследовательского Института гематологии и трансфузиологии. // Вестник гематологии. 2018. Т. 14. № 2. С. 22.

7. Болдырева М.Н. НЬА (класс II) и естественный отбор. «Функциональный» генотип, гипотеза преимущества «функциональной» гетерозиготности. Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук. 14.00.36. - Москва, 2007 - 224 с.

8. Болдырева М.Н., Алексеев Л. П. НЬА II класса и репродукция // Иммунология. - 2010. - том 31 (4). - С. 219-225.

9. Болдырева М.Н., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М., Гуськова И.А., Богатова О.В., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Балановская Е.В., Балановский О.П., Пшеничнов А.С., Целинская И.Н., Кашенин М.Н., Ганичева Л.Л., Поздеева О.С., Евсеева И.В., Сароянц Л.В. НЬА-генетическое разнообразие населения России и СНГ. ГРусские. // Иммунология. - 2005. - Т. 26 (5). - С.260-263.

10. Болдырева М.Н., Гуськова И.А., Богатова О.В., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Тегако О.В., Атраментова Л.А., Ищук М.В., Дубова Н.А., Ганичева Л.Л., Поздеева О.С., Балановская Е.В., Алексеев Л.П. НЬА-генетическое разнообразие населения России и СНГ. II. Народы европейской части. //Иммунология. - 2006. - Т.27. - №4. - С.198-202.

11.Болдырева М.Н., Хаитов Р.М., Барцева О.Б., Гузов И.И., Барков И.Ю., Померанцева Е.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Сергеев И.В., Филиппова Е.В., Алексеев Л.П. Исследование роли HLADRB1-генов при невынашивании беременности неясного генеза. //Иммунология. - 2004. - Том 25. - №1. - С 4-8.

12.Болдырева М.Н., Хаитов Р.М., Дедов И.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич Т.Э., Зилов А.В., Осокина И.В., Евсеева И.В., Ганичева Л.Л., Кашенин М.Н. Алексеев Л.П. Новый взгляд на механизм НЬА ассоциированной предрасположенности к сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты. Иммунология. - 2005. - №6. - С. 324-329.

13.Бубнова Л.Н., Павлова И.Е., Глазанова Т.В., Розанова О.Е., Беляева Е.В., Чубукина Ж.В., Чечеткин А.В. Регистры доноров гемопоэтических стволовых клеток. // Medline.ru. Российский биомедицинский журнал. 2015. Т. 16. № 3. С. 751-758

14.Бубнова Л.Н., Павлова И.Е., Глазанова Т.В., Розанова О.Е., Беляева Е.В., Чубукина Ж.В., Чечеткин А.В. Проблемы организации регистров доноров

гемопоэтических стволовых клеток в России. // Трансфузиология № 1 (том 17) / 2016 - с.4-10.

15.Генетика. - 1993.- Т.29.- №3.- С.515-519.

16.Гольцов А.Ю., Ребриков Д.В. Практический опыт внедрения высокопроизводительного секвенирования (NGS) // Молекулярная диагностика 2017, - Сборник трудов IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием. 2017. - С. 303304.

17.Грант В. // Эволюционный процесс. - М.- Мир. - 1991. - 488 с.

18.Гусева И.А., Мошнина М.М., Крылов М.Ю., Эдрес Ш., Алексеева Л.И. Распределение антигенов HLA-I класса в финно-угорских популяциях России. // Генетика. -1998.-Т.34.-№1.-С.100-105.

19.Дерябин В.Е. // Многомерные биометрические методы для антропологов. // М.: Изд-во МГУ, 2001, 296 с.

20.Комеч Е.А., Звягин И.В., Назаров В.И., Израельсон М.А., Лебедев Ю.Б., Мамедов И.З. Разработка системы для HLA-генотипирования человека с использованием высокопроизводительного секвенирования. // В сборнике: XXVIII зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии" Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук. 2016. С. 175.

21.Кузьмич Е.В. Влияние несоответствия HLA аллелей I и II класса донора и реципиента на исход аллогенных неродственных трансплантаций костного мозга. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. 14.01.21. - Санкт-Петербург, 2015 - 141 с.

22.Кузьмич Е.В., Алянский А.Л., Алексейкова Ю.А., Иванова Н.Е., Бархатов И.М., Федюкова Ю.Г., Бондаренко С.Н. Несоответствие HLA-DPB1 аллелей донора и реципиента как фактор риска развития острой реакции «трансплантат-против-хозяина» после аллогенной неродственной

трансплантации гемопоэтических стволовых клеток // Medline.ru. Российский биомедицинский журнал. 2013. Т. 14. № 4. С. 1131-1145.

23.Куранов А.Б. Аллельный полиморфизм генов НЬА класса II в казахской популяции и его прогностическое значение при ревматоидном артрите // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук, 2016.

24. Куранов, А.Б. Гены НЬА II класса в казахской популяции. / Куранов А.Б., Вавилов М.Н., Абильдинова Г.Ж., Акильжанова А.Р., Искакова А.Н., Жолдыбаева Е.В., Болдырева М.Н., Янкевич Т.Э., Алексеев Л.П., Мюллер К.А., Момыналиев К.Т. // Иммунология. - 2015. - том 36 (3). - С.132-139.

25.Логинова М.А., Парамонов И.В. Новые HLA-аллели в Российских популяциях. // Трансфузиология. 2016. Т. 17. № 3. С. 13-20.

26. Логинова М.А., Парамонов И.В. Опыт работы регистра потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток. // Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии в педиатрии. 2014. Т. 13. № 1. С. 9-12.

27.Логинова М.А., Парамонов И.В. Опыт участия в международной программе внешней оценке качества лабораторных исследований HLA-типированию в 2013 году. // Вестник службы крови России. 2014. № 4. С. 36-40.

28.Логинова М.А., Парамонов И.В., Богомолова Е.А., Рылов А.В. Праймеры для уточнения гетерозиготных неоднозначностей - необходимость и достаточность. Вестник службы крови России. 2014. № 3. С. 64-68.

29.Мурзабекова М.А., Нередько Ю.С., Марченко Я.М. Опыт сотрудничества по созданию регистра доноров гемопоэтических стволовых клеток. // Казанский медицинский журнал. 2016. Т. 97. № 5. С. 777-780.

30.Никонова Т.В., Дедов И.И., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н., Смирнова О.М., Дубинкин И.В. Прогнозирование СД1 типа в группах высокого риска. // Сахарный диабет. - 2000. -№2. - С.2-6.

31.Осокина И.В., Болдырева М.Н., Ширшина Р.К., Гуськова И.А., Богатова О.В., Грудакова Е.Г., Кабдулова Д.О., Алексеев Л.П. HLA-маркеры сахарного диабета 1 типа в Тувинской популяции. // Сахарный диабет. -2001. - Том. 4(13). - С. 8-10.

32.Павлова И.Е., Бубнова Л.Н. Молекуляроно-генетическое типирование генов главного комплекса гистосовместимости реципиентов и доноров гемопоэтических стволовых клеток // Вестник гематологии. 2012. Т. 8. № 3. С. 42-47.

33.Павлова И.Е., Глазанова Т.В., Рыжевнина Ю.Е., Беляева Е.В., Беркос А.С., Моисеева Л.М., Ерохина Л.В., Бакай В.В., Чечеткин А.В., Бубнова Л.Н. Иммунологическая характеристика доноров крови г. Санкт-Петербурга, выразивших свое согласие стать донором гемопоэтических стволовых клеток. // Трансфузиология. 2017. Т. 18. № 2. С. 31-40.

34.Пальцев М.А., Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н. Главный комплекс тканевой совместимости человека (HLA) и клиническая трансплантология // Молекулярная медицина. - 2009. - №2. - С. 3-13.

35.Пальцев М.А., Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Иммуногенетика человека и биобезопасность. - М., «Медицина». - 2007. - 143 С.

36.Певницкий Л.А. Статистическая оценка ассоциаций HLA-антигенов с заболеваниями. // Вестник АМН СССР. -1998. - №7. - С. 48-51.

37.Ребриков Д.В., Коростин Д.О., Шубина Е.С., Ильинский В.В. NGS: высокопроизводительное секвенирование. - М.: «БИНОМ. Лаборатории знаний», 2014.

38.Румянцев A., Масчан Ф. Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток у детей // 2003 ISBN 5-89481-187-2.

39.Суслова Т.А., Бурмистрова А.Л., Чернова М.С., Вавилов М.Н., Хромова Е.Б. Распределение генов, гаплотипов HLA в популяции башкир, проживающих в Челябинской области. // Иммунология. 2011. Т. 32. № 2. С. 65-68.

40.Суслова Т.А., Вавилов М.Н., Сташкевич Д.С., Беляева С.В., Хромова Е.Б., Евдокимов А.В., Горелова А.К., Бурмистрова А.Л. Иммуногенетический профиль (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1) популяции русских Челябинской области. // Гематология и трансфузиология. 2015. Т. 60. № 3. С. 28-35.

41.Суслова Т.А., Рудакова Г.А., Хромова Е.Б., Вавилов М.Н., Беляева С.В. Вклад в генофонд HLA регистра доноров стволовой клетки различных национальностей, проживающих в Челябинской области. // Вестник Челябинского государственного университета. 2015. № 21 (376). С. 28-35.

42.Трофимов Д. Ю., Савилова А. М., Саматов Г. А., Ребриков Д. В., Абрамов Д. Д., Кофиади И. А., Семенов П. А.ПЦР в реальном времени // БИНОМ Лаборатория знаний, 2013.

43.Трофимов Д. Ю. Разработка метода мультипраймерной ПЦР для типирования генов НЬА класса II. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. 14.00.36. - Москва, 1996. - 87 с.

44.Трофимов Д.Ю. Создание отечественной инновационной технологической платформы для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии на основе ПЦР в реальном времени. Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук. 14.00.36. - Москва,. 2009. - 236 с.

45.Хаитов Р.М. Физиология иммунной системы. - М.: ВИНИТИ РАН, 2001.

46.Хаитов Р.М., Алексеев Л.П. Система генов HLA и регуляция иммунного ответа. //Аллергия, астма и клиническая иммунология. 2000. - №8 - С.7-16.

47.Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н. НЬА полиморфизм и репродукция // Физиология и патология иммунной системы. - 2012. - том 16 (8). - С.23-32.

48.Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Хаманева Н.Ю., Алексеева П.Л., Болдырева М.Н. Проблема трансплантации неродственных кроветворных стволовых

клеток человека и биобезопасность. // Молекулярная медицина. - 2010 -№5. - С. 3-9.

49.Хаитов Р.М., Игнатьева Г.А., Сидорович И.Г. Иммунология: Учебник. -М.: Медицина, 2002.

50.Хаитов Р.М., Хаманева Н.Ю., Алексеев Л.П., Рагимов А.А., Уткин К.В., Болдырева М.Н., Алексеева П.Л. Трансплантация кроветворных стволовых клеток в России. Причины отставания. Медико-биологические, административно-правовые и организационные аспекты // Вестник службы крови России. - 2012. - №2. - С.8-14.

51.Хамаганова Е.Г., Паровичникова Е.Н., Кузьмина Л.А., Куликов С.М., Кузьминова Е.П., Чапова Р.С., Савченко В.Г. Влияние несовместимости по гену HLA-DPB1 на результат трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток от HLA-A-B-C-DRB1-DPB1-совместимого неродственного донора // Онкогематология. 2018. Т. 13. № 1. С. 54-62.

52.Хидиятова И.М., Ишмухаметова А.Т., Лукманова Г.И., Хуснутдинова Е.К. // Генетика. - 2004.- Т. 40(2).- С. 267-71.

53.Хорошкеева О.В, Тетруашвили Н.К., Агаджанова А.А., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю. Полная гистосовместимость матери и плода как один из факторов преждевременных родов и плацентарной недостаточности. Акушерство и гинекология. 2015; 10: 103-106.

54. Хорошкеева О.В, Тетруашвили Н.К., Агаджанова А.А., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю. Роль антигенов главного комплекса гистосовместимости в реализации привычного выкидыша. Акушерство и гинекология. 2016; 3: 5-10.

55.Чечеткин А.В., Соколова Ю.В., Павлова И.Е., Глазанова Т.В., Беляева Е.В., Беркос А.С., Моисеева Л.М., Ерохина Л.В., Бакай В.В., Кудинова Э.Е., Петровская М.Н., Игнатова Н.К., Минина В.М., Бубнова Л.Н. Распределение HLA-гаплотипов и KIR-генотипов у доноров

республиканского регистра стволовых гемопоэтических стволовых клеток. // Медицинская иммунология. 2015. Т. 17. № S. С. 89.

56.Ярилин А.А. Иммунология. Учебник М.: ГЭОТАР-Медиа, 2010, 752 с.

57.Ackerman A.L., Kyritsis C., Tampe R., Cresswell P. Early phagosomes in dendritic cells form a cellular compartment sufficient for cross presentation of exogenous antigens. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2003. - Vol. 100(22). - P. 12889-94.

58.Alberts S.C., Ober C. Genetic variability in the major histocompatibilityмcomplex: a review of non-pathogen-mediated selective mechanisms// Yearb.Phys.Anthropol. - 1993.- Vol.36.- P.71-89.

59.Alexeev L, R.Khaitov, M.Boldyreva et al. Russian Normal. // In: HLA 1997. P.I.Terasaki, Ph.D. David W.Gjertson, Ph.D Editors, Published by UCLA Tissue Typing Laboratory. - 1998. - P.241-242.a.

60.Alexeev L., Boldyreva M., Trofimov D., Gouskova I., Demidova I., Zilov A., Dedov I. HLA genetic markers of IDDM in Buriat population. // Human Immunol. - 1996. - Vol.47 (1-2). - P.156.

61.Alexeev L., Dedov I., Boldyreva M., Demidova I., Evseeva I., Guskova I., Trofimov D., Rakhimova D., Zilov A. , Cicinova T., Vasilov R. Comparative analysis of the HLA markers of IDDM conducted in three ethnic from the territory of former USSR. // European. J. of Immungen. - 1998. -Vol.25.Suppl.1. -P.52.

62.Alexeev L., Dedov I., Boldyreva M., Niconova T., Zilov A, Dubinkin I., Khaitov R. DNA-HLA genotyping used for individual prognosis of insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM). // Scandinavian J of Immunol. - 2001. -Vol.54, Suppl.1. - P.39.

63.Alexeev L., R.Khaitov, M.Boldyreva et al. Buriat Normal. // In: HLA 1997. P.I.Terasaki, Ph.D. David W.Gjertson, Ph.D Editors, Published by UCLA Tissue Typing Laboratory. - 1998. - P.258-259.c.

64.Alexeev L., R.Khaitov, M.Boldyreva et al. Tuvin Normal. // In: HLA 1997. P.I.Terasaki, Ph.D. David W.Gjertson, Ph.D Editors, Published by UCLA Tissue Typing Laboratory. - 1998. - P.241-242.b.

65.Alexeev L., R.Khaitov, M.Boldyreva, Trofimov D. et al. HLA in some ethnic groups of the former Soviet Union (FSU). Genetic diversity of HLA. // In: Proceedings of the Twelfth International Histocompatibility Workshop and Conference, edited by D.Charron, EDK. - 1997. - P.364-373.

66.Alexeev L.P., Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Vasilov R. Comparative interpopulation approach in determining HLA-associated genetic susceptibility to IDDM.// European J. of Immunogen. - 1997. - Vol.24.suppl. P.51.

67.Alexeev L.P., Boldyreva M.N., Zelov A.V., Groudakova E.G., Gouskova I.A., Evseeva I.V., Dvoryashina I.V., Khaitov R.M. Diverse HLA class II associations to type I diabetes revealed on intraethnic level. // Tissue antigens. -2002. - Vol. 2(59). - P.88.

68.Alexeev L.P., Petranji G. HLA in eight ethnic groups from the former USSR. // In: HLA, 1991. Proceedings of 11 th IHWC. Oxford Science pub., 1992, V.1, P.666-674.

69.Alizadeh M., Walencik A., Frassati C., Moskovtchenko P., Lafarge X., Verite F., Semana G. Evidence for a higher resolution of HLA genotyping by a new NGS-based approach. // Transfus Clin Biol. 2017 Sep; 24(3):120-123. doi: 10.1016/j.tracli.2017.05.011. Epub 2017 Jun 17. Review.

70.Amadou C. Evolution of the MNC class I region: the framework hypothesis. Immunogenetics.,1999, 49:362-367

71.Amiel J.C. Study of the leucocyte phenotypes in Hodgkins disease. // In: Histocompatibility Testing 1997. Copenhagen, Munksgaard. - 1997. - P. 79-81.

72.Aslam H.M., Iqbal S.M., Shaikh H., Faizee F.A., Merchant A.A., Shaheen M., Hashmi S.K. Haploidentical Stem Cell Transplantation: A Gateway to Infrequent Availability of HLA-Matched Related Donors. // Case Rep Med. 2018 Sep 10; 2018:2573657. doi: 10.1155/2018/2573657. eCollection 2018.

73.Barone J.C., Saito K., Beutner K., Campo M., Dong W., Goswami C.P., Johnson E.S., Wang Z.X., Hsu S. HLA-genotyping of clinical specimens using Ion Torrent-based NGS. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):903-9. doi: 10.1016/j.humimm.2015.09.014. Epub 2015 Sep 28.

74.Begovich A.B., Moonsamy P.V., Mack S.J., Barcellos L.F., Steiner L.L., Grams S., Saraj-Baker V., Hollenbach J., Trachtenberg E., Louie L. et al. Genetic variability and linkage disequilibrium within the HLA-DP region: analysis of 15 different populations. // Tissue Antigens. - 2001. - Vol. 57. -P.424-439.

75.Bianchi V., Ceol A., De Pretis S., Galeota E., Kishore K., Bora P., Croci O., Campaners S., Amati B., Morelli M.J., Pelizzola M., Ogier A.G.E. Integrated systems for NGS data management and analysis open issues and available solutions. // Frontiers in genetics. - 2016. - 7 (may). - 75.

76.Bochtler W., Gragert L., Patel Z. I., Robinson J., Steiner D., Hofmann J. A., Pingel J., Baouz A., Melis A., Schneider J., Eberhard H.-P., Oudshoorn M., Marsh S. G. E., Maiers M., Müller C. R. A comparative reference study for the validation of HLA-matching algorithms in the search for allogeneic hematopoietic stem cell donors and cord blood units // HLA. 2016 Jun; 87(6): 439-448.

77.Bodmer J. Orcadian normal. // In: HLA 1997, Ed.Terasaki P.I., Gjertson D.W. UCLA Tissue Typing Laboratory, Los Angeles, California. - 1997. - P.209.

78.Bodmer W.F. Evolutionery significance of the HL-A system.// Nature (London).- 1972.- Vol.237.- P.139-145.

79.Boegel S., Lower M., Bukur T., Sorn P., Castle J.C., Sahin U. HLA and proteasome expression body map. // BMC Med Genomics. 2018 Mar 27; 11(1):36. doi: 10.1186/s12920-018-0354-x.

80.Boldyreva M., Alexeev L., Groudakova E., Evseeva I. The diversity of HLA DRB1*04 alleles in seven ethnic groups of Russia. // Human Immunology.14th European histocompatibility Conference, Abstracts. - 2000. - Vol.61. -Suppl.1 - P.95-96.

81.Boldyreva M., Alexeev L., Groudakova E., Evseeva I. The diversity of HLA DRB1*04 alleles in seven ethnic groups of Russia. // Human Immunology. 14th European histocompatibility Conference, Abstracts. - 2000. - Vol.61. - Suppl.1 - P.95-96.

82.Boldyreva M., Evseeva I., Boukina A., Groudakova E., Gouskova I., Trofimov D., Ginter E., Alexeev L. Distribution of HLA alleles in 14 ethnic groups from the European part of Russia. // 13th European Histocompatibility Conference, Abstracts, 13-17 April 1999 Crete, Greece. - P.32.

83.Boldyreva M., Evseeva I., Boukina A., Groudakova E., Gouskova I., Trofimov D., Ginter E., Alexeev L. Distribution of HLA alleles in 14 ethnic groups from the European part of Russia. // 13th European Histocompatibility Conference, Abstracts, 13-17 April 1999 Crete, Greece. - P.32.

84.Boldyreva M., Kabdoulova D., Groudakova E., Alexeev L. Comparative analysisof the class II HLA profile among three population groups sharinh historical background. // Eur. J. of Immungen. - Vol.28. - 2001. - №.2. - P.277.

85.Boldyreva M., Kabdoulova D., Groudakova E., Alexeev L. Comparative analysis of the class II HLA profile among three population groups sharinh historical background. // Eur. J. of Immungen. - Vol.28. - 2001. - №.2. - P.277.

86.Boldyreva M., Kabdulova D., Zelov A., Evseeva I., Rahimova D., Osokina I., Sergeev I., Dedov I., Alexeev L. HLA haplotypes determined among Caucasians and Orients correlated to Type I diabetes. //Europ. J. Immungen. -2002. -Vol.29(2). - P.146.

87.Boldyreva M., Kabdulova D., Zelov A., Evseeva I., Rahimova D., Osokina I., Sergeev I., Dedov I., Alexeev L. HLA haplotypes determined among Caucasians and Orients correlated to Type I diabetes. //Europ. J. Immungen. -2002. -Vol. 29(2). - P.146.

88.Boldyreva M., Trofimov D., Bogatova O. Gudima G., Zelov A., Kouraeva T., Peterkova V., Dedov I., Alexeev L. Genetic markers for type I diabetes in 8

population groups from former Soviet Union. // In: 12th International Congress of Immunology 2004, Montreal, Canada.

89.Boldyreva M., Trofimov D., Bogatova O. Gudima G., Zelov A., Kouraeva T., Peterkova V., Dedov I., Alexeev L. Genetic markers for type I diabetes in 8 population groups from former Soviet Union. // In: 12th International Congress of Immunology 2004, Montreal, Canada.

90.Boldyreva M.N., Gouzov I.I., Bartseva O.B., Yankevich T.E., Bogatova O.V., Gouskova I.A., Philippova E.V., Chromova N.A., Alexeev L.P. HLA-DRB1 genes possibly involved in spontaneous abortions of uncertain genesis.// J of reproductive immunol. - 2003. - Vol. 58(2). - P.182.

91.Boldyreva M.N., Gouzov I.I., Bartseva O.B., Yankevich T.E., Bogatova O.V., Gouskova I.A., Philippova E.V., Chromova N.A., Alexeev L.P. HLA-DRB1 genes possibly involved in spontaneous abortions of uncertain genesis.// J of reproductive immunol. - 2003. - Vol. 58(2). - P.182.

92.Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Yankevich T.E., Bogatova O.V., Gouskova I.A., Philippova E.V., Sergeev I.V., Alexeev L.P. HLA-genes diversity among 5 Russian groups from different regions of Russian European part. // In: 17th European Histocompatibility Conference. 11 Annual Meeting. German Society of Immunogenetics. Baden-Baden, Germany May 6-9, 2003 Vol.4, Suppl.1, P.S29.

93.Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Yankevich T.E., Bogatova O.V., Gouskova I.A., Philippova E.V., Sergeev I.V., Alexeev L.P. HLA-genes diversity among 5 Russian groups from different regions of Russian European part. // In: 17th European Histocompatibility Conference. 11 Annual Meeting. German Society of Immunogenetics. Baden-Baden, Germany May 6-9, 2003 Vol.4, Suppl.1, P.S29.

94.Brandt D.Y., Aguiar V.R., Bitarello B.D., Nunes K., Goudet J., Meyer D. Mapping Bias Overestimates Reference Allele Frequencies at the HLA Genes in the 1000 Genomes Project Phase I Data. // G3 (Bethesda). 2015 Mar 17; 5(5):931-41. doi: 10.1534/g3.114.015784.

95.Braud V.M., Allan D.S., O'Callaghan C.A., Soderstrom K., D'Andrea, Ogg G.S., et al. HLA-E binds to natural killer cell receptors CD94/NKG2A, B and

C. // Nature. - 1998. - Vol. 391(6669). - P. 795-9.

96.Bravo-Egana V., Monos D. The impact of next-generation sequencing in immunogenetics: current status and future directions. // Curr Opin Organ Transplant. 2017 Aug; 22(4):400-406. doi: 10.1097/MOT.0000000000000422. Review.

97.Brocke P., Garbi N., Momburg F., Hammerling G.J. HLA-DM, HLA-DO and tapasin: functional similarities and differences. // Curr. Opin. Immunol. - 2002. - Vol. 14(1). - P. 22-9.

98.Brooks A.G., Borrego F., Posch P.E., Patamawenu A., Scorzelli C.J., Ulbrecht M., Weiss E.H.,Coligan J.E. Specific recognition of HLA E, but not classical, HLA class I molecules by soluble CD94/NKG2A and NK cell. // J. Immunol. -1999. - Vol. 162(1). - P. 305-13.

99.Brown J.H., Jardetzky T., Saper M.A., Samaraoui B., Bjorkman P.J, Wiley

D.C. A hypothetical model of the foreign antigen binding site of the class II histocompatibility molecules.// Nature.- 1988.- Vol.322.- P.845-850.

100. Brown N.K., Kheradmand T., Wang J., Marino S.R. Identification and characterization of novel HLA alleles: Utility of next-generation sequencing methods. // Hum Immunol. 2016 Apr; 77(4):313-6. doi: 10.1016/j.humimm. 2016.01.001. Epub 2016 Jan 4.

101. Buhler S., Nunes J.M., Sanchez-Mazas A. HLA class I molecular variation and peptide-binding properties suggest a model of joint divergent asymmetric selection. // Immunogenetics. 2016 Jul; 68(6-7):401-416. doi: 10.1007/s00251-016-0918-x. Epub 2016 May 27.

102. Carapito R., Radosavljevic M., Bahram S. Next-Generation Sequencing of the HLA locus: Methods and impacts on HLA typing, population genetics and disease association studies. // Hum Immunol. 2016 Nov; 77(11): 1016-1023. doi: 10.1016/j.humimm.2016.04.002. Epub 2016 Apr 5. Review.

103. Castelli E.C., Paz M.A., Souza A.S., Ramalho J., Mendes-Junior C.T. HlA-mapper: An application to optimize the mapping of HLA sequences produced by massively parallel sequencing procedures. // Hum Immunol. 2018 Sep; 79(9):678-684. doi: 10.1016/j.humimm.2018.06.010. Epub 2018 Jul 3.

104. Cella M., Sallusto F., Lanzavecchia A. Origin maturation and antigen presenting function of dendritic cells. // Curr. Opin. Immunol. - 1997. - Vol.9 (1). - P.10-16.

105. Cereb N., Kim H.R., Ryu J., Yang S.Y. Advances in DNA sequencing technologies for high resolution HLA typing. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):923-7. doi: 10.1016/j.humimm.2015.09.015. Epub 2015 Sep 28.

106. Chang C.J., Chen P.L., Yang W.S., Chao K.M. A fault-tolerant method for HLA typing with PacBio data. // BMC Bioinformatics. 2014 Sep 3;15:296. doi: 10.1186/1471-2105-15-296.

107. Chang C.J., Osoegawa K., Milius R.P., Maiers M., Xiao W., Fernandez-Viña M., Mack S.J. Collection and storage of HLA NGS genotyping data for the 17th International HLA and Immunogenetics Workshop. Hum Immunol. 2018 Feb; 79(2):77-86. doi: 10.1016/j.humimm.2017.12.004. Epub 2017 Dec 14.

108. Chang Y.-J., Luznik L., Fuchs E. J., Huang X.-J. How do we choose the best donor for T-cell-replete, HLA-haploidentical transplantation? // J Hematol Oncol. 2016; 9: 35.

109. Chen Y., Zhang H., Xiao X., Jia Y., Wu W., Liu L., Jiang J., Zhu B., Meng X., Chen W. Peripheral blood transcriptome sequencing reveals rejection-relevant genes in long-term heart transplantation. // Int J Cardiol. 2013 Oct 3; 168(3):2726-33. doi: 10.1016/j.ijcard.2013.03.095. Epub 2013 Apr 18.

110. Cheng C., Kashi Z.M., Martin R., Woodruff G., Dinauer D., Agostini T. HLA-C locus allelic dropout in Sanger sequence-based typing due to intronic single nucleotide polymorphism. // Hum Immunol. 2014 Dec;75(12):1239-43. doi: 10.1016/j.humimm.2014.09.016. Epub 2014 Oct 12.

111. Christiansen O.B., Andersen H.H., Hojbjerre M., Kruse T.A., Lauritzen S.L., Grunnet N. Maternal HLA class II allotypes are markers for the predisposition to fetal losses in families of women with unexplainted recurrent fetal loss.// Eur. J. Immunogenet. -1995. - Vol. 22(4).- P. 323-34.

112. Christiansen, Frank T., Tait, Brian D. Methods and Applications in Clinical Practice // (Eds.): Immunogenetics© 2012.

113. Coulam C.B., Moore S.B., O'Fallon W.M. Association between major histocompatibility antigen and reproductive performance. // Am. J. Reprod. Immunol. Microbiol.- 1987.- Vol.14.- P.54-58.

114. De Santis D., Dinauer D., Duke J., Erlich H.A., Holcomb C.L., Lind C., Mackiewicz K., Monos D., Moudgil A., Norman P., Parham P., Sasson A., Allcock R.J. 16(th) IHIW: review of HLA typing by NGS. // Int J Immunogenet. 2013 Feb; 40(1):72-6. doi: 10.1111/iji.12024.

115. Dos Santos Francisco R., Buhler S., Nunes JM., Bitarello BD., Franfa GS., Meyer D., Sanchez-Mazas A. HLA supertype variation across populations: new insights into the role of natural selection in the evolution of HLA-A and HLA-B polymorphisms. // Immunogenetics. 2015 Nov;67(11-12):651-63. doi: 10.1007/s00251-015-0875-9. Epub 2015 Oct 12.

116. Duke J.L., Lind C., Mackiewicz K., Ferriola D., Papazoglou A., Gasiewski A., Heron S., Huynh A., McLaughlin L., Rogers M., Slavich L., Walker R., Monos D.S. Determining performance characteristics of an NGS-based HLA typing method for clinical applications. // HLA. 2016 Mar; 87(3):141-52. doi: 10.1111/tan.12736. Epub 2016 Feb 16.

117. Dunckley H. (2012) HLA Typing by SSO and SSP Methods. In: Christiansen F., Tait B. (eds) Immunogenetics. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols), vol 882. Humana Press, Totowa, NJ.

118. Eapen M., Wang T., Veys P.A., Boelens J.J., St Martin A. et al. Allele-level HLA matching for umbilical cord blood transplantation for non-malignant diseases in children: a retrospective analysis. // Lancet Haematol. 2017 Jul;4(7):e325-e333. doi: 10.1016/S2352-3026(17)30104-7. Epub 2017 Jun 13.

119. Edgerly C.H., Weimer E.T. /The Past, Present, and Future of HLA Typing in Transplantation. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:1-10.

120. Edgerly C.H., Weimer E.T. The Past, Present, and Future of HLA Typing in Transplantation. // Methods Mol Biol. 2018;1802:1-10. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_1.

121. Edinur H.A., Manaf S.M., Che Mat N.F. Genetic barriers in transplantation medicine. // World J Transplant. 2016 Sep 24;6(3):532-41. doi: 10.5500/wjt.v6.i3.532. Review.

122. Ehrenberg P.K., Geretz A., Baldwin K.M., Apps R., Polonis V.R., Robb M.L., Kim J.H., Michael N.L., Thomas R. High-throughput multiplex HLA genotyping by next-generation sequencing using multi-locus individual tagging. // BMC Genomics. 2014 Oct 6; 15:864. doi: 10.1186/1471-2164-15-864.

123. Ehrenberg P.K., Geretz A., Sindhu R.K., Vayntrub T., Fernández Viña M.A., Apps R., Michael N.L., Thomas R. /High-throughput next-generation sequencing to genotype six classical HLA loci from 96 donors in a single MiSeq run. // HLA. 2017 Nov;90(5):284-291.

124. Ehrenberg P.K., Geretz A., Thomas R. High-Throughput Contiguous Full-Length Next-Generation Sequencing of HLA Class I and II Genes from 96 Donors in a Single MiSeq Run. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:89-100. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_6.

125. Fan Y., Song Y.Q. PyHLA: tests for the association between HLA alleles and diseases. // BMC Bioinformatics. 2017 Feb 6; 18(1):90. doi: 10.1186/s12859-017-1496-0.

126. Fleischhauer K., Shaw B. E, Gooley Th., Malkki M., Bardy P., Bignon J.-D., Dubois V., Horowitz M. M., Madrigal J. A., Morishima Y., Oudshoorn M., Ringden O., Spellman S., Velardi A., Zino E., Petersdorf E. W. Effect of T-cell-epitope matching at HLA-DPB1 in recipients of unrelated-donor haemopoietic-cell transplantation: a retrospective study // Lancet Oncol. Author manuscript; available in PMC 2013 Oct 30.

127. Gabriel C., Furst D., Fae I., Wenda S., Zollikofer C., Mytilineos J., Fischer G.F.. HLA typing by next-generation sequencing - getting closer to reality. // Tissue Antigens. 2014 Feb; 83(2):65-75. doi: 10.1111/tan.12298. Review.

128. Gabriel C., Stabentheiner S., Danzer M., Proll J. What Next? The Next Transit from Biology to Diagnostics: Next Generation Sequencing for Immunogenetics. // Transfus Med Hemother. 2011 Oct; 38(5):308-317. Epub 2011 Sep 25.

129. Gandhi M.J, Ferriola D., Lind C., Duke J.L., Huynh A., Papazoglou A., Mackiewicz K., Christiansen M., Dong W., Hsu S., Thomas D., Schneider B., Pierce E., Kearns J., Kamoun M., Monos D., Askar M. /Assessing a single targeted next generation sequencing for human leukocyte antigen typing protocol for interoperability, as performed by users with variable experience. // Hum Immunol. 2017 0ct;78(10):642-648.

130. Gandhi M.J., Ferriola D., Huang Y., Duke J.L., Monos D. Targeted Next-Generation Sequencing for Human Leukocyte Antigen Typing in a Clinical Laboratory: Metrics of Relevance and Considerations for Its Successful Implementation. // Arch Pathol Lab Med. 2017 Jun; 141(6):806-812. doi: 10.5858/arpa.2016-0537-RA. Epub 2017 Feb 24.

131. Gandhi M.J., Ferriola D., Lind C., Duke J.L., Huynh A., Papazoglou A., Mackiewicz K., Christiansen M., Dong W., Hsu S., Thomas D., Schneider B., Pierce E., Kearns J., Kamoun M., Monos D., Askar M. Assessing a single targeted next generation sequencing for human leukocyte antigen typing protocol for interoperability, as performed by users with variable experience. // Hum Immunol. 2017 Oct; 78(10):642-648. doi: 10.1016/j.humimm.2017.07.012. Epub 2017 Jul 18.

132. Geretz A., Ehrenberg P.K., Bouckenooghe A., Fernández-Viña M.A, Michael N.L., Chansinghakule D., Limkittikul K., Thomas R. Full-length next-generation sequencing of HLA class I and II genes in a cohort from Thailand. // Hum Immunol. 2018 Sep 19. pii: S0198-8859(18)30860-7. doi: 10.1016/j.humimm.2018.09.005.

133. Goeury T., Creary LE., Fernandez-Vina MA., Tiercy JM., Nunes JM., Sanchez-Mazas A. Mandenka from Senegal: Next Generation Sequencing typings reveal very high frequencies of particular HLA class II alleles and haplotypes. // HLA. 2018 Feb; 91(2):148-150. doi: 10.1111/tan.13197.

134. Gu B., Zhang X., Chen G., Wu X., Ma X., Chen S., Wu D. Efficacy of haploidentical hematopoietic stem cell transplantation compared to HLA-matched transplantation for primary refractory acute myeloid leukemia. // Ann Hematol. 2018 Nov; 97(11):2185-2194. doi: 10.1007/s00277-018-3428-0. Epub 2018 Jul 23.

135. Guerra S.G., Chong W., Brown C.J., Navarrete C.V. Evaluation of Ion Torrent sequencing technology for rapid clinical human leucocyte antigen typing. // Int J Immunogenet. 2018 Aug; 45(4):230-235. doi: 10.1111/iji.12378. Epub 2018 Jun 5.

136. Gullapalli R. R., Desai K. V., Santana-Santos L., Kant J. A., Becich M. J.. Next generation sequencing in clinical medicine: Challenges and lessons for pathology and biomedical informatics // J Pathol Inform. 2012; 3: 40. Published online 2012 Oct 31.

137. Gullapalli R.R., Desai K.V., Santana-Santos L., Kant J.A. and Becich M.J.. Next generation sequencing in clinical medicine: Challenges and lessons for pathology and biomedical informatics. // J Pathol Inform. 2012; 3: 40.

138. Gyarmati P., Song Y., Hallman J., Kaller M.. Chemical fragmentation for massively parallel sequencing library preparation. Journal of Biotechnology Volume 168, Issue 1, 10 October 2013, Pages 95-100.

139. Hajeer A.H., Al Balwi M.A., Aytul Uyar F., Alhaidan Y., Alabdulrahman A., Al Abdulkareem I., Al Jumah M.. HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 allele and haplotype frequencies in Saudis using next generation sequencing technique. // Tissue Antigens. 2013 Oct; 82(4):252-8. doi: 10.1111/tan.12200.

140. Head S.R., Komori H.K., LaMere S.A., Whisenant T., Van Nieuwerburgh F., Salomon D.R., Ordoukhanian P. Library construction for next-generation sequencing: Overviews and challenges // Biotechniques. Author manuscript;

available in PMC 2015 Mar 6. Published in final edited form as: Biotechniques. 2014; 56(2): 61-passim. Published online 2014 Feb 1. doi: 10.2144/000114133.

141. Hong H., Su Z., Shen J., Ge W., Perkins R., Shi L., Tong W., Zhang W., Ning B., Fang H. NEXT-GENERATION SEQUENCING (NGS):a revolutionary technology in pharmacogenomics and personalized medicine // Omics for personalized medicine. - 2013. - C. 39-61.

142. Hosomichi K., Shiina T., Tajima A., Inoue I. The impact of next-generation sequencing technologies on HLA research. // J Hum Genet. 2015 Nov; 60(11):665-73. doi: 10.1038/jhg.2015.102. Epub 2015 Aug 27. Review.

143. Huang Y., Yang J., Ying D., Zhang Y., Shotelersuk V., Hirankarn N., Sham P.C., Lau Y.L., Yang W. HLA reporter: a tool for HLA typing from next generation sequencing data. // Genome Med. 2015 Mar 16; 7(1):25. doi: 10.1186/s13073-015-0145-3. eCollection 2015.

144. Iemura T., Itoh M., Mano C., Oba A., Kawabata N., Horisawa Y., Matsui M., Miyahara Y., Kanda J. Successful engraftment after cord blood transplantation from an HLA-homozygous donor (homo-to-hetero cord blood transplantation) in a primary myelofibrosis patient with broad HLA antibodies. // Transfusion. 2018 Sep 28. doi: 10.1111/trf.14885.

145. Itonaga H., Aoki K., Aoki J., Ishikawa T., Ishiyama K., Uchida N., Sakura T., Ohashi K., Kurokawa M., Ozawa Y., Matsuoka K.I., Nakamura Y., Kimura F., Iwato K., Nawa Y., Hirokawa M., Kato K., Ichinohe T., Atsuta Y., Miyazaki Y. Prognostic Impact of Donor Source on Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation Outcomes in Adults with Chronic Myelomonocytic Leukemia: A Nationwide Retrospective Analysis in Japan. // Biol Blood Marrow Transplant. 2018 Apr;24(4):840-848.

146. Jankevic T, Korostin D, Kochetkova T, Mukosey I, Shubina E, Altukhova O, Boldyreva M, Trofimov D. Modification of amplicon and libraries preparation for NGS HLA-typing // 30th European Immunogenetics & Histocompatibility Conference, Abstracts, Kos, Greece, 2016, P.112.

147. Jankevic T, Korostin D, Kochetkova T, Mukosey I, Shubina E, Altukhova O, Boldyreva M, Trofimov D.HLA-typing of 3 populations of Russia using a modified procedure NGS typing // 30th European Immunogenetics & Histocompatibility Conference, Abstracts, Kos, Greece, 2016, P.161.

148. Jeanmougin M., Noirel J., Coulonges C., Zagury J.F. HLA-check: evaluating HLA data from SNP information. // BMC Bioinformatics. 2017 Jul 11;18(1):334. doi: 10.1186/s12859-017-1746-1.

149. Jiao Y., Li R., Wu C., Ding Y., Liu Y., Jia D., Wang L., Xu X., Zhu J., Zheng M., Jia J. High-sensitivity HLA typing by Saturated Tiling Capture Sequencing (STC-Seq). // BMC Genomics. 2018 Jan 15; 19(1):50. doi: 10.1186/s12864-018-4431-5.

150. Juric M. K., Ghimire S., Ogonek J., Weissinger E. M., Holler E., van Rood J. J., Oudshoorn M., Dickinson A., Greinix H. T.. Milestones of Hematopoietic Stem Cell Transplantation - From First Human Studies to Current Developments // Front Immunol. 2016; 7: 470.

151. Ka S., Lee S., Hong J., Cho Y., Sung J., Kim H.N., Kim H.L., Jung J. HLA scan: genotyping of the HLA region using next-generation sequencing data. // BMC Bioinformatics. 2017 May 12; 18(1):258. doi: 10.1186/s12859-017-1671-3.

152. Kanakry C.G., Fuchs E.J., Luznik L. /Modern approaches to HLA-haploidentical blood or marrow transplantation // Nat Rev Clin Oncol. Author manuscript; available in PMC 2016 Jan 1. Published in final edited form as: Nat Rev Clin Oncol. 2016 Jan; 13(1): 10-24.

153. Kawaguchi S., Higasa K., Shimizu M., Yamada R., Matsuda F. HLA-HD: An accurate HLA typing algorithm for next-generation sequencing data. Hum Mutat. 2017 Jul;38(7):788-797. doi: 10.1002/humu.23230. Epub 2017 May 12.

154. Kawaguchi S., Higasa K., Yamada R., Matsuda F. Comprehensive HLA Typing from a Current Allele Database Using Next-Generation Sequencing Data. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:225-233. doi: 10.1007/978-1-49398546-3 16.

155. Klasberg S., Lang K., Günther M., Schober G., Massalski C., Schmidt A.H., Lange V., Schöfl G. Patterns of non-ARD variation in more than 300 full-length HLA-DPB1 alleles. // Hum Immunol. 2018 Jun 4. pii: S0198-8859(18)30156-3. doi: 10.1016/j.humimm.2018.05.006. [Epub ahead of print]

156. Klein J. and Sato A. The HLA system. // N Engl J Med. 2000. - Vol. 343-P.782-786.

157. Kotowski M., Bogacz A., Bartkowiak-Wieczorek J., Bukowska A., Surowiec N., Dziewanowski K., Czerny B., Grzeskowiak E., Ostrowski M., Machalinski B., Sienko J. The Importance of New Generation Sequencing (NGS) HLA Typing in Renal Transplantation-Preliminary Report. // Transplant Proc. 2018 Jul - Aug; 50(6):1605-1615. doi: 10.1016/j.transproceed. 2018.05.005. Epub 2018 Jun 21.

158. Lan J.H., Yin Y., Reed E.F., Moua K., Thomas K., Zhang Q. Impact of three Illumina library construction methods on GC bias and HLA genotype calling. // Hum Immunol. 2015 Mar; 76(2-3):166-75. doi: 10.1016/j.humimm. 2014.12.016. Epub 2014 Dec 25.

159. Lane J.A., Johnson J.R., Noble J.A. Concordance of next generation sequence-based and sequence specific oligonucleotide probe-based HLA-DRB1 genotyping. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):939-44. doi: 10.1016/j. humimm.2015.07.235. Epub 2015 Aug 4.

160. Lange V., Bohme I., Hofmann J., Lang K., Sauter J., Schone B., Paul P., Albrecht V., Andreas J.M., Baier D.M., Nething J., Ehninger U., Schwarzelt C., Pingel J., Ehninger G., Schmidt A.H. Cost-efficient high-throughput HLA typing by MiSeq amplicon sequencing. // BMC Genomics. 2014 Jan 24; 15:63. doi: 10.1186/1471-2164-15-63.

161. Larjo A., Eveleigh R., Kilpelainen E., Kwan T., Pastinen T., Koskela S., Partanen J. Accuracy of Programs for the Determination of Human Leukocyte Antigen Alleles from Next-Generation Sequencing Data. // Front Immunol. 2017 Dec 13; 8:1815. doi: 10.3389/fimmu.2017.01815. eCollection 2017.

162. Lazaro A., Hou L., Tu B., Masaberg C., Enriquez E., Gerfen J., Kariyawasam K., Persaud M., Qin X., Simbulan D., Xiao Y., Xun L., Yang R., Ng J., Hurley C.K. Full gene HLA class I sequences of 79 novel and 519 mostly uncommon alleles from a large United States registry population. // HLA. 2018 Aug 17. doi: 10.1111/tan.13377.

163. Leitman E.M., Willberg C.B., De Burgh-Thomas A., Streeck H., Goulder P.J., Matthews P.C. Subdominant Gag-specific anti-HIV efficacy in an HLA-B*57-positive elite controller. // AIDS. 2016 Mar 27;30(6):972-4. doi: 10.1097/QAD.0000000000001022.

164. Li C., Chen S., Zhou Y., Zhao Y., Liu P., Cai J. Application of induced pluripotent stem cell transplants: Autologous or allogeneic? //Life Sci. 2018 Oct 2. pii: S0024-3205(18)30611-8. doi: 10.1016/j.lfs.2018.09.057

165. Ligeiro D., Buhler S., Abecasis M., Abade O., Sanchez-Mazas A., da Silva MG., Trindade H. KIR genotypic diversity in Portuguese and analysis of KIR gene allocation after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. // HLA. 2016 May; 87 (5):375-80. doi: 10.1111/tan.12795. Epub 2016 Apr 13.

166. Lind C., Ferriola D., Mackiewicz K., Heron S., Rogers M., Slavich L., Walker R., Hsiao T., McLaughlin L., D'Arcy M., Gai X., Goodridge D., Sayer D., Monos D.. Next-generation sequencing: the solution for high-resolution, unambiguous human leukocyte antigen typing. // Hum Immunol. 2010 Oct; 71(10):1033-42. doi: 10.1016/j.humimm.2010.06.016. Epub 2010 Aug 5.

167. Liu Z., Liu M., Mercado T., Illoh O., Davey R. Extended blood group molecular typing and next-generation sequencing. // Transfus Med Rev. 2014 Oct;28(4):177-86. doi: 10.1016/j.tmrv.2014.08.003. Epub 2014 Aug 29. Review.

168. Ma Z., Lee R.W., Li B., Kenney P., Wang Y. et. al.. (2013). Isothermal amplification method for next-generation sequencing. Proceedings of the National Academy of Sciences. 110, 14320-14323.

169. Mack S.J. A gene feature enumeration approach for describing HLA allele polymorphism. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):975-81. doi: 10.1016/j.humimm.2015.09.016. Epub 2015 Sep 28.

170. Mack S.J., Milius R.P., Gifford B.D., Sauter J., Hofmann J., Osoegawa K., Robinson J., Groeneweg M, Turenchalk G.S., Adai A., Holcomb C., Rozemuller E.H., Penning M.T., Heuer M.L., Wang C., Salit M.L., Schmidt A.H., Parham P.R., Müller C., Hague T., Fischer G., Fernandez-Viña M., Hollenbach J.A., Norman P.J., Maiers M. Minimum information for reporting next generation sequence genotyping (MIRING): Guidelines for reporting HLA and KIR genotyping via next generation sequencing. // Hum Immunol. 2015 Dec;76(12):954-62. doi: 10.1016/j.humimm.2015.09.011. Epub 2015 Sep 25.

171. Maniangou B., Retiere C., Gagne K. Next-generation sequencing technology a new tool for killer cell immunoglobulin-like receptor allele typing in hematopoietic stem cell transplantation. // Transfus Clin Biol. 2018 Feb; 25(1):87-89. doi: 10.1016/j.tracli.2017.07.005. Epub 2017 Oct 12.

172. Marsh S.G.E., Albert E.D., Bodmer W.F., Bontrop R.E., Dupont B., Erlich H.A., Fernández-Vina M., Geraghty D.E., Holdsworth R., Hurley C.K., Lau M., Lee K.W., Mach B., Mayr W.R., Maiers M., Müller C.R., Parham P., Petersdorf E.W., Sasazuki T., Strominger J.L., Svejgaard A., Terasaki P.I., Tiercy J.M., Trowsdale J. Nomenclature for factors of the HLA system // 2010. Tissue Antigens 2010 75:291-455.

173. Maxam A.M. and Gilbert W. (1977). A new method of sequencing DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 74, 560-564.

174. McDevitt S.L., Bredeson J.V., Roy S.W., Lane J.A., Noble J.A. HAPCAD: An open-source tool to detect PCR crossovers in next-generation sequencing generated HLA data. // Hum Immunol. 2016 Mar; 77(3):257-263. doi: 10.1016/ j.humimm.2016.01.013. Epub 2016 Jan 20.

175. McDevitt S.L., Hogan M.E., Pappas D.J., Wong L.Y., Noble J.A. DNA storage under high temperature conditions does not affect performance in human leukocyte antigen genotyping via next-generation sequencing (DNA

integrity maintained in extreme conditions). // Biopreserv Biobank. 2014 Dec;12(6):402-8. doi: 10.1089/bio.2014.0036.

176. Mellet J., Gray C.M., Pepper M.S. HLA typing: Conventional techniques v. next-generation sequencing. // S Afr Med J. 2015 Dec 16;106(1):88-91. doi: 10.7196/SAMJ.2016.v106i1.9571.

177. Meyer D., C Aguiar V.R., Bitarello B.D., C Brandt D.Y., Nunes K. /A genomic perspective on HLA evolution. // Immunogenetics. 2018 Jan;70(1):5-27.

178. Middleton D., Hahn A.B., Marsh S.G/E. Publication Ethos in the Immunogenetics community. // Int J Immunogenet. 2017 Aug;44(4):151-152.

179. Milius R.P., Heuer M., Valiga D., Doroschak K.J., Kennedy C.J., Bolon Y.T., Schneider J., Pollack J., Kim H.R., Cereb N., Hollenbach J.A., Mack S.J., Maiers M. Histoimmunogenetics Markup Language 1.0: Reporting next generation sequencing-based HLA and KIR genotyping. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):963-74. doi: 10.1016/j.humimm.2015.08.001. Epub 2015 Aug 28.

180. Miller S.A., Dykes D., Polesky H.F. A simple salting-out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. // Nucleic Acids Res. - 1988. -Vol.16. - P.1215.

181. Moalic-Allain V., Mercier B., Gueguen P., Ferec C.. Next generation sequencing with a semi-conductor technology (Ion Torrent PGM™) for HLA typing: overall workflow performance and debate. // Ann Biol Clin (Paris). 2016 Aug 1;74(4):449-56. doi: 10.1684/abc.2016.1161.

182. Monos D., Maiers M.J. Progressing towards the complete and thorough characterization of the HLA genes by NGS (or single-molecule DNA sequencing): Consequences, opportunities and challenges. // Hum Immunol. 2015 Dec;76(12):883-6. doi: 10.1016/j.humimm.2015.10.003. Epub 2015 Oct 9. No abstract available.

183. Morishima S., Kashiwase K., Matsuo K., Azuma F., Yabe T., Sato-Otsubo A., Ogawa S., Shiina T., Satake M., Saji H., Kato S., Kodera Y., Sasazuki T., Morishima Y. High-risk HLA alleles for severe acute graft-versus-host disease

and mortality in unrelated donor bone marrow transplantation // Haematologica. 2016 Apr; 101(4): 491-498.

184. Morishima S., Shiina T., Suzuki S., Ogawa S., Sato-Otsubo A., Kashiwase K., Azuma F., Yabe T., Satake M., Kato S., Kodera Y., Sasazuki T., Morishima Y. Evolutionary basis of HLA-DPB1 alleles affects acute GVHD in unrelated donor stem cell transplantation // Blood. 2018 Feb 15; 131(7): 808-817. Prepublished online 2017 Dec .

185. Morishima Y., Kashiwase K., Matsuo K., Azuma F., Morishima S., Onizuka M., Yabe T., Murata M., Doki N., Eto T., Mori T., Miyamura K., Sao H., Ichinohe T., Saji H., Kato S., Atsuta Y., Kawa K., Kodera Y., Sasazuki T. Biological significance of HLA locus matching in unrelated donor bone marrow transplantation // Blood. 2015 Feb 12; 125(7): 1189-1197.

186. Mullis K., Faloona F. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase catalysed chain reaction. // Meth. Enzymol. - 1987. - Vol. 155. - P. 335-50.

187. Mullis K., Kary B. et al. Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences U.S. Patent 4 683 195.

188. Nelson W.C., Pyo C.W., Vogan D., Wang R., Pyon Y.S., Hennessey C., Smith A, Pereira S, Ishitani A, Geraghty DE. An integrated genotyping approach for HLA and other complex genetic systems. // Hum Immunol. 2015 Dec; 76(12):928-38. doi: 10.1016/j.humimm.2015.05.001. Epub 2015 May 28.

189. Nilsson L.L., Funck T., Kjersgaard N.D., Hviid T.V.F. Next-generation sequencing of HLA-G based on long-range polymerase chain reaction. HLA. // 2018 Sep; 92(3):144-153. doi: 10.1111/tan.13342.

190. Oliveira M.L.G., Veiga-Castelli L.C., Marcorin L., Debortoli G., Pereira A.L.E., Fracasso N.C.A., Silva G.D.V., Souza A.S., Massaro J.D., Simoes A.L., Sabbagh A., Donadi E.A., Castelli E.C., Mendes-Junior C.T. Extended HLA-G genetic diversity and ancestry composition in a Brazilian admixed population sample: Implications for HLA-G transcriptional control and for case-control association studies. // Hum Immunol. 2018 Aug 11. pii: S0198-8859(18)30639-6. doi: 10.1016/j.humimm.2018.08.005.

191. Osoegawa K., Mack S.J., Udell J., Noonan D.A., Ozanne S., Trachtenberg E., Prestegaard M. HLA Haplotype Validator for quality assessments of HLA typing. // Hum Immunol. 2016 Mar;77(3):273-282. doi: 10.1016/j.humimm. 2015.10.018. Epub 2015 Nov 10.

192. Ozaki Y., Suzuki S., Kashiwase K., Shigenari A., Okudaira Y., Ito S., Masuya A., Azuma F., Yabe T., Morishima S., Mitsunaga S., Satake M., Ota M., Morishima Y., Kulski J.K., Saito K., Inoko H., Shiina T.. Cost-efficient multiplex PCR for routine genotyping of up to nine classical HLA loci in a single analytical run of multiple samples by next generation sequencing. // BMC Genomics. 2015 Apr 18; 16:318. doi: 10.1186/s12864-015-1514-4.

193. Ozaki Y., Suzuki S., Shigenari A., Okudaira Y., Kikkawa E., Oka A., Ota M., Mitsunaga S., Kulski J.K., Inoko H., Shiina T. HLA-DRB1, -DRB3, -DRB4 and -DRB5 genotyping at a super-high resolution level by long range PCR and high-throughput sequencing. // Tissue Antigens. 2014 Jan; 83(1): 10-6. doi: 10.1111/tan.12258. Epub 2013 Nov 30.

194. Petersdorf E.W. /Genetics of Graft-versus-Host Disease: The Major Histocompatibility Complex // Blood Rev. Author manuscript; available in PMC 2014 Jan 1. Published in final edited form as: Blood Rev. 2013 Jan; 27(1): 1-12.

195. Petersdorf E.W. In Celebration of Ruggero Ceppellini: HLA in Transplantation // HLA. Author manuscript; available in PMC 2018 Feb 1.Published in final edited form as: HLA. 2017 Feb; 89(2): 71-76.

196. Pidala J., Wang T., Haagenson M., Spellman S.R., Askar M., Battiwalla M., Baxter-Lowe L.A., Bitan M., Fernandez-Viña M., Gandhi M., Jakubowski A.A., Maiers M., Marino S. R., Marsh S. G. E., Oudshoorn M., Palmer J., Prasad V. K., Reddy V., Ringden O., Saber W., Santarone S., Schultz K. R., Setterholm M., Trachtenberg E., Turner E. V., Woolfrey A. E., Lee S. J., Anasetti C.. Amino acid substitution at peptide-binding pockets of HLA class I molecules increases risk of severe acute GVHD and mortality // Blood. 2013 Nov 21; 122(22): 3651-3658.

197. Profaizer T., Lazar-Molnar E., Close D.W., Delgado J.C., Kumanovics A. HLA genotyping in the clinical laboratory: comparison of next-generation sequencing methods. // HLA. 2016 Jul;88(1-2):14-24. doi: 10.1111/tan.12850. Epub 2016 Aug 14.

198. Profaizer T., Lazar-Molnar E., Pole A., Delgado J.C., Kumanovics A. HLA genotyping using the Illumina HLA TruSight next-generation sequencing kits: A comparison. // Int J Immunogenet. 2017 Aug; 44(4):164-168. doi: 10.1111/iji. 12322. Epub 2017 May 28.

199. Pröll J., Fischer C., Michelitsch G., Danzer M., Niklas N.. High-Throughput Sequencing of the Major Histocompatibility Complex following Targeted Sequence Capture. // Methods Mol Biol. 2017;1551:87-112. doi: 10.1007/978-1-4939-6750-6_5.

200. Qi J., Wang T.J., Chen L.P., Wang X.F., Wang M.N., Wu J.H.. Utility of next-generation sequencing methods to identify the novel HLA alleles in potential stem cell donors from Chinese Marrow Donor Program. // Int J Immunogenet. 2018 Aug; 45(4):225-229. doi: 10.1111/iji.12377. Epub 2018 May 25.

201. Querol S., Mufti G.J., Marsh S.G.E. et al. Cord blood stem cells for hematopoietic stem cell transplantation in the UK: how big should the bank be? // Haematologica. 2009 Apr; 94(4): 536-541.

202. Rafati M., Akhondi M.M., Sadeghi M.R., Tara S.Z., Ghaffari S.R. Preimplantation High-Resolution HLA Sequencing Using Next Generation Sequencing. // Biol Blood Marrow Transplant. 2018 Apr 9. pii: S1083-8791(18)30158-7.

203. Rafati M., Akhondi M.M., Sadeghi M.R., Tara S.Z., Ghaffari S.R. Preimplantation High-Resolution HLA Sequencing Using Next Generation Sequencing. // Biol Blood Marrow Transplant. 2018 Aug; 24(8):1575-1580. doi: 10.1016/j.bbmt.2018.03.024. Epub 2018 Apr 9.

204. Riezzo I., Pascale N., La Russa R., Liso A., Salerno M., Turillazzi E. Donor Selection for Allogenic Hemopoietic Stem Cell Transplantation: Clinical

and Ethical Considerations. // Stem Cells Int. 2017; 2017:5250790. doi: 10.1155/2017/5250790. Epub 2017 Jun 7.

205. Robin M., Porcher R., Ruggeri A., Blaise D., Wolschke C., Koster L., Angelucci E., Stolzel F., Potter V., Yakoub-Agha I., Koc Y., Ciceri F., Finke J., Labussiere-Wallet H., Cascon M.J.P., Verbeek M., Rambaldi A., Cornelissen J.J., Chevallier P., Radia R., Nagler A., Fegueux N., Gluckman E., de Witte T., Kroger N. HLA-Mismatched Donors in Patients with Myelodysplastic Syndrome: An EBMT Registry Analysis. // Biol Blood Marrow Transplant. 2018 Aug 30. pii: S1083-8791(18)30528-7. doi: 10.1016/j.bbmt.2018.08.026.

206. Robinson J., Halliwell J. A., Hayhurst J. D., Flicek P., Parham P., Marsh S. G. E.. The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases //Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue D1, 28 January 2015, Pages D423-D431.

207. Robinson J., Halliwell J.A., Hayhurst J.H., Flicek P., Parham P., Marsh S.G.E. The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases Nucleic Acids Research (2015) 43:D423-431.

208. Sachdeva A., Gunasekaran V., Malhotra P., Bhurani D., Yadav S.P., Radhakrishnan N., Kalra M., Bhat S., Misra R., Jog P. Guidelines on Umbilical Cord Blood Banking Committee of Indian Academy of Pediatrics. Umbilical Cord Blood Banking: Consensus Statement of the Indian Academy of Pediatrics. //Indian Pediatr. 2018 Jun 15; 55(6):489-494.

209. Sanchez-Mazas A. Polymorphismes immunologiques et migrations humaines: l'histoire racontee par 180,000 individus // Liege, Belgium, International Union for the Scientific Study of Population [IUSSP], 1989.

210. Sanchez-Mazas A. Welcome to HLA population reports. // HLA. 2018 Feb; 91(2):79. doi: 10.1111/tan.13206.

211. Sanchez-Mazas A., Meyer D.. The relevance of HLA sequencing in population genetics studies. // J Immunol Res. 2014; 2014:971818. doi: 10.1155/2014/971818. Epub 2014 Jul 15. Review.

212. Sanchez-Mazas A., Nunes J.M., Middleton D., Sauter J., Buhler S., McCabe A., Hofmann J., Baier D.M., Schmidt A.H., Nicoloso G., Andreani M.,

Grubic Z., Tiercy J.M., Fleischhauer K. Common and well-documented HLA alleles over all of Europe and within European sub-regions: A catalogue from the European Federation for Immunogenetics. // HLA. 2017 Feb; 89(2):104-113. doi: 10.1111/tan.12956.

213. Sanger F., Coulson A.R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase. 1975. Journal of Molecular Biology. 94, 441-448.

214. Sanger F., Nicklen S., Coulson A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. // Proc Natl Acad Sci U S A. — 1977. — Т. 74, вып. 12. — С. 5463-5467.

215. Schöfl G., Lang K., Quenzel P., Böhme I., Sauter J., Hofmann J.A., Pingel J., Schmidt A.H., Lange V. 2.7 million samples genotyped for HLA by next generation sequencing: lessons learned. // BMC Genomics. 2017 Feb 14; 18(1): 161. doi: 10.1186/s12864-017-3575-z.

216. Sebastian A., Migalska M., Biedrzycka A. AmpliSAS and AmpliHLA: Web Server Tools for MHC Typing of Non-Model Species and Human Using NGS Data. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:249-273. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_18.

217. Shiina T., Suzuki S., Kulski J.K., Inoko H. Super High Resolution for Single Molecule-Sequence-Based Typing of Classical HLA Loci Using Ion Torrent PGM. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:115-133. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_8.

218. Shiina T., Suzuki S., Ozaki Y., Taira H., Kikkawa E., Shigenari A., Oka A., Umemura T., Joshita S., Takahashi O., Hayashi Y., Paumen M., Katsuyama Y., Mitsunaga S., Ota M., Kulski J.K., Inoko H. Super high resolution for single molecule-sequence-based typing of classical HLA loci at the 8-digit level using next generation sequencers. // Tissue Antigens. 2012 Oct;80(4):305-16. doi: 10.1111/j.1399-0039.2012.01941.x. Epub 2012 Aug 4.

219. Smith A.G., Pyo C.W., Nelson W., Gow E., Wang R., Shen S., Sprague M., Pereira S.E., Geraghty D.E., Hansen J.A. Next generation sequencing to

determine HLA class II genotypes in a cohort of hematopoietic cell transplant patients and donors. // Hum Immunol. 2014 Oct;75(10):1040-6. doi: 10.1016/j.humimm.2014.08.206. Epub 2014 Aug 27.

220. Snell G.D., Cloudman A.M. et al. Inhibition and stimulation of tumor homoiotransplants by prior injections of lyophilized tumor tissue. // J Natl Cancer Inst. 1946 Jun; 6:303-16. No abstract available.

221. Spínola H., Bruges-Armas J., Brehm A. Discrepancies in HLA Typing by PCR-SSOP and SBT Techniques: A Case Study // Human Biology 79(5):537-543. 2007.

222. Stawinski P., Sachidanandam R., Chojnicka I., Ploski R. Basic bioinformatic analyses of NGS data // Clinical applications for Next-Generation Sequensing . - 2015. - C. 19-37.

223. Szolek A., Schubert B., Mohr C., Sturm M., Feldhahn M., Kohlbacher O. OptiType: precision HLA typing from next-generation sequencing data. // Bioinformatics. 2014 Dec 1; 30(23):3310-6. doi: 10.1093/bioinformatics/ btu548. Epub 2014 Aug 20.

224. Thorsby E. Invited anniversary review: HLA associated diseases. // Hum.Immunol. - 1997. - Vol. 53(1). - P. 1-11.

225. Thorstenson Y.R., Creary L.E., Huang H., Rozot V., Nguyen T.T., Babrzadeh F., Kancharla S., Fukushima M., Kuehn R., Wang C., Li M., Krishnakumar S., Mindrinos M., Viña M.A.F., Scriba T.J., Davis M.M.. Allelic Resolution NGS HLA Typing of Class I and Class II Loci and Haplotypes in Cape Town, South Africa. // Hum Immunol. 2018 Sep 18. pii: S0198-8859(18)30859-0. doi: 10.1016/j.humimm.2018.09.004.

226. Tie R., Zhang T., Yang B., Fu H., Han B., Yu J., Tan Y., Huang H. Clinical implications of HLA locus mismatching in unrelated donor hematopoietic cell transplantation: a meta-analysis // Oncotarget. 2017 Apr 18; 8(16): 2764527660.

227. Trowsdale J. Molecular genetic of MHC // Immunol Suppl. 1988. - Vol. P. 21-23.

228. Van Dijk E/L., Auger H., Jaszczyszyn Y., Thermes C. (2014). Ten years of next-generation sequencing technology. Trends in Genetics. 30, 418-426.

229. Vogiatzi P. Some considerations on the current debate about typing resolution in solid organ transplantation. // Transplant Res. 2016 Mar 8; 5:3. doi: 10.1186/s13737-016-0032-5. eCollection 2016.

230. Weimer E.T. Clinical validation of NGS technology for HLA: An early adapter's perspective. // Hum Immunol. 2016 Oct; 77(10):820-823. doi: 10.1016/j.humimm.2016.06.014. Epub 2016 Jun 21. Review.

231. Weimer E.T., Montgomery M., Petraroia R., Crawford J., Schmitz J.L. Performance Characteristics and Validation of Next-Generation Sequencing for Human Leucocyte Antigen Typing. // J Mol Diagn. 2016 Sep;18(5):668-675. doi: 10.1016/j.jmoldx.2016.03.009. Epub 2016 Jul 1. Erratum in: J Mol Diagn. 2016 Nov; 18(6):933.

232. Wittig M., Anmarkrud J.A., Kassens J.C., Koch S., Forster M., Ellinghaus E., Hov J.R., Sauer S., Schimmler M., Ziemann M., Gorg S., Jacob F., Karlsen T.H., Franke A. Development of a high-resolution NGS-based HLA-typing and analysis pipeline. // Nucleic Acids Res. 2015 Jun 23; 43(11):e70. doi: 10.1093/nar/gkv184. Epub 2015 Mar 9.

233. Wittig M., Anmarkrud J.A., Kässens J.C., Koch S., Forster M., Ellinghaus E., Hov J. R., Sauer S., Schimmler M., Ziemann M., Görg S., Jacob F., Karlsen T. H., Franke A.. Development of a high-resolution NGS-based HLA-typing and analysis pipeline // Nucleic Acids Res. 2015 Jun 23; 43(11): e70. Published online 2015 Mar 9.

234. Wittig M., Juzenas S., Vollstedt M., Franke A. /High-Resolution HLA-Typing by Next-Generation Sequencing of Randomly Fragmented Target DNA. // Methods Mol Biol. 2018; 1802: 63-88.

235. Wittig M., Juzenas S., Vollstedt M., Franke A. High-Resolution HLA-Typing by Next-Generation Sequencing of Randomly Fragmented Target DNA. // Methods Mol Biol. 2018; 1802:63-88. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_5.

236. Yamamoto F., Hoglund B., Fernandez-Vina M., Tyan D., Rastrou M., Williams T., Moonsamy P., Goodridge D., Anderson M., Erlich H.A., Holcomb C.L.. Very high resolution single pass HLA genotyping using amplicon sequencing on the 454 next generation DNA sequencers: Comparison with Sanger sequencing. // Hum Immunol. 2015 Dec;76(12):910-6. doi: 10.1016/j.humimm.2015.05.002. Epub 2015 May 30.

237. Yin Y., Lan J., Zhang Q.. Application of High-Throughput Next-Generation Sequencing for HLA Typing on Buccal Extracted DNA. //Methods Mol Biol. 2018; 1802:101-113. doi: 10.1007/978-1-4939-8546-3_7.

238. Yin Y., Lan J.H., Nguyen D., Valenzuela N., Takemura P., Bolon Y.T., Springer B., Saito K., Zheng Y., Hague T., Pasztor A., Horvath G., Rigo K., Reed E.F., Zhang Q. Application of High-Throughput Next-Generation Sequencing for HLA Typing on Buccal Extracted DNA: Results from over 10,000 Donor Recruitment Samples. // PLoS One. 2016 Oct 31;11(10):e0165810. doi: 10.1371/journal.pone.0165810. eCollection 2016.

239. Zhang Y., Song Y., Cao H., Mo X., Yang H., Wang J., Lu Z., Zhang T. Typing and copy number determination for HLA-DRB3, -DRB4 and -DRB5 from next-generation sequencing data. // HLA. 2017 Mar; 89(3):150-157. doi: 10.1111/tan.12966. Epub 2017 Feb 1.

240. Zhao L.P., Alshiekh S., Zhao M., Carlsson A., Larsson H.E., Forsander G., Ivarsson S.A., Ludvigsson J., Kockum I., Marcus C., Persson M., Samuelsson U., Ortqvist E., Pyo C.W., Nelson W.C., Geraghty D.E., Lernmark A. Better Diabetes Diagnosis (BDD) Study Group. Next-Generation Sequencing Reveals That HLA-DRB3, -DRB4, and -DRB5 May Be Associated With Islet Autoantibodies and Risk for Childhood Type 1 Diabetes. // Diabetes. 2016 Mar;65(3):710-8. doi: 10.2337/db15-1115. Epub 2016 Jan 6.

241. Zhou M., Gao D., Chai X., Liu J., Lan Z., Liu Q., Yang F., Guo Y., Fang J., Yang L., Du D., Chen L., Yang X., Zhang M., Zeng H., Lu J., Chen H., Zhang X., Wu S., Han Y., Tan J., Cheng Z., Huang C., Wang W. Application of high-throughput, high-resolution and cost-effective next generation sequencing-

based large-scale HLA typing in donor registry. // Tissue Antigens. 2015 Jan; 85(1):20-8. doi: 10.1111/tan.12477. Epub 2014 Nov 24. 242. Zinkernagel R.M., Doherty P.C. Immunological surveillance against altered self components by sensitized T lymphocytes in lymphocytic choriomeningitis. // Nature. - 1974. - Vol.251. - P.547-548.