Иммуногенетический профиль популяций Челябинской области (русские, татары, башкиры, нагайбаки) в структуре мировых популяций тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.09, кандидат наук Чернова, Мария Сергеевна

• Чернова, Мария Сергеевна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Чернова, Мария Сергеевна

Оглавление

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Характеристика и эволюция системы НЬА

1.2. Значение НЬА в антропологии и популяционной генетике

1.3. Популяции Челябинской области

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1. Контингент обследуемых лиц

2.2. Иммуногенетическое типирование

2.3. Статистическая обработка

Глава 3. Результаты

3.1. Русские 40. Распределение частот генов НЬА-А и -В и их гаплотипов

3.2. Татары ЧО. Распределение частот генов НЬА-А и -В и их гаплотипов

3.3. Башкиры ЧО. Распределение частот генов НЬА-А и -В и их гаплотипов

3.4. Нагайбаки ЧО. Распределение частот генов НЬА-А и -В и их гаплотипов

3.5. Неравновесное сцепление между локусами НЬА А и В в популяциях Челябинской области

3.6. Генетические расстояния между популяциями ЧО и другими мировыми популяциями

3.7. Дерево популяций

3.8. Анализ соответствий

3.9. Корреляция между географическим и генетическим

расстояниями

Глава 4. Обсуждение

Заключение

Список сокращений

Список литературы

Приложение

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Иммуногенетический профиль популяций Челябинской области (русские, татары, башкиры, нагайбаки) в структуре мировых популяций»

Введение

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Открытие первого лейкоцитарного антигена человека Жаном Досе в 1958 году [65] положило начало всестороннему изучению системы HLA (Human Leukocyte Antigen). Интенсивному развитию исследований в значительной мере способствовало тесное сотрудничество ученых из разных стран мира. Международные рабочие совещания, посвященные HLA и Иммуногенетике, сыграли важную роль в изучении главного комплекса гистосовместимости, разработке классификации и номенклатуры аллелей, а также помогли разработать стандарты для клинической практики.

На сегодняшний день система HLA представляет собой одну из самых изученных генетических систем организма человека. Это объясняется тем, что она является ключевым элементом в иммунной системе, позволяющим отличать «свое» от «чужого» [35, 61, 113]. По этой причине для успешной трансплантации органов и тканей необходимо максимальное совпадение донора и реципиента по антигенам HLA. Помимо этого, гены HLA играют важную роль в предрасположенности к ряду аутоиммунных и инфекционных заболеваний, определяя адекватность иммунного ответа [34, 48, 98, 137, 153]. Тщательный молекулярный анализ этих генов ложится в основу эпидемиологических исследований. Статистические сравнения между группой больных и контролем, принадлежащими к одной популяции, позволяют установить предрасположенность или устойчивость, связанную с определенными аллелями HLA. Знание о повышенной частоте предрасполагающего аллеля в данной популяции является важным условием при оценке генетических рисков развития аутоиммунных и инфекционных заболеваний, определяя адекватность иммунного ответа [53, 58, 108].

Помимо непосредственной практической значимости в медицине система НЬА благодаря необычайному полиморфизму представляет большой интерес для антропологических исследований, изучения генетической истории человеческого вида и механизмов молекулярной эволюции [122, 133, 149]. Уже в 1980 году Жан Досе в своей нобелевской речи подчеркивал особую роль НЬА в антропологических исследованиях [66]. В настоящее время на ежегодных конференциях, посвященных иммуногенетике, значительное внимание уделяется исследованию профилей НЬА различных мировых популяций, а гены системы НЬА, наряду с другими генетическими маркерами (мтДНК, У-хромосома, микросателлитные локусы), используются для исследований демографической истории популяций.

Российская Федерация является одним из наименее изученных регионов мира в плане установления НЬА-профиля популяций. Это связано как с её размерами, так и с чрезвычайно большим числом народностей, проживающих на её территории. В связи с этим, этническое разнообразие нашей страны не было использовано в полной мере для исследования полиморфизма генов НЬА. Однако в последние годы, благодаря распространению в России методов ДНК-типирования, такая возможность появилась. [27].

Южный Урал представляет собой один из наиболее многонациональных и поликонфессиональных регионов России. С глубокой древности на территории края сталкивались народы, пришедшие с Востока и с Запада. В результате их взаимодействия происходило не только взаимное проникновение культурных влияний, но также генетическое смешение и формирование новых этносов. На сегодняшний день Челябинская область насчитывает более 20 национальностей, из которых, согласно Всероссийской переписи населения 2010 г., 83,8 % составляют русские, 5,36 % — татары и 4,81 % — башкиры. Кроме того, на территории Челябинской области проживает 7679 нагайбаков, что

составляет 90% от общей численности этой популяции [74]. Неизбежный процесс глобализации, активно начавшийся в XX веке, неумолимо стирает границы между ранее обособленными популяциями. Свобода перемещения и исчезновение необходимости выбора брачного партнера в пределах своей популяции приводят к обмену генами между ранее изолированными народами, что в значительной мере затрудняет популяционно-генетические исследования. Эти обстоятельства объясняют необходимость проведения подобных исследований в настоящее время.

Цель исследования

Установить иммуногенетический профиль популяций Челябинской области (русские, татары, башкиры и нагайбаки) по генам НЬА I класса (НЬА-А и -В) и определить их место в структуре мировых популяций.

Задачи исследования

1. Охарактеризовать распределение генных частот локусов НЬА-А и -В, а также их гаплотипических сочетаний в 4-х популяциях Челябинской области: русские, татары, башкиры, нагайбаки.

2. Исходя из полученных частот локусов НЬА-А и -В рассчитать генетические расстояния между популяциями Челябинской области и другими мировыми популяциями, и на их основе построить дерево популяций.

3. На основе частот локусов НЬА-А и -В провести анализ соответствий для последующего разделения популяций на группы и установления места популяций Челябинской области в структуре мировых популяций.

4. Рассмотреть корреляцию между генетическим и географическим расстояниями для популяций Челябинской области в сравнении с другими мировыми популяциями.

Методология и методы исследования

Исследование проведено в рамках научной проблемы «Популяционная иммуногенетика». Выборка представителей 4-х

национальностей, проживающих на территории Челябинской области, проводилась среди доноров Челябинской областной станции переливания крови. Принадлежность к определенной этнической группе определялась согласно рекомендациям 8-го Международного Уоркшопа 1980 года.

В ходе экспериментальной части исследования установлено распределение генных частот локусов НЬА А и В. Типирование проводилось при помощи полимеразной цепной реакции с сиквенс-специфическими праймерами.

Для проведения аналитической части исследования был произведен поиск данных о распределении генных частот НЬА локусов А и В в мировых популяциях, в результате чего была сформирована выборка из 22-х популяций, проживающих на Евразийском континенте. При выборе популяций особое внимание уделялось тому, чтобы генные частоты были определены с помощью молекулярно-генетических методов. Матрица распределения генных частот, включающая 26 популяций, легла в основу расчета генетических расстояний по Нею, которые, в свою очередь, стали основой для построения популяционного дерева методом объединенных соседей.

Для визуализации информации, заключенной в генных частотах, проведен анализ соответствий, который позволяет представить взаимное положение популяций на графике, построенном по двум первым осям инерции. Исходя из расположения популяций на графике анализа соответствий, популяции были разделены на группы.

Расстояния между популяциями, рассчитанные на основе их координат, на графике анализа соответствий, сопоставлены с физическими расстояниями между популяциями для определения корреляции между генетическим и географическим расстояниями.

Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора

Результаты молекулярно-генетического типирования получены при

помощи праймеров, успешно проходящими ежегодный контроль на качество типирования ЕРТ (External Proficiency Testing), организованный Европейской Федерацией Иммуногенетики (EFI). Анализ результатов проводился методами, используемыми для обработки данных в популяционной иммуногенетике. Результаты, полученные на основе генов HLA, в целом согласуются с данными, представленным для мтДНК. В работе использованы современные методы получения и обработки исходной информации с использованием прикладных компьютерных программ: Arlequin 3.5, Phylip 3.68, R-статистика.

Основные результаты диссертации доложены и обсуждены на российских и зарубежных научных конференциях, посвященных HLA и иммуногенетике: конференция, зональной лаборатории

иммунологического типирования тканей «Фундаментальное и прикладное значение оценки генов иммунного ответа» (г. Челябинск, 2008), Всероссийская конференция с международным участием «Главный комплекс гистосовместимости - к 50-летию открытия» (г. Санкт-Петербург, 2009), 5th East-West Immunogenetics Conference (Чехия, 2010), 25th European Immunogenetics and Histocompatibility Conference (Чехия, 2011), 8th East-West Immunogenetics Conference (Австрия, 2014).

Личный вклад соискателя состоит в непосредственном участии во всех этапах диссертационного исследования, в планировании научной работы, наборе популяционных выборок, проведении молекулярно-генетического типирования, углубленном анализе отечественной и зарубежной научной литературы, анализе и интерпретации экспериментальных данных, их систематизации, статистической обработке с описанием полученных результатов, написании и оформлении рукописи диссертации, основных публикаций по выполненной работе.

Положения, выносимые на защиту

1. Русские Челябинской области являются типично европеоидной популяцией, не демонстрирующей признаков монголоидного влияния.

Русская популяция — единственная из рассмотренных нами мировых популяций, для которой отсутствует корреляция между генетическим и географическим расстояниями.

2. Башкиры Челябинской области примерно в равной степени включают в себя как европеоидные, так и монголоидные характеристики распределения генов НЬА. Среди популяций Челябинской области они демонстрируют наибольшую корреляцию между генетическим и географическим расстояниями. По всей видимости, башкиры не только первыми из исследованных популяций, появились на Южном Урале, но и сформировались как этнос на его территории.

3. Татары и нагайбаки Челябинской области располагаются среди популяций Юго-Восточной Европы (хорватов, македонцев, болгар, турок), в непосредственной близости друг от друга. В то же время, в обеих популяциях обнаружено аллельное семейство В*46, не встречающееся в европейских популяциях, а, следовательно, указывающее на присутствие монголоидного вклада в генофонд данных популяций.

4. Нагайбаки Челябинской области, несмотря на сходство с татарами, своими предполагаемыми предками, имеют ряд особенностей в распределении генов НЬА. В нагайбакской популяции присутствует аллельное семейство В*45, не обнаруженное в других популяциях Челябинской области, и крайне редко встречающееся в других мировых популяциях. Кроме того, нагайбаки отличаются от других популяций Челябинской области наличием наибольшего количества уникальных гаплотипов НЬА А-В, большинство из которых не характерно ни для одной другой мировой популяции.

Научная новизна

В ходе нашего исследования впервые методом молекулярного типирования получены данные о распределении частот генов НЬА А и НЬА В, а также их гаплотипов, в 4-х популяциях Челябинской области: русские, татары, башкиры, нагайбаки. Впервые, исходя из генных частот

HLA I класса, рассчитаны генетические расстояния между исследованными и мировыми популяциями, и на их основе построено неукорененное дерево объединенных соседей. Кроме того, впервые на основе генов HLA I класса проведен анализ соответствий для популяций Челябинской области (русские, татары, башкиры, нагайбаки), благодаря чему установлено их место в структуре мировых популяций.

Проведенные исследования демонстрируют уникальные особенности HLA-профиля популяций, проживающих на территории Южного Урала. Полученные генные частоты вошли в международную базу данных The Allele Frequency Net Database и представлены на сайте www.allelefrequencies.net. Результаты работы помогают понять закономерности распределения генов HLA в мировых популяциях, представляют интерес для изучения генетической истории человеческого вида, а, кроме того, создают основу для развития клинической трансплантологии, позволяя составить более эффективные алгоритмы поиска совместимого неродственного донора стволовой клетки.

Теоретическая н практическая значимость

Данные о распределении частот генов HLA А и HLA В, а также их гаплотипов в 4-х популяциях Челябинской области имеют самостоятельное популяционно-генетическое значение. В 2011 году они были включены в международный проект Analysis of HLA Population Data (AHPD), результаты которого отражены в международной базе данных популяционной иммуногенетики The Allele Frequency Net Database www. al lelefrequencies .net.

Полученные данные могут быть использованы в качестве контроля для исследований по проблеме «HLA и болезни» в соответствующих популяциях, а также найти применение в оптимизации поиска неродственного донора гемопоэтических стволовых клеток.

Внедрение результатов исследования в практику

Результаты типирования представителей 4-х национальностей вошли в состав Регистра доноров стволовой клетки Челябинской областной станции переливания крови.

Данные о распределении генных частот HLA используются в качестве контроля при исследовании связи HLA с заболеваниями.

Результаты работы внедрены в учебный процесс: используются при преподавании отдельных тем курса иммунологии на биологическом факультете ФГБОУ ВПО «Челябинский государственный университет».

Публикации

Автор имеет 25 опубликованных работ, из них по теме диссертации опубликовано 16 научных работ общим объёмом 2,7 печатного листа, в том числе 5 публикаций в научных журналах и изданиях, которые включены в перечень российских рецензируемых научных журналов и изданий для опубликования основных научных результатов диссертаций, а также 6 работ в зарубежных научных изданиях. Соискателем опубликовано 5 работ в материалах всероссийских и международных конференций.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 101 странице машинописного текста. Состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов исследования, обсуждения полученных результатов, заключения, выводов, списка сокращений, списка литературы и приложения. Диссертация иллюстрирована 10 таблицами 7 рисунками. Список литературы содержит 175 источников, в том числе 31 работ отечественных и 142 зарубежных авторов.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Характеристика и эволюция системы HLA

В данном разделе рассматривается строение генов Главного комплекса гистовоместимости (МНС) человека или системы HLA (Human Leukocyte Antigen). Основное внимание уделено классическим генам первого класса, изученным в ходе исследования (HLA-A и HLA-B). Кроме того, рассмотрена эволюция данной генетической системы на протяжении миллионов лет. Рассмотрены модели эволюции мультигенных семейств, а также механизмы, принимающие участие в возникновении и поддержании полиморфизма.

Структура и свойства системы HLA. Система HLA была открыта в 1958 году Жаном Досе [65], 20 лет спустя после открытия ее аналога у мыши [84]. В 1984 году было установлено ее точное местоположение на коротком плече 6-й хромосомы 6р21.3 [125]. В 1999 году проведено полное секвенирование данного фрагмента размером 3,6 мегабаз [165]. Было выяснено, что регион МНС характеризуется высокой плотностью генов и включает значительное количество генов, связанных с иммунитетом (около 40% экспрессируемых генов).

В составе главного комплекса гистосовместимости выделяют три класса генов: I, II и III (рисунок 1). Такая кластерная организация системы HLA, скорее всего, имеет функциональное преимущество, и не является простым совпадением. Однако механизмы, непосредственно вовлеченные в его реализацию на сегодняшний день не известны [87]. Ближе всего к центромере находятся гены HLA II класса, представленные локусами HLA-DP, -DQ, -DR. Кодируемые ими молекулы в основном экспрессируются на поверхности клеток иммунной системы и построены из двух нековалентно связанных пептидных цепей примерно одинакового размера — а (35 кД) и Р (28кД).

6-я хромосома

Теломера Длинное плечо Центромера Короткое плечо Теломера

1 II 1 1 ■ 11111 II 1

II Bt II

DP DM DQ DR C4 C2Hsp70TNF ВС E A G F

lllllll INN III II II III HU-t-ш-

Генетическая карта региона HL А

Expert Reviews in Molecular Medicine® 2003 Cambridge University Press

Рисунок 1 - Расположение генов I, II и III классов в регионе HLA на коротком плече 6-й хромосомы

Участок протяженностью 1 Мб, расположенный между локусами генов I и II классов, включает гены III класса HLA. В его состав входят гены с различными функциями, такие как гены семейства TNF, ген HSP70 и гены комплемента (С2, С4В, С4А, Bf). В данном регионе практически нет псевдогенов, в отличие от участков, несущих гены первого и второго классов [165].

Среди генов HLA I класса выделяют «классические» локусы (HLA-А, HLA-B, HLA-C) и «неклассические» (HLA-E, -F и -G). Последние отличаются ограниченным полиморфизмом и необычным тканевым распределением своих продуктов. Функции данных молекул долгое время оставались неизвестными, но на сегодняшний день описано, что они участвуют в поддержании иммунной толерантности [126].

Что касается «классических» генов I класса, то они экспрессируются на поверхности всех типов клеток, кроме эритроцитов и ворсинчатого трофобласта. Они представляют собой гетеродимеры, состоящие из двух полипептидных цепей - тяжелой (46 кД) и легкой (12 кД). Из них только тяжелая субъединица (а - цепь) является продуктом главного комплекса

гистосовместимости и именно с ней связаны иммунные функции молекулы. Цепь а пронизывает плазматическую мембрану и имеет три внеклеточных домена - а1 , а2 и аЗ . Вариабельность молекулы сконцентрирована в доменах а1 и аЗ; домен а2 лишен полиморфизма. Легкая ф) цепь представлена (32 - микроглобулином. Это продукт гена, который локализован на 15-ой хромосоме [83], т. е. не входит в состав комплекса НЬА. (32 - микроглобулин генетически однороден и напрямую не участвует в реализации функций НЬА - I. Его роль сводится к транспорту а — цепи на поверхность клетки. р2 - микроглобулин не имеет трансмембранного участка, удерживаясь на мембране за счет нековалентной связи с а - доменом. р2 - микроглобулин легко сбрасывается с клетки, и его определение в крови и моче используется в диагностике некоторых (прежде всего гематологических) заболеваний [19].

Полиморфизм системы НЬА. Участок ДНК, кодирующий молекулы НЬА I и II классов, представляет собой один из самых полиморфных регионов в геноме человека [81]. Постоянное обновление числа аллелей для каждого локуса НЬА, регистрируется в базе данных ИуЮТ/НЬА (http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla), которая предоставляет нуклеотидные и аминокислотные последовательности НЬА аллелей и молекул, а также информацию о номенклатуре [144]. Наибольший уровень разнообразия, наблюдаемый в локусах НЬА, находится во втором и третьем экзоне для генов I класса и во 2-м экзоне для генов II класса. Эти экзоны на уровне белков соответствуют антигенсвязывающему участку в молекуле НЬА. В среднем различия между двумя аллелями НЬА колеблются от 10 до 26 нуклеотидов, в зависимости от локуса, но может достигать 57 нуклеотидов [53]. Анализ аминокислотной последовательности молекул НЬА показывает, что аллельные варианты различаются заменами, соответствующими антигенсвязывающему участку, особенно в карманах, участвующих в связывании боковых цепей пептидов. Пептиды элюированные от различных молекул НЬА I класса различаются

некоторыми позициями, в частности, соответствующими 2-ой и 9-ой аминокислоте в кармане [73]. На основании того, что различные молекулы HLA связывают разные пептиды, был сделан вывод о функциональном значении полиморфизма HLA (высокой степени вариабельности последовательностей), наличие которого позволяет молекуле HLA связывать большое количество разнообразных патогенов, представляемых Т-клеточным рецептором [149].

На сегодняшний день, согласно глобальной базе данных по инфекционным заболеваниям GIDEON, насчитывается почти 350 (http://www.gideononline.com) опасных для человека патогенов. Учитывая количество неизвестных патогенов, а также патогенов, с которыми человечество сталкивалось на протяжении своей истории, неудивительно, что у генов, участвующих в иммунном ответе, наблюдается столь высокая степень полиморфизма. Поскольку иммунный ответ на определенный эпитоп пептида патогена зависит от аллеля HLA, присутствующего у индивидуума, гетерозиготные индивидуумы потенциально обладают большим антигенсвязывающим репертуаром, а значит могут с большим успехом противостоять патогенам [149].

Неравновесное сцепление. Помимо полиморфизма важной характеристикой системы HLA является сильное неравновесное сцепление между ее локусами. Неравновесность сцепления означает, что антигены тесно сцепленных локусов оказываются вместе чаще, чем следует из предположения о случайной ассоциации [143]. Например, некоторые аллели локуса DRB1 демонстрируют сильное неравновесное сцепление со специфическими аллелями локусов DQA1 и DQB1. Более того, во многих популяциях аллели с высокой гомологией в одном локусе HLA (DRB1) могут находиться в неравновесном сцеплении с одними и теми же аллелями других локусов (DQA1 и DQB1), что может указывать на эволюционные взаимоотношения между аллелями [78]. Одним из объяснений различных гаплотипических сочетаний аллелей HLA в разных

популяциях являются дополняющие или компенсаторные свойства аллельных продуктов, кодируемых этим гаплотипом, что позволяет связывать эпитопы разных патогенов [149]. Так, например, существует теория, согласно которой А*01 и В*08 обеспечивают селективное преимущество перед лицом эпидемий таких болезней, как чума или оспа. Однако возможно, что потомки людей, выживших во время подобных эпидемий, сохраняют восприимчивость к иным болезням, поскольку их уникальный генный комплекс не обеспечивает адекватный ответ на другие факторы окружающей среды. Главная трудность этой гипотезы состоит в допущении, что отбор действует на несколько генов одновременно и обеспечивает тем самым возникновение наблюдаемых значений [25].

Альтернативная гипотеза связывает неравновесное сцепление с прохождением популяции через «бутылочное горлышко», либо недавним событием смешения популяций. Когда популяция, лишенная некоторых аллелей, скрещивается с другой, для которой характерна их высокая частота, возникает неравновесное сцепление, которое сохраняется на протяжении нескольких поколений. В малых группах неравновесность может быть обусловлена эффектом основателя и дрейфом генов [121].

Наконец, некоторые случаи неравновесного сцепления являются результатом неслучайного кроссинговера во время мейоза, так как хромосомные сегменты могут быть в большей или меньшей степени ломкими [127]. Однако будь то давление отбора или ограничения кроссинговера, неравновесность сцепления может исчезать в течение нескольких поколений

Эволюция системы МНС. Считается, что гены I и II класса имеют общее происхождение, однако в настоящее время нет единого мнения о том, какой ген мог быть родоначальником более 600 миллионов лет назад [109, 114]. Гены, относящиеся к семейству I класса найдены за пределами МНС или на других хромосомах [38, 57, 80, 91, 124, 139, 142, 157]. Что касается генов II класса, то они имеют гораздо более скромный разброс. На

этом основании некоторые авторы [114] полагают, что гены II класса эволюционировали из генов I класса. Другие исследования полагают, что предковая молекула МНС имела структуру подобную И-классу, а I класс появился позже на ее основе [103, 111, 115].

В качестве самостоятельной структурной единицы система МНС появляется, начиная с хрящевых рыб [44, 79, 168]. Многочисленные изменения, накопленные за это время (региональные и хромосомные транслокации, множественные дупликации, потеря и приобретение локусов) делают этот регион одним из самых динамичных в геноме [132, 160]. В зависимости от вида организма наблюдается большое разнообразие в количестве и структурной организации генов, входящих в систему МНС. Это объясняется тем, что за дивергенцией вида следует быстрая эволюция его МНС путем дупликации и делеции, что ведет к появлению специфического полиморфизма [156, 169].

Гены I класса эволюционируют значительно быстрее генов II класса за счет феномена замены генов в зависимости от вида. Так, например, гены II класса в большинстве случаев являются ортологичными для млекопитающих и сумчатых [103, 161], в то время как гены I класса не являются таковыми даже в разных порядках в классе Млекопитающих [33, 102, 104], а иногда и между видами, принадлежащими к одному роду [55]. Было, однако, замечено, что неортологичные гены I класса занимают гомологичные участки (названные блоками или зонами) [33, 114] окружены очень консервативными генами, которые не входят в состав I класса. Эти гены формируют своеобразный «каркас», который позволяет генам I класса эволюционировать за счет дупликации и делеции внутри каждого блока [32].

Для описания эволюции мультигенных семейств, присутствующих в геноме разных видов животных и растений, было предложено три теоретические модели (рисунок 2).

время а

Предкоеый »ид

нефункциональный ген

вид 1 вид 2 вид 1 вид 1 вид 1 вид 2

Дивергентная Согласованная Эволюция

эволюция "рождения и гибели"

Рисунок 2 - Модели эволюции мультигенных семейств, а. Дивергентная эволюция б. Согласованная эволюция, в. Эволюция путем «рождения и гибели».

Согласно первой из них - модели дивергентной эволюции - гены, появившиеся в результате дупликации одного предкового гена, постепенно дивергируют, со временем накапливая различия. Примером такой эволюции могут быть цепи гемоглобина [105]. Вторая теория предполагает согласованную эволюцию генов мультигенного семейства внутри каждого вида, как в случае рибосомальной РНК, [51]. Однако ни одна из этих теорий не подходит ни для МНС, ни для других мультигенных семейств иммунной системы [130]. В результате, была предложена третья модель, названная эволюция «рождения и гибели» («birth and death evolution») [112, 129]. Согласно данной модели, новые гены появляются в результате дупликации, после чего некоторые из них остаются в геноме на длительные периоды времени, в то время как другие подвергаются делеции, либо становятся нефункциональными в результате мутаций. Этот процесс позволяет объяснить различия в числе генов в регионе МНС у

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Чернова, Мария Сергеевна, 2014 год

Список литературы

1. Балановская, Е.В. Генофонд Русского Севера: славяне? Финны? Палеоевропейцы? / Е. В. Балановская, Д. В. Пежемский, А. Г. Романов и др. // Вестник Московского университета. - 2011. - № 3. - С. 27-58.

2. Балановская, Е.В. Русский генофонд на Русской равнине / Е.В. Балановская, О.П. Балановский. — Москва: Луч, 2007. - 416 с.

3. Бермишева, М.А. Антропология башкир / М.А. Бермишева, В.А. Иванов, Г.А. Киньябаева. - Санкт Петербург: Алетейя, 2011. — 495 с.

4. Бикбулатова, Н.В. Башкиры / Н.В. Бикбулатова // Народы России: Энциклопедия / под ред. В.А.Тишкова. Москва: Большая Российская энциклопедия, 1994. - С.105-108.

5. Боринская, С.А. Этногенмика: История с географией / С.А. Боринская, Э.К. Хуснутдинова // Человек. - 2001. - № 1. - С. 19-30.

6. Бунак, В. В. Происхождение и этническая история русского народа по антропологическим данным / Москва: Наука, 1965. - 416 с.

7. Всемирная история: Учебник для вузов / Под ред. Г.Б. Поляка, А.Н. Марковой. - Москва: Культура и спорт, ЮНИТИ, 1997. - 496 с.

8. Галигузов И.Ф. Народы Южного Урала: история и культура / И. Ф. Галигузов. — Магнитогорск, 2000. — 573 с.

9. Гланц, С. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ. — Москва: Практика, 1998. - 459 с.

10. Григорьев, Б. В. Краткий очерк истории Челябинской области / Б.В. Григорьев, П.Г. Матушкин, Е.М. Тяжельников. - Челябинск: ЮжноУральское кн. изд., 1965. — 516 с.

11. Закиев, М.З. Происхождение тюрков и татар / М.З Закиев. — Москва: Инсан, 2002. - 496 с.

12. История Урала: Учебное пособие (региональный компонент) / под ред. А.Л. Худобородова, В.Д. Ботнера, Н.С. Сидоренко.- Челябинск: ЧГПУ, 2002 .- 260 с.

13. Кравцова, O.A. Генетический портрет поволжских татар: за гранью видимого, или что скрывает ДНК? / O.A. Кравцова, И.Р. Газимзянов. - LAMBERT ACADEMIC PUBLISHING, 2011. - 204 с.

14. Кузеев, Р. Г. Происхождение башкирского народа: Этнический состав, история расселения / Р.Г. Кузеев. — Москва: Наука, 1974. — 572 с.

15. Кузник, Б.И. Особенности распределения антигенов HLAI класса у бурят, проживающих в Агинском национальном округе / Б.И. Кузник, Д.А. Тарбаева, Д.Ц. Нимаева // Иммунология. - 2005. - № 1. - С. 4-6.

16. Лобов, A.C. Структура генофонда субпопуляций башкир: автореф. дис.... канд. биол. наук / A.C. Лобов. — Уфа, 2009. - 23 с.

17. Певницкий, Л.А. Распределение антигенов HLA DR среди русского и болгарского населения / Л.А. Певницкий, Л.Г. Сибирякова, М.Г. Минеев // Иммунология. - 1986. - № 4. - С. 18-20.

18. Петросян, Ю.А. Османская империя / Ю.А. Петросян. -Алгоритм, 2012.-304 с.

19. Пол У. Иммунология: В 3-х т. Пер. с англ./ У. Пол, А. Сильверстайн, М. Купер и др. - Москва: Мир, 1987. -Т. 1. - 476 с.

20. Статистические методы исследования в медицине и здравоохранении / под ред. Л. Е. Полякова. - Ленинград: Медицина, 1971. -200 с.

21. Степанов, В.А. Эволюция и филогеография линий Y-хромосомы человека / В.А. Степанов, В.Н. Харьков, В.П. Пузырев // Вестник ВОГиС. -2006. — Т. 10, № 1. - С. 57-73.

22. Страны и народы. Советский Союз. Общий обзор. Российская Федерация / под ред. Г. Лаппо, В. Козлова, Н. Михайлова. - Москва: Мысль, 1983.-462 с.

23. Татары / Под ред. Р.К. Уразмановой, C.B. Чишко. - Москва: Наука, 2001.-583 с.

24. Трубачев, О.Н. Языкознание и этногенез славян. Древние славяне по данным этимологии и ономастики / О.Н. Трубачев // Вопросы языкознания. - 1982. - № 4. - С. 10-26.

25. Харрисон Т.Р. Внутренние болезни. В 10 книках. Пер. с англ. / Т.Р. Харрисон. - Москва: Медицина, 1995. - Т.2. - 544 с.

26. Храпачевский Р.П. Военная держава Чингисхана / Р.П. Храпачевский. - Москва: АСТ.ЛЮКС, 2005. - 557 с.

27. Хромова, Н. А. Полиморфизм системы HLA у представителей разных славянских этнических групп: русской, белорусской и украинской автореф. дис.... канд. мед. наук / Н.А. Хромова. — Москва, 2006. - 29 с.

28. Хуснутдинова, Э.К. Этногеномика и филогенетические взаимоотношения народов Евразии / Э.К. Хуснутдинова, И.А. Кутуев, Р.И. Хусаинова и др. // Вестник ВОГиС. - 2006. - Т. 10, № 1. - С. 24-40.

29. Чебоксаров Н.Н. Монголоидные элементы в населении Центральной Европы / Н.Н. Чебоксаров // Учёные записки МГУ. - 1941. — № 63.-С. 235-270.

30. Шафир, М.А. Простой и множественный анализ соответствий, как метод разведочного анализа данных: выпускная квалификационная работа / М.А. Шафир. - Москва, 2006. - 119 с.

31. Этнография татарского народа / Под ред. Д.М. Исхакова-Казань: Магариф, 2004. - 287 с.

32. Abi-Rached, L. The МНС Big Bang / L. Abi-Rached, M.F. McDermott, P. Pontarotti // Immunol. Rev. - 1999. - V. 167, № 1. - P. 33-45.

33. Amadou, C. Evolution of the Mhc class I region: the framework hypothesis / C. Amadou // Immunogenetics. - 1999. - V. 49, № 4. - P. 362-367.

34. Amiel, J. Study of the leucocyte phenotypes in Hodgkin's disease / J. Amiel // Histocompatibility testing 1967: report of a conference and workshop. -Baltimore: Williams and Wilkins. - P. 79-81.

35. Amos, D.B. Skin graft rejection between subjects genotyped for HL-A / D. B. Amos, H.F. Seigler, J.G. Southworth et al. // Transplant. Proc. - 1969. - V. 1,№ l.-P. 342-346.

36. Andric, Z. HLA alleles in Serbian population / Z. Andric, R. Simonovic, T. Dukic // Tissue Antigens. -2007. - V. 69, № 5. - P. 425.

37. Andrien, M. HLA-A, -B, -Cw, -DPB1, -DQB1 and -DRB1 allele frequencies in a population from Belgium / M. Andrien, E. Dupont // Hum. Immunol. - 2004. - V. 65, № 9-10. - P. 865-866.

38. Araki, T. Complete amino acid sequence of human plasma Zn-alpha 2-glycoprotein and its homology to histocompatibility antigens / T. Araki, F. Gejyo, K. Takagaki et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1988. - V. 85, № 3. - P. 679683.

39. Arden, B. Biochemical comparison of major histocompatibility complex molecules from different subspecies of Mus musculus: evidence for trans-specific evolution of alleles / B. Arden, J. Klein // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1982. -V. 79, №7.-P. 2342-2346.

40. Arnaiz-Villena, A. HLA alleles and haplotypes in the Turkish population: relatedness to Kurds, Armenians and other Mediterraneans / A. Arnaiz-Villena, M. Karin, N. Bendikuze et al. // Tissue Antigens. - 2001. - V. 57, № 4. -P. 308-317.

41. Arnaiz-Villena, A. HLA genes in Macedonians and the sub-Saharan origin of the Greeks / A. Arnaiz-Villena, K. Dimitroski, A. Pacho, et al. // Tissue Antigens.-2001.-V. 57, №2.-P. 118-127.

42. Arnaiz-Villena, A. HLA Genes in the Chuvashian Population from European Russia: Admixture of Central European and Mediterranean Populations / A. Arnaiz-Villena, J. Martinez-Laso, J. Moscoso, et al. // Hum. Biol. - 2003. - V. 75, №3.-P. 375-392.

43. Arnaiz-Villena A. The uniqueness of Amerindians according to HLA genes and the peopling of the Americas / A. Arnaiz-Villena, J. Moscoso, J.I. Serrano-Vela et al. // Inmunología. - 2006. - V. 25,№ l.-P. 13-24.

44. Bartl, S. What sharks can tell us about the evolution of MHC genes / S. Bartl//Immunol. Rev. - 1998. - V. 166, № 1. - P. 317-331.

45. Belich, M.P. Unusual HLA-B alleles in two tribes of Brazilian Indians / M.P. Belich, J.A. Madrigal, W.H. Hildebrand et al. // Nature. - 1992. - V. 357, №6376.-P. 326-329.

46. Bera, O. HLA class I and class II allele and haplotype diversity in Martinicans / O. Bera, R. Cesaire, E. Quelvennec, et al. // Tissue Antigens. — 2001. - V. 57, № 3. - P. 200-207.

47. Black, F.L. Evidence for heterosis in the HLA system / F.L. Black, F.M. Salzano // Am. J. Hum. Genet. - 1981. - V. 33, № 6. - P. 894-899.

48. Blackwell, J.M. HLA and Infectious Diseases / J.M. Blackwell, S.E. Jamieson, D. Burgner // Clin. Microbiol. Rev. - 2009. - V. 22, № 2. - P. 370-385.

49. Bodmer, W.F. Evolutionary significance of the HL-A system / W.F. Bodmer //Nature. - 1972. - V. 237, № 5351. - P. 139-145 passim.

50. Bradshaw, D. Novel HLA-A locus alleles including A*01012, A*0306, A*0308, A*2616, A*2617, A*3009, A*3206, A*3403, A*3602 and A*6604 / D. Bradshaw, C.P. Gans, P. Jones et al. // Tissue Antigens. - 2002. - V. 59, №4.-P. 325-327.

51. Brown, D.D. A comparison of the ribosomal DNA's of Xenopus laevis and Xenopus mulleri: the evolution of tandem genes / D.D. Brown, P.C. Wensink, E. Jordan // J. Mol. Biol. - 1972. - V. 63, № 1. - P. 57-73.

52. Bubnova, L.N. A comparative study of HLA-A and HLA-B antigens and haplotype distribution among donors of hematopoietic stem cells from Russian and German regions / L.N. Bubnova, G.A. Zaitseva, L.V. Erokhina et al. // Cellular Therapy and Transplantation. - 2008. - V. 1, № 1. - P. 28-34.

53. Buhler S. Etude du polymorphisme moléculaire des gènes HLA de classes I et II à l'échelle mondiale: analyse de la diversité nucléotidique dans les populations / S. Buhler. - Univ. Genève, 2007. - 382 p.

54. Buhler, S. HLA DNA sequence variation among human populations: molecular signatures of demographic and selective events / S. Buhler, A. Sanchez-Mazas. -PLoS One. - 2011. - V. 6, № 2. - el4643.

55. Cadavid, L.F. Evolutionary instability of the major histocompatibility complex class I loci in New World primates / L.F. Cadavid, C. Shufflebotham,

F.J. Ruiz et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1997. - V. 94, № 26. - P. 14536-14541.

56. Cadavid, L.F. Heirs of the jaguar and the anaconda: HLA, conquest and disease in the indigenous populations of the Americas / L.F. Cadavid, D.I. Watkins // Tissue Antigens. - 1997. - V. 50, № 6. - P. 702-711.

57. Calabi, F. A novel family of human major histocompatibility complex-related genes not mapping to chromosome 6 / F. Calabi, C. Milstein, // Nature. - 1986. - V. 323, № 6088. - P. 540-543.

58. Carrington, M. HLA and HIV-1: Heterozygote Advantage and B*35-Cw*04 Disadvantage / M. Carrington, // Science. - 1999. - V. 283, № 5408. - P. 1748-1752.

59. Cavalli-Sforza, L.L. The application of molecular genetic approaches to the study of human evolution / L.L. Cavalli-Sforza, M. W. Feldman // Nat Genet. - 2003. - V. 33.-pp. 266-275.

60. Cavalli-Sforza, L.L. The history and geography of human genes / L.L. Cavalli-Sforza // Princeton, N.J: Princeton University Press, 1994. — 1059 c.

61. Ceppellini, R. Experimental allotransplantation in man. I. The role of the HL-A system in different genetic combinations / R. Ceppellini, P.L. Mattiuz,

G. Scudeller et al. // Transpl. Proc. - 1969. - V. 1, № 1. - P. 385-389.

62. Chen, J.J. Hardy-Weinberg testing for HLA class II (DRB1, DQA1, DQB1, AND DPB1) loci in 26 human ethnic groups / J J. Chen, J. A. Hollenbach, E.A. Trachtenberg et al. // Tissue Antigens. - 1999. - V. 54, № 6. - P. 533-542.

63. Currat, M. Human genetic differentiation across the Strait of Gibraltar / M. Currat, E. Poloni, A. Sanchez-Mazas // BMC Evol. Biol. - 2010. - V. 10, № l.-P. 237.

64. Darke, C. HLA class I (A, B) and II (DR, DQ) Gene and Haplotype Frequencies in Blood Donors from Wales / C. Darke, M.G. Guttridge, J. Thompson, et al. // Exp. Clin. Immunogenet. - 1998. - V. 15, № 2. - P. 69-83.

65. Dausset, J. Iso-leuco-anticorps / J. Dausset // Acta Hasmat. - 1958. -V. 20.-P. 156-166.

66. Dausset, J. The Nobel Lectures in Immunology. The Nobel Prize for Physiology or Medicine, 1980. The major histocompatibility complex in man. Past, present, and future concepts / J. Dausset // Scand. J. Immunol. - 1992. - V. 36, № 2.-P. 145-157.

67. Del Pilar Fortes, M. Allele and haplotype frequencies at human leukocyte antigen class I and II genes in Venezuela's population / M. Del Pilar Fortes, G. Gill, M.E. Paredes et al. // Ann. Biol. Clin. (Paris). - 2012. - V. 70, № 2. -P. 175-181.

68. Dempster, A.P. Maximum Likelihood from Incomplete Data via the EM Algorithm / A.P. Dempster, N.M. Laird, D.B. Rubin // J. R. Stat. Soc. Ser. B Methodol. - 1977. - V. 39, № 1. - P. 1-38.

69. Doherty, P.C. Enhanced immunological surveillance in mice heterozygous at the H-2 gene complex / P.C. Doherty, R.M. Zinkernagel // Nature. - 1975.-V. 256, №5512.-P. 50-52.

70. Downing, J. Five-Locus HLA Typing of Hematopoietic Stem Cell Donor Volunteers Using PCR Sequence Specific Primers / J. Downing, M.G. Guttridge, J. Thompson et al. // Genet. Test. - 2004. - V. 8, № 3. - P. 301-312.

71. Dunne, C. HLA-A, B, Cw, DRB1, DQB1 and DPB1 alleles and haplotypes in the genetically homogenous Irish population / C. Dunne, J. Crowley, R. Hagan, et al. // Int. J. Immunogenet. - 2008. - V. 35, № 4-5. - P. 295-302.

72. Dupanloup, I. Estimating the impact of prehistoric admixture on the genome of europeans / I. Dupanloup, G. Bertorelle, L. Chikhi et al. // Mol Biol Evol. - 2004. - V. 21, № 7. - P. 1361 - 1372.

73. Engelhard, V.H. Structure of Peptides Associated with Class I and Class II MHC Molecules / V.H. Engelhard // Annu. Rev. Immunol. - 1994. - V. 12, № l.-P. 181-207.

74. Evseeva, I. HLA profile of three ethnic groups living in the Northwestern region of Russia / I. Evseeva, A. Spurkland, E. Thorsby, et al. // Tissue Antigens. - 2002. - V. 59, № 1. - P. 38-43.

75. Excoffier, L. Maximum-likelihood estimation of molecular haplotype frequencies in a diploid population / L. Excoffier, M. Slatkin // Mol. Biol. Evol. — 1995.-V. 12, №5.-P. 921-927.

76. Felsenstein, J. Phylogenies and the Comparative Method / J. Felsenstein // Am. Nat. — 1985. — V. 125, № l.-P. 1-15.

77. Ferencik, S. HLA-A, -B, -Cw, -DPB1, -DQA1, -DQB1 and -DRB1 Allele Frequencies in a Population from Essen, Germany / S. Ferencik, H. GrossWilde // Human Immunology. - 2004. - V.65. P.945.

78. Fernandez-Viña, M.A. DQA1*03 subtypes have different associations with DRB1 and DQB1 alleles / M.A. Fernandez-Viña, M. Falco, X. Gao //Hum. Immunol. - 1994. - V.39, № 4. - P. 290-298.

79. Flajnik, M.F. Comparative Genomics of the MHC: Glimpses into the Evolution of the Adaptive Immune System / M. F. Flajnik, M. Kasahara // Immunity.-2001.-V. 15, №3.-P. 351-362.

80. Fukudome, K. Identification, cloning, and regulation of a novel endothelial cell protein C/activated protein C receptor / K. Fukudome, C.T. Esmon // J. Biol. Chem. - 1994. - V. 269, № 42. - P. 26486-26491.

81. Gaudieri, S. SNP Profile within the Human Major Histocompatibility Complex Reveals an Extreme and Interrupted Level of Nucleotide Diversity / S. Gaudieri, R.L. Dawkins, K. Habara et al. // Genome Res. - 2000. - V. 10, № 10. -P. 1579-1586.

82. Gonzalez-Galarza F.F. Allele frequency net: a database and online repository for immune gene frequencies in worldwide populations. F.F. Gonzalez-

Galarza, S. Christmas, D. Middleton et al. Nucleic Acid Research. - 2011. - V. 39. P. D913-D919.

83. Goodfellow, P. The beta2-microglobulin gene is on chromosome 15 and not in the HL-A region / P. Goodfellow, E. Jones, V. van Heyningen et al. // Nature. - 1975. - V. 254, № 5497. - P. 267-269.

84. Gorer, P. The genetic and antigenic basis of tumour transplantation / P. Gorer // J Pathol Bacteriol. - 1937. - V. 44. - P. 691-697.

85. Gouriev, I.P. Genetic Archeological Perspective on the Origin of Yakuts / LP. Gouriev // Russ. J. Genet. - 2004. - V. 40, № 4. - P. 450-453.

86. Grubic, Z. Polymorphism of HLA A, -B, -DRB1, -DQA1 and -DQB1 haplotypes in a Croatian population / Z. Grubic, R. Zunec, E. Deduk-Jelidic // European Journal of Immunogenetics. - 2000. - V. 27 - P. 47.

87. Gruen, J.R. Evolving Views of the Major Histocompatibility Complex / J.R. Gruen, S.M. Weissman, // Blood. - 1997. - V. 90, № 11. - P. 4252-4265.

88. Gu, X. Locus specificity of polymorphic alleles and evolution by a birth-and-death process in mammalian MHC genes / X. Gu, M. Nei // Mol. Biol. Evol. - 1999. - V. 16, №2.-P. 147-156.

89. Guo, S.W. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles / S.W. Guo, E.A. Thompson // Biometrics. - 1992. - V. 48, № 2.-P. 361-372.

90. Harbo, H.F. Norwegian Sami differs significantly from other Norwegians according to their HLA profile / H.F. Harbo, M.E. Riccio, A.R. Lorentzen, et al. // Tissue Antigens. - 2010. - V. 75, № 3. - P. 207-217.

91. Hashimoto, K. A gene outside the human MHC related to classical HLA class I genes / K. Hashimoto, M. Hirai, Y. Kurosawa, // Science. - 1995. - V. 269, № 5224. - P. 693-695.

92. Hayashida, H. Unusual evolutionary conservation and frequent DNA segment exchange in class I genes of the major histocompatibility complex / H. Hayashida, T. Miyata // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1983. - V. 80, № 9. _ p. 26712675.

93. Hedrick, P.W. Evolutionary genetics and HLA: another classic example / P.W. Hedrick, G. Thomson, W. Klitz // Biological Journal of the Linnean Society. - 1987. - V. 31, № 4. - P. 311-331.

94. Hedrick, P. Balancing selection and MHC / P. Hedrick // Genetica. — 1999. - V. 104, № 3. - P. 207-214.

95. Hill, A.V.S. Common West African HLA antigens are associated with protection from severe malaria / A.V.S. Hill, C.E.M. Allsopp, D. Kwiatkowski et al. // Nature. - 1991. - V. 352, № 6336. - P. 595-600.

96. Histocompatibility Testing 1980 : report of the 8th International Histocompatibility Workshop, February 4-6, 1980, Los Angeles, California / Editor, P.I. Terasaki. - Los Angeles, Calif.: UCLA Tissue Typing Laboratory, 1980.-1227 p.

97. HLA 1991: proceedings of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference. - Oxford University Press, 1993. — 1992 p.

98. HLA and disease - the molecular basis : Alfred Benzon Symposium 40 : proceedings of a symposium held at the Royal Danish Academy of Sciences and Letters, August 4-8, 1996. - Copenhagen: Munksgaard, 1997. - 440 p.

99. Horton, R. Variation analysis and gene annotation of eight MHC haplotypes: The MHC Haplotype Project / R. Horton, R. Gibson, P. Coggill et al. // Immunogenetics. - 2008. - V. 60, № 1. - P. 1-18.

100. Hu, S.P. Genetic link between Chaoshan and other Chinese Han populations: Evidence from HLA-A and HLA-B allele frequency distribution / S.P. Hu , J.A. Luan, B. Li, J.X. Chen et al. // Am J Phys Anthropol. - 2007. - V. 132, № l.-P. 140-150.

101. Hughes, A.L. Pattern of nucleotide substitution at major histocompatibility complex class I loci reveals overdominant selection / A. L. Hughes, M. Nei //Nature. - 1988. -V. 335, № 6186. - P. 167-170.

102. Hughes, A.L. Evolution of the major histocompatibility complex: independent origin of nonclassical class I genes in different groups of mammals / A.L. Hughes, M. Nei, // Mol. Biol. Evol. - 1989. - V. 6, № 6. - P. 559-579.

103. Hughes, A. Evolutionary relationships of the classes of major histocompatibility complex genes / A. Hughes, M. Nei, // Immunogenetics. - 1993. -V. 37, №5.-P. 337-346.

104. Hurt, P. The Genomic Sequence and Comparative Analysis of the Rat Major Histocompatibility Complex / P. Hurt, L. Walter, R. Sudbrak et al. // Genome Res. - 2004. - V. 14, № 4. - P. 631-639.

105. Ingram, V.M. Gene Evolution and the Haemoglobins / V.M. Ingram // Nature. - 1961. -V. 189, № 4766. - P. 704-708.

106. Ivanova, M. HLA polymorphism in Bulgarians defined by highresolution typing methods in comparison with other populations / M. Ivanova, E. Rozemuller, N. Tyufekchiev et al. // Tissue Antigens. - 2002. - V. 60, № 6. - P. 496-504.

107. Johansson, A. Genetic origin of the Swedish Sami inferred from HLA class I and class II allele frequencies / A. Johansson, M. Ingman, S.J. Mack, et al. //Eur J Hum Genet. -2008. - V. 16,№11.-P. 1341-1349.

108. Kawashima, Y. Adaptation of HIV-1 to human leukocyte antigen class I / Y. Kawashima, K. Pfafferott, J. Frater,et al. // Nature. - 2009. - V. 458, № 7238.-P. 641-645.

109. Kelley, J. Comparative genomics of major histocompatibility complexes / J. Kelley, L. Walter, J. Trowsdale // Immunogenetics. - 2005. - V. 56, № 10.-P. 683-695.

110. Kitawaki, J. Association of HLA class I and class II alleles with susceptibility to endometriosis / J. Kitawaki, H. Obayashi, N. Kado et al. // Hum. Immunol.-2002.-V. 63, № 11.-P. 1033-1038.

111. Klein, J. Composite origin of major histocompatibility complex genes / J. Klein, C. O'hUigin, // Curr. Opin. Genet. Dev. - 1993. - V. 3, № 6. - P. 923930.

112. Klein, J. Different modes of Mhc evolution in primates / J. Klein, C. O'hUigin, F. Figueroa et al. // Mol. Biol. Evol. - 1993. - V. 10, № 1. - P. 48-59.

113. Knobloch, C. Self-nonself discrimination and repertoire selection of human T cells differentiated in an HLA-semiallogeneic environment following bone marrow transplantation for severe combined immunodeficiency / C. Knobloch, S.F. Goldmann, W. Friedrich // Eur. J. Immunol. - 1991. - V. 21, № 10. - P. 2479-2487.

114. Kulski, J.K. Comparative genomic analysis of the MHC: the evolution of class I duplication blocks, diversity and complexity from shark to man / J.K. Kulski, T. Shiina, T. Anzai et al. // Immunol. Rev. - 2002. - V. 190, № 1. - P. 95122.

115. Lawlor, D.A. Evolution of Class-I MHC Genes and Proteins: From Natural Selection to Thymic Selection / D.A. Lawlor, J. Zemmour, P.D. Ennis et al. // Annu. Rev. Immunol. - 1990. - V. 8, № 1. - P. 23-63.

116. Lewontin, R.C. The Evolutionary Dynamics of Complex Polymorphisms / R.C. Lewontin, K. Kojima // Evolution. - 1960. — V. 14, № 4. — P. 458.

117. Loeza, F. Distribution of class I and class III MHC antigens in the Tarasco Amerindians / F. Loeza, G. Vargas-Alarcon, F. Andrade et al. // Hum. Immunol. - 2002. - V. 63, № 2. - P. 143-148.

118. Machulla, H.K.G. Genetic affinities among Mongol ethnic groups and their relationship to Turks / H. K. G. Machulla, D. Batnasan, F. Steinborn et al. // Tissue Antigens. -2003. - V. 61, № 4. - P. 292-299.

119. Malyarchuk, B. Differentiation of Mitochondrial DNA and Y Chromosomes in Russian Populations / B. Malyarchuk, M. Derenko, T. Grzybowski et al. // Hum. Biol. - 2004. - V. 76, № 6. - P. 877-900.

120. Martinez-Laso, J. HLA molecular markers in Tuvinians: a population with both Oriental and Caucasoid characteristics / J. Martinez-Laso, M. Sartakova, L. Allende et al. // Ann. Hum. Genet. - 2001. - V. 65, № 3. - P. 245-261.

121. McVean, G.A. A genealogical interpretation of linkage disequilibrium. G.A. McVean // Genetics. - 2002. - V. 162, № 2, P. 987-991.

122. Meyer, D. Signatures of Demographic History and Natural Selection in the Human Major Histocompatibility Complex Loci / D. Meyer, R.M. Single, S.J. Mack et al II Genetics. - 2006. - V. 173, № 4. - P. 2121-2142.

123. Mohyuddin, A. HLA analysis of the Parsi (Zoroastrian) population in Pakistan / A. Mohyuddin, S.Q. Mehdi // Tissue Antigens. - 2005. - V. 66, № 6. -P. 691-695.

124. Moody, D.B. The molecular basis of CD 1 -mediated presentation of lipid antigens / D.B. Moody, G.S. Besra, I.A. Wilson et al. // Immunol. Rev. — 1999. - V. 172, № 1. - p. 285-296.

125. Morton, C. Orientation of loci within the human major histocompatibility complex by chromosomal in situ hybridization / C. Morton, I.R. Kirsch, W.E. Nance et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1984 - V. 81, № 9, P. 28162820.

126. Moscoso, J. HLA-G, -E and -F: Allelism, function and evolution / J. Moscoso, J.I. Serrano-Vela, R. Pacheco et al. // Transpl. Immunol. New Ways Immunotolerance. - 2006. - V. 17, № 1. - P. 61-64.

127. Nachman, M.W.Variation in recombination rate across the genome: evidence and implications / M.W. Nachman // Curr. Opin. Genet. Dev. - 2002. -V. 12, № 6. - P.657-663.

128. Nei, M. Genetic Distance between Populations / M. Nei // Am. Nat. -1972. - V. 106, № 949. - P. 283.

129. Nei, M. Evolution by the birth-and-death process in multigene families of the vertebrate immune system / M. Nei; X. Gu, T. Sitnikova // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1997. - V. 94, № 15. - P. 7799-7806.

130. Nei, M. Concerted and birth-and-death evolution of multigene families / M. Nei, A.P. Rooney, // Annu. Rev. Genet. - 2005. - V. 39, № 1. - P. 121-152.

131. Nowak, J. Allele and extended haplotype polymorphism of HLA-A, -C, -B, -DRB1 and -DQB1 loci in Polish population and genetic affinities to other populations / J. Nowak, R. Mika-Witkowska, M. Polak, et al. // Tissue Antigens. -2008.-V. 71, №3.-P. 193-205.

132. Ohta, Y. Primitive synteny of vertebrate major histocompatibility complex class I and class II genes / Y. Ohta, K. Okamura, E.C. McKinney et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2000. - V. 97, № 9. - P. 4712-4717.

133. Panneerchelvam S. HLA Polymorphism in Anthropology / S. Panneerchelvam, M. Nor // Abdel-Salam B. Histocompatibility /, Editor, B. Abdel-Salam. - InTech, 2012.- 196 p.

134. Parham, P. The Origins of HLA-A,B,C Polymorphism / P. Parham, E.J. Adams, K.L. Arnett//Immunol. Rev. - 1995. - V. 143, №1.-P. 141-180.

135. Parham, P. Population Biology of Antigen Presentation by MHC Class I Molecules / P. Parham, T. Ohta // Science. - 1996. - V. 272, № 5258. - P. 67-74.

136. Park, M.H. HLA-A, -B, -DRB1 allele and haplotype frequencies in 510 Koreans / M.H. Park, H.S. Kim, S. J. Kang // Tissue Antigens. - 1999. - V. 53, №4.-P. 386-390.

137. Pereyra F. The Major Genetic Determinants of HIV-1 Control Affect HLA Class I Peptide Presentation / F. Pereyra, X. Jia, P.J. McLaren // Science. -2010. -V. 330, № 6010, P. 1551-1557.

138. Perrier, P. Identification of a new DQB1 allele that appears to have been generated by an interallelic sequence exchange / P. Perrier, C. Reveillere, C. Andre-Botte et al. // Tissue Antigens. - 2000. - V. 56, № 6. - P. 556-559. .

139. Porcelli, S.A. THE CD1 SYSTEM: Antigen-Presenting Molecules for T Cell Recognition of Lipids and Glycolipids / S.A. Porcelli, R.L. Modlin // Annu. Rev. Immunol. - 1999. - V. 17, № 1. - P. 297-329.

140. Price, P. The genetic basis for the association of the 8.1 ancestral haplotype (Al, B8, DR3) with multiple immunopathological diseases / P. Price, C. Witt, R. Allcock et al. // Immunol. Rev. - 1999. - V. 167. - P. 257-274.

141. Prugnolle, F. Pathogen-Driven Selection and Worldwide HLA Class I Diversity / F. Prugnolle, A. Manica, M. Charpentier et al. // Curr. Biol. CB. -2005.-V. 15, № 11.-P. 1022-1027.

142. Radosavljevic, M. A Cluster of Ten Novel MHC Class I Related Genes on Human Chromosome 6q24.2-q25.3 / M. Radosavljevic, B. Cuillerier, M.J. Wilson et al. // Genomics. - 2002. - V. 79, № 1. - P. 114-123.

143. Reich, D.E. Linkage disequilibrium in the human genome / D.E. Reich, M. Cargill, S. Bolk et al. // Nature. - 2001. - V. 411, № 6834. - P. 199-204.

144. Robinson, J. The IMGT/HLA database / J. Robinson, J.A. Halliwell, H. McWilliam et al. // Nucleic Acids Res. - 2013. - V. 41, № Dl, P. D1222-D1227.

145. Saitou , N. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees / N. Saitou, M. Nei // Mol. Biol. Evol. - 1987. -V. 4, No 4. - P. 406-425.

146. Saitou, N. Relative Efficiencies of the Fitch-Margoliash, Maximum-Parsimony, Maximum-Likelihood, Minimum-Evolution, and Neighbor-joining Methods of Phylogenetic Tree Construction in Obtaining the Correct Tree / N. Saitou, T. Imanishi // Mol. Biol. Evol. - 1989. - V. 6, № 5. - P. 514.

147. Sanchez-Mazas, A. African diversity from the HLA point of view: influence of genetic drift, geography, linguistics, and natural selection / A. Sanchez-Mazas // Hum. Immunol. - 2001. - V. 62, № 9. - P. 937-948.

148. Sanchez-Mazas, A. 13th International Histocompatibility Workshop Anthropology/Human Genetic Diversity Joint Report: HLA genetic differentiation of the 13th IHWC population data relative to worldwide linguistic families / A. Sanchez-Mazas // Immunobiol. Hum. MHC Proc. 13th Int. Histocompat. Workshop Conf. - 2007. - V. 1. - P. 758 - 766.

149. Sanchez-Mazas, A. Immunogenetics as a tool in anthropological studies / A. Sanchez-Mazas, M. Fernandez-Vina, D. Middleton et al. // Immunology.-201 l.-V. 133, №2. -P. 143-164.

150. Sanchez-Mazas, A. Strategies to work with HLA data in human populations for histocompatibility, clinical transplantation, epidemiology and population genetics: HLA-NET methodological recommendations / A. Sanchez-Mazas, B. Vidan-Jeras, J.M. Nunes et al. // Int. J. Immunogenet. - 2012. - V. 39, № 6. - P. 459-476.

151. Satta, Y. Intensity of natural selection at the major histocompatibility complex loci / Y. Satta, C. O'hUigin, N. Takahata et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. -1994. -V. 91, № 15.-P. 7184-7188.

152. Saunders, M.A. The extent of linkage disequilibrium caused by selection on G6PD in humans / M.A. Saunders, M. Slatkin, C. Garner et al. // Genetics.-2005.-V. 171, № 3.-P. 1219- 1229.

153. Schlosstein, L. High Association of an HL-A Antigen, W27, with Ankylosing Spondylitis / L. Schlosstein, P.I. Terasaki, R. Bluestone et al. // N. Engl. J. Med. - 1973. - V. 288, № 14. - P. 704-706.

154. Serjeantson, D. The Colonization of the Pacific: The Story According to Human Leukocyte Antigens / D. Serjeantson, D.P. Ryan, A.R. Thompson //Am J Hum Genet. - 1982. - V. 34,№ 6. - P. 904-909.

155. Shaw C K. Distribution of HLA gene and haplotype frequencies in Taiwan: a comparative study among Minnan, Hakka, Aborigines and Mainland Chinese / C.K. Shaw, L.L. Chen, A. Lee et al. // Tissue Antigens. - 1999. - V. 53, № 1.-P. 51-64.

156. Shiina, T. Molecular dynamics of MHC genesis unraveled by sequence analysis of the 1,796,93 8-bp HLA class I region / T. Shiina, G. Tamiya, A. Oka et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1999. - V. 96, № 23. - P. 13282-13287.

157. Simister, N.E. An Fc receptor structurally related to MHC class I antigens / N.E. Simister, K.E. Mostov, // Nature. - 1989. - V. 337, № 6203. - P. 184-187.

158. Simoni, L. Geographic patterns of mtDNA diversity in Europe / L. Simoni, F. Calafell, D. Pettener // Am J Hum Genet. - 2000. -V. 66, №1. - P. 262278.

159. Solberg, O.D. Balancing selection and heterogeneity across the classical human leukocyte antigen loci: A meta-analytic review of 497 population studies / O.D. Solberg, S.J. Mack, A.K. Lancaster,et al. // Hum. Immunol. - 2008. -V. 69, №7.-P. 443-464.

160. Stet, R.J.M. Major Histocompatibility Lineages and Immune Gene Function in Teleost Fishes: The Road Not Taken / R.J.M. Stet, C.P. Kruiswijk, B. Dixon // Crit. Rev. Immunol. - 2003. - vol. 23., № 5-6. - P. 32.

161. Takahashi, K. Origins and divergence times of mammalian class II MHC gene clusters / K. Takahashi, A. Rooney, M. Nei // J. Hered. - 2000. - V. 91, № 3. - P. 198-204.

162. Takahata, N. Footprints of intragenic recombination at HLA loci / N. Takahata, Y. Satta // Immunogenetics. - 1998. - V. 47, № 6. - P. 430-441.

163. Tambets, K. The Western and Eastern Roots of the Saami—the Story of Genetic 'Outliers' Told by Mitochondrial DNA and Y Chromosomes / K. Tambets, S. Rootsi, T. Kivisild et al. // Am. J. Hum. Genet. - 2004. - V. 74, № 4. -P. 661-682.

164. Tavoularis, S. Identification of three new DRB3* (DRB3*0106, DRB3*0107 and DRB3*02022) alleles / S. Tavoularis, S. Ouellet, S. Stephens // Tissue Antigens. -2001. -V. 57, № 4. - P. 390-393.

165. The MHC sequencing consortium : Complete sequence and gene map of a human major histocompatibility complex // Nature. - 1999. —V. 401, № 6756 -P. 921-923.

166. Thomas, R. HLA-B and HLA-C alleles and haplotypes in the Dravidian tribal populations of southern India / R. Thomas, S.B. Nair, M. Banerjee // Tissue Antigens. - 2004. - V. 64, № 1. - P. 58-65.

167. Toropovskiy A. Distribution of HLA alleles in population of Samara region /, L. Trusova, S. Volchkov, I. Abubakirova, O. Tyumina // Tissue Antigens. -2009.-V. 73, №5, P. 464.

168. Wang, С. Characterization of a divergent non-classical MHC class I gene in sharks / C. Wang, T. Perera, H. Ford et al. // Immunogenetics. - 2003. - V. 55, № l.-P. 57-61.

169. Watkins, D.I. The Evolution of Major Histocompatibility Class I Genes in Primates / D.I. Watkins, // Crit. Rev. Immunol. - 1995. - V. 15, № 1. - P. 1-29.

170. Weir, B.S. Genetic data analysis II: methods for discrete population genetic data /B.S. Weir. - Sunderland, Mass: Sinauer Associates, 1996. - 445 p.

171. Xu, S. Analysis of Genomic Admixture in Uyghur and Its Implication in Mapping Strategy / S. Xu, W. Huang, J. Qian et al. // Am. J. Hum. Genet. -2008. - V. 82, № 4. - P. 883-894.

172. Yang, G. HLA-A, -B, and -DRB1 polymorphism defined by sequence-based typing of the Han population in Northern China / G. Yang, Y.-J. Deng, S.-N. Hu et al. // Tissue Antigens. - 2006. - V. 67, № 2. - P. 146-152.

173. Zahlavova, L. HLA-A, -B, -Cw, -DPB1, -DQA1, -DQB1 and -DRB1 allele frequencies in a population from the Czech Republic / L. Zahlavova, , N. Bendukidze, E. Ivaskova // Human Immunology. - 2004. - V.65. P. 925.

174. Итоги Всероссийской переписи населения [Электронный ресурс]. - Москва, 2010. Режим доступа: http://www.gks.ru/.

175. R Development Core Team. R: A language and environment for statistical computing [Электронный ресурс] / R Development Core Team. R Foundation for Statistical Computing. - Vienna, Austria, 2008. Режим доступа: http://www.r-project.org.

93