Полиморфизм генов системы HLA II класса малой народности нагайбаков, проживающих в Челябинской области тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.09, кандидат наук Зарипова Ольга Николаевна

• Зарипова Ольга Николаевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Зарипова Ольга Николаевна

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Характеристика и свойства системы ИЬЛ

1.2. Естественный отбор и эволюция системы ИЬЛ

1.3. Нагайбаки - теории этногенеза, популяционная характеристика

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1. Контингент обследуемых лиц

2.2.Иммуногенетическое типирование

2.3.Методы статистической обработки

Глава 3. Результаты исследования и обсуждение

3.1. Распределение частот генов и гаплотипов системы ИЬЛ-П класса в популяции нагайбаков Челябинской области

3.2. Сравнение частот генов и двухлокусных гаплотипов системы ИЬЛ II класса популяции нагайбаков с популяциями, проживающими в Челябинской области (русские, татары и башкиры)

3.2.1. Сравнение частот генов и двухлокусных гаплотипов системы ИЬЛ II класса популяции нагайбаков с популяцией русских, проживающих в Челябинской области

3.2.2. Сравнение частот генов и двухлокусных гаплотипов системы ИЬЛ II класса популяции нагайбаков с популяцией татар, проживающих в Челябинской области

3.2.3. Сравнение частот генов и двухлокусных гаплотипов системы ИЬЛ II класса популяции нагайбаков с популяцией башкир, проживающих в Челябинской области

3.3. Место популяции нагайбаков в генофонде Евразийских популяций в рамках исследования генов системы ИЬЛ II класса

3.4. Обсуждение

Заключение

Выводы

Список сокращений

Список литературы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Полиморфизм генов системы HLA II класса малой народности нагайбаков, проживающих в Челябинской области»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

В настоящее время одним из наиболее перспективных направлений в изучении роли НЬА в развитии или устойчивости к ряду заболеваний является межпопуляционный подход. Исследования полиморфизма НЬА в различных этнических группах, проходящие в рамках программ международных рабочих совещаний по тканевой совместимости, позволяют обнаруживать все новые аллельные варианты генов НЬА. До недавнего времени этническое разнообразие нашей страны, в которой проживает огромное количество народностей, не было использовано в полной мере для исследования полиморфизма генов НЬА. В последние годы благодаря распространению в России молекулярно-генетических методов изучения НЬА такая возможность появилась [37].

Сведения, полученные в результате изучения полиморфизма главного комплекса гистосовместимости в популяциях различной этнической принадлежности, создают основу для дальнейшего развития ряда направлений: клиническая трансплантология, предиктовая диагностика (определение предрасположенности к различным заболеваниям), криминалистика (идентификация личности) и используются в антропологических исследованиях. Это является предпосылкой для проведения исследований НЬА-разнообразия в проживающих на территории России популяциях на современном молекулярно-генетическом уровне. Изучение малочисленных уникальных народов России, имеющих тенденцию к сокращению численности и потере исторического наследия, имеет приоритетное значение.

Сегодня в Челябинской области проживают люди более 20 национальностей. Основными этносами являются русские, башкиры, татары, нагайбаки, казахи, белорусы, украинцы [145].

Нагайбаки - единственная официально признанная малая народность Южного Урала, согласно последним данным переписей населения (2002 г., 2010 г.) ее численность сократилась с 9000 до 7000 человек [145].

Для популяционного исследования нагайбаков важным этапом является историко-культурный анализ развития данной популяции, ее миграционные движения и формирование как отдельной этнической общности.

Уникальность нагайбаков, как малой народности, состоит в первую очередь в ее неоднородном демографическом составе: согласно историческим данным в этногенезе нагабаков, кроме основного состава, участвовало также более 20 национальностей [30]. Вторым важным и уникальным фактором является относительная «молодость» популяции по сравнению с другими официально признанными малыми народностями: с начала формирования данной этнографической группы прошло несколько столетий, в то время как первые упоминания о нагайбаках соответствуют 16 веку [1]. За столь короткий период в популяции сформировались языковой, культурный и юридический признаки (официальное признание нагайбаков малой народностью Южного Урала). Третьим важным фактором с точки зрения популяционной генетики является географическая и культурная изоляция данной популяции на современном этапе, что возможно повлияло на особенности иммуногенетических характеристик нагайбаков.

Все эти факторы определяют актуальность нашего исследования в рамках популяционной иммуногенетики.

Цель настоящей диссертационной работы - установить особенности распределения генов и гаплотипов системы ИЬЛ II класса в популяции нагайбаков Челябинской области в рамках сравнительного анализа и анализа генетических расстояний с основными популяциями Челябинской области и популяциями Евразии.

Задачи:

1. Определить частоту встречаемости частот генов и гаплотипов НЬА-ЭКВ!, -ЭрЛ1, -ЭрВ1 в популяции нагайбаков Челябинской области.

2. Провести сравнительный анализ генов и гаплотипов ИЬЛ-ОКБ1, -ЭрЛ1, -ЭрБ1 популяции нагайбаков с основными популяциями, проживающими в Челябинской области (русские, татары и башкиры).

3. Согласно полученным данным по генам локуса ИЬЛ-ОКБ1 рассчитать генетические расстояния между нагайбаками и евразийскими популяциями.

4. На основе частот генов локуса НЬА-ОКБ1 и генетических расстояний с помощью анализа соответствий и дендрологического анализа определить взаимосвязь нагайбаков и евразийских популяций.

Методы исследования

В данной работе мы охарактеризовали ИЬЛ-ОКБ1, -ЭрЛ1, -ЭрВ1 профили уникальной малой народности Южного Урала нагайбаков (п=112), постоянно проживающих в Нагайбакском районе Челябинской области из следующих населенных пунктов: Кассель, Фершампенуаз, Париж, Остроленский, Нагайбак.

Принадлежность к этнической группе определялась по официальным документам и данным генеалогического анамнеза в трех поколениях согласно рекомендациям 8-го Уоркшопа 1980 года [87].

В ходе экспериментальной части исследования установлено распределение генных частот локусов ИЬЛ-ОКБ1, -ЭрЛ1, -ЭрБ1. Генотипирование проводилось методом полимеразной цепной реакции с аллель специфическими праймерами (РСЯ-ББР) [67] и наборами НПФ «ДНК-технология».

Для оценки использовали частоту генов (§1} - долю определенного аллельного семейства среди всех аллельных семейств в исследуемой популяции и стандартную ошибку для генной частоты (БЕ) [29]. Для определения частоты двухлокусных и трехлокусных гаплотипов (ИБ) и неравновесного сцепления (А-уа1ие) методом максимального правдоподобия (тах1тит-НекеНЬооё) использовали компьютерную программу «Арлекин», версия 3.1. [71].

Для расчета генетических расстояний, анализа соответствий и дендрологического анализа были использованы стандартизированные международные программы для компьютерной обработки популяционных

данных Phylip-3.68 [27], PAST-2.17 [17]. В программе использовался метод «Стандартное генетическое расстояние Нея» [115,116]. В рамках этого анализа использовались собственные данные по частотам генов локуса HLA-DRB1 популяции нагайбаков и литературные данные в той же области 22 Евразийских популяций [6,7,42,43,70,73,75,79,81,104,117,135,138,139].

Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора

Результаты молекулярно-генетического типирования получены на базе лаборатории иммунологических исследований ГБУЗ ЧОСПК, успешно проходящей ежегодный контроль качества типирования EPT (External Proficiency Testing), организованный Европейской Федерацией Иммуногенетики (EFI). Анализ результатов проводился методами, используемыми для обработки данных в популяционной иммуногенетике. В работе использованы современные методы получения и обработки исходной информации с использованием прикладных компьютерных программ: Arlequin 3.1 [71], Phylip 3.68.[27], PAST-2.17 [17]

Основные результаты диссертации доложены и обсуждены на российских и международных научных конференциях по направлениям диссертации: VI конференция Иммунологов Урала «Актуальные проблемы фундаментальной и клинической иммунологии и аллергологии» (Ижевск, 2007 г.), Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics". - Moscow ( Москва, 2010 г.); IX Российская конференция иммунологов Урала (Челябинск, 2011 г.), Вторые районные краеведческие чтения «Нагайбакское наследие» (Пленарный доклад, Фершампенуаз, 2012), XIV Конференция иммунологов Урала с международным участием (Челябинск, 2017 г.)

Личный вклад соискателя состоит в непосредственном участии во всех этапах диссертационного исследования.

Основная научная идея, планирование научной работы, включая формулировку рабочей гипотезы, определение методологии и общей концепции диссертационного исследования проводилось совместно с научным

руководителем. Цель и задачи сформулированы совместно с научным руководителем.

Дизайн исследования разработан лично диссертантом. Анализ современной отечественной и зарубежной литературы по изучаемой проблеме проведен лично диссертантом.

Получение и интерпретация данных научной работы осуществлялось при личном участии диссертанта; лабораторные исследования - совместно с сотрудниками лаборатории иммунологических исследований ГБУЗ «ЧОСПК». Автор выражает благодарность главному врачу ГБУЗ «ЧОСПК» Крохину Анатолию Анатольевичу и заведующему лабораторией иммунологических исследований ГБУЗ «ЧОСПК» Сусловой Татьяне Александровне за помощь и предоставленную возможность проведения исследований по теме диссертационной работы на базе лаборатории.

Статистическая обработка первичных данных, интерпретация и анализ полученных результатов, написание и оформление рукописи диссертации осуществлялось соискателем лично. Основные положения диссертации представлены в виде научных публикаций и докладов на научно-практических мероприятиях как лично, так и в соавторстве.

Положения, выносимые на защиту

1. Популяция нагайбаков имеет высокое иммуногенетическое разнообразие по генам НЬА-ОКБ1, -О0А1, -О0В1.

2. Популяция нагайбаков, в отличие от других популяций Челябинской области (русских, татар и башкир), имеет свои уникальные особенности, среди них снижение частоты гаплотипа ВКБ1*15-0рА1*01:02-0рБ1*06:02 и появление гаплотипа, ранее не зарегистрированного в других мировых популяциях - ВКВ1*07-0дА1*03-0дВ1*03:01.

3. Популяция нагайбаков по генетическим расстояниям, рассчитанным по частотам генов ИЬА-ОКБ1, приближена к популяциям Восточной Европы и популяциям Челябинской области.

Научная новизна исследования

Впервые получены данные по распределению генов и гаплотипов системы ИЬЛ II класса популяции нагайбаков, проживающих в Челябинской области. Впервые проведен сравнительный анализ генов ИЬЛ-ОКВ1, -ЭрЛ1, -ЭрВ1, двухлокусных гаплотипов системы ИЬЛ II класса нагайбаков и популяций проживающих в Челябинской области (русских, татар и башкир). Впервые рассчитаны генетические расстояния по генам локуса НЬА-ОКВ1, на основе которых проведен дендрологический анализ и анализ соответствий нагайбаков и 22 евразийских популяций.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные данные по распределению генов и гаплотипов системы НЬА II класса популяции нагайбаков, проживающих в Челябинской области имеют самостоятельное популяционное значение. Они могут быть использованы как база данных для популяционно-генетических исследований, для расширения регионального Регистра потенциальных доноров стволовой клетки, в диагностических целях, а также для проведения антропологических, криминалистических и других исследований. Данные о распределении генных частот системы НЬА используются в качестве контроля при исследовании связи НЬА с заболеваниями.

Внедрение результатов исследования

Результаты типирования 112 представителей популяции нагайбаков вошли в состав Регистра доноров стволовой клетки ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови».

Результаты работы внесены в ряд дисциплин биологического факультета ФГБОУ ВО «ЧелГУ».

Объем и структура диссертации

Диссертация изложена на 104 страницах машинописного текста. Состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов исследования, обсуждения полученных результатов, заключения, выводов, списка сокращений, списка литературы. Диссертация иллюстрирована 17 таблицами, 5 рисунками. Список литературы содержит 145 источников, в том числе 40 отечественных и 104 зарубежных авторов.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Характеристика и свойства системы HLA

В данном разделе рассматривается структура системы HLA, характеристика генов Главного комплекса гистосовместимости человека (MHC) или системы HLA (Human Leukocyte Antigen). Особое место уделено характеристике и свойствам генов HLA II класса, их полиморфизму и возможности участия в естественном отборе.

Структура системы HLA. Первые научные обзоры по системе HLA были опубликованы еще в 1958 году и принадлежали Жану Досе [63]. И уже через 3 десятилетия было установлено местоположение генов системы HLA на коротком плече шестой хромосомы 6p21.3 [113]. Полное секвенирование генов МНС человека проведено в 1999 году [137].

Согласно современным представлениям, гены системы HLA являются генами иммунного ответа: белки кодируемые главным комплексом гистосовместимости контролируют распознавание антигена и запуск наиболее эффективного из всего многообразия защитных механизмов варианта иммунного ответа. [37].

Гены HLA сгруппированы в три основных класса (рисунок 1.1.1). Класс I включает гены A, B, C, E, F и G, обеспечивающие развитие эффекторного звена иммунитета и участвующие в репродуктивной функции. В области генов класса II локализованы гены DR, DQ, DP, продукты которых обеспечивают иммунологическое распознавание чужеродных агентов (основная функция генов иммунного ответа). Помимо них в области генов HLA класса II картированы «неклассические» гены LMP, TAP, DM, CLIP и др., ответственные за процессинг и презентацию иммунодоминантных пептидов, т.е. как за выделение из антигена иммунодоминантного пептида, так и за его доставку к соответствующим пептид -связывающим участкам молекулы HLA [38].

Рисунок 1.1.1 - Структура генов системы HLA [38]

В области генов HLA класса III локализованы гены C3, ответственные за функцию комплемента, а также гены TNF, кодирующие белки фактора некроза опухолей; HSP, кодируюшие белки теплового шока, и др. Эти гены объединены сходной функцией — обеспечением неспецифической защиты организма от чужеродных агентов без стадии распознавания генетически чужеродных агентов [34].

Полиморфизм системы HLA. Участок ДНК, кодирующий молекулы HLA I и II классов, представляет собой один из самых полиморфных регионов в геноме человека [78]. Постоянное обновление числа аллелей для каждого локуса HLA, регистрируется в базе данных IMGT/HLA (http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla), которая предоставляет нуклеотидные и аминокислотные последовательности HLA

аллелей и молекул, а также информацию о номенклатуре [125]. Наибольший уровень разнообразия, наблюдаемый в локусах НЬА, находится во втором и третьем экзоне для генов I класса и во 2-м экзоне для генов II класса. Эти экзоны на уровне белков соответствуют антигенсвязывающему участку в молекуле НЬА. В среднем различия между двумя аллелями НЬА колеблются от 10 до 26 нуклеотидов, в зависимости от локуса, но могут достигать 57 нуклеотидов. [52].

Классические молекулы НЬА класса I включают молекулы А, В и С, кодируемые тремя различными соответствующими локусами а-цепи. Они связывают короткие пептидные фрагменты (длиной 8-10 аминокислот), полученные в основном из эндогенных белков, и представляют их на клеточной мембране. В этом случае CD8+ Т-клетки с соответствующими рецепторами Т-клеток будут взаимодействовать с комплексом пептид-НЬА. Некоторые молекулы класса I также взаимодействуют с МК-клетками. Неклассические молекулы НЬА класса I охватывают молекулы Е, F и G, которые намного менее полиморфны и которые в основном функционируют как лиганды для МК-клеток [129].

Молекулы ИЬЛ II класса состоят из двух тяжелых цепей, а и в, которые включают в себя два внеклеточных домена. Их пептидсвязывающая борозда образована их доменами а1 и р1. Молекулы класса II включают молекулы DR, DQ и DP, кодируемые соответствующими локусами а и в-цепи в комплексе НЬА. Цепи DRв, DQа, DQв, DPа и DPв являются чрезвычайно полиморфными, тогда как цепь DRa по существу мономорфна. Выражены четыре различные цепи DRв; DRв1, DRв3, DRв4 и DRв5. Молекулы класса II экспрессируются в специализированных антигенпредставляющих клетках, таких как дендритные клетки, где они собирают более длинные пептидные фрагменты (длиной 8-15 аминокислот) в основном из эндоцитозных экзогенных белков и представляют их на клеточной мембране. С комплексом пептид-НЬА в этом варианте будут взаимодействовать СЭ4+ Т-клетки с соответствующими рецепторами Т-клеток. [129]

Весь спектр чужеродных антигенов, которые могут связывать молекулы ИЬЛ II класса, до сих пор не определен, и работ в этой области не очень много.

Ряд работ в это области было проведено Hunt D.F. и соавт.: при помощи масс спектрометрии была предпринята попытка посчитать общее количество вариантов, которые могут связывать молекулы II класса.[93]

Предполагается, что полиморфизм аллелей HLA в значительной степени функционален, различные молекулы HLA связывают разные наборы пептидов. Поэтому в пептидсвязывающем участке молекул HLA требуется высокое разнесение последовательностей, чтобы связывать большое количество пептидов, полученных из патогенов, которые затем представлены рецепторам Т-клеток [129].

Неравновесное сцепление. Существует очень сильное неравновесное сцепление (D-valeo) или неслучайная связь между аллелями HLA в разных локусах; то есть некоторые аллели HLA встречаются вместе в популяциях чаще, чем ожидалось, исходя из их частот генов. Например, аллели локуса DRB1 демонстрируют высокое неравновесное сцепление со специфическими аллелями в локусах DQA1 и DQB1. Кроме того, во многих популяциях аллели HLA в одном локусе DRB1, находятся в неравновесном сцеплении с одинаковыми аллелями в других локусах, то есть DQA1 и DQB1, что может указывать на эволюционную связь между некоторыми аллелям. Одним из объяснений различных гаплотипических сочетаний аллелей HLA в разных популяциях являются дополняющие или компенсаторные свойства аллельных продуктов, кодируемых этим гаплотипом, что позволяет связывать эпитопы разных патогенов [129].

Альтернативная гипотеза связывает неравновесное сцепление с прохождением популяции через «бутылочное горлышко», либо недавним событием смешения популяций. Когда популяция, лишенная некоторых аллелей, скрещивается с другой, для которой характерна их высокая частота, возникает неравновесное сцепление, которое сохраняется на протяжении нескольких поколений. В малых группах неравновесность может быть обусловлена эффектом основателя и дрейфом генов [108].

Распределение частот аллелей HLA II класса в мировых популяциях. Исторические и эволюционные отношения между современными популяциями

человека были выведены из сравнений распределений HLA-аллелей и гаплотипов [106,107,126,128].

Различные популяции людей демонстрируют различные генетические профили HLA. Частично это объясняется географическим распространением современных людей во всем мире, а частично - действием естественного отбора [109,129,134].

Точное знание распределения частот аллелей во многих разных популяциях может помочь понять историю народонаселения и взаимодействие популяций с окружающей их средой в патогенном контексте [129].

Важным этапом в определении основных иммуногенетических характеристик мировых популяций стали коллективные исследования, в рамках программы Международных рабочих совещаний по исследованию HLA [8789,128], в так называемом антропологическом разделе, в котором участвовало 1000 научных центров.

В настоящее время существует несколько баз данных по распределению генов HLA в разных популяциях. Одними из самых используемых в международном формате являются: http://www.allelefrequencies.net [130] - база данных, содержащая информацию о распределении антигенов, генов и гаплотипов HLA среди мировых популяций, и http://hla-net.eu [130] - база данных, нацеленная на объединение исследователей, работающих в области трансплантации костного мозга, эпидемиологии и генетики популяций, чтобы совершенствовать молекулярную характеристику генетического разнообразия HLA как для общественного здравоохранения, так и для фундаментальных исследований.

За последние два десятилетия Sanchez-Mazas, Solberg и др. собрали подробные данные о разнообразии HLA в разных популяциях во всем мире и перечислили четыре наиболее часто встречающихся аллеля (FMF - four most frequent) в каждом из классических локусов HLA из 10 регионах мира наряду с совокупной частотой для этих аллелей (CAF - cumulative frequency for alleles) для каждого региона [129]. Из-за различий в разрешении набора аллелей между

исследованиями некоторые аллели были объединены с общей категорией для сравнения. Четыре наиболее часто встречающихся аллеля (FMF), присутствующих в определенных регионах мира, представляют собой множественные аллели, которые идентичны в своих нуклеотидных последовательностях экзону 2 (для аллелей класса II) и указаны как группы G.

Sanchez-Mazas, Solberg и др. выделили группы населения по регионам, включив в них коренных жителей этого региона или недавно мигрировавших (в течение последних 500 лет) из этого региона: SSA, Sub-Saharan Africa (Африка к югу от Сахары); NAF, North Africa (Северная Африка); EUR, Europe (Европа); SEA, Southeast Asia (Юго-Восточная Азия); SWA, Southwest Asia (Юго-Западная Азия); OCE, Oceania (Океания); AUS, Australia (Австралия); NEA, Northeast Asia (Северо-Восточная Азия); NAM, North America (Северная Америка); SAM, South America (Южная Америка); OTH, Other (популяции, не вошедшие не в одну группу) [129].

Согласно их анализу:

DRB1*11:01 является высокочастотным аллелем в популяциях Африки к югу от Сахары (SSA), Юго-Западной Азии (SWA) и Океании (OCE);

DRB1*15:01+ представляет высокочастотность DRB1*15:01 и DRB1* 15:06 в Европе (EUR), включая европейских американцев и европейских австралийцев;

DQA1*01:01:01G представляет DQA1*01:01, DQA1*01:04 и DQA1*01:05 в популяциях Африки к югу от Сахары (SSA), Европы (EUR), Юго-Восточная Азии (SEA), Океании (OCE), Северной Америки (NAM), Южной Америки (SAM) и др. популяциях, не вошедших в данное географическое распределения, выделенный в группу OTH;

DQA1*03:01:01G представляет DQA1*03:01, DQA1*03:02 и DQA1*03:03 в популяциях Африки к югу от Сахары(SSA), Северной Африки (NAF), Европы (EUR), Юго-Западной Азии (SWA), Юго-Восточная Азии (SEA),, Океании (OCE), Северо-Восточной Азии (NEA), Северной Америки (NAM), Южной Америки (SAM) и OTH;

DQA1*05:01:01G представляет DQA1*05:01, DQA1*05:02, DQA1*05:03 и DQA1*05:05 в популяциях Африки к югу от Сахары (SSA), Северной Африки (NAF), Европы (EUR), Северо-Восточной Азии (NEA), Юго-Восточной Азии (SEA) и OTH;

DQB1*02:01:01G представляет DQB1*02:01 и DQB1*02:02 в популяциях Африки к югу от Сахары (SSA), Северной Африки (NAF), Европы (EUR), Юго-Западной Азии (SWA), Юго-Восточной Азии (SEA), и OTH;

DQB1*03:01:01G представляет DQB1*03:01 и DQB1*03:09 в популяциях Юго-Восточной Азии (SEA), Северо-Восточной Азии (NEA) и OTH;

DQB1*06:02+ представляет DQB1*06:02 и DQB1*06:11 в популяциях Африки к югу от Сахары (SSA) и OTH.

Из статьи следует, что шаблоны аллельного разнообразия в локусе DRB1 значительно отличается от шаблонов в DQA1 и DQB1. В последних локусах небольшое количество аллелей обеспечивает высокие частоты по всему миру. Аллельные варианты DQA1*03:01/*03:01:01G и DQA1*05:01/*05:01:01G являются двумя из высокочастотных аллелей во всех регионах и аллель DQB1*0301/*03:01:01G также является одним из аллелей FMF во всех регионах [129].

Объединив исследования ряда авторов А. Sanchez-Mazas отметила, что в локусе HLA-DRB1, генетическая структура HLA европейцев обнаруживает заметные различия между западно-центральной и северной популяциями, с одной стороны, и юго-восточными популяциями с другой (с повышенными частотами DRB1*11:04, DRB1*11:01 по сравнению с другими регионами), резкая генетическая граница была обнаружена примерно на уровне Альп [54,131]. Это может быть последствием снижения уровней гена, «протекающего» по этим горам во время истории заселения этого континента во время Неолита, где происходило демографическое распространение и географически неоднородная миграция населения с Ближнего Востока [56,82,122].

Генетическая карта HLA Европы характеризуется экстремальной дифференциацией некоторых популяций, таких как норвежские саамы (высокие

кумулятивные частоты DRB1*08:01 и DQB1*04:02), которые ближе генетически к финскому населению, чем к другим норвежцам [83]. С другой стороны, баски -культурный и лингвистический изолят на северо-западе Испании, демонстрируют лишь немного отличающиеся ИЬЛ по сравнению с индоевропейскими популяциями [59,60], что согласуется с анализами в масштабе всего генома [100].

Согласно ряду работ 8апсЬе7-Мага8 и др. в Восточной Азии широтные генетические клины наблюдаются во всех классических локусах НЬА, в том числе и в локусе НЪА-ОКВ1, с более высокими уровнями внутреннего генетического разнообразия на северо-востоке (Алтай, Южная и Северная Корея, Монголия, Япония), чем в юго-восточных популяциях (Китай, Вьетнам, Таиланд). [65]. Неравномерное распределение некоторых аллелей НЬЛ и аллельных линий также встречается между популяциями северо-востока и юго-восточной Азии, ограниченное географическое распределение некоторых обнаруженных на юге аллелей (БЯВ1*12:02, *13:12, *14:04), тогда как многие аллели, наблюдаемые на севере, более глобально распределены [65]. Эти результаты бросают вызов текущим представлениям, поддерживающим уникальное происхождение восточноазиатских популяций в Юго-Восточной Азии [41].

Некоторые результаты также актуальны для Океании. Например, данные HLA-DRB1 подтверждают некоторые генетические связи между популяциями нагорья Папуа-Новой Гвинеи и австралийскими аборигенами (с несколькими аллелями DRB1*04 и DRB1*14), что указывает на то, что они могут быть общими потомками древней колонизации этой области [106], которая была покрыта уникальной растительностью («Сахал») во время палеолитических ледниковых периодов.

Америндийские популяции также являются генетически удаленными друг от друга для НЬА и даже более подвержены дискриминации, когда генетические расстояния взвешены с молекулярными расстояниями между аллелями. Их аллельное разнообразие ограничено, причем некоторые аллели имеют очень высокие частоты (например, DRB1*04:07, *04:11, *08:02, *04:02 и *16:02, в зависимости от населения) [53]. Изучение иммуногенетики популяций

американских индейцев из Мексики и Южной Америки дает особенные результаты. Несмотря на обнаружение ограниченного числа аллелей, все локусы Н^А, за исключением ЭРВ1, представляют высокие уровни гетерозиготности [53,134]. В популяциях индейцев очень мало аллелей каждого локуса (четыре ^Л-А, семь НЬА^, семь НЬА -С, пять HLA-DRB1, два НЬА^А1, два НЬА-DQB1 и пять HLA-DPB1), но в каждой популяции присутствуют несколько аллелей каждого локуса. Многие аллели, обнаруженные в этих популяциях, не наблюдаются в других популяциях [49,74,101,121,143].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Зарипова Ольга Николаевна, 2022 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Атнагулов, И.Р. Нагайбаки: опыт комплексного историко-этнографического исследования хозяйства и материальной культуры второй половины XIX - начала XX века./ И.Р Атнагулов. - Магнитогорск: МаГУ. -2007. - 244 с. - ISBN 978-5-86781-525.

2. Баязитова, Ф.С. К истории формирования говоров крещеных татар/ Ф.С. Баязитова // Исследования по диалектологии и истории татарского языка (материалы и исследования). - Казань. - 1979. - С.105-138.

3. Бектеева, Е.А. Нагайбаки (крещёные татары Оренбургской губернии) / Е.А. Бектеева // Живая старина. Периодическое издание отдела этнографии Императорского Русского географического общества. -1902. -Вып.1-11. - С.165-181.

4. Болдырева, М.Н. HLA и естественный отбор. Гипотеза «преимущества функциональной гетерозиготности». /Болдырева МН, Алексеев Л,П. // Иммунология. - 2006. - Т.27, №3. - С.172-176.

5. Болдырева, М.Н. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. I. Русские / М.Н.Болдырева, Л.П.Алексеев, Р.М.Хаитов и др. // Иммунология. - 2005. - №5.-С. 260-263.

6. Болдырева, М.Н. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. II. Народы европейской части / М.Н.Болдырева, И.А.Гуськова, О.В.Богатова и др. // Иммунология. - 2006. - Т.27, №4. - С. 198-202.

7. Болдырева, М.Н. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. III. Народы Евразии/ М.Н. Болдырева //Иммунология. - 2006. -№ 6. - С. 324-329.

8. Борисова, Л.В. Особенности распределения HLA-аллелей I и II классов в чувашской популяции. /Борисова Л.В., Яздовский В.В., Болдырева М.Н., Сергеев И.В. //Физиология и патология иммунной системы. - 2009. -№3. - С.28-35.

9. Бурмистрова, А.Л. Иммуногенетический анализ башкирской этнической группы Южно-Уральского региона и ассоциация генов HLA I и II

классов с ревматоидным артритом у башкир /Бурмистрова, А.Л., Девальд И.В., Тимофеева С.В.. [и др.]// Иммунология. - 2005. - №2. - С. 68-72.

10. Витевский, В.Н. Неплюев и Оренбургский край в прежнем его составе до 1758 г. В 3-х т. Т. I./В.Н. Витевский - Казань: Типолитогр. В.М. Ключникова, 1897. - 292 с.

11. Володько, Н.В. Генетическая история алеутов с Командорских островов в результате анализа вариабельности генов HLA класса II. / Н.В. Володько, О.А. Дербенева, Т.С. Уинук-Оол [и др.]// Генетика.- 2003.- Т. 39(12).- С. 1710.

12. Гланц, C. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ./ C. Гланц. - Москва: Практика, 1998. - 459 с. ISBN 5-89816-009-4.

13. Глухов, М. С. Судьба гвардейцев Сеюмбеки: Неформальный подход к еще неписаным страницам истории/ М.С. Глухов - Казань: Ватан,1993. - 285с.

14. Евсеева, И.В. Иммуногенетическая характеристика коренных народностей Севера европейской территории России / И.В. Евсеева, М.Н. Болдырева, Е. Грудакова [и др.]// Иммунология. - 2001. - № 5. - С. 22-26.

15. Закиев, М.З. Происхождение тюрков и татар / М.З Закиев. -Москва: Инсан., 2002. - 496 с. - ISBN 5-85840-317-4.

16. Захарова, И.Н. Целиакия и ассоциированные заболевания / И.Н.Захарова, Ю.А.Дмитриева, Ф.С.Дзебисова //Российский вестник перинатологии и педиатрии. - 2014. -№ 3. - С.44-49.

17. Ивантер, Э. В. Введение в количественную биологию: учеб. пособие для студентов биол. спец. / Э. В. Ивантер, А. В. Коросов. - Петрозав. гос. ун-т. - 2-е изд. - Петрозаводск : Издательство ПетрГУ, 2011. - 302 с. ISBN 978-5-8021-1231-1.

18. Исхаков, Д.М. Этнотерриториальные группы татар Поволжья и Урала и вопросы их формирования: Ист.-этнограф. атлас татар. народа. / Д.М.

Исхаков, Ю. Г. Мухаметшин, Н. А. Халиков - Казань: ПИК Дом печати, 2002.

- С. 247 . - ISBN 5-94259-057-5.

19. Исхаков, Д.М. Крещеные татары/ Д.М Исхаков //Татарская энциклопедия. В 5 т.- Казань: институт татарской энциклопедии АН РТ, 2006.

- Т.3 - С.660. ISBN 5-902375-03-7.

20. Исхаков, Д.М. От средневековых татар к татарам нового времени (этнологический взгляд на историю волго-уральских татар XV -XVII вв.): научное издание./ Д.М. Исхаков- Казань: Мастер Лайню, 1998. -276 с.

21. Исхаков, Д.М. Этнодемографическое развитие нагайбаков до первой четверти XX в. / Д.М. Исхаков // Нагайбаки (Комплексное исследование группы крещёных татар-казаков). - Казань: ИЯЛИ им. Г. Ибрагимова АН РТ, 1995. - С.4-18.

22. Ищенкова, И. В. Гены HLA II класса DRB1 и DQB1 у доноров регистра гемопоэтических стволовых клеток г. Ростова-на-Дону / И.В Ищенкова., Э.Е.Кудинова, О.А. Савченко [и др.]//Вестник гематологии ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России. - 2018. - Том XIV, № 2. - С. 4-11.

23. Крылов, М.Ю. ДНК типирование генов II класса HLA у коренных жителей Чукотки/ М.Ю.Крылов, Ш Ердес, Л.И.Алексеева [и др.] // Генетика. - 1995.- Т.31(6).- С.852-858.

24. Кураева, Т.Л. Ассоциация сахарного диабета 1 типа с полиморфными аллелями HLA-DR и DQ-генов в двух русских популяциях -московской и вологодской / Т.Л.Кураева, М.Н. Кашенин, М.Н.Болдырева [и др.]. //Сахарный диабет - 2009. - №2. - С. 28-32.

25. Кутявина, С.С. Генетические особенности HLA-аллелей у бурят, проживающих на территории Иркутской области./ С.С.Кутявина, М.А.Логинова, В.В. Черанев [и др.].// Гематология и трансфузиология. - 2017.

- 62(3). -С. 147-152.

26. Макеева, А.И. Данные дерматоглифики к проблеме формирования татароязычного населения Волго-Уральского региона: Автореф. дисс. канд. ист. наук./А.И. Макеева - М., 2015. - 20 с.

27. Платонов, А.Е. Статистический анализ в медицине и биологии: задачи, терминология, логика, компьютерные методы / А.Е.Платонов. -М.: Издательство РАМН, 2000. - 50 с. - ISBN 5-7901-0022-8.

28. Поздеева, О.С. Гены гистосовместимости II класса в популяции удмуртов / О.С. Поздеева, М.Н. Болдырева, Т.Э.Янкевич [и др.] //Иммунология - 2014. - № 2. -С. 60-63.

29. Реброва, О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA / О.Ю.Реброва. — М.: Медиа Сфера, 2006. - 305 с. - ISBN 5-89084-013-4.

30. Рычков, П.И. «Топография Оренбургской губернии» ч. I, II./ П.И. Рычков. - Оренбург, 1887. - 406 с.

31. Сароянц, Л.В.. Молекулярный полиморфизм HLA-гена II класса в популяциях европейского юга России / Л.В.Сароянц [и др.] // Материалы II Московского Международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития».- Москва. - 2003.-Ч.1.- С.139.

32. Суслова, Т.А. Распределение генов, гаплотипов HLA в популяции башкир, проживающих в Челябинской области/ Т.А. Суслова, А.Л. Бурмистрова, М.С. Чернова // Иммунология. - 2011. - № 2. - С.65-68.

33. Суслова, Т.А. Иммуногенетический профиль (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1) популяции русских Челябинской области / Т.А. Суслова, М.Н. Вавилов, Д.С. Сташкевич, [и др.]// Гематология и трансфузиология. -2015. - Т. 60, № 3. - С. 28 - 35.

34. Хаитов, Р.М. Иммуногенетика и биобезопасность. / Р.М. Хаитов, Л.П. Алексеев - Москва: ООО Миттель-пресс, 2014. - 230 с. - ISBN 978-5-212-01303-1.

35. Хаитов, Р.М. Новые представления о функции главного комплекса генов иммунного ответа человека (HLA и естественный отбор). / Р.М.Хаитов, Л.П.Алексеев, М.Н.Болдырева //Физиологический журнал им. Сеченова. - 2006. - Том 92, №4. - С.393-401.

36. Хаитов, Р.М. Полиморфизм генов иммунного ответа и его роль в противоинфекционной защите/ Р.М.Хаитов, Л.П.Алексеев, М.Н. Болдырева [и др.]// Иммунология. - 2013. - № 3. - С. 132-144.

37. Хаитов, Р.М. Роль иммуногенетики в решении фундаментальных и прикладных задач персонализированной медицины/ Р.М.Хаитов, Л.П.Алексеев, И.А.Кофиади //Медицина экстремальных ситуаций. - 2016. - №3 (57). - С. 9-23.

38. Хаитов, Р.М. Физиология иммунной системы. / Р.М. Хаитов -Москва: ВИНИТИ РАН, 2001. - 223 с. - ISBN 5-20-113404-1

39. Хидиятова, И.М. Анализ полиморфизма гена HLA-DRB1 в популяциях Волго-Уральского региона./ И.М.Хидиятова, А.Т.Ишмухаметова, Г.И.Лукманова, Э.К. Хуснутдинова // Генетика. - 2004. - №2 - С. 267-271.

40. Хромова, Н.А. Изучение особенностей распределения аллелей DRB1 локуса и трехлокусных гаплотипов среди представителей восточнославянских популяций. / Н.А.Хромова, М.Н.Болдырева, И.А.Гуськова [и др.]//Медицинская генетика. - 2006. - Том 5, №6. - С. 21-25.

41. Abdulla, М.А. Mapping human genetic diversity in Asia./ M.A. Abdulla, I. Ahmed, A. Assawamakin, [et al].//Science. - 2009. -№326 - P.1541-5.

42. Arnaiz-Villena, A. HLA Genes in the Chuvashian population from European Russia: Admixture of Central European and Mediterranean Populations / A. Arnaiz-Villena, J. Martinez-Lazo, J. Moscoso [et al] // Human Biology - 2003. - Vol.75. - N3. - P.375.

43. Arnaiz-Villena, A. HLA alleles and haplotypes in the Turkish population: relatedness to Kurds, Armenians and other Mediterraneans / A. Arnaiz-Villena, M. Karin, N. Bendikuze [et al]. // Tissue Antigens. - 2001. - V. 57, № 4. -P. 308-317.

44. Aguilar, A. High MHC diversity maintained by balancing selection in an otherwise genetically monomorphic mammal. / A. Aguilar, G. Roemer, S. Debenham [et al] // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. -2004. - №101. - P. 3490-3494.

45. de Almeida, D.E. New Insights into the Functional Role of the Rheumatoid Arthritis Shared Epitope / D.E. de Almeida, S. Ling, J. Holoshitz // FEBS Letters. - 2011 - 585(23) - P. 3619-3626.

46. de Almeida, D. E. MHC molecules in health and disease: At the cusp of a paradigm shift./ D. E. de Almeida, J. Holoshitz //Self Nonself. - 2011. - Jan-Mar;2(1). - P.43-48.

47. de Bakker, P.I.W. A high resolution HLA and SNP haplotype map for disease association studies in the extended human MHC./ P.I.W. de Bakker [et al].// Nature Genetics. - 2006. - 38. - P. 1166-1172.

48. Beleza S. The timing of pigmentation lightening in Europeans./ S. Beleza, A.M. Santos, B. McEvoy, [et al]// Molecular Biology and Evolution. -2013 - 30(1). - P. 24-35.

49. Belich, M.P. Unusual HLA-B alleles in two tribes of Brazilian Indians./ M.P. Belich, J.A. Madrigal, W.H. Hildebrand [et al]// Nature. -1992. -357:- P. 326-329.

50. Bin Chen. Role of HLA-B27 in the pathogenesis of ankylosing spondylitis/ Bin Chen, Jia Li, Chongru He [et al] //Molecular Medicine Reports. -2017. - Apr; 15(4). - P.1943-1951.

51. Borghans J. M. MHC polymorphism under host-pathogen coevolution. / J. M. Borghans, J. B. Beltman, R. J. De Boer.// Immunogenetics.-2004. - 55. - P.732-739.

52. Buhler, S. Etude du polymorphisme moléculaire des gènes HLA de classes I et II à l'échelle mondiale: analyse de la diversité nucléotidique dans les populations / S. Buhler. - Univ. Genève, 2007. - 382 p.

53. Buhler, S. HLA DNA sequence variation among human populations: molecular signatures of demographic and selective events / S. Buhler, A. Sanchez-Mazas.// PLoS One. - 2011. - V. 6, № 2. - e14643.

54. Buhler, S. HLA-C molecular characterization of a Lebanese population and genetic structure of 39 populations from Europe to India-Pakistan./ S. Buhler, A. Megarbane, G. Lefranc, J-M. Tiercy //Tissue Antigens. - 2006. - 68. - P.44-57.

55. Caillat-Zucman, S. Molecular mechanisms of HLA association with autoimmune diseases/ S Caillat-Zucman // Tissue Antigens. - 2008. - 73/ - P. 1-8.

56. Chikhi, L. Clines of nuclear DNA markers suggest a largely neolithic ancestry of the European gene pool./ L. Chikhi, G. Destro-Bisol, G. Bertorelle [et al] // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. - 1998. - 95. -P.9053-8.

57. Clarke, B.C. Maintenance of histocompatibility polymorphism. / B.C. Clarke, D.R.S. Kirby //Nature. - 1966. -211. - P. 999-1000.

58. Coelho, M. Microsatellite variation and evolution of human lactase persistence./ M .Coelho, D. Luiselli, G. Bertorelle, [et al].// Humen Genetics. -2005. -117(4). - P. 329-339.

59. Comas, D. HLA evidence for the lack of genetic heterogeneity in Basques./ D. Comas, F. Calafell, E. Mateu, [et al].//Annals of Humen Genetics. -1998. - 62. - P.123-132.

60. Comas, D. HLA class I and class II DNA typing and the origin of Basques./ D. Comas, E. Mateu, F. Calafell, [et al]// Tissue Antigens. -1998. -51. -P.30-40.

61. Darke, C. HLA class I (A, B) and II (DR, DQ) Gene and Haplotype Frequencies in Blood Donors from Wales / C. Darke, M.G. Guttridge, J. Thompson, et al. // Experimental and Clinical Immunogenetics. - 1998. - V. 15, № 2. - P. 6983.

62. Daub, J.T. Evidence for polygenic adaptation to pathogens in the human genome. / J.T. Daub, T. Hofer, E. Cutivet [et al]// Molecular Biology and Evolution. - 2013. -30(7). - P.1544-1558.

63. Dausset, J. Iso-leuco-anticorps / J. Dausset // Acta Haematologica. -1958. - V. 20. - P. 156-166.

64. Débora, Y. The Effect of Balancing Selection on Population Differentiation: A Study with HLA Genes./ Y. C. Débora, Brandt, Jonatas César [et al]// Bethesda. -2018. - Aug; 8(8). - P.2805-2815.

65. Di, D. Challenging views on the peopling history of East Asia: the story according to HLA markers./ D. Di, A.Sanchez-Mazas // American Journal of Physical Anthropology. - 2011. - P. 144.

66. Doherty, P.C. Enhanced immunological surveillance in mice heterozygous at the H-2 gene complex./ P.C. Doherty, R.M. Zinkernagel // Nature. - 1975. - 256. - P.50-52.

67. Downing, J. Five-Locus HLA Typing of Hematopoietic Stem Cell Donor Volunteers Using PCR Sequence Specific Primers / J. Downing, M.G. Guttridge, J. Thompson, J. & Darke [et al] // Genetic testing. - 2004. - V. 8, № 3. -P. 301-312.

68. Dye, T.J. Epidemiology and Pathophysiology of Childhood Narcolepsy / T.J. Dye , N. Gurbani , N. Simakajornboon // Paediatric Respiratory Reviews. - 2018. - Jan;25. - S.14-18.

69. Erlich, H. HLA DR-DQ haplotypes and genotypes and type 1 diabetes risk: analysis of the type 1 diabetes genetics consortium families./ H. Erlich, A.M.Valdes, J. Noble [et al]// Diabetes. - 2008. -57(4). - P. 1084-1092.

70. Evseeva, I. HLA profile of three ethnic groups living in the Northwestern region of Russia / I. Evseeva, A. Spurkland, E. Thorsby[et al]// Tissue Antigens. - 2002. - V. 59, № 1. - P. 38-43.

71. Excoffier, L. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows / L. Excoffier, H.E. Lischer // Molecular Ecology Resources. - 2010. - Vol. 10, Is. 3. - P. 564-567.

72. Farjadian, S. HLA class II gene polymorphism in Parsees and Zoroastrians of Iran / S. Farjadian, F.A. Moqadam, A. Ghaderi // International Journal of Immunogenetics.- 2006. - No. 33. - P. 185-191

73. Ferencik, S. HLA-A, -B, -Cw, -DPB1, -DQA1, -DQB1 and -DRB1 Allele Frequencies in a Population from Essen, Germany / S. Ferencik, H. Gross-Wilde // Human Immunology. - 2004. - V.65. P.945.

74. Fernandez-Vina, M.A. Dissimilar evolution of B-locus versus A-locus and class II loci of the HLA region in South American Indian tribes./ M.A. Fernandez-Vina, A.M. Lazaro, C.Y. Marcos [et al] // Tissue Antigens. - 1997. -50. - P.233-250

75. Frösen, J. Association of fatal aneurysmal subarachnoid hemorrhage with human leukocyte antigens in the Finnish population. / J. Frösen , J. Pitkäniemi , R. Tulamo , [et al] // Human Immunology - 2007. - Feb;68(2). - S. 100-5.

76. Fu, W. Selection and adaptation in the human genome./ W. Fu, J.M. Akey // Annu Rev Genomics Hum Genet. -2013. - 14(1). - P. 467-489.

77. Fu, W. Analysis of 6,515 exomes reveals the recent origin of most human protein-coding variants./ W. Fu, T.D. O'Connor, G. Jun, [et al].// Nature. -2013. -493(7431). - P.216-220.

78. Gaudieri, S. SNP Profile within the Human Major Histocompatibility Complex Reveals an Extreme and Interrupted Level of Nucleotide Diversity / S. Gaudieri, R.L. Dawkins, K. Habara [et al]// Genome Research. - 2000. - V. 10, № 10. - P. 1579-1586

79. Grahovac, B. Polymorphism of the HLA class II loci in Siberian populations/ B. Grahovac, R.I. Sukernik, C.O'hUigin [et al]//Human genetics. -1998. -102 (1). -P. 27-43.

80. Gregersen, J.W. Functional epistasis on a common MHC haplotype associated with multiple sclerosis./ J.W. Gregersen, K.R. Kranc, X. Ke [et al]// Nature. - 2006. - 443. - P.574-577.

81. Grubic, Z. Polymorphism of HLA A, -B, -DRB1, -DQA1 and -DQB1 haplotypes in a Croatian population / Z. Grubic, R. Zunec, E. Deduk-Jelidic // European Journal of Immunogenetics. - 2000. - V. 27 - P. 47.

82. Guilaine, J. De la vague à la tombe : la conquête néolithique de la Méditerranée (8000-2000 avant J.-C.)/ J.Guilaine. - Paris: Ed. du Seuil.; 2003. -375 p. - ISBN 2-02055-388-0

83. Harbo, H.F. Norwegian Sami differs significantly from other Norwegians according to their HLA profile / H.F. Harbo, M.E. Riccio, Â.R. Lorentzen, [et al]// Tissue Antigens. - 2010. - V. 75, № 3. - P. 207-217.

84. Hedrick, P.W. Pathogen resistance and genetic variation at MHC loci./ P.W. Hedrick // Evolution. - 2002. - 56. - P.1902-1908.

85. Henn, B.M. Estimating the mutation load in human genomes./ B.M. Henn, L.R. Botigué, C.D. Bustamante, [et al]// Nature Reviews Genetics. - 2015. -16(6). - P. 333-343.

86. Hill, A.V.S. Common West African HLA antigens are associated with protection from severe malaria / A.V.S. Hill, C.E.M. Allsopp, D. Kwiatkowski et al. // Nature. - 1991. - V. 352, № 6336. - P. 595-600

87. Histocompatibility Testing 1980 : report of the 8th International Histocompatibility Workshop, February 4-6, 1980, Los Angeles, California / Editor, P.I. Terasaki. - Los Angeles, Calif.: UCLA Tissue Typing Laboratory, 1980. - 1227 p.

88. HLA 1991: proceedings of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference. //Oxford University Press, 1993. -1992 p.

89. HLA Immunobiology of the Human MHC, author. Proceedings of the 13th International Histocompatibility Workshop and Congress.// Seatle WA: IHWG Press. - 2004.

90. Holoshitz, J. The rheumatoid arthritis HLA-DRB1 shared epitope./ J. Holoshitz // Current opinion in rheumatology. - 2010. - 22(3). - P.293-298.

91. Holoshitz, J. The Quest for Better Understanding of HLA-Disease Association: Scenes from a Road Less Travelled By./ J. Holoshitz// Discovery Medicine. - 2013. - Sep; 16(87). - P.93-101.

92. Hu, Z. New loci associated with chronic hepatitis B virus infection in Han Chinese. Nat/ Z. Hu, Y. Liu, X.Zhai, [et al]// Genetics. - 2013. - .45. - P.1499-1503.

93. Hunt, D.F. Characterization of peptides bound to the class I MHC molecule HLA-A2.1 by mass spectrometry. / D.F. Hunt, R.A. Henderson, J. Shabanowitz, [et al] // Science. - 1992. - Vol. 255(5049). - P. 1261-3.

94. Johansson, A. Genetic origin of the Swedish Sami inferred from HLA class I and class II allele frequencies / A. Johansson, M. Ingman, S.J. Mack, [et al] // European Journal of Human Genetics. - 2008. - V. 16, № 11. - P. 13411349.

95. Kapustin, S. HLA class II molecular polymorphisms in healthy Slavic individuals from NorthWestern Russia. / S. Kapustin, A.Lyshchov, J.Alexandrova, [et al] // Tissue Antigens. - 1999. - Vol. 54(5). - P. 517-20.

96. Khidiyatova, I M. Distribution of the HLA-DRB1*B1 Specificities in Populations of the Volga-Ural Region / I.M. Khidiyatova, A.T. Ishmukhametova, G.I. Lukmanova, E.K. Khusnutdinova // Russian Journal of Genetics. - 2004. - Vol. 40. - No. 2. - P.203

97. Klein, J. The molecular descent of the major histocompatibility complex./ J. Klein, Y. Satta, C. O'HUigin, [et al] // Annual Review of Immunology.

- 1993. - 11. - P.269-95.

98. Krokowski, M. HLA class II allele and haplotype distribution in a population from central Poland. / M. Krokowski, J. Bodalski, A. Bratek, [et al] // European journal of immunogenetics. - 1998. - 25. - P. 5-9.

99. Kuranov, A.B. (2014) Polymorphisms of HLA-DRB1, -DQA1 and

- DQB1 in Inhabitants of Astana, the Capital City of Kazakhstan./ A.B. Kuranov, M.N. Vavilov, G.Z. Abildinova [et al] // PLoS ONE 9(12): e115265. doi:10. 1371/journal.pone.0115265.

100. Laayouni, H. A genome-wide survey does not show the genetic distinctiveness of Basques./ H. Laayouni, F. Calafell, J. Bertranpetit // Humen Genetics. - 2010. - 127. - P.455-458.

101. Lazaro, A.M. Evolution of HLA-class I compared to HLA-class II polymorphism in Terena, a South-American Indian tribe./ A.M. Lazaro, M.E. Moraes, C.Y. Marcos, [et al] // Humen Immunology. - 1999. - 60. - P. 1138-49.

102. Little, J.T. The evolutionary significance of parasitism: do parasite-driven genetic dynamics occur ex silico? / J.T. Little // Journal of Evolutionary Biology. - 2002. - 15. - P.1-9.

103. Lincoln, M.R. Epistasis among HLA-DRB1, HLA-DQA1, and HLA-DQB1 loci determines multiple sclerosis susceptibility./ M.R. Lincoln, S.V. Ramagopalan, M.J. Chao, [et al] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2009. - 106(18):7542-7547. doi:10.1073/pnas.0812664106.

104. Machulla, H.K.G. Genetic affinities among Mongol ethnic groups and their relationship to Turks / H. K. G. Machulla, D. Batnasan, F. Steinborn et al. // Tissue Antigens. - 2003. - V. 61, № 4. - P. 292-299.

105. Mack, S.J. Evolution of Pacific/Asian populations inferred from HLA class II allele frequency distributions. / S.J. Mack, T.L. Bugawan, P.V. Moonsamy, [et al] //Tissue Antigens. - 2000. - 55. - P.383.

106. Mack, S.J. Population relationships as inferred from classical HLA genes. / Mack, S.J. //Immunobiology of the MHC: Proceedings of the 13th International Histocompatibility Workshop and Conference. vol I. Seattle: IHWG Press. - 2007. - P. 747.

107. Mazurié de Keroualin, K. Genèse et diffusion de l'agriculture en Europe: agriculteurs, chasseurs, pasteurs./ Mazurié de Keroualin K. - Paris: Errance; 2003. - 184 p. - ISBN 2-87772-251-1.

108. McVean, G.A. A genealogical interpretation of linkage disequilibrium. /G.A. McVean // Genetics. - 2002. - V. 162, № 2. - P. 987-991.

109. Meyer, D. Signatures of Demographic History and Natural Selection in the Human Major Histocompatibility Complex Loci / D. Meyer, R.M. Single, S.J. Mack [et al]// Genetics. - 2006. - V. 173, № 4. - P. 2121-2142.

110. Meyer, D. A genomic perspective on HLA evolution /D.Meyer, Vitor R. C. Aguiar, [et al]//Immunogenetics. - 2018. - 70(1). - P. 5-27.

111. Messer, P.W. Population genomics of rapid adaptation by soft selective sweeps./ P.W. Messer, D.A. Petrov// Trends in Ecology & Evolution. -2013. - 28(11). - P.659-669.

112. Mohyuddin, A. HLA analysis of the Parsi (Zoroastrian) population in Pakistan / A. Mohyuddin, S.Q. Mehdi // Tissue Antigens. - 2005. - Vol.66. -P.691-695.

113. Morton, C. Orientation of loci within the human major histocompatibility complex by chromosomal in situ hybridization / C. Morton, I.R. Kirsch, W.E. Nance [et al]// Proceedings of the National Academy of Sciences. -1984 - V. 81, № 9, P. 2816-2820.

114. Muller, H.J. Some genetic aspects of sex./ H.J. Muller // American Naturalist . - 1932. - 66. - P.118-138.

115. Nei, M. Genetic Distance between Populations / M. Nei // American Naturalist. - 1972. - V. 106, № 949. - P. 283.

116. Nei, M. Evolution by the birth-and-death process in multigene families of the vertebrate immune system / M. Nei, X. Gu, T. Sitnikova // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1997. - V. 94, № 15. - P. 7799-7806.

117. Nowak, J. Lange Allele and extended haplotype polymorphism of HLA-A,-C, -B, -DRB1 and -DQB1 loci in Polish population andgenetic affinities to other populations/ J. Nowak, R. Mika-Witkowska, M. Polak, et al. //Tissue Antigens. - 2008. - 71. - P.193-205.

118. van Oosterhout, C. A new theory of MHC evolution: beyond selection on the immune genes. / van Oosterhout C. // Proceedings of the Royal Society B . - 2009. - 276. - P. 657-665.

119. van Oosterhout, C. Balancing selection, random genetic drift and genetic variation at the major histocompatibility complex (MHC) in two wild populations of guppies (Poecilia reticulata)/ C. van Oosterhout, D.A. Joyce, S.M. Cummings [et al]// Evolution. - 2006. - 60. - P.2562-2574.

120. van Oosterhout, C. Trans-species polymorphism, HLA-disease associations and the evolution of the MHC. /Cock van Oosterhout// Communicative & integrative biology. - 2009. - Sep-Oct; 2(5). - P.408-410.

121. Parham, P. Episodic evolution and turnover of HLA-B in the indigenous human populations of the Americas./ P. Parham, K.L. Arnett, E.J. Adams, [et al] // Tissue Antigens. - 1997. - 50. - P.219-232.

122. Pinhasi, R. Tracing the origin and spread of agriculture in Europe./ R. Pinhasi, J. Fort, A.J. Ammerman.// PLoS Biol. - 2005. - 3(12). - e410. DOI: 10.1371/journal.pbio.0030410.st002.

123. Prugnolle, F. Pathogen-Driven Selection and Worldwide HLA Class I Diversity / F. Prugnolle, A. Manica, M. Charpentier et al. // Current biology. -

2005. - V. 15, № 11. - P. 1022-1027.

124. Reveille, J.D. Major histocompatibility genes and ankylosing spondylitis. / J.D. Reveille // Best Practice & Research: Clinical Rheumatology. -

2006. - 20(3). - P.601-609.

125. Robinson, J. The IMGT/HLA database / J. Robinson, J.A. Halliwell, H. McWilliam et al. // Nucleic Acids Research.- 2013. - V. 41, № D1, P. D1222-D1227.

126. Sanchez-Mazas, A. An apportionment of human HLA diversity. /A. Sanchez-Mazas //Tissue Antigens. - 2007. -69 Suppl 1. - P.198.

127. Sanchez-Mazas, A. African diversity from the HLA point of view: influence of genetic drift, geography, linguistics, and natural selection / A. Sanchez-Mazas // Humen Immunology. - 2001. - V. 62, № 9. - P. 937-948.

128. Sanchez-Mazas, A. 13th International Histocompatibility Workshop Anthropology/Human Genetic Diversity Joint Report: HLA genetic differentiation of the 13th IHWC population data relative to worldwide linguistic families / A. Sanchez-Mazas // Immunobiol. Hum. MHC Proc. 13th Int. Histocompat. Workshop Conf. - 2007. - V. 1. - P. 758 - 766.

129. Sanchez-Mazas, A. Immunogenetics as a tool in anthropological studies / A. Sanchez-Mazas, M. Fernandez-Viña, D. Middleton [et al]// Immunology. - 2011. - V. 133, № 2. - P. 143-164.

130. Sanchez-Mazas, A. Strategies to work with HLA data in human populations for histocompatibility, clinical transplantation, epidemiology and population genetics: HLA-NET methodological recommendations / A. Sanchez-Mazas, B. Vidan-Jeras, J.M. Nunes [et al]// International Journal of Immunogenetics. - 2012. - V. 39, № 6. - P. 459-476.

131. Serageldin, I. Le peuplement de la Méditerranée: Synthèse et questions d'avenir. Alexandria (Egypt)./ I. Serageldin, E. Crubézy, M. Gibert, [et al]//Alexandria: Bibliotheca Alexandrina. - 2009. - P. 451-465. - https://archive-ouverte.unige.ch/unige:14798. (дата обращения: 15.12.2021)

132. Shiina, T. Rapid evolution of major histocompatibility complex class I genes in primates generates new disease alleles in humans via hitchhiking diversity./ T. Shiina, [et al].// Genetics. - 2006. - 173. - P. 1555-1570.

133. Slatkin, M. A method for estimating the intensity of overdominant selection from the distribution of allele frequencies./ M. Slatkin, C.A. Muirhead // Genetics. - 2000. -156. - P.2119-2126.

134. Solberg, O.D. Balancing selection and heterogeneity across the classical human leukocyte antigen loci: A meta-analytic review of 497 population studies / O.D. Solberg, S.J. Mack, A.K. Lancaster, [et al]// Humen Immunology. -2008. - V. 69, № 7. - P. 443-464.

135. Suslova, T.A. HLA gene and haplotype frequencies in Russians, Bashkirs and Tatars, living in the Chelyabinsk Region (Russian South Urals) / T.A Suslova, A.L. Burmistrova, M.S. Chernova, [et al]// International Journal of Immunogenetics. - 2012. - 39(5). - P.394-408. - DOI:1Q.1111/i.1744-313X.2012.01117.x

136. Takahata, N. Polymorphism and balancing selection at major histocompatibility complex loci./ N. Takahata, Y. Satta, J. Klein. //Genetics. - 1992.

- 130. - P.925-938.

137. The MHC sequencing consortium: Complete sequence and gene map of a human major histocompatibility complex // Nature. - 1999. -V. 401, № 6756 -P. 921-923.

138. Uinuk-Ool, T.S. Origin and affinities of indigenous Siberian populations as revealed by HLA class II gene frequencies / T.S. Uinuk-Ool, N. Takezaki, R.I. Sukernik, S. Nagl, J. Klein // Human Genetics. - 2002. - Vol. 110. -P. 209

139. Yang J. H. Anthropological analysis of Koreans using HLA class II diversity among East Asians. / J. H. Yang //Tissue Antigens. - 2010. - 76. - P. 282-288.

140. Yi, X. Sequencing of 50 human exomes reveals adaptation to high altitude./ X. Yi, Y. Liang, E. Huerta-Sanchez, [et al]// Science. - 2010. -329(5987). - P.75-78.

141. Yin, L. Recognition of self and altered self by T cells in autoimmunity and allergy./ L. Yin, S. Dai, G. Clayton, [et al] // Protein Cell. - 2013.

- 4(1). - P. 8-16.

142. Vanderborght, P.R. HLA-DRB1*04 and DRB1*10 are associated with resistance and susceptibility, respectively, in Brazilian and Vietnamese leprosy patients. / P.R. Vanderborght, A.G. Pacheco, M.E. Moraes, [et al] // Genes & Immunity. - 2007. - 8. - P.320-324.

143. Watkins, D.I. New recombinant HLA-B alleles in a tribe of South American Amerindians indicate rapid evolution of MHC class I loci./ D.I. Watkins, S.N. McAdam, X. Liu, [et al]// Nature. - 1992. - May 28, 357(6376). - P.329-33.

144. Wennerstro'm, A. Diversity of Extended HLA-DRB1 Haplotypes in the Finnish Population./ A. Wennerstro'm, E. Vlachopoulou, L.E. Lahtela, [et al]// PLoS ONE 8(11) (2013): e79690. doi:10.1371/journal.pone.0079690.

145. Итоги Всероссийской переписи населения. Текст: электронный. - Москва, 2010.// Федеральная служба государственной статистики [сайт]. -URL:https://gks.ru/free doc/new site/perepis2010/croc/perepis itogi1612.htm (дата обращения: 01.12.2021)