Биологические аспекты формирования регистра потенциальных неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток в Российской Федерации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.21, доктор наук Логинова Мария Александровна

• Логинова Мария Александровна
• доктор наук
• 2021

Оглавление диссертации доктор наук Логинова Мария Александровна

Оглавление

Введение

Актуальность темы исследования

Цель исследования

Задачи исследования

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость исследования

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Внедрение результатов работы в практику

Степень достоверности и апробация результатов

Публикации

Объем и структура работы

Основная часть

Глава 1 Биологические аспекты неродственного донорства гемопоэти-ческих стволовых клеток (обзор литературы)

1.1 Современные представления о строении и функциях главного комплекса тканевой совместимости

1.2 Полиморфизм системы ИЬЛ среди населения, проживающего на территории Российской Федерации

1.3 Требования, предъявляемые к подбору неродственного донора ге-мопоэтических стволовых клеток для аллогенной трансплантации костного мозга

1.4 Факторы, влияющие на эффективность подбора неродственного донора гемопоэтических стволовых клеток для аллогенной трансплантации

1.5 Эволюция методов идентификации главного комплекса гистосов-местимости 35 1.5.1 Лабораторные методы, применяемые для типирования антигенов

гистосовместимости человека

1.5.2 Национальные и международные требования и стандарты качества, предъявляемые к выполнению массовых исследований по гисто-типированию неродственных доноров гемопоэтических стволовых 58 клеток

Глава 2 Материалы и методы

2.1 Объекты исследования

2.2 Методы исследования

2.2.1 Выделение геномной ДНК

2.2.2 ИЬЛ-типирование

2.2.3 ИЬЛ-типирование для идентификации новых аллелей

2.3 Методы, использованные при разработке и верификации N08 тест-системы

2.4 Статистические методы 75 Глава 3 Обоснование выбора технологии ИЬЛ-типирования, пригодной для выполнения массовых исследований по гистотипированию неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток, и внедрение

ее в практическую деятельность регистра

3.1 Сравнительная оценка методов массового ИЬЛ-типирования потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток и выбор базовой технологии первичного типирования доноров при включении в регистр

3.2 Обоснование перечня генетических локусов системы ИЬЛ, которые целесообразно типировать при включении потенциального донора

в регистр

3.3 Обоснование требований к лаборатории, выполняющей массовые молекулярно-генетические исследования по гистотипированию потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток

3.4 Разработка, внедрение и оценка эффективности системы менеджмента качества исследований по массовому гистотипированию потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток

3.5 Разработка алгоритма взаимодействия лаборатории гистотипиро-вания регистра с центрами заготовки гемопоэтических столовых клеток и трансплантационными клиниками в процессе подбора и активации неродственного донора 110 Глава 4 Разработка тест-системы на основе технологии параллельного секвенирования, предназначенной для массового ИЬЛ-типирования доноров гемопоэтических столовых клеток

4.1 Обоснование требований к разрабатываемой тест-системе для высокопроизводительного секвенирования ИЬЛ-генов

4.2 Выбор праймеров на целевые участки генов

4.3 Подбор условий проведения полимеразной цепной реакции длинных фрагментов с выбранными праймерами

4.4 Разработка лабораторного протокола использования тест-системы

для высокопроизводительного секвенирования

4.5 Оценка и лабораторно-экспериментальное изучение аналитических характеристик разработанной тест-системы 127 Глава 5 Формирование регистра потенциальных доноров гемопоэтиче-ских стволовых клеток и исследование иммуногенетических особенностей населения, проживающего в различных регионах Российской Федерации

5.1 Выбор регионов Российской Федерации для рекрутирования потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток

5.2 Характеристика донорских ресурсов сформированного регистра потенциальных неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток

5.3 Частоты встречаемости ИЬЛ-аллелей и гаплотипов у доноров ге-мопоэтических стволовых клеток, проживающих в различных регионах Российской Федерации

5.4 Частота встречаемости новых ИЬЛ-аллелей у доноров гемопоэти-ческих стволовых клеток, проживающих в различных регионах Российской Федерации

5.5 Разработка алгоритма идентификации новых ИЬЛ-аллелей 189 6 Оценка репрезентативности регистра ФГБУН КНИИГиПК ФМБА России когорте пациентов, нуждающихся в выполнении аллогенной ТГСК 192 Заключение 199 Выводы 204 Список сокращений и условных обозначений 206 Список литературы 209 Приложение А (обязательное). Частоты встречаемости ИЬЛ-аллелей

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Биологические аспекты формирования регистра потенциальных неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток в Российской Федерации»

Введение Актуальность темы исследования

В настоящее время в мире ежегодно выполняется более 60000 трансплантаций гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК), в том числе свыше 30000 в Европе, свыше 17000 в США, 1600 в России, 1200 в Австралии [81]. Наиболее частыми показаниями к ТГСК являются лейкозы, злокачественные лимфомы, миелодисплазии, апластические анемии, первичный иммунодефицит, тяжелые наследственные нарушения метаболизма [1-3, 82]. Показания к применению ТГСК постоянно расширяются, особенно у взрослых пациентов, и уже включают некоторые солидные опухоли, аутоиммунные заболевания и др. [2, 82]. Это, в свою очередь, определяет возрастающую потребность здравоохранения в донорских гемопоэтических стволовых клетках (ГСК).

Около 40% случаев ТГСК требует применения аллогенного донорского материала [81, 83, 84]. Только для 30 % пациентов, нуждающихся в аллоген-ной трансплантации, удается подобрать совместимых родственных доноров-сиблингов [4, 5, 8, 81, 84, 85]. Остальные - полностью зависят от наличия возможности получения совместимого неродственного донорского материала (костного мозга, ГСК, заготавливаемых из периферической или пуповинной крови) или ТГСК от альтернативного донора (частично совместимого или га-плоидентичного) [4, 5-7, 9, 85, 86].

Многолетний зарубежный опыт свидетельствует о том, что наиболее востребованным и эффективным источником совместимых неродственных доноров ГСК являются регистры [87]. Активное формирование регистров за рубежом началось в 80-х годах 20 века и сопровождалось с одной стороны осознанием необходимости привлечения значительных донорских ресурсов, максимально отражающих разнообразие генов гистосовместимости человека, а с другой - совершенствованием технологий НЬА-типирования, обеспечивающих эффективный подбор пар донор/реципиент.

По мере развития донорских баз оказалось, что даже самые большие национальные регистры, к которым в настоящее время относятся NMDP (National Marrow Donor Program) в США, DKMS (Deutsche Knochenmarkspenderdatei) в Германии, Фонд Энтони Нолана в Великобритании, включающие в себя миллионы типированных доноров костного мозга, не могут полностью удовлетворить потребности национальных систем здравоохранения в неродственных ГСК по причине высокого генетического разнообразия населения [87]. В связи с этим с начала 90-х годов 20 века, наряду с развитием национальных донорских ресурсов были инициированы проекты по объединению национальных регистров в международную базу данных о донорах костного мозга. В настоящее время международный регистр доноров костного мозга BMDW (Bone Marrow Donors Worldwide) объединяет данные 72 регистров из 52 стран мира и содержит информацию более чем о 37 миллионах доноров [88]. Рациональность такого подхода подтверждается данными EBMT (European Society for Blood and Marrow Transplantation) о том, что почти половине пациентов (46%) совместимые неродственные донорские ГСК были получены не из национальных регистров, а из-за рубежа [81].

В Российской Федерации (РФ) в течение последних 10 лет в результате реализации государственных программ по модернизации системы здравоохранения количество ежегодно выполняемых неродственных трансплантаций непрерывно увеличивалось [4, 10, 81]. Однако до недавнего времени все алло-генные неродственные ТГСК обеспечивались исключительно за счет клеточного материала от зарубежных доноров. По сути, можно было говорить о практически полной зависимости этой сферы отечественного здравоохранения от зарубежных донорских ресурсов. Важно отметить, что, несмотря на возможность использования международных регистров, зачастую в них не удается подобрать совместимых доноров для пациентов РФ. Это объясняется тем, что в зарубежных регистрах наиболее широко представлены доноры, относящиеся

преимущественно к европейским и северо-американским популяциям, для которых характерна относительно низкая частота встречаемости HLA-аллелей и гаплотипов, специфичных для населения РФ [88, 89].

Несмотря на то, что в РФ работы по формированию базы данных о добровольных гистотипированных потенциальных донорах ГСК, как и в других странах, стартовали в 80-х годах 20 века [11-17], к середине 90-х годов 20 века они позволили сформировать лишь небольшой регистр, включающий в себя несколько тысяч доноров, гистотипированных серологическим методом в низком разрешении.

Многолетняя деятельность донорских регистров сопровождается непрерывным совершенствованием методов HLA-типирования [14, 90]. В настоящее время молекулярно-генетические технологии HLA-типирования (SSP, SSO и SBT) уже практически полностью вытеснили в лабораториях, осуществляющих HLA-типирование в целях формирования регистров доноров костного мозга, методы иммунологического гистотипирования. А недавнее появление за рубежом диагностикумов, основанных на использовании технологий секвенирования нового поколения (NGS), впервые позволило выполнять массовые исследования по гистотипированию потенциальных доноров ГСК относительно экономично и с высокой разрешающей способностью [90].

В последние годы деятельность по созданию отечественных регистров получила активное развитие [5]. Как минимум 14 организаций, относящихся преимущественно к учреждениям Службы крови России, заявляют о формировании регистров потенциальных доноров ГСК на своих базах. Однако им-муногенетические особенности популяций РФ изучены недостаточно. Вследствие этого при населении РФ 146,5 млн, включающем более чем 180 народов и национальностей [18], рекрутинг потенциальных доноров ГСК ведется без учета генетического разнообразия населения страны в целом. Опыт работы по массовому (десятки тысяч индивидуальных биологических образцов ежегодно) гистотипированию потенциальных доноров ГСК с применением современных высокопроизводительных и максимально экономичных технологий

(на основе технологий секвенирования нового поколения) в РФ отсутствует. Соответствующие отечественные диагностикумы для ИЬЛ-типирования не разработаны. Анализ необходимой глубины типирования доноров ГСК, рекрутируемых в регистр, с точки зрения эффективности затрат и дальнейшей востребованности этих данных трансплантационными центрами не производился.

Таким образом, недостаточная изученность генетического разнообразия населения, проживающего на территории РФ, небольшое количество типиро-ванных неродственных доноров, представленных в региональных регистрах, низкое разрешение их типирования по генам главного комплекса гистосовме-стимости, отсутствие единого подхода к рекрутированию и ИЬЛ-типированию потенциальных доноров ГСК, отсутствие отечественной высокопроизводительной технологии ИЬЛ-генотипирования определяют актуальность исследования биологических аспектов формирования регистра неродственных доноров ГСК в РФ.

Цель исследования

Медико-биологическое обоснование требований к формированию регистра потенциальных неродственных доноров ГСК в Российской Федерации с использованием инновационных технологий.

Задачи исследования

1. Определить факторы, влияющие на эффективность подбора совместимых доноров в регистрах неродственных потенциальных доноров ГСК, и дать их характеристику.

2. Обосновать выбор технологии ИЬЛ-типирования доноров-добровольцев, привлекаемых в регистр потенциальных доноров ГСК, пригодной для выполнения массовых исследований, и внедрить ее в практическую деятельность регистра.

3. Разработать тест-систему на основе инновационной технологии массового параллельного секвенирования, предназначенную для ИЬЛ-типирования доноров ГСК, и оценить ее аналитические характеристики.

4. Обосновать требования к лаборатории, выполняющей массовые молекулярно-генетические исследования по гистотипированию потенциальных доноров ГСК.

5. Сформировать регистр потенциальных доноров ГСК, включающий в себя жителей различных регионов РФ.

6. Изучить иммуногенетические особенности населения, проживающего в различных регионах РФ.

7. Оценить репрезентативность сформированного регистра ФГБУН КНИИГиПК ФМБА России когорте пациентов РФ, нуждающихся в выполнении аллогенной неродственной ТГСК.

Научная новизна

Определены факторы, влияющие на эффективность подбора совместимых доноров в регистрах потенциальных неродственных доноров ГСК, на основе которых обоснованы современные требования к генотипированию ИЬЛ-локусов в интересах создания регистра потенциальных доноров ГСК в РФ.

Разработана и верифицирована отечественная тест-система, предназначенная для выполнения массовых исследований по ИЬЛ-типированию, основанная на инновационной технологии N08, выбранной в качестве оптимальной для генотипирования потенциальных доноров ГСК, включаемых в регистр.

С использованием современных инновационных технологий в условиях функционирования разработанной и внедренной в практику действующего регистра эффективной системы обеспечения качества лабораторных исследований получены данные о частотах встречаемости ИЬЛ-аллелей и гаплотипов у

35 117 доноров, проживающих на территории 22 субъектов Российской Федерации, впервые выявлены 88 новых ИЬЛ-аллелей, 81 из которых зарегистрирован в Комитете по номенклатуре факторов ИЬЛ-системы ВОЗ.

Разработан алгоритм, обеспечивающий идентификацию новых ИЬЛ-аллелей.

Оценена репрезентативность сформированного регистра ФГБУН КНИИ-ГиПК ФМБА России, включающего информацию об ИЬЛ-генотипах 35 117 доноров, когорте пациентов РФ, нуждающихся в выполнении аллогенной неродственной ТГСК.

Теоретическая и практическая значимость исследования

На основе комплексного анализа иммуногенетических факторов, влияющих на эффективность подбора совместимых доноров в регистрах потенциальных неродственных доноров ГСК, обоснован инновационный метод моле-кулярно-генетического ИЬЛ-типирования, базирующийся на технологии се-квенирования нового поколения (N08), наиболее пригодной для проведения массовых исследований по гистотипированию доноров ГСК, включаемых в регистр.

Разработана и верифицирована тест-система, обеспечивающая выполнение массовых исследований по гистотипированию в высоком разрешении, которая позволяет идентифицировать новые ИЬЛ-аллели. Разработанная тест-система, апробированная на значительной выборке образцов геномной ДНК потенциальных доноров ГСК, может быть эффективно использована в действующих и вновь создаваемых лабораториях, участвующих в формировании регистров доноров ГСК.

Установленные в исследовании частоты встречаемости ИЬЛ-аллелей и мультилокусных гаплотипов среди доноров регистра ФГБУН КНИИГиПК ФМБА России позволяют охарактеризовать генетическое разнообразие региональных популяций РФ. На основе полученных данных разработана стратегия

дальнейшего расширения регистра в РФ, направленная на обеспечение его максимальной репрезентативности и эффективности.

Выявленные новые аллели зарегистрированы в Комитете по номенклатуре факторов HLA-системы Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ).

Показано, что когорты доноров ГСК, рекрутированных в различных регионах РФ, характеризуются высокой частотой выявления новых HLA-аллелей.

Разработан и апробирован алгоритм выявления новых аллелей.

Методология и методы исследования

Объектом исследования являлись:

- 35 117 потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток, привлеченных в 22 субъектах РФ;

- пациенты (961), нуждавшиеся в трансплантации аллогенных ГСК, для которых в период с 2011 по 2018 гг. осуществлялся поиск потенциального неродственного донора ГСК в регистре ФГБУН КНИИГиПК ФМБА России.

Для исследования биологического материала в работе использовались молекулярно-генетические методы HLA-типирования - SSP, SSO, SBT, NGS.

Исследования по разработке и верификации тест-системы проводились с использованием базы данных HLA-аллелей - IMGT/HLA 3.28.0 (update 201704).

Определение частот встречаемости HLA-аллелей и мультилокусных гаплотипов осуществлялось с использованием программного обеспечения Arlequin v.3.5.

Положения, выносимые на защиту

1. Технология массового параллельного секвенирования является оптимальным методом для первичного HLA-типирования потенциальных не-

родственных доноров ГСК, включаемых в регистр, учитывающим иммуноге-нетические факторы, влияющие на эффективность подбора доноров в регистре.

2. Разработанная тест-система, основанная на технологии массового параллельного секвенирования локусов ИЬЛ-Л, ИЬЛ-В, ИЬЛ-С, ИЬЛ-ОрВ1, ИЬЛ-ОКВ1, предназначенная для ИЬЛ-типирования потенциальных доноров ГСК для отечественного регистра, обеспечивает высокий уровень разрешения, с чувствительностью и специфичностью 1,0.

3. Выявленные иммуногенетические особенности потенциальных доноров ГСК сформированного регистра и 22 региональных популяций - необходимый инструмент для определения оптимального состава эффективного регистра в РФ.

4. Сформированный регистр потенциальных неродственных доноров ГСК, включающий в себя лиц, проживающих на территориях 22 регионов РФ, репрезентативен когорте пациентов, нуждающихся в аллогенной ТГСК.

5. Когорты доноров ГСК, рекрутированных в различных регионах РФ, характеризуются высокими гетерогенностью и частотой выявления новых аллелей.

Внедрение результатов в практику

ИЬЛ-генотипы доноров, включенных в сформированный регистр, экспонированы в объединенной базе данных потенциальных неродственных доноров ГСК РФ и рутинно используются при поиске доноров для пациентов. По состоянию на октябрь 2020 г. от доноров сформированного регистра выполнено 207 донаций клеточного материала для пациентов РФ.

Разработанная тест-система зарегистрирована в качестве изделия медицинского назначения (регистрационное удостоверение МЗ РФ на медицинское изделие №РЗН 2019/8988 от 04.10.2019) и используется для первичного мас-

сового ИЬЛ-типирования потенциальных неродственных доноров ГСК, включаемых в регистр ФГБУН «Кировский научно-исследовательский институт гематологии и переливания крови» ФМБА России.

Разработанная система обеспечения качества массового ИЬЛ-типирования потенциальных неродственных доноров ГСК внедрена в деятельность научно-исследовательской лаборатории прикладной иммуногенетики ФГБУН «Кировский научно-исследовательский институт гематологии и переливания крови» ФМБА России, осуществляющей первичное типирование доноров для регистра.

Разработаны методические рекомендации «ИЬЛ-типирование потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток» (МР ФМБА России 1828-2019); «Организация работы регистра потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток» (МР ФМБА России 18-24-2019); «Алгоритм идентификации новых ИЬЛ-аллелей» (МР ФМБА России 18-27-2019); «Алгоритм поиска совместимого донора для аллогенной трансплантации гемопоэтиче-ских стволовых клеток» (МР ФМБА России 18-29-2019).

Получен патент на изобретение №2703545 «Набор синтетических оли-гонуклеотидов для определения последовательности генов ИЬЛ-Л, ИЬЛ-В, ИЬЛ-С, ИЬЛ-ОрВ1, ИЬЛ-ОКВ1 главного комплекса гистосовместимости».

Получен патент на изобретение КШ649064 «Набор синтетических оли-гонуклеотидов для определения последовательности 1 интрона, примыкающей ко 2 экзону, генов системы НЬА I и II классов (НЬА-А и НЬА-ОКВ1)».

Сформирована панель стандартных образцов ДНК, полученных от 35 117 потенциальных доноров ГСК, генетически охарактеризованных по ИЬЛ-локусам: ИЬЛ-Л, ИЬЛ-В, ИЬЛ-С, ИЬЛ-ОКВ1, ИЬЛ-ООВЬ

Степень достоверности и апробация результатов

Достоверность результатов проведенного исследования подтверждается статистически достаточной выборкой образцов ДНК доноров (35 117 образцов) и объемом наблюдений, адекватным набором оцениваемых показателей, использованием современных программ для обработки результатов, соответствующих цели и задачам исследования и современному уровню науки.

Основные положения, материалы и результаты работы доложены и обсуждены на Областном семинаре для врачей по молекулярной медицине, г. Екатеринбург, 2013 г.; семинаре «Применение секвенирования для HLA-типирования в практической работе регистров доноров ГСК и центров трансплантации костного мозга», г. Киров, 2014; III конгрессе гематологов, г. Москва, 2016 г.; 10st East-West Immunogenetics Conference, г. Вроцлав (Польша), 2016 г.; 30th European Immunogenetics and Histocompatibility Conference, о. Кос (Греция), 2016 г.; всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Актуальные вопросы трансфузиологии, он-когематологии и клеточной терапии», г. Киров, 2017 г.; всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Актуальные вопросы иммуногенетики и тканевого типирования», г. Санкт-Петербург, 2018 г.; конференции молодых ученых и специалистов, г. Киров, 2018 г.; 13 East-West Immunogenetics Conference, г. Загреб (Хорватия), 2019 г.; 33 European Immunogenetics and Histocompatibility Conference, г. Лиссабон (Португалия), 2019 г.; IV научно-практическом семинаре «Актуальные вопросы трансплантационной диагностики», г. Москва, 2019 г., X Eurasian Hematology Oncology Congress, г. Стамбул (Турция), 2019 г., XIV международном симпозиуме памяти Р.М.Горбачевой «Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Генная и клеточная терапия», г. Санкт-Петербург, 2020 г.

Апробация диссертации состоялась на заседании Проблемной комиссии №2 от 17.11.2020 (Протокол № 07-2020).

Публикации

По теме диссертации опубликовано 65 печатных работ, из которых 24 статьи - в отечественных журналах, рекомендуемых ВАК Министерства образования и науки РФ для опубликования результатов диссертационных исследований.

Объем и структура работы

Диссертация изложена на 275 страницах машинописного текста и состоит из введения, основной части, включающей в себя обзор литературы, материалы и методы, 4 главы собственных исследований, заключения, выводов, списка сокращений и условных обозначений, списка литературы, содержащего 312 источников, из которых 80 отечественных и 232 зарубежных, одного приложения. Работа иллюстрирована 34 рисунками и 41 таблицей.

Основная часть

Глава 1 Биологические аспекты неродственного донорства гемопоэтических стволовых клеток (обзор литературы)

1.1 Современные представления о строении и функциях главного комплекса тканевой совместимости

За годы, прошедшие со времени открытия Жаном Доссе у человека главного комплекса гистосовместимости (Major Histocompatibility Complex, MHC), получившего название - система HLA (human leukocyte antigen), представления о её биологической роли значительно расширились [91, 92]. Функции и структура большинства генов, кодирующих синтез ключевых белков системы МНС, детально изучены [93].

Многие гены МНС, включая гены HLA, кодируют синтез протеинов, имеющих критически важное значение для формирования иммунного ответа организма человека на различные виды антигенов [19, 94, 95]. Доказана ключевая роль генов HLA в развитии реакции трансплантат против хозяина (РТПХ) [96-98] и их важное биологическое значение в процессе формирования эффекта трансплантат против опухоли [99-102].

Установлено, что гены главного комплекса гистосовместимости находятся на коротком плече хромосомы 6 (6p21.3) (Рисунок 1). Комплекс генов MHC принято разделять на три участка, получивших название - I, II и III классы. Гены HLA локализованы внутри участков I и II класса [94, 103].

Рисунок 1 - Генетическая структура генов главного комплекса

гистосовместимости [102]

Гены главного комплекса гистосовместимости характеризуются рядом следующих отличительных особенностей [90, 91]:

- высокая плотность генов (один локус по длине занимает примерно 15 кЬ) со значительной долей генов (20-30%), играющих прямую или опосредованную роль во врожденном или приобретенном иммунитете;

- короткие межгенные расстояния (менее 1 кЬ);

- большое количество однонуклеотидных видов полиморфизмов, включая точечные мутации, делеции, инсерции (один на 200-300 пар оснований), многие из которых лежат в кодирующих областях, оказывающих непосредственное влияние на формирование аминокислотной последовательности;

- наличие гаплотипов всего комплекса генов МНС и более мелких гап-лотипов размером 40-80 кЬ;

- обмен частей генов между гаплотипами, например, псевдогены области НЬЛ-ОЯБ;

- низкий уровень рекомбинации и, как следствие, наследование высоко консервативных гаплотипов.

Гены НЬЛ являются самыми полиморфными генами в геноме человека [94, 103]. Наибольший полиморфизм характерен для шести так называемых

классических генов HLA: гены I класса HLA-A, -B и -C и гены II класса HLA-DRB1, -DQB1 и -DPB1. По состоянию на сентябрь 2020 г. идентифицировано 28 320 аллелей HLA (таблица 1) [103, 104]. Номенклатура генов HLA регулярно обновляется и публикуется в журнале «HLA» (предыдущее название -Tissue Antigens). Вновь зарегистрированные аллели, соответствующие строгим критериям Комитета по номенклатуре факторов системы HLA ВОЗ, затем включаются в инструменты и файлы, доступные в базе данных Immuno Poli-morphism Database - international ImMunoGeneTics projects HLA (IPD-IMGT/HLA) [104].

Таблица 1 - Количество аллелей классических генов HLA

Ген Количество аллелей Количество белков Количество нулевых аллелей

HLA-A 6 291 3 896 325

HLA-B 7 562 4 803 253

HLA-C 6 223 3 681 272

HLA-DRB1 2 838 1 973 93

HLA-DQB1 1 930 1 273 80

HLA-DPB1 1 654 1 064 84

Продукты генов HLA участвуют в ключевом этапе инициации различных видов иммунного ответа, обеспечивая презентацию собственных и чужеродных пептидных антигенов Т-клеткам. Большинство видов полиморфизмов, описанных для генов HLA I класса, локализовано внутри экзонов, кодирующих пептид-связывающую бороздку и точки взаимодействия молекул с Т-клетками. Высокое разнообразие принято рассматривать как эволюционный механизм, гарантирующий распознавание и удаление патогенов за счет увеличения репертуара пептидных мотивов, которые могут быть связаны и представлены Т клеткам [105, 106]. Гены HLA экспрессируются кодоминантно, что, как считается, также обеспечивает увеличение количества пептидных мотивов, которые могут быть презентированы кодоминантно экспрессирован-ными HLA молекулами [106].

Молекулы МНС класса I, экспрессирующиеся на клеточных поверхностях всех ядросодержащих клеток и тромбоцитов, представляют собой гетеро-димеры, состоящие из одной тяжелой а-цепи (45 кДа), нековалентно связанной с однодоменным Р2-микроглобулином (12 кДа) (Рисунок 2а) [20]. Тяжелая цепь состоит из внеклеточной части, образующей три домена трансмембранного сегмента (а1, а2, а3) и цитоплазматического хвостового домена. Основное свойство молекул I класса - связывание антигенов и представление их в иммунной форме Т-клеткам, напрямую зависит от доменов а1 и а2. Эти домены имеют значительные а-спиральные участки, образующие при взаимодействии удлиненную полость (щель), служащую местом связывания процес-сированного антигена. Именно образовавшийся комплекс антигена с а1- и а2-доменами определяет его иммуногенность. За формирование а1- и а2-доменов молекул I класса отвечают второй и третий экзоны генов ИЬЛ-Л, ИЬЛ-Б, ИЬЛ-С.

Рисунок 2 - Пространственная структура молекул МНС А) класса I, Б) класса II

Молекулы МНС II класса, присутствующие на поверхности В-лимфоци-тов, активированных Т-лимфоцитов, моноцитов, макрофагов и дендритных

клеток и обеспечивающие взаимодействие между Т-лимфоцитами и макрофагами в процессе иммунного ответа, являются гетеродимерами из некова-лентно сцепленных тяжелой а- и легкой в-цепей (Рисунок 2Б) [20]. Внеклеточная часть каждой цепи свернута в два домена и соединена коротким пептидом с трансмембранным сегментом. Антигенсвязывающая область молекул МНС II класса в отличие от молекул I класса формируется двумя доменами разных цепей - а 1 и 02, в связи с этим, за формирование пептидсвязывающей бороздки отвечает второй экзон.

Строение классических ИЬЛ-генов схематично представлено на рисунке 3, где красным цветом выделены ключевые экзоны, отвечающие за формирование пептид-связывающей бороздки при образовании комплекса антиген-антитело.

Рисунок 3 - Генетическое строение локусов ИЬЛ-Л, -В, -С, -ОКВ1,

-ООВ1 и -ОРВ1

Остальные экзоны отвечают за формирование трансмембранного элемента и цитоплазматического сегмента, поэтому изучение этих структурных

элементов - не ключевых экзонов и интронов, клинически важно лишь в случае выявления неэкспрессирующихся (нулевых) аллелей, образующихся за счет стоп-кодонов в экзонах или вследствие мутаций в сайтах сплайсинга [20, 90-92].

1.2 Полиморфизм системы ИЬЛ среди населения, проживающего на

территории Российской Федерации

Данные о частотах встречаемости аллелей и гаплотипов в различных популяциях могут использоваться для целенаправленного формирования регистра неродственных доноров ГСК, репрезентативного для многонационального государства - РФ. Учет этих данных позволит повысить вероятность нахождения совместимого донора для пациента за счет поиска в определенных региональных популяциях с известным ИЬЛ-профилем. Кроме того, информация о частотах встречаемости аллелей и гаплотипов в популяциях доноров позволяет уменьшить число неоднозначностей при подборе пар донор-пациент перед аллогенной ТГСК [21].

На момент начала настоящего исследования этнический полиморфизм в России был изучен недостаточно. Большинство работ отечественных авторов направлены на филогенетический анализ межпопуляционных связей и определение факторов системы ИЬЛ с предрасположенностью к различным заболеваниям.

Одни из первых работ по изучению аллельного полиморфизма ИЬЛ-генов Болдыревой М.Н. с соавт. [22-25] охватывали довольно разнообразные популяции - ненцы, саамы, марийцы, удмурты, калмыки, тувинцы, русские из различных регионов РФ и другие, но при этом анализу подвергались только локусы II класса - ИЬЛ-ОКБ1, ИЬЛ-ОрЛ1, ИЬЛ-ОрБ1, а исследуемые выборки были невелики (от 70 до 225 представителей каждой популяции). В указанных работах выявлены как сходства с основными европейскими и рядом

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Логинова Мария Александровна, 2021 год

- 51 с.

70. Безопасность работы с микроорганизмами Ш-1У групп патогенно-сти (опасности) и возбудителями паразитарных болезней: Санитарно-эпидемиологические правила СП 1.3.2322-08 // Бюллетень нормативных и методических документов госсанэпиднадзора. - 2009. - вып. 4(38). - С.13-67.

71. Об обеспечении единства измерений: федеральный закон от 26 июня 2008 №102-ФЗ // Российская газета. 2008. - 02 июля. - №0 (4697).

72. Логинова, М.А. Опыт работы регистра потенциальных доноров ге-мопоэтических стволовых клеток / М.А. Логинова, И.В. Парамонов // Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии в педиатрии. - 2014. - Т.13, №1. -Р.9-12.

73. Скрипко, Л.Е. Процессный подход в управлении качеством / Л.Е. Скрипко. - С-Пб: изд-во СПбГУЭФ, 2011. - 105 с.

74. Моллах, А.Х. Управление рисками в фармацевтическом производстве / А.Х. Моллах, М. Лонгс, Г.С. Бейсмен - 1-е изд. - М.: Группа компаний ВИАЛЕК, 2014. - 472 с.

75. Ланг, Т.А. Как описывать статистику в медицине: руководство для авторов, редакторов, рецензентов: [пер. с англ.]/ Т.А. Ланг, М. Сесик; под ред. В.П. Леонова. - М.: Практическая медицина, 2016. - 480 с.

76. Социально-демографический портрет России: По итогам всероссийской переписи населения 2010 года / Федер. служба гос. статистики. - М.: ИИЦ «Статистика России», 2012. - 183 с.

77. Итоги межлабораторной программы контроля качества тканевого типирования / В.Ю. Абрамов, О.В. Гулидова, Л.Л. Лебедева [и др.] // Вестник трансплантологии и искусственных органов. - 2010. - Т.12, №3. - С.89-93.

78. Генетические особенности доноров гемопоэтических стволовых клеток, проживающих в Новосибирске / М.А. Логинова, И.В. Парамонов, К.В. Хальзов, Ю.В. Моор // Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. -Т.61, №7. - С.422-428.

79. Логинова, М.А. Новые ИЬЛ-аллели в популяциях Северного Кавказа / М.А. Логинова, И.В. Парамонов, А.В. Рылов // Клеточная терапия и

трансплантация. Материалы X международного симпозиума памяти Р.М. Горбачевой. - 2016. - Т.5, №3. - С.48.

80. Логинова, МА. Новый аллель локуса HLA-C, HLA-C*06:02:48, выявленный у бурят / МА. Логинова, И.В. Парамонов, A^. Рылов // Материалы Всероссийской научно-практической конференции с международным участием Актуальные вопросы трансфузиологии, онкогематологии и клеточной терапии". - 2017. - C.241-244.

81. The EBMT activity survey report 2017: a focus on allogeneic HCT for nonmalignant indications and on the use of non-HCT cell therapies / J.R. Passweg, H. Baldomero, G.W. Basak [et al.] // Bone Marrow Transplantation. - 2019. -Vol.54, №10. - P.1575-1585.

82. Hematopoietic Stem Cell Transplantation. A Handbook for Clinicians / J.R. Wingard, MD, D.A. Gastineau [et al.] - 2nd Edition. - Maryland: AABB, 2015.

- 970 р.

83. The EBMT activity survey: 1990-2010 / J.R. Passweg, H. Baldomero, A. Gratwohl [et al.] // Bone Marrow Transplantation. - 2012. - Vol.47, №7. - P. 906-923.

84. Hematopoietic stem cell transplantation in Europe 2014: more than 40 000 transplants annually / J.R. Passweg, H. Baldomero, P. Bader [et al.] // Bone Marrow Transplantation. - 2016. - Vol.51, №6. - Р. 786-792.

85. Recommendations for Donor HLA Assessment and Matching for Allogeneic Stem Cell Transplantation: Consensus Opinion of the Blood and Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN) / A. Howard, M.A. Fernandez-Vina, F.R. Appelbaum [et al.] // Biological Blood Marrow Transplantation. - 2015.

- Vol.21, №1. - P. 4-7.

86. European Society for Blood and Marrow Transplantation (EBMT). Hematopoietic SCT in Europe 2013: recent trends in the use of alternative donors showing more haploidentical donors but fewer cord blood transplants / J.R. Passweg, H. Baldomero, P. Bader [et al] // Bone Marrow Transplantation. - 2015. - Vol.50, №4. - P. 476-482.

87. Evseeva, I. The Role of Unrelated Donor Registries in HSCT / I. Evseeva, L. Foeken, A. Madrigal // The EBMT Handbook. Hematopoietic Stem Cell Transplantation and Cellular Therapies / edit. by E. Carreras, C. Dufour, M. Mohty, N. Kroger. - Switzerland: Springer Nature. - 2019. - P. 19-25.

88. WMDA Global Trend Report. Summary 2018 [Electronic resource]. Available at: https://wmda.info/wp-content/uploads/2019/08/17072019-GTR-Graphs-Summary-2018.pdf.

89. The Allele Frequency Net Database [Electronic resource]. Available at: http://www.allelefrequencies.net/.

90. Edgerly, C.H. The Past, Present, and Future of HLA Typing in Transplantation / C.H. Edgerly, E.T. Weimer // HLA Typing. Methods and protocols / edit. by S. Boegel. - New York: Human Press. - 2018. - P. 1-10.

91. Bodmer, W.F. The HLA system: structure and function / W.F. Bodmer // Journal of Clinical Pathology. - 1987. - Vol.40. - P. 948-958.

92. Choo, S.Y. The HLA System: Genetics, Immunology, Clinical Testing, and Clinical Implications / S.Y. Choo // Yonsei Medical Jornal. - 2007. - Vol.48, №1. - P. 11-23.

93. Immunobiology: The Immune System in Health and Disease / C.A. Janeway, P. Travers, M. Walport, M.J. Shlomchik. - New York: Garland Science, 2001. - 884 p.

94. Gene map of the extended human MHC / R. Horton, L. Wilming, V. Rand [et al.] // Nature Reviews Genetics. - 2004. - Vol.5, №12. - P.889-899.

95. Consortium, T.Ms. Complete sequence and gene map of a human major histocompatibility complex. The MHC sequencing consortium / T.Ms. Consortium // Nature. - 1999. - Vol.401, №6756. - P.921-923.

96. Petersdorf, E.W. Genetics of Graft-versus-Host Disease: The Major Histocompatibility Complex / E.W. Petersdorf // Blood Review. - 2013. - Vol.27, №1. - P. 1-12.

97. Petersdorf, E.W. Role of major histocompatibility complex variation in graft-versus-host disease after hematopoietic cell transplantation / E.W. Petersdorf // F1000Research. - 2017. - Vol.6. - P. 617.

98. Petersdorf, E.W. The major histocompatibility complex: a model for understanding graft-versus-host disease / E.W. Petersdorf // Blood. - 2013. -Vol.122, №11. - P. 1863-1872.

99. Choi, S.W. Pathogenesis and Management of Graft versus Host Disease / S.W. Choi, J.E. Levine, J.LM. Ferrara // Immunology and Allergy Clinics of North America. - 2010. - Vol.30, №1. - P. 75-101.

100. Rezvani, A.R. Separation of graft-vs.-tumor effects from graft-vs.-host disease in allogeneic hematopoietic cell transplantation / A.R. Rezvani, R.F. Storb // Journal of Autoimmunity. - 2008. - Vol.30, №3. - P. 172-179.

101. The graft-versus-leukemia effect using matched unrelated donors is not superior to HLA-identical siblings for hematopoietic stem cell transplantation / O. Ringden, S.Z. Pavletic, C. Anasetti [et al.] // Blood. - 2009. - Vol.113, №13. - P. 3110-3118.

102. Mining Clinical, Immunological, and Genetic Data of Solid Organ Transplantation / M. Berlingerio, F. Bonchi, M. Curcio, F. Giannotti, F. Turini // Biomedical Data and Application / edit. by A.S. Sidhu. - Berlin-Heidelberg: Springer-Verlag, 2009. - P. 211-236.

103. Nomenclature for factors of the HLA system, 2010 / S.GE. Marsh, E.D. Albert, W.F. Bodmer [et al.] // Tissue antigens. - 2010. - Vol.75, №4. - P. 291-455.HLA Alleles Numbers [Electronic resource]. Available at: http://hla.al-leles.org/nomenclature/stats.html (data of the application 02.04.2020).

104. IPD-IMGT/HLA Database. European Bioinformatics Institute [Electronic resource]. Available at: https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/.

105. Parham, P. Population biology of antigen presentation by MHC class I molecules / P. Parham, T. Ohta // Science. - 1996. - Vol.272, №5258. - P.67-74.

106. Hughes, A.L. Pattern of nucleotide substitution at major histocompatibility complex class I loci reveals overdominant selection / A.L. Hughes, M. Nei // Nature. - 1988. - Vol.335, №6186. - P. 167-170.

107. A comparative study of HLA-A and HLA-B antigens and haplotype distribution among donors of hematopoietic stem cells from Russian and German regions / L.N. Bubnova, G.A. Zaitseva, L.V. Erokhina [et al.] // Cellular Therapy and Transplantation. - 2008. - Vol.1, №1. - P. 28-34.

108. Distribution of HLA alleles in population of Samara region / A. To-ropovskiy, L. Trusova, S. Volchkov, I. Abubakirova, O. Tyumina // Tissue Antigens.

- 2009. - Vol.73, №5. - P. 464.

109. High-resolution HLA alleles in the Samara population of Russia / A. Toropovskiy, D. Kluchnikov, L. Trusova, S. Volchkov, O. Tyumina // Tissue Antigens. - 2011. - Vol.77, №5. - P. 412.

110. Analysis of high resolution haplotype frequencies in Samara and Orenburg population of Russia / A. Toropovskiy, L. Gragert, D. Kluchnikov [et al.] // Tissue Antigens. - 2011. - Vol.77, №5. - P. 414.

111. HLA gene and haplotype frequencies in Russians, Bashkirs and Tatars, living in the Chelyabinsk Region (Russian South Urals) / T.A. Suslova, A.L. Bur-mistrova, M.S. Chernova [et al.] // Inter. J. Immunogenetics. - 2012. - Vol.39, №5.

- p. 394-408.

112. The frequency of HLA-A/B/DRB1 haplotypes in the Russian population of Moscow region / T. Pukhlikova, L. Lebedeva, A. Chumak [et al.] // Tissue Antigenes - 2015. - Vol.85, №5. - P.396.

113. Bubnova, L. Russian Normal / L. Bubnova // UCLA Tissue Typing Laboratory / edit. by D.W. Gjertson, P.I. Terasaki. - USA: American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 1997. - P.242.

114. Tuvin Normal / L. Alexeev, R. Khaitov, M. Boldireva [et al.] // UCLA Tissue Typing Laboratory / edit. by D.W. Gjertson, P.I. Terasaki. - USA: American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 1997. - P.243.

115. Caucasian Russian Normal / L. Alexeev, R. Khaitov, M. Boldireva [et al.] // UCLA Tissue Typing Laboratory / edit. by D.W. Gjertson, P.I. Terasaki. -USA: American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 1997. - P.178.

116. Armeniasn Normal / L. Alexeev, R. Khaitov, M. Boldireva [et al.] // UCLA Tissue Typing Laboratory / edit. by D.W. Gjertson, P.I. Terasaki. - USA: American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 1997. - P.185.

117. Spierings, E. Histocompatibility / E. Spierings, K. Fleischhauer // The EBMT Handbook. Hematopoietic Stem Cell Transplantation and Cellular Therapies / edit. by E. Carreras, C. Dufour, M. Mohty, N. Kroger. - Switzerland: Springer Nature. - 2019. - P. 61-68.

118. Definitions of histocompatibility typing terms / E. Nunes, H. Heslop, M. Fernandez-Vina [et al.] // Blood. - 2011. - Vol.118, №23. - P.180-183.

119. Nomenclature for Factors of the HLA System. Nomenclature of HLA alleles [Electronic resource]. Available at: http://hla.alleles.org/nomenclature/nam-ing.html.

120. NMDP Allele Code List in Numerical Order [Electronic resource]. Available at: https://bioinformatics.bethematchclinical.org/hla/numeric.v3.html (data of the application 02.04.2020).

121. Recommendations for Donor HLA Assessment and Matching for Allogeneic Stem Cell Transplantation: Consensus Opinion of the Blood and Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN) / A. Howard, M.A. Fernandez-Vina, F.R. Appelbaum [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2015. - Vol.21, №1. - P. 4-7.

122. HLA-haploidentical bone marrow transplantation for hematologic malignancies using nonmyeloablative conditioning and high-dose, posttransplantation cyclophosphamide / L. Luznik, P.V. O'Donnell, H.J. Symons [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2008. - Vol.14, №6. - P.641-650.

123. Outcomes of pediatric bone marrow transplantation for leukemia and myelodysplasia using matched sibling, mismatched related, or matched unrelated

donors / P.J. Shaw, F. Kan, K. Woo Ahn [et al.[ // Blood. - 2010. - Vol.116, №19.

- P.4007-4015.

124. One-antigen mismatched related versus HLA-matched unrelated donor hematopoietic stem cell transplantation in adults with acute leukemia: Center for International Blood and Marrow Transplant Research results in the era of molecular HLA typing / D. Valcarcel, J. Sierra, T. Wang [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2011. - Vol.17, №5. - P.640-648.

125. High resolution donor-recipient HLA matching contributes to the success of unrelated donor marrow transplantation / S.J. Lee, J. Klein, M. Haagenson [et al.] // Blood. - 2007. - Vol.110, №13. - P.4576-4583.

126. HLA-C antigen mismatch is associated with worse outcome in unrelated donor peripheral blood stem cell transplantation / A. Woolfrey, J.P. Klein, M. Haagenson [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2011. - Vol.17, №6. - P. 885-892.

127. A perspective on the selection of unrelated donors and cord blood units for transplantation / S.R. Spellman, M. Eapen, B.R. Logan [et al.] // Blood. - 2012.

- Vol. 120, №2. - P. 259-265.

128. Biological significance of HLA locus matching in unrelated donor bone marrow transplantation / Y. Morishima, K. Kashiwase, K. Matsuo [et al.] // Blood.

- 2015. - Vol. 125, №7. - P. 1189-1197.

129. Optimizing outcome after unrelated marrow transplantation by comprehensive matching of HLA class I and II alleles in the donor and recipient / E.W. Petersdorf, T.A. Gooley, C. Anasetti [et al.] // Blood. - 1998. - Vol.92, №10. - P. 3515-3520.

130. The clinical significance of human leukocyte antigen (HLA) allele compatibility in patients receiving a marrow transplant from serologically HLA-A, HLA-B, and HLA-DR matched unrelated donors / Y. Morishima, T. Sasazuki, H. Inoko [et al.] // Blood. - 2002. - Vol.99, №11. - P. 4200-4206.

131. Park, M. Role of HLA in Hematopoietic Stem Cell Transplantation [Electronic resource] / M. Park, J.J. Seo // Bone Marrow Research. Open Access. -2012. - Vol. 2012. - Available at: https://doi.org/10.1155/2012/680841, free.

132. Tiercy, J.M. How to select the best available related or unrelated donor of hematopoietic stem cells? / J.M. Tiercy // Haematologica. - 2016. - Vol.101, №26.

- P.680-687.

133. The Rome Transplant Network model compared to the Italian Bone Marrow Donor Registry activity for unrelated donor search process and transplant efficiency for hematologic malignancy /A. Picardi A, W. Arcese, S. Pollichieni [et al.] // Transfusion. - 2017. - Vol.57, №7. - P.1734-1743.

134. Majorhistocompatibility-complex class I alleles and antigens in hema-topoietic-cell transplantation / E. W. Petersdorf, J. A. Hansen, P. J. Martin [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2001. - Vol.345, №25. - P. 1794-1800.

135. Impact of HLA class I and class II high-resolution matching on outcomes of unrelated donor bone marrow transplantation: HLA-C mismatching is associated with a strong adverse effect on transplantation outcome / N. Flomenberg, L.A. Baxter-Lowe, D. Confer [et al.] // Blood. - 2004. - Vol.104, №7. - P. 19231930.

136. Petersdorf, E.W. Genetics of graft-versus-host disease: the major histocompatibility complex / E.W. Petersdorf // Blood Rev. - 2013. - Vol.27, №1. - P.1-12.

137. High-resolution HLA matching in hematopoietic stem cell transplantation: a retrospective collaborative analysis / D. Furst, C. Muller, V. Vucinic [et al.] // Blood. - 2013. - Vol.122, №18. - P. 3220-3229.

138. Diverging effects of HLA-DPB1 matching status on outcome following unrelated donor transplantation depending on disease stage and the degree of matching for other HLA alleles / B.E. Shaw, N.P. Mayor, N.H. Russell [et al.] // Leukemia.

- 2010. - Vol.24, №1. - P. 58-65.

139. Evaluation of HLA matching in unrelated hematopoietic stem cell transplantation for nonmalignant disorders / J. Horan, T. Wang, M. Haagenson [et al.] // Blood. - 2012. - Vol.120, №14. - P. 2918-2924.

140. Identification of a permissible HLA mismatch in hematopoietic stem cell transplantation / M.A. Fernandez-Vina, T. Wang, S.J. Lee [et al.] // Blood. -2014. - Vol.123, №8. - P. 1270-1278.

141. Nonpermissive HLA-DPB1 mismatch increases mortality after mye-loablative unrelated allogeneic hematopoietic cell transplantation / J. Pidala, S.J. Lee, K.W. Ahn [et al.] // Blood. - 2014. - Vol.124, №16. - P. 2596- 2606.

142. HLA match likelihoods for hematopoietic stemcell grafts in the U.S. registry / L. Gragert, M. Eapen, E. Williams [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2014. -Vol.371, №4. - P. 339-348.

143. High-resolution HLA matching in unrelated donor transplantation in Switzerland: differential impact of class I and class II mismatches may reflect selection of nonimmunogenic or weakly immunogenic DRB1/DQB1 disparities / J.R. Passweg, U. Schanz, Y. Chalandon [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2015. -Vol.50, №9. - P. 1201-1205.

144. HLA mismatch combinations associated with decreased risk of relapse: implications for the molecular mechanism / T. Kawase, K. Matsuo, K. Kashiwase [et al.] // Blood. - 2009. - Vol.113, №12. - P. 2851-2858.

145. Amino acid substitution at peptide-binding pockets of HLA class I molecules increases risk of severe acute GVHD and mortality / J. Pidala, T. Wang, M. Haagenson [et al.] // Blood. - 2013. - Vol.122, №22. - P. 3651-3658.

146. The effect of donor characteristics on survival after unrelated donor transplantation for hematologic malignancy / C. Kollman, S.R. Spellman, M.J. Zhang [et al.] // Blood. - 2016. - Vol.127, №2. - P. 260-267.

147. Petersdorf, E.W. HLA mismatching in transplantation / E.W. Petersdorf // Blood. - 2015. - Vol.125, №7. - P. 1058-1059.

148. Sonnenberg, F.A. Bone Marrow Donor Registries: The relation between Registry size and probability of finding complete and partial matches / F.A.

Sonnenberg, M.H. Eckman, S.G. Pauker // Blood. - 1989. - Vol.74, №7. - P. 25692578.

149. Estimation of high-resolution HLA-A, -B, -C, -DRB1 allele and haplo-type frequencies based on 8862 German stem cell donors and implications for strategic donor registry planning / A.H. Schmidt, D. Baier, U.V. Solloch [et al.] // Human Immunology. - 2009. - Vol.70. - P. 895-902.

150. HLA haplotype frequency analysis within India: pre-requisite for Bone Marrow Donor Registry and Cord Blood Bank planning / M. Maiers, M. Halagan, N. Leahy [et al.] // Blood. - 2013. - Vol.122, №21. - P.5607.

151. WMDA Database. [Electronic resource]. Available at: https://share.wmda.info/display/WMDAREG/Database#/ (data of the application 12.12.2018).

152. Rodey, G.E. HLA Beyond Tears. Introduction to human histocompatibility / G.E. Rodey. - Durango CO: De Novo Inc. - 2000. - 313 p.

153. ASHI Laboratory Manual // edit. by A.B. Hahn, G.A. Land, R.M. Stro-thman. Forth edition. - USA: American Society for Histocompatibility and Immu-nogenetics, 2000: 29 cm.

154. Terasaki, P.I. Microdroplet assay of human serum cytotoxins / P.I. Terasaki, J.D. McClelland // Nature. - 1964. - Vol.204. - P. 998-1000.

155. Eng, H.S. Histocompatibility testing after fifty years of transplantation / H.S. Eng., M.S. Leffell // J Immunol Methods. - 2011. - Vol.369, №1-2. - P. 121.

156. Comparison of typing results by serology and polymerase chain reaction with sequence-specific primers for HLA-Cw in 650 individuals / J. Mytilineos, U. Christ, M. Lempert, G. Opelz // Tissue Antigens. - 1997. - Vol.50, №№4. - P. 395400.

157. HLA Class I typing of volunteers for a bone marrow registry: QC analysis by DNA-based methodology identifies serological typing discrepancies in the assignment of HLA-A and B antigens / I.S. Gourley, J. Kearns, M. McKeen [et al.] // Tissue Antigens. - 2002. - Vol.59, №3. - P. 211-215.

158. Accurate typing of HLA-A antigens and analysis of serological deficiencies / N. Yu, M. Ohashi, S. Alosco [et al.] // Tissue Antigens. - 1997. - Vol.50, №4. - P. 380-386.

159. Comparison of HLA Class I and II Molecular and Serological Typing within Clinical Laboratory / K. Ayed, S.A. Jendoubi, M. Makhlouf, I. Sfar, T.B. Abdallah // Saudi J. Kidney Dis. Transplant. - 2003. - Vol.14, №1. - P. 39-42.

160. Comparison of HLA-A antigen typing by serology with two polymer-ase chain reaction based DNA typing methods: implications for proficiency testing / M.V. Bozon, J.C. Delgado, D. Turbay [et al.] // Tissue Antigens. - 1996. - Vol.47, №6. - P. 512-518.

161. Tinckam, K. Histocompatibility methods / K. Tinckam // Transplantation Reviews. - 2009. - Vol.23, №2. - P. 80-93.

162. Typing class I HLA-A gene using a nested PCR-RFLP procedure / E.C. Castelli, D.S. Gil, L.C.S. Veiga, J.L.V. de Camargo // Brazilian Journal of Medical and Biological Research. - 2005. - Vol.38. - P. 837-842.

163. Moribe, T. Complete HLA-A DNA typing using the PCR-RFLP method combined with allele group- and sequence-specific amplification / T. Moribe, T. Kaneshige, H. Inoko // Tissue Antigens. - 1997. - Vol.50, №5. - P. 535-545.

164. Olerup, O. HLA-DR typing by PCR amplification with sequence-specific primers (PCR-SSP) in 2 hours: an alternative to serological DR typing in clinical practice including donor-recipient matching in cadaveric transplantation / O. Olerup, H. Zetterquist // Tissue Antigens. - 1992. - Vol.39, №5. - P.225-235.

165. Aldener-Cannava, A. HLA-DQB1 «low resolution» typing by PCR amplification with sequence-specific primers (PCR-SSP) / A. Aldener-Cannava, O. Olerup // International Journal of Immunogenetics. - 1994. - Vol.21, №6. - P. 447455.

166. Bunce, M. Rapid HLA-DQB typing by eight polymerase chain reaction amplifications with sequence-specific primers (PCR-SSP) / M. Bunce, C.J. Taylor, K.I. Welsh // Human Immunology. - 1993. - Vol.37, №4. - P. 201-206.

167. Low-resolution DNA typing for HLA-B using sequence-specific primers in allele- or group-specific ARMS/PCR / A.M. Sadler, F. Petronzelli, P. Krausa [et al.] // Tissue Antigens. - 1994. - Vol.44, №3. - P. 148-154.

168. Phototyping: comprehensive DNA typing for HLA-A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5 and DQB1 by PCR with 144 primer mixes utilising sequence-specific primers (PCR-SSP) / M. Bunce, C.M. O'Neill, M.C. Barnardo [et al.] // Tissue Antigens. - 1995. - Vol.46, №5. - P. 355-367.

169. Savelkoul, P.H. High resolution HLADRB1 SSP typing for cadaveric donor transplantation / P.H. Savelkoul, D.P. de Bruyn-Geraets, E.M. van den Berg-Loonen // Tissue Antigens. - 1995. - Vol.45, №1. - P. 41-48.

170. Immunogenetics. Methods and Applications in Clinical Practice / edited by F.T. Christiansen, B.D. Tait. - Perth WA: Humana Press. - 2012. - 690 p.

171. HLA gene and haplotype frequencies in a Nagaybaks population from the Chelyabinsk Region (Russian South Urals) / T.A. Suslova, A.L. Burmistrova, M.N. Vavilov [et al.] // Hum. Immunol. 2017. - Vol.78, №10. - P. 595-601.

172. Micro SSP™ Allele Specific Trays [Electronic resource]. Available at: http://www.onelambda.com/en/product/micro-ssp-allele-specific-trays.html (data of the application 09.12.2019).

173. Instructions for use HISTO TYPE SSP Kits [Electronic resource]. Available at: https://www.bag-healthcare.com/fileadmin/user_upload/PDF_Diag-nostik/IFUs/HISTO_TYPE_Happy/IFU-HISTOTYPE-V18-2017-EN.pdf (data of the application 09.12.2019).

174. HLA Kits [Electronic resource]. Available at: https://labprod-ucts.caredx.com/products/olerup-ssp/hla-kits/ (data of the application 09.12.2019).

175. User manuals Protrans SSP Kit [Electronic resource]. Available at: http://www.protrans.info/DNA/Module/MIRPAT/zuge-

ordnet/2015%2012%2001 %20%20User%20Manual%20PRO-TRANS%20HLA%20SSP_version%202.7_MAN.pdf (data of the application 09.12.2019).

176. HLA-DR typing using DNA amplification by the polymerase chain reaction and sequential hybridization to sequence specific oligonucleotide probes / B.P. Wordsworth, C.E. Allsopp, R.P. Young [et al.] // Immunogenetics. - 1990. -Vol.32, №6. - P. 413-418.

177. Complete analysis of HLA-DQB1 polymorphism and DR-DQ linkage disequilibrium by oligonucleotide typing / C. Morel, F. Zwahlen, M. Jeannet [et al.] // Human Immunology. - 1990. - Vol.29, №1. - P. 64-77.

178. Scharf, S.J. Rapid typing of DNA sequence polymorphism at the HLA-DRB1 locus using the polymerase chain reaction and nonradioactive oligonucleotide probes / S.J. Scharf, R.L. Griffith, H.A. Erlich // Human Immunology. - 1991. -Vol.30, №3. - P. 190-201.

179. Gao, X. Characterization of the HLA-A polymorphism by locus-specific polymerase chain reaction amplification and oligonucleotide hybridization / X. Gao, I.B. Jakobsen, S.W. Serjeantson // Human Immunology. - 1994. - Vol.41, №4. - P. 267-279.

180. Cereb, N. Dimorphic primers derived from intron 1 for use in the molecular typing of HLA-B alleles / N. Cereb, S.Y. Yang // Tissue Antigens. - 1997. -Vol.50, №1. - P. 74-76.

181. Little, A.M. An overview of HLA typing for hematopoietic stem cell transplantation / A.M. Little // Bone marrow and stem cell transplantation / edit. by M. Beksac. - Ankara: Humana Press Inc. - 2007. - P. 35-49.

182. Rapid DNA typing of class II HLA antigens using the polymerase chain reaction and reverse dot blot hybridization / I. Buyse, R. Decorte, M. Baens [et al.] // Tissue Antigens. - 1993. - Vol.41, №1. - P. 1-14.

183. Bugawan, T.L. A method for typing polymorphism at the HLA-A locus using PCR amplification and immobilized oligonucleotide probes / T.L. Bugawan, R. Apple, H.A. Erlich // Tissue Antigens. - 1994. - Vol.44, №3. - P. 137-147.

184. High-throughput DNA typing of HLA-A, -B, -C, and -DRB1 loci by a PCR-SSOP-Luminex method in the Japanese population / Y. Itoh, N. Mizuki, T. Shimada [et al.] // Immunogenetics. - 2005. - Vol.57, №10. - P. 717-729.

185. Levine, J.E. SSOP typing of the Tenth International Histocompatibility Workshop reference cell lines for HLA-C alleles / J.E. Levine, S.Y. Yang // Tissue Antigens. - 1994. - №44. - P. 174-183.

186. PCR-RFLP is as sensitive and reliable as PCR-SSO in HLA class II genotyping / N. Mizuki, S. Ohno, K. Sugimura [et al.] // Tissue Antigens. - 1992.

- №40. - P. 100-103.

187. Williams, F. Application of an HLA-B PCR-SSOP typing method to a bone marrow donor registry / F. Williams, H. Mawhinney, D. Middleton // Bone Marrow Transplantation. - 1997. - №19. - P. 205-208.

188. Won, D.I. A novel analysis strategy for HLA typing using a sequence-specific oligonucleotide probe method / D. I. Won // HLA. - 2017. - Vol.90, №5. -P. 276-283.

189. Dynal RELI SSO HLA Typing Kit. Instructions for use. Revision 004.

- USA: Invitrogen Corporation, 2007. - 25 p.

190. Product Insert: LIFECODES HLA-SSO Typing Kits. Revision K. [Electronic resource]. Available at: http://www.immu-cor.com/LIFECODES%20Documents

/LC1436IVDEN_LIFECODES_HLA_SSO_Typing_Kits-English_2019-07-24.pdf (data of application 22-04-2020).

191. Product Insert: LABType SSO HLA. Revision 21. - USA: One Lambda, 2011. - 11 p.

192. Instruction for use HISTO SPOT SSO Kits BAG. [Electronic resource]. Available at: https://www.bag-healthcare.com /fileadmin/user_upload/PDF_Diag-nostik/IFUs/HISTO_SPOT/IFU-HISTOSPOT-V15-2018-EN.pdf (data of the application 09.12.2019).

193. Operator's manual BeeBlot. Revision 2. - UK: Bee Robotics Ltd., 2010.

- 52 p.

194. xMAP Technology. [Electronic resource]. Available at: https://www.luminexcorp.com/xmap-technology/ (data of the application 14.12.2018).

195. 1012-LB Enhanced resolution of LIFECODES HLA-C eRES SSO typing kit by the addition of 22 new probes / S. Kumar, S. Boucher, J. Qin, B. Ray // Human Immunology. - 2013. - Vol.74, №5. - P.490.

196. Product Insert: LABType SSO Typing Test. Revision 04. - USA: One Lambda, 2019. - 15 p.

197. MR.SPOT Processor. User manual. [Electronic resource]. Available at: https://www.bag-healthcare.com/fileadmin/user_upload/PDF_Diagnostik /IFUs/HISTO_SPOT/IFU-MR.SPOT-Fusion-1_5-UserManual-V16-2018-EN.pdf (data of the application 14.12.2018).

198. Identification of a new HLA-B*56 variant, B*5614 / L.X. Yan, F.M. Zhu, Q.F. Lv [et al.] // Tissue Antigens. - 2005. - Vol.65, №3. - P. 278-279.

199. Identification of HLA-B*5136 in the Chinese population / L.X. Yan, F.M. Zhu, Q.F. Lv [et al.] // Tissue Antigens. - 2005. - Vol.65, №3. - P. 280-282.

200. Product Insert: LABType XR and CWD DNA Typing Test. Revision 04. - USA: One Lambda, 2020. - 15 p.

201. Estimation of HLA alleles and haplotypes frequencies distribution in population of the Samara Region / A. Toropovskiy, O. Tyumina, L. Trusova [et al.] // Human Immunology. - 2010. - V.71, Supplement 1. - P. S84.

202. Maxam, A.M. A new method for sequencing DNA / A.M. Maxam, W.A. Gilbert // Proc Natl Acad Sci USA. - 1977. - Vol.74, №2. - P. 560-564.

203. Sanger, S.F. DNA sequencing with chain-terminating / S.F. Sanger, A.R.C. Nicklen // Proc Natl Acad Sci. - 1977. - №74. - P. 5463-5467.

204. DNA Sequencing by Capillary Electrophoresis. Applied Biosystems Chemistry Guide. Second Edition. [Electronic resource]. Available at: http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/cms_041003.pdf (data of the application 16.12.2018).

205. New high resolution typing strategy for HLA-A locus alleles based on dye terminator sequencing of haplotypic group-specific PCR amplicons of exon 2 and exon 3 / B. Kurz, I. Steiert, G. Heuchert, C.A. Muller // Tissue Antigens. - 1999. - Vol.53, №1. - P. 81-96

206. Full screening and accurate subtyping of HLA-A*02 alleles through group-specific amplification and mono-allelic sequencing / S. Song, M. Han, H. Zhang, Y. Wang, H. Jiang // Cellular & Molecular Immunology. - 2013. - №10. -P. 490-496.

207. Erlich, H. HLA DNA typing: past, present, and future / H. Erlich // Tissue Antigens. - 2012. - Vol.80, №1. - P.1-11.

208. Agrawal, S. The past, present, and future of human leukocyte antigen techniques / S. Agrawal, R.K. Sharma // Indian Journal of Transplantation. - 2012.

- Vol.6, №1. - P. 2-19.

209. Mono-allelic amplification of exons 2-4 using allele group-specific primers for sequence-based typing (SBT) of the HLA-A, -B and -C genes: Preparation and validation of ready-to-use pre-SBT mini-kits / A. Dormoy, N. Froelich, R. Lei-senbach [et al.] // Tissue Antigens - 2003. - Vol.62, №3. - P. 201-216.

210. User Manual HLA Sequencing Kits. Ver. 2018-06-26. Protrans medizinische diagnostische Produkte GmbH. [Electronic resource]. Available at: http: //www.protrans .info/DNA/Module/MIRPAT/zugeordnet

/2018%2006%2026%20Protrans%20SBT%20HLA%20User%20Manual.pdf (data of the application 16.12.2018).

211. Loginova, M. Identification of a new HLA-B*27 allele, B*27:133, in a Russian individual / M. Loginova, I. Paramonov // Tissue Antigens. - 2015. - №86.

- P. 211-212.

212. Loginova, M. Identification of a new HLA-B*27 allele, B*27:05:31, in a Russian individual / M. Loginova // Immunogenet open access. - 2016. - Vol.1, №1.

213. Identification of the new HLA-B*44:02:45, DQB1*02:85, DQB1*06:210, DRB1*01:01:30 alleles by monoallelic Sanger sequencing / E.V. Kuzmich, A.L. Alyanskiy, S.S. Tyapushkina [et al.] // Cellular Therapy and Transplantation. - 2018. - Vol.7, №1 (22). - P. 62-65.

214. Nowak, J. Genetic Methods of HLA Typing / J. Nowak, R. Mika-Witkowska, E. Graczyk-Pol // Molecular Aspects of Hematologic Malignancies:

Principles and Practice / edit. by M. Witt, M. Dawidowska, T. Szczepanski. - BerlinHeidelberg: Springer-Verlag, 2012. - P. 325-339.

215. AlleleSEQR HLA sequencing Kit. Instructions for Use. Edition 3 from 2016-12. [Electronic resource]. Available at: https://www.gendx.com/files/se-cure/673-wd-0035-gendx-alleleseqr-hla-ifu-6340000-v3-201612-ruo/file (data of the application 17.12.2018).

216. HLA Typing Kits. Instructions for Use. Version 1.2 from 20-10-2017. [Electronic resource]. Available at: https://labproducts. caredx.com/products/sbt-re-solver/technical-documents/instructions-for-use/ (data of the application 17.12.2018).

217. SeCore Sequencing Kits. Instructions for Use. [Electronic resource]. Available at: https://www.onelambda.com/content/dam/onelambda /en/TDX/Docu-ments/securedocs/docs/Product_Insert/SEC-SEQK-PI-EN-01.pdf (data of the application 17.12.2018).

218. HARPs. Instruction for Use. Version 1.1 from 14-09-2017. [Electronic resource]. Available at: https://labproducts.caredx.com /products/sbt-resolver/tech-nical-documents/instructions-for-use/ (data of the applicaion 17.12.2018).

219. Resolution of HLA class I sequence-based typing ambiguities by group-specific sequencing primers / T.V. Lebedeva, S.A. Mastromarino, E. Lee [et al.] // Tissue Antigens. - 2011. - Vol.77, №3. - P. 247-50.

220. A minimum set of GSSP's for resolving HLA-class I genotypes / E.H. Rozemuller, L. Ploeger, W. Mulder, M.G.J. Tilanus // Human Immunology. - 2007. - Vol.68, №1. Supplement. - S86.

221. HLAssure SE SBT Kits. Instructions for Use. Revision 2.3. - Taiwan: TBG Biotechnology Corporation, 2015. - 31 p.

222. Garcia-Gomez, J.F. Detection of a novel HLA-C*04 allele containing sequences from the C*07:02 allele group in exon 3 / J.F. Garcia-Gomez, K. Gen-dzekhadze, D. Sentizer // Human Immunology. - 2013. - Vol.74. Supplement. - P. 107.

223. A novel HLA-B allele, HLA-B*56:40 / J.W. Zheng, J.H. Xie, Y. Sun, Y.Q. Jiang, D. Xiang // HLA. - 2016. - Vol.88, №1-2. - P. 51-52.

224. Buermans, H.P. Next generation sequencing technology: Advances and applications / H.P. Buermans, J.T. den Dunnen // Biochim. Biophys. Acta. - 2014.

- Vol.1842, №10. - P. 1932-1941.

225. Grada, A. Next-Generation Sequencing: Methodology and Application / A. Grada, K. Weinbrecht // Journal of Investigative Dermatology. - 2013. -Vol.133, №8. - P. 1-4.

226. Heather, J.M. The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA / J.M. Heather, B. Chain // Genomics. - 2016. - Vol.107, №1. - P. 1-8.

227. Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release / M. Ronaghi, S. Karamohamed, B. Pettersson, M. Uhlen, P. Nyren // Anal. Biochem.

- 1996. - №242. - P. 84-89.

228. Ronaghi, M. A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi, M. Uhlen, P. Nyren // Science. - 1988. - №281. - P. 363-365.

229. Genome Sequencing in Open Microfabricated High Density Picoliter Reactors / M. Margulies, M. Egholm, W.E. Altman [et al.] // Nature. - 2005. -Vol.7057, №437. - P. 376-380.

230. Trachtenberg, E.A. Next-Generation HLA Sequencing Using the 454 GS FLX System / E.A. Trachtenberg, C.L. Holcomb // Methods Mol. Biol. - 2013.

- №1034. - P.197-219.

231. Kulski, J.K. Next-Generation Sequencing — An Overview of the History, Tools, and «Omic» Applications. [Electronic resource]. Available at: https://www.intechopen.com/books/next-generation-sequencing-advances-applica-tions-and-challenges/next-generation-sequencing-an-overview-of-the-history-tools-and-omic-applications (data of the application 19.12.2018).

232. An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing / J.M. Rothberg, W. Hinz, T.M. Rearick [et al.] // Nature. - 2011. - .№475.

- P.348-352.

233. Single-molecule PCR using water-in-oil emulsion / M. Nakano, J. Ko-matsu, S. Matsuura [et al.] // J. Biotechnol. - 2003. - Vol.102, №2. - P. 117-124.

234. Transforming single DNA molecules into fluorescent magnetic particles for detection and enumeration of genetic variations / D. Dressman, H. Yan, G. Traverso, K.W. Kinzler, B. Vogelstein // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2003. - Vol.100, №15. - P. 8817-8822.

235. Comparison of next-generation sequencing systems [Electronic resource] / L. Liu, Y. Li, S. Li [et al.] // J. Biomed. Biotechnol. - 2012. - Vol.2012. -Available at: https://doi.org/10.1155/2012/251364, free.

236. Balasubramanian, S. Solexa Sequencing: Decoding Genomes on a Population Scale / S. Balasubramanian // Clinical Chemistry. - 2015. - Vol.61, №1. -P. 21-24.

237. Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry / D.R. Bentley, S. Balasubramanian, H.P. Swerdlow [et al.] // Nature. -2008. - №456. - P.53-59.

238. AllTypeTM NGS Assay On the Illumina MiSeq System. Application Note. Revision 2. - USA: One Lambda, 2016. - 41 p.

239. AllTypeTM and NXTypeTM NGS Reagents On Ion Chef and Ion S5 & S5 XL System. Application Note. Revision 2. - USA: One Lambda, 2016. - 42 P.

240. NGSgo-MX6-1. Instructions for use. Edition 1. 2018/12. [Electronic resource]. Available at: https://www.gendx.com/files/secure /2426-gendx-ifu-7310004-ngsgo-mx6-1 -ruo-2018-12-v1/file (data of the application 25.12.2018).

241. NGSgo Workflow compatible with Illumina. Instructions for use. Edition 4. 2017/06. [Electronic resource]. Available at: https://www.gendx.com/files/secure/ngs/ngs-ifu/1669-gendx-ngsgo-workflow-hla-typing-il-ifu-2842000-ce-v4/file (data of the application 25.12.2018).

242. NGSgo Workflow for HLA-typing compatible with Ion Torrent platforms. Instructions for use. Edition 5. 2017/06. [Electronic resource]. Available at:

https://www.gendx.com/files/secure/ngs/ngs-ifu/1609-gendx-ngsgo-ion-torrent-ifu-ruo-v5/file (data of the application 25.12.2018).

243. TruSight® HLA v2 Sequencing Panel. [Electronic resource]. Available at: https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/prod-ucts/datasheets/trusight-hla-v2-data-sheet-070-2016-002.pdf (data of the application 25.12.2018).

244. Holotype HLA 96/5. User Manual. Version 2.1. [Electronic resource]. Available at: https://s3.amazonaws.com/omixon-download/Holotype+HLA+96-5+User+Manual+v2.1.pdf (data of the application 25.12.2018).

245. Holotype HLA 96/11. Quick Protocol Guide. [Electronic resource]. Available at: https://s3.amazonaws.com/omixon-download/Holotype+HLA +96-11+RUO+Quick+Protocol+Guide+v2.pdf (data of the application 25.12.2018).

246. Shendure, J. Next-generation DNA sequencing / J. Shendure, H. Ji // Nat. Biotechnol. - 2008. - №26. - P.1135-1145.

247. Isothermal amplification method for next-generation sequencing / Z. Ma, R.W. Lee, B. Li [et al.] //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2013. - №110. -P.14320-14323.

248. Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively parallel ligation sequencing using two-base encoding / K.J. McKernan, H.E. Peckham, G.L. Costa [et al.] // Genome Research. - 2009. - №19.

- P. 1527-1541.

249. A high-resolution, nucleosome position map of C. elegans reveals a lack of universal sequence-dictated positioning / A. Valouev, J. Ichikawa, T. Tonthat [et al.] // Genome Research. - 2008. - №18. - P. 1051-1063.

250. Multi-center study on automating holotype HLA on a Biomek 4000 / E. Melista, K. McGowan, D. Sese [et al.] // Human Immunology. - 2017. - Vol.78.Sup-plement. - P.191.

251. Determining performance characteristics of an NGS-based HLA typing method for clinical applications / J.L. Duke, C. Lind, K. Mackiewicz [et al.] // HLA.

- 2016. - Vol.87, №3. - P.141-152.

252. Performance Characteristics and Validation of Next-Generation Sequencing for Human Leucocyte Antigen Typing / E.T. Weimer, M. Montgomery, R. Petraroia, J. Crawford, J.L. Schmitz // J. Mol. Diagn. - 2016. - Vol.18, №5. - P.668-675.

253. Weimer, E.T. Clinical validation of NGS technology for HLA: an early adopter's perspective / E.T. Weimer // Hum. Immunol. - 2016. - Vol.77, №10. -P.820-823.

254. Next-generation sequencing: the solution for high-resolution, unambiguous human leukocyte antigen typing / C. Lind, D. Ferriola, K. Mackiewicz [et al.] // Hum. Immunol. - 2010. - Vol.71, №10. - P.1033-1042.

255. HLA genotyping using the Illumina HLA TruSight next-generation sequencing kits: a comparison / T. Profaizer, E. Lazar-Molnar, A. Pole, J.C. Delgado, A. Kumanovics // Int. J. Immunogenet. - 2017. - Vol.44, №4. - P.164-168.

256. Schadt, E.E. A window into third-generation sequencing / E.E. Schadt, S. Turner, A. Kasarskis // Hum. Mol. Gene. - 2010. - №19. - P.227-240.

257. Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules / J. Eid, A. Fehr, J. Gray [et al.] // Science. - 2009. - №323. - P. 133-138.

258. DNA base identification by electron microscopy / D.C. Bell, W.K. Thomas, K.M. Murtagh [et al.] // Microsc. Microanal. - 2012. - №18. - P.1049-1053.

259. Levene, M.J. Zero-Mode Waveguides for Single-Molecule Analysis at High Concentrations / M.J. Levene, J. Korlach, S.W. Turner1 [et al.] // Science. -2003. - Vol.299, №5607. - P. 682-686.

260. The challenges of sequencing by synthesis / C.W. Fuller, L.R. Middendorf, S.A. Benner [et al.] // Nat. Biotechnol. - 2009. - №27. - P.1013-1023.

261. Pushkarev, D. Single-molecule sequencing of an individual human genome / D. Pushkarev, N.F. Neff, S.R. Quake // Nat. Biotechnol. - 2009. - №27. -P.847-852.

262. The microglial sensome revealed by direct RNA sequencing / S.E. Hickman, N.D. Kingery, T. Ohsumi [et al.] // Nat. Neurosci. - 2013. - №16. -P.1896-1905.

263. Ambardar, S. High-Resolution Full-Length HLA Typing Method Using Third Generation (Pac-Bio SMRT) Sequencing Technology / S. Ambardar, M. Gowda // HLA Typing. Methods and protocols / edit. by S. Boegel. - New York: Human Press. - 2018. - P. 135-154.

264. Rhoads, A. PacBio Sequencing and Its Applications / A. Rhoads, K.F. Au // Genomics Proteomics Bioinformatics. - 2015. - №13. - P.278-289.

265. Characterization of individual polynucleotide molecules using a membrane channel / J.J. Kasianowicz, E. Brandin, D. Branton, D.W. Deamer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - Vol.93, №24. - P.13770-13773.

266. Bayley, H. Nanopore sequencing: From imagination to reality / H. Bay-ley // Clin. Chem. - 2015. - №61. - P.25-31.

267. Single nucleotide discrimination in immobilized DNA oligonucleotides with a biological nanopore / D. Stoddart, A. Heron, E. Mikhailova, G. Maglia, H. Bayley // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - №106. - P.7702-7707.

268. Full-Length HLA Class I Genotyping with the MinlON Nanopore Sequencer / K. Lang, V. Surendranath, P. Quenzel [et al.] // HLA Typing. Methods and protocols / edit. by S. Boegel. - New York: Human Press. - 2018. - P.155-162.

269. Wang, Y. The evolution of nanopore sequencing / Y. Wang, Q. Yang, Z. Wang // Front Genet. - 2005. - №5. - 1-20.

270. Bayley, H. Stochastic sensors inspired by biology / H. Bayley, P.S. Cremer // Nature. - 2001. - №413. - P. 226-230.

271. Nanopore-based Fourth-generation DNA Sequencing Technology / Y. Feng, Y. Zhang, C. Ying, D. Wang, C. Du // Genomics Proteomics Bioinformatics.

- 2015. - №13. - P.4-16.

272. Assessing the performance of the Oxford Nanopore Technologies MinION / T. Laver, J. Harrison, P.A. O'Neill [et al.] // Biomol. Detect. Quant. - 2015.

- №3. - P.1-8.

273. MinION analysis and reference consortium: phase 1 data release and analysis [Electronic resource]/ C.L.C. Ip, M. Loose, J.R. Tyson [et al.] // F1000Re-search. - 2015. - №4. - Available at: https://f1000research.com/articles/4-1075, free.

274. MinION analysis and reference consortium: phase 2 data release and analysis of R9.0 chemistry [Electronic resource] / M. Jain, J.R. Tyson, M. Loose [et al.] // F1000Research. - 2017. - №6. - Available at: https://f1000research.com/ar-ticles/6-760/v1, free.

275. Multiplexed Nanopore Sequencing of HLA-B Locus in Maori and Pacific Island Samples [Electronic resource] / K.N.T. Ton, S.L. Cree, S.J. Gronert-Sum [et al.] // Front. Genet. - 2018. - №9. - Available at: https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00152, free.

276. Accurate Typing of Human Leukocyte Antigen Class I Genes by Oxford Nanopore Sequencing / C. Liu, F. Xiao, J. Hoisington-Lopez [et al.] // J. Mol. Diagn. - 2018. - Vol.20, №4. - P.428-435.

277. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads / M. Jain, S. Koren, J. Quick [et al.] // Nature Biotechnology. - 2018. - №36.

- P.338-345.

278. Single molecule real-time DNA sequencing of HLA genes at ultra-high resolution from 126 International HLA and Immunogenetics Workshop cell lines / T.R. Turner, J.D. Hayhurst, D.R. Hayward [et al.] // HLA. - 2018. - Vol.91, №2. -P.88-101.

279. A fault-tolerant method for HLA typing with PacBio data [Electronic resource] / C.J. Chang, P.L. Chen, W.S. Yang, K.M. Chao // BMC Bioinformatics.

- 2014. - Vol.15, №1. - Available at: https://bmcbioinformatics.biomedcen-tral.com/articles/10.1186/1471-2105-15-296, free.

280. Comparative Analyses of Low, Medium and High-Resolution HLA Typing Technologies for Human Populations [Electronic resource] / M. Gowda, S. Ambardar, N. Dighe [et al.] // J. Clin. Cell Immunol. - 2016. - Vol.7, №2. - Available at: https://www.longdom.org/abstract/comparative-analyses-of-low-medium-

and-highresolution-hla-typing-technologies-for-human-populations-50741.html, free.

281. Comprehensive analysis of cancer-associated somatic mutations in class I HLA genes / S.A. Shukla, M.S. Rooney, M. Rajasagi [et al.] // Nat. Biotech-nol. - 2015. - Vol.33, №11. - P.1152-1158.

282. HLA Typing for the Next Generation [Electronic resource] / N.P. Mayor, J. Robinson, A.J.M. McWhinnie [et al.] // PloSOne. - 2015. - Vol.10, №5. - Available at: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/jour-nal.pone.0127153, free.

283. Dual redundant sequencing strategy: Full-length gene characterization of 1056 novel and confirmatory HLA alleles / V. Albrecht, C. Zweiniger, V. Suren-dranath [et al.] // HLA. - 2017. - Vol.90, №2. - P.79-87.

284. HLA-DPB1*64:01N and DPB1*701:01 sequence extensions by single molecule real-time DNA sequencing / C.A. Cambridge, T.R. Turner, J.P. Abraham, S.G.E. Marsh, N.P. Mayor // HLA. - 2018. - Vol.92, №6. - P. 426-427.

285. Two novel alleles, HLA-A*32:01:01:09 and 32:01:01:10, identified by Pacific Bioscience's SMRT sequencing / C.A. Cambridge, T.R. Turner, X. Geor-giou, S.G.E. Marsh, N.P. Mayor // HLA. - 2018. - Vol.92, №6. - P. 409-411.

286. Ferrer, A. Overview on HLA and DNA typing methods / A. Ferrer, M.E. Fernández, M. Nazabal // Biotecnología Aplicada. - 2005. - Vol.22, №2. - P. 91-101.

287. Standards for histocompatibility and immunogenetics testing. Version 8.0 [Electronic resource]. - Available at: https://efi-web.org/committees/standards-committee (data of the application 08.08.2020).

288. World Marrow Donor Association. International Standards for unrelated hematopoietic stem cell donor registries [Electronic resource]. - Available at: https://www.wmda.info/wp-content/uploads/2018/02/20170101-STDC-WMDA-standards-cleared-version.pdf (data of the application 04.01.2019).

289. FACT-JACIE International Standards for HEMATOPOIETIC CELLULAR THERAPY. Product Collection, Processing, and Administration. Seventh

Edition 7.0. [Electronic resource]. - Available at: https://www.ebmt.org/sites/de-fault/files/2018-06/FACT-JACIE%207th%20Edition%20Standards.pdf (data of the application 04.01.2019).

290. Standards for Accredited Laboratories American Society for Histocompatibility and Immunogenetics. Revised 2017 [Electronic resource]. - Available at: https://cdn.ymaws.com/www.ashi-hla.org/resource/resmgr/docs/accredita-tion/standards_/20180525_2018ashi_standardsa.pdf (data of the application 04.01.2019).

291. MagNa Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I: Instructions for use. Version 17 [Electronic resource]. - Available at: https://pim-eserv-ices.roche.com/LifeScience/Document/d41095e0-e9dc-e811 -df87-00215a9b3428 (data of the application 26.02.2019).

292. MagNA Pure Compact System: Instructions for use [Electronic resource]. - Available at: https://lifescience.roche.com/content/dam/RMS /lifesci-ence/Documents/PDF/MagNA-Pure-Compact-System-Versatile-Nucleic-Acid-Pu-rification.pdf (data of the application 08.08.2020).

293. QIAamp DNA Blood BioRobot MDx Kit Handbook [Electronic resource]. - Available at: https://www.qiagen.com/us/resources/download. aspx?id=a35aa918-91b6-4e39-8863-eef6ea537a13&lang=en (data of the application 08.08.2020).

294. BioRobot MDx DSP User Manual [Electronic resource]. - Available at: https://www.qiagen.com/us/resources/download.aspx?id=b80575ae-5c09-4dfe-89ac-30ee4bdddca7&lang=en (data of the application 08.08.2020).

295. QIAamp DNA Mini and Blood Mini Handbook. Fifth edition [Electronic resource]. - Available at: https://www.qiagen.com/ch/resources /down-load.aspx?id=62a200d6-faf4-469b-b50f-2b59cf73 8962&lang=en (data of the application 08.08.2020).

296. QIAcube User Manual [Electronic resource]. - Available at: https://www.qiagen.com/es/resources/download.aspx?id=f7d77c6e-0479-4b2b-a2e0-5ca747114e34&lang=en (data of the application 08.08.2020).

297. MATCH IT DNA Software Manual v1.2 [Electronic resource]. - Available at: http://www.immucor.com/en-us/Products/LIFECODES %20Soft-ware/MATCHIT !/MATCHIT-DNA/LC 1504IVD%20-

%20MATCH%20IT! %20DNA%20Softtware%20 Manual%20v1.2%202018-04-19%20(GTI).pdf (data of the application 08.08.2020).

298. SEQUENCE Piltot module SeqNext-HLA. Manual [Electronic resource]. - Available at: http://www.jsi-medisys.de/DownLoadFiles /Demo-Data/Manual_SeqNext-HLA_DemoData.pdf (data of the application 08.08.2020).

299. SBTEngine. Instruction for use [Electronic resource]. - Available at: https://www.gendx.com/product_line/sbtengine/#specifications (data of the application 08.08.2020).

300. Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3 / A. Untergasser, H. Nijveen, X. Rao [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2007. - Vol.35, - P. W71-W74.

301. Excoffier, L. Maximum-Likelihood Estimation of Molecular Haplotype Frequencies in a diploid population / L. Excoffie, M. Slatkin // Molecular Biology and Evolution. - 1995. - №12. - P.921-927.

302. Excoffier, L. Arlequin (version 3.0): An integrated software package for population genetics data analysis / L. Excoffier, G. Laval, S. Schneider // Evolutionary Bioinformatics Online. - 2005. - №1. - P.47-50.

303. Kolesar, L. Orpheus, a new laboratory information system for immuno-genetic laboratories / L. Kolesar, D. Steiner, P. Drovacek, K. Janatova, A. Slavcev // Tissue Antigens. - 2013. - Vol.81. - P. 361.

304. Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Fourth Edition) / edit. by M.R. Green, J. Sambrook. - New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press -2014. - 2028 p.

305. NCBI-Primer BLAST [Electronic resource]. - Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ (data of the application 29.05.2019).

306. Cheng, S. Higuchi R. Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA / S. Cheng, C. Fockler, W. Barnes // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1994. - Vol.91. - P.5695-5699.

307. Long-range PCR in next-generation sequencing: comparison of six enzymes and evaluation on the MiSeq sequencer [Electronic resource] / J. Haiying, G. Yunfei, Z. Weiwei, K. Wang // Science Reports. - 2014. - Vol.4. - Available at: https://www.nature.com/articles/srep05737, free.

308. Illumina Adapter Sequences [Electronic resource]. - Available at: http://emea.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents /docu-mentation/chemistry_documentation/experiment-design/illumina-adapter-se-quences-1000000002694-11.pdf (data of the application 09.04.2020).

309. Analytical Procedures and Methods Validation for Drugs and Biolog-ics. Guidance for Industry [Electronic resource]. - Available at: https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fda-guidance-documents/ana-lytical-procedures-and-methods-validation-drugs-and-biologics (data of the application 09.04.2020).

310. IPD-IMGT/HLA database / J. Robinson, D.J. Berker, X. Georgiou [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2019. - P. 1-8.

311. Identification of a novel HLA-C*02:151 allele in a Russian bone marrow donors / M. Loginova, V. Zakharova, A. Pavlov, T. Simakova, I. Paramonov // HLA. - 2019. - Vol.93, №2-3. - P. 124-125.

312. Loginova, M. Description of a new HLA-A*02 allele, A*02:658, in Russian individual / M. Loginova // HLA. - 2017. - Vol.89. - P. 235-236.

Приложение А (обязательное)

Частоты встречаемости HLA-аллелей

Таблица А.1 - Частоты встречаемости аллельных групп локусов ИЬЛ-Л, ИЬЛ-

В, ИЬА-С, ИЬА-ОКВ1 у жителей Кировской области и Республики Татарстан

Аллельная Частота Стандартное Аллельная Частота Стандартное

группа встречаемости отклонение группа встречаемости отклонение

Кировская область (п=12 495) Республика Татарстан (п=5 456)

Локус HLA-A

А*02 0,271549 0,002586 А*02 0,271811 0,003598

А*03 0,173589 0,002401 А*03 0,143603 0,003298

А*24 0,131853 0,002276 А*24 0,124450 0,003290

А*01 0,114006 0,001957 А*01 0,117394 0,002854

А*11 0,059744 0,001486 А*11 0,061584 0,002276

А*68 0,041897 0,001255 А*26 0,044721 0,001901

А*26 0,038695 0,001221 А*68 0,043438 0,001892

А*25 0,037255 0,001179 А*25 0,038856 0,001709

А*31 0,028772 0,001019 А*32 0,033541 0,001851

А*32 0,027491 0,000904 А*23 0,025935 0,001498

А*33 0,022809 0,000836 А*31 0,025843 0,001425

А*30 0,018968 0,000846 А*30 0,024377 0,001579

А*23 0,016447 0,000699 А*33 0,022911 0,001483

А*29 0,011525 0,000703 А*29 0,012372 0,001100

А*66 0,003441 0,000313 А*66 0,006323 0,000742

А*69 0,001681 0,000241 А*69 0,002566 0,000471

А*34 0,000240 0,000101 А*74 0,000183 0,000140

А*74 0,000040 0,000047 А*34 0,000092 0,000088

Локус HLA-B

В*07 0,150300 0,002168 В*35 0,120968 0,003308

В*35 0,125610 0,001938 В*07 0,114461 0,003375

В*44 0,083313 0,001646 В*44 0,090817 0,002918

В*15 0,068307 0,001449 В*13 0,068823 0,002438

В*13 0,065506 0,001496 В*18 0,061034 0,002398

В*18 0,064346 0,001625 В*08 0,058743 0,002438

В*40 0,055742 0,001425 В*40 0,056727 0,002487

В*08 0,054982 0,001415 В*27 0,053702 0,002169

В*27 0,054142 0,001355 В*51 0,052419 0,002223

В*57 0,037935 0,001198 В*15 0,049853 0,002081

В*51 0,035254 0,001080 В*38 0,036932 0,001778

В*39 0,030892 0,001216 В*57 0,028867 0,001781

В*38 0,028691 0,001089 В*50 0,026760 0,001516

В*41 0,021689 0,000911 В*52 0,025385 0,001618

Аллельная Частота Стандартное Аллельная Частота Стандартное

группа встречаемости отклонение группа встречаемости отклонение

В*14 0,021248 0,000982 В*41 0,025110 0,001432

В*52 0,019768 0,000978 В*39 0,023185 0,001582

В*50 0,013085 0,000736 В*49 0,020894 0,001361

В*49 0,012325 0,000639 В*14 0,015946 0,001221

В*48 0,012165 0,000685 В*48 0,015121 0,001075

В*58 0,010964 0,000631 В*58 0,013105 0,001054

В*56 0,010284 0,000613 В*37 0,011730 0,001111

В*55 0,009204 0,000611 В*55 0,009164 0,000922

В*37 0,009084 0,000531 В*56 0,008706 0,000981

В*47 0,001801 0,000258 В*54 0,003757 0,000542

В*53 0,001080 0,000218 В*46 0,002108 0,000415

В*45 0,000920 0,000169 В*73 0,001833 0,000401

В*54 0,000600 0,000157 В*45 0,001283 0,000341

В*46 0,000480 0,000126 В*47 0,001100 0,000354

В*73 0,000240 0,000082 В*53 0,001100 0,000304

В*42 0,000040 0,000042 В*67 0,000275 0,000160

Локус HLA-C

С*07 0,289916 0,003176 С*07 0,252933 0,004512

С*04 0,137655 0,002053 С*04 0,139388 0,003327

С*06 0,128571 0,002458 С*06 0,137555 0,003104

С*03 0,119848 0,001853 С*12 0,122892 0,003374

С*12 0,102281 0,001788 С*03 0,094117 0,002980

С*02 0,056463 0,001515 С*02 0,058651 0,002442

С*01 0,036895 0,001230 С*01 0,047654 0,002276

С*05 0,036415 0,001095 С*08 0,035007 0,001931

С*08 0,035774 0,001259 С*05 0,033908 0,001675

С*17 0,019488 0,000816 С*15 0,031250 0,001767

С*15 0,015246 0,000785 С*17 0,020986 0,001329

С*16 0,014366 0,000740 С*16 0,016312 0,001351

С*14 0,007003 0,000492 С*14 0,008706 0,000979

С*18 0,000080 0,000061 С*18 0,000641 0,000239

Локус Ж LA-DRB1

БЯВ 1*15 0,155902 0,002259 БЯВ1*07 0,160191 0,003442

БЯВ1*01 0,154942 0,002171 БЯВ1*15 0,135447 0,003185

БЯВ1*07 0,153782 0,002192 БЯВ1*13 0,131323 0,003337

БЯВ1*13 0,122289 0,001920 БЯВ1*01 0,124817 0,003152

БЯВ1*04 0,106603 0,001690 БЯВ1*11 0,106122 0,002993

БЯВ1*11 0,097559 0,001703 БЯВ1*04 0,105938 0,002742

БЯВ1*03 0,076631 0,001524 БЯВ1*03 0,081928 0,002865

БЯВ1*08 0,033573 0,001117 БЯВ1*16 0,032166 0,001737

БЯВ1*16 0,025490 0,000993 БЯВ1*08 0,031433 0,001694

БЯВ1*12 0,024530 0,000917 БЯВ1*14 0,028776 0,001744

БЯВ1*09 0,024050 0,000990 БЯВ1*09 0,026485 0,001618

БЯВ1*14 0,014486 0,000756 БЯВ1*12 0,024010 0,001474

БЯВ1*10 0,010164 0,000589 БЯВ1*10 0,011364 0,001029

Таблица А.2 - Частоты встречаемости аллельных групп локусов ИЬЛ-Л, ИЬЛ-В, ИЬА-С, ИЬА-ОКШ у жителей Нижегородской области и Республики Ма-

рий Эл

Аллельная Частота Стандартное Аллельная Частота Стандартное

группа встречаемости отклонение группа встречаемости отклонение

Нижегородская область (п=2 467) Республика Марий Эл (п=1 497)

Локус HLA-A

А*02 0,293069 0,006733 А*02 0,267869 0,007080

А*03 0,150790 0,005015 А*03 0,181697 0,007757

А*24 0,116133 0,003940 А*24 0,131263 0,006803

А*01 0,110863 0,004167 А*01 0,109886 0,006395

А*11 0,066680 0,003799 А*11 0,068470 0,004441

А*25 0,046007 0,002987 А*26 0,050768 0,003795

А*26 0,042156 0,002836 А*32 0,037742 0,003030

А*68 0,033847 0,002350 А*68 0,035070 0,003550

А*32 0,032631 0,002804 А*25 0,031062 0,003198

А*33 0,024929 0,001944 А*31 0,024716 0,002996

А*30 0,024524 0,002150 А*33 0,019038 0,002279

А*31 0,022497 0,001701 А*30 0,017368 0,002265

А*23 0,018849 0,001819 А*23 0,013026 0,002339

А*29 0,008715 0,001358 А*29 0,006346 0,001541

А*66 0,007094 0,001152 А*66 0,004008 0,001100

А*69 0,000811 0,000385 А*69 0,001336 0,000681

А*34 0,000203 0,000178 А*34 0,000334 0,000296

А*74 0,000203 0,000230 - - -

Локус HLA-B

В*07 0,127685 0,004305 В*35 0,156313 0,007555

В*35 0,124240 0,004601 В*07 0,126253 0,006259

В*44 0,095460 0,003718 В*44 0,078156 0,00471

В*18 0,071139 0,004176 В*27 0,072144 0,004289

В*15 0,062829 0,003536 В*18 0,064796 0,004744

В*08 0,061613 0,003707 В*40 0,060788 0,004834

В*40 0,060195 0,003550 В*08 0,051436 0,004182

В*27 0,056546 0,003085 В*15 0,050768 0,004415